JP2023024808A - Methods for detecting rna viruses - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、逆転写-ポリメラーゼ連鎖反応(reverse transcription-polymerase chain reaction、RT-PCR)によるRNAウイルスを検出する方法、および該方法を実行するためのキットに関する。より具体的には、検体を、界面活性剤を含む検体処理液と混合し、さらにRT-PCR反応液を添加することによりRNAウイルスを検出する方法、および該方法を実行するためのキットに関する。 The present invention relates to a method for detecting RNA viruses by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and a kit for carrying out the method. More specifically, the present invention relates to a method for detecting RNA viruses by mixing a sample with a sample treatment solution containing a surfactant and adding an RT-PCR reaction solution, and a kit for carrying out the method.
RNAウイルスは、ゲノムとしてRNAを持つウイルスであり、脂質二重層からなる膜であるエンベロープを持つコロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルスなど、またエンベロープを持たないノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルスなどに分類され、病原性のものも多い。 RNA viruses are viruses that have RNA as a genome, and include coronaviruses, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus, dengue virus, etc. that have an envelope that is a membrane consisting of a lipid bilayer, and norovirus that does not have an envelope. , rotavirus, and rhinovirus, many of which are pathogenic.
ノロウイルスはヒトカリシウイルス科に属するウイルスで、約7000塩基の1本鎖RNAをゲノムにもつ。このウイルスは、電子顕微鏡で観察される形態学的分類により小型球形ウイルス(Small Round Structured Virus, SRSV)とも呼ばれ、またノーウォーク様ウイルス(Norwalk-like virus)という属名で呼ばれてきたウイルスである。ノロウイルスに属するウイルスは、ジェノグループ(Genogroup)(GI)およびジェノグループII(GII)の2種の遺伝子群に分類され、さらにそれぞれ14および17またはそれ以上の遺伝子型(genotype)に分類される。 Norovirus is a virus belonging to the human caliciviridae family, and has a single-stranded RNA of about 7000 bases in its genome. This virus is also called Small Round Structured Virus (SRSV) due to its morphological classification observed with an electron microscope, and has been called the genus Norwalk-like virus. is. Viruses belonging to Norovirus are classified into two genogroups, Genogroup (GI) and Genogroup II (GII), and are further classified into 14 and 17 or more genotypes, respectively.
ノロウイルスがヒトに感染すると、嘔吐、下痢などの急性胃腸炎症状を起こす。本邦における年間の食中毒患者の約半数はノロウイルスに起因し、このうち約7割は11月~2月に発生しており、ノロウイルスは冬型の胃腸炎および食中毒の原因ウイルスとして知られている。ノロウイルスによる食中毒は、主に、調理者を通じた食品の汚染により発生する。ノロウイルスは感染力が強く、大規模な食中毒など集団発生を起こしやすい。ヒトへの感染経路は、主に経口感染である。感染者の糞便または吐物およびこれらに直接的または間接的に汚染された物品類、また、ノロウイルスにより汚染されたカキまたはその他の二枚貝類などの食品類が感染源の代表的なものとして挙げられる。このため、ノロウイルス感染患者や該ウイルスによる汚染物を特定することは、ウイルス感染の拡大を防止するために重要である。 Norovirus infection in humans causes acute gastrointestinal symptoms such as vomiting and diarrhea. Approximately half of the annual food poisoning patients in Japan are caused by norovirus, of which approximately 70% occur from November to February, and norovirus is known to cause winter-type gastroenteritis and food poisoning. Norovirus food poisoning is mainly caused by contamination of food through cooks. Norovirus is highly contagious and easily causes mass outbreaks such as large-scale food poisoning. The route of infection to humans is mainly oral infection. The feces or vomit of an infected person, items directly or indirectly contaminated with these, and foods such as oysters or other bivalves contaminated with norovirus are typical sources of infection. Therefore, it is important to identify norovirus-infected patients and contaminants caused by the virus in order to prevent the spread of virus infection.
ウイルスによる感染や汚染を検出するためのウイルス検査としては、ウイルス抗原を検出する免疫学的測定法やウイルス遺伝子増幅法が用いられる(特許文献1~3、非特許文献1)。ノロウイルスを高感度に測定する手段としては、ノロウイルスのRNAをRT-PCRで増幅し、増幅産物量を測定する方法があげられる。例えば、厚生労働省医薬食品局食品安全部監視安全課による通知(非特許文献2および3)に準拠して、RT-PCR法によるノロウイルスの検出およびリアルタイムPCR法によるノロウイルスの定量的検出が広く行われている。 Viral tests for detecting viral infection and contamination include immunoassays for detecting viral antigens and viral gene amplification methods (Patent Documents 1 to 3, Non-Patent Document 1). As a means for measuring norovirus with high sensitivity, there is a method of amplifying norovirus RNA by RT-PCR and measuring the amount of amplified product. For example, detection of norovirus by RT-PCR method and quantitative detection of norovirus by real-time PCR method are widely performed in accordance with the notification by the Inspection and Safety Division, Food Safety Department, Pharmaceutical and Food Safety Bureau, Ministry of Health, Labor and Welfare (Non-Patent Documents 2 and 3). ing.
