JP2023067270A - 制御方法、及び解析システム - Google Patents

Abstract

【課題】第１の施設が取得した核酸配列データに基づいて第２の施設において同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を行うコンピュータの制御方法及び解析システムを提供する。【解決手段】核酸情報送受信システム１において、遺伝子パネル検査において、解析依頼元施設１０に設置され、核酸配列を読み取るシーケンサー２を用いて得られた核酸配列データを第２の施設に提供するデータ送信装置５と、依頼先施設３０に設置され、同一の被検者の検体から調製された複数のライブラリー試料の夫々に対応する、核酸配列データを含む配列データセットを解析依頼元施設１０からネットワーク１１を介して受信し、第１及び第２核酸配列データを解析し、第１及び第２配列データの解析結果に基づく解析情報を出力する核酸配列解析装置７と、を備える。【選択図】図１

Description

本発明は、遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析するためのコンピュータを制御する制御方法に関する。また、本発明は、遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析する解析システムに関する。

がんゲノム医療の進展に伴い、医療施設において、遺伝子パネル検査を実施する体制の整備が進められている。その中には、新たな研究に活用するために、検査室に次世代シーケンサー（ＮＧＳ）を導入し、遺伝子パネル検査を通じて得られた知見を蓄積する医療施設も増えてきている。

一方で、遺伝子パネル検査においては、バイオインフォマティシャンによるデータ解析が必須である。しかしながら、バイオインフォマティシャンの数は少なく、人材を確保することが難しい場合がある。そのため、遺伝子パネル検査の中で、医療施設で取得された核酸配列データの解析を、外部の専門機関に依頼したいというニーズがある。

特許文献１には、シーケンサーが核酸配列データを取得し、取得した核酸配列データをクラウド環境に送信し、クラウド環境により核酸配列データを解析するシステムが記載されている。上記特許文献１に記載のシステムによれば、シーケンサーで取得された核酸配列データを、クラウド環境により解析することが可能である。

米国特許９,４４４,８８０号公報

ＮＧＳは、通常、同時に多数（例えば、１６）の測定試料（ライブラリー）をまとめて測定するため、１回の測定で、複数の被検者から採取した複数のライブラリーの夫々に対応する複数の核酸配列データが得られる。更には、遺伝子パネル検査の種類によっては、同一被検者の検体から調製された複数のライブラリーそれぞれに対応する核酸配列データをセットにして解析することが必要な場合がある。

例えば、マッチドペア検査では、同一被検者から採取した腫瘍検体の核酸配列データと非腫瘍検体の核酸配列データとをセットで解析する。このような場合において、遺伝子パネル検査における核酸配列データの解析を外部に依頼する場合、外部の解析施設において、ＮＧＳで取得された複数の核酸配列データの中から、同一被検者の複数の検体に対応するそれぞれの核酸配列データの正しい組み合わせを抽出し、その正しい組み合わせの複数の核酸配列データを解析することが必要である。

しかし、上記特許文献１では、解析依頼元施設である医療施設が取得した複数の核酸配列データの中から、外部の解析施設において同一被検者の複数の核酸配列データを抽出し、当該被検者のために複数の核酸配列データを用いた解析を実行することは考慮されていなかった。

そこで、本発明の目的は、第１の施設が取得した核酸配列データに基づいて、第２の施設において同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる、制御方法、及び解析システムを提供することにある。

本発明の制御方法は、遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析するためのコンピュータを制御する制御方法であって、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた複数の核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料の夫々に対応する第１配列データ及び第２配列データを解析し、前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力する。

また、本発明の解析システムは、遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析する解析システムであって、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、前記第１の施設から取得した前記配列データセット及び前記紐づけ情報を第２コンピュータに送信する第１コンピュータと、前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力する前記第２コンピュータと、を備える。

また、本発明の解析システムは、遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析する解析システムであって、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力するコンピュータを備える。

本発明によれば、第１の施設が取得した核酸配列データに基づいて、第２施設において同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる、制御方法、及び解析システムを提供できる。

第１実施形態に係る、各施設に設置された核酸情報送受信システムの概略構成図である。 シーケンサーが実行する処理について説明するフローチャートである。 サンプルシートの一例を示す図である シーケンサーが作成するシーケンスランデータの一例について説明する図である。 変形例のサンプルシートを示す図である。 （Ａ）は、他の変形例のサンプルシートを示す図であり、（Ｂ）は、更に他の変形例のサンプルシートを示す図である。 データ送信装置、受付装置、及び核酸配列解析装置の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。 データ送信装置の表示部に表示される症例登録画面の一例を示す図である。 受付装置の制御部が実行する整合性検証処理の詳細を説明するフローチャートである。 核酸配列解析装置の制御部が核酸配列を決定する際の処理手順の一例を示すフローチャートである。 単一の変異参照配列の生成方法を示す模式図である。 核酸配列解析装置の制御部が体細胞変異を検出する処理を示すフローチャートである。 核酸配列解析装置の制御部が生殖細胞変異を検出する処理を示すフローチャートである。 （Ａ）は、体細胞変異の核酸配列の例を示す図であり、（Ｂ）は、生殖細胞変異の核酸配列の例を示す図である。 解析報告書のレポートの様式の一例を示す図である。 第２実施形態でシーケンサーが実行する処理について説明するフローチャートである。 第２実施形態のサンプルシートの一例を示す図である。 第２実施形態でデータ送信装置の表示部に表示される症例登録画面の一例を示す図である。 第２実施形態で、受付装置の制御部が実行する整合性検証処理の詳細を説明するフローチャートである。 第３実施形態でシーケンサーが実行する処理について説明するフローチャートである。 第３実施形態のサンプルシートの一例を示す図である。 第３実施形態でデータ送信装置の表示部に表示される症例登録画面の一例を示す図である。 第３実施形態で、受付装置の制御部が実行する整合性検証処理の詳細を説明するフローチャートである。 第４実施形態に係る、各施設に設置された核酸情報送受信システムの概略構成図である。 データ送信装置及び受付・解析装置の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。 第５実施形態でシーケンサーが実行する処理について説明するフローチャートである。 第５実施形態で、受付・解析装置の制御部が、１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データの変異の種別を判定する処理を説明するフローチャートである。 第６実施形態において、データ送信装置、受付装置、及び核酸配列解析装置の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。 第６実施形態において、データ送信装置及び受付・解析装置の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。

以下、図面を参照しながら、本発明に係る制御方法及び解析システムの実施形態の例について詳細に説明する。以下で説明する実施形態はあくまでも例であって、本発明は以下の実施形態に限定されない。また、以下の各実施形態では、図面において同一構成に同一符号を付し、重複する説明を省略する。

以下の説明において、腫瘍は、良性上皮性腫瘍、良性非上皮性腫瘍、悪性上皮性腫瘍、悪性非上皮性腫瘍を含み得る。腫瘍の発生母地は、制限されない。腫瘍の発生母地として、（１）気管、気管支又は肺等の呼吸器系組織；（２）上咽頭、食道、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、虫垂、上行結腸、横行結腸、Ｓ状結腸、直腸又は肛門部等の消化管組織；（３）肝臓；（４）膵臓；（５）膀胱、尿管又は腎臓等の泌尿器系組織；（６）卵巣、卵管及び子宮等の女性生殖器系組織；（７）乳腺：（８）前立腺等の男性生殖器系組織；（９）皮膚；（１０）視床下部、下垂体、甲状腺、副甲状腺、副腎等の内分泌系組織；（１１）中枢神経系組織；（１２）骨軟部組織；（１３）骨髄、リンパ節等の造血系組織；（１４）血管等を例示することができる。

以下の説明において、試料は、被検者から採取した組織、体液、排泄物等の検体から調製された試料であって、腫瘍細胞又は非腫瘍細胞に由来する核酸を含む。核酸は、デオキシリボ核酸（以下、ＤＮＡという）、又はリボ核酸（以下、ＲＮＡという）を含む。核酸は、細胞内に存在してもよいし、細胞が破壊したり死滅したりしたときに細胞外へ漏れ出ることによって、体液内に存在するものであってもよい。体液内に存在する核酸としては、例えば、ｃｅｌｌ ｆｒｅｅ ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、及びｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ｔｕｍｏｒ ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）が挙げられる。体液は、例えば、血液、骨髄液、腹水、胸水、髄液等である。排泄物は、例えば大便、尿、喀痰である。検体として、腹腔内洗浄液や大腸洗浄液など、患者の体の一部を洗浄した後に得られる液体を用いてもよい。検体に含まれる核酸量は、核酸の配列を検出できる量であれば制限されない。また、非腫瘍細胞に由来する核酸配列データを取得する場合、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む検体が用いられる。上記組織、体液等に含まれる非腫瘍細胞の濃度は、非腫瘍細胞に存在する核酸の配列を検出できる限り制限されない。ここで、腫瘍細胞が固形腫瘍に由来する場合には、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む検体として、例えば、末梢血、口腔粘膜組織、皮膚組織等を使用することができる。腫瘍細胞が造血系組織に由来する場合には、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む検体として、例えば、口腔粘膜組織、皮膚組織等を使用することができる。

検体は新鮮組織、新鮮凍結組織、パラフィン包埋組織等から採取することができる。検体の採取は公知の方法にしたがって行うことができる。また、以下の説明において、腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料と、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料とを、同一の被検者から採取する場合、非腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料と、腫瘍細胞に由来する核酸を含む試料とは、同時期に採取されてもよいし、異なる時期に採取されてもよい。

核酸配列の解析対象となる遺伝子は、ヒトゲノム上に存在する遺伝子である限り、制限されない。好ましくは、腫瘍の発症、予後、治療効果に関連する遺伝子である。また、以下の説明において、遺伝子変異は、疾患に関連する変異であっても、遺伝子の配列多型であってもよい。遺伝子の「多型」は、ＳＮＶ（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｖａｒｉａｎｔ、一塩基多型）、ＶＮＴＲ（Ｖａｒｉａｂｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｏｆ Ｔａｎｄｅｍ Ｒｅｐｅａｔ、反復配列多型）、ＳＴＲＰ（Ｓｈｏｒｔ Ｔａｎｄｅｍ Ｒｅｐｅａｔ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）、及びマイクロサテライト多型などを含む。また遺伝子変異は、融合遺伝子変異であってもよい。

以下の説明において、核酸配列データは、核酸配列を反映したデータである限り制限されない。遺伝子変異に関する情報は、検体の採取元である被検者が保有する遺伝子変異に関する情報である限り制限されない。例えば、遺伝子変異に関する情報には、少なくとも変異が検出された遺伝子名を示すラベルを含み得る。好ましくは、遺伝子変異に関する情報は、変異が検出された遺伝子名を示すラベルと検出された核酸配列情報及び／又は変異により生じるアミノ酸配列の情報を含んでいてもよい。また、遺伝子変異に関する情報は、変異が検出された遺伝子のローカス情報、参照配列情報、被検者が保有する変異配列の情報を含んでいてもよい。また、遺伝子変異に関する情報は、変異が有るか無いかを検出した情報に限られず、例えば、遺伝子変異がある可能性を示唆する情報（例えば、モザイク変異）であってもよい。

（第１実施形態）
図１は、第１実施形態に係る、各施設に設置された核酸情報送受信システム１の概略構成図である。先ず、図１を用いて、核酸情報送受信システム１の概略構成と、核酸情報送受信システム１における主な情報の流れの概要について説明する。核酸情報送受信システム１は、シーケンサー２、ストレージ（記憶装置）３、データ送信装置５、及び解析システム４を備え、解析システム４は、受付装置６、及び核酸配列解析装置７を有する。データ送信装置５、受付装置６、及び核酸配列解析装置７は、インターネットであるネットワーク１１を介して互いに接続されている。ネットワーク１１には、更に変異情報データベース８が接続されている。

