JP2022500141A - 脂肪の放射線シグネチャ - Google Patents

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Abstract

例えば、対象のコンピュータ断層撮影(CT)に基づいて、医療用撮像データを使用して脂肪組織を含む関心領域を特徴付けるための方法が開示される。本方法は、医療用撮像データを使用して関心領域の放射線シグネチャの値を計算することを含む。また、脂肪組織機能不全の示す放射線シグネチャを導出するための方法も開示される。本方法は、放射線データセットを取得することと、放射線データセットを使用して脂肪組織を含む関心領域の放射線シグネチャを構築することと、を含む。また、前述の方法を実行するためのシステムも開示される。【選択図】図1

Description

本発明は、特に放射線シグネチャを使用して脂肪組織を特徴付ける方法、及びそのためのシステムに関する。本発明はまた、このようなシグネチャを導出する方法、及びそのためのシステムに関する。
脂肪組織機能不全は、糖尿病、肥満、及び関連する血管疾患のリスクの病因の中心であるが、現在、侵襲的な生検を行う以外に、その生物学的特性を研究する手段が不足している。
脂肪組織を撮像するための技術が知られている(例えば、Wang,H.,Chen,Y.E.&Eitzman,D.T.Imaging body fat:techniques and cardiometabolic implications.Arteriosclerosis,thrombosis,and vascular biology 34,2217−2223,doi:10.1161/ATVBAHA.114.303036(2014)、Christen,T.et al.Increased glucose uptake in visceral versus subcutaneous adipose tissue revealed by PET imaging.JACC.Cardiovascular imaging 3,843−851,doi:10.1016/j.jcmg.2010.06.004(2010)、Ran,C.et al.PET Imaging of Human Brown Adipose Tissue with the TSPO Tracer[((11)C]PBR28.Molecular imaging and biology:MIB:the official publication of the Academy of Molecular Imaging,doi:10.1007/s11307−017−1129−z(2017)を参照)。特に、コンピュータ断層撮影は現在、例えば脂肪量を定量化するために、ヒト脂肪組織の撮像に使用されている。
しかしながら、体積測定法を使用して体脂肪症を確実に表現及び定量化することが可能であるものの、それは間接的であり、脂肪組織の生物学的特徴量との関連性が不十分である。脂肪組織機能不全は、インスリン抵抗性と肥満関連の血管疾患の発症において中心的な役割を果たしている。ただし、脂肪の膨張自体が必ずしもインスリン抵抗性の発症につながるとは限らず、これは、脂肪細胞の過形成又は肥大、脂肪生成能力、脂肪組織の炎症及び線維症など、脂肪組織の生物学的側面に依存する。結果として、脂肪組織の生物学的表現型は、体脂肪症の単純な体積定量化では正確に捉えることができない。
内臓脂肪又は皮下脂肪の平均放射線密度は、脂肪組織の質の単純な指標として最近提案されており、これは、臨床コホートの心血管リスクと独立して関連している(Rosenquist,K.J.et al.Visceral and subcutaneous fat quality and cardiometabolic risk.JACC.Cardiovascular imaging 6,762−771,doi:10.1016/j.jcmg.2012.11.021(2013)を参照)。PET/CTイメージングなどの他の方法を使用して、(例えば、18F−FDGの取り込みを定量化することにより)脂肪組織代謝活動を研究することができるが、PETは、その可用性、コスト、及び高い放射線被曝によって制限されている。
現在のところ、非侵襲的手段によって脂肪組織の生物学的特性を適切に表現型分類する方法はない。このように、脂肪組織機能不全を検出し、肥満に関連する代謝負荷を評価するための非侵襲的方法が求められている。
本発明の第1の態様によれば、脂肪組織を含む関心領域(例えば、関心領域の表現型、例えば、組成及び/又はテクスチャ)を特徴付けるための方法が提供される。方法は、脂肪組織機能不全を識別又は診断するために、又は脂肪組織機能不全の表現型特性を識別するために使用することができる。方法は、医療用撮像データを使用して関心領域の放射線シグネチャの値を計算することを含み得る。放射線シグネチャは、関心領域の複数の放射線特徴量の測定された値に基づいて計算することができる。放射線特徴量の測定された値は、医療用撮像データから計算することができる。
放射線シグネチャは、関心領域又は脂肪組織のテクスチャの尺度を提供することができる。放射線特徴量のうちの少なくとも1つは、関心領域又は脂肪組織のテクスチャの尺度を提供することができる。例えば、放射線特徴量のうちの少なくとも1つは、テクスチャ統計であってもよい。
放射線シグネチャ(すなわち、その値)は、脂肪組織機能不全、特に関心領域の脂肪組織を示し得るか、又はそれに関連付けられ得る(例えば、統計的に有意に関連している)。あるいは、放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全の代理マーカー、例えば、脂肪組織機能不全に関連付けられる代謝障害、脂肪組織機能不全の表現型特性、もしくは脂肪組織機能不全に関連付けられる遺伝子発現プロファイルを示すか、又はそれに関連付けてもよい。
放射線シグネチャ(すなわち、その値)は、対象が代謝障害、特に糖尿病又はインスリン抵抗性などの脂肪組織機能不全に関連付けられる代謝障害を発症する可能性を予測することができる。
複数の放射線特徴量は、クラスタ1〜5の放射線特徴量から選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み得、少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるグループから選択され、
グループ1が、大依存性低グレーレベル強調、和平均、結合平均、高グレーレベル強調、ショートラン高グレーレベル強調、自己相関、及び高グレーレベルラン強調からなり、
グループ2が、総エネルギーHHL、エネルギーHHL、サイズゾーン不均一性HHH、サイズゾーン不均一性HLH、サイズゾーン不均一性LHH、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLDM)、逆分散HHL、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLSZM)、サイズゾーン不均一性LHL、ランレングス不均一性HHH、サイズゾーン不均一性HLL、依存性不均一性HHL、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLDM)、逆差モーメントHHH、逆差HHH、均一性HHH、相関の情報的尺度2、逆分散HHH、総エネルギーLHL、サイズゾーン不均一性、球形性、サイズゾーン不均一性LLH、ランレングス不均一性正規化HHL、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLSZM)、依存性不均一性正規化HHL、ゾーンパーセンテージHHL、小依存性強調HHL、サイズゾーン不均一性正規化HHL、小面積強調HHL、相関、依存性不均一性LHH、総エネルギーLHH、ショートラン強調HHH、ランレングス不均一性正規化HHH、依存性不均一性LHL、逆差LHH、逆差モーメントLHH、小依存性強調HHH、依存性分散HLH、ランパーセンテージHHH、ゾーンパーセンテージHHH、逆差LHL、依存性不均一性HLH、逆分散LHH、大依存性強調HLH、ランレングス不均一性正規化HLH、ショートラン強調HLH、依存性不均一性正規化HLH、差異分散、ロングラン強調HLH、エネルギーLHL、コントラスト(GLCM)、ランパーセンテージHLH、結合エントロピーLHH、差分エントロピー、小依存性強調HLH、サイズゾーン不均一性正規化HLH、小面積強調HLH、差分エントロピーLHH、差分平均、ラン分散HLH、逆差モーメント、逆差、逆分散、ランエントロピーLHH、エントロピーLHH、ゾーンパーセンテージHLH、総エントロピーLHH、逆差モーメント正規化、逆差正規化、小依存性低グレーレベル強調、エネルギーLHH、結合エントロピーLHL、小面積低グレーレベル強調、強度、依存性不均一性LLH、ランレングス不均一性HHL、グレーレベル不均一性正規化LHL(GLDM)、ビジーネス、依存性不均一性正規化LHH、小依存性強調LHH、粗さ、ゾーンパーセンテージLHH、依存性不均一性正規化LHL、ランレングス不均一性HLH、小依存性強調LHL、結合エントロピー、小面積強調LHL、サイズゾーン不均一性正規化LHL、短期ラン強調HLL、ランレングス不均一性LHH、ランレングス不均一性正規化HLL、大依存性強調HLL、ロングラン強調HLL、ランパーセンテージHLL、依存性分散HLL、依存性不均一性HLL、ゾーンパーセンテージHLL、依存性不均一性、依存性不均一性HHH、依存性不均一性正規化LLH、低グレーレベルゾーン強調、及び短期低グレーレベル強調からなり、
グループ3が、依存性エントロピー、ゾーンエントロピー、相関、相関の情報的尺度2、ゾーンパーセンテージHHH、小依存性強調HHH、ランパーセンテージHHH、依存性不均一性正規化LHL、小依存性強調LHL、ゾーンパーセンテージHHL、小依存性高グレーレベル強調、小依存性強調HHL、依存性不均一性正規化HHL、ショートラン強調HHH、ランレングス不均一性正規化HHH、ランレングス不均一性正規化HHL、サイズゾーン不均一性正規化LHL、小面積強調LHL、サイズゾーン不均一性正規化HHL、小面積強調HHL、ゾーンパーセンテージHLH、ラン分散HLH、小依存性強調HLH、ロングラン強調HLH、サイズゾーン不均一性正規化LLH、小面積強調LLH、サイズゾーン不均一性正規化HLH、小面積強調HLH、ランパーセンテージHLH、ランレングス不均一性正規化HLH、ショートラン強調HLH、大依存性強調HLH、ゾーンパーセンテージLHH、小依存性強調LLH、小依存性強調LHH、依存性不均一性正規化HLH、ゾーンパーセンテージLLH、依存性分散HLH、依存性不均一性正規化LLH、依存性不均一性正規化LHH、逆差LHL、逆差モーメントHHH、逆差HHH、均一HHH、グレーレベル不均一性正規化LHL(GLSZM)、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLDM)、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLDM)、結合エントロピーLHL、逆分散正規化、逆分散モーメント正規化、ロングラン強調HLL、ゾーンパーセンテージHLL、逆分散、逆分散モーメント、差分平均、ランパーセンテージHLL、大依存性強調HLL、コントラスト(GLCM)、短期ラン強調HLL、ランレングス不均一正規化HLL、逆分散、逆分散HHL、差分エントロピー、依存性分散HLL、逆分散モーメントLHH、差分分散、エントロピーLHH、逆分散LHH、逆分散LHH、逆分散HHH、総エントロピーLHH、結合エントロピーLHH、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLSZM)、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLSZM)、差分エントロピーLHH、及びランエントロピーLHHからなり、
グループ4が、平均値LLL、中央値LLL、及びエネルギーLLLからなり、
グループ5が、ランエントロピーからなる。
少なくとも2つの放射線特徴量は、大依存性低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性エントロピー、平均値LLL、及びランエントロピーのうちの少なくとも2つを含むことができる。少なくとも2つの放射線特徴量は、5つの放射線特徴量からなり得、5つの放射線特徴量は、大依存性低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性エントロピー、平均値LLL、及びランエントロピーからなり得る。
少なくとも2つの放射線特徴量は、クラスタA〜Cの放射線特徴量から選択され得、少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるクラスタから選択され、
クラスタAは、グループ1〜3の放射線特徴量からなり、
クラスタBは、グループ4の放射線特徴量からなり、
クラスタCは、グループ5の放射線特徴量からなる。
複数の放射線特徴量は、クラスタA〜Cの放射線特徴量から選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み得、少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるクラスタから選択され、
クラスタAが、大依存性低グレーレベル強調、ランエントロピー、依存性エントロピー、クラスタシェード、歪度、ラン分散HLH、ボクセル数、及びグレーレベル不均一性からなり、
クラスタBが、平均値LLL、中央値LLL、結合平均、中央値、複雑さ、ロングラン高グレーレベル強調、球形度、尖度、及び粗さHHHからなり、
クラスタCが、主軸、小依存性高グレーレベル強調、副軸、エネルギーLLL、最大2D直径行、ロングラン低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性不均一性正規化HHH、コントラスト(GLCM)、表面体積比、総エントロピー、サイズゾーン不均一性正規化HHH、クラスタプロミネンスLHH、コントラストLLH(GLCM)、及びエネルギーLHLからなる。
複数の放射線特徴量は、大依存性低グレーレベル強調、ランエントロピー、依存性エントロピー、クラスタシェード、歪度、実行分散HLH、ボクセル数、グレーレベル不均一性、平均値LLL、中央値LLL、結合平均、中央値、複雑さ、長期高グレーレベル強調、球形度、尖度、粗さHHH、主軸、小依存度高グレーレベル強調、副軸、エネルギーLLL、最大2D直径行、長期低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性不均一性正規化HHH、コントラスト(GLCM)、表面体積比、総エントロピー、サイズゾーン不均一性正規化HHH、クラスタプロミネンスLHH、コントラストLLH(GLCM)、及びエネルギーLHLから選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み得る。
少なくとも2つの放射線特徴量は、少なくとも3つの放射線特徴量を含み得る。少なくとも2つの放射線特徴量は、少なくとも4つの放射線特徴量を含み得る。少なくとも2つの放射線特徴量は、少なくとも5つの放射線特徴量を含み得る。
医療用撮像データは、少なくとも関心領域に対応する複数のボクセルの各々の減衰値を含むことができる。
複数の放射線特徴量のうちの少なくとも1つは、減衰値のウェーブレット変換から計算することができる。
方法は、医療用撮像データから、又は医療用撮像データを使用して、関心領域を識別することをさらに含むことができる。関心領域は、手動の輪郭形成を使用して識別することができる。関心領域は、所与の減衰値の範囲内にある減衰値を有する医療用撮像データのボクセルのみを含むものとして識別することができる。所与の範囲は、約−190〜約−30ハウンズフィールド単位であってもよい。
方法は、関心領域をセグメント化することをさらに含むことができる。方法は、セグメント化された関心領域から放射線特徴量の値を計算することをさらに含むことができる。
方法は、少なくとも放射線シグネチャの計算された値に少なくとも基づいて、対象が代謝障害を発症するリスクを予測することをさらに含み得る。代謝障害は、糖尿病又はインスリン抵抗性であり得る。
方法は、対象が脂肪組織機能不全を有するかどうか、又は放射線シグネチャの計算値に少なくとも基づいて脂肪組織機能不全(例えば、線維症又は炎症)の表現型特性を有するかどうかを判定又は診断することをさらに含むことができる。
放射線シグネチャは、複数の放射線特徴量の加重和を含むことができる。放射線シグネチャは、放射線特徴量の加重和に線形に関連し得る。
