JP2023518484A - コロナウイルス感染症を含むウイルス感染症を治療および／または予防するための組成物およびワクチン、並びにそれらの使用方法 - Google Patents

Abstract

本開示は、コロナウイルス感染症を含むウイルス感染症の治療、ならびにそれに対するワクチン接種に有用な組成物および方法を指向している。

Description

関連出願との相互参照
本出願は、2020年3月24日に出願された米国仮出願62/994,057に対する35 USC § 119に基づく優先権の利益を主張し、その内容全体は参照により本明細書に組み込まれる。

過去20年間に発生した重症急性呼吸器症候群（SARS, 2002-2004 [Ksiazek ら, 2003; Drosten ら, 2003]）と中東呼吸器症候群（MERS, 2012-現在 [Zaki ら, 2012]）は、世界の公衆衛生にとって大きな脅威となっている。

コロナウイルス（CoV）による呼吸器症候群は、密接な接触によって人から人へ感染し、感染者の罹患率や死亡率が高くなることが知られている。SARSやMERSは、初期には発熱、呼吸困難、咳などのインフルエンザ様の軽症で発症するが、重症化すると非定型間質性肺炎とびまん性肺胞障害が特徴的となる。SARS-CoVとMERS-CoVは共に、肺胞の炎症、肺炎、低酸素状態の肺が呼吸不全、多臓器疾患を引き起こし、ARDS患者の50％が死亡する急性肺障害で最も重症の急性呼吸困難症候群（ARDS）を引き起こしうる［Lewら、2003年］。

数十年にわたり、抗ウイルス剤の開発が進められてきたが、その多くはウイルスの複製や集合に関わる非構造タンパク質であり、これらのタンパク質の多くは高度に保存されており、幅広い抗ウイルス活性を持ちうることが分かっている。構造タンパク質やアクセサリタンパク質は保存が悪く、変異率が高いため、変異したウイルスは抗ウイルス剤の効果から逃れることができる。抗ウイルス剤の成功例としては、A型およびB型インフルエンザの治療と予防に用いられるノイラミニダーゼ阻害剤のオセルタミビル（タミフル）とザナミビル（リレンザ）、多数の致死性の高い新興ウイルスに対して試験管内で活性を示すグアノシンアナログのリバビリンなどがある。

モノクローナル抗体（mAb）は、ウイルスの構造タンパク質を中和することにより、高病原性ウイルス疾患の予防や治療に有用であると考えられている。残念ながら、これらのmAbは表面に露出した構造タンパク質に向ける必要があり、これらは高い頻度で変異する傾向がある。それゆえ、動物モデルでCoV感染に有効なmAbsは、非常に多様なスパイク糖タンパク質を標的としているが、これらのmAbsは他の関連CoVに対する交差防御を欠いていることがわかった［Agnihothram et al, 2014］。前臨床および臨床のmAb製剤には、ウイルスが中和から逃れられないように、異なるエピトープを標的とする複数のmAbのカクテルが含まれることがよい。

ワクチンは、長い間、ヒト集団を対象とした感染症予防・撲滅のためのゴールドスタンダードと考えられており、また、個人に対しても長期的な免疫防御の恩恵を与えてきた。残念ながら、高病原性コロナウイルスSARS-CoVやMERS-CoVのヒト感染において、最も脆弱な集団は65歳以上の患者や合併症を持つ患者であり、これらのグループの患者に対して有効なワクチンの設計は困難であると言われている。SARS-CoVに対して開発されたワクチン製剤は、高齢者集団の動物モデルを保護できないだけでなく、その後SARS-CoVに挑戦したワクチン接種群ではSARS病が増強されるという、若年集団における免疫病理を引き起こす結果となった［Bollesら、2011；Sheahanら、2011］。

コウモリ-CoVの多様性から、特定のSARS-CoVやMERS-CoV抗原を標的とした現在の治療戦略が、将来ヒト集団に出現するコロナウイルスに対して有効である可能性は低いと思われる。SARS-CoVの疫病抗原に対して処方されたワクチンは、現在コウモリの集団で循環しているSARS様コウモリ-CoVに対して有効な防御を提供していない［Menacheryら、2015］。

従って、抗ウイルス免疫を効果的に刺激するための新しい組成物および方法が必要とされている。本発明は、このようなニーズを満たすものである。

本開示は、（a）少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含むベクター；および（b）CD1d認識抗原を含むベクター；および（c）少なくとも1つの薬学的に許容される担体を含む組成物に向けられ、ここでベクター（a）およびベクター（b）の少なくとも1つは、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である。

別の態様では、ベクター（a）は、第1の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞であり、ベクター（b）は、第2の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である。さらに別の態様では、ベクター（a）およびベクター（b）は、CD1d認識抗原および少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む、同一の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅細胞である。

本明細書に記載の組成物の一実施形態では、ベクター（a）およびベクター（b）の一方は、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞ではなく、ベクター（a）およびベクター（b）の他方は、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である。

本明細書に記載の全ての組成物において、ウイルス抗原は、アルファコロナウイルス；コウモリコロナウイルスCDPHE15などのコラコウイルス；コウモリコロナウイルスHKU10またはライノロファスフェルメキナムアルファコロナウイルスHuB-2013などのデカコウイルス；ヒトコロナウイルス229Eなどのデュビナコウイルス；ラチェングRnラットコロナウイルスなどのルカコウイルス；フェレットコロナウイルスまたはミンクコロナウイルス1などのミナコウイルス；ミニオプテルスコウモリコロナウイルス1またはミニオプテルスコウモリコロナウイルスHKU8などのミヌナコウイルス；ミオティスリケッティアルファコロナウイルスSax-2011などのミオクタコウイルス；ニクタラスベルティヌスアルファコロナウイルスSC-2013などのニクタコウイルス；ブタエピデミックディアレアウイルスまたはスコトフィラスコウモリコロナウイルス512などのペダコウイルス；ライノロファスコウモリコロナウイルスHKU2などのライナコウイルス；ヒトコロナウイルスNL63またはNL63関連コウモリコロナウイルス株BtKYNL63-9bなどのセトラコウイルス；アルファコロナウイルス1などのテガコウイルス；ベータコロナウイルス1、ヒトコロナウイルスOC43、チャイナラットコロナウイルスHKU24、ヒトコロナウイルスHKU1またはネズミコロナウイルスなどのエンベコウイルス；コウモリHp-ベータコロナウイルスチョーチアン2013などのヒベコウイルス；ヘッジホッグコロナウイルス1、中東呼吸器症候群関連コロナウイルス（MERS-CoV）、ピピストレルスコウモリコロナウイルスHKU5またはタイロニクテリスコウモリコロナウイルスHKU4などのマーベコウイルス；ルセットコウモリコロナウイルスGCCDC1、ルセットコウモリコロナウイルスHKU9などのノベコウイルス、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（SARS-CoV）、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2、COVID-19）などのサーベコウイルス；デルタコロナウイルス；ウィジョンコロナウイルスHKU20などのアンデコウイルス；ブルブルコロナウイルスHKU11、ブタコロナウイルスHKU15、ムニアコロナウイルスHKU13またはホワイトアイコロナウイルスHKU16などのブルデコウイルス；ゴイサギコロナウイルスHKU19などのヘルデコウイルス；バンコロナウイルスHKU21などのムーデコウイルス；ガンマコロナウイルス；シロイルカコロナウイルスSW1などのデガコウイルス；および鳥コロナウイルスなどのイガコウイルスからなる群より選択されるウイルスを含む、またはその特徴を有する。

別の態様では、ウイルス抗原は、SARS-CoV-2の配列を含むポリヌクレオチド、またはSARS-CoV-2の配列を含むポリヌクレオチドと少なくとも80％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされ得る。さらに別の態様では、ウイルス抗原は、ヒトコロナウイルス229E、ヒトコロナウイルスOC43、SARS-CoV、HCoV NL63、HKU1、MERS-CoV、またはSARS-CoV-2を含むかまたはその特徴であることが可能である。さらに、ウイルス抗原は、SARS-CoV-2を含む、またはその特徴を有する。

別の態様では、プラスミドは、SARS-CoV-2のスパイク（S）タンパク質、ヌクレオキャプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、およびエンベロープ（E）タンパク質のうちの少なくとも1つをコードしている。さらに、プラスミドは、スパイク（S）タンパク質、ヌクレオカプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、エンベロープ（E）タンパク質をコードすることができる。

一実施形態では、CD1d認識抗原は、スフィンゴ糖脂質を含む。例えば、CD1d認識抗原は、α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）、α-ガラクトシルセラミドのC-グリコシド体（α-C-GalCer）、ガラクトシルセラミドの12炭素アシル体（β-GalCer）、β-D-グルコピラノシルセラミド（β-GlcCer）、l，2-ジアシル-3-O-ガラクトシル-sn-グリセロール（BbGL-II）、ジアシルグリセロール含有糖脂質（Glc-DAG-s2）、ガングリオシド（GD3）、ガングリオトリオシルセラミド（Gg3Cer）、グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）、α-グルクロン酸セラミド（GSL-1またはGSL-4）、イソグロボトリヘキソシルセラミド（iGb3）、リポホスホグリカン（LPG）、リゾホスファチジルコリン（LPC）、α-ガラクトシルセラミドアナログ（OCH）、スレイトルセラミドおよびこれらのいずれかの誘導体からなる群から選択することができる。

別の態様では、CD1d認識抗原は、α-GalCerを含んでいる。さらに、CD1d認識抗原は、6′-デオキシ-6′-アセトアミドα-GalCer（PBS57）、ナプチル尿素α-GalCer（NU-α-GC）、NC-α-GalCer、4ClPhC-α-GalCer、PyrC-α-GalCer、α-carba-GalCer、carba-α-D-ガラクトース α-GalCerアナログ（RCAI-56）、1-デオキシ-neo-イノシトール α-GalCerアナログ（RCAI-59）、1-O-メチル化α-GalCerアナログ（RCAI-92）およびHS44アミノシクリトールセラミドから選ばれる合成α-GalCerアナログを含むことができる。

ある態様では、CD1d認識抗原は、IFNγアゴニストである。

本明細書に記載される組成物は、任意の薬学的に許容される用途のために処方することができる。薬学的に許容される製剤の例としては、経口投与、注射、鼻腔内投与、肺内投与、または局所投与が挙げられるが、これらに限定されない。

本開示はまた、本明細書に記載の組成物を必要としている対象に投与することを含む、ウイルス感染に対する治療および／またはワクチン接種の方法を包含する。

一態様において、対象は、リンパ球減少症に罹患しているか、またはその危険性がある。別の態様では、対象は、ウイルス感染による重篤な疾患および／または重篤な合併症のリスクがあるとみなされる。例えば、ウイルス感染による重症化および／または重篤な合併症のリスクが高い「高齢者」対象者は、約50歳以上、約55歳以上、約60歳以上、または約65歳以上である。

本明細書に記載の方法の別の態様では、対象は、糖尿病、喘息、呼吸器疾患、高血圧、および心臓病からなる群から選択される1つ以上の既往症を患っている。さらに別の態様では、対象は、免疫不全である。例えば、対象は、AIDS、癌、癌治療、肝炎、自己免疫疾患、ステロイド投与、免疫老化、またはそれらの任意の組み合わせにより免疫不全になることができる。

一実施形態では、本明細書に記載の組成物の投与は、コロナウイルスへの曝露後の生存の可能性を高める。例えば、生存の可能性は、臨床的に認識された任意の技術を用いて測定した場合、約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、または約100％増加することができる。

さらに別の態様では、本明細書に記載の組成物の投与は、コロナウイルスの感染のリスクを低減させる。例えば、感染リスクの低減は、臨床的に認識された任意の技術を用いて測定した場合、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、または約100%であり得る。

本明細書に記載される全ての方法において、投与ステップは、任意の薬学的に許容される方法を介して行うことができる。

別の態様では、対象は、コロナウイルスに対して感染性のある個体に曝露され得るか、または曝露されることが予想される。さらに、コロナウイルスに感染した個体は、発熱、咳、息切れ、下痢、くしゃみ、鼻水、および喉の痛みからなる群から選択される1つ以上の症状を持つことができる。

一実施形態では、本明細書に記載の方法の対象は、医療従事者、60歳以上、頻繁な旅行者、軍人、介護者、または感染に伴う死亡リスクの増加をもたらす持病を有する対象である。

別の態様では、方法は、1つまたは複数の抗ウイルス剤を投与することをさらに含む。例えば、1つ以上の抗ウイルス剤は、クロロキン、ダルナビル、ガリデシビル、インターフェロンβ、ロピナビル、リトナビル、レムデシビル、およびトリアザビリンからなる群から選択され得る。

本開示の方法において、CD1d認識抗原は、対象においてTh1サイトカイン応答を誘導する。例えば、サイトカインは、IFNγを含み得る。

別の態様では、CD1d認識抗原を含む第1のミニセルと、少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルとが、対象に同時に投与される。さらに別の態様では、CD1d認識抗原を含む第1のミニセルと、少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルとが、対象に順次投与される。あるいは、本開示は、CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルが、対象に繰り返し投与される方法を包含する。

本明細書に記載の方法において、CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルは、少なくとも週に1回、週に2回、週に3回、または週に4回、対象に投与され得る。

前述の概要と、以下の図面および詳細な説明の両方は、例示的および説明的なものである。これらは、本発明のさらなる詳細を提供することを意図したものであり、限定的に解釈されるものではない。他の目的、利点、および新規な特徴は、以下の発明の詳細な説明から当業者には容易に明らかになるであろう。

