JP2022548371A - 未分化リンパ腫キナーゼ（ａｌｋ）がんワクチンおよび使用方法 - Google Patents

Abstract

本明細書において、未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) 再配列を有するがんおよびALKタンパク質を発現するがんによって共有されるALKタンパク質の細胞質部分の断片であり、ヒト白血球抗原 (HLA) と結合し、かつ1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を誘発する、単離されたALKペプチドが提供される。T細胞増殖を増加させかつ抗腫瘍効果を大幅に増強するために、両親媒性コンジュゲートで修飾された単離されたALKペプチドもまた提供される。本発明はまた、単離されたALKペプチドをコードするポリヌクレオチド、単離されたALKペプチドまたはポリヌクレオチドを含むワクチン、それらの免疫原性組成物、およびそれらを投与するためのキットを提供する。ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、ワクチン、またはそれらの免疫原性組成物を投与することにより、対象において処置する方法および免疫応答を生じさせる方法が提供される。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2019年9月18日に出願された米国仮特許出願第62/902,096号に対する優先権およびその恩典を主張する国際PCT出願であり、その全内容は全体として参照により本明細書に組み入れられる。

発明の背景
未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) は、インスリン受容体スーパーファミリーに属する受容体チロシンキナーゼであり、脳および神経系の発達において重要な役割を果たしている。ALKはプロテアソームによってペプチドにプロセシングされ、抗原プロセシング関連輸送体-1および-2（TAP1およびTAP2）によって小胞体に輸送され、HLAクラスI分子に結合する。ALKは、成人期には正常組織によって最小限に発現される。しかしながら、ALKは、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、および神経芽細胞腫などの腫瘍によって異常に発現される。さらにまれに、ALKは、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマによって発現される。したがって、ALKは異なる種類のがんで共有される理想的な抗原である。ALKは、他の遺伝子との融合遺伝子を形成することにより、追加の遺伝子コピーを獲得することにより、または遺伝子変異により、発がん性となり得る。例えば、2;5染色体転座により、ALK遺伝子とヌクレオフォスミン (NPM) 遺伝子からなる融合遺伝子が形成される。NPM-ALK転座は、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) のおよそ60%と関連している。

肺がんは、世界的にがん関連死の最も一般的な原因であり、米国におけるALK陽性非小細胞肺がん (NSCLC) の年間発症数は約8,000例である。EML4-ALK陽性肺がんは、棘皮動物微小管関連タンパク質様4 (EML4) 遺伝子がALK遺伝子に融合された原発性悪性肺腫瘍である。NSCLCの約3～7%は、ALK遺伝子中にEML4-ALK再配列を保有している。

クリゾチニブ、セリチニブ、アレクチニブ、ブリガチニブ、およびロルラチニブを含むいくつかのALKチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) が、ALK再配列NSCLCの処置に利用可能である。残念ながら、これらの薬物に対する耐性は、種々の機構を通じて1～2年以内に生じる。利用可能なALK阻害剤に対して患者が耐性を獲得すると、この集団におけるPD-1経路阻害剤に対する奏効率は非常に低いため、患者は典型的に、免疫療法ではなく細胞毒性化学療法で処置される。ペムブロリズマブ（Keytruda（登録商標））およびニボルマブ（Opdivo（登録商標））などのPD-1阻害剤は、肺がん全般、特に喫煙関連がんの処置に革命をもたらしているが、ALK陽性肺がんを有する大部分の患者はこれらの免疫療法に反応しない。したがって、ALK陽性NSCLCおよびその他の腫瘍におけるさらなるALK標的療法の開発が明らかに必要とされている。

参照による組み入れ
本明細書において言及される出版物、特許、および特許出願はすべて、それぞれ個々の出版物、特許、または特許出願が具体的にかつ個別に参照により組み入れられることが示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み入れられる。別段の表示がない限り、本明細書において言及される出版物、特許、および特許出願は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。

以下に記載されるように、本発明は、未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) 再配列を有するがんおよびALKタンパク質を発現するがんによって共有されるALKタンパク質の細胞質部分の断片であり、ヒト白血球抗原 (HLA) と結合し、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を誘発する、単離されたALKペプチドに注目する。T細胞増殖を増加させ、抗腫瘍効果を大幅に増強するために、単離されたALKペプチドを両親媒性コンジュゲートで修飾してもよい。単離されたALKペプチドをコードするポリヌクレオチド、単離されたALKペプチドまたはポリヌクレオチドを含むワクチン、それらの免疫原性組成物、およびそれらを投与するためのキットもまた提供される。ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、ワクチン、またはそれらの免疫原性組成物を投与することにより、対象において処置する方法および免疫応答を生じさせる方法が提供される。

1つの局面において、本発明は、単離された未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、(i) ALK再配列を有するがんおよびALKタンパク質を発現するがんによって共有されるALKタンパク質の細胞質部分の断片であり；(ii) ヒト白血球抗原 (HLA) と結合することができ；かつ(iii) 1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列AMLDLLHVAを含まない、単離されたALKペプチドを提供する。いくつかの態様において、ALKペプチドは、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列RPRPSQPSSLを含む。いくつかの態様において、ALKペプチドは、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列IVRCIGVSLを含む。いくつかの態様において、ALKペプチドは、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列VPRKNITLIを含む。いくつかの態様において、ALKペプチドは、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列TAAEVSVRVを含む。

いくつかの態様において、ペプチドは、表3、表4、または表5に記載された配列と少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ペプチドは、表3、表4、または表5に記載されたものより選択されるアミノ酸配列を含むか、または該アミノ酸配列からなる。いくつかの態様において、ペプチドは、

より選択されるアミノ酸配列と少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様において、ALK抗原は両親媒性物質にコンジュゲートされている。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。いくつかの態様において、1つまたは複数のALK陽性がんは、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマからなる群より選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数のALK陽性がんは非小細胞肺がん (NSCLC) である。いくつかの態様において、1つまたは複数のALK陽性がんは未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) である。

いくつかの態様において、HLAは、HLAクラスI対立遺伝子によってコードされる。いくつかの態様において、HLAクラスI対立遺伝子は、表1、表2、または表3に記載されたものより選択される。いくつかの態様において、HLAクラスI対立遺伝子は、HLA A^*02:01、HLA A^*68:02、HLA B^*07:02、またはHLA C^*07:02である。いくつかの態様において、ALKタンパク質は全長ヒトALKタンパク質である。いくつかの態様において、ALK再配列は、ヌクレオフォスミン-ALK再配列 (NPM-ALK) または棘皮動物微小管関連タンパク質様4-ALK再配列 (EML4-ALK) である。

1つの局面において、本発明は、ALKペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。別の局面において、本発明は、ALKペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むワクチンを提供する。さらに別の態様において、本発明は、ALKペプチドを含むワクチンを提供する。

1つの局面において、本発明は、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができる2種またはそれ以上の単離された合成未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドを含むワクチンであって、2種またはそれ以上の単離されたALKペプチドが、表3、表4、または表5に記載されたものより選択される、前記ワクチンを提供する。1つの態様において、2種またはそれ以上のALKペプチドは、

より選択される2つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、2種またはそれ以上のALKペプチドは、以下の組み合わせ：

のうちの少なくとも1つを含む。

別の態様において、2種またはそれ以上のALKペプチドのうちの少なくとも1種は、両親媒性物質にコンジュゲートされている。別の態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

1つの局面において、本発明は、ワクチンと、薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤とを含む、免疫原性組成物を提供する。1つの態様において、免疫原性組成物はアジュバントをさらに含む。いくつかの態様において、アジュバントは、カルボキシメチルセルロース、ポリイノシン酸-ポリシチジル酸、およびポリ-L-リジン二本鎖RNAの合成複合体（ポリICLC）、またはCpGオリゴヌクレオチドである。いくつかの態様において、アジュバントは両親媒性物質にコンジュゲートされている。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

1つの局面において、本発明は、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の有効量を対象に投与することにより、対象においてALK陽性がんを処置する方法を提供する。別の局面において、本発明は、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の有効量を対象に投与することにより、1つまたは複数のALK陽性がんを有する対象を処置する方法を提供する。いくつかの態様において、処置する方法は、ALK阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、および／またはチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) のうちの1つまたは複数の有効量を対象に同時にまたは連続して投与する段階をさらに含む。いくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死タンパク質1 (PD-1) 阻害剤、プログラム死リガンド1 (PD-L1) 阻害剤、または細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4 (CTLA-4) 阻害剤のうちの1つまたは複数より選択される。いくつかの態様において、PD-1阻害剤は、抗PD1抗体である。いくつかの態様において、ALK阻害剤はロルラチニブである。いくつかの態様では、抗PD1抗体はロルラチニブと組み合わせて投与される。いくつかの態様では、アジュバントが対象に同時に投与される。

いくつかの態様において、ALK陽性がんは、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマからなる群より選択される。いくつかの態様において、ALK陽性がんは非小細胞肺がん (NSCLC) である。いくつかの態様において、ALK陽性がんは未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) である。

いくつかの態様において、対象は、少なくとも1種のチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) による少なくとも1回の前処置を受けている。いくつかの態様において、投与する段階は、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の1回または複数回の用量を含む。いくつかの態様において、投与する段階は、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の少なくとも6回の初回刺激用量および少なくとも2回の追加免疫用量を含む。

1つの局面において、本発明は、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の有効量を対象に投与することにより、対象において免疫応答を生じさせる方法を提供する。いくつかの態様では、免疫応答によってTリンパ球が産生される。

別の局面において、本発明は、1つまたは複数のALK陽性がんを有する対象に投与するための物質を含むキットであって、該物質がALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物を含む、前記キットを提供する。

本発明によって定義される組成物および物品は、以下に提供される実施例に関連して単離されたまたはその他の方法で製造されたものである。本発明の他の特徴および利点は、詳細な説明から、および特許請求の範囲から明らかになるであろう。

定義
特に定義されない限り、本明細書で用いられる専門用語および科学用語はすべて、本発明が属するかまたは関連する技術分野の当業者によって共通して理解されている意味を有する。以下の参考文献は、本発明において用いられる用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する：Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (2nd ed. 1994)；The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker ed., 1988)；The Glossary of Genetics, 5th Ed., R. Rieger et al. (eds.), Springer Verlag (1991)；Benjamin Lewin, Genes V, published by Oxford University Press, 1994 (ISBN 0-19-854287-9)；Kendrew et al. (eds.); The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9)；Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, Robert A. Meyers (ed.), published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8)；およびHale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991)。本明細書で用いられる場合、以下の用語は、特に指定がない限り、以下でそれらに割り当てられる意味を有する。

「アジュバント」とは、抗原に対する免疫応答を非特異的に増強する物質または媒体を意味する。アジュバントには、抗原が吸着される鉱物（例えば、ミョウバン、水酸化アルミニウム、もしくはリン酸塩）の懸濁液；または抗原溶液が鉱物油中に乳化される油中水型乳濁液（例えば、フロイント不完全アジュバント）であって、場合によっては、抗原性をさらに増強するために死滅マイコバクテリアを含めたもの（フロイント完全アジュバント）が含まれ得る。免疫賦活性オリゴヌクレオチド（CpGモチーフを含むものなど）もまた、アジュバントとして使用することができる（例えば、米国特許第6,194,388号；第6,207,646号；第6,214,806号；第6,218,371号；第6,239,116号；第6,339,068号；第6,406,705号；および第6,429,199号を参照されたい）。アジュバントには、共刺激分子などの生体分子もまた含まれる。生物学的アジュバントの例には、非限定的に、インターロイキン-1 (IL-2)、タンパク質メモリーT細胞誘引物質「活性化制御で、正常Tで発現および分泌される」(RANTES)、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子 (GM-CSF)、腫瘍壊死因子-アルファ (TNF-α)、インターフェロン-ガンマ (IFN-γ)、顆粒球コロニー刺激因子 (G-CSF)、リンパ球機能関連抗原3（LFA-3、CD58とも称される）、分化抗原群72 (CD72)、（B細胞応答性の負の調節因子）、末梢膜タンパク質B7-1（B7-1、CD80とも称される）、末梢膜タンパク質B7-2（B7-2、CD86とも呼ばれる）、TNFリガンドスーパーファミリーメンバー4リガンド (OX40L)、またはTNFスーパーファミリーに属する2型膜貫通型糖タンパク受容体 (4-1BBL) が含まれる。いくつかの態様において、アジュバントは、H. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014) に記載されているように、両親媒性物質にコンジュゲートされてもよい。いくつかの態様において、アジュバントにコンジュゲートされる両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

「投与する」とは、組成物、物質、治療薬などを対象に与える、供給する、もしくは調剤すること、または組成物などを対象に適用するもしくは対象と接触させることを意味する。投与することまたは投与は、例えば、非限定的に、局所、経口、皮下、筋肉内、腹腔内、静脈内 (IV)、注射、くも膜下腔内、筋肉内、経皮、皮内、頭蓋内、吸入、直腸、膣内、または眼内などのいくつかの経路のいずれかによって達成され得る。

「物質」とは、任意の小分子化合物、抗体、核酸分子、ペプチド、ポリペプチド、またはそれらの断片を意味する。

「ALKポリペプチド」または「ALKペプチド」とは、GenBankアクセッション番号：BAD92714.1、ACY79563、またはACI47591と関連する未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) アミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を有するタンパク質またはその断片であり、免疫化された対象においてALK特異的免疫応答を誘導することができるものを意味する。いくつかの態様において、ALKポリペプチドは、ヒト (Homo Sapiens) のALKタンパク質と少なくとも少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。ヒト由来の例示的なALK全長アミノ酸配列を以下に提供する（太字フォントはALK細胞質部分）：

ヒト由来の例示的な全長ALKアミノ酸配列を以下に提供する：

例示的なALKポリペプチド配列は、UniProtアクセッション番号 >sp|Q9UM73|ALK_HUMAN ALK tyrosine kinase receptor OS=Homo sapiens OX=9606 GN=ALK PE=1 SV=3において提供されている:

例示的なALKペプチドアミノ酸配列を、表3、表4、および表5に提供する。
例示的なALKペプチドアミノ酸配列は以下の通りである：RPRPSQPSSL。
例示的なALKペプチドアミノ酸配列は以下の通りである：IVRCIGVSL。
例示的なALKペプチドアミノ酸配列は以下の通りである：VPRKNITLI。
例示的なALKペプチドアミノ酸配列は以下の通りである：TAAEVSVRV。
例示的なALKペプチドアミノ酸配列は以下の通りである：AMLDLLHVA。

「ALKポリヌクレオチド」とは、ALKポリペプチドまたはその断片（抗原または抗原タンパク質）をコードする任意の核酸分子を意味する。ヒト由来の例示的な全長ALK核酸配列を以下に提供する:

「変更」とは、本明細書において記載されるような当技術分野で公知の標準的な方法によって検出される、遺伝子またはポリペプチドの発現レベルまたは活性の変化（増加または減少）を意味する。本明細書で用いられる場合、変更には、発現レベルの5%の変化、発現レベルの10%の変化、好ましくは発現レベルの25%の変化、より好ましくは40%の変化、および最も好ましくは50%またはそれ以上の変化が含まれる。

「寛解させる」とは、疾患または病的状態の発生または進行を減少させる、軽減する、遅らせる、弱める、抑制する、減弱する、停止させる、または安定化することを意味する。

「抗体」とは、Bリンパ球によって産生され、特定のアミノ酸配列を有する免疫グロブリン (Ig) 分子を意味する。抗体は、特定の抗原（免疫原）に曝露された後に、対象（ヒトまたは他の動物もしくは哺乳動物）において惹起または誘発される。特定の抗原／免疫原に向けられた抗体／免疫グロブリン（すなわち、免疫応答）を生じることができる対象は、免疫正常であると称される。抗体は、抗原または免疫原と何らかの実証可能な方法で特異的に反応する（例えば、結合する）ことを特徴とし、抗体と抗原／免疫原はそれぞれ他方の用語で定義される。