本発明の第2の態様によれば、放射線シグネチャを導出するための方法が提供される。放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全を示し得る。放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全を識別又は診断するのに適し得る。方法は、脂肪組織機能不全を示す放射線シグネチャを構築するために放射線データセットを使用することを含み得る。放射線シグネチャは、第2の複数の放射線特徴量に基づいて計算することができる。データセットは、複数の個人の各々に対する脂肪組織を含む関心領域の医療用撮像データから得られた第1の複数の放射線特徴量の値を含むことができる。複数の個人は、(特に医療用撮像データが収集又は記録されたときに)脂肪組織機能不全を有すると特定された第1のグループの個人と、(特に、医療用撮像データが収集又は記録された)脂肪組織機能不全を有さないと特定された第2のグループの個人と、を含むことができる。第2の複数の放射線特徴量は、特に、例えば機械学習アルゴリズムを使用して、データセットから判定されるか、又はデータセットを使用して判定されるように、脂肪組織機能不全を示す放射線シグネチャを提供するために、第1の複数の放射線特徴量の中から選択され得る。
個人の各々は、脂肪組織機能不全のマーカーに少なくとも部分的に基づいて、脂肪組織機能不全を有するか、又は有さないものとして特定され得る。放射線データセットは、脂肪組織機能不全のマーカーをさらに含み得る。
マーカーは、複数の個人の各々について、脂肪組織機能不全、例えば糖尿病又はインスリン抵抗性に関連付けられる代謝障害の存在又は不在(すなわち、各個人が代謝障害を持っているか持っていないかを区別する情報)であり得るか、又はそれらを含み得るか、又はそれらを示し得る。
マーカーは、脂肪組織機能不全、例えば線維症又は炎症に関連付けられる脂肪組織の表現型特性を含み得る。
マーカーは、選択された遺伝子発現プロファイルのような、脂肪組織機能不全に関連付けられる脂肪組織の表現型特性の代理マーカーを含み得る。特に、代理マーカーは、脂肪組織機能不全の表現型特性のマーカーである遺伝子発現プロファイルであり得るか、又はそれを含み得る。
方法は、データセットから判定されるように、互いに共線性でない第1の複数の放射線特徴量の第1のサブセットを識別することをさらに含み得る。第2の複数の放射線特徴量は、第1のサブセットに属する異なる放射線特徴量であるか、又はそれと共線性であるか、又はそれと(データセットから判定されるように)高度に相関するように選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み得る。
方法は、特徴量選択アルゴリズム(例えば、機械学習特徴量選択アルゴリズム)を使用して、放射線シグネチャが基づいて計算されるべき第1のサブセットの中から放射線特徴量の第2のサブセット(すなわち、最適な特徴量)を識別することをさらに含み得る。言い換えれば、放射線特徴量の第2のサブセットは、例えば、放射線シグネチャが放射線特徴量の第2のサブセットに基づいて計算される(及び最適化される)場合、放射線シグネチャの精度を最大化する(例えば、放射線シグネチャと脂肪組織機能不全との関連付けを最適化又は最大化する)と予測される。放射線特徴量の第2のサブセットは、データセットから判定されるように、(予備的放射線シグネチャが放射線特徴量の第2のサブセットに基づいて計算される場合)予備的放射線シグネチャと脂肪組織機能不全との関連付けを最大化することができる。少なくとも2つの放射線特徴量は、第2のサブセットに属する異なる放射線特徴量であるか、又は(データセットから判定されるように)共線性であるように選択され得る。少なくとも2つの放射線特徴量は、データセットから判定されるように、第2のサブセットに属する全ての放射線特徴量、又は放射線特徴量と共線性であるそれらの共線性同等物を含み得る。言い換えれば、少なくとも2つの放射線特徴量は、第2のサブセットに属する放射線特徴量の各々を含み得、又は各々と共線性の放射線特徴量を含み得る。
データセットから判定されるように、少なくとも2つ(又は第2の複数)の放射線特徴量の各々は、安定するように選択され得る。全ての不安定な放射線特徴量は、第2の複数の放射線特徴量を選択する前に、第1の複数の放射線特徴量から除去され得る。
放射線特徴量のクラス内相関係数(例えば、スキャン−再スキャン及び/又は複数の描写)が、例えばデータセットから判定された安定性閾値よりも小さい場合、放射線特徴量は不安定であると識別され得る。安定性閾値は、少なくとも約0.9であり得る。
方法は、クラスタ分析(例えば、クラスタリングアルゴリズム、特に機械学習クラスタリングアルゴリズムを使用する)、例えば相関クラスタ分析を実行することによって、例えば、放射線特徴量の第1のサブセットの、第1の複数の放射線特徴量の複数のクラスタを識別することをさらに含み得る。第2の複数、又は少なくとも2つの放射線特徴量は、各々、異なるクラスタからの放射線特徴量から選択されるか、又はそれと共線性であるように選択され得る。クラスタ分析は、放射線特徴量間の相関の強度に基づいてクラスタを識別し得る。クラスタ内相関は、クラスタ間相関よりも強い場合がある。例えば、各クラスタ内の放射線特徴量は、他のクラスタ内の放射線特徴量と相関するよりも、互いにより大きな程度で相関してもよい。
クラスタ分析は、階層的クラスタ分析、k−meansクラスタ分析、分布ベースのクラスタ分析、又は密度ベースのクラスタ分析であってもよい。特に、クラスタ分析は階層的クラスタ分析であり得る。クラスタ分析、例えばクラスタアルゴリズムは、例えば相関プロットにおいて、放射線特徴量間の距離、例えば放射線特徴量間の二乗ユークリッド距離に基づいてクラスタを識別し得る。クラスタアルゴリズムは、相関空間内の特徴量間の距離に基づいてクラスタを識別できる。ここで、特徴量の各ペア間の距離は、それらの特徴量が相関する程度に対応する。つまり、2つの特徴量が相関空間内に近いほど、それらは互いに相関が高くなる。
方法は、放射線特徴量の複数のクラスタを識別することを含み得る。各クラスタは、複数の放射線特徴量のサブセットを含み得る。各クラスタは、例えば、データセットから判定又は計算されるように、そのクラスタ内の他の放射線特徴量の各々が共線性であるように選択される元の放射線特徴量を含み得る。少なくとも2つの放射線特徴量は各々、異なるクラスタから選択され得る。
元の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、他のクラスタのうちのいずれの元の放射線特徴量のうちのいずれとも共線性ではないように選択され得る。
各クラスタ内の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、同じクラスタ内の他の放射線特徴量の全てと共線性であるように選択され得る。
元の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、臨床エンドポイントと有意に関連付けられるように選択され得る。
元の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、そのクラスタ内の全ての放射線特徴量の臨床エンドポイントと最も強く関連付けられるように選択され得る。
少なくとも2つの放射線特徴量は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、互いに共線性ではないように選択され得る。
方法は、放射線特徴量の複数のグループを識別することを含み得る。各グループは、第1の複数の放射線特徴量のサブセットを含み得る。各グループは、例えば、データセットから判定又は計算されるように、そのグループ内の他の放射線特徴量の各々が共線性であるように選択される元の放射線特徴量(例えば、第1のサブセットのうちの1つ)を含み得る。第2の複数の放射線特徴量、例えば、少なくとも2つの放射線特徴量は、各々が、異なるグループから選択され得る。
元の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、他のグループのうちのいずれの元の放射線特徴量のうちのいずれとも共線性ではないように選択され得る。
各グループ内の放射線特徴量の各々は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、同じグループ内の他の放射線特徴量の全てと共線性であるように選択され得る。
第2の複数、又は少なくとも2つの放射線特徴量は、例えば、データセットから判定又は計算されるように、互いに共線性ではないように選択され得る。
データセットから判定された相関閾値に少なくとも等しい程度に相関している場合、2つの放射線特徴量は互いに共線性であると識別できる。相関閾値は、スピアマンのrho係数を使用して計算され得る。相関閾値は、少なくとも約|rho|=0.75、例えば、少なくとも約|rho|=0.9であり得る。2つの放射線特徴量は、少なくとも約|rho|=0.75の程度に相関している場合、互いに高度に相関していると識別することができる。
データセットから判定されるように、放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全に関連付けられるように構築され得る。放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全に有意に関連付けられるように構築され得る。放射線シグネチャは、有意性閾値を超える脂肪組織機能不全に関連している場合、脂肪組織機能不全に有意に関連していると識別される場合がある。有意性閾値は、少なくとも、約α=0.05である。AT機能不全との放射線シグネチャの関連付けは、当業者によって容易に理解されるように、特に曲線下面積(AUC)尺度(すなわち、C統計)を使用して、受信者動作特性(ROC)曲線分析に基づいて、又はそれを使用して計算され得る。
放射線シグネチャを構築するステップは、データセットから判定されるように、放射線シグネチャと脂肪組織機能不全との関連付けを増大させるために、放射線シグネチャへの第2の複数の放射線特徴量の各々に対する寄与を精緻化することを含み得る。
データセットは、訓練コホートデータセットと検証コホートデータセットに分割することができ、放射線シグネチャを構築するステップは、少なくとも訓練コホートのデータを使用してシグネチャを導出し、検証コホートのデータを使用してシグネチャを検証することを含み得る。
放射線シグネチャを構築するステップは、機械学習アルゴリズムを使用して実行され得る。方法は、機械学習アルゴリズムを使用して、第1の複数の放射線特徴量の中から、特に第1のサブセットの中から第2の複数の放射線特徴量を選択して、データセットから判定された脂肪組織機能不全を示す放射線シグネチャを提供することを含み得る。
放射線シグネチャを構築するステップは、マルチホールド交差検証を使用して実行され得る。放射線シグネチャを構築するステップは、例えばランダムフォレストアルゴリズムを使用して、再帰的特徴量排除を使用して実行することができる。放射線シグネチャを構築するステップは、ロジスティック回帰を使用して実行され得る。
例えば、放射線シグネチャを構築するステップは、例えば、特徴量選択機械学習アルゴリズムを使用して、シグネチャに含まれるべき放射線特徴量のサブセットを識別することを含み得る。特徴量選択は、例えばランダムフォレストアルゴリズムを使用して、再帰的特徴量排除を使用して実行することができる。次に、放射線シグネチャを構築するステップは、特徴量選択ステップで識別された放射線特徴量のサブセット(例えば、第2のサブセット)に基づいて、例えばロジスティック回帰を使用して、また任意選択的に機械学習アルゴリズムを使用して、放射線シグネチャを精緻化又は最適化することを含み得る。例えば、第2の機械学習アルゴリズム(例えば、ロジスティック回帰アルゴリズムなどの放射線シグネチャ最適化アルゴリズム)を使用して、例えばマルチフォールドクロスバリデーションを使用して、放射線特徴量のサブセットを使用して計算された放射線シグネチャを精緻化又は最適化することができる。言い換えると、第2の機械学習アルゴリズムは、放射線特徴量のサブセットに基づいて計算された放射線シグネチャを精緻化又は最適化する。
放射線シグネチャは、第2の複数の放射線特徴量の加重和を含むことができる。放射線シグネチャは、第2の複数の放射線特徴量の加重和に線形に関連付けることができる。
放射線シグネチャを構築するステップは、データセットから判定されるように、放射線シグネチャと脂肪組織機能不全との関連付けを増大させるために、第2の複数の放射線特徴量の各々に対する相対的重みを調整することを含み得る。
放射線シグネチャは、関心領域のテクスチャの尺度を提供するように構築され得る。
第2の複数の放射線特徴量のうちの少なくとも1つ(例えば、少なくとも2つの放射線特徴量のうちの1つ)は、関心領域のテクスチャの尺度を提供し得る。例えば、第2の複数の放射線特徴量のうちの少なくとも1つは、テクスチャ統計であり得る。例えば、第2の複数の放射線特徴量の各々は、関心領域のテクスチャの尺度を提供し得る(すなわち、放射線特徴量の各々は、テクスチャ統計であり得る)。
方法は、患者、特に脂肪組織を含む患者の関心領域の放射線シグネチャの値を計算するためのシステムを構成することをさらに含み得る。例えば、方法は、患者又は対象についての導出された放射線シグネチャの値を計算することによって、患者又は対象の関心領域を特徴付けるためのシステムを構成することをさらに含み得る。システムは、患者又は対象の少なくとも関心領域の医療用撮像データを使用するか、又はこの医療用撮像データに基づいて、導出された放射線シグネチャの値を計算するように構成され得る。システムは、患者又は対象の関心領域の第2の複数の放射線特徴量の値を使用して、又はこれらの値に少なくとも基づいて、導出された放射線シグネチャの値を計算するように構成され得る。
したがって、方法は、放射線シグネチャを導出し、かつ導出された放射線シグネチャを使用して患者の(脂肪組織を含む)関心領域を特徴付けるためのシステムを構成するためのものであり得る。
システムは、第2の複数の放射線特徴量の医療用撮像データ又は値を入力として受信するように構成され得る。システムは、放射線シグネチャの計算された値、又は放射線シグネチャの計算された値に基づく値を出力する(例えば、表示する)ように構成され得る。システムは、患者が脂肪組織機能不全を有するかどうかの指標を出力するように構成され得る。システムは、患者が代謝障害を発症するリスクの表示を出力するように構成され得る。システムは、コンピュータシステムであり得る。
方法は、患者又は対象についての導出された放射線シグネチャの値を計算するためのシステムを構成するための命令を提供することを含み得る。
方法は、患者又は対象の関心領域について導出された放射線シグネチャの値を計算することをさらに含み得る。例えば、方法は、導出された放射線シグネチャの値を計算することによって、患者又は対象の関心領域を特徴付けることをさらに含み得る。導出された放射線シグネチャの値は、患者又は対象の少なくとも関心領域の医療用撮像データに基づいて、又はこの医療用撮像データを使用して計算され得る。導出された放射線シグネチャの値は、患者又は対象の関心領域の第2の複数の放射線特徴量の値を使用して、又はこれらの値に少なくとも基づいて計算され得る。患者の関心領域は、脂肪組織を含む。
したがって、方法は、放射線シグネチャを導出し、かつ導出された放射線シグネチャを使用して関心領域を特徴付けるためのものであり得る。
医療用撮像データは、放射線データであり得る。医療用撮像データは、計算された断層撮影データであり得る。
脂肪組織は、皮下脂肪組織であり得る。脂肪組織は、内臓脂肪組織であり得る。脂肪組織は、胸部脂肪組織であり得る。
脂肪組織は、非心血管脂肪組織(すなわち、非心臓又は非血管脂肪組織)を含むか、又はそれらからなり得る。例えば、脂肪組織は、非心外膜、心膜、又は血管周囲の脂肪組織を含むか、又はそれらからなり得る。例えば、脂肪組織は、非心血管脂肪組織の大部分(すなわち、約50体積%を超える)を含み得る。例えば、脂肪組織は、実質的に非心血管性脂肪組織を含み得る。例えば、脂肪組織は、約10%(体積で)未満の心血管脂肪組織、特に約5%未満の心血管脂肪組織を含み得る。
あるいは、関心領域は、心血管系から離れている(すなわち、心血管系に隣接していない、又は取り付けられていない)場合がある。例えば、関心領域は、心臓などの心血管器官、及び血管、特に動脈及び静脈から離れている場合がある。脂肪組織は、心臓又は血管の脂肪組織ではない可能性がある。例えば、脂肪組織は、心外膜、心膜、又は血管周囲の脂肪組織でない場合がある。
