JP2022536122A - 腫瘍関連抗原特異的t細胞応答 - Google Patents

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Abstract

本開示は、がんの治療のための免疫応答を生じさせる抗原および方法に関する。本開示はまた、がんの治療または予防のためにMHC-Ia、MHC-IIおよび/またはMHC-E拘束CD8+T細胞を生成する方法に関する。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2019年7月25日に出願された米国仮特許出願第62/878,511号の利益を主張し、また2019年6月7日に出願された米国仮特許出願第62/858,756号の利益を主張するものであるが、これらはそれぞれ、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
連邦政府による資金提供を受けた研究開発に関する声明
本発明は、国立がん研究所によって授与された助成金番号R 44 CA 180177-03の下で政府の支援を受けてなされた。政府は、本発明においてある一定の権利を有する。
電子的に提出された配列表の参照
本出願と共に提出されたASCIIテキストファイル(名称4153_012PC02_SL_ST25;サイズ:3,591バイト;作成日2020年5月27日)における電子的に提出された配列表の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
サイトメガロウイルス(CMV)に基づくワクチン、ならびに他のヘルペスウイルスに基づくワクチンは、感染性疾患およびがんに対する本発明者らの言わば武器なるものへの近い将来の有望な追加策として見込まれている。これらのヘルペスウイルスに基づくベクターは、それらがそれらの異種コード化病原体(またはがん)標的抗原に対して誘導する高レベルのT細胞免疫だけでなく、免疫の耐久性およびその「即時エフェクター」品質においても独特である。
多くの腫瘍関連抗原(TAA)は、がん細胞によって異常に発現される自己抗原である。TAA特異的T細胞応答を誘発するための主な課題は、自己抗原として、MHC-IまたはMHC-IIに関連してこれらの抗原に由来するペプチドを強く認識する「カノニカル」T細胞が、負の選択によって免疫レパートリから除去されることである。したがって、有効ながんワクチンは、低親和性TCRを発現することによって、またはMHCに低親和性で結合するペプチドを認識することによって、負の選択を回避した「非カノニカル」T細胞を刺激することによって免疫寛容を破壊すると見込まれる。現在利用可能なすべてのT細胞誘導ワクチン、例えばDNA、RNA、ポックスベクター、アデノベクター、またはアルファウイルス系は、カノニカルT細胞を誘発するように設計されている。結果として、当技術分野では、腫瘍関連抗原に対する免疫寛容を破壊することができる治療アプローチが依然として要望されている。
本開示は、対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる方法であって、腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量で腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターを対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、方法に関する。
本開示はまた、対象においてがんを治療する方法であって、腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量で腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターを前記対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、方法に関する。
本開示はまた、対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる際に使用するための腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターに関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
本開示はまた、対象におけるがんの治療で使用するための腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターに関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
本開示はまた、対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる際に使用するための医薬品の製造における腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターの使用に関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
本開示はまた、がんの治療のための医薬品の製造における腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターの使用に関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
本開示はまた、対象において腫瘍ウイルスにより引き起こされるがんを治療する方法であって、腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量の腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターを前記対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない、方法に関する。
本開示はまた、対象において腫瘍ウイルスにより引き起こされるがんを治療する方法であって、腫瘍ウイルス抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量の腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターを前記対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない、方法に関する。
本開示はまた、対象のがんの治療に使用するための腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターに関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない。
本開示はまた、がんの治療のための医薬品の製造における腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターの使用に関し、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない。
一部の実施形態において、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態では、CMVベクターによって誘発されるCD8+T細胞の少なくとも10%は、MHC-Eもしくはそのオーソログ、またはMHC-IIもしくはそのオーソログによって拘束される。別の実施形態では、CMVベクターによって誘発されるCD8+T細胞の少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、または少なくとも75%が、MHC-Eまたはそのオーソログによって拘束される。別の実施形態では、CMVベクターによって誘発されるCD8+T細胞の10%未満が、MHCクラスlaまたはそのオーソログによって拘束される。別の実施形態では、MHC-Eによって拘束されたCD8+T細胞の一部は、ベクターで免疫が付与された他の対象の少なくとも90%が共有するペプチドを認識する。
一部の実施形態では、特異的MHC-Eスーパートープは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、MHC-IIによって拘束されたCD8+T細胞の一部は、ベクターで免疫化された他の対象の少なくとも90%が共有するペプチドを認識する。
一部の実施形態では、ペプチドは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-IIエピトープは、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIエピトープは、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIエピトープは、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIエピトープは、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
本開示はまた、MHC-E腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、(a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、(b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法に関する。
本開示はまた、MHC-E腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、(a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、(b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法に関する。
一部の実施形態では、組換えCMVベクターは、組換えヒトCMVベクターまたは組換えアカゲザルCMVベクターである。
一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がんおよび子宮頸がんからなる群から選択されるがんに関連する。別の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリンおよびHer-2、またはそれらのオーソログからなる群から選択される。
一部の実施形態において、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態では、第1のCD8+T細胞は、特異的なMHC-Eスーパートープを認識する。別の実施形態では、特異的MHC-Eスーパートープは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態では、特異的MHC-Eスーパートープは、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質エピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、第2のCD8+T細胞は、特異的なMHC-Eスーパートープを認識する。別の実施形態では、特異的MHC-Eスーパートープは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、特異的MHC-Eスーパートープは、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質エピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-Eスーパートープは、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、第1のCD8+TCRは、DNAまたはRNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列は、第1のCD8+TCRをコードする核酸配列と同一である。
一部の実施形態では、第1の対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。別の実施形態では、第1の対象は非ヒト霊長類であり、第2の対象はヒトであり、この場合第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR3αおよびCDR3βを含むキメラ非ヒト霊長類-ヒトCD8+TCRである。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。別の実施形態では、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列は、第1のCD8+TCRをコードする核酸配列と同一である。
一部の実施形態では、第2のCD8+TCRはキメラCD8+TCRである。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。
一部の実施形態では、CMVベクターを第1の対象に投与することは、CMVベクターを第1の対象に静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与することを含む。別の実施形態では、トランスフェクトされたCD8+T細胞は、がんを治療または予防するために第2の対象に投与される。別の実施形態では、がんは、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、または子宮頸がんである。
本開示はまた、MHC-II腫瘍ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の方法であって、(a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、(b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法に関する。
本開示はまた、MHC-II腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、(a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、(b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法に関する。
一部の実施形態では、少なくとも1つの組換えCMVベクターは、組換えヒトCMVベクターまたは組換えアカゲザルCMVベクターである。
一部の実施形態では、少なくとも1つの組換えCMVベクターは、活性UL128タンパク質またはそのオーソログを発現せず、活性UL130タンパク質またはそのオーソログを発現せず、活性UL146またはそのオーソログを発現せず、活性UL147またはそのオーソログを発現せず、活性US11タンパク質またはそのオーソログを発現しない。別の実施形態では、UL128、UL130、UL146、UL147、またはUS11をコードする核酸配列における突然変異は、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびウイルスタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失からなる群から選択される。
一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がんまたは子宮頸がんに関連する。別の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリンもしくはHer-2、またはそれらのオーソログである。
一部の実施形態において、前記腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態では、第1のCD8+T細胞は、MHC-IIスーパートープを認識する。
一部の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、第2のCD8+T細胞は、MHC-IIスーパートープを認識する。
一部の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。別の実施形態では、MHC-IIスーパートープは、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。
一部の実施形態では、第1のCD8+TCRは、DNAまたはRNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列は、第1のCD8+TCRをコードする核酸配列と同一である。
一部の実施形態では、第1の対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。別の実施形態では、第2の対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。
一部の実施形態では、第1の対象は非ヒト霊長類であり、第2の対象はヒトであり、この場合第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR3αおよびCDR3βを含むキメラ非ヒト霊長類-ヒトCD8+TCRである。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。別の実施形態では、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列は、第1のCD8+TCRをコードする核酸配列と同一である。別の実施形態では、第2のCD8+TCRはキメラCD8+TCRである。別の実施形態では、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む。
一部の実施形態では、CMVベクターを第1の対象に投与することは、CMVベクターを第1の対象に静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与することを含む。別の実施形態では、トランスフェクトされたCD8+T細胞は、がんを治療するために第2の対象に投与される。別の実施形態では、がんは、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、または子宮頸がんである。
一部の実施形態では、CD8+T細胞が生成される。別の実施形態では、CD8+T細胞は、がんを治療または予防するために対象に投与される。別の実施形態では、CD8+T細胞は、宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するために対象に投与される。一部の実施形態では、CD8+T細胞は、がんを治療または予防するための医薬品の製造で使用される。一部の実施形態では、CD8+T細胞は、宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するために対象に投与される。一部の実施形態では、CD8+T細胞は、対象において宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するのに使用される。いくつかの態様では、CD8+T細胞は、宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するための医薬品の製造で使用される。
本開示はまた、CD8+T細胞受容体によって認識され得る、長さが約8~約15アミノ酸の単離されたMHC-EまたはMHC-IIスーパートープペプチドに関し、前記スーパートープは腫瘍関連抗原を含む。
一部の実施形態において、前記ペプチドは、ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号13)である。
本開示はまた、腫瘍関連抗原に対する免疫寛容の克服を必要とする対象において、腫瘍関連抗原に対する免疫寛容を克服する方法であって、腫瘍関連抗原を発現するサイトメガロウイルス(CMV)ベクターの有効量を前記対象に投与するステップを含む方法に関する。
一部の実施形態では、CMVベクターは、ヒトCMVベクターまたはアカゲザルCMVベクターである。
一部の実施形態では、CMVベクターは、活性UL128またはそのオーソログを発現せず、活性UL130またはそのオーソログを発現せず、活性UL146またはそのオーソログを発現せず、活性UL147またはそのオーソログを発現しない。別の実施形態では、CMVベクターは、UL238、UL130、UL146、またはUL147をコードする核酸配列に1つ以上の突然変異が存在するため、活性UL128、活性UL130、活性UL146、もしくは活性UL147、またはそれらのオーソログを発現しない。別の実施形態では、UL128、UL130、UL146、またはUL147をコードする核酸配列における突然変異は、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびウイルスタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失のうちの1つ以上である。
一部の実施形態では、CMVベクターはアカゲザルCMV株68-1である。
一部の実施形態では、CMVベクターは、活性UL82タンパク質またはそのオーソログを発現しない。別の実施形態では、CMVベクターは、UL82をコードする核酸配列に1つ以上の突然変異が存在するため、活性UL82タンパク質、またはそのオーソログを発現しない。別の実施形態では、UL82をコードする核酸配列における突然変異は、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびUL82をコードする核酸配列のすべての欠失のうちの1つ以上である。
一部の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がんまたは子宮頸がんに由来する。別の実施形態では、腫瘍関連抗原は、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリン、またはHer-2である。
一部の実施形態では、有効量は、対象において腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量を含む。
一部の実施形態では、CD8+T細胞の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%が、MHC-Iまたはそのオーソログによって拘束される。
