JP2022532180A - Ｎｏｄ２の阻害に基づいたがんの分類と治療 - Google Patents

Abstract

本開示は、がん治療に対する患者の反応性を、機能喪失型ＮＯＤ２バリアントの有無に基づいて予測すること、ならびに、がんを治療する方法、すなわち、ＮＯＤ２機能を阻害することを含む方法に関する。【選択図】図３

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０１９年５月８日に出願したオーストラリア仮特許出願第２０１９９０１５６２号、及び２０１９年５月８日に出願したオーストラリア仮特許出願第２０１９９０１５６３号の優先権を主張するものであり、それら各出願の全内容を、参照により、本明細書で援用する。

技術分野
本開示は、がん治療に対する患者の反応性を予測する分野に関する。本開示は、がんを治療する方法にも関する。

化学療法と放射線療法は、がんを根絶するために広く使用されており、それらは、急速に増殖する腫瘍細胞に対する直接的な殺細胞作用に基づいたものである。がんの治療では、幾つかの種類の免疫療法も使用されている。これらの治療法は、免疫系が直接にがんを攻撃することを援護する、または、身体の免疫反応を高めることで免疫系を刺激してがんに対処する、ことのいずれかを可能にする。

がん免疫療法が盛んにもてはやされているが、大半の患者は、免疫チェックポイント阻害剤に対して反応を示していない。免疫チェックポイント阻害剤（ＣＰＩ）に対する反応性は、腫瘍での体細胞変異の違い、及び／または、免疫寛容での生殖系列の違いに起因して、個人間で異なり得る。さらに、化学療法や放射線療法が単に効果的でない、という患者もいる。

したがって、抗がん療法に応じて患者の治療結果を予測かつ改善する、ことが待望されている。

本明細書に記載した文書、行為、材料、装置、記事に関するあらゆる言及は、これらの事項の一部または全部が、先行技術の基礎の一部を形成すること、または本明細書に添付した各請求項の優先日より前に存在していたとの理由で、本開示に関連する分野での技術常識であること、を自認するものではない。

ＮＯＤ２は、細菌の細胞壁のペプチドグリカン成分であるムラミルジペプチド（ＭＤＰ）の受容体であり、侵襲性細菌に起因する感染の細胞質センサーとして機能しており、そして、炎症反応を活性化するシグナル伝達経路を起動する。しかしながら、がん細胞に対する免疫反応でのＮＯＤ２の役割は、ほとんど解明されていない。本発明者らは、ＮＯＤ２機能を阻害または抑制する変異（以下、「機能喪失型変異」と称する）が、抗がん療法に対して特殊な反応を示す人々に存在している、ことを突き止めた。これらの知見に基づいて、本発明者らは、抗がん療法に対する患者の反応性を予測する、及び／または患者のＮＯＤ２状態に基づいて抗がん療法に適した患者を選択するための新規の方法を開発した。本発明者らは、がんを治療するための新規の方法も開発しており、同方法は、対象においてＮＯＤ２を阻害することを含む。

したがって、ある態様では、本開示は、抗がん療法の対象を選択する方法を提供しており、当該方法は、
（ｉ）当該対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；ことを含み、
ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、当該対象が、抗がん療法に対して反応性を示す可能性が高いことを意味する。

別の態様では、本開示は、抗がん療法に対する対象の反応性を予測する方法を提供しており、当該方法は、
（ｉ）当該対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；ことを含み、
ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、当該対象が、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する当該対象の反応性を改善する可能性が高いことを意味する。

別の態様では、本開示は、抗がん療法に対して対象が示す可能性の高い反応性に従って、当該対象を分類する方法を提供しており、当該方法は、
（ｉ）当該対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；及び
（ｉｉ）（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；及び
（ｉｉｉ）抗がん療法に対して予測された当該対象の反応性に従って、当該対象を分類する、ことを含み、
ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、当該対象が、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する当該対象の反応性を改善する可能性が高いことを意味する、及び、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が認められなければ、当該対象が、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する当該対象の反応性は実質的に同じである、または、当該対象が、ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を有していた場合よりも、当該反応性が低くなる可能性が高いことを意味する。

別の態様では、本開示は、抗がん療法の対象を選択する方法を提供しており、当該方法は、
（ｉ）当該対象でのＮＯＤ２のタンパク質配列、及び／または活性を決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したＮＯＤ２のタンパク質配列、及び／または活性を、リファレンスのＮＯＤ２タンパク質配列、及び／または活性と比較する、ことを含み、
対象のＮＯＤ２タンパク質配列において機能喪失型変異が存在している、及び／またはＮＯＤ２タンパク質活性が低下しておれば、当該対象では、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いことを意味する。

別の態様では、本開示は、抗がん療法の対象を選択する方法を提供しており、当該方法は、
（ｉ）当該対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを、ＮＯＤ２の発現及び／または活性のリファレンスレベルと比較する；ことを含み、
ＮＯＤ２の発現及び／または活性のリファレンスレベルと比較して、（ｉ）で決定したＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルが低下しておれば、当該対象では、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いことを意味する。

別の態様では、本開示は、対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する、及び／または対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するためのキットを提供する。ある例では、キットは、対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定するように構成した１つ以上の試薬を含む。あるいは、または、加えて、キットは、機能喪失型ＮＯＤ２タンパク質バリアントの有無を検出するように構成した１つ以上の試薬を含む。あるいは、または、加えて、キットは、対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するように構成した１つ以上の試薬を含む。ＮＯＤ２をコードするヌクレオチドの配列を決定するように構成した１つ以上の試薬は、プライマーまたはオリゴヌクレオチドプローブとし得る。機能喪失型ＮＯＤ２タンパク質バリアントの有無を検出するように構成した１つ以上の試薬は、抗がん療法に対する反応性に関連する１つ以上の変異を含むＮＯＤ２配列に隣接するプライマーとし得る。対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するように構成した１つ以上の試薬は、ＮＯＤ２タンパク質発現のレベルを決定するためのｑＰＣＲのプライマーまたはプローブ、またはＮＯＤ２機能喪失型バリアントに結合する抗体とし得る。

別の態様では、本開示は、ＮＯＤ２機能喪失型タンパク質バリアントに結合する抗体を提供する。

ある実施形態では、方法は、個体の集団からＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を調製することをさらに含む。

ある実施形態では、対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である。例えば、対象を、抗がん療法を受けている対象とし得る。例えば、対象を、抗がん療法の処方を受けた対象とし得る。例えば、対象を、抗がん療法を受けた対象とし得る。

ある実施形態では、本明細書に記載した方法は、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いと決定した対象を治療することをさらに含み、当該対象の治療が、当該対象に対して抗がん療法を実施することを含む。

別の実施形態では、本明細書に記載した方法は、対象のＮＯＤ２状態に基づいて、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が低いと決定した当該対象に対してＮＯＤ２阻害剤を投与することをさらに含む。ある例では、ＮＯＤ２阻害剤の投与を受ける対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である。方法は、対象に対して抗がん療法を実施することも含み得る。抗がん療法とＮＯＤ２療法は、一緒に、または個別に実施し得る。抗がん療法とＮＯＤ２療法を個別に実施する例によると、それらを、同時に、または連続して実施し得る。

別の態様では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、当該方法は、それを必要とする対象においてＮＯＤ２機能を阻害することを含み、当該対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である。

別の態様では、本開示は、対象のがんを治療するための医薬を製造するためのＮＯＤ２機能の阻害剤の使用を提供しており、当該対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である。

別の態様では、本開示は、対象のがんを治療するために使用するＮＯＤ２機能の阻害剤を提供しており、当該対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である。

別の態様では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、当該方法は、がんに罹患している対象に対して、ＮＯＤ２機能の阻害剤を投与することを含み、当該対象は、機能性ＮＯＤ２タンパク質を発現する。

ある例では、ＮＯＤ２を阻害することは、対象に対して、ＮＯＤ２阻害剤、ＲＩＰＫ２阻害剤、ＬＲＲＫ２阻害剤を投与すること、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼを阻害すること、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む。ある例では、ＮＯＤ２を阻害することは、対象に対して、ＮＯＤ２阻害剤を投与することを含む。ＮＯＤ２阻害剤を、ＮＯＤ２タンパク質の直接的な阻害剤とし得る。例えば、ＮＯＤ２阻害剤を、ＧＳＫ７１７（Ｎ－（２－（１－（２－（２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インデン－５－イルアミノ）－２－オキソエチル）－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）エチル）－Ｎ－メチルベンズアミド）とし得る。ある例では、ＮＯＤ２を阻害することは、対象に対して、ＲＩＰＫ２阻害剤を投与することを含む。例えば、ＲＩＰＫ２阻害剤を、ゲフィチニブ；ｐ３８ａ（ＳＢ２０３５８０）及びＳｒｃキナーゼ（ＰＰ２）の小分子阻害剤；ＯＤ３６；ＷＥＨＩ－３４５（Ｎ－（２－（４－アミノ－３－（ｐ－トリル）－１Ｈ－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－１－イル）－２ メチルプロピル）イソニコチンアミド）；エルロチニブ；ポナチニブ、レゴラフェニブ、または、ソラフェニブなどのプロテインキナーゼのＩＩ型小分子阻害剤とし得る。ある例では、ＮＯＤ２を阻害することは、対象に対して、ＬＲＲＫ２阻害剤を投与することを含む。例えば、ＬＲＫＫ２阻害剤を、ＣＺＣ ５２１４６、ＣＺＣ ５４２５２塩酸塩、ＧＮＥ－９６０５、ＧＮＥ－０８７７、ＧＮＥ－７９１５、ＧＳＫ２５７８２１５Ａ、ＪＨ－ＩＩ－１２７、ＬＲＲＫ２－ＩＮ－１、ＭＬｉ－２、ＰＦ０６４４７４７５、またはＵＲＭＣ－０９９とし得る。ある例では、ＮＯＤ２を阻害することは、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼを阻害することを含む。

ある例では、ユビキチンリガーゼを：ＸＩＡＰ、ｃＩＡＰ２、ｃＩＡＰ１、及びＰｅｌｌｉｎｏ ３からなる群から選択する。例えば、ユビキチンリガーゼは、ＸＩＡＰである。例えば、ユビキチンリガーゼは、ｃＩＡＰ２である。例えば、ユビキチンリガーゼは、ｃＩＡＰ１である。例えば、ユビキチンリガーゼは、Ｐｅｌｌｉｎｏ ３である。

ある例では、ＮＯＤ２機能を阻害することは、ＮＯＤ２の遺伝的阻害を含む。

ある例では、抗がん療法は、化学療法、免疫療法、放射線療法、またはそれらのあらゆる組み合わせである。例えば、抗がん療法は、化学療法を含み得る。例えば、抗がん療法は、免疫療法を含み得る。例えば、抗がん療法は、放射線療法を含み得る。

ある例では、免疫療法は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬、及びＣＴＬＡ－４標的薬からなる群から選択するチェックポイント阻害剤を投与することを含む。ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬は、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びニボルマブからなる群から選択し得る。ＣＴＬＡ－４標的薬は、イピリムマブ、及びトレメリムマブからなる群から選択し得る。

ある例では、対象は：胸部癌、頭頸部癌、黒色腫、皮膚癌、神経癌、胚細胞癌、肉腫、肝胆道癌、上部消化管癌、下部消化管癌、乳癌、ＣＮＳ癌、婦人科癌、泌尿生殖器癌；神経内分泌癌及び副腎癌、原発不明のがん、リンパ腫、白血病、大腸癌、及び形質細胞腫からなる群から選択するがんに罹患している。ある例では、がんは、大腸癌、肺癌、または黒色腫である。例えば、がんは、肺癌であり得る。例えば、がんは、黒色腫であり得る。例えば、がんは、大腸癌であり得る。

ある例では、方法は、がんを治療する前に、対象のＮＯＤ２状態を決定することをさらに含む。この例によれば、ＮＯＤ２阻害剤の投与を受ける対象は、機能性ＮＯＤ２を有すると決定されている。

例えば、対象でのＮＯＤ２の状態を決定することは、
（ｉ）対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、機能喪失型変異を含んでいない、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する、ことを含み得るものであり、
対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異が認められなければ、当該対象は、ＮＯＤ２阻害剤を投与して、抗がん療法に対する反応性を改善するべきであることを意味する。

以下の図面は、本明細書の一部を構成しており、かつ、本開示の特定の態様をさらに実証するために含めてある。これらの図面の１つ以上を、本明細書で提示した特定の実施形態の詳細な説明と一緒に参照することで、本開示の理解をさらに深め得る。

特殊なレスポンダー（着色した円印）の各人と、Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｂａｎｋ（ＭＧＲＢ）の１１４４名の高齢者の各人での一般的な感受性ＤＮＡバリアントの負荷を示す箱ひげ図である。 特殊なレスポンダーの各人と、肺腺癌患者（上部の灰色のボックス）、及びＭＧＲＢの１１４４名の高齢者（下部の黒色のボックス）での一般的な感受性ＤＮＡバリアントの負荷を示す箱ひげ図である。パーセンタイルは、１０、２５、平均値、７５、９０である。 特殊なレスポンダーでの各人のＤＮＡバリアント、及びＭＧＲＢの各人のＤＮＡバリアントのランキングと平均負荷を示している。同定した上位１５個のバリアントの内の７個は、ＮＯＤ２、または、その機能性パートナーであり、細胞内複合体のＮＯＤ２と相互作用し、かつ、ＮＯＤ２シグナル伝達を促すタンパク質をコードするＬＲＲＫ２及びＩＲＧＭのいずれかに対して影響を及ぼす。 免疫刺激に対する胚中心Ｂ細胞の反応性を示している。眼内ヒツジ赤血球（ＳＲＢＣ）免疫付与に対する胚中心Ｂ細胞の反応性を分析するためのゲーティング戦略（７日目）。 免疫刺激に対する胚中心Ｂ細胞の反応性を示している。ホモ接合性ｗｔ、Ａ１６２Ｍ、及びフレームシフト動物にＳＲＢＣ免疫付与をして７日後に、胚中心Ｂ細胞を、脾臓のＢ細胞の割合として表したカラム散布図。ＮＯＤ２機能性バリアントを保有する動物は、免疫刺激に対する胚中心Ｂ細胞の反応性が低下している。 Ｃ５７ＢＬ／６ｗｔマウスでのＭＣ３８平均腫瘍サイズの増殖曲線を示しており、同マウスに、活性薬剤（ＢｉｏＸＣｅｌｌ ＩｎＶｉｖｏ抗マウスＰＤ－１）、またはアイソタイプコントロール／ビヒクル（ＢｉｏＸＣｅｌｌ ＩｎＶｉｖｏ ＭＡｂラットＩｇＧ２ａ）の３００μｇを、ＩＰで、３日ごとに４回投与して、治療を行った。 抗ＰＤ１で処置をしたＣ５７ＢＬ／６野生型（ｗｔ）マウスと、ＮＯＤ２機能喪失型（ＮＯＤ２）マウスでの反応性を示している。抗ＰＤ１で処置をしたＣ５７ＢＬ／６野生型（ｗｔ）と、ＮＯＤ２機能喪失（ＮＯＤ２）マウスでのＭＣ３８平均腫瘍サイズの増殖曲線。２回投与した後の屠殺Ｔ１（時点１）、４回投与した後の屠殺Ｔ２（時点２）。 抗ＰＤ１で処置をしたＣ５７ＢＬ／６野生型（ｗｔ）マウスと、ＮＯＤ２機能喪失型（ＮＯＤ２）マウスでの反応性を示している。抗ＰＤ１で処置をしたｗｔマウスと、ＮＯＤ２の腫瘍免疫細胞浸潤とのドットプロット分析。パラメータは、ＣＤ４４（ｙ軸）と、ＣＤ６２Ｌ（ｘ軸）である。Ｑ１：エフェクターメモリー（ＥＭ）、Ｑ２：セントラルメモリー（ＣＭ）、Ｑ３ナイーブＣＤ８＋ Ｔ細胞。 抗ＰＤ１で処置をしたＣ５７ＢＬ／６野生型（ｗｔ）マウスと、ＮＯＤ２機能喪失型（ＮＯＤ２）マウスでの反応性を示している。ＮＯＤ２－対－ＷＴマウスでのＣＤ８エフェクターメモリー細胞の合計値（Ｔ１、Ｔ２で、ｎ＝６）を、総ＣＤ８リンパ球の割合として示すカラム散布図である。Ｔ１＝時点１（抗ＰＤ１の２回投与後）、Ｔ２＝時点２（抗ＰＤ１の４回投与後）。ＥＭ：エフェクターメモリー、ＣＭ：セントラルメモリー。

