JP2022133363A - Ｔｈ１細胞を誘導する細菌 - Google Patents

Ｔｈ１細胞を誘導する細菌 Download PDF

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Abstract

【課題】腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を提供すること、また、腸管に定着することによってクローン病等を誘発する口腔内細菌を同定すること、ひいては、同定した口腔内細菌を標的とする、クローン病等の疾患を治療、改善又は予防する組成物等を提供することを目的とする。【解決手段】Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ又はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓに属することを特徴とする腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌であって、特定のタンパク質群から選択される少なくとも５つのタンパク質をコードする遺伝子を保有することを特徴とする、前記細菌である。【選択図】なし

Description

本発明は、平成２７年度、国立研究開発法人日本医療研究開発機構（ＡＭＥＤ）、革新的先端研究開発支援事業、ユニットタイプ「生体恒常性維持・変容・破綻機構のネットワーク的理解に基づく最適医療実現のための技術創出」研究領域（研究開発課題名：「腸内常在細菌特性理解に基づく難治性疾患新規治療法の開発」）委託事業に基づく研究成果として得られたものである。
本発明は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌（以下、「Ｔｈ１細胞誘導性細菌」とも称する）に関する。また、本発明は、該Ｔｈ１細胞誘導性細菌若しくはそれに由来する生理活性物質を有効成分として含む、免疫を賦活させるための組成物又はＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導するための組成物に関する。さらに、本発明は、前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌若しくは該Ｔｈ１細胞誘導性細菌に由来する生理活性物質を用いる、免疫を賦活させるための方法又はＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導するための方法に関する。
さらに、本発明は、前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌若しくは該細菌に特異的な抗原を有効成分として含む、ワクチン組成物、又は前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌若しくは該Ｔｈ１細胞誘導性細菌に特異的な抗原を、対象に摂取させ、該対象における前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌に対する免疫応答を誘導する方法に関する。
また、本発明は、前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌に対して抗菌活性を有する物質等を有効成分として含む、免疫を抑制させるための組成物又はＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制するための組成物に関する。さらに、本発明は、当該物質等を用いる、免疫を抑制させるための方法又はＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制するための方法に関する。
さらに、本発明は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制又は誘導するＴｈ１細胞誘導性細菌等をスクリーニングする方法、及びかかるスクリーニング方法に用いられるキット又は非ヒト動物に関する。
さらにまた、本発明は、前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌を特異的に検出するための物質を含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物に関する。
消化管や口腔等の粘膜には多様な常在細菌が存在し、全体としてフローラを形成している。常在菌フローラは、宿主の生理や健康維持に対して非常に大きな役割を果たしている。常在菌フローラの構成異常はＤｙｓｂｉｏｓｉｓとよばれ、様々な疾患の原因となっていることが徐々に明らかになってきている。粘膜常在菌フローラの解明が進めば、様々な疾患に対する新たな疾病対策・治療開発に結びつく可能性が高いものの、その複雑さから詳細なメカニズムは十分明らかになっていない。
ヒトは毎日１．５Ｌほどの唾液を作り出し、飲み込んでいる。通常、唾液に含まれる菌は（口腔内細菌）、腸管をただ単に通過するだけで、定着しない。しかし、ある状況では口腔内細菌が腸管に定着することがある。特にクローン病や、肝硬変、大腸がんにおいて、疾患発症の早期から、口腔内細菌の腸管定着が観察されることが報告されている。そして、定着した口腔内細菌が、疾患の病態に影響を与えることが知られている（非特許文献１～６）。
Ｙ．Ｃｈｅｎｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ｒｅｐｏｒｔｓ ６，３４０５５（２０１６） Ｄ．Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ｈｏｓｔ＆ｍｉｃｒｏｂｅ １５，３８２－３９２（２０１４） Ｃ．Ａ．Ｌｏｚｕｐｏｎｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ ｈｏｓｔ＆ｍｉｃｒｏｂｅ １４，３２９－３３９（２０１３） Ｉ．Ｖｕｊｋｏｖｉｃ－Ｃｖｉｊｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５，１９３ｒａ１９１（２０１３） Ｎ．Ｑｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ５１３，５９－６４（２０１４） Ｃ．Ｌ．Ｓｅａｒｓ，Ｗ．Ｓ．Ｇａｒｒｅｔｔ，Ｃｅｌｌ ｈｏｓｔ＆ｍｉｃｒｏｂｅ １５，３１７－３２８（２０１４）
本発明が解決しようとする課題は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を提供することである。また、本発明において、腸管に定着することによってクローン病等を誘発する、口腔内細菌を同定することを目的とする。ひいては、同定した口腔内細菌を標的とする、クローン病等の疾患を治療、改善又は予防する組成物等を提供することを目的とする。
本発明者らは、前記目的を達成すべく鋭意研究を重ねた結果、あるクローン病患者由来唾液を無菌マウスに経口投与したところ、大腸においてインターフェロンガンマ（ＩＦＮ－γ）産生性ＣＤ４陽性Ｔ細胞 Ｔｈ１細胞が著増することを見出した（図１及び２等 参照）。このＴｈ１細胞の増加が見られたマウスの腸内細菌を培養し、８種類の細菌株の単離に成功した（図３等 参照）。次に、この８菌株の混合液を無菌マウスに投与したところ、それらで十分にＴｈ１細胞を誘導できることが明らかになった（図４等 参照）。さらに８菌株のうち、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに属すると考えられる２Ｈ７株単独でも、無菌マウスに投与すると十分にＴｈ１細胞を誘導できることを明らかにした（図４等 参照）。一方、残りの７菌株混合液ではＴｈ１細胞を誘導しなかった（図４等 参照）。このことから、クローン病患者の唾液中に存在していたＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株が腸管に定着すると大腸で強いＴｈ１細胞の誘導を引き起こすことが明らかになった。
さらに、８菌株のうちＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株又はＥ．ｃｏｌｉ ２Ｂ１株を無菌ＩＬ－１０欠損マウスに定着させると、Ｅ．ｃｏｌｉ ２Ｂ１株定着と比較して、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株定着によって、より激しい腸炎が発症することがわかった（図１７等 参照）。このことからクローン病患者の唾液由来Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株は腸炎の発症に関与している可能性が強く示唆された。
次に、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株がどのような機序でＴｈ１細胞を誘導しているのかを解析するため、無菌ＭｙＤ８８／Ｔｒｉｆ二重欠損マウスに投与したところ、野生型Ｃ５７ＢＬ／６マウスと比較してＴｈ１細胞の有意な増加は観察できなかった（図２４等 参照）。このことからＭｙＤ８８／Ｔｒｉｆが関与するＴｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ、ＩＬ－１、ＩＬ－１８のシグナル経路が関与している可能性が示唆された。
さらに、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのその他の株でも同様に大腸Ｔｈ１細胞を誘導するかを検討したところ、ＡＴＣＣから購入したＢＡＡ－２５５２株、７００７２１株ともに２Ｈ７株と比較して有意にＴｈ１細胞の増加が低いことがわかった（図２１等 参照）。このことから、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ２Ｈ７株はＢＡＡ－２５５２株、７００７２１株が保有していないＴｈ１細胞誘導に関与する遺伝子、構造を有していると考えられる。
また、ある潰瘍性大腸炎患者の唾液を無菌マウスに経口投与したところ、上述のクローン病患者同様に、大腸においてＴｈ１細胞が顕著に誘導されることを見出した。さらに、Ｔｈ１細胞を誘導する細菌を同定した結果、２Ｈ７株とは別の株ではあるが、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの近縁種であるＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓに属する１１Ｅ１２株を見出した。
また、大腸Ｔｈ１細胞を誘導する細菌の同定を進めた結果、前記２Ｈ７株及び１１Ｅ１２株と同程度に大腸Ｔｈ１細胞を強く誘導する細菌として、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株、４０Ｂ３株を見出すことができた。
さらに、上述のＫｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株間において、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベル及びゲノム配列を比較した(図５２及び２３ 参照）。その結果、表１～１０に示すとおり、大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する、機能が既に知られている６４の遺伝子を見出すことができた。
なお、表１は、前記大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する遺伝子において、炭水化物代謝に関連する遺伝子のアノテーション及び情報（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔ）を示し、表２は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株における、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベルの程度と、前記炭水化物代謝に関連する遺伝子の保有の程度とを示す。
表３は、前記大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する遺伝子において、膜輸送に関連する遺伝子のアノテーション及び情報（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔ）を示し、表４は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株における、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベルの程度と、前記膜輸送に関連する遺伝子の保有の程度とを示す。
表５は、前記大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する遺伝子において、アミノ酸代謝に関連する遺伝子のアノテーション及び情報（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔ）を示し、表６は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株における、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベルの程度と、前記アミノ酸代謝に関連する遺伝子の保有の程度とを示す。
表７は、前記大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する遺伝子において、遺伝子制御に関連する遺伝子のアノテーション及び情報（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔ）を示し、表８は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株における、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベルの程度と、前記遺伝子制御に関連する遺伝子の保有の程度とを示す。
表９は、前記大腸Ｔｈ１細胞の誘導に関連する遺伝子において、表１～８以外のその他の遺伝子のアノテーション及び情報（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔ）を示し、表１０は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株における、大腸Ｔｈ１細胞の誘導レベルの程度と、前記その他の遺伝子の保有の程度とを示す。
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Figure 2022133363000002
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Figure 2022133363000009
Figure 2022133363000010
また、これら機能既知の遺伝子において、表１及び２に示すとおり、マンノース、フルクトース又はガラクトースの代謝に関与する遺伝子が含まれていることも明らかにし、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明は以下を提供するものである。
＜１＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌。
＜２＞ 更に、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ又はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓに属することを特徴とする、＜１＞に記載の細菌。
＜３＞ 更に、下記タンパク質群から選択される少なくとも５つのタンパク質をコードする遺伝子を保有することを特徴とする、＜１＞又は＜２＞に記載の細菌