一部の実施形態では、CD8+TCRは、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞から特定され、前記CD8+TCRは、MHC-I/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する。別の実施形態では、CD8+TCRは、DNAまたはRNA配列決定によって同定される。一部の実施形態において、対象はヒトである。
がん抗原PAPを発現するRhCMV株68-1(68-1/PAP)およびSIV gag抗原を発現するRhCMV株68-1(68-1/SIVgag)を接種した6匹のアカゲザル(RM)において誘発された平均T細胞応答頻度を示す図である。RMのうちの3匹に、がん抗原WT1を発現するRhCMV株68-1(68-1/WT1)を追加的に共接種し、他の3匹に、がん抗原MSLNを発現するRhCMV株68-1(68-1/MSLN)を共接種した。CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された各時点での細胞内サイトカイン染色(ICS)によって各抗原について重複ペプチドプールを使用して末梢血単核細胞(PBMC)において測定した。平均応答頻度を示す。 がん抗原HER2を発現するRhCMV株68-1(68-1/HER2)を接種した6匹の雌RMで誘発された平均T細胞応答頻度を示す図である。CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された各時点での細胞内サイトカイン染色によってHER2について重複ペプチドプールを使用して末梢血単核細胞において測定した。平均応答頻度を示す。 HPV16およびHPV18のE6タンパク質およびE7タンパク質の融合タンパク質を発現するRhCMV株68-1(68-1/HPV)(実線)またはRhCMV株68-1.2(68-1.2/HPV)(破線)のいずれかを接種した8匹の雌RMにおいて誘発された平均T細胞応答頻度を示す図である。CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された各時点でICSによってHPV抗原について重複ペプチドプールを使用してPBMCで測定した。個々の応答頻度を示す。 68-1/HPVで免疫化したRM由来のCD8+T細胞によるHPV抗原のMHC-E依存的認識を示す図である。4匹の雌RMに、HPV16およびHPV18のE6タンパク質およびE7タンパク質の融合タンパク質を発現する68-1を接種した(図3参照)。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについてICSによって測定した。TNFα産生およびIFNγ産生の両方により応答するCD8+T細胞は、右上象限に現れる。VMAPRTLLL(配列番号1)(VL9)は、MHC-Eリガンドペプチドである。 68-1/PAPで免疫化したRM由来のCD8+T細胞によるPAPのMHC-E依存的認識を示す図である。CD8+T細胞を単離し、MHC-Eを発現するK562細胞と、MHC-EおよびPAPまたはMHC-EおよびHPV融合タンパク質を発現するK562細胞と共インキュベートした。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについてICSによって測定した。TNFα産生およびIFNγ産生の両方により応答するCD8+T細胞は、右上象限に現れる。VMAPRTLLL(配列番号1)(VL9)は、MHC-Eリガンドペプチドである。 68-1/PAPおよび68-1/WT1で免疫化したRM由来のCD8+T細胞によるPAPおよびWT1のMHC-E依存的認識を示す図である。6匹の雄RMに68-1/PAPおよび68-1/WT1を共接種した。CD8+T細胞を単離し、MHC-Eを発現するK562細胞と、MHC-EおよびPAPまたはMHC-EおよびWT1を発現するK562細胞と共インキュベートした。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについてICSによって測定した。 PBMC中のCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された時点でTNFαおよびIFNγについて重複ペプチドプールを使用してICSによって測定したことを示す図である。メモリーT細胞の中で、PAP特異的T細胞の頻度を示す。 PAP特異的CD8+T細胞のMHC拘束分析を示す図である。個々のペプチドに対するCD8+T細胞応答を、PAP配列に沿った四角として示す。MHC-I特異的抗体W6/32によってブロックされたペプチド応答はMHC-I拘束を示し、MHC-II特異的ペプチドCLIPによってブロックされたペプチド応答はMHC-II拘束を示し、MHC-E特異的ペプチドによってブロックされたペプチド応答はMHC-E拘束を示す。ブロッキング試薬の存在下でまだ試験されていないペプチドも示されている。灰色の四角:拘束保留;白色の四角:従来型MHC-Ia拘束;ドット入り四角;非従来型MHC-E拘束;ダッシュ入り四角:非従来型MHC-II拘束;黒色の四角:ブロッキング不確定。 PAP特異的CD8+T細胞、WT1特異的CD8+T細胞、およびMSLN特異的CD8+T細胞のペプチドマッピングを示す図である。個々のペプチドに対するCD8+T細胞応答を、配列に沿った四角として示す。ブロッキング試薬の存在下でまだ試験されていないペプチド。すべての68-1/PAP動物において応答をもたらした「スーパートープ」ペプチドを四角で囲む:灰色のダッシュ入り四角:MHC-IIまたはMHC-Eスーパートープ、黒色の四角:MHC-IIスーパートープ(図8の結果に基づく)、黒色ダッシュ入り四角:MHC-Eスーパートープ(図8の結果に基づく)。 WT1特異的CD8+T細胞のMHC拘束分析を示す図である。個々のペプチドに対するCD8+T細胞応答を、WT1配列に沿った四角として示す。MHC-I特異的抗体W6/32によってブロックされたペプチド応答、MHC-II特異的ペプチドCLIPによってブロックされたペプチド応答、MHC-E特異的ペプチドによってブロックされたペプチド応答、ブロッキング試薬の存在下でまだ試験されていないペプチド。以下の「スーパートープ」ペプチドは、すべての68-1/WT1免疫化動物において応答をもたらした:#3、#13、#14、#58。3匹の動物で得られた結果は、これらのスーパートープのすべてが拘束されたMHC-Eであることを示唆している。灰色の四角:拘束保留;黒色の四角:従来型MHC-IA拘束;白色の四角;非従来型MHC-IE拘束;ダッシュ入り四角:非従来型MHC-II拘束;ドット入り四角:ブロッキング不確定。
I.用語
特に明記しない限り、技術用語は慣用的な用法に従って使用される。
本明細書で引用されるすべての刊行物、特許、特許出願、インターネットサイト、および受託番号/データベース配列(ポリヌクレオチド配列およびポリペプチド配列の両方を含む)は、個々の刊行物、特許、特許出願、インターネットサイト、または受託番号/データベース配列が参照によりそのように組み込まれることが具体的かつ個別に示されているのと同程度に、すべての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の方法および材料と類似または同等の方法および材料を本開示の実施または試験に使用することができるが、適切な方法および材料を以下に記載する。さらに、材料、方法、および実施例は例を示したものにすぎず、限定することを意図するものではない。本開示の様々な実施形態の検討を容易にするために、特定の用語について以下の説明を提供する。
文脈上他の意味に解釈すべき場合を除いて、本明細書および特許請求の範囲全体を通して、「含む(comprise)」という単語ならびに「含む(comprises)」および「含んでいる(comprising)」などのその変形は、オープンで包括的な意味で、すなわち「限定されないが、~を含む」と解釈されるべきである。「~からなる(consisting of~)」は、本明細書に開示される他の成分および実質的な方法工程の微量元素を上回る元素を除外することを意味するものとする。「~から本質的になる(consisting essentially of~)」という語は、特定の材料もしくは工程、または特許請求の範囲の発明の基本的な特徴に実質的に影響を及ぼさないものに特許請求の範囲を限定する。例えば、本明細書で規定された元素から本質的になる組成物から、単離および精製方法からの微量汚染物質、ならびにリン酸緩衝生理食塩水、防腐剤などの医薬的に許容され得る担体は排除されない。同様に、タンパク質がタンパク質の長さの最大20%に寄与し、タンパク質の活性に実質的に影響を及ぼさない(例えば、タンパク質の活性を変化させる割合は50%以下である)追加のアミノ酸を含む場合、タンパク質は特定のアミノ酸配列から本質的になる。各移行句によって規定される実施形態は、本発明の範囲内に含まれる。
約:本明細書で使用される場合、「約」という用語は、規定された値の1%、5%、10%または20%以内であることを意味し得る。
抗原:本明細書で使用される場合、「抗原」または「免疫原」という用語は、対象において免疫応答を誘導することができる物質、典型的にはタンパク質を指すために互換的に使用される。この用語はまた、(直接的に、またはタンパク質をコードするヌクレオチド配列もしくはベクターを対象に投与することによって)対象に投与されると、タンパク質が、そのタンパク質に対する体液型および/または細胞型の免疫応答を誘発することができるという意味で免疫学的に活性のあるタンパク質を指す。
抗原特異的T細胞:特定の抗原を認識するCD8リンパ球またはCD4リンパ球。概して、抗原特異的T細胞は、MHC分子によって提示される特定の抗原に特異的に結合するが、同じMHCによって提示される他の抗原には結合しない。
投与:本明細書で使用される場合、「投与」という用語は、何らかの有効な経路によって、有効量の外因性抗原を含むCMVベクターを含む組成物などの薬剤を対象に提供または与えることを意味する。具体例としての投与経路には、注射(例えば、皮下、筋肉内、皮内、腹腔内、および静脈内)、経口、舌下、直腸、経皮、鼻腔内、膣および吸入経路が挙げられるが、これらに限定されない。
有効量:本明細書で使用される場合、「有効量」という用語は、MHC-E/異種抗原由来ペプチド複合体、MHC-II/異種抗原由来ペプチド複合体、またはMHC-I/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する異種抗原またはトランスフェクトCD8+T細胞を含むCMVベクターなどの、状態もしくは疾患の徴候もしくは症状を軽減もしくは排除する、または抗原に対する免疫応答を誘導するなどの所望の応答を生じさせるのに十分である薬剤の量を指す。いくつかの例において、「有効量」は、障害または疾患のいずれかの1つ以上の症状および/または根本原因を(予防を含め)治療する量である。有効量は、特定の疾患または状態の1つ以上の徴候または症状、例えば感染性疾患またはがんに関連する1つ以上の徴候または症状の発症を防止する量を含む治療有効量であり得る。
異種抗原:本明細書で使用される場合、「異種抗原」という用語は、CMVに由来しない任意のタンパク質またはその断片を指す。異種抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、腫瘍関連抗原、宿主自己抗原、または他の何らかの抗原であり得る。
過剰増殖性疾患:細胞の制御されない増殖を特徴とする疾患または障害。過剰増殖性疾患には、限定されないが、悪性腫瘍および非悪性腫瘍が含まれる。
免疫寛容:本明細書で使用される場合、「免疫寛容」は、免疫応答を誘導する可能性を有する物質に対する免疫系の不応答性の状態を指す。個体自身の抗原、例えば腫瘍関連抗原に対する自己寛容は、中枢性寛容機構と末梢性寛容機構の両方によって達成される。
エピトープ:本明細書で使用される場合、「エピトープ」は、対立遺伝子特異的モチーフまたは他の配列、例えばN末端反復配列を含むもので、前記モチーフを含むペプチドがMHC分子に結合し、細胞傷害性Tリンパ球(「CTL」)応答、またはエピトープが由来する抗原に対するB細胞応答(例えば抗体産生)を誘導することになる。
一部の実施形態において、エピトープは、当技術分野で既知のニューラルネットまたは多項式決定など、配列モチーフまたは他の方法を使用して特定される。典型的には、アルゴリズムを使用してペプチドの「結合閾値」を決定し、ある特定の親和性で結合する高い確率をもたらし、免疫原性となるスコアを有するペプチドを選択する。アルゴリズムは、特定の位置における特定のアミノ酸のMHC結合に対する効果、特定の位置における特定のアミノ酸の抗体結合に対する効果、またはモチーフ含有ペプチドにおける特定の置換基の結合に対する効果のいずれかに基づく。エピトープの関連の中で、「保存された残基」は、ペプチドにおける特定の位置でのランダムな分布によって予想されるよりも有意に高い頻度で現れる残基である。一部の実施形態では、保存された残基は、MHC構造がエピトープとの接触点を提供し得る残基である。
突然変異:本明細書で使用される場合、「突然変異」という用語は、正常配列、共通配列または「野生型」配列との核酸またはポリペプチド配列の何らかの差異を指す。突然変異体は、突然変異を含む何らかのタンパク質または核酸配列である。さらに、突然変異を有する細胞または生物を突然変異体と称することもあり得る。いくつかのタイプのコード配列突然変異には、点突然変異(個々のヌクレオチドまたはアミノ酸の差異)、サイレント突然変異(アミノ酸変化をもたらさないヌクレオチドの差異)、欠失(遺伝子のコード配列全体およびそれ以下の欠失を含め、1つ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸が欠損している場合の差異)、フレームシフト突然変異(3で割り切れない数のヌクレオチドの欠失がアミノ酸配列の変化をもたらす場合の差異)が含まれる。アミノ酸の差異をもたらす突然変異はまた、アミノ酸置換突然変異と呼ばれることもある。アミノ酸置換突然変異は、アミノ酸配列の特定の位置での野生型との比較におけるアミノ酸変化によって説明され得る。
ヌクレオチド配列または核酸配列:「ヌクレオチド配列」および「核酸配列」という用語は、限定されないが、メッセンジャーRNA(mRNA)、DNA/RNAハイブリッド、または合成核酸を含む、デオキシリボ核酸(DNA)配列またはリボ核酸(RNA)配列を指す。核酸は、一本鎖、または部分的もしくは完全な二本鎖(デュプレックス)であり得る。デュプレックス核酸は、ホモデュプレックスまたはヘテロデュプレックスであり得る。
機能し得るように連結された:「機能し得るように連結された」という用語が本明細書で使用される場合、第1の核酸配列が第2の核酸配列に影響を及ぼすように第1の核酸配列が配置されているとき、第1の核酸配列は第2の核酸配列と機能し得るように連結されている。機能し得るように連結されたDNA配列は、連続していてもよく、またはそれらはある距離をおいて機能し得る。
プロモーター:本明細書で使用される場合、「プロモーター」という用語は、核酸の転写を指示するいくつかの核酸制御配列のいずれかを指し得る。典型的には、真核生物プロモーターは、転写の開始部位の近くに必要な核酸配列を含み、例えばポリメラーゼII型プロモーターの場合、TATAエレメントまたは1つ以上の転写因子によって認識される何らかの他の特定のDNA配列を含む。プロモーターによる発現は、エンハンサーエレメントまたはリプレッサーエレメントによってさらに調節され得る。プロモーターの数多くの例が利用可能であり、当業者に周知である。特定のポリペプチドをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターを含む核酸は、発現ベクターと呼ばれ得る。
組換え(の):本明細書で使用される場合、核酸またはポリペプチドに関する場合の「組換え」という用語は、天然に存在しない配列を有するか、または配列の2つ以上の他の方法で分離されたセグメントの人工的な組合せによって作製される配列を有するものを指し、例えば異種抗原を含むCMVベクターがある。この人工的な組合せは、多くの場合、化学合成によって、またはより一般的には、例えば遺伝子工学技術による核酸の単離されたセグメントの人工的な操作によって達成される。組換えポリペプチドはまた、ポリペプチドの天然供給源ではない宿主生物に移入された組換え核酸(例えば、異種抗原を含むCMVベクターを形成するポリペプチドをコードする核酸)を含む、組換え核酸を使用して作製されたポリペプチドを指し得る。
機能し得るように連結された:本明細書で使用される場合、「機能し得るように連結された」という語が意味するところでは、コード配列と核酸制御配列またはプロモーターが、コード配列の発現または転写および/または翻訳を核酸制御配列の影響下または制御下に置くような形で共有結合されている場合にそれらは「機能し得るように連結された」と言われる。「核酸制御配列」は、限定されないが、プロモーター、エンハンサー、IRES、イントロン、およびそれに機能し得るように連結された核酸配列またはコード配列の発現を指示する本明細書に記載される他のエレメントなど、いずれかの核酸エレメントであり得る。開示された腫瘍関連抗原を発現させるために、腫瘍関連抗原のタンパク質コード配列は、タンパク質の転写および翻訳を指示する調節配列または核酸制御配列に「機能し得るように連結された」状態であるべきである。
医薬的に許容され得る担体:本明細書で使用される場合、使用される「医薬的に許容され得る担体」は慣用的なものである。E.W.Martinによる、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.、イーストン、ペンシルベニア、1995年、第19版には、本明細書に開示される組成物の医薬送達に適した組成物および製剤が記載されている。一般に、担体の性質は、採用されている特定の投与様式次第で異なることになる。例えば、非経口製剤は、通常、水、生理食塩水、平衡塩類溶液、水性デキストロース、グリセロールなどの医薬的および生理学的に許容され得る流体を賦形剤として含む注射用流体を含む。固体組成物(例えば、粉末、丸剤、錠剤またはカプセル剤の形態)の場合、慣用的非毒性固体担体は、例えば、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプンまたはステアリン酸マグネシウムを含み得る。生物学的に中性の担体に加えて、投与される医薬組成物は、少量の非毒性補助物質、例えば湿潤剤または乳化剤、保存剤およびpH緩衝剤など、例えば酢酸ナトリウムまたはソルビタンモノラウレートを含有し得る。
ポリヌクレオチド:本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、リボ核酸(RNA)またはデオキシリボ核酸(DNA)のポリマーを指す。ポリヌクレオチドは4つの塩基、すなわちアデニン、シトシン、グアニンおよびチミン/ウラシル(ウラシルはRNAで使用される)から構成される。核酸からのコード配列は、核酸によってコードされるタンパク質の配列を示す。
ポリペプチド:「タンパク質」、「ペプチド」、「ポリペプチド」、および「アミノ酸配列」という用語は、本明細書では互換的に使用され、あらゆる長さのアミノ酸残基のポリマーを指す。ポリマーは、直鎖または分枝状であり得、修飾アミノ酸またはアミノ酸類似体を含み得、アミノ酸以外の化学部分によって中断されていてもよい。この用語はまた、天然に修飾されているか、または介入、例えば、ジスルフィド結合の形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または標識もしくは生物活性成分とのコンジュゲーションなどの任意の他の操作もしくは修飾によって修飾されたアミノ酸ポリマーを包含する。
タンパク質のオーソログは、典型的には、デフォルトパラメータに設定されたALIGNを使用して、特定のタンパク質のアミノ酸配列との完全長アラインメントにわたってカウントされた75%を超える配列同一性を有することを特徴とする。参照配列に対してさらに高い類似性を有するタンパク質は、この方法によって評価した場合、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92%、少なくとも95%、または少なくとも98%の配列同一性など、同一性パーセンテージの増加を示すことになる。さらに、配列同一性を、開示されたペプチドの特定のドメインの全長にわたって比較することができる。
プロモーター:本明細書で使用される場合、「プロモーター」という用語は、RNAポリメラーゼIIの開始部位の周りに集中しており、本開示のタンパク質コード配列に機能し得るように連結されたときに、コードされたタンパク質の発現を誘導する一群の転写制御モジュールを指す。本開示の導入遺伝子の発現は、限定されないが、テトラサイクリンなどの抗生物質、エクジソンなどのホルモン、または重金属などの何らかの特定の外部刺激因子にさらされた場合にのみ転写を開始する、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターの制御下にあり得る。プロモーターはまた、特定の細胞型、組織または臓器に特異的であり得る。多くの適切なプロモーターおよびエンハンサーが当技術分野では既知であり、いずれかのかかる適切なプロモーターまたはエンハンサーが、本開示の導入遺伝子の発現のために使用され得る。例えば、適切なプロモーターおよび/またはエンハンサーは、真核生物プロモーターデータベース(EPDB)から選択され得る。
配列同一性/類似性:本明細書で使用される場合、2つもしくはそれ以上の核酸配列または2つもしくはそれ以上のアミノ酸配列の間の同一性/類似性は、配列間の同一性または類似性に関して表される。配列同一性は、同一性パーセントという観点で測定され得、パーセンテージが高いほど、配列の同一性はより高くなる。配列類似性は、(保存的アミノ酸置換を考慮に入れた)同一性または類似性のパーセンテージという観点で測定され、パーセンテージが高いほど、配列はより類似している。かなりの量の配列同一性を有し、互いに同一または同様に機能するポリペプチドまたはそのタンパク質ドメイン(例えば、異なる種またはタンパク質の機能またはその規模を変化させないタンパク質の変異形態において同じ機能を果たすタンパク質)は、「ホモログ」と呼ばれ得る。