配列表の要旨
配列番号１ ヒトＮＯＤ２をコードするリファレンスの遺伝子配列のヌクレオチド配列。
配列番号２ ヒトＮＯＤ２タンパク質のリファレンスのアミノ酸配列。
配列番号３ 例示的なヒトＮＯＤ２バリアントをコードする遺伝子配列のヌクレオチド配列（ｒｓ２０６６８４４；ｐ．Ａｒｇ７０２Ｔｒｐ）。
配列番号４ 例示的なヒトＮＯＤ２バリアントをコードする遺伝子配列のヌクレオチド配列（ｒｓ２０６６８４７；ｐ．Ｌｅｕ１００７ＰｒｏｆｓＴｅｒ２）。
配列番号５ 例示的なヒトＮＯＤ２バリアントをコードする遺伝子配列のヌクレオチド配列（ｒｓ２０６６８４７；ｐ．Ｌｅｕ１００７ＰｒｏｆｓＴｅｒ２）。
配列番号６ 例示的なヒトＮＯＤ２バリアントをコードする遺伝子配列のヌクレオチド配列（ｒｓ２０６６８４５；ｐ．Ｇｌｙ９０８Ａｒｇ）。
配列番号７ 例示的なヒトＮＯＤ２バリアントをコードする遺伝子配列のヌクレオチド配列（ｒｓ１０４８９５４２３；ｐ．Ｌｅｕ２４８Ａｒｇ）。

一般的技術と定義
特記しない限り、本明細書で使用するすべての技術用語及び科学用語は、（例えば、ゲノミクス、免疫学、分子生物学、免疫組織化学、生化学、腫瘍学、及び薬理学の）当業者が、一般的に理解している意味を有するものと解釈されたい。

本開示は、特記しない限り、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ技術、及び免疫学での従来技術を使用して実施しており、過度の実験は行っていない。そのような手順は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｆｒｉｔｓｃｈ ＆ Ｍａｎｉａｔｉｓ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｆｏｕｒｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ （２０１２）， Ｉ， ＩＩ，及びＩＩＩの全巻；ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｉ及びＩＩ巻（Ｄ． Ｎ． Ｇｌｏｖｅｒ， ｅｄ．， １９８５）， ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， 全内容；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ （Ｍ． Ｊ． Ｇａｉｔ， ｅｄ， １９８４） ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， 全内容、そして、特に、同文献に収載されているＧａｉｔ， ｐｐ１－２２；Ａｔｋｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ， ｐｐ３５－８１；Ｓｐｒｏａｔ ｅｔ ａｌ， ｐｐ ８３－１１５；及び Ｗｕ ｅｔ ａｌ， ｐｐ １３５－１５１；４． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎの論文： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ （Ｂ． Ｄ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｊ． Ｈｉｇｇｉｎｓ， ｅｄｓ．， １９８５） ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， 全内容；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ （１９８６） ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ， 全内容；Ｐｅｒｂａｌ， Ｂ．， Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ （１９８４） ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ （Ｓ． Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ． Ｋａｐｌａｎ， ｅｄｓ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．）， 全シリーズ、に記載されている。

当業者であれば、本開示が、具体的に記載したもの以外に、変更及び修正の余地のあることを理解する。本開示は、そのような変更及び修正のすべてを含む、ことを理解されたい。本開示は、本明細書で個別または集合的に言及した、または示した、ステップ、特徴、組成物、及び化合物のすべて、及び、２つ以上の当該ステップ、または特徴の任意の組み合わせ、及びすべての組み合わせも含む。

本開示は、本明細書に記載した特定の実施形態で範囲を限定するものではなく、同実施形態は、例示目的のものでしかない。機能的に均等の生成物、組成物、及び方法は、本明細書に記載した通り、本開示の範囲内にあることは明らかである。

本開示のあらゆる特定の態様または実施形態のそれぞれの特徴は、本開示のあらゆるその他の態様または実施形態に対して、変更すべき点は変更して適用し得る。

本明細書全体を通して、特記しない限り、または文脈上その他の意味に解すべき場合を除いて、単一のステップ、物質の組成、ステップの群、または物質の組成の群に関する言及は、それらステップ、物質の組成、ステップの群、または物質の組成の群の１つ及び２つ以上（すなわち、１つ以上）を含むものと解釈すべきである。

本明細書で使用する単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上明らかにその他のことを指していない限り、これらの単語の複数形を含む。例えば、「細菌」とは、複数のそのような細菌を含み、また、「アレルゲン」は、１つ以上のアレルゲンのことを指す。

用語「及び／または」、例えば、「Ｘ及び／またはＹ」は、「Ｘ及びＹ」または「ＸまたはＹ」のいずれかを意味すると理解すべきであり、そして、両方の意味、またはいずれかの意味を明示している、と解釈すべきである。

本明細書全体を通して、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変形は、記載した要素、整数、もしくはステップ、または要素、整数、もしくはステップの群を含むが、その他の要素、整数、もしくはステップ、または要素、整数、もしくはステップの群を排除しない、ことを意味するものと理解する。

抗がん療法に対する反応性
本発明者らは、驚くべきことに、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列での機能喪失型変異の存在が、抗がん療法に対する対象の反応性を示す可能性が高いということを初めて示した。この知見に基づいて、本発明者らは、開発を行い、そして、本明細書において、（ｉ）ＮＯＤ２状態に基づいて、抗がん療法に対する対象の反応性を示す可能性の有無を決定または予測する方法、（ｉｉ）ＮＯＤ２状態に基づいて、抗がん療法に対して対象が示す可能性の高い反応性に従って、当該対象を分類する方法、及び（ｉｉｉ）ＮＯＤ２状態に基づいて、抗がん療法に適した対象を選択する方法、を提供する。

本明細書で使用する用語「対象」は、あらゆる動物、例えば、哺乳動物のことを指しており、同哺乳動物として、ヒト、非ヒト霊長類、家畜（例えば、ヒツジ、ウマ、ウシ、ブタ、ロバ）、コンパニオンアニマル（例えば、イヌやネコなどのペット）、実験動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモット）、パフォーマンス動物（例えば、競走馬、ラクダ、猟犬）、または捕獲した野生動物があるが、これらに限定されない。ある実施形態では、「対象」は、ヒトである。一般的に、用語「対象」及び「患者」は、互換可能に使用しており、特にヒト対象に関しては、そのように使用する。対象は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた可能性のある、及び／または抗がん療法を受けた可能性のある対象である。別の例では、対象は、抗がん療法を受けている対象である。別の例では、対象は、抗がん療法の処方を受けている対象である。別の例では、対象は、抗がん療法を受けた対象である。

本明細書で使用する用語「分類する（ｓｔｒａｔｉｆｙ）」、「分類する（ｓｔｒａｔｉｆｙｉｎｇ）」、または、本開示の方法との関連で類似する用語は、試験した対象を、抗がん療法に対して反応性を示す可能性が高い群またはカテゴリーに分類する、または振り分けること、であると理解すべきである。例えば、本開示の方法を実施する対象は、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有する個体の反応性と比較して、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高い個体として分類または同定し得る。別の例では、本開示の方法を実行する対象は、自らのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を有する個人の反応性と比較して、抗がん療法に対して低い反応性を示す可能性が高い個体として分類または同定し得る。

ＮＯＤ２
ＮＯＤ２は、細胞内パターン認識受容体であり、宿主細胞の細胞質に細菌ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）が存在していると、受容体相互作用タンパク質（ＲＩＰ）－２キナーゼと結合し、それにより、炎症性サイトカインの産生につながるシグナルを誘導する。

ＮＯＤ２遺伝子（かつては、ＣＡＲＤ１５と称していた）は、免疫系の機能において重要な役割を果たすタンパク質を作り出すための指示を出す。ＮＯＤ２タンパク質は、一部のタイプの免疫系細胞（単球、マクロファージ、樹状細胞など）において活性を示し、細菌やウイルスなどの異物の侵入から身体を保護する上で役立つ。このタンパク質は、幾つかの種類の上皮細胞、例えば、腸の内壁に認められるパネート細胞などでも活性を示す。これらの細胞は、細菌感染から腸壁を防御する上で役立つ。

ＮＯＤ２タンパク質は、異物の侵入から身体を防御する上で重要な幾つかの機能を有する。このタンパク質は、特定の細菌を認識し、そして、免疫系を刺激して適切に反応することに関与している。ＮＯＤ２タンパク質は、細菌が生成する特定の物質によって起動すると、核因子－カッパ－Ｂと称するタンパク質複合体を刺激（活性化）する。このタンパク質複合体は、複数の遺伝子、例えば、免疫反応や炎症反応を制御する遺伝子などの活性を調節する。免疫系が、シグナル伝達分子と白血球を損傷箇所または疾患箇所に送達して、微生物の侵入を妨げ、そして、組織の修復が促されると、炎症反応が発生する。ＮＯＤ２シグナル伝達の調節不全は、様々な炎症性疾患に関連しており、このことは、このシグナル伝達複合体の小分子阻害剤が、治療的有用性を有し得ることを示唆している。

驚くべきことに、本発明者らは、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列での機能喪失型変異、またはＮＯＤ２シグナル伝達経路に関与するその他の遺伝子を介したＮＯＤ２シグナル伝達を阻害する変異が存在すると、対象が、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有している場合と比較して、抗がん療法に対する対象の反応性を改善することができる、ことを示した。この知見に基づいて、本発明者らは、対象のＮＯＤ２状態、すなわち、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列での機能喪失型変異の有無によって、その対象が抗がん療法に対して示す反応性を予測し得ると考えた。

本明細書で使用する用語「ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列」は、機能喪失型変異を持たないＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列のことを意味する、と理解する。したがって、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有する対象は、リファレンスレベルで、ＮＯＤ２の発現及び／または活性を有する、と理解する。例えば、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を、野生型のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列、例えば、野生型のヒトＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列とし得る。別の例では、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を、自らのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を持たない個体の集団から構築したコンセンサス配列とし得る。ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列の例を、配列番号１に記載している。

対象のＮＯＤ２状態の決定は、当業者が使用する手段で十分に行い得る。本開示の方法によれば、対象におけるＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列は、当該技術分野で公知のあらゆる適切な配列決定法によって決定し得る。例えば、ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列は、Ｓａｎｇｅｒ配列決定法または次世代配列決定法などのハイスループット配列決定法で決定し得る。ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列は、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲで決定し得る。ＰＣＲの実施に際して供する適切なプライマーは、ＮＯＤ２遺伝子の配列に基づいて、従来の手段でデザインし得る。次いで、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列を、当該技術分野で公知のあらゆる適切な方法によって、機能性ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較し得る。例えば、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列を、（あらゆる適切な配列アラインメント、またはバイオインフォマティクスソフトウェアを使用して）ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列とアラインメントして、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列と、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列との間の差異を同定し得る、または、対象のＮＯＤ２タンパク質配列を、（あらゆる適切な配列アラインメント、またはバイオインフォマティクスソフトウェアを使用して）リファレンスのＮＯＤ２タンパク質配列に対して整列させて、対象のＮＯＤ２タンパク質配列と、リファレンスのＮＯＤ２タンパク質配列との間の差異を同定し得る。ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列でのあらゆる差異が、アミノ酸レベルでの差異（すなわち、機能喪失型変異）に至っているか否かも容易に判断し得る。対象のＮＯＤ２タンパク質のアミノ酸配列も、当該技術分野で公知のあらゆる適切な方法で決定し得る。例えば、対象のＮＯＤ２タンパク質のアミノ酸配列は、エドマン分解、質量分析によって、または対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の決定と、それに続く、このヌクレオチド配列の翻訳によって決定し得る。

ある実施形態では、対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の状態を決定するためのキットを提供する。ある実施形態では、対象でのＮＯＤ２タンパク質配列を決定するためのキットを提供する。ある実施形態では、ＮＯＤ２での機能喪失型変異の有無を決定するためのキットを提供する。ある実施形態では、対象でのＮＯＤ２の発現レベルを決定するためのキットを提供する。ある実施形態では、対象でのＮＯＤ２の活性を決定するためのキットを提供する。ある例では、キットは、対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定するように構成した１つ以上の試薬を含む。あるいは、または、加えて、キットは、機能喪失型ＮＯＤ２タンパク質バリアントの有無を検出するように構成した１つ以上の試薬を含む。あるいは、または、加えて、キットは、対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するように構成した１つ以上の試薬を含む。ＮＯＤ２をコードするヌクレオチドの配列を決定するように構成した１つ以上の試薬を、プライマーまたはオリゴヌクレオチドプローブとし得る。機能喪失型ＮＯＤ２タンパク質バリアントの有無を検出するように構成した１つ以上の試薬を、抗がん療法に対する反応性に関連する１つ以上の変異を含むＮＯＤ２配列に隣接するプライマーとし得る。対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するように構成した１つ以上の試薬を、ＮＯＤ２タンパク質の発現レベルを決定するためのｑＰＣＲのプライマーまたはプローブ、またはＮＯＤ２機能喪失型バリアントに結合する抗体とし得る。

ある実施形態では、対象のＮＯＤ２をコードする配列に機能喪失型変異が存在することは、対象が、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いことを示している。ある実施形態では、対象のＮＯＤ２をコードする配列に機能喪失型変異が存在することは、対象が、機能喪失型変異を含まないＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列を保有する場合、例えば、対象が、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を保有する場合と比較して、抗がん療法に対する対象の反応性が改善する可能性が高いことを示している。ある実施形態では、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異が認められないことは、対象が、リファレンスＮＯＤ２配列を有する場合と比較して、抗がん療法に対する対象の反応性が実質的に類似する可能性が高いことを示している。ある実施形態では、対象のＮＯＤ２をコードする配列に機能喪失型変異が認められないことは、対象が、自らのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を有している場合よりも、抗がん療法に対する対象の反応性が低くなる可能性が高いことを示している。

