JP2022536502A - 癌を治療するための組成物および方法 - Google Patents

癌を治療するための組成物および方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2022536502A
JP2022536502A JP2021573519A JP2021573519A JP2022536502A JP 2022536502 A JP2022536502 A JP 2022536502A JP 2021573519 A JP2021573519 A JP 2021573519A JP 2021573519 A JP2021573519 A JP 2021573519A JP 2022536502 A JP2022536502 A JP 2022536502A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
acc
methylation
bub1b
pink1
subject
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2021573519A
Other languages
English (en)
Inventor
エム． レラリオ，アントニオ
モハン，ディピカ
ハンマー，ゲーリー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
University of Michigan
Original Assignee
University of Michigan
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by University of Michigan filed Critical University of Michigan
Publication of JP2022536502A publication Critical patent/JP2022536502A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/4985—Pyrazines or piperazines ortho- or peri-condensed with heterocyclic ring systems
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
    • G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
    • G01N33/5041—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects involving analysis of members of signalling pathways
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/154—Methylation markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)

Abstract

本開示は、癌を治療するための組成物、システム、および方法に関する。特に、本開示は、遺伝子発現およびメチル化プロフィールを利用して、副腎皮質癌を層別化し、治療するための組成物、システム、および方法、ならびにこれらの手段によって層別化された患者に有用性を有する薬物に関する。