「抗体応答を誘発すること」は、抗原、免疫原、またはその他の分子が抗体の産生を誘導する能力を指す。抗体は、異なるクラス、例えば、IgM、IgG、IgA、IgE、IgD、およびサブタイプまたはサブクラス、例えば、IgG1、IgG2、IgG2a、IgG2b、IgG3、IgG4のものである。対象において誘発された抗体／免疫グロブリン応答は、病原（例えば、疾患を引き起こす）因子上のエピトープ（抗原決定基）に結合し、該因子の活性を阻止もしくは阻害することによって、および／または例えば肝臓を介して対象の系から除去される該因子との結合複合体を形成することによって、該因子を中和し得る。

「両親媒性物質」とは、親水性と親油性の両方の特性を有する化合物を意味する。そのような化合物は、両親媒性 (amphiphilic) または両親媒性 (amphipathic) と称される。両親媒性物質は、溶解度促進性極性ポリマー鎖によって抗原またはアジュバントカーゴにコンジュゲートまたは連結されてもよい。いくつかの態様において、両親媒性物質はアジュバントにコンジュゲートまたは連結されている。いくつかの態様において、アジュバントはフロイントアジュバントである。いくつかの態様において、両親媒性物質は、ALK抗原または免疫原にコンジュゲートまたは連結されている。いくつかの態様において、両親媒性物質は親油性アルブミン結合尾部である。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

「抗原」とは、動物に注入または吸収される組成物を含む、動物において免疫応答を刺激することができる物質（例えば、ポリペプチド、ペプチド）を意味する。抗原は、異種免疫原によって誘導されるものを含む、特異的な体液性または細胞性免疫の産物と反応する。開示される組成物および方法のいくつかの態様において、抗原はALKタンパク質またはその抗体結合部分である。対象において免疫応答を誘発または刺激する抗原は、「免疫原」と称される。

「コドン最適化」された核酸（ポリヌクレオチド）は、特定の系（特定の種または種の群など）における発現のためにコドンが最適であるように変更された核酸配列を指す。例えば、核酸配列を、哺乳動物細胞における発現のために最適化することができる。コドン最適化により、コードされるタンパク質のアミノ酸配列は変更されない。

本開示において、「含む (comprises)」、「含むこと (comprising)」、「含有すること」、および「有すること」などは、米国特許法においてそれらに割り当てられた意味を有してよく、「含む (includes)」、「含むこと (including)」などを意味し得る；「～から本質的になること」または「本質的になる」も同様に、米国特許法において割り当てられた意味を有し、本用語は非制限的であり、列挙されたものの基本的または新規な特徴が、列挙されたもの以外の存在によって変化しない限り、列挙されたもの以外の存在を許容するが、先行技術の態様は除外する。

「検出する」は、検出しようとする分析物、化合物、物質、または物の存在、非存在、または量を同定することを指す。

「検出可能な標識」とは、関心対象の分子に連結された場合に、例えば、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって、後者を検出可能にする組成物を意味する。有用な検出可能な標識の非限定的な例には、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、高電子密度の試薬、（例えば、ELISAにおいて一般的に用いられる）酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、またはハプテンが含まれる。

「疾患」とは、細胞、組織、または臓器の正常な機能を損傷または妨害する任意の状態、障害、または病態を意味する。疾患の例には、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされるもの（例えば、ALK陽性がん）が含まれる。いくつかの態様において、がんはALK陽性がんである。「ALK陽性がん」とは、ALKタンパク質を発現しているがんまたは腫瘍を意味する。ALK陽性がんの非限定的な例には、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマが含まれる。ALK陽性がんは、他の遺伝子との融合遺伝子を形成するか、追加の遺伝子コピーを獲得するか、または遺伝的に変異している発がん性ALK遺伝子によって引き起こされる可能性がある。いくつかの態様において、ALK陽性がんは、ALK融合タンパク質をコードするALK融合遺伝子によって引き起こされる。いくつかの態様において、ALK陽性がんは、NPM-ALK融合タンパク質をコードする、ALK遺伝子とヌクレオフォスミン (NPM) 遺伝子との間の融合によって引き起こされる。いくつかの態様において、ALK陽性がんは、ELM4-ALK融合タンパク質をコードする、ALK遺伝子と棘皮動物微小管関連タンパク質様4 (EML4) 遺伝子との間の融合によって引き起こされる。

「有効量」とは、未処置の患者と比較して、疾患、状態、または病態の症状および／または影響を寛解させる、軽減する、遅らせる、改善する、無効にする、弱める、または排除するのに必要な、活性治療剤、組成物、化合物、生物製剤（例えば、ワクチン、または治療用ペプチド、ポリペプチド、もしくはポリヌクレオチド）の量を意味する。いくつかの態様において、ALKペプチドの有効量は、そのペプチドで免疫化された対象においてALK特異的免疫応答を誘導するのに必要な量である。疾患、状態、または病態の治療的処置の方法を実践するために用いられる免疫原または免疫原を含む組成物の有効量は、投与様式、対象の年齢、体重、および一般的な健康状態に応じて変わる。最終的には、担当医または担当獣医が適切な量および投与計画を決定することになる。そのような量は「有効」量と称される。

本発明は、本明細書において描写される方法によって特徴付けられる疾患または障害を処置するための非常に特異的な薬物の開発に有用ないくつかの標的を提供する。加えて、本発明の方法は、対象において使用するのに安全である治療法を同定するための容易な手段を提供する。加えて、本発明の方法は、本明細書に記載される疾患に対する効果について、高容量スループット、高感度、かつ低複雑性で実質的に多くの化合物を分析するための経路を提供する。

「治療有効量」は、特定の物質で処置された対象において所望の効果をもたらすのに十分なその物質の量を指す。例えば、これは、対象において免疫応答を誘発し、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を処置および／または予防するのに有用なALK特異的抗原、免疫原、免疫原性組成物、またはワクチンの量であってよい。理想的には、本開示の状況において、ALK特異的ワクチンまたは免疫原性組成物の治療有効量は、対象において実質的な細胞毒性効果を引き起こすことなく、対象において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を予防する、寛解させる、軽減する、遅らせる、および／または処置するのに十分な量である。対象において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を予防する、遅らせる、寛解させる、軽減する、および／または処置するのに有用なALK特異的ワクチンまたは免疫原性組成物の有効量は、例えば、前記のように、処置を受ける対象、治療用組成物の投与様式、および他の要因に依存する。

「断片」とは、ポリペプチドまたは核酸分子の一部を意味する。この部分は、好ましくは、参照核酸分子またはポリペプチドの全長の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、または90%を含有する。断片は、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、20個、30個、40個、50個、60個、70個、80個、90個、または100個、200個、300個、400個、500個、600個、700個、800個、900個、または1000個のヌクレオチドまたはアミノ酸を含有し得る。ポリペプチドの一部または断片は、ペプチドであってよい。抗体または免疫グロブリン断片の場合、断片は典型的には標的抗原に結合する。

「融合タンパク質」とは、2つの異なる（異種）タンパク質またはペプチドの少なくとも一部をコードする核酸配列から操作された核酸（ポリヌクレオチド）配列の発現によって生成されるタンパク質を意味する。融合タンパク質を作製するためには、核酸配列は同じオープンリーディングフレーム内に存在していなければならず、かつ内部終止コドンを含有してはならない。一方のタンパク質は、融合タンパク質のアミノ末端（N末端）部分またはカルボキシ末端（C末端）タンパク質に位置することができ、したがってそれぞれアミノ末端融合タンパク質またはカルボキシ末端融合タンパク質が形成される。

例えば、融合タンパク質は、異種タンパク質に融合されたALKタンパク質を含む。いくつかの態様において、融合タンパク質は、ヌクレオフォスミン (NPM) タンパク質に融合されたALKタンパク質である。いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、ヒトのNPM-ALK融合タンパク質と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（太字フォントはALK細胞質部分）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（GenBank：AAA58698.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的な核酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である核酸配列によってコードされる：

いくつかの態様において、融合タンパク質は、棘皮動物微小管関連タンパク質様4 (EML4) タンパク質に融合されたALKタンパク質である。いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、ヒトのELM4-ALK融合タンパク質またはその変種と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なELM4-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（GenBank：BAM37627.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的な核酸配列（GenBank：AB274722.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である核酸配列によってコードされる：

いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なELM4-ALK変種1融合タンパク質アミノ酸配列（GenBank: BAF73611.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

「遺伝子ワクチン」とは、抗原をコードするポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物を意味する。

「ハイブリダイゼーション」は、相補的核酸塩基間の、ワトソン・クリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型水素結合であってよい水素結合を意味する。例えば、DNAでは、アデニンとチミンおよびシトシンとグアニンがそれぞれ、水素結合の形成を介して対形成する相補的核酸塩基である。「ハイブリダイズする」とは、ストリンジェンシーの様々な条件下で、相補的なポリヌクレオチド配列（例えば、遺伝子）またはその一部の間で対形成して二本鎖分子を形成することを意味する。（例えば、Wahl, G. M. and S. L. Berger, (1987), Methods Enzymol., 152:399；Kimmel, A. R., (1987), Methods Enzymol. 152:507を参照されたい）。

例として、ストリンジェントな塩濃度は通常、約750 mM NaClおよび75 mMクエン酸三ナトリウム未満、好ましくは約500 mM NaClおよび50 mMクエン酸三ナトリウム未満、およびより好ましくは約250 mM NaClおよび25 mMクエン酸三ナトリウム未満である。低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、有機溶媒、例えばホルムアミドの非存在下で得ることができ、高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、少なくとも約35%のホルムアミド、およびより好ましくは少なくとも約50%のホルムアミドの存在下で得ることができる。ストリンジェントな温度条件には通常、少なくとも約30℃の、より好ましくは少なくとも約37℃の、および最も好ましくは少なくとも約42℃の温度が含まれる。ハイブリダイゼーション時間、界面活性剤、例えばドデシル硫酸ナトリウム (SDS) の濃度、および担体DNAを含めるかまたは含めないかなどの様々な付加的パラメータが、当業者に周知である。様々なレベルのストリンジェンシーが、これらの様々な条件を必要に応じて組み合わせることによって達成される。好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、750 mM NaCl、75 mMクエン酸三ナトリウム、および1% SDS中、30℃で行われる。より好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、500 mM NaCl、50 mMクエン酸三ナトリウム、1% SDS、35%ホルムアミド、および100μg/ml変成サケ精子DNA (ssDNA) 中、37℃で行われる。最も好ましい態様において、ハイブリダイゼーションは、250 mM NaCl、25 mMクエン酸三ナトリウム、1% SDS、50%ホルムアミド、および200μg/ml ssDNA中、42℃で行われる。これらの条件の有用な変動は、当業者に容易に明らかであろう。

大部分の適用に関して、ハイブリダイゼーションに続く洗浄段階もまた、ストリンジェンシーが異なる。洗浄のストリンジェンシー条件は、塩濃度によって、および温度によって規定され得る。上記のように、洗浄ストリンジェンシーは、塩濃度を下げることによって、または温度を上げることによって高めることができる。例えば、洗浄段階のためのストリンジェントな塩濃度は、好ましくは、約30 mM NaClおよび3 mMクエン酸三ナトリウム未満、ならびに最も好ましくは約15 mM NaClおよび1.5 mMクエン酸三ナトリウム未満である。洗浄段階のためのストリンジェントな温度条件には通常、少なくとも約25℃の、より好ましくは少なくとも約42℃の、およびさらにより好ましくは少なくとも約68℃の温度が含まれる。好ましい態様において、洗浄段階は、30 mM NaCl、3 mMクエン酸三ナトリウム、および0.1% SDS中、25℃で行われる。より好ましい態様において、洗浄段階は、15 mM NaCl、1.5 mMクエン酸三ナトリウム、および0.1% SDS中、42℃で行われる。より好ましい態様において、洗浄段階は、15 mM NaCl、1.5 mMクエン酸三ナトリウム、および0.1% SDS中、68℃で行われる。これらの条件の付加的な変動は、当業者に容易に明らかであろう。ハイブリダイゼーション技法は当業者に周知であり、例えば、Benton and Davis (Science 196:180, 1977)；Grunstein and Hogness (Proc. Natl. Acad. Sci., USA 72:3961, 1975)；Ausubel et al. (Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience, New York, 2001)；Berger and Kimmel (Guide to Molecular Cloning Techniques, 1987, Academic Press, New York)；およびSambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New Yorkに記載されている。

「免疫原」とは、動物に注入または吸収される組成物を含む、適切な条件下で、動物においてT細胞応答の生成などの免疫応答を誘発または刺激することができる物質を意味する。本明細書で用いられる場合、「免疫原性組成物」は、免疫原（ALKポリペプチドなど）を含む組成物または免疫原（ALKポリペプチドなど）を含むワクチンである。当業者によって認識されるように、対象が疾患に罹患するかまたは本格的な疾患を経験する前に、必要としている対象に投与される場合、免疫原性組成物は予防的であり得、対象が免疫応答、例えば細胞免疫応答を誘発して、疾患を防ぐか、またはより重篤な疾患もしくは状態および／またはその症状を防ぐ結果となり得る。対象が疾患に罹患した後に、必要としている対象に投与される場合、免疫原性組成物は治療的であり得、対象が免疫応答、例えば細胞性免疫応答を誘発して、例えば、疾患および／またはその症状を軽減する、弱める、無効にする、寛解させる、または排除することによって、疾患を処置する結果をもたらし得る。いくつかの態様において、免疫応答はB細胞応答であり、抗原または抗原配列を含む免疫原または免疫原性組成物に対して向けられた抗体、例えば中和抗体の産生をもたらす。いくつかの態様において、免疫応答はT細胞応答であり、Tリンパ球の産生をもたらす。前述と同様の様式で、いくつかの態様において、免疫原性組成物またはワクチンは予防的であり得る。いくつかの態様において、免疫原性組成物またはワクチンは治療的であり得る。いくつかの態様において、疾患は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる（例えば、ALK陽性がん）。いくつかの態様において、がんはALK陽性がんである。いくつかの態様において、ALK陽性がんは、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、メラノーマ、またはそれらの組み合わせである。

「免疫応答」という用語は、免疫応答細胞によって媒介される任意の応答を意味する。免疫応答の一例では、抗原（例えば、異物）への曝露に応答して、白血球が動員されて、種々の異なる特異的機能を実行する。免疫応答は、関与する細胞の種類によって異なる多因子過程である。免疫応答には、細胞性応答（例えば、T細胞応答）、体液性応答（B細胞／抗体応答）、生得的応答、およびそれらの組み合わせが含まれる。

「免疫原性組成物」とは、免疫化された対象において免疫応答を誘発する、抗原、抗原配列、または免疫原を含む組成物を意味する。

「免疫化する」（または免疫化）という用語は、ワクチン接種などにより、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患もしくは病態またはその症状（例えば、ALK陽性がん）から対象を保護することを指す。

「単離された」、「精製された」、または「生物学的に純粋な」という用語は、その天然状態で見出される通常それに付随する成分が様々な程度まで除去されている物質を指す。「単離する」とは、最初の供給源または周囲からのある程度の分離を示す。「精製する」とは、単離よりも高度の分離を示す。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、いかなる不純物もタンパク質の生物学的特性に実質的に影響を及ぼさず、または他の有害事象を引き起こさないように、他の物質が十分に除去されている。すなわち、核酸、タンパク質、またはペプチドは、組換えDNA技法によって生成された場合には、細胞物質、細片、非関連のウイルス物質、もしくは培養液を実質的に含まないのであれば、または化学合成された場合には、化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まないのであれば、精製されている。純度および均一性は典型的には、標準的な精製方法および分析化学技法、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーを用いて決定される。「精製された」という用語は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に1本のバンドを生じることを示し得る。修飾、例えばリン酸化またはグリコシル化に供され得るタンパク質に関して、異なる修飾は異なる単離されたタンパク質を生じる場合があり、それらは別々に精製され得る。「単離された」という用語はまた、組換え核酸またはタンパク質、および化学合成された核酸またはペプチドを包含する。

