JP2023081859A - コロナウイルスワクチン - Google Patents

コロナウイルスワクチン Download PDF

Info

Publication number
JP2023081859A
JP2023081859A JP2022190612A JP2022190612A JP2023081859A JP 2023081859 A JP2023081859 A JP 2023081859A JP 2022190612 A JP2022190612 A JP 2022190612A JP 2022190612 A JP2022190612 A JP 2022190612A JP 2023081859 A JP2023081859 A JP 2023081859A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
rna
seq
sars
cov
immunogenic
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2022190612A
Other languages
English (en)
Inventor
ムイク，アレクサンダー
Muik Alexander
ポラン，アサフ
PORAN Asaf
シャヒン，ウール
Sahin Ugur
アン スワンソン，ケーナ
Anne SWANSON Kena
ヤン，チー
Qi Yang
ツァイ，ホイ
Hui Cai
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Biontech SE
Original Assignee
Biontech SE
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Biontech SE filed Critical Biontech SE
Publication of JP2023081859A publication Critical patent/JP2023081859A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A61K39/215—Coronaviridae, e.g. avian infectious bronchitis virus
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/12—Viral antigens
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/7115—Nucleic acids or oligonucleotides having modified bases, i.e. other than adenine, guanine, cytosine, uracil or thymine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/48—Preparations in capsules, e.g. of gelatin, of chocolate
    • A61K9/50—Microcapsules having a gas, liquid or semi-solid filling; Solid microparticles or pellets surrounded by a distinct coating layer, e.g. coated microspheres, coated drug crystals
    • A61K9/51—Nanocapsules; Nanoparticles
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/51—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising whole cells, viruses or DNA/RNA
    • A61K2039/53—DNA (RNA) vaccination
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/58—Medicinal preparations containing antigens or antibodies raising an immune response against a target which is not the antigen used for immunisation
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/70—Multivalent vaccine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/20011—Coronaviridae
    • C12N2770/20034—Use of virus or viral component as vaccine, e.g. live-attenuated or inactivated virus, VLP, viral protein

Abstract

【課題】コロナウイルス感染症を予防または治療するための免疫原性組成物を提供する。【解決手段】ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、特定の配列と少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、（ａ）修飾ウリジン、及び（ｂ）５’キャップを含み、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物である。【選択図】なし

Description

本開示は、コロナウイルス感染症を予防または治療するためのＲＮＡの分野に関する。具体的には、本開示は、コロナウイルス感染症に対するワクチン接種のための方法及び薬剤、ならびに抗体及び／またはＴ細胞応答などの効果的なコロナウイルス抗原特異的免疫応答を誘導するための方法及び薬剤に関する。これらの方法及び薬剤は、特に、コロナウイルス感染症の予防または治療に有用である。本明細書に開示されるＲＮＡの対象への投与は、コロナウイルス感染症から当該対象を保護することができる。具体的には、一実施形態では、本開示は、対象におけるコロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に対する免疫応答を誘導するための、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（Ｓタンパク質）のエピトープを含むペプチドまたはタンパク質をコードするＲＮＡ、すなわち、ワクチン抗原をコードするワクチンＲＮＡを、当該対象に投与することを含む方法に関する。対象にワクチン抗原をコードするＲＮＡを投与することは、対象におけるワクチン抗原（及び疾患関連抗原）に対する免疫応答を誘導するための（適切な標的細胞によるＲＮＡの発現後の）ワクチン抗原を提供することができる。
コロナウイルスは、スパイクタンパク質（Ｓ）、エンベロープタンパク質（Ｅ）、膜タンパク質（Ｍ）、及びヌクレオカプシドタンパク質（Ｎ）の合計４つの構造タンパク質をコードする一本鎖プラス鎖ＲＮＡ（（＋）ｓｓＲＮＡ）エンベロープウイルスである。スパイクタンパク質（Ｓタンパク質）は、受容体認識、細胞への結合、エンドソーム経路を介した感染、及びウイルス膜とエンドソーム膜との融合によって駆動されるゲノム放出を担う。異なるファミリーメンバー間の配列は異なるが、Ｓタンパク質内に保存領域及びモチーフが存在し、Ｓタンパク質を２つのサブドメイン：Ｓ１及びＳ２に分類することを可能にする。膜貫通ドメインを有するＳ２は膜融合を担うが、Ｓ１ドメインは、ウイルス特異的受容体を認識し、標的宿主細胞に結合する。いくつかのコロナウイルス単離株内で、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）が同定され、Ｓタンパク質の一般的な構造が定義された（図１）。
２０１９年１２月、中国武漢で原因不明の肺炎が発生し、新型コロナウイルス（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）が根本原因であることが明らかになった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の遺伝子配列は、ＷＨＯ及び公衆に利用可能になり（ＭＮ９０８９４７．３）、ウイルスは、ベータコロナウイルス亜科に分類された。配列分析により、系統樹は、ヒトに感染する別のコロナウイルス、すなわち、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）ウイルスよりも、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ウイルス単離株との密接な関係を明らかにした。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症及び結果として生じる疾患ＣＯＶＩＤ－１９は、世界的に広がり、ますます多くの国に影響を与えている。２０２０年３月１１日、ＷＨＯは、ＣＯＶＩＤ－１９の発生をパンデミックとして特徴付けた。２０２０年１２月１日現在、世界的に確認されているＣＯＶＩＤ－１９の症例は６３００万件を超え、死亡者は１４０万人を超えており、１９１の国／地域が影響を受けている。現在進行中のパンデミックは、世界の公衆衛生及び経済の安定にとって依然として重要な課題である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する既存の免疫がないため、全ての個人は感染のリスクがある。感染後、中和抗体応答及び細胞媒介性免疫によって、全てではないが一部の個体が保護免疫を発達させる。しかしながら、この保護がどの程度、及びどれくらいの期間継続するかは現在不明である。ＷＨＯによると、感染した個体の８０％は病院のケアを必要とせずに回復し、１５％はより重度の疾患を発症し、５％は集中治療を必要とする。加齢及び基礎疾患は、重度の疾患を発症するための危険因子と考えられる。
ＣＯＶＩＤ－１９の症状は、一般的に咳及び発熱を伴い、胸部Ｘ線撮影は、スリガラス様陰影または斑陰影を示す。しかしながら、多くの患者は、発熱またはＸ線写真の変化なしに存在し、感染症は無症候性であり得、これは伝播の制御に関連する。症候性の対象では、疾患の進行は、人工呼吸を必要とする急性呼吸窮迫症候群、及びその後の多臓器不全及び死亡につながる可能性がある。入院患者の一般的な症状（最高頻度から最低頻度の順）には、発熱、乾燥咳、息切れ、疲労、筋肉痛、吐き気／嘔吐または下痢、頭痛、脱力感、及び鼻血が含まれる。ＣＯＶＩＤ－１９を有する個体のおよそ３％では、無臭覚症（臭覚の喪失）または無味覚症（味覚の喪失）が唯一の主症状である可能性がある。
全ての年齢が疾患を提示し得るが、特に６０歳超の人では、症例死亡率（ＣＦＲ）が上昇する。併存疾患は、心血管疾患、糖尿病、高血圧、及び慢性呼吸器疾患を含む、ＣＦＲの増加にも関連している。ＣＯＶＩＤ－１９患者の中で、感染した患者への職業的曝露が原因で、医療従事者が大きな比率を占めている。
ほとんどの場合、分子試験を使用してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出し、感染を確認する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスＲＮＡを標的とする逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）試験方法は、ＣＯＶＩＤ－１９の疑いのある症例を診断するためのインビトロでのゴールドスタンダード方法である。試験される試料を、鼻及び／または喉からスワブで収集する。
とりわけ、本開示は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントもしくは免疫原性ポリペプチド（例えば、Ｓタンパク質）、またはそれらの免疫原性断片への曝露によって（例えば、ワクチン接種及び／または感染によって）誘発される免疫応答に関する洞察を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＡ．２及び／またはＢＡ．４／５オミクロンＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳタンパク質、あるいはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを投与することで、例えば、改善されたオミクロンＢＡ．４及び／またはオミクロンＢＡ．５ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの中和及び／または懸念されるオミクロンバリアントのより広範な交差中和（例えば、より多くの懸念されるオミクロンバリアントに対するより高い中和力価）を含む、改善された免疫応答をもたらすことができる。いくつかの実施形態では、本開示は、二価コロナウイルスワクチン（例えば、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする第１のＲＮＡと、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする第２のＲＮＡとを含む二価ＢＡ．４／５ワクチン）が、一価コロナウイルスワクチン（例えば、コロナウイルス株またはそのバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むワクチン）と比較して、ある特定の対象において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株及びそのある特定のバリアント（例えば、いくつかの実施形態では、関連する管轄区域で蔓延している、及び／または速やかに広がっているバリアント、例えば、ある特定のオミクロンバリアント）に対してより広範な交差中和を提供することができるという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、かかるより広範な交差中和は、ワクチン未接種の対象において観察され得る。いくつかの実施形態では、かかるより広範な交差中和は、コロナウイルス感染症（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症）を有しない対象において観察され得る。いくつかの実施形態では、かかるより広範な交差中和は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン（例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン、例えば、武漢株のいくつかの実施形態では）を以前に受けた対象において観察され得る。いくつかの実施形態では、かかるより広い交差中和は、若い小児対象（例えば、６ヶ月～２歳未満、及び／または２歳～５歳未満の対象）において観察され得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、少なくとも２つのある特定のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントもしくは免疫原性ポリペプチド（例えば、Ｓタンパク質）、またはそれらの免疫原性断片への曝露が、１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの他の組み合わせへの曝露と比較して、免疫応答（例えば、より高い中和力価、より広範な交差中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）の相乗的改善をもたらし得るという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片への曝露、ならびに（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）オミクロンＢＡ．１バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片への曝露が、１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの他の組み合わせと比較して、免疫応答の相乗的改善（例えば、より高い中和力価、より広範な交差中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）をもたらすことができるという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片への曝露、ならびに（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片への曝露は、１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの他の組み合わせへの曝露と比較して、免疫応答の相乗的改善（例えば、より高い中和力価、より広範な交差中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）をもたらすことができるという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、（ｉ）（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、オミクロンＢＡ．１、及び前述の株／バリアントのうちのいずれかに由来する亜系統から選択される株／バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質への曝露、ならびに（ｉｉ）（例えば、ワクチン接種及び／または感染による）オミクロンＢＡ．２、オミクロンＢＡ．４、オミクロンＢＡ．５、及び前述の株／バリアントのうちのいずれかに由来する亜系統からなる群から選択される株／バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質への曝露と組み合わせることにより、１つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２バリアントの他の組み合わせへの曝露と比較して、免疫応答の相乗的改善（例えば、より高い中和力価、より広範な交差中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）をもたらすことができるという洞察を提供する。
本開示はまた、複数の異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株への曝露（例えば、ワクチン接種及び／または感染）後に、対象において免疫応答がどのように発生するかに関する重要な洞察を提供する。とりわけ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの異なる組み合わせが異なる免疫応答を誘発するという所見が、本明細書に開示される。具体的には、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのある特定の組み合わせへの曝露が、改善された免疫応答（例えば、より高い中和力価、より広範な交差中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）を誘発することができるという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、対象が、各々が共有エピトープをほとんど有していない２つ以上の抗原を（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）送達されたときに産生され得る。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、対象が、中和抗体によって結合され得るエピトープ（例えば、アミノ酸変異を含む）を５０％以下（例えば、４０％以下、３０％以下、２０％以下、またはそれ以上）共有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の組み合わせを（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）送達されるときに産生され得る。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして、（ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片、及び（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアントからのＳタンパク質またはその免疫原性断片を送達することによって産生され得る。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして、（ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片を送達することによって産生され得る。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント、もしくはＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳタンパク質またはその免疫原性断片、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片を送達することによって産生され得る。いくつかの実施形態では、改善された免疫応答は、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片、ならびに（ｂ）ＢＡ．２もしくはＢＡ．４もしくはＢＡ．５ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片を送達することによって産生され得る。
いくつかの実施形態では、本開示はまた、複数回用量（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはそれ以上の用量）の本明細書に記載のコロナウイルスワクチン（例えば、二価ＢＡ．４／５ワクチンなどの本明細書に記載の二価ワクチン）の投与が、１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株またはそのバリアントに対する抗体の親和性に対するある特定の有益な効果（複数可）を提供し得るという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、抗体の親和性に対するかかる有益な効果（複数可）は、ある特定のオミクロンバリアントに対する抗体に関して観察され得る。単なる例として、いくつかの実施形態では、抗体の親和性に対するかかる有益な効果（複数可）は、例えば、武漢株と少なくとも１つ以上の共通のエピトープを共有するある特定のオミクロンバリアントに対する抗体に関して観察され得る。
本明細書ではまた、改善された免疫応答（例えば、より広範な交差中和活性を有する免疫応答、より強力な中和、及び／または免疫逃避の影響を受けにくい免疫応答）をもたらすことができる組成物も開示される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、２つ以上の抗原または共有エピトープをほとんど有しないかかる抗原をコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードする核酸として、中和抗体によって結合され得るエピトープ（例えば、アミノ酸変異を含む）の５０％以下（例えば、４０％以下、３０％以下、２０％以下またはそれ以上）を共有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片の組み合わせを送達する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及び（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのＳタンパク質（例えば、いくつかの実施形態では、ＢＡ．１、ＢＡ．２、もしくはＢＡ．４／５オミクロンバリアントからのＳタンパク質）またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、あるいはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、（ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、またはデルタバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び（ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２もしくはＢＡ．４もしくはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントからのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、４つの構造タンパク質を有するＲＮＡウイルスである。それらのうちの１つであるスパイクタンパク質は、宿主細胞に存在するアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ－２）に結合する表面タンパク質である。したがって、スパイクタンパク質は、ワクチン開発のための関連抗原であると考えられる。
ＢＮＴ１６２ｂ２（配列番号２０）は、ＣＯＶＩＤ－１９の予防のためのｍＲＮＡワクチンであり、ＣＯＶＩＤ－１９の予防における９５％以上の有効性が実証されている。ワクチンは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）に封入された完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質（Ｓ）をコードする５’キャップｍＲＮＡで作製される。最終生成物は、ＢＮＴ１６２ｂ２を活性物質として含有する注射用分散液の濃縮物として提示される。他の成分は、ＡＬＣ－０３１５（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、ＡＬＣ－０１５９（２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド）、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＳＰＣ）、コレステロール、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、塩化ナトリウム、リン酸二ナトリウム水和物、スクロース、及び注射用水である。
いくつかの実施形態では、異なる緩衝液が、ＰＢＳの代わりに使用され得る。いくつかの実施形態では、緩衝液は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、製剤は、ＡＬＣ－０３１５（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、ＡＬＣ－０１５９（２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド）、ＤＳＰＣ（１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン）、コレステロール、スクロース、トロメタモール（Ｔｒｉｓ）、トロメタモール塩酸塩、及び水を含む。
いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約０．１ｍｇ／ｍｌである。いくつかの実施形態では、約３０ｕｇのＲＮＡは、約２００ｕＬのＲＮＡ調製物を投与することによって投与される。いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡは、投与前に希釈される（例えば、約０．０５ｍｇ／ｍｌの濃度に希釈される）。いくつかの実施形態では、投与体積は、約２００μｌ～約３００μｌである。いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡは、約１０ｍＭのＴｒｉｓ緩衝液、及び約１０％のスクロース中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約０．１ｍｇ／ｍｌであり、約１０ｍＭのＴｒｉｓ緩衝液、約１０％のスクロース、及び約１０μｇの用量中に製剤化されるか、またはＲＮＡは、薬学的ＲＮＡ調製物を約１：１に希釈し、約２００μｌの希釈した薬学的ＲＮＡ調製物を投与することによって投与される。いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約０．１ｍｇ／ｍｌであり、約１０ｍＭのＴｒｉｓ緩衝液、約１０％のスクロース、及び約１０μｇのＲＮＡの用量中に製剤化され、薬学的ＲＮＡ調製物を約１：５．７５に希釈し、約２００μｌの希釈した薬学的ＲＮＡ調製物を投与することによって投与される。
ＢＮＴ１６２ｂ２によってコードされたＳタンパク質のアミノ酸配列は、「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２単離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１」：ＧｅｎＢａｎｋ：ＭＮ９０８９４７．３（完全ゲノム）及びＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１（スパイク表面糖タンパク質）の配列に基づいて選択された。ＢＮＴ１６２ｂ２活性物質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク抗原に翻訳される一本鎖５’キャップコドン最適化ｍＲＮＡからなる。ＢＮＴ１６２ｂ２によってコードされるスパイク抗原タンパク質配列は、抗原的に改善された融合前立体配座（Ｐ２Ｓ）を安定化する、２つのプロリン変異を含有する。ＢＮＴ１６２ｂ２は、ウリジンを含有せず、ウリジンの代わりに修飾されたＮ１－メチルプソイドウリジンが、ＲＮＡ合成において使用される。ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡは、宿主細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に翻訳される。次いで、Ｓタンパク質は、適応免疫応答を誘導する細胞表面上で発現される。ＢＮＴ１６２ｂ２によってコードされたＳタンパク質は、ウイルスに対する中和抗体の標的として同定され、関連するワクチン成分とみなされる。成人ワクチン未接種の対象（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンを以前に投与されていない１６歳以上の対象）の場合、ＦＤＡによって承認されたＢＮＴ１６２ｂ２の投薬レジメンは、２回の３０μｇ用量の希釈ワクチン溶液をおよそ２１日間の間隔で筋肉内（ＩＭ）投与することを含む。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の新規の流行しているバリアントの最近の出現は、ワクチン介入の地理的かつ時間的有効性に関する重大な懸念を提起している。最も初期に登場し、急速に世界的に優勢となったバリアントのうちの１つは、Ｄ６１４Ｇであった。
アルファバリアント（Ｂ．１．１．７、ＶＯＣ２０２０１２／０１、５０１Ｙ．Ｖ１またはＧＲＹとしても知られる）は、当初、英国で検出された。アルファバリアントは、Ｓ遺伝子のいくつかの変異を含む、多数の変異を有する。これは、本質的により伝染性であることが示されており、増殖率は、複数の国において他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２系統よりも４０～７０％高いと推定されている（Ｖｏｌｚ ｅｔ ａｌ．，２０２１，Ｎａｔｕｒｅ，ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２１－０３４７０－ｘ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０２１，Ｃｅｌｌ ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．０３．０５２）。
ベータバリアント（Ｂ．１．３５１またはＧＨ／５０１Ｙ．Ｖ２としても知られる）は、南アフリカで最初に検出された。ベータバリアントは、Ｓ遺伝子にいくつかの変異を有する。これらの変異のうちの３つ、すなわち、Ｎ５０１Ｙ（アルファと共有）及びＥ４８４Ｋ及びＫ４１７Ｎは、免疫回避に関連するＲＢＤ内の部位である。
ガンマバリアント（Ｐ．１またはＧＲ／５０１Ｙ．Ｖ３としても知られる）は、ブラジルで最初に検出された。ガンマバリアントは、ベータと共有される２つの変異（Ｎ５０１Ｙ及びＥ４８４Ｋ）、ならびに４１７位における異なる変異（Ｋ４１７Ｔ）を含む、スパイクタンパク質に影響を及ぼすいくつかの変異を有する。
デルタバリアント（Ｂ．１．６１７．２またはＧ／４７８Ｋ．Ｖ１としても知られる）は、インドで最初に文書化された。デルタバリアントは、スパイクタンパク質に影響を及ぼすいくつかの点変異を有し、Ｐ６８１Ｒ（アルファと共有され、フューリン切断部位に隣接する変異位置）、及びＲＢＤ内にあり、ＡＣＥ２への結合の増加及び中和抗体耐性と関係するＬ４５２Ｒが挙げられる。１５６／１５７位のスパイクタンパク質にも欠失が存在する。
これらの４つのＶＯＣは世界的に流行し、最初に同定された地理的地域において優勢なバリアントとなった。
２０２１年１１月２４日、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）のバリアントが、南アフリカからＷＨＯに初めて報告された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン及びその亜系統は、２０２１年１１月の最初の出現以来、ＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの疫学的状況に大きな影響を与えている（ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖｉｒｕｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＶＥ）：Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．２５９）：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ（２０２１）、ＷＨＯ Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ（ＨＱ），ＷＨＯ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉｅｓ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ：Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｂｒｉｅｆ ａｎｄ ｐｒｉｏｒｉｔｙ ａｃｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｍｅｍｂｅｒ Ｓｔａｔｅｓ（２０２２））。多くの中和抗体エピトープの喪失をもたらす第１のオミクロンバリアントＢＡ．１のスパイク（Ｓ）糖タンパク質の著しい改変（Ｍ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＶＩＤ－１９ ｐａｎｄｅｍｉｃ”，Ｃｅｌｌ １８５，４４７－４５６．ｅ１１（２０２２））により、ＢＡ．１は、以前に確立されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株（武漢－Ｈｕ－１）に基づく免疫から部分的に逃避することが可能になった（Ｖ．Ｓｅｒｖｅｌｌｉｔａ，ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ”，Ｃｅｌｌ １８５，１５３９－１５４８．ｅ５（２０２２）、Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，“Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｓｃａｐｅｓ ｔｈｅ ｍａｊｏｒｉｔｙ ｏｆ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ”，Ｎａｔｕｒｅ ６０２，６５７－６６３（２０２２））。したがって、ワクチン接種された個体がオミクロンにブレークスルー感染することは、以前のＶＯＣよりも一般的である。世界中の多くの国では、オミクロンＢＡ．１がＢＡ．２バリアントに置き換わっている一方で、ＢＡ．１．１及びＢＡ．３などの他のバリアントは、一時的に及び／または局所的に勢いを増しているが、世界的に優勢とはならなかった（Ｓ．Ｘｉａ ｅｔ ａｌ．，“Ｏｒｉｇｉｎ，ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ，ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ．Ｔａｒｇｅｔ．Ｔｈｅｒ．７，２４１（２０２２）、Ｈ．Ｇｒｕｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，“ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ｅｘｈｉｂｉｔ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｓｃａｐｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ ７，２４１（２０２２）．）。その後、米国では、オミクロンＢＡ．２．１２．１がＢＡ．２に代わって優勢となったが、欧州、アフリカの一部、及びアジア／太平洋では、ＢＡ．４及びＢＡ．５がＢＡ．２に代わって優勢となった（Ｈ．Ｇｒｕｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，“ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ｅｘｈｉｂｉｔ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｓｃａｐｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ，”Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ ７，２４１（２０２２）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ｗｅｅｋｌｙ ＣＯＶＩＤ－１９ ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ－Ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｒｅｐｏｒｔ：Ｗｅｅｋ ３１ ２０２２（２０２２）、Ｊ．Ｈａｄｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ：Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ｔｒａｃｋｉｎｇ ｏｆ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，“Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３４，４１２１－４１２３（２０１８））。現在、オミクロンＢＡ．５は、米国を含め、世界的に優勢である（Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ．ＣＯＶＩＤ Ｄａｔａ Ｔｒａｃｋｅｒ．Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ：ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＣＤＣ；２０２２，Ａｕｇｕｓｔ １２．ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｖｉｄ．ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｖｉｄｄａｔａ－ｔｒａｃｋｅｒ（２０２２））。
オミクロンは、Ｓ糖タンパク質に多くの改変（アミノ酸の交換、挿入、または欠失）を獲得しており、それらの中で、全てのオミクロンＶＯＣ間で共有されているものもあれば、１つ以上のオミクロン亜系統に特異的であるものもある。抗原的には、ＢＡ．２．１２．１は、ＢＡ．１ではなくＢＡ．２と高い類似性を示すが、ＢＡ．４及びＢＡ．５は、それらの系譜に沿って、それらの祖先ＢＡ．２とは大幅に異なり、ＢＡ．１とは更に異なる（Ａ．Ｚ．Ｍｙｋｙｔｙｎ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｙ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ａｎｄ ＢＡ．２ ａｒｅ ａｎｔｉｇｅｎｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ，”Ｓｃｉ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７，ｅａｂｑ４４５０（２０２２）．）。残りのオミクロンＶＯＣとのＢＡ．１の主な違いとしては、Ｓ糖タンパク質Ｎ末端ドメインのΔ１４３～１４５、Ｌ２１２Ｉ、またはｉｎｓ２１４ＥＰＥ、及び受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＧ４４６ＳまたはＧ４９６Ｓが挙げられる。ＲＢＤ中のＴ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、及びＲ４０８Ｓのアミノ酸変化は、順に、ＢＡ．２及びその子孫と共通であるが、ＢＡ．１には見出されない。加えて、いくつかの改変は、個々のＢＡ．２子孫ＶＯＣに特異的であり、ＢＡ．２．１２．１の場合のＬ４５２ＱまたはＢＡ．４及びＢＡ．５の場合のＬ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖ（ＢＡ．４及びＢＡ．５は同じＳ配列をコードする）が挙げられる。これらの共有されたＶＯＣ特異的改変のほとんどは、野生型Ｓ糖タンパク質に対するモノクローナル抗体及びポリクローナル血清からの免疫逃避において重要な役割を果たすことが示された。特に、ＢＡ．４／ＢＡ．５特異的改変は、これらのＶＯＣの免疫逃避に強く関与している（Ｐ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ Ｂ．１．３５１ ａｎｄ Ｂ．１．１．７．Ｎａｔｕｒｅ ５９３，１３０－１３５（２０２１）、Ｑ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，＆ ＢＡ．５．Ｎａｔｕｒｅ ６０８，６０３－６０８（２０２２））。
本開示は概して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片、すなわち、抗原ペプチドもしくはタンパク質を含む、アミノ酸配列、例えば、ワクチン抗原をコードするＲＮＡ、例えば、ワクチンＲＮＡの投与を含む、対象の免疫療法的治療を包含する。したがって、ワクチン抗原は、対象におけるコロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に対する免疫応答を誘導するためのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のエピトープを含む。ワクチン抗原をコードするＲＮＡを投与して、（適切な標的細胞によるポリヌクレオチドの発現に続いて）、標的抗原（コロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質）またはその進行産物を標的とする、免疫応答、例えば、抗体及び／または免疫エフェクター細胞の誘導、すなわち、刺激、プライミング、及び／または拡張のための抗原を提供する。一実施形態では、本開示に従って誘導される免疫応答は、Ｂ細胞媒介性免疫応答、すなわち、抗体媒介性免疫応答である。追加的にまたは代替的に、一実施形態では、本開示に従って誘導される免疫応答は、Ｔ細胞媒介性免疫応答である。一実施形態では、免疫応答は、抗コロナウイルス、特に抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２免疫応答である。
本明細書に記載のワクチンは、有効成分として、レシピエントの細胞に入るとタンパク質に翻訳され得る一本鎖ＲＮＡを含む。抗原配列をコードする野生型配列またはコドン最適化配列に加えて、ＲＮＡは、安定性及び翻訳効率に関して最大有効性のために最適化された１つ以上の構造要素（例えば、５’キャップ、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、ポリ（Ａ）尾部、及びそれらの組み合わせ）を含有してもよい。一実施形態では、ＲＮＡは、これらの要素の全てを含有する。一実施形態では、ｃａｐ１構造は、ＲＮＡ原薬の５’末端における特異的キャッピング構造として利用されてもよい。一実施形態では、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐＳｐＧ）またはｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧは、ＲＮＡ原薬の５’末端における特異的キャッピング構造として利用され得る。５’－ＵＴＲ配列として、任意に、翻訳効率を高めるために最適化された「Ｋｏｚａｋ配列」を有する、ヒトアルファ－グロビンｍＲＮＡの５’－ＵＴＲ配列（例えば、配列番号１２）を使用してもよい。３’－ＵＴＲ配列として、より高い最大タンパク質レベル及びｍＲＮＡの長期持続性を確保するために、コード配列とポリ（Ａ）尾部との間に配置された「スプリットのアミノ末端エンハンサー」（ＡＥＳ）ｍＲＮＡ（Ｆと呼ばれる）及びミトコンドリアコードされた１２ＳリボソームＲＮＡ（Ｉと呼ばれる）（例えば、配列番号１３）に由来する２つの配列要素（ＦＩ要素）の組み合わせを使用してもよい。これらの特徴を、ＲＮＡ安定性を付与し、総タンパク質発現を増強する配列についてのエクスビボ選択プロセスによって特定した（参照により本明細書に組み込まれる、ＷＯ２０１７／０６０３１４を参照されたい）。あるいは、３’－ＵＴＲは、ヒトベータ－グロビンｍＲＮＡの２つの反復された３’－ＵＴＲであってもよい。追加的にまたは代替的に、いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部は、少なくとも１００個のアデノシン残基（例えば、少なくとも１１０個のアデノシン残基、少なくとも１２０個のアデノシン残基、１３０個のアデノシン残基、またはそれ以上を含む）の長さを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部は、約１００～約１５０個のアデノシン残基の長さを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）尾部は、中断ポリ（Ａ）尾部を含んでもよい。例えば、いくつかのかかる実施形態では、３０個のアデノシン残基、続いて（ランダムヌクレオチドの）１０ヌクレオチドリンカー配列、及び別の７０個のアデノシン残基（例えば、配列番号１４）のストレッチからなる、１１０ヌクレオチドの長さを測定するポリ（Ａ）尾部を使用してもよい。このポリ（Ａ）尾部配列は、ＲＮＡ安定性及び翻訳効率を向上させるように設計された。
更に、いくつかの実施形態では、分泌シグナルペプチド（ｓｅｃ）をコードするヌクレオチド配列は、好ましくは、いくつかの実施形態では、当該ｓｅｃがＮ末端タグとして翻訳される方法で、ＲＮＡの抗原コード領域に融合され得る。一実施形態では、ｓｅｃは、（例えば、武漢株の）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の分泌シグナルペプチドに対応する。いくつかの実施形態では、融合タンパク質に一般的に使用される、主にアミノ酸グリシン（Ｇ）及びセリン（Ｓ）からなる短いリンカーペプチドをコードする配列は、ｓｅｃと抗原との間のＧＳ／リンカーとして使用されてもよい。
本明細書に記載されるワクチンＲＮＡは、タンパク質及び／または脂質、好ましくは脂質と複合体化されて、投与のためのＲＮＡ粒子を生成し得る。異なるＲＮＡの組み合わせを使用する場合、ＲＮＡを一緒に複合体化してもよく、あるいはタンパク質及び／または脂質と別個に複合体化して、投与のためのＲＮＡ粒子を生成してもよい。
一態様では、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む、組成物または医療調製物に関する。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、多量体複合体、特に三量体複合体を形成することができる。この目的のために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、多量体複合体、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列の三量体複合体の形成を可能にするドメインを含んでもよい。一実施形態では、多量体複合体の形成を可能にするドメインは、三量体化ドメイン、例えば、本明細書に記載の三量体化ドメイン、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体化ドメインを含む。一実施形態では、三量体化は、特に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体化ドメインを含まないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の一部に対応する場合に、三量体化ドメイン、例えば、Ｔ４－フィブリチン由来「フォルドン」三量体化ドメイン（例えば、配列番号１０）の付加によって達成される。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、コドン最適化及び／またはＧ／Ｃ含有量の増加は、好ましくは、コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない。当業者であれば、コドン最適化には、同じアミノ酸残基をコードする代替コドンの間で選択することが含まれることを理解するであろう。コドン最適化は、典型的には、配列が発現される特定の宿主によって好まれるコドン（複数可）の考慮を含む。本開示によれば、多くの実施形態では、好ましい宿主は、ヒトである。いくつかの実施形態では、好ましい宿主は、家畜であってもよい。代替的または追加的に、いくつかの実施形態では、同じアミノ酸をコードする可能性のあるコドン間の選択は、１つ以上の他の特徴、例えば、全体的なＧ／Ｃ含有量（上述のように）及び／または特定の参照との類似性などを考慮し得る。例えば、本開示のいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＮＴ１６２ｂ２構築物によってコードされるものとはアミノ酸配列が異なる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントをコードする、提供されるコード配列は、かかる差の少なくとも１つの位置で、かかる差の位置で同じアミノ酸をコードする少なくとも１つの代替コドンと比較して、ＢＮＴ１６２ｂ２構築物配列とのより高い類似性を保持するコドンを利用する。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、分泌シグナルペプチドを含む。
一実施形態では、分泌シグナルペプチドは、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される。
一実施形態では、
（ｉ）分泌シグナルペプチドをコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、ＲＮＡは、修飾ＲＮＡ、特に、安定化ｍＲＮＡである。一実施形態では、ＲＮＡは、少なくとも１つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一実施形態では、ＲＮＡは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一実施形態では、修飾ヌクレオシドは、独立して、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。
一実施形態では、ＲＮＡは、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。
一実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。
一実施形態では、ＲＮＡは、５’キャップを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲ、または配列番号１２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲ、または配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、ポリＡ配列を含む。
一実施形態では、ポリＡ配列は、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む。
一実施形態では、ポリＡ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる。
一実施形態では、ＲＮＡは、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化されるか、または製剤化されることとする。
一実施形態では、ＲＮＡは、注射用に製剤化されるか、または製剤化されることとする。
一実施形態では、ＲＮＡは、筋肉内投与用に製剤化されるか、または製剤化されることとする。
一実施形態では、ＲＮＡは、粒子として製剤化されるか、または製剤化されることとする。
一実施形態では、粒子は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である。
一実施形態では、ＬＮＰは、（（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む。
一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、ＲＮＡを脂質と混合することによって得ることができる。
一実施形態では、ＲＮＡは、コロイドとして製剤化されるか、または製剤化されることとする。一実施形態では、ＲＮＡは、コロイドの分散相を形成する粒子として製剤化されるか、または製剤化されることとする。一実施形態では、ＲＮＡの５０％以上、７５％以上、または８５％以上が、分散相に存在する。一実施形態では、ＲＮＡは、ＲＮＡ及び脂質を含む粒子として製剤化されるか、または製剤化されることとする。一実施形態では、粒子は、水相に溶解したＲＮＡを、有機相に溶解した脂質に曝露することによって形成される。一実施形態では、有機相は、エタノールを含む。一実施形態では、粒子は、水相に溶解したＲＮＡを、水相に分散した脂質に曝露することによって形成される。一実施形態では、脂質は、水相中に分散し、リポソームを形成する。
一実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである。
一実施形態では、組成物または医療調製物は、薬学的組成物である。
一実施形態では、組成物または医療調製物は、ワクチンである。
一実施形態では、薬学的組成物は、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む。
一実施形態では、組成物または医療調製物は、キットである。
一実施形態では、ＲＮＡ及び粒子形成成分は、任意に、別個のバイアル内にある。
一実施形態では、キットは、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための組成物または医療調製物を使用するための説明書を更に含む。
一態様では、本開示は、薬学的使用のために本明細書に記載の組成物または医療調製物に関する。
一実施形態では、薬学的使用は、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む。
一実施形態では、薬学的使用は、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む。
一実施形態では、本明細書に記載の組成物または医療調製物は、ヒトへの投与のためのものである。
一実施形態では、コロナウイルスは、ベータコロナウイルスである。
一実施形態では、コロナウイルスは、サルベコウイルス（ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ）である。
一実施形態では、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。
一態様では、本開示は、対象においてコロナウイルスに対する免疫応答を誘導する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む組成物を対象に投与することを含む、方法に関する。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、多量体複合体、特に三量体複合体を形成することができる。この目的のために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、多量体複合体、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列の三量体複合体の形成を可能にするドメインを含んでもよい。一実施形態では、多量体複合体の形成を可能にするドメインは、三量体化ドメイン、例えば、本明細書に記載の三量体化ドメインを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、コドン最適化及び／またはＧ／Ｃ含有量の増加は、好ましくは、コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、分泌シグナルペプチドを含む。
一実施形態では、分泌シグナルペプチドは、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される。
一実施形態では、
（ｉ）分泌シグナルペプチドをコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。
一実施形態では、ＲＮＡは、修飾ＲＮＡ、特に、安定化ｍＲＮＡである。一実施形態では、ＲＮＡは、少なくとも１つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一実施形態では、ＲＮＡは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一実施形態では、修飾ヌクレオシドは、独立して、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。
一実施形態では、ＲＮＡは、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。
一実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。
一実施形態では、ＲＮＡは、キャップを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲ、または配列番号１２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲ、または配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む。
一実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、ポリＡ配列を含む。
一実施形態では、ポリＡ配列は、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む。
一実施形態では、ポリＡ配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる。
一実施形態では、ＲＮＡは、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化される。
一実施形態では、ＲＮＡは、注射によって投与される。
一実施形態では、ＲＮＡは、筋肉内投与によって投与される。
一実施形態では、ＲＮＡは、粒子として製剤化される。
一実施形態では、粒子は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である。
一実施形態では、ＬＮＰは、（（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む。
一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、ＲＮＡを脂質と混合することによって得ることができる。
一実施形態では、ＲＮＡは、コロイドとして製剤化される。一実施形態では、ＲＮＡは粒子として製剤化され、コロイドの分散相を形成する。一実施形態では、ＲＮＡの５０％以上、７５％以上、または８５％以上が、分散相に存在する。一実施形態では、ＲＮＡは、ＲＮＡ及び脂質を含む粒子として製剤化される。一実施形態では、粒子は、水相に溶解したＲＮＡを、有機相に溶解した脂質に曝露することによって形成される。一実施形態では、有機相は、エタノールを含む。一実施形態では、粒子は、水相に溶解したＲＮＡを、水相に分散した脂質に曝露することによって形成される。一実施形態では、脂質は、水相中に分散し、リポソームを形成する。
一実施形態では、ＲＮＡは、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである。
一実施形態では、本明細書に開示される方法は、コロナウイルスに対するワクチン接種のための方法である。
一実施形態では、本明細書に開示される方法は、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置のための方法である。
一実施形態では、対象は、ヒトである。
一実施形態では、コロナウイルスは、ベータコロナウイルスである。
一実施形態では、コロナウイルスは、サルベコウイルスである。
一実施形態では、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。
本明細書に記載の方法の一実施形態では、本明細書に記載の組成物が、対象に投与される。
一態様では、本開示は、本明細書に記載の方法で使用するための、本明細書に記載の組成物または医療調製物に関する。
とりわけ、本開示は、（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質の）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチドの少なくとも一部（例えば、エピトープであるか、またはそれを含む）をコードする脂質ナノ粒子封入ＲＮＡを含む組成物が、組成物の少なくとも１回の用量の投与を含むレジメンに従って、成人ヒト対象の集団への投与後７日以内に、血清中のエピトープに対する検出可能な抗体力価を達成することができることを教示する。更に、本開示は、かかる抗体力価の持続性を教示する。いくつかの実施形態では、かかる抗体力価は、対応する未修飾ｍＲＮＡで達成された力価と比較して、修飾ｍＲＮＡが使用されるときに増加する。
いくつかの実施形態では、提供されるレジメンは、少なくとも１つの用量を含む。いくつかの実施形態では、提供されるレジメンは、第１の用量及び少なくとも１つの後続用量を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも１つの後続用量と同じ量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、全ての後続用量と同じ量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも１つの後続用量とは異なる量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、全ての後続用量とは異なる量である。いくつかの実施形態では、提供されるレジメンは、２つの用量を含む。いくつかの実施形態では、提供されるレジメンは、２つの用量からなる。
特定の実施形態では、免疫原性組成物は、容器、例えば、バイアル内の単回用量として製剤化される。いくつかの実施形態では、免疫原性組成物は、バイアル中の多用量製剤として製剤化される。いくつかの実施形態では、多用量製剤は、バイアル当たり少なくとも２つの用量を含む。いくつかの実施形態では、多用量製剤は、バイアル当たり２～２０用量、例えば、バイアル当たり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２用量などを含む。いくつかの実施形態では、バイアル中の各用量は、体積が等しい。いくつかの実施形態では、第１の用量は、後続の用量とは異なる体積である。
「安定な」多用量製剤は、許容されないレベルの微生物増殖を示さず、活性生体分子成分（複数可）の分解または劣化は、実質的に存在しないか、または存在しない。本明細書で使用される場合、「安定な」免疫原性組成物は、対象に投与されるときに所望の免疫応答を誘発することが可能なままである製剤を含む。
いくつかの実施形態では、多用量製剤は、多用量容器への複数回または繰り返しの接種／挿入により、指定された期間安定したままである。例えば、いくつかの実施形態では、多用量製剤は、多用量容器内に含まれるとき、最大１０回の使用で少なくとも３日間安定であり得る。いくつかの実施形態では、多用量製剤は、２～２０回の接種／挿入で安定したままである。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のレジメンに従って、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチドの（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質の）少なくとも一部（例えば、エピトープであるか、またはそれを含む）をコードする脂質ナノ粒子封入ＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ）を含む組成物の投与は、一部の対象で（例えば、全ての対象で、ほとんどの対象で、約５０％以下で、約４０％以下で、約４０％以下で、約２５％以下で、約２０％以下で、約１５％以下で、約１０％以下で、約５％以下で、等）リンパ球減少症をもたらし得る。とりわけ、本開示は、かかるリンパ球減少症が経時的に解消し得ることを教示する。例えば、いくつかの実施形態では、リンパ球減少症は、約１４、約１０、約９、約８、約７日以下で解消する。いくつかの実施形態では、リンパ球減少症は、グレード３、グレード２、またはそれ以下である。
したがって、とりわけ、本開示は、本明細書に記載されるように、関連する成人集団に投与されるときに、特定の特性（例えば、特定の効果の達成）を表すことで特徴付けられる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質）の少なくとも一部（例えば、エピトープであるかまたはそれを含む）をコードする脂質ナノ粒子封入ＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ）を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、温度が特定の閾値を超えない条件下で調製、保管、輸送、特徴付け、及び／または使用され得る。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、それらの調製、保管、輸送、特徴付け、及び／または使用の一部または全部の間、光から（例えば、ある特定の波長から）保護され得る。いくつかの実施形態では、提供される組成物の１つ以上の特徴（例えば、サイズ、特定の部分または修飾の存在等のうちの１つ以上によって評価され得るようなＲＮＡ安定性、脂質ナノ粒子安定性または凝集、ｐＨ等）は、投与前の調製、貯蔵、輸送、及び／または使用中の１つ以上の点で評価され得るか、または評価されている。
とりわけ、本開示は、ＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ）内のヌクレオチドが修飾されていない（例えば、天然に存在するＡ、Ｕ、Ｃ、Ｇである）ある特定の提供される組成物、及び／またはかかる組成物に関連する提供された方法が、固有のアジュバント効果によって特徴付けられることを文書化する（例えば、関連する集団に投与された場合、その集団は、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、または成人集団を含み得る）。いくつかの実施形態では、かかる組成物及び／または方法は、抗体及び／またはＴ細胞応答を誘導し得る。いくつかの実施形態では、かかる組成物及び／または方法は、従来のワクチン（例えば、タンパク質ワクチンなどの非ＲＮＡワクチン）と比較して、より高いＴ細胞応答を誘導することができる。
代替的にまたは追加的に、本開示は、ＲＮＡ内のヌクレオチドが修飾される組成物（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質）の少なくとも一部（例えば、エピトープであるかまたはそれを含む）をコードする、脂質ナノ粒子封入ＲＮＡを含む組成物）、及び／またはかかる組成物に関連する提供される方法は、（例えば、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、または成人集団を含み得る、関連する集団に投与される場合）、固有のアジュバント効果の不在、または未修飾の結果を有する他の同等の組成物（もしくは方法）と比較して、低減された固有のアジュバント効果を特徴とすることを文書化する。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、かかる組成物（もしくは方法）は、それらが（例えば、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、もしくは成人集団を含み得る、関連する集団に投与される場合）抗体応答及び／またはＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘導することを特徴とする。なお更に代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、かかる組成物（もしくは方法）は、それらは（例えば、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、または成人集団を含み得る、関連する集団に投与される場合）、代替のワクチン形式（例えば、ペプチドワクチン）で観察されるものよりも高いＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘導することを特徴とする。修飾ヌクレオチドを含むいくつかの実施形態では、かかる修飾ヌクレオチドは、例えば、３’ＵＴＲ配列、抗原コード配列、及び／または５’ＵＴＲ配列に存在し得る。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、１つ以上の修飾ウラシル残基及び／または１つ以上の修飾シトシン残基であるか、またはそれを含む。
とりわけ、本開示は、提供される（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質の（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質の）少なくとも一部（例えば、エピトープであるか、またはそれを含む）をコードする脂質ナノ粒子封入ＲＮＡを含む組成物）及び／または方法が、（例えば、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、または成人集団を含み得る、関連する集団に投与される場合）コードされたポリペプチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたタンパク質［例えば、Ｓタンパク質］またはその一部であって、いくつかの実施形態では、そのエピトープであり得るか、またはそれを含み得る）の持続的発現を特徴とすることを文書化する。例えば、いくつかの実施形態では、かかる組成物及び／または方法は、ヒトに投与される場合、かかるヒトからの生体試料（例えば、血清）において検出可能なポリペプチド発現を達成することを特徴とし、いくつかの実施形態では、かかる発現は、少なくとも３６時間以上の期間（例えば、少なくとも４８時間、少なくとも６０時間、少なくとも７２時間、少なくとも９６時間、少なくとも１２０時間、少なくとも１４８時間、またはそれ以上を含む）持続する。
当業者であれば、本開示を読むことで、それが、（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質の）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチドの少なくとも一部（例えば、エピトープであるか、またはそれを含む）をコードする様々なＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）を記載することを理解するであろう。かかる当業者であれば、本開示を読むことで、特に、それが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の少なくとも一部、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の少なくとも一部のＲＢＤ部分をコードする様々なＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）を記載することを理解するであろう。なお更に、かかる当業者であれば、本開示を読むことで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたＳタンパク質）の少なくとも一部（例えば、エピトープであるか、またはそれを含む）をコードするＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）の特定の特徴及び／または利点を記載していることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチドの少なくとも１つのドメイン（例えば、ＷＯ２０２１／１５９０４０に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でコードされたポリペプチドの１つ以上のドメインであって、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のヘプタペプチド反復配列１（ＨＲ１）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のヘプタペプチド反復配列２（ＨＲ１）、及び／またはそれらの組み合わせを含む）をコードしてもよい。とりわけ、本開示は、ある特定のＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ部分をコードし、いくつかの実施形態では、完全長のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードしないという驚くべき有用な特徴及び／または利点を特に文書化する。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望まないが、本開示は、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質未満をコードする提供されるＲＮＡ構築物（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ構築物）、及び特にかかるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の少なくともＲＢＤ部分をコードするものが、免疫原性組成物（例えば、ワクチン）として、または免疫原性組成物中での使用、及び／または本明細書に記載される免疫学的効果（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体及び／またはＴ細胞応答（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答）の生成）を達成するために特に有用及び／または有効であり得ることを示唆する。
いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の受容体結合部分を含むポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を提供し、このＲＮＡは、ポリペプチドの細胞内発現に好適である。いくつかの実施形態では、かかるコードされたポリペプチドは、完全なＳタンパク質を含まない。いくつかの実施形態では、コードされたポリペプチドは、例えば、配列番号５に示される受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。いくつかの実施形態では、コードされるポリペプチドは、配列番号２９または３１に記載のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、（ポリ）カチオン性ポリマー、ポリプレックス（複数可）、タンパク質（複数可）またはペプチド（複数可）によって複合体化されてもよい。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡは、脂質ナノ粒子（例えば、本明細書に記載のもの）中に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、免疫原性組成物（例えば、ワクチン）として、もしくは免疫原性組成物（例えば、ワクチン）中での使用、及び／または本明細書に記載される免疫学的効果（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体、及び／またはＴ細胞応答（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答）の生成）を達成するために特に有用及び／または有効であり得る。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、ヒト（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露され、及び／または感染したことが知られているヒト、及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露されたことが知られていないヒトを含む）のワクチン接種に有用であり得る。
当業者であれば、本開示を読むことで、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸配列を含む様々なｍＲＮＡ構築物を記載することを更に理解するであろう（例えば、かかるコードされたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質が、少なくとも１つ以上のアミノ酸置換、例えば、本明細書に記載されるプロリン置換を含み得る実施形態、及び／またはｍＲＮＡ配列が、例えば、哺乳類、例えば、ヒト対象のためにコドン最適化される実施形態を含み得る）。いくつかの実施形態では、かかる完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号７に示されるアミノ酸配列であるか、またはそれを含むアミノ酸配列を有し得る。なお更に、かかる当業者であれば、本開示を読むことで、とりわけ、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする核酸配列を含むある特定のｍＲＮＡ構築物の特定の特徴及び／または利点を記載することを理解するであろう。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする提供されるｍＲＮＡ構築物が、特定の対象集団（例えば、特定の年齢集団）における免疫原性組成物（例えば、ワクチン）として、または免疫原性組成物（例えば、ワクチン）中での使用に特に有用及び／または有効であり得ることを示唆する。例えば、いくつかの実施形態では、かかるｍＲＮＡ組成物は、より若い（例えば、２５歳未満、２０歳、１８歳、１５歳、１０歳、またはそれ以下の）対象に特に有用であり得、代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、かかるｍＲＮＡ組成物は、高齢の対象（例えば、５５歳を超える、６０歳、６５歳、７０歳、７５歳、８０歳、８５歳、またはそれ以上）に特に有用であり得る。特定の実施形態では、本明細書に提供されるかかるｍＲＮＡ構築物を含む免疫原性組成物は、少なくとも一部の対象（例えば、いくつかの対象年齢群）で、用量レベル及び／または用量数に依存する全身反応原性（例えば、発熱、疲労、頭痛、悪寒、下痢、筋肉痛、及び／または関節痛等）及び／または局所忍容性（例えば、疼痛、赤み、及び／または腫脹等）の最小から中程度の増加（例えば、３０％以下の増加、２０％以下の増加、もしくは１０％以下の増加、またはそれ以下の増加）を示し、いくつかの実施形態では、かかる反応原性及び／または局所忍容性は、特に、より若い年齢群（例えば、２５歳未満、２０歳、１８歳以下）の対象で、及び／またはより高齢の（例えば、高齢）年齢群（例えば、６５～８５歳）で観察される。いくつかの実施形態では、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする提供されるｍＲＮＡ構築物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に関連する重度の疾患のリスクが高い対象の集団（例えば、高齢者集団、例えば、６５～８５歳の群）においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体応答レベルを誘導するために、免疫原性組成物（例えば、ワクチン）として、または免疫原性組成物（例えば、ワクチン）中での使用に特に有用及び／または有効であり得る。いくつかの実施形態では、当業者であれば、本開示を読むことで、とりわけ、低年齢及び高齢集団において有利な反応原性プロファイル（例えば、本明細書に記載されるもの）を示す、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするｍＲＮＡ構築物が、本明細書に記載の免疫学的効果（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体の生成、及び／またはＴ細胞応答（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答））を達成するための免疫原性組成物（例えば、ワクチン）として、または免疫原性組成物（例えば、ワクチン）中での使用に特に有用及び／または有効であり得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、本開示はまた、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする提供されるｍＲＮＡ構築物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から保護するのに特に有効であり得ることを示唆し、これは、かかるｍＲＮＡ構築物を含む免疫原性組成物で免疫化され、その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株によってチャレンジされた非ヒト哺乳類対象（例えば、アカゲザル）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスＲＮＡのより早いクリアランスを特徴とする。いくつかの実施形態では、かかるｍＲＮＡ構築物を含む免疫原性組成物で免疫化され、その後、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株によってチャレンジされた非ヒト哺乳類対象（例えば、アカゲザル）の鼻において、かかるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスＲＮＡのより早いクリアランスが観察され得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（例えば、１つ以上のアミノ酸置換を有する完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質）をコードするオープンリーディングフレームを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を提供し、このＲＮＡは、ポリペプチドの細胞内発現に好適である。いくつかの実施形態では、コードされるポリペプチドは、配列番号７のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、（ポリ）カチオン性ポリマー、ポリプレックス（複数可）、タンパク質（複数可）またはペプチド（複数可）によって複合体化されてもよい。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡは、脂質ナノ粒子（例えば、本明細書に記載のもの）中に製剤化され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される免疫原性組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ポリペプチドまたはそのバリアントの複数の（例えば、少なくとも２つ以上、例えば、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０等を含む）免疫反応性エピトープを含んでもよい。いくつかのかかる実施形態では、かかる複数の免疫反応性エピトープは、複数のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）によってコードされ得る。いくつかのかかる実施形態では、かかる複数の免疫反応性エピトープは、単一のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）によってコードされ得る。いくつかの実施形態では、複数の免疫反応性エピトープをコードする核酸配列は、リンカー（例えば、いくつかの実施形態では、ペプチドリンカー）によって、単一のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）において互いに分離され得る。任意の特定の理論によって拘束されることを望まないが、いくつかの実施形態では、提供されるポリエピトープ免疫原性組成物（例えば、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードする組成物を含む）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの遺伝的多様性を考慮するときに、多数のウイルスバリアントに対する保護を提供するために特に有用であり得、及び／または多様な及び／または他の方法で堅牢な（例えば、持続的な、例えば、１回以上の用量の投与後約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、またはそれ以上の日数で検出可能である）中和抗体及び／またはＴ細胞応答、また具体的には、特に堅牢なＴＨ１型Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）応答の発生のためのより優れた機会を提供し得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、提供される組成物及び／または方法が、（例えば、いくつかの実施形態では、成人集団であり得るか、もしくは成人集団を含み得る、関連集団に投与される場合）単回投与で１つ以上の特定の治療転帰（例えば、本明細書に記載の有効な免疫応答及び／またはコードされたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性断片の検出可能な発現）を達成することを特徴とし、いくつかのかかる実施形態では、転帰は、例えば、本明細書に記載のＲＮＡワクチン（例えば、ｍＲＮＡワクチン）の不在下で観察されるものと比較して評価されてもよいことを文書化する。いくつかの実施形態では、特定の転帰は、１つ以上の代替戦略に必要とされるよりも低い用量で達成され得る。
いくつかの実施形態では、本開示は、単離されたメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）ポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物を提供し、単離されたｍＲＮＡポリヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の受容体結合部分を含むポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含み、単離されたｍＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの脂質ナノ粒子中に製剤化される。例えば、いくつかの実施形態では、かかる脂質ナノ粒子は、２０～６０％のイオン化可能な陽イオン性脂質、５～２５％の非カチオン性脂質（例えば、中性脂質）、２５～５５％のステロールまたはステロイド、及び０．５～１５％のポリマーコンジュゲート脂質（例えば、ＰＥＧ修飾脂質）のモル比を含んでもよい。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子に含まれるステロールまたはステロイドは、コレステロールであり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、中性脂質は、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＳＰＣ）であり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、ポリマーコンジュゲート脂質は、ＰＥＧ２０００ ＤＭＧであり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、かかる免疫原性組成物は、約１ｍｇ～１０ｍｇ、または３ｍｇ～８ｍｇ、または４ｍｇ～６ｍｇの総脂質含有量を含んでもよい。いくつかの実施形態では、かかる免疫原性組成物は、約５ｍｇ／ｍＬ～１５ｍｇ／ｍＬまたは７．５ｍｇ／ｍＬ～１２．５ｍｇ／ｍＬまたは９～１１ｍｇ／ｍＬの総脂質含有量を含んでもよい。いくつかの実施形態では、かかる単離されたｍＲＮＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つの用量の免疫原性組成物を投与された対象において免疫応答を誘導する有効量で提供される。いくつかの実施形態では、提供される単離されたｍＲＮＡポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、完全なＳタンパク質を含まない。いくつかの実施形態では、免疫原性組成物中に提供されるかかる単離されたｍＲＮＡポリヌクレオチドは、自己複製ＲＮＡではない。
いくつかの実施形態では、免疫応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質（例えば、いくつかの実施形態では、安定化された融合前スパイク三量体を含む）またはその断片に対する結合抗体力価の生成を含み得る。いくつかの実施形態では、免疫応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に対する結合抗体力価の生成を含み得る。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物は、第１の用量の投与後に、かかる提供される免疫原性組成物を受ける対象集団の少なくとも７０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、及び最大１００％を含む）において、例えば、約２週間までに血清変換を伴って、検出可能な結合抗体力価を達成するように確立されている。
いくつかの実施形態では、免疫応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質（例えば、いくつかの実施形態では、安定化された融合前スパイク三量体を含む）またはその断片に対する中和抗体力価の生成を含み得る。いくつかの実施形態では、免疫応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に対する中和抗体力価の生成を含み得る。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物は、適切な系において（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したヒト及び／またはその集団において、及び／またはそのモデル系において）中和抗体力価を達成するために確立されている。例えば、いくつかの実施形態では、かかる中和抗体力価は、ヒト集団、非ヒト霊長類モデル（例えば、アカゲザル）、及び／またはマウスモデルのうちの１つ以上で実証され得る。
いくつかの実施形態では、中和抗体力価は、適切な対照（例えば、ワクチン接種されていない対照対象、あるいは弱毒化ウイルス生ワクチン、不活化ウイルスワクチン、もしくはタンパク質サブユニットウイルスワクチン、またはそれらの組み合わせでワクチン接種された対象）について観察されるものと比較して、Ｂ細胞のウイルス感染を低減するのに十分な（例えば、確立されている）力価である。いくつかのかかる実施形態では、かかる低減は、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上である。
いくつかの実施形態では、中和抗体力価は、適切な対照（例えば、ワクチン接種されていない対照対象、あるいは弱毒化ウイルス生ワクチン、不活化ウイルスワクチン、もしくはタンパク質サブユニットウイルスワクチン、またはそれらの組み合わせでワクチン接種された対象）について観察されるものと比較して、無症候性ウイルス感染率を低減するのに十分な（例えば、確立されている）力価である。いくつかのかかる実施形態では、かかる低減は、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、かかる低減は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎタンパク質血清学の評価を特徴とし得る。無症候性感染に対する顕著な保護は、実際の観察によっても確認された（また、Ｄａｇａｎ Ｎ．ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０２１，ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１０１７６５．Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ．ＰＭＩＤ：３３６２６２５０を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、中和抗体力価は、適切な対照（例えば、ワクチン接種されていない対照対象、あるいは弱毒化ウイルス生ワクチン、不活化ウイルスワクチン、もしくはタンパク質サブユニットウイルスワクチン、またはそれらの組み合わせでワクチン接種された対象）について観察されるものと比較して、ワクチン接種された対象の上皮細胞及び／またはＢ細胞とのウイルスの融合を低減または遮断するのに十分な（例えば、確立されている）力価である。いくつかのかかる実施形態では、かかる低減は、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上である。
いくつかの実施形態では、中和抗体力価の誘導は、Ｂ細胞の数の上昇を特徴とし得、いくつかの実施形態では、これには、形質細胞、クラススイッチしたＩｇＧ１陽性Ｂ細胞及びＩｇＧ２陽性Ｂ細胞、及び／または胚中心Ｂ細胞が含まれ得る。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物は、適切な系において（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したヒト及び／またはその集団において、及び／またはそのモデル系において）Ｂ細胞の数のかかる上昇を達成するように確立されている。例えば、いくつかの実施形態では、Ｂ細胞の数のかかる上昇は、ヒト集団、非ヒト霊長類モデル（例えば、アカゲザル）、及び／またはマウスモデルのうちの１つ以上で実証されてい得る。いくつかの実施形態では、Ｂ細胞の数のかかる上昇は、提供される免疫原性組成物によるかかるマウスモデルの免疫化後（例えば、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日後）に、マウスモデルの流入領域リンパ節及び／または脾臓において実証されてい得る。
いくつかの実施形態では、中和抗体力価の誘導は、血液中の循環しているＢ細胞の数の低減を特徴とし得る。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物は、適切な系において（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したヒト及び／またはその集団において、及び／またはそのモデル系において）血液中の循環しているＢ細胞の数のかかる低減を達成するように確立されている。例えば、いくつかの実施形態では、血液中の循環しているＢ細胞の数のかかる低減は、ヒト集団、非ヒト霊長類モデル（例えば、アカゲザル）、及び／またはマウスモデルのうちの１つ以上で実証されてい得る。いくつかの実施形態では、血液中の循環しているＢ細胞の数のかかる低減は、提供される免疫原性組成物によるかかるマウスモデルの免疫化の後（例えば、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日後）に、マウスモデルにおいて実証されてい得る。理論によって拘束されることを望まないが、血液中の循環しているＢ細胞の低減は、Ｂ細胞がリンパ系区画にホーミングすることに起因し得る。
いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物によって誘導される免疫応答は、Ｔ細胞の数の上昇を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の数のかかる上昇は、Ｔ濾胞ヘルパー（ＴＦＨ）細胞の数の上昇を含み得、これは、いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳを上方制御する１つ以上のサブセットを含み得る。当業者は、胚中心におけるＴＦＨの増殖が、適応型Ｂ細胞応答の生成に不可欠であり、また、ヒトにおいて、ワクチン接種後の循環において生じるＴＦＨが、典型的には、高頻度の抗原特異的抗体と相関することを理解するであろう。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物は、適切な系における（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したヒト及び／またはその集団において、及び／またはそのモデル系において）Ｔ細胞（例えば、ＴＦＨ細胞）の数のかかる上昇を達成するように確立されている。例えば、いくつかの実施形態では、Ｔ細胞（例えば、ＴＦＨ細胞）の数のかかる上昇は、ヒト集団、非ヒト霊長類モデル（例えば、アカゲザル）、及び／またはマウスモデルのうちの１つ以上で実証されてい得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞（例えば、ＴＦＨ細胞）の数のかかる上昇は、提供される免疫原性組成物によるかかるマウスモデルの免疫化後（例えば、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日、少なくとも８日、少なくとも９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日後）、マウスモデルの流入領域リンパ節、脾臓、及び／または血液において実証されてい得る。
いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物によって誘導されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する保護応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の適切なモデル系において確立されている。例えば、いくつかの実施形態では、かかる保護応答は、動物モデル、例えば、非ヒト霊長類モデル（例えば、アカゲザル）及び／またはマウスモデルにおいて実証されてい得る。いくつかの実施形態では、提供される免疫原性組成物で少なくとも１回免疫化を受けた非ヒト霊長類（例えば、アカゲザル）またはその集団は、例えば、鼻腔内及び／または気管内経路を介して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でチャレンジされる。いくつかの実施形態では、かかるチャレンジは、提供される免疫原性組成物による少なくとも１回の免疫化（例えば、少なくとも２回の免疫化を含む）の数週間（例えば、５～１０週間）後に実施されてもよい。いくつかの実施形態では、かかるチャレンジは、提供される免疫原性組成物で少なくとも１回の免疫化（例えば、少なくとも２回の免疫化を含む）を受けた非ヒト霊長類（複数可）（例えば、アカゲザル（複数可））において、検出可能なレベルのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和力価（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質及び／またはその断片に対する抗体応答、例えば、限定されないが、安定化された融合前スパイク三量体、Ｓ－２Ｐ、及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合部分に対する抗体応答を含む）が達成されるときに実施されてもよい。いくつかの実施形態では、保護応答は、チャレンジされた非ヒト霊長類（複数可）（例えば、アカゲザル（複数可））の気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）及び／または鼻腔ぬぐい液における検出可能なウイルスＲＮＡの不在または低減を特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の免疫原性組成物は、非免疫化動物の集団、例えば、非ヒト霊長類（例えば、アカゲザル）と比較して、提供される免疫原性組成物で少なくとも１回の免疫化（例えば、少なくとも２回の免疫化を含む）を受けた集団（例えば、アカゲザル）中のチャレンジされた動物、例えば、非ヒト霊長類のより大きなパーセントが、それらのＢＡＬ及び／または鼻腔ぬぐい液における検出可能なＲＮＡの不在を示すことを特徴としてい得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の免疫原性組成物は、非免疫化動物、例えば、非ヒト霊長類（例えば、アカゲザル）の集団と比較して、提供される免疫原性組成物で少なくとも１回の免疫化（例えば、少なくとも２回の免疫化を含む）を受けた集団（例えば、アカゲザル）中のチャレンジされた動物、例えば、非ヒトが、１０日以内（例えば、８日以内、６日以内、４日以内等を含む）に鼻腔ぬぐい液におけるウイルスＲＮＡのクリアランスを示し得ることを特徴としてい得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の免疫原性組成物は、それを必要とする対象に投与されるとき、ワクチン関連強化呼吸器疾患のリスクを実質的に増加させない。いくつかの実施形態では、かかるワクチン関連強化呼吸器疾患は、複製の抗体依存性強化及び／または不良な中和活性及びＴｈ２偏在応答を伴う抗体を誘導するワクチン抗原と関連付けられ得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の免疫原性組成物は、それを必要とする対象に投与されるとき、複製の抗体依存性強化のリスクを実質的に増加させない。
いくつかの実施形態では、単回用量のＲＮＡ組成物（例えば、脂質ナノ粒子中に製剤化されたｍＲＮＡ）は、ワクチン接種の１０日未満で治療抗体応答を誘導することができる。いくつかの実施形態では、かかる治療的抗体応答は、かかるＲＮＡワクチンが、動物モデルにおいて０．１～１０ｕｇまたは０．２～５ｕｇの用量で、ワクチン接種の１０日後に測定した約１０～１００ｕｇ／ｍＬのＩｇＧの産生を誘導することができることを特徴とし得る。いくつかの実施形態では、かかる治療抗体応答は、かかるＲＮＡワクチンが、動物モデルにおいて０．１～１０ｕｇまたは０．２～５ｕｇの用量で、ワクチン接種２０日目に測定された約１００～１０００ｕｇ／ｍＬのＩｇＧを誘導することを特徴とし得る。いくつかの実施形態では、単回用量は、ワクチン接種の１５日後に、動物モデルにおいて測定されるように、１０～２００ｐＶＮ５０力価の疑似ウイルス中和力価を誘導し得る。いくつかの実施形態では、単回用量は、ワクチン接種の１５日後に、動物モデルにおいて測定されるように、５０～５００ｐＶＮ５０力価の疑似ウイルス中和力価を誘導し得る。
いくつかの実施形態では、単回用量のＲＮＡ組成物（例えば、ｍＲＮＡ組成物）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２免疫原性タンパク質またはその断片（例えば、スパイクタンパク質及び／または受容体結合ドメイン）をコードするかかるＲＮＡ構築物の不在下で観察されるものと比較して、抗原特異的ＣＤ８及び／またはＣＤ４ Ｔ細胞応答を少なくとも５０％以上（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上を含む）拡大することができる。いくつかの実施形態では、単回用量のＲＮＡ組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２免疫原性タンパク質またはその断片（例えば、スパイクタンパク質及び／または受容体結合ドメイン）をコードするかかるＲＮＡ構築物の不在下で観察されるものと比較して、抗原特異的ＣＤ８及び／またはＣＤ４ Ｔ細胞応答を、少なくとも１．５倍以上（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍、またはそれ以上を含む）拡大することができる。
いくつかの実施形態では、レジメン（例えば、単回用量のｍＲＮＡ組成物）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２免疫原性タンパク質またはその断片（例えば、スパイクタンパク質及び／または受容体結合ドメイン）をコードするかかるｍＲＮＡ構築物の不在下で観察されるものと比較して、（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、及び／またはＩＬ－５の発現によって特徴付けられるような）Ｔｈ１表現型を示すＴ細胞を、少なくとも５０％以上（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上を含む）拡大することができる。いくつかの実施形態では、レジメン（例えば、単回用量のｍＲＮＡ組成物）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２免疫原性タンパク質またはその断片（例えば、スパイクタンパク質及び／または受容体結合ドメイン）をコードするかかるｍＲＮＡ構築物の不在下で観察されるものと比較して、（例えば、ＩＦＮ－ガンマ、ＩＬ－２、ＩＬ－４、及び／またはＩＬ－５の発現によって特徴付けられるような）Ｔｈ１表現型を示すＴ細胞を、例えば、少なくとも１．５倍以上（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍、またはそれ以上を含む）拡大することができる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞表現型は、（例えば、ＩＮＦ－ガンマ陽性及び／またはＩＬ－２陽性によって）及び／またはＩＬ－４分泌がないこともしくは生物学的に重要でないＩＬ－４分泌によって特徴付けられるようなＴｈ１優勢サイトカインプロファイルであり得るか、またはそれを含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレジメン（例えば、１つ以上の用量のｍＲＮＡ組成物）は、ＲＢＤ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の産生を誘導及び／または達成する。とりわけ、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤ含有部分をコードするｍＲＮＡ組成物（例えば、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードしない）が、ＲＢＤ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞のかかる誘導及び／または産生において特に有用及び／または有効であり得ることを文書化する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＲＮＡ組成物によって（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤ含有部分をコードし、いくつかの実施形態では、完全長のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をコードしないｍＲＮＡ組成物によって）誘導されるＲＢＤ特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞は、（例えば、ＩＮＦ－ガンマ陽性及び／またはＩＬ－２陽性によって）、及び／またはＩＬ－４分泌がないこともしくは生物学的に重要でないＩＬ－４分泌によって特徴付けられるようなＴｈ１優勢サイトカインプロファイルを示す。
いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）ＲＮＡ組成物を受ける対象における（例えば、本明細書に記載される）ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答の特徴付けは、対象から収集されるＰＢＭＣを使用するエクスビボアッセイを使用して実施され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の免疫原性は、以下の血清学的免疫原性アッセイのうちの１つ以上によって評価され得る：提供されるＲＮＡ組成物を受ける対象の血液試料中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に対するＩｇＧ、ＩｇＭ、及び／またはＩｇＡの検出、及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルス及び／または野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを使用した中和アッセイ。
いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）ＲＮＡ組成物は、１０ｕｇ～１００ｕｇまたは１ｕｇ～５０ｕｇの用量でワクチン接種後７日以内に比較的低い副作用（例えば、グレード１～グレード２の疼痛、赤み、及び／または腫脹）を提供する。いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）ＲＮＡ組成物は、１０ｕｇ～１００ｕｇの用量でのワクチン接種後７日以内の全身事象（例えば、グレード１～グレード２の発熱、疲労、頭痛、悪寒、嘔吐、下痢、筋肉痛、関節痛、薬剤、及びそれらの組み合わせ）の比較的低い観察を提供する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１０～１００ｕｇ用量または１ｕｇ～５０ｕｇで対象に投与されるとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２免疫原性タンパク質またはその断片（例えば、スパイクタンパク質及び／または受容体結合ドメイン）を対象とするＩｇＧが、ワクチン接種の２１日後に１００～１００，０００Ｕ／ｍＬまたは５００～５０，０００Ｕ／ｍＬのレベルで産生され得ることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の天然に折り畳まれた三量体受容体結合タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、コードされたバリアントが、１０ｐＭ以下のＫｄ（例えば、９ｐＭ、８ｐＭ、７ｐＭ、６ｐＭ、５ｐＭ、４ｐＭ、またはそれ以下のＫｄを含む）でＡＣＥ２に結合するように、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、かかる受容体結合タンパク質のバリアントをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、コードされたバリアントが５ｐＭのＫｄでＡＣＥ２に結合するように、かかる受容体結合タンパク質のバリアントをコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、ＡＣＥ２受容体結合部位を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の三量体受容体結合部分をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、コード配列が、ＡＣＥ２受容体結合部位を有し、ＡＣＥ２に結合する三量体タンパク質の発現を指示するように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合部分及び三量体化ドメイン（例えば、Ｔ４フィブリチンの天然の三量体化ドメイン（フォルドン））のコード配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、そのＫｄが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の単量体受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）よりも小さいように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の三量体受容体結合部分またはそのバリアントをコードする。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、そのＫｄが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤより少なくとも１０倍（例えば、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１０００倍等を含む）小さいように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはそのバリアントの三量体受容体結合部分をコードする。
いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）ＲＮＡによってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の三量体受容体結合部分は、低温電子顕微鏡（ｃｒｙｏＥＭ）によって特徴付けられるように、閉鎖型立体配座でＡＣＥ２及びＢ０ＡＴ１中性アミノ酸トランスポーターと複合体形成するときに、約３～４オングストロームのサイズを有することが決定され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ組成物または方法によって特徴付けられる及び／または達成される幾何平均ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和力価は、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒトパネル（例えば、症状の発症から２０～４０日後、及び無症候性回復期の開始から少なくとも１４日後に得られた、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒト由来の血清のパネル）の少なくとも１．５倍（少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、またはそれ以上を含む）に達することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、かかる組成物で（例えば、少なくとも１回の用量、少なくとも２回の用量等で）治療された対象が、適切な対照（例えば、そのように治療されておらず、合理的に同等の曝露条件下でウイルスに曝露された同等の対象または集団について確立された予想されるレベル）と比較して、関連部位（複数可）（例えば、鼻及び／または肺等、及び／または感染しやすい任意の他の組織）におけるウイルスＲＮＡの低減及び／またはより一時的な存在を示し得ることを特徴とし得る。
いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）ｍＲＮＡ構築物によって発現されるＲＢＤ抗原は、例えば、その免疫原性を増大させるために、Ｔ４－フィブリチン由来の「フォルドン」三量体化ドメインを付加することによって修飾され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ある特定の局所反応（例えば、疼痛、赤み、及び／または腫脹等）及び／または全身事象（例えば、発熱、疲労、頭痛等）が、ワクチン接種後２日目に出現及び／またはピークを迎え得ることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、ある特定の局所反応（例えば、疼痛、赤み、及び／または腫脹等）及び／または全身事象（例えば、発熱、疲労、頭痛等）が、ワクチン接種後７日目までに解消し得ることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、ｍＲＮＡ）及び／または方法は、（例えば、本明細書に記載されるような）ＲＮＡ組成物を受ける対象において、グレード１以上の日常的な臨床検査値の変化または検査異常が観察されないことを特徴とする。かかる臨床検査アッセイの例としては、リンパ球カウント、血液学的変化等が挙げられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第１の用量（例えば、（１０ｕｇと１００ｕｇを含めて）１０～１００ｕｇまたは（１ｕｇと５０ｕｇを含めて）１ｕｇ～５０ｕｇ）の２１日後までに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とするＩｇＧの幾何平均濃度（ＧＭＣ）が、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒト血清のパネルについて６０２単位／ｍＬと比較して、２００～３０００単位／ｍＬまたは５００～３０００単位／ｍＬまたは５００～２０００単位／ｍＬに達し得ることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第２の用量（例えば、（１０ｕｇと３０ｕｇを含めて）１０～３０ｕｇ、または（１ｕｇと５０ｕｇを含めて）１ｕｇ～５０ｕｇ）の後７日までに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする幾何平均濃度（ＧＭＣ）が、少なくとも８倍以上（例えば、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも３５倍、少なくとも４０倍、またはそれ以上を含む）増加し得ることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第２の用量（例えば、（１０ｕｇと３０ｕｇを含めて）１０～３０ｕｇまたは（１ｕｇと５０ｕｇを含めて）１ｕｇ～５０ｕｇ）の７日後までに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とするＩｇＧの幾何平均濃度（ＧＭＣ）が、１５００単位／ｍＬ～４０，０００単位／ｍＬまたは４０００単位／ｍＬ～４０，０００単位／ｍＬに増加し得ることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体濃度は、第１の用量後、少なくとも２０日以上（例えば、少なくとも２５日、少なくとも３０日、少なくとも３５日、少なくとも４０日、少なくとも４５日、少なくとも５０日を含む）、または第２の用量後、少なくとも１０日以上（例えば、少なくとも１５日、少なくとも２０日、少なくとも２５日、またはそれ以上を含む）持続することができる。いくつかの実施形態では、抗体濃度は、第１の用量後３５日、または第２の用量後少なくとも１４日まで持続することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第２の用量（例えば、（１ｕｇと５０ｕｇを含めて）１～５０ｕｇ）の７日後に測定した場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とするＩｇＧのＧＭＣが、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒト血清のパネルにおいて観察される抗体濃度と比較して、少なくとも３０％高い（例えば、少なくとも４０％高い、少なくとも５０％高い、少なくとも６０％高い、少なくとも７０％高い、少なくとも８０％高い、少なくとも９０％高い、少なくとも９５％高いことを含む）ことを特徴とする。多くの実施形態では、本明細書に記載されるＩｇＧの幾何平均濃度（ＧＭＣ）は、ＲＢＤ結合ＩｇＧのＧＭＣである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第２の用量（例えば、（１０ｕｇと５０ｕｇを含めて）１０～５０ｕｇ）の７日後に測定した場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とするＩｇＧのＧＭＣが、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒト血清のパネルにおいて観察される抗体濃度と比較して、少なくとも１．１倍高い（例えば、少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍高いことを含む）ことを特徴とする。多くの実施形態では、本明細書に記載のＩｇＧの幾何平均濃度（ＧＭＣ）は、ＲＢＤ結合ＩｇＧのＧＭＣである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第２の用量の２１日後に測定した場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とするＩｇＧのＧＭＣが、ＣＯＶＩＤ－１９回復期ヒト血清のパネルにおいて観察される抗体濃度と比較して、少なくとも５倍高い（例えば、少なくとも６倍高い、少なくとも７倍高い、少なくとも８倍高い、少なくとも９倍高い、少なくとも１０倍高い、少なくとも１５倍高い、少なくとも２０倍高い、少なくとも２５倍高い、少なくとも３０倍高いことを含む）ことを特徴とする。多くの実施形態では、本明細書に記載のＩｇＧの幾何学的平均濃度（ＧＭＣ）は、ＲＢＤ結合ＩｇＧのＧＭＣである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和幾何平均力価（ＧＭＴ）の増加（例えば、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、またはそれ以上）が、第１の用量の２１日後に観察されることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、対象がＣＯＶＩＤ－１９回復期血清パネルについての９４と比較して、１５０～３００に達する、第２の用量（例えば、（１０μｇと３０μｇを含めて）１０μｇ～３０μｇ）を受けた７日後に、実質的により高い血清中和ＧＭＴが達成されることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第２の用量の投与の７日後に、保護効果が少なくとも６０％、例えば、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０、または少なくとも９５％であることを特徴とする。一実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第２の用量の投与の７日後に、保護効果が少なくとも７０％であることを特徴とする。一実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第２の用量の投与の７日後に、保護効果が少なくとも８０％であることを特徴とする。一実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第２の用量の投与の７日後に、保護効果が少なくとも９０％であることを特徴とする。一実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、第２の用量の投与の７日後に、保護効果が少なくとも９５％であることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、用量後（例えば、第２の用量後）の少なくとも７日後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘導することを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、用量後（例えば、第２の用量後）の１４日未満でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘導することを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、ワクチン接種レジメン後の少なくとも７日後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘導することを特徴とする。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも２１日間の間隔を空けて投与される。いくつかのかかる実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答は、第１の用量後の少なくとも２８日後に誘導される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、本開示のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を（例えば、（１０ｕｇと３０ｕｇを含めて）１０～３０ｕｇの用量で）受ける対象からの血清中で測定した場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする抗体の幾何平均濃度（ＧＭＣ）が、（例えば、本明細書に記載されるような）回復期血清パネル中よりも実質的に高いことを特徴とする。対象が第２の用量を（例えば、第１の用量の２１日後に）受け得るいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする抗体の幾何平均濃度（ＧＭＣ）は、対象からの血清中で測定した場合、回復期血清パネルＧＭＣよりも８．０倍～５０倍高い場合がある。対象が第２の用量を（例えば、第１の用量の２１日後に）受け得るいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする抗体の幾何平均濃度（ＧＭＣ）は、対象からの血清中で測定した場合、回復期血清パネルＧＭＣと比較して、少なくとも８．０倍以上（例えば、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍以上を含む）であり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和幾何平均力価が、第１の用量の２８日後または第２の用量の７日後に測定した場合、回復期血清パネルの中和ＧＭＴと比較して、少なくとも１．５倍以上（例えば、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、少なくとも３．５倍以上を含む）であり得ることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、対象に投与されるレジメンは、単回用量であり得るか、またはそれを含み得る。いくつかの実施形態では、対象に投与されるレジメンは、複数の用量（例えば、少なくとも２用量、少なくとも３用量、またはそれ以上）を含み得る。いくつかの実施形態では、対象に投与されるレジメンは、少なくとも２週間の間隔を空けて、少なくとも３週間の間隔を空けて、少なくとも４週間の間隔を空けて、またはそれ以上の間隔を空けて与えられる、第１の用量及び第２の用量を含んでもよい。いくつかの実施形態では、かかる用量は、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月、またはそれ以上の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、数日の間隔を空けて、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０日間以上の間隔を空けて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１～約３週間の間隔を空けて、または約１～約４週間の間隔を空けて、または約１～約５週間の間隔を空けて、または約１～約６週間の間隔を空けて、または約１～約６週間超の間隔を空けて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約７～６０日、例えば、約１４～約４８日等の期間で分離され得る。いくつかの実施形態では、用量間の最小日数は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、またはそれ以上であり得る。いくつかの実施形態では、用量間の最大日数は、約６０、５９、５８、５７、５６、５５、５４、５３、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、またはそれ以下であり得る。いくつかの実施形態では、用量は、約２１～約２８日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１９～約４２日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約７～約２８日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１４～約２４日間であってもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約２１～約４２日間であってもよい。
いくつかの実施形態では、特に、約３週間より長い期間にわたって上昇した抗体及び／またはＴ細胞力価を達成するために確立された組成物について、例えば、いくつかの実施形態では、提供される組成物は、約３週間より長い期間にわたって（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の関連する部分に特異的な）上昇した抗体及び／またはＴ細胞力価を達成するために確立され、いくつかのかかる実施形態では、投薬レジメンは、単回用量のみを含み得るか、または２つ以上の用量を含み得、これは、いくつかの実施形態では、約２１日または３週間より長い期間だけ互いに分離されてもよい。例えば、いくつかのかかる実施形態では、かかる期間は、約４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間以上、もしくは約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月以上、またはいくつかの実施形態では、約１年以上であり得る。
いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量（及び／または他の後続用量）は、筋肉内注射によって投与されてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、三角筋に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、同じ腕に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、（例えば、筋肉内注射によって）２つの用量（例えば、各々０．３ｍＬ）の連続として２１日間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、各用量は、約３０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、３０ｕｇより高くてもよい（例えば、約４０ｕｇ、約５０ｕｇ、約６０ｕｇ）。いくつかの実施形態では、各用量は、３０ｕｇ未満、例えば、約２０ｕｇ、約１０ｕｇ、約５ｕｇ等であり得る。いくつかの実施形態では、各用量は、約３ｕｇ以下、例えば、約１ｕｇである。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１６歳以上（例えば、１６～８５歳を含む）の対象に投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、ｍＲＮＡ）は、１８～５５歳の対象に投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、ｍＲＮＡ）は、５６～８５歳の対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、単回用量として（例えば、筋肉内注射によって）投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、かかるＲＮＡ組成物及び／または方法によって誘導されるＲＢＤ特異的ＩｇＧ（例えば、ポリクローナル応答）が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ結合親和性を有する参照ヒトモノクローナル抗体（例えば、Ｊ．ｔｅｒ Ｍｅｕｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬＯＳ Ｍｅｄ．３，ｅ２３７（２００６）に記載されるようなＣＲ３０２２）と比較して、ＲＢＤに対するより高い結合親和性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、（例えば、本明細書に記載されるバリアントのパネルにわたって）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントのパネル（例えば、少なくとも１０、少なくとも１５、またはそれ以上）にわたって中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、かかるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、ＲＢＤの変異（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｑ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ等）、及び／またはスパイクタンパク質の変異（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ等）を含む。当業者は、様々なスパイクバリアント、及び／またはそれらを文書化するリソース（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９ウイルスゲノム分析パイプラインによって維持され、ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｖ．ｌａｎｌ．ｇｏｖ／ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ／ｓｅｑｕｅｎｃｅ／ＣＯＶ／ｉｎｔ＿ｓｉｔｅｓ＿ｔｂｌｓ．ｃｏｍｐで見出されるスパイクにおける変異部位の表）（２０２０年８月２４日に最後にアクセスした）を認識しており、本明細書を読むことで、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法が、かかるバリアント及び／またはそれらの組み合わせのうちのいずれかまたは全てに関して中和活性を示すワクチン接種した対象において血清を誘導する能力を特徴付けることができることを理解するであろう。
特定の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、ワクチン接種した対象の血清が、ＲＢＤバリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｑ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ等）及びスパイクタンパク質バリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントのパネル（例えば、少なくとも１０、少なくとも１５、またはそれ以上）にわたって中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、Ｓ２サブユニット内の中央らせんの上部のアミノ酸位置９８６及び９８７に２つの連続したプロリン置換を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質バリアントをコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、ワクチン接種した対象の血清が、ＲＢＤバリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｑ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ等）及びスパイクタンパク質バリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントのパネル（例えば、少なくとも１０、少なくとも１５、またはそれ以上）にわたって中和活性を示すことを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態では、配列番号７（Ｓ Ｐ２）をコードするＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、ＲＢＤバリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｑ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ等）及びスパイクタンパク質バリアント（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントのうちのいずれか１つに対する免疫応答を誘発する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位に変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「懸念されるバリアント２０２０１２／０１」（ＶＯＣ－２０２０１２／０１；系統Ｂ．１．１．７としても知られる）に対して中和活性を示すことを特徴とする。このバリアントは、以前に英国公衆衛生庁によって２０２０年１２月に最初の調査中のバリアント（ＶＵＩ－２０２０１２／０１）と命名されていたが、懸念されるバリアント（ＶＯＣ－２０２０１２／０１）に再分類された。ＶＯＣ－２０２０１２／０１は、英国でのＣＯＶＩＤ－１９パンデミック中の２０２０年１０月に、前月に採取された試料から初めて検出されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントであり、１２月中旬までにすぐに広がり始めた。これは、英国におけるＣＯＶＩＤ－１９感染率の有意な増加と相関しており、この増加は、少なくとも部分的には、ヒト細胞のＡＣＥ２への結合に必要な、スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン内のＮ５０１Ｙの変化に起因していると考えられている。ＶＯＣ－２０２０１２／０１バリアントは、２３個の変異：１３個の非同義変異、４個の欠失、及び６個の同義変異によって定義される（すなわち、タンパク質を変化させる１７個の変異、及び変化させない６個の変異が存在する）。ＶＯＣ２０２０１２／０１におけるスパイクタンパク質の変化は、欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含む。ＶＯＣ－２０２０１２／０１における最も重要な変化のうちの１つは、アミノ酸部位５０１におけるアスパラギン（Ｎ）からチロシン（Ｙ）への変化である、Ｎ５０１Ｙであると思われる。単独で、またはＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）内の６９／７０位の欠失と組み合わせたこの変異は、ウイルスの伝染性を強化し得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、以下の変異：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。このバリアントは、２０２０年１０月から試料中で初めて観察され、それ以降、５０１．Ｖ２バリアントを有する３００件超の症例が、南アフリカにおいて全ゲノムシーケンシング（ＷＧＳ）によって確認されており、２０２０年１２月にはウイルスの優性形態であった。予備的な結果は、このバリアントが伝染性の増加を有し得ることを示している。５０１．Ｖ２バリアントは、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ及びＡ７０１Ｖを含む複数のスパイクタンパク質変化によって定義され、より最近収集されたウイルスは、追加の変化：Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４を有する。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：配列番号１と比較して、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、配列番号１と比較して、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＨ６９／Ｖ７０欠失を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質のＨ６９／Ｖ７０欠失を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含んでもよい（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｙ１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「懸念されるバリアント２０２０１２／０１」（ＶＯＣ－２０２０１２／０１；系統Ｂ．１．１．７としても知られる）に対して中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈ。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、デンマーク国立血清研究所（ＳＳＩ）によってΔＦＶＩ－スパイクとも称される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「クラスター５」に対する中和活性を示すことを特徴とする。デンマークの北ユランで発見され、ミンク農場を介してミンクからヒトに伝播したと考えられている。クラスター５において、ウイルスのスパイクタンパク質におけるいくつかの異なる変異が確認されている。特異的変異としては、６９－７０ｄｅｌｔａＨＶ（タンパク質中の６９位及び７０位のヒスチジン残基及びバリン残基の欠失）、Ｙ４５３Ｆ（４５３位のチロシンからフェニルアラニンへの変化）、Ｉ６９２Ｖ（６９２位のイソロイシンからバリンへの変化）、Ｍ１２２９Ｉ（１２２９位のメチオニンからイソロイシンへの変化）、及び任意にＳ１１４７Ｌ（１１４７位のセリンからロイシンへの変化）が挙げられる。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：欠失６９～７０、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｍ１２２９Ｉ、及び任意にＳ１１４７Ｌ。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＤ６１４Ｇ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＤ６１４Ｇ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「懸念されるバリアント２０２０１２／０１」（ＶＯＣ－２０２０１２／０１；系統Ｂ．１．１．７としても知られる）に対して中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、以下の変異：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＤ６１４Ｇ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位及び６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異及びＤ６１４Ｇ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位及び６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異及びＤ６１４Ｇ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ａ５７０Ｄ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「懸念されるバリアント２０２０１２／０１」（ＶＯＣ－２０２０１２／０１；系統Ｂ．１．１．７としても知られる）に対して中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、以下の変異：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＤ６１４Ｇ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４８４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＥ４８４Ｋ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４８４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＥ４８４Ｋ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＡ７０１Ｖ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
ブラジル（ブラジリアン）バリアントとして知られる系統Ｂ．１．１．２４８は、Ｐ．１系統と名付けられ、１７個の固有のアミノ酸変化を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントのうちの１つであり、これらのうち１０個は、Ｎ５０１Ｙ及びＥ４８４Ｋを含む、そのスパイクタンパク質である。Ｂ．１．１．２４８は、Ｂ．１．１．２８に由来する。Ｅ４８４Ｋは、Ｂ．１．１．２８及びＢ．１．１．２４８の両方に存在する。Ｂ．１．１．２４８は、いくつかのＳタンパク質多型［Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ］を有し、南アフリカから記載されるバリアントとある特定の重要なＲＢＤ位置（Ｋ４１７、Ｅ４８４、Ｎ５０１）において類似している。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「Ｂ．１．１．２８」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「Ｂ．１．１．２４８」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位及び４８４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異及びＥ４８４Ｋ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位及び４８４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質のＮ５０１Ｙ変異及びＥ４８４Ｋ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含んでもよい（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＡ７０１Ｖ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「Ｂ．１．１．２４８」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位、４８４位、及び６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＮ５０１Ｙ変異、Ｅ４８４Ｋ変異、及びＤ６１４Ｇ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の５０１位、４８４位、及び６１４位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質のＮ５０１Ｙ変異、Ｅ４８４Ｋ変異、及びＤ６１４Ｇ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含んでもよい（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ａ５７０Ｄ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＤ６１４Ｇ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＬ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＬ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及びＫ４１７Ｎ（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４１７位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＫ４１７ＮまたはＫ４１７Ｔ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４１７位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＫ４１７ＮまたはＫ４１７Ｔ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＫ４１７Ｎ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「Ｂ．１．１．２４８」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４１７位及び４８４位及び／または５０１位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＫ４１７ＮまたはＫ４１７Ｔ変異ならびにＥ４８４Ｋ及び／またはＮ５０１Ｙ変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対して中和活性を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態では、配列番号１と比較して、スパイクタンパク質の４１７位及び４８４位及び／または５０１位に変異を含む１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント、または配列番号１と比較して、スパイクタンパク質にＫ４１７ＮまたはＫ４１７Ｔ変異ならびにＥ４８４Ｋ及び／またはＮ５０１Ｙ変異を含む当該１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、配列番号１と比較して、１つ以上の更なる変異を含み得る（例えば、限定されないが、配列番号１と比較して、Ｈ６９／Ｖ７０欠失、Ｙ１４４欠失、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ａ７０１Ｖ、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｌ２４２／Ａ２４３／Ｌ２４４欠失、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｓ１１４７Ｌ、Ｍ１２２９Ｉ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ等）。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「５０１．Ｖ２」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＫ４１７Ｎ（配列番号１と比較して）、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及び欠失２４２～２４４（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントはまた、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得る。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアント「Ｂ．１．１．２４８」に対する中和活性を示すことを特徴とする。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする。オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントは、南アフリカで検出されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントである。例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．３、ＢＡ．４、ＢＡ．５、及びＢＡ．２．７５亜系統を含む、複数のオミクロンバリアントまたは亜系統が生じた。本明細書で使用される場合、別途指定されない限り、「オミクロンバリアント」は、最初に開示されたオミクロンバリアント（ＢＡ．１）またはその後生じた任意のバリアント（例えば、本明細書に記載されるオミクロンバリアント）を指す。いくつかの実施形態では、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）ＢＡ．１バリアントにおけるスパイクタンパク質変化は、Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ（アミノ酸２１４の後のＥＰＥの挿入）、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントにおけるスパイクタンパク質変化は、Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ（アミノ酸２１４の後のＥＰＥの挿入）、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆを含む。いくつかの実施形態では、オミクロンＢＡ．２バリアントにおけるスパイク変化は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．４及びＢＡ．５は、同じスパイクタンパク質アミノ酸配列を有し、この場合、「ＢＡ．４／５」は、いずれかのオミクロンバリアントに使用される。いくつかの実施形態では、オミクロンＢＡ．４／５におけるスパイク変化は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、オミクロンＢＡ．２．７５におけるスパイク変化は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｋ１４７Ｅ、Ｗ１５２Ｒ、Ｆ１５７Ｌ、Ｉ２１０Ｖ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ２５７Ｓ、Ｇ３３９Ｈ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、または少なくとも３７を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ、Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ、Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ、Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、または全てを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは全てを含み得：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ（配列番号１と比較して）、及び／または以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは全てを含み得る：Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または全てを含み得る：Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、または少なくとも３１を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、または少なくとも３４を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和を示すことを特徴とする：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクバリアントに対する中和を示すことを特徴とする：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、ワクチン接種した対象の血清が、以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクバリアントに対する中和活性を示すことを特徴とする：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｋ１４７Ｅ、Ｗ１５２Ｒ、Ｆ１５７Ｌ、Ｉ２１０Ｖ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ２５７Ｓ、Ｇ３３９Ｈ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋ（配列番号１と比較して）。
本明細書に記載のＲＮＡによってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号１と比較して、Ｄ６１４Ｇ変異を含み得るか、または含まない場合がある。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、フューリン切断部位の変異を含む（例えば、いくつかの実施形態では、配列番号１の残基６８２～６８５）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、フューリンプロテアーゼ（例えば、ヒトフューリンプロテアーゼ）による切断を防止するフューリン切断部位の変異を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質は、ＷＯ２０２１１６３３６５またはＷＯ２０２１２４３１２２に開示されているフューリン変異（例えば、ＧＳＡＳ変異）を含み、それら両方の内容は、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／または方法は、かかるＲＮＡ組成物及び／または方法を受ける対象の少なくとも５０％において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する保護及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の重症度を低下させることができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、１８～５５歳の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、５６～８５歳の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、高齢の対象（例えば、６０、６５、７０、７５、８０、８５歳超等、例えば、６５～８５歳の対象）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、１８～８５歳の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、１８歳以下の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、１２歳以下の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、１０歳以下の対象を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、思春期集団（例えば、およそ１２～およそ１７歳の個体）を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、（例えば、本明細書に記載されるような）小児集団を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、乳児（例えば、１歳未満）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、母親が妊娠中に本明細書に記載のかかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を受けた乳児（例えば、１歳未満）を含まない。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望まないが、ラット研究は、妊娠中にかかるＲＮＡ組成物を与えられた雌ラットにおいて誘導されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体応答が胎児に伝達され得ることを示唆している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団には、母親が妊娠中に本明細書に記載のかかるＲＮＡ組成物を受けなかった乳児（例えば、１歳未満）が含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、妊婦を含んでもよく、いくつかの実施形態では、母親が妊娠中にワクチン接種された（例えば、少なくとも１回の用量を受けた、または代替的に、両方の用量を受けた場合のみ）乳児は、出生後の最初の数週間、数ヶ月、または更には数年（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８週間以上、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４ヶ月以上、または１、２、３、４、５年以上）にワクチン接種されない。代替的または追加的に、いくつかの実施形態では、母親が妊娠中にワクチン接種された（例えば、少なくとも１回の用量を受けた、または代替的に、両方の用量を受けた場合のみ）乳児は、生後、例えば、生後最初の数週間、数ヶ月、または更には数年（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８週間以上、または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４ヶ月以上、または１、２、３、４、５年以上）の間、低減したワクチン接種を受けるか、あるいは低減したワクチン接種（例えば、より低用量及び／またはより少ない数の投与、例えば、ブースターを所与の期間にわたって）を受ける必要があり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるような組成物は、妊婦を含まない集団に投与される。
いくつかの特定の実施形態では、本明細書に提供される組成物は、妊娠約２４週間後（例えば、妊娠約２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８週間以上後）に投与される第１の用量を含むレジメンに従って、妊婦に投与され、いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、妊娠約３４週間前（例えば、妊娠約３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８週間前）に投与される第１の用量を含むレジメンに従って、妊婦に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、妊娠の約２４週間後（例えば、妊娠の約２７週間後、例えば、約２４週間～３４週間、または約２７週間～３４週間）に投与される第１の用量、及び約２１日後に投与される第２の用量を含むレジメンに従って妊婦に投与され、いくつかの実施形態では、両方の用量は、出産前に投与される。いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、かかるレジメン（例えば、妊娠約２４週間後、または２７週間後、及び任意に、妊娠約３４週間前の第１の用量の投与を含む）、ならびに任意に、約２１日以内、理想的には出産前の第２の用量は、代替的な投薬レジメン（例えば、妊娠中の任意の時点で投与すること、妊娠中の投与を控えること、及び／または例えば、１回の用量のみが妊娠中に投与されるように、妊娠後期に投与することと比較して、安全性（例えば、早産のリスク、または胎児の罹患もしくは死亡のリスクの低減）及び／または有効性（例えば、乳児に付与されるキャリーオーバーワクチン）の点で、ある特定の利点を有し得ることが提案される。いくつかの実施形態では、妊娠中にワクチン接種された母親から生まれた乳児は、例えば、本明細書に記載される特定のレジメンに従って、更なるワクチン接種を必要としない場合もあれば、または出生後一定期間（例えば、本明細書に記載されるように）、ワクチン接種の低減（例えば、より低用量及び／またはより少ない数の投与－例えば、ブースター－及び／または所与の期間にわたって全体的に低い曝露）を必要とし得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、ワクチンの受領後（例えば、第１の用量のワクチンの受領後、最終用量のワクチンの受領後等）一定の期間、女性が妊娠しないように忠告される集団に投与され、いくつかのかかる実施形態では、期間は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間以上であり得るか、または少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、もしくはそれ以上であり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、例えば、本明細書に記載されるような、１つ以上の特に高いリスク状態または病歴を有する１つ以上の集団を含んでもよい。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ組成物で治療される集団には、職業及び／または環境曝露が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に罹患するリスクを劇的に増加させ得る対象（例えば、限定されないが、大量輸送、囚人、食料品店労働者、長期介護施設の入居者、肉屋または他の食肉加工労働者、医療従事者、及び／またはファーストレスポンダー、例えば、緊急時対応要員を含む）が含まれ得る。特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、医療従事者及び／またはファーストレスポンダー、例えば、緊急時対応要員を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、喫煙またはベイピングの履歴を有する集団（例えば、６ヶ月以内、１２ヶ月以上、慢性喫煙またはベイピングの履歴を含む）を含んでもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染により感受性が高いと決定されているある特定の民族を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染により感受性が高いと決定され得る血液型を有するある特定の集団を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、免疫不全の対象（例えば、ＨＩＶ／ＡＩＤＳを有する対象；がん患者（例えば、抗腫瘍治療を受ける）；ある特定の免疫抑制薬を服用している患者（例えば、移植患者、がん患者等）；自己免疫疾患または免疫抑制療法を必要とすると予想される他の生理学的状態（例えば、３ヶ月以内、６ヶ月以内、またはそれ以上）；ならびに免疫系に影響を及ぼす遺伝性疾患（例えば、先天性ガンマグロブリン血症、先天性ＩｇＡ欠乏症））を含んでもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、感染性疾患を有する集団を含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）及び／または肝炎ウイルス（例えば、ＨＢＶ、ＨＣＶ）に感染した集団を含んでもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、基礎となる医学的状態を有する集団を含み得る。かかる基礎となる医学的状態の例としては、高血圧、心血管疾患、糖尿病、慢性呼吸器疾患、例えば、慢性肺疾患、喘息等、がん、及び他の慢性疾患、例えば、狼瘡、関節リウマチ、慢性肝疾患、慢性腎疾患（例えば、６０ｍＬ／分／１．７３ｍ２未満の糸球体濾過率（ＧＦＲ）を特徴とするいくつかの実施形態では、病期３以上）が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、例えば、具体的に、約３０ｋｇ／ｍ２を超える体重指数（ＢＭＩ）を有する対象を含む、体重超過または肥満の対象を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物で治療される集団は、例えば、血清学または鼻腔ぬぐい液に基づいて、ＣＯＶＩＤ－１９の事前診断、または現在もしくは以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠を有する対象を含み得る。いくつかの実施形態では、治療される集団は、白人及び／または非ヒスパニック系／非ラテン系を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のある特定のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、アジア人集団（例えば、中国人集団）、または特定の実施形態では、より高齢のアジア人集団（例えば、６０歳以上、例えば、６０～８５歳または６５～８５歳）への投与のために選択され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、投与前に、以前の感染、及び／または現在の感染の証拠を示さないと判定された対象（複数可）に投与され、及び／または評価され、いくつかの実施形態では、以前の感染及び／または現在の感染の証拠は、対象（例えば、その生体試料、例えば、血液、細胞、粘液、及び／または組織）に存在する、インタクトなウイルス、または任意のウイルス核酸、タンパク質、脂質等の証拠、及び／またはそれらに対する対象の免疫応答の証拠であってもよく、またはそれらを含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、投与前に、以前の感染、及び／または現在の感染の証拠を示すと判定された対象（複数可）に投与され、及び／または評価され、いくつかの実施形態では、以前の感染及び／または現在の感染の証拠は、対象（例えば、その生体試料、例えば、血液、細胞、粘液、及び／または組織）に存在する、インタクトなウイルス、または任意のウイルス核酸、タンパク質、脂質等の証拠、及び／またはそれらに対する対象の免疫応答の証拠であってもよく、またはそれらを含むことができる。いくつかの実施形態では、対象は、用量１の日にＮ結合抗体検査で陽性の結果または核酸増幅検査（ＮＡＡＴ）で陽性の結果を有することに基づいて、以前の感染を有するとみなされる。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、例えば、悪寒、発熱、頭痛、注射部位の疼痛、筋肉の疼痛、疲労のうちの１つ以上を含み得る副作用のリスクを知らされている対象に投与され、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１つ以上のかかる副作用が発生し、軽度もしくは中等度を超えて経験され、１日もしくは数日を超える期間にわたって持続する場合、または対象が合理的に組成物の受領と関連し得ると考えるいずれかの重大もしくは予期しない事象が経験される場合、医療提供者に通知するように案内された対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、例えば、アレルギー、出血障害もしくは血液希薄剤の服用、母乳育児、発熱、免疫不全状態、または免疫系、妊娠、もしくは妊娠予定等に影響を及ぼす薬の服用のうちの１つ以上を含み得る特定の医学的状態を医療提供者に通知するように案内された対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、別のＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを受けたことを医療提供者に通知するように案内された対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、以下の医学的状態のうちの１つを有しない対象に投与される：熱性疾患を経験している、免疫抑制療法を受けている、抗凝固療法を受けている、出血性障害（例えば、筋肉内注射を禁忌とするもの）に罹患している、あるいは妊娠及び／または授乳育児／授乳。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、別のＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを受けていない対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の任意の成分に対してアレルギー反応を起こしていない対象に投与される。かかるアレルギー反応の例としては、呼吸困難、顔及び／または喉の腫脹、速い心拍、発疹、めまい、及び／または脱力感が挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、第１の用量を受け、第１の用量に対して（例えば、本明細書に記載されるような）アレルギー反応を有しなかった対象に投与される。本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の用量を受けた後に対象（複数可）においてアレルギー反応が生じるいくつかの実施形態では、かかる対象（複数可）に、かかるアレルギー反応の症状（複数可）を管理及び／または低減する治療などの１つ以上の介入、例えば、解熱剤及び／または抗炎症剤を投与してもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される少なくとも１つの用量のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を受けた対象は、第２の用量の投与から数日（例えば、少なくとも７日、少なくとも８日、９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日等）が経過しない限り、及び経過するまで、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）に曝露されることを回避することを知らされる。例えば、本明細書に提供されるような少なくとも１つの用量のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を受けた対象は、第２の用量の投与から数日（例えば、少なくとも７日、少なくとも８日、９日、少なくとも１０日、少なくとも１１日、少なくとも１２日、少なくとも１３日、少なくとも１４日等）が経過しない限り、及び経過するまで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対する予防措置（例えば、ソーシャルディスタンスを保つ、マスクを着用する、頻繁な手洗い等）を講じることを知らされる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を投与する方法は、第１の用量を受け、コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）に曝露されないように予防措置を講じた対象に、本明細書に提供されるようなかかるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の第２の用量を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、例えば、ワクチンプライミングのために、それを必要とする対象の流入領域リンパ節に送達され得る。いくつかの実施形態では、かかる送達は、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の筋肉内投与によって実施され得る。