本発明の放射線シグネチャはまた、上記で言及した少なくとも2つの放射線特徴量に加えて、さらなる放射線特徴量に基づいて計算され得る。例えば、放射線シグネチャは、少なくとも2つの放射線特徴量に加えて、他の放射線特徴量を含み得る。したがって、放射線シグネチャは、複数の放射線特徴量に基づいて計算されると言え、複数の放射線特徴量は、少なくとも2つの放射線特徴量を含み得る。
本発明の方法はまた、医療用撮像データから放射線特徴量を計算するステップを含み得る。
本発明の第3の態様によれば、上述したような方法のうちのいずれかを実行するように構成されたシステムが提供される。システムは、コンピュータシステムであり得る。システムは、方法のステップを実行するように構成されたプロセッサを含み得る。システムは、方法のステップを実行するための実行可能命令がロードされたメモリを含み得る。
本発明の第4の態様によれば、例えば、関心領域を特徴付けるため、脂肪組織機能不全を検出するため、又は代謝障害を発症するリスクを予測するために、上記の目的のいずれかのための放射線シグネチャの使用が提供される。放射線シグネチャは、関心領域の複数の放射線特徴量の測定された値に基づいて計算することができる。
医療用撮像データは、放射線データであり得る。医療用撮像データは、計算された断層撮影データであり得る。
本発明は、以下の添付の図を参照して説明される。
放射線シグネチャを導出する方法を要約している。分析フェーズには、冠状動脈バイパス移植を受けた合計225人の患者が含まれていた。非造影コンピュータ断層撮影(CT)画像を使用して、脂肪組織の放射線特徴量を組織生物学と関連付けた。安定した放射線特徴量(つまり、訓練段階でクラス内相関係数(ICC)≧0.90を示した放射線特徴量)のみが分析に含まれた。脂肪組織の生物学的特性に関連付けられる放射線特徴量は、5分割交差検証を備えた機械学習アルゴリズムを使用して内部的に検証された。次に、上位の放射線特徴量は、18F−FDG陽電子放出断層撮影/コンピュータ断層撮影(PET/CT)イメージングに対する脂肪組織炎症のバイオマーカーとしてアーム2で、血管疾患進行のバイオマーカーとしてアーム3で外部的に検証された。AT:脂肪組織、ScAT:皮下脂肪組織。 脂肪組織の放射線特徴量の主成分分析の態様を示している。図2(a)は、最初の86個の主成分によって説明される変動のパーセンテージのスクリープロットであり、アーム1の変動の99.5%を占めている(225人の患者からの843個の放射線特徴量)。図2(b)は、3つの主要な主成分の成分プロットを示す。図2(c)は、アーム1の患者の脂肪組織における人口統計、生化学的特性(n=225)、及び遺伝子発現プロファイルパターン(n=167)を含む最初の3つの成分の相関プロットである。 患者の教師なし階層的クラスタリングの態様と放射線特徴量を示している。図3(a)は、アーム1の母集団で196個の安定した放射線特徴量(安定性評価後)を使用した、アーム1の患者の教師なし階層的クラスタリングを示している。明確な放射線特徴量がx軸に表され、観測数(n=225人の患者)がy軸に表される。行樹状図は、患者の2つの異なるクラスタを示す。図3(b)は、アーム1のコホートの患者で考えられるクラスタを視覚的に認識するために、選択した放射線特徴量(安定性評価後、n=196)間のユークリッド距離(つまり、非類似性)を示す類似性−非類似性プロットである。図3(c)は、高度に相関した(つまり、共線性)特徴量(|rho|>0.90)を除外した後の、32個のフィルタリングされた(非共線性)放射線特徴量の相関プロットである。カイ二乗からのP値。 放射線シグネチャを用いた放射線表現型による脂肪組織機能不全の検出を示している。図4(a)及び(b)は、それぞれ、非糖尿病患者における脂肪組織遺伝子発現プロファイル(脂肪細胞分化の代理マーカーとしてのFABP4及び炎症の代理マーカーとしてのTNFA)と糖尿病及びインスリン抵抗性(HOMO−IR)との関連付けを示している。図4(c)及び(d)は、同じ患者の脂肪組織における高FABP4及びTNFA発現に対する多変量ロジスティック回帰モデルの感度を各々示しており、それぞれ、脂肪細胞の分化及び脂肪組織の炎症状態を検出するための放射線シグネチャの増分判別値を示している。図4(e)は、脂肪組織機能不全を検出するための5分割交差検証と上位の放射線特徴量の選択を伴う再帰的特徴量排除(RFE)を使用した機械学習による放射線シグネチャの構築の態様を示している。図4(f)は、臨床的危険因子、肥満指数、及びインスリン抵抗性の恒常性モデル(HOMA−IR)を超えて、脂肪組織機能不全を検出するための上位の放射線特徴量の増分診断値を示している。 脂肪組織を含む関心領域、この場合は皮下領域の放射線シグネチャが、脂肪組織の健康及び代謝リスクの放射線バイオマーカーとして使用できることを示している。図5(a)は、FABP4及びTNFAの発現レベルに基づいた、本発明の放射線シグネチャ(「FatHealth」と称される)と脂肪組織の分化/炎症表現型との関連付けを示している。図5(b)は、放射線シグネチャ(FatHealth)による機能不全の脂肪組織の分類のロジスティック回帰をプロットしている。心臓代謝の危険因子(すなわち、喫煙、高血圧、糖尿病)の数と、アーム1の患者の導出及びテストコホートにおけるFatHealthとの関連は、各々図5(c)及び(d)の箱ひげ図を使用して示されている。図5(e)は、PET/CTイメージングにおける皮下脂肪組織による18−フルオロデオキシグルコース取り込みに対する放射線シグネチャ(FatHealth)の外部検証を示し、図5(f)は、高脂肪組織炎症に対する放射線シグネチャの診断精度を示している(最高の三分位における組織対バックグラウンド比として定義される)。AUC:曲線下面積。TBR:標的対バックグラウンド比。
本発明者らは、脂肪組織を含む関心領域(ROI)の2つ以上の放射線特徴量に基づいて計算された放射線シグネチャ(別名「スコア」又は「指数」)が、AT機能不全に関連する脂肪組織(AT)の明確な生物学的表現型と独立して関連することを発見した。一般に、本明細書で使用される場合、「関連付けられる」は、「統計的に関連付けられる」、例えば「統計的に有意に関連付けられる」を意味すると解釈され得る。特に、放射線シグネチャは、脂肪細胞の分化及び脂肪組織の炎症など、AT機能不全の特性の遺伝子マーカーの発現を区別することができる。したがって、本発明の放射線シグネチャは、好ましくは、ATを含む関心領域の2つ以上の放射線特徴量に基づいて計算され、関心領域、特に脂肪又は脂肪質を特徴付けるためのツールを提供し、脂肪組織機能不全を非侵襲的に検出又は識別するためのツールを提供するものである。
本発明の放射線シグネチャは、診断又は予後情報を提供するために関心領域を特徴付けるためにそれ自体で使用され得るか、又は年齢、性別、高血圧、脂質異常症、喫煙、糖尿病、肥満度指数、恒常性モデル評価インスリン抵抗性(HOMA−IR)指数、及び/もしくは皮下脂肪量などの既存のモデル及び危険因子と組み合わされ得る。
本発明は、脂肪組織における特定のイメージングパターン(例えば、組織テクスチャ及び放射線密度に関連付けられる)が、脂肪細胞分化及び脂肪組織炎症などの脂肪組織特性又はAT機能不全を示す表現型の別個の生物学的表現型及び遺伝子マーカーと関連しているという発見を利用する。本発明の放射線転写アプローチは、脂肪生検などの侵襲的手段を介してのみこれまで実現可能であった脂肪組織機能不全を非侵襲的に検出、識別、又は診断する手段を提供する。本発明の放射線シグネチャは、脂肪組織の健康状態を評価するため、又は脂肪機能不全を識別するために使用され、内分泌学及び糖尿病の分野で価値のある脂肪組織の生物学的特性に対する危険因子の影響を捉えることができる。したがって、放射線シグネチャは、代謝リスク、例えば心血管代謝リスクの指標として、又は予測するために使用することができる。例えば、本発明の放射線シグネチャを使用して、患者の代謝リスク、すなわち、糖尿病(真性糖尿病)、特に2型糖尿病などの代謝障害を発症するリスクに従って患者を分類することができる。本発明の放射線シグネチャは、治療介入への応答を評価するために使用され得る。例えば、放射線シグネチャは、代謝障害の治療ラウンドの前に計算され、その後、治療ラウンド及び治療への応答を評価するために使用されるシグネチャの差の後に計算され得る。
本発明の放射線シグネチャは、脂肪のテクスチャ(すなわち、空間的不均一性又は変動性)が、単純な脂肪量測定を超えて、代謝リスク及び脂肪組織機能不全の特徴量に関連しているという発見を利用する。したがって、放射線シグネチャは、関心領域のテクスチャの尺度を提供するように構築され得る。したがって、本発明の放射線シグネチャは、テクスチャ指数、例えば、ROIが皮下領域である場合の皮下テクスチャ指数(STI)と称されることもある。
関心領域(ROI)は、脂肪組織を含む個人(つまり患者)の体の領域又は体積である。したがって、ROIは、ATの領域又は体積であってもよく、ATを含んでもよい。脂肪組織は、皮下脂肪組織(ScAT)、内臓(又は腹部)脂肪組織、又は胸部脂肪組織であり得る。特に、脂肪組織は、隣接する器官の生物学的特性による影響が最も少ない皮下脂肪組織であり得る。皮下組織は、皮下層とも称され、皮膚に隣接して皮膚の下にある組織である。組織は、複雑な生物学的構造であり、細胞(例えば、脂肪細胞、ニューロンなど)、ならびに細胞間空間を占有し得る細胞外構造及び材料(水など)を含み得る。例えば、皮下脂肪組織は、一般に、線維芽細胞、脂肪細胞、及びマクロファージを含む。内臓脂肪組織は、腹部又は腹腔内脂肪組織と称されることもあり、腹腔内臓器間の腹腔内にある。胸部脂肪組織は、胸腔(又は胸部腔)内にある。
好ましくは、ROIは、非心血管脂肪組織を含むか、又はそれからなる。例えば、脂肪組織は、非心血管脂肪組織の大部分(すなわち、脂肪組織の総体積に基づいて、50体積%を超える)を含み得る。例えば、脂肪組織は、実質的に非心血管性脂肪組織を含み得る。例えば、脂肪組織は、(脂肪組織の総体積に基づく体積で)10%未満の心血管脂肪組織、特に(体積で)5%未満の心血管脂肪組織を含み得る。脂肪組織は、約−190HU〜約−30HUなどの所定の範囲内の放射密度を有するROI内の全てのボクセルとして定義することができる。心血管脂肪組織は、心血管系に関連付けられる(すなわち、それに隣接するか、それに付着するか、又はその一部である)脂肪組織である。特に、心血管脂肪組織は、心臓脂肪(すなわち心脂肪)及び血管脂肪を含む。例えば、心血管脂肪は、心外膜、心膜、及び血管周囲の脂肪組織を指し得る。したがって、関心領域は、心血管脂肪組織を含まない場合があり、特に、関心領域は、心外膜、心膜又は血管周囲の脂肪組織を含まない場合があり、又は心外膜、心膜又は血管周囲の脂肪組織以外の脂肪組織を含み得る。したがって、ROIは、心血管系の器官(つまり、心臓などの心血管器官又は動脈及び静脈などの主要な血管)に隣接していない(つまり、遠隔にあるか、離れている)可能性がある。心血管脂肪組織は、心血管系の根底にある健康状態、特にそれが付着している臓器組織、例えば心筋又は血管組織の表現型によって影響を受ける。したがって、本発明のシグネチャは、ROIが非心血管脂肪組織を含むか、又はそれからなる場合、代謝の健康、及び代謝の健康に関連する脂肪組織機能不全のより信頼できる指標であり、これは、代謝の健康及び脂肪自体の健康を心血管脂肪よりも直接的に反映する。
本発明は、放射線アプローチを利用する。ラジオミクスは、データ特性評価アルゴリズムを使用して大量の定量的情報が撮像データから抽出されるイメージングの分野である。放射線特徴量と称される、結果として生じる特徴量は、単純な体積測定統計、形状関連統計、又は一次統計(平均値又は中央値減衰など)から、セグメント化された体積又は領域のテクスチャ、ならびに類似又は異なる減衰値を有するボクセルの空間関係を記述する二次及びより高次の統計までに及ぶ。このような特徴量は、肉眼では認識できず、かつ非侵襲性AT表現型の診断歩留まりを最大化する可能性を有する、有意な臨床価値のイメージングパターンを識別することができる。
本発明のシグネチャは、放射線特徴量、例えば、医療用撮像データから抽出された特徴量に基づいて導出及び計算される。特に、放射線特徴量が抽出される医療用撮像データは、関心領域(ROI)に対応し、任意で、皮膚など、ROIに隣接又は周囲の他の組織にも対応する。医療用撮像データは、典型的には、関連付けられる領域の複数のボクセル、この場合はROIについて、及び、任意で、隣接する組織についても、通常ハウンズフィールド単位(HU)で表される放射線密度(又は減衰)値を含む。
医療用撮像データは、好ましくは、コンピュータ断層撮影(CT)データであるが、代わりに、三次元の計算されたラミノグラフィデータなどの、イメージングされる領域のボクセルについて減衰(又は放射線密度)データを提供する他の形態の医療用撮像データ(例えば、放射線撮像データ)が使用されてもよい。典型的には、本発明で使用される医療用撮像データは、三次元撮像データである。以下を通して、CT又は別の医療用撮像技術に言及する場合、他の好適な医療用撮像技術が代替的に使用され得ることを理解されたい。
ROIは、例えば、手動の輪郭形成(描写)によって、オペレータなどの人によって識別され得る。オペレータは、撮像データ、例えば、CT画像の検査を通じてROIを識別することができる。あるいは、又は手動輪郭を使用してROIの空間的同一性を識別することに加えて、ROIは、データに放射密度(又は減衰)マスクを適用し、所与又は所定の範囲内にある放射密度を有するボクセルのみを含むものとしてROIを識別することによって識別され得る。例えば、ROIには、ハウンズフィールド単位の範囲で約−190HU〜約+30HUの放射密度を持ち、任意でオペレータによって識別された輪郭領域内に配置されたボクセルのみを含めることができる。例えば、ROIは、約−190HU〜約−30HUのハウンズフィールド単位範囲の放射線密度を有するボクセルのみを含み得る。この減衰値範囲は、一般的に脂肪組織の放射線密度に対応する。ただし、他の範囲、例えば、一般に水の放射線密度に対応する約−30〜約+30のハウンズフィールド単位を使用又は含めることができる。
ROIは、放射線特徴量を計算する前にセグメント化され得、放射線特徴量は、セグメント化されたデータから計算され得る。セグメント化された体積又は領域は、ROIに対応し、セグメント化は、ROIの外側にあるボクセルに対応するデータを除去し得る。したがって、セグメント化は、上述したように、ROIを識別し、かつ次いで、ROIの一部ではないと識別されたデータから任意のボクセル、例えば、周囲の又は隣接する組織ボクセルに対応するボクセルを除去することによって、達成され得る。セグメント化されたROIは、放射線特徴量を計算するために抽出及び使用され得る。
医療用撮像データからの放射線特徴量の計算は、コンピュータプログラム又はソフトウェアを使用して実行され得る。この目的で、3Dスライサなどの、様々な市販ソフトウェアパッケージが存在する(http://www.slicer.orgで利用可能。Fedorov,A.et al.3D Slicer as an image computing platform for the Quantitative Imaging Network.Magn Reson Imaging 30,1323−1341,doi:10.1016/j.mri.2012.05.001(2012)を参照)。放射線特徴量は、形状関連の統計、一次統計、又はテクスチャ統計(例えば、二次及びより高次の統計)であり得る。形状関連及び一次放射線特徴量は、ROIボクセルの原放射線密度(HU)値を使用して計算され得る。テクスチャ特徴量(例えば、グレーレベル同時生起行列[GLCM]、グレーレベル依存行列[GLDM]、グレーレベルランレングス行列[GLRLM]、グレーレベルサイズゾーン行列[GLSZM]、及び近隣グレートーン差分行列[NGTDM]、表R1〜R7を参照されたい)の計算について、ROIボクセル放射線密度又は減衰値は、好ましくは、複数のビン、好ましくは、好ましくは等しい幅(例えば、10HUの幅)の16ビン、に離散化されて、ROI減衰の生物学的に有意な空間変化を検出するのに十分な分解能を可能にしながらノイズを低減する。放射線分析のための画像の信号対ノイズ比を増加させるための最適なアプローチとして、16ビンへの離散化が推奨される。ただし、16ビンよりも多い又は少ない離散化も可能である。対称の、回転不変の結果を強制するために、放射線特徴量、特にテクスチャ統計(GLCMなど)のうちのいくつか又は全てが、全ての(直交)方向(例えば正方形のピクセル又はボクセルの4つの辺の4つの方向)で計算され、次いで(例えば、4つの方向の各々における特徴量の個々に計算された値の平均値又は他の平均を使用して)平均化され得る。