EnGeneIC Dream Vehicle（EDV^TM）、すなわち、IFNγを刺激するCD1d制限 iNKT細胞抗原α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）を搭載した無傷の細菌由来ミニセルと、ウイルス抗原をコードするプラスミドを搭載した細菌ミニセルとの組み合わせを含む組成物の図解である。 末期肝細胞癌患者1-CB04-1（72歳男性）の末梢血単核細胞（PBMC）であり、EGFR標的、PNU包含の無傷の、細菌由来ミニセル＋α-ガラクトース処理セラミド包含の無傷の、細菌由来ミニセルによって２および３サイクル処理された、上昇を示した、CD8+細胞障害性T細胞（図2A）、NK細胞（図2B）、NKT細胞（図2C）、iNKT細胞（図2D）を示す図である。注意すべきは、この患者が高齢で重度の免疫不全に陥っていることである。PNUは、モルホリニルアントラサイクリン誘導体であるPNU-159682である。 末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示す図である。患者のCD8+エフェクター細胞傷害性T細胞（CD45RA+ CCR7-）は、2サイクル目と3サイクル目までに有意に増加した（図3A）。同様に、対象のPBMCでも、2サイクル目と3サイクル目でNK細胞の増加が確認された（図3B）。興味深いことに、それぞれの無傷の細菌由来のミニセルの投与から3時間後の患者の血清のELISA分析により、IFNγにスパイクがみられ、これは、α-ガラクトシルセラミドが抗原提示細胞（APC）からiNKT細胞へ効果的に提示され、ウイルス感染と戦う上で重要なメディエーターであるIFNγの放出が引き起こされた場合に起こる現象である（図3C）。 投与前と投与3時間後の白血球数（9名の平均値）を示す図である。9人のうち8人は高齢で、全員がステージIVの膵臓がんで、従来の治療がすべて無効となった重度の免疫不全患者であった。ここで興味深いことに、投与3時間後では、白血球（WBC）が顕著に増加し、これは2回目以降の投与ごとに起こり、このことは、無傷の細菌由来のミニセルの初期投与により、マクロファージ、樹状細胞、NK細胞からの活性化シグナルに続いて骨髄から新鮮な単球を動員し、投与3回目までに十分に活性化、成熟し、増殖に至ったことを示唆している。 末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示す図である。患者のCD8+エフェクター細胞傷害性T細胞（CD45RA+ CCR7-）は、2サイクル目と3サイクル目までに著しく増加した（Fig.5A）。 末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示す図である。同様に、患者のPBMCでも、2サイクル目と3サイクル目でNK細胞の増加が確認された（図5B）。 末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示す図である。興味深いことに、無傷の細菌由来のミニセル（EDV^TM）投与後3時間の患者血清のELISA分析では、IFNγにスパイクが見られた（図5C）。これは、α-ガラクトシルセラミドが抗原提示細胞からiNKT細胞に効果的に提示され、ウイルス感染に対抗するための重要なメディエーターであるIFNγの放出が誘発された場合に起こるものであろう。 発現カセットの構築を示す図である。 Covid-αGCを搭載した細菌ミニセル（EDVCovid-αGC）が、JAWSII細胞にαGCをうまく送達できたことを示す図である。 スパイクタンパク質のEDV膜への組み込みが成功したことを示すウェスタンブロット分析を示す図である。 様々な細菌ミニセル（EDV）製剤のマウスへの投与後1週間における血清IgG力価を測定した結果を示す図である。ここでは、Covid-αGCを担持した細菌ミニセル（EDVCovid-αGC）の筋肉内（IM）注射が、皮下（SC）注射と比較して最高のS蛋白質特異的IgG力価を生じることが見出された。 マウスへの様々な細菌ミニセル（EDV）製剤の投与後1週間におけるIgGの総AUCの棒グラフであり、AUG分析は、IM注射されたマウスで最も高いAUGを示した。 IMを通してEDVCovid-αGCを注射されたマウスが、注射後8時間において、血清IFNαのレベルが最も高いことを示す図である。 IMを通してEDVCovid-αGCを注射されたマウスが、注射後8時間において、血清IFNγのレベルが最も高いことを示す図である。 IMを通してEDVCovid-αGCを注射されたマウスが、注射後8時間において、血清IL12（図7E）のレベルが最も高いことを示す図である。 IMを通してEDVCovid-αGCを注射されたマウスが、注射後8時間において、血清IL6のレベルが最も高いことを示す図である。 IMを通してEDVCovid-αGCを注射されたマウスが、注射後8時間において、血清TNFαのレベルが最も高いことを示す図である。 Covid- αGCを担持した細菌ミニセル（EDVCovid- αGC）を注射したマウスが、最初の注射後4週間（21日目のブースト）において、血清IgMのレベルが最も高いことを示す図である。 Covid- αGCを担持した細菌ミニセル（EDVCovid- αGC）を注射したマウスが、最初の注射後4週間（21日目のブースト）において、血清IgGのレベルが最も高いことを示す図である。 骨髄由来のB細胞が、スパイクタンパク質とインキュベートされた場合、スパイクタンパク質特異的IgGをex vivoで産生することができたことを実証するELISA分析を示す図である。 初回投与後4週間での中和抗体解析を示す図である。 EDVCovidおよびEDV_Covid-αGCのIgGサブタイプ解析を示す図である。 EDV_Covid-αGCを注射したマウスが、最初の注射後4週間（21日目に1ブースト）において、抗原特異的記憶CD137＋CD69＋細胞傷害性T細胞の量が最も多いことを示すマウス脾細胞のFACS分析結果である。例えば、他の全ての処置群と比較して、EDV_Covid-αGC処置マウスにおける細胞傷害性T細胞集団内にCD137＋CD69＋集団の数が著しく多く存在していたことを示す。 脾臓からのCovid-αGC（EDVCovid-αGC）処理細胞傷害性T細胞が、PHAを用いて刺激した場合と同様の様式でスパイクタンパク質の刺激後にウイルス抗原特異的CD69単一陽性細胞傷害性T細胞を発現することを示すAIMSアッセイを示す図である（例えば、スパイクタンパク質にex vivo曝露したとき）。EDV_Covidで処置したマウスの脾臓細胞も同様の特性を示したが、その程度は小さかった。これは他の処置群では見られなかった。 pUC57-Kanコンストラクトを示す図であり、コンストラクトの挿入部位は5'Kpnlと3'Sallである。 合成修飾ラクタマーゼプロモーターのin vitro合成を示す図である。P-ラクタマーゼプロモーター（A1）と合成改変版（B2）のヌクレオチド配列を示す。－35と－10領域、+1転写開始点、リボソーム結合点（RBS）、ATG翻訳開始コドンが示されている。また、新たに導入したEcoRI、XhoI、NdeI、BamHIの制限酵素部位も示している。 A、Bは、JAWSII細胞をEDV_Covid-αGCで処理することにより、CD1dリガンドを介してαGCが細胞表面に発現することを示す図である。発現レベルは、フリーのαGCのみで処理したJAWSII細胞よりも良好であった（A）。EDV_Covid-αGCのウェスタンブロット解析により、スパイクタンパク質が構造体EDVに取り込まれていることが確認された（B）。 EDV、EDVαGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、およびEDV_Covid-αGCのI.M.注射後のマウス血清中の初期インターフェロン応答の詳細なELISA分析を示す図である（IM注射後8時間の血清IFNα濃度）。その結果、マウスの初期インターフェロン応答は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVが運ぶαGCの投与（例えば、EDV_Plasmidを伴うか伴わないEDV_αGCの投与）により優位に誘導され、IM注射により最初の投与後8時間で、IFNα、IFNγ、TNFα、IL12、IL6が劇的に増加することが実証された。 EDV、EDVαGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、およびEDV_Covid-αGCのI.M.注射後のマウス血清中の初期インターフェロン応答の詳細なELISA分析を示す図である（IM注射後8時間の血清IFNγ濃度）。その結果、マウスの初期インターフェロン応答は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVが運ぶαGCの投与（例えば、EDV_Plasmidを伴うか伴わないEDV_αGCの投与）により優位に誘導され、IM注射により最初の投与後8時間で、IFNα、IFNγ、TNFα、IL12、IL6が劇的に増加することが実証された。 EDV、EDVαGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、およびEDV_Covid-αGCのI.M.注射後のマウス血清中の初期インターフェロン応答の詳細なELISA分析を示す図である(IM注射後8時間のIL6血清濃度)。その結果、マウスの初期インターフェロン応答は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVが運ぶαGCの投与（例えば、EDV_Plasmidを伴うか伴わないEDV_αGCの投与）により優位に誘導され、IM注射により最初の投与後8時間で、IFNα、IFNγ、TNFα、IL12、IL6が劇的に増加することが実証された。 EDV、EDVαGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、およびEDV_Covid-αGCのI.M.注射後のマウス血清中の初期インターフェロン応答の詳細なELISA分析を示す図である（血清TNFα、IM注入後8時間の濃度）。その結果、マウスの初期インターフェロン応答は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVが運ぶαGCの投与（例えば、EDV_Plasmidを伴うか伴わないEDV_αGCの投与））により優位に誘導され、IM注射により最初の投与後8時間で、IFNα、IFNγ、TNFα、IL12、IL6が劇的に増加することが実証された EDV、EDVαGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、およびEDV_Covid-αGCのI.M.注射後のマウス血清中の初期インターフェロン応答の詳細なELISA分析を示す図である（IM注射後8時間のIL12p40血清濃度）。その結果、マウスの初期インターフェロン応答は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVが運ぶαGCの投与（例えば、EDV_Plasmidを伴うか伴わないEDV_αGCの投与）により優位に誘導され、IM注射により最初の投与後8時間で、IFNα、IFNγ、TNFα、IL12、IL6が劇的に増加することが実証された。 図13Aおよび図13Bは、抽出したマウス脾臓のFACS分析により、EDV_Covid-αGC処理マウスにCD3＋CD8＋細胞傷害性T細胞の高い割合が存在することを示した（図13A）。脾臓細胞をCovid-19スパイクタンパク質で刺激すると、細胞傷害性T細胞集団内のCD69+ CD137+細胞の数が、PHAを用いて刺激した場合（+veコントロール）と比べてより大きく誘導された（図13B）。 図13Aおよび図13Bは、抽出したマウス脾臓のFACS分析により、EDV_Covid-αGC処理マウスにCD3＋CD8＋細胞傷害性T細胞の高い割合が存在することを示した（図13A）。脾臓細胞をCovid-19スパイクタンパク質で刺激すると、細胞傷害性T細胞集団内のCD69+ CD137+細胞の数が、PHAを用いて刺激した場合（+veコントロール）と比べてより大きく誘導された（図13B）。 図14A、B、Cは、EDV_Covid-αGCで処置したマウスの血清中に、初回注射後4週間で高レベルのスパイクタンパク質特異的IgGが見出されたことを示す図である（A）。 これは、スパイクタンパク質特異的IgMについても見出されている（B）。 興味深いことに、EDV_Covid-αGCで処理したマウスの血清は、スパイクタンパク質のhACEレセプタータンパク質への結合に対し最高度の阻害を示したが、EDV_αGCを含む処理もスパイクタンパク質結合を防止する能力を示した（C）。 4週間の時点でEDV_Covid-αGC処理マウスの骨髄から抽出されたB細胞が、改良版ELISAによって検出された最高レベルのスパイクタンパク質特異的IgG（図15A）およびIgM（図15B）を分泌した実験の結果を示す図である。

I. 概要
本開示は、コロナウイルス感染症を含むがこれに限定されない、ウイルス感染症に対する対象の治療および／またはワクチン接種に有用な新規組成物に向けられている。組成物は、（a）治療／ワクチン接種されるべきウイルスからの少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含むベクター；および（b）CD1d認識抗原を含むベクターの組み合わせを含み、ここで、2つのベクターの少なくとも1つは、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞であり、ここで2つのベクターは、少なくとも1つの薬学的に許容できるキャリア中に存在する。CD1dが認識する抗原として、α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）が例示され、ウイルス免疫に重要なIFNγを刺激することが分かっている。別の態様では、2つのベクターの両方は、2つの別々の細菌由来ミニセルまたは死滅した細菌細胞のいずれか、または単一の細菌由来ミニセルまたは死滅した細菌細胞中に一緒に含まれる、無傷の、細菌由来ミニセルまたは死滅した細菌細胞である。別の態様では、ベクターまたは無傷の細菌由来のミニセルは、コロナウイルスの4つの主要構造タンパク質すべて、またはその抗原性断片、例えばスパイク（S）タンパク質、ヌクレオカプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、およびエンベロープ（E）タンパク質からなることが可能である。

別の態様では、上記のようなプラスミドペイロードおよびCD1d認識ペイロードの一方または他方（両方ではない）は、無傷の細菌由来ミニセルまたは死滅した細菌細胞ではないベクターを介して投与することができる。このような非ミニセルベクターの例としては、リポソーム、高分子ベクター、再構成ウイルスエンベロープ（ビロソーム）、免疫刺激複合体（ISCOM）などが挙げられる。
例えば、Bungener ら(2002)、Kersten ら(2003)、Daemen ら(2005)、Chen ら(2012)、Yue ら(2013).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12428908 (Bungener);
https://www.meta.org/papers/liposomes-and-iscoms/12547602 (Kersten);
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15560951 (Daemen);
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0039039 (Chen);
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2013/bm/c2bm00030j#!divAbstract（Yue）を参照。

成熟したSARS-CoV-2ウイルスは、エンベロープ、膜、ヌクレオキャプシド、スパイクという4つの構造タンパク質を持っている。これらのタンパク質はすべて、中和抗体を刺激し、CD4+/CD8+ T細胞応答を増加させる抗原として機能すると考えられている。

本組成物は、薬学的に許容される任意の方法を介して投与することができ、例えば、注射（非経口、筋肉内、静脈内、肝内、腹膜、皮下、腫瘍内または皮内投与）、経口投与、体腔への製剤の適用、吸入、気腹、鼻腔投与、肺投与、または任意のルートの組み合わせも採用し得るがこれらに限定されない。

本組成物は、ワクチンとしてウイルス感染の危険性のある対象に投与することができ、または本組成物は、ウイルス感染に苦しんでいる対象にセラピューティックとして投与することができる。

高度に免疫力が低下した末期がん患者において、無傷の菌ミニセル療法（EnGeneIC Dream Vector^TM、EDV^TM）により、（1）CD8+T細胞、マクロファージ、NK細胞、樹状細胞、iNKT細胞の活性化および増殖が確認されている。この結果は、まさにCoV-2治療薬/ワクチンに求められているものである。

一態様によれば、本開示は、組成物の調製における組換え無傷の細菌ミニセルの使用を提供し、該ミニセルは、ウイルス感染者、またはウイルス感染の危険性のある人に組成物を投与することによって疾患を治療および／または予防する方法における使用のためのウイルスタンパク質をコードするプラスミドを含んでいる。ここで扱う病気は、ウイルス感染症である。

本開示は、ウイルス感染症の治療および／またはワクチン接種に有用な組成物に向けられている。治療またはワクチン接種されるべき例示的なウイルス感染症は、コロナウイルスSARS-CoV-2、コロナウイルス病2019（COVID-19）を引き起こす感染症を含むが、これらに限定されないコロナウイルスを含む。したがって、本明細書では、例として、ヒトにおけるSARS-CoV-2コロナウイルス感染に対する無傷の細菌由来ミニセル-ベースの治療および/またはワクチンの開発について説明する。

さらに別の態様では、（a）SARS-CoV-2由来の少なくとも1つのウイルス抗原を含む無傷の細菌由来ミニセルと、（b）CD1d認識抗原α-GalCerを含む無傷の細菌由来ミニセルとの組み合わせを含む組成物が包含される。さらに、SARS-CoV-2由来の少なくとも1つのウイルス抗原を含む無傷の細菌由来ミニセルは、SARS-CoV-2の4つの構成タンパク質すべてを含むことができる。

現在、SARS-CoV2に対する治療/ワクチンについて検討されている主な分野は以下の通りである。(1)抗ウイルス剤（Gilead Sciences社：ヌクレオチドアナログRemdesivirなど）、(2)カクテルモノクローナル抗体（Regeneron社など）、(3)ウイルスタンパク質に対する強力な抗体反応を刺激するワクチンとしての減菌ウイルスなど。これらの戦略はそれぞれ困難な問題を抱えているが、最も重要なことは、高齢者や免疫不全の患者がウイルス感染に打ち勝つためのリンパ球減少の問題を解決することができないことである。強固な免疫システムがない場合、この患者層は依然として最も脆弱であり、病気で倒れる可能性が高い。

EnGeneICの過去の開示では、プラスミドをパッケージしたミニセルを新生物疾患の治療に使用することが実証されており、プラスミドの主な機能は、細胞増殖または薬剤耐性の原因となる癌細胞の遺伝子を沈黙させるsiRNAまたはmiRNAをコード化することであった。

本開示において、完全組成のプラスミドパッケージ化ミニセル成分（α-GCパッケージ化ミニセルなどのCD1d認識抗原を含む）の機能は、これまでに示されていない、または記載されていない新規の機能を有する。具体的には、親細菌細胞でプラスミドを用いてウイルスタンパク質をコード化し、非対称な細胞分裂時にタンパク質がミニセルに偏析するものである。これらのウイルスタンパク質は、マクロファージや樹状細胞などの抗原処理・提示細胞（APC）のライソゾームに運ばれる。抗原処理後、ウイルスタンパク質のエピトープがMHCクラスIおよびクラスII分子を介してAPC表面に表示され、ウイルスタンパク質に対する強力な抗体反応を引き起こすと予測される。また、プラスミド自体が二本鎖核酸であるため、APCの核酸感知タンパク質に認識され、I型インターフェロン（IFNα、IFNβ）の分泌の引き金となる。

このように、ウイルスタンパク質に対する抗体反応とI型インターフェロン反応というユニークな二重のトリガーによって、感染細胞から放出されるウイルス粒子を掃き出すだけでなく、免疫系の細胞がウイルス感染細胞を認識して死滅させることができる。特に、I型インターフェロンが、ウイルス感染細胞を認識し死滅させるという、これまで知られていなかったメカニズムを引き起こすということは、これまで知られていなかった。

本開示では、α-GC/CD1dのiNKT細胞受容体への提示後、IFNγのトリガーが抗ウイルス免疫の増強の鍵となることを示した。正確な作用機序は不明であるが、IFNγはウイルス感染細胞を識別し、破壊するのに重要である。