「単離されたポリヌクレオチド」とは、本発明の核酸分子の由来元である生物の天然ゲノムにおいてこの遺伝子に隣接する遺伝子を含まない核酸（例えば、DNA分子）を意味する。本用語は、例えば、ベクター中に；自己複製プラスミドもしくはウイルス中に；原核生物もしくは真核生物のゲノムDNA中に組み込まれているか；または他の配列とは独立した別個の分子（例えば、cDNA、またはPCRもしくは制限エンドヌクレアーゼ消化によって生じたゲノム断片もしくはcDNA断片）として存在する組換えDNAを含む。加えて、本用語は、DNA分子から転写されたRNA分子、および付加的なポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えDNAを含む。

「単離されたポリペプチド」とは、天然でそれに付随する成分から分離されている本発明のポリペプチドを意味する。典型的には、ポリペプチドは、それが天然で会合しているタンパク質および天然有機分子を少なくとも40重量%、少なくとも50重量%、少なくとも60重量%含まない場合に、単離されている。好ましくは、単離されたポリペプチド調製物は、それが天然で会合しているタンパク質および天然有機分子を少なくとも75重量%、より好ましくは少なくとも90重量%、および最も好ましくは少なくとも99重量%含まない。単離されたポリペプチドは、例えば、天然供給源からの抽出によって；そのようなポリペプチドをコードする組換え核酸の発現によって；またはタンパク質を化学合成することによって、得ることができる。純度は、任意の標準的な適切な方法、例えば、カラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、またはHPLC分析によって測定することができる。単離されたポリペプチドは、本明細書に記載される方法によって生成されたALK抗原または免疫原ポリペプチドを指し得る。

「リンカー」とは、融合タンパク質の2つのポリペプチドまたはペプチド間のスペーサーとして機能する1個または複数個のアミノ酸を意味する。

「マーカー」とは、疾患、状態、病態、または障害に関連する発現レベルまたは活性の変化を有する任意のタンパク質またはポリヌクレオチドを意味する。

本明細書で用いられる場合、「物質を得ること」におけるような「得ること」は、物質を合成すること、単離すること、購入すること、またはその他の方法で取得することを含む。

「機能的に連結された」という用語は、本明細書で用いられる核酸配列を指す。例として、第1核酸配列が第2核酸配列と機能的な関係に配置されている場合に、第1核酸配列は第2核酸配列に機能的に連結されている。例えば、プロモーターがコード配列の転写または発現に影響を与える（を可能にする）場合、プロモーターはコード配列に機能的に連結されている。一般に、機能的に連結されたDNA配列は連続しており、2つのタンパク質コード領域を結合する必要がある場合には、同じオープンリーディングフレーム内にある。

記載される方法によって生成されるALKタンパク質（抗原タンパク質）をコードする核酸配列は、当技術分野で実践されている手順および技法を用いて、コドン最適化およびRNA最適化（RNA安定性を高めるためなど）を介して、哺乳動物細胞における発現のために最適化することができる。

「オープンリーディングフレーム (ORF)」とは、いかなる終止コドンも含まずにアミノ酸をコードする一連のヌクレオチドトリプレット（コドン）を意味する。これらの配列は通常、ペプチドまたはポリペプチドに翻訳可能である。

「薬学的に許容される媒体」という用語は、特に哺乳動物対象、例えばヒト対象において使用するための生理的かつ薬学的に許容される従来の担体（媒体）および賦形剤を指す。そのような薬学的に許容される媒体は、関連技術分野の当業者に公知であり、Remington's Pharmaceutical Sciences, by E. W. Martin, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 15th Edition (1975) およびその改訂版において容易に見出すことができ、それらは、1つまたは複数のワクチンなどの1つまたは複数の治療用または免疫原性組成物および付加的な医薬品の薬学的送達に適した組成物および製剤を記載している。一般に、薬学的に許容される担体の性質は、用いられる特定の投与様式に依存する。例えば、非経口用製剤は通常、水、生理食塩水、平衡塩類溶液、デキストロース水溶液、グリセロールなどの薬学的かつ生理的に許容される流体を媒体として含む注射用流体／液体を含む。固体組成物（例えば、散剤、丸剤、錠剤、またはカプセル剤形態）の場合、従来の非毒性固体担体には、例えば、医薬品等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、またはステアリン酸マグネシウムが含まれてよく、これらは典型的には組成物または薬物を安定化し、および／またはその半減期を延長する。生物学的に中性の担体に加えて、投与しようとする薬学的組成物は、湿潤剤もしくは乳化剤、保存剤、およびpH緩衝剤など、例えば酢酸ナトリウムまたはソルビタンモノラウレートなどの微量の非毒性補助物質を含有し得る。

「プラスミド」とは、宿主細胞内で自律的に複製可能な環状核酸分子を意味する。

「タンパク質」、「ペプチド」、「ポリペプチド」、およびそれらの文法上の等価物は、本明細書において互換的に用いられ、ペプチド（アミド）結合によって共に連結されたアミノ酸残基のポリマーを指す。本用語は、任意のサイズ、構造、または機能のタンパク質、ペプチド、またはポリペプチドを指す。典型的には、タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドは、少なくとも3アミノ酸長である。タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドは、個々のタンパク質またはタンパク質の収集物を指し得る。タンパク質、ペプチド、またはポリペプチド中のアミノ酸のうちの1つまたは複数は、糖タンパク質のように、例えば、炭水化物基、ヒドロキシル基、リン酸基、ファルネシル基、イソファルネシル基、脂肪酸基、コンジュゲーション、官能化、または他の修飾のためのリンカー等などの化学的実体の付加によって修飾され得る。タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドはまた、単一分子であってよく、または多分子複合体であってもよい。タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドは、天然タンパク質またはペプチドの単に断片であってよい。タンパク質、ペプチド、またはポリペプチドは、天然、組換え、もしくは合成、またはそれらの任意の組み合わせであってよい。

いくつかの態様において、タンパク質は、タンパク質性部分、例えば核酸結合ドメインを構成するアミノ酸配列、および有機化合物、例えば核酸切断剤として作用し得る化合物を含む。いくつかの態様において、タンパク質は、核酸、例えばRNAまたはDNAと複合体されているか、または会合している。本明細書において提供されるタンパク質のいずれも、当技術分野で公知の任意の方法によって生成され得る。例えば、本明細書において提供されるタンパク質は、組換えタンパク質の発現および精製を介して生成することができ、これはペプチドリンカーを含む融合タンパク質に特に適している。組換えタンパク質の発現および精製のための方法は周知であり、Green and Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory M anual (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012)) に記載されているものを含み、その全内容は参照により本明細書に組み入れられる。

保存的アミノ酸置換とは、生じた場合に、元のタンパク質の特性をほとんど妨げない、すなわちタンパク質の構造および特に機能が保存され、そのような置換によって著しく変化しない置換である。保存的アミノ酸置換の例は、例えば米国特許出願公開第2015/0030628号に記載されているように、当技術分野で公知である。保存的置換では一般に、(a) 例えばシート状もしくはらせん状高次構造としての、置換領域におけるポリペプチド骨格の構造；(b) 標的部位における分子の電荷もしくは疎水性；および／または (c) 側鎖のかさが維持される。

タンパク質の特性に最大の変化をもたらすと一般に予測される置換は非保存的であり、例えば、(a) 親水性残基、例えばセリルもしくはトレオニルによって、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、もしくはアラニルが置換される（またはその逆）；(b) システインもしくはプロリンによって任意の他の残基が置換される（またはその逆）；(c) 陽性荷電側鎖を有する残基、例えば、リシル、アルギニル、もしくはヒスチジルによって、陰性荷電残基、例えば、グルタミルもしくはアスパルチルが置換される（またはその逆）；または (d) かさ高い側鎖を有する残基、例えばフェニルアラニンよって、側鎖を持たない残基、例えばグリシンが置換される（またはその逆）変化である。

「プロモーター」とは、核酸の転写を指示する一連の核酸制御配列である。プロモーターは、転写開始部位の近傍の必要な核酸配列を含む。プロモーターはまた任意に、遠位のエンハンサーまたはリプレッサー配列エレメントを含む。「構成的プロモーター」は、持続的に活性を有し、外部のシグナルまたは分子による調節を受けないプロモーターである。対照的に、「誘導性プロモーター」の活性は、外部のシグナルまたは分子（例えば、転写因子）によって調節される。例として、プロモーターはCMVプロモーターであってよい。

当業者によって認識されるように、「精製された」という用語は、絶対的な純度を必要とせず；むしろ相対的な用語として意図されている。したがって、例えば、精製されたペプチド、タンパク質、または他の活性化合物は、天然で会合しているタンパク質および他の混入物から全体的にまたは部分的に単離されたものである。ある特定の態様において、「実質的に精製された」という用語は、細胞、細胞培養液、または他の粗調製物から単離され、分画、クロマトグラフィー、または電気泳動などの日常的方法に供されて、タンパク質、細胞片、および他の成分などの最初の調製物の様々な成分が除去されたペプチド、タンパク質、または他の活性化合物を指す。

「組換え」核酸またはタンパク質は、天然には存在しない配列を有するか、または2つの通常であれば別個の配列セグメントの人工的な組み合わせによって作製された配列を有するものである。そのような人工的な組み合わせは、化学合成によって、または例えば遺伝子工学技法による単離された核酸セグメントの人工的な操作によって達成される場合が多い。「非天然」核酸またはタンパク質は、当技術分野で一般的に行われているような組換え技法、人工的操作、または遺伝子工学もしくは分子生物工学の手順および技法を介して作製され得るものである。

「減少する」とは、少なくとも5%、10%、25%、30%、40%、50%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、または100%の負の変化を意味する。

「参照」とは、標準または対照状態を意味する。

「参照配列」は、配列比較の基礎として用いられる規定の配列である。参照配列は、特定の配列のサブセットまたは全体；例えば、全長cDNAもしくは遺伝子配列のセグメント、または完全なcDNAもしくは遺伝子配列であってよい。ポリペプチドに関して、参照ポリペプチド配列の長さは一般に、少なくとも約16アミノ酸、好ましくは少なくとも約20アミノ酸、より好ましくは少なくとも約25アミノ酸、およびさらにより好ましくは約35アミノ酸、約50アミノ酸、または約100アミノ酸である。核酸に関して、参照核酸配列の長さは一般に、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約60ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約75ヌクレオチド、およびさらにより好ましくは約100ヌクレオチドもしくは約300ヌクレオチドまたはそれらの前後のもしくはそれらの間の任意の整数である。

「特異的に結合する」とは、ALKポリペプチド、ペプチド、またはワクチン産物などのポリペプチドを認識しそれと結合するが、ALKポリペプチドまたはペプチドなどの本発明のポリヌクレオチドを天然で含む試料、例えば生体試料中の他の分子を実質的に認識せず、それと実質的に結合しない化合物または抗体を意味する。

本明細書に記載される方法において有用な核酸分子には、記載されるポリペプチドまたはその断片をコードする任意の核酸分子が含まれる。そのような核酸分子は、内在性核酸配列と100%同一である必要はないが、典型的には実質的な同一性を示す。内在性配列と「実質的な同一性」を有するポリヌクレオチドは、典型的には、二本鎖核酸分子の少なくとも1本の鎖とハイブリダイズすることができる。

「実質的に同一の」とは、参照アミノ酸配列（例えば、本明細書に記載されるアミノ酸配列のいずれか1つ）または核酸配列（例えば、本明細書に記載される核酸配列のいずれか1つ）と少なくとも50%の同一性を示すポリペプチドまたは核酸分子を意味する。好ましくは、そのような配列は、比較に用いられた配列とアミノ酸レベルまたは核酸において、少なくとも60%、または少なくとも80%、または85%、または少なくとも90%、95%、98%、もしくはさらには99%と同程度に同一である。

「配列同一性」は、配列間の類似性によって表される、アミノ酸配列または核酸配列間の類似性を指す。配列同一性は、同一性（または類似性もしくは相同性）の割合の観点で測定される場合が多く；割合が高いほど、配列はより類似している。所与の遺伝子またはタンパク質の相同体または変種は、標準的な方法を用いて整列させた場合、比較的高度の配列同一性を有する。配列同一性は典型的には、配列解析ソフトウェア（例えば、the Genetics Computer Group、University of Wisconsin Biotechnology Center、1710 University Avenue, Madison, Wis. 53705の配列解析ソフトウェアパッケージ、BLAST、BESTFIT、GAP、またはPILEUP/PRETTYBOXプログラム）を用いて測定される。そのようなソフトウェアは、様々な置換、欠失、および／または他の修飾に相同性の程度を割り当てることによって、同一または類似の配列を一致させる。保存的置換には典型的には、以下の群：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リジン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシンの中での置換が含まれる。同一性の程度を決定するための例示的なアプローチでは、BLASTプログラムを使用することができ、e^-3～e^-100の確率スコアが、密接に関連した配列を示す。加えて、他のプログラムおよびアライメントアルゴリズムは、例えば、Smith and Waterman, 1981, Adv. Appl. Math. 2:482；Needleman and Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443；Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2444；Higgins and Sharp, 1988, Gene 73:237-244；Higgins and Sharp, 1989, CABIOS 5:151-153；Corpet et al., 1988, Nucleic Acids Research 16:10881-10890；Pearson and Lipman, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2444；およびAltschul et al., 1994, Nature Genet. 6:119-129に記載されている。NCBI Basic Local Alignment Search Tool (BLAST（商標）) (Altschul et al. 1990, J. Mol. Biol. 215:403-410) は、配列解析プログラムblastp、blastn、blastx、tblastn、およびtblastxと関連した使用のために、National Center for Biotechnology Information（NCBI、Bethesda, Md.）およびインターネット上を含むいくつかの情報源から容易に利用可能である。

「対象」とは、動物、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、または非ヒト哺乳動物、例えば、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ (ovine)、もしくはネコ哺乳動物、またはヒツジ (sheep)、ヤギ、ラマ、ラクダ、または齧歯類（ラット、マウス）、スナネズミ、もしくはハムスターを含むがこれらに限定されない哺乳動物を意味する。非限定的な例において、対象は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を有するか、該疾患を発症するリスクがあるか、または該疾患に罹患しやすい対象である。本明細書に記載される特定の局面において、対象は患者などのヒト対象である。

本明細書において提供される範囲は、最初の記載値および最後の記載値を含む、その範囲内の値のすべての省略表現であると理解される。例えば、1～50の範囲は、連続して、100またはそれ以上までなどの、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、またはそれ以上からなる群からの任意の数、数の組み合わせ、または部分範囲を含むと理解される。

本明細書で用いられる場合、「処置する」、「処置すること」、「処置」などの用語は、疾患、状態、障害、もしくは病態、および／またはそれに伴う症状を軽減する、弱める、減少させる、遅らせる、無効にする、寛解させる、または排除することを指す。限定する意図はないが、「処置すること」は典型的には、疾患、状態、障害、もしくは病態、および／またはそれに伴う症状が発症し始めた後に、疾患の重症度等ならびに関連する徴候および症状を軽減するために行われる治療介入に関連している。除外されてはいないが、障害または状態を処置することは、疾患、状態、障害、病態、またはそれに伴う症状が完全に取り除かれることを必要としないことが認識されるであろう。