放射線特徴量のうちのいくつか又は全て、特に一次及びテクスチャベースの統計に関連付けられるものはまた、例えばGuoら(Guo X,Liu X,Wang H,et al.Enhanced CT images by the wavelet transform improving diagnostic accuracy of chest nodules.J Digit Imaging 2011;24(1):44−9)によって記載された放射線特徴量のいくつかの追加のセットをもたらす元の画像データの三次元ウェーブレット変換について計算され得る。ウェーブレット変換は、データを高頻度成分及び低頻度成分に分解する。高頻度(より短い時間間隔)で、結果として生じるウェーブレットは、元のデータにおける不連続性、破裂、及び特異性を捕捉することができる。低頻度(より長い時間間隔)で、ウェーブレットは、長期傾向を識別するためにデータの粗い構造を特徴付ける。したがって、ウェーブレット解析は、イメージング研究の信号対ノイズ比を改善しながら、元のデータの隠されたかつ有意な時間的特徴量の抽出を可能にする。データは、データをマルチレベル(例えば、3レベル)フィルタバンクを通過させることによって、離散ウェーブレット変換によって複数の(例えば、8つの)ウェーブレット分解に分解され得る。各レベルで、データは、各々、ハイパスフィルタ及びローパスフィルタによって、高頻度成分及び低頻度成分に分解される。したがって、3レベルのフィルタバンクが使用される場合、HHH、HHL、HLH、HLL、LHH、LHL、LLH、及びLLLに対応する8つのウェーブレット分解が結果として生じ、ここで、Hは「ハイパス」を指し、Lは「ローパス」を指す。もちろん、8以上又は8以下のレベルを代替的に使用して、データを分解することができる。このような分解は、ピラジオミクスライブラリを組み込んだスライサラジオミクスソフトウェアパッケージなどの広く利用可能なソフトウェアを使用して実行され得る。任意で、放射線特徴量は全て、元の(原)データに基づいて、つまりウェーブレット変換を適用せずに計算できる。したがって、放射線特徴量のリスト、グループ、又はクラスタが本明細書に開示される場合、ウェーブレット変換に基づいて計算されるそれらの放射線特徴量を除外するためにこれらを減らすことができることを理解されたい。放射線特徴量がデータのウェーブレット分解又は変換に基づいて計算される場合、このことは、放射線特徴量がどのウェーブレット分解に基づいて計算されたかを示すサフィックスによって表記される(例えば、ハイパス、ハイパス、ハイパスについてはHHH)。したがって、例えば、「歪度LLL(Skewness LLL)」は、LLLウェーブレット分解に基づいて計算される放射線特徴量「歪度(Skewness)」を表記する。サフィックスが存在しない場合、放射線特徴量は、元の(又は原)データに基づいて計算される。
放射線シグネチャの導出
本発明は、ROI(例えば、脂肪組織又は脂肪を含むか、又はそれからなる領域)を特徴付けるための放射性シグネチャを導出するための方法を提供し、例えば、脂肪組織機能不全を検出又は識別するため、又は代謝リスク、例えば、糖尿病などの代謝障害又は疾患を発症するリスクを予測するための方法を提供する。放射線シグネチャは、複数の個人の医療用撮像データ、及び複数の個人(患者)の各々に対する脂肪組織機能不全を示すか、又はそれに関連付けられるデータを使用して導出される。特に、脂肪組織機能不全を示すデータは、代謝障害の有無、脂肪組織機能不全に関連する脂肪組織の表現型、又は個人が脂肪組織機能不全を持っているかどうかについて推論を行うことを可能にするその他の情報などの、脂肪組織機能不全の1つ以上のマーカー(例えば、バイオマーカー)を含むか、又はそれらを含み得る。
脂肪組織機能不全は、例えば炎症及び線維症を引き起こす脂肪の異常な機能を意味すると広く理解されている。前述のように、脂肪機能不全は、インスリン抵抗性及び糖尿病などの代謝障害の発症に重要な役割を果たす。したがって、脂肪組織機能不全を示すデータには、各個人の脂肪組織機能不全(糖尿病又はインスリン抵抗性など)に関連付けられる代謝障害の有無(つまり、個人が持っているかどうか)に関する情報が含まれる場合があり、これは、脂肪機能不全のマーカーとして使用される可能性がある。特に、データは、脂肪細胞の過形成又は肥大、炎症、脂肪生成(脂肪細胞の分化)、及び/又は線維症などの、脂肪組織機能不全に関連付けられるか、かつ/又は特徴的な脂肪組織生物学の1つ以上の特徴量(すなわち、脂肪組織の表現型)の尺度を含み得る)の尺度を含み得、これらは脂肪組織機能不全のマーカーとして使用され得る。あるいは(又はさらに)、選択された遺伝子発現プロファイルなど、脂肪組織生物学のこれらの特徴量の代理バイオマーカーを使用することができる。特に、脂肪組織機能不全の特性のマーカーである遺伝子発現プロファイルを使用することができ、例えば、データは、FABP4(脂肪生成に関連付けられる脂肪酸結合タンパク質4)及び/又はTNFA(炎症に関連する腫瘍壊死因子アルファ)の遺伝子発現プロファイルを含み得る。特に、次の実施例のセクション及び図4(a)及び(b)に示されるように、FABP4及びTNFA遺伝子発現プロファイルの両方を使用することができ、これは、脂肪組織機能不全の代理マーカーとして使用され、脂肪機能不全を示すために取られた低いFABP4発現と組み合わされた高いTNFA発現を伴う。この文脈において、「高」及び「低」は、例えば、複数の個人又は他の集団について測定された、関連付けられる遺伝子発現の中央値(又は平均値などの他の平均)に対して定義され得る。したがって、「高」には中央値より上(及び任意で等しい)の値が含まれ、「低」には中央値より下(及び任意で等しい)の値が含まれる場合がある。あるいは、「高」及び「低」の他の定義も可能である。例えば、「高」は最高の三分位数又は四分位数を意味し、「低」は最低の三分位数又は四分位数を意味する場合がある。ただし、通常、「低」の上限は平均(平均値又は中央値)値より下(又は等しい)であり、「高」の下限は平均値より上(又は等しい)である場合がある。したがって、個人は、それらの遺伝子発現プロファイル、及び脂肪組織機能不全を有するとして分類又は識別された、上記のものなどの特定の遺伝子発現プロファイルを有する個人に従って分類され得る。他の個人は、脂肪組織機能不全を持っていないとして分類又は識別される場合がある。複数の個人は各々、マーカー、例えばマーカーの値に基づいて、(特に医療用撮像データが収集された時点で)脂肪組織機能不全を有するか、又は有さないものとして識別され得る。
段階的アプローチに従って、放射線シグネチャを作成することができる。まず、複数の放射線特徴量が、例えば上述したように、複数の個人の各々についての医療用撮像データから計算される。放射線特徴量は、表R1〜表R7に定義されるような放射線特徴量の選択又は全てを含み得、放射線特徴量の各々は、上述したように、原画像データに基づいて、及び/又は画像データの1つ以上のウェーブレット変換(又はウェーブレット分解)に基づいて計算され得る。好ましくは、放射線特徴量の各々は、原画像データについて、及び画像データの前述の8つの三次元ウェーブレット分解について、計算される。
不安定な特徴量が、複数の放射線特徴量から除去され得る。zスコア変換は、特徴量(すなわち、平均値からの標準偏差の数で放射線特徴量の値を表現する)と、zスコアに基づいて実行される安定性分析と、に適用され得る。安定性分析は、放射線特徴量のスキャン−再スキャン安定性(すなわち、複数の撮像データ収集又はスキャンにわたる安定性)及び/又は複数又は繰り返しの関心領域描写(例えば、セグメンテーション又は輪郭)にわたる安定性を計算することを含み得る。複数の描写の安定性分析は、各々が異なるオペレータ又は個人によって実行される複数の描写にわたる安定性を計算することを含み得る。好ましくは、安定性分析は、スキャン−再スキャン安定性及び複数の描写安定性の両方を実行することを含み、両方の分析に従って安定であることが見出された特徴量のみが保持される。安定性は、クラス内相関係数(ICC)によって測定でき、不安定な放射線特徴量は、繰り返しの撮像データ収集(イメージングスキャン)及び/又は安定性閾値を下回る複数の描写でクラス内相関係数(ICC)を持つものとして識別できる。例えば、ICC<0.9を有する全ての放射線特徴量が除外されるように、安定性閾値は、少なくとも約0.9、例えば約0.9であり得る。ただし、代わりに、0.85又は0.95などの他の安定性閾値が使用されてもよい。スキャン−再スキャンICCは、複数の反復スキャン、例えば2〜10回のスキャン、特に2回又は10回のスキャンについて計算され得る。言い換えると、安定性分析は、複数の放射線特徴量から除去された放射線特徴量及び不安定な放射線特徴量に対して実行され得る。安定性分析は、複数の個人の撮像データに基づいて実行され得るか、又は他のデータ、例えば、RIDERデータセット(RIDER:治療応答を評価するための参照画像データベース。https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/RIDER+Collections;jsessionid=C78203F71E49C7EA3A43E0D213CE5555から取得される)などの参照データを使用して実行され得る。
次いで、保持された放射線特徴量(すなわち、安定した放射線特徴量)の共線性は、ペアワイズ相関を除去することによって、すなわち、識別された共線性の放射線特徴量の各ペアのうちの少なくとも1つを除去することによって、低減又は排除され得る。ペアワイズ相関の除去は、段階的な様態で実行され得る。共線性の放射線特徴量は、少なくとも所与の相関閾値に等しい程度に互いに相関するものとして識別され得る。相関閾値は、好ましくは、正の相関及び負の相関の両方に適用され、例えば、相関閾値は、絶対値として表され得る。ペアワイズ相関は、スピアマンのrho係数を使用して計算され得、|rho|≧0.75のレベルでの全てのペアワイズ相関が排除されるように、相関閾値は、少なくとも約|rho|=0.75、例えば約|rho|=0.75であり得る。好ましくは、前記相関閾値は、約|rho|=0.9、例えば、約|rho|=0.9であり得る。本分野で容易に理解されるように、相関又は共線性は、2つの放射線特徴量が個人から個人へとどの程度密接に一緒に変化するかの尺度であり、複数の個人についての測定された放射線特徴量値に基づいて計算され得る。
例えば、共線性の放射線特徴量のペアが識別されると、2つの特徴量のうちの一方は、好ましくは、複数の特徴量から排除される。例えば、2つのうちのAT機能不全とあまり強く関連付けられていないとデータから計算される放射線特徴量は、排除され得、AT機能不全と最も強く関連付けられた放射線特徴量は、保持され得るが、このことは必要ではなく、いずれか一方を保持又は排除することができる。例えば、共線性排除ステップは、AT機能不全を考慮せずに監視されない方法で実行され得、アルゴリズムは、研究集団の変動に最も寄与しない最も冗長な特徴量(例えば、複数の個人にわたって測定されるようなより小さい分散を有する特徴量)を排除し得る。一例では、共線性の特徴量のペアが識別されると、最大の平均(例えば、平均値)絶対相関(すなわち、他の全ての放射線特徴量との平均相関値(又は平均絶対値もしくは二乗相関値))を有する特徴量が、除去される。このことは、共線性の放射線特徴量が残らないまで段階的に実行され得る。
共線性排除ステップは、アルゴリズム又は関数(例えば、関数claret::findCorrelation、Rパッケージ、Kuhn,M.&Johnson,K.Applied Predictive Modelling.(Springer、2013)を参照)を使用して実行され得る。例えば、関数又はアルゴリズムは、放射線特徴量間のペアワイズ相関を含むペアワイズ相関行列を構築し得る。次いで、関数は、相関行列を探索し、除去する列に対応する整数のベクトルを返して、ペアワイズ相関を低減し得る。次いで、これらの列が対応する放射線特徴量は、複数の放射線特徴量から除去され得る。どの列を除去するかを判定する際、アルゴリズムはまず、放射線特徴量間のペアワイズ相関を識別し得る。2つの共線性の放射線特徴量が識別されると、アルゴリズムは、次いで、除去のための最大の平均絶対相関を有する特徴量に対応する列を識別する。
共線性排除ステップがどのように実行されるかにかかわらず、最終結果は、好ましくは、特徴量の各々が相関閾値未満の程度までその他の残りの特徴量の各々と相関する、低減された複数の放射線特徴量の生成である。言い換えると、本方法は、残りの放射線特徴量のいずれもその他の残りの放射線特徴量のいずれとも共線性でないように、放射線特徴量を排除して、放射線特徴量間の共線性を除去するステップを伴い得る。このことは、放射線特徴量間のペアワイズ相関の計算と、任意の識別された共線性の特徴量のペアのうちの少なくとも一方の除去と、を伴い得る。
共線性の低減には、放射線特徴量の冗長性が低減されるという利点がある。共線性特徴量、すなわち個人間で同じように変化する傾向がある特徴量は、ATの同じ又は類似の表現型の態様に高感度である可能性が非常に高い。したがって、共線性特徴量を除去することで、最終的なシグネチャの情報の多様性が高まり、最終的なシグネチャに含まれる各放射線特徴量は、ATの異なる表現型特性を表す。
次いで、放射線シグネチャが、上述したステップのうちのいずれ(例えば、安定性分析、及び/又は共線性排除)が実行されても残存する残りの放射線特徴量のうちの少なくとも2つに基づいて、構築され得る。例えば、次いで、放射線シグネチャが、共線性排除ステップ後に残存する低減された複数の非共線性の放射線特徴量のうちの少なくとも2つに基づいて、構築され得る。共線性排除ステップ後に残存する低減された複数の特徴量は、別途「元の特徴量」として既知である。ただし、排除された放射線特徴量は各々、元の特徴量のうちの少なくとも1つと強く相関するため、元の特徴量のうちの1つ以上が、置き換えられた元の特徴量と共線性である特徴量のうちの1つに置き換えられるシグネチャは、一般に、元の特徴量のみに基づいて計算されたシグネチャと同様に機能する。例えば、元の特徴量のうちの1つを、その元の特徴量と共線性であると計算された特徴量のうちの1つと交換することが可能であり、シグネチャは、同様に機能するはずである。
したがって、放射線シグネチャを構築するプロセスは、各グループ内の放射線特徴量の各々が、そのグループ内の少なくとも「元の」特徴量(すなわち、共線性排除ステップ後に残存したそのグループの特徴量)と共線性である放射線特徴量の「グループ」(各グループは、元の特徴量のうちの1つを含む)の構築を伴い得る。このように、元の特徴量の各々には、データからその元の特徴量と共線性であると計算される放射線特徴量である、共線性同等物の独自のグループが関連付けられている。共線性同等物のこれらのグループは、元の放射線特徴量の各々に対して、又は、例えば特徴量選択アルゴリズムによって、シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化するものとして識別されるものなどの元の放射線特徴量のサブセットに対してのみ構築され得る(下記参照)。これらのグループの構築は、共線性排除ステップの代わりに実行され得る。例えば、共線性の特徴量の各ペアの一方を排除する代わりに、共線性の特徴量は、同じグループに割り当てられてもよい。あるいは、ペアワイズ排除ステップは、上述したように実行されてもよく、次いで、元の特徴量が識別されると、排除された特徴量は、排除された特徴量が最も強く相関しているか、又は共線性である元の特徴量のグループに排除された特徴量を割り当てることによって再導入されてもよい。
ただし、グループがどのように構築されるかにかかわらず、最終結果は、各放射線特徴量は、各放射線特徴量が共線性である元の放射線特徴量(複数可)と同じグループ(複数可)に割り当てられるものとなるはずである。放射線特徴量が2つの「元の」特徴量と共線性である場合、放射線特徴量が最も共線性である元の特徴量のグループに割り当てられることが好ましいが、放射線特徴量が共線性である元の特徴量の全てのグループに割り当てられてもよい。
したがって、各グループ内の「元の」放射線特徴量は、そのグループ内の他の放射線特徴量の各々に対する「パートナー」放射線特徴量を表し、各グループ内の放射線特徴量の各々は、その「パートナー」特徴量と共線性である。したがって、元の放射線特徴量は、それ自体と完全に共線性であるため、この意味で独自の「パートナー」放射線特徴量と見なされ得る。
