JP2023502158A - デジタルバイオマーカおよびゲノムパネルの伝達のためのシステムおよび方法 - Google Patents
デジタルバイオマーカおよびゲノムパネルの伝達のためのシステムおよび方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
本願は、その開示全体が、参照することによってその全体として本明細書に組み込まれる、2020年1月28日に出願された、米国仮出願第62/966,659号の優先権を主張する。
ここで、本開示の例示的実施形態が詳細に参照され、その実施例は、付随の図面に図示される。可能な限り、同一参照番号が、同一または同様の部品を指すために、図面全体を通して使用されるであろう。
a.少なくとも1つの着目領域を元々の画像の上にオーバーレイする
b.並置可視化
c.定量化測定値を伴う報告
d.結果を伴うデジタル試験工程の概要
a.患者既往歴
b.症例説明
c.診断説明
d.デジタルおよび/または「手動」試験結果
e.デジタル試験結果に基づいて患者のために提案される次のステップ
a.患者既往歴
b.患者概要
c.症例説明
d.完了されたデジタル試験
e.デジタル試験結果
f.結果および結果が患者にとって意味し得る内容の合成された説明
g.類似患者に基づく転帰に関する統計の可視化(例えば、情報グラフィック、双方向ウェブサイト等)
h.関連および/または最近の文献の説明
i.提案される次のステップ(例えば、臨床試験、薬物、化学療法等)等
a.元々の画像上への陽性着目領域のオーバーレイ(例えば、輪郭、アルゴリズム予測への色マッピングを伴う勾配等)
b.デジタルIHCまたはゲノムパネル予測表示を伴う画像と予測表示を伴わない画像の並置比較
c.着目バイオマーカまたは突然変異体に関する陽性面積として識別された全ての陽性病巣の優先順位化されたリスト(例えば、画像クロッピングのスライドショー、ユーザが1つの病巣から別の病巣へジャンプすることを可能にするインターフェース等)
d.全ての試験を1つの最終出力(例えば、スコア、結果、推奨等)の中に要約するか、またはデジタル試験毎の最終出力をリスト化するかのいずれかである、報告
a.元々の画像上への陽性着目領域のオーバーレイ(例えば、輪郭、アルゴリズム予測への色マッピングを伴う勾配等)。オーバーレイは、後続画像上に位置合わせされ、ユーザがシーケンシングのために腫瘍を掻爬するように誘導してもよい。
b.予測表示を伴う画像と予測表示を伴わない画像の並置比較
c.上位領域の優先順位化されたリスト(例えば、最高突然変異体負荷を伴う腫瘍等)。優先順位化されたリストは、予測とともに、腫瘍特有の特徴(例えば、腫瘍突然変異体負荷)に関して分析される全ての体部位を概略する、報告を含んでもよい。
a.ユーザ(例えば、病理学者、腫瘍医、患者等)が、インターフェースの直接リンクおよびソース(例えば、ウェブサイト、文献等)を介して、少なくとも1つの具体的推奨(例えば、募集中の臨床試験、治療に特化した病院/医師等)について詳しく知ることができる、双方向ウェブインターフェース。
b.ユーザが、限定ではないが、以下の要素を含み得る、概略された変更不可能な報告を閲覧することができる、報告。
i.患者既往歴
ii.症例説明
iii.診断説明
iv.デジタルおよび/または「手動」試験結果
v.デジタル試験結果に基づいて患者のために提案される次のステップ
本発明は、例えば、以下を提供する。
(項目1)
試料に対応する電子画像を処理するためのコンピュータ実装方法であって、上記方法は、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、上記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
上記予測、上記推奨、および/または上記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む、コンピュータ実装方法。
(項目2)
上記方法はさらに、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目3)
上記方法はさらに、ユーザが上記予測または上記可視化を精査するオプションを発生させることを含む、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目4)
上記方法はさらに、上記予測に基づいて、少なくとも1つの推奨される治療の1つまたはそれを上回る表示を発生させることを含む、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目5)
上記1つまたはそれを上回る表示は、複数の以下の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化方法を用いた報告、および複数の結果を伴う少なくとも1つのデジタル試験工程の概要のうちの1つを通して発生されてもよい、項目4に記載のコンピュータ実装方法。
(項目6)
デジタル免疫組織染色またはゲノムパネル結果の可視化は、複数の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化測定値を伴う報告、および少なくとも1つの結果を伴うデジタル試験工程の概要のうちの1つを備える、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目7)
少なくとも1つの治療経路の推奨は、複数の臨床実践ガイドラインに基づく、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目8)
少なくとも1つの予測を発生させることは、
病理学試料の1つまたはそれを上回るデジタル化された画像、関連情報、臨床情報、および患者情報を受信することと、
複数の画像および複数の対応する患者データを記憶およびアーカイブするシステムを展開することと、
上記複数の画像および上記複数の対応する患者データに基づいて、少なくとも1つの予測されるバイオマーカおよび少なくとも1つの予測されるゲノムパネル要素を決定することと、