RNAウイルス粒子は、RNAゲノムとタンパク質からなるコアが、カプシドと呼ばれるタンパク質の殻に封入された基本構造を持つ。このため、遺伝子増幅法によりウイルスRNAを検出するためには、ウイルス粒子よりRNAを抽出する必要がある。検体として糞便中のノロウイルスを検出するには、例えば、糞便検体を蒸留水または生理食塩水に5~10%(w/v)の濃度で懸濁し、その遠心上清から、市販のウイルスRNA抽出キット(例えば、QIAamp(登録商標) Viral RNA Mini、QIAGEN社)を用いてRNAを抽出・精製する(非特許文献2)。しかしながら、多段階のRNAの抽出・精製操作の後にRT-PCRを行う検出過程は煩雑である。このため、糞便懸濁液を検体処理液と混合し、短時間熱処理することにより殻タンパク質を除去し、内部のRNAを遊離させて、遊離させたRNAを直接RT-PCRに供する簡易な検出法が提案されている(非特許文献4)。一方、糞便懸濁液と検体処理液との混合物を熱処理するためには、該混合物の突沸や蒸散を防ぐために反応容器を蓋により密閉し、熱処理後に蓋を外してRT-PCR反応液を添加する手間を要する。この点を改善するため、検体をグアニジン塩などのカオトロピック剤と混合することにより、熱処理を行うことなくRT-PCRによりウイルスを検出する方法が提案されている(特許文献4)。 RNA virus particles have a basic structure in which a core consisting of an RNA genome and proteins is enclosed in a protein shell called a capsid. Therefore, in order to detect viral RNA by gene amplification, it is necessary to extract RNA from virus particles. To detect norovirus in stool as a sample, for example, a stool sample is suspended in distilled water or physiological saline at a concentration of 5 to 10% (w/v), and a commercially available viral RNA extraction is performed from the centrifugal supernatant. RNA is extracted and purified using a kit (eg, QIAamp (registered trademark) Viral RNA Mini, QIAGEN) (Non-Patent Document 2). However, the detection process in which RT-PCR is performed after multistep RNA extraction and purification is complicated. For this reason, a simple detection method in which a fecal suspension is mixed with a sample treatment solution, heat-treated for a short time to remove the shell protein, release the RNA inside, and subject the released RNA directly to RT-PCR. has been proposed (Non-Patent Document 4). On the other hand, in order to heat-treat the mixture of the stool suspension and sample treatment solution, the reaction vessel is sealed with a lid to prevent bumping and evaporation of the mixture, the lid is removed after the heat treatment, and the RT-PCR reaction solution is added. It takes time to do it. In order to improve this point, a method has been proposed in which a sample is mixed with a chaotropic agent such as a guanidine salt to detect viruses by RT-PCR without heat treatment (Patent Document 4).
本発明の目的は、簡便なRNAウイルスの検出方法を提供することにある。具体的には、1種以上の界面活性剤を用いて、ノロウイルスなどのRNAウイルス粒子からのRNA抽出を熱処理することなく行い、それに続く遊離したRNAのRT-PCR反応によるウイルス検出操作を簡便に行う方法を提供することにある。 An object of the present invention is to provide a simple method for detecting RNA viruses. Specifically, using one or more surfactants, RNA extraction from RNA virus particles such as norovirus is performed without heat treatment, and the subsequent RT-PCR reaction of the released RNA is used to easily detect viruses. to provide a method of doing so.
本発明の目的は、以下の発明により達成される。
〔1〕
検体中のRNAウイルスを検出する方法であって、
(1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する工程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する工程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液と混合し、RT-PCRを行う工程、および、
(4)前記RT-PCR産物を検出する工程、
を含む方法。
〔2〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルスおよびデングウイルスからなる群より選ばれる、〔1〕に記載の方法。
〔3〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、〔1〕に記載の方法。
〔4〕
前記ノロウイルス遺伝子型が、ジェノグループI(GI)またはジェノグループII(GII)である、〔3〕に記載の方法。
〔5〕
前記検体が、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕~〔4〕のいずれかに記載の方法。
〔6〕
前記検体が、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕~〔4〕のいずれかに記載の方法。
〔7〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔1〕~〔6〕のいずれかに記載の方法。
〔8〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる1種以上の陰イオン界面活性剤である、〔7〕に記載の方法。
〔9〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔7〕に記載の方法。
〔10〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔9〕に記載の方法。
〔11〕
前記界面活性剤の濃度が、0.02~0.5%(w/v)である、〔1〕~〔10〕のいずれかに記載の方法。
〔12〕
前記検体処理液が、水酸化物を含む、〔1〕~〔11〕のいずれかに記載の方法。
〔13〕
前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、〔12〕に記載の方法。
〔14〕
前記水酸化物の濃度が、10~100mMである、〔12〕または〔13〕に記載の方法。
〔15〕
前記工程(1)における検体と検体処理液との混合比が、体積比として1:3~6である、〔1〕~〔14〕のいずれかに記載の方法。
〔16〕
前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕~〔15〕のいずれかに記載の方法。
〔17〕
前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕~〔16〕のいずれかに記載の方法。
〔18〕
前記工程(4)が、リアルタイム測定によって行われる、〔1〕~〔17〕のいずれかに記載の方法。
〔19〕
前記工程(1)および(2)が、1~50℃の温度下で行われる、〔1〕~〔18〕のいずれかに記載の方法。
〔20〕
前記工程(4)において、蛍光フィルターを用いてRT-PCR産物の増幅曲線を測定し、検体におけるRNAウイルスの存在が陽性であること、または陰性であることを判定する、〔1〕~〔19〕のいずれかに記載の方法。
The object of the present invention is achieved by the following inventions.
[1]
A method for detecting an RNA virus in a specimen, comprising:
(1) mixing a specimen with a specimen treatment liquid containing one or more surfactants to form a suspension;
(2) extracting the centrifugal supernatant from the suspension produced in step (1) by centrifugation;
(3) mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase to perform RT-PCR;
(4) detecting the RT-PCR product;
method including.
[2]
The method of [1], wherein the RNA virus is selected from the group consisting of norovirus, rotavirus, rhinovirus, coronavirus, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus and dengue virus.
[3]
The method of [1], wherein the RNA virus is a norovirus.
[4]
The method of [3], wherein the Norovirus genotype is Genogroup I (GI) or Genogroup II (GII).
[5]
The method according to any one of [1] to [4], wherein the specimen is derived from a sample selected from the group consisting of biological samples, biological samples, environmental samples, and environmental samples.