米国では、抗癌剤をそのまま搭載した細菌由来ミニセルや、マイクロRNAミミックをそのまま搭載した細菌由来ミニセルが、癌の治療法としてヒトに投与される臨床試験がいくつか実施されている。例えば、ClinicalTrials.gov Identifier Nos. NCT02766699、NCT02687386、およびNCT02369198を参照のこと。また、オーストラリアでは、末期がん患者を対象とした第IIa相臨床試験で、α-GCを搭載した細菌性ミニセルが患者に投与されている。その結果、α-GCを搭載した無傷の細菌由来ミニセルが、強力なIFN-γの刺激因子であることが明らかになった。Trial ID No.ACTRN12619000385145を参照。このように、CD1d認識抗原を搭載した無傷の細菌由来ミニセルのヒトにおけるin vivo有効性が示され、さらに、標的化合物（例えば、ウイルス抗原の代わりに抗がん化合物）を搭載した無傷の細菌由来ミニセルのヒトにおける有効性も示されている。

さらに、開示された組成物は、高齢者や免疫不全の患者がリンパ球減少症（マクロファージ、樹状細胞、NK細胞およびCD8+T細胞を含むリンパ球の急速な枯渇）から回復することができる別の重要な機能を有し、これは、SARS-CoV-2などのウイルスがこれらの患者で引き継ぎ、呼吸困難症候群で最終的に死亡する主要因である。具体的には、組成物のミニセル自体が、LPSのような病原体関連分子パターン（PAMP）を認識して、マクロファージを活性化させる。これにより、骨髄の安静な単球に活性化、成熟、増殖のシグナルを与え、活性化したマクロファージや樹状細胞を著しく増加させることができる。さらに、ミニセルが関与するPAMPはNK細胞も活性化し、NK細胞も増殖が促される。さらに、活性化したマクロファージや樹状細胞が感染部位にホームインし、アポトーシスを起こしたウイルス感染細胞を呑み込む。そして、排出リンパ節に移動して、ナイーブCD8+T細胞を活性化し、増殖する。

したがって、組成物のミニセル成分は、PAMPシグナルによって、これらの高齢で免疫不全の患者のリンパ球減少を克服することができ、これらのリンパ球の活性化は、ウイルス感染を克服して、患者が呼吸困難および死に転じるのを防ぐのに役立つ。

A.コロナウイルス感染症に関する背景
コロナウイルスは、発熱、呼吸器障害、時には胃腸症状を引き起こす数百のウイルスの仲間である。SARS-CoV-2は、ヒトに感染することが知られているこのファミリーの7つのメンバーのうちの1つであり、過去30年間に動物からヒトに感染する3番目のケースである。2019年12月に中国で出現して以来、この新型コロナウイルスは世界的に健康上の緊急事態を引き起こし、世界中で35万人以上が発病し、2020年3月22日現在、世界中で～15000人がCOVID-19に起因する死亡を記録している。今のところ、コロナウイルスは季節性インフルエンザよりも致死率が高いようである。しかし、COVID-19の死亡率にはまだ不確定要素が多くある。毎年のインフルエンザの死亡率は、通常、米国では0.1％程度であり、2019-20年のインフルエンザシーズンでは、現在までに米国での死亡率は0.05％であるとCDC（Centers for Disease Control and Prevention）は発表している。これに対し、最近のデータでは、2月18日に中国CDC週刊誌に掲載された研究によるとCOVID-19の死亡率は20倍以上の約2.3％であることが、示唆された。死亡率は、地域や年齢などの要因によって異なる。

SARS-CoVやMERS-CoVに感染した患者は、発熱、呼吸困難、咳などの軽度のインフルエンザ様症状を呈する。ほとんどの患者はこの病気から回復する。しかし、最も脆弱な集団は65歳以上の患者や、がん、HIVなどの免疫抑制をもたらす併存疾患を持つ患者で、病状が進行すると、非定型間質性肺炎とびまん性肺胞障害を特徴とするようになる。SARS-CoVとMERS-CoVはともに、肺胞の炎症、肺炎、低酸素状態の肺が呼吸不全、多臓器疾患を引き起こし、ARDS患者の50％が死亡する急性肺障害で最も重症の急性呼吸窮迫症候群（ARDS）を引き起こす可能性がある。病気の進行に伴い、一般的にリンパ球減少が観察される。CoV-2感染による死亡の多くは、免疫不全の患者が重度のリンパ球減少に陥り、病気が引き継がれARDSを発症した結果である。

コロナウイルス（SARS-CoV-2；COVID-19）は、感染者に非定型肺炎を引き起こし、発熱、乾いた咳、倦怠感などの症状が出る。ほとんどの患者では、リンパ球減少症（白血球数、特にT細胞、B細胞、NK細胞の減少）がみられる。現在のところ、この病気で最も死亡しやすいのは、免疫力の低下した患者（高齢者や癌などの免疫抑制性疾患の患者）、糖尿病や高血圧、心臓病、呼吸器疾患などの基礎疾患を持つ患者であることがわかっている。前者の患者は、リンパ球減少のため、ウイルスの増殖と両肺の感染が制御できなくなり、急性呼吸窮迫症候群（ARDS）を発症することが多いようである。

T細胞、B細胞、マクロファージ、NK細胞などの免疫系の主要な細胞が枯渇すると、ウイルスの増殖が始まる。高齢の患者では、免疫機能が若い人ほどしっかりしていない。研究の結果、多くの人は60代、あるいは70代でも免疫機能は問題ないことが分かっている。75歳、80歳を過ぎると、免疫機能はより低下していく。

COVID-19はヒトからヒトへの感染で急速に広がり、潜伏期間の中央値は3.0日（範囲、0～24.0）、症状発現から肺炎発症までの期間は4.0日（範囲、2.0～7.0）である（Guanら、2020）。COVID-19の発症時には、発熱、乾いた咳、疲労感が一般的な症状である（Huangら, 2020）。ほとんどの患者は、胸部CTスキャンでリンパ球減少と両側の地中ガラス混濁の変化を認める（Huangら、2020年、DuanとQin、2020年）。特定の抗ウイルス治療薬やワクチンはない。SARS-CoV-2ベースのワクチンの開発が緊急に必要である。

不活化ワクチンや弱毒化ウイルスワクチンなど、ウイルス粒子を用いたワクチン全体の調製は、季節性インフルエンザワクチンの予防・制御に関するこれまでの研究に基づいているため、望ましいと考えられる（Grohskopfら、2018）。最初のSARS-CoV-2（Wuhan-Hu-1）のゲノム配列が完成した（Genbank Accession no.MN908947.3; Wu ら, 2020）。SARS-CoV-2の大規模培養が行われ、紫外線、ホルムアルデヒド、β-プロピオラクトンなどの確立した物理的・化学的手法により不活化ウイルスワクチンが調製された（Jiangら、2005年）。また、野生型ウイルスと比較して、最小限の肺損傷の誘発、限定的な好中球の流入の減少、抗炎症サイトカインの発現の増加などの病原性を低減した連続増殖型SARS-CoV-2のスクリーニングにより、弱毒性ウイルスワクチンの開発が可能である（Regla-Navaら、2015年）。不活化ウイルスワクチンと弱毒化ウイルスワクチンには、それぞれ欠点や副作用がある（表1；Shangら、2020より転載）。

現在開発中の新しい治療法はすべて、(i)全身でウイルスの増殖を食い止めるための抗ウイルス剤、または(ii)ウイルスタンパク質に対する強力な抗体反応を刺激するためのワクチンとしての弱毒化ウイルスである。

これらの治療法はいずれも、現在インフルエンザウイルス感染患者に見られるような、免疫力が低下した患者が感染した場合の死亡を食い止めることはできないと思われる。毎年、インフルエンザ感染による死亡者数は、免疫力の低下した患者や高齢者が最も多くなっている。

癌などの疾患に対する効果的な免疫療法戦略は、自然免疫反応と適応免疫反応の両方の活性化に依存している。自然免疫系の細胞は、保存されたパターン認識受容体を介して病原体と相互作用する。一方、適応免疫系の細胞は、体細胞DNAの再配列によって生成された多様な抗原特異的受容体を通じて病原体を認識する。不変性ナチュラルキラーT（iNKT）細胞は、自然免疫系と適応免疫系の橋渡しをするリンパ球のサブセット（タイプI NKT）である。iNKT細胞は不変のα鎖T細胞受容体（ヒトではVα24-Jα18、マウスではVα14-Jα18）を発現し、非多型MHCクラスI様タンパク質CD1dのコンテキストで提示される特定の糖脂質により特異的に活性化される。CD1dは、スフィンゴ糖脂質のα-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）など、様々なジアルキル脂質や糖脂質に結合する。iNKT細胞TCRがCD1d-脂質複合体を認識すると、Th1サイトカインであるインターフェロンγ（IFNγ）を含む炎症性サイトカインと制御性サイトカインが放出される。サイトカインが放出されると、T細胞やB細胞などの適応細胞や、樹状細胞やNK細胞などの自然細胞が活性化される。

α-GalCer（別名KRN7000、化学式C50H99NO9）は、海綿Agelas mauritianusから分離したガラクトシルセラミドの構造活性相関研究から得られた合成糖脂質である。α-GalCerは強力な免疫賦活剤であり、多くのin vivoモデルで強力な抗腫瘍活性を示す。α-GalCerを免疫療法に用いる際の大きな課題は、末梢血中のB細胞など他のCD1d発現細胞によって提示されるため、iNKT細胞にアネルギーが誘導されることであった。また、α-GalCerのデリバリーは、肝毒性を引き起こすことが示されている。

B.コロナウイルスとSARS-CoV-2に関する背景
2003年に発生した重症急性呼吸器症候群（SARS）、最近では中東呼吸器症候群（MERS）は、CoVが種の壁を越えてヒトに感染した場合の致死性を実証している。

コロナウイルス（Coronavirus）は、ポジティブセンスの一本鎖RNAゲノムを持つエンベロープ型ウイルスである。ゲノムの長さは26～32キロベース（kb）で、RNAウイルスの中では最大のゲノムを持つ。CoVは遺伝的、抗原的な基準に基づいて、α-CoV、β-CoV、γ-CoVの3つのグループに整理されている。コロナウイルス（CoV）は、主に鳥類や哺乳類に集団感染を引き起こすが、ここ数十年でヒトにも感染することが明らかになり、風邪に似た上気道感染（URTI）から気管支炎や肺炎などの下気道感染（LRTI）、さらには重症急性呼吸器症候群（SARS）まで様々な程度の病気を引き起こすようになってきている。

CoV感染症に対する有効な治療法がないため、コロナウイルスの分子生物学をより詳細かつ包括的に理解する必要があり、特に構造タンパク質とその付属タンパク質に焦点を当てる必要がある。

コロナウイルスのゲノムには、スパイク（S）タンパク質、ヌクレオキャプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、エンベロープ（E）タンパク質という4つの主要な構造タンパク質がコードされていて、これらはすべて構造的に完全なウイルス粒子の生成に必要である。CoVの中には、完全な感染性ビリオンを形成するために、構造タンパク質の完全なアンサンブルを必要としないものがある。このことは、いくつかの構造タンパク質が不要であるか、これらのCoVが重複した代償機能を持つ追加のタンパク質をコードしている可能性を示唆している。それぞれのタンパク質は、個々には主にウイルス粒子の構造に関与しているが、複製サイクルの他の側面にも関与している。Sタンパク質は、宿主細胞表面の受容体にウイルスを付着させ、その後、ウイルスと宿主細胞膜の融合を仲介し、宿主細胞へのウイルスの侵入を容易にする。また、一部のCoVでは、細胞膜にSを発現させることで、感染細胞と隣接する非感染細胞との細胞間融合を媒介することができる。この巨大な多核細胞（シンシティア）の形成は、ウイルスを細胞間に直接拡散させ、ウイルス中和抗体を破壊する戦略として提唱されている。

SARS-CoV-2のスパイク（S）糖タンパク質は、細胞膜タンパク質であるアンジオテンシン変換酵素2（ACE2）と結合してヒトの細胞に侵入することが明らかにされている。COVID-19は、ACE2の表面にあるSタンパク質を介してACE2と結合することが示されている。感染すると、Sタンパク質はS1とS2というサブユニットに切断される。S1には、コロナウイルスがACE2のペプチダーゼドメイン（PD）に直接結合するための受容体結合ドメイン（RBD）が含まれている。そして、S2は膜融合の役割を担っていると思われる。

Nは他の主要な構造タンパク質とは異なり、ヌクレオキャプシドを構成するCoV RNAゲノムと結合することを主な機能とする唯一のタンパク質である。Nはウイルスゲノムに関わるプロセスに大きく関与しているが、CoVの複製サイクルの他の側面や、ウイルス感染に対する宿主細胞の反応にも関与している。Nを一過性に発現させると、いくつかのCoVにおいてウイルス様粒子（VLP）の産生が大幅に増加することが示され、エンベロープ形成には必要ではなく、代わりに完全なビリオン形成に必要である可能性が示唆された。

Mタンパク質は最も豊富な構造タンパク質で、ウイルスのエンベロープの形状を決定する。また、他のすべての主要なコロナウイルス構造タンパク質と相互作用し、CoVの組み立ての中心的な組織化者と見なされている。Mタンパク質のホモタイプ相互作用は、ビリオンのエンベロープ形成の主要な駆動力であるが、それだけではビリオンの形成に十分ではない。MとNの結合は、ヌクレオキャプシド（Nタンパク質-RNA複合体）およびビリオンの内部コアを安定化し、最終的にウイルスの組み立てを完了させる。MとEは共にウイルスエンベロープを構成し、これらの相互作用はVLPの生成と放出に十分である。

CoVエンベロープ（E）タンパク質は、主要な構造タンパク質の中で最も小さなタンパク質である。このタンパク質は、ウイルスのライフサイクルのいくつかの側面（集合、出芽、エンベロープ形成、病原性など）に関与している膜タンパク質である。複製サイクルの間、Eは感染細胞内で豊富に発現しているが、ごく一部がビリオンのエンベロープに取り込まれるだけである。タンパク質の大部分は細胞内輸送部位に局在し、そこでCoVの組み立てと出芽に関与している。Eを欠く組み換えCoVは、ウイルス力価が著しく低下し、ウイルス成熟が阻害され、あるいは増殖不能な子孫をもたらすことから、Eがウイルス生産と成熟に重要であることが示された。

コロナウイルスは、ゲノムが3'-UTRとポリAテールを持つ一本鎖のmRNAであるウイルスである。2019-nCoV、SARS、MERSを含むコロナウイルスのサブセットでは、3'-UTRに高度に保存された配列（それ以外のメッセージはかなり変化する）があり、s2m（stem two motif）という独特の構造に折り畳まれている。s2mは配列が極めて保存されているようで、ウイルスの生存に必要であるが、その正確な機能は不明である。2019 Wuhan Novel Coronavirus（COVID-19、旧2019-nCoV）は、SARSとほぼ同じs2m配列（したがって構造）を持っている。