本明細書で用いられる場合、「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的処置」などの用語は、疾患、障害、もしくは状態を有していないが、それを発症するリスクがあるかもしくは発症しやすい対象において、疾患状態もしくは疾患の完全発症を阻害するもしくは阻止すること、またはそのような対象において、疾患、障害、もしくは状態を発症する可能性を低下させることを指す。

本明細書で言及される場合、「形質転換された」または「トランスフェクトされた」細胞は、分子生物学的技法により核酸分子またはポリヌクレオチド配列が導入された細胞である。本明細書で用いられる場合、「トランスフェクション」という用語は、ウイルスベクターによるトランスフェクション、プラスミドベクターによる形質転換、ならびにエレクトロポレーション、リポフェクション、および微粒子銃加速による裸の核酸（DNAまたはRNA）の導入を含む、核酸分子またはポリヌクレオチドがそのような細胞に導入され得るすべての技法を包含する。

「ワクチン」とは、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患、状態、もしくは病態（例えば、ALK陽性がん）を処置するため、またはそのような疾患、状態、もしくは病態を予防するために対象に投与される、免疫応答を刺激（誘発）することができる免疫原性物質（例えば、タンパク質または核酸；ワクチン）の調製物を意味する。免疫原性物質には、例えば、ALK発現腫瘍または細胞株に由来する抗原タンパク質、ペプチド、またはDNAが含まれ得る。ワクチンは、対象において予防的 (prophylactic)（予防的 (preventative)）な免疫応答を誘発することができ；また、対象において治療的な応答の免疫応答を誘発することもできる。上述のように、ワクチン投与の方法はワクチンによって異なり、接種（静脈内もしくは皮下注射）、摂取、吸入、または他の投与形態などの経路または手段を含み得る。接種は、静脈内、皮下、または筋肉内などの非経口を含む多くの経路によって送達することができる。ワクチンはまた、免疫応答を強化するためにアジュバントと共に投与してもよい。

本明細書で用いられる場合、「ベクター」は、ベクターが宿主細胞において複製する、および／または宿主細胞に組み込まれる能力を破壊することなく、外来核酸を挿入することができる核酸（ポリヌクレオチド）分子を指す。ベクターは、複製開始点などの、宿主細胞内で複製することを可能にする核酸配列を含み得る。挿入型ベクターは、それ自体を宿主核酸に挿入することができる。ベクターはまた、1つまたは複数の選択マーカー遺伝子および他の遺伝子エレメントを含み得る。発現ベクターは、宿主細胞において挿入された1つまたは複数の遺伝子の転写および翻訳を可能にするために必要な調節配列を含有するベクターである。本開示のいくつかの態様において、ベクターはALKタンパク質をコードする。いくつかの態様において、ベクターはpTR600発現ベクター（米国特許出願公開第2002/0106798号；Ross et al., 2000, Nat Immunol. 1(2):102-103；およびGreen et al., 2001, Vaccine 20:242-248）である。

具体的に記載されない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書で用いられる場合、「または」という用語は包括的であると理解される。具体的に記載されない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書で用いられる場合、「1つの (a)」、「1つの (an)」、および「その (the)」という用語は、単数または複数であると理解される。同様に、「または」という語は、文脈が明確に他のことを示していない限り、「および」を含むことが意図される。したがって、「AまたはBを含むことは、「A、もしくはB、またはAおよびBを含むことを意味する。核酸またはポリペプチドについて与えられた、すべての塩基サイズまたはアミノ酸サイズおよびすべての分子量または分子質量値は、近似値であり、説明のために提供されることがさらに理解されるべきである。

具体的に記載されない限り、または文脈から明らかでない限り、本明細書で用いられる場合、「約」という用語は、当技術分野における通常の許容値の範囲内、例えば平均の2標準偏差 (SD)内にあると理解される。約は、記載値の10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%、または0.01%以内にあると理解され得る。文脈から別段に明白でない限り、本明細書において提供される数値はすべて、約という用語によって修飾されている。

本明細書における変数の任意の定義における化学基の一覧の列挙は、任意の単一基または列挙された基の組み合わせとしての、その変数の定義を含む。本明細書における変数または局面についてのいくつかの態様の列挙は、任意の単一の態様としての、または任意の他の態様もしくはその一部と組み合わせた、その態様を含む。

本明細書において提供される任意の組成物または方法は、本明細書において提供される他の組成物および方法のいずれか1つまたは複数と組み合わせることができる。

B721.221/HLA単一対立遺伝子細胞におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図1Aは、EML4-ALK変種1およびGFPをコードする構築物を形質導入されたB721.221/A^*02:01、B721.221/A^*01:01、およびB721.221/C^*06:02細胞のウェスタンブロットを示す。細胞をGFP陽性に基づいて選別し、増殖させた。形質導入されていないB721.221/A^*02:01細胞株を陰性対照として使用し、H3122 ALK+ NSCLC細胞株を陽性対照として使用した。 B721.221/HLA単一対立遺伝子細胞におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図1Bは、内因性の非標識ペプチド（軽いペプチド）、ならびにアルゴリズムで予測された2つの同位体標識ALK特異的ペプチド、AMLDLLHVAおよびSLAMLDLLHV（重い標準）を測定する、B721.221/A^*02:01細胞からのHLA^*02:01溶出物における標的化質量分析のグラフ描写を提供する。 ALK陽性ALCL細胞株におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図2Aは、内因性の非標識ペプチド（軽いペプチド）、ならびにアルゴリズムで予測された2つの同位体標識ALK特異的ペプチド、AMLDLLHVAおよびSLAMLDLLHV（重い標準）を測定する、DEL細胞からのHLA^*02:01溶出物における標的化質量分析のグラフ描写を提供する。 ALK陽性ALCL細胞株におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図2Bは、Karpas-299細胞株からの汎HLA溶質物において発見質量分析によって同定されたIVRCIGVSL ALKペプチドのグラフ描写、およびHLA対立遺伝子へのALKペプチドの割り当てを示す表を提供する。Karpas-299対立遺伝子は、太字フォントで示されている。 ALK陽性ALCL細胞株におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図2Cは、Karpas-299細胞株からの汎HLA溶質物において発見質量分析によって同定されたRPRPSQPSSL ALKペプチドのグラフ描写、およびHLA対立遺伝子へのALKペプチドの割り当てを示す表を提供する。Karpas-299対立遺伝子は、太字フォントで示されている。 ALK陽性ALCL細胞株におけるALK特異的ペプチドの同定を示す。図2Dは、Karpas-299細胞株からの汎HLA溶質物において発見質量分析によって同定されたVPRKNITLI ALKペプチドのグラフ描写、およびHLA対立遺伝子へのALKペプチドの割り当てを示す表を提供する。Karpas-299対立遺伝子は、太字フォントで示されている。 SR-786細胞株からのHLA溶出物において同定されたTAAEVSVRV ALKペプチドの発見質量分析のグラフ描写を提供する。 HLA A^*02:01結合ペプチドAMLDLLHVAに対する免疫応答を示す。図4Aは、フロイントの完全アジュバントと共にAMLDLLHVAをワクチン接種した2匹のC57BL/6-Mcph1^{Tg(HLA-A2.1)1Enge}/Jトランスジェニックマウスからの脾細胞を負荷したインターフェロン-ガンマ (IFN-γ) ELISPOTアッセイの画像を示す。IFN-γ-ELISPOTアッセイにおいて、脾細胞にALKペプチド、OVAペプチド（陰性対照）、または培地（陰性対照）のいずれかを負荷した。 HLA A^*02:01結合ペプチドAMLDLLHVAに対する免疫応答を示す。図4Bは、AMLDLLHVAをワクチン接種した2匹のC57BL/6-Mcph1^{Tg(HLA-A2.1)1Enge}/Jマウスからの、AMLDLLHVAを負荷した脾細胞を有するウェルとOVAペプチドを負荷した脾細胞を有するウェルとの間のINF-γスポット形成単位 (SFU) を測定するグラフ描写である。エラーバーはSDを意味する。 HLA A^*02:01結合ペプチドAMLDLLHVAに対する免疫応答を示す。図4Cは、ALK陽性NSCLC HLA^*02:01患者からのPBMCとAMLDLLHVAを負荷した直接的なIFN-γ ELISPOTアッセイの画像を示す。HIVペプチドおよびペプチド刺激なしを陰性対照として使用した。HLA^*02:01特異的Fluマトリックスペプチドを陽性対照として使用した。 ALK B^*07:02結合ペプチドについてのペプチド特異的CD8⁺ T細胞増殖を示す。図5Aは、ペプチド特異的CD8⁺ T細胞増殖のために従うプロトコールの例示的模式図を示す。-1日目に、ALK陽性NSCLC HLA^*07:02患者からのPBMCを融解し、rh-IL-7の存在下で一晩休息させた。0日目に、PBMCをIVRCIGVSLまたはRPRPSQPSSLで選択的に刺激した。3日目から3～4日ごとに、rh-IL-2およびrh-IL-7を含有する新鮮な培地を添加した。精製されたCD8⁺ T細胞を、それぞれペプチドパルスした成熟DC (mDC) またはCD40活性化B細胞と共にインキュベートすることにより、2回目および3回目の刺激を行った。21日目に、IFN-γ ELISPOTを増殖の読み出しとして行った。 ALK B^*07:02結合ペプチドについてのペプチド特異的CD8⁺ T細胞増殖を示す。図5Bは、異なるペプチドをパルスしたB細胞を負荷した、IVRCIGVSLで増幅したCD8⁺ T細胞のIFN-γ ELISPOTアッセイの画像を示す。HIVパルスB細胞および非パルスB細胞を陰性対照として使用した。CEF plusパルスB細胞を陽性対照として使用した。 ALK B^*07:02結合ペプチドについてのペプチド特異的CD8⁺ T細胞増殖を示す。図5Cは、IVRCIGVSLパルスB細胞を負荷したウェルと、対照ペプチドをパルスしたB細胞を負荷したウェルとの間のINF-γスポット形成単位 (SFU) を測定するグラフ描写である。HIVパルスB細胞および非パルスB細胞を陰性対照として使用した。エラーバーはSDを意味する。 マウスにおいて防御的なT細胞応答を誘発する両親媒性ワクチンを示す。図6Aは、注射後に間質液中に存在する内因性アルブミンに結合し、その後アルブミンを介してリンパ節に輸送され、樹状細胞により効率的に捕捉されることによって機能する両親媒性ペプチドワクチンの模式図を示す。 マウスにおいて防御的なT細胞応答を誘発する両親媒性ワクチンを示す。図6Bは、一連の異なるALKペプチドで免疫化し、次いでエクスビボの抗原特異的サイトカイン産生についてアッセイしたBalb/cマウスにおけるCD4⁺およびCD8⁺ T細胞応答のグラフ描写である。ペプチドなしおよびナイーブペプチドを陰性対照として使用した。 マウスにおいて防御的なT細胞応答を誘発する両親媒性ワクチンを示す。図6Cは、Balb/cマウスを一連の異なるALKペプチドで免疫化してから14日後に評価した腫瘍数のグラフ描写である。ナイーブペプチドを陰性対照として使用した。 ALKペプチドワクチン接種の投与スケジュールの模式図を示す。図7Aは、裸のALKペプチドまたは両親媒性コンジュゲートALKペプチド単独療法のいずれかのALKペプチドワクチン接種投与の模式図を示す。図7Bは、PD-1阻害剤との併用療法におけるALKペプチド（裸または両親媒性コンジュゲート）のALKペプチドワクチン接種投与の模式図を示す。 ALK阻害剤療法（ロルラチニブ）および免疫チェックポイント療法（抗PD-1抗体）と組み合わせたALKペプチドワクチン接種投与の模式図を示す。図8Aは、ロルラチニブおよび抗PD-1抗体と組み合わせたALKペプチドで処置する、NSCLC細胞誘発性肺腫瘍を有するマウスのワクチン接種投与スケジュールの模式図を示す。図8Bは、対照、ロルラチニブ、ロルラチニブと抗PD-1抗体、ロルラチニブとALKペプチドワクチン、またはロルラチニブとALKペプチドワクチンおよび抗PD-1抗体のいずれかで処置した、NSCLC細胞誘発性肺腫瘍を有するマウスのカプラン・マイヤー生存曲線のグラフ描写である。

発明の詳細な説明
肺がんは、世界的にがん関連死の最も一般的な原因であり、米国における未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) 発現非小細胞肺がん (NSCLC) の年間発症数は約8,000例である。これらの患者において、ALKチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) による処置は、長期寛解を誘導することができない。これに関連して、ALKワクチンの成功は、持続的な応答をもたらし、NSCLC患者の生存率および生活の質を大きく改善する可能性がある。ALKは、その発がん性、その免疫原性、および健常な成人組織ではなく腫瘍組織でのその限定された発現のために、ワクチン開発にとって魅力的な標的である。重要なことには、治療用ALKペプチドワクチンの使用を、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマなどの、ALKの再配列または活性化変異によって駆動される多くの他のがん型（すなわち、ALK陽性がん）にまで拡張できる可能性がある。したがって、ALKの再配列部分に対して作製された本明細書に記載されるワクチンは、ALK陽性腫瘍の発生を予防すること、およびALK陽性腫瘍と診断された患者をより効果的に処置することの両方を行うことができる。

以下に記載されるように、本発明は、ALK陽性細胞株およびALK陽性がん患者からの免疫細胞に由来する、単離されたALK特異的免疫原性抗原、例えばペプチド抗原に注目する。そのような免疫原性抗原は、本明細書において「免疫原」とも称される。ALK特異的免疫原性抗原は、対象、特にヒト対象への投与もしくは送達または導入後に、例えば反応性Tリンパ球の形態で強力な免疫応答を誘発する。単離されたALK特異的免疫原性抗原は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患を処置および／または軽減する方法において使用することができる。T細胞増殖を著しく増加させ、抗腫瘍効果を大幅に増強するために、単離されたALK特異的免疫原性抗原は両親媒性尾部にコンジュゲートされてもよい。

本明細書に記載される免疫原性ALK抗原は、免疫原性組成物またはワクチンが投与される対象、特にヒト対象において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされるALK陽性がんを処置する免疫原性組成物（例えば、ALK特異的ワクチン）中で使用することができる。ワクチンは、対象においてALK陽性がんを処置するおよび／または防ぐ強力なALKタンパク質特異的T細胞応答を誘発する。本発明の抗原、免疫原、免疫原性組成物、およびワクチン、ならびにそれらの薬学的組成物は、ALK陽性がんに対する以前のおよび伝統的な治療法に対して耐性となったかまたは応答することができなかった患者に対する付加的な処置選択肢を提供する。

ALKタンパク質の同定
計算アルゴリズムの使用は、ヒトおよびマウスの両方においてT細胞ネオアンチゲンを同定するために、最近の研究でうまく適用されている。（Carreno BM, et al. Cancer immunotherapy. A dendritic cell vaccine increases the breadth and diversity of melanoma neoantigen-specific T-cells. Science. 2015;348(6236):803-808；Gubin MM, et al. Checkpoint blockade cancer immunotherapy targets tumour-specific tumor antigens. Nature. 2014;515(7528):577-581）。しかしながら、これらのアルゴリズムは、ほとんど独占的に合成ペプチドの親和性に基づいており、抗原発現レベル、細胞内プロセシング、およびHLA結合前のペプチドの輸送などの他のパラメータは必ずしも考慮されていない。まとめると、これらの要因は、真のT細胞エピトープを予測する上で、現在のアルゴリズムの精度を著しく制限し得る。