シーケンサー２、ストレージ３、及びデータ送信装置５は、解析依頼元施設１０、例えば、病院（医療施設）、検査センター、又は生命医科学の研究所等に設置される。シーケンサー２は、次世代シーケンサー（ＮＧＳ）である。以下、シーケンサーと言及した場合、それは次世代シーケンサーを指すものとする。シーケンサー２は、核酸の塩基配列情報を読み取る装置であり、例えば、ＭｉＳｅｑシステム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ, Ｉｎｃ製）、ＮｅｘｔＳｅｑ５５０システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ, Ｉｎｃ製）、Ｉｏｎ ＧｅｎｅＳｔｕｄｉｏ Ｓ５システム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ, Ｉｎｃ製）、又はＩｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ Ｇｅｎｅｘｕｓシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ, Ｉｎｃ製）等を用いることができる。シーケンサー２は、１回のシーケンスランで、複数のライブラリー試料（例えば、１６個）の核酸配列を読み取る。シーケンサー２は、１回のシーケンスランで、同一の被検者から採取した検体から調製した第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々から核酸配列を読み取り、各ライブラリー試料に対応する複数の核酸配列を含む配列データセットを生成する。シーケンサー２は、１回のシーケンスランで、１人の被検者に対応する配列データセットを生成してもよいし、複数の被検者に夫々対応する複数の配列データセットを生成してもよい。また、シーケンサー２には、第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報が入力される。ライブラリー試料とは、核酸配列の読取用に調製された試料であり、ライブラリーとも呼ばれる。ライブラリー試料は、例えば、Ｏｎｃｏ Ｇｕｉｄｅ ＮＣＣオンコパネルキット（シスメックス株式会社製）を用いて調製することができる。紐づけ情報は、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す情報である。紐づけ情報は、第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を識別するための試料識別情報と、第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料に対応する検体の採取元である同一の被検者を識別するための被検者識別情報と、を含む。

シーケンサー２は、生成した配列データセットと紐づけ情報とに基づき、配列データセットと紐づけ情報とを含むシーケンスランデータを生成し、ストレージ３に記憶する。配列データセット、及びシーケンスランデータについては、以下で図４を用いて詳細に説明する。ストレージ３は、Ｎｅｔｗｏｒｋ Ａｔｔａｃｈｅｄ Ｓｔｏｒａｇｅ（ＮＡＳ）である。ＮＡＳは、ネットワークに直接接続可能な記憶装置として構成される。

データ送信装置５は、コンピュータである。データ送信装置５は、入力部５ａ、表示部５ｂ、送受信部５ｃ、及び制御装置５ｅを備え、制御装置５ｅは、制御部５ｆと、記憶部５ｇを含む。入力部５ａは、データの入力に用いられ、キーボード及びマウスで構成される。表示部５ｂは、液晶パネルで構成され、画像を表示する。表示部５ｂは、有機ＥＬパネルで構成されてもよい。入力部５ａ及び表示部５ｂが、タッチセンサとディスプレイとが一体化されたタッチパネルで構成されてもよい。送受信部５ｃは、データ送信装置５に接続されたネットワーク１１を介して外部の装置とデータを送受信するためのインターフェースであり、例えばイーサネットに対応したインターフェースで構成される。制御部５ｆはＣＰＵであり、記憶部５ｇはＳＳＤ及び半導体メモリで構成される。

データ送信装置５は、送受信部５ｃを介して、ストレージ３からシーケンスランデータを読み出し、送受信部５ｃ及びネットワーク１１を介して、シーケンスランデータを受付装置６に送信する。

受付装置６は、依頼受付施設２０、例えば、サーバセンターに設置される。解析依頼元施設１０と依頼受付施設２０とは異なる施設である。受付装置６は、クラウドシステムを構成するコンピュータであってもよい。サーバセンターは、クラウドサービスプロバイダの施設であってもよいし、核酸配列の解析サービスを提供する企業の施設であってもよい。受付装置６は、コンピュータである。受付装置６は、入力部６ａ、表示部６ｂ、送受信部６ｃ、及び制御装置６ｅを有する。制御装置６ｅは、制御部６ｆと、記憶部６ｇを含む。入力部６ａ、表示部６ｂ、送受信部６ｃ、及び制御装置６ｅのハードウェア構成は、入力部５ａ、表示部５ｂ、送受信部５ｃ、及び制御装置５ｅと夫々同様である。受付装置６は、送受信部６ｃ及びネットワーク１１を介して、シーケンスランデータを核酸配列解析装置７に送信する。

核酸配列解析装置７は、依頼先施設３０、例えば、データ解析施設に設置される。解析依頼元施設１０と依頼先施設３０とは異なる施設である。依頼受付施設２０と依頼先施設３０とは異なる施設であるが、同一の施設であってもよい。核酸配列解析装置７は、クラウドシステムを構成するコンピュータであってもよい。データ解析施設は、クラウドサービスプロバイダの施設であってもよいし、核酸配列の解析サービスを提供する企業の施設であってもよい。核酸配列解析装置７は、コンピュータである。核酸配列解析装置７は、入力部７ａ、表示部７ｂ、送受信部７ｃ及び制御装置７ｅを有する。制御装置７ｅは、制御部７ｆと記憶部７ｇを含む。入力部７ａ、表示部７ｂ、送受信部７ｃ及び制御装置７ｅのハードウェア構成は、入力部５ａ、表示部５ｂ、送受信部５ｃ、及び制御装置５ｅと夫々同様である。核酸配列解析装置７は、ネットワーク１１を介して変異情報データベース８にアクセス可能になっている。

変異情報データベース８は、例えば、外部の公開配列情報データベース、又は公開既知変異情報データベースで構成される。核酸配列解析装置７の制御装置７ｅは、受付装置６から受信したシーケンスランデータに含まれる各核酸配列データを、変異情報データベース８に記憶されている参照核酸配列データと照合し、核酸配列データ毎に遺伝子の変異情報を生成する。

図２は、シーケンサー２が実行する処理について説明するフローチャートである。図２を参照して、シーケンサー２が実行する処理について説明する。最初に、ステップＳ１で、シーケンサー２は、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを受け付け、電子ファイルであるサンプルシートを生成する。シーケンスランＩＤは、シーケンスランデータを識別する情報である。サンプルシートは、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを含む。サンプルシートは、1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚につき１つ生成される。1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚では、複数のライブラリー試料（例えば、１６個）の核酸配列が読み取られる。複数のライブラリー試料は、複数の被検者（例えば、８名）の腫瘍組織と非腫瘍組織（例えば、血液）の夫々から調製された複数の試料（例えば、１６個）の夫々に試薬で前処理を施して、複数の試料に互いに異なるインデックス配列を付加することで作製される。第１実施形態では、各ライブラリー試料は、ＤＮＡから調製された試料である。症例ＩＤは、各ライブラリー試料の採取元である被検者を識別する情報である。サンプルＩＤは、各ライブラリー試料を識別する情報である。インデックスＩＤは各ライブラリー試料に付加されたインデックス配列を識別する情報である。

図３は、サンプルシート３５の一例を示す図である。図３に示す例では、サンプルＩＤと症例ＩＤとが対応付けられている。症例ＩＤが同一のライブラリー試料は、同一の被検者の検体から調製された試料である。サンプルシート３５のサンプルＩＤは、試料識別情報の一例であり、症例ＩＤは、被検者識別情報の一例であるとともに、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報の一例である。各サンプルＩＤには、インデックスＩＤとインデックス配列が更に対応付けられている。インデックス配列は、ライブラリー試料に付加されたインデックス配列を示す情報である。

例えば、サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００１の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＣＧＧＡＴＴＧＣである。シーケンサー２が読み取った核酸配列にＣＧＧＡＴＴＧＣの部分核酸配列が含まれることを判定することで、その核酸配列データが、サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料の核酸配列データであることを識別できる。サンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００９の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＡＣＴＡＴＧＣＡである。サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料と、サンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ａ）を有することから、両ライブラリー試料が同一の被検者Ａの検体から調製されたことが表されている。同様に、サンプルＩＤが１０１３のライブラリー試料と、サンプルＩＤが２０２１のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ｂ）を有することから、両ライブラリー試料が別の同一の被検者Ｂの検体から調製されたことが表されている。更に、第１実施形態では、サンプルＩＤが１から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、腫瘍細胞由来であることを示し、サンプルＩＤが２から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、非腫瘍細胞由来であることを示す。よって、サンプルシートのデータを参照すれば、同一の被検者に由来する複数のライブラリー試料と、各ライブラリー試料が腫瘍細胞由来のものか又は非腫瘍細胞由来のものかという情報と、を識別できる。

なお、サンプルシートの表記は、紐づけ情報を含む如何なる表記でもよい。例えば、図５、すなわち、変形例のサンプルシート３５′を表す図に示すように、サンプルシート３５に、各ライブラリー試料が腫瘍検体に由来するものか非腫瘍検体に由来するものかを識別するための腫瘍／非腫瘍ＩＤの列を追加してもよい。サンプルシート３５′では、Ｔが腫瘍検体由来であることを示し、Ｎが非腫瘍検体由来であることを示す。この場合、サンプルＩＤによって、対応するライブラリー試料が腫瘍細胞由来のものであるか、非腫瘍細胞由来を表す必要がなくなり、サンプルＩＤの付与が容易になる。

また、サンプルシートの表記は、例えば、図６（Ａ）、すなわち、変形例のサンプルシート３５′′を表す図に示すように、症例ＩＤの列を省略してもよい。この場合、サンプルＩＤは、２つの文字、記号又は数字の組で構成されてもよい。そして、例えば、１つ目の文字、記号又は数字が、被検者を識別できる識別情報を示し、２つ目の文字、記号又は数字が、腫瘍検体又非腫瘍検体を識別できる識別情報を示していてもよい。例えば、サンプルシート３５′′の表において、１つ目のアルファベットの大文字、「Ａ」「Ｂ」「Ｃ」「Ｄ」が、検体を採取した被検者を示す識別情報でもよく、２つ目の大文字のアルファベットの「Ｔ」又は「Ｎ」において、「Ｔ」が腫瘍検体を示す識別情報であって、「Ｎ」が非腫瘍検体を示す識別情報でもよい。サンプルシート３５′′では、サンプルＩＤによって、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことが表されている。例えば、サンプルＩＤがＡ－Ｔのライブラリー試料と、サンプルＩＤがＡ－Ｎのライブラリー試料は、いずれも被検者Ａの検体から調製された試料であることが表されている。従って、サンプルシート３５′′のサンプルＩＤは、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報の一例である。上記図３、図５、及び図６（Ａ）を用いて説明した例では、紐づけ情報は、サンプルＩＤ又は症例ＩＤである。従って、紐づけ情報は、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表すとともに、ライブラリー試料又は被検者を識別している。すなわち、上記図３、図５、及び図６（Ａ）を用いて説明した例では、試料又は被検者を識別する情報を紐づけ情報としても活用しており、紐づけ情報を別途シーケンサー２に入力する必要がない。