Description

発明の詳細な説明
〔関連出願への相互参照〕
本出願は２０１９年６月１１日に出願された米国仮出願第６２／８５９，９３３号、および２０１９１年８月２日に出願された米国仮出願第６２／８８２，１４７号の優先権および利益を主張し、その含有量は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
〔開示の属する技術分野〕
本開示は、癌を治療するための組成物、システム、および方法に関する。特に、本開示は遺伝子発現およびメチル化プロフィールを利用して、副腎皮質癌を層別化し、治療するための組成物、システム、および方法、ならびにこれらの手段によって層別化された患者に有用性を有する薬物に関する。
〔発明の背景〕
副腎皮質癌（ＡＣＣ）はまれな悪性腫瘍であり、全体的に予後不良である。ＡＣＣの治療選択肢は限られており、手術が長期寛解と治癒をもたらしうる唯一の治療法である。手術にもかかわらず、早期疾患の患者の多くは術後に転移を来すため、全身治療を必要とする。このため、切除断端無しの外科的切除後、アドレナリン分解化合物ミトタンによる補助療法は現在、ほとんどのＡＣＣ患者に対する標準治療の一部となっている；しかし、現在の薬物治療の選択肢は非常に限られており、さらなる選択肢のための大きな未対処の医療の必要性を残している。最近の研究では、ミトタンは毒性が高い一方でわずかに有効であることが確認されている。ミトタンの治療上の血清中濃度は典型的には達成するのに数カ月間の薬物投与を要し、９０％までの患者が、手術後のミトタンによる補助療法中に必然的に再発するか、切除不能例に対するミトタン療法中に進行する（この用量漸増期間中またはその後のいずれか）。さらに、切除不能病変に対する細胞毒性化学療法の効力も同様に限られており、副作用も重大である。その結果、患者のための現在の選択肢よりも安全、より効果的、またはその両方である新しい治療法に対する臨界未対処の医療の必要性が存在する。
患者の層別化に対する現在のアプローチは、細胞増殖の組織学的評価に依存している。ゴールドスタンダードのＫＩ６７指数または有糸分裂数にはいくつかの限界があり、特定の治療に反応する可能性のある患者を確実に確認することはできない。特定の治療に反応する可能性のある患者を確認するための改善された方法が必要である。
〔発明の概要〕
本開示は、癌を治療するための組成物、システム、および方法に関する。特に、本開示は、遺伝子発現およびメチル化プロフィールを利用して、副腎皮質癌を層別化および治療するための組成物、システム、および方法、ならびにこれらの手段によって層別化された患者に有用性を有する薬物に関する。
本発明の実施形態の開発中に、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤（例えばリンシチニブ）による治療に従う患者集団を確認するための組成物および方法が開発された。特に、Ｍｏｈａｎ ＆ Ｌｅｒａｒｉｏ ら Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９では、転移病変を有する患者の５４人％の原発腫瘍においてＧ０Ｓ２メチル化が優勢であることが観察された。ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１が高いと、転移巣を有する患者でも疾患の経過が遅くなることが予測される（表４）。Ｇ０Ｓ２メチル化とともに、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアは、特に、「低」ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１を有する患者を除外するために、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤による治療に通常反応しないと予測される患者の非明白かつ以前は確認できなかった亜集団を確認することを目標として、追加的に使用される。この特異的な集団を明確にし、以前に実施されたリンシチニブの臨床試験のプラセボ／治療群の生存曲線に２５％生存率で分割が認められたことから（図９および実施例２）、この異常な反応を示す亜集団の患者をさらに定義するために、転移疾患の病歴を有する非ＣＩＭＰ高値の患者の４４パーセンタイルにおけるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１のカットオフ値が用いられる。この結果、非ＣＩＭＰ高値の転移性病変を有する患者の５６人％が組み入れられ、これらの集合的工程の適用後、転移性疾患を有する全患者の（０．５６）（１－０．５４）＝２５．８％を有する部分集団が得られ、図９で確認された２５％生存率における患者集団を反映している。このカットオフの有益な特徴は、ＩＧＦ２のアップレギュレーションをもたらす再発性改変を有し、ＡＣＣ－ＴＣＧＡからの他の再発性体細胞改変を有する可能性が低い染色体腫瘍を有する患者の確認を最適化することであり（ＣＯＣ１；図１、２、３）、ここに記載する標的療法の使用に対する生物学的動機付けを一致させることである。
したがって、本明細書に記載の組成物および方法は、ＡＣＣの治療を特定のサブタイプのＡＣＣにカスタマイズし、反応する可能性があると確認された患者のみにそのような治療を提供することによってＩＧＦ１Ｒ阻害剤治療の効力を改善することによって、改善された患者のケアを提供する。
例えば、いくつかの実施形態では、副腎皮質癌（ＡＣＣ）を治療するための方法であって、クラスター１（ＣＯＣ１）ＡＣＣを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばリンシチニブなどのＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与することを含む方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、被験者は、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを測定することによって、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認される。例えば、いくつかの実施形態では、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベル（例えばメチル化感受性制限消化／増幅によって決定されるとき、例えば４．６９６％未満のメチル化）およびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１の閾値レベルカットオフを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアがＣＯＣ１ ＡＣＣを示す。いくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２メチル化の閾値レベルは、ロジット変換されたメチル化β値に対するユークリッド距離を使用する教師なしの完全階層クラスタリングを使用して決定される。いくつかの実施形態では、リンシチニブは単剤療法として投与される。
本開示は、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアについての特定の閾値レベルに限定されない。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、閾値レベル（例えばメチル化感受性制限によって決定されるとき、例えば４．６９６％未満のメチル化）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルを有する転移性疾患の病歴を有するＡＣＣサンプルの４４パーセンタイル（例えば±１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０パーセンタイル）である。いくつかの具体的な実施形態では、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現の閾値は、例えば、定量的ポリメラーゼ連鎖反応を用いて評価されたサンプル中のＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１のコピー閾値を差し引くことによって決定されるとき、例えば１．４、１．５、１．６、１．７、またはそれより大きい。いくつかの実施形態において、閾値レベルを超えるＧ０Ｓ２メチル化レベルを有する被験者は、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）による治療から除外される。いくつかの実施形態において、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化および閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験体は、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）による治療から除外される。
さらなる実施形態は、被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
ａ） 被験者からサンプルを取得し、または取得しておき、サンプル中のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１ｂおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを測定することによって、被験者を、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認することと、
ｂ） 前記被験者が、ＣＯＣ１ ＡＣＣの存在を示すＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する場合、前記被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばリンシチニブなどのＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与することと
を含む、方法を提供する。
他の実施形態は、被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
ａ） 被験者由来のサンプルにおけるＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを決定することと、
ｂ） サンプル中の閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者を、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認することと、
ｃ） ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与することと
を含む、方法を提供する。
ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）の使用、または、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）もまた、本明細書中に提供される。
特定の実施形態は、ＡＣＣを治療するための方法であって、
被験者から単離されたサンプルにおいて閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することを含む方法を提供する。
いくつかの実施形態では、被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
ａ） 被験者からサンプルを取得し、または取得しておき、サンプル中のＧ０Ｓ２メチル化のレベルおよびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアのレベルを測定することによって、被験者を、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認することと、
ｂ） 前記被験者が閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する場合、前記被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与すること
を含む方法を提供する。
さらに他の実施形態は、被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
ａ） 被験者由来のサンプルにおけるＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを決定することと、
ｂ） サンプル中の閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者を確認することと、
ｃ） 閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与することと
を含む方法を提供する。
さらなる実施形態では、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）の使用、または、閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）が提供される。
また、副腎皮質癌（ＡＣＣ）を治療するための方法であって、
ａ） ＡＣＣと診断された被験者由来のサンプルを、ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１の発現レベル、ならびにＧ０Ｓ２の発現レベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態のうちの少なくとも１つを決定するための試薬と接触させることと、
ｂ） ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよびＧ０Ｓ２発現またはメチル化のレベルに基づいて、ＡＣＣを分子サブグループ１（ＣＯＣ１）、クラスター２（ＣＯＣ２）、またはクラスター３（ＣＯＣ３）として特徴付けることと、
ｃ） 分子に対してカスタマイズされた少なくとも１つの処置を被験者に投与すること、例えば、
細胞周期エフェクタータンパク質の阻害剤、ＤＮＡ修復タンパク質の阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、ＮＲ５Ａ１阻害剤またはエピジェネティクライターの阻害剤のうちの１つ以上を、ＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者に投与する、
Ｗｎｔ阻害剤またはＮＲ５Ａ１阻害剤のうちの１つ以上を、ＣＯＣ２癌を有すると確認された被験者に投与する、または、
ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）のうちの１つ以上を、ＣＯＣ１癌を有すると確認された被験者に投与することと
を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、該方法はさらに、
ＣＯＣ２またはＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および／または、免疫チェックポイント阻害剤（ＮＲ５Ａ１阻害剤、グルココルチコイド合成／代謝阻害剤またはグルココルチコイド受容体阻害剤との組合せ）を投与することを含む。いくつかの実施形態では、本方法はさらに、ＣＯＣ１を有すると確認された被験者に、免疫チェックポイント阻害剤を投与することを含む。
いくつかの実施形態では、特徴付けは、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを決定することを含む。本開示は、ＡＣＣを特徴付けるための特定のカットオフ値または閾値に限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよび閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルは、ＣＯＣ１を示す。いくつかの実施形態では、閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよび閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルは、ＣＯＣ２を示す。いくつかの実施形態では、４．６９６％を超える（例えば４．６９６％、４．７％、４．８％、４．９％、または５．０％を超える）Ｇ０Ｓ２メチル化の存在は、ＣＯＣ３を示す。いくつかの実施形態では、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコア閾値レベルは、１．４～１．８（例えば１．４、１．５、１．６、１．７、または１．８）である。いくつかの実施形態において、表１に示されるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよびＧ０Ｓ２メチル化値は、ＡＣＣを特徴付けるために利用される。いくつかの実施形態において、生物学的サンプルは、組織サンプル、生検サンプル、血液サンプル、または尿サンプルである。いくつかの実施形態では、試薬は、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２のうちの少なくとも１つにハイブリダイズする１つ以上の核酸プローブ、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２のうちの少なくとも１つの増幅または伸長のための１つ以上の核酸プライマー、または、メチル化Ｇ０Ｓ２核酸に特異的に結合する１つ以上の核酸プライマーである。いくつかの実施形態では、増幅アッセイ（例えばリアルタイムＰＣＲ）を使用して、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ、およびＧ０Ｓ２の発現を測定する。
本開示は、特定の標的遺伝子または治療に限定されない。いくつかの実施形態では、治療薬は、抗体、核酸、または小分子である。例えば、いくつかの実施形態では、細胞周期エフェクタータンパク質はＣＤＫ４／６、ＰＬＫ１、ＭＥＬＫ、またはＡＵＲＫであり、阻害剤はパルボシクリブである。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ修復タンパク質はＷＥＥ１またはＰＡＲＰであり、阻害剤はオラパリブまたはアダボセルチブである。いくつかの実施形態において、エピジェネティクライターはＥＺＨ２および／またはＤＮＭＴ１であり、阻害剤は３－デアザネプラノシンＡ、ＥＰＺ００５６８７、ＥＰＺ－６４３８（タゼメトスタット）、デシタビン、または５－アザシチジンである。いくつかの実施形態において、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤は、リンシチニブ、シクスツムマブ、ガニツマブ、フィギツムマブ、ダロツズマブ、イスチラツマブ、ドゥシギツマブまたはテプロツムマブである。いくつかの実施形態では、Ｗｎｔ阻害剤は、ＷＮＴ９７４またはＰＲＩ－７２４である。いくつかの実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は、Ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ、Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ、Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ、Ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ、Ａｖｅｌｕｍａｂ、ＤｕｒｖａｌｕｍａｂまたはＣｅｍｉｐｌｉｍａｂである。いくつかの実施形態では、ＮＲ５Ａ１阻害剤は、ＳＩＤ ７９６９５４３、４５５９４［４－（ヘプチルオキシ）フェノール］またはオクチルオキシフェニル（ＯＯＰ）である。
さらなる実施形態は、副腎皮質癌（ＡＣＣ）を特徴付けるための方法であって、
ａ） ＡＣＣと診断された被験体由来の被験者由来のサンプルを、ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の少なくとも１つの発現レベル、ならびにＧ０Ｓ２のメチル化状態を決定するための試薬と接触させることと、
ｂ） 閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよび閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化が確認された場合に、ＡＣＣを分子サブグループＣＯＣ１として特徴付け、
閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよび閾値レベル（例えば４．６９６％）未満のＧ０Ｓ２メチル化が確認された場合に、ＡＣＣをＣＯＣ２として特徴付け、
閾値レベル（例えば４．６９６％）を超えるＧ０Ｓ２メチル化の存在が確認された場合に、ＡＣＣをＣＯＣ３として特徴付けることと、
を含む方法を提供する。
さらなる実施形態は、
ＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、細胞周期エフェクタータンパク質の阻害剤、ＤＮＡ修復タンパク質の阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、ＮＲ５Ａ１阻害剤、またはエピジェネティクライター阻害剤から選択される少なくとも１つの処置の使用、
ＣＯＣ２癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、Ｗｎｔ阻害剤およびＮＲ５Ａ１阻害剤から選択される少なくとも１つの処置の使用、または、
ＣＯＣ１癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）およびチェックポイント阻害剤から選択される少なくとも１つの処置の使用を提供する。
さらに他の実施形態は、ＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、細胞周期エフェクタータンパク質の阻害剤、ＤＮＡ修復タンパク質の阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、ＮＲ５Ａ１阻害剤、またはエピジェネティクライター阻害剤から選択される少なくとも１つの処置、
ＣＯＣ２癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、Ｗｎｔ阻害剤またはＮＲ５Ａ１阻害剤から選択される少なくとも１つの処置、または、
ＣＯＣ１癌を有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を提供する。
特定の実施形態は、副腎皮質癌（ＡＣＣ）の処置をスクリーニングするための方法であって、
ａ） ＡＣＣと診断された被験者由来サンプルを、ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の少なくとも１つの発現レベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態を決定するための試薬と接触させることと、
ｂ） ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の発現レベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態に基づいて、ＡＣＣを分子サブグループＣＯＣ１、ＣＯＣ２、またはＣＯＣ３として特徴付けることと、
ｃ） 細胞周期エフェクタータンパク質の阻害剤、ＤＮＡ修復タンパク質の阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、ＮＲ５Ａ１阻害剤、またはエピジェネティクライター阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を、ＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者に投与し、
Ｗｎｔ阻害剤またはＮＲ５Ａ１阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を、ＣＯＣ２癌を有すると確認された被験者に投与し、または、
ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えば、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および／またはチェックポイント阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を、ＣＯＣ１癌を有すると確認された被験者に投与することと、
ｄ） ＡＣＣの１つ以上の徴候または症状に対する処置の効果を評価することと、
を含む方法を提供する。
特定の実施形態は、副腎皮質癌（ＡＣＣ）の処置を選択するための方法であって、
ａ） ＡＣＣと診断された被験者由来のサンプルを、ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の少なくとも１つの発現レベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態を決定するための試薬と接触させることと、
ｂ） ＢＵＢ１ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の発現レベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態に基づいて、ＡＣＣを分子サブグループＣＯＣ１、ＣＯＣ２、またはＣＯＣ３として特徴付けることと、
ｃ） ＣＯＣ３癌を有すると確認された被験者に対して、細胞周期エフェクタータンパク質の阻害剤、ＤＮＡ修復タンパク質の阻害剤、Ｗｎｔ阻害剤、ＮＲ５Ａ１阻害剤、またはエピジェネティクライター阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を選択し、
ＣＯＣ２癌を有すると確認された被験者に対して、Ｗｎｔ阻害剤およびＮＲ５Ａ１阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を選択し、
ＣＯＣ１癌を有すると確認された被験者に対して、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および免疫チェックポイント阻害剤から選択される少なくとも１つの処置を選択することと、
を含む方法を提供する。
追加の実施形態は、本明細書に含まれる教示に基づいて、関連技術の当業者には明らかであろう。
〔図面の説明〕
図１は、ＡＣＣ－ＴＣＧＡが、単一のプラットフォーム特徴まで純化することができるＡＣＣの３つの異なるマルチプラットフォーム分子サブタイプ（ＣＯＣ１－ＣＯＣ３）を確認することを示す。
Ａ． 体細胞コピー数変化プロフィール（ＳＣＮＡ）、ＣｐＧアイランドメチル化因子表現型（ＣＩＭＰ）、およびｍＲＮＡサブタイプの特定のタイプは、各ＣＯＣに収束する。
Ｂ． ＡＣＣ－ＴＣＧＡにおけるＣＯＣ割り当てを有する各サンプルについてのＳＣＮＡ、ＣＩＭＰおよびｍＲＮＡ分類を示すヒートマップ。
Ｃ． 各ＣＯＣに対する優性ＳＣＮＡ、ＣＩＭＰ、およびｍＲＮＡグループ。
図２は、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来のＣＯＣ群が、異なる体細胞変化プロフィールおよび転写プログラムの活性化と関連することを示す。
Ａ． ＣＯＣ３腫瘍は、構成的細胞周期活性化（「ＭＵＴ」）をもたらすドライバー体細胞変化の頻度が高く、細胞周期スコアで測定される細胞周期遺伝子の発現が高い。
Ｂ． ＣＯＣ２－３腫瘍は、構成的Ｗｎｔ経路活性化（「ＭＵＴ」）をもたらすドライバー体細胞変化の頻度が高く、Ｗｎｔスコアによって測定されるＷｎｔ経路標的の発現が高い。
Ｃ． 左－ ＣＯＣ３腫瘍は、ＣｐＧアイランドに向けられた非生理的ＤＮＡメチル化を特徴とする異常なエピジェネティクな状況をしばしば担っており、「ＣＩＭＰ高値」、エピジェネティクススコアで測定したエピジェネティク酵素の発現が高い。
中－ ＣＯＣ２＋３腫瘍は、「ステロイド高値」および「ステロイド高値／増殖性」の転写プログラムが優勢であり、「ステロイドスコア」で測定したステロイド産生酵素の発現が高い。
右－ ＡＣＣ－ＴＣＧＡでは、バルク中のＡＣＣは他の癌と比較してほとんど免疫不良であるが、ＣＯＣ１は「免疫スコア」で測定した免疫浸潤の程度が高いことが確認された。
図３は、図１および図２のヒートマップをサンプルごとに示す。
Ａ． ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑデータからの遺伝子発現レベルは、行ｚスコア（ホワイトからブラック）によって色分けされる。
Ｂ． このヒートマップはこの場合を除いて、Ａと同様の情報を描いているが、ただし、この場合、遺伝子は、対応するエピジェネティクス（「ＥＰＩＧ」）、細胞周期（「ＣＥＬＬＣＹＣＬＥ」）、ステロイド（「Ｓｔｅｒｏｉｄ」）、Ｗｎｔ（「Ｗｎｔ」）、および免疫（「Ｉｍｍｕｎｅ」）のスコアに折りたたまれ、そしてスコアは実際の値によって色分けされている。