いくつかの実施形態では、異なる特定のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、異なる対象集団（複数可）に投与されてもよく、代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、異なる投薬レジメンは、異なる対象集団に投与されてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、特定の対象集団（複数可）に投与されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、それらの対象集団における１つ以上の特定の効果（例えば、発生率及び／または効果の程度）によって特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、かかる効果（複数可）は、例えば、中和抗体及び／またはＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などのＴＨ１型Ｔ細胞）の力価及び／または持続性、チャレンジ（例えば、注射及び／または経鼻曝露等を介して）に対する保護、副作用の発生率、重症度、及び／または持続性（例えば、反応原性）等であり得るか、またはそれらを含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、例えば、核酸増幅試験（ＮＡＡＴ）などの実験室試験に基づいて、１０００人－年当たりのＣＯＶＩＤ－１９の発生率を低減するように確立されたレジメンに従って投与され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の血清学的またはウイルス学的証拠（例えば、最後の用量の受領後最大７日間）を伴わない、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の少なくとも１回の用量を受ける対象における核酸増幅試験（ＮＡＡＴ）などの実験室試験に基づいて、１０００人－年当たりのＣＯＶＩＤ－１９発症率を低減するように確立されたレジメンに従って投与され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１０００人－年当たりの重症ＣＯＶＩＤ－１９の発生率を低減するように確立されたレジメンに従って投与され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の血清学的またはウイルス学的証拠がない、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の少なくとも１回の用量を受ける対象において、１０００人－年当たりの確定された重症ＣＯＶＩＤ－１９発生率を低減するように確立されたレジメンに従って投与され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、一定期間にわたる参照レベル（例えば、ヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染／ＣＯＶＩＤ－１９回復期血清に基づいて判定される参照レベル）、及び／または例えば、いくつかの実施形態では、一定期間にわたるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド内の少なくとも１つ以上のＭＨＣ制限（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限）エピトープ及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を認識するＴ細胞の誘導を含む、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答）の誘導を達成するか、または超える対象からの血清中で測定されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）に向けられた中和抗体を産生するために確立されたレジメンに従って投与され得る。いくつかのかかる実施形態では、この期間は、少なくとも２ヶ月、３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月以上であり得る。いくつかの実施形態では、ワクチン誘導性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）によって認識される１つ以上のエピトープは、集団の対象の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）に存在するＭＨＣクラスＩ対立遺伝子上に提示されてもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０２０１であってもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、またはＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＬＰＦＮＤＧＶＹＦを含み得る。
いくつかの実施形態では、有効性は、ワクチン接種レジメンの前及びその間の過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の血清学的またはウイルス学的証拠がない個体において、１０００人－年当たりのＣＯＶＩＤ－１９の発生率として評価され、代替的または追加的に、いくつかの実施形態では、有効性は、ワクチン接種レジメンの前及びその間の過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠がある対象及びない対象において、１０００人－年当たりのＣＯＶＩＤ－１９の発生率として評価される。いくつかのかかる実施形態では、かかる発生率は、最終ワクチン接種（例えば、単回用量レジメンにおける第１の用量、２用量レジメンにおける第２の用量等）後の特定の期間内に確認されたＣＯＶＩＤ－１９症例のものであり、いくつかの実施形態では、かかる期間は、特定の日数（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０日以上）以内（すなわち、最大７日）であってもよい。いくつかの実施形態では、かかる期間は、７日以内、または１４日以内、または２１日以内、または２８日以内であり得る。いくつかの実施形態では、かかる期間は、７日以内であってもよい。いくつかの実施形態では、かかる期間は、１４日以内であってもよい。
いくつかの実施形態（例えば、有効性を評価するいくつかの実施形態）では、以下：対象からの試料中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核酸の検出、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を特異的に認識する抗体（例えば、ＳＡＲＳ－Ｃｏ－Ｖ－２スパイクタンパク質）の検出、ＣＯＶＩＤ－１９感染の１つ以上の症状、及びそれらの組み合わせのうちの１つ以上が確立される場合、対象がＣＯＶＩＤ－１９感染を経験したと判定される。いくつかのかかる実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核酸の検出は、例えば、例えば、中鼻甲介ぬぐい液試料上のＮＡＡＴ試験を伴ってもよい。いくつかのかかる実施形態では、関連する抗体の検出は、血液試料またはその一部の血清学的検査を含み得る。いくつかのかかる実施形態では、ＣＯＶＩＤ－１９感染症の症状は、発熱、新規または増加した咳、新規または増加した息切れ、悪寒、新規または増加した筋肉痛、新規の味または匂いの喪失、喉の痛み、下痢、嘔吐、及びそれらの組み合わせであり得るか、またはそれらを含み得る。いくつかのかかる実施形態では、ＣＯＶＩＤ－１９感染の症状は、発熱、新規または増加した咳、新規または増加した息切れ、悪寒、新規または増加した筋肉痛、新規の味または匂いの喪失、喉の痛み、下痢、嘔吐、疲労、頭痛、鼻づまりまたは鼻水、吐き気、及びそれらの組み合わせであり得るか、またはそれらを含み得る。いくつかのかかる実施形態では、対象は、かかる対象が１つのかかる症状を経験し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核酸もしくは抗体、または両方について検査で陽性を示した場合、ＣＯＶＩＤ－１９感染を経験したと判定される。いくつかのかかる実施形態では、対象は、かかる対象が１つのかかる症状を経験し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核酸について検査で陽性を示した場合、ＣＯＶＩＤ－１９感染を経験したと判定される。いくつかのかかる実施形態では、対象は、かかる対象が１つのかかる症状を経験し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体について検査で陽性を示した場合、ＣＯＶＩＤ－１９感染を経験したと判定される。
いくつかの実施形態では（例えば、有効性を評価するいくつかの実施形態では）、対象は、かかる対象が、以下のうちの１つ以上を経験した場合に、重度のＣＯＶＩＤ－１９感染を経験したと判定される：安静時の臨床兆候または重度の全身性疾患（例えば、１分当たり３０回以上の呼吸数、１分当たり１２５回以上の心拍数、海面位での室内空気で９３％以下のＳｐＯ２、または３００ｍＨｇ未満のＰａＯ２／ＦｉＯ２のうちの１つ以上）、呼吸不全（例えば、高流量酸素、非侵襲的換気、機械的換気、ＥＣＭＯを必要とすることのうちの１つ以上）、ショックの証拠（９０ｍｍＨｇ未満の収縮期血圧、６０ｍｍＨｇ未満の拡張期血圧、昇圧剤を必要とする）、顕著な急性腎臓、肝臓、または神経機能障害、集中治療室への入院、死亡、及びそれらの組み合わせ。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、以下のうちの少なくとも１つを報告する対象のパーセンテージを低減するために確立されたレジメンに従って投与され得る：（ｉ）各用量後最大７日間の（例えば、本明細書に記載されるような）１つ以上の局所反応、（ｉｉ）各用量後最大７日間の１つ以上の全身事象、（ｉｉｉ）最初の用量から最後の用量後１ヶ月までの（例えば、本明細書に記載されるような）有害事象、及び／または（ｉｖ）最初の用量から最後の投与後６ヶ月までの重度の（例えば、本明細書に記載されるような）有害事象。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を受領した１人以上の対象をモニタリングして（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０日間以上、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２週間以上、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４ヶ月以上を含む、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年間以上を含む）、例えば、投与された組成物の成分（複数可）に対する免疫応答の存在、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２または別のコロナウイルスへの曝露及び／または免疫応答の証拠、任意の有害事象の証拠等を評価することができる。いくつかの実施形態では、モニタリングは、テレビ訪問を介して行われ得る。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、モニタリングは、対面であってもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物によって付与される治療効果は、例えば、ベースライン、ワクチン接種の完了後１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月、１８ヶ月、及び／または２４ヶ月の（ｉ）所定の閾値を上回るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗Ｓ１結合抗体レベル、（ｉｉ）所定の閾値を上回るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗ＲＢＤ結合抗体レベル、及び／または（ｉｉｉ）閾値を上回るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２血清中和力価によって特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、抗Ｓ１結合抗体及び／または抗ＲＢＤ結合抗体レベル及び／または血清中和力価は、幾何平均濃度（ＧＭＣ）、幾何平均力価（ＧＭＴ）、または幾何平均上昇倍率（ＧＭＦＲ）によって特徴付けられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物によって付与される治療効果は、例えば、ベースライン、ワクチン接種の完了後１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月、１８ヶ月、及び／または２４ヶ月の所定の閾値を上回るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２血清中和力価を示す治療対象のパーセンテージが、かかる所定の閾値を上回る（例えば、本明細書に記載されるような）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２血清中和力価を示す非治療対象のパーセンテージよりも高いことを特徴とし得る。いくつかの実施形態では、血清中和力価は、幾何平均濃度（ＧＭＣ）、幾何平均力価（ＧＭＴ）、または幾何平均倍率上昇（ＧＭＦＲ）によって特徴付けられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物によって付与される治療効果は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＮＶＡ特異的結合抗体の検出によって特徴付けられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物によって付与される治療効果は、核酸増幅試験によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出によって特徴付けられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物によって付与される治療効果は、例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）内の少なくとも１つ以上のＭＨＣ制限（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限）エピトープを認識するＴ細胞の誘導を含む、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答）の誘導によって特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、ワクチン誘導性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）によって認識される１つ以上のエピトープは、集団の対象の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）に存在するＭＨＣクラスＩ対立遺伝子上に提示されてもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０２０１であってもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、またはＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＬＰＦＮＤＧＶＹＦを含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の一次ワクチン有効性（ＶＥ）は、一次ＶＥ１または一次ＶＥ１と一次ＶＥ２の両方が、３０％以上（例えば、４０％超、５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、９５％超、９６％超、９７％超、９８％超、またはそれ以上を含む）であるという十分な証拠（事後確率）があるときに確立され得、一次ＶＥは、一次ＶＥ＝１００×（１－ＩＲＲ）として定義され、ＩＲＲは、ワクチン群におけるＣＯＶＩＤ－１９疾患率と、プラセボ群における対応する疾患率との比として計算される。一次ＶＥ１は、ワクチン接種前の感染の証拠なしに、参加者において確認されたＣＯＶＩＤ－１９に対する本明細書に記載の予防的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物についてのＶＥを表し、一次ＶＥ２は、ワクチン接種後の全ての参加者において確認されたＣＯＶＩＤ－１９に対する本明細書に記載の予防的ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物についてのＶＥを表す。いくつかの実施形態では、一次ＶＥ１及びＶＥ２を順次評価して、２．５％の全体的なＩ型エラーを制御することができる（階層的試験）。本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、上述のように一次ＶＥエンドポイントを達成するために実証されるいくつかの実施形態では、二次ＶＥエンドポイント（例えば、ワクチン接種前の感染の証拠がない参加者において重度のＣＯＶＩＤ－１９が確認され、全ての参加者において重度のＣＯＶＩＤ－１９が確認された）は、例えば、上述の一次ＶＥエンドポイント評価（階層的試験）に使用されるのと同じ方法によって、順次評価され得る。いくつかの実施形態では、一次及び／または二次ＶＥエンドポイントの評価は、例えば、以下の仮定に基づいて、ワクチンまたはプラセボ群に対して１：１の比でランダム化された少なくとも２０，０００人以上の対象（例えば、少なくとも２５，０００人以上の対象）に基づいてもよい：（ｉ）プラセボ群における１年当たり１．０％の疾病率、及び（ｉｉ）参加者の２０％が評価不可能であるか、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への以前の感染の血清学的証拠を有し、更なる感染に対して免疫を有する可能性がある。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の１つ以上のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、免疫応答の維持及び／または継続的強化を達成するために確立されたレジメンに従って投与され得る。例えば、いくつかの実施形態では、投与レジメンは、任意に、１つ以上の後続の用量が続く第１の用量を含んでもよく、いくつかの実施形態では、任意のかかる後続の用量（複数可）の必要性、タイミング、及び／または大きさは、１つ以上の免疫応答またはその特徴を維持、強化、及び／または修飾するように選択されてもよい。いくつかの実施形態では、用量（複数可）の数、タイミング、及び／または量（複数可）は、関連する集団に投与するときに有効であることが確立されている。いくつかの実施形態では、用量（複数可）の数、タイミング、及び／または量（複数可）は、個々の対象について調節されてもよく、例えば、いくつかの実施形態では、個々の対象における免疫応答の１つ以上の特徴は、第１の用量の受領後に、少なくとも１回（及び任意に１回超、例えば複数回、典型的には、間隔を空けて、多くの場合、事前に選択された間隔で）評価されてもよい。例えば、抗体、Ｂ細胞、及び／またはＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）、及び／またはそれによって分泌されるサイトカインの存在、及び／または特定の抗原（複数可）及び／またはエピトープ（複数可）に対する応答の同一性及び／または程度を評価してもよい。いくつかの実施形態では、後続の用量の必要性、タイミング、及び／または量は、かかる評価に照らして決定され得る。
上記のように、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を受領した１人以上の対象を、任意の特定用量の受領からモニタリングして（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０日以上の期間、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２週間以上を含む、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４ヶ月以上を含む、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年以上を含む）、例えば、投与された組成物の成分（複数可）に対する免疫応答の存在、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２または別のコロナウイルスへの曝露及び／または免疫応答の証拠、任意の有害事象の証拠等を評価し抗体、Ｂ細胞、及び／またはＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）の存在の１つ以上、及び／またはそれによって分泌されるサイトカインの評価を実施してもよく、及び／または特定の抗原（複数可）及び／またはエピトープ（複数可）の同一性及び／または応答の程度を評価してもよい。本明細書に記載されるような組成物の投与は、１つ以上のかかるモニタリングステップを含むレジメンに従ってよい。
例えば、いくつかの実施形態では、第１の用量に対する第２の用量（及び／または以前の用量に対する後続の用量）の必要性、タイミング、及び／または量が、評価、決定、及び／または選択され、それによってかかる第２の（または後続の）用量の投与が、第１の（または他の以前の）用量の後に観察される（例えば、本明細書に記載されるような）免疫応答の増幅または修飾を達成する。いくつかの実施形態では、免疫応答（例えば、本明細書に記載のもの）のかかる増幅は、第１の用量後に観察される免疫応答のレベルと比較して、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上であり得る。いくつかの実施形態では、免疫応答のかかる増幅は、第１の用量後に観察される免疫応答のレベルと比較して、少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、またはそれ以上であり得る。
いくつかの実施形態では、第１の（または他の以前の）用量に対する第２の（または後続の）用量の必要性、タイミング、及び／または量は、後続の用量の投与が、前の用量の後に観察される（例えば、本明細書に記載されるような）免疫応答の耐久性を延長するように、評価、決定、及び／または選択され、いくつかのかかる実施形態では、耐久性は、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、またはそれ以上延長され得る。いくつかの実施形態では、第１の用量の後に観察される免疫応答は、対象からの血清中で測定される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする中和抗体の産生、及び／または例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）内の少なくとも１つ以上のＭＨＣ制限（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限）エピトープを認識するＴ細胞の誘導を含む、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答）の誘導によって特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、ワクチン誘導性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）によって認識される１つ以上のエピトープは、集団の対象の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）に存在するＭＨＣクラスＩ対立遺伝子上に提示されてもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０２０１であってもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、またはＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＬＰＦＮＤＧＶＹＦを含み得る。
いくつかの実施形態では、第１の用量に対する第２の用量（または以前の用量と比較した他の後続用量）の必要性、タイミング、及び／または量は、かかる第２の（または後続の）用量の投与が、免疫応答の参照レベルを維持または超えるように、評価、決定、及び／または選択され、いくつかのかかる実施形態では、参照レベルは、対象から採取されたヒトＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染／ＣＯＶＩＤ－１９回復期血清及び／またはＰＢＭＣ試料（例えば、対象が無症状であったときのＰＣＲ確認診断の後、少なくとも１４日以上（例えば、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２５日、３０日、３５日、４０日、４５日、５０日、５５日、６０日、またはそれ以上を含む）などの少なくともある期間）に基づいて決定される。いくつかの実施形態では、免役応答は、対象からの血清で測定される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする中和抗体の産生、及び／または例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）内の少なくとも１つ以上のＭＨＣ制限（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限）エピトープを認識するＴ細胞の誘導を含む、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答）の誘導によって特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、ワクチン誘導性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）によって認識される１つ以上のエピトープは、集団の対象の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）に存在するＭＨＣクラスＩ対立遺伝子上に提示されてもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０２０１であってもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、またはＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＬＰＦＮＤＧＶＹＦを含み得る。
いくつかの実施形態では、第２の（または後続の）用量の必要性、タイミング、及び／または量の決定は、第１の（または他の以前の）用量の後（例えば、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１日以上後）、対象からの血清で測定される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を対象とする中和抗体の存在レベル及び／または発現レベル、及び／または例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクポリペプチド及び／またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）内の少なくとも１つ以上のＭＨＣ制限（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限）エピトープを認識するＴ細胞の誘導を含む、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＴ細胞応答）の誘導を評価する１つ以上のステップを含み得る。いくつかの実施形態では、ワクチン誘導性Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞）によって認識される１つ以上のエピトープは、集団の対象の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）に存在するＭＨＣクラスＩ対立遺伝子上に提示されてもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４０１、またはＨＬＡ－Ａ＊０２０１であってもよい。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ ＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、またはＨＬＡ－Ｂ＊３５０１ ＬＰＦＮＤＧＶＹＦを含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるキットは、例えば、いくつかの実施形態では、出荷温度、出荷時間、及び／または場所を提供することができるリアルタイムのモニタリングロギングデバイスを備え得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、容器（例えば、バイアルまたはシリンジ）、例えば、ガラス容器（例えば、ガラスバイアルまたはシリンジ）中で出荷、保管、及び／または利用されてもよく、これは、いくつかの実施形態では、単回用量容器または複数回用量容器であってもよい（例えば、単回用量、または複数回用量の製品を投与するために保持するように配置及び構築されてもよく、及び／またはいくつかの実施形態では、保持してもよい）。いくつかの実施形態では、複数回用量容器（例えば、複数回用量バイアルまたはシリンジ）は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上の用量を保持するように配置及び構築されてもよく、及び／または保持してもよく、いくつかの特定の実施形態では、それは、５つの用量を保持するように設計されてもよく、及び／または保持してもよい。いくつかの実施形態では、単回用量または複数回用量容器（単回用量または複数回用量バイアルまたはシリンジなど）は、例えば、移送及び／または投与におけるある程度の損失を可能にするために、指示された用量数よりも多い体積または量を保持するように配置及び構築されてもよく、及び／または保持し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、防腐剤を含まないガラス容器（例えば、防腐剤を含まないガラスバイアルもしくはシリンジ、例えば、単回用量もしくは複数回用量の防腐剤を含まないガラスバイアルもしくはシリンジ）中で出荷、保管、及び／または利用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、凍結液、例えば、いくつかの実施形態では、０．４５ｍＬの凍結液（例えば、５用量を含む）を含有する、防腐剤を含まないガラス容器（例えば、防腐剤を含まないガラスバイアルもしくはシリンジ、例えば、単回用量または複数回用量の防腐剤を含まないガラスバイアルもしくはシリンジ）中で出荷、保管、及び／または利用され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷され、保管され、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、室温未満、４℃以下、０℃以下、－２０℃以下、－６０℃以下、－７０℃以下、－８０℃以下、－９０℃以下等の温度で維持されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷され、保管され、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、－８０℃～－６０℃の間の温度で維持されてもよく、いくつかの実施形態では、光から保護されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷、保管、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、約２５℃未満の温度で維持されてもよく、いくつかの実施形態では、光から保護されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷、保管、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、約５℃未満（例えば、約４℃未満）の温度で維持されてもよく、いくつかの実施形態では、光から保護されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷、保管、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、約－２０℃未満の温度で維持されてもよく、いくつかの実施形態では、光から保護されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置され、出荷され、保管され、及び／または利用される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、約－６０℃を超える温度（例えば、いくつかの実施形態では、約－２０℃以上であり、いくつかの実施形態では、約４～５℃以上であり、いずれかの場合では任意に約２５℃未満である）で維持され得、いくつかの実施形態では、光から保護され得るか、またはそうでなければ、約－２０℃未満で物質的に保管温度を達成するために取られる積極的なステップ（例えば、冷却措置）なしで維持され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、熱保護材料もしくは容器及び／または温度調整材料とともに及び／またはそれらの文脈で出荷、保管、及び／または利用される。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）組成物及び／またはそれが配置される容器（例えばバイアルもしくはシリンジ）は、氷及び／またはドライアイスとともに、及び／または絶縁材料とともに出荷、保管、及び／または利用される。いくつかの特定の実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が配置される容器（例えば、バイアルもしくはシリンジ）は、トレイまたは他の保持デバイス内に配置され、温度調整（例えば、氷及び／またはドライアイス）材料及び／または絶縁材料とともに（もしくはそうでなければそれらの存在下で）更に接触される。いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が配置される複数の容器（例えば、本明細書に記載の単回使用または複数回使用のバイアルもしくはシリンジなどの複数のバイアルもしくはシリンジ）は、（例えば、共通のトレイ、ラック、ボックス等に）同所的に配置され、温度調整（例えば、氷及び／またはドライアイス）材料及び／または絶縁材料とともに（もしくはそうでなければそれらの存在下で）包装される。一例を挙げると、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が配置される複数の容器（例えば、本明細書に記載の単回使用もしくは複数回使用のバイアルもしくはシリンジなどの複数のバイアルもしくはシリンジ）は、共通のトレイまたはラック内に配置され、複数のかかるトレイまたはラックは、サーマル（例えば、断熱）シッパー内で温度調整材料（例えば、ドライアイス）によって囲まれたカートンで積み重ねられる。いくつかの実施形態では、温度調整材料は、定期的に（例えば、部位に到着してから２４時間以内、及び／または２時間、４時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日ごと等）補充される。好ましくは、サーマルシッパーに何度も出し入れすべきではなく、望ましくは１日に２回を超えてはならない。いくつかの実施形態では、サーマルシッパーは、開封されてから５、４、３、２、または１分以内に再び閉じる。いくつかの実施形態では、任意に特定の温度範囲内で、一定期間サーマルシッパー内に保存されている、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、有用なままである。例えば、いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物を含有する本明細書に記載のサーマルシッパーが、約１５℃～約２５℃の範囲内の温度で維持されるか、または維持されている（例えば、保存されている）場合、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、最大１０日間使用されてもよく、すなわち、いくつかの実施形態では、サーマルシッパー（このサーマルシッパーは、１０日間以下の期間にわたって約１５℃～約２５℃の範囲内の温度である）内で維持されている、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、対象に投与される。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、サーマルシッパー（このサーマルシッパーは、約１５℃～約２５℃の範囲内の温度で維持されている（例えば、保存されている）サーマルシッパー内で維持されている（例えば、保存されている））場合、それは、最大１０日間使用されてもよく、すなわち、いくつかの実施形態では、サーマルシッパー（このサーマルシッパーは、１０日以下の期間にわたって約１５℃～約２５℃の範囲内の温度で維持されている）内で維持されている提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、対象に投与される。
いくつかの実施形態では、提供されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、凍結状態で出荷及び／または保管される。いくつかの実施形態では、提供されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ組成物）は、いくつかの実施形態では防腐剤を含まない凍結懸濁液として出荷及び／または保管される。いくつかの実施形態では、凍結されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、解凍される。いくつかの実施形態では、解凍されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物（例えば、懸濁液）は、白色～オフホワイトの不透明な非晶質粒子を含有してもよい。いくつかの実施形態では、解凍されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、室温以下の（例えば、約３０℃、２５℃、２０℃、１５℃、１０℃、８℃、４℃等を下回る）温度で維持（例えば、保管）される場合、解凍後最大数日間（例えば、１、２、３、４、５、または６日間）使用することができる。いくつかの実施形態では、解凍されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、約２℃～約８℃の温度で保存された後（例えば、かかる少ない日数にわたって）使用されてもよく、代替的または追加的に、解凍されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、室温で解凍した後、数時間（例えば、１、２、３、４、５、６）以内で使用されてもよい。したがって、いくつかの実施形態では、解凍され、室温以下、及びいくつかの実施形態では、約２℃～約８℃の温度で、６、５、４、３、２、または１日以下にわたって維持されている、提供されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、対象に投与される。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、解凍され、室温で６、５、４、３、２、または１時間以下にわたって維持されている、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が、対象に投与される。いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、濃縮状態で出荷及び／または保管される。いくつかの実施形態では、かかる濃縮組成物は、投与前に希釈される。いくつかの実施形態では、希釈された組成物は、希釈後約１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１時間（複数可）の期間内に投与され、いくつかの実施形態では、かかる投与は、希釈後６時間以内である。したがって、いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の希釈された調製物は、希釈後６時間以内に（例えば、適切な温度、例えば、室温未満、４℃以下、０℃以下、－２０℃以下、－６０℃以下、－７０℃以下、－８０℃以下等で、典型的には、約２℃以上、例えば、約２℃～約８℃、または約２℃～約２５℃で維持された後、本明細書に記載されるように）対象に投与される。いくつかの実施形態では、未使用の組成物は、希釈後数時間（例えば、約１０、約９、約８、約７、約６、約５時間以下）以内に廃棄され、いくつかの実施形態では、未使用の組成物は、希釈後６時間以内に廃棄される。
いくつかの実施形態では、保存、出荷、または利用されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物（例えば、凍結組成物、液体濃縮組成物、希釈液体組成物等）は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７日以上、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０週間以上、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上の期間にわたって、物質的に－６０℃を超える温度で維持され得、いくつかのかかる実施形態では、かかる組成物は、かかる期間にわたって約－２０℃以上の温度で、及び／またはかかる期間にわたって最大もしくは約４～５℃の温度で維持され得、及び／または約４～５℃を超える温度で、任意に、約２５℃で、最大２ヶ月未満、及び／または任意に、最大約１ヶ月の期間にわたって維持され得る。いくつかの実施形態では、かかる組成物は、約４～５℃を物質的に超える温度に、特に約２週間、またはいくつかの実施形態では１週間までの期間にわたって約２５℃の温度ではないか、もしくはそれに近い温度で保存、出荷、または利用（もしくはそうでなければ曝露）されていない場合がある。いくつかの実施形態では、かかる組成物は、約－２０℃を物質的に超える温度で、特に、約４～５℃の温度ではないか、もしくはそれに近い温度で約１２ヶ月、１１ヶ月、１０ヶ月、９ヶ月、８ヶ月、７ヶ月、６ヶ月、５ヶ月、４ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、またはいくつかの実施形態では、約８週間もしくは６ヶ月、または物質的に約２ヶ月超、またはいくつかの実施形態では３ヶ月、またはいくつかの実施形態では４ヶ月の期間にわたって保存、出荷、または利用されていない場合がある。
いくつかの実施形態では、保存、出荷、または利用されるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物（例えば、凍結組成物、液体濃縮組成物、希釈液体組成物等）は、光から保護され得る。いくつかの実施形態では、かかる組成物（例えば、バイアルまたはシリンジなどの容器内に配置されてもよい）の光への曝露を低減または最小限に抑えるために１つ以上のステップが講じられてもよい。いくつかの実施形態では、直射日光及び／または紫外線への曝露は回避される。いくつかの実施形態では、希釈された溶液は、通常の室内光条件下で（例えば、室内光への曝露を最小限に抑えるか、または低減するために特定のステップを講じることなく）取り扱われ、及び／または利用され得る。本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の取り扱い（例えば、希釈及び／または投与）の間、無菌技法への厳守が望ましいことを理解されたい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、静脈内に投与されない（例えば、注射されない）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、皮内に投与されない（例えば、注射されない）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、皮下的に投与されない（例えば、注射されない）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、静脈内、皮内的、または皮下的のうちのいずれでも投与されない（例えば、注射されない）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、その任意の成分に対する既知の過敏症を有する対象に投与されない。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が投与された対象は、アナフィラキシーの１つ以上の兆候について監視される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が投与される対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２についての異なるワクチンの少なくとも１つの用量を以前に受けたことがあり、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物が投与される対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２についての異なるワクチンを以前に受けたことがない。いくつかの実施形態では、対象の体温は、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の投与前（例えば、かかる組成物の解凍、希釈、及び／または投与の直前または直後）に速やかに測定され、いくつかの実施形態では、かかる対象が熱性であると判定される場合、投与は、遅延またはキャンセルされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、抗凝固療法を受けているか、または筋肉内注射を禁忌とするであろう出血障害もしくは状態に罹患しているか、またはそれに罹患しやすい対象には投与されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、副作用及びリスクに関連する組成物情報を受ける対象と連絡を取った医療従事者によって投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、任意の重篤な有害事象について有害事象報告を提出することに同意した医療従事者によって投与され、これには、例えば、死亡、（例えば、対象の子供における）障害または先天性異常／出生欠損の発症、入院（既存の入院の延長を含む）、生命を脅かす事象、死亡を予防するための医学的または外科的介入、正常な生活機能を行う能力の持続的もしくは顕著もしくは実質的な破壊、または個体を危険にさらす可能性があり、他の結果のうちの１つを予防するための医学的または外科的介入（治療）を必要とする可能性がある別の重要な医学的事象のうちの１つ以上が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ組成物は、１８歳未満、または１７歳未満、または１６歳未満、または１５歳未満、または１４歳未満、または１３歳未満の個体の集団に、例えば、以下に示される局所反応事象のうちの１つ以上の発症率が、以下に示される発症率を超えないように確立されたレジメンに従って投与される。
●注射部位での疼痛（第１の用量及び／または第２の用量後７５％、及び／または第２の用量後のより低い発症率、例えば、第２の用量後６５％）、
●注射部位での赤み（第１の用量及び／または第２の用量後５％未満）、及び／または
●注射部位での腫脹（第１の用量及び／または第２の用量後５％未満）。
いくつかの実施形態では、提供されるＲＮＡ組成物は、１８歳未満、または１７歳未満、または１６歳未満、または１５歳未満、または１４歳未満、または１３歳未満の個体の集団に、例えば、以下に示される全身反応事象のうちの１つ以上の発症率が、以下に示される発症率を超えないように確立されたレジメンに従って投与される。
●疲労（第１の用量及び／または第２の用量後５５％）、
●頭痛（第１の用量及び／または第２の用量後５０％）、
●筋肉痛（第１の用量及び／または第２の用量後４０％）、
●悪寒（第１の用量及び／または第２の用量後４０％）、
●関節痛（第１の用量及び／または第２の用量後２０％）、
●発熱（第１の用量及び／または第２の用量後２５％）、
●嘔吐（第１の用量及び／または第２の用量後１０％）、及び／または
●下痢（第１の用量及び／または第２の用量後１０％）。
いくつかの実施形態では、１つ以上の局所反応及び／または全身反応事象（例えば、本明細書に記載される）の１つ以上の症状を緩和する薬物は、提供されるＲＮＡ組成物を投与され、局所反応事象及び／または全身反応事象（例えば、本明細書に記載される）のうちの１つ以上を経験した１８歳未満、または１７歳未満、または１６歳未満、または１５歳未満、または１４歳未満、または１３歳未満の個体に投与される。いくつかの実施形態では、解熱及び／または鎮痛剤は、かかる個体に投与され得る。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳタンパク質組織の概要。Ｓ１サブユニット内の配列は、シグナル配列（ＳＳ）及びヒト細胞受容体ＡＣＥ２への結合に関連するＳタンパク質内の重要なサブユニットである受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）からなる。Ｓ２サブユニットは、Ｓ２プロテアーゼ切断部位（Ｓ２’）、続いて膜融合のための融合ペプチド（ＦＰ）、中心らせん（ＣＨ）ドメインを有するヘプタッドリピート（ＨＲ１及びＨＲ２）、膜貫通ドメイン（ＴＭ）及び細胞質尾部（ＣＴ）を含む。 例示的なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン構築物。完全及び野生型Ｓタンパク質に基づいて、我々は、（１）中和感受性部位を保存する安定化変異を含む第１のヘプタッドリピート（ＨＲＰ１）に近い距離に変異を有する完全タンパク質、（２）Ｓ１ドメイン、または（３）ＲＢドメイン（ＲＢＤ）のみをコードする異なる構築物を設計した。更に、タンパク質断片を安定化するために、フィブリチンドメイン（Ｆ）をＣ末端に融合した。全ての構築物は、細胞膜へのゴルジ輸送を確実にするために、シグナルペプチド（ＳＰ）から始まる。 ＲＮＡの一般的な構造。５’キャップ、５’及び３’非翻訳領域を有するＲＮＡワクチン、固有分泌シグナルペプチド及びＧＳリンカーを有するコード配列、ならびにポリ（Ａ）尾部の一般的な構造の概略図。個々の要素は、それぞれの配列長と比較して、正確に真の縮尺で描かれていないことに注意されたい。ＵＴＲ＝非翻訳領域、ｓｅｃ＝分泌シグナルペプチド、ＲＢＤ＝受容体結合ドメイン、ＧＳ＝グリシン－セリンリンカー。 ＲＮＡの一般的な構造。５’キャップ、５’及び３’非翻訳領域を有するＲＮＡ原薬、固有分泌シグナルペプチド及びＧＳリンカーを有するコード配列、ならびにポリ（Ａ）尾部の一般的な構造の概略図。個々の要素は、それぞれの配列長と比較して、正確に真の縮尺で描かれていないことに注意されたい。ＧＳ＝グリシン－セリンリンカー、ＵＴＲ＝非翻訳領域、Ｓｅｃ＝分泌シグナルペプチド、ＲＢＤ＝受容体結合ドメイン。 ＲＮＡの一般的な構造。５’キャップ、５’及び３’非翻訳領域、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼレプリカーゼのコード配列、ならびに固有分泌シグナルペプチドならびにＧＳリンカーを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原、ならびにポリ（Ａ）尾部を有するＲＮＡワクチンの一般的な構造の概略図。個々の要素は、それぞれの配列長と比較して、正確に真の縮尺で描かれていないことに注意されたい。ＵＴＲ＝非翻訳領域、Ｓｅｃ＝分泌シグナルペプチド、ＲＢＤ＝受容体結合ドメイン、ＧＳ＝グリシン－セリンリンカー。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳタンパク質組織及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンの開発のための構築物の概略図。野生型Ｓタンパク質に基づいて、Ｔ４フィブリチン三量体化ドメイン（Ｆ）及び固有の膜貫通ドメイン（ＴＭ）に融合したＲＢＤ断片をコードする、２つの異なる膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン構築物を設計した。構築物（１）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓシグナルペプチド（ＳＰ、Ｓタンパク質のＡＡ １－１９）から開始するが、構築物（２）は、細胞膜へのゴルジ輸送を確実にするために、ヒトＩｇ重鎖シグナルペプチド（ｈｕＳｅｃ）から開始する。 膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン構築物をコードするＬＮＰ－Ｃ１２製剤化ｍｏｄＲＮＡによる免疫化後６、１４、及び２１日目の抗Ｓタンパク質ＩｇＧ応答。ＢＡＬＢ／ｃマウスを、４μｇのＬＮＰ－Ｃ１２製剤化膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン構築物（ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ／ＢＮＴ１６２ｂ３ｄへの代用物）で１回、ＩＭで免疫化した。免疫化後６、１４、及び２１日目に、動物を出血させ、血清試料を、ＥＬＩＳＡを介して測定した抗Ｓ１（左）及び抗ＲＢＤ（右）抗原特異的免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）の総量について分析した。６日目（１：５０）、１４日目（１：３００）、及び２１日目（１：９００）について、異なる血清希釈をグラフに含めた。グラフの１つの点は１匹のマウスを表し、全てのマウス試料を重複して測定した（群サイズｎ＝８、平均＋ＳＥＭが群に含まれる）。 膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン構築物をコードするＬＮＰ－Ｃ１２製剤化ｍｏｄＲＮＡによる免疫化後６、１４、及び２１日目のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスの中和。ＢＡＬＢ／ｃマウスを、４μｇのＬＮＰ－Ｃ１２製剤化膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン構築物（ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ／ＢＮＴ１６２ｂ３ｄへの代用物）で１回、ＩＭで免疫化した。免疫化後６、１４、及び２１日目に、動物を出血させ、血清をＳＡＲＳ ＣｏＶ－２疑似ウイルス中和について試験した。グラフは、ｐＶＮ５０血清希釈（血清を含まない陽性対照と比較して、感染性事象の５０％低減）を示す。グラフの１つの点は、１匹のマウスを表す。全てのマウス試料を重複して測定した。群サイズｎ＝８。平均＋ＳＥＭは、各群についてひげ付きの水平バーによって示される。ＬＬＯＱ、定量下限。ＵＬＯＱ、定量上限。 武漢Ｈｕ－１基準またはオミクロン系統スパイクタンパク質を有するＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似ウイルスに対して、第２の用量の２１日後及び第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２の１ヶ月後に採取した血清の５０％疑似ウイルス中和力価（ｐＶＮＴ５０）。第２のＢＮＴ１６２ｂ２用量の２１日後または第３のＢＮＴ１６２ｂ２用量の１ヶ月後のいずれかに収集された免疫化対象からのＮ＝１９～２０の血清を試験した。検出限界（ＬＯＤ、１０）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。９５％信頼区間を有する群ＧＭＴ（棒グラフの上の値）が示される。 ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンにおけるＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、オミクロンＢＡ．１バリアント変異による影響をほとんど受けないままである。様々な懸念されるバリアント（ＶＯＣ）において影響を受ける、以前に同定されたＭＨＣ－Ｉエピトープの数を示す。以前に同定されたＣＤ８＋エピトープのおよそ８０％は、ＢＡ．１オミクロンバリアントの変異によって影響されず、２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２が依然として重度の疾患に対する保護を誘導し得ることを示唆する。 ２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２及びバリアント特異的ブースター後のオミクロンＢＡ．１の中和。示されるのは、２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２及び（ｉ）第３のブースター用量のＢＮＴ１６２ｂ２、または（ｉｉ）第３のブースター用量のアルファもしくはデルタバリアント変異を有するスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、または第３のブースター用量のアルファ変異を含むスパイクタンパク質及びデルタ変異を含むスパイクタンパク質の両方を投与された患者の血清からのオミクロンＢＡ．１バリアントの中和である。これらの値は、疑似ウイルス試験から別個の中和ＧＭＴに由来する。また、新しいＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント特異的ワクチンを開発するためのプロセスを示す概略図を示す。 研究参加者のサブセットにおける、武漢またはオミクロンＢＡ．１バリアントスパイクタンパク質を有するＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似ウイルスに対する中和抗体応答の縦断的分析。用量２の２１日後、用量３の前、用量３の１ヶ月後、及び用量３の３ヶ月後に抽出したｎ＝９人の参加者からの血清を試験した。各血清を重複して試験し、個々の幾何平均５０％の疑似ウイルス中和力価（ＧＭＴ）を計算した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値を割り当てた。群ＧＭＴ（表の値）及び時点当たりの９５％信頼区間が示される。 武漢バリアントとオミクロンＢＡ．１バリアントとの間のＨＬＡクラスＩ Ｔ細胞エピトープ保存の分析。ＣＤ８＋Ｔ細胞によるそれらの認識に基づいて同定され、ＩＥＤＢ（ｎ＝２４４）に報告されたＴ細胞反応性を有するＨＬＡクラスＩ制限スパイクタンパク質エピトープを、スパイクタンパク質（下段）に沿ったそれらの位置（上段）によってプロットする。エピトープの適応は、エピトープの中心のアミノ酸位置によって位置付けられ、両方のバリアントにおいて保存されるエピトープは、薄灰色でマークされ（ｎ＝２０８）、一方、オミクロンＢＡ．１変異部位にわたるエピトープは、濃灰色でマークされる（ｎ＝３６）。ＮＴＤ＝Ｎ末端ドメイン、ＲＢＤ＝受容体結合ドメイン、ＦＣＳ＝フューリン切断部位。スパイクタンパク質のＳ１及びＳ２領域を示す。 例示的なワクチン接種レジメンの概略図。 オミクロンブレークスルー症例における免疫応答の特徴付けのためのコホート、試料採取、及び実験的設定。血液試料は、以下の４つのコホートから採取した：ＢＮＴ１６２ｂ２で２回または３回ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体、及びＢＮＴ１６２ｂ２で２回または３回ワクチン接種され、その後にオミクロンＢＡ．１でブレークスルー感染を起こした個体。ＰＢＭＣ及び血清は、直近のワクチン接種後に示された時点でオミクロン未感染コホート内で単離され、回復期コホートについては、直近のワクチン接種からオミクロンＢＡ．１感染までの時間、ならびにＰＢＭＣ及び血清単離への感染が示される（全ての値は、中央値範囲として指定される）。血清中和能を、疑似ウイルス及び生ウイルス中和試験を使用して評価した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク特異的ＢＭＥＭ細胞を、バルクＰＢＭＣを使用するフローサイトメトリーベースのＢ細胞表現型アッセイによって評価した。Ｎ／Ａ、該当なし。 ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体におけるオミクロンブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び他のＶＯＣの広範な中和を誘導する。血清は、２回ワクチン接種された個体から第２の用量の２２日後に（ＢＮＴ１６２ｂ２２）（白抜きの丸）、３回ワクチン接種された個体から第３の用量の２８日後に（ＢＮＴ１６２ｂ２３）（塗りつぶした丸）、２回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体から感染後４６日に（ＢＮＴ１６２ｂ２２＋Ｏｍｉ）（白抜きの三角）、ならびに３回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体から感染後４４日に（ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ）（塗りつぶした三角）採取した。血清を重複して試験し、（Ａ）５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）を示し、（Ｂ）５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴを示し、（Ｃ）懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）及び武漢ＶＮ５０ ＧＭＴの幾何平均比を示す。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。（Ａ）武漢、ＶＯＣ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ＧＭＴ。（Ｂ）生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢、ベータ、デルタ、及びオミクロンＢＡ．１に対するＶＮ５０ ＧＭＴ。（Ｃ）（Ｂ）に示される全てのコホートの９５％信頼区間を有する群幾何平均比。 ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体のＢＭＥＭ細胞は、ＶＯＣを広く認識し、オミクロンブレークスルー感染によって更にブーストされる。第２の用量の２２日後（白抜きの四角）及び第２の用量の５ヶ月後（白抜きの丸）の２回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２）からのＰＢＭＣ試料、第３の用量の８４日後の３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）からの試料（塗りつぶした丸）、感染の４６日後の２回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２＋Ｏｍｉ）からの試料（白抜きの三角）、及び感染の４４日後の３回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ）からの試料（塗りつぶした三角）を、Ｂ細胞ベイト染色を介して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的ＢＭＥＭ細胞（ＢＭＥＭ－ＣＤ３－ＣＤ１９＋ＣＤ２０＋ＩｇＤ－ＣＤ３８中／低）頻度のフローサイトメトリーにより分析した。（Ａ）バリアント認識の区別を可能にする、蛍光色素標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質四量体ベイトによるＢＭＥＭ細胞の一次元染色の概略図。４つの個体群の武漢またはＶＯＣ完全長Ｓタンパク質－（Ｂ）及びＲＢＤ－（Ｃ）特異的ＢＭＥＭ細胞の頻度を分析した。バリアント特異的ＢＭＥＭ細胞の頻度を、Ｓタンパク質（Ｄ）及びＲＢＤ－（Ｅ）結合について武漢の頻度に対して正規化した。（Ｆ）完全長Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞に対するＲＢＤタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞の頻度比を示す。 ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体のオミクロンブレークスルー感染は、主に、厳密なオミクロンＳ特異的エピトープではなく、武漢のＳタンパク質と他のＶＯＣとの間で広範囲に共有される保存されたエピトープに対してＢＭＥＭをブーストする。２回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２）からの第２の用量の２２日後（白抜きの四角）及び第２の用量の５ヶ月後（白抜きの丸）のＰＢＭＣ試料、３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）からの第３の用量の８４日後の試料（塗りつぶした丸）、２回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２＋Ｏｍｉ）からの感染の４６日後の試料（白抜きの三角）、及び３回ワクチン接種され、オミクロンブレークスルー感染した個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ）からの感染の４４日後の試料（塗りつぶした三角）を、Ｂ細胞ベイト染色を介して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的メモリーＢ細胞（ＢＭＥＭ－ＣＤ３－ＣＤ１９＋ＣＤ２０＋ＩｇＤ－ＣＤ３８中／低）頻度のフローサイトメトリーにより分析した（（Ａ）に示される概略図）。（Ｂ）調査した４つの個体群の各々についてのオミクロン及び武漢Ｓタンパク質結合及びＲＢＤ結合の代表的なフロー図を示す。オミクロンを経験した及びオミクロン未経験のＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された者について、の完全長Ｓタンパク質について示されるＢＭＥＭ結合オミクロン、武漢、または両方（共有）の頻度（Ｃ）、及びＲＢＤについて示される頻度（Ｄ）。（Ｅ）コンビナトリアル（ブーリアン）ゲーティング戦略を視覚化して、全ての４つのバリアント（Ａｌｌ ４＋ｖｅ）を同時に認識する交差反応性ＢＭＥＭ、及びオミクロンＳタンパク質のみ（オミクロンのみ）または武漢Ｓタンパク質のみ（武漢のみ）を認識するＢＭＥＭを識別するベン図。これらの３つのＢＭＥＭ下位群の頻度を、調査した４つの異なる個体群の完全長Ｓタンパク質（Ｆ）及びＲＢＤ（Ｇ）について比較した。ＢＭＥＭによるＲＢＤバリアント認識パターンは、ブーリアンフローサイトメトリーゲーティング戦略を通じて評価され、武漢及び／またはバリアントＲＢＤの組み合わせを認識する頻度は、全てのオミクロン回復期の対象（プールされた２回及び３回ワクチン接種された者、ｎ＝１３）について（Ｈ）に表示される。（Ｉ）オミクロンブレークスルー感染後にＲＢＤ特異的ＢＭＥＭによって認識されるＲＢＤドメイン内の保存部位。平均値は、Ｃ、Ｄ、Ｆ、及びＧで示される。ｎ＝１群当たりの個体数。 他の承認されたＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたは混合レジメンでワクチン接種された個体のオミクロンブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び他のＶＯＣに加えてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１を広く中和する免疫血清をもたらす。血清は、他の承認されたＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたは混合レジメンにおいてワクチン接種された１０人から、感染の４３日（中央値）後に採取した（菱形）。血清を重複して試験し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢、アルファ、ベータ、デルタ、及びオミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２バリアント、加えてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する個々の５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）をプロットした。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。承認されたワクチンとしては、ＡＺＤ１２２２、ＢＮＴ１６２ｂ２（いくつかの実施形態では、４用量シリーズの一部として）、Ａｄ２６．ＣＯＶ２．Ｓ、ｍＲＮＡ－１２７３（２用量または３用量シリーズとして投与）、及びそれらの組み合わせが挙げられる。 第４の用量のＢＮＴ１６２ｂ２またはオミクロンＢＡ．１特異的ブースターの１ヶ月後に収集した血清の５０％中和力価。２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２及び第３の（ブースター）用量のＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）を以前に投与された対象は、ある用量（３０ｕｇ）の（ｉ）オミクロンＢＡ．１バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、本明細書に記載される（本明細書では「オミクロンＢＡ．１特異的ＲＮＡワクチン」と称される）、または（ｉｉ）ＢＮＴ１６２ｂ２を第４の（ブースター）用量として受けた。対象の血清を、第４の（ブースター）用量の投与の１ヶ月後に収集した。９５％信頼区間を有する群ＧＭＴ（棒グラフの上の値）が示される。「ｂ２」は、第４の（ブースター）用量のＢＮＴ１６２ｂ２として武漢特異的ＲＮＡワクチンを投与された対象からの血清を指す。「ＯＭＩ」は、オミクロンＢＡ．１特異的第４の（ブースター）用量を投与された対象からの血清を指す。また、第４の用量の投与前から第４の用量の投与後までの力価の倍率変化（ワクチン接種前／後の倍率上昇）、及び第４の用量としてＢＮＴ１６２ｂ２を投与された対象と比較して、第４の用量として第４の用量のオミクロンＢＡ．１特異的ＲＮＡワクチンを投与された対象において観察された幾何平均比（ＧＭＲ）及び幾何平均倍率上昇（ＧＭＦＲ）の比も示される。「ＦＦＲＮＴ」は、蛍光フォーカス減少法による中和試験を指す。図に示されるバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含有するウイルス粒子を用いて、ＦＦＲＮＴアッセイを使用して中和データを得た。（Ａ）オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象（それぞれ、抗原アッセイまたはＰＣＲアッセイによって決定される）を含む集団からの血清中のオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。（Ｃ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｄ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している個体（それぞれ、抗原アッセイまたはＰＣＲアッセイによって決定される）を含む集団の血清中の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。（Ｅ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｆ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象（それぞれ、抗原アッセイまたはＰＣＲアッセイによって決定される）を含む集団からの血清中の、デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。 バリアント特異的Ｓタンパク質をコードするｍｏｄＲＮＡによる免疫化の７日後のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスの中和。マウスを、（ｉ）ＢＮＴ１６２ｂ２（武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする）、（ｉｉ）オミクロンＢＡ．１バリアント（Ｏｍｉ）の特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、（ｉｉｉ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳタンパク質をコードするＲＮＡ、（ｉｖ）ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するタンパク質をコードするＲＮＡの組み合わせ（Ｂ２＋Ｏｍｉ）、または（ｖ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む（デルタ＋Ｏｍｉ）、ＬＮＰ製剤化ワクチンで２回免疫化した。第２の免疫化の７日後、動物から採血し、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはベータ、デルタ、もしくはオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似ウイルスの中和について血清を試験した。グラフは、ｐＶＮ５０血清希釈（血清を含まない陽性対照と比較して、感染性事象の５０％低減）を示す。グラフの１つの点は、１匹のマウスを表す。全てのマウス試料を重複して測定した。平均＋ＳＥＭは、各群についてひげ付きの水平バーによって示される。ＬＬＯＤ、検出下限。ＵＬＯＤ、検出上限。 ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡは、２つの用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンを以前に投与された患者に投与された場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する中和抗体力価を増加させる。２つの用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを以前に投与された対象に、第３及び第４の用量の、ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを投与した。中和抗体力価は、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの投与前（Ｄ１－ＰｒｅＶａｘ）、第２の用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの投与の１ヶ月後（Ｍ１ＰＤ２）、第３用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの投与の１ヶ月後、及び第４用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの投与の１ヶ月後に測定した。第３及び第４の用量は、互いに１ヶ月間の間隔を空けて投与した。ＧＭＦＲは、幾何平均倍率の上昇を指し、前回のワクチン用量以降の中和抗体力価の増加の尺度である（例えば、用量２後（ＰＤ２）のＧＭＦＲは、任意のワクチンの投与前（ｐｒｅ－ｖａｘ）と比較した中和抗体力価の増加の尺度である）。（Ａ）武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むウイルス粒子を使用するウイルス中和アッセイにおいて測定した中和抗体力価。（Ｂ）ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むウイルス粒子を使用するウイルス中和アッセイにおいて測定した中和抗体力価。 第４の用量のＢＮＴ１６２ｂ２、オミクロンＢＡ．１特異的ブースター、または二価ワクチンの７日後に収集した血清の５０％中和力価。２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）、及び第３の（ブースター）用量のＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）を以前に投与された対象は、（ｉ）３０ｕｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２（武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする）、（ｉｉ）６０ｕｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２、（ｉｉｉ）３０ｕｇ用量のオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、本明細書に記載される（本明細書において「オミクロンＢＡ．１特異的ＲＮＡワクチン」と称される）、（ｉｉｉ）６０ｕｇ用量のオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、（ｉｖ）１５ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、１５ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量の二価ワクチン、または（ｖ）３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量の二価ワクチンを受けた。対象からの血清中の力価の幾何平均比（ＧＭＲ）は、第４の用量の投与の７日後に収集した。「ｂ２」は、第４の用量のＢＮＴ１６２ｂ２として武漢特異的ＲＮＡワクチンを投与された対象からの血清を指す。「ＯＭＩ」は、オミクロンＢＡ．１特異的第４の用量を投与された対象からの血清を指す。「二価」とは、第４の用量として、ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む組成物を投与された対象からの血清を指す。また、第４の用量の投与前から第４の用量の投与の７日後までの力価の倍率上昇を示す（＊倍率上昇）。「ＦＦＲＮＴ」は、蛍光フォーカス減少法による中和試験を指す。図に示されるバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含有するウイルス粒子を用いて、ＦＦＲＮＴアッセイを使用して中和データを得た。ＬＬＯＱは、定量下限を指し、ＵＬＯＱは、定量上限を指す。（Ａ）オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象を含む集団からの血清中のオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較（それぞれ、抗体検査またはＰＣＲアッセイによって決定される）。（Ｃ）武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｄ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している個体を含む集団からの血清中の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。（Ｅ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象からの血清は除外される。（Ｆ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象を含む集団からの血清中の、デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに対する中和抗体の力価の比較。（Ｇ）第４の用量として３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２を投与された対象と比較して、６０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする３０ｕｇのＲＮＡ（ＯＭＩ ３０ｕｇ）、６０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（ＯＭＩ ６０ｕｇ）、１５ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、１５ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇの二価ワクチン（二価３０ｕｇ）、または３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇの二価ワクチン（二価６０ｕｇ）を投与された対象において観察された中和抗体の幾何平均上昇（ＧＭＲ）。結果は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前感染した、または現在感染している対象を除外する集団プール、及びこれらの対象を含む集団プールの両方について示される。 所与の用量でのある特定の例示的なＲＮＡ（ＬＮＰ中で製剤化される）の反応原性：６０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを投与された対象は、３０ｕｇ用量のＲＮＡを投与された対象よりも高い注射部位の疼痛を示し、同様の全身反応を示す可能性が高い。対象に、３０ｕｇもしくは６０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（ＢＮＴ１６２ｂ２、それぞれ、群Ｇ１及びＧ２に対応する）、３０ｕｇもしくは６０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ、それぞれ、群Ｇ３及びＧ４に対応する）、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇの二価ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２（１５ｕｇ）＋ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ（１５ｕｇ）、群Ｇ５に対応する）、または３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇの二価ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）＋ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ（３０ｕｇ）、群Ｇ６に対応する）を投与した。（Ａ）注射から７日以内に観察される、注射部位の赤み、膨張、及び疼痛を含む局所反応。試験した他の用量と比較して、６０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントまたは二価ワクチンの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを投与された対象において、注射部位の疼痛が増加したことが見出された。（Ｂ）注射から７日以内に観察される、発熱、疲労、頭痛、悪寒、嘔吐、下痢、筋肉痛、関節痛、及び薬物の使用を含む全身反応。７日までの全身反応は、異なる群にわたって大まかに類似していることが観察された。疲労は、３０ｕｇ用量と比較して、６０ｕｇ用量の投与後により高い傾向が認められた。 第４用量のＢＮＴ１６２ｂ２、オミクロンＢＡ．１特異的ブースター、またはオミクロンＢＡ．１バリアントに対する二価ワクチンの１ヶ月後に収集された血清の５０％中和力価。２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）、及び第３の（ブースター）用量のＢＮＴ１６２ｂ２（３０ｕｇ）を以前に投与された対象に、（ｉ）３０ｕｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２（武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする）、（ｉｉ）６０ｕｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２、（ｉｉｉ）３０ｕｇ用量のオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（「ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ」）、（ｉｉｉ）６０ｕｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ、（ｉｖ）１５ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、１５ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩとを含む、３０ｕｇ用量の二価ワクチン（「二価」）、または（ｖ）３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩとを含む、６０ｕｇ用量の二価ワクチンを投与した。中和抗体の幾何平均力価（ＧＭＴ）を、第４の用量の投与の１ヶ月後に収集された対象からの血清中で測定した（ＧＭＴは各棒グラフの上に示される）。ｘ軸の下には、各患者群について、第４の用量の投与前（ｐｒｅ－ｖａｘ）から第４の用量の投与の１ヶ月後（１ＭＰＤ）までの力価の幾何倍率上昇（ＧＭＦＲ）が示されている。中和データは、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含有するウイルス粒子を用いる中和アッセイを使用して取得した。 ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び他のＶＯＣの広範な中和を誘導するが、ＢＡ．４及びＢＡ．５に対する程度は低い。この図は、オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５に対するデータ中和活性を含む図１６の延長である。図１６に記載されるように、血清を重複して試験し、５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）（Ａ及びＢ中）、ならびに懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）のＧＭＴ、及び武漢ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化したの幾何平均比をプロットした。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。（Ａ）２つの用量または３つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２を受けた患者における武漢、ＶＯＣ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴ。（Ｂ）２つの用量または３つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２を受けた患者で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンＢＡ．１バリアントに以前に感染した患者における、武漢、ＶＯＣ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴ。（Ｃ）（Ａ）及び（Ｂ）に示される全てのコホートについて９５％信頼区間を有する群幾何平均比。 他の承認されたＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたは混合レジメンにおいてワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び他のＶＯＣを広範囲に中和するが、ＢＡ．４及びＢＡ．５に対してはより低い程度で中和する免疫血清をもたらす。この図は、オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５に対する中和活性データを含む図１９の延長である。図１９に記載されるように、血清を重複して試験し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢、アルファ、ベータ、デルタ、ならびにオミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／５バリアント、加えてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する個々の５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）をプロットした。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株及びそのバリアントのＲＢＤの配列。バリアント特異的アミノ酸改変は、２から５行目の太字で示され、元の武漢アミノ酸は1行目の太字で強調表示される。 実施例１４に記載される研究のためのコホート及び試料採取。（ｉ）オミクロン未感染、（ｉｉ）オミクロンＢＡ．１バリアントに感染した、または（ｉｉｉ）オミクロンＢＡ．２バリアントに感染した、３回ワクチン接種した患者における免疫応答を試験するための概略図を示す。血液試料は、以下の３つのコホートから採取した：ＢＮＴ１６２ｂ２（ＢＮＴ１６２ｂ２３、緑色）で３回ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体、及びドイツにおけるＢＡ．１優勢時（２０２１年１１月～２０２２年１月、全Ｖａｘ＋ＢＡ．１、紫色）またはＢＡ．２優勢時（２０２２年３月～５月、全Ｖａｘ＋ＢＡ．２、青色）のいずれかにオミクロンによるブレークスルー感染をその後に有した相同または異種の３用量レジメンにおいてワクチン接種された個体。オミクロン未感染コホートにおいては、直近のワクチン接種後に示された時点で、血清を単離（液滴マーク）し、回復期コホートについては、直近のワクチン接種からオミクロン感染までの時間、及び感染から血清単離までの時間が示される。全ての値を中央値－範囲として指定した。血清中和能を、疑似ウイルス中和試験を使用して評価した。 ＢＮＴ１６２ｂ２３及び全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１ブレークスルー感染コホートからの５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。血清を、第３の用量の２８日後にオミクロン未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、丸）から採取し、感染後４３日の中央値で、後にオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染したワクチン接種された個体（全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１、三角）を接種した個体から採取した。オミクロン未感染の個体についての５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）を（Ａ）にプロットし、ＢＡ．１ブレークスルー感染した個体については（Ｂ）にプロットした。このデータは、ＢＡ．２．１２．１中和データを除いて、Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．（例えば、“Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．“Ｓｃｉｅｎｃｅ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｉｍｍｕｎｏｌ．ａｂｑ２４２７）において以前に公開された。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。 以前にワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．２及びＢＡ．２由来サブバリアントＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／ＢＡ．５に対する中和を再フォーカスする。血清を、感染後４４日の中央値で、後にオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染したＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ ＢＡ．１、三角）から、及び感染後３８日の後にオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染したＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ ＢＡ．２、四角）から採取した。５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）（Ａ、Ｂ）、ならびに懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）及び武漢ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ｐＶＮ５０ ＧＭＴの幾何平均比をプロットした（Ｃ）。オミクロン未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、丸）及びオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染したＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体のｐＶＮ５０ ＧＭＴ及び幾何平均比データは、ＢＡ．２．１２．１中和データを除いて、Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．（“Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．“Ｓｃｉｅｎｃｅ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｉｍｍｕｎｏｌ．ａｂｑ２４２７）において以前に公開された。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。バイオリンプロットの上の値は、群ＧＭＴを表す。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、武漢中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。（Ａ、Ｂ）武漢、ＶＯＣ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴ。（Ｃ）９５％信頼区間を有する群幾何平均比。 ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルスに基づく中和アッセイで使用されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の特徴。武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１を参照として使用した。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び変異の種類（置換、欠失、挿入）が示される。ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメイン、Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；＊、Ｃ末端１９アミノ酸について切断された細胞質ドメイン。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン亜系統のスパイク糖タンパク質アミノ酸配列の改変。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び変異の種類（置換、欠失、挿入）が示される。ボックス内の白色の文字は、亜系統ごとのアミノ酸置換；Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメインを示す。 ＶＯＣブースターを用いた研究のための免疫プロトコル。ＢＡＬＢ／ｃマウスを、指示されたスケジュールに従って、２つの用量（各１ｕｇ）の元のＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン、続いて、少なくとも１つの用量（合計１ｕｇ）の一価、二価、または三価ブースター用量の以下のうちのいずれかで免疫化した：（ａ）元のＢＮＴ１６２ｂ２（「ＢＮＴ１６２ｂ２」）、（ｂ）ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＢＡ．１（「ＯＭＩ ＢＡ．１」）、（ｃ）ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＢＡ．４／５（「ＯＭＩ ＢＡ．４／５」）、またはそれらの組み合わせ。 ベースラインのグループ化した中和ＧＭＴ。図３４（１０４日目、ブースト前）に示されるように免疫化したマウスから採取した血清を、様々な株に対する中和抗体の幾何平均力価について評価した。データは、コホートごとにグループ化して提示される。 ベースラインのスタッガード中和ＧＭＴ。図３４（１０４日目、ブースト前）に示されるように免疫化したマウスから採取した血清を、様々な株に対する中和抗体の幾何平均力価について評価した。データは、ジグザグ形式で（すなわち、中和が評価された株ごとに）提示される。 ベースラインの交差中和。図３４（１０４日目、ブースト前）に示されるように免疫化したマウスから採取した血清を、様々な株に対する中和抗体の幾何平均力価について評価した。交差中和結果は、計算されたバリアント／武漢参照ＧＭＴ比として提示される。 ＧＭＴにおけるブースト後の幾何平均倍率増加。図３４に示されるように免疫化したマウスから採取した血清（１１１日目、ブーストの７日後）を、様々な株に対する中和抗体のＧＭＴの幾何平均倍率増加について評価した。 ブースト後のグループ化した中和ＧＭＴ。図３４に示されるように免疫化したマウスから採取した血清（１１１日目、ブーストの７日後）を、様々な株に対する中和抗体のＧＭＴの幾何平均倍率増加について評価した。データは、コホートごとにグループ化して提示される。 ブースト後の交差中和。図３４に示されるように免疫化したマウスから採取した血清（１１１日目、ブーストの７日後）を、様々な株に対する中和抗体のＧＭＴの幾何平均倍率増加について評価した。交差中和結果は、計算されたバリアント／武漢参照ＧＭＴ比として提示される。 コホート及び試料採取。血清試料（液滴マーク）を、３つのコホートから採取した：試料採取時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－未感染であったＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）、及びＢＡ．１優勢時（２０２１年１１月～２０２２年１月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）またはＢＡ．２優勢時（２０２２年３月～５月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）のいずれかで後にオミクロンにブレークスルー感染した３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）でワクチン接種された個体。回復期のコホートについては、最近のワクチン接種、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、及び血清単離などの主要な事象間の関連する間隔が示される。全ての値を中央値－範囲として指定した。Ｎ／Ａ、該当なし。 ３回ｍＲＮＡワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４／５を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスの広範な中和を誘導する。図４１に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（Ａ）示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。バイオリンプロットの上の値は、群の幾何平均力価（ＧＭＴ）を表す。ＢＮＴ１６２ｂ２３は、３回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－未感染の個体を示し、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１は、後にオミクロンＢＡ．１バリアントにブレークスルー感染した３回ワクチン接種された個体を示し、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２は、後にオミクロンＢＡ．２バリアントにブレークスルー感染した３回ワクチン接種された個体を示す。（Ｂ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。９５％信頼区間を有する群幾何平均比をグラフに示し、表に列挙する。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、野生型株中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。 以前にワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４／５を含む本物の生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの広範な中和を誘導する。図４１に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（Ａ）示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。バイオリンプロットの上に列挙される値は、群ＧＭＴを表す。（Ｂ）野生型株ＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。９５％信頼区間を有する群幾何平均比をグラフに示し、表に列挙する。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、野生型株中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。 ３回ｍＲＮＡワクチン接種されたＢＡ．２回復期個体の血清によるオミクロンＢＡ．２及びＢＡ．４／５の中和は、ＮＴＤ標的化抗体によって大きく媒介される。図４１に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（Ａ）血清試料（１コホート当たりｎ＝６）は、ＲＢＤ結合抗体またはＮＴＤ結合抗体を枯渇していた。野生型株、ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／５に対するＲＢＤ及びＮＴＤ枯渇血清（非枯渇対照血清のｐＶＮ５０力価を１００％に設定した）の相対中和活性を計算し、９５％信頼区間を有する群幾何平均を示す。（Ｂ）オミクロンＢＡ．４／５及びオミクロンＢＡ．１～ＢＡ．４／５ハイブリッド疑似ウイルスに対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。プロットの上の数値は、ＢＡ．４／５とハイブリッド疑似ウイルスとの間の群幾何平均力価（ＧＭＴ）及びＧＭＴにおける倍率変化を示す。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットする。 ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５を含むＶＯＣの広範な中和を誘導する。図４１に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（Ａ）～（Ｂ）示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。バイオリンプロットの上に列挙される値は、群ＧＭＴを表す。（Ｃ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴの比。オミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染コホートの幾何平均比を、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びＢＮＴ１６２ｂ２３＋ＢＡ．１と比較した。９５％信頼区間を有する群幾何平均比が示される。（Ｄ）～（Ｅ）ＢＮＴ１６２ｂ２３＋ＢＡ．２及びＢＮＴ１６２ｂ２３＋ＢＡ．１のための５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴ。バイオリンプロットの上に列挙される値は、群ＧＭＴを表す。（Ｆ）野生型株ＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ＧＭＴの比。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットする。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、野生型株に対する群ＧＭＴを、示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する群ＧＭＴと比較した。多重度調整ｐ値を示す。 ５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）は、５０％生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和（ＶＮ５０）力価データと相関する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、ｎ＝１８）から第３の用量後に採取された、後にオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染した３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、ｎ＝１４）から感染後に採取された、及び後にオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染したｍＲＮＡで３回ワクチン接種された個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝１３）から感染後に採取されたｎ＝４５血清試料についての生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＮ５０力価とのＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｐＶＮ５０のノンパラメトリックスピアマン相関。相関をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントごとにプロットする。相関係数ｒ、両側Ｐ値、線形方程式が与えられる。 ＲＢＤ結合及びＮＴＤ結合抗体は、ヒト血清から枯渇させることができる。血清は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、ｎ＝６）、及びオミクロンＢＡ．１（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、ｎ＝６）またはオミクロンＢＡ．２（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝６）ブレークスルー感染した３回ＲＮＡワクチン接種された個体から採取した。磁気ビーズ技術を、ＲＢＤ結合抗体またはＮＴＤ結合抗体の血清を枯渇させるため、または模擬枯渇のために使用した。（Ａ）血清からの抗体枯渇の概略図。（Ｂ）ＲＢＤ結合抗体及びＮＴＤ結合抗体の相対濃度は、多重化電気化学発光イムノアッセイによって決定した。枯渇した血清における抗体濃度の、模擬枯渇した血清と比較した相対的な減少が示される。グラフの上の数値は、群内の幾何平均低減を示す。 生きた本物のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に基づくアッセイで使用されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の特徴付け。武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１を参照として使用した。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び改変の種類（置換、欠失、挿入）が示される。ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメイン、Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；＊、Ｃ末端１９アミノ酸について切断された細胞質ドメイン。 ＢＡ．４／５－ブレークスルー感染及びＢＡ．４／５－ブースター研究設計。（ａ）オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染が血清中和活性に及ぼす効果を、後にオミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５の感染を経験した３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）でワクチン接種された個体において評価した。ワクチン接種、ブレークスルー感染、及び試料採取の間の間隔は、中央値／範囲として示される。（ｂ）血清中和活性に対するオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ブースターワクチンの効果を、ＢＮＴ１６２ｂ２、続いて３．５ヶ月後のブースター用量のＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンで２回ワクチン接種された（２つのワクチンを２１日間隔で投与した）マウスにおいて調べた。中和活性を、ブースター用量の前（Ｄ３前）、及びブースター用量の７日後、２１日後、及び３５日後（それぞれ、ｄ７Ｄ３、ｄ２１Ｄ３、ｄ３５Ｄ３）に評価した。（ｃ）オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンが血清中和活性に及ぼす影響を、ＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンで２回ワクチン接種された（２つのワクチンを２１日間隔で投与した）ワクチン未接種マウスにおいて調査した。中和活性を、第２の用量の投与の１４日後に評価した（ｄ１４Ｄ２）。 ３回ｍＲＮＡワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、汎オミクロン中和を媒介する。図５３に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（ａ）示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対するｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５の血清中の５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。（ｂ）図５３に概説するように、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５の野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）及び参照コホートに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ。９５％信頼区間を有する群幾何平均比が示される。（ｃ）示されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対する、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５の血清中の５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴ。（ｄ）野生型株ＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、野生型株中和群ＧＭＴを、指示されたバリアント及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対する力価と比較した。多重度調整ｐ値を示す。 オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ＲＮＡワクチンによるブースター免疫化は、２回ワクチン接種されたマウスにおける汎オミクロン中和を媒介する。ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝８）に、２１日間隔で２つの用量の１μｇのＢＮＴ１６２ｂ２と、第１のワクチン接種の１０４日後に、第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２（１μｇ）または示された一価（１μｇ）もしくは二価（各０．５μｇ）のいずれかのオミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５適応ワクチンとを筋肉内注射した。（ａ）第３のワクチン接種（ｄ２１Ｄ３）の２１日後に収集された血清中の、示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。（ｂ）第３のワクチン接種前のベースライン力価と比較した、ｄ２１Ｄ３上のｐＶＮ５０力価の幾何平均倍率増加（ＧＭＦＩ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＦＩを表す。（ｃ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。（ｄ）ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１またはＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ワクチンによるブースターワクチン接種前のベースライン力価と比較した、経時的なＢＡ．１及びＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０力価のＧＭＦＩ。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。エラーバーは、９５％信頼区間を表す（ｅ）ｄ２１Ｄ３上の示されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対する５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴを表す。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。（ｆ）野生型株ＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質を補充したＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡワクチンによる免疫化は、以前にワクチン接種されていないマウスにおける汎オミクロン中和を駆動する。ワクチン未接種のＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝５）に、２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２（１μｇ）または示された一価（１μｇ）もしくは二価（各０．５μｇ）オミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５適応ワクチンのいずれかを２１日間隔で筋肉内注射した。（ａ）第２のワクチン接種の１４日後（ｄ１４Ｄ２）に収集された血清中の、示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。「野生型」は、元の武漢バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む疑似ウイルスに対する中和力価を指す。 コホート及び試料採取。血清試料（液滴マーク）は、４つのコホートから採取した：３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）でワクチン接種され、後にオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５にブレークスルー感染した個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５）。ブレークスルー感染は、ＢＡ．４／ＢＡ．５優性時に起こり、及び／またはバリアントがゲノム配列決定によって確認された。３つのコホートを参照として研究に含めた：ＢＡ．２優勢時（２０２２年３月～５月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）、もしくはＢＡ．１優勢時（２０２１年１１月～２０２２年１月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）のいずれかでブレークスルー感染を経験した３回ｍＲＮＡワクチン接種された個体、または試料採取時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染であったＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）。回復期のコホートについては、最近のワクチン接種、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、及び血清単離などの主要な事象間の関連する間隔が示される。全ての値を中央値－範囲として指定した。Ｎ／Ａ、該当なし。 オミクロン適応ワクチンの設計。バリアント特異的ＲＮＡワクチン（例えば、いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡワクチン）によってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の特徴付け。武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）を参照として使用した。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び改変の種類（置換、欠失、挿入）が示される。ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメイン、Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入。いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチンは、融合前立体配座を安定化する変異（例えば、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置でのプロリン変異）を更に含み、及び／またはＣ末端切断を含まない。 オミクロン特異的ワクチンは、同等のＲＮＡ純度及び完全性、ならびに抗原のインビトロ発現を示す。（ａ）インビトロで転写された試料の液体キャピラリー電気泳動。（ｂ）ｍＦｃタグ付きヒトＡＣＥ－２を検出試薬として使用して測定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロン適応ワクチンの表面発現、ならびにフローサイトメトリーにおけるその後の分析。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、市販のトランスフェクション試薬と混合した脂質ナノ粒子もしくはワクチンＲＮＡとして製剤化したＢＮＴ１６２ｂ２もしくはオミクロン適応ワクチンでトランスフェクトするか、またはワクチン／ＲＮＡなし（非トランスフェクト）とした。バーの高さは、技術的複製の手段を示す。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対する中和活性の幅及び程度は、ブースターワクチン接種前のＢＮＴ１６２ｂ２－ワクチン接種マウスにおいて同等である。ＢＡＬＢ／ｃマウスに、２１日間隔で投与される２つの用量の１μｇのＢＮＴ１６２ｂ２を筋肉内注射した。ブースター用量の示されたワクチンを投与する前に、マウスを群（ｎ＝８）に割り当てた。最初のワクチン接種後１０４日目に、ブースターワクチンを注射する前に、血清をマウスから収集した。（ａ）示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。（ｂ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。 オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ｍＲＮＡワクチンによるブースター免疫化は、ブースター投与の７日後のマウスにおける汎オミクロン中和を媒介する。ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝８）に、２つの用量の１μｇのＢＮＴ１６２ｂ２（２つの用量の間は２１日間隔）と、第１のワクチン接種の１０４日後に、第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２（１μｇ）または示された一価（１μｇ）もしくは二価（各０．５μｇ）のいずれかのオミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５適応ワクチンとを筋肉内注射した。（ａ）第３のワクチン接種の７日後（ｄ７Ｄ３）に収集された血清中の、示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。（ｂ）第３のワクチン接種前のベースライン力価と比較した、ｄ７Ｄ３におけるｐＶＮ５０力価の幾何平均倍率増加（ＧＭＦＩ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＦＩを表す。（ｃ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ワクチンによるブースター免疫化は、ブースター投与の３５日後のマウスにおける汎オミクロン中和を媒介する。ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝８）に、２つの用量の１μｇのＢＮＴ１６２ｂ２（２つの用量の間は２１日間隔）と、第１のワクチン接種の１０４日後に、第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２（１μｇ）または示された一価（１μｇ）もしくは二価（各０．５μｇ）のいずれかのオミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５適応ワクチンとを筋肉内注射した。（ａ）第３のワクチン接種の３５日後（ｄ３５Ｄ３）に収集された血清中の、示された懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。（ｂ）第３のワクチン接種前のベースライン力価と比較した、ｄ３５Ｄ３上のｐＶＮ５０力価の幾何平均倍率増加（ＧＭＦＩ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＦＩを表す。（ｃ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。（ｄ）ｄ３５Ｄ３における指示されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対する５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴ。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。（ｅ）野生型株ＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。群幾何平均比が示される。血清を重複して試験した。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。エラーバーは、９５％信頼区間を表す。 ３回ｍＲＮＡワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４．６及びＢＡ．２．７５の交差中和を誘導する。図６１に記載されるようなコホート及び血清試料採取。（ａ）示されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株または懸念されるオミクロンバリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５疑似ウイルス（現在優勢なＢＡ．５を表す）に対する中和力価と、他の疑似ウイルスに対する力価とを比較した。多重度調整ｐ値を示す。（ｂ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。９５％信頼区間を有する群幾何平均比が示される。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を使用して、コホート間のＶＯＣ ＧＭＴ比を比較した。＊＊＊＊、Ｐ＜０．０００１；＊＊、Ｐ＜０．０１；＊、Ｐ＜０．０５。血清を重複して試験した。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン亜系統のスパイク糖タンパク質アミノ酸配列の改変。ボックス内の白色の文字は、亜系統ごとのアミノ酸置換；Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメインを示す。 コホート及び試料採取。血清試料は、以下の５つのコホートから採取した：ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された（ＢＮＴ１６２ｂ２３）、またはＢＮＴ１６２ｂ２で４回ワクチン接種された（ＢＮＴ１６２ｂ２４）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体、ならびに後にオミクロンＢＡ．１（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）、ＢＡ．２（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）、またはＢＡ．４／ＢＡ．５（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／５）にブレークスルー感染した、３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）を受けた個体。ブレークスルー感染は、それぞれのＶＯＣ優勢時に発生し（ＢＡ．１：２０２１年１１月～２０２１年１月、ＢＡ．２：２０２２年３月～５月、ＢＡ．４／５：２０２２年６月中旬～７月中旬）、及び／またはバリアントをゲノムシーケンシングによって確認した。回復期のコホートについては、最近のワクチン接種、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、及び血清単離などの主要な事象間の関連する間隔が示される。全ての値を中央値－範囲として指定した。Ｎ／Ａ、該当なし；§、血清採取は、プロトコルに従ってワクチン接種の２８～３５日後に実施した。 ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルス中和アッセイで使用されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の特徴付け。武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の配列（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）を参照して示される変異位置。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び改変の種類（置換、欠失、挿入）が示される。ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメイン、Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；＊、Ｃ末端１９アミノ酸について切断された細胞質ドメイン。 二価（ＢＡ．４／５適応ＲＮＡ＋ＢＮＴ１６２ｂ２）またはＢＮＴ１６ｂ２一価ブースターによるオミクロンＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１中和応答。棒グラフの高さ及び棒グラフのすぐ上の数値は、中和力価（ＧＭＴ）の幾何平均を示す。ひげは、９５％ ＣＩを示す。「二価」と標識された棒グラフは、第４の用量の二価ワクチン（武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む）として投与された対象からの中和力価を示し、「一価」と標識された棒グラフは、第４の用量の一価ワクチン（武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む）として投与された対象からの中和力価を示す。二価または一価ブースターについては、ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０スパイク、ＢＡ．４／５スパイク、ＢＡ．４．６スパイク、ＢＡ．２．７５．２スパイク、ＢＱ．１．１スパイク、ＸＢＢ．１スパイクに対するＦＦＲＮＴ５０を示した。「前」試料は、ブースター投与の日に収集された血清試料に対応し、「１ＭＰＤ４」試料は、用量４の１ヶ月後（すなわち、ブースター投与の１ヶ月後）に収集された血清試料に対応する。ＧＭＦＲは、ＧＭＴ倍率上昇に対応し、１ＭＰＤ４ ＧＭＴとＰｒｅ ＧＭＴとの比として計算した。ＧＭＦＲの上の数値は、二価ＧＭＦＲと一価ＧＭＦＲとの間の比を示す。（Ａ）感染状態によらない全ての対象のＦＦＲＮＴ５０。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価または一価ブースターのＧＭＦＲのｐ値（両側、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定）：全て＜０．０００１。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価ブースター対一価ブースターのＧＭＦＲ比のｐ値（両側、マン・ホイットニー検定）：０．００６１、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１。（Ｂ）以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠のない全ての対象のＦＦＲＮＴ５０。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価ブースターのＧＭＦＲのｐ値（両側、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定）：全て＜０．０００１。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する一価ブースターのＧＭＦＲのｐ値（両側、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定）：０．０１３、０．０００６、＜０．０００１、＜０．０００１、０．０１３、０．０１６。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価ブースター対一価ブースターのＧＭＦＲ比のｐ値（両側、マン・ホイットニー検定）：０．０３５、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１、＜０．０００１。（Ｃ）以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠がある全ての対象のＦＦＲＮＴ５０。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価ブースターのＧＭＦＲのｐ値（両側、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定）：全て＜０．０００１。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する一価ブースターのＧＭＦＲのｐ値（両側、ウィルコクソンマッチドペア符号順位検定）：０．００１６、０．０００３、０．００２６、０．００１１、＜０．０００１、＜０．０００１。ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、ＢＡ．４／５－スパイク、ＢＡ．４．６－スパイク、ＢＡ．２．７５．２－スパイク、ＢＱ．１．１－スパイク、ＸＢＢ．１－スパイクに対する二価ブースター対一価ブースターのＧＭＦＲ比のｐ値（両側、マン・ホイットニー検定）：０．０６５、０．０２５、０．００３２、０．００８６、０．００６４、０．０００６。 ワクチンにより誘発された免疫血清及び回復期免疫血清によるオミクロン亜系統の異なる交差中和。（Ａ）試料採取時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染であったＢＮＴ１６２ｂ２で（ｉ）３回または（ｉｉ）４回ワクチン接種された個体における、及び後に（ｉｉｉ）ＢＡ．１優勢時、（ｉｖ）ＢＡ．２優勢時または（ｖ）ＢＡ．４／５優勢時にオミクロンにブレークスルー感染した３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同もしくは異種レジメン）でワクチン接種された個体からの示されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株または懸念されるオミクロンバリアント（ＶＯＣ）に対する５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）。棒グラフの上の値は、群ＧＭＴを表す。検出限界（ＬＯＤ）未満の値については、ＬＯＤ／２値をプロットした。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５疑似ウイルス（現在優勢なＢＡ．５を表す）に対する中和力価と、他の疑似ウイルスに対する力価とを比較した。多重度調整ｐ値を示す。（Ｂ）野生型株ｐＶＮ５０ ＧＭＴに対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴ（ＶＯＣ対野生型の比）。９５％信頼区間を有する群幾何平均比が示される。Ｄｕｎｎ多重比較補正を伴うノンパラメトリックＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を使用して、コホート間のＶＯＣ ＧＭＴ比を比較した。＊＊＊＊、Ｐ＜０．０００１；＊＊＊、Ｐ＜０．００１；＊＊、Ｐ＜０．０１；＊、Ｐ＜０．０５。血清を重複して試験した。 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン亜系統のスパイク糖タンパク質アミノ酸配列の改変。アミノ酸の位置、アミノ酸の説明（１文字コード）、及び変異のタイプ（置換、欠失、挿入）が示される。ボックス内の白色の文字は、亜系統ごとのアミノ酸置換；Δ、欠失；ｉｎｓ、挿入；ＮＴＤ、Ｎ末端ドメイン；ＲＢＤ、受容体結合ドメインを示す。 懸念されるある特定のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳタンパク質におけるＴ細胞エピトープ及びＢ細胞エピトープ保持。全ての潜在的なＴ細胞エピトープを、２０２２年１１月１１日に免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ）から回収し、各バリアント株に存在する未改変Ｓタンパク質直鎖Ｔ細胞エピトープの割合（ＢＮＴ１６２ｂ２に存在するエピトープ－１００％と比較して）を計算した。ＢＮＴ１６２ｂ２と比較して、各バリアント株に存在する未改変Ｂ細胞中和エピトープ（ＮＴＤ及びＲＢＤ）のパーセンテージを、自動早期警報システムによって推定した（Ｂｅｇｕｉｒ，Ｋａｒｉｍ，ｅｔ ａｌ．，“Ｅａｒｌｙ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｈｉｇｈ ｒｉｓｋ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ，”ｂｉｏＲｘｉｖ（２０２１）に記載される）。懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントにわたるＳタンパク質におけるＴ細胞及びＢ細胞エピトープ保存性の（Ａ）レーダーチャート及び（Ｂ）ラインプロット分析。未改変Ｔ細胞エピトープのパーセント及び未改変Ｂ細胞中和エピトープのパーセントを示す。（Ｂ）において、各バリアントに対応する上の数字は、武漢株と比較したスパイクタンパク質の変異の数を表す。バリアントは、変異数に関して昇順に順位付けされる。
本開示は以下に詳細に記載されるが、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル及び試薬は変化し得るため、本開示はそれらに限定されないことが理解されるべきである。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態のみを説明する目的のためであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本開示の範囲を限定することを意図するものではないことも理解されるべきである。別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
好ましくは、本明細書で使用される用語は、”Ａ ｍｕｌｔｉｌｉｎｇｕａｌ ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｔｅｒｍｓ：（ＩＵＰＡＣ Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ）“，Ｈ．Ｇ．Ｗ．Ｌｅｕｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｂ．Ｎａｇｅｌ，ａｎｄ Ｈ．Ｋｏｌｂｌ，Ｅｄｓ．，Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ Ｃｈｉｍｉｃａ Ａｃｔａ，ＣＨ－４０１０ Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，（１９９５）に記載されるように定義される。
本開示の実施は、別途示されない限り、当該分野の文献において説明される従来の化学方法、生化学、細胞生物学、免疫学、及び組換えＤＮＡ技法を用いる（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ １９８９を参照されたい）。
以下では、本開示の要素について説明する。これらの要素は、特定の実施形態とともに列挙されるが、追加の実施形態を作成するために、それらが任意の方法及び任意の数で組み合わされ得ることを理解されるべきである。様々に記載された実施例及び実施形態は、本開示を明示的に記載された実施形態のみに限定するように解釈されるべきではない。この説明は、明示的に説明された実施形態を任意の数の開示された要素と組み合わせる実施形態を開示し、包含すると理解されるべきである。更に、全ての説明される要素の任意の置換及び組み合わせは、文脈が別途指示しない限り、この説明によって開示されるとみなされるべきである。
いくつかの文書が、本明細書のテキスト全体に引用される。本明細書で引用される各文書（全ての特許、特許出願、科学的刊行物、製造業者の仕様、説明書等を含む）は、上記または下記に関わらず、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる。本明細書におけるいかなるものも、本開示がかかる開示に先行する権利がなかったことを認めるものとして解釈されるべきではない。
定義
以下では、本開示の全ての態様に適用される定義を提供する。以下の用語は、別段の指示がない限り、以下の意味を有する。いかなる定義されていない用語も、それらの技術分野で認識された意味を有する。
「約」という用語は、およそまたはほぼを意味し、一実施形態では、本明細書に記載される数値または範囲の文脈において、列挙または特許請求される数値または範囲の±２０％、±１０％、±５％、または±３％を意味する。
本開示を説明する文脈（特に、特許請求の範囲の文脈）で使用される「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」という用語、ならびに同様の指示対象は、本明細書で別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、単数形及び複数形の両方を網羅するように解釈されるべきである。本明細書における値の範囲の列挙は、単に、その範囲内に含まれる各個別の値を個々に参照する簡略法として機能することを意図する。本明細書において別段の指示がない限り、各個々の値は、本明細書に個々に列挙されるかのように本明細書に組み込まれる。本明細書に記載される全ての方法は、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、任意の好適な順序で実施され得る。本明細書に提供される任意の及び全ての実施例、または例示的な言語（例えば、「など」）の使用は、単に本開示をより良く例示することを意図しており、特許請求の範囲を限定するものではない。本明細書におけるいかなる言語も、本開示の実施に不可欠な任意の特許請求されていない要素を示すものとして解釈されるべきではない。
特に明示的に指定されない限り、「含む」という用語は、本文書の文脈において、「含む」によって導入されたリストのメンバーに加えて、更なるメンバーが任意に存在し得ることを示すために使用される。しかしながら、「含む」という用語は、更なるメンバーが存在しない可能性を包含する、すなわち、この実施形態の目的のために、「含む」は、「からなる」または「本質的にからなる」という意味を有するものとして理解されるべきであることが、本開示の具体的な実施形態として企図される。
本明細書で使用される「低減する」、「減少する」、「阻害する」、または「損傷する」などの用語は、好ましくは、レベルにおいて少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、または更にそれ以上の全体的な低減または全体的な低減を引き起こす能力である。これらの用語には、完全または本質的に完全な阻害、すなわち、ゼロへの低減または本質的にゼロへの低減が含まれる。
「増加する」、「強化する」、または「超える」などの用語は、好ましくは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも８０％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも５００％、または更にそれ以上の増加または強化に関する。
本開示によれば、「ペプチド」という用語は、オリゴ及びポリペプチドを含み、ペプチド結合を介して互いに連結された約２個以上、約３個以上、約４個以上、約６個以上、約８個以上、約１０個以上、約１３個以上、約１６個以上、約２０個以上、ならびに最大約５０個、約１００個、または約１５０個の連続したアミノ酸を含む物質を指す。「タンパク質」または「ポリペプチド」という用語は、大きなペプチド、特に少なくとも約１５０個のアミノ酸を有するペプチドを指すが、「ペプチド」、「タンパク質」、及び「ポリペプチド」という用語は、本明細書では通常、同義語として使用される。
「治療用タンパク質」は、治療上有効な量で対象に提供されるときに、対象の状態または疾患状態に正のまたは有利な効果を有する。一実施形態では、治療用タンパク質は、治癒または緩和特性を有し、疾患または障害の１つ以上の症状の改善、緩和、軽減、逆転、発症の遅延、または重症度の低下のために投与され得る。治療用タンパク質は、予防特性を有し得、疾患の発症を遅らせるために、またはかかる疾患もしくは病理学的状態の重症度を低下させるために使用されてもよい。「治療用タンパク質」という用語は、タンパク質またはペプチド全体を含み、その治療上活性な断片を指すこともできる。これはまた、タンパク質の治療上活性なバリアントを含むことができる。治療的に活性なタンパク質の例には、ワクチン接種用の抗原及びサイトカインなどの免疫刺激物質が含まれるが、これらに限定されない。
「断片」は、アミノ酸配列（ペプチドまたはタンパク質）を参照して、アミノ酸配列の一部、すなわち、Ｎ末端及び／またはＣ末端で短縮されたアミノ酸配列を表す配列に関する。Ｃ末端で短縮された断片（Ｎ末端断片）は、例えば、オープンリーディングフレームの３’末端を欠く切断されたオープンリーディングフレームの翻訳によって入手可能である。Ｎ末端で短縮された断片（Ｃ末端断片）は、例えば、切断されたオープンリーディングフレームが、翻訳を開始する役割を果たす開始コドンを含む限り、オープンリーディングフレームの５’末端を欠く切断されたオープンリーディングフレームの翻訳によって入手可能である。アミノ酸配列の断片は、例えば、アミノ酸配列からのアミノ酸残基の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％を含む。アミノ酸配列の断片は、好ましくは、アミノ酸配列から少なくとも６個、特に少なくとも８個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも５０個、または少なくとも１００個の連続したアミノ酸を含む。
本明細書における「バリアント」とは、少なくとも１つのアミノ酸修飾によって親アミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を意味する。親アミノ酸配列は、天然に存在するまたは野生型（ＷＴ）アミノ酸配列であり得るか、または野生型アミノ酸配列の修飾型であり得る。好ましくは、バリアントアミノ酸配列は、親アミノ酸配列と比較して少なくとも１つのアミノ酸修飾、例えば、親と比較して１～約２０個のアミノ酸修飾、好ましくは１～約１０個または１～約５個のアミノ酸修飾を有する。
本明細書における「野生型」または「ＷＴ」または「天然」とは、対立遺伝子バリアント型を含む、自然界に見出されるアミノ酸配列を意味する。野生型アミノ酸配列、ペプチドまたはタンパク質は、意図的に修飾されていないアミノ酸配列を有する。
いくつかの実施形態では、本開示は、関連する管轄区域で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを指す。いくつかの実施形態では、かかるバリアントは、一般に公開されているデータ（例えば、ＧＩＳＡＩＤイニシアチブデータベース：ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｇｉｓａｉｄ．ｏｒｇで提供されるデータ、及び／または世界保健機関（ＷＨＯ）によって提供されるデータ（例えば、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ／ｔｒａｃｋｉｎｇ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ｖａｒｉａｎｔｓで提供される）に基づいて同定され得る。いくつかの実施形態では、かかるバリアントは、本明細書に開示されるバリアントを指す。
本開示の目的のために、アミノ酸配列（ペプチド、タンパク質またはポリペプチド）の「バリアント」は、アミノ酸挿入バリアント、アミノ酸付加バリアント、アミノ酸欠失バリアント、及び／またはアミノ酸置換バリアントを含む。「バリアント」という用語は、全ての変異体、スプライスバリアント、翻訳後修飾バリアント、立体配座、アイソフォーム、対立遺伝子バリアント、種バリアント、及び種ホモログ、特に天然に存在するものを含む。「バリアント」という用語は、特に、アミノ酸配列の断片を含む。
アミノ酸挿入バリアントは、特定のアミノ酸配列における単一または２つ以上のアミノ酸の挿入を含む。挿入を有するアミノ酸配列バリアントの場合、１つ以上のアミノ酸残基がアミノ酸配列中の特定の部位に挿入されるが、得られる生成物の適切なスクリーニングによるランダム挿入も可能である。アミノ酸付加バリアントは、１、２、３、５、１０、２０、３０、５０、またはそれ以上のアミノ酸などの１つ以上のアミノ酸のアミノ末端及び／またはカルボキシ末端融合を含む。アミノ酸欠失バリアントは、配列からの１つ以上のアミノ酸の除去、例えば、１、２、３、５、１０、２０、３０、５０、またはそれ以上のアミノ酸の除去を特徴とする。欠失は、タンパク質の任意の位置にあってもよい。タンパク質のＮ末端及び／またはＣ末端での欠失を含むアミノ酸欠失バリアントは、Ｎ末端及び／またはＣ末端切断バリアントとも呼ばれる。アミノ酸置換バリアントは、除去される配列中の少なくとも１つの残基、及びその位置に挿入される別の残基を特徴とする。相同タンパク質またはペプチド間で保存されないアミノ酸配列内の位置にある修飾、及び／またはアミノ酸を同様の特性を有する他のアミノ酸と置き換えることが好ましい。好ましくは、ペプチド及びタンパク質バリアントにおけるアミノ酸変化は、保存的アミノ酸変化、すなわち、同様に荷電または荷電されていないアミノ酸の置換である。保存的アミノ酸変化は、それらの側鎖に関連するアミノ酸ファミリーのうちの１つの置換を伴う。天然に存在するアミノ酸は、一般に、４つのファミリーに分類される：酸性（アスパラギン酸塩、グルタミン酸塩）、塩基性（リジン、アルギニン、ヒスチジン）、非極性（アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、及び非荷電極性（グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、スレオニン、チロシン）アミノ酸。フェニルアラニン、トリプトファン、及びチロシンは、芳香族アミノ酸として共同で分類されることがある。一実施形態では、保存的アミノ酸置換は、以下の基内の置換を含む：
グリシン、アラニン；
バリン、イソロイシン、ロイシン；
アスパラギン酸、グルタミン酸；
アスパラギン、グルタミン；
セリン、スレオニン；
リジン、アルギニン；及び
フェニルアラニン、チロシン。
好ましくは、所与のアミノ酸配列と、当該所与のアミノ酸配列のバリアントであるアミノ酸配列との間の類似性、好ましくは同一性の程度は、少なくとも約６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％となるであろう。類似性または同一性の程度は、好ましくは、参照アミノ酸配列の全長の少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または約１００％であるアミノ酸領域に対して与えられる。例えば、参照アミノ酸配列が２００個のアミノ酸からなる場合、類似性または同一性の程度は、いくつかの実施形態では、好ましくは、少なくとも約２０個、少なくとも約４０個、少なくとも約６０個、少なくとも約８０個、少なくとも約１００個、少なくとも約１２０個、少なくとも約１４０個、少なくとも約１６０個、少なくとも約１８０個、または約２００個の連続アミノ酸に対して与えられる。いくつかの実施形態では、類似性または同一性の程度は、参照アミノ酸配列の全長に対して与えられる。配列類似性、好ましくは配列同一性を決定するためのアラインメントは、当該技術分野で既知のツールを用いて、好ましくは、最良の配列アラインメントを用いて、例えば、標準設定、好ましくは、ＥＭＢＯＳＳ：：ニードル、マトリックス：Ｂｌｏｓｕｍ６２、Ｇａｐ Ｏｐｅｎ １０．０、Ｇａｐ Ｅｘｔｅｎｄ ０．５を使用するＡｌｉｇｎを使用して行うことができる。
「配列類似性」は、同一であるか、または保存的アミノ酸置換を表すアミノ酸のパーセンテージを示す。２つのアミノ酸配列間の「配列同一性」は、配列間で同一であるアミノ酸のパーセンテージを示す。２つの核酸配列間の「配列同一性」は、配列間で同一であるヌクレオチドのパーセンテージを示す。
「％同一」、「％同一性」または同様の用語は、特に、比較される配列間の最適なアラインメントにおいて同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸のパーセンテージを指すよう意図されている。当該パーセンテージは、純粋に統計的なものであり、２つの配列間の差異は、比較される配列の全長にわたってランダムに分布し得るが、必ずしもそうではない。２つの配列の比較は、通常、対応する配列の局所領域を特定するために、セグメントまたは「比較ウィンドウ」に関して、最適なアラインメント後に配列を比較することによって行われる。比較のための最適な整列は、手動でまたはＳｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，１９８１，Ａｄｓ Ａｐｐ．Ｍａｔｈ．２，４８２による局所相同性アルゴリズムの補助で、Ｎｅｄｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８，４４３による局所相同性アルゴリズムの補助で、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８，２４４４による類似性検索アルゴリズムの補助で、または当該アルゴリズムを使用するコンピュータプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓソフトウェアパッケージ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ Ｐ、ＢＬＡＳＴ Ｎ、及びＴＦＡＳＴＡ）の補助で実行することができる。いくつかの実施形態では、２つの配列の同一性パーセントは、米国国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）ウェブサイト（例えば、ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉ？ＰＡＧＥ＿ＴＹＰＥ＝ＢｌａｓｔＳｅａｒｃｈ＆ＢＬＡＳＴ＿ＳＰＥＣ＝ｂｌａｓｔ２ｓｅｑ＆ＬＩＮＫ＿ＬＯＣ＝ａｌｉｇｎ２ｓｅｑ）で入手可能である、ＢＬＡＳＴＮまたはＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを使用して決定される。いくつかの実施形態では、ＮＣＢＩウェブサイト上のＢＬＡＳＴＮアルゴリズムに使用されるアルゴリズムパラメータは、以下を含む：（ｉ）期待閾値を１０に設定、（ｉｉ）ワードサイズを２８に設定、（ｉｉｉ）クエリ範囲の最大一致を０に設定、（ｉｖ）一致／不一致スコアを１、－２に設定、（ｖ）ギャップコストを線形に設定、及び（ｖｉ）使用されている低複雑性領域のフィルター。いくつかの実施形態では、ＮＣＢＩウェブサイト上のＢＬＡＳＴＰアルゴリズムに使用されるアルゴリズムパラメータは、以下を含む：（ｉ）期待閾値を１０に設定、（ｉｉ）ワードサイズを３に設定、（ｉｉｉ）クエリ範囲の最大一致を０に設定、（ｉｖ）マトリックスをＢＬＯＳＵＭ６２に設定、（ｖ）ギャップコストをＥｘｉｓｔｅｎｃｅ：１１、Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ：１に設定、及び（ｖｉ）条件付き構成スコアマトリックス調整。
パーセンテージ同一性は、比較される配列が対応する同一位置の数を決定し、この数を比較される位置の数（例えば、参照配列における位置の数）で割り、この結果に１００を掛けることによって得られる。
いくつかの実施形態では、類似性または同一性の程度は、参照配列の全長の少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または約１００％である領域に対して与えられる。例えば、参照核酸配列が２００個のヌクレオチドからなる場合、同一性の程度は、いくつかの実施形態では、少なくとも約１００個、少なくとも約１２０個、少なくとも約１４０個、少なくとも約１６０個、少なくとも約１８０個、または約２００個のヌクレオチドの連続ヌクレオチドに対して与えられる。いくつかの実施形態では、類似性または同一性の程度は、参照配列の全長に対して与えられる。
本開示による相同アミノ酸配列は、アミノ酸残基の少なくとも４０％、特に少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、及び好ましくは少なくとも９５％、少なくとも９８、または少なくとも９９％の同一性を示す。
本明細書に記載のアミノ酸配列バリアントは、当業者によって、例えば、組換えＤＮＡ操作によって容易に調製されてもよい。置換、付加、挿入、または欠失を有するペプチドまたはタンパク質を調製するためのＤＮＡ配列の操作は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）に詳細に記載される。更に、本明細書に記載のペプチド及びアミノ酸バリアントは、例えば、固相合成及び同様の方法などの既知のペプチド合成技法の補助で容易に調製され得る。
一実施形態では、アミノ酸配列（ペプチドまたはタンパク質）の断片またはバリアントは、好ましくは、「機能的断片」または「機能的バリアント」である。アミノ酸配列の「機能的断片」または「機能的バリアント」という用語は、それが由来するアミノ酸配列のものと同一または類似の１つ以上の機能的特性を示す任意の断片またはバリアントに関し、すなわち機能的に等価である。抗原または抗原配列に関して、１つの特定の機能は、断片またはバリアントが由来するアミノ酸配列によって示される１つ以上の免疫原性活性である。本明細書で使用される「機能的断片」または「機能的バリアント」という用語は、特に、親分子または配列のアミノ酸配列と比較して１つ以上のアミノ酸によって改変されるアミノ酸配列を含み、依然として親分子または配列の１つ以上の機能、例えば、免疫応答を誘発する機能を果たすことができるバリアント分子または配列を指す。一実施形態では、親分子または配列のアミノ酸配列における修飾は、分子または配列の特徴に著しく影響を及ぼさないか、または改変しない。異なる実施形態では、機能的断片または機能的バリアントの機能は、低減し得るが、依然として有意に存在し、例えば、機能的バリアントの免疫原性は、親分子または配列の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％であり得る。しかしながら、他の実施形態では、機能的断片または機能的バリアントの免疫原性は、親分子または配列と比較して強化され得る。
指定されたアミノ酸配列（ペプチド、タンパク質、またはポリペプチド）に「由来する」アミノ酸配列（ペプチド、タンパク質、またはポリペプチド）は、第１のアミノ酸配列の起源を指す。好ましくは、特定のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列は、その特定の配列またはその断片と同一であるか、本質的に同一であるか、または相同であるアミノ酸配列を有する。特定のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列は、その特定の配列またはその断片のバリアントであり得る。例えば、本明細書での使用に好適な抗原は、天然に存在する配列またはそれらが由来する天然配列から配列が変化するように、天然配列の望ましい活性を保持しながら改変され得ることが、当業者によって理解されるであろう。
本明細書で使用される場合、「教材」または「説明書」は、本開示の組成物及び方法の有用性を伝達するために使用され得る出版物、記録、図、または任意の他の表現媒体を含む。本開示のキットの教材は、例えば、本開示の組成物を含有する容器に貼付するか、または組成物を含有する容器と一緒に出荷することができる。代替的には、教材は、その教材及び組成物が受信者によって協力的に使用されることを意図して、容器とは別個に出荷されてもよい。
「単離された」とは、自然の状態から改変または除去されたことを意味する。例えば、生きている動物に天然に存在する核酸またはペプチドは、「単離されていない」が、その天然状態の共存材料から部分的または完全に分離された同じ核酸またはペプチドは、「単離されている」。単離された核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在することができるか、または例えば、宿主細胞などの非天然環境に存在することができる。
本開示の文脈における「組換え」という用語は、「遺伝子操作によって行われる」ことを意味する。好ましくは、本開示の文脈における組換え核酸などの「組換え物体」は、天然に存在しない。
本明細書で使用される場合、「天然に存在する」という用語は、物体が自然界に見出され得るという事実を指す。例えば、生物（ウイルスを含む）中に存在し、自然界の供給源から単離され得、かつ実験室内の人間によって意図的に修飾されていないペプチドまたは核酸は、天然に存在する。
「生理学的ｐＨ」は、本明細書で使用される場合、約７．５のｐＨを指す。
「遺伝子修飾」または単に「修飾」という用語は、核酸による細胞のトランスフェクションを含む。「トランスフェクション」という用語は、細胞への核酸、特にＲＮＡの導入に関する。本開示の目的のために、「トランスフェクション」という用語はまた、細胞への核酸の導入、またはかかる細胞による核酸の取り込みを含み、その細胞は、対象、例えば、患者に存在し得る。したがって、本開示によれば、本明細書に記載の核酸のトランスフェクションのための細胞は、インビトロまたはインビボで存在することができ、例えば、細胞は、患者の器官、組織、及び／または生物の一部を形成することができる。本開示によれば、トランスフェクションは、一過性または安定であり得る。トランスフェクションのいくつかの用途では、トランスフェクトされた遺伝物質が一過性に発現されるだけで十分である。ＲＮＡは、細胞にトランスフェクトされて、そのコードされたタンパク質を一過性に発現することができる。トランスフェクションプロセスで導入される核酸は通常、核ゲノムに組み込まれないため、外来の核酸は有糸分裂を通じて希釈されるか、または分解される。核酸のエピソーム増幅を可能にする細胞は、希釈速度を大幅に低減する。トランスフェクトされた核酸が細胞及びその娘細胞のゲノム中に実際に残存することが望ましい場合、安定したトランスフェクションが行われなければならない。かかる安定したトランスフェクションは、トランスフェクションのためにウイルスベースの系またはトランスポゾンベースの系を使用することによって達成することができる。一般に、抗原をコードする核酸は、細胞内に一過性にトランスフェクトされる。ＲＮＡは、細胞にトランスフェクトされて、そのコードされたタンパク質を一過性に発現することができる。
「血清変換」という用語は、ワクチン接種前から用量２の１ヶ月後まで４倍以上の上昇を含む。
コロナウイルス
コロナウイルスは、エンベロープされたプラス鎖一本鎖ＲＮＡ（（＋）ｓｓＲＮＡ）ウイルスである。それらは、既知のＲＮＡウイルスの中で最大のゲノム（２６～３２ｋｂ）を有し、系統学的に４つの属（α、β、γ、及びδ）に分けられ、ベータコロナウイルスは更に４つの系統（Ａ、Ｂ、Ｃ、及びＤ）に細分化される。コロナウイルスは、ヒトを含む幅広い鳥類及び哺乳類種に感染する。一部のヒトコロナウイルスは、一般に軽度の呼吸器疾患を引き起こすが、乳児、高齢者、及び免疫不全患者では重症度がより大きくなる可能性がある。ベータコロナウイルス系統Ｃ及びＢに属する、中東呼吸器症候群コロナウイルス（ＭＥＲＳ－ＣｏＶ）及び重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）は、それぞれ、高度に病原性である。両方のウイルスは、過去１５年以内に動物貯留層からヒト集団に出現し、高い症例死亡率での発生を引き起こした。非定型肺炎（２０１９年コロナウイルス感染症、ＣＯＶＩＤ－１９）を引き起こす重症急性呼吸器症候群コロナウイルス－２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）の発生は、２０１９年１２月中旬から中国で猛威を振るい、国際的に懸念される公衆衛生上の緊急事態に発展している。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＭＮ９０８９４７．３）は、ベータコロナウイルス系統Ｂに属する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶと少なくとも７０％の配列類似性を有する。
一般に、コロナウイルスは、エンベロープ（Ｅ）、膜（Ｍ）、ヌクレオカプシド（Ｎ）、及びスパイク（Ｓ）の４つの構造タンパク質を有する。Ｅ及びＭタンパク質は、ウイルス構築において重要な機能を有し、Ｎタンパク質は、ウイルスＲＮＡ合成に必要である。重要な糖タンパク質Ｓは、ウイルスの結合及び標的細胞への侵入に関与している。Ｓタンパク質は、産生細胞内のフューリン様宿主プロテアーゼによって、非共有結合的に会合した２つのサブユニット、Ｓ１及びＳ２に切断される一本鎖不活性前駆体として合成される。Ｓ１サブユニットは、宿主細胞受容体を認識する受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。Ｓ２サブユニットは、融合ペプチド、２つのヘプタッドリピート、及び膜貫通ドメインを含有し、これらの全ては、大規模な立体配座転位を受けることによって、ウイルス膜及び宿主細胞膜の融合を媒介するために必要である。Ｓ１及びＳ２サブユニットは、三量体化して、大きな融合前スパイクを形成する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳ前駆体タンパク質は、Ｓ１（６８５ａａ）及びＳ２（５８８ａａ）サブユニットにタンパク質分解的に切断され得る。Ｓ１サブユニットは、宿主のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体を介して感受性細胞へのウイルス侵入を媒介する、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。
抗原
本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡの使用を含む。したがって、ＲＮＡは、対象におけるコロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に対する免疫応答を誘導するための少なくともエピトープＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントを含むペプチドまたはタンパク質をコードする。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアント（すなわち、抗原ペプチドもしくはタンパク質）の免疫原性断片を含むアミノ酸配列はまた、本明細書では、「ワクチン抗原」、「ペプチド及びタンパク質抗原」、「抗原分子」、または単に「抗原」として指定される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片もまた、本明細書では、「抗原ペプチドもしくはタンパク質」または「抗原配列」として指定される。
第１の検出されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（本明細書において武漢株と称される）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス完全長スパイク（Ｓ）タンパク質は、１２７３個のアミノ酸からなり、配列番号１によるアミノ酸配列を有する：
ＭＦＶＦＬＶＬＬＰＬＶＳＳＱＣＶＮＬＴＴＲＴＱＬＰＰＡＹＴＮＳＦＴＲＧＶＹＹＰＤＫＶＦＲＳＳＶＬＨＳＴＱＤＬＦＬＰＦＦＳＮＶＴＷＦＨＡＩＨＶＳＧＴＮＧＴＫＲＦＤＮＰＶＬＰＦＮＤＧＶＹＦＡＳＴＥＫＳＮＩＩＲＧＷＩＦＧＴＴＬＤＳＫＴＱＳＬＬＩＶＮＮＡＴＮＶＶＩＫＶＣＥＦＱＦＣＮＤＰＦＬＧＶＹＹＨＫＮＮＫＳＷＭＥＳＥＦＲＶＹＳＳＡＮＮＣＴＦＥＹＶＳＱＰＦＬＭＤＬＥＧＫＱＧＮＦＫＮＬＲＥＦＶＦＫＮＩＤＧＹＦＫＩＹＳＫＨＴＰＩＮＬＶＲＤＬＰＱＧＦＳＡＬＥＰＬＶＤＬＰＩＧＩＮＩＴＲＦＱＴＬＬＡＬＨＲＳＹＬＴＰＧＤＳＳＳＧＷＴＡＧＡＡＡＹＹＶＧＹＬＱＰＲＴＦＬＬＫＹＮＥＮＧＴＩＴＤＡＶＤＣＡＬＤＰＬＳＥＴＫＣＴＬＫＳＦＴＶＥＫＧＩＹＱＴＳＮＦＲＶＱＰＴＥＳＩＶＲＦＰＮＩＴＮＬＣＰＦＧＥＶＦＮＡＴＲＦＡＳＶＹＡＷＮＲＫＲＩＳＮＣＶＡＤＹＳＶＬＹＮＳＡＳＦＳＴＦＫＣＹＧＶＳＰＴＫＬＮＤＬＣＦＴＮＶＹＡＤＳＦＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮＹＫＬＰＤＤＦＴＧＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬＹＲＬＦＲＫＳＮＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳＦＥＬＬＨＡＰＡＴＶＣＧＰＫＫＳＴＮＬＶＫＮＫＣＶＮＦＮＦＮＧＬＴＧＴＧＶＬＴＥＳＮＫＫＦＬＰＦＱＱＦＧＲＤＩＡＤＴＴＤＡＶＲＤＰＱＴＬＥＩＬＤＩＴＰＣＳＦＧＧＶＳＶＩＴＰＧＴＮＴＳＮＱＶＡＶＬＹＱＤＶＮＣＴＥＶＰＶＡＩＨＡＤＱＬＴＰＴＷＲＶＹＳＴＧＳＮＶＦＱＴＲＡＧＣＬＩＧＡＥＨＶＮＮＳＹＥＣＤＩＰＩＧＡＧＩＣＡＳＹＱＴＱＴＮＳＰＲＲＡＲＳＶＡＳＱＳＩＩＡＹＴＭＳＬＧＡＥＮＳＶＡＹＳＮＮＳＩＡＩＰＴＮＦＴＩＳＶＴＴＥＩＬＰＶＳＭＴＫＴＳＶＤＣＴＭＹＩＣＧＤＳＴＥＣＳＮＬＬＬＱＹＧＳＦＣＴＱＬＮＲＡＬＴＧＩＡＶＥＱＤＫＮＴＱＥＶＦＡＱＶＫＱＩＹＫＴＰＰＩＫＤＦＧＧＦＮＦＳＱＩＬＰＤＰＳＫＰＳＫＲＳＦＩＥＤＬＬＦＮＫＶＴＬＡＤＡＧＦＩＫＱＹＧＤＣＬＧＤＩＡＡＲＤＬＩＣＡＱＫＦＮＧＬＴＶＬＰＰＬＬＴＤＥＭＩＡＱＹＴＳＡＬＬＡＧＴＩＴＳＧＷＴＦＧＡＧＡＡＬＱＩＰＦＡＭＱＭＡＹＲＦＮＧＩＧＶＴＱＮＶＬＹＥＮＱＫＬＩＡＮＱＦＮＳＡＩＧＫＩＱＤＳＬＳＳＴＡＳＡＬＧＫＬＱＤＶＶＮＱＮＡＱＡＬＮＴＬＶＫＱＬＳＳＮＦＧＡＩＳＳＶＬＮＤＩＬＳＲＬＤＫＶＥＡＥＶＱＩＤＲＬＩＴＧＲＬＱＳＬＱＴＹＶＴＱＱＬＩＲＡＡＥＩＲＡＳＡＮＬＡＡＴＫＭＳＥＣＶＬＧＱＳＫＲＶＤＦＣＧＫＧＹＨＬＭＳＦＰＱＳＡＰＨＧＶＶＦＬＨＶＴＹＶＰＡＱＥＫＮＦＴＴＡＰＡＩＣＨＤＧＫＡＨＦＰＲＥＧＶＦＶＳＮＧＴＨＷＦＶＴＱＲＮＦＹＥＰＱＩＩＴＴＤＮＴＦＶＳＧＮＣＤＶＶＩＧＩＶＮＮＴＶＹＤＰＬＱＰＥＬＤＳＦＫＥＥＬＤＫＹＦＫＮＨＴＳＰＤＶＤＬＧＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦＩＡＧＬＩＡＩＶＭＶＴＩＭＬＣＣＭＴＳＣＣＳＣＬＫＧＣＣＳＣＧＳＣＣＫＦＤＥＤＤＳＥＰＶＬＫＧＶＫＬＨＹＴ（配列番号１）
本開示の目的のために、上記配列は、野生型または武漢ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質アミノ酸配列とみなされる。別途示されない限り、本明細書で与えられるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質における位置番号付けは、配列番号１によるアミノ酸配列と関連する。本開示を読む当業者は、配列番号１のアミノ酸配列に対する位置番号付けに基づいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアントにおける対応する位置を理解するであろう。
特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる完全長スパイク（Ｓ）タンパク質は、原型的な融合前立体配座が安定化されるように修飾することができる。融合前立体配座を安定化させるある特定の変異は、例えば、ＷＯ２０２１２４３１２２Ａ２及びＨｓｉｅｈ，Ｃｈｉｎｇ－Ｌｉｎ，ｅｔ ａｌ．（“Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ－ｂａｓｅｄ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｐｒｅｆｕｓｉｏｎ－ｓｔａｂｉｌｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅｓ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６９．６５１０（２０２０）：１５０１－１５０５）に開示されるように当該技術分野において既知であり、各々の内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、１つ以上のプロリン変異を導入することによって安定化され得る。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基９８６及び／または９８７に対応する位置にプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２に対応する１つ以上の位置にプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２の各々に対応する位置にプロリン置換を含む。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、９４２、９８６、及び９８７の各々に対応する位置にプロリン置換を含む。
いくつかの実施形態では、融合前立体配座の安定化は、完全長スパイクタンパク質中の残基９８６及び９８７に２つの連続したプロリン置換を導入することによって得ることができる。具体的には、スパイク（Ｓ）タンパク質安定化タンパク質バリアントは、９８６位のアミノ酸残基がプロリンに交換され、９８７位のアミノ酸残基もまたプロリンに交換される方法で得られる。一実施形態では、原型的な融合前立体配座が安定化されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアントは、配列番号７に示されるアミノ酸配列を含む。
ＭＦＶＦＬＶＬＬＰＬＶＳＳＱＣＶＮＬＴＴＲＴＱＬＰＰＡＹＴＮＳＦＴＲＧＶＹＹＰＤＫＶＦＲＳＳＶＬＨＳＴＱＤＬＦＬＰＦＦＳＮＶＴＷＦＨＡＩＨＶＳＧＴＮＧＴＫＲＦＤＮＰＶＬＰＦＮＤＧＶＹＦＡＳＴＥＫＳＮＩＩＲＧＷＩＦＧＴＴＬＤＳＫＴＱＳＬＬＩＶＮＮＡＴＮＶＶＩＫＶＣＥＦＱＦＣＮＤＰＦＬＧＶＹＹＨＫＮＮＫＳＷＭＥＳＥＦＲＶＹＳＳＡＮＮＣＴＦＥＹＶＳＱＰＦＬＭＤＬＥＧＫＱＧＮＦＫＮＬＲＥＦＶＦＫＮＩＤＧＹＦＫＩＹＳＫＨＴＰＩＮＬＶＲＤＬＰＱＧＦＳＡＬＥＰＬＶＤＬＰＩＧＩＮＩＴＲＦＱＴＬＬＡＬＨＲＳＹＬＴＰＧＤＳＳＳＧＷＴＡＧＡＡＡＹＹＶＧＹＬＱＰＲＴＦＬＬＫＹＮＥＮＧＴＩＴＤＡＶＤＣＡＬＤＰＬＳＥＴＫＣＴＬＫＳＦＴＶＥＫＧＩＹＱＴＳＮＦＲＶＱＰＴＥＳＩＶＲＦＰＮＩＴＮＬＣＰＦＧＥＶＦＮＡＴＲＦＡＳＶＹＡＷＮＲＫＲＩＳＮＣＶＡＤＹＳＶＬＹＮＳＡＳＦＳＴＦＫＣＹＧＶＳＰＴＫＬＮＤＬＣＦＴＮＶＹＡＤＳＦＶＩＲＧＤＥＶＲＱＩＡＰＧＱＴＧＫＩＡＤＹＮＹＫＬＰＤＤＦＴＧＣＶＩＡＷＮＳＮＮＬＤＳＫＶＧＧＮＹＮＹＬＹＲＬＦＲＫＳＮＬＫＰＦＥＲＤＩＳＴＥＩＹＱＡＧＳＴＰＣＮＧＶＥＧＦＮＣＹＦＰＬＱＳＹＧＦＱＰＴＮＧＶＧＹＱＰＹＲＶＶＶＬＳＦＥＬＬＨＡＰＡＴＶＣＧＰＫＫＳＴＮＬＶＫＮＫＣＶＮＦＮＦＮＧＬＴＧＴＧＶＬＴＥＳＮＫＫＦＬＰＦＱＱＦＧＲＤＩＡＤＴＴＤＡＶＲＤＰＱＴＬＥＩＬＤＩＴＰＣＳＦＧＧＶＳＶＩＴＰＧＴＮＴＳＮＱＶＡＶＬＹＱＤＶＮＣＴＥＶＰＶＡＩＨＡＤＱＬＴＰＴＷＲＶＹＳＴＧＳＮＶＦＱＴＲＡＧＣＬＩＧＡＥＨＶＮＮＳＹＥＣＤＩＰＩＧＡＧＩＣＡＳＹＱＴＱＴＮＳＰＲＲＡＲＳＶＡＳＱＳＩＩＡＹＴＭＳＬＧＡＥＮＳＶＡＹＳＮＮＳＩＡＩＰＴＮＦＴＩＳＶＴＴＥＩＬＰＶＳＭＴＫＴＳＶＤＣＴＭＹＩＣＧＤＳＴＥＣＳＮＬＬＬＱＹＧＳＦＣＴＱＬＮＲＡＬＴＧＩＡＶＥＱＤＫＮＴＱＥＶＦＡＱＶＫＱＩＹＫＴＰＰＩＫＤＦＧＧＦＮＦＳＱＩＬＰＤＰＳＫＰＳＫＲＳＦＩＥＤＬＬＦＮＫＶＴＬＡＤＡＧＦＩＫＱＹＧＤＣＬＧＤＩＡＡＲＤＬＩＣＡＱＫＦＮＧＬＴＶＬＰＰＬＬＴＤＥＭＩＡＱＹＴＳＡＬＬＡＧＴＩＴＳＧＷＴＦＧＡＧＡＡＬＱＩＰＦＡＭＱＭＡＹＲＦＮＧＩＧＶＴＱＮＶＬＹＥＮＱＫＬＩＡＮＱＦＮＳＡＩＧＫＩＱＤＳＬＳＳＴＡＳＡＬＧＫＬＱＤＶＶＮＱＮＡＱＡＬＮＴＬＶＫＱＬＳＳＮＦＧＡＩＳＳＶＬＮＤＩＬＳＲＬＤＰＰＥＡＥＶＱＩＤＲＬＩＴＧＲＬＱＳＬＱＴＹＶＴＱＱＬＩＲＡＡＥＩＲＡＳＡＮＬＡＡＴＫＭＳＥＣＶＬＧＱＳＫＲＶＤＦＣＧＫＧＹＨＬＭＳＦＰＱＳＡＰＨＧＶＶＦＬＨＶＴＹＶＰＡＱＥＫＮＦＴＴＡＰＡＩＣＨＤＧＫＡＨＦＰＲＥＧＶＦＶＳＮＧＴＨＷＦＶＴＱＲＮＦＹＥＰＱＩＩＴＴＤＮＴＦＶＳＧＮＣＤＶＶＩＧＩＶＮＮＴＶＹＤＰＬＱＰＥＬＤＳＦＫＥＥＬＤＫＹＦＫＮＨＴＳＰＤＶＤＬＧＤＩＳＧＩＮＡＳＶＶＮＩＱＫＥＩＤＲＬＮＥＶＡＫＮＬＮＥＳＬＩＤＬＱＥＬＧＫＹＥＱＹＩＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦＩＡＧＬＩＡＩＶＭＶＴＩＭＬＣＣＭＴＳＣＣＳＣＬＫＧＣＣＳＣＧＳＣＣＫＦＤＥＤＤＳＥＰＶＬＫＧＶＫＬＨＹＴ
（配列番号７）
当業者は、様々なスパイクバリアント、及び／またはそれらを文書化するリソースを認識している。例えば、以下の株、それらのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質アミノ酸配列、及び特に野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質アミノ酸配列と比較した、例えば、配列番号１と比較したそれらの修飾は、本明細書において有用である。
Ｂ．１．１．７（「懸念されるバリアント２０２０１２／０１」（ＶＯＣ－２０２０１２／０１）
Ｂ．１．１．７（「アルファバリアント」）は、英国でのＣＯＶＩＤ－１９パンデミック中の２０２０年１０月に、前月に採取された試料から初めて検出されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントであり、１２月中旬までにすぐに広がり始めた。これは、英国におけるＣＯＶＩＤ－１９感染率の有意な増加と相関しており、この増加は、少なくとも部分的には、ヒト細胞のＡＣＥ２への結合に必要な、スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン内のＮ５０１Ｙの変化に起因していると考えられている。Ｂ．１．１．７バリアントは、２３個の変異によって定義される：１３個の非同義変異、４個の欠失、及び６個の同義変異（すなわち、タンパク質を変化させる１７個の変異、及び変化させない６個の変異がある）。Ｂ．１．１．７におけるスパイクタンパク質の変化は、欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含む。
Ｂ．１．３５１（５０１．Ｖ２）
Ｂ．１．３５１系統（「ベータバリアント」）及び南アフリカＣＯＶＩＤ－１９バリアントとして口語的に知られているのは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントである。予備的な結果は、このバリアントが伝染性の増加を有し得ることを示している。Ｂ．１．３５１バリアントは、Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、欠失２４２－２４４、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖを含む、複数のスパイクタンパク質変化によって定義される。Ｂ．１．３５１ゲノムのスパイク領域には、特に興味深い３つの変異が存在する：Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ。
Ｂ．１．１．２９８（クラスター５）
Ｂ．１．１．２９８は、デンマークの北ユランで発見され、ミンク農場を介してミンクからヒトに伝播したと考えられている。ウイルスのスパイクタンパク質におけるいくつかの異なる変異が確認されている。特定の変異としては、欠失６９－７０、Ｙ４５３Ｆ、Ｄ６１４Ｇ、Ｉ６９２Ｖ、Ｍ１２２９Ｉ、及び任意にＳ１１４７Ｌが挙げられる。
Ｐ．１（Ｂ．１．１．２４８）
ブラジル（ブラジリアン）バリアントとして知られる系統Ｂ．１．１．２４８（「ガンマバリアント」）は、Ｐ．１系統と名付けられているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のバリアントのうちの１つである。Ｐ．１は、いくつかのＳタンパク質修飾［Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、Ｖ１１７６Ｆ］を有し、南アフリカからのバリアントＢ．１．３５１とある特定の重要なＲＢＤ位置（Ｋ４１７、Ｅ４８４、Ｎ５０１）において類似している。
Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９（ＣＡＬ．２０Ｃ）
系統Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９（「イプシロンバリアント」）、別名ＣＡＬ．２０Ｃは、Ｓ－タンパク質における以下の修飾によって定義される：Ｓ１３Ｉ、Ｗ１５２Ｃ、Ｌ４５２Ｒ、及びＤ６１４Ｇ（これらのうち、Ｌ４５２Ｒ修飾が特に懸念される）。ＣＤＣは、Ｂ．１．４２７／Ｂ．１．４２９を「懸念されるバリアント」として列挙している。
Ｂ．１．５２５
Ｂ．１．５２５（「エータバリアント」）は、Ｐ．１及びＢ．１．３５１バリアントに見られるものと同じＥ４８４Ｋ修飾を有し、また、Ｂ．１．１．７及びＢ．１．１．２９８に見られるものと同じΔＨ６９／ΔＶ７０欠失を有する。また、修飾Ｄ６１４Ｇ、Ｑ６７７Ｈ、Ｆ８８８Ｌも有している。
Ｂ．１．５２６
Ｂ．１．５２６（「イオタバリアント」）は、以前に報告されたバリアントと変異を共有するニューヨーク領域におけるウイルス分離株の新興系統として検出された。この系統における最も一般的なスパイク変異のセットは、Ｌ５Ｆ、Ｔ９５Ｉ、Ｄ２５３Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖである。
以下の表は、ＶＯＩ／ＶＯＣである流行しているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株の概要を示す。
Figure 2023081859000001