図６（Ｂ）は、サンプルシートの他の変形例を示す図である。図６（Ｂ）に示すように、サンプルシート３５′′′は、サンプルシート３５と比較して、症例ＩＤの列を含まず、ペアとなるサンプルＩＤの列を含む。ペアとなるサンプルＩＤは、対応するサンプルＩＤにより識別されるライブラリー試料の検体の採取元である被検者と同一の被検者の検体から調製されたライブラリー試料を識別するサンプルＩＤである。例えば、サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料については、ペアとなるサンプルＩＤが２０１９であることから、サンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを特定できる。従って、ペアとなるサンプルＩＤは、紐づけ情報の一例である。この例においては、ステップＳ１（図２参照）において、症例ＩＤに代えて、ペアとなるサンプルＩＤがシーケンサー２に入力される。このように、試料又は被検者を識別する情報とは別に紐づけ情報となる情報をシーケンサー２に入力する場合、試料又は被検者を識別する情報を入力する必要がない。なお、サンプルシート３５′′′では、腫瘍検体から調製されたライブラリー試料と、非腫瘍検体から調製されたライブラリー試料の両方にペアとなるサンプルＩＤが入力されているが、いずれか一方を省略してもよい。なお、サンプルシートの表記は、シーケンサー２において使用されている公知の表記に紐づけ情報を追加した表記でもよい。サンプルシートの表記は、各ライブラリー試料に関し、対応する被検者を識別できる情報と、ライブラリー試料が腫瘍細胞由来のものか非腫瘍細胞由来のものかを識別できる情報と、を認識できる表記であれば如何なる表記でもよい。

図２を再び参照し、次に、シーケンサー２が次いで実行する処理について説明する。シーケンサー２の使用者は、予め調製した複数のライブラリー試料（例えば、１６個）を1枚のカートリッジの各ウェルに分注し、カートリッジをシーケンサー２にセットし、配列読取の開始を指示する。使用者から配列読取の開始が指示されると、シーケンサー２は、ステップＳ２で、複数のライブラリー試料の夫々に関して、核酸配列を読み取る。実施形態１では、シーケンサー２は、複数の被検者の夫々について、腫瘍検体から調製されたＤＮＡのライブラリー試料と、非腫瘍検体から調製されたＤＮＡのライブラリー試料と、を読み取る。続いて、シーケンサー２は、ステップＳ３で、シーケンスランデータを生成する。そして、次のステップＳ４で、生成したシーケンスランデータをストレージ３に記憶し、処理を終了する。

図４は、シーケンサー２が作成するシーケンスランデータ５０の一例について説明する図である。シーケンスランデータ５０は、電子ファイルを格納した電子フォルダであり、フォルダ名として、ステップＳ１で受け付けたシーケンスランＩＤ３９が付与されている。シーケンスランデータ５０には、サンプルシート３５と、ステップＳ２で各ライブラリー試料から読み取った核酸配列データ３７が格納されている。シーケンサー２は、各核酸配列データ３７に含まれるインデックス配列３８を、サンプルシート３５に含まれる各インデックス配列と比較し、互いに同一のインデックス配列を有するサンプルＩＤと、核酸配列データ３７とを対応付ける。また、同一の症例ＩＤに対応する複数のサンプルＩＤにそれぞれ対応する複数の核酸配列データ３７は、１の配列データセットを構成する。図４の例では、症例Ａに対応するサンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料及びサンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料の夫々に対応する２つの核酸配列データ３７が配列データセット３７－１を構成し、症例Ｂに対応するサンプルＩＤが１０１３のライブラリー試料及びサンプルＩＤが２０２１のライブラリー試料の夫々に対応する２つの核酸配列データ３７が配列データセット３７－２を構成する。１回のシーケンスラン、すなわち１のシーケンスランデータ５０に含まれる配列データセットの数は特に限定されないが、１回のシーケンスランでより多くの被検者の核酸配列を読み取るという観点から、５以上であることが好ましい。

図７は、データ送信装置５、受付装置６、及び核酸配列解析装置７の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。図７を参照して、先ず、データ送信装置５の制御部５ｆが実行する処理について説明する。制御部５ｆは、データ送信装置５の使用者から、ストレージ３に記憶されているシーケンスランデータの解析指示を受けると、ステップＳ２０で、解析依頼情報を受付装置６に送信する。解析依頼情報は、使用者が入力部５ａを操作して入力する情報であって、被検者の症例情報、遺伝子パネル検査の種別情報、及び依頼元施設１０の情報を含む。被検者の症例情報は、症例ＩＤを含む。依頼元施設１０の情報は、依頼元施設の名称及び依頼元施設を識別するための識別情報を含む。なお、解析依頼情報は、被検者の症例情報、遺伝子パネル検査の種別情報、及び依頼元施設１０の情報のうちの少なくとも一つを含んでいればよい。また、例えば、依頼元施設１０と依頼受付施設２０との間で、シーケンスランデータ又は症例情報の送信を解析依頼とみなす旨の合意がある場合には、ステップＳ２０の処理を省略してもよい。

制御部５ｆは、ステップＳ２１で、シーケンスランデータをストレージ３から読み出し、受付装置６に送信する。制御部５ｆは、ステップＳ２２で、表示部５ｂに症例登録画面を表示させ、症例情報の登録を受け付ける。症例情報は、腫瘍検体由来のライブラリー試料及び非腫瘍検体由来のライブラリー試料が同一の被検者から調製されたことを示す入力情報を含む。具体的には、入力情報は、腫瘍検体由来のライブラリー試料のサンプルＩＤと、非腫瘍検体由来のライブラリー試料のサンプルＩＤと、両サンプルＩＤに対応する１の症例ＩＤと、を含む。

図８は、表示部５ｂに表示される症例登録画面４０の一例を示す図である。図８に示すように、この症例登録画面４０は、シーケンスランＩＤを登録する登録部４０ａと、症例ＩＤを登録する登録部４０ｂと、正常検体（非腫瘍検体）由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｃ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｄ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｅと、腫瘍検体由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｆ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｇ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｈと、登録釦４０ｉとを表示する。登録部４０ａ、登録部４０ｃ、登録部４０ｆは、プルダウンリスト形式で構成されており、プルダウンリストを展開すると、制御部５ｆがストレージ３から読み出したシーケンスランデータのうち、後述する登録済みのフラグが付加されてないシーケンスランデータに含まれるシーケンスランＩＤ及びインデックスＩＤがリスト表示される。登録部４０ｂ、登録部４０ｄ、登録部４０ｅ、登録部４０ｇ、登録部４０ｈは、使用者がキーボードを操作して数値、文字、又は記号を入力するように構成されている。データ送信装置５の使用者は、入力部５ａを操作して、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｈに情報を入力し、１の被検者の登録が終了すると、登録釦４０ｉを選択する。データ送信装置５の使用者は、１のシーケンスランデータに含まれる全ての症例ＩＤについて入力が完了するまで、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｈに情報を入力し、登録釦４０ｉを選択する操作を繰り返す。

登録部４０ａ～４０ｈは、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、及び登録部４０ｆ以外もプルダウンリスト形式で構成してもよいし、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、及び登録部４０ｆを、数値等が入力されるように構成してもよい。また、登録部４０ｅ及び登録部４０ｈは、登録部４０ｃ又は登録部４０ｆにインデックスＩＤが入力されると、シーケンスランデータから対応するインデックス配列が読み出され、登録部４０ｅ又は登録部４０ｈに表示するように構成してもよい。症例登録画面としては、正常検体（非腫瘍検体）と腫瘍検体の各ライブラリー試料に関して、対応する同一の被検者を識別できる情報を登録できる画面であれば、如何なる画面も採用できる。

図７を再度参照して、データ送信装置５の制御部５ｆが次いで実行する処理について説明する。ステップＳ２２の処理が完了すると、すなわち、１のシーケンスランデータに含まれる全ての症例ＩＤについて入力が完了し、登録釦４０ｉが選択されると、制御部５ｆは、ステップＳ２３で、ステップＳ２２で登録部４０ａ～４０ｈに入力された症例情報を受付装置６に送信する。上述のとおり、症例情報には、腫瘍検体由来のライブラリー試料及び非腫瘍検体由来のライブラリー試料が同一の被検者から調製されたことを示す入力情報が含まれている。第１実施形態において、入力情報は、登録部４０ｄを介して入力された正常検体のサンプルＩＤ、登録部４０ｇを介して入力された腫瘍検体のサンプルＩＤ、及び登録部４０ｂを介して入力された症例ＩＤである。サンプルＩＤは、各ライブラリー試料を識別する情報であり、症例ＩＤは、被検者を識別する情報である。制御部５ｆは、ステップＳ２４で、ステップＳ２１で受付装置６に送信したシーケンスランデータに対応するシーケンスランＩＤに、登録済みであることを示すフラグを付加する。

次に、受付装置６の制御部６ｆが実行する処理ついて説明する。制御部６ｆは、データ送信装置５から解析依頼情報の送信があると、ステップＳ３０で、当該解析依頼情報を受信し、記憶部６ｇに記憶する。制御部６ｆは、データ送信装置５からシーケンスランデータの送信があると、ステップＳ３１で、当該シーケンスランデータを受信し、記憶部６ｇに記憶する。また制御部６ｆは、データ送信装置５から症例情報の送信があると、ステップＳ３２で、当該症例情報を受信し、記憶部６ｇに記憶する。制御部６ｆは、その後のステップＳ３３で、整合性の検証を行い、ステップＳ３１で記憶したシーケンスランデータに含まれる紐づけ情報がステップＳ３２で記憶した症例情報に含まれる入力情報と整合するか否かを判定する。

図９は、制御部６ｆがステップＳ３３で実行する整合性検証処理の詳細を説明するフローチャートである。制御部６ｆは、ステップＳ５１で、記憶した症例情報から、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、正常検体のサンプルＩＤ、及び腫瘍検体のサンプルＩＤを読み出す。シーケンスランＩＤは、症例登録画面４０（図８参照）の登録部４０ａを介して入力された情報であり、症例ＩＤは、登録部４０ｂを介して入力された情報であり、正常検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｄを介して入力された情報であり、腫瘍検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｇを介して入力された情報である。制御部６ｆは、ステップＳ５２で、読み出したシーケンスランＩＤと同一のシーケンスランＩＤが付与されているシーケンスランデータのサンプルシートに記載されている情報を読み出す。そして、制御部６ｆは、ステップＳ５３で、ステップＳ５１で症例情報から読みだした症例ＩＤ、正常検体のサンプルＩＤ、及び腫瘍検体のサンプルＩＤの組み合わせが、サンプルシートに存在しているか否かを判定する。

制御部６ｆは、ステップＳ５３で否定判定すると（「Ｎｏ」の場合）、ステップＳ５４で、データ送信装置５に、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー通知を行い、ステップＳ３４以降の処理（図７参照）を実行することなく、処理を終了する。エラー通知を受けたデータ送信装置５の制御部５ｆは、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー情報を表示部５ｂに出力する。この出力によって、データ送信装置５の使用者は、サンプルシートの情報と、手入力した症例情報のうちの少なくとも一方に間違いが存在していることを認識できる。一方、受信装置６の制御部６ｆは、ステップＳ５３で肯定判定すると（「Ｙｅｓ」の場合）、処理をステップＳ３４（図７参照）に戻す。

実施形態１によれば、ステップＳ５３で、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しているか否かを判定し、それら２つの情報が整合しない場合、次のステップに移行せずに処理を終了するようになっている。したがって、各被検者において、その腫瘍検体に由来する核酸配列データと、その非腫瘍検体に由来する核酸配列データとを、当該被検者に正確に紐づけできる。よって、同一の被検者に由来する複数の核酸配列データの核酸配列解析を行うマッチドペア検査の場合にも、核酸配列データを取り違えて過った解析を行うことを確実に防止できる。