[6]
The method according to any one of [1] to [4], wherein the specimen is derived from a sample selected from the group consisting of excrement samples, excrement-derived samples, vomit and vomit-derived samples.
[7]
The method according to any one of [1] to [6], wherein the surfactant is an anionic surfactant.
[8]
the anionic surfactant is alkyl sulfate, alkyl ether sulfate, docusate, sulfonate fluorosurfactant, alkylbenzene sulfonate, alkylaryl ether phosphate, alkyl ether phosphate, alkyl carboxylate, sodium lauroyl sarcosinate, carboxylate fluorosurfactant; The method of [7], wherein the anionic surfactant is one or more selected from the group consisting of sodium cholate and sodium deoxycholate.
[9]
The method of [7], wherein the anionic surfactant is an alkyl sulfate.
[10]
The method of [9], wherein the alkyl sulfate is sodium dodecyl sulfate or ammonium dodecyl sulfate.
[11]
The method according to any one of [1] to [10], wherein the surfactant has a concentration of 0.02 to 0.5% (w/v).
[12]
The method according to any one of [1] to [11], wherein the sample treatment liquid contains hydroxide.
[13]
The method of [12], wherein the hydroxide is sodium hydroxide or potassium hydroxide.
[14]
The method of [12] or [13], wherein the hydroxide concentration is 10 to 100 mM.
[15]
The method according to any one of [1] to [14], wherein the mixing ratio of the sample and the sample treatment liquid in step (1) is 1:3 to 6 as a volume ratio.
[16]
The method according to any one of [1] to [15], wherein the reverse transcriptase is selected from the group consisting of AMV reverse transcriptase, MMLV reverse transcriptase, HIV reverse transcriptase and variants thereof.
[17]
The method according to any one of [1] to [16], wherein the DNA polymerase is selected from the group consisting of Taq DNA polymerase, Tth DNA polymerase, KOD DNA polymerase, Pfu DNA polymerase and variants thereof.
[18]
The method according to any one of [1] to [17], wherein the step (4) is performed by real-time measurement.
[19]
The method according to any one of [1] to [18], wherein the steps (1) and (2) are performed at a temperature of 1 to 50°C.
[20]
In the step (4), the amplification curve of the RT-PCR product is measured using a fluorescence filter to determine whether the presence of the RNA virus in the sample is positive or negative, [1] to [19] ] The method according to any one of the above.
〔21〕
1種以上の界面活性剤を含む検体処理液、ならびに逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液を含む、RNAウイルスの検出キット。
〔22〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルスおよびデングウイルスからなる群より選ばれる、〔21〕に記載のキット。
〔23〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、〔21〕に記載のキット。
〔24〕
ノロウイルス遺伝子型が、ジェノグループI(GI)であること、またはジェノグループII(GII)であることを判定する、〔23〕に記載のキット。
〔25〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔21〕~〔24〕のいずれかに記載のキット。
〔26〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる1種以上の陰イオン界面活性剤である、〔25〕に記載のキット。
〔27〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔25〕に記載のキット。
〔28〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔27〕に記載のキット。
〔29〕
さらにキットの操作手順書を含む、〔21〕~〔28〕のいずれかに記載のキット。
[21]
An RNA virus detection kit comprising a sample treatment solution containing one or more surfactants, and a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase.
[22]
The kit of [21], wherein the RNA virus is selected from the group consisting of norovirus, rotavirus, rhinovirus, coronavirus, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus and dengue virus.
[23]
The kit of [21], wherein the RNA virus is norovirus.
[24]
The kit of [23], which determines whether the Norovirus genotype is genogroup I (GI) or genogroup II (GII).
[25]
The kit according to any one of [21] to [24], wherein the surfactant is an anionic surfactant.
[26]
the anionic surfactant is alkyl sulfate, alkyl ether sulfate, docusate, sulfonate fluorosurfactant, alkylbenzene sulfonate, alkylaryl ether phosphate, alkyl ether phosphate, alkyl carboxylate, sodium lauroyl sarcosinate, carboxylate fluorosurfactant; The kit of [25], which is at least one anionic surfactant selected from the group consisting of sodium cholate and sodium deoxycholate.
[27]
The kit of [25], wherein the anionic surfactant is an alkyl sulfate.
[28]
The kit of [27], wherein the alkyl sulfate is sodium dodecyl sulfate or ammonium dodecyl sulfate.
[29]
The kit according to any one of [21] to [28], further comprising an operation manual for the kit.
本発明によれば、ノロウイルスなどのRNAウイルス粒子を含む糞便などの検体を、1種以上の界面活性剤を含む検体処理液と直接混合することによって、ウイルス粒子から効率よくRNAを遊離させることができる。このため、従来必要であった工程、すなわち、検体を水または緩衝液に懸濁し、得られた懸濁液から遠心分離により遠心上清を抽出し、抽出した遠心上清に検体処理液を添加して放置するというRNA遊離工程が短縮され、速やかに、RT-PCRによるRNAウイルスの検出が可能となる。さらに、本発明では、ウイルス粒子からのRNAの遊離効率が高いためウイルス検出感度が高く、ウイルス排出期間を精度よく検出することができる。そのため、不顕性感染の検出、特に感染後の回復期にある感染患者の特定に有用である。 According to the present invention, RNA can be efficiently released from virus particles by directly mixing a sample such as stool containing RNA virus particles such as norovirus with a sample treatment solution containing one or more surfactants. can. For this reason, the steps that were conventionally required, that is, suspending the sample in water or a buffer solution, extracting the centrifugal supernatant from the resulting suspension by centrifugation, and adding the sample treatment solution to the extracted centrifugal supernatant This shortens the RNA release step of leaving the cells to stand and allows rapid detection of RNA viruses by RT-PCR. Furthermore, in the present invention, since the efficiency of RNA isolation from virus particles is high, virus detection sensitivity is high, and the virus excretion period can be detected with high accuracy. Therefore, it is useful for detecting subclinical infections, especially for identifying infected patients who are recovering from infection.