図４は、ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおいて、ＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１スコアがＣＯＣ１病患者をＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍患者と区別することを示す。
図５は、ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおいて、非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患を有するＣＯＣ１患者は非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患を有するＣＯＣ２患者と統計的に異なったＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１を有することを示す。
図６。ＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１の閾値が、非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患患者におけるＣＯＣ１とＣＯＣ２‐３腫瘍の合理的な識別を可能にする。
図７。ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおけるＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１スコアの累積分布関数が、ＦＭＵＳＰ＋ＵＭ集団におけるｑＰＣＲによる比較可能なＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１カットオフの確認を可能にする。
図８。ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１とＣＩＭＰの状態を組み合わせると、進行性疾患患者のＣＯＣが忠実に再現される。
図９。Ｆａｓｓｎａｃｈｔら Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５の研究に登録された患者の無増悪生存曲線。
図１０。リンシチニブで治療された反応者および非反応者から得られたエクソーム配列決定データのブレークポイント分析。この図の各点は、「反応者」または「非反応者」の状態によって分類された、患者由来の配列決定された腫瘍において確認された切断点の総数を表す。
図１１。ノイズが多いＡＣＣ患者はリンシチニブで進行する。左上は、各患者（行）の各常染色体（列）のＢ－アレル頻度プロフィールを「反応者」または「非反応者」に分類したものである。左下は、各患者の第１染色体のズームである。右は、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来の各ＳＣＮＡクラスを表す患者サンプル由来の染色体１である。
図１２。ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来の致命的なＣＩＭＰ高値の腫瘍はしばしば、ノイズの多いコピー数／ＬＯＨプロフィールを有する。Ａは、Ｍｏｈａｎ ＆ Ｌｅｒａｒｉｏ ら Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９から改造され、ＡＣＣ－ＴＣＧＡおけるＣＩＭＰ高の状態の腫瘍は日常的に致死的であることを示す。Ｂは、ＡＣＣ‐ＴＣＧＡ由来のＣＩＭＰ高値の腫瘍はノイズが多いコピー数／ＬＯＨプロフィールに対して有意に濃縮され、一方、ＡＣＣ‐ＴＣＧＡ由来の非ＣＩＭＰ高値の腫瘍は染色体コピー数／ＬＯＨプロフィールに対して有意に濃縮され、ＣＯＣ３と一致することを示す。
〔定義〕
本開示の理解を容易にするために、いくつかの用語および句を以下に定義する。
本明細書で使用される「感度」という語は、真陽性の数を真陽性と偽陰性の合計で割ることによって計算される、検定（例えば、方法、試験）の性能の統計的尺度として定義される。
本明細書で使用される「特異性」という語は、真陰性の数を真陰性と偽陽性の合計で割ることによって計算される、検定（例えば、方法、試験）の性能の統計的尺度として定義される。
本明細書中で使用される場合、用語「有益である」または「有益性」はマーカーまたはマーカーのパネルの質をいい、特に、陽性サンプル中のマーカー（またはマーカーのパネル）を見出す可能性をいう。
本明細書中で使用される場合、用語「転移」は、身体の１つの器官または部分に由来する癌細胞が身体の別の部分に再配置され、そして複製を続けるプロセスをいうことを意味する。転移した細胞は続いて腫瘍を形成し、さらに転移することがある。このように転移とは、癌が最初に発生した部位から体の他の部位に広がることをいう。本明細書中で使用される場合、用語「転移ＡＣＣ癌細胞」は、転移したＡＣＣ癌細胞をいうことを意味する。
本明細書で使用される「新生物」という用語は、組織の任意の新規かつ異常な成長を指す。したがって、新生物は、非悪性新生物、前悪性新生物または悪性新生物であり得る。用語「新生物特異的マーカー」は、新生物の存在を示すために使用され得る任意の生物学的物質をいう。生物学的材料の例えば核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂肪酸、細胞成分（例えば、細胞膜およびミトコンドリア）、および細胞全体が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「アンプリコン」は、プライマー対を使用して生成される核酸をいう。アンプリコンは典型的には一本鎖ＤＮＡ（例えば非対称増幅の結果）であるが、ＲＮＡまたはｄｓＤＮＡであってもよい。
核酸の文脈における「増幅する」または「増幅」という語は、増幅産物またはアンプリコンが一般に検出可能で典型的には少量のポリヌクレオチド（例えば単一のポリヌクレオチド分子）から出発する、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの一部の多重コピーの生成を指す。ポリヌクレオチドの増幅は、種々の化学的および酵素的プロセスを包含する。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）またはリガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ；例えば、米国特許第５，４９４，８１０号を参照のこと；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の間の標的または鋳型ＤＮＡ分子の１つまたは数コピーからの複数ＤＮＡコピーの生成が増幅の形態である。増幅のさらなるタイプとしては以下が挙げられるが、これらに限定されるものではない：アレル特異的ＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第５，６３９，６１１号を参照）、アセンブリＰＣＲ（例えば、その全体が参照により組み込まれている米国特許第５，９６５，４０８号を参照）、ヘリケース依存的増幅（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第７，６６２，５９４号を参照）、ホットスタートＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている米国特許第５，７７３，２５８号および第５，３３８，６７１号を参照）、インター配列特異的ＰＣＲ、インバースＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＴｒｉｇｌｉａ、ｅｔ ａｌ（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １６：８１８６を参照）、ライゲーション媒介ＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＧｕｉｌｆｏｙｌｅ、Ｒｅｔ ａｌ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ２５：１８５４－１８５８（１９９７）；米国特許第５，５０８，１６９号を参照）、メチル化特異的ＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれている、Ｈｅｒｍａｎ、ｅｔ ａｌ、（１９９６）ＰＮＡＳ ９３（１３） ９８２１－９８２６を参照）、ミニプライマーＰＣＲ、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＳｃｈｏｕｔｅｎ、ｅｔ ａｌ、（２００２） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ３０（１２）； ｅ５７を参照）、多重ＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＣｈａｍｂｅｒｌａｉｎ、ｅｔ ａｌ、（１９８８） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １６（２３） １１４１－１１５６； Ｂａｌｌａｂｉｏ、ｅｔ ａｌ、（１９９０）Ｈａｙｄｅｎ、ＢＭＣ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ８４（６） ５７１－５７３； Ｈａｙｄｅｎ， ら、 （２００８） ＢＭＣ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ９：８０を参照）、ネステッドＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＨｉｇｕｃｈｉ、ｅｔ ａｌ、（１９８８） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， １６（１５） ７３５１－７３６７を参照）、リアルタイムＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＨｉｇｕｃｈｉ、ｅｔ ａｌ、（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：４１３－４１７； Ｈｉｇｕｃｈｉ、ｅｔ ａｌ、（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１：１０２６－１０３０； を参照）、逆転写ＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＢｕｓｔｉｎ、Ｓ．Ａ（２０００）Ｊ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ２５：１６９－１９３を参照）、固相ＰＣＲ、熱的非対称インターレースＰＣＲ、およびタッチダウンＰＣＲ（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＤｏｎ、ｅｔ ａｌ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９１） １９（１４） ４００８； Ｒｏｕｘ、Ｋ（１９９４）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １６（５） ８１２－８１４； Ｈｅｃｋｅｒ、ｅｔ ａｌ、（１９９６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２０（３） ４７８－４８５を参照）。ポリヌクレオチド増幅はまた、デジタルＰＣＲを使用して達成され得る（例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれているＫａｌｉｎｉｎａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．２５； １９９９－２００４、（１９９７）；ＶｏｇｅｌｓｔｅｉｎおよびＫｉｎｚｌｅｒ、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ；９６； ９２３６－４１、（１９９９）；国際特許公開第ＷＯ０５０２３０９１Ａ２号；米国特許出願公開第２００７０２０２５２５号を参照）。
本明細書中で使用される場合、用語「相補的」または「相補性」は塩基対合規則によって関連するポリヌクレオチド（すなわち、ヌクレオチドの配列）に関して使用される。例えば配列「５’－Ａ－Ｇ－Ｔ－３’」は、配列「３’－Ｔ－Ｃ－Ａ－５’」に相補的である。相補性は「部分的」であってもよく、その場合、核酸の塩基のいくつかのみが塩基対合規則に従って一致する。または、核酸間で「完全である」または「全体的である」相補性が存在してもよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率および強度に大きく影響する。これは、増幅反応、ならびに核酸間の結合に依存する検出方法において特に重要である。
本明細書中で使用される場合、「プライマー」という語は、精製された制限消化物中のように天然に存在するか、または合成的に生成されるかにかかわらず、核酸鎖に相補的なプライマー伸長産物の合成が誘導される条件下（例えば、ヌクレオチドおよび生体触媒などの誘導剤（例えばＤＮＡポリメラーゼなど）の存在下および適切な温度およびｐＨで置かれた場合）に、合成の開始点として作用し得るオリゴヌクレオチドをいう。プライマーは増幅における最大効率のために典型的には一本鎖であるが、代わりに二本鎖であってもよい。二本鎖の場合、プライマーは一般に、伸長産物を調製するために使用される前に、最初にその鎖を分離するために処理される。いくつかの実施形態では、プライマーはオリゴデオキシリボヌクレオチドである。プライマーは、誘導剤の存在下で伸長産物の合成を開始するのに十分な長さである。プライマーの正確な長さは、温度、プライマーの供給源、および方法の使用を含む多くの因子に依存する。特定の実施形態では、プライマーは捕捉プライマーである。
本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡまたはＲＮＡを含むがこれらに限定されない、任意の核酸含有分子をいう。この用語は、限定されるわけではないが、４アセチルシトシン、８－ヒドロキシ－Ｎ６－メチルアデノシン、アジリジニルシトシン、プソイドイソシトシン、５－（カルボキシヒドロキシル－メチル）ウラシル、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウラシル、５－カルボキシメチル－アミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルアデニン、１－メチルプソイド－ウラシル、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチル－グアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－メチルアデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシ－アミノ－メチル－２－チオウラシル、β－Ｄ－マンノシルクエオシン、５’－メトキシカルボニルメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル－５－オキシ酢酸、オキシブトキソシン、プソイドウラシル、クエオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、Ｎ－ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル－５－オキシ酢酸、プソイドウラシル、クエオシン、２－チオシトシン、および２，６－ジアミノプリンを含むＤＮＡおよびＲＮＡの既知の塩基アナログの任意のものを包含する。
本明細書中で使用される場合、用語「核酸塩基」は、「ヌクレオチド」、「デオキシヌクレオチド」、「ヌクレオチド残基」、「デオキシヌクレオチド残基」、「ヌクレオチド三リン酸（ＮＴＰ）」、またはデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）を含む、当該分野で使用される他の用語と同義である。
「オリゴヌクレオチド」は、少なくとも２つの核酸単量体単位（例えばヌクレオチド）、典型的には３つより多い単量体単位、より典型的には１０より多い単量体単位を含む核酸を指す。オリゴヌクレオチドの正確なサイズは一般に、オリゴヌクレオチドの最終的な機能または使用を含む様々な因子に依存する。さらに説明すると、オリゴヌクレオチドは典型的には２００残基未満の長さ（例えば１５～１００）であるが、本明細書で使用される場合、この語はまた、より長いポリヌクレオチド鎖を包含することが意図される。オリゴヌクレオチドはしばしば、その長さによって言及される。例えば、２４残基のオリゴヌクレオチドを「２４－ｍｅｒ」と呼ぶ。典型的には、ヌクレオシドモノマーは、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニリデート、ホスホラミデートなどを含むホスホジエステル結合またはそのアナログによって連結され、例えばＨ＋、ＮＨ４ ＋、Ｎａ＋などの関連する対イオンを（そのような対イオンが存在する場合には）含んでいる。さらに、オリゴヌクレオチドは典型的には一本鎖である。オリゴヌクレオチドは任意に、既存のまたは天然の配列の単離、ＤＮＡ複製または増幅、逆転写、適切な配列のクローニングおよび制限消化、または、Ｎａｒａｎｇ ら （１９７９）Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ． ６８： ９０－９９のホスホトリエステル法；Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ（１９７９）Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ． ６８： １０９－１５１のホスホジエステル法；Ｂｅａｕｃａｇｅ ら （１９８１）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ． ２２： １８５９－１８６２のジエチルホスホラミダイト法；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ ら （１９８１）Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ． １０３：３１８５－３１９１のトリエステル法；自動合成法；または１９８４年７月３日にＣａｒｕｔｈｅｒｓらに発行された「ＰＲＯＣＥＳＳ ＦＯＲ ＰＲＥＰＡＲＩＮＧ ＰＯＬＹＮＵＣＬＥＯＴＩＤＥＳ」と題する米国特許第Ｎｏ．４，４５８，０６６号の固体支持体法、または当業者に公知の他の方法などの方法による直接化学合成を含むが、これらに限定されない、任意の適切な方法によって調製される。これらの参考文献の全ては、参照により組み込まれる。
バイオポリマーの「配列」とは、バイオポリマー中の単量体単位（例えば、ヌクレオチドなど）の順序および同一性を指す。核酸の配列（例えば塩基配列）は、典型的には５’から３’の方向に読み取られる。
本明細書中で使用される場合、「メチル化」は、シトシンのＣ５またはＮ４位におけるシトシンメチル化、アデニンのＮ６位、または他の種類の核酸メチル化をいう。インビトロで増幅されたＤＮＡは、インビトロでのＤＮＡ増幅法が増幅鋳型のメチル化パターンを保持していないため、メチル化されていない。しかしながら、「メチル化されていないＤＮＡ」または「メチル化されたＤＮＡ」はまた、その元の鋳型がそれぞれメチル化されていないかまたはメチル化されている増幅されたＤＮＡを指すこともできる。
「メチル化状態」は、ＤＮＡの一部分内の特定のヌクレオチドまたは複数のヌクレオチドにおけるメチル化の存在、不在、および／または量を指す。特定のＤＮＡ配列（例えば本明細書に記載の遺伝子マーカーまたはＤＮＡ領域）のメチル化状態は、配列中のあらゆる塩基のメチル化状態を示すことができ、または、配列中の塩基対（例えば１つ以上のシトシン）のサブセットのメチル化状態を示すことができ、または、配列中のどこでメチル化が起こるかの正確な情報を提供することなく、配列内の局所メチル化濃度に関する情報を示すことができる。メチル化状態は、任意に、「メチル化値」によって表され、または示されることができる。メチル化値は、例えば、メチル化依存性制限酵素による制限消化後に存在する無傷ＤＮＡの量を定量することによって、または、亜硫酸水素塩反応後の増幅プロフィールを比較することによって、または、亜硫酸水素塩処理ＤＮＡおよび未処理ＤＮＡの配列を比較することによって、生成することができる。したがって、例えばメチル化値はメチル化状態を表し、したがって、遺伝子座の多数のコピーにわたるメチル化状態の定量的指標として使用することができる。これは、サンプル中の配列のメチル化状態を閾値または参照値と比較することが望ましい場合に特に有用である。
本明細書で使用される「被験者」という語は、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類などを含むが、これらに限定されない、特定の治療の受け手である任意の動物（例えば哺乳動物）を指す。典型的には、「被験者」および「患者」という用語は、本明細書ではヒト被験者に関して互換的に使用される。
本明細書で使用される「非ヒト動物」という用語は、限定されるものではないが、げっ歯類、非ヒト霊長類、ヒツジ、ウシ、反芻動物、ウサギ目、ブタ、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、ヤギなどの脊椎動物を含むすべての非ヒト動物を指す。
「遺伝子」という語は、ポリペプチド、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ、ｔＲＮＡおよびｒＲＮＡを含むが、これらに限定されない）または前駆体の生成に必要なコード配列を含む核酸（例えばＤＮＡ）配列をいう。ポリペプチド、ＲＮＡ、または前駆体は、全長またはフラグメントの所望の活性または機能特性（例えば、酵素活性、リガンド結合、シグナル伝達などについて）が保持される限り、全長コード配列によって、またはコード配列の任意の一部によってコードされ得る。この用語はまた、遺伝子が完全長ｍＲＮＡの長さに相当するように、構造遺伝子のコード領域、および、両端の約１ｋｂの距離の５’および３’末端の両方の、コード領域に隣接して位置する包含配列を包含する。コード領域の５’側に位置し、かつｍＲＮＡ上に存在する配列は、５’非翻訳配列と呼ばれる。コード領域の３’または下流に位置し、ｍＲＮＡ上に存在する配列は、３’非翻訳配列と呼ばれる。用語「遺伝子」は、遺伝子のｃＤＮＡ型およびゲノム型の両方を含む。遺伝子のゲノム形態またはクローンは、「イントロン」または「介在領域」または「介在配列」と称される非コード配列で中断されたコード領域を含む。イントロンは核内ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）に転写される遺伝子の断片である。イントロンにはエンハンサーなどの調節エレメントが含まれていることがある。イントロンは核転写産物または一次転写産物から除去されるか、あるいは「スプライスアウト」される。したがって、イントロンはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）プロセシング転写産物には存在しない。ｍＲＮＡは、新生ポリペプチドにおけるアミノ酸の配列または順序を特定するように翻訳中に機能する。
本明細書で使用される「遺伝子座」という用語は、染色体上または連鎖地図上の核酸配列を指し、コード配列、ならびに遺伝子の調節に関与する５’および３’配列を含む。
〔発明の詳細な説明〕
本開示は、癌を治療するための組成物、システム、および方法に関する。特に、本開示は遺伝子発現およびメチル化プロフィールを利用して、副腎皮質癌を層別化し、治療するための組成物、システム、および方法、ならびにこれらの手段によって層別化された患者に有用性を有する薬物に関する。
ＡＣＣに関する癌ゲノムアトラス研究（ＡＣＣ‐ＴＣＧＡ）のような最近の包括的ゲノミクス研究は、ＡＣＣが増殖測定（ＫＩ６７または有糸分裂計数）よりもむしろ分子層別化を用いてより良く層別化される可能性を示した。ＡＣＣ－ＴＣＧＡは、ＡＣＣが、主に３つの異なる分子サブタイプ－ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、およびＣＯＣ３（Ｚｈｅｎｇら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１６）で構成される、分子的に不均一な疾患であることを実証した。注目すべきことに、これらの分子サブタイプは、体細胞変化の明確なパターン、独特の転写プログラムの活性化、およびエピジェネティクなパターン形成の著しい変化によって特徴付けられる。重要なことに、ＣＯＣ１－３の状態は、標準治療下での疾患経過を予測し、ＣＯＣ１疾患の患者は大部分が予後良好であり、ＣＯＣ２疾患の患者は予後が中等度であり、ＣＯＣ３疾患の患者は予後が一様に不良である。
したがって、分子サブタイピングに基づくＡＣＣの層別化は有望と思われるが、臨床的に実施可能な検査に分子クラスを組み込む戦略は依然として解明されていない。理想的な分子バイオマーカーは単純なアッセイによって迅速に測定可能であり、明確な分子クラスを確実に捕捉する。ＡＣＣ‐ＴＣＧＡは、ＣＯＣ３ ＡＣＣが、「ＣＩＭＰ高値」として知られるＣｐＧアイランドを標的とするゲノム全体のＤＮＡメチル化のパターンによって特徴付けられることを明らかにした；このデータは、ＤＮＡメチル化に基づく分子バイオマーカーが、ＣＩＭＰ高値／ＣＯＣ３腫瘍の信頼できる確認を可能にすることを示す。実際、最近、Ｇ０Ｓ２遺伝子座におけるＣｐＧアイランドメチル化を定量するための単純な一晩制限消化／ｑＰＣＲに基づく分子アッセイを用いて、ＣＩＭＰ高値ＡＣＣと非ＣＩＭＰ高値ＡＣＣとを正確に区別することが達成され得ることが実証された（Ｍｏｈａｎ、Ｌｅｒａｒｉｏ ら、 Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９）。さらに、ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１のｍＲＮＡ発現を測定し、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１のＣｔ値の減算の結果得られるスコアを算出するために、第２のｑＰＣＲに基づくアッセイを含めることで、手術後の疾患進行および随時の転移性疾患の開発の可能性に基づいて、ＡＣＣを「高リスク」、「中リスク」、および「低リスク」の予後グループにさらに層別化することが実証された。したがって、「高リスク」患者はほぼ例外なく外科的完全切除後に再発し、転移性疾患の急速な進行を示すが、「低リスク」患者は決して再発せず、転移性疾患を呈しない。このように、これらのカテゴリーは、ＡＣＣ患者の臨床管理のためのこれらの分子バイオマーカーに基づく分子リスク層別化アプローチを提供する。
ＡＣＣを予後判定するための上記の分子層別化戦略は、同時係属特許出願ＷＯ ２０１９／１０８５６８に記載されている（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。しかしながら、このような分類方法は、分子分類に基づいてカスタマイズされた治療法を提供しない。したがって、本明細書中に提供されるのは、ＣＯＣ１－３分類を使用して、処置過程のアクションを決定し、有効性について候補治療薬をスクリーニングし、そしてその関連する分子マーカーによるＡＣＣ分類に基づいてＡＣＣを治療する方法である。
このようなクラスの薬物の１つは、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤である。本明細書中で使用される場合、用語「ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤」は、ＩＧＦ１ＲによるまたはＩＧＦ１Ｒを介するシグナル伝達を遮断する任意の薬剤をいう。例えば、ＩＧＦ１Ｒの上流または下流シグナル伝達パートナー、モジュレーター、またはリガンドの阻害剤またはエンハンサーが含まれるが、これらに限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、このような薬剤は、ＩＧＦ１Ｒ受容体へのリガンド（例えばＩＧＦ２、ＩＧＦ１）レベル、利用能、またはアクセスを低下させ、（例えば細胞外または細胞内に）結合し、ＩＧＦ１Ｒ（例えば抗体または小分子キナーゼ阻害剤）および／または下流のＩＧＦ１Ｒシグナル伝達経路に拮抗する。
いくつかの実施形態では、薬剤はＩＧＦ１Ｒ阻害剤である。リンシチニブはＩＧＦ１Ｒ阻害剤であり、ＡＣＣの患者において検討されたが、ＧＡＬＡＣＣＴＩＣ第３相臨床試験の主要評価項目に達せず、開発が中止された。しかし、少数の患者群では、薬物活性を示す有意義かつ持続的な反応が認められた一方で、薬物毒性は限られており、管理可能であった。残念なことに、リンシチニブのようなＩＧＦ１Ｒ阻害剤に対する反応者のこの亜集団の患者、したがって、リンシチニブのようなＩＧＦ１Ｒ阻害剤による治療が予想外に有効である患者を確認する方法は、本開示前には存在しなかった。
