JP2020080806A - Methods for detecting rna viruses - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応(reverse transcription-polymerase chain reaction、RT−PCR)によるRNAウイルスを検出する方法、および該方法を実行するためのキットに関する。より具体的には、検体を、界面活性剤を含む検体処理液と混合し、さらにRT−PCR反応液を添加することによりRNAウイルスを検出する方法、および該方法を実行するためのキットに関する。 TECHNICAL FIELD The present invention relates to a method for detecting an RNA virus by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), and a kit for carrying out the method. More specifically, the present invention relates to a method for detecting RNA virus by mixing a sample with a sample treatment solution containing a surfactant and further adding an RT-PCR reaction solution, and a kit for carrying out the method.
RNAウイルスは、ゲノムとしてRNAを持つウイルスであり、脂質二重層からなる膜であるエンベロープを持つコロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルスなど、またエンベロープを持たないノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルスなどに分類され、病原性のものも多い。 The RNA virus is a virus having RNA as a genome, and includes coronavirus having an envelope that is a membrane composed of a lipid bilayer, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus, dengue virus, and norovirus having no envelope. , Rotavirus, rhinovirus, etc., many of which are pathogenic.
ノロウイルスはヒトカリシウイルス科に属するウイルスで、約7000塩基の1本鎖RNAをゲノムにもつ。このウイルスは、電子顕微鏡で観察される形態学的分類により小型球形ウイルス(Small Round Structured Virus, SRSV)とも呼ばれ、またノーウォーク様ウイルス(Norwalk-like virus)という属名で呼ばれてきたウイルスである。ノロウイルスに属するウイルスは、ジェノグループ(Genogroup)(GI)およびジェノグループII(GII)の2種の遺伝子群に分類され、さらにそれぞれ14および17またはそれ以上の遺伝子型(genotype)に分類される。 Norovirus is a virus belonging to the human calicivirus family and has a single-stranded RNA of about 7,000 bases in its genome. This virus is also called Small Round Structured Virus (SRSV) according to the morphological classification observed under an electron microscope, and has also been called the generic name of Norwalk-like virus. Is. Viruses belonging to Norovirus are classified into two gene groups, Genogroup (GI) and Genogroup II (GII), and further classified into 14 and 17 or more genotypes, respectively.
ノロウイルスがヒトに感染すると、嘔吐、下痢などの急性胃腸炎症状を起こす。本邦における年間の食中毒患者の約半数はノロウイルスに起因し、このうち約7割は11月〜2月に発生しており、ノロウイルスは冬型の胃腸炎および食中毒の原因ウイルスとして知られている。ノロウイルスによる食中毒は、主に、調理者を通じた食品の汚染により発生する。ノロウイルスは感染力が強く、大規模な食中毒など集団発生を起こしやすい。ヒトへの感染経路は、主に経口感染である。感染者の糞便または吐物およびこれらに直接的または間接的に汚染された物品類、また、ノロウイルスにより汚染されたカキまたはその他の二枚貝類などの食品類が感染源の代表的なものとして挙げられる。このため、ノロウイルス感染患者や該ウイルスによる汚染物を特定することは、ウイルス感染の拡大を防止するために重要である。 Infection of humans with Norovirus causes acute gastrointestinal inflammation such as vomiting and diarrhea. Approximately half of all food poisoning patients in Japan are caused by norovirus, about 70% of which occur in November to February, and norovirus is known as a causative virus of winter type gastroenteritis and food poisoning. Food poisoning due to norovirus is mainly caused by contamination of food through the cook. Norovirus is highly infectious and is prone to outbreaks such as large-scale food poisoning. The route of infection for humans is mainly oral infection. Representative sources of infection include feces or vomitus of infected persons and articles directly or indirectly contaminated therewith, and foods such as oysters or other bivalves contaminated with norovirus. Therefore, it is important to identify patients infected with Norovirus and contaminants from the virus in order to prevent the spread of viral infection.
ウイルスによる感染や汚染を検出するためのウイルス検査としては、ウイルス抗原を検出する免疫学的測定法やウイルス遺伝子増幅法が用いられる(特許文献1〜3、非特許文献1)。ノロウイルスを高感度に測定する手段としては、ノロウイルスのRNAをRT−PCRで増幅し、増幅産物量を測定する方法があげられる。例えば、厚生労働省医薬食品局食品安全部監視安全課による通知(非特許文献2および3)に準拠して、RT−PCR法によるノロウイルスの検出およびリアルタイムPCR法によるノロウイルスの定量的検出が広く行われている。 As a virus test for detecting infection or contamination by a virus, immunological assay methods for detecting viral antigens and viral gene amplification methods are used (Patent Documents 1 to 3, Non-Patent Document 1). As a method for highly sensitively measuring Norovirus, there is a method of amplifying Norovirus RNA by RT-PCR and measuring the amount of the amplified product. For example, detection of norovirus by the RT-PCR method and quantitative detection of norovirus by the real-time PCR method are widely performed in accordance with the notification (Non-patent documents 2 and 3) by the Food Safety Division, Food Safety Department, Ministry of Health, Labor and Welfare. ing.
RNAウイルス粒子は、RNAゲノムとタンパク質からなるコアが、カプシドと呼ばれるタンパク質の殻に封入された基本構造を持つ。このため、遺伝子増幅法によりウイルスRNAを検出するためには、ウイルス粒子よりRNAを抽出する必要がある。検体として糞便中のノロウイルスを検出するには、例えば、糞便検体を蒸留水または生理食塩水に5〜10%(w/v)の濃度で懸濁し、その遠心上清から、市販のウイルスRNA抽出キット(例えば、QIAamp(登録商標) Viral RNA Mini、QIAGEN社)を用いてRNAを抽出・精製する(非特許文献2)。しかしながら、多段階のRNAの抽出・精製操作の後にRT−PCRを行う検出過程は煩雑である。このため、糞便懸濁液を検体処理液と混合し、短時間熱処理することにより殻タンパク質を除去し、内部のRNAを遊離させて、遊離させたRNAを直接RT−PCRに供する簡易な検出法が提案されている(非特許文献4)。一方、糞便懸濁液と検体処理液との混合物を熱処理するためには、該混合物の突沸や蒸散を防ぐために反応容器を蓋により密閉し、熱処理後に蓋を外してRT−PCR反応液を添加する手間を要する。この点を改善するため、検体をグアニジン塩などのカオトロピック剤と混合することにより、熱処理を行うことなくRT−PCRによりウイルスを検出する方法が提案されている(特許文献4)。 RNA virus particles have a basic structure in which a core composed of an RNA genome and a protein is enclosed in a protein shell called a capsid. Therefore, in order to detect viral RNA by the gene amplification method, it is necessary to extract RNA from viral particles. To detect norovirus in feces as a sample, for example, a fecal sample is suspended in distilled water or physiological saline at a concentration of 5 to 10% (w/v), and commercially available viral RNA is extracted from the centrifugation supernatant. RNA is extracted and purified using a kit (for example, QIAamp (registered trademark) Viral RNA Mini, QIAGEN) (Non-patent document 2). However, the detection process of performing RT-PCR after multi-step RNA extraction/purification operations is complicated. For this reason, a simple detection method in which the fecal suspension is mixed with the sample treatment solution and the shell protein is removed by heat treatment for a short time to release the internal RNA and subject the released RNA directly to RT-PCR Has been proposed (Non-Patent Document 4). On the other hand, in order to heat-treat the mixture of the fecal suspension and the sample treatment liquid, the reaction container is closed with a lid to prevent bumping or evaporation of the mixture, and after the heat treatment, the lid is removed and the RT-PCR reaction liquid is added. It takes time to do. In order to improve this point, there has been proposed a method of detecting a virus by RT-PCR by mixing a sample with a chaotropic agent such as a guanidine salt, without performing heat treatment (Patent Document 4).