タンパク質群：
マンノース－１－リン酸グアニルトランスフェラーゼ１、
マルチホスホリル転移タンパク質、
ＰＴＳ系フルクトース特異的ＥＩＩＡＢＣ構成タンパク質、
ホスホマンノムターゼ／ホスホグルコムターゼ、
マンノシルフルクトース－リン酸合成酵素、
３－オキソアシル［アシル輸送タンパク質］レダクターゼ ＦａｂＧ、
ラムノシル／マンノシルトランスフェラーゼ、
ガラクチトール－１－リン酸５－デヒドロゲナーゼ、
ガラクチトールパーミアーゼＩＩＣ構成タンパク質、
ガラクチトール特異的ホスホトランスフェラーゼ酵素ＩＩＢ構成タンパク質、
Ｄ－タガトース－１，６－ビスリン酸アルドラーゼサブユニット ＧａｔＺ、
タガトース－６－リン酸キナーゼ、
Ｄ－タガトース－１，６－ビスリン酸アルドラーゼサブユニット ＧａｔＹ、
ガラクチトールパーミアーゼＩＩＣ構成タンパク質、
ＧＤＰ－マンノース－依存性 α－（１－２）－ホスファチジルイノシトール マンノシルトランスフェラーゼ、
Ｌ－キシルロース／３－ケト－Ｌ－グロン酸キナーゼ、
２－デヒドロ－３－デオキシグルコノキナーゼ、
莢膜グルカン合成酵素、
３－オクタプレニル－４－ヒドロキシベンゾエートカルボキシ－リアーゼ パートナータンパク質、
２－オクタプレニルフェノールヒドロキシラーゼ、
フェノール酸デカルボキシラーゼ サブユニットＣ、
オキサロ酢酸デカルボキシラーゼβ鎖、
アコニット酸ヒドラターゼ２、
推定アルドラーゼ ＬｓｒＦ、
推定アセチルトランスフェラーゼ、
プロパンジオール利用タンパク質 ＰｄｕＡ、
推定グリコシルトランスフェラーゼ ＥｐｓＦ、
へミン結合ペリプラズムタンパク質 ＨｍｕＴ前駆体、
タイコ酸排出ＡＴＰ結合タンパク質 ＴａｇＨ、
タイコ酸移行透過タンパク質 ＴａｇＧ
外膜タンパク質 ＴｏｌＣ前駆体
多剤輸送体 ＥｍｒＥ
マグネシウム及びコバルト排出タンパク質 ＣｏｒＣ
内膜タンパク質 ＹｉｂＨ
アスパラギン酸／アラニン交換輸送体
鉄エンテロバクチン受容体前駆体
シグナル伝達ヒスチジン－プロテインキナーゼ ＢａｒＡ
ヘモリシン輸送タンパク質 ＳｈｌＢ前駆体
オリゴペプチド輸送ＡＴＰ結合タンパク質 ＯｐｐＤ
ヒ素ポンプ－駆動ＡＴＰアーゼ
推定抗シグマ因子アンタゴニスト
推定膜タンパク質 ＹｄｆＫ
推定ヘモグロビン及びヘモグロビン－へパトグロビン結合タンパク質２前駆体
（２Ｒ）－３－スルホ乳酸デヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ（＋））
ぺプチダーゼＥ
オリゴペプチダーゼＡ
ホスフィノトリシン Ｎ－アセチルトランスフェラーゼ
推定２－ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ ＹｏａＤ
ｍＲＮＡインターフェラーゼ ＲｅｌＥ
一本鎖ＤＮＡ特異的エクソヌクレアーゼ ＲｅｃＪ
チロシンリコンビナーゼ ＸｅｒＤ＿６
チロシンリコンビナーゼ ＸｅｒＤ
グルシトールオペロンリプレッサー
ギ酸塩ヒドロゲンリアーゼ転写活性因子
ＨＴＨ－タイプ転写制御因子 ＴｄｆＲ
ＨＴＨ－タイプ転写制御因子 ＣａｔＭ
転写制御タンパク質 ｔｃｔＤ
ＨＴＨ－タイプ転写抑制因子 ＡｓｅＲ
サイクリックｄｉ－ＧＭＰホスホジエステラーゼ ＹａｈＡ
セリン－プロテインキナーゼ ＲｓｂＷ
繊維状赤血球凝集素
ジヒドロプテロイン酸合成酵素
δ－アミノレブリン酸デヒドラターゼ
好気呼吸制御タンパク質 ＡｒｃＡ。
＜４＞ 更に、マンノース、フルクトース及びガラクトースのうちの少なくとも１の糖の代謝に関与する遺伝子を保有することを特徴とする、＜１＞～＜３＞のうちのいずれか一項に記載の細菌。
＜５＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌又は該細菌に由来する生理活性物質を有効成分として含む、免疫を賦活させるための組成物。
＜６＞ 更に、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導するための組成物であることを特徴とする、＜５＞に記載の組成物。
＜７＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌又は該細菌に由来する生理活性物質を、対象に摂取させ、該対象におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する方法。
＜８＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌又は該細菌に由来する生理活性物質を、対象に摂取させ、該対象における免疫を賦活する方法。
＜９＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌又は該細菌に特異的な抗原を有効成分として含む、ワクチン組成物。
＜１０＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌又は該細菌に特異的な抗原を、対象に摂取させ、該対象における前記細菌に対する免疫応答を誘導する方法。
＜１１＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に対して抗菌活性を有する物質又は＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を、有効成分として含む、免疫を抑制するための組成物。
＜１２＞ 更に、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制するための組成物であることを特徴とする、＜１１＞に記載の組成物。
＜１３＞ 更に、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防するための組成物であることを特徴とする、＜１１＞又は＜１２＞に記載の組成物。
＜１４＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に対して抗菌活性を有する物質又は＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を、対象に摂取させ、該対象におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する方法。
＜１５＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に対して抗菌活性を有する物質又は＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を、対象に摂取させ、該対象における免疫を抑制する方法。
＜１６＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に対して抗菌活性を有する物質又は＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を、対象に摂取させ、該対象におけるＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する方法。
＜１７＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌が、腸管内に定着している、非ヒト動物。
＜１８＞ 更に、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物であることを特徴とする、＜１７＞に記載の非ヒト動物。
＜１９＞ ＜１７＞又は＜１８＞に記載の非ヒト動物の製造方法であって、
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を、非ヒト動物に摂取させ、該細菌を該動物の腸管内に定着させる工程を含む、方法。
＜２０＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌と、腸管上皮細胞と、末梢血単核細胞とを含む、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を評価するためのキット。
＜２１＞ 腸管上皮細胞と、末梢血単核細胞とを含む、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を評価するためのキット。
＜２２＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌をスクリーニングする方法であって、
被験試料を非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、
該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された非ヒト無菌動物の腸管内試料から細菌を単離する工程とを、含む方法。
＜２３＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を、非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、
該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合に、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜２４＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌をスクリーニングする方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に被験細菌を添加する工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合には、前記被験細菌を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌であると判定する工程とを、含む方法。
＜２５＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を添加させる工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合には、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜２６＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を添加しなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験化合物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜２７＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、
＜１７＞に記載の非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜２８＞ ＜２２＞～＜２７＞のうちのいずれか一項に記載のスクリーニング方法によって得られる、細菌、生理活性物質又は物質を、有効成分として含む、免疫を賦活するための組成物。
＜２９＞ 更に、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導するための組成物であることを特徴とする、＜２８＞に記載の組成物。
＜３０＞ ＜２２＞若しくは＜２４＞に記載のスクリーニング方法によって得られる細菌又は該細菌に特異的な抗原を有効成分として含む、ワクチン組成物。
＜３１＞ Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させる活性を有する物質を、スクリーニングするための方法であって、
＜１８＞に記載の非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、
前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させる活性を有する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜３２＞ ＜３１＞に記載のスクリーニング方法によって得られる物質を、有効成分として含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させるための組成物。
＜３３＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌をスクリーニングする方法であって、
被験試料を非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、
該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された非ヒト無菌動物の腸管内試料から細菌を単離する工程とを、含む方法。
＜３４＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌に由来する生理活性物質を、非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、
該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合に、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜３５＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌をスクリーニングする方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に被験細菌を添加する工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合には、前記被験細菌を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌であると判定する工程とを、含む方法。
＜３６＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌に由来する生理活性物質を添加する工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合には、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜３７＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、
腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、
該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験化合物を添加しなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜３８＞ 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、
＜１７＞に記載の非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜３９＞ ＜３３＞～＜３８＞のうちのいずれか一項に記載のスクリーニング方法によって得られる、細菌、生理活性物質又は物質を、有効成分として含む、免疫を抑制するための組成物。
＜４０＞ 更に、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制するための組成物であることを特徴とする、＜３９＞に記載の組成物。
＜４１＞ 更に、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防するための組成物であることを特徴とする、＜３９＞又は＜４０＞に記載の組成物。
＜４２＞ Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質をスクリーニングするための方法であって、