本発明は、検体中のRNAウイルスを検出する方法を提供する。該方法は、
(1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する工程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する工程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液と混合し、RT-PCRを行う工程、および、
(4)前記RT-PCR産物を検出する工程、
含む。
The present invention provides a method of detecting RNA viruses in a specimen. The method comprises
(1) mixing a specimen with a specimen treatment liquid containing one or more surfactants to form a suspension;
(2) extracting the centrifugal supernatant from the suspension produced in step (1) by centrifugation;
(3) mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase to perform RT-PCR;
(4) detecting the RT-PCR product;
include.
本発明において、検体中の検出対象となるRNAウイルスは、ゲノムとしてRNAを持つウイルスであり、脂質二重層からなる膜であるエンベロープを持つコロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルスなど、またエンベロープを持たないノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルスなどが挙げられるが、これらに限定されない。エンベロープは主成分が脂質であるため、アルコールなどの有機溶媒や界面活性剤により容易に破壊されるが、このようなエンベロープを持たないノロウイルスなどのRNAウイルスは、一般的に有機溶媒や界面活性剤に対して抵抗性を示す。 In the present invention, the RNA virus to be detected in the sample is a virus having RNA as a genome, and is a coronavirus having an envelope that is a membrane composed of a lipid bilayer, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, and Japanese encephalitis. Viruses such as dengue virus, non-enveloped norovirus, rotavirus, rhinovirus and the like, but are not limited thereto. Since the envelope is mainly composed of lipids, it is easily destroyed by organic solvents such as alcohol and surfactants. Resistant to
本発明における検体としては、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料などが挙げられる。生物試料としては、貝類の中腸腺などを含む動植物組織および血液、唾液、鼻汁、組織分泌液などの体液が含まれる。特に貝類は、ノロウイルスによる食中毒の原因食品として最も重要視されている。生物由来試料としては、前記生体試料に対して、例えばソニケーションなどの処理をしたものが含まれる。環境試料としては、大気、土壌、塵埃、水などを含むあらゆる試料が挙げられる。環境由来試料としては、前記環境試料に対して、例えばソニケーションなどの処理をしたものが含まれる。 Specimens in the present invention include biological samples, biological-derived samples, environmental samples, environmental-derived samples, and the like. Biological samples include animal and plant tissues including midgut glands of shellfish and body fluids such as blood, saliva, nasal secretions, and tissue secretions. In particular, shellfish are regarded as the most important causative foods for food poisoning caused by norovirus. Biological samples include those obtained by subjecting the above biological samples to a treatment such as sonication. Environmental samples include any sample including air, soil, dust, water, and the like. Examples of environmental samples include those obtained by subjecting the environmental samples to processing such as sonication.
本発明の別の実施態様として、検体としては、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料などが挙げられる。排泄物試料および嘔吐物試料は、そのまま使用することができるが、蒸留水、生理食塩水または緩衝液に、例えば10%(w/v)で懸濁して乳剤としてもよい。前記緩衝液としては、特に限定されないが、リン酸緩衝液、トリス緩衝液、ホウ酸緩衝液、HEPESなどのグッド(Good)緩衝液が挙げられる。前記試料の乳剤は、腸内細菌などの混在物を除去するため、例えば10000~12000rpmで2~20分間遠心分離し、遠心上清を検体として使用してもよい。排泄物由来試料および嘔吐物由来試料には、拭き取り試料が含まれる。拭き取り試料とは、ウイルス汚染の確認を目的として、手指、食器、まな板、包丁、調理設備、トイレ設備、住宅設備などを綿棒、カット綿などで拭き取ったものをリン酸緩衝液などに溶出させたものである。得られた溶出液は超遠心分離し、遠心沈渣を懸濁または溶解したものを検体として使用することができる(宗村佳子ら、食品衛生学雑誌、2017 年 58 巻 4 号 p.201-204)。 In another embodiment of the present invention, specimens include stool samples, stool-derived samples, vomit and vomit-derived samples. Excreta samples and vomit samples can be used as they are, or may be suspended in distilled water, physiological saline, or buffer solutions at, for example, 10% (w/v) to form emulsions. Examples of the buffer include, but are not limited to, phosphate buffer, Tris buffer, borate buffer, and Good buffer such as HEPES. The sample emulsion may be centrifuged at 10,000 to 12,000 rpm for 2 to 20 minutes to remove contaminants such as intestinal bacteria, and the centrifugal supernatant may be used as a sample. Feces-derived and vomit-derived samples include swabs. Wipe samples are used to confirm virus contamination. Fingers, tableware, cutting boards, kitchen knives, cooking equipment, toilet equipment, housing equipment, etc. were wiped with cotton swabs, cut cotton, etc., and eluted in phosphate buffer. It is. The obtained eluate is subjected to ultracentrifugation, and the centrifugal sediment suspended or dissolved can be used as a specimen (Yoshiko Munemura et al., Food Hygiene Journal, Vol. 58, No. 4, pp. 201-204, 2017). .