図７を再度参照して、受付装置６の制御部６ｆが次いで実行する処理について説明する。ステップＳ５３（図９参照）で肯定判定されると、制御部６ｆは、ステップＳ３４で、ステップＳ３１で記憶したシーケンスランデータを核酸配列解析装置７に送信する。次に、核酸配列解析装置７の制御部７ｆが実行する処理ついて説明する。制御部７ｆは、ステップＳ４０で、受付装置６から送信された解析依頼情報を受信し、記憶部７ｇに記憶する。制御部７ｆは、ステップＳ４１で、受付装置６から送信されたシーケンスランデータを受信し、記憶部７ｇに記憶する。制御部７ｆは、ステップＳ４２で、記憶したシーケンスランデータから１の配列データセットを読み出す。前述のとおり、配列データセットは、同一の症例ＩＤに対応する複数の核酸配列データ３７を含むため、制御部７ｆは、紐づけ情報である症例ＩＤを検索キーとして、同一の症例ＩＤと対応する複数の核酸配列データ３７を、１の配列データセットとして抽出することができる。

制御部７ｆは、ステップＳ４３で、ステップＳ４２で抽出した配列データセットの各核酸配列データについて、変異情報データベース８の腫瘍細胞の核酸配列の情報を利用して変異の有無を解析する。制御部７ｆは、ステップＳ４４で、その変異の有無に基づいて、解析結果レポートを作成する。制御部７ｆは、ステップＳ４５で、解析結果レポートを受付装置６に送信する。ステップＳ４３の処理は、以下で図１０～図１４を用いて詳細に説明する。解析結果レポートについては、以下で図１５を用いて詳細に説明する。制御部７ｆは、ステップＳ４６で、ステップＳ４１で記憶したシーケンスランデータに含まれる全ての配列データセットが抽出されたか否かを判定する。制御部７ｆは、全ての配列データセットが抽出された場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理を終了し、全ての配列データセットが抽出されていない場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ４２に戻し、ステップＳ４２～Ｓ４６の処理を再度実行する。

一方、受付装置６の制御部６ｆは、ステップＳ３５で解析結果レポートを受信し、ステップＳ３６で解析結果レポートをデータ送信装置５に送信し、処理を終了する。データ送信装置５の制御部５ｆは、ステップＳ２５で、解析結果レポートを受信し、記憶部５ｇに記憶して処理を終了する。これにより、被検者の担当医は、任意のタイミングで、記憶部５ｇに記憶されている解析レポートを表示部５ｂに表示させ、閲覧することができる。

次に、図１０を参照して、制御部７ｆによるステップＳ４３の処理について詳細に説明する。図１０は、核酸配列解析装置７の制御部７ｆが核酸配列を決定する際の処理手順の一例を示すフローチャートである。制御部７ｆは、ステップＳ６１で、ステップＳ４２で抽出した配列データセットから１の核酸配列データ３７（以下、取得配列という）を取得する。また、制御部７ｆは、変異情報データベース８から参照配列をダウンロードし、記憶部７ｇに記憶する。

参照配列とは、取得配列が遺伝子上のどの領域に対応するか、及び取得配列が遺伝子上のどの変異に対応するかなどを判定するために、取得配列をマッピングする対象となる配列である。解析対象となる遺伝子毎に、参照配列として（１）野生型のエクソンの部分配列又は全配列である野生型参照配列が用いられ得る。また、参照配列として（２）野生型のエクソンの配列から公知の多型、変異を含む再編成配列を一繋がりに連結した単一の変異参照配列が用いられ得る。単一の変異参照配列とは、解析対象となる遺伝子毎に、該解析対象となる遺伝子に関する２つ以上の再編成配列を一繋がりに連結して生成される配列である。単一の変異参照配列は、取得配列をマッピングするときに、再編成配列を含む変異参照配列として用いられる。なお、２つ以上の再編成配列を一繋がりに連結された単一の変異参照配列に代えて、連結されていない２つ以上の再編成配列が変異参照配列として用いられてもよい。

図１１は、単一の変異参照配列の生成方法の概略を示す概念図であり、外部の変異情報データベース８からダウンロードした公開既知変異情報を用いて、変異参照配列を生成する方法の一例を説明する概念図である。図１１では、染色体位置「ｘｘｘｘ」の遺伝子「ＥＧＦＲ」に生じた変異「Ｃ７９７Ｓ」に関する情報が、研究機関Ｐから外部の変異情報データベース８に新たにアップロードされ、変異情報データベース８に記憶された場合を例に挙げている。研究機関Ｐからアップロードされた、遺伝子名「ＥＧＦＲ」の遺伝子の染色体位置「ｘｘｘｘ」に生じた変異「Ｃ７９７Ｓ」に関する情報は、外部の変異情報データベース８において、変異ＩＤ「ｙｙｙｙ」及びアップロード日「ｚｚ年ｚ月ｚ日」などと関連付けられて、公開既知変異情報として登録される。新たにアップロードされた情報としてここに例示した変異は、遺伝子「ＥＧＦＲ」から転写・翻訳された遺伝子産物であるタンパク質「ＥＧＦＲ」の７９７番目のアミノ酸残基がシステインからセリンに置換された変異である。なお、外部の変異情報データベース８には、このような変異に限定されず、多型、変異、及びメチル化などに関する情報が集められ、記憶されていてもよい。

変異情報データベース８は、外部の公開配列情報データベースや、公開既知変異情報データベース等である。公開配列情報データベースとしては、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｒｅｆｓｅｑ／）、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｂａｎｋ／）、ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒなどが挙げられる。また、公開既知変異情報データベースとしては、ＣＯＳＭＩＣデータベース（ウェブページ、ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｇｅｎｅｔｉｃｓ／ＣＧＰ／ｃｏｓｍｉｃ／）、ＣｌｉｎＶａｒデータベース（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｌｉｎｖａｒ／）及びｄｂＳＮＰ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／）などが挙げられる。なお、変異情報データベース８は、公開既知変異に関し、人種あるいは動物種別毎の頻度情報を含む公開既知変異情報データベースであってもよい。このような情報を有する公開既知変異情報データベースとしては、ＨａｐＭａｐ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｒｅｌｅａｓｅ ＃２８、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ Ｂｒｏｗｓｅｒ（ウェブページ、ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｍｅｄ．ｋｙｏｔｏ－ｕ．ａｃ．ｊｐ／ＳｎｐＤＢ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）及び１０００ Ｇｅｎｏｍｅｓ（ウェブページ、ｗｗｗ．１０００ｇｅｎｏｍｅｓ．ｏｒｇ／）が挙げられる。

図１０を再び参照し、制御部７ｆが次いで実行する処理について説明する。制御部７ｆは、ステップＳ６２において、取得配列を参照配列と比較することにより、取得配列と参照配列との一致率が所定の基準を満たす参照配列上の位置を特定する。上記比較は、取得配列を参照配列上の複数の位置にマッピングすることにより行われる。一致率は、取得配列に含まれる塩基数に対する、取得配列と参照配列とが一致した塩基数の割合である。参照配列上の位置の特定は、マッピングした各位置において、取得配列と参照配列との一致率を算出し、算出した一致率が所定の閾値を超えた位置を特定することによって行われる。

制御部７ｆは、ステップＳ６３において、参照配列上の複数の位置を特定したか、すなわち、参照配列上の複数の位置で一致率が所定の基準を満たしたかを判定する。取得配列が、参照配列上の単一の位置に一致した場合（「Ｎｏ」の場合）には、制御部７ｆは、ステップＳ６５で、ステップＳ４２で抽出した１の配列データセットに含まれる全ての取得配列について参照配列上の位置を特定したか否かを判定する。全ての取得配列について位置の特定を完了した場合（「Ｙｅｓ」）の場合には、制御部７ｆは、処理をステップＳ７３（図１２参照）に進める。一方、全ての取得配列について位置の特定が完了していない場合（「Ｎｏ」の場合）には、制御部７ｆは、処理をステップＳ６２に戻し、処理を継続する。

ステップＳ６３において、参照配列上の複数の位置に一致した場合（「Ｙｅｓ」の場合）には、制御部７ｆは、ステップＳ６４で、複数の位置のうち、最も一致率が高い位置を、取得配列の参照配列上の位置として特定し、処理をステップＳ６５に進める。

［変異検出］
＜体細胞変異の検出＞
次に、図１２を参照して、制御部７ｆが、体細胞変異を検出する処理の一例について説明する。図１２は、核酸配列解析装置７の制御部７ｆが体細胞変異を検出する処理を示すフローチャートである。

制御部７ｆは、ステップＳ７３において、ステップＳ６１（図１０参照）で取得した１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データのうち、腫瘍検体に由来するライブラリー試料の核酸配列データ（以下、腫瘍配列）について、ステップＳ６２又はＳ６４で特定した参照配列上の位置において、腫瘍配列と参照配列とに不一致があるか否かを判定する。制御部７ｆは、不一致がある場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理をステップＳ７４に進め、不一致がない場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ８３（図１３参照）に進める。ステップＳ７４において、制御部７ｆは、ステップＳ７３で参照した配列データセットに含まれる核酸配列データのうち、非腫瘍検体に由来するライブラリー試料の核酸配列データ（以下、正常配列）について、ステップＳ６２又はＳ６４で特定した参照配列上の位置において、正常配列と参照配列とに不一致があるか否かを判定する。制御部７ｆは、不一致がない場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理をステップＳ７５に進め、不一致がある場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ８３に進める。

制御部７ｆは、ステップＳ７５において、ステップＳ７３で検出された不一致の塩基、すなわち変異を、体細胞変異と判定する。制御部７ｆは、ステップＳ７６で、検出された体細胞変異に基づいて、変異情報データベース８に記憶されている変異情報データベースを検索する。

変異情報データベース８の変異情報データベースに記憶されている変異情報には、変異識別子（変異ＩＤ）、遺伝子名、変異の位置情報（例えば、「ＣＨＲＯＭ」、及び「ＰＯＳ」）、「ＲＥＦ」、「ＡＬＴ」、「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」が含まれている。変異ＩＤは、変異を識別するための識別子である。変異の位置情報のうち、「ＣＨＲＯＭ」は染色体番号を示し、「ＰＯＳ」は染色体番号上の位置を示す。「ＲＥＦ」は、野生型（Ｗｉｌｄ ｔｙｐｅ）における塩基を示し、「ＡＬＴ」は、変異後の塩基を示す。「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」は、変異に関する情報を示す。「Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ」は、例えば、「ＥＧＦＲ Ｃ２５７３Ｇ」、「ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ」といったアミノ酸の変異を示す情報であってもよい。例えば、「ＥＧＦＲ Ｃ２５７３Ｇ」は、タンパク質「ＥＧＦＲ」の２５７３残基目のシステインがグリシンに置換した変異であることを示す。

制御部７ｆは、ステップＳ７７において、ステップＳ７６の検索結果に基づき、検出された体細胞変異に遺伝子名、アノテーション等の変異情報を付与する。なお、実施形態１において、ステップＳ７６及びＳ７７の処理は省略可能である。

＜生殖細胞変異の検出＞
次に、図１３を参照して、制御部７ｆが、生殖細胞変異を検出する処理の一例について説明する。図１３は、核酸配列解析装置７の制御部７ｆが生殖細胞変異を検出する処理を示すフローチャートである。制御部７ｆは、ステップＳ８３において、ステップＳ６１（図１０参照）で取得した１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データのうち、非腫瘍検体に由来するライブラリー試料の核酸配列データ（正常配列）について、ステップＳ６２又はＳ６４で特定した参照配列上の位置において、正常配列と参照配列とに不一致があるか否かを判定する。制御部７ｆは、不一致がある場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理をステップＳ８４に進め、不一致がない場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ４４（図７参照）に進める。

制御部７ｆは、ステップＳ８４において、ステップＳ８３で検出された不一致の塩基、すなわち変異を、生殖細胞変異と判定する。制御部７ｆは、ステップＳ８５で、検出された生殖細胞変異に基づいて、変異情報データベース８に記憶されている変異情報データベースを検索する。制御部７ｆは、ステップＳ８６において、ステップＳ８５の検索結果に基づき、検出された変異に遺伝子名、アノテーション等の変異情報を付与する。なお、実施形態１において、ステップＳ８５及びＳ８６の処理は省略可能である。