「元の」特徴量は、定義上、互いに共線性ではないが、元の特徴量の一部は、他の特徴量よりも類似しているか、相互に相関している。したがって、「元の」放射線特徴量は、それ自体が、類似の、又は相関する特徴量の複数のクラスタにグループ化又は「クラスタリング」され得る。以前のように、放射線特徴量間の相関の程度は、2つの放射線特徴量が異なる個人間で互いに異なる傾向がある程度の尺度である。ペアワイズ相関は、スピアマンのrho係数、又はピアソンの相関係数などの他の相関尺度を使用して計算できる。クラスタリングは、例えば、階層的クラスタリング方法(階層的クラスタリングアルゴリズムなど)を使用して実行され、重要な放射線特徴量を複数のクラスタに分類することができる。階層的クラスタリングは、教師なしで、すなわち、放射線特徴量とAT機能不全(又はそのマーカー)との相関の強度に関係なく実行することができる。言い換えれば、クラスタリングは、特徴量の相互の相関の強度で実行され得、その結果、放射線特徴量は、それらが最も相関しているものと一緒にクラスタリングされる。具体的には、クラスタ内相関はクラスタ間相関よりも強い可能性がある。つまり、クラスタ内の特徴量間の相関は、異なるクラスタ内の特徴量間の相関よりも強い可能性がある。クラスタの最終的な識別は、人、例えば、オペレータによる相関データの検査によって実行され得る。例えば、オペレータは、放射線特徴量の階層的クラスタリングを表す樹状図、及び/又は各放射線特徴量と他の放射線特徴量(及びそれ自体)との相関をプロットする2次元相関プロット(又はヒートマップ)を検査することができる。そして、放射線特徴量相互相関データのこの検査に基づいてクラスタを識別することができる。相関ヒートマップでは、放射線特徴量は、階層的クラスタリングから判定された順序で、相関プロットのx軸とy軸に沿って配置できる(つまり、特徴量が最も密接に関連付けられているか、又は相関している特徴量に隣接して配置されている)。この目視検査は、階層的クラスタリングと一緒に使用して、放射線特徴量の適切なクラスタを識別することができる。あるいは、クラスタは、階層的クラスタリング又は目視検査のみによって識別され得る。
放射線シグネチャは、クラスタ分析で識別されるように、異なるクラスタから選択された元の特徴量のうちの少なくとも2つに基づいて有利に構築され得る。例えば、放射線シグネチャは、各クラスタから選択された少なくとも1つの放射線特徴量に基づいて構築され得る。元の特徴量の代わりに元の特徴量の共線性同等物がシグネチャに含まれる場合、共線性同等物は、異なるクラスタに属する元の放射線特徴量に対応することが好ましい。好ましくは、放射線シグネチャは、心臓状態又は心筋疾患を予測するためのシグネチャの精度を最大化することが見出された元の放射線特徴量(又はそれらの共線性同等物)のうちの少なくとも2つを含む。他の放射線特徴量もシグネチャに含まれ得る。例えば、クラスタのいずれか又は全てからの2つ以上の放射線特徴量がシグネチャに含まれ得る。ただし、AT機能不全とより強く関連付けられたシグネチャ、したがって、診断及び予後有用性が強化されたシグネチャを提供するために、各々が異なるクラスタからのものである少なくとも2つの放射線特徴量を含むことが好ましい。繰り返しになるが、これは、異なるクラスタの特徴量が互いに弱い相関関係にあるため、ROIに関連付けられる補完的な表現型情報を提供するためである。特に、異なるクラスタからの放射線特徴量は、ROIの異なる表現型特性に高感度である可能性があり、これは、それらが互いに同様の方法で変化しないことが判明しているためである。これは、ROIの異なる表現型特性に高感度であることを示している。したがって、放射線シグネチャは、各々が異なるクラスタから選択された少なくとも2つの放射線特徴量(の尺度)に基づいて計算されることが好ましい。例えば、放射線シグネチャは、各々が異なるクラスタから選択された、少なくとも3つの放射線特徴量を含み得る。好ましくは、最初の放射線シグネチャは、各クラスタから1つの放射線特徴量を含み得る。
放射線シグネチャは、低減された複数の特徴量(例えば、「元の」特徴量)のうちの少なくとも2つ(又は全て)、あるいはそれらの共線性同等物に基づいて構築され得る。例えば、上記の共線性同等物のグループが構築される場合、最初の放射線シグネチャは、それぞれが異なるグループから選択される少なくとも2つの放射線特徴量から構築され得る。
放射線シグネチャは、1つ以上の機械学習アルゴリズムを使用して構築できる。機械学習アルゴリズムは、再帰的特徴量排除アルゴリズム、例えばランダムフォレストアルゴリズムを含み得、そして複数回(例えば、5倍)の交差検証を含み得る。この共線性排除ステップを経て残った(好ましくは全ての)「元の」放射線特徴量の一部は、機械学習アルゴリズム(複数可)に入力して、放射線シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化する放射線特徴量の最適な数と同一性を識別できる。上記のように、元の放射線特徴量の代わりに、又はそれに加えて、共線性同等物を使用して、機械学習アルゴリズム(複数可)に入力することができる。例えば、機械学習アルゴリズム(複数可)は、入力された放射線特徴量の各々に対するシグネチャへの寄与を改善して、放射線シグネチャとAT機能不全(例えば、ATのマーカー)との関連付けを精緻化することができる。そうすることで、機械学習アルゴリズムは、AT機能不全を区別又は識別するシグネチャの能力を最大化する放射線特徴量のサブセットを識別し得、放射線シグネチャは、少なくともその放射線特徴量のサブセットに基づいて計算され得る。放射線特徴量に加えて、臨床プロファイル特性(卵、性別、糖尿病、脂質異常症、高血圧、HOMA−IR、肥満度指数、皮下脂肪面積)も機械学習アルゴリズムに入力でき、任意で最終的なシグネチャに含めることもできる。
特に、シグネチャへの放射線特徴量の寄与は、機械学習アルゴリズムを使用して精緻化され、シグネチャと心臓状態又は心筋疾患との関連付けを増加又は最大化することができる。例えば、複数の(好ましくは全ての)元の放射線特徴量(すなわち、共線性排除ステップを経て残るもの)及び/又は元の放射線特徴量の共線性同等物(例えば、同じグループに属するもの)を第1の機械学習アルゴリズムに入力することができる。第1の機械学習アルゴリズムを使用して、シグネチャに含まれる放射線特徴量の最適な数と同一性を識別し、特にAT機能不全を識別するための精度を最大化することができる。言い換えれば、放射線シグネチャの構築は、シグネチャに含まれる放射線特徴量が選択される特徴量選択ステップを含み得る。特徴量選択ステップでは、特徴量選択アルゴリズム(機械学習アルゴリズムなど)が、最終シグネチャに含まれる放射線特徴量のサブセットを選択する場合がある。特に、これにより、最終シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化すると予測される。これには、考慮する必要のある放射線特徴量の数が減るため、最終的なシグネチャを最適化する複雑さが軽減されるという利点がある。この特徴量選択ステップを実行する第1の機械学習アルゴリズムは、例えばランダムフォレストアルゴリズムを使用して、再帰的特徴量排除を使用する場合がある。ただし、他のアルゴリズムを代わりに使用することもできる。第1の機械学習アルゴリズムは、結果として生じるシグネチャが、クラスタ分析ステップで識別された異なるクラスタから選択された少なくとも2つの放射線特徴量を含むことを(例えば、クラスタリングアルゴリズムを使用して)要求するように制約され得る。例えば、機械学習アルゴリズムは、結果のシグネチャが各クラスタから選択された少なくとも1つの放射線特徴量を含むことを要求するように制約される場合がある。
シグネチャに含まれる放射線特徴量の数と同一性が識別されると、第2の機械学習アルゴリズムを使用して、第1の機械学習アルゴリズムによって識別された各特徴量のシグネチャへの寄与を最適化することができる。言い換えれば、放射線シグネチャの構築は、放射線シグネチャを精緻化又は最適化して、第2の機械学習アルゴリズムを使用してAT機能不全との関連付けを増加又は最大化するステップを含み得る。第2の機械学習アルゴリズムは、ロジスティック回帰アルゴリズムであり得る。シグネチャは、訓練コホートのデータを使用して導出又は精緻化し、テストコホートのデータを使用して検証できる。例えば、シグネチャは内部相互検証を使用して構築できる。内部相互検証は、複数回、例えば5回にすることができる。
あるいは、シグネチャは、上記の2段階のプロセスではなく、単一の機械学習アルゴリズムを使用して、放射線特徴量から(例えば「元の」放射線特徴量から)構築することができる。例えば、単一の機械学習アルゴリズムを使用して、最終的なシグネチャに含まれる特徴量を識別し、シグネチャを精緻化又は最適化することができる。例えば、最終的なシグネチャに含まれる放射線特徴量の数は、事前に選択又は事前に判定され得、パラメータとして機械学習アルゴリズムに入力される。又は、それをオープンのままにして、機械学習アルゴリズム自体によって選択され得、これにより、放射線シグネチャの精緻化と最適化も行われる。言い換えれば、機械学習アルゴリズムは、特徴量選択機能を含み得る。
一般に、放射線シグネチャの構築は、放射線シグネチャの精緻化又は最適化、例えば、シグネチャへの各放射線特徴量の寄与を含み、データに基づくシグネチャとAT機能不全との相関又は関連付けを改善する。例えば、シグネチャは、最初のシグネチャに含まれる放射線特徴量の各々の値の加重和を含み得、放射線特徴量の各々の加重は、漸進的に最適化又は精緻化され得る。放射線特徴量の各々に乗算される係数は、一般に、ベータ(β)係数と称され、最適化又は精緻化され得るのはこれらのベータ係数である。AT機能不全との放射線シグネチャの関連付けは、当業者によって容易に理解されるように、特に曲線下面積(AUC)尺度(すなわち、C統計)を使用して、受信者動作特性(ROC)曲線分析に基づいて計算され得る。
好ましくは、機械学習アルゴリズム(複数可)に入力されるのは共線性排除ステップを経て残る元の特徴量であり、機械学習アルゴリズム(複数可)は、AT機能不全の分類のためのシグネチャの精度を最大化するこれらの元の特徴量のサブセットを識別する。次に、放射線シグネチャは、好ましくは、これらの元の放射線特徴量に対応する共線性同等物のグループに属する2つ以上の放射線特徴量から構築され、2つ以上の放射線特徴量は、異なるグループから選択される。
ただし、AT機能不全とより強く関連付けられたシグネチャ、したがって、診断及び予後有用性が強化されたシグネチャを提供するために、このアプローチは有用であり、シグニチャは、各々が異なるグループからのものである少なくとも2つの放射線特徴量を含むことが好ましい。これは、異なるグループの特徴量(したがって、異なる非共線性の元の特徴量に対応する)がROIに関連付けられる補足情報を提供するためである。特に、異なるグループからの放射線特徴量は、異なる「元の」又は「パートナー」特徴量と共線性であるため、ROIの異なる表現型特性に感度を有することとなる。例えば、最初の放射線シグネチャは、各々が異なるグループから選択された、少なくとも3つの放射線特徴量を含んでもよい。あるいは、最初の放射線シグネチャは、各々が異なるグループから選択された、少なくとも4つの放射線特徴量を含んでもよい。あるいは、最初の放射線シグネチャは、各々が異なるグループから選択された、少なくとも5つの放射線特徴量を含んでもよい。好ましくは、最初の放射線シグネチャは、各グループから1つの放射線特徴量を含んでもよい。
前述したように、シグネチャは、複数の放射線特徴量の計算された値の加重和を含み得る。シグネチャはまた、定数の加算もしくは減算、又は因数による乗算などの他の項を含み得る。ただし、典型的には、シグネチャは、何らかの方法で放射線特徴量値の加重和に線形に関連付けられる。
放射線シグネチャは、次の形式をとるか、又は項を含むことができる(例えば、シグネチャは、項を含む関数に基づいて計算され得る)。
Σbrf+c
式中、cは定数(ゼロ又は非ゼロであり得る)、bは放射線特徴量iの重み係数(又はベータパタメータ)、rfは放射線特徴量iの尺度である。定数Aは必要ではないが、結果として生じる全ての値が正又は負のいずれかであることを保証するために含まれ得る。
放射線シグネチャ
本発明の放射線シグネチャは、医療用撮像データから取得された放射線特徴量の測定された値に基づいて計算される。特に、放射線シグネチャは、好ましくは、少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算される。
シグネチャの予後及び診断値を改善するために、シグネチャは、好ましくは、上述したように、類似又は相関する元の放射線特徴量の異なるクラスタから選択される少なくとも2つの異なる放射線特徴量に基づいて計算される。このことは、異なるクラスタからの特徴量がROIの異なるテクスチャ態様に関連付けられるため、冗長性を低減し、シグネチャの計算に含まれる情報の多様性を改善する。
「元の」(つまり、非共線性)放射線特徴量の3つのクラスタ(A−C)が、階層的クラスタリングアルゴリズムを使用して識別されている(実施例及び図3(c)を参照)。3つのクラスタのメンバーが、表1(及び図3(c))で識別されている。放射線シグネチャは、表1のうちの少なくとも2つの非共線性放射線特徴量を含む場合がある。有利なことに、放射線シグネチャは、表1で識別される少なくとも2つのクラスタA−Cから選択される放射線特徴量に基づいて計算され得、少なくとも2つの放射線特徴量は、異なるクラスタから選択される。好ましくは、放射線シグネチャは、表1に識別されたクラスタA−Cの各々から選択された少なくとも1つの放射線特徴量に基づいて計算され得る。
Figure 2022500141
放射線シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化する5つの放射線特徴量が見つかった(次の実施例を参照)。これらを表2に示す。放射線シグネチャは、表2のうちの少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算され得る。好ましくは、放射線シグネチャは、表2のうちの少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算され、少なくとも2つの放射線特徴量の各々は、異なるクラスタから選択される。さらに好ましくは、放射線シグネチャは、表2に識別されたクラスタA−Cの各々から選択された少なくとも1つの放射線特徴量に基づいて計算され得る。放射線シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化するために、放射線シグネチャは、表2にリスト化されている全ての放射線特徴量に基づいて計算されることが好ましい。
Figure 2022500141
前述のように、表1及び2の「元の」放射線特徴量は、置き換えられた「元の」放射線特徴量と共線性の他の放射線特徴量(つまり、共線性同等物)に置き換えて、同様の診断及び予後の有用性のシグネチャを取得できる。放射線シグネチャは、表3のうちの少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算され得る。表3で識別された各グループには、表2にリスト化された5つの「元の」放射線特徴量の1つが含まれ、これは、シグネチャとAT機能不全との関連付けを最大化することがわかっている。それらの放射線特徴量は、その元の放射線特徴量と少なくとも|rho|=0.75(rhoはスピアマンのrho)の程度で共線性であると計算されている。このように、放射線シグネチャは、上記のように構築することができるが、表2の放射線特徴量のうちの1つ以上が、表3に示されるように、その特徴量と共線性である放射線特徴量に置き換えられる。例えば、放射線シグネチャは、表3のうちの少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。例えば、放射線シグネチャは、表3のうちの少なくとも3つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。例えば、放射線シグネチャは、表3のうちの少なくとも4つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。例えば、放射線シグネチャは、表3のうちの少なくとも5つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。特に、放射線シグネチャは、異なるクラスタA〜Cに属する元の特徴量に対応するグループから選択される少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。特に、放射線シグネチャは、以下の表3で識別されるクラスタA〜Cの各々から選択された少なくとも1つの放射線特徴量に基づいて計算されてもよい。
Figure 2022500141