本発明の工程(1)は、検体を1種以上の界面活性剤を含む検体処理液と混合する工程である。本明細書において「界面活性剤」とは、物質の境界面に作用し、性質を変化させる物質の総称である。界面活性剤は、分子内に親水性部分と疎水性部分の両方を持つ構造を有するである。界面活性剤は、陰イオン界面活性剤、陽イオン界面活性剤、両性界面活性剤および非イオン界面活性剤に分類される。陰イオン界面活性剤としては、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムなどが挙げられるが、これらに限定されない。アルキルサルフェートとしては、ドデシル硫酸ナトリウム(Sodium Dodecyl Sulfate、SDS)およびドデシル硫酸アンモニウムが好ましく、ドデシル硫酸ナトリウムがより好ましい。ドデシル硫酸ナトリウムは、ラウリル硫酸ナトリウム(Sodium Lauryl Sulfate、SLS)とも称される。陽イオン界面活性剤としては、エチルトリメチルアンモニウムブロマイド、ヘキサデシルトリメチルアンモニウムブロミドおよびテトラデシルトリメチルアンモニウムブロミドなどが挙げられるが、これらに限定されない。両性界面活性剤としては、例えば、ベタインおよびアルキルアミノ脂肪酸塩が挙げられるが、これらに限定されない。非イオン界面活性剤としては、ノニルフェノキシポリエトキシエタノール(NP-40)、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート(Tween(登録商標)80)、ポリオキシエチレンp-t-オクチルフェノール(Triton X-100(登録商標))などが挙げられるが、これらに限定されない。 Step (1) of the present invention is a step of mixing a sample with a sample treatment liquid containing one or more surfactants. As used herein, "surfactant" is a general term for substances that act on the interface between substances to change their properties. A surfactant has a structure having both a hydrophilic portion and a hydrophobic portion in the molecule. Surfactants are classified into anionic surfactants, cationic surfactants, amphoteric surfactants and nonionic surfactants. Anionic surfactants include alkyl sulfates, alkyl ether sulfates, docusate, sulfonate fluorosurfactants, alkylbenzene sulfonates, alkylaryl ether phosphates, alkyl ether phosphates, alkyl carboxylates, sodium lauroyl sarcosinate, carboxylate fluorosurfactants, Examples include, but are not limited to, sodium cholate and sodium deoxycholate. Preferred alkyl sulfates are Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) and Ammonium Dodecyl Sulfate, more preferably Sodium Dodecyl Sulfate. Sodium dodecyl sulfate is also called Sodium Lauryl Sulfate (SLS). Cationic surfactants include, but are not limited to, ethyltrimethylammonium bromide, hexadecyltrimethylammonium bromide, tetradecyltrimethylammonium bromide, and the like. Amphoteric surfactants include, but are not limited to, betaines and alkylamino fatty acid salts. Nonionic surfactants include nonylphenoxypolyethoxyethanol (NP-40), polyoxyethylene sorbitan monooleate (Tween (registered trademark) 80), polyoxyethylene pt-octylphenol (Triton X-100 (registered Trademark)), etc., but are not limited to these.
界面活性剤は、水溶液中で一定濃度以上を添加すると、界面活性剤モノマーが集合してミセルを形成する。界面活性剤がミセルを形成するようになる濃度は、臨界ミセル濃度と呼ばれる。水溶液中で、界面活性剤ミセル内部の疎水性領域に、タンパク質や脂質の疎水性領域が取り込まれ、タンパク質や脂質は可溶化される。RNAウイルス粒子において、タンパク質の殻であるカプシドや脂質からなるエンベロープは、臨界ミセル濃度以上の界面活性化剤の存在下で可溶化され、変性され、または破壊される。その結果、カプシドに封入されたRNAが、水溶液中で露出した状態になりやすくなる。界面活性剤の臨界ミセル濃度は界面活性剤の種類によって異なるが、ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、検体処理液中での界面活性剤の濃度が0.02~0.5%(w/v)であることが好ましく、0.05~0.3%(w/v)がより好ましく、0.2%(w/v)がさらに好ましい。 When a surfactant is added to an aqueous solution at a certain concentration or higher, surfactant monomers aggregate to form micelles. The concentration at which surfactants form micelles is called the critical micelle concentration. In an aqueous solution, the hydrophobic regions of proteins and lipids are incorporated into the hydrophobic regions inside the surfactant micelles, so that the proteins and lipids are solubilized. In RNA virus particles, the protein shell, the capsid, and the lipid envelope are solubilized, denatured, or destroyed in the presence of a surfactant above the critical micelle concentration. As a result, the capsid-encapsulated RNA is more likely to be exposed in an aqueous solution. The critical micelle concentration of the surfactant varies depending on the type of surfactant, but in order to efficiently expose the viral RNA, the concentration of the surfactant in the sample treatment solution should be 0.02 to 0.5% (w /v), more preferably 0.05 to 0.3% (w/v), even more preferably 0.2% (w/v).
検体と検体処理液との混合比は、好ましくは体積比として1:3~6であり、より好ましくは1:4である。検体と界面活性化剤を含む検体処理液とを混合することにより、混合液中の界面活性剤の濃度が低下するが、界面活性剤の上記濃度は、臨界ミセル濃度を維持するものである。 The mixing ratio of the sample and the sample-treated solution is preferably 1:3 to 6, more preferably 1:4 in terms of volume ratio. By mixing the specimen and the specimen treatment liquid containing the surfactant, the concentration of the surfactant in the mixed liquid decreases, but the above concentration of the surfactant maintains the critical micelle concentration.