本発明の目的は、簡便なRNAウイルスの検出方法を提供することにある。具体的には、1種以上の界面活性剤を用いて、ノロウイルスなどのRNAウイルス粒子からのRNA抽出を熱処理することなく行い、それに続く遊離したRNAのRT−PCR反応によるウイルス検出操作を簡便に行う方法を提供することにある。 An object of the present invention is to provide a simple method for detecting RNA virus. Specifically, RNA extraction from RNA virus particles such as norovirus is performed without heat treatment using one or more kinds of surfactants, and the subsequent virus detection operation by RT-PCR reaction of released RNA is simplified. To provide a way to do it.
本発明の目的は、以下の発明により達成される。
〔1〕
検体中のRNAウイルスを検出する方法であって、
(1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する行程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する行程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液と混合し、RT−PCRを行う工程、および、
(4)前記RT−PCR産物を検出する工程、
を含む方法。
〔2〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルスおよびデングウイルスからなる群より選ばれる、〔1〕に記載の方法。
〔3〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、〔1〕に記載の方法。
〔4〕
前記ノロウイルス遺伝子型が、ジェノグループI(GI)またはジェノグループII(GII)である、〔3〕に記載の方法。
〔5〕
前記検体が、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕〜〔4〕のいずれかに記載の方法。
〔6〕
前記検体が、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料からなる群より選ばれる試料に由来する、〔1〕〜〔4〕のいずれかに記載の方法。
〔7〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔1〕〜〔6〕のいずれかに記載の方法。
〔8〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる1種以上の陰イオン界面活性剤である、〔7〕に記載の方法。
〔9〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔7〕に記載の方法。
〔10〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔9〕に記載の方法。
〔11〕
前記界面活性剤の濃度が、0.02〜0.5%(w/v)である、〔1〕〜〔10〕のいずれかに記載の方法。
〔12〕
前記検体処理液が、水酸化物を含む、〔1〕〜〔11〕のいずれかに記載の方法。
〔13〕
前記水酸化物が、水酸化ナトリウムまたは水酸化カリウムである、〔12〕に記載の方法。
〔14〕
前記水酸化物の濃度が、10〜100mMである、〔12〕または〔13〕に記載の方法。
〔15〕
前記工程(1)における検体と検体処理液との混合比が、体積比として1:3〜6である、〔1〕〜〔14〕のいずれかに記載の方法。
〔16〕
前記逆転写酵素が、AMV逆転写酵素、MMLV逆転写酵素、HIV逆転写酵素およびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕〜〔15〕のいずれかに記載の方法。
〔17〕
前記DNAポリメラーゼが、Taq DNAポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、KOD DNAポリメラーゼ、Pfu DNAポリメラーゼおよびこれらの変異体からなる群より選ばれる、〔1〕〜〔16〕のいずれかに記載の方法。
〔18〕
前記工程(4)が、リアルタイム測定によって行われる、〔1〕〜〔17〕のいずれかに記載の方法。
〔19〕
前記工程(1)および(2)が、1〜50℃の温度下で行われる、〔1〕〜〔18〕のいずれかに記載の方法。
〔20〕
前記工程(4)において、蛍光フィルターを用いてRT−PCR産物の増幅曲線を測定し、検体におけるRNAウイルスの存在が陽性であること、または陰性であることを判定する、〔1〕〜〔19〕のいずれかに記載の方法。
〔21〕
1種以上の界面活性剤を含む検体処理液、ならびに逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液を含む、RNAウイルスの検出キット。
〔22〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルスおよびデングウイルスからなる群より選ばれる、〔21〕に記載のキット。
〔23〕
前記RNAウイルスが、ノロウイルスである、〔21〕に記載のキット。
〔24〕
ノロウイルス遺伝子型が、ジェノグループI(GI)であること、またはジェノグループII(GII)であることを判定する、〔23〕に記載のキット。
〔25〕
前記界面活性剤が、陰イオン界面活性剤である、〔21〕〜〔24〕のいずれかに記載のキット。
〔26〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムからなる群より選ばれる1種以上の陰イオン界面活性剤である、〔25〕に記載のキット。
〔27〕
前記陰イオン界面活性剤が、アルキルサルフェートである、〔25〕に記載のキット。
〔28〕
前記アルキルサルフェートが、ドデシル硫酸ナトリウムまたはドデシル硫酸アンモニウムである、〔27〕に記載のキット。
〔29〕
さらにキットの操作手順書を含む、〔21〕〜〔28〕のいずれかに記載のキット。
The object of the present invention is achieved by the following inventions.
[1]
A method for detecting RNA virus in a sample, comprising:
(1) A step of mixing a sample with a sample processing liquid containing one or more surfactants to form a suspension,
(2) A step of extracting a centrifugal supernatant by centrifugation from the suspension generated in the step (1),
(3) A step of mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase, and performing RT-PCR, and
(4) detecting the RT-PCR product,
Including the method.
[2]
The method according to [1], wherein the RNA virus is selected from the group consisting of norovirus, rotavirus, rhinovirus, coronavirus, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus, and dengue virus.
[3]
The method according to [1], wherein the RNA virus is Norovirus.
[4]
The method according to [3], wherein the Norovirus genotype is Genogroup I (GI) or Genogroup II (GII).