Figure 2022500141

Figure 2022500141

Figure 2022500141

Figure 2022500141
表3で識別されるグループは、そのグループの元の特徴量(つまり、特徴量選択アルゴリズムによって識別される5つの元の特徴量の1つ)と少なくとも|rho|=0.800の程度まで相関する放射線特徴量のみを含むように減らすことができる(これには、定義上、rho=1の程度でそれ自体と相関している元の特徴量自体が含まれる)。例えば、グループは、そのグループの元の特徴量と少なくとも|rho|=0.850の程度で相関している特徴量に縮小されてもよい。例えば、グループは、そのグループの元の特徴量と少なくとも|rho|=0.900の程度で相関している特徴量に縮小されてもよい。例えば、グループは、そのグループの元の特徴量と少なくとも|rho|=0.950の程度で相関している特徴量に縮小されてもよい。
放射線シグネチャが異なるクラスタ又はグループのうちの少なくとも2つの放射線特徴量に基づいて計算されることに加えて、放射線シグネチャはまた、追加の放射線特徴量に基づいて計算され得る。例えば、放射線シグネチャは、任意の所与のクラスタ又はグループからの2つ以上の放射線特徴量を含み得るか、又はクラスタ又はグループのいずれにも含まれない放射線特徴量を含み得る。したがって、放射線シグネチャは、複数の放射線特徴量に基づいて計算されると言え、複数の放射線特徴量は、上記で言及された少なくとも2つの放射線特徴量を含み得る。
本発明の放射線シグネチャの各々は、医療用撮像データを使用してROIを特徴付け、AT機能不全を識別するための直截的な手段を提供する。本発明の放射線シグネチャの各々は、測定できる可能な放射線特徴量の総数のうちの比較的少数に基づくため、シグネチャは、計算及び理解しやすく、シグネチャの生理学的有意性は、臨床医によってより良く理解され得る。
システム
本発明の方法は、コンピュータシステムなどのシステムに対して実行され得る。したがって、本発明はまた、本発明の方法のうちの1つ以上を実行するように構成又は配置されたシステムを提供する。例えば、システムは、本発明の方法、又は方法のステップのうちの1つ以上を実行するように構成されたコンピュータプロセッサを含み得る。システムはまた、本発明の方法のうちのいずれかのステップを実行するための実行可能命令がロードされたコンピュータ可読メモリを含み得る。
特に、放射線シグネチャを導出する方法は、このようなシステムに対して実行され得、したがって、このようなシステムは、本発明に従って提供される。例えば、システムは、複数の個人の各々に対する医療用撮像データから得られたROIの複数の放射線特徴量の値を含むデータセットを受信し、任意選択的に格納するように構成されてもよい。システムは、このようなデータセットを使用して、本発明の方法に従って放射線シグネチャを構築する(例えば、導出及び検証する)ように構成され得る。
あるいは、システムは、ROIを特徴付ける方法又はAT機能不全を識別する方法を実行するように構成され得る。特に、本発明は、対象の医療用撮像データを使用してROIを特徴付けるためのシステムを提供する。システムは、医療用撮像データを使用してROIの放射線シグネチャの値を計算するように構成され得る。放射線シグネチャは、ROIのうちの少なくとも2つの放射線特徴量の測定された値に基づいて計算され得、少なくとも2つの放射線特徴量の測定された値は、医療用撮像データから計算され得る。
システムはまた、より詳細に上述したように、医療用撮像データから放射線特徴量を計算するように構成され得る。したがって、システムは、医療用撮像データを受信し、及び任意で記憶し、及び撮像データを処理して放射線特徴量を計算するように、構成され得る。
放射線特徴量の定義
本明細書で言及される放射線特徴量の定義は、一般に、それらの放射線特徴量の名称のみに言及することによって、ラジオミクスの分野内で十分に理解される。ただし、容易さ又は参照のために、本明細書で使用される特徴量の定義が、以下の表R1〜表R7に提供される。表R1〜R7の放射線特徴量は、Pyradiomicsパッケージ(http://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/features.html。van Griethuysen,J.J.M.,Fedorov,A.,Parmar,C.,Hosny,A.,Aucoin,N.,Narayan,V.,Beets−Tan,R.G.H.,Fillon−Robin,J.C.,Pieper,S.,Aerts,H.J.W.L.(2017).Computational Radiomics System to Decode the Radiographic Phenotype.Cancer Research,77(21),e104−e107.https://doi.org/10.1158/0008−5472.CAN−17−0339を参照)で使用される放射線特徴量に従って定義されている。表R1〜表R7に定義されるほとんどの特徴量は、Zwanenburgら(2016)(Zwanenburg,A.,Leger,S.,Vallieres,M.,and Lock,S.(2016).Image biomarker standardisation initiative−feature definitions.In eprint arXiv:1612.07003[(cs.CV])で入手可能である、Imaging Biomarker Standardization Initiative(IBSI)によって記載された特徴量定義に準拠している。以下に提供される定義がIBSI定義から正確に準拠しない場合、いずれかの定義が本発明に従って使用され得ることを理解されたい。最終的に、放射線特徴量の正確な数学的定義は、わずかな修正が特徴量の各々によって測定される画像の一般的な特質に影響を与えないため、重要ではない。したがって、特徴量のわずかな修正(例えば、定数又はスケーリングの加算又は減算)及び特徴量の代替定義は、本発明によって包含されることが意図される。
a.一次統計
これらの統計は、個々のボクセルの空間関係を無視して、所与の関心領域(ROI)における減衰値の中心傾向、可変性、均一性、非対称性、歪度、及び大きさを記述する。したがって、それらの統計は、全体のROIの定量的及び定性的な特徴量を記述する。8つのウェーブレット変換及び元のCT画像の各々について合計19個の特徴量が、以下のように計算され、
・Xを、関心領域(ROI)に含まれるNボクセルのセットの減衰又は放射線密度値(例えば、HUでの)とし、
・P(i)を、Nが、幅を有して0から等間隔にある非ゼロビンの数であるとして、N個の離散強度レベルを有する一次ヒストグラムとし、
・p(i)を、正規化された一次ヒストグラムであって、
Figure 2022500141

に等しいとし、
・cは、Xの負の値を防ぐために強度をシフトする値である。これにより、0にもっとも近いグレーレベル強度を有するボクセルの代わりに、最低のグレーレベルを有するボクセルがエネルギー(Energy)に最も寄与しないことが確保される。ROI内の脂肪組織(AT)のHU範囲(−190〜−30HU)はゼロを含まないため、cは、c=0に設定され得る。したがって、より高いエネルギーは、より少ない放射線密度のATに対応し、したがって、より高い親油性含有量に対応する。
・∈は、任意の小さい正の数(例えば、約2.2×10−16)である。
Figure 2022500141

Figure 2022500141
b.形状関連統計
形状関連統計は、所与のROIのボクセルの減衰値を考慮せずに、所与のROIのサイズ及び形状を記述する。形状関連統計は、グレーレベル強度とは独立しているため、形状関連統計は、全てのウェーブレット変換と元のCT画像とにわたって一貫しており、したがって1回のみ計算された。これらは以下のように定義され、
Vを、mmでのROIの体積とし、
Aを、mmでのROIの表面積とする
Figure 2022500141
c.グレーレベル同時生起行列(GLCM)
単純な言葉では、GLCMは、所与の減衰値iのボクセルがjのボクセルの隣に位置する回数を記述する。サイズN×NのGLCMは、マスクによって制約され、かつP(i,j|δ,θ)として定義される画像領域の二次同時確率密度関数を記述する。この行列の(i,j)番目の要素は、角度θに沿ったδ個の画素の距離によって離隔した画像中の2つの画素でレベルi及びjの組み合わせが発生する回数を表す。中心ボクセルからの距離δは、無限大ノルムに従う距離として定義される。δ=1の場合、これは、3Dにおける13個の角度の各々について2個の近隣をもたらし(26接続性)、δ=2の場合、98接続性をもたらす(49個の固有の角度)。回転的に不変の結果を得るために、統計は、全ての方向で計算され、次いで、平均化され、対称のGLCMを確保する。
・∈を、任意の小さい正の数(例えば、約2.2×10−16)とする。
P(i,j)を、任意のδ及びθについての同時生起行列とし、
p(i,j)を、正規化された同時生起行列であって、
Figure 2022500141

に等しいとし、
Ngを、画像中の離散的な強度レベルの数とし、
Figure 2022500141

を、周辺行確率とし、
Figure 2022500141

を、周辺列確率とし、
μを、pの平均グレーレベル強度であり、
Figure 2022500141

として定義し、
μを、pの平均グレーレベル強度であり、
Figure 2022500141

として定義し、
σを、pの標準偏差とし、
σを、pの標準偏差とし、
Figure 2022500141

、式中、i+j=k、及びk=2,3,…,2N
Figure 2022500141

、式中、|i−j|=k、及びk=0.1,…,N−1
Figure 2022500141

を、pのエントロピーとし、
Figure 2022500141

を、pのエントロピーとし、
Figure 2022500141
距離加重の場合、GLCM行列は、加重係数Wによって加重され、次いで合計されて正規化される。加重係数Wは、
Figure 2022500141

によって隣接するボクセル間の距離について計算され、式中、dは、関連付けられた角度に対する距離である。
Figure 2022500141

Figure 2022500141

Figure 2022500141

Figure 2022500141
d.グレーレベルサイズゾーン行列(GLSZM)
グレーレベルサイズゾーン(GLSZM)は、同じグレーレベル強度を共有する接続されたボクセルの数として定義される、ROIにおけるグレーレベルゾーンを記述する。距離が無限大ノルムに従って1である(3Dにおける26接続領域、2Dにおける8接続領域)場合、ボクセルは、接続されていると見なされる。グレーレベルサイズゾーン行列P(i,j)において、(i,j)番目の要素は、画像中に現れるグレーレベルi及びサイズjを有するゾーンの数に等しい。GLCM及びGLRLMとは対照的に、GLSZMは、回転に依存せず、ROIにおける全ての方向について1つの行列のみが計算される。
を、画像中の離散的な強度値の数とし、
を、画像中の離散的なゾーンサイズの数とし、
を、画像中のボクセルの数とし、
を、ROIにおけるゾーンの数とし、これは、
Figure 2022500141

に等しく、
1≦N≦N
P(i,j)を、サイズゾーン行列とし、
p(i,j)を、
Figure 2022500141

として定義される正規化されたサイズゾーン行列とし、
・∈は、任意の小さい正の数(例えば、約2.2×10−16)である。
Figure 2022500141

Figure 2022500141
e.グレーレベルランレングス行列(GLRLM)
グレーレベルランレングス行列(GLRLM)は、同じグレーレベル値を有する連続する画素の画素数の長さとして定義されるグレーレベルランを記述する。グレーレベルランレングス行列P(i,j|θ)において、(i,j)番目の要素は、角度θに沿って画像(ROI)において発生するグレーレベルi及び長さjを有するランの数を記述する。
を、画像中の離散的な強度値の数とし、
を、画像中の離散的なランレングスの数とし、
を、画像中のボクセルの数とし、
(θ)を、角度θに沿った画像中のランの数とし、これは、
Figure 2022500141

に等しく、かつ1≦N(θ)≦Nとし、
P(i,j|θ)を、任意の方向θのランレングス行列とし、
p(i,j|θ)を、
Figure 2022500141

として定義される、正規化されたランレングス行列とし、
∈は、任意の小さい正の数(例えば、約2.2×10−16である。
デフォルトでは、特徴量の値は、各角度についてGLRLMに対して個別に計算され、その後にこれらの値の平均が返される。距離加重が有効な場合、GLRLMは、近隣のボクセル間の距離によって加重され、次いで、合計及び正規化される。次いで、結果として生じる行列に対して、特徴量が計算される。近隣のボクセル間の距離は、「weightingNorm」で指定されたノルムを使用して各角度について計算される。
Figure 2022500141

Figure 2022500141
f.近隣のグレートーン差分行列(NGTDM)特徴量
近隣のグレートーン差分行列は、グレー値と、このグレー値の距離δ内近隣の平均グレー値と、の差分を定量化する。グレーレベルiの絶対差分の和が、行列に格納される。Xglを、セグメント化されたボクセルのセットとし、xgl(j,j,j)∈Xglを、位置(j,j,j)におけるボクセルのグレーレベルとすると、近隣の平均グレーレベルは、
Figure 2022500141

式中、(k、ky、k)≠(0,0,0)及びxgl(j+k,j+k,j+k)∈Xgl
である。
ここで、Wは、Xgl中にもある近隣のボクセルの数である。
を、グレーレベルiを有するXgl中のボクセルの数とし、
Nv,pを、Xgl中のボクセルの総数であり、Σn(すなわち、有効な領域を有するボクセルの数、少なくとも1つの近隣)に等しいとし、Nv,p≦N、式中、Nは、ROIにおけるボクセルの総数であるとし、
を、グレーレベル確率であり、n/Nに等しいとし、
Figure 2022500141

を、グレーレベルiの絶対差分の和とし、
を、離散的なグレーレベルの数とし、
g,pを、p≠0の場合のグレーレベルの数とする
Figure 2022500141

Figure 2022500141


g.グレーレベル依存行列(GLDM)
グレーレベル依存行列(GLDM)は、画像中のグレーレベル依存性を定量化する。グレーレベル依存性は、中心ボクセルに依存する距離δ内の接続されたボクセルの数として定義される。グレーレベルjを有する近隣のボクセルは、|i−j|≦αの場合、グレーレベルiを有する中心ボクセルに依存すると見なされる。グレーレベル依存行列P(i,j)では、(i,j)番目の要素は、グレーレベルiを有するボクセルが、このボクセルの近隣にjの依存性ボクセルを伴って画像中に現れる回数を記述する。
を、画像中の離散的な強度値の数とし、
を、画像中の離散的な依存性サイズの数とし、
を、
Figure 2022500141