図１４（Ａ）は、体細胞変異を有する核酸配列の一例を示す図であり、図１４（Ｂ）は、生殖細胞変異を有する核酸配列の一例を示す図である。図１４（Ａ）を参照すると、非腫瘍検体由来の配列データ（正常配列）には、参照配列との不一致がないが、腫瘍検体由来の配列データ（腫瘍配列）には、参照配列との不一致の塩基（参照配列がＧであるのに対し、腫瘍配列がＣ）、すなわち変異がある。この場合、制御部７ｆは、ステップＳ７５（図１２参照）において、変異を体細胞変異と判定する。

一方、図１４（Ｂ）を参照すると、非腫瘍検体由来の配列データ（正常配列）には、参照配列との不一致の塩基（参照配列がＡであるのに対し、正常配列がＴ）、すなわち変異がある。この場合、制御部７ｆは、ステップＳ８４（図１３参照）において、変異を生殖細胞変異と判定する。

［解析結果レポート］
次に、ステップＳ４４（図７参照）で作成される解析レポートの一例について説明する。図１５は、解析レポートＲ１の一例を示す図である。図１５に示すように、解析レポートＲ１は、解析結果のサマリを掲載するためのサマリレポートの領域Ｓ（以下、「サマリレポート領域Ｓ」ともいう）と、解析結果の詳細を掲載するための詳細レポートの領域Ｄ（以下、「詳細レポート領域Ｄ」ともいう）を含む。サマリレポート領域Ｓは、被検者や検査内容に関する情報が示される属性情報を示す領域Ｓ１（以下、「属性情報領域Ｓ１」ともいう）と、検出された全ての遺伝子変異のリストが示される領域Ｓ２（以下、「遺伝子変異リスト領域Ｓ２」ともいう）を含む。また、詳細レポート領域Ｄは、体細胞変異が検出された遺伝子とその変異の詳細情報が示される領域Ｄ１（以下、「遺伝子変異情報領域Ｄ１」ともいう）と、生殖細胞変異が検出された遺伝子とその変異の詳細情報が示される領域Ｄ２（以下、「生殖細胞変異情報領域Ｄ２」ともいう）を含む。

属性情報領域Ｓ１には、ステップＳ４０で記憶部７ｇに記憶した情報に基づいて、患者識別子（患者ＩＤ）、担当医師名、医療機関名等の患者を識別するための情報や、遺伝子パネル等の検査項目を示す情報等が表示される。遺伝子変異リスト領域Ｓ２には、体細胞変異であるか生殖細胞変異であるかを問わず、検出された全ての遺伝子の変異が示される。遺伝子変異リスト領域Ｓ２の例において、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１は遺伝子名を示し、Ｌ５８５Ｒ、Ｖ６００Ｅ、Ｋ１１８３Ｒは各遺伝子における変異部位と変異により生じるアミノ酸の置換内容を示す。つまり、ＥＧＦＲ＿Ｌ５８５Ｒは、ＥＧＦＲ遺伝子の５８５番目のコドンが、ロイシン（Ｌ）をコードする核酸配列からアルギニン（Ｒ）をコードする核酸配列に変異していることを示す。遺伝子変異リスト領域Ｓ２に表示される各種情報には、ステップＳ７７及びステップＳ８６において制御部７ｆが取得した情報が用いられる。

［第１実施形態の作用効果］
第１実施形態によれば、１の被検者の腫瘍検体の核酸配列データと非腫瘍検体の核酸配列データとをセットで解析するマッチドペア検査を行う場合において、受付装置６が、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、シーケンサー２を用いて得られた複数の核酸配列データを含む配列データセット、及び第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報を含むシーケンスランデータを、データ送信装置５からネットワーク１１を介して受信して、そのシーケンスランデータを核酸配列の分析を行う核酸配列解析装置７に送信する。したがって、シーケンサー２を動作させる解析依頼元施設１０が、核酸配列解析装置７が設置されている依頼先施設３０と異なる施設であったとしても、核酸配列解析装置７で、配列データセットの中から、同一被検者の複数のライブラリー試料に対応するそれぞれの核酸配列データの正しい組み合わせを正確かつ迅速に抽出できる。よって、依頼先施設３０で正しい組み合わせの複数の核酸配列データを解析することができ、同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる。また、第１実施形態では、腫瘍検体の核酸配列データを解析することで取得した体細胞変異の情報と、非腫瘍検体の核酸配列データを解析することで取得した生殖細胞変異の情報と、を合せて総合的に分析することで、より多くの情報に基づく分析を行うことができ、被検者に適した治療法を特定し易い。

（第２実施形態）
第１実施形態では、配列データセットに、１の被検者から採取された腫瘍細胞由来のＤＮＡの第１ライブラリー試料と、同一被検者から採取された非腫瘍細胞由来のＤＮＡの第２ライブラリー試料が含まれる場合について説明した。第２実施形態では、配列データセットに、１の被検者から採取された腫瘍細胞由来のＤＮＡの第１ライブラリー試料と、同一被検者から採取された腫瘍細胞由来のＲＮＡの第２ライブラリー試料が含まれる。

ＲＮＡは、ＤＮＡの融合遺伝子変異に起因して生成される場合がある。よって、ＲＮＡの核酸配列を特定することで、ＤＮＡの融合遺伝子変異を特定できることがある。第２実施形態では、第１ライブラリー試料に対応する第１配列データの解析結果により融合遺伝子変異以外の体細胞変異の情報を取得することができ、第２ライブラリー試料に対応する第２配列データの解析結果により融合遺伝子変異の情報を取得することができる。

第２実施形態の核酸情報送受信システム１の概略構成は、図１に示した構成と同じである。また、データ送信装置５、受付装置６、及び核酸配列解析装置７の各制御部が実行する処理の概略は、図７に示した処理と同じである。図１６は、第２実施形態でシーケンサー２が実行する処理について説明するフローチャートであり、図１７は、第２実施形態で採用できるサンプルシート１３５の一例を示す図である。また、図１８は、第２実施形態でデータ送信装置５の表示部５ｂに表示される症例登録画面の一例を示す図である。また、図１９は、第２実施形態で、制御部６ｆがステップＳ３３（図７参照）で実行する処理の詳細を説明するフローチャートである。

図１６を参照して、シーケンサー２が実行する処理について説明する。最初に、ステップＳ１′で、シーケンサー２は、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを受け付け、電子ファイルであるサンプルシートを生成する。実施形態１と同様に、シーケンスランＩＤは、シーケンスランデータを識別する情報であり、サンプルシートは、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを含む。サンプルシートは、1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚につき１つ生成される。1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚では、複数のライブラリー試料（例えば、１６個）の核酸配列が読み取られる。複数のライブラリー試料は、複数の被検者（例えば、８名）の腫瘍組織のＤＮＡと腫瘍組織のＲＮＡの夫々から調製された複数の試料（例えば、１６個）の夫々に試薬で前処理を施して、複数の試料に互いに異なるインデックス配列を付加することで作製される。

図１７は、サンプルシート１３５の一例を示す図である。図１７に示す例では、サンプルＩＤと症例ＩＤとが対応付けられている。症例ＩＤが同一のライブラリー試料は、同一の被検者の検体から調製された試料であり、サンプルシート１３５の症例ＩＤは、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報の一例である。各サンプルＩＤには、インデックスＩＤとインデックス配列が更に対応付けられている。インデックス配列は、ライブラリー試料に付加されたインデックス配列を示す情報である。

例えば、サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００１の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＣＧＧＡＴＴＧＣである。サンプルＩＤが３０２０のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００９の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＡＣＴＡＴＧＣＡである。サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料と、サンプルＩＤが３０２０のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ａ）を有することから、両ライブラリー試料が同一の被検者Ａの検体から調製されたことが表されている。同様に、サンプルＩＤが１０１３のライブラリー試料と、サンプルＩＤが３０２４のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ｂ）を有することから、両ライブラリー試料が同一の被検者Ｂの検体から調製されたことが表されている。更に、第２実施形態では、サンプルＩＤが１から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、腫瘍細胞のＤＮＡ由来であることを示し、サンプルＩＤが３から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、腫瘍細胞のＲＮＡ由来であることを示す。よって、サンプルシートのデータを参照すれば、同一の被検者に由来する複数のライブラリー試料と、各ライブラリー試料がＤＮＡ由来のものか又はＲＮＡ由来のものかという情報と、を識別できる。

図１６を再び参照し、次に、シーケンサー２が次いで実行する処理について説明する。シーケンサー２の使用者は、予め調製した複数のライブラリー試料（例えば、１６個）を1枚のカートリッジの各ウェルに分注し、カートリッジをシーケンサー２にセットし、配列読取の開始を指示する。使用者から配列読取の開始が指示されると、シーケンサー２は、ステップＳ２′で、複数のライブラリー試料の夫々に関して、核酸配列を読み取る。実施形態２では、シーケンサー２は、複数の被検者の夫々について、腫瘍検体から調製されたＤＮＡのライブラリー試料と、腫瘍検体から調製されたＲＮＡのライブラリー試料と、を読み取る。続いて、シーケンサー２は、ステップＳ３′で、シーケンスランデータを生成する。シーケンスランデータは、図４で示したシーケンスランデータ５０のサンプルシート３５をサンプルシート１３５に置き換えたデータである。そして、次のステップＳ４′で、生成したシーケンスランデータをストレージ３に記憶し、処理を終了する。

なお、サンプルシートの表記は、各ライブラリー試料に関し、対応する被検者を識別できる情報と、ライブラリー試料がＤＮＡ由来ものかＲＮＡ由来のものかを識別できる情報と、を認識できる表記であれば如何なる表記でもよい。

図１８に示すように、第２実施形態でデータ送信装置５の制御部５ｆが表示部５ｂに表示する症例登録画面としては、第１実施形態の症例登録画面４０（図８参照）との比較において、「正常検体」という文言を「ＤＮＡ検体」という文言に変更すると共に「腫瘍検体」という文言を「ＲＮＡ検体」という文言に変更した症例登録画面１４０を採用できる。

図１８に示すように、この症例登録画面１４０は、シーケンスランＩＤを登録する登録部４０ａと、症例ＩＤを登録する登録部４０ｂと、腫瘍検体のＤＮＡ由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｃ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｄ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｅと、腫瘍検体のＲＮＡ由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｆ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｇ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｈと、登録釦４０ｉとを表示する。登録部４０ａ、登録部４０ｃ、登録部４０ｆは、プルダウンリスト形式で構成されており、プルダウンリストを展開すると、制御部５ｆがストレージ３から読み出したシーケンスランデータのうち、前述した登録済みのフラグが付加されてないシーケンスランデータに含まれるシーケンスランＩＤ及びインデックスＩＤがリスト表示される。登録部４０ｂ、登録部４０ｄ、登録部４０ｅ、登録部４０ｇ、登録部４０ｈは、使用者がキーボードを操作して数値、文字、又は記号を入力するように構成されている。データ送信装置５の使用者は、入力部５ａを操作して、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｈに情報を入力し、１の被検者の登録が終了すると、登録釦４０ｉを選択する。データ送信装置５の使用者は、１のシーケンスランデータに含まれる全ての症例ＩＤについて入力が完了するまで、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｈに情報を入力し、登録釦４０ｉを選択する操作を繰り返す。