＜１８＞に記載の非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、
前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜４３＞ ＜４２＞に記載のスクリーニング方法によって得られる物質を、有効成分として含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防するための組成物。
＜４４＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌を特異的に認識する抗体を含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物。
＜４５＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に特異的なヌクレオチド配列を検出するためのポリヌクレオチドを含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物。
＜４６＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に由来する生理活性物質。
＜４７＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に特異的な抗原。
＜４８＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌を特異的に認識する抗体。
＜４９＞ ＜１＞～＜４＞のうちのいずれか一項に記載の細菌に特異的なヌクレオチド配列を検出するためのポリヌクレオチド。
本発明によれば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株、４０Ｂ３株といった腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌（Ｔｈ１細胞誘導性細菌）を標的とし、該細菌の増殖を抑制又は死滅等させることにより、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制することが可能となる。また該Ｔｈ１細胞誘導性細菌の増殖の抑制等によって、腸管内の免疫を抑制することも可能となり、ひいては、クローン病、潰瘍性大腸炎といったＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防することも可能となる。
さらに、本発明によれば、前記口腔内細菌を検出することにより、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査することも可能となる。
また、本発明によれば、このようなＴｈ１細胞誘導性細菌又はその生理活性物質を用いることにより、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導し、また免疫を賦活させ、ひいては、感染症の治療、抗がん作用の増強を行うことも可能である。
さらにまた、本発明によれば、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制又は誘導する細菌等をスクリーニングすることも可能となる。
クローン病患者２名（ＣＤ＃１、ＣＤ＃２）の唾液サンプルを各々接種したｅｘＧＦ Ｂ６マウスの大腸粘膜固有層（ＬＰ）にて、ＣＤ４＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ－γ陽性細胞の頻度を、フローサイトメトリーにて解析した代表的な結果を示す、プロット図である。なお、図中、「ＧＦ」は唾液サンプル非接種群のデータであることを示す。 クローン病患者２名（ＣＤ＃１、ＣＤ＃２）の唾液サンプルを各々接種したｅｘＧＦ Ｂ６マウスの大腸ＬＰにて、ＣＤ４＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ－γ陽性細胞の頻度を、フローサイトメトリーにて解析した結果を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。また「ＧＦ」は、唾液サンプル非接種群のデータであることを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 各患者（ＣＤ＃１、ＣＤ＃２）の唾液微生物叢と、それを接種したｅｘＧＦマウスの糞便微生物叢とに関し、１６ＳｒＲＮＡをパイロシークエンシング解析した結果を示す、概略図である。なお、各グループにつき、ｎ＝３解析し、クオリティフィルターをパスした配列を、配列類似性（９６％同一性）に基づきＯＴＵｓに分類し、ＯＴＵｓの比存在度及び各ＯＴＵに近縁の公知の細菌種を、当該図に示す。また、ＯＴＵｓに対応する８つの単離した細菌株を緑色にてマークする。 ８種混合物（８－ｍｉｘ）、Ｆｕ－２１ｆ＋Ｖｅ－２Ｅ１混合物、Ｋｐ－２Ｈ７、７種混合物（７－ｍｉｘ）又はＥｃ－２Ｂ１を定着させたｅｘＧＦＢ６マウスの大腸ＬＰにおけるＴｈ１細胞の割合を示すグラフである。なお、図中、「ＧＦ」は細菌非接種群のデータであることを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 ＧＦマウス又はＫｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦマウス（ＧＦ＋Ｋｐ－２Ｈ７）から単離した、大腸ＬＰのＣＤ３ε＋細胞又はＣＤ３ε＋ＴＣＲβ＋細胞における、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１７Ａ、ＴＣＲβ、ＴＣＲγδ及びＣＤ８αの発現をフローサイトメトリーにて解析した代表的な結果を示す、プロット図である。 ＧＦマウス又はＧＦ＋Ｋｐ－２Ｈ７マウスから単離した、大腸のＣＤ３ε＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋細胞における、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１７、Ｔ－ｂｅｔ、ＲＯＲγｔ、Ｆｏｘｐ３及びＣＤ４４の発現をフローサイトメトリーにて解析した代表的な結果を示す、プロット図である。 ＧＦ＋Ｋｐ－２Ｈ７マウス（ｎ＝５）の糞便、並びに小腸（近位部から遠位部にかけて４つに分けた、ＳＩ＿１、ＳＩ＿２、ＳＩ＿３及びＳＩ＿４）、盲腸及び大腸の管腔内容物における、Ｋｐ－２Ｈ７ ＤＮＡ濃度を、ｑ－ＰＣＲにより解析した結果を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦ Ｂ６マウスの大腸又は小腸のＬＰにて、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ－γ＋細胞（Ｔｈ１細胞）の比率（％）を、ｑ－ＰＣＲにて解析した結果を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦ Ｂ６マウスの口蓋にて、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ－γ＋細胞（Ｔｈ１細胞）の比率（％）を、ｑ－ＰＣＲにて解析した結果を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦ ＩＣＩマウス又はＧＦ ＢＡＬＢ／ｃマウスの大腸ＬＰにて、ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＩＦＮ－γ＋細胞（Ｔｈ１細胞）の比率（％）を、ｑ－ＰＣＲにて解析した結果を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊はＰ＜０．０５であることを示し、ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 各抗生物質存在下におけるＫｐ－２Ｈ７の増殖を解析したグラフである。Ｋｐ－２Ｈ７は、９６ウェルプレートにて、異なる濃度の各抗生物質存在下３７℃で２４時間培養した。細菌増殖は、波長６３０ｎｍにおける吸光度を測定することに基づき決定した。各データは、また少なくとも３回の独立した実験結果に基づき平均値±標準偏差にて表す。「Ａｍｐ」はアンピシリン存在下、「Ｔｙｌ」はタイロシン（チロシン）存在下、「ＭＮＺ」はメトロニダゾール存在下、「ＶＣＭ」はバンコマイシン存在下、「Ｓｐｃ」はスペクチノマイシン存在下、「ＭＥＰＭ」はメロぺネム存在下、「ＣＡＭ」はクラリスロマイシン存在下、「ＴＭＰ」はトリメトプリム存在下、「ＳＭ」はストレプトマイシン存在下、「ＧＭ」はゲンタマイシン存在下、「ＰＬ－Ｂ」はポリミキシンＢ存在下、「ＴＣ」はテトラサイクリン存在下での培養結果を示す。 非処理のＳＰＦ Ｂ６マウス（Ｃｏｎｔ，コントロール）又は２×１０８ＣＦＵ Ｋｐ－２Ｈ７を投与する４日前から飲料水を介して抗生物質（Ｔｙｌ：タイロシン又はＡｍｐ：アンピシリン）にて継続的に処理したＳＰＦ Ｂ６マウスにおいて、大腸ＬＰ ＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＴｈ１細胞の割合を、Ｋｐ－２Ｈ７投与後２１日目にフローサイトメトリーにて解析した結果を示すグラフである。図中、「－」及び「＋Ｋｐ－２Ｈ７」は、各々Ｋｐ－２Ｈ７非投与群及び投与群を表す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊はＰ＜０．０１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋｐ－２Ｈ７を定着させたＧＦ 野生型又はＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸について、顕微鏡にて観察した結果を示す、写真である。図中「ＧＦ ＷＴ」及び「ＧＦ Ｉｌ１０－／－」はＧＦ 野生型及びＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの結果を各々示し、「ＧＦ ＷＴ＋Ｋｐ－２Ｈ７」及び「ＧＦ Ｉｌ１０－／－＋Ｋｐ－２Ｈ７」はＧＦ 野生型及びＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスにＫｐ－２Ｈ７のみを定着させた個体の結果を各々示す。また、上段は、Ｈ＆Ｅ染色にて解析した結果の代表例を示し、下段は、走査型電子顕微鏡にて解析した結果の代表例を示す。スケールバーは２００μｍを示す Ｋｐ－２Ｈ７又はＥｃ－２Ｂ１のみを定着させたＧＦ 野生型又はＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸について、組織学的腸炎スコアを解析した結果を示すグラフである。図中、「ＧＦ」は細菌非投与群の結果を示す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 ２×１０８ＣＦＵ Ｋｐ－２Ｈ７を経口投与又は非投与する４日前から飲料水を介して抗生物質（Ａｍｐ：２００ｍｇ/Ｌ アンピシリン）にて継続的に処理した、ＳＰＦ Ｂ６マウス（ＳＰＦ ＷＴ）又はＳＰＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸を、顕微鏡にて観察した結果を示す、写真である。図中、Ｋｐ－２Ｈ７接種後３週間後に、Ｈ＆Ｅ染色にて解析した結果の代表例を示す。スケールバーは２００μｍを示す。 ２×１０８ＣＦＵ Ｋｐ－２Ｈ７を経口投与又は非投与する４日前から飲料水を介して抗生物質（Ａｍｐ：２００ｍｇ/Ｌ アンピシリン）にて継続的に処理した、ＳＰＦ Ｂ６マウス又はＳＰＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸について、組織学的腸炎スコアを解析した結果を示すグラフである。図中、「Ｃｏｎｔ］は、Ｋｐ－２Ｈ７非投与群であることを示す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 ＧＦ Ｉｌ１０－／－マウス、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦ Ｉｌ１０－／－マウス及びＥＣ－２Ｂ１のみを定着させたＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸を、顕微鏡にて観察した結果を示す、写真である。図中、Ｈ＆Ｅ染色にて解析した結果の代表例を示し、スケールバーは２００μｍを示す ３週間飲料水を介してＫｐ－２Ｈ７を投与したＧＦマウス（図中「生菌」）及び３週間飲料水を介して加熱殺菌したＫｐ－２Ｈ７を投与したＧＦマウス（図中「死菌」）の各々の大腸における、Ｔｈ１細胞の頻度を示すグラフである。図中、「ＧＦ］は、Ｋｐ－２Ｈ７非投与群であることを示す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦマウスの近位結腸を、ＤＡＰＩ（図中青色にて示す）、ＥＵＢ３３８ ＦＩＳＨ プローブ（図中緑色にて示す）及びヨーロッパハリエニシダアグルチニンＩ（ＵＥＡ１、図中赤色にて示す）にて染色して観察した結果を示す、蛍光顕微鏡写真である。 Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株の全ゲノムにつき、近隣結合法を用いて解析し、Ｍａｓｈ距離に基づき構築した、系統樹である。 ＧＦマウスに各Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株のみを定着させ、その３週間後にＴｈ１細胞を解析した結果を示すグラフである。図中、縦軸は、ＩＦＮ－γ＋大腸ＬＰ ＣＤ４＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞の頻度を示す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊はＰ＜０．０１であることを示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 各Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株を強制投与したＧＦマウスの糞便中における菌体量の経時的変化を、コロニー形成単位（ＣＦＵ）によって示したグラフである。 Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株間の比較ゲノムの結果に基づき選抜したＴｈ１誘導関連遺伝子群（機能既知６４遺伝子）と、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する各菌株における前記遺伝子保有の有無との相関を示す、図である（詳細は、表１～１０ 参照）。なお、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する菌株間の比較ゲノムの結果に基づき、遺伝子保有の有無（０ｏｒ１）及び前記相対誘導レベルを乗じ、その総和を指標として選択した上位１００位の遺伝子から、更に機能が既知のもの（６４遺伝子）を、Ｔｈ１誘導関連遺伝子群として選抜した。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させた、ＷＴマウス、Ｍｙｄ８８－／－マウス、Ｔｌｒ４－／－マウス及びＭｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウスの大腸におけうＴｈ１細胞の割合を示すグラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊はＰ＜０．０１であることを示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 １週間、Ｋｐ－２Ｈ７又はＢＡＡ－２５５２のみを定着させた野生型マウス大腸の上皮細胞（ＥＣ）及び樹状細胞（ＤＣ）における差次的遺伝子発現を示す、ヒートマップである。