JP2022515504A - グルタチオン(gsh)代謝経路阻害剤を含むswi/snf複合体欠損がんの治療方法 - Google Patents
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Abstract
Description
酸化ストレスのホメオスタシスの調節は、細胞の生存にとって重要である。活性酸素種(ROS)は酸化ストレスを引き起こす。細胞のROSレベルは、ROSの生成と排除のバランスによって決定され、抗酸化防御メカニズムによって制御される。高レベルのROSは、細胞損傷と細胞死を引き起こす。したがって、抗酸化防御システムを標的にすることは、抗がん治療戦略であり得る。グルタチオン(GSH)は、グルタミン酸システインリガーゼ触媒サブユニット(GCLC)とグルタミン酸システインリガーゼ修飾サブユニット(GCLM)で構成されるATP依存性酵素グルタミン酸システインリガーゼシンテターゼ(GCL)、及びGSHシンテターゼ(GSS)によりシステイン、グルタメート及びグリシンから合成される豊富な抗酸化トリペプチド分子である[非特許文献8を参照]。GCLは、GSH合成中にシステインとのグルタメートライゲーションの律速段階を触媒する。システインは、GSH合成の律速前駆体基質である。細胞内システインレベルは、シスチン/グルタミン酸トランスポータXCTをコードするSLC7A11によって制御される。
第3の実施形態において、本発明は、SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための有効量のグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤を含む医薬組成物を提供する。
第5の実施形態において、本発明は、(a)グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤、及び(b)SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための使用説明書を含むキットを提供する。
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術的及び科学的用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。矛盾が生じた場合は、定義を含む本文書が優先されることになる。本明細書に記載されているものと同様又は同等の方法及び材料を本発明の実施又は試験に使用することができるが、好ましい方法及び材料を以下に記載する。本明細書で言及されるすべての刊行物、特許出願、特許及び他の参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。本明細書に開示される材料、方法、及び例は、例示にすぎず、限定することを意図するものではない。
本開示はまた、明示的に記載されているかどうかにかかわらず、本明細書に提示される実施形態又は要素「を含む」、「からなる」、及び「から本質的になる」他の実施形態も考慮に入れる。
本発明は、有効量のグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤をそれを必要とする哺乳動物に投与することを含む、SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための方法に関する。
「グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤」には、GSH自体又はGSH合成酵素を阻害するための物質が含まれる。例えば、グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤には、グルタミン酸-システインリガーゼシンテターゼ(GCL)阻害剤、グルタミン酸-システインリガーゼ触媒サブユニット(GCLC)阻害剤、グルタミン酸-システインリガーゼ修飾因子(GCLM)阻害剤、GSHシンテターゼ(GSS)阻害剤、SLC7A11阻害剤、又はそれらの組合せが含まれる。
その中では、GCL阻害剤も好ましい。
グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤はまた、抗体、低分子干渉RNA(siRNA)、ショートヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、低分子化合物、それらの組合せなどであり得る。
本明細書で使用される場合、「低分子化合物」は、酵素基質又は生物学的プロセスの調節因子としての役割を果たし得る低分子量有機化合物を意味する。一般に、低分子化合物のサイズは、約5キロダルトン(kD)未満である。いくつかの実施形態では、本発明によれば、低分子化合物は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、ペプチド、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、多糖、糖タンパク質、プロテオグリカンなどではない。いくつかの実施形態において、小分子は、治療薬、アジュバント、又は薬物であり得る。
本明細書で使用される場合、「SWI/SNF複合体(複数の場合もある)欠損」は、SWI/SNF複合体(複数の場合もある)遺伝子(複数の場合もある)欠損又はSWI/SNF複合体(複数の場合もある)遺伝子突然変異によって引き起こされるSWI/SNF複合体(複数の場合もある)タンパク質(複数の場合もある)欠損を意味する。本明細書において、「SWI/SNF複合体(複数の場合もある)欠損」は、SWI/SNF複合体(複数の場合もある)に属する各遺伝子又はSWI/SNF複合体(複数の場合もある)に属する遺伝子の組合せが変異することによって引き起こされ得る。「SWI/SNF複合体欠損がん」とは、複数の場合もあるSWI/SNF複合体の欠損を有するがんを意味する。
日本では卵巣明細胞がんに罹患している患者が多く、ARID1A欠損卵巣がんは高い割合で、すなわち卵巣がん患者の2名のうちの1名に見られる。
本明細書で使用される場合、「治療」(「治療する」又は「治療している」)という用語は、SWI/SNF複合体(複数の場合もある)欠損がんの部分的若しくは完全な緩和、改善、回復、阻害、発症の遅延、重症度の軽減並びに/又は1つ以上の症状、特徴、及び/若しくは原因の頻度、発生率、若しくは重症度の低減をもたらすグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤の何らかの投与を指す。前述の治療は、関連する疾患、障害及び/若しくは状態の兆候を示さない対象に対するものであり得(例えば、予防的であり得る)、かつ/又は疾患、障害及び/若しくは状態の初期兆候のみを示す対象に対するものであり得る。あるいは又はさらに、前述の治療は、関連する疾患、障害及び/又は状態の1つ以上の確立された兆候を示す対象のものであり得る(例えば、治療的であり得る)。
本明細書で使用される場合、「投与する」(また、投与、投与すること)という用語は、本阻害剤又はそれを含む組成物を対象(哺乳動物)に投与することを指す。開示された阻害剤又は組成物が投与される経路及びその形態により、使用される担体のタイプが決定されることになる。阻害剤又は組成物は、例えば、全身投与(例えば、経口、直腸、鼻、舌下、頬側、インプラント、又は非経口)又は局所投与(例えば、皮膚、肺、鼻、耳、眼、リポソーム送達システム、又はイオントフォレーシス)に適した様々な形態であり得る。
本明細書で使用される場合、「GSH代謝経路阻害剤に感受性のある患者」とは、GSH代謝経路阻害剤に感受性のあるがんを有する患者を意味する。