特に、進行副腎皮質癌（ＡＣＣ）患者で対象にリンシチニブ（ＯＳＩ－９０６としても知られる）の有効性を評価した最初の第３相試験は、Ｆａｓｓｎａｃｈｔ ら Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５．にて発表されている。Ｆａｓｓｎａｃｈｔらは、リンシチニブ治療患者とプラセボ治療患者のＫａｐｌａｎ－Ｍｅｉｅｒ法による無増悪生存曲線に統計学的な差はないと報告した。しかしながら、このデータを再検討したところ、長期持続的反応（無増悪生存期間＞１５０日）は、リンシチニブで治療された少数の患者サブセットでは示され、プラセボで治療された患者では示されなかったことが観察された。
本発明の実施形態の開発中に、分子分析（実施例２に詳細に記載される）を含む、この臨床試験からのデータの詳細な分析は、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばリンシチニブなどのＩＧＦ１Ｒ阻害剤）での治療に反応すると予想される独特の患者集団を予想外に確認し、一方、このような薬剤に反応しそうにない患者は除外した。実施例２に記載されているように、分子分析は、ＣＯＣ１ ＡＣＣを示す分子マーカーを有するものとして試験中の反応者を確認した。これは、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばリンシチニブなどのＩＧＦ１Ｒ阻害剤）による治療のための特定の患者集団を提供し、さらに、もし、まず患者がＣＯＣ１ ＡＣＣを有するかどうかを評価する試験を受けてそうであった場合だけ登録されるような臨床試験でこの治療法が採用されていれば、この失敗した臨床試験は、逆に、プラセボと比較してリンシチニブが臨床的に意味のある有効性を有することを示したであろう。
例えば、いくつかの実施形態では、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有する被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えば、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与する。いくつかの実施形態において、以下により詳細に記載されるように、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化を有する被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えば、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与する。いくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２メチル化に加えて、閾値限度を超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコアに、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）を投与する。さらに、いくつかの実施形態において、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えば、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤）に対する反応を示す分子マーカーを欠く被験体には、代替的な治療が提供される。
したがって、本発明は、現状と比較して著しく改善された有効性および実証された安全性（例えば実施例３を参照されたい）を有する、ＡＣＣ患者の特異的サブセットを治療するための組成物および方法を提供し、これは、改善された患者ケアをもたらし、この治療するのが困難な疾病のための新しい治療選択肢を提供する。
以下の説明は、特定の療法による治療のための患者を確認し、そのような療法を提供するための組成物および方法を説明する。
〔Ｉ． ＡＣＣ分類の識別〕
本明細書に記載されるように、いくつかの実施形態では、１つ以上のＡＣＣマーカー（例えば、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、またはＧ０Ｓ２について）の発現またはレベルおよびＧ０Ｓ２のメチル化状態に基づいてＡＣＣを分類するための組成物および方法が提供される。いくつかの実施形態において、ＡＣＣを特徴付けるために、発現および／またはメチル化スコアが使用される。いくつかの実施形態では、特徴付けは、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを決定することを含む。
例示的な検出およびスコアリング方法を以下に記載する。
〔Ａ． 検出アッセイ〕
いくつかの実施形態において、ＲＮＡは、ノーザンブロット分析による検出である。ノーザンブロット分析は、ＲＮＡの分離および相補的標識プローブのハイブリダイゼーションを含む。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ（または対応するｃＤＮＡ）は、オリゴヌクレオチドプローブへのハイブリダイゼーションによって検出される。ハイブリダイゼーションおよび検出のための種々の技術を使用する種々のハイブリダイゼーションアッセイが利用可能である。例えばいくつかの実施形態において、ＴａｑＭａｎアッセイ（ＰＥ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ；例えば、米国特許第５，９６２，２３３号および第５，５３８，８４８号（それぞれ、参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）が利用される。このアッセイは、ＰＣＲ反応中に行われる。ＴａｑＭａｎアッセイは、ＡＭＰＬＩＴＡＱ ＧＯＬＤ ＤＮＡポリメラーゼの５’－３’エキソヌクレアーゼ活性を利用する。ＰＣＲ反応には、５’－レポーター色素（例えば蛍光色素）と３’－クエンチャー色素をもつオリゴヌクレオチドからなるプローブが含まれる。ＰＣＲ中、プローブがその標的に結合される場合、ＡＭＰＬＩＴＡＱ ＧＯＬＤポリメラーゼの５’－３’核酸分解活性は、レポーターとクエンチャー色素との間のプローブを切断する。クエンチャー色素からのレポーター色素の分離は、蛍光の増加をもたらす。シグナルはＰＣＲの各サイクルで蓄積し、蛍光光度計でモニターすることができる。
いくつかの実施形態では、ＤＮＡマイクロアレイ（例えば、ｃＤＮＡマイクロアレイおよびオリゴヌクレオチドマイクロアレイ）；タンパク質マイクロアレイ；組織マイクロアレイ；形質移入または細胞マイクロアレイ；化学化合物マイクロアレイ；および抗体マイクロアレイを含むがこれらに限定されないマイクロアレイが、癌マーカーｍＲＮＡレベルを測定するために利用される。遺伝子チップ、ＤＮＡチップ、またはバイオチップとして一般に知られているＤＮＡマイクロアレイは、数千の遺伝子の発現プロファイリングまたは発現レベルのモニタリングを同時に行うためのアレイを形成する固相（例えば、ガラス、プラスティック、またはケイ素チップ）に付着した微視的ＤＮＡスポットの集合体である。固定されたＤＮＡセグメントはプローブとして知られており、その数千は単一のＤＮＡマイクロアレイで使用することができる。マイクロアレイは、疾患および正常細胞における遺伝子発現を比較することにより、疾患遺伝子を確認するために使用することができる。マイクロアレイは、ガラススライド上への微尖ったピンでの印刷；予め作製されたマスクを使用するフォトリソグラフィー；動的マイクロミラーデバイスを使用するフォトリソグラフィー；インクジェット印刷；またはマイクロ電極アレイ上の電気化学を含むが、これらに限定されない、種々の技術を使用して作製され得る。
さらに他の実施形態では、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用してＲＮＡの発現を検出する。ＲＴ－ＰＣＲにおいて、ＲＮＡは、逆転写酵素を用いて相補的ＤＮＡすなわち「ｃＤＮＡ」に酵素的に変換される。次いで、ｃＤＮＡをＰＣＲ反応のための鋳型として使用する。ＰＣＲ産物はゲル電気泳動およびＤＮＡ特異的染色による染色または標識プローブへのハイブリダイゼーションを含むが、これらに限定されない、任意の適切な方法によって検出され得る。いくつかの実施形態では、米国特許第５，６３９，６０６号、第５，６４３，７６５号、および第５，８７６，９７８号（それぞれ、参照により本明細書に組み込まれる）に記載される、競合鋳型法の標準化された混合物を用いる定量的逆転写酵素ＰＣＲが利用される。
いくつかの実施形態において、癌マーカーは、検出可能に標識されたプローブとのハイブリダイゼーションおよび得られたハイブリッドの測定によって検出される。検出方法の例示的な非限定的な例を以下に記載する。
１つの例示的な検出方法であるハイブリダイゼーション保護アッセイ（ＨＰＡ）は、化学発光オリゴヌクレオチドプローブ（例えば、アクリジニウムエステル標識（ＡＥ）プローブ）を標的配列にハイブリダイズさせ、ハイブリダイズしていないプローブ上に存在する化学発光標識を選択的に加水分解し、残りのプローブから生成された化学発光をルミノメーターで測定することを含む。例えば、米国特許第５，２８３，１７４号；Ｎｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ、Ｎｏｎｉｓｏｔｏｐｉｃ Ｐｒｏｂｉｎｇ、Ｂｌｏｔｔｉｎｇ、ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ｃｈ．１７（Ｌａｒｒｙ Ｊ．Ｋｒｉｃｋａ ｅｄ、第２版 １９９５、その各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
２つの分子間の相互作用は、例えば、蛍光エネルギー移動（ＦＲＥＴ）を使用して、検出することもできる（例えばラコウィックら、米国特許第５，６３１，１６９号；スタブリアノポウロスら、米国特許第４，９６８，１０３号を参照されたい；これらの各々は、参照により本明細書に組み込まれる）。フルオロフォア標識は、第１のドナー分子の放出された蛍光エネルギーが第２「アクセプター」分子上の蛍光標識によって吸収されるように選択され、これは次に、吸収されたエネルギーのために蛍光を発することができる。
あるいは、「ドナー」タンパク質分子がトリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを単に利用し得る。「アクセプター」分子標識が「ドナー」のものと区別され得るように、異なる波長の光を放出する標識が選択される。標識間のエネルギー移動の効率は、分子を分離する距離に関連するので、分子間の空間的関係を評価することができる。結合が分子間で起こる状況では、「アクセプター」分子標識の蛍光発光は最大でなければならない。ＦＲＥＴ結合事象は、蛍光検出手段によって簡便に測定することができる。
自己相補性を有する検出プローブの別の例は「分子ビーコン」である。分子ビーコンは、標的相補配列を有する核酸分子、増幅反応に存在する標的配列の非存在下でプローブを閉鎖立体配座に保持する親和性対（または核酸アーム）、および、プローブが閉鎖立体配座にある場合に相互作用する標識対を含む。標的配列と標的相補配列とのハイブリダイゼーションはアフィニティー対のメンバーを分離し、それによって、プローブを、開放立体配座にシフトさせる。開放立体配座への移動は、標識対の相互作用の減少のために検出可能であり、これは、例えばフルオロフォアおよび消光剤（例えば、ＤＡＢＣＹＬおよびＥＤＡＮＳについて）であり得る。分子ビーコンは、例えば米国特許第５，９２５，５１７号および第６，１５０，０９７号に開示され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
非限定的な例として、相互作用標識を有するプローブ結合対（例えば、米国特許５，９２８，８６２号に開示されるもの）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）は、本開示の実施形態の方法における使用に適合され得る。一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するために使用されるプローブ装置もまた、本発明において利用され得る。さらなる検出システムには、米国公開公報２００５００４２６３８号に開示されているような「分子スイッチ」が含まれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。挿入色素および／または蛍光色素を含むものなどの他のプローブもまた、本開示の実施形態の方法の増幅産物の検出に有用である。例えば、米国特許第５，８１４，４４７号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、核酸配列決定法が検出のために利用される。いくつかの実施形態では、配列決定には、第２世代（別名次世代（Ｎｅｘｔ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）またはＮｅｘｔ－Ｇｅｎ）、第３世代（別名Ｎｅｘｔ－Ｎｅｘｔ－Ｇｅｎ）、または第４世代（別名Ｎ３－Ｇｅｎ）配列決定技術であり、これには、パイロシーケンシング、ライゲーションによる配列決定、単一分子配列決定、合成による配列決定（ＳＢＳ）、半導体配列決定、大規模並列クローン、大規模並列単一分子ＳＢＳ、大規模並列単一分子リアルタイム、大規模並列単一分子リアルタイムナノポア技術などが含まれるが、これらに限定されない。ＭｏｒｏｚｏｖａおよびＭａｒｒａは、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，９２： ２５５（２００８）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）において、いくつかのそのような技術の概説を提供する。当業者であれば、ＲＮＡは細胞内で安定性が低く、実験的にヌクレアーゼ攻撃を受けやすいので、ＲＮＡは通常、配列決定の前にＤＮＡに逆転写されることを認識するであろう。
ＤＮＡ配列決定技術には、蛍光ベースの配列決定方法論が含まれる（例えばＢｉｒｒｅｎ ら、 Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ： Ａｎａｌｙｚｉｎｇ ＤＮＡ， １， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．を参照されたい；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、配列決定は自動配列決定である。いくつかの実施形態では、配列決定は、分割されたアンプリコンの並列配列決定である（Ｋｅｖｉｎ ＭｃＫｅｒｎａｎらのＰＣＴ公開番号ＷＯ２００６０８４１３２、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態において、配列決定は、並列オリゴヌクレオチド伸長によるＤＮＡ配列決定である（例えばＭａｃｅｖｉｃｚらの米国特許第５，７５０，３４１号、およびＭａｃｅｖｉｃｚらの米国特許第６，３０６，５９７号を参照のこと、これらの両方はそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）。配列決定技術のさらなる例は、Ｃｈｕｒｃｈ ｐｏｌｏｎｙ技術（Ｍｉｔｒａら、２００３、Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２０、５５－６５；Ｓｈｅｎｄｕｒｅら、２００５ Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０９、１７２８－１７３２；米国特許第６，４３２，３６０号、米国特許第６，４８５，９４４号、米国特許第６，５１１，８０３号；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、４５４ピコタイターパイロシーケンシング技術（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓら、２００５ Ｎａｔｕｒｅ ４３７、３７６－３８０；米国２００５０１３０１７３号；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、Ｓｏｌｅｘａ単一塩基付加技術（Ｂｅｎｎｅｔｔら、２００５、Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ、６，３７３－３８２；米国特許第６，７８７，３０８号；米国特許第６，８３３，２４６号；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、Ｌｙｎｘ超並列配列決定技術（Ｂｒｅｎｎｅｒら（２０００）） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １８：６３０－６３４；米国特許第５，６９５，９３４号、米国特許第５，７１４，３３０号；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）、およびＡｄｅｓｓｉ ＰＣＲコロニー技術（Ａｄｅｓｓｉら（２０００））．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２８、Ｅ８７；ＷＯ ０００１８９５７号；その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を含む。
例えば、連鎖ターミネーター（サンガー）配列決定、ダイターミネーター配列決定、およびハイスループット配列決定方法を含む、種々の核酸配列決定方法が、本発明の方法における使用のために意図される。例えば、Ｓａｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ７４：５４６３－５４６７（１９９７）；Ｍａｘａｍら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ７４：５６０－５６４（１９７７）；Ｄｒｍａｎａｃら、Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １６：５４－５８（１９９８）；（１９９８）；Ｋａｔｏ、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． ２：１９３－２０２（２００９）；Ｒｏｎａｇｈｉら、Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ２４２：８４－８９（１９９６）；Ｍａｒｇｕｌｉｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ４３７：３７６－３８０（２００５）；Ｒｕｐａｒｅｌら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０２：５９３２－５９３７（２００５）、およびＨａｒｒｉｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２０：１０６－１０９（２００８）；Ｌｅｖｅｎｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９９：６８２－６８６（２００３）；Ｋｏｒｌａｃｈら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０５：１１７６－１１８１（２００８）；Ｂｒａｎｔｏｎら、Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ２６（１０）：１１４６－５３（２００８）；Ｅｉｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２３：１３３－１３８（２００９）を参照されたい；これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
次世代配列決定（ＮＧＳ）方法は、より古い配列決定方法に比べて低コストという目標をもって、大規模並列ハイスループット戦略の一般的な機能を共有している（例えば、Ｌｅｖｙ ａｎｄ Ｍｅｙｅｒｓ、Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｖｏｌｕｍｅ １７、２０１６ ｐｐ ９５－１１５を参照；その全体が引用により本明細書に組み込まれる）。ＮＧＳのための多数の市販プラットフォームが入手可能である（例えば、Ｌｅｖｙ ａｎｄ Ｍｅｙｅｒｓ、ｓｕｐｒａを参照）。
哺乳動物において、メチル化は、シトシン残基においてのみ、より具体的には、グアニン残基に隣接するシトシン残基（すなわち、しばしば「ＣｐＧ」と示される配列ＣＧ）においてのみ生じる。ＤＮＡメチル化の部位の検出およびマッピングは、エピジェネティクな遺伝子調節を理解し、遺伝子調節の誤りに関連する癌および他の病態を確認するための診断ツールを提供するために不可欠なステップである。
特定の部位でのＤＮＡメチル化の状態のマッピングは、現在、ＤＮＡ中の５－メチルシトシンの検出のためにＦｒｏｍｍｅｒらによって記載される重亜硫酸塩法（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８９： １８２７－３１（１９９２）、全ての目的のためにその全体が明示的に参照により本明細書に組み込まれる）またはその変形によって達成される。５－メチルシトシンをマッピングする重亜硫酸塩法は、シトシンは亜硫酸水素イオン（重亜硫酸塩としても知られている）と反応するが、５－メチルシトシンは反応しないという観察に基づいている。この反応は、通常、以下の工程に従って行われる：まず、シトシンが亜硫酸水素塩と反応してスルホン化シトシンを形成する。次に、スルホン化反応中間体の自然脱アミノ化は、スルホン化ウラシルを生じる。最後に、スルホン化ウラシルをアルカリ条件下で脱スルホン化してウラシルを形成する。ウラシルはアデニンと塩基対を形成する（したがってチミンのように振る舞う）のに対し、５－メチルシトシンはグアニンと塩基対を形成する（したがってシトシンのように振る舞う）ので、検出が可能である。これにより、非メチル化シトシンからのメチル化シトシンの識別が、例えば、重亜硫酸塩ゲノム配列決定（Ｇｒｉｇｇ Ｇ、＆ Ｃｌａｒｋ Ｓ、Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ（１９９４） １６： ４３１－３６； Ｇｒｉｇｇ Ｇ、ＤＮＡ Ｓｅｑ）． （１９９６）６： １８９－９８）、または、例えば米国特許第５，７８６，１４６号に開示されているメチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）によって可能になる。
遺伝子のメチル化状態はしばしば、その特定の部位を含むサンプル中のＤＮＡの総集団に対する、特定の部位（例えば、単一ヌクレオチドで、または対象のより長い配列、例えばＤＮＡの～１００ｂｐサブ配列まで）でメチル化されたＤＮＡの個々の鎖の割合または百分率として表される。伝統的に、メチル化されていない（例えば、天然の）遺伝子の量は、キャリブレーターを使用するＰＣＲによって決定される。次いで、既知量のＤＮＡを亜硫酸水素塩処理し、得られたメチル化特異的配列を、リアルタイムＰＣＲまたは同等の指数増幅のいずれかを用いて決定する。
例えば、従来の方法は一般に、外部標準を使用することによって、非メチル化標的についての検量線を生成することを含む。検量線は、少なくとも２点から構築され、未メチル化ＤＮＡのリアルタイムＣｔ値を既知の定量標準に関連付ける。次いで、メチル化標的についての第２の標準曲線を、少なくとも２つの点および外部標準から構築する。この第２の検量線は、メチル化ＤＮＡのＣｔを既知の定量標準に関連づける。次に、メチル化集団および非メチル化集団について試験サンプルＣｔ値を決定し、最初の２つの工程によって作製された検量線からＤＮＡのゲノム当量を計算する。対象部位でのメチル化の百分率は、集団中のＤＮＡの総量に対するメチル化ＤＮＡの量から、例えば、（メチル化ＤＮＡの数）／（メチル化ＤＮＡの数＋非メチル化ＤＮＡの数）×１００から計算される。
本開示は、遺伝子のメチル化状態を測定する方法に制限はない。例えばいくつかの実施形態では、メチル化状態は、ゲノム走査法によって測定される。例えば一方法は、制限ランドマークゲノムスキャニング（Ｋａｗａｉら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１４：７４２１－７４２７、１９９４）を含み、別の例は、メチル化感受性任意プライミングＰＣＲ（Ｇｏｎｚａｌｇｏら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５７：５９４－５９９、１９９７）を含む。いくつかの実施形態において、特定のＣｐＧ部位におけるメチル化パターンの変化は、メチル化感受性制限酵素によるゲノムＤＮＡの消化、続いて、対象領域のサザン分析（消化－サザン法）によってモニターされる。いくつかの実施形態では、メチル化パターンの変化を分析することは、ＰＣＲ（例えばｑＰＣＲ）増幅（Ｓｉｎｇｅｒ－Ｓａｍら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：６８７、１９９０、またはＱｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、ＤＥから市販されている）の前に、ゲノムＤＮＡをメチル化感受性制限酵素で消化することを含む、ＰＣＲに基づく過程を含む。さらに、メチル化分析の出発点としてＤＮＡの亜硫酸水素塩処理を利用する他の技術が報告されている。これらには、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ ９３：９８２１－９８２６、１９９２）および重亜硫酸塩変換ＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化（ＳａｄｒｉおよびＨｏｒｎｓｂｙ、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：５０５８－５０５９、１９９６；ならびにＸｉｏｎｇおよびＬａｉｒｄ、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：２５３２－２５３４、１９９７）が含まれる。ＰＣＲ技術は、遺伝子変異の検出（Ｋｕｐｐｕｓｗａｍｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５５ ＵＳＡ ８８：１１４３－１１４７、１９９１）および対立遺伝子特異的発現の定量化（ＳｚａｂｏおよびＭａｎｎ、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．９：３０９７－３１０８、１９９５；およびＳｉｎｇｅｒ－Ｓａｍら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌ．１：１６０－１６３、１９９２）のために開発されている。このような技術は内部プライマーを使用し、これは、ＰＣＲ生成鋳型にアニールし、そしてアッセイされる単一ヌクレオチドの５’で直ちに終結する。いくつかの実施形態では、米国特許第７，０３７，６５０号に記載されているような「定量的Ｍｓ－ＳＮｕＰＥアッセイ」を使用する方法が使用される。
本明細書中に記載される方法において使用するための組成物は、上記のようなＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の発現レベルならびにＧ０Ｓ２のメチル化状態を決定するための１つ以上の試薬を含むキットを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、試薬は例えば、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２にハイブリダイズする核酸プローブ、ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２の増幅または伸長のための１つ以上の核酸プライマー、１つ以上のメチル化特異的制限酵素、または、メチル化Ｇ０Ｓ２核酸に特異的に結合する１つ以上の核酸プライマーである。
プローブはまた、アレイの形態で提供されてもよい。好ましい実施形態において、キットは、全てのコントロール、アッセイを実施するための指示、および分析および結果の提示のための任意の必要なソフトウェアを含む、検出アッセイを実施するために必要な全ての構成要素を含む。
〔Ｂ． ＣＯＣ分類〕
本明細書中に記載されるように、ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルならびにＧ０Ｓ２のメチル化レベルは、ＣＯＣをサブタイプＣＯＣ１～３に分類するために使用される。
本開示は、ＡＣＣを特徴付けるための特定のカットオフ値または閾値には限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコア、および、閾値レベル未満（例えば、４．６９６％、４．６％、または４．５％未満）のＧ０Ｓ２メチル化は、ＣＯＣ１を示す。いくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルのカットオフ値は、４．６９６％±１％、５％、または１０％未満である。