図中、ヒートマップカラーは、各遺伝子をＦＰＫＭ値にて正規化したＺスコアを表す。 １週間、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させた野生型マウス大腸の上皮細胞及び樹状細胞にて発現亢進した遺伝子セットにおいて、有意に多かった遺伝子オントロジー（ＧＯ）で定義される用語を示す、グラフである。 ３週間、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させた、ＷＴマウス、Ｍｙｄ８８－／－マウス、Ｔｌｒ４－／－マウス及びＭｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウスの大腸上皮細胞における差次的遺伝子発現を示す、ヒートマップである。図中、ヒートマップカラーは、各遺伝子をＦＰＫＭ値にて正規化したＺスコアを表す。 ３週間、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させた野生型マウス大腸の上皮細胞及び樹状細胞にて発現亢進した遺伝子セットにおいて、有意に多かった遺伝子オントロジー（ＧＯ）で定義される用語を示す、グラフである。 各細菌株のみを定着させたマウス大腸の上皮細胞又は樹状細胞における各遺伝子発現をｑＰＣＲにて解析した結果を示すグラフである。図中、縦軸は、Ｇａｐｄｈの発現で各遺伝子のそれらを各々正規化した値を示し。エラーバーは標準偏差を表す。また「１週間」又は「３週間」は、細胞株を接種してからの週数を示す。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたマウスの大腸上皮細胞における各遺伝子発現をｑＰＣＲにて解析した結果を経時的に示すグラフである。図中、縦軸は、Ｇａｐｄｈの発現で各遺伝子のそれらを各々正規化した値を示し。エラーバーは標準偏差を表す。また横軸は、細胞株を接種してからの週数を示す。 Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたマウス大腸粘膜固有層リンパ球（ＬＰＬ）におけるＴｈ１細胞の割合をフローサイトメトリーにて解析した結果を経時的に示すグラフである。図中、エラーバーは標準偏差を表す。また横軸は、細胞株を接種してからの週数を示す。 アンピシリン（Ａｍｐ）にて処理し、Ｋｐ－２Ｈ７を強制投与した又は投与しなかったＳＰＦ ＷＴマウス又はＳＰＦ Ｉｆｎｇｒ１－／－マウスの、大腸ＬＰＣＤ４＋細胞におけるＴｈ１細胞の割合を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示し、＊＊はＰ＜０．０１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 健常ドナー（Ｈｅ＃１、Ｈｅ＃２）及び潰瘍性大腸炎患者（ＵＣ＃１、ＵＣ＃２）の唾液サンプルを接種したｅｘＧＦマウスの大腸ＬＰ ＣＤ４＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞における、ＩＦＮγ＋細胞の頻度を示すグラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 コントロールの健常者及び潰瘍性大腸炎患者の唾液微生物叢と、それらを各々接種させたｅｘＧＦマウスの糞便微生物叢とに関し、１６ＳｒＲＮＡをパイロシークエンシング解析した結果を示す、図である（各グループにつき、ｎ＝３～４）。図中、ＯＴＵｓの比存在度及び各ＯＴＵに近縁の公知の細菌種を示す。ＯＴＵｓに対応する１３の単離した細菌株及びＫｐ－４０Ｂ３を、各々緑色及び黄色にてマークした。 １３株の混合物（１３－ｍｉｘ）、Ｅｆ－１１Ａ１、Ｋａ－１１Ｅ１２又は１１株の混合物（１１－ｍｉｘ）を定着させたＢ６マウスの大腸ＬＰにおけるＴｈ１細胞の割合を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 各抗生物質存在下におけるＫａ－１１Ｅ１２の増殖を解析したグラフである。Ｋａ－１１Ｅ１２は、９６ウェルプレートにて、異なる濃度の各抗生物質存在下３７℃で２４時間培養した。細菌増殖は、波長６３０ｎｍにおける吸光度を測定することに基づき決定した。各データは、また少なくとも３回の独立した実験結果に基づき。平均値±標準偏差にて表す。「Ａｍｐ」はアンピシリン存在下、「Ｔｙｌｏｓｉｎ」はタイロシン（チロシン）存在下、「ＭＮＺ」はメトロニダゾール存在下、「ＶＣＭ」はバンコマイシン存在下、「Ｓｐｅｃ」はスペクチノマイシン存在下、「ＭＥＰＭ」はメロぺネム存在下、「ＣＡＭ」はクラリスロマイシン存在下、「ＴＭＰ」はトリメトプリム存在下、「ＳＭ」はストレプトマイシン存在下、「ＧＭ」はゲンタマイシン存在下、「ＰＬ－Ｂ」はポリミキシンＢ存在下、「ＴＣ」はテトラサイクリン存在下での培養結果を示す。 Ｋａ－１１Ｅ１２のみを定着させた又は定着させなかったＧＦ 野生型又はＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸について、顕微鏡にて観察した結果を示す、写真である。図中、Ｋａ－１１Ｅ１２を投与してから５週間後に、Ｈ＆Ｅ染色にて解析した結果の代表例を示す。スケールバーは２００μｍを示す。 Ｋａ－１１Ｅ１２のみを定着させた又は定着させなかったＧＦ 野生型又はＧＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸について、組織学的腸炎スコアを解析した結果を示すグラフである。図中、「Ｃｏｎｔ」は細菌非投与群の結果を示す。各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋａ－１１Ｅ１２のみを定着させた野生型マウス又はＩｌ１０－／－マウスの大腸を観察した結果を示す、代表的なＳＥＭ画像である。 Ｋａ－１１Ｅ１２のみを定着させたマウスの大腸を、ＤＡＰＩ（図中青色にて示す）、ＥＵＢ３３８ ＦＩＳＨプローブ（図中緑色にて示す）及びＵＥＡ１（図中赤色にて示す）にて染色した結果を示す、蛍光顕微鏡写真である。スケールバーは１００μｍを表す。 インビトロ培養したＫａ－１１Ｅ１２を透過型電子顕微鏡にて観察した結果を示す、写真である。 Ｋａ－１１Ｅ１２等の運動性について分析した結果を示す、写真である。 ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ ＴＬＲ５を、Ｋａ－１１Ｅ１２等の培養上清にてインキュベーションし、ＴＬＲ５の活性を、ルミネセンスアッセイにて解析した結果を示す、グラフである。図中、「培地」は細菌を添加せずにＨＥＫ－Ｂｌｕｅ ＴＬＲ５のインキュベーションに供した結果を示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。ｎｓは有意差が認められなかったこと（Ｐ＞０．０５）を示し、＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 Ｋｐ－２Ｈ７（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ２Ｈ７）及びＢＡＡ２５５２（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ＡＴＣＣ２５５２）を透過型電子顕微鏡にて観察した結果を示す写真である。 インビトロ培養したＫｐ－２Ｈ７（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ２Ｈ７）をネガティブ染色し、透過型電子顕微鏡にて観察した結果を示す写真である。図中の矢印は、Ｋｐ－２Ｈ７の周りに存在する又は当該菌から出芽している小胞構造（例えば、Ｋｐ－２Ｈ７が産生する外膜小胞（ＯＭＶ）又はＯＭＶ様構造体）を示す。 Ｋｐ－４０Ｂ３を定着させたＢ６マウスの大腸ＬＰにおけるＴｈ１細胞の割合を示す、グラフである。図中、各点は個々のマウスについてのデータを示す。エラーバーは、平均値±標準偏差を示す。＊＊＊はＰ＜０．００１であることを示す（一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテストに基づく）。 健常ドナー及び各疾患患者由来のサンプルにおいて、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属に属する、集約（凝集）されたＯＴＵの比存在度を示す、グラフである。図中、「ＵＣ」は潰瘍性大腸炎患者を示し、「ＣＤ」はクローン病患者を示し、「ＰＳＣ」は原発性硬化性胆管炎患者を示し、「ＧＥＲＤ」は胃食道逆流症患者を示し、「Ａｌｃ」はアルコール依存症患者を示す。また、＊はＰ＜０．０５であることを示し、＊＊はＰ＜０．０１であることを示す（ウィルコクソンの順位和検定に基づく）。 ＰＲＩＳＭ及びＵＰｅｎｎコホートにおける各サンプルのリードを、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ種にマップした結果を示す、グラフである。 ＰＲＩＳＭコホートにおける各サンプルのリードを、Ｔｈ１誘導に関連する遺伝子配列にマップした結果を示す、ヒートマップ図である。当該図面は、Ｔｈ１関連遺伝子に対する１００万リードあたり・１ｋｂｐあたりのリード数（ＲＰＫＭ）値を示す。 ＵＰｅｎｎコホートにおける各サンプルのリードを、Ｔｈ１誘導に関連する遺伝子配列にマップした結果を示す、ヒートマップ図である。当該図面は、Ｔｈ１関連遺伝子に対するＲＰＫＭ値を示す。 本発明の実施形態の例を示す概略図である。 図２１、３５及び４６における閾値２５％に対する差分を、相対誘導レベルと定義したことを示す、図である。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導する細菌＞
上述の通り、本発明者らによって、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株又は４０Ｂ３株が、腸管内に定着すると、Ｔｈ１細胞の顕著な誘導が生じることが明らかになった。したがって、本発明は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を、提供する。
なお、２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株及び４０Ｂ３株は、通常ヒトの口腔内に存在する細菌（口腔内細菌）である。また、ＢＡＡ－１７０５株及び７００６０３株も、通常ヒトの口腔内に存在する菌であるが、ヒトの尿において検出された細菌（尿中細菌）である。
本発明において、「Ｔｈ１細胞」とは、ＣＤ４陽性のヘルパーＴ細胞（Ｔｈ細胞）の亜群であり、細胞性免疫を増強させる細胞を意味する。また、「Ｔｈ１細胞の活性」とは、該細胞によるＴｈ１サイトカイン（ＩＦＮ－γ等）の産生、該サイトカインによるマクロファージ、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）等の細胞の活性化、該活性化による細胞性免疫の増強を含む意味である。さらに、「Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化の誘導」には、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化に至る、ナイーブＴ細胞からＴｈ１細胞への分化誘導も含む意味である。また、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化を誘導する作用は、Ｔｈ１細胞特異的なマーカー（例えば、ＣＤ４及びＩＦＮ－γ）を定量的に検出することによって、評価することができる。かかる定量的な検出は、公知の手法によって行うことができ、例えば、フローサイトメトリー、イメージングサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ法、ラジオイムノアッセイ、免疫組織化学的染色法、免疫沈降法、イムノブロッティング、抗体アレイ解析法等の抗体を用いて検出する方法（免疫学的手法）によって行うことができる。また、任意の菌、物質等が、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化を誘導する作用を有しているか否かは、例えば、後述のスクリーニング方法を用いて、判定することができる。より具体的には、フローサイトメトリーによって検出された腸管内におけるＣＤ４＋ＴＣＲβ＋Ｔ細胞における、ＩＦＮ－γ＋細胞の割合が、通常、１０％以上であった場合に、前記菌、物質等が、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化を誘導する作用を有していると判定することができ、２５％以上であった場合に、前記菌、物質等が、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化を誘導する作用を有していると判定することが好ましく、３０％以上であった場合に、前記菌、物質等が、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化を誘導する作用を有していると判定することがより好ましい。
本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」としては、通常ヒトの口腔内に存在しているが、腸管内に定着することにより、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌である。
本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属し、より好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ又はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓに属し、かつ腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌である。
また、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、好ましくは、抗菌剤の投薬により健常状態と比較して多様性が変化した腸内環境において、定着しやすい細菌である。
また。本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、大腸炎により健常状態と比較して多様性が変化した腸内環境において、定着しやすい細菌である。
また、表１～１０に示すとおり、本発明者らによって、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化の誘導の誘導に関連する、機能が既に知られている６４の遺伝子が見出されている。
したがって、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、好ましくは、下記タンパク質群から選択される少なくとも５のタンパク質をコードする遺伝子を保有し、より好ましくは、下記タンパク質群から選択される少なくとも１０のタンパク質をコードする遺伝子を保有し、さらに好ましくは、下記タンパク質群から選択される少なくとも２０のタンパク質をコードする遺伝子を保有し、より好ましくは、下記タンパク質群から選択される少なくとも３０のタンパク質をコードする遺伝子を保有し、さらに好ましくは、下記タンパク質群から選択される少なくとも５０のタンパク質をコードする遺伝子を保有する。
タンパク質群：
マンノース－１－リン酸グアニルトランスフェラーゼ１（Ｍａｎｎｏｓｅ－１－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｇｕａｎｙｌｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ １）、
マルチホスホリル転移タンパク質（Ｍｕｌｔｉｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ）、