配列同一性または相同性は、配列ギャップを最小化しながら重複および同一性を最大化するように整列させたときに配列を比較することによって決定される。特に、配列同一性は、いくつかの数学的アルゴリズムのいずれかを使用して決定され得る。2つの配列の比較に使用される数学的アルゴリズムの非限定的な例は、KarlinおよびAltschul、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1993;90:5873-5877の場合と同様に修正された、KarlinおよびAltschul、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1990;87:2264-2268のアルゴリズムである。
比較のための配列のアラインメント方法は当技術分野で周知である。様々なプログラムおよびアライメントアルゴリズムは、SmithおよびWaterman、Adv Appl Math 2、482(1981);NeedlemanおよびWunsch、J Mol Biol 48、443(1970);PearsonおよびLipman、Proc Natl Acad Sci USA 85、2444(1988);HigginsおよびSharp、Gene 73、237-244(1988);HigginsおよびSharp、CABIOS 5、151-153(1989);Corpetら、Nuc Acids Res 16、10881-10890(1988);Huangら、Computer App Biosci、8、155-165(1992);ならびにPearsonら、Meth Mol Bio 24、307-331(1994)に記載されている。さらに、Altschulら、J Mol Biol 215、403-410(1990)は、配列アラインメント方法および相同性計算の詳細な考察を提示している。
NCBI Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)(Altschulら、(1990)前出)は、配列解析プログラムblastp、blastn、blastx、tblastnおよびtblastxと関連させて使用するために、National Center for Biological Information(NCBI、National Library of Medicine、Building 38A、Room 8N805、ベセスダ、メリーランド20894)およびインターネット上を含むいくつかの情報源から入手可能である。さらなる情報は、NCBIのウェブサイトで見つけることができる。
BLASTNは核酸配列を比較するために使用され、BLASTPはアミノ酸配列を比較するために使用される。2つの比較された配列が相同性を共有する場合、指定された出力ファイルは、それらの相同性領域を整列させた配列として提示することになる。2つの比較された配列が相同性を共有しない場合、指定された出力ファイルは、整列させた配列を提示しないことになる。
整列が完了すると、マッチの数は、同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基が両方の配列に存在する位置の数を数えることによって決定される。配列同一性パーセントは、マッチの数を、同定された配列に示された配列の長さまたは連結された長さ(例えば、同定された配列に示された配列からの100個の連続するヌクレオチドまたはアミノ酸残基)で割った後、得られた値に100を掛けることによって決定される。例えば、1154個のヌクレオチドを有する試験配列と整列させた場合に1166のマッチを有する核酸配列は、試験配列と75.0%同一である(1166÷1554×100=75.0)。配列同一性パーセント値は、小数点第一位を四捨五入する。例えば、75.11、75.12、75.13、および75.14は75.1に切り捨てられ、75.15、75.16、75.17、75.18、および75.19は75.2に切り上げられる。長さの値は常に整数となる。別の例では、以下のように同定された配列からの20個の連続するヌクレオチドと合致する20ヌクレオチド領域を含む標的配列は、その同定された配列と75%の配列同一性を共有する領域を含む(すなわち、15÷20×100=75)。
約30アミノ酸を超えるアミノ酸配列の比較のために、デフォルトパラメータに設定されたデフォルトBLOSUM62マトリックスを使用して、Blast 2配列関数が使用される、(ギャップ存在コストは11、残基あたりのギャップコストは1)。ホモログは、典型的には、NCBI Basic Blast 2.0、gapped blastpをnrデータベース、swissprotデータベース、および特許配列データベースなどのデータベースと共に使用して、アミノ酸配列との完全長アラインメントにわたってカウントされた少なくとも70%の配列同一性を有することを特徴とする。blastnプログラムで検索されたクエリは、DUST(HancockおよびArmstrong、Comput Appl Biosci 10、67-70(1994)でフィルターにかけられた。他のプログラムはSEGを使用する。さらに、手動アライメントを行ってもよい。さらに高い類似性を有するタンパク質は、この方法によって評価した場合、タンパク質に対して少なくとも約75%、80%、85%、90%、95%、98%、または99%の配列同一性など、同一性パーセンテージの増加を示すことになる。
短いペプチド(約30未満のアミノ酸)をアラインメントする場合、アラインメントは、デフォルトパラメータ(オープンギャップ9、伸長ギャップ1のペナルティ)に設定されたPAM30マトリックスを採用して、Blast2配列関数を使用して行われる。参照配列に対してさらに高い類似性を有するタンパク質は、この方法によって評価した場合、タンパク質に対して少なくとも約60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、または99%の配列同一性など、同一性パーセンテージの増加を示すことになる。配列同一性について配列全体よりも短いものが比較されている場合、ホモログは、典型的には、10~20アミノ酸の短いウィンドウにわたって少なくとも75%の配列同一性を有することになり、参照配列に対するそれらの同一性に応じて、少なくとも85%、90%、95%または98%の配列同一性を有し得る。そのような短いウィンドウにわたって配列同一性を決定するための方法は、NCBIウェブサイトに記載されている。
2つの核酸分子が密接に関連していることの1つの指標は、上記のように、2つの分子がストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。それにもかかわらず、高度の同一性を示さない核酸配列は、遺伝暗号の縮重のために、同一または類似した(保存された)アミノ酸配列をコードし得る。核酸配列の変化は、この縮重を使用して行われ、すべてが実質的に同じタンパク質をコードする複数の核酸分子を生成し得る。そのような相同性核酸配列は、例えば、タンパク質をコードする核酸と少なくとも約50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%、または99%の配列同一性を有することができる。
対象:本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒトと非ヒト哺乳動物の両方を含むカテゴリーである、生きている多細胞脊椎動物である生物を指す。「対象」という用語は、非ヒト霊長類およびヒトを含むすべての動物を含むが、「動物」は、ヒトを除くすべての脊椎動物種を含み、「脊椎動物」は、動物(「動物」は本明細書で使用されている通り)およびヒトを含むすべての脊椎動物を含む。そして、当然のことながら、「動物」のサブセットは「哺乳動物」であり、本明細書の目的の場合、ヒトを除くすべての哺乳動物を含む。
スーパートープ:本明細書で使用される場合、「スーパートープ」または「スーパートープペプチド」という用語は、MHCハプロタイプとは関係なく、すなわち所与のMHC-I、MHC-II、またはMHC-E対立遺伝子の存在下または非存在下で、ヒト集団の約90%超においてT細胞によって認識されるエピトープまたはペプチドを指す。
腫瘍関連抗原:本明細書で使用される場合、「腫瘍関連抗原」という用語は、がん細胞によって異常に発現される自己抗原を指す。TAAには、(i)がん細胞で発現される生殖細胞系/精巣抗原、(ii)成体組織で発現されない細胞系統分化抗原、または(iii)がん細胞で過剰発現される抗原が含まれる。腫瘍関連抗原は、比較的腫瘍細胞に限定され、免疫応答を誘導するものであればいかなるタンパク質でもあり得る。しかしながら、多くの腫瘍関連抗原は宿主(自己)タンパク質であるため、典型的には宿主免疫系によって抗原性として見なされることはない。腫瘍関連抗原はまた、がん細胞によって異常に発現され得る。腫瘍関連抗原はまた、がん細胞で発現される生殖細胞系/精巣抗原、成体組織では発現されない細胞系統分化抗原、またはがん細胞で過剰発現される抗原であり得る。
腫瘍ウイルス:本明細書で使用される場合、「腫瘍ウイルス」、「がんウイルス」または「オンコウイルス」という用語は、場合によっては(例えば、慢性的感染の後、免疫系が損なわれた個体などにおいて)がんの発症を誘導するウイルスを指す。
治療:本明細書で使用される場合、「治療」という用語は、疾患または病理学的状態の徴候または症状を改善する介入を指す。本明細書で使用される場合、疾患、病理学的状態または症状に関連する「治療」、「治療する」および「治療している」という用語はまた、治療の何らかの観察可能な有益な効果を指す。有益な効果は、例えば、感受性対象における疾患の臨床症状の発症の遅延、疾患の一部または全部の臨床症状の重症度の低下、疾患の進行の遅延、疾患の再発数の減少、対象の全体的な健康もしくは健全性の改善、または特定の疾患に特異的な当技術分野で周知の他のパラメータによって証明され得る。予防的治療は、病変を発症するリスクを低下させる目的で、疾患の徴候を示さないかまたは初期の徴候のみを示す対象に施される治療である。治療的治療は、疾患の徴候および症状が発生した後に対象に施される治療である。
ワクチン:疾患または他の病理学的状態に対する能動免疫などの免疫を付与するために、ヒトなどの哺乳動物に投与することができる免疫原性組成物。ワクチンは予防的または治療的に使用することができる。したがって、ワクチンを使用して、疾患(腫瘍または病理学的感染など)を発症する可能性を低下させるか、または疾患もしくは状態の症状の重症度を低下させるか、疾患もしくは状態(腫瘍または病理学的感染など)の進行を制限するか、または疾患もしくは状態(腫瘍など)の再発を制限することができる。特定の実施形態において、ワクチンは、異種抗原、例えば肺、前立腺、卵巣、乳房、結腸、子宮頸部、肝臓、腎臓、骨または黒色腫の腫瘍に由来する腫瘍関連抗原を発現する複製欠損CMVである。
ベクター:特定の配列の核酸分子をベクターに組み込み、次いで前記ベクターを宿主細胞に導入し、それによって形質転換宿主細胞を作製することができる。ベクターは、複製起点などの、宿主細胞内での複製を可能にする核酸配列を含み得る。ベクターはまた、1つ以上の選択マーカー遺伝子および核酸発現を指示するプロモーターエレメントを含む、当技術分野で既知の他の遺伝子エレメントを含み得る。ベクターは、CMVベクターなどのウイルスベクターであり得る。ウイルスベクターは、複製欠損ウイルスを含む野生型または弱毒化ウイルスから構築され得る。
本開示のウイルスの発現を可能にするいずれのベクターも、本開示に従って使用され得る。特定の実施形態において、開示されたウイルスは、コードされた異種抗原(例えば、腫瘍ウイルス抗原、HIV抗原、腫瘍関連抗原、および抗体)を製造するためにインビトロで(例えば、無細胞発現系を使用して)および/またはインビトロで増殖させた培養細胞で使用され得、次いで、タンパク質性ワクチンの製造などの様々な用途に使用され得る。前述の用途の場合、インビトロおよび/または培養細胞におけるウイルスの発現を可能にするものであればいかなるベクターでも使用することができる。本開示に従って使用されるベクターは、本開示の抗原が発現され得るように、プロモーターまたはエンハンサーなどの適切な遺伝子調節領域を含み得る。
II.がんの治療および予防の方法
がんを治療または予防する方法が本明細書では開示されている。該方法は、少なくとも1つの腫瘍関連抗原または腫瘍ウイルス抗原を含む有効量の少なくとも1つの組換えCMVベクターを対象に投与することを含む。一部の実施形態において、該方法はまた、MHC-E拘束T細胞受容体を含むT細胞の投与を含む。
動物実験は、CMVワクチンが、a)高頻度のリンパ系外T細胞応答(いわゆるエフェクターメモリーT細胞)を誘導および維持し、b)CMV陽性宿主に重複感染し、そしてc)宿主から宿主への拡散が不十分になった場合でも免疫原性を維持しているといった点で、CMVワクチンは独特であることを実証している。さらに、動物モデルにおける実験は、動物CMVに由来するワクチンベクターが感染性疾患およびがんに対する防御免疫応答を誘導することを示している(米国特許出願公開第20080199493号明細書、米国特許出願公開第20100142823号明細書、米国特許出願公開第20130136768号明細書、および米国特許出願公開第20140141038号明細書)。特に注目すべきは、アカゲザルCMV(RhCMV)ベクター化サル免疫不全ウイルス(SIV)ワクチンが、非ヒト霊長類においてAIDSを予防することができるだけでなく、最終的にこれらの動物をSIVから治癒させることができたという知見である(Hansen S Gら、Nature 502、100-104(2013))。
腫瘍関連抗原(TAA)特異的T細胞を誘発するための主な課題は、自己抗原として、MHC-IまたはMHC-IIの状況においてこれらの抗原に由来するペプチドを強く認識する「カノニカル」T細胞が、負の選択によって免疫レパートリから除去されてしまうことである。したがって、がんワクチンは、低親和性TCRを発現することによって、またはMHCに低親和性で結合するペプチドを認識することによって、負の選択を回避した「非カノニカル」T細胞を刺激することによって免疫寛容を破壊しなければならない。現在利用可能なすべてのT細胞誘導ワクチン、例えばDNA、RNA、ポックスベクター、アデノベクター、またはアルファウイルス系は、カノニカルT細胞を誘発するように設計されている。結果として、これらのベクターは免疫寛容を破壊することが困難である。さらに、抗ベクター免疫は、免疫を増強するための同じベクターの反復使用を妨げることで、複雑な異種プライム/ブーストワクチンレジメンをもたらすか、または寛容破壊チェックポイント阻害剤と組み合わされる必要がある。例えば、PROSTVACは、PSA(前立腺特異抗原)を発現する前立腺がんに対するポックスウイルス系ワクチンである。免疫化レジメンは、ワクシニアウイルスによって発現されるPSAによる1回の免疫化とそれに続くPSAをコードする鶏痘ウイルスによる6回のブースター免疫化を必要とする。この努力にもかかわらず、PROSTVACは、総CD8+T細胞の約0.03%を占めるCD8+T細胞しか誘発することができなかった。その結果、第III相臨床試験は無駄であるため中止した。
一部の実施形態において、本方法は、腫瘍関連抗原に関連するがんの治療を提供する。一部の実施形態では、治療は、免疫応答がTAAに対して引き起こされるように、対象における寛容の破壊から生じる。
一部の実施形態では、がんは病原体によって引き起こされる。一部の実施形態では、病原体は腫瘍ウイルスであり、抗原は腫瘍ウイルスに由来するタンパク質である。腫瘍ウイルスには、ヒトTリンパ球向性ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒトポリオーマウイルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルスおよびエプスタイン・バールウイルスが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態において、腫瘍ウイルス抗原は、HPV株16由来のE6およびE7またはHPV株18由来のE6およびE7である。一部の実施形態において、腫瘍ウイルス抗原は、HPV由来のE6およびE7の融合体である。腫瘍ウイルス抗原は、腫瘍ウイルスの何らかの部分に由来するタンパク質であり得る。例えば、一部の実施形態では、腫瘍ウイルス抗原は、コア、エンベロープ、表面またはポリメラーゼタンパク質に由来し得る。
腫瘍関連抗原としては、限定されないが、前立腺酸性ホスファターゼ(PAP);ウィルムス腫瘍抑制タンパク質(WT1);メソテリン(MSLN);Her-2(HER2);HPV16株のヒトパピローマウイルス抗原E6;HPV16株のヒトパピローマウイルス抗原E7;HPV18株のヒトパピローマウイルス抗原E6;HPV18株のヒトパピローマウイルス抗原E7;HPV16およびHPV18由来のヒトパピローマウイルスE6およびE7の融合タンパク質;ムチン1(MUC1);LMP2;上皮増殖因子受容体(EGFR);p53;ニューヨーク食道1(NY-ESO-1);前立腺特異的膜抗原(PSMA);GD2、がん胎児性抗原(CEA);T細胞1によって認識されるメラノーマ抗原a/メラノーマ抗原(MelanA/MART1);Ras;gp100、プロテイナーゼ3(PR1)、Bcr-abl;サバイビン;前立腺特異抗原(PSA);ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT);EphA2;ML-IAP;アルファ-フェトプロテイン(AFP);EpCAM;ERG;NA17;PAX3;ALK;アンドロゲン受容体(AR);サイクリンB1;MYCN;RhoC;チロシン関連タンパク質2(TRP-2);GD3;フコシルGM1;PSCA;sLe(a);CYP1B1;PLCA1;GM3;BORIS;Tn;GloboH;Etsバリアント遺伝子6/急性骨髄性白血病1遺伝子ETS(ETV6-AML);NY-BR-1;RGS5;扁平上皮性腫瘍拒絶抗原または3(SART3);STn;炭酸脱水酵素IX;PAX5;OY-TES1;精子タンパク質17;LCK;HMWMAA;AKAP-4;SSX2;B7H3;レグマイン;Tie2;Page4;VEGFR2;MAD-CT-1;FAP;PDGFR;MAD-CT-2;Fos関連抗原1;TAG-72;9D7;EphA3;テロメラーゼ;SAP-1;BAGEファミリー;CAGEファミリー;GAGEファミリー;MAGEファミリー;SAGEファミリー;XAGEファミリー;メラノーマの優先的に発現される抗原(PRAME);メラノコルチン1受容体(MC1R);β-カテニン;BRCA1/2;CDK4;慢性骨髄性白血病66(CML66);およびTGF-βが挙げられる。ある実施形態において、宿主自己抗原には、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリンまたはHer-2が挙げられる。
一部の実施形態において、該方法は、がんの予防または治療に関するものである。がんには、限定されないが、急性リンパ芽球性白血病;急性骨髄性白血病;副腎皮質がん;AIDS関連がん;AIDS関連リンパ腫;肛門がん;虫垂がん;星状細胞腫、小児小脳または大脳;基底細胞がん腫;胆管がん、肝外;膀胱がん;骨がん、骨肉腫/悪性線維性組織球腫;脳幹神経膠腫;脳腫瘍;脳腫瘍、小脳星状細胞腫;脳腫瘍、脳星状細胞腫/悪性神経膠腫;脳腫瘍、上衣腫;脳腫瘍、髄芽腫;脳腫瘍、テント上原始神経外胚葉腫瘍;脳腫瘍、視経路および視床下部神経膠腫;乳がん;気管支腺腫/カルチノイド;バーキットリンパ腫;カルチノイド腫瘍、小児期;カルチノイド腫瘍、胃腸;原発不明がん腫;中枢神経系リンパ腫、原発性;小脳星状細胞腫、小児期;脳星状細胞腫/悪性神経膠腫、小児期;子宮頸がん;小児がん;慢性リンパ性白血病;慢性骨髄性白血病;慢性骨髄増殖性障害;結腸がん;皮膚T細胞リンパ腫;線維形成性小円形細胞腫瘍;子宮内膜がん;上衣腫;食道がん;腫瘍のユーイングファミリーにおけるユーイング肉腫;頭蓋外胚細胞腫瘍、小児期;性腺外生殖細胞腫瘍;肝外胆管がん;眼がん、眼内黒色腫;眼がん、網膜芽細胞腫;胆嚢がん;胃(胃)がん;胃腸カルチノイド腫瘍;消化管間質腫瘍(GIST);生殖細胞腫瘍:頭蓋外、性腺外または卵巣;妊娠性栄養膜腫瘍;脳幹の神経膠腫;神経膠腫、小児脳星状細胞腫;神経膠腫、小児の視経路および視床下部;胃カルチノイド;毛状細胞白血病;頭頸部がん;心臓がん;肝細胞(肝臓)がん;ホジキンリンパ腫;下咽頭がん;視床下部および視経路神経膠腫、小児期;眼内黒色腫;膵島細胞がん腫(膵内分泌部);カポジ肉腫;腎臓がん(腎細胞がん);喉頭がん;白血病;白血病、急性リンパ芽球性(急性リンパ性白血病とも呼ばれる);白血病、急性骨髄性(急性骨髄性白血病とも呼ばれる);白血病、慢性リンパ性(慢性リンパ性白血病とも呼ばれる);白血病、慢性骨髄性(慢性骨髄性白血病とも呼ばれる);白血病、有毛細胞;唇および口腔がん;肝臓がん(原発性);肺がん、非小細胞;肺がん、小細胞;リンパ腫;リンパ腫、AIDS関連;リンパ腫、バーキット;リンパ腫、皮膚T細胞;リンパ腫、ホジキン;リンパ腫、非ホジキン(ホジキンリンパ腫を除くすべてのリンパ腫の古い分類);リンパ腫、原発性中枢神経系;マーカス・ホイットル(Marcus Whittle)、致死性疾患;マクログロブリン血症、ワルデンシュトレーム(Waldenstrim);骨の悪性線維性組織球腫/骨肉腫;髄芽腫、小児期;黒色腫;黒色腫、眼内(眼);メルケル細胞がん腫;中皮腫、成人悪性腫瘍;中皮腫、小児期;原発不明の転移性扁平上皮頸部がん;口腔がん;多発性内分泌腫瘍症候群、小児期;多発性骨髄腫/形質細胞新生物;菌状息肉症;骨髄異形成症候群;骨髄異形成/骨髄増殖性疾患;骨髄性白血病、慢性;骨髄性白血病、成人急性;骨髄性白血病、小児急性;骨髄腫、多発(骨-骨髄のがん);骨髄増殖性障害、慢性;鼻腔および副鼻腔がん;鼻咽頭がん腫;神経芽細胞腫;非ホジキンリンパ腫;非小細胞肺がん;口腔がん;口腔咽頭がん;骨肉腫/骨の悪性線維性組織球腫;卵巣がん;卵巣上皮がん(表面上皮間質腫瘍);卵巣胚細胞腫瘍;卵巣低悪性度腫瘍;膵臓がん;膵臓がん、膵島細胞;副鼻腔がんおよび鼻腔がん;副甲状腺がん;陰茎がん;咽頭がん;褐色細胞腫;松果体星状細胞腫;松果体胚細胞腫;松果体芽腫およびテント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期;下垂体腺腫;形質細胞新生物/多発性骨髄腫;胸膜肺芽腫;原発性中枢神経系リンパ腫;前立腺がん;直腸がん;腎細胞がん腫(腎臓がん);腎盂および尿管、移行細胞がん;網膜芽細胞腫;横紋筋肉腫、小児期;唾液腺がん;肉腫、ユーイングファミリーの腫瘍;肉腫、カポジ;肉腫、軟組織;肉腫、子宮;セザリー症候群;皮膚がん(非黒色腫);皮膚がん(黒色腫);皮膚がん腫、メルケル細胞;肺小細胞がん;小腸がん;軟組織肉腫;扁平上皮がん腫-皮膚がん(非黒色腫)参照;潜在性原発性転移性扁平上皮頸部がん;胃がん;テント上原始神経外胚葉腫瘍、小児期;T細胞リンパ腫、皮膚(菌状息肉症およびセザリー症候群);精巣がん;咽喉がん;胸腺腫、小児期;胸腺腫および胸腺がん腫;甲状腺がん;甲状腺がん、小児期;腎盂および尿管の移行上皮がん;栄養膜腫瘍、妊娠性;未知の原発部位、成人のがん腫;未知の原発部位、小児期のがん;尿管および腎盂、移行細胞がん;尿道がん;子宮がん、子宮内膜;子宮肉腫;膣がん;視経路および視床下部神経膠腫、小児期;外陰がん;ワルデンシュトレームマクログロブリン血症;およびウィルムス腫瘍(腎臓がん)が含まれる。