Ｂ．１．１．５２９
Ｂ．１．５２９（「オミクロンバリアント」）は、２０２１年１１月に南アフリカで最初に検出された。オミクロンは、デルタバリアントよりも約７０倍速く増殖し、すぐに世界中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の優勢株になった。初期検出以来、いくつかのオミクロン亜系統が生じてきた。以下に、各々のＳタンパク質に関連するある特定の特徴的な変異とともに、現在の懸念されるオミクロンバリアントを列挙する。ＢＡ．４及びＢＡ．５のＳタンパク質は、同じ特徴的な変異のセットを有し、それが、下記の表が「ＢＡ．４またはＢＡ．５」について単一の列を有する理由であり、また、いくつかの実施形態では、本開示が「ＢＡ．４／５」Ｓタンパク質を指す理由である。同様に、ＢＡ．４．６及びＢＦ．７オミクロンバリアントのＳタンパク質は、同じ特徴的な変異のセットを有し、それが、下記の表が「ＢＡ．４．６またはＢＦ．７」についての単一の列を有する理由である）。






































Figure 2023081859000002
Figure 2023081859000003
Figure 2023081859000004
Figure 2023081859000005
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）の変異（例えば、表２に列挙されるオミクロンバリアントの１つ以上の変異）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡは、融合前立体配座においてＳタンパク質を安定化する１つ以上の変異を更に含む（例えば、いくつかの実施形態では、かかるＲＮＡは、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置にプロリン残基を更に含む）。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、表２に列挙される１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかのかかる実施形態では、１つ以上の変異は、表２に列挙されるような２つ以上のバリアントに由来し得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ある特定のオミクロンバリアント特徴であるとして表２で特定された変異の各々を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４／５、ＢＡ．２．７５、ＢＡ．２．７５．１、ＢＡ．４．６、ＢＱ．１．１、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、ＸＢＢ．２、またはＸＢＢ．１．３の特徴であるとして表２に列挙される変異の各々を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む）。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ Ｓタンパク質（例えば、ＲＢＤ）の免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、本明細書に記載のオミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を含む。例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳタンパク質のＲＢＤをコードするヌクレオチド配列（例えば、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８に対応するＳタンパク質の領域であって、Ｓタンパク質のこの領域内にある懸念されるバリアントの特徴である１つ以上の変異を含む領域）を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、表２に列挙される変異のサブセットを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ある特定のバリアント（例えば、配列決定された所与のバリアントについて、現在までに収集された配列の少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％で検出された変異）で最も一般的である、表２に列挙される変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。変異の有病率は、例えば、公開された配列（例えば、ＧＩＳＡＩＤによって収集され、一般に利用可能になる配列）に基づいて決定することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、Ｒ４０８Ｓを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｒ４０８Ｓを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２．７５バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｋ１４７Ｅ、Ｗ１５２Ｒ、Ｆ１５７Ｌ、Ｉ２１０Ｖ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ２５７Ｓ、Ｇ３３９Ｈ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｎ３５４Ｄを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｄ７９６Ｙを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｄ７９６Ｙ及びＮ３５４Ｄを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２．７５．２バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｋ１４７Ｅ、Ｗ１５２Ｒ、Ｆ１５７Ｌ、Ｉ２１０Ｖ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ２５７Ｓ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＤ１１９９Ｎを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．２．７５．２バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｒ３４６Ｔを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｒ３４６Ｔ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｒ４０８Ｓを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｎ６５８Ｓを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含み、Ｎ６５８Ｓ及びＲ４０８Ｓを除外する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢバリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｇ２５２Ｖを含む。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｇ２５２Ｖ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢ．１バリアントの特徴であり、Ｑ４９３Ｒを除外する、１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢバリアントの特徴であり、Ｑ４９３Ｒ及びＧ２５２Ｖを除外する、１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｄ２５３Ｇを含む。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｄ２５３Ｇ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、オミクロンＸＢＢ．１．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．１．３バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｇ２５２Ｖ及びＡ４８４Ｔを含む。いくつかの実施形態では、オミクロンＸＢＢ．１．３バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｇ２５２Ｖ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ａ４８４Ｔ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＱ．１．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＱ．１．１バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｋ４４４Ｔ、Ｌ４５２Ｒ、Ｎ４６３Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＢＱ．１．１バリアントの特徴である１つ以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれ以上を含む）変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
一実施形態では、本明細書に記載のワクチン抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質（Ｓ）、そのバリアント、または（例えば、ＲＢＤに限定されないが）その免疫原性断片を含むか、本質的にそれからなるか、またはそれからなる。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１または７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１もしくは７のアミノ酸配列１７～１２７３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１断片（Ｓ１）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質（Ｓ）のＳ１サブユニット）、それらのバリアント、またはそれらの断片を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０４９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０４９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０４９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０４９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０４９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１７～６８３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～２０５５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１７～６８５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質（Ｓ）、それらのバリアント、またはそれらの断片のＳ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなる。配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、そのバリアント、またはその断片は、本明細書では、「ＲＢＤ」または「ＲＢＤドメイン」とも称される。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
ある特定の実施形態によれば、シグナルペプチドは、直接的に、またはリンカーを介して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、そのバリアント、またはその断片、すなわち、抗原ペプチドまたはタンパク質に融合される。したがって、一実施形態では、シグナルペプチドは、上述のワクチン抗原によって構成されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（抗原ペプチドまたはタンパク質）に由来する上述のアミノ酸配列に融合される。
かかるシグナルペプチドは、典型的には、約１５～３０アミノ酸の長さを示し、好ましくは、抗原ペプチドまたはタンパク質のＮ末端に位置する配列であるが、これらに限定されない。本明細書で定義されるシグナルペプチドは、好ましくは、ＲＮＡによってコードされる抗原性ペプチドまたはタンパク質の、規定の細胞区画、好ましくは、細胞表面、小胞体（ＥＲ）またはエンドソーム－リソソーム区画への輸送を可能にする。一実施形態では、本明細書で定義されるシグナルペプチド配列は、限定されないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のシグナルペプチド配列、特に配列番号１のアミノ酸１～１６または１～１９のアミノ酸配列を含む配列、またはその機能的バリアントを含む。
一実施形態では、シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、（ｉ）シグナル配列をコードするＲＮＡは、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列の断片、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、シグナル配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、（ｉ）シグナル配列をコードするＲＮＡは、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～５７のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～５７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～５７のヌクレオチド配列の断片、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～５７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、シグナル配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～５７のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～１９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
いくつかの実施形態では、本明細書で定義されるシグナルペプチド配列は、これに限定されるものではないが、免疫グロブリンのシグナルペプチド配列、例えば、免疫グロブリン重鎖可変領域のシグナルペプチド配列を含み、免疫グロブリンは、ヒト免疫グロブリンであり得る。具体的には、いくつかの実施形態では、本明細書で定義されるシグナルペプチド配列は、配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列またはその機能的バリアントを含む配列を含む。
いくつかの実施形態では、シグナルペプチド配列は、哺乳類細胞において機能的である。
いくつかの実施形態では、利用されるシグナル配列は、自然界では、コードされたポリペプチドと会合する（例えば、連結される）という点で「内在的」である。
いくつかの実施形態では、利用されるシグナル配列は、コードされたポリペプチドに対して異種であり、例えば、その配列がコードされたポリペプチドに含まれるポリペプチド（例えば、タンパク質）の天然部分ではない。
いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、典型的には、約１５～３０アミノ酸の長さを特徴とする配列である。
多くの実施形態では、シグナルペプチドは、本明細書に記載のコードされたポリペプチドのＮ末端に配置されるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、好ましくは、それらが会合する本開示のＲＮＡによってコードされるポリペプチドの、規定の細胞区画、好ましくは、細胞表面、小胞体（ＥＲ）、またはエンドソーム－リソソーム区画への輸送を可能にする。
いくつかの実施形態では、シグナル配列は、Ｓ１Ｓ２シグナルペプチド（ａａ１－１９）、免疫グロブリン分泌シグナルペプチド（ａａ１－２２）、ＨＳＶ－１ ｇＤシグナルペプチド（ＭＧＧＡＡＡＲＬＧＡＶＩＬＦＶＶＩＶＧＬＨＧＶＲＳＫＹ）、ＨＳＶ－２ ｇＤシグナルペプチド（ＭＧＲＬＴＳＧＶＧＴＡＡＬＬＶＶＡＶＧＬＲＶＶＣＡ）、ヒトＳＰＡＲＣシグナルペプチド、ヒトインスリンアイソフォーム１シグナルペプチド、ヒトアルブミンシグナルペプチド等から選択される。当業者は、例えば、ＷＯ２０１７／０８１０８２（例えば、配列番号１～１１１５及び１７２８、またはそれらの断片バリアント）ならびにＷＯ２０１９００８００１に開示されるような他の分泌シグナルペプチドを認識するであろう。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ配列は、表Ａに列挙されるもの、または少なくともそれに対して１、２、３、４、または５個のアミノ酸差を有する配列などのシグナル配列（例えば、分泌配列）を含むか、またはそうでなければそれに連結され得るエピトープをコードする。いくつかの実施形態では、ＭＦＶＦＬＶＬＬＰＬＶＳＳＱＣＶＮＬＴなどのシグナル配列、または少なくともそれに対して１、２、３、４、または最大５個のアミノ酸差を有する配列が利用される。いくつかの実施形態では、ＭＦＶＦＬＶＬＬＰＬＶＳＳＱＣＶＮＬＴなどの配列、またはそれに対して１、２、３、４、または最大５個のアミノ酸差を有する配列が利用される。
いくつかの実施形態では、シグナル配列は、以下の表Ａに含まれるもの及び／または以下の表Ｂの配列によってコードされるものから選択される。
Figure 2023081859000006
Figure 2023081859000007
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように利用されるＲＮＡは、多量体化要素（例えば、異種多量体化要素）をコードする。いくつかの実施形態では、異種多量体化要素は、二量体化、三量体化、または四量体化要素を含む。
いくつかの実施形態では、多量体化要素は、ＷＯ２０１７／０８１０８２（例えば、配列番号１１１６～１１６７、またはその断片もしくはバリアント）に記載されるものである。
例示的な三量体化及び四量体化要素としては、操作されたロイシンジッパー、腸内細菌ファージＴ４からのフィブリチンフォルドンドメイン、ＧＣＮ４ｐｌｌ、ＧＣＮ４－ｐｌｌ、及びｐ５３が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、提供されるコードされたポリペプチド（複数可）は、三量体複合体を形成することができる。例えば、利用されるコードされたポリペプチド（複数可）は、例えば、本明細書に記載のコードされたポリペプチド（複数可）を含むアミノ酸配列の特定の三量体複合体などの多量体複合体の形成を可能にするドメインを含み得る。いくつかの実施形態では、多量体複合体の形成を可能にするドメインは、三量体化ドメイン、例えば、本明細書に記載の三量体化ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、コードされたポリペプチド（複数可）は、例えば、その免疫原性を増大させるために、Ｔ４－フィブリチン由来の「フォルドン」三量体化ドメインを付加することによって修飾され得る。
［２９８］いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、膜貫通ドメインなどの膜会合要素（例えば、異種膜会合要素）をコードする。
膜貫通ドメインは、Ｎ末端、Ｃ末端、またはコードされたポリペプチドの内部であり得る。膜貫通要素のコード配列は、典型的には、それが連結される配列（例えば、ポリペプチド（複数可）をコードする配列）のコード配列のフレーム（すなわち、同じリーディングフレーム）、５’、３’、または内部に配置される。
いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、インフルエンザウイルスのヘマグルチニン（ＨＡ）、ＨＩＶ－１のＥｎｖ、ウマ感染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、マウス乳がん腫瘍ウイルス、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）のＧタンパク質、狂犬病ウイルス、または７つの膜貫通ドメイン受容体の膜貫通ドメインを含むか、またはそれである。
一実施形態では、シグナル配列は、配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、シグナル配列は、配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、シグナル配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～１１９のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド５４～１１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド５４～１１９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド５４～１１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１アミノ酸１～２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、シグナル配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～１１９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
かかるシグナルペプチドは、好ましくは、コードされた抗原ペプチドまたはタンパク質の分泌を促進するために使用される。より好ましくは、本明細書で定義されるシグナルペプチドは、本明細書で定義されるコードされた抗原ペプチドまたはタンパク質に融合される。
したがって、特に好ましい実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、抗原ペプチドまたはタンパク質及びシグナルペプチドをコードする少なくとも１つのコード領域を含み、当該シグナルペプチドは、好ましくは、抗原ペプチドまたはタンパク質に、より好ましくは、本明細書に記載の抗原ペプチドまたはタンパク質のＮ末端に融合される。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１もしくは７のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１または７のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１もしくは７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１もしくは７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号７のアミノ酸配列、配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列、もしくは配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号７のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１５、１６、１９、２０、２４、もしくは２５のヌクレオチド配列、配列番号１５、１６、１９、２０、２４、もしくは２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号１５、１６、１９、２０、２４、もしくは２５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号１５、１６、１９、２０、２４、もしくは２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列、もしくは配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１５、１６、１９、２０、２４、もしくは２５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０４９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０４９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０４９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０４９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０４９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～６８３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０５５のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０５５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０５５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～２０５５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１～６８５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３のアミノ酸配列、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３のアミノ酸配列、もしくは配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号４のヌクレオチド配列、配列番号４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３のアミノ酸配列、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３のアミノ酸配列、もしくは配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～７１６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～７１６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～７１６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～７１６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～２２１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～７１６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列１～２２１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～７２５のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド５４～７２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド５４～７２５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド５４～７２５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～２２４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～７２５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸配列１～２２４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
ある特定の実施形態によれば、三量体化ドメインは、直接的に、またはリンカー、例えば、グリシン／セリンリンカーを介してのいずれかで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、そのバリアント、またはその断片、すなわち、抗原ペプチドもしくはタンパク質に融合される。したがって、一実施形態では、三量体化ドメインは、上記のワクチン抗原（上記のようにシグナルペプチドに任意に融合させることができる）によって構成されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（抗原ペプチドまたはタンパク質）に由来する上記アミノ酸配列に融合される。
かかる三量体化ドメインは、好ましくは、限定されないが、抗原ペプチドまたはタンパク質のＣ末端に位置する。本明細書で定義される三量体化ドメインは、好ましくは、ＲＮＡによってコードされる抗原性ペプチドまたはタンパク質の三量体化を可能にする。本明細書で定義される三量体化ドメインの例としては、限定されないが、Ｔ４フィブリチンの天然の三量体化ドメインであるフォルドンが挙げられる。Ｔ４フィブリチン（フォルドン）のＣ末端ドメインは、フィブリチン三量体構造の形成に必須であり、人工的な三量体化ドメインとして使用することができる。一実施形態では、本明細書で定義される三量体化ドメインは、限定されないが、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列を含む配列、またはその機能的バリアントを含む。一実施形態では、本明細書で定義される三量体化ドメインは、限定されないが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む配列、またはその機能的バリアントを含む。
一実施形態では、三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、もしくは配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、三量体化ドメインをコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１１のヌクレオチド７～８７のヌクレオチド配列、配列番号１１のヌクレオチド７～８７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号１１のヌクレオチド７～８７のヌクレオチド配列、もしくは配列番号１１のヌクレオチド７～８７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、もしくは配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、三量体化ドメインをコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１１のヌクレオチド７～８７のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸配列、配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸配列、もしくは配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、三量体化ドメインをコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列、配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号１１のヌクレオチド配列、もしくは配列番号１１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸配列、配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸配列、もしくは配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、三量体化ドメインをコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
かかる三量体化ドメインは、好ましくは、コードされた抗原ペプチドまたはタンパク質の三量体化を促進するために使用される。より好ましくは、本明細書で定義される三量体化ドメインは、本明細書で定義される抗原ペプチドまたはタンパク質に融合される。
したがって、特に好ましい実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、抗原ペプチドまたはタンパク質及び本明細書で定義される三量体化ドメインをコードする少なくとも１つのコード領域を含み、当該三量体化ドメインは、好ましくは、抗原ペプチドまたはタンパク質に、より好ましくは抗原ペプチドまたはタンパク質のＣ末端に融合される。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１７、２１、もしくは２６のヌクレオチド配列、配列番号１７、２１、もしくは２６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号１７、２１、もしくは２６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号１７、２１、もしくは２６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号１７、２１、もしくは２６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１８のアミノ酸配列、配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１８のアミノ酸配列、もしくは配列番号１８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号１８のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～８２４のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～８２４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～８２４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～８２４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～８２４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸１～２５７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～８３３のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド５４～８３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド５４～８３３のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド５４～８３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～８３３のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～２６０のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド１１１～８２４のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～８２４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～８２４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～８２４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド１１１～８２４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸２０～２５７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド１２０～８３３のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド１２０～８３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド１２０～８３３のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド１２０～８３３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド１２０～８３３のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸２３～２６０のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
ある特定の実施形態によれば、膜貫通ドメインは、直接的に、またはリンカー、例えば、グリシン／セリンリンカーを介してのいずれかで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、そのバリアント、またはその断片、すなわち、抗原ペプチドもしくはタンパク質に融合される。したがって、一実施形態では、膜貫通ドメインは、上記のワクチン抗原（上記のようにシグナルペプチド及び／または三量体化ドメインに任意に融合させることができる）によって構成されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（抗原ペプチドもしくはタンパク質）に由来する上記アミノ酸配列に融合される。
かかる膜貫通ドメインは、好ましくは、限定されないが、抗原ペプチドまたはタンパク質のＣ末端に位置する。好ましくは、かかる膜貫通ドメインは、存在する場合、限定されないが、三量体化ドメインのＣ末端に位置する。一実施形態では、三量体化ドメインは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、そのバリアント、またはその断片、すなわち、抗原ペプチドまたはタンパク質、及び膜貫通ドメインの間に存在する。
本明細書で定義される膜貫通ドメインは、好ましくは、ＲＮＡによってコードされる抗原ペプチドまたはタンパク質の細胞膜内へのアンカリングを可能にする。
一実施形態では、本明細書で定義される膜貫通ドメイン配列は、限定されないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の膜貫通ドメイン配列、特に配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列を含む配列、またはその機能的バリアントを含む。
一実施形態では、膜貫通ドメイン配列は、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片を含む。一実施形態では、膜貫通ドメイン配列は、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、膜貫通ドメイン配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド３６１９～３７６２のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド３６１９～３７６２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド３６１９～３７６２のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド３６１９～３７６２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の機能的断片をコードする。一実施形態では、膜貫通ドメイン配列をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド３６１９～３７６２のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～９９５のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド５４～９９５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド５４～９９５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド５４～９９５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド５４～９９５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸１～３１４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチドの断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド１２０～９９５のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド１２０～９９５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド１２０～９９５のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド１２０～９９５のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド１２０～９９５のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸２３～３１４のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド配列、配列番号３２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３２のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸配列、もしくは配列番号３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号３２のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２８のアミノ酸配列、配列番号２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号２８のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２７のヌクレオチド配列、配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２７のヌクレオチド配列、もしくは配列番号２７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２８のアミノ酸配列、もしくは配列番号２８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号２７のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号４９のアミノ酸配列、配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列、もしくは配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号４９のアミノ酸配列を含む。配列番号４９のアミノ酸配列は、配列番号１の残基９８６及び９８７（配列番号４９の残基９８３及び９８４）に対応する位置にプロリン残基を含む、オミクロンＢＡ．１の全長Ｓタンパク質のアミノ酸配列に対応する。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５０のヌクレオチド配列、配列番号５０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５０のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列、もしくは配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。配列番号５０のヌクレオチド配列は、配列番号１の残基９８６及び９８７（配列番号４９の残基９８３及び９８４）に対応する位置にプロリン残基を有する、オミクロンＢＡ．１由来の完全長Ｓタンパク質のアミノ酸配列をコードするように設計されたヌクレオチド配列である。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５１のヌクレオチド配列、配列番号５１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５１のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列、もしくは配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５１のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。配列番号５１のヌクレオチド配列は、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する（配列番号４９の残基９８３及び９８４に対応する）位置にプロリン残基を有する、オミクロンＢＡ．１由来の完全長Ｓタンパク質のアミノ酸配列をコードする、ＲＮＡ構築物（例えば、５’ＵＴＲ、Ｓタンパク質コード配列、３’ＵＴＲ、及びポリＡ尾部を含む）に対応する。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５５のアミノ酸配列、配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５５のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５６のヌクレオチド配列、配列番号５６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５６のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５７のヌクレオチド配列、配列番号５７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５７のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５５のアミノ酸配列、もしくは配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５７のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５８のアミノ酸配列、配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５８のアミノ酸配列、もしくは配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５８のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５９のヌクレオチド配列、配列番号５９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５９のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５８のアミノ酸配列、もしくは配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５９のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６０のヌクレオチド配列、配列番号６０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６０のヌクレオチド配列、もしくは配列番号６０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５８のアミノ酸配列、もしくは配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号６１のアミノ酸配列、配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号６１のアミノ酸配列、もしくは配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号６１のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６２ａのヌクレオチド配列、配列番号６２ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６２ａのヌクレオチド配列、もしくは配列番号６２ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号６１のアミノ酸配列、もしくは配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６２ａのヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６３ａのヌクレオチド配列、配列番号６３ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６３ａのヌクレオチド配列、もしくは配列番号６３ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号６１のアミノ酸配列、もしくは配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５２のアミノ酸配列、配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列、もしくは配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。一実施形態では、ワクチン抗原は、配列番号５２のアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５３のヌクレオチド配列、配列番号５３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５３のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列、配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列、もしくは配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５３のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５４のヌクレオチド配列、配列番号５４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号５４のヌクレオチド配列、もしくは配列番号５４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列、配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列、もしくは配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むアミノ酸配列の免疫原性断片をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、（ｉ）配列番号５４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、上記のワクチン抗原は、上記のワクチン抗原によって構成される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（抗原ペプチドまたはタンパク質）に由来する上記のアミノ酸配列からなるか、または本質的にそれからなる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルススパイク（Ｓ）タンパク質の連続配列を含む。一実施形態では、上記のワクチン抗原は、２２０個のアミノ酸、２１５個のアミノ酸、２１０個のアミノ酸、または２０５個のアミノ酸以下のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルススパイク（Ｓ）タンパク質の連続配列を含む。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ１（ＲＢＰ０２０．３）、ＢＮＴ１６２ｂ２（ＲＢＰ０２０．１もしくはＲＢＰ０２０．２）、またはＢＮＴ１６２ｂ３（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ）として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ＲＢＰ０２０．２として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ３（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ）として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列、配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号１９もしくは２０のヌクレオチド配列、配列番号１９もしくは２０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号１９または２０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２０のヌクレオチド配列、配列番号２０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５０のヌクレオチド配列、配列番号５０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５１のヌクレオチド配列、配列番号５１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５１のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５７のヌクレオチド配列、配列番号５７のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５７のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号６０のヌクレオチド配列、配列番号６０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５８のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号６０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号６３ａのヌクレオチド配列、配列番号６３ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号６１のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５３のヌクレオチド配列、配列番号５３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５３のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５４のヌクレオチド配列、配列番号５４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、もしくは９７％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号５４のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
本明細書で使用される場合、「ワクチン」という用語は、対象への接種時に免疫応答を誘導する組成物を指す。いくつかの実施形態では、誘導された免疫応答は、保護性免疫を提供する。
一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡは、抗原分子を提供するために、対象の細胞内で発現される。一実施形態では、抗原分子の発現は、細胞表面または細胞外空間にある。一実施形態では、抗原分子は、ＭＨＣの文脈で提示される。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡは、対象の細胞で一過性に発現される。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡの投与後、特に、抗原分子をコードするＲＮＡの筋肉内投与後、筋肉中の抗原分子をコードするＲＮＡの発現が生じる。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡの投与後、脾臓における抗原分子をコードするＲＮＡの発現が生じる。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡの投与後、抗原提示細胞、好ましくはプロフェッショナル抗原提示細胞における抗原分子をコードするＲＮＡの発現が生じる。一実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、及びＢ細胞からなる群から選択される。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡの投与後、肺及び／または肝臓における抗原分子をコードするＲＮＡの発現がないか、または本質的にない。一実施形態では、抗原分子をコードするＲＮＡの投与後、脾臓における抗原分子をコードするＲＮＡの発現は、肺における発現量の少なくとも５倍である。
いくつかの実施形態では、対象への投与後、特に筋肉内投与後、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ＲＮＡ組成物は、ワクチン抗原をコードするＲＮＡの、リンパ節及び／または脾臓への送達をもたらす。いくつかの実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、投与後６時間以上、好ましくは最大６日以上で、リンパ節及び／または脾臓において検出可能である。
いくつかの実施形態では、対象への投与後、特に筋肉内投与後、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ｍＲＮＡ組成物は、ワクチン抗原をコードするＲＮＡの、Ｂ細胞濾胞、皮質洞、及び／またはＴ細胞帯、特にリンパ節のＢ細胞濾胞及び／または皮質洞への送達をもたらす。
いくつかの実施形態では、対象への投与後、特に筋肉内投与後、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ｍＲＮＡ組成物は、リンパ節のＴ細胞帯及び中間洞、特にリンパ節のＢ細胞（ＣＤ１９＋）及び／または皮質洞マクロファージ（ＣＤ１６９＋）における、Ｂ細胞（ＣＤ１９＋）、皮質洞マクロファージ（ＣＤ１６９＋）及び／または樹状細胞（ＣＤ１１ｃ＋）へのワクチン抗原をコードするＲＮＡの送達をもたらす。
いくつかの実施形態では、対象への投与後、特に筋肉内投与後、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ｍＲＮＡ組成物は、ワクチン抗原をコードするＲＮＡの、白脾髄への送達をもたらす。
いくつかの実施形態では、対象への投与後、特に筋肉内投与後、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ｍＲＮＡ組成物は、ワクチン抗原をコードするＲＮＡを、Ｂ細胞、ＤＣ（ＣＤ１１ｃ＋）、特にＢ細胞を取り囲むもの、及び／または脾臓のマクロファージ、特にＢ細胞及び／またはＤＣ（ＣＤ１１ｃ＋）への送達をもたらす。
一実施形態では、ワクチン抗原は、リンパ節及び／または脾臓、特に上記のリンパ節及び／または脾臓の細胞で発現される。
本開示による使用に好適なペプチド及びタンパク質抗原は、典型的には、免疫応答を誘導するためのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその機能的バリアントのエピトープを含む、ペプチドまたはタンパク質を含む。ペプチドまたはタンパク質またはエピトープは、標的抗原、すなわち、免疫応答が誘発される抗原に由来し得る。例えば、ペプチドもしくはタンパク質抗原、またはペプチドもしくはタンパク質抗原に含まれるエピトープは、標的抗原または標的抗原の断片もしくはバリアントであってもよい。標的抗原は、コロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質であり得る。
抗原分子またはその進行生成物、例えば、その断片は、免疫エフェクター細胞によって担持されるＢＣＲまたはＴＣＲなどの抗原受容体に、または抗体に結合し得る。
ペプチド及びタンパク質抗原、すなわち、ワクチン抗原をコードするＲＮＡを投与することによって、本開示に従って対象に提供されるペプチド及びタンパク質抗原は、好ましくは、ペプチドまたはタンパク質抗原を提供される対象における免疫応答、例えば、体液性免疫応答及び／または細胞性免疫応答の誘導をもたらす。当該免疫応答は、好ましくは、標的抗原、特にコロナウイルスＳタンパク質、特にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に対して指向される。したがって、ワクチン抗原は、標的抗原、そのバリアント、またはその断片を含み得る。一実施形態では、かかる断片またはバリアントは、標的抗原と免疫学的に等価である。本開示の文脈において、「抗原の断片」または「抗原のバリアント」という用語は、免疫応答が抗原、すなわち標的抗原を標的とする免疫応答の誘導をもたらす薬剤を意味する。したがって、ワクチン抗原は、標的抗原に対応し得るか、もしくは標的抗原を含み得るか、または標的抗原の断片に対応し得るか、もしくはそれを含み得るか、または標的抗原もしくはその断片に相同である抗原に対応し得るか、もしくはそれを含み得る。したがって、本開示によれば、ワクチン抗原は、標的抗原の免疫原性断片または標的抗原の免疫原性断片と相同であるアミノ酸配列を含み得る。本開示による「抗原の免疫原性断片」は、好ましくは、標的抗原に対する免疫応答を誘導することができる抗原の断片に関する。ワクチン抗原は、組換え抗原であり得る。
「免疫学的に等価な」という用語は、免疫学的に等価なアミノ酸配列などの免疫学的に等価な分子が、例えば、免疫学的効果のタイプに関して、同じまたは本質的に同じ免疫学的特性を示し、及び／または同じまたは本質的に同じ免疫学的効果を発揮することを意味する。本開示の文脈において、「免疫学的に等価な」という用語は、好ましくは、免疫化に使用される抗原または抗原バリアントの免疫学的効果または特性に関して使用される。例えば、アミノ酸配列が、対象の免疫系に曝露されたときに、参照アミノ酸配列と反応する特異性を有する免疫反応を誘発する場合、当該アミノ酸配列は、参照アミノ酸配列と免疫学的に等価である。
「活性化」または「刺激」は、本明細書で使用される場合、検出可能な細胞増殖を誘導するために十分に刺激されたＴ細胞などの免疫エフェクター細胞の状態を指す。活性化はまた、シグナル伝達経路、誘導サイトカイン産生、及び検出可能なエフェクター機能の開始と関連付けられ得る。「活性化免疫エフェクター細胞」という用語は、とりわけ、細胞分裂を経ている免疫エフェクター細胞を指す。
「プライミング」という用語は、Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞が、その特異的抗原と最初に接触し、エフェクターＴ細胞などのエフェクター細胞への分化を引き起こすプロセスを指す。
「クローン拡張」または「拡張」という用語は、特定の実体が増殖されるプロセスを指す。本開示の文脈において、この用語は、好ましくは、免疫エフェクター細胞が抗原によって刺激され、増殖し、当該抗原を認識する特異的免疫エフェクター細胞が増幅される免疫応答の文脈で使用される。好ましくは、クローン拡張は、免疫エフェクター細胞の分化をもたらす。
「抗原」という用語は、免疫応答が生成され得るエピトープを含む薬剤に関する。「抗原」という用語には、特に、タンパク質及びペプチドが含まれる。一実施形態では、抗原は、樹状細胞またはマクロファージのような抗原提示細胞などの免疫系の細胞によって提示される。Ｔ細胞エピトープなどの抗原またはその進行生成物は、一実施形態では、Ｔ細胞もしくはＢ細胞受容体によって、または抗体などの免疫グロブリン分子によって結合される。したがって、抗原またはその進行生成物は、抗体またはＴリンパ球（Ｔ細胞）と特異的に反応し得る。一実施形態では、抗原は、コロナウイルスＳタンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質などのウイルス抗原であり、エピトープは、かかる抗原に由来する。
「ウイルス抗原」という用語は、抗原特性を有する、すなわち、個体における免疫応答を誘発することができる任意のウイルス成分を指す。ウイルス抗原は、コロナウイルスＳタンパク質、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質であり得る。
「細胞表面上に発現される」または「細胞表面と会合される」という用語は、抗原などの分子が細胞の形質膜と会合され、細胞の形質膜に位置することを意味し、分子の少なくとも一部は、当該細胞の細胞外空間に面し、例えば、細胞の外側に位置する抗体によって、当該細胞の外側からアクセス可能である。この文脈において、部分は、好ましくは、少なくとも４個、好ましくは少なくとも８個、好ましくは少なくとも１２個、より好ましくは少なくとも２０個のアミノ酸である。会合は、直接的または間接的であり得る。例えば、会合は、１つ以上の膜貫通ドメイン、１つ以上の脂質アンカーによって、または細胞の形質膜の外側リーフレット上に見出され得る任意の他のタンパク質、脂質、糖類、または他の構造との相互作用によって行われ得る。例えば、細胞の表面と会合する分子は、細胞外部分を有する膜貫通タンパク質であってもよく、または膜貫通タンパク質である別のタンパク質と相互作用することによって細胞の表面と会合するタンパク質であってもよい。
「細胞表面」または「細胞の表面」は、当該技術分野における通常の意味に従って使用され、したがって、タンパク質及び他の分子による結合にアクセス可能な細胞の外部を含む。抗原は、それが当該細胞の表面に位置し、細胞に付加される抗原特異的抗体によって結合にアクセス可能である場合、細胞の表面上に発現される。
本開示の文脈における「細胞外部分」または「エキソドメイン」という用語は、細胞の細胞外空間に面し、好ましくは、当該細胞の外側から、例えば、細胞の外側に位置する抗体などの結合分子によってアクセス可能である、タンパク質などの分子の一部を指す。好ましくは、この用語は、１つ以上の細胞外ループもしくはドメイン、またはその断片を指す。
「エピトープ」という用語は、免疫系によって認識される抗原などの分子の一部または断片を指す。例えば、エピトープは、Ｔ細胞、Ｂ細胞、または抗体によって認識され得る。抗原のエピトープは、抗原の連続的または不連続的な部分を含み得、約５～約１００、例えば、約５～約５０、より好ましくは、約８～約３０、最も好ましくは、約８～約２５のアミノ酸の長さ、例えば、エピトープは、好ましくは、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５アミノ酸の長さであってよい。一実施形態では、エピトープは、約１０～約２５アミノ酸の長さである。「エピトープ」という用語には、Ｔ細胞エピトープが含まれる。
「Ｔ細胞エピトープ」という用語は、ＭＨＣ分子の文脈において提示されるとき、Ｔ細胞によって認識されるタンパク質の部分または断片を指す。「主要組織適応性複合体」という用語及び「ＭＨＣ」という略称は、ＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ分子を含み、全ての脊椎動物に存在する遺伝子の複合体に関する。ＭＨＣタンパク質または分子は、免疫反応におけるリンパ球と抗原提示細胞または疾患細胞との間のシグナル伝達に重要であり、ＭＨＣタンパク質または分子は、ペプチドエピトープに結合し、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体による認識のためにそれらを提示する。ＭＨＣによってコードされるタンパク質は、細胞の表面上に発現し、自己抗原（細胞自体からのペプチド断片）及び非自己抗原（例えば、侵入微生物の断片）の両方をＴ細胞に示す。クラスＩ ＭＨＣ／ペプチド複合体の場合、結合ペプチドは、典型的には、約８～約１０アミノ酸長であるが、より長いか、またはより短いペプチドが有効であり得る。クラスＩＩ ＭＨＣ／ペプチド複合体の場合、結合ペプチドは、典型的には、約１０～約２５アミノ酸長であり、特に、約１３～約１８アミノ酸長であるが、一方で、より長く、より短いペプチドが有効であり得る。
ペプチド及びタンパク質抗原は、２～１００アミノ酸であり得、例えば、５アミノ酸、１０アミノ酸、１５アミノ酸、２０アミノ酸、２５アミノ酸、３０アミノ酸、３５アミノ酸、４０アミノ酸、４５アミノ酸、または５０アミノ酸の長さが挙げられる。いくつかの実施形態では、ペプチドは、５０アミノ酸超であり得る。いくつかの実施形態では、ペプチドは、１００アミノ酸超であり得る。
ペプチドまたはタンパク質抗原は、免疫がペプチドまたはタンパク質に対する抗体及びＴ細胞応答を発達させる能力を誘導または増加させることができる、任意のペプチドまたはタンパク質であり得る。
一実施形態では、ワクチン抗原は、免疫エフェクター細胞によって認識される。好ましくは、免疫エフェクター細胞によって認識される場合、ワクチン抗原は、適切な共刺激シグナルの存在下で、ワクチン抗原を認識する抗原受容体を担持する免疫エフェクター細胞の刺激、プライミング、及び／または拡張を誘導することができる。本開示の実施形態の文脈において、ワクチン抗原は、好ましくは細胞、好ましくは抗原提示細胞の表面に提示されるか、または存在する。一実施形態では、抗原は、ウイルス感染細胞などの疾患細胞によって提示される。一実施形態では、抗原受容体は、ＭＨＣの文脈において提示される抗原のエピトープに結合するＴＣＲである。一実施形態では、Ｔ細胞によって発現されるとき、及び／またはＴ細胞上に存在するときのＴＣＲの、抗原提示細胞などの細胞によって提示される抗原への結合は、当該Ｔ細胞の刺激、プライミング、及び／または拡張をもたらす。一実施形態では、Ｔ細胞によって発現されるとき、及び／またはＴ細胞上に存在するときのＴＣＲの、罹患した細胞上に提示される抗原への結合は、罹患した細胞の細胞溶解及び／またはアポトーシスをもたらし、当該Ｔ細胞は、好ましくは、細胞傷害性因子、例えば、ペルフォリン及びグランザイムを放出する。
一実施形態では、抗原受容体は、抗原内のエピトープに結合する抗体またはＢ細胞受容体である。一実施形態では、抗体またはＢ細胞受容体は、抗原の天然エピトープに結合する。
核酸
「ポリヌクレオチド」または「核酸」という用語は、本明細書で使用される場合、ＤＮＡ及びＲＮＡ、例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、組換えによって産生され、化学的に合成された分子を含むことが意図される。核酸は、一本鎖または二本鎖であり得る。ＲＮＡには、インビトロ転写ＲＮＡ（ＩＶＴ ＲＮＡ）または合成ＲＮＡが含まれる。本開示によると、ポリヌクレオチドは、好ましくは単離される。
核酸は、ベクターに含まれ得る。「ベクター」という用語は、本明細書で使用される場合、プラスミドベクター、コスミドベクター、ラムダファージなどのファージベクター、レトロウイルス、アデノウイルス、もしくはバキュロウイルスベクターなどのウイルスベクター、または細菌人工染色体（ＢＡＣ）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、もしくはＰ１人工染色体（ＰＡＣ）などの人工染色体ベクターを含む、当業者に既知の任意のベクターを含む。当該ベクターは、発現及びクローニングベクターを含む。発現ベクターは、プラスミド及びウイルスベクターを含み、一般に、特定の宿主生物（例えば、細菌、酵母、植物、昆虫、もしくは哺乳動物）またはインビトロ発現系における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な所望のコード配列及び適切なＤＮＡ配列を含む。クローニングベクターは、一般に、ある特定の所望のＤＮＡ断片を操作及び増幅するために使用され、所望のＤＮＡ断片の発現に必要な機能的配列を欠いていてもよい。
本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ワクチン抗原を提供するように治療された対象の抗原提示細胞などの細胞において発現される。
本明細書に記載の核酸は、組換え分子及び／または単離された分子であり得る。
本開示では、「ＲＮＡ」という用語は、リボヌクレオチド残基を含む核酸分子に関する。好ましい実施形態では、ＲＮＡは、リボヌクレオチド残基の全てまたは大部分を含有する。本明細書で使用される場合、「リボヌクレオチド」は、β－Ｄ－リボフラノシル基の２’位にヒドロキシル基を有するヌクレオチドを指す。ＲＮＡは、限定されないが、二本鎖ＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、部分的に精製されたＲＮＡなどの単離されたＲＮＡ、本質的に純粋なＲＮＡ、合成ＲＮＡ、組換えによって産生されたＲＮＡ、ならびに１つ以上のヌクレオチドの付加、欠失、置換及び／または改変によって天然に存在するＲＮＡとは異なる修飾されたＲＮＡを包含する。かかる改変は、非ヌクレオチド材料の内部ＲＮＡヌクレオチドまたはＲＮＡの末端（複数可）への付加を指し得る。ＲＮＡ中のヌクレオチドが、化学的に合成されたヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドなどの非標準的なヌクレオチドであり得ることもまた、本明細書で企図される。本開示では、これらの改変されたＲＮＡは、天然に存在するＲＮＡの類似体とみなされる。
本開示のある特定の実施形態では、ＲＮＡは、ペプチドまたはタンパク質をコードするＲＮＡ転写物に関連するメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である。当該技術分野において確立されるように、ｍＲＮＡは、一般に、５’非翻訳領域（５’－ＵＴＲ）、ペプチドコード領域、及び３’非翻訳領域（３’－ＵＴＲ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、インビトロ転写または化学合成によって産生される。一実施形態では、ｍＲＮＡは、ＤＮＡテンプレートを使用したインビトロ転写によって産生されるが、ＤＮＡとは、デオキシリボヌクレオチドを含有する核酸を指す。
一実施形態では、ＲＮＡは、インビトロ転写ＲＮＡ（ＩＶＴ－ＲＮＡ）であり、適切なＤＮＡテンプレートのインビトロ転写によって得ることができる。転写を制御するためのプロモーターは、任意のＲＮＡポリメラーゼの任意のプロモーターであり得る。インビトロ転写のためのＤＮＡテンプレートは、核酸、特にｃＤＮＡをクローニングし、それをインビトロ転写のための適切なベクターに導入することによって得ることができる。ｃＤＮＡは、ＲＮＡの逆転写によって得ることができる。
本開示のある特定の実施形態では、ＲＮＡは、「レプリコンＲＮＡ」または単に「レプリコン」であり、特に「自己複製ＲＮＡ」または「自己増幅ＲＮＡ」である。特に好ましい一実施形態では、レプリコンまたは自己複製ＲＮＡは、ｓｓＲＮＡウイルス、特にアルファウイルスなどのプラス鎖ｓｓＲＮＡウイルスに由来するか、またはそれに由来する要素を含む。アルファウイルスは、プラス鎖ＲＮＡウイルスの典型的な代表である。アルファウイルスは、感染細胞の細胞質内で複製される（アルファウイルス生活環のレビューについては、Ｊｏｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｆｕｔｕｒｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２００９，ｖｏｌ．４，ｐｐ．８３７－８５６を参照されたい）。多くのアルファウイルスの総ゲノム長は、典型的には、１１，０００～１２，０００ヌクレオチドの範囲であり、ゲノムＲＮＡは、典型的には、５’キャップ及び３’ポリ（Ａ）尾部を有する。アルファウイルスのゲノムは、非構造タンパク質（ウイルスＲＮＡの転写、修飾、及び複製に関与し、タンパク質修飾に関与する）ならびに構造タンパク質（ウイルス粒子を形成する）をコードする。ゲノムには、典型的に２つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）が存在する。４つの非構造タンパク質（ｎｓＰ１～ｎｓＰ４）は、典型的には、ゲノムの５’末端近くから始まる第１のＯＲＦによって一緒にコードされ、一方、アルファウイルス構造タンパク質は、第１のＯＲＦの下流で見出され、ゲノムの３’末端近くに延びる第２のＯＲＦによって一緒にコードされる。典型的には、第１のＯＲＦは、第２のＯＲＦよりも大きく、比は、およそ２：１である。アルファウイルスによって感染した細胞では、非構造タンパク質をコードする核酸配列のみがゲノムＲＮＡから翻訳され、一方で構造タンパク質をコードする遺伝子情報は、真核生物のメッセンジャーＲＮＡに類似するＲＮＡ分子であるサブゲノム転写産物から翻訳可能である（ｍＲＮＡ、Ｇｏｕｌｄ ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ．，ｖｏｌ．８７ ｐｐ．１１１－１２４）。感染後、すなわち、ウイルス生活環の初期段階で、（＋）鎖ゲノムＲＮＡは、非構造ポリタンパク質（ｎｓＰ１２３４）をコードするオープンリーディングフレームの翻訳のためのメッセンジャーＲＮＡのように直接作用する。アルファウイルス由来ベクターは、標的細胞または標的生物への外来遺伝情報の送達のために提案されている。単純なアプローチでは、アルファウイルス構造タンパク質をコードするオープンリーディングフレームは、目的のタンパク質をコードするオープンリーディングフレームによって置き換えられる。アルファウイルスに基づくトランス複製系は、２つの別個の核酸分子上のアルファウイルスヌクレオチド配列要素に依存し、１つの核酸分子は、ウイルスレプリカーゼをコードし、もう１つの核酸分子は、トランスの当該レプリカーゼによって複製可能である（したがって、トランス複製系という呼称）。トランス複製は、所与の宿主細胞内にこれらの核酸分子の両方の存在を必要とする。トランスでレプリカーゼによって複製可能な核酸分子は、アルファウイルスレプリカーゼによる認識及びＲＮＡ合成を可能にするために、ある特定のアルファウイルス配列要素を含んでいなければならない。
一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、修飾ヌクレオシドを有し得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、少なくとも１つの（例えば、全ての）ウリジンの代わりに、修飾ヌクレオシドを含む。
「ウラシル」という用語は、本明細書で使用される場合、ＲＮＡの核酸に生じ得る核酸塩基のうちの１つを説明する。ウラシルの構造は、以下である：
Figure 2023081859000008
「ウリジン」という用語は、本明細書で使用される場合、ＲＮＡに生じ得るヌクレオシドのうちの１つを説明する。ウリジンの構造は、以下である：
Figure 2023081859000009
ＵＴＰ（ウリジン５’－三リン酸塩）は、以下の構造を有する：
Figure 2023081859000010
疑似ＵＴＰ（疑似ウリジン５’－三リン酸塩）は、以下の構造を有する：
Figure 2023081859000011
「プソイドウリジン」は、ウリジンの異性体である修飾ヌクレオシドの一例であり、ウラシルは、窒素－炭素グリコシド結合の代わりに炭素－炭素結合を介してペントース環に付着される。
別の例示的な修飾ヌクレオシドは、以下の構造を有するＮ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である：
Figure 2023081859000012
Ｎ１－メチル－疑似－ＵＴＰは、以下の構造を有する：
Figure 2023081859000013
別の例示的な修飾ヌクレオシドは、以下の構造を有する５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）である：
Figure 2023081859000014
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ中の１つ以上のウリジンは、修飾ヌクレオシドによって置き換えられる。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、修飾ウリジンである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、少なくとも１つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。
いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、独立して、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、２つ以上のタイプの修飾ヌクレオシドを含み得、修飾ヌクレオシドは、独立して、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）及びＮ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１Ψ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）を含む。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ中の１つ以上、例えば、全てのウリジンを置き換える修飾ヌクレオシドは、３－メチル－ウリジン（ｍ３Ｕ）、５－メトキシ－ウリジン（ｍｏ５Ｕ）、５－アザ－ウリジン、６－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオ－ウリジン（ｓ２Ｕ）、４－チオ－ウリジン（ｓ４Ｕ）、４－チオ－プソイドウリジン、２－チオ－プソイドウリジン、５－ヒドロキシ－ウリジン（ｈｏ５Ｕ）、５－アミノアリル－ウリジン、５－ハロ－ウリジン（例えば、５－ヨード－ウリジンもしくは５－ブロモ－ウリジン）、ウリジン５－オキシ酢酸（ｃｍｏ５Ｕ）、ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル（ｍｃｍｏ５Ｕ）、５－カルボキシメチル－ウリジン（ｃｍ５Ｕ）、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジン（ｃｈｍ５Ｕ）、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジンメチルエステル（ｍｃｈｍ５Ｕ）、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン（ｍｃｍ５Ｕ）、５－メトキシカルボニルメチル－２－チオ－ウリジン（ｍｃｍ５ｓ２Ｕ）、５－アミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－メチルアミノメチル－ウリジン（ｍｎｍ５Ｕ）、１－エチル－プソイドウリジン、５－メチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－メチルアミノメチル－２－セレノ－ウリジン（ｍｎｍ５ｓｅ２Ｕ）、５－カルボキシメチル－ウリジン（ｎｃｍ５Ｕ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｃｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－ウリジン（τｍ５Ｕ）、１－タウリノメチル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン（τｍ５ｓ２Ｕ）、１－タウリノメチル－４－チオ－プソイドウリジン）、５－メチル－２－チオ－ウリジン（ｍ５ｓ２Ｕ）、１－メチル－４－チオ－プソイドウリジン（ｍ１ｓ４ψ）、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、３－メチル－プソイドウリジン（ｍ３ψ）、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン（Ｄ）、ジヒドロプソイドウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－メチル－ジヒドロウリジン（ｍ５Ｄ）、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシ－ウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン、３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン（ａｃｐ３Ｕ）、１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）プソイドウリジン（ａｃｐ３ψ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）ウリジン（ｉｎｍ５Ｕ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２－チオ－ウリジン（ｉｎｍ５ｓ２Ｕ）、α－チオ－ウリジン、２’－Ｏ－メチル－ウリジン（Ｕｍ）、５，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン（ｍ５Ｕｍ）、２’－Ｏ－メチル－プソイドウリジン（ψｍ）、２－チオ－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｓ２Ｕｍ）、５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｍｃｍ５Ｕｍ）、５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｎｃｍ５Ｕｍ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕｍ）、３，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン（ｍ３Ｕｍ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｉｎｍ５Ｕｍ）、１－チオ－ウリジン、デオキシチミジン、２’－Ｆ－アラ－ウリジン、２’－Ｆ－ウリジン、２’－ＯＨ－アラ－ウリジン、５－（２－カルボメトキシビニル）ウリジン、５－［３－（１－Ｅ－プロペニルアミノ）ウリジン、または当該技術分野において知られている任意の他の修飾ウリジンのうちのいずれか１つ以上であり得る。
一実施形態では、ＲＮＡは、他の修飾ヌクレオシドを含むか、または更なる修飾ヌクレオシド、例えば、修飾シチジンを含む。例えば、一実施形態では、ＲＮＡにおいて、５－メチルシチジンは、シチジンに部分的に、または完全に、好ましくは完全に置換される。一実施形態では、ＲＮＡは、５－メチルシチジン、及びプソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される１つ以上を含む。一実施形態では、ＲＮＡは、５－メチルシチジン及びＮ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、各シチジンの代わりに５－メチルシチジンを含み、各ウリジンの代わりにＮ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）を含む。
いくつかの実施形態では、本開示によるＲＮＡは、５’－キャップを含む。一実施形態では、本開示のＲＮＡは、キャップされていない５’－三リン酸塩を有しない。一実施形態では、ＲＮＡは、５’－キャップ類似体によって修飾され得る。「５’－キャップ」という用語は、ｍＲＮＡ分子の５’末端上に見出される構造を指し、概して、５’～５’－三リン酸結合を介してｍＲＮＡに接続されたグアノシンヌクレオチドからなる。一実施形態では、このグアノシンは、７位でメチル化される。ＲＮＡに５’－キャップまたは５’－キャップ類似体を提供することは、インビトロ転写によって達成され得、この場合、５’－キャップは、ＲＮＡ鎖内に共転写的に発現されるか、またはキャッピング酵素を使用して、転写後にＲＮＡに付着され得る。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）は、ｃａｐ０、ｃａｐ１、またはｃａｐ２、好ましくはｃａｐ１またはｃａｐ２、より好ましくはｃａｐ１を含む。本開示によると、「ｃａｐ０」という用語は、構造「ｍ７ＧｐｐｐＮ」を含み、Ｎは、２’位にＯＨ部分を有する任意のヌクレオシドである。本開示によると、「ｃａｐ１」という用語は、構造「ｍ７ＧｐｐｐＮｍ」を含み、Ｎｍは、２’位にＯＣＨ３部分を有する任意のヌクレオシドである。本開示によると、「ｃａｐ２」という用語は、構造「ｍ７ＧｐｐｐＮｍＮｍ」を含み、各Ｎｍは、独立して、２’位にＯＣＨ３部分を有する任意のヌクレオシドである。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡのためのビルディングブロックキャップは、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ（ｍ２ ７，３’ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）ｍ２’－ＯＡｐＧと称されることもある）であり、以下の構造を有する：
Figure 2023081859000015
以下は、ＲＮＡ及びｍ２ ７，３’ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）ｍ２’－ＯＡｐＧを含む、例示的なＣａｐ１ ＲＮＡである：




Figure 2023081859000016
以下は、別の例示的なＣａｐ１ ＲＮＡ（キャップ類似体なし）である：
Figure 2023081859000017
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、一実施形態では、以下の構造を有するキャップ類似体抗リバースキャップ（ＡＲＣＡ Ｃａｐ（ｍ２ ７，３’ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ））を使用して、「Ｃａｐ０」構造で修飾される：




Figure 2023081859000018
以下は、ＲＮＡ及びｍ２ ７，３’ＯＧ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇを含む例示的なＣａｐ０ ＲＮＡである：
Figure 2023081859000019
いくつかの実施形態では、「Ｃａｐ０」構造は、以下の構造を有するキャップ類似体ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（ｍ２ ７，２’ＯＧ（５’）ｐｐＳｐ（５’）Ｇ）を使用して生成される：
Figure 2023081859000020
以下は、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（ｍ２ ７，２’ＯＧ（５’）ｐｐＳｐ（５’）Ｇ）及びＲＮＡを含む例示的なＣａｐ０ ＲＮＡである：
Figure 2023081859000021
ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡまたは「ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）」の「Ｄ１」ジアステレオマーは、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのＤ２ジアステレオマー（ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ２））と比較してＨＰＬＣカラム上で最初に溶出するベータ－Ｓ－ＡＲＣＡのジアステレオマーであり、したがって、より短い保持時間を示す（参照により本明細書に組み込まれる、ＷＯ２０１１／０１５３４７を参照されたい）。
特に好ましいキャップは、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐＳｐＧ）またはｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧである。
いくつかの実施形態では、本開示によるＲＮＡは、５’－ＵＴＲ及び／または３’－ＵＴＲを含む。「非翻訳領域」または「ＵＴＲ」という用語は、転写されるがアミノ酸配列に翻訳されないＤＮＡ分子中の領域、またはｍＲＮＡ分子などのＲＮＡ分子中の対応する領域に関する。非翻訳領域（ＵＴＲ）は、オープンリーディングフレームの５’（上流）（５’－ＵＴＲ）及び／またはオープンリーディングフレームの３’（下流）（３’－ＵＴＲ）に存在し得る。存在する場合、５’－ＵＴＲは、タンパク質コード領域の開始コドンの上流の５’末端に位置する。５’－ＵＴＲは、（存在する場合）５’－キャップの下流にあり、例えば、５’－キャップに直接隣接している。存在する場合、３’－ＵＴＲは、タンパク質コード領域の終端コドンの下流の３’末端に位置するが、「３’－ＵＴＲ」という用語は、好ましくは、ポリ（Ａ）配列を含まない。したがって、３’－ＵＴＲは、（存在する場合）ポリ（Ａ）配列の上流であり、例えば、ポリ（Ａ）配列に直接隣接する。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む５’－ＵＴＲ、または配列番号１２のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む３’－ＵＴＲ、または配列番号１３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
特に好ましい５’－ＵＴＲは、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む。特に好ましい３’－ＵＴＲは、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、本開示によるＲＮＡは、３’－ポリ（Ａ）配列を含む。
本明細書で使用される場合、「ポリ（Ａ）配列」または「ポリＡ尾部」という用語は、典型的には、ＲＮＡ分子の３’末端に位置するアデニル酸塩残基の中断されていない配列または中断された配列を指す。ポリ（Ａ）配列は、当業者に既知であり、本明細書に記載のＲＮＡにおける３’－ＵＴＲに従ってもよい。中断されていないポリ（Ａ）配列は、連続したアデニル酸塩残基を特徴とする。自然界では、中断されていないポリ（Ａ）配列が典型的である。本明細書に開示されるＲＮＡは、転写後にテンプレート非依存性ＲＮＡポリメラーゼによってＲＮＡの遊離３’末端に付着したポリ（Ａ）配列、またはＤＮＡによってコードされ、テンプレート依存性ＲＮＡポリメラーゼによって転写されるポリ（Ａ）配列を有することができる。
約１２０Ａのヌクレオチドのポリ（Ａ）配列は、トランスフェクトされた真核細胞におけるＲＮＡのレベル、ならびにポリ（Ａ）配列の上流（５’）に存在するオープンリーディングフレームから翻訳されるタンパク質のレベルに有益な影響を有することが実証されている（Ｈｏｌｔｋａｍｐ ｅｔ ａｌ．，２００６，Ｂｌｏｏｄ，ｖｏｌ．１０８，ｐｐ．４００９－４０１７）。
ポリ（Ａ）配列は、任意の長さであり得る。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも８０、または少なくとも１００、及び最大５００、最大４００、最大３００、最大２００、または最大１５０個のＡヌクレオチド、特に約１２０個のＡヌクレオチドを含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなる。この文脈において、「本質的にからなる」とは、ポリ（Ａ）配列中の大部分のヌクレオチド、典型的にはポリ（Ａ）配列中のヌクレオチドの数によって少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％がＡヌクレオチドであるが、残りのヌクレオチドが、Ａヌクレオチド以外のヌクレオチド、例えば、Ｕヌクレオチド（ウリジル酸塩）、Ｇヌクレオチド（グアニル酸塩）、またはＣヌクレオチド（シチジル酸塩）であることを可能にすることを意味する。この文脈において、「からなる」とは、ポリ（Ａ）配列中の全てのヌクレオチド、すなわち、ポリ（Ａ）配列中のヌクレオチドの数によって１００％がＡヌクレオチドであることを意味する。「Ａヌクレオチド」または「Ａ」という用語は、アデニル酸塩を指す。
いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、ＲＮＡ転写の間、例えば、インビトロで転写されたＲＮＡの調製の間、コード鎖に相補的な鎖に反復ｄＴヌクレオチド（デオキシチミジル酸塩）を含むＤＮＡテンプレートに基づいて付着する。ポリ（Ａ）配列をコードするＤＮＡ配列（コード鎖）は、ポリ（Ａ）カセットと称される。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡのコード鎖に存在するポリ（Ａ）カセットは、本質的に、ｄＡヌクレオチドからなるが、４つのヌクレオチド（ｄＡ、ｄＣ、ｄＧ、及びｄＴ）のランダム配列によって中断される。かかるランダム配列は、５～５０、１０～３０、または１０～２０ヌクレオチド長であり得る。かかるカセットは、参照により本明細書に組み込まれる、ＷＯ２０１６／００５３２４Ａ１に開示される。ＷＯ２０１６／００５３２４Ａ１に開示される任意のポリ（Ａ）カセットを、本開示で使用してもよい。本質的にｄＡヌクレオチドからなるが、４つのヌクレオチド（ｄＡ、ｄＣ、ｄＧ、ｄＴ）の等しい分布を有し、例えば、５～５０ヌクレオチドの長さを有するランダム配列によって中断されるポリ（Ａ）カセットは、ＤＮＡレベルでは、Ｅ．ｃｏｌｉにおけるプラスミドＤＮＡの一定の増殖を示し、ＲＮＡレベルでは、依然として会合しており、ＲＮＡの安定性及び翻訳効率を支持することに関して有益な特性を包含する。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ分子に含まれるポリ（Ａ）配列は、本質的に、Ａヌクレオチドからなるが、４つのヌクレオチド（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｕ）のランダム配列によって中断される。かかるランダム配列は、５～５０、１０～３０、または１０～２０ヌクレオチド長であり得る。
いくつかの実施形態では、Ａヌクレオチド以外のヌクレオチドは、その３’末端でポリ（Ａ）配列に隣接しておらず、すなわち、ポリ（Ａ）配列は、マスクされていないか、またはその３’末端でＡ以外のヌクレオチドが続いていない。
いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも８０、または少なくとも１００、及び最大５００、最大４００、最大３００、最大２００、または最大１５０個のヌクレオチドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも８０、または少なくとも１００、及び最大５００、最大４００、最大３００、最大２００、または最大１５０個のヌクレオチドから本質的になってもよい。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも８０、または少なくとも１００、及び最大５００、最大４００、最大３００、最大２００、または最大１５０個のヌクレオチドからなってもよい。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、約１５０個のヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、約１２０個のヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡに含まれるポリ（Ａ）配列は、例えば、ＷＯ２０１６／００５３２４に記載されているような中断ポリ（Ａ）配列であり、その内容全体は、本明細書に記載の目的のために参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、少なくとも２０個のアデノシン残基（例えば、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、またはそれ以上のアデノシン残基を含む）のストレッチ、続いてリンカー配列（例えば、非Ａヌクレオチドを含むいくつかの実施形態では）及び少なくとも２０個のアデノシン残基（例えば、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、またはそれ以上のアデノシン残基を含む）の別のストレッチを含む。いくつかの実施形態では、かかるリンカー配列は、３～５０ヌクレオチドの長さ、または５～２５ヌクレオチドの長さ、または１０～１５ヌクレオチドの長さであり得る。いくつかの実施形態では、ポリ（Ａ）配列は、約３０個のアデノシン残基のストレッチ、続いて約５～１５個のヌクレオチド（例えば、非Ａヌクレオチドを含むいくつかの実施形態では）の長さを有するリンカー配列、及び約７０個のアデノシン残基の別のストレッチを含む。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むポリ（Ａ）配列、または配列番号１４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
特に好ましいポリ（Ａ）配列は、配列番号１４のヌクレオチド配列を含む。
本開示によれば、ワクチン抗原は、好ましくは、ＲＮＡを投与されている対象の細胞に入ると、それぞれのタンパク質に翻訳される、一本鎖５’－キャップＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）として投与される。好ましくは、ＲＮＡは、安定性及び翻訳効率（５’－キャップ、５’－ＵＴＲ、３’－ＵＴＲ、ポリ（Ａ）配列）に関してＲＮＡの最大有効性のために最適化された構造要素を含む。
一実施形態では、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）は、ＲＮＡの５’末端における特異的キャッピング構造として利用される。一実施形態では、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧは、ＲＮＡの５’末端における特異的キャッピング構造として利用される。一実施形態では、５’－ＵＴＲ配列は、ヒトアルファ－グロビンｍＲＮＡに由来し、任意に、翻訳効率を増加させるための最適化された「Ｋｏｚａｋ配列」を有する。一実施形態では、「スプリットのアミノ末端エンハンサー」（ＡＥＳ）ｍＲＮＡ（Ｆと呼ばれる）及びミトコンドリアコードされた１２ＳリボソームＲＮＡ（Ｉと呼ばれる）に由来する２つの配列要素（ＦＩ要素）の組み合わせは、より高い最大タンパク質レベル及びＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）の長期持続性を確保するために、コード配列とポリ（Ａ）配列との間に配置される。一実施形態では、ヒトベータ－グロビンｍＲＮＡに由来する２つの反復された３’－ＵＴＲが、コード配列とポリ（Ａ）配列との間に配置され、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）のより高い最大タンパク質レベル及び長期持続性を確実にする。一実施形態では、３０個のアデノシン残基のストレッチ、続いてリンカー配列（例えば、１０個のヌクレオチドリンカー配列）及び別の７０個のアデノシン残基からなる、１１０ヌクレオチド長を測定するポリ（Ａ）配列を使用する。このポリ（Ａ）配列は、ＲＮＡ安定性及び翻訳効率を向上させるように設計した。
本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ワクチン抗原を提供するように治療される対象の細胞において発現される。本開示の全ての態様の一実施形態では、ＲＮＡは、対象の細胞において一過性に発現される。本開示の全ての態様の一実施形態では、ＲＮＡは、インビトロで転写されたＲＮＡである。本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原の発現は、細胞表面にある。本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原は、ＭＨＣの文脈で発現され、提示される。本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原の発現は、細胞外空間にあり、すなわち、ワクチン抗原が分泌される。
本開示の文脈において、「転写」という用語は、ＤＮＡ配列における遺伝子コードがＲＮＡに転写されるプロセスに関する。その後、ＲＮＡは、ペプチドまたはタンパク質に翻訳され得る。
本開示によれば、「転写」という用語は、「インビトロ転写」を含み、「インビトロ転写」という用語は、ＲＮＡ、特にｍＲＮＡが、好ましくは適切な細胞抽出物を使用して、無細胞系においてインビトロで合成されるプロセスに関する。好ましくは、クローニングベクターは、転写物の生成のために適用される。これらのクローニングベクターは、一般に、転写ベクターとして指定され、本開示によれば、「ベクター」という用語によって包含される。本開示によれば、本開示で使用されるＲＮＡは、好ましくは、インビトロ転写ＲＮＡ（ＩＶＴ－ＲＮＡ）であり、適切なＤＮＡテンプレートのインビトロ転写によって得ることができる。転写を制御するためのプロモーターは、任意のＲＮＡポリメラーゼの任意のプロモーターであり得る。ＲＮＡポリメラーゼの具体的な例は、Ｔ７、Ｔ３、及びＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼである。好ましくは、本開示によるインビトロ転写は、Ｔ７またはＳＰ６プロモーターによって制御される。インビトロ転写のためのＤＮＡテンプレートは、核酸、特にｃＤＮＡをクローニングし、それをインビトロ転写のための適切なベクターに導入することによって得ることができる。ｃＤＮＡは、ＲＮＡの逆転写によって得ることができる。
ＲＮＡに関して、「発現」または「翻訳」という用語は、ｍＲＮＡの鎖が、ペプチドまたはタンパク質を作製するためにアミノ酸の配列の構築を指示する、細胞のリボソームにおけるプロセスに関する。
一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ、例えば、ＲＮＡ脂質粒子として製剤化されたＲＮＡの投与後、ＲＮＡの少なくとも一部が、標的細胞に送達される。一実施形態では、ＲＮＡの少なくとも一部は、標的細胞の細胞質に送達される。一実施形態では、ＲＮＡは、標的細胞によって翻訳され、それがコードするペプチドまたはタンパク質を産生する。一実施形態では、標的細胞は、脾臓細胞である。一実施形態では、標的細胞は、脾臓におけるプロフェッショナル抗原提示細胞などの抗原提示細胞である。一実施形態では、標的細胞は、樹状細胞またはマクロファージである。本明細書に記載のＲＮＡ脂質粒子などのＲＮＡ粒子は、ＲＮＡをかかる標的細胞に送達するために使用され得る。したがって、本開示はまた、本明細書に記載のＲＮＡ粒子を対象に投与することを含む、対象における標的細胞にＲＮＡを送達するための方法に関する。一実施形態では、ＲＮＡは、標的細胞の細胞質に送達される。一実施形態では、ＲＮＡは、標的細胞によって翻訳され、ＲＮＡによってコードされるペプチドまたはタンパク質を産生する。
「コードする」とは、ヌクレオチドの規定配列（すなわち、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、及びｍＲＮＡ）またはアミノ酸の規定配列のいずれか、及びそれから得られる生物学的特性を有する生物学的プロセスにおける他のポリマー及び巨大分子の合成のためのテンプレートとして機能する、遺伝子、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡなどのポリヌクレオチド中のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性を指す。したがって、遺伝子がタンパク質をコードするのは、その遺伝子に対応するｍＲＮＡの転写及び翻訳が、細胞または他の生物系においてタンパク質を産生する場合である。ｍＲＮＡ配列と同一であり、通常配列表に提供されるヌクレオチド配列であるコード鎖、及び遺伝子またはｃＤＮＡの転写のためのテンプレートとして使用される非コード鎖の両方は、その遺伝子またはｃＤＮＡのタンパク質または他の生成物をコードすると称することができる。
一実施形態では、本開示により投与されるワクチン抗原をコードするＲＮＡは、非免疫原性である。免疫刺激物質をコードするＲＮＡは、アジュバント効果を提供するために本開示に従って投与され得る。免疫刺激物質をコードするＲＮＡは、標準ＲＮＡまたは非免疫原性ＲＮＡであり得る。
本明細書で使用される「非免疫原性ＲＮＡ」という用語は、例えば、哺乳動物への投与時に免疫系による応答を誘導しないか、または非免疫原性ＲＮＡを非免疫原性にする修飾及び治療を対象としないことのみが異なる同じＲＮＡによって誘導される弱い応答、すなわち、標準ＲＮＡ（ｓｔｄＲＮＡ）によって誘導されるよりも弱い応答を誘導するＲＮＡを指す。好ましい一実施形態では、本明細書で修飾ＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）とも呼ばれる非免疫原性ＲＮＡは、先天性免疫受容体のＲＮＡ媒介活性化を抑制する修飾ヌクレオシドをＲＮＡに組み込み、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を除去することによって非免疫原性となる。
修飾ヌクレオシドの組み込みによって非免疫原性ＲＮＡを非免疫原性にするために、ＲＮＡの免疫原性を低下または抑制する限り、任意の修飾ヌクレオシドを使用することができる。特に好ましいのは、先天性免疫受容体のＲＮＡ媒介性活性化を抑制する修飾ヌクレオシドである。一実施形態では、修飾ヌクレオシドは、１つ以上のウリジンの、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドとの置き換えを含む。一実施形態では、修飾核酸塩基は、修飾ウラシルである。一実施形態では、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドは、３－メチル－ウリジン（ｍ３Ｕ）、５－メトキシ－ウリジン（ｍｏ５Ｕ）、５－アザ－ウリジン、６－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオ－ウリジン（ｓ２Ｕ）、４－チオ－ウリジン（ｓ４Ｕ）、４－チオ－プソイドウリジン、２－チオ－プソイドウリジン、５－ヒドロキシ－ウリジン（ｈｏ５Ｕ）、５－アミノアリル－ウリジン、５－ハロ－ウリジン（例えば、５－ヨード－ウリジンもしくは５－ブロモ－ウリジン）、ウリジン５－オキシ酢酸（ｃｍｏ５Ｕ）、ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル（ｍｃｍｏ５Ｕ）、５－カルボキシメチル－ウリジン（ｃｍ５Ｕ）、１－カルボキシメチル－プソイドウリジン、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジン（ｃｈｍ５Ｕ）、５－カルボキシヒドロキシメチル－ウリジンメチルエステル（ｍｃｈｍ５Ｕ）、５－メトキシカルボニルメチル－ウリジン（ｍｃｍ５Ｕ）、５－メトキシカルボニルメチル－２－チオ－ウリジン（ｍｃｍ５ｓ２Ｕ）、５－アミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－メチルアミノメチル－ウリジン（ｍｎｍ５Ｕ）、１－エチル－プソイドウリジン、５－メチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－メチルアミノメチル－２－セレノ－ウリジン（ｍｎｍ５ｓｅ２Ｕ）、５－カルボキシメチル－ウリジン（ｎｃｍ５Ｕ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオ－ウリジン（ｃｍｎｍ５ｓ２Ｕ）、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－ウリジン（τｍ５Ｕ）、１－タウリノメチル－プソイドウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン（τｍ５ｓ２Ｕ）、１－タウリノメチル－４－チオ－プソイドウリジン）、５－メチル－２－チオ－ウリジン（ｍ５ｓ２Ｕ）、１－メチル－４－チオ－プソイドウリジン（ｍ１ｓ４ψ）、４－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、３－メチル－プソイドウリジン（ｍ３ψ）、２－チオ－１－メチル－プソイドウリジン、１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－プソイドウリジン、ジヒドロウリジン（Ｄ）、ジヒドロプソイドウリジン、５，６－ジヒドロウリジン、５－メチル－ジヒドロウリジン（ｍ５Ｄ）、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロプソイドウリジン、２－メトキシ－ウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－プソイドウリジン、４－メトキシ－２－チオ－プソイドウリジン、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン、３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン（ａｃｐ３Ｕ）、１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）プソイドウリジン（ａｃｐ３ψ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）ウリジン（ｉｎｍ５Ｕ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２－チオ－ウリジン（ｉｎｍ５ｓ２Ｕ）、α－チオ－ウリジン、２’－Ｏ－メチル－ウリジン（Ｕｍ）、５，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン（ｍ５Ｕｍ）、２’－Ｏ－メチル－プソイドウリジン（ψｍ）、２－チオ－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｓ２Ｕｍ）、５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｍｃｍ５Ｕｍ）、５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｎｃｍ５Ｕｍ）、５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｃｍｎｍ５Ｕｍ）、３，２’－Ｏ－ジメチル－ウリジン（ｍ３Ｕｍ）、５－（イソペンテニルアミノメチル）－２’－Ｏ－メチル－ウリジン（ｉｎｍ５Ｕｍ）、１－チオ－ウリジン、デオキシチミジン、２’－Ｆ－アラ－ウリジン、２’－Ｆ－ウリジン、２’－ＯＨ－アラ－ウリジン、５－（２－カルボメトキシビニル）ウリジン、及び５－［３－（１－Ｅ－プロペニルアミノ）ウリジンからなる群から選択される。特に好ましい一実施形態では、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドは、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）または５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）、特にＮ１－メチル－プソイドウリジンである。
一実施形態では、１つ以上のウリジンの、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドとの置き換えは、ウリジンの少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％の置き換えを含む。
Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼを使用したインビトロ転写（ＩＶＴ）によるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）の合成の間、酵素の非定型的活性により、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含む顕著な量の異常生成物が生成される。ｄｓＲＮＡは、炎症性サイトカインを誘導し、タンパク質合成阻害につながるエフェクター酵素を活性化させる。ｄｓＲＮＡは、例えば、非多孔質または多孔質Ｃ－１８ポリスチレン－ジビニルベンゼン（ＰＳ－ＤＶＢ）マトリックスを使用したイオン対逆相ＨＰＬＣによって、ＩＶＴ ＲＮＡなどのＲＮＡから除去され得る。あるいは、ｓｓＲＮＡではなく、ｄｓＲＮＡを特異的に加水分解し、それによってＩＶＴ ＲＮＡ調製物からｄｓＲＮＡ汚染物質を排除する、Ｅ．ｃｏｌｉ ＲＮａｓｅＩＩＩを使用する酵素ベースの方法を使用することができる。更に、ｄｓＲＮＡは、セルロース材料を使用することによって、ｓｓＲＮＡから分離することができる。一実施形態では、ＲＮＡ調製物をセルロース材料と接触させ、ｓｓＲＮＡを、ｄｓＲＮＡのセルロース材料への結合を可能にし、ｓｓＲＮＡのセルロース材料への結合を可能にしない条件下でセルロース材料から分離する。
本明細書で使用されるとき、「除去する」または「除去」という用語は、非免疫原性ＲＮＡなどの第１の物質の集団が、ｄｓＲＮＡなどの第２の物質の集団の近位から分離されている特徴を指し、第１の物質の集団は、必ずしも第２の物質を欠いているわけではなく、第２の物質の集団は、必ずしも第１の物質を欠いているわけではない。しかしながら、第２の物質の集団の除去を特徴とする第１の物質の集団は、第１及び第２の物質の非分離混合物と比較して、第２の物質の含有量が測定可能に低い。
一実施形態では、非免疫原性ＲＮＡからのｄｓＲＮＡの除去は、非免疫原性ＲＮＡ組成物中のＲＮＡの１０％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．３％未満、または０．１％未満がｄｓＲＮＡであるようなｄｓＲＮＡの除去を含む。一実施形態では、非免疫原性ＲＮＡは、ｄｓＲＮＡを含まないか、または本質的に含まない。いくつかの実施形態では、非免疫原性ＲＮＡ組成物は、一本鎖ヌクレオシド修飾ＲＮＡの精製調製物を含む。例えば、いくつかの実施形態では、一本鎖ヌクレオシド修飾ＲＮＡの精製調製物は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、精製調製物は、全ての他の核酸分子（ＤＮＡ、ｄｓＲＮＡ等）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％の一本鎖ヌクレオシド修飾ＲＮＡである。
一実施形態では、非免疫原性ＲＮＡは、同じ配列を有する標準ＲＮＡよりも効率的に細胞内で翻訳される。一実施形態では、翻訳は、その非修飾対応物と比較して２倍強化される。一実施形態では、翻訳は、３倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、４倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、５倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、６倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、７倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、８倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、９倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、１０倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、１５倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、２０倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、５０倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、１００倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、２００倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、５００倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、１０００倍因子によって強化される。一実施形態では、翻訳は、２０００倍因子によって強化される。一実施形態では、因子は、１０～１０００倍である。一実施形態では、因子は、１０～１００倍である。一実施形態では、因子は、１０～２００倍である。一実施形態では、因子は、１０～３００倍である。一実施形態では、因子は、１０～５００倍である。一実施形態では、因子は、２０～１０００倍である。一実施形態では、因子は、３０～１０００倍である。一実施形態では、因子は、５０～１０００倍である。一実施形態では、因子は、１００～１０００倍である。一実施形態では、因子は、２００～１０００倍である。一実施形態では、翻訳は、任意の他の有意な量または量の範囲によって強化される。
一実施形態では、非免疫原性ＲＮＡは、同一の配列を有する標準ＲＮＡよりも有意に少ない先天的免疫原性を示す。一実施形態では、非免疫原性ＲＮＡは、その未修飾の対応物よりも２倍少ない先天性免疫応答を示す。一実施形態では、先天的免疫原性は、３倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、４倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、５倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、６倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、７倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、８倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、９倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、１０倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、１５倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、２０倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、５０倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、１００倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、２００倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、５００倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、１０００倍因子によって低減される。一実施形態では、先天的免疫原性は、２０００倍因子によって低減される。
「著しく少ない先天性免疫原性を示す」という用語は、検出可能な先天性免疫原性の減少を指す。一実施形態では、用語は、有効量の非免疫原性ＲＮＡが検出可能な先天性免疫応答を引き起こすことなく投与され得るような減少を指す。一実施形態では、用語は、非免疫原性ＲＮＡが、非免疫原性ＲＮＡによってコードされるタンパク質の産生を検出可能に低減するのに十分な先天性免疫応答を誘発することなく繰り返し投与され得るような減少を指す。一実施形態では、減少は、非免疫原性ＲＮＡが、非免疫原性ＲＮＡによってコードされるタンパク質の検出可能な産生を排除するのに十分な先天性免疫応答を誘発することなく繰り返し投与され得るようなものである。
「免疫原性」は、ＲＮＡなどの異物が、ヒトまたは他の動物の体内で免疫応答を誘発する能力である。自然免疫系は、比較的非特異的かつ即時である免疫系の構成要素である。これは、適応性免疫系とともに、脊椎動物の免疫系の２つの主要な構成要素のうちの１つである。
本明細書で使用される場合、「内因性」とは、生物、細胞、組織、または系に由来するか、またはその内部で産生される任意の材料を指す。
本明細書で使用される場合、「外因性」という用語は、生物、細胞、組織、または系外から導入されるかまたは産生される任意の材料を指す。
本明細書で使用される「発現」という用語は、特定のヌクレオチド配列の転写及び／または翻訳として定義される。
本明細書で使用される場合、「連結された」、「融合された」、または「融合」という用語は、互換的に使用される。これらの用語は、２つ以上の要素または構成要素またはドメインの接合を指す。
コドン最適化／Ｇ／Ｃ含有量の増加
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列は、コドン最適化され、及び／またはそのＧ／Ｃ含有量が、野生型コード配列と比較して増加されたコード配列によってコードされる。これには、コード配列の１つ以上の配列領域が、コドン最適化され、及び／または野生型コード配列の対応する配列領域と比較してＧ／Ｃ含有量が増加する、実施形態も含まれる。一実施形態では、コドン最適化及び／またはＧ／Ｃ含有量の増加は、好ましくは、コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない。
「コドン最適化」という用語は、好ましくは、核酸分子によってコードされるアミノ酸配列を改変することなく、宿主生物の典型的なコドン使用を反映するための、核酸分子のコード領域におけるコドンの改変を指す。本開示の文脈内では、コード領域は、好ましくは、本明細書に記載のＲＮＡ分子を使用して治療される対象における最適な発現のためにコドン最適化される。コドン最適化は、翻訳効率もまた、細胞におけるｔＲＮＡの出現の異なる頻度によって決定されるという発見に基づく。したがって、ＲＮＡの配列は、「希少なコドン」の代わりに、頻繁に出現するｔＲＮＡが利用可能であるコドンが挿入されるように修飾され得る。
本開示のいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡのコード領域のグアノシン／シトシン（Ｇ／Ｃ）含有量は、野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含有量と比較して増加し、ＲＮＡによってコードされるアミノ酸配列は、野生型ＲＮＡによってコードされるアミノ酸配列と比較して修飾されないことが好ましい。ＲＮＡ配列のこの修飾は、翻訳される任意のＲＮＡ領域の配列が、そのｍＲＮＡの効率的な翻訳に重要であるという事実に基づいている。増加したＧ（グアノシン）／Ｃ（シトシン）含有量を有する配列は、増加したＡ（アデノシン）／Ｕ（ウラシル）含有量を有する配列よりも安定である。いくつかのコドンが１つ及び同じアミノ酸をコードする（いわゆる遺伝子コードの変性）という事実に関して、安定性に最も好ましいコドンを決定することができる（いわゆる代替コドン使用）。ＲＮＡによってコードされるアミノ酸に応じて、その野生型配列と比較して、ＲＮＡ配列の修飾についての様々な可能性がある。特に、Ａ及び／またはＵヌクレオチドを含有するコドンは、これらのコドンを、同じアミノ酸をコードするが、Ａ及び／またはＵを含有しない、またはより低い含有量のＡ及び／またはＵヌクレオチドを含有しない他のコドンによって置換することによって修飾することができる。
様々な実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡのコード領域のＧ／Ｃ含有量は、野生型ＲＮＡのコード領域のＧ／Ｃ含有量と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、または更に多く増加する。いくつかの実施形態では、コード領域のＧ／Ｃ含有量は、野生型ＲＮＡのコード領域のＧ／Ｃ含有量と比較して、約１０％～約６０％（例えば、約２０％～約６０％、約３０％～約６０％、約４０％～約６０％、約５０％～約６０％、または約５１％、約５２％、約５３％、約５４％、約５５％、約５６％、約５７％、約５８％、約５９％、または約６０％）増加する。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、ＢＡ．２またはＢＡ．４／５オミクロンバリアントを含むがこれらに限定されない本明細書に記載されるもの）の特徴である１つ以上の変異をコードするように修飾された、本明細書に開示される配列（例えば、配列番号９）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、可能な限り少ないヌクレオチド変化を行うことによって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異をコードするように修飾され得る。いくつかの実施形態では、高コドン最適化及び／または増加したＧ／Ｃ含有量をもたらす変異を導入することによって、ＲＮＡを修飾して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異をコードすることができる。
いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異は、完全長Ｓタンパク質（例えば、配列番号１を含むＳタンパク質）に導入される。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異は完全長Ｓタンパク質に導入され、融合前立体配座の安定性を増加させる１つ以上のプロリン変異を有する。例えば、いくつかの実施形態では、プロリン置換は、配列番号１の９８６位及び９８７位に対応する位置で行われる。いくつかの実施形態では、少なくとも４つのプロリン置換が行われる。いくつかの実施形態では、かかるプロリン変異のうちの少なくとも４つは、例えば、ＷＯ２０２１２４３１２２Ａ２（その内容全体が、参照によりその全体が本明細書に記載される）に記載されているように、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２に対応する位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２に対応する位置にプロリン置換を含む、かかるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置にプロリン置換を更に含み得る。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異は、Ｓタンパク質の免疫原性断片（例えば、配列番号１のＲＢＤ）上に導入される。
投与されるＲＮＡの実施形態
いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の少なくとも一部を含むポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含むＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）を提供する。ＲＮＡは、ポリペプチドの細胞内発現に好適である。いくつかの実施形態では、かかるコードされたポリペプチドは、完全なＳタンパク質に対応する配列を含む。いくつかの実施形態では、かかるコードされたポリペプチドは、完全なＳタンパク質に対応する配列を含まない。いくつかの実施形態では、コードされたポリペプチドは、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に対応する配列を含む。いくつかの実施形態では、コードされたポリペプチドは、ＲＢＤに対応する配列を含み、三量体化ドメイン（例えば、フィブリチンドメインなどの本明細書に開示されるような三量体化ドメイン）を更に含む。いくつかの実施形態では、ＲＢＤは、シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に開示されるシグナル伝達ドメイン）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＢＤは、膜貫通ドメイン（例えば、本明細書に開示される膜貫通ドメイン）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＢＤは、シグナル伝達ドメイン及び三量体化ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＲＢＤは、シグナル伝達ドメイン、三量体化ドメイン、及び膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、コードされるポリペプチドは、２つの受容体結合ドメインに対応する配列を含む。いくつかの実施形態では、コードされるポリペプチドは、例えば、Ｄａｉ，Ｌｉａｎｐａｎ，ｅｔ ａｌ．“Ａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ＣＯＶＩＤ－１９，ＭＥＲＳ，ａｎｄ ＳＡＲＳ，”Ｃｅｌｌ １８２．３（２０２０）：７２２－７３３（その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）において開示されるように、アミノ酸鎖において縦列の２つの受容体結合ドメインに対応する配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片は、例えば、ＷＯ２０２２２２１８３５Ａ２、ＵＳ２０２２０３２３５７４Ａ１、またはＷＯ２０２２１９５３５１Ａ１に記載されるように、グリコシル化部位を改変または除去するための１つ以上の変異を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または医療調製物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む。同様に、本明細書に記載の方法は、かかるＲＮＡの投与を含む。
本明細書で使用するための活性プラットフォームは、堅牢な中和抗体を誘導するための抗原コードＲＮＡワクチンと、好ましくは最小限のワクチン用量で保護免疫を達成するための付随／同時Ｔ細胞応答に基づく。投与されるＲＮＡは、好ましくは、インビトロで転写されるＲＮＡである。
３つの異なるＲＮＡプラットフォーム、すなわち、非修飾ウリジンを含有するｍＲＮＡ（ｕＲＮＡ）、ヌクレオシド修飾ｍＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）、及び自己増幅ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）が特に好ましい。特に好ましい一実施形態では、ＲＮＡは、インビトロで転写されるＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ｕＲＮＡは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ｍｏｄＲＮＡは、ｍＲＮＡである。
以下では、これらの３つの異なるＲＮＡプラットフォームの実施形態を記載し、その要素を説明するときに使用されるある特定の用語は、以下の意味を有する。
Ｓ１Ｓ２タンパク質／Ｓ１Ｓ２ ＲＢＤ：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のそれぞれの抗原をコードする配列。
ｎｓＰ１、ｎｓＰ２、ｎｓＰ３、及びｎｓＰ４：ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼレプリカーゼ、及びサブゲノムプロモーター＋複製及び翻訳を支持する保存された配列要素をコードする野生型配列。
ｖｉｒＵＴＲ：サブゲノムプロモーターの一部をコードするウイルス非翻訳領域、ならびに複製及び翻訳をサポートする配列要素。
ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ：翻訳効率を向上させるために最適化された「Ｋｏｚａｋ配列」を有する、ヒトアルファ－グロビンｍＲＮＡの５’－ＵＴＲ配列。
Ｓｅｃ：Ｓｅｃは、新生ポリペプチド鎖の小胞体への転位を誘導する分泌シグナルペプチド（ｓｅｃ）に対応する。いくつかの実施形態では、かかる分泌型シグナルペプチドは、固有のＳ１Ｓ２分泌型シグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、かかる分泌型シグナルペプチドは、非Ｓ１Ｓ２タンパク質由来の分泌型シグナルペプチドである。例えば、免疫グロブリン分泌シグナルペプチド（ａａ １－２２）、ＨＳＶ－１ ｇＤシグナルペプチド（ＭＧＧＡＡＡＲＬＧＡＶＩＬＦＶＶＩＶＧＬＨＧＶＲＳＫＹ）、ＨＳＶ－２ ｇＤシグナルペプチド（ＭＧＲＬＴＳＧＶＧＴＡＡＬＬＶＶＡＶＧＬＲＶＶＣＡ）、ヒトＳＰＡＲＣシグナルペプチド、ヒトインスリンアイソフォーム１シグナルペプチド、ヒトアルブミンシグナルペプチド、または本明細書に記載の任意の他のシグナルペプチド。
グリシン－セリンリンカー（ＧＳ）：融合タンパク質に一般的に使用される、主にアミノ酸グリシン（Ｇ）及びセリン（Ｓ）からなる短いリンカーペプチドをコードする配列。
フィブリチン：人工三量体化ドメインとして使用される、Ｔ４フィブリチン（フォルドン）の部分配列。
ＴＭ：ＴＭ配列は、タンパク質の膜貫通部分に対応する。膜貫通ドメインは、Ｎ末端、Ｃ末端、またはコードされたポリペプチドの内部であり得る。膜貫通要素のコード配列は、典型的には、それが連結される配列（例えば、ポリペプチド（複数可）をコードする配列）のコード配列のフレーム（すなわち、同じリーディングフレーム）、５’、３’、または内部に配置される。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、インフルエンザウイルスのヘマグルチニン（ＨＡ）、ＨＩＶ－１のＥｎｖ、ウマ感染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、マウス乳がん腫瘍ウイルス、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）のＧタンパク質、狂犬病ウイルス、または７つの膜貫通ドメイン受容体の膜貫通ドメインを含むか、またはそれである。いくつかの実施形態では、タンパク質の膜貫通部分は、Ｓ１Ｓ２タンパク質からのものである。
ＦＩ要素：３’－ＵＴＲは、「スプリットのアミノ末端エンハンサー」（ＡＥＳ）ｍＲＮＡ（Ｆと呼ばれる）及びミトコンドリアコード１２ＳリボソームＲＮＡ（Ｉと呼ばれる）に由来する２つの配列要素の組み合わせである。これらを、ＲＮＡ安定性を付与し、全タンパク質発現を増強する配列についてのエクスビボ選択プロセスによって同定した。
Ａ３０Ｌ７０：３０個のアデノシン残基、続いて１０個のヌクレオチドリンカー配列、及び樹状細胞におけるＲＮＡの安定性及び翻訳効率を強化するように設計された別の７０個のアデノシン残基のストレッチからなる、１１０ヌクレオチド長のポリ（Ａ）尾部。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のワクチンＲＮＡは、５’から３’に、以下の構造のうちの１つを含み得る：
キャップ－５’－ＵＴＲ－ワクチン抗原コード配列－３’－ＵＴＲ－ポリ（Ａ）
または
キャップ－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－ワクチン抗原－コード配列－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のワクチン抗原は、完全長Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤ）を含み得る。ワクチン抗原が完全長Ｓタンパク質を含むいくつかの実施形態では、その分泌シグナルペプチド及び／または膜貫通ドメインは、異種分泌シグナルペプチド（例えば、本明細書に記載されるような）及び／または異種膜貫通ドメイン（例えば、本明細書に記載されるような）によって置き換えられ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のワクチン抗原は、Ｎ末端からＣ末端に、以下の構造のうちの１つを含んでもよい：
シグナル配列－ＲＢＤ－三量体化ドメイン
または
シグナル配列－ＲＢＤ－三量体化ドメイン－膜貫通ドメイン。
ＲＢＤ及び三量体化ドメインは、リンカー、特にＧＳリンカー、例えば、アミノ酸配列ＧＳＰＧＳＧＳＧＳを有するリンカーによって分離されてもよい。三量体化ドメイン及び膜貫通ドメインは、リンカー、特に、アミノ酸配列ＧＳＧＳＧＳを有するリンカーなどのＧＳリンカーによって分離されてもよい。
シグナル配列は、本明細書に記載のシグナル配列であり得る。ＲＢＤは、本明細書に記載されるようなＲＢＤドメインであり得る。三量体化ドメインは、本明細書に記載されるような三量体化ドメインであり得る。膜貫通ドメインは、本明細書に記載の膜貫通ドメインであり得る。
一実施形態では、
シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１６もしくは１～１９のアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列、またはこのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
ＲＢＤは、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、またはこのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸配列、またはこのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
膜貫通ドメインは、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列、またはこのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、
シグナル配列は、配列番号１のアミノ酸１～１６もしくは１～１９のアミノ酸配列、または配列番号３１のアミノ酸１～２２のアミノ酸配列を含み、
ＲＢＤは、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列を含み、
三量体化ドメインは、配列番号１０のアミノ酸３～２９のアミノ酸配列、または配列番号１０のアミノ酸配列を含み、
膜貫通ドメインは、配列番号１のアミノ酸１２０７～１２５４のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ワクチン抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片）をコードする配列を含むか、あるいは配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５３のヌクレオチド配列、そのバリアントもしくは断片などのワクチン抗原（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片）をコードするオープンリーディングフレームを含むＲＮＡポリヌクレオチドは、５’キャップ（例えば、キャップ１構造を含む５’キャップ）、５’ＵＴＲ配列（例えば、配列番号１２のヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲ配列）、３’ＵＴＲ配列（例えば、配列番号１３のヌクレオチド配列を含む３‘ＵＴＲ配列）、及びポリＡ配列（例えば、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むポリＡ配列）を更に含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、（（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、コレステロール、ジステアロイルホスファチジルコリン、及び（２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド）を含む組成物中に製剤化される。
本明細書に記載のＲＮＡまたは本明細書に記載のワクチン抗原をコードするＲＮＡは、非修飾ウリジン含有ＲＮＡ（ｕＲＮＡ）、ヌクレオシド修飾ＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）、または自己増幅ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）であり得る。いくつかの実施形態では、ｕＲＮＡは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ｍｏｄＲＮＡは、ｍＲＮＡである。一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡまたは本明細書に記載のワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ヌクレオシド修飾ＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。
バリアント特異的ワクチン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、アルファバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、デルタバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、またはＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳタンパク質）をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＢＡ．２．１２．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。
非修飾ウリジンＲＮＡ（ｕＲＮＡ）
いくつかの実施形態では、非修飾ウリジンＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡである。いくつかの実施形態では、非修飾メッセンジャーＲＮＡ原薬の活性成分は、細胞に入ると翻訳される一本鎖ｍＲＮＡである。コロナウイルスワクチン抗原をコードする配列（すなわち、オープンリーディングフレーム）に加えて、各ｕＲＮＡは、好ましくは、安定性及び翻訳効率に関してＲＮＡの最大の有効性のために最適化された共通の構造要素（例えば、本明細書に記載されるような５’－キャップ、５’－ＵＴＲ、３’－ＵＴＲ、ポリ（Ａ）テールを含む）を含む。好ましい５’キャップ構造は、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐＳｐＧ）である。好ましい５’－ＵＴＲ及び３’－ＵＴＲはそれぞれ、配列番号１２のヌクレオチド配列及び配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。好ましいポリ（Ａ）尾部は、配列番号１４の配列を含む。
このプラットフォームの異なる実施形態は、次の通りである：
ＲＢＬ０６３．１（配列番号１５、配列番号７）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）
ＲＢＬ０６３．２（配列番号１６、配列番号７）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）
ＢＮＴ１６２ａ１、ＲＢＬ０６３．３（配列番号１７、配列番号５）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓタンパク質）（部分配列、Ｓ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ））
図３は、抗原をコードするＲＮＡの一般的な構造を図示する。
ヌクレオシド修飾ＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）
いくつかの実施形態では、ヌクレオシド修飾ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド修飾ＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）原薬の活性成分は、細胞に入るときに翻訳され得る一本鎖ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）である。コロナウイルスワクチン抗原をコードする配列（すなわち、オープンリーディングフレーム）に加えて、各ｍｏｄＲＮＡは、ｕＲＮＡとしてのＲＮＡの最大有効性のために最適化された共通の構造要素を含有する（５’－キャップ、５’－ＵＴＲ、３’－ＵＴＲ、ポリ（Ａ）－尾部）。ｕＲＮＡと比較して、ｍｏｄＲＮＡは、（例えば、本明細書に記載されるような）少なくとも１つのヌクレオチド修飾を含む。いくつかの実施形態では、ｍｏｄＲＮＡは、ウリジンの代わりに１－メチル－プソイドウリジンを含む。好ましい５’キャップ構造は、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧである。好ましい５’－ＵＴＲ及び３’－ＵＴＲはそれぞれ、配列番号１２のヌクレオチド配列及び配列番号１３のヌクレオチド配列を含む。好ましいポリ（Ａ）尾部は、配列番号１４の配列を含む。追加の精製ステップをｍｏｄＲＮＡに適用して、インビトロでの転写反応中に生成されるｄｓＲＮＡ汚染物質を低減する。
このプラットフォームの異なる実施形態は、次の通りである：
ＢＮＴ１６２ｂ２、ＲＢＰ０２０．１（配列番号１９、配列番号７）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
ＢＮＴ１６２ｂ２、ＲＢＰ０２０．２（配列番号２０、配列番号７）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
ＢＮＴ１６２ｂ１、ＲＢＰ０２０．３（配列番号２１、配列番号５）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（部分配列、フィブリチンに融合されたＳ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ））のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
図４は、抗原をコードするＲＮＡの一般的な構造を図示する。
ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ（配列番号２９、配列番号３０）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＧＳ－ＴＭ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（部分配列、Ｓ１Ｓ２タンパク質の膜貫通ドメイン（ＴＭ）に融合されたフィブリチンに融合されたＳ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質））、抗原配列のＮ末端における固有のＳ１Ｓ２タンパク質分泌シグナルペプチド（ａａ １－１９）
ＢＮＴ１６２ｂ３ｄ（配列番号３１、配列番号３２）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＧＳ－ＴＭ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（部分配列、Ｓ１Ｓ２タンパク質の膜貫通ドメイン（ＴＭ）に融合されたフィブリチンに融合されたＳ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質））、抗原配列のＮ末端における免疫グロブリン分泌シグナルペプチド（ａａ １－２２）。
ＢＮＴ１６２ｂ２－ベータバリアント、ＲＢＰ０２０．１１（配列番号５７、配列番号５５）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のベータバリアントの特徴である変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
ＢＮＴ１６２ｂ２－アルファバリアント、ＲＢＰ０２０．１４（配列番号６０、配列番号５８）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアルファバリアントの特徴である変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
ＢＮＴ１６２ｂ２－デルタバリアント、ＲＢＰ０２０．１６（配列番号６３ａ、配列番号６１）
構造 ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧ）－ｈＡｇ－Ｋｏｚａｋ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のデルタバリアントの特徴である変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）のウイルススパイクタンパク質（Ｓ１Ｓ２タンパク質）
ＲＢＰ０２０．１１（ベータ特異的ワクチン）のヌクレオチド配列
ヌクレオチド配列は、太字で示されるように個々の配列要素で示される。加えて、翻訳されたタンパク質の配列は、コードヌクレオチド配列の下の斜体文字で示される（＊＝終止コドン）。下線の文字は、ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列における点変異を示す。
Figure 2023081859000022
Figure 2023081859000023
Figure 2023081859000024
Figure 2023081859000025
Figure 2023081859000026
Figure 2023081859000027
Figure 2023081859000028
ＲＢＰ０２０．１１の配列もまた表３に示される。
Figure 2023081859000029
Figure 2023081859000030
Figure 2023081859000031
Figure 2023081859000032
Figure 2023081859000033
Figure 2023081859000034
Figure 2023081859000035
Figure 2023081859000036
Figure 2023081859000037
ＲＢＰ０２０．１４（アルファ特異的ワクチン）のヌクレオチド配列
ヌクレオチド配列は、太字で示されるように個々の配列要素で示される。加えて、翻訳されたタンパク質の配列は、コードヌクレオチド配列の下の斜体文字で示される（＊＝終止コドン）。下線の文字は、ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の両方における点変異を示す。
Figure 2023081859000038
Figure 2023081859000039
Figure 2023081859000040
Figure 2023081859000041
Figure 2023081859000042
Figure 2023081859000043
Figure 2023081859000044
ＲＢＰ０２０．１４の配列もまた表４に示される。
Figure 2023081859000045
Figure 2023081859000046
Figure 2023081859000047
Figure 2023081859000048
Figure 2023081859000049
Figure 2023081859000050
Figure 2023081859000051
Figure 2023081859000052
Figure 2023081859000053


ＲＢＰ０２０．１６（デルタ特異的ワクチン）のヌクレオチド配列
ヌクレオチド配列は、太字で示されるように個々の配列要素で示される。加えて、翻訳されたタンパク質の配列は、コードヌクレオチド配列の下の斜体文字で示される（＊＝終止コドン）。下線の文字は、ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の両方における点変異を示す。
Figure 2023081859000054
Figure 2023081859000055
Figure 2023081859000056
Figure 2023081859000057
Figure 2023081859000058
Figure 2023081859000059
Figure 2023081859000060
ＲＢＰ０２０．１４の配列もまた表５に示される。
Figure 2023081859000061
Figure 2023081859000062
Figure 2023081859000063
Figure 2023081859000064
Figure 2023081859000065
Figure 2023081859000066
Figure 2023081859000067
Figure 2023081859000068



Figure 2023081859000069
Figure 2023081859000070
Figure 2023081859000071
Figure 2023081859000072
Figure 2023081859000073
Figure 2023081859000074
Figure 2023081859000075
Figure 2023081859000076
Figure 2023081859000077
























Figure 2023081859000078
Figure 2023081859000079
Figure 2023081859000080
Figure 2023081859000081
Figure 2023081859000082
Figure 2023081859000083
Figure 2023081859000084



Figure 2023081859000085
Figure 2023081859000086
























Figure 2023081859000087
Figure 2023081859000088
Figure 2023081859000089
Figure 2023081859000090



Figure 2023081859000091
Figure 2023081859000092
Figure 2023081859000093
Figure 2023081859000094
Figure 2023081859000095
Figure 2023081859000096



Figure 2023081859000097
Figure 2023081859000098
Figure 2023081859000099
Figure 2023081859000100
Figure 2023081859000101
Figure 2023081859000102
Figure 2023081859000103



Figure 2023081859000104
Figure 2023081859000105
Figure 2023081859000106
Figure 2023081859000107
Figure 2023081859000108
Figure 2023081859000109
Figure 2023081859000110



Figure 2023081859000111
Figure 2023081859000112
Figure 2023081859000113
Figure 2023081859000114
Figure 2023081859000115
Figure 2023081859000116
Figure 2023081859000117



Figure 2023081859000118
Figure 2023081859000119
Figure 2023081859000120
Figure 2023081859000121
Figure 2023081859000122
Figure 2023081859000123
Figure 2023081859000124
Figure 2023081859000125
Figure 2023081859000126
Figure 2023081859000127
Figure 2023081859000128
Figure 2023081859000129
Figure 2023081859000130
Figure 2023081859000131


表３～１６は、配列番号１のＫ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐに対応する位置に２つのプロリン置換を有する異なるバリアントからの、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のアミノ酸配列を示す。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、例えば、いくつかの実施形態では、表３～１６に記載されるように、配列番号１のＫ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐに対応する位置に２つのプロリン置換を有しない、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のかかるＲＮＡは、本明細書に記載のバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、かつ少なくとも４つの（例えば、少なくとも５つ、少なくとも６つ、またはそれ以上の）プロリン変異を更に含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、かかるプロリン変異のうちの少なくとも４つは、例えば、ＷＯ２０２１２４３１２２Ａ２（その内容全体が、参照によりその全体が本明細書に記載される）に記載されているように、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２に対応する位置に変異を含む。いくつかの実施形態では、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び９４２に対応する位置にプロリン置換を含む、かかるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質は、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置にプロリン置換を更に含み得る。
自己増幅ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）
自己増幅ＲＮＡ（ｓａＲＮＡ）原薬の有効成分は、細胞に入ると自己増幅する一本鎖ＲＮＡであり、その後、コロナウイルスワクチン抗原が翻訳される。単一のタンパク質をコードすることが好ましいｕＲＮＡ及びｍｏｄＲＮＡとは対照的に、ｓａＲＮＡのコード領域は２つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含有する。５’－ＯＲＦは、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（レプリカーゼ）などのＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼをコードする。レプリカーゼＯＲＦに続いて、３’サブゲノムプロモーター及び抗原をコードする第２のＯＲＦが続く。更に、ｓａＲＮＡ ＵＴＲは、自己増幅に必要な５’及び３’保存配列要素（ＣＳＥ）を含有する。ｓａＲＮＡは、ｕＲＮＡとしてのＲＮＡの最大有効性のために最適化された共通の構造要素（例えば、５’キャップ、５’－ＵＴＲ、３’－ＵＴＲ、ポリ（Ａ）尾部を含む）を含有する。いくつかの実施形態では、ｓａＲＮＡは、好ましくはウリジンを含む。いくつかの実施形態では、ｓａＲＮＡは、本明細書に記載される１つ以上のヌクレオシド修飾を含む。好ましい５’キャップ構造は、ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）（ｍ２ ７，２’－ＯＧｐｐＳｐＧ）である。
ｓａＲＮＡの細胞質送達は、アルファウイルス様生活環を開始する。しかしながら、ｓａＲＮＡは、ゲノムパッケージングまたは細胞侵入に必要なアルファウイルス構造タンパク質をコードしていないため、複製能のあるウイルス粒子の生成は、非常に可能性が低いか、または不可能である。複製は、ＤＮＡを生成するいかなる中間ステップも伴わない。したがって、ｓａＲＮＡの使用／取り込みは、標的細胞内のゲノム組み込みまたは他の永続的な遺伝子組換えのリスクをもたらさない。更に、ｓａＲＮＡ自体は、ｄｓＲＮＡ中間体の認識を介して自然免疫応答を効果的に活性化することによって、その持続的な複製を防止する。
このプラットフォームの異なる実施形態は、次の通りである：
ＲＢＳ００４．１（配列番号２４、配列番号７）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－レプリカーゼ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓタンパク質）（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）
ＲＢＳ００４．２（配列番号２５、配列番号７）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－レプリカーゼ－Ｓ１Ｓ２－ＰＰ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓタンパク質）（Ｓ１Ｓ２完全長タンパク質、配列バリアント）
ＢＮＴ１６２ｃ１、ＲＢＳ００４．３（配列番号２６、配列番号５）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－レプリカーゼ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓタンパク質）（部分配列、Ｓ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ））
ＲＢＳ００４．４（配列番号２７、配列番号２８）
構造 ベータ－Ｓ－ＡＲＣＡ（Ｄ１）－レプリカーゼ－ＲＢＤ－ＧＳ－フィブリチン－ＴＭ－ＦＩ－Ａ３０Ｌ７０
コードされた抗原 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルススパイクタンパク質（Ｓタンパク質）（部分配列、Ｓ１Ｓ２タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ））
図５は、抗原をコードするＲＮＡの一般的な構造を図示する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のワクチンＲＮＡは、配列番号１５、１６、１７、１９、２０、２１、２４、２５、２６、２７、３０、及び３２からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む。本明細書に記載の特に好ましいワクチンＲＮＡは、配列番号１５、１７、１９、２１、２５、２６、３０、及び３２からなる群から選択される、例えば、配列番号１７、１９、２１、２６、３０、及び３２からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、脂質ナノ粒子、リポプレックス、ポリプレックス（ＰＬＸ）、脂質化ポリプレックス（ＬＰＬＸ）、リポソーム、または多糖ナノ粒子中に製剤化される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、好ましくは、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化される。一実施形態では、ＬＮＰは、カチオン性脂質、中性脂質、ステロイド、ポリマー抱合脂質、及びＲＮＡを含む。一実施形態では、カチオン性脂質はＡＬＣ－０３１５であり、中性脂質は、ＤＳＰＣであり、ステロイドは、コレステロールであり、ポリマー抱合脂質は、ＡＬＣ－０１５９である。好ましい投与様式は、筋肉内投与であり、より好ましくは、筋肉内投与用の水性凍結保護剤緩衝液中である。医薬品は、好ましくは、筋肉内投与用の水性凍結保護剤緩衝液中の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化されたＲＮＡの防腐剤不含の無菌分散体である。
異なる実施形態では、医薬品は、以下に示す成分を、好ましくは以下に示す割合または濃度で含む。