いくつかの実施形態では、閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコア、および、閾値レベル未満（例えば、４．６９６％、４．６％、または４．５％未満）のＧ０Ｓ２メチル化は、ＣＯＣ２を示す。いくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルのカットオフ値は、４．６９６％±１％、５％、または１０％未満である。
いくつかの実施形態において、閾値レベルを超えるＧ０Ｓ２メチル化の存在（例えば、４．６９６％、４．６％、４．７％、４．８％、４．９％、または５．０％を超える）は、ＣＯＣ３を示す。いくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルのカットオフ値は、４．６９６％±１％、５％、または１０％未満である。
本発明は、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアについての特定の（例えばＣＯＣ１とＣＯＣ２とを区別するための）閾値レベルには限定されない。いくつかの実施形態では、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコア閾値レベルは、１．４～１．８（例えば、１．４、１．５、１．６、１．７、または１．８）である。いくつかの実施形態では、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコア閾値は、１．６４６±１％、５％、または１０％である。
いくつかの実施形態では、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアは、ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１のデルタＣｔ値の減算に基づく。
いくつかの実施形態では、ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１がＲＮＡ－ｓｅｑを含む代替技術を使用して測定される場合、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアは、遺伝子発現のｚスコアの減算によって決定される。
いくつかの実施形態では、表１に示されるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよびＧ０Ｓ２メチル化値（例えば、±１％、±５％、または１０％）を利用して、ＡＣＣを特徴付ける。
Ｇ０Ｓ２メチル化を評価するために、より高い分解能のアプローチが適用されている場合、Ｇ０Ｓ２メチル化を有するものとしてサンプルを分類するためのカットオフ値は変化し得る。これは、Ｇ０Ｓ２メチル化を評価するためのより高い分解能のアプローチは、メチル化を単一の値に減らすのではなく、むしろ、Ｇ０Ｓ２遺伝子座内およびその周辺に存在する多数のＣｐＧ残基の測定を行うためである。特に、ＡＣＣ患者の集団におけるＧ０Ｓ２遺伝子座にわたる平均メチル化の分布は二峰性であり、Ｍｏｈａｎ ＆ Ｌｅｒａｒｉｏ ら Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で実証されているように、採用された測定戦略によって変化しない。ユーザが、ゲノム全体のＤＮＡメチル化アレイを含むがそれに限定されないＧ０Ｓ２メチル化を測定するためのより高い分解能のアプローチ、または、標的とされる重亜硫酸塩配列決定を含む次世代配列決定に基づくアプローチをとっている場合は、別の方法を使用して、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルが閾値レベルより上または下であるものとしてサンプルを分類する。例えばいくつかの実施形態では、Ｇ０Ｓ２遺伝子座内およびその周辺に存在するＣｐＧ残基のｌｏｇｉｔ変換されたメチル化ベータ値（または等価の値）に対するユークリッド距離を使用する教師なしの完全階層クラスタリングを使用して、Ｍｏｈａｎ ＆ Ｌｅｒａｒｉｏら Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９に記載されるように、メチル化閾値より上または下であるものとしてサンプルを分類する（例えば、メチル化分布の低い方のサンプルを、閾値未満のものとして分類し、メチル化分布の高い方のサンプルを、閾値を超えるものとして分類する）。
また、本明細書中に記載されるように、いくつかの実施形態において、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコア（標的とされるＲＮＡ－ｓｅｑパネルを含むが、これに限定されない）を評価するためにより高い分解能のアプローチが適用される場合、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアは発現のｚスコアの減算を使用して計算され、そして発現のパーセンタイルに従って較正される。ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアがｚスコアの差を用いて計算される場合、スコアの方向性は反転され、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化および閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有するサンプルはこの場合、ＣＯＣ２として分類され、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化および閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有するサンプルはＣＯＣ１として分類されることに留意されたい。例えば、いくつかの実施形態において、患者を層別化するためのＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアの閾値レベルは、転移性疾患の病歴を有する非ＣＩＭＰ高値患者の４４パーセンタイルである。
いくつかの実施形態では、ＡＣＣ分類（例えばＣＯＣ１－３）を使用して、ＡＣＣを有する被験者に治療または候補治療を推奨し、および／または治療を施す。
いくつかの実施形態では、コンピュータベースの解析プログラムを使用して、検出アッセイによって生成された生データ（例えば所与の１つまたは複数のマーカーの発現レベルまたはメチル化レベル）を、臨床医の予測価値のデータに翻訳する。臨床医は、任意の適切な手段を使用して予測データにアクセスすることができる。したがって、いくつかの好ましい実施形態では、本開示は、遺伝学または分子生物学において訓練される可能性が低い臨床医が生データを理解する必要がないというさらなる利益を提供する。データは、最も有用な形態で臨床医に直接提示される。次いで、臨床医は被験者のケアを最適化するために、情報を直ちに利用することができる。
本開示は、アッセイ、情報提供、医療個人、および被験者を実施する研究所との間で情報を受信、処理、および送信することができる任意の方法を企図する。例えば、本開示の実施形態では、サンプル（例えば、生検または血液または尿サンプル）は、対象から取得され、生データを生成するために、世界中の任意の部分（例えば、被験者が存在する国または情報が最終的に使用される国とは別の国）に位置するプロファイリングサービス（例えば、医療施設における臨床研究所、ゲノムプロファイリングビジネスなど）に提出される。サンプルが組織または他の生物学的サンプルを含む場合、被験者は、医療センターを訪れて、サンプルを得てプロファイリングセンターに送ることができ、または、被験者は、サンプル（例えば、尿サンプル）を自分で収集し、それをプロファイリングセンターに直接的に送ることができる。サンプルが、以前に決定された生物学的情報を含む場合、情報は、被験者によってプロファイリングサービスに直接的に送られてもよい（例えば、情報を含む情報カードはコンピュータによってスキャンされてもよく、データは電子通信システムを使用してプロファイリングセンターのコンピュータに送信されてもよい）。プロファイリングサービスによって受信されると、サンプルは処理され、被験者に所望される診断または予後情報に特異的なプロフィール（すなわち、発現またはメチル化データ）が生成される。
次いで、プロフィールデータは、治療する臨床医による解釈に適したフォーマットで調製される。例えば、生の発現データを提供するのではなく、調製されたフォーマットは、特定の治療選択肢に対する推奨と共に、被験者に対する診断または危険性評価を表すことができる。データは、任意の適切な方法によって臨床医に表示されてもよい。例えば、いくつかの実施形態では、プロファイリングサービスは、臨床医のために（例えば、治療の時点で）印刷することができ、またはコンピュータモニタ上で臨床医に表示することができるレポートを生成する。
いくつかの実施形態では、情報は、最初に、ケアの時点で、または地域施設で分析される。次いで、生データは、さらなる分析のために、および／または生データを臨床医または患者に有用な情報に変換するために、中央処理施設に送られる。中央処理施設は、プライバシー（全てのデータは、均一なセキュリティプロトコルで中央施設に記憶される）、速度、およびデータ分析の均一性の利点を提供する。次いで、中央処理施設は、被験者の治療後のデータの運命を制御することができる。例えば、中央設備は、電子通信装置を用いて、臨床医、被験者、または研究者にデータを提供することができる。
いくつかの実施形態では、被験者は、電子通信システムを使用してデータに直接アクセスすることができる。被験者は、結果に基づいて、さらなる介入またはカウンセリングを選択することができる。いくつかの実施形態では、データは、研究用途に使用される。例えば、データは、特定の状態または病期の有益な指標として、または、治療行動過程を決定するためのコンパニオン診断として、マーカーの包含または排除をさらに最適化するために使用され得る。いくつかの実施形態において、結果は、薬物スクリーニングまたは臨床試験のための候補療法を選択するために使用される。
〔ＩＩ． ＡＣＣの治療〕
いくつかの実施形態では、ＡＣＣの治療を推奨し、施すために、ＡＣＣの分子分類が使用される。ＣＯＣ１－３ 分子サブタイプは、これらの薬理学的薬剤によって、個別にまたは併用療法において標的とされる別個の転写プログラムの濃縮によって特徴付けられる。したがって、ＡＣＣをＣＯＣ１－３に分類することにより、所与の標的とされる薬剤（または標的とされる薬剤の組み合わせ）に最も反応しやすい患者集団の事前選択が可能になり、そのような薬剤による治療方法が提供され、最も有益でありそうな患者における使用に焦点を当てることによって、そのような薬剤の有効性が増大する。同様に、このような焦点を合わせた使用は、利益を得られそうもない患者における使用を減少または排除し、それにより、不必要な薬物毒性を減少または回避するとともに、費やす金銭を節約し、薬物が無効な場合に患者の不満を回避する。
例えば、図１は、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ（Ｚｈｅｎｇ ら Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１６）が、単一プラットフォーム特徴まで純化することができるＡＣＣの３つの異なるマルチプラットフォーム分子サブタイプ（ＣＯＣ１～ＣＯＣ３）を確認することを示す。ＳＮＰアレイプロファイリングに由来する特定のタイプの体細胞コピー数変化プロフィール（ＳＣＮＡ）、アレイに基づくＤＮＡメチル化プロファイリングに由来するＣｐＧアイランドメチル化因子表現型（ＣＩＭＰ）、および、ＲＮＡ－ｓｅｑトランスクリプトームプロファイリングに由来するｍＲＮＡサブタイプは、カイ二乗検定（Ａ）またはヒートマップ（Ｂ）として測定されるように各ＣＯＣに収束する。図１のＣは、各ＣＯＣに対する優性ＳＣＮＡ、ＣＩＭＰ、およびｍＲＮＡグループを示す。特に、本明細書中に記載され、そして特に実施例１－２に関連するように、ＣＯＣ３腫瘍は、ＣＩＭＰ高値ＤＮＡメチル化プロフィールおよびノイズのあるＳＣＮＡプロフィールを有する。各ＣＯＣは、明確な予後と関連している－ＣＯＣ１（良好、疾患動態が緩徐）、ＣＯＣ２（中間、中等度の疾患動態）、ＣＯＣ３（不良、急速進行性の疾患動態）。
ＡＣＣ－ＴＣＧＡデータの分析から、ＡＣＣの３つの分子クラス（ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、ＣＯＣ３）すべてにわたるＡＣＣ腫瘍の９０％がＩＧＦ２（したがってＩＧＦ１Ｒ誘導性シグナル伝達）の高発現を示すことが明らかになった（Ｚｈｅｎｇら Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１６）一方で、ＣＯＣ３／ＣＩＭＰ高値腫瘍は、Ｅ２Ｆ依存性転写のさらなる強力な誘導（細胞周期遺伝子、ＤＮＡ修復遺伝子、ＥＺＨ２およびＤＮＭＴ１などのエピジェネティクライターを含む）、ＮＲ５Ａ１依存性ステロイド生成の高レベル、および、標準的なＷｎｔシグナル伝達活性化の高レベルを特徴とする。さらに、ＣＯＣ３／ＣＩＭＰ高値ＡＣＣは、免疫細胞転写マーカーの発現が低く、これらの腫瘍における免疫細胞排除と一致する。
さらに、図２および図３に示されるように、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来のＣＯＣ群は、異なる体細胞変化プロフィールおよび転写プログラムの活性化と関連している。ＣＯＣ３腫瘍は、構成的細胞周期活性化（「ＭＵＴ」）につながるドライバー体細胞変化の頻度が高い。この濃縮と一致して、ＣＯＣ３腫瘍は細胞周期スコアも高く、ＣＯＣ３腫瘍における細胞周期標的治療を支持している。この細胞周期スコアは、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ（Ｚｈｅｎｇら Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１６）ＲＮＡ－ｓｅｑデータとＧＳＶＡ（Ｈａｎｚｅｌｍａｎｎら ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２０１３）とを用いて、サイクリング細胞（ＴＯＰ２Ａ、ＭＫＩ６７、ＢＵＢ１Ｂ、ＡＵＲＫＢ、Ｅ２Ｆ２、ＰＬＫ１、ＦＯＸＭ１）で真正の細胞周期およびより高い発現を有することが知られているＥ２Ｆ標的遺伝子の発現から得られる。ＣＯＣ２－３腫瘍は、構成的Ｗｎｔ経路活性化（「ＭＵＴ」）につながるドライバー体細胞変化の頻度が高い。この濃縮と一致して、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍はいずれも、Ｗｎｔスコアが高く、ＣＯＣ２＋３腫瘍におけるＷｎｔ経路標的治療を支持している。このＷｎｔスコアは、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑデータおよびＧＳＶＡを用いて、真正のＷｎｔ経路標的遺伝子（ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＬＧＲ５、ＡＰＣＤＤ１、ＢＭＰ４）の発現から導き出される。
ＣＯＣ３腫瘍はしばしば、ＣｐＧアイランド、「ＣＩＭＰ高値」に向けられた非生理学的ＤＮＡメチル化によって特徴付けられる異常なエピジェネティクな状況を有する。ＣＯＣ３腫瘍はまた、このプログラムに関与する３つの遺伝子（ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＺＨ２）から成るエピジェネティクススコア（ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑおよびＧＳＶＡを用いて導き出された）も高く、ＣＯＣ３腫瘍における標的とされるエピジェネティク療法（ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤およびＥＺＨ２阻害剤を含む）の役割を支持している。
ＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍は、ＡＣＣ－ＴＣＧＡで確認されているように、「ステロイド高値」および「ステロイド高値／増殖性」転写プログラムによって支配されている。このプログラムの特徴は、副腎皮質転写因子ＳＦ１（ＮＲ５Ａ１によってコードされる）の発現が高いことと、ステロイド生成酵素の発現が高いことである。これと一致して、このプログラムに関与する遺伝子（ＮＲ５Ａ１、ＭＣ２Ｒ、ＭＲＡＰ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＨＳＤ３Ｂ２、ＣＹＰ２１Ａ２、ＣＹＰ１１Ｂ１）から成るＡＣＣ‐ＴＣＧＡ ＲＮＡ‐ｓｅｑ／ＧＳＶＡ由来ステロイドスコアは、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍で、より高い。このデータは、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３におけるＳＦ１およびステロイド生成を標的とする治療法を支持する。ＡＣＣ－ＴＣＧＡは、大部分のＡＣＣは他の癌と比較して免疫不良であることを確認した。図２に示すように、ＣＯＣ１腫瘍は、より高い程度の免疫浸潤（免疫遺伝子ＣＤ３Ｄ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１の発現から成る、ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑ／ＧＳＶＡ由来の免疫スコアによって測定される）を有する。これは、ＣＯＣ１腫瘍における「免疫チェックポイント治療」として本明細書で言及されるＴ細胞ターゲティング免疫治療を支持する。最後に、コルチゾール／グルココルチコイド（その生成はステロイドスコアの導出に用いられる遺伝子によって制御される）は免疫抑制性である。したがって、いくつかの実施形態では、ステロイド生成阻害と免疫療法との組み合わせが、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍を有する患者を治療するために利用される。
図３は、臨床コルチゾール生成（「コルチゾール」）および試験時の死亡（「死亡」）についての追加情報を含む、サンプルごとの図１および図２からの情報を示すヒートマップを提供する。各サンプルは列によって表され、樹状図は、遺伝子発現に基づいてサンプルに対して行われた教師なしの階層クラスタリングを示す。Ｗｎｔ経路の変化は「Ｗｎｔ＿ｍｕｔ」トラックによって示され、細胞周期の変化は「ＣＣ」トラックによって示される。ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑデータからの遺伝子発現レベルは、行ｚスコア（ホワイトからブラック）によって色分けされる。ＣＯＣ３腫瘍を有する患者は、より侵攻性の疾患（「死」）を有し、エピジェネティクス（ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＺＨ２）および細胞周期遺伝子（ＴＯＰ２Ａ、ＭＫＩ６７、ＢＵＢ１Ｂ、ＡＵＲＫＢ、Ｅ２Ｆ２、ＰＬＫ１、ＦＯＸＭ１）の腫瘍発現がより高い。ＣＯＣ２およびＣＯＣ３疾患の患者は、臨床的コルチゾール生成、より侵攻性の疾患、および、ステロイド（ＮＲ５Ａ１、ＭＣ２Ｒ、ＭＲＡＰ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＨＳＤ３Ｂ２、ＣＹＰ２１Ａ２、ＣＹＰ１１Ｂ１）およびＷｎｔ経路（ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＬＧＲ５、ＡＰＣＤＤ１、ＢＭＰ４）遺伝子のより高い腫瘍発現を有する。ＣＯＣ１腫瘍の患者は、侵攻性が低く、コルチゾールを生成する頻度が低く、免疫浸潤と標的とすることが可能な免疫チェックポイント（ＣＤ３Ｄ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１）の活性化に関連する遺伝子の発現が高い。
図３Ｂは、遺伝子が、対応するエピジェネティクス（「ＥＰＩＧ」）、細胞周期（「ＣＥＬＬＣＹＣＬＥ」）、ステロイド（「ＳＴＥＲＯＩＤ」）、Ｗｎｔ（「Ｗｎｔ」）、および免疫（「ＩＭＭＵＮＥ」）スコアに折りたたまれているヒートマップを示す。尺度は、実際のスコア値（ホワイトからブラック）を表す。スコア値に基づいてサンプルおよびスコアに対して教師なしの階層的クラスタリングを実施し、エピジェネティクス、細胞周期、ステロイドおよびＷｎｔスコアの協調的調節、および、これらと免疫スコアとの抗相関を実証した。
ＣＯＣ１腫瘍は、ＣＯＣ３（構成的細胞周期活性化および構成的Ｗｎｔ経路活性化）およびＣＯＣ２（構成的Ｗｎｔ経路活性化）（図２、図３）で観察されるように、低レベルのＥ２Ｆ、低レベルのＷｎｔ依存性転写プログラム、および、現れた場合には構成的細胞周期活性化および構成的Ｗｎｔ経路活性化につながるまれな体細胞変化によって特徴づけられ、この分子クラスＩＧＦ１Ｒ依存性シグナル伝達が優勢な発がんヒットであることを示している。さらに、ＣＯＣ１腫瘍は、免疫関連遺伝子の発現増加によって独特に特徴付けられる。したがって、ＣＯＣ１腫瘍を標的とする薬理学的薬剤には、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および／または免疫チェックポイント阻害剤が含まれる。
したがって、いくつかの特定の実施形態では、本発明は、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤（例えばリンシチニブ、シクスツムマブ、ガニツマブ、フィギツムマブ、ダロツズマブ、イスチラツマブ、ドゥシギツマブまたはテプロツマブを含むが、これらに限定されない）など）で、ＣＯＣ１（例えば閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する腫瘍）を治療するための組成物および方法を提供する。いくつかの具体的な実施形態では、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化および閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者はリンシチニブで治療され、閾値レベルを超えるＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベル未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者はリンシチニブでも他のＩＧＦ１Ｒ阻害剤でもＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤でも治療されない。
いくつかの実施形態では、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤に加えてまたはその代替として、ＣＯＣ１腫瘍は、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、またはＰＤ－Ｌ１を標的とする薬剤）で治療する。
いくつかの実施形態において、ＣＯＣ３／ＣＩＭＰ高値中の分子標的は、細胞周期エフェクター（例えばＣＤＫ４／６、ＰＬＫ１、ＭＥＬＫまたはＡＵＲＫＢのうちの１つ以上）、ＤＮＡ修復タンパク質（例えばＷＥＥ１および／またはＰＡＲＰ）、Ｗｎｔシグナル伝達を変化させる薬剤（例えばβ－カテニン、ＣＢＰ、ＴＣＦ、ＬＥＦ、Ｗｎｔリガンド、ＡＰＣ／ＧＳＫ３β破壊複合体、および／またはポルキュピン（Ｐｏｒｃｕｐｉｎｅ）のうちの１つ以上）、エピジェネティクライター（例えばＥＺＨ２および／またはＤＮＭＴ１）、およびＮＲ５Ａ１を含むが、これらに限定されない。
一方、ＣＯＣ３／ＣＩＭＰ高値腫瘍では、免疫チェックポイント阻害剤やＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）が単独療法として反応しにくい。しかしながら、いくつかの実施形態では、上記に列挙した標的のうちの１つ以上に加えて、ＣＯＣ３腫瘍は、ＮＲ５Ａ１阻害剤またはグルココルチコイド合成／代謝阻害剤またはグルココルチコイド受容体阻害剤と組み合わせて、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤および／または免疫チェックポイント治療でさらに処置される。
同様に、ＣＯＣ２腫瘍は、高い標準的なＷｎｔシグナル伝達活性化、および高いレベルのＮＲ５Ａ１依存性転写によって特徴づけられる。ＣＯＣ２腫瘍を標的とする治療薬にはＷｎｔ阻害剤および／またはＮＲ５Ａ１アンタゴニストが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、上記に列挙した標的の１つ以上に加えて、ＣＯＣ２腫瘍は、ＮＲ５Ａ１阻害剤またはグルココルチコイド合成／代謝阻害剤またはグルココルチコイド受容体阻害剤と組み合わせて、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤および／または免疫チェックポイント治療でさらに処置される。
本開示は、特定の標的遺伝子または治療に限定されない。いくつかの実施形態では、阻害剤は、抗体、核酸、または小分子である。例えば、いくつかの実施形態では、細胞周期エフェクタータンパク質はＣＤＫ４／６、ＰＬＫ１、ＭＥＬＫ、またはＡＵＲＫであり、阻害剤はパルボシクリブ（Ｐｆｉｚｅｒ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ）である。いくつかの実施形態において、ＤＮＡ修復タンパク質はＷＥＥ１またはＰＡＲＰであり、阻害剤はアダボセルチブ（Ｍｅｒｃｋ）またはオラパリブ（Ｍｅｒｃｋ、Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ、Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ）である。いくつかの実施形態では、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤は、リンシチニブ（Ａｃｈｅｍｔｅｋ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、ＭＡ）、ｃｉｘｕｔｕｍｕｍａｂ（ＭｃＫｉａｎら、Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｉｎｖｅｓｔｉｇ Ｄｒｕｇｓ． ２００９ Ｊｕｌ； １８（７）： １０２５－１０３３）、ｆｉｇｉｔｕｍｕｍａｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ｇａｎｉｔｕｍａｂ（Ａｍｇｅｎ、Ｔｈｏｕｓａｎｄ Ｏａｋｓ、ＣＡ）、ｔｅｐｒｏｔｕｍｕｍａｂ（Ｈｏｒｉｚｏｎ Ｐｈａｒｍａ）、ｄａｌｏｔｕｚｕｍａｂ（Ｍｅｒｃｋ ／ Ｐｉｅｒｒｅ Ｆａｂｒｅ）、イスチラツマブ（Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ Ｐｈａｒｍａ）、またはドゥシギツマブ（Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ／ＡｓｔｒａＺｅｎｅである。いくつかの実施形態では、Ｗｎｔ阻害剤はＷＮＴ９７４（Ｎｏｖａｒｔｉｓ、Ｂａｓｅｌ、スイス）またはＰＲＩ－７２４（Ｐｒｉｓｍ Ｐｈａｒｍａ）である。いくつかの実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ）、ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、またはアテゾリズマブ（Ｈｏｆｆｍａｎｎ－Ｌａ Ｒｏｃｈｅ、Ｂａｓｅｌ、スイス）である。いくつかの実施形態において、ＮＲ５Ａ１阻害剤は、ＳＩＤ ７９６９５４３（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、４５５９４［４－（ヘプチルオキシ）フェノール］またはオクチルオキシフェニル（ＯＯＰ）（両方ともＡＣＡＤＩＡ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡから入手可能）である。いくつかの実施形態において、エピジェネティクライターはＥＺＨ２および／またはＤＮＭＴ１であり、阻害剤は、３－デアザネプラノシンＡ（Ｃａｙｍａｎ、Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）、ＥＰＺ００５６８７（Ｅｐｉｚｙｍｅ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）、ＥＰＺ６４３８／タゼメトスタット（Ｅｐｉｚｙｍｅ）、または５－アザシチジン（Ｔｏｃｒｉｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ）、ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ、ＮＹ）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ、Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ、ＮＪ）、アテゾリズマブ（Ｒｏｃｈｅ、Ｂａｓｅｌ、スイス）、Ａｖｅｌｕｍａｂ（Ｍｅｒｃｋ、Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ、ＮＪ）、Ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）およびセミプリマブ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ、Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ、ＮＹ）である。いくつかの実施形態では、グルココルチコイド合成／代謝阻害剤またはグルココルチコイド受容体阻害剤は、アミノグルテチミド、オシロスタット（Ｎｏｖａｒｔｉｓ、Ｂａｓｅｌ、スイス）、メチラポン（Ｃａｔａｌｅｎｔ ドイツ Ｅｂｅｒｂａｃｈ ＧｍｂＨ、Ｅｂｅｒｂａｃｈ、ドイツ）、ミフェプリストン（Ｄａｎｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ）またはケトコナゾールである。