一部の実施形態において、該方法は、腫瘍ウイルス陽性がんの治療または予防に関するものである。一部の実施形態において、該方法は、対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる方法に関するものである。
一部の実施形態において、本開示の方法は、UL128、UL130、UL146、およびUL147をコードする核酸配列またはそのホモログ、またはそのオーソログ(他の種に感染するCMVの相同遺伝子)における突然変異の存在により、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質を発現しないCMVベクターの投与を提供する。いくつかの他の実施形態において、ベクターは、UL128、UL130、UL146、UL147およびUS11またはそれらのホモログ、またはそれらのオーソログ(他の種に感染するCMVの相同遺伝子)をコードする核酸配列に突然変異が存在するため、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、活性UL147タンパク質および活性US11タンパク質を発現しない。突然変異は、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、活性UL147タンパク質、または活性US11タンパク質の発現の欠如をもたらすものであればいかなる突然変異でもあり得る。前述の突然変異には、点突然変異、フレームシフト突然変異、タンパク質をコードする配列の全体よりも短い配列の欠失(切断突然変異)、またはタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失、または任意の他の突然変異が含まれ得る。具体例としてのベクターは、米国特許第9,783,823号および同第9,862,972号、および米国特許出願公開第2018/0298404号明細書に記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
さらなる例において、CMVベクターは、UL128タンパク質、UL130タンパク質、UL146タンパク質、UL147タンパク質またはUS11タンパク質の発現を阻害するアンチセンスもしくはRNAi配列(siRNAまたはmiRNA)を含むベクター中の核酸配列の存在により、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質を発現しないか、またはベクターは活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、活性UL147タンパク質、および活性US11タンパク質を発現しない。突然変異および/またはアンチセンスおよび/またはRNAiを任意の組合せで使用して、活性UL128、活性UL130、活性UL146、活性UL147、または活性US11を欠くCMVベクターを生成することができる。
一部の実施形態において、ベクターによって誘発されるCD8+T細胞応答は、CD8+T細胞の少なくとも10%がMHC-Eによって提示されるエピトープを指向したものであることを特徴とする。さらなる例では、CD8+T細胞の少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも75%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも95%がMHC-Eによって拘束される。一部の実施形態では、MHC-Eによって拘束されたCD8+T細胞は、ベクターで免疫が付与された他の対象の少なくとも90%が共有するペプチドを認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞は、MHC-Eによって提示されるスーパートープに対するものである。一部の実施形態において、このベクターによって誘発されるCD8+T細胞応答は、CD8+T細胞の少なくとも10%がMHC-IIによって提示されるエピトープを指向したものであることを特徴とする。さらなる例では、CD8+T細胞の少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも75%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも95%がMHC-IIによって拘束される。一部の実施形態では、MHC-IIによって拘束されたCD8+T細胞は、ベクターで免疫が付与された他の対象の少なくとも90%が共有するペプチドを認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞は、MHC-IIによって提示されるスーパートープに対するものである。
一部の実施形態において、本方法は、ヒトのUL128-130およびUL146-147欠失HCMVベクター、またはアカゲザルのRhCMV株68-1ベクター、またはカニクイザルのUL128-130およびUL146-147欠失CyCMVベクターのいずれかによって誘発されるCD8+T細胞からのCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含む。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。一部の実施形態では、本方法は、MHC-EスーパートープまたはMHC-IIスーパートープを認識するCD8+T細胞受容体をさらに含む。一部の実施形態において、MHC-Eスーパートープは、PAP、WT1、MSLN、HER2、16株由来のHPV E6およびE7、18株由来のHPV E6およびE7、またはHPV E6/E7融合タンパク質に由来するペプチドを含む。
一部の実施形態において、MHC-EまたはMHC-IIのスーパートープペプチドは、PAPに対応するアミノ酸配列(ARAASLSLGFLFLLF)(配列番号2);(KELKFVTLVFRHGDR)(配列番号3);(QLTQLGMEQHYELGE)(配列番号4);(LNESYKHEQVYIRST)(配列番号5);(NHMKRATQMPSYKKL)(配列番号6);または(MVLLFIHIRRGPCWQ)(配列番号7)と少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の実施形態において、MHC-EまたはMHC-IIのスーパートープペプチドは、WT1に対応するアミノ酸配列(VPEPASQHTLRSGPG)(配列番号8)(SAERLQGRRSRGASG)(配列番号9);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態において、MHC-EまたはMHC-IIのスーパートープペプチドは、MSLNに対応するアミノ酸配列(IDESLIFYKKWELEA)(配列番号10);(PFTYEQLDVLKHKLD)(配列番号11);または(FMKLRTDAVLPLTVA)(配列番号12)と少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。
一部の実施形態において、本方法は、ヒトのUL128-130およびUL146-147欠失HCMVベクター、またはアカゲザルのRhCMV株68-1ベクター、またはカニクイザルのUL128-130およびUL146-147欠失CyCMVベクターのいずれかによって誘発されるCD8+T細胞からのCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、このCD8+T細胞受容体はMHC-II/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、本方法は、特異的MHC-IIスーパートープを認識するCD8+T細胞受容体をさらに含む。一部の実施形態において、特異的MHC-IIスーパートープは、PAP、WT1、MSLN、HER2、16株由来のHPV E6およびE7、18株由来のHPV E6およびE7、またはHPV E6/E7融合タンパク質に由来するペプチドを含む。
一部の実施形態において、組換えCMVベクターは、活性UL128および活性UL130、ならびに不活性US11を発現する。一部の実施形態において、このベクターによって誘発されるCD8+T細胞応答は、CD8+T細胞の少なくとも10%がMHC-Iによって提示されるエピトープを指向したものであることを特徴とする。さらなる例では、CD8+T細胞の少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも75%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも95%がMHC-Iによって拘束される。
一部の実施形態において、本方法は、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞からCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、CD8+T細胞受容体はMHC-I/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、T細胞受容体はヒトまたはサルのT細胞に由来する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、組換えCMVベクターは、がんを予防または治療するために投与される。一部の実施形態では、がんは、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ芽球性白血病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、悪性黒色腫、中皮腫、悪性中皮腫、腎臓がん、子宮頸がん、中咽頭がん、肛門がん、陰茎がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、腎細胞がん腫、または胚細胞性腫瘍である。
一部の実施形態では、組換えCMVベクターは、腫瘍ウイルス陽性がんを予防または治療するために投与される。一部の実施形態では、腫瘍ウイルス陽性がんは、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ芽球性白血病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、悪性黒色腫、中皮腫、悪性中皮腫、腎臓がん、子宮頸がん、中咽頭がん、肛門がん、陰茎がん、膣がん、外陰がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、腎細胞がん腫、または胚細胞性腫瘍である。
腫瘍ウイルスという用語には、ヒトTリンパ球向性ウイルス、単純ヘルペスウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒトポリオーマウイルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス、メルケル細胞ポリオーマウイルス、およびエプスタイン・バールウイルスが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態において、腫瘍ウイルス抗原は、HPV株16由来のE6およびE7またはHPV株18由来のE6およびE7である。一部の実施形態において、腫瘍ウイルス抗原は、HPV由来のE6およびE7の融合体である。腫瘍ウイルス抗原は、腫瘍ウイルスの何らかの部分に由来するタンパク質であり得る。例えば、一部の実施形態では、腫瘍ウイルス抗原は、コア、エンベロープ、表面またはポリメラーゼタンパク質に由来し得る。
対象において少なくとも1つの腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる方法も本明細書に開示されている。該方法は、少なくとも1つの腫瘍関連抗原を含む有効量の組換えCMVベクターを対象に投与することを含む。一部の実施形態において、CMVベクターは、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、または活性US11タンパク質を発現しない核酸配列を有することを特徴とする。
一部の実施形態において、ベクターは、UL128、UL130、もしくはUS11またはそのホモログ、またはそのオーソログ(他の種に感染するCMVの相同遺伝子)をコードする核酸配列に突然変異が存在するため、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、または活性US11タンパク質を発現しない。突然変異は、活性タンパク質の発現の欠如をもたらすものであればいかなる突然変異でもあり得る。前述の突然変異には、点突然変異、フレームシフト突然変異、タンパク質をコードする配列の全体よりも短い配列の欠失(切断突然変異)、またはタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失、または任意の他の突然変異が含まれ得る。
いくつかのさらなる例において、ベクターは、UL128タンパク質、UL130タンパク質、またはUS11タンパク質の発現を阻害するアンチセンスもしくはRNAi配列(siRNAまたはmiRNA)を含むベクター中の核酸配列の存在により、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、または活性US11タンパク質を発現しない。突然変異および/またはアンチセンスおよび/またはRNAiを任意の組合せで使用して、活性UL128、活性UL130、または活性US11を欠くCMVベクターを生成することができる。
一部の実施形態において、本方法は、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞からCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、CD8+T細胞受容体はMHC-I異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
MHC-E-ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を作製する方法も本明細書に開示されている。この方法は、第1の対象(または動物)に、MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞のセットを生成するのに有効な量でCMVベクターを投与することを含む。CMVベクターは、少なくとも1つの異種抗原をコードする第1の核酸配列を含み、活性UL128タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL130タンパク質もしくはそのオーソログ、または活性UL146タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL147タンパク質もしくはそのオーソログを発現しない。抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、腫瘍関連抗原、または宿主自己抗原を含む任意の抗原であり得る。一部の実施形態において、宿主自己抗原は、T細胞受容体またはB細胞受容体の可変領域に由来する抗原である。
一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、PAPに対応するアミノ酸配列(ARAASLSLGFLFLLF)(配列番号2);(KELKFVTLVFRHGDR)(配列番号3);(QLTQLGMEQHYELGE)(配列番号4);(LNESYKHEQVYIRST)(配列番号5);(NHMKRATQMPSYKKL)(配列番号6);または(MVLLFIHIRRGPCWQ)(配列番号7)と少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、WT1に対応するアミノ酸配列(VPEPASQHTLRSGPG)(配列番号8)(SAERLQGRRSRGASG)(配列番号9);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、MSLNに対応するアミノ酸配列(IDESLIFYKKWELEA)(配列番号10);(PFTYEQLDVLKHKLD)(配列番号11);または(FMKLRTDAVLPLTVA)(配列番号12)と少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%の同一性を有する。
この方法は、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含む組換えCMVベクターを、MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で第1の対象に投与することをさらに含み、CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそのオーソログを発現しない。一部の実施形態において、本方法は、CD8+T細胞の第1のセットから第1のCD8+TCRを特定することをさらに含み得、第1のCD8+TCRはMHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを第2の対象から単離することをさらに含み得る。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを発現ベクターでトランスフェクトすることを含み得、発現ベクターは、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含み、それによって、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体腫瘍関連抗原を認識するCD8+T細胞が生成され得る。
本方法は、第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離することを含み、前記第1の対象には、MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含む組換えCMVベクターが投与されており、CMVベクターは、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそのオーソログを発現しない。一部の実施形態において、本方法は、CD8+T細胞の第1のセットから第1のCD8+TCRを特定することをさらに含み、第1のCD8+TCRはMHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを第2の対象から単離することをさらに含む。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを発現ベクターでトランスフェクトすることを含み、発現ベクターは、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、前記第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含み、それによって、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞が生成される。
発現ベクターによるトランスフェクションのための1つ以上のCD8+T細胞は、第1の対象または第2の対象から単離され得る。
一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態において、本方法は、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞からCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、CD8+T細胞受容体はMHC-E/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。一部の実施形態では、本方法は、MHC-Eスーパートープを認識するCD8+T細胞受容体をさらに含む。一部の実施形態において、MHC-Eスーパートープは、PAP、WT1、MSLN、HER2、およびHPV16またはHPV18のE6またはE7のうちの1つ以上に由来するペプチドを含む。
また、(a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、(b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRをCD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体腫瘍関連抗原を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法によって調製されるMHC-Eペプチド複合体を認識するトランスフェクトCD8+T細胞が開示されている。
また、(a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、(b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRをCD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法によって調製されるMHC-Eペプチド複合体を認識するトランスフェクトCD8+T細胞が開示されている。
CMVベクターは、少なくとも1つの異種抗原をコードする第1の核酸配列を含み、活性UL128タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL130タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL146タンパク質もしくはそのオーソログ、または活性UL147タンパク質もしくはそのオーソログを発現しない。発現ベクターは、第2のCD8+T細胞受容体をコードする核酸配列と、第2のCD8+T細胞受容体をコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、第2のCD8+T細胞受容体は、第1のCD8+T細胞受容体のCDR3αおよびCDR3βを含む。異種抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、または宿主自己抗原を含む任意の抗原であり得る。