Figure 2023081859000132
Figure 2023081859000133
Figure 2023081859000134
Figure 2023081859000135
Figure 2023081859000136
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される粒子は、１０ｍＭのＴｒｉｓ及び１０％のスクロースを含み、任意に、約７．４のｐＨを有する溶液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される粒子は、約１０３ｍｇ／ｍｌのスクロース、約０．２０ｍｇ／ｍｌのトロメタミン（Ｔｒｉｓ塩基）、及び約１．３２ｍｇ／ｍｌのＴｒｉｓを含む溶液中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、組成物は、以下を含む：
（ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質またはその免疫原性断片もしくはバリアントを含むポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含む約０．１ｍｇ／ｍＬのＲＮＡ、
（ｂ）約１．４３ｍｇ／ｍｌのＡＬＣ－０３１５、
（ｃ）約０．１８ｍｇ／ｍｌのＡＬＣ－０１５９、
（ｄ）約０．３１ｍｇ／ｍｌのＤＳＰＣ、
（ｅ）約０．６２ｍｇ／ｍｌのコレステロール、
（ｆ）約１０３ｍｇ／ｍｌのスクロース、
（ｇ）約０．２０ｍｇ／ｍｌのトロメタミン（Ｔｒｉｓ塩基）、
（ｈ）約１．３２ｍｇ／ｍｌのＴｒｉｓ（ヒドロキシメチル）アミノメタン塩酸塩（Ｔｒｉｓ ＨＣｌ）、及び
（ｉ）適量の水。
一実施形態では、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）と総脂質との比（Ｎ／Ｐ）は、６．０～６．５、例えば、約６．０または約６．３である。
核酸含有粒子
本明細書に記載の核酸、例えば、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、粒子として製剤化して投与してもよい。
本開示の文脈において、「粒子」という用語は、分子または分子複合体によって形成される構造化実体に関する。一実施形態では、「粒子」という用語は、マイクロサイズまたはナノサイズの構造、例えば、培地中に分散したマイクロサイズまたはナノサイズのコンパクト構造に関する。一実施形態では、粒子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの混合物を含む粒子などの核酸含有粒子である。
ポリマー及び脂質などの正に荷電した分子と負に荷電した核酸との間の静電相互作用は、粒子形成に関与する。これにより、核酸粒子の複合体化及び自発的な形成が生じる。一実施形態では、核酸粒子は、ナノ粒子である。
本開示で使用される場合、「ナノ粒子」は、非経口投与に好適な平均直径を有する粒子を指す。
「核酸粒子」は、核酸を目的の標的部位（例えば、細胞、組織、器官等）に送達するために使用することができる。核酸粒子は、少なくとも１つのカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料、プロタミンなどの少なくとも１つのカチオン性ポリマー、またはそれらの混合物及び核酸から形成され得る。いくつかの実施形態では、例示的なナノ粒子は、脂質ナノ粒子、ポリプレックス（ＰＬＸ）、脂質化ポリプレックス（ＬＰＬＸ）、リポソーム、または多糖ナノ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡは、ＬＮＰとして製剤化される。いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、１つ以上のカチオン性にイオン化可能な脂質、１つ以上の中性脂質（例えば、いくつかの実施形態では、例えば、コレステロールなどのステロール、及び／またはリン脂質）、ならびに１つ以上のポリマー抱合脂質を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、ＡＬＣ－０３１５（４－ヒドロキシブチル）アザンジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、ＡＬＣ－０１５９（２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド）、ＤＳＰＣ（１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン）、コレステロール、スクロース、トロメタモール（Ｔｒｉｓ）、トロメタモール塩酸塩、及び水を含む。
本明細書に記載のＲＮＡ粒子には、ナノ粒子が含まれる。いくつかの実施形態では、例示的なナノ粒子は、脂質ナノ粒子、リポプレックス、ポリプレックス（ＰＬＸ）、脂質化ポリプレックス（ＬＰＬＸ）、リポソーム、または多糖ナノ粒子を含む。
ポリプレックス（ＰＬＸ）、多糖ナノ粒子、及びリポソームは全て、当業者に周知の送達技術である。例えば、Ｌａｃｈｅｌｔ，Ｕｌｒｉｃｈ，ａｎｄ Ｅｒｎｓｔ Ｗａｇｎｅｒ．“Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｓｈｉｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｕｓｉｎｇ ｐｏｌｙｐｌｅｘｅｓ：ａ ｊｏｕｒｎｅｙ ｏｆ ５０ ｙｅａｒｓ（ａｎｄ ｂｅｙｏｎｄ）”Ｃｈｅｍｉｃａｌ ｒｅｖｉｅｗｓ １１５．１９（２０１５）：１１０４３－１１０７８、Ｐｌｕｃｉｎｓｋｉ，Ａｌｅｘａｎｄｅｒ，Ｚａｎ Ｌｙｕ，ａｎｄ Ｂｅｒｎｈａｒｄ ＶＫＪ Ｓｃｈｍｉｄｔ，“Ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ：ｆｒｏｍ ｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．”Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｂ（２０２１）、及びＴｅｎｃｈｏｖ，Ｒｕｍｉａｎａ，ｅｔ ａｌ．“Ｌｉｐｉｄ Ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ－Ｆｒｏｍ Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ ｔｏ ｍＲＮＡ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，ａ Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ Ａｄｖａｎｃｅｍｅｎｔ，”ＡＣＳ ｎａｎｏ １５．１１（２０２１）：１６９８２－１７０１５（これらの各々の内容は、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる）をそれぞれ参照されたい。
いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約０．１ｍｇ／ｍｌである。いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約３０μｇ／ｍｌ～約１００μｇ／ｍｌである。いくつかの実施形態では、薬学的ＲＮＡ調製物中のＲＮＡの濃度は、約５０μｇ／ｍｌ～約１００μｇ／ｍｌである。
いかなる理論によっても拘束されることを意図するものではないが、カチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料、及び／またはカチオン性ポリマーが核酸と複合して凝集体を形成し、この凝集によってコロイド状に安定した粒子が得られると考えられている。
一実施形態では、本明細書に記載の粒子は、カチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料以外の少なくとも１つの脂質または脂質様材料、カチオン性ポリマー以外の少なくとも１つのポリマー、またはそれらの混合物を更に含む。
いくつかの実施形態では、核酸粒子は、２つ以上の種類の核酸分子を含み、核酸分子の分子パラメータは、例えば、モル質量または分子構造、キャッピング、コード領域、または他の特徴などの基本的な構造要素に関して、互いに類似していても異なっていてもよい。
本明細書に記載の核酸粒子は、一実施形態では、約３０ｎｍ～約１０００ｎｍ、約５０ｎｍ～約８００ｎｍ、約７０ｎｍ～約６００ｎｍ、約９０ｎｍ～約４００ｎｍ、または約１００ｎｍ～約３００ｎｍの範囲の平均直径を有し得る。
本明細書に記載の核酸粒子は、約０．５未満、約０．４未満、約０．３未満、または約０．２以下の多分散性指数を示し得る。一例として、核酸粒子は、約０．１～約０．３または約０．２～約０．３の範囲内の多分散性指数を示すことができる。
ＲＮＡ脂質粒子に関して、Ｎ／Ｐ比は、脂質中の窒素基と、ＲＮＡ中のリン酸基の数との比を与える。通常、窒素原子（ｐＨに応じて）は正電荷であり、リン酸基は負電荷であるため、電荷比と相関している。Ｎ／Ｐ比は、電荷平衡が存在する場合、ｐＨに依存する。正に荷電したナノ粒子がトランスフェクションに好ましいと考えられるため、脂質製剤は、４超～最大１２のＮ／Ｐ比で頻繁に形成される。その場合、ＲＮＡは、ナノ粒子に完全に結合しているとみなされる。
本明細書に記載の核酸粒子は、少なくとも１つのカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料、及び／または少なくとも１つのカチオン性ポリマーからコロイドを得ること、ならびにコロイドを核酸と混合して核酸粒子を得ることを含み得る幅広い方法を使用して調製され得る。
本明細書で使用される「コロイド」という用語は、分散粒子が沈降しない、一種の均質混合物に関する。混合物中の不溶性粒子は微視的であり、粒径は、１～１０００ナノメートルである。混合物は、コロイドまたはコロイド懸濁液と称され得る。「コロイド」という用語は、混合物中の粒子のみを指し、懸濁液全体を指すことはない。
少なくとも１つのカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料、及び／または少なくとも１つのカチオン性ポリマーを含むコロイドの調製のために、リポソーム小胞を調製するために従来使用され、適切に適応される方法が、本明細書に適用可能である。リポソーム小胞を調製するために最も一般的に使用される方法は、以下の基本的な段階を共有する：（ｉ）有機溶媒中の脂質溶解、（ｉｉ）得られた溶液の乾燥、及び（ｉｉｉ）乾燥脂質の水和（様々な水性媒体を使用する）。
フィルム水和方法では、最初に脂質を好適な有機溶媒中に溶解し、乾燥してフラスコの底部に薄膜を生じさせる。得られた脂質フィルムを、適切な水性媒体を使用して水和して、リポソーム分散体を産生する。更に、追加の縮小ステップが含まれてもよい。
逆相蒸発は、水相と脂質を含有する有機相との間の油中水エマルションの形成を伴うリポソーム小胞を調製するためのフィルム水和の代替方法である。システムの均質化には、この混合物の短時間の超音波処理が必要である。減圧下で有機相を除去すると、乳白色のゲルが得られ、その後リポソーム懸濁液に変わる。
「エタノール注入技法」という用語は、脂質を含むエタノール溶液が針を通して水溶液に急速に注入されるプロセスを指す。この作用は、脂質を溶液全体に分散させ、脂質構造形成、例えば、リポソーム形成などの脂質小胞形成を促進する。一般に、本明細書に記載のＲＮＡリポプレックス粒子は、コロイド状リポソーム分散体にＲＮＡを付加することによって得ることができる。エタノール注入技法を使用して、かかるコロイド状リポソーム分散体は、一実施形態では、以下のように形成される：カチオン性脂質及び追加の脂質などの脂質を含むエタノール溶液を、撹拌下で水溶液に注入する。一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡリポプレックス粒子は、押出ステップなしで入手可能である。
「押出する」または「押出」という用語は、固定された断面形状を有する粒子の作成を指す。特に、粒子の縮小を指し、それによって粒子は、定義された孔を有するフィルターを通される。
コロイドを調製するために、本開示に従って有機溶媒を含まない特性を有する他の方法を使用してもよい。
ＬＮＰは、典型的には、４つの成分を含む：イオン化可能なカチオン性脂質、リン脂質などの中性脂質、コレステロールなどのステロイド、及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）脂質などのポリマー抱合脂質。各構成要素は、ペイロード保護に関与し、効果的な細胞内送達を可能にする。ＬＮＰは、エタノールに急速に溶解した脂質を、水性緩衝液中の核酸と混合することによって調製され得る。
「平均直径」という用語は、いわゆる累積アルゴリズムを使用するデータ分析を用いて動的レーザー光分散（ＤＬＳ）によって測定される粒子の平均流体力学的直径を指し、これは、結果として、長さの次元を有するいわゆるＺ平均、及び無次元である多分散指数（ＰＩ）を提供する（Ｋｏｐｐｅｌ，Ｄ．，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｐｈｙｓ．５７，１９７２，ｐｐ ４８１４－４８２０，ＩＳＯ １３３２１）。ここで、粒子の「平均直径」、「直径」または「サイズ」は、Ｚ平均のこの値と同義で使用される。
「多分散性指数」は、好ましくは「平均直径」の定義で述べたように、いわゆる累積分析による動的光散乱測定に基づいて算出される。ある特定の前提条件下で、それは、ナノ粒子の全体のサイズ分布の尺度としてとることができる。
異なる種類の核酸含有粒子は、粒子形態での核酸の送達に好適であることが以前に記載されている（例えば、Ｋａｃｚｍａｒｅｋ，Ｊ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ９，６０）。非ウイルス核酸送達ビヒクルについて、核酸のナノ粒子封入は、核酸を分解から物理的に保護し、特定の化学物質に応じて、細胞取り込み及びエンドソーム逃避を支援することができる。
本開示は、核酸、少なくとも１つのカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料、及び／または核酸と会合して核酸粒子を形成する少なくとも１つのカチオン性ポリマー、ならびにかかる粒子を含む組成物を含む粒子を記載する。核酸粒子は、粒子に対する非共有相互作用によって異なる形態で複合化される核酸を含み得る。本明細書に記載の粒子は、ウイルス粒子ではなく、特に感染性ウイルス粒子であり、すなわち、それらは細胞にウイルス感染することができない。
好適なカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料及びカチオン性ポリマーは、核酸粒子を形成するものであり、「粒子形成成分」または「粒子形成剤」という用語に含まれる。「粒子形成成分」または「粒子形成剤」という用語は、核酸と会合して核酸粒子を形成する任意の成分に関する。かかる成分には、核酸粒子の一部であり得る任意の成分が含まれる。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ））は、各々が異なる核酸配列を含む、２つ以上のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、各々が異なる免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする、２つ以上のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子に存在する２つ以上のＲＮＡ分子は、第１のＲＮＡ分子は、コロナウイルスからの免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードし、第２のＲＮＡ分子は、感染性疾患病原体（例えば、ウイルス、細菌、寄生虫等）からの免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする。例えば、いくつかの実施形態では、核酸含有粒子に存在する２つ以上のＲＮＡ分子は、コロナウイルス（例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株またはそのバリアント、例えば、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）からの免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする第１のＲＮＡ分子、及びインフルエンザウイルスからの免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子に存在する２つ以上のＲＮＡ分子は、第１のコロナウイルス（例えば、本明細書に記載されるようなもの）から免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする第１のＲＮＡ分子、及び第２のコロナウイルス（例えば、本明細書に記載されるようなもの）から免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、第１のコロナウイルスは、第２のコロナウイルスとは異なる。いくつかの実施形態では、第１及び／または第２のコロナウイルスは、独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株またはそのバリアント、例えば、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２からのものである。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子に存在する２つ以上のＲＮＡ分子は、各々、コロナウイルスの同じ及び／または異なる株及び／またはバリアント（例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株またはバリアント）からの免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする。例えば、いくつかの実施形態では、核酸含有粒子に存在する２つ以上のＲＮＡ分子は、各々、コロナウイルス膜タンパク質、コロナウイルスヌクレオカプシドタンパク質、コロナウイルススパイクタンパク質、コロナウイルス非構造タンパク質、及び／またはコロナウイルス付属タンパク質からの異なる免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードする。いくつかの実施形態では、かかる免疫原性ポリペプチドまたはそれらの免疫原性断片は、同じまたは異なるコロナウイルスに由来し得る（例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株またはそのバリアント、例えば、いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントなどの一般的なバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するバリアント）。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１の株またはバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする第１のＲＮＡ分子、及び第２の株またはバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする第２のＲＮＡ分子を含み、第２の株またはバリアントは、第１の株またはバリアントとは異なる。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＬＮＰ）は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びオミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びオミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びオミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のオミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及び第２のオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．１オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．３バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．２オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、ＢＡ．３オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．３オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、ＢＡ．３オミクロンバリアント株の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子と、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、３つ以上のＲＮＡ分子を含み、各分子が、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含み、第２及び第３のＲＮＡ分子は、異なるオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子、及びＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第３のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡ分子を含む核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、同じ量（すなわち、１：１の比）で各ＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡ分子を含む核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、異なる量の各ＲＮＡ分子を含む。例えば、いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子は、第２のＲＮＡ分子の０．０１～１００倍の量で存在する（例えば、第１のＲＮＡ分子の量は、第２のＲＮＡ分子の０．０１～５０、０．０１～４、０．０１～３０、０．０１～２５、０．０１～２０、０．０１～１５、０．０１～１０、０．０１～９、０．０１～８、０．０１～７、０．０１～６、０．０１～５、０．０１～４、０．０１～３、０．０１～２、０．０１～１．５、１～５０、１～４、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１～１．５倍多い）。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子の濃度は、第２のＲＮＡ分子の濃度の１～１０倍である。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子の濃度は、第２のＲＮＡ分子の濃度の１～５倍である。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子の濃度は、第２のＲＮＡ分子の濃度の１～３倍である。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子の濃度は、第２のＲＮＡ分子の濃度の２倍である。いくつかの実施形態では、核酸含有粒子は、第１のＲＮＡ分子及び第２のＲＮＡ分子を含み、第１のＲＮＡ分子の濃度は、第２のＲＮＡ分子の濃度の３倍である。
いくつかの実施形態では、３つのＲＮＡ分子を含む核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、同じ量（すなわち、１：１：１の比）で各ＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、３つのＲＮＡ分子を含む核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、異なる量の各ＲＮＡ分子を含む。例えば、いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡ分子：第２のＲＮＡ分子：第３のＲＮＡ分子の比は、１：０．０１～１００：０．０１～１００（例えば、１：０．０１～５０：０．０１～５０、１：０．０１～４０：０．０１～４０、１：０．０１～３０：０．０１～２５、１：０．０１～２５：０．０１～２５、１：０．０１～２０：０．０１～２０、１：０．０１～１５：０．０１～１５、１：０．０１～１０：０．０１～９、１：０．０１～９：０．０１～９、１：０．０１～８：０．０１～８、１：０．０１～７：０．０１～７、１：０．０１～６：０．０１～６、１：０．０１～５：０．０１～５、１：０．０１～４：０．０１～４、１：０．０１～３：０．０１～３、１：０．０１～２：０．０１～２、または１：０．０１～１．５：０．０１～１．５）である。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡ分子：第２のＲＮＡ分子：第３のＲＮＡ分子の比は、１：１：３である。いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡ分子：第２のＲＮＡ分子：第３のＲＮＡ分子の比は、１：３：３である。
いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子は、配列番号７のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子は、配列番号９と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子は、配列番号２０と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ分子は、配列番号７と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号５０と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号５１と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号４９と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６４のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６５と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６７と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６４と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７０と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７２と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号６９と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７４のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７５と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７７と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ分子は、配列番号７４と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一）であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号５１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号５１と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号５１と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号５１と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６４のアミノ酸配列または配列番号６４と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号６４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号６４のアミノ酸配列または配列番号６４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号６４のアミノ酸配列または配列番号６４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６５のヌクレオチド配列または配列番号６５と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６５のヌクレオチド配列または配列番号６５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６５のヌクレオチド配列または配列番号６５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６５のヌクレオチド配列または配列番号６５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号６７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６７のヌクレオチド配列または配列番号６７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６７のヌクレオチド配列または配列番号６７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号６７のヌクレオチド配列または配列番号６７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６９のアミノ酸配列または配列番号６９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号６９のアミノ酸配列または配列番号６９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号６９のアミノ酸配列または配列番号６９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号６９のアミノ酸配列または配列番号６９と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号７０のヌクレオチド配列または配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７０のヌクレオチド配列または配列番号７０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７０のヌクレオチド配列または配列番号７０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号７０と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号７２のヌクレオチド配列または配列番号７２と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７２のヌクレオチド配列または配列番号７２と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７２のヌクレオチド配列または配列番号７２と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７２のヌクレオチド配列または配列番号７２と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号７４のアミノ酸配列または配列番号７４と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号７４のアミノ酸配列または配列番号７４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号７４のアミノ酸配列または配列番号７４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％同一である配列をコードする第１のＲＮＡ分子と、配列番号７４のアミノ酸配列または配列番号７４と少なくとも８０％同一である配列をコードする第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号７５のヌクレオチド配列または配列番号７５と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７５のヌクレオチド配列または配列番号７５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７５のヌクレオチド配列または配列番号７５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７５のヌクレオチド配列または配列番号７５と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号７７のヌクレオチド配列または配列番号７７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７７のヌクレオチド配列または配列番号７７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：１である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７７のヌクレオチド配列または配列番号７７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：２である。いくつかの実施形態では、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％同一である配列を含む第１のＲＮＡ分子と、配列番号７７のヌクレオチド配列または配列番号７７と少なくとも８０％同一である配列を含む第２のＲＮＡ分子との比は、１：３である。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号７のアミノ酸配列または配列番号７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５５、５８、もしくは６１のアミノ酸配列または配列番号５５、５８、もしくは６１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号９のヌクレオチド配列または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５６、５９、もしくは６２ａのヌクレオチド配列または配列番号５６、５９、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号２０のヌクレオチド配列または配列番号２０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５７、６０、もしくは６３ａのヌクレオチド配列または配列番号５７、６０、もしくは６３ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５８のアミノ酸配列または配列番号５８と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号４９、５５、もしくは６１のアミノ酸配列または配列番号４９、５５、もしくは６１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５９のヌクレオチド配列または配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５０、５６、もしくは６２ａのヌクレオチド配列または配列番号５０、５６、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号６０のヌクレオチド配列または配列番号６０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５１、５７、もしくは６３ａのヌクレオチド配列または配列番号５１、５７、もしくは６３ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５５もしくは６１のアミノ酸配列または配列番号５５もしくは６１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５０のヌクレオチド配列または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５６もしくは６２ａのヌクレオチド配列または配列番号５６もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５１のヌクレオチド配列または配列番号５１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号５７もしくは６３ａのヌクレオチド配列または配列番号５７もしくは６３ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５５のアミノ酸配列または配列番号５５と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６１のアミノ酸配列または配列番号６１と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５６のヌクレオチド配列または配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６２ａのヌクレオチド配列または配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、核酸含有粒子（例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるようなＬＮＰ）は、配列番号５７のヌクレオチド配列または配列番号５７と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡ分子、及び配列番号６３ａのヌクレオチド配列または配列番号６３ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡ分子を含む。
いくつかの実施形態では、異なるポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）を含有する粒子（例えば、いくつかの実施形態では、ＬＮＰ）は、複数の（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、またはそれ以上の）ＲＮＡ分子を粒子形成成分（例えば、脂質）と混合することによって形成され得る。いくつかの実施形態では、異なるポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）は、粒子形成成分（例えば、脂質）と混合する前に、（例えば、いくつかの実施形態では、実質的に等しい割合で、例えば、いくつかの実施形態では、２つのＲＮＡ分子が存在する場合、１：１の比で）混合され得る。
いくつかの実施形態では、各々が（例えば、本明細書に記載されるような）異なるポリペプチドをコードする２つ以上のＲＮＡ分子を、粒子形成剤と混合して、上述されるような核酸含有粒子を形成することができる。代替的な実施形態では、各々が（例えば、本明細書に記載されるような）異なるポリペプチドをコードする２つ以上のＲＮＡ分子を別個の粒子組成物に製剤化し、次いでそれらを一緒に混合することができる。例えば、いくつかの実施形態では、各集団が（例えば、本明細書に記載されるような）異なる免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ分子を含む、核酸含有粒子の個々の集団は、別個に形成され、次いで、例えば、製造プロセス中にバイアルに充填する前に、または投与の直前に（例えば、投与する医療従事者によって）一緒に混合され得る。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるのは、２つ以上の粒子集団（例えば、いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子）を含む組成物であり、各集団は、異なる免疫原性ポリペプチドまたはその免疫原性断片（例えば、異なるバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその断片）をコードする少なくとも１つのＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、各集団は、所望の割合で組成物で提供され得る（例えば、いくつかの実施形態では、各集団は、同じ量のＲＮＡ分子を提供する量で組成物で提供され得る）。
カチオン性ポリマー
それらの高度な化学的柔軟性を考慮すると、ポリマーは、ナノ粒子ベースの送達のために一般的に使用される材料である。典型的には、カチオン性ポリマーは、負に荷電した核酸をナノ粒子に静電的に縮合させるために使用される。これらの正に荷電した基は、多くの場合、ｐＨ５．５～７．５の範囲でプロトン化状態を変化させるアミンからなり、エンドソーム破裂をもたらすイオン不均衡につながると考えられる。ポリ－Ｌ－リジン、ポリアミドアミン、プロタミン、及びポリエチレンイミンなどのポリマー、ならびにキトサンなどの天然に存在するポリマーは全て、核酸送達に適用されており、本明細書ではカチオン性ポリマーとして好適である。加えて、一部の研究者は、核酸送達に特異的にポリマーを合成している。ポリ（β－アミノエステル）は、それらの合成の容易さ及び生分解性のために、核酸送達において広く使用されるようになった。かかる合成ポリマーは、本明細書ではカチオン性ポリマーとしても好適である。
本明細書で使用される「ポリマー」は、その通常の意味、すなわち共有結合によって接続された１つ以上の反復単位（モノマー）を含む分子構造を与えられる。反復単位は、全て同一であり得るか、または場合によっては、ポリマー内に存在する複数の種類の反復単位が存在し得る。場合によっては、ポリマーは、生物学的に誘導される、すなわち、タンパク質などの生体ポリマーである。場合によっては、追加の部分、例えば、本明細書に記載されるものなどの標的部分もポリマー内に存在し得る。
複数の種類の反復単位がポリマー内に存在する場合、ポリマーは、「コポリマー」であると言われる。本明細書で用いられているポリマーは、コポリマーであり得ることを理解されたい。コポリマーを形成する反復単位は、任意の様式で配置され得る。例えば、反復単位は、ランダムな順序で、交互に、または「ブロック」コポリマーとして配置することができ、すなわち、各々が第１の反復単位（例えば、第１のブロック）を含む１つ以上の領域、及び各々が第２の反復単位（例えば、第２のブロック）を含む１つ以上の領域等を含む。ブロックコポリマーは、２つ（ジブロックコポリマー）、３つ（トリブロックコポリマー）、またはそれ以上の数の別個のブロックを有することができる。
ある特定の実施形態では、ポリマーは、生体適合性である。生体適合性ポリマーは、典型的には、中程度の濃度で著しい細胞死をもたらさないポリマーである。ある特定の実施形態では、生体適合性ポリマーは、生分解性であり、すなわち、ポリマーは、体内などの生理学的環境内で、化学的及び／または生物学的に分解することができる。
ある特定の実施形態では、ポリマーは、プロタミンまたはポリアルキレンイミン、特にプロタミンであり得る。
「プロタミン」という用語は、アルギニンを豊富に含み、様々な動物（魚類など）の精子細胞における体細胞ヒストンの代わりに特にＤＮＡと関連付けられる、比較的低分子量の様々な強塩基性タンパク質のうちのいずれかを指す。特に、「プロタミン」という用語は、強塩基性であり、水に可溶性であり、熱によって凝固されず、加水分解時に主にアルギニンを得る、魚類の精子に見られるタンパク質を指す。精製形態では、インスリンの長時間作用型製剤に使用され、ヘパリンの抗凝固作用を中和する。
本開示によれば、本明細書で使用される「プロタミン」という用語は、天然または生物学的源から得られたまたは由来する任意のプロタミンアミノ酸配列（その断片を含む）及び当該アミノ酸配列またはその断片の多量体形態、ならびに人工的であり、特定の目的のために特別に設計され、天然または生物学的源から単離することができない（合成された）ポリペプチドを含むことを意味する。
一実施形態では、ポリアルキレンイミンは、ポリエチレンイミン及び／またはポリプロピレンイミン、好ましくはポリエチレンイミンを含む。好ましいポリアルキレンイミンは、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）である。ＰＥＩの平均分子量は、好ましくは０．７５・１０２～１０７Ｄａ、好ましくは１０００～１０５Ｄａ、より好ましくは１００００～４００００Ｄａ、より好ましくは１５０００～３００００Ｄａ、更により好ましくは２００００～２５０００Ｄａである。
本開示によれば、直鎖ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）などの直鎖ポリアルキレンイミンが好ましい。
本明細書で使用することが企図されるカチオン性ポリマー（ポリカチオン性ポリマーを含む）には、核酸に静電的に結合することができる任意のカチオン性ポリマーが含まれる。一実施形態では、本明細書で使用することが企図されるカチオン性ポリマーには、例えば、核酸と複合体を形成することによって、または核酸が包囲もしくは封入される小胞を形成することによって、核酸が会合され得る任意のカチオン性ポリマーが含まれる。
本明細書に記載の粒子はまた、カチオン性ポリマー以外のポリマー、すなわち、非カチオン性ポリマー及び／またはアニオン性ポリマーを含んでもよい。まとめて、アニオン性及び中性ポリマーは、本明細書において非カチオン性ポリマーと称される。
脂質及び脂質様材料
「脂質」及び「脂質様材料」という用語は、本明細書では、１つ以上の疎水性部分または基、及び任意に１つ以上の親水性部分または基も含む分子として広く定義される。疎水性部分及び親水性部分を含む分子もまた、両親媒性物質として頻繁に示される。脂質は通常、水に溶けにくい。水性環境において、両親媒性の性質により、分子は組織化された構造及び異なる相に自己組織化することができる。それらは、水性環境中の小胞、多層／単層リポソーム、または膜に存在するため、これらの相のうちの１つは、脂質二重層からなる。疎水性は、長鎖飽和及び不飽和脂肪族炭化水素基、ならびに１つ以上の芳香族基、脂環式基、または複素環式基（複数可）によって置換されたかかる基を含むが、これらに限定されない無極性基を含むことによって付与することができる。親水性基は、極性及び／または荷電基を含み得、炭水化物、リン酸塩、カルボン酸、硫酸塩、アミノ、スルフヒドリル、ニトロ、ヒドロキシル、及び他の同様の基を含み得る。
本明細書で使用される場合、「両親媒性」という用語は、極性部分及び非極性部分の両方を有する分子を指す。多くの場合、両親媒性化合物は、長い疎水性尾部に付着した極性頭部を有する。いくつかの実施形態では、極性部分は、水に可溶性であり、非極性部分は、水に不溶性である。加えて、極性部分は、形式正電荷、または形式負電荷のいずれかを有し得る。代替的に、極性部分は、形式正電荷及び形式負電荷の両方を有し得、両性イオンまたは分子内塩である。本開示の目的のために、両親媒性化合物は、１つまたは複数の天然または非天然脂質及び脂質様化合物であり得るが、これらに限定されない。
「脂質様材料」、「脂質様化合物」、または「脂質様分子」という用語は、構造的及び／または機能的に脂質に関連するが、厳密な意味で脂質とみなされない場合がある物質に関する。例えば、この用語は、水性環境中の小胞、多層／単層リポソーム、または膜中に存在するため、両親媒性層を形成することができる化合物を含み、界面活性剤、または親水性部分と疎水性部分の両方を有する合成化合物を含む。一般に、この用語は、脂質と類似していても類似していなくてもよい異なる構造的な組織を有する親水性及び疎水性部分を含む分子を指す。本明細書で使用される場合、「脂質」という用語は、本明細書で別途示されない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、脂質及び脂質様材料の両方を網羅すると解釈されるべきである。
両親媒性層に含まれ得る両親媒性化合物の具体的な例としては、リン脂質、アミノ脂質、及びスフィンゴ脂質が挙げられるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、両親媒性化合物は、脂質である。「脂質」という用語は、水に不溶であるが、多くの有機溶媒に可溶であることを特徴とする有機化合物の群を指す。一般に、脂質は、８つのカテゴリー：脂肪酸、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、糖脂質、ポリケチド（ケトアシルサブユニットの縮合に由来）、ステロール脂質、及びプレノール脂質（イソプレンサブユニットの縮合に由来）に分類され得る。「脂質」という用語は、脂肪の代名詞として用いられることもあるが、脂肪は、トリグリセリドと呼ばれる脂質の下位群である。脂質はまた、脂肪酸などの分子及びそれらの誘導体（三脂質、二脂質、モノグリセリド、及びリン脂質を含む）、ならびにコレステロールなどのステロール含有代謝産物を包含する。
脂肪酸、または脂肪酸残基は、カルボン酸基で終わる炭化水素鎖で作られる多様な分子群であり、この配置は、水に不溶である極性親水性末端及び非極性疎水性末端を分子に付与する。典型的には、４～２４炭素長である炭素鎖は、飽和または不飽和であり得、酸素、ハロゲン、窒素、及び硫黄を含有する官能基に付着し得る。脂肪酸が二重結合を含有する場合、シスまたはトランス幾何異性体のいずれかの可能性があり、分子の構成に著しく影響する。シス二重結合は、脂肪酸鎖を曲げる原因となり、この効果は、鎖内のより多くの二重結合と複合される。脂肪酸カテゴリーの他の主要な脂質クラスは、脂肪酸エステル及び脂肪酸アミドである。
グリセロ脂質は、一置換グリセロール、二置換グリセロール、及び三置換グリセロールから構成され、最もよく知られているのは、トリグリセリドと呼ばれるグリセロールの脂肪酸トリエステルである。「トリアシルグリセロール」という単語は、「トリグリセリド」と同義に使用されることがある。これらの化合物において、グリセロールの３つのヒドロキシル基は、典型的には、異なる脂肪酸によって各々エステル化される。グリセロ脂質の更なるサブクラスは、グリコシルグリセロールによって表され、グリコシド結合を介してグリセロールに付着した１つ以上の糖残基の存在を特徴とする。
グリセロリン脂質は、エステル結合によって２つの脂肪酸由来の「尾部」に連結され、リン酸エステル結合によって１つの「頭部」基に連結されたグリセロールコアを含有する両親媒性分子（疎水性及び親水性領域の両方を含有する）である。通常、リン脂質と称されるグリセロリン脂質の例（ただし、スフィンゴミエリンはリン脂質としても分類される）は、ホスファチジルコリン（ＰＣ、ＧＰＣｈｏまたはレシチンとしても知られる）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥまたはＧＰＥｔｎ）及びホスファチジルセリン（ＰＳまたはＧＰＳｅｒ）である。
スフィンゴ脂質は、共通の構造的特徴であるスフィンゴイド塩基骨格を共有する化合物の複雑なファミリーである。哺乳類における主要なスフィンゴイド塩基は、一般にスフィンゴシンと称される。セラミド（Ｎ－アシル－スフィンゴイド塩基）は、アミド結合脂肪酸を有するスフィンゴイド塩基誘導体の主要なサブクラスである。脂肪酸は、典型的には、１６～２６個の炭素原子の鎖長を有する飽和またはモノ不飽和である。哺乳類の主要なホスホスフィンゴ脂質は、スフィンゴミエリン（セラミドホスホコリン）であり、昆虫は、主にセラミドホスホエタノールアミンを含み、真菌は、フィトセラミドホスホイノシトール及びマンノース含有頭部基を有する。糖スフィンゴ脂質は、スフィンゴイド塩基にグリコシド結合を介して連結された１つ以上の糖残基からなる多様な分子ファミリーである。これらの例は、セレブロシド及びガングリオシドなどの単純及び複雑な糖スフィンゴ脂質である。
コレステロール及びその誘導体、またはトコフェロール及びその誘導体などのステロール脂質は、グリセロリン脂質及びスフィンゴミエリンとともに、膜脂質の重要な構成要素である。
糖脂質は、脂肪酸が糖骨格に直接連結され、膜二重層と適合する構造を形成する化合物を記載する。糖脂質において、単糖は、グリセロ脂質及びグリセロリン脂質に存在するグリセロール骨格を置換する。最もよく知られている糖脂質は、グラム陰性細菌におけるリポ多糖類の脂質Ａ成分のアシル化グルコサミン前駆体である。典型的な脂質Ａ分子は、グルコサミンの二糖類であり、これらは、７個までの脂肪族アシル鎖で誘導体化される。Ｅ．ｃｏｌｉの増殖に必要な最小限のリポ多糖は、２つの３－デオキシ－Ｄ－マンノ－オクツロソン酸（Ｋｄｏ）残基でグリコシル化されたグルコサミンのヘキサアシル化二糖である、Ｋｄｏ２－脂質Ａである。
ポリケチドは、古典的な酵素、ならびに脂肪酸合成酵素と機械的特徴を共有する反復酵素及び多モジュール酵素によるアセチル及びプロピオニルサブユニットの重合によって合成される。それらは、多数の二次代謝産物及び動物、植物、細菌、真菌及び海洋源からの天然物を含み、非常に多様な構造を有する。多くのポリケチドは、その骨格がしばしば、グリコシル化、メチル化、ヒドロキシル化、酸化、または他のプロセスによって更に修飾される環状分子である。
本開示によれば、脂質及び脂質様材料は、カチオン性、アニオン性、または中性であり得る。中性脂質または脂質様材料は、選択されたｐＨで非荷電または中性両性イオン形態で存在する。
カチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料
本明細書に記載の核酸粒子は、粒子形成剤として、少なくとも１つのカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料を含み得る。本明細書で使用することが企図されるカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料には、核酸に静電的に結合することができる任意のカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料が含まれる。一実施形態では、本明細書の使用が企図されるカチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料は、核酸と複合体を形成するか、または核酸が包囲もしくは封入される小胞を形成することによって、核酸と会合することができる。
本明細書で使用される場合、「カチオン性脂質」または「カチオン性脂質様材料」は、正味の正電荷を有する脂質または脂質様材料を指す。カチオン性脂質または脂質様材料は、静電相互作用によって負に荷電した核酸に結合する。一般に、カチオン性脂質は、親油性部分、例えば、ステロール、アシル鎖、ジアシル鎖またはそれ以上のアシル鎖を有し、脂質の頭部基は、典型的には、正電荷を担持する。
ある特定の実施形態では、カチオン性脂質または脂質様材料は、ある特定のｐＨ、特に酸性ｐＨでのみ正味の正電荷を有する一方、好ましくは正味の正電荷を有さず、好ましくは電荷を有さず、すなわち、生理学的ｐＨなどの異なる、好ましくはより高いｐＨで中性である。このイオン化可能な挙動は、生理学的ｐＨでカチオン性のままの粒子と比較して、エンドソーム逃避を助け、毒性を低減することによって有効性を高めると考えられている。
本開示の目的のために、かかる「カチオン性にイオン化可能な」脂質または脂質様材料は、状況と矛盾しない限り、「カチオン性脂質または脂質様材料」という用語によって含まれる。
一実施形態では、カチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料は、正電荷であるか、またはプロトン化することができる少なくとも１つの窒素原子（Ｎ）を含む頭部基を含む。
カチオン性脂質の例としては、１，２－ジオレオイル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）；Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ジオレイルオキシプロピルアミン（ＤＯＤＭＡ）、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）、３－（Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノエタン）－カルバモイル）コレステロール（ＤＣ－Ｃｈｏｌ）、ジメチルジオクタデシルアンモニウム（ＤＤＡＢ）；１，２－ジオレオイル－３－ジメチルアンモニウム－プロパン（ＤＯＤＡＰ）；１，２－ジアシルオキシ－３－ジメチルアンモニウムプロパン；１，２－ジアルキルオキシ－３－ジメチルアンモニウムプロパン；ジオクタデシルジメチルアンモニウムクロリド（ＤＯＤＡＣ）、１，２－ジステアリルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、２，３－ジ（テトラデコキシ）プロピル－（２－ヒドロキシエチル）－ジメチルアザニウム（ＤＭＲＩＥ）、１，２－ジミリストイル－ｓｎ－グリセロ－３－エチルホスホコリン（ＤＭＥＰＣ）、１，２－ジミリストイル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＭＴＡＰ）、１，２－ジオレイルオキシプロピル－３－ジメチル－ヒドロキシエチルアンモニウムブロミド（ＤＯＲＩＥ）、及び２，３－ジオレオイルオキシ－Ｎ－［２（スペルミンカルボキサミド）エチル］－Ｎ，Ｎ－ジメチル－１－プロパンアミウムトリフルオロアセテート（ＤＯＳＰＡ）、１，２－ジリノレイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＤＭＡ）、１，２－ジリノレニルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｅｎＤＭＡ）、ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン（ＤＯＧＳ）、３－ジメチルアミノ－２－（コレスト－５－エン－３－ベータ－オキシブタン－４－オキシ）－１－（シス，シス－９，１２－オクタデカジエノキシ）プロパン（ＣＬｉｎＤＭＡ）、２－［５’－（コレスト－５－エン－３－ベータ－オキシ）－３’－オキサペントキシ］－３－ジメチル－１－（シス，シス－９’，１２’－オクタデカジエノキシ）プロパン（ＣｐＬｉｎＤＭＡ）、Ｎ，Ｎ－ジメチル－３，４－ジオレイルオキシベンジルアミン（ＤＭＯＢＡ）、１，２－Ｎ，Ｎ’－ジオレイルカルバミル－３－ジメチルアミノプロパン（ＤＯｃａｒｂＤＡＰ）、２，３－ジリノレオイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルプロピルアミン（ＤＬｉｎＤＡＰ）、１，２－Ｎ，Ｎ’－ジリノレイルカルバミル－３－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎｃａｒｂＤＡＰ）、１，２－ジリノレオイルカルバミル－３－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎＣＤＡＰ）、２，２－ジリノレイル－４－ジメチルアミノメチル－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－Ｋ－ＤＭＡ）、２，２－ジリノレイル－４－ジメチルアミノエチル－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－Ｋ－ＸＴＣ２－ＤＭＡ）、２，２－ジリノレイル－４－（２－ジメチルアミノエチル）－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ）、ヘプタトリアコンタ－６，９，２８，３１－テトラエン－１９－イル－４－（ジメチルアミノ）ブタノエート（ＤＬｉｎ－ＭＣ３－ＤＭＡ）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ）－１－プロパンアミニウムブロミド（ＤＭＲＩＥ）、（±）－Ｎ－（３－アミノプロピル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（シス－９－テトラデセニルオキシ）－１－プロパンアミニウムブロミド（ＧＡＰ－ＤＭＯＲＩＥ）、（±）－Ｎ－（３－アミノプロピル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（ドデシルオキシ）－１－プロパンアミニウムブロミド（ＧＡＰ－ＤＬＲＩＥ）、（±）－Ｎ－（３－アミノプロピル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ）－１－プロパンアミニウムブロミド（ＧＡＰ－ＤＭＲＩＥ）、Ｎ－（２－アミノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ）－１－プロパンアミニウムブロミド（βＡＥ－ＤＭＲＩＥ）、Ｎ－（４－カルボキシベンジル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（オレオイルオキシ）プロパン－１－アミニウム（ＤＯＢＡＱ）、２－（｛８－［（３β）－コレスト－５－エン－３－イルオキシ］オクチル｝オキシ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－［（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエン－１－イルオキシ］プロパン－１－アミン（オクチル－ＣＬｉｎＤＭＡ）、１，２－ジミリストイル－３－ジメチルアンモニウム－プロパン（ＤＭＤＡＰ）、１，２－ジパルミトイル－３－ジメチルアンモニウム－プロパン（ＤＰＤＡＰ）、Ｎ１－［２－（（１Ｓ）－１－［（３－アミノプロピル）アミノ］－４－［ジ（３－アミノ－プロピル）アミノ］ブチルカルボキサミド）エチル］－３，４－ジ［オレイルオキ］－ベンズアミド（ＭＶＬ５）、１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－エチルホスホコリン（ＤＯＥＰＣ）、２，３－ビス（ドデシルオキシ）－Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチルプロパン－１－アンモニウムブロミド（ＤＬＲＩＥ）、Ｎ－（２－アミノエチル）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ）プロパン－１－アミニウムブロミド（ＤＭＯＲＩＥ）、ジ（Ｚ）－ノン－２－エン－１－イル）８，８’－（（（（２（ジメチルアミノ）エチル）チオ）カルボニル）アザネジイル）ジオクタノエート（ＡＴＸ）、Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（ドデシルオキシ）プロパン－１－アミン（ＤＬＤＭＡ）、Ｎ，Ｎ－ジメチル－２，３－ビス（テトラデシルオキシ）プロパン－１－アミン（ＤＭＤＭＡ）、ジ（（Ｚ）－ノン－２－エン－１－イル）－９－（（４－（ジメチルアミノブタノイル）オキシ）ヘプタデカンジオエート（Ｌ３１９）、Ｎ－ドデシル－３－（（２－ドデシルカルバモイル－エチル）－｛２－［（２－ドデシルカルバモイル－エチル）－２－｛（２－ドデシルカルバモイル－エチル）－［２－（２－ドデシルカルバモイル－エチルアミノ）－エチル］－アミノ｝－エチルアミノ］プロピオンアミド（リピドイド９８Ｎ１２－５）、１－［２－［ビス（２－ヒドロキシドデシル）アミノ］エチル－［２－［４－［２－［ビス（２ヒドロキシドデシル）アミノ］エチル］ピペラジン－１－イル］エチル］アミノ］ドデカン－２－オール（リピドイドＣ１２－２００）が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、粒子内に存在する総脂質の約１０ｍｏｌ％～約１００ｍｏｌ％、約２０ｍｏｌ％～約１００ｍｏｌ％、約３０ｍｏｌ％～約１００ｍｏｌ％、約４０ｍｏｌ％～約１００ｍｏｌ％、または約５０ｍｏｌ％～約１００ｍｏｌ％を構成し得る。
追加の脂質または脂質様材料
本明細書に記載の粒子はまた、カチオン性脂質もしくはカチオン性にイオン化可能な脂質または脂質様材料以外の脂質または脂質様材料、すなわち、非カチオン性脂質または脂質様材料（非カチオン性にイオン化不可能な脂質または脂質様材料を含む）を含んでもよい。まとめて、アニオン性及び中性脂質または脂質様材料は、本明細書において非カチオン性脂質または脂質様材料と称される。イオン化可能／カチオン性脂質または脂質様材料に加えて、コレステロール及び脂質などの他の疎水性部分の添加による核酸粒子の配合を最適化することにより、核酸送達の粒子安定性及び有効性を強化することができる。
追加の脂質または脂質様材料を組み込んでもよく、これは、核酸粒子の全体的な電荷に影響を及ぼしても及ぼさなくてもよい。ある特定の実施形態では、追加の脂質または脂質様材料は、非カチオン性脂質または脂質様材料である。非カチオン性脂質は、例えば、１つ以上のアニオン性脂質及び／または中性脂質を含んでよい。本明細書で使用される場合、「アニオン性脂質」は、選択されたｐＨで負に荷電された任意の脂質を指す。本明細書で使用される場合、「中性脂質」は、選択されたｐＨで非荷電または中性両性イオン形態のいずれかで存在するいくつかの脂質種のいずれかを指す。好ましい実施形態では、追加の脂質は、以下の中性脂質成分のうちの１つを含む：（１）リン脂質、（２）コレステロールもしくはその誘導体、または（３）リン脂質及びコレステロールもしくはその誘導体の混合物。コレステロール誘導体の例としては、コレステロール、コレスタノン、コレステノン、コプロスタノール、コレステリル－２’－ヒドロキシエチルエーテル、コレステリル－４’－ヒドロキシブチルエーテル、トコフェロール及びそれらの誘導体、ならびにそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。
使用することができる特定のリン脂質としては、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジル酸、ホスファチジルセリン、またはスフィンゴミエリンが挙げられるが、これらに限定されない。かかるリン脂質としては、特に、ジアシルホスファチジルコリン、例えば、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）、ジペンタデカノイルホスファチジルコリン、ジラウロイルホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ジアラキドイルホスファチジルコリン（ＤＡＰＣ）、ジベヘノイルホスファチジルコリン（ＤＢＰＣ）、ジトリコサノイルホスファチジルコリン（ＤＴＰＣ）、ジリグノセロイルファチジルコリン（ＤＬＰＣ）、パルミトイルオレオイル－ホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（１８：０ジエーテルＰＣ）、１－オレオイル－２－コレステリルヘミスクシノイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＯＣｈｅｍｓＰＣ）、１－ヘキサデシル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（Ｃ１６ Ｌｙｓｏ ＰＣ）、及びホスファチジルエタノールアミン、特にジアシルホスファチジルエタノールアミン、例えば、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、ジステアロイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＳＰＥ）、ジパルミトイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＰＰＥ）、ジミリストイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＭＰＥ）、ジラウロイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＬＰＥ）、ジフィタノイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＰｙＰＥ）、及び更には異なる疎水性鎖を有するホスファチジルエタノールアミン脂質が挙げられる。
ある特定の好ましい実施形態では、追加の脂質は、ＤＳＰＣまたはＤＳＰＣ及びコレステロールである。
ある特定の実施形態では、核酸粒子は、カチオン性脂質及び追加の脂質の両方を含む。
一実施形態では、本明細書に記載の粒子は、ペグ化脂質などのポリマー抱合脂質を含む。「ペグ化脂質」という用語は、脂質部分及びポリエチレングリコール部分の両方を含む分子を指す。ペグ化脂質は、当該技術分野で既知である。
理論によって拘束されることを望むものではないが、少なくとも１つの追加の脂質の量と比較した少なくとも１つのカチオン性脂質の量は、核酸の電荷、粒径、安定性、組織選択性、及び生物活性などの重要な核酸粒子特徴に影響を及ぼし得る。したがって、いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン性脂質と少なくとも１つの追加の脂質とのモル比は、約１０：０～約１：９、約４：１～約１：２、または約３：１～約１：１である。
いくつかの実施形態では、非カチオン性脂質、特に中性脂質（例えば、１つ以上のリン脂質及び／またはコレステロール）は、粒子内に存在する総脂質の約０ｍｏｌ％～約９０ｍｏｌ％、約０ｍｏｌ％～約８０ｍｏｌ％、約０ｍｏｌ％～約７０ｍｏｌ％、約０ｍｏｌ％～約６０ｍｏｌ％、または約０ｍｏｌ％～約５０ｍｏｌ％を構成し得る。
リポプレックス粒子
本開示のある特定の実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＲＮＡリポプレックス粒子に存在してもよい。
本開示の文脈において、「ＲＮＡリポプレックス粒子」という用語は、脂質、特にカチオン性脂質、及びＲＮＡを含有する粒子に関する。正に荷電したリポソームと負に荷電したＲＮＡとの間の静電相互作用は、ＲＮＡリポプレックス粒子の複合体形成及び自発的形成をもたらす。正に荷電したリポソームは、一般に、ＤＯＴＭＡなどのカチオン性脂質、及びＤＯＰＥなどの追加の脂質を使用して合成されてもよい。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、ナノ粒子である。
ある特定の実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、カチオン性脂質及び追加の脂質の両方を含む。例となる実施形態では、カチオン性脂質は、ＤＯＴＭＡであり、追加の脂質は、ＤＯＰＥである。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン性脂質と少なくとも１つの追加の脂質とのモル比は、約１０：０～約１：９、約４：１～約１：２、または約３：１～約１：１である。具体的な実施形態では、モル比は、約３：１、約２．７５：１、約２．５：１、約２．２５：１、約２：１、約１．７５：１、約１．５：１、約１．２５：１、または約１：１であり得る。例となる実施形態では、少なくとも１つのカチオン性脂質と少なくとも１つの追加の脂質とのモル比は、約２：１である。
本明細書に記載のＲＮＡリポプレックス粒子は、一実施形態では、約２００ｎｍ～約１０００ｎｍ、約２００ｎｍ～約８００ｎｍ、約２５０～約７００ｎｍ、約４００～約６００ｎｍ、約３００ｎｍ～約５００ｎｍ、または約３５０ｎｍ～約４００ｎｍの範囲の平均直径を有する。特定の実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、約２００ｎｍ、約２２５ｎｍ、約２５０ｎｍ、約２７５ｎｍ、約３００ｎｍ、約３２５ｎｍ、約３５０ｎｍ、約３７５ｎｍ、約４００ｎｍ、約４２５ｎｍ、約４５０ｎｍ、約４７５ｎｍ、約５００ｎｍ、約５２５ｎｍ、約５５０ｎｍ、約５７５ｎｍ、約６００ｎｍ、約６２５ｎｍ、約６５０ｎｍ、約７００ｎｍ、約７２５ｎｍ、約７５０ｎｍ、約７７５ｎｍ、約８００ｎｍ、約８２５ｎｍ、約８５０ｎｍ、約８７５ｎｍ、約９００ｎｍ、約９２５ｎｍ、約９５０ｎｍ、約９７５ｎｍ、または約１０００ｎｍの平均直径を有する。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、約２５０ｎｍ～約７００ｎｍの範囲の平均直径を有する。別の実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、約３００ｎｍ～約５００ｎｍの範囲の平均直径を有する。例となる実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子は、約４００ｎｍの平均直径を有する。
本明細書に記載のＲＮＡリポプレックス粒子及びＲＮＡリポプレックス粒子を含む組成物は、非経口投与後、特に静脈内投与後の標的組織へのＲＮＡの送達に有用である。ＲＮＡリポプレックス粒子は、エタノール中の脂質の溶液を水または好適な水相に注入することによって得ることができるリポソームを使用して調製され得る。一実施形態では、水相は、酸性ｐＨを有する。一実施形態では、水相は、例えば、約５ｍＭの量で酢酸を含む。リポソームは、リポソームをＲＮＡと混合することによってＲＮＡリポプレックス粒子を調製するために使用され得る。一実施形態では、リポソーム及びＲＮＡリポプレックス粒子は、少なくとも１つのカチオン性脂質及び少なくとも１つの追加の脂質を含む。一実施形態では、少なくとも１つのカチオン性脂質は、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）及び／または１，２－ジオレオイル－３－トリメチルアンモニウム－プロパン（ＤＯＴＡＰ）を含む。一実施形態では、少なくとも１つの追加の脂質は、１，２－ジ－（９Ｚ－オクタデセノイル）－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、コレステロール（Ｃｈｏｌ）及び／または１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＯＰＣ）を含む。一実施形態では、少なくとも１つのカチオン性脂質は、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）を含み、少なくとも１つの追加の脂質は、１，２－ジ－（９Ｚ－オクタデセノイル）－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む。一実施形態では、リポソーム及びＲＮＡリポプレックス粒子は、１，２－ジ－Ｏ－オクタデセニル－３－トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＭＡ）及び１，２－ジ－（９Ｚ－オクタデセノイル）－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン（ＤＯＰＥ）を含む。
脾臓を標的とするＲＮＡリポプレックス粒子は、ＷＯ２０１３／１４３６８３（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。正味の負電荷を有するＲＮＡリポプレックス粒子を使用して、抗原提示細胞、特に樹状細胞などの脾臓組織または脾臓細胞を優先的に標的とし得ることが分かっている。したがって、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、脾臓におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現が生じる。したがって、本開示のＲＮＡリポプレックス粒子は、脾臓においてＲＮＡを発現するために使用することができる。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、肺及び／または肝臓におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現は、生じないか、または本質的に生じない。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、脾臓におけるプロフェッショナル抗原提示細胞などの抗原提示細胞におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現が生じる。したがって、本開示のＲＮＡリポプレックス粒子は、かかる抗原提示細胞においてＲＮＡを発現するために使用することができる。一実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞及び／またはマクロファージである。
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）
一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡなどの核酸は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）の形態で投与される。ＬＮＰは、１つ以上の核酸分子が付着している、または１つ以上の核酸分子が封入されている粒子を形成することができる任意の脂質を含んでもよい。
一実施形態では、ＬＮＰは、１つ以上のカチオン性脂質、及び１つ以上の安定化脂質を含む。安定化脂質としては、中性脂質及びペグ化脂質が挙げられる。
一実施形態では、ＬＮＰは、カチオン性脂質、中性脂質、ステロイド、ポリマー抱合脂質、及び脂質ナノ粒子内に封入されているか、または脂質ナノ粒子と会合されているＲＮＡを含む。
一実施形態では、ＬＮＰは、４０～５５モルパーセント、４０～５０モルパーセント、４１～４９モルパーセント、４１～４８モルパーセント、４２～４８モルパーセント、４３～４８モルパーセント、４４～４８モルパーセント、４５～４８モルパーセント、４６～４８モルパーセント、４７～４８モルパーセント、または４７．２～４７．８モルパーセントのカチオン性脂質を含む。一実施形態では、ＬＮＰは、約４７．０、４７．１、４７．２、４７．３、４７．４、４７．５、４７．６、４７．７、４７．８、４７．９、または４８．０モルパーセントのカチオン性脂質を含む。
一実施形態では、中性脂質は、５～１５モルパーセント、７～１３モルパーセント、または９～１１モルパーセントの範囲の濃度で存在する。一実施形態では、中性脂質は、約９．５、１０、または１０．５モルパーセントの濃度で存在する。
一実施形態では、ステロイドは、３０～５０モルパーセント、３５～４５モルパーセント、または３８～４３モルパーセントの範囲の濃度で存在する。一実施形態では、ステロイドは、約４０、４１、４２、４３、４４、４５、または４６モルパーセントの濃度で存在する。
一実施形態では、ＬＮＰは、１～１０モルパーセント、１～５モルパーセント、または１～２．５モルパーセントのポリマー抱合脂質を含む。
一実施形態では、ＬＮＰは、４０～５０モルパーセントのカチオン性脂質、５～１５モルパーセントの中性脂質、３５～４５モルパーセントのステロイド、１～１０モルパーセントのポリマー抱合脂質、及び脂質ナノ粒子内に封入されているか、または脂質ナノ粒子と会合されているＲＮＡを含む。
一実施形態では、モルパーセントは、脂質ナノ粒子に存在する脂質の総モルに基づいて決定される。
一実施形態では、中性脂質は、ＤＳＰＣ、ＤＰＰＣ、ＤＭＰＣ、ＤＯＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＯＰＥ、ＤＯＰＧ、ＤＰＰＧ、ＰＯＰＥ、ＤＰＰＥ、ＤＭＰＥ、ＤＳＰＥ、及びＳＭからなる群から選択される。一実施形態では、中性脂質は、ＤＳＰＣ、ＤＰＰＣ、ＤＭＰＣ、ＤＯＰＣ、ＰＯＰＣ、ＤＯＰＥ、及びＳＭからなる群から選択される。一実施形態では、中性脂質は、ＤＳＰＣである。
一実施形態では、ステロイドは、コレステロールである。
一実施形態では、ポリマー抱合脂質は、ペグ化脂質である。一実施形態では、ペグ化脂質は、以下の構造：
Figure 2023081859000137
 またはその薬学的に許容される塩、互変異性体、もしくは立体異性体を有し、式中、
Ｒ１２及びＲ１３は、各々独立して、１０～３０個の炭素原子を含有する直鎖または分枝鎖、飽和または不飽和アルキル鎖であり、アルキル鎖は、１つ以上のエステル結合によって任意に中断され、ｗは、３０～６０の範囲の平均値を有する。一実施形態では、Ｒ１２及びＲ１３は、各々独立して、１２～１６個の炭素原子を含有する直鎖飽和アルキル鎖である。一実施形態では、ｗは、４０～５５の範囲の平均値を有する。一実施形態では、平均ｗは、約４５である。一実施形態では、Ｒ１２及びＲ１３は、各々独立して、約１４個の炭素原子を含有する直鎖飽和アルキル鎖であり、ｗは、約４５の平均値を有する。
一実施形態では、ペグ化脂質は、例えば、以下の構造を有するＤＭＧ－ＰＥＧ ２０００である。
Figure 2023081859000138
いくつかの実施形態では、ＬＮＰのカチオン性脂質成分は、式（ＩＩＩ）の構造：
Figure 2023081859000139
 またはその薬学的に許容される塩、互変異性体、プロドラッグ、もしくは立体異性体を有し、式中、
Ｌ１またはＬ２のうちの一方は、－Ｏ（Ｃ＝Ｏ）－、－（Ｃ＝Ｏ）Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）ｘ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｓ－、ＳＣ（＝Ｏ）－、－ＮＲａＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲａ－、ＮＲａＣ（＝Ｏ）ＮＲａ－、－ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲａ－、または－ＮＲａＣ（＝Ｏ）Ｏ－であり、Ｌ１またはＬ２の他方は、－Ｏ（Ｃ＝Ｏ）－、－（Ｃ＝Ｏ）Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－、－Ｓ（Ｏ）ｘ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｃ（＝Ｏ）Ｓ－、ＳＣ（＝Ｏ）－、－ＮＲａＣ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲａ－、ＮＲａＣ（＝Ｏ）ＮＲａ－、－ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲａ－もしくは－ＮＲａＣ（＝Ｏ）Ｏ－、または直接結合であり、
Ｇ１及びＧ２は、各々独立して、非置換Ｃ１～Ｃ１２アルキレンまたはＣ１～Ｃ１２アルケニレンであり、
Ｇ３は、Ｃ１～Ｃ２４アルキレン、Ｃ１～Ｃ２４アルケニレン、Ｃ３～Ｃ８シクロアルキレン、Ｃ３～Ｃ８シクロアルケニレンであり、
Ｒａは、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、
Ｒ１及びＲ２は、各々独立して、Ｃ６～Ｃ２４アルキルまたはＣ６～Ｃ２４アルケニルであり、
Ｒ３は、Ｈ、ＯＲ５、ＣＮ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ４、－ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ４、または－ＮＲ５Ｃ（＝Ｏ）Ｒ４であり、
Ｒ４は、Ｃ１～Ｃ１２アルキルであり、
Ｒ５は、ＨまたはＣ１～Ｃ６アルキルであり、
ｘは、０、１、または２である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、脂質は、以下の構造（ＩＩＩＡ）または（ＩＩＩＢ）のうちの１つを有し、
Figure 2023081859000140
 式中、
Ａは、３～８員のシクロアルキルまたはシクロアルキレン環であり、
Ｒ６は、各出現において、独立して、Ｈ、ＯＨ、またはＣ１～Ｃ２４アルキルであり、
ｎは、１～１５の範囲の整数である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、脂質は、構造（ＩＩＩＡ）を有し、他の実施形態では、脂質は、構造（ＩＩＩＢ）を有する。
式（ＩＩＩ）の他の実施形態では、脂質は、以下の構造（ＩＩＩＣ）または（ＩＩＩＤ）のうちの１つを有し、
Figure 2023081859000141
 式中、ｙ及びｚは、各々独立して、１～１２の範囲の整数である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいずれかでは、Ｌ１またはＬ２のうちの１つは、－Ｏ（Ｃ＝Ｏ）－である。例えば、いくつかの実施形態では、Ｌ１及びＬ２の各々は、－Ｏ（Ｃ＝Ｏ）－である。前述のうちのいずれかのいくつかの異なる実施形態では、Ｌ１及びＬ２は、各々独立して、－（Ｃ＝Ｏ）Ｏ－または－Ｏ（Ｃ＝Ｏ）－である。例えば、いくつかの実施形態では、Ｌ１及びＬ２の各々は、－（Ｃ＝Ｏ）Ｏ－である。
式（ＩＩＩ）のいくつかの異なる実施形態では、脂質は、以下の構造（ＩＩＩＥ）または（ＩＩＩＦ）のうちの１つを有する：
Figure 2023081859000142
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、脂質は、以下の構造（ＩＩＩＧ）、（ＩＩＩＨ）、（ＩＩＩＩ）、または（ＩＩＩＪ）のうちの１つを有する：
Figure 2023081859000143
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、ｎは、２～１２、例えば、２～８または２～４の範囲の整数である。例えば、いくつかの実施形態では、ｎは、３、４、５、または６である。いくつかの実施形態では、ｎは、３である。いくつかの実施形態では、ｎは、４である。いくつかの実施形態では、ｎは、５である。いくつかの実施形態では、ｎは、６である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかの他の実施形態では、ｙ及びｚは、各々独立して、２～１０の範囲の整数である。例えば、いくつかの実施形態では、ｙ及びｚは、各々独立して、４～９または４～６の範囲の整数である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、Ｒ６は、Ｈである。前述の実施形態のうちの他の実施形態では、Ｒ６は、Ｃ１～Ｃ２４アルキルである。他の実施形態では、Ｒ６は、ＯＨである。
式（ＩＩＩ）のいくつかの実施形態では、Ｇ３は、非置換である。他の実施形態では、Ｇ３は、置換されている。様々な異なる実施形態では、Ｇ３は、直鎖Ｃ１～Ｃ２４アルキレンまたは直鎖Ｃ１～Ｃ２４アルケニレンである。
式（ＩＩＩ）のいくつかの他の前述の実施形態では、Ｒ１もしくはＲ２、または両方は、Ｃ６～Ｃ２４アルケニルである。例えば、いくつかの実施形態では、Ｒ１及びＲ２は、各々独立して、以下の構造を有し、
Figure 2023081859000144
 式中、
Ｒ７ａ及びＲ７ｂは、各出現において、独立して、ＨまたはＣ１～Ｃ１２アルキルであり、
ａは、２～１２の整数であり、
Ｒ７ａ、Ｒ７ｂ及びａは各々、Ｒ１及びＲ２が各々独立して、６～２０個の炭素原子を含むように選択される。例えば、いくつかの実施形態では、ａは、５～９または８～１２の範囲の整数である。
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、Ｒ７ａの少なくとも１つの出現は、Ｈである。例えば、いくつかの実施形態では、Ｒ７ａは、各出現においてＨである。前述の他の異なる実施形態では、Ｒ７ｂの少なくとも１つの出現は、Ｃ１～Ｃ８アルキルである。例えば、いくつかの実施形態では、Ｃ１～Ｃ８アルキルは、メチル、エチル、ｎ－プロピル、イソ－プロピル、ｎ－ブチル、イソ－ブチル、ｔｅｒｔ－ブチル、ｎ－ヘキシル、またはｎ－オクチルである。
式（ＩＩＩ）の異なる実施形態では、Ｒ１もしくはＲ２、または両方は、以下の構造のうちの１つを有する：
Figure 2023081859000145
式（ＩＩＩ）の前述の実施形態のうちのいくつかでは、Ｒ３は、ＯＨ、ＣＮ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ４、－ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ４または－ＮＨＣ（＝Ｏ）Ｒ４である。いくつかの実施形態では、Ｒ４は、メチルまたはエチルである。
様々な異なる実施形態では、式（ＩＩＩ）のカチオン性脂質は、以下の表に記載される構造のうちの１つを有する。
Figure 2023081859000146
Figure 2023081859000147
Figure 2023081859000148
Figure 2023081859000149
Figure 2023081859000150
Figure 2023081859000151
いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、式（ＩＩＩ）の脂質、ＲＮＡ、中性脂質、ステロイド、及びペグ化脂質を含む。いくつかの実施形態では、式（ＩＩＩ）の脂質は、化合物ＩＩＩ－３である。いくつかの実施形態では、中性脂質は、ＤＳＰＣである。いくつかの実施形態では、ステロイドは、コレステロールである。いくつかの実施形態では、ペグ化脂質は、ＡＬＣ－０１５９である。
いくつかの実施形態では、カチオン性脂質は、ＬＮＰ中に約４０～約５０モルパーセントの量で存在する。一実施形態では、中性脂質は、ＬＮＰ中に約５～約１５モルパーセントの量で存在する。一実施形態では、ステロイドは、ＬＮＰ中に約３５～約４５モルパーセントの量で存在する。一実施形態では、ペグ化脂質は、ＬＮＰ中に約１～約１０モルパーセントの量で存在する。
いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、約４０～約５０モルパーセントの量の化合物ＩＩＩ－－３、約５～約１５モルパーセントの量のＤＳＰＣ、約３５～約４５モルパーセントの量のコレステロール、及び約１～約１０モルパーセントの量のＡＬＣ－０１５９を含む。
いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、約４７．５モルパーセントの量の化合物ＩＩＩ－３、約１０モルパーセントの量のＤＳＰＣ、約４０．７モルパーセントの量のコレステロール、及び約１．８モルパーセントの量のＡＬＣ－０１５９を含む。
様々な異なる実施形態では、カチオン性脂質は、以下の表に示される構造のうちの１つを有する。
Figure 2023081859000152
いくつかの実施形態では、ＬＮＰは、上記の表に示されるカチオン性脂質、例えば、式（Ｂ）または式（Ｄ）のカチオン性脂質、特に、式（Ｄ）のカチオン性脂質、ＲＮＡ、中性脂質、ステロイド、及びペグ化脂質を含む。いくつかの実施形態では、中性脂質は、ＤＳＰＣである。いくつかの実施形態では、ステロイドは、コレステロールである。いくつかの実施形態では、ペグ化脂質は、ＤＭＧ－ＰＥＧ ２０００である。
一実施形態では、ＬＮＰは、イオン化可能な脂質様材料（リピドイド）であるカチオン性脂質を含む。一実施形態では、カチオン性脂質は、以下の構造を有する。



Figure 2023081859000153
Ｎ／Ｐ値は、好ましくは、少なくとも約４である。いくつかの実施形態では、Ｎ／Ｐ値は、４～２０、４～１２、４～１０、４～８、または５～７の範囲である。一実施形態では、Ｎ／Ｐ値は、約６である。
本明細書に記載のＬＮＰは、一実施形態では、約３０ｎｍ～約２００ｎｍ、または約６０ｎｍ～約１２０ｎｍの範囲の平均直径を有してもよい。
ＲＮＡ標的化
本開示のいくつかの態様は、本明細書に開示されるＲＮＡ（例えば、ワクチン抗原及び／または免疫刺激物質をコードするＲＮＡ）の標的送達を伴う。
一実施形態では、本開示は、肺を標的化することを伴う。投与されるＲＮＡがワクチン抗原をコードするＲＮＡである場合、特に肺を標的とすることが好ましい。ＲＮＡは、例えば、本明細書に記載の粒子、例えば、脂質粒子として製剤化され得るＲＮＡを吸入によって投与することによって、肺に送達され得る。
一実施形態では、本開示は、リンパ系、特に二次リンパ器官、より具体的には脾臓を標的とすることを伴う。リンパ系、特に二次リンパ器官、より具体的には脾臓を標的とすることは、投与されるＲＮＡがワクチン抗原をコードするＲＮＡである場合、特に好ましい。
一実施形態では、標的細胞は、脾臓細胞である。一実施形態では、標的細胞は、脾臓におけるプロフェッショナル抗原提示細胞などの抗原提示細胞である。一実施形態では、標的細胞は、脾臓内の樹状細胞である。
「リンパ系」は循環系の一部であり、リンパを運ぶリンパ管のネットワークを含む免疫系の重要な一部である。リンパ系は、リンパ器官、リンパ管の伝導網、及び循環リンパからなる。一次または中心性リンパ器官は、未成熟前駆細胞からリンパ球を生成する。胸腺及び骨髄は、一次リンパ器官を構成する。リンパ節及び脾臓を含む二次または末梢リンパ器官は、成熟したナイーブリンパ細胞を維持し、適応免疫応答を開始する。
ＲＮＡは、いわゆるリポプレックス製剤によって脾臓に送達されてもよく、ＲＮＡは、カチオン性脂質及び任意に追加のまたはヘルパー脂質を含むリポソームに結合して、注射可能なナノ粒子製剤を形成する。リポソームは、エタノール中の脂質の溶液を水または好適な水相に注入することによって得ることができる。ＲＮＡリポプレックス粒子は、リポソームをＲＮＡと混合することによって調製されてもよい。脾臓を標的とするＲＮＡリポプレックス粒子は、ＷＯ２０１３／１４３６８３（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。正味の負電荷を有するＲＮＡリポプレックス粒子を使用して、抗原提示細胞、特に樹状細胞などの脾臓組織または脾臓細胞を優先的に標的とし得ることが分かっている。したがって、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、脾臓におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現が生じる。したがって、本開示のＲＮＡリポプレックス粒子は、脾臓においてＲＮＡを発現するために使用することができる。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、肺及び／または肝臓におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現は、生じないか、または本質的に生じない。一実施形態では、ＲＮＡリポプレックス粒子の投与後、脾臓におけるプロフェッショナル抗原提示細胞などの抗原提示細胞におけるＲＮＡ蓄積及び／またはＲＮＡ発現が生じる。したがって、本開示のＲＮＡリポプレックス粒子は、かかる抗原提示細胞においてＲＮＡを発現するために使用することができる。一実施形態では、抗原提示細胞は、樹状細胞及び／またはマクロファージである。
本開示のＲＮＡリポプレックス粒子の電荷は、少なくとも１つのカチオン性脂質に存在する電荷とＲＮＡに存在する電荷との合計である。電荷比は、少なくとも１つのカチオン性脂質中に存在する正電荷と、ＲＮＡ中に存在する負電荷との比である。少なくとも１つのカチオン性脂質中に存在する正電荷と、ＲＮＡ中に存在する負電荷との電荷比は、以下の等式：電荷比＝［（カチオン性脂質濃度（ｍｏｌ））＊（カチオン性脂質中の正電荷の総数）］／［（ＲＮＡ濃度（ｍｏｌ））＊（ＲＮＡ中の負電荷の総数）］によって算出される。
生理学的ｐＨでの本明細書に記載の脾臓を標的とするＲＮＡリポプレックス粒子は、好ましくは、正味の負電荷、例えば、約１．９：２～約１：２、または約１．６：２～約１：２、または約１．６：２～約１．１：２の正電荷と負電荷との電荷比を有する。特定の実施形態では、生理学的ｐＨでのＲＮＡリポプレックス粒子における正電荷と負電荷との電荷比は、約１．９：２．０、約１．８：２．０、約１．７：２．０、約１．６：２．０、約１．５：２．０、約１．４：２．０、約１．３：２．０、約１．２：２．０、約１．１：２．０、または約１：２．０である。
免疫刺激物質は、肝臓または肝臓組織へのＲＮＡの優先送達のための製剤中の免疫刺激物質をコードするＲＮＡを対象に投与することによって、対象に提供され得る。ＲＮＡのかかる標的器官または組織への送達は、特に、大量の免疫刺激物質を発現することが望ましい場合、及び／または特にかなりの量の免疫刺激物質の全身的存在が望ましい場合、もしくは必要とされる場合に好ましい。
ＲＮＡ送達系は、肝臓に対して固有の選好を有する。これは、脂質系粒子、カチオン性及び中性ナノ粒子、特に、バイオコンジュゲート中のリポソーム、ナノミセル及び親油性リガンドなどの脂質ナノ粒子に関する。肝臓蓄積は、肝臓血管系または脂質代謝（リポソーム及び脂質またはコレステロールコンジュゲート）の不連続性によって引き起こされる。
肝臓へＲＮＡのインビボ送達のために、薬物送達系を使用して、ＲＮＡの分解を防止することによって、ＲＮＡを肝臓に輸送してもよい。例えば、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）コーティング表面及びＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）含有コアからなるポリプレックスナノミセルは、生理学的条件下では、ナノミセルがＲＮＡの優れたインビボ安定性を提供するため、有用な系である。更に、高密度のＰＥＧパリサードからなるポリプレックスナノミセル表面によって提供されるステルス特性は、宿主免疫防御を効果的に回避する。
肝臓を標的とするのに好適な免疫刺激物質の例は、Ｔ細胞の増殖及び／または維持に関与するサイトカインである。好適なサイトカインの例としては、ＩＬ２またはＩＬ７、その断片及びバリアント、ならびにこれらのサイトカイン、断片及びバリアントの融合タンパク質、例えば、伸長ＰＫサイトカインが挙げられる。
別の実施形態では、免疫刺激物質をコードするＲＮＡは、ＲＮＡをリンパ系、特に二次リンパ器官、より具体的には脾臓に優先的に送達するための製剤で投与され得る。免疫刺激物質のかかる標的組織への送達は、特に、この器官または組織における免疫刺激物質の存在が所望される場合（例えば、免疫応答を誘導するために、特に、Ｔ細胞プライミング中にサイトカインなどの免疫刺激物質が必要とされる場合、または常駐免疫細胞の活性化のために）好ましいが、免疫刺激物質が全身的に、特にかなりの量で存在することは所望されない（例えば、免疫刺激物質が全身毒性を有するため）。
好適な免疫刺激物質の例は、Ｔ細胞プライミングに関与するサイトカインである。好適なサイトカインの例としては、ＩＬ１２、ＩＬ１５、ＩＦＮ－α、またはＩＦＮ－β、それらの断片及びバリアント、ならびにこれらのサイトカイン、断片、及びバリアントの融合タンパク質、例えば、伸長ＰＫサイトカインが挙げられる。
免疫刺激物質
一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、非免疫原性であり得る。この実施形態及び他の実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、免疫刺激物質または免疫刺激物質をコードするＲＮＡと同時投与され得る。本明細書に記載の方法及び薬剤は、免疫刺激物質が薬物動態修飾基（以下、「伸長薬物動態（ＰＫ）」免疫刺激物質と称される）に付着している場合、特に効果的である。本明細書に記載の方法及び薬剤は、免疫刺激物質が、免疫刺激物質をコードするＲＮＡの形態で投与される場合、特に効果的である。一実施形態では、当該ＲＮＡは、全身での利用可能性のために肝臓を標的とする。肝細胞を効率的にトランスフェクトすることができ、大量のタンパク質を産生することができる。
「免疫刺激物質」は、免疫系の構成要素のうちのいずれか、特に免疫エフェクター細胞の活性化を誘導するか、または活性を増加させることによって免疫系を刺激する任意の物質である。免疫刺激物質は、炎症促進性であり得る。
一態様によれば、免疫刺激物質は、サイトカインまたはそのバリアントである。サイトカインの例としては、インターフェロン－アルファ（ＩＦＮ－α）またはインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）などのインターフェロン、ＩＬ２、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１５、及びＩＬ２３などのインターロイキン、Ｍ－ＣＳＦ及びＧＭ－ＣＳＦなどのコロニー刺激因子、ならびに腫瘍壊死因子が挙げられる。別の態様によれば、免疫刺激物質は、ＡＰＣ Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストまたは共刺激／細胞接着膜タンパク質などのアジュバント型免疫刺激物質を含む。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストの例としては、ＣＤ８０、ＣＤ８６、及びＩＣＡＭ－１などの共刺激／接着タンパク質が挙げられる。
サイトカインは、細胞シグナル伝達において重要である小タンパク質（約５～２０ｋＤａ）のカテゴリーである。それらの放出は、周囲の細胞の挙動に影響を及ぼす。サイトカインは、免疫調節剤として、自己分泌シグナル伝達、パラクリンシグナル伝達、及び内分泌シグナル伝達に関与する。サイトカインとしては、ケモカイン、インターフェロン、インターロイキン、リンホカイン、及び腫瘍壊死因子が挙げられるが、（用語にある程度の重複があるにもかかわらず）一般的にホルモンまたは成長因子は含まれない。サイトカインは、マクロファージ、Ｂリンパ球、Ｔリンパ球、及び肥満細胞のような免疫細胞、ならびに内皮細胞、線維芽細胞、及び様々な間質細胞を含む広範囲の細胞によって産生される。所与のサイトカインは、２つ以上のタイプの細胞によって産生され得る。サイトカインは、受容体を介して作用し、免疫系において特に重要であり、サイトカインは、体液性及び細胞ベースの免疫応答のバランスを調節し、それらは、特定の細胞集団の成熟、成長、及び応答性を調節する。いくつかのサイトカインは、複雑な方法で他のサイトカインの作用を強化または阻害する。
本開示によれば、サイトカインは、天然に存在するサイトカイン、またはその機能的断片もしくはバリアントであり得る。サイトカインは、ヒトサイトカインであり得、任意の脊椎動物、特に任意の哺乳動物に由来し得る。特に好ましいサイトカインの１つは、インターフェロン－αである。
インターフェロン
インターフェロン（ＩＦＮ）は、ウイルス、細菌、寄生虫、及び腫瘍細胞などのいくつかの病原体の存在に応答して宿主細胞によって作製及び放出されるシグナル伝達タンパク質の群である。典型的なシナリオでは、ウイルスに感染した細胞は、インターフェロンを放出し、近くの細胞に抗ウイルス防御を高める。
シグナルが通る受容体の種類に基づいて、インターフェロンは、典型的には、３つのクラス：Ｉ型インターフェロン、ＩＩ型インターフェロン、及びＩＩＩ型インターフェロンに分類される。
全てのＩ型インターフェロンは、ＩＦＮＡＲ１鎖及びＩＦＮＡＲ２鎖からなるＩＦＮ－α／β受容体（ＩＦＮＡＲ）として知られる特定の細胞表面受容体複合体に結合する。
ヒトに存在するＩ型インターフェロンは、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮε、ＩＦＮκ、及びＩＦＮωである。一般に、Ｉ型インターフェロンは、身体が侵入したウイルスを認識するときに産生される。それらは、線維芽細胞及び単球によって産生される。放出されると、Ｉ型インターフェロンは、標的細胞上の特定の受容体に結合し、これは、ウイルスがそのＲＮＡ及びＤＮＡを産生及び複製するのを防止するタンパク質の発現につながる。
ＩＦＮαタンパク質は、主に形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）によって産生される。それらは、主にウイルス感染に対する先天性免疫に関与している。それらの合成を担う遺伝子は、ＩＦＮＡ１、ＩＦＮＡ２、ＩＦＮＡ４、ＩＦＮＡ５、ＩＦＮＡ６、ＩＦＮＡ７、ＩＦＮＡ８、ＩＦＮＡ１０、ＩＦＮＡ１３、ＩＦＮＡ１４、ＩＦＮＡ１６、ＩＦＮＡ１７、ＩＦＮＡ２１と呼ばれる１３の亜型に由来する。これらの遺伝子は、染色体９のクラスター内で一緒に見出される。
ＩＦＮβタンパク質は、線維芽細胞によって大量に産生される。それらは、主に先天性免疫応答に関与する抗ウイルス活性を有する。２種類のＩＦＮβ、ＩＦＮβ１及びＩＦＮβ３が記載されている。ＩＦＮβ１の天然及び組換え形態は、抗ウイルス、抗菌、及び抗がん特性を有する。
ＩＩ型インターフェロン（ヒトにおけるＩＦＮγ）は、免疫インターフェロンとしても知られており、ＩＬ１２によって活性化される。更に、ＩＩ型インターフェロンは、細胞傷害性Ｔ細胞及びＴヘルパー細胞によって放出される。
ＩＩＩ型インターフェロンは、ＩＬ１０Ｒ２（ＣＲＦ２－４とも呼ばれる）及びＩＦＮＬＲ１（ＣＲＦ２－１２とも呼ばれる）からなる受容体複合体を通してシグナル伝達する。Ｉ型及びＩＩ型ＩＦＮよりも最近発見されたが、最近の情報は、いくつかの種類のウイルスまたは真菌感染におけるＩＩＩ型ＩＦＮの重要性を実証する。
一般に、Ｉ型及びＩＩ型インターフェロンは、免疫応答の調節及び活性化を担っている。
本開示によれば、Ｉ型インターフェロンは、好ましくはＩＦＮαまたはＩＦＮβであり、より好ましくはＩＦＮαである。
本開示によれば、インターフェロンは、天然に存在するインターフェロン、またはその機能的断片もしくはバリアントであり得る。インターフェロンは、ヒトインターフェロンであり得、任意の脊椎動物、特に任意の哺乳動物に由来し得る。
インターロイキン
インターロイキン（ＩＬ）は、構造的特徴の区別に基づいて４つの主要な群に分類することができるサイトカイン（分泌タンパク質及びシグナル分子）の群である。しかしながら、それらのアミノ酸配列の類似性はむしろ弱い（典型的には、１５～２５％の同一性）。ヒトゲノムは、５０超のインターロイキン及び関連タンパク質をコードする。
本開示によれば、インターロイキンは、天然に存在するインターロイキン、またはその機能的断片もしくはバリアントであり得る。インターロイキンは、ヒトインターロイキンであり得、任意の脊椎動物、特に任意の哺乳動物に由来し得る。
伸長ＰＫ基
本明細書に記載の免疫刺激ポリペプチドは、免疫刺激物質部分及び異種ポリペプチド（すなわち、免疫刺激物質ではないポリペプチド）を含む融合またはキメラポリペプチドとして調製することができる。免疫刺激物質は、循環半減期を増加させる、伸長ＰＫ基に融合されてもよい。伸長ＰＫ基の非限定的な例については、以下に記載される。サイトカインまたはそのバリアントなどの免疫刺激物質の循環半減期を増加させる他のＰＫ基もまた、本開示に適用可能であることが理解されるべきである。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、血清アルブミンドメイン（例えば、マウス血清アルブミン、ヒト血清アルブミン）である。
本明細書で使用される場合、「ＰＫ」という用語は、「薬物動態的」の頭文字であり、例として、対象による吸収、分布、代謝、及び排除を含む化合物の特性を包含する。本明細書で使用される場合、「伸長ＰＫ基」は、生物活性分子に融合させた場合、またはそれと一緒に投与された場合、生物活性分子の循環半減期を増加させるタンパク質、ペプチド、または部分を指す。伸長ＰＫ基の例としては、血清アルブミン（例えば、ＨＳＡ）、免疫グロブリンＦｃまたはＦｃ断片及びそれらのバリアント、トランスフェリン及びそのバリアント、ならびに（米国公開第２００５／０２８７１５３号及び同第２００７／０００３５４９号に開示されているような）ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）結合剤が挙げられる。他の例示的な伸長ＰＫ基は、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｌ Ｔｈｅｒ，２０１６ Ｊｕｌ；１６（７）：９０３－１５に開示されており、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書で使用される場合、「伸長ＰＫ」免疫刺激物質は、伸長ＰＫ基と組み合わせた免疫刺激物質部分を指す。一実施形態では、伸長ＰＫ免疫刺激物質は、免疫刺激物質部分が伸長ＰＫ基に連結または融合される融合タンパク質である。
ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ免疫刺激物質の血清半減期は、免疫刺激物質単独（すなわち、伸長ＰＫ基に融合されていない免疫刺激物質）と比較して増加する。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ免疫刺激物質の血清半減期は、免疫刺激物質単独の血清半減期と比較して、少なくとも２０、４０、６０、８０、１００、１２０、１５０、１８０、２００、４００、６００、８００、または１０００％長い。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ免疫刺激物質の血清半減期は、免疫刺激物質単独の血清半減期よりも少なくとも１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、６倍、７倍、８倍、１０倍、１２倍、１３倍、１５倍、１７倍、２０倍、２２倍、２５倍、２７倍、３０倍、３５倍、４０倍、または５０倍長い。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ免疫刺激物質の血清半減期は、少なくとも１０時間、１５時間、２０時間、２５時間、３０時間、３５時間、４０時間、５０時間、６０時間、７０時間、８０時間、９０時間、１００時間、１１０時間、１２０時間、１３０時間、１３５時間、１４０時間、１５０時間、１６０時間、または２００時間である。
本明細書で使用される場合、「半減期」は、ペプチドまたはタンパク質などの化合物の血清または血漿濃度が、例えば、天然の機序による分解及び／またはクリアランスまたは隔離に起因してインビボで５０％低減されるまでに要する時間を指す。本明細書での使用に好適な伸長ＰＫ免疫刺激物質は、インビボで安定化され、その半減期は、例えば、分解及び／またはクリアランスまたは隔離に抵抗する血清アルブミン（例えば、ＨＳＡもしくはＭＳＡ）への融合によって増加する。半減期は、薬物動態分析など、それ自体が既知の任意の方法で決定することができる。好適な技法は、当業者には明らかであり、例えば、一般に、好適な用量のアミノ酸配列または化合物を対象に好適に投与するステップと、当該対象から血液試料または他の試料を定期的に収集するステップと、当該血液試料中のアミノ酸配列または化合物のレベルまたは濃度を決定するステップと、そのようにして得られたデータ（のプロット）から、アミノ酸配列または化合物のレベルまたは濃度が、投与時の初期レベルと比較して５０％低減されるまでの時間を算出するステップと、を含み得る。更なる詳細は、例えば、Ｋｅｎｎｅｔｈ，Ａ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ：Ａ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｆｏｒ Ｐｈａｒｍａｃｉｓｔｓ ａｎｄ ｉｎ Ｐｅｔｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（１９９６）などの標準ハンドブックに提供される。また、Ｇｉｂａｌｄｉ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ，２ｎｄ Ｒｅｖ．Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ（１９８２）も参照される。
ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、血清アルブミンもしくはその断片、または血清アルブミンもしくはその断片のバリアントを含む（これらの全ては、本開示の目的のために、「アルブミン」という用語に含まれる）。本明細書に記載のポリペプチドは、アルブミン（またはその断片もしくはバリアント）と融合して、アルブミン融合タンパク質を形成し得る。かかるアルブミン融合タンパク質は、米国公開第２００７００４８２８２号に記載されている。
本明細書で使用される場合、「アルブミン融合タンパク質」は、治療用タンパク質などのタンパク質、特に免疫刺激物質の少なくとも１つの分子への少なくとも１つのアルブミン分子（またはその断片もしくはバリアント）の融合によって形成されるタンパク質を指す。アルブミン融合タンパク質は、治療用タンパク質をコードするポリヌクレオチドが、アルブミンをコードするポリヌクレオチドとインフレームで接合される核酸の翻訳によって生成され得る。治療用タンパク質及びアルブミンは、かつてはアルブミン融合タンパク質の一部であり、各々がアルブミン融合タンパク質の「部分（ｐｏｒｔｉｏｎ）」、「領域」または「部分（ｍｏｉｅｔｙ）」（例えば、「治療用タンパク質部分」または「アルブミンタンパク質部分」）と称され得る。非常に好ましい実施形態では、アルブミン融合タンパク質は、治療用タンパク質の少なくとも１つの分子（治療用タンパク質の成熟形態を含むが、これに限定されない）及びアルブミンの少なくとも１つの分子（アルブミンの成熟形態を含むが、これに限定されない）を含む。一実施形態では、アルブミン融合タンパク質は、投与されるＲＮＡのための標的器官の細胞（例えば、肝臓細胞）などの宿主細胞によって処理され、循環中に分泌される。ＲＮＡの発現に使用される宿主細胞の分泌経路において生じる新生アルブミン融合タンパク質のプロセシングとしては、限定されないが、シグナルペプチド切断、ジスルフィド結合の形成、適切なフォールディング、炭水化物の付加及びプロセシング（例えば、Ｎ及びＯ結合グリコシル化など）、特異的なタンパク質分解切断、及び／または多量体タンパク質への構築が挙げられ得る。アルブミン融合タンパク質は、好ましくは、特にＮ末端にシグナルペプチドを有する非処理形態でＲＮＡによってコードされ、続く細胞による分泌は、好ましくは、特にシグナルペプチドが切断された処理形態で存在する。最も好ましい実施形態では、「アルブミン融合タンパク質の処理形態」は、Ｎ末端シグナルペプチド切断を受けたアルブミン融合タンパク質産物を指し、本明細書では「成熟アルブミン融合タンパク質」とも称される。
好ましい実施形態では、治療用タンパク質を含むアルブミン融合タンパク質は、アルブミンに融合していないときに、同じ治療用タンパク質の血漿安定性と比較してより高い血漿安定性を有する。血漿の安定性は、典型的には、治療用タンパク質がインビボで投与され、血流中に運ばれるまでの期間、及び治療用タンパク質が血流から分解され、クリアされて、最終的に治療用タンパク質を体内からクリアする腎臓または肝臓などの器官に入るまでの期間を指す。血漿安定性は、血流中の治療用タンパク質の半減期の観点から算出される。血流中の治療用タンパク質の半減期は、当該技術分野で既知の一般的なアッセイによって容易に判定することができる。
本明細書で使用される場合、「アルブミン」は、まとめて、アルブミンの１つ以上の機能活性（例えば、生物学的活性）を有するアルブミンタンパク質もしくはアミノ酸配列、またはアルブミン断片もしくはバリアントを指す。特に、「アルブミン」は、ヒトアルブミンまたはその断片もしくはバリアント、特にヒトアルブミンの成熟形態、または他の脊椎動物由来のアルブミンもしくはその断片、またはこれらの分子のバリアントを指す。アルブミンは、任意の脊椎動物、特に任意の哺乳動物、例えば、ヒト、ウシ、ヒツジ、またはブタに由来してもよい。非哺乳類アルブミンとしては、雌鶏及びサケが挙げられるが、これらに限定されない。アルブミン融合タンパク質のアルブミン部分は、治療用タンパク質部分とは異なる動物に由来し得る。
ある特定の実施形態では、アルブミンは、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、またはその断片もしくはバリアント、例えば、ＵＳ５，８７６，９６９、ＷＯ２０１１／１２４７１８、ＷＯ２０１３／０７５０６６、及びＷＯ２０１１／０５１４７８９に開示されているものである。
ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）及びヒトアルブミン（ＨＡ）という用語は、本明細書において互換的に使用される。「アルブミン」及び「血清アルブミン」という用語は、より広範囲であり、ヒト血清アルブミン（ならびにその断片及びバリアント）と同様に他の種（ならびにその断片及びバリアント）由来のアルブミンを包含する。
本明細書で使用される場合、治療用タンパク質の治療活性または血漿安定性を延長するのに十分なアルブミンの断片とは、タンパク質の治療活性または血漿安定性を安定化または延長するのに十分な長さまたは構造のアルブミンの断片であって、アルブミン融合タンパク質の治療用タンパク質部分の血漿安定性が、非融合状態の血漿安定性と比較して延長または伸長されるようなものを指す。
アルブミン融合タンパク質のアルブミン部分は、アルブミン配列の全長を含んでもよく、または治療活性または血漿安定性を安定化または延長することができる１つ以上のその断片を含んでもよい。かかる断片は、１０以上のアミノ酸の長さであってもよく、またはアルブミン配列からの約１５、２０、２５、３０、５０個、またはそれ以上の連続したアミノ酸を含んでもよく、またはアルブミンの特定のドメインの一部または全てを含んでもよい。例えば、最初の２つの免疫グロブリン様ドメインにわたるＨＳＡの１つ以上の断片が使用されてもよい。好ましい実施形態では、ＨＳＡ断片は、ＨＳＡの成熟形態である。
一般的に言えば、アルブミン断片またはバリアントは、少なくとも１００アミノ酸長、好ましくは少なくとも１５０アミノ酸長である。
本開示によれば、アルブミンは、天然に存在するアルブミン、またはその断片もしくはバリアントであり得る。アルブミンは、ヒトアルブミンであり得、任意の脊椎動物、特に任意の哺乳動物に由来し得る。
好ましくは、アルブミン融合タンパク質は、アルブミンをＮ末端部分として含み、治療用タンパク質をＣ末端部分として含む。あるいは、アルブミンをＣ末端部分として、及び治療用タンパク質をＮ末端部分として含むアルブミン融合タンパク質を使用してもよい。他の実施形態では、アルブミン融合タンパク質は、アルブミンのＮ末端及びＣ末端の両方に融合した治療用タンパク質を有する。好ましい実施形態では、Ｎ末端及びＣ末端で融合した治療用タンパク質は、同じ治療用タンパク質である。別の好ましい実施形態では、Ｎ末端及びＣ末端で融合した治療用タンパク質は、異なる治療用タンパク質である。一実施形態では、異なる治療用タンパク質は、両方ともサイトカインである。
一実施形態では、治療用タンパク質（複数可）は、（ａ）ペプチドリンカー（複数可）を介してアルブミンに接合される。融合部分間のリンカーペプチドは、部分間のより大きな物理的分離を提供し得、したがって、例えば、その同族受容体に結合するための治療用タンパク質部分のアクセス可能性を最大化し得る。リンカーペプチドは、それが可撓性であるか、またはより剛性であるようなアミノ酸からなり得る。リンカー配列は、プロテアーゼによって、または化学的に切断可能であり得る。
本明細書で使用される場合、「Ｆｃ領域」という用語は、その２つの重鎖のそれぞれのＦｃドメイン（またはＦｃ部分）によって形成される天然免疫グロブリンの部分を指す。本明細書で使用される場合、「Ｆｃドメイン」という用語は、ＦｃドメインがＦｖドメインを含まない単一の免疫グロブリン（Ｉｇ）重鎖の部分または断片を指す。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、パパイン切断部位のすぐ上流のヒンジ領域で始まり、抗体のＣ末端で終わる。したがって、完全なＦｃドメインは、少なくともヒンジドメイン、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメインを含む。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ヒンジ（例えば、上部、中部、及び／または下部ヒンジ領域）ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、ＣＨ４ドメイン、またはそのバリアント、部分、もしくは断片のうちの少なくとも１つを含む。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、完全なＦｃドメイン（すなわち、ヒンジドメイン、ＣＨ２ドメイン、及びＣＨ３ドメイン）を含む。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ＣＨ３ドメイン（またはその部分）に融合したヒンジドメイン（またはその部分）を含む。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ＣＨ３ドメイン（またはその部分）に融合したＣＨ２ドメイン（またはその部分）を含む。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ＣＨ３ドメインまたはその部分からなる。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ヒンジドメイン（またはその部分）及びＣＨ３ドメイン（またはその部分）からなる。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ＣＨ２ドメイン（またはその部分）及びＣＨ３ドメインからなる。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ヒンジドメイン（またはその部分）及びＣＨ２ドメイン（またはその部分）からなる。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ＣＨ２ドメインの少なくとも部分（例えば、ＣＨ２ドメインの全てまたは一部）を欠く。本明細書におけるＦｃドメインは、概して、免疫グロブリン重鎖のＦｃドメインの全てまたは一部を含むポリペプチドを指す。これには、限定されないが、ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２、及び／またはＣＨ３ドメイン全体を含むポリペプチド、ならびに例えば、ヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメインのみを含むかかるペプチドの断片が含まれる。Ｆｃドメインは、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＤ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ抗体を含むがこれらに限定されない、任意の種及び／または任意の亜型の免疫グロブリンに由来し得る。Ｆｃドメインは、天然のＦｃ及びＦｃバリアント分子を包含する。本明細書に記載されるように、任意のＦｃドメインは、天然に存在する免疫グロブリン分子の天然Ｆｃドメインからアミノ酸配列が変化するように修飾され得ることが、当業者によって理解されるであろう。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、低減されたエフェクター機能（例えば、ＦｃγＲ結合）を有する。
本明細書に記載のポリペプチドのＦｃドメインは、異なる免疫グロブリン分子に由来し得る。例えば、ポリペプチドのＦｃドメインは、ＩｇＧ１分子に由来するＣＨ２及び／またはＣＨ３ドメイン、ならびにＩｇＧ３分子に由来するヒンジ領域を含み得る。別の実施例では、Ｆｃドメインは、部分的には、ＩｇＧ１分子に由来し、部分的には、ＩｇＧ３分子に由来するキメラヒンジ領域を含むことができる。別の実施例では、Ｆｃドメインは、部分的には、ＩｇＧ１分子に由来し、部分的には、ＩｇＧ４分子に由来するキメラヒンジを含むことができる。
ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、Ｆｃドメインもしくはその断片、またはＦｃドメインもしくはその断片のバリアント（これらの全ては、本開示の目的のために、「Ｆｃドメイン」という用語に含まれる）を含む。Ｆｃドメインは、抗原に結合する可変領域を含有しない。本開示での使用に好適なＦｃドメインは、いくつかの異なる供給源から取得され得る。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ヒト免疫グロブリンに由来する。ある特定の実施形態では、Ｆｃドメインは、ヒトＩｇＧ１定常領域に由来する。しかしながら、Ｆｃドメインは、例えば、げっ歯類（例えば、マウス、ラット、ウサギ、モルモット）または非ヒト霊長類（例えば、チンパンジー、マカク）種を含む別の哺乳類種の免疫グロブリンに由来し得ることが理解される。
更に、Ｆｃドメイン（またはその断片もしくはバリアント）は、ＩｇＭ、ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、及びＩｇＥを含む任意の免疫グロブリンクラス、ならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４を含む任意の免疫グロブリンアイソタイプに由来し得る。
様々なＦｃドメイン遺伝子配列（例えば、マウス及びヒト定常領域遺伝子配列）は、公開されているデポジットの形態で入手可能である。特定のエフェクター機能を欠く、及び／または免疫原性を低減するための特定の修飾を有する、Ｆｃドメイン配列を含む定常領域ドメインを選択することができる。抗体及び抗体コード遺伝子の多くの配列が公開されており、好適なＦｃドメイン配列（例えば、ヒンジ、ＣＨ２、及び／またはＣＨ３配列、またはそれらの断片もしくはバリアント）は、当該技術分野で認識されている技法を使用してこれらの配列から誘導することができる。
ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、ＵＳ２００５／０２８７１５３、ＵＳ２００７／０００３５４９、ＵＳ２００７／０１７８０８２、ＵＳ２００７／０２６９４２２、ＵＳ２０１０／０１１３３３９、ＷＯ２００９／０８３８０４、及びＷＯ２００９／１３３２０８（これらは、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる）に記載されているものなどの血清アルブミン結合タンパク質である。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、ＵＳ７，１７６，２７８及びＵＳ８，１５８，５７９（これらは、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる）に開示されているように、トランスフェリンである。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、ＵＳ２００７／０１７８０８２、ＵＳ２０１４／０２２００１７、及びＵＳ２０１７／０１４５０６２（これらは、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる）に開示されるものなどの血清免疫グロブリン結合タンパク質である。ある特定の実施形態では、伸長ＰＫ基は、ＵＳ２０１２／００９４９０９（これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示されるものなどの血清アルブミンに結合するフィブロネクチン（Ｆｎ）ベースの足場ドメインタンパク質である。フィブロネクチンベースの足場ドメインタンパク質を作製する方法は、ＵＳ２０１２／００９４９０９にも開示されている。Ｆｎ３ベースの伸長ＰＫ基の非限定的な例は、Ｆｎ３（ＨＳＡ）、すなわち、ヒト血清アルブミンに結合するＦｎ３タンパク質である。
ある特定の態様では、本開示による使用に好適な伸長ＰＫ免疫刺激物質は、１つ以上のペプチドリンカーを用いることができる。本明細書で使用される場合、「ペプチドリンカー」という用語は、ポリペプチド鎖の直線状アミノ酸配列内の２つ以上のドメイン（例えば、伸長ＰＫ部分及び免疫刺激部分）を接続する、ペプチドまたはポリペプチド配列を指す。例えば、ペプチドリンカーを使用して、免疫刺激物質部分をＨＳＡドメインに接続してもよい。
伸長ＰＫ基を、例えば、免疫刺激物質に融合するのに好適なリンカーは、当該技術分野において周知である。例示的なリンカーとしては、グリシン－セリン－ポリペプチドリンカー、グリシン－プロリン－ポリペプチドリンカー、及びプロリン－アラニンポリペプチドリンカーが挙げられる。ある特定の実施形態では、リンカーは、グリシン－セリン－ポリペプチドリンカー、すなわち、グリシン及びセリン残基からなるペプチドである。
上述の異種ポリペプチドに加えて、またはその代わりに、本明細書に記載の免疫刺激物質ポリペプチドは、「マーカー」または「レポーター」をコードする配列を含有することができる。マーカーまたはレポーター遺伝子の例としては、β－ラクタマーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）、アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）、ハイグロマイシン－Ｂ－ホスホトランスフェラーゼ（ＨＰＨ）、チミジンキナーゼ（ＴＫ）、β－ガラクトシダーゼ、及びキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＸＧＰＲＴ）が挙げられる。
薬学的組成物
本明細書に記載の薬剤は、薬学的組成物または薬剤中で投与されてもよく、任意の好適な薬学的組成物の形態で投与されてもよい。
一実施形態では、本明細書に記載の薬学的組成物は、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための免疫原性組成物である。例えば、一実施形態では、免疫原性組成物は、ワクチンである。
本開示の全ての態様の一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡなどの本明細書に記載の成分は、薬学的に許容される担体を含んでもよく、任意に１つ以上のアジュバント、安定剤等を含んでもよい薬学的組成物中で投与されてもよい。一実施形態では、薬学的組成物は、治療的または予防的処置のためのものであり、例えば、コロナウイルス感染症の治療または予防における使用のためのものである。
「薬学的組成物」という用語は、治療上有効な薬剤を、好ましくは、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤と一緒に含む製剤に関する。当該薬学的組成物は、対象への当該薬学的組成物の投与によって、疾患または障害の治療、予防、または重症度を低減するために有用である。薬学的組成物はまた、医薬製剤として当該技術分野で既知である。
本開示の薬学的組成物は、１つ以上のアジュバントを含み得るか、または１つ以上のアジュバントとともに投与され得る。「アジュバント」という用語は、免疫応答を延長、強化、または促進する化合物に関する。アジュバントは、油エマルション（例えば、フロイントアジュバント）、鉱物化合物（アルムなど）、細菌生成物（百日咳菌毒素など）、または免疫刺激複合体などの不均一な化合物群を含む。アジュバントの例としては、限定されないが、ＬＰＳ、ＧＰ９６、ＣｐＧオリゴデオキシヌクレオチド、成長因子、及びサイトカイン（モノカイン、リンホカイン、インターロイキン、ケモカイン等）が挙げられる。サイトカインは、ＩＬ１、ＩＬ２、ＩＬ３、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ７、ＩＬ８、ＩＬ９、ＩＬ１０、ＩＬ１２、ＩＦＮα、ＩＦＮγ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＬＴ－ａであってもよい。更なる既知のアジュバントは、水酸化アルミニウム、フロイントアジュバント、またはＭｏｎｔａｎｉｄｅ（登録商標）ＩＳＡ５１などの油である。本開示で使用するための他の好適なアジュバントとしては、Ｐａｍ３Ｃｙｓなどのリポペプチドが挙げられる。
本開示による薬学的組成物は、一般に、「薬学的に有効な量」及び「薬学的に許容される調製物」で適用される。
「薬学的に許容される」という用語は、薬学的組成物の活性成分の作用と相互作用しない材料の非毒性を指す。
「薬学的に有効な量」または「治療上有効な量」という用語は、単独でまたは更なる用量と一緒に所望の反応または所望の効果を達成する量を指す。特定の疾患の治療の場合、所望の反応は、好ましくは疾患の経過の阻害に関する。これは、疾患の進行を遅くすること、及び特に、疾患の進行を中断または逆転させることを含む。疾患の治療における所望の反応はまた、当該疾患または当該状態の発症の遅延または発症の予防であってもよい。本明細書に記載の組成物の有効量は、治療される状態、疾患の重症度、年齢、生理学的状態、サイズ及び体重、治療期間、付随する療法の種類（存在する場合）、特定の投与経路及び類似の要因を含む、患者の個々のパラメータに依存する。したがって、本明細書に記載の組成物の投与される用量は、様々なかかるパラメータに依存し得る。患者における反応が、初期用量では不十分である場合、より高い用量（または異なる、より局所的な投与経路によって達成される効果的に高い用量）を使用することができる。
本開示の薬学的組成物は、塩、緩衝液、防腐剤、及び任意に他の治療剤を含有してもよい。一実施形態では、本開示の薬学的組成物は、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を含む。
本開示の薬学的組成物で使用するための好適な防腐剤としては、限定されないが、塩化ベンザルコニウム、クロロブタノール、パラベン及びチメロサールが挙げられる。
本明細書で使用される「賦形剤」という用語は、本開示の薬学的組成物中に存在し得るが、有効成分ではない物質を指す。賦形剤の例としては、限定されないが、担体、結合剤、希釈剤、潤滑剤、増粘剤、表面活性剤、防腐剤、安定剤、乳化剤、緩衝剤、香味剤、または着色剤が挙げられる。
「希釈剤」という用語は、希釈剤及び／または希薄化剤に関する。更に、「希釈剤」という用語は、流体、液体、もしくは固体懸濁液、及び／または混合媒体のうちの任意の１つ以上を含む。好適な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール、及び水が挙げられる。
「担体」という用語は、薬学的組成物の投与を促進、強化、または可能にするために活性成分が組み合わされている天然、合成、有機、無機であり得る成分を指す。本明細書で使用される担体は、対象への投与に好適である、１つ以上の適合性固体または液体充填剤、希釈剤、または封入物質であり得る。好適な担体としては、限定されないが、滅菌水、リンガー、リンガー乳酸塩、滅菌塩化ナトリウム溶液、等張生理食塩水、ポリアルキレングリコール、水素化ナフタレン、及び特に生体適合性ラクチドポリマー、ラクチド／グリコライドコポリマー、またはポリオキシエチレン／ポリオキシプロピレンコポリマーが挙げられる。一実施形態では、本開示の薬学的組成物は、等張生理食塩水を含む。
治療用の薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤は、医薬分野において周知であり、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．（Ａ．Ｒ Ｇｅｎｎａｒｏ ｅｄｉｔ．１９８５）に記載されている。
薬学的担体、賦形剤、または希釈剤は、意図される投与経路及び標準的な薬務に関して選択され得る。
一実施形態では、本明細書に記載の薬学的組成物は、静脈内、動脈内、皮下、皮内、または筋肉内に投与され得る。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、局所投与または全身投与のために製剤化される。全身投与としては、消化管を介した吸収を伴う経腸投与、または非経口投与が挙げられ得る。本明細書で使用される場合、「非経口投与」は、静脈内注射などの消化管を介する以外の任意の方法での投与を指す。好ましい実施形態では、薬学的組成物は、筋肉内投与のために製剤化される。別の実施形態では、薬学的組成物は、全身投与、例えば、静脈内投与のために製剤化される。
本明細書で使用される「同時投与」という用語は、異なる化合物または組成物（例えば、抗原をコードするＲＮＡ、及び免疫刺激物質をコードするＲＮＡ）が同じ患者に投与されるプロセスを意味する。異なる化合物または組成物は、同時に、実質的に同時に、または順次に投与することができる。
本明細書に記載の薬学的組成物及び生成物は、注射用溶液のための凍結濃縮物として、例えば、０．５０ｍｇ／ｍＬの濃度で提供され得る。一実施形態では、注射用溶液の調製のために、例えば、１工程希釈プロセスによって、医薬品を解凍し、等張塩化ナトリウム溶液（例えば、０．９％ ＮａＣｌ、生理食塩水）で希釈する。いくつかの実施形態では、静菌塩化ナトリウム溶液（例えば、０．９％ ＮａＣｌ、生理食塩水）を希釈剤として使用することはできない。いくつかの実施形態では、希釈した医薬品は、オフホワイト懸濁液である。注射用の最終溶液の濃度は、投与されるそれぞれの用量レベルに応じて変動する。
一実施形態では、投与は、微生物汚染のリスクに起因し、調製プロセスの複数回用量アプローチを考慮して、調製の開始後６時間以内に実施される。一実施形態では、この６時間の期間において、調製、取り扱い、及び移送のための室温、ならびに保管のための２～８℃の２つの条件が許容される。
本明細書に記載の組成物は、例えば、所望の温度を維持するための冷却システム（例えば、ドライアイスであり得るか、またはドライアイスを含み得る）を利用して、温度制御された条件、例えば、約４～５℃以下、約－２０℃以下、－７０℃±１０℃（例えば、－８０℃～－６０℃）の温度条件下で出荷及び／または保管され得る。一実施形態では、本明細書に記載の組成物は、温度制御されたサーマルシッパーで出荷される。かかるシッパーは、各出荷の場所及び温度を追跡するために、ＧＰＳ対応の熱センサーを含んでもよい。組成物は、例えば、ドライアイスを補充することによって保管することができる。
治療
本開示は、有効量の、本明細書に記載のコロナウイルスワクチン抗原をコードするＲＮＡを含む組成物を投与することを含む、対象におけるコロナウイルスに対する適応免疫応答を誘導するための方法及び薬剤を提供する。
一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルス、コロナウイルス感染症、またはコロナウイルスに関連する疾患もしくは障害に対する対象における免疫を提供する。したがって、本開示は、コロナウイルスに関連する感染症、疾患、または障害を治療または予防するための方法及び薬剤を提供する。
一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルスに関連する感染症、疾患、または障害を有する対象に投与される。一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルスに関連する感染症、疾患、または障害を発症するリスクがある対象に投与される。例えば、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルスと接触するリスクがある対象に投与されてもよい。一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルスが蔓延している地理的領域に住む、旅行した、または旅行することが予想される対象に投与される。一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルスが蔓延している地理的領域に住む、旅行した、または旅行することが予想される別の人物と接触する、または接触することが予想される対象に投与される。一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、職業または他の接触を通じて承知の上でコロナウイルスに曝露された対象に投与される。一実施形態では、コロナウイルスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び／またはその抗原もしくはエピトープへの以前の曝露及び／または感染またはそれとの交差反応性の証拠を有する対象に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の１つ以上のエピトープと反応性である抗体、Ｂ細胞、及び／またはＴ細胞が検出可能である、及び／または検出された対象に投与される。
組成物がワクチンとして有用であるためには、組成物は、細胞、組織、または対象（例えば、ヒト）においてコロナウイルス抗原に対する免疫応答を誘導しなければならない。いくつかの実施形態では、組成物は、細胞、組織、または対象（例えば、ヒト）においてコロナウイルス抗原に対する免疫応答を誘導する。いくつかの場合において、ワクチンは、哺乳動物において保護免疫応答を誘導する。本開示の治療用化合物または組成物は、疾患もしくは障害に罹患しているか、または発症するリスクがある（もしくは罹患しやすい）対象に、予防的に（すなわち、疾患もしくは障害を予防するために）または治療的に（すなわち、疾患もしくは障害を治療するために）投与することができる。かかる対象は、標準的な臨床方法を使用して特定され得る。本開示の文脈において、予防的投与は、疾患または障害が予防されるか、または代替的にその進行が遅延されるように、疾患の明らかな臨床症状の発現の前に行われる。医療分野の文脈において、「予防する」という用語は、疾患による死亡または罹患の負担を低減する任意の活動を包含する。予防は、一次、二次、及び三次予防レベルで起こり得る。一次予防は、疾患の発症を回避するが、二次及び三次レベルの予防は、疾患の進行及び症状の出現を予防すると同時に、機能を回復し、疾患関連の合併症を低減することによって、既に確立された疾患の悪影響を低減することを目的とする活動を包含する。
本明細書で使用される「用量」という用語は、一般に、投与当たり、すなわち、投薬当たりに投与されるＲＮＡの量に関連する「用量量」を指す。
いくつかの実施形態では、本開示の免疫原性組成物またはワクチンの投与は、単回投与によって実施され得るか、または複数回投与によってブーストされ得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレジメンは、少なくとも１つの用量を含む。いくつかの実施形態では、レジメンは、第１の用量及び少なくとも１つの後続の用量を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも１つの後続の用量と同じ量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、全ての後続の用量と同じ量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも１つの後続の用量とは異なる量である。いくつかの実施形態では、第１の用量は、全ての後続の用量とは異なる量である。いくつかの実施形態では、レジメンは、２つの用量を含む。いくつかの実施形態では、提供されるレジメンは、２つの用量からなる。いくつかの実施形態では、レジメンは、３つの用量を含む。
一実施形態では、本開示は、単回用量の投与を想定している。一実施形態では、本開示は、プライミング用量、続いて１つ以上のブースター用量の投与を想定している。ブースター用量または第１のブースター用量は、プライミング用量の投与の７～２８日後または１４～２４日後に投与され得る。いくつかの実施形態では、第１のブースター用量は、プライミング用量の投与後１週間～３ヶ月（例えば、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間）で投与され得る。いくつかの実施形態では、後続のブースター用量は、例えば、先行するブースター用量の後、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む、少なくとも１週間以上で投与されてもよい。いくつかの実施形態では、後続のブースター用量は、約５～９週間または６～８週間の間隔を空けて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの後続のブースター用量（例えば、第１のブースター用量の後）は、例えば、先行する用量後、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、またはそれ以上を含む、少なくとも３ヶ月以上で投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、（例えば、一次レジメンまたはブースターレジメンの一部として）個体に与えられる後続の用量は、個体に以前に与えられたのと同じ量のＲＮＡを有し得る。いくつかの実施形態では、（例えば、一次レジメンまたはブースターレジメンの一部として）個体に与えられる後続の用量は、個体に以前に与えられた量と比較して、ＲＮＡの量が異なり得る。例えば、いくつかの実施形態では、後続の用量は、例えば、以前の用量によって誘導される免疫原性及び／または反応原性、疾患の有病率等を含む様々な要因の考慮に基づいて、以前の用量よりも高く、または低くすることができる。いくつかの実施形態では、後続の用量は、以前の用量より少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上高くてもよい。いくつかの実施形態では、後続の用量は、以前の用量より少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、またはそれ以上高くてもよい。いくつかの実施形態では、後続の用量は、以前の用量より少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上高くてもよい。いくつかの実施形態では、後続の用量は、以前の用量より少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、またはそれ以上低くてもよい。いくつかの実施形態では、０．１μｇ～３００μｇ、０．５μｇ～２００μｇ、または１μｇ～１００μｇ、例えば、約１μｇ、約２μｇ、約３μｇ、約１０μｇ、約１５μｇ、約２０μｇ、約２５μｇ、約３０μｇ、約３５μｇ、約４０μｇ、約４５μｇ、約５０μｇ、約５５μｇ、約６０μｇ、約７０μｇ、約８０μｇ、約９０μｇ、または約１００μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡを、用量当たり（例えば、所与の用量で）投与してもよい。
いくつかの実施形態では、６０μｇ以下、５５μｇ以下、５０μｇ以下、４５μｇ以下、４０μｇ以下、３５μｇ以下、３０μｇ以下、２５μｇ以下、２０μｇ以下、１５μｇ以下、１０μｇ以下、５μｇ以下、３μｇ以下、２．５μｇ以下、または１μｇ以下の量の本明細書に記載のＲＮＡを、用量当たり（例えば、所与の用量で）投与してもよい。
いくつかの実施形態では、少なくとも０．２５μｇ、少なくとも０．５μｇ、少なくとも１μｇ、少なくとも２μｇ、少なくとも３μｇ、少なくとも４μｇ、少なくとも５μｇ、少なくとも１０μｇ、少なくとも１５μｇ、少なくとも２０μｇ、少なくとも２５μｇ、少なくとも３０μｇ、少なくとも４０μｇ、少なくとも５０μｇ、または少なくとも６０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡを、用量当たり（例えば、所与の用量で）投与してもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも３ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも１０ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも１５ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも２０ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも２５ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも３０ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも５０ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも６０ｕｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、前述の量の組み合わせが、２つ以上の用量を含むレジメンにおいて投与されてもよい（例えば、以前の用量及び後続の用量は、本明細書に記載されるような異なる量であり得る）。いくつかの実施形態では、前述の量の組み合わせが、一次レジメン及びブースターレジメンにおいて投与され得る（例えば、異なる用量が、一次レジメン及びブースターレジメンにおいて与えられ得る）。
いくつかの実施形態では、０．２５μｇ～６０μｇ、０．５μｇ～５５μｇ、１μｇ～５０μｇ、５μｇ～４０μｇ、または１０μｇ～３０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たり投与されてもよい。いくつかの実施形態では、３μｇ～３０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、３μｇ～２０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、３μｇ～１５μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、３μｇ～１０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、１０μｇ～３０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが所与の用量のうちの少なくとも１つにおいて投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、対象に投与されるレジメンは、複数の用量（例えば、少なくとも２つの用量、少なくとも３つの用量、またはそれ以上）を含み得る。いくつかの実施形態では、対象に投与されるレジメンは、少なくとも２週間の間隔を空けて、少なくとも３週間の間隔を空けて、少なくとも４週間の間隔を空けて、またはそれ以上の間隔を空けて与えられる、第１の用量及び第２の用量を含んでもよい。いくつかの実施形態では、かかる用量は、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月、またはそれ以上の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、数日の間隔を空けて、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０日間以上の間隔を空けて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１～約３週間の間隔を空けて、または約１～約４週間の間隔を空けて、または約１～約５週間の間隔を空けて、または約１～約６週間の間隔を空けて、または約１～６週間超の間隔を空けて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約７～６０日、例えば、約１４～約４８日等の期間で分離され得る。いくつかの実施形態では、用量間の最小日数は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、またはそれ以上であり得る。いくつかの実施形態では、用量間の最大日数は、約６０、５９、５８、５７、５６、５５、５４、５３、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、またはそれ以下であり得る。いくつかの実施形態では、用量は、約２１～約２８日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１９～約４２日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約７～約２８日間の間隔を空けてもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約１４～約２４日間であってもよい。いくつかの実施形態では、用量は、約２１～約４２日間であってもよい。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも２１日間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも２８日間の間隔を空けて投与される。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含み、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量で投与されるＲＮＡの量と同じである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含み、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量で投与されるＲＮＡの量と異なる。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含み、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量で投与されるＲＮＡの量よりも少ない。いくつかの実施形態では、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量の１０％～９０％である。いくつかの実施形態では、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量の１０％～５０％である。いくつかの実施形態では、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量の１０％～２０％である。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも２週間の間隔を空けて、少なくとも３週間の間隔を空けて、少なくとも４週間の間隔を空けて、少なくとも５週間の間隔を空けて、少なくとも６週間の間隔を空けて、またはそれ以上の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも３週間の間隔を空けて投与される。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇ未満のＲＮＡを含み、第２の用量は、少なくとも約３０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１～約３０ｕｇ未満のＲＮＡ（例えば、約０．１、約１、約３、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、または約３０ｕｇ未満のＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約３０～約１００ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３０、約４０、約５０、または約６０ｕｇのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１～約２０ｕｇのＲＮＡ、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ、または約１～約５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０～約６０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、または約１０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約３０～約６０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、または約６０ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約２０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約２５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇ未満のＲＮＡを含み、第２の用量は、少なくとも約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約１０ｕｇ未満のＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、または約１０ｕｇ未満のＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約１０～約３０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１０、約１５、約２０、約２５、または約３０ｕｇのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約１０ｕｇのＲＮＡ、約１～約５ｕｇのＲＮＡ、または約０．１～約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０～約３０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約５ｕｇのＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約１０～約２０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１０、約１２、約１４、約１６、約１８、約２０ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇ未満のＲＮＡを含み、第２の用量は、少なくとも約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約３ｕｇ未満のＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．２、約０．３、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、約１．０、約１．５、約２．０、または約２．５ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約３～約１０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３、約４、約５、約６、または約７、約８、約９、または約１０ｕｇのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約３ｕｇのＲＮＡ、約０．１～約１ｕｇのＲＮＡ、または約０．１～約０．５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３～約１０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１～約１．０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．２、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、または約１．０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約１～約３ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１．０、約１．５、約２．０、約２．５、または約３．０ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約０．５ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、第１の用量及び第２の用量を含み、第１の用量で投与されるＲＮＡの量は、第２の用量で投与されるＲＮＡの量よりも多い。いくつかの実施形態では、第２の用量で投与されるＲＮＡの量は、第１の用量の１０％～９０％である。いくつかの実施形態では、第２の用量で投与されるＲＮＡの量は、第１の用量の１０％～５０％である。いくつかの実施形態では、第２の用量で投与されるＲＮＡの量は、第１の用量の１０％～２０％である。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも２週間の間隔を空けて、少なくとも３週間の間隔を空けて、少なくとも４週間の間隔を空けて、少なくとも５週間の間隔を空けて、少なくとも６週間の間隔を空けて、またはそれ以上の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量は、少なくとも３週間の間隔を空けて投与される。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇ未満のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０～約１００ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３０、約４０、約５０、または約６０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約１～約３０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約０．１、約１、約３、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、または約３０ｕｇのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第２の用量は、約１～約２０ｕｇのＲＮＡ、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ、または約１～５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０～約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１～約２０ｕｇのＲＮＡ、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ、または約０．１～約３ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０～約６０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、または約６０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、または約１０ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１５ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約６ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約２０ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約２５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約６０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３０ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１０ｕｇ未満のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０～約３０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１０、約１５、約２０、約２５、または約３０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約０．１～約１０ｕｇ未満のＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、または約１０ｕｇ未満のＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０～約３０ｕｇのＲＮＡ、または約０．１～約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１～約１０ｕｇのＲＮＡ、または約１～約５ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０～約２０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１０、約１２、約１４、約１６、約１８、約２０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約０．１～約５ｕｇのＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、または約５ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．１ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、少なくとも約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約３ｕｇ未満のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３～約１０ｕｇのＲＮＡ（例えば、約３、約４、約５、約６、または約７、約８、約９、または約１０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約０．１～約３ｕｇ未満のＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．２、約０．３、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、約１．０、約１．５、約２．０、または約２．５ｕｇのＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３～約１０ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．１～約３ｕｇのＲＮＡ、約０．１～約１ｕｇのＲＮＡ、または約０．１～約０．５ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約１～約３ｕｇのＲＮＡ（例えば、約１、約１．５、約２．０、約２．５、または約３．０ｕｇのＲＮＡ）を含み、第２の用量は、約０．１～約０．３ｕｇのＲＮＡ（例えば、約０．１、約０．２、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、または約１．０ｕｇのＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．１ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．３ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約０．６ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１の用量は、約３ｕｇのＲＮＡを含み、第２の用量は、約１ｕｇのＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、少なくとも２つの用量（例えば、少なくとも３つの用量、少なくとも４つの用量以上を含む）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、３つの用量を含む。いくつかの実施形態では、第１の用量と第２の用量との間の時間間隔は、第２の用量と第３の用量との間の時間間隔と同じであり得る。いくつかの実施形態では、第１の用量と第２の用量との間の時間間隔は、第２の用量と第３の用量との間の時間間隔よりも、例えば、数日または数週間（例えば、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、またはそれ以上を含む）長くてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量と第２の用量との間の時間間隔は、第２の用量と第３の用量との間の時間間隔よりも、例えば、数日または数週間（例えば、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、またはそれ以上を含む）短くてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量と第２の用量との間の時間間隔は、第２の用量と第３の用量との間の時間間隔よりも、例えば、少なくとも１ヶ月（例えば、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月、またはそれ以上を含む）短くてもよい。
いくつかの実施形態では、一次レジメンの最後の用量及びブースターレジメンの最初の用量は、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月、またはそれ以上の間隔を空けて与えられる。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つの用量を含んでもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、３つの用量を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量（及び／または他の後続の用量）は、筋肉内注射によって投与されてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量（及び／または他の後続の用量）は、三角筋に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、第１の用量及び第２の用量（及び／または他の後続の用量）は、同じ腕に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、（例えば、筋肉内注射によって）２つの用量（例えば、各々０．３ｍＬ）の連続として２１日間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、（例えば、筋肉内注射によって）２つの用量（例えば、各々０．２ｍＬ）の連続として２１日間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、（例えば、筋肉内注射によって）３つの用量（例えば、０．３ｍＬ以下、例えば、０．２ｍＬを含む）の連続として投与され、用量は、少なくとも３週間の間隔を空けて与えられる。いくつかの実施形態では、第１及び第２の用量は、３週間の間隔を空けて投与されてもよく、一方、第２及び第３の用量は、第１の用量と第２の用量との間よりも長い時間間隔で、例えば、少なくとも４週間以上の間隔を空けて（少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、またはそれ以上を含む）投与されてもよい。いくつかの実施形態では、各用量は、約６０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約５０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約３０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約２５ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約２０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約１５ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約１０ｕｇである。いくつかの実施形態では、各用量は、約３ｕｇである。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約６０ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約５０ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３０ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約２５ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約２０ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約１５ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約１０ｕｇである。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３ｕｇである。
一実施形態では、約６０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約５０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約３０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約２５μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約２０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約１５μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約１０μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約５μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、約３μｇの量の本明細書に記載のＲＮＡが、用量当たりに投与される。一実施形態では、かかる用量のうちの少なくとも２つが投与される。例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡワクチンの有効性（例えば、２つの用量で投与され、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよく、かつ、例えば、用量当たり約３０μｇの量で投与されてもよい）は、第２の用量の投与の７日後に開始して（例えば、第２の用量が第１の用量の投与の２１日後に投与される場合、第１の用量の投与の２８日後に開始する）少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０、または少なくとも９５％である。いくつかの実施形態では、かかる有効性は、少なくとも５０歳、少なくとも５５歳、少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、またはそれ以上の年齢の集団において観察される。いくつかの実施形態では、６５～８０歳、６５～７５歳、または６５～７０歳などの少なくとも６５歳の集団における、第２の用量の投与後７日で開始する（例えば、第２の用量が第１の用量の投与後２１日で投与される場合、第１の用量の投与後２８日で開始する）本明細書に記載のＲＮＡワクチン（２つの用量で投与され、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与され得、例えば、用量当たり約３０μｇの量で投与され得る）の有効性は、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、または少なくとも９５％である。かかる有効性は、最大１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、または更に長い期間にわたって観察され得る。
一実施形態では、ワクチン有効性は、感染の証拠を有する対象（ワクチン接種対象対非ワクチン接種対象）の数のパーセント低減として定義される。
一実施形態では、有効性は、ＣＯＶＩＤ－１９の潜在的な症例に対するサーベイランスを通じて評価される。任意の時点で患者が急性呼吸器疾患を発症する場合、本明細書の目的のために、患者は、潜在的にＣＯＶＩＤ－１９疾患を有するとみなすことができる。評価には、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）試験を使用して試験してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出することができる、鼻腔（中鼻甲介）ぬぐい液が含まれ得る。加えて、臨床情報及び地域の標準治療試験の結果を評価することができる。
いくつかの実施形態では、有効性評価は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２関連症例の定義を利用してもよい：
●ＣＯＶＩＤ－１９の確認：症状期間中またはその前後の４日間に、以下の症状及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＮＡＡＴ（核酸増幅ベースの試験）陽性のうちの少なくとも１つの存在：発熱、新たなまたは増加した咳、新たなまたは増加した息切れ、悪寒、新たなまたは増加した筋肉痛、新たな味覚または嗅覚の喪失、喉の痛み、下痢、嘔吐。
代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、有効性評価は、ＣＤＣによって定義される以下の追加の症状のうちの１つ以上が考慮され得るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２関連症例の定義を利用し得る：疲労、頭痛、鼻詰まりまたは鼻水、吐き気。
いくつかの実施形態では、有効性評価は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２関連の重症例の定義を利用してもよい。
●重度のＣＯＶＩＤ－１９の確認：ＣＯＶＩＤ－１９の確認及び以下のうち少なくとも１つの存在：重度の全身疾患を示す安静時の臨床徴候（例えば、ＲＲ≧３０回／分、ＨＲ≧１２５回／分、界面レベルの室内空気でＳｐＯ２≦９３％、またはＰａＯ２／ＦｉＯ２＜３００ｍｍＨｇ）；呼吸不全（高流量酸素、非侵襲的換気、機械的換気、またはＥＣＭＯを必要とすると定義され得る）；ショックの証拠（例えば、ＳＢＰ＜９０ｍｍＨｇ、ＤＢＰ＜６０ｍｍＨｇ、または血管圧迫剤を必要とする）；重大な急性腎機能障害、肝機能障害、または神経機能障害；ＩＣＵへの入院；死亡。
代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、ＣＯＶＩＤ－１９の臨床的提示を伴わない患者に対して血清学的定義を使用することができる：例えば、ＣＯＶＩＤ－１９が確認されないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への血清変換の確認：例えば、以前のＮ結合抗体結果が陰性であった患者における陽性のＮ結合抗体結果。
いくつかの実施形態では、以下のアッセイのうちのいずれかまたは全ては、血清試料で実施され得る：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイ、Ｓ１結合ＩｇＧレベルアッセイ、ＲＢＤ結合ＩｇＧレベルアッセイ、Ｎ結合抗体アッセイ。
一実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、小児集団に投与される。様々な実施形態では、小児集団は、１８歳未満、例えば、５～１８歳未満、１２～１８歳未満、１６～１８歳未満、１２～１６歳未満、５～１２歳未満、または６ヶ月～１２歳未満の対象を含むか、またはそれからなる。様々な実施形態では、小児集団は、５歳未満、例えば、２～５歳未満、１２～２４ヶ月未満、７～１２ヶ月未満、または６ヶ月未満の対象を含むか、またはそれからなる。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、２歳未満、例えば、６ヶ月～２歳未満の対象に投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、６ヶ月未満、例えば、１ヶ月～４ヶ月未満の対象に投与される。いくつかの実施形態では、小児集団のための投薬レジメン（例えば、用量及び／または投薬スケジュール）は、異なる年齢群に対して変化し得る。例えば、いくつかの実施形態では、６ヶ月～４歳の対象は、少なくとも３つの用量を含む一次レジメンに従って投与されてもよく、最初の２つの用量は、少なくとも３週間（例えば、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、またはそれ以上を含む）の間隔を空けて投与され、続いて第３の用量は、第２の用量の少なくとも８週間後（例えば、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む）に投与される。いくつかのかかる実施形態では、投与される少なくとも１つの用量は、本明細書に記載の３ｕｇのＲＮＡである。いくつかの実施形態では、５歳以上の対象は、少なくとも２つの用量を含む一次レジメンに従って投与されてもよく、２つの用量は、少なくとも３週間（例えば、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、またはそれ以上を含む）の間隔を空けて投与される。いくつかのかかる実施形態では、投与される少なくとも１つの用量は、本明細書に記載の１０ｕｇのＲＮＡである。いくつかの実施形態では、免疫不全状態である５歳以上の対象（例えば、いくつかの実施形態では、固形臓器移植を受けた対象、または免疫不全状態に相当すると考えられる状態と診断される対象）は、少なくとも３つの用量を含む一次レジメンに従って投与されてもよく、最初の２つの用量は、少なくとも３週間（例えば、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、またはそれ以上を含む）の間隔を空けて投与され、続いて第３の用量は、第２の用量の少なくとも４週間後（例えば、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む）に投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、各用量は、約３０ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上（例えば、１８歳以上を含む）の対象に投与され、各用量は、３０ｕｇよりも高い（例えば、３５ｕｇ、４０ｕｇ、４５ｕｇ、５０ｕｇ、５５ｕｇ、６０ｕｇ、６５ｕｇ、７０ｕｇ、またはそれ以上を含む）。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、各用量は、約６０ｕｇである。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、各用量は、約５０ｕｇである。一実施形態では、小児集団は、１２～１８歳未満の対象（１６～１８歳未満の対象及び／または１２～１６歳未満の対象を含む）を含むか、またはそれらからなる。この実施形態では、治療は、２１日間の間隔を開けた２回のワクチン接種を含むことができ、一実施形態では、ワクチンは、例えば、筋肉内投与によって、用量当たり３０μｇのＲＮＡの量で投与される。いくつかの実施形態では、より低年齢の子供または乳幼児、例えば２～５歳未満、６ヶ月～２歳未満、または６ヶ月未満と比較して、より高い用量が、より高年齢の小児患者及び成人、例えば１２歳以上の患者に投与される。いくつかの実施形態では、例えば、６ヶ月～２歳未満、または６ヶ月未満である幼児及び／または乳児と比較して、２～５歳未満である小児に、より高い用量が投与される。
一実施形態では、小児集団は、５～１８歳未満の対象（１２～１８歳未満の対象及び／または５～１２歳未満の対象を含む）を含むか、またはそれらからなる。この実施形態では、治療は、２１日間の間隔を開けた２回のワクチン接種を含むことができ、様々な実施形態では、ワクチンは、例えば、筋肉内投与によって、用量当たり１０μｇ、２０μｇ、または３０μｇのＲＮＡの量で投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、５～１１歳の対象に投与され、各用量は、約１０ｕｇである。
いくつかの実施形態では、各用量は、約５ｕｇの第１のバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約５ｕｇの第２のバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約５ｕｇのオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号２０を含むＲＮＡ）、及び約５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号５１を含むＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号２０を含むＲＮＡ）、及び約５ｕｇのＢＡ．４／５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号７２を含むＲＮＡ）を含む。
一実施形態では、小児集団は、５歳未満の対象（２～５歳未満の対象、１２～２４ヶ月未満の対象、７～１２ヶ月未満の対象、６～１２ヶ月未満の対象、及び／または６ヶ月未満の対象を含む）を含むか、またはそれらからなる。この実施形態では、治療は、２回のワクチン接種（例えば、２１～４２日間の間隔を空けた、例えば、２１日間の間隔を空けた）を含んでよく、様々な実施形態では、ワクチンは、例えば、筋肉内投与によって、用量当たり３μｇ、１０μｇ、２０μｇ、または３０μｇのＲＮＡの量で投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、２～５歳未満の対象に投与され、各用量は、約３ｕｇである。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、約６ヶ月～約５歳未満の対象に投与され、各用量は、約３ｕｇである。
いくつかの実施形態では、各用量は、約１．５ｕｇの第１のバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約１．５ｕｇの第２のバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約１．５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約１．５ｕｇのオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約１．５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号２０を含むＲＮＡ）、及び約１．５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号５１を含むＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、各用量は、約１．５ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号２０を含むＲＮＡ）、及び約１．５ｕｇのＢＡ．４／５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、配列番号７２を含むＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約６０ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３０ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、１２歳以上の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約１５ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、５歳～１２歳未満の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約１０ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、２歳～５歳未満の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３ｕｇである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、６ヶ月～２歳未満の対象に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３ｕｇ以下である（例えば、２ｕｇ、１ｕｇ、またはそれ以下を含む）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、６ヶ月未満の乳児に投与され、ワクチン接種レジメン（例えば、一次ワクチン接種レジメン及び／またはブースターワクチン接種レジメン）において与えられる少なくとも１つの用量は、約３ｕｇ以下である（例えば、２ｕｇ、１ｕｇ、０．５ｕｇ、またはそれ以下を含む）。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、単回用量として（例えば、筋肉内注射によって）投与される。いくつかの実施形態では、単回用量は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤドメイン）をコードする単一のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単回用量は、本明細書に記載の少なくとも２つのＲＮＡを含み、例えば、各ＲＮＡは、異なる株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤドメイン）をコードする。いくつかの実施形態では、かかる本明細書に記載の少なくとも２つのＲＮＡは、単一の混合物として投与され得る。例えば、いくつかのかかる実施形態では、本明細書に記載の２つの別個のＲＮＡ組成物を混合して、注射前に単一の混合物を生成することができる。いくつかの実施形態では、かかる本明細書に記載の少なくとも２つのＲＮＡは、２つの別個の組成物として投与され得、例えば、異なる注射部位で（例えば、異なる腕、または同じ腕の異なる部位で）投与され得る。
いくつかの実施形態では、それを必要とする対象に投与される用量は、本明細書に記載される単一のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物の投与を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、それを必要とする対象に投与される用量は、少なくとも２つ以上（例えば、少なくとも３つ以上を含む）の異なる医薬品／製剤の投与を含み得る。例えば、いくつかの実施形態では、少なくとも２つ以上の異なる医薬品／製剤は、本明細書に記載の少なくとも２つの異なるＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物（例えば、いくつかの実施形態では、各々が異なるＲＮＡ構築物を含む）を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）組成物は、異なる感染性因子を標的とするワクチンと併せて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、異なる感染性因子は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び感染性因子に共感染したときに、対象が有害な症状を経験する可能性を増加させるものである。いくつかの実施形態では、感染性因子は、対象がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び感染性因子に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を増加させるものである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、インフルエンザを標的とするワクチンと併せて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、少なくとも２つ以上の異なる医薬品／製剤は、本明細書に記載の少なくとも１つのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物、及び異なる感染性因子（例えば、インフルエンザワクチン）を標的とするワクチンを含み得る。いくつかの実施形態では、異なる医薬品／製剤は、別個に投与される。いくつかの実施形態では、かかる異なる医薬品／製剤は、対象の異なる部位において（例えば、対象の異なる腕において）同時に（例えば、同じワクチン接種セッションにおいて）別個に投与される。
一実施形態では、少なくとも２つの用量が投与される。例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの単回用量が投与される。いくつかの実施形態では、かかる単回用量は、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン［例えば、本明細書に記載されるようなものを含む］、ｍＲＮＡ－１２７３ワクチン、Ａｄ２６．ＣｏＶ２．Ｓワクチン、ＣｈＡｄｘＯｘ１ワクチン、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３ワクチン、ＣｖｎＣｏＶワクチン、ＧＡＭ－ＣＯＶＩＤ０Ｖａｃワクチン、ＣｏｒｏｎａＶａｃワクチン、ＢＢＩＢＰ－ＣｏｒＶワクチン、Ａｄ５－ｎＣｏＶワクチン、ｚｆ２００１ワクチン、ＳＣＢ－２０１９ワクチン、または他の承認されたＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）もしくはアデノベクターワクチン等）の１つ以上の用量、または完全なレジメンを以前に受けた可能性のある対象に投与される。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、単回用量は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された及び／または感染した対象に投与される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの単回用量が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンの１つ以上の用量または完全なレジメンを受けており、かつＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された及び／または感染した対象に投与される。
少なくとも１つの単回用量が、１つ以上の用量の以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンを受けた対象に投与される、いくつかの特定の実施形態では、かかる以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンは、異なるワクチン、または異なる形態（例えば、製剤）及び／または用量の同じ活性を有するワクチン（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）であり、いくつかのかかる実施形態では、かかる対象は、かかる以前のワクチンの完全なレジメンを受けておらず、及び／またはかかる以前のワクチンの１つ以上の受けた用量に対する１つ以上の望ましくない反応もしくはその効果を経験した。いくつかの特定の実施形態では、かかる以前のワクチンは、より高い用量（複数可）の同じ活性（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）であるか、またはそれを含む。代替的にまたは追加的に、いくつかのかかる実施形態では、かかる対象は、かかる以前のワクチンの完全なレジメンの完了前（ただし、いくつかの実施形態では開始後）にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露され、及び／または感染した。
一実施形態では、少なくとも２つの用量が投与される。例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい。
一実施形態では、少なくとも３つの用量が投与される。いくつかの実施形態では、かかる第３の用量は、第１の用量と第２の用量との間の期間に匹敵する（例えば、同じ）第２の用量後の期間に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、第３の用量は、第２の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、第３の用量は、第２の用量が第１の用量に対するよりも第２の用量に対してより長い期間後に投与される。いくつかの実施形態では、３用量レジメンは、免疫不全患者、例えば、がん患者、ＨＩＶ患者、免疫抑制剤療法を受けた及び／または受けている患者（例えば、臓器移植患者）に投与される。いくつかの実施形態では、第２の用量と第３の用量との間の時間の長さ（例えば、免疫不全患者に投与される第２の用量及び第３の用量）は、少なくとも約２１日（例えば、少なくとも約２８日）である。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、同じ量のＲＮＡを異なる用量で（例えば、第１及び／または第２及び／または第３及び／または後続の用量で）投与することを含む。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、異なる量のＲＮＡを異なる用量で投与することを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の後の用量は、１つ以上の前の用量よりも多い（例えば、１つ以上の前の用量からのワクチン有効性の減少が観察される状況、及び／または投与時に関連する管轄区域において蔓延している、もしくは急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のバリアント）による免疫逃避が観察される状況において）。いくつかの実施形態では、１つ以上の後の用量は、かかる用量の安全性及び／または忍容性が臨床的に許容されることを条件として、１つ以上の前の用量より少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上多くてもよい。いくつかの実施形態では、１つ以上の後の用量は、かかる用量の安全性及び／または忍容性が臨床的に許容されることを条件として、１つ以上の前の用量より少なくとも１．１倍、少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上多くてもよい。いくつかの実施形態では、１つ以上の後の用量は、１つ以上の前の用量よりも少ない（例えば、１つ以上の前の用量の後に陰性反応を経験した場合、及び／または前の用量と後続の用量との間にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された及び／または感染した場合）。いくつかの実施形態では、１つ以上の後の用量は、１つ以上の前の用量より少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、またはそれ以上少なくてもよい。異なる用量が利用されるいくつかの実施形態では、それらは、本明細書に記載されるような一般的なストックとの同一性及び／または希釈によって互いに関連する。
いくつかの実施形態では、少なくとも２つ以上の用量が投与される場合（例えば、一次レジメンにおいて投与される少なくとも２つの用量、ブースターレジメンにおいて投与される少なくとも２つの用量、または一次レジメンにおいて投与される少なくとも１つの用量、及びブースターレジメンにおいて少なくとも１つの用量）、本明細書に記載の同じＲＮＡ組成物は、かかる用量で投与されてもよく、かかる用量の各々は、同じであり得るか、または異なり得る（本明細書に記載されるように）。少なくとも２つ以上の用量が投与される（例えば、少なくとも２つの用量が一次レジメンにおいて投与される、少なくとも２つの用量がブースターレジメンにおいて投与される、または少なくとも１つの用量が一次レジメンにおいて投与され、少なくとも１つの用量がブースターレジメンにおいて投与される）いくつかの実施形態では、本明細書に記載の異なるＲＮＡ組成物（例えば、異なるコロナウイルス分岐群から、または同じコロナウイルス分岐群の異なる株からの異なるコードされたウイルスポリペプチド；異なる構築物要素（例えば、５’キャップ、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ等）；異なる製剤（例えば、異なる賦形剤及び／または緩衝液（例えば、ＰＢＳ対Ｔｒｉｓ））；異なるＬＮＰ組成物；またはそれらの組み合わせ）は、かかる用量で投与されてもよく、かかる用量の各々は、同じまたは異なり得る（例えば、本明細書に記載のように）。
いくつかの実施形態では、対象は、２つ以上のＲＮＡを投与され（例えば、一次レジメンまたはブースターレジメンのいずれかの一部として）、２つ以上のＲＮＡは、同じ日または同じ来院時に投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、別個の組成物において、例えば、各ＲＮＡを対象の別個の部分に投与することによって（例えば、対象の異なる腕または対象の同じ腕の異なる部位への筋肉内投与によって）投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、投与前に混合される（例えば、投与直前に、例えば、投与する開業医によって混合される）。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、（例えば、（ａ）各集団が異なるＲＮＡを含む、ＬＮＰの別個の集団を混合することによって、または（ｂ）各ＬＮＰが２つ以上のＲＮＡを含むように、ＬＮＰ製剤の前に２つ以上のＲＮＡを混合することによって）一緒に製剤化される。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、１つの株（例えば、武漢株）からのコロナウイルスＳタンパク質またはその免疫原性断片（例えば、ＲＢＤまたは他の関連ドメイン）、及び投与時に関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のバリアント）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、かかるバリアントは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、またはＢＡ．３バリアント）である。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、対象において広範な免疫応答を誘発することが示されている第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、ＢＡ．２からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上のＲＮＡは、武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、またはそれに由来する亜系統；ならびにＢＡ．２、ＢＡ．４もしくは５オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、またはそれに由来する亜系統を含む。
いくつかの実施形態では、対象は、以下の表に列挙される組み合わせ１～６６のうちのいずれか１つを投与され得る。いくつかの実施形態では、かかる組み合わせは、ＬＮＰ製剤を使用して投与することができ、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡは、同じＬＮＰ内または別個のＬＮＰ内に封入される。いくつかの実施形態では、かかる組み合わせは、別個のＬＮＰ製剤として（例えば、別個の部位で対象に投与することによって）投与することができる。