ＰＴＳ系フルクトース特異的ＥＩＩＡＢＣ構成タンパク質（ＰＴＳ ｓｙｓｔｅｍ ｆｒｕｃｔｏｓｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＥＩＩＡＢＣ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、
ホスホマンノムターゼ／ホスホグルコムターゼ（Ｐｈｏｓｐｈｏｍａｎｎｏｍｕｔａｓｅ／ｐｈｏｓｐｈｏｇｌｕｃｏｍｕｔａｓｅ）、
マンノシルフルクトース－リン酸合成酵素（Ｍａｎｎｏｓｙｌｆｒｕｃｔｏｓｅ－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ）、
３－オキソアシル［アシル輸送タンパク質］レダクターゼ ＦａｂＧ（３－ｏｘｏａｃｙｌ－［ａｃｙｌ－ｃａｒｒｉｅｒ－ｐｒｏｔｅｉｎ］ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ＦａｂＧ）、
ラムノシル／マンノシルトランスフェラーゼ（ｒｈａｍｎｏｓｙｌ／ｍａｎｎｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）、
ガラクチトール－１－リン酸５－デヒドロゲナーゼ（Ｇａｌａｃｔｉｔｏｌ－１－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ５－ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ）、
ガラクチトールパーミアーゼＩＩＣ構成タンパク質（Ｇａｌａｃｔｉｔｏｌ ｐｅｒｍｅａｓｅ ＩＩＣ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、
ガラクチトール特異的ホスホトランスフェラーゼ酵素ＩＩＢ構成タンパク質（Ｇａｌａｃｔｉｔｏｌ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐｈｏｓｐｈｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｅｎｚｙｍｅ ＩＩＢ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、
Ｄ－タガトース－１，６－ビスリン酸アルドラーゼサブユニット ＧａｔＺ（Ｄ－ｔａｇａｔｏｓｅ－１，６－ｂｉｓｐｈｏｓｐｈａｔｅ ａｌｄｏｌａｓｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ＧａｔＺ）、
タガトース－６－リン酸キナーゼ（Ｔａｇａｔｏｓｅ－６－ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｋｉｎａｓｅ）、
Ｄ－タガトース－１，６－ビスリン酸アルドラーゼサブユニット ＧａｔＹ（Ｄ－ｔａｇａｔｏｓｅ－１，６－ｂｉｓｐｈｏｓｐｈａｔｅ ａｌｄｏｌａｓｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ＧａｔＹ）、
ガラクチトールパーミアーゼＩＩＣ構成タンパク質（Ｇａｌａｃｔｉｔｏｌ ｐｅｒｍｅａｓｅ ＩＩＣ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、
ＧＤＰ－マンノース－依存性 α－（１－２）－ホスファチジルイノシトール マンノシルトランスフェラーゼ（ＧＤＰ－ｍａｎｎｏｓｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ａｌｐｈａ－（１－２）－ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ ｍａｎｎｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）、
Ｌ－キシルロース／３－ケト－Ｌ－グロン酸キナーゼ（Ｌ－ｘｙｌｕｌｏｓｅ／３－ｋｅｔｏ－Ｌ－ｇｕｌｏｎａｔｅ ｋｉｎａｓｅ）、
２－デヒドロ－３－デオキシグルコノキナーゼ（２－ｄｅｈｙｄｒｏ－３－ｄｅｏｘｙｇｌｕｃｏｎｏｋｉｎａｓｅ）、
莢膜グルカン合成酵素（Ｃａｐｓｕｌａｒ ｇｌｕｃａｎ ｓｙｎｔｈａｓｅ）、
３－オクタプレニル－４－ヒドロキシベンゾエートカルボキシ－リアーゼ パートナータンパク質（３－ｏｃｔａｐｒｅｎｙｌ－４－ｈｙｄｒｏｘｙｂｅｎｚｏａｔｅ ｃａｒｂｏｘｙ－ｌｙａｓｅ ｐａｒｔｎｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ）、
２－オクタプレニルフェノールヒドロキシラーゼ（２－ｏｃｔａｐｒｅｎｙｌｐｈｅｎｏｌ ｈｙｄｒｏｘｙｌａｓｅ）、
フェノール酸デカルボキシラーゼ サブユニットＣ（Ｐｈｅｎｏｌｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ ｓｕｂｕｎｉｔ Ｃ）、
オキサロ酢酸デカルボキシラーゼβ鎖（Ｏｘａｌｏａｃｅｔａｔｅ ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ ｂｅｔａ ｃｈａｉｎ）、
アコニット酸ヒドラターゼ２（Ａｃｏｎｉｔａｔｅ ｈｙｄｒａｔａｓｅ ２）、
推定アルドラーゼ ＬｓｒＦ（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ａｌｄｏｌａｓｅ ＬｓｒＦ）、
推定アセチルトランスフェラーゼ（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ａｃｅｔｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）、
プロパンジオール利用タンパク質 ＰｄｕＡ（Ｐｒｏｐａｎｅｄｉｏｌ ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ＰｄｕＡ）、
推定グリコシルトランスフェラーゼ ＥｐｓＦ（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ｇｌｙｃｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ＥｐｓＦ）、
へミン結合ペリプラズムタンパク質 ＨｍｕＴ前駆体（Ｈｅｍｉｎ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｅｒｉｐｌａｓｍｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎ ＨｍｕＴ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）、
タイコ酸排出ＡＴＰ結合タンパク質 ＴａｇＨ（Ｔｅｉｃｈｏｉｃ ａｃｉｄｓ ｅｘｐｏｒｔ ＡＴＰ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ＴａｇＨ）、
タイコ酸移行透過タンパク質 ＴａｇＧ（Ｔｅｉｃｈｏｉｃ ａｃｉｄ ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｐｅｒｍｅａｓｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ＴａｇＧ）、
外膜タンパク質 ＴｏｌＣ前駆体（Ｏｕｔｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ＴｏｌＣ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）、
多剤輸送体 ＥｍｒＥ（Ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ＥｍｒＥ）、
マグネシウム及びコバルト排出タンパク質 ＣｏｒＣ（Ｍａｇｎｅｓｉｕｍ ａｎｄ ｃｏｂａｌｔ ｅｆｆｌｕｘ ｐｒｏｔｅｉｎ ＣｏｒＣ）、
内膜タンパク質 ＹｉｂＨ（Ｉｎｎｅｒ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ＹｉｂＨ）、
アスパラギン酸／アラニン交換輸送体（Ａｓｐａｒｔａｔｅ／ａｌａｎｉｎｅ ａｎｔｉｐｏｒｔｅｒ）、
鉄エンテロバクチン受容体前駆体（Ｆｅｒｒｉｃ ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）、
シグナル伝達ヒスチジン－プロテインキナーゼ ＢａｒＡ（Ｓｉｇｎａｌ ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｈｉｓｔｉｄｉｎｅ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ＢａｒＡ）、
ヘモリシン輸送タンパク質 ＳｈｌＢ前駆体（Ｈｅｍｏｌｙｓｉｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ＳｈｌＢ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）、
オリゴペプチド輸送ＡＴＰ結合タンパク質 ＯｐｐＤ（Ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ＡＴＰ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ＯｐｐＤ）、
ヒ素ポンプ－駆動ＡＴＰアーゼ（Ａｒｓｅｎｉｃａｌ ｐｕｍｐ－ｄｒｉｖｉｎｇ ＡＴＰａｓｅ）、
推定抗シグマ因子アンタゴニスト（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ａｎｔｉ－ｓｉｇｍａ ｆａｃｔｏｒ ａｎｔａｇｏｎｉｓｔ）、
推定膜タンパク質 ＹｄｆＫ（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ＹｄｆＫ）、
推定ヘモグロビン及びヘモグロビン－へパトグロビン結合タンパク質２前駆体（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎ ａｎｄ ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎ－ｈａｐｔｏｇｌｏｂｉｎ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）、
（２Ｒ）－３－スルホ乳酸デヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ（＋））（（２Ｒ）－３－ｓｕｌｆｏｌａｃｔａｔｅ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ （ＮＡＤＰ（＋）））、
ぺプチダーゼＥ（Ｐｅｐｔｉｄａｓｅ Ｅ）、
オリゴペプチダーゼＡ（Ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ Ａ）、
ホスフィノトリシン Ｎ－アセチルトランスフェラーゼ（Ｐｈｏｓｐｈｉｎｏｔｈｒｉｃｉｎ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）、
推定２－ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ ＹｏａＤ（Ｐｕｔａｔｉｖｅ ２－ｈｙｄｒｏｘｙａｃｉｄ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ ＹｏａＤ）、
ｍＲＮＡインターフェラーゼ ＲｅｌＥ（ｍＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒａｓｅ ＲｅｌＥ）、
一本鎖ＤＮＡ特異的エクソヌクレアーゼ ＲｅｃＪ（Ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ－ＤＮＡ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓｅ ＲｅｃＪ）、
チロシンリコンビナーゼ ＸｅｒＤ＿６（Ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅ ＸｅｒＤ＿６）、
チロシンリコンビナーゼ ＸｅｒＤ（Ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅ ＸｅｒＤ）、
グルシトールオペロンリプレッサー（Ｇｌｕｃｉｔｏｌ ｏｐｅｒｏｎ ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ）、
ギ酸塩ヒドロゲンリアーゼ転写活性因子（Ｆｏｒｍａｔｅ ｈｙｄｒｏｇｅｎｌｙａｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ａｃｔｉｖａｔｏｒ）、
ＨＴＨ－タイプ転写制御因子 ＴｄｆＲ（ＨＴＨ－ｔｙｐｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ＴｄｆＲ）、
ＨＴＨ－タイプ転写制御因子 ＣａｔＭ（ＨＴＨ－ｔｙｐｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ＣａｔＭ）、
転写制御タンパク質 ｔｃｔＤ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｃｔＤ）、
ＨＴＨ－タイプ転写抑制因子 ＡｓｅＲ（ＨＴＨ－ｔｙｐｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ ＡｓｅＲ）、
サイクリックｄｉ－ＧＭＰホスホジエステラーゼ ＹａｈＡ（Ｃｙｃｌｉｃ ｄｉ－ＧＭＰ ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ ＹａｈＡ）、
セリン－プロテインキナーゼ ＲｓｂＷ（Ｓｅｒｉｎｅ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ＲｓｂＷ）、
繊維状赤血球凝集素（Ｆｉｌａｍｅｎｔｏｕｓ ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ）、
ジヒドロプテロイン酸合成酵素（Ｄｉｈｙｄｒｏｐｔｅｒｏａｔｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ）、
δ－アミノレブリン酸デヒドラターゼ（Ｄｅｌｔａ－ａｍｉｎｏｌｅｖｕｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｈｙｄｒａｔａｓｅ）、
好気呼吸制御タンパク質 ＡｒｃＡ（Ａｅｒｏｂｉｃ ｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｒｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ＡｒｃＡ）。
また、表１～１０において、これらタンパク質は、特定のアミノ酸配列（ＫＥＧＧ又はＵｎｉＰｒｏｔのＩＤによって規定されるアミノ酸配列）をもって特定しているが、本発明にかかるタンパク質は、これら典型的なアミノ酸配列をもって特定されるタンパク質のみならず、機能的に活性なその誘導体、機能的に活性なそのフラグメント、その相同体、高ストリンジェンシー条件又は低ストリンジェンシー条件下で、このタンパク質をコードする核酸にハイブリダイズする核酸にコードされる変異体も含まれる。また、このような誘導体、フラグメント、相同体又は変異体には、前記特定のアミノ酸配列に対して、少なくとも６０％（好ましくは７０％、より好ましくは８０％、さらに好ましくは９０％、より好ましくは９５％、特に好ましくは９９％）の相同性を有するタンパク質が含まれる。
また、表１及び２に示すとおり、本発明にかかるタンパク質には、マンノース、フルクトース又はガラクトースの代謝に関与するタンパク質が含まれる。したがって、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、マンノースあるいはフルクトースあるいはガラクトース代謝に関与する遺伝子を発現していることが好ましい。