登録部４０ａ～４０ｈは、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、及び登録部４０ｆ以外もプルダウンリスト形式で構成してもよいし、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、及び登録部４０ｆを、数値等が入力されるように構成してもよい。また、登録部４０ｅ及び登録部４０ｈは、登録部４０ｃ又は登録部４０ｆにインデックスＩＤが入力されると、シーケンスランデータから対応するインデックス配列が読み出され、登録部４０ｅ又は登録部４０ｈに表示するように構成してもよい。症例登録画面としては、腫瘍検体のＤＮＡと腫瘍検体のＲＮＡの各ライブラリー試料に関して、対応する同一の被検者を識別できる情報を登録できる画面であれば、如何なる画面も採用できる。

図１９は、制御部６ｆがステップＳ３３（図７参照）で実行する処理の詳細を説明するフローチャートである。制御部６ｆは、ステップＳ５１′で、記憶した症例情報から、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤ、及びＲＮＡ検体のサンプルＩＤを読み出す。シーケンスランＩＤは、症例登録画面１４０（図１８参照）の登録部４０ａを介して入力された情報であり、症例ＩＤは、登録部４０ｂを介して入力された情報であり、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｄを介して入力された情報であり、ＲＮＡ検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｇを介して入力された情報である。制御部６ｆは、ステップＳ５２′で、読み出したシーケンスランＩＤと同一のシーケンスランＩＤが付与されているシーケンスランデータのサンプルシートに記載されている情報を読み出す。そして、制御部６ｆは、ステップＳ５３′で、ステップＳ５１′で症例情報から読みだした症例ＩＤ、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤ、及びＲＮＡ検体のサンプルＩＤの組み合わせが、サンプルシートに存在しているか否かを判定する。

制御部６ｆは、ステップＳ５３′で否定判定（「Ｎｏ」の場合）すると、ステップＳ５４′で、データ送信装置５に、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー通知を行い、ステップＳ３４以降の処理（図７参照）を実行することなく、処理を終了する。

エラー通知を受けたデータ送信装置５の制御部５ｆは、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー情報を表示部５ｂに出力する。この出力によって、データ送信装置５の使用者は、サンプルシートの情報と、手入力した症例情報のうちの少なくとも一方に間違いが存在していることを認識できる。一方、受信装置６の制御部６ｆは、ステップＳ５３′で肯定判定（「Ｙｅｓ」の場合）すると、処理をステップＳ３４（図７参照）に戻す。

実施形態２によれば、ステップＳ５３′で、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しているか否かを判定し、それら２つの情報が整合しない場合、次のステップに移行せずに処理を終了ようになっている。したがって、各被検者において、そのＤＮＡ検体に由来する核酸配列データと、そのＲＮＡ検体に由来する核酸配列データとを、当該被検者に正確に紐づけできる。よって、同一の被検者に由来する複数の核酸配列データの核酸配列解析を行うマッチドペア検査の場合にも、核酸配列データを取り違えて過った解析を行うことを確実に防止できる。

［第２実施形態の作用効果］
第２実施形態によれば、１の被検者の腫瘍検体由来のＤＮＡの核酸配列データと腫瘍検体由来のＲＮＡの核酸配列データとをセットで解析するマッチドペア検査を行う場合において、受付装置６が、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、シーケンサー２を用いて得られた複数の核酸配列データを含む配列データセット、及び第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報を含むシーケンスランデータを、データ送信装置５からネットワーク１１を介して受信して、そのシーケンスランデータを核酸配列の分析を行う核酸配列解析装置７に送信する。したがって、シーケンサー２を動作させる解析依頼元施設１０が、核酸配列解析装置７が設置されている依頼先施設３０と異なる施設であったとしても、核酸配列解析装置７で、配列データセットの中から、同一被検者の複数のライブラリー試料に対応するそれぞれの核酸配列データの正しい組み合わせを正確かつ迅速に抽出できる。よって、依頼先施設３０で正しい組み合わせの複数の核酸配列データを解析することができ、同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる。また、第２実施形態では、腫瘍検体のＤＮＡの核酸配列データを解析することで取得した融合遺伝子変異以外の体細胞変異の情報と、腫瘍検体のＲＮＡの核酸配列データを解析することで取得した融合遺伝子変異の情報と、を合せて総合的に分析することで、より多くの情報に基づく分析を行うことができ、被検者に適した治療法を特定し易い。

（第３実施形態）
第１及び第２実施形態では、配列データセットに、同一の被検者に由来するライブラリー試料が２つ存在する場合について説明した。第３実施形態では、配列データセットに、同一の被検者に由来するライブラリー試料が３つ存在する。３つのライブラリー試料は、夫々、腫瘍検体のＤＮＡ由来のライブラリー試料と、腫瘍検体のＲＮＡ由来のライブラリー試料と、非腫瘍検体のＤＮＡ由来のライブラリー試料である。

第３実施形態の核酸情報送受信システム１の概略構成図は、図１に示した図と同じである。また、データ送信装置５、受付装置６、及び核酸配列解析装置７の各制御部が実行する処理の概略は、図７に示した処理と同じである。図２０は、第３実施形態でシーケンサー２が実行する処理について説明するフローチャートであり、図２１は、第３実施形態で採用できるサンプルシート２３５の一例を示す図である。また、図２２は、第３実施形態でデータ送信装置５の表示部５ｂに表示される症例登録画面の一例を示す図である。また、図２３は、第３実施形態で、制御部６ｆがステップＳ３３（図７参照）で実行する処理の詳細を説明するフローチャートである。

図２０を参照して、シーケンサー２が実行する処理について説明する。最初に、ステップＳ１′′で、シーケンサー２は、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを受け付け、電子ファイルであるサンプルシートを生成する。実施形態１及び２と同様に、シーケンスランＩＤは、シーケンスランデータを識別する情報であり、サンプルシートは、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを含む。サンプルシートは、1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚につき１つ生成される。1回のシーケンスラン、すなわち、カートリッジ1枚では、複数のライブラリー試料（例えば、１５個）の核酸配列が読み取られる。複数のライブラリー試料は、複数の被検者（例えば、５名）の腫瘍組織のＤＮＡと腫瘍組織のＲＮＡと非腫瘍組織のＤＮＡの夫々から調製された複数の試料（例えば、１５個）の夫々に試薬で前処理を施して、複数の試料に互いに異なるインデックス配列を付加することで作製される。

図２１は、サンプルシート２３５の一例を示す図である。図２１に示す例では、サンプルＩＤと症例ＩＤとが対応付けられている。症例ＩＤが同一のライブラリー試料は、同一の被検者の検体から調製された試料であり、サンプルシート２３５の症例ＩＤは、複数のライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報の一例である。各サンプルＩＤには、インデックスＩＤとインデックス配列が更に対応付けられている。インデックス配列は、ライブラリー試料に付加されたインデックス配列を示す情報である。

例えば、サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００１の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＣＧＧＡＴＴＧＣである。サンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが００６の試料である。このライブラリー試料のインデックス配列は、ＡＣＴＡＴＧＣＡである。サンプルＩＤが３０２０のライブラリー試料は、特定の疾患を有する被検者Ａの検体から調製され、インデックスＩＤが０１１の試料である。サンプルＩＤが１０１０のライブラリー試料と、サンプルＩＤが２０１９のライブラリー試料と、サンプルＩＤが３０２０のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ａ）を有することから、各ライブラリー試料が同一の被検者Ａの検体から調製されたことが表されている。同様に、サンプルＩＤが１０１３のライブラリー試料と、サンプルＩＤが２０２１のライブラリー試料と、サンプルＩＤが３０２４のライブラリー試料と、が同一の症例ＩＤ（Ｂ）を有することから、各ライブラリー試料が同一の被検者Ｂの検体から調製されたことが表されている。更に、第３実施形態では、サンプルＩＤが１から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、腫瘍細胞のＤＮＡ由来であることを示し、サンプルＩＤが２から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、非腫瘍細胞のＤＮＡ由来であることを示し、サンプルＩＤが３から始まるＩＤである場合には、対応するライブラリー試料が、腫瘍細胞のＲＮＡ由来であることを示す。よって、サンプルシートのデータを参照すれば、同一の被検者に由来する複数のライブラリー試料と、各ライブラリー試料がＤＮＡ由来のものか、ＲＮＡ由来のものか、又は非腫瘍由来のものかという情報と、を識別できる。

図２０を再び参照し、次に、シーケンサー２が次いで実行する処理について説明する。シーケンサー２の使用者は、予め調製した複数のライブラリー試料（例えば、１５個）を1枚のカートリッジの各ウェルに分注し、カートリッジをシーケンサー２にセットし、配列読取の開始を指示する。使用者から配列読取の開始が指示されると、シーケンサー２は、ステップＳ２′′で、複数のライブラリー試料の夫々に関して、核酸配列を読み取る。実施形態３では、シーケンサー２は、複数の被検者の夫々について、腫瘍検体から調製されたＤＮＡのライブラリー試料と、腫瘍検体から調製されたＲＮＡのライブラリー試料と、非腫瘍検体から調製されたＤＮＡのライブラリー試料と、を読み取る。続いて、シーケンサー２は、ステップＳ３′′で、シーケンスランデータを生成する。シーケンスランデータは、図４で示したシーケンスランデータ５０のサンプルシート３５をサンプルシート２３５に置き換えたデータである。そして、次のステップＳ４′′で、生成したシーケンスランデータをストレージ３に記憶し、処理を終了する。なお、サンプルシートの表記は、各ライブラリー試料に関し、対応する被検者を識別できる情報と、ライブラリー試料がＤＮＡ由来ものかＲＮＡ由来のものか、又は非腫瘍由来のものかを識別できる情報と、を認識できる表記であれば如何なる表記でもよい。

図２２に示すように、第３実施形態でデータ送信装置５の制御部５ｆが表示部５ｂに表示する症例登録画面としては、第１実施形態の症例登録画面４０（図８参照）との比較において、「腫瘍検体」という文言を「腫瘍検体（ＤＮＡ）」という文言に変更すると共に、腫瘍検体のＲＮＡ由来のライブラリー試料に関する情報を登録するための登録部４０ｊ～４０ｌを追加した症例登録画面２４０を採用できる。

図２２に示すように、この症例登録画面２４０は、シーケンランＩＤを登録する登録部４０ａと、症例ＩＤを登録する登録部４０ｂと、非腫瘍検体のＤＮＡ由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｃ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｄ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｅと、腫瘍検体のＤＮＡ由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｆ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｇ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｈと、腫瘍検体のＲＮＡ由来のライブラリー試料に関して、インデックスＩＤを登録する登録部４０ｊ、サンプルＩＤを登録する登録部４０ｋ、及びインデックス配列を登録する登録部４０ｌと、登録釦４０ｉとを表示する。登録部４０ａ、登録部４０ｃ、登録部４０ｆ、登録部４０ｊは、プルダウンリスト形式で構成されており、プルダウンリストを展開すると、制御部５ｆがストレージ３から読み出したシーケンスランデータのうち、前述した登録済みのフラグが付加されてないシーケンスランデータに含まれるシーケンスランＩＤ及びインデックスＩＤがリスト表示される。登録部４０ｂ、登録部４０ｄ、登録部４０ｅ、登録部４０ｇ、登録部４０ｈ、登録部４０ｋ、登録部４０ｌは、使用者がキーボードを操作して数値、文字、又は記号を入力するように構成されている。データ送信装置５の使用者は、入力部５ａを操作して、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｌに情報を入力し、１の被検者の登録が終了すると、登録釦４０ｉを選択する。データ送信装置５の使用者は、１のシーケンスランデータに含まれる全ての症例ＩＤについて入力が完了するまで、被検者毎に登録部４０ａ～４０ｌに情報を入力し、登録釦４０ｉを選択する操作を繰り返す。