いくつかの実施形態では、同じ遺伝子またはＣＯＣサブタイプを標的とする１つ以上（例えば、１、２、３、４、またはそれ以上）の阻害剤が被験者に投与される。いくつかの実施形態では、特定のＣＯＣサブタイプに向けられた治療の組み合わせが組み合わせて使用される。例えば、１つの非限定的な例において、ＣＯＣ３癌を有する被験者に、Ｗｎｔ阻害剤またはＮＲ５Ａ１阻害剤；ならびにＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えば、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および／または免疫チェックポイント阻害剤と併用して、ＣＯＣ３を標的とする上記の１つ以上の治療を投与する。別の例では、ＣＯＣ２癌を有する被験者に、上記のＣＯＣ２を標的とする治療、ならびにＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤（例えばＩＧＦ１Ｒ阻害剤）および／または免疫チェックポイント阻害剤を、ＮＲ５Ａ１阻害剤またはグルココルチコイド合成／代謝阻害剤またはグルココルチコイド受容体阻害剤と併用して投与する。さらなる併用療法は、本明細書に記載される。
いくつかの実施形態では、阻害剤は核酸である。記載されたマーカーの発現を（例えばマーカーの発現を妨げることによって）阻害するのに適した例示的な核酸にはアンチセンス核酸およびＲＮＡｉが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、核酸治療は、本明細書に記載されるマーカーの少なくとも部分（例えば、少なくとも５、８、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０ヌクレオチド）に相補的であり、ハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、オリゴマーアンチセンス化合物、特にオリゴヌクレオチドを含む組成物は、本明細書に記載されるマーカーをコードする核酸分子の機能を調節し、最終的に発現されるマーカー遺伝子の量を調節するために、使用される。これは、マーカー遺伝子をコードする１つ以上の核酸と特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物を提供することによって達成される。オリゴマー化合物とその標的核酸との特異的ハイブリダイゼーションは、核酸の正常な機能を干渉する。標的核酸に特異的にハイブリダイズする化合物による標的核酸の機能のこの調節は、一般に「アンチセンス」と呼ばれる。干渉されるＤＮＡの機能は、複製および転写を含む。干渉されるＲＮＡの機能には、例えば、ＲＮＡのタンパク質翻訳部位への転位、ＲＮＡからのタンパク質の翻訳、１つ以上のｍＲＮＡ種を生成するためのＲＮＡのスプライシング、および、ＲＮＡに関与するかまたはＲＮＡによって促進され得る触媒活性などの、すべての重要な機能が含まれる。このような標的核酸機能の干渉の全体的な効果は、発現されるマーカーの量を減少させることである。
いくつかの実施形態では、核酸はＲＮＡｉ核酸である。「ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）」は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ｓｈＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）によって開始される配列特異的、転写後遺伝子サイレンシングの過程である。ＲＮＡｉの間、ＲＮＡは標的ｍＲＮＡの分解を誘導し、その結果、遺伝子発現の配列特異的阻害が起こる。
「ＲＮＡ干渉」または「ＲＮＡｉ」、「低分子干渉ＲＮＡ」もしくは「短鎖干渉ＲＮＡ」もしくは「ｓｉＲＮＡ」もしくは「短鎖ヘアピンＲＮＡ」もしくは「ｓｈＲＮＡ」の分子、または、「ｍｉＲＮＡ」において、ヌクレオチドのＲＮＡｉ（例えば一本鎖、二本鎖またはヘアピン）は、目的の核酸配列、例えば本明細書に開示されるマーカーを標的とする。
「ＲＮＡ二重鎖」は、ＲＮＡ分子の２つの領域間の相補的対合によって形成される構造を指す。ＲＮＡｉで用いるＲＮＡは、ＲＮＡｉの二本鎖部分のヌクレオチド配列が標的遺伝子のヌクレオチド配列と相補的であるという点で、遺伝子を「標的」とする。特定の実施形態では、ＲＮＡｉは、本明細書に記載のマーカーをコードする配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉの長さは３０塩基対未満である。いくつかの実施形態において、ＲＮＡは、長さが３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１または１０塩基対であり得る。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉの長さは１９～３２塩基対の長さである。特定の実施形態では、ＲＮＡｉの長さは１９または２１塩基対の長さである。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡｉはヘアピン構造（例えばｓｈＲＮＡ）を含む。ヘアピン構造は、二重鎖部分に加えて、二重鎖を形成する２つの配列の間に位置するループ部分を含み得る。ループは、長さを変えることができる。いくつかの実施形態では、ループは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６または２７ヌクレオチド長である。特定の実施形態では、ループは１８ヌクレオチド長である。ヘアピン構造はまた、３’および／または５’オーバーハング部分を含み得る。いくつかの実施形態では、オーバーハングは、長さが０、１、２、３、４または５ヌクレオチドの３’および／または５’オーバーハングである。
「ｍｉＲＮＡ」または「ｍｉＲ」は、コードＲＮＡにハイブリダイズし、かつその発現を調節する、長さ１８から２５の核酸塩基の間の非コードＲＮＡを意味する。特定の実施形態では、ｍｉＲＮＡは、酵素ダイサーによるプレｍｉＲＮＡの切断産物である。ｍｉＲＮＡの例は、ｍｉＲＢａｓｅとして知られるｍｉＲＮＡデータベースに見出される。
本明細書中で使用されるように、ダイサー基質ＲＮＡ（ＤｓｉＲＮＡ）は、従来のＲＮＡｉと比較してＲＮＡ干渉において増加した効力を有する、化学的に合成された不斉２５－ｍｅｒ／２７－ｍｅｒ二重鎖ＲＮＡである。伝統的な２１－ｍｅｒＲＮＡｉ分子は、ダイサー生成物を模倣し、したがって酵素ダイサーとの相互作用をバイパスするように設計される。ダイサー（Ｄｉｃｅｒ）は最近、ＲＩＳＣの構成要素であり、ＲＩＳＣへのＲＮＡｉの参加に関与していることが示されている。ダイサー基質ＲＮＡｉ分子は、ダイサーによって最適にプロセシングされるように設計され、この天然のプロセシング経路に関与することによって増加した効力を示す。このアプローチを用いて、サブナノモル濃度を用いて、持続的なノックダウンが定期的に達成されている（米国特許第８，０８４，５９９号； Ｋｉｍら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２３：２２２ ２００５； Ｒｏｓｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，３３：４１４０ ２００５）。
「ｓｈＲＮＡ」の転写単位は、対合していないヌクレオチドのループによって連結されたセンス配列およびアンチセンス配列から成る。ｓｈＲＮＡは、Ｅｘｐｏｒｔｉｎ－５によって核から出され、細胞質内で一旦ダイサーによってプロセシングされて、機能性ＲＮＡｉ分子が生成される。「ｍｉＲＮＡ」ステム－ループは、より大きな一次転写産物（ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ）の一部として典型的に発現される対合していないヌクレオチドのループによって連結されたセンス配列およびアンチセンス配列から成り、「ｍｉＲＮＡ」ステム－ループは、プレｍｉＲＮＡとして知られるＤｒｏｓｈａ－ＤＧＣＲ８錯体生成中間体によって切除され、「ｍｉＲＮＡ」ステム－ループは、その後、Ｅｘｐｏｒｔｉｎ－５によって核から出され、細胞質内で一旦ダイサーによってプロセシングされて、機能性ｍｉＲＮＡまたはｓｉＲＮＡが生成される。
「人工ｍｉＲＮＡ」または「人工ｍｉＲＮＡシャトルベクター」は、本明細書中で互換的に使用される場合、有効なＤｒｏｓｈａ処理に必要なステムループ内の構造要素を保持しながら、標的遺伝子のｓｉＲＮＡ配列で置換されたＤｒｏｓｈａおよびダイサー処理を介して切除される二重鎖ステムループの領域（少なくとも約９～２０ヌクレオチド）を有する一次ｍｉＲＮＡ転写物をいう。「人工的」という語は、フランキング配列（例えば、約３５ヌクレオチド上流および約４０ヌクレオチド下流）がＲＮＡｉのマルチクローニング部位内の制限酵素部位から生じることから生じる。本明細書中で使用される場合、用語「ｍｉＲＮＡ」は、天然に存在するｍｉＲＮＡ配列ならびに人工的に生成されたｍｉＲＮＡシャトルベクターの両方を包含する。
ＲＮＡｉは、核酸配列によってコードされ得、核酸配列はまた、プロモーターを含み得る。核酸配列はまた、ポリアデニル化シグナルを含み得る。いくつかの実施形態では、ポリアデニル化シグナルは、合成最小ポリアデニル化シグナルまたは６つのＴの配列である。
本発明はさらに、薬学的組成物（例えば、上記の化合物を含む）を提供する。本開示の薬学的組成物は、局所的または全身的処置が所望されるかどうか、および処置される領域に依存して、多くの方法で投与され得る。投与は、局所（眼および膣および直腸送達を含む粘膜を含む）、肺（例えば、ネブライザーによるものを含む、粉末またはエアロゾルの吸入または吹き込みによる；気管内、鼻腔内、表皮および経皮による）、経口または非経口であり得る。非経口投与には、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内または筋肉内注射または注入；または頭蓋内、例えば、髄腔内または脳室内投与が含まれる。
いくつかの実施形態では、１つ以上の標的療法が、ＡＣＣに対する既存の療法と組み合わせて投与される。例えば、いくつかの実施形態では、ＣＯＣ３腫瘍を有する被験者に、補助細胞傷害性化学療法（例えば、エトポシド、ドキソルビシン、シスプラチン、または他の細胞毒性剤のうちの１つ以上）を投与する。いくつかの実施形態では、ＣＯＣ分類決定が（例えば、治療中に、または外科手術後に）繰り返される。
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される薬剤は、ＡＣＣに対する活性について（例えばインビトロ薬物スクリーニングアッセイまたは臨床研究において）スクリーニングされる。
〔実験〕
以下の実施例は本発明の特定の好ましい実施形態および態様を実証し、さらに例示するために提供され、その範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
〔実施例１〕
ＡＣＣサンプルをＣＯＣ１－３サブグループに先を見越して分類するために、記載された２工程予後戦略の修正版（Ｍｏｈａｎ、Ｌｅｒａｒｉｏら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９）を使用する。本明細書に記載の方法は、ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、およびＣＯＣ３を識別する。データは、Ｇ０Ｓ２過剰メチル化がＣＩＭＰ高値／ＣＯＣ３においてほぼ例外なく観察され（したがって、ＡＣＣのこの攻撃的な分子サブタイプを確認するために使用できる）、非ＣＩＭＰ高値（ＣＯＣ１‐２）ＡＣＣは常に、低い、識別不能なレベルのＧ０Ｓ２メチル化を示すことを明らかにする。しかし、ＣＯＣ１とＣＯＣ２は、異なるＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１スコアを示す。ＡＣＣ－ＴＣＧＡ ＲＮＡ－ｓｅｑデータの解析では、再発／転移腫瘍におけるＢＵＢ１ＢとＰＩＮＫ１のｚスコアの発現の違いにより、ＣＯＣ１はＣＯＣ２およびＣＯＣ３と確実に区別された（表１および図４－８）。これを用いて、非ＣＩＭＰ高値転移性／再発性腫瘍の独立した集団における対応するＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコア（ＴａｑＭａｎアッセイによって測定）を計算した（例えば、Ｍｏｈａｎ、Ｌｅｒａｒｉｏら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１９を参照のこと）。このカットオフは、ＴａｑＭａｎアッセイを使用して、ＣＯＣ１とＣＯＣ２＋３との間の区別を可能にする。したがって、ＣＯＣ３ ＡＣＣはＧ０Ｓ２メチル化＞４．６９６％、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコアの任意の値で定義され、ＣＯＣ２ ＡＣＣはＧ０Ｓ２メチル化＜４．６９６％、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコア＜１．６４６で特徴づけられ、ＣＯＣ１ ＡＣＣはＧ０Ｓ２メチル化＜４．６９６％、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１スコア＞１．６４６で特徴づけられる（表１）。この戦略の適用は、新鮮な／凍結された組織サンプルの利用可能性に限定されず、包埋された凍結、またはＡＣＣサンプルからのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルに拡張可能である。
Figure 2022536502000002
〔実施例２〕
ＡＣＣ－ＴＣＧＡ（Ｚｈｅｎｇら Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１６）は、３つのタイプのＡＣＣ、すなわちＣＯＣ１、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３が存在することを確認した。これらのタイプは、図１に示すように、特異的なコピー数変化プロフィール（ＳＣＮＡ）、ＤＮＡメチル化プロフィール（ＣＩＭＰ）およびｍＲＮＡプロフィール（ｍＲＮＡ）という独特な分子的特徴によって特徴づけられる。
ＣＯＣ１、ＣＯＣ２およびＣＯＣ３は、異なる速度で進行する。ＡＣＣ－ＴＣＧＡに登録された全患者のうち、ＣＯＣ１疾患の患者は緩徐に進行し（イベントフリー生存期間中央値に達しなかった）、ＣＯＣ２疾患の患者は中等度に進行し（イベントフリー生存期間中央値３８ヵ月）、ＣＯＣ３疾患の患者は急速に進行した（イベントフリー生存期間中央値８ヵ月）。しかしながら、ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、およびＣＯＣ３は異なる速度で進行するにもかかわらず、全てのタイプのＡＣＣが転移性疾患に進展する可能性があり、ＡＣＣ患者の大半は最終的に転移を発症する。ＡＣＣ‐ＴＣＧＡ（ｎ＝４０）で転移性疾患と診断されたかまたはその病歴を有する全患者の中で、８／４０はＣＯＣ１（２０％）、１１／４０はＣＯＣ２（２７．５％）、２１／４０（５２．５％）はＣＯＣ３であった。
ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、およびＣＯＣ３クラスの腫瘍を定義する独特の分子的特徴は、各ＡＣＣタイプ（ＣＯＣ１、ＣＯＣ２、ＣＯＣ３）が、特定のクラスでの使用を標的とした治療、または療法の併用に対して均一に感受性であることを示す。
進行性副腎皮質癌（ＡＣＣ）患者におけるＯＳＩ－９０６／リンシチニブの有効性を評価した第３相試験がＦａｓｓｎａｃｈｔら Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５に発表されている。この試験では、ＲＥＣＩＳＴ基準（Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ら Ｅｕｒ Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．２００９）により定義された、忍容不可能な薬物有害作用または増悪イベントを経験するまで、適格患者をＯＳＩ－９０６またはプラセボで治療した；忍容不可能な薬物有害作用または増悪イベントを経験した患者は試験を中止した。Ｆａｓｓｎａｃｈｔらは、リンシチニブ治療患者とプラセボ治療患者のＫａｐｌａｎ－Ｍｅｉｅｒ法による無増悪生存曲線に統計学的な差はないと報告した。しかしながら、ランダム化後１５０日までにプラセボで治療された全ての患者で病勢進行が認められたことから、リンシチニブ治療群とプラセボ治療群の病勢動態に２５％の生存率で分岐が認められ、リンシチニブ治療群の患者のサブセットでは無増悪生存期間が長かった（１５０日を超える）ことが観察された。この長い無増悪生存期間はプラセボ群では観察されず、リンシチニブの反応を示している（図９）。
この試験からのデータは、ＯＳＩ－９０６で治療された患者９０人中６人において良好な反応を実証した。これには、ＲＥＣＩＳＴ基準（Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ら Ｅｕｒ Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．２００９）により部分反応（ＰＲ）を達成した患者４例、長期安定疾患（ＳＤ； 同じくＲＥＣＩＳＴ基準による、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ らＥｕｒ Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．２００９）を達成した患者２例が含まれる。これらの個々の患者を表２に示す。
Figure 2022536502000003
試験終了後、ＯＳＩ－９０６で治療された患者１２人（ＯＳＩ－９０６に良好な反応を示した患者６人（表２）、およびマッチングする非反応者６人（以下の表３））の腫瘍ＤＮＡに対してエクソーム配列決定が実施された。反応群と非反応群が他の点では同等であることを保証するために、現時点でＡＣＣを予後判定および分類するためのゴールドスタンダード方法である腫瘍グレードに基づいて、非反応群をマッチングさせた。ＲＥＣＩＳＴ基準（Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら Ｅｕｒ Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．２００９）により定義されたように、非反応例はいずれもリンシチニブ治療で進行した（「ＰＤ」）。
Figure 2022536502000004
このエクソーム配列決定研究の目標は、ＯＳＩ－９０６に対する反応性の分子予測因子を確認することであった。各腫瘍のヘテロ接合性消失（ＬＯＨ）プロフィールを特徴付けるために、エクソーム配列決定データを分析した。バイオインフォマティクスパイプライン（ｓａｍｔｏｏｌｓ ｍｐｉｌｅｕｐ、ｂｃｆｔｏｏｌｓ ｃｏｌｌ、およびＲ／ＣＲＡＮパッケージ変更点）を用いて、各腫瘍のＢ－対立遺伝子周波数プロフィールを作成し、対立遺伝子周波数が可変的な領域間の切断点を確認した。
エクソーム配列決定は、リンシチニブ反応者が、より少ない染色体切断点を有し、「染色体」ＳＣＮＡプロフィールを有し、リンシチニブ非反応者が、「ノイズが多い」ＳＣＮＡプロフィールを有することを明らかにした（図１０、図１１）。この最初の工程は、リンシチニブ反応者がＣＯＣ１またはＣＯＣ２のいずれかであり、一方、リンシチニブの非反応者がＣＯＣ３であったことを実証する（図１）。
これらのリンシチニブ反応者がＣＯＣ１またはＣＯＣ２であるかどうかを判断するため、次の段階として、当初のリンシチニブ試験に登録された患者の疾患動態を検討した。薬物またはプラセボで治療された患者の生存曲線のどこに分かれが観察されたかに基づいて、どのクラスのＡＣＣが治療に反応したかを判断することが可能であろうという仮説が立てられた。
予想されたように、上記の分子研究に基づいて、ＣＯＣ３疾患（全転移性ＡＣＣの５２．５％を占める）が急速に進行する患者はリンシチニブ治療に反応することはないと判断された。したがって、４７．５％生存率前のプラセボ治療群とリンシチニブ治療群との間に相違は見られず、これが観察されたことである。
さらに、ＣＯＣ２病変のみ（全転移性ＡＣＣの２７．５％を占める）の患者がリンシチニブ治療に反応した場合、４７．５％生存率と２０％生存率との間の範囲に及ぶ生存曲線の相違が観察されることが予想された。しかしながら、そうではなく、生存曲線の相違は、図９に示されるように、２５％生存率の開始時でのみ生じたことが観察された。
この分岐のタイミングから、リンシチニブ治療に反応した患者は、完全ではないにしても、ほとんどが、ＣＯＣ１（増殖が最も遅い疾患サブタイプ）を有する患者で構成されていることが実証された。
ＣＯＣ１患者（ＣＯＣ２またはＣＯＣ３とは異なる）を確認するために用いたこれらの集合的手段により、第３相試験の生存曲線の相違に基づき、部分反応（ＰＲ）を達成したリンシチニブ治療群のＣＯＣ１患者６人中４人の長期無増悪生存の程度および持続時間は、転移性ＡＣＣのどの患者についてもこれまでに知られている予想を超えていたこと、反応は治療薬の効果によるものであったに違いなく、単に疾患が自然により緩徐に進行したことによるものではないことがさらに観察された。
これを裏付けるのは、対照的に、転移性ＡＣＣ患者の既知の自然病歴を示す患者サンプルであるプラセボ群（ＣＯＣ１腫瘍患者を含む）の全患者が１５０日までに進行したことである。この結果は、本質的に増殖速度が遅いＣＯＣ１疾患の患者が治療しないまま放置すると、依然として必然的に１５０日までに進行イベントを経験するという主張をさらに支持し、ＣＯＣ１リンシチニブ反応者が実際に、本剤の治療効果に反応していたという結論を裏付ける役目を果たす。
〔実施例３〕
Ｆａｓｓｎａｃｈｔ ｅｔ ａｌ。２０１５の６／９０の患者がリンシチニブに良好に反応したこと（表２、図９）、リンシチニブ反応者に起因する本明細書に開示される新規分子特徴の発明（図７－８）、および、これらの特徴を有する患者および有さない患者を確認するために使用され得る分子診断マーカーの発明（図１２およびＭｏｈａｎ ＆ Ｌｅｒａｒｉｏら ２０１９）を考慮して、上記のこれらの分子診断マーカーを使用するリンシチニブの有効性を評価する臨床試験が行われる。
表１に詳述したＡＣＣ－ＴＣＧＡ分子クラスに従って試験に組み入れるように患者を層別化し、ＣＯＣ１のクラスに該当する患者のみを含める。この分子分類戦略の主な利点は、ＣＯＣ１（ＡＣＣ－ＴＣＧＡ）を濃縮することに加えて（表１；図４～８）、バイオマーカーを使用して疾患動態も捕捉されることである（以下の表４）。閾値を超えるＧ０Ｓ２メチル化（ＣＩＭＰ高値ＤＮＡメチル化、したがってＣＯＣ３の状態の代用）の存在は、ＣＯＣ３患者を除外するために用いられる。Ｇ０Ｓ２メチル化がない場合に閾値未満のＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１の存在は、ＣＯＣ２患者を除外するために用いられる。Ｇ０Ｓ２メチル化がない場合に閾値を超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１の存在は、ＣＯＣ１患者を確認して登録するために用いられる。リンシチニブは、癌の単剤療法として、登録された被験者に投与される。
Figure 2022536502000005
分子バイオマーカーの適用により、転移性疾患を有するがＣＯＣ１ではない患者の１００－２５．８％すなわち７４．２％が試験登録から除外され、彼らはみな、ＩＧＦ２／ＩＧＦ１Ｒ標的単剤療法に反応する可能性が低い。
このような仮説上の臨床研究では、以前のＧＡＬＡＣＣＴＩＣ試験の基準を用いて登録に適格であると考えられて、６人の反応例（限定されないが、彼らの疾患に対するすべての標準治療が失敗した病歴を含む）があった９０人の患者については、以下の結果が計画される：ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１およびＧ０Ｓ２メチル化の適用により、０．７４２×患者９０人＝患者６７人が除外され、患者２３人が試験に登録された。この２３人の患者のうち、治療に反応した６人が再度観察されると考えられる。そのため、６／２３すなわち２６％の反応率が観察され、以前に失敗した試験と比較して臨床的に有意な反応率の増加が認められ、反応率は６／９０＝６．７％であった。この２６％の反応率は４倍近くの増加であり、被験患者集団に対する本剤の臨床的有用性を実証し、確認するのに役立ち、リンシチニブの製造販売承認を求める申請の裏付けに使用される可能性がある。この試験設計、サイズ、および改善された有効性の数値的程度は単に例示的なものであり、当業者によって理解されるように、異なる設計、サイズ、および／または統計的検出力の試験、ならびに同様に改善された性質であるが異なる数値の反応率の結果は、本明細書中に開示される方法によって提供されるリンシチニブ反応率に対する臨床的に意味のある改善を実証するために使用され得る。
上述の明細書に記載されている出版物および特許は、全て参照として本出願に組み込まれている。開示の範囲および精神から逸脱することなく、開示の記載された方法およびシステムの様々な修正および変形が、当業者には明らかであろう。本開示は特定の好ましい実施形態に関連して説明されてきたが、特許請求される本開示はそのような特定の実施形態に過度に限定されるべきではないことを理解されたい。実際に、医学の当業者に明らかで本開示を実施するための記載されたモードの種々の改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。
ＡＣＣ－ＴＣＧＡが、単一のプラットフォーム特徴まで純化することができるＡＣＣの３つの異なるマルチプラットフォーム分子サブタイプ（ＣＯＣ１－ＣＯＣ３）を確認することを示す。 ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来のＣＯＣ群が、異なる体細胞変化プロフィールおよび転写プログラムの活性化と関連することを示す。 図１および図２のヒートマップをサンプルごとに示す。 ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおいて、ＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１スコアがＣＯＣ１病患者をＣＯＣ２およびＣＯＣ３腫瘍患者と区別することを示す。 ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおいて、非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患を有するＣＯＣ１患者は非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患を有するＣＯＣ２患者と統計的に異なったＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１を有することを示す。 ＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１の閾値が、非ＣＩＭＰ高値の進行性疾患患者におけるＣＯＣ１とＣＯＣ２‐３腫瘍の合理的な識別を可能にすることを示す。 ＡＣＣ‐ＴＣＧＡにおけるＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１スコアの累積分布関数が、ＦＭＵＳＰ＋ＵＭ集団におけるｑＰＣＲによる比較可能なＢＵＢ１Ｂ‐ＰＩＮＫ１カットオフの確認を可能にすることを示す。 ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１とＣＩＭＰの状態を組み合わせると、進行性疾患患者のＣＯＣが忠実に再現されることを示す。 Ｆａｓｓｎａｃｈｔ ら Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２０１５の研究に登録された患者の無増悪生存曲線を示す。 リンシチニブで治療された反応者および非反応者から得られたエクソーム配列決定データのブレークポイント分析を示す。 ノイズが多いＡＣＣ患者はリンシチニブで進行することを示す。 ＡＣＣ－ＴＣＧＡ由来の致命的なＣＩＭＰ高値の腫瘍はしばしば、ノイズの多いコピー数／ＬＯＨプロフィールを有することを示す。