また、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属し、莢膜（ｃａｐｓｕｌｅ）を形成せず、かつ腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌であり、より好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに属し、莢膜を形成せず、外膜小胞（ＯＭＶ）又はＯＭＶ様構造体を産生し、かつ腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌である。
また、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」は、好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属し、鞭毛を有する細菌であり、また好ましくは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属し、ＴＬＲ５への刺激性を有する細菌である。
また、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」として、典型的には、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株、４０Ｂ３株が挙げられる。なお、これら細菌の詳細については、表１１を参照のほど。
Figure 2022133363000011
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する細菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓに属する細菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに属する細菌、２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株、４０Ｂ３株は、例えば、１６ＳｒＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を決定することによって同定することができる。また、後述の検査方法において説明する通り、これら細菌に特異的なヌクレオチド配列等を指標として同定することもできる。なお、２Ｈ７株又は１１Ｅ１２株に特異的なヌクレオチド配列として、特に制限はないが、好ましくは、２Ｈ７株又は１１Ｅ１２株は有するが、これら株と同じくＫｌｅｂｓｉｅｌｌａに属するＢＡＡ－２５５２株及び７００７２１株においては認められないヌクレオチド配列（より好ましくは、ＢＡＡ－２５５２株、ＫＣＴＣ２２４２株、ＫＰ－１、７００７２１株及び１３８８２株においては認められないヌクレオチド配列）が、挙げられる。
また、本発明の「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」としては、２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株又は４０Ｂ３株の１６ＳｒＲＮＡをコードするヌクレオチド配列と７０％以上（好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上（９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上）の相同性又は同一性を有するヌクレオチド配列からなるＤＮＡを含有する細菌が挙げられ、また、２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株又は４０Ｂ３株に特異的なヌクレオチド配列と７０％以上（好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上（９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上）の相同性又は同一性を有するヌクレオチド配列からなるＤＮＡを含有する細菌も挙げられる。
＜Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する組成物等＞
上述のＴｈ１細胞誘導性細菌を、腸管内に定着させることによってＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導することができる。したがって、本発明は、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する組成物又はその方法を提供することができる。
また、クローン病や潰瘍性大腸炎は、免疫作用の亢進に基づく疾患（自己免疫疾患）であることから、その病因となり得る上述のＴｈ１細胞誘導性細菌は免疫賦活作用を有するものである。さらにまた、Ｔｈ１細胞は、ＩＦＮ－γを産生するＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞であり、結核菌やリステリア菌などの病原体感染防御に重要な役割を担っているとともに、がん化した細胞の監視、排除においても重要な働きをしている。近年では、ＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓやＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ等の腸管内における細菌の存在とかかる細菌によるＴｈ１細胞の誘導とが、がんに対する免疫療法のひとつである免疫チェックポイント阻害剤（抗ＣＴＬＡ－４抗体や抗ＰＤ－Ｌ１抗体等）の抗腫瘍効果に影響を与えていることも明らかになっている。したがって、本発明は、免疫を賦活する組成物又はその方法を提供することができる。
なお、本発明において賦活又は抑制される「免疫」には、粘膜免疫（腸管免疫等）のみならず、全身免疫も含まれる。また、細胞性免疫のみならず、液性免疫も含まれる。
本発明の組成物に有効成分として含まれる「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」としては、上述の通りであるが、生菌であってもよく、死菌体であってもよい。また、含まれる有効成分の用途に応じ、改変（遺伝子改変等）が施されている細菌であってもよい。かかる改変としては特に制限はなく、本発明の組成物が後述のワクチンアジュバントである場合には、腸管内におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する作用が増強されるような改変が挙げられる。また、本発明の組成物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を１株含んでいればよいが、複数種の株を含むものであってもよい。または組成物を複合して用いることができ、結果として併用して摂取または吸収される場合（併用組成物の場合）、該複数の菌株は２種以上の組成物の中に存在することもできる（例えば、それぞれ別々の組成物中に存在することもできる）。
本発明において、「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質」としては、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に含まれる物質、該細菌の分泌産物、該細菌による代謝産物を含む意味であり、より具体的には、前記細菌又はその培養上清のポリペプチド画分、ポリヌクレオチド画分、糖鎖画分、脂質画分、低分子代謝産物画分が挙げられる。さらに、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が産生する、外膜小胞（ＯＭＶ）又はＯＭＶ様構造体も挙げられる。本発明にかかる生理活性物質として、好ましくは、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であり、より好ましくは、ＭｙＤ８８／Ｔｒｉｆが関与するＴｏｌｌ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＴＬＲ）が認識し、そのリガンドとして機能する物質である。また、このような生理活性物質は、該細菌、その培養上清、該細菌が定着したマウスの腸管内試料（糞便等）、ヒトの口腔内試料（唾液等）、ヒトの膀胱内試料、ヒトの膣内試料及びヒトの尿管内試料（尿等）、ヒトの腸管内試料等から、例えば、後述のスクリーニング方法によって、活性成分を精製することにより同定することが可能である。
本発明の組成物は、医薬組成物、飲食品（動物用飼料を含む）、あるいは研究目的（例えば、インビトロやインビボの実験）に用いられる試薬の形態であり得る。
上述の通り、本発明の組成物の有効成分である、Ｔｈ１細胞誘導性細菌又は該細菌に由来する生理活性物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導し、また免疫を賦活するため、結核等の感染症の治療、予防又は改善のための医薬組成物、飲食品として、また抗がん剤又は免疫チェックポイント阻害剤との併用による抗がん作用を増強するための医薬組成物、飲食品として、さらに、ワクチンと併用することにより、その免疫応答作用を増強するための医薬組成物（ワクチンアジュバント）としても、好適に用いられる。なお、本発明において「治療」には、治療の補助も含まれる。
本発明の組成物は、公知の製剤学的方法により製剤化することができる。例えば、カプセル剤、錠剤、丸剤、液剤、散剤、顆粒剤、細粒剤、フィルムコーティング剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下剤、咀嚼剤、バッカル剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁剤、エリキシル剤、乳剤、塗布剤、軟膏剤、硬膏剤、パップ剤、経皮吸収型製剤、ローション剤、吸引剤、エアゾール剤、注射剤、坐剤等として、経口的、非経口的（例えば、腸管内、筋肉内、静脈内、気管内、鼻内、経皮、皮内、皮下、眼内、膣、腹腔内、直腸若しくは吸入）、又はこれらの複数の組み合わせからなる経路による投与用に使用することができる。
これら製剤化においては、薬理学上若しくは飲食品として許容される担体、具体的には、滅菌水や生理食塩水、植物油、溶剤、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ベヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、無痛化剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、粘稠剤、矯味矯臭剤、溶解補助剤あるいはその他の添加剤等と適宜組み合わせることができる。
また、これら製剤化においては、腸管内におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化をより効率的に誘導する等の観点から、特に経口投与を目的とする製剤においては、本発明の組成物を腸管内に効率良く送達することを可能にする組成物と組み合わせてもよい。このような腸管内への送達を可能とする組成物については特に制限されることなく、公知の組成物を適宜採用することができ、例えば、ｐＨ感受性組成物、腸管までの放出を抑制する組成物（セルロース系ポリマー、アクリル酸重合体及び共重合体、ビニル酸重合体及び共重合体等）、腸管粘膜特異的に接着する生体接着性組成物（例えば、米国特許第６．３６８．５８６号明細書に記載のポリマー）、プロテアーゼ阻害剤含有組成物、腸管内酵素によって特異的に分解される組成物）が挙げられる。
また、本発明のＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する組成物を医薬組成物として用いる場合には、感染症やがんの治療、予防又は改善に用いられる公知の物質（抗ウイルス剤、抗菌剤、抗がん剤、免疫チェックポイント阻害剤等）を更に含んでいてもよく、またかかる物質と併用してもよい。ワクチンアジュバントとして用いる場合には、ワクチンの有効成分である抗原（例えば、細菌又はウィルスに特異的な抗原、がん特異的な抗原）の他、他の公知のワクチンアジュバント、免疫増強剤を、本発明の組成物は含んでいてもよく、またそれら物質と併用してもよい。
本発明の組成物を飲食品として用いる場合、当該飲食品は、例えば、健康食品、機能性食品、特定保健用食品、栄養機能食品、機能性表示食品、栄養補助食品、病者用食品、あるいは動物用飼料であり得る。飲食品の具体例としては、発酵飲料、油分を含む製品、スープ類、乳飲料、清涼飲料水、茶飲料、アルコール飲料、ドリンク剤、ゼリー状飲料等の液状食品；炭水化物含有食品；畜産加工食品；水産加工食品；野菜加工食品；半固形状食品；発酵食品；菓子類；レトルト製品；電子レンジ対応食品等が挙げられる。さらには、粉末、穎粒、錠剤、カプセル剤、液状、ペースト状又はゼリー状に調製された健康飲食品も挙げられる。なお、本発明における飲食品の製造は、当該技術分野に公知の製造技術により実施することができる。当該飲食品においては、感染症やがんの改善又は予防に有効な成分（例えば、栄養素等）を添加してもよい。また、当該改善等以外の機能を発揮する他の成分あるいは他の機能性食品と組み合わせることによって、多機能性の飲食品としてもよい。
本発明の組成物の製品（医薬品、飲食品、ワクチン、試薬）又はその説明書は、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導する、又は感染症、がん等の疾患を治療、改善若しくは予防するために用いられる旨の表示を付したものであり得る。また、飲食品に関しては、形態及び対象者等において一般食品との区別がつくよう、保健機能食品（特定保健用食品、栄養機能食品、機能性表示食品）として健康機能の表示を、本発明の組成物の製品等に付したものであり得る。ここで「製品又は説明書に表示を付した」とは、製品の本体、容器、包装等に表示を付したこと、あるいは製品の情報を開示する説明書、添付文書、宣伝物、その他の印刷物等に表示を付したことを意味する。
また、本発明の組成物は、キットの態様であってもよい。かかるキットとしては、例えば、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導する細菌又は該細菌に由来する生理活性物質、抗ウイルス剤、抗菌剤、抗がん剤、免疫チェックポイント阻害剤、抗原、他のワクチンアジュバント等は、通常、２種以上の物質（組成物等）として存在しているが、対象に摂取させる前に、混合等して１の組成物に調製し得る態様が挙げられる。
また、本発明は、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導するための組成物、又はその有効成分であるＴｈ１細胞誘導性細菌若しくは該細菌に由来する生理活性物質を対象に摂取させることを特徴とする、対象におけるＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導する方法、又は該対象における免疫を賦活する方法をも提供するものである。
本発明の組成物又はその有効成分は、ヒトを含む動物を対象として使用することができるが、ヒト以外の動物としては特に制限はなく、種々の家畜、家禽、ペット、実験用動物等を対象とすることができる。具体的には、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、カモ、ダチョウ、アヒル、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、マウス、ラット、サル等が挙げられるが、これらに制限されない。