複数の予測されるバイオマーカおよびゲノムパネル要素に基づいて、推奨される治療経路のリストを発生させることと、
1つまたはそれを上回る予測値および少なくとも1つの治療経路推奨をユーザによって可読な形態に変換することと
を含む、項目1に記載のコンピュータ実装方法。
(項目9)
上記1つまたはそれを上回る予測値および上記少なくとも1つの治療経路推奨をユーザインターフェースに出力することをさらに含む、項目8に記載のコンピュータ実装方法。
(項目10)
試料に対応する電子画像を処理するためのシステムであって、上記システムは、
命令を記憶する少なくとも1つのメモリと、
少なくとも1つのプロセッサであって、上記少なくとも1つのプロセッサは、上記命令を実行することにより、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、上記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
上記予測、上記推奨、および/または上記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む動作を実施するように構成される、少なくとも1つのプロセッサと
を備える、システム。
(項目11)
上記方法はさらに、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、項目10に記載のシステム。
(項目12)
上記方法はさらに、ユーザが上記予測または上記可視化を精査するオプションを発生させることを含む、項目10に記載のシステム。
(項目13)
上記方法はさらに、上記予測に基づいて、少なくとも1つの推奨される治療の1つまたはそれを上回る表示を発生させることを含む、項目10に記載のシステム。
(項目14)
上記1つまたはそれを上回る表示は、複数の以下の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化方法を用いた報告、および複数の結果を伴う少なくとも1つのデジタル試験工程の概要のうちの1つを通して発生されてもよい、項目10に記載のシステム。
(項目15)
デジタル免疫組織染色またはゲノムパネル結果の可視化は、複数の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化測定値を伴う報告、および少なくとも1つの結果を伴うデジタル試験工程の概要のうちの1つを備える、項目10に記載のシステム。
(項目16)
少なくとも1つの治療経路の推奨は、複数の臨床実践ガイドラインに基づく、項目10に記載のシステム。
(項目17)
少なくとも1つの予測を発生させることは、
病理学試料の1つまたはそれを上回るデジタル化された画像、関連情報、臨床情報、および患者情報を受信することと、
複数の画像および複数の対応する患者データを記憶およびアーカイブするシステムを展開することと、
上記複数の画像および上記複数の対応する患者データに基づいて、少なくとも1つの予測されるバイオマーカおよび少なくとも1つの予測されるゲノムパネル要素を決定することと、
複数の予測されるバイオマーカおよびゲノムパネル要素に基づいて、推奨される治療経路のリストを発生させることと、
1つまたはそれを上回る予測値および少なくとも1つの治療経路推奨をユーザによって可読な形態に変換することと
を含む、項目10に記載のシステム。
(項目18)
上記1つまたはそれを上回る予測値および上記少なくとも1つの治療経路推奨をユーザインターフェースに出力することをさらに含む、項目10に記載のシステム。
(項目19)
非一過性コンピュータ可読媒体であって、上記非一過性コンピュータ可読媒体は、命令を記憶しており、上記命令は、プロセッサによって実行されると、上記プロセッサに、母集団の健康を監視するための方法を実施させ、上記方法は、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、上記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
上記予測、上記推奨、および/または上記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む、非一過性コンピュータ可読媒体。
(項目20)
上記方法はさらに、上記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、項目19に記載の方法。
Claims (20)
- 試料に対応する電子画像を処理するためのコンピュータ実装方法であって、前記方法は、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、前記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
前記予測、前記推奨、および/または前記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む、コンピュータ実装方法。 - 前記方法はさらに、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記方法はさらに、ユーザが前記予測または前記可視化を精査するオプションを発生させることを含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記方法はさらに、前記予測に基づいて、少なくとも1つの推奨される治療の1つまたはそれを上回る表示を発生させることを含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記1つまたはそれを上回る表示は、複数の以下の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化方法を用いた報告、および複数の結果を伴う少なくとも1つのデジタル試験工程の概要のうちの1つを通して発生されてもよい、請求項4に記載のコンピュータ実装方法。