Claims (24)

  1. 副腎皮質癌（ＡＣＣ）を治療するための方法であって、
    ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することを含むことを特徴とする、方法。
  2. 前記薬剤がＩＧＦ１Ｒ阻害剤であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
  3. 前記被験者が、Ｇ０Ｓ２メチル化レベルを測定し、ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを決定することによって、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認されることを特徴とする、請求項１または２に記載の方法。
  4. ＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルが、ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを計算するために使用されることを特徴とする、請求項３に記載の方法。
  5. 閾値レベルカットオフを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアおよび閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルがＣＯＣ１ ＡＣＣを示すことを特徴とする、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. Ｇ０Ｓ２メチル化の閾値レベルが、メチル化感受性制限消化および増幅を用いて決定されるとき、４．６９６であることを特徴とする、請求項４に記載の方法。
  7. Ｇ０Ｓ２メチル化の閾値レベルが、ロジット変換されたメチル化β値上のユークリッド距離を使用する教師なしの完全階層クラスタリングを使用して決定されることを特徴とする、請求項４に記載の方法。
  8. ＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアの閾値レベルが、転移性疾患の病歴を有する非ＣＩＭＰ高値患者の４４パーセンタイルであることを特徴とする、請求項４記載の方法。
  9. 前記閾値レベルが１．５であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
  10. 前記閾値レベルが１．６であることを特徴とする、請求項８に記載の方法。
  11. 前記薬剤が、抗体、核酸、および小分子からなる群から選択されることを特徴とする、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
  12. ＩＧＦ１Ｒ阻害剤が、リンシチニブ、シクスツムマブ、ガニツマブ、フィギツムマブ、ダロツズマブ、イスチラツマブ、ドゥシギツマブ、またはテプロツムマブからなる群より選択されることを特徴とする、請求項２～１１のいずれか１項に記載の方法。
  13. ＩＧＦ１Ｒ阻害剤がリンシチニブであることを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
  14. 生物学的サンプルが、組織サンプル、生検サンプル、血液サンプル、および尿サンプルからなる群から選択される、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
  15. Ｇ０Ｓ２メチル化およびＢＵＢ１Ｂおよび／またはＰＩＮＫ１発現レベルを測定することが、
    ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２のうちの少なくとも１つにハイブリダイズする核酸プローブ、
    ＢＵＢ１Ｂ、ＰＩＮＫ１、およびＧ０Ｓ２のうちの少なくとも１つの増幅または伸長のための１つ以上の核酸プライマー、
    １つ以上のメチル化特異的制限酵素、および、
    メチル化されたＧ０Ｓ２核酸に特異的に結合する１つ以上の核酸プライマーからなる群より選択される１つ以上の試薬の使用を含むことを特徴とする、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。
  16. 被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
    ａ） 被験者からサンプルを取得し、または取得しておき、サンプル中のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを測定することによって、被験者を、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認することと、
    ｂ） 前記被験者が、ＣＯＣ１ ＡＣＣの存在を示すＧ０Ｓ２メチル化レベルおよびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する場合、前記被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することと
    を含むことを特徴とする、方法。
  17. 被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
    ａ） 被験者由来のサンプルにおけるＧ０Ｓ２メチル化レベルならびにＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを決定することと、
    ｂ） サンプル中の閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者を、ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認することと、
    ｃ） ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することと
    含むことを特徴とする、方法。
  18. ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤の使用。
  19. ＣＯＣ１ ＡＣＣを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤。
  20. ＡＣＣを治療するための方法であって、
    被験者から単離されたサンプルにおいて閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することを含むことを特徴とする、方法。
  21. 被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
    ａ） 被験者からサンプルを取得し、または取得しておき、サンプル中のＧ０Ｓ２メチル化のレベルおよびＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアのレベルを測定することによって、被験者を、閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認することと、
    ｂ） 前記被験者が閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する場合、前記被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することと
    を含むことを特徴とする、方法。
  22. 被験者におけるＡＣＣを治療するための方法であって、
    ａ） 被験者由来のサンプルにおけるＧ０Ｓ２メチル化レベルならびにＢＵＢ１ＢおよびＰＩＮＫ１の発現レベルを決定することと、
    ｂ） 閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有する被験者を確認することと、
    ｃ） 閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者に、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤を投与することと
    を含むことを特徴とする、方法。
  23. 閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤の使用。
  24. 閾値レベル未満のＧ０Ｓ２メチル化レベルおよび閾値レベルを超えるＢＵＢ１Ｂ－ＰＩＮＫ１発現スコアを有すると確認された被験者におけるＡＣＣを治療する際に使用するための、ＩＧＦ１Ｒシグナル伝達を遮断する薬剤。
JP2021573519A 2019-06-11 2020-06-10 癌を治療するための組成物および方法 Pending JP2022536502A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962859933P 2019-06-11 2019-06-11
US62/859,933 2019-06-11
US201962882147P 2019-08-02 2019-08-02
US62/882,147 2019-08-02
PCT/US2020/037039 WO2020252054A1 (en) 2019-06-11 2020-06-10 Compositions and methods for treating cancer