また、本発明のＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導するための組成物、又はその有効成分の摂取対象としては、その発症の如何を問わず、ウイルス、細菌等に感染している動物が挙げられる。また予防の観点からは、ウイルス、細菌等に感染していない又はその感染の疑いのある動物に、本発明の組成物等を摂取させてもよい。さらに、再発予防の観点からは、その症状がでていないウイルス、細菌等を保因する動物にも、本発明の組成物等は好適に用いることができる。また同様に、がんを罹患している動物のみならず、がんの罹患の疑いのある動物、抗がん療法後の動物にも、本発明の組成物等は好適に用いることができる。
本発明の組成物等の摂取方法としては、特に制限はなく、経口投与であってもよく、また非経口投与（例えば、腸管内への投与）であってもよいが、経口投与である場合には、本発明の組成物等の効果をより向上させるという観点から、本発明の組成物等の摂取対象は、プロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）等の摂取により胃酸の産生を減少させておくこと、または抗生物質（例えば、アンピシリン、タイロシン）を摂取しておくことが好ましい。
また、本発明の組成物等を摂取させる場合、その摂取量は、対象の年齢、体重、疾患の症状、健康状態、組成物の種類（医薬品、飲食品等）、摂取方法等に応じて、当業者であれば適宜選択することができる。
＜ワクチン組成物等＞
上述のＴｈ１細胞誘導性細菌は、腸管内に定着し、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導することによって、クローン病及び潰瘍性大腸炎等のＴｈ１細胞に起因する疾患を誘発する。そのため、前記Ｔｈ１細胞誘導性細菌を標的として免疫応答を誘導することによって、腸管内から当該菌を除去すれば、前記疾患を治療、改善又は予防することができる。したがって、本発明は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防するための、ワクチン組成物又は前記細菌に対する免疫応答を誘導する方法を提供することができる。
本発明において、「Ｔｈ１細胞に起因する疾患」とは、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化によって誘発された疾患を意味し、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患といった慢性炎症性腸疾患等）、１型糖尿病、関節リウマチ、実験的免疫性脳炎（ＥＡＥ）、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス等の自己免疫疾患、慢性炎症性疾患が挙げられる。
本発明の組成物に有効成分として含まれる「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」としては、上述の通りであり、生菌であってもよく、死菌体であってもよい。また、含まれる有効成分の用途に応じ、改変（遺伝子改変等）が施されている細菌であってもよい。かかる改変としては特に制限はなく、本発明の組成物がワクチン組成物である場合には、腸管内におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する作用が抑制され、炎症等を誘発しないような改変が挙げられる。また、本発明の組成物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を１株含んでいればよいが、複数種の株を含むものであってもよい。または組成物を複合して用いることができ、結果として併用して摂取または吸収される場合（併用組成物の場合）、該複数の菌株は２種以上の組成物の中に存在することもできる。
本発明において、「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に特異的な抗原」とは、該細菌に含まれる物質（ポリペプチド、ポリヌクレオチド、糖鎖、脂質等）であり、かつ抗原性又は免疫原性を有する物質を意味する。ここで、「免疫原性」とは、一次免疫応答又は記憶免疫応答を活性化することができることを意味する。「免疫応答」には、ＣＤ４陽性Ｔリンパ球、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球及びＢリンパ球の応答が含まれる。Ｔリンパ球の場合、このような応答は、増殖型及び／又はサイトカイン（例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＴＮＦ－α、ＩＦＮ－γ）産生型であってもよい。あるいはこれらの応答は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の産生をもたらすものであってもよい。Ｂリンパ球反応は、反応するＢリンパ球による抗体産生をもたらすものであってもよい。また、「抗原性」とは、抗体分子又は活性化されたエフェクターＴ細胞（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞、ＣＴＬ等）上の抗原特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）により認識され得ることを意味する。このように、「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に特異的な抗原」は、該細菌等を特異的に認識する抗体によって認識され、これに結合することができる物質、又は適当な抗原提示細胞（ＡＰＣ）によるプロセッシング及び適当な主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子への結合後に、前記細菌等に反応して誘導されるエフェクターＴ細胞上のＴＣＲによって認識されこれに結合することができる物質を含む意味である。
また、このような細菌特異的抗原は、当業者であれば、抗原特異的抗血清及び／又はＴリンパ球との反応性を指標とした、公知のスクリーニング方法（例えば、Ｐａｕｌ ＷＥ編集、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ
Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、１９９３年、第３版、２４３～２４７ページ、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９９８年）によって同定することができる。また、細菌特異的抗原（ポリペプチド）のアミノ酸配列は、コンピュータープログラムを利用した分析（例えば、ＭＨＣ－ＴＨＲＥＡＤ、ＥｐｉＰｒｅｄｉｃｔ、ＨＬＡ－ＤＲ４ ｂｉｎｄｉｎｇ、ＰｒｏＰｒｅｄ、ＢＩＭＡＳ、ＳＶＭＨＣ、ＮｅｔＭＨＣ、ＰＲＥＤＩＣＴ、ＬｐＰｅｐ、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ、ＲａｎｋＰｅｐ）によって推測することもできる。
本発明のワクチン組成物は、公知の製剤学的方法により製剤化することができる。例えば、吸引剤、エアゾール剤、注射剤、散剤、顆粒剤、細粒剤、液剤、カプセル剤、錠剤、丸剤、フィルムコーティング剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下剤、咀嚼剤、バッカル剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁剤、エリキシル剤、乳剤、塗布剤、軟膏剤、硬膏剤、パップ剤、経皮吸収型製剤、ローション剤、坐剤等として、経口的、非経口的（例えば、腸管内、筋肉内、静脈内、気管内、鼻内、経皮、皮内、皮下、眼内、膣、腹腔内、直腸若しくは吸入）、又はこれらの複数の組み合わせからなる経路による投与用に使用することができる。
これら製剤化においては、薬理学上若しくは飲食品として許容される担体、具体的には、滅菌水や生理食塩水、植物油、溶剤、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ベヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、無痛化剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、粘稠剤、矯味矯臭剤、溶解補助剤あるいはその他の添加剤等と適宜組み合わせることができる。
また、本発明のワクチン組成物は、公知のワクチンアジュバント、免疫増強剤を含むものであってもよい。ワクチンアジュバントとしては、水酸化アルミニウム、ＫＬＨ、ＭＰＬ、ＱＳ２１、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、リン酸アルミニウム、ＢＣＧ、ミョウバン、ＣｐＧ ＤＮＡ等のＴＬＲのアゴニスト等、又はこれらの組み合わせが挙げられる。さらに、必要に応じて、アルブミン、湿潤剤、乳化剤等の補助剤が添加されている態様であってもよい。また、免疫増強剤としては、各種サイトカイン（例えば、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮω、Ｆｌｔ３リガンド）が挙げられる。
本発明の組成物の製品（医薬品、ワクチン）又はその説明書は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対する免疫応答を誘導し、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善若しくは予防するために用いられる旨の表示を付したものであり得る。ここで「製品又は説明書に表示を付した」とは、製品の本体、容器、包装等に表示を付したこと、あるいは製品の情報を開示する説明書、添付文書、宣伝物、その他の印刷物等に表示を付したことを意味する。
また、本発明の組成物は、キットの態様であってもよい。かかるキットとしては、例えば、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導する細菌又は該細菌に特異的な抗原、ワクチンアジュバント、免疫増強剤等は、通常、２種以上の物質（組成物等）として存在しているが、対象に摂取させる前に、混合等して１の組成物に調製し得る態様が挙げられる。
また、本発明は、ワクチン組成物、又はその有効成分である細菌若しくは該細菌に特異的な抗原を対象に摂取させることを特徴とする、対象における前記細菌に対する免疫応答を誘導する方法、又は該対象におけるＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善若しくは予防するため方法をも提供するものである。
本発明の組成物又はその有効成分は、ヒトを含む動物を対象として使用することができるが、ヒト以外の動物としては特に制限はなく、種々の家畜、家禽、ペット、実験用動物等を対象とすることができる。
また、本発明のワクチン組成物、又はその有効成分の摂取対象としては、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の発症の如何を問わず、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を保有する動物が挙げられる。また予防の観点からは、該細菌を保有していない又はその保有の疑いのある動物に、本発明の組成物等を摂取させてもよい。
本発明の組成物等の摂取方法としては、特に制限はなく、経口投与であってもよく、また非経口投与であってもよい。また、本発明の組成物等を摂取させる場合、その摂取量は、対象の年齢、体重、疾患の症状、健康状態、組成物の剤型、摂取方法等に応じて、当業者であれば適宜選択することができる。
＜Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制するための組成物等＞
上述のＴｈ１細胞誘導性細菌は、腸管内に定着し、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導し、また免疫作用を増強することによって、ひいてはクローン病及び潰瘍性大腸炎等のＴｈ１細胞に起因する疾患を誘発する。そのため、前記細菌を腸管内より除去すれば、Ｔｈ１細胞誘導が抑制され、また免疫作用が抑制されることによって、前記疾患の治療等に繋がる。また、図５１に示す通り、Ｔｈ１細胞の誘導及び免疫賦活化を誘導する前記細菌に由来する生理活性物質が、該生理活性物質に結合する物質（図中での「被験物質」に相当する物質）と結合することにより、その誘導作用が抑制されれば、Ｔｈ１細胞誘導が抑制され、また免疫作用が抑制され、前記疾患の治療等に至れる。
したがって、本発明は、腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対して抗菌活性を有する物質又は該細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を、有効成分として含む、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制するための組成物、免疫を抑制するための組成物、又はＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善若しくは予防するための組成物を提供する。
本発明の組成物に有効成分として含まれる「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対して抗菌活性を有する物質」には、前述の活性を有する限り、特に制限はないが、例えば、抗生物質、溶菌物質（ファージ、溶菌酵素等）、前記細菌を特異的に認識する抗体、上述の細菌特異的抗原、が挙げられる。また、前記抗生物質については、例えば、Ｋｐ－２Ｈ７等に関しては、メロぺネム、テトラサイクリン、ポリミキシン－Ｂ、トリメトプリム、ゲンタマイシン等が挙げられ、Ｋａ－１１Ｅ１２等に関しては、メロぺネム、テトラサイクリン、トリメトプリム、アンピシリン、ゲンタマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン等が挙げられる。また、他にも、表１２及び１４に示す、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が感受性を示す抗生物質が挙げられる。
「腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質」は上述の通りである。また該生理活性に結合する物質については、前記生理活性物質によるＴｈ１細胞の誘導及び免疫賦活化の誘導を抑制できるように該生理活性物質に結合する物質であればよく、例えば、前記生理活性物質に結合する抗体、前記生理活性物質に結合する低分子化合物が挙げられる。また、かかる物質としては、前記生理活性物質におけるＭｙＤ８８／Ｔｒｉｆが関与するＴＬＲへの結合サイトに結合する物質が好適な一態様として挙げられる。
さらに、本発明の組成物は、かかる抗菌活性を有する物質及び／又は前記生理活性物質に結合する抗体を複数種を含むものであってもよい。または組成物を複合して用いることができ、結果として併用して摂取又は吸収される場合（併用組成物の場合）、該複数の物質は２種以上の組成物の中に存在することもできる。
本発明の組成物は、医薬組成物、飲食品（動物用飼料を含む）、あるいは研究目的（例えば、インビトロやインビボの実験）に用いられる試薬の形態であり得る。
上述の通り、本発明の組成物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の腸管内におけるＴｈ１誘導及び免疫を抑制するため、上述のＴｈ１細胞に起因する疾患の治療、予防又は改善のための医薬組成物、飲食品として、好適に用いられる。
本発明の組成物は、公知の製剤学的方法により製剤化することができる。例えば、カプセル剤、錠剤、丸剤、液剤、散剤、顆粒剤、細粒剤、フィルムコーティング剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下剤、咀嚼剤、バッカル剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁剤、エリキシル剤、乳剤、塗布剤、軟膏剤、硬膏剤、パップ剤、経皮吸収型製剤、ローション剤、吸引剤、エアゾール剤、注射剤、坐剤等として、経口的、非経口的（例えば、腸管内、筋肉内、静脈内、気管内、鼻内、経皮、皮内、皮下、眼内、膣、腹腔内、直腸若しくは吸入）、又はこれらの複数の組み合わせからなる経路による投与用に使用することができる。