対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異が存在すると、ＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルが変化し得る。したがって、ある例では、方法は、対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定することを含み得る。ＮＯＤ２の発現のレベルは、当該技術分野で公知のあらゆる適切な方法で決定し得る。例えば、ＮＯＤ２の発現のレベルは、ｑＲＴ－ＰＣＲまたはＲＮＡｓｅｑによって、ＮＯＤ２をコードするｍＲＮＡ転写物のレベルを測定して定量し得る。対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異が存在していると、機能性ＮＯＤ２タンパク質のレベル、またはＮＯＤ２タンパク質活性が変化し得る。機能性ＮＯＤ２タンパク質のレベルは、ウエスタンブロットまたは質量分析技術で決定し得る。ＮＯＤ２の活性も、当該技術分野で公知のあらゆる適切な方法で決定し得る。例えば、抗体を使用して、ＮＯＤ２の機能喪失タンパク質バリアントを検出し得る、またはアッセイを使用して、ＮＯＤ２活性を決定し得る。ＮＯＤ２活性を測定する適切なアッセイの例として、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）を使用するインビトロ刺激でサイトカイン活性を測定するアッセイがある（Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ある実施形態では、ＮＯＤ２機能喪失型タンパク質バリアントに結合する、抗体、もしくはその機能性フラグメント、またはその他の結合剤を提供する。ＮＯＤ２機能喪失型タンパク質バリアントに結合する抗体、その機能性フラグメント、またはその他の結合剤は、本開示のキットで都合よく提供し得る。

当業者であれば、抗体とは、免疫グロブリン遺伝子、または免疫グロブリン遺伝子のフラグメントが実質的にコードする１つ以上のポリペプチドからなるタンパク質のことである、ことを理解する。認識されている免疫グロブリン遺伝子として、カッパ、ラムダ、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロン、及びミュー定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子がある。軽鎖は、カッパまたはラムダのいずれかに分類される。重鎖は、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタ、またはイプシロンとして分類され、それらは順番に、免疫グロブリンクラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥとそれぞれが定義されている。基本的な免疫グロブリンの構造単位は、一般的には、四量体である。それぞれの四量体は、２つの同一のペアのポリペプチド鎖から構成されており、それぞれのペアは、１つの「軽い」（約２５ｋＤ）鎖と、１つの「重い」鎖（約５０～７０ｋＤ）を有している。それぞれの鎖のＮ末端では、約１００～１１０、またはそれ以上のアミノ酸の可変領域が規定されており、主に、抗原認識に関与する。用語「可変軽鎖」（Ｖ_Ｌ）及び「可変重鎖」（Ｖ_Ｈ）は、それぞれ、これら軽鎖及び重鎖のことを指す。

抗体は、インタクトな免疫グロブリンとして、または様々なペプチダーゼで消化して生成する数多くの特徴決定が進んだフラグメントとして存在し得る。したがって、例えば、ペプシンが、ヒンジ領域のジスルフィド結合よりも下の箇所で抗体を消化して、Ｆａｂの二量体であるＦ（ａｂ）’_２を生成する、そして、Ｆａｂそれ自体は、ジスルフィド結合でＶ_Ｈ－Ｃ_Ｈ１に結合した軽鎖である。Ｆ（ａｂ）’_２を、穏やかな条件下で還元すると、ヒンジ領域のジスルフィド結合が切断され、それにより、Ｆ（ａｂ）’_２二量体を、Ｆａｂ’単量体に変換し得る。Ｆａｂ’モノマーは、本質的に、ヒンジ領域の一部を有するＦａｂである（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｗ． Ｅ． Ｐａｕｌ， ｅｄ．， Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ， Ｎ．Ｙ．， １９９３を参照されたい）。インタクトな抗体の消化に関して様々な抗体フラグメントが定義されているが、Ｆａｂ’フラグメントは、化学的に、または組換えＤＮＡ方法論のいずれかを利用してデノボ合成し得る、ことを理解する。したがって、本明細書で使用する抗体という用語は、抗体全体を修飾して生成する抗体フラグメント、または組換えＤＮＡ方法論を使用してデノボ合成する抗体フラグメントも含む。

本明細書で使用するＮＯＤ２の「機能喪失型変異」は、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を対象が有する場合と比較して、ＮＯＤ２の機能低下を招く、ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列での変異のことを指す。一部の実施形態では、ＮＯＤ２での機能喪失型変異は、ＮＯＤ２の機能を完全に喪失させる。一部の実施形態では、ＮＯＤ２での機能喪失型変異は、一部を機能喪失させる変異、例えば、ＮＯＤ２活性または機能を低下させる変異である。ＮＯＤ２の機能喪失型変異の例を、本明細書に開示しているが、これらに限定されない。本明細書に開示するいずれのＮＯＤ２機能喪失型変異でも、ホモ接合性またはヘテロ接合性変異として対象に存在し得る。ＮＯＤ２の機能喪失型変異は、本明細書の表１、２、３、４、及び５に記載したあらゆる変異とし得る。したがって、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を：Ｇ９０８Ｒ、Ｒ３８Ｍ、Ｒ１３８Ｑ、Ｒ７０２Ｗ、Ｌ２４８Ｒ、Ｗ３５５、Ｄ３７９Ａ、Ｌ５５０Ｖ、Ｎ８２５Ｋ、Ｌ１００７ｆｓ、Ｌ１００７Ｐ、Ａ１０５Ｔ、Ｄ１１３Ｎ、Ｖ１６２１、Ｔ１８９Ｍ、Ｄ３５７Ａ、Ｉ３６３Ｆ、Ｐ４６３Ａ、Ｐ７２７Ｃ、Ａ７５５Ｖ、Ｅ７７８Ｋ、Ｒ７９０Ｗ、Ａ８４９Ｖ、Ｗ９０７Ｒ、Ｇ９０８Ｒ、及びＲ１０１９のいずれか１つ以上とし得る。例えば、対象でのＮＯＤ２機能喪失型変異を、Ｌ１００７ｆｓ、Ｇ９０８Ｒ、Ｒ７０２Ｗ、またはＴ１８９Ｍのいずれか１つ以上とし得る。ある例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｌ１００７ｆｓとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｇ９０８Ｒとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｒ７０２Ｗとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｔ１８９Ｍとし得る。対象は、本明細書に開示したその他のいずれかの変異と同様に、この変異についてホモ接合性またはヘテロ接合性とし得る。したがって、ある例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｌ１００７ｆｓ／ｗｔとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｌ１００７ｆｓ／Ｔ１８９Ｍとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｇ９０８Ｒ／ｗｔとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｒ７０２Ｗ／ｗｔとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の損失機能型変異を、Ｇ９０８Ｒ／Ｒ７０２Ｗとし得る。別の例では、ＮＯＤ２の機能喪失型変異を、Ｌ２４８Ｒ／ｗｔとし得る。

本明細書で開示した方法は、加えて、または、あるいは、ＮＯＤ２関連タンパク質での機能喪失型変異を決定することを含み得る。ＮＯＤ２関連タンパク質は、例えば、ＮＯＤ２結合パートナー、または上流調節因子、及び／またはＮＯＤ２の下流標的とし得る。そのようなＮＯＤ２関連タンパク質は、本明細書に開示したものを含めて、当該技術分野で公知である。ＮＯＤ２関連タンパク質での機能喪失型変異は、本明細書に開示したもののいずれかとし得る。例えば、ＮＯＤ２関連タンパク質での機能喪失型変異は、ｒｓ１１１７５５９３、ｒｓ７７１４５８４、ｒｓ１１７４７２７０、ｒｓ１１５６４２５８、ｒｓ１０００１１３、ｒｓ１２４２２５４４、及びｒｓ１１７４１８６１のいずれか１つ以上とし得る。

本明細書に開示したＮＯＤ２機能喪失型変異のいずれもが、あらゆる組み合わせで、またはあらゆる順列で、対象に存在し得る。変異は、対象のヌクレオチド配列またはタンパク質配列のいずれか、または両方を決定して検出し得る。変異を、アミノ酸の変化（例えば、置換）として本明細書で開示している場合、これらのアミノ酸の変化を招くヌクレオチドの変化は、当業者には自明である。ＮＯＤ２の機能喪失型変異を表す核酸バリアントの例を、配列番号３～７に提供している。

本明細書で使用する「機能性ＮＯＤ２」は、野生型ＮＯＤ２がコードするタンパク質、または正常なＮＯＤ２活性を示すＮＯＤ２のバリアントがコードするタンパク質のことを指す。

本開示の方法は、抗がん療法を受ける前、対象が抗がん療法を受けている間、または対象が抗がん療法を受けた後に実施し得る。ある例では、対象は、抗がん療法を受けている。ある例では、対象は、抗がん療法の処方は出ているが、例えば、未だ抗がん療法は受けていない。ある例では、対象は、抗がん療法を受けており、例えば、抗がん療法を受けている最中である。

本明細書で使用する用語「改善した」は、対象がＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有する（機能喪失型変異は無い）場合と比較して、対象の死亡率の低下、反応性の高まり、治療時期の減少、疾患の進行の遅延、病理学的症状の抑制のことを意味する、と理解すべきである。望ましい治療効果として、疾患の進行速度の低下、病状の改善または緩和、及び寛解または予後の改善がある。したがって、抗がん療法に対する改善した反応性として、本明細書に記載した１つ以上の効果の改善がある。

ある例では、本開示の方法は、個体の集団からＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を調製する、ことをさらに含み得る。例えば、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を、自らのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を持たない個体の集団から構築したコンセンサス配列とし得る。ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列の調製は、当該技術分野で公知のあらゆる方法で調製し得る。例えば、個体の集団のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列を回収して、リファレンスゲノムを調製し得る。

がんの治療法
本開示は、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象のがんを治療する方法も提供する。この点に関して、本発明者らは、驚くべきことに、ＮＯＤ２機能を阻害すると、抗がん療法に対する対象の反応性を改善することができる、ことを初めて認めたのである。このことに基づいて、本発明者らは、ＮＯＤ２機能の阻害を含む、がんを治療するため新規の治療法を開発した。

本明細書で使用する用語「治療する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「治療する（ｔｒｅａｔ）」または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、及び、それらの変形は、臨床病理の過程で治療する個体または細胞の自然経過に対して変化を加えるようにデザインした臨床介入のことを指す。治療の望ましい効果として、疾患の進行速度の低下、がんの大きさの縮小、腫瘍の増殖の阻害、がんの進行または転移の阻害、または病状を改善または緩和すること、及び寛解または予後の改善がある。本明細書で使用する用語「改善した」は、対象の死亡率の低下、反応性の高まり、治療時期の減少、疾患の進行の遅延、病理学的症状の抑制のことを意味する、と理解すべきである。したがって、抗がん療法に対する改善した反応性として、本明細書に記載した１つ以上の効果の改善がある。

ある例では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、同方法は、それを必要とする対象でのＮＯＤ２機能を阻害することを含み、当該対象は、抗がん療法を受けている対象である。

ある例では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、同方法は、それを必要とする対象でのＮＯＤ２機能を阻害することを含み、当該対象は、抗がん療法の処方を受けている対象である。

ある例では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、同方法は、それを必要とする対象でのＮＯＤ２機能を阻害することを含み、当該対象は、抗がん療法を受けた対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するための医薬を製造するためのＮＯＤ２機能の阻害剤の使用を提供しており、当該対象は、抗がん療法を受けている対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するための医薬を製造するためのＮＯＤ２機能の阻害剤の使用を提供しており、当該対象は、抗がん療法の処方を受けている対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するための医薬を製造するためのＮＯＤ２機能の阻害剤の使用を提供しており、当該対象は、抗がん療法を受けた対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するために使用するＮＯＤ２の阻害剤を提供しており、当該対象は、抗がん療法を受けている対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するために使用するＮＯＤ２の阻害剤を提供しており、当該対象は、抗がん療法の処方を受けている対象である。

ある例では、本開示は、対象のがんを治療するために使用するＮＯＤ２の阻害剤を提供しており、当該対象は、当該対象は、抗がん療法を受けた対象である。

ある例では、本開示は、がんを治療する方法を提供しており、同方法は、対象に対してＮＯＤ２機能の阻害剤を投与することを含み、当該対象は、機能性ＮＯＤ２タンパク質を有する。

本開示の方法は、がんを治療する前に、対象のＮＯＤ２状態を決定するステップをさらに含み得る。

ある例では、対象でのＮＯＤ２の状態を決定することは、
（ｉ）対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
（ｉｉ）（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；ことを含み、
対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列が、機能喪失型変異を持たずに存在しておれば、当該対象は、ＮＯＤ２阻害剤を投与して、抗がん療法に対する反応性を改善するべきであることを意味する。

抗がん療法
本明細書で使用する用語「がん」とは、異常な細胞の急速かつ制御不能の増殖を特徴とする疾患のことを指す。がん細胞は、局所的に、または血流やリンパ系を介して身体のその他の箇所に転移することができる。様々ながんの例として、胸部癌、例えば、非小細胞肺癌及び小細胞肺癌、胸腺腫、胸腺癌、甲状腺癌、及び中皮腫；中咽頭、鼻咽頭、及び下咽頭などでの頭頸部癌；皮膚及びブドウ膜などでの黒色腫；皮膚癌、例えば、基底細胞癌、メルケル細胞癌、及び扁平上皮癌；神経癌、例えば、神経膠腫、星状細胞腫、乏突起膠腫、及び稀少脳腫瘍；あらゆる原発部位での胚細胞癌；すべてのサブタイプの軟部組織及び骨の肉腫；肝胆道癌、例えば、肝臓癌、胆管癌、及び胆嚢癌；食道、胃、膵臓、及び小腸などでの上部消化管癌；大腸、直腸、及び肛門などでの下部消化管癌；乳癌；ＣＮＳ癌；卵巣、原発性腹膜、子宮内膜、及び外陰などでの婦人科癌；精巣、陰茎、前立腺、膀胱、及び腎臓などでの泌尿生殖器癌；カルチノイドなどの神経内分泌癌、及び副腎癌；原発不明のがん；リンパ腫、例えば、ホジキンリンパ腫、及び非ホジキンリンパ腫、すべてのサブタイプのＴ細胞及びＢ細胞リンパ腫；白血病、例えば、すべてのサブタイプのリンパ性、及び骨髄性白血病、及び多発性骨髄腫などの形質細胞腫があるが、これらに限定されない。ある例では、がんは、肺癌である。ある例では、がんは、黒色腫である。ある例では、がんは、大腸癌である。

さらなる例示的ながんを、本明細書に記載している。用語「がん」は、組織病理学的タイプまたは浸潤段階に関係なく、すべてのタイプのがん性増殖または発がんプロセス、転移性組織または悪性に形質転換した細胞、組織、または臓器を含む。用語「腫瘍」及び「がん」を、本明細書では互換可能に使用している。両方の用語は、固体及び液体、例えば、びまん性または循環性の腫瘍を含む。本明細書で使用する用語「がん」または「腫瘍」は、前がん性、ならびに、悪性のがん及び腫瘍を含む。

本明細書で使用する用語「抗がん療法」は、がんの進行を停止、阻害、または予防するためのあらゆる治療のことを指す。「抗がん療法」は、がんを収縮または縮小させ得る治療のことも指し得る。抗がん療法の例として、放射線療法、免疫療法、化学療法、標的療法、ホルモン療法、精密医療、及び幹細胞移植があるが、これらに限定されない。例示的な抗がん療法として、化学療法、免疫療法、放射線療法、またはそれらのあらゆる組み合わせがある。ある例では、抗がん療法は、化学療法である。ある例では、抗がん療法は、免疫療法である。ある例では、抗がん療法は、放射線療法である。