Figure 2023081859000154
Figure 2023081859000155
Figure 2023081859000156
いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを各々同じ量（すなわち、１：１の比）で投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを各々異なる量で投与される。例えば、いくつかの実施形態では、対象は、第２のＲＮＡの量の０．０１～１００倍の量で第１のＲＮＡを投与される（例えば、第１のＲＮＡの量は、第２のＲＮＡの量の０．０１～５０、０．０１～４、０．０１～３０、０．０１～２５、０．０１～２０、０．０１～１５、０．０１～１０、０．０１～９、０．０１～８、０．０１～７、０．０１～６、０．０１～５、０．０１～４、０．０１～３、０．０１～２、０．０１～１．５、１～５０、１～４、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～９、１～８、１～７、１～６、１～５、１～４、１～３、１～２、または１～１．５倍である）。いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを投与され、第１のＲＮＡの濃度は、第２のＲＮＡの濃度の１～１０倍である。いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを投与され、第１のＲＮＡの量は、第２のＲＮＡの量の１～５倍である。いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを投与され、第１のＲＮＡの濃度は、第２のＲＮＡの濃度の１～３倍である。いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを投与され、第１のＲＮＡの量は、第２のＲＮＡの量の２倍である。いくつかの実施形態では、対象は、第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを投与され、第１のＲＮＡの濃度は、第２のＲＮＡの濃度の３倍である。
いくつかの実施形態では、対象は、各々が、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、各々が同じ量（すなわち、１：１：１の比）で、３つのＲＮＡを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、各々が、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、３つのＲＮＡを投与され、各ＲＮＡの量は同じではない（例えば、１つのＲＮＡは、他の２つのＲＮＡとは異なる量で存在するか、または３つ全てのＲＮＡが、異なる量で存在する）。例えば、いくつかの実施形態では、第１のＲＮＡ：第２のＲＮＡ：第３のＲＮＡの比は、１：０．０１～１００：０．０１～１００（例えば、１：０．０１～５０：０．０１～５０、１：０．０１～４０：０．０１～４０、１：０．０１～３０：０．０１～２５、１：０．０１～２５：０．０１～２５、１：０．０１～２０：０．０１～２０、１：０．０１～１５：０．０１～１５、１：０．０１～１０：０．０１～９、１：０．０１～９：０．０１～９、１：０．０１～８：０．０１～８、１：０．０１～７：０．０１～７、１：０．０１～６：０．０１～６、１：０．０１～５：０．０１～５、１：０．０１～４：０．０１～４、１：０．０１～３：０．０１～３、１：０．０１～２：０．０１～２、または１：０．０１～１．５：０．０１～１．５）である。いくつかの実施形態では、対象は、３つのＲＮＡを１：１：３の比で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３つのＲＮＡを１：３：３の比で投与される。
いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、少なくとも２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡ組成物を含む第１のワクチン接種レジメン（例えば、一次レジメン）（例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい）、及び単回用量または複数回用量（例えば、２つの用量）の本明細書に記載のＲＮＡ組成物を含む第２のワクチン接種（例えば、ブースターレジメン）を含む。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの用量は、本明細書に記載の一般的なストックとの同一性または一般的なストックからの希釈することによって一次レジメンの用量に関連する。様々な実施形態では、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後、例えば、少なくとも２つの用量を含む一次レジメンの完了後、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、少なくとも１２ヶ月、またはそれ以上で投与される（例えば、開始される）。様々な実施形態では、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後、例えば、少なくとも２つの用量を含む一次レジメンの完了後、１～１２ヶ月、２～１２ヶ月、３～１２ヶ月、４～１２ヶ月、６～１２ヶ月、１～６ヶ月、１～５ヶ月、１～４ヶ月、１～３ヶ月、または２～３ヶ月で投与される（例えば、開始される）。様々な実施形態では、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後、例えば、２用量一次レジメンの完了後、１～６０ヶ月、２～４８ヶ月、２～２４ヶ月、３～２４ヶ月、６～１８ヶ月、６～１２ヶ月、または５～７ヶ月で投与される（例えば、開始される）。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約６０μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約５０μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約３０μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約２５μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約２０μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約１５μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約１０μｇである。いくつかの実施形態では、一次レジメンの各用量は、用量当たり約３μｇである。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの各用量は、一次レジメンの用量と同じである。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの各用量は、一次レジメンにおいて投与される用量と同じ量のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの用量と同じである。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの少なくとも１つの用量と同じ量のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの用量よりも低い。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの用量よりも低い量のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの用量よりも高い。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンの用量よりも高い量のＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメン（例えば、本明細書に記載されるような）は、小児患者（例えば、２歳～５歳の患者、５歳～１１歳の患者、または１２歳～１５歳の患者）に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、６ヶ月～２歳未満である小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、６ヶ月未満である小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、６ヶ月～５歳未満である小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、２歳～５歳未満の小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、５歳～１２歳未満の小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、１２歳～１６歳未満の小児患者に投与される。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約３μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約１０μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約１５μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約２０μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約２５μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、小児ブースターレジメンの各用量は、約３０μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、非小児患者（例えば、１６歳以上の患者、１８～６４歳の患者、及び／または６５歳以上の患者）に投与される。いくつかの実施形態では、非小児ブースターレジメンの各用量は、約３ｕｇのＲＮＡ、約１０ｕｇのＲＮＡ、約２５μｇのＲＮＡ、約３０μｇのＲＮＡ、約４０μｇのＲＮＡ、約４５μｇのＲＮＡ、約５０μｇのＲＮＡ、約５５μｇのＲＮＡ、または約６０μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、同じブースターレジメンが、小児患者及び非小児患者（例えば、１２歳以上の患者）の両方に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、非小児患者に投与されるブースターレジメンは、本明細書に記載の同一性によって、または希釈によって患者が以前に受けた一次レジメンの製剤及び用量に関連する製剤及び用量で投与される。いくつかの実施形態では、一次レジメンよりも低い用量でブースターレジメンを受ける非小児患者は、かかる一次レジメンの１つ以上の用量に対する有害反応を経験してい得、及び／またはかかる一次レジメンとかかるブースターレジメンとの間、またはかかる一次レジメンの用量とかかるブースターレジメンとの間のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露及び／または感染してい得る。いくつかの実施形態では、小児患者及び非小児患者は、より低い用量でのワクチン有効性の減少が観察されるとき、及び／または投与時に関連する管轄区域で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントの免疫逃避が観察されるときに、一次レジメンよりも高い用量でブースターレジメンを受け得る。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの１つ以上の用量は、一次レジメンの用量とは異なる。例えば、いくつかの実施形態では、投与される用量は、対象の年齢に対応し得、患者は、ある治療年齢群から次の治療年齢群に老化し得る。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、投与される用量は、患者の状態（例えば、免疫不全状態）に対応してもよく、ブースターレジメンの１つ以上の用量に対して、一次レジメンとは異なる用量が選択されてもよい（例えば、介在がん治療、ＨＩＶへの感染、例えば、臓器移植に関連する免疫抑制療法の受容に起因する）。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量は、一次レジメンにおいて投与される少なくとも１つの用量よりも高い量のＲＮＡを含んでもよい（例えば、１つ以上のより早い用量からのワクチン有効性の減少が観察される状況、及び／または投与時に関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載されるバリアント）による免疫逃避が観察される状況において）。
いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量、及び／または１つ以上の２０ｕｇ用量、または１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つ以上の３ｕｇ用量（例えば、各々が３ｕｇのＲＮＡを含み、互いに約２１日間の間隔を空けて投与される、少なくとも２つの用量）を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量、及び／または１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つ以上の１０ｕｇ用量（例えば、各々が約２１日間の間隔を空けて投与される、１０ｕｇのＲＮＡを含む、２つの用量）を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つ以上の３０ｕｇ用量（例えば、各々が約２１日間の間隔を空けて投与される、３０ｕｇのＲＮＡを含む、２つの用量）を伴ってもよく、ブースターレジメンはまた、１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つ以上の３０ｕｇ用量（例えば、各々が約２１日間の間隔を空けて投与される、３０ｕｇのＲＮＡを含む、２つの用量）を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の５０ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、２つ以上の３０ｕｇ用量（例えば、各々が約２１日間の間隔を空けて投与される、３０ｕｇのＲＮＡを含む、２つの用量）を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の６０ｕｇ用量を伴ってもよい。
いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの３０ｕｇ用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの３０ｕｇ用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、本明細書に記載のバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つ用量の３０ｕｇの、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、またはＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、３０ｕｇのＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む（例えば、いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される）。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、７．５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２２．５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、互いに少なくとも２ヶ月間の間隔を空けて投与される、２つ以上の用量の３０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。例えば、いくつかの実施形態では、対象は、２つの用量の３０ｕｇの、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、またはＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、ＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、１５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、３０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも１つの３０ｕｇ用量の、非ＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも１つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与され、２つのブースター用量は、互いに少なくとも２ヶ月間の間隔を空けて投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、武漢株（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの用量５０ｕｇの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、本明細書に記載のバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの用量５０ｕｇの、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、５０ｕｇのＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む（例えば、いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される）。
いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、およそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも１つの５０ｕｇ用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、およそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも１つの５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、５０ｕｇのＲＮＡは、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする２５ｕｇのＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、またはＢＡ．５バリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする２５ｕｇのＲＮＡを含み、ブースターレジメンは、第１のブースターレジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）５０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）５０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）５０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）２５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、２５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、５０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つの６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、６０ｕｇの武漢バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、６０ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、本明細書に記載のバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、６０ｕｇのオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ＲＮＡは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする少なくとも１つの追加のＲＮＡを含む（例えば、いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、またはＢＡ．５バリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、ブースターレジメンを投与される）。
いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする４０ｕｇのＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、３０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、２０ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、１５ｕｇのＢＡ．３オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び４５ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む、少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）２つの３０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも１つの６０ｕｇ用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）２つの３０ｕｇ用量の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、およそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）少なくとも１つの６０ｕｇ用量の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、またはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）２つの３０ｕｇ用量の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、およそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉｉ）３０ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、少なくとも１つの６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、第２のブースターレジメンは、第１のブースターレジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）６０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）６０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）６０ｕｇ用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメンを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの完了後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、またはそれ以上を含む）で投与される。いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇのＢＡ．１オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、（ｉ）少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（２つの用量が、少なくともおよそ２１日間の間隔を空けて投与される）、及び（ｉｉ）３０ｕｇのＢＡ．２オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇ用量のＲＮＡを含むブースターレジメンを投与される。
いくつかの実施形態では、患者は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの３０ｕｇ用量を含む一次レジメンと、少なくとも１つの６０ｕｇ用量のＲＮＡ（例えば、６０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、６０ｕｇのオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、もしくはＢＡ．５オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、または３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び３０ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ）を含むブースターレジメンとを投与される。いくつかの実施形態では、患者は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの３０ｕｇ用量を含む一次レジメンと、少なくとも１つの５０ｕｇ用量のＲＮＡ（例えば、５０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、５０ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、または２５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び２５ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ）を含むブースターレジメンとを投与される。いくつかの実施形態では、患者は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの３０ｕｇ用量を含む一次レジメンと、少なくとも１つの３０ｕｇ用量のＲＮＡ（例えば、３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、３０ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、または１５ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び１５ｕｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ）を含むブースターレジメンとを投与される。
いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の３０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量、１つ以上の１０ｕｇ用量、及び／または１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の２０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量、及び／または１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の１０ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。いくつかの実施形態では、一次レジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよく、ブースターレジメンは、１つ以上の３ｕｇ用量を伴ってもよい。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、例えば、一次レジメンを受けている間に有害反応を経験した患者のための単回用量を含む。
いくつかの実施形態では、一次レジメンに使用されるのと同じＲＮＡが、ブースターレジメンに使用される。いくつかの実施形態では、一次レジメン及びブースターレジメンにおいて使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２である。
いくつかの実施形態では、同じ対象に投与される一次レジメンにおいて使用されるものと比較して、異なるＲＮＡが、ブースターレジメンにおいて使用される。いくつかの実施形態では、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンにおいて使用されるが、ブースターレジメンにおいては使用されない。いくつかの実施形態では、ＢＮＴ１６２ｂ２は、ブースターレジメンにおいて使用されるが、一次レジメンにおいては使用されない。いくつかの実施形態では、一次レジメン及びブースターレジメンにおいて使用されるＲＮＡ構築物が異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（例えば、本明細書に記載されるような）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性部分）をコードすることを除き、類似のＢＮＴ１６２ｂ２構築物を一次レジメン及びブースターレジメンにおいて使用することができる。
いくつかの実施形態では、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンまたはブースターレジメンに使用されるが、両方には使用されず、異なるＲＮＡが他方に使用される場合、かかる異なるＲＮＡは、同じＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするが、異なるコドン最適化または他の異なるＲＮＡ配列を有するＲＮＡであってもよい。いくつかの実施形態では、かかる異なるＲＮＡは、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株の、例えば、本明細書で論じられるバリアント株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性部分）をコードし得る。いくつかのかかる実施形態では、かかるバリアントは、関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっている。いくつかの実施形態では、かかる異なるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントについて本明細書に記載される１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはそのバリアント（またはそのいずれかの免疫原性部分）をコードするＲＮＡであってもよく、いくつかのかかる実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、ＶＯＣ－２０２０１２／０１、５０１．Ｖ２、クラスター５及びＢ．１．１．２４８からなる群から選択されてもよい。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、ＶＯＣ－２０２０１２／０１、５０１．Ｖ２、クラスター５、ならびにＢ．１．１．２４８、Ｂ．１．１．７、Ｂ．１．６１７．２、及びＢ．１．１．５２９からなる群から選択され得る。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、投与時に関連する管轄区域において急速に広がっているバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードする少なくとも１つの用量のＲＮＡを含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンにおいて投与されるＲＮＡによってコードされるバリアントは、一次レジメンにおいて投与されるＲＮＡによってコードされるバリアントとは異なる場合がある。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、（ｉ）ある用量の一次レジメンにおいて投与されるＲＮＡと同じＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡ（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡ）、及び（ｉｉ）ある用量の投与時に関連する管轄区域において急速に広がっているバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡ（例えば、本明細書に記載のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのうちの１つからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片））を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、複数の用量（例えば、少なくとも２つの用量、少なくとも３つの用量、またはそれ以上）を含む。例えば、いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの第１の用量は、一次レジメンにおいて投与される同じＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡを含んでもよく、ブースターレジメンの第２の用量は、投与時に関連する管轄区域で急速に広がっているバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの第１の用量は、投与時に関連する管轄区域において急速に広がっているバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡを含んでもよく、ブースターレジメンの第２の用量は、一次レジメンにおいて投与される同じＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）をコードするＲＮＡを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、複数の用量を含み、関連する管轄区域において急速に広がっているバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡは、第１の用量で投与され、一次レジメンにおいて投与されるＳタンパク質をコードするＲＮＡは、第２の用量で投与される。
いくつかの実施形態では、ブースターレジメンにおける用量（例えば、第１及び第２の用量、または任意の２つの連続した用量）は、例えば、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、少なくとも１３週間、少なくとも１４週間、少なくとも１５週間、少なくとも１６週間、またはそれ以上の間隔を含む、少なくとも２週間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンにおける用量（例えば、第１及び第２の用量、または任意の２つの連続用量）は、およそ２～１６８週間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンにおける用量（例えば、第１及び第２の用量、または任意の２つの連続用量）は、およそ３～１２週間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンにおける用量（例えば、第１及び第２の用量、または任意の２つの連続用量）は、およそ４～１０週間の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンにおける用量（例えば、第１及び第２の用量、または任意の２つの連続用量）は、およそ６～８週間の間隔を空けて投与される。（例えば、約２１日間の間隔を空けて、または約６～８週間の間隔を空けて）。いくつかの実施形態では、第１及び第２の用量は、同じ日に（例えば、対象の異なる部位での筋肉内注射によって）投与される。
かかる実施形態では、ブースターレジメンは、任意に、第１及び第２の用量のおよそ２～８週間後に（例えば、第１及び第２の用量の約２１日後に、または第１及び第２の用量の約６週間～約８週間後に）投与される第３及び第４の用量を更に含み得、第３及び第４の用量は、同じ日に（例えば、対象の異なる部位での筋肉内注射によって）投与され、ブースターレジメンの第１及び第２の用量で投与される同じＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、複数のブースターレジメンを投与してもよい。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、以前にブースターレジメンを投与されたことのある患者に投与される。
いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、第１のブースターレジメンを以前に受けたことがある患者に投与され、第２のブースターレジメンの少なくとも１つの用量で投与されるＲＮＡの量は、第１のブースターレジメンの少なくとも１つの用量で投与されるＲＮＡの量よりも多い。
いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の２５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、第２のブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量のおよそ３０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量のおよそ５０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量のおよそ６０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメン、少なくとも１つの用量のおよそ３０ｕｇのＲＮＡを含む第１のブースターレジメン、及び少なくとも１つの用量のおよそ３０ｕｇのＲＮＡを含む第２のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメン、少なくとも１つの用量のおよそ３０ｕｇのＲＮＡを含む第１のブースターレジメン、及び少なくとも１つの用量のおよそ５０ｕｇのＲＮＡを含む第２のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、およそ２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメン、少なくとも１つの用量のおよそ３０ｕｇのＲＮＡを含む第１のブースターレジメン、及び少なくとも１つの用量のおよそ６０ｕｇのＲＮＡを含む第２のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、第１のブースターレジメンは、２つの用量のＲＮＡを含み、各用量は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、第１のブースターレジメンは、２つの用量のＲＮＡを含み、各用量は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含み、２つの用量のＲＮＡは、同じ日に投与される。いくつかの実施形態では、２つの用量のＲＮＡは、単一の組成物において（例えば、第１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の組成物と、第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の組成物とを混合することによって）投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の用量と、ブースターレジメンを投与する際に関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の用量とを含むブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量のＲＮＡは、同じ日に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の用量と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアルファバリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の用量とを含むブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与され得る。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の用量と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のベータバリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の用量とを含むブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与され得る。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の用量と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のデルタバリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の用量とを含むブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与され得る。いくつかの実施形態では、対象は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第１の用量と、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２の用量とを含むブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与され得る。かかるブースターレジメンは、例えば、一次投薬レジメンを以前に投与された対象に、及び／または一次投薬レジメン及びブースターレジメンを以前に投与された対象に投与され得る。
いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の１５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の１５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与される（例えば、ＲＮＡを含む組成物を投与前に混合し、次いで、混合物を患者に投与する）。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の２５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の２５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、第１及び第２の用量は、任意に、同じ日に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の２５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の２５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、第１及び第２の用量は、同じ日に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の３０ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の３０ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、任意に、同じ日に（例えば、別個の投与において、または多価ワクチンの投与として）投与される。いくつかの実施形態では、かかる第１のブースターレジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンを以前に投与された対象に投与され、第１のブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも３ヶ月（例えば、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の１５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の１５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第２のブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、同じ日に投与される（例えば、ＲＮＡを含む組成物を投与前に混合して多価ワクチンを形成し、次いで、混合物を患者に投与する）。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の２５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の２５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第２のブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、任意に、同じ日に（例えば、多価ワクチンの投与を介して、または別個の組成物の投与を介して）投与される。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の２５ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の２５ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡを含む、第２のブースターレジメンを投与される。いくつかの実施形態では、対象は、第１の用量の３０ｕｇの武漢バリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡ、及び第２の用量の３０ｕｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントからのスパイクタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、第２のブースターレジメンを投与され、第１の用量及び第２の用量は、任意に、同じ日に（例えば、多価ワクチンの投与を介して、または別個の組成物の投与を介して）投与される。いくつかの実施形態では、かかる第２のブースターレジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンを以前に投与された対象に投与される。いくつかの実施形態では、かかる第２のブースターレジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む一次レジメンと、１つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む第１のブースターレジメンとを以前に投与された対象に投与され、第２のブースターレジメンは、第１のブースターレジメンの投与後少なくとも３ヶ月（例えば、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の用量（複数可）のＲＮＡ組成物を受ける患者は、例えば、１つ以上の用量の投与後に、１つ以上の特定の状態についてモニタリングされる。いくつかの実施形態では、かかる状態（複数可）は、アレルギー反応（複数可）（特に、関連するアレルギーまたはアレルギー反応の既往歴を有する対象（複数可））、心筋炎（特に、対象が若い男性である場合、及び／またはかかる炎症を経験した可能性がある場合、心筋の炎症）、心膜炎（特に、対象が若い男性である場合、及び／または以前にかかる炎症を経験した可能性がある場合、心臓の外側の粘膜の炎症）、発熱、出血（特に、対象が出血障害を有することが知られている場合、または血液希釈剤による療法を受けている場合）であり得るか、またはそれらを含むことができる。代替的にまたは追加的に、より詳細なモニタリングを受け得る患者は、免疫系に影響を及ぼす、妊娠中または妊娠予定である、授乳中である、別のＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを受けた、及び／または注射と関連して失神したことがある、免疫不全であるか、または免疫系に影響を及ぼす薬物による治療を受けている患者であり得るか、または患者を含み得る。いくつかの実施形態では、患者は、本明細書に開示される組成物のうちの１つの投与後に、心筋炎についてモニタリングされる。いくつかの実施形態では、患者は、本明細書に開示される組成物のうちの１つの投与後に、心膜炎についてモニタリングされる。患者は、現在の標準治療を使用して、状態についてモニタリング及び／または治療され得る。
いくつかの実施形態では、小児集団において記載される（例えば、本明細書に記載される）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物に対する有効性は、本明細書に記載の様々な測定基準（過去のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の血清学的またはウイルス学的証拠がない対象における１０００人－年当たりのＣＯＶＩＤ－１９の発症率、例えば、第２の用量の７日後に測定されるＳＡＲＳ ＣｏＶ－２中和力価の幾何平均比（ＧＭＲ）等を含むが、これらに限定されない）によって評価され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の小児集団（例えば、１２歳～１６歳未満）は、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、ｍＲＮＡ）の投与後、多系統炎症症候群（ＭＩＳ）（例えば、異なる身体部分、例えば、心臓、肺、腎臓、脳、皮膚、眼、及び／または消化管臓器等における炎症）の発生についてモニタリングされ得る。小児におけるＭＩＳの例示的な症状としては、発熱、腹痛、嘔吐、下痢、首の痛み、発疹、血走った眼、過度の疲労感、及びそれらの組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。
一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ１（ＲＢＰ０２０．３）、ＢＮＴ１６２ｂ２（ＲＢＰ０２０．１もしくはＲＢＰ０２０．２）、またはＢＮＴ１６２ｂ３（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ）として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ＲＢＰ０２０．２として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。一実施形態では、ワクチン抗原をコードするＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ３（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ）として本明細書に記載されるヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）である。
一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列、配列番号２１のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号２１のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号５のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号１９もしくは２０のヌクレオチド配列、配列番号１９もしくは２０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号１９または２０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号２０のヌクレオチド配列、配列番号２０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、かつ（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする。一実施形態では、上述のように投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号３０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードする。
一実施形態では、投与されるＲＮＡは、ヌクレオシド修飾メッセンジャーＲＮＡ（ｍｏｄＲＮＡ）であり、（ｉ）配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列をコードし、用量当たり約３０μｇの量で投与される。一実施形態では、かかる用量のうちの少なくとも２つが投与される。例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡで治療される集団は、少なくとも５０歳、少なくとも５５歳、少なくとも６０歳、または少なくとも６５歳の対象を含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡで治療される集団は、５５～９０、６０～８５、または６５～８５の年齢の対象を含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなる。
いくつかの実施形態では、投与される用量の間の期間は、少なくとも７日、少なくとも１４日、または少なくとも２１日である。いくつかの実施形態では、投与される用量の間の期間は、７日～２８日、例えば、１４日～２３日である。
いくつかの実施形態では、５用量以下、４用量以下、または３用量以下の本明細書に記載のＲＮＡが、対象に投与され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、有害事象（ＡＥ）、すなわち、患者において任意の望ましくない医学的事象、例えば、医薬品に関連するか否かにかかわらず、医薬品の使用に関連する任意の好ましくない及び意図しない兆候、症状、または疾患の強度が軽度または中等度であるように（レジメンにおいて、例えば、用量、用量の頻度、及び／または用量の数において）投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、有害事象（ＡＥ）が、例えば、鎮痛、解熱（発熱低減）及び／または抗炎症作用、例えば、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、例えば、アスピリン、イブプロフェン、及びナプロキセンを提供する、例えば、パラセタモールまたは他の薬物による治療などの介入で管理され得るように投与される。ＮＳＡＩＤに分類されないパラセタモールまたは「アセトアミノフェン」は、弱い抗炎症作用を発揮し、本開示に従って鎮痛剤として投与することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤は、コロナウイルス、コロナウイルス感染症、またはコロナウイルスに関連する疾患もしくは障害に対する対象における中和効果を提供する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるコロナウイルスを遮断または中和する免疫応答を誘導する。いくつかの実施形態では、対象への投与後に本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるコロナウイルスを遮断または中和するＩｇＧ抗体などの抗体の生成を誘導する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象においてＡＣＥ２に結合するコロナウイルスＳタンパク質を遮断または中和する免疫応答を誘導する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象においてＡＣＥ２に結合するコロナウイルスＳタンパク質を遮断または中和する抗体の生成を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、少なくとも５００Ｕ／ｍｌ、１０００Ｕ／ｍｌ、２０００Ｕ／ｍｌ、３０００Ｕ／ｍｌ、４０００Ｕ／ｍｌ、５０００Ｕ／ｍｌ、１００００Ｕ／ｍｌ、１５０００Ｕ／ｍｌ、２００００Ｕ／ｍｌ、２５０００Ｕ／ｍｌ、３００００Ｕ／ｍｌ、または更にそれ以上のＩｇＧ抗体などのＲＢＤドメイン結合抗体の幾何平均濃度（ＧＭＣ）を誘導する。いくつかの実施形態では、ＲＢＤドメイン結合抗体の上昇したＧＭＣは、少なくとも１４日、２１日、２８日、１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１２ヶ月、または更にそれ以上持続する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、少なくとも１００Ｕ／ｍｌ、２００Ｕ／ｍｌ、３００Ｕ／ｍｌ、４００Ｕ／ｍｌ、５００Ｕ／ｍｌ、１０００Ｕ／ｍｌ、１５００Ｕ／ｍｌ、またはそれ以上のＩｇＧ抗体などの中和抗体の幾何平均力価（ＧＭＴ）を誘導する。いくつかの実施形態では、中和抗体の上昇したＧＭＴは、少なくとも１４日、２１日、２８日、１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１２ヶ月、または更にそれ以上持続する。
本明細書で使用される場合、「中和」という用語は、抗体などの結合剤が、受容体結合タンパク質などのウイルスの生物学的活性部位に結合し、それによって細胞のウイルス感染を阻害する事象を指す。本明細書で使用される場合、コロナウイルス、特にコロナウイルスＳタンパク質に関して「中和」という用語は、抗体などの結合剤がＳタンパク質のＲＢＤドメインに結合し、それによって細胞のウイルス感染を阻害する事象を指す。特に、「中和」という用語は、結合剤が目的のウイルスの毒性（例えば、細胞に感染する能力）を排除するか、または著しく低減する事象を指す。
抗原チャレンジに応答して生成される免疫応答のタイプは、一般に、応答に関与するＴヘルパー（Ｔｈ）細胞のサブセットによって区別することができる。免疫応答は、以下の２つのタイプに大別することができる：Ｔｈ１及びＴｈ２。Ｔｈ１免疫活性化は、ウイルスなどの細胞内感染に対して最適化されるが、Ｔｈ２免疫応答は、体液性（抗体）応答に対して最適化される。Ｔｈ１細胞は、インターロイキン２（ＩＬ－２）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）、及びインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）を産生する。Ｔｈ２細胞は、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、及びＩＬ－１３を産生する。Ｔｈ１免疫活性化は、多くの臨床状況において最も強く望まれる。Ｔｈ２または体液性免疫応答を誘発することに特化したワクチン組成物は、一般に、ほとんどのウイルス性疾患に対して有効ではない。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるＴｈ１媒介性免疫応答を誘導または促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるＴｈ１媒介性免疫応答に典型的であるサイトカインプロファイルを誘導または促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるインターロイキン２（ＩＬ－２）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）及び／またはインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）の産生を誘導または促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるインターロイキン２（ＩＬ－２）及びインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）の産生を誘導または促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載される方法及び薬剤は、対象におけるＴｈ２媒介性免疫応答を誘導もしくは促進しないか、またはＴｈ１媒介性免疫応答の誘導もしくは促進と比較して著しく低い程度に、対象におけるＴｈ２媒介性免疫応答を誘導もしくは促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、対象におけるＴｈ２媒介性免疫応答に典型的であるサイトカインプロファイルを誘導または促進しないか、またはＴｈ１媒介性免疫応答に典型的であるサイトカインプロファイルの誘導または促進と比較して著しく低い程度に、対象におけるＴｈ２媒介性免疫応答に典型的であるサイトカインプロファイルを誘導または促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、及び／またはＩＬ－１３の産生を誘導もしくは促進しないか、または対象におけるインターロイキン２（ＩＬ－２）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦα）及び／またはインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）の誘導もしくは促進と比較して著しく低い程度に、対象におけるＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、及び／またはＩＬ－１３の産生を誘導もしくは促進する。いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＩＬ－４の産生を誘導もしくは促進しないか、または対象におけるインターロイキン２（ＩＬ－２）及びインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）の誘導もしくは促進と比較して著しく低い程度に、対象におけるＩＬ－４の産生を誘導もしくは促進する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に天然に存在するＳタンパク質バリアントなどの異なるＳタンパク質バリアントのパネルを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。いくつかの実施形態では、異なるＳタンパク質バリアントのパネルは、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または更にそれ以上のＳタンパク質バリアントを含む。いくつかの実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＲＢＤドメイン内にアミノ酸修飾を有するバリアント及び／またはＲＢＤドメイン外にアミノ酸修飾を有するバリアントを含む。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３２１位（Ｑ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３２１位（Ｑ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３４１位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３４８位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｔである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３５４位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３５９位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３６７位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３７８位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の３７８位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｒである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４０８位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質または配列番号１の４０９位（Ｑ）に対応するアミノ酸は、Ｅである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然型バリアントを含み、配列番号１の４３５位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然型バリアントを含み、配列番号１の４３９位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４５８位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｒである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４７２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４７６位（Ｇ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４７７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の４８３位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の５０８位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の５１９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｐである。一実施形態では、かかるＳタンパク質バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその天然に存在するバリアントを含み、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。
配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応する位置に変異を含む当該Ｓタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、及び２４４（Ｌ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＶＯＣ－２０２０１２／０１を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の６９位（Ｈ）及び７０位（Ｖ）に対応する位置に欠失を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、配列番号１の６９（Ｈ）及び７０（Ｖ）位に対応する位置に欠失を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：１４４（Ｙ）、５０１（Ｎ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、及び１２２９（Ｍ）。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＶＯＣ－２０２０１２／０１を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「クラスター５」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：欠失６９～７０、Ｙ４５３Ｆ、Ｉ６９２Ｖ、Ｍ１２２９Ｉ、及び任意にＳ１１４７Ｌ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の６１４（Ｄ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５０１（Ｎ）、５７０（Ａ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、及び１２２９（Ｍ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＶＯＣ－２０２０１２／０１を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の５０１位（Ｎ）及び６１４位（Ｄ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙであり、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）及び６１４位（Ｄ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５７０（Ａ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、及び１２２９（Ｍ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＶＯＣ－２０２０１２／０１を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：欠失６９～７０、欠失１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５０１（Ｎ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、４１７（Ｋ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の４１７（Ｋ）は、Ｔである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「Ｂ．１．１．２８」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「Ｂ．１．１．２４８」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の５０１位（Ｎ）及び４８４位（Ｅ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙであり、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）及び４８４位（Ｅ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、４１７（Ｋ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｔである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、及びＡ７０１Ｖ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「Ｂ．１．１．２４８」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の５０１位（Ｎ）、４８４位（Ｅ）、及び６１４位（Ｄ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙであり、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋであり、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）、４８４位（Ｅ）、及び６１４位（Ｄ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５７０（Ａ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、４１７（Ｋ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｔである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＤ６１４Ｇ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、及び欠失２４２－２４４。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に配列番号１の２４２位（Ｌ）、２４３位（Ａ）、及び２４４位（Ｌ）に対応する位置に欠失を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）、２４３位（Ａ）、及び２４４位（Ｌ）に対応する位置に欠失を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含み得る。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５０１（Ｎ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、４１７（Ｋ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、４１７（Ｋ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｔである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及び欠失２４２～２４４、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及びＫ４１７Ｎ。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｔである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含んでもよい。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５０１（Ｎ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、４８４（Ｅ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＫ４１７Ｎ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及び欠失２４２～２４４。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「Ｂ．１．１．２４８」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に、配列番号１の４１７位（Ｋ）及び４８４位（Ｅ）、及び／または５０１位（Ｎ）に対応する位置に変異を含む天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｎであり、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋであり、及び／または配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）に対応するアミノ酸は、Ｔであり、配列番号１の４８４位（Ｅ）に対応するアミノ酸は、Ｋであり、及び／または配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。
いくつかの実施形態では、配列番号１の４１７位（Ｋ）及び４８４位（Ｅ）、及び／または５０１位（Ｎ）に対応する位置に変異を含むＳタンパク質バリアントは、１つ以上の更なる変異を含み得る。かかる１つ以上の更なる変異は、配列番号１の以下の位置に対応する位置における変異から選択され得る：６９（Ｈ）、７０（Ｖ）、１４４（Ｙ）、５７０（Ａ）、６１４（Ｄ）、６８１（Ｐ）、７１６（Ｔ）、９８２（Ｓ）、１１１８（Ｄ）、８０（Ｄ）、２１５（Ｄ）、７０１（Ａ）、１８（Ｌ）、２４６（Ｒ）、２４２（Ｌ）、２４３（Ａ）、２４４（Ｌ）、４５３（Ｙ）、６９２（Ｉ）、１１４７（Ｓ）、１２２９（Ｍ）、２０（Ｔ）、２６（Ｐ）、１３８（Ｄ）、１９０（Ｒ）、６５５（Ｈ）、１０２７（Ｔ）、及び１１７６（Ｖ）。一実施形態では、配列番号１の６９位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の７０位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の１４４位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の５７０位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｄである。一実施形態では、配列番号１の６１４位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の６８１位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の７１６位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の９８２位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の１１１８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｈである。一実施形態では、配列番号１の８０位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ａである。一実施形態では、配列番号１の２１５位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｇである。一実施形態では、配列番号１の７０１位（Ａ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１８位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の２４６位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２４２位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４３位（Ａ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の２４４位（Ｌ）に対応するアミノ酸は、欠失される。一実施形態では、配列番号１の４５３位（Ｙ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。一実施形態では、配列番号１の６９２位（Ｉ）に対応するアミノ酸は、Ｖである。一実施形態では、配列番号１の１１４７位（Ｓ）に対応するアミノ酸は、Ｌである。一実施形態では、配列番号１の１２２９位（Ｍ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の２０位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｎである。一実施形態では、配列番号１の２６位（Ｐ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の１３８位（Ｄ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１９０位（Ｒ）に対応するアミノ酸は、Ｓである。一実施形態では、配列番号１の６５５位（Ｈ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。一実施形態では、配列番号１の１０２７位（Ｔ）に対応するアミノ酸は、Ｉである。一実施形態では、配列番号１の１１７６位（Ｖ）に対応するアミノ酸は、Ｆである。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、５０１．Ｖ２を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ７０１Ｖ、及びＫ４１７Ｎ、ならびに任意に、Ｌ１８Ｆ、Ｒ２４６Ｉ、及び欠失２４２～２４４。当該Ｓタンパク質バリアントはまた、配列番号１の６１４位に対応する位置にＤ－＞Ｇ変異を含んでよい。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、「Ｂ．１．１．２４８」を標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、配列番号１の以下の位置に対応する位置に以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｌ１８Ｆ、Ｔ２０Ｎ、Ｐ２６Ｓ、Ｄ１３８Ｙ、Ｒ１９０Ｓ、Ｋ４１７Ｔ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｈ６５５Ｙ、Ｔ１０２７Ｉ、及びＶ１１７６Ｆ。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、または少なくとも３７を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ、Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ、Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ、Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、または全てを含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ（配列番号１と比較して）。当該Ｓタンパク質バリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または全てを含み得：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ（配列番号１と比較して）、及び／または以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは全てを含み得る：Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、当該Ｓタンパク質バリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または全てを含んでもよい：Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、または少なくとも３３を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における抗体応答、特に中和抗体応答を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、または少なくとも３７を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ、Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ、Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ、Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、または全てを含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ（配列番号１と比較して）。当該Ｓタンパク質バリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または全てを含み得：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ（配列番号１と比較して）、及び／または以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは全てを含み得る：Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、当該Ｓタンパク質バリアントは、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または全てを含んでもよい：Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、または少なくとも３３を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤は、以下の変異を含むＳタンパク質バリアントを標的とする、対象における免疫応答（細胞及び／または抗体応答、特に中和抗体応答）を誘導する：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
本明細書で使用される「…位に対応するアミノ酸」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質中のアミノ酸位置番号、特に配列番号１に示されるアミノ酸配列に対応するアミノ酸位置番号を指す。「配列番号１と比較して」という語句は、「配列番号１の以下の位置に対応する位置において」に相当する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアントなどの他のコロナウイルスＳタンパク質バリアントにおける対応するアミノ酸位置は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、特に配列番号１に示されるアミノ酸配列とのアラインメントによって見出され得る。配列中の配列またはセグメントをどのように整列させ、それによって本開示によるアミノ酸位置に対する配列中の対応する位置を決定するかは、当該技術分野において周知であると考えられる。ＡＬＩＧＮ、ＣｌｕｓｔａｌＷなどの標準的な配列アライメントプログラム、または類似したプログラムを、典型的にはデフォルト設定で使用することができる。
いくつかの実施形態では、抗体応答が標的とされる異なるＳタンパク質バリアントのパネルは、上記のＱ３２１Ｓ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｓ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ、及びＤ６１４Ｇバリアントからなる群から選択される少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または更にそれ以上のＳタンパク質バリアントを含む。いくつかの実施形態では、抗体応答が標的とされる異なるＳタンパク質バリアントのパネルは、上記のＱ３２１Ｓ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｓ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ、及びＤ６１４Ｇバリアントからの全てのＳタンパク質バリアントを含む。
いくつかの実施形態では、抗体応答が標的とされる異なるＳタンパク質バリアントのパネルは、上記のＱ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ、及びＤ６１４Ｇバリアントからなる群から選択される少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または更にそれ以上のＳタンパク質バリアントを含む。いくつかの実施形態では、抗体応答が標的とされる異なるＳタンパク質バリアントのパネルは、上記のＱ３２１Ｌ、Ｖ３４１Ｉ、Ａ３４８Ｔ、Ｎ３５４Ｄ、Ｓ３５９Ｎ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ３７８Ｒ、Ｒ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ａ４３５Ｓ、Ｎ４３９Ｋ、Ｋ４５８Ｒ、Ｉ４７２Ｖ、Ｇ４７６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｖ４８３Ａ、Ｙ５０８Ｈ、Ｈ５１９Ｐ、及びＤ６１４Ｇバリアントからの全てのＳタンパク質バリアントを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされるような、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパクバリアント、特に天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントについて、本明細書に記載される変異のうちの１つ以上を含む。一実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応する位置に変異を含む。一実施形態では、配列番号１の５０１位（Ｎ）に対応するアミノ酸は、Ｙである。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、ＶＯＣ－２０２０１２／０１、５０１．Ｖ２、クラスター５、及びＢ．１．１．２４８からなる群から選択されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の１つ以上の変異、例えば全ての変異を含む。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１の、８０位にアラニン置換、２１５位にグリシン置換、４８４位にリジン置換、５０１位にチロシン置換、７０１位にバリン置換、１８位にフェニルアラニン置換、２４６位にイソロイシン置換、４１７位にアスパラギン置換、６１４位にグリシン置換、２４２～２４４位に欠失、及び９８６位及び９８７位にプロリン置換を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、少なくとも３３、少なくとも３４、少なくとも３５、少なくとも３６、または少なくとも３７を含む：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ、Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ、Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ、Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、例えば、当該変異を含む本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１と比較して、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、または全てを含む：Ｔ５４７Ｋ、Ｈ６５５Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７１Ｌ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ３３９Ｄ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ８５６Ｋ、Ｎ７６４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｔ９５Ｉ、Ａ６７Ｖ、Ｌ９８１Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｇ４９６Ｓ、Ｔ４７８Ｋ、Ｑ４９８Ｒ、Ｑ４９３Ｒ、Ｅ４８４Ａ（配列番号１と比較して）。当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、バリアント、または断片は、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または全てを含み得：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ３７５Ｆ、Ｙ５０５Ｈ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ（配列番号１と比較して）、及び／または以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、もしくは全てを含み得る：Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ１４２Ｄ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、バリアント、または断片は、以下の変異のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または全てを含んでもよい：Ｌ１４１ｄｅｌ、Ｙ１４４Ｆ、Ｙ１４５Ｄ、Ｇ１４２ｄｅｌ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、例えば、当該変異を含む本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１と比較して、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異のうちの少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、少なくとも３０、少なくとも３１、少なくとも３２、または少なくとも３３を含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、例えば、当該変異を含む本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１と比較して、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、例えば、当該変異を含む本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１と比較して、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、及びＬ９８１Ｆ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、例えば、当該変異を含む本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号１と比較して、Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む。
いくつかの実施形態では、オミクロンＢＡ．２バリアントにおけるスパイク変化は、配列番号１と比較して、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐを含む。
いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、以下の変異を含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチン（例えば、本明細書に開示されるバリアント特異的ワクチン）の投与は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするか、または含むワクチンの投与と比較して、患者において改善された免疫応答をもたらし得る。いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチンの投与は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（またはその免疫原性断片）を含むか、またはコードするワクチンを投与された患者と比較して、対象においてより広範な免疫応答の誘導をもたらし得る（例えば、より多くの数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対するより強い中和応答及び／またはより多くの数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントにおけるエピトープを認識する中和応答を誘導する）。特定の実施形態では、バリアント特異的ワクチンが、異なるバリアントまたは武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むか、またはコードするワクチンと組み合わせて投与されるとき、より広範な免疫応答が誘導され得る（例えば、いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチンが、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むか、もしくはコードするワクチン、または異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むか、もしくはコードするワクチンと組み合わせて投与されるとき、より広範な免疫応答が誘導され得る）。例えば、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンが、オミクロンバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンと組み合わせて投与されるとき、より広範な免疫応答が誘導され得る。別の実施形態では、デルタバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンが、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンと組み合わせて投与されるとき、より広範な免疫応答が誘導され得る。かかる実施形態では、「より広範な」免疫応答は、単一のバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むか、またはコードするワクチン（例えば、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン）を投与された患者と比較して定義され得る。異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのＳタンパク質を含むか、もしくはそれをコードするワクチン、またはその免疫原性断片を、異なる時点で投与することによって組み合わせて投与してもよい（例えば、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチン、及び異なる時点でバリアント株の特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンを投与する、例えば、両方が一次レジメンの一部として、もしくはブースターレジメンの一部として投与されるか、または一方が一次レジメンの一部として投与され、一方がブースターレジメンの一部として投与される）。いくつかの実施形態では、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのＳタンパク質を含むか、もしくはそれをコードするワクチン、またはその免疫原性断片は、多価ワクチン（例えば、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、オミクロンバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む組成物）を投与することによって組み合わせて投与されてもよい。いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチンは、ワクチンが免疫化するように特異的に設計されているバリアントに対して優れた免疫応答（例えば、より高い濃度の中和抗体を誘導する）、及び１つ以上の他のバリアントに対して免疫応答を誘導し得る。いくつかのかかる実施形態では、他のバリアント（複数可）に対する免疫応答は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするか、またはそれを含むワクチンで観察されるものと同等またはそれより高い場合がある。
いくつかの実施形態では、バリアント特異的ワクチンによって誘導される中和抗体の幾何平均比（ＧＭＲ）または幾何平均倍率上昇（ＧＭＦＲ）は、非バリアント特異的ワクチンによって誘導されるものよりも（例えば、免疫化後１日～３ヶ月、投与後７日～２ヶ月、投与後約７日、または約１ヶ月で測定して）少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、または２．０（例えば、１．１～４、１．１～３．５、１．１～３、１．５～３、または１．１～１．５）倍高い。
いくつかの実施形態では、当該変異を含む、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号４９のアミノ酸配列、配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号４９のアミノ酸配列、もしくは配列番号４９のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。いくつかの実施形態では、当該変異を含む、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号４９のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、当該変異を含む、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号５２のアミノ酸配列、配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５２のアミノ酸配列、もしくは配列番号５２のアミノ酸配列に対して少なくとも９９．５％、９９％、９８．５％、９８％、９８．５％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列の免疫原性断片を含む。いくつかの実施形態では、当該変異を含む、例えば、本明細書に記載のＲＮＡによってコードされる、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片は、配列番号５２のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、対象への投与後に本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、細胞媒介性免疫応答（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答）を誘導する。いくつかの実施形態では、ＬＰＦＮＤＧＶＹＦ、ＧＶＹＦＡＳＴＥＫ、ＹＬＱＰＲＴＦＬＬ、ＱＰＴＥＳＩＶＲＦ、ＣＶＡＤＹＳＶＬＹ、ＫＣＹＧＶＳＰＴＫ、ＮＹＮＹＬＹＲＬＦ、ＦＱＰＴＮＧＶＧＹ、ＩＰＦＡＭＱＭＡＹ、ＲＬＱＳＬＱＴＹＶ、ＧＴＨＷＦＶＴＱＲ、ＶＹＤＰＬＱＰＥＬ、ＱＹＩＫＷＰＷＹＩ、及びＫＷＰＷＹＩＷＬＧＦからなる群から選択される１つ以上のエピトープ（例えば、ＭＨＣクラスＩ制限エピトープ）を認識するＴ細胞が誘導される。一実施形態では、エピトープＹＬＱＰＲＴＦＬＬを認識するＴ細胞が誘導される。一実施形態では、エピトープＮＹＮＹＬＹＲＬＦを認識するＴ細胞が誘導される。一実施形態では、エピトープＱＹＩＫＷＰＷＹＩを認識するＴ細胞が誘導される。一実施形態では、エピトープＫＣＹＧＶＳＰＴＫを認識するＴ細胞が誘導される。一実施形態では、エピトープＲＬＱＳＬＱＴＹＶを認識するＴ細胞が誘導される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、かかるＴ細胞の誘導を達成するレジメンに従って投与される。
いくつかの実施形態では、対象への投与後の本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、例えば、２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡを使用して（第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい）、投与後１５週間以降、１６週間以降、１７週間以降、１８週間以降、１９週間以降、２０週間以降、２１週間以降、２２週間以降、２３週間以降、２４週間以降、または２５週間以降に検出可能である細胞媒介性免疫応答（例えば、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答）を誘導する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法及び薬剤、例えば、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）組成物は、細胞媒介性免疫応答のかかる誘導を達成するレジメンに従って投与される。
一実施形態では、例えば、本明細書に記載の量及びレジメンにおいて、例えば、２つの用量の３０μｇ／用量で投与され得る、例えば、２１日間の間隔を空けて投与される本明細書に記載のＲＮＡを使用する、本明細書に記載のコロナウイルスに対するワクチン接種は、例えば、第１のワクチン接種に使用されるのと同じまたは異なるワクチンを使用して、コロナウイルス感染に対する保護が減少することが観察されると、一定の期間後に繰り返されてもよい。かかる一定の期間は、少なくとも６ヶ月、１年、２年等であってもよい。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるのと同じＲＮＡは、しかしながら、より低い用量またはより低い頻度の投与において、第２のまたは更なるワクチン接種に使用される。例えば、第１のワクチン接種は、用量当たり約３０μｇの用量を使用するワクチン接種を含んでもよく、一実施形態では、かかる用量のうちの少なくとも２つが投与され（例えば、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与されてもよい）、第２のまたは更なるワクチン接種は、用量当たり約３０μｇ未満の用量を使用したワクチン接種を含んでもよく、一実施形態では、かかる用量のうちの１つのみが投与される。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるものと異なるＲＮＡが、第２のまたは更なるワクチン接種に使用され、例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２は、第１のワクチン接種に使用され、ＢＮＴ１６２Ｂ１またはＢＮＴ１６２ｂ３は、第２のまたは更なるワクチン接種に使用される。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、少なくとも２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡ、例えば、２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡ（第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与され得る）を使用する第１のワクチン接種と、単回用量または複数回用量、例えば、２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡを使用する第２のワクチン接種とを含む。様々な実施形態では、第２のワクチン接種は、第１のワクチン接種の投与後、例えば、最初の２用量レジメンの後、３～２４ヶ月、６～１８ヶ月、６～１２ヶ月、または５～７ヶ月で投与される。第２のワクチン接種の各用量で使用されるＲＮＡの量は、第１のワクチン接種の各用量で使用されるＲＮＡの量と等しいか、または異なり得る。一実施形態では、第２のワクチン接種の各用量で使用されるＲＮＡの量は、第１のワクチン接種の各用量で使用されるＲＮＡの量に等しい。一実施形態では、第２のワクチン接種の各用量に使用されるＲＮＡの量及び第１のワクチン接種の各用量で使用されるＲＮＡの量は、用量当たり約３０μｇである。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるものと同じＲＮＡが、第２のワクチン接種に使用される。
一実施形態では、第１のワクチン接種及び第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２である。
いくつかの実施形態では、第１のワクチン接種及び第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡがＢＮＴ１６２ｂ２である場合、目的は、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを含むがこれに限定されないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを標的とする、免疫応答を誘導することである。したがって、いくつかの実施形態では、第１のワクチン接種及び第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡがＢＮＴ１６２ｂ２である場合、目的は、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを含むがこれに限定されないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染から対象を保護することである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるものと異なるＲＮＡが、第２のワクチン接種に使用される。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２であり、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント株、例えば、本明細書で論じられる株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡである。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２であり、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、第２のワクチン接種時に蔓延しているか、または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡである。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２であり、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質バリアント、特に天然に存在するＳタンパク質バリアントなどのＳタンパク質バリアントについて本明細書に記載される変異のうちの１つ以上を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアント、の免疫原性断片をコードするＲＮＡである。一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２であり、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、またはＶＯＣ－２０２０１２／０１、５０１．Ｖ２、クラスター５、Ｂ．１．１．２４８、及びオミクロン（Ｂ．１．１．５２９）からなる群から選択されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の１つ以上の変異、例えば全ての変異を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、８０位にアラニン置換、２１５位にグリシン置換、４８４位にリジン置換、５０１位にチロシン置換、７０１位にバリン置換、１８位にフェニルアラニン置換、２４６位にイソロイシン置換、４１７位にアスパラギン置換、６１４位にグリシン置換、２４２～２４４位に欠失、及び配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異：配列番号１の９８６位及び９８７位に残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号４９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５５、５８、または６１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５７、６０、または６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号４９、５５、または６１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号６０のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５１、５７、または６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号４９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５５または６１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５１のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５７または６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５５のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号６１のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５７のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。いくつかの実施形態では、第２のワクチン接種で使用されるＲＮＡによってコードされるポリペプチドは、配列番号１の９８６及び９８７に対応する位置にプロリン残基置換を更に含む。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードし、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするＲＮＡである。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇの用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月後（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号４９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、少なくとも２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも２つの用量の３０ｕｇの、配列番号４９のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、いくつかの実施形態では、ブースターレジメンの２つの用量は、互いに少なくとも２ヶ月間の間隔を空けて（例えば、互いに少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月間の間隔を空けて）投与される。いくつかの実施形態では、かかる対象は、ブースター用量として、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを以前に投与されていてもよい。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
いくつかの実施形態では、対象は、２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡ（例えば、互いに約２１日後に投与される）を含む一次レジメンを投与され、各３０ｕｇのＲＮＡは、配列番号７のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む１５ｕｇのＲＮＡ、及び配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む１５ｕｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、かかる一次レジメンは、ワクチン未接種の対象に投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、２つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含む（例えば、互いに約２１日後に投与される）一次レジメンを投与され、各３０ｕｇ用量のＲＮＡは、配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、かかる一次レジメンは、ワクチン未接種の対象に投与される。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇの用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、３０ｕｇのＲＮＡは、１５ｕｇの配列番号７のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び１５ｕｇの配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、５０ｕｇのＲＮＡは、２５ｕｇの配列番号７のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び２５ｕｇの配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物（例えば、両方のＲＮＡを含む製剤）で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇのＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、６０ｕｇのＲＮＡは、３０ｕｇの配列番号７のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び３０ｕｇの配列番号４９のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号７のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、第１のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号２０のヌクレオチド配列を含み、第２のワクチン接種に使用されるＲＮＡは、配列番号５４のヌクレオチド配列を含むＲＮＡである。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇの配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、ＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、３０ｕｇのＲＮＡは、１５ｕｇの配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び１５ｕｇの配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、５０ｕｇのＲＮＡを含む少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンとを投与され、５０ｕｇのＲＮＡは、２５ｕｇの配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び２５ｕｇの配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、６０ｕｇのＲＮＡを含む少なくとも１つの用量を含むブースターレジメンとを投与され、６０ｕｇのＲＮＡは、３０ｕｇの配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡ、及び３０ｕｇの配列番号５１のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含み、２つのＲＮＡは、任意に、同じ組成物で投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号５７のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号５７のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号５７のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号６０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号６０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号６０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の３０ｕｇの、配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の５０ｕｇの、配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、対象は、２つの３０ｕｇ用量の、配列番号６３ａのヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む一次レジメンと、少なくとも１つの用量の６０ｕｇの、配列番号５７のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含むブースターレジメンとを投与され、ブースターレジメンは、一次レジメンの投与後少なくとも２ヶ月（例えば、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、または少なくとも６ヶ月）で投与され、対象は、任意に、３０ｕｇ用量の配列番号２０のヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、第１のブースターレジメンを以前に投与されたことがある。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする２つの用量のＲＮＡを使用する第１のワクチン接種と、第１のワクチン接種の投与後、すなわち、最初の２用量レジメンの約４～１２ヶ月、５～１２ヶ月、または６～１２ヶ月後に投与される配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単回用量または複数回用量のＲＮＡを使用する第２のワクチン接種とを含む。一実施形態では、各ＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。この実施形態では、一実施形態における目的は、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを含むがこれに限定されない、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを標的とする免疫応答を誘導することである。したがって、この実施形態では、一実施形態における目的は、対象を、オミクロン（Ｂ．１．１．５２９）バリアントを含むがこれに限定されない、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染から保護することである。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔で投与される配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、２つの用量のＲＮＡを使用する第１のワクチン接種と、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される配列番号１の８０位にアラニン置換、２１５位にグリシン置換、４８４位にリジン置換、５０１位にチロシン置換、７０１位にバリン置換、１８位にフェニルアラニン置換、２４６位にイソロイシン置換、４１７位にアスパラギン置換、６１４位にグリシン置換、２４２～２４４位に欠失、及び９８６位及び９８７位にプロリン置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単回用量または複数回用量のＲＮＡを使用する第２のワクチン接種とを含む。一実施形態では、各ＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする２つの用量のＲＮＡを使用する第１のワクチン接種と、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１の以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単回用量または複数回用量のＲＮＡを使用する第２のワクチン接種とを含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする２つの用量のＲＮＡを使用する第１のワクチン接種と、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１の以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単回用量または複数回用量のＲＮＡを使用する第２のワクチン接種とを含む：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、コードされるポリペプチドは、配列番号１の９８６及び９８７に対応する位置にプロリン残基置換を更に含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、少なくとも２つの用量のＲＮＡを伴う第１のワクチン接種と、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１の以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単回用量または複数回用量のＲＮＡを伴う第２のワクチン接種とを含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量または少なくとも１つのＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、約２１日間の間隔を空けて投与される、配列番号１の９８６位及び９８７位にプロリン残基置換を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、少なくとも２つの用量のＲＮＡを伴う第１のワクチン接種と、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１の以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単回用量または複数回用量のＲＮＡを伴う第２のワクチン接種とを含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量または少なくとも１つのＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、少なくとも２つの用量のＲＮＡを伴う第１のワクチン接種を含み：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ、第１のワクチン接種の２つの用量は、約２１日間の間隔を空けて投与され、ワクチン接種レジメンは、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単回用量または複数回用量のＲＮＡを伴う第２のワクチン接種を含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量または少なくとも１つのＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、少なくとも２つの用量のＲＮＡを伴う第１のワクチン接種を含み：
Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ、第１のワクチン接種の２つの用量は、約２１日間の間隔を空けて投与され、ワクチン接種レジメンは、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単回用量または複数回用量のＲＮＡを伴う第２のワクチン接種を含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量または少なくとも１つのＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、少なくとも２つの用量のＲＮＡを伴う第１のワクチン接種を含み：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）、第１のワクチン接種の２つの用量は、約２１日間の間隔を空けて投与され、ワクチン接種レジメンは、例えば、第１のワクチン接種の投与、すなわち、最初の２用量レジメンの約６～１２ヶ月後に投与される、配列番号１に以下の変異を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、単回用量または複数回用量のＲＮＡを伴う第２のワクチン接種を含む：
Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｋ９８６Ｐ、及びＶ９８７Ｐ（配列番号１と比較して）。一実施形態では、各ＲＮＡ用量または少なくとも１つのＲＮＡ用量は、３０μｇのＲＮＡを含む。
一実施形態では、ワクチン接種レジメンは、（ｉ）少なくとも３つの用量の本明細書に記載のＲＮＡを含む（例えば、各用量は、配列番号２０のヌクレオチド配列を含む、約３０ｕｇのＲＮＡを含む）第１のワクチン接種であって、第２の用量は、第１の用量の投与の約２１日後に投与され得、第３の用量は、第２の用量の少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月後に投与され得る、第１のワクチン接種と、（ｉｉ）少なくとも１つの用量の本明細書に記載のＲＮＡを含む（例えば、各用量は、用量当たり約３０μｇのＲＮＡを含む）第２のワクチン接種とを含む。いくつかの実施形態では、第２のワクチン接種は、少なくとも１つの用量の本明細書に記載の二価ワクチン、例えば、合計約３０μｇの二価ワクチン、例えば、約１５μｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約１５μｇのオミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む二価ワクチン（ｂ２＋Ｏｍｉ）を含む。いくつかの実施形態では、二価ワクチンは、約１５μｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約１５μｇのＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、１５μｇの配列番号２０の配列を含むＲＮＡ、及び１５μｇの配列番号５１の配列を含むＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、二価ワクチンは、約１５μｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及び約１５μｇのＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、１５μｇの配列番号２０の配列を含むＲＮＡ、及び１５μｇの配列番号７２の配列を含むＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、少なくとも約１２歳の対象に投与される。いくつかの実施形態では、ワクチン接種レジメンは、少なくとも約６ヶ月～約１２歳未満の対象に投与される。
一実施形態では、第２のワクチン接種は、免疫応答のブーストをもたらす。
一実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、他のワクチンと同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープ、またはそれをコードするＲＮＡを含む組成物と同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＭタンパク質、Ｎタンパク質、及び／またはＯＲＦ１ａｂタンパク質に由来する１つ以上のＴ細胞エピトープ、またはそれをコードするＲＮＡ、例えば、ＷＯ２０２１１８８９６９（その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に開示される組成物と同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、またはＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、任意に、武漢バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとともに投与される）は、ＷＯ２０２１１８８９６９に記載されるＴストリング構築物（例えば、ＷＯ２０２１／１８８９６９の配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌをコードするＲＮＡ）と同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ及びＷＯ２０２１１８８９６９に記載のＴストリング構築物は、合計最大約１００ｕｇのＲＮＡの組み合わせで投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも２つの用量の本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、各３０ｕｇ）を、Ｔストリング構築物（例えば、ＷＯ２０２１／１８８９６９の配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌをコードするＲＮＡ）と組み合わせて、例えば、各用量の本明細書に記載のＲＮＡ及び合計最大約１００ｕｇのＲＮＡの配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌをコードするＲＮＡの組み合わせを互いに間隔を空けて投与され、２つの用量は、例えば、互いに少なくとも４週間以上（例えば、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、または少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む）と組み合わせて投与され、２つの用量は、例えば、少なくとも４週間以上（例えば、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、または少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む）の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも３つの用量の本明細書に記載のＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、各３０ｕｇ）を、Ｔストリング構築物（例えば、ＷＯ２０２１／１８８９６９の配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌをコードするＲＮＡ）と組み合わせて、例えば、各用量の本明細書に記載のＲＮＡ及び合計最大約１００ｕｇのＲＮＡの配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌをコードするＲＮＡの組み合わせを投与され、第１及び第２の用量、ならびに第２及び第３の用量は、各々独立して、互いに少なくとも４週間以上（例えば、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、または少なくとも１２週間、またはそれ以上を含む）の間隔を空けて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ及びＴストリング構築物は、別個の製剤（例えば、注射部位を分離するために同日に投与される製剤）として同時投与されてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ及びＴストリング構築物は、共製剤として（例えば、本明細書に記載のＲＮＡ及びＴストリング構築物を含む製剤を、別個のＬＮＰ製剤として、または本明細書に記載のＴストリング構築物及びＲＮＡの両方を含むＬＮＰ製剤として）同時投与されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疾患に対する１つ以上のワクチンと同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、非ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ウイルス疾患に対する１つ以上のワクチンと同時投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２呼吸器疾患に対する１つ以上のワクチンと同時投与される。いくつかの実施形態では、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２呼吸器疾患は、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス、インフルエンザウイルス、ニューモウイルス科ウイルス、またはパラミクソウイルス科ウイルスである。いくつかの実施形態では、ニューモウイルス科ウイルスは、呼吸器合胞体ウイルスまたはメタニューモウイルスである。いくつかの実施形態では、メタニューモウイルスは、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）である。いくつかの実施形態では、パラミクソウイルス科ウイルスは、パラインフルエンザウイルスまたはヘニパウイルスである。いくつかの実施形態では、パラインフルエンザウイルスは、ＰＩＶ３である。いくつかの実施形態では、非ＳＡＲ－ＣｏＶ－２コロナウイルスは、ベータコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１）である。いくつかの実施形態では、非ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスは、メルベコウイルス（例えば、ＭＥＲＳ－ＣｏＶウイルス）である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、ＲＳＶワクチン（例えば、ＲＳＶ ＡまたはＲＳＶ Ｂワクチン）と同時投与される。いくつかの実施形態では、ＲＳＶワクチンは、ＲＳＶ融合タンパク質（Ｆ）、ＲＳＶ付着タンパク質（Ｇ）、ＲＳＶ小疎水性タンパク質（ＳＨ）、ＲＳＶマトリックスタンパク質（Ｍ）、ＲＳＶヌクレオタンパク質（Ｎ）、ＲＳＶ Ｍ２－１タンパク質、ＲＳＶ大ポリメラーゼ（Ｌ）、及び／またはＲＳＶリンタンパク質（Ｐ）、またはそれらの免疫原性バリアントの免疫原性断片、またはそれらのうちのいずれか１つをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、インフルエンザワクチンと同時投与される。いくつかの実施形態では、インフルエンザワクチンは、アルファインフルエンザウイルス、ベータインフルエンザウイルス、ガンマインフルエンザウイルス、またはデルタインフルエンザウイルスワクチンである。いくつかの実施形態では、ワクチンは、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、またはＤ型インフルエンザウイルスワクチンである。いくつかの実施形態では、インフルエンザＡウイルスワクチンは、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、Ｈ１６、Ｈ１７、及びＨ１８から選択されるヘマグルチニン、またはそれらの免疫原性断片もしくはバリアント、またはそれらのうちのいずれか１つをコードする核酸（例えばＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、インフルエンザＡワクチンは、Ｎ１、Ｎ２、Ｎ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ６、Ｎ７、Ｎ８、Ｎ９、Ｎ１０、及びＮ１１から選択されるノイラミニダーゼ（ＮＡ）、またはそれらの免疫原性断片もしくはバリアント、またはそれらのうちのいずれか１つをコードする核酸（例えばＲＮＡ）を含むか、またはコードする。いくつかの実施形態では、インフルエンザワクチンは、少なくとも１つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン（ＨＡ）、ノイラミニダーゼ（ＮＡ）、ヌクレオタンパク質（ＮＰ）、マトリックスタンパク質１（Ｍ１）、マトリックスタンパク質２（Ｍ２）、非構造タンパク質１（ＮＳ１）、非構造タンパク質２（ＮＳ２）、核輸出タンパク質（ＮＥＰ）、ポリメラーゼ酸性タンパク質（ＰＡ）、ポリメラーゼ塩基性タンパク質ＰＢ１、ＰＢ１－Ｆ２、及び／またはポリメラーゼ塩基性タンパク質２（ＰＢ２）、またはその免疫原性断片もしくはバリアント、またはそれらのうちのいずれか１つをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物及び他の注射用ワクチン（複数可）は、異なる時間に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、他の注射用ワクチン（複数可）と同時に投与される。いくつかのかかる実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物及び少なくとも１つの別の注射用ワクチン（複数可）は、異なる注射部位に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、同じシリンジ内で任意の他のワクチンと混合されない。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＲＮＡ組成物は、コロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するワクチン接種の一部として、他のコロナウイルスワクチンと組み合わされない。
「疾患」という用語は、個体の身体に影響を及ぼす異常な状態を指す。疾患は、特定の症状及び徴候に関連する医学的状態として解釈されることが多い。疾患は、本来、感染性疾患などの外部源に由来する要因によって引き起こされ得るか、または自己免疫疾患などの内部機能不全によって引き起こされ得る。ヒトにおいて、「疾患」は、より広義には、罹患している個体に疼痛、機能不全、苦痛、社会的問題、または死亡、または個体と接触している人々にとって同様の問題を引き起こす任意の状態を指すために使用されることが多い。このより広い意味では、それは時には、負傷、障害（ｄｉｓａｂｉｌｉｔｉｅｓ）、障害（ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）、症候群、感染症、単離された症状、逸脱した行動、及び構造と機能の非定型的な変動を含み、他の文脈及び他の目的では、これらは区別可能なカテゴリーとみなされ得る。多くの疾患に感染して生きることは、人生及び人格に対する視点を変える可能性があるため、疾患は通常、身体的にだけでなく、感情的にも個人に影響を及ぼす。
本文脈において、「治療」、「治療すること」、または「治療的介入」という用語は、疾患または障害などの状態と戦うことを目的とする対象の管理及びケアに関する。この用語は、対象が罹患している所与の状態に対する治療の全範囲、例えば、症状または合併症を緩和するため、疾患、障害または状態の進行を遅延させるため、症状及び合併症を緩和または軽減するため、及び／または疾患、障害または状態を治癒または排除するため、ならびに状態を予防するための治療有効化合物の投与を含むことが意図され、予防は、疾患、状態または障害と闘う目的のための個体の管理及びケアとして理解され、症状または合併症の発症を予防するための活性化合物の投与を含む。
「治療的処置」という用語は、個体の健康状態を改善する、及び／または寿命を延長する（増加させる）任意の処置に関する。当該処置は、個体における疾患を排除し、個体における疾患の発症を停止または遅延させ、個体における疾患の発症を阻害または遅延させ、個体における症状の頻度または重症度を減少させ、及び／または現在疾患を有するか、または以前に有していた個体における再発を減少させ得る。
「予防的処置（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」または「予防的処置（ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」という用語は、個体において疾患が発生することを防止することを意図する任意の処置に関する。「予防的処置（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」または「予防的処置（ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」という用語は、本明細書において互換的に使用される。
「個体」及び「対象」という用語は、本明細書において互換的に使用される。これらは、疾患または障害に罹患し得るか、または罹患しやすいが、疾患または障害を有するか、または有しない場合があるヒトまたは別の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ウマ、または霊長類）を指す。多くの実施形態では、個体は、ヒトである。特に断りのない限り、「個体」及び「対象」という用語は、特定の年齢を示すものではなく、したがって、成人、高齢者、子供、及び新生児を包含する。いくつかの実施形態では、「対象」という用語は、少なくとも５０歳、少なくとも５５歳、少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、またはそれ以上の年齢のヒトを含む。いくつかの実施形態では、「対象」という用語は、少なくとも６５歳、例えば６５～８０歳、６５～７５歳、または６５～７０歳のヒトを含む。本開示の実施形態では、「個体」または「対象」は、「患者」である。
「患者」という用語は、治療のための個体または対象、特に罹患した個体または対象を意味する。
本開示の一実施形態では、目的は、コロナウイルスに対する免疫応答を提供すること、及びコロナウイルス感染を予防または治療することである。
エピトープを含むペプチドまたはタンパク質をコードするＲＮＡを含む薬学的組成物を対象に投与して、対象における当該エピトープを含む抗原に対する免疫応答を誘発することができ、治療的または部分的もしくは完全に保護的であり得る。当業者は、免疫療法及びワクチン接種の原理のうちの１つが、疾患に対する免疫保護反応が、治療される疾患に関して免疫学的に関連する抗原またはエピトープで対象を免疫化することによって産生されるという事実に基づいていることを知っているであろう。したがって、本明細書に記載の薬学的組成物は、免疫応答の誘導または強化に適用可能である。したがって、本明細書に記載の薬学的組成物は、抗原またはエピトープを伴う疾患の予防的及び／または治療的処置において有用である。
本明細書で使用される場合、「免疫応答」は、抗原または抗原を発現する細胞に対する統合された身体応答を指し、細胞免疫応答及び／または体液性免疫応答を指す。免疫系は、より原始的な先天性免疫系と、脊椎動物の獲得免疫系または適応免疫系とに分けられ、各々が体液性及び細胞性成分を含有する。
「細胞媒介性免疫」、「細胞免疫」、「細胞免疫応答」、または同様の用語は、抗原の発現を特徴とする細胞、特にクラスＩまたはクラスＩＩ ＭＨＣを有する抗原の提示を特徴とする細胞に対する細胞応答を含むことを意味する。細胞応答は、免疫エフェクター細胞、特に「ヘルパー」または「キラー」のいずれかとして作用するＴ細胞またはＴリンパ球と呼ばれる細胞に関する。ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋ Ｔ細胞とも呼ばれる）は、免疫応答を調節することによって中心的な役割を果たし、キラー細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、細胞溶解性Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞またはＣＴＬとも呼ばれる）は、ウイルス感染細胞などの疾患細胞を殺し、更なる疾患細胞の産生を防止する。
免疫エフェクター細胞は、ワクチン抗原に応答性である任意の細胞を含む。かかる応答性には、１つ以上の免疫エフェクター機能の活性化、分化、増殖、生存、及び／または適応が含まれる。細胞は、特に、溶解能を有する細胞、特にリンパ球細胞を含み、好ましくは、Ｔ細胞、特に、好ましくは細胞傷害性Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、及びリンホカイン活性化キラー（ＬＡＫ）細胞から選択される細胞傷害性リンパ球である。活性化すると、これらの細胞傷害性リンパ球の各々は、標的細胞の破壊を引き起こす。例えば、細胞傷害性Ｔ細胞は、以下の手段のいずれかまたは両方によって標的細胞の破壊を引き起こす。第一に、活性化すると、Ｔ細胞は、パーフォリン、グランザイム、及びグラニュライシンなどの細胞毒素を放出する。パーフォリン及びグラニュライシンは、標的細胞内に孔を作り、グランザイムは、細胞内に入り、細胞のアポトーシス（プログラム細胞死）を誘導する細胞質内のカスパーゼカスケードを誘起する。第二に、アポトーシスは、Ｔ細胞と標的細胞との間のＦａｓ－Ｆａｓリガンド相互作用を介して誘導され得る。
本開示の文脈における「エフェクター機能」という用語には、例えば、ウイルスなどの病原性薬剤の中和及び／またはウイルス感染細胞などの疾患細胞の死滅をもたらす、免疫系の構成要素によって媒介される任意の機能が含まれる。一実施形態では、本開示の文脈におけるエフェクター機能は、Ｔ細胞媒介性エフェクター機能である。かかる機能は、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋ Ｔ細胞）の場合には、サイトカインの放出及び／またはＣＤ８＋リンパ球（ＣＴＬ）及び／またはＢ細胞の活性化を含み、ＣＴＬの場合には、細胞、すなわち、例えば、アポトーシスまたはパーフォリン媒介性細胞溶解を介した抗原の発現を特徴とする細胞、ＩＦＮ－γ及びＴＮＦ－αなどのサイトカインの産生、ならびに抗原発現標的細胞の特異的な細胞溶解性殺傷を含む。
本開示の文脈における「免疫エフェクター細胞」または「免疫反応性細胞」という用語は、免疫反応中にエフェクター機能を発揮する細胞に関する。一実施形態における「免疫エフェクター細胞」は、細胞上のＭＨＣの文脈において提示されるか、または細胞の表面上で発現される抗原などの抗原に結合し、免疫応答を媒介することができる。例えば、免疫エフェクター細胞は、Ｔ細胞（細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、腫瘍浸潤Ｔ細胞）、Ｂ細胞、ナチュラルキラー細胞、好中球、マクロファージ、及び樹状細胞を含む。好ましくは、本開示の文脈において、「免疫エフェクター細胞」は、Ｔ細胞、好ましくはＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞、最も好ましくはＣＤ８＋ Ｔ細胞である。本開示によれば、「免疫エフェクター細胞」という用語には、好適な刺激で免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、特にＴヘルパー細胞、または細胞溶解性Ｔ細胞）に成熟することができる細胞も含まれる。免疫エフェクター細胞は、ＣＤ３４＋造血幹細胞、未成熟及び成熟Ｔ細胞、ならびに未成熟及び成熟Ｂ細胞を含む。抗原に曝露したときの、Ｔ細胞前駆体の細胞溶解性Ｔ細胞への分化は、免疫系のクローン選択と同様である。
「リンパ系細胞」は、細胞性免疫応答などの免疫応答を産生することができる細胞、またはかかる細胞の前駆細胞であり、リンパ球、好ましくはＴリンパ球、リンパ芽球、及び形質細胞を含む。リンパ系細胞は、本明細書に記載の免疫エフェクター細胞であってよい。好ましいリンパ系細胞は、Ｔ細胞である。
「Ｔ細胞」及び「Ｔリンパ球」という用語は、本明細書で互換的に使用され、Ｔヘルパー細胞（ＣＤ４＋ Ｔ細胞）及び細胞溶解性Ｔ細胞を含む細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ、ＣＤ８＋ Ｔ細胞）を含む。「抗原特異的Ｔ細胞」という用語または同様の用語は、Ｔ細胞が標的とされる抗原を認識し、好ましくはＴ細胞のエフェクター機能を発揮するＴ細胞に関する。
Ｔ細胞は、リンパ球として知られる白血球の群に属し、細胞媒介性免疫において中心的な役割を果たす。これらは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と呼ばれる細胞表面上の特殊な受容体の存在によって、Ｂ細胞及びナチュラルキラー細胞などの他のリンパ球型と区別することができる。胸腺は、Ｔ細胞の成熟を担う主要な器官である。Ｔ細胞のいくつかの異なるサブセットが発見されており、各々が異なる機能を有する。
Ｔヘルパー細胞は、他の機能の中で、Ｂ細胞の形質細胞への成熟及び細胞傷害性Ｔ細胞及びマクロファージの活性化を含む免疫学的プロセスにおいて他の白血球を補助する。これらの細胞は、それらの表面上でＣＤ４糖タンパク質を発現するため、ＣＤ４＋Ｔ細胞としても知られている。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上で発現されるＭＨＣクラスＩＩ分子によってペプチド抗原が提示されると活性化される。活性化されると急速に分裂し、それらは活性免疫応答を調節または補助するサイトカインと呼ばれる小さなタンパク質を分泌する。
細胞傷害性Ｔ細胞は、ウイルス感染した細胞及び腫瘍細胞を破壊し、移植拒絶反応にも関与する。これらの細胞は、それらの表面上でＣＤ８糖タンパク質を発現するため、ＣＤ８＋Ｔ細胞としても知られている。これらの細胞は、身体のほぼ全ての細胞の表面上に存在するＭＨＣクラスＩに関連する抗原に結合することによって、標的を認識する。
Ｔ細胞の大部分は、いくつかのタンパク質の複合体として存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有する。Ｔ細胞のＴＣＲは、主要な組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子に結合し、標的細胞の表面上に提示される免疫原性ペプチド（エピトープ）と相互作用することができる。ＴＣＲの特異的結合は、Ｔ細胞内でシグナルカスケードを引き起こし、成熟エフェクターＴ細胞への増殖及び分化をもたらす。実際のＴ細胞受容体は、独立したＴ細胞受容体アルファ及びベータ（ＴＣＲα及びＴＣＲβ）遺伝子から産生される２つの別個のペプチド鎖から構成され、α及びβ－ＴＣＲ鎖と呼ばれる。γδＴ細胞（ガンマデルタＴ細胞）は、それらの表面上に別個のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＴ細胞の小さなサブセットを表す。しかしながら、γδＴ細胞では、ＴＣＲは、１つのγ鎖及び１つのδ鎖で構成されている。このＴ細胞群は、αβＴ細胞よりもはるかに一般的ではない（全Ｔ細胞の２％）。
「体液性免疫」または「体液性免疫応答」は、分泌抗体、補体タンパク質、及びある特定の抗菌ペプチドなどの細胞外流体に見られる巨大分子によって媒介される免疫の態様である。細胞媒介性免疫とは対照的である。抗体を伴うその態様は、しばしば抗体媒介性免疫と呼ばれる。
体液性免疫は、抗体産生及びそれに付随する付属プロセスを指し、Ｔｈ２活性化及びサイトカイン産生、胚中心形成及びアイソタイプスイッチング、親和性成熟及びメモリー細胞生成を含む。また、病原体中和、古典的な補体活性化、ならびに食作用及び病原体排除のオプソニン促進を含む、抗体のエフェクター機能も指す。
体液性免疫応答では、最初に、Ｂ細胞は骨髄で成熟し、細胞表面上に多数表示されるＢ細胞受容体（ＢＣＲ）を得る。これらの膜結合タンパク質複合体は、抗原検出に特異的である抗体を有する。各Ｂ細胞は、抗原と結合する固有の抗体を有する。成熟Ｂ細胞は、骨髄からリンパ節または他のリンパ器官に移行し、そこで病原体に遭遇し始める。Ｂ細胞が抗原に遭遇すると、抗原は受容体に結合し、エンドサイトーシスによってＢ細胞内に取り込まれる。抗原は、ＭＨＣ－ＩＩタンパク質によって再びＢ細胞の表面上で処理され、提示される。Ｂ細胞は、ヘルパーＴ細胞（ＴＨ）が複合体に結合するのを待つ。この結合は、ＴＨ細胞を活性化し、次いで、Ｂ細胞が急速に分裂するように誘導するサイトカインを放出し、Ｂ細胞の何千もの同一のクローンを作製する。これらの娘細胞は、形質細胞またはメモリー細胞のいずれかになる。メモリーＢ細胞は、ここで不活性のままであり、後にこれらのメモリーＢ細胞が再感染によって同じ抗原に遭遇すると、それらは分裂して形質細胞を形成する。一方で、形質細胞は、多数の抗体を産生し、これらは循環系に自由に放出される。これらの抗体は、抗原に遭遇し、それらと結合する。これは、宿主細胞と外来細胞との間の化学的相互作用を妨げるか、またはそれらの抗原部位との間にブリッジを形成して、それらの適切な機能を妨げ得るか、またはそれらの存在がマクロファージまたはキラー細胞を誘引してそれらを攻撃し、貪食する。
「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む免疫グロブリンを含む。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと略記する）及び重鎖定常領域で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと略記する）及び軽鎖定常領域で構成される。ＶＨ及びＶＬ領域は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性の領域に更に細分化され、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域で分割されている。各ＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲから構成され、アミノ末端からカルボキシ末端へと、次の順序で配列される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）及び古典的補体系の第１の構成要素（Ｃｌｑ）を含む、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。抗体は、好ましくは、抗原と特異的に結合する。
Ｂ細胞によって発現される抗体は、ＢＣＲ（Ｂ細胞受容体）または抗原受容体と称されることがある。このクラスのタンパク質に含まれる５つのメンバーは、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＥである。ＩｇＡは、唾液、涙液、母乳、消化管分泌物、ならびに呼吸器及び泌尿生殖管の粘液分泌物などの体内分泌物に存在する一次抗体である。ＩｇＧは、最も一般的な流行している抗体である。ＩｇＭは、ほとんどの対象において、一次免疫応答において産生される主要な免疫グロブリンである。凝集、補体固定、及び他の抗体応答において最も効率的な免疫グロブリンであり、細菌及びウイルスに対する防御において重要である。ＩｇＤは、既知の抗体機能を有しないが、抗原受容体としての役割を果たし得る免疫グロブリンである。ＩｇＥは、アレルゲンへの曝露時に肥満細胞及び好塩基球からの媒介因子の放出を引き起こすことによって、即時の過敏性を媒介する免疫グロブリンである。
「抗体重鎖」は、本明細書で使用される場合、天然に存在する立体構造で抗体分子中に存在する２種類のポリペプチド鎖のうちの大きい方を指す。
「抗体軽鎖」は、本明細書で使用される場合、天然に存在する立体構造で抗体分子に存在する２種類のポリペプチド鎖のうちの小さい方を指し、κ及びλ軽鎖は、２つの主要な抗体軽鎖アイソタイプを指す。
本開示は、保護的、予防的（ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ）、予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）、及び／または治療的であり得る免疫応答を企図する。本明細書で使用される場合、「免疫応答を誘導する［または誘導すること］」は、誘導前に特定の抗原に対する免疫応答が存在しなかったことを示し得るか、または誘導前に特定の抗原に対する免疫応答の基礎レベルが存在し、誘導後に強化されたことを示し得る。したがって、「免疫応答を誘導する［または誘導すること］」には、「免疫応答を強化する［または強化すること］」が含まれる。
「免疫療法」という用語は、免疫応答を誘導または強化することによる疾患または状態の治療に関する。「免疫療法」という用語は、抗原免疫化または抗原ワクチン接種を含む。
「免疫化」または「ワクチン接種」という用語は、例えば、治療的または予防的理由のために、免疫応答を誘導する目的で抗原を個体に投与するプロセスを説明する。
「マクロファージ」という用語は、単球の分化によって産生される食細胞の下位群を指す。炎症、免疫サイトカイン、または微生物産物によって活性化されるマクロファージは、加水分解及び酸化攻撃によってマクロファージ内の外来の病原体を非特異的に包み込み、殺傷して、病原体の分解をもたらす。分解されたタンパク質からのペプチドは、Ｔ細胞によって認識され得るマクロファージ細胞表面上に表示され、それらは、Ｂ細胞表面上の抗体と直接相互作用して、Ｔ細胞及びＢ細胞活性化をもたらし、免疫応答の更なる刺激をもたらすことができる。マクロファージは、抗原提示細胞のクラスに属する。一実施形態では、マクロファージは、脾臓マクロファージである。
「樹状細胞」（ＤＣ）という用語は、抗原提示細胞のクラスに属する食細胞の別の亜型を指す。一実施形態では、樹状細胞は、造血骨髄前駆細胞に由来する。これらの前駆細胞は、最初に未成熟樹状細胞に変換される。これらの未成熟細胞は、高い食作用及び低いＴ細胞活性化ポテンシャルを特徴とする。未熟な樹状細胞は、常にウイルス及び細菌などの病原体について周囲の環境をサンプリングする。提示可能な抗原に接触すると、それらは成熟樹状細胞に活性化され、脾臓またはリンパ節に移行し始める。未熟な樹状細胞は、病原体を貪食し、それらのタンパク質を小片に分解し、成熟すると、ＭＨＣ分子を使用してそれらの細胞表面にそれらの断片を提示する。同時に、ＣＤ８０、ＣＤ８６、及びＣＤ４０などのＴ細胞活性化において共受容体として機能する細胞表面受容体を上方制御し、Ｔ細胞を活性化する能力を大幅に強化する。それらはまた、樹状細胞が血流を通じて脾臓に、またはリンパ系を通じてリンパ節に移動することを誘導する、走化性受容体であるＣＣＲ７を上方制御する。ここでは、それらは抗原提示細胞として機能し、非抗原特異的共刺激シグナルとともに抗原を提示することによって、ヘルパーＴ細胞及びキラーＴ細胞ならびにＢ細胞を活性化する。したがって、樹状細胞は、Ｔ細胞またはＢ細胞関連免疫応答を能動的に誘導することができる。一実施形態では、樹状細胞は、脾臓樹状細胞である。
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）という用語は、少なくとも１つの抗原または抗原断片をその細胞表面上に（またはその表面に）表示する、獲得する、及び／または提示することができる様々な細胞の細胞である。抗原提示細胞は、プロフェッショナル抗原提示細胞及び非プロフェッショナル抗原提示細胞において区別することができる。
「プロフェッショナル抗原提示細胞」という用語は、ナイーブＴ細胞との相互作用に必要な主要組織適合性複合体クラスＩＩ（ＭＨＣクラスＩＩ）分子を構成的に発現する、抗原提示細胞に関する。Ｔ細胞が抗原提示細胞の膜上のＭＨＣクラスＩＩ分子複合体と相互作用する場合、抗原提示細胞は、Ｔ細胞の活性化を誘導する共刺激分子を産生する。プロフェッショナル抗原提示細胞は、樹状細胞及びマクロファージを含む。
「非プロフェッショナル抗原提示細胞」という用語は、ＭＨＣクラスＩＩ分子を構成的に発現しないが、インターフェロン－ガンマなどのある特定のサイトカインによって刺激されると発現する、抗原提示細胞に関する。例示的な非プロフェッショナル抗原提示細胞としては、線維芽細胞、胸腺上皮細胞、甲状腺上皮細胞、グリア細胞、膵臓ベータ細胞、または血管内皮細胞が挙げられる。
「抗原プロセシング」とは、抗原の分解を、当該抗原の断片である進行生成物に分解すること（例えば、タンパク質のペプチドへの分解）、ならびに抗原提示細胞などの細胞による特定のＴ細胞への提示のための、これらの断片のうちの１つ以上とＭＨＣ分子との（例えば、結合を介した）会合を指す。
「抗原を伴う疾患」という用語は、抗原を伴う任意の疾患、例えば、抗原の存在を特徴とする疾患を指す。抗原を伴う疾患は、感染性疾患であり得る。上述のように、抗原は、ウイルス抗原などの疾患関連抗原であってもよい。一実施形態では、抗原を伴う疾患は、好ましくは細胞表面上で抗原を発現する細胞を伴う疾患である。
「感染性疾患」という用語は、個体から個体に、または生物から生物に伝染し得る任意の疾患を指し、微生物因子（例えば、一般的な風邪）によって引き起こされる。感染性疾患は、当該技術分野で既知であり、例えば、ウイルス、細菌、または寄生虫によってそれぞれ引き起こされる疾患である、ウイルス性疾患、細菌性疾患、または寄生虫性疾患を含む。この点で、感染性疾患は、例えば、肝炎、性感染症（例えば、クラミジアまたは淋病）、結核、ＨＩＶ／後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、ジフテリア、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、コレラ、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、鳥インフルエンザ、及びインフルエンザであり得る。
例示的な投薬レジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物及び方法は、図１４に例示される例示的なワクチン接種レジメンに従って使用することができる。
一次投薬レジメン
いくつかの実施形態では、対象は、一次投薬レジメンを投与される。一次投薬レジメンは、１つ以上の用量を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、単回用量（ＰＤ１）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量（ＰＤ１）及び第２の用量（ＰＤ２）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、及び第３の用量（ＰＤ３）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、第３の用量、及び１つ以上の追加の用量（ＰＤｎ）の本明細書に記載の薬学的組成物のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約３ｕｇを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及びＰＤｎは、各々独立して、本明細書に記載される複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及びＰＤｎは、各々独立して、第１及び第２のｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＢＮＴ１６２ｂ２（例えば、本明細書に記載されるような）を含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つの異なるｍＲＮＡ構築物を含むことができる（例えば、タンパク質コード配列において異なる）。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、アルファバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、デルタバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、またはＢＱ．１オミクロンバリアント）であり得る。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、少なくとも２つのｍＲＮＡを含むことができ、各々は、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっている別個のバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、デルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎは、各々、複数のｍＲＮＡ組成物を含み、各ｍＲＮＡ組成物は、対象に別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、各ｍＲＮＡ組成物は、異なる注射部位での筋肉内注射を介して投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる第１及び第２のｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎは、複数のＲＮＡ分子を投与することを含み、各ＲＮＡ分子は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードし、複数のＲＮＡ分子は、単一の製剤において対象に投与される。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性バリアントをコードするＲＮＡと、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１とＰＤ２との間の時間の長さ（ＰＩ１）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約３週間、または少なくとも約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２とＰＤ３との間の時間の長さ（ＰＩ２）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、または少なくとも約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３と一次投薬レジメンの一部である後続の用量との間、またはＰＤ３を超える任意の用量については用量の間の時間の長さ（ＰＩｎ）は、各々別個にかつ独立して、約１週間以上、約２週間以上、または約３週間以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤ２で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤｎで投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、本明細書に記載の２つ以上のｍＲＮＡ組成物を投与することを含み、ｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも２つは、異なる製剤を有する。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、ＰＤ１及びＰＤ２を含み、ＰＤ１は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＰＤ２は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、ＰＤ１及びＰＤ２を含み、ＰＤ１は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＰＤ２は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、別のワクチンと併せて投与され得る。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、ＣＯＶＩＤ－１９ではない疾患のためのものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有害な影響を増加させるものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の伝染速度を増加させるものである。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、異なる市販のワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ＲＮＡワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ポリペプチドベースのワクチンである。いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）別のワクチン及びＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる本明細書に記載のインフルエンザワクチン及び１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
ブースター投薬レジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるワクチン接種の方法は、１つ以上のブースター投薬レジメンを含む。本明細書に開示されるブースター投薬レジメンは、１つ以上の用量を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、（例えば、本明細書に記載されるように）一次投薬レジメンを投与された患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、本明細書に開示される薬学的組成物を受けていない患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、一次投薬レジメンにおいて投与されるワクチンとは異なるＣＯＶＩＤ－１９ワクチンで以前にワクチン接種された患者に投与される。
いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、または少なくとも１２ヶ月以上である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約３ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約５ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約６ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約４８ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約３６ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約２ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約１８ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約１２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約６ヶ月～約１２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約９ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約５ヶ月～約７ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約６ヶ月である。
いくつかの実施形態では、対象は、ブースター投薬レジメンを投与される。ブースター投薬レジメンは、１つ以上の用量を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、単回用量（ＢＤ１）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量（ＢＤ１）及び第２の用量（ＢＤ２）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、及び第３の用量（ＢＤ３）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、第３の用量、及び１つ以上の追加の用量（ＢＤｎ）の本明細書に記載の薬学的組成物のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約３ｕｇを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、本明細書に記載される複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、第１及び第２のｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができ、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、（例えば、本明細書に記載されるような）ＢＮＴ１６２ｂ２を含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント、例えば、本明細書に開示されるバリアント）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つの異なるｍＲＮＡ構築物（例えば、異なるタンパク質コード配列を有するｍＲＮＡ構築物）を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株由来のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性フラグメントをコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、アルファバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、デルタバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、またはＢＱ．１オミクロンバリアント）であり得る。
例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つのｍＲＮＡを含み、各々が、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっている別個のバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、デルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、対象に別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる第１及び第２のｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１とＢＤ２との間の時間の長さ（ＢＩ１）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約３週間、または少なくとも約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２とＢＤ３との間の時間の長さ（ＢＩ２）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、または少なくとも約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３とブースター投薬レジメンの一部である後続の用量との間、またはＢＤ３を超える任意の用量については用量の間の時間の長さ（ＢＩｎ）は、各々別個にかつ独立して、約１週間以上、約２週間以上、または約３週間以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ２で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、本明細書に記載の２つ以上のｍＲＮＡ組成物を投与することを含み、ｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも２つは、異なる製剤を有する。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、ＢＤ１及びＢＤ２を含み、ＢＤ１は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＢＤ２は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、ＢＤ１及びＢＤ２を含み、ＢＤ１は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＢＤ２は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、別のワクチンと併せて投与され得る。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、ＣＯＶＩＤ－１９ではない疾患のためのものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有害な影響を増加させるものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の伝染速度を増加させるものである。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、異なる市販のワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ＲＮＡワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ポリペプチドベースのワクチンである。いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）別のワクチン及びＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、インフルエンザワクチン及びＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる本明細書に記載の１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
追加のブースターレジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるワクチン接種の方法は、２つ以上のブースター投薬レジメンを投与することを含む。いくつかの実施形態では、中和抗体応答を増加させるために、２つ以上のブースター投薬レジメンを投与する必要があり得る。いくつかの実施形態では、患者が以前に受けたワクチンによって誘発される免疫応答を回避する可能性が高いことが示されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対抗するために、２つ以上のブースター投薬レジメンが必要とされ得る。いくつかの実施形態では、追加のブースター投薬レジメンは、低濃度の中和抗体を産生することが決定されている患者に投与される。いくつかの実施形態では、追加のブースター投薬レジメンは、以前のワクチン接種にもかかわらず、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に感受性である可能性が高いと判定された患者（例えば、免疫不全患者、がん患者、及び／または臓器移植患者）に投与される。
第１のブースター投薬レジメンについての上記の説明は、１つ以上の追加のブースター投薬レジメンについても説明する。第１のブースター投薬レジメンと第２のブースター投薬レジメンとの間、またはその後続のブースター投薬レジメンの間の時間間隔は、一次投薬レジメンと第１のブースター投薬レジメンとの間の上記の許容可能な時間間隔のうちのいずれかであり得る。
いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、一次レジメン及びブースターレジメンを含み、一次レジメン及び／またはブースターレジメンにおいて与えられる少なくとも１つの用量は、関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載されるようなオミクロンバリアント）からＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む組成物を含む。例えば、いくつかの実施形態では、一次レジメンは、例えば、少なくとも３週間の間隔を空けて与えられる、少なくとも２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２（例えば、武漢株をコードする）を含み、ブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の、関連する管轄区域内で蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のオミクロンバリアント）からのＳタンパク質もしくはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む組成物を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンのかかる用量は、武漢株からのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを更に含んでもよく、これは、関連する管轄区域内で蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のオミクロンバリアント）からのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡとともに、単一の混合物として、または２つの別個の組成物として、例えば１：１の重量比で投与することができる。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、第１のブースター用量または後続のブースター用量として投与され得る、少なくとも１つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２も含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、一次レジメン中に与えられる用量（一次用量）及び／または第１のブースターのために与えられる用量（存在する場合）よりも高い用量でブースターとして与えられる。例えば、いくつかの実施形態では、かかる用量は、６０ｕｇであってもよく、またはいくつかの実施形態では、かかる用量は、３０ｕｇより高く、６０ｕｇより低くてもよい（例えば、５５ｕｇ、５０ｕｇ、またはそれ以下）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、最後の用量（例えば、一次レジメンの最後の用量またはブースターレジメンの最初の用量）の少なくとも３～１２ヶ月または４～１２ヶ月、または５～１２ヶ月、または６～１２ヶ月後にブースターとして与えられる。いくつかの実施形態では、一次用量及び／または第１のブースター用量（存在する場合）は、例えば、用量当たり３０ｕｇでＢＮＴ１６２ｂ２を含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号４９に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号４９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５１の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５５に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５５に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５６の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５６に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５７の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５７に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５８に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５８に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５９の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号６１に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号６１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６２ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６２ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６３ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６３ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、表Ｃ（以下）に記載される投薬レジメンのうちのいずれかを実行するために使用され得る。
Figure 2023081859000157
Figure 2023081859000158
Figure 2023081859000159