に等しい、画像中の依存性ゾーンの数とし、
P(i,j)を、依存行列とし、
p(i,j)を、
Figure 2022500141

として定義される正規化された依存行列とする
Figure 2022500141

Figure 2022500141
方法
研究の設計
研究アーム1は、オックスフォード心臓血管及び脂肪(OxHVF)コホートから冠状動脈バイパス移植手術(CABG)を受けた225人の患者から構成された。除外基準は、炎症性、感染性、肝臓/腎疾患又は悪性腫瘍であった。非ステロイド性抗炎症薬を投与されている患者も除外された。以下に説明するように、全ての患者は非造影CTスキャンを受けた。その目的は、脂肪組織(AT)の非侵襲的放射線表現型検査がATの生物学的リスク及び代謝リスクに関する情報を提供できるかどうかを調査することである。グループA(n=167)では、脂肪組織試料は、手術中に皮下脂肪から(胸部切開部位から)採取された。以下に説明するように、遺伝子発現研究のために試料を急速冷凍した。
研究アーム2は、臨床適応のために18−フルオロデオキシグルコース陽電子放出断層撮影/コンピュータ断層撮影(PET/CT)イメージングを受けている40人の患者から構成された。このアームは、生体内の組織炎症を定量化するためのゴールドスタンダードのイメージングモダリティ、すなわち18FFDG PET/CTに対する脂肪組織炎症のバイオマーカーとして、選択された放射線特徴量の外部検証に使用された。
遺伝子発現研究
脂肪(又は脂肪細胞)及び大動脈組織の試料をQIAzol(Qiagen)で急速冷凍し、−80℃で保存した。RNeasy Micro又はMiniキット(Qiagen)を使用してRNAを抽出し、リボ核酸を相補DNA(Quantitect Rev.Transcriptionキット(Qiagen))に変換した。次に、cDNAを、FABP4(アッセイID:Hs00609791_m1)、PREF1(アッセイID:Hs00171584_m1)、TNFA(アッセイID Hs01113624_g1)、IL6(アッセイID Hs00985639_m1)、Col1A1(アッセイID Hs00164004_m1)、及びSfrp5(アッセイID Hs00169366_m1)のTaqManプローブ(Applied Biosystems)を使用して定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)に供した。シクロフィリンA(PPIA)をハウスキーピング遺伝子として使用した(アッセイID Hs04194521_s1)。反応は、ABI 7900HT Fast Real−Time PCR System(Applied Biosystems)で、反応あたり5ngのcDNAを使用して、384ウェルプレートで3回実施した。各プレートの反応効率は、検量線の傾きに基づいて判定された。そのハウスキーピング遺伝子と比較した目的の各遺伝子の発現は、Pfaffl法を使用して計算された。
コンピュータ断層撮影研究
研究アーム1及び2の参加者は、64スライススキャナ(LightSpeed Ultra、General Electric)を使用してCTイメージングを受けた。心拍数が、ベータ遮断薬の静脈内注射を使用して最適化され、舌下グリセリル−トリニトレート(800μg)も投与されて、最大の冠動脈拡張を達成した。頸動脈と横隔膜をそれぞれ頭側と尾側のランドマークとして、非造影でプロスペクティブECGトリガーによる軸方向取得CTスキャン(0.35秒の回転時間、2.5mmの軸方向スライス厚、20mmの検出器カバレッジ、120kV及び200mAの管エネルギー)を実施した。肺の視野は、(脂肪組織分析用に)胸部軟部組織全体をカバーするように拡張された。脂肪組織の放射線特徴量を分析するために、原dicom画像を専用のワークステーションに転送し、3Dスライサを使用してさらに後処理した(以下を参照)。
冠状動脈カルシウムスコア
冠状動脈カルシウムスコア(CCS)は、Agatstonスコアを計算することにより、全ての冠状動脈(RCAは個別に定量化されている)についてAquarius Workstation(登録商標)で測定された。
脂肪組織の放射線特徴量抽出
皮下脂肪組織の放射線特徴量の計算は、3Dスライサソフトウェア(v.4.9.0−2017−12−18 r26813、http://www.slicer.orgで利用可能。Fedorov,A.et al.3D Slicer as an image computing platform for the Quantitative Imaging Network.Magn Reson Imaging 30,1323−1341,doi:10.1016/j.mri.2012.05.001(2012))を用いてCTスキャンで行われた。脂肪組織のセグメンテーションは、胸骨の尾側縁のレベルで厚さ2.5mmの軸方向スライスを選択することによって実行された。胸肋の外側にある全てのボクセルは、手動の輪郭と、脂肪の識別に−190〜−30ハウンズフィールド単位(HU)マスクを使用して追跡された。続いて、セグメント化された脂肪組織を使用して、Pyradiomicsライブラリを3D Slicerに組み込んだ3D SlicerのSlicerRadiomics拡張機能を使用して、一連の放射性特徴量を計算及び抽出した(van Griethuysen,J.J.M.et al.Computational Radiomics System to Decode the Radiographic Phenotype.Cancer Res 77,e104−e107,doi:10.1158/0008−5472.CAN−17−0339(2017)を参照)。形状関連及び一次放射線特徴量が、セグメント化された脂肪組織の原HU値を使用して計算された。テクスチャ特徴量(GLCM、GLDM、GLRLM、GLSZM、及びNGTDM)の計算では、ATボクセルを同じ幅(幅10HU)の16個のビンに離散化し、ノイズを低減すると同時に、生物学的に有意な脂肪組織の減衰の空間変化を検出するのに十分な解像度を実現した。回転不変の対称性を確保するために、テクスチャ統計(GLCMなど)が4つの方向全てで計算され、平均化された。
ウェーブレット変換:また、オリジナルの画像の三次元ウェーブレット変換について、一次統計及びテクスチャベースの統計が計算され、放射線特徴量の8つの追加のセットがもたらされた。
陽電子放出断層撮影/コンピュータ断層撮影イメージング研究
脂肪組織の選択された放射線特徴量は、生体内での組織の炎症を評価するためのゴールドスタンダードモダリティであるPET/CTを使用して18FFDGの取り込みに対して検証された。18FFDG PET/CTスキャンを実施した40人の対象(25人の男性/15人の女性)から一対のPETとCT画像における18FFDG取り込みは、臨床適応の下で行われた。PET/CT検査は、3Dモードの飛行時間(ToF)GE Discovery 690 PET/CTシステム(GE Healthcare)で実施された。患者はスキャンの前に少なくとも6時間絶食した。患者の血中グルコースを、4MBq/kgの18FFDGを用いて、静脈内注射前に測定した。注射の90分後(93±7分)に撮像を開始し、頭蓋底から大腿上部までを覆った。PET/CT画像は、通常の呼吸下でベッド位置ごとに4分間取得された。CTは、0.984、120kV、自動mA、ノイズ指数25を使用して実行された。PET画像は、減衰補正にCTを使用し、同じ正規化補正係数を使用する2つの異なるアルゴリズムを使用して再構成された。使用される標準治療PET再構成アルゴリズムは、ToF OSEM(VPFX、GE Healthcare)である。これは、24のサブセットと6.4mmのガウスフィルタの2つの反復で使用された。スキャン時に生成されたサイノグラムは、新しいToF BPL再構成アルゴリズム(Q.Clear、GE Healthcare)を使用して遡及的に処理された。取得したPET画像は、Terarecon Aquarius iNtuition V.4.4.11ソフトウェアを使用して分析した。胸骨の前方の正中線に円形の関心領域(ROI)を描画して、皮下脂肪組織の平均SUVを計算した。標的対バックグラウンド比(TBR)を計算するために、脂肪組織の平均SUVを肺動脈内腔の(PA分岐のレベルでの)平均SUVに対して正規化した。
統計分析
主成分分析:研究アーム1では、計算された843個のAT放射線特徴量全てが、研究集団の表現型変動のほとんどを記述する主成分(PC)を識別するために、主成分分析に含められた。固有値に対するPCのスクリープロットが作成された。最初の3つの成分(PC1、PC2、PC3)を使用して、関連付けられる相関プロットで人口統計学的、生化学的、及び脂肪組織の遺伝子発現データとの関連付けを調査した。
特徴量選択及び安定性評価:イメージングバイオマーカーとして最も価値のある放射線特徴量に分析を限定するために、843個の異なる放射線特徴量全ての安定性評価が実行された。この目的のために、RIDERデータセット(RIDER:治療反応を評価するための参照画像データベース;https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/RIDER+Collections;jsessionid=C78203F71E49C7EA3A43E0D213CE5555)からオンラインで取得)からの30のペアスキャンを使用して各放射線特徴量のスキャン−再スキャンICCを評価する。次に、関心領域の複数の描写のための全ての放射線特徴量のICCも、OxHVFコホート(2人の独立したオペレータによって描写された)からの20人の患者で調査された。スキャン−再スキャン及び複数の描写のクラス内相関係数(ICC)≧0.90の放射線特徴量のみがさらなる分析に含まれた(n=196)。
脂肪組織の放射線特徴量による研究集団の教師なしクラスタリング:アーム1のATの196個の選択された放射線特徴量は、さらなる分析のためにZスコアに変換された。次に、196個の放射線特徴量全てを使用して、アーム1の観測値の階層的クラスタリングを実行した(ウォード法とユークリッド距離の2乗、hclust Rパッケージを使用)。アーム1のコホートのn=225の観測全体にわたる196個の異なる放射線特徴量の各々に対する変動は、患者のクラスタリングを示す行樹状図とともに関連付けられるヒートマップで表された。次に、患者の2つのクラスタ間の危険因子、生化学的又はAT遺伝子発現データの分布の違いを、必要に応じてカイ2乗検定又は独立t検定を使用して調査した。
特徴量選択及びAT生物学との関連付け:196個の安定した放射線特徴量間の関係は、類似性−非類似性プロットで視覚的に検査された。次に、段階的アプローチが適用され、高度に相互相関のある放射線特徴量(|rho|>0.9)が、既知の自動アルゴリズムの適用によるさらなる分析から除去された(Kuhn,M.&Johnson,K.Applied predictive modeling.(Springer,2013)を参照)。この関数(function caret::findCorrelation、Rパッケージ)は、相関行列を探索し、除去する列に対応する整数のベクトルを返し、ペアワイズ相関を低減する。ペアワイズ相関の絶対値が考慮される。2つの変数の相関が高い場合、関数は各変数の平均絶対相関を調べ、平均絶対相関が最大の変数を除去する。
次に、脂肪組織の生物学的特性を説明するためのイメージングバイオマーカーとしての特定の放射線特徴量が識別された。上述のステップを経て得られた最後の32個の放射線特徴量(表1に記載)は、ロジスティック回帰モデルに組み込み、脂肪組織の生物学的特徴量(炎症、脂肪細胞分化、線維症、脂肪生成能力、アディポカイン発現)の代理指標として用いたヒトATの標的遺伝子(TNFA、FABP4)の発現レベルとの独立した関連性を求めた。標的遺伝子の発現レベルは(最高の三分位に基づいて)グループに分割され、多変量ロジスティック回帰モデルのカテゴリ変数として使用された。最後の31個の放射線特徴量(1つの特徴量は分散膨張因子による共線性のテスト後にモデルから除外した)は、対象の標的遺伝子を従属変数としてロジスティック回帰モデルに入力された。ベースラインモデルは、古典的な危険因子(年齢、性別、糖尿病、高血圧、喫煙)、HOMA−IR、肥満度指数、皮下脂肪面積に合わせて調整された(モデル1)。モデル2は、後方選択によって選択された放射線特徴量に合わせてさらに調整された(エントリーレベル:0.05、除去レベル:0.10)。ATの生物学的特徴量を識別するためのネストされたモデルの判別値は、各々に対するC統計と曲線下面積の変化(Δ[AUC])によって比較された。
機械学習及び内部相互検証:機械学習は、フィルタリングされた放射線特徴量の内部相互検証と最終的な特徴量選択に使用された。5分割交差検定を使用したランダムフォレストアルゴリズム(rfecontrol、カレットパッケージR)を使用した機械学習を使用して、機能不全の脂肪組織を分類できる上位の特徴量(すなわち、各TNFA及びFABP4遺伝子発現レベルの中央値に基づく、高脂肪組織の炎症と低脂肪細胞の分化)を選択した。このアルゴリズム検証プロセスから識別された上位5つの放射線特徴量(平均値LLL、総エネルギーHHL、大依存性低グレーレベル強調、依存性エントロピー、及びランエントロピー)を使用して、複合放射線シグネチャ(FatHealthと称される)を脂肪組織の健康状態の指標として計算した(FatHealth=Σb+c、ここで、cは定数、xは放射性特徴量iの尺度、bは脂肪組織の健康の独立した予測因子として5つの放射性特徴量を使用したロジスティック回帰モデルからの特徴量iのベータ係数)。2つのグループ間の連続変数は、Studentのt検定によって比較されたのに対して、カテゴリ変数は、Pearsonのカイ二乗検定を使用して比較された。分析は、Rv3.1.4(パッケージ:カレット、hclust)及びSPSSバージョン25.0を使用して実行された。別段明記しない限り、全ての検定は両側であり、αは0.05に設定された。
結果
放射線特徴量抽出及び主成分分析
研究設計は図1に要約されている。冠状動脈バイパス移植を受けている225人の患者からのCTスキャンを使用して、皮下脂肪組織のセグメンテーションによって合計843個の放射線特徴量を計算した。これらには、15個の形状関連特徴量、18個の一次統計、15個のグレーレベル共起行列(GLCM)、18個のグレーレベル依存行列(GLDM)、16個のグレーレベルランレングス行列(GLRLM)、16個のグレーレベルサイズゾーン行列(GLSZM)、及び表R1〜R7で定義されている5個の隣接グレートーン差分行列(NGTDM)特徴量、及びそれらの各々に対する8個のウェーブレット変換が含まれていた。当初、探索的データ分析は、相関している可能性のある特徴量の元の放射線データセットをその主成分に還元することによって実行された。合計86個の成分が研究母集団の変動の99.5%を占め(スクリープロット、図2(a))、最初の3つの成分が観察された変動の60.6%を説明した(図2(b))。最初の3つの成分は、アーム1患者の皮下脂肪組織における臨床人口統計学的、生化学的特性、及び遺伝子発現パターンと様々に関連しており(図2(c))、これは、ヒトの脂肪の標準的な非造影CT画像には、脂肪組織の異なる生物学的表現型と代謝リスクの特徴量に関連した豊富な抽出可能な情報が含まれていることを示唆している。
脂肪組織の放射線表現型に基づく教師なしクラスタリング
主成分は研究された試料母集団に固有であり、定量化可能なバイオマーカーとしての移転可能な価値ではないため、放射線特徴量自体の分析が実行された。843個の測定された放射線特徴量の初期プールから、安定性評価が実行され、スキャン−再スキャン(RIDERデータセット)及び複数の描写(OxHVFコホート、図1)のクラス内相関係数(ICC)が計算された。ICC≧0.90(n=196)の放射線特徴量のみがさらなる分析に含まれた。次に、この196個の放射線特徴量のセットを使用して、アーム1の母集団の教師なし階層的クラスタリングを実行した(図3a)。脂肪組織の放射線特徴量に基づく階層的クラスタリングにより、代謝危険因子の有病率とインスリン抵抗性の状態が大幅に異なる2つの異なる患者クラスタが識別された(図3(a))。これらの発見は、脂肪蓄積の放射線特徴量、例えば皮下脂肪蓄積が、その生物学の非侵襲的表現型判定、及び代謝リスク評価に役立ち得ることを示している。
脂肪組織機能不全を検出するための放射線シグネチャの増分値
脂肪組織の放射線特徴量がその生物学と関連しているという概念実証を実証した後、次に、代謝リスクのバイオマーカーとして使用できる放射線シグネチャが識別された。類似性−非類似性プロットの構築(図3(b))は、脂肪組織の放射線特徴量が非常に類似したクラスタ内特徴量の別個のグループにクラスタリングされていることを示した。これらの196個の安定した放射線特徴量は、恒常性モデル評価のインスリン抵抗性(HOMA−IR)と様々に関連していた。最終的なシグネチャでより多くの情報の多様性を確保するために、高度に相関する特徴量を段階的に除去する自動化されたアルゴリズムが適用された。フィルタリングされた32個の放射線特徴量の最終セット(表1にリスト化されている)、それらの相互相関及びクラスタは、相関行列に表示される(図3(b))。
脂肪細胞の分化状態と脂肪の炎症は、脂肪組織機能不全とインスリン抵抗性の発症の中心的な特徴量である。最初に、皮下脂肪組織におけるTNFA及びFABP4の遺伝子発現プロファイルと臨床表現型との関連が調査された。患者は、TNFAとFABP4のレベルの中央値に基づいて4つのサブグループに階層化された。FABP4が低く、TNFAの発現が高いサブグループでは、糖尿病の有病率が高く(図4a)、非糖尿病患者のインスリン抵抗性も高かった(図4(b))。したがって、次に、脂肪組織の放射線特徴量を使用して、脂肪組織の生物学的状態、すなわちその分化状態及び炎症状態を捕捉できるかどうかを調査した。
この目的のために、皮下脂肪組織の放射線特徴量は、従属変数として各々FABP4及びTNFA遺伝子発現の最高三分位を使用することにより、多変量ロジスティック回帰モデルへの後方選択プロセスによって含まれていた。多変量モデルに放射線特徴量を含めると、臨床的危険因子、HOMA−IR又は肥満測定を超えて、脂肪細胞分化(Δ[AUC]=0.121、p=0.0086、図4(c))及び脂肪組織炎症(Δ[AUC]=0.287、p=0.0001、図4(d))のベースラインモデルの判別が大幅に改善された。
代謝リスクの放射線転写スコアの内部検証及び構築
次に、フィルタリングされた放射線特徴量と臨床プロファイル特性(年齢、性別、糖尿病、脂質異常症、高血圧、HOMA−IR、肥満度指数、皮下脂肪面積)を機械学習アルゴリズムに入力して、脂肪組織機能不全(中央値に基づいて、高いTNFAと低いFABP4発現として定義される)を捕捉できる上位の放射線特徴量を識別した。5分割交差検定を使用した再帰的特徴量排除アルゴリズムにより、脂肪組織機能不全のモデルの精度を最大化する7つの変数のセットが識別された(図4(e))。これらの上位の予測因子には、年齢と肥満度指数に加えて、5つの放射線特徴量のセット、すなわち、大依存性低グレーレベルエントロピー(LDLGLE、低グレーレベル値で大依存性のジョイント分布を測定するGLDMテクスチャ特徴量)、平均値LLL(LLLウェーブレット変換で計算された平均減衰)、ランエントロピー(RE、GLRM特徴量及び脂肪組織テクスチャパターンの不均一性の指数)、依存性エントロピー(DE、画像のグレーレベル依存性を定量化するGLDM特徴量)、ならびに総エネルギーHHL(最低のグレー値がHHLウェーブレット変換で計算されたものが最も少ない一次特徴量)が含まれていた。これらの5つの放射線特徴量(表2に記載)の組み合わせにより、機能不全の脂肪組織を識別するためのベースライン臨床モデルのc統計量が増加した((Δ[AUC]=0.124、p=0.001、図4(f))。放射線シグネチャ(FatHealth)の正確な形式は次のとおりである。
Signature(FatHealth)=
((((−1264629630*(LargeDependenceLowGrayLevelEmphasis)
+(259259.2593*Mean_LLL)
+(101629629.6*DependenceEntropy)
+(−121148148.1*RunEntropy)
+(TotalEnergy_HHL)+37222222.22)/1000000)+350)/10,
ここで、「*」は乗算(x)を表す。
次に、これらの5つの放射線特徴量を使用して、脂肪組織の健康状態のラジオトランスリプトミックシグネチャ、つまりFatHealthを作成した(図5(a))。FatHealthは肥満度指数とは無関係であり(r=0.068、p=0.307)、C反応性タンパク質の循環レベルと正の相関があった(CRP、r=0.315、p=0.0006)。脂肪組織生検が利用可能な派生コホートでは、FatHealthは、脂肪組織の生物学的特性に対する累積的な有害作用を反映して、危険因子(喫煙、動脈性高血圧、糖尿病)の存在と有意に関連していた(図5(c))。この関連性はテストコホートでも有意であり、FatHealthが脂肪組織の健康の非侵襲的指標として使用できることを示している(図5(d))。
陽電子放出断層撮影に対する脂肪組織炎症の放射線スコアの検証
PET/CTイメージングを受けている40人の患者の独立したコホートで、皮下脂肪組織による18F−FDG取り込みが測定され、CTスキャンでの皮下脂肪の放射線特徴量抽出によって計算されたFatHealthとの関連が調査された。FatHealthは、標的対バックグラウンド比(TBR、図5(e))で評価すると、脂肪組織のFDG取り込みと強く正の相関があり、高脂肪組織の炎症(つまり、最も高い三分位のTBR、図5(f))に対して優れた診断精度を示した。18F−FDG PET/CTイメージングに対するFatHealthの検証は、生体内で組織の炎症を評価するためのゴールドスタンダードのモダリティであり、脂肪組織の炎症の非侵襲的バイオマーカーとしての価値を確認した。
本発明の代替の放射線シグネチャの検証
上記の説明は、表2にリスト化されている5つの放射線特徴量(つまりFatHealth)に基づいて計算された放射線シグネチャが脂肪組織機能不全の効果的な指標であることを示している。放射線特徴量の異なる選択を含む本発明の代替の放射線シグネチャの性能を検証するために、一連のいくつかの異なる放射線シグネチャを、脂肪組織機能不全(以前は高炎症及び低分化状態、すなわち低FABP4発現と組み合わせたTNFA発現として定義された)を識別する能力について試験した。結果を以下の表4及び5に示す。ここでは、Nagelkerkeの疑似Rが、脂肪組織機能不全のモデルの判別の尺度を提供する。
表4及び5に、グループAコホートのモデル性能を示す。実施例1〜3の各々において、最新のモデル(年齢、性別、高血圧、脂質異常症、喫煙、真性糖尿病、肥満度指数、HOMA−IR指数、及び皮下脂肪量を含む)は、表3の様々なグループからの徐々に多くの放射線特徴量を含む放射線シグネチャによって徐々に補足された。したがって、各例の各漸進的な行は、前の行にリスト化されたものに加えて、示された放射線特徴量を放射線シグネチャに含めることに対応する。実施例1のモデルには、表2にリスト化されている「元の」放射線特徴量のみが含まれている。実施例2では、元の放射線特徴量の各々が、それと最も共線性である放射線特徴量に置き換えられ、実施例3では、元の放射線特徴量の各々が、それと最も共線性でない放射線特徴量に置き換えられている(表3を参照)。表4からわかるように、元の放射線特徴量を共線性同等物に置き換えても、脂肪組織機能不全を識別する際に現在の最先端技術を超える増分値を提供する放射線シグネチャが生成される。
実施例4では、表2の「元の」放射線特徴量の各々が、階層的クラスタリングアルゴリズムを使用して識別された、同じクラスタからの代替放射線特徴量に置き換えられている(表1を参照)。繰り返すが、実施例4は、元の放射線特徴量の各々を同じクラスタからの代替放射線特徴量で置き換えると、脂肪組織機能不全を識別する際に現在の最先端技術を超える増分値を提供する放射線シグネチャが生成されることを示している。
Figure 2022500141