HLA単一対立遺伝子細胞の表面上に提示されたペプチドの液体クロマトグラフィー・タンデム質量分析 (LC-MS/MS) を使用したところ、最も一般的に使用されるアルゴリズムの1つであるImmune Epitope Database (IEDB) アルゴリズム (www.iedb.org) によって、実際に共通HLA対立遺伝子と結合するペプチドは26%しか予測されなかった。(Abelin JG, et al. Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326)。稀なHLA対立遺伝子では、精度のレベルは0%まで落ちる。したがって、抗原ペプチドを予測するために使用される現在のアルゴリズムは、一般的に不正確であり、どの抗原が実際に腫瘍細胞表面上に提示されるかについて誤解を与えかねない。（Abelin JG, et al. Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326を参照されたい）。

最も一般的なHLAハプロタイプの腫瘍細胞の細胞表面上に効率的に提示されるALK抗原ペプチドを直接同定するために、全体として本明細書に組み入れられるAbelin JG, et al. (Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326) において提供されるHLA単一対立遺伝子細胞システムおよびアルゴリズムを適応させた。ALK発現腫瘍細胞の表面上に実際に提示されたALKペプチドを直接同定するために、HLA-ペプチド複合体をALK発現細胞株溶解物から引き出し、HLA結合ペプチドを液体クロマトグラフィー・タンデム質量分析法 (LC-MS/MS) を使用して分析した。

本発明は、実施例1に記載されるように、本明細書において提供されるALK特異的ペプチドを同定するための方法を提供する。いくつかの態様において、本明細書において提供されるALK抗原ペプチドを同定する際に使用するためのALK発現細胞株は、特定のHLA対立遺伝子（例えば、HLAクラスI対立遺伝子）をコードし、ALK融合タンパク質を発現してもよく、またはALK融合タンパク質を発現させるための構築物を形質導入されてもよい。いくつかの態様において、ALK発現細胞株は、全体として本明細書に組み入れられるAbelin JG, et al. (Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326) に記載される通りに作製される。いくつかの態様において、HLAは、HLAクラスI対立遺伝子によってコードされる。ALK発現細胞株によって発現されるHLAクラスI対立遺伝子の非限定的な例は、表1、表2、または表3に提供される。いくつかの態様において、HLAクラスI対立遺伝子は、HLA A^*02:01、HLA A^*68:02、HLA B^*07:02、またはHLA C^*07:02である。

いくつかの態様において、融合タンパク質は、棘皮動物微小管関連タンパク質様4 (EML4) タンパク質に融合されたALKタンパク質 (ELM4-ALK) である。いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、ヒトのELM4-ALK融合タンパク質またはその変種と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なELM4-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（GenBank：BAM37627.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、ELM4-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるGenBank：AB274722.1と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である、ヒト由来の核酸配列によってコードされる：

いくつかの態様において、ALK発現細胞株には、HLA複合体におけるガンマ線誘発突然変異のために内因性HLAクラスI（A、B、およびC）を発現しないB721.221ヒトリンパ芽球細胞株が含まれ得る。(Shimizu Y, DeMars R. Production of human cells expressing individual transferred HLA-A, -B, -C genes using an HLA- A, -B, -C null human cell line. J. Immunol. 1989;142(9):3320-3328)。いくつかの態様では、B721.221細胞株に、EML4-ALK融合タンパク質をコードする構築物が形質導入される。いくつかの態様において、構築物は、最も頻度の高いEML4-ALK融合タンパク質であるEML4-ALK変種1をコードする (Lin JJ, el al. Impact of EML4-ALK Variant on Resistance Mechanisms and Clinical Outcomes in ALK-Positive Lung Cancer. J. Clin. Oncol. 2018:JCO2017762294)。1つの態様において、ELM4-ALK変種1融合タンパク質は、以下に提供されるGenBank：BAF73611.1と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヒト由来のアミノ酸配列を有する：

いくつかの態様において、融合タンパク質は、ヌクレオフォスミン (NPM) タンパク質に融合されたALKタンパク質 (NPM-ALK) である。いくつかの態様において、ALK発現細胞株には、頻度の高いHLA対立遺伝子をコードする未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) 細胞株（例えば、Karpas-299、DEL、およびSR-786）が含まれ得る。これらのALCL細胞株は、高レベルのNPM-ALK融合タンパク質を発現する。いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、ヒトのNPM-ALK融合タンパク質と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（太字フォントはALK細胞質部分）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列（GenBank：AAA58698.1）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、NPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供されるヒト由来の例示的なNPM-ALK融合タンパク質アミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、例示的なNPM-ALK融合タンパク質は、以下に提供される配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である、ヒト由来の核酸配列によってコードされる：

ALK免疫原性ポリペプチド
本発明は、罹患しやすい対象への投与および送達後に、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患およびその症状（例えば、ALK陽性がん）を予防的または治療的に処置するように免疫応答を生じさせる能力を有するALK抗原および免疫原性ポリペプチド（免疫原）の同定に注目する。本明細書に記載され、免疫原として使用される単離されたALK抗原タンパク質は、対象において、例えばT-リンパ球を産生する免疫応答を誘発することもまた認識されるであろう。本発明のALK抗原および免疫原は、本明細書において提供されるような薬学的組成物、免疫原性組成物、またはワクチン中に組み入れることができる。

いくつかの態様において、単離されたALK抗原タンパク質は、少なくとも1つ、2つ以上、またはすべての種類のALK陽性がんに対する防御免疫応答を誘発する。

いくつかの態様において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患は、ALK陽性がんである。ALK陽性がんの非限定的な例には、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、メラノーマ、またはそれらの組み合わせが含まれる。いくつかの態様において、ALK陽性がんは非小細胞肺癌 (NSCLC) である。いくつかの態様において、ALK陽性がんは未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) である。

ALK抗原および免疫原
本発明は、本明細書において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる1つまたは複数の疾患（例えば、ALK陽性がん）に対する免疫応答を生じさせることができるALK抗原および免疫原を提供する。本明細書に記載されるALK抗原または免疫原は、ポリペプチド、ペプチド、またはそれらの抗体結合部分である。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、免疫化された対象において免疫応答を誘導することができる未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を有するタンパク質またはその断片である。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、ヒトのALKタンパク質と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、以下に提供されるヒト由来の全長アミノ酸配列（太字フォントはALK細胞質部分）と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、以下に提供されるヒト由来の全長ALKアミノ酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原アミノ酸配列は、表3、表4、または表5に提供される配列と少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、RPRPSQPSSLと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、IVRCIGVSLと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、VPRKNITLIと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、TAAEVSVRVと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、AMLDLLHVAと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるアミノ酸配列を含む。

いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされる（例えば、図6Aを参照されたい）。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。ALK amphペプチドは、T細胞増殖を著しく増加させ、抗腫瘍効果を大幅に増強することができる（実施例2を参照されたい）。ALK amphペプチドは、全体として本明細書に組み入れられるH. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014) に教示されている通りに作製することができる。

いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、表3からのアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、表4からのアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、表5からのアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、隣接アミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、隣接アミノ酸配列は、ALK抗原または免疫原配列の片側または両側に存在する。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、中央のコアアミノ酸配列とコアの両側の隣接アミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、コアアミノ酸配列は約9～10アミノ酸長である。いくつかの態様において、隣接アミノ酸配列は5～15アミノ酸である。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、約9～約30アミノ酸長であるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされたALK抗原または免疫原は、表3からのアミノ酸配列と隣接アミノ酸配列を含む。

いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原はポリヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は、本明細書に記載されるポリペプチドもしくはペプチド抗原またはその断片をコードするポリヌクレオチド配列である。いくつかの態様において、ALKポリペプチドまたはその断片（抗原または抗原タンパク質または免疫原）をコードする核酸分子は、以下に提供されるヒト由来の全長ALK核酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である：

いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、表3、表4、および表5に提供される配列と少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、RPRPSQPSSLと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、IVRCIGVSLと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、VPRKNITLIと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、TAAEVSVRVと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。いくつかの態様において、ALKポリヌクレオチド配列は、AMLDLLHVAと少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALK抗原または免疫原アミノ酸配列をコードする。

いくつかの態様において、抗原または免疫原、例えばALKタンパク質のアミノ酸配列は、逆翻訳され、哺乳動物細胞における発現のために最適化される。当業者によって認識されるように、核酸配列の最適化には、哺乳動物細胞における配列の発現のためのコドンの最適化およびRNA最適化（RNA安定性など）が含まれる。

いくつかの態様において、ALK抗原または免疫原は単離および／または精製される。いくつかの態様において、抗原または免疫原は、必要としている対象への投与のために製剤化される。いくつかの態様において、抗原または免疫原は、対象において免疫応答（例えば、T細胞応答）を誘発するのに有効な量で、それを必要とする対象に投与される。いくつかの態様では、免疫応答によってTリンパ球が産生される。いくつかの態様において、免疫応答は予防的または治療的である。

いくつかの態様において、ALK抗原ポリペプチドを含む融合タンパク質が、本明細書において記載される。いくつかの態様では、ALKポリペプチドを任意の異種アミノ酸配列に融合して、融合タンパク質を形成することができる。例として、ALKポリペプチドのペプチド成分を独立して生成し、次いで共に融合して、免疫原として使用するためのインタクトなALKポリペプチド抗原を生成してもよい。

ALK免疫原性組成物およびワクチン
ALK抗原または免疫原を免疫原性組成物またはワクチン中で使用して、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）に対する免疫応答、例えばT細胞応答を誘発することができる。いくつかの態様において、免疫応答はTリンパ球の産生を含む。

特定の態様において、免疫原性組成物またはワクチンのALKポリペプチドは、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）およびその症状を処置し得る、および／またはそれらから対象を保護し得る対象における免疫応答（例えば、活性化T細胞の産生）を誘発する役割を果たす抗原性決定基を含有する。

いくつかの態様において、本明細書に記載されるそのような免疫原性組成物またはワクチンは、少なくとも1種のALK抗原または免疫原を含有し、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる少なくとも1つの疾患（例えば、ALK陽性がん）を処置する、軽減する、遅らせる、または予防するのに有効である。いくつかの態様において、本明細書に記載されるそのような免疫原性組成物またはワクチンは、2種またはそれ以上のALK抗原または免疫原を含有し、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる少なくとも1つの疾患（例えば、ALK陽性がん）を処置する、軽減する、または予防するのに有効である。いくつかの態様において、2種またはそれ以上のALK抗原または免疫原は、以下より選択される2つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含む：

。いくつかの態様において、2種またはそれ以上のALK抗原または免疫原は、表3、表4、および／または表5より選択される2つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、免疫原性組成物またはワクチンは、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされた少なくとも1種のALK抗原または免疫原を含有する（例えば、図6Aを参照されたい）。いくつかの態様において、免疫原性組成物またはワクチン中の2種またはそれ以上のALK抗原または免疫原のうちの少なくとも1種は、両親媒性物質または両親媒性尾部にコンジュゲートされている。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。いくつかの態様において、2種またはそれ以上のALK抗原または免疫原は、免疫原性組成物またはワクチン中で等しい濃度比で提供される。

本明細書に記載され、免疫原性組成物またはワクチンとして使用されるALK抗原または免疫原およびそれらの配列は、免疫正常対象において免疫応答を誘発するため、それらは、免疫応答（例えば、Tリンパ球の産生）が生じる優れたワクチンを提供する。

いくつかの態様において、対象への抗原または免疫原の導入、投与、または送達後に、対象において免疫応答（例えば、Tリンパ球の産生）を誘発する免疫原性組成物またはワクチンが提供される。導入、投与、または送達の経路は限定されず、これには、例えば、静脈内、皮下、筋肉内、経口、または他の経路が含まれ得る。免疫原性組成物またはワクチンは、治療的（例えば、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）の症状の後に対象に投与された場合）、または予防的（例えば、対象が、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）の症状もしくは本格的な疾患を有するかもしくは発現する前に、対象に投与された場合）であってよい。

ベクター
単離されたALKポリペプチドまたはペプチド抗原をコードするヌクレオチド配列を含有するベクターが提供される。いくつかの態様において、ベクターは、本明細書において提供されるヒト全長ALKポリペプチドと少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である全長ALKポリペプチドまたはペプチド抗原をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、ベクターは、表3、表4、または表5に提供される少なくとも1つのALKポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチドと少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるALKポリペプチドまたはペプチド抗原をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの態様において、ベクターは、ALKポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に機能的に連結されたプロモーターをさらに含む。特定の態様において、プロモーターはサイトメガロウイルス (CMV) プロモーターである。いくつかの態様において、ベクターのヌクレオチド配列は、以下に提供されるポリヌクレオチド配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である。いくつかの態様において、ベクターのヌクレオチド配列は、以下に提供されるヒト全長ALK核酸配列と少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である:

本明細書に記載されるALK抗原を発現させるために用いられるベクターは、当技術分野で公知であり使用される任意の適切な発現ベクターであってよい。いくつかの態様において、ベクターは原核生物または真核生物ベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、真核生物（例えば、哺乳動物）発現ベクターなどの発現ベクターである。別の態様において、ベクターはプラスミド（原核生物または細菌）ベクターである。別の態様において、ベクターはウイルスベクターである。

細胞内でのポリペプチド、例えばALKポリペプチドの発現を可能にするのに十分な条件下で、当技術分野で公知であり使用される発現ベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって生成される、単離された非天然ポリペプチド抗原、例えばALKポリペプチド抗原が提供される。ベクターを含有する単離された細胞もまた提供される。

ALKポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含有するベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって生成される、本明細書に記載されるALKポリペプチドもまた提供される。いくつかの態様において、ALKタンパク質の発現を可能にするのに十分な条件下で、ALKポリペプチドをコードするベクターを宿主細胞にトランスフェクトすることによって生成される、本明細書に記載されるALKポリペプチドもまた提供される。プラスミド（ベクター）の収集物もまた企図される。ある特定の態様において、プラスミドの収集物は、本明細書に記載されるALKタンパク質をコードするプラスミドを含む。

組成物および投与用の薬学的組成物
本明細書に記載される、少なくとも1つのALKタンパク質または少なくとも1つのALKタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組成物が提供される。いくつかの態様において、組成物は、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、または媒体をさらに含む。いくつかの態様では、アジュバント（例えば、より長持ちするより多くの抗体を産生させるための、免疫応答を修飾または強化する薬学的または免疫学的物質）もまた用いられる。例えば、非限定的に、アジュバントは、ミョウバン、水酸化アルミニウム、もしくはリン酸アルミニウムなどの無機化合物；鉱物油もしくはパラフィン油；スクアレン；Quil Aなどの界面活性剤；植物サポニン；フロイントの完全もしくは不完全アジュバント、生物学的アジュバント（例えば、IL-1、IL-2、もしくはIL-12などのサイトカイン）；死滅百日咳菌 (Bordetella pertussis) などの細菌産物、もしくはトキソイド；または免疫賦活性オリゴヌクレオチド（CpGオリゴヌクレオチドなど）であってよい。いくつかの態様において、アジュバントは、以前に記載されたように両親媒性物質にコンジュゲートされる (H. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014))。いくつかの態様において、両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

非経口投与用のALKポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含有する組成物および調製物（例えば、生理的または薬学的に許容される組成物）には、非限定的に、無菌の水溶液または非水溶液、懸濁液、および乳濁液が含まれる。非水性溶媒の非限定的な例には、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油およびキャノーラ油などの植物油、ならびにオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルが含まれる。水性担体には、生理食塩水および緩衝媒体を含む、水、アルコール／水溶液、乳濁液、または懸濁液が含まれる。非経口媒体には、例えば、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロース、デキストロースおよび塩化ナトリウム、乳酸加リンゲル、または固定油が含まれる。静脈内用媒体には、例えば、流体および栄養補充液、電解質補充液（リンゲルデキストロースに基づくものなど）などが含まれる。例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート剤、着色剤、安定剤、および不活性ガスなどの保存剤および他の添加物もまた、そのような組成物または調製物中に存在してもよい。