上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第２の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第１の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第２の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの少なくとも１つの用量で与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量（例えば、少なくとも２つの用量を含む）で与えられ、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンにおいて与えられる。上記の表Ｃに記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第２の用量で与えられ、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンにおいて、及びブースターレジメンの第１の用量で与えられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号４９に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号４９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号５０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号５１の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５５に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５５に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５６の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５６に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５７の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５７に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５８に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５８に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５９の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号６１に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号６１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６２ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６２ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６３ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６３ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のかかるＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、異なる株（例えば、武漢株）のＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを更に含むことができる。例として、いくつかの実施形態では、上記の表Ｃに記載のレジメン番号９～１１のブースターレジメンの第２の用量は、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む、例えば、この実施形態に記載の一実施形態では、ＲＮＡ）及びＢＮＴ１６２ｂ２構築物を、例えば、１：１の重量比で含むことができる。
上記の表Ｃに記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表Ｃに記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表Ｃに記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、ＢＮＴ１６２ｂ２構築物を含み、ブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表Ｃに記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量は、各々、ＢＮＴ１６２ｂ２構築物を含み、ブースターレジメンの第２の用量は、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。
以下のある特定の例示的な実施形態もまた、本開示の範囲内である。
１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント）の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、組成物または医療調製物。
２．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、実施形態１に記載の組成物または医療調製物。
３．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４／５、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、ＢＱ．１．１、もしくはＢＡ．４．６／ＢＦ．７オミクロンバリアントまたはその亜系統に特徴的な１つ以上の変異を含む、実施形態１または２に記載の組成物または医療調製物。
４．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
５．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
７．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．２．７５．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
８．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｒ３４６Ｔ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６５８Ｓ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
９．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＸＢＢバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
１０．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＸＢＢ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ８３Ａ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４４、Ｈ１４６Ｑ、Ｑ１８３Ｅ、Ｖ２１３Ｅ、Ｇ２５２Ｖ、Ｇ３３９Ｈ、Ｒ３４６Ｔ、Ｌ３６８Ｉ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｖ４４５Ｐ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｓ、Ｆ４９０Ｓ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、及びＮ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
１１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＱ．１．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、前記１つ以上の変異が、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｒ３４６Ｔ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｋ４４４Ｔ、Ｌ４５２Ｒ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋからなる群から選択される、実施形態３に記載の組成物または医療調製物。
１２．オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含む前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、コドン最適化された（例えば、ヒト細胞内での発現のためにコドン最適化された）及び／または野生型コード配列と比較して増加したＧ／Ｃ含有量を有する配列によってコードされる、実施形態１～１１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１３．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号６９に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号７０に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号７１に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または４に記載の組成物または医療調製物。
１４．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号４９に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号５０に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号５１に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または５に記載の組成物または医療調製物。
１５．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＡ．２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号６４に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号６５に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号６６に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または６に記載の組成物または医療調製物。
１６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＡ．２．７５．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号８０に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号８１に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号８３に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または７に記載の組成物または医療調製物。
１７．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号９０に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号９１に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号９２に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または８に記載の組成物または医療調製物。
１８．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＸＢＢバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号９５に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号９６に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号９８に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または９に記載の組成物または医療調製物。
１９．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、オミクロンＢＱ．１．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、
ａ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号１００に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列もしくはその免疫原性断片を含み、及び／または
ｂ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡが、配列番号１０１に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性、及び／または配列番号１０２に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態３または１１に記載の組成物または医療調製物。
２０．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、発現、安定性、及び／または免疫原性を改善する１つ以上の変異を含む、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、融合前立体配座を安定化する１つ以上の変異を含む、実施形態２０に記載の組成物または医療調製物。
２２．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置にプロリン変異を含む、実施形態２０に記載の組成物または医療調製物。
２３．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号１の８１７位、８９２位、８９９位、及び／または９４２位に対応する位置に１つ以上のプロリン残基を含む、実施形態２１または２２に記載の組成物または医療調製物。
２４．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、フューリン切断を防止する変異を含む、実施形態２０～２３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２５．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、フューリンプロテアーゼによる切断を防止する、配列番号１の残基６８２～６８５に対応する位置における変異（例えば、ＧＳＡＳ変異）を含む、実施形態２４に記載の組成物または医療調製物。
２６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、Ｓタンパク質シェディングを減少させる１つ以上の変異（例えば、配列番号１の残基６１４に対応する位置におけるアスパラギン酸塩からグリシンへの変異）を含む、実施形態２０～２５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７．前記ＲＮＡが、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８．前記ＲＮＡが、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、実施形態２７に記載の組成物または医療調製物。
２９．前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される、実施形態２７または２８に記載の組成物または医療調製物。
３０．前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、実施形態２９に記載の組成物または医療調製物。
３１．前記ＲＮＡが、５’キャップを含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
３２．前記５’キャップが、キャップ１構造であるか、またはそれを含む、実施形態３１に記載の組成物または医療調製物。
３３．前記ＲＮＡが、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧであるか、またはそれを含む５’キャップを含む、実施形態３２に記載の組成物または医療調製物。
３４．前記組成物が、ポリ（Ａ）配列を含む、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
３５．前記ポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個のＡヌクレオチドを含む、実施形態３４に記載の組成物または医療調製物。
３６．前記ポリ（Ａ）配列が、Ａヌクレオチドの中断配列である、実施形態３４または３５に記載の組成物または医療調製物。
３７．前記ポリ（Ａ）配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３６に記載の組成物または医療調製物。
３８．前記ポリ（Ａ）配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列、または前記配列番号１４のヌクレオチド配列と少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、実施形態３７に記載の組成物または医療調製物。
３９．前記ＲＮＡが、修飾ヒトアルファ－グロビン５’－ＵＴＲであるか、またはそれを含む５’－ＵＴＲを含む、実施形態１～３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４０．前記５’ＵＴＲが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または前記配列番号１２のヌクレオチド配列と少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％同一であるヌクレオチド配列を含む、実施形態３９に記載の組成物または医療調製物。
４１．前記ＲＮＡが、スプリットメッセンジャーＲＮＡのアミノ末端エンハンサー（ＡＥＳ）からの第１の配列及びミトコンドリアでコードされた１２ＳリボソームＲＮＡからの第２の配列であるか、またはそれを含む３’－ＵＴＲを含む、実施形態１～４０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４２．前記ＲＮＡが、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、実施形態４１に記載の組成物または医療調製物。
４３．前記ＲＮＡが、粒子として製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４４．前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、実施形態４３に記載の組成物または医療調製物。
４５．前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、実施形態４４に記載の組成物または医療調製物。
４６．前記中性脂質が、総脂質の約５～約１５モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態４５に記載の組成物または医療調製物。
４７．前記カチオン性にイオン化可能な脂質が、総脂質の約４０～約５０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態４５または４６に記載の組成物または医療調製物。
４８．前記ステロールが、総脂質の約３０～約５０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態４５～４７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４９．前記ポリマー－脂質コンジュゲートが、前記総脂質の約１～約１０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態４５～４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
５０．前記脂質ナノ粒子が、約４０～約５０モルパーセントの前記カチオン性にイオン化可能な脂質、約５～約１５モルパーセントの前記中性脂質、約３５～約４５モルパーセントの前記ステロール、及び約１～約１０モルパーセントの前記ポリマーコンジュゲート脂質を含む、実施形態４５～４９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
５１．前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、実施形態４４に記載の組成物または医療調製物。
５２．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号４９のアミノ酸配列もしくは配列番号４９と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｂ）配列番号５０のヌクレオチド配列もしくは配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
５３．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態５２に記載の組成物または医療調製物。
５４．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態５２または５３に記載の組成物または医療調製物。
５５．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態５２～５４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
５６．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態５５に記載の組成物または医療調製物。
５７．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態５６に記載の組成物または医療調製物。
５８．前記ＲＮＡが、配列番号５１を含む、実施形態５２～５７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
５９．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）ベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号５５のアミノ酸配列もしくは配列番号５５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号５６のヌクレオチド配列もしくは配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
６０．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態５９に記載の組成物または医療調製物。
６１．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態５９または６０に記載の組成物または医療調製物。
６２．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態５９～６１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
６３．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態６２に記載の組成物または医療調製物。
６４．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態６３に記載の組成物または医療調製物。
６５．前記ＲＮＡが、配列番号５７を含む、実施形態５９～６４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
６６．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）アルファバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号５８のポリペプチドもしくは配列番号５８と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、及び／または（ｂ）配列番号５９のヌクレオチド配列もしくは配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
６７．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態６６に記載の組成物または医療調製物。
６８．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態６６または６７に記載の組成物または医療調製物。
６９．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態６６～６８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
７０．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態６９に記載の組成物または医療調製物。
７１．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態７０に記載の組成物または医療調製物。
７２．前記ＲＮＡが、配列番号６０を含む、実施形態６６～７１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
７３．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）デルタバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号６１のアミノ酸配列もしくは配列番号６１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号６２ａのヌクレオチド配列もしくは配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
７４．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態７３に記載の組成物または医療調製物。
７５．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態７３または７４に記載の組成物または医療調製物。
７６．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態７３～７５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
７７．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態７６に記載の組成物または医療調製物。
７８．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態７７に記載の組成物または医療調製物。
７９．前記ＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態７３～７８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
８０．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号６４のアミノ酸配列もしくは配列番号６４と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号６５のヌクレオチド配列もしくは配列番号６５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
８１．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態８０に記載の組成物または医療調製物。
８２．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態８０または８１に記載の組成物または医療調製物。
８３．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態８０～８２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
８４．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態８３に記載の組成物または医療調製物。
８５．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態８４に記載の組成物または医療調製物。
８６．前記ＲＮＡが、配列番号６７を含む、実施形態８０～８５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
８７．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）ＢＡ．２．７５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号８０のアミノ酸配列もしくは配列番号８０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号８１のヌクレオチド配列もしくは配列番号８１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
８８．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態８７に記載の組成物または医療調製物。
８９．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態８７または８８に記載の組成物または医療調製物。
９０．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態８７～８９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
９１．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態９０に記載の組成物または医療調製物。
９２．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態９１に記載の組成物または医療調製物。
９３．前記ＲＮＡが、配列番号８３を含む、実施形態９０～９２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
９４．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、ＢＡ．２．７５．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号８５のアミノ酸配列もしくは配列番号８５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号８６のヌクレオチド配列もしくは配列番号８６と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
９５．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態９４に記載の組成物または医療調製物。
９６．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態９４または９５に記載の組成物または医療調製物。
９７．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態９４～９６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
９８．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態９７に記載の組成物または医療調製物。
９９．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態９８に記載の組成物または医療調製物。
１００．前記ＲＮＡが、配列番号８８を含む、実施形態９４～９９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１０１．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）オミクロンＢＡ．４／５バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号６９のアミノ酸配列もしくは配列番号６９と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号７０のヌクレオチド配列もしくは配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
１０２．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態１０１に記載の組成物または医療調製物。
１０３．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態１０１または１０２に記載の組成物または医療調製物。
１０４．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態１０１～１０３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１０５．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態１０４に記載の組成物または医療調製物。
１０６．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態１０５に記載の組成物または医療調製物。
１０７．前記ＲＮＡが、配列番号７２を含む、実施形態１０１～１０６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１０８．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７バリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号９０のアミノ酸配列もしくは配列番号９０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号９１のヌクレオチド配列もしくは配列番号９１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
１０９．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態１０８に記載の組成物または医療調製物。
１１０．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態１０８または１０９に記載の組成物または医療調製物。
１１１．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態１０８～１１０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１１２．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態１１１に記載の組成物または医療調製物。
１１３．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態１１２に記載の組成物または医療調製物。
１１４．前記ＲＮＡが、配列番号９３を含む、実施形態１０８～１１２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１１５．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）ＸＢＢオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号８５のアミノ酸配列もしくは配列番号９５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号９６のヌクレオチド配列もしくは配列番号９６と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
１１６．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態１１５に記載の組成物または医療調製物。
１１７．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態１１５または１１６に記載の組成物または医療調製物。
１１８．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態１１５～１１７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１１９．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態１１８に記載の組成物または医療調製物。
１２０．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態１１９に記載の組成物または医療調製物。
１２１．前記ＲＮＡが、配列番号９８を含む、実施形態１１５～１２０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１２２．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、組成物または医療調製物であって、前記ＲＮＡが、（ａ）ＢＱ．１．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含み、配列番号１００のアミノ酸配列もしくは配列番号１００と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、及び／または（ｂ）配列番号１０１のヌクレオチド配列もしくは配列番号１０１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記組成物または医療調製物。
１２３．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態１２２に記載の組成物または医療調製物。
１２４．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態１２２または１２３に記載の組成物または医療調製物。
１２５．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態１２２～１２４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１２６．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態１２５に記載の組成物または医療調製物。
１２７．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態１２６に記載の組成物または医療調製物。
１２８．前記ＲＮＡが、配列番号１０３を含む、実施形態１２１～１２７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１２９．前記ＲＮＡが、前記組成物中に用量当たり約１μｇ～約１００μｇの範囲内の量で存在する、実施形態１～１２８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１３０．前記ＲＮＡが、前記組成物中に用量当たり約１μｇ～約６０μｇの範囲内の量で存在する、実施形態１２９に記載の組成物または医療調製物。
１３１．前記ＲＮＡが、前記組成物中に用量当たり約１．５μｇ、約２．５μｇ、約３．０μｇ、約５．０μｇ、約１０μｇ、約１５μｇ、約３０μｇ、または約６０μｇの量で存在する、実施形態１３０に記載の組成物または医療調製物。
１３２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡを更に含み、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含む、実施形態１～１３１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１３３．組成物または医療調製物であって、
（ａ）第１の株もしくはバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、第１のＲＮＡと、
（ｂ）第２のバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、第２のＲＮＡと、を含み、
前記第１のバリアントが、前記第２のバリアントとは異なり、任意に、前記第１及び／または第２のバリアントが、オミクロンバリアントである、前記組成物または医療調製物。
１３４．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３に記載の組成物または医療調製物。
１３５．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその亜系統もしくはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３または１３４に記載の組成物または医療調製物。
１３６．前記第２のＲＮＡが、前記第１のＲＮＡによってコードされた前記Ｓタンパク質とは抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３に記載の組成物または医療調製物。
１３７．（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、もしくはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、第１のＲＮＡ、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、第２のＲＮＡを含む、組成物または医療調製物。
１３８．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントもしくはＢＡ．４／５オミクロンバリアントから進化したバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１３９．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４０．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４１．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４もしくはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４２．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４３．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４もしくはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４４．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＸＢＢオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１４３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４５．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含み、前記第２のＲＮＡが、ＢＱ．１．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態１３３～１３８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４６．前記第１のＲＮＡ及び／または前記第２のＲＮＡによってコードされた前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、実施形態１３３～１４５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、コドン最適化される（例えば、ヒト細胞内での発現のためにコドン最適化される）、及び／または野生型コード配列と比較して増加するＧ／Ｃ含有量を有する、実施形態１３３～１４６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１４８．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含む前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、９０のアミノ酸配列または配列番号９０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号９１のヌクレオチド配列もしくは配列番号９１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１４９．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）武漢株の前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号４９のアミノ酸配列または配列番号４９と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号７０のヌクレオチド配列もしくは配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５０．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号６４のアミノ酸配列または配列番号６９と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号７０のヌクレオチド配列もしくは配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５１．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２．７５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＡ．２．７５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号８０のアミノ酸配列または配列番号８０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号８１のヌクレオチド配列もしくは配列番号８１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５２．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２．７５．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＡ．２．７５．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号８５のアミノ酸配列または配列番号８５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号８６のヌクレオチド配列もしくは配列番号８６と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５３．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４．６またはＢＦ．７オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＡ．４．６もしくはＢＦ．７オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号９０のアミノ酸配列もしくは配列番号９０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号９１のヌクレオチド配列もしくは配列番号９１と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５４．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＸＢＢオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＸＢＢオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号９５のアミノ酸配列または配列番号９５と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号９６のヌクレオチド配列もしくは配列番号９６と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５５．第１のＲＮＡと、第２のＲＮＡと、を含む、組成物または医療調製物であって、
ａ）前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号７もしくは配列番号７と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第１のＲＮＡが、配列番号９もしくは２０のヌクレオチド配列または配列番号９もしくは２０と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
ｂ）前記第２のＲＮＡが、ＢＱ．１．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、（ｉ）前記ＢＱ．１．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質が、配列番号１００のアミノ酸配列もしくは配列番号１００と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のアミノ酸配列を含み、及び／または（ｉｉ）前記第２のＲＮＡが、配列番号１００のヌクレオチド配列もしくは配列番号１００と少なくとも８０％（例えば、８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは９９％以上）同一のヌクレオチド配列を含む、前記組成物または医療調製物。
１５６．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、発現、安定性、及び／または免疫原性を改善する１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１３３～１５５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１５７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、融合前立体配座を安定化する１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１５６に記載の組成物または医療調製物。
１５８．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、配列番号１の残基９８６及び９８７に対応する位置にプロリン変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１５７に記載の組成物または医療調製物。
１５９．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、配列番号１の残基８１７、８９２、８９９、及び／または９４２に対応する位置に１つ以上のプロリン変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１５７または１５８に記載の組成物または医療調製物。
１６０．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、フューリン切断を防止する変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１５６～１５９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１６１．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、フューリンプロテアーゼによる切断を防止する、配列番号１の残基６８２～６８５に対応する位置に変異（例えば、ＧＳＡＳ変異）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１６０に記載の組成物または医療調製物。
１６２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、Ｓタンパク質シェディングを減少させる１つ以上の変異（例えば、配列番号１の残基６１４に対応する位置におけるアスパラギン酸塩からグリシンへの変異）を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態１５６～１６１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１６３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１３３～１６２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１６４．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、実施形態１６３の組成物または医療調製物。
１６５．前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択される、実施形態１６３または１６４に記載の組成物または医療調製物。
１６６．前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、実施形態１６５に記載の組成物または医療調製物。
１６７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、５’キャップを含む、実施形態１３３～１６６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１６８．前記５’キャップが、キャップ１構造であるか、またはそれを含む、実施形態１６７に記載の組成物または医療調製物。
１６９．前記５’キャップが、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧであるか、またはそれを含む、実施形態１６８に記載の組成物または医療調製物。
１７０．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、ポリ（Ａ）配列を含む、実施形態１３３～１６９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物または医療調製物。
１７１．前記ポリ（Ａ）配列が、少なくとも１００個のＡヌクレオチドを含む、実施形態１７０に記載の組成物または医療調製物。
１７２．前記ポリ（Ａ）配列が、Ａヌクレオチドの中断配列である、実施形態１７０または１７１に記載の組成物または医療調製物。
１７３．前記ポリ（Ａ）配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態１７２に記載の組成物または医療調製物。
１７４．前記ポリ（Ａ）配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列、または配列番号１４の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％同一であるヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、実施形態１７０～１７３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１７５．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、修飾ヒトアルファ－グロビン５’－ＵＴＲであるか、またはそれを含む５’－ＵＴＲを含む、実施形態１３３～１７４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１７６．前記５’ＵＴＲが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または配列番号１２の前記ヌクレオチド配列と少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％同一であるヌクレオチド配列を含む、実施形態１７５に記載の組成物または医療調製物。
１７８．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、スプリット（ＡＥＳ）メッセンジャーＲＮＡのアミノ末端エンハンサーからの第１の配列及びミトコンドリアでコードされた１２ＳリボソームＲＮＡからの第２の配列であるか、またはそれを含む３’－ＵＴＲを含む、実施形態１３３～１７６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１７９．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、実施形態１７８に記載の組成物または医療調製物。
１８０．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、粒子として製剤化されるか、または粒子として製剤化されことになっている、実施形態１３３～１７９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１８１．前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、実施形態１８０に記載の組成物または医療調製物。
１８２．前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、実施形態１８１に記載の組成物または医療調製物。
１８３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態１８１または１８２に記載の組成物または医療調製物。
１８４．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態１８１または１８２に記載の組成物または医療調製物。
１８５．前記中性脂質が、総脂質の約５～約１５モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態１８２～１８４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１８６．前記カチオン性にイオン化可能な脂質が、総脂質の約４０～約５０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態１８２～１８５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１８７．前記ステロールが、総脂質の約３０～約５０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態１８２～１８６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１８８．前記ポリマー－脂質コンジュゲートが、総脂質の約１～約１０モルパーセントの範囲の濃度で存在する、実施形態１８２～１８７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１８９．前記脂質ナノ粒子が、約４０～約５０モルパーセントの前記カチオン性にイオン化可能な脂質、約５～約１５モルパーセントの前記中性脂質、約３５～約４５モルパーセントの前記ステロール、及び約１～約１０モルパーセントの前記ポリマーコンジュゲート脂質を含む、実施形態１８２～１８８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９０．前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、実施形態１８１に記載の組成物または医療調製物。
１９１．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、用量当たり約１μｇ～約１００μｇの範囲内の合わせた量で存在する、実施形態１３３～１９０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、用量当たり約１μｇ～約６０μｇの範囲内の合わせた量で存在する、実施形態１３３～１９１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、用量当たり約３．０μｇ、約１０μｇ、約３０μｇ、または約６０μｇの合わせた量で存在する、実施形態１３３～１９２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９４．前記第１のＲＮＡと前記第２のＲＮＡとの比が、約１：１０～約１０：１である、実施形態１３３～１９３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９５．前記第１のＲＮＡと前記第２のＲＮＡとの比が、約１：１である、実施形態１３３～１９４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９６．
ａ）前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、前記組成物中の用量当たり約１．５μｇの量で存在するか、
ｂ）前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、前記組成物中の用量当たり約５μｇの量で存在するか、
ｃ）前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、前記組成物中の用量当たり約１５μｇの量で存在するか、または
ｄ）前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、前記組成物中の用量当たり約１５μｇの量で存在する、実施形態１３３～１９５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡを更に含む、実施形態１２４～１６９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
１９８．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードする前記ＲＮＡが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムのＯＲＦ１ａｂ、Ｍ、及びＮ領域の各々の１つ以上のエピトープを含む、実施形態１７０に記載の組成物または医療調製物。
１９９．液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態１～１９８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２００．注射のために製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態１～１９９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０１．前記組成物または医療調製物が、筋肉内投与のために製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態１～２００のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０２．薬学的組成物である、実施形態１～２０１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０３．ワクチンである、実施形態１～２０２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０４．前記薬学的組成物が、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む、実施形態２０２または２０３に記載の組成物または医療調製物。
２０５．キットである、実施形態１～２０４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０６．対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための前記組成物または医療調製物の使用のための説明書を更に含む、実施形態２０５に記載の組成物または医療調製物。
２０７．薬学的使用のための、実施形態１～２０６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２０８．前記薬学的使用が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む、実施形態２０７に記載の組成物または医療調製物。
２０９．前記薬学的使用が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む、実施形態２０７または２０８に記載の組成物または医療調製物。
２１０．前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、実施形態２０８または２０９に記載の組成物または医療調製物。
２１１．前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、実施形態２０８～２１１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２１２．前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態２０８～２１２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２１３．ヒトへの投与のためのものである、実施形態１～２１２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２１４．実施形態１～２１３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物を投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘発する、方法。
２１５．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントに対して誘発される、実施形態２１４に記載の方法。
２１６．前記対象が、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したか、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してワクチン接種されたことがある、実施形態２１４または２１５に記載の方法。
２１７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株の抗原が、前記対象に以前に送達されている（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）、実施形態２１４～２１６のいずれか１つに記載の方法。
２１８．前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを以前に投与されたことがある、実施形態２１４～２１７のいずれか１つに記載の方法。
２１９．前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡの２回以上の用量を以前に投与されたことがある、実施形態２１４～２１８のいずれか１つに記載の方法。
２２０．実施形態１～２０６のいずれか１つに記載のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡの２回以上の用量の少なくとも約２ヶ月後に投与される、実施形態２１９に記載の方法。
２２１．前記方法が、ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの抗原をコードするＲＮＡを投与することを含む、実施形態２１４～２２０のいずれか１つに記載の方法。
２２２．前記方法が、オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを投与することを含み、前記オミクロンバリアントが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではない、実施形態２１４～２２１のいずれか１つに記載の方法。
２２３．前記方法が、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを投与することを含む、実施形態２１４～２２２のいずれか１つに記載の方法。
２２４．前記方法が、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを投与することを含む、実施形態２１４～２２２のいずれか１つに記載の方法。
２２５．対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするか、またはアルファバリアント、ベータバリアント、もしくはデルタバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むヌクレオチド配列を含む第１のＲＮＡと、（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡとを投与することを含む、前記方法。
２２６．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２２５に記載の方法。
２２７．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２２５に記載の方法。
２２８．対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むか、またはアルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、もしくはＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含む第１のＲＮＡと、（ｂ）前記第１のＲＮＡによってコードされた前記Ｓタンパク質とは抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む第２のＲＮＡとを投与することを含む、前記方法。
２２９．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２２８に記載の方法。
２３０．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２２８に記載の方法。
２３１．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、実施形態２２８に記載の方法。
２３２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個のＬＮＰに封入される、実施形態２１４～２３１のいずれか１つに記載の方法。
２３３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰに封入される、実施形態２１４～２３１のいずれか１つに記載の方法。
２３４．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡは、例えば、異なる注射部位で別個に投与される、実施形態２１４～２３２のいずれか１つに記載の方法。
２３５．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを投与することを更に含む、実施形態２１４～２３４のいずれか１つに記載の方法。
２３６．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするヌクレオチド配列が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムのＯＲＦ１ａｂ、Ｍ、及びＮ領域の各々の１つ以上のエピトープをコードする、実施形態２３５に記載の方法。
２３７．前記第１のＲＮＡ、前記第２のＲＮＡ、及び前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡが、各々、別個のＬＮＰ中に製剤化される、実施形態２３５または２３６に記載の方法。
２３８．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰ中に共製剤化され、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡが、別個のＬＮＰ中に製剤化される、実施形態２３５または２３６に記載の方法。
２３９．前記第１のＲＮＡ、前記第２のＲＮＡ、及び前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡの各々が、同じＬＮＰ中に共製剤化される、実施形態２３５または２３６に記載の方法。
２４０．前記第１のＲＮＡ、前記第２のＲＮＡ、及び前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡが、
（ａ）３０μｇの前記第１のＲＮＡと前記第２のＲＮＡとを組み合わせたもの（例えば、１５μｇの前記第１のＲＮＡと１５μｇの前記第２のＲＮＡ）、及び５μｇの前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡ、
（ｂ）３０μｇの前記第１のＲＮＡと前記第２のＲＮＡとを組み合わせたもの（例えば、１５μｇの前記第１のＲＮＡと１５μｇの前記第２のＲＮＡ）、及び１０μｇの前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡ、または
（ｃ）３０μｇの前記第１のＲＮＡと前記第２のＲＮＡとを組み合わせたもの（例えば、１５μｇの前記第１のＲＮＡと１５μｇの前記第２のＲＮＡ）、及び１５μｇの前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡ、を含む用量で投与される、実施形態２３５～２３９のいずれか１つに記載の方法。
２４１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の１つ以上のＴ細胞エピトープをコードするＲＮＡが、配列番号ＲＳ Ｃ７ｐ２ｆｕｌｌのポリペプチド配列をコードする、実施形態２３５～２４０のいずれか１つに記載の方法。
２４２．呼吸器疾患に対する１つ以上のワクチンを投与することを更に含む、実施形態２０７～２４１のいずれか１つに記載の方法。
２４３．前記呼吸器疾患が、ＲＳＶまたはインフルエンザである、実施形態２４２に記載の方法。
２４４．ＲＳＶに対するワクチン及びインフルエンザに対するワクチンを投与することを含む、実施形態２４２または２４３に記載の方法。
２４５．呼吸器疾患に対する前記１つ以上のワクチンが、ＲＮＡワクチンであり、各々が、抗原タンパク質をコードする１つ以上のＲＮＡを含む、実施形態２４２～２４４のいずれか１つに記載の方法。
２４６．インフルエンザウイルス由来の抗原（複数可）をコードする１つ以上のＲＮＡ及び／またはＲＳＶ由来の抗原（複数可）をコードする１つ以上のＲＮＡを投与することを含む、実施形態２４５に記載の方法。
２４７．各ＲＮＡが、別個のＬＮＰ中に製剤化される、実施形態２４６に記載の方法。
２４８．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする各ＲＮＡが、同じＬＮＰ中で一緒に共製剤化され、インフルエンザウイルス由来の抗原タンパク質をコードする各ＲＮＡが、同じＬＮＰ中で一緒に共製剤化され、ＲＳＶ由来の抗原タンパク質をコードする各ＲＮＡが、同じＬＮＰ中で一緒に共製剤化される、実施形態２４６に記載の方法。
２４９．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする各ＲＮＡ、インフルエンザウイルス由来の抗原タンパク質をコードする各ＲＮＡ、及びＲＳＶ由来の抗原タンパク質をコードする各ＲＮＡは、同じＬＮＰ中で一緒に共製剤化される、実施形態２４６に記載の方法。
２５０．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む、組成物または医療調製物。
２５１．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、実施形態２５０に記載の組成物または医療調製物。
２５２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、前記コドン最適化及び／または前記Ｇ／Ｃ含有量の前記増加が、好ましくは、前記コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない、実施形態２５０または２５１に記載の組成物または医療調製物。
２５３．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２５０～２５２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２５４．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２５０～２５３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２５５．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２５０～２５４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２５６．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、分泌シグナルペプチドを含む、実施形態２５０～２５５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２５７．前記分泌シグナルペプチドが、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される、実施形態２５６に記載の組成物または医療調製物。
２５８．
（ｉ）前記分泌シグナルペプチドをコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）前記分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の機能的断片を含む、実施形態２５６または２５７に記載の組成物または医薬製剤。
２５９．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２５０～２５８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６０．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２５０～２５９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６１．前記ＲＮＡが、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、特に、前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択され、特に、前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、実施形態２５０～２５８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６２．前記ＲＮＡが、５’キャップを含む、実施形態２５０～２６１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６３．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または配列番号１２の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む、実施形態２５０～２６２のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６４．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、実施形態２５０～２６３のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６５．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、ポリＡ配列を含む、実施形態２５０～２６４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６６．前記ポリＡ配列が、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む、実施形態２６５に記載の組成物または医療調製物。
２６７．前記ポリＡ配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、実施形態２６５または２６６に記載の組成物または医療調製物。
２６８．前記ＲＮＡが、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態２５０～２６７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２６９．前記ＲＮＡが、注射のために製剤化されるか、または製剤化されることになっ
ている、実施形態２５０～２６８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７０．前記ＲＮＡが、筋肉内投与のために製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態２５０～２６９のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７１．前記ＲＮＡが、粒子として製剤化されるか、または製剤化されることになっている、実施形態２５０～２７０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７２．前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、実施形態２７１に記載の組成物または医療調製物。
２７３．前記ＬＮＰ粒子が、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、実施形態２７２に記載の組成物または医療調製物。
２７４．前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、実施形態２７２に記載の組成物または医療調製物。
２７５．前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである、実施形態２５０～２７４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７６．薬学的組成物である、実施形態２５０～２７５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７７．ワクチンである、実施形態２５０～２７６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２７８．前記薬学的組成物が、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む、実施形態２７６または２７７に記載の組成物または医療調製物。
２７９．キットである、実施形態２５０～２７５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８０．前記ＲＮＡ及び任意に粒子形成成分が、別個のバイアル内にある、実施形態２７９に記載の組成物または医療調製物。
２８１．対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための前記組成物または医療調製物の使用のための説明書を更に含む、実施形態２７９または２８０に記載の組成物または医療調製物。
２８２．薬学的使用のための、実施形態２５０～２８１のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８３．前記薬学的使用が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む、実施形態２８２に記載の組成物または医療調製物。
２８４．前記薬学的使用が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む、実施形態２８２または２８３に記載の組成物または医療調製物。
２８５．ヒトへの投与のためのものである、実施形態２５０～２８４のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８６．前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、実施形態２８２～２８５のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８７．前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、実施形態２８２～２８６のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８８．前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態２８２～２８７のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
２８９．対象においてコロナウイルスに対する免疫応答を誘導する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
２９０．前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、実施形態２８９に記載の方法。
２９１．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、前記コドン最適化及び／または前記Ｇ／Ｃ含有量の前記増加が、好ましくは、前記コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない、実施形態２８９または２９０に記載の方法。
２９２．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２８９～２９１のいずれか１つに記載の方法。
２９３．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２８９～２９２のいずれか１つに記載の方法。
２９４．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２８９～２９３のいずれか１つに記載の方法。
２９５．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、分泌シグナルペプチドを含む、実施形態２８９～２９４のいずれか１つに記載の方法。
２９６．前記分泌シグナルペプチドが、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される、実施形態２９５に記載の方法。
２９７．
（ｉ）前記分泌シグナルペプチドをコードするＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の機能的断片を含む、実施形態２９５または２９７に記載の方法。
２９８．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２８９～２９７のいずれか１つに記載の方法。
２９９．
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、実施形態２８９～２９８のいずれか１つに記載の方法。
３００．前記ＲＮＡが、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、特に、前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択され、特に、前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、実施形態２８９～２９８のいずれか１つに記載の方法。
３０１．前記ＲＮＡが、キャップを含む、実施形態２８９～３００のいずれか１つに記載の方法。
３０２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または配列番号１２の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む、実施形態２８９～３０１のいずれか１つに記載の方法。
３０３．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、実施形態２８９～３０２のいずれか１つに記載の方法。
３０４．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、ポリＡ配列を含む、実施形態２８９～３０３のいずれか１つに記載の方法。
３０５．前記ポリＡ配列が、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む、実施形態３０４に記載の方法。
３０６．前記ポリＡ配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、実施形態３０４または３０５に記載の方法。
３０７．前記ＲＮＡが、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化される、実施形態２８９～３０６のいずれか１つに記載の方法。
３０８．前記ＲＮＡが、注射によって投与される、実施形態２８９～３０７のいずれか１つに記載の方法。
３０９．前記ＲＮＡが、筋肉内投与によって投与される、実施形態２８９～３０８のいずれか１つに記載の方法。
３１０．前記ＲＮＡが、粒子として製剤化される、実施形態２８９～３０９のいずれか１つに記載の方法。
３１１．前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、実施形態３１０に記載の方法。
３１２．前記ＬＮＰ粒子が、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、実施形態３１１に記載の方法。
３１３．前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、実施形態３１１に記載の方法。
３１４．前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである、実施形態２８９～３１３のいずれか１つに記載の方法。
３１５．コロナウイルスに対するワクチン接種のための方法である、実施形態２８９～３１４のいずれか１つに記載の方法。
３１６．コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置のための方法である、実施形態２８９～３１５のいずれか１つに記載の方法。
３１７．前記対象が、ヒトである、実施形態２８９～３１６のいずれか１つに記載の方法。
３１８．前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、実施形態２８９～３１７のいずれか１つに記載の方法。
３１９．前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、実施形態２８９～３１８のいずれか１つに記載の方法。
３２０．前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態２８９～３１９のいずれか１つに記載の方法。
３２１．前記組成物が、実施形態１～３９のいずれか１つに記載の組成物である、実施形態２８９～３２０のいずれか１つに記載の方法。
３２２．実施形態２８９～３２０のいずれか１つに記載の方法で使用するための、実施形態２５０～２８８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
３２３．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３２４．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３２３に記載の免疫原性組成物。
３２５．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３２３または３２４に記載の免疫原性組成物。
３２６．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３２３～３２５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３２７．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３２６に記載の免疫原性組成物。
３２８．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３２６に記載の免疫原性組成物。
３２９．前記ＲＮＡが、配列番号５１を含む、実施形態３２３～３２８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３３０．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号５５のポリペプチドをコードし、配列番号５６のヌクレオチド配列、または配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３３１．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３３０に記載の免疫原性組成物。
３３２．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３３０または３３１に記載の免疫原性組成物。
３３３．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３３０～３３２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３３４．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３３３に記載の免疫原性組成物。
３３５．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３３４に記載の免疫原性組成物。
３３６．前記ＲＮＡが、配列番号５７を含む、実施形態３３０～３３５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３３７．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号５８のポリペプチドをコードし、配列番号５９のヌクレオチド配列、または配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３３８．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３３７に記載の免疫原性組成物。
３３９．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３３７または３３８に記載の免疫原性組成物。
３４０．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３３７～３３９のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３４１．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３４０に記載の免疫原性組成物。
３４２．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３４１に記載の免疫原性組成物。
３４３．前記ＲＮＡが、配列番号６０を含む、実施形態３３７～３４２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３４４．ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号６１のポリペプチドをコードし、配列番号６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
（ａ）修飾ウリジン、
（ｂ）５’キャップを含み、
前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３４５．前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３４４に記載の免疫原性組成物。
３４６．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３４４または３４５に記載の免疫原性組成物。
３４７．前記ＲＮＡが、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３４４～３４６のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３４８．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３４７に記載の免疫原性組成物。
３４９．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３４８に記載の免疫原性組成物。
３５０．前記ＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態３４４～３４９のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３５１．第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
前記第１のＲＮＡが、配列番号７のポリペプチドをコードし、配列番号９のヌクレオチド配列、または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第２のＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
（ａ）修飾ウリジン、及び
（ｂ）５’キャップを含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３５２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３５１に記載の免疫原性組成物。
３５３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３５１に記載の免疫原性組成物。
３５４．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３５１～３５３のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３５５．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３５１～３５４のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３５６．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３５１～３５５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３５７．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３５７に記載の免疫原性組成物。
３５８．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３５７に記載の免疫原性組成物。
３５９．前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５１を含む、実施形態３５１～３５８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６０．第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
前記第１のＲＮＡが、配列番号７のポリペプチドをコードし、配列番号９のヌクレオチド配列、または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第２のＲＮＡが、配列番号５５、５８、または６１のポリペプチドをコードし、配列番号５６、５９、もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５６、５９、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
（ａ）修飾ウリジン、及び
（ｂ）５’キャップを含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３６１．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３６０に記載の免疫原性組成物。
３６２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３６０に記載の免疫原性組成物。
３６３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３６０～３６２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６４．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３６０～３６３のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６５．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３６０～３６４のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６６．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３６０～３６５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６７．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３６６に記載の免疫原性組成物。
３６８．前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、実施形態３６０～３６７のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３６９．前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５９を含む、実施形態３６０～３６８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７０．前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、実施形態３６０～３６８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７１．前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、実施形態３６０～３６８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７２．前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６０を含む、実施形態３６０～３６８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７３．前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態３６０～３６８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７４．第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
前記第１のＲＮＡが、配列番号５８のポリペプチドをコードし、配列番号５９のヌクレオチド配列、または配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第２のＲＮＡが、配列番号４９、５５、または６１のポリペプチドをコードし、配列番号５０、５６、もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５０、５６、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
（ａ）修飾ウリジン、及び
（ｂ）５’キャップを含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３７５．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３７４に記載の免疫原性組成物。
３７６．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３７４に記載の免疫原性組成物。
３７７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３７４～３７６のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７８．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３７４～３７７のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３７９．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３７４～３７８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８０．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３７９に記載の免疫原性組成物。
３８１．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３７９に記載の免疫原性組成物。
３８２．前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５０を含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８３．前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８４．前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８５．前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５１を含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８６．前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８７．前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態３７４～３８１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３８８．第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
前記第１のＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第２のＲＮＡが、配列番号５５または６１のポリペプチドをコードし、配列番号５６もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５６もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
（ａ）修飾ウリジン、及び
（ｂ）５’キャップを含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
３８９．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３８８に記載の免疫原性組成物。
３９０．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態３８８に記載の免疫原性組成物。
３９１．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態３８８～３９０のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９２．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態３８８～３９１のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態３８８～３９２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９４．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態３９３に記載の免疫原性組成物。
３９５．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態３９３に記載の免疫原性組成物。
３９６．前記第１のＲＮＡが、配列番号５０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、実施形態３８８～３９５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９７．前記第１のＲＮＡが、配列番号５０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、実施形態３８８～３９５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９８．前記第１のＲＮＡが、配列番号５１を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、実施形態３８８～３９５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
３９９．前記第１のＲＮＡが、配列番号５１を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態３８８～３９５のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４００．第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
前記第１のＲＮＡが、配列番号５５のポリペプチドをコードし、配列番号５６のヌクレオチド配列、または配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第２のＲＮＡが、配列番号６１のポリペプチドをコードし、配列番号６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
（ａ）修飾ウリジン、及び
（ｂ）５’キャップを含み、
前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及びコレステロールを含む、前記免疫原性組成物。
４０１．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態４００に記載の免疫原性組成物。
４０２．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、実施形態４００に記載の免疫原性組成物。
４０３．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、実施形態４００～４０２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４０４．前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、実施形態４００～４０３のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４０５．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、実施形態４００～４０４のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４０６．前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、実施形態４０５に記載の免疫原性組成物。
４０７．前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、実施形態４０５に記載の免疫原性組成物。
４０８．前記第１のＲＮＡが、配列番号５７を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、実施形態４００～４０７のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４０９．前記５’－キャップが、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧであるか、またはそれを含む、実施形態３２３～４０８のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４１０．前記ＬＮＰが、約４０～約５０モルパーセント（（４－ヒドロキシブチル）アザネジイル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート）、約３５～約４５モルパーセントのコレステロール、約５～約１５モルパーセントの１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン、及び約１～約１０モルパーセントの２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミドを含む、実施形態３２３～４０９のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４１１．前記組成物が、複数のＬＮＰを含み、前記複数のＬＮＰの平均直径が、約３０ｎｍ～約２００ｎｍまたは約６０ｎｍ～約１２０ｎｍである（例えば、動的光散乱測定によって決定される）、実施形態３２３～４１０のいずれか１つに記載の免疫原性組成物。
４１２．実施形態７４～１６２のいずれか１つに記載の免疫原性組成物を投与することを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘発する方法。
４１３．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントに対して誘発される、実施形態４１３に記載の方法。
４１４．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のベータバリアントに対して誘発される、実施形態４１２に記載の方法。
４１５．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアルファバリアントに対して誘発される、実施形態４１２に記載の方法。
４１６．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のデルタバリアントに対して誘発される、実施形態４１２に記載の方法。
４１７．前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株、オミクロンバリアント、ベータバリアント、アルファバリアント、及びデルタバリアントに対して誘発される、実施形態４１２に記載の方法。
４１８．対象における免疫応答を誘導するための方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの抗原を（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）送達することを含む、前記方法。
４１９．前記対象が、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したか、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してワクチン接種されたことがある、実施形態４１８に記載の方法。
４２０．前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株の抗原を（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）以前に送達されたことがある、実施形態４１８または４１９に記載の方法。
４２１．前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを以前に投与されたことがある、実施形態４１８～４２０のいずれか１つに記載の方法。
４２２．前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡの２回以上の用量を以前に投与されたことがある、実施形態４１８～４２１のいずれか１つに記載の方法。
４２３．ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの抗原をコードするＲＮＡを投与することを含む、実施形態４１８～４２２のいずれか１つに記載の方法。
４２４．ＢＡ．１オミクロンバリアントであるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、実施形態４１８～４２３のいずれか１つに記載の方法。
４２５．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含み、前記オミクロンバリアントが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではない、実施形態４１８～４２４のいずれか１つに記載の方法。
４２６．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、実施形態４１８～４２５のいずれか１つに記載の方法。
４２７．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、実施形態４１８～４２５のいずれか１つに記載の方法。
４２８．対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、またはデルタバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡ、及び（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡを投与することを含む、前記方法。
４２９．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードする、実施形態４２８に記載の方法。
４３０．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードする、実施形態４２８に記載の方法。
４３１．対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）前記第１のＲＮＡによってコードされたＳタンパク質と抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡとを投与することを含む、前記方法。
４３２．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３１に記載の方法。
４３３．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３１に記載の方法。
４３４．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３１に記載の方法。
４３５．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個のＬＮＰに封入される、実施形態４１８～４３４のいずれか１つに記載の方法。
４３６．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰに封入される、実施形態４１８～４３５のいずれか１つに記載の方法。
４３７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、例えば、異なる注射部位で別個に投与される、実施形態４１８～４３６のいずれか１つに記載の方法。
４３８．（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）前記第１のＲＮＡによってコードされた前記Ｓタンパク質と抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡと、を含む、組成物。
４３９．（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡと、を含む、組成物。
４４０．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４１．前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４２．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４３．前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４４．前記第１のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４５．前記第１のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、実施形態４３９に記載の組成物。
４４６．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰに封入される、実施形態４３８～４４５のいずれか１つに記載の組成物。
４４７．前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個のＬＮＰに封入される、実施形態４３８～４４６のいずれか１つに記載の組成物。
４４８．前記組成物が、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のうちのいずれか１つの組成物である、実施形態２１４～２４９、２８９～３２１、または４１２～４３７に記載のいずれか１つに記載の方法。
４４８．実施形態２１４～２４９、２８９～３２１、または４１２～４３７のいずれか１つに記載の方法に使用するための、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４４９．薬学的組成物である、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４５０．ワクチンである、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４５１．前記薬学的組成物またはワクチンが、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む、実施形態４４９または４５０に記載の組成物または医療調製物。
４５２．キットである、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４５３．前記ＲＮＡ及び任意に粒子形成成分が、別個のバイアル内にある、実施形態４５２に記載の組成物または医療調製物。
４５４．対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための前記組成物または医療調製物の使用のための説明書を更に含む、実施形態４５２または４５３に記載の組成物または医療調製物。
４５５．薬学的使用のための、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４５６．前記薬学的使用が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む、実施形態４５５に記載の組成物または医療調製物。
４５７．前記薬学的使用が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む、実施形態４５５または４５６に記載の組成物または医療調製物。
４５８．薬剤の製造で使用される、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４５９．前記医薬品が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するためのものである、実施形態４５８に記載の組成物または医薬製剤。
４６０．前記医薬品が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置のためのものである、実施形態４５８または４５９に記載の組成物または医療調製物。
４６１．ヒトへの投与のためのものである、実施形態１～２１３、２５０～２８８、３２２～４１１、または４３８～４４８のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４６２．前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、実施形態４５４、４５６、４５７、４５９、または４６０のいずれか１つに記載の組成物または医療調製物。
４６３．前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、実施形態４６２に記載の組成物または医療調製物。
４６４．前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態４６３に記載の組成物または医療調製物。
本明細書で参照される文書及び研究の引用は、上記のうちのいずれかが先行技術に関連することを認めるものとして意図されていない。これらの文書の内容に関する全ての記述は、出願者が入手可能な情報に基づいており、これらの文書の内容の正確性に関するいかなる承認も構成しない。
以下の説明は、当業者が様々な実施形態を作製及び使用することを可能にするために提示される。特定のデバイス、技法、及び用途の説明は、例としてのみ提供される。本明細書に記載の実施例に対する様々な修正は、当業者には容易に明らかであり、本明細書に定義される一般的な原理は、様々な実施形態の趣旨及び範囲から逸脱することなく、他の実施例及び用途に適用され得る。したがって、様々な実施形態は、本明細書に記載され、示される実施例に限定されることを意図するものではなく、特許請求の範囲と一致する範囲が与えられるものとする。
実施例１：ＢＮＴ１６２ｂ３バリアントＢＮＴ１６２ｂ３ｃ及びＢＮＴ１６２ｂ３ｄの免疫原性研究
膜貫通アンカーＲＢＤベースのワクチン抗原（図６の概略図、ＢＮＴ１６２ｂ３ｃ（１）及びＢＮＴ１６２ｂ３ｄ（２））の潜在的な効力についてのアイデアを得るために、ＢＡＬＢ／ｃマウスを、４μｇのＬＮＰ－Ｃ１２製剤化ｍＲＮＡで、または対照として緩衝液で１回、筋肉内で免疫化した。非臨床的ＬＮＰ－Ｃ１２製剤化ｍＲＮＡを、ＢＮＴ１６２ｂ３バリアントであるＢＮＴ１６２ｂ３ｃ及びＢＮＴ１６２ｂ３ｄの代用として使用した。ＲＮＡワクチンの免疫原性は、抗体免疫応答に着目して調べた。
第１の免疫化の６日、１４日、及び２１日後のＥＬＩＳＡデータは、Ｓ１タンパク質及び受容体結合ドメインに対する早期の用量依存性免疫活性化を示す（図７）。免疫化の６日、１４日、及び２１日後に得られた血清は、高いＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルス中和を示し、ＩｇＧ抗体力価の増加と相関する（図８）。
実施例２：ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンによって誘発されたヒト血清によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＢＡ．１オミクロン系統（別名Ｂ．１．１．５２９）疑似ウイルスの中和
材料及び方法：
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼ（Ｌｕｃ）をコードする組換え複製欠損ＶＳＶベクターを、武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ）（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）、及びオミクロン（Ｂ．１．１．５２９）ＢＡ．１系統のＳタンパク質に見出される変異（Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）を保有するバリアントスパイクを用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って疑似タイプ化した。簡潔に述べると、Ｃ末端細胞質１９アミノ酸を切断されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ（ＣΔ１９））のそれぞれを発現するようにトランスフェクトしたＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層に、ＶＳＶΔＧ－ＧＦＰ／Ｌｕｃベクターを接種した。３７℃で２時間インキュベーションした後、接種物を除去し、細胞をＰＢＳで洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ）を補充した培地を添加して残存入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルス含有培地を、接種後２０時間で収集し、０．２μｍで濾過し、－８０℃で保管した。
疑似ウイルス中和アッセイのために、９６ウェル当たり４０，０００個のＶｅｒｏ ７６細胞を播種した。血清を、１：１０希釈（１：１０～１：１０，２４０の希釈範囲）から始めて、培養培地中で１：２で段階希釈した。アッセイ中の約２００ＴＵのアッセイにおいて、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似粒子を、蛍光フォーカスユニット（ｆｆｕ）カウントのために培養培地中で希釈した。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルスと１：１で混合した後、９６ウェルプレート中のＶｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で１６～２４時間インキュベーションした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光を記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。結果は、重複物のＧＭＴとして報告された。中和が観察されなかった場合、任意の力価値５（検出限界［ＬＯＤ］の半分）が報告された。
血清（Ｎ＝１９～２０）を、第２の３０μｇ用量を受けた２１日後、または第３の３０μｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２を受けた１ヶ月後に対象から収集した。各血清を、５０％中和アッセイ（ｐＶＮＴ５０）によって、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢Ｈｕ－１及びオミクロンＢＡ．１系統（Ｂ．１．１．５２９）スパイクタンパク質疑似タイプＶＳＶに対するその中和抗体力価について試験した。中和アッセイで使用したオミクロンＢＡ．１株スパイクタンパク質は、武漢基準と比較して以下のアミノ酸変化を有していた：Ａ６７Ｖ、Δ６９－７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ。
第２の用量の２１日後に生成されたＢＮＴ１６２ｂ２－免疫血清は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢Ｈｕ－１疑似タイプ基準の効果的な中和を示した。しかしながら、オミクロンＢＡ．１バリアントに対する中和力価の２５倍超の低減が、武漢基準（６対１５５の幾何平均力価［ＧＭＴ］）と比較して観察された。重要なことに、第３の用量は、オミクロンＢＡ．１株の疑似ウイルスに対する中和抗体力価を２５倍著しく増加させた。したがって、３つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２後のオミクロンＢＡ．１バリアント疑似ウイルスに対する中和力価は、２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２を受けた個体からの血清で観察された野生型株に対する中和力価に匹敵した（１５４対１５５のＧＭＴ）。
実施例３：ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンによって誘発されたヒト血清による、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１系統（別名Ｂ．１．１．５２９）疑似ウイルスの中和のための追加データ
実施例２に記載されるような研究及びデータに加えて、中和力価の縦断分析も、対象の独立したより小さなサブセットにおいて実施した。用量２の２１日後に採取された血清は、武漢基準疑似ウイルスと比較して、オミクロンＢＡ．１バリアントに対するＧＭＴの１９．６倍の低減を示した（図１２、６対１１８のＧＭＴ）。第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２を（用量２の中央値２５１日後に）を受ける直前に研究参加者から得られた血清は、武漢疑似ウイルスに対する中和力価をかなり低減したが（１４のＧＭＴ）、オミクロンＢＡ．１特異的力価は、検出限界を下回った。第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２は、武漢疑似ウイルスに対する中和力価の著しい増加（２５４のＧＭＴ）をもたらし、用量３の１ヶ月後のオミクロンＢＡ．１に対する中和力価の増加は、用量２の２１日後の力価と比較して２６．６倍超の増加（１６０対６のＧＭＴ）をもたらした。９人の対象全てにおいて、オミクロンＢＡ．１の低減したが効果的な中和は、３つの用量後３ヶ月まで観察された（用量３の１ヶ月後と比較して３．２倍の低減、５０対１６０のＧＭＴ）が、武漢特異的中和ＧＭＴは、安定したままであった。
要約すると、第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２は、オミクロンＢＡ．１中和能を、武漢疑似ウイルスに対する２つの用量後に観察されたものと同様のレベルにブーストする。したがって、このデータは、第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２を提供することが、オミクロンＢＡ．１バリアントによる感染に対する保護を改善することができることを示している。
実施例４：ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンによって誘発されたヒト血清による他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２系統疑似ウイルスの中和
実施例２及び実施例３に記載されるように、各血清もまた、５０％中和アッセイ（ｐＶＮＴ５０）によって、ベータ及びデルタ系統スパイクタンパク質偽型ＶＳＶに対するその中和抗体力価について試験した（データ図示せず）。
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼ（Ｌｕｃ）をコードする組換え複製欠損ＶＳＶベクターを、武漢－Ｈｕ－１単離株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ）（ＧｅｎＢａｎｋ：ＱＨＤ４３４１６．１）、ならびにベータ系統のＳタンパク質に見出される変異（変異：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｒ２４６Ｉ、Δ２４２－２４４、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、及びデルタ系統のＳタンパク質に見出される変異（変異：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１５７／１５８、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｄ９５０Ｎ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）を保有するバリアントスパイクを用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って疑似タイプ化した。
第２の用量のＢＮＴ１６２ｂ２の２１日後に収集された血清について、ＰＶＮＴ５０は、武漢バリアントと比較して、ベータバリアントではおよそ６．７倍（２４対１５５のＧＭＴ）、デルタバリアントではおよそ２．２倍（７３対１５５のＧＭＴ）低減されたが、デルタバリアントに対する中和応答よりも著しく高かった。第３の用量のＢＮＴ１６２ｂ２はまた、ベータ及びデルタ疑似ウイルスに対する中和活性を増加させ、ＧＭＴはそれぞれ２７９及び４１３であった。
実施例５：オミクロンＢＡ．１スパイクバリアントにおけるＴ細胞エピトープ保存
体液性免疫に加えて、Ｔ細胞媒介性免疫は、特に重度のＣＯＶＩＤ－１９を予防するための別の防御層である。疾患に対する有効性が、第２の用量が投与される前、かつ高い中和力価の開始前に、第１の用量のＢＮＴ１６２ｂ２の約１２日後に既に確立されているという以前の観察は、Ｔ細胞応答の潜在的な保護的役割を更に強調する。以前の報告では、ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体におけるＣＤ８ Ｔ細胞応答がポリエピトープであることが示されている。
オミクロンＢＡ．１によるＣＤ８＋Ｔ細胞応答の免疫回避のリスクを評価するために、免疫エピトープデータベース（ＩＥＤＢ、ｎ＝２４４）において免疫原性であることが報告された武漢スパイクタンパク質配列からのＨＬＡクラスＩ制限Ｔ細胞エピトープのセットを調査した（これらのエピトープを同定するために使用される手順は、以下の段落に記載されている）。オミクロンＢＡ．１スパイクタンパク質における多数の変異にもかかわらず、記載されたエピトープの８５．２５％（ｎ＝２０８）は、アミノ酸配列レベルに影響を与えなかったことは、ＢＮＴ１６２ｂ２によって誘発されるＴ細胞応答の大部分の標的が、オミクロンＢＡ．１バリアントにおいて依然として保存され得ることを示している（図１３）。初期の実験室研究は、オミクロンエピトープのＣＤ８＋Ｔ細胞認識が、パンデミックの初期に曝露されたＣＯＶＩＤ－１９から回復した個体において保存されていること、及びオミクロンＢＡ．１ ＶＯＣがこの時点で広範囲のＴ細胞逃避変異を進化させていないことを確認している。
スパイク糖タンパク質中のＴ細胞エピトープにおける非同義的変異の速度を推定するために、免疫エピトープデータベース（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ／）を使用して、実験アッセイにおいてＴ細胞反応性について確認されたエピトープを取得した。データベースを以下の条件を使用してフィルタリングした。有機体：ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２、抗原：スパイク糖タンパク質、陽性アッセイ、Ｂ細胞アッセイなし、ＭＨＣアッセイなし、ＭＨＣ制限タイプ：クラスＩ、宿主：ホモサピエンス（ヒト）。得られた表は、データセットを確認された最小限のエピトープのみに制限するために、「反応性重複ペプチドプールから導出された」エピトープ、ならびに１４アミノ酸より長いエピトープを除去することによってフィルタリングした。このアプローチで得られた２５１個の固有のエピトープ配列のうち、２４４個が武漢株スパイク糖タンパク質中に見出された。これらのうち、３６個のエピトープ（１４．７５％）は、本明細書に開示される配列分析によってオミクロンで変異することが報告された位置を含んでいた。結果を図１０に要約する。また、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの各々で変異した予測されるＭＨＣ－Ｉエピトープの数も示される。図１３は、スパイクタンパク質内のＴ細胞エピトープの位置を示し、オミクロンＢＡ．１バリアントからのスパイクタンパク質においてどのエピトープが保存されているか、または変異しているかを示す。
実施例６：例示的な投薬レジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される組成物及び方法は、図１４に例示される例示的なワクチン接種レジメンに従って使用することができる。
一次投薬レジメン
いくつかの実施形態では、対象は、一次投薬レジメンを投与される。一次投薬レジメンは、１つ以上の用量を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、単回用量（ＰＤ１）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量（ＰＤ１）及び第２の用量（ＰＤ２）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、及び第３の用量（ＰＤ３）を含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、第３の用量、及び１つ以上の追加の用量（ＰＤｎ）の本明細書に記載の薬学的組成物のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約３ｕｇを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上の追加のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＰＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及びＰＤｎは、各々独立して、本明細書に記載される複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及びＰＤｎは、各々独立して、第１及び第２のｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＢＮＴ１６２ｂ２（例えば、本明細書に記載されるような）を含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つの異なるｍＲＮＡ構築物を含むことができる（例えば、タンパク質コード配列において異なる）。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株由来のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性フラグメントをコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、アルファバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、デルタバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、またはＢＱ．１オミクロンバリアント）であり得る。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、少なくとも２つのｍＲＮＡを含むことができ、各々は、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっている別個のバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物の各々は、独立して、デルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎは、各々、複数のｍＲＮＡ組成物を含み、各ｍＲＮＡ組成物は、対象に別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、各ｍＲＮＡ組成物は、異なる注射部位での筋肉内注射を介して投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる第１及び第２のｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎは、複数のＲＮＡ分子を投与することを含み、各ＲＮＡ分子は、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからの変異を含むスパイクタンパク質をコードし、複数のＲＮＡ分子は、単一の製剤において対象に投与される。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、単一の製剤は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１とＰＤ２との間の時間の長さ（ＰＩ１）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約３週間、または少なくとも約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ１は、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ２とＰＤ３との間の時間の長さ（ＰＩ２）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、または少なくとも約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ３と一次投薬レジメンの一部である後続の用量との間、またはＰＤ３を超える任意の用量については用量の間の時間の長さ（ＰＩｎ）は、各々別個にかつ独立して、約１週間以上、約２週間以上、または約３週間以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩ２は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１１週間である。いくつかの実施形態では、ＰＩｎは、約１２週間である。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤ２で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＰＤｎで投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、本明細書に記載の２つ以上のｍＲＮＡ組成物を投与することを含み、ｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも２つは、異なる製剤を有する。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、ＰＤ１及びＰＤ２を含み、ＰＤ１は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＰＤ２は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンは、ＰＤ１及びＰＤ２を含み、ＰＤ１は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＰＤ２は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、別のワクチンと併せて投与され得る。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、ＣＯＶＩＤ－１９ではない疾患のためのものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有害な影響を増加させるものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の伝染速度を増加させるものである。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、異なる市販のワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ＲＮＡワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ポリペプチドベースのワクチンである。いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）別のワクチン及びＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＰＤ１、ＰＤ２、ＰＤ３、及び／またはＰＤｎで与えられる本明細書に記載のインフルエンザワクチン及び１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
ブースター投薬レジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるワクチン接種の方法は、１つ以上のブースター投薬レジメンを含む。本明細書に開示されるブースター投薬レジメンは、１つ以上の用量を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、（例えば、本明細書に記載されるように）一次投薬レジメンを投与された患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、本明細書に開示される薬学的組成物を受けていない患者に投与される。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、一次投薬レジメンにおいて投与されるワクチンとは異なるＣＯＶＩＤ－１９ワクチンで以前にワクチン接種された患者に投与される。
いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも５週間、少なくとも６週間、少なくとも７週間、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１１週間、少なくとも１２週間、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、少なくとも６ヶ月、少なくとも７ヶ月、少なくとも８ヶ月、少なくとも９ヶ月、少なくとも１０ヶ月、少なくとも１１ヶ月、または少なくとも１２ヶ月以上である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約３ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約５ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、少なくとも約６ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約４８ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約３６ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約１ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約２ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約２４ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約１８ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約１２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約６ヶ月～約１２ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約３ヶ月～約９ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約５ヶ月～約７ヶ月である。いくつかの実施形態では、一次投薬レジメンとブースター投薬レジメンとの間の時間の長さは、約６ヶ月である。
いくつかの実施形態では、対象は、ブースター投薬レジメンを投与される。ブースター投薬レジメンは、１つ以上の用量を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、単回用量（ＢＤ１）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量（ＢＤ１）及び第２の用量（ＢＤ２）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、及び第３の用量（ＢＤ３）を含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、第１の用量、第２の用量、第３の用量、及び１つ以上の追加の用量（ＢＤｎ）の本明細書に記載の薬学的組成物のうちのいずれか１つを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約３ｕｇを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～１００ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、１～３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約３ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約１０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約１５ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約２０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約３０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約６０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、約５０ｕｇのＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ１は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ２は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤ３は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、ベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、ならびに関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのスパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードする１つ以上のＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びアルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びベータバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＢＤｎは、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、本明細書に記載される複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、第１及び第２のｍＲＮＡ組成物を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及びＢＤｎは、各々独立して、複数の（例えば、少なくとも２つの）ｍＲＮＡ組成物を含むことができ、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、（例えば、本明細書に記載されるような）ＢＮＴ１６２ｂ２を含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント、例えば、本明細書に開示されるバリアント）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、関連する管轄区域において蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、アルファバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、デルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数のｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも１つは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つの異なるｍＲＮＡ構築物（例えば、異なるタンパク質コード配列を有するｍＲＮＡ構築物）を含むことができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株由来のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、ならびに管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっているバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくはその免疫原性フラグメントをコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、アルファバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、デルタバリアントであり得る。いくつかのかかる実施形態では、バリアントは、オミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、またはＢＱ．１オミクロンバリアント）であり得る。
例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、少なくとも２つのｍＲＮＡを含み、各々が、関連する管轄区域内で蔓延している、及び／または急速に広がっている別個のバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びデルタバリアントからの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、アルファバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、各々独立して、デルタバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡ、及びオミクロンバリアント（例えば、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１オミクロンバリアント）からの１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片をコードするｍＲＮＡを含むことができる。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる複数のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、対象に別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる第１及び第２のｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１とＢＤ２との間の時間の長さ（ＢＩ１）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、少なくとも約３週間、または少なくとも約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ１は、約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ２とＢＤ３との間の時間の長さ（ＢＩ２）は、少なくとも約１週間、少なくとも約２週間、または少なくとも約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩ２は、約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ３とブースター投薬レジメンの一部である後続の用量との間、またはＢＤ３を超える任意の用量については用量の間の時間の長さ（ＢＩｎ）は、各々別個にかつ独立して、約１週間以上、約２週間以上、または約３週間以上から選択される。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間～約１２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間～約１０週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約４週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約６週間～約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３～約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約２週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約３週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約４週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約５週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約６週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約７週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約８週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約９週間である。いくつかの実施形態では、ＢＩｎは、約１０週間である。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ２で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＢＤ３で投与される１つ以上の組成物は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化される。
いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、本明細書に記載の２つ以上のｍＲＮＡ組成物を投与することを含み、ｍＲＮＡ組成物のうちの少なくとも２つは、異なる製剤を有する。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、ＢＤ１及びＢＤ２を含み、ＢＤ１は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＢＤ２は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。いくつかの実施形態では、ブースター投薬レジメンは、ＢＤ１及びＢＤ２を含み、ＢＤ１は、ＰＢＳ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含み、ＢＤ２は、Ｔｒｉｓ緩衝液中に製剤化されたｍＲＮＡを投与することを含む。
いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、別のワクチンと併せて投与され得る。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、ＣＯＶＩＤ－１９ではない疾患のためのものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の有害な影響を増加させるものである。いくつかの実施形態では、疾患は、対象が疾患及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に共感染したときに、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の伝染速度を増加させるものである。いくつかの実施形態では、別のワクチンは、異なる市販のワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ＲＮＡワクチンである。いくつかの実施形態では、異なる市販のワクチンは、ポリペプチドベースのワクチンである。いくつかの実施形態では、（例えば、本明細書に記載されるような）別のワクチン及びＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる１つ以上のｍＲＮＡ組成物は、例えば、いくつかの実施形態では、異なる注射部位で、筋肉内注射を介して、別個に投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＤ１、ＢＤ２、ＢＤ３、及び／またはＢＤｎで与えられる本明細書に記載のインフルエンザワクチン及び１つ以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＲＮＡ組成物は、筋肉内注射を介して対象の異なる腕に別個に投与される。
追加のブースターレジメン
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるワクチン接種の方法は、２つ以上のブースター投薬レジメンを投与することを含む。いくつかの実施形態では、中和抗体応答を増加させるために、２つ以上のブースター投薬レジメンを投与する必要があり得る。いくつかの実施形態では、患者が以前に受けたワクチンによって誘発される免疫応答を回避する可能性が高いことが示されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対抗するために、２つ以上のブースター投薬レジメンが必要とされ得る。いくつかの実施形態では、追加のブースター投薬レジメンは、低濃度の中和抗体を産生することが決定されている患者に投与される。いくつかの実施形態では、追加のブースター投薬レジメンは、以前のワクチン接種にもかかわらず、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症に感受性である可能性が高いと判定された患者（例えば、免疫不全患者、がん患者、及び／または臓器移植患者）に投与される。
第１のブースター投薬レジメンについての上記の説明は、１つ以上の追加のブースター投薬レジメンについても説明する。第１のブースター投薬レジメンと第２のブースター投薬レジメンとの間、またはその後続のブースター投薬レジメンの間の時間間隔は、一次投薬レジメンと第１のブースター投薬レジメンとの間の上記の許容可能な時間間隔のうちのいずれかであり得る。
いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、一次レジメン及びブースターレジメンを含み、一次レジメン及び／またはブースターレジメンにおいて与えられる少なくとも１つの用量は、関連する管轄区域において蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載されるようなオミクロンバリアント）からＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む組成物を含む。例えば、いくつかの実施形態では、一次レジメンは、例えば、少なくとも３週間の間隔を空けて与えられる、少なくとも２つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２（例えば、武漢株をコードする）を含み、ブースターレジメンは、少なくとも１つの用量の、関連する管轄区域内で蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のオミクロンバリアント）からのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを含む組成物を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンのかかる用量は、武漢株からのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを更に含んでもよく、これは、関連する管轄区域内で蔓延しているか、または急速に広がっているバリアント（例えば、本明細書に記載のオミクロンバリアント）からのＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡとともに、単一の混合物として、または２つの別個の組成物として、例えば１：１の重量比で投与することができる。いくつかの実施形態では、ブースターレジメンは、第１のブースター用量または後続のブースター用量として投与され得る、少なくとも１つの用量のＢＮＴ１６２ｂ２も含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、一次レジメン中に与えられる用量（一次用量）及び／または第１のブースターのために与えられる用量（存在する場合）よりも高い用量でブースターとして与えられる。例えば、いくつかの実施形態では、かかる用量は、６０ｕｇであってもよく、またはいくつかの実施形態では、かかる用量は、３０ｕｇより高く、６０ｕｇより低くてもよい（例えば、５５ｕｇ、５０ｕｇ、またはそれ以下）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、最後の用量（例えば、一次レジメンの最後の用量またはブースターレジメンの最初の用量）の少なくとも３～１２ヶ月または４～１２ヶ月、または５～１２ヶ月、または６～１２ヶ月後にブースターとして与えられる。いくつかの実施形態では、一次用量及び／または第１のブースター用量（存在する場合）は、例えば、用量当たり３０ｕｇでＢＮＴ１６２ｂ２を含み得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号４９に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号４９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５１の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５５に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５５に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５６の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５６に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５７の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５７に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５８に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５８に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５９の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号６１に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号６１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６２ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６２ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６３ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６３ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される製剤は、表１９（以下）に記載される投薬レジメンのうちのいずれかを実行するために使用され得る。
Figure 2023081859000160
Figure 2023081859000161
Figure 2023081859000162
上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第２の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第１の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第２の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの少なくとも１つの用量で与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの少なくとも１つの用量（例えば、少なくとも２つの用量を含む）で与えられ、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンにおいて与えられる。上記の表１９に記載されるある特定の例示的な投薬レジメンのいくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、ブースターレジメンの第２の用量で与えられ、ＢＮＴ１６２ｂ２は、一次レジメンにおいて、及びブースターレジメンの第１の用量で与えられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号４９に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号４９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号５０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、配列番号５１の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５５に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５５に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５６の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５６に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５７の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５７に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号５８に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号５８に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号５９の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号５９に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６０の配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６０に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＲＮＡ組成物は、配列番号６１に記載のポリペプチドもしくはその免疫原性断片、またはそのバリアント（例えば、配列番号６１に対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）をコードするＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６２ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６２ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ組成物は、配列番号６３ａの配列またはそのバリアント（例えば、配列番号６３ａに対して少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、またはそれ以上を含む）の同一性を有する）を含むＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のかかるＲＮＡ組成物（例えば、本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む）は、異なる株（例えば、武漢株）のＳタンパク質またはその免疫原性断片をコードするＲＮＡを更に含むことができる。例として、いくつかの実施形態では、上記の表１９に記載のレジメン番号９～１１のブースターレジメンの第２の用量は、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡを含む、例えば、一実施形態では、この実施例に記載のＲＮＡ）及びＢＮＴ１６２ｂ２構築物を、例えば、１：１の重量比で含むことができる。
上記の表１９に記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表１９に記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表１９に記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、ＢＮＴ１６２ｂ２構築物を含み、ブースターレジメンの第１の用量及び第２の用量は、各々、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。いくつかのかかる実施形態では、ブースターレジメンの第２の用量は、必要でない場合がある。
上記の表１９に記載されるようなレジメン番号６のいくつかの実施形態では、一次レジメンの第１の用量及び第２の用量、ならびにブースターレジメンの第１の用量は、各々、ＢＮＴ１６２ｂ２構築物を含み、ブースターレジメンの第２の用量は、本明細書に記載のＲＮＡ組成物（例えば、オミクロンなどの本明細書に記載のバリアントをコードするＲＮＡ、例えば、一実施形態では、この実施例に記載されるようなＲＮＡを含む）を含む。
実施例７：オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、交差バリアント中和及びメモリーＢ細胞形成を駆動する
本実施例は、ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、オミクロンＢＡ．１バリアントに対する中和抗体及びＢ細胞応答の産生を含む、交差バリアント中和及びメモリーＢ細胞形成を駆動することを示す。本実施例を読む当業者であれば、かかる所見が、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異（例えば、本明細書に記載されるようなもの）を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むｍＲＮＡワクチンを、２つまたは３つの用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチン（例えば、いくつかの実施形態では、武漢－Ｈｕ－１株からのＳタンパク質に基づいて開発された）を以前に投与された対象に投与することに拡張することができることを理解するであろう。
オミクロンは、現在までに最も進化的に異なる、懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）である。オミクロンブレークスルー感染が、ワクチン接種された個体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２認識をどのように再形成する可能性があるかに対処するために、ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体における血清中和及びＢＭＥＭ細胞抗原認識に対するオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染の効果を調査した。オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１を含むＶＯＣの広範囲の中和を誘導し、オミクロンＢＡ．１未感染の２回及び３回ワクチン接種者と比較して、実質的により強力な中和を伴った。ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体からのＢＭＥＭ細胞によるＶＯＣの広範囲な認識は、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染によってブーストされ、主にオミクロンＢＡ．１特異的エピトープではなく、バリアント間で広範囲に共有される保存されたエピトープに対する認識であった。本明細書に提示されるデータは、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、複数のバリアントに対する中和抗体及び／またはＢ細胞応答を効率的に拡大し、オミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質に適応したワクチンが、免疫レパートリーを再形成することができる可能性があることを実証する。
導入
現在のＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの抑制には、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の流行しているバリアント及び将来のバリアントに対する保護を提供する、耐久性のある十分に広範な免疫の生成が必要である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する中和抗体の力価、及びスパイク（Ｓ）糖タンパク質及びその受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）への抗体の結合は、感染に対する保護の相関とみなされる（Ｄ．Ｓ．Ｋｈｏｕｒｙ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｌｅｖｅｌｓ ａｒｅ ｈｉｇｈｌｙ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，“Ｎａｔｕｒｅ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２７，１２０５－１２１１（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９１－０２１－０１３７７－８、及びＰ．Ｂ．Ｇｉｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｍＲＮＡ－１２７３ ＣＯＶＩＤ－１９ ｖａｃｃｉｎｅ ｅｆｆｉｃａｃｙ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ，“Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）．３７５，４３－５０（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｍ３４２５）。現在入手可能なワクチンは、祖先の武漢－Ｈｕ－１株に基づき、武漢株、または懸念されるバリアント（ＶＯＣ）による感染によって誘発される幅を超える中和能を有する抗体を誘導する（Ｋ．Ｒｏｌｔｇｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｍｍｕｎｅ ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ，ｂｒｅａｄｔｈ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ，ａｎｄ ｇｅｒｍｉｎａｌ ｃｅｎｔｅｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ，“Ｃｅｌｌ（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２２．０１．０１８）。しかしながら、保護力価は、経時的に減少し（Ｊ．Ｐ．Ｅｖａｎｓ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｗａｎｅ ｏｖｅｒ ｔｉｍｅ ａｎｄ ａｒｅ ｂｏｏｓｔｅｄ ｂｙ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，“Ｓｃｉｅｎｃｅ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｅａｂｎ８０５７（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｔｒａｎｓｌｍｅｄ．ａｂｎ８０５７、Ｓ．Ｙａｍａｙｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｉｔｅｒｓ ａｇａｉｎｓｔ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｄｅｃｌｉｎｅ，ｂｕｔ ｄｏ ｎｏｔ ｄｉｓａｐｐｅａｒ ｆｏｒ ｓｅｖｅｒａｌ ｍｏｎｔｈｓ，“Ｅｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，３２，１００７３４（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｅｃｌｉｎｍ．２０２１．１００７３４、Ｗ．Ｎ．Ｃｈｉａ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｓｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ａｎｄ ｄｕｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｉｔｙ，“Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，２，ｅ２４０－ｅ２４９（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ２６６６－５２４７（２１）０００２５－２、Ｙ．Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，“Ｗａｎｉｎｇ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ａｆｔｅｒ ｔｈｅ ＢＮＴ１６２ｂ２ Ｖａｃｃｉｎｅ ｉｎ Ｉｓｒａｅｌ，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．３８５，ｅ８５（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１１４２２８）、リコール免疫を誘発し、新たなＶＯＣに対する有効性を維持するために、ルーチンブースターワクチン接種が必要であると思われる（Ａ．Ｒ．Ｆａｌｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，“ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＢＮＴ１６２ｂ２ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｏｓｅ ３，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．３８５，１６２７－１６２９（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｃ２１１３４６８、Ａ．Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｏｏｓｔｅｒｓ ｉｎ ｈｅａｌｔｈｙ ａｄｕｌｔｓ，“Ｎａｔｕｒｅ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２７，２０２５－２０３１（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９１－０２１－０１５２７－ｙ、及びＮ．Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，“Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ＣＯＶＩＤ－１９ ｂｏｏｓｔｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｖｉｄ－１９ ｒｅｌａｔｅｄ ｓｙｍｐｔｏｍｓ，ｈｏｓｐｉｔａｌｉｓａｔｉｏｎ ａｎｄ ｄｅａｔｈ ｉｎ Ｅｎｇｌａｎｄ，“Ｎａｔｕｒｅ ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９１－０２２－０１６９９－１）。
長寿命メモリーＢ（ＢＭＥＭ）細胞は、感染またはブースターワクチン接種のいずれかによる抗原再遭遇時のリコール応答の基礎である。胚中心反応中の低親和性選択機序及びＢＭＥＭ細胞の継続的な超変異は、経時的にウイルスバリアント認識の幅を拡大するため、バリアントに対する抗ウイルス抗体応答の維持及び進化において重要な役割を果たす（Ｗ．Ｅ．Ｐｕｒｔｈａ，ｅｔ ａｌ．，“Ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌｓ，ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｏｎｇ－ｌｉｖｅｄ ｐｌａｓｍａ ｃｅｌｌｓ，ｐｏｓｓｅｓｓ ａｎｔｉｇｅｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｉｅｓ ｆｏｒ ｖｉｒａｌ ｅｓｃａｐｅ ｍｕｔａｎｔｓ，“Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２０８，２５９９－２６０６（２０１１）ｄｏｉ：１０．１０８４／ｊｅｍ．２０１１０７４０、及びＹ．Ａｄａｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｇｅｒｍｉｎａｌ ｃｅｎｔｅｒ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｔ ｌｏｃａｌ ｓｉｔｅｓ ｓｈａｐｅｓ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｖｉｒａｌ ｅｓｃａｐｅ，“Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２１２，１７０９－１７２３（２０１５），ｄｏｉ：１０．１０８４／ｊｅｍ．２０１４２２８４）。
ワクチン媒介性保護免疫がどのように経時的に進化し、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンへの曝露の繰り返し及びますます分岐するウイルスバリアントを伴う感染によって修飾されるかは、抗原的に異なるＶＯＣの出現と特に関連がある。オミクロンは、ＲＢＤの少なくとも１５のアミノ酸変化及びＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）の広範な変化を含む、Ｓ糖タンパク質にこれまでにない数のアミノ酸改変を有する、最も進化的に遠い報告されたＶＯＣである。これらの改変は、ほとんどの中和抗体エピトープに影響を及ぼすと予測される。加えて、オミクロンは、高度に伝染性であり、その亜系統ＢＡ．１及びＢＡ．２は地球全体に急速に広がり、数週間以内にデルタに競合して優勢な流行しているＶＯＣとなった（Ｗ．Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ ｅｔ ａｌ．，“ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ－Ｂ．１．１．５２９ ｌｅａｄｓ ｔｏ ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｅｓｃａｐｅ ｆｒｏｍ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ，“Ｃｅｌｌ．１８５，４６７－４８４．ｅ１５（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．１２．０４６、及びＭ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ，“Ｃｅｌｌ．１８５，４４７－４５６．ｅ１１（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．１２．０３２）。
これまでに、世界中で１０億人以上の人々が、ｍＲＮＡベースのＣＯＶＩＤ－１９ワクチンＢＮＴ１６２ｂ２をワクチン接種され、１次２用量シリーズまたは更なるブースターを受けている。このワクチンは、更なる免疫編集及び現在広がっているバリアントの効果が構築される多くの領域における集団免疫のパターンに実質的に寄与している。
血清中和活性及びＢＭＥＭ細胞の大きさ及び幅に対するオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染の効果を特徴付けるために、ＢＮＴ１６２ｂ２で２回または３回ワクチン接種された個体からの血液試料を研究した。
抗原特異的Ｂ細胞メモリープールの理解は、新たに出現するバリアントに応答する個体の能力の重要な決定因子であるため、このデータは、ワクチン開発を導くのに役立ち得る。
結果及び考察
コホート及び試料採取
血液試料は、ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン治験の生体試料収集、及び後続のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を有するワクチン接種された個体から先を見越して収集された試料のバイオバンクから供給されている。試料を選択して、４つの独立した群、すなわち、試料収集時に以前の感染またはブレークスルー感染を伴わないＢＮＴ１６２ｂ２で（ｉ）２回または（ｉｉ）３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２、ＢＮＴ１６２ｂ２３）、及びＢＮＴ１６２ｂ２で（ｉｉｉ）２回または（ｉｖ）３回ワクチン接種され、それぞれおよそ５ヶ月または４週間の中央値後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１バリアントでブレークスルー感染を経験した個体（ＢＮＴ１６２ｂ２２＋Ｏｍｉ、ＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉ）（以下の材料及び方法を参照されたい）のバイオマーカーを調査した。免疫血清を使用して、血清中和活性の大きさ及び幅に対するオミクロンＢＡ．１感染関連変化を特徴付けた。ＰＢＭＣを使用して、それぞれの完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはそのＲＢＤを認識する末梢ＢＭＥＭ細胞のＶＯＣ特異性を特徴付けた（図１５）。
ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体のオミクロンブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び他のＶＯＣの広範な中和を誘導する。
免疫血清の中和活性を評価するために、２つの直交試験系を使用した：増殖不全設定におけるウイルス侵入の阻害の幅を調査するための十分に特徴付けられた疑似ウイルス中和試験（ｐＶＮＴ）、ならびに試験期間全体を通して維持された抗体を用いた真正ウイルスの多サイクル複製中の中和を評価するために設計された生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和試験（ＶＮＴ）。前者については、オミクロン亜系統ＢＡ．１またはＢＡ．２、他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ（武漢、アルファ、ベータ、デルタ）の特徴である変異を含むＳタンパク質を保有する疑似ウイルスを使用して幅を評価し、一方でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＳタンパク質を保有する疑似ウイルス（Ｔ．Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｕｐｅｒｔｒｅｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｄｅｔａｉｌｅｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，“Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ｒｅｐｏｒｔｓ，１０，２２３６６（２０２０），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５９８－０２０－７９４８４－８）を使用して、潜在的な汎サルベコウイルス中和活性を検出した（Ｃ．－Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，３８５，１４０１－１４０６（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１０８４５３）。
以前に報告されたように（Ａ．Ｒ．Ｆａｌｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，“ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＢＮＴ１６２ｂ２ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｏｓｅ ３，”Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，３８５，１６２７－１６２９（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｃ２１１３４６８、及びＣ．－Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．３８５，１４０１－１４０６（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１０８４５３）、オミクロン未感染の２回ワクチン接種された個体において、ベータ及びデルタＶＯＣの５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）が低減され、両方のオミクロン亜系統の中和が、事実上検出不可能であった。オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体において、全ての試験したＶＯＣに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、アルファ、ベータ、及びデルタバリアントの堅牢な中和により実質的に高かった。オミクロンＢＡ．１に対するＧＭＴは、武漢と比較して著しく低かったが（ＧＭＴ １６０対３９８）、オミクロンＢＡ．２に対する力価もまた、２１１でかなり低減した。したがって、３回ワクチン接種は、２つのオミクロン亜系統に対する同様のレベルの中和を誘導した（図１６、Ａ）（Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ，“Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），３７５，６７８－６８０（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｎ７５９１、Ｃ．－Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，３８５，１４０１－１４０６（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１０８４５３、Ｊ．Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，“ＢＮＴ１６２ｂ２－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ．１．６１７ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ，“Ｎａｔｕｒｅ，５９６，２７３－２７５（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２１－０３６９３－ｙ、Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ，“Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．），３７１，１１５２－１１５３（２０２１），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｇ６１０５、及びＹ．Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｅｌｉｃｉｔｅｄ Ｓｅｒｕｍ，“Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，３８４，１４６６－１４６８（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｃ２１０２０１７）。
オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、２回及び３回ワクチン接種された個体の両方の中和抗体応答の大きさ及び幅に顕著な影響を有し、３回ワクチン接種された個体においてわずかに高いｐＶＮ５０ ＧＭＴが観察された（図１６、Ａ）。オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２に対するブレークスルー感染を有する２回ワクチン接種された個体のｐＶＮ５０ ＧＭＴは、オミクロンＢＡ．１未感染の２回ワクチン接種された個体のＧＭＴの１００倍超及び３５倍超であった。ブレークスルー感染を有する２回ワクチン接種された個体からの免疫血清は、広範な中和活性を有し、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体で観察されたよりも、ベータ及びデルタに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴが高い（ＧＭＴ ７４０対２２２及び５７１対３７０）。
オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染がオミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２疑似ウイルスの中和に及ぼす影響は、３回ワクチン接種された個体を見た場合、あまり顕著ではなかった（オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体と比較して、およそ７倍及び４倍の中和増加）。オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びデルタに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体における１６０、２１１、及び３７０と比較して、３回ワクチン接種されたオミクロンブレークスルー感染した個体において、１０２９、８３６、及び１１０３であった。ベータ及びオミクロンを含む全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対するＧＭＴは、武漢基準に対する力価に近いが、３回ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体では顕著に低減した。
同様に、ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体からの血清は、系統発生学的により遠いＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対して検出可能なｐＶＮ５０力価を有していないか、または不良なｐＶＮ５０力価を有するに過ぎなかったが、２回及び更により顕著には３回ワクチン接種された個体オミクロン感染個体の回復期血清、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスを堅牢に中和した（図１６、Ａ及びＢ）。１８人のブレークスルー感染した個体のうちの９人（４人が２回ワクチン接種され、５人が３回ワクチン接種された）が、オミクロン未感染の２回ワクチン接種された個体における武漢基準に対するものと同等以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ｐＶＮ５０ ＧＭＴを有していた（ＧＭＴ≧１２０）。
武漢、ベータ、デルタ、及びオミクロンＢＡ．１疑似ウイルスを用いて実施した本格的な生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和アッセイもまた、同様の所見を示した（図１６、Ｂ）。ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体において、オミクロンＢＡ．１感染は、武漢株と同じ範囲の５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴを有するオミクロンＢＡ．１に対する強力な中和活性の増加と関連していた（図１６、Ｂ；ＧＭＴ ４９３対３８１、及びＧＭＴ ５３８対６１３）。同様に、オミクロンＢＡ．１回復期の２回及び３回ワクチン接種された個体は、他のバリアントに対しても同等レベルの中和を示し（例えば、ベータに対してＧＭＴ ４９３及び７２９）、広範囲の中和活性を示した。
総合すると、これらのデータは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、ワクチン経験のある個体において深い幅の中和活性を誘導することを実証し、この所見は、武漢株及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対するＶＮ５０ ＧＭＴの算出された比率によって更に支持される（図１６、Ｃ）。２回及びより低い程度で、また３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種されたオミクロン未感染の個体は、ＶＯＣに対して中和能に顕著な差を示したが、オミクロンＢＡ．１回復期の対象の中和活性は、試験した全てのバリアント株に対してほぼ同じ範囲の高性能と同等であった。
同様に、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、他の承認されたＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたは異種レジメンにおいてワクチン接種された個体において同様に広範な中和増強効果を有した（図１９、表２０）。
Figure 2023081859000163
ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体のＢＭＥＭ細胞は、ＶＯＣを広く認識し、オミクロンブレークスルー感染によって更にブーストされる。
次に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質特異的Ｂ細胞の表現型及び量を調査した。フローサイトメトリーベースのＢ細胞表現型アッセイを、バルクＰＢＭＣにおけるバリアント特異的Ｓタンパク質結合Ｂ細胞の差異検出に使用した。末梢血中の全てのＳタンパク質特異的Ｂ細胞及びＲＢＤ特異的Ｂ細胞は、抗原特異的形質細胞またはナイーブＢ細胞が検出されなかったため、ＢＭＥＭ表現型（ＢＭＥＭ、ＣＤ２０高ＣＤ３８ｉｎｔ／ｎｅｇ）であることが見出された（データ図示せず）。したがって、アッセイは、アミノ酸改変のホットスポットである完全なＳタンパク質またはそのＲＢＤを認識するＢＭＥＭ細胞と、バリアント特異的抗原エピトープとの間のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの各々についての差異を可能にした（図１７、Ａ）。
抗原特異的ＢＭＥＭ細胞の全体的な頻度は、異なる群にわたって変化した。オミクロン未感染の２回ワクチン接種された個体におけるＢＭＥＭ細胞の頻度は、ワクチン接種後の早い時点では低く、経時的に増加した：第２のＢＮＴ１６２ｂ２用量の３週間後と比較して、５ヶ月時点で、Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞はほぼ４倍になり、ＲＢＤ特異的なものは全てのＶＯＣにわたって３倍になり、それにより、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体において観察された量と同様の量に達した（図１７、Ｂ及びＣ）。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を有する２回または３回ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された個体は、強く増加したＢＭＥＭ細胞の頻度を示し、これは、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体よりも高かった（図１７、Ｂ及びＤ）。
オミクロン未感染及びオミクロン感染個体を含む全ての群において、オミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質に対するＢＭＥＭ細胞は、武漢及び他の試験したＶＯＣに対するものと同等の頻度で検出可能であったが（図１７、Ｂ及びＤ）、オミクロンＢＡ．１ ＲＢＤに対するＢＭＥＭ細胞の頻度は、他のバリアントと比較してわずかに低かった（図１７、Ｃ及びＥ）。
次いで、異なる群内のＲＢＤタンパク質対Ｓタンパク質結合の比を比較し、特にオミクロン未感染群において、オミクロンＢＡ．１ ＶＯＣについてのＳタンパク質認識に偏っていることが見出された（図１７、Ｆ）。オミクロンＢＡ．１経験群では、この比はより高く、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染がオミクロンＢＡ．１ ＲＢＤ認識を改善したことを示している。
ＢＮＴ１６２ｂ２で２回及び３回ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、主に、厳密にはオミクロンＳ特異的エピトープではなく、武漢のＳタンパク質と他のＶＯＣのＳタンパク質の間で広範囲に共有される保存されたエピトープに対してＢＭＥＭをブーストする。
これらの所見は、ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１感染が、オミクロンＢＡ．１に対する中和活性及びＢＭＥＭ細胞をブーストするだけでなく、様々なＶＯＣに対する免疫を広く増強することを示す。細胞レベルでの抗体応答の特異性を調査するために、蛍光標識されたバリアント特異的ＳまたはＲＢＤタンパク質で染色されたＢＭＥＭ細胞のマルチパラメータ分析を実施した。
コンビナトリアルゲーティング戦略を適用して、武漢、アルファ、デルタ、またはオミクロンＢＡ．１の単一のバリアント特異的エピトープのみを同定することができるＢＭＥＭ細胞サブセットと、それらの任意の所与の組み合わせを特定することができるものとを区別した（図１８、Ａ）。
第１の分析では、武漢及びオミクロンＢＡ．１ Ｓ及びＲＢＤタンパク質のＢＭＥＭ細胞認識を評価した（図１８、Ｂ、Ｃ、及びＤ）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１バリアントは、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染によって誘導される中和抗体の免疫優性標的であるＳタンパク質において、武漢親株と比較して、３７個のアミノ酸改変が有り、その内、１５個の改変がＲＢＤにある。
完全長Ｓタンパク質での染色は、オミクロン未感染の２回ワクチン接種された個体から、及び更により優性には３回ワクチン接種された個体からのＢＭＥＭ細胞の最大の割合が、武漢及びオミクロンＢＡ．１ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの両方によって共有されるエピトープに向けられていることを示した。ＢＮＴ１６２ｂ２によるワクチン接種は、オミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質内の対応する改変したエピトープを認識しない、野生型エピトープに対する免疫応答を誘発することができるという観察と一致し（図１８、Ｂ及びＣ）、ほとんどの個体において、武漢Ｓタンパク質またはＲＢＤのみを認識した、より小さいが明らかに検出可能な割合のＢＭＥＭ細胞が見出された。曝露の欠如と一致して、これらのオミクロン未感染個体において、オミクロンＢＡ．１ ＳまたはＲＢＤタンパク質にのみ結合するＢＭＥＭ細胞は検出されなかった。
オミクロンＢＡ．１回復期の個体において、武漢とオミクロンＢＡ．１との間で共有されるＳタンパク質エピトープを認識するＢＭＥＭ細胞の頻度は、オミクロン未感染のものよりも著しく高かった（図１８、Ｂ及びＣ）。これらの対象のほとんどにおいて、わずかな割合の武漢Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞のみ、ならびにわずかに低い頻度のオミクロンＢＡ．１バリアントＳタンパク質特異的細胞のみが見出された。
類似しているがわずかに異なるパターンを、標識されたＲＢＤタンパク質を用いたＢ細胞染色によって観察した（図１８、Ｂ及びＤ）。ここでも、２回／３回ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、保存されたエピトープと反応性のＢＭＥＭ細胞を主にブーストすることが見出された。武漢特異的反応性の適度なブーストが観察されたが、試験された個体において検出されたオミクロン－ＲＢＤ特異的ＢＭＥＭ細胞の集団はわずかであった（図１８、Ｄ）。
次に、コンビナトリアルゲーティングアプローチを使用して、武漢またはオミクロンＢＡ．１に排他的に結合するか、または武漢、アルファ、デルタ、及びオミクロンＢＡ．１の４つのバリアント全てにわたって広範囲に保存された共通のエピトープに結合するＳタンパク質またはＲＢＤ結合ＢＭＥＭ細胞のサブセットを特定した（図１８、Ｅ）。４つの研究群全てにわたって、Ｓタンパク質エピトープを認識するＢＭＥＭ細胞の頻度は、全ての試験したバリアントにわたって保存され、Ｓタンパク質結合ＢＭＥＭ細胞のプールの最大部分を占めることが見出された（図１８、Ｆ、全ての４＋ｖｅ）。武漢株のＳタンパク質は、アルファ、デルタ、またはオミクロンＢＡ．１ ＶＯＣのスパイクタンパク質と区別する排他的アミノ酸変化を有しない。したがって、武漢Ｓタンパク質を排他的に認識するＢＭＥＭ細胞は、どの個体においてもほとんど検出されなかった（図１８、Ｆ）。オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を有するいくつかの個体では、オミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質に排他的に結合したＢＭＥＭ細胞のわずかな割合が検出されたが（図１８、Ｆ）、厳密にオミクロンＢＡ．１ ＲＢＤ特異的応答を示す個体はほとんどいなかった（図１８、Ｇ）。
これらの所見は、ワクチン接種された個体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、多数のオミクロン特異的ＢＭＥＭ細胞を誘導するのではなく、保存されたＳタンパク質及びＲＢＤエピトープに対する広範なＢＭＥＭ細胞レパートリーを主に拡張することを示す。
この応答を更に解析するために、ＲＢＤに対して指向されたＢＭＥＭサブセットを特徴付けた。コンビナトリアルブーリアンゲーティングアプローチを使用して、厳密にバリアント特異的なエピトープ及びいくつかのバリアントによって共有される共通のエピトープのスペクトラムにおける明確な結合パターンを有するＢＭＥＭ細胞を識別した。複数の配列アラインメントは、オミクロンＢＡ．１ ＲＢＤが、１３個の単一アミノ酸改変によって、武漢、アルファ、及びデルタにおいて保存されたＲＢＤ配列領域から乖離することを明らかにした。全てのオミクロンＢＡ．１回復期の個体は、武漢、アルファ、及びデルタＶＯＣ ＲＢＤを認識するが、オミクロンＢＡ．１ ＲＢＤを認識しないＢＭＥＭ細胞の堅牢な頻度を有することが見出されたが、一方で、オミクロンＢＡ．１ ＲＢＤと排他的に反応するＢＭＥＭ細胞は、それらの個体の大部分ではほとんど存在しなかった（図１８、Ｈ）。オミクロンＢＡ．１及びアルファＲＢＤ、またはオミクロンＢＡ．１及びデルタＲＢＤを排他的に認識したＢＭＥＭ細胞も検出されなかった。
更に、全ての個体において、ＲＢＤ特異的ＢＭＥＭ細胞の２つの追加のサブセットを特定した。１つのサブセットは、武漢、アルファ、及びオミクロンＢＡ．１に結合するが、デルタ、ＲＢＤには結合しないことを特徴とした。他の集団は、武漢及びアルファへの結合を示したが、オミクロンＢＡ．１またはデルタＲＢＤへの結合は示さなかった（図１８、Ｈ）。配列アラインメントは、他の３つのバリアントＲＢＤによって共有されない、デルタに特有の唯一のＲＢＤ変異として、Ｌ４５２Ｒを同定した（図１８、Ｉ上）。同様に、武漢及びアルファにおいて保存されたが、デルタ及びオミクロンＢＡ．１において改変された唯一のＲＢＤ部位は、Ｔ４７８Ｋであることを見出した（図１８、Ｉ下）。Ｌ４５２Ｒ及びＴ４７８Ｋの改変はいずれも、ワクチン誘導性中和抗体応答の回避に関連することが知られている。注目すべきことに、複数の配列アラインメントがブーリアン選択基準を満たすＲＢＤ配列における固有のエピトープを同定することに失敗した全てのコンビナトリアル下位群において、ＢＭＥＭ細胞は検出されなかった（例えば、武漢のみ、または武漢及びオミクロンＢＡ．１であるが、アルファ、デルタではない）。これらの所見は、ＲＢＤに対するＢＭＥＭ細胞応答が、ＢＮＴ１６２ｂ２での以前のワクチン接種を通じて誘導される特異性によって駆動され、感染後のオミクロンバリアントにおいて変異した新しいＲＢＤエピトープに対して実質的に再指向されないことを示す。
要約
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンは、中和抗体結合の部位でのＳタンパク質に前例のない数のアミノ酸改変を有する部分免疫逃避バリアントであり、それを以前に報告されたバリアントと区別する。最近の中和抗体マッピング及び分子モデリング研究は、これらの改変の機能的関連性を強く支持し、２回ワクチン接種された個体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンに対して検出可能な中和活性を有しないという観察によって、それらの重要性が確認される。
本明細書に提示される所見は、ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、オミクロンＢＡ．１に対する中和活性及びＢＭＥＭ細胞をブーストするだけでなく、様々なＶＯＣに対する免疫を広範囲に増強し、また、広範囲の免疫がどのように達成されるかについての洞察を提供することを示す。
本明細書で提示されるデータは、武漢株Ｓタンパク質への初期曝露が、ＢＭＥＭ細胞の形成を形作り、オミクロンＢＡ．１バリアントのより特徴的なエピトープに対する新規のＢＭＥＭ細胞応答の形成に対して刷り込まれた可能性があることを示す。同様の観察は、デルタバリアントによるブレークスルー感染を経験したワクチン接種された個体からも報告されている（Ｋ．Ｒｏｌｔｇｅｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｍｍｕｎｅ ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ，ｂｒｅａｄｔｈ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ，ａｎｄ ｇｅｒｍｉｎａｌ ｃｅｎｔｅｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ，“Ｃｅｌｌ（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２２．０１．０１８．）。本実施例において実証されるように、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、多数の厳密にオミクロン特異的なＢＭＥＭ細胞を誘導するのではなく、保存されたＳタンパク質及びＲＢＤエピトープに対する広範なＢＭＥＭ細胞レパートリーを主に拡張する。
したがって、２回ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１のブレークスルー感染は、第３の用量のブースターワクチン接種と同様に、既存のＢＭＥＭ細胞プールの拡張をもたらす。しかしながら、相同ワクチンブースターによって誘導される免疫応答パターンには、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して明らかな違いがある。Ｂ細胞メモリー応答の焦点が保存されたエピトープに当てられているにもかかわらず、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１に対する抗体中和力価のより実質的な増加、ならびに祖先及び新規のＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントの両方の顕著な交差中和をもたらす。これらの効果は、２回ワクチン接種された個体では特に顕著である。
理論に拘束されることを望むものではないが、３つの所見は、これらの結果に関与する潜在的に相補的かつ相乗的な機序を指し示し得る：
第一に、Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞の全体的な増加。オミクロンＢＡ．１回復期の２回ワクチン接種された個体は、３回ワクチン接種された個体と比較して、全てのＶＯＣに対するＢＭＥＭ細胞の頻度が高く、中和抗体力価が高い。ブレークスルー感染が、２回ワクチン接種された個体における第３のワクチン用量よりも強力な中和抗体応答を引き起こすことは、他のバリアントによるブレークスルー感染を説明する以前の研究からは明らかではなく（Ｅｖａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２０２２）１４，ｅａｂｎ８０５７）、感染の初期段階におけるオミクロンＢＡ．１バリアントの不良な中和により説明され得、改変されたＳタンパク質に対する免疫系の抗原曝露の増加または延長を引き起こす可能性がある。
第二に、ＲＢＤ特異的ＢＭＥＭ細胞応答に対するより強い偏向。オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、ＲＢＤ外のＳタンパク質特異的エピトープを認識するＢＭＥＭ細胞よりも、ＲＢＤ特異的ＢＭＥＭ細胞のブーストを比例的により顕著に促進する。したがって、オミクロンＢＡ．１感染個体は、ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体と比較して、著しく高いＲＢＤ／Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞の比を有する。ＲＢＤは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体ＡＣＥ２に結合するＳタンパク質の主要ドメインであり、オミクロンＢＡ．１改変、例えば、Ｌ４５２位によって影響を受けない領域内に複数の中和抗体結合部位を有する。このドメインに対する免疫応答の焦点の増加は、オミクロンＢＡ．１において改変されないＲＢＤエピトープに対する中和抗体を産生するＢＭＥＭ細胞を促進し得る。
第三に、広範な中和抗体の誘導。オミクロンＢＡ．１回復期の個体に由来するが、オミクロン未感染のワクチン接種された個体に由来しない血清の大部分が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１を強固に中和することが見出された。これは、ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１感染が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ファミリーにおいて保存されたスパイクタンパク質エピトープに対する中和抗体を形成するＢＭＥＭ細胞を刺激することを示し得る。ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１感染個体には、広範な中和抗体が存在することが報告された。かかる汎セルベコウイルス免疫応答は、高度に保存されたＳタンパク質ドメインに対する中和抗体によって引き起こされると考えられる。他のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２株からのオミクロンＢＡ．１スパイクタンパク質のより大きな抗原距離は、スパイクタンパク質のＣ末端部分に位置することが最近記載されているような、保存された準優勢中和エピトープの標的化を促進し得る。
総合すると、これらの結果は、以前のワクチン接種による免疫応答の可能性のある刷り込みにもかかわらず、予め形成されたＢ細胞メモリープールを、異種Ｓタンパク質への曝露によってリフォーカスし、定量的にリモデリングして、以前に確立された中和抗体応答を回避するバリアントの中和を可能にすることができることを示す。
結論として、データは、感染症の結果としてオミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質に曝露された個体からの試料に基づいているが、本明細書に提示される所見は、オミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質に適応したワクチンが、同様にＢ細胞メモリーレパートリーを再形成することができ、したがって、既存の武漢－Ｈｕ－１スパイクベースのワクチンを用いた一連の拡張ブースターよりも有益であり得ることを支持する。
材料及び方法
参加者の募集及び試料収集
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で２回ワクチン接種された（ＢＮＴ１６２ｂ２２）コホート及び３回ワクチン接種された（ＢＮＴ１６２ｂ２３）コホートからの個体は、臨床治験における参加の一部として（第１／２相治験ＢＮＴ１６２－０１［ＮＣＴ０４３８０７０１］、第２相ロールオーバー治験ＢＮＴ１６２－１４［ＮＣＴ０４９４９４９０］、またはＢＮＴ１６２－１７［ＮＣＴ０５００４１８１］治験の一部として）インフォームドコンセントを提供した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１回復期の２回及び３回ワクチン接種されたコホート（それぞれ、ＢＮＴ１６２ｂ２２＋Ｏｍｉコホート及びＢＮＴ１６２ｂ２３＋Ｏｍｉコホート）からの参加者及び他の承認されたＣＯＶＩＤ－１９ワクチンまたは混合レジメンにおいてワクチン接種され、その後のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を伴う個体は、ＣＯＶＩＤ－１９に対するワクチン接種後にオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を経験した患者を採用した研究プログラムの一環として、研究のための血液試料及び臨床データを提供するために、ゲーテ大学フランクフルト校の大学病院から採用された。オミクロンＢＡ．１株の感染は、バリアント特異的ＰＣＲまたは配列決定により確認され、参加者は、採血時に無症状であった。
試料採取時点を図１５に示す。
血清を、遠心分離２０００×ｇによって１０分間単離し、使用まで凍結保存した。Ｌｉ－ヘパリン血液試料を、Ｆｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ ＰＬＵＳ（Ｃｙｔｉｖａ）を使用して密度勾配遠心分離によって単離し、その後使用まで凍結保存した。
ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓバリアント疑似ウイルス生成
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードする組換え複製不全小胞性口腔炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイク（Ｓ）（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｒｅｆ：Ｐ５９５９４）及び武漢基準株（ＮＣＢＩ Ｒｅｆ：４３７４０５６８）、アルファバリアント（変異：Δ６９／７０、Δ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ）、ベータバリアント（変異：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Δ２４２－２４４、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、デルタバリアント（変異：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｄ９５０Ｎ）オミクロンＢＡ．１バリアント（変異：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、またはオミクロンＢＡ．２バリアント（変異：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）のいずれかに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓを用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って疑似タイプ化した（Ｍ．Ｂｅｒｇｅｒ Ｒｅｎｔｓｃｈ，Ｇ．Ｚｉｍｍｅｒ，Ａ ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｓｔｏｍａｔｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ ｒｅｐｌｉｃｏｎ－ｂａｓｅｄ ｂｉｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉ－ｓｐｅｃｉｅｓ ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ．ＰｌｏＳ ｏｎｅ．６，ｅ２５８５８（２０１１），ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００２５８５８）。
簡潔に述べると、１０％熱不活化ウシ血清（ＦＢＳ［Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ］）（培地と称される）を補充したＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）（Ｇｉｂｃｏ）を有するダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養したＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１１２６８（商標））を、製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、Ｓａｎｇｅｒ配列決定検証ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはバリアント特異的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ発現プラスミドでトランスフェクトした。２４時間で、ＶＳＶ－Ｇは、ＶＳＶΔＧベクターを補完した。３７℃で２時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ Ｉｎｃ．）を補充した培地を添加して、残存ＶＳＶ－Ｇ補完入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似タイプ含有培地を、播種の２０時間後に採取し、０．２μｍフィルター（Ｎａｌｇｅｎｅ）に通し、－８０℃で保管した。疑似ウイルスバッチを、培地中で培養したＶｅｒｏ ７６細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８７（商標））で滴定した。１ｍＬ当たり２００形質導入単位（ＴＵ）の感染力価に対応するＭｕｉｋら（Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）．３７１，１１５２－１１５３（２０２１），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｇ６１０５“）において以前に記載されている定義された量の武漢スパイク疑似ウイルス基準バッチによって誘導された相対ルシフェラーゼ単位を、比較として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスバッチの入力体積を算出して、参照に対する相対ルシフェラーゼ単位に基づいて感染力価を正規化した。
疑似ウイルス中和アッセイ
Ｖｅｒｏ ７６細胞を、アッセイの４時間前に培地中で４０，０００細胞／ウェルで９６ウェル白色平底プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に播種し、７．５％ ＣＯ２で３７℃で培養した。各血清を培地中で２倍段階希釈し、第１の希釈は、１：５（オミクロン未感染の２回及び３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された、希釈範囲は１：５～１：５，１２０）または１：３０（後のオミクロンブレークスルー感染後に２回及び３回ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された、希釈範囲は１：３０～１：３０，７２０）であった。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ／ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－Ｓ粒子を培地中に希釈して、アッセイにおいて２００ＴＵを得た。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルス（疑似ウイルス当たり血清当たりｎ＝２の技術的複製）と１：１で混合した後、Ｖｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で２４時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光は、ＣＬＡＲＩＯｓｔａｒ（登録商標）Ｐｌｕｓマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）に記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。結果を、重複物の幾何平均力価（ＧＭＴ）として表した。中和が観察されなかった場合、検出限界［ＬＯＤ］の半分の任意の力価値が報告された。
生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和力価を、ＶｉｓＭｅｄｅｒｉ Ｓ．ｒ．ｌ．（Ｓｉｅｎａ，Ｉｔａｌｙ）での細胞障害性効果（ＣＰＥ）に基づく微小中和アッセイによって決定した。簡潔に述べると、参加者からの熱不活化血清試料を、（１：１０から開始して）１：２に段階希釈し、３７℃で１時間、１００ ＴＣＩＤ５０の生武漢様ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス株２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１（ＧｅｎＢａｎｋ：ＭＴ０６６１５６）、ベータウイルス株ヒトｎＣｏＶ１９単離株／Ｅｎｇｌａｎｄ ｅｘ－ＳＡ／ＨＣＭ００２／２０２１（変異：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Δ２４２－２４４、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、鼻咽頭スワブから単離された配列検証されたデルタ株（変異：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｒ６８２Ｑ、Ｄ９５０Ｎ）またはオミクロンＢＡ．１株ｈＣｏＶ－１９／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ｒｅｇａ－２０１７４／２０２１（変異：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）とともにインキュベートして、任意の抗原特異的抗体をウイルスに結合させた。２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株Ｓタンパク質は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ（武漢－Ｈｕ－１単離株）と配列が同一である。Ｖｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８６（商標））細胞単層を９６ウェルプレート中の血清／ウイルス混合物に接種し、３日間（２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株）または４日間（ベータ、デルタ、及びオミクロンＢＡ．１バリアント株）インキュベートして、非中和ウイルスによる感染を可能にした。プレートを倒立光顕微鏡下で観察し、ウェルをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陽性（すなわち、ＣＰＥを示す）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陰性（すなわち、ＣＰＥなしで細胞が生きていた）としてスコアリングした。中和力価は、ＣＰＥからの細胞の５０％超の細胞を保護した最高血清希釈の相互作用として決定し、重複物のＧＭＴとして報告した。中和が観察されなかった場合、任意の力価値５（検出限界［ＬＯＤ］の半分）が報告された。
フローサイトメトリーを用いたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的Ｂ細胞の検出及び特徴付け
スパイク／ＲＢＤ特異的Ｂ細胞を、組換えビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ：武漢－ＳＰＮ－Ｃ８２Ｅ９、アルファ－ＳＰＮ－Ｃ８２Ｅ５、デルタ－ＳＰＮ－Ｃ８２Ｅｃ、オミクロン－ＳＰＮ－Ｃ８２Ｅｅ）及びＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ：武漢－ＳＰＤ－Ｂ２８Ｅ９、アルファ－ＳＰＤ－Ｃ８２Ｅ６、デルタ－ＳＰＤ－Ｃ８２Ｅｄ、オミクロン－ＳＰＤ－Ｃ８２Ｅ４）タンパク質を使用して検出した。組換えスパイク及びＲＢＤタンパク質を、暗所にて４℃で１時間、４：１のモル比で蛍光標識したストレプトアビジン（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で四量体化した。その後、試料を４℃で１０分間遠心沈殿させて、最終的な沈殿物を除去した。
フローサイトメトリー分析のために、ＰＢＭＣを解凍し、試料当たり５×１０６個の細胞を９６個のＵ底プレートに播種した。細胞を、Ｆｃ受容体結合についてブロックし（Ｈｕｍａｎ ＢＤ Ｆｃ Ｂｌｏｃｋ（商標）、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、フロー緩衝液（２％のＦＢＳ（Ｓｉｇｍａ）、２ｍＭのＥＤＴＡ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を補充したＤＰＢＳ（Ｇｉｂｃｏ））中の遊離ビオチン（Ｄ－ビオチン、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、１μＭ）で２０分間、４℃で測定した。細胞を洗浄し、フロー緩衝液（Ｄ－ビオチン、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、２μｇ／ｍｌ）中の遊離ビオチンを補充したＢＣＲベイト四量体で４℃で１時間、暗所で標識した（Ｓｐｉｋｅの場合は２μｇ／ｍｌ、ＲＢＤタンパク質の場合は０．２５μｇ／ｍｌ）。細胞をフロー緩衝液で洗浄し、生存率（固定生存率染料ｅＦｌｕｏｒ（商標）７８０、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及び表面マーカー（ＣＤ３－クローン：ＵＣＨＴ１（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ４－クローン：ＳＫ３（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１８５（ＣＸＣＲ５）－クローン：ＲＦ８Ｂ２（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ２７９（ＰＤ－１）－クローン：ＥＨ１２．１（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ２７８（ＩＣＯＳ）－クローン：Ｃ３９８．４Ａ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ１９－クローン：ＳＪ２５Ｃ１（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ２０－クローン：２Ｈ７（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ２１－クローン：Ｂ－ｌｙ４（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ２７－クローン：Ｌ１２８（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ３８－クローン：ＨＩＴ２（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１１ｃ－クローン：Ｓ－ＨＣＬ－３（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１３８－クローン：ＭＩ１５（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＩｇＧ－クローン：Ｇ１８－１４５（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＩｇＭ－クローン：Ｇ２０－１２７（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＩｇＤ－クローン：ＩＡ６－２（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１４－クローン：ＭφＰ９（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ダンプチャネル）、ＣＤ１６－クローン：３Ｇ８（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ダンプチャネル））について、Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ Ｓｔａｉｎ Ｂｕｆｆｅｒ Ｐｌｕｓ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、製造業者の指示に従って）を補充したフロー緩衝液中、４℃で２０分間染色した。試料を洗浄し、ＢＤ Ｓｙｍｐｈｏｎｙ Ａ３フローサイトメーターでデータを取得する前に、ＢＤＴＭ安定化固定剤（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、製造業者の指示に従って）で固定した。ＦＣＳ ３．０ファイルをＢＤ Ｄｉｖａソフトウェアからエクスポートし、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（バージョン１０．７．１）を使用して分析した。
破片及び二重項は、ＦＳＣ／ＳＳＣを介して識別した。次いで、死細胞及び単球（ＣＤ１４、ＣＤ１６－生存率／ダンプチャネル）を除外した。ＣＤ１９陽性Ｂ細胞を、ＩｇＤ及びＣＤ２７発現について分析し、それによって、ナイーブＢ細胞を、ブーリアン「メイク・ノン・ゲート」機能を有するＩｇＤ＋細胞として識別した。非ナイーブＢ細胞内で、プラズマブラスト（ＣＤ３８高ＣＤ２０低）及びメモリーＢ細胞（ＢＭＥＭ ＣＤ３８中／低ＣＤ２０高）を区別した。ＢＭＥＭ細胞を、Ｂ細胞ベイト結合について分析した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク反応性を、ＣＤ２０シグナルに対してプロットすることによって試験した各スパイク／ＲＢＤバリアント上でゲーティングすることによって評価した。ベイトゲートを総ＢＭＥＭ細胞上に重ね、４つのベイトチャネルについてＮｘＮ－Ｐｌｏｔｓとして表示した。
統計分析
抗体力価の分析に使用される集合の統計的方法は、幾何平均であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ力価及び武漢力価の比については、幾何平均及び対応する９５％信頼区間である。幾何平均の使用は、数桁に及ぶ抗体力価の非正規分布を説明する。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を伴うＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、共通の対照群を用いて群の幾何平均中和抗体力価の対のある符号順位検定を行った。フローサイトメトリー頻度をＦｌｏｗＪｏソフトウェア（バージョン１０．７．１．）で分析し、表をそれからエクスポートした。累積メモリーＢ細胞頻度の統計分析は、平均値及び平均値の標準誤差（ＳＥＭ）であった。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン９を使用して実施した。
実施例８：オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンの誘導抗体応答
オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの有効性を試験するために、２つの用量の３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む一次レジメン（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）、及び１つの用量の３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターレジメン（すなわち、武漢特異的ブースター、例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）を以前に投与された対象に、（ｉ）３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）、または（ｉｉ）３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（すなわち、オミクロンＢＡ．１特異的ブースター、例えば、配列番号４９のアミノ酸配列を含む、及び／または配列番号５０及び／または５１のヌクレオチド配列を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ）を含む、更なるブースター用量を投与した（第２のブースターレジメンの一部として投与される用量は、図において「第４の用量」と称される）。第２のブースターレジメンの投与時及びその後１ヶ月後に対象から血清を収集した。
中和抗体力価を、蛍光フォーカス減少法による中和試験（「ＦＦＲＮＴ」）を使用して決定した。好適なＦＦＲＮＴアッセイは、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉａ Ｈ，Ｘｉｅ Ｘ，ｅｔ ａｌ．“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｆｒｏｍ ｐｒｅｖｉｏｕｓ ｎｏｎ－Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，”Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０２２；１３：８５２（その内容全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるアッセイを含む。追加の例示的な中和アッセイとしては、前述の実施例に記載されているもの、及びＢｅｗｌｅｙ，Ｋｅｖｉｎ Ｒ．，ｅｔ ａｌ．“Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｂｙ ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ ｐｌａｑｕｅ ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ，ｍｉｃｒｏｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｓｅｕｄｏｔｙｐｅｄ ｖｉｒｕｓ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｓｓａｙｓ．”Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ １６．６（２０２１）：３１１４－３１４０に記載されているものが挙げられる。図２０、Ａに示されるように、１つの用量の、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２のブースターレジメンを投与された対象は、１つの用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む第２のブースターレジメンを投与された対象と比較して、オミクロンＢＡ．１バリアントに対する中和抗体の濃度の著しい増加を示した。具体的には、オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象は、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、第４の用量のＲＮＡを投与された対象において観察されたものよりも１．７９倍高いＧＭＲ及び２．３１倍高いＧＭＦＲを示した。オミクロンＢＡ．１バリアントに対してオミクロンＢＡ．１特異的ブースターによって誘導された優れた免疫応答は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前感染した対象（抗原試験によって決定される）または現在ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している対象（ＰＣＲによって決定される）において更に増加した。以前に感染した及び／または現在感染している対象を含む対象集団が、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを投与された以前に感染した及び／または現在感染している対象を含む対象集団において観察されたものよりも２．９４倍高いＧＭＲ、及び１．９７倍高いＧＭＦＲ比を示したことを示す、図２０、Ｂを参照されたい。
また、上述した同じ血清試料を使用して、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む疑似ウイルスを使用して、疑似ウイルス中和アッセイを行った。武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）を投与された対象は、オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象において観察されたものと同様の中和抗体の力価を示し、２つのワクチンが武漢株に対する抗体応答を誘導する能力において少なくとも同様に有効であることを実証した。武漢特異的ブースター（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）を投与された対象において観察されたＧＭＲ及びＧＭＦＲが、オミクロンＢＡ．１特異的ブースター（ＯＭＩ）を投与された対象において観察されたものと同様であることを示す、図２０Ｃを参照されたい。以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した対象（例えば、抗原アッセイによって決定される）または現在ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している対象（例えば、ＰＣＲアッセイによって決定される）において、オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象は、武漢株に特異的なブースターを投与された対象と比較して、改善された免疫応答を示した。オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象についてのＧＭＲが、武漢特異的ブースターを投与された対象の約１．４倍であることを示す、図２０Ｄを参照されたい。
オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象はまた、疑似ウイルス中和アッセイにおいてデルタバリアントに対する優れた免疫応答を示した。オミクロンＢＡ．１特異的ブースターを投与された対象についてのＧＭＦＲが、武漢特異的ブースターを投与された対象において観察されたものよりも約１．２０倍高いことを示す、図２０Ｅを参照されたい。デルタバリアントに対するオミクロンＢＡ．１特異的ブースターによって誘導された優れた免疫応答は、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した及び／または現在ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染している対象からの血清において更に増加した。図２０Ｆを参照されたい。
実施例９：ワクチン未接種の対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントのＳタンパク質をコードするワクチンの免疫原性研究
ワクチン未接種対象における様々なバリアント特異的ワクチンの免疫原性を試験するために、ワクチン未接種マウスを、（ａ）生理食塩水（陰性対照）、（ｂ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン、（ｃ）オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（Ｏｍｉ）、（ｄ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（デルタ）、（ｅ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む二価ワクチン（ｂ２＋Ｏｍｉ）、ならびに（ｆ）デルタバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む二価ワクチン（デルタ＋Ｏｍｉ）で２回免疫化した。ＲＮＡワクチンの免疫原性は、抗体免疫応答に着目して調べた。
免疫化の７日後に血清を得て、武漢株由来のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む疑似ウイルス、ベータバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、デルタバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を使用して、疑似ウイルス中和アッセイ（例えば、実施例２に記載のアッセイ）を使用して分析した。図２１に示されるように、二価ワクチンは、ワクチン未接種マウスにおいて最も広範な免疫応答を誘発することが見出された。
実施例１０：武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを以前に投与された対象における、ベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンの誘導抗体応答
ベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの有効性を試験するために、２つの用量（各３０ｕｇ）の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（本実施例では、ＢＮＴ１６２ｂ２（配列番号２０））を含む一次レジメンを以前に投与された対象に、各々が３０ｕｇのベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（以下、ベータ特異的ワクチンと称する）を含む２つのブースター用量を投与した。本実施例では、構築物ＲＢＰ０２０．１１を、ベータ特異的ワクチンとして投与した。本実施例では、２つのブースター用量は、およそ１ヶ月間の間隔を空けて投与されたが、いくつかの実施形態では、２つのブースター用量は、少なくとも３週間の間隔を空けて、少なくとも４週間の間隔を空けて、少なくとも５週間の間隔を空けて、少なくとも６週間の間隔を空けて、少なくとも７週間の間隔を空けて、少なくとも８週間の間隔を空けて、またはそれ以上の間隔を空けて（例えば、本明細書に記載の例示的な投薬レジメンに従って）投与され得る。
ＢＮＴ１６２ｂ２の投与前、ＢＮＴ１６２ｂ２の２つの一次用量を投与した後１ヶ月、第１の用量のベータ特異的ワクチンを投与した後１ヶ月、及び第２の用量のベータ特異的ワクチンを投与した後１ヶ月に、対象から血清を収集した。武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む疑似ウイルスに対する中和抗体力価を、疑似ウイルス中和アッセイを使用して測定した（結果を図２２に示す）。対象は、第３及び第４の用量のベータ特異的ワクチンの投与後に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株及びベータバリアントの両方に対する中和抗体力価の増加を示した。
実施例１１：ワクチン未接種対象におけるベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンの誘導抗体応答
ワクチン未接種の対象におけるベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンの有効性を試験するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ワクチンを以前に投与されておらず、かつ（例えば、抗体検査及び／またはＰＣＲ検査によって評価される）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による以前または現在の感染の証拠を示さなかった対象に、２つの用量（各３０ｕｇ）のベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（本実施例では、ＲＢＰ０２０．１１）を投与した。第２の用量の投与の１ヶ月後に血清を収集し、ウイルス中和アッセイを使用して、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはベータバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のいずれかを含むウイルス粒子を使用して、中和抗体価を測定した。以下の表１５及び１６は、ベータバリアントに対する中和アッセイの結果を示す（武漢株に対する中和アッセイの結果は図示せず）。表に示されるように、２つの用量の武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（本実施例では、ＢＮＴ１６２ｂ２）を投与されたワクチン未接種対象と比較して、ベータバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンは、ベータバリアントに対する著しく強力な抗体応答を誘導することが見出された。
Figure 2023081859000164
Figure 2023081859000165



実施例１２：５５歳以上の参加者における一価、二価、及び高用量としてのＢＮＴ１６２ｂ２またはオミクロンＢＡ．１特異的ワクチンの誘導抗体応答性及び反応原性
（ｉ）より高い用量のＲＮＡワクチン（例えば、本明細書に記載のもの）、（ｉｉ）オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（オミクロンＢＡ．１特異的ワクチン）、及び（ｉｉｉ）武漢バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ及びオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む二価ワクチンの有効性及び安全性を試験するために、以前に少なくとも１つの用量の武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを投与された対象に、いくつかのブースター用量（例えば、本明細書に記載のもの）のうちの１つを投与した。具体的には、２つの用量の３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（本実施例では、ＢＮＴ１６２ｂ２）、第３の用量の３０ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（本実施例では、同じくＢＮＴ１６２ｂ２）を以前に投与された対象に、
（ａ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする３０ｕｇのＲＮＡ、
（ｂ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする６０ｕｇのＲＮＡ、
（ｃ）３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１特異的ワクチン、
（ｄ）６０ｕｇのオミクロンＢＡ．１特異的ワクチン、
（ｅ）武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする１５ｕｇのＲＮＡと、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする１５ｕｇのＲＮＡとを含む、３０ｕｇの二価ＲＮＡワクチン（オミクロンＢＡ．１適応二価ワクチン）、または
（ｆ）３０ｕｇの武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡとを含む、６０ｕｇの二価ＲＮＡワクチン（オミクロンＢＡ．１適応二価ワクチン）を含む、第４の用量を投与した。
本実施例では、第４の用量について、武漢バリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡは、ＢＮＴ１６２ｂ２であり、オミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡは、配列番号５１のヌクレオチド配列を含む。
血清試料を、第４の用量の投与時及びその７日後に収集し、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはデルタバリアントもしくはオミクロンＢＡ．１バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含むウイルス粒子に対する中和抗体力価について試験した。
中和抗体力価を、蛍光フォーカス減少法による中和試験（「ＦＦＲＮＴ」）を使用して決定した。好適なＦＦＲＮＴアッセイは、実施例８で論じられるように、当該技術分野において既知である。中和応答を図２３に示す。
図２３（Ａ）に示されるように、第４の用量の３０ｕｇのオミクロンＢＡ．１特異的ワクチンを投与された対象は、第４の用量の３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２を投与された対象と比較して、オミクロンＢＡ．１バリアントに対する中和抗体の増加を示した。６０ｕｇのＲＮＡを投与することは、ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンＢＡ．１特異的ワクチンの両方について中和応答を増加させ、６０ｕｇのオミクロンＢＡ．１特異的ワクチンは、オミクロンＢＡ．１バリアントに対してより強い免疫応答を示す。図２３（Ｂ）に示されるように、同様の効果は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前感染した、または現在感染している対象（例えば、抗体試験及びＰＣＲ試験によってそれぞれ決定される）を含む集団において観察された。
図２３（Ｃ～Ｄ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象を除く対象の集団（図２３（Ｃ））及びこれらの対象を含む対象の集団（図２３（Ｄ））における、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株に対する中和応答に関するデータを提供する。
図２３（Ｅ～Ｆ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染した、または現在感染している対象を除く対象の集団（図２３（Ｅ））及びこれらの対象を含む対象の集団（図２３（Ｆ））におけるデルタバリアントに対する中和応答に関するデータを提供する。
図２３（Ｇ）は、第４の用量の３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２で投与された対象と比較した中和応答を示す。表で見ることができるように、オミクロンＢＡ．１特異的ワクチンは、オミクロンＢＡ．１バリアントに対する強力な応答、及び他のバリアントについてのＢＮＴ１６２ｂ２の応答と少なくとも同等であった応答を誘導した。二価ワクチン（オミクロンＢＡ．１適応二価ワクチン）は、試験した各ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対して、３０ｕｇ及び６０ｕｇの両方の用量で、強い免疫応答を生じさせた。
試験した第４の用量の反応性もまた、第４の用量の投与後７日間にわたって患者においてモニタリングした。図２４（Ａ）は、示されている異なる群の対象において観察された局所免疫応答を示す。図で見ることができるように、６０ｕｇ用量のオミクロンＢＡ．１特異的ワクチン及び二価ワクチンは、他の試験したブースター用量で観察されたものと比較して、注射部位で疼痛を生じさせる可能性が高いことが見出されたが、両方の用量で疼痛は軽度または中等度であると評価された。赤み及び腫脹応答は低く、試験した各用量で同等であった。
図２４（Ｂ）は、示されている異なる群の対象において観察された全身免疫応答を示す。全身応答（発熱、疲労、頭痛、悪寒、嘔吐、下痢、筋肉痛、または関節痛を特徴とする）は、各用量で類似していたが、疲労は、６０ｕｇ用量でより高い傾向にあった。
ブースター用量としてのオミクロンＢＡ．１適応ワクチン（本実施例に記載されるような一価及び二価ワクチン）の免疫応答及び反応原性は、５６歳以上の１，０００人を超える参加者を対象とした第２／３相治験においても確認される。第４の用量の３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２を投与された対象と比較した、各試験用量の幾何平均力価（ＧＭＴ）、及び幾何平均比（ＧＭＲ）を以下の表２３に示す。
Figure 2023081859000166
ブースター用量として与えられたオミクロンＢＡ．１適応ワクチン（一価または二価、及び３０ｕｇまたは６０ｕｇ）は、ＢＮＴ１６２ｂ２（武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする）によって誘導されたものと比較して、オミクロンＢＡ．１に対する実質的に高い中和抗体応答を誘発した。単純優位性のための所定の基準は、９５％信頼区間の下限＞１の中和幾何平均力価の比（ＧＭＲ）によって測定した。超優位性のための所定の基準は、９５％信頼区間の下限＞１．５の中和幾何平均力価の比（ＧＭＲ）によって測定した。これらの基準に基づいて、試験した用量の各々は、３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２よりも優れていることが示され、３０ｕｇまたは６０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩを投与することは、３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２と比較して非常に優れていることが示された。
血清応答率を以下の表２４に要約する。下の表に示されるように、各試験用量は、３０ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２に対して非劣性であることが見出された。