本発明の一実施態様において、前記検体処理液は水酸化物を含む。本明細書において「水酸化物」とは、陽イオンとして金属イオンと、陰イオンとして水酸化物イオン(OH-)とがイオン結合した物質を指す。金属は、アルカリ金属またはアルカリ土類金属である。水酸化物としては、水酸化リチウム、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化マグネシウム、水酸化カルシウムおよび水酸化バリウムが例示されるが、水酸化ナトリウムおよび水酸化カリウムが好ましい。水酸化物は強塩基性を示し、水に溶解すると水酸化物イオンを生じるため、アルカリとも呼ばれる。水酸化物は、水溶液中でタンパク質分子中の、アスパラギン酸、グルタミン酸などの解離性アミノ酸の荷電状況を変化させ、タンパク質を変性させる。この作用により、RNAウイルス粒子をアルカリ処理するとカプシドの破壊が生じる。その結果、カプシドに封入されたRNAが、水溶液中で露出した状態になりやすくなる。ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、検体処理液中での水酸化物濃度は、好ましくは10~100mMであり、より好ましくは40~60mMであり、50mMがさらに好ましい。 In one embodiment of the present invention, the sample treatment liquid contains hydroxide. As used herein, the term “hydroxide” refers to a substance in which metal ions as cations and hydroxide ions (OH − ) as anions are ionic bonded. The metals are alkali metals or alkaline earth metals. Examples of hydroxides include lithium hydroxide, sodium hydroxide, potassium hydroxide, magnesium hydroxide, calcium hydroxide and barium hydroxide, with sodium hydroxide and potassium hydroxide being preferred. Hydroxides are strongly basic and generate hydroxide ions when dissolved in water, so they are also called alkalis. Hydroxide changes the charge state of dissociable amino acids such as aspartic acid and glutamic acid in protein molecules in aqueous solution, thereby denaturing proteins. Due to this action, alkaline treatment of RNA virus particles results in disruption of the capsid. As a result, the capsid-encapsulated RNA is more likely to be exposed in an aqueous solution. In order to efficiently expose the viral RNA, the hydroxide concentration in the specimen treatment solution is preferably 10-100 mM, more preferably 40-60 mM, and even more preferably 50 mM.
カプシドや脂質からなるエンベロープを可溶化させ、変性させ、または破壊し、ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、前記検体処理液において界面活性剤と水酸化物とが共存することが好ましい。 In order to solubilize, denature, or destroy the capsid and lipid envelope and to efficiently expose the viral RNA, it is preferable that the sample treatment solution contains both a surfactant and a hydroxide.
本発明の工程(2)は、検体を検体処理液と混合し、生成した懸濁液から遠心分離により、遠心上清を抽出する工程である。かかる遠心分離により、懸濁液より不溶物を除去することができる。遠心分離条件は、不溶物を除去することができれば特に限定されないが、8000~12000rpmで2~10分間であり、10000rpmで5分間が好ましい。不溶物を除去するためには、遠心分離以外に、例えば、ポアサイズ0.22~0.45μmのろ過フィルターによるろ過を行ってもよい。 The step (2) of the present invention is a step of mixing the sample with the sample-treated liquid and extracting the centrifugal supernatant from the resulting suspension by centrifugation. Such centrifugation can remove insoluble matter from the suspension. The centrifugation conditions are not particularly limited as long as insoluble matter can be removed, but are preferably 8000 to 12000 rpm for 2 to 10 minutes, preferably 10000 rpm for 5 minutes. In order to remove insoluble matters, other than centrifugation, for example, filtration using a filtration filter with a pore size of 0.22 to 0.45 μm may be performed.
カプシドよりウイルスRNAを効率よく露出させ、遠心上清として抽出するための本発明の工程(1)および(2)においては、特に温度管理を行う必要はないが、1~50℃で行うことが好ましく、1~30℃の室温で行うことがより好ましい。 In the steps (1) and (2) of the present invention for efficiently exposing viral RNA from the capsid and extracting it as a centrifugal supernatant, temperature control is not particularly required, but can be carried out at 1 to 50°C. Preferably, it is more preferably carried out at a room temperature of 1 to 30°C.
本発明の工程(3)は、工程(2)で得られた遠心上清と、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液を混合し、RT-PCRを行う工程である。工程(2)で得られる遠心上清に含まれる界面活性剤の中で、特にSDSはタンパク質に対する変性効果が強い。このため、工程(3)にSDSが高い濃度で持ち込まれると、前記1ステップRT-PCR反応液に含まれる逆転写酵素およびDNAポリメラーゼの酵素活性を阻害し、RT-PCRが進行しない可能性がある。同様に、工程(2)で得られる遠心上清に含まれる水酸化物も、工程(3)に持ち込まれる濃度が高いと、高pHによる前記酵素活性の低下を招く。このため、工程(2)で得られる遠心上清と前記1ステップRT-PCR反応液との混合比は、好ましくは体積比として1:2~6であり、より好ましくは1:4である。 Step (3) of the present invention is a step of mixing the centrifugation supernatant obtained in step (2) with a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase and performing RT-PCR. Among the surfactants contained in the centrifugation supernatant obtained in step (2), SDS in particular has a strong denaturing effect on proteins. Therefore, if SDS is brought into the step (3) at a high concentration, it may inhibit the enzymatic activities of the reverse transcriptase and DNA polymerase contained in the one-step RT-PCR reaction solution, preventing the RT-PCR from proceeding. be. Similarly, if the concentration of hydroxide contained in the centrifugal supernatant obtained in step (2) is high and is brought into step (3), it will lead to a decrease in the enzyme activity due to high pH. Therefore, the mixing ratio of the centrifugation supernatant obtained in step (2) and the one-step RT-PCR reaction solution is preferably 1:2 to 6, more preferably 1:4 in terms of volume ratio.
本発明の工程(3)では、多検体を短時間で分析するため、1ステップRT-PCRを採用する。1ステップRT-PCR反応液には、逆転写酵素とDNAポリメラーゼがあらかじめ混合されており、逆転写反応(1本鎖cDNA合成)およびPCRを同一容器内で行うことができる。 In step (3) of the present invention, 1-step RT-PCR is employed in order to analyze multiple samples in a short time. In the one-step RT-PCR reaction solution, reverse transcriptase and DNA polymerase are mixed in advance, and reverse transcription reaction (single-strand cDNA synthesis) and PCR can be performed in the same vessel.