ある実施形態では、本明細書に記載した方法は、対象のＮＯＤ２状態に基づいて、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いと決定した当該対象を治療することをさらに含み、治療は、当該対象に対して、抗がん療法を行うことを含む。

適切な抗がん療法の例として、免疫チェックポイント阻害剤、標的抗体免疫療法、ＣＡＲ－Ｔ細胞療法、腫瘍溶解性ウイルス、細胞増殖抑制薬、及びそれらの組み合わせからなる群から選択する１つ以上の抗がん剤の投与があるが、これらに限定されない。免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬、またはＣＴＬＡ－４標的薬とし得る。ある例では、方法は、対象に対して、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びニボルマブからなる群から選択するＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬を投与することを含む。ある例では、方法は、対象に対して、イピリムマブ、及びトレメリムマブからなる群から選択するＣＴＬＡ－４標的薬を投与することを含む。

あるいは、または、加えて、抗がん療法は、ヤーボイ（イピリムマブ、ＢＭＳ）；キイトルーダ（ペンブロリズマブ、Ｍｅｒｃｋ）；オプジーボ（ニボルマブ、ＢＭＳ）；ＭＥＤＩ４７３６（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；トレメリムマブ（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＣＴ－０１１（ピディリズマブ、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）；ＢＭＳ－９８６０１５（リリルマブ、ＢＭＳ）；ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＳＢ－００１０７１８Ｃ（Ｍｅｒｃｋ）；ＰＦ－０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＭＥＤＩ６４６９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＢＭＳ－９８６０１６（ＢＭＳ）；ＢＭＳ－６６３５１３（ウレルマブ、ＢＭＳ）；ＩＭＰ３２１（Ｐｒｉｍａ Ｂｉｏｍｅｄ）；ＬＡＧ５２５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＡＲＧＸ－１１０（ａｒＧＥＮ－Ｘ）；ＰＦ－０５０８２４６６（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＣＤＸ－１１２７（バリルマブ；ＣｅｌｌＤｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＴＲＸ－５１８（ＧＩＴＲ Ｉｎｃ．）；ＭＫ－４１６６（Ｍｅｒｃｋ）；ＪＴＸ－２０１１（Ｊｏｕｎｃｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＡＲＧＸ－１１５（ａｒＧＥＮ－Ｘ）；ＮＬＧ－９１８９（インドキシモド、ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）；ＩＰＨ２２０１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ／ＡＺ）；ＮＬＧ－９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；抗ＶＩＳＴＡ（ＪｎＪ）；エパカドスタット（ＩＮＣＢ２４３６０、Ｉｎｃｙｔｅ）；Ｆ００１２８７（Ｆｌｅｘｕｓ／ＢＭＳ）；ＣＰ８７０８９３（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ）；ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｘ）；エマクツズマブ（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ガルニセルチブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ウロクプルマブ（ＢＭＳ）；ＢＫＴ１４０／ＢＬ８０４０（Ｂｉｏｋｉｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；バビツキシマブ（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＣＣ９０００２（Ｃｅｌｇｅｎｅ）；８５２Ａ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＶＴＸ－２３３７（ＶｅｎｔｉＲｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＩＭＯ－２０５５（Ｈｙｂｒｉｄｏｎ、Ｉｄｅｒａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＬＹ２１５７２９９（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＥＷ－７１９７（Ｅｗｈａ Ｗｏｍｅｎ’ｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｏｒｅａ）；ベムラフェニブ（Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ）；ダブラフェニブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＧＳＫ）；ＢＭＳ－７７７６０７（ＢＭＳ）；ＢＬＺ９４５（Ｍｅｍｏｒｉａｌ Ｓｌｏａｎ－Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｒｅ）；ユニツキシン（ジヌツキシマブ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）；ビーリンサイト（ブリナツモマブ、Ａｍｇｅｎ）；サイラムザ（ラムシルマブ、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ガザイバ（オビヌツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｂｉｏｇｅｎ）；カドサイラ（ａｄｏ－トラスツズマブエムタンシン、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；パージェタ（ペルツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；アドセトリス（ブレンツキシマブベドチン、Ｔａｋｅｄａ／Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ）；アーゼラ（オファツムマブ、ＧＳＫ）；ベクティビックス（パニツムマブ、Ａｍｇｅｎ）；アバスチン（ベバシズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；アービタックス（セツキシマブ、ＢＭＳ／Ｍｅｒｃｋ）；ベキサール（トシツモマブ－Ｉ１３１、ＧＳＫ）；ゼヴァリン（イブリツモマブチウキセタン、Ｂｉｏｇｅｎ）；キャンパス（アレムツズマブ、Ｂａｙｅｒ）；マイロターグ（ゲムツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）；ハーセプチン（トラスツズマブ、Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；リツキサン（リツキシマブ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ）；ボロシキシマブ（Ａｂｂｖｉｅ）；エナバツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ）；ＡＢＴ－４１４（Ａｂｂｖｉｅ）；エロツズマブ（Ａｂｂｖｉｅ／ＢＭＳ）；ＡＬＸ－０１４１（Ａｂｌｙｎｘ）；オゾラリズマブ（Ａｂｌｙｎｘ）；アクチマブ－Ｃ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；アクチマブ－Ｐ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；ミラツズマブ－ｄｏｘ（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；Ｅｍａｂ－ＳＮ－３８（Ａｃｔｉｎｉｕｍ）；ナプツモマブエスタフェナトクス（Ａｃｔｉｖｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ）；ＡＦＭ１３（Ａｆｆｉｍｅｄ）；ＡＦＭ１１（Ａｆｆｉｍｅｄ）；ＡＧＳ－１６Ｃ３Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）；ＡＧＳ－１６Ｍ８Ｆ（Ａｇｅｎｓｙｓ）；ＡＧＳ－２２ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）；ＡＧＳ－１５ＭＥ（Ａｇｅｎｓｙｓ）；ＧＳ－６７Ｅ（Ａｇｅｎｓｙｓ）；ＡＬＸＮ６０００（サマリズマブ、Ａｌｅｘｉｏｎ）；ＡＬＴ－８３６（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＬＴ－８０１（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＬＴ－８０３（Ａｌｔｏｒ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）；ＡＭＧ７８０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２２８（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ８２０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ１７２（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ５９５（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ１１０（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２３２（アデカツムマブ、Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＧ２１１（Ａｍｇｅｎ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＢＡＹ２０－１０１１２（Ａｍｇｅｎ／Ｂａｙｅｒ）；リロツムマブ（Ａｍｇｅｎ）；デノスマブ（Ａｍｇｅｎ）；ＡＭＰ－５１４（Ａｍｇｅｎ）；ＭＥＤＩ５７５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ３６１７（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ６３８３（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５５１（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；モキセツモマブパスードトクス（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５６５（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ０６３９（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ０６８０（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＭＥＤＩ５６２（ＡＺ／ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ）；ＡＶ－３８０（ＡＶＥＯ）；ＡＶ２０３（ＡＶＥＯ）；ＡＶ２９９（ＡＶＥＯ）；ＢＡＹ７９－４６２０（Ｂａｙｅｒ）；アネツマブラブタンシン（Ｂａｙｅｒ）；バンチクツマブ（Ｂａｙｅｒ）；ＢＡＹ９４－９３４３（Ｂａｙｅｒ）；シブロツズマブ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）；ＢＩ－８３６８４５（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｌｅｈｅｉｍ）；Ｂ－７０１（ＢｉｏＣｌｉｎ）；ＢＩＩＢ０１５（Ｂｉｏｇｅｎ）；オビヌツズマブ（Ｂｉｏｇｅｎ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ＢＩ－５０５（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＢＩ－１２０６（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＴＢ－４０３（Ｂｉｏｉｎｖｅｎｔ）；ＢＴ－０６２（Ｂｉｏｔｅｓｔ）；ＢＩＬ－０１０ｔ（Ｂｉｏｓｃｅｐｔｒｅ）；ＭＤＸ－１２０３（ＢＭＳ）；ＭＤＸ－１２０４（ＢＭＳ）；ネシツムマブ（ＢＭＳ）；ＣＡＮ－４（Ｃａｎｔａｒｇｉａ ＡＢ）；ＣＤＸ－０１１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；ＣＤＸ１４０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；ＣＤＸ３０１（Ｃｅｌｌｄｅｘ）；Ｕ３－１５６５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；パトリツマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ティガツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ニモツズマブ（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ＤＳ－８８９５（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ＤＳ－８８７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ＤＳ－５５７３（Ｄａｉｉｃｈｉ Ｓａｎｋｙｏ）；ＭＯＲａｂ－００４（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ－００９（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ－００３（Ｅｉｓａｉ）；ＭＯＲａｂ－０６６（Ｅｉｓａｉ）；ＬＹ３０１２２０７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ２８７５３５８（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ２８１２１７６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１７（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ２４９５６５５（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１２（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ３０１２２１１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＬＹ３００９８０６（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；シズツムマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；フランボツマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ＩＭＣ－ＴＲ１（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ラムシルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；タバルマブ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ザノリムマブ（Ｅｍｅｒｇｅｎｔ Ｂｉｏｓｏｌｕｔｉｏｎ）；ＦＧ－３０１９（ＦｉｂｒｏＧｅｎ）；ＦＰＡ００８（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＦＰ－１０３９（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＦＰＡ１４４（Ｆｉｖｅ Ｐｒｉｍｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；カツマキソマブ（Ｆｒｅｓｅｎｉｕｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）；ＩＭＡＢ３６２（Ｇａｎｙｍｅｄ）；ＩＭＡＢ０２７（Ｇａｎｙｍｅｄ）；ＨｕＭａｘ－ＣＤ７４（Ｇｅｎｍａｂ）；ＨｕＭａｘ－ＴＦＡＤＣ（Ｇｅｎｍａｂ）；ＧＳ－５７４５（Ｇｉｌｅａｄ）；ＧＳ－６６２４（Ｇｉｌｅａｄ）；ＯＭＰ－２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＧＳＫ）；マパツムマブ（ＧＳＫ）；ＩＭＧＮ２８９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ９０１（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ８５３（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＧＮ５２９（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ）；ＩＭＭＵ－１３０（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ミラツズマブ－ｄｏｘ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ－１１５（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ－１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ－１０６（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＭＭＵ－１０２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；エピラツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；クリバツズマブ（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；ＩＰＨ４１（Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ダラツムマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ／Ｇｅｎｍａｂ）；ＣＮＴＯ－９５（インテツムマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＣＮＴＯ－３２８（シルツキシマブ、Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＫＢ００４（ＫａｌｏＢｉｏｓ）；モガムリズマブ（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｉｒｒｉｎ）；ＫＷ－２８７１（エクロメキシマブ、Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ）；ソネプシズマブ（Ｌｐａｔｈ）；マルジェツキシマブ（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；エノブリツズマブ（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＧＤ００６（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＧＦ００７（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＭＫ－０６４６（ダロツズマブ、Ｍｅｒｃｋ）；ＭＫ－３４７５（Ｍｅｒｃｋ）；Ｓｙｍ００４（Ｓｙｍｐｈｏｇｅｎ／Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）；ＤＩ１７Ｅ６（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）；ＭＯＲ２０８（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＭＯＲ２０２（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；Ｘｍａｂ５５７４（Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＢＰＣ－１Ｃ（エンシツキシマブ、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）；ＴＡＳ２６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＬＦＡ１０２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＢＨＱ８８０（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｍｏｒｐｈｏｓｙｓ）；ＱＧＥ０３１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＨＣＤ１２２（ルカツムマブ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＬＪＭ７１６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＡＴ３５５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＯＭＰ－２１Ｍ１８（デムシズマブ、ＯｎｃｏＭｅｄ）；ＯＭＰ５２Ｍ５１（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）；ＯＭＰ－５９Ｒ５（Ｏｎｃｏｍｅｄ／ＧＳＫ）；バンチクツマブ（Ｏｎｃｏｍｅｄ／Ｂａｙｅｒ）；ＣＭＣ－５４４（イノツズマブオゾガマイシン、Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＦ－０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＦ－０４８５６８８４（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＰＳＭＡ－ＡＤＣ（Ｐｒｏｇｅｎｉｃｓ）；ＲＥＧＮ１４００（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）；ＲＥＧＮ９１０（ネスバクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）；ＲＥＧＮ４２１（エノチクマブ、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ／Ｓａｎｏｆｉ）；ＲＧ７２２１、ＲＧ７３５６、ＲＧ７１５５、ＲＧ７４４４、ＲＧ７１１６、ＲＧ７４５８、ＲＧ７５９８、ＲＧ７５９９、ＲＧ７６００、ＲＧ７６３６、ＲＧ７４５０、ＲＧ７５９３、ＲＧ７５９６、ＤＣＤＳ３４１０Ａ、ＲＧ７４１４（パルサツズマブ）、ＲＧ７１６０（イムガツズマブ）、ＲＧ７１５９（オビヌツズマブ）、ＲＧ７６８６、ＲＧ３６３８（オナルツズマブ）、ＲＧ７５９７（Ｒｏｃｈｅ／Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）；ＳＡＲ３０７７４６（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ５６６６５８（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ６５０９８４（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ１５３１９２（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡＲ３４１９（Ｓａｎｏｆｉ）；ＳＡ



Ｒ２５６２１２（Ｓａｎｏｆｉ）、ＳＧＮ－ＬＩＶ１Ａ（リンツズマブ、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ－ＣＤ３３Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ－７５（ボルセツズマブマホドチン、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ－１９Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＧＮ－ＣＤ７０Ａ（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；ＳＥＡ－ＣＤ４０（Ｓｅａｔｔｌｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）；イブリツモマブチウキセタン（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）；ＭＬＮ０２６４（Ｔａｋｅｄａ）；ガニツマブ（Ｔａｋｅｄａ／Ａｍｇｅｎ）；ＣＥＰ－３７２５０（Ｔｅｖａ）；ＴＢ－４０３（Ｔｈｒｏｍｂｏｇｅｎｉｃ）；ＶＢ４－８４５（Ｖｉｖｅｎｔｉａ）；Ｘｍａｂ２５１２（Ｘｅｎｃｏｒ）；Ｘｍａｂ５５７４（Ｘｅｎｃｏｒ）；ニモツズマブ（ＹＭ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；カルルマブ（Ｊａｎｓｓｅｎ）；ＮＹ－ＥＳＯ ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）；ＭＡＧＥ－Ａ－１０ＴＣＲ（Ａｄａｐｔｉｍｍｕｎｅ）；ＣＴＬ０１９（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＪＣＡＲ０１５（Ｊｕｎｏ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＫＴＥ－Ｃ１９ ＣＡＲ（Ｋｉｔｅ Ｐｈａｒｍａ）；ＵＣＡＲＴ１９（Ｃｅｌｌｅｃｔｉｓ）；ＢＰＸ－４０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＢＰＸ－６０１（Ｂｅｌｌｉｃｕｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＡＴＴＣＫ２０（Ｕｎｕｍ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＣＡＲ－ＮＫＧ２Ｄ（Ｃｅｌｙａｄ）；Ｏｎｙｘ－０１５（Ｏｎｙｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；Ｈ１０１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｓｕｎｗａｙｂｉｏ）；ＤＮＸ－２４０１（ＤＮＡｔｒｉｘ）；ＶＣＮ－０１（ＶＣＮ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）；Ｃｏｌｏ－Ａｄ１（ＰｓｉＯｘｕｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＰｒｏｓｔＡｔａｋ（Ａｄｖａｎｔａｇｅｎｅ）；Ｏｎｃｏｓ－１０２（Ｏｎｃｏｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＣＧ００７０（Ｃｏｌｄ Ｇｅｎｅｓｙｓ）；Ｐｅｘａ－ｖａｃ（ＪＸ－５９４、Ｊｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）；ＧＬ－ＯＮＣ１（Ｇｅｎｅｌｕｘ）；Ｔ－ＶＥＣ（Ａｍｇｅｎ）；Ｇ２０７（Ｍｅｄｉｇｅｎｅ）；ＨＦ１０（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ）；ＳＥＰＲＥＨＶＩＲ（ＨＳＶ１７１６、Ｖｉｒｔｔｕ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）；ＯｒｉｅｎＸ０１０（ＯｒｉｅｎＧｅｎｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）；レオライシン（Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）；ＳＶＶ－００１（Ｎｅｏｔｒｏｐｉｘ）；Ｃａｖａｔａｋ（ＣＶＡ２１、Ｖｉｒａｌｙｔｉｃｓ）；アリムタ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、シスプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フォリン酸、メトトレキサート、シクロホスファミド、５－フルオロウラシル、ジカディア（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、タフィンラー（ＧＳＫ）、ザーコリ（Ｐｆｉｚｅｒ）、イレッサ（ＡＺ）、ギロトリフ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、タルセバ（Ａｓｔｅｌｌａｓ Ｐｈａｒｍａ）、ハラヴェン（Ｅｉｓａｉ Ｐｈａｒｍａ）、ベリパリブ（Ａｂｂｖｉｅ）、ＡＺＤ９２９１（ＡＺ）、アレクチニブ（Ｃｈｕｇａｉ）、ＬＤＫ３７８（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ガネテスピブ（Ｓｙｎｔａ Ｐｈａｒｍａ）、テルジェンプマツセル－Ｌ（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＧＶ１００１（Ｋａｅｌ－ＧｅｍＶａｘ）、チバンチニブ（ＡｒＱｕｌｅ）；シトキサン（ＢＭＳ）；オンコビン（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；アドリアマイシン（Ｐｆｉｚｅｒ）；ジェムザール（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）；ゼローダ（Ｒｏｃｈｅ）；イグゼンプラ（ＢＭＳ）；アブラキサン（Ｃｅｌｇｅｎｅ）；トレルスター（Ｄｅｂｉｏｐｈａｒｍ）；タキソテール（Ｓａｎｏｆｉ）；ネクサバール（Ｂａｙｅｒ）；ＩＭＭＵ－１３２（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ）；Ｅ７４４９（Ｅｉｓａｉ）；サーモドックス（Ｃｅｌｓｉｏｎ）；コメトリック（Ｅｘｅｌｌｘｉｓ）；ロンサーフ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；カンプトサール（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＵＦＴ（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；テセントリク（アテゾリズマブ、Ｒｏｃｈｅ）；バベンチオ（アベルマブ、Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ／Ｐｆｉｚｅｒ／Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ）、ＩＭＦＩＮＺＩ（デュルバルマブ、Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ／ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、及びＴＳ－１（Ｔａｉｈｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）からなる群から選択する１つ以上の抗がん剤の投与を含み得る。ある例では、抗がん剤は、ペムブロリズマブである。ある例では、抗がん剤は、ニボルマブである。ある例では、抗がん剤は、アテゾリズマブである。ある例では、抗がん剤は、アベルマブである。ある例では、抗がん剤は、デュルバルマブである。ある例では、抗がん剤は、アベルマブである。ある例では、抗がん剤は、イピリムマブである。ある例では、抗がん剤は、トレメリムマブである。

Ｎｏｄ２機能を阻害する
本発明者らは、対象のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列での機能喪失型変異、またはＮＯＤ２シグナル伝達経路に関与するその他の遺伝子を介したＮＯＤ２シグナル伝達を阻害する変異が存在しておれば、対象がＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん治療に対する対象の反応性を改善できることを初めて示した。例示的な機能喪失型ＮＯＤ２バリアントを、表１、２、３、４、及び５、そして、配列番号３～７に記載している。

驚くべきことに、本発明者らは、対象（例えば、正常なＮＯＤ２機能を有する対象）でのＮＯＤ２機能を阻害すると、抗がん療法に対するその対象の反応性を改善できることも初めて示した。

本明細書で使用する用語「阻害する」は、ＮＯＤ２の阻害剤の投与を受けていない対象と比較して、対象でのＮＯＤ２機能を妨げる、減弱する、抑制する、または防止することを意味するものと解釈すべきである。ＮＯＤ２機能を測定する方法は、当該技術分野で公知である。

例えば、ＮＯＤ２機能は、その活性及び／または発現を測定するアッセイで測定し得る。本明細書に開示した方法のいずれかを使用して、ＮＯＤ２機能を測定し得る。

ＮＯＤ２機能の阻害を、一部の機能喪失、または完全な機能喪失とし得る。例えば、ＮＯＤ２の阻害剤の投与を受けていない対象でのＮＯＤ２機能と比較して、ＮＯＤ２機能を、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％減少させ得る。

したがって、一部の例では、本明細書に記載した方法は、対象のＮＯＤ２状態に基づいて抗がん療法に対する反応性が低くなる可能性が高いと決定した当該対象に対して、ＮＯＤ２阻害剤を投与することをさらに含み得る。

当業者であれば、ＮＯＤ２機能を、直接に阻害し得る、またはＮＯＤ２の上流または下流エフェクターを阻害することによって阻害し得る、ことを理解する。したがって、ＮＯＤ２阻害剤は、ＮＯＤ２機能の直接阻害剤、またはＮＯＤ２機能の間接阻害剤とし得る。阻害剤は、ＮＯＤ２に結合して、その配座を変化させる、または、その活性部位に影響を与えることによって、その機能を阻害し得る。あるいは、ＮＯＤ２機能の阻害剤は、ＮＯＤ２の結合パートナーを阻害し、それにより、ＮＯＤ２機能に影響を及ぼし得る。別の例では、ＮＯＤ２の阻害剤は、ＮＯＤ２シグナル伝達を阻害し得る。

ある例では、ＮＯＤ２機能の阻害は、ＮＯＤ２の遺伝的阻害を含み得る。適切な遺伝的阻害剤の例として、ＮＯＤ２またはその結合パートナーの発現に影響を与える（例えば、アップレギュレーション、またはダウンレギュレーションする）作用物質があるが、これらに限定されない。したがって、ＮＯＤ２阻害剤を、核酸阻害剤とし得る。

適切な遺伝的阻害剤をデザインする方法は、当該技術分野で公知である。遺伝的阻害剤の適切な例として、ＤＮＡ（ｇＤＮＡ、ｃＤＮＡ）、ＲＮＡ（センスＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ショートヘアピンＲＮＡ（ＳｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子核ＲＮＡ（ＳｎｏＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、リボザイム、アプタマー、ＤＮＡザイム、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ベクター、プラスミド、その他のリボヌクレアーゼ型複合体、及び、それらの混合物があるが、これらに限定されない。ＮＯＤ２及びその結合パートナーの遺伝子配列は、公的に入手可能であり、そして、それらを使用して、適切な遺伝的阻害剤を、当該技術分野で公知の方法でデザインすることができる。ＮＯＤ２のリファレンスのヌクレオチド配列を、配列番号１に提供している。

ある例では、遺伝的阻害剤は、ＲＮＡｉ作用物質である。ＲＮＡｉは、特定のタンパク質の産生を特異的に阻害する上で役立ち得る。理論に拘束されることを望むものではないが、この技術は、関心を寄せた遺伝子のｍＲＮＡ、この事例では、ＮＯＤ２をコードするｍＲＮＡ、またはその一部と本質的に同一である配列を含むｄｓＲＮＡ分子の存在に依存している。好都合なことに、ｄｓＲＮＡを、組み換えベクター宿主細胞での単一のプロモーターから生成することができ、そこでは、センス及びアンチセンス配列は、無関係な配列に隣接しており、当該無関係な配列が、センス及びアンチセンス配列をハイブリダイズさせて、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）などのループ構造を形成する当該無関係な配列を有するｄｓＲＮＡ分子の形成を可能ならしめる。本開示に適したｄｓＲＮＡ分子のデザイン及び製造は、特に、ＷＯ９９／３２６１９、ＷＯ９９／５３０５０、ＷＯ９９／４９０２９、及びＷＯ０１／３４８１５を考慮すると、当業者の能力の範囲内である。ＲＮＡｉのためのそのようなｄｓＲＮＡ分子として、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、及び二元機能性ｓｈＲＮＡがあるが、これらに限定されない。

核酸阻害剤を、低分子干渉ＲＮＡ（「ｓｉＲＮＡ」）分子とし得る。ｓｉＲＮＡ分子は、標的ｍＲＮＡの約１９～２１個の隣接するヌクレオチドと同一のヌクレオチド配列を含む。例えば、ｓｉＲＮＡ配列は、ジヌクレオチドＡＡで開始し得る、約３０～７０％（例えば、３０～６０％、例えば、４０～６０％、例えば、約４５％～５５％）のＧＣ含有量を含み得る、及び／または、導入する哺乳動物のゲノムにおける標的以外のあらゆるヌクレオチド配列に対して、例えば、標準的なＢＬＡＳＴ検索で決定した高率の同一性を有し得ない（例えば、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％未満で有し得る）。

核酸阻害剤を、アンチセンス核酸とし得る。本明細書で使用する用語「アンチセンス核酸」は、ＤＮＡ、またはＲＮＡ、またはそれらの誘導体（例えば、ＬＮＡまたはＰＮＡ）、またはそれらの組み合わせを意味するものと理解すべきであり、それらは、本開示のあらゆる実施例において本明細書で記載したポリペプチドをコードする特定のｍＲＮＡ分子の少なくとも一部に対して相補的であり、かつ、ｍＲＮＡ翻訳などの転写後の事象に干渉することができる。アンチセンス法の使用は、当該技術分野で公知である（例えば、Ｈａｒｔｍａｎｎ ａｎｄ Ｅｎｄｒｅｓ（ｅｄｉｔｏｒｓ）、Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ，Ｋｌｕｗｅｒ（１９９９）を参照されたい）。

したがって、本開示のアンチセンス核酸は、生理学的条件下で、標的核酸に対してハイブリダイズする。アンチセンス核酸として、構造遺伝子またはコード領域に対応する配列、あるいは遺伝子発現またはスプライシングの制御に影響を与える配列に対応する配列がある。例えば、アンチセンス核酸は、ＮＯＤ２をコードする核酸の標的コード領域、または５’－非翻訳領域（ＵＴＲ）、または３’－ＵＴＲ、あるいは、これらの組み合わせに対応し得る。それは、転写の間、または転写の後に、例えば、標的遺伝子のエキソン配列だけにスプライシングし得るイントロン配列に対して部分的に相補的とし得る。アンチセンス配列の長さは、好ましくは、少なくとも１９個の連続するヌクレオチド、例えば、ＮＯＤ２をコードする核酸の少なくとも１００、２００、５００、または１０００個のヌクレオチドなど、少なくとも５０個のヌクレオチドとすべきである。遺伝子転写物全体に対して相補的な全長配列を使用し得る。標的転写物に対するアンチセンス配列の同一性の程度は、少なくとも９０％、例えば、９５～１００％とすべきである。

遺伝的阻害剤を、核酸アプタマー（適応可能なオリゴマーとも称し得る）とし得る。アプタマーは、一本鎖オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド類似体であり、これらは、タンパク質、または小分子、例えば、ＮＯＤ２などの特定の標的分子に対して結合する能力を付与する二次及び／または三次構造を形成することができる。したがって、アプタマーは、抗体に対してオリゴヌクレオチド類似性である、と考えられることが多い。一般的に、アプタマーは、約１５～約１００個のヌクレオチド、例えば、約１５～約４０個のヌクレオチド、例えば、約２０～約４０個のヌクレオチドを含む。これらの範囲内の長さのオリゴヌクレオチドは、従来技術で調製することができる。

アプタマーは、アプタマーのライブラリーから単離または同定することができる。アプタマーライブラリーは、例えば、ランダムオリゴヌクレオチドをベクター（または、ＲＮＡアプタマーの事例では、発現ベクター）にクローニングして作り出すことができ、当該ランダム配列は、ＰＣＲプライマーの結合部位を提供する公知の配列に隣接している。所望の生物学的活性を提供する（例えば、ＮＯＤ２に特異的に結合する）アプタマーを選択する。高活性のアプタマーは、例えば、ＳＥＬＥＸ（Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ ＥＸｐｏｎｅｎｔｉａｌ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）を使用して、選択することができる。アプタマーライブラリーを生成及び／またはスクリーニングする適切な方法は、例えば、Ｅｌｌｏｉｎｔｏｎ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８－２２，１９９０；ＵＳ５２７０１６３；及び／またはＵＳ５４７５０９６に記載されている。

ある特定の例では、ＮＯＤ２阻害剤は、ＮＯＤ２タンパク質の阻害剤である。適切なＮＯＤ２阻害剤は、当該技術分野で公知である。加えて、適切なＮＯＤ２阻害剤は、公知のスクリーニング方法を使用して同定し得る。例えば、それらの方法は、ＮＯＤ２を、検査薬と接触させる、及びＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルに関する検査薬の効果を決定する、ことを含み得る。ＮＯＤ２の機能は、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）を使用するインビトロ刺激によってサイトカイン活性を測定することを含む方法を使用して評価し得る（Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＮＯＤ２阻害剤は、小分子のＮＯＤ２阻害剤とし得る。ＮＯＤ２タンパク質の適切な阻害剤の例として、小分子のＮＯＤ２阻害剤（Ｒｉｃｋａｒｄ ＤＪ ｅｔ ａｌ ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．２０１３ Ａｕｇ １；８（８）：ｅ６９６１９ ＰＭＩＤ ２３９３６３４０）、例えば、ＧＳＫ７１７（Ｎ－（２－（１－（２－（２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インデン－５－イルアミノ）－２－オキソエチル）－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）エチル）－Ｎ－メチルベンズアミド）があるが、これらに限定されない。したがって、本明細書に開示した方法は、ＮＯＤ２阻害剤ＧＳＫ７１７（Ｎ－（２－（１－（２－（２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インデン－５－イルアミノ）－２－オキソエチル）－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）エチル）－Ｎ－メチルベンズアミド）を使用して実施することができる。