Figure 2023081859000167
表２４に要約されたデータの収集後、オミクロン一価ワクチンを投与された対象に関するデータを収集し続けた。更なるデータを以下の表２５に要約し、表２４に示される所見を確認する。
Figure 2023081859000168
第４のブースター用量の投与前及び第４のブースター用量の投与後１ヶ月間の各用量の力価の変化を図２５に示す。図２５に示されるように、投与１ヶ月後、ブースター用量のオミクロンＢＡ．１適応一価ワクチン（３０μｇ及び６０μｇ）は、オミクロンＢＡ．１に対する中和幾何平均力価（ＧＭＴ）を、ブースター前用量レベルの１３．５及び１９．６倍増加させ、一方、ブースター用量のオミクロンＢＡ．１適応二価ワクチン（３０μｇ及び６０μｇ）は、オミクロンＢＡ．１に対する中和ＧＭＴの９．１及び１０．９倍増加を付与した。オミクロンＢＡ．１適応二価ワクチン（３０μｇ）のブースター用量は、ＢＡ．１に対して誘導されたものよりもおよそ３倍低い中和力価を誘導した。オミクロンＢＡ．１適応ワクチン（例えば、一価及び二価ワクチン）の両方は、一方または他方のオミクロンＢＡ．１適応ワクチンを受けた参加者において良好な忍容性を有し、ＢＮＴ１６２ｂ２（武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする）と同様の良好な安全性及び忍容性プロファイルを示した。
追加として、オミクロン適応ワクチン（例えば、この実施例に記載されるような一価または二価ワクチン）を受けた５６歳以上の参加者からの血清上で試験したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２生ウイルス中和アッセイにおいて、血清はまた、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５をオミクロンＢＡ．１よりも低い力価で中和した。
実施例１３：オミクロンブレークスルー感染は、交差バリアント中和及びメモリーＢ細胞形成を駆動するが、オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５に対しては程度が低い。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の更なる改変を保有する新たなオミクロン亜系統が引き続き生じており、２０２２年５月１２日に欧州疾病予防管理センター（ＥＣＤＣ）によってＢＡ．４及びＢＡ．５がＶＯＣとみなされた（Ｅｕｏｐｅａｎ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｕｐｄａｔｅ：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂ－ｌｉｎｅａｇｅｓ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５（２０２２）（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｃｄｃ．ｅｕｒｏｐａ．ｅｕ／ｅｎ／ｎｅｗｓ－ｅｖｅｎｔｓ／ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ－ｕｐｄａｔｅ－ｓａｒｓｃｏｖ－２－ｏｍｉｃｒｏｎ－ｓｕｂ－ｌｉｎｅａｇｅｓ－ｂａ４－ａｎｄ－ｂａ５）において入手可能）。
本実施例１３は、実施例７の延長であり、実施例７に記載されるようなＢＡ．１ブレークスルー症例から収集された血清試料を、オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５バリアントに対するそれらの中和活性について更に分析した。
実施例７に記載されるように、オミクロン未感染の２回ワクチン接種された個体において、ベータ及びデルタＶＯＣの５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）は、武漢株と比較して低減されることが見出された一方で、オミクロン亜系ＢＡ．１及びＢＡ．２の中和は、事実上検出不可能であった。本実施例では、図２６（ａ）は、ＢＡ．４／５の中和力価もまた、２回ワクチン接種されたＢＡ．１ブレークスルー患者において事実上検出不可能であったことを示す。
実施例７に記載されるように、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された個体は、２回ワクチン接種された個体と比較して実質的に高い全ての試験したＶＯＣに対してｐＶＮ５０ ＧＭＴを示した。アルファ、ベータ、及びデルタバリアントの堅牢な中和が観察されたが、一方で、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２の中和は、武漢と比較して低減した（ＧＭＴ １６０及び２１１対３９８）。本実施例の図２６（Ａ）に示されるように、オミクロンＢＡ．４／５の中和は、オミクロン未感染の３回ワクチン接種された患者において更に低減し（ＧＭＴ ７４）、武漢株と比較して５倍低い力価に対応する。
図２６（ｂ）に示されるように、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、ＢＡ．４／５の中和に対してわずかなブースト効果しかないことが分かった。２回ワクチン接種された患者では、オミクロンＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、武漢に対するものよりも著しく低かった（ＧＭＴ １３５対７４０）。同様のパターンは、３回ワクチン接種された個体からのＢＡ．１回復期及び対照血清で観察された。実施例７で述べたように、ＢＡ．１回復期血清は、ベータ（１１８２）、オミクロンＢＡ．１（１０２９）、及びオミクロンＢＡ．２（８３６）を含む、以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対して高いｐＶＮ５０ ＧＭＴを示し、これらは、武漢基準（１１８２）に対する力価に近かった。対照的に、図２６（ｂ）に示されるように、ＢＡ．１のブレークスルー感染を有する３回ワクチン接種された個体におけるＢＡ．４／５の中和は、武漢株と比較して著しく低減し、ｐＶＮ５０ ＧＭＴは１９７であり、武漢株に対して６倍低下した。
注目すべきことに、全てのコホートにおいて、ＢＡ．４／５に対する中和力価は、武漢に対して見られたものよりも系統発生学的により遠隔のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスに対して観察された低いレベルに近かった。武漢に対して正規化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ｐＶＮ５０ ＧＭＴの比を比較すると（図２６（ｃ））、オミクロンＢＡ．１によるブレークスルー感染は、２回ワクチン接種及び３回ワクチン接種された個体において、オミクロンＢＡ．４／５のより効率的な交差中和をもたらさないことが顕著である。総合すると、これらのデータは、ワクチン経験のある個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びいくつかの以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対して広範に中和活性を媒介するが、ＢＡ．４／５についてはそうでないことを実証する。
図２７に示されるように、同様の結果が、以前に非ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンを投与され、ＢＡ．１ブレークスルー感染を有した患者について見出された。
実施例７に記載されるように、ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、主に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株にわたって広範に共有されるエピトープに対してＢＭＥＭ細胞を拡張することによって、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２及び以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対して強力な中和活性を生じることが見出された。これらのデータは、ワクチン接種インプリントＢＭＥＭ細胞プールが、異種ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質への曝露によってリモデリングされるのに十分な可塑性を有することが実証される。共有エピトープを認識するＢＭＥＭ細胞の選択的増幅は、以前に確立された免疫を回避するほとんどのバリアントの効果的な中和を可能にするが、これまで保存されてきた部位での改変を獲得するバリアントによる逃避に対する感受性は、高められ得る。ＲＢＤ中のＬ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖの追加の改変を保有するオミクロンＢＡ．４／５疑似ウイルスに対する中和活性が著しく低下したことは、残りのわずかな保存されたエピトープの喪失による免疫回避の機序を支持する。
考察
驚くべきことに、実施例７で観察された結果に反して、オミクロン亜系統ＢＡ．４及びＢＡ．５の中和は、ＢＡ．１ブレークスルー患者において強化されず、代わりに、より系統発生学的に遠いＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対するものと同等の力価を有した。本実施例は、ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡワクチンでワクチン接種された個体に焦点を当てたが、ＣｏｒｏｎａＶａｃ（Ｓｉｎｏｖａｃ Ｂｉｏｔｅｃｈによって開発された不活化ウイルスワクチンの全体）でワクチン接種された個体において、同様の観察が最近報告されており、オミクロンＢＡ．４／５が、ＢＡ．１感染が媒介する体液性免疫のブーストを迂回し得ることが示唆されている（Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，ｂｉｏＲｘｉｖ：ｔｈｅ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｂｉｏｌｏｇｙ（２０２２））。
本開示は、ＢＡ．１ブレークスルー症例における複数のバリアントに対する免疫がどのように達成されるか、なぜオミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５亜系統が部分的に中和を逃避することができるかについての洞察を提供し、特にオミクロン系統（例えば、ＢＡ．４及び／またはＢＡ．５を含む）を含むコロナウイルス株及び系統にわたる保護を強化するためのワクチン接種プロトコル及び技術を提供する。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、武漢株Ｓタンパク質への初期曝露は、ＢＭＥＭ細胞の形成を形作り、オミクロンＢＡ．１バリアントに特徴的なエピトープを認識する新規のＢＭＥＭ細胞応答に対してインプリントすることができることを提案する。
ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、主に、厳密にオミクロンＢＡ．１特異的なＢＭＥＭ細胞を誘導するのではなく、保存されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質及びＲＢＤエピトープに対する広範なＢＭＥＭ細胞レパートリーを拡張する。相同ワクチンブースターによって誘導される免疫応答と比較して、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンに対する抗体中和力価のより実質的な増加、及び多くのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２バリアントの堅牢な交差中和をもたらす。
実施例７で述べたように、ＢＡ．１ブレークスルー感染によって誘発される広範な中和のための潜在的な説明の１つは、広範な中和抗体の誘導である。オミクロンＢＡ．１回復期のワクチン接種された個体からの血清は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ オミクロンＢＡ．４／５及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１を、ＢＡ．１及びＢＡ．２を含む以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣよりもはるかに低い程度で中和することが見出された。この所見は、ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１感染が、オミクロンＢＡ．２までのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントで保存されたＳタンパク質エピトープに対する中和抗体を産生するが、ほとんどがＢＡ．４／５で失われ、ほとんどがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１によって共有されていないＢＭＥＭ細胞を刺激することを示す。
より早期のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株からのオミクロンＢＡ．１ Ｓタンパク質のより大きな抗原距離は、例えば、受容体結合モチーフとは異なるＲＢＤの一部分内（Ｌｉ，Ｔｉｎｇｔｉｎｇ，ｅｔ ａｌ．“Ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｉｎｄ ａ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｃｒｙｐｔｉｃ ｓｉｔｅ ａｎｄ ｒｅｓｉｓｔ ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ｖａｒｉａｎｔｓ，”Ｎａｔｕｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ １２．１（２０２１）：１－１２、及びＹｕａｎ，Ｍｅｎｇ，ｅｔ ａｌ．“Ａ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｃｒｙｐｔｉｃ ｅｐｉｔｏｐｅ ｉｎ ｔｈｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｉｎｄｉｎｇ ｄｏｍａｉｎｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ａｎｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ”Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６８．６４９１（２０２０）：６３０－６３３）、または膜近位Ｓ糖タンパク質サブユニット指定Ｓ２（Ｐｉｎｔｏ，Ｄｏｒａ，ｅｔ ａｌ．“Ｂｒｏａｄ ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｂｙ ａ ｓｔｅｍ ｈｅｌｉｘ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ．”Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７３．６５５９（２０２１）：１１０９－１１１６。Ｌｉ，Ｗｅｎｗｅｉ，ｅｔ ａｌ．“Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ａｎｄ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｗｏ ｂｒｏａｄｌｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ ｃｏｎｃｅｒｎ．”Ｃｅｌｌ ｒｅｐｏｒｔｓ ３８．２（２０２２）：１１０２１０、Ｈｕｒｌｂｕｒｔ，Ｎｉｃｈｏｌａｓ Ｋ．，ｅｔ ａｌ．“Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐａｎ－ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｅｐｉｔｏｐｅ ｏｎ ｔｈｅ ｓｐｉｋｅ Ｓ２ ｓｕｂｕｎｉｔ．”Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｂｉｏｌｏｇｙ ５．１（２０２２）：１－１３）における暗号部位に位置することが最近記載されているように、保存されたサブドミナント中和エピトープの標的化を促進し得る。
実施例７で述べたように、オミクロンＢＡ．１に感染した個体は、ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体と比較して、著しく高いＲＢＤ／Ｓタンパク質特異的ＢＭＥＭ細胞比を有するようである。オミクロンＢＡ．１は、ＮＴＤの主要な中和抗体結合部位において複数のＳタンパク質改変（ｄｅｌ６９／７０及びｄｅｌ１４３－１４５など）を担持し、この領域におけるメモリーＢ細胞応答の標的化表面を劇的に低減する。オミクロンＢＡ．１ ＲＢＤは複数の改変を有するが、いくつかの中和抗体結合部位は影響を受けない（２０）。本実施例で示されるＬ４５２位にあるものなど、オミクロンＢＡ．１において改変されないＲＢＤエピトープに対する中和抗体を産生するＢＭＥＭ細胞の拡張は、ＢＡ．１及びＢＡ．２バリアントの中和を迅速に復元するのに役立ち得る。重要なことに、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２の強力な中和は、オミクロンＢＡ．１回復期のワクチン接種された個体における中和ＢＭＥＭ免疫応答が少数のエピトープによって駆動されるという事実を隠蔽すべきではない。ＲＢＤ中のＬ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖの追加の改変を保有するオミクロンＢＡ．４／５疑似ウイルスに対する中和活性が著しく低下したことは、残りのわずかな保存されたエピトープの喪失による免疫回避の機序を実証する。一方、Ｌ４５２改変を有する更なる亜系統（例えば、ＢＡ．２．１２．１）は、ＢＡ．１ブレークスルー感染によって誘発される体液性免疫を回避することが報告されている（Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，上記で引用）。
本開示は、ワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１感染の初期段階における免疫は、保存されたエピトープの認識に基づくことができ、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２において改変されない少数の中和部位に狭く焦点を当てることができることを提案する。かかる狭い免疫応答は、これらの少数のエピトープが、オミクロンの進行中の進化の過程で更なる改変を獲得することによって失われる場合があり、亜系統ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５で経験されるように、免疫逃避をもたらし得るリスクが高い（Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，上記で引用、及びＫ．Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂ－ｌｉｎｅａｇｅｓ ＢＡ．４／ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ＢＡ．１ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ（２０２２））。重要なことに、オミクロンＢＡ．１ Ｓを認識しないメモリーＢ細胞は、同様の頻度で血液中で検出可能なままであるため、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、（武漢）Ｓ糖タンパク質特異的メモリーＢ細胞のスペクトル全体を低減するようには見えない。武漢特異的（非オミクロンＢＡ．１反応性）ＢＭＥＭ細胞は、オミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染個体において、オミクロン未感染の２回／３回ワクチン接種された個体と同様のレベルで一貫して検出された。いかなる特定の理論によっても拘束されることを望むものではないが、本開示は、これらの所見が、共有エピトープを認識するＢＭＥＭ細胞の選択的増幅による総ＢＭＥＭ細胞レパートリーの増加を反映し得ることに留意する。
本実施例は、とりわけ、武漢株に感染したか、または武漢株に適応した少なくとも１つの用量（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つの用量を含む）のワクチン（複数可）（例えば、タンパク質ベースのワクチンまたはＢＮＴ１６２ｂ２、Ｍｏｄｅｒｎａ ｍＲＮＡ－１２７３などのＲＮＡベースのワクチンに限定されない）を投与された対象が、オミクロンＢＡ．１ではない株に適応した少なくとも１つの用量のワクチン（例えば、タンパク質またはＲＮＡベースのワクチン）を受けることがより有益であり得るという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、オミクロンＢＡ．１ではない株に適応したワクチンは、オミクロンＢＡ．４及び／またはオミクロンＢＡ．５に適応したワクチンであり得るか、またはそれを含むことができる。本実施例は、とりわけ、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染のないワクチン未接種の対象が、少なくとも１つの用量の武漢株に適応したワクチン（例えば、いくつかの実施形態ではＢＮＴ１６２ｂ２などのＲＮＡワクチン）と、少なくとも１つの用量のオミクロンＢＡ．１ではない株に適応したワクチンとを含む、ワクチンの組み合わせを投与されることが望ましい場合があるという洞察も提供する。いくつかの実施形態では、かかるワクチンの組み合わせは、異なる時間、例えば、いくつかの実施形態では、所定の期間（例えば、本明細書に記載される特定の投薬レジメンによる）間隔で別々に投与される一次用量及び／またはブースター用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、かかるワクチンの組み合わせは、単一の多価ワクチンとして投与されてもよい。
材料及び方法
本実施例に記載される、血清試料、中和アッセイ、及び他の全ての実験を、実施例７と同様に実施した。ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードするＢＡ．４／５ ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓバリアント疑似ウイルス生成Ａ組換え複製欠損小胞性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、武漢株に対して以下の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含んで偽型化した：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）。
実施例１４．ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ならびにＢＡ．４及びＢＡ．５を含む他のＶＯＣに対する広範な交差中和を誘導する。
本実施例は、ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体におけるＢＡ．２オミクロンブレークスルー感染が、驚くべきことに、ＢＮ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体におけるＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントに対する中和抗体の産生の改善を含む、優れた交差バリアント中和を駆動することを示す。したがって、とりわけ、本開示は、コロナウイルス株及び／または配列（例えば、スパイクタンパク質配列）の免疫相乗的カテゴリーを定義することの実現可能性を実証する。
本開示によって提供される改善されたコロナウイルスワクチン接種戦略のいくつかの実施形態では、対象は、少なくとも２つの異なるかかる相乗的カテゴリーの各々に曝露される。いくつかの実施形態では、対象は、第１のカテゴリーのウイルスに感染している、感染したことがある、または感染しているとともに、少なくとも１つの用量の、第１のカテゴリーとの免疫学的相乗効果を特徴とする第２のカテゴリーのワクチンを受ける。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、対象は、かかる第１及び第２のカテゴリーの第１及び第２のワクチンの用量を受けるか、または受けたことがある。いくつかの実施形態では、異なるカテゴリーのワクチンは、別々に（例えば、異なる時点及び／または対象の異なる部位に）投与されてもよい。いくつかの実施形態では、異なるカテゴリーのワクチンは、一緒に（例えば、実質的に同時に及び／またはほぼもしくは全く同じ部位及び／または単一の組成物において）投与されてもよい。
他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（例えば、武漢－Ｈｕ－１株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、オミクロンＢＡ．１、オミクロンＢＡ．２、及びオミクロンＢＡ．２．１１．２を含む）に対する中和と比較して、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対するより低い中和を誘導する、ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して、本実施例は、ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体におけるＢＡ．２オミクロンブレークスルー感染が、驚くべきことに、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントに対する中和抗体の産生の改善を含む、優れた交差バリアント中和を駆動することを示す。したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、とりわけ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアントが少なくとも２つの異なるカテゴリーにグループ化され得、かかる２つの異なるカテゴリーの各々からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアントに曝露される対象が、かかる２つの異なるカテゴリーによって付与される免疫相乗的保護から利益を得ることができることを実証する。いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株／バリアントの第１のカテゴリーは、武漢－Ｈｕ－１株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、オミクロンＢＡ．１、及び前述の株及び／またはバリアントに由来するサブバリアントを含むが、一方で第２のカテゴリーは、オミクロンＢＡ．２、オミクロンＢＡ．２．１２．１、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５、及び前述の株及び／またはバリアントに由来するサブバリアントを含む。したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、とりわけ、少なくとも１つの用量の（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはそれ以上を含む）上記のような第１のカテゴリーの特徴である配列を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ポリペプチドを含むか、または送達する第１のワクチン（例えば、スパイクタンパク質ポリペプチドをコードする、本明細書に記載のｍＲＮＡワクチン）と、少なくとも１つの用量の（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはそれ以上を含む）上記のような第２のカテゴリーの特徴である配列を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ポリペプチドを含むか、または送達する第２のワクチン（例えば、スパイクタンパク質ポリペプチドをコードする、本明細書に記載のｍＲＮＡワクチン）との組み合わせが、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントに対する中和抗体の強化された産生を含む、優れた交差バリアント中和を相乗的に提供することができるという洞察を提供する。
いくつかの実施形態では、本開示は、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である配列を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ポリペプチドを含むか、または送達する少なくとも１つの用量のワクチン（例えば、本明細書に記載のスパイクタンパク質ポリペプチドをコードするｍＲＮＡワクチン）を、少なくとも１つ（例えば、２つ、３つ、もしくはそれ以上）の用量の、武漢－Ｈｕ－１株の特徴である配列有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ポリペプチドを含むか、または送達するワクチン（例えば、本明細書に記載されるようなスパイクタンパク質ポリペプチドをコードするワクチン）受けた対象に投与することの驚くべき有効性を具体的に教示する。
背景
２０２１年１１月の懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント（ＶＯＣ）の出現（参考文献１）は、以前に確立された免疫から実質的に逃避する能力があるため、ＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの転換点とみなすことができる。優勢な流行しているＶＯＣとして数週間以内にデルタに取って代わったオミクロンＢＡ．１は、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）及びＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）において著しい改変を獲得した（参考文献２）。これらの変化は、中和抗体によって認識された多くのエピトープの喪失をもたらし（参考文献３～４）、祖先の武漢株に基づくワクチン、または祖先の株もしくは以前のバリアントへの曝露によって誘導された体液性免疫が劇的に損なわれた（参考文献５～７）。ＢＡ．１は、その後、ＢＡ．２バリアントに取って代わられ、順に、更なる亜系統を生じた。ＢＡ．２に由来するＢＡ．４及びＢＡ．５は、現在、世界中の多くの国で優勢なバリアントとなっており、複数の研究が、ＢＡ．２と比較して、特にＢＡ．１と比較して、抗原特性の著しい変化を示唆している（参考文献８～９）。ＢＡ．４及びＢＡ．５は同一のＳ糖タンパク質配列を共有するため、本明細書ではＢＡ．４／５と称される。ＲＢＤにおけるアミノ酸変化の多くは、オミクロン亜系統間で共有されるが、ＢＡ．４／５を含むＢＡ．２由来の亜系統のＮＴＤ内の改変は、ＢＡ．１に見出されるものとはほとんど異なっている（図３３）。
世界中の大多数は、例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２及びｍＲＮＡ－１２７３などのｍＲＮＡワクチンを含む、武漢株に適応したワクチンで免疫化されており（参考文献１０）、したがって、これらは、実質的にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２集団免疫を形作っている。しかしながら、免疫逃避バリアントオミクロンＢＡ．１の出現は、ワクチン接種された個体におけるブレークスルー感染の発生の急激な増加をもたらした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントブレークスルー感染は、体液性免疫を再形成し、それによって他のバリアントに対する中和抗体力価を調節することができることが報告されている（参考文献８、１１、１２）。しかしながら、以前に報告されたように、ＢＡ．１ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４／５に対する強力な免疫を提供しない場合がある。
ある特定の所見
ＢＡ．２ブレークスルー感染が、オミクロンＢＡ．２及びＢＡ．４／５などのＢＡ．２由来の亜系統に対する免疫に再度焦点を当てるかどうかを決定するために、中和抗体応答の大きさ及び幅を、ｍＲＮＡワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３）による３回ワクチン接種スキームを受けており、その後、２０２２年３月～５月（この期間中、ＢＡ．２系統がドイツにおいて優勢であった）にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染を経験した個体（全てのＶａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．２）からの試料で検討した。ＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの封じ込めは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の現在及び将来のバリアントに対する保護を提供するために、耐久性のある十分に広範な免疫の生成を必要とするため、かかる所見は、ワクチン設計の継続的な努力に重要な影響を及ぼす。
（ｉ）試料収集時に以前またはブレークスルーＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染がないＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）、及び（ｉｉ）オミクロンＢＡ．１優勢の期間中に後続のブレークスルー感染を伴うｍＲＮＡワクチンで３回ワクチン接種された個体（全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１）を含む、２つの参照コホートを、Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．（参考文献１２）において以前に公開されたデータから生成した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２によるブレークスルー感染は、ｍＲＮＡベースのＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２、ｍＲＮＡ－１２７３、または両方のワクチンを含む異種レジメン；全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１、全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．２）による３回ワクチン接種の後、それぞれ、中央値のおよそ４ヶ月または３週間で起こった（図２９）。血清中和活性を特徴付けるために使用される免疫血清を、ＢＮＴ１６２ｂ２３コホートについてはワクチン接種後中央値２８日、全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１コホートについてはＢＡ．１ブレークスルー後４３日、全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．２コホートについてはＢＡ．２ブレークスルー後３９日で収集した。コホートの中央値年齢は、類似していた（３２～３８歳）。ＢＡ．２．１２．１中和データを、この研究のためのコホートＢＮＴ１６２ｂ３及び全Ｖａｘ＋Ｏｍ ＢＡ．１からの血清試料から生成した。
免疫血清の中和活性を評価するために、例えば、参照文献１３、１４に記載されるような疑似ウイルス中和試験（ｐＶＮＴ）を使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢、アルファ、ベータ、デルタ、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、ならびに最近出現したオミクロン亜系統ＢＡ．４及びＢＡ．５のＳ糖タンパク質を有する疑似ウイルスを適用して、中和幅を評価した。ＢＡ．４及びＢＡ．５は、主要な改変Ｌ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖを含む同一のＳ糖タンパク質配列を共有するため、それらは、本明細書においてＢＡ．４／５と称される。加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（本明細書ではＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１と称される、参考文献１５）をアッセイして、潜在的な汎サルベコウイルス中和活性を検出した。
参考文献１２で以前に報告されたように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回ワクチン接種された個体からの免疫血清のオミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２に対する５０％の疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）は、武漢株と比較してかなり低減した（ＧＭＴ １６０及び２２１対３９８）。ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対する中和活性は、更に低減し（ＧＭＴ １１１及び７４）、武漢株と比較してＢＡ．４／５について５．４倍低い力価に対応する（図３０（Ａ））。
オミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回ワクチン接種された免疫血清と比較して、ＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴを顕著に増加させ、その結果、ブレークスルー感染後のＢＡ．２の中和は、武漢株と同等であった（図３１（Ｂ～Ｃ））。同様に、ＢＡ．１ブレークスルー感染により、ＢＡ．１に対する堅牢な中和活性が付与された（図３０（Ｂ）、図３１（Ａ）。重要なことに、ＢＡ．２回復期血清中のＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、武漢株に対して低かったが（ＧＭＴ ３９１対９２２、すなわち、２．４倍の低減）、この低減は、血清がＢＡ．４／５中和活性の５．４倍の低減を示したオミクロン未感染ＢＮＴ１６２ｂ２３コホートにおいて観察されたものよりも依然として低かった（図３１（Ｃ））。対照的に、ＢＡ．１ブレークスルー感染後のＢＡ．４／５及び武漢に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、それぞれ２６６及び１３２７であった（すなわち、５倍の低減、図３０（Ｂ））。したがって、３回ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、３回ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体と比較して、オミクロンＢＡ．４／５のより効率的な交差中和をもたらさなかった。両方のコホートにおいて、ＢＡ．４／５に対する中和力価は、武漢に対して見られたものよりも系統発生学的により遠隔のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対して観察された低いレベルに近かった（図３０）。注目すべきことに、ＢＡ．１ブレークスルー感染後の武漢株に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、ＢＡ．２ブレークスルー感染について観察されたもの（ＧＭＴ １３２７対９２２）よりもわずかに高く、これは、特定の理論に拘束されることを望むものではないが、第３のワクチン接種と感染との間のより長い間隔（ＢＡ．１では中央値２２日、ＢＡ．２では１２７．５日）に関連し得る（図３１）。
ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体のみを含む別個の分析を行った（ＢＡ．２もしくはＢＡ．１ブレークスルー感染、またはオミクロン未感染）。これらの分析では、ＢＡ．４／５中和活性に関して同様の観察が行われた：ＢＡ．２回復期血清中のＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、武漢株に対して２．４倍であったが、ＢＡ．１ブレークスルー感染後の低減は６倍であった（図３１）。ＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１の相対的中和は、ＢＡ．２及びＢＡ．１の回復期血清において同等であったが、これらのバリアントに対する中和活性は、オミクロン未感染血清において見られたものよりもわずかに高いままであった。
３回ワクチン接種されたオミクロン未感染の個体からの免疫血清は、祖先のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対する広範な中和活性を有していた。ベータに対する中和活性は、ＢＡ．１回復期血清においてわずかに高かったが、アルファ及びデルタの中和は、ＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染の影響を受けなかった（図３１（Ｃ））。
総合すると、これらのデータは、ワクチン経験のある個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染が、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１及びいくつかの祖先のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対して広範に中和活性を媒介することを実証する。更に、ＢＡ．４／５に対する中和活性は、武漢基準に対してより低いが、ＢＡ．１回復期血清よりも大きい範囲で提供される。
最近の研究は、ｍＲＮＡワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２またはｍＲＮＡ－１２７３）でワクチンを接種した個体におけるオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染が、祖先の武漢株に対してだけでなく、ＢＡ．２を含むＶＯＣに対しても血清中和力価をブーストすることを実証している（参考文献８、１１、１２）。この効果は、３回ワクチン接種された個体で見られたが、特に２回ワクチン接種された個体で顕著であり、その血清には、ＢＡ．２に対する中和活性がほとんどまたは全く含まれていない。しかしながら、ＢＡ．１ブレークスルー感染は、現在世界的な優勢を確立しているＶＯＣであるＢＡ．４／５に対する強力な中和活性を誘発しなかった。特定の理論によって拘束されることを望むものではないが、この免疫逃避は、オミクロン亜系ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５に存在しないエピトープを認識する既存の中和抗体応答の増幅及び／またはリコールに起因するものである。
本実施例は、とりわけ、ＢＡ．２ブレークスルー感染が、ＢＡ．４／５を含むＢＡ．２由来の亜系統の強化された中和を媒介するリコール応答を引き起し、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、及びＢＡ．４／５の間のより高いＳタンパク質配列類似性が、より遠いＢＡ．１バリアントを有するブレークスルー感染と比較して、より効率的な交差中和を駆動することを示す、という洞察を提供する。オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２を含む現在のＶＯＣによる重度の疾患からの有効な保護を提供する、ＢＮＴ１６２ｂ２などの現在承認されている武漢由来ワクチンによるワクチン接種の重要性にもかかわらず、ＢＡ．２ブレークスルー感染後のＢＡ．４／５を含む現在のＶＯＣに対する広範な交差中和活性に関する本所見は、とりわけ、武漢株配列または上述されるものと同じ免疫学的関連カテゴリー（例えば、アルファ株、ベータ株、デルタ株、オミクロンＢＡ．１）からのバリアント配列に適応したワクチン、及びＢＡ．２バリアント配列または上述されるものと同じ免疫学的関連カテゴリー（例えば、オミクロンＢＡ．２．１２．１、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５）からのバリアント配列に適応したワクチンの組み合わせは、２つの異なるカテゴリーからのバリアントに対する強化された交差中和活性を提供することができるという洞察を提供する。いくつかの実施形態では、本実施例は、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン株を選択するために最新の疫学的データを使用する季節性インフルエンザワクチンのそれに関してモデル化されたライセンス手順の実施を支持する証拠を提供する。いくつかの実施形態では、本実施例は更に、世界保健機関（ＷＨＯ）グローバルインフルエンザ監視及び応答システム（ＧＩＳＲＳ）によって実施される選択プロセスと同様の、ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンの季節性更新のための迅速な株選択の確立、及び／または代理免疫原性エンドポイントに基づく加速承認経路に関する合意を支持する証拠を提供する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してワクチン接種され、ＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染を経験した対象からの中和力価を、それぞれ図３１（Ａ）及び（Ｂ）に示し、両群の対象についてのＧＭＲを図３１（Ｃ）に示す。図３１（Ａ）及び（Ｂ）に示されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して以前にワクチン接種され、ＢＡ．１またはＢＡ．２のいずれかでブレークスルー感染を経験した対象からの血清は、武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、及びオミクロンＢＡ．１バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を含む疑似ウイルスに対する著しい中和力価を有することが見出された。前述のように、ＢＡ．２に対する中和力価は、ＢＡ．１ブレークスルー患者からの血清ではやや低く（ＢＡ．２では８７５対武漢株では１３２７のＧＭＴ）、ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対して依然として低い（武漢株の１３２７と比較して、それぞれ５８４及び２６６のＧＭＴ）。ＢＡ．２ブレークスルー患者は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、及びデルタバリアントに対するＢＡ．１ブレークスルー患者と同様の中和反応を示す。オミクロンＢＡ．１に対する中和応答は、ＢＡ．１ブレークスルー患者において、ＢＡ．２ブレークスルー患者（０．６０と比較して０．７６のＧＭＲ）よりもいくらか高いが、一方で、オミクロンＢＡ．２に対する中和力価は、ＢＡ．２ブレークスルー患者において、ＢＡ．１ブレークスルー患者よりも高い（０．９４対０．６６のＧＭＲ）。しかしながら、驚くべきことに、ＢＡ．４／５に対する中和応答は、ＢＡ．２ブレークスルー患者において著しく高い（ＢＡ．１ブレークスルー患者における０．２のＧＭＲと比較して、ＢＡ．２ブレークスルー患者における０．３９のＧＭＲ）。したがって、本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してワクチン接種された対象におけるＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して、ＢＡ．２ブレークスルー感染によってより広範な免疫応答を誘発することができることを文書化し、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳタンパク質をコードするＲＮＡを含むブースターワクチンを投与することが、驚くべき及び予想外の利益を達成することができることを教示する。
更に、本開示は、ＢＡ．２及びＢＡ．４／５バリアントのＳタンパク質配列間の類似性を考慮すると、ＢＡ．４及び／またはＢＡ．５バリアントスパイク配列を含むか。または送達するワクチン接種用量と、武漢スパイク配列を含むか、または送達するワクチン接種用量とを組み合わせることにより、特に広範な免疫化（すなわち、本明細書に記載されるような相乗免疫化）を達成することもできるという洞察を提供する。
いくつかの実施形態では、これらの所見は、コロナウイルス株及び／またはバリアント配列（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアント配列）の相乗的カテゴリーが、例えば、コロナウイルス株及び／またはバリアント配列のＳ糖タンパク質における共有アミノ酸改変に基づくいくつかの実施形態において定義され得ることを示唆する。例えば、Ｓタンパク質のＲＢＤにおけるアミノ酸変化の多くは、オミクロン亜系統（例えば、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、及びＢＡ．４／５）間で共有されるが、ＢＡ．４／５を含むＢＡ．２及びＢＡ．２由来の亜系統のＮＴＤ内の改変は、ＢＡ．１に見出されるものとはほとんど異なっている。したがって、いくつかの実施形態では、コロナウイルス株及び／またはバリアント配列（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアント配列）の相乗的カテゴリーは、Ｓタンパク質のＮＴＤ内に存在する共有アミノ酸変異の程度に基づいて定義することができる。例えば、２つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアント配列が、Ｓタンパク質のＮＴＤに存在するアミノ酸変異の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、またはそれ以上を含む）を共有するいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及びバリアント配列の両方を同一のカテゴリーにグループ化することができる。２つのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及び／またはバリアント配列が、Ｓタンパク質のＮＴＤに存在するアミノ酸変異の５０％以下（例えば、４５％以下、４０％以下、３０％以下、またはそれ以下を含む）を共有するいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株及びバリアント配列の両方を異なるカテゴリーにグループ化することができる。とりわけ、本所見は、対象を（例えば、感染及び／またはワクチン接種を介して）異なる相乗的カテゴリーの少なくとも２つの抗原に曝露することにより（例えば、下の表に示されるように）、より堅牢な免疫応答を生成することができる（例えば、異なるバリアントに対する交差中和のスペクトルを拡大すること、及び／または免疫逃避の傾向が低い免疫応答を生成すること）という洞察を提供する。
