一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態では、第1のCD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
がん、病原性感染症、または免疫疾患もしくは障害などの疾患を治療する方法も本明細書に開示されており、この方法は、MHC-Eペプチド複合体を認識するトランスフェクトされたT細胞を第1または第2の対象に投与することを含む。MHC-E-ペプチド複合体を認識するトランスフェクトされたT細胞を第1または第2の対象に投与することを含む、宿主自己抗原または組織特異的抗原に対する免疫応答を誘導する方法も本明細書に開示されている。また、がんを治療または予防するための医薬品の製造におけるCD8+T細胞の使用も本明細書で開示されている。対象において宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するための医薬品の製造におけるCD8+T細胞の使用も本明細書で開示されている。
MHC-II-ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を作製する方法も本明細書に開示されている。この方法は、腫瘍抗原を発現する核酸を含む組換えCMVベクターを、MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で第1の対象に投与することを含み、CMVベクターは、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれらのオーソログを発現しない。一部の実施形態において、本方法は、CD8+T細胞の第1のセットから第1のCD8+TCRを特定することをさらに含み得、第1のCD8+TCRはMHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを第2の対象から単離することをさらに含み得る。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを発現ベクターでトランスフェクトすることを含み得、発現ベクターは、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含み、それによって、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞が生成される。
一部の実施形態において、本方法は、第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離することを含み、第1の対象には、MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含む組換えCMVベクターが投与されており、CMVベクターは、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれらのオーソログを発現しない。一部の実施形態において、本方法は、CD8+T細胞の第1のセットから第1のCD8+TCRを特定することをさらに含み、第1のCD8+TCRはMHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを第2の対象から単離することをさらに含む。一部の実施形態において、本方法は、1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを発現ベクターでトランスフェクトすることを含み、発現ベクターは、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、第2のCD8+TCRは、第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含み、それによって、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞が生成される。
CMVベクターは、少なくとも1つの異種抗原をコードする第1の核酸配列を含み、活性UL128タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL130タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL146タンパク質もしくはそのオーソログ、または活性UL147タンパク質もしくはそのオーソログタンパク質もしくはそのオーソログを発現しない。抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、腫瘍関連抗原、組織特異的抗原、または宿主自己抗原を含む任意の抗原であり得る。一部の実施形態において、宿主自己抗原は、T細胞受容体またはB細胞受容体の可変領域に由来する抗原である。一部の実施形態では、宿主自己抗原は、がん細胞によって異常発現される腫瘍関連抗原(TAA)であり得る。TAAには、i)がん細胞で発現される生殖細胞系/精巣抗原、ii)成体組織で発現されない細胞系統分化抗原、またはiii)がん細胞で過剰発現される抗原が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
一部の実施形態において、本方法は、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞からCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、CD8+T細胞受容体はMHC-II/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、本方法は、特異的MHC-IIスーパートープを認識するCD8+T細胞受容体をさらに含む。一部の実施形態において、特異的MHC-IIスーパートープは、PAP、WT1、MSLN、HER2、16株由来のHPV E6もしくはE7、18株由来のHPV E6およびE7、またはHPV E6/E7融合タンパク質に由来するペプチドを含む。
また、(a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、(b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRをCD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法によって調製されるMHC-IIペプチド複合体を認識するトランスフェクトCD8+T細胞が開示されている。
また、(a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、(b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRをCD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、(c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、(d)第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、第2のCD8+TCRをコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法によって調製されるMHC-IIペプチド複合体を認識するトランスフェクトCD8+T細胞が開示されている。
一部の実施形態において、腫瘍関連抗原は、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む。
CMVベクターは、少なくとも1つの異種抗原をコードする第1の核酸配列を含み、活性UL128タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL130タンパク質もしくはそのオーソログ、および活性UL146タンパク質もしくはそのオーソログ、活性UL147タンパク質もしくはそのオーソログを発現しない。発現ベクターは、第2のCD8+T細胞受容体をコードする核酸配列と、第2のCD8+T細胞受容体をコードする核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含み、第2のCD8+T細胞受容体は、第1のCD8+T細胞受容体のCDR3αおよびCDR3βを含む。異種抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、組織特異的抗原、または宿主自己抗原を含む任意の抗原であり得る。一部の実施形態では、第1のCD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。がん、病原性感染症、または免疫疾患もしくは障害などの疾患を治療する方法も本明細書に開示されており、この方法は、MHC-IIペプチド複合体を認識するトランスフェクトされたT細胞を第1または第2の対象に投与することを含む。MHC-II-ペプチド複合体を認識するトランスフェクトされたT細胞を第1または第2の対象に投与することを含む、宿主自己抗原または組織特異的抗原に対する免疫応答を誘導する方法も本明細書に開示されている。
MHC-I-ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を作製する方法も本明細書に開示されている。この方法は、第1の対象(または動物)に、MHC-I/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞のセットを生成するのに有効な量でCMVベクターを投与することを含む。CMVベクターは、少なくとも1つの異種抗原をコードする第1の核酸配列を含み、活性UL128タンパク質またはそのオーソログ、活性UL130タンパク質またはそのオーソログ、活性UL146タンパク質またはそのオーソログ、および活性UL147タンパク質またはそのオーソログを発現する。抗原は、病原体特異的抗原、腫瘍ウイルス抗原、腫瘍関連抗原、組織特異的抗原、または宿主自己抗原を含む任意の抗原であり得る。一部の実施形態において、宿主自己抗原は、T細胞受容体またはB細胞受容体の可変領域に由来する抗原である。
一部の実施形態において、本方法は、CMVベクターによって誘発されたCD8+T細胞からCD8+T細胞受容体を特定することをさらに含み、CD8+T細胞受容体はMHC-I/異種抗原由来ペプチド複合体を認識する。一部の実施形態では、CD8+T細胞受容体は、RNAまたはDNA配列決定によって同定される。
一部の実施形態では、本方法は、特異的MHC-Iエピトープを認識するCD8+T細胞受容体をさらに含む。一部の実施形態において、特異的MHC-Iエピトープは、PAP、WT1、MSLN、HER2、16株由来のHPV E6またはE7、18株由来のHPV E6またはE7、およびHPV E6/E7融合タンパク質のうちの1つ以上を含む。
一部の実施形態において、この方法は、がん、病原性感染症、または免疫疾患もしくは障害などの疾患を治療するために、1つ以上のトランスフェクトT細胞を第1または第2の対象に投与することをさらに含み得る。一部の実施形態において、この方法は、腫瘍関連抗原に対する免疫応答を誘導するために、1つ以上のトランスフェクトT細胞を第1または第2の対象に投与することをさらに含み得る。
本明細書に開示されているCMVベクターは、組換えCMVウイルスまたはベクターと、医薬的に許容され得る担体または希釈剤とを含有する免疫原性組成物、免疫学的組成物、またはワクチン組成物として使用され得る。組換えCMVウイルスまたはベクター(またはその発現産物)を含有する免疫学的組成物は、局所的または全身的な免疫学的応答を誘発する。応答は防御的であり得るが、防御的である必要はない。組換えCMVウイルスまたはベクター(またはその発現産物)を含有する免疫原性組成物も同様に、防御的であり得るが防御的である必要はない局所的または全身的免疫学的応答を誘発する。ワクチン組成物は、局所的または全身的な防御応答を誘発する。したがって、「免疫学的組成物」および「免疫原性組成物」という用語は、(2つの用語が防御的組成物であり得るので)「ワクチン組成物」を含む。
本明細書に開示されている組換えCMVベクターは、ヒトサイトメガロウイルスベクター、アカゲザルサイトメガロウイルスベクター、またはカニクイザルベクターであり得る。
本明細書に開示されている組換えCMVベクターは、組換えCMVウイルスまたはベクターおよび医薬的に許容され得る担体または希釈剤を含む免疫原性組成物、免疫学的組成物、またはワクチン組成物を対象に投与することを含む、対象において免疫学的応答を誘導する方法において使用され得る。
本明細書に開示されている組換えCMVベクターは、組換えCMVウイルスまたはベクター、および医薬的に許容され得る担体または希釈剤を含有する治療用組成物において使用され得る。本明細書に開示されているCMVベクターは、腫瘍関連抗原をコードする配列を含むDNAをCMVゲノムの必須または非必須領域に挿入することによって調製され得る。この方法は、CMVゲノムから1つ以上の領域を欠失させることをさらに含み得る。この方法は、インビボ組換えを含み得る。したがって、この方法は、CMVゲノムの一部と相同なDNA配列に隣接する異種DNAを含むドナーDNAの存在下において細胞適合性培地中でCMV DNAを細胞にトランスフェクトすることを含み得、それによって異種DNAがCMVのゲノムに導入され、次いで、場合によりインビボ組換えによって改変されたCMVを回収することも含み得る。この方法はまた、CMV DNAを切断して切断されたCMV DNAを得ること、異種DNAを切断されたCMV DNAに連結してハイブリッドCMV-異種DNAを得ること、ハイブリッドCMV-異種DNAで細胞をトランスフェクトすること、次いで場合により異種DNAの存在によって改変されたCMVを回収してもよいことを含み得る。インビボ組換えが含まれるため、結果的にこの方法はまた、CMVにとって外来のポリペプチドをコードするCMVに天然には存在しないドナーDNAを含むプラスミドも提供し、ドナーDNAは、CMVの必須または非必須領域からのDNAがドナーDNAに隣接するように、CMVゲノムの必須または非必須領域とそれ以外は共線状であるCMV DNAのセグメント内にある。異種DNAをCMVに挿入することで、そのDNAの安定した組込みおよびその発現をもたらす任意の配向で組換えCMVを生成することができる。
組換えCMVベクター中の異種抗原をコードするDNAはまた、プロモーターを含み得る。プロモーターは、ヒトCMV(HCMV)、アカゲザルCMV(RhCMV)、マウス、または他のCMVプロモーターなどの内因性サイトメガロウイルス(CMV)プロモーターを含むヘルペスウイルスなどのいずれの供給源に由来し得る。プロモーターはまた、EF1αプロモーターなどの非ウイルスプロモーターであり得る。プロモーターは切断型転写活性プロモーターであり得、これは、ウイルスによって提供されるトランス活性化タンパク質でトランス活性化された領域と、切断型転写活性プロモーターが由来する完全長プロモーターの最小プロモーター領域とを含む。プロモーターは、最小プロモーターおよび上流調節配列に対応するDNA配列の会合体から構成され得る。最小プロモーターは、CAP部位+ATAボックス(転写の基本レベルの最小配列;転写の非調節レベル)から構成され、「上流制御配列」は、複数の場合もある上流エレメントおよび複数の場合もあるエンハンサー配列から構成される。さらに、用語「切断型(の)」は、完全長プロモーターが完全な状態では存在していないこと、すなわち、完全長プロモーターの一部が除去されていることを示す。また、切断型プロモーターは、MCMVまたはHCMVなどのヘルペスウイルス、例えばHCMV-IEまたはMCMV-IEに由来し得る。塩基対に基づくと、完全長プロモーターから最大40%、さらには最大90%のサイズ縮小があり得る。プロモーターはまた、改変された非ウイルスプロモーターであり得る。HCMVプロモーターに関しては、米国特許第5,168,062号明細書および第5,385,839号明細書を参照されたい。細胞から発現させるためにプラスミドDNAで細胞をトランスフェクトすることに関しては、Feignerら(1994)、J Biol.Chem.269、2550-2561に記載されている。また、様々な感染症に対するワクチン接種の簡単で効果的な方法としてのプラスミドDNAの直接注射に関しては、Science、259:1745-49、1993を参照されたい。したがって、ベクターがベクターDNAの直接注入によって使用され得ることは、本開示の範囲内に含まれる。
また、切断型転写活性プロモーターを含む組換えウイルスまたはプラスミドに挿入され得る発現カセットも開示されている。発現カセットは、機能的切断型ポリアデニル化シグナル、例えば、切断されているが機能的であるSV40ポリアデニル化シグナルをさらに含み得る。天然ではより大きなシグナルが提供されることを考慮すると、切断型ポリアデニル化シグナルが機能的であることは実に驚くべきことである。切断型ポリアデニル化シグナルは、CMVなどの組換えウイルスの挿入サイズ制限問題に対処している。発現カセットはまた、それが挿入されるウイルスまたは系に関連する異種DNAを含み得、DNAは、本明細書に記載の異種DNAであり得る。
ワクチンまたは免疫学的組成物に使用するための抗原については、Stedman’s Medical Dictionary(第24版、1982年)、例えばワクチンの定義(ワクチン製剤に使用される抗原のリストについて)も参照されたい。そのような抗原またはそれらの抗原からの目的のエピトープが使用され得る。腫瘍関連抗原に関して、当業者であれば、過度の実験を行うことなく、ペプチドまたはポリペプチドのアミノ酸および対応するDNA配列の知識から、ならびに特定のアミノ酸の性質(例えば、サイズ、電荷など)およびコドン辞書から、腫瘍関連抗原およびそのコードDNAを選択し得るはずである。
抗原のTエピトープを決定する1つの方法は、エピトープマッピングを含む。腫瘍関連抗原の重複ペプチドは、オリゴペプチド合成によって生成される。次いで、個々のペプチドを、T細胞活性化を誘導するそれらの能力について試験する。このアプローチは、T細胞がMHC分子と複合体形成した短い線状ペプチドを認識するので、T細胞エピトープのマッピングに特に有用であった。
腫瘍関連抗原に対する免疫応答は、一般に以下のように生じる:T細胞は、タンパク質がより小さなペプチドに切断され、別の細胞の表面に位置する「主要組織適合遺伝子複合体(MHC)」と呼ばれる複合体中に提示されたときのみ、タンパク質を認識する。MHC複合体にはクラスIおよびクラスIIの2つのクラスがあり、各クラスは多くの異なる対立遺伝子から構成される。異なる種、および個々の対象は、異なるタイプのMHC複合体対立遺伝子を有し、それらは異なるMHCタイプを有すると言われる。MHCクラスI分子の1つのタイプは、MHC-E(ヒトにおけるHLA-E、RMにおけるMamu-E、マウスにおけるQa-lb)と呼ばれる。他のMHC-I分子とは異なり、MHC-Eは、哺乳動物種内および哺乳動物種間で高度に保存されている。
腫瘍関連抗原をコードする配列を含むDNAは、それ自体がCMVベクターにおける発現を駆動するためのプロモーターを含み得るか、またはDNAは腫瘍関連抗原のコードDNAに限定され得ることが知られている。この構築物は、内因性CMVプロモーターに対して、プロモーターに機能し得るように連結され、それによって発現されるような配向で配置され得る。さらに、腫瘍関連抗原をコードするDNAの複数のコピー、または強いもしくは初期プロモーターもしくは初期および後期のプロモーターの使用、またはそれらの任意の組合せは、発現を増幅または増加させるために行われ得る。したがって、腫瘍関連抗原をコードするDNAは、CMV内因性プロモーターに対して適切に配置され得るか、またはそれらのプロモーターは、腫瘍関連抗原をコードするDNAと共に別の位置に挿入されるように転座され得る。2つ以上の腫瘍関連抗原をコードする核酸をCMVベクターにパッケージングすることができる。
開示されたCMVベクターを含有する医薬組成物および他の組成物がさらに開示されている。前述の医薬組成物および他の組成物は、当技術分野で知られている任意の投与手順で使用されるように製剤化され得る。前述の医薬組成物は、非経口経路(皮内、筋肉内、皮下、静脈内など)を介して投与され得る。投与はまた、粘膜経路、例えば、経口、経鼻、生殖器などを介してもよい。
開示されている医薬組成物は、当業者に周知の標準的な技術に従って調製され得る。前述の組成物は、特定の患者の種族または種、年齢、性別、体重および状態、ならびに投与経路などの要因を考慮して、当業者に周知の投与量および技術によって投与され得る。組成物は、単独で投与されてもよく、または他のCMVベクターと、または他の免疫学的組成物、抗原性組成物もしくはワクチン組成物もしくは治療用組成物と同時投与または逐次投与されてもよい。前述の他の組成物は、精製された天然の抗原もしくはエピトープまたは組換えCMVベクターもしくは別のベクター系による発現からの抗原もしくはエピトープを含み得、上記要因を考慮して投与される。
組成物の例としては、懸濁液、シロップまたはエリキシルなど、開口部、例えば経口、経鼻、肛門、生殖器、例えば膣などを経た投与のための液体調製物、および滅菌懸濁液またはエマルジョンなど、非経口、皮下、皮内、筋肉内または静脈内投与(例、注射可能液投与)のための調製物が挙げられる。前述の組成物において、組換え体は、滅菌水、生理食塩水、グルコースなどの適切な担体、希釈剤、または賦形剤と混合した状態であり得る。
抗原性組成物、免疫学的組成物またはワクチン組成物は、典型的には、アジュバントと、所望の応答を誘発するためのある一定量のCMVベクターまたは発現産物とを含み得る。ヒトへの適用では、ミョウバン(リン酸アルミニウムまたは水酸化アルミニウム)が典型的なアジュバントである。研究および獣医学用途で使用されるサポニンおよびその精製成分Quil A、フロイント完全アジュバントおよび他のアジュバントは、ヒトワクチンにおいてそれらを使用する可能性を制限する毒性を有する。化学的に規定された調製物、例えばムラミルジペプチド、モノホスホリルリピドA、リン脂質コンジュゲート、例えばGoodman-Snitkoffら、J Immunol.147:410-415(1991)に記載されたもの、Millerら、J Exp.Med.176:1739-1744(1992)に記載されたプロテオリポソーム内でのタンパク質の封入、およびNovasome脂質小胞(Micro Vescular Systems,Inc.、Nashua、N.H.)などの脂質小胞へのタンパク質の封入も使用することができる。
組成物は、非経口(例えば、筋肉内、皮内または皮下)投与または開口部投与、例えば、舌周囲(例えば、経口)投与、胃内投与、口腔内、肛門内、膣内などを含む粘膜投与による免疫化のための単一剤形に包装されてもよい。また同様に、有効な投薬量および投与経路は、組成物の性質、発現産物の性質、組換えCMVが直接使用される場合は発現レベル、および宿主の種族または種、年齢、性別、体重、状態および性質などの既知の要因、ならびにLD50および既知であり過度の実験を必要としない他のスクリーニング手順によって決定される。発現産物の投与量は、数マイクログラム~数百マイクログラム、例えば5μg~500μgの範囲であり得る。CMVベクターは、これらの投与量レベルでの発現を達成するために任意の適切な量で投与され得る。非限定的な例では、CMVベクターは少なくとも10pfuの量で投与され得、すなわち、CMVベクターは、少なくともこの量で投与され得るか、または約10pfu~約10pfuの範囲の量で投与され得る。他の適切な担体または希釈剤は、保存剤の有無にかかわらず、水または緩衝生理食塩水であり得る。CMVベクターは、投与時に再懸濁するために凍結乾燥されてもよく、または溶解状態であってもよい。
本開示のタンパク質およびそれらをコードする核酸が、本明細書で具体例として示され、記載された正確な配列とは異なり得ることは言うまでもない。したがって、本開示は、配列が本開示の方法に従って機能する限り、示された配列に対する欠失、付加、切断および置換を考慮に入れている。これに関して、置換は、一般に、本質的に保存的であり、すなわち、アミノ酸の一ファミリー内で起こる置換である。例えば、アミノ酸は一般に4つのファミリー:(1)酸性-アスパルタートおよびグルタマート、(2)塩基性-リジン、アルギニンおよびヒスチジン、(3)非極性-アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニンおよびトリプトファン、(4)非荷電極性-グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニンおよびチロシンに分けられる。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、芳香族アミノ酸として分類されることがある。イソロイシンもしくはバリンによるロイシンの単独置換、またはその逆、グルタマートによるアスパルタートの単独置換またはその逆、セリンによるトレオニンの単独置換またはその逆、または構造的に関連するアミノ酸によるアミノ酸の同様の保存的置換は、生物学的活性に大きな影響を及ぼさないことが合理的に予測可能である。したがって、記載されたタンパク質と実質的に同じアミノ酸配列を有するが、タンパク質の免疫原性に実質的な影響を及ぼすことがない軽微なアミノ酸置換を有するタンパク質は、本開示の範囲内に含まれる。
本開示のヌクレオチド配列は、コドン最適化されていてもよく、例えば、コドンは、ヒト細胞における使用のために最適化されていてもよい。例えば、いかなるウイルスまたは細菌配列でもそのように改変され得る。HIVおよび他のレンチウイルスを含む多くのウイルスでは、多数の稀少コドンが用いられており、これらのコドンを所望の対象で一般的に使用されるコドンに対応するように改変することによって、Andreら、J Virol.72:1497-1503、1998に記載されているように腫瘍関連抗原の発現増強が達成され得る。
CMVベクターおよびその中に含まれる糖タンパク質の機能的および/または抗原的に等価なバリアントおよび誘導体をコードするヌクレオチド配列が検討される。これらの機能的に等価なバリアント、誘導体およびフラグメントは、抗原活性を保持する能力を示す。例えば、コードされたアミノ酸配列を変化させないDNA配列の変化、ならびにアミノ酸残基の保存的置換、1つまたは少数のアミノ酸の欠失または付加、およびアミノ酸類似体によるアミノ酸残基の置換をもたらす変化は、コードされたポリペプチドの特性に大幅な影響を与えることはないものである。保存的アミノ酸置換は、グリシン/アラニン、バリン/イソロイシン/ロイシン、アスパラギン/グルタミン、アスパラギン酸/グルタミン酸、セリン/トレオニン/メチオニン、リジン/アルギニン、およびフェニルアラニン/チロシン/トリプトファンである。一部の実施形態において、バリアントは、目的の抗原、エピトープ、免疫原、ペプチドまたはポリペプチドと少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%の相同性または同一性を有する。
本開示の様々な組換えヌクレオチド配列ならびに抗体および/または抗原は、標準的な組換えDNAおよびクローニング技術を使用して作製される。そのような技術は当業者に周知である。例えば、「Molecular Cloning:A Laboratory Manual」、第2版(Sambrookら、1989)を参照されたい。
本明細書に記載されたCMVベクターは、宿主から宿主への伝播を妨げることができ、それにより、ウイルスが、免疫無防備状態の対象またはCMV感染の結果として合併症に直面し得る他の対象に感染することができないようにする突然変異を含み得る。本明細書に記載のCMVベクターはまた、免疫優性エピトープおよび非免疫優性エピトープの提示ならびに非カノニカルMHC拘束をもたらす突然変異を含み得る。しかしながら、本明細書に記載のCMVベクターにおける突然変異は、CMVに以前に感染したことがある対象を再感染させるベクターの能力に影響を及ぼさない。前述のCMV突然変異は、例えば、米国特許出願公開第2013-013676S号明細書、第2010-0142S23号明細書、2014-014103S号明細書、およびPCT出願公開第WO2014/13S209号に記載されており、これらはすべて参照により本明細書に組み込まれる。
開示されたCMVベクターは、例えば、高いパーセンテージのCD8+T細胞応答がMHC-E、MHC-II、またはMHC-I(またはそのホモログもしくはオーソログ)によって拘束されていることを特徴とする免疫応答を含む、CD8+免疫応答を含む免疫原性応答を生じさせることを目的とする場合、インビボで投与され得る。例えば、いくつかの例では、RhCMVを使用した免疫原性組成物およびワクチンの前臨床試験を行うために、アカゲザルなどの実験動物において、開示されたCMVベクターを使用することが望ましい場合がある。他の例では、臨床試験における場合およびHCMVを使用する免疫原性組成物の実際の臨床使用のためなど、開示されたCMVベクターをヒト対象で使用することが望ましいことになる。
そのようなインビボ適用のために、開示されたCMVベクターは、医薬的に許容され得る担体をさらに含む免疫原性組成物の一成分として投与される。一部の実施形態において、本開示の免疫原性組成物は、腫瘍関連抗原、腫瘍ウイルス抗原、または宿主自己抗原を含む異種抗原に対する免疫応答を刺激するのに有用であり、がんの予防、改善または治療のための腫瘍関連抗原、腫瘍ウイルス抗原、または宿主自己抗原に対する予防用または治療用ワクチンの1つ以上の成分として使用され得る。本開示の核酸およびベクターは、遺伝子ワクチン、すなわち本開示の抗原をコードする核酸をヒトなどの対象に送達するためのワクチンを提供するために特に有用であり、その結果、抗原が対象において発現されることで免疫応答が誘発される。
免疫化スケジュール(またはレジメン)は、動物(ヒトを含む)について周知であり、特定の対象および免疫原性組成物について容易に決定され得る。したがって、免疫原を対象に1回または複数回投与することもあり得る。好ましくは、免疫原性組成物の個別の投与の間に設定された時間間隔がおかれる。この間隔は、対象ごとに異なるが、典型的には、10日間~数週間の範囲であり、多くの場合、2週間、4週間、6週間または8週間である。ヒトの場合、間隔は典型的には2~6週間である。本開示の特に有利な実施形態では、間隔はより長く、有利には約10週間、12週間、14週間、16週間、18週間、20週間、22週間、24週間、26週間、28週間、30週間、32週間、34週間、36週間、38週間、40週間、42週間、44週間、46週間、48週間、50週間、52週間、54週間、56週間、58週間、60週間、62週間、64週間、66週間、68週間、または70週間である。免疫化レジメンには、典型的には免疫原性組成物の1~6回の投与が含まれるが、わずか1回または2回または4回の投与が含まれることもある。免疫応答を誘導する方法はまた、免疫原と共にアジュバントを投与することを含み得る。場合によっては、年1回、年2回または他の長い間隔(5~10年)のブースター免疫化により初期免疫化プロトコルが補完され得る。本方法はまた、様々なプライム-ブーストレジメンを含む。これらの方法では、1回以上のプライミング免疫化の後に1回以上のブースティング免疫化が続く。実際の免疫原性組成物は、各免疫化について同じであっても異なっていてもよく、免疫原性組成物のタイプ(例、タンパク質または発現ベクターを含む)、経路、および免疫原の製剤も変化し得る。例えば、発現ベクターがプライミングステップおよびブースティングステップに使用される場合、それは同じ型または異なる型(例えば、DNAまたは細菌もしくはウイルス発現ベクター)のいずれであってもよい。一つの有用なプライムブーストレジメンでは、4週間間隔で2回のプライミング免疫化が行われ、続いて最後のプライミング免疫化の4週間後および8週間後に2回のブースティング免疫化が行われる。プライミングレジメンおよびブースティングレジメンを実現させるために本開示のDNA発現ベクター、細菌発現ベクターおよびウイルス発現ベクターを使用して包含されるいくつかの順列および組合せが存在することも、当業者には自明の理であるはずである。CMVベクターは、異なる病原体に由来する異なる抗原を発現しながら繰り返し使用され得る。
実施例1:CMVワクチンは免疫寛容を克服することができる
アカゲザルサイトメガロウイルス(RhCMV)68-1株に基づくワクチンベクターは、古典的なMHC-Ia分子の代わりに、MHC-EおよびMHC-IIの状況でSIV、TBまたはマラリアのペプチドを認識するCD8+T細胞応答を誘発する(Hansenら、2019.Cytomegalovirus vectors expressing Plasmodium knowlesi antigens induce immune responses that delay parasitemia upon sporozoite challenge(Plasmodium knowlesi抗原を発現するサイトメガロウイルスベクターは、スポロゾイト攻撃時に寄生虫血症を遅延させる免疫応答を誘導する)、PLoS One 14:e 0210252;Hansenら、Science、2013;Hansenら、Science、2016)。
いくつかの要因により、HLA-Eはがん免疫療法のための特に魅力的な標的となっており、その要因には以下のことが含まれる:(a)いくつかのがんでは、がん細胞がHLA-Eをアップレギュレーションすることが報告されている(Kamiya、2019、J Clin Invest)。HLA-Eは阻害性NKG2A受容体のリガンドであるので、これはNK細胞回避を切り抜けるがん細胞の選択の結果であり得る。(b)正常組織(内皮細胞およびいくつかの免疫細胞を除く)がHLA-Eを発現するレベルは低い。(c)がん細胞は、おそらくT細胞制御から逃れるための手段として、古典的HLA分子を発現するレベルが低くなるように選択されることが多い。(d)高度に多形性である古典的HLA分子とは異なり、HLA-Eは高度に保存されている。したがって、HLA-E拘束TCRは、トランスジェニックT細胞に普遍的に適用され得る。
CMVに基づくベクターは、がん免疫療法として2つの方法で、すなわちヒトにおけるがんワクチンとして直接的に、または非ヒト霊長類においてMHC-E拘束TCRを誘発するための賦形剤として間接的に使用され得る。しかしながら、両方のアプローチは、(a)CMVががん抗原に対してMHC-E拘束CD8+T細胞を誘発することができること、および(b)がん細胞ががん抗原を提示することができることについての実証を必要とする。がん抗原は自己抗原であることが多いため、免疫寛容を被ることになる。ポックスベクター(例、PROSTVAC)が臨床試験でうまくいかず、有効な前立腺抗原特異的免疫応答を誘発するためにチェックポイント阻害抗体と組み合わせる必要がある可能性が高いという事実が具体的に示すように(https://www.onclive.com/web-exclusives/prostvac-misses-phase-iii-goal-in-prostate-cancer)、免疫寛容の破壊はほとんどのベクター系にとって困難である。さらに、HLA-Eは、単一ペプチドVL9(それ自体が多形HLA分子のシグナルペプチドに由来する)に対する高度に選択的な受容体であると考えられており、どのようにして共通して他のペプチドがHLA-Eにロードされるかは知られていない。
がん抗原に関連してMHC-E拘束CD8+T細胞応答を誘発するCMVの能力を評価するために、がん抗原を発現する68.1株ベクターを作製し、アカゲザル(RM)に投与した。RhCMV株68-1は、UL128、UL130、UL146、およびUL147のRhCMVホモログが欠損している。ベクターは、以下の挿入体:1)アカゲザルPAP、2)ヒトWT1 Ag、3)ヒトMSLN、4)ヒトHER2、および5)HPV 16/18 E6+E7のうちの1つを発現するように設計された。
6匹の雄RMに、がん抗原前立腺酸性ホスファターゼ(PAP、アカゲザル)を発現するRhCMV株68-1(68-1/PAP)を接種した。対照として、RMにもSIV gag抗原(68-1/SIVgag)を接種した。6匹のRMのうち3匹に、がん抗原ウィルムス腫瘍抑制タンパク質(WT1、ヒト)を発現するRhCMV株68-1(68-1/WT1)をさらに共接種し、他の3匹のRMに、がん抗原メソテリン(MSLN、ヒト)を発現するRhCMV株68-1(68-1/MSLN)をさらに共接種した。各RMは140日目にブースティング免疫を得て、すべてのサルはこの時点ですべての抗原を受けた。CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された各時点での細胞内サイトカイン染色(ICS)によって各抗原について重複ペプチドプールを使用して末梢血単核細胞(PBMC)において測定した。感染したRMは、各抗原に対する高頻度T細胞応答を誘発することができた(図1)。これらの結果は、CMVに基づくワクチンが免疫寛容を克服し、自己抗原およびウイルスがん遺伝子に対するT細胞応答を誘発することができることを実証しているので、非常に重要である。重要なことに、T細胞が自己反応性であるという事実にもかかわらず、負の副作用は観察されなかった。
次に、6匹の雌RMに、がん抗原HER2(ヒト)を発現するRhCMV株68-1(68-1/HER2)を接種した。CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された各時点でICSによってHER2について重複ペプチドプールを使用してPBMCで測定した。図2に示すように、感染したRMは、HER2に対する高頻度のT細胞応答を誘発することができた(図2)。
4匹の雌RMにRhCMV株68-1(68-1/HPV)を接種し、4匹の雌RMにHPV16およびHPV18のE6タンパク質およびE7タンパク質の融合タンパク質を発現するRhCMV株68-1.2(68-1.2/HPV)を接種した。RhCMV株68-1.2は、Lilja AEおよびShenk T、Proc Natl Acad Sci USA 105、19950-19955(2008)に記載されているように、UL128~130について「修復されている」。ベクターは、1つを発現するように設計されており、CD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、図3に示された各時点でICSによってHPV抗原について重複ペプチドプールを使用してPBMCで測定した。図3に示すように、接種されたRMはすべて、HPV16およびHPV18のE6およびE7がん遺伝子に対する高頻度T細胞応答を誘発することができた。68-1株は、MHC-IIおよびMHC-Eによって拘束されたCD8+T細胞を誘発したが、68-1.2株は、MHC-Iによって拘束されたCD8+T細胞を誘発した。
実施例2:がん細胞はHLA-Eを介してがん抗原を提示することができる
上記で作製したT細胞がこれらの抗原を発現するがん細胞を認識することができるかどうかをさらに判定するために、MHC-Eを発現するK562(ヒト慢性骨髄性白血病)細胞とインキュベートしたCD8+T細胞からのT細胞応答を測定した。K562細胞は他のMHC分子を発現しないので、T細胞へのペプチド提示はMHC-Eが介在することになる。
4匹の雌RMに、HPV16およびHPV18のE6タンパク質およびE7タンパク質の融合タンパク質を発現する68-1(68-1/HPV)を接種した。CD8+T細胞を単離し、MHC-E、またはMHC-EおよびHPVの同じ融合タンパク質のいずれかを発現するK562細胞と共インキュベートした。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについての細胞内サイトカイン染色によって測定した(図4)。TNFα産生およびIFNγ産生の両方により応答するCD8+T細胞は、右上象限に現れる。HPV融合タンパク質でトランスフェクトしたMHC-E発現K562細胞(K562-E)は、68-1/HPVで免疫化した4匹のRMのうちの2匹からのCD8+T細胞によって認識された。MHC-Eによるペプチド提示は、MHC-Eに対する高親和性リガンドであるペプチドVMAPRTLLL(VL9)(配列番号1)を付加することによってさらに実証された。VL9の付加により、CD8+T細胞応答は阻害された。これは、RMで誘発されたTCRがヒトMHC-E提示ペプチドを認識できることを実証している。
次に、CMVベクターが、アカゲザルPAPなどの宿主自己抗原を発現するがん細胞を認識することができるT細胞を生成することができるかどうかを判定した。3匹の雄RMに68-1/PAPを接種した。CD8+T細胞を単離し、MHC-Eを発現するK562細胞ならびにMHC-EおよびPAPまたはMHC-EおよびHPV E6-E7融合タンパク質を発現するK562細胞と共インキュベートした。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについての細胞内サイトカイン染色(ICS)によって測定した(図5)。TNFα産生およびIFNγ産生の両方により応答するCD8+T細胞は、右上象限に現れる。PAP特異的MHC-E拘束CD8+T細胞応答は、MHC-EリガンドペプチドVMAPRTLLL(VL9)(配列番号1)によりブロックされた。PAPでトランスフェクトされたK562-Eは、68-1/PAPで免疫化したRMから単離したCD8+Tによって認識されたが、HPV融合タンパク質でトランスフェクトされたK562-E細胞は認識されなかったことから、特異的認識が実証された。VL9の付加により、PAP特異的CD8+T細胞応答が阻害されたことから、認識にMHC-Eが介在することが実証された。
第2の実験では、6匹の雄RMに68-1/PAPおよび68-1/WT1を共接種した。CD8+T細胞を単離し、MHC-Eを発現するK562細胞ならびにMHC-EおよびPAP(アカゲザル)またはMHC-EおよびWT1(ヒト)を発現するK562細胞と共インキュベートした。T細胞応答を、TNFαおよびIFNγについての細胞内サイトカイン染色によって測定した(図6)。TNFα産生およびIFNγ産生の両方により応答するCD8+T細胞は、右上象限に現れる。PAPまたはWT1でトランスフェクトされたK562-Eは、68-1/PAPおよび68-1/WT1で免疫化された6匹のRM由来のCD8+T細胞によって認識された。
これらの実験では、MHC-EおよびTAAの両方を発現するがん細胞は、MHC-E拘束CD8+T細胞によって認識される
結果は、CMVに基づくがんワクチンが、免疫寛容が直面する課題のいくつかを克服すること、すなわち、
(i)抗ベクター免疫は、挿入された抗原に対するT細胞応答を誘発するCMVベクターの能力に影響を及ぼさないこと(Hansenら、2010.Evasion of CD8+T cells is critical for superinfection by cytomegalovirus.Science 328:102-106.)、および
(ii)CMVベクターは、外来抗原に対して誘発された場合と類似した頻度でTAAに対してCD8+T細胞を誘発すること
を立証している。したがって、CMVに基づくワクチンは、免疫寛容を破壊するのに非常に優れている。免疫寛容の破壊は、2つの方法:(a)MHC-I拘束CD8+T細胞の非カノニカルMHC-I拘束エピトープ(例、68-1.2/PAP)への誘導、または(b)MHC-EおよびMHC-II拘束CD8+T細胞の非従来型エピトープ(68-1に基づくベクター)への誘導で起こり得る。この点は、US11を欠くCMVに基づくベクターがCD8+T細胞を誘発しなかったという観察結果によってさらに説明される。対照的に、US11欠失により、非自己抗原に対するカノニカル、すなわち免疫優性エピトープを認識するMHC-I拘束CD8+T細胞を誘発するベクターがもたらされる(Hansen Science 2010、Hansen PlosONE 2019)。US11欠失ベクターがMHC-I拘束CD8+T細胞を自己抗原に対して誘発できないことについての最も可能性の高い説明は、これらのT細胞が胸腺で排除されていることである(=中枢性寛容)。中枢性寛容は、他のワクチンおよびベクター系が、CD8+T細胞を非カノニカルまたはサブドミナントのMHC-I拘束エピトープに対して誘発することができず、CD8+T細胞をMHC-IIまたはMHC-E拘束エピトープに対して誘発することができないため、CMVとの比較においてがん抗原に対してCD8+T細胞を誘発するのに劣る理由である可能性が高い。MHC-Eはがん細胞においてアップレギュレーションされることが多いが、MHC-Iはダウンレギュレーションされることから、MHC-Eの標的化は特に有効である可能性が高い。MHC-E拘束CD8+T細胞をがん抗原に対して誘発することができる他のベクター系は現在のところ存在しない。
実施例3:MHC-IIスーパートープおよびMHC-Eスーパートープの特定
キメラ抗原受容体(CAR)発現トランスジェニックT細胞(CAR-T細胞)は、いくつかのがん、特に白血病の治療に革命をもたらした。ほとんどの場合、CARは、がん細胞の表面タンパク質(例、B細胞リンパ腫についてはCD20)を認識する抗体由来結合ドメインを含む。しかしながら、トランスジェニックT細胞の拒絶を回避するために、すべての患者に対して新しいCAR-T細胞が作製され、その結果、この治療は非常に費用がかかることになる。すべての患者において使用することができる市販のCAR-T細胞は開発中であるが、これまでのところ臨床使用について承認されているものはない。
CAR-T細胞は、所与の抗原を発現するすべての細胞を排除することができるので(例えば、すべてのB細胞がCD20を発現する)、それらは、患者を免疫抑制状態にする、または免疫疾患合併症に罹患させるという副作用を有し得る。操作されたTCR-T細胞、すなわち、MHCに関連して腫瘍特異的ペプチドを認識するT細胞受容体(TCR)についてトランスジェニックであるT細胞により、前述の副作用を低減し得る別の治療アプローチが提供される。しかしながら、いかなる所与のTCRでも、特異的MHC/ペプチド複合体のみを認識することになる。MHCは多形性が高いので、操作されたTCRの使用は、操作されたTCR-T細胞の厳しい制限である、正確なMHC対立遺伝子を有する個体に制限される。対照的に、MHC-Eはヒト集団の中で非多形性であるため、MHC-E拘束TCRは「普遍的」である(すなわち、それはどのヒトにも使用され得る)。実際のところ、MHC-Eは非ヒト霊長類とヒトとの間で保存されているため、RMで誘発されたTCRは、ヒトMHC-EおよびHLA-E/提示ペプチドを認識する。したがって、RMで生成されたMHC-E拘束TAA特異的TCRを使用して、普遍的な既製品化されたヒトTCR T細胞を生成することができる。そのようなT細胞を特定するための重要なステップは、MHC-E拘束スーパートープの特定である。特定されたスーパートープペプチドを使用して、活性化T細胞中のTCRを特定することができる。
US11ホモログRh189の欠失により、「カノニカル」MHC-I拘束CD8+T細胞応答が誘発される、すなわち、ペプチド/MHC-I複合体に対する高い親和性でのMHC-IおよびT細胞受容体を発現するCD8+T細胞への高親和性ペプチド結合の結果として、従来のワクチンとの関連において免疫優性であるペプチドがもたらされることが示されている。この特性を利用して、アカゲザルPAPをコードし、そのうちの1つが活性Rh189をコードしない3つの異なる構築物:68-1.2/PAP(MHC-I拘束CD8+T細胞応答を誘発すると予想される)、68-1/PAP(MHC-IIおよびMHC-E拘束CD8+T細胞応答を誘発すると予想される)、および68-1/PAPΔRh189(MHC-IIおよびMHC-E拘束CならびにカノニカルMHC-I拘束CD8+T細胞応答を誘発すると予想される)を調製した。
8匹の雄RMに、68-1.2/PAP、68-1/PAP、または68-1/PAPΔRh189(US11)のいずれかを接種した。PBMC中のCD4+T細胞応答およびCD8+T細胞応答を、示された時点でTNFαおよびIFNγについて重複ペプチドプールを使用してICSによって測定した(図7)。メモリーT細胞の中のPAP特異的T細胞の頻度が図7に示されており、免疫化RMが高頻度のT細胞応答を誘発したことを示している。
次に、PAP特異的CD8+T細胞の拘束分析を行った(図8)。個々のペプチドに対するCD8+T細胞応答を、PAP配列に沿った四角として示す。MHC-I特異的抗体W6/32によってブロックされた(ペプチドVL9によってはブロックされなかった)ペプチド応答を白色の四角で示す。MHC-II特異的ペプチドCLIPによってブロックされたペプチド応答をダッシュ入り四角で示す。MHC-E特異的ペプチドによってブロックされたペプチド応答をドット入り四角で示す。予想通り、68-1.2/PAP免疫化動物由来のCD8+T細胞は、MHC-Iによって排他的に拘束されたが、68-1/PAP免疫化動物の場合は、MHC-IIまたはMHC-Eによって拘束された。興味深いことに、Rh189/US11の欠失は、ウイルス抗原について観察されたように、「カノニカル」MHC-I拘束応答のさらなる誘導をもたらさなかった(Hansen、Science、2013)。しかしながら、この観察結果は、PAPが「中枢性」免疫寛容を受けていること、すなわち、高親和性TCRを発現するCD8+T細胞が胸腺における負の選択によって排除されることと一致している。この結果はまた、68-1.2/PAPによって誘発されるMHC-I拘束CD8+T細胞が「非カノニカル」であること、すなわち、サブドミナントエピトープを認識するCD8+T細胞であることを示唆している。
MHC-EおよびMHC-II拘束スーパートープを特定するために、68-1 RhCMV/PAP、68-1 RhCMV/WT1(実施例1参照)、および68-1 RhCMV/MSNL(実施例1参照)で免疫化した6匹すべての動物について、拘束分析を実施した(図9、図10、ブロッキング試薬の存在下で試験した後の68-1 RhCMV/WT1の結果を示す図である)。図9および図10では、個々のペプチドに対するCD8+T細胞応答がTAA配列に沿った四角として示され、スーパートープのペプチドが括弧内に示されている。四角の色は、スーパートープがMHC-E拘束されているか、MHC-II拘束されているか、または拘束がまだ判定されていないかを示す。スーパートープのペプチドおよびそれらの配列を表1に列挙する。
Figure 2022536122000001
MHC-E拘束スーパートープペプチドは、MHC-E拘束TCRを特定するために使用することができ、MHC-II拘束スーパートープペプチドは、MHC-II拘束TCRを特定するために使用することができる。
連邦政府による資金提供を受けた研究開発に関する声明
本発明は、国立がん研究所によって授与された助成金番号R 44 CA 180177-03および国防総省によって授与された助成金番号W81XWH-19-1-0358の下で政府の支援を受けてなされた。政府は、本発明においてある一定の権利を有する。

Claims (161)

  1. 対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる方法であって、腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量で腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターを対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、方法。
  2. 対象においてがんを治療する方法であって、腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量で腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターを前記対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、方法。
  3. 対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる際に使用するための前記腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターであって、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、CMVベクター。
  4. 対象におけるがんの治療で使用するための腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターであって、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、CMVベクター。
  5. 対象において腫瘍関連抗原に対する免疫応答を生じさせる際に使用するための医薬品の製造における前記腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターの使用であって、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、使用。
  6. がんの治療のための医薬品の製造における腫瘍関連抗原をコードするCMVベクターの使用であって、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現せず、前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む、使用。
  7. 対象において腫瘍ウイルスにより引き起こされるがんを治療する方法であって、腫瘍ウイルス抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量の腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターを前記対象に投与することを含み、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない、方法。
  8. 対象のがんの治療に使用するための腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターであって、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しないCMVベクター。
  9. がんの治療のための医薬品の製造における腫瘍ウイルス抗原をコードするCMVベクターの使用であって、前記CMVベクターが、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質、および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない、使用。
  10. 前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  11. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  12. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  13. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  14. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  15. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  16. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  17. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  18. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  19. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  20. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  21. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  22. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  23. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項1~6のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  24. 前記CMVベクターによって誘発される前記CD8+T細胞の少なくとも10%が、MHC-Eもしくはそのオーソログ、またはMHC-IIもしくはそのオーソログによって拘束されている請求項1~23のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  25. 前記CMVベクターによって誘発される前記CD8+T細胞の少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、または少なくとも75%が、MHC-Eまたはそのオーソログによって拘束されている請求項24に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  26. 前記CMVベクターによって誘発される前記CD8+T細胞の10%未満が、MHC-クラスlaまたはそのオーソログによって拘束されている請求項1~25のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  27. MHC-Eによって拘束された前記CD8+T細胞の一部が、前記ベクターで免疫化された他の対象の少なくとも90%が共有するエピトープを認識する請求項1~26のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  28. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、前立腺酸性ホスファターゼに由来するペプチドを含む請求項1~6および10~27のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  29. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質に由来するペプチドを含む請求項1~6および10~27のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  30. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項28に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  31. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項28に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  32. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項29に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  33. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項29に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  34. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項29に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  35. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項29に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  36. MHC-IIによって拘束された前記CD8+T細胞の一部が、前記ベクターで免疫化された他の対象の少なくとも90%が共有するエピトープを認識する請求項24に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  37. 前記エピトープが、前立腺酸性ホスファターゼに由来するペプチドを含む請求項36に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  38. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項37に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  39. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項37に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  40. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項37に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  41. 前記CD8+T細胞によって認識される前記エピトープが、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項37に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  42. MHC-E腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、
    (a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、
    (b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、
    (c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、
    (d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体腫瘍関連抗原を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法。
  43. MHC-E腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、
    (a)MHC-E/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍関連抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、
    (b)MHC-E/腫瘍関連抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、
    (c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、
    (d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-E/腫瘍関連抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法。
  44. 前記組換えCMVベクターが、組換えヒトCMVベクターまたは組換えアカゲザルCMVベクターである請求項42~43のいずれかに記載の方法。
  45. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がんおよび子宮頸がんに関連する請求項42~44のいずれかに記載の方法。
  46. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリンおよびHer-2、またはそれらのオーソログである請求項42~45のいずれか一項記載の方法。
  47. 前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項46に記載の方法。
  48. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  49. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  50. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  51. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  52. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  53. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  54. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  55. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  56. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  57. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  58. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  59. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  60. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項47のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  61. 前記第1のCD8+T細胞が、特異的MHC-Eスーパートープを認識する請求項42~60のいずれか一項に記載の方法。
  62. 前記特異的MHC-Eスーパートープが、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む請求項61に記載の方法。
  63. 前記特異的MHC-Eスーパートープが、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質エピトープに由来するペプチドを含む請求項61に記載の方法。
  64. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~62のいずれか一項に記載の方法。
  65. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~62のいずれか一項に記載の方法。
  66. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~63のいずれか一項に記載の方法。
  67. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~63のいずれか一項に記載の方法。