- デジタル免疫組織染色またはゲノムパネル結果の可視化は、複数の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化測定値を伴う報告、および少なくとも1つの結果を伴うデジタル試験工程の概要のうちの1つを備える、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 少なくとも1つの治療経路の推奨は、複数の臨床実践ガイドラインに基づく、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 少なくとも1つの予測を発生させることは、
病理学試料の1つまたはそれを上回るデジタル化された画像、関連情報、臨床情報、および患者情報を受信することと、
複数の画像および複数の対応する患者データを記憶およびアーカイブするシステムを展開することと、
前記複数の画像および前記複数の対応する患者データに基づいて、少なくとも1つの予測されるバイオマーカおよび少なくとも1つの予測されるゲノムパネル要素を決定することと、
複数の予測されるバイオマーカおよびゲノムパネル要素に基づいて、推奨される治療経路のリストを発生させることと、
1つまたはそれを上回る予測値および少なくとも1つの治療経路推奨をユーザによって可読な形態に変換することと
を含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記1つまたはそれを上回る予測値および前記少なくとも1つの治療経路推奨をユーザインターフェースに出力することをさらに含む、請求項8に記載のコンピュータ実装方法。
- 試料に対応する電子画像を処理するためのシステムであって、前記システムは、
命令を記憶する少なくとも1つのメモリと、
少なくとも1つのプロセッサであって、前記少なくとも1つのプロセッサは、前記命令を実行することにより、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、前記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
前記予測、前記推奨、および/または前記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む動作を実施するように構成される、少なくとも1つのプロセッサと
を備える、システム。 - 前記方法はさらに、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、請求項10に記載のシステム。
- 前記方法はさらに、ユーザが前記予測または前記可視化を精査するオプションを発生させることを含む、請求項10に記載のシステム。
- 前記方法はさらに、前記予測に基づいて、少なくとも1つの推奨される治療の1つまたはそれを上回る表示を発生させることを含む、請求項10に記載のシステム。
- 前記1つまたはそれを上回る表示は、複数の以下の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化方法を用いた報告、および複数の結果を伴う少なくとも1つのデジタル試験工程の概要のうちの1つを通して発生されてもよい、請求項10に記載のシステム。
- デジタル免疫組織染色またはゲノムパネル結果の可視化は、複数の方法、すなわち、元々の画像の上に層化された少なくとも1つの着目領域のオーバーレイ、並置可視化、少なくとも1つの定量化測定値を伴う報告、および少なくとも1つの結果を伴うデジタル試験工程の概要のうちの1つを備える、請求項10に記載のシステム。
- 少なくとも1つの治療経路の推奨は、複数の臨床実践ガイドラインに基づく、請求項10に記載のシステム。
- 少なくとも1つの予測を発生させることは、
病理学試料の1つまたはそれを上回るデジタル化された画像、関連情報、臨床情報、および患者情報を受信することと、
複数の画像および複数の対応する患者データを記憶およびアーカイブするシステムを展開することと、
前記複数の画像および前記複数の対応する患者データに基づいて、少なくとも1つの予測されるバイオマーカおよび少なくとも1つの予測されるゲノムパネル要素を決定することと、
複数の予測されるバイオマーカおよびゲノムパネル要素に基づいて、推奨される治療経路のリストを発生させることと、
1つまたはそれを上回る予測値および少なくとも1つの治療経路推奨をユーザによって可読な形態に変換することと
を含む、請求項10に記載のシステム。 - 前記1つまたはそれを上回る予測値および前記少なくとも1つの治療経路推奨をユーザインターフェースに出力することをさらに含む、請求項10に記載のシステム。
- 非一過性コンピュータ可読媒体であって、前記非一過性コンピュータ可読媒体は、命令を記憶しており、前記命令は、プロセッサによって実行されると、前記プロセッサに、母集団の健康を監視するための方法を実施させ、前記方法は、
組織試料と関連付けられる1つまたはそれを上回るデジタル画像、関連症例、患者、および/または複数の臨床情報を受信することと、
機械学習システムを使用して、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測、推奨、および/または複数のデータのうちの1つまたはそれを上回るものを決定することであって、前記機械学習システムは、バイオマーカおよび複数のゲノムパネル要素を予測するために、複数の訓練画像を使用して、訓練されている、ことと、
前記予測、前記推奨、および/または前記複数のデータに基づいて、出力および少なくとも1つの可視化領域を症例履歴の一部として臨床報告システム内にログ付けすべきかどうかを決定することと
を含む、非一過性コンピュータ可読媒体。 - 前記方法はさらに、前記1つまたはそれを上回るデジタル画像に関する予測または可視化が利用可能であることを示す通知を発生させることを含む、請求項19に記載の方法。
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