[5]
The method according to any one of [1] to [4], wherein the sample is derived from a sample selected from the group consisting of biological samples, biological samples, environmental samples, and environmental samples.
[6]
The method according to any one of [1] to [4], wherein the sample is derived from a sample selected from the group consisting of excrement samples, excrement-derived samples, vomitus and vomitus-derived samples.
[7]
The method according to any one of [1] to [6], wherein the surfactant is an anionic surfactant.
[8]
The anionic surfactant is an alkyl sulfate, an alkyl ether sulfate, docusate, a sulfonate fluoro surfactant, an alkyl benzene sulfonate, an alkyl aryl ether phosphate, an alkyl ether phosphate, an alkyl carboxylate, sodium lauroyl sarcosine, a carboxylate fluoro surfactant, The method according to [7], which is one or more anionic surfactants selected from the group consisting of sodium cholate and sodium deoxycholate.
[9]
The method according to [7], wherein the anionic surfactant is an alkyl sulfate.
[10]
The method according to [9], wherein the alkyl sulfate is sodium dodecyl sulfate or ammonium dodecyl sulfate.
[11]
The method according to any one of [1] to [10], wherein the concentration of the surfactant is 0.02 to 0.5% (w/v).
[12]
The method according to any one of [1] to [11], wherein the sample treatment liquid contains a hydroxide.
[13]
The method according to [12], wherein the hydroxide is sodium hydroxide or potassium hydroxide.
[14]
The method according to [12] or [13], wherein the concentration of the hydroxide is 10 to 100 mM.
[15]
The method according to any one of [1] to [14], wherein the mixing ratio of the sample and the sample treatment liquid in the step (1) is 1:3 to 6 as a volume ratio.
[16]
The method according to any one of [1] to [15], wherein the reverse transcriptase is selected from the group consisting of AMV reverse transcriptase, MMLV reverse transcriptase, HIV reverse transcriptase, and variants thereof.
[17]
The method according to any one of [1] to [16], wherein the DNA polymerase is selected from the group consisting of Taq DNA polymerase, Tth DNA polymerase, KOD DNA polymerase, Pfu DNA polymerase and variants thereof.
[18]
The method according to any one of [1] to [17], wherein the step (4) is performed by real-time measurement.
[19]
The method according to any one of [1] to [18], wherein the steps (1) and (2) are performed at a temperature of 1 to 50°C.
[20]
In the step (4), an amplification curve of the RT-PCR product is measured using a fluorescent filter to determine whether the presence of RNA virus in the sample is positive or negative, [1] to [19 ] The method of any one of.
[21]
An RNA virus detection kit comprising a sample treatment solution containing one or more surfactants, and a one-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase.
[22]
The kit according to [21], wherein the RNA virus is selected from the group consisting of norovirus, rotavirus, rhinovirus, coronavirus, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis virus, and dengue virus.
[23]
The kit according to [21], wherein the RNA virus is Norovirus.
[24]
The kit according to [23], wherein the norovirus genotype is determined to be genogroup I (GI) or genogroup II (GII).
[25]
The kit according to any one of [21] to [24], wherein the surfactant is an anionic surfactant.
[26]
The anionic surfactant is an alkyl sulfate, an alkyl ether sulfate, docusate, a sulfonate fluoro surfactant, an alkyl benzene sulfonate, an alkyl aryl ether phosphate, an alkyl ether phosphate, an alkyl carboxylate, sodium lauroyl sarcosine, a carboxylate fluoro surfactant, The kit according to [25], which is one or more anionic surfactants selected from the group consisting of sodium cholate and sodium deoxycholate.
[27]
The kit according to [25], wherein the anionic surfactant is an alkyl sulfate.
[28]
The kit according to [27], wherein the alkyl sulfate is sodium dodecyl sulfate or ammonium dodecyl sulfate.
[29]
Further, the kit according to any one of [21] to [28], which further includes a procedure manual for the kit.
本発明によれば、ノロウイルスなどのRNAウイルス粒子を含む糞便などの検体を、1種以上の界面活性剤を含む検体処理液と直接混合することによって、ウイルス粒子から効率よくRNAを遊離させることができる。このため、従来必要であった工程、すなわち、検体を水または緩衝液に懸濁し、得られた懸濁液から遠心分離により遠心上清を抽出し、抽出した遠心上清に検体処理液を添加して放置するというRNA遊離工程が短縮され、速やかに、RT−PCRによるRNAウイルスの検出が可能となる。さらに、本発明では、ウイルス粒子からのRNAの遊離効率が高いためウイルス検出感度が高く、ウイルス排出期間を精度よく検出することができる。そのため、不顕性感染の検出、特に感染後の回復期にある感染患者の特定に有用である。 According to the present invention, RNA can be efficiently released from virus particles by directly mixing a sample such as feces containing RNA virus particles such as Norovirus with a sample treatment solution containing one or more surfactants. it can. For this reason, a conventionally required step, namely, suspending the sample in water or a buffer solution, extracting the centrifugation supernatant from the resulting suspension by centrifugation, and adding the sample treatment liquid to the extracted centrifugation supernatant Then, the RNA releasing step of leaving it for standing is shortened, and the RNA virus can be promptly detected by RT-PCR. Furthermore, in the present invention, since the efficiency of RNA release from virus particles is high, the virus detection sensitivity is high and the virus excretion period can be accurately detected. Therefore, it is useful for detecting subclinical infection, particularly for identifying infected patients in a convalescent stage after infection.
本発明は、検体中のRNAウイルスを検出する方法を提供する。該方法は、 (1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する行程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する行程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液と混合し、RT−PCRを行う工程、および、
(4)前記RT−PCR産物を検出する工程、
含む。
The present invention provides a method for detecting RNA virus in a sample. The method comprises the steps of (1) mixing a sample with a sample treatment liquid containing one or more surfactants to form a suspension;
(2) a step of extracting a centrifugal supernatant by centrifugation from the suspension generated in the step (1),
(3) A step of mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a 1-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase, and performing RT-PCR, and
(4) detecting the RT-PCR product,
Including.