ＮＯＤ２シグナル伝達の阻害は、ＮＯＤ２相互作用パートナーを阻害する小分子を介しても達成し得る。例えば、ＮＯＤ２阻害は、二重特異性キナーゼ、ＲＩＰＫ２（ＲＩＰ２）の阻害を介して達成し得る。ＲＩＰＫ２を欠失したノックアウトマウスは、健康であり、かつ、ＮＯＤ２リガンド、ＭＤＰ、それに、関連する細菌ペプチドグリカン受容体のリガンドであるＮＯＤ１に対する反応性を選択的に喪失しているが、それ以外では、正常な自然免疫反応、及び獲得免疫反応を示す（Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ ２００７ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７８：２３８０－６ ＰＭＩＤ １７２７７１４４；Ｈａｌｌ ｅｔ ａｌ ２００８ Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２００８ Ｊａｎ；３８：６４－７２ ＰＭＩＤ １８０８５６６６；Ｆａｉｒｈｅａｄ ２００８ Ａｍ Ｊ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ８：１１４３－５０ ＰＭＩＤ １８５２２５４５）。

適切なＲＩＰＫ２阻害剤の例として、ゲフィチニブ；ｐ３８ａ（ＳＢ２０３５８０）及びＳｒｃキナーゼ（ＰＰ２）（Ｗｉｎｄｈｅｉｍ Ｍ ｅｔ ａｌ ２００７ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊｎｌ ４０４：１７９－１９０）の小分子阻害剤；ＯＤ３６（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ）；ＷＥＨＩ－３４５（Ｎ－（２－（４－アミノ－３－（ｐ－トリル）－１Ｈ－ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－１－イル）－２ メチルプロピル）イソニコチンアミド）（Ｎａｃｈｂｕｒ Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ． ２０１５ Ｍａｒ １７；６：６４４２． ＰＭＩＤ ２５７７８８０３）；エルロチニブ；ＩＩ型小分子阻害剤であるプロテインキナーゼ、例えば、ポナチニブ、レゴラフェニブ、及び、ソラフェニブ（Ｃａｎｎｉｎｇ Ｐ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ． ２０１５ Ｓｅｐ １７；２２（９）：１１７４－８４ ＰＭＩＤ ２６３２０８６２）があるが、これらに限定されない。

プロテインキナーゼＬＲＲＫ２が、ＭＤＰ及びＮＯＤ２に反応するＲＩＰＫ２リン酸化及び活性化において重要である、ことも知られている（Ｙａｎ ＆ Ｚｉｕ ２０１７ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ ８：５５－６６ ＰＭＩＤ ２７８３０４６３）。したがって、当業者であれば、ＬＲＫＫ２が、ＮＯＤ２シグナル伝達を阻害する別の標的である、ことを理解する。適切なＬＲＫＫ２阻害剤の例として、ＣＺＣ２５１４６（ＣＡＳ番号１１９１９１１－２６－８）、ＣＺＣ５４２５２塩酸塩（ＣＡＳ番号１７８４２５３－０５－９）、ＧＮＥ－９６０５（ＣＡＳ番号１５３６２００－３１－３）、ＧＮＥ－０８７７（ＣＡＳ番号１３７４８２８－６９－９）、ＧＮＥ－７９１５（ＣＡＳ番号１３５１７６１－４４－８）、ＧＳＫ２５７８２１５Ａ（ＣＡＳ番号１２８５５１５－２１－０）、ＪＨ－ＩＩ－１２７（ＣＡＳ番号１７００６９３－０８－８）、ＬＲＲＫ２－ＩＮ－１（ＣＡＳ番号１２３４４８０－８４－２）、ＭＬｉ－２（ＣＡＳ番号１６２７０９１－４７－７）、ＰＦ０６４４７４７５（ＣＡＳ番号１５２７４７３－３３－１）、及びＵＲＭＣ－０９９（ＣＡＳ番号１２２９５８２－３３－５）があるが、これらに限定されない。

ＮＯＤ２の阻害は、ＮＯＤ２シグナル伝達に必要なユビキチンリガーゼのレベルでも実行し得る。ある実施形態では、ユビキチンリガーゼを、ＸＩＡＰ、ｃＩＡＰ２、ｃＩＡＰ１、及びＰｅｌｌｉｎｏ ３からなる群から選択する。ユビキチンリガーゼＸＩＡＰ（ＢＩＲＣ４）でのヒトの機能喪失型変異は、大腸炎及びＸ連鎖リンパ増殖症候群２の原因となる（Ｎｉｅｌｓｅｎ ＆ Ｌａｃａｓｓｅ Ｇｅｎｅｔ Ｍｅｄ． ２０１７ Ｆｅｂ；１９（２）：１３３－１４３ ＰＭＩＤ ２７４１６００６）。このような変異は、ＮＯＤ２シグナル伝達を干渉し得るものであり、同変異として、ＲＩＰＫ２に対するＸＩＡＰ結合を阻害する第２のＢＩＲドメインのミスセンス変異などがある。ＮＯＤ２シグナル伝達に関するこれらの阻害効果は、ＸＩＡＰ、それに、ｃＩＡＰ１及び２を干渉するＳＭＡＣ模倣化合物で模倣することができ（Ｄａｍｇａａｒｄ ＥＭＢＯ Ｍｏｌ Ｍｅｄ． ２０１３ Ａｕｇ；５（８）：１２７８－９５ ＰＭＩＤ ２３８１８２５４；Ｓｔａｆｆｏｒｄ ＣＡ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ． ２０１８ Ｆｅｂ ６；２２（６）：１４９６－１５０８． ＰＭＩＤ ２９４２５５０５）、同模倣化合物として、ＸＢ２ｄ８９（Ｇｏｎｃｈａｒｏｖ Ｔ ｅｔ ａｌ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ． ２０１８ Ｆｅｂ １５；６９（４）：５５１－５６５ ＰＭＩＤ ２９４５２６３６）がある。

Ｋ６３ユビキチンリガーゼのｃＩＡＰ２（ＢＩＲＣ３）またはｃＩＡＰ１（ＢＩＲＣ２）のいずれかを欠失したノックアウトマウスは、ＲＩＰＫ２を活性化する働きをするので、ＮＯＤ２またはＮＯＤ１リガンドに対して選択的な反応性を示すことができない（Ｂｅｒｔｒａｎｄ ｅｔ ａｌ ２００９ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ３０（６）：７８９－８０１ ＰＭＩＤ １９４６４１９８）。その他の群での後続の研究から、ｃＩＡＰ１またはｃＩＡＰ２の遺伝的阻害は、ＮＯＤ２シグナル伝達をあまり阻害しておらず、ＮＯＤ２シグナル伝達経路のさらに下流で機能しているものと考えられる（Ｓｔａｆｆｏｒｄ ＣＡ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ． ２０１８ Ｆｅｂ ６；２２（６）：１４９６－１５０８． ＰＭＩＤ ２９４２５５０５）。さらに、ユビキチンリガーゼＰｅｌｌｉｎｏ ３の欠失が、ＮＯＤ２シグナル伝達を妨げることも示されている（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ ２０１３ Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌ １４（９）：９２７－３６ ＰＭＩＤ ２３８９２７２３）。したがって、当業者であれば、ｃＩＡＰ１、ｃＩＡＰ２、及びＰｅｌｌｉｎｏ ３の阻害剤も、ＮＯＤ２を阻害するために使用し得る、ことを理解する。

したがって、ＮＯＤ２活性または機能の阻害剤を、ＮＯＤ２阻害剤、ＲＩＰＫ２阻害剤、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼの阻害剤、または、それらのあらゆる組み合わせとし得る。ある例では、阻害剤は、ＲＩＰＫ２阻害剤である。ある例では、阻害剤は、ＬＲＲＫ２阻害剤である。ある例では、阻害剤は、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼを阻害する。ある例では、ユビキチンリガーゼは、ＸＩＡＰである。ある例では、ユビキチンリガーゼは、ｃＩＡＰ１である。別の例では、ユビキチンリガーゼは、ｃＩＡＰ２である。別の例では、ユビキチンリガーゼは、Ｐｅｌｌｉｎｏ ３である。

実施例１．ＮＯＤ２の阻害は、黒色腫に対する免疫反応を促す
転移性黒色腫に対して稀に特殊な反応性を示す患者について調査を行った。放射線治療の時点で、患者の予後は不良であった。彼女の脳に認められた数多くの転移性病変の１つを、苦痛緩和処置として定位放射線で治療をした。その後の６週間で、肝臓、皮膚、結節などの黒色腫転移のすべての部位が退行し、そして、消失した。この患者は、２０年後の現在も、黒色腫とは無縁の状態を維持し続けている。

この「未照射部位の反応性」は、限局性がん治療では非常に稀であり、身体内の複数の部位にすでに腫瘍の形成が認められている転移性黒色腫の患者では、４００名に１名未満にしか認められていない（Ｂｒａｍｈａｌｌ ｅｔ ａｌ Ｅｕｒ Ｊ Ｓｕｒｇ Ｏｎｃｏｌ． ２０１４ ４０（１）：３４－４１． ＰＭＩＤ ２４１３９９９９）。特異な点として、放射線療法に対する患者の未照射部位のがんの反応性は、腸の炎症性疾患であるクローン病の発症を伴っていた。腸の炎症の同時発症は、免疫チェックポイント阻害剤であるイピリムマブ（抗ＣＴＬＡ４）を黒色腫患者に対して投与して、がん細胞に対する免疫反応の造形的ブレーキを解除する場合に認められる同阻害剤の主たる副作用の１つを連想させる。

患者の生殖細胞系列ＤＮＡの全ゲノム配列分析を行った。彼女のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列（別名、ＣＡＲＤ１５）、ｐ．Ｌｅｕ１００７ＰｒｏｆｓＴｅｒ２ （ｒｓ２０６６８４７）の１つのコピーにおいて、彼女が機能喪失型変異を受け継いでいる、ことを確認した。Ｅｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＥｘＡＣ）ブラウザー（ｈｔｔｐ：／／ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｖａｒｉａｎｔ／１６－５０７６３７７８－Ｇ－ＧＣ）で公開されているデータによれば、Ｌ１００７ｆｓ変異は、世界の人口の２．６％が保有している。この変異を、１つのコピーでも保有していると、クローン病のリスクは４倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。

ゲノム配列は、この患者が、ＥｘＡＣの参加者の０．５１％で認められるＮＯＤ２／ＣＡＲＤ１５、Ｔｈｒｌ８９Ｍｅｔ（ｒｓ６１７５５１８２）のその他のコピーに関する第２の変異を受け継いでいることも明らかにした。このバリアントは、ＭＤＰ刺激をした後のＮＦＫＢシグナル伝達を顕著に抑制する、ことが知られている（Ｒ． Ｐａｒｋｈｏｕｓｅ， Ｔ． Ｍｏｎｉｅ， ２０１５， Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ６： ５２１ ＰＭＩＤ： ２６５００６５６）。

両方の変異を有すると考えられる割合は、全人数の０．５１％×２．６％＝０．０１３％である（約１０，０００名に１名）。

患者のＮＯＤ２遺伝子型の希少性、ＮＯＤ２の遺伝的阻害とクローン病との間の強い因果関係、そして、彼女の黒色腫転移の免疫根絶に伴うクローン病の発症は、ＮＯＤ２の阻害と、１つの腫瘍に対する局所照射とを組み合わせると、ヒトにおいて、黒色腫に対する全身免疫反応を促すという重大な証拠を提供する。

実施例２．ＮＯＤ２の阻害は、肺癌に対する免疫反応を促す（Ｉ）
患者の募集
臨床研究プロトコルを立案し、そして、Ｓｙｄｎｅｙ Ｌｏｃａｌ Ｈｅａｌｔｈ Ｄｉｓｔｒｉｃｔ Ｈｕｍａｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｅｔｈｉｃｓ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ － Ｃｏｎｃｏｒｄ Ｒｅｐａｔｒｉａｔｉｏｎ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｈｏｓｐｉｔａｌの承認を受けた。参加病院のＲｅｓｅａｒｃｈ Ｇｏｖｅｒｎａｎｃｅ Ｏｆｆｉｃｅｓは、独立して、プロトコルを部位特異的に評価した。このプロトコルは、シドニーの５つの主要な病院、Ｓｙｄｎｅｙ － Ｗｅｓｔｍｅａｄ， Ｂｌａｃｋｔｏｗｎ， Ｃｏｎｃｏｒｄ， Ｓｔ Ｖｉｎｃｅｎｔ’ｓ Ｓｙｄｎｅｙ、及びＴｈｅ Ｃｈｒｉｓ Ｏ’Ｂｒｉｅｎ Ｌｉｆｅｈｏｕｓｅで承認された。

抗ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１の単剤治療を受けている非小細胞肺癌の患者は、医師の直接紹介、または外来診療所での記録、薬局での記録、及び外来治療の予約の分析をして特定した。

患者は、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｈａｒｍｏｎｉｓａｔｉｏｎ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅガイドラインに従うことを同意した。同意を得た際に、２×１０ｍＬ ＥＤＴＡチューブを使用して、採血を１度行った。

外来診療所での記録、放射線処置の報告書と画像、組織学と病理学結果などの医療記録にアクセスして、同意した患者のデータポイントを収集した。

ゲノム配列決定
全血から分離したＤＮＡを使用して、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームで、患者のゲノムの配列決定をした。

生の読み取り値を、ＢＷＡ－ＭＥＭ ｖ０．７．１０－ｒ７８９を使用して、ｈｓ３７ｄ５リファレンスに対して整列させ、次いで、Ｎｏｖｏｓｏｒｔ ｖ１．０３．０１で選別し、そして、重複箇所をマークした。ＧＡＴＫ ｖ３．３－０－ｇ３７２２８ａｆを使用して、ローカルインデルの再配置と、基本的品質スコアの再検定を行った。ｇＶＣＦを、ＧＡＴＫ ＨａｐｌｏｔｙｐｅＣａｌｌｅｒで生成し、そして、バリアントを、ＧＡＴＫ Ｖａｒｉａｎｔ Ｑｕａｌｉｔｙ Ｓｃｏｒｅ Ｒｅｃａｌｉｂｒａｔｏｒ（ＶＱＳＲ）を使用して再検定した。最後に、ＶＣＦファイルに、ＬｏＦＴＥＥ及びｄｂＮＳＦＰプラグインを使用して、Ｖａｒｉａｎｔ Ｅｆｆｅｃｔ Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ（ＶＥＰ）ｖ７６で注釈を付けた。

バリアントを、ＧＥＭＩＮＩ（ｖ０．１８．３）を使用して、データベースに格納し、次いで、バリアントのフィルタリングを行い、そして、アノテーションプラットフォームＳｅａｖｅにインポートした。バリアントは、予想される遺伝パターン、深度が≧１０であること、ＱＵＡＬが≧２００であること、ＥｘＡＣのそれぞれの≦１％であること、１０００のゲノムとＥＳＶであること、ＣＡＤＤが≧１０であること、及び（Ｅｎｓｅｍｂｌ分類カテゴリー化に基づいた）中程度または高度の影響に関して、フィルタリングを行った。結果として得られた候補バリアントを、ＰｏｌｙＰｈｅｎ、ＰＲＯＶＥＡＮ、及びＳＩＦＴインシリコ予測スコア、それに、ＣｌｉｎＶａｒ、ＯＭＩＭ、及びＯｒｐｈａｎｅｔで同定した疾患との公知の関連性を使用して、さらに優先順位を付けた。報告を受けたすべてのバリアントを、ＩＧＶを使用して手作業で確認を行って、それらの信頼性を検証した。

配列分析
免疫寛容遺伝子での稀で一般的なバリアントの負荷について分析を行い、そして、Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｂａｎｋ（ＭＧＲＢ、１１４４名の高齢者のＷＧＳを含む）、及びＥｘｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＥｘＡＣ）と比較をした。フィッシャーの直接確率検定を使用して、比較を行った。自己免疫状態の遺伝的リスクスコアを、これらのコホート、すなわち、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ）に含まれていたＭＧＲＢ及びＮＳＣＬＣ患者について計算を行った。スコアは、ＮＨＧＲＩ－ＥＢＩ ＧＷＡＳカタログ由来のリスク対立遺伝子とオッズ比の重み付けとを使用して計算をした。

結果
同定した特殊なレスポンダーの人数
特殊なレスポンダーを、次の２つの基準で定義した。
１）１２か月超の完全または部分的な反応性、または、２４か月超にわたって安定している疾患（ＲＥＣＩＳＴ基準に従う）
及び
２）免疫関連のあらゆる程度の有害事象の同時発生。

４００名超の患者の治療プールから、抗ＰＤ１または抗ＰＤ－Ｌ１作用物質に対して特殊な反応性を示す２０例を特定した。

稀で一般的なバリアントの負荷
特殊なレスポンダーの自己免疫性有害作用は、試験データから予想する頻度と一致した、すなわち、最も一般的な有害作用は、甲状腺炎と発疹であった。２０名の患者の内の３名は、彼らにおける有害作用として、大腸炎が認められた。

ＮＯＤ２の遺伝的阻害剤は、肺癌の特殊なレスポンダーに頻繁に認められる。ゲノム配列分析は、２０名の特殊なレスポンダーの内の６名が、ＮＯＤ２を阻害する変異を有しており、１名の特殊なレスポンダーが、望ましくない２つの対立遺伝子を有している、ことが明らかになった（４０の対立遺伝子の内の７つ）。

肺癌患者ＬＨ２及びＴＫＣＣ６は、実施例１の黒色腫患者、ＥｘＡＣの参加者の２．６％、そして、ｍｅｄｉｃａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｂａｎｋ（ＭＧＲＢ）の参加者の内、全ゲノム配列分析をした高齢者の３．３％で認められたのと同じＬ１００７ｆｓ変異（ｒｓ２０６６８４７）を有していた。この変異は、ＮＯＤ２機能を無効して、細胞膜から同機能を排除することが知られている（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９；Ｂａｒｎｉｃｈ Ｎ ２００５ Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ １７０：２１ ＰＭＩＤ １５９９８７９７；Ｌｅｃｉｎｅ Ｐ ２００７ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８２：１５１９７ ＰＭＩＤ １７３５５９６８）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病のリスクが、４倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。フレームシフト変異を有している患者では、治療の有害作用として大腸炎が出現することはなかった。患者ＬＨ２は、寒冷凝集素、肺炎、及び皮膚ループスを伴う自己免疫性溶血性貧血に罹患しており、そして、ＴＫＣＣ６は、甲状腺機能低下症に罹患していた。患者の特徴を、表１に示す。

肺癌患者ＷＭＨ１、ＬＨ１７、及びＣＲＧＨ４は、ＮＯＤ２ｐ．Ａｒｇ７０２Ｔｒｐ（Ｒ７０２Ｗ；ｒｓ２０６６８４４；配列番号３）変異を有しており、この変異は、ＥｘＡＣの参加者の４．５％、そして、ＭＧＲＢの参加者の９．２％に存在している。この変異は、ＮＯＤ２シグナル伝達を阻害する（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病に対する感受性が２．２倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。患者ＣＲＧＨ４は、この変異を、Ｇｌｙ９０８Ａｒｇを有する複合ヘテロ接合型に有しており、そして、有害作用として大腸炎が出現していた（表１）。ＷＭＨ１とＬＨ１７は、それぞれ、発疹と甲状腺機能低下症に罹患していた（表１）。

肺癌患者ＬＨ７とＣＲＧＨ４は、ＮＯＤ２ｐ．Ｇｌｙ９０８Ａｒｇ（Ｇ９０８Ｒ、ＥＮＳＴ０００００３００５８９が適用される；ｒｓ２０６６８４５；配列番号７）を有しており、この変異は、ＥｘＡＣの参加者の１．８％、そして、ＭＧＲＢの参加者の２．４％に存在している（表２）。Ｇ９０８Ｒは、ＮＯＤ２シグナル伝達を弱めることも知られている（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病に対する感受性が３倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。患者ＬＨ７では、有害作用として発疹が出現していた。上記したように、患者ＣＲＧＨ４は、Ｇ９０８Ｒ及びＲ７０２Ｗに関する複合ヘテロ接合であり、そして、有害作用として大腸炎が出現していた。Ｒ７０２ＷとＧ９０８Ｒの両方の変異を保有すると考えられる割合は、全人数の４．５％×１．８％＝０．０８１％（１２００人に１名）である。

ＥｘＡＣ頻度を使用する場合、多数の個人を対象にして調査をするので、より正確な調査が行える。ＥｘＡＣ頻度に基づいた場合、ＮＯＤ２を阻害する３つの変異の内の１つまたはその他を保有すると考えられる頻度は、０．０２６＋０．０４５＋０．０１８＝０．０８９（８．９％）である。ＮＯＤ２を有する特殊なレスポンダーの３０％が、一般的でない変異で直接に阻害を受けるという本発明者らの知見は、予想を遙かに超えるものである。

肺癌の特殊なレスポンダーでのＮＯＤ２シグナル伝達補因子の遺伝的阻害剤
ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列自体での一般的でない変異によるＮＯＤ２阻害に加えて、特殊なレスポンダーコホートでは、ＮＯＤ２シグナル伝達に必須のその他のタンパク質の遺伝子に影響を与える一般的なＤＮＡバリアントが豊富であった。ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に関係しない１７０個の一般的なＤＮＡバリアントは、２つの大規模ゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）において、従前より、クローン病に対する感受性の高まりと関連付けられていた。

これらの一般的な感受性ＤＮＡバリアンの負荷を、特殊なレスポンダー（着色した円）のそれぞれと、ＭＧＲＢの１１４４名の健康な高齢者のそれぞれ（箱ひげ図、パーセンタイルマーキング１０、２５、平均値、７５、９０）において計算した。図１は、ＭＧＲＢでの健康なコントロールと比較して、特殊なレスポンダーの２０％が、これらの一般的なクローン病の感受性バリアントの負荷が、９０パーセンタイルを超えていることを示している。

同じ分析を、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ）での肺腺癌患者について行った。ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ患者は、ＭＧＲＢ患者と同様のパーセンタイル配置を示しており、このことは、ＮＯＤ２関連バリアントが増えても、肺癌発症のリスク因子にはならない、ことを示唆している（図２）。

図３は、３つのＮＯＤ２阻害バリアントが、リスクスコアに含まれており、そして、スペクトル全体（平均リスクの上下）の患者に認められることを示している。ＮＯＤ２の変動は、１つの事例（ＣＲＧＨ４、複合ヘテロ接合体）だけが大腸炎と相関していた。

次に、本発明者らは、特殊なレスポンダー及びＭＧＲＢでのＤＮＡバリアントの平均負荷に関して、当該ＤＮＡバリアント（一塩基多型、ＳＮＰ）のそれぞれについて採点を行い、そして、これらの平均負荷の差異に従って、当該ＤＮＡバリアントのランク付けをして、大きな負荷に寄与しているＤＮＡバリアントについて分析を行った（表３）。上位１５個のバリアントの内、８つは、ＮＯＤ２、またはその機能性パートナーであるＬＲＲＫ２とＩＲＧＭのいずれかに影響を及ぼしており、これらは、細胞内複合体でＮＯＤ２と相互作用し、そして、ＮＯＤ２シグナル伝達を促すタンパク質をコードする（Ｃｈａｕｈａｎ Ｓ ｅｔ ａｌ ２０１５ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ ５８：５０７ ＰＭＩＤ ２５８９１０７８；Ｚｈａｎｇ Ｑ ｅｔ ａｌ ２０１５ Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６：９１８ ＰＭＩＤ ２６２３７５５１；Ｙａｎ ＆ Ｌｉｕ ２０１７ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ ８：５５－６６ ＰＭＩＤ ２７８３０４６３；Ｗａｎｇ Ｈ ｅｔ ａｌ ２０１７ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １９８（９）：３７２９－３７３６ ＰＭＩＤ ２８３３０８９７）。

実施例３．ＮＯＤ２の阻害は、肺癌に対する免疫反応を促す（ＩＩ）
実施例２の患者の無進行生存期間のさらなる分析を行った。

６００名超の患者の治療プールから、抗ＰＤ１または抗ＰＤ－Ｌ１、及び自己免疫性有害作用に対して非常に良好な反応性を示す４０例を同定した。進行性疾患に対して最良の反応性を示す１０例（非レスポンダー）を同定した。

稀少かつ一般的なバリアントの負荷
特殊なレスポンダーの自己免疫性有害作用は、試験データから予想した頻度と一致した、すなわち、最も一般的な有害作用は、甲状腺炎と発疹であった。４０名の患者の内の７名は、有害作用の一部として、大腸炎を患っていた。

ＮＯＤ２の遺伝的阻害剤は、肺癌の特殊なレスポンダーで頻繁に認められる。ゲノム配列分析を行ったところ、４０名の特殊なレスポンダーの内の９名が、ＮＯＤ２を阻害する変異を有しており、１名の特殊なレスポンダーは、２つの有害な対立遺伝子を保有している、ことが明らかになった（８０の対立遺伝子の内の１０個）。１０名の非レスポンダーでは、ＮＯＤ２を阻害する変異は認められなかった（２０の対立遺伝子の内の０個）。計数した対立遺伝子は、ｒｓ６１７５５１８２では、１０／２２８８（０．４４％）であり、そして、ｒｓ２０６６８４７では、３８／２２８８（１．７％）であった。両方の変異対立遺伝子を保有する対象は存在しておらず、このことは、対立遺伝子を連鎖不均衡に保有していない、ことを示している。

肺癌患者ＬＨ２とＴＫＣＣ６は、実施例１の黒色腫患者、ＥｘＡＣの参加者の２．６％、そして、ｍｅｄｉｃａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｂａｎｋ（ＭＧＲＢ）の参加者の内、全ゲノム配列分析をした高齢者の３．３％で認められたのと同じＬ１００７ｆｓ変異（ｒｓ２０６６８４７）を有していた。この変異は、ＮＯＤ２機能を無効して、細胞膜から同機能を排除することが知られている（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９；Ｂａｒｎｉｃｈ Ｎ ２００５ Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ １７０：２１ ＰＭＩＤ １５９９８７９７；Ｌｅｃｉｎｅ Ｐ ２００７ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２８２：１５１９７ ＰＭＩＤ １７３５５９６８）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病のリスクが、４倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。フレームシフト変異を有している患者では、治療の有害作用として大腸炎が出現することはなかった。患者ＬＨ２は、寒冷凝集素、肺炎、及び皮膚ループスを伴う自己免疫性溶血性貧血に罹患しており、そして、ＴＫＣＣ６は、甲状腺機能低下症と大腸炎に罹患していた。患者の特徴を、表４に示す。

肺癌患者ＷＭＨ１、ＬＨ１７、ＣＲＧＨ４、及びＷＭＨ１３は、ＮＯＤ２ｐ．Ａｒｇ７０２Ｔｒｐ（Ｒ７０２Ｗ；ｒｓ２０６６８４４；配列番号３）の変異を有しており、この変異は、ＥｘＡＣの参加者の４．５％、そして、ＭＧＲＢの参加者の９．２％に存在している。この変異は、ＮＯＤ２シグナル伝達を阻害する（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病に対する感受性が２．２倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。患者ＣＲＧＨ４では、この変異が、Ｇｌｙ９０８Ａｒｇを含む複合ヘテロ接合型に存在しており、そして、初期に有害作用として大腸炎が出現し、その後に、炎症性関節炎（画像診断でグレード３の両側性仙腸骨炎）、発疹の発症、そして、既存の甲状腺機能低下症の悪化が認められた（表４）。ＷＭＨ１とＬＨ１７は、それぞれ、発疹と甲状腺機能低下症に罹患しており、そして、ＷＭＨ１３は、発疹と甲状腺機能低下症の両方に罹患していた（表４）。

肺癌患者ＬＨ７、ＣＲＧＨ４、及びＢＭＤＨ３６は、ＮＯＤ２ｐ．Ｇｌｙ９０８Ａｒｇ（Ｇ９０８Ｒ、ＥＮＳＴ０００００３００５８９が適用される；ｒｓ２０６６８４５）を有しており、この変異は、ＥｘＡＣの参加者の１．８％、そして、ＭＧＲＢの参加者の２．４％に存在している（表２）。Ｇ９０８Ｒは、ＮＯＤ２シグナル伝達を弱めることも知られている（Ｂｏｎｅｎ ＤＫ ２００３ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２４：１４０ ＰＭＩＤ １２５１２０３８；Ｉｎｏｈａｒａ ２００３ Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：５５０９ ＰＭＩＤ １２５１４１６９）。この変異を１つのコピーでも保有していると、クローン病に対する感受性が３倍にまで高まる（Ｍ． Ｅｃｏｎｏｍｏｕ ｅｔ ａｌ ２００４ Ａｍ． Ｊ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．， ９９， ２３９３－２４０４ ＰＭＩＤ １５５７１５８８）。患者ＬＨ７は、有害作用として発疹が出現した。上記したように、患者ＣＲＧＨ４は、Ｇ９０８Ｒ及びＲ７０２Ｗに関する複合ヘテロ接合型であり、そして、複数の有害作用の出現が認められた。Ｒ７０２ＷとＧ９０８Ｒの両方の変異を保有していると考えられる人数割合は、４．５％×１．８％＝０．０８１％（１２００人に１名）である。

肺癌患者ＬＨ５は、ＮＯＤ２ｐ．Ｌｅｕ２４８Ａｒｇ（Ｌ２４８Ｒ、ＥＮＳＴ０００００３００５８９が適用される；ｒｓ１０４８９５４２３）を有しており、この変異は、ＥｘＡＣの参加者の０．０５％、そして、ＭＧＲＢの参加者の０．０４％に存在している（表２）。Ｌ２４８Ｒは、ＭＤＰ刺激の後にＮＦＫＢシグナル伝達をほぼ完全に減弱し、Ｌ１００７ｆｓと同様の効果を示す（Ｒ．Ｐａｒｋｈｏｕｓｅ、Ｔ．Ｍｏｎｉｅ，２０１５，Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ，６：５２１ ＰＭＩＤ：２６５００６５６）。患者ＬＨ５は、有害作用として、重度の乾癬、高トランスアミナーゼ血症、膵炎に罹患していた。

ＥｘＡＣ頻度を使用する場合、多数の個人を対象にして調査をするので、より正確な調査が行える。ＥｘＡＣ頻度に基づいた場合、ＮＯＤ２を阻害する変異の１つまたはその他の変異を保有すると考えられる頻度は、表５に記載している個々の頻度の合計：０．０５８（５．８％）である。特殊なレスポンダーの１２．５％が、ＮＯＤ２を阻害する変異を有するという本発明者らの知見は、予想を遙かに超えるものである。