SARS-CoV-2のゲノム配列が公開されており、世界中のウイルスから複数の完全塩基配列や、S遺伝子、N遺伝子、M遺伝子など特定のウイルス遺伝子の配列がhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/（2020年3月24日ダウンロード）に掲載されている。例えば、GenBank accession number MN908947.3, MN975262.1, NC_045512.2, MN997409.1, MN985325.1, MN988669.1, MN988668.1, MN994468.1, MN994467.1, MN988713.1 および MN938384.1 が挙げられる。SARS-CoV-2は、29,891ヌクレオチドからなるゲノムを持つ、包囲型の一本鎖および正鎖RNAウイルスで、ウイルス構造および非構造タンパク質の合成に関わる12の推定オープンリーディングフレームをコードしている（Wuら、2020；Chenら、2020）。成熟したSARS-CoV-2は、エンベロープ、膜、ヌクレオキャプシド、スパイクという4つの構造タンパク質を持つ（Chenら、2020）。これらのタンパク質はすべて、中和抗体を刺激し、CD4+/CD8+ T細胞応答を増加させる抗原として機能する可能性がある（Jiangら）。しかし、サブユニットワクチンが効果を発揮するためには、複数回のブースターショットと適切なアジュバントが必要で、B型肝炎表面抗原、PreS1、PreS2などの特定のサブユニットワクチンは、臨床試験で防御反応を示さない場合がある。DNAワクチンやmRNAワクチンは、設計が容易であり、臨床試験への移行が非常に早いため、依然として実験的な段階にある。また、ウイルスベクターベースのワクチンは迅速に構築でき、アジュバントなしで使用することも可能でした。しかし、このようなワクチンの開発は、中和エピトープを含む抗原が同定されるまで始まらないかもしれない。EおよびMタンパク質はコロナウイルスの集合体として重要な機能を持ち、Nタンパク質はウイルスのRNA合成に必要である。Eタンパク質を欠損させるとCoVの病原性が消失することから、Eタンパク質を変異させた組換えSARS-CoVやMERS-CoVの弱毒生ワクチンとしての可能性がいくつかの研究で検討されている。Mタンパク質は、SARS-CoVに対するNタンパク質DNAワクチンによって誘導される免疫反応を増強することができるが、CoVファミリー間で保存されたNタンパク質は、ワクチン開発の適切な候補ではないことを意味し、SARS-CoV-2のNタンパク質に対する抗体では感染に対する免疫力を得ることができない。SARS-CoV-2の重要な糖タンパク質Sは、ウイルスの結合と侵入に関与している。SARS-CoV-2のS前駆体タンパク質は、タンパク質分解によってS1（685 aa）とS2（588 aa）のサブユニットに切断される。S2タンパク質はSARS-CoV-2ウイルス間でよく保存されており、コウモリSARS-CoVのタンパク質と99％の同一性を持っている。S2タンパク質をベースにしたワクチンデザインは、幅広い抗ウイルス効果を高める可能性があり、動物モデルでテストする価値がある。インフルエンザヘマグルチニンの保存された幹領域に対する抗体は、広範な交差反応性免疫を示すが、A型インフルエンザウイルスの中和にはあまり強くないことが分かっている。一方、S1サブユニットは受容体結合ドメイン（RBD）からなり、宿主のアンジオテンシン変換酵素2（ACE2）受容体を介してウイルスの感受性細胞への侵入を媒介する。2019-nCoVのS1タンパク質は、ヒトSARS-CoVのS1タンパク質と約70％の同一性を有している。RBDの中で最も多くのアミノ酸のバリエーションがあるのは、ウイルスと宿主の受容体が直接相互作用する外部サブドメインである。

C. ウイルス感染症の治療と予防接種に対する開示された組成物がどのように機能するかの概要
本発明は、SARS-CoVやMERS-CoVなどのコロナウイルスなどのウイルスに感染する前、あるいは感染後の早い段階から介入することを目的とするものである。この組成物および方法は、（i）ウイルス感染／疾患が患者自身の免疫防御に打ち勝つのを防ぐためにリンパ球減少症を克服すること、（ii）ウイルス表面に露出したタンパク質に対する高い力価の全身性抗体を刺激して感染細胞から放出されたウイルス粒子を迅速に捕捉し、それによって他の健康な細胞への感染を制限すること、などの問題に対処するものである。このインターフェロンは、抗ウイルス免疫の特異的な刺激やウイルス感染細胞の除去など多くの効果により、さまざまな異なるウイルス感染に迅速に対処することが知られている。

これらのニーズおよび他のニーズに対処するために、本発明は、一態様に従って、（i）任意に組換えされた無傷の細菌由来ミニセルであり得るベクターであって、ウイルスタンパク質に対する抗体応答を刺激し、I型インターフェロンを刺激するように機能するウイルスタンパク質をコードするプラスミドとパッケージングされたベクターの組み合わせを含む、組成物を提供する。(ii）CD1d認識抗原をパッケージングした、任意に組換え可能な無傷の細菌由来ミニセルであり得るベクター、および（iii）少なくとも1つの薬学的に許容される担体。α-GalCerなどのCD1dが認識する抗原をパッケージしたベクターは、II型インターフェロンを刺激する機能を持つ。ミニセルベクター自体が、免疫系の細胞の活性化、成熟、増殖を促進する機能を有している。別の態様では、無傷の細菌由来のミニセルを、死滅した細菌細胞と置き換えることもできる。

したがって、本明細書に記載される、特定の実施形態において、（a）1つ以上のウイルス抗原およびプラスミドをカプセル化するベクターまたは無傷の細菌由来ミニセル若しくは死滅した細菌細胞と、（b）α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）などのCD1d-認識抗原をカプセル化するベクターまたは無傷の細菌由来ミニセル若しくは死滅した細菌細胞の組み合わせの免疫原的に有効量を含む組成物に関するものである。いくつかの実施形態では、カプセル化されたCD1d認識抗原は、樹状細胞またはマクロファージなどの食細胞によって取り込まれることが可能である。CD1dで認識された細胞抗原は、食細胞のリソゾーム内でCD1dと複合体を形成し、その後、食細胞の表面に運ばれ、CD1dと結合したCD1d認識抗原がiNKT細胞に提示され、認識されることになる。いくつかの実施形態では、CD1d認識細胞抗原は、食細胞表面のCD1dに結合したCD1d認識細胞抗原を認識するiNKT細胞によって、Th1サイトカイン応答特にIFNγを誘導する。また、IFNγは強力な抗ウイルス免疫反応を引き起こすことが知られている。CD1d拘束性NKT細胞は自然免疫および適応免疫応答を活性化することから、この細胞が感染症に対する免疫を調節することができると考えられている。さらに、CD1dに制限されたiNKT細胞は、抗菌効果を発揮しうる様々なエフェクター分子を発現していることから、宿主抵抗性に直接的に寄与している可能性がある。CD1タンパク質は、脂質抗原をT細胞に提示する抗原提示分子である。

一態様において、本明細書に記載の組成物を必要としている対象に投与する意図は、対象をリンパ球減少症から迅速に解除し、同時に、特に高齢者および免疫低下患者において、ウイルス感染と戦うために免疫系の主要細胞を活性化することである。これにより、ウイルス感染症の悪化や、その結果引き起こされる患者の死亡を防ぐことができるのである。その結果、感染者はインフルエンザのような症状が軽くなり、体内の免疫システムが回復に向かうため、より早く回復することができる。

本開示の1つの態様において、4つのSARS-CoV-2構造タンパク質（エンベロープ、メンブレン、ヌクレオカプシド、スパイク）をコードするすべての遺伝子を、細菌複製起点を有するプラスミドにクローニングし、タンパク質がEDV^TM生産細菌細胞にのみ発現してEDV^TM細胞質へ偏位するように、細菌遺伝子発現プロモーターを用いて遺伝子が転写される。このように、SARS-CoV-2タンパク質の4種類すべてを、1つの細菌発現プロモーターから発現させることが可能である。あるいは、哺乳類の遺伝子発現プロモーターの下で遺伝子を転写し、タンパク質が哺乳類の細胞によってのみ発現されるようにすることも可能である。組換えプラスミドは、Salmonella typhimuriumのミニセル生産菌株に形質転換することができる。このようなリコンビナント・インタクトの細菌由来ミニセル治療薬は、4つのCoV-2タンパク質すべてに対して強力な抗体反応を引き起こすことが期待される。

さらに、組換え無傷型細菌由来ミニセルをCoV-2ウイルス感染患者に全身投与すると、マクロファージや樹状細胞などの貪食専門細胞によって速やかに取り込まれ、ライソゾームで分解されてプラスミドDNAが遊離される。このDNAは、cGAS、AIM2、IFI16などの細胞内DNAセンサーに認識され、これがI型インターフェロン（IFNα、IFNβ）反応の引き金となるのである。これらのインターフェロンは、抗ウイルス防御の強力な誘導因子であることが知られている。

感染初期には、IFN刺激によって細胞の転写プログラムが変化し、部分的に定義された抗ウイルス機能を持つ多数の宿主遺伝子の活性化によって特徴づけられる抗ウイルス状態になることがよく認識されている［Schogginsら、2011］。

いくつかの実施形態では、CD1d認識抗原が、α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）、α-ガラクトシルセラミドのC-グリコシド体（α-C-GalCer）、ガラクトシルセラミドの12炭素アシル体（β-GalCer）、β-D-グルコピラノシルセラミド（β-GlcCer）、l，2-ジアシル-3-O-ガラクトシル-sn-グリセロール（BbGL-II）、ジアシルグリセロール含有糖脂質（Glc-DAG-s2）、ガングリオシド（GD3）、ガングリオトリオシルセラミド（Gg3Cer）、グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）、α-グルクロン酸セラミド（GSL-1またはGSL-4）、イソグロボトリヘキソシルセラミド（iGb3）、リポホスホグリカン（LPG）、リゾホスファチジルコリン（LPC）、α-ガラクトシルセラミドアナログ（OCH）、スレイトルセラミドおよびこれらのいずれかの誘導体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、スフィンゴ糖脂質は、α-GalCerである。いくつかの実施形態では、スフィンゴ糖脂質は、合成α-GalCerアナログである。いくつかの実施形態において、合成α-GalCerアナログは、6′-デオキシ-6′-アセトアミドα-GalCer（PBS57）、ナプチル尿素α-GalCer（NU-α-GC）、NC-α-GalCer、4ClPhC-α-GalCer、PyrC-α-GalCer、α-carba-GalCer、carba-α-D-ガラクトース α-GalCerアナログ（RCAI-56）、1-デオキシ-neo-イノシトール α-GalCerアナログ（RCAI-59）、1-O-メチル化α-GalCerアナログ（RCAI-92）およびHS44アミノシクリトールセラミドから選ばれる。いくつかの実施形態では、CD1d認識抗原は、細菌抗原、真菌抗原、または原生動物抗原に由来するものである。

いくつかの実施形態において、標的細胞において産生される免疫応答は、インターフェロン-αおよび／またはインターフェロン-βを含むタイプIインターフェロンの産生を含んでいる。

この細菌性ミニセルを使った治療では、ほぼすべての患者で重症度が下がり、病気の期間も短縮され、ただの風邪のような状態になるはずである。

あるいは、ミニセルに搭載された組換えプラスミドによってコードされたタンパク質をウイルスが保有するウイルス感染から保護するためのワクチンとして、健常者に投与することも可能である。

一実施形態では、アジュバント組成物は、（a）免疫原的に有効な量のカプセル化CD1d認識抗原と、（b）1つ以上のウイルス抗原をコードする組換えプラスミドを有するミニセルとを含んでいる。

一実施形態では、CD1d認識抗原および組換えプラスミドは、2つの無傷の細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞内にパッケージされている。

CD1d認識抗原は、第1の無傷の細菌由来ミニセルまたは死菌細胞内に存在し、ウイルス抗原をコードする組換えプラスミドは、第2の無傷の細菌由来ミニセルまたは死菌細胞内に存在するものである。

いくつかの実施形態では、カプセル化されたCD1d認識抗原（例えば、α-GalCer）および少なくとも1つのウイルス抗原をコードする組換えプラスミドを有するミニセルは、同時に投与される。いくつかの実施形態では、カプセル化されたCD1d認識抗原（例えば、α-GalCer）およびウイルス抗原をコードする組換えプラスミドを有するミニセルは、順次投与される。いくつかの実施形態では、カプセル化されたCD1d認識抗原（例えば、α-GalCer）およびウイルス抗原をコードする組換えプラスミドを有するミニセルは、複数回投与される。いくつかの実施形態では、カプセル化されたCD1d認識抗原（例えば、α-GalCer）およびウイルス抗原をコードする組換えプラスミドを有するミニセルは、疾患が解決するまで少なくとも週に1回または週に2回または週に3回または週に4回投与される。

SARS-CoV-2の感染後、この治療法の目的は以下の通りである。(1)骨髄から新鮮な単球や樹状細胞を動員し、NK細胞を活性化することにより自然免疫と適応免疫の活性化を図る。そうすれば、病気が進行しても患者の免疫状態は高く保たれ、リンパ球減少症の発症を防ぐことができる。(2)I型（IFNα、IFNβ）およびII型（IFNγ）インターフェロンの生理的な耐性を有する分泌。ウイルス感染の初期には、IFN刺激によって細胞の転写プログラムが変化し、部分的に定義された抗ウイルス機能を持つ多数の宿主遺伝子の活性化によって特徴づけられる抗ウイルス状態になることがよく知られている。この活性化により、ウイルス感染細胞を速やかに排除し、ウイルスの複製を抑制することができる。(3）ウイルスの4つの構造タンパク質（エンベロープ、メンブレン、スパイク、ヌクレオキャプシド）に対する抗体を分泌し、感染細胞から放出される多くのウイルス粒子を掃き寄せることを目指す。以上のことから、毒性はほとんどないものと思われる。

II. 無傷の細菌由来ミニセル
「ミニセル」とは、染色体を持たない（「染色体フリー」）細菌細胞の誘導体で、二元分裂の際に細胞分裂とDNA分離の協調が乱れることによって生じるものを指す言葉である。ミニセルは、特定の状況下で自発的に生成・放出されるが、特定の遺伝子再配列やエピソーム遺伝子発現に起因しない、いわゆる「膜ブリープ」（サイズ約0.2μm以下）などの他の小胞とは区別される。本開示で採用する細菌由来のミニセルは完全に無傷であり、外膜または定義膜が破壊または分解され、除去さえされていることを特徴とする他の染色体を有しない形態の細菌細胞誘導体とは区別される。本開示のミニセルを特徴づける無傷の膜は、ペイロードが放出されるまで、ミニセル内に治療用ペイロードを保持することを可能にする。

EDVs^TMは、細菌の細胞分裂を制御する遺伝子を不活性化し、細胞の極性を抑制することで生成される無核の無生物ナノ粒子である。さらに、例えばDOXIL（リポソームドキソルビシン）のような現在のステルスリポソーム薬物キャリアは、粒子あたり14,000分子までしか包装できず、また「武装抗体」は5分子以下しか運ぶことができないが、細菌ミニセルは最大で100万の薬物分子を容易に積載することが可能である。

本開示で採用されるミニセルは、細菌細胞、例えば、E．coliとS.typhymuriumなどから調製することができる。原核生物の染色体複製は、細胞中隔の形成を伴う正常な二回分裂に関連している。大腸菌などでは、minCDなどのmin遺伝子を変異させることで、細胞分裂時に細胞極での隔壁形成の阻害を取り除き、正常な娘細胞と染色体のないミニセルが生成されることがある。

minオペロンの変異に加えて、染色体無しのミニセルは、隔壁形成に影響を与える他の様々な遺伝子再配列や変異、例えば、B. subtilisのdivIVB1に続いて発生する。また、細胞分裂や染色体分離に関わるタンパク質の遺伝子発現量を変化させると、ミニセルが形成されることがある。例えば、minEを過剰発現させると、極性分裂が起こり、ミニセルが生成される。同様に、染色体のないミニセルは、染色体分離の欠陥に起因することがある。例えば、Bacillus subtilisのsmc変異、B. subtilisのspoOJ欠失が挙げられる。E. coliのmukB変異、E. coliのparC変異などである。さらに、CafAは細胞分裂の速度を高め、および／または複製後の染色体分配を阻害し、鎖状細胞や染色体無しのミニセルを形成することがある。

したがって、ミニセルは、これらの細菌における細菌細胞分裂の保存的性質により、グラム陽性またはグラム陰性由来のものである、任意の細菌細胞から本開示のために調製することができる。さらに、本開示で用いられるミニセルは、上述のように無傷の細胞壁を有するべきであり（すなわち、「無傷のミニセル」である）、特定の遺伝子再配列またはエピソーム遺伝子発現に起因しない膜ブリーブのような他の小胞と区別して分離されるべきものである。

所定の実施形態において、ミニセルの親（ソース）細菌は、グラム陽性であってもよいし、グラム陰性であってもよい。一態様において、親菌は、Terra-/Glidobacteria（BV1）、Proteobacteria（BV2）、Spirochaetes、Sphingobacteria、およびPlanctobacteriaを含むBV4から選択される1つ以上である。別の態様によれば、細菌は、Bacilli、ClostridiaまたはTenericutes／MollicutesなどのFirmicutes（BV3）、またはActinomycetalesまたはBifidobacterialesなどのActinobacteria（BV5）から選ばれる1または2以上のものである。

本開示に従って、死滅した細菌細胞は、Bergey's Manual Of Systematic Biologyの第2版に定義されているように、細菌、シアノバテリア、真正細菌およびアーキ細菌の非生物原核性細胞である。このような細胞は、無傷の細胞壁および/または細胞膜を有し、細菌種に内在する遺伝物質（核酸）を含んでいれば、「無傷」とみなされる。死菌体の調製方法は、例えば、米国2008/0038296に記載されている。