具体的には、いくつかの実施形態において、本発明による、GSH代謝経路阻害剤に対して感受性のある患者を検出及び/又は選択するための方法は、(i)がんを有する患者に由来する試料を提供すること、(ii)試料におけるSWI/SNF複合体(複数の場合もある)のレベルを測定すること、(iii)測定されたレベルと所定の値を比較することを含み、そして(iv)測定されたレベルが所定の値を下回っている場合、SWI/SNF複合体(複数の場合もある)は欠損しており、その患者はGSH代謝経路阻害剤に対し感受性がある可能性が高いと判断され、測定されたレベルが所定の値を超えている場合、SWI/SNF複合体(複数の場合もある)は欠損しておらず、その患者はGSH代謝経路阻害剤に対し感受性がある可能性は低いと判断される。
試料中のSWI/SNF複合体(複数の場合もある)欠損の存在は、例えば、Cancer Gene Panel Test(OncoGuide(登録商標)NCC Oncopanel System)によって決定される。
本発明はまた、キットに関する。キットには、キットの使用により哺乳動物(特にヒト)の病状の治療が実現することになるという情報、指示、又はその両方が含まれ得る。情報及び指示は、言葉、図、又はその両方の形態などであり得る。追加的又は代替的に、キットは、好ましくは哺乳動物(例えば、ヒト)の病状を治療又は予防するという利点を伴って、阻害剤、組成物、又はその両方、及び阻害剤又は組成物の適用方法に関する情報、指示、又はその両方を含み得る。
実施例1:ARID1A欠損がん細胞はPRIMA-1及びAPR-246に対する選択的感受性を示す
ARID1A欠損によって引き起こされる細胞の脆弱性を調査するために、標的が解明されている334の阻害剤に対する親ARID1A野生型(ARID1A-WT)及びARID1Aノックアウト(ARID1A-KO)HCT116結腸がん細胞の感受性の違いを調べた。薬物感受性スクリーニングにより、ARID1A-KO細胞の増殖を再現可能に抑制するが、ARID1A-WT細胞の増殖を抑制しないユニークなヒットとして(図1-2-D)、複数のポリペプチドにおけるチオールに共有結合するPRIMA-1(APR-017)(図1-1-A~図1-1-C、表S1)を特定した(Bykovら、Nat Med 8、282-288、2016を参照)。PRIMA-1に対するARID1A-KO細胞の選択的感受性を、コロニー形成アッセイで細胞の生存を測定することによって検証した(図1-2-E、図S1-1-A)。PRIMA-1の構造類似体であるAPR-246(PRIMA-1Met)は、血液がん及び前立腺がんの臨床試験で試験されている(Lehmannら、J Clin Oncol 30、3633-3639、2012を参照)。APR-246は、ARID1A-KO細胞の生存率を著しく低下させたが、ARID1A-WT細胞については低下させなかった(図1-2-F~図1-2-G、図S1-1-B)。次に、APR-246及びPRIMA-1に対する様々なARID1A欠損がん細胞の感受性を試験した。この分析では、4つのARID1A発現細胞株と6つのARID1A欠損細胞株のパネルを使用した(図1-3-H)。ARID1A欠損がん細胞は、ARID1A発現がん細胞よりもAPR-246に対して感受性が高かった(図1-4-I、図S1-1-C~図S1-2-E)。APR-246に対するARID1A欠損がん細胞の選択的感受性を、コロニー形成アッセイで細胞生存率を測定することによって検証した(図1-4-J、図S1-2-F)。PRIMA-1処置でも同様の結果が得られた(図S1-2-G~図S1-3-H)。TOV21G ARID1A欠損がん細胞におけるAPR-246及びPRIMA-1の優先的致死性が、ARID1A cDNAの安定した発現によってレスキューされたことから(図1-4-K、図S1-3-I)、細胞の状況に関係なく、ARID1A欠損がこれらの薬物に対する感受性に関与していることを確認した。
APR-246はマイケルアクセプターメチレンキヌクリジノン(MQ)に変換され、チオールと反応して抗酸化代謝物GSH及び抗酸化調節剤チオレドキシンレダクターゼ(TrxR)の活性を阻害する(Pengら、Cell Death Dis 4、e881、2013;Tessoulinら、Blood 124、1626-1636、2014を参照)。MQの共有結合により、GSHのレベルは低下し、TrxR活性は阻害され、それによってROS生成と抗酸化の間の細胞内バランスがROSレベルの増加に向かってシフトした(図2-1-A)。したがって、次に、ARID1A欠損細胞に対するAPR-246の致死効果がGSH及びTrxRの阻害によるものかどうかを調べた。APR-246処理により、ARID1A-WT細胞ではなく、ARID1A-KO細胞においてGSHレベル[還元型GSHとその酸化型GSHジスルフィド(GSSG)の比率として表される]が用量依存的に減少した(図2-1-B)。一方、同じ濃度のAPR-246がARID1A-WT細胞又はARID1A-KO細胞においてTrxR活性(TrxR1、TrxR2及びTrxR3を含む)に影響を与えることはなかったが、高濃度のAPR-246はTrxR活性を抑制した(図2-1-C、図S2-1-A)。特に、細胞内H2O2によって示されるように、細胞内ROSレベルは、ARID1A-WT細胞よりもARID1A-KO細胞においてより増加した(図2-1-D)。APR-246処理時のROSレベルの増加は、APR-246がGSHなどの抗酸化剤に結合してその機能を抑制するという以前の発見と一致している(Bykovら、Front Oncol 6、21、2016を参照)。特に、ROSレベルはARID1A-WT細胞よりもARID1A-KO細胞ではるかに増加しており、APR-246処理によって誘発される酸化ストレスのレベルがARID1A-WT細胞よりもARID1A-KO細胞で高かったこと、すなわち、ARID1A-KO細胞におけるGSHレベルが低下したため、ROS生成と抗酸化のバランスがより酸化された状態にシフトしたことを示している。実際、酸化ストレスによって活性化されることが知られているp38MAPK及びEGFRシグナル伝達経路の活性化(Matsuzawa及びIchijo、Biochim Biophys Acta 1780、1325-1336、2008;Wengら、J Exp Clin Cancer Res37、61、2018を参照)は、ARP-246で処理されたARID1A-KO細胞における方がより明白であった(図1-5-L)。さらに、抗体アレイ分析は、シクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)、リン酸化JNK、及びリン酸化HSP27のレベルが、すべて酸化ストレスによって誘導されるものであり、ARID1A-WT細胞よりもARID1A-KO細胞の方で高いことを示した(図2-2-E)。APR-246に応答したJNKのリン酸化は、ROSスカベンジャーであるN-アセチルシステイン(NAC)での同時処理によって抑制された(図2-2-F)。これらの結果は、APR-246がARID1A-KO細胞において高い酸化ストレスの状態を誘発したことを示している。