前記1ステップRT-PCR反応液に含まれる逆転写酵素は、ウイルスRNAを鋳型として、1本鎖の相補的DNA(cDNA)を生成する酵素であり、逆転写反応を触媒する限り特に限定されないが、トリ骨髄芽球症ウイルス(Avian Myeloblastosis Virus、AMV)、モロニーマウス白血病ウイルス(Moloney Murine Leukemia Virus、M-MLV)およびヒト免疫不全ウイルス(Human Immunodeficiency Virus、HIV)などのRNAウイルス由来のRNA依存性DNAポリメラーゼならびにこれらの変異体を使用することができる。また、逆転写酵素活性を併せ持つDNAポリメラーゼを使用することもできる。かかるDNAポリメラーゼとしては、下記のTaqおよびTthが例示される。 The reverse transcriptase contained in the one-step RT-PCR reaction solution is an enzyme that generates a single-stranded complementary DNA (cDNA) using viral RNA as a template, and is not particularly limited as long as it catalyzes the reverse transcription reaction. , Avian Myeloblastosis Virus (AMV), Moloney Murine Leukemia Virus (M-MLV) and Human Immunodeficiency Virus (HIV). DNA polymerases as well as variants thereof can be used. A DNA polymerase that also has reverse transcriptase activity can also be used. Such DNA polymerases are exemplified by Taq and Tth below.
前記1ステップRT-PCR反応液に含まれるDNAポリメラーゼは、好熱性細菌由来の耐熱性DNAポリメラーゼであり、Taq、Tth、KOD、Pfuおよびこれらの変異体を使用することができるが、これらに限定されない。DNAポリメラーゼによる非特異的増幅を避けるため、ホットスタートDNAポリメラーゼを使用してもよい。ホットスタートDNAポリメラーゼは、例えば抗DNAポリメラーゼ抗体が結合したDNAポリメラーゼまたは酵素活性部位を熱感受性化学修飾したDNAポリメラーゼであり、PCRにおいて、最初の変性ステップ(90℃以上)を経た後にDNAポリメラーゼが活性化される酵素である。 The DNA polymerase contained in the one-step RT-PCR reaction solution is a thermostable DNA polymerase derived from thermophilic bacteria, and Taq, Tth, KOD, Pfu and variants thereof can be used, but are limited to these. not. A hot start DNA polymerase may be used to avoid non-specific amplification by the DNA polymerase. A hot-start DNA polymerase is, for example, a DNA polymerase to which an anti-DNA polymerase antibody is bound or a DNA polymerase in which the enzyme active site is heat-sensitive chemically modified. It is an enzyme that converts
前記1ステップRT-PCR反応液には、逆転写反応およびPCRが適切な条件で遂行されるためのすべての成分が含まれる。該成分として、少なくとも前記逆転写酵素、逆転写反応プライマー、前記耐熱性DNAポリメラーゼ、PCRプライマー、dNTPミックス(deoxyribonucleotide 5’-triphosphate;dATP、dGTP、dCTPおよびdTTPからなる混合物)および緩衝液が含まれる。本発明の一実施態様において、前記反応液はトリスおよびマグネシウムイオンを含む。前記反応液には、RNA分解酵素阻害剤を添加することもできる。逆転写反応プライマーとしては、標的RNAの配列に特異的なプライマー、オリゴ(dT)プライマーまたはランダムプライマーを使用することができる。PCRプライマーとしては、逆転写反応により生成したcDNAの配列に特異的なプライマー対(フォワードおよびリバース)が使用される。PCRプライマーは、標的RNAの配列に特異的な前記逆転写反応プライマーと同一であってもよい。また、前記1ステップRT-PCR反応液には、増幅するDNA領域、すなわち標的配列の数に応じて2種類以上のPCRプライマーを添加してもよい。前記成分を含んだ組成物として、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325-91または241-09325-92)に含まれる試薬を、キット取扱説明書にしたがって混合したRT-PCR反応液を使用することができる。 The one-step RT-PCR reaction solution contains all the components for the reverse transcription reaction and PCR to be performed under suitable conditions. The components include at least the reverse transcriptase, the reverse transcription reaction primer, the thermostable DNA polymerase, the PCR primer, a dNTP mix (deoxyribonucleotide 5'-triphosphate; a mixture consisting of dATP, dGTP, dCTP and dTTP) and a buffer. . In one embodiment of the invention, the reaction liquid contains Tris and magnesium ions. An RNase inhibitor can also be added to the reaction solution. A primer specific to the target RNA sequence, an oligo(dT) primer, or a random primer can be used as the reverse transcription reaction primer. As PCR primers, a pair of primers (forward and reverse) specific to the sequence of cDNA generated by reverse transcription reaction is used. The PCR primers may be identical to the reverse transcription reaction primers specific for the target RNA sequence. In addition, two or more types of PCR primers may be added to the one-step RT-PCR reaction solution according to the number of DNA regions to be amplified, that is, the number of target sequences. As a composition containing the above components, reagents included in a norovirus detection reagent kit (probe method) (Shimadzu Corporation, product number 241-09325-91 or 241-09325-92) were mixed according to the kit instruction manual RT - PCR reactions can be used.
ノロウイルスRNAを検出する場合、例えば、特許文献1および2、非特許文献3ならびに特開2018-78806号公報に記載のPCRプライマーを使用することにより、ノロウイルス遺伝子型におけるジェノグループI(GI)およびジェノグループII(GII)を検出することができるが、これらに限定されない。前記ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)には、非特許文献3に記載のPCRプライマーが含まれるので、これを使用することができる。 When detecting norovirus RNA, for example, by using the PCR primers described in Patent Documents 1 and 2, Non-Patent Document 3, and JP-A-2018-78806, Genogroup I (GI) and Genogroup I (GI) in norovirus genotypes Group II (GII) can be detected, but is not limited to these. Since the norovirus detection reagent kit (probe method) contains the PCR primers described in Non-Patent Document 3, these can be used.
RT-PCRにおける逆転写反応の反応温度条件、およびPCR条件(温度、時間およびサイクル数)の設定は、当業者であれば容易に行うことができる。 A person skilled in the art can easily set the reaction temperature conditions for the reverse transcription reaction in RT-PCR and the PCR conditions (temperature, time and number of cycles).