さらに別の態様では、細菌は、Eubacteria（Chloroflexi, Deinococcus-Thermus）, Cyanobacteria, Thermodesulfobacteria, thermophiles (Aquificae, Thermotogae), Alpha, Beta, Gamma (Enterobacteriaceae), Delta または Epsilon Proteobacteria, Spirochaetes, Fibrobacteres, Chlorobi/Bacteroidetes, Chlamydiae/Verrucomicrobia, Planctomycetes, Acidobacteria, Chrysiogenetes, Deferribacteres, Fusobacteria, Gemmatimonadetees, Nitrospirae, Synergistetes, Dictyoglomi,Lentisphaerae Bacillales, Bacillaceae, Listeriaceae, Staphylococcaceae, Lactobacillales, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Leuconostocaceae, Streptococcaceae, Clostridiales, Halanaerobiales, Thermoanaerobacterales, Mycoplasmatales,Entomoplasmatales, Anaeroplasmatales, Acholeplasmatales, Haloplasmatales, Actinomycineae, Actinomycetaceae, Corynebacterineae, Nocardiaceae, Corynebacteriaceae, Frankineae, Frankiaceae, Micrococcineae, Brevibacteriaceae, および Bifidobacteriaceaeから選ばれた1つ以上である。

医薬用途の場合、本開示の組成物は、免疫原性成分および他の有害な汚染物質からできるだけ徹底的に分離されたミニセルまたは死滅した細菌細胞を含むことが好ましい。遊離エンドトキシンおよび親菌細胞を除去するための細菌由来ミニセルの精製方法は、例えば、WO 2004/113507に記載されている。精製工程では、(a)一般に0.2μmより小さい膜ブリーブのような小胞、(b)細胞膜から遊離したエンドトキシン、(c)生死にかかわらず親菌とその残骸、これらは遊離エンドトキシンの発生源にもなっている、を除去できる。このような除去は、特に、より小さなベシクルや細胞破片を除去するための0.2μmフィルター、親細胞がフィラメントを形成するように誘導した後に親細胞を除去するための0.45μmフィルター、生きた細菌細胞を殺すための抗生物質、遊離エンドトキシンに対する抗体などで実施することが可能である。

この精製方法の根底にあるのは、本発明者らによる発見である。細菌の供給源の違いにもかかわらず、すべての無傷のミニセルのサイズは約400nmであり、すなわち膜ブレットや他の小さな小胞よりも大きく、親菌よりも小さい。ミニセルのサイズ決定は、電子顕微鏡のような固体、または動的光散乱のような液体ベースの技術によって達成することができる。このような技術によって得られるサイズ値には誤差があり、技術によって値が多少異なることがある。このように、乾燥状態のミニセルの大きさは、電子顕微鏡で測定すると約400nm±50nmとなる。動的光散乱法では、同じミニセルの大きさを約500 nm ± 50 nmと測定することができる。また、薬物を内包したリガンドターゲットのミニセルは、やはり動的光散乱法を用いて、約400nm～600nm±50nmと測定することができる。

また、グラム陰性菌由来の死菌細胞やミニセルの構造要素として、リポポリサッカライド（LPS）のO-多糖成分が脂質Aアンカーを介して外膜に埋め込まれていることが挙げられる。成分は糖残基の繰り返し単位からなる鎖であり、鎖の繰り返し単位あたり4～5糖の繰り返し単位が70～100個もある。この鎖は剛体ではないため、生体内のような液体環境では、サンゴ礁の海における海藻のような波打つ柔軟な構造、すなわち、鎖はミニセル膜に固定されたまま液体とともに移動する構造をとることができるのである。

O-ポリサッカライド成分に影響され、動的光散乱は、上述のように約500nmから約600nmのミニセルサイズの値を提供することができる。しかし、グラム陰性菌とグラム陽性菌のミニセルは0.45μmのフィルターを容易に通過し、有効なミニセルサイズは400nm±50nmであることが実証された。上記のようなサイズのばらつきは本発明に包含され、特に、「約400nmのサイズ」などの表現では「約」という修飾語によって示される。

有害な汚染物質に関連して、本開示の組成物は、好ましくは約350EU未満の遊離エンドトキシンを含む。この点で例示的なのは、遊離エンドトキシンのレベルが、約250EU以下、約200EU以下、約150EU以下、約100EU以下、約90EU以下、約80EU以下、約70EU以下、約60EU以下、約50EU以下、約40EU以下、約30EU以下、約20EU以下、約15EU以下、約10EU以下、約9EU以下、約8EU以下、約7EU以下、約6EU以下、約5EU以下、約4EU以下、約3EU以下、約2EU以下、約1EU以下、約0.9EU以下、約0.8EU以下、約0.7EU以下、約0.6EU 以下、約0.5EU以下、約0.4EU以下、約0.3EU以下、約0.2EU以下、約0.1EU以下、約0.05EU以下、約0.01EU以下である。

本開示の組成物はまた、少なくとも約10⁹個のミニセルまたは死滅した細菌細胞、例えば、少なくとも約1×10⁹、少なくとも約2×10⁹、少なくとも約5×10⁹、または少なくとも8×10⁹を含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、約10¹¹個以下のミニセルまたは死滅した細菌細胞、例えば、約1×10¹¹個以下、または約9×10¹⁰個以下、または約8×10¹⁰個以下からなる。

III. CD1d認識抗原
本発明の組成物および方法は、CD1d認識抗原を含む、無傷の細菌由来のミニセルであり得るベクターを含んでいる。このような抗原は、II型インターフェロン、例えば、IFN-γ（γ）のレベル（例えば、活性または発現レベル）を増加させることになる。IFN-γは、免疫および炎症反応の制御に関与している。ヒトでは、インターフェロン-γは1種類しか存在しない。活性化T細胞やナチュラルキラー細胞で産生される。IFN-γは、I型IFNの効果を増強する。Th1細胞から放出されたIFN-γは、白血球を感染部位に呼び寄せ、その結果、炎症が増加する。また、マクロファージを刺激して、飲み込んだ細菌を死滅させる。Th1細胞から放出されるIFN-γもまた、Th2反応を制御するのに重要である。

IFNγサイトカインは、自然免疫系であるナチュラルキラー（NK）細胞が抗原との結合により放出するものであるが、スフィンゴ糖脂質化合物は、自然免疫系と獲得免疫系の両方の強力な活性化因子として機能することが知られている。スフィンゴ糖脂質は、自然免疫系のナチュラルキラーT細胞（iNKT）により、II型インターフェロン、IFN-γ、多くのインターロイキン（Th1-、Th2-、Th17-）を含む強力なサイトカイン応答が誘導される。iNKT細胞は、DCの成熟を誘導し、T細胞ヘルパー様機能を発揮して、細胞傷害性T細胞応答の発達をもたらす。

IFNタイプII応答を誘導するのに有用なグリコスフィンゴリップの例は、本明細書に記載されており、α-ガラクトシルセラミドのC-グリコシド体（α-C-GalCer）、α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）、ガラクトシルセラミドの12炭素アシル形態（β-GalCer）、β-D-グルコピラノシルセラミド（β-GlcCer）、l，2-ジアシル-3-0ガラクトシル-SN-グリセロール（BbGL-II）、ジアシルグリセロール含有糖脂質（Glc-DAG-s2）、ガングリオシド（GD3）、ガングリオトリオシルセラミド（Gg3Cer）、グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）、α-グルクロン酸セラミド（GSL-1 or GSL-4）など。イソグロボトリヘキソシルセラミド（iGb3）、リポホスホグリカン（LPG）、リゾホスファチジルコリン（LPC）、α-ガラクトシルセラミドアナログ（OCH）、スレイトセラミドなどを含む。特定の実施形態において、本明細書に開示されるミニセルは、II型IFNアゴニストとしてα-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）を含んでなる。

α-GCはINFのII型アゴニストであり、ナチュラルキラーT細胞（NKT細胞）と呼ばれる白血球の一種を活性化することで免疫システムを刺激することが知られている。

このミニセルは、生体内でiNKT細胞の活性化とII型インターフェロンIFN-γの産生を高めることを目的として、II型IFNアゴニストを免疫系の細胞に直接送り込むことができる。ノンターゲットの無傷の細菌由来ミニセルは、免疫系の食細胞に取り込まれ、エンドソームで分解され、αGCがiNKT細胞に提示されて免疫賦活化される。したがって、いくつかの実施形態において、ミニセルは、II型インターフェロンアゴニストの標的送達を提供する。他の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、II型インターフェロンアゴニストを含む非標的化ミニセルを含む。

IFN-γの産生は、抗原提示細胞（APC）から分泌されるサイトカイン、特にインターロイキン（IL）-12とIL-18によって制御されている。これらのサイトカインは、自然免疫反応において、感染とIFN-γ産生を結びつける橋渡しの役割を担っている。マクロファージが多くの病原体を認識すると、IL-12やケモカインの分泌が誘導される。これらのケモカインはNK細胞を炎症部位に引き寄せ、IL-12はこれらの細胞でのIFN-γの合成を促進する。マクロファージ、ナチュラルキラー細胞、T細胞では、IL-12とIL-18刺激の組み合わせで、IFN-γ産生がさらに増加する。したがって、これらのタンパク質のいずれか、またはそれらの組み合わせが、本開示の目的に適した薬剤となる。

IFN-γ産生の負の調節因子には、IL-4、IL-10、トランスフォーミング増殖因子β、グルココルチコイドが含まれる。これらの因子を阻害するタンパク質や核酸は、IFN-γの産生を促進することができるようになる。

また、この文脈での使用に適しているのは、IFN-γをコードするポリヌクレオチド、またはIFN-γの産生および／もしくは分泌を活性化する遺伝子である。

IFN-γを増加させる薬剤は、ウイルスワクチンである可能性もある。感染症などの副作用を起こすことなくIFN-γ産生を誘導できるウイルスワクチンは数多く存在する。この種のウイルスワクチンとして、インフルエンザワクチンがある。

宿主の免疫反応を効果的に活性化するために必要なIFN-γの血清濃度は、薬剤を結合させた二重特異性抗体標的ミニセルや死菌体を投与した場合には低くなる。したがって、1つの態様において、本発明の方法論は、約30,000pg/mLより高くない血清IFN-γ濃度の増加をもたらす。別の態様では、血清IFN-γ濃度は、約5000pg／mL、1000pg／mL、900pg／mL、800pg／mL、700pg／mL、600pg／mL、500pg／mL、400pg／mL、300pg／mL、200pg／mL、または100pg／mLより高くならないように増加させる。さらなる態様において、得られる血清IFN-γ濃度は、少なくとも約10pg／mL、または少なくとも約20pg／mL、30pg／mL、40pg／mL、50pg／mL、60pg／mL、70pg／mL、80pg／mL、90pg／mL、100pg／mL、150pg／mL、200pg／mL、300pg／mL、400pg／mL、または500pg／mLである。

いくつかの態様に従い、薬剤は、IFN-γタンパク質、または人工タンパク質もしくはアナログである。いくつかの態様において、投与は、宿主の血液1mlあたり約0.02ngから1マイクログラムのIFN-γを達成する。一態様において、宿主血液中の達成されたIFN-γ濃度は、約0.1ng～約500ng/ml、約0.2ng～約200ng/ml、約0.5ng～約100ng/ml、約1ng～約50ng/ml、または約2ng～約20ng/mlとする。

IV. ミニセルまたは死滅細菌細胞へのウイルス抗原およびCD1d認識抗原のロード
CD1d認識抗原と同様にウイルス抗原も、複数の無傷のミニセルまたは死滅した細菌細胞をバッファー中で抗原と共インキュベートすることにより、直接ミニセルまたは死滅した細菌細胞にパッケージングすることができる。バッファーの組成は、この分野でよく知られている条件の関数として、無傷のミニセルにおける抗原のローディングを最適化するために変えることができる。バッファーはまた、抗原に依存して（例えば、核酸ペイロードの場合、ミニセルにロードされる核酸のヌクレオチド配列または長さに依存して）変化させることも可能である。ローディングに適した例示的なバッファーは、リン酸緩衝生理食塩水（PBS）を含むが、これらに限定されない。一度パッケージングされた抗原は、ミニセル内に留まり、分解から保護される。滅菌生理食塩水でインキュベートしたsiRNAパッケージのミニセルを用いた長時間のインキュベーション研究では、例えば、siRNAの漏出はないことが示されている。

核酸によってコードされ得るタンパク質などの抗原は、抗原をコードするプラスミドなどのベクターを親細菌細胞に形質転換することによって、ミニセルに導入することができる。親細胞からミニセルが形成される場合、ミニセルはプラスミドおよび/または発現産物、例えば抗原の特定のコピーを保持する。ミニセルへのパッケージングと発現産物の詳細はWO 03/033519に記載されている。

WO 03/033519に示されたデータは、例えば、哺乳類遺伝子発現プラスミドを有する組換えミニセルが食細胞にも非食細胞にも送達できることを実証している。WO 03/033519には、エピソーム的に複製されるプラスミドDNA上に担持された異種核酸によるミニセル産生親細菌株の遺伝子形質転換も記載されている。親菌とミニセルを分離すると、エピソームDNAの一部がミニセルに隔離された。得られたリコンビナントミニセルは、哺乳類の食細胞に容易に取り込まれ、細胞内のファゴリソーム内で分解されるようになった。さらに、組換えDNAの一部はファゴリソソーム膜を脱出して哺乳類細胞核に輸送され、組換え遺伝子が発現した。他の実施形態では、複数の抗原が同じミニセルにパッケージされることができる。

ミニセルからなる細胞外培地とミニセルの細胞質との間に抗原の濃度勾配を作ることにより、抗原をミニセル内にパッケージすることができる。細胞外培地がミニセル細胞質よりも高い抗原濃度を持つ場合、抗原はこの濃度勾配を下って自然にミニセル細胞質へ移動する。しかし、濃度勾配を逆転させると、抗原はミニセルから移動しない。活性剤担持プロセスの詳細とその驚くべき性質は、例えば米国特許出願公開第2008/0051469号に記載されている。

V. 製剤
本開示は、（a）少なくとも1つのウイルス抗原をペイロードとして含むベクター、無傷の細菌ミニセル、または死滅した細菌細胞；および（b）少なくとも1つのCD1d認識抗原をペイロードとして含むベクター、無傷の細菌ミニセル、または死滅した細菌細胞の組み合わせを含む組成物をその範囲に含み、これらの両方は少なくとも1つの医薬的に許容される担体に存在する。少なくとも1つのウイルス抗原と少なくとも1つのCD1d認識抗原は、同一または異なるベクター、無傷の細菌ミニセル、または死滅した細菌細胞内にあることができる。ウイルス抗原とCD1d認識抗原の少なくとも一方は、無傷の細菌ミニセル内に存在する。

別の態様では、ウイルス抗原および少なくとも1つのCD1d認識抗原のうちの1つは、リポソーム担体のような非細菌細胞担体中に存在する。

いくつかの態様において、CD1d-認識される抗原は、インターフェロンII型アゴニストであるα-ガラクトシルセラミドである。

本開示の組成物は、単位投与形態、例えば、アンプルまたはバイアルで、またはマルチ用量容器で、保存剤を添加したまたは添加しない状態で提示することができる。組成物は、油性または水性ビヒクル中の溶液、懸濁液、または乳濁液とすることができ、懸濁剤、安定化剤および／または分散剤などの製剤を含むことができる。適切な溶液はレシピエントの血液と等張であり、生理食塩水、リンゲル液、ブドウ糖液が例示される。あるいは、製剤は凍結乾燥粉末の形態で、適切なビヒクル、例えば、滅菌されたパイロジェンフリーの水または生理食塩水で再構成することができる。また、製剤はデポ製剤の形態とすることも可能である。このような長時間作用型製剤は、移植（例えば、皮下または筋肉内）または筋肉内注射により投与することができる。いくつかの実施形態では、投与は、経腸投与または非経口投与を含む。いくつかの実施形態では、投与は、経口、頬、舌下、鼻内、直腸、膣、静脈内、筋肉内、および皮下注射から選択される投与を含んでなる。

いくつかの態様において、治療上有効な量のウイルス抗原、ならびに治療上有効な量のCD1d認識抗原を含む、ミニセル含有組成物が提供される。「治療上有効な」量の抗原は、本開示に従って、対象に投与されたときに薬理学的応答を引き起こす量である。