GSHは、システイン、グルタメート、及びグリシンから、複数の代謝因子の作用を介して合成される(図3-1-A)。GSH代謝経路におけるARID1A欠損がんに対する治療標的を特定するために、GSH代謝経路遺伝子をARID1Aとの合成致死パートナーシップについてスクリーニングした。後続分析により、GCLC、GSS、及びSLC7A11のノックダウンは、GSHレベルの低下とROSレベルの上昇に関連して、ARID1A欠損がん細胞の増殖を大幅かつ特異的に抑制することが明らかになった(図3-2-B~図3-2-D)。一方、不要な役割を果たしていると考えられている、GLSとGLS2、SLC1A4とSLC1A5、及びIDH1とIDH2などの機能的なパラログ遺伝子産物を同時にノックダウンしても、ARID1A欠損がん細胞の増殖には影響しなかった(図3-2-B)。さらに、TrxR及びスーパーオキシドジスムターゼ(SOD)ファミリーに属する抗ROS遺伝子産物のノックダウンは、複数のファミリーの遺伝子産物が同時にノックダウンされた場合でも、細胞増殖、GSHレベル、又はROSレベルに著しい影響を与えることはなかった(図S3-1-A~図S3-1-C)。次に、GSH代謝因子の既知阻害剤を、ARID1A欠損がんに対する選択性についてスクリーニングした。ARID1A欠損TOV21G卵巣がん細胞は、ARID1A発現RMG-I卵巣がん細胞よりもGCLC阻害剤ブチオニンスルホキシミン(BSO)及びSLC7A11阻害剤スルファサラジンに対し高い感受性を示したが、GLS阻害剤化合物968又はG6PD阻害剤6-アミノニコチンアミド(6-AN)に対しては感受性を示さず(図3-3-E)、ノックダウン実験と一致していた。ARID1A-KO細胞及びARID1A-WT細胞を使用して同様の結果を得た(図S3-1-D)。GCLC、GSS、又はSLC7A11のノックダウンにより、GSHレベルの低下とROSレベルの上昇に関連して、ARID1A欠損OVISE卵巣がん細胞の増殖が阻害された(図S3-2-E~図S3-3-J)。ARID1A欠損TOV21G細胞におけるGCLC及びSLC7A11のノックダウンによって引き起こされるGSHレベルの低下、ROSレベルの上昇、及び細胞増殖の阻害が、ARID1A cDNAの安定した発現によってレスキューされたことから(図S3-3-K~図S3-4-O)、ARID1A欠損がこれらの遺伝子の枯渇に対する感受性に関与していることが確認された。
ARID1A欠損がん細胞は、ARID1A発現細胞と比べるとGSH阻害に対する感受性があった。したがって、本発明者らは、ARID1Aが、GSH合成経路の構成要素をコードする遺伝子の転写を調節すると仮定した。これを調べるために、ARID1A発現がん細胞とARID1A欠損がん細胞のパネルのゲノム全体の発現解析を実施した。合計で、ARID1A欠損がん細胞において発現レベルが一貫して3分の2を下回る343個の遺伝子が同定された(図4-1-A)。特に、この遺伝子セットには、GSH代謝経路遺伝子SLC7A11が1つだけ含まれていた。SLC7A11 mRNA及びタンパク質の発現は、ARID1A発現がん細胞の場合よりARID1A欠損がん細胞の方が低かった(図4-1-B、図S5-1-A~図S5-1-C)。ARID1A欠損がん細胞におけるARID1Aの安定した発現により、SLC7A11 mRNA及びタンパク質の発現が回復した(図4-1-C)。さらに、ARID1Aのノックアウトにより、SLC7A11の発現が減少した(図4-2-D)。ARID1A-KO細胞におけるSLC7A11の誘導低下の根底にあるメカニズムを決定するために、SLC7A11の転写アップレギュレーションにおけるARID1Aの関与を調査した。クロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイにより、ARID1AがARID1A-WT細胞におけるSLC7A11の転写開始部位(TSS)に局在することが明らかになった(図4-2-E)。同様に、ARID1Aを含むSWI/SNFクロマチンリモデリング複合体(BAF複合体)の触媒サブユニットであるBRG1は、ARID1A-WT細胞におけるSLC7A11のTSSに局在している(図4-2-F)。TSSでのARID1AとBRG1の局在は、ARID1A-KO細胞では低下していた(図4-2-E~図4-2-F)。TSSでのRNAポリメラーゼII(RNAPII)の局在も、ARID1A-KO細胞では著しく低下していた(図4-3-G)。TSSでのSLC7A11発現を調節する転写因子であるNRF2の局在(Gorriniら、Nat Rev Drug Discov 12、931-947、2013を参照)も、ARID1A-KO細胞では著しく低下していたが(図4-3-H)、NRF2自体の発現はARID1Aのノックアウトによる影響を受けなかった(図S5-2-D)。ARID1A-KO細胞におけるNRF2の異所性発現により、SLC7A11 mRNA及びタンパク質の発現が回復し(図S5-2-D~図S5-2-E)、APR-246によって誘導される増殖と生存の低下が回復し、APR-246によって誘導されるGSHの減少とROSの増加が抑止された(図S5-2-F~図S5-3-I)。これらの結果は、ARID1Aが、BAF複合体によるクロマチンリモデリングを通じてSLC7A11のNRF2介在による転写発現を促進するが、不可欠ではないことを強く示唆している。言い換えれば、ARID1Aの欠損により、SLC7A11の発現は弱められる(図4-3-I)。
この仮説の臨床的関連性にさらに取り組むために、11名の卵巣がん患者から外科的に得られた腫瘍標本の免疫組織化学的染色によってARID1A及びSLC7A11の発現を調べた(図S6-1-A)。調べた4つのARID1A野生型標本はすべて、ARID1AとSLC7A11の両方の高発現を示し(図5-1-A)、ARID1A発現を欠く4つのARID1A変異標本はすべて低レベルのSLC7A11発現を示した(図5-2-B)。ARID1Aの発現を保持している残りの3つのARID1A変異標本はまた、SLC7A11の発現も保持していた(図S6-1-A、図S6-1-B)。まとめると、ARID1A遺伝子変異によるARID1A発現の減少/欠如は、臨床的に得られた腫瘍標本におけるSLC7A11発現の減少と相関していた。
びまん性胃がんの65名の患者の腹水から得られた100を超える患者由来細胞(PDC)から、本発明者らは、浮遊細胞よりも薬剤感受性試験で付着細胞増殖と低い分散を示している13の細胞型(NSC-4X1a、-7C、-14C、-20C、-22C、-34C、-48CA、-58C、-64C、-65C、-67C、-68C、及び-70C)を選択した。ARID1Aタンパク質の発現をイムノブロット分析によって調査した。全エクソームデータに基づいてさらに分析するために、8つのPDCを選択した。これらの8つのPDCのうち、4つ(NSC-7C、-58C、-65C、及び-67C)はARID1Aタンパク質の発現を欠いており(ARID1A欠損:ARID1A-)、4つ(NSC-48C、-64C、-68C、及び-70C)はARID1Aタンパク質発現を保持していた(ARID1A発現:ARID1A+)(図7A)。SLC7A11の発現はARID1A欠損PDCでの方がARID1A発現PDCの場合よりも低く(図7A)、卵巣がんで観察されたパターンと一致していた(H.Ogiwaraら、Cancer Cell 35(2019)177-190 e178を参照、文書の内容は米国仮出願第62/785,458号と同じである)。ARID1Aタンパク質レベルと一致して、4つのARID1A欠損PDCのうちの3つ(NSC-7C、-58C、及び-67C)は、ARID1A遺伝子に均一なフレームシフト変異を有し、残りのPDC(NSC-65C)は均一な終止コドン変異(R1461X)を有していた。4つのARID1A発現PDCには変異がなかった。確立されたPDCに由来する異種移植腫瘍は、びまん性胃がんの組織学的特性を保持していた(図7B)。確立されたPDCに由来する異種移植腫瘍は、びまん性胃がんの組織学的特性を保持していた。代表的な組織学的データを図7Bに示す。
次に、本発明者らは、ARID1A欠損胃がん細胞のGSH阻害剤に対する感受性を調べた。GSH阻害剤APR-246のIC50値は、ARID1A発現PDCよりもARID1A欠損PDCの方が著しく低かった(図8A、図8B)。GSH合成酵素GCLCの阻害剤であるBSOによる処理により、ARID1A発現PDCよりも効率的にARID1A欠損PDCが感作された(図8C)。これらの結果は、APR-246又はBSOに対する感受性が胃がんのARID1A欠損と関連していることを示しており、これは卵巣がんで得られた結果と一致している(H.Ogiwaraら、Cancer Cell 35(2019)177-190 e178を参照)。まとめると、これらのデータは、GSH阻害がARID1A欠損を伴うびまん性胃がんの治療のための有望な戦略であり得ることを示している。
