JP2022521410A - 最適化されたワクチン組成物およびその製造方法 - Google Patents

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Abstract

広範な血清学的反応性、逆用量反応、および群れ効果を提供することができるワクチンの組成物およびそのワクチンを製造する方法が本明細書に記載される。本開示では、微生物の５次クレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチンが提供される。また、本開示では、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの少なくとも１０％であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの９８％以下である、微生物の抗原のセットを含むワクチンが提供される。

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０１９年２月２１日付で出願された米国特許仮出願第６２／８０８，７６０号、および２０１９年３月１３日付で出願された米国特許仮出願第６２／８１７，９０２号の利益を主張し、その各々の内容は参照によりその全文が本明細書に組み込まれる。
感染性の細菌、寄生虫、真菌、ウイルス、およびがんなどの病原体は、宿主免疫応答による検出および中和を回避するためにさまざまな戦略を進化させてきた。そのような戦略は、しばしばこれらの病原体に対して成功したワクチン開発を弱体化させ、複雑にすることがあり得る。急速な変異は、ワクチンの設計を複雑にすることがあり得る。ワクチン接種により、宿主は感染前に防御抗体を生成することができる。これは、宿主の免疫系を１または複数の病原体の１または複数の抗原に曝露することによって達成することができる。これが比較的ゆっくりと変異するワクチンに対して行われた場合、単一のワクチンで合致して保護を提供するための複数年の時間枠を得ることができるため、ワクチンは成功する可能性がある。
急速に変異する病原体に対するワクチン接種は、例えば、ワクチンに対する免疫系の応答が時代遅れとなることがあり得るため、限られた保護しか提供できないことがあり得る。一部の例では、抗原は時間とともに変化するため、このワクチンは時代遅れとなり得る。これにより、毎年など、定期的または半定期的に新しいワクチンが必要になることがあり得る。一部の例では、そのようなワクチンによって提供される保護は変化することがあり得、一部のワクチンは、いくらかの期間または数年間、不十分な保護を提供することがあり得る。これは、次のシーズンに流行する可能性のあるウイルス株の予測が誤っていたことが原因であり得る。一部の例では、風邪の場合など、このような急速な変異がワクチンの有効性を妨げる可能性があり得る。
本開示では、微生物の５次クレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチンが提供される。
また、本開示では、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの少なくとも１０％であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの９８％以下である、微生物の抗原のセットを含むワクチンが提供される。
本開示ではまた、前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチンも提供される。
一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの４０％までである場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、編集距離が、代表されるクレードの別の株のサイズの５％までである場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの２０％までである場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％までである場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、編集距離が、代表されるクレードのすべての株の９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のサイズの５％までである場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードのすべての株から２５までの編集距離にある場合である。一部の実施形態では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードのすべての株から１００までの編集距離にある場合である。一部の実施形態では、ある抗原は、その配列がクレードに存在する場合、そのクレードを代表する。
また、本開示では、抗原が、微生物のバリアントのライブラリーに由来し、ａ）最大編集距離を有するセットの２つの抗原が編集距離Ｓを有し；ｂ）最大編集距離を有するライブラリーの２つの抗原が編集距離Ｌを有し；ｃ）ＳがＬの少なくとも６０％である、抗原のセットを含むワクチン組成物も提供される。
また、本開示では、他のインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物も提供され、各ポリペプチドは、４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む。
また、本開示では、他のインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物も提供され、各ポリペプチドは、４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む。
また、本開示では、他のＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物も提供され、各ポリペプチドは、４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む。
また、本開示では、他のＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物も提供され、各ポリペプチドは、４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む。
また、本開示では、他のＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物も提供され、各ポリペプチドは、４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む。
また、本開示では、表１に特定された少なくとも６つの株に対する対象の免疫応答を活性化する抗原のセットを含むワクチン組成物も提供される。
一部の実施形態では、免疫応答は、ヘマグルチニン阻害アッセイで頭部特異的抗体を使用して検出可能である。一部の実施形態では、ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答は、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも２倍大きい。一部の実施形態では、ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答は、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１０倍大きい。一部の実施形態では、ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答は、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１００倍大きい。
一部の実施形態では、微生物は細菌である。一部の実施形態では、微生物はウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスはインフルエンザである。一部の実施形態では、インフルエンザはＡ型である。一部の実施形態では、インフルエンザはＢ型である。一部の実施形態では、Ａ型インフルエンザは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ２、Ｈ３Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、またはＨ２Ｎ３である。一部の実施形態では、Ａ型インフルエンザはＨ１Ｎ１である。一部の実施形態では、Ａ型インフルエンザはＨ３Ｎ２である。一部の実施形態では、ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である。一部の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ－１である。一部の実施形態では、ＨＩＶ－１は、サブクレードＡ、サブクレードＢ、またはサブクレードＣのＨＩＶ－１である。
一部の実施形態では、抗原は、三次空間で隣接する表面露出残基の広域中和性抗原（ｂｒｏａｄｌｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｇｅｎ）である。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ヘマグルチニンの基部にある。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ヘマグルチニンの頭部にある。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼにある。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０にある。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ｇｐ１２０にある。一部の実施形態では、広域中和性抗原は、ｇｐ４１にある。
一部の実施形態では、抗原は、ヘマグルチニンの広く保存された断片である。一部の実施形態では、抗原は、ヘマグルチニンの頭部の広く保存された断片である。一部の実施形態では、抗原は、ヘマグルチニンの基部の広く保存された断片である。一部の実施形態では、抗原は、ノイラミニダーゼの広く保存された断片である。一部の実施形態では、抗原は、ｇｐ１６０の広く保存された断片である。
一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１～８７から選択される少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号８８～１２７から選択される少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１２８～１７１から選択される少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１７２～２６７から選択される少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む。
一部の実施形態では、抗原のセットは、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００または１０００の異なる抗原を含む。一部の実施形態では、抗原のセットは、少なくとも３０の抗原を含む。一部の実施形態では、抗原のセットは、少なくとも５０の抗原を含む。一部の実施形態では、抗原は、他の抗原の各々からの平均編集距離が、クレード内の抗原の平均サイズの少なくとも５％である。
一部の実施形態では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は１以下であり、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００である。一部の実施形態では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも７５％である。
一部の実施形態では、クレードは、近隣結合クラスタリング・ツリー（ｎｅｉｇｈｂｏｒ ｊｏｉｎｉｎｇ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｔｒｅｅ）または最節約樹である系統樹のクレードである。一部の実施形態では、１次クレードは、別の上位レベルのクレード内に全体も一部も含まれていないクレードである。一部の実施形態では、各Ｘ次クレードは、微生物の系統樹において系統学的にＸ－１数の分岐ノードの下にある。一部の実施形態では、ワクチンは、微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、または１５次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原を含む。一部の実施形態では、代表されるクレードは、クレードＹ－１に含まれるクレードＹである。一部の実施形態では、代表的なクレードは、ノードベースのクレードである。一部の実施形態では、代表的なクレードは、ステムベースのクレードである。一部の実施形態では、代表的なクレードは、アポモルフィベースのクレードである。一部の実施形態では、セット内の各抗原間のブランチの平均数は、少なくとも１、３、５、または１０である。一部の実施形態では、セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１以下であり、セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最大数は、少なくとも５、１０、または１５である。
一部の実施形態では、各ＯＴＵは、互いに少なくとも９５％相同である配列を含む。一部の実施形態では、各ＯＴＵは、少なくとも３つの異なる配列で構成される。
一部の実施形態では、セット内の各抗原は、セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する。一部の実施形態では、セット内の各抗原は、少なくとも１００アミノ酸長にわたって、セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する。一部の実施形態では、セット内の各抗原は、セット内の他の抗原の各々と、配列同一性が少なくとも５％異なる。一部の実施形態では、セット内の各抗原は、セット内の他の抗原の各々と、配列同一性が７５％以下異なる。
一部の実施形態では、各抗原は、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、８５、１００、１１０、または１２０個のアミノ酸を含むペプチドである。一部の実施形態では、抗原は、表２、表３、表４、表５、あるいはそれらの断片または相同体から選択される。一部の実施形態では、ワクチンは、表２、表３、表４、表５の２またはそれを超える抗原、あるいはその断片または相同体を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、表２、表３、表４、表５の３またはそれを超える抗原、あるいはその断片または相同体を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、表２、表３、表４、表５の５またはそれを超える抗原、あるいはその断片または相同体を含む。一部の実施形態では、ワクチンは、表２、表３、表４、表５の１０またはそれを超える抗原、あるいはその断片または相同体を含む。一部の実施形態では、断片は、多くて１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、または１２０個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、断片は、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、または１２０個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、相同体は、表１の抗原と少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を含む。
一部の実施形態では、ライブラリーは、少なくとも１×１０４、１×１０５、１×１０６の微生物の異なるバリアントを含む。一部の実施形態では、ライブラリーは、微生物のすべての既知配列の少なくとも９０％を含む。
また、本開示では、先行する特許請求の範囲のいずれかに記載のワクチン組成物と、薬学的に許容され得る希釈剤、アジュバント、添加剤（excipient）、またはそれらの任意の組合せを含む医薬組成物も提供される。
一部の実施形態では、ワクチンは、エアロゾル製剤の形態である。一部の実施形態では、ワクチンは、注射用製剤の形態である。
一部の実施形態では、各々の抗原は、単独では対象の広域中和性抗原に対する有意な予防的免疫応答を提供しない濃度であるが、集合的には、複数の抗原は、対象の広域中和性抗原に対する免疫応答を提供する複合濃度を有する。一部の実施形態では、対象は鳥である。一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象はブタである。
また、本開示では、先行する特許請求の範囲のいずれかに記載のワクチン組成物を含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）も提供される。
また、本開示では、ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；ｂ）２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が２５以下であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が少なくとも３００である抗原のセット；ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；あるいはｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含む組換え発現ベクターも提供される。
また、本開示では、ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；ｂ）抗原のセットであって、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット；ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；あるいはｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含む組換え発現ベクターも提供される。
また、本開示では、先行する特許請求の範囲のいずれかに記載のワクチン組成物を対象に投与することを含む、対象において感染を処置するかまたは感染の可能性を低減するための方法も提供される。
また、本開示では、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、または１０年間、季節性インフルエンザに対して有効な免疫活性化をもたらすワクチン組成物を対象に投与することを含む、対象においてインフルエンザ感染を処置するかまたはその可能性を低減するための方法も提供される。
一部の方法では、対象はヒトである。一部の方法では、対象は飼いならされた動物である。
また、本開示では、（ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；（ｂ）２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット；（ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％の代表である抗原のセット；あるいは（ｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％の代表である抗原のセットを選択することを含む、ワクチン組成物を作製するための方法も提供される。
一部の実施形態では、この方法は、微生物の株のライブラリーから複数の抗原配列を取得すること；および複数の抗原配列を整列させて、抗原の系統樹を作成することをさらに含む。
参照による組み込み
本明細書で言及されているすべての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示された場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特徴および利点は、本発明の原理を利用する例示的な実施形態を説明する以下の詳細な説明、およびその添付図面を参照することにより、より良く理解される。
図１は、系統樹のクレードとそうでないものの例を示す図である。
図２は、３種類のクレード：ノードベースのクレード、ブランチベースのクレード、およびアポモルフィベースのクレードの例を示す図である。
図３は、系統樹におけるクレードの次数を示す図である。３次クレードは２次クレードに含まれており、２次クレードは１次クレードに含まれている。
図４は、インフルエンザ抗原抗体相互作用空間のモデルを示す図である。
図５は、保存されたエピトープの確率をカテゴリー別に示す図である（すなわち、ユニバーサル、株の９０％、すべてのＨ１株、すべてのＨ３株、すべてのＨ１株の９０％、およびすべてのＨ３株の９０％）。
図６は、エピトープ保存分布をシフトすることができる、濃度と保存を関連付けるワクチン接種戦略（a concentration conservation coupling vaccination strategy）を示す図である。
図７は、本明細書に記載されるワクチンをブタに接種して観察された群れ効果を示すＥＬＩＳＡシグナルを示す図である。
図８は、本明細書に記載されるワクチンをブタのコホートに３回接種した後のＨＡクラスごとのＥＬＩＳＡシグナルを示す図である。
図９は、本明細書に記載されるワクチンをブタのコホートに３回接種した後のＥＬＩＳＡシグナルおよび倍率変化を示す図である。
図１０は、各コホートの各メンバーについて、抗原バリアントのパネルに対するワクチン組成物の２回目のブーストの後の血清力価を示すヒートマップを示す図である。
図１１は、アイソタイプによって分離された上位のクローン型に占有される末梢Ｂ細胞レパートリーを示す図である。
図１２は、ファージディスプレイによって単離された広域中和性ブタモノクローナル抗体９Ｃ５の配列アラインメントを示す図である。
図１３は、５種類のインフルエンザＡ型株のパネルをインビトロで中和するのに十分な、３種類の広域中和性ヒト抗体（ＣＲ９１１４、Ｆ１０、およびＣ０５）および１種類の広域中和性ブタ抗体（９Ｃ５）の最小抗体濃度を示す図である。
図１４は、保存と濃度を関連付けるアプローチが、二価の対照と比較して、株のカバー率および中和幅が改善された血清を生成することができることを示すデータを示す図である。
急速に進化する病原体は、そのような病原体の変異が、これまでのワクチン反応を時代遅れにする可能性があるために、ワクチン設計に根本的な課題をもたらし得る。例えば、毎年のインフルエンザワクチンの再設計では、翌年に一般的に流通する可能性のある進化したインフルエンザバリアントを予測しようとすることができる。そのような試みは、しばしば失敗することもあり得る。同定済みのインフルエンザコートタンパク質上の保存されたエピトープは、ほとんどのワクチンレシピエントによって誘発された抗体によって見落とされる可能性がある。
本明細書では、１またはそれを超える病原体に対する応答を誘発することができる免疫生成組成物（例えば、ワクチン）が提供される。一部の例では、本明細書で提供されるワクチンは、広域中和抗体を得ることができる免疫応答を誘発することができる抗原を組み込んでいる。本開示はまた、本明細書において提供されるワクチンを使用する方法および製造する方法を提供する。
広域中和性抗体は、「ユニバーサルな」またはより長期のワクチンを提供することができる。そのような広域中和性抗体は、広く保存された残基、例えば、抗原の残基に対するものであり得る。広く保存された抗原は、微生物の複数の株にわたって保存され得る。微生物は、たとえ急速に変異する病原体であっても、広く保存された抗原を含むことができる。これらの保存された抗原または抗原のセットを識別および／または結合することができる抗体は、所与ウイルスの多くの株に対して保護を与えることができる。
非保存残基は、広く保存された残基よりも豊富に（例えば、はるかにより豊富に）存在することができるので、免疫優勢であり得るため、本開示は、より多くの保存された抗原に対する反応に有利に働くように、抗原の残基の存在量の分布をシフトさせることができるアプローチを提供する。微生物のさまざまな変動（例えば、変異体、異なる株、または異なるクレード）を表す広く保存された抗原をワクチンに組み込むことにより、微生物の多くのまたは実質的にすべての変動に対する免疫を対象に付与することができる。
Ｉ．微生物
本明細書に記載されるワクチン組成物は、微生物に対して、または微生物の株または株のサブセットに対して免疫応答を誘発することができる。一部の例では、そのようなワクチンは、微生物の複数の株に対して幅広い免疫（特定の株に限定されない免疫）を提供することができる。そのようなワクチンは、微生物のいくつかのまたは多くの異なる株からのいくつかのまたは多くの異なる抗原を含み得る抗原のセットを含むことができる。
微生物は、それに対するワクチン接種を対象が受けることができる病原体（ａｇｅｎｔ）であり得る。一部の例では、微生物は、病原性である可能性もあり、または疾患、状態、または死をもたらす可能性もある。微生物は、細菌、ウイルス、真菌、寄生虫、またはそれらの派生物、例えば微生物によって分泌されたかまたは微生物から単離された核酸、タンパク質、毒素、またはペプチドであり得る。
細菌は、単細胞の原核微生物であり得る。細菌は、グラム陽性菌またはグラム陰性菌であり得る。細菌は、感染性であり得る。
真菌は、胞子を生成する生物であり得る。皮膚、肺、血液、または別の器官、組織、または生体液に存在する真菌は、対象に疾患を引き起こす可能性がある。一部の例では、真菌は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ属、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ属、Ｃａｎｄｉｄａ属、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ属、またはＣｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属（例えば、Ｃ．ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓおよびＣ．ｇａｔｔｉｉ）であり得る。他の適した真菌も本開示の範囲内である。
寄生虫は、原虫、蠕虫、外部寄生虫、または任意の他の適した寄生虫であり得る。一部の例では、寄生虫は、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ寄生虫であり得る。一部の例では、寄生虫は、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ寄生虫またはＴｒｙｐａｎｏｓｏｍａ寄生虫であり得る。Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ寄生虫の場合、ワクチンは、マライア原虫に対するものであり得る。Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ寄生虫の場合、ワクチンは、シャーガス寄生虫、睡眠病寄生虫、またはリーシュマニア症寄生虫に対するものであり得る。
原虫は、対象の血液または組織内で生存および／または増殖できる単細胞生物であり得る。原虫の例には、限定されるものではないが、肉質虫（例えば、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、鞭毛虫（mastigophore）（例えば、ＧｉａｒｄｉａおよびＬｅｉｓｈｍａｎｉａ）、繊毛虫（例えば、Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ）、および胞子虫（例えば、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍなど）が含まれ得る。
蠕虫は、多細胞生物であり得る。蠕虫は、扁形動物、鉤頭動物、および線虫の３つのグループに分けることができる。蠕虫の例としては、限定されるものではないが、寄生性扁虫動物、吸虫、条虫、鉤頭虫、回虫、および蟯虫を挙げることができる。蠕虫は、胃腸管、血液、リンパ系、または他の組織に住むことができる。
外部寄生虫は、対象の表面で生息することができる生物であり得、場合によっては対象の皮膚に付着するかまたは潜伏することができる。外部寄生虫の例としては、マダニ、ノミ、シラミ、およびダニを挙げることができる。
一部の例では、ウイルスは、レンチウイルス、フラビウイルス、フィロウイルス、コロナウイルス、またはパラミクソウイルスであり得る。レンチウイルスの場合、ワクチンは、ヒト免疫不全（ＨＩＶ）ウイルスに対するものであり得る。フラビウイルスの場合、ワクチンは、デングウイルス、ジカウイルス、またはウエストナイルウイルスに対するものであり得る。フィロウイルスの場合、ワクチンは、エボラウイルス、マールブルグウイルス、またはＲａｖｎウイルスに対するものであり得る。コロナウイルスの場合、ワクチンは、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）ウイルス、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ウイルス、または新規なコロナウイルス（例えば、２０１９－ｎＣｏＶ）に対するものであり得る。パラミクソウイルスの場合、ワクチンは、ＲＳウイルス（ＲＳＶ）またはニパウイルスに対するものであり得る。
ワクチンは、限定されるものではないが、本明細書に記載される任意の１またはそれを超えるインフルエンザウイルスなどの任意の型のインフルエンザウイルスに対するものであり得る。インフルエンザウイルスは、Ａ型インフルエンザ、Ｂ型インフルエンザ、Ｃ型インフルエンザ、またはＤ型インフルエンザであり得る。Ａ型インフルエンザウイルスは、ウイルスの表面の２種類のタンパク質：ヘマグルチニン（ＨＡ）およびノイラミニダーゼ（ＮＡ）に基づくサブタイプに分けることができる。異なるインフルエンザ株では、ヘマグルチニン、ノイラミニダーゼ、または両方のサブタイプが異なることがあり得る。予測されるＡ型インフルエンザサブタイプの組合せは、少なくとも１９８であり得る。Ｂ型インフルエンザウイルスは、さらに系統に分類することができ、系統には、例えば、Ｂ／山形およびＢ／ビクトリアが含まれ得る。
ウイルスがＡ型インフルエンザウイルスである場合、それは、限定されるものではないが、Ｈ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ２、Ｈ１Ｎ３、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ３Ｎ８、Ｈ４Ｎ２、Ｈ４Ｎ４、Ｈ４Ｎ６、Ｈ４Ｎ８、Ｈ５Ｎ１、Ｈ５Ｎ２、Ｈ５Ｎ３、Ｈ５Ｎ８、Ｈ６Ｎ１、Ｈ６Ｎ４、Ｈ６Ｎ５、Ｈ６Ｎ６、Ｈ６Ｎ８、Ｈ７Ｎ１、Ｈ７Ｎ２、Ｈ７Ｎ３、Ｈ７Ｎ７、Ｈ７Ｎ８、Ｈ７Ｎ９、Ｈ８Ｎ４、Ｈ９Ｎ２、Ｈ９Ｎ５、Ｈ９Ｎ８、Ｈ１０Ｎ３、Ｈ１０Ｎ４、Ｈ１０Ｎ７、Ｈ１０Ｎ８、Ｈ１０Ｎ９、Ｈ１１Ｎ２、Ｈ１１Ｎ６、Ｈ１１Ｎ９、Ｈ１２Ｎ１、Ｈ１２Ｎ３、Ｈ１２Ｎ５、Ｈ１３Ｎ６、Ｈ１３Ｎ８、Ｈ１４Ｎ５、Ｈ１５Ｎ２、Ｈ１５Ｎ８、Ｈ１６Ｎ３、Ｈ１７Ｎ、Ｈ１８Ｎ１１、またはそのバリアントを含む任意のサブタイプであってよい。ウイルスがＢ型インフルエンザウイルスである場合、それは、Ｂ型インフルエンザウイルスの任意の株またはそのバリアントであり得る。インフルエンザウイルスの限定されないリストは、表１に含まれている。
インフルエンザウイルスは、表１に記載されている株であり得る。一部のワクチンは、表１の少なくとも８０％の株に対する対象の免疫応答を活性化することができる抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、表１の株の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも少なくとも９０％、少なくとも少なくとも９５％、少なくとも少なくとも９９％、または１００％に対して、対象の免疫応答を活性化することができる抗原のセットを含み得る。
Figure 2022521410000002
Figure 2022521410000003
Figure 2022521410000004
Figure 2022521410000005
Figure 2022521410000006
インフルエンザワクチンは、ヘマグルチニン抗原クラス（すなわち、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、など）ごとに２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、またはそれを超える抗原を含むことができる。
ワクチンは、あらゆる種のＨＩＶウイルス、例えば、ＨＩＶ－１およびＨＩＶ－２に対するものであり得る。ＨＩＶ－１には、グループＭ（メイン）、グループＯ（アウトライヤー）、またはグループＮ（非Ｍ、非Ｏ）があり得る。ＨＩＶ－１グループＭには、サブタイプＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｊ、または別のサブタイプがあり得る。ＨＩＶ－２には、サブタイプＡまたはサブタイプＢがあり得る。一部の例では、ＨＩＶに対するワクチンは、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２のいずれかに対するワクチンであり得る。一部の例では、ＨＩＶに対するワクチンは、ＨＩＶ－１とＨＩＶ－２の両方に対するワクチンであり得る。
ワクチンは、ＨＩＶのバリアントまたは場合によってはサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）に対するものであり得る。一部の例では、ＨＩＶに対するワクチンは、ＳＩＶに対するワクチンでもあり得る。一部の例では、ＨＩＶに対するワクチンは、ＳＩＶのバリアントに対する防御も提供することができる。
ＨＩＶウイルスは、図２６～３４に記載されている株であり得る。一部のワクチンは、図２６～３４の少なくとも８０％の株に対する対象の免疫応答を活性化することができる抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、図２６～３４の株の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または１００％に対して、対象の免疫応答を活性化することができる抗原のセットを含み得る。
微生物は、バリアントを有し得る。微生物のバリアントは、ゲノムに変動を有する微生物、その翻訳後修飾に変動を有する微生物、そのエピゲノムに変動を有する微生物、そのタンパク質発現に変動を有する微生物、そのＲＮＡ発現に変動を有する微生物、その抗原含有量に変動を有する微生物、またはそれらの組合せを含み得る。一部の例では、その抗原含有量が変動を有する微生物が特に興味深いものとなり得る。
微生物は、系統樹を使用して表すことができる複数のバリアントを有し得る。系統樹は、関係を調査するために使用され得るモデルまたはツールであり得る。一部の例では、系統樹は、最小限に接続されたグラフという意味で、系統発生または進化の歴史の図式表現であり得る。系統樹は、いくつかのクレードを含むことができ、クレードは、入れ子になったブランチのグループ化であり得る。クレードは、共通の祖先と、その祖先のすべての子孫（生存しているものと絶滅したもの）を含むグループ化であり得る。系統樹のクレードの例を図１に示す。系統樹のクレードの例を図１に示す。クレードを含まない系統樹のグループ化の例も図１に示されている。ワクチンは、微生物のクレードを代表する抗原を含むことができる。
微生物のグループは、クレード、または系統樹のグループに分けることができる。一部の例では、系統樹は、個々の微生物が互いにどれほど密接に関連しているかを示すことができる微生物の組織であり得る。
クレードは、微生物の抗原の１またはそれを超える配列の類似性に基づいて配置することができる。系統樹上のクレードおよびサブクレードは、ヌクレオチドまたはアミノ酸の変化などの似たような遺伝子の変化を有し、単一の共通の祖先（たとえば、共通のノードまたはブランチ）を持つグループとして示すことができる。
遺伝的に異なるクレードは、抗原性が異なっている可能性がある。抗原性で異なるクレードは、そのメンバーが対象の免疫に影響を与え得ることに違いを有するクレードを指し得る。
クレードは、近隣結合クラスタリング・ツリーまたは最節約樹であり得る系統樹のクレードであり得る。一部の例では、系統樹は、ベイズモデル、最尤モデル、加重結合法（weighted pair group method with arithmetic mean）（ＷＰＧＭＡ）、または非加重結合法（ＵＰＧＭＡ）によってモデル化することができる。本明細書に提供される系統樹は、他の適した統計モデルによってモデル化することもできる。近隣結合クラスタリング・ツリーは、凝集クラスタリング法を使用して作成することができる。文字の状態変化の総数を最小限に抑えるために、最節約樹を作成することができる。
クレードは、ノードとブランチを含み得る。ノードは、系統樹の点または頂点であり得、２またはそれを超える系統を形成するための微生物の１つの系統の分割（例えば、系統樹内の内部ノード）あるいは現時点での系統（例えば、末端ノード）を表すことができる。ブランチは、系統樹上の線であり得、祖先であろうと末端であろうと、系統を表すために使用することができる。
クレードは、ノードベースのクレード、ブランチベースのクレード、またはアポモルフィベースのクレードであってよい。ノードベースのクレードは、系統樹の特定のノードを起点とするクレードであり得、そのノードと、そのノードから下降するブランチおよびノードを包含することができる。ノードベースのクレードの例は、図２の上部パネルに示される。ブランチベースのクレードは、系統樹の特定のノードを起点とするクレードであり得、そのブランチと、そのブランチから下降するブランチおよびノードを包含することができる。ブランチベースのクレードの例は、図２の中央パネルに示される。一部の例では、クレードは、アポモルフィベースのクレードであってよい。アポモルフィベースのクレードは、特定の文字状態、例えば、配列または構造の特徴が生じた祖先に由来するクレードであり得る。アポモルフィベースのクレードの例は、図２の下部パネルに示される。図２に示されているアポモルフィベースのクレードの水平線は、特定の文字状態が発生した場所を示している。
一部の例では、クレードは、根付き木、無根木、または分岐木であり得る系統樹のクレードであり得る。系統樹は、任意の一意のノードが系統樹上のすべてのエンティティの最も近い共通の祖先に対応し得る場合、根付き木になる可能性がある。系統樹は、祖先に関してあまり仮定をせずに作成することができる場合、無根木になる可能性がある。系統樹は、各ノードが正確に２つの子孫を有する場合、分岐木になる可能性がある。
クレードは、その次数によって記述され得る。クレードの次数は、それがどのくらいの数のクレードを含むかを説明することができる。次数Ｘのクレードは、次数Ｘ＋１のクレードを包むことができる。例えば、次数１のクレードは、次数２、３、４、などのクレードを含むことができ、次数２のクレードは、次数３、４、５、などのクレードを含むことができる。同じ系統樹内の１次クレード、２次クレード、および３次クレードの図を図３に示す。ここで、１次クレードは２次クレードを含み、２次クレードは３次クレードを含む。
同様に、次数Ｙのクレードは、次数Ｙ－１のクレードに含めることができる。例えば、次数５のクレードは、次数４のクレードに含めることができ、次数６のクレードは、次数５のクレードに含めることができ、次数７のクレードは、次数６のクレードに含めることができる。
クレードがＸ次のクレードである場合、Ｘ次のクレードは、微生物の系統樹において系統学的にＸ－１の分岐ノードの下にあってよい。例えば、次数５のクレードは、系統学的に４個の分岐ノードよりも下にあり得、次数６のクレードは、系統学的に５個の分岐ノードよりも下にあり得、次数７のクレードは、系統学的に６個の分岐ノードよりも下にあり得る。
微生物のクレードは、１次、２次、３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、１５次、または任意の他の適した次数であり得る。クレードが１次クレードである場合、そのクレードの全体または部分を別の上位レベルのクレード内に含めることはできない。
例えば、インフルエンザサブタイプ（例えば、インフルエンザＡ型）は、さまざまな遺伝的クレードおよびサブクレードに分類することができる。インフルエンザクレードは、インフルエンザウイルスの遺伝子配列（例えば、ヘマグルチニン配列）の類似性に基づいてインフルエンザウイルスを細分化することができる。
別の例として、ＨＩＶサブタイプ（例えば、ＨＩＶ－１および／またはＨＩＶ－２）は、さまざまな遺伝的クレードおよびサブクレードに分類することができる。ＨＩＶクレードは、ＨＩＶウイルスの遺伝子配列（例えば、ｇｐ１６０タンパク質をコードするｅｎｖ遺伝子）の類似性に基づいてＨＩＶウイルスを細分化することができる。
ＩＩ．抗原
本明細書に記載されるワクチン組成物は、抗原を含むことができる。ワクチン組成物中の抗原は、ワクチン組成物が免疫応答を誘発することができる微生物または微生物の株の抗原であり得る。
抗原は、抗体、Ｂ細胞および／またはＴ細胞を含み得る免疫系によって認識され得る分子であり得る。例えば、抗原は、免疫応答を誘導することができる異物であり得る。一部の例では、誘導された免疫応答は、抗体の産生を含み得る。一部の例では、抗体は、抗原を認識、付着、または結合することができる。
抗原は、免疫原、例えば抗体が抗原結合部位を介して結合する任意の一次免疫原上の任意の抗原性決定基であり得る。抗原上の決定基または抗原決定基は、通常、アミノ酸または糖の側鎖などの分子の化学的に活性な表面グループ化からなり、通常、特定の三次元構造特性、ならびに特定の電荷特性を有する。
抗原は、ネオ抗原、自己抗原、内因性抗原、外因性抗原、ウイルス抗原、細菌抗原、真菌抗原、寄生虫抗原、毒素、または腫瘍抗原であり得る。一部のワクチンは、１つの供給源由来の抗原を含むことができ、一部のワクチンは、２、３、４、またはそれを超える供給源由来の抗原を含むことができる。
ワクチンは、表１の株の抗原を含むことができる。一部のワクチンは、表１の株の１またはそれを超える抗原の１またはそれを超える相同体を含むことができる。一部の例では、そのような相同体は、表１の抗原に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含むことができる。
抗原は、インフルエンザ抗原であり得る。一部の例では、インフルエンザ抗原は、ヘマグルチニンまたはノイラミニダーゼであり得る。一部の例では、インフルエンザ抗原は、ヘマグルチニンまたはノイラミニダーゼの断片、誘導体、または修飾されたものであり得る。ある特定の場合では、ワクチンは、ヘマグルチニンとノイラミニダーゼの組合せ、またはその断片、誘導体、もしくは修飾型を含むことができる。さまざまな例では、抗原は、ヘマグルチニン－ノイラミニダーゼ複合タンパク質、またはその断片、誘導体、もしくは修飾型であり得る。
ヘマグルチニンは、インフルエンザウイルスの表面に見出され得るホモ三量体糖タンパク質であり得る。ヘマグルチニンは、クラス１融合タンパク質であり得、付着因子および／または膜融合タンパク質として多機能活性を有することができる。一部の例では、ヘマグルチニンは、インフルエンザウイルスを標的細胞または宿主細胞の表面のシアル酸に結合させる役割を果たし得る。この結合の後、インフルエンザウイルスは内部移行することができる。一部の例では、ヘマグルチニンは、低ｐＨ（例えば、５．０～５．５）環境で、インフルエンザウイルスのウイルスエンベロープと後期エンドソーム膜との融合に役割を果たし得る。
ヘマグルチニンは、Ａ型またはＢ型インフルエンザウイルスのものであり得る。ヘマグルチニンは、頭部と基部を含む構造を有することができ、３つの同一のモノマーを含むことができる。モノマーは、２つのジスルフィド架橋によって連結されたＨＡ１およびＨＡ２領域を持つ、無傷のＨＡ０単一ポリペプチド鎖を含み得る。ＨＡ２領域は、αヘリカルコイルドコイル構造を有し得、ＨＡ１領域の上部に位置することができる。ＨＡ１領域は、α／β構造の混合を含むことができる小さな球状ドメインであり得る。
ワクチン組成物は、ヘマグルチニンの頭部、ヘマグルチニンの基部、またはそれらの組合せまたは断片を含むことができる。一部の例では、ワクチン組成物は、ヘマグルチニンの広く保存された断片、ヘマグルチニンの頭部の広く保存された断片、ヘマグルチニンの基部の広く保存された断片、またはそれらの組合せを含むことができる。広く保存された配列は、微生物の種または株にわたって同一または類似し得るアミノ酸配列または核酸配列であり得る。
ワクチン組成物は、ＨＡ０領域、ＨＡ１領域、ＨＡ２領域、またはその組合せもしくは断片を含むことができる。ヘマグルチニン抗原は、ヘマグルチニンのサブタイプのものであり得る。例えば、Ａ型インフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原のヘマグルチニンは、１８またはそれを超えるサブタイプのものであり得る。ヘマグルチニンのサブタイプは、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、Ｈ１６、Ｈ１７、またはＨ１８であり得る。
一部のワクチン組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０のインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドを含むことができる。そのようなヘマグルチニン抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができ、各ポリペプチドは、インフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドの中で少なくとも９０％同一である標的セグメントを含む。一部の例では、そのようなヘマグルチニン抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。ある特定の場合では、そのようなヘマグルチニン抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。さまざまな例では、そのようなヘマグルチニン抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。一部の例では、そのようなヘマグルチニン抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。
ノイラミニダーゼは、インフルエンザウイルスの表面に見出されるタンパク質であり得る。ノイラミニダーゼは、インフルエンザウイルスを宿主細胞から放出させることを可能にし得る。ノイラミニダーゼは、グリコシドヒドロラーゼファミリー３４のメンバーであり得る。ノイラミニダーゼは、キノコの形状をしたタンパク質であり得る。ノイラミニダーゼは、４つの同一平面上にあるほぼ球形のサブユニットと疎水性領域とを含み得る頭部部分を含み得る。一部の例では、疎水性領域をウイルス膜の内部に埋め込むことができる。ノイラミニダーゼは、単一のポリペプチド鎖を含み得る。ノイラミニダーゼポリペプチドは、６つの保存された極性アミノ酸の単鎖であり得、その後には可変アミノ酸が続くことができる。
ワクチンは、ノイラミニダーゼの球形のサブユニット、ノイラミニダーゼの疎水性領域またはそれらの組合せを含み得る。一部の例では、ワクチン組成物は、ノイラミニダーゼの広く保存された断片、ノイラミニダーゼの球形のサブユニットの広く保存された断片、ノイラミニダーゼの疎水性領域の広く保存された断片またはそれらの組合せを含み得る。
一部の例では、ノイラミニダーゼ抗原は、ノイラミニダーゼのサブタイプのものであり得る。インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ抗原は、１１またはそれを超えるサブタイプのものであり得る。ノイラミニダーゼのサブタイプは、Ｎ１、Ｎ２、Ｎ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ６、Ｎ７、Ｎ８、Ｎ９、Ｎ１０、またはＮ１１であり得る。一部の例では、ノイラミニダーゼ抗原は、インフルエンザウイルスでないウイルスのものであり得る。一部の例では、ノイラミニダーゼは、細菌のものであり得る。例えば、ノイラミニダーゼは、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓまたはＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａまたは別の細菌のものであり得る。
一部のワクチン組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０のインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドを含むことができる。そのようなノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができ、各ポリペプチドは、インフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドの中で少なくとも９０％同一である標的セグメントを含む。一部の例では、そのようなノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。ある特定の場合では、そのようなノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。さまざまな例では、そのようなノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。一部の例では、そのようなノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。
抗原は、ＨＩＶ抗原であり得る。一部の例では、ＨＩＶ抗原は、糖タンパク質ｇｐ１６０であり得る。一部の例では、ＨＩＶ抗原は、ｇｐ１６０の断片、誘導体、または修飾されたものであり得る。ある特定の場合では、ワクチンは、ｇｐ１６０の組合せ、またはその断片、誘導体、もしくは修飾型を含むことができる。
ｇｐ１６０は、ＨＩＶウイルスのｅｎｖ遺伝子にコードされるタンパク質であり得、ホモ三量体を形成することができ、ＨＩＶウイルスの表面に見出され得る。ｇｐ１６０は、対象においてフーリンなどのプロテアーゼによってｇｐ１２０とｇｐ４１に切断され得る。ｇｐ１２０およびｇｐ４１は、対象の宿主細胞の細胞膜に輸送され得、そこでｇｐ４１はｇｐ１２０を感染した細胞の膜に固定することができる。一部の例では、ｇｐ１２０は、抗原であり得る。一部の例では、ｇｐ４１は、抗原であり得る。
ｇｐ１６０は、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２のものであり得る。ｇｐ１６０は、膜結合性部分に付着した外向きの糖タンパク質部分を有することのできる３つのサブユニットを含むことができる。ＧＰ１６０サブユニット間の境界面は極性であり得る。
ワクチン組成物は、ｇｐ１６０の糖タンパク質セグメント、ｇｐ１６０の膜結合性部分、ｇｐ１６０の広く保存された断片、ｇｐ１６０の糖タンパク質セグメントの広く保存された断片、ｇｐ１６０の膜結合性部分の広く保存された断片またはそれらの組合せを含み得る。
一部のワクチン組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０のＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドを含むことができる。そのようなｇｐ１６０抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができ、各ポリペプチドは、ｇｐ１６０抗原ポリペプチドの中で少なくとも９０％同一である標的セグメントを含む。ある特定の場合では、そのようなｇｐ１６０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。さまざまな例では、そのようなｇｐ１６０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。一部の例では、そのようなｇｐ１６０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。ある特定の場合では、そのようなｇｐ１６０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。
ｇｐ１２０は、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２のものであり得る。ｇｐ１２０は、膜結合性部分に付着した外向きの糖タンパク質部分を有することのできる３つのサブユニットを含むことができる。ＧＰ１２０サブユニット間の境界面は極性であり得る。
ワクチン組成物は、ｇｐ１２０の糖タンパク質セグメント、ｇｐ１２０の膜結合性部分、ｇｐ１２０の広く保存された断片、ｇｐ１２０の糖タンパク質セグメントの広く保存された断片、ｇｐ１２０の膜結合性部分の広く保存された断片またはそれらの組合せを含み得る。
一部のワクチン組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０のＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドを含むことができる。そのようなｇｐ１２０抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができ、各ポリペプチドは、ｇｐ１２０抗原ポリペプチドの中で少なくとも９０％同一である標的セグメントを含む。ある特定の場合では、そのようなｇｐ１２０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。さまざまな例では、そのようなｇｐ１２０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。一部の例では、そのようなｇｐ１２０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。ある特定の場合では、そのようなｇｐ１２０の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。
ｇｐ４１は、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２のものであり得る。ｇｐ４１は、膜結合性部分に付着した外向きの糖タンパク質部分を有することのできる３つのサブユニットを含むことができる。ＧＰ４１サブユニット間の境界面は極性であり得る。
ワクチン組成物は、ｇｐ４１の糖タンパク質セグメント、ｇｐ４１の膜結合性部分、ｇｐ４１の広く保存された断片、ｇｐ４１の糖タンパク質セグメントの広く保存された断片、ｇｐ４１の膜結合性部分の広く保存された断片またはそれらの組合せを含み得る。
一部のワクチン組成物は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、または少なくとも３０のＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドを含むことができる。そのようなｇｐ４１抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができ、各ポリペプチドは、ｇｐ４１抗原ポリペプチドの中で少なくとも９０％同一である標的セグメントを含む。ある特定の場合では、そのようなｇｐ４１の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。さまざまな例では、そのようなｇｐ４１の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９５％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。一部の例では、そのようなｇｐ４１の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。ある特定の場合では、そのようなｇｐ４１の抗原ポリペプチドは、ワクチン中の他のポリペプチドと少なくとも１０％同一であり、多くて９８％同一である配列（例えば、アミノ酸配列）で表すことができる。
抗原は広域中和性であり得る。広域中和性抗原は、広域中和抗体によって識別することができる。広域中和抗体は、ウイルスの複数の株に影響を及ぼし得る抗体であり得る。一部の広域中和性抗原は、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％の株の広域中和性抗原であり得る。
広域中和性抗原は、三次空間で隣接する表面露出残基を含み得る。つまり、広域中和性抗原は、その表面特性に基づいて中和することができる。一部の例では、広域中和性抗原は、抗原の非表面領域、例えばポケット、活性部位、または抗原の内部などにある中和残基を含み得る。
広域中和性抗原などの抗原は、インフルエンザウイルスの抗原であり得る。そのような広域中和性抗原は、ヘマグルチニンに位置し得る。そのような広域中和性抗原は、ヘマグルチニンの基部、ヘマグルチニンの頭部、またはその一部に存在することができる。一部の例では、広域中和性抗原は、ヘマグルチニンの基部、ヘマグルチニンの頭部、またはその一部に類似し得る。一部の例では、そのような部分は広域中和性であり得る。例えば、広域中和性抗原は、ヘマグルチニンの頭部またはヘマグルチニンの基部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、ヘマグルチニンの頭部の一部またはヘマグルチニンの基部の一部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、ヘマグルチニンの広く保存された断片、ヘマグルチニンの頭部の広く保存された断片またはヘマグルチニンの基部の広く保存された断片と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。
一部の例では、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼまたはその一部に位置し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼに類似し得る。例えば、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼまたはその一部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、そのような部分は広域中和性であり得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼの一部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ノイラミニダーゼの広く保存された断片と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。
広域中和性抗原は、ＨＩＶウイルスのものであり得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０またはその一部に位置し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０に類似し得る。例えば、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０またはその一部と少なくとも約３０％類似し、少なくとも約４０％類似し、少なくとも約５０％類似し、少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。ある特定の場合では、そのような部分は広域中和性であり得る。さまざまな例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０の一部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１６０の広く保存された断片と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。
広域中和性抗原は、ＨＩＶウイルスのものであり得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１２０またはその一部に位置し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１２０に類似し得る。例えば、広域中和性抗原は、ｇｐ１２０またはその一部と少なくとも約３０％類似し、少なくとも約４０％類似し、少なくとも約５０％類似し、少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。ある特定の場合では、そのような部分は広域中和性であり得る。さまざまな例では、広域中和性抗原は、ｇｐ１２０の一部と少なくとも約３０％類似し、少なくとも４０％類似し、少なくとも５０％類似し、少なくとも６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、そのような部分は広く保存された断片であり得る。
広域中和性抗原は、ＨＩＶウイルスのものであり得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ４１またはその一部に位置し得る。一部の例では、広域中和性抗原は、ｇｐ４１に類似し得る。例えば、広域中和性抗原は、ｇｐ４１またはその一部と少なくとも約３０％類似し、少なくとも約４０％類似し、少なくとも約５０％類似し、少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。ある特定の場合では、そのような部分は広域中和性であり得る。さまざまな例では、広域中和性抗原は、ｇｐ４１の一部と少なくとも約６０％類似し、少なくとも約７０％類似し、少なくとも約８０％類似し、少なくとも約８５％類似し、または少なくとも約９０％類似し得る。一部の例では、そのような部分は広く保存された断片であり得る。
一部の例では、ワクチンは、複数の微生物に対応する抗原を含むことができる。一部のワクチンは、２、３、４、５、６、またはそれを超える微生物に対する抗原を含むことができる。抗原はそれぞれ、現在利用可能なワクチンよりも低い用量でワクチンに存在することができる。多様な抗原の組合せにより、ワクチンに含まれていない株であっても、微生物の多くの株を広く識別することができるＢ細胞および／またはＴ細胞が可能になる。一部の例では、これは群れ効果と呼ばれることがある。群れ効果は、各抗原の投与量ならびに免疫応答を誘発するために必要な総抗原投与量を減らすことができる。例えば、微生物のクレードの所与次数の特定の数のクレードを代表する抗原をワクチンに含めることができる。多様なクレードの代表を含めることにより、進化的に異なる株に対してワクチンを有効にすることができ得る。別の例として、微生物の特定の量の操作上の分類単位（ＯＴＵ）を代表する抗原をワクチンに含めることができる。ＯＴＵは、抗原などの密接に関連するエンティティのグループを分類するために使用することができる。
ＯＴＵは、微生物のグループであり得る。所与ＯＴＵ内の微生物は、密接に関連し得る。ＯＴＵの概説は、Ｓｏｋａｌら（Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ．Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ ａｎｄ Ｌｏｎｄｏｎ（１９６３））およびＳｃｈｌｏｓｓら（Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｏｃｔ．２００６，ｐ．６７７３－６７７９，Ｖｏｌ．７２，Ｎｏ．１０）に見出すことができる。
ＯＴＵは一般に、配列の類似性によってグループ化された抗原のクラスターを指すことがあり、異なる分類学的レベルでの「種」の実用的な代理となることもある。多様なＯＴＵのクレードを表す抗原を含むワクチンを対象に投与することにより、遺伝的に多様な抗原のセット全体に免疫を付与することができる。
一部の例では、ＯＴＵは、微生物の特定の核酸またはアミノ酸配列に基づき得る。例えば、ＯＴＵは、１６Ｓ ｒＲＮＡの配列または１６Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の配列に基づき得る。そのようなＯＴＵは、１６Ｓ ＯＵＴと呼ばれ得る。さまざまな例では、ＯＴＵは、１８Ｓ ｒＲＮＡの配列または１８Ｓ ｒＲＮＡをコードする遺伝子の配列に基づき得る。
ＯＴＵは、閾値の類似性を持つ微生物のグループであり得る。例えば、ＯＵＴは、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の類似性を有する微生物のグループであり得る。一部の例では、異なる微生物は、閾値よりも高い類似性を有し得る。このような微生物は、複数の種を含むことができるマージされたＯＴＵに存在し得る。ある特定の場合では、微生物の単一の種は、閾値よりも類似性の低いパラログを有し得る。このようなパラログは、２またはそれを超えるＯＴＵに分割することができる。
ＯＴＵを割り当てる方法には希薄化曲線が含まれ得る。そのような方法は、種の豊富さおよびαとβの多様性推定量を評価することができ、ＯＴＵが無視できる程度の誤差をもつ生物の観察結果であること、および／または観察結果の数がまたは単系統群の総数とよく相関していることが暗黙のうちに想定される。
一部の例では、例えば、読み取りエラーおよび／またはキメラなどの人為的結果に起因して、クラスターは偽であり得る。ある特定の場合では、ＯＴＵは、ＯＴＵ内の微生物の配列間の遺伝的距離に基づき得る。さまざまな例では、ＯＴＵは、微生物集団の豊富さおよび／または多様性の推定値を提供することができる。一部の例では、所与ＯＴＵに属する微生物は、構造的類似性を有し得る。ある特定の場合では、異なるＯＴＵに属する微生物は、異なる構造を有し得る。
微生物配列は、ソフトウェアまたはツールを使用してＯＴＵに割り当てることができる。そのようなツールの例としては、限定されるものではないが、Ｄｉｓｔａｎｃｅ－Ｂａｓｅｄ ＯＴＵ ａｎｄ Ｒｉｃｈｎｅｓｓ（ＤＯＴＵＲ）ツール、共有ＯＴＵおよび類似性（ＳＯＮＳ）ツール、ＬＩＢＳＨＵＦＦ／∫－ＬＩＢＳＨＵＦＦツール、ＴｒｅｅＣｌｉｍｂｅｒツール、ＵｎｉＦｒａｃツール、または分子分散分析（ＡＭＯＶＡ）ツールが挙げられる。
ツールは、複数の微生物配列の情報を含む入力に基づいて、微生物配列をＯＴＵに割り当てることができる。このような入力の例には、距離行列、系統樹、および／または距離行列が含まれ得る。ＤＯＴＵＲツールは、１つの、いくつかの、または各々の距離レベルに対して、最遠近傍アルゴリズム、平均近傍アルゴリズム、または最近近傍アルゴリズムを使用することにより、配列をＯＴＵに割り当てることができる。ＤＯＴＵＲツールは、距離行列の入力に基づいて、ＯＴＵを割り当てることができる。ＳＯＮＳツールは、コミュニティ間で共有されるＯＴＵの割合および豊富さを推定するために、集合曲線を計算することができる。ＳＯＮＳアルゴリズムは、ＯＴＵ指定入力に基づいてＯＴＵを割り当てることができる。
ＬＩＢＳＨＵＦＦ／∫－ＬＩＢＳＨＵＦＦツールは、Ｃｒａｍｅｒ－ｖｏｎ Ｍｉｓｅｓ統計を使用して、２つのコミュニティの構造が同じか、異なるか、または互いにサブセットであるかどうかを試験することができる。ＬＩＢＳＨＵＦＦ／∫－ＬＩＢＳＨＵＦＦツールは、距離行列の入力に基づいて、ＯＴＵを割り当てることができる。ＴｒｅｅＣｌｉｍｂｅｒツールは、２またはそれを超えるコミュニティのコミュニティ構造が有意に異なるかどうかを決定する節約ベースの試験を実装することができる。ＴｒｅｅＣｌｉｍｂｅｒツールは、系統樹の入力に基づいて、ＯＴＵを割り当てることができる。
ＵｎｉＦｒａｃツールは、コミュニティのペア間の系統学的距離を比較して、それらの構造の類似性を記述することができる。ＵｎｉＦｒａｃツールは、系統樹の入力に基づいて、ＯＴＵを割り当てることができる。ＡＭＯＶＡツールは、分散分析型の定式化を用いて、２またはそれを超えるコミュニティ構造の遺伝的多様性が有意に異なるかどうかを決定することができる。ＡＭＯＶＡツールは、距離行列の入力に基づいて、ＯＴＵを割り当てることができる。
ＯＴＵは一般に、配列の類似性によってグループ化された抗原のクラスターを指してよく、ときには異なる分類学的レベルでの「種」の実用的な代理となることもできる。多様なＯＴＵの代表的なクレードを含めることにより、遺伝的に多様な抗原のセット全体も含めることになり得る。各ＯＴＵは、類似した微生物配列を含み得る。各ＯＴＵは、互いに少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、または少なくとも９４％相同である微生物配列を含むことができる。各ＯＴＵは、互いに少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％相同である微生物配列を含むことができる。
さらなる例では、抗原のセットがバリアントのライブラリーを広く代表するような、バリアントのライブラリーに由来する抗原のセットが含められてよい。一部の例では、抗原のセットがバリアントのライブラリーの少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、または少なくとも９９．９％を広く代表するような、バリアントのライブラリーに由来する抗原のセットが含められてよい。一部の例では、そのような抗原のセットは、バリアントのライブラリーに含まれていない１またはそれを超えるバリアントをさらに代表することができる。
抗原は、関心対象の単一のペプチドまたはタンパク質であってもよいし、２、３、４、５、６、またはそれを超えるペプチドおよび／またはタンパク質の複合体であってもよい。一部の例では、抗原は、抗原ドメイン、またはより大きなタンパク質もしくはタンパク質複合体の領域またはセクションを指し得る。一部の例では、抗原は、２またはそれを超える抗原ドメイン、またはより大きなタンパク質もしくはタンパク質複合体の２またはそれを超える領域もしくはセクションを指し得る。一部の例では、抗原は、全タンパク質、全タンパク質の断片、全タンパク質の機能性断片、ペプチド、多量体ポリペプチド、ポリペプチド配列、またはそれらの組合せであってよい。一部の例では、抗原は修飾され得る（例えば、人工的に修飾される）。そのような修飾は、抗原性を安定化または改善することができる。修飾の例には、ポリペプチド配列の変更（例えば、トランケーション、延長、または変異）が挙げられる。一部の例では、抗原は、２またはそれを超える全タンパク質、全タンパク質の断片、全タンパク質の機能性断片、ペプチド、または多量体ポリペプチドを含み得る。時々、抗原は、脂質、核酸、多糖類またはそれらの組合せを含み得る。
抗原は、無傷の（すなわち、全体または全）抗原、または抗原の機能性部分であり得る。抗原は、抗原のペプチド機能性部分であり得る。本明細書において使用される「無傷の」とは、一般に、抗原ポリペプチドが自然界に存在するときの全長抗原を指す。無傷の抗原は、自然界で見られるような天然のタンパク質フォールディングを採用し、一次配列エピトープならびに三次配列の立体構造エピトープの両方を提示し得る。これは、抗原のごく一部またはペプチドのみの送達とは全く対照的であり得る。無傷の抗原を細胞に送達することにより、単一または選択した少数のエピトープだけに対する免疫応答ではなく、広範囲の免疫応答を誘発することができる。一部の例では、ワクチンまたはライブラリーの開発の時点に、抗原上の１個、数個、またはすべてのエピトープが不明であることがある。
あるいは、最初の抗原のサイズに応じて、抗原を部分に分けることができる。一般に、全抗原が多量体ポリペプチドである場合、全タンパク質をサブユニットおよび／またはドメインに分割することができ、抗原の個々のサブユニットまたはドメインは、本明細書に開示される方法に従ってポリマーと関連付けることができる。一部の例では、抗原の部分は、機能性の断片または部分であり得る。
ワクチンは、抗原の相同体（例えば、ヘマグルチニン相同体、ノイラミニダーゼ相同体、ｇｐ１６０相同体、ｇｐ１２０相同体、またはｇｐ４１相同体）を含むことができる。相同体は、抗原との共通祖先を有する分子であり得る。一部の例では、抗原の相同体は、抗原であり得る。
一部の例では、抗原は、修飾され得る。修飾は、トランケーション、タグ、アミノ酸の追加、グリコシル化、メチル化、ユビキチン化、挿入、欠失、変異、またはその他の修飾を含み得る。例えば、ＨＩＶ ｅｎｖ－糖タンパク質複合体（三量体）は、通常、ジスルフィド結合などによって人工的に変異させて、抗原を安定に保ち、かつ／あるいはＨＩＶ ｅｎｖ由来のタンパク質の解離を防止または遅延させることができる。これには、限定されるものではないが、人工切断部位、機能領域全体の除去（例えば、膜貫通領域の切断）が含まれる。
一部の例では、抗原は、現在利用可能なワクチンよりも低い濃度で存在し得る。一部の例では、抗原は、抗原が単独で投与された場合に、免疫応答を誘導するには不十分となる濃度で存在することができる。一部の例では、ワクチン中の各抗原は、その抗原が単独で投与された場合に、いずれかの抗原が免疫応答を誘導するには不十分となる濃度で存在することができる。そのような例では、個々の抗原の濃度ではなく、総抗原濃度が、免疫応答が誘導されるか否かの決定因子となり得る。抗原の総濃度が決定因子である場合、個々の抗原の必要な濃度は、総濃度の関数または抗原の数の関数であり得る。
一部の例では、１またはそれを超える抗原が、微生物の広範な複数のバリアントに対して対象に免疫を提供することができる。例えば、抗原は、起源の年、起源の種、特定の変異、または任意のその他の適したバリアントベースのバリアントである微生物のバリアントに免疫を提供することができる。
抗原のセット内の２つの抗原は、編集距離（例えば、ペアワイズ編集距離）を有し得る。編集距離は、２つの抗原の相違を記述することができる。編集距離は、レーベンシュタイン距離であり得る。第１の抗原と第２の抗原との間のレーベンシュタイン距離は、第１の抗原を第２の抗原に変えるために必要な最小の編集数であり得る。編集距離の計算において、許可される編集は、挿入、削除、および／または置換を含み得る。第１の抗原と第２の抗原が同一である場合、レーベンシュタイン距離はゼロとなり得る。第１の抗原と第２の抗原が同じサイズである場合、レーベンシュタイン距離は、多くて第１の抗原のサイズであり得る。第１の抗原と第２の抗原のサイズが異なる場合、レーベンシュタイン距離は、少なくとも第１の抗原と第２の抗原との間のサイズの差であり得る。
編集距離を計算する別の方法は、最長共通部分列法であり得、この方法では挿入と削除の２つだけが計算に許可された編集であり得る。編集距離を計算するさらに別の方法は、ハミング距離であり得、この方法では同じサイズの抗原のみを使用することができる。
２またはそれを超える抗原間の最小編集距離を決定することができる。一部の例では、最小編集距離は、２またはそれを超える抗原の任意の２つの抗原間の最小編集距離であり得る。最小編集距離は、セット内の２またはそれを超える最も類似した抗原の類似性の尺度であり得る。
２またはそれを超える抗原間の最大編集距離を決定することができる。一部の例では、最大編集距離は、２またはそれを超える抗原の任意の２つの抗原間の最大編集距離であり得る。最大編集距離は、セット内の２またはそれを超える最も異なる抗原の類似性の尺度であり得る。
セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離と、セット内の２またはそれを超える抗原間の最大ペアワイズ編集距離の両方を測定または記述することができる。両方の編集距離の組合せは、セット内の最も類似している抗原と最も類似していない抗原を記述することができ、一部の例では、セット内のさまざまな抗原の境界の尺度となり得る。
編集距離は、抗原のサイズに対する百分率として測定することができる。本明細書において、抗原のサイズは、抗原の平均サイズ、抗原の最大サイズ、抗原の最小サイズ、または抗原のサイズの別の尺度であり得る。例えば、それぞれ１００アミノ酸のサイズで、編集差が５である２つの抗原の場合、ペアワイズ編集距離は５％として表すことができる。
ワクチンは、２つの抗原間の最小ペアワイズ編集距離が特定の閾値未満である、微生物の抗原のセットを含むことができる。ワクチンは、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、少なくとも、異なる特定の閾値である抗原のセットを含むことができる。一部の例では、含まれる抗原の最小および最大の差を必要とすることにより、偏りを最小限に抑えてさまざまな抗原にわたり免疫が付与されることを確実にするのに役立ち得る。
ライブラリーまたはワクチンは、最大編集距離と最小編集距離の差で記述することができる。最大編集距離をもつセットの２つの抗原は、「Ｓ」と呼ばれる編集距離を有し得る。最大編集距離をもつライブラリーの２つの抗原は、「Ｌ」と呼ばれる編集距離を有し得る。「Ｓ」と「Ｌ」の差は、ワクチンに存在する抗原の相違の範囲を示すことができる。差が大きいほど、抗原の相違の範囲が大きいこと、または多様性が大きいことを示すことができる。一部の例では、「Ｓ」は、「Ｌ」の少なくとも６０％、「Ｌ」の７０％、「Ｌ」の８０％、または「Ｌ」の９０％であり得る。言い換えれば、ワクチン組成物中の編集距離で最も異なる抗原は、ライブラリー中の編集距離で異なる抗原の上位１０％、２０％、３０％、または４０％に入ることができる。
抗原間のノードの平均数は、所与ワクチンについて計算することができる。一部の例では、ワクチン中の抗原のセット内の各抗原間のノードの平均ノードは、少なくとも１、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０であり得る。一部の例では、各抗原間のノードの平均数は、セット内の抗原の数の関数であり得る。時には、セット内の抗原の数が多い場合には、各抗原間のノードの平均数は低くなり得る。
ワクチン中の抗原は、系統樹上でそれらを分離するノードの数を使用して比較することができる。例えば、密接に関連した抗原は、あまり密接に関連していない抗原よりも少ないノードで分離することができる。２つの抗原を分離するノードの数を記述する場合、より少ないノードで分離された抗原は、構造または配列がより密接に関連しているか、より類似している可能性があり、一方、より多くのノードで分離された抗原は、構造または配列があまり密接に関連していないか、またはあまり類似していない可能性がある。例えば、一部の例では、ワクチン中の２つの抗原は、少なくとも１、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０個のノードで分離され得る。
任意の２つの抗原間のノードの最小数は、一部のワクチンでは１であり得る。任意の２つの抗原間のノードの最大数は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のノードの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のノードの最大数は少なくとも２０であり得る。
抗原間のブランチの平均数は、所与ワクチンについて計算することができる。一部の例では、ワクチン中の抗原のセット内の各抗原間のブランチの平均数は、少なくとも１、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０であり得る。一部の例では、各抗原間のブランチの平均数は、セット内の抗原の数の関数であり得る。時には、セット内の抗原の数が多い場合には、各抗原間のブランチの平均数は低くなり得る。
ワクチン中の抗原は、系統樹上でそれらを分離するブランチの数を使用して比較することができる。例えば、密接に関連した抗原は、あまり密接に関連していない抗原よりも少ないブランチで分離することができる。２つの抗原を分離するブランチの数を記述する場合、より少ないブランチで分離された抗原は、構造または配列がより密接に関連しているか、より類似している可能性があり、一方、より多くのブランチで分離された抗原は、構造または配列があまり密接に関連していないか、またはあまり類似していない可能性がある。例えば、一部の例では、ワクチン中の２つの抗原は、少なくとも１、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０個のブランチで分離され得る。
任意の２つの抗原間のブランチの最小数は、一部のワクチンでは１であり得る。任意の２つの抗原間のブランチの最大数は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。
ワクチンは、その配列同一性によって記述され得る。本明細書において、２またはそれを超える核酸またはポリペプチド配列の文脈での、「同一の」または「同一性」パーセントという用語は、一般に、同じであるか、あるいは、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定の割合を有する、２またはそれを超える配列またはサブ配列を指す。
あるいは、２つの核酸配列またはポリペプチドが同一であるという指標は、下に記載されるように、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、第２の核酸によってコードされるポリペプチドに対して産生された抗体と免疫学的に交差反応することである。したがって、例えば、２つのペプチドが保存的置換によってのみ異なる場合には、ポリペプチドは一般に第２のポリペプチドと同一である。２つの核酸配列が実質的に同一であるという別の指標は、本明細書に記載されるように、２つの分子またはそれらの相補体がストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。
あるいは、２つの核酸配列またはポリペプチドが同一であるという指標は、下に記載されるように、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、第２の核酸によってコードされるポリペプチドに対して産生された抗体と免疫学的に交差反応することである。したがって、例えば、２つのペプチドが保存的置換によってのみ異なる場合には、ポリペプチドは一般に第２のポリペプチドと同一である。２つの核酸配列が実質的に同一であるという別の指標は、本明細書に記載されるように、２つの分子またはそれらの相補体がストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。
あるいは、２つの核酸配列またはポリペプチドが同一であるという指標は、下に記載されるように、第１の核酸によってコードされるポリペプチドが、第２の核酸によってコードされるポリペプチドに対して産生された抗体と免疫学的に交差反応することである。したがって、例えば、２つのペプチドが保存的置換によってのみ異なる場合には、ポリペプチドは一般に第２のポリペプチドと同一である。２つの核酸配列が実質的に同一であるという別の指標は、本明細書に記載されるように、２つの分子またはそれらの相補体がストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。
一部の例では、セット内の各抗原は、セット内の少なくとも１つの抗原と少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を共有し得る。一部の例では、配列同一性は、ワクチン内の抗原の配列がどれほど類似しているか、または異なっているかの尺度であり得る。
「ポリペプチド」、「オリゴペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」という用語は、本明細書において同義的に使用され、一般に、任意の長さのアミノ酸のポリマーを指す。ポリマーは線状であっても分枝状であってもよく、修飾されたアミノ酸を含んでいてもよく、非アミノ酸で中断されていてもよい。この用語は、自然に修飾された、あるいは介入；例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または標識成分とのコンジュゲーションなどの任意のその他の操作もしくは修飾によって修飾されたアミノ酸ポリマーも包含する。また、この定義には、例えば、アミノ酸の１またはそれを超える類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）、ならびに他の適した修飾を含むポリペプチドも含まれる。本開示のポリペプチドは抗体に基づいているため、ポリペプチドは単鎖または関連する鎖として存在し得ることが理解される。
本明細書において同義的に使用される、「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドまたは塩基、および／またはそれらの類似体、またはＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼによってポリマーに組み込むことができる任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびそれらの類似体などの修飾されたヌクレオチドを含んでよい。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの構築の前後に与えられてよい。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されることがある。ポリヌクレオチドは、標識成分との結合などにより、重合後にさらに修飾されてよい。その他の修飾の種類としては、例えば、「キャップ」、１またはそれを超える天然に存在するヌクレオチドの類似体による置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、非荷電結合によるもの（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）および荷電結合によるもの（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、プライ－Ｌ－リジン（ply-L-lysine）など）などのペンダント部分を含むもの、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）によるもの、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化性金属など）を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾された結合を含むもの（例えば、αアノマー核酸など）、ならびに１つまたは複数のポリヌクレオチドの未修飾形態が挙げられる。
さらに、糖に通常存在するヒドロキシル基のいずれかを、例えば、ホスホン酸基、リン酸基で置き換えるか、標準的な保護基で保護するか、または活性化させて追加のヌクレオチドへの追加の結合を作製するか、または固体支持体に結合させることができる。５’および３’末端のＯＨは、リン酸化するか、アミンまたは１～２０個の炭素原子の有機キャッピング基の部分で置換することができる。他のヒドロキシルも、標準的な保護基に誘導体化されてよい。ポリヌクレオチドは、例えば、２’－Ｏ－メチル－、２’－Ｏ－アリル、２’－フルオロ－または２’－アジド－リボース、炭素環式糖類似体、αアノマー糖、アラビノース、キシロース、またはリキソースなどのエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、およびメチルリボシドなどの無塩基ヌクレオシド類似体を含むリボースもしくはデオキシリボース糖の類似形態も含むことができる。１またはそれを超えるホスホジエステル結合は、代替連結基によって置き換えられてもよい。これらの代替連結基としては、限定されるものではないが、リン酸塩が、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ、またはＣＨ２（「ホルムアセタール」）で置換され、各ＲまたはＲ’が、独立にＨであるか、あるいは必要に応じてエーテル（－－Ｏ－－）結合、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルを含む、置換もしくは非置換アルキル（１～２０Ｃ）である実施形態が挙げられる。ポリヌクレオチドのすべての結合が同一である必要はない。前述の説明は、ＲＮＡおよびＤＮＡを含む、本明細書において言及されるすべてのポリヌクレオチドに適用される。
「相同性」、「同一性」、または「類似性」は、２つのペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性を指し得る。相同性、類似性、および同一性は、それぞれ、比較を目的として整列され得る各配列の位置を比較することによって決定することができる。比較した配列の等価な位置が同じ塩基またはアミノ酸に占有されている場合、その分子はその位置で同一であり、等価な部位が同じまたは類似のアミノ酸残基（例えば、立体的および／または電子的性質が類似）に占有されている場合、その分子はその位置で相同（類似）であると言及され得る。相同性／類似性または同一性の割合としての表現は、比較した配列によって共有される位置の同一または類似のアミノ酸の数の関数を指す。「無関係」または「非相同」配列は、本開示の配列と４０％未満の同一性、または２５％未満の同一性を共有し得る。２つの配列を比較する際に、残基（アミノ酸または核酸）がない場合または余分な残基が存在する場合も同一性および相同性／類似性が低下する。
「相同性」という用語は、類似の機能またはモチーフを有する遺伝子またはタンパク質を識別するために使用される、数学に基づいた配列類似性の比較を記述する。配列は、例えば、他のファミリーメンバー、関連配列または相同体を識別するために、公開データベースに対して検索を実行するための「クエリ配列」として使用されてよい。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実行することができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２を用いて実行して、本開示の核酸分子と相同であるヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴアミノ酸は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３を用いて実行して、本開示のタンパク質分子と相同であるアミノ酸配列を得ることができる。比較の目的のためにギャップアライメントを取得するには、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されるようなギャップ付きＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびギャップ付きＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用することができる（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照）。
本明細書において「同一性」は、配列のマッチングを最大化するために、すなわち、ギャップおよび挿入を考慮して配列が整列された場合に、２またはそれを超える配列の対応する位置での同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の割合を意味し得る。同一性は、限定されるものではないが、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｌｅｓｋ，Ａ．Ｍ．，ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８８；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ，Ｓｍｉｔｈ，Ｄ．Ｗ．，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ，Ｐａｒｔ Ｉ，Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ａ．Ｍ．，ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ，Ｈ．Ｇ．，ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ，Ｇ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８７；およびＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ，Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，Ｍ．ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｄｓ．，Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１；およびＣａｒｉｌｌｏ，Ｈ．，ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．，ＳＩＡＭ Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈ．，４８：１０７３（１９８８）に記載される方法を含む既知の方法によって容易に計算することができる。同一性を決定する方法は、試験された配列間で最大の一致を与えるように設計されている。さらに、同一性を決定する方法は、公開されているコンピュータプログラムに体系化されている。２つの配列間の同一性を決定するコンピュータログラム法には、限定されるものではないが、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２（１）：３８７（１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）およびＡｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２（１９９７））が含まれる。ＢＬＡＳＴＸプログラムは、ＮＣＢＩおよび他の供給源から公開されている（ＢＬＡＳＴ Ｍａｎｕａｌ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．，ら、ＮＣＢＩ ＮＬＭ ＮＩＨ Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．２０８９４；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．，ら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０））。周知のＳｍｉｔｈ Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して、同一性を決定してもよい。
望ましい程度の配列同一性の範囲は、約８０％から約１００％であり、それらの間の整数値である。一般に、この開示は、本明細書に記載される任意の配列と約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％の配列同一性を持つ配列を包含する。
本明細書のアミノ酸配列で使用される文字「Ｘ」は、特に明記しない限り、２０の標準的なアミノ酸のいずれかがこの位置に配置され得ることを示すことを意図している。
ＩＩＩ．ワクチン
ワクチンは、免疫系を刺激することのできる組成物であり得る。これは抗体の産生の刺激を含み得、１またはそれを超える微生物に対する免疫を提供することができる。ワクチンは、疾患の原因物質、その生成物、またはその合成代替物であり得る微生物から調製することができる。微生物の例は上に記載されている。
ワクチンは、医薬組成物として調製することができる。医薬組成物は、対象に投与することができる形態の、抗原を含むワクチンの製剤であり得る。一部の例では、医薬組成物はすぐに使用することができる。医薬組成物は、使いやすさ、有害反応の最小化、貯蔵の容易さ、貯蔵温度範囲、投薬の容易さ、製造の容易さ、または任意のその他の適した要因に関して最適化することができる。
医薬組成物は、本明細書に記載されるワクチン組成物および薬学的に許容され得る希釈剤、アジュバント、添加剤、またはそれらの任意の組合せを含むことができる。一部の例では、医薬組成物は、希釈剤を含むことができる。希釈剤は賦形剤（ｄｉｌｕｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）であり得る。希釈剤は、ワクチンの粘性を下げるか密度を下げて、例えば針を通る際の流動性を向上させるのに役立つ。一部の例では、希釈剤は、ワクチンと事前に混合することができる。一部の例では、希釈剤は、ワクチンとは別に提供し、投与前に混合することができる。
一部の例では、医薬組成物は、アジュバントを含むことができる。アジュバントは、免疫原性の向上をもたらすことができる。アジュバントは、抗原の緩徐放出をもたらすことができる（例えば、アジュバントはリポソームであり得る）か、それ自体が免疫原性であり、それにより抗原と相乗的に機能するアジュバントであり得る。例えば、アジュバントは、核酸の取り込みを促進し、免疫系細胞を投与部位に動員し、または応答リンパ球系細胞の免疫活性化を推進する既知のアジュバントまたは他の物質であり得る。アジュバントには、限定されるものではないが、免疫調節分子（例えば、サイトカイン）、油性および水性乳濁液、水酸化アルミニウム、グルカン、硫酸デキストラン、酸化鉄、アルギン酸ナトリウム、Ｂａｃｔｏ－Ａｄｊｕｖａｎｔ、ポリアミノ酸およびアミノ酸のコポリマーなどの合成ポリマー、サポニン、パラフィン油、ＰＳ－ＧＡＭＰおよびムラミルジペプチドが挙げられる。
一部の例では、アジュバントは免疫調節分子であり得る。例えば、免疫調節分子は、組換え型タンパク質サイトカイン、ケモカイン、または免疫刺激剤、あるいは、免疫応答を増強するように設計されたサイトカイン、ケモカイン、または免疫刺激剤をコードする核酸であり得る。
本明細書に記載される医薬組成物は、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）に包装することができる。一部の例では、ウイルス様粒子は、ワクチンを含むことができる。
ある特定の場合では、医薬組成物は、添加剤を含むことができる。さまざまな例では、添加剤は、ワクチンのビヒクルまたは媒体として役立つことができる不活性物質であり得る。添加剤は、結合剤、コーティング剤、着色剤、崩壊剤、香料、流動促進剤、滑沢剤、防腐剤、吸着剤、甘味料、ビヒクル、またはそれらの任意の組合せを含み得る。
本明細書のワクチン組成物または医薬組成物は、いくつかの製剤のうちの１つに製剤化することができる。一部の例では、ワクチンは、エアロゾル製剤、注射用製剤、経口製剤、または任意のその他の適した製剤の形態であり得る。
本明細書に提供されるワクチン組成物は、単位用量として製剤化することができる。単位用量は、１人の対象に適切なワクチンの用量であり得る。一部の実施例では、ワクチンを１回分の単位用量として包装することができる。一部の他の実施例では、ワクチンを複数の単位用量として包装することができる。
ワクチンに応答して生じる免疫応答は、存在する各抗原の量ではなく、抗原の総量に依存し得る。一部の例では、抗原の各々は、単独では対象の広域中和性抗原に対して有意な免疫応答をもたらさない濃度であり得る。そのような免疫応答は、Ｂ細胞またはＴ細胞などの免疫細胞の場合、動員および／または活性化を含み得る。一部の例では、そのような免疫応答は、予防的な免疫応答であり得る。一部の例では、抗原は、対象の広域中和性抗原に対する免疫応答を提供する複合濃度を有し得る。
ＩＶ．使用方法
本明細書では、感染および／または微生物または毒素への曝露に起因する有害事象を処置するかまたは減らすための方法が提供される。また、本明細書では、対象の微生物や毒素に起因する疾患または状態を抑制するかまたはその可能性を低減する方法が提供される。この方法は、本明細書に記載されるワクチン組成物を対象に投与することを含み得る。一部の例では、本明細書に記載される方法は、対象の微生物によって引き起こされる疾患または状態に免疫を付与することができる。
「処置」または「処置する」という用語は本明細書において同義的に使用される。これらの用語は、本明細書において、一般に有益または望ましい結果を得るためのアプローチを指し、それらの結果には、限定されるものではないが、治療上の利益および／または予防上の利益が含まれる。治療上の利益は、処置されている基礎疾患の根絶または寛解を意味し得る。また、治療上の利益は、対象が依然として基礎疾患に罹患しているにもかかわらず、対象において改善が観察されるような、基礎疾患に関連する１またはそれを超える生理学的状態の根絶または寛解によって達成され得る。予防効果には、疾患または状態の出現の遅延、防止、または除去、疾患または状態の症状の発症の遅延または除去、疾患または状態の進行の遅延、停止、または逆転、あるいはそれらの任意の組合せが含まれる。予防的利益のために、特定の疾患を発症するリスクのある対象、または疾患の生理学的症状の１つまたは複数を報告する対象は、この疾患の診断がなされていなくても、処置を受けてよい。
本明細書においてワクチンを投与される対象は、哺乳動物、鳥、または任意のその他の適した対象であり得る。いくつかの例では、対象は、ヒトであり得る。ある特定の場合では、対象は、ブタ、または別の飼いならされた動物、例えば、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ウマ、ニワトリ、オンドリ、シチメンチョウ、オウム、サル、ハムスター、モルモット、ラット、マウス、イヌ、またはネコであり得る。
そのような対象は、ワクチンを経口的に、エアロゾルとして、注射としてまたはそれらの組合せで投与され得る。一部の例では、複数回用量のワクチンが投与されてもよい。一部の例では、対象は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれを超える用量のワクチンを投与され得る。反復投与は、同じ日に行うこともでき、または、少なくとも１日、少なくとも１週間、少なくとも１カ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、または少なくとも１０年の間隔を空けて行うこともできる。一部の例では、反復投与は、追加免疫投与として行うことができ、以前の用量と同じ用量、より多い用量、またはより少ない用量であってよい。追加免疫投与は、初回刺激後の追加免疫であってよい。
反復投与を行うワクチンの個々の用量は、同じ抗原または異なる抗原を含むことができる。個々の用量が異なる抗原を含む場合、それらは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える抗原で異なる場合がある。一部の例では、個々の用量が異なる抗原を含む場合、その違いは、可能な限り多くの異なる抗原への曝露を最大化することであり得る。一部の例では、個々の用量が異なる抗原を含む場合、追加の用量は、新たに進化した株、適応した株、または耐性のある株に対する免疫を付与することができる「アップデート」用量となり得る。
ある種の実施形態では、注射されるワクチンは、皮下注射剤として製剤化され得る。一部の例では、注射されるワクチンは、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮内、また任意のその他の適した種類の注射用に製剤化され得る。ワクチンは、健康な対象、健康でない対象、または健康状態が不明の対象に投与することができる。一部の例では、ワクチンは、対象が健康である場合により効果的であり得る。ワクチンは、組換え発現ベクターを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、組換え発現ベクターによって作製することができる。さまざまな例では、ワクチンは組換え発現ベクターとして保存することができる。
いくつかの例では、組換え発現ベクターは、微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が２５以下であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が少なくとも３００である抗原のセット；微生物のＯＴＵの少なくとも６０％を代表する抗原のセット；あるいは微生物のＯＴＵの少なくとも６０％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含むことができる。
ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット、微生物のすべてのＯＴＵの少なくとも６０％を代表する抗原のセット；または微生物のすべてのＯＴＵの少なくとも６０％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含む組換え発現ベクターをコードする核酸分子を含むことができる。
さまざまな例では、組換え発現ベクターは、微生物の１次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。一部の例では、組換え発現ベクターは、微生物の２次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、微生物の３次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。
一部の例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの１％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、または２０％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。一部の例では、組換え発現ベクターは、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。一部の例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。さまざまな例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１０％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。一部の例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が２０％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。
一部の例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、または少なくとも２０％である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。さまざまな例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも１％であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも５％であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。さまざまな例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも１０％であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。一部の例では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも１５％であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。ある特定の場合では、組換え発現ベクターは、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも２０％であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの６０％以下、７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９８％以下である抗原のセットをコードする核酸分子を含み得る。
ワクチン組成物を作製するための方法は、微生物の１次クレードおよび２次クレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを選択することを含むことができ、ここで、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも７５％であり、微生物のすべてのＯＴＵの少なくとも６０％を代表するか、または微生物のすべてのＯＴＵの少なくとも９０％を代表する。
一部の例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、微生物の１次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットを選択することを含み得る。ある特定の場合では、ワクチン組成物を作製するための方法は、微生物の２次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットを選択することを含み得る。さまざまな例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、微生物の３次クレードの各々の少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または１００％を代表する抗原のセットを選択することを含み得る。
一部の例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの１％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、または２０％以下である抗原のセットを選択することを含み得る。ある特定の場合では、ワクチン組成物を作製するための方法は、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。さまざまな例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。一部の例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。ある特定の場合では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１０％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。さまざまな例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が１５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。一部の例では、ワクチン組成物を作製するための方法は、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が２０％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％である抗原のセットを選択することを含み得る。
Ｖ．実施例
例えば、次のいくつかの方法のうちの少なくとも１つにおいて、典型的な市販のワクチンとは異なる（および／またはそれと比較して利点を提供する）ことのできるワクチンが開発された：（１）多数の（例えば、６またはそれを超える）抗原、例えば、３０個の抗原を含むこと、（２）個々の抗原が比較的少量であり、例えば０．０５μｇの各抗原を含むことで、比較的少ない量の総抗原含有量を可能にすること、および（３）抗原上の共有部位に対するワクチンによって誘発される免疫原性応答の幅、例えば、３０個の抗原の各々は０．０５μｇであるが、共有部位は１．５μｇの３０倍の高用量で効果的であること。
以下の例では、インフルエンザワクチン組成物をブタに投与した。いくつかのインフルエンザワクチン組成物を使用した。ビヒクルは、すべての組成物についてスクアレンおよびリン酸緩衝食塩水を含んでいた。ビヒクル対照組成物は、スクアレンおよびリン酸緩衝食塩水を含んでいた。市販のインフルエンザワクチンを模倣するように設計された二価の対照インフルエンザワクチンは、２つのインフルエンザ抗原バリアント：Ｈ１Ｎ１＿２００７（Ａ／ブリスベン／２００７）（５μｇ）と、Ｈ３Ｎ２＿１９９７（Ａ／シドニー／５／１９９７）またはＨ３Ｎ２＿２００７（Ａ／ブリスベン／２００７）（５μｇ）のいずれかを含んでいた。第１の単一抗原インフルエンザワクチン組成物は、５０ｎｇの第１のヘマグルチニンバリアント（Ｈ１Ｎ１＿２００７；Ａ／ブリスベン／２００７）を含んでいた。第２の単一抗原インフルエンザワクチン組成物は、５０ｎｇの第２のヘマグルチニンバリアント（Ｈ３Ｎ２＿２００７；Ａ／ブリスベン／２００７）を含んでいた。３０抗原インフルエンザワクチン組成物は、実施例４に記載されるように選択された１９１８年から２０１５年までのインフルエンザ抗原を代表する３０個のインフルエンザ抗原（３０個のヘマグルチニンバリアント）を含んでいた。２７抗原インフルエンザワクチン組成物は、１９１８年から２００８年までのインフルエンザ抗原を代表する２７個のインフルエンザ抗原（２７個のヘマグルチニンバリアント）を含んでいた。３０抗原インフルエンザワクチン組成物も一般的なワクチン組成物試験に採用された。２７抗原インフルエンザワクチンは、「将来の」株に対するワクチンの防御能力を試験するために採用された。これは恐らく、まだ存在していないが将来存在する可能性のある抗原バリアントに対する防御を提供するワクチンの能力として説明できる。
以下の実例となる例は、本明細書に記載される組成物および方法の実施形態を代表するものであり、決して限定することを意味するものではない。
実施例１：ワクチン接種後に誘発された固有の抗体の数の定量
成人は、約１億個の固有のＢＣＲのＢ細胞受容体（ＢＣＲ）レパートリーを含み得る。インフルエンザワクチン接種の後、約１，０００個の固有のＢＣＲが誘発されて親和性成熟を開始され得る。血清学的分析は、これらの約１０％が生産的な形質細胞に効率的に変換され得ることを示している。これにより、約１００の固有の抗体で血清学的保護を提供することができるインフルエンザの予防接種がもたらされ得る。この概念を図４に示す。
実施例２：ヘマグルチニン上の固有のＢ細胞エピトープの数の推定
ヒト抗体は、認識する抗原表面の約２０～３０の残基に接触することができる。一部の例では、約１２～１６個のそのような残基が、「潜在的重要エピトープ」と呼ばれ得るエピトープを形成し得る。一部の例では、そのようなエピトープは、抗体による抗原の認識を維持するために重要であり得る。
約１０００個のＢ細胞系列からおよそ１００個の固有の抗体がワクチン接種によって誘発されたと考えると、以下の疑問が生じた：（１）インフルエンザヘマグルチニンタンパク質（ＨＡ）の表面にはいくつの固有のエピトープが存在するのか、（２）それらのエピトープが保存されている場合、個々の抗体が広く交差反応する確率はどのくらいか、（３）およそ１００個の固有の抗体全体で、対象のワクチン応答が広範な防御抗体を含む確率および割合はどのくらいか。
インフルエンザヘマグルチニンタンパク質（ＨＡ）の表面の固有の潜在的重要エピトープのデータベースを生成するために、Ｚｄｏｃｋを使用して、代表的なＨＡ構造（ＰＤＢ ＩＤ：３ＦＫＵ）に対して５５９個の結晶化したヒト抗体構造のディープ・コンピューテーショナル・タンパク質間ドッキングを行った。これにより、それぞれ２５＋／－１２個のＨＡ接触残基を含む、３，７１８，３４６個の固有の接触残基セットが得られた。次に、潜在的重要エピトープを形成する可能性のある、ＨＡ上の固有の接触残基セットから１４個の接触残基のランダムなサブサンプリングを繰り返し行い、その結果、単一の抗体の結合決定基を定義することのできる、２６３，０２２，６７４個の固有の１４残基の潜在的重要エピトープのデータベースを得た。網羅的ではないものの、このデータベースは、ＨＡに結合するヒト抗体のエピトープ保存確率をモデル化するための基礎を提供する。この概念を図４に示す。
実施例３：すべてのヘマグルチニンエピトープのアミノ酸保存の定量
１９１８年から２０１８年にわたる株からの８２種類のＨＡタンパク質配列のパネル全体で、２億６３００万個の潜在的重要エピトープの保存を分析した。この分析により、すべてのＨＡで普遍的に保存されている潜在的重要エピトープは１００万分の１未満であることが特定された。図５に示されるように、潜在的重要エピトープは約３０万分の１の割合で、すべての株で９０％保存されていることが観察され、一方、所定のＨＡ抗原グループ内で普遍的に保存されている割合は１％と３％であることが観察された。Ｈ１またはＨ３抗原グループで９０％保存されていた潜在的重要エピトープは、あまり一般的ではなかった（Ｈ１およびＨ３でそれぞれ６．９％および５．８％）。これは、場合によっては、広く保存されていないエピトープが、広く保存されたエピトープよりも数が圧倒的に多いために免疫優勢になり得ることを示唆し得る。
このモデルは、真に普遍的に保存されたエピトープ結合抗体は、ほとんどの免疫系では発生しないほど稀であること、そして、株内で保存されたエピトープを認識する広範な抗体が発生する可能性はあるが、応答の中では少数派であり、次の年に十分な防御を媒介するために十分な濃度で存在する可能性は低いことを示唆した。例えば、１００個の応答抗体があるとすれば、ほとんどの対象は、広く保存されたエピトープに対する抗体を誘発しないと予測される。１００個の応答抗体が与えられた場合、広く保存されたエピトープに対する抗体を誘発することができる、または誘発できるかもしれない対象の場合、ほとんどの場合、その抗体は血清応答の約１％を占めることができる。このような場合、季節間の抗原ドリフトは、対象の抗体価の残りの９９％を時代遅れまたはほぼ時代遅れにするのに十分であり得る。時間の経過とともに自然に力価が下がることと併せて、そのような対象は最終的には保護されないままになり得る。
このモデルは、アミノ酸位置の約１０％～１５％の季節変動が、ヘマグルチニンに対するエピトープの大部分を破壊するのに十分であり、現在の方法による継続的なワクチン接種の必要性につながり得るという観察結果と一致していた。
さらに、ヘマグルチニンの基部だけで免疫することにより、ある程度の利益が得られる可能性があるが、基部内の季節変動は、エピトープの大部分を時代遅れにし続ける可能性がある。コンセンサスヘマグルチニンバリアントを含む免疫原の変動は、制限され得る利益を提供する可能性がある。アジュバントを強化しても、応答する抗体の総数を増やすことができ、基本的な重要なエピトープの保存確率分布を変更できる可能性があるため、幅の課題を解決できない可能性がある。
保存されたエピトープは、ヘマグルチニンの基部および頭部内に存在するが、それらの比率は、ほとんどのヒトまたはほとんどのブタを含むほとんどの対象による免疫応答の優勢な比率を引き出すには低すぎる可能性があり、免疫原の配列の最適化またはアジュバントの強化によってこれを解決することができる見込みは低い可能性がある。
実施例４：インフルエンザワクチン組成物の生成
現在、市販のワクチンは、一般に約１０～５０μｇの全抗原を送達する。そのような市販のワクチンには、多くの場合、２つの抗原（二価のワクチン）、３つの抗原（三価のワクチン）、または４つの抗原（四価のワクチン）しか含まれていない。
ヘマグルチニンバリアントの最適に分散した集団を特定するために、標的抗原の相同バリアントの大型データベースを入力として受け取り、アミノ酸同一性パーセントに基づいて確率的に生成された、最適に分散した代表のサブセットを出力する方法が開発された。本明細書において、入力は、インフルエンザに対するヘマグルチニン抗原の相同バリアントの大型データベースであり、出力は、本明細書に記載される抗原の入力グループを代表する抗原のサブセットであった。この実施例では、２つの別個のワクチン組成物を対象への投与用に設計した。
この方法は、１９１８年から２０１５年までの期間にわたって８６００のヘマグルチニンバリアントに１０００の確率的反復で繰り返し適用され、３０の代表的なインフルエンザ抗原バリアントのセットが出力された。これらのバリアントは、３０の抗原ワクチン組成物を含み、表２に詳述されている。抗原は、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、Ｉｎｃ．（北京、中国）より購入した。
Figure 2022521410000007
一部の実施例では、１９１８年から２００８年までの期間にわたる抗原バリアントを代表するように設計された２７の抗原ワクチン組成物が使用された。この２７の抗原ワクチン組成物の抗原のほとんどは、３０の抗原ワクチン組成物にも含められている。このワクチン組成物は、「将来の抗原」に対する微生物のエピトープを代表する抗原を有するそのような組成物の有効性を決定するために使用することができ、表３の抗原を含む。抗原は、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、Ｉｎｃ．（北京、中国）より購入した。
Figure 2022521410000008
一部の実施例では、１９１８年から２０１８年までのヒト、ブタ、および不明の宿主からの７３のインフルエンザヘマグルチニン抗原を含むワクチン組成物が使用された。この組成物中の抗原は表４に記載されている。抗原は、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、Ｉｎｃ．（北京、中国）より購入した。これらの抗原のアミノ酸配列は、表６に記載されているように、配列番号１～８７である。
Figure 2022521410000009
Figure 2022521410000010
Figure 2022521410000011
一部の実施例では、１９３０年から２０１９年までのヒト、ブタ、および不明の宿主からの２８のインフルエンザノイラミニダーゼ抗原を含むワクチン組成物が使用された。この組成物中の抗原は表５に記載されている。抗原は、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、Ｉｎｃ．（北京、中国）より購入した。これらの抗原のアミノ酸配列は、表７に記載されているように、配列番号８８～１２７である。
Figure 2022521410000012
Figure 2022521410000013
ワクチンに含めることができる抗原の追加のアミノ酸配列は、表８に記載されるように、配列番号１２８～１７１として提供されている。
実施例５：ヘマグルチニン阻害アッセイ
ヘマグルチニン阻害アッセイは、ワクチンによって付与される免疫応答を測定するために使用することができる。ヘマグルチニン阻害アッセイのサンプルプロトコルは、ウイルスの段階希釈の調製から開始することができ、少なくとも１つの陰性対照または陽性対照サンプル、あるいは陰性対照サンプルと陽性対照サンプルの両方の調製を含むことができる。例えば血清サンプル中のウイルスに対するものであり得る抗体は、ウイルスとともにインキュベートすることができる。次に、赤血球を各サンプルに加えてインキュベートし、ヘマグルチニンを観察することができる。一部の例では、ボタンがないことは陽性反応と見なすことができる。一部の例では、力価を計算し、報告することができる。
実施例６：インフルエンザ中和アッセイ
インフルエンザ中和アッセイのサンプルプロトコルは、抗体または抗体を含む溶液、例えば、血清の段階希釈の調製から始めることができる。そのような段階希釈を生成するためのサンプル方法が次に記載される。抗体希釈液は、ウイルス希釈剤を使用して調製することができる。ウイルス希釈剤は、９６ウェルプレートなどのマイクロタイタープレートのウェルに加えることができる。一部の例では、５０μＬのウイルス希釈剤を各ウェルに加えることができる。次に、５０μＬの抗体または抗体を含む溶液が第１のウェルに添加され得る。一部の例では、これは１ｍｇ／ｍＬの原液であり得る。一部の例では、これは血清であり得る。一部の例では、これは希釈血清であり得る。２倍段階希釈液は、第１のウェルから５０μＬを連続する各ウェルに移して、１：１から１：１２８の範囲の希釈液（抗体溶液：希釈剤）を達成することによって達成することができる。さらに、ウイルス希釈剤を含むが抗体も抗体を含む溶液も含まない、陰性対照ウェルを調製することもできる。最後の５０μＬは廃棄してよい。一部の例では、これは、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の反復で行うことができる。
プレートを覆い、インキュベーターの中に入れることができる。一部の例では、条件は、約３７℃、約５％ＣＯ２であり得る。一部の例では、条件は、正確に３７℃、約５％ＣＯ２であり得る。一部の例では、条件は、約３７℃、正確に５％ＣＯ２であり得る。一部の例では、条件は、正確に３７℃、正確に５％ＣＯ２であり得る。希釈したウイルスの調製中、プレートはインキュベーター内に保持され得る。一部の例では、ウイルスを追加するときにウイルスへの有害なｐＨ効果を避けるために、ｐＨを維持する必要がある。
ウイルスは、ウイルス希釈剤で１００ＴＣＩＤ５０／５０μＬの作業希釈液に希釈することができる。ＴＣＩＤ５０は、５０％組織培養感染量であり得、１００ＴＣＩＤ５０は、ＴＣＩＤ５０の値の１００倍に等しくなり得る。
５０μＬの希釈ウイルスは、抗体を含むウェルおよび抗体を含まない対照ウェルに加えられ得る。一部の例では、抗体または抗体を含む溶液を有するがウイルスを含まない追加の対照ウェルを調製することができる。一部の例では、１列のウェルをウイルスの逆滴定のために確保することができる。プレートを穏やかに混合することができ、ウイルス希釈剤をすべてのウェルに加えて、各ウェルを等量にすることができる。逆滴定は、標準的なプロトコルを使用して実行することができる。
プレートを覆い、上記のように再びインキュベーターに１時間入れることができる。１時間後、１００μＬの希釈ＭＤＣＫ細胞（７０～９５％単層で低継代＜３０であるべきである）を、マイクロタイタープレートの各ウェルに加えることができる。各ウェルは、１．５×１０４細胞を含むことができる。
プレートを覆い、上記のように再びインキュベーターに１８～２０時間入れることができる。インキュベーションの後、液体をウェルから除去することができ、例えば、２００μＬのリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を使用してウェルを洗浄することができる。１００μＬの冷８０％アセトンを各ウェルに添加することができ、固定のためにプレートを室温で１０～１２分間インキュベートすることができる。次に、アセトンをウェルから除去することができ、プレートは、例えば、空気乾燥で約１０分間または乾燥するまで乾燥させることができる。
その後、インフルエンザ酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）を標準的なＥＬＩＳＡプロトコルを用いて実施し、中和されたウイルスの量を測定することができる。一部の例では、本開示に従って開発されたワクチン組成物を接種された対象の血清を用いて、インフルエンザ中和アッセイを実施することができる。一部の例では、このようなインフルエンザ中和アッセイは、ブタ血清、ヒト血清、または任意の哺乳動物の血清を使用して実施することができる。一部の例では、血清は、頭部特異的抗体、基部特異的抗体、広域中和抗体、ユニバーサル抗体、９０％ユニバーサル抗体、広域株特異的抗体、および／または９０％株特異的抗体である抗体を含むことができる。
インフルエンザ中和アッセイでは、対照ワクチンを接種された対象から得た対照サンプルを含めることができる。そのような場合、対照ワクチンは、一価ワクチン、二価ワクチン、三価ワクチン、または四価ワクチンであり得る。対照ワクチンが三価ワクチンである場合、それは、Ｈ１Ｎ１株、Ｈ３Ｎ２株、およびＨＡＢ株からの抗原を含み得る。一部の例では、最小中和希釈度は、対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも２倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、およびＨＡＢ抗原を含む対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、最小中和希釈度は少なくとも２倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、最小中和希釈度は、対照４価ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも２倍大きくなり得る。一部の例では、最小中和希釈度は、対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１０倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、およびＨＡＢ抗原を含む対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、最小中和希釈度は少なくとも１０倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、最小中和希釈度は、対照４価ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１０倍大きくなり得る。一部の例では、最小中和希釈度は、対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１００倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、およびＨＡＢ抗原を含む対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、最小中和希釈度は少なくとも１００倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、最小中和希釈度は、対照４価ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１００倍大きくなり得る。ある特定の場合では、最小中和希釈度は、対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１，０００倍大きくなり得る。さまざまな例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、およびＨＡＢ抗原を含む対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、最小中和希釈度は少なくとも１，０００倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、最小中和希釈度は、対照４価ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１，０００倍大きくなり得る。ある特定の場合では、最小中和希釈度は、対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１０，０００倍大きくなり得る。さまざまな例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、Ｈ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、およびＨＡＢ抗原を含む対照ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、最小中和希釈度は少なくとも１０，０００倍大きくなり得る。一部の例では、ヘマグルチニン阻害アッセイまたはインフルエンザ中和を使用して試験した場合、最小中和希釈度は、対照４価ワクチンを使用するよりも開発されたワクチンを使用することで、少なくとも１０，０００倍大きくなり得る。ある特定の場合では、最小中和希釈度の改善は、１つの抗原、複数の抗原、または試験したすべての抗原に関するものであってよい。さまざまな例では、最小中和希釈度の改善は、１つの抗原、複数の抗原、または試験したすべての抗原に関するものであってよい。
一部の例では、開発されたワクチンは、対照ワクチンよりも多くの株を中和することができる。例えば、開発されたワクチンは、対照ワクチンよりも少なくとも１つ多くの株を中和することができる。ある特定の場合では、開発されたワクチンは、対照ワクチンよりも少なくとも２株、少なくとも５株、少なくとも１０株、少なくとも２５株、少なくとも５０株、または少なくとも１００株多く中和することができる。さまざまな例では、開発されたワクチンは、対照ワクチンよりも少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４つの倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、少なくとも１，０００倍、少なくとも５，０００倍、または少なくとも１０，０００倍多くの株を中和することができる。
実施例７：ＥＬＩＳＡアッセイ
ＥＬＩＳＡは、インフルエンザ抗原などの抗原に対して向けられた、血清中に存在する抗体を検出するために使用することができる。一部の実施形態では、複数の異なる抗原（例えば、さまざまな株からのヘマグルチニンバリアント）が調査される。簡単に言えば、ヘマグルチニン抗原バリアントは、９６ウェルプレートのウェルに固定することができる。一部の例では、希釈系列を調製することができる。抗原を含まない陰性対照ウェルが調製され得る。
ヘマグルチニンを含むことが疑われる血清を含む溶液は、ヘマグルチニン抗原バリアントを含むウェルまたは対照ウェルでインキュベートすることができる。インキュベーション期間の後、血清を含む溶液を洗い流すことができる。一部の例では、ヘマグルチニンと反応し得る１つまたは複数の抗体が血清中に存在する場合、抗体はプレートに結合したままになる。
血清が由来する動物の抗体に対して産生された二次抗体をウェルに適用することができる。インキュベーション期間の後、二次抗体を洗い流すことができる。血清中のヘマグルチニンと抗体との間に相互作用がある場合、二次抗体はヘマグルチニン－抗体複合体を標識することができる。
二次抗体は任意の許容され得る手段で標識することができ、二次抗体が存在するウェルでシグナルを検出することができる。一部の例では、シグナルは、存在する二次抗体の量に対応し得る。一部の例では、シグナルは、存在する血清由来の抗体の量に対応し得る。一部の例では、シグナルは、ウェル内のヘマグルチニン－抗体相互作用の量に対応し得る。
実施例８：保存と濃度の関連付けによる平均エピトープ幅の拡大
インビボでのエピトープ保存の確率分布をシフトして、保存されたエピトープに対するワクチン誘発抗体を富化するワクチン接種戦略を設計できるかどうかを試験した。
任意の一つの特定の理論に拘束されるものではないが、その仮説は、広く保存されたエピトープを認識することができ、それらに対して親和性成熟することができるＢ細胞に、これらのエピトープの保存をワクチン製剤中のその濃度に関連付けること（保存と濃度の関連付け（Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ－Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ Ｃｏｕｐｌｉｎｇ）またはＣ３として公知）により、選択的に報いることが可能であり得るというものであった。ＨＡの３０の多様なバリアントの混合物を、効果的な株特異的免疫応答を誘発するには不十分な用量でそれぞれ個別に投与することにより、単一バリアントエピトープの優勢な集団を分布から効果的に取り除くことができる。したがって、これにより、成分全体にわたって共通のエピトープを認識するＢ細胞が選択的に好まれ、広く反応するＢ細胞は、株特異的Ｂ細胞よりも最大で３０倍高い用量を受けることになる。
図６は、Ｃ３がどのように機能するかを概略的に示している。保存されたエピトープを標的とする受容体を運ぶＢ細胞は、相対的負荷の高い抗原、したがって、抗体を産生することができる形質細胞に分化するために必要な刺激を受け取る。株特異的エピトープを認識することができる受容体を持つ他のＢ細胞は、免疫応答を開始するために必要な閾値を下回り得る、相対的負荷の低い抗原を受け取ることができる。
実施例９：研究デザイン－保存と濃度の関連付け（Ｃ３）による保存されたエピトープフォーカシング
家畜化された非近交系ブタ（Ｓｕｓ ｓｃｒｏｆａ）、モデル生物、ならびにＡ型インフルエンザ感染およびワクチン接種のための獣医学的標的生物を使用して、３つのインビボ実験を設計した。最初のインビボ研究では、３５頭のブタを５つのコホートに分割し、コホートごとに７頭のブタを配置した。各ワクチン（Ｃ３）製剤は、３０種類のＨＡバリアント（１９１８～２０１４年にわたるＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、およびＨ７）の多様なセットを含んでいた。ブタのコホートに、二価製剤（ＢＩＶ、２ＨＡ抗原Ｈ１Ｎ１２００７およびＨ３Ｎ２１９９７、５，０００ｎｇ／抗原）、Ｃ３－５００（３０ＨＡ抗原、５００ｎｇ／抗原）、Ｃ３－１００（３０ＨＡ抗原、１００ｎｇ／抗原）、Ｃ３－５０（３０ＨＡ抗原、５０ｎｇ／抗原）、またはビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン）のいずれかを接種した。動物に３週間間隔で３回接種し、各ワクチン接種の３～４週間後に血清を採取した（２９、５０、および７１日目）。３回目のワクチン接種の７日後（５０日目）に収集したＰＢＭＣからＲＮＡを単離した。
２回目と３回目のインビボ研究では、パンデミックＨ１Ｎ１ ２００９からＨ３Ｎ２ ２０１８を含む、事実上の将来のウイルス株およびＨＡに対する血清学的応答を調べるための「２００９年以前」のＣ３製剤を作製するために、２００８年以降のすべてのＨＡの代表が削除された。Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ ２００７を使用して、２００８年の季節性二価対照も同様に製剤化された。
２回目のインビボ研究では、２０頭のブタを５つのコホートに分離し、コホートごとに４頭のブタを配置した。コホートにはそれぞれ、５，０００ｎｇ／抗原（ＢＩＶ）の２種類のＨＡ抗原、５０ｎｇ／抗原の２７種類のＨＡ抗原（Ｃ３－５０）、５０ｎｇのＨ１Ｎ１ ２００７（単一低用量Ｈ１）、５０ｎｇのＨ３Ｎ２ ２００７（単一低用量Ｈ３）、またはＰＢＳ＋スクアレン（ビヒクル対照）のいずれかを含む製剤を接種した。低用量（５０ｎｇ）で投与された単一ＨＡのコホートは、ブタにおける作業Ｌｔｈｒｅｓｈ（所与抗原が免疫応答を誘導しない化学量論的限界以下（stochiometric limit below））を検証するために含まれていた。動物はそれぞれ２１日間隔で６回接種された。さらに、３つのコホート（ＢＩＶ、Ｃ３－５０、およびビヒクル対照）は、６回目の接種から９週間後に７回目の接種を受けた。Ｃ３－５０の場合、７回目の接種は高用量ブースト（２７ＨＡ、５００ｎｇ／抗原）を含んでいた。同じ日の各接種の直前に血清を収集した。追加の血清は、６回目の接種の４週間後（１３５日目）および７回目の接種の４週間後（１９５日目）に収集された。ＲＮＡを、６回目の接種から７日後（１１２日目）に採取した末梢血単核細胞から単離した。
３回目のインビボ研究では、２５頭のブタを５つのコホートに分離し、コホートごとに５頭のブタを配置した。コホートにはそれぞれ、５，０００ｎｇ／抗原＋スクアレン（ＢＩＶ）、Ｃ３－５０＋スクアレン、Ｃ３－５０＋ミョウバン、Ｃ３－５０＋ＴＬＲ、またはビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン＋ミョウバン＋ＭＰＬＡ＋イミキモド）のいずれかを含む製剤を接種した。動物は、２１日間隔で３回の接種を受け、同じ日の各接種の直前に血清を収集した。追加の血清は、３回目の接種の４週間後（７０日目）に収集した。３つのＣ３－５０コホートはすべて、２８種類ＨＡ抗原を最初の２回の接種で５０ｎｇ／抗原、３回目の接種で５００ｎｇ／抗原で投与された。
実施例１０：群れ効果
濃度と保存の関連付けの理論を支持するために、Ｌｔｈｒｅｓｈをインビボで決定した。まず、Ｈ１Ｎ１ ２００７またはＨ３Ｎ２ ２００７のいずれかの単一抗原を５０ｎｇの用量で投与することにより、５０ｎｇの用量のＨＡが免疫活性化の閾値を下回っていることを確認した。合計６回の用量が２１日間隔でブタに投与された（前の実施例の２回目の研究に対応）。どちらの場合も、図７に示されるように、血清反応は、６回目の接種から２８日後にはどちらの抗原に対してもＥＬＩＳＡで検出されなかった。
しかし、２つの抗原を１９１８年から２００８年にわたる２５の他のＨＡと組み合わせて、それぞれ同様に５０ｎｇ（Ｃ３－５０）で投与すると、両方の抗原に対する血清反応が検出された。さらに、Ｃ３－５０の接種により、Ｃ３の他のＨＡと、２００９年から２０１３年にわたるＨ１Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、およびＨ７Ｎ９を含む、製剤に含まれていない「将来の」２００８年以降の株のパネルに対して血清反応が生じた。このように、個々の成分が閾値用量を下回る可能性がある場合でも、低用量のアンサンブルが免疫応答を誘発する可能性がある。
この場合、２７の抗原が個別に生理学的用量以下のプールでは、共有エピトープは、最大で２７倍高い用量であり得る、したがって、標的化に成功する可能性があり、異種株に交差する可能性のある優先的に広い応答を得ることができる。
図７は、Ｃ３－５０（２７ＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ）、単一低用量（５０ｎｇ）Ｈ１Ｎ１ ２００７抗原、単一低用量（５０ｎｇ）Ｈ３Ｎ２ ２００７抗原、およびビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン）の免疫コホート（各ｎ＝４）全体にわたる、１０種類のＨＡ抗原（１９３４年～２０１３年にわたるＨ１、Ｈ３、Ｈ５、およびＨ７）に対する個々のブタ血清のＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）を示す。箱ひげ図は中央値およびＩＱＲを示す。ひげは、下位四分位数と上位四分位数の１．５倍のＩＱＲを示す。点は外れ値を表す。破線枠内に示される抗原は、１９１８～２００８年のＣ３ワクチン製剤に存在するＨＡを示す。
実施例１１：保存と濃度の関連付けによる応答は、主にサブタイプ特異的であり、サブタイプ抗原の最小総投与量を必要とする。
Ｃ３に誘発される（ｅｌｉｃｔｅｄ）結合応答の分析を、ＨＡサブタイプで分けた。実施例９に記載された最初の研究であるＣ３－５０製剤は、１０個のＨ１、７個のＨ３、５個のＨ５、３個のＨ７、および２個のＨ２をそれぞれ個別に５０ｎｇで含んでいた。血清反応は総サブタイプ用量と相関しており、Ｈ１とＨ３が最も強い反応を示し、Ｈ５がより弱い反応を示し、Ｈ２とＨ７はＣ３－５０による反応が不十分であるようであった。これらの結果は、あるサブタイプの応答が必ずしも他のサブタイプへの応答を高めるとは限らないという予測を裏付けている。したがって、場合によっては、完全なユニバーサル抗体よりも、サブタイプ内の幅広い応答のほうがはるかに一般的であり得る。データは、最良の効果には、７～１０メンバー（すなわち、３５０～５００ｎｇの最も保存されたエピトープ）の潜在的な最小クレード用量を示唆している。
この実験を説明するデータを図８に示す。Ｃ３－５０コホート（研究＃１）のブタのＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）が、Ｃ３－５０製剤（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、およびＨ７）に存在するさまざまなＨＡ抗原クラスへと分けて示されている。Ｘ軸は、クラスごとのＨＡの数を示す。３回目のワクチン接種の２８日後（７１日目）に血清を収集した。ＥＬＩＳＡシグナルに対するＨＡ抗原の数についてのピアソンの相関係数は、対応するｐ値を持つＲ２として示されている。箱ひげ図は中央値およびＩＱＲを示す。ひげは、下位四分位数と上位四分位数の１．５倍のＩＱＲを示す。Ｐ値は、多重比較のためのダンの補正を伴うクラスカル・ウォリス順位和検定を使用して計算される。選択されたＰ値は調整済みとして報告され、＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、および＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１として示される。
実施例１２：幅広い反応性と逆用量反応の保存と濃度の関連付け
一部の例では、個々の成分の用量を下げると、保存されたエピトープのみを標的とする圧力を高めることができ、したがって血清学的反応の幅を広げることができ得る。Ｃ３の用量と応答の関係を評価するために、Ｃ３の３つの投与量コホートをＢＩＶ群とビヒクル対照群と一緒に試験した。実施例９に記載される最初の研究からのコホートあたり７頭のブタのそれぞれから得られた３６の抗原パネルに対する血清反応は、最低用量のＣ３（５０ｎｇ／ＨＡ）が、１９１８～２０１４年のＨ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ３、Ｈ１Ｎ３、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、Ｈ６Ｎ２、およびＨ１７Ｎ１０に及ぶほとんどの抗原に対して最大の血清反応を提供したことを示している。この逆用量反応は、モデルの予測に一致し、このワクチン接種戦略のユニークな特性である。図９のパネルＢに示すように、３種類のＣ３製剤はすべて、ＥＬＩＳＡで測定した２価製剤と比較して、血清反応の中央値が改善された。さらに、図９のパネルＡに示されるように、Ｃ３の最小用量で最大の血清反応中央値が得られ、図９のパネルＢに示されるように、３回目の接種後７日から２８日までの経時的な血清力価の最大の倍率変化をもたらす、逆用量反応が観察された。これは、競合するエピトープを希釈することにより、保存と濃度の関連付けが幅へのシフトをもたらすというモデルの予測と一致している。
図９のパネルＡは、ブタ１頭あたりのすべての試験株（ｎ＝３６、１９１８～２０１４年のＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、およびＨ１７に及ぶ）にわたるブタ１頭あたりの平均ＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）を示す（研究＃１）。３回目のワクチン接種の２８日後（７１日目）に血清を収集した。図９のパネルＢは、３回目のワクチン接種後７日から２８日の間のＣ）からのブタ１頭あたりの平均ＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）の倍率変化を示す。箱ひげ図は中央値およびＩＱＲを示す。ひげは、下位四分位数と上位四分位数の１．５倍のＩＱＲを示す。Ｐ値は、多重比較のためのダンの補正を伴うクラスカル・ウォリス順位和検定を使用して計算される。選択されたＰ値は調整済みとして報告され、＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、および＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１として示される。
コホートごと、動物ごとに応答を分析すると、図１０のヒートマップに示されるように、より多くの動物が逆用量応答の関数としてより広く応答することが観察され、最低用量（Ｃ３－５０ｎｇ／抗原）が最大の幅を示した。
図１０は、３６種類のＨＡ（１９１８～２０１４年にわたるＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、およびＨ１７）に結合する５つの免疫コホートならびに広域中和ヒト抗体（Ｃ０５、Ｆ１０、およびＣＲ９１１４）の個々のブタ血清からのＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）のヒートマップを示す。免疫コホートは、５００ｎｇ／ＨＡ、１００ｎｇ／ＨＡ、および５０ｎｇ／ＨＡの３０ＨＡの３つの異なるＣ３製剤、ＢＩＶコホート（Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ １９９７、それぞれ５，０００ｎｇ）およびビヒクル対照コホート（ＰＢＳ＋スクアレン）であった。３回目の接種の２８日後に血清を収集した（７１日目、研究＃１）。ヒートマップの濃淡は、ＥＬＩＳＡデータの分布を調整するために分位点ブレークを用いて適合させた。陽性株のカバー率は、各株のビヒクル対照の平均値＋３×ＳＤを上回るパーセント値として決定された。
まとめると、応答の幅は保存されたエピトープの濃度と関連していること、および、Ｃ３製剤が５０ｎｇ／抗原の最低用量で、ほとんどのブタにおいてブタ血清あたりに結合した最も広い平均株を提供したことをデータは示している。
実施例１３：保存と濃度の関連付けは、均一なＢ細胞の拡大を誘導する
次に、ブタ末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）のＩｇＭおよびＩｇＧ Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）レパートリーを、６回目の接種の７日後の第２の研究（実施例９に記載）に記載されるブタについて分析した。二価またはビヒクルのいずれかの免疫スケジュールを受けたブタ間で観察されたクローン増殖の高い変動性とは対照的に、Ｃ３－５０製剤を投与されたブタでは有意により均一なＢＣＲレパートリークロノタイプ増殖が観察された。したがって、Ｃ３は、より均一な、したがって潜在的により予測可能な免疫応答を生成するようであった。
これらの観察結果を示すデータを、アイソタイプによって分離された上位のクローン型が占有する末梢ＢＣＲレパートリーとして図１１に示す。黒い線は、免疫グループごとのブタ全体の上位ｎ個のクロノタイプの全配列に対するパーセント（％）として、占有されている平均レパートリーを示す。灰色の領域は９５％信頼区間を示す。免疫コホートは、実施例９に記載の２回目のインビボ研究のものであり；２７種類のＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ（ｎ＝４）、二価のコホート（Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ ２００７、それぞれ５，０００ｎｇ、ｎ＝３）およびビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン、ｎ＝４）を配合したＣ３製剤であった。６回目の接種から７日後（１１２日目）にリンパ球を採取した。アイソタイプは、ライブラリー調製の間のＣ領域特異的プライミングによって決定された。クロノタイプは、同一のＣＤＲＨ３アミノ酸配列を持つ配列として定義される。
実施例１４：保存と濃度の関連付けは広域中和抗体を誘発する
Ｃ３ワクチン接種動物で産生されたモノクローナルブタ抗ＨＡ抗体を単離するために、実施例９に記載の最初のインビボ研究のＣ３動物からｍ１３ファージディスプレイされたブタ抗体のライブラリーを生成した。これらのライブラリーから、低用量のＣ３（５０ｎｇ／抗原）を投与されたブタから、ｂｎＡｂ ９Ｃ５を含むブタ抗ＨＡ抗体を単離した。
この実験の結果を表すデータを図１２に示す。ファージディスプレイによって単離された広域中和性ブタモノクローナル抗体９Ｃ５の配列アラインメント。ブタ（Ｓｕｓ ｓｃｒｏｆａ）生殖細胞系遺伝子に対してＩＭＧＴ Ｖ Ｑｕｅｓｔを使用して、重鎖および軽鎖ヌクレオチド配列を整列させた。検出された生殖細胞系遺伝子と比較した変異には下線が引かれ、ＣＤＲＨ３は太字でマークされている。ＣＤＲＨ３は、ＩＭＧＴの番号付けスキームで追加された７つのアミノ酸位置１１１．１－１１１．３および１１２．４－１１２．１でＩＭＧＴによって報告された。ファージライブラリーは、３回目のワクチン接種の７日後（５０日目、研究＃１）のリンパ球の免疫コホートごとにＢ細胞プールから構築され、Ｈ３Ｎ２ ２００７およびＨ１Ｎ１ ２００７に対して４回パニングした。モノクローナル９Ｃ５は、１頭のブタ（Ｃ３－５０コホート、３０ＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ）に由来した。
データは、Ｃ３抗原製剤が広域中和性抗体を誘導することができることを示し、既知のヒトｂｎＡｂと比較して性能が改善されていることを示す。このことは、本明細書で提供されるアプローチがこれらの非常にまれなエピトープの確率的ハードルを効果的に克服していること、そして、これらを標的とする抗体が、たとえそれらが元の抗原製剤の一部でなかったとしても、一連のインフルエンザ株を広く中和できることを示唆する。
さらに、５つのＡ型インフルエンザ株のパネル（Ｈ１Ｎ１／カリフォルニア／２００９、Ｈ１Ｎ１／ミシガン／２０１５、Ｈ１Ｎ１／ミシガン／２０１７、Ｈ３Ｎ２／ブリスベン／２００７、およびＨ３Ｎ２／ビクトリア／２０１１）のインビトロ中和に十分な最小抗体濃度（ｕｇ／ｍＬ）を決定するための実験が行われた。結果を図１３に示す。ファージディスプレイライブラリーを使用して１頭のブタ（Ｃ３－５０、インビボ研究＃１）から単離されたブタモノクローナル９Ｃ５を、２Ｍｌ ＨＥＫ２９３上清中のｓｃＦｖ－ｈｕＦｃ融合キメラ構築物として試験し、３２ｕｇ／ＭｌでＯｃｔｅｔＱＫのプロテインＡ標準曲線で定量した。精製ヒトＩｇＧ１としての中和能力について試験された対照ｂｎＡｂ ＣＲ９１１４、Ｆ１０、およびＣ０５と比較して示されている。
実施例１５：「将来の」インフルエンザ株の中和
ここで、Ｃ３製剤がＣ３を接種したブタの血清でのマイクロ中和アッセイによって中和抗体を誘発したかどうかを決定した。実施例９に記載の２回目のインビボ研究からの血清について、Ｃ３－５０ワクチン接種コホートの血清と、二価対照コホートの一部であった株（２００７年のＨ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２）の二価対照でワクチン接種されたブタの血清から、同様の中和能力が観察された。さらに、試験したそれぞれの将来の株について、Ｃ３－５０のブタは５／５（Ｈ１Ｎ１ ２００９、Ｈ３Ｎ２ ２００９、Ｈ３Ｎ２ ２０１１、Ｈ３Ｎ２ ２０１４、およびＨ１Ｎ１ ２０１５）を中和することができたが、二価対照群は２／５に対してしか中和力価を示さなかった（Ｈ３Ｎ２ ２００９および２０１１）。
実施例９に記載の３回目のインビボ研究からの血清について、二価対照群のブタは、製剤の一部ではなく、１つの「将来の」ウイルス、Ｈ３Ｎ２ ２００９で試験した２／６株を中和した。Ｃ３－５０コホートのミョウバンとスクアレンは中和の改善を示し、試験した株の４／６および５／６に対して中和を示した。３つおよび４つの将来のウイルスを中和するのは、Ｃ３－５０製剤の一部ではない。Ｃ３－５０＋ＴＬＲアゴニストをアジュバントとして投与されたブタは、「将来の」株を中和できず、Ｈ３Ｎ２ ２００７のみを中和した。まとめると、データは、５０ｎｇで投与されたＣ３製剤が、抗原製剤の一部ではない広範囲の「将来の」ウイルスも中和しながら、二価製剤と同様のレベルで広く中和能力を持つ血清を生成することを示す。したがって、保存と濃度の関連付けアプローチは、ＨＡコートタンパク質上の高度に保存されたエピトープに免疫応答を集中させることができる。さらに、これらのエピトープは、通常の二価製剤と同様のレベルで中和血清応答を誘発することができ、さらに、後にウイルスの進化のほぼ１０年後に出現するウイルス株をカバーすることができる。
これらの結果を示すデータを図１４に示す。図１４のパネルＡは、Ｃ３－５０（３０ＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ）、ＢＩＶコホート（Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ １９９７、各５，０００ｎｇ）およびビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン）の免疫コホート（各ｎ＝７頭）での３０種類のＨＡ抗原（１９１８～２０１４年にわたるＨ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、およびＨ１７）に対する最初のインビボ研究からのブタ血清のＥＬＩＳＡシグナル（％ｍａｘ ＯＤ４５０ｎｍ）を提供する。３回目のワクチン接種の２８日後（７１日目）に血清を収集した。バーはコホートのすべてのブタの平均を表し、エラーバーは正の標準偏差を示す。矢印は、Ｃ３ワクチン製剤に存在しないＨＡを示す（インビボ研究＃１）。アスタリスクは、Ｃ３－５０と、調整されたｐ値が０．０５未満またはそれより小さい二価の製剤との間の統計的に有意な差を示す。Ｐ値は、ＢＩＶシグナルがＣ３－５０シグナルよりも小さいという対立仮説を使用して、系統ごとのウィルコクソンの順位和検定を使用して決定された。多重検定を調整するために、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ Ｈｏｃｈｂｅｒｇ補正を適用した。
図１４のパネルＢは、中和の幅を、コホートごとのブタ１頭あたりの中和株の平均数と、コホートあたりの陽性試験の数として、散布図で示す。７回目のワクチン接種の２８日後に血清を収集した（１９５日目、研究＃２）。試験したウイルスには、Ｈ１Ｎ１／プエルトリコ／１９３４、Ｈ１Ｎ１／ブリスベン／２００７、Ｈ１Ｎ１／カリフォルニア／２００９、Ｈ１Ｎ１／ミシガン／２０１５、Ｈ３Ｎ２／ブリスベン／２００７、Ｈ３Ｎ２／パース／２００９、Ｈ３Ｎ２／ビクトリア／２０１１、およびＨ３Ｎ２／香港／２０１４が含まれる。血清はプールされなかった。コホートは、ビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン）、季節性ＢＩＶ（Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ ２００７、各５，０００ｎｇ）、単一低用量Ｈ１抗原（Ｈ１Ｎ１ ２００７、５０ｎｇ）、単一低用量Ｈ３抗原（Ｈ３Ｎ２ ２００７、５０ｎｇ）、およびＣ３－５０（２７種類のＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ）、インビボ研究＃２であった。エラーバーは標準偏差を示す。
図１４のパネルＣは、棒グラフを使用して、コホート全体にわたる株ごとの中和希釈度の逆数（reciprocal neutralizing dilution）として報告された研究＃２の中和強度を示す。バーはコホートのすべてのブタ（ｎ＝４）の平均を示し、エラーバーは標準偏差を示す。２００８ Ｃ３製剤の一部ではない、試験した「将来の」株は矢印で示されている。血清は、７回目のワクチン接種の２８日後（１９５日目）に収集した。
図１４のパネルＤは、棒グラフを使用して、コホート全体にわたる株ごとの中和希釈度の逆数として報告された研究＃３の中和強度を示す。バーはコホートのすべてのブタ（ｎ＝５）の平均を示し、エラーバーは標準偏差を示す。ポイントは、豚１頭あたりの個々の値を示す。２００８ Ｃ３製剤の一部ではない、試験した「将来の」株は矢印で示されている。３回目のワクチン接種の２８日後（７０日目）に血清を収集した。コホートは、ビヒクル対照（ＰＢＳ＋スクアレン＋ＴＬＲ－アゴニスト＋ミョウバン）、季節性ＢＩＶ（Ｈ１Ｎ１ ２００７およびＨ３Ｎ２ ２００７、各々５，０００ｎｇ＋スクアレン）と、スクアレン、ＴＬＲ－アゴニスト、およびミョウバンアジュバントをそれぞれ含む３つのコホートのＣ３－５０（２８種類のＨＡ、５０ｎｇ／ＨＡ）であった。
実施例１６：ＨＩＶクレードＡ、Ｂ、およびＣのそれぞれの、３２種類の最も多様なＨＩＶ ｇｐ１６０配列の選択。
ＨＩＶ配列は、ｗｗｗ．ｈｉｖ．ｌａｎｌ．ｇｏｖ／からダウンロードされ、クレードに分けられた。配列を長さでフィルターにかけて、８００アミノ酸より短い配列と、さらなる処理のために選択された（ＨＩＶ－１グループＭの）クレードＡ、Ｂ、またはＣからの配列を除外した。
配列は、ｈｍｍａｌｉｇｎ（ＨＭＭＥＲ ｖ．３．０、ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）を使用して、ＨＩＶ ｇｐ１６０タンパク質用のカスタムメイドのＨＭＭプロファイルを用いて整列させた。次に、カスタムメイドのｐｙｔｈｏｎ（ｖ．３．７．２）スクリプトを使用して、ペアワイズハミング距離行列を生成した。続いて、Ｒ（ｖ．３．６．１）基本統計パッケージのｈｃｌｕｓｔ関数に実装されたＵＰＧＭＡクラスタリング（ＵＰＧＭＡ：非加重結合法）を使用して、ハミング距離行列に基づいて配列をクラスター化した。クラスター化された配列は、Ｒ（ｖ ３．６．１）基本統計パッケージのｃｕｔｒｅｅ関数を使用して３２個のサブクラスターに分割した。
ＧＤＡツール（ｖ．１．４）のｍｅｄｏｉｄｓ関数を使用して、各クラスターの代表的なシーケンスをそれらのｍｅｄｏｉｄとして抽出した。この分析の出力は９６個のアミノ酸配列であり、ＨＩＶクレードＡ、ＢおよびＣごとに３２個であった。これらの配列は、表９に記載される。配列番号１７２～２６７である。
ＶＩ．組成物
組成物は、ワクチンまたはワクチンの抗原が選択される抗原のライブラリーであり得る。抗原のライブラリーは、複数の抗原を含むことができる。そのような組成物は、微生物の最小数のバリアントを含むことができる。一部の例では、そのようなライブラリーは、少なくとも１×１０１、少なくとも１×１０２、少なくとも１×１０３、少なくとも１×１０４、少なくとも１×１０５、少なくとも１×１０６、少なくとも１×１０７、少なくとも１×１０８、少なくとも１×１０９、または少なくとも１×１０１０個の異なる微生物のバリアントを含むことができる。
抗原のライブラリーは、微生物のすべての既知配列のサブセットを含むことができる。より多くの配列を含むライブラリーは、より完全であると考えることができ、一部の実施形態では、より望ましいと考えられ得る。一部の例では、ライブラリーは、微生物のすべての既知配列の少なくとも８０％、８５％、９０％、または９５％を含むことができる。
ワクチン中の抗原は、指定された数のアミノ酸を含むことができる。一部の例では、ワクチン中の抗原は、１０個以下、１５個以下、２０個以下、２５個以下、３０個以下、３５個以下、４０個以下、４５個以下、５０個以下、５５個以下、６０個以下、６５個以下、７０個以下、７５個以下、８０個以下、８５個以下、９０個以下、９５個以下、１００個以下、１１０個以下、または１２０個以下のアミノ酸を含むことができる。一部の例では、ワクチン中の抗原は、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも５５個、少なくとも６０個、少なくとも６５個、少なくとも７０個、少なくとも７５個、少なくとも８０個、少なくとも８５個、少なくとも９０個、少なくとも９５個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、または少なくとも１２０個のアミノ酸を含むことができる。一部の例では、ワクチン中の抗原は、１０～１２０個のアミノ酸、１０～１００個のアミノ酸、１０～９０個のアミノ酸、１０～８０個のアミノ酸、１０～７０個のアミノ酸、１０～６０個のアミノ酸、１０～５０個のアミノ酸、１０～４０個のアミノ酸、１０～３０個のアミノ酸、２０～１２０個のアミノ酸、２０～１１０個のアミノ酸、２０～１００個のアミノ酸、２０～９０個のアミノ酸、２０～８０個のアミノ酸、２０～７０個のアミノ酸、２０～６０個のアミノ酸、２０～５０個のアミノ酸、２０～４０個のアミノ酸、２０～３０個のアミノ酸、３０～１２０個のアミノ酸、３０～１１０個のアミノ酸、３０～１００個のアミノ酸、３０～９０個のアミノ酸、３０～８０個のアミノ酸、３０～７０個のアミノ酸、３０～６０個のアミノ酸、３０～５０個のアミノ酸、３０～４０個のアミノ酸、４０～１２０個のアミノ酸、４０～１１０個のアミノ酸、４０～１００個のアミノ酸、４０～９０個のアミノ酸、４０～８０個のアミノ酸、４０～７０個のアミノ酸、４０～６０個のアミノ酸、４０～５０個のアミノ酸、５０～１２０個のアミノ酸、６０～１１０個のアミノ酸、５０～１００個のアミノ酸、５０～９０個のアミノ酸、５０～８０個のアミノ酸、５０～７０個のアミノ酸、５０～６０個のアミノ酸、６０～１２０個のアミノ酸、６０～１１０個のアミノ酸、６０～１００個のアミノ酸、６０～９０個のアミノ酸、６０～８０個のアミノ酸、６０～７０個のアミノ酸、７０～１２０個のアミノ酸、７０～１１０個のアミノ酸、７０～１００個のアミノ酸、７０～９０個のアミノ酸、７０～８０個のアミノ酸、８０～１２０個のアミノ酸、８０～１１０個のアミノ酸、８０～１００個のアミノ酸、８０～９０個のアミノ酸、９０～１２０個のアミノ酸、９０～１１０個のアミノ酸、９０～１００個のアミノ酸、１００～１２０個のアミノ酸、１００～１１０個のアミノ酸、または１１０～１２０個のアミノ酸を含むことができる。
一部の例では、ワクチン中の抗原は、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、または少なくとも１０００個のアミノ酸を含むことができる。一部の例では、ワクチン中の抗原は、２００個以下、３００個以下、４００個以下、５００個以下、６００個以下、７００個以下、または８００個以下のアミノ酸を含むことができる。一部の例では、ワクチン中の抗原は、１０～１０００個のアミノ酸、１０～９００個のアミノ酸、１０～８００個のアミノ酸、１０～７００個のアミノ酸、１０～６００個のアミノ酸、１０～５００個のアミノ酸、１０～４００個のアミノ酸、１０～３００個のアミノ酸、１０～２００個のアミノ酸、１００～１０００個のアミノ酸、１００～８００個のアミノ酸、１００～７００個のアミノ酸、１００～６００個のアミノ酸、１００～５００個のアミノ酸、１００～４００個のアミノ酸、１００～３００個のアミノ酸、１００～２００個のアミノ酸、２００～１０００個のアミノ酸、２００～９００個のアミノ酸、２００～８００個のアミノ酸、２００～７００個のアミノ酸、２００～６００個のアミノ酸、２００～５００個のアミノ酸、２００～４００個のアミノ酸、２００～３００個のアミノ酸、３００～１０００個のアミノ酸、３００～９００個のアミノ酸、３００～８００個のアミノ酸、３００～７００個のアミノ酸、３００～６００個のアミノ酸、３００～５００個のアミノ酸、３００～４００個のアミノ酸、４００～１０００個のアミノ酸、４００～９００個のアミノ酸、４００～８００個のアミノ酸、４００～７００個のアミノ酸、４００～６００個のアミノ酸、４００～５００個のアミノ酸、５００～１０００個のアミノ酸、５００～９００個のアミノ酸、５００～８００個のアミノ酸、５００～７００個のアミノ酸、５００～６００個のアミノ酸、６００～１０００個のアミノ酸、６００～９００個のアミノ酸、６００～８００個のアミノ酸、６００～７００個のアミノ酸、７００～１０００個のアミノ酸、７００～９００個のアミノ酸、７００～８００個のアミノ酸、８００～１０００個のアミノ酸、８００～９００個のアミノ酸、または９００～１０００個のアミノ酸を含むことができる。
ワクチンは、指定された数の抗原を含むことができる。ワクチンに含まれる抗原は、利用可能な抗原の総数、病原性株との類似性、他の含まれる抗原との類似性、または他の含まれる抗原との違いに基づいて選択することができる。本明細書のワクチンは、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、または少なくとも１０００個の異なる抗原を含むことができる抗原のセットを含むことができる。選択された例では、ワクチンは、少なくとも３０個の抗原を含むことができる。一部の例では、ワクチンは、５個以下、６個以下、７個以下、８個以下、９個以下、１０個以下、１５個以下、２０個以下、３０個以下、４０個以下、５０個以下、６０個以下、７０個以下、８０個以下、９０個以下、１００個以下、２００個以下、３００個以下、４００個以下、５００個以下、６００個以下、７００個以下、８００個以下、９００個以下、または１０００個以下の異なる抗原を含むことができる抗原のセット含むことができる。選択された例では、ワクチンは、３０個以下の抗原を含むことができる。一部の例では、ワクチンは、５～１０００個、５～９００個、５～８００個、５～７００個、５～６００個、５～５００個、５～４００個、５～３００個、５～２００個、５～１００個、５～９０個、５～８０個、５～７０個、５～６０個、５～５０個、５～４０個、５～３０個、５～２０個、５～１０個、１０～１０００個、１０～９００個、１０～８００個、１０～７００個、１０～６００個、１０～５００個、１０～４００個、１０～３００個、１０～２００個、１０～１００個、１０～９０個、１０～８０個、１０～７０個、１０～６０個、１０～５０個、１０～４０個、１０～３０個、１０～２０個、２０～１０００個、２０～９００個、２０～８００個、２０～７００個、２０～６００個、２０～５００個、２０～４００個、２０～３００個、２０～２００個、２０～１００個、２０～９０個、２０～８０個、２０～７０個、２０～６０個、２０～５０個、２０～４０個、２０～３０個、３０～１０００個、３０～９００個、３０～８００個、３０～７００個、３０～６００個、３０～５００個、３０～４００個、３０～３００個、３０～２００個、３０～１００個、３０～９０個、３０～８０個、３０～７０個、３０～６０個、３０～５０個、３０～４０個、４０～１０００個、４０～９００個、４０～８００個、４０～７００個、４０～６００個、４０～５００個、４０～４００個、４０～３００個、４０～２００個、４０～１００個、４０～９０個、４０～８０個、４０～７０個、４０～６０個、４０～５０個、５０～１０００個、５０～９００個、５０～８００個、５０～７００個、５０～６００個、５０～５００個、５０～４００個、５０～３００個、５０～２００個、５０～１００個、５０～９０個、５０～８０個、５０～７０個、５０～６０個、１００～１０００個、１００～９００個、１００～８００個、１００～７００個、１００～６００個、１００～５００個、１００～４００個、１００～３００個、１００～２００個、２００～１０００個、２００～９００個、２００～８００個、２００～７００個、２００～６００個、２００～５００個、２００～４００個、２００～３００個、３００～１０００個、３００～９００個、３００～８００個、３００～７００個、３００～６００個、３００～５００個、３００～４００個、４００～１０００個、４００～９００個、４００～８００個、４００～７００個、４００～６００個、４００～５００個、５００～１０００個、５００～９００個、５００～８００個、５００～７００個、５００～６００個、６００～１０００個、６００～９００個、６００～８００個、６００～７００個、７００～１０００個、７００～９００個、７００～８００個、８００～１０００個、８００～９００個、または８００～１０００個の異なる抗原を含むことができる。
一部の例では、無傷の抗原は、抗原全体の機能性断片または部分、例えば、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５または少なくとも１００の部分（例えば、ピースまたは断片）（全てを含む）に分割することができ、抗原の個々の機能性断片は、本明細書に開示される方法に従ってポリマーと関連付けることができる。一部の例では、抗原は、多くて２、多くて３、多くて４、多くて５、多くて６、多くて７、多くて８、多くて９、多くて１０、多くて１１、多くて１２、多くて１３、多くて１４、多くて１５、多くて１６、多くて１７、多くて１８、多くて１９、多くて２０、多くて２１、多くて２２、多くて２３、多くて２４、多くて２５、多くて３０、多くて３５、多くて４０、多くて４５、多くて５０、多くて５５、多くて６０、多くて６５、多くて７０、多くて７５、多くて８０、多くて８５、多くて９０、多くて９５、または多くて１００の部分（例えば、ピースまたは断片）（全てを含む）に分割されてよい。
一部の例では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも４０％保存され得る。一部の例では、広く保存された配列は、微生物の種または株間での変動が限られている配列である可能性がある。複数の微生物にわたって保存されている配列は、複数の微生物にわたって同じまたは実質的に同じであり得る。例えば、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％保存されている配列は、一連の微生物にわたって４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の構造または配列同一性を有し得る。
ある特定の場合では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも５０％保存され得る。さまざまな例では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも６０％保存され得る。一部の例では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも７０％保存され得る。ある特定の場合では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも８０％保存され得る。さまざまな例では、広く保存された配列は、微生物の一連の株全体にわたって（例えば、微生物の株の少なくとも１０％、株の少なくとも２５％、株の少なくとも５０％、株の少なくとも７５％、株の少なくとも９０％、株の少なくとも９５％、またはすべての株）少なくとも９０％保存され得る。
ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％までである場合であり得る。一部の例では、ある抗原があるクレードを代表するのは、その配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの１５％まで、２０％まで、２５％まで、または３０％までである場合である。
抗原は、その配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの７５％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部のクレードでは、抗原は、その配列が、代表されるクレードの他のメンバーと比べて５０％以下、５５％以下、６０％以下、６５％以下、７０％以下、７５％以下、８０％以下、８５％以下、９０％以下、または９５％以下異なっている場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その配列が、代表されるクレードの株のサブセットとは５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードの株の少なくとも５０％と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードの株の少なくとも６０％と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードの株の少なくとも７０％と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードの株の少なくとも８０％と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードの株の少なくとも９０％と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株と５個まで、１０個まで、１５個まで、２０個まで、２５個まで、３０個まで、３５個まで、４０個まで、４５個まで、５０個まで、５５個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１５０個まで、２００個まで、２５０個まで、または３００個までのアミノ酸が異なる場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その編集距離が、代表されるクレードの抗原の平均サイズの５％までである場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％まで、１５％まで、または２０％までである場合、そのクレードを代表し得る。抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％までである場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１５％までである場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの２０％までである場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その編集距離が、代表されるクレードの抗原の平均サイズの７５％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードの抗原の平均サイズの７０％以下、８０％以下、９０％以下、９５％以下、または９９％以下である場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの９０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの８０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％と異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの７０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの５％までである場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの１０％までである場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの１５％までである場合、そのクレードを代表し得る。
抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの９０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの８０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。一部の例では、抗原は、その編集距離が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の平均サイズの７０％以下である場合、そのクレードを代表し得る。
一部のワクチンは、他の抗原の各々からの平均編集距離がクレード内の抗原の平均サイズの少なくとも５％である抗原を含むことができる。一部のワクチンは、他の抗原の少なくとも１つからの平均編集距離が、クレード内の抗原の平均サイズの少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、または少なくとも２５％である抗原を含むことができる。そのようなワクチンでは、一部のワクチンは、他の抗原の各々からの平均編集距離が、クレード内の抗原の平均サイズの少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、または少なくとも２５％である抗原を含むことができる。そのようなワクチンでは、実際の編集距離は変動していてもよいし、類似していてもよい。一部の例では、実際の編集距離がクレード内の抗原の平均サイズのまさに少なくとも５％である抗原はないことになる。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は１以下であってよい。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下、６個以下、７個以下、８個以下、９個以下、１０個以下、２０個以下、３０個以下、４０個以下、または５０個以下であってよい。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも１であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、または少なくとも５０であり得る。
一部の例では、最小ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの約１％以下、約２％以下、約３％以下、約４％以下、約５％以下、約６％以下、約７％以下、約８％以下、約９％以下、約１０％以下、約１５％以下、約２０％、または約２５％以下であり得る。一部の例では、最小ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも約５％であり得る。一部の例では、最小ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約３％、少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約６％、少なくとも約７％、少なくとも約８％、少なくとも約９％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、または少なくとも約２５％であり得る。
一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００、少なくとも２５０、少なくとも３００、少なくとも３５０、少なくとも４００、少なくとも少なくとも４５０、少なくとも５００、少なくとも５５０、少なくとも６００、少なくとも７００、または少なくとも８００であり得る。一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、５以下、１０以下、２０以下、３０以下、４０以下、５０以下、６０以下、７０以下、８０以下、９０以下、１００以下、１５０以下、２００以下、２５０以下、３００以下、３５０以下、４００以下、４５０以下、５００以下、５５０以下、６００以下、７００以下、または８００以下であり得る。
一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの約７５％以下であり得る。一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの約５０％以下、約５５％以下、約６０％以下、約６５％以下、約７０％以下、約７５％以下、約８０％以下、約８５％以下、約９０％以下、または約９５％以下であり得る。一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、最大ペアワイズ編集距離は、抗原のサイズの少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％または少なくとも約９５％であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、１以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも６００、少なくとも７００、または少なくとも８００であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも１であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも６００、少なくとも７００、または少なくとも８００であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも１であり得、最大ペアワイズ編集距離は、５以下、１０以下、２０以下、３０以下、４０以下、５０以下、６０以下、７０以下、８０以下、９０以下、１００以下、２００以下、３００以下、４００以下、５００以下、６００以下、７００以下、または８００以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、１以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、５以下、１０以下、２０以下、３０以下、４０以下、５０以下、６０以下、７０以下、８０以下、９０以下、１００以下、２００以下、３００以下、４００以下、５００以下、６００以下、７００以下、または８００以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約１％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約１％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約１％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、７５％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約１％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約７５％以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約５％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約５％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約５％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、７５％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約５％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約７５％以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約２０％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約２０％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約７５％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約２０％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、７５％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約２０％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約７５％以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約１％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約１％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約１％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、９０％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約１％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約９０％以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約５％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約５％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約５％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、９０％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約５％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約９０％以下であり得る。
一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約２０％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約２０％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、少なくとも約９０％であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、少なくとも約２０％であり得、最大ペアワイズ編集距離は、９０％以下であり得る。一部の例では、セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離は、約２０％以下であり得、最大ペアワイズ編集距離は、約９０％以下であり得る。
ワクチンは、２つの抗原間の最小ペアワイズ編集距離が、１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、６％以下、７％以下、８％以下、９％以下、１０％以下、１１％以下、１２％以下、１３％以下、１４％以下、１５％以下、１６％以下、１７％以下、１８％以下、１９％以下、または１０％以下（を含めて）であり得る抗原のセットを含むことができる。ワクチンは、２つの抗原間の最小ペアワイズ編集距離が、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１１％、少なくとも１２％、少なくとも１３％、少なくとも１４％、少なくとも１５％、少なくとも１６％、少なくとも１７％、少なくとも１８％、少なくとも１９％、または少なくとも１０％（を含めて）であり得る抗原のセットを含むことができる。ワクチンは、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％（を含めて）であり得る抗原のセットを含むことができる。ワクチンは２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、５０％以下、５５％以下、６０％以下、６５％以下、７０％以下、７５％以下、８０％以下、８５％以下、９０％以下、または９５％以下（を含めて）であり得る抗原のセットを含むことができる。
一部の例では、セット内の各抗原は、セット内の少なくとも１つの抗原と、少なくとも１００アミノ酸の長さにわたって、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を共有することができる。一部の例では、セット内の各抗原は、セット内の少なくとも１つの抗原と、少なくとも３００アミノ酸の長さにわたって、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を共有することができる。一部の例では、セット内の各抗原は、セット内の少なくとも１つの抗原と、少なくとも５００アミノ酸の長さにわたって、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を共有することができる。
ワクチンは、セット内の他の抗原と少なくとも１％、少なくとも５％、または少なくとも１０％の配列同一性が異なるセット内の抗原を含むことができる。一部の例では、ワクチンは、セット内のすべての他の抗原と少なくとも１％、少なくとも５％、または少なくとも１０％の配列同一性が異なるセット内の抗原を含むことができる。
ワクチンは、セット内の少なくとも１つの他の抗原と７５％以下の配列同一性が異なるセット内の抗原を含むことができる。一部の例では、ワクチンは、セット内の他のすべての抗原と７５％以下の配列同一性が異なるセット内の抗原を含むことができる。
ワクチンは、微生物の５次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の６次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。さらなる例では、ワクチンは、微生物の７次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の８次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の９次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１０次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１１次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１２次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１３次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１４次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の１５次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の２０次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の２５次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の３０次クレードの少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、または少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。
ワクチンは、微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、１５次、または他の適した次数のクレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むことができる。一部の例では、ワクチンは、微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、１５次、または他の適した次数のクレードの少なくとも７０％を代表する抗原のセットを含むことができる。さらなる例では、ワクチンは、微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、１５次、または他の適した次数のクレードの少なくとも８０％を代表する抗原のセットを含むことができる。なおさらなる例では、ワクチンは、微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、１５次、または他の適した次数のクレードの少なくとも９０％を代表する抗原のセットを含むことができる。
任意の２つの抗原間のブランチの最小数は、一部のワクチンでは１であり得る。任意の２つの抗原間のブランチの最大数は、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、または少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は５未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１０であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも１５であり得る。一部のワクチンでは、任意の２つの抗原間のブランチの最小数は１０未満であり得、任意の２つの抗原間のブランチの最大数は少なくとも２０であり得る。
インフルエンザワクチンであるワクチンは、表２から選択される抗原、あるいはそれらの断片または相同体を含むことができる。ワクチンが抗原の断片または相同体を含む場合、断片または相同体は少なくともある特定のサイズであり得る。一部の例では、断片または相同体は、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも５５個、少なくとも６０個、少なくとも６５個、少なくとも７０個、少なくとも７５個、少なくとも８０個、少なくとも８５個、少なくとも９０個、少なくとも９５個、少なくとも１００個、少なくとも１１０個、少なくとも１２０個、少なくとも１５０個、少なくとも２００個、少なくとも３００個、少なくとも４００個、少なくとも５００個、少なくとも６００個、少なくとも７００個、少なくとも８００個、少なくとも９００個、または少なくとも１０００個のアミノ酸であり得る。一部の例では、断片または相同体は、多くて１０個、多くて１５個、多くて２０個、多くて２５個、多くて３０個、多くて３５個、多くて４０個、多くて４５個、多くて５０個、多くて５５個、多くて６０個、多くて６５個、多くて７０個、多くて７５個、多くて８０個、多くて８５個、多くて９０個、多くて９５個、多くて１００個、多くて１１０個、または多くて１２０個のアミノ酸、多くて１５０個のアミノ酸、多くて２００個のアミノ酸、多くて３００個のアミノ酸、多くて４００個のアミノ酸、多くて５００個のアミノ酸、多くて６００個のアミノ酸、多くて７００個のアミノ酸、多くて８００個のアミノ酸、多くて９００個のアミノ酸、または多くて１０００個のアミノ酸であり得る。
一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１～８７から選択され得る。一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１～８７から選択される配列と少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％同一であり得る。
一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号８８～１２７から選択され得る。一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号８８～１２７から選択される配列と少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％同一であり得る。
一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１２８～１７１から選択され得る。一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１２８～１７１から選択される配列と少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％同一であり得る。
一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１７２～２６７から選択され得る。一部の例では、ワクチン中の抗原は、配列番号１７２～２６７から選択される配列と少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％同一であり得る。
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添付される特許請求の範囲にかかわらず、本明細書に記載の開示は、以下の条項によっても定義される。
１．微生物の５次クレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチン。
２．２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの少なくとも１０％であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が、抗原の平均サイズの９８％以下である、微生物の抗原のセットを含むワクチン。
３．微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチン。
４．抗原の配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの４０％までである場合、その抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
５．編集距離が、代表されるクレードの別の株のサイズの５％までである場合に、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
６．抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの２０％までである場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
７．抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％までである場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
８．編集距離が、代表されるクレードのすべての株の９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のサイズの５％までである場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
９．抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株から２５までの編集距離にある場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
１０．抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株から１００までの編集距離にある場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
１１．抗原の配列が、クレード内に存在する場合、抗原がクレードを代表する、条項１または条項３に記載のワクチン。
１２．抗原が、微生物のバリアントのライブラリーに由来し、
ａ．最大編集距離をもつセット内の２つの抗原が、編集距離Ｓを有し；
ｂ．最大編集距離をもつ、ライブラリー内の２つの抗原が、編集距離Ｌを有し；
ｃ．Ｓが、Ｌの少なくとも６０％である、
抗原のセットを含むワクチン組成物。
１３．他のインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、
各ポリペプチドが、４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
１４．他のインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表される、少なくとも４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、
各ポリペプチドが、４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
１５．他のＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各ポリペプチドが、４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
１６．各々が、他のＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各ポリペプチドが、４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
１７．各々が、他のＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各ポリペプチドが、４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
１８．表１に特定された少なくとも６つの株に対する対象の免疫応答を活性化する抗原のセットを含むワクチン組成物。
１９．免疫応答が、ヘマグルチニン阻害アッセイで頭部特異的抗体を使用して検出可能である、条項１３または条項１８に記載のワクチン組成物。
２０．ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも２倍大きい、条項１９に記載のワクチン組成物。
２１．ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１０倍大きい、条項１４に記載のワクチン組成物。
２２．ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１００倍大きい、条項１９に記載のワクチン組成物。
２３．微生物が細菌である、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
２４．微生物がウイルスである、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
２５．ウイルスがインフルエンザである、条項２４に記載のワクチン組成物。
２６．インフルエンザがＡ型である、条項２５に記載のワクチン組成物。
２７．インフルエンザがＢ型である、条項２５に記載のワクチン組成物。
２８．Ａ型インフルエンザが、Ｈ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ２、Ｈ３Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、またはＨ２Ｎ３である、条項２６に記載のワクチン。
２９．Ａ型インフルエンザがＨ１Ｎ１である、条項２８に記載のワクチン。
３０．Ａ型インフルエンザがＨ３Ｎ２である、条項２８に記載のワクチン。
３１．ウイルスがヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、条項２４に記載のワクチン組成物。
３２．ＨＩＶがＨＩＶ－１である、条項３１に記載のワクチン組成物。
３３．ＨＩＶ－１が、サブクレードＡ、サブクレードＢ、またはサブクレードＣのＨＩＶ－１である、条項３２に記載のワクチン組成物。
３４．抗原が、三次空間で隣接する表面露出残基の広域中和性抗原である、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
３５．広域中和性抗原がヘマグルチニンの基部にある、条項３４に記載のワクチン組成物。
３６．広域中和性抗原がヘマグルチニンの頭部にある、条項３４に記載のワクチン組成物。
３７．広域中和性抗原がノイラミニダーゼにある、条項３４に記載のワクチン組成物。
３８．広域中和性抗原がｇｐ１６０にある、条項３４に記載のワクチン組成物。
３９．広域中和性抗原がｇｐ１２０にある、条項３４に記載のワクチン組成物。
４０．広域中和性抗原がｇｐ４１にある、条項３４に記載のワクチン組成物。
４１．抗原が、ヘマグルチニンの広く保存された断片である、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４２．抗原が、ヘマグルチニンの頭部の広く保存された断片である、条項４１に記載のワクチン。
４３．抗原が、ヘマグルチニンの基部の広く保存された断片である、条項４１に記載のワクチン。
４４．抗原が、ノイラミニダーゼの広く保存された断片である、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４５．抗原が、ｇｐ１６０の広く保存された断片である、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４６．配列番号１～８７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４７．配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４８．配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
４９．配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５０．配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５１．配列番号８８～１２７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、条項１２に記載のワクチン。
５２．配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５３．配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５４．配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、条項１２に記載のワクチン。
５５．配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５６．配列番号１２８～１７１から選択される少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５７．配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５８．配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
５９．配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６０．配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６１．配列番号１７２～２６７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６２．配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６３．配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６４．配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６５．配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６６．抗原のセットが、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００または１０００個の異なる抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
６７．抗原のセットが、少なくとも３０個の抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン組成物。
６８．抗原のセットが、少なくとも５０個の抗原を含む、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン組成物。
６９．抗原が、クレード内の抗原の平均サイズの少なくとも５％である他の抗原の各々からの平均編集距離を有する、条項１、条項２、条項３、条項１２に記載のワクチン。
７０．セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離が１以下であり、最大ペアワイズ編集距離が少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００である、条項１、条項３、または条項１２に記載のワクチン。
７１．セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも７５％である、条項１、条項３、または条項４に記載のワクチン。
７２．クレードが、近隣結合クラスタリング・ツリーまたは最節約樹である系統樹のクレードである、条項１に記載のワクチン。
７３．１次クレードが、別の上位レベルのクレード内に全体も一部も含まれていないクレードである、条項１に記載のワクチン。
７４．各Ｘ次クレードが、微生物の系統樹において系統学的にＸ－１数の分岐ノードの下にある、条項１に記載のワクチン。
７５．微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、または１５次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原をさらに含む、条項１に記載のワクチン。
７６．代表されるクレードが、クレードＹ－１に含まれるクレードＹである、条項７５に記載のワクチン。
７７．代表的なクレードが、ノードベースのクレードである、条項１に記載のワクチン。
７８．代表的なクレードが、ステムベースのクレードである、条項１に記載のワクチン。
７９．代表的なクレードが、アポモルフィベースのクレードである、条項１に記載のワクチン。
８０．セット内の各抗原間のブランチの平均数が、少なくとも１、３、５、または１０である、条項１に記載のワクチン。
８１．セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最小数が１以下であり、セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最大数が少なくとも５、１０、または１５である、条項１に記載のワクチン。
８２．各ＯＴＵが、互いに少なくとも９５％相同である配列を含む、条項３に記載のワクチン。
８３．各ＯＴＵが、少なくとも３つの異なる配列で構成される、条項３に記載のワクチン。
８４．セット内の各抗原が、セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン組成物。
８５．セット内の各抗原が、少なくとも１００アミノ酸長にわたって、セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する、条項１、条項２、条項３、条項１２に記載のワクチン組成物。
８６．セット内の各抗原が、セット内の他の抗原の各々と、少なくとも５％の配列同一性で異なる、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載のワクチン組成物。
８７．セット内の各抗原が、セット内の他の抗原の各々と、７５％以下の配列同一性で異なる、条項１、条項２、条項３、条項１２に記載のワクチン組成物。
８８．各抗原が、少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、８５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含むペプチドである、条項１、条項２、条項３、または条項１２に記載の微生物ワクチン組成物。
８９．抗原が、表２、表３、表４、表５、あるいはそれらの断片または相同体から選択される、条項１、条項２、または条項３に記載のワクチン組成物。
９０．表２、表３、表４、表５の２またはそれを超える抗原あるいはその断片または相同体を含む、条項８９に記載のワクチン組成物。
９１．表２、表３、表４、表５の３またはそれを超える抗原あるいはその断片または相同体を含む、条項９０に記載のワクチン組成物。
９２．表２、表３、表４、表５の５またはそれを超える抗原あるいはその断片または相同体を含む、条項９１に記載のワクチン組成物。
９３．表２、表３、表４、表５の１０またはそれを超える抗原あるいはその断片または相同体を含む、条項９２に記載のワクチン組成物。
９４．断片が、多くて１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含む、条項８９に記載のワクチン組成物。
９５．断片が、少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含む、条項８９に記載のワクチン組成物。