組成物のいくつかは、塩酸、臭化水素酸、過塩素酸、硝酸、チオシアン酸、硫酸、およびリン酸などの無機酸、ならびにギ酸、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、およびフマル酸などの有機酸との反応によって、または水酸化ナトリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カリウムなどの無機塩基、ならびにモノアルキル、ジアルキル、トリアルキル、およびアリールアミン、ならびに置換エタノールアミンなどの有機塩基との反応によって形成される、薬学的に許容される酸付加塩または塩基付加塩として潜在的に投与することができる。

単離されたALKポリペプチドまたはポリヌクレオチド抗原の治療有効量を、単独で、または薬学的に許容される担体と組み合わせて含む薬学的組成物が、本明細書において提供される。薬学的に許容される担体には、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。担体および組成物は無菌であってよく、製剤は投与様式に適している。組成物はまた、少量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤を含有し得る。組成物は、液体もしくは水溶液、懸濁液、乳濁液、分散液、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、または徐放性製剤であってよい。液体または水性組成物は、凍結乾燥し、使用前に溶液または緩衝剤で再構成することができる。組成物は、トリグリセリドなどの伝統的な結合剤および担体を用いて、坐剤として製剤化することができる。経口用製剤は、標準的な担体、例えば、医薬品等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、および炭酸マグネシウムなどを含み得る。滅菌生理食塩水またはゴマ油などの、一般的に公知の薬学的担体のいずれかを使用することができる。媒体はまた、例えば、浸透圧を調整するための薬学的に許容される塩、緩衝剤、保存剤などの従来の薬学的補助物質を含有し得る。記載される組成物および投与方法において使用され得る他の媒体は、通常の生理食塩水およびゴマ油である。

処置、投与、および送達の方法
発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患またはその症状（例えば、ALK陽性がん）を処置する方法が提供される。本方法は、本明細書に記載される抗原、免疫原、免疫原性組成物、もしくはワクチン、または本明細書に記載される免疫原もしくはワクチンを含む薬学的組成物の治療有効量を、対象（例えば、哺乳動物）、特にヒト対象に投与する段階を含む。本発明は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患もしくはその症状（例えば、ALK陽性がん）に罹患している、もしくはそのリスクがある、もしくはそれに罹患しやすい対象を処置する方法、または該疾患の進行を遅延させる方法を提供する。いくつかの態様において、本方法は、疾患および／またはその症状が処置される条件下で、発がん性ALK遺伝子によって引き起こされる疾患を処置し、その発達を遅らせ、またはその症状を処置するのに十分な量または治療量の、少なくとも1つのALK抗原ポリペプチドを含む免疫原性組成物またはワクチンを対象（例えば、哺乳動物対象）に投与する段階を含む。

いくつかの態様において、本明細書の方法は、そのような効果をもたらすために、本明細書に記載される単離されたALK抗原もしくは免疫原ポリペプチド、または免疫原性組成物もしくはワクチン、またはそれらの薬学的組成物の有効量を対象（そのような処置が必要であると特定されたヒト対象を含む）に投与する段階を含む。処置方法は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患またはその症状、すなわちALK陽性がんに罹患している、罹患しやすい、またはそれを有するリスクがある対象、特にヒトに適切に施行される。ALK陽性がんの非限定的な例には、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、メラノーマ、またはそれらの組み合わせが含まれる。

そのような処置を必要とする対象の特定は、対象または医療専門家の判断に基づくことができ、主観的（例えば、意見）または客観的（例えば、検査もしくは診断方法によって測定可能）であってよい。簡潔に説明すると、処置を必要としているか、または「リスクがある」もしくは「罹患しやすい」対象の決定は、対象または医療提供者の意見を含め、診断検査（例えば、血液試料、生検、遺伝子検査、酵素またはタンパク質マーカーアッセイ）、マーカー解析、家族歴などによる任意の客観的または主観的決定によって行うことができる。いくつかの態様において、処置を必要とする対象は、患者試料（例えば、血液試料）中のALK特異的自己抗体およびALK特異的T細胞応答を測定することによって、または対象由来の腫瘍コア生検標本から浸潤免疫細胞サブセットを評価することによって特定することができる（実施例3を参照されたい）。本明細書に記載される、ALKポリペプチドなどのALK抗原および免疫原、免疫原性組成物、ならびにワクチンはまた、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患が関与し得る任意の他の障害の処置においても使用することができる。処置を受ける対象は、動物対象などの非ヒト哺乳動物、またはヒト対象（「患者」とも称される）であってよい。

加えて、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患またはその症状を予防するまたは防ぐ予防的方法が提供される。そのような方法は、特にALK陽性腫瘍またはがんなどの疾患の発症または発病前に、本明細書に記載されるALK免疫原性組成物またはワクチンを含む薬学的組成物の治療有効量を対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）に投与する段階を含む。

別の態様において、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、もしくは変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）の進行をモニターする、または疾患の処置をモニターする方法が提供される。本方法は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異に関連する疾患またはその症状（例えば、ALK陽性がん）に罹患しているまたは罹患しやすい対象における診断測定（例えば、CTスキャン、スクリーニングアッセイ、または検出アッセイ）を含み、対象には、疾患またはその症状を処置するのに十分な量（例えば、治療量）の、本明細書に記載される単離されたALKタンパク質、または本明細書に記載される免疫原性組成物もしくはワクチンが投与されている。本方法における診断測定を、健常正常対照からの試料；対象の疾患前の試料；または他の罹患／疾患患者の試料と比較して、処置された対象の疾患状態を確立することができる。モニターするには、第1の診断測定の決定よりも後の時点で対象から第2の診断測定を得ることができ、2つの測定値を比較して、疾患の経過または治療／処置の有効性をモニターすることができる。ある特定の態様では、対象における処置前の測定値（例えば、対象から得られた試料もしくは生検標本、またはCTスキャンにおける）を、記載される処置を開始する前に決定し；次いでこの測定値を、処置開始後および／または処置の経過中の対象における測定値と比較して、疾患処置の有効性を決定する（有効性をモニター）することができる。いくつかの態様において、疾患処置の有効性は、抗体マーカー解析および／またはインターフェロン-ガンマ (IFN-γ) ELISPOTアッセイを用いて行うことができる。

単離されたALK抗原ポリペプチドまたはその組成物は、組換えタンパク質または組換えタンパク質を含有する組成物を対象に導入するために通常用いられる経路のいずれかによって、対象に投与することができる。投与の経路および方法には、非限定的に、皮内、筋肉内、腹腔内、くも膜下腔内、静脈内 (IV) もしくは皮下 (SC) などの非経口、膣内、直腸、鼻腔内、吸入、眼内、頭蓋内、または経口が含まれる。皮下、静脈内、または筋肉内投与などの非経口投与は一般に、注射（免疫化）によって達成される。注射剤は、液体の溶液もしくは懸濁液、注射の前の液体中に溶解もしくは懸濁するのに適した固体形態（例えば、凍結乾燥形態）、または乳濁液のいずれかとして、従来の形態および製剤で調製することができる。注射用溶液および懸濁液は、無菌の粉末、顆粒、および錠剤から調製することができる。投与は全身的または局所的であってよい。

単離されたALKポリペプチドまたはその組成物は、例えば、前記のように薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤と共に、任意の適切な様式で投与することができる。薬学的に許容される担体は、投与される特定の免疫原または組成物により、ならびに組成物を投与するために用いられる特定の方法により、部分的に決定される。したがって、単離されたALK抗原ポリペプチドまたはその組成物を含む薬学的組成物は、多種多様の適切な、生理的および薬学的に許容される製剤を使用して調製することができる。

本明細書に記載される単離されたALKタンパク質抗原もしくは免疫原またはその免疫原組成物もしくはワクチンを対象に投与することにより、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を有する対象において免疫応答を誘発するまたは生じさせる方法が、さらに提供される。いくつかの態様において、ALKタンパク質は、例えば筋肉内注射によるなど、任意の適切な投与経路を用いて投与することができる。いくつかの態様において、ALKタンパク質は、薬学的に許容される担体を含む組成物として投与される。いくつかの態様において、組成物は、例えば、ミョウバン、フロイントの完全もしくは不完全アジュバント、生物学的アジュバント、または免疫賦活性オリゴヌクレオチド（CpGオリゴヌクレオチドなど）より選択されるアジュバントを含む。いくつかの態様において、アジュバントは両親媒性物質にコンジュゲートされている。他の態様において、組成物は、1つまたは複数の治療剤または分子と組み合わせて投与されてもよい。

発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患またはその症状（例えば、ALK陽性がん）に対して対象を免疫化する方法もまた提供され、この方法は、本明細書に記載される単離されたALKタンパク質を対象に投与する段階、またはその免疫原性組成物もしくはワクチンを投与する段階を伴う。本方法のいくつかの態様において、組成物は、薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、および／またはアジュバントをさらに含む。例えば、アジュバントは、ミョウバン、フロイントの完全もしくは不完全アジュバント、生物学的アジュバント、または免疫賦活性オリゴヌクレオチド（CpGオリゴヌクレオチドなど）であってよい。いくつかの態様において、アジュバントは両親媒性物質にコンジュゲートされている。いくつかの態様において、ALKペプチド（またはその組成物）は筋肉内投与される。

本明細書に記載されるALK抗原を含む免疫原および免疫原性組成物の利点は、抗原の由来元のALK発現腫瘍または細胞株のみならず、1つもしくは複数またはすべてのALK陽性がん、例えば、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、メラノーマ、またはそれらの組み合わせに対しても、免疫応答が誘発されることである。いくつかの態様において、本明細書に記載される免疫原および免疫原性組成物は、NSCLCに対する免疫応答を誘発する。いくつかの態様において、本明細書に記載される免疫原および免疫原性組成物は、ALCLに対する免疫応答を誘発する。したがって、ALK免疫原は、生成するのにより費用効率がよく、かつ有益に免疫応答を誘発し、したがって、ポリまたは多価免疫原性組成物またはワクチンを作製および投与する必要性がなくなる。

単離されたALK抗原ポリペプチドまたはその組成物の投与は、単回または複数回用量によって達成され得る。いくつかの態様において、用量は、実施例3および図7Aに記載されるワクチン接種スケジュールに従って投与することができる。対象に投与される用量は、発がん性ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）を阻害する、阻止する、軽減する、寛解させる、防ぐ、または予防するなど、対象において有益な治療応答を長期間誘導するのに十分であるべきである。必要な用量は、対象の種、年齢、体重、および一般的な状態、処置されるがんの重症度、使用される特定の組成物、ならびに投与様式によって、対象ごとに異なる。適切な用量は、日常的な実験のみを用いて、臨床医または開業医などの当業者によって決定され得る。当業者は、処置または保護を必要とする対象に投与するのに適した、ALK遺伝子融合、再配列、重複、または変異によって引き起こされる疾患（例えば、ALK陽性がん）に対する治療効果または保護を提供する、ALK抗原もしくは免疫原またはその免疫原性組成物もしくはワクチンの治療有効量を決定することができる。

アジュバントおよび併用療法
ALK免疫原またはALK特異的ペプチド抗原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、対象において、抗原性または免疫原性を高めるために、すなわち特異的抗体または中和抗体の誘発などの免疫応答を高めるために、単独でまたは他の治療剤と組み合わせて投与することができる。例えば、ALK特異的ペプチドは、ミョウバン、フロイントの不完全アジュバント、フロイントの完全アジュバント、生物学的アジュバント、または免疫賦活性オリゴヌクレオチド（CpGオリゴヌクレオチドなど）と共に投与することができる。アジュバントは、以前に記載されたように、両親媒性物質にコンジュゲートされてもよい (H. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014))。いくつかの態様において、アジュバントにコンジュゲートされる両親媒性物質は、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である。

必要であれば、または保証されるのであれば、インターロイキン-1 (IL-2)、インターロイキン-6（IL-6）、インターロイキン-12（IL-12）、タンパク質メモリーT細胞誘引物質「活性化制御で、正常Tで発現および分泌される」(RANTES)、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子 (GM-CSF)、腫瘍壊死因子-アルファ (TNF-α)、もしくはインターフェロン-ガンマ (IFN-γ) などの1種もしくは複数種のサイトカイン；GM-CSFもしくは顆粒球コロニー刺激因子 (G-CSF) などの1種もしくは複数種の増殖因子；TNFリガンドスーパーファミリーメンバー4リガンド (OX40L) もしくはTNFスーパーファミリーに属する2型膜貫通型糖タンパク受容体 (4-1BBL) などの1種もしくは複数種の分子、またはこれらの分子の組み合わせを、生物学的アジュバントとして使用することができる（例えば、Salgaller el al., 1998, J. Surg. Oncol. 68(2):122-38；Lotze et al., 2000, Cancer J. Sci. Am. 6(Suppl 1):S61-6；Cao et al., 1998, Stem Cells 16(Suppl 1):251-60；Kuiper et al., 2000, Adv. Exp. Med. Biol. 465:381-90を参照されたい）。これらの分子は、対象に全身（または局所）投与することができる。

インビトロおよびインビボの両方で細胞応答を誘導するいくつかの方法が、当技術分野で公知であり、実施されている。脂質は、様々な抗原に対してインビボで細胞傷害性リンパ球 (CTL) の初回刺激を補助し得る物質として同定されている。例えば、パルミチン酸残基をリジン残基のアルファおよびイプシロンアミノ基に結合し、次いで（例えば、グリシン、グリシン-グリシン、セリン、セリン-セリンなどの1つまたは複数の連結残基を介して）免疫原性ペプチドに連結することができる（米国特許第5,662,907号）。次いで、脂質化されたペプチドを、ミセル型で直接注射する、リポソームに組み込む、またはアジュバント中に乳化させることができる。別の例として、適切なペプチドに共有結合されている場合、トリパルミトイル-S-グリセリルシステイニルセリル-セリン (tripalmitoyl-S-glycerylcysteinlyseryl-serine) などの大腸菌 (E. coli) リポタンパク質を用いて、腫瘍特異的CTLを初回刺激することができる（Deres et al., 1989, Nature 342:561を参照されたい）。さらに、適切なエピトープを提示するペプチドにコンジュゲートされた同様の分子で、中和抗体の誘導を初回刺激することもでき、そのような組み合わせが望ましいと見なされる場合には、2つの組成物を組み合わせて体液性応答および細胞性応答の両方を誘発することができる。

ALK特異的ペプチドはまた、ALK阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤 (TKI)、および／または免疫チェックポイント阻害剤などの1つまたは複数の他の治療剤との併用療法として投与することができる。ALK阻害剤の非限定的な例には、ロルラチニブ（Lobrena（登録商標））が含まれる。チェックポイント阻害剤の非限定的な例には、プログラム細胞死タンパク質1 (PD-1) 阻害剤、プログラム死リガンド1 (PD-L1)、および細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4 (CTLA-4) 阻害剤が含まれる。PD-1阻害剤の非限定的な例には、ペムブロリズマブ（Keytruda（登録商標））およびニボルマブ（Opdivo（登録商標））が含まれる。CTLA-4阻害剤の非限定的な例には、イピリムマブ（Yervoy（登録商標））が含まれる。TKI阻害剤の非限定的な例には、クリゾチニブ、セリチニブ、アレクチニブ、ブリガチニブ、およびロルラチニブが含まれる。

いくつかの態様では、1つまたは複数のALK阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、および／またはTKI阻害剤が、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンと同時にまたは連続して投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、PD-1阻害剤と共に投与される。いくつかの態様において、PD-1阻害剤は抗PD-1抗体である。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、実施例3および／または図7Bに記載されるスケジュールに従って、PD-1阻害剤と共に投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、PD-L1阻害剤と共に投与される。

いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、TKI阻害剤と共に投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、ALK阻害剤と共に投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、ロルラチニブと共に投与される。

いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、ALK阻害剤と組み合わせてPD-1阻害剤と共に投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、ロルラチニブと組み合わせて抗PD-1抗体と共に投与される。いくつかの態様において、ALK特異的ペプチド抗原、免疫原、またはALK特異的ペプチド抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンは、実施例4および／または図8Aに記載されるスケジュールに従って、ロルラチニブと組み合わせて抗PD-1抗体と共に投与される。

処置方法は、本明細書に記載されるALK免疫原性タンパク質を含有するワクチンの投与を伴い得るが、当業者は、ALKタンパク質自体を、薬学的に許容される組成物の成分として、または融合タンパク質として、それを必要とする対象に投与して、対象においてALK陽性がんに対する免疫応答を誘発することができることを認識するであろう。

キット
例えば対象に投与するための、記載されるALK抗原もしくは免疫原、または該抗原もしくは免疫原を含有する免疫原性組成物もしくはワクチンもしくは薬学的に許容される組成物と、薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤とを含有する、キットもまた提供される。抗原または免疫原は、本明細書に記載されるように、ALKタンパク質（ポリペプチド）またはポリヌクレオチド（ALKポリペプチドをコードするポリヌクレオチド）の形態であってよい。本明細書に記載されるプラスミドの1つもしくは複数またはプラスミドの収集物を含有するキットもまた提供される。当業者によって認識されるように、そのようなキットは、抗原、免疫原、ワクチン、または組成物を収容する1つまたは複数の容器、必要に応じて担体、希釈剤、または賦形剤、および使用説明書を含有し得る。

本発明の実践には、特に指示のない限り、分子生物学（組換え技法を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来の技法が利用され、それらは十分に当業者の認識範囲内である。そのような技法は、「Molecular Cloning: A Laboratory Manual」, second edition (Sambrook, 1989)；「Oligonucleotide Synthesis」(Gait, 1984)；「Animal Cell Culture」(Freshney, 1987)；「Methods in Enzymology」「Handbook of Experimental Immunology」(Weir, 1996);「Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells」(Miller and Calos, 1987)；「Current Protocols in Molecular Biology」(Ausubel, 1987)；「PCR: The Polymerase Chain Reaction」(Mullis, 1994)；「Current Protocols in Immunology」(Coligan, 1991) などの文献において十分に説明されている。これらの技法は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの生成に適用可能であり、したがって本発明の形成および実践において考慮され得る。特定の態様に有用な技法は、以下の項で論じられる。

以下の実施例は、本発明のアッセイ、スクリーニング、および治療法を作製および使用する方法の完全な開示および説明を当業者に提供するために記載されており、本発明者らがその発明と見なすものの範囲を限定することを意図するものではない。

以下の実施例は、ある特定の特徴および／または態様を説明するために提供される。実施例は、記載される特定の特徴または態様に本開示を限定すると解釈されるべきではない。

実施例1. ALK陽性がんワクチンのためのALK特異的ペプチドの同定
最も頻度の高い患者ハプロタイプの状況においてALK発現がん細胞の表面上に効果的に提示されるALKペプチドを直接同定することは、ALK特異的T細胞応答を誘発する最も効果的なワクチンを設計するための強力な供給源を提供する。

実施例 1.1 異なるHLAハプロタイプにおけるALK特異的ペプチドの同定
B721.221ヒトリンパ芽球細胞株は、HLA複合体におけるガンマ線誘発突然変異のために内因性HLAクラスI（A、B、およびC）を発現しない。(Shimizu Y, DeMars R. Production of human cells expressing individual transferred HLA-A, -B, -C genes using an HLA-A, -B, -C null human cell line. J. Immunol. 1989;142(9):3320-3328)。B721.221細胞にHLAクラスI遺伝子をコードするレトロウイルスを形質導入することにより、それぞれ単一のHLAクラスI対立遺伝子を発現する50個の細胞株（単一対立遺伝子細胞株）を作製した。このツールにより、質量分析によって同定されたペプチドを特定のHLAクラスI対立遺伝子に明確に割り当てることが可能になる。HLA-ペプチド複合体を抗HLA A/B/C抗体（クローンW6/32、Santa Cruz）で免疫沈降させ、放出されたペプチドを液体クロマトグラフィー・タンデム質量分析法 (LC-MS/MS) によって分析した。レトロウイルス形質導入を用いて、最も頻度の高いEML4-ALK融合タンパク質であるEML4-ALK変種1 (Lin JJ, el al. Impact of EML4-ALK Variant on Resistance Mechanisms and Clinical Outcomes in ALK-Positive Lung Cancer. J. Clin. Oncol. 2018:JCO2017762294) を、異なるHLA単一対立遺伝子B721.221細胞株で発現させた（図1A）。形質導入しようとする異なる細胞株の選択は、ALK陽性NSCLC患者におけるHLAクラスI対立遺伝子の頻度に基づいた（表1）。B721.221/A^*02:01、B721.221/A^*01:01、およびB721.221/C^*06:02細胞に、EML4-ALK変種1およびGFPをコードする構築物を形質導入した。細胞をGFP陽性に基づいて選別し、増殖させた。陰性対照としての形質導入されていないB721.221/A^*02:01細胞株、および陽性対照としてのH3122 ALK+ NSCLC細胞株を用いて、ウェスタンブロットを行った。

最も感度の高い標的化質量分析法を用いて、免疫エピトープデータベース (IEDB) からアルゴリズムによって予測された2つのペプチド、AMLDLLHVAおよびSLAMLDLLHVを同位体標識し（重い標準）、B721.221/A^*02:01細胞からのHLA^*02:01溶出物中で検索した。HLA A^*02:01対立遺伝子と結合するALK特異的ペプチドである9-merのAMLDLLHVAのみが同定された（図1B）。ALK特異的ペプチドは、発見質量分析法を用いて、HLA A^*01:01、HLA A^*02:01、またはHLA C^*06:02溶出物において同定されなかった。タンパク質の過剰発現は、HLAタンパク質に対するペプチドの低い結合親和性を補償し得るため（例えば、Abelin JG, el al. Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326を参照されたい）、およびB721.221/HLA A^*02:01細胞におけるEML4-ALK発現のレベルが参照NSCLC H3122細胞株の発現の範囲より少なくとも1桁低いことを考慮すると（図1A）、同定されたALKペプチド、AMLDLLHVAは、HLA A^*02:01に対して強い親和性を有して腫瘍細胞の表面上に提示されると判定された。

（表１）ALK陽性肺がん患者100名における異なるHLAクラスI対立遺伝子の割合

実施例1.2 異なる細胞株におけるALK特異的ペプチドの同定
B721.221細胞を形質導入することによって到達したEML4-ALK発現のレベルが低いため、腫瘍細胞の表面上に通常発現しているALK特異的ペプチドを同定することが困難になる。この技術的課題を回避するために、頻度の高いHLA対立遺伝子をコードする異なるALK陽性未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) 細胞株を選択した（Karpas-299、DEL、およびSR-786）。ALCL細胞株は、EML4-ALK融合タンパク質と全く同じALK部分を含有する融合タンパク質であるNPM-ALK融合タンパク質を高レベルで発現する。選択された細胞株におけるHLA遺伝子型およびHLA発現を、質量分析実験に進む前に確認した（表2）。次世代シーケンシング (NGS) によって、2つのHLA -A、-B、および-C対立遺伝子を決定した。HLAの発現レベルは、汎HLA抗体を用いたフローサイトメトリーにより決定した。HLA-A^*02のすべての対立遺伝子変種を認識する抗HLA-A^*02、およびすべてのHLAクラスII DR (HLA-DR) サブクラスを認識する抗DRについての陽性または陰性抗体染色を、フローサイトメトリーにより決定した。

（表２）ALK陽性ALCL細胞株の特徴付け

HLA A^*02:01対立遺伝子は特異的抗体（BB7.2クローン）によって免疫沈降させることができるため、DEL細胞のHLA A^*02:01溶出物において、標的化質量分析により、B721.221/HLA A^*02:01細胞において以前に同定されたペプチド、AMLDLLHVAを同位体標識し（重い標準）、その存在を確認した（図2A）。HLA A^*02:01とは異なるHLAを発現する細胞株については、HLA-ペプチド複合体を抗汎HLA抗体でプルダウンした。次いでHLA溶出物中のALK特異的ペプチドを、質量分析により発見モードで検索した。Abelin JG, et al. (Mass Spectrometry Profiling of HLA-Associated Peptidomes in Mono-allelic Cells Enables More Accurate Epitope Prediction. Immunity. 2017;46(2):315-326) において提供されるシステムおよびアルゴリズムを用いて、発見されたペプチドを特定のHLAに割り当てた。このアルゴリズムは、前述のHLA単一対立遺伝子細胞株のいくつかによって提示される内因性ペプチドで訓練した。このアプローチに従って、Karpas-299細胞からのHLA溶出物に提示される3つのALK特異的ペプチドが同定された（図2B～2D）。質量分析計において、2回の独立した注入を実行した。IVRCIGVSLおよびRPRPSQPSSLは、両方の注入で見出された（それぞれ、図2Bおよび2C）。VPRKNITLIは、2回の注入のうちの1回においてのみ見出された（図2D）。3つのペプチドはすべて、HLA B^*07:02対立遺伝子と結合することが強く予測された（図2B～2D）。

このデータから、頻度の高い2つのHLAクラスIハプロタイプ、HLA A^*02:01およびHLA B^*07:02の溝における4つの異なるALKペプチドの、がん細胞による生理学的なプロセシングおよび提示が示された（表3）。表3に記載されたペプチドは、ALKの細胞質内部分に属し；したがって、過剰発現（神経芽細胞腫）またはEML4-ALK (NSCLC) およびNPM-ALK (ALCL) 転座などのALK異常発現のあらゆる可能な形態に含まれる。ALK陽性NSCLCを有する個体におけるこれらのHLAクラスI対立遺伝子の頻度に基づくと、これらのペプチドに対する治療用ワクチンは、患者の約54%に適用可能であると考えられる。

加えて、SR-786細胞からの汎HLA溶出物を用いた2回の独立した実験において、9-merペプチド、TAAEVSVRVが同定された（図3）。IEDBからのNetMHCpanおよびArtificial Neural Network (ANN) アルゴリズムによると、このペプチドは、ALK陽性腫瘍患者の約5%において見出される対立遺伝子であるHLA A^*68:02対立遺伝子と結合する（表3）。

（表３）質量分析により発見されたペプチド

実施例1.3 同定されたALK特異的ペプチドはインビトロで免疫応答を誘導する
同定されたペプチドが免疫応答を誘導する能力をインビトロで評価した。ALK陽性NSCLC患者からの凍結保存PBMCまたは健常ドナーからのPBMCを、以前に記載されたように自家抗原提示細胞 (APC) と共にインビトロでインキュベートした（Cai A, et al. Mutated BCR-ABL generates immunogenic T-cell epitopes in Chronic myelogenous leukemia (CML) patients (Rajasagi et al., Clin. Cancer Res. 2012;18(20):5761-5772；Rajasagi M, et al. Blood. 2014;124(3):453-462)。10×10⁶個のPBMCを、10%ヒトAB血清、rhIL7 (10ng/ml)、およびrhIL2 (20 IU/ml) を補充した培地中で、10μMの対応ペプチドをパルスした自己樹状細胞 (DC) と共に24ウェルプレート中でインキュベートした（100:1比）。6日後、CD8⁺ T細胞を磁気ビーズ (StemCell Technologies) によってバルク集団から単離し、10μMの対応ペプチドをパルスした照射B721.221-HLA単一対立遺伝子と共にインキュベートした（10:1比）。7、14、21、および28日目にrhIL7 (10ng/ml) を添加することにより、ならびに8、15、22、および29日目にrhIL2 (20IU/ml) を添加することにより、細胞を再刺激した。最後の刺激の1週間後に、T細胞の特異性を評価した。T細胞を、IFNγ-ELISPOTプレート (Mabtech) において、照射B721.221／対応HLA／ペプチドパルス細胞またはB721.221／対応HLA／EML4-ALK形質導入細胞と共にインキュベートした（1:1比）。別のアプローチとして、T細胞を、対応するHLA対立遺伝子との複合体において同定されたペプチドに基づいて合成されたdextramer (Immunex) によって染色した。

これらのペプチドがT細胞応答を引き起こす能力もまた評価した。HLA-A^*02:01トランスジェニックマウス (C57BL/6-Mcph1^{Tg(HLA-A2.1)1Enge}/J) に、AMLDLLHVAペプチドをフロイント完全アジュバントと共にワクチン接種した。ワクチン接種の3週間後に、インターフェロン-ガンマ (IFN-γ) ELISPOTアッセイにおいて、ワクチン接種したマウスからの脾細胞にAMLDLLHVA、OVAペプチド（陰性対照）、および培地（陰性対照）を負荷した（図4A）。ワクチン接種した2匹のマウスにおいて、AMLDLLHVAを負荷した脾細胞を有するウェルとOVAペプチドを負荷した脾細胞を有するウェルとの間で、IFN-γスポット形成単位 (SFU) のそれぞれ2倍および5倍の差が見出された（図4B）。さらに、ALK陽性NSCLC HLA A^*02:01患者からのPBMCにAMLDLLHVAペプチド、HIVペプチドおよびペプチド刺激なしの陰性対照、ならびにインフルエンザマトリックス陽性対照を負荷することにより、直接的なIFN-γ-ELISPOTアッセイを実施した（図4C）。評価した患者20名のうちの1名は、この特定のペプチドに対する応答を示し、ALK特異的な自発的T細胞応答が示された。

ALK特異的HLA B^*07:02結合ペプチド、IVRCIGVSLおよびRPRPSQPSSLについては、ALK陽性NSCLC患者4名からのPBMCを用いて行われた直接的なIFN-γ-ELISPOTにおいて、有意な応答は検出されなかった。したがって、IVRCIGVSLおよびRPRPSQPSSLによるペプチド特異的CD8⁺ T細胞増殖を、図5Aの概略図に従って、ALK陽性NSCLC HLA B^*07:02患者のPBMCにおいて評価した。-1日目に、ALK陽性NSCLC HLA^*07:02患者からのPBMCを融解し、rh-IL-7 (10 ng/ml) の存在下で一晩休息させた。0日目に、PBMCをIVRCIGVSLまたはRPRPSQPSSLで選択的に刺激した。3日目から3～4日ごとに、rh-IL-2およびrh-IL-7を含有する新鮮な培地を添加した。精製されたCD8⁺ T細胞を、それぞれペプチドパルスした成熟DC (mDC) またはCD40活性化B細胞と共にインキュベートすることにより、2回目および3回目の刺激を行った。21日目に、IFN-γ ELISPOTを増殖の読み出しとして行った。HIVパルスB細胞および非パルスB細胞を陰性対照として使用した。CEF plusパルスB細胞を陽性対照として使用した。

IVRCIGVSLで増幅したCD8+ T細胞を用いてIFN-γ-ELISPOTを行った場合、IVRCIGVSLパルスB細胞を負荷したウェルでは、対照ペプチドをパルスしたB細胞を負荷したウェルと比較して約4倍のスポット形成単位が検出された（図5Bおよび5C）。ELISPOTを2回繰り返し、同様の結果が得られた。ALK陽性NSCLC HLA B^*07:02患者4名からのPBMCにおけるRPRPSQPSSLペプチドを用いた同様のアプローチは、有意な応答を生じなかった。