次に、本発明者らは、ARID1A欠損胃がんにおけるSLC7A11タンパク質の低発現がSLC7A11転写の低下と関連しているかどうかを調査した。SLC7A11 mRNAレベルは、ARID1A発現PDCよりもARID1A欠損PDCの方が低かった(図9A、図S7A)。SLC7A11は細胞内システインを供給することによりGSH合成に必要とされるため、本発明者らは、SLC7A11のダウンレギュレーションがGSH合成の低下につながるかどうかを調べた。GSHの基礎レベルは、ARID1A発現PDCよりもARID1A欠損PDCの方がかなり低かった(図9B、図S7B)。これらの結果は、ARID1A欠損によりSLC7A11の発現がダウンレギュレートされ、びまん性胃がん細胞におけるGSHの基礎レベルが低下することを示しており、卵巣がんでの所見と一致している(H.Ogiwaraら、Cancer Cell 35(2019)177-190 e178)。
次に、本発明者らは、ARID1A欠損がん細胞の脆弱性がシステイン不足とその結果としてのGSH不足に関連しているかどうかを調べた。ARID1A欠損がん細胞においてAPR-246により誘導されるGSHの減少、ROSの増加、及び細胞死は、それぞれシスチン及びGSHの細胞透過性バージョンである、シスチン補償剤シスチンジメチルエステル(CC-DME)又はGSH補償剤グルタチオンモノエチルエステル(GSH-MEE)での同時処理により著しく抑制されたことから、これらの細胞透過性代謝物が、SLC7A11発現の減少によるシスチン取込みの低下を補うことができることを示唆していた(図10A~図10C)。GSHは、システイン、グルタメート、及びグリシンから合成される。SLC7A11は、システインを細胞内に輸送することにより、GSH合成に寄与する。したがって、次に本発明者らは、ARID1A欠損PDCにおいて、SLC7A11阻害剤であるエラスチンに対する感受性を調べた(B.Daherら、Cancer Res 79(2019)3877-3890参照)。エラスチンのIC50値は、ARID1A発現PDCよりもARID1A欠損PDCの方が著しく低かった(図S8A)。エラスチン処理により、ARID1A欠損PDCではGSHレベルが著しく低下したが、ARID1A発現PDCでは低下しなかった(図S8B)。これらのデータは、ARID1A欠損がん細胞におけるSLC7A11発現の低下に続発するシステイン不足とその結果としてのGSH不足が、GSH阻害に対する感受性の原因であることを示している。
本発明者らは、ARID1A欠損子宮がん細胞のGSH阻害剤に対する感受性を調べた。GSH阻害剤APR-246のIC50値は、2つのARID1A発現細胞株よりも3つのARID1A欠損細胞株の方で著しく低かった(図11)。GSH合成酵素GCLCの阻害剤であるBSOによる処理により、ARID1A発現細胞株よりも効率的にARID1A欠損細胞株が感作された(図12)。これらの結果は、APR-246又はBSOに対する感受性が子宮(urerine)がんでのARID1A欠損と関連していることを示しており、これは卵巣がんで得られた結果と一致している(H.Ogiwaraら、Cancer Cell 35(2019)177-190 e178参照)。まとめると、これらのデータは、GSH阻害がARID1A欠損を伴う子宮がんの治療のための有望な戦略であり得ることを示している。
本発明者らは、ARID1A欠損胆管がん細胞のGSH阻害剤に対する感受性を調べた。GSH阻害剤APR-246のIC50値は、2つのARID1A欠損細胞株の方が、2つのARID1A発現細胞株よりも著しく低かった(図13)。GSH合成酵素GCLCの阻害剤であるBSOでの処理により、ARID1A発現細胞株よりも効率的にARID1A欠損細胞株が感作された(図14)。これらの結果は、APR-246又はBSOに対する感受性が胆管がんにおけるARID1A欠損と関連していることを示しており、これは卵巣がんで得られた結果と一致している(H.Ogiwaraら、Cancer Cell 35(2019)177-190 e178参照)。まとめると、これらのデータは、GSH阻害がARID1A欠損を伴う胆管がんの治療のための有望な戦略であり得ることを示している。
本発明者らは、様々なSWI/SNF複合体(SMARCA2(BRM)、SMARCA4(BRG1、BAF190)、SMARCB1(BAF47、hSNF5、INI1)、PBRM1)欠損がん細胞のGSH阻害剤に対する感受性を調べた。GSH阻害剤APR-246のIC50値は、これらのSWI/SNF複合体欠損細胞株の方が、野生型細胞株の場合よりも著しく低かった(図15、図16、図17)。GSH合成酵素GCLCの阻害剤であるBSOによる処理により、これらのSWI/SNF複合体発現細胞株よりも、これらのSWI/SNF複合体欠損細胞株の方がより効率的に感作された(図15、図16、図18)。これらの結果は、APR-246又はBSOに対する感受性が、様々ながんにおけるこれらのSWI/SNF複合体(すなわち、SMARCA2、SMARCA4、SMARCB1、PBRM1)の欠損に関連していることを示している。まとめると、これらのデータは、GSH阻害が、これらのSWI/SNF複合体欠損を伴う様々ながんの治療のための有望な戦略であり得ることを示している。
ARID1A(すなわち、SMARCA2、SMARCA4、SMARCB1、PBRM1)を除くSWI/SNF複合体欠損のがん細胞は、これらのSWI/SNF複合体発現細胞と比較して、GSH阻害に対し同様に感受性があった。これを調査すると、SLC7A11 mRNAの発現は、これらのSWI/SNF複合体欠損がん細胞での方が、様々なSWI/SNF複合体発現がん細胞の場合よりも低かった(図19)。
実験モデルと対象
(1)卵巣がんPDCの確立(実施例5)
腫瘍試料と腹水を、国立がんセンター病院又は要町病院(東京、日本)で手術又は無細胞及び濃縮腹水再注入療法を受けた4名の卵巣がん患者から入手し、インビトロで培養した。このプロトコルは、国立がんセンター(東京、日本)の施設内審査委員会によって承認され、インフォームドコンセントが患者から得られた。CCC0219及びCCC1216のPDCを確立するために、患者の腹水(24ml)を、2mMのEDTAを含む2倍量のPBSで希釈し、15mlのFicoll-Paque PLUS(GE Healthcare)にて積層し、2200rpmで30分間遠心分離した。相間単核層を新しいコニカルチューブに移し、2mMのEDTAを含むPBSで2回洗浄した。上皮細胞に対し、モノクローナルヒト上皮抗原-125抗体(EasySep Human EpCAM Positive Selection Kit、STEMCELL Technologies)にコンジュゲートさせたマイクロビーズで磁気標識を行った。上皮抗原125陽性細胞を磁気選択により収集し、10%FBSを添加したDMEM/F-12で培養した。NOVC-1C PDC及びNOVC-4C PDCを確立するために、全無菌細胞を1500rpmにて5分間、室温で遠心分離してペレット化し、次いで溶血緩衝液(0.75%NH4Cl及び17mMのTris-HCl、pH 7.65)で10分間インキュベートした。遠心分離後、ペレットをPBSで洗浄し、10%FBSを含むRPMI 1640中で1週間培養した。その後、培養培地を、10%FBSを含むDMEMと置き換えてリンパ球を除去し、細胞をさらに1週間培養した。付着細胞を、10%FBSを含むRPMI 1640で数週間培養し、複数のコロニーが現れるまで週に1回培地を交換した。必要に応じて、培養細胞を0.05%トリプシン-EDTAで短時間繰り返し処理して、線維芽細胞又は中皮細胞などの他の細胞型を除去した。コロニーが密集したときに培養物を継代した。ARID1Aの発現状態をイムノブロット分析により確認した。
すべてのマウス実験は、国立がんセンター(NCC)の動物倫理委員会によって承認された。細胞をカウントし、氷上で100μlの培養培地と100μlのMatrigel(BD Biosciences)の1:1混合液に再懸濁した。その後、細胞(RMG-I:2×106細胞/マウス、TOV21G:ARP-246処置用2×105細胞/マウス及びBSO処置用1×106細胞/マウス、OVISE:2×106細胞/マウス、TOV21G-shNT:2×105細胞/マウス、及びTOV21G-shGCLC:2×105細胞/マウス)を、6週齢の雌BALB/c-nu/nuマウス(CLEA及びCharles River)の脇腹に皮下注射した。皮下モデルでは、腫瘍が触知可能になると(移植後約3~14日)、マウスを無作為に2つの群に分けた。薬物処置群では、マウスにPBS又は化合物[APR-246(50mg/kg)、PRIMA-1(25mg/kg)、又はBSO(750mg/kg)]のいずれかを1日1回12~14日間腹腔内注射した。ドキシサイクリン(Dox)処置試験では、TOV21G-shNT細胞及びTOV21G-shGCLC細胞を、6週齢の雌BALB/c-nu/nuマウスの脇腹に注射した。腫瘍が触知可能になると(移植後13日)、マウスを無作為に2つの群に分け、Dox(625ppm)を含む食餌又は対照食餌を与えた。他の実験では、TOV21G-shNT細胞及びTOV21G-shGCLC細胞をDox(0.5μg/ml)で4日間処理した後、6週齢の雌BALB/c-nu/nuマウスの脇腹に注射した。次に、マウスにDox(625ppm)を含む食餌又は対照食餌を与えた。腫瘍の成長を、キャリパーを使用して数日ごとに測定した。移植された腫瘍の体積を、式V=L×W2/2[式中、Vは体積(mm3)であり、Lは最大直径(mm)であり、Wは最小直径(mm)である]を使用して計算した。実験の終わりに、標準的なプロトコルに従ってマウスを屠殺した。
細胞を、10%ウシ胎児血清(FBS;Gibco/Life Technologies)、2μmol/lのグルタミン、100U/mlのペニシリン、及び100μg/mLのストレプトマイシン(Wako)を添加したDMEM/F-12(Wako)中、37℃で5%CO2を含む加湿インキュベータ内で維持した。TOV21G細胞、HEC1A細胞、H2228細胞、H2122細胞、H1819細胞、H1299細胞、H522細胞、及びH1703細胞は、American Type Culture Collection(ATCC)から入手された。RMG-I細胞、OVISE細胞、HEC-265細胞、HEC-151細胞、KKU-100細胞、KKU-055細胞、Ishikawa細胞、JHUEM-2細胞、HuCCA-1細胞、KP-4細胞、JMU-RTK-2細胞、G401細胞、G402細胞及びKMRC-1細胞は、Japanese Collection of Research Bioresources(医薬基盤研、JCRB)細胞バンクから入手された。JHUEM-2細胞、SSP25細胞、PC9細胞、及びHS-ES-1細胞は、理研細胞バンク(RCB)から入手された。2008細胞及びA2780細胞は、S.B.Howell博士及びE.Reed博士によって提供された。ARID1A-KO(Q456X/Q456X)及び親HCT116細胞は、Horizon Discoveryから購入された。HCC-44細胞は、Gazdar、A.Fから寄贈された。RCC-MF細胞は、Cell Lines Serviceから入手された。細胞株は、配列決定により複数のがん関連遺伝子の変化を検証することによって認証された。細胞を、受領後3ヶ月未満の継代後、機能性実験に使用した。すべての細胞株は、MycoAlert(Lonza)により試験したところマイコプラズマについて陰性であった。
shRNA発現レンチウイルスベクターpGIPZ(shNT、OHS4346;shp53、RHS4430-200289946)(Open Biosystems)及びpTRIPZ(shNT、OHS5832;shGCLC#3、RHS4946_200777182)、cDNA発現レンチウイルスベクター(pLOC-GCLC、OHS5897_202616616;pLOC-SLC7A11、OHS5898_219582558;pLOC-NRF2、OHS5900-202624558)(すべてThermoFisher Scientific製)、(pLenti-puro-ARID1A、#39478)(Addgene)、及びパッケージングプラスミド(psPAX2:#12260及びpMD2.G:#12259)(Addgene)を、shRNA又はcDNAの構成的発現に使用した。ウイルスを生成するために、Lipofectamine 3000(Invitrogen/ThermoFisher Scientific)を使用して、293LTV細胞に対しレンチウイルスプラスミドとパッケージングプラスミドでトランスフェクションを行った。翌日、培地を新鮮な増殖培地と置き換え、レンチウイルスを含む上清を回収し、遠心分離によって濃縮した。ウイルス構築物に感染した細胞を確立するために、細胞に対しレンチウイルスベクターで形質導入を行い、次いで2μg/mlのピューロマイシン(Sigma-Aldrich)又は20μg/mlのブラストサイジン(Wako)を含む増殖培地で7~14日間インキュベートした。
腫瘍試料と腹水を、国立がんセンター病院又は要町病院(東京、日本)で手術又は無細胞及び濃縮腹水再注入療法を受けたびまん性胃がん患者から入手し、インビトロで培養した。研究プロトコルは、国立がんセンター(東京、日本)の施設内審査委員会によって承認され、書面によるインフォームドコンセントが患者から得られた。無菌細胞全体を、1500rpmで5分間、室温で遠心分離してペレット化し、溶血緩衝液(0.75%NH4Cl及び17mMのTris-HCl、pH7.65)中で10分間インキュベートした。遠心分離後、ペレットをPBSで洗浄し、10%FBSを含むRPMI1640で1週間培養した後、培養培地を、10%FBSを含むDMEMと置き換えてリンパ球を除去した。細胞をさらに1週間培養した。付着細胞を、10%FBSを含むRPMI1640中で数週間培養し、複数のコロニーが出現するまで毎週培地を交換した。必要時、培養細胞を0.05%トリプシン-EDTAで短時間繰り返し処理して、線維芽細胞又は中皮細胞などの他の細胞型を除去した。コロニーが密集したときに培養物を継代した。
(1)薬物ライブラリスクリーニング(実施例1)
ARID1A-WT HCT116がん細胞及びARID1A-KO HCT116がん細胞をスクリーニングアッセイに使用した。細胞を96ウェルプレートに播種し、24時間インキュベートした後、0.1、1、又は10μMの濃度の薬物で処理した[SCADS阻害剤キット、334の化合物を含む(表S1)]。CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay(Promega)を使用して、5日後に細胞生存率を評価した。Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して発光を測定した。発光の読み取り値を使用して、溶媒(DMSO)で処理した細胞の生存率との比較で細胞の生存率を決定した。ARID1A-KO細胞の生存率が40%未満である場合にARID1A-WT細胞の生存率が80%を超えていると、候補化合物として検討された。
CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay(Promega)を使用して細胞のATPレベルを測定することにより、細胞の生存率を調べた。siRNAを介したノックダウン後の細胞生存率を測定するために、Lipofectamine RNAiMAXを使用して細胞株に対しsiRNA(25nM)によるトランスフェクションを行った。48時間後、細胞をトリプシン処理し、Lipofectamine RNAiMAXを使用してsiRNA(25nM)によるトランスフェクションを繰り返した。さらに48時間後に細胞をトリプシン処理し、カウントし、96ウェルプレートに指定された密度で再播種した。薬物処理後の細胞生存率を測定するために、細胞をトリプシン処理し、カウントし、96ウェルプレートに特定された密度で再播種し、指定された濃度の薬物に曝露した。CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assayを使用して細胞生存率を測定した。Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して発光を測定した。
がん細胞の生存に対する薬物処置の効果を、コロニー形成アッセイで評価した。細胞をトリプシン処理し、カウントし、12ウェルプレートに特定された密度で再播種し、指定された濃度の薬物に10~14日間曝露し、0.01%(重量/体積)クリスタルバイオレットを含む50%(体積/体積)メタノール中で10分間固定した。LAS-3000 Imaging System(Fujifilm)で画像を撮影し、Multi Gaugeソフトウェアを使用してコロニーをカウントした。
アネキシンV-FITC/PIアポトーシス検出キット(Sigma-Aldrich)を使用して、アポトーシス細胞を検出した。簡単に述べると、細胞ペレットを1×結合緩衝液に懸濁し、次いでアネキシンV-FITC及びPIと共に暗所で10分間インキュベートした。Guavaフローサイトメータ(Millipore)で蛍光を分析した。GuavaSoftソフトウェア(v.2.7)を使用してデータを分析した。処理された試料中のアネキシンV陽性割合の相対比を、未処理試料に対して正規化した。
GSH、ROS、及びアポトーシスは、それぞれGSH/GSSG-Gloアッセイ(Promega)及び/又はGSH-Gloアッセイ(Promega)、ROS-Gloアッセイ(Promega)、並びにCaspase-Glo3/7アッセイを使用して検出された。薬物処理後のGSH、ROS、及びアポトーシスのレベルを測定するために、細胞をトリプシン処理し、カウントし、96ウェルプレートに特定された密度で再播種し、指定された濃度の薬物に曝露した。16~48時間後、Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して発光を測定した。siRNAを介したノックダウン後のGSH及びROSのレベルを測定するために、Lipofectamine RNAiMAXを使用して細胞株に対しsiRNA(25nM)によるトランスフェクションを行った。48時間後、細胞をトリプシン処理し、Lipofectamine RNAiMAXを使用してsiRNA(25nM)によるトランスフェクションを繰り返した。さらに48時間後に細胞をトリプシン処理し、カウントし、96ウェルプレートに指定された密度で再播種した。72~120時間後、Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して発光を測定した。CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay(Promega)を使用して、細胞生存率も測定した。カスパーゼ-3/7、GSH、及びROSのレベルを、細胞生存率に対して正規化した。GSH/GSSG比は、GSH-GSSGシグナルをGSSG/2シグナルで割ったものとして計算された。処理された試料における相対シグナル比を、未処理試料に対して正規化した。
GSH-Gloアッセイ(Promega)を使用して、GSHを検出した。異種移植片に由来する腫瘍試料を秤量し、PBSで洗浄した。腫瘍試料を50μlのPBSと混合し、ミニコードレスグラインダー(フナコシ)を使用してホモジナイズした。PBS(950μl)をホモジナイズした腫瘍試料に加え、4℃で10分間15,000rpmで遠心分離した。腫瘍抽出物と2XGSH-Glo試薬(各25μl)を白い96ウェルプレート(Greiner)で混合し、室温で30分間インキュベートした。ルシフェリン検出試薬(50μl)を添加し、試料を室温で15分間インキュベートした。Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して発光を測定した。腫瘍試料1mgあたりのGSHシグナル強度を計算した。相対的GSH比を、未処理試料(APR-246又はDoxを伴わない)に対して正規化した。
TrxR1、TrxR2、及びTrxR3を含むTrxR活性を、チオレドキシンレダクターゼアッセイキット(Abcam)を使用して測定した。細胞をトリプシン処理し、カウントし、10cm皿に特定された密度で再播種し、指定された濃度のAPR-246に曝露した。24時間後、細胞を冷PBSで洗浄し、プロテイナーゼ阻害剤を含む緩衝液で溶解した。遠心分離後、上清にTrxR阻害剤を添加し、25℃で20分間インキュベートした。Envision Multi-labelプレートリーダー(PerkinElmer)を使用して吸光度を測定した。相対的TrxR比を、未処理試料に対して正規化した。
抗体アレイ分析については、Human Cell Stress Array(R&D Systems)を使用して実施した。全細胞抽出のために、1×107の細胞を採取し、PBSで洗浄し、プロテイナーゼ阻害剤カクテルとホスファターゼ阻害剤カクテル(Active Motif)を補った溶解緩衝液6で溶解し、氷上で30分間インキュベートし、4℃で10分間、15,000rpmで遠心分離した。全細胞溶解物(1ml)を0.5mlのアレイ緩衝液4及び20μlの再構成された検出抗体カクテルと室温で1時間混合した。これらの試料を、アレイ緩衝液4でブロックされた膜に添加した。4℃で一晩インキュベートした後、膜を1×洗浄緩衝液で2回洗浄し、蒸留水ですすいだ後、乾燥させた。希釈したストレプトアビジン-HRP(2ml)を添加し、膜を室温で30分間インキュベートした後、1×洗浄緩衝液で洗浄した。Chemi Reagent Mixを膜に均一に塗布し、1分間インキュベートした。化学発光シグナルを、LAS-3000 Imaging System(Fujifilm)を使用して測定した。Multi Gaugeソフトウェアを使用してシグナル強度を測定した。40μMのAPR-246で24時間処理した細胞のシグナル強度の比率を、未処理細胞の対応する強度と比較して計算した。
Qiagen RNeasyキットを使用して全RNAを抽出した。抽出されたRNAの完全性を、NanoDrop分光光度法(NanoDrop Technologies)によって確認した。Agilent Low Input Quick Amp Labeling Kit(Agilent Technologies)を使用して、全RNAを逆転写した。Gene Expression Hybridization Kit(Agilent Technologies)を使用して、デュプリケイトのAgilentマイクロアレイ(SurePrint G3 Human Gene Expression 8×60K Ver.1.0、G4851:42405プローブ)上で、cDNAを65℃で16時間ハイブリダイズさせた。Gene Expression Wash Pack(Agilent Technologies)を使用してアレイを洗浄した後、Agilentスキャナーを使用してデータを抽出した。最初にFeature Extractionソフトウェア(Agilent Technologies)を使用して、アレイを分析した。定量的シグナル及び定性的検出コールを、各試料と転写物に対して生じさせた。
mRNAを抽出し、SuperPrep(登録商標)Cell Lysis&RT Kit for qPCR(TOYOBO)を使用してcDNAを合成した。SuperPrep/THUNDERBIRD Probe qPCR Set(TOYOBO)及びTaqMan遺伝子発現アッセイ(Life Technologies)を使用して、cDNAのアリコートを定量PCRにかけた。以下の遺伝子特異的プライマー/プローブセット:NOXA(PMAIP1)(Hs00560402_m1)、NRF2(NFE2L2)(Hs00975961_g1)、GCLC(Hs00155249_m1)、GSS(Hs00609286_m1)、及びSLC7A11(Hs00921938_m1)を使用した。ABI StepOnePlus Real-Time PCR System(Life Technologies)にて、95℃で15秒間の変性、続いて60℃で30秒間のアニーリングと伸長(40サイクル)の条件下でPCRを行った。各試料について、標的遺伝子のmRNAレベルをGAPDH mRNAのレベルに対して正規化した。次に、2-ΔΔCt法を使用して、標的/GAPDH比を、対照試料の比に対して正規化した。
全細胞抽出のために、5×105の細胞を採取し、PBSで洗浄し、プロテイナーゼ阻害剤カクテルとホスファターゼ阻害剤カクテル(Active Motif)を添加したNETN420緩衝液[20mMのTris-HCl(pH 7.5)、420mMのNaCl、0.5%NP-40、及び1mMのEDTA]中で溶解し、氷上で30分間インキュベートし、4℃で10分間、15,000rpmで遠心分離した。全細胞溶解物の可溶性画分をSDS試料緩衝液と混合した。SLC7A11を検出するための膜画分を含む細胞抽出では、細胞を採取し、PBSで洗浄し、プロテイナーゼ阻害剤カクテルとホスファターゼ阻害剤カクテル(Active Motif)を添加したM-PER Mammalian Protein Extraction Regent Buffer(ThermoFisher Scientific)中で溶解し、氷上で10分間インキュベートし、4℃で10分間、15,000rpmで遠心分離した。可溶性画分をSDS試料緩衝液と混合した。異種移植片に由来する腫瘍試料を秤量し、PBSで洗浄した。腫瘍試料(10mg)を、プロテイナーゼ阻害剤カクテルとホスファターゼ阻害剤カクテル(Active Motif)を添加した50μlのNETN420緩衝液と混合し、ミニコードレスグラインダー(フナコシ)を使用してホモジナイズした。ホモジナイズした腫瘍試料を、追加の450μlのNETN420緩衝液中で希釈し、氷上で30分間インキュベートし、4℃で10分間、15,000rpmで遠心分離した。全細胞溶解物の可溶性画分をSDS試料緩衝液と混合した。タンパク質をSDS-PAGEで分離し、PVDF膜に転写し、指示された抗体でイムノブロットした。ローディングコントロールとしてβ-アクチンを使用した。膜を4℃で一晩又は25℃で1時間、PVDF Blocking Reagent for Can Get Signal(TOYOBO)でブロックし、次いで一次抗体を含むCan Get Signal Solution 1(TOYOBO)でプローブした。0.1%Tween 20を含むTBSで洗浄した後、膜を、0.1%Tween 20、1%BSA、及び西洋ワサビペルオキシダーゼ標識抗マウス又は抗ウサギ二次抗体を含むTBSとインキュベートし、Western Lightning ECL Pro(Perkin Elmer)を使用して視覚化した。化学発光シグナルを、LAS-3000 Imaging System(Fujifilm)を使用して測定した。Multi Gaugeソフトウェアを使用してシグナル強度を測定した。GCLCのタンパク質レベルを、β-アクチンのレベルに対して正規化した。次に、GCLC/β-アクチン比を、Dox処理なしの対照試料での比に対して正規化した。データを平均±SEM(n=6)として表す。イムノブロッティングには、以下の抗体:GCLC(Abcam、ab190685)、NRF2(Abcam、ab62352)、p53(Calbiochem、OP43)、β-アクチン(CST、4790)、ARID1A(CST、12354)、BRG1(CST、49360)、SLC7A11(CST、12691)、NOXA(CST、14766)、p21(CST、2947)、JNK(Santa Cruz Biotechnology、sc-7345)、及びphospho-JNK(Santa Cruz Biotechnology、sc-6254)を使用した。
播種の24時間後に1×106の細胞を採取し、1%ホルムアルデヒドで室温にて10分間処理して、タンパク質をDNAに架橋させた。グリシン(0.125M)を添加して、架橋プロセスを止めた。ChIP-IT Express Enzymaticキット(Active Motif)と、ARID1A(CST、12354)、BRG1(CST、49360)、NRF2(CST、12721)、又はRNAPII(Active Motif、39097)に対する抗体を使用して、ChIPアッセイを実施した。精製されたDNAに対し、SuperPrep/THUNDERBIRD SYBR qPCR Set(TOYOBO)と、以下のプライマー対:SLC7A11-1182-1099-F(5’-TCAGAAGCTTATTTAATGGTGCG-3’)及びSLC7A11-1182-1099-R(5’-GTGGTTTTGGATTCAGTGAGAAG-3’);SLC7A11-297-241-F(5’-CAGCTTTTGTTGCTCACTACG-3’)及びSLC7A11-297-241-R(5’-TCGGAACAGACCTTCCCAG-3’);SLC7A11-14_79-F(5’-GAGGAAGCTGAGCTGGTTTG-3’)及びSLC7A11-14_79-R(5’-GCATCGTGCTCTCAATTCTC-3’);SLC7A11_71_190-F(5’-GCACGATGCATACACAGGTG-3’)及びSLC7A11_71_190-R(5’-CCTCTGCTTTCAGACTGTCT-3’);及びSLC7A11_972_1070-F(5’-CGGAGTGTTCAGCAGAAGTC-3’)及びSLC7A11_972_1070-R(5’-GAGGTGACAAGCACATGAAC-3’)を使用して、定量PCRを行った。PCR条件は、95℃で15秒間の変性、続いて60℃で60秒間のアニーリングと伸長(45サイクル)であった。PCRを、ABI StepOnePlus Real-Time PCR System(Life Technologies)で実行した。タンパク質の濃縮を、投入量のパーセンテージとして表した。
代謝物を、2×106の細胞から抽出した。培養培地を除去し、細胞を、2回5%マンニトール溶液(8ml、次に4ml)で洗浄し、次いで800μlのメタノール及び内部対照として5μgの2-イソプロピルリンゴ酸を含む150μlのMilli-Q水で処理した。代謝物抽出物を微量遠心管に移し、スピンドライヤー(TAITEC)を使用して乾燥させた。固相での誘導体化を、下記要領で行った。固相カートリッジPresh-SPE AOSは、AiSTI SCIENCE(和歌山)から供給された。細胞抽出物を200μlのMilli-Q水及び800μlのアセトニトリルと混合し、37℃で30分間インキュベートした。14,000rpmで5分間、4℃で遠心分離した後、上清を新しいチューブに移した。誘導体化条件は、5μlの5%超のメトキシアミン溶液による3分間のメトキシム化と、25μlのN-メチル-N-トリメチルシリル-トリフルオロアセトアミドによる10分間のトリメチルシリル化であった。誘導体化された被検物質を、100μlのn-ヘキサンで効果的に溶出させ、1.0μlの誘導体化された溶液を、ガスクロマトグラフ/質量分析計GCMS-TQ8050(島津製作所)に注入した。
培養がん細胞から抽出された1.0μgのDNAを使用して、標的配列決定を実施した。Agilent SureSelectキットNCC Oncopanel(931196)を使用して、標的ゲノムキャプチャを実行した。150bpペアエンドリード(Illumina)を使用して、配列決定をIllumina NextSeqプラットフォームで実行した。基本的なアラインメントと配列品質管理を、Picardパイプライン及びFirehoseパイプラインを使用して実施した。Burrows-Wheeler Aligner Multi-Visionソフトウェアパッケージを使用して、UCSCヒトゲノム19(hg19)からの参照ヒトゲノムに対してリードを整列させた。PCR中に重複したリードが生成された。したがって、同じゲノム位置に対し整列しているペアエンドリードは、SAMtoolsを使用して削除された。体細胞一塩基バリアントは、ベイズ分類器を適用して対立遺伝子頻度の低い体細胞変異を検出できるようにするMuTectプログラムによってコールされた。体細胞挿入/欠失変異(インデル)は、GATK Somatic IndelDetector(http://archive.broadinstitute.org/cancer/cga/indelocator)を使用してコールされた。