９６．相同体が、表１の抗原と少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を含む、条項８９に記載のワクチン組成物。
９７．ライブラリーが、少なくとも１×１０４、１×１０５、１×１０６個の微生物の異なるバリアントを含む、条項１２に記載のワクチン組成物。
９８．ライブラリーが、微生物のすべての既知配列の少なくとも９０％を含む、条項１２に記載のワクチン組成物。
９９．先行する条項のいずれかに記載のワクチン組成物と、薬学的に許容され得る希釈剤、アジュバント、添加剤、またはそれらの任意の組合せを含む医薬組成物。
１００．ワクチンがエアロゾル製剤の形態である、条項９９に記載のワクチン組成物。
１０１．ワクチンが注射用製剤の形態である、条項９９に記載のワクチン組成物。
１０２．各々の抗原が、単独では対象の広域中和性抗原に対する有意な予防的免疫応答を提供しない濃度であるが、集合的には、複数の抗原が、対象の広域中和性抗原に対する免疫応答を提供する複合濃度を有する、先行する条項のいずれかに記載のワクチン組成物。
１０３．対象が鳥である、条項１０２に記載のワクチン組成物。
１０４．対象が哺乳動物である、条項１０２に記載のワクチン組成物。
１０５．対象がヒトである、条項１０３に記載のワクチン組成物。
１０６．対象がブタである、条項１０３に記載のワクチン組成物。
１０７．先行する条項のいずれかに記載のワクチン組成物を含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）。
１０８．以下をコードする核酸分子を含む組換え発現ベクター：
（ａ）微生物の一次クレードおよび二次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；
（ｂ）抗原のセットであって、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が２５以下であり、２つの抗原の間の最大ペアワイズ編集距離が少なくとも３００である抗原のセット；
（ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；または
（ｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット。
１０９．以下をコードする核酸分子を含む組換え発現ベクター：
（ａ）微生物の一次クレードおよび二次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；
（ｂ）抗原のセットであって、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット；
（ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；または
（ｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット。
１１０．先行する条項のいずれかに記載のワクチン組成物を対象に投与することを含む、対象において感染を処置するかまたは感染の可能性を低減するための方法。
１１１．少なくとも３、４、５、６、７、８、９、または１０年間、季節性インフルエンザに対して有効な免疫活性化をもたらすワクチン組成物を対象に投与することを含む、対象においてインフルエンザ感染を処置するかまたはその可能性を低減するための方法。
１１２．対象がヒトである、条項１１０または条項１１１に記載の方法。
１１３．対象が飼い馴らされた動物である、条項１１０または条項１１１に記載の方法。
１１４．ワクチン組成物を作製するための方法であって：（ａ）微生物の一次クレードおよび二次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；
（ｂ）抗原のセットであって、２つの抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット；
（ｃ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット；または
（ｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット
を含む方法。
１１５．条項１１４の方法であって、
微生物の株のライブラリーから複数の抗原配列を取得すること；および
複数の抗原配列を整列させて、抗原の系統樹を作成すること
をさらに含む方法。
本明細書において使用される「約」という用語は、一般に、特定の用法の文脈内で、記載された数値よりも２％、５％、１０％、または１５％大きいまたは小さい（±）範囲を指す。例えば、「約１０」には８．５から１１．５の範囲が含まれる。本明細書において、「約」および「およそ」という用語は、数値または数値範囲を改変するために使用される場合、値または範囲の上下、約０．２％、約０．５％、約１％、約２％、約５％、約７．５％、または約１０％（または約１％と１０％の任意の整数）までの偏差が、列挙される値または範囲の意図された意味の範囲内にとどまることを示す。
本明細書および添付される特許請求の範囲で使用される、単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈上明らかに示されている場合を除き、複数形の参照を含む。したがって、例えば、「方法」への言及は、１またはそれを超える方法、および／または本明細書に記載される種類のステップ、および／または本開示を読むと当業者に明らかになるものを含む。
本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され、本明細書において説明されたが、そのような実施形態がほんの一例として提供されることは当業者には明らかである。本発明から逸脱することなく、多数の変形、変更、および置換が当業者に想起される。本明細書に記載される本発明の実施形態に対して様々な代替案が、本発明を実施する際に採用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの等価物がそれによって網羅されることが意図される。

Claims (115)

  1. 微生物の５次クレードの少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチン。
  2. 微生物の抗原のセットを含むワクチンであって、前記抗原の２つの間の最小ペアワイズ編集距離が、前記抗原の平均サイズの少なくとも１０％であり、前記抗原の２つの間の最大ペアワイズ編集距離が、前記抗原の平均サイズの９８％以下であるワクチン。
  3. 前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセットを含むワクチン。
  4. 抗原の配列が、代表されるクレードの他のメンバーとは異なる代表されるクレードの抗原の平均サイズの４０％までである場合、前記抗原が前記クレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  5. 前記編集距離が代表されるクレードの別の株の前記サイズの５％までである場合、抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  6. 抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの２０％までである場合、前記抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  7. 抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株の少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％とは異なる、代表されるクレードの抗原の平均サイズの１０％までである場合、前記抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  8. 前記編集距離が代表されるクレードのすべての株の９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の前記サイズの５％までである場合、前記抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  9. 抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株から２５までの編集距離にある場合、前記抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  10. 抗原の配列が、代表されるクレードのすべての株から１００までの編集距離にある場合、前記抗原がクレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  11. 抗原の配列が、クレード内に存在する場合、前記抗原が前記クレードを代表する、請求項１または請求項３に記載のワクチン。
  12. 抗原のセットを含むワクチン組成物であって、
    前記抗原が、微生物のバリアントのライブラリーに由来し、
    ａ．最大編集距離を有する前記セットの２つの抗原が編集距離Ｓを有し、
    ｂ．最大編集距離を有する前記ライブラリーの２つの抗原が編集距離Ｌを有し、
    ｃ．ＳがＬの少なくとも６０％である、
    抗原のセットを含むワクチン組成物。
  13. 少なくとも４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各々が、他のインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表され、
    各ポリペプチドが、前記４つのインフルエンザウイルスヘマグルチニン抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む、ワクチン組成物。
  14. 少なくとも４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各々が、他のインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表され、
    各ポリペプチドが、前記４つのインフルエンザウイルスノイラミニダーゼ抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む、ワクチン組成物。
  15. 少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各々が、他のＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によって表され、
    各ポリペプチドが、前記４つのＨＩＶ ｇｐ１６０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含む、ワクチン組成物。
  16. 他のＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各ポリペプチドが、前記４つのＨＩＶ ｇｐ１２０抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
  17. 他のＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドと少なくとも２０％同一であり、多くて９５％同一である配列によってそれぞれ表される、少なくとも４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチドを含むワクチン組成物であって、各ポリペプチドが、前記４つのＨＩＶ ｇｐ４１抗原ポリペプチド間で少なくとも９０％同一である抗原を含むワクチン組成物。
  18. 表１に特定された少なくとも６つの株に対する対象の免疫応答を活性化する抗原のセットを含むワクチン組成物。
  19. 前記免疫応答が、ヘマグルチニン阻害アッセイで頭部特異的抗体を使用して検出可能である、請求項１３または請求項１８に記載のワクチン組成物。
  20. 前記ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、前記免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも２倍大きい、請求項１９に記載のワクチン組成物。
  21. 前記ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、前記免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１０倍大きい、請求項１４に記載のワクチン組成物。
  22. 前記ヘマグルチニン阻害アッセイを使用して試験した場合、前記免疫応答が、Ｈ１Ｎ１＋Ｈ３Ｎ２＋ＨＡＢよりも前記抗原を使用した場合に少なくとも１００倍大きい、請求項１９に記載のワクチン組成物。
  23. 前記微生物が細菌である、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  24. 前記微生物がウイルスである、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  25. 前記ウイルスがインフルエンザである、請求項２４に記載のワクチン組成物。
  26. 前記インフルエンザがＡ型である、請求項２５に記載のワクチン組成物。
  27. 前記インフルエンザがＢ型である、請求項２５に記載のワクチン組成物。
  28. 前記Ａ型インフルエンザが、Ｈ１Ｎ１、Ｈ１Ｎ２、Ｈ３Ｎ１、Ｈ３Ｎ２、またはＨ２Ｎ３である、請求項２６に記載のワクチン。
  29. 前記Ａ型インフルエンザがＨ１Ｎ１である、請求項２８に記載のワクチン。
  30. 前記Ａ型インフルエンザがＨ３Ｎ２である、請求項２８に記載のワクチン。
  31. 前記ウイルスがヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、請求項２４に記載のワクチン組成物。
  32. 前記ＨＩＶがＨＩＶ－１である、請求項３１に記載のワクチン組成物。
  33. 前記ＨＩＶ－１が、サブクレードＡ、サブクレードＢ、またはサブクレードＣのＨＩＶ－１である、請求項３２に記載のワクチン組成物。
  34. 前記抗原が、三次空間で隣接する表面露出残基の広域中和性抗原である、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  35. 前記広域中和性抗原がヘマグルチニンの基部にある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  36. 前記広域中和性抗原がヘマグルチニンの頭部にある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  37. 前記広域中和性抗原がノイラミニダーゼにある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  38. 前記広域中和性抗原がｇｐ１６０にある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  39. 前記広域中和性抗原がｇｐ１２０にある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  40. 前記広域中和性抗原がｇｐ４１にある、請求項３４に記載のワクチン組成物。
  41. 前記抗原が、ヘマグルチニンの広く保存された断片である、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  42. 前記抗原が、ヘマグルチニンの頭部の広く保存された断片である、請求項４１に記載のワクチン。
  43. 前記抗原が、ヘマグルチニンの基部の広く保存された断片である、請求項４１に記載のワクチン。
  44. 前記抗原が、ノイラミニダーゼの広く保存された断片である、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  45. 前記抗原が、ｇｐ１６０の広く保存された断片である、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  46. 配列番号１～８７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  47. 配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  48. 配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  49. 配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  50. 配列番号１～８７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  51. 配列番号８８～１２７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項１２に記載のワクチン。
  52. 配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  53. 配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  54. 配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、請求項１２に記載のワクチン。
  55. 配列番号８８～１２７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  56. 配列番号１２８～１７１から選択される少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  57. 配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  58. 配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  59. 配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  60. 配列番号１２８～１７１のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  61. 配列番号１７２～２６７から選択される少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  62. 配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも６０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  63. 配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも７０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  64. 配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも８０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  65. 配列番号１７２～２６７のいずれか１つと少なくとも９０％同一である少なくとも１つの抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  66. 前記抗原のセットが、少なくとも５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、２００個、３００個、４００個、５００個、６００個、７００個、８００個、９００または１０００個の異なる抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  67. 前記抗原のセットが、少なくとも３０個の抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン組成物。
  68. 前記抗原のセットが、少なくとも５０個の抗原を含む、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン組成物。
  69. 前記抗原が、前記クレード内の抗原の平均サイズの少なくとも５％である他の抗原の各々からの平均編集距離を有する、請求項１、請求項２、請求項３、請求項１２に記載のワクチン。
  70. 前記セット内の２またはそれを超える前記抗原間の最小ペアワイズ編集距離が１以下であり、最大ペアワイズ編集距離が少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００である、請求項１、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン。
  71. 前記セット内の２またはそれを超える抗原間の最小ペアワイズ編集距離が、前記抗原の前記サイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が、前記抗原の前記サイズの少なくとも７５％である、請求項１、請求項３、または請求項４に記載のワクチン。
  72. 前記クレードが、近隣結合クラスタリング・ツリーまたは最節約樹である系統樹のクレードである、請求項１に記載のワクチン。
  73. １次クレードが、別の上位レベルのクレード内に全体も一部も含まれていないクレードである、請求項１に記載のワクチン。
  74. 各Ｘ次クレードが、前記微生物の系統樹において系統学的にＸ－１数の分岐ノードの下にある、請求項１に記載のワクチン。
  75. 前記微生物の３次、４次、５次、６次、７次、８次、９次、１０次、１１次、１２次、１３次、１４次、または１５次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原をさらに含む、請求項１に記載のワクチン。
  76. 代表されるクレードが、クレードＹ－１に含まれるクレードＹである、請求項７５に記載のワクチン。
  77. 代表的なクレードが、ノードベースのクレードである、請求項１に記載のワクチン。
  78. 代表的なクレードが、ステムベースのクレードである、請求項１に記載のワクチン。
  79. 代表的なクレードが、アポモルフィベースのクレードである、請求項１に記載のワクチン。
  80. 前記セット内の前記抗原の各々の間のブランチの平均数が、少なくとも１、３、５、または１０である、請求項１に記載のワクチン。
  81. 前記セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最小数が１以下であり、前記セット内の任意の２つの抗原間のブランチの最大数が少なくとも５、１０、または１５である、請求項１に記載のワクチン。
  82. 各ＯＴＵが、互いに少なくとも９５％相同である配列を含む、請求項３に記載のワクチン。
  83. 各ＯＴＵが、少なくとも３つの異なる配列で構成される、請求項３に記載のワクチン。
  84. 前記セット内の前記抗原の各々が、前記セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン組成物。
  85. 前記セット内の前記抗原の各々が、少なくとも１００アミノ酸長にわたって、前記セット内の少なくとも１つの他の抗原と少なくとも９０％、９５、または９９％の配列同一性を共有する、請求項１、請求項２、請求項３、請求項１２に記載のワクチン組成物。
  86. 前記セット内の前記抗原の各々が、前記セット内の他の抗原の各々と、少なくとも５％の配列同一性で異なる、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載のワクチン組成物。
  87. 前記セット内の前記抗原の各々が、前記セット内の他の抗原の各々と、７５％以下の配列同一性で異なる、請求項１、請求項２、請求項３、請求項１２に記載のワクチン組成物。
  88. 各抗原が、少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、８５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含むペプチドである、請求項１、請求項２、請求項３、または請求項１２に記載の微生物ワクチン組成物。
  89. 前記抗原が、表２、表３、表４、表５、あるいはその断片または相同体から選択される、請求項１、請求項２、または請求項３に記載のワクチン組成物。
  90. 表２、表３、表４、表５の２またはそれを超える抗原あるいはそれらの断片または相同体を含む、請求項８９に記載のワクチン組成物。
  91. 表２、表３、表４、表５の３またはそれを超える抗原あるいはそれらの断片または相同体を含む、請求項９０に記載のワクチン組成物。
  92. 表２、表３、表４、表５の５またはそれを超える抗原あるいはそれらの断片または相同体を含む、請求項９１に記載のワクチン組成物。
  93. 表２、表３、表４、表５の１０またはそれを超える抗原あるいはそれらの断片または相同体を含む、請求項９２に記載のワクチン組成物。
  94. 前記断片が、多くて１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含む、請求項８９に記載のワクチン組成物。
  95. 前記断片が、少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、または１２０個のアミノ酸を含む、請求項８９に記載のワクチン組成物。
  96. 前記相同体が、表１の抗原と少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を含む、請求項８９に記載のワクチン組成物。
  97. 前記ライブラリーが、少なくとも１×１０４、１×１０５、１×１０６個の前記微生物の異なるバリアントを含む、請求項１２に記載のワクチン組成物。
  98. ライブラリーが、前記微生物のすべての既知配列の少なくとも９０％を含む、請求項１２に記載のワクチン組成物。
  99. 先行する請求項のいずれかに記載のワクチン組成物と、薬学的に許容され得る希釈剤、アジュバント、添加剤、またはそれらの任意の組合せを含む医薬組成物。
  100. 前記ワクチンがエアロゾル製剤の形態である、請求項９９に記載のワクチン組成物。
  101. 前記ワクチンが注射用製剤の形態である、請求項９９に記載のワクチン組成物。
  102. 前記抗原の各々が、単独では対象の前記広域中和性抗原に対する有意な予防的免疫応答を提供しない濃度であるが、集合的には、前記複数の抗原が、前記対象の前記広域中和性抗原に対する免疫応答を提供する複合濃度を有する、先行する特許請求の範囲のいずれかに記載のワクチン組成物。
  103. 前記対象が鳥である、請求項１０２に記載のワクチン組成物。
  104. 前記対象が哺乳動物である、請求項１０２に記載のワクチン組成物。
  105. 前記対象がヒトである、請求項１０３に記載のワクチン組成物。
  106. 前記対象がブタである、請求項１０３に記載のワクチン組成物。
  107. 先行する請求項のいずれかに記載のワクチン組成物を含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）。
  108. 以下をコードする核酸分子を含む組換え発現ベクター、
    （ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット、
    （ｂ）抗原のセットであって、２つの前記抗原間の最小ペアワイズ編集距離が２５以下であり、２つの前記抗原間の最大ペアワイズ編集距離が少なくとも３００である抗原のセット、
    （ｃ）前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット、あるいは
    （ｄ）前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット。
  109. 以下をコードする核酸分子を含む組換え発現ベクター、
    （ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット、
    （ｂ）抗原のセットであって、２つの前記抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、前記抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が前記抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット、
    （ｃ）前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット、あるいは
    （ｄ）前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％を代表する抗原のセット。
  110. 先行する請求項のいずれかに記載のワクチン組成物を対象に投与することを含む、前記対象において感染を処置するかまたは感染の可能性を低減するための方法。
  111. 少なくとも３、４、５、６、７、８、９、または１０年間、季節性インフルエンザに対して有効な免疫活性化をもたらすワクチン組成物を対象に投与することを含む、前記対象においてインフルエンザ感染を処置するかまたはその可能性を低減するための方法。
  112. 前記対象がヒトである、請求項１１０または請求項１１１に記載の方法。
  113. 前記対象が飼い馴らされた動物である、請求項１１０または請求項１１１に記載の方法。
  114. ワクチン組成物を作製するための方法であって、
    （ａ）微生物の１次クレードおよび２次クレードの各々の少なくとも６０％を代表する抗原のセット、
    （ｂ）抗原のセットであって、２つの前記抗原の間の最小ペアワイズ編集距離が、前記抗原のサイズの５％以下であり、最大ペアワイズ編集距離が前記抗原のサイズの少なくとも７５％である抗原のセット、
    （ｃ）前記微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％の代表である抗原のセット、あるいは
    （ｄ）微生物のすべての操作上の分類単位（ＯＴＵ）の少なくとも６０％の代表である抗原のセット
    を選択することを含む、方法。
  115. 前記微生物の株のライブラリーから複数の抗原配列を取得すること、および
    前記複数の抗原配列を整列させて、前記抗原の系統樹を作成すること
    をさらに含む、請求項１１４に記載の方法。
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