これら製剤化においては、薬理学上若しくは飲食品として許容される担体、具体的には、滅菌水や生理食塩水、植物油、溶剤、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ベヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、無痛化剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、粘稠剤、矯味矯臭剤、溶解補助剤あるいはその他の添加剤等と適宜組み合わせることができる。
また、これら製剤化においては、腸管内におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化及び免疫をより効率的に抑制する等の観点から、特に経口投与を目的とする製剤においては、本発明の組成物を腸管内に効率良く送達することを可能にする組成物と組み合わせてもよい。このような腸管内への送達を可能とする組成物については特に制限されることなく、公知の組成物を適宜採用することができ、例えば、ｐＨ感受性組成物、腸管までの放出を抑制する組成物（セルロース系ポリマー、アクリル酸重合体及び共重合体、ビニル酸重合体及び共重合体等）、腸管粘膜特異的に接着する生体接着性組成物（例えば、米国特許第６．３６８．５８６号明細書に記載のポリマー）、プロテアーゼ阻害剤含有組成物、腸管内酵素によって特異的に分解される組成物）が挙げられる。
また、本発明のＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化又は免疫を抑制する組成物を医薬組成物として用いる場合には、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の治療、予防又は改善に用いられる公知の物質（例えば、抗炎症剤、免疫抑制剤）を更に含んでいてもよく、またかかる物質と併用してもよい。
本発明の組成物を飲食品として用いる場合、当該飲食品は、例えば、健康食品、機能性食品、特定保健用食品、栄養機能食品、機能性表示食品、栄養補助食品、病者用食品、あるいは動物用飼料であり得る。飲食品の具体例としては、発酵飲料、油分を含む製品、スープ類、乳飲料、清涼飲料水、茶飲料、アルコール飲料、ドリンク剤、ゼリー状飲料等の液状食品；炭水化物含有食品；畜産加工食品；水産加工食品；野菜加工食品；半固形状食品；発酵食品；菓子類；レトルト製品；電子レンジ対応食品等が挙げられる。さらには、粉末、穎粒、錠剤、カプセル剤、液状、ペースト状又はゼリー状に調製された健康飲食品も挙げられる。なお、本発明における飲食品の製造は、当該技術分野に公知の製造技術により実施することができる。当該飲食品においては、Ｔｈ１疾患に起因する疾患の改善又は予防に有効な成分（例えば、栄養素等）を添加してもよい。また、当該改善等以外の機能を発揮する他の成分あるいは他の機能性食品と組み合わせることによって、多機能性の飲食品としてもよい。
本発明の組成物の製品（医薬品、飲食品、試薬）又はその説明書は、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制する、免疫を抑制する、又はＴｈ１疾患に起因する疾患を治療、改善若しくは予防するために用いられる旨の表示を付したものであり得る。また、飲食品に関しては、形態及び対象者等において一般食品との区別がつくよう、保健機能食品（特定保健用食品、栄養機能食品、機能性表示食品）として健康機能の表示を、本発明の組成物の製品等に付したものであり得る。ここで「製品又は説明書に表示を付した」とは、製品の本体、容器、包装等に表示を付したこと、あるいは製品の情報を開示する説明書、添付文書、宣伝物、その他の印刷物等に表示を付したことを意味する。また、本発明の組成物は、キットの態様であってもよい。
また、本発明は、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制するための組成物、免疫を抑制するための組成物、又はそれらの有効成分であるＴｈ１細胞誘導性細菌に対して抗菌活性を有する物質若しくは該細菌に由来する生理活性物質に結合する物質を対象に摂取させることを特徴とする、対象におけるＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を抑制する方法、該対象における免疫を抑制する方法、又は該対象におけるＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する方法をも提供するものである。
本発明の組成物又はその有効成分は、ヒトを含む動物を対象として使用することができるが、ヒト以外の動物としては特に制限はなく、種々の家畜、家禽、ペット、実験用動物等を対象とすることができる。
また、本発明のＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導するための組成物等、又はそれらの有効成分の摂取対象としては、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の発症の如何を問わず、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を保有する動物が挙げられる。また予防の観点からは、該細菌を保有していない又はその保有の疑いのある動物に、本発明の組成物等を摂取させてもよい。
本発明の組成物等の摂取方法としては、特に制限はなく、経口投与であってもよく、また非経口投与（例えば、腸管内への投与）であってもよいが、経口投与である場合には、本発明の組成物等の効果をより向上させるという観点から、本発明の組成物等の摂取対象は、プロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）等の摂取により胃酸の産生を減少させておくことが好ましい。
また、本発明の組成物等を摂取させる場合、その摂取量は、対象の年齢、体重、疾患の症状、健康状態、組成物の種類（医薬品、飲食品等）、摂取方法等に応じて、当業者であれば適宜選択することができる。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 １＞
本発明において、無菌マウスにヒトの唾液を摂取させることにより、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を同定することができた。したがって、本発明は以下のスクリーニング方法を提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌をスクリーニングする方法であって、被験試料を非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された非ヒト無菌動物の腸管内試料から細菌を単離する工程とを、含む方法。
本発明において、「被験試料」は、ヒト由来の試料であればよく、例えば、ヒトの口腔内試料（唾液等）、ヒトの膀胱内試料、ヒトの膣内試料及びヒトの尿管内試料（尿等）、ヒトの腸管内試料、又はそれらの培養物が挙げられる。また、スクリーニングの効率を向上させるという観点から、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を罹患しているヒト由来の口腔内試料が好適に用いられる。
本発明において、「非ヒト無菌動物」は、無菌条件下で、出生及び生育している、ヒト以外の動物を意味する。ヒト以外の動物としては、例えば、マウス、ラット、サル、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、カモ、ダチョウ、アヒル、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター等が挙げられるが、これらに制限されない。また、これら動物においては、マウスが好適に用いられる。
本発明において、被験試料を非ヒト無菌動物に「摂取」させる方法としては特に制限はないが、通常、経口投与によって行われる。
また、腸管内におけるＴｈ１細胞を増殖又は活性化の「検出」は、Ｔｈ１細胞特異的なマーカー（例えば、ＣＤ４及びＩＦＮ－γ）を検出することによって行うことができる。かかる検出は、公知の手法によって行うことができ、例えば、フローサイトメトリー、イメージングサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ法、ラジオイムノアッセイ、免疫組織化学的染色法、免疫沈降法、イムノブロッティング、抗体アレイ解析法等の抗体を用いて検出する方法（免疫学的手法）が挙げられる。また、検出のタイミングとしては、特に制限はなく、当業者であれば、用いる動物の種類等に応じ、適宜調整し得る。さらに、前記免疫学的手法において、対照（例えば、被験試料を摂取させていない非ヒト無菌動物）と比較して、有意にＴｈ１細胞特異的なマーカーの増大が認められれば、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化が検出されたと判定することができるが、対照及び判定方法はこれに限定されるものではない。
本発明において「腸管内試料」とは、非ヒト無菌動物に定着したＴｈ１細胞誘導性細菌を含む試料であればよく、例えば、該動物の糞便試料、又はその培養物が挙げられる。また、腸管内試料から細菌を「単離」する方法としては、特に制限はなく、公知の手法（希釈培養、プレート培養による単一コロニー培養）が挙げられる。
なお、本発明のスクリーニング方法において、１回の実施により、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を選抜することができなかった場合には、得られた該細菌を含む腸管内試料を、被験試料の代わりに、新たな非ヒト無菌動物に摂取させ、前述のスクリーニングを複数回行うことにより、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を単離することができる。
また、前述の方法を応用することにより、本発明は、以下のスクリーニング方法を提供することもできる。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌をスクリーニングする方法であって、被験試料を非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された非ヒト無菌動物の腸管内試料から細菌を単離する工程とを、含む方法。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法 １＞
本発明によれば、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌から、さらに誘導を担う生理活性物質をスクリーニングすることができる。すなわち、本発明は、以下のスクリーニング方法をも提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を、非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合に、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
該方法に供される「生理活性物質」としては、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に含まれる物質、該細菌の分泌産物、該細菌による代謝産物を意味し、前記方法に供する際には単離された１の物質であってもよく、また複数の物質を含む画分（例えば、前記細菌又はその培養上清の、ポリペプチド画分、ポリヌクレオチド画分、糖鎖画分、脂質画分、低分子代謝産物画分）であってもよい。なお、複数の物質を含む画分を前記方法に供する場合には、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定された画分をさらに分画した上で、さらに前記方法を行うことにより（必要に応じ、複数回繰り返すことにより）、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する１の生理活性物質を同定することもできる。
なお、前記スクリーニング方法における他の要素（非ヒト無菌動物、方法、条件等）は、前述の＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 １＞と同様である。
また、前述の方法を応用することにより、本発明は、以下のスクリーニング方法を提供することもできる。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌に由来する生理活性物質を、非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合に、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜モデル動物＞
上述の通り、本発明においては、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を、マウスに経口にて摂取させることにより、該菌が腸管内に定着し、Ｔｈ１細胞が誘導され、炎症が引き起こされることが、明らかになっている。
したがって、本発明は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している、非ヒト動物又はＴｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物を提供する。
また、前述の通り、かかる動物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を、非ヒト動物に摂取させ、該細菌を該動物の腸管内に定着させることによって製造することができるため、本発明はその製造方法も提供する。
非ヒト動物に摂取させる「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」としては、上述の通りであり、生菌であってもよく、死菌体であってもよい。また、含まれる有効成分の用途に応じ、改変（遺伝子改変等）が施されている細菌であってもよい。かかる改変としては特に制限はなく、例えば、腸管内におけるＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する作用が増強されるような改変が挙げられる。
前述の細菌を摂取させる「非ヒト動物」としては、特に制限はなく、例えば、マウス、ラット、サル、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、カモ、ダチョウ、アヒル、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター等が挙げられるが、これらに制限されない。また、これら動物においては、マウスが好適に用いられる。また、「非ヒト動物」としては、前記細菌がより定着し易い等の観点から、無菌条件下で、出生及び生育している、非ヒト無菌動物であることが好ましい。さらにまた、「非ヒト動物」としては、炎症をより生じ易くするという観点から、ＩＬ－１０の活性が抑制されている非ヒト動物が好ましい。なお、ＩＬ－１０活性の抑制には、その機能の抑制のみならず、発現（翻訳レベル又は転写レベルでの発現）の抑制が含まれる。機能の抑制としては、ＩＬ－１０特異的な抗体、アプタマー等を非ヒト動物に投与することにより行うことができる。また発現の抑制としては、遺伝子組み換え（いわゆる、ノックアウト）、ゲノム編集、又はｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ若しくはアンチセンスