JP2022515331A - 多量体ｔ細胞調節ポリペプチド及びその使用方法 - Google Patents

多量体ｔ細胞調節ポリペプチド及びその使用方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、免疫調節ポリペプチド、エピトープ提示ペプチド、及びクラスＩ ＭＨＣポリペプチドを含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドを提供する。Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドは、Ｔ細胞の活性の調節、及び個体における免疫応答の調節に有用である。【選択図】なし

Description

相互参照
本出願は、２０１８年１２月１９日に出願された米国仮特許出願第６２／７８２，２０５号、及び２０１９年３月６日に出願された米国仮特許出願第６２／８１４，７０７号の利益を主張し、これらの出願はその全体が参照により本明細書に援用される。
序文
適応免疫応答は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ、ヒトにおいてはヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体とも呼ばれる）による、Ｔ細胞の表面上に存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の表面上に非共有提示された低分子ペプチド抗原との結合によって行われる。この結合は免疫系の標的化機構を表し、Ｔ細胞調節（活性化または抑制）とエフェクター機能に必要不可欠な分子相互作用である。エピトープ特異的な細胞標的化に続き、標的化Ｔ細胞は、ＡＰＣ上に存在する共刺激タンパク質の、Ｔ細胞上の対応共刺激タンパク質との結合により活性化される。エピトープ／ＴＣＲ結合と、ＡＰＣ共刺激タンパク質のＴ細胞共刺激タンパク質との結合の両方のシグナルは、Ｔ細胞の特異性及び活性化または抑制を駆動するのに必要とされる。ＴＣＲは任意のエピトープに特異的であるが、共刺激タンパク質はエピトープ特異的ではなく、その代わりに、全てのＴ細胞上または多くのＴ細胞サブセット上に概ね発現している。
概要
本開示は、免疫調節ポリペプチド、クラスＩ ＨＬＡポリペプチド（クラスＩ ＨＬＡ重鎖ポリペプチド及びβ２ミクログロブリンポリペプチド）、及びＴ細胞受容体にエピトープを提示するペプチドを含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）を提供する。ＴＭＭＰは、Ｔ細胞の活性を調節するのに、及び個体における免疫応答を調節するのに有用である。
本開示の様々なＴＭＭＰの概略図である。 図１－１の説明を参照。 本開示の様々なジスルフィド結合ＴＭＭＰの概略図である。 図２－１の説明を参照。 免疫グロブリンＦｃポリペプチドのアミノ酸配列を示す。Ａ～Ｇの配列を、それぞれ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４９～４６０に示す。 図３－１の説明を参照。 図３－１の説明を参照。 図３－１の説明を参照。 ヒト（Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ）（ＮＰ＿００４０３９．１；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、チンパンジー（Ｐａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）（ＮＰ＿００１００９０６６．１；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９）、アカゲザル（Ｍａｃａｃａ ｍｕｌａｔｔａ）（ＮＰ＿００１０４０６０２．１；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０）、ウシ（Ｂｏｓ ｔａｕｒｕｓ）（ＮＰ＿７７６３１８．１；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１）及びマウス（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ）（ＮＰ＿０３３８６５．２；ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２２）由来のβ－２ミクログロブリン（β２Ｍ）前駆体（すなわち、リーダー配列を含む）の複数のアミノ酸配列アラインメントを示す。アミノ酸１～２０はシグナルペプチドである。 対立遺伝子Ａ＊０１０１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３）、Ａ＊１１０１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４）、Ａ＊２４０２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５）及びＡ＊３３０３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６）の全長ヒトＨＬＡ重鎖（Ａ）、対立遺伝子Ｂ＊０７０２の全長ヒトＨＬＡ重鎖（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７）（Ｂ）、ならびに全長ヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８）（Ｃ）のアミノ酸配列を示す。 図５－１の説明を参照。 リーダー配列、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインを除いた、１１種の成熟ＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列のアラインメントを示す。上から順に、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４１～５１である。 図６－１の説明を参照。 ＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１９８～２０６）のアラインメントを示す。 図７Ａ－１の説明を参照。 ＨＬＡ－Ａ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９）を示す。 ＨＬＡ－Ｂ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０７～２１３）のアラインメントを示す。 図８Ａ－１の説明を参照。 ＨＬＡ－Ｂ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０）を示す。 ＨＬＡ－Ｃ重鎖アミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２１４～２２２）のアラインメントを示す。 図９Ａ－１の説明を参照。 ＨＬＡ－Ｃ重鎖のコンセンサス配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１）を示す。 ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖のそれぞれについてのコンセンサスアミノ酸配列（それぞれ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２～３４）を示す。可変アミノ酸（ａａ）の位置を、連続番号を付した「Ｘ」残基として示す。アミノ酸８４、１３９、及び２３６の位置には二重下線を引いている。 ＨＬＡ－Ａ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３５）、ＨＬＡ－Ｂ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６）、ＨＬＡ－Ｃ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７）、ＨＬＡ－Ｅ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８）、ＨＬＡ－Ｆ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９）、及びＨＬＡ－Ｇ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４０）のコンセンサスアミノ酸配列のアラインメントを示す。 本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰの概略図を示す。 図１２－１の説明を参照。 本開示のジスルフィド結合ＴＭＭＰの構成の例の概略図を示す。 図１３－１の説明を参照。 本開示のＴＭＭＰにおける免疫調節ポリペプチドの位置の例の概略図を示す。
定義
用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するヌクレオチドのポリマー形態（リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれか）のことを意味する。それゆえ、この用語は、一本鎖、二本鎖、もしくは多本鎖のＤＮＡもしくはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、または、プリン塩基及びピリミジン塩基、もしくは、その他の天然ヌクレオチド塩基、化学的に修飾したヌクレオチド塩基もしくは生化学的に修飾したヌクレオチド塩基、非天然ヌクレオチド塩基、もしくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマー、を含むがこれらに限定されない。
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書において同じ意味で用いられ、任意の長さを有するアミノ酸のポリマー形態のことを意味し、コード及び非コードアミノ酸、化学的にもしくは生化学的に修飾もしくは誘導体化されたアミノ酸、及び、修飾ペプチド主鎖を有するポリペプチドを含んでいてもよい。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、別のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに対する特定のパーセント「配列同一性」を有し、そのことは、アラインして２つの配列を比較する際に、塩基またはアミノ酸のパーセンテージが同一であり、同一の相対位置にあることを意味する。配列同一性については多数の異なる方法を用いて測定することができる。配列同一性を測定するために、様々な簡便な方法、及び、ｗｏｒｌｄ ｗｉｄｅ ｗｅｂにおいて、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｌｉ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｔｃｏｆｆｅｅ／、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｍｕｓｃｌｅ／、ｍａｆｆｔ．ｃｂｒｃ．ｊｐ／ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／を含むサイトで利用可能なコンピュータプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ、Ｔ－ＣＯＦＦＥＥ、ＭＵＳＣＬＥ、ＭＡＦＦＴなど）を使用して配列をアラインしてもよい。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｉ．２１５：４０３－１０を参照されたい。
用語「保存的アミノ酸置換」とは、類似した側鎖を有するアミノ酸残基のタンパク質における互換性のことを意味する。例えば、脂肪族側鎖を有するアミノ酸の基は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、及びイソロイシンから構成され、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸の基はセリン及びスレオニンから構成され、アミド含有側鎖を有するアミノ酸の基はアスパラギン及びグルタミンから構成され、芳香族側鎖を有するアミノ酸の基は、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから構成され、塩基性側鎖を有するアミノ酸の基は、リジン、アルギニン、及びヒスチジンから構成され、酸性側鎖を有するアミノ酸の基はグルタミン酸及びアスパラギン酸から構成され、硫黄含有側鎖を有するアミノ酸の基はシステイン及びメチオニンから構成される。例示的な保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン－グリシン、及びアスパラギン－グルタミンである。
本明細書で使用する場合、用語「免疫学的シナプス」または「免疫シナプス」とは一般に、適応免疫応答の２つの相互作用する免疫細胞間の自然境界面（例えば、抗原提示細胞（ＡＰＣ）または標的細胞と、エフェクター細胞（例えば、リンパ球）、エフェクターＴ細胞、ナチュラルキラー細胞などの間の境界面を含む）のことを意味する。ＡＰＣとＴ細胞の間の免疫学的シナプスは通常、例えば、Ｂｒｏｍｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００１；１９：３７５－９６（その開示全体は参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、Ｔ細胞抗原受容体と主要組織適合遺伝子複合体分子の相互作用によって開始される。
「Ｔ細胞」は、ＣＤ３を発現する全てのタイプの免疫細胞を含み、例えば、ヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、Ｔ抑制細胞（Ｔｒｅｇ）、及びＮＫ－Ｔ細胞を含む。
本明細書で使用する場合、用語「免疫調節ポリペプチド」（「共刺激ポリペプチド」とも呼ばれる）としては、Ｔ細胞上の同種共免疫調節ポリペプチドに特異的に結合し、それにより、例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体がペプチド結合主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドと結合することによりもたらされた一次シグナルに加えて、増殖、活性化、分化などを含むがこれらに限定されないＴ細胞応答を介在するシグナルをもたらす、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、Ｂ細胞など）上のポリペプチドが挙げられる。免疫調節ポリペプチドとしては、ＣＤ７、Ｂ７－１（ＣＤ８０）、Ｂ７－２（ＣＤ８６）、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）、誘導性共刺激リガンド（ＩＣＯＳ－Ｌ）、細胞間接着分子（ＩＣＡＭ）、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８３、ＨＬＡ－Ｇ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＨＶＥＭ、リンホトキシンβ受容体、３／ＴＲ６、ＩＬＴ３、ＩＬＴ４、ＨＶＥＭ、Ｔｏｌｌリガンド受容体に結合するアゴニストまたは抗体、及び、Ｂ７－Ｈ３に特異的に結合するリガンドを挙げることができるがこれらに限定されない。
上に記載したように、「免疫調節ポリペプチド」（本明細書ではまた「ＭＯＤ」と呼ぶ）は、Ｔ細胞上の同種共免疫調節ポリペプチドに特異的に結合する。
本開示のＴＭＭＰの「免疫調節ドメイン」（「ＭＯＤ」）は、標的Ｔ細胞上に存在し得る同種共免疫調節ポリペプチドに結合する。
本発明で使用する場合、「非相同」とは、天然の核酸またはタンパク質それぞれには見られない、ヌクレオチドまたはポリペプチドのことを意味する。
本明細書で使用する場合、「組換え」とは、特定の核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が、天然系に存在する内在性核酸と識別することが可能な構造コードまたは非コード配列を有する構築物をもたらすクローニング工程、制限工程、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）工程及び／またはライゲーション工程の様々な組み合わせによる生成物であることを意味する。ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、ｃＤＮＡフラグメントまたは一続きの合成オリゴヌクレオチドからアセンブルして、細胞内または無細胞転写及び翻訳系内に含まれる組換え転写単位が発現可能な合成核酸を得てもよい。
用語「組換え発現ベクター」または「ＤＮＡ構築物」は本明細書において同じ意味で用いられ、ベクターと少なくとも１つのインサートを含むＤＮＡ分子のことを意味する。組換え発現ベクターは通常、インサート（複数可）を発現及び／または増殖させることを目的として、または、その他の組換えヌクレオチド配列を構築するために、作製される。インサート（複数可）は、プロモーター配列に機能的に連結してもしなくてもよく、ＤＮＡ調節配列に機能的に連結してもしなくてもよい。
本発明で使用する場合、用語「親和性」とは、２つの物質（例えば、抗体及び抗原）の可逆結合における平衡定数のことを意味し、また解離定数（ＫＤ）で表される。親和性は、無関係なアミノ酸配列に対する抗体親和性の、少なくとも１倍超、少なくとも２倍超、少なくとも３倍超、少なくとも４倍超、少なくとも５倍超、少なくとも６倍超、少なくとも７倍超、少なくとも８倍超、少なくとも９倍超、少なくとも１０倍超、少なくとも２０倍超、少なくとも３０倍超、少なくとも４０倍超、少なくとも５０倍超、少なくとも６０倍超、少なくとも７０倍超、少なくとも８０倍超、少なくとも９０倍超、少なくとも１００倍超、もしくは、少なくとも１，０００倍超、またはそれ以上であってもよい。標的タンパク質に対する抗体の親和性は、例えば、約１００ナノモル（ｎＭ）～約０．１ｎＭ、約１００ｎＭ～約１ピコモル（ｐＭ）、もしくは、約１００ｎＭ～約１フェムトモル（ｆＭ）、またはそれ以上であってもよい。本明細書で使用する場合、用語「結合力」とは、希釈後における、２つ以上の物質の複合体の解離に対する抵抗力のことを意味する。用語「免疫反応性」及び「優先的に結合する」は、抗体及び／または抗原結合フラグメントに関し、本明細書において同じ意味で用いられる。
本明細書で使用する場合（例えば、ＴＭＭＰのＴ細胞上のポリペプチド（例えば、Ｔ細胞受容体）への結合に関して）、用語「結合」とは、２つの分子間の非共有結合相互作用のことを意味する。非共有結合とは、例えば、塩橋及び水素橋などの相互作用を含む、静電結合、疎水結合、イオン結合及び／または水素結合の相互作用による、２つの分子間の直接会合のことを意味する。非共有結合相互作用は通常、１０－６Ｍ未満、１０－７Ｍ未満、１０－８Ｍ未満、１０－９Ｍ未満、１０－１０Ｍ未満、１０－１１Ｍ未満、１０－１２Ｍ未満、１０－１３Ｍ未満、１０－１４Ｍ未満、または、１０－１５Ｍ未満の解離定数（ＫＤ）を特徴とする。「親和性」とは非共有結合の強度のことを意味し、高い結合親和性は低いＫＤと相関している。「特異的結合」とは通常、少なくとも約１０－７Ｍ以上、例えば、５×１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、５×１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、及び、それより高い親和性を有する結合のことを意味する。「非特異的結合」とは通常、約１０－７Ｍ未満の親和性を有する結合（例えば、１０－６Ｍ、１０－５Ｍ、１０－４Ｍの親和性を有する結合）（例えば、リガンドの指定結合部位または受容体以外の部分へのリガンドの結合）のことを意味する。しかしながら、一部の文脈、例えば、ＴＣＲとペプチド／ＭＨＣ複合体の間の結合において、「特異的結合」は、１μＭ～１００μＭ、または、１００μＭ～１ｍＭの範囲内であってもよい。本明細書で使用する場合、「共有結合（ｃｏｖａｌｅｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ）」または「共有結合（ｃｏｖａｌｅｎｔ ｂｏｎｄ）」とは、２つの異なる分子間に１つ以上の共有化学結合が形成されることを意味する。
本発明で使用する場合、用語「治療」、「治療すること」などは通常、所望の薬理学的効果及び／または生理学的効果を得ることを意味する。その効果は、疾患またはその症状を完全にまたは部分的に予防するという観点において予防的であり得、及び／または、疾患及び／またはその疾患に起因する副作用の部分的または完全な治癒という観点において治療的であり得る。本発明で使用する場合、「治療」は、哺乳動物における疾患または症状の任意の治療を包含し、（ａ）その疾患または症状にかかりやすいが、まだそれを有すると診断されていない対象における疾患または症状の発症を予防すること、（ｂ）その疾患または症状を抑制すること、すなわち、その発症を阻止すること、及び／または、（ｃ）その疾患を軽減すること、すなわち、その疾患を退行させること、を含む。疾患または障害の発症前、その間、またはその後に、治療薬を投与してもよい。進行中の疾患の治療（治療は患者の望ましくない臨床症状を安定化または抑制する）には特に利点がある。このような治療は、望ましくは、罹患組織の機能が完全に喪失される前に実施される。本治療薬は、望ましくは、疾患の症候期中に、場合によっては、疾患の症候期後に投与される。
用語「個体」、「対象」、「宿主」及び「患者」は本明細書において同じ意味で用いられ、診断、処置または治療が望まれる任意の哺乳動物対象のことを意味する。哺乳動物としては、例えば、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類（例えば、ラット、マウス）、ウサギ目（例えば、ウサギ）、有蹄類（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ、ヤギなど）などが挙げられる。
本発明をさらに説明する前に、本発明が記載する特定の実施形態に限定されることはなく、それゆえ当然変化し得るということを理解されたい。本明細書で用いる専門用語は、特定の実施形態を説明するためだけのものであり、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることから、限定することを意図するものではないということを理解されたい。
数値の範囲を提供する場合、その範囲の上限と下限との間にある各介在値（文脈上明確に指示しない限り、下限値の単位の１０分の１まで）、及び、その明示範囲内の任意のその他明示値または介在値が本発明に包含されることを理解されたい。これら狭めた範囲の上限値及び下限値は、その狭めた範囲内に独立して含まれていてもよく、また、明示範囲内において特に除外した任意の値に従い、本発明に包含される。明示範囲がそれら上限値及び下限値のうちの１つまたは両方を含む場合、それら包含される上限値及び下限値のいずれかまたは両方を除外する範囲もまた本発明に包含される。
別途定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般に理解する意味と同一の意味を有する。本明細書に記載の方法及び物質と同様または同等の任意の方法及び物質を、本発明の実施または試験において使用することもできるが、好ましい方法及び物質については以下で説明する。本明細書で言及する全ての刊行物は、それら刊行物が引用する内容と関連させて本方法及び／または物質を開示及び説明するために、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、文脈上明確に指示しない限り、複数の指示対象を含むことに留意すべきである。それゆえ、例えば、「Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド」への言及は、複数のそのようなポリペプチドを含み、「免疫調節ポリペプチド」への言及は、１つ以上の免疫調節ポリペプチド及び当業者に周知のその同等物などへの言及を含む。さらに、特許請求の範囲が任意の要素を除外するように作成されてもよいということに留意されたい。したがって、この記述は、クレーム要素の列挙と関連させて、「単に」、「のみ」などの排他的な用語の使用、または、「否定的な」限定の使用が、先行詞として機能することを意図するものである。
分かりやすく、個々の実施形態との関係において記載した本発明における特定の特徴を、さらに、単一の実施形態内において組み合わせて提供してもよいということを理解されたい。逆の言い方をすれば、簡潔とするため、単一の実施形態との関係において記載した本発明における様々な特徴を、さらに、別々に、または、任意の好適な副組み合わせで提供してもよい。本発明に属する実施形態の全ての組み合わせは、本発明により明示的に包含され、全ての組み合わせが個別にかつ明確に開示されるかのように本明細書において開示される。加えて、様々な実施形態及びそれらの要素における全ての副組み合わせもまた、本発明により明示的に包含され、全てのこのような副組み合わせが個別にかつ明確に本明細書において開示されるかのように、本明細書において開示される。
本明細書に記載する刊行物は、単に本願の出願日前にそれらの開示を提供したに過ぎない。本明細書におけるいずれの内容も、本発明が、先行発明によりこのような刊行物に先行する権利を持たないことを認めるものとして解釈されるべきではない。さらに、提供した刊行物の日付は実際の刊行日とは異なる場合があり、個別に確認する必要が生じる場合がある。
詳細な説明
本開示は、免疫調節ポリペプチドを含み、かつエピトープ提示ペプチドを含むＴ細胞調節多量体ポリペプチドを提供する。ＴＭＭＰは、Ｔ細胞の活性化を調節するのに、また個体における免疫応答を調節するのに有用である。
Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド
本開示は、ａ）第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドとを含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）を提供し、ＴＭＭＰは、エピトープと、第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドと、第２のＭＨＣポリペプチドと、１つ以上の免疫調節ポリペプチドと、任意選択的に、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドと、を含む。本開示はＴＭＭＰを提供し、ＴＭＭＰは、ａ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドと、を含む、ヘテロ二量体であり、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドはエピトープ（例えば、エピトープを提示するペプチド）を含み、第１のポリペプチド及び／または第２のポリペプチドは、同一であるかまたは異なっていてもよい１つ以上の免疫調節ポリペプチドと、任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドと、を含む。本開示のＴＭＭＰはまた、本明細書において、「本開示の多量体ポリペプチド」または「ｓｙｎＴａｃ」と呼ばれる。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するペプチドエピトープはがん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
本開示は、ａ）ｉ）ペプチドエピトープとｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドと、ｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、を含むヘテロ二量体ポリペプチドを含むＴＭＭＰを提供し、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つ（すなわち、１つ以上）の免疫調節ポリペプチドを含む。任意選択的に、第１または第２のポリペプチドは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む。１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または、少なくとも１ｎＭ）の親和性で結合する。本開示のＴＭＭＰは、ＴＭＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも２５％高い親和性で第１のＴ細胞に結合し、第１のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドと、エピトープに少なくとも１００μＭの親和性で結合するＴＣＲとを発現し、第２のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、エピトープに少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または、少なくとも１ｎＭ）の親和性で結合するＴＣＲを発現しない。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するペプチドエピトープはがん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
本開示はＴＭＭＰを提供し、ＴＭＭＰは、
Ａ）ヘテロ二量体であって、ａ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドと、を含む、ヘテロ二量体（第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドはエピトープ（例えば、Ｔ細胞によって認識されるエピトープを含むペプチド）を含み、第１のポリペプチド及び／または第２のポリペプチドは、同一であるかまたは異なっていてもよい１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、野生型免疫調節ポリペプチドまたは野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型であってもよく、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換を含み、第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む）、
Ｂ）ヘテロ二量体であって、ａ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドと、を含む、ヘテロ二量体（第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドはエピトープを含み、第１のポリペプチド及び／または第２のポリペプチドは、同一であるかまたは異なっていてもよい１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、
１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型であり、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換を含み、
１つ以上の免疫調節ドメインのうちの少なくとも１つは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、エピトープは、Ｔ細胞上のＴＣＲに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合し、その結果、ｉ）ＴＭＭＰポリペプチドは、ＴＭＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも２５％高い親和性で第１のＴ細胞に結合し、第１のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドと、エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲとを発現し、第２のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲを発現せず、及び／または、ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する対照ＴＭＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、同種共免疫調節ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含むＴＭＭＰの結合親和性との比は、バイオレイヤー干渉法で測定した際に、１．５：１～１０６：１の範囲内であり、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換を含み、
第１のポリペプチドまたは第２のポリペプチドは任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む）、または、
Ｃ）ヘテロ二量体であって、ａ）第１のポリペプチドであって、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）エピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）任意選択的に、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む第２のポリペプチドと、を含む、ヘテロ二量体（ＴＭＭＰは、同一であるかまたは異なっていてもよい１つ以上の免疫調節ドメインを含み、１つ以上の免疫調節ドメインのうちの少なくとも１つは、Ａ）第１のポリペプチドのＣ末端にある、Ｂ）第２のポリペプチドのＮ末端にある、Ｃ）第２のポリペプチドのＣ末端にある、または、Ｄ）第１のポリペプチドのＣ末端及び第２のポリペプチドのＮ末端にあり、１つ以上の免疫調節ドメインのうちの少なくとも１つは、野生型免疫調節ポリペプチドまたは野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型であってもよく、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換を含み、
任意選択的に、１つ以上の免疫調節ドメインのうちの少なくとも１つは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、エピトープは、Ｔ細胞上のＴＣＲに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合し、その結果、ｉ）ＴＭＭＰは、ＴＭＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも２５％高い親和性で第１のＴ細胞に結合し、第１のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドと、エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲとを発現し、第２のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲを発現せず、及び／または、ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する対照ＴＭＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、同種共免疫調節ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含むＴＭＭＰの結合親和性との比は、バイオレイヤー干渉法で測定した際に、１．５：１～１０６：１の範囲内であり、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するペプチドエピトープはがん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
本開示は、ａ）第１のポリペプチドであって、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）エピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドを含む第２のポリペプチドと、を含む、ＴＭＭＰ、を提供する。本開示のＴＭＭＰは１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含み、１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、Ａ）第１のポリペプチドのＣ末端にある、Ｂ）第２のポリペプチドのＮ末端にある、Ｃ）第２のポリペプチドのＣ末端にある、または、Ｄ）第１のポリペプチドのＣ末端及び第２のポリペプチドのＮ末端にある。１つ以上の免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または、少なくとも１ｎＭ）の親和性で結合する。本開示のＴＭＭＰは、ＴＭＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも２５％高い親和性で第１のＴ細胞に結合し、第１のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドと、エピトープに少なくとも１００μＭの親和性で結合するＴＣＲとを発現し、第２のＴ細胞はその表面上に、同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、エピトープに少なくとも１００μＭ（例えば、少なくとも１０μＭ、少なくとも１μＭ、少なくとも１００ｎＭ、少なくとも１０ｎＭ、または、少なくとも１ｎＭ）の親和性で結合するＴＣＲを発現しない。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、約１０－４Ｍ～約５×１０－４Ｍ、約５×１０－４Ｍ～約１０－５Ｍ、約１０－５Ｍ～５×１０－５Ｍ、約５×１０－５Ｍ～１０－６Ｍ、約１０－６Ｍ～約５×１０－６Ｍ、約５×１０－６Ｍ～約１０－７Ｍ、約１０－７Ｍ～約５×１０－７Ｍ、約５×１０－７Ｍ～約１０－８Ｍ、または、約１０－８Ｍ～約１０－９Ｍの親和性で、Ｔ細胞上のＴＣＲに結合する。別の様式で表すと、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、約１ｎＭ～約５ｎＭ、約５ｎＭ～約１０ｎＭ、約１０ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約１００ｎＭ、約０．１μＭ～約０．５μＭ、約０．５μＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、約７５μＭ～約１００μＭの親和性で、Ｔ細胞上のＴＣＲに結合する。
本開示のＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い親和性で、その同種共免疫調節ポリペプチドに結合する。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対して１ｎＭ～１００ｎＭ、または、１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対して約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する約１ｎＭ～約５ｎＭ、約５ｎＭ～約１０ｎＭ、約１０ｎＭ～約５０ｎＭ、約５０ｎＭ～約１００ｎＭの結合親和性を有する。
免疫調節ポリペプチドの同種共免疫調節ポリペプチドに対する免疫調節ポリペプチドの低い親和性と、ＴＣＲに対するエピトープの親和性を組み合わせることにより、本開示のＴＭＭＰの向上した選択性がもたらされる。例えば、本開示のＴＭＭＰは、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとを提示する第２のＴ細胞への結合性と比較して、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとの両方を提示する第１のＴ細胞に選択的に結合する。例えば、本開示のＴＭＭＰは、本開示のＴＭＭＰが第２のＴ細胞に結合する親和性よりも少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも２倍、少なくとも２．５倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、または、１００倍超高い親和性で第１のＴ細胞に結合する。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、それを必要とする個体に投与する際に、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の両方を誘導する。言い換えると、一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、それを必要とする個体に投与する際に、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとの両方を提示する第１のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ特異的Ｔ細胞応答を誘導し、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとを提示する第２のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導する。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、または、少なくとも１００：１である。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、約２：１～約５：１、約５：１～約１０：１、約１０：１～約１５：１、約１５：１～約２０：１、約２０：１～約２５：１、約２５：１～約５０：１、もしくは、約５０：１～約１００：１、または、１００：１超である。Ｔ細胞の「活性化を調節すること」としては、ｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞を活性化させること、ｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の細胞傷害活性を誘導すること、ｉｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞による細胞毒（例えば、パーフォリン、グランザイム、グラニュライシン）の産生及び放出を誘導すること、ｉｖ）自己反応性Ｔ細胞の活性化を抑制すること、などのうちの１つ以上を挙げることができる。
免疫調節ポリペプチドの同種共免疫調節ポリペプチドに対する免疫調節ポリペプチドの低い親和性と、ＴＣＲに対するエピトープの親和性を組み合わせることにより、本開示のＴＭＭＰの向上した選択性がもたらされる。それゆえ、例えば、本開示のＴＭＭＰは、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドを提示する第２のＴ細胞に本開示のＴＭＭＰが結合する結合力よりも高い結合力で、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドの両方を提示する第１のＴ細胞に結合する。
免疫調節ポリペプチドとその同種共免疫調節ポリペプチドの間の結合親和性は、精製免疫調節ポリペプチド及び精製同種共免疫調節ポリペプチドを使用したバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）により測定することができる。ＴＭＭＰとその同種共免疫調節ポリペプチドの間の結合親和性は、精製ＴＭＭＰ及び同種共免疫調節ポリペプチドを使用したＢＬＩにより測定することができる。ＢＬＩ法は当業者に周知である。例えば、Ｌａｄ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｃｒｅｅｎ．２０（４）：４９８－５０７；及びＳｈａｈ ａｎｄ Ｄｕｎｃａｎ（２０１４）Ｊ．Ｖｉｓ．Ｅｘｐ．１８：ｅ５１３８３を参照されたい。
ＢＬＩアッセイは、Ｏｃｔｅｔ ＲＥＤ ９６（Ｐａｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置または類似装置を使用して以下のように実施することができる。ＴＭＭＰ（例えば、本開示のＴＭＭＰ、対照ＴＭＭＰ（対照ＴＭＭＰは野生型免疫調節ポリペプチドを含む））を不溶性支持体（「バイオセンサー」）上に固定する。固定ＴＭＭＰは「標的」である。固定化は、捕捉抗体を不溶性支持体上に固定することにより行うことができ、捕捉抗体はＴＭＭＰを固定する。例えば、固定化は、抗Ｆｃ（例えば、抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ）抗体を不溶性支持体上に固定することにより行うことができ、固定抗Ｆｃ抗体はＴＭＭＰに結合してＴＭＭＰを固定する（ＴＭＭＰはＩｇＦｃポリペプチドを含む）。数種類の異なる濃度の共免疫調節ポリペプチドを固定ＴＭＭＰに加えて、装置の応答を記録する。アッセイは、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ６．８、５％ポリ（エチレングリコール）６０００、５０ｍＭ ＫＣｌ、０．１％ウシ血清アルブミン、及び０．０２％ Ｔｗｅｅｎ ２０非イオン性界面活性剤を含む液体培地中で実施する。共免疫調節ポリペプチドの固定ＴＭＭＰへの結合は３０℃で実施する。結合親和性のための陽性対照として、抗ＭＨＣクラスＩモノクローナル抗体を使用してもよい。例えば、７ｎＭのＫＤを有する抗ＨＬＡクラスＩモノクローナル抗体Ｗ６／３２（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ Ｎｏ．ＨＢ－９５；Ｐａｒｈａｍ ｅｔ ａｌ．（１９７９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２３：３４２）を使用してもよい。標準曲線は、抗ＭＨＣクラスＩモノクローナル抗体の系列希釈液を使用して作成してもよい。共免疫調節ポリペプチド、すなわち、抗ＭＨＣクラスＩ ｍＡｂは「検体」である。ＢＬＩでは、２つの表面、ｉ）固定ポリペプチド（「標的」）及びｉｉ）内部基準レイヤーから反射した白色光の干渉縞を解析する。バイオセンサーチップに結合した分子（「検体」、例えば、共免疫調節ポリペプチド、抗ＨＬＡ抗体）の数が変化すると、干渉縞のシフトが生じるが、干渉縞のこのシフトをリアルタイムで測定してもよい。標的／検体相互作用の親和性を記述する２つの動力学用語は結合速度定数（ｋａ）及び解離定数（ｋｄ）である。これら２つの比率（ｋｄ／ａ）により親和性定数（ＫＤ）が求められる。
ＢＬＩアッセイはマルチウェルプレートを用いて実施する。アッセイをランするために、Ｏｃｔｅｔ Ｄａｔａ Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎソフトウェアを用いて、プレートレイアウトを定義し、アッセイ工程を定義し、バイオセンサーを割り当てる。バイオセンサーアセンブリを水和する。水和バイオセンサーアセンブリ及びアッセイプレートをＯｃｔｅｔ装置上で１０分間平衡させる。データが得られると、得られたデータをＯｃｔｅｔ Ｄａｔａ Ａｎａｌｙｓｉｓソフトウェアにロードする。リファレンスサブトラクション、ｙ軸アライメント、工程間補正、及びＳａｖｉｔｚｋｙ－Ｇｏｌａｙフィルタリングの方法を指定することにより、Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇウィンドウでデータを処理する。解析用工程（結合及び解離）を指定し、カーブフィッティングモデル（１：１）、フィッティング法（大域）、及び目的のウィンドウ（秒）を選択することにより、Ａｎａｌｙｓｉｓウィンドウでデータを解析する。フィッティングの質を評価する。３倍の範囲内である場合、それぞれのデータ記録のＫＤ値（検体濃度）を平均してもよい。ＫＤ誤差値は親和性定数値の１桁以内でなければならず、Ｒ２値は０．９５超でなければならない。例えば、Ａｂｄｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ．Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３７７：２０９を参照されたい。
本明細書において特に明記しない限り、同種共免疫調節ポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの親和性、または、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対照ＴＭＭＰ（対照ＴＭＭＰは野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の親和性について、上記のＢＬＩを用いて測定する。
一部の例では、ｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する対照ＴＭＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩ（上記）で測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または少なくとも１０６：１である。一部の例では、ｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する対照ＴＭＭＰ（対照は野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の結合親和性と、ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、１．５：１～１０６：１、例えば、１．５：１～１０：１、１０：１～５０：１、５０：１～１０２：１、１０２：１～１０３：１、１０３：１～１０４：１、１０４：１～１０５：１、または、１０５：１～１０６：１の範囲である。
１つの例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＩＬ－２ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＩＬ－２ポリペプチド（野生型ＩＬ－２ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＩＬ－２受容体（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＩＬ－２受容体に対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。一部の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＩＬ－２ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＩＬ－２ポリペプチド（野生型ＩＬ－２ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＩＬ－２受容体（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＩＬ－２受容体に対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、１．５：１～１０６：１、例えば、１．５：１～１０：１、１０：１～５０：１、５０：１～１０２：１、１０２：１～１０３：１、１０３：１～１０４：１、１０４：１～１０５：１、または、１０５：１～１０６：１の範囲である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド（野生型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＰＤ－１ポリペプチド（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＰＤ－１ポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＣＤ８０ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＣＤ８０ポリペプチド（野生型ＣＤ８０ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＴＬＡ４ポリペプチド（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＴＬＡ４ポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＣＤ８０ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＣＤ８０ポリペプチド（野生型ＣＤ８０ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＤ２８ポリペプチド（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＤ２８ポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型４－１ＢＢＬポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型４－１ＢＢＬポリペプチド（野生型４－１ＢＢＬポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）４－１ＢＢポリペプチド（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）４－１ＢＢポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
別の例では、免疫調節ポリペプチドとして、対照ＴＭＭＰが野生型ＣＤ８６ポリペプチドを含み、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＣＤ８６ポリペプチド（野生型ＣＤ８６ポリペプチドのアミノ酸配列と比較して１～１０のアミノ酸置換を含む）を含み、ｉ）ＣＤ２８ポリペプチド（すなわち、同種共免疫調節ポリペプチド）に対する対照ＴＭＭＰの結合親和性と、ｉｉ）ＣＤ２８ポリペプチドに対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性との比は、ＢＬＩで測定した際に、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。
標的Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＭＰの結合親和性は、以下の方法、Ａ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）エピトープに結合するＴ細胞受容体をその表面上に発現する標的Ｔ細胞に、本開示のＴＭＭＰを接触させて（ＴＭＭＰはエピトープタグを含み、その結果、ＴＭＭＰは標的Ｔ細胞に結合する）、Ｂ）エピトープタグに結合する蛍光標識結合因子（例えば、蛍光標識抗体）に標的Ｔ細胞結合ＴＭＭＰを接触させて、ＴＭＭＰ／標的Ｔ細胞／結合因子複合体を作製して、Ｃ）フローサイトメトリーを使用してＴＭＭＰ／標的Ｔ細胞／結合因子複合体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定することにより、測定してもよい。エピトープタグは、例えば、ＦＬＡＧタグ、ヘマグルチニンタグ、ｃ－ｍｙｃタグ、ポリ（ヒスチジン）タグなどであってもよい。ＴＭＭＰライブラリメンバーの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩにより親和性の指標がもたらされる。ＴＭＭＰライブラリメンバーの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩによりＴＭＭＰの半数効果濃度（ＥＣ５０）がもたらされる。一部の例では、標的Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＭＰのＥＣ５０はｎＭ範囲であり、対照Ｔ細胞（対照Ｔ細胞はその表面上に、ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに結合しないＴ細胞受容体を発現する）に対するＴＭＭＰのＥＣ５０はμＭ範囲である。一部の例では、対照Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＭＰのＥＣ５０と、標的Ｔ細胞に対するＴＭＭＰのＥＣ５０との比は、少なくとも１．５：１、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、少なくとも１００：１、少なくとも５００：１、少なくとも１０２：１、少なくとも５×１０２：１、少なくとも１０３：１、少なくとも５×１０３：１、少なくとも１０４：１、少なくとも１０５：１、または、少なくとも１０６：１である。対照Ｔ細胞に対する本開示のＴＭＭＰのＥＣ５０と、標的Ｔ細胞に対するＴＭＭＰのＥＣ５０との比は、ＴＭＭＰの選択性の発現である。
一部の例では、直前の段落に記載したとおりに測定すると、本開示のＴＭＭＰは、ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＭＰライブラリメンバー内に存在するエピトープ以外のエピトープに結合するＴ細胞受容体とを含む対照Ｔ細胞へのＴＭＭＰライブラリメンバーの結合と比較して、標的Ｔ細胞への選択的結合を示す。
二量体化ＴＭＭＰ
本開示のＴＭＭＰを二量体化してもよいが、それはすなわち、本開示は、本開示のＴＭＭＰの二量体を含む多量体ポリペプチドを提供するということである。それゆえ、本開示は、ＴＭＭＰであって、Ａ）第１のヘテロ二量体と、Ｂ）第２のヘテロ二量体と、を含み、Ａ）第１のヘテロ二量体は、ａ）第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドと、を含み、ａ）第１のポリペプチドは、ｉ）ペプチドエピトープとｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドを含み、ｂ）第２のポリペプチドは、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドを含み（第１のヘテロ二量体は１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含む）、Ｂ）第２のヘテロ二量体は、ａ）第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドと、を含み、ａ）第１のポリペプチドは、ｉ）ペプチドエピトープとｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含み、ｂ）第２のポリペプチドは、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む（第２のヘテロ二量体は１つ以上の免疫調節ポリペプチドを含む）（第１のヘテロ二量体と第２のヘテロ二量体は互いに共有結合している）、ＴＭＭＰを提供する。一部の例では、２つのＴＭＭＰは、アミノ酸配列において互いに同一である。一部の例では、第１のヘテロ二量体と第２のヘテロ二量体は、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域及び第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域を介して、互いに共有結合している。一部の例では、第１のヘテロ二量体と第２のヘテロ二量体は、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端アミノ酸及び第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域を介して、互いに共有結合しており、例えば、一部の例では、第１のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端アミノ酸と、第２のヘテロ二量体の第２のポリペプチドのＣ末端領域は、直接またはリンカーを介してのいずれかで、互いに結合している。リンカーはペプチドリンカーであってもよい。ペプチドリンカーは、１アミノ酸～２００アミノ酸（例えば、１アミノ酸（ａａ）～５ａａ、５ａａ～１０ａａ、１０ａａ～２５ａａ、２５ａａ～５０ａａ、５０ａａ～１００ａａ、１００ａａ～１５０ａａ、または、１５０ａａ～２００ａａ）の長さを有していてもよい。一部の例では、第１のヘテロ二量体のペプチドエピトープ及び第２のヘテロ二量体のペプチドエピトープは、同一のアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１及び第２のヘテロ二量体の第１のＭＨＣポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩβ２－ミクログロブリンであり、第１及び第２のヘテロ二量体の第２のＭＨＣポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩ重鎖である。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチド及び第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドは、同一のアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチド及び第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドは、対応する親野生型免疫調節ポリペプチドと比較して１～１０のアミノ酸置換を含むバリアント型免疫調節ポリペプチドであり、１～１０のアミノ酸置換により、バリアント型免疫調節ポリペプチドの同種共免疫調節ポリペプチドへの低い結合親和性がもたらされる。一部の例では、第１のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドと第２のヘテロ二量体の免疫調節ポリペプチドは、それぞれ独立して、ＩＬ－２、４－１ＢＢＬ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＯＸ－４０Ｌ、ＦａｓＬ、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）、ＴＧＦβ、ＣＤ７０、及びＩＣＡＭからなる群から選択される。好適なＭＨＣポリペプチド、免疫調節ポリペプチド、及びペプチドエピトープの例については、以下に記載する。
ＭＨＣポリペプチド
上に記載したように、本開示のＴＭＭＰはＭＨＣポリペプチドを含む。本開示の目的において、用語「主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチド」とは、ヒトＭＨＣ（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも呼ばれる）ポリペプチド、げっ歯類（例えば、マウス、ラットなど）ＭＨＣポリペプチド、及び、その他の哺乳動物種（例えば、ウサギ目、非ヒト霊長類、イヌ科動物、ネコ科動物、有蹄類（例えば、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギなど））のＭＨＣポリペプチドを含む、様々な種類のＭＨＣポリペプチドを含むことを意味する。用語「ＭＨＣポリペプチド」とは、クラスＩ ＭＨＣポリペプチド（例えば、β－２ミクログロブリン及びＭＨＣクラスＩ重鎖）を含むことを意味する。
一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩβ２Ｍ（β２Ｍ）ポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖（Ｈ鎖）（「ＭＨＣ－Ｈ」））である。他の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドである。一部の例では、β２Ｍ鎖とＭＨＣ－Ｈ鎖の両方がヒト由来であり、すなわち、ＭＨＣ－Ｈ鎖はＨＬＡ重鎖またはそのバリアントである。特に明記しない限り、本開示のＴＭＭＰは、ＭＨＣクラスＩ重鎖の膜固定ドメイン（膜貫通領域）、または結果として生じるＴＭＭＰを、それを発現する細胞（例えば、哺乳動物細胞などの真核細胞）に固定するのに十分なＭＨＣクラスＩ重鎖の一部を含まない。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、天然のＭＨＣクラスＩ重鎖に関連するシグナルペプチド、膜貫通ドメイン、または細胞内ドメイン（細胞質尾部）を含まない。したがって、例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、ＭＨＣクラスＩ重鎖のα１、α２、及びα３ドメインのみを含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、約２７０アミノ酸（ａａ）～約２９０ａａの長さを有する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖は、２７０ａａ、２７１ａａ、２７２ａａ、２７３ａａ、２７４ａａ、２７５ａａ、２７６ａａ、２７７ａａ、２７８ａａ、２７９ａａ、２８０ａａ、２８１ａａ、２８２ａａ、２８３ａａ、２８４ａａ、２８５ａａ、２８６ａａ、２８７ａａ、２８８ａａ、２８９ａａ、または２９０ａａの長さを有する。
一部の例では、ＴＭＭＰのＭＨＣポリペプチドはヒトＭＨＣポリペプチドであり、ヒトＭＨＣポリペプチドはまた、「ヒト白血球抗原」（「ＨＬＡ」）」ポリペプチドとも呼ばれる。一部の例では、ＴＭＭＰのＭＨＣポリペプチドは、クラスＩＨＬＡポリペプチド、例えば、β２－ミクログロブリンポリペプチド、または、クラスＩＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。クラスＩＨＬＡ重鎖ポリペプチドとしては、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｅ重鎖ポリペプチド、ＨＬＡ－Ｆ重鎖ポリペプチド、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖ポリペプチドが挙げられる。
ＭＨＣクラスＩ重鎖
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図７～１３に示すヒトＨＬＡ重鎖ポリペプチドのいずれかのアミノ酸配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０個の連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、２７０ａａ、２７１ａａ、２７２ａａ、２７３ａａ、２７４ａａ、２７５ａａ、２７６ａａ、２７７ａａ、２７８ａａ、２７９ａａ、２８０ａａ、２８１ａａ、２８２ａａ、２８３ａａ、２８４ａａ、２８５ａａ、２８６ａａ、２８７ａａ、２８８ａａ、２８９ａａ、または２９０ａａの長さを有する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図７～１３に示すアミノ酸配列のいずれか１つの、１～３０、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０個のアミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含む（重鎖コンセンサス配列において可変であると示されるそれらの位置に加えて）。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖は、膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを含まない。一例として、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図５Ａ、５Ｂ、及び５Ｃのいずれか１つに示すヒトＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドの、アミノ酸２５～３００（リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを欠いている）またはアミノ酸２５～３６５（リーダーを欠いている）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
図５Ａ、５Ｂ及び５Ｃは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ重鎖ポリペプチドのアミノ酸配列を提供する。シグナル配列であるアミノ酸１～２４を、太字で示し、下線を引いている。図５Ａのエントリー：３Ａ．１は、ＨＬＡ－Ａ重鎖（ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１：０１：０１またはＡ＊０１０１）（ＮＣＢＩ登録番号ＮＰ＿００１２２９６８７．１）であり、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３；エントリー３Ａ．２は、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２４由来であり、エントリー３Ａ．３は、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２５由来であり、エントリー３Ａ．４は、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６由来である。図５Ｂは、配列ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２：０１（ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２）ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＰ＿００５５０５．２（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＡＵＶ５０１１８．１も参照のこと）を提供する。図５Ｃは、配列ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＮＰ＿００１２２９９７１．１）（ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１：０１：０１またはＨＬＡ－Ｃｗ＊０７０１０１、ＨＬＡ－Ｃｗ＊０７、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＣＡＯ７８１９４．１を参照のこと）を提供する。
図６は、１１種の成熟ＭＨＣクラスＩ重鎖アミノ酸配列（それらのリーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）のアライメントを示している。アラインした配列は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ、マウスＨ２Ｋタンパク質配列、ＨＬＡ－Ａの３種のバリアント型（バリアント型１、バリアント型２Ｃ、及びバリアント型２ＣＰ）、ならびに、３種のヒトＨＬＡ－Ａバリアント型（ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、及びＨＬＡ－Ａ＊３３０３）である。アライメント内に示しているものは、ＭＨＣＨ鎖－β２Ｍ複合体を安定化させるジスルフィド結合を形成するために、システイン残基が導入され得る（例えば、置換によって）位置（成熟タンパク質の８４及び１３９）である。さらにアライメント内に示しているものは、β２Ｍと鎖間ジスルフィド結合を形成可能（例えば、ａａ１２において）なシステイン残基で置換され得る２３６位（成熟ポリペプチドの）である。それらの位置のそれぞれの上に矢印を示し、残基を太字にしている。アライメント内に示す７番目のＨＬＡ－Ａ配列（バリアント型２ｃ）は、８４位、１３９位及び２３６位においてＣ残基で置換されたバリアント型２の配列を示している。残基８４、１３９及び２３６の両側に隣接するボックスは、（ｉ）任意の天然アミノ酸、または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く任意の天然アミノ酸から独立して選択される１～５つのアミノ酸で置換され得、ａａｃ１（「アミノ酸クラスター１」）、ａａｃ２（「アミノ酸クラスター２」）、ａａｃ３（「アミノ酸クラスター３」）、ａａｃ４（「アミノ酸クラスター４」）、ａａｃ５（「アミノ酸クラスター５」）、及びａａｃ６（「アミノ酸クラスター６」）で示される、６セットの５残基の片側における５アミノ酸のグループを示している。
図６に関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＧＴＬＲＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８７）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＬがＩ、Ｖ、ＡまたはＦで置換されている）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８８）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＮがＱで置換されている、ＱがＮで置換されている、及び／または、ＥがＤで置換されている）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＭ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８９）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＴがＳで置換されている、ＡがＧで置換されている、ＤがＥで置換されている、及び／または、ＭがＬ、ＶまたはＩで置換されている）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＴＴＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９０）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＡがＧで置換されている、ＱがＮで置換されている、ＴがＳで置換されている、及び／または、ＫがＲまたはＱで置換されている）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９１）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＶがＩまたはＬで置換されている、ＥがＤで置換されている、ＴがＳで置換されている、及び／または、ＲがＫで置換されている）配列であってもよく、及び／または、ｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９２）、または、１つまたは２つのアミノ酸が欠失したまたはその他の天然アミノ酸で置換されている（例えば、ＤがＥで置換されている、ＴがＳで置換されている、または、ＦがＬ、ＷまたはＹで置換されている）配列であってもよい。
図７～９は、成熟ＨＬＡクラスＩ重鎖アミノ酸配列（リーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）のアライメントを示す。図７Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＡクラスＩ重鎖である：Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３３０３、及びＡ＊３４０１。図８Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＢクラスＩ重鎖である：Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、及びＢ＊５３０１。図９Ａのアラインされたアミノ酸配列は、以下の対立遺伝子のＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖である：Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊０８０１、及びＣ＊１５０２。アライメントには、ＨＬＡＨ鎖－β２Ｍ複合体を安定化するためのジスルフィド結合を形成するためにシステイン残基が（例えば、置換によって）導入され得る位置（成熟タンパク質の８４及び１３９）を示している。アライメントには、位置２３６（成熟ポリペプチドの）も示しており、これは、β２Ｍと鎖間ジスルフィド結合を形成することができるシステイン残基によって置換され得る（例えば、ａａ１２で）。残基８４、１３９、及び２３６に隣接するボックスは、ａａｃ１（「アミノ酸クラスター１」の場合）、ａａｃ２（「アミノ酸クラスター２」の場合）、ａａｃ３（「アミノ酸クラスター３」の場合）、ａａｃ４（「アミノ酸クラスター４」の場合）、ａａｃ５（「アミノ酸クラスター５」の場合）、及びａａｃ６（「アミノ酸クラスター６」の場合）で示される５残基の６つのセットのいずれかの側にある５つのアミノ酸群を示しており、これらは、（ｉ）天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換してもよい。
図７Ａ、８Ａ、及び９Ａは、それぞれ、成熟ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖のアミノ酸配列のアライメントを示す。配列は、成熟タンパク質の細胞外部分を示す（リーダー配列または膜貫通ドメインまたは細胞内ドメインを含まない）。図６に記載のように、ａａ残基８４、１３９、及び２３６の位置、ならびに（ｉ）任意の天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換され得るそれらの隣接残基（ａａｃ１～ａａｃ６）も示している。図７Ｂ、８Ｂ、及び９Ｂは、それぞれ、図７Ａ、８Ａ、及び９Ａに示すＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ配列のコンセンサスアミノ酸配列を示す。コンセンサス配列では、可変アミノ酸位置を、連番の「Ｘ」残基として示し、アミノ酸８４、１３９、及び２３６の位置に二重下線を引いている。
図７Ａに関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＧＴＬＲＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８７）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＬをＩ、Ｖ、ＡまたはＦに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８８）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＭ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８９）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＴをＳに置換、ＡをＧに置換、ＤをＥに置換、及び／またはＭをＬ、Ｖ、またはＩに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＴＴＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９０）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、ＱをＮに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＫをＲまたはＱに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９１）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９２）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、ＴをＳに置換、またはＦをＬ、Ｗ，もしくはＹに置換した）配列であってもよい。
図８Ａに関して、一部の例では、ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＲＮＬＲＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９３）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＴまたはＩに置換、及び／またはＬをＡに置換、及び／または第２のＲをＬに置換、及び／またはＧをＲに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８８）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９４）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、第１のＴをＳに置換、及び／またはＡをＧに置換、及び／またはＤをＥに置換、及び／または第２のＴをＳに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＩＴＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９５）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、及び／または第１のＱをＮに置換、及び／またはＩをＬまたはＶに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／または第２のＱをＮに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９１）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＲＴＦ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９６）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／またはＲをＫまたはＨに置換、及び／またはＦをＬ、Ｗ、またはＹに置換した）配列であってもよい。
図９Ａに関して、一部の例では：ｉ）ａａｃ１（アミノ酸クラスター１）は、アミノ酸配列ＲＮＬＲＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９３）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＫに置換、及び／またはＬをＡまたはＩに置換、及び／またはＲをＨに置換、及び／またはＧをＴまたはＳに置換した）配列であってもよく、ｉｉ）ａａｃ２（アミノ酸クラスター２）は、アミノ酸配列ＹＮＱＳＥ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８８）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＮをＱに置換、ＱをＮに置換、及び／またはＥをＤに置換した）配列であってもよく、ｉｉｉ）ａａｃ３（アミノ酸クラスター３）は、アミノ酸配列ＴＡＡＤＴ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９４）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、第１のＴをＳに置換、及び／またはＡをＧに置換、及び／またはＤをＥに置換、及び／または第２のＴをＳに置換した）配列であってもよく、ｉｖ）ａａｃ４（アミノ酸クラスター４）は、アミノ酸配列ＡＱＩＴＱ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９５）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＡをＧに置換、及び／または第１のＱをＮに置換、及び／またはＩをＬに置換、及び／または第２のＱをＮまたはＫに置換した）配列であってもよく、ｖ）ａａｃ５（アミノ酸クラスター５）は、アミノ酸配列ＶＥＴＲＰ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９１）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＶをＩまたはＬに置換、ＥをＤに置換、ＴをＳに置換、及び／またはＲをＫまたはＨに置換した）配列であってもよく、及び／またはｖｉ）ａａｃ６（アミノ酸クラスター６）は、アミノ酸配列ＧＤＧＴＦ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９２）またはその配列から１つもしくは２つのアミノ酸を欠失させるか、もしくは他の天然アミノ酸に置換した（例えば、ＤをＥに置換、及び／またはＴをＳに置換、及び／またはＦをＬ、Ｗ、またはＹに置換した）配列であってもよい。
ＨＬＡ－Ａ
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ａ重鎖ペプチド配列またはその一部として、限定されないが、対立遺伝子Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３３０３、及びＡ＊３４０１が挙げられ、これらを、図７Ａにおいて、リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図７Ａに示す）の１か所以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ａ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するＨＬＡ－Ａ配列もまた、使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、以下のＨＬＡ－Ａコンセンサスアミノ酸配列、
Figure 2022515331000001
（Ｘ１は、Ｆ、Ｙ、Ｓ、またはＴであり、Ｘ２は、ＫまたはＲであり、Ｘ３は、Ｑ、Ｇ、Ｅ、またはＲであり、Ｘ４は、ＮまたはＥであり、Ｘ５は、ＲまたはＧであり、Ｘ６は、ＮまたはＫであり、Ｘ７は、ＭまたはＶであり、Ｘ８は、ＨまたはＱであり、Ｘ９は、ＴまたはＩであり、Ｘ１０は、ＤまたはＨであり、Ｘ１１は、Ａ、Ｖ、またはＥであり、Ｘ１２は、ＮまたはＤであり、Ｘ１３は、ＧまたはＲであり、Ｘ１４は、ＴまたはＩであり、Ｘ１５は、ＬまたはＡであり、Ｘ１６は、ＲまたはＬであり、Ｘ１７は、ＧまたはＲであり、Ｘ１８は、ＡまたはＤであり、Ｘ１９は、Ｉ、Ｌ、またはＶであり、Ｘ２０は、Ｉ、Ｒ、またはＭであり、Ｘ２１は、ＦまたはＹであり、Ｘ２２は、ＳまたはＰであり、Ｘ２３は、ＷまたはＧであり、Ｘ２４は、Ｒ、Ｈ、またはＱであり、Ｘ２５は、ＤまたはＹであり、Ｘ２６は、ＮまたはＫであり、Ｘ２７は、ＴまたはＩであり、Ｘ２８は、ＫまたはＱであり、Ｘ２９は、ＲまたはＨであり、Ｘ３０は、ＡまたはＴであり、Ｘ３１は、ＡまたはＶであり、Ｘ３２は、ＨまたはＲであり、Ｘ３３は、Ｒ、Ｌ、Ｑ、またはＷであり、Ｘ３４は、ＶまたはＡであり、Ｘ３５は、ＤまたはＥであり、Ｘ３６は、ＲまたはＴであり、Ｘ３７は、ＤまたはＥであり、Ｘ３８は、ＷまたはＧであり、Ｘ３９は、ＰまたはＡであり、Ｘ４０は、ＰまたはＡであり、Ｘ４１は、ＶまたはＩであり、Ｘ４２は、ＳまたはＧであり、Ｘ４３は、ＡまたはＳであり、Ｘ４４は、ＱまたはＥであり、及びＸ４５は、ＰまたはＬである）を含むＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドを含む。
一例として、ＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000002
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を有する：
Figure 2022515331000003
。このＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、「ＨＬＡ－Ａ＊０２０１」または単に「ＨＬＡ－Ａ０２」とも呼ばれる。一部の例では、Ｃ末端Ｐｒｏは本開示のＴＭＭＰに含まれない。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ０２ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を有する：
Figure 2022515331000004
。
ＨＬＡ－Ａ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ａ置換及びＡ２３６Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000005
（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ０２（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチドである：
Figure 2022515331000006
。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに含めるのに適したＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ０２（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）ポリペプチドである：
Figure 2022515331000007
。
ＨＬＡ－Ａ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000008
（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ａ１１（ＨＬＡ－Ａ＊１１０１）
１つの非限定例として、ＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ１１重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000009
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。このようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。
ＨＬＡ－Ａ１１（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ａ１１対立遺伝子である。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ Ａ１１重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000010
（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ａ２４（ＨＬＡ－Ａ＊２４０２）
１つの非限定例として、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ２４重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000011
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。このようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ３３（ＨＬＡ－Ａ＊３３０３）
１つの非限定例として、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ａ３３重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000012
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。このようなＭＨＣクラスＩ重鎖は、アジア系の個人の集団を含むアジア人集団において顕著であり得る。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。一部の例では、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ｂ重鎖ペプチド配列またはその一部として、限定されないが、対立遺伝子：Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、及びＢ＊５３０１が挙げられ、これらを、図８Ａにおいて、リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図８Ａに示す）の１か所以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ｂ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｂポリペプチドもまた使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、以下のＨＬＡ－Ｂコンセンサスアミノ酸配列、
Figure 2022515331000013
（Ｘ１は、Ｈ、Ｙ、またはＤであり、Ｘ２は、ＡまたはＳであり、Ｘ３は、ＭまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｓ、またはＴであり、Ｘ５は、ＱまたはＬであり、Ｘ６は、ＡまたはＴであり、Ｘ７は、Ｅ、Ｍ、Ｋ、またはＴであり、Ｘ８は、ＡまたはＴであり、Ｘ９は、ＥまたはＮであり、Ｘ１０は、ＩまたはＫであり、Ｘ１１は、Ｙ、Ｆ、Ｓ、またはＣであり、Ｘ１２は、ＮまたはＱであり、Ｘ１３は、ＡまたはＴであり、Ｘ１４は、ＤまたはＹであり、Ｘ１５は、ＥまたはＶであり、Ｘ１６は、ＳまたはＮであり、Ｘ１７は、Ｔ、Ｎ、またはＩであり、Ｘ１８は、ＡまたはＬであり、Ｘ１９は、ＬまたはＲであり、Ｘ２０は、ＲまたはＧであり、Ｘ２１は、ＴまたはＩであり、Ｘ２２は、ＬまたはＩであり、Ｘ２３は、ＲまたはＳであり、Ｘ２４は、ＲまたはＳであり、Ｘ２５は、ＳまたはＴであり、Ｘ２６は、ＬまたはＷであり、Ｘ２７は、ＥまたはＶであり、Ｘ２８は、Ｒ、Ｄ、Ｌ、またはＷであり、Ｘ２９は、ＡまたはＴであり、Ｘ３０は、Ｌ、Ｅ、またはＴであり、Ｘ３１は、ＥまたはＤであり、Ｘ３２は、ＫまたはＴであり、Ｘ３３は、ＥまたはＱであり、Ｘ３４は、ＩまたはＶである）を含むＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドを含む。
一例として、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000014
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
ＨＬＡ－Ｂ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ｂポリペプチドである。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000015
（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｂ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｂ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000016
（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２
一例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図８ＡのＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０７）のアミノ酸配列、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドが、図６においてＨＬＡ－Ｂとラベル付けされた配列、または図８Ａにおいて「Ｂ＊０７０２」とラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位のうちの１つ以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位（Ｙ８４Ｃ）でのチロシンからシステインへの置換、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。場合によっては、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｂ＊０７０２重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ｃ
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドを含む。本開示のＴＭＭＰに組み込まれ得るＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドまたはその一部として、限定されないが、対立遺伝子：Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊０８０１、及びＣ＊１５０２が挙げられ、図９Ａにおけるリーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全て、または実質的に全てを含めずにアラインしている。これらの対立遺伝子のいずれも、８４位、１３９位及び／または２３６位（図９Ａに示される）の１つ以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステインへの置換（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ１３９Ｃ）、２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、ＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子の配列の全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｃポリペプチドもまた、使用してよい（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、以下のＨＬＡ－Ｃコンセンサスアミノ酸配列、
Figure 2022515331000017
（Ｘ１は、ＣまたはＧであり、Ｘ２は、ＲまたはＫであり、Ｘ３は、Ｆ、Ｙ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ４は、ＲまたはＷであり、Ｘ５は、ＨまたはＲであり、Ｘ６は、ＡまたはＳであり、Ｘ７は、ＱまたはＲであり、Ｘ８は、ＡまたはＥであり、Ｘ９は、ＮまたはＫであり、Ｘ１０は、ＴまたはＡであり、Ｘ１１は、ＳまたはＮであり、Ｘ１２は、ＮまたはＫであり、Ｘ１３は、ＡまたはＤであり、Ｘ１４は、ＧまたはＲであり、Ｘ１５は、ＴまたはＩであり、Ｘ１６は、ＬまたはＩであり、Ｘ１７は、ＷまたはＲであり、Ｘ１８は、Ｃ、Ｙ、Ｆ、またはＳであり、Ｘ１９は、ＬまたはＶであり、Ｘ２０は、ＹまたはＨであり、Ｘ２１は、ＤまたはＮであり、Ｘ２２は、Ｙ、Ｆ、Ｓ、またはＬであり、Ｘ２３は、ＬまたはＷであり、Ｘ２４は、Ｅ、Ａ、またはＴであり、Ｘ２５は、Ｒ、Ｌ、またはＷであり、Ｘ２６は、ＬまたはＴであり、Ｘ２７は、ＥまたはＫであり、Ｘ２８は、ＥまたはＫであり、Ｘ２９は、ＨまたはＰであり、Ｘ３０は、ＲまたはＶであり、Ｘ３１は、ＷまたはＲであり、Ｘ３２は、ＶまたはＭであり、Ｘ３３は、ＥまたはＱであり、Ｘ３４は、ＭまたはＶであり、Ｘ３５は、ＰまたはＱであり、Ｘ３６は、ＲまたはＳであり、Ｘ３７は、ＰまたはＧである）を含むＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドを含む。
一例として、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖アミノ酸配列、
Figure 2022515331000018
に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み得る。
ＨＬＡ－Ｃ（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）
１つの非限定例として、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ置換とＡ２３６Ｃ置換を含むＨＬＡ－Ｃポリペプチドである。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（Ｙ８４Ａ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000019
（アミノ酸８４はＡｌａであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－２３６は、Ｒ１２Ｃ置換を含むバリアント型β２ＭポリペプチドのＣｙｓ－１２と鎖間ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｃ（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）
一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ置換及びＡ１３９Ｃ置換を含む。例えば、一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のヒトＨＬＡ－Ｃ重鎖（Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ）アミノ酸配列、
Figure 2022515331000020
（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸１３９はＣｙｓである）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｃｙｓ－８４は、Ｃｙｓ－１３９と鎖内ジスルフィド結合を形成する。
ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１
一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、図９ＡのＨＬＡ－Ｃ＊０７０１（図６においてＨＬＡ－Ｃとラベル付けされている）のアミノ酸配列、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドが図９ＡにおけるＨＬＡ－Ｃ＊０７０１とラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位の１つ以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニンへの置換（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステインへの置換（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。一部の例では、Ｔ細胞ＭＭＰのＨＬＡ－Ｃ＊０７０１重鎖ポリペプチドまたはそのエピトープ複合体は、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ、及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
非古典的ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ ＭＨＣクラスＩ重鎖
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、非古典的ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。非古典的ＨＬＡ重鎖ポリペプチドまたはその一部のうち、本開示のＴＭＭＰに組み込まれ得るものとして、限定されないが、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のものが挙げられる。ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇ重鎖ポリペプチド（及びＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子）のアミノ酸配列は、ワールドワイドウェブｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＥＭＢＬ）の一部であるＥｕｒｏｐｅａｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ）及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）に見出され得る。
適切なＨＬＡ－Ｅ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｅ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０４、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０５、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０６、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０７、ＨＬＡ－Ｅ＊０１：０９、及びＨＬＡ－Ｅ＊０１：１０が挙げられるが、これらに限定されない。適切なＨＬＡ－Ｆ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｆ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０２、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０４、ＨＬＡ－Ｆ＊０１：０５、及びＨＬＡ－Ｆ＊０１：０６が挙げられるが、これらに限定されない。適切なＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子の非限定的な例として、ＨＬＡ－Ｇ＊０１０１（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０１：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０２、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０３（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０３：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０４（ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０４：０１：０１）、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０６、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０７、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０８、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：０９：ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１０、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１０、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１１、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１２、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１４、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１５、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１６、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１７、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１８：ＨＬＡ－Ｇ＊０１：１９、ＨＬＡ－Ｇ＊０１：２０、及びＨＬＡ－Ｇ＊０１：２２が挙げられるが、これらに限定されない。リーダー配列、膜貫通配列及び細胞質配列の全てまたは実質的に全てを含まないそれらのＨＬＡ Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ及びＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のコンセンサス配列を図１０に示し、図１１において、上記のＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ及びＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子のコンセンサス配列と共にアラインする。
図１は、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇのそれぞれについてのコンセンサス配列を示し、可変ａａ位置を、連番の「Ｘ」残基として示し、ａａｓ８４、１３９、及び２３６の位置に二重下線を引いている。
図１１は、図７～１１に示すＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及びＨＬＡ－Ｇのコンセンサスアミノ酸配列のアライメントを示す。各配列の可変残基を、連番を削除した「Ｘ」として記載する。図６に示すように、（ｉ）任意の天然アミノ酸または（ｉｉ）プロリンもしくはグリシンを除く任意の天然アミノ酸から独立して選択される１～５個のアミノ酸によって置換され得るそれらの隣接する５個のアミノ酸クラスターと共に示すａａｓ８４、１３９及び２３６の位置も示す。
上記のＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、及び／またはＨＬＡ－Ｇ対立遺伝子のいずれも、コンセンサス配列について図１１に示すように、８４位、１３９位、及び／または２３６位のうちの１つ以上で置換を含み得る。一部の例では、置換は以下から選択され得る：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）もしくはシステイン（Ｙ８４Ｃ）、またはＨＬＡ－Ｆの場合はＲ８４ＡもしくはＲ８４Ｃ置換、１３９位のアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、またはＨＬＡ－Ｆの場合はＶ１３９Ｃ、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。さらに、図１１に記載のコンセンサス配列のいずれかの全部または一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％）または１００％のアミノ酸配列同一性を有するＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ及び／またはＨＬＡ－Ｇ配列もまた、使用してよい（例えば、配列は、図中に記載の可変残基での変化に加えて、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０個のアミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。
マウスＨ２Ｋ
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、マウスＨ２Ｋのアミノ酸配列（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４５）（図６のマウスＨ２Ｋ）、またはその配列の全部もしくは一部（例えば、５０、７５、１００、１５０、２００、または２５０連続アミノ酸）に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む（例えば、それは、１～２５、１～５、５～１０、１０～１５、１５～２０、２０～２５、または２５～３０アミノ酸の挿入、欠失、及び／または置換を含み得る）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドが、図６においてマウスＨ２Ｋとラベル付けされた配列に対して１００％未満の同一性を有する場合、それは、８４位、１３９位及び／または２３６位のうちの１つ以上で、以下から選択される突然変異を含んでいてもよい：８４位でのチロシンからアラニン（Ｙ８４Ａ）、８４位でのチロシンからシステイン（Ｙ８４Ｃ）、１３９位でのアラニンからシステイン（Ａ１３９Ｃ）、及び２３６位でのアラニンからシステインへの置換（Ａ２３６Ｃ）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ａ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ１３９Ｃ置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰのマウスＨ２Ｋ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ、Ａ１３９Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
組み合わせ例
以下の表１は、本開示のＴＭＭＰに組み込むことができるＭＨＣクラスＩ重鎖配列修飾の様々な組み合わせを示す。
Figure 2022515331000021
Figure 2022515331000022
**配列同一性の範囲は、コンセンサス配列の可変残基をカウントしない図６～１１に列挙した配列の対応する部分と比較した、ＴＭＭＰに組み込むＭＨＣ－Ｈポリペプチド配列の配列同一性の許容範囲である。
β２ミクログロブリン
本開示のＴＭＭＰのβ２－ミクログロブリン（β２Ｍ）ポリペプチドは、ヒトβ２Ｍポリペプチド、非ヒト霊長類β２Ｍポリペプチド、マウスβ２Ｍポリペプチドなどであり得る。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図６に記載のβ２Ｍアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、図４に記載のβ２Ｍアミノ酸配列のアミノ酸２１～１１９に対して、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、好適なβ２Ｍポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000023
を含み、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000024
（｛Ｃ｝で示すシステイン残基は、α１へリックスとα２－１へリックスの間にジスルフィド結合を形成し、（Ｃ）残基は、１２位のβ２Ｍポリペプチドシステインとジスルフィド結合を形成する）を含む。上記の配列において、「ａａ１」は「アミノ酸クラスター１」であり、「ａａ２」は「アミノ酸クラスター２」であり、「ａａ３」は「アミノ酸クラスター３」であり、「ａａ４」は「アミノ酸クラスター４」であり、「ａａ５」は「アミノ酸クラスター５」であり、「ａａ６」は「アミノ酸クラスター６」であるが、例えば、図８を参照されたい。ａａ１、ａａ２、ａａ３、ａａ４、ａａ５、及びａａ６のそれぞれの存在は、１～５アミノ酸残基であり、１～５アミノ酸残基となるように独立して選択され、それらアミノ酸残基は、ｉ）任意の天然（例えば、コード）アミノ酸から独立して選択されるか、または、ｉｉ）プロリンはグリシンを除く任意の天然アミノ酸である。
一部の例では、ＭＨＣポリペプチドは、参照ＭＨＣポリペプチド（参照ＭＨＣポリペプチドは野生型ＭＨＣポリペプチドであってもよい）と比較して単一のアミノ酸置換を含み、その単一のアミノ酸置換は、アミノ酸をシステイン（Ｃｙｓ）残基で置換する。このようなシステイン残基は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドのＭＨＣポリペプチド内に存在する場合、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチド鎖内に存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成し得る。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド内の第１のＭＨＣポリペプチド、及び／または、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチド内の第２のＭＨＣポリペプチドは、アミノ酸をシステインで置換するアミノ酸置換を含み、第１のＭＨＣポリペプチド内の置換システインは、第２のＭＨＣポリペプチド内のシステインとジスルフィド結合を形成し、第１のＭＨＣポリペプチド内のシステインは、第２のＭＨＣポリペプチド内の置換システインとジスルフィド結合を形成する、または、第１のＭＨＣポリペプチド内の置換システインは、第２のＭＨＣポリペプチド内の置換システインとジスルフィド結合を形成する。
例えば、一部の例では、以下の、ＨＬＡβ２－ミクログロブリン内の残基とＨＬＡクラスＩ重鎖内の残基のペア、１）β２Ｍ残基１２、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３６、２）β２Ｍ残基１２、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３７、３）β２Ｍ残基８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３４、４）β２Ｍ残基１０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３５、５）β２Ｍ残基２４、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３６、６）β２Ｍ残基２８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３２、７）β２Ｍ残基９８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１９２、８）β２Ｍ残基９９、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２３４、９）β２Ｍ残基３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１２０、１０）β２Ｍ残基３１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基９６、１１）β２Ｍ残基５３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基３５、１２）β２Ｍ残基６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基９６、１３）β２Ｍ残基６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基１２２、１４）β２Ｍ残基６３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基２７、１５）β２Ｍ残基Ａｒｇ３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｙ１２０、１６）β２Ｍ残基Ｈｉｓ３１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ９６、１７）β２Ｍ残基Ａｓｐ５３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ３５、１８）β２Ｍ残基Ｔｒｐ６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ９６、１９）β２Ｍ残基Ｔｒｐ６０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｓｐ１２２、２０）β２Ｍ残基Ｔｙｒ６３、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｔｙｒ２７、２１）β２Ｍ残基Ｌｙｓ６、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｕ２３２、２２）β２Ｍ残基Ｇｌｎ８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ２３４、２３）β２Ｍ残基Ｔｙｒ１０、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｐｒｏ２３５、２４）β２Ｍ残基Ｓｅｒ１１、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｎ２４２、２５）β２Ｍ残基Ａｓｎ２４、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｌａ２３６、２６）β２Ｍ残基Ｓｅｒ２８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｇｌｕ２３２、２７）β２Ｍ残基Ａｓｐ９８、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ｈｉｓ１９２、及び、２８）β２Ｍ残基Ｍｅｔ９９、ＨＬＡクラスＩ重鎖残基Ａｒｇ２３４、の一方は、システインで置換される（残基番号は成熟ポリペプチドの番号である）。ＭＨＣ／ＨＬＡクラスＩ重鎖のアミノ酸ナンバリングは、シグナルペプチドを含まない成熟ＭＨＣ／ＨＬＡクラスＩ重鎖を基準としている。例えば、一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ａアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ｂアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、成熟ＨＬＡ－Ｃアミノ酸配列の残基２３６はＣｙｓで置換されている。一部の例では、図４に記載のアミノ酸配列の残基３２（成熟β２ＭのＡｒｇ－１２に対応する）はＣｙｓで置換されている。
一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000025
を含む。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000026
を含む。
一部の例では、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000027
を含む。
一部の例では、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000028
を含む。
一部の例では、ＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000029
を含む。
一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000030
を含み、本開示のＴＭＭＰのＨＬＡクラスＩ重鎖ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000031
（下線を付した太字のＣｙｓ残基は、ＴＭＭＰ内において互いにジスルフィド結合を形成する）を含む。
一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、アミノ酸配列、
Figure 2022515331000032
を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドは、ｉ）第１のポリペプチド鎖内のペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドを連結するリンカー内に存在するＣｙｓ残基及びｉｉ）第２のポリペプチド鎖内のＭＨＣクラスＩ重鎖内に存在するＣｙｓ残基を介して、互いにジスルフィド結合している。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖内に存在するＣｙｓ残基は、Ｙ８４Ｃ置換として導入されたＣｙｓである。一部の例では、第１のポリペプチド鎖内のペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドを連結するリンカーは、ＧＣＧＧＳ（Ｇ４Ｓ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１５）（ｎは１、２、３、４、５、６、７、８、または９である）である。例えば、一部の例では、リンカーはアミノ酸配列
Figure 2022515331000033
を含む。別の例では、リンカーはアミノ酸配列
Figure 2022515331000034
を含む。ジスルフィド結合した本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドの例については、図２Ａ～２Ｆにおいて概略的に示している。
多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、少なくとも２つのジスルフィド結合（すなわち、２つの鎖間ジスルフィド結合）によって互いに連結する。そのような多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰの例を、図１２Ａ及び１２Ｂならびに図１３Ａ～１３Ｃに概略的に示す。さらに、本開示のＴＭＭＰがＩｇＦｃポリペプチドを含む場合、ヘテロ二量体ＴＭＭＰを二量体化することができ、ジスルフィド結合が２つのヘテロ二量体ＴＭＭＰ内のＩｇＦｃポリペプチドを連結する。そのような配置を、図１２Ｃ及び１２Ｄに概略的に示し、図中、ジスルフィド結合を破線で表す。特に明記しない限り、本節における多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰＰに記載する少なくとも２つのジスルフィド結合は、二量体化ＴＭＭＰのＩｇＦｃポリペプチドを連結するジスルフィド結合を指すものではない。
上記のように、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、少なくとも２つのジスルフィド結合（すなわち、２つの鎖間ジスルフィド結合）によって互いに連結する。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、２つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、３つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを、４つの鎖間ジスルフィド結合によって互いに連結する。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド内のペプチドエピトープを、Ｃｙｓを含むリンカーによってβ２Ｍポリペプチドに連結する場合、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの少なくとも１つは、リンカー内のＣｙｓを第２のポリペプチド内のＭＨＣクラスＩ重鎖のＣｙｓに連結する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド内のペプチドエピトープをリンカーによってＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに連結する場合、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの少なくとも１つは、リンカー内のＣｙｓを第２のポリペプチドに存在するβ２Ｍポリペプチド内のＣｙｓに連結する。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて高い安定性を示す。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、高いインビトロ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、インビトロでの安定性が、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高い。
本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰが、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、高いインビトロ安定性を示すかどうかを、時間の経過と共に及び／または特定の条件下で及び／またはＴＭＭＰの精製中に、試料中に存在するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量を測定することによって判定することができる。
例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ＴＭＭＰを３７℃で一定期間（例えば、約１週間～約２週間、約２週間～約４週間、または約４週間～約２ヶ月間）保存した場合、少なくとも２つのジスルフィドのうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高いインビトロ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）を３７℃で２８日間、インビトロで保存した後に残存するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量は、対照ＴＭＭＰ（多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰに存在する少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含むＴＭＭＰ）を３７℃で２８日間、インビトロで保存した後に残存するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量に比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍多い。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰは、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、より高いインビボ安定性を示す。例えば、一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰは、少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰに比べて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高いインビボ安定性を示す。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に２つのジスルフィド結合が存在することは、ＴＭＭＰが少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰである場合に生成されるジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量に比べて、ジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの産生量を高める。例えば、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）を、哺乳動物細胞を液体細胞培養培地で培養するインビトロ細胞培養において、哺乳動物細胞内で産生することができる。ＴＭＭＰは、細胞培養培地に分泌され得る。細胞を溶解して細胞溶解物を生成することができ、ＴＭＭＰを細胞溶解物中に存在させることができる。ＴＭＭＰは、細胞培養培地及び／または細胞溶解物から精製することができる。例えば、ＴＭＭＰがＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む場合、細胞培養培地及び／または細胞溶解物を、固定化したプロテインＡと接触させることができる（例えば、細胞培養培地及び／または細胞溶解物を、プロテインＡをビーズに固定化させたプロテインＡカラムにアプライすることができる）。細胞培養液及び／または細胞溶解物に存在するＴＭＭＰは、固定化されたプロテインＡに結合する。カラムを洗浄して未結合の物質を除去した後、結合したＴＭＭＰを溶出し、プロテインＡ溶出液を生成する。プロテインＡ溶出液中に存在するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量は、ＴＭＭＰが多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在する少なくとも２つのジスルフィド結合のうちの１つのみを含む対照ＴＭＭＰである場合、プロテインＡ溶出液中に存在するジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰの量に比べて、少なくとも０．５％、少なくとも１％、少なくとも２％、少なくとも３％、少なくとも４％、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、または少なくとも１０％高い。一部の例では、非凝集ジスルフィド結合ヘテロ二量体ＴＭＭＰである溶出液中の総ＴＭＭＰタンパク質の割合は、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％である。プロテインＡ溶出液は、サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）及び／または１つ以上の他の追加の精製工程に供することができる。
一部の例では、本開示のＴ細胞調節多量体ポリペプチドは、以下を含む少なくとも１つのヘテロ二量体を含む：ａ）ｉ）ペプチドエピトープ（ペプチドは、少なくとも４アミノ酸の長さを有する（例えば、４アミノ酸～２５アミノ酸、例えば、ペプチドは、４、５、６、７、８、９、１０～１５、１５～２０、または２０～２５アミノ酸の長さを有する））、及びｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド（第１及び／または第２のポリペプチドが免疫調節ポリペプチドを含み、ヘテロ二量体が第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間に少なくとも２つのジスルフィド結合（例えば、２つのジスルフィド結合）を含む（例えば、ヘテロ二量体は、ｉ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを連結する第１のジスルフィド結合、及びｉｉ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドを連結する第２のジスルフィド結合を含む））。別の言い方をすれば、第１のポリペプチドは、第２のポリペプチドの第１のＣｙｓ残基とジスルフィド結合（第１のジスルフィド結合）を形成する第１のＣｙｓ残基を含み、第１のポリペプチドは、第２のポリペプチドの第２のＣｙｓ残基とジスルフィド結合（第２のジスルフィド結合）を形成する第２のＣｙｓ残基を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープ、ｉｉ）ペプチドリンカー、及びｉｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド（第１及び第２のポリペプチドの一方または両方が、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む）を含み、ＴＭＭＰは、ａ）ｉ）Ｃｙｓペプチドエピトープとβ２Ｍポリペプチドの間のリンカーに存在するＣｙｓと、ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに導入された第１のＣｙｓとの間の第１のジスルフィド結合、及びｂ）第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間の少なくとも第２のジスルフィド結合を含み、少なくとも第２のジスルフィド結合は、ｉ）第１のポリペプチド内の、リンカーに存在するＣｙｓに対してＣ末端のＣｙｓと、ｉｉ）第２のポリペプチド内の、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに導入された第１のＣｙｓに対してＣ末端のＣｙｓとの間に存在する。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１または第２のポリペプチドにおける第１及び第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、互いに約１０アミノ酸～約２００アミノ酸離れている。例えば、一部の例では、ＴＭＭＰの第１または第２のポリペプチドにおける第１及び第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、約１０アミノ酸（ａａ）～約１５ａａ、約１５ａａ～約２０ａａ、約２０ａａ～約２５ａａ、約２５ａａ～約３０ａａ、約３０ａａ～約４０ａａ、約４０ａａ～約５０ａａ、約５０ａａ～約６０ａａ、約６０ａａ～約７０ａａ、約７０ａａ～約８０ａａ、約８０ａａ～約９０ａａ、約９０ａａ～約１００ａａ、約１００ａａ～約１１０ａａ、約１１０ａａ～約１２０ａａ、約１２０ａａ～約１３０ａａ、約１３０ａａ～約１４０ａａ、約１４０ａａ～約１５０ａａ、約１５０ａａ～約１６０ａａ、約１６０ａａ～約１７０ａａ、約１７０ａａ～約１８０ａａ、約１８０ａａ～約１９０ａａ、または約１９０ａａ～約２００ａａである。
一例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドにおける第１及び第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、互いに約１０アミノ酸～約８０アミノ酸残基離れている。例えば、一部の例では、第１のポリペプチドにおける第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第１のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して、約１０アミノ酸～約８０アミノ酸（例えば、約１０アミノ酸（ａａ）～約１５ａａ、約１５ａａ～約２０ａａ、約２０ａａ～約２５ａａ、約２５ａａ～約３０ａａ、約３０ａａ～約４０ａａ、約４０ａａ～約５０ａａ、約５０ａａ～約６０ａａ、約６０ａａ～約７０ａａ、または約７０ａａ～約８０ａａ）Ｃ末端側である。一部の例では、第１のポリペプチドにおける第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第１のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａ Ｃ末端側である。一部の例では、第１のポリペプチドの第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第１のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して１５ａａ Ｃ末端側である。一部の例では、第１のポリペプチドの第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第１のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して２０ａａ Ｃ末端側である。一部の例では、第１のポリペプチドの第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第１のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して２５ａａ Ｃ末端側である。
別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドにおける第１及び第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、互いに約１４０アミノ酸～約１６０アミノ酸離れている。例えば、一部の例では、第２のポリペプチドの第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第２のポリペプチドの第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して約１４０アミノ酸～約１６０アミノ酸 Ｃ末端側である。一部の例では、第２のポリペプチドの第２のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基は、第２のポリペプチドにおける第１のジスルフィド結合形成Ｃｙｓ残基に対して、１４０アミノ酸（ａａ）、１４１ａａ、１４２ａａ、１４３ａａ、１４４ａａ、１４５ａａ、１４６ａａ、１４７ａａ、１４８ａａ、１４９ａａ、１５０ａａ、１５１ａａ、１５２ａａ、１５３ａａ、１５４ａａ、１５５ａａ、１５６ａａ、１５７ａａ、１５８ａａ、１５９ａａ、または１６０ａａ Ｃ末端側である。
本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）には、例えば、ａ）ｉ）ペプチドエピトープ（例えば、ペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する４アミノ酸～約２５アミノ酸のペプチド）と、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド（第１のポリペプチドは、ペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、ペプチドリンカーはＣｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドを含む）、ｂ）及び第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド（第２のＭＨＣポリペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１のアミノ酸付番に基づくＹ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換（図７Ａに示す）か、または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置に置換を含むクラスＩ重鎖であり、ＴＭＭＰは、ペプチドリンカーのＣｙｓ残基とクラスＩ重鎖のアミノ酸８４位または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置のＣｙｓ残基との間にジスルフィド結合を有し、ＴＭＭＰは、β２Ｍポリペプチドに導入されたＣｙｓ残基と、クラスＩ重鎖のアミノ酸２３６位または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置のＣｙｓとの間にジスルフィド結合を有する）、ならびにｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含ませることができ、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。例を、図１２Ａ及び図１２Ｂに概略的に示す。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１８）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１９）を含み、配列中、ｎは１～１０の整数である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３９８）を含み、配列中、ｎは１である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２０）を含み、配列中、ｎは２である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２１）を含み、配列中、ｎは３である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２２）を含み、配列中、ｎは４である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２３）を含み、配列中、ｎは５である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２４）を含み、配列中、ｎは６である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２５）を含み、配列中、ｎは７である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２６）を含み、配列中、ｎは８である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２７）を含み、配列中、ｎは９である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２８）を含み、配列中、ｎは１０である。
一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３２９）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３０）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３１）を含み、配列中、ｎは１である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３２）を含み、配列中、ｎは２である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３３）を含み、配列中、ｎは３である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３４）を含み、配列中、ｎは４である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３５）を含み、配列中、ｎは５である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３６）を含み、配列中、ｎは６である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３７）を含み、配列中、ｎは７である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３８）を含み、配列中、ｎは８である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３３９）を含み、配列中、ｎは９である。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＣＧＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４０）を含み、配列中、ｎは１０である。
以下は、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１のアミノ酸付番（図７Ａに示す）に基づくＹ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換、または別のクラスＩ重鎖対立遺伝子の対応する位置における置換を含むＭＨＣクラスＩ重鎖の非限定的な例である。
ＨＬＡ－Ａ
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ａ）ｉ）ペプチド（例えば、ペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する４アミノ酸～約２５アミノ酸のペプチド）と、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド（第１のポリペプチドは、ペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、ペプチドリンカーはＣｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドである）、及びｂ）以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000035
に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ａ ＭＨＣクラスＩ重鎖を含む第２のポリペプチド（アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１８）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１９）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドには、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000036
に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含ませることができ、配列中、アミノ酸１２はＣｙｓである。少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、標的Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を与えるか、または標的Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を与えるポリペプチドであり得る。例えば、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、サイトカイン（例えば、ＩＬ２ポリペプチド、ＩＬ７ポリペプチド、ＩＬ１２ポリペプチド、ＩＬ１５ポリペプチド、ＩＬ１７ポリペプチド、ＩＬ２１ポリペプチド、ＩＬ２７ポリペプチド、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＴＧＦβポリペプチドなどであり、全てのファミリーメンバー、例えば、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｅが含まれる）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド（ＣＤ８０及びＣＤ８６はそれぞれＢ７－１及びＢ７－２としても知られる）、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）ポリペプチド、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４０ポリペプチド、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ＦａｓＬポリペプチド、ＰＤ－Ｌ２ポリペプチド、ＰＤ－１Ｈ（ＶＩＳＴＡ）ポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌ（ＣＤ２７５）ポリペプチド、ＧＩＴＲＬポリペプチド、ＨＶＥＭポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ガレクチン－９ポリペプチド、ＣＤ８３ポリペプチド、ＣＤ３０Ｌポリペプチド、ＨＬＡ－Ｇポリペプチド、ＭＩＣＡポリペプチド、ＭＩＣＢポリペプチド、ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）ポリペプチド、リンホトキシンβ受容体ポリペプチド、３／ＴＲ６ポリペプチド、ＩＬＴ３ポリペプチド、ＩＬＴ４ポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、またはＣＸ３ＣＬ１ポリペプチドであり得る。これらの免疫調節ポリペプチドは、野生型ポリペプチドまたは野生型ポリペプチドのバリアント型であり得る。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、活性化（「刺激性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を生成し得る。活性化免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ７０、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＣＤ４０、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４）、ＩＬ２、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１５、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２７、ＩＬ２３、ＧＩＴＲＬ、ＴＧＦβ、及びリンホトキシンβ受容体が挙げられる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、阻害（「抑制性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を生成し得る。阻害免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＰＤ－１Ｈ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＴＧＦβ、ＦａｓＬ、ＨＶＥＭ、ガレクチン－９、ＩＬＴ３、及びＩＬＴ４が挙げられる。ＴＧＦβポリペプチドは、状況に応じて、活性化／刺激効果または抑制／阻害効果のいずれかを生成し得る。一部の例では、本明細書の他の場所に記載のように、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、親和性が低下したバリアント型である。一部の例では、第１または第２のポリペプチドは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ＨＬＡ－ＡクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、図７Ａに示すＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、またはＨＬＡ－Ａ＊３４０１のアミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ａ＊０１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000037
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000038
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊０２０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊０２０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000039
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊１１０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000040
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊２３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊２３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000041
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊２４０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊２４０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000042
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊２４０７（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊２４０７（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000043
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊３３０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊３３０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000044
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ａ＊３４０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ａ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ａ＊３４０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000045
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ａ）ｉ）ペプチド（例えば、ペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する４アミノ酸～約２５アミノ酸のペプチド）と、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド（第１のポリペプチドは、ペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、ペプチドリンカーはＣｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドである）、及びｂ）以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000046
に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｂ ＭＨＣクラスＩ重鎖を含む第２のポリペプチド（アミノ酸８４がＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１８）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４２）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドには、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000047
に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含ませることができ、アミノ酸１２はＣｙｓである。少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、標的Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を与えるか、または標的Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を与えるポリペプチドであり得る。例えば、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、サイトカイン（例えば、ＩＬ２ポリペプチド、ＩＬ７ポリペプチド、ＩＬ１２ポリペプチド、ＩＬ１５ポリペプチド、ＩＬ１７ポリペプチド、ＩＬ２１ポリペプチド、ＩＬ２７ポリペプチド、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＴＧＦβポリペプチドなどであり、全てのファミリーメンバー、例えば、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｅが含まれる）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド（ＣＤ８０及びＣＤ８６は、それぞれＢ７－１及びＢ７－２としても知られる）、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）ポリペプチド、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４０ポリペプチド、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ＦａｓＬポリペプチド、ＰＤ－Ｌ２ポリペプチド、ＰＤ－１Ｈ（ＶＩＳＴＡ）ポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌ（ＣＤ２７５）ポリペプチド、ＧＩＴＲＬポリペプチド、ＨＶＥＭポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ガレクチン－９ポリペプチド、ＣＤ８３ポリペプチド、ＣＤ３０Ｌポリペプチド、ＨＬＡ－Ｇポリペプチド、ＭＩＣＡポリペプチド、ＭＩＣＢポリペプチド、ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）ポリペプチド、リンホトキシンβ受容体ポリペプチド、３／ＴＲ６ポリペプチド、ＩＬＴ３ポリペプチド、ＩＬＴ４ポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、またはＣＸ３ＣＬ１ポリペプチドであり得る。これらの免疫調節ポリペプチドは、野生型ポリペプチドまたは野生型ポリペプチドのバリアント型であり得る。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、活性化（「刺激性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を生成し得る。活性化免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ７０、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＣＤ４０、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４）、ＩＬ２、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１５、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２７、ＩＬ２３、ＧＩＴＲＬ、ＴＧＦβ、及びリンホトキシンβ受容体が挙げられる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、阻害（「抑制性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を生成し得る。阻害免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＰＤ－１Ｈ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＴＧＦβ、ＦａｓＬ、ＨＶＥＭ、ガレクチン－９、ＩＬＴ３、及びＩＬＴ４が挙げられる。ＴＧＦβポリペプチドは、状況に応じて、活性化／刺激効果または抑制／阻害効果のいずれかを生成し得る。
一部の例では、本明細書の他の場所に記載のように、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、親和性が低下したバリアント型である。一部の例では、第１または第２のポリペプチドは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰは、ＨＬＡ－ＢクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、図８Ａに示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、またはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドはＹ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊０７０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000048
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊０８０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000049
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊１５０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000050
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊３８０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000051
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊４００１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３４６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊４００１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000052
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊４６０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000053
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｂ＊５３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｂ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｂ＊５３０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000054
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ａ）ｉ）ペプチド（例えば、ペプチドがＭＨＣポリペプチドと複合体を形成する場合、ＴＣＲが結合する４アミノ酸～約２５アミノ酸のペプチド）と、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド（第１のポリペプチドは、ペプチドと第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、ペプチドリンカーはＣｙｓ残基を含み、第１のＭＨＣポリペプチドは、Ｃｙｓ残基を導入するアミノ酸置換を含むβ２Ｍポリペプチドである）、及びｂ）以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000055
に対して、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＨＬＡ－Ｃ ＭＨＣクラスＩ重鎖を含む第２のポリペプチド（アミノ酸８４がＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである）、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み、第１及び／または第２のポリペプチドは、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１８）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４２）を含み、配列中、ｎは、１～１０の整数である。一部の例では、β２Ｍポリペプチドは、Ｒ１２Ｃ置換を含む。例えば、β２Ｍポリペプチドには、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000056
に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含ませることができ、アミノ酸１２はＣｙｓである。少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、標的Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を与えるか、または標的Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を与えるポリペプチドであり得る。例えば、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、サイトカイン（例えば、ＩＬ２ポリペプチド、ＩＬ７ポリペプチド、ＩＬ１２ポリペプチド、ＩＬ１５ポリペプチド、ＩＬ１７ポリペプチド、ＩＬ２１ポリペプチド、ＩＬ２７ポリペプチド、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＴＧＦβポリペプチドなどであり、全てのファミリーメンバー、例えば、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｅが含まれる）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド（ＣＤ８０及びＣＤ８６は、それぞれＢ７－１及びＢ７－２としても知られる）、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）ポリペプチド、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４０ポリペプチド、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ＦａｓＬポリペプチド、ＰＤ－Ｌ２ポリペプチド、ＰＤ－１Ｈ（ＶＩＳＴＡ）ポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌ（ＣＤ２７５）ポリペプチド、ＧＩＴＲＬポリペプチド、ＨＶＥＭポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ガレクチン－９ポリペプチド、ＣＤ８３ポリペプチド、ＣＤ３０Ｌポリペプチド、ＨＬＡ－Ｇポリペプチド、ＭＩＣＡポリペプチド、ＭＩＣＢポリペプチド、ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）ポリペプチド、リンホトキシンβ受容体ポリペプチド、３／ＴＲ６ポリペプチド、ＩＬＴ３ポリペプチド、ＩＬＴ４ポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、またはＣＸ３ＣＬ１ポリペプチドであり得る。これらの免疫調節ポリペプチドは、野生型ポリペプチドまたは野生型ポリペプチドのバリアント型であり得る。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、活性化（「刺激性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して活性化／刺激効果を生成し得る。活性化免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ７０、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＣＤ４０、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４）、ＩＬ２、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１５、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２７、ＩＬ２３、ＧＩＴＲＬ、ＴＧＦβ、及びリンホトキシンβ受容体が挙げられる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、阻害（「抑制性」）免疫調節ポリペプチドであり、例えば、免疫調節ポリペプチドは、Ｔ細胞に対して抑制／阻害効果を生成し得る。阻害免疫調節ポリペプチドの例として、例えば、ＰＤ－１Ｈ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＴＧＦβ、ＦａｓＬ、ＨＶＥＭ、ガレクチン－９、ＩＬＴ３、及びＩＬＴ４が挙げられる。ＴＧＦβポリペプチドは、状況に応じて、活性化／刺激効果または抑制／阻害効果のいずれかを生成し得る。一部の例では、本明細書の他の場所に記載のように、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、親和性が低下したバリアント型である。一部の例では、第１または第２のポリペプチドは、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）は、ＨＬＡ－ＣクラスＩ重鎖ポリペプチドを含む。一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、図９Ａに示すＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、またはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２アミノ酸配列に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、ＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、Ｙ８４Ｃ及びＡ２３６Ｃ置換を含む。
ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000057
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000058
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000059
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000060
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000061
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000062
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000063
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊０８：０１（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000064
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
ＨＬＡ－Ｃ＊１５０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）
一部の例では、本開示の多重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ（例えば、二重ジスルフィド結合ＴＭＭＰ）に存在するＨＬＡ－Ｃ重鎖ポリペプチドは、以下のＨＬＡ－Ｃ＊１５：０２（Ｙ８４Ｃ、Ａ２３６Ｃ）アミノ酸配列：
Figure 2022515331000065
に対して、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、アミノ酸８４はＣｙｓであり、アミノ酸２３６はＣｙｓである。
スキャフォールドポリペプチド
ＴＭＭＰには、Ｆｃポリペプチドを含ませることができ、または別の好適なスキャフォールドポリペプチドを含ませることができる。
好適なスキャフォールドポリペプチドとしては、抗体ベーススキャフォールドポリペプチド及び非抗体ベーススキャフォールドが挙げられる。非抗体ベーススキャフォールドとしては、例えば、アルブミン、ＸＴＥＮ（伸長組換え）ポリペプチド、トランスフェリン、Ｆｃ受容体ポリペプチド、エラスチン様ポリペプチド（例えば、Ｈａｓｓｏｕｎｅｈ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．５０２：２１５を参照のこと。例えば、（Ｖａｌ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ－Ｘ－Ｇｌｙ、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５９）（式中、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸）のペンタペプチド繰り返し単位を含むポリペプチド）、アルブミン結合ポリペプチド、シルク様ポリペプチド（例えば、Ｖａｌｌｕｚｚｉ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｐｈｉｌｏｓ Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｌｏｎｄ Ｂ Ｂｉｏｌ Ｓｃｉ．３５７：１６５を参照のこと）、シルク－エラスチン様ポリペプチド（ＳＥＬＰ、例えば、Ｍｅｇｅｅｄ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．５４：１０７５を参照のこと）などが挙げられる。好適なＸＴＥＮポリペプチドとしては、例えば、ＷＯ２００９／０２３２７０、ＷＯ２０１０／０９１１２２、ＷＯ２００７／１０３５１５、ＵＳ２０１０／０１８９６８２、及びＵＳ２００９／００９２５８２に開示されているＸＴＥＮポリペプチドが挙げられるが、Ｓｃｈｅｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２７：１１８６もまた参照されたい。好適なアルブミンポリペプチドとしては、例えば、ヒト血清アルブミンが挙げられる。
好適なスキャフォールドポリペプチドは、一部の例では、半減期延長ポリペプチドである。それゆえ、一部の例では、好適なスキャフォールドポリペプチドは、スキャフォールドポリペプチドを欠く対照ＴＭＭＰと比較して、ＴＭＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を延長する。例えば、一部の例では、スキャフォールドポリペプチドは、スキャフォールドポリペプチドを欠く対照ＴＭＭＰと比較して、ＴＭＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約５０％、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、または、１００倍超延長する。１つの例として、一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、Ｆｃポリペプチドを欠く対照ＴＭＭＰと比較して、ＴＭＭＰのインビボ半減期（例えば、血清中半減期）を、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約５０％、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、または、１００倍超延長する。
Ｆｃポリペプチド
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１及び／または第２のポリペプチド鎖はＦｃポリペプチドを含む。本開示のＴＭＭＰのＦｃポリペプチドは、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ、ヒトＩｇＧ４ Ｆｃなどであってもよい。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａ～図３Ｇに記載のＦｃ領域のアミノ酸配列に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃ領域は、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃ領域は、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、Ｎ７７の置換を含み、例えば、ＦｃポリペプチドはＮ７７Ａ置換を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ２ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ２ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸９９～３２５に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ３ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ａに記載のヒトＩｇＧ３ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１９～２４６に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｂに記載のヒトＩｇＭ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｂに記載のヒトＩｇＭ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１～２７６に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに記載のヒトＩｇＡ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、例えば、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに記載のヒトＩｇＡ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１～２３４に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または、１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに示すヒトＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドに対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、Ｆｃポリペプチドは、図３Ｃに示すヒトＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドのアミノ酸１００～３２７に対して、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
一部の例では、ＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドは、以下のアミノ酸配列：
Figure 2022515331000066
を含む。
一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、アスパラギン以外のアミノ酸でのＮ２９７（図３Ａに示すアミノ酸配列のＮ７７）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｃに記載のアミノ酸配列（Ｎ２９７Ａ置換（図３Ａに示すアミノ酸配列のＮ７７）を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、ロイシン以外のアミノ酸でのＬ２３４（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、ロイシン以外のアミノ酸でのＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１５）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。
一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｅに記載のアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｆに記載のアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｇに記載のアミノ酸配列（図３Ｇに示すアミノ酸配列の１４位及び１５位に対応するＬ２３４Ａ置換とＬ２３５Ａ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、プロリン以外のアミノ酸でのＰ３３１（図３Ａに示すアミノ酸配列のＰ１１１）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含み、一部の例では、置換はＰ３３１Ｓ置換である。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、ロイシン以外のアミノ酸でのＬ２３４とＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、ロイシン以外のアミノ酸でのＬ２３４とＬ２３５（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５）の置換、及び、プロリン以外のアミノ酸でのＰ３３１（図３Ａに示すアミノ酸配列のＰ１１１）の置換を除く、図３Ａに記載のアミノ酸配列（ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｅに記載のアミノ酸配列（図３Ｅに示すアミノ酸配列のアミノ酸１４位、１５位、及び１１１位に対応するＬ２３４Ｆ置換、Ｌ２３５Ｅ置換とＰ３３１Ｓ置換を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰ内に存在するＦｃポリペプチドは、図３Ｇに示すように、Ｌ２３４Ａ置換とＬ２３５Ａ置換（図３Ａに示すアミノ酸配列のＬ１４及びＬ１５のＡｌａへの置換）を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。
リンカー
本開示のＴＭＭＰは１つ以上のリンカーを含んでいてもよく、１つ以上のリンカーは、ｉ）ＭＨＣクラスＩポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチドの間（このようなリンカーは本明細書では「Ｌ１」と呼ぶ）、ｉｉ）免疫調節ポリペプチドとＭＨＣクラスＩポリペプチドの間（このようなリンカーは本明細書では「Ｌ２」と呼ぶ）、ｉｉｉ）第１の免疫調節ポリペプチドと第２の免疫調節ポリペプチドの間（このようなリンカーは本明細書では「Ｌ３」と呼ぶ）、ｉｖ）ペプチド抗原（「エピトープ」）とＭＨＣクラスＩポリペプチドの間、ｖ）ＭＨＣクラスＩポリペプチドと二量体化ポリペプチド（例えば、二量体化ペアの第１または第２のメンバー）の間、及び、ｖｉ）二量体化ポリペプチド（例えば、二量体化ペアの第１または第２のメンバー）とＩｇＦｃポリペプチドの間、のうちの１つ以上にある。
好適なリンカー（「スペーサー」とも呼ばれる）は、容易に選択することができ、多数の好適な長さ、例えば、４アミノ酸～１０アミノ酸、５アミノ酸～９アミノ酸、６アミノ酸～８アミノ酸、または、７アミノ酸～８アミノ酸を含む、１アミノ酸～２５アミノ酸、３アミノ酸～２０アミノ酸、２アミノ酸～１５アミノ酸、３アミノ酸～１２アミノ酸などのいずれかであってもよい。好適なリンカーは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５アミノ酸長であってもよい。一部の例では、リンカーは、２５アミノ酸～５０アミノ酸の長さ、例えば、２５～３０、３０～３５、３５～４０、４０～４５、または、４５～５０アミノ酸長を有する。
例示的なリンカーとしては、グリシンポリマー（Ｇ）ｎ、グリシン－セリンポリマー（例えば、（ＧＳ）ｎ、（ＧＳＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６６）、及び（ＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３６７）を含み、ｎは、少なくとも１の整数である）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、及び、当該技術分野において周知のその他フレキシブルリンカーが挙げられる。グリシンポリマー及びグリシン－セリンポリマーを使用してもよく、ＧｌｙとＳｅｒの両方は比較的自由であるため、構成要素間の中間テザーとして機能することができる。グリシンポリマーを使用してもよく、グリシンは、アラニンよりもさらに相当φ－ψ空間に接近し、より長い側鎖を有する残基と比べはるかに制限を受けない（Ｓｃｈｅｒａｇａ，Ｒｅｖ．Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍ．１１１７３－１４２（１９９２）を参照されたい）。例示的なリンカーは、
Figure 2022515331000067
などを含むがこれらに限定されないアミノ酸配列を含んでいてもよい。例示的なリンカーとしては、例えば、Ｇｌｙ（Ｓｅｒ４）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７４）（ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０である）を挙げてもよい。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＳＳＳＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７５）（ｎは４である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＳＳＳＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７６）（ｎは５である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７７）（ｎは１である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７８）（ｎは２である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３７９）（ｎは３である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８０）（ｎは４である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８１）（ｎは５である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８２）（ｎは６である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８３）（ｎは７である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８４）（ｎは８である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８５）（ｎは９である）を含む。一部の例では、リンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８６）（ｎは１０である）を含む。一部の例では、リンカーはアミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３８７）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド内に存在するリンカーポリペプチドは、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチド内に存在するシステイン残基とジスルフィド結合を形成し得るシステイン残基を含む。一部の例では、例えば、好適なリンカーは、アミノ酸配列
Figure 2022515331000068
を含む。別の例では、好適なリンカーは、アミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（Ｇ４Ｓ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１５）（ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、または９である）を含んでいてもよい。例えば、一部の例では、リンカーはアミノ酸配列
Figure 2022515331000069
を含む。別の例では、リンカーはアミノ酸配列
Figure 2022515331000070
を含む。
エピトープ
本開示のＴＭＭＰは、様々なペプチドエピトープのいずれかを含む。ＴＭＭＰは、ＭＨＣ／ペプチド複合体（例えば、ＨＬＡ／ペプチド複合体）内にある場合、Ｔ細胞に対するエピトープを提示するペプチドを含む。本開示のＴＭＭＰに存在し、ＭＨＣ／ペプチド複合体（例えば、ＨＬＡ／ペプチド複合体）内にある場合、Ｔ細胞に対するエピトープを提示するペプチドは、本明細書中では「ペプチドエピトープ」または単に「エピトープ」と呼ばれる。
本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、約４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さを有し得、例えば、エピトープは、４アミノ酸（ａａ）～１０ａａ、１０ａａ～１５ａａ、１５ａａ～２０ａａ、または、２０ａａ～２５ａａの長さを有し得る。例えば、本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７、ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、２０ａａ、２１ａａ、２２ａａ、２３ａａ、２４ａａ、または２５ａａの長さを有し得る。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するエピトープは、５アミノ酸～１０アミノ酸、例えば、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、または１０ａａの長さを有する。
本開示のＴＭＭＰに存在するエピトープは、Ｔ細胞によって特異的に結合されるペプチドであり、すなわち、このエピトープには、エピトープ特異的Ｔ細胞が特異的に結合する。エピトープ特異的Ｔ細胞は、参照アミノ酸配列を有するエピトープに結合するが、参照アミノ酸配列とは異なるエピトープには実質的に結合しない。例えば、エピトープ特異的Ｔ細胞は、参照アミノ酸配列を有するエピトープに結合し、参照アミノ酸配列とは異なるエピトープに対しては、結合する場合でも、１０－６Ｍ未満、１０－５Ｍ未満、または１０－４Ｍ未満の親和性で結合する。エピトープ特異的Ｔ細胞は、特異的なエピトープに対しては、少なくとも１０－７Ｍ、少なくとも１０－８Ｍ、少なくとも１０－９Ｍ、または少なくとも１０－１０Ｍの親和性で結合することができる。
適切なエピトープには、がん関連抗原に存在するエピトープが含まれるが、これらに限定されない。がん関連抗原は当技術分野で公知であり；例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１５：５３２３を参照されたい。がん関連抗原として、α－葉酸受容体；炭酸脱水酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）；ＣＤ１９；ＣＤ２０；ＣＤ２２；ＣＤ３０；ＣＤ３３；ＣＤ４４ｖ７／８；がん胎児性抗原（ＣＥＡ）；上皮糖タンパク質－２（ＥＧＰ－２）；上皮糖タンパク質－４０（ＥＧＰ－４０）；葉酸結合タンパク質（ＦＢＰ）；胎児アセチルコリン受容体；ガングリオシド抗原ＧＤ２；Ｈｅｒ２／ｎｅｕ；ＩＬ－１３Ｒ－ａ２；κ軽鎖；ＬｅＹ；Ｌ１細胞接着分子；メラノーマ関連抗原（ＭＡＧＥ）；ＭＡＧＥ－Ａ１；メソテリン；ＭＵＣ１；ＮＫＧ２Ｄリガンド；がん胎児性抗原（ｈ５Ｔ４）；前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）；前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）；腫瘍関連糖タンパク質－７２（ＴＡＧ－７２）；血管内皮成長因子受容体－２（ＶＥＧＦ－Ｒ２）（例えば、Ｖｉｇｎｅｒｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １３：１５；及びＶｉｇｎｅｒｏｎ（２０１５）ＢｉｏＭｅｄ Ｒｅｓ．Ｉｎｔ’ｌ Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ９４８５０１を参照されたい）；ならびに上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）ｖＩＩＩポリペプチド（例えば、Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：２９６５；及びＭｉａｏ ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＰＬｏＳＯｎｅ ９：ｅ９４２８１を参照されたい）が挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの場合では、適切なペプチドエピトープは、約４アミノ酸～約２０アミノ酸（例えば、４アミノ酸（ａａ）、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、１０ａａ、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、または２０ａａ））のペプチド断片である。ＭＵＣ１ポリペプチド、ＬＭＰ２ポリペプチド、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）ｖＩＩＩポリペプチド、ＨＥＲ－２／ｎｅｕポリペプチド、メラノーマ抗原ファミリーＡ，３（ＭＡＧＥ Ａ３）ポリペプチド、ｐ５３ポリペプチド、変異型ｐ５３ポリペプチド、ＮＹ－ＥＳＯ－１ポリペプチド、葉酸ヒドロラーゼ（前立腺特異的膜抗原；ＰＳＭＡ）ポリペプチド、がん胚性抗原（ＣＥＡ）ポリペプチド、Ｔ細胞が認識するメラノーマ抗原（ｍｅｌａｎＡ／ＭＡＲＴ１）ポリペプチド、Ｒａｓポリペプチド、ｇｐ１００ポリペプチド、プロテイナーゼ３（ＰＲ１）ポリペプチド、ｂｃｒ－ａｂｌポリペプチド、チロシナーゼポリペプチド、サバイビンポリペプチド、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）ポリペプチド、ｈＴＥＲＴポリペプチド、肉腫転座切断点ポリペプチド、滑膜肉腫Ｘ（ＳＳＸ）切断点ポリペプチド、ＥｐｈＡ２ポリペプチド、酸性ホスファターゼ、前立腺（ＰＡＰ）ポリペプチド、メラノーマアポトーシス阻害（ＭＬ－ＩＡＰ）ポリペプチド、上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）ポリペプチド、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２ ＥＴＳ融合）ポリペプチド、ＮＡ１７ポリペプチド、ペアボックス－３（ＰＡＸ３）ポリペプチド、未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）ポリペプチド、アンドロゲン受容体ポリペプチド、サイクリンＢ１ポリペプチド、Ｎ－ｍｙｃがん原遺伝子（ＭＹＣＮ）ポリペプチド、Ｒａｓホモログ遺伝子ファミリーメンバーＣ（ＲｈｏＣ）ポリペプチド、チロシナーゼ関連タンパク質－２（ＴＲＰ－２）ポリペプチド、メソセリンポリペプチド、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）ポリペプチド、メラノーマ関連抗原－１（ＭＡＧＥ Ａ１）ポリペプチド、チトクロームＰ４５０１Ｂ１（ＣＹＰ１Ｂ１）ポリペプチド、胎盤特異的タンパク質１（ＰＬＡＣ１）ポリペプチド、ＢＯＲＩＳポリペプチド（ＣＣＣＴＣ結合因子またはＣＴＣＦとしても知られる）、ＥＴＶ６－ＡＭＬポリペプチド、乳癌抗原ＮＹ－ＢＲ－１ポリペプチド（アンキリンリピートドメイン含有タンパク質３０Ａとも呼ばれる）、Ｇタンパク質シグナル伝達調節（ＲＧＳ５）ポリペプチド、Ｔ細胞が認識する扁平上皮癌抗原（ＳＡＲＴ３）ポリペプチド、炭酸脱水酵素ＩＸポリペプチド、ペアボックス５（ＰＡＸ５）ポリペプチド、ＯＹ－ＴＥＳ１（精巣抗原；アクロシン結合タンパク質としても知られる）ポリペプチド、精子タンパク質１７ポリペプチド、リンパ球細胞特異的タンパク質－チロシンキナーゼ（ＬＣＫ）ポリペプチド、高分子量メラノーマ関連抗原（ＨＭＷ－ＭＡＡ）、Ａ－キナーゼアンカータンパク質－４（ＡＫＡＰ－４）、滑膜肉腫Ｘ切断点２（ＳＳＸ２）ポリペプチド、Ｘ抗原ファミリーメンバー１（ＸＡＧＥ１）ポリペプチド、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７Ｈ３；ＣＤ２７６としても知られる）ポリペプチド、レグマインポリペプチド（ＬＧＭＮ１；アスパラギニルエンドペプチダーゼとしても知られる）、Ｉｇ及びＥＧＦ相同性ドメインを有するチロシンキナーゼ－２（Ｔｉｅ－２；アンジオポイエチン－１受容体としても知られる）ポリペプチド、Ｐ抗原ファミリーメンバー４（ＰＡＧＥ４）ポリペプチド、血管内皮成長因子受容体２（ＶＥＧＦ２）ポリペプチド、ＭＡＤ－ＣＴ－１ポリペプチド、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）ポリペプチド、血小板由来成長因子受容体β（ＰＤＧＦβ）ポリペプチド、ＭＡＤ－ＣＴ－２ポリペプチド、またはＦｏｓ関連抗原－１（ＦＯＳＬ）ポリペプチド。一部の例では、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原が特異的に除外される。一部の例では、α－フェトプロテイン（ＡＦＰ）抗原が特異的に除外される。一部の例では、ウィルムス腫瘍－１（ＷＴ１）抗原が特異的に除外される。
がん関連抗原のアミノ酸配列は当技術分野で公知であり；例えば、ＭＵＣ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＡ５６７３４）；ＬＭＰ２（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＡ４７０２４）；ＥＧＦＲｖＩＩＩ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１３３３８７０）；ＨＥＲ－２／ｎｅｕ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＩ６７１４７）；ＭＡＧＥ－Ａ３（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ１１７４４）；ｐ５３（ＧｅｎＢａｎｋ ＢＡＣ１６７９９）；ＮＹ－ＥＳＯ－１（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＡ０５９０８）；ＰＳＭＡ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ２５６７２）；ＣＥＡ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＡ５１９６７）；ｍｅｌａｎ／ＭＡＲＴ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００５５０２）；Ｒａｓ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１１２３９１４）；ｇｐ１００（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＣ６０６３４）；ｂｃｒ－ａｂｌ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＢ６０３８８）；チロシナーゼ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＢ６０３１９）；サバイビン（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＣ５１６６０）；ＰＳＡ（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＤ５４６１７）；ｈＴＥＲＴ（ＧｅｎＢａｎｋ ＢＡＣ１１０１０）；ＳＳＸ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１２６５６２０）；Ｅｐｈ２Ａ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００４４２２）；ＰＡＰ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ１６３４４）；ＭＬ－ＩＡＰ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ１４４７５）；ＥｐＣＡＭ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００２３４５）；ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２ ＥＴＳ融合体）（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＣＡ８１３８５）；ＰＡＸ３（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＩ０１３０１）；ＡＬＫ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００４２９５）；アンドロゲン受容体（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００００３５）；サイクリンＢ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＯ９９２７３）；ＭＹＣＮ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１２８０１５７）；ＲｈｏＣ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ５２８０８）；ＴＲＰ－２（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＣ６０６２７）；メソセリン（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ０９２７２）；ＰＳＣＡ（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＨ６５１８３）；ＭＡＧＥ Ａ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００４９７９）；ＣＹＰ１Ｂ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＭ５０５１２）；ＰＬＡＣ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＧ２２５９６）；ＢＯＲＩＳ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１２５５９６９）；ＥＴＶ６（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１９７８）；ＮＹ－ＢＲ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿４４３７２３）；ＳＡＲＴ３（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿０５５５２１）；炭酸脱水酵素ＩＸ（ＧｅｎＢａｎｋ ＥＡＷ５８３５９）；ＰＡＸ５（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿０５７９５３）；ＯＹ－ＴＥＳ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿１１５８７８）；精子タンパク質１７（ＧｅｎＢａｎｋ ＡＡＫ２０８７８）；ＬＣＫ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１０３６２３６）；ＨＭＷ－ＭＡＡ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１８８８）；ＡＫＡＰ－４（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００３８７７）；ＳＳＸ２（ＧｅｎＢａｎｋ ＣＡＡ６０１１１）；ＸＡＧＥ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１０９１０７３；ＸＰ＿００１１２５８３４；ＸＰ＿００１１２５８５６；及びＸＰ＿００１１２５８７２）；Ｂ７Ｈ３（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１０１９９０７；ＸＰ＿９４７３６８；ＸＰ＿９５０９５８；ＸＰ＿９５０９６０；ＸＰ＿９５０９６２；ＸＰ＿９５０９６３；ＸＰ＿９５０９６５；及びＸＰ＿９５０９６７）；ＬＧＭＮ１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１００８５３０）；ＴＩＥ－２（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿０００４５０）；ＰＡＧＥ４（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１３０５８０６）；ＶＥＧＦＲ２（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００２２４４）；ＭＡＤ－ＣＴ－１（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００５８９３ ＮＰ＿０５６２１５）；ＦＡＰ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００４４５１）；ＰＤＧＦβ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００２６００）；ＭＡＤ－ＣＴ－２（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００１１３８５７４）；ならびにＦＯＳＬ（ＧｅｎＢａｎｋ ＮＰ＿００５４２９）を参照されたい。これらのポリペプチドは、例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１５：５３２３、及びその文献中で引用されている参考文献；Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｓｃｉ．１１６：１６５３；Ｍａｔｓｕｉ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ５：２４９；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ ３８３：１６８でも検討されている。
適切なエピトープには、感染症病原体に存在するエピトープ、例えば、ウイルスにコードされたポリペプチドによって提示されるエピトープが含まれるが、これらに限定されない。ウイルス感染症病原体の例として、例えば、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、アルファウイルス（トガウイルス）、東部ウマ脳炎ウイルス、東部ウマ脳脊髄炎ウイルス、ベネズエラウマ脳脊髄炎ワクチン株ＴＣ－８３、西部ウマ脳脊髄炎ウイルス、アレナウイルス、リンパ球性脈絡膜炎ウイルス（非神経向性株）、タカリベウイルス群、ブニヤウイルス、ブニヤムウェラウイルス、リフトバレー熱ウイルスワクチン株ＭＰ－１２、チクングニアウイルス、カリシウイルス、コロナウイルス、牛痘ウイルス、フラビウイルス（トガウイルス）－Ｂ群 アルボウイルス、デングウイルス血清型１ 、２、３、及び４、黄熱病ウイルスワクチン株１７Ｄ、Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、及びＥ型肝炎ウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタインバーウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、単純ヘルペス１型及び２型、帯状疱疹、ヒトヘルペスウイルス６型及び７型、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＶＣ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、インフルエンザウイルスＡ型、Ｂ型、及びＣ型、パポバウイルス、ニューカッスル病ウイルス、はしかウイルス、ムンプスウイルス、パラインフルエンザウイルス１型、２型、３型、及び４型、ポリオーマウイルス（ＪＣウイルス、ＢＫウイルス）、呼吸器合胞体ウイルス、ヒトパルボウイルス（Ｂ １９）、コクサッキーウイルスＡ型及びＢ型、エコーウイルス、ポリオウイルス、ライノウイルス、痘瘡（小痘瘡ウイルス）、天然痘（大痘瘡ウイルス）、白痘レオウイルス、コルティウイルス、ヒトロタウイルス、オルビウイルス（コロラドダニ熱ウイルス）、狂犬病ウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ルビウイルス（風疹）、セムリキ森林ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳脊髄炎ウイルス、アレナウイルス（別名南米出血熱ウイルス）科フレキサル、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭ）（神経向性株）、ハンタンウイルスを含むハンタウイルス、リフトバレー熱ウイルス、日本脳炎ウイルス、黄熱ウイルス、サル痘ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１型及び２型、ヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）１型及び２型、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、水疱性口内炎ウイルス、グアナリトウイルス、ラッサウイルス、フニンウイルス、マチュポウイルス、サビア、クリミア－コンゴ出血熱ウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、中央ヨーロッパダニ媒介性脳炎、極東ダニ媒介性脳炎、ハンザロバ（Ｈａｎｚａｌｏｖａ）、ハイパ（Ｈｙｐｒ）、クムリンゲ（Ｋｕｍｌｉｎｇｅ）、キャサヌール森林病、オムスク出血熱、及びロシア春夏脳炎ウイルスを含むダニ媒介性脳炎ウイルス群（フラビ）、サルヘルペスウイルス（ヘルペスＢまたはサルＢウイルス）、オナガザルヘルペスウイルス１（ヘルペスＢウイルス）、ウマモルビリウイルス（ヘンドラ及びヘンドラ様ウイルス）、ニパウイルス、大痘瘡ウイルス（天然痘ウイルス）、小痘瘡ウイルス（痘瘡）、アフリカブタ熱ウイルス、アフリカ馬疫ウイルス、アカバネウイルス、トリインフルエンザウイルス（高病原性）、ブルータングウイルス、ラクダ痘ウイルス、ブタコレラウイルス、Ｃｏｗｄｒｉａ ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ（心水病）、口蹄疫ウイルス、ヤギ痘ウイルス、日本脳炎ウイルス、ランピースキン病ウイルス、悪性カタル熱ウイルス、メナングルウイルス、ニューカッスル病ウイルス（ＶＶＮＤ）、水疱性口内炎ウイルス（外来性）、ならびにジカウイルスが挙げられる。そのようなウイルスによってコードされる抗原は当技術分野で公知であり；本開示のＴＭＭＰでの使用に適したペプチドエピトープは、任意の既知のウイルス抗原由来ペプチドを含み得る。一部の例では、ＨＰＶ抗原が特異的に除外される。一部の例では、ＨＢＶ抗原が特異的に除外される。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するエピトープペプチドは、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、－Ｅ、－Ｆ、または－Ｇ対立遺伝子に特異的なエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＭＰに存在するエピトープペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０１０１、Ａ＊０２０１、Ａ＊０３０１、Ａ＊１１０１、Ａ＊２３０１、Ａ＊２４０２、Ａ＊２４０７、Ａ＊３３０３、及び／またはＡ＊３４０１に制限されたエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＭＰに存在するエピトープペプチドは、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、Ｂ＊０８０１、Ｂ＊１５０２、Ｂ＊３８０２、Ｂ＊４００１、Ｂ＊４６０１、及び／またはＢ＊５３０１に制限されたエピトープを提示する。一実施形態では、ＴＭＭＰに存在するエピトープペプチドは、Ｃ＊０１０２、Ｃ＊０３０３、Ｃ＊０３０４、Ｃ＊０４０１、Ｃ＊０６０２、Ｃ＊０７０１、Ｃ＊７０２、Ｃ＊０８０１、及び／またはＣ＊１５０２に制限されたエピトープを提示する。
ＨＬＡ／ペプチド結合アッセイ
所与のペプチド（例えば、エピトープを含むペプチド）がクラスＩ ＨＬＡ（ＨＬＡ重鎖及びβ２Ｍポリペプチドを含む）に結合し、ＨＬＡ複合体に結合する場合、ＴＣＲにエピトープを効果的に提示できるかどうかを、多くの周知の方法のいずれかを使用して判定することができる。アッセイには、結合アッセイとＴ細胞活性化アッセイが含まれる。
細胞ベースの結合アッセイ
一例として、細胞ベースのペプチド誘導安定化アッセイを使用して、ペプチド－ＨＬＡクラスＩ結合を判定することができる。このアッセイでは、目的のペプチドは、ＴＡＰ欠損細胞、すなわち抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）機構が欠損しているために表面クラスＩ分子がほとんどない細胞に対して結合することができる。そのような細胞として、例えば、ヒトＴ２細胞株（Ｔ２（１７４×ＣＥＭ．Ｔ２；Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）番号ＣＲＬ－１９９２）が挙げられる。Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５５：１２６４。小胞体へのサイトゾルペプチドの効率的なＴＡＰ依存性輸送を伴わずに組み立てられたクラスＩ複合体は構造的に不安定であり、細胞表面で一時的にしか保持されない。しかしながら、Ｔ２細胞を、クラスＩに結合可能な外来性ペプチドと共にインキュベートすると、表面ペプチド－ＨＬＡクラスＩ複合体は安定化され、例えば、汎抗クラスＩモノクローナル抗体を用いたフローサイトメトリーによって検出することができる。ペプチドの添加による細胞表面でのペプチド－ＨＬＡ複合体の安定化とその結果としての寿命の延長により、それらの同一性は確認される。例えば、汎ＨＬＡクラスＩ抗体に蛍光標識を含ませる場合、フローサイトメトリーを使用して分析を実施することができる。Ｔ２細胞を遺伝子改変して目的の対立遺伝子ＨＬＡ Ｈ鎖を発現させることにより、ＨＬＡ Ｈ鎖の様々な対立遺伝子型へのペプチドの結合を試験することができる。
以下は、ＨＬＡ Ａ＊０２０１へのペプチド結合を評価するためのＴ２アッセイの使用の非限定的な例である。Ｔ２細胞を細胞培養液で洗浄し、１０６細胞／ｍｌに濃縮する。目的のペプチドを細胞培養培地中で調製し、段階的に希釈して、濃度を２００μＭ、１００μＭ、２０μＭ及び２μＭとする。細胞を各ペプチド希釈液と１：１で混合して、最終容量を２００μＬ、最終ペプチド濃度を１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、及び１μＭとする。ＨＬＡ Ａ＊０２０１結合ペプチドであるＧＩＬＧＦＶＦＴＬ、及び非ＨＬＡ Ａ＊０２０１制限ペプチドであるＨＰＶＧＥＡＤＹＦ（ＨＬＡ－Ｂ＊３５０１）を、それぞれ陽性対照及び陰性対照として含める。細胞／ペプチド混合物を３７℃、５％ＣＯ２で１０分間保持し、次いで、室温で一晩インキュベートする。次いで、細胞を３７℃で２時間インキュベートし、蛍光標識した抗ヒトＨＬＡ抗体で染色する。細胞をリン酸緩衝生理食塩水で２回洗浄し、フローサイトメトリーを使用して分析する。抗ＨＬＡ抗体染色の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を用いて、結合の強さを測定する。
生化学的結合アッセイ
無細胞インビトロアッセイ系において、ＨＬＡポリペプチド（β２Ｍポリペプチドと複合体を形成したＨＬＡ重鎖ポリペプチド）を、目的のペプチドへの結合について試験することができる。例えば、標識した（例えば、蛍光標識した）参照ペプチドを、ＨＬＡポリペプチド（β２Ｍポリペプチドと複合体を形成したＨＬＡ重鎖ポリペプチド）に結合させて、ＨＬＡ－参照ペプチド複合体を形成することができる。目的の被験ペプチドがＨＬＡ－参照ペプチド複合体の標識参照ペプチドを置換する能力を試験する。相対的結合親和性は、結合した参照ペプチドを置換するために必要な被験ペプチドの量として計算される。例えば、ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４４：１８９を参照のこと。
別の例として、目的のペプチドをＨＬＡ分子（β２Ｍポリペプチドと複合体を形成したＨＬＡ重鎖）と共にインキュベートすることができ、ＨＬＡ／ペプチド複合体の安定化をイムノアッセイ形式で測定することができる。ＨＬＡ分子を安定化する目的のペプチドの能力を、既知のＴ細胞エピトープを提示する対照ペプチドの能力と比較する。安定化の検出は、抗ＨＬＡ抗体を使用して検出する天然立体配座のＨＬＡ／ペプチド複合体の有無に基づく。例えば、Ｗｅｓｔｒｏｐ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ３４１：７６；Ｓｔｅｉｎｉｔｚ ｅｔ ａｌ． （２０１２）Ｂｌｏｏｄ １１９：４０７３；及び米国特許第９，２０５，１４４号を参照のこと。
Ｔ細胞活性化アッセイ
所与のペプチドがクラスＩ ＨＬＡ（ＨＬＡ重鎖及びβ２Ｍポリペプチドを含む）に結合し、ＨＬＡ複合体に結合する場合、ＴＣＲにエピトープを効果的に提示できるかどうかは、ペプチド－ＨＬＡ複合体へのＴ細胞の応答を評価することによって判定することができる。測定することができるＴ細胞応答として、例えば、インターフェロンγ（ＩＦＮγ）産生、細胞傷害活性などが挙げられる。
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
好適なアッセイとして、例えば、酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイが挙げられる。このアッセイでは、ＣＤ８＋Ｔ細胞によるＩＦＮγの産生を、ＨＬＡクラスＩと複合体を形成した目的のペプチドを提示する抗原提示細胞（ＡＰＣ）で測定する。ＩＦＮγに対する抗体をマルチウェルプレートのウェルに固定化する。ＡＰＣをウェルに添加し、目的のペプチドと共に一定時間インキュベートし、ペプチドをＡＰＣの表面のＨＬＡクラスＩに結合させる。ペプチドに特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞をウェルに加え、プレートを約２４時間インキュベートする。次いでウェルを洗浄し、固定化した抗ＩＦＮγ抗体に結合したＩＦＮγを、検出可能な標識抗ＩＦＮγ抗体を使用して検出する。比色分析を使用することができる。例えば、検出可能な標識抗ＩＦＮγ抗体は、ビオチン標識抗ＩＦＮγ抗体とすることができ、これを、例えば、アルカリホスファターゼを結合させたストレプトアビジンを使用して検出することができる。ＢＣＩＰ／ＮＢＴ（５－ブロモ－４－クロロ－３－インドリルホスフェート／ニトロブルーテトラゾリウム）溶液を加えて、アッセイを進展させる。ＩＦＮγ分泌Ｔ細胞の存在が、色付きのスポットで識別される。陰性対照には、ペプチドと接触させないＡＰＣを含ませる。様々なＨＬＡ Ｈ鎖対立遺伝子を発現するＡＰＣを使用して、目的のペプチドが特定のＨＬＡ Ｈ鎖を含むＨＬＡクラスＩ分子に効果的に結合するかどうかを判定することができる。
細胞傷害性アッセイ
所与のペプチドが特定のＨＬＡクラスＩ Ｈ鎖に結合し、Ｈ鎖を含むＨＬＡクラスＩ複合体に結合した場合、ＴＣＲにエピトープを効果的に提示できるかどうかは、細胞傷害性アッセイを使用して判定することもできる。細胞傷害性アッセイは、標的細胞を細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞と共にインキュベーションすることを含む。標的細胞は、その表面に、目的のペプチドと、試験しようとするＨＬＡ Ｈ鎖を含むＨＬＡクラスＩ分子とを含むペプチド／ＨＬＡクラスＩ複合体を提示する。標的細胞を、例えば、５１Ｃｒで放射性標識することができる。標的細胞が細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞上のＴＣＲにエピトープを効果的に提示し、それによってＣＤ８＋Ｔ細胞による標的細胞への細胞傷害活性を誘導するかどうかを、溶解した標的細胞からの５１Ｃｒの放出を測定することによって判定する。特異的細胞傷害性は、ペプチド存在下での細胞傷害活性の量からペプチド非存在下での細胞傷害活性の量を引いたものとして計算することができる。
ペプチド－ＨＬＡ四量体による抗原特異的Ｔ細胞の検出
別の例として、ペプチド－ＨＬＡ複合体の多量体（例えば、四量体）を、蛍光または重金属タグで生成する。次いで、多量体を使用して、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）またはマスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）を介して特異的Ｔ細胞を同定し、定量化することができる。エピトープ特異的Ｔ細胞の検出は、ペプチド結合ＨＬＡ分子が抗原特異的Ｔ細胞のサブセット上の特定のＴＣＲに結合することができるという直接的なエビデンスを提供する。例えば、Ｋｌｅｎｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：２６３を参照のこと。
免疫調節ポリペプチド
一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在する免疫調節ポリペプチドは、野生型免疫調節ポリペプチドである。他の例では、本開示のＴＭＭＰに存在する免疫調節ポリペプチドは、共免疫調節ポリペプチドに対する親和性が、対応する野生型の免疫調節ポリペプチドの共免疫調節ポリペプチドに対する親和性に比べて低下したバリアント型免疫調節ポリペプチドである。共免疫調節ドメインに対し低い親和性を示す好適な免疫調節ドメインは、野生型免疫調節ドメインとの１アミノ酸（ａａ）～２０ａａの差異を有し得る。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドとは、１ａａ、２ａａ、３ａａ、４ａａ、５ａａ、６ａａ、７ａａ、８ａａ、９ａａ、または１０ａａ分、アミノ酸配列が異なる。別の例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する野生型免疫調節ポリペプチドとは、１１ａａ、１２ａａ、１３ａａ、１４ａａ、１５ａａ、１６ａａ、１７ａａ、１８ａａ、１９ａａ、または２０ａａ分、アミノ酸配列が異なる。１つの例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のアミノ酸置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、単一のアミノ酸置換を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、２つのアミノ酸置換（例えば、２つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、３つのアミノ酸置換（例えば、３つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、４つのアミノ酸置換（例えば、４つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、５つのアミノ酸置換（例えば、５つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、６つのアミノ酸置換（例えば、６つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、７つのアミノ酸置換（例えば、７つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、８つのアミノ酸置換（例えば、８つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、９つのアミノ酸置換（例えば、９つ以下のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１０のアミノ酸置換（例えば、１０以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１１のアミノ酸置換（例えば、１１以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１２のアミノ酸置換（例えば、１２以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１３のアミノ酸置換（例えば、１３以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１４のアミノ酸置換（例えば、１４以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１５のアミノ酸置換（例えば、１５以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１６のアミノ酸置換（例えば、１６以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１７のアミノ酸置換（例えば、１７以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１８のアミノ酸置換（例えば、１８以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、１９のアミノ酸置換（例えば、１９以下のアミノ酸置換）を含む。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する参照（例えば、野生型）免疫調節ポリペプチドと比較して、２０のアミノ酸置換（例えば、２０以下のアミノ酸置換）を含む。
上述したとおり、本開示のＴＭＭＰ内に組み込むのに好適なバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す。
免疫調節ポリペプチドと同種共免疫調節ポリペプチドの例示的なペアとしては、
ａ）４－１ＢＢＬ（免疫調節ポリペプチド）と４－１ＢＢ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｂ）ＰＤ－Ｌ１（免疫調節ポリペプチド）とＰＤ１（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｃ）ＩＬ－２（免疫調節ポリペプチド）とＩＬ－２受容体（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｄ）ＣＤ８０（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ８６（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｅ）ＣＤ８６（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ２８（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｆ）ＯＸ４０Ｌ（ＣＤ２５２）（免疫調節ポリペプチド）とＯＸ４０（ＣＤ１３４）（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｇ）Ｆａｓリガンド（免疫調節ポリペプチド）とＦａｓ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｈ）ＩＣＯＳ－Ｌ（免疫調節ポリペプチド）とＩＣＯＳ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｉ）ＩＣＡＭ（免疫調節ポリペプチド）とＬＦＡ－１（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｊ）ＣＤ３０Ｌ（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ３０（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｋ）ＣＤ４０（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ４０Ｌ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｌ）ＣＤ８３（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ８３Ｌ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｍ）ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ１６０（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｎ）ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）（免疫調節ポリペプチド）とＮｏｔｃｈ（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｏ）ＪＡＧ１（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ４６（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｐ）ＣＤ８０（免疫調節ポリペプチド）とＣＴＬＡ４（同種共免疫調節ポリペプチド）、
ｑ）ＣＤ８６（免疫調節ポリペプチド）とＣＴＬＡ４（同種共免疫調節ポリペプチド）、及び、
ｒ）ＣＤ７０（免疫調節ポリペプチド）とＣＤ２７（同種共免疫調節ポリペプチド）、
が挙げられるがこれらに限定されない。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す。同様に、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＭＰは、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す。それゆえ、例えば、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＭＰは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。例えば、一部の例では、バリアント型免疫調節ポリペプチドを含む本開示のＴＭＭＰは、同種共免疫調節ポリペプチドに対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
図１４に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）を、本開示のＴＭＭＰの様々な位置のいずれかに存在させることができる。図１４は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のような、様々な免疫調節ポリペプチドのいずれかであり得る。図１４に示すように、免疫調節ポリペプチドを、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＮ末端、２）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端かつＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端、言い換えれば、ＭＨＣクラスＩ重鎖とＩｇ Ｆｃポリペプチドの間、３）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端、４）ペプチドエピトープのＮ末端、または５）β２ＭポリペプチドのＣ末端とすることができる。
ＰＤ－Ｌ１バリアント型
１つの非限定例として、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドはバリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドである。野生型ＰＤ－Ｌ１はＰＤ１に結合する。
野生型ヒトＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000071
を含み得る。
野生型ヒトＰＤ－Ｌ１外部ドメインは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000072
を含み得る。
野生型ＰＤ－１ポリペプチドは、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000073
を含み得る。一部の例では、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドを含む場合、「同種共免疫調節ポリペプチド」は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３のアミノ酸配列を含むＰＤ－１ポリペプチドである。
一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のアミノ酸配列を含むＰＤ－Ｌ１ポリペプチドの結合親和性と比較して、ＰＤ－１（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に記載のアミノ酸配列を含むＰＤ－１ポリペプチド）に対し低い結合親和性を示す。例えば、一部の例では、本開示のバリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のアミノ酸配列を含むＰＤ－Ｌ１ポリペプチドの結合親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い親和性で、ＰＤ－１（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に記載のアミノ酸配列を含むＰＤ－１ポリペプチド）に結合する。
一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＰＤ－１に対する１ｎＭ～１ｍＭの結合親和性を有する。一部の例では、本開示のバリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＰＤ－１に対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＰＤ１（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に記載のアミノ酸配列を含むＰＤ１ポリペプチド）に対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＰＤ－Ｌ１ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に記載のＰＤ－Ｌ１アミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
好適なＰＤ－Ｌ１バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000074
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである。一部の例では、ＸはＡｒｇである）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
好適なＰＤ－Ｌ１バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000075
（ＸはＩｌｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｓｐである）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
好適なＰＤ－Ｌ１バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000076
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｒｇである）に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
ＣＤ８０バリアント型
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドはバリアント型ＣＤ８０ポリペプチドである。野生型ＣＤ８０はＣＤ２８に結合する。野生型ＣＤ８０はまたＣＤ８６に結合する。
ヒトＣＤ８０の外部ドメインの野生型アミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000077
であり得る。
野生型ＣＤ２８アミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000078
であり得る。一部の例では、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＣＤ８０ポリペプチドを含む場合、「同種共免疫調節ポリペプチド」は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチドである。
野生型ＣＤ２８アミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000079
であり得る。
野生型ＣＤ２８アミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000080
であり得る。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ８０ポリペプチドのＣＤ２８に対する結合親和性と比較して、ＣＤ２８に対し低い結合親和性を示す。例えば、一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ８０ポリペプチドのＣＤ２８（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５、６または７のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチド）に対する結合親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い親和性で、ＣＤ２８に結合する。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＣＤ２８に対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、本開示のバリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＣＤ２８（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６、またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチド）に対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８０ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に記載のＣＤ８０アミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
好適なＣＤ８０バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000081
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000082
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000083
（ＸはＩｌｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000084
（ＸはＬｙｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000085
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000086
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000087
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000088
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000089
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000090
（ＸはＭｅｔ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000091
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000092
（ＸはＩｌｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000093
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000094
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000095
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000096
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、及び、
Figure 2022515331000097
（ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）のうちのいずれか１つに対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
ＣＤ８６バリアント型
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドはバリアント型ＣＤ８６ポリペプチドである。野生型ＣＤ８６はＣＤ２８に結合する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＣＤ８６ポリペプチドを含む場合、「同種共免疫調節ポリペプチド」は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチドである。
野生型ヒトＣＤ８６の全長外部ドメインのアミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000098
であり得る。
野生型ヒトＣＤ８６のＩｇＶドメインのアミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000099
であり得る。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ８６ポリペプチドのＣＤ２８に対する結合親和性と比較して、ＣＤ２８に対し低い結合親和性を示す。例えば、一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ８６ポリペプチドのＣＤ２８（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５、６または７のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチド）に対する結合親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い親和性で、ＣＤ２８に結合する。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＣＤ２８に対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、本開示のバリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＣＤ２８（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５、６または７のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含むＣＤ２８ポリペプチド）に対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＣＤ８６ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９に記載のＣＤ８６アミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
好適なＣＤ８６バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000100
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000101
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000102
（ＸはＴｒｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000103
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000104
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000105
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000106
（ＸはＴｒｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000107
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000108
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000109
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000110
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000111
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000112
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000113
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000114
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000115
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000116
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000117
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000118
（第１のＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸であり、第２のＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、第１のＸと第２のＸの両方はＡｌａである）、
Figure 2022515331000119
（第１のＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸であり、第２のＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、第１のＸと第２のＸの両方はＡｌａである）、
Figure 2022515331000120
（Ｘ１はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａである）、
Figure 2022515331000121
（第１のＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸であり、第２のＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、第１のＸと第２のＸの両方はＡｌａである）、
Figure 2022515331000122
（Ｘ１はＡｓｎ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、及び、
Figure 2022515331000123
（Ｘ１はＡｓｎ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）のうちのいずれか１つに対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
４－１ＢＢＬバリアント型
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドはバリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドである。野生型４－１ＢＢＬは４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）に結合する。
野生型４－１ＢＢＬアミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000124
であり得る。
一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ヒト４－１ＢＢＬの腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）相同性ドメイン（ＴＨＤ）のバリアント型である。
ヒト４－１ＢＢＬのＴＨＤの野生型アミノ酸配列は、例えば、以下のＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１１～１３、
Figure 2022515331000125
、
Figure 2022515331000126
、
Figure 2022515331000127
のうちの１つであり得る。
野生型４－１ＢＢアミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000128
であり得る。一部の例では、本開示のＴＭＭＰがバリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドを含む場合、「同種共免疫調節ポリペプチド」は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含む４－１ＢＢポリペプチドである。
一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含む４－１ＢＢＬポリペプチドの結合親和性と比較して、４－１ＢＢに対し低い結合親和性を示す。例えば、一部の例では、本開示のバリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、同一条件下でアッセイする際、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載のアミノ酸配列を含む４－１ＢＢＬポリペプチドの４－１ＢＢポリペプチド（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４に記載のアミノ酸配列を含む４－１ＢＢポリペプチド）に対する結合親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い結合親和性で、４－１ＢＢに結合する。
一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、４－１ＢＢに対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、４－１ＢＢ（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４に記載のアミノ酸配列を含む４－１ＢＢポリペプチド）に対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型４－１ＢＢＬポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０～１３のうちの１つに記載の４－１ＢＢＬアミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
好適な４－１ＢＢＬバリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000129
（ＸはＬｙｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000130
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000131
（ＸはＭｅｔ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000132
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000133
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000134
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000135
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000136
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000137
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000138
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000139
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000140
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000141
（ＸはＩｌｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000142
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000143
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000144
（ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000145
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000146
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000147
（ＸはＴｒｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000148
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000149
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000150
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000151
（ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000152
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000153
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000154
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000155
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000156
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000157
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000158
（ＸはＴｈｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000159
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000160
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000161
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000162
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000163
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000164
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000165
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000166
（ＸはＴｈｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000167
（ＸはＬｙｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000168
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000169
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000170
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000171
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000172
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000173
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000174
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000175
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000176
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000177
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000178
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000179
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000180
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000181
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000182
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000183
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000184
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000185
（ＸはＰｒｏ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000186
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000187
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000188
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000189
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000190
（ＸはＡｓｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000191
（ＸはＳｅｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000192
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000193
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000194
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000195
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000196
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000197
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000198
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000199
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000200
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000201
（ＸはＴｈｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000202
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000203
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000204
（ＸはＡｒｇ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000205
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000206
（ＸはＴｒｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000207
（ＸはＬｅｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000208
（ＸはＴｈｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000209
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000210
（ＸはＧｌｙ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000211
（ＸはＴｈｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、及び、
Figure 2022515331000212
（ＸはＶａｌ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）のうちのいずれか１つに対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
ＩＬ－２バリアント型
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ内に存在するバリアント型免疫調節ポリペプチドはバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。野生型ＩＬ－２は、ＩＬ－２受容体（ＩＬ－２Ｒ）、すなわち、ＩＬ－２Ｒα、ＩＬ－２ＲβとＩＬ－２Ｒγを含むヘテロ三量体ポリペプチドに結合する。
野生型ＩＬ－２アミノ酸配列は、以下、
Figure 2022515331000213
であってもよい。
野生型ＩＬ－２は、細胞の表面上のＩＬ－２受容体（ＩＬ－２Ｒ）に結合する。ＩＬ－２受容体は、一部の例では、α鎖（ＩＬ－２Ｒα、ＣＤ２５とも呼ばれる）と、β鎖（ＩＬ－２Ｒβ、ＣＤ１２２とも呼ばれる）と、γ鎖（ＩＬ－２Ｒγ、ＣＤ１３２とも呼ばれる）と、を含む、ヘテロ三量体ポリペプチドである。ヒトＩＬ－２Ｒα、ヒトＩＬ－２Ｒβ、及び、ヒトＩＬ－２Ｒγのアミノ酸配列は、以下、
ヒトＩＬ－２Ｒα：
Figure 2022515331000214
、
ヒトＩＬ－２Ｒβ：
Figure 2022515331000215
、
ヒトＩＬ－２Ｒγ：
Figure 2022515331000216
であってもよい。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰがバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドを含む場合、「同種共免疫調節ポリペプチド」は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６、１７及び１８のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むＩＬ－２Ｒである。
一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のアミノ酸配列を含むＩＬ－２ポリペプチドの結合親和性と比較して、ＩＬ－２Ｒに対し低い結合親和性を示す。例えば、一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、同一条件下でアッセイする際、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のアミノ酸配列を含むＩＬ－２ポリペプチドのＩＬ－２Ｒ（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６～１８に記載のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むＩＬ－２Ｒ）に対する結合親和性よりも少なくとも１０％低い、少なくとも１５％低い、少なくとも２０％低い、少なくとも２５％低い、少なくとも３０％低い、少なくとも３５％低い、少なくとも４０％低い、少なくとも４５％低い、少なくとも５０％低い、少なくとも５５％低い、少なくとも６０％低い、少なくとも６５％低い、少なくとも７０％低い、少なくとも７５％低い、少なくとも８０％低い、少なくとも８５％低い、少なくとも９０％低い、少なくとも９５％低い、または、９５％超低い結合親和性で、ＩＬ－２Ｒに結合する。
一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＩＬ－２Ｒに対する１００ｎＭ～１００μＭの結合親和性を有する。別の例として、一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＩＬ－２Ｒ（例えば、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６～１８に記載のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含むＩＬ－２Ｒ）に対する約１００ｎＭ～１５０ｎＭ、約１５０ｎＭ～約２００ｎＭ、約２００ｎＭ～約２５０ｎＭ、約２５０ｎＭ～約３００ｎＭ、約３００ｎＭ～約３５０ｎＭ、約３５０ｎＭ～約４００ｎＭ、約４００ｎＭ～約５００ｎＭ、約５００ｎＭ～約６００ｎＭ、約６００ｎＭ～約７００ｎＭ、約７００ｎＭ～約８００ｎＭ、約８００ｎＭ～約９００ｎＭ、約９００ｎＭ～約１μＭ、約１μＭ～約５μＭ、約５μＭ～約１０μＭ、約１０μＭ～約１５μＭ、約１５μＭ～約２０μＭ、約２０μＭ～約２５μＭ、約２５μＭ～約５０μＭ、約５０μＭ～約７５μＭ、または、約７５μＭ～約１００μＭの結合親和性を有する。
一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、単一のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、２～１０のアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、２つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、３つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、４つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、５つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、６つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、７つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、８つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、９つのアミノ酸置換を有する。一部の例では、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１５に記載のＩＬ－２アミノ酸配列と比較して、１０のアミノ酸置換を有する。
好適なＩＬ－２バリアント型としては、以下のアミノ酸配列、
Figure 2022515331000217
（ＸはＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである。一部の例では、ＸはＭｅｔである。一部の例では、ＸはＰｒｏである。一部の例では、ＸはＳｅｒである。一部の例では、ＸはＴｈｒである。一部の例では、ＸはＴｒｐである。一部の例では、ＸはＴｙｒである。一部の例では、ＸはＶａｌである。一部の例では、ＸはＨｉｓである）、
Figure 2022515331000218
（ＸはＡｓｐ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000219
（ＸはＧｌｕ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000220
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである。一部の例では、ＸはＴｈｒである。一部の例では、ＸはＡｓｎである。一部の例では、ＸはＣｙｓである。一部の例では、ＸはＧｌｎである。一部の例では、ＸはＭｅｔである。一部の例では、ＸはＶａｌである。一部の例では、ＸはＴｒｐである）、
Figure 2022515331000221
（ＸはＨｉｓ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである。一部の例では、ＸはＡｒｇである。一部の例では、ＸはＡｓｎである。一部の例では、ＸはＡｓｐである。一部の例では、ＸはＣｙｓである。一部の例では、ＸはＧｌｕである。一部の例では、ＸはＧｌｎである。一部の例では、ＸはＧｌｙである。一部の例では、ＸはＩｌｅである。一部の例では、ＸはＬｙｓである。一部の例では、ＸはＬｅｕである。一部の例では、ＸはＭｅｔである。一部の例では、ＸはＰｈｅである。一部の例では、ＸはＰｒｏである。一部の例では、ＸはＳｅｒである。一部の例では、ＸはＴｈｒである。一部の例では、ＸはＴｙｒである。一部の例では、ＸはＴｒｐである。一部の例では、ＸはＶａｌである）、
Figure 2022515331000222
（ＸはＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000223
（ＸはＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、ＸはＡｌａである）、
Figure 2022515331000224
（Ｘ１はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＴｈｒであり、Ｘ２はＡｌａである）、
Figure 2022515331000225
（Ｘ１はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａである）、
Figure 2022515331000226
（Ｘ１はＧｌｕ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、
Figure 2022515331000227
（Ｘ１はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、
Figure 2022515331000228
（Ｘ１はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、
Figure 2022515331000229
（Ｘ１はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、
Figure 2022515331000230
（Ｘ１はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４はＴｙｒ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ４はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａであり、Ｘ４はＡｌａである）、
Figure 2022515331000231
（Ｘ１はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＴｙｒ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４はＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ４はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａであり、Ｘ４はＡｌａである）、
Figure 2022515331000232
（Ｘ１はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＡｓｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４はＴｙｒ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ５はＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ４はＡｌａである。一部の例では、Ｘ５はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａであり、Ｘ４はＡｌａであり、Ｘ５はＡｌａである）、及び、
Figure 2022515331000233
（Ｘ１はＨｉｓ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２はＰｈｅ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３はＧｌｎ以外の任意のアミノ酸である）（一部の例では、Ｘ１はＡｌａである。一部の例では、Ｘ２はＡｌａである。一部の例では、Ｘ３はＡｌａである。一部の例では、Ｘ１はＡｌａであり、Ｘ２はＡｌａであり、Ｘ３はＡｌａである）、
のうちのいずれか１つに対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。
さらなるポリペプチド
本開示のＴＭＭＰのポリペプチド鎖は、上記のポリペプチドに加えて、１つ以上のポリペプチドを含んでいてもよい。好適な別のポリペプチドは、エピトープタグと親和性ドメインを含む。１つ以上の別のポリペプチドは、ＴＭＭＰのポリペプチド鎖のＮ末端、ＴＭＭＰのポリペプチド鎖のＣ末端、または、ＴＭＭＰのポリペプチド鎖の内部に含まれていてもよい。
エピトープタグ
好適なエピトープタグとしては、ヘマグルチニン（ＨＡ、例えば、ＹＰＹＤＶＰＤＹＡ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７１））、ＦＬＡＧ（例えば、ＤＹＫＤＤＤＤＫ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７２））、ｃ－ｍｙｃ（例えば、ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７３））などが挙げられるがこれらに限定されない。
親和性ドメイン
親和性ドメインは、結合パートナーと相互作用可能なペプチド配列、例えば、同定または精製に有用な、固体支持体上に固定されたペプチド配列などを含む。複数の連続単一アミノ酸（例えば、ヒスチジンなど）をコードするＤＮＡ配列は、発現タンパク質に融合した場合、ニッケルセファロースなどのレジンカラムへの高親和性結合により、組換えタンパク質のワンステップ精製に使用され得る。例示的な親和性ドメインとしては、Ｈｉｓ５（ＨＨＨＨＨ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７１）、ＨｉｓＸ６（ＨＨＨＨＨＨ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７５）、Ｃ－ｍｙｃ（ＥＱＫＬＩＳＥＥＤＬ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７６）、Ｆｌａｇ（ＤＹＫＤＤＤＤＫ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７７）、ＳｔｒｅｐＴａｇ（ＷＳＨＰＱＦＥＫ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７８）、ヘマグルチニン、例えば、ＨＡＴａｇ（ＹＰＹＤＶＰＤＹＡ）（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２７９）、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、チオレドキシン、セルロース結合ドメイン、ＲＹＩＲＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８０）、Ｐｈｅ－Ｈｉｓ－Ｈｉｓ－Ｔｈｒ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１）、キチン結合ドメイン、Ｓペプチド、Ｔ７ペプチド、ＳＨ２ドメイン、Ｃ末端ＲＮＡタグ、
Figure 2022515331000234
、金属結合ドメイン、例えば、亜鉛結合ドメインまたはカルシウム結合ドメイン（例えば、カルシウム結合タンパク質、例えば、カルモジュリン、トロポニンＣ、カルシニューリンＢ、ミオシン軽鎖、リカバリン、Ｓモジュリン、ビシニン、ＶＩＬＩＰ、ニューロカルシン、ヒポカルシン、フリクエニン、カルトラクチン、カルパイン大サブユニット、Ｓ１００タンパク質、パルブアルブミン、カルビンジンＤ９Ｋ、カルビンジンＤ２８Ｋ、及びカルレチニンに由来する、カルシウム結合ドメインなど）、インテイン、ビオチン、ストレプトアビジン、ＭｙｏＤ、Ｉｄ、ロイシンジッパー配列、及びマルトース結合タンパク質が挙げられる。
薬物複合体
本開示のＴＭＭＰのポリペプチド鎖は、ポリペプチド鎖に結合（例えば、共有結合）した低分子薬物を含んでいてもよい。例えば、本開示のＴＭＭＰがＦｃポリペプチドを含む場合、そのＦｃポリペプチドは、共有結合した低分子薬物を含んでいてもよい。一部の例では、低分子薬物は、がん化学療法剤、例えば、細胞傷害薬である。本開示のＴＭＭＰのポリペプチド鎖は、ポリペプチド鎖に結合（例えば、共有結合）した細胞傷害薬を含んでいてもよい。例えば、本開示のＴＭＭＰがＦｃポリペプチドを含む場合、そのＦｃポリペプチドは、共有結合した細胞傷害薬を含んでいてもよい。細胞傷害薬はプロドラッグを含む。
薬物（例えば、がん化学療法剤）は、直接または間接的に、本開示のＴＭＭＰのポリペプチド鎖に結合していてもよい。例えば、本開示のＴＭＭＰがＦｃポリペプチドを含む場合、薬物（例えば、がん化学療法剤）は、直接または間接的に、Ｆｃポリペプチドに結合していてもよい。直接結合は、アミノ酸側鎖への直接結合を含んでいてもよい。間接的結合は、リンカーを介した結合であってもよい。薬物（例えば、がん化学療法剤）は、チオエーテル結合、アミド結合、カルバメート結合、ジスルフィド結合、またはエーテル結合を介して、本開示のＴＭＭＰのポリペプチド鎖（例えば、Ｆｃポリペプチド）に結合していてもよい。
リンカーとしては、開裂性リンカー及び非開裂性リンカーが挙げられる。一部の例では、リンカーはプロテアーゼ開裂性リンカーである。好適なリンカーとしては、例えば、ペプチド（例えば、２～１０アミノ酸長、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０アミノ酸長）、アルキル鎖、ポリ（エチレングリコール）、ジスルフィド基、チオエーテル基、酸に不安定な基、感光性基、ペプチダーゼに不安定な基、及び、エステラーゼに不安定な基が挙げられる。好適なリンカーの非限定例は、ｉ）Ｎ－スクシンイミジル－［（Ｎ－マレイミドプロピオンアミド）－テトラエチレングリコール］エステル（ＮＨＳ－ＰＥＧ４－マレイミド）、ｉｉ）Ｎ－スクシンイミジル ４－（２－ピリジルジチオ）ブタノエート（ＳＰＤＢ）、Ｎ－スクシンイミジル ４－（２－ピリジルジチオ）２－スルホブタノエート（スルホ－ＳＰＤＢ）、Ｎ－スクシンイミジル ４－（２－ピリジルジチオ）ペンタノエート（ＳＰＰ）、Ｎ－スクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）－シクロヘキサン－１－カルボキシ－（６－アミドカプロエート）（ＬＣ－ＳＭＣＣ）、κ－マレイミドウンデカン酸 Ｎ－スクシンイミジルエステル（ＫＭＵＡ）、γ－マレイミド酪酸 Ｎ－スクシンイミジルエステル（ＧＭＢＳ）、ε－マレイミドカプロン酸 Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＥＭＣＳ）、ｍ－マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢＳ）、Ｎ－（α－マレイミドアセトキシ）－スクシンイミドエステル（ＡＭＡＳ）、スクシンイミジル－６－（β－マレイミドプロピオンアミド）ヘキサノエート（ＳＭＰＨ）、Ｎ－スクシンイミジル ４－（ｐ－マレイミドフェニル）ブチレート（ＳＭＰＢ）、Ｎ－（ｐ－マレイミドフェニル）イソシアネート（ＰＭＰＩ）、Ｎ－スクシンイミジル ４（２－ピリジルチオ）ペンタノエート（ＳＰＰ）、Ｎ－スクシンイミジル（４－ヨード－アセチル）アミノベンゾエート（ＳＩＡＢ）、６－マレイミドカプロイル（ＭＣ）、マレイミドプロパノイル（ＭＰ）、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢ）、Ｎ－スクシンイミジル ４－（マレイミドメチル）シクロヘキサンカルボキシレート（ＳＭＣＣ）、Ｎ－スクシンイミジル－４－（Ｎ－マレイミドメチル）－シクロヘキサン－１－カルボキシ－（６－アミドカプロエート）（ＳＭＣＣの「長鎖」類似体（ＬＣ－ＳＭＣＣ））、３－マレイミドプロパン酸 Ｎ－スクシンイミジルエステル（ＢＭＰＳ）、Ｎ－スクシンイミジル ヨードアセテート（ＳＩＡ）、Ｎ－スクシンイミジル ブロモアセテート（ＳＢＡ）、及び、Ｎ－スクシンイミジル ３－（ブロモアセトアミド）プロピオネート（ＳＢＡＰ）である。
文献に記載された、スクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）－シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、スルホ－ＳＭＣＣ、マレイミドベンゾイル－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＭＢＳ）、スルホ－ＭＢＳ、またはスクシンイミジル－ヨードアセテートなどの架橋試薬で、ポリペプチド（例えば、Ｆｃポリペプチド）を修飾して、１～１０の反応性基を導入してもよい。次に、修飾Ｆｃポリペプチドを、チオール含有細胞傷害薬と反応させて、複合体を作製する。
例えば、本開示のＴＭＭＰがＦｃポリペプチドを含む場合、そのＦｃポリペプチドを含むポリペプチド鎖は、式（Ａ）－（Ｌ）－（Ｃ）（式中、（Ａ）はＦｃポリペプチドを含むポリペプチド鎖であり、（Ｌ）は存在する場合リンカーであり、（Ｃ）は細胞傷害薬であり、（Ｌ）は存在する場合、（Ａ）と（Ｃ）を連結させる）のポリペプチド鎖であってもよい。一部の例では、Ｆｃポリペプチドを含むポリペプチド鎖は、２つ以上の細胞傷害薬（例えば、２、３、４、もしくは、５、または、５超の細胞傷害薬）を含んでいてもよい。
好適な薬物としては、例えば、ラパマイシンが挙げられる。好適な薬物としては、例えば、全トランス型レチノイン酸（ＡＴＲＡ）などのレチノイド、ビタミンＤ３、ビタミンＤ３類似体などが挙げられる。上に記載したように、一部の例では、薬物は細胞傷害薬である。細胞傷害薬は当技術分野において周知である。好適な細胞傷害薬は、細胞の死をもたらす、細胞死を誘導する、または、何らかの方法で細胞生存能を低下させる、任意の化合物であってもよく、例えば、メイタンシノイド及びメイタンシノイド類似体、ベンゾジアゼピン、タキソイド、ＣＣ－１０６５及びＣＣ－１０６５類似体、デュオカルマイシン及びデュオカルマイシン類似体、エンジイン（カリケアミシンなど）、ドラスタチン及びドラスタチン類似体（アウリスタチンを含む）、トマイマイシン誘導体、レプトマイシン誘導体、メトトレキサート、シスプラチン、カルボプラチン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ならびに、モルホリノドキソルビシンが挙げられる。
例えば、一部の例では、細胞傷害薬は、真核細胞内における微小管形成を阻害する化合物である。このような薬剤としては、例えば、メイタンシノイド、ベンゾジアゼピン、タキソイド、ＣＣ－１０６５、デュオカルマイシン、デュオカルマイシン類似体、カリケアミシン、ドラスタチン、ドラスタチン類似体、アウリスタチン、トマイマイシン、及びレプトマイシン、または、上記のうちのいずれか１つのプロドラッグが挙げられる。メイタンシノイド化合物としては、例えば、Ｎ（２’）－デアセチル－Ｎ（２’）－（３－メルカプト－１－オキソプロピル）－マイタンシン（ＤＭ１）、Ｎ（２’）－デアセチル－Ｎ（２’）－（４－メルカプト－１－オキソペンチル）－マイタンシン（ＤＭ３）、及び、Ｎ（２’）－デアセチル－Ｎ２－（４－メルカプト－４－メチル－１－オキソペンチル）－マイタンシン（ＤＭ４）が挙げられる。ベンゾジアゼピンとしては、例えば、インドリノベンゾジアゼピン及びオキサゾリジノベンゾジアゼピンが挙げられる。
細胞傷害薬としては、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、マイタンシンまたはその類似体もしくは誘導体、アウリスタチンまたはその機能性ペプチド類似体もしくは誘導体、ドラスタチン１０もしくは１５またはその類似体、イリノテカンまたはその類似体、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシン、カリケアミシンまたはその類似体もしくは誘導体、代謝拮抗薬、６メルカプトプリン、６チオグアニン、シタラビン、フルダラビン、５フルオロウラシル、ダカルバジン、ヒドロキシウレア、アスパラギナーゼ、ゲムシタビン、クラドリビン、アルキル化剤、白金誘導体、デュオカルマイシンＡ、デュオカルマイシンＳＡ、ラケルマイシン（ＣＣ－１０６５）またはその類似体もしくは誘導体、抗生物質、ピロロ［２，１－ｃ］［１，４］－ベンゾジアゼピン（ＰＤＢ）、ジフテリア毒素、リシン毒素、コレラ毒素、志賀様毒素、ＬＴ毒素、Ｃ３毒素、志賀毒素、百日咳毒素、破傷風毒素、大豆ボーマンバークプロテアーゼ阻害剤、シュードモナスエキソトキシン、アロリン、サポリン、モデシン、ゲラニン、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、αサルシン、シナアブラギリ（Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉ）タンパク質、ジアンチンタンパク質、ヨウシュヤマゴボウ（Ｐｈｙｔｏｌａｃｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａ）タンパク質、ツルレイシ阻害剤、クルシン、クロチン、サボンソウ阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン毒素、リボヌクレアーゼ（ＲＮａｓｅ）、ＤＮａｓｅ Ｉ、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ、アメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、ジフテリン毒素、及びシュードモナスエンドトキシンが挙げられる。
例示的なＴＭＭＰ
本開示のＴＭＭＰは、ａ）ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチド、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含む、少なくとも１つのヘテロ二量体を含み、第１及び／または第２のポリペプチドは免疫調節ポリペプチドを含む。したがって、一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む、少なくとも１つのヘテロ二量体を含む。他の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む、少なくとも１つのヘテロ二量体を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む、少なくとも１つのヘテロ二量体を含む。一部の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは野生型免疫調節ポリペプチドである。他の例では、少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドは、共免疫調節ポリペプチドと比較して、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの共免疫調節ポリペプチドに対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、２つの免疫調節ポリペプチドを含み、２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、がん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）２つの免疫調節ポリペプチドとを含み、２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ペプチドリンカーを、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、さらに（ＴＭＭＰが第１のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間、のうちの１つ以上の間に存在させる。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８３）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８４）を含み、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、がん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、第２のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）２つの免疫調節ポリペプチド（２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する）と、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはＬ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ペプチドリンカーを、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、さらに（ＴＭＭＰが第２のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間のうちの１つ以上の間に存在させる。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８３）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８４）を含み、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、がん関連ペプチドである。一部の例では、本開示のＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープは、感染症関連ペプチド（例えば、ウイルスにコードされたペプチド）である。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、第２のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、ｉｉｉ）２つの免疫調節ポリペプチドとを含み、２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ペプチドリンカーを、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、さらに（ＴＭＭＰが第２のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間、のうちの１つ以上の間に存在させる。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８３）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８４）を含み、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、ｉｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドである。第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、ｉｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）２つの免疫調節ポリペプチド（２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する）と、ｉｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ペプチドリンカーを、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）免疫調節ポリペプチドとエピトープ、さらに（ＴＭＭＰが第１のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間、のうちの１つ以上の間に存在させる。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８３）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８４）を含み、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、ｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＨＬＡ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、ＨＬＡ重鎖ポリペプチドはＡ２３６Ｃ置換を有するＨＬＡ－Ａ２４ポリペプチドである。一部の例では、第２のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｉｉ）２つの免疫調節ポリペプチド（２つの免疫調節ポリペプチドは、同じアミノ酸配列を有する）と、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む。一部の例では、Ｉｇ ＦｃポリペプチドはヒトＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、Ｌ２３４Ａ及びＬ２３５Ａ置換を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、第１及び第２のポリペプチドを、互いにジスルフィド結合させる。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ａ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、免疫調節ポリペプチドは、Ｈ１６Ｔ及びＦ４２Ａ置換を含むバリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである。一部の例では、ペプチドリンカーを、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、ｉｉ）免疫調節ポリペプチドとＩｇ Ｆｃポリペプチド、ｉｉｉ）エピトープと第１のＭＨＣポリペプチド、ｉｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドと免疫調節ポリペプチド、さらに（ＴＭＭＰが第２のポリペプチド鎖上に２つの免疫調節ポリペプチドを含む場合）ｉｖ）２つの免疫調節ポリペプチドの間、のうちの１つ以上の間に存在させる。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列ＡＡＡＧＧ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８３）を含む。一部の例では、ペプチドリンカーは、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８４）を含み、ｎは、１～１０の整数である（例えば、ｎは、２、３、または４である）。
上記のように、そして図１４に概略的に示すように、免疫調節ポリペプチド（すなわち、１つ以上の免疫調節ポリペプチド）を、本開示のＴＭＭＰに様々な位置のいずれかで存在させることができる。図１４は、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドの２つのコピーの位置を示すが、免疫調節ポリペプチドは、本明細書に記載のように、様々な免疫調節ポリペプチドのいずれかであり得る。図１４に示すように、免疫調節ポリペプチドを、１）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＮ末端（位置１）、２）ＭＨＣクラスＩ重鎖のＣ末端及びＩｇ ＦｃポリペプチドのＮ末端、言い換えれば、ＭＨＣクラスＩ重鎖とＩｇ Ｆｃポリペプチドの間（位置２）、３）Ｉｇ ＦｃポリペプチドのＣ末端（位置３）、４）ペプチドエピトープのＮ末端（位置４）、または５）β２ＭポリペプチドのＣ末端（位置５）とすることができる。「位置１」は、クラスＩ ＭＨＣ重鎖と同じポリペプチド鎖上の、及びクラスＩ ＭＨＣ重鎖のＮ末端上の免疫調節ポリペプチドの位置を指し、例えば、その場合、ＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）β２Ｍポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドと、ｉｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。「位置２」は、クラスＩ ＭＨＣ重鎖と同じポリペプチド鎖上の、クラスＩ ＭＨＣ重鎖のＣ末端であるが、ポリペプチド鎖のＣ末端ではない免疫調節ポリペプチドの位置を指し、例えば、その場合、ＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）β２Ｍポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドと、ｉｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドと、ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。「位置３」は、クラスＩ ＭＨＣ重鎖と同じポリペプチド鎖上の、及びポリペプチド鎖のＣ末端上の免疫調節ポリペプチドの位置を指し、例えば、その場合、ＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）β２Ｍポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、ｉｉｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドとを含む第２のポリペプチドを含む。「位置４」は、β２Ｍポリペプチドと同じポリペプチド鎖上の、ならびにペプチドエピトープ及びβ２ＭポリペプチドのＮ末端上の免疫調節ポリペプチドの位置を指し、例えば、その場合、ＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドと、ｉｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉｉ）β２Ｍポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド（例えば、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む。「位置５」は、β２Ｍポリペプチドと同じポリペプチド鎖上の、及びβ２ＭポリペプチドのＣ末端（例えば、ポリペプチド鎖のＣ末端）上の免疫調節ポリペプチドの位置を指す。例えば、その場合、ＴＭＭＰは、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）β２Ｍポリペプチドと、ｉｉｉ）１つ以上の免疫調節ポリペプチドとを含む第１のポリペプチド、及びｂ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド（例えば、Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）クラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドと、ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含む。
さらに、上記で論じたように、また、図１３Ａ～１３Ｃに概略的に示すように、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド鎖及び第２のポリペプチド鎖を、１つ以上のジスルフィド結合によって連結することができる。例えば、本開示のＴＭＭＭＰに、ａ）Ｒ１２Ｃ置換を有するβ２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド鎖、及びｂ）Ａ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチド鎖を含ませることができ、それにより、第１のポリペプチド鎖のβ２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合を形成させる。別の例として、本開示のＴＭＭＭＰに、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）ＧＣＧＧ（Ｇ４Ｓ）ｎ配列を有するペプチドリンカー（ｎは、１、２、または３である）と、ｉｉｉ）β２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、及びｂ）Ｙ８４Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含ませることができ、それにより、第１のポリペプチド鎖のペプチドリンカーのＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間にジスルフィド結合を形成させる。他の例では、本開示のＴＭＭＰに、ａ）Ｎ末端からＣ末端の順に、ｉ）ペプチドエピトープと、ｉｉ）ＧＣＧＧ（Ｇ４Ｓ）ｎ配列を有するペプチドリンカー（ｎは、１、２、または３である）と、ｉｉｉ）Ｒ１２Ｃ置換を有するβ２Ｍポリペプチドを含む第１のポリペプチド、ならびにｂ）Ｙ８４Ｃ置換及びＡ２３６Ｃ置換を有するクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドを含む第２のポリペプチドを含ませることができ、それにより、ｉ）第１のポリペプチド鎖のペプチドリンカーのＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの８４位のＣｙｓとの間に第１のジスルフィド結合を形成させ、ｉｉ）第１のポリペプチド鎖のβ２Ｍポリペプチドの１２位のＣｙｓと第２のポリペプチド鎖のクラスＩ ＭＨＣ重鎖ポリペプチドの２３６位のＣｙｓとの間に第２のジスルフィド結合を形成させる。簡略化のために、第１のジスルフィド結合を「Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃ」と呼び、第２のジスルフィド結合を「Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃ」と呼ぶ。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、ｂ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、またはｃ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めることができる。
本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、及びｂ）位置１に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、及びｂ）位置２に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、及びｂ）位置３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、及びｂ）位置４に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含め、Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含めず、及びｂ）位置５に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。
本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、位置１に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、位置２に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、位置３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、位置４に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｒ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合を含め、Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合を含めず、位置５に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。
本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置１に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置２に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置３に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置４に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。本開示のＴＭＭＰには、ａ）Ｇ２Ｃ／Ｙ８４Ｃジスルフィド結合及びＲ１２Ｃ／Ａ２３６Ｃジスルフィド結合、ならびにｂ）位置５に少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含めることができる。
多量体Ｔ細胞調節ポリペプチドを作製するための方法
本開示は、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する親野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対するより低い親和性を示す１つ以上のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含むＴＭＭＰを得るための方法を提供し、その方法は、Ａ）複数のメンバーを含むＴＭＭＰのライブラリを作製することと（それぞれのメンバーは、ａ）第１のポリペプチドであって、ｉ）エピトープとｉｉ）第１の主要ＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとｉｉ）任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドとを含む第２のポリペプチドと、を含み、それぞれのメンバーは、第１のポリペプチド上、第２のポリペプチド上、または、第１のポリペプチド上と第２のポリペプチド上の両方に、異なるバリアント型免疫調節ポリペプチドを含む）、Ｂ）ライブラリのそれぞれのメンバーの同種共免疫調節ポリペプチドに対する親和性を測定することと、Ｃ）同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示すメンバーを選択することと、を含む。一部の例では、親和性は、精製ＴＭＭＰライブラリメンバー及び同種共免疫調節ポリペプチドを使用したバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）により測定される。ＢＬＩ法は当業者に周知である。ＢＬＩアッセイについては上述したとおりである。例えば、Ｌａｄ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｃｒｅｅｎ．２０（４）：４９８－５０７；及びＳｈａｈ ａｎｄ Ｄｕｎｃａｎ（２０１４）Ｊ．Ｖｉｓ．Ｅｘｐ．１８：ｅ５１３８３を参照されたい。
本開示は、Ｔ細胞に対する選択的結合性を示すＴＭＭＰを得るための方法を提供し、その方法は、Ａ）複数のメンバーを含むＴＭＭＰのライブラリを作製することと（それぞれのメンバーは、ａ）第１のポリペプチドであって、ｉ）エピトープとｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとｉｉ）任意選択的に、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドとを含む第２のポリペプチドと、を含み、それぞれのメンバーは、第１のポリペプチド上、第２のポリペプチド上、または、第１のポリペプチド上と第２のポリペプチド上の両方に、異なるバリアント型免疫調節ポリペプチドを含み、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、親野生型免疫調節ポリペプチドとは１アミノ酸～１０アミノ酸分、アミノ酸配列が異なる）、Ｂ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）エピトープに結合するＴ細胞受容体をその表面上に発現する標的Ｔ細胞に、ＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させることと（ＴＭＭＰライブラリメンバーはエピトープタグを含み、その結果、ＴＭＭＰライブラリメンバーは標的Ｔ細胞に結合する）、Ｃ）エピトープタグに結合する蛍光標識結合因子に、標的Ｔ細胞に結合したＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させて、ＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体を作製することと、Ｄ）フローサイトメトリーを使用してＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定することと（ＴＭＭＰライブラリメンバーの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩにより、親和性と明らかな結合力の指標がもたらされる）、Ｅ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＭＰライブラリメンバー内に存在するエピトープ以外のエピトープに結合するＴ細胞受容体とを含む対照Ｔ細胞へのＴＭＭＰライブラリメンバーの結合と比較して、標的Ｔ細胞に選択的に結合するＴＭＭＰライブラリメンバーを選択することと、を含む。一部の例では、標的Ｔ細胞に選択的に結合することが確認されたＴＭＭＰライブラリメンバーは、ライブラリから単離される。
一部の例では、親野生型免疫調節ポリペプチドと同種免疫調節ポリペプチドのペアは、
ＩＬ－２とＩＬ－２受容体、
４－１ＢＢＬと４－１ＢＢ、
ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１、
ＣＤ７０とＣＤ２７、
ＴＧＦβとＴＧＦβ受容体、
ＣＤ８０とＣＤ２８、
ＣＤ８６とＣＤ２８、
ＯＸ４０ＬとＯＸ４０、
ＦａｓＬとＦａｓ、
ＩＣＯＳ－ＬとＩＣＯＳ、
ＩＣＡＭとＬＦＡ－１、
ＪＡＧ１とＮｏｔｃｈ、
ＪＡＧ１とＣＤ４６、
ＣＤ８０とＣＴＬＡ４、及び、
ＣＤ８６とＣＴＬＡ４
から選択される。
本開示は、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する親野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す１つ以上のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含むＴＭＭＰを得るための方法を提供し、その方法は、複数のメンバーを含むＴＭＭＰのライブラリから、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示すメンバーを選択すること（複数のメンバーは、ａ）第１のポリペプチドであって、ｉ）エピトープとｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとｉｉ）任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドとを含む第２のポリペプチドと、を含み、ライブラリのメンバーは、第１のポリペプチド、第２のポリペプチド、または、第１のポリペプチドと第２のポリペプチドの両方の内部に存在する複数のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含む）、を含む。一部の例では、選択行程は、バイオレイヤー干渉法を使用して、ＴＭＭＰライブラリメンバーと同種共免疫調節ポリペプチドの間の結合親和性を測定することを含む。一部の例では、ＴＭＭＰは上述したとおりである。
一部の例では、方法は、ａ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）エピトープに結合するＴ細胞受容体をその表面上に発現する標的Ｔ細胞に、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させることと（ＴＭＭＰライブラリメンバーはエピトープタグを含み、その結果、ＴＭＭＰライブラリメンバーは標的Ｔ細胞に結合する）、ｂ）エピトープタグに結合する蛍光標識結合因子に、標的Ｔ細胞に結合した選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させて、選択ＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体を作製することと、ｃ）フローサイトメトリーを使用して選択ＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定することと（選択ＴＭＭＰライブラリメンバーの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩにより、親和性と明らかな結合力の指標がもたらされる）、をさらに含む。標的Ｔ細胞に選択的に結合する選択ＴＭＭＰライブラリメンバーは、ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＭＰライブラリメンバー内に存在するエピトープ以外のエピトープに結合するＴ細胞受容体を含む対照Ｔ細胞へのＴＭＭＰライブラリメンバーの結合と比較して、標的Ｔ細胞に選択的に結合することが確認される。一部の例では、結合因子は、エピトープタグに特異的な抗体である。一部の例では、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する親野生型免疫調節ポリペプチドと比較して、１～２０のアミノ酸置換（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同一のアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１のポリペプチドは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドのうちの１つを含み、第２のポリペプチドは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドのうちの２つ目を含む。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの同一のポリペプチド鎖上にある。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの第１のポリペプチド上にある。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの第２のポリペプチド上にある。
一部の例では、方法は、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーをライブラリから単離することをさらに含む。一部の例では、方法は、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供することをさらに含む。一部の例では、核酸は組換え発現ベクター内に存在する。一部の例では、ヌクレオチド配列は、真核細胞において機能的である転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、方法は、真核生物宿主細胞に核酸を導入し、液体培地内で細胞を培養して、細胞内でコードされた選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを合成することをさらに含む。一部の例では、方法は、細胞または細胞を含む液体培地から、合成した選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを単離することをさらに含む。一部の例では、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーはＩｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、方法は、薬物をＩｇ Ｆｃポリペプチドに複合体化することをさらに含む。一部の例では、薬物は、メイタンシノイド、ベンゾジアゼピン、タキソイド、ＣＣ－１０６５、デュオカルマイシン、デュオカルマイシン類似体、カリケアミシン、ドラスタチン、ドラスタチン類似体、アウリスタチン、トマイマイシン、及びレプトマイシン、または、上記のうちのいずれか１つのプロドラッグから選択される細胞傷害薬である。一部の例では、薬物はレチノイドである。一部の例では、親野生型免疫調節ポリペプチドと同種免疫調節ポリペプチドは、ＩＬ－２とＩＬ－２受容体、４－１ＢＢＬと４－１ＢＢ、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１、ＣＤ７０とＣＤ２７、ＴＧＦβとＴＧＦβ受容体、ＣＤ８０とＣＤ２８、ＣＤ８６とＣＤ２８、ＯＸ４０ＬとＯＸ４０、ＦａｓＬとＦａｓ、ＩＣＯＳ－ＬとＩＣＯＳ、ＩＣＡＭとＬＦＡ－１、ＪＡＧ１とＮｏｔｃｈ、ＪＡＧ１とＣＤ４６、ＣＤ８０とＣＴＬＡ４、及び、ＣＤ８６とＣＴＬＡ４、から選択される。
本開示は、同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する親野生型免疫調節ポリペプチドの親和性と比較して、同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示す１つ以上のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含むＴＭＭＰを得るための方法を提供し、その方法は、Ａ）複数のメンバーを含むＴＭＭＰのライブラリを提供することと（複数のメンバーは、ａ）第１のポリペプチドであって、ｉ）エピトープとｉｉ）第１のＭＨＣポリペプチドとを含む第１のポリペプチドと、ｂ）第２のポリペプチドであって、ｉ）第２のＭＨＣポリペプチドとｉｉ）任意選択的に、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドまたは非Ｉｇスキャフォールドとを含む第２のポリペプチドと、を含み、ライブラリのメンバーは、第１のポリペプチド、第２のポリペプチド、または、第１のポリペプチドと第２のポリペプチドの両方の内部に存在する複数のバリアント型免疫調節ポリペプチドを含む）、Ｂ）同種共免疫調節ポリペプチドに対し低い親和性を示すメンバーをライブラリから選択することと、を含む。一部の例では、選択行程は、バイオレイヤー干渉法を使用して、ＴＭＭＰライブラリメンバーと同種共免疫調節ポリペプチドの間の結合親和性を測定することを含む。一部の例では、ＴＭＭＰは上述したとおりである。
一部の例では、方法は、ａ）ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）エピトープに結合するＴ細胞受容体をその表面上に発現する標的Ｔ細胞に、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させることと（ＴＭＭＰライブラリメンバーはエピトープタグを含み、その結果、ＴＭＭＰライブラリメンバーは標的Ｔ細胞に結合する）、ｂ）エピトープタグに結合する蛍光標識結合因子に、標的Ｔ細胞に結合した選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを接触させて、選択ＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体を作製することと、ｃ）フローサイトメトリーを使用して選択ＴＭＭＰライブラリメンバー／標的Ｔ細胞／結合因子複合体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定することと（選択ＴＭＭＰライブラリメンバーの濃度範囲にわたり測定されたＭＦＩにより、親和性と明らかな結合力の指標がもたらされる）、をさらに含む。標的Ｔ細胞に選択的に結合する選択ＴＭＭＰライブラリメンバーは、ｉ）親野生型免疫調節ポリペプチドに結合する同種共免疫調節ポリペプチドとｉｉ）ＴＭＭＰライブラリメンバー内に存在するエピトープ以外のエピトープに結合するＴ細胞受容体を含む対照Ｔ細胞へのＴＭＭＰライブラリメンバーの結合と比較して、標的Ｔ細胞に選択的に結合することが確認される。一部の例では、結合因子は、エピトープタグに特異的な抗体である。一部の例では、バリアント型免疫調節ポリペプチドは、対応する親野生型免疫調節ポリペプチドと比較して、１～２０のアミノ酸置換（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸置換）を含む。一部の例では、ＴＭＭＰは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、同一のアミノ酸配列を含む。一部の例では、第１のポリペプチドは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドのうちの１つを含み、第２のポリペプチドは、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドのうちの２つ目を含む。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの同一のポリペプチド鎖上にある。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの第１のポリペプチド上にある。一部の例では、２つのバリアント型免疫調節ポリペプチドは、ＴＭＭＰの第２のポリペプチド上にある。
一部の例では、方法は、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーをライブラリから単離することをさらに含む。一部の例では、方法は、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供することをさらに含む。一部の例では、核酸は組換え発現ベクター内に存在する。一部の例では、ヌクレオチド配列は、真核細胞において機能的である転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、方法は、真核生物宿主細胞に核酸を導入し、液体培地内で細胞を培養して、細胞内でコードされた選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを合成することをさらに含む。一部の例では、方法は、細胞または細胞を含む液体培地から、合成した選択ＴＭＭＰライブラリメンバーを単離することをさらに含む。一部の例では、選択ＴＭＭＰライブラリメンバーはＩｇ Ｆｃポリペプチドを含む。一部の例では、方法は、薬物をＩｇ Ｆｃポリペプチドに複合体化することをさらに含む。一部の例では、薬物は、メイタンシノイド、ベンゾジアゼピン、タキソイド、ＣＣ－１０６５、デュオカルマイシン、デュオカルマイシン類似体、カリケアミシン、ドラスタチン、ドラスタチン類似体、アウリスタチン、トマイマイシン、及びレプトマイシン、または、上記のうちのいずれか１つのプロドラッグから選択される細胞傷害薬である。一部の例では、薬物はレチノイドである。一部の例では、親野生型免疫調節ポリペプチドと同種免疫調節ポリペプチドは、ＩＬ－２とＩＬ－２受容体、４－１ＢＢＬと４－１ＢＢ、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１、ＴＧＦβとＴＧＦβ受容体、ＣＤ８０とＣＤ２８、ＣＤ８６とＣＤ２８、ＯＸ４０ＬとＯＸ４０、ＦａｓＬとＦａｓ、ＩＣＯＳ－ＬとＩＣＯＳ、ＣＤ７０とＣＤ２７、ＩＣＡＭとＬＦＡ－１、ＪＡＧ１とＮｏｔｃｈ、ＪＡＧ１とＣＤ４６、ＣＤ８０とＣＴＬＡ４、及び、ＣＤ８６とＣＴＬＡ４、から選択される。
核酸
本開示は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。本開示は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。
本開示は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの全てのポリペプチド鎖は、単一の核酸内でコードされる。一部の例では、第１の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第２の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、単一の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドと本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。
多量体ポリペプチドの個々のポリペプチド鎖をコードする個々の核酸
本開示は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。上に記載したように、一部の例では、本開示のＴＭＭＰの個々のポリペプチド鎖は、個々の核酸内でコードされる。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの個々のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメント、例えば、プロモーター、例えば、真核細胞において機能的であるプロモーターなどに機能的に連結し、プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターであってもよい。
本開示は、第１の核酸及び第２の核酸を提供し、第１の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）エピトープ（例えば、Ｔ細胞エピトープ）と、ｂ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｃ）免疫調節ポリペプチドと（例えば、上に記載した低い親和性のバリアント型）、を含み、第２の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第２のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｂ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、を含む。好適なＴ細胞エピトープ、ＭＨＣポリペプチド、免疫調節ポリペプチド、及びＩｇ Ｆｃポリペプチドについては上述したとおりである。一部の例では、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、転写制御エレメントは、真核細胞において機能的であるプロモーターである。一部の例では、核酸は、個々の発現ベクター内に存在する。
本開示は、第１の核酸及び第２の核酸を提供し、第１の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）エピトープ（例えば、Ｔ細胞エピトープ）と、ｂ）第１のＭＨＣポリペプチドと、を含み、第２の核酸は、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、第２のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）免疫調節ポリペプチド（例えば、上に記載した低い親和性のバリアント型）と、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｃ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、を含む。好適なＴ細胞エピトープ、ＭＨＣポリペプチド、免疫調節ポリペプチド、及びＩｇ Ｆｃポリペプチドについては上述したとおりである。一部の例では、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、転写制御エレメントは、真核細胞において機能的であるプロモーターである。一部の例では、核酸は、個々の発現ベクター内に存在する。
多量体ポリペプチド内に存在する２種以上のポリペプチドをコードする核酸
本開示は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド及び第２のポリペプチドを少なくともコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、第１、第２及び第３のポリペプチドを含み、核酸は、第１、第２及び第３のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の間に配置されたタンパク質分解開裂性リンカーを含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の間に配置された配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む。一部の例では、本開示のＴＭＭＰの、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列及び第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の間に配置されたリボソームスキッピングシグナル（またはシス作用性加水分解酵素エレメント、ＣＨＹＳＥＬ）を含む。核酸の例については以下に記載するが、タンパク質分解開裂性リンカーは、本開示のＴＭＭＰの、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の間に配置され、これらの実施形態のいずれかにおいて、ＩＲＥＳまたはリボソームスキッピングシグナルは、タンパク質分解開裂性リンカーをコードするヌクレオチド配列の代わりに使用され得る。
一部の例では、第１の核酸（例えば、組換え発現ベクター、ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡなど）は、本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列を含み、第２の核酸（例えば、組換え発現ベクター、ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡなど）は、本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチド鎖をコードするヌクレオチド配列を含む。一部の例では、第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と第２のポリペプチドをコードする第２のヌクレオチド配列はそれぞれ、転写制御エレメント、例えば、プロモーター、例えば、真核細胞において機能的であるプロモーターなどに機能的に連結し、プロモーターは、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターであってもよい。
本開示は、組換えポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供し、組換えポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）エピトープ（例えば、Ｔ細胞エピトープ）と、ｂ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｃ）免疫調節ポリペプチド（例えば、上に記載した低い親和性のバリアント型）と、ｄ）タンパク質分解開裂性リンカーと、ｅ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｆ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドと、を含む。本開示は、組換えポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供し、組換えポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）第１のリーダーペプチドと、ｂ）エピトープと、ｃ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｄ）免疫調節ポリペプチド（例えば、上に記載した低い親和性のバリアント型）と、ｅ）タンパク質分解開裂性リンカーと、ｆ）第２のリーダーペプチドと、ｇ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｈ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、を含む。本開示は、組換えポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供し、組換えポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端の順に、ａ）エピトープと、ｂ）第１のＭＨＣポリペプチドと、ｃ）タンパク質分解開裂性リンカーと、ｄ）免疫調節ポリペプチド（例えば、上に記載した低い親和性のバリアント型）と、ｅ）第２のＭＨＣポリペプチドと、ｆ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、を含む。一部の例では、第１のリーダーペプチド及び第２のリーダーペプチドはβ２－Ｍリーダーペプチドである。一部の例では、ヌクレオチド配列は転写制御エレメントに機能的に連結する。一部の例では、転写制御エレメントは、真核細胞において機能的であるプロモーターである。
好適なＭＨＣポリペプチドについては上述したとおりである。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドはβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、第２のＭＨＣポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである。一部の例では、β２－ミクログロブリンポリペプチドは、図４に記載のβ２Ｍアミノ酸配列に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｋ、またはＨＬＡ－Ｌ重鎖である。
好適なＦｃポリペプチドについては上述したとおりである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチド、ＩｇＧ２ Ｆｃポリペプチド、ＩｇＧ３ Ｆｃポリペプチド、ＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチド、ＩｇＡ Ｆｃポリペプチド、またはＩｇＭ Ｆｃポリペプチドである。一部の例では、Ｉｇ Ｆｃポリペプチドは、図３Ａ～図３Ｇに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
好適な免疫調節ポリペプチドについては上述したとおりである。
好適なタンパク質分解開裂性リンカーについては上述したとおりである。一部の例では、タンパク質分解開裂性リンカーは、
Figure 2022515331000235
から選択されるアミノ酸配列を含む。
一部の例では、エピトープと第１のＭＨＣポリペプチドの間のリンカーは第１のＣｙｓ残基を含み、第２のＭＨＣポリペプチドは、第２のＣｙｓ残基をもたらすアミノ酸置換を含み、その結果、第１のＣｙｓ残基と第２のＣｙｓ残基は、リンカーと第２のＭＨＣポリペプチドの間にジスルフィド結合をもたらす。一部の例では、第１のＭＨＣポリペプチドは、第１のＣｙｓ残基をもたらすアミノ酸置換を含み、第２のＭＨＣポリペプチドは、第２のＣｙｓ残基をもたらすアミノ酸置換を含み、その結果、第１のＣｙｓ残基と第２のＣｙｓ残基は、第１のＭＨＣポリペプチドと第２のＭＨＣポリペプチドの間にジスルフィド結合をもたらす。
組換え発現ベクター
本開示は、本開示の核酸を含む組換え発現ベクターを提供する。一部の例では、組換え発現ベクターは非ウイルスベクターである。一部の例では、組換え発現ベクターは、ウイルス性構築物、例えば、組換えアデノ随伴ウイルス性構築物（例えば、米国特許第７，０７８，３８７号を参照のこと）、組換えアデノウイルス性構築物、組換えレンチウイルス性構築物、組換えレトロウイルス性構築物、非一体型ウイルスベクターなどである。
好適な発現ベクターとしては、ウイルスベクター（例えば、ワクシニアウイルス、ポリオウイルス、アデノウイルス（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｖｅｓｔ Ｏｐｔｈａｌｍｏｌ Ｖｉｓ Ｓｃｉ ３５：２５４３ ２５４９，１９９４；Ｂｏｒｒａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ６：５１５ ５２４，１９９９；Ｌｉ ａｎｄ Ｄａｖｉｄｓｏｎ，ＰＮＡＳ ９２：７７００ ７７０４，１９９５；Ｓａｋａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｈ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ５：１０８８ １０９７，１９９９；ＷＯ９４／１２６４９，ＷＯ９３／０３７６９；ＷＯ９３／１９１９１；ＷＯ９４／２８９３８；ＷＯ ９５／１１９８４及びＷＯ９５／００６５５を参照のこと）、アデノ随伴ウイルス（例えば、Ａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ９：８１ ８６，１９９８，Ｆｌａｎｎｅｒｙ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ９４：６９１６ ６９２１，１９９７；Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｖｅｓｔ Ｏｐｔｈａｌｍｏｌ Ｖｉｓ Ｓｃｉ ３８：２８５７ ２８６３，１９９７；Ｊｏｍａｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ４：６８３ ６９０，１９９７，Ｒｏｌｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １０：６４１ ６４８，１９９９；Ａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ ５：５９１ ５９４，１９９６；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｉｎ ＷＯ９３／０９２３９，Ｓａｍｕｌｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒ．（１９８９）６３：３８２２－３８２８；Ｍｅｎｄｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌ．（１９８８）１６６：１５４－１６５；及びＦｌｏｔｔｅ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ（１９９３）９０：１０６１３－１０６１７を参照のこと）、ＳＶ４０、単純ヘルペスウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（例えば、Ｍｉｙｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ９４：１０３１９ ２３，１９９７；Ｔａｋａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｖｉｒｏｌ ７３：７８１２ ７８１６，１９９９を参照のこと）をベースとするウイルスベクター）、レトロウイルスベクター（例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、ならびに、レトロウイルス、例えば、ラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、レンチウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、及び乳癌ウイルスなどに由来するベクター）など、が挙げられるがこれらに限定されない。
多数の好適な発現ベクターが当業者に周知であり、その多くは市販されている。真核生物宿主細胞用に、以下のベクター、ｐＸＴ１、ｐＳＧ５（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、及び、ｐＳＶＬＳＶ４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）を例として提供する。しかしながら、宿主細胞に適合する限りにおいて、任意のその他のベクターを使用してもよい。
利用する宿主／ベクター系に応じて、構成的プロモーター及び誘導性プロモーター、転写エンハンサーエレメント、転写ターミネーターなどを含む多数の好適な転写及び翻訳制御エレメントのいずれかを、発現ベクター内において使用してもよい（例えば、Ｂｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１５３：５１６－５４４を参照のこと）。
一部の例では、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ及び／または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、制御エレメント、例えば、プロモーターなどの転写制御エレメントに機能的に連結する。転写制御エレメントは、真核細胞（例えば、哺乳動物細胞）または原核細胞（例えば、細菌細胞または古細菌細胞）のいずれかにおいて機能的であってもよい。一部の例では、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ及び／または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、原核細胞と真核細胞の両方においてＤＮＡ標的化ＲＮＡ及び／または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の発現を可能とする複数の制御エレメントに機能的に連結する。
好適な真核細胞プロモーター（真核細胞において機能的なプロモーター）の非限定例としては、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）前初期、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）チミジンキナーゼ、初期及び後期ＳＶ４０、レトロウイルス由来長末端反復配列（ＬＴＲ）、及びマウスメタロチオネイン－Ｉ、の真核細胞プロモーターが挙げられる。適切なベクター及びプロモーターの選択については、十分に当業者のレベルの範囲内である。発現ベクターはまた、翻訳開始用のリボソーム結合部位及び転写ターミネーターを含有していてもよい。発現ベクターはまた、発現を増幅させるための適切な配列を含んでいてもよい。
遺伝子組換え宿主細胞
本開示は遺伝子組換え宿主細胞を提供し、その宿主細胞は本開示の核酸で遺伝子組換えされている。
好適な宿主細胞としては、イースト菌などの真核細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞が挙げられる。一部の例では、宿主細胞は哺乳動物細胞株の細胞である。好適な哺乳動物細胞株としては、ヒト細胞株、非ヒト霊長類細胞株、げっ歯類（例えば、マウス、ラット）細胞株などが挙げられる。好適な哺乳動物細胞株としては、ＨｅＬａ細胞（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）番号ＣＣＬ－２）、ＣＨＯ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ９６１８、ＣＣＬ６１、ＣＲＬ９０９６）、２９３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１５７３）、Ｖｅｒｏ細胞、ＮＩＨ ３Ｔ３細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ－１６５８）、Ｈｕｈ－７細胞、ＢＨＫ細胞（例えば、ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ１０）、ＰＣ１２細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１７２１）、ＣＯＳ細胞、ＣＯＳ－７細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１６５１）、ＲＡＴ１細胞、マウスＬ細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬＩ．３）、ヒト胎児腎臓（ＨＥＫ）細胞（ＡＴＣＣ番号ＣＲＬ１５７３）、ＨＬＨｅｐＧ２細胞などが挙げられるがこれらに限定されない。
一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣβ２－Ｍを合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。
一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣクラスＩ重鎖を合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。一部の例では、宿主細胞は、内在性ＭＨＣβ２－Ｍを合成しないように、及び内在性ＭＨＣクラスＩ重鎖を合成しないように遺伝子組換えされた哺乳動物細胞である。
組成物
本開示は、本開示のＴＭＭＰ（ｓｙｎＴａｃ）を含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。本開示は、本開示のＴＭＭＰを含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。本開示は、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。
多量体ポリペプチドを含む組成物
本開示の組成物は、本開示のＴＭＭＰに加えて、塩、例えば、ＮａＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＫＣｌ、ＭｇＳＯ４など；緩衝剤、例えば、トリス緩衝剤、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－Ｎ’－（２－エタンスルホン酸）（ＨＥＰＥＳ）、２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸（ＭＥＳ）、２－（Ｎ－モルホリノ）エタンスルホン酸ナトリウム塩（ＭＥＳ）、３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸（ＭＯＰＳ）、Ｎ－トリス［ヒドロキシメチル］メチル－３－アミノプロパンスルホン酸（ＴＡＰＳ）など；可溶化剤；界面活性剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ－２０などの非イオン性界面活性剤など；プロテアーゼ阻害剤；グリセロール；など、のうちの１種以上を含んでいてもよい。
組成物は薬学的に許容される賦形剤を含んでいてもよく、その種類は当該技術分野において周知であり、本明細書で詳細に論述する必要はない。薬学的に許容される賦形剤については、例えば、“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ”，１９ｔｈ Ｅｄ．（１９９５），ｏｒ ｌａｔｅｓｔ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ；Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００）”Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ”，２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ（１９９９）Ｈ．Ｃ．Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ ７ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；及びＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（２０００）Ａ．Ｈ．Ｋｉｂｂｅ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，３ｒｄ ｅｄ．Ａｍｅｒ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ａｓｓｏｃを含む、様々な刊行物において詳細に記載されている。
医薬組成物は、本開示のＴＭＭＰと、薬学的に許容される賦形剤と、を含んでいてもよい。一部の例では、本医薬組成物は対象への投与に好適であり、例えば、滅菌されている。例えば、一部の例では、本医薬組成物はヒト対象への投与に好適であり、例えば、組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び／またはその他の毒素を含まない。
タンパク質組成物は、その他の成分、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セルロース、グルコース、スクロース、マグネシウム、カーボネート、などを含んでいてもよい。組成物は、生理学的条件に近づけるのに必要な薬学的に許容される補助剤、例えば、ｐＨ調整剤及びｐＨ緩衝剤、毒性調整剤など、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウム、塩酸塩、硫酸塩、溶媒和物（例えば、混合イオン性塩、水、有機物質）、水和物（例えば、水）など、を含んでいてもよい。
例えば、組成物としては、水性液剤、粉末形状剤、顆粒剤、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル剤、懸濁剤、噴霧剤など、を挙げてもよい。組成物は、以下に記載する様々な投与経路に応じて製剤化されてもよい。
本開示のＴＭＭＰが、注射剤として組織へと直接投与される（例えば、皮下、腹腔内、筋肉内及び／または静脈内）場合、製剤は、レディートゥーユース剤形、すなわち、非水性形態（例えば、戻すことができる保存安定性のある粉末）または水性形態（例えば、薬学的に許容される担体と、薬学的に許容される賦形剤と、からなる液体など）として提供されてもよい。タンパク質含有製剤はまた、投与後におけるＴＭＭＰの血清中半減期を延長するように提供されてもよい。例えば、ＴＭＭＰは、コロイド状に調製されるリポソーム製剤として提供されてもよく、あるいは、血清中半減期を延長するためのその他の従来技術を用いて提供されてもよい。リポソームを調製するための様々な方法が利用可能であり、例えば、Ｓｚｏｋａ ｅｔ ａｌ．１９８０ Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．９：４６７，米国特許第４，２３５，８７１号、第４，５０１，７２８号及び第４，８３７，０２８号に記載されている。製剤はまた、制御放出形態または徐放形態で提供されてもよい。
非経口投与に好適な製剤のその他の例としては、等張性滅菌注射用液剤、酸化防止剤、静菌剤、製剤を目的のレシピエントの血液と等張とする溶質、懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、及び、防腐剤、が挙げられる。例えば、本医薬組成物は、容器、例えば、注射器などの滅菌容器で提供されてもよい。製剤は、単回用量または複数回用量の密閉容器、例えば、アンプル及びバイアルなどで提供されてもよく、使用の直前において、注射用の滅菌液体賦形剤（例えば、水）の添加のみを必要とするフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存されてもよい。即時注射用液剤及び即時注射用懸濁剤は、滅菌した散剤、顆粒剤及び錠剤から調製してもよい。
製剤中における本開示のＴＭＭＰの濃度は、広い範囲（例えば、重量比で、約０．１％未満から、通常は（または少なくとも）約２％から、２０％ほどまで、５０％以上まで）で変化し得るが、通常は、主に、液量、粘度、ならびに、選択した特定の投与方法及び患者のニーズに従った患者基準の因子に基づいて選択される。
本開示は、本開示の組成物（例えば、液体組成物）を含む容器を提供する。容器は、例えば、注射器、アンプルなどであってもよい。一部の例では、容器は滅菌されている。一部の例では、容器と組成物の両方は滅菌されている。
本開示は、本開示のＴＭＭＰを含む組成物（医薬組成物を含む）を提供する。組成物は、ａ）本開示のＴＭＭＰと、ｂ）上記の賦形剤と、を含んでいてもよい。一部の例では、賦形剤は薬学的に許容される賦形剤である。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは液体組成物内に存在する。それゆえ、本開示は、本開示のＴＭＭＰを含む組成物（例えば、液体組成物（医薬組成物を含む））を提供する。一部の例では、本開示の組成物は、ａ）本開示のＴＭＭＰと、ｂ）生理食塩水（例えば、０．９％ＮａＣｌ）と、を含む。一部の例では、組成物は滅菌されている。一部の例では、組成物はヒト対象への投与に好適であり、例えば、組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び／またはその他の毒素を含まない。それゆえ、本開示は、ａ）本開示のＴＭＭＰと、ｂ）生理食塩水（例えば、０．９％ＮａＣｌ）と、を含む組成物を提供し、組成物は滅菌されており、検出可能な発熱物質及び／またはその他の毒素を含まない。
核酸または組換え発現ベクターを含む組成物
本開示は、組成物、例えば、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む医薬組成物を提供する。多種多様な薬学的に許容される賦形剤は当該技術分野において周知であり、本明細書において詳細に論述する必要はない。薬学的に許容される賦形剤については、例えば、Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００）“Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ”，２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ（１９９９）Ｈ．Ｃ．Ａｎｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ ７ｔｈ ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；及びＨａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（２０００）Ａ．Ｈ．Ｋｉｂｂｅ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，３ｒｄ ｅｄ．Ａｍｅｒ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ａｓｓｏｃを含む、様々な刊行物において詳細に記載されている。
本開示の組成物は、ａ）ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸または１種以上の組換え発現ベクターと、ｂ）緩衝剤、界面活性剤、酸化防止剤、親水性ポリマー、デキストリン、キレート化剤、懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定化剤、静菌剤、湿潤剤、及び、防腐剤のうちの１種以上と、を含んでいてもよい。好適な緩衝剤としては、例えば、Ｎ，Ｎ－ビス（２－ヒドロキシエチル）－２－アミノエタンスルホン酸（ＢＥＳ）、ビス（２－ヒドロキシエチル）アミノ－トリス（ヒドロキシメチル）メタン（ビス－トリス）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）ピペラジン－Ｎ’３－プロパンスルホン酸（ＥＰＰＳまたはＨＥＰＰＳ）、グリシルグリシン、Ｎ－２－ヒドロキシエチルピペラジン－Ｎ’－２－エタンスルホン酸（ＨＥＰＥＳ）、３－（Ｎ－モルホリノ）プロパンスルホン酸（ＭＯＰＳ）、ピペラジン－Ｎ，Ｎ’－ビス（２－エタン－スルホン酸）（ＰＩＰＥＳ）、重炭酸ナトリウム、３－（Ｎ－トリス（ヒドロキシメチル）－メチル－アミノ）－２－ヒドロキシ－プロパンスルホン酸（ＴＡＰＳＯ）、Ｎ－トリス（ヒドロキシメチル）メチル－２－アミノエタンスルホン酸（ＴＥＳ）、Ｎ－トリス（ヒドロキシメチル）メチル－グリシン（トリシン）、トリス（ヒドロキシメチル）－アミノメタン（トリス）、などが挙げられるがこれらに限定されない。好適な塩としては、例えば、ＮａＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＫＣｌ、ＭｇＳＯ４などが挙げられる。
本開示の医薬品製剤は、約０．００１％～約９０％（重量／重量）の量で、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含んでいてもよい。以下の製剤の記述において、「本核酸または組換え発現ベクター」は、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含むものと理解される。例えば、一部の例では、本製剤は、本開示の核酸または組換え発現ベクターを含む。
本核酸または組換え発現ベクターは、その他の化合物または化合物の混合物と混合してもよく、それらに封入してもよく、それらに複合体化するかまたは別の方法で結合させてもよく、このような化合物としては、例えば、リポソームまたは受容体標的化分子が挙げられる。本核酸または組換え発現ベクターは、取り込み、分散及び／または吸収を補助する１種以上の成分と製剤内で混合してもよい。
本核酸または組換え発現ベクター組成物は、限定するわけではないが例えば、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル剤、坐剤、及び浣腸剤などの多くの可能な剤形のいずれかへと製剤化してもよい。本核酸または組換え発現ベクター組成物はまた、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体中の懸濁剤として製剤化してもよい。水性懸濁剤は、懸濁剤の粘度を上昇させる物質をさらに含有していてもよく、それらとしては、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール及び／またはデキストランが挙げられる。懸濁剤はまた安定化剤を含有していてもよい。
本核酸または組換え発現ベクターを含む製剤はリポソーム製剤であってもよい。本明細書で使用する場合、用語「リポソーム」とは、１つの球状二重層または複数の球状二重層で配列された両親媒性脂質からなるベシクルのことを意味する。リポソームは、親油性物質と、送達する組成物を含有する水性の内側部とで形成された膜を有するユニラメラまたはマルチラメラベシクルである。カチオン性リポソームは、負に荷電したＤＮＡ分子と相互作用して安定した複合体を形成することができる、正に荷電したリポソームである。ｐＨ感受性または負に荷電したリポソームは、ＤＮＡと複合体を形成するのではなくＤＮＡを取り込むと考えられている。カチオン性リポソームと非カチオン性リポソームの両方は、本核酸または組換え発現ベクターを送達するのに使用することができる。
リポソームとしてはまた「立体安定化」リポソームが挙げられ、本明細書で使用する場合、この用語は、１種以上の特殊な脂質を含むリポソームのことを意味し、それら特殊な脂質をリポソームに組み込むと、このような特殊な脂質を欠くリポソームと比較して向上した循環寿命がもたらされる。立体安定化リポソームの例は、リポソームのベシクル形成脂質部分の一部が、１種以上の糖脂質を含むか、または、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１種以上の親水性ポリマーで誘導体化された、立体安定化リポソームである。リポソーム及びその使用については米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されており、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の製剤及び組成物はまた、界面活性剤を含んでいてもよい。医薬品製品、製剤及びエマルション剤における界面活性剤の使用については、当該技術分野において周知である。界面活性剤及びその使用については米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。
一実施形態では、核酸の効率的な送達を達成するために、様々な浸透促進剤が含まれている。細胞膜間の非親油性薬物の拡散補助に加え、浸透促進剤はまた、親油性薬物の浸透性を向上させる。浸透促進剤は、５つの広範なカテゴリー、すなわち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁塩、キレート化剤、及び非キレート非界面活性剤、のうちの１つに属するように分類され得る。浸透促進剤及びその使用については米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されており、その全体は参照により本明細書に組み込まれる。
経口投与用の組成物及び製剤としては、散剤もしくは顆粒剤、マイクロ微粒子剤、ナノ微粒子剤、水もしくは水性媒体中の懸濁剤もしくは液剤、カプセル剤、カプセル剤、サッシェ剤、錠剤、または、ミニ錠剤、が挙げられる。増粘剤、風味剤、希釈剤、乳化剤、分散助剤、または結合剤が望ましい場合がある。好適な経口製剤としては、１種以上の浸透促進界面活性剤及びキレート化剤と共に本アンチセンス核酸を投与する経口製剤が挙げられる。好適な界面活性剤としては、脂肪酸及び／またはエステルまたはその塩、胆汁酸及び／またはその塩が挙げられるがこれらに限定されない。好適な胆汁酸／塩及び脂肪酸ならびにその使用については、米国特許第６，２８７，８６０号においてさらに記載されている。浸透促進剤の組み合わせ、例えば、胆汁酸／塩と組み合わせた脂肪酸／塩も好適である。例示的な好適な組み合わせは、ラウリン酸のナトリウム塩、カプリン酸、及び、ＵＤＣＡである。さらなる浸透促進剤としては、ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル及びポリオキシエチレン－２０－セチルエーテルが挙げられるがこれらに限定されない。好適な浸透促進剤としてはまた、プロピレングリコール、ジメチルスルホキシド、トリエタノールアミン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアセトアミド、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド、２－ピロリドン及びその誘導体、テトラヒドロフルフリルアルコール、ならびに、ＡＺＯＮＥ（商標）、が挙げられる。
Ｔ細胞活性化を調節するための方法
本開示は、エピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節するための方法を提供し、その方法は、Ｔ細胞を本開示のＴＭＭＰと接触させることを含み、Ｔ細胞を本開示のＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節する。一部の例では、接触させることはインビトロで生じる。一部の例では、接触させることはインビボで生じる。一部の例では、接触させることはエクスビボで生じる。
一部の例では、例えば、標的Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞である場合、ＴＭＭＰはクラスＩ ＭＨＣポリペプチド（例えば、β２－ミクログロブリン及びクラスＩ ＭＨＣ重鎖）を含む。
本開示のＴＭＭＰが活性化ポリペプチドである免疫調節ポリペプチドを含む場合、Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞が活性化される。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、がん細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、がん細胞に対するＴ細胞の細胞傷害活性を向上させる。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、がん細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞の数を増加させる。
一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、ウイルス感染細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、ウイルス感染細胞に対するＴ細胞の細胞傷害活性を向上させる。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、ウイルス感染細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞の数を増加させる。
本開示のＴＭＭＰが抑制性ポリペプチドである免疫調節ポリペプチドを含む場合、Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞が抑制される。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、自己抗原内に存在するエピトープに特異的な自己反応性Ｔ細胞であり、接触させることにより自己反応性Ｔ細胞の数を減少させる。
本開示は、個体における免疫応答を調節する方法を提供し、方法は、有効量の本開示のＴＭＭＰを個体に投与することを含む。ＴＭＭＰを投与することにより、エピトープ特異的Ｔ細胞応答（例えば、がんエピトープ特異的Ｔ細胞応答；ウイルスエピトープ特異的）及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答が誘導され、その場合、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも２：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも５：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも１０：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも２５：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも５０：１である。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも１００：１である。一部の例では、個体はヒトである。一部の例では、調節は、がん細胞、例えば、ＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープによって提示される同じエピトープを提示する抗原を発現するがん細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を増加させる。一部の例では、投与は、静脈内、皮下、筋肉内、全身、リンパ内、治療部位の遠位、局所、または治療部位もしくはその近位である。
本開示は、共刺激（すなわち、免疫調節）ポリペプチドを標的Ｔ細胞に選択的に送達する方法を提供し、方法は、Ｔ細胞の混合集団を本開示のＴＭＭＰに接触させることを含み、Ｔ細胞の混合集団は、標的Ｔ細胞及び非標的Ｔ細胞を含み、その場合、標的Ｔ細胞は、ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的であり（例えば、標的Ｔ細胞は、ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的である）、接触工程により、ＴＭＭＰ内に存在する１つ以上の共刺激ポリペプチド（免疫調節ポリペプチド）が標的Ｔ細胞に送達される。一部の例では、Ｔ細胞の集団はインビトロである。一部の例では、Ｔ細胞の集団は、個体内のインビボである。一部の例では、方法は、ＴＭＭＰを個体に投与することを含む。一部の例では、Ｔ細胞は細胞傷害性Ｔ細胞である。一部の例では、Ｔ細胞の混合集団は、個体から得られる混合Ｔ細胞のインビトロ集団であり、接触工程は、標的Ｔ細胞の活性化及び／または増殖をもたらし、活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を生成し、これらの例のいくつかでは、方法は、活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を個体に投与することをさらに含む。
本開示は、個体から得られるＴ細胞の混合集団において、目的のエピトープ（例えば、がんエピトープ、ウイルスエピトープ）に結合する標的Ｔ細胞の存在を検出する方法を提供し、方法は、ａ）Ｔ細胞の混合集団を本開示のＴＭＭＰとインビトロで接触させること（ＴＭＭＰは、目的のエピトープ（例えば、がんエピトープ、ウイルスエピトープ）を含む）、ならびにｂ）前記接触に応答したＴ細胞の活性化及び／または増殖を検出することを含み、活性化及び／または増殖したＴ細胞は、標的Ｔ細胞が存在することを示す。
治療方法
本開示は個体を治療するための方法を提供し、その方法は、個体を治療するのに有効な量の、本開示のＴＭＭＰまたはＴＭＭＰをコードする１種以上の核酸を個体に投与することを含む。ヒトまたは動物の体を治療するための方法に使用する本開示のＴＭＭＰも提供する。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の組換え発現ベクターを必要とする個体にそれを投与することを含む。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上のｍＲＮＡ分子を必要とする個体にそれを投与することを含む。一部の例では、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＭＰを必要とする個体にそれを投与することを含む。治療可能な病気としては、例えば、以下に記載するがん及び自己免疫疾患が挙げられる。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、それを必要とする個体に投与する際に、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答の両方を誘導する。言い換えると、一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、それを必要とする個体に投与する際に、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとの両方を提示する第１のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ特異的Ｔ細胞応答を誘導し、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドとを提示する第２のＴ細胞の活性化を調節することによって、エピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導する。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、少なくとも２：１、少なくとも５：１、少なくとも１０：１、少なくとも１５：１、少なくとも２０：１、少なくとも２５：１、少なくとも５０：１、または、少なくとも１００：１である。エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比は、約２：１～約５：１、約５：１～約１０：１、約１０：１～約１５：１、約１５：１～約２０：１、約２０：１～約２５：１、約２５：１～約５０：１、もしくは、約５０：１～約１００：１、または、１００：１超である。Ｔ細胞の「活性化を調節すること」としては、ｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞を活性化させること、ｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞の細胞傷害活性を誘導すること、ｉｉｉ）細胞傷害性（例えば、ＣＤ８＋）Ｔ細胞による細胞毒（例えば、パーフォリン、グランザイム、グラニュライシン）の産生及び放出を誘導すること、ｉｖ）自己反応性Ｔ細胞の活性化を抑制すること、などのうちの１つ以上を挙げることができる。
免疫調節ポリペプチドの同種共免疫調節ポリペプチドに対する免疫調節ポリペプチドの低い親和性と、ＴＣＲに対するエピトープの親和性を組み合わせることにより、本開示のＴＭＭＰの向上した選択性がもたらされる。それゆえ、例えば、本開示のＴＭＭＰは、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープ以外のエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドを提示する第２のＴ細胞に本開示のＴＭＭＰが結合する結合力よりも高い結合力で、ｉ）ＴＭＭＰ内に存在するエピトープに特異的なＴＣＲとｉｉ）ＴＭＭＰ内に存在する免疫調節ポリペプチドに結合する共免疫調節ポリペプチドの両方を提示する第１のＴ細胞に結合する。
本開示は、個体におけるエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＭＰ、または、ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸（例えば、発現ベクター、ｍＲＮＡなど）を個体に投与することを含み、ＴＭＭＰは、個体におけるエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節する。エピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を選択的に調節することにより、個体における疾患または障害を治療することが可能となる。それゆえ、本開示は、有効量の本開示のＴＭＭＰを必要とする個体にそれを投与することを含む治療方法を提供する。
一部の例では、免疫調節ポリペプチド（「ＭＯＤ」）は活性化ポリペプチドであり、ＴＭＭＰはエピトープ特異的Ｔ細胞を活性化させる。一部の例では、エピトープはがん関連エピトープであり、ＴＭＭＰは、がん関連エピトープに特異的なＴ細胞の活性化を促進する。一部の例では、ＭＯＤは活性化ポリペプチドであり、ＴＭＭＰは、エピトープ特異的Ｔ細胞を活性化する。一部の例では、Ｔ細胞は、Ｔヘルパー細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、またはＮＫ－Ｔ細胞である。一部の例では、エピトープはがんエピトープであり、ＴＭＭＰは、がんエピトープを発現するがん細胞（例えば、Ｔヘルパー細胞（ＣＤ４＋細胞）、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋細胞）、及び／またはＮＫ－Ｔ細胞）の活性を増加させる。ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化には、ＣＤ４＋Ｔ細胞の増殖の増加、及び／またはＣＤ４＋Ｔ細胞による放出サイトカインの誘導または増強が含まれ得る。ＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞の活性化には、ＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞の増殖の増加、及び／またはＮＫ－Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋細胞によるインターフェロンγなどのサイトカインの放出の誘導が含まれ得る。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の増殖及び／または活性を低下させる。Ｔｒｅｇは、ＦｏｘＰ３＋、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。一部の例では、例えば、本開示のＴＭＭＰが抑制性免疫調節ポリペプチド（例えば、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬなど）を含む場合、ＴＭＭＰは、Ｔｒｅｇの増殖及び／または活性を低下させる。
本開示のＴＭＭＰががんペプチドエピトープを含む場合、ＴＭＭＰを、それを必要とする個体に投与して、個体におけるがんを治療することができ、その場合、がんは、ＴＭＭＰに存在するがんペプチドエピトープを発現している。本開示は、個体におけるがんを治療するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＭＰ、または、ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸（例えば、発現ベクター、ｍＲＮＡなど）を個体に投与することを含み、ＴＭＭＰはがんエピトープであるＴ細胞エピトープを含み、ＴＭＭＰは刺激免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体におけるがん細胞の数を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体におけるがん細胞の数と比較して、個体におけるがん細胞の数を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体におけるがん細胞の数を検出不能レベルにまで減少させる量のことである。
一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体における腫瘍重量を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体における腫瘍重量と比較して、個体における腫瘍重量を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与する際に、個体における腫瘍容積を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体（腫瘍を有する個体）に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体における腫瘍容積と比較して、個体における腫瘍容積を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体の生存期間を延長させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与しない状態の個体における想定生存期間と比較して、個体の生存期間を少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、３ヶ月間～６ヶ月間、６ヶ月間～１年間、１年間～２年間、２年間～５年間、５年間～１０年間、または、１０年間超、延長させる量のことである。
一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、ウイルス感染細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、ウイルス感染細胞に対するＴ細胞の細胞傷害活性を向上させる。一部の例では、エピトープ特異的Ｔ細胞は、ウイルス感染細胞上に存在するエピトープに特異的なＴ細胞であり、エピトープ特異的Ｔ細胞をＴＭＭＰと接触させることにより、エピトープ特異的Ｔ細胞の数を増加させる。
それゆえ、本開示は、個体におけるウイルス感染症を治療するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＭＰ、または、ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸を個体に投与することを含み、ＴＭＭＰはウイルスエピトープであるＴ細胞エピトープを含み、ＴＭＭＰは刺激免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、「有効量」のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体におけるウイルス感染細胞の数を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体におけるウイルス感染細胞の数と比較して、個体におけるウイルス感染細胞の数を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体におけるウイルス感染細胞の数を検出不能レベルにまで減少させる量のことである。
それゆえ、本開示は、個体における感染症を治療するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＭＰ、または、ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸を個体に投与することを含み、ＴＭＭＰは病原体関連エピトープであるＴ細胞エピトープを含み、ＴＭＭＰは刺激免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体における病原体の数を減少させる量のことである。例えば、一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体における病原体の数と比較して、個体における病原体の数を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体における病原体の数を検出不能レベルにまで減少させる量のことである。病原体としては、ウイルス、細菌、原生動物などが挙げられる。
一部の例では、免疫調節ポリペプチドは抑制性ポリペプチドであり、ＴＭＭＰはエピトープ特異的Ｔ細胞の活性化を抑制する。一部の例では、エピトープは自己エピトープであり、ＴＭＭＰは、自己エピトープに特異的なＴ細胞の活性化を選択的に抑制する。
本開示は、個体における自己免疫疾患を治療するための方法を提供し、その方法は、有効量の、本開示のＴＭＭＰ、または、ＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸を個体に投与することを含み、ＴＭＭＰは自己エピトープであるＴ細胞エピトープを含み、ＴＭＭＰは抑制性免疫調節ポリペプチドを含む。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、ＴＭＭＰを投与する前またはＴＭＭＰを投与しない状態における、個体における自己反応性Ｔ細胞の数と比較して、自己反応性Ｔ細胞の数を少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または、少なくとも９５％減少させる量のことである。一部の例では、「有効量」のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体におけるＴｈ２サイトカインの産生を抑制する量のことである。一部の例では、「有効量」の本開示のＴＭＭＰとは、それを必要とする個体に１つ以上の用量で投与する際に、個体における自己免疫疾患に関連する１つ以上の症状を緩和する量のことである。
上に記載したように、一部の例では、本治療方法の実施において、本開示のＴＭＭＰは、それを必要とする個体にそれ自体ＴＭＭＰとして投与される。その他の例では、本治療方法の実施において、本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む１種以上の核酸は、それを必要とする個体に投与される。それゆえ、その他の例では、本開示の１種以上の核酸、例えば、本開示の１種以上の組換え発現ベクターは、それを必要とする個体に投与される。
製剤
好適な製剤については上述したとおりであるが、好適な製剤は薬学的に許容される賦形剤を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＭＰと、ｂ）薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む核酸と、ｂ）薬学的に許容される賦形剤と、を含み、一部の例では、核酸はｍＲＮＡである。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第１の核酸と、ｂ）本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第２の核酸と、ｃ）薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＭＰをコードするヌクレオチド配列を含む組換え発現ベクターと、ｂ）薬学的に許容される賦形剤と、を含む。一部の例では、好適な製剤は、ａ）本開示のＴＭＭＰの第１のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第１の組換え発現ベクターと、ｂ）本開示のＴＭＭＰの第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む第２の組換え発現ベクターと、ｃ）薬学的に許容される賦形剤と、を含む。
好適な薬学的に許容される賦形剤については上述したとおりである。
用量
好適な用量については、様々な臨床因子に基づき、主治医またはその他の資格のある医療関係者が決定することができる。医学技術分野においては周知のことではあるが、任意の１名の患者の用量は、患者の大きさ、体表面積、年齢、投与する特定のポリペプチドまたは核酸、患者の性別、投与期間及び投与経路、全身健康、ならびに、同時に投与するその他の薬物、を含む多くの因子によって決まる。本開示のＴＭＭＰは、用量あたり１ｎｇ／ｋｇ（体重）～２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、０．１ｍｇ／ｋｇ（体重）～１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、０．５ｍｇ／ｋｇ（体重）～５ｍｇ／ｋｇ（体重）の量で投与してもよいが、この例示的な範囲未満またはこの例示的な範囲超の用量は、特に上記の因子を考慮して想定されている。レジメンが持続注入である場合、１分間あたり体重１キログラムあたり１μｇ～１０ｍｇの範囲であってもよい。本開示のＴＭＭＰは、約１ｍｇ／ｋｇ（体重）～５０ｍｇ／ｋｇ（体重）、例えば、約１ｍｇ／ｋｇ（体重）～約５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約１５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約２０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約２５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約２５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）、約３０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約３５ｍｇ／ｋｇ（体重）、約３５ｍｇ／ｋｇ（体重）～約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）、または、約４０ｍｇ／ｋｇ（体重）～約５０ｍｇ／ｋｇ（体重）の量で投与してもよい。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰの好適な用量は、体重１ｋｇあたり０．０１μｇ～１００ｇ、体重１ｋｇあたり０．１μｇ～１０ｇ、体重１ｋｇあたり１μｇ～１ｇ、体重１ｋｇあたり１０μｇ～１００ｍｇ、体重１ｋｇあたり１００μｇ～１０ｍｇ、または、体重１ｋｇあたり１００μｇ～１ｍｇである。当業者は、体液または組織中における投与薬剤の測定滞留時間及び濃度に基づき、投与の反復速度を容易に概算することができる。奏効した治療に続き、患者に維持療法を受けさせて疾患状態の再発を予防することが望ましい場合があるが、本開示のＴＭＭＰは、体重１ｋｇあたり０．０１μｇ～１００ｇ、体重１ｋｇあたり０．１μｇ～１０ｇ、体重１ｋｇあたり１μｇ～１ｇ、体重１ｋｇあたり１０μｇ～１００ｍｇ、体重１ｋｇあたり１００μｇ～１０ｍｇ、または、体重１ｋｇあたり１００μｇ～１ｍｇの範囲の維持量で投与される。
特定のＴＭＭＰ、症状の重症度、及び、対象の副作用の受けやすさに応じて用量レベルが変化し得るということを、当業者は容易に理解する。任意の化合物の好ましい用量は、当業者が様々な方法を用いて容易に決定することができる。
一部の例では、複数回用量の、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを投与する。本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターの投与頻度は、様々な因子、例えば、症状の重症度などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、月に１回、月に２回、月に３回、１週おき（ｑｏｗ）、週に１回（ｑｗ）、週に２回（ｂｉｗ）、週に３回（ｔｉｗ）、週に４回、週に５回、週に６回、１日おき（ｑｏｄ）、毎日（ｑｄ）、１日２回（ｑｉｄ）、または、１日３回（ｔｉｄ）で投与される。
本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターの投与の持続期間、例えば、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを投与する期間は、様々な因子、例えば、患者の応答などのいずれかに応じて変化し得る。例えば、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターを、約１日間～約１週間、約２週間～約４週間、約１ヶ月間～約２ヶ月間、約２ヶ月間～約４ヶ月間、約４ヶ月間～約６ヶ月間、約６ヶ月間～約８ヶ月間、約８ヶ月間～約１年間、約１年間～約２年間、もしくは、約２年間～約４年間、または、それ以上の範囲の期間にわたり投与してもよい。
投与経路
活性剤（本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクター）は、全身及び局所投与経路に加えて、インビボ法及びエクスビボ法を含む任意の利用可能な方法及び薬物送達に好適な経路を使用して、個体に投与される。
一般的かつ薬学的に許容される投与経路としては、腫瘍内、腫瘍周囲、筋肉内、リンパ管内、気管内、頭蓋内、皮下、皮膚内、局所適用、静脈内、動脈内、経直腸、経鼻、経口、ならびに、その他の経腸及び非経口投与経路、が挙げられる。必要に応じて投与経路を組み合わせてもよく、または、ＴＭＭＰ及び／または所望の効果に応じて投与経路を調整してもよい。本開示のＴＭＭＰ、または、本開示の核酸または組換え発現ベクターを、単回用量または複数回用量で投与してもよい。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、静脈内投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、筋肉内投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、リンパ管内に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、局所的に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、腫瘍内に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、腫瘍周囲に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、頭蓋内に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、皮下投与される。
一部の例では、本開示のＴＭＭＰは静脈内投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは筋肉内投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは局所的に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは腫瘍内に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは腫瘍周囲に投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰは頭蓋内に投与される。一部の例では、ＴＭＭＰは皮下投与される。一部の例では、本開示のＴＭＭＰはリンパ管内に投与される。
本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターは、任意の利用可能な一般的な方法、及び、全身または局所経路を含む一般的な薬物の送達に好適な経路を使用して、宿主に投与されてもよい。一般的に、本開示の方法における使用を検討する投与経路としては、経腸経路、非経口経路、及び、吸入経路が挙げられるが必ずしもこれらに限定されるものではない。
吸入投与以外の非経口投与経路としては、局所経路、経皮経路、皮下経路、筋肉内経路、眼窩内経路、嚢内経路、脊髄内経路、胸骨内経路、腫瘍内経路、リンパ管内経路、腫瘍周囲経路、及び、静脈内経路、すなわち、消化管を通る以外の任意の投与経路、が挙げられるが必ずしもこれらに限定されるものではない。非経口投与を実施して、本開示のＴＭＭＰ、本開示の核酸、または、本開示の組換え発現ベクターの全身または局所送達を達成してもよい。全身送達が望まれる場合、投与は通常、浸潤性または全身吸収性の、医薬品製剤の局所または粘膜投与を含む。
併用療法
一部の例では、個体におけるがんを治療するための本開示の方法は、ａ）本開示のＴＭＭＰを投与し、ｂ）少なくとも１つの追加の治療薬または治療的処置を投与することを含む。適切な追加の治療薬として、小分子がん化学療法剤、及び免疫チェックポイント阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。適切な追加の治療的処置として、例えば、放射線療法、外科手術（例えば、腫瘍の外科的切除）などが挙げられる。
本開示の治療方法は、本開示のＴＭＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬との共投与を含み得る。「共投与」とは、ＴＭＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の両方を投与した結果である治療効果を達成するために、必ずしも同時である必要はないが、本開示のＴＭＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の両方を個体に投与することを意味する。ＴＭＭＰと少なくとも１つの追加の治療薬の投与は、実質的に同時にすることができ、例えば、ＴＭＭＰを、少なくとも１つの追加の治療薬の投与の約１分～約２４時間以内（例えば、約１分以内、約５分以内、約１５分以内、約３０分以内、約１時間以内、約４時間以内、約８時間以内、約１２時間以内、または約２４時間以内）に、個体に投与することができる。一部の例では、本開示のＴＭＭＰを、少なくとも１つの追加の治療薬で治療を受けているか、または治療を受けていた個体に投与する。ＴＭＭＰの投与は、様々な時間及び／または様々な頻度で行うことができる。
一例として、本開示の治療方法は、本開示のＴＭＭＰと、免疫チェックポイントに特異的な抗体などの免疫チェックポイント阻害剤との共投与を含み得る。「共投与」とは、ＴＭＭＰと免疫チェックポイントの阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）の両方を投与した結果である治療効果を達成するために、本開示のＴＭＭＰと免疫チェックポイント阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）の両方を、必ずしも同時である必要はないが、個体に投与することを意味する。ＴＭＭＰと免疫チェックポイント阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）の投与は、実質的に同時にすることができ、例えば、ＴＭＭＰを、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）の投与の約１分～約２４時間以内（例えば、約１分以内、約５分以内、約１５分以内、約３０分以内、約１時間以内、約４時間以内、約８時間以内、約１２時間以内、または約２４時間以内））に、個体に投与することができる。一部の例では、本開示のＴＭＭＰを、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）で治療を受けているか、または治療を受けていた個体に投与する。ＴＭＭＰと免疫チェックポイント阻害剤（例えば、免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体）の投与は、様々な時間及び／または様々な頻度で行うことができる。
例示的な免疫チェックポイント阻害剤として、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ９６、ＣＤ７３、ＣＤ４７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋδ、ＰＩ３Ｋγ、ＴＡＭ、アルギナーゼ、ＣＤ１３７（４－１ＢＢとしても知られる）、ＩＣＯＳ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１２２、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２などの免疫チェックポイントポリペプチドを標的とする阻害剤が挙げられる。一部の例では、免疫チェックポイントポリペプチドは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ１２２、及びＣＤ１３７から選択される刺激チェックポイント分子である。一部の例では、免疫チェックポイントポリペプチドは、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＰＤ－１、ＴＩＭ３、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ及びＶＩＳＴＡから選択される阻害チェックポイント分子である。
一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は免疫チェックポイントポリペプチドに特異的な抗体である。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体はモノクローナル抗体である。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体は、ヒト化されているか、または抗体がヒトにおいて免疫応答を実質的に誘発しないように脱免疫化されている。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体はヒト化モノクローナル抗体である。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体は、脱免疫化されたモノクローナル抗体である。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体は完全ヒトモノクローナル抗体である。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体は、免疫チェックポイントポリペプチドが免疫チェックポイントポリペプチドのリガンドに結合することを阻害する。一部の例では、抗免疫チェックポイント抗体は、免疫チェックポイントポリペプチドが免疫チェックポイントポリペプチドの受容体に結合することを阻害する。
好適な抗免疫チェックポイント抗体として、ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）、ピジリズマブ（Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＡＭＰ－２２４（ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ／Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ）、ＭＤＸ－１１０５（Ｍｅｄａｒｅｘ，Ｉｎｃ．／Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＥＤＩ－４７３６（Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ／ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ａｒｅｌｕｍａｂ（Ｍｅｒｃｋ Ｓｅｒｏｎｏ）、ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ（ＹＥＲＶＯＹ，（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）、ピジリズマブ（ＣｕｒｅＴｅｃｈ，Ｌｔｄ．）、ＩＭＰ３２１（Ｉｍｍｕｔｅｐ Ｓ．Ａ．）、ＭＧＡ２７１（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ）、ＢＭＳ－９８６０１６（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｅｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、リリルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ウレルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｅｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＰＦ－０５０８２５６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＩＰＨ２１０１（Ｉｎｎａｔｅ Ｐｈａｒｍａ／Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＭＥＤＩ－６４６９（ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ／ＡＺ）、ＣＰ－８７０，８９３（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、モガムリズマブ（Ｋｙｏｗａ Ｈａｋｋｏ Ｋｉｒｉｎ）、バルリルマブ（ＣｅｌＩＤｅｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、アベルマブ（ＥＭＤ Ｓｅｒｏｎｏ）、ガリキシマブ（Ｂｉｏｇｅｎ Ｉｄｅｃ）、ＡＭＰ－５１４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ／ＡＺ）、ＡＵＮＰ１２（Ａｕｒｉｇｅｎｅ及びＰｉｅｒｒｅ Ｆａｂｒｅ）、インドキシモド（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＮＬＧ－９１９（ＮｅｗＬｉｎｋ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、ＩＮＣＢ０２４３６０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＫＮ０３５、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＰＤ－１抗体である。好適な抗ＰＤ－１抗体として、例えば、ニボルマブ、ペンブロリズマブ（ＭＫ－３４７５としても知られる）、ピジリズマブ、ＳＨＲ－１２１０、ＰＤＲ００１、及びＡＭＰ－２２４が挙げられる。一部の例では、抗ＰＤ－１モノクローナル抗体は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはＰＤＲ００１である。好適な抗ＰＤ１抗体は、米国特許公開第２０１７／００４４２５９号に記載されている。ピジリズマブについては、例えば、Ｒｏｓｅｎｂｌａｔｔ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３４：４０９－１８を参照のこと。一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＣＴＬＡ－４抗体である。一部の例では、抗ＣＴＬＡ－４抗体は、イピリムマブまたはトレメリムマブである。トレメリムマブについては、例えば、Ｒｉｂａｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．３１：６１６－２２を参照のこと。一部の例では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の例では、抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体は、ＢＭＳ－９３５５５９、ＭＥＤＩ４７３６、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（ＲＧ７４４６としても知られる）、ＫＮ０３５、またはＭＳＢ００１０７１８Ｃである。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体は、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）またはＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）である。デュルバルマブについては、例えば、ＷＯ２０１１／０６６３８９を参照のこと。アテゾリズマブについては、例えば、米国特許第８，２１７，１４９号を参照のこと。
治療に好適な対象
本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、がんを有すると診断されている個体と、がんの治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、がんの治療を受けており最初は反応を示していたがその後治療に反応しなくなった個体と、を含む、がんを有する個体が挙げられる。本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、感染症を有すると診断されている個体と、感染症の治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、を含む、感染症（例えば、細菌、ウイルス、原生動物などの病原体への感染）を有する個体が挙げられる。本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、細菌感染症を有すると診断されている個体と、細菌感染症の治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、を含む、細菌感染症を有する個体が挙げられる。本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、ウイルス感染症を有すると診断されている個体と、ウイルス感染症の治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、を含む、ウイルス感染症を有する個体が挙げられる。本開示の方法を用いた治療に好適な対象としては、自己免疫疾患を有すると診断されている個体と、自己免疫疾患の治療を受けてはいるがその治療に反応を示していない個体と、を含む、自己免疫疾患を有する個体が挙げられる。
本開示の非限定態様の例
実施形態を含む、上記の本主題の態様は、単独で、または１つ以上の他の態様もしくは実施形態と組み合わせて有益であり得る。前述の記載を制限することなく、１～９５の番号を振った、開示の特定の非限定的な態様を以下に提供する。本開示を読解することにより当業者には明らかとなるが、個別に番号を振った態様のそれぞれを使用してもよく、あるいは、個別に番号を振った態様のそれぞれを、個別に番号を振った先行するまたは後に続く態様のいずれかと組み合わせてもよい。このことは、態様の全てのこのような組み合わせに対する支持を提供することを意味し、以下において明確に記載する態様の組み合わせに限定されない。
態様１． ａ）ｉ）ペプチドエピトープであって、前記ペプチドが少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ペプチドエピトープと、ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドとを含む、第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む、第２のポリペプチド、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、を含み、前記第１及び／または前記第２のポリペプチドが前記免疫調節ポリペプチドを含む、少なくとも１つのヘテロ二量体を含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２． 前記１つ以上の免疫調節ドメインのうちの少なくとも１つが、同種共免疫調節ポリペプチドに対して、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、前記エピトープが、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合し、その結果、ｉ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、第１のＴ細胞に対し、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて少なくとも２５％高い親和性で結合し、前記第１のＴ細胞がその表面上に、前記同種共免疫調節ポリペプチドと、前記エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲとを発現し、前記第２のＴ細胞がその表面上に、前記同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、その表面上に、前記エピトープに少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合するＴＣＲを発現せず、及び／または、ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法で測定した際に、１．５：１～１０６：１の範囲内である、態様１に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様３． ａ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、前記第１のＴ細胞に対し、前記第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高い親和性で結合し、及び／またはｂ）前記バリアント型免疫調節ポリペプチドが、約１０－４Ｍ～約１０－７Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－６Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－５Ｍの親和性で前記共免疫調節ポリペプチドに結合し、及び／またはｃ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、少なくとも１０：１、少なくとも５０：１、少なくとも１０２：１、または少なくとも１０３：１である、態様２に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様４． 前記第１または前記第２のポリペプチドが、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドを含む、態様１～３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様５． 前記Ｉｇ ＦｃポリペプチドがＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである、態様４に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６． 前記ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドが、Ｎ２９７Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、及びＰ３３１Ｓから選択される１つ以上のアミノ酸置換を含む、態様５に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７．
ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチド
を含むか；または
ａ２）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ２）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、
ｉｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか；または
ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチドと、
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含むか；または
ａ４）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ４）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含むか；または
ａ５）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ５）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドと、
ｉｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド
を含むか；または
ａ６）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープと、
ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチドと、
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ６）前記第２のポリペプチドが、
ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド
を含む、
態様１～６のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様８． 前記第１のポリペプチドが、前記エピトープと前記第１のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含み、及び／または前記第２のポリペプチドが、前記免疫調節ポリペプチドと前記第２のＭＨＣポリペプチドとの間にペプチドリンカーを含む、態様１～７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様９． 前記ペプチドリンカーが、アミノ酸配列（ＧＧＧＧＳ）ｎを含み、ｎが１～１０までの整数である、態様８に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１０． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである、態様１～９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１１． 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、サイトカイン（例えば、ＩＬ２ポリペプチド、ＩＬ７ポリペプチド、ＩＬ１２ポリペプチド、ＩＬ１５ポリペプチド、ＩＬ１７ポリペプチド、ＩＬ２１ポリペプチド、ＩＬ２７ポリペプチド、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＴＧＦβポリペプチドなどであり、全てのファミリーメンバー、例えば、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｅが含まれる）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）ポリペプチド、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４０ポリペプチド、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ＦａｓＬポリペプチド、ＰＤ－Ｌ２ポリペプチド、ＰＤ－１Ｈ（ＶＩＳＴＡ）ポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌ（ＣＤ２７５）ポリペプチド、ＧＩＴＲＬポリペプチド、ＨＶＥＭポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ガレクチン－９ポリペプチド、ＣＤ８３ポリペプチド、ＣＤ３０Ｌポリペプチド、ＨＬＡ－Ｇポリペプチド、ＭＩＣＡポリペプチド、ＭＩＣＢポリペプチド、ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）ポリペプチド、リンホトキシンβ受容体ポリペプチド、３／ＴＲ６ポリペプチド、ＩＬＴ３ポリペプチド、ＩＬＴ４ポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、態様１～１０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１２． 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドがＩＬ－２ポリペプチドである、態様１～１１のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１３． 前記多量体ポリペプチドが、少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも２つが同じである、態様１～１２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１４． 前記２つ以上の免疫調節ポリペプチドがタンデムに存在する、態様１３に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１５． 前記第１のポリペプチド及び前記第２のポリペプチドが、互いに共有結合している、態様１～１４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１６． 前記共有結合が、ジスルフィド結合を介している、態様１５に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１７． 前記第１のＭＨＣポリペプチド、またはエピトープと前記第１のＭＨＣポリペプチドとの間のリンカーが、第１のＣｙｓ残基を提供するためのアミノ酸置換を含み、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、第２のＣｙｓ残基を提供するためのアミノ酸置換を含み、前記ジスルフィド結合が、前記第１のＣｙｓ残基と前記第２のＣｙｓ残基との間にある、態様１～１６のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１８． 前記ペプチドエピトープが、約４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さを有する、態様１～１７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様１９． 前記ペプチドエピトープが、がんエピトープである、態様１～１８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２０． 前記ペプチドエピトープが、ウイルスエピトープである、態様１～１８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２１． 前記第１または前記第２のＭＨＣポリペプチドが、
ａ）図７Ａに示すＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、またはＨＬＡ－Ａ＊３４０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
ｂ）図８Ａに示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、またはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
ｃ）図９Ａに示すＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、またはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列
を含む、態様１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２２． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２３． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチドである、態様１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２４． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２５． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２６． 前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが２３６位にＣｙｓを含む、態様２１～２５のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２７． 前記β２Ｍポリペプチドが１２位にＣｙｓを含む、態様２１～２６のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２８． 前記免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである、態様１～２７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様２９． 前記多量体ポリペプチドが、第１及び第２のヘテロ二量体を含み、前記第１及び前記第２のヘテロ二量体が、前記第１及び前記第２のヘテロ二量体のＩｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、態様４～２８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様３０． 前記第１または第２のポリペプチドが、少なくとも１つの免疫調節ドメインを含む、態様１～２８のいずれか一項に記載の第１または第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
態様３１． 態様３０に記載の核酸を含む、発現ベクター。
態様３２． 所与のエピトープに特異的なＴ細胞の活性を選択的に調節する方法であって、前記方法が、前記Ｔ細胞を、態様１～２９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドと接触させることを含み、前記接触が、前記エピトープ特異的Ｔ細胞の活性を選択的に調節する、前記方法。
態様３３． がんを有する患者を治療する方法であって、前記方法が、態様１～２９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドを含む有効量の医薬組成物を前記患者に投与することを含む、前記方法。
態様３４． 前記がんが、子宮頸癌、前立腺癌、または卵巣癌である、態様３３に記載の方法。
態様３５． 前記投与が筋肉内である、態様３３または３４に記載の方法。
態様３６． 前記投与が静脈内である、態様３３または３４に記載の方法。
態様３７． 個体における免疫応答を調節する方法であって、態様１２９２７のいずれか一項の有効量のＴ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）を前記個体に投与することを含み、前記投与が、エピトープ特異的Ｔ細胞応答（例えば、前記ＴＭＭＰに存在する前記エピトープに特異的なＴ細胞応答）及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導し、前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも２：１である、前記方法。
態様３８． 前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも５：１である、態様３７に記載の方法。
態様３９． 前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも１０：１である、態様３７に記載の方法。
態様４０． 前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも２５：１である、態様３７に記載の方法。
態様４１． 前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも５０：１である、態様３７に記載の方法。
態様４２． 前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも１００：１である、態様３７に記載の方法。
態様４３． 前記個体がヒトである、態様３７～４２のいずれか一項に記載の方法。
態様４４． 前記調節が、がん細胞（例えば、ＴＭＭＰに存在するペプチドエピトープを発現するがん細胞）に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を増加させることを含む、態様３７～４３のいずれか一項に記載の方法。
態様４５． 前記投与が、静脈内、皮下、筋肉内、全身、リンパ内、治療部位の遠位、局所、または治療部位もしくはその近位である、態様３７～４４のいずれか一項に記載の方法。
態様４７． 前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答が、対応する野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドによって誘導されるであろう前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答よりも小さい、態様３７～４５のいずれか一項に記載の方法。
態様４８． 標的Ｔ細胞へ共刺激（すなわち、免疫調節）ポリペプチドを選択的に送達する方法であって、前記方法が、Ｔ細胞の混合集団を、態様１～２９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）と接触させることを含み、前記Ｔ細胞の混合集団が、前記標的Ｔ細胞及び非標的Ｔ細胞を含み、前記標的Ｔ細胞が、前記ＴＭＭＰ内に存在する前記エピトープに特異的であり（例えば、前記標的Ｔ細胞が、前記ＴＭＭＰ内に存在する前記エピトープに特異的であり）、前記接触により、前記ＴＭＭＰ内に存在する前記１つ以上の共刺激ポリペプチドを前記標的Ｔ細胞に送達する、前記方法。
態様４９． 前記Ｔ細胞の集団がインビトロである、態様４８に記載の方法。
態様５０． 前記Ｔ細胞の集団が、個体内のインビボである、態様４８に記載の方法。
態様５１． 前記多量体ポリペプチドを前記個体に投与することを含む、態様５０に記載の方法。
態様５２． 前記標的Ｔ細胞が細胞傷害性Ｔ細胞である、態様４８～５１のいずれか一項に記載の方法。
態様５３． 前記Ｔ細胞の混合集団が、個体から得られる混合Ｔ細胞のインビトロ集団であり、前記接触が、前記標的Ｔ細胞の活性化及び／または増殖をもたらし、活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を生成する、態様４８に記載の方法。
態様５４． 前記活性化及び／または増殖した標的Ｔ細胞の集団を前記個体に投与することをさらに含む、態様５３に記載の方法。
態様５５． 個体から得られるＴ細胞の混合集団における、目的のエピトープに結合する標的Ｔ細胞の存在を検出する方法であって、前記方法が、ａ）Ｔ細胞の混合集団を、前記目的のエピトープを含む態様１～２９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド（ＴＭＭＰ）にインビトロで接触させること、及びｂ）前記接触に応答して、Ｔ細胞の活性化及び／または増殖を検出することを含み、活性化及び／または増殖したＴ細胞が、前記標的Ｔ細胞が存在することを示す、前記方法。
態様５６． ａ）ｉ）ペプチドエピトープ（前記ペプチドは、約４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さを有する）と、ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩポリペプチドとを含む、第１のポリペプチド、ｂ）第２のＭＨＣクラスＩポリペプチドを含む、第２のポリペプチド、及びｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記第１及び／または前記第２のポリペプチドが前記免疫調節ポリペプチドを含み、前記第１及び前記第２のポリペプチドが、少なくとも２つのジスルフィド結合を介して互いに共有結合している、少なくとも１つのヘテロ二量体を含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様５７． 少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドの少なくとも１つが、同種共免疫調節ポリペプチドに対して、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する対応する野生型免疫調節ポリペプチドに比べて低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、前記エピトープが、少なくとも１０－７Ｍの親和性でＴ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に結合し、それにより、ｉ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、第１のＴ細胞に対し、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて少なくとも２５％高い親和性で結合し、前記第１のＴ細胞がその表面に、前記同種共免疫調節ポリペプチドと、少なくとも１０－７Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲとを発現し、前記第２のＴ細胞がその表面に、同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、少なくとも１０－７Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲをその表面に発現せず、及び／またはｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド（前記対照は、野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の前記結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、１．５：１～１０６：１の範囲にある、態様５６に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様５８． ａ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、前記第１のＴ細胞に対し、前記第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高い親和性で結合し、及び／またはｂ）前記バリアント型免疫調節ポリペプチドが、約１０－４Ｍ～約１０－７Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－６Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－５Ｍの親和性で前記共免疫調節ポリペプチドに結合し、及び／またはｃ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド（前記対照は、野生型免疫調節ポリペプチドを含む）の前記結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、少なくとも１０：１、少なくとも５０：１、少なくとも１０２：１、または少なくとも１０３：１である、態様５７に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様５９． 前記第１または前記第２のポリペプチドが、免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチドを含む、態様５６～５８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６０． 前記Ｉｇ ＦｃポリペプチドがＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドである、態様５９に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６１． 前記Ｉｇ ＦｃポリペプチドがＩｇＧ４ Ｆｃポリペプチドである、態様５９に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６２． 前記ＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドが、Ｎ２９７Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、及びＰ３３１Ｓから選択される１つ以上のアミノ酸置換を含む、態様６０に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６３．
ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチド
を含むか；または
ａ２）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ２）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
ｉｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
を含むか；または
ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含むか；または
ａ４）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ４）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含むか；または
ａ５）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含み、かつ
ｂ５）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、及び
ｉｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含むか；または
ａ６）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
ｉ）前記ペプチドエピトープ、
ｉｉ）前記第１のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド、及び
ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
を含み、かつ
ｂ６）前記第２のポリペプチドが、
ｉ）前記第２のクラスＩ ＭＨＣポリペプチド
を含む、
態様５６～６２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６４． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである、態様５６～６３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６５． 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、サイトカイン（例えば、ＩＬ２ポリペプチド、ＩＬ７ポリペプチド、ＩＬ１２ポリペプチド、ＩＬ１５ポリペプチド、ＩＬ１７ポリペプチド、ＩＬ２１ポリペプチド、ＩＬ２７ポリペプチド、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＴＧＦβポリペプチドなどであり、全てのファミリーメンバー、例えば、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－１７Ｅが含まれる）、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、ＪＡＧ１（ＣＤ３３９）ポリペプチド、ＩＣＡＭ（ＣＤ５４０ポリペプチド、ＰＤ－Ｌ１ポリペプチド、ＦａｓＬポリペプチド、ＰＤ－Ｌ２ポリペプチド、ＰＤ－１Ｈ（ＶＩＳＴＡ）ポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌ（ＣＤ２７５）ポリペプチド、ＧＩＴＲＬポリペプチド、ＨＶＥＭポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ガレクチン－９ポリペプチド、ＣＤ８３ポリペプチド、ＣＤ３０Ｌポリペプチド、ＨＬＡ－Ｇポリペプチド、ＭＩＣＡポリペプチド、ＭＩＣＢポリペプチド、ＨＶＥＭ（ＣＤ２７０）ポリペプチド、リンホトキシンβ受容体ポリペプチド、３／ＴＲ６ポリペプチド、ＩＬＴ３ポリペプチド、ＩＬＴ４ポリペプチド、ＣＸＣＬ１０ポリペプチド、ＣＸＣＬ９ポリペプチド、ＣＸＣＬ１１ポリペプチド、ＣＸＣＬ１３ポリペプチド、及びＣＸ３ＣＬ１ポリペプチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、態様５６～６４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６６． 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドがＩＬ－２ポリペプチドである、態様５６～６４のいずれか１つに記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６７． 前記多量体ポリペプチドが少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも２つが同じである、態様５６～６６のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６８． 前記２つ以上の免疫調節ポリペプチドがタンデムに存在する、態様６７のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様６９． ａ）第１のジスルフィド結合が、ｉ）前記ペプチドエピトープと、前記第１のＭＨＣクラスＩポリペプチド（前記第１のＭＨＣクラスＩポリペプチドはβ２Ｍポリペプチドである）の間のリンカーに存在するＣｙｓと、ｉｉ）前記第２のＭＨＣクラスＩポリペプチド（前記第２のＭＨＣクラスＩポリペプチドはＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである）にＹ８４Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基との間であり、ｂ）第２のジスルフィド結合が、ｉ）Ｒ１２Ｃ置換を介して前記β２Ｍポリペプチドに導入されるＣｙｓ残基と、ｉｉ）Ａ２３６Ｃ置換を介して前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドに導入されるＣｙｓ残基との間である、態様５６～６８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７０． 前記リンカーがアミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１８）を含む、態様６９に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７１． 前記リンカーがアミノ酸配列ＧＣＧＧＳ（ＧＧＧＧＳ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３４２）を含み、ｎが１～１０の整数である、態様７０のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７２． 前記ペプチドエピトープが、がん関連ペプチドエピトープである、態様５６～７１のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７３． 前記ペプチドエピトープが、ウイルス関連ペプチドエピトープである、態様５６～７１のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７４． 前記第１または前記第２のＭＨＣポリペプチドが、
ａ）図７Ａに示すアミノ酸配列ＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、もしくはＨＬＡ－Ａ＊３４０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
ｂ）図８Ａに示すＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、もしくはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
ｃ）図９Ａに示すＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、もしくはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列
を含む、態様５６～７３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７５． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６～７３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７６． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドがＨＬＡ－Ａ＊１１０１ポリペプチドである、態様５６～７３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７７． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６～７３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７８． 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、態様５６～７３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様７９． 前記ＭＨＣ重鎖ポリペプチドが、２３６位にＣｙｓを含む、態様５６～７８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ペプチド。
態様８０． 前記β２Ｍポリペプチドが、１２位にＣｙｓを含む、態様５６～７９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様８１． 前記免疫調節ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである、態様５６～８０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様８２． 前記多量体ポリペプチドが第１及び第２のヘテロ二量体を含み、前記第１及び第２のヘテロ二量体が、前記第１及び第２のヘテロ二量体のＩｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、態様５６～８１のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
態様８３． 前記第１または第２のポリペプチドが少なくとも１つの免疫調節ドメインを含む、態様５６～８２のいずれか一項に記載の第１または第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
態様８４． 態様８３に記載の核酸を含む、発現ベクター。
態様８５． ペプチドエピトープに特異的なＴ細胞の活性を選択的に調節する方法であって、前記方法が、前記Ｔ細胞を、態様５６～８２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドと接触させることを含み、前記接触が、前記エピトープ特異的Ｔ細胞の活性を選択的に調節する、前記方法。
態様８６． がんを有する患者を治療する方法であって、前記方法が、態様５６～８２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドを含む有効量の医薬組成物を前記患者に投与することを含む、前記方法。
態様８７． 前記投与が筋肉内である、態様８６に記載の方法。
態様８８． 前記投与が静脈内である、態様８６に記載の方法。
態様８９． １つ以上のチェックポイント阻害剤を前記個体に投与することをさらに含む、態様８６～８８のいずれか一項に記載の方法。
態様９０． 前記チェックポイント阻害剤が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ９６、ＣＤ７３、ＣＤ４７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋδ、ＰＩ３Ｋγ、ＴＡＭ、アルギナーゼ、ＣＤ１３７、ＩＣＯＳ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１２２、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２からなる群から選択されるポリペプチドに結合する抗体である、態様８９に記載の方法。
態様９１． 前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、またはＣＴＬＡ４に特異的な抗体である、態様８９に記載の方法。
態様９２． 前記１つ以上のチェックポイント阻害剤が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ－４７３６、アレルマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、ピジリズマブ、ＩＭＰ３２１、ＭＧＡ２７１、ＢＭＳ－９８６０１６、リリルマブ、ウレルマブ、ＰＦ－０５０８２５６６、ＩＰＨ２１０１、ＭＥＤＩ－６４６９、ＣＰ－８７０，８９３、モガムリズマブ、バルリルマブ、アベルマブ、ガリキシマブ、ＡＭＰ－５１４、ＡＵＮＰ１２、インドキシモド、ＮＬＧ－９１９、ＩＮＣＢ０２４３６０、ＫＮ０３５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、態様８９に記載の方法。
態様９３． 個体における免疫応答を調節する方法であって、前記方法が、態様５６～８２のいずれか一項に記載の有効量のＴ細胞調節多量体ポリペプチドを前記個体に投与することを含み、前記投与が、エピトープ特異的Ｔ細胞応答及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導し、その場合、エピトープ特異的Ｔ細胞応答とエピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも２：１である、前記方法。
態様９４． 標的Ｔ細胞へ免疫調節ポリペプチドを選択的に送達する方法であって、前記方法が、Ｔ細胞の混合集団を、態様５６～８２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドに接触させることを含み、前記Ｔ細胞の混合集団が、前記標的Ｔ細胞及び非標的Ｔ細胞を含み、前記標的Ｔ細胞が、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド内に存在する前記エピトープに特異的であり、前記接触が、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド内に存在する前記１つ以上の免疫調節ポリペプチドを、前記標的Ｔ細胞に送達する、前記方法。
態様９５． 個体から得られるＴ細胞の混合集団における、ペプチドエピトープに結合する標的Ｔ細胞の存在を検出する方法であって、前記方法が、ａ）前記Ｔ細胞の混合集団を、ペプチドエピトープを含む態様５６～８２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドに接触させること、及びｂ）前記接触に応答したＴ細胞の活性化及び／または増殖を検出することを含み、活性化及び／または増殖したＴ細胞が、前記標的Ｔ細胞が存在することを示す、前記方法。
本発明における特定の実施形態を参照して本発明を説明してきたが、本発明の真の趣旨及び範囲を逸脱することなく、様々な変更を行うことが可能であること、また均等物で置き換え可能であることを当業者は理解するであろう。さらに、特定の状態、材料、物質の組成物、プロセス、１つのプロセス工程または複数のプロセス工程について多くの修正を行い、本発明の目的、趣旨及び範囲に適合させることも可能である。全てのこのような修正は、本書に添付する特許請求の範囲の範囲内となることを意図している。

Claims (35)

  1. ａ）以下：
    ｉ）ペプチドエピトープであって、前記ペプチドが少なくとも４アミノ酸の長さを有する、ペプチドエピトープと、
    ｉｉ）第１の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）ポリペプチドと
    を含む、第１のポリペプチド、
    ｂ）第２のＭＨＣポリペプチドを含む、第２のポリペプチド、及び
    ｃ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含む、少なくとも１つのヘテロ二量体
    を含む、Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド。
  2. 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも１つが、同種共免疫調節ポリペプチドに対して、対応する野生型免疫調節ポリペプチドの前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型免疫調節ポリペプチドであり、
    前記エピトープが、Ｔ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に少なくとも１０－７Ｍの親和性で結合し、それにより、
    ｉ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、第１のＴ細胞に対して、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて少なくとも２５％高い親和性で結合し、
    前記第１のＴ細胞がその表面に、前記同種共免疫調節ポリペプチドと、少なくとも１０－７Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲとを発現し、
    前記第２のＴ細胞がその表面に、前記同種共免疫調節ポリペプチドを発現するが、少なくとも１０－７Ｍの親和性で前記エピトープに結合するＴＣＲをその表面に発現せず、及び／または
    ｉｉ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、１．５：１～１０６：１の範囲にある、
    請求項１に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  3. ａ）前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドが、前記第１のＴ細胞に対し、前記第２のＴ細胞に結合する親和性に比べて、少なくとも５０％、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍高い親和性で結合し、及び／または
    ｂ）前記バリアント型免疫調節ポリペプチドが、約１０－４Ｍ～約１０－７Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－６Ｍ、約１０－４Ｍ～約１０－５Ｍの親和性で前記共免疫調節ポリペプチドに結合し、及び／または
    ｃ）同種共免疫調節ポリペプチドに対する、野生型免疫調節ポリペプチドを含む対照Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性と、前記同種共免疫調節ポリペプチドに対する、前記野生型免疫調節ポリペプチドのバリアント型を含む前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチドの前記結合親和性との比が、バイオレイヤー干渉法によって測定した際に、少なくとも１０：１、少なくとも５０：１、少なくとも１０２：１、または少なくとも１０３：１である、
    請求項２に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  4. ａ１）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ１）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉ）免疫グロブリン（Ｉｇ）Ｆｃポリペプチド
    を含むか；または
    ａ２）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ２）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
    ｉｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
    を含むか；または
    ａ３）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ３）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含むか；または
    ａ４）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ４）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含むか；または
    ａ５）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ５）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、及び
    ｉｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド
    を含むか；または
    ａ６）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、
    ｉｉ）前記第１のＭＨＣポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ６）前記第２のポリペプチドが、
    ｉ）前記第２のＭＨＣポリペプチド
    を含む、
    請求項１～３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  5. ａ）前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドであり、かつ前記第２のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドであるか、または
    ｂ）前記第１のＭＨＣポリペプチドがＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドであり、かつ前記第２のＭＨＣポリペプチドがβ２－ミクログロブリンポリペプチドである、
    請求項１～４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  6. ａ）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記β２－ミクログロブリンポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド、
    ｉｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド
    を含む、
    請求項５に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  7. ａ）前記第１のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ペプチドエピトープ、及び
    ｉｉ）前記β２－ミクログロブリンポリペプチド
    を含み、かつ
    ｂ）前記第２のポリペプチドが、Ｎ末端からＣ末端の順に、
    ｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチド、及び
    ｉｉ）Ｉｇ Ｆｃポリペプチド、及び
    ｉｉｉ）少なくとも１つの免疫調節ポリペプチド
    を含む、
    請求項５に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  8. 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドが、サイトカイン、４－１ＢＢＬポリペプチド、ＩＣＯＳ－Ｌポリペプチド、ＯＸ－４０Ｌポリペプチド、ＣＤ８０ポリペプチド、ＣＤ８６ポリペプチド、ＣＤ４０ポリペプチド、ＣＤ７０ポリペプチド、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１～７のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  9. 前記少なくとも１つの免疫調節ポリペプチドがＩＬ－２ポリペプチドである、請求項１～８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  10. 前記多量体ポリペプチドが少なくとも２つの免疫調節ポリペプチドを含み、前記免疫調節ポリペプチドのうちの少なくとも２つが同じであり、任意選択的に、前記２つ以上の免疫調節ポリペプチドがタンデムに存在する、請求項１～９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  11. 前記免疫調節ポリペプチドが、ＩＬ－２受容体に対し、野生型ＩＬ－２ポリペプチドの前記ＩＬ－２受容体に対する親和性に比べて低い親和性を示す、バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドである、請求項１～１０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  12. 前記バリアント型ＩＬ－２ポリペプチドが、ｉ）Ｈ１６Ａ置換及びＦ４２Ａ置換、またはｉｉ）Ｈ１６Ｔ置換及びＦ４２Ａ置換を含む、請求項１１に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  13. 前記第１のポリペプチド及び前記第２のポリペプチドが互いに共有結合し、任意選択的に、前記共有結合がジスルフィド結合を介する、請求項１～１２のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  14. 前記第１のＭＨＣポリペプチド、または前記エピトープと前記第１のＭＨＣポリペプチドとの間のリンカーが、第１のＣｙｓ残基を提供するためのアミノ酸置換を含み、
    前記第２のＭＨＣポリペプチドが、第２のＣｙｓ残基を提供するためのアミノ酸置換を含み、
    前記ジスルフィド結合が、前記第１のＣｙｓ残基と前記第２のＣｙｓ残基との間にある、
    請求項１～１３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  15. ｉ）前記ペプチドエピトープと、β２Ｍポリペプチドである前記第１のＭＨＣクラスＩポリペプチドとの間のリンカーに存在するＣｙｓと、
    ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである前記第２のＭＨＣクラスＩポリペプチドにＹ８４Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と
    の間に、ジスルフィド結合を含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  16. ｉ）β２Ｍポリペプチドである前記第１のＭＨＣクラスＩポリペプチドにＲ１２Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と、
    ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである前記第２のＭＨＣクラスＩポリペプチドにＡ２３６Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と
    の間に、ジスルフィド結合を含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  17. ｉ）前記ペプチドエピトープと、β２Ｍポリペプチドである前記第１のＭＨＣクラスＩポリペプチドとの間のリンカーに存在するＣｙｓと、
    ｉｉ）ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドである前記第２のＭＨＣクラスＩポリペプチドにＹ８４Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と
    の間に、第１のジスルフィド結合を含み、
    ｉ）前記β２ＭポリペプチドにＲ１２Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と、
    ｉｉ）前記ＭＨＣクラスＩ重鎖ポリペプチドにＡ２３６Ｃ置換を介して導入されるＣｙｓ残基と
    の間に、第２のジスルフィド結合を含む、
    請求項１～１４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  18. 前記ペプチドエピトープと前記第１のＭＨＣとの間の前記リンカーが、ＧＣＧＧＳ（Ｇ４Ｓ）ｎ（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３１５）であり、ｎが、１、２、３、４、５、６、７、８、または９である、請求項１５または請求項１７に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  19. 前記ペプチドエピトープが、約４アミノ酸～約２５アミノ酸の長さを有する、請求項１～１８のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  20. 前記ペプチドエピトープが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原、αフェトタンパク質（ＡＦＰ）抗原、及びウィルムス腫瘍－１（ＷＴ１）抗原のペプチドエピトープ以外である、請求項１～１９のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  21. 前記第１または第２のＭＨＣポリペプチドが、
    ａ）図１１Ａに示す、ＨＬＡ－Ａ＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ＊３３０３、もしくはＨＬＡ－Ａ＊３４０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
    ｂ）図１２Ａに示す、ＨＬＡ－Ｂ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１５０２、ＨＬＡ－Ｂ＊３８０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４００１、ＨＬＡ－Ｂ＊４６０１、もしくはＨＬＡ－Ｂ＊５３０１アミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列、または
    ｃ）図１３Ａに示す、ＨＬＡ－Ｃ＊０１０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０３、ＨＬＡ－Ｃ＊０３０４、ＨＬＡ－Ｃ＊０４０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０６０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０７０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０８０１、もしくはＨＬＡ－Ｃ＊１５０２に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、アミノ酸配列
    を含む、
    請求項１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  22. 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２４０２ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  23. 前記第１のＭＨＣポリペプチドがβ２Ｍポリペプチドであり、前記第２のＭＨＣポリペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１ポリペプチドに対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  24. 前記多量体ポリペプチドが、第１及び第２のヘテロ二量体を含み、前記第１及び第２のヘテロ二量体が、前記第１及び第２のヘテロ二量体のＩｇ Ｆｃポリペプチド間の１つ以上のジスルフィド結合によって共有結合している、請求項１～２３のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチド。
  25. 請求項１～２４のいずれか一項に記載の第１または第２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
  26. 請求項２５に記載の核酸を含む、発現ベクター。
  27. ペプチドエピトープに特異的なＴ細胞の活性を選択的に調節する方法であって、
    前記方法が、前記Ｔ細胞を、請求項１～２４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドに接触させることを含み、
    前記接触が、前記エピトープ特異的Ｔ細胞の活性を選択的に調節する、
    前記方法。
  28. がんを有する患者を治療する方法であって、請求項１～２４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドを含む有効量の医薬組成物を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  29. １つ以上のチェックポイント阻害剤を前記個体に投与することをさらに含む、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記チェックポイント阻害剤が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ９６、ＣＤ７３、ＣＤ４７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＪＡＫ、ＰＩ３Ｋδ、ＰＩ３Ｋγ、ＴＡＭ、アルギナーゼ、ＣＤ１３７、ＩＣＯＳ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ９６、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１２２、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２からなる群から選択されるポリペプチドに結合する抗体である、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、またはＣＴＬＡ４に特異的な抗体である、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記１つ以上のチェックポイント阻害剤が、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ－４７３６、アレルマブ、イピリムマブ、トレメリムマブ、ピジリズマブ、ＩＭＰ３２１、ＭＧＡ２７１、ＢＭＳ－９８６０１６、リリルマブ、ウレルマブ、ＰＦ－０５０８２５６６、ＩＰＨ２１０１、ＭＥＤＩ－６４６９、ＣＰ－８７０，８９３、モガムリズマブ、バルリルマブ、アベルマブ、ガリキシマブ、ＡＭＰ－５１４、ＡＵＮＰ１２、インドキシモド、ＮＬＧ－９１９、ＩＮＣＢ０２４３６０、ＫＮ０３５、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
  33. 個体における免疫応答を調節する方法であって、
    前記方法が、請求項１～２４のいずれか一項に記載の有効量のＴ細胞調節多量体ポリペプチドを前記個体に投与することを含み、
    前記投与がエピトープ特異的Ｔ細胞応答及びエピトープ非特異的Ｔ細胞応答を誘導し、
    前記エピトープ特異的Ｔ細胞応答と前記エピトープ非特異的Ｔ細胞応答との比が少なくとも２：１である、
    前記方法。
  34. 標的Ｔ細胞へ免疫調節ポリペプチドを選択的に送達する方法であって、
    前記方法が、Ｔ細胞の混合集団を、請求項１～２４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドに接触させることを含み、
    前記Ｔ細胞の混合集団が、前記標的Ｔ細胞及び非標的Ｔ細胞を含み、
    前記標的Ｔ細胞が、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド内に存在する前記エピトープに特異的であり、
    前記接触が、前記Ｔ細胞調節多量体ポリペプチド内に存在する前記１つ以上の免疫調節ポリペプチドを、前記標的Ｔ細胞に送達する、
    前記方法。
  35. 個体から得られるＴ細胞の混合集団における、ペプチドエピトープに結合する標的Ｔ細胞の存在を検出する方法であって、
    前記方法が、
    ａ）前記Ｔ細胞の混合集団を、ペプチドエピトープを含む請求項１～２４のいずれか一項に記載のＴ細胞調節多量体ポリペプチドにインビトロで接触させること、及び
    ｂ）前記接触に応答したＴ細胞の活性化及び／または増殖を検出すること
    を含み、
    活性化及び／または増殖したＴ細胞が、前記標的Ｔ細胞が存在することを示す、
    前記方法。
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