登録部４０ａ～４０ｌは、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、登録部４０ｆ、及び登録部４０ｊ以外もプルダウンリスト形式で構成してもよいし、登録部４０ａ、登録部４０ｃ、登録部４０ｆ、及び登録部４０ｊを、数値等が入力されるように構成してもよい。また、登録部４０ｅ、登録部４０ｈ及び登録部４０ｌは、登録部４０ｃ、登録部４０ｆ、又は登録部ｊにインデックスＩＤが入力されると、シーケンスランデータから対応するインデックス配列が読み出され、登録部４０ｅ、登録部４０ｆ、又は登録部４０ｌに表示するように構成してもよい。症例登録画面としては、腫瘍検体のＤＮＡと腫瘍検体のＲＮＡと非腫瘍検体のＤＮＡの各ライブラリー試料に関して、対応する同一の被検者を識別できる情報を登録できる画面であれば、如何なる画面も採用できる。

図２３は、制御部６ｆがステップＳ３３（図７参照）で実行する処理の詳細を説明するフローチャートである。制御部６ｆは、ステップＳ５１′′で、記憶した症例情報から、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤ、ＲＮＡ検体のサンプルＩＤ、及び非腫瘍検体のサンプルＩＤを読み出す。シーケンスランＩＤは、症例登録画面２４０（図２２参照）の登録部４０ａを介して入力された情報であり、症例ＩＤは、登録部４０ｂを介して入力された情報であり、非腫瘍検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｄを介して入力された情報であり、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｇを介して入力された情報であり、ＲＮＡ検体のサンプルＩＤは、登録部４０ｋを介して入力された情報である。制御部６ｆは、ステップＳ５２′′で、読み出したシーケンスランＩＤと同一のシーケンスランＩＤが付与されているシーケンスランデータのサンプルシートに記載されている情報を読み出す。そして、制御部６ｆは、ステップＳ５３′′で、ステップＳ５１′′で症例情報から読みだした症例ＩＤ、ＤＮＡ検体のサンプルＩＤ、ＲＮＡ検体のサンプルＩＤ、及び非腫瘍検体のサンプルＩＤの組み合わせが、サンプルシートに存在しているか否かを判定する。

制御部６ｆは、ステップＳ５３′′で否定判定（「Ｎｏ」の場合）すると、ステップＳ５４′′で、データ送信装置５に、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー通知を行い、ステップＳ３４以降の処理（図７参照）を実行することなく、処理を終了する。エラー通知を受けたデータ送信装置５の制御部５ｆは、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しないことを表すエラー情報を表示部５ｂに出力する。この出力によって、データ送信装置５の使用者は、サンプルシートの情報と、手入力した症例情報のうちの少なくとも一方に間違いが存在していることを認識できる。一方、受信装置６の制御部６ｆは、ステップＳ５３′′で肯定判定（「Ｙｅｓ」の場合）すると、処理をステップＳ３４（図７参照）に戻す。

実施形態３によれば、ステップＳ５３′′で、シーケンスランデータの紐づけ情報と、症例情報とが整合しているか否かを判定し、それら２つの情報が整合しない場合、次のステップに移行せずに処理を終了ようになっている。したがって、各被検者において、その腫瘍検体のＤＮＡ検体に由来する核酸配列データと、その腫瘍検体のＲＮＡ検体に由来する核酸配列データと、非腫瘍検体に由来する核酸配列データとを、当該被検者に正確に紐づけできる。よって、同一の被検者に由来する複数の核酸配列データの核酸配列解析を行うマッチドペア検査の場合にも、核酸配列データを取り違えて過った解析を行うことを確実に防止できる。

［第３実施形態の作用効果］
第３実施形態によれば、１の被検者の腫瘍検体由来のＤＮＡの核酸配列データと腫瘍検体由来のＲＮＡの核酸配列データと非腫瘍検体由来のＤＮＡの核酸配列データとをセットで解析するマッチドペア検査を行う場合において、受付装置６が、同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料、第２ライブラリー試料及び第３ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、シーケンサー２を用いて得られた複数の核酸配列データを含む配列データセット、及び第１ライブラリー試料、第２ライブラリー試料及び第３ライブラリー試料が同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報を含むシーケンスランデータを、データ送信装置５からネットワーク１１を介して受信して、そのシーケンスランデータを核酸配列の分析を行う核酸配列解析装置７に送信する。したがって、シーケンサー２を動作させる解析依頼元施設１０が、核酸配列解析装置７が設置されている依頼先施設３０と異なる施設であったとしても、核酸配列解析装置７で、配列データセットの中から、同一被検者の複数のライブラリー試料に対応するそれぞれの核酸配列データの正しい組み合わせを正確かつ迅速に抽出できる。よって、依頼先施設３０で正しい組み合わせの複数の核酸配列データを解析することができ、同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる。また、第３実施形態では、腫瘍検体のＤＮＡの核酸配列データを解析することで取得した融合遺伝子変異以外の体細胞変異の情報と、腫瘍検体のＲＮＡの核酸配列データを解析することで取得した融合遺伝子変異の情報と、非腫瘍検体のＤＮＡの核酸配列データを解析することで取得した生殖細胞変異の情報と、を３つ合せて総合的に分析することで、より多くの情報に基づく分析を行うことができ、被検者に適した治療法を特定し易い。

（第４実施形態）
第１実施形態では、データ送信装置５と、核酸配列解析装置７との情報のやり取りを、受付装置６を介して行う場合について説明したが、受付装置６と核酸配列解析装置７を１台のコンピュータで構成してもよい。

図２４は、第４実施形態に係る、各施設に設置された核酸情報送受信システム１０１の概略構成図である。核酸情報送受信システム１０１は、シーケンサー２、ストレージ（記憶装置）３、データ送信装置５、及び受付・解析システム１０４を備え、受付・解析システム１０４は、受付・解析装置１０７を有する。データ送信装置５、及び受付・解析装置１０７は、インターネットであるネットワーク１１を介して互いに接続されている。ネットワーク１１には、更に変異情報データベース８が接続されている。シーケンサー２、ストレージ（記憶装置）３、及びデータ送信装置５のハードウェア構成は、実施形態１と同じである。データ送信装置５は、ネットワーク１１を介して受付・解析装置１０７とデータを送受信する。

受付・解析装置１０７は、依頼先施設１３０、例えば、データ解析施設に設置される。解析依頼元施設１０と依頼先施設１３０とは異なる施設である。受付・解析装置１０７は、クラウドシステムを構成するコンピュータであってもよい。データ解析施設は、クラウドサービスプロバイダの施設であってもよいし、核酸配列の解析サービスを提供する企業の施設であってもよい。受付・解析装置１０７は、コンピュータである。受付・解析装置１０７は、入力部１０７ａ、表示部１０７ｂ、送受信部１０７ｃ及び制御装置１０７ｅを有する。制御装置１０７ｅは、制御部１０７ｆと記憶部１０７ｇを含む。入力部１０７ａ、表示部１０７ｂ、送受信部１０７ｃ及び制御装置１０７ｅのハードウェア構成は、データ送信装置の入力部５ａ、表示部５ｂ、送受信部５ｃ、及び制御装置５ｅと夫々同様である。受付・解析装置１０７は、ネットワーク１１を介して変異情報データベース８にアクセス可能になっている。

図２５は、データ送信装置５及び受付・解析装置１０７の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。図２５を参照して、先ず、データ送信装置５の制御部５ｆが実行する処理ついて説明する。制御部５ｆは、データ送信装置５の使用者から、ストレージ３に記憶されているシーケンスランデータの解析指示を受けると、ステップＳ２０′で、解析依頼情報を受付装置６に送信する。制御部５ｆは、ステップＳ２１′で、シーケンスランデータをストレージ３から読み出し、受付・解析装置１０７に送信する。

制御部５ｆは、ステップＳ２２′で、表示部５ｂに症例登録画面を表示させ、症例情報の登録を受け付ける。症例登録画面としては、実施形態１～３で示した症例登録画面４０、１４０、又は２４０を採用可能である。

ステップＳ２２′の処理が完了すると、制御部５ｆは、ステップＳ２３′で、ステップＳ２２′で症例登録画面に入力された症例情報を受付・解析装置１０７に送信する。制御部５ｆは、ステップＳ２４′で、ステップＳ２１で受付・解析装置１０７に送信したシーケンスランデータに対応するシーケンスランＩＤに、登録済みであることを示すフラグを付加する。

次に、受付・解析装置１０７の制御部１０７ｆが実行する処理ついて説明する。制御部１０７ｆは、データ送信装置５から解析依頼情報の送信があると、ステップＳ３０′で、当該解析依頼情報を受信し、記憶部１０７ｇに記憶する。制御部１０７ｆは、データ送信装置５からシーケンスランデータの送信があると、ステップＳ４１′で、当該シーケンスランデータを受信し、記憶部１０７ｇに記憶する。また制御部１０７ｆは、データ送信装置５から症例情報の送信があると、ステップＳ３２′で、当該症例情報を受信し、記憶部１０７ｇに記憶する。制御部１０７ｆは、その後のステップＳ３３′で、整合性の検証を行い、ステップＳ４１′で記憶したシーケンスランデータに含まれる紐づけ情報がステップＳ３２′で記憶した症例情報に含まれる情報と整合するか否かを判定する。

制御部１０７ｆは、ステップＳ４２′で、記憶したシーケンスランデータから１の配列データセットを読み出す。前述のとおり、配列データセットは、同一の症例ＩＤに対応する複数の核酸配列データを含むため、制御部１０７ｆは、紐づけ情報である症例ＩＤを検索キーとして、同一の症例ＩＤと対応する複数の核酸配列データを、１の配列データセットとして抽出することができる。

制御部１０７ｆは、ステップＳ４３′で、ステップＳ４２′で抽出した配列データセットの各核酸配列データについて、変異情報データベース８の腫瘍細胞の核酸配列の情報を利用して変異の有無を解析する。制御部１０７ｆは、ステップＳ４４′で、その変異の有無に基づいて、解析結果レポートを作成する。制御部１０７ｆは、ステップＳ４５′で、解析結果レポートをデータ送信装置５に送信する。制御部１０７ｆは、ステップＳ４６′で、ステップＳ４１′で記憶したシーケンスランデータに含まれる全ての配列データセットが解析されたか否かを判定する。制御部１０７ｆは、全ての配列データセットが解析された場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理を終了し、全ての配列データセットが解析されていない場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ４２′に戻し、ステップＳ４２′～Ｓ４６′の処理を再度実行する。

一方、データ送信装置５の制御部５ｆは、ステップＳ２５′で、解析結果レポートを受信し、記憶部５ｇに記憶して処理を終了する。これにより、被検者の担当医は、任意のタイミングで、記憶部５ｇに記憶されている解析レポートを表示部５ｂに表示させ、閲覧することができる。

［第４実施形態の作用効果］
第４実施形態によれば、受付・解析システム１０４のハードウェア構成が簡略化される。また、シーケンスランデータの受信と解析を同一のコンピュータで行うことが可能であるため、シーケンスランデータの送受信に必要な時間を削減することができるとともに、ネットワーク１１に大容量のデータが流れることによる通信速度の低下を抑止することができる。

（第５実施形態）
第５実施形態は、実施形態１～４およびそれらの変形例を包括した実施形態である。核酸情報送受信システム１０１の概略構成としては、実施形態１～３の構成（図１参照）、又は実施形態４の構成（図２４参照）のいずれを採用してもよい。図２６は、第５実施形態のシーケンサー２が実行する処理について説明するフローチャートである。図２６を参照して、シーケンサー２が実行する処理について説明する。最初に、ステップＳ１′′で、シーケンサー２は、シーケンスランＩＤ、症例ＩＤ、サンプルＩＤ、及びインデックスＩＤを受け付け、電子ファイルであるサンプルシートを生成する。