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2022536502A true JP2022536502A (ja) 2022-08-17

Family

ID=73781063

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021573519A Pending JP2022536502A (ja) 2019-06-11 2020-06-10 癌を治療するための組成物および方法

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20220241276A1 (ja)
EP (1) EP3983014A4 (ja)
JP (1) JP2022536502A (ja)
CN (1) CN114206384A (ja)
AU (1) AU2020290942A1 (ja)
WO (1) WO2020252054A1 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20200370126A1 (en) * 2017-11-29 2020-11-26 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing cancer
WO2022125725A1 (en) * 2020-12-09 2022-06-16 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating wnt-driven cancer

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2531856A4 (en) * 2010-02-05 2013-07-10 Translational Genomics Res Inst METHODS AND KITS USED TO CLASSIFY ADRENOCORTICAL CARCINOMA
NZ630828A (en) * 2012-03-22 2016-10-28 Univ Michigan Compounds and methods for treating aberrant adrenocartical cell disorders
WO2013148147A1 (en) * 2012-03-26 2013-10-03 The U.S.A., As Represented By The Secretary Dept. Of Health And Human Services Dna methylation analysis for the diagnosis, prognosis and treatment of adrenal neoplasms
WO2016064716A1 (en) * 2014-10-20 2016-04-28 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Combination therapy of tshr antagonist and igfr inhibitor
US20200370126A1 (en) * 2017-11-29 2020-11-26 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing cancer

Also Published As

Publication number Publication date
WO2020252054A1 (en) 2020-12-17
AU2020290942A1 (en) 2022-01-20
CN114206384A (zh) 2022-03-18
EP3983014A1 (en) 2022-04-20
EP3983014A4 (en) 2023-09-27
US20220241276A1 (en) 2022-08-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP3198026B1 (en) Method of determining pik3ca mutational status in a sample
EP3506912B1 (en) Micrornas as biomarkers for endometriosis
US20190300963A1 (en) Mirna expression signature in the classification of thyroid tumors
JP6720260B2 (ja) 癌を患うリスクのある被検体を診断するための方法およびキット
JP2020127416A (ja) ヘテロ接合性の消失（ｌｏｓｓ ｏｆ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ）を評価するための方法および材料
CA2945531C (en) Mirna expression signature in the classification of thyroid tumors
EP2802673B1 (en) Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
JP2015128442A (ja) 早期結腸直腸癌の検出のための血漿マイクロｒｎａ
KR20140105836A (ko) 다유전자 바이오마커의 확인
CA2646254A1 (en) Propagation of primary cells
WO2010054233A1 (en) Biomarkers in peripheral blood mononuclear cells for diagnosing or detecting lung cancers
US10604809B2 (en) Methods and kits for the diagnosis and treatment of pancreatic cancer
WO2018127786A1 (en) Compositions and methods for determining a treatment course of action
JP7337391B2 (ja) 癌を性質決定する組成物および方法
US20220241276A1 (en) Compositions and methods for treating cancer
US10059998B2 (en) Microrna signature as an indicator of the risk of early recurrence in patients with breast cancer
WO2013130465A2 (en) Gene expression markers for prediction of efficacy of platinum-based chemotherapy drugs
WO2013132354A2 (en) Gene signatures associated with efficacy of postmastectomy radiotherapy in breast cancer
WO2012080721A2 (en) Plasma cell disorders
US10308980B2 (en) Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
Gahan et al. Liquid biopsies in lung cancer—a narrative review
JP5967699B2 (ja) 遺伝子発現解析による大腸がんの病型分類に基づく抗癌剤応答性及び予後の予測方法

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20230502

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20240416

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20240716