本発明の工程(4)は、工程(3)で行われるRT-PCRからの産物を検出する工程である。本発明の一実施態様において、PCR産物をリアルタイム測定により検出する。該リアルタイム測定を行う場合、工程(3)のRT-PCRおよび工程(4)の該RT-PCR産物を検出する工程は同一容器内で行われる。 Step (4) of the present invention is a step of detecting products from the RT-PCR performed in step (3). In one embodiment of the invention, PCR products are detected by real-time measurements. When the real-time measurement is performed, the RT-PCR in step (3) and the step of detecting the RT-PCR product in step (4) are performed in the same container.
PCR産物のリアルタイム測定は、リアルタイムPCRとも呼ばれる。リアルタイム PCR では、通常PCR増幅産物を蛍光により検出する。蛍光検出方法には、インターカレーター性蛍光色素を用いる方法および蛍光標識プローブを用いる方法がある。インターカレーター性蛍光色素としては、SYBR(登録商標)Green Iが使用されるが、これに限定されるわけではない。インターカレーター性蛍光色素は、PCRによって合成された二本鎖DNAに結合し、励起光の照射により蛍光を発する。この蛍光強度を測定することにより、PCR増幅産物の生成量を測定することができる。 Real-time measurement of PCR products is also called real-time PCR. In real-time PCR, PCR amplification products are usually detected by fluorescence. Fluorescence detection methods include a method using an intercalating fluorescent dye and a method using a fluorescently labeled probe. As an intercalating fluorescent dye, SYBR® Green I is used, but is not limited thereto. The intercalating fluorescent dye binds to double-stranded DNA synthesized by PCR and emits fluorescence upon irradiation with excitation light. By measuring this fluorescence intensity, the production amount of the PCR amplification product can be measured.
蛍光標識プローブとしては、TaqManプローブ、Molecular Beacon、サイクリングプローブなどが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。TaqManプローブは、5’末端が蛍光色素で、また3’末端がクエンチャー物質で修飾されたオリゴヌクレオチドである。TaqManプローブは、PCRのアニーリングステップで鋳型DNAに特異的にハイブリダイズするが、プローブ上にクエンチャーが存在するため、励起光を照射しても蛍光の発生は抑制される。その後の伸長反応ステップで、Taq DNAポリメラーゼのもつ5‘→3’エキソヌクレアーゼ活性により、鋳型DNAにハイブリダイズしたTaqManプローブが分解されると、蛍光色素がプローブから遊離し、クエンチャーによる蛍光の発生の抑制が解除されて蛍光を発する。この蛍光強度を測定することにより、増幅産物の生成量を測定することができる。前記蛍光色素としては、FAM、ROX、Cy5が挙げられるが、これらに限定されない。前記クエンチャーとしては、TAMRA(登録商標)およびMGBが挙げられるが、これらに限定されない。2種類以上のDNA標的配列を区別して検出するためには、それぞれ異なる蛍光色素を結合させた2種類以上のオリゴヌクレオチドプローブ(例えばTaqManプローブ)を用いてPCRを行う。 Fluorescently labeled probes include, but are not limited to, TaqMan probes, Molecular Beacons, cycling probes, and the like. TaqMan probes are oligonucleotides modified at the 5' end with a fluorescent dye and at the 3' end with a quencher substance. TaqMan probes specifically hybridize to template DNA in the annealing step of PCR, but the presence of a quencher on the probe suppresses the generation of fluorescence even when irradiated with excitation light. In the subsequent elongation reaction step, when the TaqMan probe hybridized to the template DNA is degraded by the 5'→3' exonuclease activity of Taq DNA polymerase, the fluorescent dye is released from the probe and fluorescence is generated by the quencher. is released and emits fluorescence. By measuring this fluorescence intensity, the production amount of the amplification product can be measured. Said fluorescent dyes include, but are not limited to, FAM, ROX, Cy5. Said quenchers include, but are not limited to TAMRA® and MGB. In order to discriminately detect two or more types of DNA target sequences, PCR is performed using two or more types of oligonucleotide probes (eg, TaqMan probes) each bound with a different fluorescent dye.
工程(4)において、使用する蛍光色素に対応した蛍光フィルターを用いてRT-PCR産物の増幅曲線を測定する。PCRサイクル数に応じて蛍光強度が増加する場合には、検体における分析対象のRNAウイルスの存在が陽性であると判定され、一方、PCRにおいて蛍光強度が増加しない場合は陰性であると判定される。 In step (4), the amplification curve of the RT-PCR product is measured using a fluorescent filter corresponding to the fluorescent dye used. If the fluorescence intensity increases according to the number of PCR cycles, the presence of the RNA virus to be analyzed in the sample is determined to be positive, while if the fluorescence intensity does not increase in PCR, it is determined to be negative. .
本発明の一実施態様において、1種以上の界面活性剤を含む検体処理液、ならびに逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液を含む、RNAウイルスの検出キットが提供される。 In one embodiment of the present invention, an RNA virus detection kit is provided that includes a sample treatment solution containing one or more surfactants, and a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase.
Claims (29)
(1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する工程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する工程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT-PCR反応液と混合し、RT-PCRを行う工程、および、
(4)前記RT-PCR産物を検出する工程、
を含む方法。 A method for detecting an RNA virus in a specimen, comprising:
(1) mixing a specimen with a specimen treatment liquid containing one or more surfactants to form a suspension;
(2) extracting the centrifugal supernatant from the suspension produced in step (1) by centrifugation;
(3) mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase to perform RT-PCR;
(4) detecting the RT-PCR product;
method including.
。 14. A method according to claim 12 or 13, wherein the hydroxide concentration is between 10 and 100 mM.
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