  68. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~63のいずれか一項に記載の方法。
  69. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項42~63のいずれか一項に記載の方法。
  70. 前記第2のCD8+T細胞が、特異的MHC-Eスーパートープを認識する請求項42~69のいずれか一項に記載の方法。
  71. 前記特異的MHC-Eスーパートープが、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む請求項70に記載の方法。
  72. 前記特異的MHC-Eスーパートープが、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質に由来するペプチドを含む請求項70に記載の方法。
  73. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号5に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項71に記載の方法。
  74. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号6に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項71に記載の方法。
  75. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号8に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項72に記載の方法。
  76. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号9に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項72に記載の方法。
  77. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号13に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項72に記載の方法。
  78. 前記MHC-Eスーパートープが、配列番号14に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項72に記載の方法。
  79. 前記第1のCD8+TCRがDNAまたはRNAの配列決定によって同定される請求項42~78のいずれか一項に記載の方法。
  80. 前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列が、前記第1のCD8+TCRをコードする前記核酸配列と同一である請求項42~79のいずれか一項に記載の方法。
  81. 前記第1の対象および/または前記第2の対象がヒトまたは非ヒト霊長類である請求項42~80のいずれか一項に記載の方法。
  82. 前記第1の対象が非ヒト霊長類であり、前記第2の対象がヒトであり、前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR3αおよびCDR3βを含むキメラ非ヒト霊長類-ヒトCD8+TCRである請求項42~81のいずれか一項に記載の方法。
  83. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項42~81のいずれか一項に記載の方法。
  84. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項42~83のいずれか一項に記載の方法。
  85. 前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列が、前記第1のCD8+TCRをコードする前記核酸配列と同一である請求項42~84のいずれか一項に記載の方法。
  86. 前記第2のCD8+TCRがキメラCD8+TCRである請求項42~85のいずれか一項に記載の方法。
  87. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項42~86のいずれか一項に記載の方法。
  88. 前記CMVベクターを前記第1の対象に投与するステップが、前記CMVベクターを前記第1の対象に静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与することを含む請求項42~87のいずれか一項に記載の方法。
  89. がんを治療または予防するために、前記トランスフェクトCD8+T細胞を前記第2の対象に投与するステップをさらに含む請求項42~88のいずれか一項に記載の方法。
  90. 前記がんが、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、および子宮頸がんである請求項54に記載の方法。
  91. MHC-II腫瘍ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の方法であって、
    (a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを第1の対象に投与するステップと、
    (b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、
    (c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、
    (d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法。
  92. MHC-II腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成する方法であって、
    (a)MHC-II/ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞の第1のセットを生成するのに有効な量で、腫瘍抗原を発現する核酸を含み、活性UL128タンパク質、活性UL130タンパク質、活性UL146タンパク質および活性UL147タンパク質またはそれぞれのオーソログを発現しない組換えCMVベクターを既に投与されている第1の対象からCD8+T細胞の第1のセットを単離するステップと、
    (b)MHC-II/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する第1のCD8+TCRを前記CD8+T細胞の第1のセットから特定するステップと、
    (c)第2の対象から1つ以上のCD8+T細胞の第2のセットを単離するステップと、
    (d)前記第1のCD8+TCRのCDR3αおよびCDR3βを含む第2のCD8+TCRをコードする核酸配列と、前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列に機能し得るように連結されたプロモーターとを含む発現ベクターにより1つ以上のCD8+T細胞の前記第2のセットをトランスフェクトして、MHC-II/腫瘍抗原ペプチド複合体を認識するCD8+T細胞を生成するステップと、を含む方法。
  93. 前記少なくとも1つの組換えCMVベクターが、組換えヒトCMVベクターまたは組換えアカゲザルCMVベクターである請求項91~92のいずれかに記載の方法。
  94. 前記少なくとも1つの組換えCMVベクターが、活性UL128タンパク質またはそのオーソログを発現せず、活性UL130タンパク質またはそのオーソログを発現せず、活性UL146またはそのオーソログを発現せず、活性UL147またはそのオーソログを発現せず、活性US11タンパク質またはそのオーソログを発現しない請求項91または93に記載の方法。
  95. UL128、UL130、UL146、UL147、またはUS11をコードする核酸配列における突然変異が、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびウイルスタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失のうちの1つ以上である請求項91~94のいずれか一項に記載の方法。
  96. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、および子宮頸がんに関連する請求項91~95のいずれか一項に記載の方法。
  97. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリン、およびHer-2、またはそれぞれのオーソログである請求項96に記載の方法。
  98. 前記腫瘍関連抗原が、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);またはHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項97に記載の方法。
  99. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  100. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  101. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  102. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LNESYKHEQVYIRST(配列番号5)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  103. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  104. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  105. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  106. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列SAERLQGRRSRGASG(配列番号9)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  107. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列IDESLIFYKKWELEA(配列番号10)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  108. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  109. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  110. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  111. 前記腫瘍関連抗原が、前記アミノ酸配列HEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)を含む請求項98のいずれか一項に記載の方法、使用するためのCMVベクター、または製造における使用。
  112. 前記第1のCD8+T細胞が、MHC-IIスーパートープを認識する請求項91~111のいずれか一項に記載の方法。
  113. 前記MHC-IIスーパートープが、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む請求項62に記載の方法。
  114. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項113のいずれか一項に記載の方法。
  115. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項113のいずれか一項に記載の方法。
  116. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項113のいずれか一項に記載の方法。
  117. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項113のいずれか一項に記載の方法。
  118. 前記第2のCD8+T細胞が、MHC-IIスーパートープを認識する請求項91~117のいずれか一項に記載の方法。
  119. 前記MHC-IIスーパートープが、前立腺酸性ホスファターゼエピトープに由来するペプチドを含む請求項118に記載の方法。
  120. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号2に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項118のいずれか一項に記載の方法。
  121. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号3に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項118のいずれか一項に記載の方法。
  122. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号4に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項118のいずれか一項に記載の方法。
  123. 前記MHC-IIスーパートープが、配列番号7に対応するアミノ酸配列に対して少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する請求項118のいずれか一項に記載の方法。
  124. 前記第1のCD8+TCRがDNAまたはRNAの配列決定によって同定される請求項91~123のいずれか一項に記載の方法。
  125. 前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列が、前記第1のCD8+TCRをコードする前記核酸配列と同一である請求項91~124のいずれか一項に記載の方法。
  126. 前記第1の対象および/または前記第2の対象がヒトまたは非ヒト霊長類である請求項91~125のいずれか一項に記載の方法。
  127. 前記第2の対象がヒトまたは非ヒト霊長類である請求項91~126のいずれか一項に記載の方法。
  128. 前記第1の対象が非ヒト霊長類であり、前記第2の対象がヒトであり、前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR3αおよびCDR3βを含むキメラ非ヒト霊長類-ヒトCD8+TCRである請求項91~127のいずれか一項に記載の方法。
  129. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRの非ヒト霊長類CDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項91~127のいずれか一項に記載の方法。
  130. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項91~127のいずれか一項に記載の方法。
  131. 前記第2のCD8+TCRをコードする前記核酸配列が、前記第1のCD8+TCRをコードする前記核酸配列と同一である請求項91~130のいずれか一項に記載の方法。
  132. 前記第2のCD8+TCRがキメラCD8+TCRである請求項91~131のいずれか一項に記載の方法。
  133. 前記第2のCD8+TCRが、前記第1のCD8+TCRのCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2βおよびCDR3βを含む請求項91~132のいずれか一項に記載の方法。
  134. 前記CMVベクターを前記第1の対象に投与するステップが、前記CMVベクターを前記第1の対象に静脈内投与、筋肉内投与、腹腔内投与、または経口投与することを含む請求項91~133のいずれか一項に記載の方法。
  135. がんを治療するために、前記トランスフェクトCD8+T細胞を前記第2の対象に投与することをさらに含む請求項91~134のいずれか一項に記載の方法。
  136. 前記がんが、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、および子宮頸がんである請求項135に記載の方法。
  137. 請求項42~136のいずれかに記載の方法によって生成されたCD8+T細胞。
  138. がんの治療または予防を必要とする対象においてがんを治療または予防する方法であって請求項137に記載のCD8+T細胞を前記対象に投与することを含む方法。
  139. 対象のがんの治療または予防に使用するための請求項137に記載のCD8+T細胞。
  140. がんを治療または予防するための医薬品の製造における請求項137に記載のCD8+T細胞の使用。
  141. 宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導する方法であって請求項137に記載の前記CD8+T細胞を対象に投与することを含む方法。
  142. 対象において宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するのに使用するための請求項137に記載のCD8+T細胞。
  143. 宿主自己抗原に対する免疫応答を誘導するための医薬品の製造における請求項137に記載のCD8+T細胞の使用。
  144. CD8+T細胞受容体によって認識され得る、長さが約8~約15アミノ酸の単離されたMHC-EまたはMHC-IIスーパートープペプチドであって、スーパートープが腫瘍関連抗原を含む、スーパートープペプチド。
  145. 前記ペプチドが、アミノ酸配列ARAASLSLGFLFLLF(配列番号2);KELKFVTLVFRHGDR(配列番号3);QLTQLGMEQHYELGE(配列番号4);LNESYKHEQVYIRST(配列番号5);NHMKRATQMPSYKKL(配列番号6);MVLLFIHIRRGPCWQ(配列番号7);VPEPASQHTLRSGPG(配列番号8);SAERLQGRRSRGASG(配列番号9);IDESLIFYKKWELEA(配列番号10);PFTYEQLDVLKHKLD(配列番号11);FMKLRTDAVLPLTVA(配列番号12);LQGRRSRGASGSEPQ(配列番号13);およびHEDPMGQQGSLGEQQ(配列番号14)からなる群から選択される請求項144に記載のスーパートープペプチド。
  146. 腫瘍関連抗原に対する免疫寛容の克服を必要とする対象において、腫瘍関連抗原に対する免疫寛容を克服する方法であって、前記腫瘍関連抗原を発現するサイトメガロウイルス(CMV)ベクターの有効量を前記対象に投与することを含む方法。
  147. 前記CMVベクターが、ヒトCMVベクターまたはアカゲザルCMVベクターである請求項146に記載の方法。
  148. 前記CMVベクターが、活性UL128またはそのオーソログを発現せず、活性UL130またはそのオーソログを発現せず、活性UL146またはそのオーソログを発現せず、活性UL147またはそのオーソログを発現しない請求項146に記載の方法。
  149. 前記CMVベクターが、UL128、UL130、UL146、またはUL147をコードする核酸配列に1つ以上の突然変異が存在するため、活性UL128、活性UL130、活性UL146、もしくは活性UL147、またはそれぞれのオーソログを発現しない請求項146に記載の方法。
  150. UL128、UL130、UL146、またはUL147をコードする前記核酸配列における前記突然変異が、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびウイルスタンパク質をコードする核酸配列のすべての欠失のうちの1つ以上である請求項149に記載の方法。
  151. 前記CMVベクターがアカゲザルCMV株68-1である請求項146~149のいずれかに記載の方法。
  152. 前記CMVベクターが、活性UL82タンパク質またはそのオーソログを発現しない請求項146~151のいずれか一項に記載の方法。
  153. 前記CMVベクターが、UL82をコードする前記核酸配列に1つ以上の突然変異が存在するため、活性UL82タンパク質、またはそのオーソログを発現しない請求項152に記載の方法。
  154. UL82をコードする前記核酸配列における前記突然変異が、点突然変異、フレームシフト突然変異、切断突然変異、およびUL82をコードする前記核酸配列のすべての欠失のうちの1つ以上である請求項153に記載の方法。
  155. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺がん、腎臓がん、中皮腫、乳がん、および子宮頸がんに由来する請求項145~154のいずれか一項に記載の方法。
  156. 前記腫瘍関連抗原が、前立腺酸性ホスファターゼ、ウィルムス腫瘍抑制タンパク質、メソテリン、またはHer-2である請求項145~155のいずれか一項記載の方法。
  157. 前記有効量が、前記対象において前記腫瘍関連抗原に対するCD8+T細胞応答を誘発するのに有効な量を含む請求項145~156のいずれか一項に記載の方法。
  158. 前記CD8+T細胞の少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%が、MHC-Iまたはそのオーソログによって拘束される請求項156に記載の方法。
  159. 前記CMVベクターによって誘発された前記CD8+T細胞からCD8+TCRを特定することをさらに含み、前記CD8+TCRが、MHC-I/腫瘍抗原由来ペプチド複合体を認識する請求項156に記載の方法。
  160. 前記CD8+TCRがDNAまたはRNAの配列決定によって同定される請求項158または159に記載の方法。
  161. 前記対象がヒトである請求項145~159のいずれか一項に記載の方法。
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