したがって、本開示の文脈において、治療上有効な量は、以下にさらに記載するように、治療ペイロードを有するミニセルが投与された場合、動物モデルまたはヒト対象のいずれかにおいて、ウイルス感染の予防または改善を参照することによって測定され得る。特定の例において、特定の対象に「治療上有効な量」を証明する量は、そのような投与量が当業者によって「治療上有効な量」とみなされたとしても、ウイルス感染に対して同様に処置された対象の100％に対して有効でない場合がある。この点でも、適切な投与量は、例えば、ウイルス感染の段階や重症度、対象が基礎疾患を持っているか、60歳以上であるか、免疫強化されているかなどの関数として変化する。

ａ．投与ルート
本発明の製剤は、哺乳類の体内の様々な部位に様々な経路で投与することにより、局所的または全身的に所望の治療効果を得ることができる。送達は、任意の薬学的に許容される経路、例えば、経口投与、体腔への製剤の適用、吸入、鼻腔投与、肺投与、気腹、または注射（例えば、非経口、筋肉内、静脈内、肝内、腹膜、皮下、腫瘍内または皮内投与）により達成することができる。また、複数のルートを組み合わせて使用することも可能である。

ｂ．純度
細菌のミニセルは、親となる細菌に汚染されることが実質的にない。したがって、ミニセル含有製剤は、好ましくは、10⁷ミニセル当たり約1未満の汚染親細菌細胞、10⁸ミニセル当たり約1未満の汚染親細菌細胞、10⁹ミニセル当たり約1未満の汚染親細菌細胞、10¹⁰ミニセル当たり約1未満の汚染親細菌細胞、または10¹¹ミニセル当たり約1未満の汚染親細菌細胞からなる。

ミニセルの精製方法は、当技術分野で知られており、PCT/IB02/04632に記載されている。このような方法の1つは、クロスフローろ過（供給流が膜表面に平行；Forbes, 1987）とデッドエンドろ過（供給流が膜表面に垂直）の組み合わせである。オプションとして、ろ過の組み合わせの前に、低遠心力で差動遠心分離を行い、細菌細胞の一部を除去し、それによって上清をミニセル用に濃縮することができる。

特に、細菌の糸状化を利用した精製方法は、ミニセルの純度を高めるために有効である。したがって、ミニセルの精製方法は、（a）ミニセルを含む試料を、親細菌細胞が糸状形態をとるように誘導する条件に付すステップ、次いで（b）試料を濾過して精製ミニセル調製物を得るステップを含むことができる。

また、公知のミニセルの精製方法を組み合わせることも可能である。効果の高い組み合わせとして、次のような方法がある。
ステップA：ミニセル生産菌培養物の差動遠心分離。このステップでは、2,000 gで約20分間行うことができ、ほとんどの親菌を除去し、上清にミニセルを残すことができる。
ステップB：等張かつ無毒な密度勾配培地を用いた密度勾配遠心分離。このステップでは、ミニセルを親細菌を含む多くのコンタミから分離し、ミニセルの損失を最小限に抑えることができる。好ましくは、このステップを精製方法内で繰り返す。
ステップC．0.45 μmのフィルターでクロスフローろ過を行い、親菌のコンタミネーションをさらに低減。
ステップD．ストレスによる残留親菌の糸状化。これは、ミニセル懸濁液を、いくつかのストレス誘発環境条件のいずれかにさらすことで達成できる。
ステップE：親菌の細胞を死滅させる抗生物質処理。
ステップF：クロスフローろ過により、膜ブリープ、膜フラグメント、細菌破片、核酸、培地成分などの小さなコンタミを除去し、ミニセルを濃縮する。0.2μmのフィルターでミニセルと小さなコンタミを分離し、0.1μmのフィルターでミニセルを濃縮することができる。
ステップG：デッドエンドろ過により、糸状菌の死骸を除去する。このステップでは、0.45 umのフィルターを採用することができる；および
ステップH：ミニセル調製液からエンドトキシンを除去する。このステップでは、抗リピッドAをコーティングした磁気ビーズを使用することができる。

ｃ．運営スケジュール
一般に、本明細書に開示された製剤は、潜在的な毒性を最小限に抑えつつ、最適な生理学的効果を得るために、日常的な試験で定義された適切な用量で使用することができる。投与量は、患者の年齢、体重、性別、病状、治療すべき症状の重さ、投与経路、患者の腎機能および肝機能などの様々な要因に応じて選択することができる。

ミニセルと薬剤の濃度を、副作用を最小限に抑えながら最大の効果が得られる範囲に収めるには、ミニセルと抗原の標的部位および標的細胞への到達速度に基づいたレジメンが最適である可能性がある。治療レジメンの最適濃度を決定する際には、ミニセルや抗原の分布、平衡、排泄が考慮されることがある。ミニセルと抗原を組み合わせて使用する場合、所望の効果を得るためにその投与量を調整することができる。

さらに、薬物動態/薬力学モデリングシステムを用いて、製剤の投与量を最適化することもできる。例えば、1つ以上の投与レジメンが選択され、薬物動態／薬力学モデルを用いて1つ以上の投与レジメンの薬物動態／薬力学プロファイルが決定されてもよい。次に、特定の薬物動態学的／薬力学的プロファイルに基づいて所望の薬物動態学的／薬力学的応答を達成する投与のための投与レジメンの1つを選択することができる。例えば、WO 00/67776を参照。

具体的には、少なくとも1日1回、数日間（3～4日間）、あるいはウイルス感染症の症状が治まるまで、製剤を投与することができる。一実施形態では、製剤は、ウイルス性疾患が沈静化するまで少なくとも1日1回投与される。

より具体的には、製剤は約2、約3、約4、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30または約31日間、1日に少なくとも1回投与され得る。あるいは、製剤は、毎日約1回、約2、約3、約4、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30または約31日またはそれ以上に1回投与され得る。

組成物は、1日1回投与してもよいし、1日の総投与量を1日2回、3回または4回に分割して投与してもよい。

VI. 定義
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、関連する技術分野の当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。

便宜上、本明細書、実施例および添付の特許請求の範囲に採用されている特定の用語および語句の意味を以下に示す。その他の用語は、本明細書中で定義されている。

単数形の「a」、「an」、「the」は、文脈上明らかにそうでない場合を除き、複数形の参照を含んでいる。

本明細書で使用する場合、用語「約」は当業者に理解され、それが使用される文脈に応じてある程度変化するものと思われる。もし、その用語が使用されている文脈から当業者にとって明確でない用法がある場合には、「約」は特定の用語のプラスマイナス10%までを意味することになる。

本明細書で使用される場合、文脈上他に必要とされる場合を除き、用語「comprise」および「comprises」、「comprised」などの用語の変形は、他の添加物、成分、整数またはステップを除外することを意図していない。

「生物学的に活性」および「生物学的活性」という語句は、場合により、化合物または組成物の生物に対する効果を修飾するため、または示すために使用される。このように、細胞内のタンパク質、核酸、その他の分子と反応することにより、ヒトや動物の体内の任意の細胞組織と相互作用する、あるいは影響を与えるような物質が生物学的活性を有する、あるいは生物学的活性を有するとされる。

本明細書で互換的に使用される「個体」、「対象」、「宿主」、「患者」という用語は、診断、治療、または療法が望まれる任意の哺乳類対象を指す。個体、対象、宿主、または患者は、ヒトであってもヒト以外の動物であってもよい。したがって、好適な対象としては、非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、およびマウスを挙げることができるが、これらに限定されるものではない。

「治療」、「処置」、「治療」などの用語は、患者において所望の薬理学的および／または生理学的効果を得ることを意味する。その効果は、ウイルス感染またはその症状を完全にまたは部分的に防ぐという予防的効果、および／またはウイルス感染に対する治療的効果のいずれでもあり得る。代替的または追加的に、所望の治療効果は、患者の全生存期間、無増悪生存期間、または副作用の軽減の増加であり得る。

「医薬品グレード」という表現は、親細胞汚染、細胞破片、遊離エンドトキシン、その他の発熱物質がなく、ヒトへの静脈内投与に対する規制要件を十分に満たしていることを意味する。例えば、"Guidance for Industry - Pyrogen and Endotoxins Testing," U.S. Food and Drug Administration (June 2012) を参照のこと。

本明細書における「ペイロード」は、標的宿主細胞に送達するためにミニセルに装填される予定の、または装填された生物学的活性物質を特定または修飾するものである。

「実質的に」とは、一般に90％以上の類似性を意味する。いくつかの実施形態では、第1の粉末X線回折パターンが第2の粉末X線回折パターンに示されるように実質的に存在するという文脈において、「実質的に」は、±0.2°を指す。いくつかの実施形態では、第1の示差走査熱量測定サーモグラムが実質的に第2の示差走査熱量測定サーモグラムに示されるとおりであるという文脈において、「実質的に」は、±0.4℃を指す。いくつかの実施形態では、第1の熱重量分析が第2の熱重量分析で示されるように実質的にであるという文脈において、「実質的に」は±0.4％の重量を指す。いくつかの実施形態では、「実質的に精製された」とは、少なくとも95％の純度を指す。これには、少なくとも96、97、98、または99％の純度が含まれる。さらなる実施形態において、「実質的に精製された」とは、その増分を含めて、約95、96、97、98、99、99.5、または99.9%の純度を指す。

本明細書で使用する場合、「治療活性」または「活性」は、その効果がヒトにおける望ましい治療結果に一致する活性、またはヒト以外の哺乳動物または他の種もしくは生物における望ましい効果を指す場合がある。治療活性は、in vivoまたはin vitroで測定することができる。例えば、望ましい効果は、細胞培養でアッセイすることができる。

本明細書で使用する場合、「治療上有効な量」という語句は、そのような治療を必要とする相当数の対象において、薬剤が投与される特定の薬理学的応答をもたらす薬剤の投与量を意味するものとする。特定の対象に特定の例で投与される治療上有効な量の抗原は、当業者によってそのような投与量が治療上有効な量とみなされたとしても、本明細書に記載のウイルス感染症の治療に常に有効であるとは限らないことが強調される。

このように一般的に説明された本発明の技術は、以下の例を参照することにより、より容易に理解されるであろう。これらの例は、説明のために提供され、本発明の技術を限定することを意図していない。

実施例1
図1は、ウイルスタンパク質をコードするプラスミドを含む第一の無傷の、細菌ミニセルを含む、例示的な組成物を描写しており、ウイルスタンパク質に対する抗体応答を刺激するように機能する。プラスミドの二本鎖DNAは細胞内の核酸センサーに認識され、IFNαやIFNβの反応を誘発する。また、IFNγ刺激化合物であるα-ガラクトシルセラミドを含む第2の無傷の細菌由来ミニセルを示す。

SARS-CoV-2ウイルスのゲノム配列が判明しているため、単一の細菌発現プロモーターから発現するSARS-CoV2タンパク質の4種類すべてを発現するプラスミドを作成することが可能である。そして、そのプラスミドは、無傷の細菌由来のミニセル（すなわち、EnGeneIC Nanocell Dream Vector（EDV^TM））にカプセル化することができる。もう一つは、菌体由来のミニセルを糖脂質（α-ガラクトシルセラミド：EDVα-GC）でパッケージングしたものである。

本製品は、凍結乾燥が可能である。無傷の細菌由来ミニセルをベースにした製品は非常に安定で、抗がん剤化合物とα-GCを搭載した凍結乾燥バイアルは、病院薬局の通常の冷蔵庫で4℃保存するだけで既に3年以上の安定性を示している。宅配便で世界中どこへでも発送することができ、これまでにもEDVを使った米国のがん試験で実証されている。

患者への投与：患者に投与する場合、バイアルを1mlの滅菌生理食塩液で再構成し、ボーラス注射として静脈内に注入することができる。

このプラスミドをそのまま細菌由来のミニセル生産株に形質転換すれば、細菌の細胞質でウイルスタンパク質を発現することになる。非対称な菌体分裂で無傷の菌体由来のミニセルが作られると、多くのタンパク質が無傷の菌体由来のミニセルの細胞質に隔離される。このことは、異種タンパク質を無傷の細菌由来ミニセル生産細菌細胞で発現させ、タンパク質が無傷の細菌由来ミニセルの細胞質に分離するいくつかの研究において実証されている。

プラスミドに包まれた無傷の細菌由来ミニセルから期待される結果は、4つのウイルスタンパク質すべてに対する抗体反応と、タイプIインターフェロン反応である。

注入された無傷の細菌由来ミニセルは、リンパ節、肝臓、脾臓の免疫系細胞（マクロファージ、NK細胞、樹状細胞）に速やかに飲み込まれることになる。通常、無傷の細菌由来ミニセルはエンドソームに入り、リソソームで分解され、プラスミドが放出されて細胞質へと逃げ込む。

プラスミドDNAを認識するであろう細胞質DNAセンサーは、パターン認識受容体（PRR）の一種で、I型インターフェロン（IFNα、IFNβ）の産生を誘導し、迅速かつ効率的な自然免疫反応の誘導の引き金となる。I型インターフェロンが強力な抗ウイルス作用を持つことはよく知られている。

ウイルスタンパク質は、分解された無傷の細菌由来ミニセルからライソゾームで放出され、MHCクラスIIを介して細胞表面で抗原処理と提示を受ける。これにより、ウイルスの抗原エピトープに対する強力な抗体反応が引き起こされる。これはさらに、ウイルス感染細胞に対するCD4+/CD8+ T細胞応答を誘発し、これが抗ウイルス応答を増強するはずである。

新鮮な骨髄由来の単球の活性化成熟化および増殖、ならびにマクロファージ、樹状細胞、NK細胞、B細胞およびT細胞の活性化および増殖は、高齢で免疫不全のSARS-CoV2患者において観察されるリンパ球減少を克服すると期待される。

α-ガラクトシルセラミドを包接した無傷の細菌由来ミニセルから期待される効果－IFN-γ応答の誘導：EDV^TMα-GCは、リンパ節、肝臓、脾臓の免疫系細胞（マクロファージ、NK細胞、樹状細胞）にも飲み込まれる。無傷の細菌由来ミニセルは細胞内のリソゾームで分解され、放出されたα-GCはリソゾームに結合したCD1d（MHCクラスI様分子で、外来糖脂質の提示に関与する）にピックアップされ細胞表面に輸送される。このα-GC/CD1d複合体は、不変性NKT細胞上の不変性T細胞受容体に認識され、これによりIFN-γが速やかに放出される。IFN-γは、特定の抗ウイルス性免疫反応を強力に刺激することが知られており、その結果、ウイルス感染に対する拒絶反応を増強することが期待される。

この細菌由来の無傷のミニセル治療薬は、すでにヒトのがん患者において、140名以上の患者に1,500回以上投与され、繰り返し投与しても副作用がほとんどない安全性が確認されたものである。

実施例２
図2は、末期肝細胞癌患者1-CB04-1（72歳男性）の末梢血単核細胞（PBMC）を示す。これは、上皮成長因子受容体（EGFR）抗体標的治療薬処置後に、CD8+細胞障害性T細胞（図２A）、NK細胞（図２B）、NKT細胞（図2C）、iNKT細胞（図2D）の上昇を、第2サイクル、第3サイクルまでに示している。PNU包装無傷の細菌由来ミニセル（すなわち,EDV^TM）＋α-ガラクトシルセラミド包装無傷の細菌由来ミニセル（EDV^TM）を投与した。

注意すべきは、この患者が高齢で重度の免疫不全に陥っていることである。PNUは、モルホリニルアントラサイクリン誘導体であるPNU-159682のことである。

上皮成長因子受容体（EGFR）－抗体標的、PNU包装された無傷の細菌由来ミニセルの調製は、例えば、WO2020／021437に記載されている。

図に詳細な結果を示した。図2A～Dは、抗がん化合物（PNU-159682）をパッケージした無傷の細菌由来ミニセルとCD1d認識抗原（α-ガラクトシルセラミド）をパッケージした細菌由来ミニセルの組み合わせ組成物の投与後の免疫系へのポジティブエフェクトを示している。特に、図2Aは、CD8+T細胞の割合（Y軸）と、ナイーブ（最初の4列）およびエフェクター（最後の4列）のT細胞サブセットのグラフである。T細胞サブセットは、C1D1、C1D9、C2D7、C3D7を示す。