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Figure 2022500141
したがって、表4及び5に提示されるデータは、識別されたクラスタ又はグループの各々からどの特徴量が選択されるかに関係なく、本発明の放射線シグネチャが、現在の最先端技術よりも脂肪組織機能不全の判別を改善することを実証している。
本発明の放射線シグネチャは、他の脂肪組織、特に胸部及び内臓脂肪組織についても導き出された。これらはまた、代謝の健康に関連付けられる脂肪組織機能不全を識別するための有用な標的である。胸部及び内臓脂肪組織の最適化された放射線シグネチャは次のとおりである。
Signature=
(((−1264629630*LargeDependenceLowGrayLevelEmphasis)
+(259259.2593*Mean_LLL)
+(101629629.6*DependenceEntropy)
+(−121148148.1*RunEntropy)
+(TotalEnergy_HHL))/100000000)
+50,
ここで、「*」は乗算(x)を表す。したがって、本発明の放射線シグネチャは、胸部及び内臓脂肪組織などの他の脂肪蓄積にも適用可能である。
所見の概要
本発明の放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全自体、ならびに線維症及び炎症などの脂肪組織機能不全の特性を非侵襲的に識別することができる。したがって、本発明の放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全に関連付けられる真性糖尿病などの代謝障害を発症するリスクを予測するために使用することができる。
驚くべきことに、放射線シグネチャは、脂肪組織機能不全と最も強く独立して関連付けられた放射線特徴量から構築される必要がない。代わりに、AT機能不全と最も関連付けられた放射線特徴量を単に含むのではなく、相関又は類似の放射線特徴量の異なる「クラスタ」からの放射線特徴量の選択を含むことが実際に有利である。さらに、「元の」放射線特徴量は、脂肪組織機能不全を示す効果的な特性を提供しながら、共線性同等物で置き換えることができる。
本発明の特に魅力的な態様は、この態様が、以前に収集された履歴医療用撮像データに対して実行できることである。本発明のシグネチャは、履歴撮像データに基づいて導出及び計算されてもよく、したがって、本発明は、さらなるスキャンを実行する必要なしに多数の患者を評価するための便利なツールを提供する。したがって、本発明の方法は、医療用撮像データを収集するステップを含む必要がなく、既存の医療用撮像データの事後分析に基づいて実行できる。

Claims (25)

  1. 脂肪組織を含む関心領域を特徴付けるための方法であって、前記方法が、医療用撮像データを使用して前記関心領域の放射線シグネチャの値を計算することを含み、
    前記放射線シグネチャが、前記関心領域の複数の放射線特徴量の測定された値に基づいて計算され、前記放射線特徴量の前記測定された値が、前記医療用撮像データから計算される、方法。
  2. 前記放射線シグネチャが、前記関心領域のテクスチャの尺度を提供し、任意選択的に、前記放射線特徴量のうちの少なくとも1つが、前記関心領域の前記テクスチャの尺度を提供する、請求項1に記載の方法。
  3. 前記放射線シグネチャが、脂肪組織機能不全を示す、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記放射線シグネチャは、対象が代謝障害を発症する可能性を予測する、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記複数の放射線特徴量が、クラスタ1〜5の前記放射線特徴量から選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み、前記少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるグループから選択され、
    グループ1が、大依存性低グレーレベル強調、和平均、結合平均、高グレーレベル強調、ショートラン高グレーレベル強調、自己相関、及び高グレーレベルラン強調からなり、
    グループ2が、総エネルギーHHL、エネルギーHHL、サイズゾーン不均一性HHH、サイズゾーン不均一性HLH、サイズゾーン不均一性LHH、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLDM)、逆分散HHL、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLSZM)、サイズゾーン不均一性LHL、ランレングス不均一性HHH、サイズゾーン不均一性HLL、依存性不均一性HHL、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLDM)、逆差モーメントHHH、逆差HHH、均一性HHH、相関の情報的尺度2、逆分散HHH、総エネルギーLHL、サイズゾーン不均一性、球形性、サイズゾーン不均一性LLH、ランレングス不均一性正規化HHL、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLSZM)、依存性不均一性正規化HHL、ゾーンパーセンテージHHL、小依存性強調HHL、サイズゾーン不均一性正規化HHL、小面積強調HHL、相関、依存性不均一性LHH、総エネルギーLHH、ショートラン強調HHH、ランレングス不均一性正規化HHH、依存性不均一性LHL、逆差LHH、逆差モーメントLHH、小依存性強調HHH、依存性分散HLH、ランパーセンテージHHH、ゾーンパーセンテージHHH、逆差LHL、依存性不均一性HLH、逆分散LHH、大依存性強調HLH、ランレングス不均一性正規化HLH、ショートラン強調HLH、依存性不均一性正規化HLH、差異分散、ロングラン強調HLH、エネルギーLHL、コントラスト(GLCM)、ランパーセンテージHLH、結合エントロピーLHH、差分エントロピー、小依存性強調HLH、サイズゾーン不均一性正規化HLH、小面積強調HLH、差分エントロピーLHH、差分平均、ラン分散HLH、逆差モーメント、逆差、逆分散、ランエントロピーLHH、エントロピーLHH、ゾーンパーセンテージHLH、総エントロピーLHH、逆差モーメント正規化、逆差正規化、小依存性低グレーレベル強調、エネルギーLHH、結合エントロピーLHL、小面積低グレーレベル強調、強度、依存性不均一性LLH、ランレングス不均一性HHL、グレーレベル不均一性正規化LHL(GLDM)、ビジーネス、依存性不均一性正規化LHH、小依存性強調LHH、粗さ、ゾーンパーセンテージLHH、依存性不均一性正規化LHL、ランレングス不均一性HLH、小依存性強調LHL、結合エントロピー、小面積強調LHL、サイズゾーン不均一性正規化LHL、短期ラン強調HLL、ランレングス不均一性LHH、ランレングス不均一性正規化HLL、大依存性強調HLL、ロングラン強調HLL、ランパーセンテージHLL、依存性分散HLL、依存性不均一性HLL、ゾーンパーセンテージHLL、依存性不均一性、依存性不均一性HHH、依存性不均一性正規化LLH、低グレーレベルゾーン強調、及び短期低グレーレベル強調からなり、
    グループ3が、依存性エントロピー、ゾーンエントロピー、相関、相関の情報的尺度2、ゾーンパーセンテージHHH、小依存性強調HHH、ランパーセンテージHHH、依存性不均一性正規化LHL、小依存性強調LHL、ゾーンパーセンテージHHL、小依存性高グレーレベル強調、小依存性強調HHL、依存性不均一性正規化HHL、ショートラン強調HHH、ランレングス不均一性正規化HHH、ランレングス不均一性正規化HHL、サイズゾーン不均一性正規化LHL、小面積強調LHL、サイズゾーン不均一性正規化HHL、小面積強調HHL、ゾーンパーセンテージHLH、ラン分散HLH、小依存性強調HLH、ロングラン強調HLH、サイズゾーン不均一性正規化LLH、小面積強調LLH、サイズゾーン不均一性正規化HLH、小面積強調HLH、ランパーセンテージHLH、ランレングス不均一性正規化HLH、ショートラン強調HLH、大依存性強調HLH、ゾーンパーセンテージLHH、小依存性強調LLH、小依存性強調LHH、依存性不均一性正規化HLH、ゾーンパーセンテージLLH、依存性分散HLH、依存性不均一性正規化LLH、依存性不均一性正規化LHH、逆差LHL、逆差モーメントHHH、逆差HHH、均一HHH、グレーレベル不均一性正規化LHL(GLSZM)、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLDM)、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLDM)、結合エントロピーLHL、逆分散正規化、逆分散モーメント正規化、ロングラン強調HLL、ゾーンパーセンテージHLL、逆分散、逆分散モーメント、差分平均、ランパーセンテージHLL、大依存性強調HLL、コントラスト(GLCM)、短期ラン強調HLL、ランレングス不均一正規化HLL、逆分散、逆分散HHL、差分エントロピー、依存性分散HLL、逆分散モーメントLHH、差分分散、エントロピーLHH、逆分散LHH、逆分散LHH、逆分散HHH、総エントロピーLHH、結合エントロピーLHH、グレーレベル不均一性正規化HHH(GLSZM)、グレーレベル不均一性正規化HHL(GLSZM)、差分エントロピーLHH、及びランエントロピーLHHからなり、
    グループ4が、平均値LLL、中央値LLL、及びエネルギーLLLからなり、
    グループ5が、ランエントロピーからなる、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記少なくとも2つの放射線特徴量が、大依存性低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性エントロピー、平均値LLL、及びランエントロピーのうちの少なくとも2つを含み、任意選択的に、前記少なくとも2つの放射線特徴量が、大依存性低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性エントロピー、平均値LLL、及びランエントロピーからなる、請求項5に記載の方法。
  7. 前記少なくとも2つの放射線特徴量が、クラスタA〜Cの前記放射線特徴量から選択され、前記少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるクラスタから選択され、
    クラスタAが、グループ1〜3の前記放射線特徴量からなり、
    クラスタBが、グループ4の前記放射線特徴量からなり、
    クラスタCが、グループ5の前記放射線特徴量からなる、請求項5に記載の方法。
  8. 前記複数の放射線特徴量が、クラスタA〜Cの前記放射線特徴量から選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含み、前記少なくとも2つの放射線特徴量が各々、異なるクラスタから選択され、
    クラスタAが、大依存性低グレーレベル強調、ランエントロピー、依存性エントロピー、クラスタシェード、歪度、ラン分散HLH、ボクセル数、及びグレーレベル不均一性からなり、
    クラスタBが、平均値LLL、中央値LLL、結合平均、中央値、複雑さ、ロングラン高グレーレベル強調、球形度、尖度、及び粗さHHHからなり、
    クラスタCが、主軸、小依存性高グレーレベル強調、副軸、エネルギーLLL、最大2D直径行、ロングラン低グレーレベル強調、総エネルギーHHL、依存性不均一性正規化HHH、コントラスト(GLCM)、表面体積比、総エントロピー、サイズゾーン不均一性正規化HHH、クラスタプロミネンスLHH、コントラストLLH(GLCM)、及びエネルギーLHLからなる、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記少なくとも2つの放射線特徴量が、少なくとも5つの放射線特徴量を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記放射線シグネチャのうちの少なくとも前記計算された値に少なくとも基づいて、前記対象が、代謝障害を発症するリスクを予測することをさらに含み、任意選択的に、前記代謝障害が、糖尿病又はインスリン抵抗性である、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記放射線シグネチャの少なくとも前記計算された値に基づいて、前記対象が、脂肪組織機能不全を有するかどうかを判定することをさらに含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
  12. 脂肪組織機能不全を示す放射線シグネチャを導出するための方法であって、前記方法が、脂肪組織機能不全を示す放射線シグネチャを構築するために放射線データセットを使用することを含み、前記放射線シグネチャが、第2の複数の放射線特徴量に基づいて計算され、
    前記データセットが、複数の個人の各々に対する脂肪組織を含む関心領域の医療用撮像データから得られた第1の複数の放射線特徴量の値を含み、前記複数の個人が、脂肪組織機能不全を有するとして識別される個人の第1のグループと、脂肪組織機能不全を有しないとして識別される個人の第2のグループと、を含み、
    前記第2の複数の放射線特徴量が、前記第1の複数の放射線特徴量の中から選択される、方法。
  13. 脂肪組織機能不全のマーカーに少なくとも部分的に基づいて、前記個人の各々が脂肪組織機能不全を有するか、又は有しないとして識別され、任意選択的に、前記放射線データセットが、脂肪組織機能不全の前記マーカーをさらに含む、請求項12に記載の方法。
  14. 前記マーカーが、代謝障害の存在もしくは非存在を含むか、又は前記マーカーが、脂肪組織機能不全と関連付けられる脂肪組織の表現型特性を含むか、又は前記マーカーが、脂肪組織機能不全に関連付けられる脂肪組織の表現型特性の代理マーカーを含む、請求項13に記載の方法。
  15. 互いに共線性ではない前記第1の複数の放射線特徴量の第1のサブセットを識別することをさらに含み、前記第2の複数の放射線特徴量が、各々が前記第1のサブセットに属する異なる放射線特徴量であるように、又は前記第1のサブセットに属する異なる放射線特徴量と共線性であるように選択される少なくとも2つの放射線特徴量を含む、請求項12〜14のいずれか一項に記載の方法。
  16. 特徴量選択アルゴリズムを使用して、前記第1のサブセットの中から放射線特徴量の第2のサブセットを識別することをさらに含み、前記少なくとも2つの放射線特徴量が、前記第2のサブセットに属する異なる放射線特徴量であるように、又は前記第2のサブセットに属する異なる放射線特徴量と共線性であるように選択される、請求項15に記載の方法。
  17. 前記少なくとも2つの放射線特徴量の各々が、安定であるように選択され、任意選択的に、前記第2の複数の放射線特徴量を選択する前に、全ての不安定な放射線特徴量が、前記第1の複数の放射線特徴量から除去される、請求項15又は16のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記放射線シグネチャが、脂肪組織機能不全と関連付けられるように構築される、請求項12〜17のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記放射線シグネチャを構築する前記ステップが、機械学習アルゴリズムを使用して実行される、請求項12〜18のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記放射線シグネチャが、前記関心領域の前記テクスチャの尺度を提供するように構築され、任意選択的に、前記第2の複数の放射線特徴量のうちの少なくとも1つが、前記関心領域の前記テクスチャの尺度を提供する、請求項12〜19のいずれか一項に記載の方法。
  21. 患者についての前記放射線シグネチャの前記値を計算するためのシステムを構成することをさらに含む、請求項12〜20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 患者の関心領域の前記放射線シグネチャの前記値を計算することによって前記患者の前記関心領域を特徴付けることであって、前記患者の前記関心領域が、脂肪組織を含む、特徴付けることをさらに含む、請求項12〜21のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記脂肪組織が皮下脂肪組織、内臓脂肪組織、又は胸部脂肪組織である、請求項1〜22のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記脂肪組織が、非心血管脂肪組織を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の方法。
  25. 請求項1〜24のいずれか一項に記載の方法を実行するように構成された、システム。
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