本発明において、検体中の検出対象となるRNAウイルスは、ゲノムとしてRNAを持つウイルスであり、脂質二重層からなる膜であるエンベロープを持つコロナウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、C型肝炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、デングウイルスなど、またエンベロープを持たないノロウイルス、ロタウイルス、ライノウイルスなどが挙げられるが、これらに限定されない。エンベロープは主成分が脂質であるため、アルコールなどの有機溶媒や界面活性剤により容易に破壊されるが、このようなエンベロープを持たないノロウイルスなどのRNAウイルスは、一般的に有機溶媒や界面活性剤に対して抵抗性を示す。 In the present invention, the RNA virus to be detected in the sample is a virus having RNA as a genome and has a coronavirus having an envelope that is a membrane composed of a lipid bilayer, human immunodeficiency virus, hepatitis C virus, Japanese encephalitis. Examples include, but are not limited to, viruses, dengue viruses, and non-enveloped noroviruses, rotaviruses, rhinoviruses, and the like. Since the main component of the envelope is lipid, it is easily destroyed by an organic solvent such as alcohol or a surfactant, but RNA viruses such as Norovirus that do not have such an envelope are generally treated with an organic solvent or a surfactant. Shows resistance to.
本発明における検体としては、生物試料、生物由来試料、環境試料および環境由来試料などが挙げられる。生物試料としては、貝類の中腸腺などを含む動植物組織および血液、唾液、鼻汁、組織分泌液などの体液が含まれる。特に貝類は、ノロウイルスによる食中毒の原因食品として最も重要視されている。生物由来試料としては、前記生体試料に対して、例えばソニケーションなどの処理をしたものが含まれる。環境試料としては、大気、土壌、塵埃、水などを含むあらゆる試料が挙げられる。環境由来試料としては、前記環境試料に対して、例えばソニケーションなどの処理をしたものが含まれる。 Examples of the sample in the present invention include biological samples, biological samples, environmental samples and environmental samples. Biological samples include animal and plant tissues including the midgut glands of shellfish and body fluids such as blood, saliva, nasal discharge, and tissue secretions. In particular, shellfish is regarded as the most important food as a causative food for food poisoning due to norovirus. The biological sample includes a sample obtained by subjecting the biological sample to treatment such as sonication. Examples of environmental samples include all samples including air, soil, dust, water and the like. The environment-derived sample includes a sample obtained by subjecting the environment sample to a treatment such as sonication.
本発明の別の実施態様として、検体としては、排泄物試料、排泄物由来試料、嘔吐物および嘔吐物由来試料などが挙げられる。排泄物試料および嘔吐物試料は、そのまま使用することができるが、蒸留水、生理食塩水または緩衝液に、例えば10%(w/v)で懸濁して乳剤としてもよい。前記緩衝液としては、特に限定されないが、リン酸緩衝液、トリス緩衝液、ホウ酸緩衝液、HEPESなどのグッド(Good)緩衝液が挙げられる。前記試料の乳剤は、腸内細菌などの混在物を除去するため、例えば10000〜12000rpmで2〜20分間遠心分離し、遠心上清を検体として使用してもよい。排泄物由来試料および嘔吐物由来試料には、拭き取り試料が含まれる。拭き取り試料とは、ウイルス汚染の確認を目的として、手指、食器、まな板、包丁、調理設備、トイレ設備、住宅設備などを綿棒、カット綿などで拭き取ったものをリン酸緩衝液などに溶出させたものである。得られた溶出液は超遠心分離し、遠心沈渣を懸濁または溶解したものを検体として使用することができる(宗村佳子ら、食品衛生学雑誌、2017 年 58 巻 4 号 p.201-204)。 In another embodiment of the present invention, the sample includes an excrement sample, an excrement-derived sample, a vomitus, a vomiting-derived sample, and the like. The excrement sample and vomiting sample can be used as they are, but may be suspended in distilled water, physiological saline or a buffer solution at, for example, 10% (w/v) to form an emulsion. The buffer solution is not particularly limited, and examples thereof include a phosphate buffer solution, a Tris buffer solution, a borate buffer solution, and a Good buffer solution such as HEPES. In order to remove contaminants such as intestinal bacteria, the emulsion of the sample may be centrifuged at 10000 to 12000 rpm for 2 to 20 minutes, and the centrifuged supernatant may be used as a sample. Excretion-derived and vomit-derived samples include wipe samples. The wiping sample was obtained by wiping fingers, tableware, cutting boards, knives, cooking equipment, toilet equipment, housing equipment, etc. with a cotton swab, cut cotton, etc. to elute in a phosphate buffer solution, etc. for the purpose of confirming virus contamination. It is a thing. The obtained eluate is subjected to ultracentrifugation and the suspension or solution of the centrifugal sediment can be used as a sample (Keiko Munemura et al., Journal of Food Hygiene, Vol. 58, No. 4, p. 201-204, 2017). ..
本発明の工程(1)は、検体を1種以上の界面活性剤を含む検体処理液と混合する工程である。本明細書において「界面活性剤」とは、物質の境界面に作用し、性質を変化させる物質の総称である。界面活性剤は、分子内に親水性部分と疎水性部分の両方を持つ構造を有するである。界面活性剤は、陰イオン界面活性剤、陽イオン界面活性剤、両性界面活性剤および非イオン界面活性剤に分類される。陰イオン界面活性剤としては、アルキルサルフェート、アルキルエーテルサルフェート、ドキュセート、スルホネートフルオロ界面活性剤、アルキルベンゼンスルホネート、アルキルアリールエーテルホスフェート、アルキルエーテルホスフェート、アルキルカルボキシレート、ラウロイルサルコシンナトリウム、カルボキシレートフルオロ界面活性剤、コール酸ナトリウムおよびデオキシコール酸ナトリウムなどが挙げられるが、これらに限定されない。アルキルサルフェートとしては、ドデシル硫酸ナトリウム(Sodium Dodecyl Sulfate、SDS)およびドデシル硫酸アンモニウムが好ましく、ドデシル硫酸ナトリウムがより好ましい。ドデシル硫酸ナトリウムは、ラウリル硫酸ナトリウム(Sodium Lauryl Sulfate、SLS)とも称される。陽イオン界面活性剤としては、エチルトリメチルアンモニウムブロマイド、ヘキサデシルトリメチルアンモニウムブロミドおよびテトラデシルトリメチルアンモニウムブロミドなどが挙げられるが、これらに限定されない。両性界面活性剤としては、例えば、ベタインおよびアルキルアミノ脂肪酸塩が挙げられるが、これらに限定されない。非イオン界面活性剤としては、ノニルフェノキシポリエトキシエタノール(NP−40)、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート(Tween(登録商標)80)、ポリオキシエチレンp−t−オクチルフェノール(Triton X−100(登録商標))などが挙げられるが、これらに限定されない。 The step (1) of the present invention is a step of mixing the sample with a sample treatment liquid containing one or more kinds of surfactants. As used herein, the term “surfactant” is a general term for substances that act on the boundary surface of substances and change their properties. The surfactant has a structure having both a hydrophilic portion and a hydrophobic portion in the molecule. Surfactants are classified into anionic surfactants, cationic surfactants, amphoteric surfactants and nonionic surfactants. As the anionic surfactant, alkyl sulfate, alkyl ether sulfate, docusate, sulfonate fluoro surfactant, alkyl benzene sulfonate, alkyl aryl ether phosphate, alkyl ether phosphate, alkyl carboxylate, lauroyl sarcosine sodium, carboxylate fluoro surfactant, Examples include, but are not limited to, sodium cholate and sodium deoxycholate. As the alkyl sulfate, sodium dodecyl sulfate (SDS) and ammonium dodecyl sulfate are preferable, and sodium dodecyl sulfate is more preferable. Sodium dodecyl sulfate is also referred to as sodium lauryl sulfate (SLS). Cationic surfactants include, but are not limited to, ethyltrimethylammonium bromide, hexadecyltrimethylammonium bromide, tetradecyltrimethylammonium bromide, and the like. Amphoteric surfactants include, but are not limited to, betaine and alkylamino fatty acid salts. As the nonionic surfactant, nonylphenoxy polyethoxy ethanol (NP-40), polyoxyethylene sorbitan monooleate (Tween (registered trademark) 80), polyoxyethylene p-t-octylphenol (Triton X-100 (registered). Trademarks)) and the like, but are not limited thereto.