実施例2. ALK両親媒性ペプチド
理論によって縛られることは望まないが、インビトロおよびインビボのデータにより、両親媒性ペプチド（amphペプチド）ワクチンは、注射後に間質液中に存在する内因性アルブミンに結合し、その後アルブミンを介してリンパ節に輸送され、樹状細胞 (DC) により効率的に捕捉されることによって機能することが示唆される (H. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014))。このamphペプチドワクチン「アルブミンヒッチハイク」概念の概略図を図6Aに示す。

実施例2.1 両親媒性物質-ペプチドコンジュゲーションのためのALKペプチド選択
ペプチド-MHC結合のインシリコ予測は、共有抗原またはネオアンチゲンがヒトHLAサブタイプ上に効率的に提示される確率を順位付けする信頼できる戦略と考えられている (E. F. Fritsch et al., HLA-binding properties of tumor neoepitopes in humans. Cancer Immunol Res 2, 5229529 (2014))。両親媒性尾部とのコンジュゲーションがALK特異的ペプチドワクチンに適用できるかどうかを判断するために、インシリコ予測およびELISpotベースのスクリーニング技法を使用して、マウスモデルにおいて強力な免疫応答を誘導する免疫原性ALKペプチドを同定した。

HLAハプロタイプについて解析した患者28名のうち、13名の患者がHLA A^*02:01であり、8名の患者がHLA B^*07:02であり、および8名の患者がHLA C^*07:02であった。NetMHCpanおよびIEDBアルゴリズムを用いて、どのALKペプチドがHLA A^*02:01、HLA B^*07:02、およびHLA C^*07:02上に最も提示される可能性が高いのかを予測した。これら3つのHLAハプロタイプについて予測されたALKペプチドを表4に示す。

（表４）ALKワクチンを合成するためのALKペプチドの選択

それぞれおよそ30アミノ酸長である、23種の合成長鎖ペプチド (SLP) を合成した（表5）。SLPは、互いに重複し、ヒトのがんにおいて転座するALKの全領域に及ぶように合成した。ペプチドは、標準的な固相GMP合成によって合成した。各ペプチドをHPLCによって精製し、プールし、アミノ末端残基を介してN-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) と結合させて両親媒性物質-ペプチドコンジュゲートを形成し、その後サイズ排除クロマトグラフィー (SEC) 精製を行った。

（表５）ALK合成長鎖ペプチド (SLP)

実施例2.2 ALK amphペプチドは防御的なT細胞応答を誘発する
ALK amphペプチドがT細胞応答を誘発するかどうかを判断するために、Balb/cマウス (Charles River Laboratories) を一連の異なるALK ampペプチドで免疫化し、次いでエクスビボの抗原特異的サイトカイン産生についてアッセイした。ALK amphペプチドは、H. Liu et al., Structure-based programming of lymph-node targeting in molecular vaccines. Nature 507, 5199522 (2014) に提供されているように作製することができる。アッセイしたALK amphペプチドには、

が含まれる。図6Bは、ELISPOTによって同定された反応性ALK配列が、amphペプチドとして免疫原性であり、CD4⁺およびCD8⁺ T細胞応答の両方を誘発することを示す。さらに、Balb/cマウスを異なるALKペプチドで免疫化してから14日後に、腫瘍数を評価した。ナイーブペプチドを陰性対照として使用した。ALK amphペプチドをワクチン接種し、次いでALK⁺腫瘍細胞を負荷したマウスは、肺腫瘍の確立に対して強く抵抗性であった（図6C）。このデータから、「裸の」ペプチドと比較して、両親媒性コンジュゲートで修飾されたペプチドは、T細胞増殖を著しく増加させ、抗腫瘍効果を大幅に増強したことが示される。

実施例 3. ALK再配列を保有するNSCLC患者のALKワクチン接種スケジュール
ALKワクチンを投与するための進行性ALK陽性NSCLC患者を選択する上で、患者は、進行性疾患を有し、かつ以前に少なくとも1回のALKチロシンキナーゼ阻害剤処置または複数のALKチロシンキナーゼ阻害剤による処置を受けていることが必要とされた。ワクチン投与の前に、標準化学療法については3週間、または経口チロシンキナーゼ阻害剤については半減期の5倍の休薬期間が必要とされた。ベースライン時に、患者は全員、ALK特異的自己抗体およびALK特異的T細胞応答を測定するための採血、ならびに浸潤免疫細胞サブセットを評価するための腫瘍コア生検の両方を受けることが必要とされた。本試験の最初の部分は、ペプチド投与のみからなった。6名の患者（コホート1A）は「裸」のALKペプチドを受け、6名の患者（コホート1B）は両親媒性コンジュゲートペプチドを受けた。20種類のペプチドを合成し、5種類のペプチドと、カルボキシメチルセルロース、ポリイノシン酸-ポリシチジル酸、およびポリ-L-リジン二本鎖RNAの合成複合体であるアジュバントポリ-ICLCのプールを、同じHLA分子に結合するペプチド間の潜在的な抗原性の競合を減らすために、別々のリンパ節領域に流れ出る4つの異なる解剖学的部位に注射した。図7Aに示されるスケジュールに従って、1、8、15、29、43、および57日目にALKワクチンを投与し、16および24週目に追加免疫ワクチンを投与した。6週間にわたって、患者を用量制限毒性 (DLT) について評価した。安全性、忍容性、有効性、および8週時のALKに対する免疫学的応答を生じる能力の解析に基づいて、2つのペプチド製剤（裸または両親媒性）のうちの一方を、コホート2の患者に使用するために選択した。コホート2Aにおいて、8名の患者は、図7Bに示されるスケジュールに従って、市販のPD-1阻害剤と組み合わせた併用ALKペプチドワクチンを受けた。コホート2Bにおいて、8名の患者は、最初にALKペプチドワクチンのみを受け、次いで疾患の進行に応じて、PD-1阻害剤が処置レジメンに追加された。

実施例 4. ALK阻害剤療法および免疫チェックポイント療法と組み合わせたALKペプチドワクチンの有効性
ALK阻害剤療法および免疫チェックポイント療法と組み合わせたALKペプチドワクチンの有効性を検証するために、非小細胞肺がん (NSCLC) マウスモデルを利用した。免疫正常マウスで実験を行うために、BALB/cマウス系統と同系のEML4-ALK再配列NSCLC細胞株を作製した。これらの細胞をCRISPR/Cas9技術によりさらに編集して、BALB/cマウスに特異的なCD8⁺エピトープをALK遺伝子に導入した。これらのNSCLC細胞株は、尾静脈に注射すると肺にコロニーを形成し、肺腫瘍を生じる。肺に腫瘍が形成された時点で、マウスを以下のいずれかで処置した：i) ALK特異的阻害剤であるロルラチニブで15日間 (n=9)；ii) ロルラチニブおよびチェックポイント阻害剤であるPD-1の組み合わせ (n=9)；iii) ロルラチニブおよびALKワクチン(n=9)；またはiv) ロルラチニブ、抗PD1、およびALKワクチンの組み合わせ (n=8)（図8A）。対照群は、いかなる種類の処置も受けなかった (n=5)。腫瘍細胞が注入され、いかなる処置も受けなかったマウスはすべて、多発性腫瘍の発生により、21日目よりも前に死亡した。ロルラチニブ処置により、腫瘍の進行が遅延した（生存期間中央値36.5日）。抗PD-1は、ロルラチニブによる処置にいかなる利益ももたらさなかった（生存期間中央値36.5日）。ロルラチニブにALKワクチンを追加することで、マウスの生存期間が有意に延長された（生存期間中央値54日）。ロルラチニブと組み合わせたALKワクチンに抗PD-1を加えることで、生存期間がさらに延長された（生存期間中央値68日）（図8B）。したがって、単独のまたは抗PD-1と組み合わせたALKワクチンにより、ALK阻害剤で処置されたALK陽性肺腫瘍を有するマウスの腫瘍増殖が有意に減少し、生存期間が延長した。

他の態様
前述の説明から、本明細書に記載される発明に変更および修正を加えて、それを様々な使用および条件に適合させることができることが明らかであろう。そのような態様もまた、添付の特許請求の範囲の範囲内である。

本明細書における変数の任意の定義における要素の一覧の列挙は、任意の単一の要素または列挙された要素の組み合わせ（もしくはサブコンビネーション）としての、その変数の定義を含む。本明細書におけるいくつかの態様の列挙は、任意の単一の態様としての、または任意の他の態様もしくはその一部と組み合わせた、その態様を含む。

本明細書において言及される特許および出版物はすべて、個々の特許および出版物が詳細にかつ個別に参照により組み入れられることが示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み入れられる。

Claims (47)

1. 単離された未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、
   (i) ALK再配列を有するがんおよびALKタンパク質を発現するがんによって共有されるALKタンパク質の細胞質部分の断片であり；(ii) ヒト白血球抗原 (HLA) と結合することができ；かつ(iii) 1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、
   アミノ酸配列AMLDLLHVAを含まない、
   前記単離されたALKペプチド。
2. 単離された未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列RPRPSQPSSLを含む、前記単離されたALKペプチド。
3. 単離された未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列IVRCIGVSLを含む、前記単離されたALKペプチド。
4. 単離された合成未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列VPRKNITLIを含む、前記単離された合成ALKペプチド。
5. 単離された合成未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドであって、1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができ、アミノ酸配列TAAEVSVRVを含む、前記単離された合成ALKペプチド。
6. 表3、表4、または表5に記載された配列と少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のペプチド。
7. 表3、表4、または表5に記載されたものより選択されるアミノ酸配列を含むか、または該アミノ酸配列からなる、請求項1に記載のペプチド。
8. 

   からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも約95%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のペプチド。
9. 両親媒性物質にコンジュゲートされている、請求項1～8のいずれか一項に記載のペプチド。
10. 両親媒性物質が、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である、請求項9に記載のペプチド。
11. 1つまたは複数のALK陽性がんが、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマからなる群より選択される、請求項1～10のいずれか一項に記載のペプチド。
12. 1つまたは複数のALK陽性がんが非小細胞肺がん (NSCLC) である、請求項11に記載のペプチド。
13. 1つまたは複数のALK陽性がんが未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) である、請求項11に記載のペプチド。
14. HLAがHLAクラスI対立遺伝子によってコードされる、請求項1に記載のペプチド。
15. HLAクラスI対立遺伝子が、表1、表2、または表3に記載されたものより選択される、請求項14に記載のペプチド。
16. HLAクラスI対立遺伝子が、HLA A^*02:01、HLA A^*68:02、HLA B^*07:02、またはHLA C^*07:02である、請求項14または15に記載のペプチド。
17. ALKタンパク質が全長ヒトALKタンパク質である、請求項1に記載のペプチド。
18. ALK再配列が、ヌクレオフォスミン-ALK再配列 (NPM-ALK) または棘皮動物微小管関連タンパク質様4-ALK再配列 (EML4-ALK) である、請求項1に記載のペプチド。
19. 請求項1～18のいずれか一項に記載のALKペプチドをコードする、ポリヌクレオチド。
20. 請求項19に記載のポリヌクレオチドを含む、ワクチン。
21. 請求項1～18のいずれか一項に記載のALKペプチドを含む、ワクチン。
22. 1つまたは複数のALK陽性がんに対する免疫応答を生じさせることができる2種またはそれ以上の単離された合成未分化リンパ腫キナーゼ (ALK) ペプチドを含む、ワクチンであって、該2種またはそれ以上の単離されたALKペプチドが、表3、表4、または表5に記載されたものより選択される、前記ワクチン。
23. 2種またはそれ以上のALKペプチドが、
    

    

    より選択される2つまたはそれ以上のアミノ酸配列を含む、請求項22に記載のワクチン。
24. 2種またはそれ以上のALKペプチドのうちの少なくとも1種が、両親媒性物質にコンジュゲートされている、請求項22または23に記載のワクチン。
25. 両親媒性物質が、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である、請求項24に記載のワクチン。
26. 請求項20～25のいずれか一項に記載のワクチンと、薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤とを含む、免疫原性組成物。
27. アジュバントをさらに含む、請求項26に記載の免疫原性組成物。
28. アジュバントが、カルボキシメチルセルロース、ポリイノシン酸-ポリシチジル酸、およびポリ-L-リジン二本鎖RNAの合成複合体（ポリICLC）、またはCpGオリゴヌクレオチドである、請求項27に記載の免疫原性組成物。
29. アジュバントが両親媒性物質にコンジュゲートされている、請求項27に記載の免疫原性組成物。
30. 両親媒性物質が、N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル末端官能化ポリ(エチレングリコール)-脂質 (NHS-PEG2KDa-DSPE) である、請求項29に記載の免疫原性組成物。
31. 対象におけるALK陽性がんを処置する方法であって、
    請求項1～10のいずれか一項に記載のALKペプチド、請求項20～25のいずれか一項に記載のワクチン、または請求項26～30のいずれか一項に記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与する段階
    を含む、前記方法。
32. 1つまたは複数のALK陽性がんを有する対象を処置する方法であって、
    請求項1～10のいずれか一項に記載のALKペプチド、請求項20～25のいずれか一項に記載のワクチン、または請求項26～30のいずれか一項に記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与する段階
    を含む、前記方法。
33. ALK阻害剤、免疫チェックポイント阻害剤、および／またはチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) のうちの1つまたは複数の有効量を対象に同時にまたは連続して投与する段階
    をさらに含む、請求項31または32に記載の方法。
34. 免疫チェックポイント阻害剤が、プログラム細胞死タンパク質1 (PD-1) 阻害剤、プログラム死リガンド1 (PD-L1) 阻害剤、または細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4 (CTLA-4) 阻害剤のうちの1つまたは複数より選択される、請求項33に記載の方法。
35. PD-1阻害剤が抗PD1抗体である、請求項34に記載の方法。
36. ALK阻害剤がロルラチニブである、請求項33に記載の方法。
37. 抗PD1抗体がロルラチニブと組み合わせて投与される、請求項34に記載の方法。
38. アジュバントが対象に同時に投与される、請求項31～37のいずれか一項に記載の方法。
39. ALK陽性がんが、非小細胞肺がん (NSCLC)、未分化大細胞リンパ腫 (ALCL)、神経芽細胞腫、B細胞リンパ腫、甲状腺がん、結腸がん、乳がん、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍 (IMT)、腎がん、食道がん、およびメラノーマからなる群より選択される、請求項31～38のいずれか一項に記載の方法。
40. ALK陽性がんが非小細胞肺がん (NSCLC) である、請求項39に記載の方法。
41. ALK陽性がんが未分化大細胞リンパ腫 (ALCL) である、請求項39に記載の方法。
42. 対象が、少なくとも1種のチロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) による少なくとも1回の前処置を受けている、請求項31～41のいずれか一項に記載の方法。
43. 投与する段階が、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の1回または複数回の用量を含む、請求項31～42のいずれか一項に記載の方法。
44. 投与する段階が、ALKペプチド、ワクチン、または免疫原性組成物の少なくとも6回の初回刺激用量および少なくとも2回の追加免疫用量を含む、請求項31～43のいずれか一項に記載の方法。
45. 請求項1～10のいずれか一項に記載のALKペプチド、請求項20～25のいずれか一項に記載のワクチン、または請求項26～30のいずれか一項に記載の免疫原性組成物の有効量を対象に投与する段階
    を含む、対象において免疫応答を生じさせる方法。
46. 免疫応答がTリンパ球の産生を含む、請求項45に記載の方法。
47. 1つまたは複数のALK陽性がんを有する対象に投与するための物質を含む、キットであって、該物質が、請求項1～10のいずれか一項に記載のALKペプチド、請求項20～25のいずれか一項に記載のワクチン、または請求項26～30のいずれか一項に記載の免疫原性組成物を含む、前記キット。

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