Figure 2023081859000169
例えば、いくつかの実施形態では、感染の既往のないワクチン未接種の対象に、ワクチンの組み合わせを投与してもよく、これらのうちの少なくとも２つは、各々、異なる相乗的カテゴリーのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に適応する（例えば、本明細書に記載されるように）。いくつかの実施形態では、かかるワクチンの組み合わせは、異なる時間、例えば、いくつかの実施形態では、所定の期間（例えば、本明細書に記載されるある特定の投薬レジメンによる）だけ間隔を空けて投与される第１の用量及び第２の用量として投与され得る。いくつかの実施形態では、かかるワクチンの組み合わせは、多価ワクチンとして投与されてもよい。いくつかの実施形態では、１つのカテゴリーのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株で感染またはワクチン接種された対象は、異なるカテゴリーのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に適応したワクチンとともに投与されてもよい（例えば、本明細書に記載されるように）。いくつかの実施形態では、かかるワクチンは、ポリペプチドベースまたはＲＮＡベースのワクチンであり得る。
いくつかの実施形態では、カテゴリーＩからのワクチン及びＢＡ．４／５ワクチンを含むワクチンの組み合わせは、特に優れた免疫応答（例えば、特に強力な交差中和効果を有する免疫応答）を提供し得る。
ＸＢＢとそのバリアントとの間の多数の差異により、いくつかの実施形態では、特に改善された相乗効果は、カテゴリーＩのワクチン及びＸＢＢワクチンを含む組み合わせによって生じさせることができる。いくつかの実施形態では、特に改善された相乗効果は、ＢＡ．４／５ワクチン及びＸＢＢワクチンを含む組み合わせによって生じさせることができる。
本所見は、個体の免疫化間隔、ならびに年齢及び性別などの人口統計学的特徴に関して完全に整合していない比較的小さな試料サイズ及びコホートを使用して、異なる研究に由来する試料の後ろ向き分析に基づいているが、本所見は、より広範なスペクトルのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対する交差中和を改善するためのワクチン設計及びワクチン接種戦略のための有用な洞察を提供する。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、１つ以上の異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むポリペプチド（例えば、非天然ポリペプチド、例えば、キメラポリペプチド）、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、第１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異、及び第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むポリペプチド（例えば、非天然のポリペプチド、例えば、キメラポリペプチド）、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、第１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、上記の表のカテゴリーＩからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株／バリアントであり得る一方、第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、上記の表のカテゴリーＩＩからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株／バリアントであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、ワクチンは、第１のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及び第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及びＢＡ．１オミクロンバリアントではない第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及びＢＡ．１オミクロンバリアントではない第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤを含むポリペプチドを含むか、またはコードすることができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及びＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及びＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及びＢＡ．１オミクロンバリアントではない第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及びＢＡ．１オミクロンバリアントではない第２のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及びＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントのＮＴＤの特徴である１つ以上の変異を含むポリペプチド、及びＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＲＢＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＮＴＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。
いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．２オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチンは、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＮＴＤ、及び武漢Ｓタンパク質のＲＢＤを含むポリペプチド、またはポリペプチドをコードする核酸（例えば、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ）を含むことができる。
材料及び方法
参加者の募集及び試料収集
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のＢＮＴ１６２ｂ２トリプルワクチン接種（ＢＮＴ１６２ｂ２３）コホートの個体は、第２相治験ＢＮＴ１６２－１７（ＮＣＴ０５００４１８１）への参加の一部としてインフォームドコンセントを提供した。オミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染（全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１及び全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．２コホート）を有する個体は、例えば、１つ以上の用量のＢＮＴ１６２ｂ２、Ｍｏｄｅｒｎａ ｍＲＮＡ－１２７３、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ ＣｈＡｄＯｘ１－Ｓ組換えワクチン、またはそれらの組み合わせで３回ワクチン接種され、研究のための血液試料及び臨床データを提供するために募集された。オミクロン感染は、２０２１年１１月～２０２２年１月中旬（全Ｖａｘ＋Ｏｍｉ ＢＡ．１）または２０２２年３月～２０２２年５月のいずれかでバリアント特異的ＰＣＲにより確認され、時に、それぞれ亜系統ＢＡ．１またはＢＡ．２が優勢であった（参照２４）。この研究におけるある特定の参加者（例えば、少なくとも７人の参加者）の感染は、ゲノム配列決定によって更に特徴付けられ、ゲノム配列決定は、オミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２感染を確認した。
参加者は、採血時に無症状であった。表２６は、抗体応答を中和するために分析したワクチン接種された個体の特徴の要約である。全ての参加者は、ワクチン接種前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の記録がなかった。
Figure 2023081859000170
血清を、２０００×ｇで１０分間、採取した血液を遠心分離することによって単離し、使用まで凍結保存した。
ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓバリアント疑似ウイルス生成
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードする組換え複製不全小胞性口腔炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｒｅｆ：Ｐ５９５９４）及び武漢基準株（ＮＣＢＩ Ｒｅｆ：４３７４０５６８）、アルファバリアント（変異：Δ６９／７０、Δ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ）、ベータバリアント（改変：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Δ２４２－２４４、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、デルタバリアント（改変：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｄ９５０Ｎ）オミクロンＢＡ．１バリアント（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、オミクロンＢＡ．２バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、オミクロンＢＡ．２．１２．１バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｑ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｓ７０４Ｌ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、またはオミクロンＢＡ．４／５バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）のいずれかに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って（参考文献４９）疑似タイプ化した。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質改変の図を図３２に示し、オミクロン亜系統におけるＳ糖タンパク質改変の別個のアラインメントを図３３に示す。簡潔に述べると、１０％熱不活化ウシ血清（ＦＢＳ［Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ］）（培地と称される）を補充したＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）（Ｇｉｂｃｏ）を有するダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養したＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１１２６８（商標））を、製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、Ｓａｎｇｅｒ配列決定検証ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはバリアント特異的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ発現プラスミドでトランスフェクトした。２４時間で、ＶＳＶ－Ｇは、ＶＳＶΔＧベクターを補完した。３７℃で２時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ Ｉｎｃ．）を補充した培地を添加して、残留ＶＳＶ－Ｇ補完入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似タイプ含有培地を、播種の２０時間後に採取し、０．２μｍフィルター（Ｎａｌｇｅｎｅ）に通し、－８０℃で保管した。疑似ウイルスバッチを、培地中で培養したＶｅｒｏ ７６細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８７（商標））で滴定した。以前にＭｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０２１に記載されている、１ｍＬ当たり２００形質導入単位（ＴＵ）の感染力価に対応する、定義された体積の武漢Ｓ糖タンパク質疑似ウイルス参照バッチによって誘導される相対的ルシフェラーゼ単位を比較対象として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスバッチの入力体積を算出して、参照に対する相対ルシフェラーゼ単位に基づいて感染力価を正規化した。
疑似ウイルス中和アッセイ
Ｖｅｒｏ ７６細胞を、アッセイの４時間前に培地中で４０，０００細胞／ウェルで９６ウェル白色平底プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に播種し、７．５％ ＣＯ２で３７℃で培養した。各個々の血清を培地中で２倍段階希釈し、第１の希釈は、１：５（オミクロン未感染の３回ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された；希釈範囲は１：５～１：５，１２０）または１：３０（後続のオミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染後に３回ワクチン接種された；希釈範囲は１：３０～１：３０，７２０）であった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスアッセイの場合、全個体の血清を最初に１：５（１：５～１：５，１２０の希釈範囲）に希釈した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ／ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－Ｓ粒子を培地中に希釈して、アッセイにおいて２００ＴＵを得た。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルス（疑似ウイルス当たり血清当たりｎ＝２の技術的複製）と１：１で混合した後、Ｖｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で２４時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光は、ＣＬＡＲＩＯｓｔａｒ（登録商標）Ｐｌｕｓマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）に記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。結果を、重複物の幾何平均力価（ＧＭＴ）として表した。中和が観察されなかった場合、検出限界［ＬＯＤ］の半分の任意の力価値が報告された。
統計分析
抗体力価の分析に使用される集合の統計的方法は、幾何平均であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ力価及び武漢力価の比については、幾何平均及び対応する９５％信頼区間である。幾何平均の使用は、数桁に及ぶ抗体力価の非正規分布を説明する。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を伴うＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、共通の対照群を用いて群の幾何平均中和抗体力価の対のある符号順位検定を行った。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン９を使用して実施した。
実施例１４に引用される参考文献
１．ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖｉｒｕｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＶＥ），Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．５２９）：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ（２０２１）．
２．ＷＨＯ Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ（ＨＱ），ＷＨＯ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉｅｓ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ：Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｂｒｉｅｆ ａｎｄ ｐｒｉｏｒｉｔｙ ａｃｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｍｅｍｂｅｒ Ｓｔａｔｅｓ（２０２２）．
３．Ｍ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｃｅｌｌ．１８５，４４７－４５６．ｅ１１（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．１２．０３２．
４．Ｗ．Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ－Ｂ．１．１．５２９ ｌｅａｄｓ ｔｏ ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｅｓｃａｐｅ ｆｒｏｍ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｃｅｌｌ．１８５，４６７－４８４．ｅ１５（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．１２．０４６．
５．Ｖ．Ｓｅｒｖｅｌｌｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｃｅｌｌ．１８５，１５３９－１５４８．ｅ５（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２２．０３．０１９．
６．Ｃ．Ｋｕｒｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１，ＢＡ．２，ａｎｄ ＢＡ．３ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎａｔｕｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ．１３，２５５（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１４６７－０２２－３０６８１－１．
７．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｓｃａｐｅｓ ｔｈｅ ｍａｊｏｒｉｔｙ ｏｆ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ．６０２，６５７－６６３（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２１－０４３８５－３．
８．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５８６－０２２－０４９８０－ｙ．
９．Ｎ．Ｐ．Ｈａｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ Ｅｓｃａｐｅ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ Ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，ａｎｄ ＢＡ．５．Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ（２０２２），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｃ２２０６５７６．
１０．Ｅ．Ｍａｔｈｉｅｕ ｅｔ ａｌ．，Ａ ｇｌｏｂａｌ ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ ＣＯＶＩＤ－１９ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ ｈｕｍａｎ ｂｅｈａｖｉｏｕｒ．５，９４７－９５３（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１５６２－０２１－０１１２２－８．
１１．Ｃ．Ｉ．Ｋａｋｕ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃａｌｌ ｏｆ ｐｒｅ－ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｂ ｃｅｌｌ ｍｅｍｏｒｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅａｂｑ３５１１（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｉｍｍｕｎｏｌ．ａｂｑ３５１１．
１２．Ｊ．Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｉｍｍｕｎｏｌ．ａｂｑ２４２７．
１３．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）．３７５，６７８－６８０（２０２２），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｎ７５９１．
１４．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）．３７１，１１５２－１１５３（２０２１），ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａｂｇ６１０５．
１５．Ｃ．－Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ．Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｍｅｄｉｃｉｎｅ．３８５，１４０１－１４０６（２０２１），ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ２１０８４５３．
実施例１５：オミクロンバリアントからのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンによって誘発された免疫応答の更なる更新
実施例８に記載の実験の後、更なる対象を、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを調査する臨床治験に登録した。本実施例では、対象（以前の感染の証拠の有無にかかわらず１８～５５歳）に、第２のブースター（第４の用量）の、３０ｕｇの武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（本実施例では、ＢＮＴ１６２ｂ２）または３０μｇのオミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ（本実施例では、ＢＡ．１オミクロンバリアントの特徴である変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、配列番号５０及び５１を含み、配列番号４９のアミノ酸をコードする、ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ）のいずれかを投与した。
以前の感染の証拠のない参加者の一次免疫原性分析において、ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ（Ｎ＝１３２）は、ＢＮＴ１６２ｂ２（Ｎ＝１４１）と比較して、ＢＡ．１オミクロンＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する優れた中和抗体応答を誘発した。ＢＡ．１オミクロンに対するＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＧＭＴは、１１００のＢＮＴ１６２ｂ２ ＧＭＴ（ＣＩ：９３２、１２９７）と比較して、１９２９（ＣＩ：１６３２、２２８１）であり、ＧＭＴ比は、１．７５（９５％ ＣＩ：１．３９、２．２２）であった。
ＢＮＴ１６２ｂ２と比較して、ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株に対して同様の中和抗体応答を誘発した。ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＧＭＴは、１２００９のＢＮＴ１６２ｂ２ ＧＭＴ（ＣＩ：１０７４４、１３４２５）と比較して、１１９９７（ＣＩ：１０５５４、１３６３８）であった。
データは、第２のブースターワクチン接種（第４の用量）としてのオミクロン一価ワクチンは、武漢株のＳタンパク質をコードするＲＮＡワクチンと比較して、ＢＡ．１オミクロンに対する中和抗体応答を改善し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株に対する中和抗体応答に悪影響を及ぼさないことを示唆する。
実施例１６．ＶＯＣワクチン接種の免疫学的影響
本実施例は、懸念されるある特定のバリアント（「ＶＯＣ」）からのスパイクタンパク質をコードするＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンの投与による免疫学的影響を記載する。特に、本実施例は、２つの用量の（すなわち、確立されたモデル免疫化プロトコルに従って）「元の」ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン（すなわち、本明細書に記載されるような武漢スパイクタンパク質をコードする）を受けた対象（本実施例では、マウス）への「ブースター用量」の投与の免疫学的影響を説明する。
図３４は、本実施例で利用される免疫化プロトコルを示す。具体的には、ＢＡＬＢ／ｃマウスを、ＢＮＴ１６２ｂ２で２回（各用量１ｕｇ）、次いで後の時点で、ＢＮＴ１６２ｂ２／ＶＯＣ（各用量１ｕｇ）で免疫化した。免疫化は、最大３または４回行った。動物を定期的に出血させて、ＥＬＩＳＡ及び疑似ウイルス中和アッセイによって抗体免疫応答を分析した。治験の終了時に、動物を安楽死させ、脾臓におけるＴ細胞応答を分析した。
ブーストは、以下を用いて実施した：（ａ）元のＢＮＴ１６２ｂ２（「ＢＮＴ１６２ｂ２」）、（ｂ）ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＢＡ．１（「ＯＭＩ ＢＡ．１」）、（ｃ）ＢＮＴ１６２ｂ２ ＯＭＩ ＢＡ．４／５（「ＯＭＩ ＢＡ．４／５」）、（ｄ）ＢＮＴ１６２ｂ２＋ＯＭＩ ＢＡ．１（各０．５ｇ）、（ｅ）ＢＮＴ１６２ｂ２＋ＯＭＩ ＢＡ．４／５（各０．５ｕｇ）、（ｆ）ＯＭＩ ＢＡ．１＋ＯＭＩ ＢＡ．４／５（各０．５ｕｇ）、及び（ｇ）ＢＮＴ１６２ｂ２＋ＯＭＩ ＢＡ．１＋ＯＭＩ ＢＡ．４／５（各０．３３ｕｇ）。
オミクロンバリアントＢＡ．４及びＢＡ．５は、２０２２年１月に初めて流行し、２０２２年６月までに優勢なバリアントとなりつつあることが報告された。これらの系統の両方が、アミノ酸置換Ｆ４８６Ｖ及びＲ４９３Ｑを含有する。予備的研究は、ＢＡ．１及びＢＡ．２と比較して、特にＢＡ．１と比較して、ＢＡ．４及びＢＡ．５の抗原特性の著しい変化を示唆する。更に、特定の場所（例えば、ポルトガル）においてＢＡ．５バリアントの割合の増加傾向が観察されるにつれて、ＣＯＶＩＤ－１９の症例数及び検査陽性率も増加している。本開示は、ＢＡ．４／５（それらの共通のスパイクタンパク質変異を考慮して、本実施例では一緒に考慮される）が逃避ＶＯＣを表すことができることを提案する。本開示は、関連するＢＡ．４／５配列（例えば、アミノ酸置換）を含むスパイクタンパク質を含むか、または（例えば、投与されたＲＮＡの発現を介して）送達する１つ以上の用量のワクチンを含む（例えば、本明細書に記載され、具体的には本実施例に例示されるような）投薬レジメンの特定の利点を実証する。
図３５及び３６は、示されるように、様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株と比較したベースライン（１０４日目に決定される、ブースト前）幾何平均力価（「ＧＭＴ」）を提示する。見ることができるように、異なるマウスコホートのベースライン免疫化は、同等であった。具体的には、疑似ウイルス当たりの群ＧＭＴは、コホート間の同じ予想範囲内で一貫して観察され、約２倍を超える差は観察されなかった。上記のように、ヒト集団で行われた観察と一致して、武漢株に対する中和ＧＭＴは、ＶＯＣに対するものと比較してかなり高かった（最大３，０４４のＧＭＴ）。全体的に、ＧＭＴの順序は、武漢＞ＢＡ．１≒ＢＡ．２＞ＢＡ．２．１２．１＞ＢＡ．４／５であった。
図３７は、ベースライン（１０４日目に決定され、ブースト前）交差中和分析を示し、交差中和能に関してコホートのベースライン免疫化が同等であることを実証する。具体的には、ベースラインでは、算出されたバリアント／武漢基準ＧＭＴ比は、交差中和能がコホート間で比較的同等であったことを示した（ＢＮＴ１６２ｂ２一価群で、ＢＡ．１中和に関して１つの外れ値のみが観察された）。さらにまた、ヒト集団の観察とも一致する、ＢＡ．１＝ＢＡ．２＞ＢＡ．２．１２．１＞ＢＡ．４／５
図３８～４０は、ブーストから７日後に得られたデータを提示し、ＧＭＴの著しい幾何平均倍率増加（図３８及び３９）ならびに有効な交差中和（図４０）を達成することにおけるＢＡ．４／５、特に一価のＢＡ．４／５の顕著な有効性を文書化する。見ることができるように、ＢＮＴ１６２ｂ２ブースター免疫化は、全てのＶＯＣに対して同等の力価増加（３．９～７．１倍）をもたらしたが、一方で一価ＢＡ．１及びＢＡ．４／５ブースターは、相同ＶＯＣ力価のかなり強力な増加（ＢＡ．１で１６．８倍、ＢＡ．４／５で６７．３倍）をもたらした。
一価ＢＡ．４／５ブースターは、試験した疑似ウイルスパネルにわたって力価増加を駆動するのに最も効果的であった。二価ブースターは、一価ＶＯＣブースターと比較して、同様であるが減衰した傾向を示し、二価ブースターの中で、ｂ２＋ＢＡ．４／５の組み合わせは、広範囲の交差中和を駆動するのに最も効果的であった。三価ブースター（ｂ２＋ＢＡ．１＋ＢＡ．４／５）は、二価ブースターよりも優れており、二価ｂ２＋ＢＡ．４／５と一価ＢＡ．４／５ブースターとの間に中間免疫化を与えた。
図４０は、とりわけ、算出されたバリアント／武漢基準ＧＭＴ比を提示しており、これは、以下を示す：
（ｉ）ＢＮＴ１６２ｂ２ブースターは、特にＢＡ．２及び子孫（ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４／５）の比較的不良な交差中和をもたらす
（ｉｉ）ＢＡ．１ブースターは、ＢＡ．１の優れた交差中和をもたらすが、依然として比較的不良なＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４／５の中和をもたらす
（ｉｉｉ）ＢＡ．４／５ブースターは、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対する非常に奨励された中和により、バランスのとれた汎オミクロン中和をもたらす
二価ブースターは、一価のＶＯＣブースターと比較して、同様であるが減衰した傾向を示し、二価ブースターの中で、ｂ２＋ＢＡ．４／５の組み合わせは、広範囲の交差中和を駆動するのに最も効果的であり、三価ブースター（ｂ２＋ＢＡ．１＋ＢＡ．４／５）は、ＢＡ．１／ＢＡ．４／５ブースターと同等の交差中和を誘発した。
マウスには、２つのＲＮＡ分子を投与することもでき、２つのＲＮＡ分子の比率は、１：１ではない。例えば、マウスに、ＢＮＴ１６２ｂ２及びＢＡ．４／５を１：２の比で含む二価ワクチンを（例えば、０．３３ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２及び０．６６ｕｇのＢＡ．４／５を投与することによって）投与することができる。マウスに、ＢＮＴ１６２ｂ２及びＢＡ．４／５を１：３の比で含む二価ワクチンを（例えば、０．２５ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２及び０．７５ｕｇのＢＡ．４／５を投与することによって）投与することもできる。かかる組成物は、ワクチン未接種のマウスまたはＢＮＴ１６２ｂ２で以前にワクチン接種された（例えば、２つの用量の１ｕｇのＢＮＴ１６２ｂ２を以前に投与された）マウスに投与することができる。
本明細書は、ＢＡ．４／５免疫化（具体的には、例えば、本明細書に提供される配列によるＢＮＴ１６２ｂ２＋ＢＡ．４／５免疫化）の顕著な有効性を実証する。更に、本明細書は、一価、二価、及び三価フォーマットでのＢＡ．４／５免疫化の有効性を実証し、一価ＢＡ．４／５の驚くべき有効性を文書化する。
本開示は、（例えば、武漢ワクチンで、例えば、少なくとも（または正確に）２つの用量の武漢ワクチンで）以前に免疫化された対象に投与された１つ以上のＢＡ．４／５用量の顕著な有用性を具体的に実証する。いずれかの特定の理論によって拘束されることを望むものではないが、本開示は、オミクロンＢＡ．４／５スパイクの免疫学的特徴が、対象の免疫化に特に有用または有効であり得、具体的には１つ以上（例えば、１、２、３、４、またはそれ以上）の用量の元のＢＮＴ１６２ｂ２でのワクチン接種を含む、武漢株（及び／または武漢株と免疫学的に関連する１つ以上の株）で（例えば、１つ以上のワクチン用量の事前投与及び／または事前感染を介して）免疫化した対象を含む。
実施例１７：オミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／ＢＡ．５の交差中和を強化する
本実施例１７は、実施例１４の延長であり、ＢＡ．１及びＢＡ．２ブレークスルー症例から収集した血清試料を、オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５バリアントに対する中和活性について分析した実験を記載する。実施例１４に記載される結果を確認することに加えて、本実施例１７はまた、ＢＡ．１及びＢＡ．２ブレークスルー感染によって誘導される抗体応答の更なる特徴付けを提供し、ＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して、ＢＡ．２ブレークスルー感染において観察されるようなＢＡ．４／５オミクロンバリアントの中和の増加に寄与し得る態様についての洞察を提供する。特に、本実施例は、ＢＡ．２ブレークスルー感染が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（例えば、ＢＡ．４／５ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）に結合するより高い力価の中和抗体を誘導することができ、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの中和の増加をもたらすことができることを実証する。
先の実施例で実証されるように、後にオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染を有した、武漢株からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを以前に投与された個体は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び以前の懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）に対して強力な血清中和活性を有するが、以前のバリアントを置換した、感染性の高いオミクロン亜系統ＢＡ．４及びＢＡ．５に対してはそれほどではない。後者の亜系統はオミクロンＢＡ．２に由来するため、ＢＡ．２ブレークスルー感染を経験したＣＯＶＩＤ－１９ ｍＲＮＡワクチンで３回免疫化された個体の血清中和活性を分析した。本実施例は、これらの個体の血清が、ＢＡ．２誘導バリアントＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４／ＢＡ．５（先の実施例１４の結果を確認する）を含む、以前のＶＯＣならびに全ての試験されたオミクロン亜系統に対して広範な中和活性を有することを実証する。更に、本実施例における抗体枯渇の適用は、ＢＡ．２回復期血清によるＢＡ．２及びＢＡ．４／ＢＡ．５亜系統の中和が、スパイク糖タンパク質のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的とする抗体によって著しく駆動されるのに対し、オミクロンＢＡ．１回復期血清によるそれらの中和は、もっぱら受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を標的とする抗体に依存することを示す。これらの所見は、ＢＡ．１スパイク糖タンパク質とは対照的に、オミクロンＢＡ．２への曝露が、ワクチン接種された個体において著しいＮＴＤ特異的リコール応答を引き起こし、それによってＢＡ．４／ＢＡ．５亜系統の中和を強化することを示唆する。ＢＡ．４／ＢＡ．５のようなＢＡ．２由来の亜系統が優勢であり、急速に進化が進んでいる現在の疫学を考えると、これらの所見は、オミクロン適応ワクチンの開発に高い関連性がある。
導入
２０２１年１１月の懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント（ＶＯＣ）の出現（参考文献１）は、ＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの転換点とみなすことができる。武漢株からのＳタンパク質と比較して、スパイク（Ｓ）糖タンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）及びＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）において著しく改変されるオミクロンＢＡ．１は、以前に確立された免疫を部分的に逃避する（参考文献２）。多くのエピトープの喪失（参考文献３、４）は、野生型株（武漢－Ｈｕ－１）Ｓ糖タンパク質ベースのワクチンまたは以前の株への感染によって誘導される中和抗体に対する感受性を減少させ（参考文献５～７）、完全免疫を確立するために第３のワクチン用量を必要とした（参考文献８～１０）。オミクロンＢＡ．１は、ＢＡ．２バリアントによって置き換えられ、順にその子孫であるＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５によって置き換えられ、現在では多くの領域で優勢である（参考文献１１～１４）。
抗原的には、ＢＡ．２．１２．１は、ＢＡ．１ではなくＢＡ．２との高い類似性を示すが、ＢＡ．４及びＢＡ．５は、その系譜に沿ってＢＡ．２とはかなり異なり、ＢＡ．１とは更に異なる（参考文献１５及び１６）。ＲＢＤにおけるいくつかのアミノ酸変化は、全てのオミクロン亜系統間で共有されるが、改変Ｌ４５２Ｑは、ＢＡ．２．１２．１にのみ見出され、そのＲＢＤをＢＡ．２バリアントと区別する唯一の残基である。Ｌ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖの改変は、ＢＡ．４／ＢＡ．５特異的であるが、Ｓ３７１Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、及びＲ４０８Ｓは、ＢＡ．１ではなく、ＢＡ．２及びその子孫ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／ＢＡ．５によって共有される（図３３）。これらのアミノ酸交換は、ワクチン誘導性中和抗体及び野生型Ｓ糖タンパク質を標的とする治療用抗体薬物からの更なる逃避と関連している（参考文献６、１５、１７～２０）。ＢＡ．２及びその子孫のＮＴＤは、野生型株に抗原的に近く、ＢＡ．１で生じたいくつかのアミノ酸変化、挿入、及び欠失を欠く（図３３）。例えば、野生型Ｓ糖タンパク質に対して調製されたＮＴＤ指向性モノクローナル抗体のパネルに対して耐性をもたらした、ＢＡ．１バリアントのΔ１４３～１４５、Ｌ２１２Ｉ、またはｉｎｓ２１４ＥＰＥは、ＢＡ．２及びその子孫には見出されない（参考文献２１、２２）。
先の実施例で実証されるように、ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．１ブレークスルー感染は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型に対して観察されたものと同様のレベルで、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び先のＶＯＣに対する広範な中和活性を増強する。３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体のＢＡ．１ブレークスルー感染は、ＢＡ．１のみに特異的なＢ細胞を誘導するのではなく、主にバリアント間で広く共有されるエピトープに対するメモリーＢ細胞を拡張する堅牢なリコール応答を誘導する。オミクロン亜系統ＢＡ．４及びＢＡ．５の中和は、ＢＡ．１ブレークスルー感染患者において、ＢＡ．１バリアントと比較して増加は小さく、幾何平均力価は、系統発生学的により遠いＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対するものと同等であった。
オミクロンＢＡ．２がＢＡ．１よりもＢＡ．４／ＢＡ．５に密接に関連していることを考慮して、ＢＡ．２ブレークスルー感染が、ＢＡ．１ブレークスルー感染と比較して、これらの最新のオミクロン亜系統に対して交差中和活性を移行させるかどうかを評価した。血清試料による異なるオミクロン亜系統の中和を、ｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンで３回ワクチン接種された個体の３つの異なるコホート、すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の既往がない個体及びＢＡ．１またはＢＡ．２のいずれかでブレークスルー感染を経験した個体と比較した。加えて、Ｓ糖タンパク質ＲＢＤ対ＮＴＤを標的とする血清抗体の、オミクロン亜系中和への寄与を特徴付けた。得られたデータは、オミクロン免疫逃避機序及びバリアント交差中和に対する免疫化の効果に関する現在の理解を増加させ、したがって更なるワクチン開発を導くのに役立つ。
結果
コホート及び試料採取
本研究は、ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種され、試料採取時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染であった個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、ｎ＝１８）、３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）でワクチン接種され、その後ＢＡ．１優勢時にオミクロンにブレークスルー感染した個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、ｎ＝１４）、または３回ｍＲＮＡでワクチン接種され、ＢＡ．２優勢時にブレークスルー感染した個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝１３）の３つのコホートからの血清試料を調査した。回復期コホートについては、最新のワクチン接種及び感染などの主要事象間の関連する間隔を図４１に示す。血清は、ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン治験の生体試料収集、及びオミクロンブレークスルー感染を経験したワクチン接種された患者を研究する非介入研究に由来した。
３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５を含むＶＯＣの広範な中和を誘導する。
免疫血清の中和活性を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株のＳ糖タンパク質、またはアルファ、ベータ、デルタ、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．２由来の亜系ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５を保有する疑似ウイルスを用いて、５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）を決定することによって、十分に特徴付けられた疑似ウイルス中和試験（ｐＶＮＴ）（参考文献２４、２５）において試験した。ＢＡ．４及びＢＡ．５は、同一のＳ糖タンパク質配列を共有するため、本実施例においては、ｐＶＮＴの文脈においてＢＡ．４／５と称される。加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ（本明細書ではＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１と称される）をアッセイして、潜在的な汎サルベコウイルス中和活性を検出した（参考文献２６）。直交試験系として、全試験期間中に存在する抗体を用いた真正ウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株及びＢＡ．４を含むＶＯＣ（オミクロンＢＡ．２．１２．１を除く））の多サイクル複製中の中和を分析する、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和試験（ＶＮＴ）も使用した。
ｐＶＮＴにおいて、３つのコホート全てからの血清は、野生型株、アルファ、ベータ、デルタＶＯＣ、ならびにオミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２系統を堅牢に中和し、中和活性は、ブレークスルー感染した個体、特にＢＡ．１ブレークスルー感染コホート（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）においてより顕著であった。しかしながら、ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染（ＢＮＴ１６２ｂ２３）及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１個体のＢＡ．２．１２．１に対する血清中和活性は、野生型と比較して有意に低減し（ｐ＜０．０５）、ＢＡ．４／５については更に有意に低減した（ｐ＜０．００１、野生型株と比較して＞５倍）（図４２（Ａ））。対照的に、オミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染した３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）からの血清は、野生型株と同様に堅牢にＢＡ．２．１２．１疑似ウイルスを中和した。ＢＡ．４／５の中和は、ＢＡ．２．１２．１の中和と概ね類似しており、野生型株と比較した低減は有意であったが（ｐ＜０．０５）、他の２つのコホートと比較して顕著ではなかった（約２．５倍）。
抗体力価の大きさにかかわらず、中和幅に関してコホートを比較するために、ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴを武漢株に対して正規化した。比率は、ＢＡ．４／５交差中和が、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１及びＢＮＴ１６２ｂ２３血清（ＧＭＴ比０．１８及び０．１７）と比較して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２（ＧＭＴ比０．３８）おいて実質的に強かったことを示した（図４２（Ｂ））。同様に、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２血清によるオミクロンＢＡ．２．１２．１の交差中和（ＧＭＴ比０．５２）は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１血清によるもの（ＧＭＴ比０．４３）よりも強く、ＢＮＴ１６２ｂ２３血清によるもの（ＧＭＴ比０．２６）よりも更に強かった。
これらの３つのコホート内のＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体のみを含む別個の分析は、ＢＡ．２ブレークスルー感染がかなりのＢＡ．４／５交差中和（ＢＡ．４／５対野生型ＧＭＴ比０．４２）に関連していることを確認したが、ＢＡ．１ブレークスルー感染後、ＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型に対するものよりも約６倍低かった（すなわち、ＧＭＴ比０．１７）（図４５（Ａ）～（Ｃ））。ＢＡ．１またはＢＡ．２回復期の血清によるＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１の交差中和は、ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体よりも優れていた。
真正な生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和アッセイは、ｐＶＮＴアッセイからのものと強く相関するＶＯＣ中和力価を提供し（図４６）、図４２における主要な所見を確認した。このアッセイでは、ＢＮＴ１６２ｂ２３血清中のオミクロンＢＡ．２に対する５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴは、野生型株に対するものと比較して強力に低減したが（ｐ＜０．０００１）、一方で、両方の回復期群からの血清は、強力な中和活性を示し、ＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するものと同等であった（図４３（Ａ））。オミクロンＢＡ．４に対する中和活性の低減は、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１コホートと比較して、ＢＡ．２回復期コホートにおいて顕著ではなかった（野生型株に対してそれぞれ約１５倍及び５倍低いＶＮ５０ ＧＭＴと比較して、約２．５倍）。
ｐＶＮＴデータに沿って、野生型株に対するＶＯＣ ＶＮ５０ ＧＭＴの算出された比を介した大きさ非依存性分析は、ＢＡ．４交差中和が、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１（ＧＭＴ比０．２０）及びＢＮＴ１６２ｂ２３（ＧＭＴ比０．０７）コホート（図４３（Ｂ））と比較して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２コホート（ＧＭＴ比０．３９）において強く、同様にＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体のサブコホート内で強かったことを示した（図４５（Ｄ）～（Ｆ））。
総合すると、これらのデータは、ワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染が、試験された全てのオミクロン亜系統及び以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対する広範な中和活性と関連付けられたことを実証する。特に、これらのデータは、ＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質に対する中和抗体応答に再度焦点を当てる際に、ＢＡ．２によるブレークスルー感染が、ＢＡ．１によるものよりもより効果的であった（約２倍高い交差中和）ことを示す。
３回ｍＲＮＡワクチン接種されたＢＡ．２回復期個体の血清によるオミクロンＢＡ．２及びＢＡ．４／５の中和は、ＮＴＤ標的化抗体によって大きく媒介される。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／５の中和のためのＳ糖タンパク質のＲＢＤまたはＮＴＤのいずれかに結合する血清抗体の役割を解析するために、これらの抗体画分を、３つのコホートの血清から別々に枯渇させた（各ｎ＝６、図４７（Ａ））。ＶＯＣブレークスルー感染は、既知のＶＯＣにわたって保存されたエピトープを認識するリコール応答を主に誘発することが実証されているため、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株Ｓ糖タンパク質ＲＢＤ及びＮＴＤベイトを枯渇に使用した（参考文献１０、２３、及び２７）。
枯渇実験は、＞９７％の全てのＲＢＤ結合抗体及び＞７４％の全てのＮＴＤ結合抗体を除去した（図４７（Ｂ））。枯渇した血清を、その後、ｐＶＮＴアッセイで試験した。ＲＢＤ－抗体枯渇は、全てのコホートからの血清中の野生型株に対する中和活性を強力に減少させたが、中和活性は、ＮＴＤ結合抗体の枯渇時にほとんど保持された（＞８０％の残存活性）（図４４（Ａ））。オミクロンＢＡ．１の中和は、ＲＢＤ結合抗体の枯渇時に完全に除去され、ＮＴＤ結合抗体の枯渇の影響をほとんど受けなかった。ＢＡ．２の中和について、ＲＢＤ－抗体枯渇は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１血清の中和活性（約２％の残存中和活性）をほぼ完全に廃止した。ＢＮＴ１６２ｂ２３、特にｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２血清の中和力価の低減は、それぞれ、約１２％及び約２４％の残存中和活性ではそれほど深刻ではなかった。対照的に、ＮＴＤ結合抗体の枯渇は、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１血清の中和活性にかなり影響を与えなかった（それぞれ、非枯渇対照の約９１及び約９９％）が、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２血清の中和活性は、約５０％に低減された。同様のパターンは、ＢＡ．４／５の中和のためのＲＢＤ－抗体枯渇後に見られ、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２血清（それぞれ、約２０及び約２６％の残存活性）についてのより深刻でない低減に対して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１血清（約３％の残存活性）の中和活性が強く低減した。ＮＴＤ結合抗体の枯渇は、ＢＡ．２と比較してＢＡ．４／５中和に大きな影響を与え、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１血清の残存中和活性は、それぞれ約７０％及び約９０％であり、ここでもｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２血清が最強の効果（非枯渇対照の約４８％）を有した。
直交アプローチとして、ＮＴＤ（アミノ酸１～３３８）を含むオミクロンＢＡ．１ Ｎ末端及びＲＢＤを含むＢＡ．４／５ Ｃ末端からなる操作されたハイブリッドＳ糖タンパク質を保有する疑似ウイルスに対して、ワクチン接種された個体のこれら３つのコホートから血清の中和活性を評価した。
ＢＮＴ１６２ｂ２３からの血清中のオミクロンＢＡ．１－ＢＡ．４／５ハイブリッド疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、ＢＡ．４／５疑似ウイルスのＧＭＴを中程度に（１．８６倍）下回っており、ＢＡ．１回復期においては、ＧＭＴはわずかに影響を受けたに過ぎなかった（＜１．５倍の低減）（図４４（Ｂ））。対照的に、ハイブリッド疑似ウイルスに対するＢＡ．２回復期血清力価は、ＢＡ．４／５疑似ウイルスに対するものよりもかなり低く（ＧＭＴの３倍以上の低減）（図４４（Ｂ））、これは、実質的な中和活性が、オミクロンＢＡ．２とＢＡ．４／５との間で共有されるＮＴＤエピトープに起因する可能性があることを示唆する。
総合すると、両方の実験で得られたデータは、これら全てのＶＯＣにわたって、ＲＢＤ結合抗体が中和に大きな貢献を提供したことを示す。加えて、ＢＡ．１への曝露（そのＮＴＤにおける以前のＶＯＣとは実質的に異なる、図３３）は、主にＲＢＤに結合するワクチン誘導中和抗体のリコール応答をブーストしたが、ＢＡ．２ Ｓ糖タンパク質への曝露（ＮＴＤは以前のＶＯＣにより密接に関連する）は、既存のメモリー上に構築され得、ＮＴＤ標的化抗体のかなりのリコールを誘発し得、それは、次いで、ＢＡ．２及びＢＡ．４／５の中和に実質的に寄与した。
考察
最近の研究では、ｍＲＮＡワクチンＢＮＴ１６２ｂ２もしくはｍＲＮＡ－１２７３または不活化ウイルスワクチンでワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．１のブレークスルー感染が、ＢＡ．２．１２．１またはＢＡ．４／ＢＡ．５に対してではなく、ＢＡ．２（参考文献１０、１５、２３）を含むＶＯＣに対する血清中和力価をブーストすることが示されている。免疫逃避は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株とオミクロンＢＡ．１との間で共有されるエピトープを認識するが、Ｌ４５２Ｑ／Ｌ４５２Ｒ、及びＦ４８６Ｖを含む主要残基における改変により、ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５に部分的には存在しない、既存の中和抗体応答のブーストに起因している（参考文献１５）。
本実施例では、ＢＡ．２ブレークスルー感染は、ＢＡ．２及びその子孫であるＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４及びＢＡ．５を含む広範な中和活性と関連していた。これらの所見は、Ｓ糖タンパク質ＲＢＤ及びＮＴＤにおけるＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４．５とのＢＡ．２の高い配列類似性が、抗原的により遠いＢＡ．１バリアントへのブレークスルー感染と比較して、より効率的な交差中和を駆動することを示唆する。特に、ＢＡ．１ブレークスルー感染は、異種ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株によるブレークスルー感染が、保存されたＳ糖タンパク質エピトープに対するメモリーＢ細胞レパートリーを主に拡張することを考慮すると、ＢＡ．１ ＮＴＤ内の実質的な改変のために、ＮＴＤ特異的メモリーＢ細胞の強いリコールを引き起こさない場合がある（図３３）（参考文献１０、２３）。抗体枯渇及びハイブリッド疑似ウイルス実験で得られた本明細書に記載のデータは、ＮＴＤ結合抗体が、３回ワクチン接種されたＢＡ．２回復血清中のオミクロンＢＡ．４／５に対する中和活性に実質的な寄与を有する一方で、ＢＡ．１回復血清中の中和活性は、主にＲＢＤ結合抗体に依存することを示す。この所見は、ＢＡ．２ブレークスルー感染個体から単離されたＮＴＤ結合抗体がＢＡ．１を中和しないという観察と一致する（参考文献２９）。これらの重要な所見は、現在の野生型株ベースのワクチンを用いたワクチン接種とブースター、及び様々なＶＯＣによるブレークスルー感染が、集団内の免疫パターンをどのように形成するかに関する我々の知識を拡大し、現在及び新興のＶＯＣに対応する更なるワクチン開発及び適応に役立つ材料である。
現在承認されている野生型株ベースのワクチン、例えば、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２を含む現在のＶＯＣによる重度の疾患からの有効な保護を提供するＢＮＴ１６２ｂ２（参考文献３０及び３１）によるワクチン接種の重要性にもかかわらず、本所見は、急速に進化する疫学的景観及び新たに出現するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントの考慮が、ワクチン適応プログラムを指導するために重要であることを強調する。例えば、ＢＡ．１株のＳ糖タンパク質配列に対するワクチン適応の有効性は、現在臨床治験で調査されているが、本データは、更なる利益がＢＡ．２または子孫の配列に適応したワクチンに由来し得ることを示唆している。
材料及び方法
研究デザイン、参加者の募集、及び試料収集
この研究の目的は、ヒト血清の交差バリアント中和能に対するオミクロンＢＡ．２ブレークスルー感染の影響を調査することであった。ドイツにおけるオミクロンＢＡ．２系統優勢期間（２０２２年３月～５月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）における後続のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染を確認した３回ｍＲＮＡ（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３）でワクチン接種された個体における免疫応答を、試料収集時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染（ヌクレオカプシド血清反応陰性）であったオミクロンＢＡ．１系統優勢期間（２０２１年１１月～２０２２年１月中旬、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）における後続のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染を確認した３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）の免疫応答と比較した。血清中和能を、疑似ウイルス及び生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイを使用して特徴付けた。参照コホートＢＮＴ１６２ｂ２３及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１のデータは、新たに生成されたＢＡ．２．１２．１中和データを除いて、以前に公開された（参考文献１０）。バリアントの交差中和は、野生型Ｓ糖タンパク質ＮＴＤ標的またはＲＢＤ標的中和抗体のいずれかの枯渇後のより小さなサブコホートにおいて更に特徴付けられた。
ＢＮＴ１６２ｂ２３コホートからの個体は、第２相治験ＢＮＴ１６２－１７（ＮＣＴ０５００４１８１）への参加の一環としてインフォームドコンセントを提供した。ＣＯＶＩＤ－１９のワクチン接種後にオミクロンブレークスルー感染を経験した患者を対象とした非介入研究（大学病院倫理委員会［第２０２１－５６０号］により承認されたプロトコル）の一環として、ゲーテ大学フランクフルト校の大学病院から、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋Ｏｍｉ ＢＡ．１及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２コホートからの参加者を募集した。オミクロンＢＡ．１感染を、バリアント特異的ＰＣＲで確認した。この研究における４人のＢＡ．１回復期参加者の感染を、ゲノム配列決定によって更に特徴付けた。４つの症例全てにおいて、ゲノム配列決定によりオミクロンＢＡ．１感染を確認した。
全ての参加者の人口統計学的及び臨床データ、ならびに試料採取時点が提供される（図４１）。全ての参加者は、ワクチン接種前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の記録がなかった。参加者は、採血時に無症状であった。
血清を、２０００×ｇで１０分間、採取した血液を遠心分離することによって単離し、使用まで凍結保存した。
ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓバリアント疑似ウイルス生成
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードする組換え複製不全小胞性口腔炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｒｅｆ：Ｐ５９５９４）及び武漢－Ｈｕ－１基準株（ＮＣＢＩ Ｒｅｆ：４３７４０５６８）、アルファバリアント（変異：Δ６９／７０、Δ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ）、ベータバリアント（改変：Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Δ２４２－２４４、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、デルタバリアント（改変：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｄ９５０Ｎ）オミクロンＢＡ．１バリアント（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、オミクロンＢＡ．２バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、オミクロンＢＡ．２．１２．１バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｑ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｓ７０４Ｌ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、オミクロンＢＡ．４／５バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、または人工オミクロンＢＡ．１－ＢＡ．４／５ハイブリッドＳタンパク質（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）のいずれかに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って（参考文献３）疑似タイプ化した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質改変の図を図４８に示し、オミクロン亜系統におけるＳ糖タンパク質改変の別個のアラインメントを図３３に示す。
簡潔に述べると、１０％熱不活化ウシ血清（ＦＢＳ［Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ］）（培地と称される）を補充したＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）（Ｇｉｂｃｏ）を有するダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養したＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１１２６８（商標））を、製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、Ｓａｎｇｅｒ配列決定検証ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはバリアント特異的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ発現プラスミドでトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後に、細胞を、ＶＳＶ－Ｇ補体ＶＳＶΔＧベクターを用いた３つの感染多重度（ＭＯＩ）で感染させた。３７℃で２時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ Ｉｎｃ．）を補充した培地を添加して、残存ＶＳＶ－Ｇ補完入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似タイプ含有培地を、播種の２０時間後に採取し、０．２μｍフィルター（Ｎａｌｇｅｎｅ）に通し、－８０℃で保管した。疑似ウイルスバッチを、培地中で培養したＶｅｒｏ ７６細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８７（商標））で滴定した。１ｍＬ当たり２００形質導入単位（ＴＵ）の感染力価に対応する、Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０２１（参考文献４）において以前に記載されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株Ｓ糖タンパク質疑似ウイルス参照バッチの規定体積によって誘導される相対的ルシフェラーゼ単位を、比較対象として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスバッチの入力体積を算出して、参照に対する相対ルシフェラーゼ単位に基づいて感染力価を正規化した。
疑似ウイルス中和アッセイ
Ｖｅｒｏ ７６細胞を、アッセイの４時間前に培地中で４０，０００細胞／ウェルで９６ウェル白色平底プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に播種し、７．５％ ＣＯ２で３７℃で培養した。各個々の血清を培地中で２倍段階希釈し、第１の希釈は、１：５（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチン接種された；希釈範囲は１：５～１：５，１２０）または１：３０（後続のオミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染後に３回ワクチン接種された；希釈範囲は１：３０～１：３０，７２０）であった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルスアッセイの場合、全個体の血清を最初に１：５（１：５～１：５，１２０の希釈範囲）に希釈した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ／ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－Ｓ粒子を培地中に希釈して、アッセイにおいて２００ＴＵを得た。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルス（疑似ウイルス当たり血清当たりｎ＝２の技術的複製）と１：１で混合した後、Ｖｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で２４時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光は、ＣＬＡＲＩＯｓｔａｒ（登録商標）Ｐｌｕｓマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）に記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。枯渇研究では、個々の血清レベルで２倍未満の差異を識別するために、中和力価に関する分解能が増加した。中和力価を、各段階血清希釈での中和パーセントの４パラメータのロジスティック（４ＰＬ）適合を生成することによって決定した。５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）力価は、希釈の補間された往復運動として報告され、発光が５０％低減した。全ての疑似ウイルス中和実験の結果を、重複物の幾何平均力価（ＧＭＴ）として表した。中和が観察されなかった場合、検出限界［ＬＯＤ］の半分の任意の力価値が報告された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株、及びアルファ、ベータ、デルタ、ＢＡ．１、ＢＡ．４／５ ＶＯＣ、ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種されたコホート及び３回ワクチン接種されたＢＡ．１回復期コホートのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１疑似ウイルス中和ＧＭＴは、Ｑｕａｎｄｔ．ｅｔ ａｌ．（参考文献１０）において以前に報告された。この研究のために血清試料から新たに生成されたのは、ＢＡ．２．１２．１中和データのみであった。
生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和力価を、ＶｉｓＭｅｄｅｒｉ Ｓ．ｒ．ｌ．（Ｓｉｅｎａ，Ｉｔａｌｙ）での細胞障害性効果（ＣＰＥ）に基づく微小中和アッセイによって決定した。簡潔に述べると、個体からの熱不活化血清試料を１：２（１：１０から開始して、ｎ＝１ウイルス当たり血清当たり２回の技術的複製）に段階希釈し、生野生型様ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス株２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１の１００ ＴＣＩＤ５０（ＧｅｎＢａｎｋ：ＭＴ０６６１５６）、アルファウイルス株ｎＣｏＶ１９単離株／Ｅｎｇｌａｎｄ／ＭＩＧ４５７／２０２０（改変：Δ６９／７０、Δ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ）、ベータウイルス株ｎＣｏＶ１９単離株／Ｅｎｇｌａｎｄ ｅｘ－ＳＡ／ＨＣＭ００２／２０２１（改変：Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Δ２４２－２４４、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、Ａ７０１Ｖ）、鼻咽頭スワブから単離された配列検証されたデルタ株（改変：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｒ６８２Ｑ、Ｄ９５０Ｎ）、オミクロンＢＡ．１株ｈＣｏＶ－１９／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ｒｅｇａ－２０１７４／２０２１（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、配列検証されたオミクロンＢＡ．２株（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｒ６８２Ｗ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、または配列検証されたオミクロンＢＡ．４株（改変：Ｖ３Ｇ、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）とともに３７℃で１時間インキュベートして、任意の抗原特異的抗体をウイルスに結合させる。Ｓ糖タンパク質改変の図を図４８に示す。２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株Ｓ糖タンパク質は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ（武漢－Ｈｕ－１単離株）と配列が同一である。Ｖｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８６（商標））細胞単層を９６ウェルプレート中の血清／ウイルス混合物に接種し、３日間（２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株）または４日間（アルファ、ベータ、デルタ、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４バリアント株）インキュベートして、非中和ウイルスによる感染を可能にした。プレートを倒立光顕微鏡下で観察し、ウェルをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陽性（すなわち、ＣＰＥを示す）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陰性（すなわち、ＣＰＥなしで細胞が生きていた）としてスコアリングした。中和力価は、ＣＰＥから５０％超の細胞を保護し、重複物のＧＭＴとして報告した最高血清希釈の相互作用として決定した。中和が観察されなかった場合、任意の力価値５（ＬＯＤの半分）が報告された。
ヒト血清からのＲＢＤまたはＮＴＤ結合抗体の枯渇
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株Ｓ糖タンパク質ＲＢＤ及びＮＴＤ結合磁気ビーズ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，カタログ番号ＭＢＳ－Ｋ００２及びＭＢＳ－Ｋ０１９、それぞれ４０μｇＲＢＤ／ｍｇビーズ及び３８μｇＮＴＤ／ｍｇビーズ）を製造業者の指示に従って調製した。ビーズを１ｍｇのビーズ／ｍＬで超純水中に再懸濁し、磁石を使用してビーズを収集し、ＰＢＳで洗浄した。ビーズを血清中に再懸濁して、１００μＬの血清当たり２０μｇのＲＢＤ－またはＮＴＤ－ベイトを得た。１００μＬの血清当たり０．５ｍｇのビオチン飽和ＭｙＯｎｅ（商標）ストレプトアビジンＴ１ Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（商標）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，カタログ番号６５６０１）を添加することによって、各血清について模擬枯渇（非枯渇対照）を実施した。ビーズを、穏やかに回転させながら、ヒト血清とともに１時間インキュベートした。磁石を使用して、ビーズに結合した抗体を枯渇した上清から分離した。枯渇した血清及び枯渇していない血清を、疑似ウイルス中和アッセイを使用して交差中和能について分析した。ＲＢＤ結合抗体及びＮＴＤ結合抗体の両方の枯渇有効性を、多重化電気化学発光イムノアッセイ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ、Ｖ－Ｐｌｅｘ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２パネル１キット、カタログ番号Ｋ１５３５９Ｕ－２）によって決定した。
統計分析
抗体力価の分析に使用される集合の統計的方法は、幾何平均であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ力価及び野生型株力価の比については、幾何平均及び対応する９５％信頼区間である。幾何平均の使用は、数桁に及ぶ抗体力価の非正規分布を説明する。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を伴うＦｒｉｅｄｍａｎ検定を使用して、共通の対照群を用いて群の幾何平均中和抗体力価の対のある符号順位検定を行った。スピアマン相関を使用して、非正規分布データセット間の単調関係を評価した。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン９を使用して実施した。
実施例１７の参考文献
１．ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖｉｒｕｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＶＥ）：Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．２５９）：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ．（２０２１）．
２．ＷＨＯ Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ（ＨＱ），ＷＨＯ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉｅｓ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ：Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｂｒｉｅｆ ａｎｄ ｐｒｉｏｒｉｔｙ ａｃｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｍｅｍｂｅｒ Ｓｔａｔｅｓ．（２０２２）．
３．Ｍ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＶＩＤ－１９ ｐａｎｄｅｍｉｃ．Ｃｅｌｌ １８５，４４７－４５６ ｅ４１１（２０２２）．
４．Ｗ．Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ－Ｂ．１．１．５２９ ｌｅａｄｓ ｔｏ ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｅｓｃａｐｅ ｆｒｏｍ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｃｅｌｌ １８５，４６７－４８４ ｅ４１５（２０２２）．
５．Ｖ．Ｓｅｒｖｅｌｌｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｃｅｌｌ １８５，１５３９－１５４８ ｅ１５３５（２０２２）．
６．Ｃ．Ｋｕｒｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１，ＢＡ．２，ａｎｄ ＢＡ．３ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １３，３６０２（２０２２）．
７．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｓｃａｐｅｓ ｔｈｅ ｍａｊｏｒｉｔｙ ｏｆ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ ６０２，６５７－６６３（２０２２）．
８．ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＣＯＶＩＤ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＣＯ－ＶＡＣ）：Ｉｎｔｅｒｉｍ ｓｔａｔｅｍｅｎｔ ｏｎ ｔｈｅ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｏｆ ｃｕｒｒｅｎｔ ＣＯＶＩＤ－１９ ｖａｃｃｉｎｅｓ．（２０２２）．
９．Ｍ．Ｅ．ＭｃＭｅｎａｍｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ｏｎｅ，ｔｗｏ，ａｎｄ ｔｈｒｅｅ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ａｎｄ ＣｏｒｏｎａＶａｃ ａｇａｉｎｓｔ ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｎ Ｈｏｎｇ Ｋｏｎｇ：ａ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎａｌ ｓｔｕｄｙ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，（２０２２）．
１０．Ｊ．Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２）．
１１．Ｅ．Ｃａｌｌａｗａｙ，Ｗｈａｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ’ｓ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｖａｒｉａｎｔｓ ｍｅａｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｐａｎｄｅｍｉｃ．Ｎａｔｕｒｅ ６０６，８４８－８４９（２０２２）．
１２．Ｈ．Ｔｅｇａｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｌｉｎｅａｇｅｓ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ．Ｎａｔ Ｍｅｄ，（２０２２）．
１３．Ｓ．Ｘｉａ，Ｌ．Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｚｈｕ，Ｌ．Ｌｕ，Ｓ．Ｊｉａｎｇ，Ｏｒｉｇｉｎ，ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ，ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ Ｔａｒｇｅｔ Ｔｈｅｒ ７，２４１（２０２２）．
１４．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ｗｅｅｋｌｙ ＣＯＶＩＤ－１９ ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ－Ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｒｅｐｏｒｔ：ｗｅｅｋ ２７ ２０２２（２０２２）．
１５．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
１６．Ｎ．Ｐ．Ｈａｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ Ｅｓｃａｐｅ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ Ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，ａｎｄ ＢＡ．５．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８７，８６－８８（２０２２）．
１７．Ｔ．Ｎ．Ｓｔａｒｒ，Ａ．Ｊ．Ｇｒｅａｎｅｙ，Ａ．Ｓ．Ｄｉｎｇｅｎｓ，Ｊ．Ｄ．Ｂｌｏｏｍ，Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｍａｐ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｔｈａｔ ｅｓｃａｐｅ ｔｈｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ＬＹ－ＣｏＶ５５５ ａｎｄ ｉｔｓ ｃｏｃｋｔａｉｌ ｗｉｔｈ ＬＹ－ＣｏＶ０１６．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ Ｍｅｄ ２，１００２５５（２０２１）．
１８．Ａ．Ｔｕｅｋｐｒａｋｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｓｃａｐｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｆｒｏｍ ｖａｃｃｉｎｅ ａｎｄ ＢＡ．１ ｓｅｒｕｍ．Ｃｅｌｌ １８５，２４２２－２４３３ ｅ２４１３（２０２２）．
１９．Ｑ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，＆ ＢＡ．５．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
２０．Ｙ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ＡＣＥ２ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｄ ｂｒｏａｄｌｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １３，８７１（２０２２）．
２１．Ｐ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ Ｂ．１．３５１ ａｎｄ Ｂ．１．１．７．Ｎａｔｕｒｅ ５９３，１３０－１３５（２０２１）．
２２．Ｌ．Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｉｋｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｍａｎｉｆｅｓｔｅｄ ｂｙ ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．Ｎａｔｕｒｅ ６０２，６７６－６８１（２０２２）．
２３．Ｃ．Ｉ．Ｋａｋｕ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃａｌｌ ｏｆ ｐｒｅ－ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｂ ｃｅｌｌ ｍｅｍｏｒｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ３５１１（２０２２）．
２４．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７５，６７８－６８０（２０２２）．
２５．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１，１１５２－１１５３（２０２１）．
２６．Ｃ．Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８５，１４０１－１４０６（２０２１）．
２７．Ｒ．Ｎｕｔａｌａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｏｔｅｎｔ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅｅｓ．Ｃｅｌｌ １８５，２１１６－２１３１ ｅ２１１８（２０２２）．
２８．Ｐ．Ａｒｏｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｕｇｍｅｎｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｓａｔｉｏｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，ａｎｄ ＢＡ．５．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，（２０２２）．
２９．Ｅ．Ａｎｄｒｅａｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｔｏｍｙ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ａｎｄ ＢＡ．２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＣＯＶＩＤ－１９ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅｅｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １３，３３７５（２０２２）．
３０．Ｎ．Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｖｉｄ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ａｇａｉｎｓｔ ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．５２９） Ｖａｒｉａｎｔ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８６，１５３２－１５４６（２０２２）．
３１．Ｓ．Ｙ．Ｔａｒｔｏｆ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｒｏｍｉｓｅ ａｎｄ ｄｕｒａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ ａｇａｉｎｓｔ ｓｅｖｅｒｅ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｄｕｅ ｔｏ ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｒｅｓｐｉｒ Ｍｅｄ １０，ｅ６１－ｅ６２（２０２２）．
実施例１８：ＢＡ．４／ＢＡ．５スパイク糖タンパク質への曝露は、ワクチン経験のあるヒト及びマウスにおける汎オミクロン中和を駆動する
本実施例は、実施例７、１３、１６、及び１７の拡張であり、（ｉ）ＢＡ．４／５ブレークスルー感染した、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して以前にワクチン接種されたヒト対象（本実施例では、３つの用量の、武漢バリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（複数可）を以前に投与されたヒト対象）からの免疫応答データ、及び（ｉｉ）ある特定のオミクロンバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡによって誘導される免疫応答を示す、更なるマウスデータを記載する。
概要
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント及びその亜系統は、スパイク（Ｓ）糖タンパク質内の多数のアミノ酸改変により、中和抗体からの顕著なウイルス逃避を示す。以前の実施例で実証されているように、オミクロン亜系統ＢＡ．１及びＢＡ．２でワクチン接種された個体のブレークスルー感染は、懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント（ＶＯＣ）、最も顕著には最近出現したＢＡ．２子孫オミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５に対する交差中和活性の明確なパターンと関連している。ここでは、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質曝露が中和抗体応答の大きさ及び幅に及ぼす効果を、ワクチン経験のあるヒト及びマウスにおいて調査する。オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染を有する３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体からの免疫血清は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、及びＢＡ．４／ＢＡ．５に対して広範かつ堅牢な中和活性を示すことが示されている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型（武漢）株ベースの一次免疫化後のマウスへのＢＡ．４／ＢＡ．５適応ｍＲＮＡブースターワクチンの投与は、同様に広範な中和活性と関連している。ＢＡ．４／ＢＡ．５適応及び野生型ベースのＳ糖タンパク質免疫原をコードする二価ｍＲＮＡワクチンによるワクチン未接種マウスの免疫化は、オミクロン及び非オミクロンＶＯＣに対する強力かつ広範な中和活性を誘導することが更に示される。これらの所見は、一価または二価ブースターとして投与されると、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチン（例えば、これらのバリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ）は、現在及び新たに出現するＶＯＣに対する改善された中和幅をもたらすことができる（特に、ＢＡ．１適応ワクチンと比較して改善される）という結論を支持する。これらの所見はまた、ＢＡ．４／ＢＡ．５ワクチンが、二価形式で投与された場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する既存の免疫を有しない対象（例えば、曝露未経験の対象）に保護を付与する可能性を有することを示す。
導入
懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント（ＶＯＣ）は、２０２１年１１月のＣＯＶＩＤ－１９パンデミックの発生以来、疫学的景観に大きな影響を与えてきた（参考文献１～２）。初期オミクロンバリアントＢＡ．１のスパイク（Ｓ）糖タンパク質の著しい改変は、多くの中和抗体エピトープの喪失をもたらし（参考文献３）、ＢＡ．１が以前に確立されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株（武漢－Ｈｕ－１）ベースの免疫から部分的に逃避することができるようにした（参考文献４～６）。したがって、ワクチン接種された個体がオミクロンにブレークスルー感染することは、以前のＶＯＣよりも一般的である。世界中の多くの国では、オミクロンＢＡ．１がＢＡ．２バリアントに置き換わっている一方で、ＢＡ．１．１及びＢＡ．３などの他のバリアントは、一時的に及び／または局所的に勢いを増しているが、世界的に優勢とはならなかった（参考文献７～９）。オミクロンＢＡ．２．１２．１は、その間にＢＡ．２に置き換わって米国で優勢となり、ＢＡ．４及びＢＡ．５は、欧州、アフリカの一部、及びアジア／太平洋においてＢＡ．２に置き換わった（参考文献８、１０～１２）。現在、ＶＯＣオミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５は、米国を含む世界の大部分で優勢であり、最終的にＢＡ．２．１２．１に置き換わった（参考文献１３）。
オミクロン系統ＶＯＣは、Ｓ糖タンパク質に多くの改変（アミノ酸の交換、挿入、または欠失）を獲得しており、それらの中で、全てのオミクロンＶＯＣ間で共有されているものもあれば、１つ以上のオミクロン亜系統に特異的であるものもある（図３３を参照されたい）。抗原的には、ＢＡ．２．１２．１は、ＢＡ．１ではなくＢＡ．２との高い類似性を示すが、ＢＡ．４及びＢＡ．５は、それらの系譜に沿ってＢＡ．２とはかなり異なり、ＢＡ．１とは更に異なる（参考文献１４）。残りのオミクロンＶＯＣとのＢＡ．１の主な違いとしては、Ｓ糖タンパク質Ｎ末端ドメインのΔ１４３－１４５、Ｌ２１２Ｉ、またはｉｎｓ２１４ＥＰＥ、及び受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＧ４４６ＳまたはＧ４９６Ｓが挙げられる。ＲＢＤ中のＴ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、及びＲ４０８Ｓのアミノ酸変化は、順に、ＢＡ．２及びその子孫と共通であるが、ＢＡ．１には見出されない。加えて、いくつかの改変は、ある特定のＢＡ．２子孫ＶＯＣに特異的であり、ＢＡ．２．１２．１の場合のＬ４５２ＱまたはＢＡ．４及びＢＡ．５の場合のＬ４５２Ｒ及びＦ４８６Ｖが挙げられる。これらの共有された亜系統特異的改変のほとんどは、野生型Ｓ糖タンパク質に対するモノクローナル抗体及びポリクローナル血清からの免疫逃避において重要な役割を果たすことが示された（参考文献１５）。
前述の実施例に記載されるように、ｍＲＮＡワクチンまたは不活化ウイルスワクチンで免疫化された個体のオミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２によるブレークスルー感染は、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及び以前のＶＯＣに対する強力な中和活性と関連している（参考文献１６～２１も参照されたい）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のワクチン接種者の血清と比較して、オミクロンＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／ＢＡ．５中和のかなりのブーストは、ＢＡ．２ブレークスルー症例においてのみ明らかであり、ＢＡ．４／ＢＡ．５に対する力価は、残りのＶＯＣに対する力価よりも低かった（参考文献１９～２１も参照されたい）。野生型株ベースの一次免疫化後のマウスへのオミクロンＢＡ．１適応ブースターの投与は、野生型ブースターと比較して、ＢＡ．１に対する中和活性を強化することが以前に示されている（前の実施例１６及び参考文献２２を参照されたい）。第２相臨床治験の予備分析では、第４の用量としてオミクロンＢＡ．１適応ｍＲＮＡワクチンを接種したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染個体からの血清は、プロトタイプｍＲＮＡワクチンでブーストされた個体からの血清と比較して、ＢＡ．１に対して著しく増加した中和応答を示したことも示されている（参考文献２３）。しかしながら、ＢＡ．１適応ブースターは、ＢＡ．４／ＢＡ．５に対する応答は、ＢＡ．１及びプロトタイプ株に対する応答よりも、ＢＡ．１でブーストされた個体及びプロトタイプでブーストされた個体の両方の血清中で、それぞれおよそ３倍及び５倍低かったため、ＢＡ．４／ＢＡ．５交差中和の増加とは関連していなかった。
現在、世界の大部分において伝染性の高いＶＯＣであるオミクロンＢＡ．４及びＢＡ．５が優勢であることを考慮して、本実施例は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質への曝露が、関連するオミクロン亜系統に対するより広範な中和抗体応答を誘起するかどうかを調査するために設計された。中和活性の幅は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染を有するワクチン接種された個体からの免疫血清中のオミクロンＶＯＣ、及びＢＮＴ１６２ｂ２による一次免疫化後にオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ブースターワクチンを受けたマウスからの血清中のオミクロンＶＯＣに対して試験した。加えて、野生型Ｓ糖タンパク質に事前に曝露することなく、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンで免疫したマウスからの血清において、中和活性の幅を評価した。本実施例に記載されるデータは、オミクロン免疫逃避機序及びバリアント交差中和に対する免疫化の効果に関する更なる洞察を提供するため、ワクチン接種戦略の選択を導くのに有用である。
結果
研究デザイン、コホート、及び試料採取
３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）でワクチン接種された個体におけるオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染（図４９（Ａ））、及びＢＮＴ１６２ｂ２で事前免疫化したマウスのオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ブースターワクチン接種（図４９（Ｂ））の、免疫血清中の中和抗体の幅に対する効果を調査した。加えて、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンによる一次免疫化の効果を、ナイーブマウス（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質に以前に曝露していないマウス、図４９（Ｃ）を参照されたい）において調査した。
ブレークスルー感染研究のために、血清試料を、３回ｍＲＮＡでワクチン接種され、その後にオミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５のブレークスルー感染を経験した個体から収集した（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５、ｎ＝１７、図５３）。参照のために３つのコホートが含まれた：３回ｍＲＮＡでワクチン接種された、オミクロンＢＡ．２にブレークスルー感染した個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝１９）またはＢＡ．１にブレークスルー感染した個体（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝１４）、及び試料採取時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染であったＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、ｎ＝１８、図５３）。血清は、実施例７、１３、及び１７において前述された研究に由来した。
３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、汎オミクロン中和活性をもたらす
免疫血清の中和活性を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株のＳ糖タンパク質、またはオミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．２由来の亜系ＢＡ．２．１２．１、ＢＡ．４、及びＢＡ．５を保有する疑似ウイルスを用いて、５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）を決定することによって、十分に特徴付けられた疑似ウイルス中和試験（ｐＶＮＴ）（参考文献２４～２５）において試験した。ＢＡ．４及びＢＡ．５は、それらのＳ糖タンパク質配列において同一であるため、ｐＶＮＴの文脈では、ＢＡ．４／５が使用される。加えて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶをアッセイして（本明細書ではＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１と称される）、潜在的な汎サルベコウイルス中和活性を検出した（参考文献２６）。直交試験系として、全試験期間中に存在する免疫血清を用いた真正ウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株及びオミクロンＶＯＣ ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４）の多サイクル複製中の中和を分析する、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和試験（ＶＮＴ）も使用した。
ｐＶＮＴアッセイでは、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染コホート（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５）からの血清は、野生型株及び全ての試験されたオミクロンＶＯＣを堅牢に中和した（図５０（Ａ））。オミクロンＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１疑似ウイルスに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するＧＭＴの２倍の範囲内であった（オミクロンに対するＧＭＴ ６１３対野生型に対するＧＭＴ １０８５）。ＢＡ．１及びＢＡ．４／５（ＧＭＴ ５００－５２１）の中和は、ＢＡ．２のものと概ね類似しており、野生型株と比較した有意な低減（ｐ＜０．０５）であっても、約２倍の範囲内であった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対するＧＭＴは、有意に低かった（ｐ＜０．０００１、野生型よりも５０倍超低かった）。
ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５を、オミクロンＢＡ．１またはＢＡ．２ブレークスルー感染した参照コホート（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）と比較するために、ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴを野生型株に対して正規化して、抗体力価の大きさに関係ない中和幅の評価を可能にし、これは、ブレークスルー感染した３回ワクチン接種された個体と、感染していない３回ワクチン接種された個体との間で異なると予想される（参考文献１６及び２１）。ＢＮＴ１６２ｂ２３血清は、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２のかなりの交差中和を媒介したが、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２によるブレークスルー感染は、それぞれの相同株のより高い交差中和と関連していた（図５０（Ｂ））。ＢＡ．２．１２．１、及び特にＢＡ．４／５の交差中和は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５（ＧＭＴ比０．５７及び０．４８）と比較して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１コホートにおいて有効性が低かった（それぞれ、ＧＭＴ比０．４３及び０．１８）。ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５の交差中和は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２コホートにおいてあまり低減しなかった（それぞれ、ＧＭＴ比０．５３及び０．３７）。驚くべきことに、相互症例では、オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２の交差中和は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５コホートにおいて比較的高いレベルで維持された（それぞれ、ＧＭＴ比０．４６及び０．５７）。したがって、ＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、評価された全コホートの全試験ＶＯＣ（ＧＭＴ比≧０．４６）にわたって最も効率的な交差中和をもたらした。
真正な生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和アッセイは、図５０（Ａ）～（Ｂ）に示される主要なｐＶＮＴアッセイ所見を主に確認した。ＢＡ．２及びＢＡ．４に対するオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー血清における５０％ウイルス中和（ＶＮ５０）ＧＭＴは、野生型株（図５０（Ｃ））に対するものと同等（すなわち、１．５倍の範囲内）であった。ＢＡ．１中和の低減は有意であったが（ｐ＜０．０１）、２．５倍の範囲内であった。野生型株に対して正規化されたＧＭＴは、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５血清（ＧＭＴ比≧０．４０）によるオミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４の堅牢な交差中和を示したが、ＢＡ．４交差中和は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１（ＧＭＴ比０．２０）及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２（ＧＭＴ比０．３９）血清（図５０（Ｄ））においてかなり効率が低かった（参考文献１６、２１）。したがって、ｐＶＮＴ及びＶＮＴアッセイシステムの両方における所見は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染が、試験した全てのオミクロン亜系統に対する広範な中和活性と関連していることを示した。
オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ｍＲＮＡワクチンによるブースター免疫化は、ＢＮＴ１６２ｂ２で２回ワクチン接種されたマウスにおける汎オミクロン中和を駆動する。
オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染後に見られた中和幅の増加は、オミクロンＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質配列に基づくバリアント適応ワクチンが、オミクロンＢＡ．１に基づくものよりも広範な交差中和を伴うリコール応答を誘発することができることを示唆した。この仮定を検証するために、ＢＮＴ１６２ｂ２で事前免疫化したマウスにおいてブースター研究を実施した（図４９（Ｂ））。マウスに、０日目及び２１日目にＢＮＴ１６２ｂ２を用いた一次の一連の２回の免疫化、及び１０４日目に第３の用量の、ＢＮＴ１６２ｂ２（１μｇ）、またはオミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質（図５４）をコードするＢＮＴ１６２ｂ２由来バリアント適応ワクチンのいずれかを投与した。適応ワクチンは、オミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質をコードする一価ワクチン（１μｇ）、またはＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質適応ワクチン（各々０．５μｇ）を含む二価ワクチンのいずれかとして投与された。ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロン適応ワクチンについて、同等のＲＮＡ純度及び完全性、ならびにインビトロでの抗原の発現を確認した（図５５（Ａ）～（Ｂ））。
野生型株、オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、またはＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質を発現する疑似ウイルスに対する中和力価を、ブースター前（１０４日目、Ｄ３前）ならびにブースター後７日目、２１日目、及び３５日目（ｄ７Ｄ３、ｄ２１Ｄ３、及びｄ３５Ｄ３）に採取された血清を使用して、ｐＶＮＴアッセイにおいて決定した。生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和試験を直交試験システムとして使用して、ｄ２１Ｄ３及びｄ３５Ｄ３でブースト後に観察された疑似ウイルス中和活性を確認した。
マウスのベースライン免疫化は、Ｄ３前に採取された血清中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２疑似ウイルス中和活性の決定によって評価した。様々なブースターに特化した群のｐＶＮ５０ ＧＭＴは、同等であり、すなわち、３倍の差の範囲内であった（図５６）。オミクロンＢＡ．１及びＢＡ．２に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するものよりも３～１１倍低かった（ＧＭＴ比≦０．３２、図５６（Ｂ））。ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対するＧＭＴは、野生型に対するものよりも１０～２５倍低かった（ＧＭＴ比≦０．１０）。
ｄ７Ｄ３では、中和ＧＭＴは、群間で、全ての試験したバリアントに対して実質的に増加し（図５７）、ｄ２１Ｄ３でピーク力価に達した（図５１）。ＢＮＴ１６２ｂ２ブーストマウスからの血清では、野生型株に対する強力な中和活性が観察されたが、オミクロンバリアントに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、実質的に低かった（図５１（Ａ））。オミクロンＢＡ．１ブースターは、ＢＡ．１及び野生型株の同等の中和をもたらしたが、残りのＶＯＣに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、かなり低かった。特に、ＢＡ．４／５に対するＧＭＴは、野生型に対するものと比較して１３倍低減した。対照的に、ＢＡ．４／５ブースターの投与は、全てのオミクロンバリアントに対する広範な中和活性をもたらし、ｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するものと同等（１．５倍の範囲内）であった。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１二価ブースターを受けたマウスからの血清は、野生型株に対して高いｐＶＮ５０ ＧＭＴを有し、オミクロンＢＡ．１の堅牢な中和を有したが、ＢＡ．２及びその子孫に対するＧＭＴは、わずかに低かった。ＢＮＴ１６２ｂ２／オミクロンＢＡ．４／５二価ブースターは、野生型株に対して、ＢＮＴ１６２ｂ２一価ブースターと同等の高い力価を生じさせた。オミクロン中和は、全ての亜系統にわたって広範に同等（２倍の範囲内）であり、ｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するものよりも適度に低かった。
個々のＶＯＣの中和に対する第３の用量のワクチンバリアントのブースター効果を定量化するために、ｄ２１Ｄ３で検出されたｐＶＮ５０ ＧＭＴの倍率変化を、第３の用量の投与前に決定されたベースラインＧＭＴと比較して評価した。ＢＮＴ１６２ｂ２は、全ての試験したバリアントの中和を同等に増加させたが（ベースラインよりも６～１０倍高いｐＶＮ５０ ＧＭＴ）、相同ＶＯＣの中和について、ＢＡ．１ブースターの最も顕著な効果が検出された（２６倍の増加）（図５１（Ｂ））。ＢＡ．４／５ブースターは、ＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対する中和活性を強力に増強し（＞１２０倍）、ＢＡ．１及びＢＡ．２中和にも実質的な効果をもたらした（それぞれ、３４倍及び３７倍の増加）。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１及びＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ワクチンは、それぞれ、ＢＡ．１及びＢＡ．４／５一価ワクチンと同様の増強パターンを示したが、相同ＶＯＣに対する中和の増加にはあまり重点が置かれなかった。
大きさにかかわらず、中和幅に関して群を比較するために、ＶＯＣ ｐＶＮ５０ ＧＭＴを武漢株に対して正規化した。ＧＭＴ比は、オミクロンＢＡ．４／５ブースターワクチンが汎オミクロン中和を媒介することを示した（全ての試験したバリアントについて≧０．６５）（図５１（Ｃ））。対照的に、ＢＡ．１ブースターワクチンは、ＢＡ．１の中和に有益であったが（ＧＭＴ比０．７７）、ＢＡ．２（０．３９）、ならびに特にＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５（≦０．１６）の比は、かなり低かった。二価ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５ワクチンはまた、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、及びＢＡ．４／５の交差中和が、ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１二価ワクチンと比較して強化された広範な中和活性を媒介したが、ＧＭＴ比は、ＢＡ．４／５一価ワクチンよりも低かった（０．２７～０．４６）。
再び、真正な生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和アッセイによって、図５１（Ａ）～（Ｃ）に示される主要なｐＶＮＴアッセイ所見を主に確認した。ＢＡ．４／５ブースター用量を投与したマウスからの血清は、試験した全てのバリアントを堅牢に中和し（図５１（Ｄ））、それによって、汎オミクロン中和を媒介するこのアプローチの能力を確認した（ＧＭＴ比≧０．３９）（図５１（Ｅ））。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ワクチンでブーストしたマウスからの血清中のオミクロンバリアントの中和は、ＢＡ．４／５一価ワクチンと比較して低かったが、両方のＢＡ．４／５含有ワクチンは、ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１ワクチンよりもオミクロンバリアントの交差中和が強く、一価ＢＡ．１ワクチン及びＢＮＴ１６２ｂ２よりも更に強かった。
ｄ７Ｄ３の絶対力価は、ｄ２１Ｄ３と比較してわずかに低かったが、オミクロンＢＡ．４／５ワクチンは、全てのバリアントに対して同様に広範な中和活性を媒介した（図５７）。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ブースターは、同等の中和幅（ＧＭＴ比≧０．３５）を媒介したが、他の全てのブースター群からの血清は、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１（及びＢＡ．４／５）のかなり低い交差中和を示した。同様に、ｄ３５Ｄ３での血清の後の分析は、ベースラインと比較して、ＢＡ．４／５ワクチンブースターによるオミクロンバリアントに対する中和活性の実質的な増強を示し、汎オミクロン中和をもたらした（図５８（Ａ）～（Ｃ））。二価ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５ブースターはまた、試験した全てのバリアントにわたって広範な中和を示したが、ＢＡ．１及びＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．１ワクチンは、特にＢＡ．２．１２．１及びＢＡ．４／５に対して、交差中和の能力が低いことを示した。同様に、ＶＮＴアッセイにおいて、ＢＡ．４／５含有ワクチンでブーストした両群からの血清は、ＢＡ．１含有ワクチン及びＢＮＴ１６２ｂ２と比較して、全ての試験したオミクロンバリアントの実質的に強力な交差中和を示した（図５８（Ｄ）～（Ｅ））。
これらのマウスブースターの結果は、上述のＢＡ．４／５ブレークスルー感染症を有するヒトで観察された結果と一致しており、野生型株ベースのワクチンでの一次免疫化後のオミクロンＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質適応ワクチンを含むブースターは、ＢＡ．１ Ｓ糖タンパク質ベースのブースターよりも幅広く優れた汎オミクロン中和活性を誘発することができることを更に示唆している。
オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ｍＲＮＡワクチンによる免疫化は、以前にワクチン接種されていないマウスにおける汎オミクロン中和を駆動する。
次に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する既存の免疫応答がないマウスにおけるオミクロン適応ワクチンによる免疫化後の血清試料の中和能力をより良く理解するための実験を実施した。ナイーブマウスを、ＢＮＴ１６２ｂ２、ＢＡ．１もしくはＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質適合一価ワクチンで、または二価ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５ワクチンのいずれかで、０日目及び２１日目に２回免疫化した（図４９（Ｃ））。野生型株Ｓ糖タンパク質、以前のＶＯＣアルファもしくはデルタ、またはオミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．２．１２．１、もしくはＢＡ．４／５のＳ糖タンパク質を発現する疑似ウイルスに対する中和力価を、第２の免疫化の１４日後（ｄ１４Ｄ２）に採取された血清を使用して、ｐＶＮＴアッセイにおいて決定した。ＢＮＴ１６２ｂ２免疫化マウスからの血清では、野生型株に対する強力な中和活性が観察された。これらの血清では、アルファ及びデルタに対する堅牢な中和活性も検出されたが（野生型の４倍の範囲内で）、オミクロンバリアントに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型に対するよりも実質的に（１４～３７倍）低かった（図５２）。オミクロンＢＡ．１一価ワクチンによる免疫化は、ＢＡ．１の高い中和をもたらした。これらの血清では、オミクロンＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１の堅牢な中和も検出され（ＢＡ．１の３倍の範囲内）、野生型株及び残りのＶＯＣに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、ＢＡ．１よりもかなり（７～３２倍）低かった。オミクロンＢＡ．４／５一価ワクチンによる免疫化は、ＢＡ．４／５の高い中和をもたらした。これらの血清では、オミクロンＢＡ．２及びＢＡ．２．１２．１の堅牢な中和も検出され（ＢＡ．４／５の２．５倍の範囲内）、野生型株及び残りのＶＯＣに対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、ＢＡ．４／５よりもかなり（１４～４２倍超）低かった。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ワクチンによる免疫化は、ＢＡ．４／５に対する高い中和活性をもたらした。他のワクチンとは対照的に、野生型株及び残りの全てのＶＯＣに対する堅牢な中和活性（ＢＡ．４／５の６倍の範囲内）もまた、これらの血清中で検出された。
これらの結果は、ナイーブ動物（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して以前に投与されていない、及び／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していない動物）における一価ワクチンが、主にバリアント特異的様式で高い中和抗体応答を誘導し得るが、より遠いバリアントに対して試験するときに効力を失い得ることを示す。対照的に、二価ワクチンは、ナイーブ動物において強力かつ広範な中和抗体応答を誘導することができる。
考察
本実施例では、３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体のＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、現在または以前に優勢であった全てのオミクロンサブバリアントの堅牢な中和と関連しており、すなわち、汎オミクロン中和が、ＢＡ．４／５ブレークスルー患者において観察される。これらの所見は、ＢＮＴ１６２ｂ２またはアデノウイルスベースのワクチンでワクチン接種され、その後にＢＡ．４ブレークスルー感染した個体からの血清中のオミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、ならびにベータ及びデルタの強力な交差中和を示す最近の報告と一致している（参考文献２７）。ヒトにおけるこれらの観察と一致して、汎オミクロン中和活性は、ＢＮＴ１６２ｂ２での一次免疫化後にオミクロンＢＡ．４／５ブースターワクチンを受けたマウスの血清においても観察されたが、オミクロンＢＡ．１ブーストは、ＢＡ．４／ＢＡ．５に対して強力に低減した中和抗体力価を誘導した。二価ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５ブーストは、広範なオミクロン中和を誘発したが、ＢＡ．４／５一価ブースターよりも顕著ではなかった。まとめると、これらの所見は、ブレークスルー感染または一価もしくは二価フォーマットでオミクロンＶＯＣに適応されるワクチンブースターがどのように免疫を形成するかについての更なる理解を提供し、オミクロンＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質への曝露が、現在流行している、及び潜在的な将来のオミクロン亜系統ＶＯＣに対する高度な保護を付与する可能性があることを示唆している。ＢＮＴ１６２ｂ２／ＢＡ．４／５二価ワクチンによるナイーブマウスの免疫化が、野生型株ならびにオミクロン及び非オミクロンＶＯＣに対する強力な中和抗体応答を誘発するという所見は、この二価アプローチが、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していないワクチン未接種の個体（例えば、若年の小児患者）に広範な保護を付与することができ、したがって、これらの個体に特に好適であり得ることを示唆している。
ＢＮＴ１６２ｂ２などの現在承認されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株ベースのワクチンは、重度の疾患に対する保護において有効であることが証明されているが（参考文献２８～３０）、野生型株から抗原的に遠く離れた新たなバリアントが出現し続けているため、伝染の予防は依然として重要な課題である（参考文献１６～１８、２０）。本実施例に記載のデータは、一価または二価ＢＡ．４／ＢＡ．５ Ｓ糖タンパク質適応ブースターワクチン（例えば、本明細書に記載の一価または二価ワクチン）が、ＢＡ．１などの以前に優勢であったオミクロン亜系統に基づくワクチンよりも、高度に蔓延しているＢＡ．４及びＢＡ．５ ＶＯＣに対してより高い利益を付与することができることを示唆している。世界の多くの地域における優勢と高い伝染性を考慮すると（例えば、参考文献８、１０、１１、及び１３を参照されたい）、更なる増殖優位性を有する新たなバリアントが、オミクロンＢＡ．４またはＢＡ．５から出現するであろうが、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応ワクチンに対する部分的または完全な感受性を保持する可能性がある。したがって、オミクロンＢＡ．４／５ Ｓ糖タンパク質ベースの適応ワクチンで既存の免疫をブーストすることは、現在のパンデミック状況に対処するための好適な戦略を表す可能性があり、ウイルスの進化及び疫学的景観の詳細なモニタリングは、新たな脅威に対応する潜在的な更なるワクチン適応に関するガイダンスに役立ち続ける。
材料及び方法
ヒト研究デザイン、参加者の募集、及び試料収集
本実施例に記載の研究の目的は、ヒト血清の交差バリアント中和能に対するオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染の影響を調査することであった。中和活性を、ドイツにおけるオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５系統優勢の期間（２０２２年６月中旬～７月中旬）に発生したか、またはゲノム配列決定によってバリアント確認された（ＢＡ．４もしくはＢＡ．５）、その後のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染が確認された３回ｍＲＮＡ（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３）ワクチン接種された個体からの免疫血清中で評価した（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／５）（図５３）。中和活性を、オミクロンＢＡ．２系統優勢の期間（２０２２年３月～５月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）、ドイツにおけるオミクロンＢＡ．１系統優勢の期間（２０２１年１１月～２０２２年１月中旬、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）にその後のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染が確認された３回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体（参考文献１、２）、及び試料収集時にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染（ヌクレオカプシド血清反応陰性）であった３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）からの免疫血清における中和活性と比較した。血清中和能を、疑似ウイルス及び生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイを使用して特徴付けた。参照コホートｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、及びＢＮＴ１６２ｂ２３のデータは、以前に公開された（参考文献１６、２１）。
ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン接種後にオミクロンブレークスルー感染を経験した患者を研究する非介入研究（大学病院倫理委員会［第２０２１－５６０号］により承認されたプロトコル）の一環として、ゲーテ大学フランクフルト校の大学病院から、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋Ｏｍｉ ＢＡ．４／５、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋Ｏｍｉ ＢＡ．２、及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１コホートからの参加者を募集した。ＢＮＴ１６２ｂ２３コホートからの個体は、第２相治験ＢＮＴ１６２－１７（ＮＣＴ０５００４１８１）への参加の一環としてインフォームドコンセントを提供した。
この研究における５人のＢＡ．４／５及び４人のＢＡ．１回復期参加者の感染は、ゲノム配列決定によって確認された（参考文献１６）。
全ての参加者は、ワクチン接種前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の記録がなかった。参加者は、採血時に無症状であった。
血清を、２０００×ｇで１０分間、採取した血液を遠心分離することによって単離し、使用まで凍結保存した。
ＲＮＡのインビトロ転写及び脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）形成
ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンは、融合前立体配座安定化Ｋ９８６Ｐ及びＶ９８７Ｐ変異を有する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２単離株武漢－Ｈｕ－１（ＧｅｎＢａｎｋ：ＭＮ９０８９４７．３）からのＳ配列の背景に基づいて設計された。オミクロンＢＡ．１及びオミクロンＢＡ．４／５ワクチン候補は、図５４に示されるように、配列変化を含むＢＮＴ１６２ｂ２に基づいて設計された。他の箇所に記載されているように、ＲＮＡの産生及び製剤化を実施した（例えば、その内容が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、参考文献３２を参照されたい）。簡潔に述べると、ＤＮＡテンプレートを、リンカー（Ａ３０ＬＡ７０、１０ヌクレオチド）によって中断された、骨格配列要素（Ｔ７プロモーター、５’及び３’ＵＴＲ、１００ヌクレオチドポリ（Ａ）尾部）を有するプラスミドベクターにクローニングして、ＲＮＡの安定性及び翻訳効率を向上させ（例えば、参考文献３３、３４を参照されたい）、ＰＣＲによって増幅させ、精製した。ＲＮＡは、トリヌクレオチドキャップ１類似体（（ｍ２７，３’－Ｏ）Ｇｐｐｐ（ｍ２’－Ｏ）ＡｐＧ、ＴｒｉＬｉｎｋ）の存在下、ウリジン－５’－三リン酸塩（ＵＴＰ）をＮ１－メチルプソイドウリジン－５’－三リン酸塩（ｍ１ψＴＰ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で置き換えて、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼによってインビトロ転写された（参考文献３５）。ＲＮＡを磁性粒子を使用して精製し（参考文献３６）、ＲＮＡの完全性をマイクロ流体キャピラリー電気泳動（Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ）によって評価し、３つのＲＮＡ全てが、同等かつ高い純度及び完全性をもたらす、単一の鋭いピークを示す（図５５（Ａ））。加えて、溶液の濃度、ｐＨ、浸透圧、エンドトキシンレベル、及びバイオバーデンを決定した。
１つのイオン化可能な脂質（（４－ヒドロキシブチル）アザネジル）ビス（ヘキサン－６，１－ジイル）ビス（２－ヘキシルデカノエート））、２つの構造的脂質（１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン［ＤＳＰＣ］及びコレステロール）及び１つのＰＥＧ化脂質（２－［（ポリエチレングリコール）－２０００］－Ｎ，Ｎ－ジテトラデシルアセトアミド）をＲＮＡの製剤化に使用した。透析濾過を介して水性緩衝系に移した後、ＬＮＰ組成物を分析し、限定されないが、高いＲＮＡ完全性及びカプセル化有効性、ならびに１００ｎｍを下回る粒径を確保した。ワクチン候補を、使用時点まで０．５ｍｇ／ｍＬの濃度で－７０～－８０℃で保管した。
ＲＮＡ及びワクチンのインビトロ発現
ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、ＲｉｂｏＪｕｉｃｅ（商標）ｍＲＮＡトランスフェクションキット（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を製造業者の指示に従って使用して、０．１５μｇのＢＮＴ１６２ｂ２またはオミクロン適応ワクチン（脂質ナノ粒子製剤）、またはワクチンＲＮＡでトランスフェクトし、１８時間インキュベートした。トランスフェクトしたＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、固定可能な生存性染料（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で染色し、ｍＦｃタグ付け組換えヒトＡＣＥ－２（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）でインキュベートした。表面発現の検出には、ＡＦ６４７とコンジュゲートした二次ロバ抗マウス抗体を使用した。ＦＡＣＳＣｅｌｅｓｔａフローサイトメーター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＢＤ ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアバージョン８．０．１）及びＦｌｏｗＪｏソフトウェアバージョン１０．６．２（ＦｌｏｗＪｏ，ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、フローサイトメトリー分析の前に細胞を固定した（Ｆｉｘａｔｉｏｎ Ｂｕｆｆｅｒ，Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）。
マウス研究
全てのマウス研究は、ＢｉｏＮＴｅｃｈ ＳＥで実施され、プロトコルは、地方当局（地方福祉委員会）によって承認され、欧州実験動物科学協会連盟の推奨に従って行った。研究の実施及び収容は、ドイツ動物福祉法及び指令（Ｇｅｒｍａｎ Ａｎｉｍａｌ Ｗｅｌｆａｒｅ Ａｃｔ ａｎｄ Ｄｉｒｅｃｔｉｖｅ）２０１０／６３／ＥＵに準拠していた。マウスを、１２時間の明暗サイクル、制御された環境条件（２２±２℃、４５％～６５％の相対湿度）、及び特定の病原体を含まない条件下で、個々に換気されたケージで飼育した。食料及び水は、自由に入手可能であった。異論のない健康状態を有するマウスのみを、試験手順のために選択した。
免疫化のために、雌のＢＡＬＢ／ｃマウス（Ｊａｎｖｉｅｒ）（９～２１週齢）を群にランダムに割り当てた。ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンベースのワクチン候補を０．９％ ＮａＣｌで希釈し、１μｇのワクチン候補をイソフルラン麻酔下で２０μｌの体積で腓腹筋に注入した。マウスブースター研究では、マウスをＢＮＴ１６２ｂ２で２回（０日目及び２１日目）免疫化した。ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンベースのワクチン候補による第３の免疫化は、研究開始後１０４日目に行い、第３の免疫化の直前に、図４９に示されるようにマウスから採血した。ナイーブマウス研究のために、動物を、０日目及び２１日目に、ＢＮＴ１６２ｂ２及びオミクロンベースのワクチン候補で免疫化した。第２の免疫化の１４日後、血液を採取した。末梢血を麻酔なしで顔面静脈から収集した。最終採血は、後眼窩静脈叢からのイソフルラン麻酔下で実施した。血清生成のために、血液を１６，０００ｇで５分間遠心分離し、血清を直ちに下流アッセイに使用するか、または使用の時点まで－２０℃で保管した。
ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓバリアント疑似ウイルス生成
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードする組換え複製不全小胞性口腔炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｒｅｆ：Ｐ５９５９４）、及び野生型株（武漢－Ｈｕ－１、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ：４３７４０５６８）、アルファバリアント（改変：Δ６９／７０、Δ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ）、デルタバリアント（改変：Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、Ｅ１５６Ｇ、Δ１５７／１５８、Ｋ４１７Ｎ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、Ｄ９５０Ｎ）オミクロンＢＡ．１バリアント（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、オミクロンＢＡ．２バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、オミクロンＢＡ．２．１２．１バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｑ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｓ７０４Ｌ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、及びオミクロンＢＡ．４／５バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）のいずれかに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を用いて、公開された疑似タイプ化プロトコル（例えば、参考文献３に記載されるような、それらの内容は、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる）に従って疑似タイプ化した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質改変の図を図３２に示し、オミクロン亜系統におけるＳ糖タンパク質改変の別個のアラインメントを図３３に示す。
簡潔に述べると、１０％熱不活化ウシ血清（ＦＢＳ［Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ］）（培地と称される）を補充したＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）（Ｇｉｂｃｏ）を有するダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養したＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１１２６８（商標））を、製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、Ｓａｎｇｅｒ配列決定検証ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはバリアント特異的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ発現プラスミドでトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後に、細胞を、ＶＳＶ－Ｇ補体ＶＳＶΔＧベクターを用いた３つの感染多重度（ＭＯＩ）で感染させた。３７℃で２時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ Ｉｎｃ．）を補充した培地を添加して、残存ＶＳＶ－Ｇ補完入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似タイプ含有培地を、播種の２０時間後に採取し、０．２μｍフィルター（Ｎａｌｇｅｎｅ）に通し、－８０℃で保管した。疑似ウイルスバッチを、培地中で培養したＶｅｒｏ ７６細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８７（商標））で滴定した。１ｍＬ当たり２００形質導入単位（ＴＵ）の感染力価に対応する、Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０２１（参考文献３１）において以前に記載されているＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株Ｓ糖タンパク質疑似ウイルス参照バッチの規定体積によって誘導される相対的ルシフェラーゼ単位を、比較対象として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスバッチの入力体積を算出して、参照に対する相対ルシフェラーゼ単位に基づいて感染力価を正規化した。
疑似ウイルス中和アッセイ
Ｖｅｒｏ ７６細胞を、アッセイの４時間前に培地中で４０，０００細胞／ウェルで９６ウェル白色平底プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に播種し、７．５％ ＣＯ２で３７℃で培養した。ヒト及びマウスの血清試料を、１：５～１：３０，７２０（ヒト血清）、マウスブースター研究の場合１：４０～１：１０２，４００（マウス血清；開始希釈は、１：４０［Ｄ３前］、１：２００［ｄ７Ｄ３］）、及び１：１００［ｄ２１Ｄ３、ｄ３５Ｄ３］であった）の範囲の希釈で、ならびにナイーブ設定（マウス血清；１：１２０～１：１５，３６０の希釈で開始する一価ワクチン接種群、及び１：１００で開始する二価ワクチン接種群）において培地中で２倍段階希釈した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ／ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－Ｓ粒子を培地中に希釈して、アッセイにおいて２００ＴＵを得た。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルス（疑似ウイルス当たり血清当たりｎ＝２の技術的複製）と１：１で混合した後、Ｖｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で２４時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光は、ＣＬＡＲＩＯｓｔａｒ（登録商標）Ｐｌｕｓマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）に記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。全ての疑似ウイルス中和実験の結果を、重複物の幾何平均力価（ＧＭＴ）として表した。中和が観察されなかった場合、検出限界［ＬＯＤ］の半分の任意の力価値が報告された。ヒト血清中の中和力価の表が提供される。
生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和アッセイ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス中和力価を、ＶｉｓＭｅｄｅｒｉ Ｓ．ｒ．ｌ．（Ｓｉｅｎａ，Ｉｔａｌｙ）での細胞障害性効果（ＣＰＥ）に基づく微小中和アッセイによって決定した。簡潔に述べると、ヒト及びマウスの血清試料を、１：２（ｎ＝ウイルス当たり血清当たり２つの技術的複製；ヒト試料については１：１０で開始し、マウス試料については１：１００［ブースト後、１２５日目］または１：５０［ブースト後、１３９日目］で開始する）で段階希釈し、１００ ＴＣＩＤ５０の生きた野生型様ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス株２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１（ＧｅｎＢａｎｋ：ＭＴ０６６１５６）、オミクロンＢＡ．１株ｈＣｏＶ－１９／ベルギー／ｒｅｇａ－２０１７４／２０２１（改変：Ａ６７Ｖ、Δ６９／７０、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Δ１４３－１４５、Δ２１１、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ）、配列検証されたオミクロンＢＡ．２株（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｒ６８２Ｗ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、または配列検証されたオミクロンＢＡ．４株（改変：Ｖ３Ｇ、Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）とともに３７℃で１時間インキュベートして、任意の抗原特異的抗体をウイルスに結合させる。Ｓ糖タンパク質改変の図を図４８に示す。２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株Ｓ糖タンパク質は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ（武漢－Ｈｕ－１単離株）と配列が同一である。Ｖｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８６（商標））細胞単層を９６ウェルプレート中の血清／ウイルス混合物に接種し、３日間（２０１９－ｎＣＯＶ／ＩＴＡＬＹ－ＩＮＭＩ１株）または４日間（オミクロンＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４バリアント株）インキュベートして、非中和ウイルスによる感染を可能にした。プレートを倒立光顕微鏡下で観察し、ウェルをＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陽性（すなわち、ＣＰＥを示す）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染に対して陰性（すなわち、ＣＰＥなしで細胞が生きていた）としてスコアリングした。中和力価は、ＣＰＥから５０％超の細胞を保護した最高血清希釈の相互作用として決定し、重複物のＧＭＴとして報告した。中和が観察されなかった場合、任意の力価値５（ＬＯＤの半分）が報告された。
統計分析
抗体力価の分析に使用される集合の統計的方法は、幾何平均であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ力価及び野生型株力価の比については、幾何平均及び対応する９５％信頼区間である。幾何平均の使用は、数桁に及ぶ抗体力価の非正規分布を説明する。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を伴うフリードマン検定を使用して、共通の対照群を用いて群の幾何平均中和抗体力価の対のある符号順位検定を行った。スピアマン相関を使用して、非正規分布データセット間の単調関係を評価した。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン９を使用して実施した。
実施例１８の参考文献
１．ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖｉｒｕｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＶＥ）：Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．２５９）：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ．（２０２１）．
２．ＷＨＯ Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ（ＨＱ），ＷＨＯ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉｅｓ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ：Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｂｒｉｅｆ ａｎｄ ｐｒｉｏｒｉｔｙ ａｃｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｍｅｍｂｅｒ Ｓｔａｔｅｓ．（２０２２）．
３．Ｍ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＶＩＤ－１９ ｐａｎｄｅｍｉｃ．Ｃｅｌｌ １８５，４４７－４５６ ｅ４１１（２０２２）．
４．Ｖ．Ｓｅｒｖｅｌｌｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｃｅｌｌ １８５，１５３９－１５４８ ｅ１５３５（２０２２）．
５．Ｃ．Ｋｕｒｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１，ＢＡ．２，ａｎｄ ＢＡ．３ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １３，３６０２（２０２２）．
６．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｓｃａｐｅｓ ｔｈｅ ｍａｊｏｒｉｔｙ ｏｆ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ ６０２，６５７－６６３（２０２２）．
７．Ｓ．Ｘｉａ，Ｌ．Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｚｈｕ，Ｌ．Ｌｕ，Ｓ．Ｊｉａｎｇ，Ｏｒｉｇｉｎ，ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ，ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ Ｔａｒｇｅｔ Ｔｈｅｒ ７，２４１（２０２２）．
８．Ｈ．Ｇｒｕｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ｅｘｈｉｂｉｔ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｓｃａｐｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ．Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，（２０２２）．
９．Ｙ．Ｆａｎ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ：ｒｅｃｅｎｔ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ａｎｄ ｆｕｔｕｒｅ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ Ｔａｒｇｅｔ Ｔｈｅｒ ７，１４１（２０２２）．
１０．Ｈ．Ｔｅｇａｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｌｉｎｅａｇｅｓ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ．Ｎａｔ Ｍｅｄ，（２０２２）．
１１．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ｗｅｅｋｌｙ ＣＯＶＩＤ－１９ ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ－Ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｒｅｐｏｒｔ：ｗｅｅｋ ３１ ２０２２（２０２２）．
１２．Ｊ．Ｈａｄｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ：ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ｔｒａｃｋｉｎｇ ｏｆ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｈｔｔｐｓ：／／ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ．ｏｒｇ／ｎｃｏｖ／ｇｉｓａｉｄ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３４，４１２１－４１２３（２０１８）．
１３．Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ．ＣＯＶＩＤ Ｄａｔａ Ｔｒａｃｋｅｒ．Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ：ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＣＤＣ；２０２２，Ａｕｇｕｓｔ １２．ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｖｉｄ．ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｖｉｄ－ｄａｔａ－ｔｒａｃｋｅｒ．（２０２２）．
１４．Ａ．Ｚ．Ｍｙｋｙｔｙｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｙ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ａｎｄ ＢＡ．２ ａｒｅ ａｎｔｉｇｅｎｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ４４５０（２０２２）．
１５．Ｐ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ Ｂ．１．３５１ ａｎｄ Ｂ．１．１．７．Ｎａｔｕｒｅ ５９３，１３０－１３５（２０２１）．
１６．Ｊ．Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２）．
１７．Ｃ．Ｉ．Ｋａｋｕ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃａｌｌ ｏｆ ｐｒｅ－ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｂ ｃｅｌｌ ｍｅｍｏｒｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ３５１１（２０２２）．
１８．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
１９．Ｐ．Ａｒｏｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｕｇｍｅｎｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｓａｔｉｏｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，ａｎｄ ＢＡ．５．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，（２０２２）．
２０．Ｑ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，＆ ＢＡ．５．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
２１．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＢＡ．２．１２．１ ａｎｄ ＢＡ．４／ＢＡ．５．ｂｉｏＲｘｉｖ，（２０２２）．
２２．Ｐ．Ｄｕ ｅｔ ａｌ．，Ａ ｂｉｖａｌｅｎｔ ｖａｃｃｉｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｄ６１４Ｇ ａｎｄ ＢＡ．１ ｓｐｉｋｅ ｔｒｉｍｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｒ ａ ＢＡ．１ ｓｐｉｋｅ ｔｒｉｍｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｏｏｓｔｅｒ ｓｈｏｗｓ ｂｒｏａｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ｊ Ｍｅｄ Ｖｉｒｏｌ ９４，４２８７－４２９３（２０２２）．
２３．Ａ．Ｒ．Ｂｒａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｂｏｏｓｔｅｒｓ Ｔｒｉａｌ：Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ Ａｎａｌｙｓｅｓ．ｍｅｄＲｘｉｖ，（２０２２）．
２４．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１，１１５２－１１５３（２０２１）．
２５．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７５，６７８－６８０（２０２２）．
２６．Ｃ．Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８５，１４０１－１４０６（２０２１）．
２７．Ｓ．Ｉ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＢＡ．４ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｔｒｉｇｇｅｒｓ ｍｏｒｅ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｈａｎ ＢＡ．１．ｂｉｏＲｘｉｖ，（２０２２）．
２８．Ｓ．Ｙ．Ｔａｒｔｏｆ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｒｏｍｉｓｅ ａｎｄ ｄｕｒａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ ａｇａｉｎｓｔ ｓｅｖｅｒｅ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｄｕｅ ｔｏ ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｒｅｓｐｉｒ Ｍｅｄ １０，ｅ６１－ｅ６２（２０２２）．
２９．Ｎ．Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｖｉｄ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ａｇａｉｎｓｔ ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．５２９） Ｖａｒｉａｎｔ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８６，１５３２－１５４６（２０２２）．
３０．Ｆ．Ｐ．Ｐｏｌａｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ｔｈｅ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ Ｃｏｖｉｄ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８３，２６０３－２６１５（２０２０）．
３１．Ｗ．Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ－Ｂ．１．１．５２９ ｌｅａｄｓ ｔｏ ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｅｓｃａｐｅ ｆｒｏｍ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｃｅｌｌ １８５，４６７－４８４ ｅ４１５（２０２２）．
３２．Ａ．Ｂ．Ｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＢＮＴ１６２ｂ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｐｒｏｔｅｃｔ ｒｈｅｓｕｓ ｍａｃａｑｕｅｓ ｆｒｏｍ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．Ｎａｔｕｒｅ ５９２，２８３－２８９（２０２１）．
３３．Ａ．Ｇ．Ｏｒｌａｎｄｉｎｉ ｖｏｎ Ｎｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｍＲＮＡ－Ｂａｓｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｂｙ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ－Ａｕｇｍｅｎｔｉｎｇ ３’ ＵＴＲｓ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｂｙ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ ２７，８２４－８３６（２０１９）．
３４．Ｓ．Ｈｏｌｔｋａｍｐ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｅｎｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡ ｉｎｃｒｅａｓｅｓ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ，ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｅｆｆｉｃａｃｙ，ａｎｄ Ｔ－ｃｅｌｌ ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ ｃａｐａｃｉｔｙ ｏｆ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｂｌｏｏｄ １０８，４００９－４０１７（２００６）．
３５．Ｅ．Ｇｒｕｄｚｉｅｎ－Ｎｏｇａｌｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｍＲＮＡｓ ｗｉｔｈ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ９６９，５５－７２（２０１３）．
３６．Ｓ．Ｂｅｒｅｎｓｍｅｉｅｒ，Ｍａｇｎｅｔｉｃ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ．Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ７３，４９５－５０４（２００６）．
実施例１９：オミクロン免疫応答に対するＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染の影響
本実施例１９は、実施例１４、１７、及び１８の延長であり、ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／５ブレークスルー症例から収集した血清試料を、オミクロンＢＡ．４、ＢＡ．５、ＢＡ．４．６、ＢＦ．７、及びＢＡ．２．７５バリアントに対する中和活性について分析した実験を記載する。前述の実施例に記載の結果を確認することに加えて、本実施例１９は、ＢＡ．４．６、ＢＦ．７、及びＢＡ．２．７５バリアントに関連して、ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／５ブレークスルー感染によって誘導される抗体応答の更なる特徴付けも提供する。本実施例は、ＢＡ．４／５ブレークスルー感染が、ＢＡ．１及びＢＡ．２ブレークスルー感染よりも広範な中和応答を生じさせることができ、ＢＡ．１及びＢＡ．２ブレークスルー感染と比較して、ＢＡ．４／５及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７バリアントに対して誘導される優れた中和力価、及びＢＡ．２．７５ウイルスに対して同等の中和力価を有することを更に実証する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアントの継続的進化は、中和抗体回避の明確なパターンを有する多数の亜系統の出現につながった。最近出現した亜系統ＢＡ．４．６、ＢＦ．７、及びＢＡ．２．７５は、それらの有病率が多くの地域でゆっくりであるが着実に増加するにつれて、懸念を引き起こしている。本実施例は、ＢＡ．１、ＢＡ．２、またはＢＡ．４／ＢＡ．５ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる後続のブレークスルー感染を有するＣＯＶＩＤ－１９ ｍＲＮＡで３回ワクチン接種された個体の免疫血清における、これらのオミクロン亜系統ならびに現在優勢なＢＡ．４／ＢＡ．５に対する中和活性を調査した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回または４回ｍＲＮＡでワクチン接種された個体からの血清も試験した。ＢＡ．１、ＢＡ．２、及びＢＡ．４／ＢＡ．５の回復期からの血清は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株と比較して、ＢＡ．２．７５を交差中和する能力において概して同等であった。オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７の最強の交差中和を、ＢＡ．４／ＢＡ．５回復期血清において検出した。これらの所見は、最近のオミクロン亜系統によるブレークスルー感染が、新たに出現する亜系統による感染に対して少なくとも部分的な保護を与え得ることを示し、ＢＡ．４／５特異的ワクチンの有効性を支持する更なる証拠（特に、ＢＡ．４／５特異的ワクチンがオミクロンバリアントに対する広範な免疫応答を提供することができる更なる証拠）を提供する。
懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロンバリアント（ＶＯＣ）は、そのスパイク（Ｓ）糖タンパク質に３０超アミノ酸改変を含有し、これは、以前に確立された免疫からの部分的な逃避を媒介する。結果として、ワクチン接種された集団の間では、以前に流行していたＶＯＣよりも、オミクロンによるブレークスルー感染が頻繁に発生している。２０２１年１１月にオミクロンが初めて出現して以来、亜系統ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．４、及びＢＡ．５が連続してパンデミックの景観を支配している。ＢＡ．５は、２０２２年半ばから世界的に優勢な亜系統であるが、ウイルス進化は、そのＳ糖タンパク質に更なるアミノ酸改変を有する新しい亜系統を生み出し続けている。大陸にわたる多くの国で、ゆっくりであるが安定した罹患率の増加を伴う以前のオミクロン亜系統の子孫が報告されている。これらの子孫には、それぞれＢＡ．２、ＢＡ．４、及びＢＡ．５から出現したオミクロンＢＡ．２．７５、ＢＡ．４．６、及びＢＦ．７が含まれる。
オミクロンＢＡ．２．７５は、Ｓタンパク質のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）内の５つのアミノ酸改変を含有し、それは、その親亜系統ＢＡ．２を含む、以前の懸念されるオミクロンバリアント（ＶＯＣ）と区別する（図６０）。加えて、ＢＡ．２．７５は、その受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に、ＢＡ．２には見られない３つの改変を有し、それらのうちのＧ４４６Ｓは、ＢＡ．１と共有される。オミクロンＢＡ．４．６及びＢＦ．７の最も蔓延している株は、同一のＳ糖タンパク質配列を有し、Ｓ糖タンパク質配列も共有する、それぞれの親系統ＢＡ．４及びＢＡ．５との高い類似性を示す。ＲＢＤ内の単一のＲ３４６Ｔ改変は、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７をＢＡ．４／ＢＡ．５から区別し、治療用モノクローナル抗体（ｍＡｂ）シルガビマブ（参考文献１）による中和を阻止する。免疫不全患者における曝露前ＣＯＶＩＤ－１９予防に高い臨床的関連性を有する、シルガビマブ及びチキサジビマブ（Ｅｖｕｓｈｅｌｄ（商標））との組み合わせは、チキサジビマブがオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５及びそれらの子孫に対する中和活性を欠くことを考慮すると、オミクロンＢＡ．４．６及びＢＦ．７に対して無効であると予想される（参考文献１及び２）。
世界の多くの地域における一次ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２免疫は、元の野生型ウイルスまたはｍＲＮＡワクチンＢＮＴ１６２ｂ２及びｍＲＮＡ－１２７３などの野生型株ベースのワクチンへの感染に基づく。免疫応答は、抗原的に異なるオミクロン亜系統ウイルスによるブレークスルー感染または最近承認されたオミクロン適応ワクチンブースターを通じて、一般的に更に形作られる。重要な問題は、ブレークスルー感染及びオミクロン適応ワクチンブースターが、現在勢いを増している最近出現したオミクロンサブラインに対する実質的な中和抗体応答を誘発するかどうかである。
本実施例は、オミクロン亜系統バリアントによる後続のブレークスルー感染の有無にかかわらず、３回または４回用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）を受けた個体の５つのコホートから単離した免疫血清からのオミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７及びＢＡ．２．７５に対する中和活性を調査した。個々のコホートは、ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３、ｎ＝１８）、ＢＮＴ１６２ｂ２で４回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の高齢者個体（ＢＮＴ１６２ｂ２４、ｎ＝１５）、及び３回ｍＲＮＡでワクチン接種され、オミクロンＢＡ．１（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、ｎ＝１４）、ＢＡ．２（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｎ＝１９）、またはＢＡ．４／ＢＡ．５（ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５、ｎ＝１７）でブレークスルー感染を経験した個体であった（図６１）。研究デザインには、地域の保健当局が高齢者個人に第４のワクチン用量を推奨し、以前のバリアントと比較してオミクロンによるブレークスルー感染の頻度が高いことを考慮して、欧州及び北米の人口の大きな割合を占めると考えられるコホートが含まれている。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株またはオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５（ＢＡ．４及びＢＡ．５は、それらのＳ糖タンパク質配列において同一である）、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７（ＢＡ．４．６及びＢＦ．７は、それらのＳ糖タンパク質配列において同一である）、またはＢＡ．２．７５のＳ糖タンパク質を担持する疑似ウイルスを用いて、５０％疑似ウイルス中和（ｐＶＮ５０）幾何平均力価（ＧＭＴ）を決定することによって、よく特徴付けられた疑似ウイルス中和試験（ｐＶＮＴ）において、血清中和活性を試験した（参考文献３～５）。
ＢＮＴ１６２ｂ２３、ＢＮＴ１６２ｂ２４、及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１コホートにおいて、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対するｐＶＮ５０力価は、野生型株に対する力価よりも有意に低かった（ＧＭＴは、５～６倍低減した）（図５９（Ａ））。ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５コホートにおけるＢＡ．４／ＢＡ．５中和の低減もまた、他のコホートよりも統計的に有意であったが、顕著ではなかった（野生型と比較して、ＧＭＴが２～３倍低かった）。オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７に対するｐＶＮ５０力価は、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２におけるＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して更に有意に低減した（ＧＭＴ ２３９対３８６、Ｐ＜０．０５）。ＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７中和の相当であるが統計的に有意ではない低減が、ＢＮＴ１６２ｂ２４においても見られた（ＧＭＴ ５５対１２１）。他の全てのコホートについて、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７ ＧＭＴは、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対するものとほぼ同等であり、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５における力価は、最も堅牢であった（ＧＭＴ ４４３）。ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５において、ＢＡ．２．７５に対する力価は、ＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して１．８倍低減したが（ＧＭＴ ２９５対５２１）、ＢＡ．２．７５に対する中和ＧＭＴは、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１におけるＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して更に２倍増加した（ＧＭＴ ５２５対２６３）。ＢＡ．２．７５に対する力価は、他のコホートにおけるＢＡ．４／５に対する力価と同等であった。
抗体力価の大きさにかかわらず、中和幅の評価を可能にするために、オミクロン亜系統ｐＶＮ５０ ＧＭＴを野生型株に対して正規化した。全てのオミクロンサブバリアント疑似ウイルスのＧＭＴ比は、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びＢＮＴ１６２ｂ２４コホートにおいて同等であり（全ての疑似ウイルスの比≦０．２２、図５９（Ｂ））、第４の用量のＢＮＴ１６２ｂ２は、抗体力価の全体的なわずかな増加にもかかわらず、試験したサブバリアントの交差中和を改善しなかったことを示した。ＢＡ．４／ＢＡ．５及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７の交差中和は、ＢＮＴ１６２ｂ２３と比較して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２からの血清において有意に強かった（ｐ＜０．０５）（ＧＭＴ比は、ＢＡ．４／ＢＡ．５では０．３７対０．１７、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７では０．２３対０．１２）。ＧＭＴ比は、ＢＡ．４／ＢＡ．５疑似ウイルス（ＧＭＴ比０．４８、ＢＮＴ１６２ｂ２３に対してｐ＜０．０１）及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７疑似ウイルス（０．４１、ｐ＜０．０００１）の両方について、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／ＢＡ．５コホートにおいて更に高かった。オミクロンＢＡ．２．７５疑似ウイルスの交差中和は、ほとんどのコホートにおいて概ね同等であり、ＢＮＴ１６２ｂ２３と比較して、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１のみで有意な（ｐ＜０．０５）増加が見られた。
オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７に対する中和活性が、ワクチン接種された個体及びＢＡ．２回復者の血清におけるＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して更に低減するという所見は、Ｒ３４６Ｔ改変が、ポリクローナル血清における中和抗体からの更なる逃避を媒介することを示唆する。オミクロンＢＡ．４．６、ＢＦ．７、及び現在あまり蔓延していない追加の株（参考文献１）におけるこの部位でのＲＢＤの収束進化は、結果として生じる免疫逃避がかなりの増殖優位性を付与し得ることを示している。ここでまとめられた所見は、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７中和を部分的に回復させるために中和抗体応答に再焦点を合わせることを示す。実施例１８で実証されるように、ＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染したヒト及びオミクロンＢＡ．４／５適応ワクチンでブーストされたマウスにおけるオミクロン系統の同様の交差中和パターンも観察されている。したがって、かかる所見は、オミクロンＢＡ．４／５適応ワクチンブースターが、ヒトにおけるＢＡ．４．６／ＢＦ．７に対する関連する中和抗体応答を誘発することもできることを支持する証拠を提供する。
オミクロンＢＡ．２．７５の交差中和が、ＢＡ．４／５と概ね同等であるという観察は、以前の報告と一致している（参考文献２、６、及び７）。特定の理論によって拘束されることを望むものではないが、この観察は、ＢＡ．２．７５のＢＡ．５を超える増殖の利点が、免疫回避以外の要因に関連する可能性があることを示唆する。例えば、いくつかの実施形態では、ＢＡ．１及びＢＡ．４／ＢＡ．５回復期血清による中和に対するオミクロンＢＡ．２．７５及びＢＡ．４／ＢＡ．５の感受性のわずかな差は、免疫回避における潜在的な状況依存的役割を有するアミノ酸改変を指し得る。
本実施例に要約された調査は、新しいオミクロン亜系統ＢＡ．４．６／ＢＦ．７及びＢＡ．２．７５は、将来、それらの現在の軌道に従ってＢＡ．５を置き換える可能性があるため、これらの中和に焦点を当てた。オミクロンブレークスルー感染が新規の亜系統の強化された交差中和に関連するという所見は、前の実施例で提供されたデータと一致し、以前のオミクロン亜系統及び以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣに対するものを含む、強化された中和幅を示す。これらの所見を併せると、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５ブレークスルー感染は、オミクロン亜系統を含む全てのバリアントに対する最も広範な中和と関連付けられ、ＢＡ．４／５バリアントの特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを用いたワクチン接種が、広範な中和応答を生成することができることを支持する証拠を提供する。
材料及び方法
研究デザイン、参加者の募集、及び試料収集
この研究の目的は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型及びオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５と比較して、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７及びＢＡ．２．７５亜系統に対する５つの異なる血清パネルの交差中和活性を調査することであった。（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された若年成人個体（ＢＮＴ１６２ｂ２３）、（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の４回ＢＮＴ１６２ｂ２でワクチン接種された高齢成人個体（ＢＮＴ１６２ｂ２４）、及び３回ｍＲＮＡ（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３）でワクチン接種され、以下のいずれかの期間で発生し、後に確認されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ブレークスルー感染を有する個体（ｉｉｉ）オミクロンＢＡ．１系統優勢の期間（２０２１年１１月～２０２２年１月中旬、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１）、（ｉｖ）オミクロンＢＡ．２系統優勢の期間（２０２２年３月～５月、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２）、または（ｖ）オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５系統優勢の期間（２０２２年６月中旬～７月中旬、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／５）からの免疫血清中で中和活性を評価した。血清中和能を、疑似ウイルス中和アッセイを使用して特徴付けた。コホートＢＮＴ１６２ｂ２３、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．１、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．２、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／５のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型及びオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５中和データを以前に公表した。
ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン接種後にオミクロンブレークスルー感染を経験した患者を研究する非介入研究（大学病院倫理委員会［第２０２１－５６０号］により承認されたプロトコル）の一環として、ゲーテ大学フランクフルト校の大学病院から、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋Ｏｍｉ ＢＡ．１、ｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋Ｏｍｉ ＢＡ．２、及びｍＲＮＡ－Ｖａｘ３＋ＢＡ．４／５コホートからの参加者を募集した。ＢＮＴ１６２ｂ２３及びＢＮＴ１６２ｂ２４コホートからの個体は、第２相治験ＢＮＴ１６２－１７（ＮＣＴ０５００４１８１）及びＢＮＴ１６２－１６副研究Ｆ（ＮＣＴ０４９５５６２６）への参加の一環として、インフォームドコンセントを提供した。全ての参加者は、ワクチン接種前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の記録がなかった。参加者は、採血時に無症状であった。
血清を、２０００×ｇで１０分間、採取した血液を遠心分離することによって単離し、使用まで凍結保存した。
ＶＳＶ－糖タンパク質（ＶＳＶ－Ｇ）の代わりに緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）及びルシフェラーゼをコードする組換え複製不全小胞性口腔炎ウイルス（ＶＳＶ）ベクターを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質（ＵｎｉＰｒｏｔ Ｒｅｆ：Ｐ５９５９４）、または野生型株（武漢－Ｈｕ－１、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ：４３７４０５６８）、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Δ６９／７０、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ３３９Ｄ、Ｒ３４６Ｔ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｆ４８６Ｖ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）、及びオミクロンＢＡ．２．７５バリアント（改変：Ｔ１９Ｉ、Δ２４－２６、Ａ２７Ｓ、Ｇ１４２Ｄ、Ｋ１４７Ｅ、Ｗ１５２Ｒ、Ｆ１５７Ｌ、Ｉ２１０Ｖ、Ｖ２１３Ｇ、Ｇ２５７Ｓ、Ｇ３３９Ｈ、Ｓ３７１Ｆ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｔ３７６Ａ、Ｄ４０５Ｎ、Ｒ４０８Ｓ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｎ４６０Ｋ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ）のいずれかに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を用いて、公開された疑似タイプ化プロトコルに従って疑似タイプ化した（Ｂｅｒｇｅｒ Ｒｅｎｔｓｃｈ，Ｍａｒｉａｎｎｅ，ａｎｄ Ｇｅｒｔ Ｚｉｍｍｅｒ．“Ａ ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｓｔｏｍａｔｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ ｒｅｐｌｉｃｏｎ－ｂａｓｅｄ ｂｉｏａｓｓａｙ ｆｏｒ ｔｈｅ ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉ－ｓｐｅｃｉｅｓ ｔｙｐｅ Ｉ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ．”ＰｌｏＳ ｏｎｅ ６．１０（２０１１）：ｅ２５８５８）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質改変の図を図６２に示し、オミクロンＶＯＣにおけるＳ糖タンパク質改変の別個のアラインメントを図６０に示す。
簡潔に述べると、１０％熱不活化ウシ血清（ＦＢＳ［Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ］）（培地と称される）を補充したＧｌｕｔａＭＡＸ（商標）（Ｇｉｂｃｏ）を有するダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養したＨＥＫ２９３Ｔ／１７単層（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１１２６８（商標））を、製造業者の指示に従ってＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、Ｓａｎｇｅｒ配列決定検証バリアント特異的ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓ発現プラスミドでトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後に、細胞を、ＶＳＶ－Ｇ補体ＶＳＶΔＧベクターを用いた３つの感染多重度（ＭＯＩ）で感染させた。３７℃で２時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした後、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄した後、抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ｋｅｒａｆａｓｔ Ｉｎｃ．）を補充した培地を添加して、残存ＶＳＶ－Ｇ補完入力ウイルスを中和した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ疑似タイプ含有培地を、播種の２０時間後に採取し、０．２μｍフィルター（Ｎａｌｇｅｎｅ）に通し、－８０℃で保管した。疑似ウイルスバッチを、培地中で培養したＶｅｒｏ ７６細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８７（商標））で滴定した。１ｍＬ当たり２００形質導入単位（ＴＵ）の感染力価に対応する、Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０２１（Ｍｕｉｋ，Ａｌｅｘａｎｄｅｒ，ｅｔ ａｌ．“Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．”Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１．６５３４（２０２１）：１１５２－１１５３）に以前に記載される規定体積のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型株Ｓ糖タンパク質疑似ウイルス参照バッチによって誘導される相対ルシフェラーゼ単位を、比較対象として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント疑似ウイルスバッチの入力体積を算出して、参照に対する相対ルシフェラーゼ単位に基づいて感染力価を正規化した。
疑似ウイルス中和アッセイ
Ｖｅｒｏ ７６細胞を、アッセイの４時間前に培地中で４０，０００細胞／ウェルで９６ウェル白色平底プレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に播種し、７．５％ ＣＯ２で３７℃で培養した。ヒト血清試料を、１：１０～１：１０，２４０の範囲の希釈を有する培地中で２倍段階希釈した。ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ粒子を培地中に希釈して、アッセイにおいて２００ ＴＵを得た。血清希釈液を室温で３０分間、疑似ウイルス（疑似ウイルス当たり血清当たりｎ＝２の技術的複製）と１：１で混合した後、Ｖｅｒｏ ７６細胞単層に添加し、３７℃で２４時間、７．５％ ＣＯ２でインキュベートした。上清を除去し、細胞をルシフェラーゼ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）で溶解した。発光は、ＣＬＡＲＩＯｓｔａｒ（登録商標）Ｐｌｕｓマイクロプレートリーダー（ＢＭＧ Ｌａｂｔｅｃｈ）に記録し、中和力価は、依然として発光の５０％の低減をもたらした最高血清希釈の相互作用として算出した。全ての疑似ウイルス中和実験の結果を、重複物の幾何平均力価（ＧＭＴ）として表した。中和が観察されなかった場合、検出限界［ＬＯＤ］の半分の任意の力価値が報告された。
統計分析
抗体力価の分析に使用される集合の統計的方法は、幾何平均であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＯＣ力価及び野生型株力価の比については、幾何平均及び対応する９５％信頼区間であった。幾何平均の使用は、数桁に及ぶ抗体力価の非正規分布を説明する。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を伴うフリードマン検定を使用して、共通の対照群を用いて群の幾何平均中和抗体力価の対のある符号順位検定を行った。多重比較のためのＤｕｎｎ補正を用いるＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を使用して、群ＧＭＴ比の対のない符号順位検定を行った。全ての統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアバージョン９を使用して実施した。
実施例１９に引用される参考文献
１．Ｆ．Ｊｉａｎ，Ｙ．Ｙｕ，Ｗ．Ｓｏｎｇ，Ａ．Ｙｉｓｉｍａｙｉ，Ｌ．Ｙｕ，Ｙ．Ｇａｏ，Ｎ．Ｚｈａｎｇ，Ｙ．Ｗａｎｇ，Ｆ．Ｓｈａｏ，Ｘ．Ｈａｏ，Ｙ．Ｘｕ，Ｒ．Ｊｉｎ，Ｙ．Ｗａｎｇ，Ｘ．Ｓ．Ｘｉｅ，Ｙ．Ｃａｏ，Ｆｕｒｔｈｅｒ ｈｕｍｏｒａｌ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｏｆ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，（２０２２）．
２．Ｑ．Ｗａｎｇ，Ｓ．Ｉｋｅｔａｎｉ，Ｚ．Ｌｉ，Ｙ．Ｇｕｏ，Ａ．Ｙ．Ｙｅｈ，Ｍ．Ｌｉｕ，Ｊ．Ｙｕ，Ｚ．Ｓｈｅｎｇ，Ｙ．Ｈｕａｎｇ，Ｌ．Ｌｉｕ，Ｄ．Ｄ．Ｈｏ，Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔ ＢＡ．２．７５．Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，（２０２２）．
３．Ａ．Ｍｕｉｋ，Ａ．Ｋ．Ｗａｌｌｉｓｃｈ，Ｂ．Ｓａｎｇｅｒ，Ｋ．Ａ．Ｓｗａｎｓｏｎ，Ｊ．Ｍｕｈｌ，Ｗ．Ｃｈｅｎ，Ｈ．Ｃａｉ，Ｄ．Ｍａｕｒｕｓ，Ｒ．Ｓａｒｋａｒ，Ｏ．Ｔｕｒｅｃｉ，Ｐ．Ｒ．Ｄｏｒｍｉｔｚｅｒ，Ｕ．Ｓａｈｉｎ，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１，１１５２－１１５３（２０２１）．
４．Ａ．Ｍｕｉｋ，Ｂ．Ｇ．Ｌｕｉ，Ａ．Ｋ．Ｗａｌｌｉｓｃｈ，Ｍ．Ｂａｃｈｅｒ，Ｊ．Ｍｕｈｌ，Ｊ．Ｒｅｉｎｈｏｌｚ，Ｏ．Ｏｚｈｅｌｖａｃｉ，Ｎ．Ｂｅｃｋｍａｎｎ，Ｒ．Ｃ．Ｇｕｉｍｉｌ Ｇａｒｃｉａ，Ａ．Ｐｏｒａｎ，Ｓ．Ｓｈｐｙｒｏ，Ａ．Ｆｉｎｌａｙｓｏｎ，Ｈ．Ｃａｉ，Ｑ．Ｙａｎｇ，Ｋ．Ａ．Ｓｗａｎｓｏｎ，Ｏ．Ｔｕｒｅｃｉ，Ｕ．Ｓａｈｉｎ，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７５，６７８－６８０（２０２２）．
５．Ａ．Ｍｕｉｋ，Ｂ．Ｇ．Ｌｕｉ，Ｍ．Ｂａｃｈｅｒ，Ａ．Ｋ．Ｗａｌｌｉｓｃｈ，Ａ．Ｔｏｋｅｒ，Ａ．Ｆｉｎｌａｙｓｏｎ，Ｋ．Ｋｒｕｇｅｒ，Ｏ．Ｏｚｈｅｌｖａｃｉ，Ｋ．Ｇｒｉｋｓｃｈｅｉｔ，Ｓ．Ｈｏｅｈｌ，Ｓ．Ｃｉｅｓｅｋ，Ｏ．Ｔｕｒｅｃｉ，Ｕ．Ｓａｈｉｎ，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＢＡ．２．１２．１ ａｎｄ ＢＡ．４／ＢＡ．５．ｂｉｏＲｘｉｖ，（２０２２）．
６．Ｘ．Ｓｈｅｎ，Ｓ．Ｃｈａｌｋｉａｓ，Ｊ．Ｆｅｎｇ，Ｘ．Ｃｈｅｎ，Ｈ．Ｚｈｏｕ，Ｊ．Ｃ．Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｂ．Ｇｉｒａｒｄ，Ｊ．Ｅ．Ｔｏｍａｓｓｉｎｉ，Ａ．Ａｕｎｉｎｓ，Ｒ．Ｄａｓ，Ｄ．Ｃ．Ｍｏｎｔｅｆｉｏｒｉ，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２．７５ ａｆｔｅｒ ｍＲＮＡ－１２７３ Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８７，１２３４－１２３６（２０２２）．
７．Ｈ．Ｇｒｕｅｌｌ，Ｋ．Ｖａｎｓｈｙｌｌａ，Ｐ．Ｔｏｂｅｒ－Ｌａｕ，Ｄ．Ｈｉｌｌｕｓ，Ｌ．Ｅ．Ｓａｎｄｅｒ，Ｆ．Ｋｕｒｔｈ，Ｆ．Ｋｌｅｉｎ，Ｎｅｕｔｒａｌｉｓａｔｉｏｎ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２．７５ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２２，１４２２－１４２３（２０２２）．
８．ＷＨＯ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｇｒｏｕｐ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖｉｒｕｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（ＴＡＧ－ＶＥ）：Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．２５９）：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ．（２０２１）．
９．ＷＨＯ Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ（ＨＱ），ＷＨＯ Ｈｅａｌｔｈ Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉｅｓ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ，Ｅｎｈａｎｃｉｎｇ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔ：Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ ｂｒｉｅｆ ａｎｄ ｐｒｉｏｒｉｔｙ ａｃｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｍｅｍｂｅｒ Ｓｔａｔｅｓ．（２０２２）．
１０．Ｍ．Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ ｉｓ ｈｉｇｈｌｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ａｇａｉｎｓｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ｔｈｅ ＣＯＶＩＤ－１９ ｐａｎｄｅｍｉｃ．Ｃｅｌｌ １８５，４４７－４５６ ｅ４１１（２０２２）．
１１．Ｖ．Ｓｅｒｖｅｌｌｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ Ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｃｅｌｌ １８５，１５３９－１５４８ ｅ１５３５（２０２２）．
１２．Ｃ．Ｋｕｒｈａｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１，ＢＡ．２，ａｎｄ ＢＡ．３ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １３，３６０２（２０２２）．
１３．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｓｃａｐｅｓ ｔｈｅ ｍａｊｏｒｉｔｙ ｏｆ ｅｘｉｓｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ ６０２，６５７－６６３（２０２２）．
１４．Ｓ．Ｘｉａ，Ｌ．Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｚｈｕ，Ｌ．Ｌｕ，Ｓ．Ｊｉａｎｇ，Ｏｒｉｇｉｎ，ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ，ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ Ｔａｒｇｅｔ Ｔｈｅｒ ７，２４１（２０２２）．
１５．Ｈ．Ｇｒｕｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ｅｘｈｉｂｉｔ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｓｃａｐｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ．Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，（２０２２）．
１６．Ｙ．Ｆａｎ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｖａｒｉａｎｔ：ｒｅｃｅｎｔ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ａｎｄ ｆｕｔｕｒｅ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ．Ｓｉｇｎａｌ Ｔｒａｎｓｄｕｃｔ Ｔａｒｇｅｔ Ｔｈｅｒ ７，１４１（２０２２）．
１７．Ｈ．Ｔｅｇａｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｌｉｎｅａｇｅｓ ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ．Ｎａｔ Ｍｅｄ，（２０２２）．
１８．Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌ，Ｗｅｅｋｌｙ ＣＯＶＩＤ－１９ ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ－Ｃｏｕｎｔｒｙ ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｒｅｐｏｒｔ：ｗｅｅｋ ３１ ２０２２（２０２２）．
１９．Ｊ．Ｈａｄｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ：ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ｔｒａｃｋｉｎｇ ｏｆ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｈｔｔｐｓ：／／ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ．ｏｒｇ／ｎｃｏｖ／ｇｉｓａｉｄ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３４，４１２１－４１２３（２０１８）．
２０．Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ．ＣＯＶＩＤ Ｄａｔａ Ｔｒａｃｋｅｒ．Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ：ＵＳ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＣＤＣ；２０２２，Ａｕｇｕｓｔ １２．ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｖｉｄ．ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｖｉｄ－ｄａｔａ－ｔｒａｃｋｅｒ．（２０２２）．
２１．Ａ．Ｚ．Ｍｙｋｙｔｙｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｃａｒｔｏｇｒａｐｈｙ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈａｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ａｎｄ ＢＡ．２ ａｒｅ ａｎｔｉｇｅｎｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔｉｎｃｔ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ４４５０（２０２２）．
２２．Ｐ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｖａｒｉａｎｔｓ Ｂ．１．３５１ ａｎｄ Ｂ．１．１．７．Ｎａｔｕｒｅ ５９３，１３０－１３５（２０２１）．
２３．Ｊ．Ｑｕａｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｄｒｉｖｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｖａｒｉａｎｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｍｏｒｙ Ｂ ｃｅｌｌ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ２４２７（２０２２）．
２４．Ｃ．Ｉ．Ｋａｋｕ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃａｌｌ ｏｆ ｐｒｅ－ｅｘｉｓｔｉｎｇ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｂ ｃｅｌｌ ｍｅｍｏｒｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．１ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｓｃｉ Ｉｍｍｕｎｏｌ，ｅａｂｑ３５１１（２０２２）．
２５．Ｙ．Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４ ａｎｄ ＢＡ．５ ｅｓｃａｐｅ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
２６．Ｐ．Ａｒｏｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｕｇｍｅｎｔｅｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｓａｔｉｏｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｆ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，ａｎｄ ＢＡ．５．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，（２０２２）．
２７．Ｑ．Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｖａｓｉｏｎ ｂｙ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｖａｒｉａｎｔｓ ＢＡ．２．１２．１，ＢＡ．４，＆ ＢＡ．５．Ｎａｔｕｒｅ，（２０２２）．
２８．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２ ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＢＡ．２．１２．１ ａｎｄ ＢＡ．４／ＢＡ．５．ｂｉｏＲｘｉｖ，（２０２２）．
２９．Ｐ．Ｄｕ ｅｔ ａｌ．，Ａ ｂｉｖａｌｅｎｔ ｖａｃｃｉｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ Ｄ６１４Ｇ ａｎｄ ＢＡ．１ ｓｐｉｋｅ ｔｒｉｍｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｒ ａ ＢＡ．１ ｓｐｉｋｅ ｔｒｉｍｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｏｏｓｔｅｒ ｓｈｏｗｓ ｂｒｏａｄ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ｊ Ｍｅｄ Ｖｉｒｏｌ ９４，４２８７－４２９３（２０２２）．
３０．Ａ．Ｒ．Ｂｒａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｖａｒｉａｎｔ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｂｏｏｓｔｅｒｓ Ｔｒｉａｌ：Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ Ａｎａｌｙｓｅｓ．ｍｅｄＲｘｉｖ，（２０２２）．
３１．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅ Ｂ．１．１．７ ｐｓｅｕｄｏｖｉｒｕｓ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７１，１１５２－１１５３（２０２１）．
３２．Ａ．Ｍｕｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｂｙ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ－ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｈｕｍａｎ ｓｅｒａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３７５，６７８－６８０（２０２２）．
３３．Ｃ．Ｗ．Ｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐａｎ－Ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ ＢＮＴ１６２ｂ２－Ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８５，１４０１－１４０６（２０２１）．
３４．Ｓ．Ｉ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＢＡ．４ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｔｒｉｇｇｅｒｓ ｍｏｒｅ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｈａｎ ＢＡ．１．ｂｉｏＲｘｉｖ，（２０２２）．
３５．Ｓ．Ｙ．Ｔａｒｔｏｆ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｒｏｍｉｓｅ ａｎｄ ｄｕｒａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ ａｇａｉｎｓｔ ｓｅｖｅｒｅ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｄｕｅ ｔｏ ｏｍｉｃｒｏｎ ａｎｄ ｄｅｌｔａ ｖａｒｉａｎｔｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｒｅｓｐｉｒ Ｍｅｄ １０，ｅ６１－ｅ６２（２０２２）．
３６．Ｎ．Ａｎｄｒｅｗｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｖｉｄ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ａｇａｉｎｓｔ ｔｈｅ Ｏｍｉｃｒｏｎ（Ｂ．１．１．５２９） Ｖａｒｉａｎｔ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８６，１５３２－１５４６（２０２２）．
３７．Ｆ．Ｐ．Ｐｏｌａｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓａｆｅｔｙ ａｎｄ Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ｔｈｅ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｍＲＮＡ Ｃｏｖｉｄ－１９ Ｖａｃｃｉｎｅ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３８３，２６０３－２６１５（２０２０）．
３８．Ｗ．Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ－Ｂ．１．１．５２９ ｌｅａｄｓ ｔｏ ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｅｓｃａｐｅ ｆｒｏｍ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｃｅｌｌ １８５，４６７－４８４ ｅ４１５（２０２２）．
３９．Ａ．Ｂ．Ｖｏｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＢＮＴ１６２ｂ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｐｒｏｔｅｃｔ ｒｈｅｓｕｓ ｍａｃａｑｕｅｓ ｆｒｏｍ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．Ｎａｔｕｒｅ ５９２，２８３－２８９（２０２１）．
４０．Ａ．Ｇ．Ｏｒｌａｎｄｉｎｉ ｖｏｎ Ｎｉｅｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｍＲＮＡ－Ｂａｓｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｇｅｎｅ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｂｙ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ－Ａｕｇｍｅｎｔｉｎｇ ３’ ＵＴＲｓ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｂｙ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ ２７，８２４－８３６（２０１９）．
４１．Ｓ．Ｈｏｌｔｋａｍｐ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ－ｅｎｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡ ｉｎｃｒｅａｓｅｓ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ，ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｅｆｆｉｃａｃｙ，ａｎｄ Ｔ－ｃｅｌｌ ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ ｃａｐａｃｉｔｙ ｏｆ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌｓ．Ｂｌｏｏｄ １０８，４００９－４０１７（２００６）．
４２．Ｅ．Ｇｒｕｄｚｉｅｎ－Ｎｏｇａｌｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｍＲＮＡｓ ｗｉｔｈ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ９６９，５５－７２（２０１３）．
４３．Ｓ．Ｂｅｒｅｎｓｍｅｉｅｒ，Ｍａｇｎｅｔｉｃ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ．Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ７３，４９５－５０４（２００６）．
実施例２０：オミクロンＢＡ．４／５特異的ワクチンを含むブースター用量が、オミクロンＢＡ．４／５バリアントに対する強い免疫応答を誘導することができることを確認した臨床治験結果
本実施例は、ＢＡ．４／５特異的ワクチン（例えば、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、本明細書に記載のＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡとを含む二価ＲＮＡワクチン）が、対象において強力な免疫応答を誘導することができることを確認する臨床治験データを提供する。具体的には、本実施例は、かかるＲＮＡワクチンが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンによって誘導される免疫応答よりもＢＡ．４／５バリアントに対して高い免疫応答（例えば、中和抗体力価）を誘導することができることを示すデータを提供する。これらの結果は、ＢＡ．４／５特異的ワクチン（例えば、本明細書に記載のもの）を投与する利点に関して、前の実施例に記載のＢＡ．４／５ブレークスルー感染データ及びマウス実験データによって提供される洞察を確認する。
本実施例は、３０μｇブースター用量のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応二価ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（１５μｇの武漢バリアントの完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、例えば、いくつかの実施形態では、配列番号２０に対して少なくとも９５％以上（最大１００％を含む）同一であるヌクレオチド配列を含むＲＮＡ（例えば、いくつかの実施形態では、ＢＮＴ１６２ｂ２）、及び１５μｇのオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５の特徴である１つ以上の変異を含む完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡ、例えば、いくつかの実施形態では、配列番号７２に対して少なくとも９５％以上（最大１００％を含む）同一であるヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む）が、３つの用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチン（例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２）を以前に受けたことがある、１８～５５歳の個体（ｎ＝３８）及び５５歳超の個体（ｎ＝３６）に投与された、第２／３相臨床治験からの免疫応答データを提供する。５５歳超の参加者の比較群（ｎ＝４０）に、３０μｇブースター用量の（第４の用量として）武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを投与した。本実施例において、本明細書に記載の二価ワクチンを投与された対象は、二価ワクチンの投与の平均１１ヶ月前に武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするワクチンの最後の用量を受けたが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質をコードするＲＮＡワクチン、例えば、ＢＮＴ１６２ｂ２を（第４の用量として）投与された対象は、平均６ヶ月前に第３の用量を受けた。この差にもかかわらず、ブースター前抗体力価は、両群において類似していた。いずれの群も、以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠を有する対象及び以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を有しない対象を含んでいた。
オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５特異的二価ワクチンを投与した対象の間で、ブースター前レベルと比較して、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５中和抗体力価の実質的に高い増加が観察された。二価ワクチンを投与した１８～５５歳の個体について、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対する幾何平均力価（ＧＭＴ）は、約６００（例えば、６０６）であり、これは、ブースター前レベルから９．５倍の上昇（９５％ ＣＩ：６．７、１３．６）であった。ＢＡ．４／５二価ワクチンを投与した５５歳超の個体について、ＧＭＴは、約９００（例えば、８９６）であり、これはブースター前レベルから１３．２倍の上昇（９５％ ＣＩ：８．０、２１．６）であった。対照的に、３０μｇのブースター用量の、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡワクチンを受けた５５歳以上の参加者では、ブースター後１ヶ月で測定したオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対して、より低い中和抗体応答が観察された。これらの参加者について、ＧＭＴは、約２３０（例えば、２３６）であり、ブースター前レベルからの２．９倍の上昇（９５％ ＣＩ：２．１、３．９）を表した。二価ワクチンの臨床治験で観察された安全性プロファイルは良好であり、ＢＮＴ１６２ｂ２と一致した。
加えて、以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠を有する、有しない対象の集団を調べるときに、二価ワクチンのブースター用量後のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対する中和抗体の増加が両方の集団で観察され、ＢＡ．４／５二価ワクチンが、以前の感染状態に関係なく、かかるワクチンを受ける対象における保護を改善することができることを実証する。
実施例２１：二価ＢＡ．４／５ワクチンによるオミクロンＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１の中和の改善
本実施例は、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡと、ＢＡ．４／５オミクロンバリアントの特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含む二価ＲＮＡワクチン（例えば、本明細書に記載の二価ワクチン）が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価ＲＮＡワクチンと比較して改善された免疫応答を提供することができることを実証する更なるデータを提供する。例えば、いくつかの実施形態では、かかる改善された免疫応答は、１つ以上の（２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上を含む）懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントに対する中和力価の増加を含む。いくつかの実施形態では、かかる改善された免疫応答は、１つ以上の（２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上を含む）懸念されるオミクロンバリアントに対する中和力価の増加を含む。いくつかの実施形態では、かかる改善された免疫応答は、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価ＲＮＡワクチンで観察されたものと比較して、より多くの懸念されるオミクロンバリアントに対する中和力価の増加を含む。
特に、本実施例は、かかる二価ワクチンが、第４の用量ブースターとして投与されるときに、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価のＲＮＡワクチンと比較して、ＢＡ．５由来の亜系統（例えば、ＢＡ．４．６、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１）ならびにＢＡ．２由来の亜系統（例えば、ＢＡ．２．７５．２）に対する改善された免疫応答（例えば、いくつかの実施形態では、より高い中和応答）を誘導することができることを実証するデータを提供する。本実施例はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染歴のある対象（例えば、以前または現在のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を有する対象）が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していない対象と比較して、第４のブースター用量（例えば、一価または二価ワクチン）の投与後に、より高い免疫応答（例えば、より高い中和力価）を発現することができることを実証するデータを提供する。本実施例は、ＢＡ．４／５二価ワクチンが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染歴にかかわらず、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価ＲＮＡワクチンと比較して、改善された免疫応答（例えば、改善された中和応答）を誘導することができることを実証する。本実施例はまた、武漢一価ワクチンと比較して、ＢＡ．４／５二価ワクチンによって提供されるある特定のオミクロン亜系統（例えば、本明細書で試験したオミクロン亜系統）に対する免疫応答の改善が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染したことがある対象と比較して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に以前に感染したことがない対象に対してより大きいことを示すデータを提供する。
重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）オミクロンバリアントは、２０２１年１１月の出現以来、世界的に多くの亜系統に進化し続けている。現在進行中のオミクロンパンデミックを軽減するために、米国ＦＤＡは、２０２２年９月に二価ＢＡ．４／５－ワクチンの緊急使用を承認した。米国ＦＤＡにより承認された二価ワクチンは、２つのｍＲＮＡを含有する：１つは、元の（武漢）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＢＮＴ１６２ｂ２）をコードするものであり、もう１つは、オミクロンＢＡ．４／５バリアント（いくつかの実施形態では、配列番号６９、及びいくつかの実施形態では、配列番号７２のアミノ酸配列を含む）の特徴である変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする。米国ＦＤＡの承認以降、新たなオミクロンＢＡ．２及びＢＡ．５の子孫亜系統（例えば、ＢＡ．４．６、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１）が出現し、蔓延した（ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｖｉｄ．ｃｄｃ．ｇｏｖ／ｃｏｖｉｄ－ｄａｔａ－ｔｒａｃｋｅｒ／＃ｖａｒｉａｎｔ－ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎｓ）。初期の疫学的データは、疾患の重症度の増加がないことを示唆しているが、これらの新たな亜系統は、ワクチン及び／または感染により誘発された抗体中和を更に回避する可能性のある追加のスパイク変異を蓄積している（参考文献２～４）。
本実施例は、オミクロン亜系統ＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１に対する中和力価が、（ａ）３０μｇブースター用量のオミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応二価ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（いくつかの実施形態では、１５μｇの配列番号２０に対して少なくとも９５％（最大１００％を含む）同一であるヌクレオチド配列を含むＲＮＡと、１５μｇの、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５の特徴である１つ以上の変異を含む完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、配列番号７２に対して少なくとも９５％（最大１００％を含む）同一であるヌクレオチド配列を含むＲＮＡとを含む）を第４の用量として投与された対象から収集された血清において測定された、臨床治験からのデータを記載する。本実施例では、（ｉ）１５μｇの配列番号２０の配列を含むＲＮＡと、（ｉｉ）１５μｇの配列番号７２の配列を含むＲＮＡとを含む、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５適応二価ＣＯＶＩＤ－１９ワクチンを試験対象に投与した。
武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を送達された３つの用量のワクチンを以前に受けていた５５歳超の参加者（本実施例では、３つの３０μｇ用量のＢＮＴ１６２ｂ２を以前に受けていた対象）は、用量３の約６．６ヶ月後に３０μｇの一価ＢＮＴ１６２ｂ２または用量３の約１１ヶ月後に３０μｇの二価ワクチン（１５μｇのＢＮＴ１６２ｂ２＋１５μｇのＢＡ．４／５）を含む第４のブースター用量を投与された。用量４が投与された日（血清前試料）及び用量４の１ヶ月後（１ＭＰＤ４血清試料）に血清を収集した。全ての参加者を、ウイルスヌクレオカプシド抗体及びＲＴ－ＰＣＲ試験による以前及び現在のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠についてスクリーニングし、中和分析における両方のワクチン群は、感染の証拠の有無にかかわらず、全参加者間に均等に割り当てられた。中和試験のために、オミクロンＢＡ．４／５（ＢＡ．４及びＢＡ．５は同一のスパイク配列をコードする）、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、またはＸＢＢ．１に由来する完全なスパイク遺伝子を、蛍光レポーターＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（２０２０年１月に単離された株、参考文献５を参照されたい）の骨格にクローニングした。得られた野生型（ＷＴ）、ＢＡ．４／５－、ＢＡ．２．７５．２－、ＢＱ．１．１－、及びＸＢＢ．１－スパイクｍＮＧ ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０を使用して、収集した各血清試料について、５０％蛍光フォーカス減少法による中和力価（ＦＦＲＮＴ５０）を測定した。
全ての参加者（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠がある対象及び証拠がない対象を含む）について、第４の用量の一価ＢＮＴ１６２ｂ２ワクチンは、武漢、ＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１に対して、それぞれ３．０倍、２．９倍、２．３倍、２．１倍、１．９倍、及び１．５倍の幾何平均中和力価倍率上昇（ＧＭＦＲ）を誘導することが見出され、二価ワクチンは、５．８倍、１３．０倍、１１．１倍、６．７倍、８．７倍、及び４．８倍ＧＭＦＲを誘導することが見出された（図６３（Ａ））。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染歴のない個体では、ＢＮＴ１６２ｂ２は、それぞれ４．４倍、３．０倍、２．６倍、２．１倍、１．５倍、及び１．３倍のＧＭＦＲを誘導し、二価ワクチンは、９．９倍、２５．９倍、２１．２倍、８．６倍、１３．０倍、及び４．６倍のＧＭＦＲを誘導した（図６３（Ｂ））。以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染した個体の場合、ＢＮＴ１６２ｂ２は、それぞれ２．０倍、２．８倍、２．１倍、２．１倍、２．２倍、及び１．８倍のＧＭＦＲを誘導し、二価ワクチンは、３．５倍、６．７倍、６．２倍、５．３倍、６．３倍、及び４．９倍のＧＭＦＲを誘導した（図６３Ｃ）。用量３と用量４との間に異なる間隔があったにもかかわらず、用量４前の中和力価は、全ての参加者の一価及び二価のワクチン群、ならびに感染なし群で類似していた。
本実施例は、少なくとも３つの所見を提供する。第一に、二価ＢＡ．４／５ワクチンは、第４用量ブースターとして投与したとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価ＲＮＡワクチンよりも、ＢＡ．５由来の亜系統（ＢＡ．４．６、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１）及びＢＡ．２由来の亜系統（ＢＡ．２．７５．２）に対して一貫して高い中和応答を誘発した。第二に、以前または現在のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の証拠を有する個体は、第４の用量ブースター後に、感染なしの個体よりも高い中和力価を発現した。二価ワクチンによって誘導された改善された中和反応は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染歴に関係なく観察された。第三に、試験した各オミクロン亜系統について、ＢＮＴ１６２ｂ２と二価ＧＭＦＲとの間の差は、以前の感染を有する血清よりも、以前の感染を有しない血清の方が大きかった。
全てのオミクロン亜系統の中で、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢ．１は、ワクチンにより誘発された中和の最大回避を示したが、二価ブースター後の中和力価は、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする一価ＲＮＡ後のものよりも数倍高かった。これらのデータは、二価ワクチンが、流行しているオミクロン亜系統に対してより免疫原性が高いことを示し、現実世界での有効性をモニタリングすることの重要性を強調する。
方法
細胞
Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ）から購入したＶｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ－１５８６）及びＳＥＫＩＳＵＩ ＸｅｎｏＴｅｃｈ，ＬＬＣから購入したＴＭＰＲＳＳ２を発現するＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ、ＨｙＣｌｏｎｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｓｏｕｔｈ Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンを含有する高グルコースダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中、５％ ＣＯ２で３７℃で維持した。培養培地及び抗生物質は、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）から購入した。細胞株を試験したところ、マイコプラズマ陰性であった。
ヒト血清
以前に３回の３０μｇ ＢＮＴ１６２ｂ２用量を受けた５５歳超の参加者では、一価の元の３０μｇ ＢＮＴ１６２ｂ２または３０μｇの二価ＢＡ．４／ＢＡ．５ワクチン（１５μｇの元のＢＮＴ１６２ｂ２と１５μｇのＢＡ．４／ＢＡ．５）の第４の用量ブースターによるブーストの直前及び１ヶ月後に、血清試料を収集した。プロトコル及びインフォームドコンセントは、研究に参加した各治験センターの施設レビュー委員会によって承認された。本研究は、全ての調和国際会議の良好な臨床実践ガイドライン及びヘルシンキ宣言の倫理原則に従って行われた。用量３と用量４との間の時間の中央値は、ＢＮＴ１６２ｂ２及び二価ＢＡ．４／５ワクチンについてそれぞれ６．３ヶ月及び１１．３ヶ月であった。全ての参加者を、既存のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２についてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドＩｇ血清学的試験によって、または既存の感染についてＲＴ－ＰＣＲによってスクリーニングした。中和試験のために選択された参加者の血清のサブセット（ワクチン群当たりおよそ４０）は、いずれかの試験による感染の証拠の有無にかかわらず全参加者に等しく割り当てられた。中和試験前に、ヒト血清を５６℃で３０分間熱不活化した。
組換えオミクロン亜系統－ＦＰ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス
組換えオミクロン亜系統ＢＡ．４／５－、ＢＡ．４．６－、ＢＡ．２．７５．２－、ＢＱ．１．１－、及びＸＢＢ．１－スパイク蛍光タンパク質（ＦＰ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、示されたバリアントからの完全なスパイク遺伝子をｍＮＧ ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０の感染性ｃＤＮＡクローンに操作することによって構築され、以前に報告された（参考文献６～１０）。エレクトロポレーション後２～３日でウイルスを救出し、Ｐ０ストックとした。Ｐ０ストックを、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞上で一度更に継代させて、Ｐ１ストックを産生した。スパイク遺伝子を、全てのＰ１ストックウイルスから配列決定して、望ましくない変異がないことを確実にした。Ｐ１ウイルスの感染力価を、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞に関する蛍光フォーカスアッセイによって定量化した。Ｐ１ウイルスを中和試験に用いた。
蛍光フォーカス減少法による中和試験（ＦＦＲＮＴ）
ヒト血清の中和力価を、ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０－、ＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６－、ＢＡ．２．７５．２－、ＢＱ．１．１－、及びＸＢＢ．１－スパイクＦＰ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を使用するＦＦＲＮＴによって測定した。全ての血清を、ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０及びＢＡ．４／５、続いて残りのオミクロン亜系統で順次に試験した。ＦＦＲＮＴプロトコルの詳細は、以前に報告された（参考文献６及び１０～１３を参照されたい）。簡潔に述べると、ウェル当たり２．５×１０４個のＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、９６ウェルプレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－ｏｎｅ（商標））に播種した。細胞を一晩インキュベートした。翌日、各血清を１：２０の第１の希釈（最終希釈範囲１：２０～１：２０，４８０）で培養培地中で２倍段階希釈した。希釈した血清を１００～１５０ＦＦＵのＦＰ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と３７℃で１時間インキュベートした後、血清ウイルス混合物を、９６ウェルプレート中の事前に播種したＶｅｒｏ Ｅ６細胞単層に装填した。感染の１時間後、接種原を除去し、１００μｌのオーバーレイ培地（０．８％メチルセルロースを補充した）を各ウェルに添加した。プレートを３７℃で１６時間インキュベートした後、広視野で２．５×ＦＬ Ｚｅｉｓｓ対物レンズを装備したＣｙｔａｔｉｏｎ（商標）７（ＢｉｏＴｅｋ）を使用して、ＦＰ輝点の生画像を取得し、Ｇｅｎｅ ５ソフトウェア設定（ＧＦＰ［４６９，５２５］閾値４０００、オブジェクト選択サイズ５０～１０００μｍ）を使用して処理した。各ウェル内の輝点をカウントし、血清処理されていない対照に対して正規化して相対感染性を算出した。ＦＦＲＮＴ５０値を、蛍光輝点の＞５０％を抑制した最小血清希釈として定義した。各血清の中和力価を重複アッセイで決定し、幾何平均をとった。複製の試行は全て成功した。データは、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ９ソフトウェアにおいて最初にプロットされ、Ａｄｏｂｅ Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｏｒにおいて構築された。
実施例２１に引用される参考文献（各々が参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）
１．Ｃｅｌｅ Ｓ，Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌ，Ｋｈｏｕｒｙ ＤＳ，ｅｔ ａｌ．Ｏｍｉｃｒｏｎ ｅｘｔｅｎｓｉｖｅｌｙ ｂｕｔ ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅｌｙ ｅｓｃａｐｅｓ Ｐｆｉｚｅｒ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ ２０２２；６０２（７８９８）：６５４－６．
２．Ｋｕｒｈａｄｅ Ｃ，Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉａ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ａｎｄ Ｄｅｌｔａｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ ｏｒ ＢＡ．１ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｅｍｅｒｇ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ ２０２２：１－１８．
３．Ｌｉｕ Ｚ，ＶａｎＢｌａｒｇａｎ ＬＡ，Ｂｌｏｙｅｔ ＬＭ，ｅｔ ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｔｈａｔ ａｔｔｅｎｕａｔｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｄ ｓｅｒｕｍ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ．Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ ２０２１；２９（３）：４７７－８８ ｅ４．
４．Ｄａｖｉｓ－Ｇａｒｄｎｅｒ ＭＥ，Ｌａｉ Ｌ，Ｗａｌｉ Ｂ，ｅｔ ａｌ．ｍＲＮＡ ｂｉｖａｌｅｎｔ ｂｏｏｓｔｅｒ １ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ ＢＡ．２．７５．２ ａｎｄ ＢＱ．１．１．ｂｉｏＲｘｉｖ ２０２２：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２２．１０．３１．５１４６３６．
５．Ｍｕｒｕａｔｏ ＡＥ，Ｆｏｎｔｅｓ－Ｇａｒｆｉａｓ ＣＲ，Ｒｅｎ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ａ ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ＣＯＶＩＤ－１９ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ ｖａｃｃｉｎｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０２０；１１（１）：４０５９．
６．Ｋｕｒｈａｄｅ Ｃ，Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉａ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｌｏｗ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＢＡ．２．７５．２，ＢＱ．１．１，ａｎｄ ＸＢＢ．１ ｂｙ ４ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ｐａｒｅｎｔａｌ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ ｏｒ ａ ＢＡ．５－ｂｉｖａｌｅｎｔ ｂｏｏｓｔｅｒ．ｂｉｏＲｘｉｖ ２０２２：２０２２．１０．３１．５１４５８０．
７．Ｘｉｅ Ｘ，Ｍｕｒｕａｔｏ Ａ，Ｌｏｋｕｇａｍａｇｅ ＫＧ，ｅｔ ａｌ．Ａｎ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｃＤＮＡ Ｃｌｏｎｅ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．Ｃｅｌｌ ｈｏｓｔ ＆ ｍｉｃｒｏｂｅ ２０２０：Ｓ１９３１－３１２８（２０）３０２３１－６．
８．Ｘｉｅ Ｘ，Ｌｏｋｕｇａｍａｇｅ ＫＧ，Ｚｈａｎｇ Ｘ，ｅｔ ａｌ．Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｕｓｉｎｇ ａ ｒｅｖｅｒｓｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｓｙｓｔｅｍ．Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ２０２１；１６（３）：１７６１－８４．
９．Ｍｕｒｕａｔｏ ＡＥ，Ｆｏｎｔｅｓ－Ｇａｒｆｉａｓ ＣＲ，Ｒｅｎ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ａ ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ＣＯＶＩＤ－１９ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ ｖａｃｃｉｎｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０２０；１１（１）：４０５９．
１０．Ｘｉｅ Ｘ，Ｚｏｕ Ｊ，Ｌｉｕ Ｍ，Ｒｅｎ Ｐ，Ｓｈｉ ＰＹ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ｂｙ ４ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ｍＲＮＡ ｖａｃｃｉｎｅ．ｂｉｏＲｘｉｖ ２０２２．
１１．Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉｅ Ｘ，Ｌｉｕ Ｍ，Ｓｈｉ ＰＹ，Ｒｅｎ Ｐ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｔｅｒｓ ｉｎ Ｖａｃｃｉｎａｔｅｄ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｅｌｔａ Ｂｒｅａｋｔｈｒｏｕｇｈ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ．ｍＢｉｏ ２０２２；１３（４）：ｅ０１９９６２２．
１２．Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉａ Ｈ，Ｘｉｅ Ｘ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｇａｉｎｓｔ Ｏｍｉｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｆｒｏｍ ｐｒｅｖｉｏｕｓ ｎｏｎ－Ｏｍｉｃｒｏｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０２２；１３（１）：８５２．
１３．Ｋｕｒｈａｄｅ Ｃ，Ｚｏｕ Ｊ，Ｘｉａ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｏｍｉｃｒｏｎ ｓｕｂｌｉｎｅａｇｅｓ ａｎｄ Ｄｅｌｔａｃｒｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ３ ｄｏｓｅｓ ｏｆ ＢＮＴ１６２ｂ２ ｖａｃｃｉｎｅ ｏｒ ＢＡ．１ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｅｍｅｒｇ Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ ２０２２：１－１８．
実施例２２：ワクチンにより誘発された免疫血清及び回復期免疫血清によるオミクロン亜系統の異なる交差中和。
血清試料は、（ｉ）ＢＮＴ１６２ｂ２で３回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体または（ｉｉ）ＢＮＴ１６２ｂ２で４回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体、及び３つの用量のｍＲＮＡ ＣＯＶＩＤ－１９ワクチン（ＢＮＴ１６２ｂ２／ｍＲＮＡ－１２７３相同または異種レジメン）を受け、その後、（ｉｉｉ）オミクロンＢＡ．１、（ｉｖ）オミクロンＢＡ．２、または（ｖ）オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５にブレークスルー感染した個体から採取した。ブレークスルー感染は、それぞれの懸念されるバリアントの優勢時に発生し（ＢＡ．１：２０２１年１１月～２０２１年１月、ＢＡ．２：２０２２年３月～５月、ＢＡ．４／５：２０２２年６月中旬～７月中旬）、及び／またはバリアントをゲノム配列決定によって確認した。中和力価を、表面上のＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７、ＢＱ．１．１、ＢＡ．２．７５、ＢＡ．２．７５．２、またはＸＢＢオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質を有する疑似ウイルスを使用して、疑似ウイルス中和アッセイを使用して測定した（例えば、前の実施例に記載の方法を使用して、図６５）。５０％の疑似ウイルス中和力価（ｐＶＮＴ５０）を図６４（Ａ）に示す。抗体価の大きさにかかわらず、オミクロン亜系統のｐＶＮＴ５０を野生型株についてのものに対して正規化することによって、中和幅を評価した（図６４（Ｂ））。
ブレークスルー感染のない３回／４回ワクチン接種された個体において、オミクロンＢＡ．４／５に対するｐＶＮ５０ ＧＭＴは、野生型株に対するＧＭＴよりも５～６倍低かった（６９～１２１の範囲のＢＡ．４／５に対するＧＭＴ）（図６４（Ａ））。ＢＡ．４／５に対するＧＭＴは、ＢＡ．１回復期においても同様に低減した（ＧＭＴ ２６３、野生型より５倍低い）が、ＢＡ．２及びＢＡ．４／ＢＡ．５回復期コホートにおいては、ＢＡ．４／５に対する力価は、高く維持された（ＧＭＴは、それぞれ３８６及び５２１、野生型より３倍及び２倍低い）。
３つの回復期コホート全てにおいて、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７及びＢＡ．２．７５に対する中和力価は、３回／４回ワクチン接種されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の個体の中和力価を堅固に上回っていた（未感染の５５～１３９と比較して、回復期のＧＭＴ範囲２３９～５２５）。回復期において、オミクロンＢＡ．４．６／ＢＦ．７及びＢＡ．２．７５ ＧＭＴは、オミクロンＢＡ．４／ＢＡ．５に対するものとほぼ同等であり、有意差はなかった。対照的に、オミクロンＢＱ．１．１、ＢＡ．２．７５．２、及びＸＢＢに対するｐＶＮ５０力価は、コホート間でＢＡ．４／５に対するものよりも低かった。ＢＱ．１．１に対する力価は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染のワクチン接種されたコホート及びＢＡ．１回復期では全体的に低く（ＧＭＴ≦３８）、ＢＡ．２及びＢＡ．４／ＢＡ．５回復期コホートではより高かった（それぞれ、ＧＭＴ １００及び１５４）。ＢＡ．２．７５．２及びＸＢＢに対する力価は、コホート間で比較的低かった（それぞれ、ＧＭＴ≦８８及び≦３３）。
抗体力価の大きさにかかわらず、中和幅を評価するために、オミクロン亜系統ｐＶＮ５０ ＧＭＴを野生型株のものに対して正規化した。全てのオミクロン亜バリアント疑似ウイルスのＧＭＴ比は、ＢＮＴ１６２ｂ２３及びＢＮＴ１６２ｂ２４コホートにおいて同等であり（図６４（Ｂ））、第４の用量が、試験した亜系統の交差中和を改善しなかったことを示した。ＧＭＴ比は、ＢＡ．４／５、ＢＡ．４．６／ＢＦ．７、及びＢＡ．２．７５について０．０９～０．２２の範囲であり、ＢＱ．１．１、ＢＡ．２．７５．２、及びＸＢＢについては０．０５以下であった。
ＢＡ．４／ＢＡ．５及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７の交差中和は、３回ワクチン接種された個体と比較して、ＢＡ．２回復期からの血清において有意に高く（ｐ＜０．０５）（ＢＡ．４／ＢＡ．５についてはＧＭＴ比０．３７対０．１７、及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７については０．２３対０．１２）、ＢＡ．４／ＢＡ．５疑似ウイルス（ＧＭＴ比０．４８、ｐ＜０．０１、対ＢＮＴ１６２ｂ２３）及びＢＡ．４．６／ＢＦ．７疑似ウイルス（ＧＭＴ比０．４１、ｐ＜０．０００１）の両方については、ＢＡ．４／ＢＡ．５疑似ウイルスでは更に有意に高かった。ＢＡ．４．６／ＢＦ．７の交差中和もまた、４回ワクチン接種された個体と比較して、ＢＡ．４／ＢＡ．５回復期において有意に強かった（ｐ＜０．０００１）。ＢＱ．１．１は、全てのコホートにおいてＢＡ．４／５よりも効率的に交差中和されなかったが（ＧＭＴ比≦０．１４）、ＢＡ．４／ＢＡ．５及びＢＡ．２回復期における交差中和は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２未感染の３回または４回ワクチン接種されたコホート及びＢＡ．１ブレークスルー感染したコホートと比較して有意に強いままであった。ＢＡ．２．７５、ＢＡ．２．７５．２、及びＸＢＢ疑似ウイルスの交差中和は、コホート間で概ね同等であった。これらのデータを合わせると、いくつかのオミクロン亜系統の部分的な中和は、特にＢＡ．４／ＢＡ．５回復期の個体において保持され、ワクチン接種され、ブレークスルー感染した個体において観察される中和抗体応答は、亜系統ＢＡ．２．７５．２及びＸＢＢに対してより効果的ではないように思われたことが示される。これらのデータはまた、いくつかの実施形態では、改善した免疫応答（例えば、中和力価の増加）が、ＸＢＢバリアント、ＢＱ．１．１バリアント、またはそれに由来する任意の系統の特徴である１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを含むワクチンによって提供され得ることを示唆する。
実施例２３：懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントにわたるＴ細胞エピトープ及び中和Ｂ細胞エピトープの保存性。
Ｓ糖タンパク質中のＴ細胞エピトープにおける非同義的変異の速度を推定するために、免疫エピトープデータベース（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｉｅｄｂ．ｏｒｇ／）を使用して、実験アッセイにおいてＴ細胞反応性について確認されたエピトープを取得した。データベースを以下の条件を使用してフィルタリングした。有機体：ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２、抗原：スパイク糖タンパク質、陽性アッセイ、Ｂ細胞アッセイなし、ＭＨＣアッセイなし、ＭＨＣ制限タイプ：クラスＩ、宿主：ホモサピエンス（ヒト）。得られた表は、データセットを確認された最小限のエピトープのみに制限するために、「反応性重複ペプチドプールから導出された」エピトープ、ならびに１４アミノ酸より長いエピトープを除去することによってフィルタリングした。これらのエピトープの反応性を確認する実験的アッセイは、多量体分析、ＥＬＩＳｐｏｔまたはＥＬＩＳｐｏｔ様アッセイ、Ｔ細胞活性化アッセイ等に依存した。エピトープは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子を含む、少なくとも２７個の異なるＨＬＡ－Ｉ対立遺伝子について報告された。このアプローチで得られた２５１個の固有のエピトープ配列のうち、２４４個が武漢株スパイク糖タンパク質中に見出された。これらのうち、３６個のエピトープ（１４．８％）は、本明細書に記載の配列分析によって変異することが報告された位置を含んでいた。
加えて、変異によって影響を受ける可能性のある抗体中和エピトープの数をカウントすることによって、中和Ｂ細胞エピトープの保存性を算出した。使用可能なタンパク質構造を使用して、３３２個の実験的に分解されたｎＡｂの構造で観察された７１９個の結合エピトープをＳタンパク質に最初にマッピングすることによって算出した（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｒｘｉｖ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／１０．１１０１／２０２１．１２．２４．４７４０９５ｖ２に記載されるように）。各構造について、抗体当たりのエピトープを、抗体と接触している位置のセットとして算出し、ここで、２つの残基は、それらの原子間の最小のユークリッド距離が４オングストローム未満である場合に接触しているとみなされた。各ｎＡｂを評価し、そのエピトープの任意の位置が変異している場合、バリアントによって回避されるとみなした。
体液性免疫及び細胞媒介性免疫が一緒に重度のＣＯＶＩＤ－１９疾患への感受性を決定することを考慮して、オミクロン亜系統におけるＳ糖タンパク質の中和Ｂ細胞及びＴ細胞エピトープ間の保存の程度を評価した。本明細書に提示される所見は、ＢＮＴ１６２ｂ２でコードされたＳ糖タンパク質Ｔ細胞エピトープの８０％超が、ＢＡ．２．７５．２、ＢＱ．１．１、及びＸＢＢを含むオミクロン亜系統において完全に保存されたことを示す（図６６）。顕著な対照において、Ｂ細胞エピトープは、以前のバリアントアルファ、ベータ、及びデルタにおいて部分的に保存された（５０％以上）が、これらのエピトープの大部分は、オミクロン系統において改変された（２０％以下の保存）、特にＢＡ．２．７５．２及びＸＢＢにおいて改変された（１０％以下）。これらの所見は、ワクチン接種された集団において、中和抗体を回避する亜系統を含む、オミクロンバリアントに対して堅牢なＴ細胞媒介性免疫が維持され得ることを示唆する。

Claims (232)

  1. オミクロンバリアントに特徴的な１つ以上の変異を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、またはその免疫原性断片をコードするヌクレオチド配列を含むＲＮＡを含む、組成物または医療調製物。
  2. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項１に記載の組成物または医療調製物。
  3. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質またはその免疫原性断片が、ＢＡ．４／５、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＸＢＢ、ＸＢＢ．１、もしくはＢＱ．１．１オミクロンバリアントまたはその亜系統に特徴的な１つ以上の変異を含む、請求項１または２に記載の組成物または医療調製物。
  4. ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号６９のポリペプチドをコードし、配列番号７０のヌクレオチド配列、または配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  5. 前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項４に記載の免疫原性組成物。
  6. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項４または５に記載の免疫原性組成物。
  7. 前記ＲＮＡが、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項４～６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  8. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項７に記載の免疫原性組成物。
  9. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項７に記載の免疫原性組成物。
  10. 前記ＲＮＡが、配列番号７２を含む、請求項４～９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  11. ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  12. 前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項１１に記載の免疫原性組成物。
  13. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項１１または１２に記載の免疫原性組成物。
  14. 前記ＲＮＡが、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項１１～１３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  15. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項１４に記載の免疫原性組成物。
  16. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項１５に記載の免疫原性組成物。
  17. 前記ＲＮＡが、配列番号５１を含む、請求項１１～１６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  18. ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号５５のポリペプチドをコードし、配列番号５６のヌクレオチド配列、または配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  19. 前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項１８に記載の免疫原性組成物。
  20. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項１８または１９に記載の免疫原性組成物。
  21. 前記ＲＮＡが、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項１８～２０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  22. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項２１に記載の免疫原性組成物。
  23. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項２２に記載の免疫原性組成物。
  24. 前記ＲＮＡが、配列番号５７を含む、請求項１８～２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  25. ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号５８のポリペプチドをコードし、配列番号５９のヌクレオチド配列、または配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  26. 前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項２５に記載の免疫原性組成物。
  27. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項２５または２６に記載の免疫原性組成物。
  28. 前記ＲＮＡが、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項２５～２７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  29. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項２８に記載の免疫原性組成物。
  30. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項２９に記載の免疫原性組成物。
  31. 前記ＲＮＡが、配列番号６０を含む、請求項２５～３０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  32. ＲＮＡを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）を含む、免疫原性組成物であって、前記ＲＮＡが、配列番号６１のポリペプチドをコードし、配列番号６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、前記ＲＮＡが、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール、及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  33. 前記ヌクレオチド配列が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項３２に記載の免疫原性組成物。
  34. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項３２または３３に記載の免疫原性組成物。
  35. 前記ＲＮＡが、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項３２～３４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  36. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項３５に記載の免疫原性組成物。
  37. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項３６に記載の免疫原性組成物。
  38. 前記ＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、請求項３２～３７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  39. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号７のポリペプチドをコードし、配列番号９のヌクレオチド配列、または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号６９のポリペプチドをコードし、配列番号７０のヌクレオチド配列、または配列番号７０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  40. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項３９に記載の免疫原性組成物。
  41. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項３９に記載の免疫原性組成物。
  42. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項３９～４１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  43. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項３９～４２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  44. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを含む、請求項３９～４３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  45. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項４４に記載の免疫原性組成物。
  46. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項４４に記載の免疫原性組成物。
  47. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号７のポリペプチドをコードし、配列番号９のヌクレオチド配列、または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  48. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項４７に記載の免疫原性組成物。
  49. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項４７に記載の免疫原性組成物。
  50. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項４７～４９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  51. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項４７～５０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  52. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを含む、請求項４７～５１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  53. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項５２に記載の免疫原性組成物。
  54. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項５２に記載の免疫原性組成物。
  55. 前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５１を含む、請求項４７～５４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  56. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号７のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、配列番号９のヌクレオチド配列、または配列番号９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号５５、５８、または６１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、配列番号５６、５９、もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５６、５９、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  57. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項５６に記載の免疫原性組成物。
  58. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項５６に記載の免疫原性組成物。
  59. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項５６～５８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  60. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項５６～５９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  61. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  62. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項６１に記載の免疫原性組成物。
  63. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項６２に記載の免疫原性組成物。
  64. 前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  65. 前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５９を含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  66. 前記第１のＲＮＡが、配列番号９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  67. 前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  68. 前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６０を含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  69. 前記第１のＲＮＡが、配列番号２０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  70. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号５８のポリペプチドをコードし、配列番号５９のヌクレオチド配列、または配列番号５９と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号４９、５５、または６１のポリペプチドをコードし、配列番号５０、５６、もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５０、５６、もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  71. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項７０に記載の免疫原性組成物。
  72. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項７０に記載の免疫原性組成物。
  73. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項７０～７２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  74. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項７０～７３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  75. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  76. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項７５に記載の免疫原性組成物。
  77. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項７６に記載の免疫原性組成物。
  78. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５０を含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  79. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  80. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５９を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  81. 前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５１を含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  82. 前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  83. 前記第１のＲＮＡが、配列番号６０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、請求項７０～７７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  84. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号４９のポリペプチドをコードし、配列番号５０のヌクレオチド配列、または配列番号５０と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号５５または６１のポリペプチドをコードし、配列番号５６もしくは６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号５６もしくは６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  85. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項８４に記載の免疫原性組成物。
  86. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項８４に記載の免疫原性組成物。
  87. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項８４～８６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  88. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項８４～８７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  89. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、更に、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項８４～８８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  90. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項８９に記載の免疫原性組成物。
  91. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項９０に記載の免疫原性組成物。
  92. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５６を含む、請求項８４～９１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  93. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５０を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６２ａを含む、請求項８４～９１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  94. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５１を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号５７を含む、請求項８４～９１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  95. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５１を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、請求項８４～９１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  96. 第１のＲＮＡ及び第２のＲＮＡを含む、免疫原性組成物であって、
    前記第１のＲＮＡが、配列番号５５のポリペプチドをコードし、配列番号５６のヌクレオチド配列、または配列番号５６と少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第２のＲＮＡが、配列番号６１のポリペプチドをコードし、配列番号６２ａのヌクレオチド配列、または配列番号６２ａと少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または９９％以上）同一であるヌクレオチド配列を含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡの各々が、
    （ａ）修飾ウリジン、及び
    （ｂ）５’キャップを含み、
    前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化され、前記ＬＮＰが、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、前記免疫原性組成物。
  97. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個の脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項９６に記載の免疫原性組成物。
  98. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じ脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項９６に記載の免疫原性組成物。
  99. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々、全てのウリジンの代わりに修飾ウリジンを含む、請求項９６～９８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  100. 前記修飾ウリジンが、各々、Ｎ１－メチル－プソイドウリジンである、請求項９６～９９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  101. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、各々独立して、以下の特徴：
    配列番号１２を含む５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、
    配列番号１３を含む３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、及び
    少なくとも１００個のＡヌクレオチドのポリＡ配列、のうちの少なくとも１つ、少なくとも２つ、または全てを更に含む、請求項９６～１００のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  102. 前記ポリＡ配列が、３０個のアデニンヌクレオチド、続いて７０個のアデニンヌクレオチドを含み、前記３０個のアデニンヌクレオチド及び前記７０個のアデニンヌクレオチドが、リンカー配列によって分離される、請求項１０１に記載の免疫原性組成物。
  103. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４を含む、請求項１０２に記載の免疫原性組成物。
  104. 前記第１のＲＮＡが、配列番号５７を含み、前記第２のＲＮＡが、配列番号６３ａを含む、請求項９６～１０３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  105. 前記５’－キャップが、ｍ２ ７，３’－ＯＧｐｐｐ（ｍ１ ２’－Ｏ）ＡｐＧであるか、またはそれを含む、請求項４～１０４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  106. 前記ＬＮＰが、約４０～約５０モルパーセントのカチオン性にイオン化可能な脂質、約３５～約４５モルパーセントのステロール、約５～約１５モルパーセントの中性脂質、及び約１～約１０モルパーセントのポリマー－脂質コンジュゲートを含む、請求項４～１０５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  107. 前記組成物が、複数のＬＮＰを含み、前記複数のＬＮＰの平均直径が、約３０ｎｍ～約２００ｎｍまたは約６０ｎｍ～約１２０ｎｍである（例えば、動的光散乱測定によって決定される）、請求項４～１０６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  108. 請求項４～１０７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物を投与することを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する免疫応答を誘発する、方法。
  109. 前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントに対して誘発される、請求項１０８に記載の方法。
  110. 前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のベータバリアントに対して誘発される、請求項１０８に記載の方法。
  111. 前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアルファバリアントに対して誘発される、請求項１０８に記載の方法。
  112. 前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のデルタバリアントに対して誘発される、請求項１０８に記載の方法。
  113. 前記免疫応答が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株、オミクロンバリアント、ベータバリアント、アルファバリアント、及びデルタバリアントに対して誘発される、請求項１０８に記載の方法。
  114. 対象における免疫応答を誘導するための方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの抗原を（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）送達することを含む、前記方法。
  115. 前記対象が、以前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染したか、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対してワクチン接種されたことがある、請求項１１４に記載の方法。
  116. 前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株の抗原を（例えば、ポリペプチドまたはかかるポリペプチドをコードするＲＮＡとして）以前に送達されたことがある、請求項１１４または１１５に記載の方法。
  117. 前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを以前に投与されたことがある、請求項１１４～１１６のいずれか１項に記載の方法。
  118. 前記対象が、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡの２回以上の用量を以前に投与されたことがある、請求項１１４～１１７のいずれか１項に記載の方法。
  119. ＢＡ．１オミクロンバリアントではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの抗原をコードするＲＮＡを投与することを含む、請求項１１４～１１８のいずれか１項に記載の方法。
  120. ＢＡ．１オミクロンバリアントであるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントからＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、請求項１１４～１１９のいずれか１項に記載の方法。
  121. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のオミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含み、前記オミクロンバリアントが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではない、請求項１１４～１２０のいずれか１項に記載の方法。
  122. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．２オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、請求項１１４～１２１のいずれか１項に記載の方法。
  123. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードするＲＮＡを投与することを含む、請求項１１４～１２１のいずれか１項に記載の方法。
  124. 対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、またはデルタバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ、とを投与することを含む、前記方法。
  125. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードする、請求項１２４に記載の方法。
  126. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳタンパク質をコードする、請求項１２４に記載の方法。
  127. 対象における免疫応答を誘導するための方法であって、（ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）前記第１のＲＮＡによってコードされたＳタンパク質と抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡ、とを投与することを含む、前記方法。
  128. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１２７に記載の方法。
  129. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１２７に記載の方法。
  130. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１２７に記載の方法。
  131. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個のＬＮＰに封入される、請求項１１４～１３０のいずれか１項に記載の方法。
  132. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰに封入される、請求項１１４～１３０のいずれか１項に記載の方法。
  133. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、例えば、異なる注射部位で別々に投与される、請求項１１４～１３１のいずれか１項に記載の方法。
  134. （ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）前記第１のＲＮＡによってコードされた前記Ｓタンパク質と抗原的に異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡと、を含む、組成物。
  135. （ａ）武漢株、アルファバリアント、ベータバリアント、デルタバリアント、またはＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第１のＲＮＡと、（ｂ）ＢＡ．１オミクロンバリアントではないオミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする第２のＲＮＡと、を含む、組成物。
  136. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  137. 前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  138. 前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  139. 前記第１のＲＮＡが、武漢株のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  140. 前記第１のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．２オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  141. 前記第１のＲＮＡが、ＢＡ．１オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードし、前記第２のＲＮＡが、ＢＡ．４またはＢＡ．５オミクロンバリアントのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質をコードする、請求項１３５に記載の組成物。
  142. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、同じＬＮＰに封入される、請求項１３４～１４１のいずれか１項に記載の組成物。
  143. 前記第１のＲＮＡ及び前記第２のＲＮＡが、別個のＬＮＰに封入される、請求項１３４～１４１のいずれか１項に記載の組成物。
  144. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む、組成物または医療調製物。
  145. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項１４４に記載の組成物または医療調製物。
  146. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、前記コドン最適化及び／または前記Ｇ／Ｃ含有量の前記増加が、好ましくは、前記コードされたアミノ酸配列の前記配列を変化させない、請求項１４４または１４５に記載の組成物または医療調製物。
  147. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１４４～１４６のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  148. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１４４～１４６のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  149. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１４４～１４６のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  150. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、分泌シグナルペプチドを含む、請求項１４４～１４９のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  151. 前記分泌シグナルペプチドが、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される、請求項１５０に記載の組成物または医療調製物。
  152. （ｉ）前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）前記分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の機能的断片を含む、請求項１５０または１５１に記載の組成物または医療調製物。
  153. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１４４～１５２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  154. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１４４～１５３のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  155. 前記ＲＮＡが、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、特に、前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択され、特に、前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、請求項１４４～１５４のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  156. 前記ＲＮＡが、５’キャップを含む、請求項１４４～１５５のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  157. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または配列番号１２の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む、請求項１４４～１５６のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  158. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、請求項１４４～１５７のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  159. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、ポリＡ配列を含む、請求項１４４～１５８のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  160. 前記ポリＡ配列が、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む、請求項１５９に記載の組成物または医療調製物。
  161. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、請求項１５９または１６０に記載の組成物または医療調製物。
  162. 前記ＲＮＡが、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化されるか、または製剤化されることになっている、請求項１４４～１６１のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  163. 前記ＲＮＡが、注射のために製剤化されるか、または製剤化されることになっている、請求項１４４～１６２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  164. 前記ＲＮＡが、筋肉内投与のために製剤化されるか、または製剤化されることになっている、請求項１４４～１６３のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  165. 前記ＲＮＡが、粒子として製剤化されるか、または製剤化されることになっている、請求項１４４～１６４のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  166. 前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、請求項１６５に記載の組成物または医療調製物。
  167. 前記ＬＮＰ粒子が、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、請求項１６６に記載の組成物または医療調製物。
  168. 前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、請求項１６７に記載の組成物または医療調製物。
  169. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである、請求項１４４～１６８のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  170. 薬学的組成物である、請求項１４４～１６９のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  171. ワクチンである、請求項１４４～１７０のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  172. 前記薬学的組成物が、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む、請求項１７０または１７１に記載の組成物または医療調製物。
  173. キットである、請求項１４４～１７２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  174. 前記ＲＮＡ及び任意に粒子形成成分が、別個のバイアル内にある、請求項１７３に記載の組成物または医療調製物。
  175. 対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための前記組成物または医療調製物の使用のための説明書を更に含む、請求項１７３または１７４に記載の組成物または医療調製物。
  176. 薬学的使用のための、請求項１４４～１７５のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  177. 前記薬学的使用が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む、請求項１７６に記載の組成物または医療調製物。
  178. 前記薬学的使用が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む、請求項１７６または１７７に記載の組成物または医療調製物。
  179. ヒトへの投与のためのものである、請求項１４４～１７８のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  180. 前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、請求項１７５～１７９のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  181. 前記コロナウイルスが、サルベコウイルス（ｓａｒｂｅｃｏｖｉｒｕｓ）である、請求項１７５～１８０のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  182. 前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項１７５～１８１のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  183. 対象においてコロナウイルスに対する免疫応答を誘導する方法であって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質または前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードするＲＮＡを含む組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  184. 前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の免疫原性断片が、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質のＳ１サブユニット、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質の前記Ｓ１サブユニットの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む、請求項１８３に記載の方法。
  185. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、野生型コード配列と比較してコドン最適化される、及び／またはＧ／Ｃ含有量が増加するコード配列によってコードされ、前記コドン最適化及び／または前記Ｇ／Ｃ含有量の前記増加が、好ましくは、前記コードされたアミノ酸配列の配列を変化させない、請求項１８３または１８４に記載の方法。
  186. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド９７９～１５８４の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸３２７～５２８の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１８３～１８５のいずれか１項に記載の方法。
  187. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド１１１～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸２０～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１８３～１８６のいずれか１項に記載の方法。
  188. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド４９～３８１９の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３のアミノ酸配列、配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１もしくは７のアミノ酸１７～１２７３の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１８３～１８７のいずれか１項に記載の方法。
  189. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含む前記アミノ酸配列が、分泌シグナルペプチドを含む、請求項１８３～１８８のいずれか１項に記載の方法。
  190. 前記分泌シグナルペプチドが、好ましくはＮ末端に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片に融合される、請求項１８９に記載の方法。
  191. （ｉ）前記分泌シグナルペプチドをコードする前記ＲＮＡが、配列番号２、８、もしくは９ １７５のヌクレオチド１～４８のヌクレオチド配列、配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号２、８、もしくは９のヌクレオチド１～４８の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）前記分泌シグナルペプチドが、配列番号１のアミノ酸１～１６のアミノ酸配列、配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号１のアミノ酸１～１６の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の機能的断片を含む、請求項１８９または１９０に記載の方法。
  192. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号６のヌクレオチド配列、配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号５のアミノ酸配列、配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号５の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号５の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１８３～１９１のいずれか１項に記載の方法。
  193. （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片をコードする前記ＲＮＡが、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６のヌクレオチド配列、配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列、または配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列、もしくは配列番号３０のヌクレオチド５４～９８６の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記ヌクレオチド配列の断片を含む、及び／または
    （ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片が、配列番号２９のアミノ酸１～３１１のアミノ酸配列、配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するアミノ酸配列、または配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列、もしくは配列番号２９のアミノ酸１～３１１の前記アミノ酸配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有する前記アミノ酸配列の免疫原性断片を含む、請求項１８３～１９２のいずれか１項に記載の方法。
  194. 前記ＲＮＡが、ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、特に、前記修飾ヌクレオシドが、プソイドウリジン（ψ）、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）、及び５－メチル－ウリジン（ｍ５Ｕ）から選択され、特に、前記修飾ヌクレオシドが、Ｎ１－メチル－プソイドウリジン（ｍ１ψ）である、請求項１８３～１９２のいずれか１項に記載の方法。
  195. 前記ＲＮＡが、キャップを含む、請求項１８３～１９４のいずれか１項に記載の方法。
  196. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１２のヌクレオチド配列、または配列番号１２の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む５’ＵＴＲを含む、請求項１８３～１９５のいずれか１項に記載の方法。
  197. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、配列番号１３のヌクレオチド配列、または配列番号１３の前記ヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％、もしくは８０％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む３’ＵＴＲを含む、請求項１８３～１９６のいずれか１項に記載の方法。
  198. ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、その免疫原性バリアント、または前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質もしくは前記その免疫原性バリアントの免疫原性断片を含むアミノ酸配列をコードする前記ＲＮＡが、ポリＡ配列を含む、請求項１８３～１９７のいずれか１項に記載の方法。
  199. 前記ポリＡ配列が、少なくとも１００個のヌクレオチドを含む、請求項１９８に記載の方法。
  200. 前記ポリＡ配列が、配列番号１４のヌクレオチド配列を含むか、またはそれからなる、請求項１９８または１９９に記載の方法。
  201. 前記ＲＮＡが、液体、固体、またはそれらの組み合わせとして製剤化される、請求項１８３～２００のいずれか１項に記載の方法。
  202. 前記ＲＮＡが、注射によって投与される、請求項１８３～２０１のいずれか１項に記載の方法。
  203. 前記ＲＮＡが、筋肉内投与によって投与される、請求項１８３～２０２のいずれか１項に記載の方法。
  204. 前記ＲＮＡが、粒子として製剤化される、請求項１８３～２０３のいずれか１項に記載の方法。
  205. 前記粒子が、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）またはリポプレックス（ＬＰＸ）粒子である、請求項２０４に記載の方法。
  206. 前記ＬＮＰ粒子が、カチオン性にイオン化可能な脂質、中性脂質、ステロール及びポリマー－脂質コンジュゲートを含む、請求項２０５に記載の方法。
  207. 前記ＲＮＡリポプレックス粒子が、前記ＲＮＡをリポソームと混合することによって得ることができる、請求項２０５に記載の方法。
  208. 前記ＲＮＡが、ｍＲＮＡまたはｓａＲＮＡである、請求項１８３～２０７のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  209. コロナウイルスに対するワクチン接種のための方法である、請求項１８３～２０８のいずれか１項に記載の方法。
  210. コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置のための方法である、請求項１８３～２０９のいずれか１項に記載の方法。
  211. 前記対象が、ヒトである、請求項１８３～２１０のいずれか１項に記載の方法。
  212. 前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、請求項１８３～２１１のいずれか１項に記載の方法。
  213. 前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、請求項１８３～２１２のいずれか１項に記載の方法。
  214. 前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項１８３～２１３のいずれか１項に記載の方法。
  215. 前記組成物が、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物である、請求項１０８～１３３または１８３～２１４のいずれか１項に記載の方法。
  216. 請求項１０８～１３３または１８３～２１５のいずれか１項に記載の方法で使用するための、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  217. 薬学的組成物である、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  218. ワクチンである、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  219. 前記薬学的組成物またはワクチンが、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／または賦形剤を更に含む、請求項２１７または２１８に記載の組成物または医療調製物。
  220. キットである、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  221. 前記ＲＮＡ及び任意に粒子形成成分が、別個のバイアル内にある、請求項２２０に記載の組成物または医療調製物。
  222. 対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するための前記組成物または医療調製物の使用のための説明書を更に含む、請求項２２０または２２１に記載の組成物または医療調製物。
  223. 薬学的使用のための、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  224. 前記薬学的使用が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導することを含む、請求項２２３に記載の組成物または医療調製物。
  225. 前記薬学的使用が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置を含む、請求項２２３または２２４に記載の組成物または医療調製物。
  226. 医薬品の製造で使用するための、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  227. 前記医薬品が、対象におけるコロナウイルスに対する免疫応答を誘導するのに使用するためのものである、請求項２２６に記載の組成物または医療調製物。
  228. 前記医薬品が、コロナウイルス感染症の治療的または予防的処置で使用するためのものである、請求項２２６または２２７に記載の組成物または医療調製物。
  229. ヒトへの投与のためのものである、請求項１～１０７または１３４～１８２のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  230. 前記コロナウイルスが、ベータコロナウイルスである、請求項２２２～２２９のいずれか１項に記載の組成物または医療調製物。
  231. 前記コロナウイルスが、サルベコウイルスである、請求項２３０に記載の組成物または医療調製物。
  232. 前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項２３１に記載の組成物または医療調製物。
JP2022190612A 2021-11-29 2022-11-29 コロナウイルスワクチン Pending JP2023081859A (ja)

Applications Claiming Priority (30)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163283976P 2021-11-29 2021-11-29
US63/283,976 2021-11-29
US202163287486P 2021-12-08 2021-12-08
US63/287,486 2021-12-08
US202163291347P 2021-12-17 2021-12-17
US63/291,347 2021-12-17
US202263302997P 2022-01-25 2022-01-25
US63/302,997 2022-01-25
US202263324586P 2022-03-28 2022-03-28
US63/324,586 2022-03-28
US202263342614P 2022-05-16 2022-05-16
US63/342,614 2022-05-16
US202263355597P 2022-06-25 2022-06-25
US63/355,597 2022-06-25
US202263355648P 2022-06-26 2022-06-26
US63/355,648 2022-06-26
US202263357628P 2022-06-30 2022-06-30
US63/357,628 2022-06-30
US202263358522P 2022-07-05 2022-07-05
US63/358,522 2022-07-05
US202263394571P 2022-08-02 2022-08-02
US63/394,571 2022-08-02
US202263402444P 2022-08-30 2022-08-30
US63/402,444 2022-08-30
US202263417680P 2022-10-19 2022-10-19
US63/417,680 2022-10-19
US202263422404P 2022-11-03 2022-11-03
US63/422,404 2022-11-03
US202263425290P 2022-11-14 2022-11-14
US63/425,290 2022-11-14

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2023081859A true JP2023081859A (ja) 2023-06-13

Family

ID=84367198

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2022190612A Pending JP2023081859A (ja) 2021-11-29 2022-11-29 コロナウイルスワクチン

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP4226938A3 (ja)
JP (1) JP2023081859A (ja)
GB (1) GB2615177A (ja)
TW (1) TW202333780A (ja)
WO (1) WO2023094713A2 (ja)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11878055B1 (en) 2022-06-26 2024-01-23 BioNTech SE Coronavirus vaccine
GB2620028A (en) * 2022-06-26 2023-12-27 BioNTech SE Coronavirus vaccine
NL2035173A (en) * 2022-06-26 2024-01-08 BioNTech SE Coronavirus vaccine
WO2024050483A1 (en) * 2022-08-31 2024-03-07 Modernatx, Inc. Variant strain-based coronavirus vaccines and uses thereof

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2281579A1 (en) 2009-08-05 2011-02-09 BioNTech AG Vaccine composition comprising 5'-Cap modified RNA
WO2016005004A1 (en) 2014-07-11 2016-01-14 Biontech Rna Pharmaceuticals Gmbh Stabilization of poly(a) sequence encoding dna sequences
WO2017059902A1 (en) 2015-10-07 2017-04-13 Biontech Rna Pharmaceuticals Gmbh 3' utr sequences for stabilization of rna
US20180312545A1 (en) 2015-11-09 2018-11-01 Curevac Ag Optimized nucleic acid molecules
BR112019028280A2 (pt) 2017-07-04 2020-07-14 Curevac Ag moléculas de ácido nucleico
KR20220140528A (ko) 2020-02-07 2022-10-18 모더나티엑스, 인크. Sars-cov-2 mrna 도메인 백신
US20230108926A1 (en) * 2020-02-07 2023-04-06 RNAimmune, Inc. COMPOSITION AND METHOD OF mRNA VACCINES AGAINST NOVEL CORONAVIRUS INFECTION
KR20220140586A (ko) 2020-02-11 2022-10-18 더 유나이티드 스테이츠 오브 어메리카, 애즈 리프리젠티드 바이 더 세크러테리, 디파트먼트 오브 헬쓰 앤드 휴먼 서비씨즈 SARS-CoV-2 백신
CA3167611A1 (en) * 2020-02-13 2021-08-19 Etienne Simon-Loriere Nucleic acid vaccine against the sars-cov-2 coronavirus
WO2021178637A1 (en) 2020-03-05 2021-09-10 Iowa State University Research Foundation, Inc. IMMUNOGENIC AND VACCINE COMPOSITIONS AGAINST SARS-CoV-2
CA3177940A1 (en) * 2020-05-07 2021-11-11 Anusha DIAS Optimized nucleotide sequences encoding sars-cov-2 antigens
EP4153139A1 (en) * 2020-05-21 2023-03-29 Vaxess Technologies, Inc. Compositions and devices for vaccine release and uses thereof
MX2022015040A (es) 2020-05-29 2023-02-27 Univ Texas Proteina espicular (s) del coronavirus geneticamente manipulada y metodos de uso de la misma.
WO2022137133A1 (en) * 2020-12-22 2022-06-30 Curevac Ag Rna vaccine against sars-cov-2 variants
MX2021003199A (es) 2021-03-18 2022-09-19 Centro De Investig Y De Estudios Avanzados Del I P N Vacunas para prevenir la covid19 basadas en sitios no glicosilados del dominio de union al receptor (rbd) de la proteina s del virus sars-cov-2.
WO2022221835A2 (en) 2021-04-12 2022-10-20 Academia Sinica Messenger rna vaccines against wide spectrum of coronavirus variants
AU2022310435A1 (en) * 2021-07-13 2024-01-25 Gennova Biopharmaceuticals Ltd. Rna adsorbed onto lipid nano-emulsion particles and its formulations.
WO2023004415A2 (en) * 2021-07-22 2023-01-26 University Of Miami Sars-cov-2 vaccine using bacterial spores expressing antigenic fragments
WO2023044346A2 (en) * 2021-09-14 2023-03-23 Ausper Biopharma Co., Ltd. Vaccines for coronavirus prevention and treatment
WO2023049272A1 (en) * 2021-09-22 2023-03-30 Biontech Us Inc. Coronavirus vaccines and methods of use
TW202334198A (zh) * 2021-10-12 2023-09-01 聯亞生技開發股份有限公司 用於避免感染與治療遠程新冠肺炎之針對SARS-CoV-2 OMICRON BA.4/BA.5的疫苗組成物
WO2023064907A1 (en) * 2021-10-15 2023-04-20 Yale University Compositions and methods for vaccination against pathogenic coronavirus species and variants

Also Published As

Publication number Publication date
GB2615177A (en) 2023-08-02
GB202217951D0 (en) 2023-01-11
WO2023094713A3 (en) 2023-07-06
EP4226938A3 (en) 2023-11-01
EP4226938A2 (en) 2023-08-16
TW202333780A (zh) 2023-09-01
WO2023094713A2 (en) 2023-06-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US11925694B2 (en) Coronavirus vaccine
US20240002127A1 (en) Coronavirus vaccine
EP4226938A2 (en) Coronavirus vaccine
WO2023147092A2 (en) Coronavirus vaccine
KR20240009419A (ko) 바이러스 백신
US20230338512A1 (en) Coronavirus vaccine
CN116650633A (zh) 冠状病毒疫苗
WO2024002985A1 (en) Coronavirus vaccine
WO2024086575A1 (en) Combination vaccines against coronavirus infection, influenza infection, and/or rsv infection
CA3235180A1 (en) Coronavirus vaccine
JP2024517642A (ja) ウイルスワクチン