11名の患者が卵巣がんと診断され、日本国東京の国立がん研究センター中央病院(NCCH)又は日本国東京の慈恵会医科大学病院(JUH)で手術を受けた。11名の患者のいずれも術前治療を受けていなかった。この研究は、国立がんセンター(東京、日本国)と慈恵会医科大学の施設内審査委員会によって承認され、患者からインフォームドコンセントが得られた。卵巣腫瘍は、国際産婦人科連合(FIGO)のガイドラインに従って診断され、世界保健機関(WHO)の分類システムに従って分類された。ARID1A変異は、前述のように、標的及び全エクソーム配列決定によって決定された(Kankeら、Oncotarget 9、6228-6237、2018参照)。
Agilent SureSelect XT(Agilent、カリフォルニア州パロアルト)を製造元のプロトコルに従って使用して、エクソームライブラリを生成した。配列決定する前に、High Sensitivity D1000(Agilent)を伴うAgilent BioAnalyzer2200、及びKAPA Library Quantification Kit(Illumina、カリフォルニア州サンディエゴ)を伴うQuantStudio bFlex(Thermo Fisher Scientific、イリノイ州ロックフォード)を使用して、エクソームライブラリを分析した。TruSeq SBS Kit v3-HS(200サイクル)試薬(Illumina)を備えたIllumina HiSeq 2000/2500システムを使用して、すべてのライブラリを配列決定した。BWA-MEMを使用して、配列データをGenome Reference Consortium(ゲノムリファレンスコンソーシアム)GRCh37アセンブリにマッピングした。GATK4 Mutect2を使用して、体細胞変異体のコールを行った。
6週齢の雌CAnN.Cg-Foxn1nu/CrlCrlj(BALB/c-nu/nu)マウス(Charles River Laboratories Japan)を、室温で12時間の明暗サイクルにより飼育した。マウスは特定病原体除去条件下で維持され、無菌の餌、水、及びケージが提供された。約5×106のがん細胞を100μlのリン酸緩衝生理食塩水で懸濁し、26.5ゲージの針を使用してマウスの皮下に注射した。すべての実験は、国際疼痛学会の倫理ガイドラインに従って実施され、国立がんセンターの動物実験倫理委員会によって承認された。ホルマリンで固定し、パラフィンに包埋した標本を、8μmの切片に切断し、常用的ヘマトキシリン及びエオシン染色のために脱ロウ及び脱水した。
(1)統計分析(実施例1~5)
統計分析は、Microsoft Excelを使用して実行された。図の凡例に示されているように、データは平均±SD又は平均±SEMとして表されている。試料サイズ(n)は図の凡例に示され、生物学的複製を表す。統計的有意性は、両側スチューデントのt検定を使用して評価された。統計的有意差は、アスタリスクで次のように示されている:*p<0.05、**p<0.01、及び***p<0.001。
Claims (16)
- 有効量のグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤をそれを必要とする哺乳動物に投与することを含む、SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための方法。
- 前記GSH代謝経路阻害剤が、グルタミン酸システインリガーゼシンテターゼ(GCL)阻害剤、グルタミン酸システインリガーゼ触媒サブユニット(GCLC)阻害剤、グルタミン酸システインリガーゼ修飾因子(GCLM)阻害剤、GSHシンテターゼ(GSS)阻害剤、SLC7A11阻害剤、又はそれらの組合せである、請求項1に記載の方法。
- 前記GSH代謝経路阻害剤が、抗体、siRNA、shRNA、miRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、又は低分子化合物である、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記SWI/SNF複合体が、ARID1A、SMARCA2(BRM)、SMARCA4(BRG1)、SMARCB1、PBRM1、又はそれらの組合せである、請求項1に記載の方法。
- 前記SWI/SNF複合体欠損がんがARID1A欠損がんであり、前記ARID1A欠損がんが、卵巣がん、子宮がん、胃がん、膀胱がん、胆管がん、肝がん、食道がん、肺がん、結腸がん、膵臓がん、乳がん、神経芽細胞腫、神経膠腫、皮膚がん、B細胞リンパ腫又は腎がんである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記SWI/SNF複合体欠損がんがSMARCA4(BRG1)欠損がんであり、前記SMARCA4(BRG1)欠損がんが、膀胱がん、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、B細胞リンパ腫、食道がん、胃がん、神経膠腫、頭頸部がん、肝がん、肺がん、黒色腫、膵臓がん、前立腺がん、腎がん、ラブドイド腫瘍、卵巣がん、SMARCA4欠損胸部肉腫、又は子宮がんである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記SWI/SNF複合体欠損がんがSMARCB1欠損がんであり、前記SMARCB1欠損がんが、類上皮肉腫、家族性シュワノマトーシス、胃がん、腎がん、ラブドイド腫瘍、副鼻腔がん、滑膜肉腫、未分化脊索腫又は子宮がんである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記SWI/SNF複合体欠損がんが、膀胱がん、胆管がん、結腸がん、B細胞リンパ腫、食道がん、胃がん、頭頸部がん、肺がん、黒色腫、中皮腫、膵臓がん、腎がん、又は子宮がんであるPBRM1欠損がんである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記GSH代謝経路阻害剤がGSH低減化合物である、請求項1に記載の方法。
- 前記GSH低減化合物がAPR-017又はAPR-246である、請求項9に記載の方法。
- 前記GCLC阻害剤がブチオニンスルホキシミン(BSO)である、請求項2に記載の方法。
- 前記SLC7A11阻害剤がスルファサラジンである、請求項2に記載の方法。
- グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤に感受性のある患者を検出及び/又は選択するための方法であって、がんを有する患者におけるSWI/SNF複合体欠損の存在を検出することを含む方法。
- SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための有効量のグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤を含む医薬組成物。
- SWI/SNF複合体欠損がんの治療に使用するためのグルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤。
- (a)グルタチオン(GSH)代謝経路阻害剤、及び(b)SWI/SNF複合体欠損がんを治療するための説明書を含むキット。
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