JP2023514809A - 卵巣癌を診断するためのバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
本明細書に記載されているのは、がん（例えば、卵巣）、自己免疫疾患、線維症及び老化状態などであるがこれらに限定されない疾患及び状態を診断するのに有用な糖ペプチドバイオマーカーである。また、糖ペプチドバイオマーカーを生成する方法、及び質量分析を使用して糖ペプチドを分析する方法も、本明細書に記載されている。また、機械学習アルゴリズムを使用して糖ペプチドを分析する方法も、本明細書に記載されている。【選択図】図１
Description
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１月３１日出願の米国特許仮出願第６２／９６８，９４１号の優先権及び利益を主張するものであり、その全内容はすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２０年１月３１日出願の米国特許仮出願第６２／９６８，９４１号の優先権及び利益を主張するものであり、その全内容はすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示は、グリカン、ペプチド、及び糖ペプチドを含むがこれらに限定されない糖プロテオミクスバイオマーカー、ならびに質量分析を用いかつ臨床応用においてこれらのバイオマーカーを使用する方法に関する。
グリコシル化の変化は、がんなどの病状に関連して記載されている。例えば、その全内容がすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｄｕｂｅ，Ｄ．Ｈ．；Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．Ｇｌｙｃａｎｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ－Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｆｏｒ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃ．２００５，４，４７７－８８、を参照のこと。しかし、その患者からの試料のグリコシル化の変化に基づいて、患者の卵巣癌などのがんを診断するための臨床的に関連する非侵襲的アッセイが依然として必要である。
卵巣癌を診断するための従来の臨床アッセイは、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって患者の血液中のタンパク質ＣＡ１２５（がん抗原１２５）の量を測定することを含む。しかし、ＥＬＩＳＡには、感度及び精度に限界がある。例えば、ＥＬＩＳＡでは、ｎｇ／ｍＬ範囲の濃度でのみＣＡ１２５を測定する。この狭い測定範囲では、この濃度範囲を実質的に上回るかまたは下回る濃度でバイオマーカーを測定することができないため、このアッセイの意義は制限される。また、ＣＡ １２５ ＥＬＩＳＡアッセイは、アッセイすることができる試料のタイプに関して制限されている。より正確かつ高感度の試験がないため、別様には卵巣癌と診断される可能性のある患者は卵巣癌と診断されず、したがって適切なフォローアップ医療を受けることができない。
別の方法として、質量分析（ＭＳ）は、糖ペプチドを含むがん特異的バイオマーカーの高感度かつ正確な測定を提供する。例えば、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｒｕｈａａｋ，Ｌ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ ｉｎ Ｓｅｒｕｍ ｏｆ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ｊｐｒｏｔｅｏｍｅ．５ｂ０１０７１；Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．，２０１６，１５，１００２－１０１０（２０１６）；また、Ｍｉｙａｍｏｔｏ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｅｒｕｍ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｅｓ：Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ，ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ｊｐｒｏｔｅｏｍｅ．７ｂ００５４１，Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２０１８，１７，２２２－２３３（２０１７）を参照のこと。しかし、ＭＳを使用してがんを一般的に、または卵巣癌を特異的に診断することは、これまで臨床的に意義のある方法で実証されていない。
必要とされるのは、新しいバイオマーカー、及びＭＳを使用して、これらのバイオマーカーを使用してがんなどの病状を診断する新しい方法である。以下の開示において本明細書に記載されているのは、グリカン、ペプチド、及び糖ペプチド、ならびにそれらの断片を含むそのようなバイオマーカー、ならびに卵巣癌を診断するためにＭＳと共にバイオマーカーを使用する方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、または本質的になる糖ペプチドまたはペプチドである。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数のＭＲＭ遷移を検出するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；本明細書に記載の遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、試料の分類を同定するための方法であって、試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを質量分析（ＭＳ）によって定量することであって、糖ペプチドは、それぞれ、それぞれの場合に個別に、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む、定量することと；訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、試料の分類を同定することと、を含む方法である。
さらに別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、生体試料を分類するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することと；糖ペプチドを定量することと；訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、生体試料を分類することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を治療するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される１つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出し定量することと、訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者を分類することであって、分類が、（Ａ）化学療法剤を必要とする患者；（Ｂ）免疫療法剤を必要とする患者；（Ｃ）ホルモン療法を必要とする患者；（Ｄ）標的治療剤を必要とする患者；（Ｅ）手術を必要とする患者；（Ｆ）ネオアジュバント療法を必要とする患者；（Ｇ）手術前に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；（Ｈ）手術後に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；または、（Ｉ）それらの組み合わせ；からなる群から選択される、患者を分類することと；治療有効量の治療剤を患者に投与することであって、分類ＡまたはＩが決定された場合、治療剤は化学療法から選択され、分類ＢまたはＩが決定された場合、治療剤は免疫療法から選択され；分類ＣまたはＩが決定された場合、治療剤はホルモン療法から選択され；分類ＤまたはＩが決定された場合、治療剤は標的療法から選択され、分類ＦまたはＩが決定された場合、治療剤はネオアジュバント療法から選択され；あるいは分類ＧまたはＩが決定された場合、治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択され；分類ＨまたはＩが決定された場合、治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択される、投与することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、機械学習アルゴリズムを訓練するための方法であって、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる、糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭ遷移シグナルの第１のデータセットを提供することと；対照試料を示すＭＲＭ遷移シグナルの第２のデータセットを提供することと；機械学習アルゴリズムを使用して、第１のデータセットを第２のデータセットと比較することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出及び定量する；または、遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出及び定量することと；訓練済みモデルに検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移の定量を入力して、出力確率を生成し、出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者の診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む方法である。いくつかの例では、方法は、ＱＱＱを用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行することを含む。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
特許または出願ファイルには、カラーで作成された図面が少なくとも１つ含まれている。カラー図面（複数可）による本特許または特許出願公開の写しは、請求に応じて、必要な手数料が支払われた場合に、米国特許商標庁により提供される。
以下の説明は、これにより当業者が本発明を作製及び使用することができるようになり、特定の用途との関係において本発明を組み込むことができるようになるために提示される。種々の修正、ならびに異なる用途における様々な使用は、当業者には容易に明らかであり、本明細書で定義される一般原理は、広範囲の実施形態に適用され得る。したがって、本明細書の発明は、提示された実施形態に限定されることを意図するものではなく、本明細書に開示される原理及び新規の特徴と一致するそれらの最も広い範囲を与えられるべきである。
本明細書において開示される特徴すべて（添付の特許請求の範囲、要約及び図面を含む）は、特に明記しない限り、同じ、同等の、または類似の目的を果たす代替の特徴に置き換えてもよい。したがって、特に明記しない限り、開示されている各特徴は、一連の一般的な同等または類似の特徴の一例にすぎない。
使用される場合、左、右、前、後、上、下、フォワード、リバース、時計回り及び反時計回りのラベルは、便宜上の目的でのみ使用されており、特定の固定方向を意味することを意図するものではないことに注意すべきである。代わりに、それらは、対象体の種々の部分間の相対的な位置及び／また方向を反映するために使用される。
Ｉ．一般条項
本開示は、生体試料中のグリカンのプロファイリング、検出、及び／または定量のための方法及び組成を提供する。いくつかの例では、卵巣癌を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルが記載されている。いくつかの例では、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルが記載されている。
本開示は、生体試料中のグリカンのプロファイリング、検出、及び／または定量のための方法及び組成を提供する。いくつかの例では、卵巣癌を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルが記載されている。いくつかの例では、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルが記載されている。
質量分析法を使用して生体試料を分析するためのある特定の技術が知られている。例えば、その全内容がすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、２０１８年１０月１８日に国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／５６５７４として出願の、「ＩＤＥＮＴＩＦＩＣＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＵＳＥ ＯＦ ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ ＰＡＲＡＭＥＴＥＲＳ ＦＯＲ ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ ＡＮＤ ＴＲＥＡＴＭＥＮＴ ＭＯＮＩＴＯＲＩＮＧ」と題された国際ＰＣＴ特許出願公開番号ＷＯ２０１９０７９６３９Ａ１を参照のこと。また、その全内容がすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、２０１８年８月３１日に米国特許出願第１６／１２０，０１６号として出願の、「ＩＤＥＮＴＩＦＩＣＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＵＳＥ ＯＦ ＧＬＹＣＯＰＥＰＴＩＤＥＳ ＡＳ ＢＩＯＭＡＲＫＥＲＳ ＦＯＲ ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ ＡＮＤ ＴＲＥＡＴＭＥＮＴ ＭＯＮＩＴＯＲＩＮＧ」と題された米国特許出願公開第ＵＳ２０１９０１０１５４４Ａ１号も参照のこと。
ＩＩ．定義
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。
本発明で使用される場合、「生体試料」という句は、生物または生物からの液体もしくは組織に由来する、生物または生物からの液体もしくは組織から得られる、生物または生物からの液体もしくは組織から生成される、生物または生物からの液体もしくは組織から提供される、生物または生物からの液体もしくは組織から採取される、あるいは生物または生物からの液体もしくは組織から除去される試料を指す。生体試料には、滑液、全血、血清、血漿、尿、痰、組織、唾液、涙液、髄液、生検によって得られた組織切片（複数可）；組織培養に置かれたまたは組織培養に適合した細胞（複数可）；汗、粘液、糞便物質、胃液、腹水（ａｂｄｏｍｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水、嚢胞液、腹水（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、膵液、母乳、肺洗浄、骨髄、胃酸、胆汁、精液、膿、房水、漏出液、及び前述のものの派生物、部分及び組み合わせを含む類似のもの、が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの例では、生体試料には、血液及び／または血漿が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの例では、生体試料には、尿または糞便が含まれるが、これらに限定されない。生体試料には、唾液が含まれるが、これに限定されない。生体試料には、組織解剖及び組織生検が含まれるが、これらに限定されない。生体試料には、前述の生体試料の派生物または画分が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「グリカン」という用語は、複合糖質の炭水化物残基、例として、糖ペプチド、糖タンパク質、糖脂質またはプロテオグリカンの炭水化物部分を指す。グリカン構造は、グリカン参照コード番号で説明されており、２０２０年１月３１日に出願の国際ＰＣＴ特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６にも図示されており、これは、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれている。例えば、すべての目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる、２０２０年１月３１日に出願のＰＣＴ特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６の図１～１４を参照のこと。グリカンは、グリカンを図示するためのグリカンの記号命名法（ＳＮＦＧ）を使用して、図示されている。この図解システムの説明は、インターネット上（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｌｙｃａｎｓ／ｓｎｆｇ．ｈｔｍｌ）で入手可能であり、その全内容はすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ ２５：１３２３－１３２４，２０１５、に発表されているＳｙｍｂｏｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｆｏｒ Ｇｒａｐｈｉｃａｌ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｇｌｙｃａｎｓ、これは、ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０９３／ｇｌｙｃｏｂ／ｃｗｖ０９１においてインターネット上で入手可能である。ＳＮＦＧシステムの図解を示す追加情報がある。このシステム内では、Ｈｅｘ＿ｉ：という用語は以下のように解釈される：ｉは緑色の円（マンノース）の数及び黄色の円（ガラクトース）の数を示す。ＨｅｘＮＡＣ＿ｊという用語は、ｊを使用して青色の正方形の（ＧｌｃＮＡＣの）数を示す。Ｆｕｃ＿ｄという用語は、ｄを使用して赤色の三角形（フコース）の数を示す。Ｎｅｕ５ＡＣ＿ｌという用語は、ｌを使用して紫色のダイヤモンド（シアル酸）の数を示す。本明細書で使用されるグリカン参照コードでは、これらのｉ、ｊ、ｄ、及びｌの用語を組み合わせて、コンポジット４～５の数のグリカン参照コード、例えば、５３００または５３２０を作成する。一例として、図１のグリカン３２００及び３２１０には、両方とも３つの緑色の円（マンノース）、２つの青色の正方形（ＧｌｃＮＡＣ）が含まれ、紫色のダイヤモンド（シアル酸）は含まれていないが、グリカン３２１０には１つの赤色の三角形（フコース）も含まれている点が異なる。
本明細書で使用される場合、「糖ペプチド」という用語は、少なくとも１つのグリカン残基が結合したペプチドを指す。本明細書に記載の各実施形態では、糖ペプチドは、１つまたは複数のグリカン、例えば、その配列番号に関連する本明細書に記載のグリカンとともに、示された配列番号によって指定されるアミノ酸配列を含み得るか、それらから本質的になり得るか、またはそれからなり得る。例えば、本明細書で使用される配列番号１による糖ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列及びグリカン５４０２による糖ペプチドを指すことができ、ここで、グリカンは、配列番号１の残基１４２４に結合している。本明細書で使用される配列番号１を含む糖ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列及びグリカン５４０２を含む糖ペプチドを指すことができ、グリカンは残基１４２４に結合している。本明細書で使用される、配列番号１から本質的になる糖ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列及びグリカン５４０２から本質的になる糖ペプチドを指すことができ、グリカンは残基１４２４に結合している。本明細書で使用される、配列番号１からなる糖ペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列及びグリカン５４０２からなる糖ペプチドを指すことができ、グリカンは残基１４２４に結合している。同様に、配列番号２～３０にも使用法が適用され、グリカンについては以下のセクションで説明する。
本明細書で使用される場合、「グリコシル化ペプチド」という句は、グリカンに結合したペプチドを指す。
本明細書で使用される場合、「糖ペプチド断片」または「グリコシル化ペプチド断片」または「糖ペプチド」という句は、グリコシル化ペプチドが、断片化、例えば、ＭＲＭ－ＭＳ機器内のイオン断片化によって得られるグリコシル化タンパク質のアミノ酸配列の一部（すべてではないが）と同じアミノ酸配列を有するグリコシル化ペプチド（または糖ペプチド）を指す。ＭＲＭは、多重反応モニタリングを指す。特に明記しない限り、本明細書において、「糖ペプチド断片」または「糖ペプチドの断片」は、糖タンパク質が酵素的に消化されて糖ペプチドを生成した後に、任意選択で質量分析計を使用して直接生成される断片を指す。
本明細書で使用される場合、「糖タンパク質」という句は、グリコシル化ペプチドが得られるグリコシル化タンパク質を指す。
本明細書で使用される場合、「ペプチド」という句は、特に明記しない限り、グリコシル化ペプチドが得られるグリコシル化タンパク質ではなく、糖ペプチドを含むことを意味する。
本明細書で使用される場合、「多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）」という句は、生体試料中のグリカン及びペプチドの標的化された定量化のための高感度かつ選択的な方法を指す。従来の質量分析とは異なり、ＭＲＭ－ＭＳは非常に選択的である（標的化されている）ため、研究者は機器を微調整して、目的のある特定のペプチド断片を具体的に探すことができる。ＭＲＭによって、潜在的なバイオマーカーなど、目的のペプチド断片の感度、特異度、速度、及び定量性を向上させることができる。ＭＲＭ－ＭＳは、三連四重極（ＱＱＱ）質量分析計及び四重極飛行時間（ｑＴＯＦ）質量分析計の１つまたは複数を使用することによって行われる。