界面活性剤は、水溶液中で一定濃度以上を添加すると、界面活性剤モノマーが集合してミセルを形成する。界面活性剤がミセルを形成するようになる濃度は、臨界ミセル濃度と呼ばれる。水溶液中で、界面活性剤ミセル内部の疎水性領域に、タンパク質や脂質の疎水性領域が取り込まれ、タンパク質や脂質は可溶化される。RNAウイルス粒子において、タンパク質の殻であるカプシドや脂質からなるエンベロープは、臨界ミセル濃度以上の界面活性化剤の存在下で可溶化され、変性され、または破壊される。その結果、カプシドに封入されたRNAが、水溶液中で露出した状態になりやすくなる。界面活性剤の臨界ミセル濃度は界面活性剤の種類によって異なるが、ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、検体処理液中での界面活性剤の濃度が0.02〜0.5%(w/v)であることが好ましく、0.05〜0.3%(w/v)がより好ましく、0.2%(w/v)がさらに好ましい。 When a surfactant is added at a certain concentration or higher in an aqueous solution, the surfactant monomers aggregate to form micelles. The concentration at which the surfactant becomes micelle-forming is called the critical micelle concentration. In an aqueous solution, the hydrophobic region of the protein or lipid is incorporated into the hydrophobic region inside the surfactant micelle, and the protein or lipid is solubilized. In RNA virus particles, the envelope consisting of capsids and lipids that are protein shells is solubilized, denatured, or destroyed in the presence of a surfactant at a critical micelle concentration or higher. As a result, the RNA encapsulated in the capsid is likely to be exposed in the aqueous solution. Although the critical micelle concentration of the surfactant varies depending on the type of the surfactant, in order to efficiently expose the viral RNA, the concentration of the surfactant in the sample treatment liquid is 0.02 to 0.5% (w. /V) is preferable, 0.05 to 0.3% (w/v) is more preferable, and 0.2% (w/v) is further preferable.
検体と検体処理液との混合比は、好ましくは体積比として1:3〜6であり、より好ましくは1:4である。検体と界面活性化剤を含む検体処理液とを混合することにより、混合液中の界面活性剤の濃度が低下するが、界面活性剤の上記濃度は、臨界ミセル濃度を維持するものである。 The mixing ratio of the sample and the sample treatment liquid is preferably 1:3 to 6 as a volume ratio, and more preferably 1:4. By mixing the sample with the sample treatment liquid containing the surfactant, the concentration of the surfactant in the mixed liquid decreases, but the above-mentioned concentration of the surfactant maintains the critical micelle concentration.
本発明の一実施態様において、前記検体処理液は水酸化物を含む。本明細書において「水酸化物」とは、陽イオンとして金属イオンと、陰イオンとして水酸化物イオン(OH−)とがイオン結合した物質を指す。金属は、アルカリ金属またはアルカリ土類金属である。水酸化物としては、水酸化リチウム、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化マグネシウム、水酸化カルシウムおよび水酸化バリウムが例示されるが、水酸化ナトリウムおよび水酸化カリウムが好ましい。水酸化物は強塩基性を示し、水に溶解すると水酸化物イオンを生じるため、アルカリとも呼ばれる。水酸化物は、水溶液中でタンパク質分子中の、アスパラギン酸、グルタミン酸などの解離性アミノ酸の荷電状況を変化させ、タンパク質を変性させる。この作用により、RNAウイルス粒子をアルカリ処理するとカプシドの破壊が生じる。その結果、カプシドに封入されたRNAが、水溶液中で露出した状態になりやすくなる。ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、検体処理液中での水酸化物濃度は、好ましくは10〜100mMであり、より好ましくは40〜60mMであり、50mMがさらに好ましい。 In one embodiment of the present invention, the sample treatment liquid contains hydroxide. In the present specification, “hydroxide” refers to a substance in which a metal ion as a cation and a hydroxide ion (OH − ) as an anion are ionically bonded. The metal is an alkali metal or an alkaline earth metal. Examples of hydroxides include lithium hydroxide, sodium hydroxide, potassium hydroxide, magnesium hydroxide, calcium hydroxide and barium hydroxide, with sodium hydroxide and potassium hydroxide being preferred. Hydroxides are strongly basic, and when they are dissolved in water, they generate hydroxide ions, so they are also called alkalis. Hydroxide changes the charge state of dissociative amino acids such as aspartic acid and glutamic acid in a protein molecule in an aqueous solution to denature the protein. This action causes the capsid to be destroyed when the RNA virus particles are treated with alkali. As a result, the RNA encapsulated in the capsid is likely to be exposed in the aqueous solution. In order to efficiently expose viral RNA, the hydroxide concentration in the sample treatment solution is preferably 10 to 100 mM, more preferably 40 to 60 mM, and further preferably 50 mM.
カプシドや脂質からなるエンベロープを可溶化させ、変性させ、または破壊し、ウイルスRNAを効率よく露出させるためには、前記検体処理液において界面活性剤と水酸化物とが共存することが好ましい。 In order to solubilize, denature, or destroy the envelope composed of capsids and lipids to efficiently expose viral RNA, it is preferable that a surfactant and a hydroxide coexist in the sample treatment liquid.
本発明の工程(2)は、検体を検体処理液と混合し、生成した懸濁液から遠心分離により、遠心上清を抽出する行程である。かかる遠心分離により、懸濁液より不溶物を除去することができる。遠心分離条件は、不溶物を除去することができれば特に限定されないが、8000〜12000rpmで2〜10分間であり、10000rpmで5分間が好ましい。不溶物を除去するためには、遠心分離以外に、例えば、ポアサイズ0.22〜0.45μmのろ過フィルターによるろ過を行ってもよい。 The step (2) of the present invention is a step of mixing the sample with the sample treatment liquid, and centrifuging the resulting suspension to extract the centrifugal supernatant. By such centrifugation, insoluble matter can be removed from the suspension. The centrifugation conditions are not particularly limited as long as the insoluble matter can be removed, but 8000 to 12000 rpm is 2 to 10 minutes, and 10000 rpm is preferably 5 minutes. In order to remove the insoluble matter, for example, filtration using a filtration filter having a pore size of 0.22 to 0.45 μm may be performed in addition to centrifugation.
カプシドよりウイルスRNAを効率よく露出させ、遠心上清として抽出するための本発明の工程(1)および(2)においては、特に温度管理を行う必要はないが、1〜50℃で行うことが好ましく、1〜30℃の室温で行うことがより好ましい。 In steps (1) and (2) of the present invention for efficiently exposing viral RNA from the capsid and extracting it as a centrifugal supernatant, it is not necessary to control the temperature, but it may be performed at 1 to 50°C. It is more preferable to carry out at room temperature of 1 to 30°C.
本発明の工程(3)は、工程(2)で得られた遠心上清と、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液を混合し、RT−PCRを行う工程である。工程(2)で得られる遠心上清に含まれる界面活性剤の中で、特にSDSはタンパク質に対する変性効果が強い。このため、工程(3)にSDSが高い濃度で持ち込まれると、前記1ステップRT−PCR反応液に含まれる逆転写酵素およびDNAポリメラーゼの酵素活性を阻害し、RT−PCRが進行しない可能性がある。同様に、工程(2)で得られる遠心上清に含まれる水酸化物も、工程(3)に持ち込まれる濃度が高いと、高pHによる前記酵素活性の低下を招く。このため、工程(2)で得られる遠心上清と前記1ステップRT−PCR反応液との混合比は、好ましくは体積比として1:2〜6であり、より好ましくは1:4である。 The step (3) of the present invention is a step of mixing the centrifugal supernatant obtained in the step (2) and a 1-step RT-PCR reaction solution containing a reverse transcriptase and a DNA polymerase and performing RT-PCR. Among the surfactants contained in the centrifugation supernatant obtained in step (2), SDS has a strong denaturing effect on proteins. Therefore, if SDS is brought to the step (3) at a high concentration, the enzymatic activities of the reverse transcriptase and the DNA polymerase contained in the 1-step RT-PCR reaction solution may be inhibited, and RT-PCR may not proceed. is there. Similarly, the hydroxide contained in the centrifugation supernatant obtained in step (2) also causes a decrease in the enzyme activity due to high pH when the concentration brought to step (3) is high. Therefore, the mixing ratio of the centrifugal supernatant obtained in the step (2) and the 1-step RT-PCR reaction solution is preferably 1:2 to 6 as a volume ratio, and more preferably 1:4.
本発明の工程(3)では、多検体を短時間で分析するため、1ステップRT−PCRを採用する。1ステップRT−PCR反応液には、逆転写酵素とDNAポリメラーゼがあらかじめ混合されており、逆転写反応(1本鎖cDNA合成)およびPCRを同一容器内で行うことができる。 In the step (3) of the present invention, one-step RT-PCR is adopted in order to analyze many samples in a short time. Reverse transcriptase and DNA polymerase are premixed in the 1-step RT-PCR reaction solution, and the reverse transcription reaction (single-stranded cDNA synthesis) and PCR can be performed in the same container.
前記1ステップRT−PCR反応液に含まれる逆転写酵素は、ウイルスRNAを鋳型として、1本鎖の相補的DNA(cDNA)を生成する酵素であり、逆転写反応を触媒する限り特に限定されないが、トリ骨髄芽球症ウイルス(Avian Myeloblastosis Virus、AMV)、モロニーマウス白血病ウイルス(Moloney Murine Leukemia Virus、M-MLV)およびヒト免疫不全ウイルス(Human Immunodeficiency Virus、HIV)などのRNAウイルス由来のRNA依存性DNAポリメラーゼならびにこれらの変異体を使用することができる。また、逆転写酵素活性を併せ持つDNAポリメラーゼを使用することもできる。かかるDNAポリメラーゼとしては、下記のTaqおよびTthが例示される。 The reverse transcriptase contained in the 1-step RT-PCR reaction solution is an enzyme that produces single-stranded complementary DNA (cDNA) using viral RNA as a template, and is not particularly limited as long as it catalyzes the reverse transcription reaction. Dependence of RNA Virus Derived from Avian Myeloblastosis Virus (AMV), Moloney Murine Leukemia Virus (M-MLV) and Human Immunodeficiency Virus (HIV) DNA polymerase as well as variants thereof can be used. Alternatively, a DNA polymerase having reverse transcriptase activity can also be used. Examples of such a DNA polymerase include Taq and Tth described below.
前記1ステップRT−PCR反応液に含まれるDNAポリメラーゼは、好熱性細菌由来の耐熱性DNAポリメラーゼであり、Taq、Tth、KOD、Pfuおよびこれらの変異体を使用することができるが、これらに限定されない。DNAポリメラーゼによる非特異的増幅を避けるため、ホットスタートDNAポリメラーゼを使用してもよい。ホットスタートDNAポリメラーゼは、例えば抗DNAポリメラーゼ抗体が結合したDNAポリメラーゼまたは酵素活性部位を熱感受性化学修飾したDNAポリメラーゼであり、PCRにおいて、最初の変性ステップ(90℃以上)を経た後にDNAポリメラーゼが活性化される酵素である。 The DNA polymerase contained in the 1-step RT-PCR reaction solution is a thermostable bacterium-derived thermostable DNA polymerase, and Taq, Tth, KOD, Pfu and mutants thereof can be used, but are not limited thereto. Not done. A hot start DNA polymerase may be used to avoid non-specific amplification by the DNA polymerase. The hot start DNA polymerase is, for example, a DNA polymerase to which an anti-DNA polymerase antibody is bound or a DNA polymerase in which an enzyme active site is chemically modified by heat-sensitive chemical reaction. In PCR, the DNA polymerase is activated after the first denaturation step (90° C. or higher). It is an enzyme that is converted into.
前記1ステップRT−PCR反応液には、逆転写反応およびPCRが適切な条件で遂行されるためのすべての成分が含まれる。該成分として、少なくとも前記逆転写酵素、逆転写反応プライマー、前記耐熱性DNAポリメラーゼ、PCRプライマー、dNTPミックス(deoxyribonucleotide 5’-triphosphate;dATP、dGTP、dCTPおよびdTTPからなる混合物)および緩衝液が含まれる。本発明の一実施態様において、前記反応液はトリスおよびマグネシウムイオンを含む。前記反応液には、RNA分解酵素阻害剤を添加することもできる。逆転写反応プライマーとしては、標的RNAの配列に特異的なプライマー、オリゴ(dT)プライマーまたはランダムプライマーを使用することができる。PCRプライマーとしては、逆転写反応により生成したcDNAの配列に特異的なプライマー対(フォワードおよびリバース)が使用される。PCRプライマーは、標的RNAの配列に特異的な前記逆転写反応プライマーと同一であってもよい。また、前記1ステップRT−PCR反応液には、増幅するDNA領域、すなわち標的配列の数に応じて2種類以上のPCRプライマーを添加してもよい。前記成分を含んだ組成物として、ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)(島津製作所、製品番号241-09325-91または241-09325-92)に含まれる試薬を、キット取扱説明書にしたがって混合したRT−PCR反応液を使用することができる。 The 1-step RT-PCR reaction solution contains all components for performing reverse transcription reaction and PCR under appropriate conditions. The components include at least the reverse transcriptase, reverse transcription reaction primer, thermostable DNA polymerase, PCR primer, dNTP mix (deoxyribonucleotide 5'-triphosphate; mixture of dATP, dGTP, dCTP and dTTP) and a buffer solution. .. In one embodiment of the present invention, the reaction liquid contains tris and magnesium ions. An RNA degrading enzyme inhibitor may be added to the reaction solution. As the reverse transcription reaction primer, a primer specific to the sequence of the target RNA, an oligo(dT) primer or a random primer can be used. As the PCR primers, a primer pair (forward and reverse) specific to the sequence of cDNA generated by the reverse transcription reaction is used. The PCR primer may be identical to the reverse transcription reaction primer specific for the sequence of the target RNA. Further, two or more kinds of PCR primers may be added to the one-step RT-PCR reaction solution depending on the number of DNA regions to be amplified, that is, target sequences. As a composition containing the above components, the reagents contained in a Norovirus detection reagent kit (probe method) (Shimadzu, product number 241-09325-91 or 241-09325-92) were mixed according to the kit instruction manual, and RT was added. -A PCR reaction solution can be used.
ノロウイルスRNAを検出する場合、例えば、特許文献1および2、非特許文献3ならびに特開2018−78806に記載のPCRプライマーを使用することにより、ノロウイルス遺伝子型におけるジェノグループI(GI)およびジェノグループII(GII)を検出することができるが、これらに限定されない。前記ノロウイルス検出試薬キット(プローブ法)には、非特許文献3に記載のPCRプライマーが含まれるので、これを使用することができる。 When detecting norovirus RNA, for example, by using the PCR primers described in Patent Documents 1 and 2, Non-Patent Document 3 and JP-A-2018-78806, genogroup I (GI) and genogroup II in the norovirus genotype are used. (GII) can be detected, but is not limited thereto. Since the Norovirus detection reagent kit (probe method) includes the PCR primers described in Non-Patent Document 3, these can be used.
RT−PCRにおける逆転写反応の反応温度条件、およびPCR条件(温度、時間およびサイクル数)の設定は、当業者であれば容易に行うことができる。 Those skilled in the art can easily set the reaction temperature conditions for the reverse transcription reaction in RT-PCR and the PCR conditions (temperature, time and number of cycles).
本発明の工程(4)は、工程(3)で行われるRT−PCRからの産物を検出する工程である。本発明の一実施態様において、PCR産物をリアルタイム測定により検出する。該リアルタイム測定を行う場合、工程(3)のRT−PCRおよび工程(4)の該RT−PCR産物を検出する工程は同一容器内で行われる。 Step (4) of the present invention is a step of detecting the product from RT-PCR performed in step (3). In one embodiment of the invention, the PCR product is detected by real time measurement. When performing the real-time measurement, the RT-PCR of step (3) and the step of detecting the RT-PCR product of step (4) are performed in the same container.
PCR産物のリアルタイム測定は、リアルタイムPCRとも呼ばれる。リアルタイム PCR では、通常PCR増幅産物を蛍光により検出する。蛍光検出方法には、インターカレーター性蛍光色素を用いる方法および蛍光標識プローブを用いる方法がある。インターカレーター性蛍光色素としては、SYBR(登録商標)Green Iが使用されるが、これに限定されるわけではない。インターカレーター性蛍光色素は、PCRによって合成された二本鎖DNAに結合し、励起光の照射により蛍光を発する。この蛍光強度を測定することにより、PCR増幅産物の生成量を測定することができる。 Real-time measurement of PCR products is also called real-time PCR. In real-time PCR, PCR amplification products are usually detected by fluorescence. The fluorescence detection method includes a method using an intercalating fluorescent dye and a method using a fluorescence-labeled probe. As the intercalating fluorescent dye, SYBR (registered trademark) Green I is used, but it is not limited thereto. The intercalating fluorescent dye binds to the double-stranded DNA synthesized by PCR and emits fluorescence upon irradiation with excitation light. By measuring this fluorescence intensity, the amount of PCR amplification product produced can be measured.
蛍光標識プローブとしては、TaqManプローブ、Molecular Beacon、サイクリングプローブなどが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。TaqManプローブは、5’末端が蛍光色素で、また3’末端がクエンチャー物質で修飾されたオリゴヌクレオチドである。TaqManプローブは、PCRのアニーリングステップで鋳型DNAに特異的にハイブリダイズするが、プローブ上にクエンチャーが存在するため、励起光を照射しても蛍光の発生は抑制される。その後の伸長反応ステップで、Taq DNAポリメラーゼのもつ5‘→3’エキソヌクレアーゼ活性により、鋳型DNAにハイブリダイズしたTaqManプローブが分解されると、蛍光色素がプローブから遊離し、クエンチャーによる蛍光の発生の抑制が解除されて蛍光を発する。この蛍光強度を測定することにより、増幅産物の生成量を測定することができる。前記蛍光色素としては、FAM、ROX、Cy5が挙げられるが、これらに限定されない。前記クエンチャーとしては、TAMRA(登録商標)およびMGBが挙げられるが、これらに限定されない。2種類以上のDNA標的配列を区別して検出するためには、それぞれ異なる蛍光色素を結合させた2種類以上のオリゴヌクレオチドプローブ(例えばTaqManプローブ)を用いてPCRを行う。 Fluorescently labeled probes include, but are not limited to, TaqMan probes, Molecular Beacon, cycling probes and the like. The TaqMan probe is an oligonucleotide modified at the 5'end with a fluorescent dye and at the 3'end with a quencher substance. The TaqMan probe specifically hybridizes to the template DNA in the annealing step of PCR, but the presence of a quencher on the probe suppresses the generation of fluorescence even when irradiated with excitation light. In the subsequent extension reaction step, when the TaqMan probe hybridized to the template DNA is decomposed by the 5′→3′ exonuclease activity of Taq DNA polymerase, the fluorescent dye is released from the probe and the fluorescence is generated by the quencher. Is suppressed and emits fluorescence. By measuring this fluorescence intensity, the amount of amplification product produced can be measured. Examples of the fluorescent dye include, but are not limited to, FAM, ROX, and Cy5. The quenchers include, but are not limited to, TAMRA® and MGB. In order to detect two or more types of DNA target sequences separately, PCR is performed using two or more types of oligonucleotide probes (for example, TaqMan probes) to which different fluorescent dyes are bound.
工程(4)において、使用する蛍光色素に対応した蛍光フィルターを用いてRT−PCR産物の増幅曲線を測定する。PCRサイクル数に応じて蛍光強度が増加する場合には、検体における分析対象のRNAウイルスの存在が陽性であると判定され、一方、PCRにおいて蛍光強度が増加しない場合は陰性であると判定される。 In step (4), an amplification curve of the RT-PCR product is measured using a fluorescent filter corresponding to the fluorescent dye used. When the fluorescence intensity increases according to the number of PCR cycles, the presence of the RNA virus to be analyzed in the sample is determined to be positive, while when the fluorescence intensity does not increase in PCR, it is determined to be negative. ..
本発明の一実施態様において、1種以上の界面活性剤を含む検体処理液、ならびに逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液を含む、RNAウイルスの検出キットが提供される。
In one embodiment of the present invention, an RNA virus detection kit is provided which comprises a sample treatment solution containing one or more surfactants and a one-step RT-PCR reaction solution containing a reverse transcriptase and a DNA polymerase.
Claims (29)
(1)検体を、1種以上の界面活性化剤を含む検体処理液と混合し、懸濁液を生成する行程、
(2)工程(1)で生成した懸濁液から、遠心分離により遠心上清を抽出する行程、
(3)工程(2)で抽出した遠心上清を、逆転写酵素およびDNAポリメラーゼを含む1ステップRT−PCR反応液と混合し、RT−PCRを行う工程、および、
(4)前記RT−PCR産物を検出する工程、
を含む方法。 A method for detecting RNA virus in a sample, comprising:
(1) A step of mixing a sample with a sample processing liquid containing one or more surfactants to form a suspension,
(2) a step of extracting a centrifugal supernatant by centrifugation from the suspension generated in the step (1),
(3) A step of mixing the centrifugal supernatant extracted in step (2) with a 1-step RT-PCR reaction solution containing reverse transcriptase and DNA polymerase, and performing RT-PCR, and
(4) detecting the RT-PCR product,
Including the method.
29. The kit according to any one of claims 21 to 28, further comprising a procedure manual for the kit.
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---|---|---|---|---|
US11214843B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-01-04 | Life Technologies Corporation | Compositions, kits and methods for detection of viral sequences |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH07184695A (en) * | 1993-12-27 | 1995-07-25 | Sanwa Kagaku Kenkyusho Co Ltd | Method for simply detecting hepatitis c virus |
JP2002238565A (en) * | 2001-02-13 | 2002-08-27 | Jsr Corp | Method for amplifying viral nucleic acid |
WO2007052765A1 (en) * | 2005-11-02 | 2007-05-10 | Shimadzu Corporation | Rna extraction method and rna detection method |
JP2010046042A (en) * | 2008-08-25 | 2010-03-04 | Mukogawa Gakuin | Method for detecting specific gene |
JP2010207180A (en) * | 2009-03-12 | 2010-09-24 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Reaction vessel for purifying norovirus rna and purification method |
JP2017209036A (en) * | 2016-05-24 | 2017-11-30 | 東洋紡株式会社 | Improved virus detection method |
WO2018198682A1 (en) * | 2017-04-26 | 2018-11-01 | 東洋紡株式会社 | Virus test method and virus test kit |
US20180312913A1 (en) * | 2015-11-27 | 2018-11-01 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002262866A (en) * | 2001-03-07 | 2002-09-17 | Nix Inc | Method and device for extracting viral gene |
JP2005218332A (en) * | 2004-02-04 | 2005-08-18 | Nix Inc | Method for detecting virus gene |
CN100475976C (en) * | 2006-08-18 | 2009-04-08 | 上海科华生物工程股份有限公司 | Reagent kit for inspecting hepatitis and AIDS virus nucleic acid by synchronous amplification |
-
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- 2018-11-30 JP JP2018224893A patent/JP2020080806A/en active Pending
-
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-
2022
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Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH07184695A (en) * | 1993-12-27 | 1995-07-25 | Sanwa Kagaku Kenkyusho Co Ltd | Method for simply detecting hepatitis c virus |
JP2002238565A (en) * | 2001-02-13 | 2002-08-27 | Jsr Corp | Method for amplifying viral nucleic acid |
WO2007052765A1 (en) * | 2005-11-02 | 2007-05-10 | Shimadzu Corporation | Rna extraction method and rna detection method |
JP2010046042A (en) * | 2008-08-25 | 2010-03-04 | Mukogawa Gakuin | Method for detecting specific gene |
JP2010207180A (en) * | 2009-03-12 | 2010-09-24 | Sumitomo Bakelite Co Ltd | Reaction vessel for purifying norovirus rna and purification method |
US20180312913A1 (en) * | 2015-11-27 | 2018-11-01 | Coyote Bioscience Co., Ltd. | Methods and systems for nucleic acid amplification |
JP2017209036A (en) * | 2016-05-24 | 2017-11-30 | 東洋紡株式会社 | Improved virus detection method |
WO2018198682A1 (en) * | 2017-04-26 | 2018-11-01 | 東洋紡株式会社 | Virus test method and virus test kit |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
ウイルスの化学, vol. 初版, JPN6022040326, 1969, pages 88 - 89, ISSN: 0004881083 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US11214843B2 (en) | 2020-02-18 | 2022-01-04 | Life Technologies Corporation | Compositions, kits and methods for detection of viral sequences |
Also Published As
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