肺癌の特殊なレスポンダーでのＮＯＤ２シグナル伝達補因子の遺伝的阻害剤
ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列自体での一般的でない変異によるＮＯＤ２阻害に加えて、特殊なレスポンダーコホートは、ＮＯＤ２シグナル伝達に必須の遺伝子を阻害する一般的なＤＮＡバリアントが豊富であった。非レスポンダーコホートは、少数ではあるが、必須の（過剰活性化する）ＮＯＤ２シグナル伝達パートナーには機能獲得型バリアントが豊富であった。

これらの一般的な感受性ＤＮＡバリアンの負荷を、特殊なレスポンダー（着色した円）のそれぞれと、ＭＧＲＢの１１４４名の健康な高齢者のそれぞれ（箱ひげ図、パーセンタイルマーキング１０、２５、平均値、７５、９０）において計算した。図１は、ＭＧＲＢでの健康なコントロールと比較して、特殊なレスポンダーの２０％が、これらの一般的なクローン病の感受性バリアントの負荷について、９０パーセンタイルを超えていることを示している。

同じ分析を、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ）での肺腺癌患者に行った。ＴＣＧＡ－ＬＵＡＤ患者は、ＭＧＲＢ患者と同様のパーセンタイル配置を示しており、このことは、ＮＯＤ２関連バリアントが増えても、肺癌発症のリスク因子にはならない、ことを示唆している（図２）。

図３は、３つのＮＯＤ２阻害バリアントが、リスクスコアに含まれており、そして、スペクトル全体（平均リスクの上下）の患者に認められることを示している。ＮＯＤ２の変動は、１つの事例（ＣＲＧＨ４、複合ヘテロ接合体）だけが大腸炎と相関していた。

まとめると、この証拠は、ＰＤ－１ブロックと組み合わせた非常に特異的なＮＯＤ２阻害の小規模な臨床試験に対応しており、２つを組み合わせることで、肺癌に対する免疫反応が高まり、肺癌が縮小する、または、がんの増殖を予防する、ことのいずれかを示している。

実施例４．ＮＯＤ２阻害のマウスモデル
機能喪失フレームシフト変異（Ｌ１００７ｆｓ；ｒｓ２０６６８４７）の生理学的機能と、黒色腫の患者に認められる稀な機能的変異を試験するために、Ｇａｒｖａｎ／ＡＢＲ（ＭＥＧＡ）施設にあるＭｏｕｓｅ ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇのマウスであるＴ１７９Ｍ（マウス同等物；Ａ１６２Ｍ）、Ｃ５７Ｂ／Ｌ６を、Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ Ｓｈｏｒｔ Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ Ｒｅｐｅａｔｓ（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓ９技術を使用して、遺伝子組み換えした。

野生型動物と比較したホモ接合性フレームシフト、及びホモ接合性Ａ１６２Ｍマウスのベースライン特性は、骨髄及び脾臓での白血球の同様の分布など、インタクトな免疫区画を示した。この現象は、老齢コホートと、ヒツジ赤血球で免疫処置して７日後にも保持されており、刺激に対する胚中心（ＧＣ）Ｂ細胞の反応性は、わずかではあるが、一貫して減少した（図４ａｂ）。

免疫原性大腸癌細胞株ＭＣ３８を選択して、腫瘍増殖、及び抗ＰＤ１を用いた治療に関するＮＯＤ２変異の影響を調査した。Ｗｔマウスの脇腹の皮下に、１×１０^６Ｍ Ｃ３８細胞を含む１００μＬ ＰＢＳを接種し、次いで、抗ＰＤ１（ＢｉｏＸ Ｃｅｌｌ ＩｎＶｉｖｏ 抗マウスＰＤ－１）、またはアイソタイプコントロール（ＢｉｏＸ Ｃｅｌｌ ＩｎＶｉｖｏ ＭＡｂ ラットＩｇＧ２ａ）のいずれかを含む２００μＬ ＰＢＳの３００μｇを腹腔内（ＩＰ）投与をして、チェックポイント阻害に対するベースライン応答性を確立した。ビヒクルと比較して、活性薬物で治療したマウスで腫瘍増殖の安定化が認められた（図５）。

年齢を一致させたホモ接合型ＮＯＤ２フレームシフトマウス、及びｗｔマウス（ｎ＝１２／群、実験を４回繰り返した）の脇腹の皮下に、１×１０^６個のＭＣ３８細胞を含む１００μＬ ＰＢＳを接種した。腫瘍がマウスの５０％超であり、触知可能になり次第に（約５日目）、３００μｇ 抗ＰＤ１を含む２００μＬ ＰＢＳを、ＩＰで、３日ごとに４回投与して治療した。腫瘍は、１日おきに測定した（垂直直径、ｍｍ^２）。マウスは、２回の投与（Ｔ１）後、または４回の投与（Ｔ２）後に屠殺した。腫瘍と脾臓を、フローサイトメトリーを使用して分析した（図６ａ）。未治療の動物の内、ＮＯＤ２変異動物では、ＭＣ３８がより急激に増殖したが、野生型動物と比較して、抗ＰＤ１で治療した後の反応性の深度と持続性が大きかったという点では、腫瘍の増殖は、従前の実験を再現するものであった（図６ａ）。

腫瘍への免疫浸潤の分析は、野生型と比較して、ＮＯＤ２変異動物では、総ＣＤ８^＋細胞の割合に応じたＣＤ８エフェクター細胞の豊富度が認められた（図６ｂ、ｃ）。エフェクターＣＤ８^＋Ｔ細胞は、細胞傷害性能力を有しており、そして、効果的な抗腫瘍免疫において必須である（Ｆａｒｈｏｏｄ ｅｔ ａｌ， ２０１９， Ｊ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ， ２３４（６）：８５０９－８５２１， ＰＭＩＤ： ３０５２００２９）。ＣＤ８^＋エフェクターサブセットは、抗ＰＤ１などのチェックポイント阻害剤を使用する治療によって増強される主要なタイプの免疫細胞であると考えられている（Ｔｏｐａｌｉａｎ ｅｔ ａｌ， ２０１６， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ；１６（５）：２７５－８７． ＰＭＩＤ２７０７９８０２）。

当業者であれば、本開示の広範な一般的な範囲から逸脱せずに、上記した実施形態に対して数多くの変更及び／または修正を加え得ることを理解されたい。したがって、本実施形態は、すべての点において例示的であり、限定的でない、と考えるべきである。

本明細書で参照するすべての文書は、参照により、それらの全内容を援用する。

Claims (36)

1. 抗がん療法の対象を選択する方法であって、
   （ｉ）前記対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
   （ｉｉ）前記（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；ことを含み、
   前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、前記（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、前記対象が、抗がん療法に対して反応性を示す可能性が高いことを意味する、前記方法。
2. 抗がん療法に対する対象の反応性を予測する方法であって、
   （ｉ）前記対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；
   （ｉｉ）前記（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；ことを含み、
   前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、前記（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、前記対象が、前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する前記対象の反応性を改善する可能性が高いことを意味する、前記方法。
3. 抗がん療法に対して対象が示す可能性の高い反応性に従って、前記対象を分類する方法であって、
   （ｉ）前記対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定する；及び
   （ｉｉ）前記（ｉ）で決定したヌクレオチド配列を、ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較する；及び
   （ｉｉｉ）抗がん療法に対して予測された前記対象の反応性に従って、前記対象を分類する、ことを含み、
   前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、前記（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が存在しておれば、前記対象が、前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する前記対象の反応性を改善する可能性が高いことを意味する、及び、前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列と比較して、前記（ｉ）で決定した配列に機能喪失型変異が認められなければ、前記対象が、前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を有していた場合と比較して、抗がん療法に対する前記対象の反応性は実質的に同じである、または、前記対象が、前記ＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列に機能喪失型変異を有していた場合よりも、前記反応性が低くなる可能性が高いことを意味する、前記方法。
4. 前記抗がん療法が、化学療法、放射線療法、免疫療法、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
5. 前記免疫療法が、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬、及びＣＴＬＡ－４標的薬からなる群から選択するチェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項４に記載の方法。
6. 前記ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬を、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びニボルマブからなる群から選択し、かつ前記ＣＴＬＡ－４標的薬を、イピリムマブ、及びトレメリムマブからなる群から選択する、請求項５に記載の方法。
7. 前記対象が、胸部癌、頭頸部癌、黒色腫、皮膚癌、神経癌、胚細胞癌、肉腫、肝胆道癌、上部消化管癌、下部消化管癌、乳癌、ＣＮＳ癌、婦人科癌、泌尿生殖器癌；神経内分泌癌及び副腎癌、原発不明のがん、リンパ腫、白血病、大腸癌、及び形質細胞腫からなる群から選択するがんに罹患している、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記がんが、肺癌、大腸癌、または黒色腫である、請求項７に記載の方法。
9. 前記ＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列が、
   （ｉ）野生型のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列；
   （ｉｉ）ＮＯＤ２遺伝子に機能喪失型変異が認められない個体の集団から構築したコンセンサス配列；
   （ｉｉｉ）配列番号１に記載のＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列、
   である、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
10. 前記方法が、個体の集団からＮＯＤ２をコードするリファレンスのヌクレオチド配列を調製することをさらに含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
11. 前記対象が、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
12. 抗がん療法の対象を選択する方法であって、
    （ｉ）前記対象でのＮＯＤ２のタンパク質配列、及び／または活性を決定する；
    （ｉｉ）前記（ｉ）で決定したＮＯＤ２のタンパク質配列、及び／または活性を、リファレンスのＮＯＤ２タンパク質配列、及び／または活性と比較する；ことを含み、
    前記対象のＮＯＤ２タンパク質配列において機能喪失型変異が存在している、及び／またはＮＯＤ２タンパク質活性が低下しておれば、前記対象では、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いことを意味する、前記方法。
13. 抗がん療法の対象を選択する方法であって、
    （ｉ）前記対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定する；
    （ｉｉ）前記（ｉ）で決定したＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを、ＮＯＤ２の発現及び／または活性のリファレンスレベルと比較する；ことを含み、
    前記ＮＯＤ２の発現及び／または活性のリファレンスレベルと比較して、前記（ｉ）で決定したＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルが低下しておれば、前記対象では、抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いことを意味する、前記方法。
14. 抗がん療法に対する反応性を示す可能性が高いと決定した対象を治療することをさらに含み、前記対象の治療が、前記対象に対して前記抗がん療法を実施することを含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
15. ＮＯＤ２状態に基づいて抗がん療法に対する反応性を示す可能性が低いと決定した対象に対してＮＯＤ２阻害剤を投与することをさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
16. がんを治療する方法であって、それを必要とする対象においてＮＯＤ２機能を阻害することを含み、前記対象が、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である、前記方法。
17. ＮＯＤ２を阻害することが、ＮＯＤ２阻害剤、ＲＩＰＫ２阻害剤、ＬＲＲＫ２阻害剤を投与すること、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼを阻害すること、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項１６に記載の方法。
18. 前記ユビキチンリガーゼを、ＸＩＡＰ、ｃＩＡＰ２、ｃＩＡＰ１、及びＰｅｌｌｉｎｏ ３からなる群から選択する、請求項１７に記載の方法。
19. ＮＯＤ２機能を阻害することが、ＮＯＤ２の遺伝的阻害を含む、請求項１６～１８のいずれか１項に記載の方法。
20. 前記抗がん療法が、化学療法、免疫療法、放射線療法、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項１６～１９のいずれか１項に記載の方法。
21. 前記免疫療法が、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬、及びＣＴＬＡ－４標的薬からなる群から選択するチェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項２０に記載の方法。
22. 前記ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬を、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びニボルマブからなる群から選択し、かつ前記ＣＴＬＡ－４標的薬を、イピリムマブ、及びトレメリムマブからなる群から選択する、請求項２１に記載の方法。
23. 前記がんを、胸部癌、頭頸部癌、黒色腫、皮膚癌、神経癌、胚細胞癌、肉腫、肝胆道癌、上部消化管癌、下部消化管癌、乳癌、ＣＮＳ癌、婦人科癌、泌尿生殖器癌；神経内分泌癌及び副腎癌、原発不明のがん、リンパ腫、白血病、大腸癌、及び形質細胞腫からなる群から選択する、請求項１６～２２のいずれか１項に記載の方法。
24. 前記がんが、肺癌、大腸癌、または黒色腫である、請求項２３に記載の方法。
25. 対象のがんを治療するための医薬を製造するためのＮＯＤ２機能の阻害剤の使用であって、前記対象が、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である、前記使用。
26. 前記ＮＯＤ２阻害剤が、ＮＯＤ２阻害剤、ＲＩＰＫ２阻害剤、ＬＲＲＫ２阻害剤、ＮＯＤ２シグナル伝達活性に必要なユビキチンリガーゼの阻害剤、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む、請求項２５に記載の使用。
27. 前記ユビキチンリガーゼを、ＸＩＡＰ、ｃＩＡＰ２、ｃＩＡＰ１、及びＰｅｌｌｉｎｏ ３からなる群から選択する、請求項２６に記載の使用。
28. 前記ＮＯＤ２阻害剤が、ＮＯＤ２の遺伝的阻害剤である、請求項２５～２７のいずれか１項に記載の使用。
29. 前記抗がん療法が、化学療法、免疫療法、放射線療法、またはそれらのあらゆる組み合わせである、請求項２５～２８のいずれか１項に記載の使用。
30. 前記免疫療法が、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬、及びＣＴＬＡ－４標的薬からなる群から選択するチェックポイント阻害剤を投与することを含む、請求項２９に記載の使用。
31. 前記ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１標的薬を、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びニボルマブからなる群から選択し、かつ前記ＣＴＬＡ－４標的薬を、イピリムマブ、及びトレメリムマブからなる群から選択する、請求項３０に記載の使用。
32. 前記がんを、胸部癌、頭頸部癌、黒色腫、皮膚癌、神経癌、胚細胞癌、肉腫、肝胆道癌、上部消化管癌、下部消化管癌、乳癌、ＣＮＳ癌、婦人科癌、泌尿生殖器癌；神経内分泌癌及び副腎癌、原発不明のがん、リンパ腫、白血病、大腸癌、及び形質細胞腫からなる群から選択する、請求項２５～３１のいずれか１項に記載の使用。
33. 前記がんが、肺癌または黒色腫である、請求項３２に記載の使用。
34. 対象のがんを治療するために使用するＮＯＤ２機能の阻害剤であって、前記対象が、抗がん療法を受けている、抗がん療法の処方を受けた、及び／または抗がん療法を受けた対象である、前記阻害剤。
35. 抗がん療法に対して対象が反応性を示す可能性を予測する、及び／またはＮＯＤ２状態に基づいて抗がん療法に適した対象を選択するためのキットであって、前記キットは：
    （ｉ）対象でのＮＯＤ２をコードするヌクレオチド配列の配列を決定するように構成した１つ以上の試薬；及び／または
    （ｉｉ）機能喪失型ＮＯＤ２タンパク質バリアントの有無を検出するように構成した１つ以上の試薬；及び／または
    （ｉｉｉ）対象でのＮＯＤ２の発現及び／または活性のレベルを決定するように構成した１つ以上の試薬；を含む、前記キット。
36. ＮＯＤ２機能喪失型タンパク質バリアントに結合する抗体。

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