特異的に分化したT細胞の集団は、様々な免疫関連機能を提供することにより、免疫反応の制御と形成に重要な役割を担っている。その一つが免疫介在性細胞死であり、T細胞はこれをいくつかの方法で行っている。CD8+T細胞は「キラー細胞」とも呼ばれ、細胞傷害性である。つまり、ウイルスに感染した細胞やがん細胞を直接殺すことができる。また、CD8+T細胞は、免疫反応を起こす際に、サイトカインと呼ばれる小さなシグナル伝達タンパク質を利用して、他の細胞を呼び寄せることができる。

図2Bは、白血球の割合とNK細胞のサブセット（C1D1、C1D9、C2D7、C3D7）を示したものである。図2Cは、T細胞の割合とNKT細胞のサブセット（C1D1、C1D9、C2D7、C3D7）の割合を示している。最後に、図2Dは、NKT細胞の割合とiNKT細胞のサブセット（C1D1、C1D9、C2D7、およびC3D7）を示している。

実施例３
図3は、末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示している。患者のCD8+エフェクター細胞傷害性T細胞（CD45RA+ CCR7-）は、2サイクル目と3サイクル目までに有意に増加した（図3A）。同様に、対象のPBMCでも、2サイクル目と3サイクル目でNK細胞の増加（図3B）が確認された。興味深いことに、それぞれの無傷の細菌由来のミニセルの投与から3時間後の患者の血清のELISA分析により、IFNγにスパイクがみられ（図3C）、これは、α-ガラクトシルセラミドが抗原提示細胞（APC）からiNKT細胞へ効果的に提示され、ウイルス感染と戦う上で重要なメディエーターであるIFNγの放出が引き起こされた場合に起こる現象である。

実施例2と同様に、対象に投与されたインタクト菌由来ミニセルは、インタクト菌由来ミニセル包装の抗癌剤（PNU-159682）とインタクト菌由来ミニセル包装＋CD1d-認識抗原（α-ガラクトシルセラミド）を組み合わせた併用菌ミニセル組成物を含んでいた。

図3Aは、パーセントCD8+ T細胞対CD8+メモリーT細胞サブセットのグラフであり、最初の4列がナイーブ試験結果に対応し、次いで、第2の4列がエフェクター試験結果に対応している。患者のCD8+エフェクター細胞傷害性T細胞（CD45RA+ CCR7-）は、2サイクル目と3サイクル目までに有意に増加した。

図3Bは、白血球の割合とNK細胞サブセット（C1D1、C1D9、C2D7、C3D7）を比較したグラフである。その結果、対象のPBMCは2サイクル目、3サイクル目までにNK細胞の増加が確認された。

最後に、図3Cは、IFNγ（pg/mL）と投与量ごとに測定したIFNγの比較を示す。これは、α-ガラクトシルセラミドが抗原提示細胞（APC）からiNKT細胞へ効果的に提示され、IFNγの放出が誘発された場合に生じるものである。

実施例４
FIG.4は、投与前と投与3時間後の白血球数（9名の平均値）である。9人のうち8人は高齢で、全員がステージIVの膵臓がんで、従来の治療がすべて無効となった重度の免疫不全患者でした。これは、マクロファージ、樹状細胞、NK細胞からの活性化シグナルに従って、細菌由来のミニセルの初期投与により骨髄から新鮮な単球が動員され、投与3回目までに十分に活性化、成熟し、増殖に至ったことを示唆している。

マクロファージ、樹状細胞、NK細胞の増殖は、ウイルス感染に対する免疫防御の成功に不可欠であるため、図4に詳述したように、この結果は重要である。

実施例５
図5は、末期大腸癌の45歳女性のPBMCで、主要な免疫細胞の活性化を示している。患者のCD8+エフェクター細胞傷害性T細胞（CD45RA+ CCR7-）は、2サイクル目と3サイクル目までに著しく増加した（図5A）。同様に、患者のPBMCでも、2サイクル目と3サイクル目でNK細胞の増加（図5B）が確認された。興味深いことに、無傷の細菌由来のミニセル（EDV^TM）投与後3時間の患者血清のELISA分析では、IFNγにスパイクが見られた（図5C）。これは、α-ガラクトシルセラミドが抗原提示細胞からiNKT細胞に効果的に提示され、ウイルス感染に対抗するための重要なメディエーターであるIFNγの放出が誘発された場合に起こるものであろう。

実施例６
本実施例は、SARS-CoV-2に対するワクチンとして、EDVCovid-αGC（EDVCovid-αGC）を搭載した細菌ミニセルを使用することの実現可能性を評価する研究に向けられている。

α-GCとスパイクタンパク質のDNA配列をコードするプラスミドは、1つのEDV（EDV_Covid-αGC）に正常に組み込むことができる。その後、EDVを皮下（SC）、静脈内（IV）、筋肉内（IM）注射で投与した。その結果、筋肉内注射による投与は、他のすべての方法と比較して、注射後8時間で最も強い初期インターフェロン反応と、注射後1週間で最も高いスパイクタンパク質特異的IgG力価をもたらすことがわかった。

その後、EDV_Covid-αGCと対応する対照を筋肉内注射で投与したところ、EDVにαGCが取り込まれたことにより、投与8時間後にIFNα、TNFα、IFNγ、IL12、IL6の産生量が劇的に増加した。これは、EDV_Covid-αGC投与マウスの脾臓における細胞傷害性T細胞の量の増加を伴っていた。これらのT細胞はex vivoでスパイクタンパク質の刺激に反応し、CD69+ CD137+を発現した。

EDV_Covid-αGCを投与したマウスは、投与後4週間で、試験したすべてのコントロールと比較して、スパイクタンパク質特異的IgGおよびIgMを最も多く含んでいた。これらのマウスから抽出したB細胞は、スパイクタンパク質の刺激に応答して、生体外でIgGとIgMを産生することができた。また、EDV_Covid-αGC投与マウスの脾臓細胞は、抗ウイルス性のCD69+ CD137+細胞傷害性T細胞を最も多く含んでおり、この脾臓細胞をスパイクタンパク質でex vivo刺激すると、ウイルス抗原特異的CD69+細胞傷害性T細胞が増加した。さらに、EDV_Covid-αGCを注射したマウスの血清は、in vitroでスパイクタンパク質のhACE受容体への結合を最も強く阻害したことから、産生された抗体は中和性を有していることがわかった。興味深いことに、αGCを投与されたマウスの血清も、測定可能ではあるが、非抗原特異的な抗ウイルス効果を示した。

以上のことから、EDV_CovidにαGCを組み込むことは、抗SARS-CoV-2スパイクタンパク質の効果を最大限に発揮させるために重要であることがわかった。本研究の結果は、EDV_Covid-αGCのI.M.投与が現在のCovid-19パンデミックに対する有効な戦略であることを示している。

材料と方法
SARS-CoV-2スパイクタンパク質細菌発現プラスミドの設計：発現カセットは、SARS-Cov-2(Covid-19)スパイクタンパク質(Genebank MN908947.3)のコーディングヌクレオチド配列を、以前にサルモネラチフィムリウム株での発現について試験した修正βラクタマーゼプロモーターの3'-末端に置くことにより生成した(Su, Brahmbhattら,Infection and Immunity, 60(8):3345-3359 (1992))。次に、この発現カセットをPUC57-KanバックボーンプラスミドのM13マルチクローニングサイトのKpn 5' サイトとSal I 3'サイトの間に挿入し、P-Blac-Cov2Sを作製した。P-Blac-Cov2SからCov2S配列を除去して、コントロールプラスミドP-Blacを作成した（図10A、図10B）。

Salmonella Typhimurium EDV生産株へのP-Blac-Cov2SおよびP-Blac-Cov2Sのクローニングとその後のP-Lac-Cov2Sおよびスパイクタンパク質のEDVへの組み込み:
P-Blac-Cov2SとP-Blac-Cov2Sを、プラスミド制限機構を持たない化学的コンピテントなSalmonella typhimurium中間株（4004）にGene Pulser Xcell^TM (Bio-Rad, Hercules CA) を用いて、設定200Ω, 25Hz, 2.5 mVで電気穿孔を施した。形質転換体をTSB培地で37℃、1.5時間回収した後、75μg/mlのカナマイシン（#K4000、Sigma-Aldrich、ミズーリ州セントルイス）を含むTSB寒天プレート上にプレーティングした。分離株を75μg/mlのカナマイシンを加えたTSBブロスに採取し、Qiagen miniprep kitを使用して、製造者の指示に従ってプラスミドDNAを抽出した（#27104、Qiagen、ヒルデン、ドイツ）。その後、4004株から抽出したプラスミドDNAに（EnGeneIC Pty.株式会社）EDV産生菌Salmonella typhimurium株（ENSm001）を上記と同様にエレクトロポレーションした。P-Blac-Cov2Sを含む細菌は、コード化されたCovid2スパイクタンパク質を生成し、プラスミドDNAとともに単独でEDVに組み込まれ、EDV_COVIDを生成することになる。P-Blacを含むEDV（EDVCONT）をコントロールとして使用することになる。

EDV_COVIDとEDV_CONTのプラスミド含有量を測定するために、Qiaprep Spin miniprep kit（Qiagen）を用いて2x10⁹個のEDVからプラスミドをメーカーの説明書に従って抽出した。空のEDVも同様に処理し、コントロールとして使用した。その後、バイオフォトメーター（エッペンドルフ）を用いて260nmの吸光度によりDNAプラスミドの量を測定した。下記式を用いて、プラスミドのコピー数を算出した。

ウェスタンブロット：2x1010 EDVCOVIDのタンパク質は、10% (v/v) リゾチーム (Sigma-Aldrich) および 1% (v/v) DNaseI (Qiagen) を添加した100μL B-PER^TM (Thermo Fisher) 細菌タンパク質抽出試薬を使って抽出した。その後、抽出した試料を12,000 gで10分間遠心分離し、上清を回収した。残ったペレットも回収し、100μlのPBSに再懸濁した。23 μl の上清とペレットタンパク質サンプルを 5 μl のローディングバッファーと 2 μl の DTT (Sigma-Aldrich) とともに 80o C で 20 分間インキュベートしてから、それぞれのサンプルの全量を NuPAGE 4-12% Bis-Tris mini gel (Life Technologies) にロードし、190V で約 80 分間の条件で測定した。その後、サンプルをiBlot 2マシンを使って移し、メンブレンをSuperblockブロッキングバッファー（Thermo Fisher）でブロックし、続いて1:2000 ウサギポリクローナル SARS-CoV2 スパイク抗体（S1 subunitとも交差反応、Sino Biological, 北京、中国）で染色して4℃で一晩インキュベートした。その後、メンブレンをPBSTで洗浄し、HRP結合抗ウサギ2次抗体（1:5000）（Abcam）と共に室温で1時間インキュベートした。ブロットはLumi-Light Western Blot substrate (Roche)を用いて現像し、Chemidoc MP (Biorad)を用いて可視化した。

EDVCOVIDへのα-ガラクトシルセラミドの担持と細胞培養：EDVCOVIDにα-ガラクトシルセラミド糖脂質アジュバント（α-GC）をエンジェニック社独自の方法で担持させ、EDVCOVID-αGCを作製した。

JAWSII細胞（ATCC）を96ウェルPerfecta3D hanging drop plate（シグマ社製）にて、EDVCOVID-αGCを細胞あたり1x104個処理した。4μg/mL α-GCで処理したJAWSII細胞をポジティブコントロールとして使用した。その後、培養物を5% CO₂、37℃で24時間インキュベートし、細胞を回収してCD1d-αGC抗体（ThermoFisher）で染色し、Galliosフローサイトメーター（Beckman）を用いて分析した。結果は、Kaluza Analysisソフトウェア（Beckman社）を用いて解析された。

動物実験西オーストラリアのAnimal Resources Companyから6-7週齢の雌のBalb/cマウスを入手した。実験開始前に1週間、マウスを馴化させた。マウスに適切な治療薬をSCおよびIM注射し、注射後8時間、1週間および4週間後に尾静脈から血清を採取し、脾臓および骨髄を採取した。

酵素結合免疫吸着測定法：マウス血清中のIL-12p40、IFN-γ、TNFα、IL-6、IL2、IFNαおよびIFNβの濃度は、製造者の指示に従い、R&D Systemsからの標準サンドイッチ酵素結合免疫吸着法（ELISA）により測定された。精製タンパク質を用いて同じアッセイで構築された標準曲線とサンプルの吸光度を計算することによって、存在するタンパク質の濃度を決定した。

抗RBD特異的IgGおよびIgM抗体の解析のために、96ウェルプレート（Immulon 4 HBX; Thermo Fisher Scientific）に、PBS（GIBCO）に懸濁した抗カビスパイクRBDタンパク質（Genetex）の2μg/ml溶液をウェルあたり50μl、4℃でコーティングした。翌日、コーティングタンパク質溶液を除去し、0.1% Tween 20 (PBST) を含む PBS で調製した 3% 無脂肪乳を各ウェルあたり 100μl を用いて、室温で 1 時間ブロッキングを行った。この間、マウス血清の連続希釈液をPBSTで調製した1％無脂肪乳で調製した。その後、ブロッキング液を除去し、連続希釈した各血清試料100μlをプレートに加え、室温で2時間インキュベートした。インキュベーション期間終了後、0.1% PBSTで調製したヤギ抗マウスIgG/IgM-西洋わさびペルオキシダーゼ（HRP）結合二次抗体（ThermoFisher）の1：3000希釈液を100μl加える前に、プレートを各ウェル250μlで3度洗浄した。室温で1時間インキュベートした後、再度0.1%PBSTで3回洗浄した。完全に乾燥した後、TMDでインキュベートすることにより、サンプルを可視化した。その後、反応を終了し、KC Juniorプレートリーダー（BioTek Instruments社製）を用いてサンプルを490nmで読み取った。

抗体価は、処理したマウス血清サンプルを1:3連続希釈してELISA法で測定し、陽性となった最高希釈度の逆数で表示した。

統計解析：Prism 8（GraphPad）を用いてStudent's T-testsおよびOne-way ANOVAを実施した。P値＜0.05は、統計的に有意とみなされる。

結果
1回の注射で効果的・効率的にワクチンを投与するために、EDV_CovidにαGCを共封入し、EDV_Covid-αGCを作った。EDV_Covid-αGC処理後、CD1dリガンドを介してJAWSII細胞上に提示されることを検証することで、共填されたαGCの機能を検証した。その結果、処理後のJAWSII細胞の高い割合でCD1d-αGCを発現し、3μg/mLのフリーαGCで処理した場合と同等かそれ以上のレベルで発現していることがわかった（図11A）。EDV_Covid-αGCに取り込まれたスパイクタンパク質が、αGCの二次取り込みの影響を受けていないことを確認するために、ウェスタンブロット分析を行った（図11B）。

次に、EDV_Covid-αGCの異なる送達方法の効果をin vivoで評価した。皮下（S.C.）、静脈内（I.V.）、筋肉内（I.M.）注射による治療からマウス血清サンプルを採取し、ELISA法によりIFNα（図7C；注射後8時間の血清IFNα濃度）、IFNγ（図7D；注射後8時間の血清IFNγ濃度）、IL12（図7E；IL12p40血清濃度）、IL6（図 7F；注射後 8 時間のIL6血清濃度）および TNFα（図 7G；注射後 8 時間の血清 TNFα 濃度） の 濃度を分析した。その結果、EDV_Covid-αGCをI.M.投与した場合、投与8時間後のマウスにおいて、試験したすべてのサイトカインの産生を誘導することが圧倒的に優れていることがわかった。

EDV_Covid-αGCの投与方法の違いは、初回注入後1週間のスパイク蛋白特異抗体を分析することでさらに証明された。EDV_Covid-αGCをI.M.投与したマウスの血清中には、S.C.投与した場合と比較して高いスパイク蛋白特異的IgG力価が検出された（図7A）。EDV_Covid-αGCは、初期インターフェロン反応とその後の高いIgG力価のために、I.M.注射による投与が望ましいと結論付けられました。