本明細書で使用される場合、「糖ペプチドを消化する」という句は、酵素を使用して特定のアミノ酸ペプチド結合を切断する生物学的プロセスを指す。例えば、糖ペプチドを消化することは、糖ペプチドを消化酵素、例えばトリプシンと接触させて糖ペプチドの断片を生成することを含む。いくつかの例では、プロテアーゼ酵素を使用して糖ペプチドを消化する。「プロテアーゼ」という用語は、大きなペプチドを、より小さなポリペプチドまたは個々のアミノ酸にタンパク質分解または分解する酵素を指す。プロテアーゼの例には、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、アスパラギンペプチドリアーゼ、及びそ前述の任意の組み合わせのうちの１つまたは複数が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「糖ペプチドを断片化すること」という句は、ＭＲＭ－ＭＳ機器で発生するイオン断片化プロセスを指す。断片化することによって、同じ質量を有するがそれらの電荷に関してばらつきがある種々の断片が生成され得る。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物を指す。哺乳動物の非限定的な例としては、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシなどが挙げられる。ヒト以外の哺乳類を、疾患、前疾患、または前疾患状態の動物モデルを表す対象として有利に使用することができる。対象は、雄でも雌でもよい。しかし、卵巣癌を診断する関係において、対象は、特に明記しない限り、女性である。対象は、疾患または状態を有すると以前に特定された対象であって、任意選択で、疾患または状態のための治療的介入をすでに受けているか、または現在受けている対象であり得る。あるいは、対象は、疾患または状態を有すると以前に診断されたことがない対象でもあり得る。例えば、対象は、疾患または状態についての１つもしくは複数の危険因子を呈する対象、または疾患の危険因子を呈さない対象、または疾患または状態について無症状の対象であり得る。対象はまた、疾患または疾病に罹患しているかまたは発症するリスクがある対象でもあり得る。
本明細書で使用される場合、「患者」という用語は、哺乳動物の対象を指す。哺乳動物は、ヒト、またはウマ、ブタ、イヌ、ネコ、有蹄類、及び霊長類の動物を含むがこれらに限定されない動物であり得る。一実施形態では、個体はヒトである。本明細書に記載の方法及び使用は、医学的及び獣医学的使用の両方に有用である。「患者」は、特に明記されていない限り、ヒト対象である。
本明細書で使用される場合、「多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移」という句は、糖ペプチドまたはその断片がＭＲＭ－ＭＳによって検出されたときに観察される質量対電荷（ｍ／ｚ）ピークまたはシグナルを指す。ＭＲＭ遷移は、前駆イオン及び生成イオンの遷移として検出される。
本明細書で使用される場合、「多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移の検出」という句は、質量分析計によってタンデム質量分析計イオンフラグメンテーション法を使用して試料が分析され、試料中のイオン断片の質量対電荷比が同定されるプロセスを指す。この句は、ＭＲＭ－ＭＳ遷移が検出され、次に、これを糖ペプチドまたはその断片の計算による質量対電荷比（ｍ／ｚ）と比較して、糖ペプチドを同定するＭＳプロセスを指す。これらの同定された質量対電荷比の絶対値を、遷移と呼ぶ。本明細書に記載の方法との関係において、質量対電荷比遷移は、グリカン、ペプチド、または糖ペプチドイオン断片を示す値である。本明細書に記載のいくつかの糖ペプチドについては、単一の遷移ピークまたはシグナルが存在する。本明細書に記載のいくつかの他の糖ペプチドについては、２つ以上の遷移ピークまたはシグナルが存在する。本明細書において、いくつかの実施例では、それらの糖ペプチドが同一のＭＲＭ－ＭＳ断片化パターンを有する場合、単一の遷移が、２つ以上の糖ペプチドを示すことがある。遷移ピークまたはシグナルには、本明細書に記載の遷移が含まれ、これらは、表１～５、例えば、表１、表２、表３、表４、または表５、またはそれらの組み合わせによる、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列からなるか、またはこれらから本質的になる糖ペプチドに関連しているが、これらに限定されない。ＭＲＭ質量分析についての背景情報は、その全内容がすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ：Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ａｎｄ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｄａｔａ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊ．Ｔｈｒｏｃｋ Ｗａｔｓｏｎ，Ｏ．Ｄａｖｉｄ Ｓｐａｒｋｍａｎ，ＩＳＢＮ：９７８－０－４７０－５１６３４－８，Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２００７に見出すことができる。
本明細書で使用される場合、「参照値」という用語は、病状が知られている個体（複数可）の集団から得られる値を指す。参照値はｎ次元の特徴空間にあり、マージン最大化超平面によって定義される。参照値は、当業者に周知の標準的方法に従って、個体の任意の特定の集団、亜集団、または群について決定することができる。
本明細書で使用される場合、「個体の集団」という用語は、１または複数の個体を意味する。一実施形態では、個体の集団は、１の個体からなる。一実施形態では、個体の集団は、複数の個体を含む。本明細書で使用される場合、「複数」という用語は、少なくとも２（例として、少なくとも４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、または３０）の個体を意味する。一実施形態では、個体の集団は、少なくとも１０の個体を含む。
本明細書で使用される場合、「治療」または「治療する」という用語は、１）疾患もしくは疾病を予防するかもしくは疾患または疾病から保護する、つまり、臨床症状を発症させないこと；２）疾患または疾病を阻害する、すなわち、臨床症状の発症を阻止または抑制すること；及び／または３）疾患または疾病を緩和し、臨床症状の退行をもたらすこと、を含む、哺乳動物などの対象における疾患または疾病の任意の治療を意味する。治療は、治療を必要とする対象に治療剤を投与することを含み得る。
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、示された値及びその値の上下の範囲を示し、これを包含する。ある特定の実施形態では、「約」という用語は、指定された値±１０％、±５％、または±１％を示す。ある特定の実施形態では、「約」という用語は、指定された値±その値の１標準偏差を示す。
ＩＩＩ．バイオマーカー
本明細書に記載されているのはバイオマーカーである。これらのバイオマーカーは、疾患及び状態の診断を含むがこれに限定されないさまざまな用途にとって有用である。例えば、本明細書に記載のある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、卵巣癌を診断するために有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするのに有用である。いくつかの例では、本明細書に記載のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者が適切な医学的治療を受けるように患者を分類するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のバイオマーカーまたはそれらの組み合わせは、例えば、患者を治療するための治療剤を特定することによって、患者の疾患もしくは状態を治療または改善するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者の治療の予後、または治療レジメンの成功の可能性もしくは生存性を決定するのに有用である。
本明細書に記載されているのはバイオマーカーである。これらのバイオマーカーは、疾患及び状態の診断を含むがこれに限定されないさまざまな用途にとって有用である。例えば、本明細書に記載のある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、卵巣癌を診断するために有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするのに有用である。いくつかの例では、本明細書に記載のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者が適切な医学的治療を受けるように患者を分類するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のバイオマーカーまたはそれらの組み合わせは、例えば、患者を治療するための治療剤を特定することによって、患者の疾患もしくは状態を治療または改善するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者の治療の予後、または治療レジメンの成功の可能性もしくは生存性を決定するのに有用である。
いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、後述のように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を、ＭＳの結果を分析することによって決定する。いくつかの例では、ＭＳの結果を、機械学習を使用して分析する。
本明細書に記載されているのは、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーである。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～７６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、患者からの試料をＭＳによって分析し、その結果を使用して、試料中の配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列からなる、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を決定する。いくつかの例では、後述のように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量を、ＭＳの結果を分析することによって決定する。いくつかの例では、ＭＳの結果を、機械学習を使用して分析する。
本明細書に記載されているのは、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーである。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
ａ．Ｏ－グリコシル化
いくつかの例では、本明細書に記載の糖ペプチドは、Ｏ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドには、グリカンがアミノ酸の酸素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドが含まれる。典型的には、グリカンが結合しているアミノ酸はスレオニン（Ｔ）またはセリン（Ｓ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はスレオニン（Ｔ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はセリン（Ｓ）である。
いくつかの例では、本明細書に記載の糖ペプチドは、Ｏ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドには、グリカンがアミノ酸の酸素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドが含まれる。典型的には、グリカンが結合しているアミノ酸はスレオニン（Ｔ）またはセリン（Ｓ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はスレオニン（Ｔ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はセリン（Ｓ）である。
ある特定の例では、Ｏ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）、及びそれらの組み合わせから選択される群からのそれらのペプチドを含む。ある特定の例では、本明細書に記載のＯ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）ペプチドである。ある特定の例では、本明細書に記載のＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）である。
ｂ．Ｎ－グリコシル化
いくつかの例では、本明細書に記載の糖ペプチドは、Ｎ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドには、グリカンがアミノ酸の窒素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドが含まれる。典型的には、グリカンが結合しているアミノ酸はアスパラギン（Ｎ）またはアルギニン（Ｒ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はアスパラギン（Ｎ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はアルギニン（Ｒ）である。
いくつかの例では、本明細書に記載の糖ペプチドは、Ｎ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドには、グリカンがアミノ酸の窒素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドが含まれる。典型的には、グリカンが結合しているアミノ酸はアスパラギン（Ｎ）またはアルギニン（Ｒ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はアスパラギン（Ｎ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸はアルギニン（Ｒ）である。
ある特定の例では、Ｎ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質（Ａ１ＢＧ）、ロイシンリッチアルファ－２－糖タンパク質（Ａ２ＧＬ）、アルファ－２－マクログロブリン（Ａ２ＭＧ）、アルファ－１－アンチキモトリプシン（ＡＡＣＴ）、アファミン（ＡＦＡＭ）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１及び２（ＡＧＰ１２）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１（ＡＧＰ１）、アルファ－１－酸性糖タンパク質２（ＡＧＰ２）、アポリポタンパク質Ａ－Ｉ（ＡＰＯＡ１）、アポリポタンパク質Ｂ－１００（ＡＰＯＢ）、アポリポタンパク質Ｄ（ＡＰＯＤ）、ベータ－２－糖タンパク質－１（ＡＰＯＨ）、アポリポタンパク質Ｍ（ＡＰＯＭ）、アトラクチン（ＡＴＲＮ）、カルパイン－３（ＣＡＮ３）、セルロプラスミン（ＣＥＲＵ）補体Ｈ因子（ＣＦＡＨ）、補体Ｉ因子（ＣＦＡＩ）、クラステリン（ＣＬＵＳ）、補体Ｃ３（ＣＯ３）、補体Ｃ４－Ａ及びＣ４－Ｂ（ＣＯ４Ａ及びＣＯ４Ｂ）、補体成分Ｃ６（ＣＯ６）、補体成分Ｃ８Ａ鎖（ＣＯ８Ａ）、凝固第ＸＩＩ因子（ＦＡ１２）、ハプトグロビン（ＨＰＴ）、ヒスチジンリッチ糖タンパク質（ＨＲＧ）、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ１及び２（ＩｇＡ１２）、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ２（ＩｇＡ２）、免疫グロブリン重鎖定常部ガンマ２（ＩｇＧ２）、免疫グロブリン重鎖定常部ｍｕ（ＩｇＭ）、インターアルファトリプシン阻害剤重鎖Ｈ１（ＩＴＩＨ１）、血漿カリクレイン（ＫＬＫＢ１）、キニノーゲン－１（ＫＮＧ１）、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１（ＰＯＮ１）、セレノプロテインＰ（ＳＥＰＰ１）、プロトロンビン（ＴＨＲＢ）、セロトランスフェリン（ＴＲＦＥ）、トランスサイレチン（ＴＴＲ）、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ（ＵＮ１３Ａ）、ビトロネクチン（ＶＴＮＣ）、亜鉛－アルファ－２－糖タンパク質（ＺＡ２Ｇ）、インスリン様成長因子－ＩＩ（ＩＧＦ２）、アポリポタンパク質Ｃ－Ｉ（ＡＰＯＣ１）、ヘモペキシン（ＨＥＭＯ）、免疫グロブリン重定数ガンマ１（ＩｇＧ１）、免疫グロブリンＪ鎖（ＩｇＪ）、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるメンバーを含む。
ｃ．ペプチド及び糖ペプチド
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されるのは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチドである。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドまたはペプチドである。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドはグリカン５４０２を含み、グリカンは残基２７１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ１ＡＴ－ＧＰ００１＿２７１＿５４０２である。本明細書において、Ａ１ＡＴはアルファ－１－アンチトリプシンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２７１にグリカン５４１２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ１ＡＴ－ＧＰ００１＿２７１＿５４１２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２７１にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ１ＡＴ－ＧＰ００１＿２７１ＭＣ＿５４０２である。本明細書において、「ＭＣ」は、トリプシン消化の未切断を指す。未切断ペプチドには、配列番号３から選択されたアミノ酸配列が含まれるが、トリプシン消化によって切断されなかった追加の残基も含まれる。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１７９にグリカン５４２１もしくは５４０２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ１ＢＧ－ＧＰ００２＿１７９＿５４２１／５４０２である。本明細書において、２つのグリカンがそれらの間にフォワードスラッシュ（／）を伴って引用される場合、これは、特に明記しない限り、例えば、２つのグリカンが共通の質量対電荷比を共有するため、質量分析法ではこれらの２つのグリカンを区別することができないことを意味する。特に明記されていない限り、５４２１／５４０２は、グリカン５４２１または５４０２のいずれかが存在することを意味する。グリカン５４２１／５４０２の量の定量化には、グリカン５４２１の検出量とグリカン５４０２の検出量の合計が含まれる。本明細書において、Ａ１ＢＧは、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１４２４にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿１４２４＿５４０２である。本明細書において、Ａ２ＭＧはアルファ－２－マクログロブリンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１４２４にグリカン５４１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿１４２４＿５４１１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基５５にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿５５＿５４０１である。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号８から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基５５にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿５５＿５４０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基５５にグリカン５４１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿５５＿５４１１である。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号１０から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８６９にグリカン５２００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿８６９＿５２００である。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号１１から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８６９にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿８６９＿５４０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８６９にグリカン６３０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、Ａ２ＭＧ－ＧＰ００４＿８６９＿６３０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基３３にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＦＡＭ－ＧＰ００６＿３３＿５４０２である。本明細書において、ＡＦＡＭはアファミンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン６５０３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿６５０３である。本明細書において、ＡＧＰ１２は、アルファ－１－酸性糖タンパク質１及び２を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン６５１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿６５１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン７６０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿７６０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン７６０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿７６０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン７６０３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿７６０３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号１９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７２にグリカン７６１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１２－ＧＰ００７＆００８＿７２ＭＣ＿７６１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２０から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基３３にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１－ＧＰ００７＿３３＿５４０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基９３にグリカン６５０３もしくは６５２２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿６５０３／６５２２である。本明細書において、ＡＧＰ１は、アルファ－１－酸性糖タンパク質１を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基９３にグリカン６５１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿６５１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基９３にグリカン７６０３もしくは７６２２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿７６０３／７６２２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基９３にグリカン７６１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿７６１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７４にグリカン１１０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＰＯＣ３－ＧＰ０１２＿７４＿１１０２である。本明細書において、ＡＰＯＣ３はアポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７４にグリカン１１０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＰＯＣ３－ＧＰ０１２＿７４ＭＣ＿１１０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２５３にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＡＰＯＨ－ＧＰ０１５＿２５３＿５４０１である。本明細書において、ＡＰＯＨは、ベータ－２－糖タンパク質１を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１３８にグリカン５４１２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＥＲＵ－ＧＰ０２３＿１３８＿５４１２である。本明細書において、ＣＥＲＵは、セルロプラスミンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号２９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１３８にグリカン５４２１もしくは５４０２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＥＲＵ－ＧＰ０２３＿１３８＿５４２１／５４０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３０から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１３８にグリカン６５０３もしくは６５２２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＥＲＵ－ＧＰ０２３＿１３８＿６５０３／６５２２である。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号３１から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８８２にグリカン５４２１もしくは５４０２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＦＡＨ－ＧＰ０２４＿８８２＿５４２１／５４０２である。本明細書において、ＣＦＡＨは、補体Ｈ因子を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８５にグリカン５２００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＯ３－ＧＰ０２８＿８５＿５２００である。本明細書において、ＣＯ３は、補体Ｃ３を指す。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号３３から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８５にグリカン６２００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＯ３－ＧＰ０２８＿８５＿６２００である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１３２８にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＣＯ４Ａ＆ＣＯ４Ｂ－ＧＰ０２９＆０３０＿１３２８＿５４０２である。
本明細書において、ＣＯ４Ａ＆ＣＯ４Ｂは、補体Ｃ４－Ａ及びＣ４－Ｂを指す。
本明細書において、ＣＯ４Ａ＆ＣＯ４Ｂは、補体Ｃ４－Ａ及びＣ４－Ｂを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１５６にグリカン５４２１もしくは５４０２、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＦＥＴＵＡ－ＧＰ０３６＿１５６＿５４０２／５４２１である。
本明細書において、ＦＥＴＵＡは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質を指す。
本明細書において、ＦＥＴＵＡは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１７６にグリカン６５１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＦＥＴＵＡ－ＧＰ０３６＿１７６＿６５１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基３４６にグリカン１１０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＦＥＴＵＡ－ＧＰ０３６＿３４６＿１１０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１８７にグリカン５４１２もしくは５４３１、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＥＭＯ－ＧＰ０４２＿１８７＿５４１２／５４３１である。本明細書において、ＨＥＭＯは、ヘモペキシンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号３９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基４５３にグリカン５４２０もしくは５４０１、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＥＭＯ－ＧＰ０４２＿４５３＿５４２０／５４０１である。
ある特定の例では、ペプチドは、配列番号４０から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１８４にグリカン６５０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿１８４＿６５０２である。本明細書において、ＨＰＴは、ハプトグロビンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０７にグリカン１０８０３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿１０８０３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０７にグリカン１０８０４を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿１０８０４である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０７にグリカン１１９０４を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿１１９０４である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０７にグリカン１１９１４を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿１１９１４である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０７にグリカン１１９１５を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿１１９１５である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン５４０１もしくは５４２０、または両方を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿５４０１／５４２０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン５４１２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿５４１２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン６５０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿６５０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号４９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン６５０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿６５０２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５０から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン６５１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿６５１１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４１にグリカン６５１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿６５１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１４４にグリカン５５０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＡ１２－ＧＰ０４６＆０４７＿１４４＿５５０１である。本明細書において、ＩｇＡ１２は、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ１及び２を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０５にグリカン４５１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＡ２－ＧＰ０４７＿２０５＿４５１０である。本明細書において、ＩｇＡ２は、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ２を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０５にグリカン５４１２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＡ２－ＧＰ０４７＿２０５＿５４１２である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０５にグリカン５５０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＡ２－ＧＰ０４７＿２０５＿５５１０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン３４１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿３４１０である。本明細書において、ＩｇＧ１は、免疫グロブリン重鎖定常部ガンマ１を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン４４００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿４４００である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン４５１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿４５１０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号５９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン５４００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿５４００である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６０から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン５４１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿５４１０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン５４１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿５４１１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン５５１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿５５１０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ１－ＧＰ０４８＿２９７＿非グリコシル化である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン３５１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ２－ＧＰ０４９＿２９７＿３５１０である。
本明細書において、ＩｇＧ２は、免疫グロブリン重鎖定常部ガンマ２を指す。
本明細書において、ＩｇＧ２は、免疫グロブリン重鎖定常部ガンマ２を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン４４１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ２－ＧＰ０４９＿２９７＿４４１１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２９７にグリカン４５１０を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＧ２－ＧＰ０４９＿２９７＿４５１０である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６７から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基７１にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＪ－ＧＰ０５２＿７１＿５４０１である。本明細書において、ＩｇＪは、免疫グロブリンＪ鎖を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基４３９にグリカン６２００を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＭ－ＧＰ０５３＿４３９＿６２００である。本明細書において、ＩｇＭは、免疫グロブリン重鎖定常部ｍｕを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号６９から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基４６にグリカン４３１１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＩｇＭ－ＧＰ０５３＿４６＿４３１１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７０から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２０５にグリカン６５０３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＫＮＧ１－ＧＰ０５７＿２０５＿６５０３である。本明細書において、ＫＮＧ１は、キニノーゲン－１を指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７１から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基４３２にグリカン５４０２を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＴＲＦＥ－ＧＰ０６４＿４３２＿５４０２である。本明細書において、ＴＲＦＥは、セロトランスフェリンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基６３０にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＴＲＦＥ－ＧＰ０６４＿６３０＿５４０１である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基６３０にグリカン６５１３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＴＲＦＥ－ＧＰ０６４＿６３０＿６５１３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７４から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基１６９にグリカン５４０１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＶＴＮＣ－ＧＰ０６７＿１６９＿５４０１である。本明細書において、ＶＴＮＣは、ビトロネクチンを指す。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７５から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基２４２にグリカン６５０３を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＶＴＮＣ－ＧＰ０６７＿２４２＿６５０３である。
ある特定の例では、糖ペプチドは、配列番号７６から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。いくつかの例では、糖ペプチドは、残基８６にグリカン５４２１を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、ＶＴＮＣ－ＧＰ０６７＿８６＿５４２１である。
ＩＶ．バイオマーカーの使用方法
Ａ．糖ペプチドを検出するための方法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出するための方法であって、患者から生体試料を取得することであって、生体試料は、１つまたは複数の糖ペプチドを含む、取得することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと；を含む方法である。ある特定の例では、方法は、１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。これらの遷移は、種々の例において、表１～５の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表１～３の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表１の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表２の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表３の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表４の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表５の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、糖ペプチドを示していてもよい。
Ａ．糖ペプチドを検出するための方法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出するための方法であって、患者から生体試料を取得することであって、生体試料は、１つまたは複数の糖ペプチドを含む、取得することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと；を含む方法である。ある特定の例では、方法は、１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することを含む。これらの遷移は、種々の例において、表１～５の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表１～３の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表１の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表２の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表３の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表４の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、種々の例において、表５の遷移のうちの任意の１つまたは複数を含んでいてもよい。これらの遷移は、糖ペプチドを示していてもよい。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化することと；遷移１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化することと；遷移２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化することと；遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、を含む。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドから、各場合において個別に選択される、方法である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドから、各場合において個別に選択される、方法である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の糖ペプチドを検出する方法である。いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、１つまたは複数の糖ペプチド断片を検出する方法である。ある特定の例では、この方法は、糖ペプチドまたはその断片が属する糖ペプチド群を検出することを含む。これらの例のいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質（Ａ１ＢＧ）、ロイシンリッチアルファ－２－糖タンパク質（Ａ２ＧＬ）、アルファ－２－マクログロブリン（Ａ２ＭＧ）、アルファ－１－アンチキモトリプシン（ＡＡＣＴ）、アファミン（ＡＦＡＭ）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１及び２（ＡＧＰ１２）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１（ＡＧＰ１）、アルファ－１－酸性糖タンパク質２（ＡＧＰ２）、アポリポタンパク質Ａ－Ｉ（ＡＰＯＡ１）、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）、アポリポタンパク質Ｂ－１００（ＡＰＯＢ）、アポリポタンパク質Ｄ（ＡＰＯＤ）、ベータ－２－糖タンパク質－１（ＡＰＯＨ）、アポリポタンパク質Ｍ（ＡＰＯＭ）、アトラクチン（ＡＴＲＮ）、カルパイン－３（ＣＡＮ３）、セルロプラスミン（ＣＥＲＵ）補体Ｈ因子（ＣＦＡＨ）、補体Ｉ因子（ＣＦＡＩ）、クラステリン（ＣＬＵＳ）、補体Ｃ３（ＣＯ３）、補体Ｃ４－Ａ及びＣ４－Ｂ（ＣＯ４Ａ及びＣＯ４Ｂ）、補体成分Ｃ６（ＣＯ６）、補体成分Ｃ８Ａ鎖（ＣＯ８Ａ）、凝固第ＸＩＩ因子（ＦＡ１２）、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）、ハプトグロビン（ＨＰＴ）、ヒスチジンリッチ糖タンパク質（ＨＲＧ）、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ１及び２（ＩｇＡ１２）、免疫グロブリン重鎖定常部アルファ２（ＩｇＡ２）、免疫グロブリン重鎖定常部ガンマ２（ＩｇＧ２）、免疫グロブリン重鎖定常部ｍｕ（ＩｇＭ）、インターアルファトリプシン阻害剤重鎖Ｈ１（ＩＴＩＨ１）、血漿カリクレイン（ＫＬＫＢ１）、キニノーゲン－１（ＫＮＧ１）、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１（ＰＯＮ１）、セレノプロテインＰ（ＳＥＰＰ１）、プロトロンビン（ＴＨＲＢ）、セロトランスフェリン（ＴＲＦＥ）、トランスサイレチン（ＴＴＲ）、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ（ＵＮ１３Ａ）、ビトロネクチン（ＶＴＮＣ）、亜鉛－アルファ－２－糖タンパク質（ＺＡ２Ｇ）、インスリン様成長因子－ＩＩ（ＩＧＦ２）、アポリポタンパク質Ｃ－Ｉ（ＡＰＯＣ１）、及びそれらの組み合わせ、から選択される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、糖ペプチド、糖ペプチド上のグリカン、及びグリカンが糖ペプチドに結合するグリコシル化部位残基を検出することを含む。ある特定の例では、この方法は、グリカン残基を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチド上のグリコシル化部位を検出することを含む。いくつかの例では、このプロセスは、液体クロマトグラフィーと連動して使用される質量分析を用いて達成される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、患者から生体試料を取得することを含む。いくつかの例では、生体試料は、滑液、全血、血清、血漿、尿、痰、組織、唾液、涙液、髄液、生検によって得られた組織切片（複数可）；組織培養に置かれたまたは組織培養に適合した細胞（複数可）；汗、粘液、糞便物質、胃液、腹水（ａｂｄｏｍｉｎａｌ ｆｌｕｉｄ）、羊水、嚢胞液、腹水（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ ｆｌｕｉｄ）、膵液、母乳、肺洗浄、骨髄、胃酸、胆汁、精液、膿、房水、漏出液、及び前述のものの組み合わせ、である。ある特定の例では、生体試料は、血液、血漿、唾液、粘液、尿、糞便、組織、汗、涙液、毛髪、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。これらの例のいくつかでは、生体試料は血液試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は血漿試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は唾液試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は粘液試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は尿試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は糞便試料である。これらの例のいくつかでは、生体試料は汗試料である。一部の実施形態では、生体試料は涙液試料である。一部の実施形態では、生体試料は毛髪試料である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法はまた、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することも含む。ある特定の例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化することを含む。ある特定の例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化することを含む。いくつかの例では、消化または断片化された糖ペプチドを、質量分析を使用して分析する。いくつかの例では、糖ペプチドを、消化酵素を使用して溶液相において消化または断片化する。いくつかの例では、糖ペプチドを、質量分析計、または質量分析計に結合した機器内の気相において消化または断片化する。いくつかの例では、質量分析の結果を、機械学習アルゴリズムを使用して分析する。いくつかの例では、質量分析の結果は、糖ペプチド、グリカン、ペプチド、及びそれらの断片の定量である。いくつかの例では、この定量を、訓練済みモデルにおける入力として使用して、出力確率を生成する。出力確率は、所与のカテゴリまたは分類、例えば、卵巣癌を有する分類または卵巣癌を有していない分類内に存在する確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、所与のカテゴリまたは分類、例えば、がんを有する分類またはがんを有していない分類内に存在する確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、所与のカテゴリまたは分類、例えば、自己免疫疾患を有する分類または自己免疫疾患を有していない分類内に存在する確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、所与のカテゴリまたは分類、例えば、線維症を有する分類または線維症を有していない分類内に存在する確率である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、この方法は、試料またはその一部を質量分析計に導入することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料またはその一部を質量分析計に導入した後、試料中の糖ペプチドを断片化することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、質量分析を、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、データ依存型取得においてＱＴＯＦ ＭＳを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、ＭＳのみのモードを使用して実行する。いくつかの例では、イムノアッセイを、質量分析と組み合わせて使用する。いくつかの例では、イムノアッセイでは、ＣＡ－１２５及びＨＥ４を測定する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料またはその一部を質量分析計に導入する前、試料中の糖ペプチドを消化することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、糖ペプチドイオン、ペプチドイオン、グリカンイオン、グリカン付加物イオン、またはグリカン断片イオンを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１～７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して、生体試料に対して質量分析を実行することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。ある特定の例では、生体試料を、化学試薬と合わせる。ある特定の例では、生体試料を、酵素と合わせる。いくつかの例では、酵素は、リパーゼである。いくつかの例では、酵素は、プロテアーゼである。いくつかの例では、酵素は、セリンプロテアーゼである。これらの例のいくつかでは、酵素は、トリプシン、キモトリプシン、トロンビン、エラスターゼ、及びスブチリシンからなる群から選択される。これらの例のいくつかでは、酵素は、トリプシンである。いくつかの例では、方法は、少なくとも２つのプロテアーゼを試料中の糖ペプチドと接触させることを含む。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼからなる群から選択される。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エンドプロテイナーゼ、Ａｓｐ－Ｎ、Ａｒｇ－Ｃ、Ｇｌｕ－Ｃ、Ｌｙｓ－Ｃ、ペプシン、サーモリシン、エラスターゼ、パパイン、プロテイナーゼＫ、スブチリシン、クロストリパイン、及びカルボキシペプチダーゼプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、及びアスパラギンペプチドリアーゼ、からなる群から選択される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１～７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭ遷移を検出することであって、糖ペプチドは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群からのメンバーの組み合わせから選択される２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６の組み合わせから選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して、生体試料に対して質量分析を実行することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。ある特定の例では、生体試料を、１つまたは複数の化学試薬と接触させる。ある特定の例では、生体試料を、１つまたは複数の酵素と接触させる。いくつかの例では、酵素は、リパーゼである。いくつかの例では、酵素は、プロテアーゼである。いくつかの例では、酵素は、セリンプロテアーゼである。これらの例のいくつかでは、酵素は、トリプシン、キモトリプシン、トロンビン、エラスターゼ、及びスブチリシンからなる群から選択される。これらの例のいくつかでは、酵素は、トリプシンである。いくつかの例では、方法は、少なくとも２つのプロテアーゼを試料中の糖ペプチドと接触させることを含む。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼからなる群から選択される。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エンドプロテイナーゼ、Ａｓｐ－Ｎ、Ａｒｇ－Ｃ、Ｇｌｕ－Ｃ、Ｌｙｓ－Ｃ、ペプシン、サーモリシン、エラスターゼ、パパイン、プロテイナーゼＫ、スブチリシン、クロストリパイン、及びカルボキシペプチダーゼプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、及びアスパラギンペプチドリアーゼ、からなる群から選択される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、ＭＲＭ遷移は、表１、２または３のいずれか１つにおける遷移、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、生体試料に対して液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析を実施することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、生体試料に対する多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）質量分析を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、三連四重極（ＱＱＱ）及び／または四重極飛行時間（ｑＴＯＦ）質量分析計を使用してＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用してＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の他の例では、方法は、ｑＴＯＦ質量分析計を使用して検出することを含む。いくつかの例では、本方法とともに使用するのに好適な機器は、Ａｇｉｌｅｎｔ ６４９５Ｂ三連四重極ＬＣ／ＭＳであり、これは、ｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／ｅｎ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｍａｓｓ－ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／ｌｃ－ｍｓ－ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ／ｔｒｉｐｌｅ－ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｌｃ－ｍｓ／６４９５ｂ－ｔｒｉｐｌｅ－ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｌｃ－ｍｓに見出される。ある特定の他の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用して検出することを含む。いくつかの例では、本方法とともに使用するのに好適な機器は、Ａｇｉｌｅｎｔ ６５４５ ＬＣ／Ｑ－ＴＯＦであり、これは、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／ｅｎ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｌｉｑｕｉｄ－ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ－ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－ｌｃ－ｍｓ／ｌｃ－ｍｓ－ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ／ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｔｉｍｅ－ｏｆ－ｆｌｉｇｈｔ－ｌｃ－ｍｓ／６５４５－ｑ－ｔｏｆ－ｌｃ－ｍｓに見出される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用して、２つ以上のＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用してＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ｑＴＯＦ質量分析計を使用してＭＲＭ遷移を検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用してＭＲＭ遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、１つまたは複数の生体試料の１つまたは複数のグライコミクス（ｇｌｙｃｏｍｉｃ）パラメータを定量することを含み、結合クロマトグラフィー手順を使用することを含む。いくつかの例では、これらのグライコミクスパラメータには、糖ペプチド群の同定、糖ペプチド上のグリカンの同定、グリコシル化部位の同定、糖ペプチドが含むアミノ酸配列の一部の同定が含まれる。いくつかの例では、結合クロマトグラフィー手順は、液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ）操作を実行または実施することを含む。いくつかの例では、結合クロマトグラフィー手順は、多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）操作を実行または実施することを含む。いくつかの例では、本明細書の方法は、液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ）操作を実行または実施することと；多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）操作を実行または実施することと、を含む、結合クロマトグラフィー手順を含む。いくつかの例では、方法は、三連四重極（ＱＱＱ）質量分析操作及び／または四重極飛行時間（ｑＴＯＦ）質量分析操作のうちの１つまたは複数によって得られた１つまたは複数の生体試料の１つまたは複数のグライコミクスパラメータを使用する機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、三連四重極（ＱＱＱ）質量分析操作によって得られた１つまたは複数の生体試料の１つまたは複数のグライコミクスパラメータを使用する機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、四重極飛行時間（ｑＴＯＦ）質量分析操作によって得られた１つまたは複数の生体試料の１つまたは複数のグライコミクスパラメータを使用する機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、１つまたは複数の生体試料の１つまたは複数のグライコミクスパラメータ定量することを含み、三連四重極（ＱＱＱ）質量分析操作及び四重極飛行時間（ｑＴＯＦ）質量分析操作のうちの１つまたは複数を使用することを含む。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、これらのグライコミクスパラメータを定量する。前述のいずれかを含むいくつかの例では、質量分析を、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、データ依存型取得においてＱＴＯＦ ＭＳを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、ＭＳのみのモードを使用して実行する。いくつかの例では、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を、質量分析と組み合わせて使用する。いくつかの例では、イムノアッセイでは、ＣＡ－１２５及びＨＥ４タンパク質を測定する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、及び７５、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるグリカンを示す１つまたは複数のＭＲＭ遷移を検出することを含む。本明細書において、これらのグリカンを図１～１４に図示する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、グリカンを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、第１のグリカンを定量することと、第２のグリカンを定量することを含み；第１のグリカンの定量を第２のグリカンの定量と比較することをさらに含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、検出されたグリカンを、グリカンが結合していたペプチド残基部位に関連づけすることを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料のグリコシル化プロファイルを生成することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料に関連する組織切片上のグリカンを空間的にプロファイリングすることを含む。前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料に関連する組織切片上の糖ペプチドを空間的にプロファイリングすることを含む。いくつかの例では、方法は、本明細書の方法と組み合わせた、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析法（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分析を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、グリカン及び／またはペプチドの相対存在量を定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを定量し、その定量を別の化学種の量と比較することによって糖ペプチドの量を正規化すること、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを定量し、その定量を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる別の糖ペプチドの量と比較することによってペプチドの量を正規化すること、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを定量し、その定量を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる別の糖ペプチドの量と比較することによってペプチドの量を正規化すること、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを定量し、その定量を別の化学種の量と比較することによって糖ペプチドの量を正規化すること、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを定量し、その定量を、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる別の糖ペプチドの量と比較することによってペプチドの量を正規化すること、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを定量し、その定量を、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる別の糖ペプチドの量と比較することによってペプチドの量を正規化すること、を含む。
Ｂ．糖ペプチドを含む試料を分類するための方法
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、試料の分類を同定するための方法であって、試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを質量分析（ＭＳ）によって定量することであって、糖ペプチドは、それぞれ、それぞれの場合に個別に、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む、定量することと；訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、試料の分類を同定することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、試料の分類を同定するための方法であって、試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを質量分析（ＭＳ）によって定量することであって、糖ペプチドは、それぞれ、それぞれの場合に個別に、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む、定量することと；訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、試料の分類を同定することと、を含む方法である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、糖ペプチドを分類するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、検出されたＭＲＭ遷移に基づいて糖ペプチドを分類することと、を含む方法である。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、分析されたＭＲＭ遷移を入力として使用してモデルを訓練する。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを、訓練データセットとしてＭＲＭ遷移を使用して訓練する。いくつかの例では、本明細書の方法は、糖ペプチド、ペプチド、及びグリカンを、それらの質量分析の相対存在量に基づいて同定することを含む。いくつかの例では、１または複数の機械学習アルゴリズムによって、質量分析スペクトルのピークが選択及び／または同定される。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、糖ペプチドを分類するための方法であって、個体から生体試料を入手することと；試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することと、検出されたＭＲＭ遷移に基づいて糖ペプチドを分類することと、を含む方法である。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、分析されたＭＲＭ遷移を入力として使用してモデルを訓練する。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを、訓練データセットとしてＭＲＭ遷移を使用して訓練する。いくつかの例では、本明細書の方法は、糖ペプチド、ペプチド、及びグリカンを、それらの質量分析の相対存在量に基づいて同定することを含む。いくつかの例では、１または複数の機械学習アルゴリズムによって、質量分析スペクトルのピークが選択及び／または同定される。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、入力データセットとしてＭＲＭ遷移を使用して機械学習アルゴリズムを訓練する方法である。いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、試料の分類を同定するための方法であって、試料中の糖ペプチドを質量分析（ＭＳ）によって定量することであって、糖ペプチドは、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる、定量することと；定量に基づいて、試料の分類を同定することと、を含む、方法である。いくつかの例では、定量することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの存在または不在を決定することを含む。いくつかの例では、定量することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの相対存在量を決定することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、試料は、疾患または状態を有する患者からの生体試料である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、患者は、卵巣癌を有する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、患者は、がんを有する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、患者は、線維症を有する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、患者は、自己免疫疾患を有する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、疾患または状態は、卵巣癌である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、ＭＳは、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を用いたＭＲＭ－ＭＳである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、質量分析を、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、データ依存型取得においてＱＴＯＦ ＭＳを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、ＭＳのみのモードを使用して実行する。いくつかの例では、イムノアッセイを、質量分析と組み合わせて使用する。いくつかの例では、イムノアッセイでは、ＣＡ－１２５及びＨＥ４を測定する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、二次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、動径基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、単純ベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせ、からなる群から選択される。ある特定の例では、機械学習アルゴリズムはラッソ回帰である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料を、疾患分類または疾患重症度分類内にあるか、またはそれらに包含されるものとして分類することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、この分類は、８０％の信頼度、８５％の信頼度、９０％の信頼度、９５％の信頼度、９９％の信頼度、または９９．９９９９％の信頼度により同定される。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、第１の時点で、試料中の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；第２の時点で、試料中の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；第１の時点での定量化を第２の時点での定量化と比較することと、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、第３の時点で、試料中の異なる糖ペプチドをＭＳによって定量化することと；第４の時点で、試料中の異なる糖ペプチドをＭＳによって定量することと；第４の時点での定量化を第３の時点での定量化と比較することと、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、患者の健康状態を監視することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、患者の健康状態を監視することは、遺伝子突然変異などの危険因子を有する患者の疾患の発症及び進行を監視すること、ならびにがんの再発を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを、ＭＳによって定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを、ＭＳによって定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを、ＭＳによって定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを、ＭＳによって定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、ＭＳによって、グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択される１つまたは複数のグリカンを定量することを含む。本明細書において、これらのグリカンを図１～１４に図示する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、定量に基づいて疾患または状態を有する患者を診断することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、定量に基づいて、患者を、卵巣癌有すると診断することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、標的療法、ネオアジュバント療法、外科手術、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療有効量の治療剤により患者を治療することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、定量に基づいて疾患または状態を有する個体を診断することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、個体を、老化状態を有すると診断することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、治療有効量の老化防止剤で個体を治療することを含む。いくつかの例では、老化防止剤を、ホルモン療法から選択する。いくつかの例では、老化防止剤は、テストステロンまたはテストステロンサプリメントまたは誘導体である。いくつかの例では、老化防止剤は、エストロゲンまたはエストロゲンサプリメントまたは誘導体である。
Ｃ．治療方法
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、疾患または状態を有する患者を治療するための方法であって、患者からの試料中の糖ペプチドを質量分析によって測定することを含む、方法である。いくつかの例では、患者はヒトである。ある特定の例では、患者は女性である。ある特定の他の例では、患者は、卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ１の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ２の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ３の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ４の卵巣癌を有する女性である。いくつかの例では、女性は、年齢が１０歳、２０歳、または１０～２０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が２０歳、３０歳、または２０～３０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が３０歳、４０歳、または３０～４０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が４０歳、５０歳、または４０～５０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が５０歳、６０歳、または５０～６０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が６０歳、７０歳、または６０～７０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が７０歳、８０歳、または７０～８０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が８０歳、９０歳、または８０～９０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が９０歳、１００歳、または９０～１００歳の間である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、疾患または状態を有する患者を治療するための方法であって、患者からの試料中の糖ペプチドを質量分析によって測定することを含む、方法である。いくつかの例では、患者はヒトである。ある特定の例では、患者は女性である。ある特定の他の例では、患者は、卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ１の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ２の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ３の卵巣癌を有する女性である。ある特定の例では、患者は、ステージ４の卵巣癌を有する女性である。いくつかの例では、女性は、年齢が１０歳、２０歳、または１０～２０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が２０歳、３０歳、または２０～３０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が３０歳、４０歳、または３０～４０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が４０歳、５０歳、または４０～５０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が５０歳、６０歳、または５０～６０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が６０歳、７０歳、または６０～７０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が７０歳、８０歳、または７０～８０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が８０歳、９０歳、または８０～９０歳の間である。いくつかの例では、女性は、年齢が９０歳、１００歳、または９０～１００歳の間である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を治療するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；遷移１～７６からなる群から選択される１つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出し定量することと、訓練済みモデルに定量を入力して、出力確率を生成することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者を分類することであって、分類が、（Ａ）化学療法剤を必要とする患者；（Ｂ）免疫療法剤を必要とする患者；（Ｃ）ホルモン療法を必要とする患者；（Ｄ）標的治療剤を必要とする患者；（Ｅ）手術を必要とする患者；（Ｆ）ネオアジュバント療法を必要とする患者；（Ｇ）手術前に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；（Ｈ）手術後に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；または、（Ｉ）それらの組み合わせ；からなる群から選択される、患者を分類することと；治療有効量の治療剤を患者に投与することであって、分類ＡまたはＩが決定された場合、治療剤は化学療法から選択され、分類ＢまたはＩが決定された場合、治療剤は免疫療法から選択され；あるいは分類ＣまたはＩが決定された場合、治療剤はホルモン療法から選択され；あるいは分類ＤまたはＩが決定された場合、治療剤は標的療法から選択され、分類ＦまたはＩが決定された場合、治療剤はネオアジュバント療法から選択され；分類ＧまたはＩが決定された場合、治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択され；分類ＨまたはＩが決定された場合、治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択される、投与することと、を含む方法である。
いくつかの例では、機械学習を使用して、ＭＲＭ遷移に関連するＭＳピークを同定する。いくつかの例では、ＭＲＭ遷移を、機械学習を使用して分析する。いくつかの例では、機械学習を使用して、ＭＲＭ遷移（複数可）に関連する糖ペプチドの量の定量に基づいてモデルを訓練する。いくつかの例では、ＭＲＭ遷移を、訓練済み機械学習アルゴリズムを使用して分析する。これらの例のいくつかでは、訓練済み機械学習アルゴリズムは、卵巣癌を有することがわかっている患者からの試料を分析することによって観察されたＭＲＭ遷移を使用して訓練された。
いくつかの例では、患者は、標的療法から選択される治療剤で治療される。いくつかの例では、本明細書の方法は、組み合わせＤが検出された場合に、治療有効量の（ポリ（ＡＤＰ）－リボースポリメラーゼ）（ＰＡＲＰ）阻害剤を投与することを含む。いくつかの例では、治療剤は、オラパリブ（Ｌｙｎｐａｒｚａ）、ルカパリブ（Ｒｕｂｒａｃａ）、及びニラパリブ（Ｚｅｊｕｌａ）から選択される。
いくつかの例では、患者は、白金感受性の再発性高悪性度上皮性卵巣癌、卵管癌、または原発性腹膜癌を有する成人である。
いくつかの例では、治療剤を、１５０ｍｇ、２５０ｍｇ、３００ｍｇ、３５０ｍｇ、及び６００ｍｇの用量で投与する。いくつかの例では、治療剤を、１日２回投与する。
化学療法剤としては、タキサン、例としてパクリタキセル（Ｔａｘｏｌ）またはドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ）を伴う、白金系薬物、例としてカルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ）またはシスプラチンが挙げられるが、これらに限定されない。Ｐａｒａｐｌａｔｉｎは、１０ｍｇ／ｍＬの注射用濃度で投与することができる（５０、１５０、４５０、及び６００ｍｇのバイアルにて）。進行性卵巣癌の場合、３６０ｍｇ／ｍ２、ＩＶでの単剤投与で４週間投与することができる。Ｐａｒａｐｌａｔｉｎは、組み合わせて＝３００ｍｇ／ｍ２ ＩＶ（シクロホスファミド６００ｍｇ／ｍ２ ＩＶを加えて）４週ごとに、投与することができる。Ｔａｘｏｌは、３週ごとに、１７５ｍｇ／ｍ２ ＩＶで３時間にわたって投与することができる（シスプラチンが後に続く）。Ｔａｘｏｌは、３週ごとに、１３５ｍｇ／ｍ２ ＩＶで２４時間にわたって投与することができる（シスプラチンが後に続く）。Ｔａｘｏｌは、３週ごとに、１３５～１７５ｍｇ／ｍ２ ＩＶで３時間にわたって投与することができる。
免疫療法剤としては、Ｚｅｊｕｌａ（ニラパリブ）が挙げられるが、これらに限定されない。ニラパリブは、１日１回、３００ｍｇ ＰＯで投与することができる。
ホルモン治療剤としては、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）アゴニスト、タモキシフェン、及びアロマターゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。
標的治療剤としては、ＰＡＲＰ阻害剤が挙げられるが、これに限定されない
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、生体試料に対する多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）を実行することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、質量分析を、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、データ依存型取得においてＱＴＯＦ ＭＳを使用して実行する。いくつかの例では、質量分析を、ＭＳのみのモードを使用して実行する。いくつかの例では、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を、質量分析と組み合わせて使用する。いくつかの例では、イムノアッセイでは、ＣＡ－１２５及びＨＥ４を測定する。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、この方法は、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチド及びそれらの組み合わせを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、７６、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用して、遷移１～７６からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、機械学習アルゴリズムを訓練して、定量化ステップに基づいて分類を同定することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、機械学習アルゴリズムを使用して、定量化ステップに基づいて分類を同定することを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、二次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、動径基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、単純ベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせ、からなる群から選択される。
Ｄ．患者を診断するための方法
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、疾患または状態を有する患者を診断するための方法であって、患者からの試料中の糖ペプチドを質量分析によって測定することを含む、方法である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、疾患または状態を有する患者を診断するための方法であって、患者からの試料中の糖ペプチドを質量分析によって測定することを含む、方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出及び定量すること；または、遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出及び定量することと；訓練済みモデルに検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移の定量を入力して、出力確率を生成し、出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者の診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出及び定量すること；または、遷移１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出及び定量することと；訓練済みモデルに検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移の定量を入力して、出力確率を生成し、出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者の診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む方法である。
別の実施形態では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、訓練済みモデルに検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移の定量を入力して、出力確率を生成し、出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、患者の診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む、方法である。いくつかの例では、方法は、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出及び定量すること；または、遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出及び定量することと、を含む。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくは本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出すること；または遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出することと；検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移を分析して、診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を、卵巣癌を有すると診断することと、を含む方法である。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、検出または定量された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移を分析して、診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む方法である。いくつかの例では、方法は、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくは本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出すること；または、遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出することと、を含む。
いくつかの例では、本明細書に記載されているのは、個体における老化を診断、監視、または分類するための方法であって、患者から生体試料を入手することと；ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくは本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出すること、または遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出することと；検出された糖ペプチドもしくはＭＲＭ遷移を分析して、診断分類を同定することと；診断分類に基づいて、老化分類を有するとして個体を診断、監視、または分類することと、を含む方法である。
Ｅ．疾患及び状態
本明細書に記載されているのは、様々な疾患及び状態を診断するためのバイオマーカーである。
本明細書に記載されているのは、様々な疾患及び状態を診断するためのバイオマーカーである。
いくつかの例では、疾患及び状態は、がんを含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、がんに限定されない。
いくつかの例では、疾患及び状態は、線維症を含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、線維症に限定されない。
いくつかの例では、疾患及び状態は、自己免疫疾患を含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、自己免疫疾患に限定されない。
いくつかの例では、疾患及び状態は、卵巣癌を含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、卵巣癌に限定されない。
いくつかの例では、状態は老化である。いくつかの例では、本明細書に記載される「患者」は、同様な意味合いで「個体」として記載されている。例えば、本明細書のいくつかの方法では、記載されているのは、個体における老化または老化状態を監視または診断するためのバイオマーカーである。これらの例のいくつかでは、個体は、必ずしも治療を必要とする医学的状態を有する患者ではない。いくつかの例では、個体は男性である。いくつかの例では、個体は女性である。いくつかの例では、個体は雄型の哺乳動物である。いくつかの例では、個体は雌型の哺乳動物である。いくつかの例では、個体は男性のヒトである。いくつかの例では、個体は女性のヒトである。
いくつかの例では、個体は１歳である。いくつかの例では、個体は２歳である。いくつかの例では、個体は３歳である。いくつかの例では、個体は４歳である。いくつかの例では、個体は５歳である。いくつかの例では、個体は６歳である。いくつかの例では、個体は７歳である。いくつかの例では、個体は８歳である。いくつかの例では、個体は９歳である。いくつかの例では、個体は１０歳である。いくつかの例では、個体は１１歳である。いくつかの例では、個体は１２歳である。いくつかの例では、個体は１３歳である。いくつかの例では、個体は１４歳である。いくつかの例では、個体は１５歳である。いくつかの例では、個体は１６歳である。いくつかの例では、個体は１７歳である。いくつかの例では、個体は１８歳である。いくつかの例では、個体は１９歳である。いくつかの例では、個体は２０歳である。いくつかの例では、個体は２１歳である。いくつかの例では、個体は２２歳である。いくつかの例では、個体は２３歳である。いくつかの例では、個体は２４歳である。いくつかの例では、個体は２５歳である。いくつかの例では、個体は２６歳である。いくつかの例では、個体は２７歳である。いくつかの例では、個体は２８歳である。いくつかの例では、個体は２９歳である。いくつかの例では、個体は３０歳である。いくつかの例では、個体は３１歳である。いくつかの例では、個体は３２歳である。いくつかの例では、個体は３３歳である。いくつかの例では、個体は３４歳である。いくつかの例では、個体は３５歳である。いくつかの例では、個体は３６歳である。いくつかの例では、個体は３７歳である。いくつかの例では、個体は３８歳である。いくつかの例では、個体は３９歳である。いくつかの例では、個体は４０歳である。いくつかの例では、個体は４１歳である。いくつかの例では、個体は４２歳である。いくつかの例では、個体は４３歳である。いくつかの例では、個体は４４歳である。いくつかの例では、個体は４５歳である。いくつかの例では、個体は４６歳である。いくつかの例では、個体は４７歳である。いくつかの例では、個体は４８歳である。いくつかの例では、個体は４９歳である。いくつかの例では、個体は５０歳である。いくつかの例では、個体は５１歳である。いくつかの例では、個体は５２歳である。いくつかの例では、個体は５３歳である。いくつかの例では、個体は５４歳である。いくつかの例では、個体は５５歳である。いくつかの例では、個体は５６歳である。いくつかの例では、個体は５７歳である。いくつかの例では、個体は５８歳である。いくつかの例では、個体は５９歳である。いくつかの例では、個体は６０歳である。いくつかの例では、個体は６１歳である。いくつかの例では、個体は６２歳である。いくつかの例では、個体は６３歳である。いくつかの例では、個体は６４歳である。いくつかの例では、個体は６５歳である。いくつかの例では、個体は６６歳である。いくつかの例では、個体は６７歳である。いくつかの例では、個体は６８歳である。いくつかの例では、個体は６９歳である。いくつかの例では、個体は７０歳である。いくつかの例では、個体は７１歳である。いくつかの例では、個体は７２歳である。いくつかの例では、個体は７３歳である。いくつかの例では、個体は７４歳である。いくつかの例では、個体は７５歳である。いくつかの例では、個体は７６歳である。いくつかの例では、個体は７７歳である。いくつかの例では、個体は７８歳である。いくつかの例では、個体は７９歳である。いくつかの例では、個体は８０歳である。いくつかの例では、個体は８１歳である。いくつかの例では、個体は８２歳である。いくつかの例では、個体は８３歳である。いくつかの例では、個体は８４歳である。いくつかの例では、個体は８５歳である。いくつかの例では、個体は８６歳である。いくつかの例では、個体は８７歳である。いくつかの例では、個体は８８歳である。いくつかの例では、個体は８９歳である。いくつかの例では、個体は９０歳である。いくつかの例では、個体は９１歳である。いくつかの例では、個体は９２歳である。いくつかの例では、個体は９３歳である。いくつかの例では、個体は９４歳である。いくつかの例では、個体は９５歳である。いくつかの例では、個体は９６歳である。いくつかの例では、個体は９７歳である。いくつかの例では、個体は９８歳である。いくつかの例では、個体は９９歳である。いくつかの例では、個体は１００歳である。いくつかの例では、個体は１００歳超である。
Ｖ．機械学習
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、質量分析及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、定量結果を、訓練済みモデルにおける入力として使用する。いくつかの例では、定量結果を、試験試料中の定量された各グリカンまたは糖ペプチドの絶対量、相対量、及び／またはタイプに基づいた診断アルゴリズムにより分類またはカテゴリ化し、診断アルゴリズムを、既知の疾患または疾病を有する個体の集団から得られた各マーカーの対応する値に基づいて訓練する。いくつかの例では、疾患または疾病は、卵巣癌である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、質量分析及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、定量結果を、訓練済みモデルにおける入力として使用する。いくつかの例では、定量結果を、試験試料中の定量された各グリカンまたは糖ペプチドの絶対量、相対量、及び／またはタイプに基づいた診断アルゴリズムにより分類またはカテゴリ化し、診断アルゴリズムを、既知の疾患または疾病を有する個体の集団から得られた各マーカーの対応する値に基づいて訓練する。いくつかの例では、疾患または疾病は、卵巣癌である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されているのは、機械学習アルゴリズムを訓練するための方法であって、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭ遷移シグナルの第１のデータセットを提供することと；対照試料を示すＭＲＭ遷移シグナルの第２のデータセットを提供することと；機械学習アルゴリズムを使用して、第１のデータセットを第２のデータセットと比較することと、を含む方法である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、卵巣癌を有する患者からの試料である、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含む試料を使用すること、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、卵巣癌を有する患者からの試料である、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用すること、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、対照試料を使用することを含み、対照試料は、卵巣癌を有していない患者からの試料である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、卵巣癌を有する１または複数の患者からのプールされた試料である、卵巣癌を有する患者からの試料である、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用すること、を含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書の方法は、対照試料を使用することを含み、対照試料は、卵巣癌を有していない１または複数の患者からのプールされた試料である。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、疾患または状態を有する患者及び疾患または状態を有していない患者からの質量分析データ（例えば、ＭＲＭ－ＭＳ遷移シグナル）を使用して、訓練済み機械学習モデルを生成することを含む。いくつかの例では、疾患または状態は、卵巣癌である。いくつかの例では、方法は、既知の標準試料または他の試料との相互検証により機械学習モデルを最適化することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分析データを使用して性能を定量して、個々の感度及び特異度を有するグリカン及び糖ペプチドのパネルを形成することを含む。ある特定の例では、方法は、診断に関連する信頼パーセントを決定することを含む。いくつかの例では、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１～１０個の糖ペプチドは、ある特定の信頼パーセントで卵巣癌を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１０～５０個の糖ペプチドは、より高い信頼パーセントで卵巣癌を有する患者を診断するのに有用であり得る。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、生体試料に対してＭＲＭ－ＭＳ及び／またはＬＣ－ＭＳを実行することを含む。いくつかの例では、方法は、コンピューティングデバイスによって、複数の質量スペクトルを表す理論的質量スペクトルデータを構築することを含み、複数の質量スペクトルのそれぞれは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドに対応する。いくつかの例では、方法は、コンピューティングデバイスによって、質量スペクトルデータを理論質量スペクトルデータと比較して、複数の糖ペプチドの対応する糖ペプチドに関連する複数の理論的標的質量スペクトルのそれぞれに対する複数の質量スペクトルのそれぞれの類似性を示す比較データを生成することを含む。
いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、コンピューティングデバイスによって、かつＭＲＭ－ＭＳデータに基づいて、複数の質量スペクトルにおける複数の特徴的なイオンの分布を決定し；コンピューティングデバイスによって、分布に基づいて、複数の特徴的なイオンのうちの１つまたは複数が糖ペプチドイオンであるかどうかを決定する。
いくつかの例では、本明細書の方法は、診断アルゴリズムを訓練することを含む。本明細書において、診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を指す場合がある。診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの値に基づく統計モデルにおける変数選択を指す場合がある。診断アルゴリズムを訓練することは、例えば、各カテゴリの特徴空間において重みベクトルを決定すること、または１つもしくは複数の関数パラメータを決定することを含む場合がある。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、二次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、動径基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、単純ベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせ、からなる群から選択される。ある特定の例では、機械学習アルゴリズムはラッソ回帰である。
ある特定の例では、機械学習アルゴリズムはラッソ、リッジ回帰、ランダムフォレスト、Ｋ最近傍法（ＫＮＮ）、ディープニューラルネットワーク（ＤＮＮ）、及び主成分分析（ＰＣＡ）である。ある特定の例では、ＤＮＮを使用して、質量分析データを分析対応形式に処理する。いくつかの例では、ＤＮＮを、質量スペクトルからのピークピッキングに使用する。いくつかの例では、ＰＣＡは特徴検出において有用である。
いくつかの例では、ラッソを使用して、特徴選択を提供する。
いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、タンパク質の存在量を表す各タンパク質からのペプチドを定量する。いくつかの例では、この定量化は、グリコシル化が測定されていないタンパク質を定量することを含む。
いくつかの例では、糖ペプチド配列を、質量分析計での断片化及びＢｙｏｎｉｃソフトウェアを使用するデータベース検索によって同定する。
いくつかの例では、本明細書の方法は、タンパク質機能またはグリカンモチーフなどの既知の生物学的量を表すＭＲＭＳ－ＭＳデータの特徴を検出するための、教師なし学習を含む。ある特定の例では、これらの機能を、機械により分類するための入力として使用する。いくつかの例では、ラッソ、リッジ回帰、またはランダムフォレストの性質を使用して、分類を実行する。
いくつかの例では、本明細書の方法は、アルゴリズムにおいて値を処理する前に、入力データ（例えば、ＭＲＭ遷移ピーク）を値（例えば、０～１００に基づくスケール）にマッピングすることを含む。例えば、ＭＲＭ遷移を同定し、ピークを特徴決定した後、本明細書の方法は、所与の患者のピーク周辺のｍ／ｚ及び保持時間ウィンドウにおけるＭＳスキャンを評価することを含む。いくつかの例では、得られたクロマトグラムを、ピークの開始点及び停止点を決定し、それらの点で囲まれた面積及び強度（高さ）を計算する機械学習アルゴリズムによって統合する。得られた統合された値は存在量であり、次に、それを機械学習及び統計分析の訓練及びデータセットに送り込む。
いくつかの例では、ある場合には、機械学習出力であるものを、別の場合には、機械学習入力として使用する。例えば、分類プロセスに使用されるＰＣＡに加えて、ＤＮＮデータ処理を、ＰＣＡ及びその他の分析に送り込む。これにより、少なくとも３つのレベルのアルゴリズム処理が行われる。他の階層構造は、本開示の範囲内で企図されている。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、方法は、試料中の定量された各グリカンまたは糖ペプチドの量を、診断アルゴリズムにおける各グリカンまたは糖ペプチドの対応する参照値と比較することを含む。いくつかの例では、方法は、診断アルゴリズムを使用して、試料中の定量されたグリカンまたは糖ペプチドの量を同じグリカンまたは糖ペプチドの参照値と比較する比較プロセスを含む。比較プロセスは、診断アルゴリズムによる分類の一部であり得る。比較プロセスは、抽象レベルで、例えば、ｎ次元の特徴空間においてまたはより高次元の空間において起こり得る。
いくつかの例では、本明細書の方法は、診断アルゴリズムを用いて、試料中の定量された各グリカンまたは糖ペプチドの量に基づいて患者の試料を分類することを含む。いくつかの例では、方法は、試験試料中の定量されたグリカンまたは糖ペプチドの量を使用して、診断アルゴリズムにより健康のカテゴリを決定する、統計的分類プロセスまたは機械学習分類プロセスを使用することを含む。いくつかの例では、診断アルゴリズムは統計的分類アルゴリズムまたは機械学習分類アルゴリズムである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、診断アルゴリズムによる分類は、各可能なカテゴリに属するグリカンまたは糖ペプチド値のパネルの尤度をスコアリングすることと、及び最高スコアリングカテゴリを決定することと、を含み得る。診断アルゴリズムによる分類は、距離関数を使用してマーカー値のパネルを以前の観測値と比較することを含み得る。分類に好適な診断アルゴリズムの例としては、ランダムフォレスト、サポートベクターマシン、ロジスティック回帰（例えば、多クラスまたは多項ロジスティック回帰、及び／またはスパースロジスティック回帰に適合したアルゴリズム）が挙げられる。当業者に知られているような、分類に好適な多種多様な他の診断アルゴリズムを使用することができる。
いくつかの例では、本明細書の方法は、疾患または状態（例えば、卵巣癌）を有する個体の集団から得られた各グリカンまたは糖ペプチドの値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を含む。いくつかの例では、方法は、卵巣癌を有する個体の集団から得られた各グリカンまたは糖ペプチドの値に基づく統計モデルにおける変数選択を含む。診断アルゴリズムを訓練することは、例えば、各カテゴリの特徴空間において重みベクトルを決定すること、または１つもしくは複数の関数パラメータを決定することを含み得る。
一実施形態では、参照値は、１の個体に由来する１つまたは複数の試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量である。あるいは、参照値は、複数の個体から得られたデータをプールし、グリカンまたは糖ペプチドの平均（例えば、平均または中央値）量を計算することによって導出することができる。したがって、参照値は、複数の個体におけるグリカンまたは糖ペプチドの平均量を反映し得る。前記量は、本明細書に記載されているのと同様に、絶対的または相対的に表すことができる。
いくつかの例では、参照値を、試験されている試料と同じ試料から導出することができ、したがって、２つの間の適切な比較が可能になる。例えば、試料が尿に由来する場合、参照値も尿に由来する。いくつかの例では、試料が血液試料（例えば、血漿または血清試料）である場合、参照値もまた、血液試料（例えば、必要に応じて血漿試料または血清試料）である。試料と参考値との間で比較する場合、量を表現する方法を、試料と参考値との間で一致させる。したがって、絶対量を絶対量と比較することができ、相対量を相対量と比較することができる。同様に、診断アルゴリズムによる分類のための量を表現する方法を、診断アルゴリズムを訓練するための量を表現する方法と一致させる。
グリカンまたは糖ペプチドの量を決定する場合、方法は、各グリカンまたは糖ペプチドの量をその対応する参照値と比較することを含み得る。１つ、いくつか、またはすべてのグリカンまたは糖ペプチドの累積量を決定する場合、方法は、累積量を対応する参照値と比較することを含み得る。グリカンまたは糖ペプチドの量を式において互いに組み合わせて指標値を形成する場合、その指標値を、同様に導出された対応する参照指標値と比較することができる。
参照値は、本明細書に記載の方法内で（すなわち、ステップを構成して）または方法と無関係に（すなわち、ステップを構成しないで）のいずれかにより取得することができる。いくつかの例では、方法は、マーカーの定量のための参照値を確立するステップを含む。他の例では、参照値を、本明細書に記載の方法と無関係に取得し、参照値には、本発明の比較ステップ中でアクセスする。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、診断アルゴリズムの訓練は、本明細書に記載の方法内で（すなわち、ステップを構成して）または方法と無関係に（すなわち、ステップを構成しないで）のいずれかにより取得することができる。いくつかの例では、方法は、診断アルゴリズムの訓練のステップを含む。いくつかの例では、診断アルゴリズムを、本明細書に記載の方法に関係なく訓練し、診断アルゴリズムには、本発明の分類ステップ中でアクセスする。参照値は、健康な個体（複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量することによって決定することができる。診断アルゴリズムは、健康な個体（複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量することによって訓練することができる。本明細書で使用される場合、「健康な個体」という用語は、健康な状態にある個体または個体の群、例えば、疾患の症状をまったく示さなかった、疾患と診断されていない、及び／または疾患を発症する可能性がない患者を指す。好ましくは、前記健康な個体（複数可）は、疾患に影響を与える投薬を受けておらず、他のいかなる疾患とも診断されていない。１または複数の健康な個体は、試験個体と比較して、同様の性別、年齢、及び肥満度指数（ＢＭＩ）を有する場合がある。参照値は、疾患に罹患している個体（複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量することによって決定することができる。診断アルゴリズムは、疾患に罹患している個体（複数可）の集団から得られた試料中のマーカーの量を定量することによって訓練することができる。より好ましくは、そのような個体（複数可）は、試験個体と比較して、同様の性別、年齢、及び肥満度指数（ＢＭＩ）を有する場合がある。参照値は、卵巣癌に罹患している個体の集団から取得することができる。診断アルゴリズムは、卵巣癌に罹患している個体の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量することによって訓練することができる卵巣癌の特徴的なグリカンまたは糖ペプチドプロファイルが決定されると、個体から得られた生体試料からのマーカーのプロファイルを、この参照プロファイルと比較して、試験対象もまた卵巣癌を有するかどうかを決定することができる。診断アルゴリズムが卵巣癌を分類するように訓練されると、個体から得られた生体試料からのマーカーのプロファイルを、診断アルゴリズムによって分類して、試験対象がまた、卵巣癌のその特定の段階にあるかどうかを決定することができる
ＶＩ．キット
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されるのは、糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むキットである。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されているのは、個体におけるがんを診断または監視するためのキットであって、前記個体からの試料のグリカンまたは糖ペプチドプロファイルを決定し、測定されたプロファイルを、正常な患者のプロファイルまたはがんの家族歴を有する患者のプロファイルと比較する、キットである。いくつかの例では、キットは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含む。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載されているのは、糖ペプチドに由来する酸化、ニトロ化、及び／または糖化された遊離付加物の定量化のための試薬を含むキットである。
ＶＩＩ．臨床アッセイ
前述のいずれかを含むいくつかの例では、バイオマーカー、方法、及び／またはキットを、患者を診断するための医療現場で使用することができる。これらの例のいくつかでは、試料の分析は、内部標準の使用を含む。これらの標準は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。これらの標準は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、バイオマーカー、方法、及び／またはキットを、患者を診断するための医療現場で使用することができる。これらの例のいくつかでは、試料の分析は、内部標準の使用を含む。これらの標準は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。これらの標準は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの標準は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。
医療現場では、試料を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含むように（例えば、消化によって）調製することができる。ある特定の例では、これらの試料は、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの試料は、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。ある特定の例では、これらの試料は、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含み得る。
医療現場では、試料を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むように（例えば、消化によって）調製することができる。ある特定の例では、試料を、配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むように（例えば、消化によって）調製することができる。ある特定の例では、試料を、配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むように（例えば、消化によって）調製することができる。ある特定の例では、試料を、配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含むように（例えば、消化によって）調製することができる。
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドの量を、別のバイオマーカーの濃度と比較することによって評価することができる。
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの量を、別のバイオマーカーの濃度と比較することによって評価することができる。
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドの量を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つまたは複数の糖ペプチドの量と比較することによって評価することができる。
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの量を、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの量と比較することによって評価することができる。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、キットは、糖ペプチドＭＲＭ遷移シグナルの正規化を算定するためのソフトウェアを含み得る。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、キットは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、または本質的になる糖ペプチドの量を定量するためのソフトウェアを含み得る。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、キットは、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、または本質的になる糖ペプチドの相対量を定量するためのソフトウェアを含み得る。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、訓練済みモデルを、本明細書に記載の方法を実行する臨床医がアクセスするサーバー上に保存する。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からのＭＲＭ遷移シグナルの定量を、サーバー上に保存されている訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、サーバーには、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは電気通信の方法によってアクセスする。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、訓練済みモデルを、本明細書に記載の方法を実行する臨床医がアクセスするサーバー上に保存する。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からの、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドの定量を、サーバー上に保存されている訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、サーバーには、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは電気通信の方法によってアクセスする。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、ＭＲＭ遷移信号１～７６を、本明細書に記載の方法を実行する臨床医がアクセスするサーバー上に保存する。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からのＭＲＭ遷移シグナルを、サーバー上に保存されているＭＲＭ遷移シグナル１～７６と比較する。いくつかの例では、サーバーには、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは電気通信の方法によってアクセスする。
前述のいずれかを含むいくつかの例では、本明細書に記載のＭＲＭ遷移シグナル１～７６を使用して訓練された機械学習アルゴリズムを、本明細書に記載の方法を実行する臨床医がアクセスするサーバー上に保存する。いくつかの例では、サーバー上でリモートアクセスされる機械学習アルゴリズムによって、患者の試料からのＭＲＭ遷移シグナルが分析される。いくつかの例では、サーバーには、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは電気通信の方法によってアクセスする。
ＶＩＩＩ．実施例
化学物質及び試薬。ヒト血清／血漿から精製された糖タンパク質標準を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。シークエンシンググレードのトリプシンを、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から購入した。ジチオスレイトール（ＤＴＴ）及びヨードアセトアミド（ＩＡＡ）を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。ヒト血清を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。
化学物質及び試薬。ヒト血清／血漿から精製された糖タンパク質標準を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。シークエンシンググレードのトリプシンを、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から購入した。ジチオスレイトール（ＤＴＴ）及びヨードアセトアミド（ＩＡＡ）を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。ヒト血清を、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。
試料調製。血清試料及び糖タンパク質標準を還元し、アルキル化して、次に、３７℃の水浴中で１８時間トリプシンにより消化した。
ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ 分析。定量分析のために、トリプシン消化血清試料を、三連四重極（ＱｑＱ）質量分析計に接続された高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）システムに注入した。分離を、逆相カラム上で行った。二成分勾配で使用される溶媒Ａ及びＢは、水、アセトニトリル、及びギ酸の混合物で構成されていた。典型的な正イオン源パラメータを、ベンダー提供の標準によりイオン源を調整した後に利用した。以下の範囲を評価した：３～５ｋＶ間のイオン源スプレー電圧、２５０～３５０℃の温度、及び２０～４０ｐｓｉの窒素シースガス流量。使用した機器のスキャンモードは、ｄＭＲＭであった。
グリコプロテオミクス分析のために、濃縮血清糖ペプチドを、Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）ハイブリッド四重極－Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析計またはＡｇｉｌｅｎｔ６４９５Ｂ三連四重極ＬＣ／ＭＳを用いて分析した。
ＭＲＭ質量分析設定、試料調製、及び試薬は、その全内容がすべての目的のために参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｌｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｉｔｅ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ５０ ｓｅｒｕｍ Ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｅｎｈａｎｃｅｄ ｂｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ Ｇｌｙｃｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ ｆｏｒ Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．２０１９，９１，５４３３－５４４５；ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ａｎａｌｃｈｅｍ．９ｂ００７７６、に記載されている。
実施例１－糖ペプチドバイオマーカーの同定
この実施例は、図１５及び１７～１８を参照する。
この実施例は、図１５及び１７～１８を参照する。
図１５に示されるように、ステップ１において、卵巣癌を有する患者からの試料及び卵巣癌を有していない患者からの試料が提供された。ステップ２では、プロテアーゼ酵素を使用して試料を消化し、糖ペプチド断片を形成した。ステップ３では、糖ペプチド断片をタンデムＬＣ－ＭＳ／ＭＳ機器に導入して、前述の試料に関連する保持時間及びＭＲＭ－ＭＳ遷移シグナルを分析した。ステップ４では、糖ペプチド及びグリカンバイオマーカーを同定した。機械学習アルゴリズムによって、一連のＭＳスペクトルからＭＲＭ－ＭＳ遷移シグナルが選択され、それらのシグナルが、ある特定の糖ペプチド断片の計算による質量に関連付けられた。機械学習アルゴリズムによって同定されるバイオマーカーシグナルの保持時間分析については、図１７～１８を参照のこと。
ステップ５では、卵巣癌を有する患者からの試料において同定された糖ペプチドを、ラッソ回帰を含む機械学習アルゴリズムを使用して、卵巣癌を有していない患者からの試料において同定された糖ペプチドと比較した。この比較には、糖ペプチドの種類、絶対量、及び相対量の比較が含まれていた。この比較から、ペプチドの正規化、及び糖ペプチドの相対存在量を計算した。この比較の出力結果については、図１８を参照のこと。
実施例２－糖ペプチドバイオマーカーの同定
この実施例は、図１６を参照する。
この実施例は、図１６を参照する。
図１６に示されるように、ステップ１において、患者からの試料が提供された。ステップ２では、プロテアーゼ酵素を使用して試料を消化し、糖ペプチド断片を形成した。ステップ３では、糖ペプチド断片をタンデムＬＣ－ＭＳ／ＭＳ機器に導入して、試料に関連する保持時間及びＭＲＭ－ＭＳ遷移シグナルを分析した。ステップ４では、ＭＲＭ－ＭＳ遷移シグナルを選択する機械学習アルゴリズムを使用して、それらのシグナルを、ある特定の糖ペプチド断片の計算による質量に関連付けて、糖ペプチドを同定した。ステップ５では、データを正規化する。ステップ６では、機械学習を使用して正規化されたデータを分
析し、卵巣癌を有する患者を示すバイオマーカーを同定する。
ＩＸ．表
析し、卵巣癌を有する患者を示すバイオマーカーを同定する。
ＩＸ．表
ＭＳ１及びＭＳ２の分解能は１単位であった。
セル加速器電圧は５であった。
実施例３－ ＣＡ １２５ ＥＬＩＳＡ
この実施例は、図２０を参照する。
この実施例は、図２０を参照する。
タンパク質ＣＡ１２５（がん抗原１２５）酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を、患者試料において実行した。患者プールは、卵巣癌の悪性腫瘍（ＶＯＣＡＬ）を検出するためのＩｎｔｅｒＶｅｎｎの前向き試験からの第１のｎ＝４１人の登録女性で構成されていた。境界性または悪性のがんを有するｎ＝１２人の女性、及び良性の骨盤腫瘤を有するｎ＝２９人の女性が存在し、医療現場で標的とされる正確な患者集団を表していた。モデルを、以前に商業バイオバンクから購入した遡及的試料で訓練し、ＶＯＣＡＬ試験の参加者に盲検で適用した。
ＥＬＩＳＡアッセイの結果を図２０に示す。
カットオフ＝３５で；ＥＬＩＳＡアッセイを観察して、以下のレベルの精度、感度、及び特異度にて悪性卵巣癌を診断した：精度＝５６％ 感度＝８６％ 特異度＝４８％
試料は、有病率２０％での陽性予測値＝２９％を有していた。
試料は、有病率２０％での陰性予測値＝９３％を有していた。
米国では、毎年、およそ２２，０００件の新しい卵巣癌の症例があり、これは、およそ１１０，０００件の骨盤腫瘤に起因する（有病率２０％）。観察されたように、ＣＡ－１２５試験では、１８，９２０件の悪性がん及び４２，２４０件の良性がんが正しく同定される。４５，７６０件の偽陽性及び３０８０件の偽陰性が発生する。
実施例４－グリコプロテオミクス訓練済みモデル試験
この実施例は、図２１を参照する。
この実施例は、図２１を参照する。
配列番号１～７６を使用して訓練されたモデルは、所与の患者試料が卵巣癌を有する確率を特定するためのものであった。
患者プールは、卵巣癌の悪性腫瘍（ＶＯＣＡＬ）を検出するためのＩｎｔｅｒＶｅｎｎの前向き試験からの第１のｎ＝４１人の登録女性で構成されていた。境界性または悪性の癌を有するｎ＝１２人の女性、及び良性の骨盤腫瘤を有するｎ＝２９人の女性が存在し、医療現場で標的とされる正確な患者集団を表していた。モデルを、以前に商業バイオバンクから購入した遡及的試料で訓練し、ＶＯＣＡＬ試験の参加者に盲検で適用した。
結果を図２１に示す。
カットオフ＝０．５４で；モデルを観察して、以下のレベルの精度、感度、及び特異度にて悪性卵巣癌を診断した：精度＝９２％ 感度＝８６％ 特異度＝９３％
試料は、有病率２０％での陽性予測値＝７５．０％を有していた。
試料は、有病率２０％での陰性予測値＝９６％を有していた。
米国では、毎年、およそ２２，０００件の新しい卵巣癌の症例があり、これは、およそ１１０，０００の件骨盤腫瘤に起因する（有病率２０％）。
この実施例４に記載されたグリコプロテオミクス試験では、１８，９２０件の悪性がん及び８１，８４０件の良性がんが正しく同定された。これにより、６１６０件の偽陽性及び３０８０件の偽陰性が発生する。
ＣＡ－１２５と比較して、また米国だけで、これは年間３９，６００少ない不正確な癌診断に相当する。これらの追加の正しく診断された患者はすべて、適切な外科手術と外科医にトリアージされ、彼らは、ＣＡ－１２５試験によれば適切な外科手術と外科医にトリアージされなかったであろう。これにより、患者に対するだけでなく、予測される悪性腫瘍の手術を行うために必要とされる婦人科腫瘍医に対するストレスも大幅に軽減される。
上記の実施形態及び実施例は、単に例示的かつ非限定的であることを意図している。当業者であれば、特定の化合物、物質、及び手順の多数の均等物を、日常的な実験のみを使用して認識するか、または確認することができよう。そのような均等物はすべて範囲内にあると見なされ、添付の特許請求の範囲に包含される。
ＸＩ．配列表
Claims (47)
- １つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出するための方法であって、
患者から生体試料を入手すること、または入手したことであって、前記生体試料は、１つまたは複数のグリカンまたは糖ペプチドを含む、前記入手すること、または前記入手したことと；
前記試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと；
遷移１～７６からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することと；を含む、前記方法。 - 前記試料中の糖ペプチドを前記断片化することが、前記試料またはその一部を質量分析計に導入した後に起こる、請求項１に記載の方法。
- 前記試料中の糖ペプチドを前記断片化することにより、糖ペプチドイオン、ペプチドイオン、グリカンイオン、グリカン付加物イオン、またはグリカン断片イオンを生成する、請求項１または２のいずれか１項に記載の方法。
- 前記試料中の糖ペプチドを前記消化及び／または前記断片化することにより、
配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；または
配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、ペプチドまたは糖ペプチドを生成する、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。 - 前記試料中の糖ペプチドを前記消化することにより、配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを生成する、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
- 前記試料中の糖ペプチドを前記断片化することにより、
配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；または
配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、ペプチドまたは糖ペプチドを生成する、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。 - 前記ＭＲＭ遷移が、表１～５のいずれか１つにおける遷移、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
- 前記生体試料に対して液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析を実施することをさらに含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
- 遷移１～７６からなる群から選択されるＭＲＭ遷移を検出することが、前記生体試料に対する多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）質量分析を実施することを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
- 前記１つまたは複数の糖ペプチドが、
配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；または
配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、ペプチドまたは糖ペプチドを含む、請求項１～３及び７～９のいずれか１項に記載の方法。 - 請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法であって、グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせ、からなる群から選択される１つまたは複数のグリカンを示す１つまたは複数のＭＲＭ遷移を検出することを含む、前記方法。
- 第１のグリカンを定量することと、第２のグリカンを定量することをさらに含み；前記第１のグリカンの前記定量を前記第２のグリカンの前記定量と比較することをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
- 前記検出されたグリカンを、前記グリカンが結合していたペプチド残基部位と関連づけすることをさらに含む、請求項１１または１２に記載の方法。
- グリカン及び／またはペプチドの相対存在量を定量することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
- 配列番号１～７６を有するアミノ酸から本質的になるペプチドまたは糖ペプチドの量に基づいて、糖ペプチドの量を正規化することを含む、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。
- 試料の分類を同定するための方法であって、
試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを質量分析（ＭＳ）によって定量することであって、前記糖ペプチドは、それぞれ、それぞれの場合に個別に、配列番号１～７６及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む、前記定量することと；
訓練済みモデルに前記定量を入力して、出力確率を生成することと；
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、前記試料の分類を同定することと、を含む、前記方法。 - 前記糖ペプチドがそれぞれ、それぞれの場合に個別に、
配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；または
配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチドを含む、請求項１６に記載の方法。 - 前記試料が、疾患または状態を有する患者または個体からの生体試料である、請求項１６に記載の方法。
- 前記患者が、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する、請求項１８に記載の方法。
- 前記患者が、卵巣癌を有する、請求項１８に記載の方法。
- 前記個体が、老化状態を有する、請求項１８に記載の方法。
- 前記疾患または状態が卵巣癌である、請求項１８に記載の方法。
- 前記訓練済みモデルが、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、二次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、動径基底関数カーネルサポートベクターアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、単純ベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせ、からなる群から選択される機械学習アルゴリズムを使用して訓練された、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
- 前記分類が疾患分類または疾患重症度分類である、請求項１６～２３のいずれか１項に記載の方法。
- 前記分類が、８０％を超える信頼度、８５％を超える信頼度、９０％を超える信頼度、９５％を超える信頼度、９９％を超える信頼度、または９９．９９９９％を超える信頼度により識別される、請求項２４に記載の方法。
- 第１の時点で、試料中の第１の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；
第２の時点で、試料中の第２の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；
前記第１の時点での前記定量を前記第２の時点での前記定量と比較することと、をさらに含む、請求項１３～２５のいずれか１項に記載の方法。 - 第３の時点で、試料中の第３の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；
第４の時点で、試料中の第４の糖ペプチドをＭＳによって定量することと；
前記第４の時点での前記定量を前記第３の時点での前記定量と比較することと、をさらに含む、請求項２６に記載の方法。 - 患者の健康状態を監視することをさらに含む、請求項１６～２７のいずれか１項に記載の方法。
- 配列番号１～７６からなる群から選択される前記アミノ酸配列が断片化されたところから糖ペプチドをＭＳにより定量することをさらに含む、請求項１６～２８のいずれか１項に記載の方法。
- 前記分類に基づいて、疾患または状態を有する患者を診断することをさらに含む、請求項１６～２９のいずれか１項に記載の方法。
- 前記分類に基づいて、前記患者を卵巣癌を有すると診断することをさらに含む、請求項３０に記載の方法。
- 化学療法、免疫療法、ホルモン療法、標的療法、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療有効量の治療剤により前記患者を治療することをさらに含む、請求項１６～３１のいずれか１項に記載の方法。
- 卵巣癌を有する患者を治療するための方法であって、
前記患者から生体試料を入手すること、または入手したことと；
前記試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを消化及び／または断片化すること、または消化もしくは断片化したことと；
遷移１～７６からなる群から選択される１つまたは複数の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移を検出し定量することと、
訓練済みモデルに前記定量を入力して、出力確率を生成することと；
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、前記患者を分類することであって、前記分類が、
（Ａ）化学療法剤を必要とする患者；
（Ｂ）免疫療法剤を必要とする患者；
（Ｃ）ホルモン療法を必要とする患者；
（Ｄ）標的治療剤を必要とする患者；
（Ｅ）手術を必要とする患者；
（Ｆ）ネオアジュバント療法を必要とする患者；
（Ｇ）手術前に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；
（Ｈ）手術後に、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、もしくはそれらの組み合わせを必要とする患者；
（Ｉ）またはそれらの組み合わせ、からなる群から選択される、前記分類することと；
治療有効量の治療剤を前記患者に投与することであって、
分類ＡまたはＩが決定された場合、前記治療剤は化学療法から選択され、
分類ＢまたはＩが決定された場合、前記治療剤は免疫療法から選択され；あるいは
分類ＣまたはＩが決定された場合、前記治療剤はホルモン療法から選択され；あるいは
分類ＤまたはＩが決定された場合、前記治療剤は標的療法から選択され、
分類ＦまたはＩが決定された場合、前記治療剤はネオアジュバント療法から選択され
分類ＧまたはＩが決定された場合、前記治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択され；
分類ＨまたはＩが決定された場合、前記治療剤は、化学療法剤、免疫療法剤、ホルモン療法、標的治療剤、ネオアジュバント療法、またはそれらの組み合わせから選択される、前記投与することと、を含む、前記方法。 - 前記生体試料に対する多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）を実行することを含む、請求項３３に記載の方法。
- 配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；
配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる；または
配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、１つまたは複数の糖ペプチドを定量することを含む、請求項４６または４７に記載の方法。 - 前記遷移を前記分析することが、ピークを選択すること、及び／または機械学習アルゴリズムを用いて検出された糖ペプチド断片を定量することを含む、請求項３３～３５に記載のいずれか１項に記載の方法。
- 卵巣癌を有する患者を診断するための方法であって、
前記患者から生体試料を入手すること、または入手したことと；
ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ分光計を用いたＭＲＭ－ＭＳを使用して前記生体試料の質量分析を実行して、配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つもしくは複数の糖ペプチドを検出及び定量すること；または、遷移１～７６から選択される１つもしくは複数のＭＲＭ遷移を検出することと；
訓練済みモデルに前記検出された糖ペプチドまたは前記ＭＲＭ遷移の前記定量を入力して、出力確率を生成すること、
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかを判定することと；
前記出力確率が分類のしきい値を上回っているか下回っているかに基づいて、前記患者の診断分類を同定することと；
前記診断分類に基づいて、前記患者を卵巣癌を有すると診断することと、を含む、前記方法。 - 前記検出された糖ペプチドを前記分析することが、機械学習アルゴリズムを使用することを含む、請求項３７に記載の方法
- 配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、糖ペプチド。
- 配列番号１～７６、及びそれらの組み合わせから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチド。
- 配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、糖ペプチド。
- 配列番号１、６、７、８、１０、１５、２１、２２、２３、４２、４７、４８、５１、５６、５７、５８、６２、７４、及び７６、ならびにそれらの組み合わせから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチド。
- 配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、糖ペプチド。
- 配列番号１、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２３、２４、２５、２７、３０、３２、３４、４３、４５、５１、５４、５５、６５、６８、７１、７３、７４、７５、及びそれらの組み合わせから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチド。
- 配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列からなる、糖ペプチド。
- 配列番号２、６、７、９、１０、１５、２１、２６、２８、２９、３１、３３、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４４、４６、４７、４８、４９、５０、５２、５３、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６６、６７、６９、７０、７２、７６、及びそれらの組み合わせから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる、糖ペプチド。
- 糖ペプチド標準、緩衝液、及び配列番号１～７６からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つまたは複数の糖ペプチドを含む、キット。
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