次に、シーケンサー２の使用者は、予め調製した複数のライブラリー試料を1枚のカートリッジの各ウェルに分注し、カートリッジをシーケンサー２にセットし、配列読取の開始を指示する。使用者から配列読取の開始が指示されると、シーケンサー２は、ステップＳ２′′で、複数のライブラリー試料の夫々に関して、核酸配列を読み取る。第５実施形態では、シーケンサー２は、複数の被検者の夫々について、同一の被検者から採取され、調製された複数のライブラリー試料の核酸配列を読み取る。続いて、シーケンサー２は、ステップＳ３′′で、シーケンスランデータを生成する。そして、次のステップＳ４′′で、生成したシーケンスランデータをストレージ３に記憶し、処理を終了する。

図２７は、ステップＳ４２（図７参照）又はステップＳ４２′（図２５参照）で抽出した１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データの変異の種別を判定する処理を説明するフローチャートである。図２７を参照して、制御部７ｆ又は制御部１０７ｆが実行する処理について説明する。制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、ステップＳ８３′において、ステップＳ６１（図１０参照）で取得した１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データのうち、１の取得配列について、取得配列と参照配列とに不一致があるか否かを判定する。制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、不一致がある場合（「Ｙｅｓ」の場合）、処理をステップＳ８４′に進め、不一致がない場合（「Ｎｏ」の場合）、処理をステップＳ４４（図７参照）又はステップＳ４４′（図２５参照）に進める。

制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、ステップＳ８４′において、ステップＳ８３′で検出された不一致の塩基、すなわち変異の種別を決定する。制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、ステップＳ９９′において、取得した１の配列データセットに含まれる複数の核酸配列データの全てについて、参照配列と比較したか否かを判定する。核酸配列データの全てについて比較したと判定した場合（「Ｙｅｓ」の場合）、制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、処理をステップＳ８５′に進める。核酸配列データの全てについて比較していないと判定した場合（「Ｎｏ」の場合）、制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、処理をステップＳ８３′に戻す。

制御部７ｆ又は制御部１０７ｆは、ステップＳ８５′で、検出された各変異に基づいて、変異情報データベース８に記憶されている変異情報データベースを検索する。制御部７ｆは、ステップＳ８６′において、ステップＳ８５′の検索結果に基づき、検出された各変異に遺伝子名、アノテーション等を付与する。なお、第５実施形態において、ステップＳ８５′及びＳ８６′の処理は省略可能である。

［第５実施形態の作用効果］
第５実施形態によれば、シーケンサー２を動作させる解析依頼元施設１０が、核酸配列解析装置７が設置されている依頼先施設３０、又は受付・解析装置１０７が設置されている依頼先施設１３０と異なる施設であったとしても、核酸配列解析装置７又は受付・解析装置１０７で、配列データセットの中から、同一被検者の複数のライブラリー試料に対応するそれぞれの核酸配列データの正しい組み合わせを正確かつ迅速に抽出できる。よって、依頼先施設３０又は１３０で正しい組み合わせの複数の核酸配列データを解析することができ、同一被検者の複数の核酸配列データを用いた解析を正確かつ迅速に行うことが可能になる。

（第６実施形態）
第５実施形態では、解析依頼情報の送信、及び整合性検証の処理を実行したが、第６実施形態では、解析依頼情報の送信、及び整合性検証の処理を実行しない点で第５実施形態と異なる。図２８は、第６実施形態において、データ送信装置５、受付装置６、及び核酸配列解析装置７の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。図２９は、第６実施形態において、データ送信装置５及び受付・解析装置１０７の各制御部が実行する処理を説明するフローチャートである。図２８に示すように、第６実施形態では、データ送信装置５の制御部５ｆは、ステップＳ２１，Ｓ２４、Ｓ２５の処理を実行するが、ステップＳ２０、Ｓ２２、Ｓ２３（図７参照）の処理は実行しない。受付装置６の制御部６ｆは、ステップＳ３１、Ｓ３４、Ｓ３５、Ｓ３６の処理を実行するが、ステップＳ３０、Ｓ３２、Ｓ３３（図７参照）の処理は実行しない。核酸配列解析装置７の制御部７ｆは、ステップＳ４１，Ｓ４２、Ｓ４３、Ｓ４４、Ｓ４５、Ｓ４６の処理を実行するが、ステップＳ４０（図７参照）の処理は実行しない。図２９に示すように、第６実施形態では、データ送信装置５の制御部５ｆは、ステップＳ２１′，Ｓ２４′、Ｓ２５′の処理を実行するが、ステップＳ２０′、Ｓ２２′、Ｓ２３′（図２５参照）の処理は実行しない。受付・解析装置１０７の制御部１０７ｆは、ステップＳ４１′、Ｓ４２′、Ｓ４３′、Ｓ４４′、Ｓ４５′、Ｓ４６′の処理を実行するが、ステップＳ３０′、Ｓ３２′、Ｓ３３′（図２５参照）の処理は実行しない。

なお、本開示は、上記実施形態およびその変形例に限定されるものではなく、本願の特許請求の範囲に記載された事項およびその均等な範囲において種々の改良や変更が可能である。

例えば、解析システム４は、３台以上のコンピュータで構成されてもよい。また、第１のライブラリー試料を、１の被検者の１の腫瘍組織から採取された検体から調製し、第２のライブラリー試料を、同一の被検者の１の腫瘍組織とは異なる腫瘍組織から採取された検体から調製してもよい。例えば、第１のライブラリー試料を、１の被検者の大腸から採取された検体から調製し、第２のライブラリー試料を、同一の被検者の胃から採取された検体から調製してもよい。

１,１０１ 核酸情報送受信システム、 ２ シーケンサー、 ３ ストレージ、 ４,１０４ 解析システム、 ５ データ送信装置、 ６ 受付装置、 ７ 核酸配列解析装置、 ８ 変異情報データベース、 １０ 解析依頼元施設、 １１ ネットワーク、 ２０ 依頼受付施設、 ３０,１３０ 依頼先施設、 ３５,３５′,１３５,２３５,３３５ サンプルシート、 ３７ 核酸配列データ、 ３８ インデックス、 ４０,１４０,２４０,３４０ 症例登録画面、 ５０ シーケンスランデータ、 １０７ 受付・解析装置。

Claims (17)

1. 遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析するためのコンピュータを制御する制御方法であって、
   同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた複数の核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、
   前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料の夫々に対応する第１配列データ及び第２配列データを解析し、
   前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力する、
   制御方法。
2. 第１コンピュータにより、前記配列データセット及び前記紐づけ情報を受信し、受信した前記配列データセット及び前記紐づけ情報を第２コンピュータに送信し、
   前記第２コンピュータにより、前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記解析情報を出力する、
   請求項１に記載の制御方法。
3. コンピュータにより、前記配列データセット及び前記紐づけ情報を受信し、前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記解析情報を出力する、
   請求項１に記載の制御方法。
4. 前記第１ライブラリー試料が前記被検者の腫瘍検体から調製された試料であって、前記第２ライブラリー試料が前記被検者の非腫瘍検体から調製された試料であり、
   前記解析情報が、前記第１配列データの解析結果に基づく体細胞変異の情報と、前記第２配列データの解析結果に基づく生殖細胞変異の情報とを含む、
   請求項１から３のいずれか１つに記載の制御方法。
5. 前記第１ライブラリー試料が、前記被検者の腫瘍検体に含まれるデオキシリボ核酸から調製された試料であって、前記第２ライブラリー試料が、前記腫瘍検体に含まれるリボ核酸から調製された試料であり、
   前記解析情報が、前記第１配列データの解析結果に基づく体細胞変異の情報と、前記第２配列データの解析結果に基づく融合遺伝子変異の情報とを含む、
   請求項１から３のいずれか１つに記載の制御方法。
6. 前記配列データセットが、前記同一の被検者の非腫瘍検体から調製された第３ライブラリー試料に対応する第３配列データを更に含み、
   前記紐づけ情報は、前記第１ライブラリー試料、及び前記第２ライブラリー試料に加えて、前記第３ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す情報であり、
   前記第１配列データ、及び前記第２配列データの解析に加えて、前記第３配列データを更に解析し、
   前記解析情報が、前記第１配列データの解析結果に基づく体細胞変異の情報、及び前記第２配列データの解析結果に基づく融合遺伝子変異の情報に加えて、前記第３配列データの解析結果に基づく生殖細胞変異の情報を更に含む、
   請求項５に記載の制御方法。
7. 前記非腫瘍検体が、前記被検者から採取した血液検体である、
   請求項４又は６に記載の制御方法。
8. 前記被検者の症例情報、前記遺伝子パネル検査の種別情報、及び前記第１の施設の情報のうちの少なくとも１つを含む解析依頼情報を、前記第１の施設から前記ネットワークを介して更に受信する、請求項１から７のいずれか１つに記載の制御方法。
9. 人が前記第１の施設の第３コンピュータを操作して入力した、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す入力情報を取得し、
   前記紐づけ情報と前記入力情報を比較する、
   請求項１から８のいずれか１つに記載の制御方法。
10. 前記紐づけ情報と前記入力情報との間に整合があるか否かを判定し、
    前記紐づけ情報と前記入力情報が整合している場合に、前記第１配列データ及び前記第２配列データの解析を実行する、
    請求項９に記載の制御方法。
11. 前記紐づけ情報と前記入力情報との間に整合があるか否かを判定し、
    前記紐づけ情報と前記入力情報が不整合である場合に、
    前記不整合に基づくエラー情報を、前記第１の施設に通知する、
    請求項９又は１０に記載の制御方法。
12. 前記配列データセットとともに、別の同一の被検者の検体から調製された第４ライブラリー試料及び第５ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた複数の核酸配列データを含む別の配列データセットを受信する、
    請求項１から１１のいずれかに記載の制御方法。
13. 前記第１ライブラリー試料、前記第２ライブラリー試料、前記第４ライブラリー試料、及び前記第５ライブラリー試料は、前記シーケンサーにより同一のシーケンスランで配列を読み取られた試料である、
    請求項１２に記載の制御方法。
14. 前記配列データセット及び前記紐づけ情報の受信、前記第１配列データ及び前記第２配列データの解析、及び前記解析情報の出力を、クラウドシステムを構成するコンピュータにより実行する、
    請求項１から１３のいずれか１つに記載の制御方法。
15. 前記紐づけ情報は、ライブラリー試料を識別するための試料識別情報、又はライブラリー試料の検体の採取元である被検者を識別するための被検者識別情報としても使用される、
    請求項１から１４のいずれか１つに記載の制御方法。
16. 遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析する解析システムであって、
    同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、前記第１の施設から取得した前記配列データセット及び前記紐づけ情報を第２コンピュータに送信する第１コンピュータと、
    前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力する前記第２コンピュータと、を備える、
    解析システム。
17. 遺伝子パネル検査において、核酸配列を読み取るシーケンサーを用いて第１の施設で得られた核酸配列データを第２の施設で解析する解析システムであって、
    同一の被検者の検体から調製された第１ライブラリー試料及び第２ライブラリー試料を含む複数のライブラリー試料の夫々に対応する、前記シーケンサーを用いて得られた核酸配列データを含む配列データセットと、前記第１ライブラリー試料及び前記第２ライブラリー試料が前記同一の被検者の検体から調製されたことを表す紐づけ情報と、を前記第１の施設からネットワークを介して受信し、前記紐づけ情報により紐づけられた前記第１配列データ及び前記第２配列データを解析し、前記第１配列データの解析結果と前記第２配列データの解析結果とに基づく解析情報を出力するコンピュータを備える、
    解析システム。

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