EDV、EDV_αGC、EDV_Control、EDV_Control-αGC、EDV_Covid、EDV_Covid-αGCのI.M投与後の初期インターフェロン反応を詳細に解析すると、マウスにおける初期インターフェロン反応は、抗原特異的プラスミドを伴うか伴わないEDVによって運ばれるαGCの投与により主に誘導されることが示された。図12A（IM注射後8時間の血清IFNα濃度）；Fig.12B（IM注入後8時間の血清IFNγ濃度）；Fig.12C ( IM注射後8時間のIL6血清濃度); Fig.12D（血清TNFα、IM注入後8時間の濃度）、およびFig.12E（IM投与8時間後のIL12p40血清中濃度）参照。

注射後1週間のマウス脾臓細胞のFACS解析では、生理食塩水群と比較して、EDV_Covid-αGC注射マウスではCD3+ CD8+ 細胞傷害性T細胞数が増加していることが示された（図13A）。AIMSアッセイをex vivo脾臓細胞で実施し、スパイクタンパク質で刺激した場合、細胞傷害性T細胞集団内のウイルス抗原特異的CD69+ CD137+集団が、PHA刺激陽性対照と比較して高いレベルで増加することが判明した（図13B）。

初回注射後4週間で、EDV_Covid-αGCをI.M.注射により投与したマウスの血清中に、最も高いレベルのスパイクタンパク質特異的IgG（図14A）およびIgM（図14B）が観察された。また、興味深いことに、EDV_Control-αGCを投与したマウスの血清にも、スパイクタンパク質の「特異的」抗体が含まれていることが判明した。この知見は、中和抗体分析によって確認された。EDV_Covid-αGCを投与したマウスの血清には最も多くの中和抗体が含まれていたが、EDV_Control-αGC、EDV_CovidおよびEDV_αGCを投与したマウスの血清でも、hACE受容体に対するスパイクタンパク質の結合阻害が測定可能な程度であった（図14C）。αGCは単独で抗ウイルス作用を持ち、投与することでウイルスの体内細胞への結合を抑制することができると思われた。一方、αGCを添加しないEDV_Covid単体では、EDV_Covid-αGCを投与した場合と比較して、血清中に中和抗体を産生することができたが、そのレベルははるかに低かった。このことから、機能性ワクチンの重要な要素として、本システムに免疫アジュバントとしてαGCを組み込むことが重要であることが示された。

さらに、抗体反応の特異性を示すために、初回注射後4週間の処置マウスの骨髄からB細胞を抽出し、in vitroで48時間スパイク蛋白質で刺激した。EDV_Covid-αGCで処置したマウスのB細胞は、他のすべての処置群と比較して、最高レベルのスパイクタンパク質特異的IgG（図15A）およびIgM（図15B）を生成した。

処理したマウスのex vivo脾臓細胞のFACS分析では、EDV_Covid-αGC処理により、他のすべての処理条件と比較して、CD69+ CD137+細胞傷害性T細胞が増加することが示された（図9A）。また、ex vivoスフェロサイトをスパイクタンパク質で刺激した場合、EDV_Covid-αGCおよびEDV_Covid処理マウスのPHA刺激陽性対照と比較して、細胞障害性T細胞集団内でウイルス抗原特異的CD69+ CD137-細胞が同様の割合で増加したことが確認された（図9B）。これは、他のすべての処理群では観察されなかった。これは、EDV_Covid-αGC処理によって引き起こされる抗ウイルス反応とは異なり、αGCの抗ウイルス特性は抗原特異的ではなく、広いスペクトルである可能性を示している。

特定の実施形態が図示および説明されたが、以下の特許請求の範囲に定義されるようなその広い局面における技術から逸脱することなく、当技術分野における通常の技術に従って、そこに変更および修正がなされ得ることが理解されるべきである。

本明細書に例示的に記載された実施形態は、本明細書に特に開示されていない要素または要素、制限または限定がない場合にも好適に実施され得るものである。したがって、例えば、"comprising"、"including"、"containing "などのう表現は、広範かつ無制限に読み替えられるものとする。さらに、本明細書で採用された用語および表現は、限定ではなく説明の用語として使用されており、かかる用語および表現の使用には、示され、説明された特徴またはその一部の任意の等価物を除外する意図はないが、請求された技術の範囲内で種々の変更が可能であることは認識される。さらに、「本質的に～からなる」という表現は、具体的に記載された要素と、クレームされた技術の基本的かつ新規な特性に重大な影響を与えない追加的な要素を含むと理解されるであろう。

本開示は、本願に記載された特定の実施形態の観点から限定されるものではない。当業者には明らかなように、その精神と範囲から逸脱することなく、多くの修正と変形を行うことができる。本明細書に列挙したものに加えて、本開示の範囲内の機能的に等価な方法および組成物は、前述の説明から当業者には明らかであろう。このような修正および変形は、添付の特許請求の範囲の範囲に含まれることを意図している。本開示は、添付の特許請求の範囲の条項によってのみ限定されるものであり、かかる特許請求の範囲が権利を有する均等物の全範囲とともに、限定されるものである。本開示は、特定の方法、試薬、化合物、または組成物に限定されないことが理解され、それらはもちろん変化し得る。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明するためのものであり、限定することを意図するものではないことを理解されたい。

さらに、本開示の特徴または態様がMarkush群の観点から説明される場合、当業者は、本開示がそれによってMarkush群の任意の個々のメンバーまたはメンバーのサブグループの観点からも説明されることを認識するであろう。

当業者には理解されるように、あらゆる目的、特に文章による説明を提供する観点から、本明細書に開示されるすべての範囲は、終点を含むそのサブレンジおよびサブレンジの組み合わせの可能性もすべて包含している。記載されている範囲は、少なくとも半分、3分の1、4分の1、5分の1、10分の1などに分解して十分に説明し、可能であると容易に認識することができる。非限定的な例として、本明細書で説明する各範囲は、下位3分の1、中間3分の1、上位3分の1などに容易に分解することができる。また、当業者には理解されるように、「まで」、「少なくとも」、「より大きい」、「より小さい」などのすべての言語は、言及された数を含み、上述したように、その後サブレンジに分解することができる範囲を指している。最後に、当業者に理解されるように、範囲は、個々の部材を含む。

本明細書で言及されているすべての刊行物、特許出願、発行特許、およびその他の文書は、個々の刊行物、特許出願、発行特許、またはその他の文書がその全体が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれている。参照することにより組み込まれる文章に含まれる定義は、本開示における定義と矛盾する範囲において除外される。

他の実施形態は、以下の特許請求の範囲に記載されている。

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Claims (30)

1. (a）少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含むベクター；および
   (b）CD1d認識抗原を含むベクター；および
   (c）少なくとも1つの薬学的に許容される担体、
   を含む組成物であって、ベクター（a）およびベクター（b）の少なくとも1つが、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である、組成物。
2. ベクター（a）が第1の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞であり、ベクター（b）が第2の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である、請求項1に記載の組成物。
3. ベクター（a）およびベクター（b）が、CD1d認識抗原および少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む、同一の無傷の、細菌由来のミニセルまたは死菌細胞である、請求項1に記載の組成物。
4. ベクター（a）およびベクター（b）の一方が、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞でなく、ベクター（a）およびベクター（b）の他方が、無傷の、細菌由来のミニセルまたは死滅した細菌細胞である、請求項1に記載の組成物。
5. ウイルス抗原が、アルファコロナウイルス；コウモリコロナウイルスCDPHE15などのコラコウイルス；コウモリコロナウイルスHKU10またはライノロファスフェルメキナムアルファコロナウイルスHuB-2013などのデカコウイルス；ヒトコロナウイルス229Eなどのデュビナコウイルス；ラチェングRnラットコロナウイルスなどのルカコウイルス；フェレットコロナウイルスまたはミンクコロナウイルス1などのミナコウイルス；ミニオプテルスコウモリコロナウイルス1またはミニオプテルスコウモリコロナウイルスHKU8などのミヌナコウイルス；ミオティスリケッティアルファコロナウイルスSax-2011などのミオクタコウイルス；ニクタラスベルティヌスアルファコロナウイルスSC-2013などのニクタコウイルス；ブタエピデミックディアレアウイルスまたはスコトフィラスコウモリコロナウイルス512などのペダコウイルス；ライノロファスコウモリコロナウイルスHKU2などのライナコウイルス；ヒトコロナウイルスNL63またはNL63関連コウモリコロナウイルス株BtKYNL63-9bなどのセトラコウイルス；アルファコロナウイルス1などのテガコウイルス；ベータコロナウイルス1、ヒトコロナウイルスOC43、チャイナラットコロナウイルスHKU24、ヒトコロナウイルスHKU1またはネズミコロナウイルスなどのエンベコウイルス；コウモリHp-ベータコロナウイルスチョーチアン2013などのヒベコウイルス；ヘッジホッグコロナウイルス1、中東呼吸器症候群関連コロナウイルス（MERS-CoV）、ピピストレルスコウモリコロナウイルスHKU5またはタイロニクテリスコウモリコロナウイルスHKU4などのマーベコウイルス；ルセットコウモリコロナウイルスGCCDC1、ルセットコウモリコロナウイルスHKU9などのノベコウイルス、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（SARS-CoV）、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2、COVID-19）などのサーベコウイルス；デルタコロナウイルス；ウィジョンコロナウイルスHKU20などのアンデコウイルス；ブルブルコロナウイルスHKU11、ブタコロナウイルスHKU15、ムニアコロナウイルスHKU13またはホワイトアイコロナウイルスHKU16などのブルデコウイルス；ゴイサギコロナウイルスHKU19などのヘルデコウイルス；バンコロナウイルスHKU21などのムーデコウイルス；ガンマコロナウイルス；シロイルカコロナウイルスSW1などのデガコウイルス；および鳥コロナウイルスなどのイガコウイルスからなる群より選択されるウイルスを含む、またはその特徴を有する、請求項1～4のいずれか１項に記載の組成物。
6. ウイルス抗原が、SARS-CoV-2の配列を含むポリヌクレオチド、またはSARS-CoV-2の配列を含むポリヌクレオチドと少なくとも80％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされている、請求項1～5のいずれか１項に記載の組成物。
7. ウイルス抗原が、ヒトコロナウイルス229E、ヒトコロナウイルスOC43、SARS-CoV、HCoV NL63、HKU1、MERS-CoV、またはSARS-CoV-2を含む、またはその特徴を有する、請求項1～5のいずれか１項に記載の組成物。
8. ウイルス抗原がSARS-CoV-2を含む、またはその特徴を有する、請求項7に記載の組成物。
9. プラスミドが、SARS-CoV-2のスパイク（S）タンパク質、ヌクレオキャプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、およびエンベロープ（E）タンパク質のうちの少なくとも1つをコードする、請求項8に記載の組成物。
10. プラスミドがスパイク（S）タンパク質、ヌクレオキャプシド（N）タンパク質、膜（M）タンパク質、およびエンベロープ（E）タンパク質をコードする、請求項9に記載の組成物。
11. CD1d認識抗原が、スフィンゴ糖脂質を含む、請求項1～10のいずれか1項に記載の組成物。
12. CD1d認識抗原が、α-ガラクトシルセラミド（α-GalCer）、α-ガラクトシルセラミドのC-グリコシド体（α-C-GalCer）、ガラクトシルセラミドの12炭素アシル体（β-GalCer）、β-D-グルコピラノシルセラミド（β-GlcCer）、l，2-ジアシル-3-O-ガラクトシル-sn-グリセロール（BbGL-II）、ジアシルグリセロール含有糖脂質（Glc-DAG-s2）、ガングリオシド（GD3）、ガングリオトリオシルセラミド（Gg3Cer）、グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）、α-グルクロン酸セラミド（GSL-1またはGSL-4）、イソグロボトリヘキソシルセラミド（iGb3）、リポホスホグリカン（LPG）、リゾホスファチジルコリン（LPC）、α-ガラクトシルセラミドアナログ（OCH）、スレイトルセラミドおよびこれらのいずれかの誘導体からなる群から選択される、請求項1～11のいずれか１項に記載の組成物。
13. CD1d認識抗原がα-GalCerを含む、請求項1～12のいずれか1項に記載の組成物。
14. CD1d認識抗原が、合成α-GalCerアナログを含む、請求項1～13のいずれか1項に記載の組成物。
15. CD1d認識抗原が、6′-デオキシ-6′-アセトアミドα-GalCer（PBS57）、ナプチル尿素α-GalCer（NU-α-GC）、NC-α-GalCer、4ClPhC-α-GalCer、PyrC-α-GalCer、α-carba-GalCer、carba-α-D-ガラクトース α-GalCerアナログ（RCAI-56）、1-デオキシ-neo-イノシトール α-GalCerアナログ（RCAI-59）、1-O-メチル化α-GalCerアナログ（RCAI-92）およびHS44アミノシクリトールセラミドから選ばれる合成α-GalCerアナログを含む、請求項14の組成物。
16. CD1d認識抗原がIFNγアゴニストである、請求項1～15のいずれか1項に記載の組成物。
17. 組成物が、経口投与、注射、鼻腔内投与、肺内投与、または局所投与のために製剤化されている、請求項1～16のいずれか1項に記載の組成物。
18. 請求項1～16のいずれか1項に記載の組成物を必要としている対象に投与することを含む、ウイルス感染に対する治療および／またはワクチン接種方法。
19. 対象が、
    (a)リンパ球減少症に罹患しているか、または罹患するおそれがある場合；および/または
    (b)ウイルス感染による重症化および／または重篤な合併症の危険性があると判断される場合；および／または
    (c)は、約50歳以上、約55歳以上、約60歳以上、または約65歳以上である；および／または
    (d)糖尿病、喘息、呼吸器疾患、高血圧、および心臓病からなる群より選択される一つ以上の既往症に罹患している；および／または
    (e)免疫不全である；および／または
    (f)AIDS、癌、癌治療、肝炎、自己免疫疾患、ステロイド投与、免疫老化、またはそれらの組み合わせにより、免疫力が低下している、
    請求項18に記載の方法。
20. 投与が、
    (a)コロナウイルスに曝露された後の生存の可能性を高める；および／または、
    (b)コロナウイルスの感染リスクを低減する、
    請求項18～19のいずれか1項に記載の方法。
21. (a）生存の可能性が、臨床的に認識された任意の技術を用いて測定した場合に、約10％、約20％、約30％、約40％、約50％、約60％、約70％、約80％、約90％、または約100％増加する；および／または
    (b)感染リスクの低減が、臨床的に認識された任意の技術を用いて測定した場合に、約10%、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、または約100%である、
    請求項20に記載の方法。
22. 投与が、任意の薬学的に許容される方法を介して行われる、請求項18～21のいずれか1項に記載の方法。
23. 対象がコロナウイルスに感染性の個体に曝露されるか、または曝露されることが予想される、請求項18～22のいずれか1項に記載の方法。
24. コロナウイルスに感染性を有する個体が、発熱、咳、息切れ、下痢、くしゃみ、鼻水、および喉の痛みからなる群より選択される1つ以上の症状を有する、請求項23に記載の方法。
25. 対象が、医療従事者、60歳以上、頻繁な旅行者、軍人、介護者、または感染に伴う死亡リスクの増加をもたらす持病を有する対象である、請求項18～24のいずれか１項に記載の方法。
26. １つ以上の抗ウイルス剤を投与することをさらに含む、請求項18～25のいずれか1項に記載の方法。
27. 1つ以上の抗ウイルス剤が、クロロキン、ダルナビル、ガリデシビル、インターフェロンβ、ロピナビル、リトナビル、レムデシビル、およびトリアザビリンからなる群から選択される、請求項26に記載の方法。
28. CD1d認識抗原が、対象においてTh1サイトカイン応答を誘導し、任意選択的に、サイトカインがIFNγを含む、請求項18～27のいずれか１項に記載の方法。
29. (a）CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルが、対象に同時に投与される；および／または、
    (b）CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルが、対象に順次投与される；および／または、
    (c）CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルが、対象に繰り返し投与される；および／または、
    (d）CD1d認識抗原を含む第1のミニセルおよび少なくとも1つのウイルス抗原をコードするプラスミドを含む第2のミニセルを、少なくとも週に1回、週に2回、週に3回、または週に4回、対象に投与する、
    請求項18～28のいずれか1項に記載の方法。
30. 医薬の製造のための請求項1～17のいずれか1項に記載の組成物の使用であって、医薬がウイルス感染症の治療および／またはワクチン接種に有用である、使用。

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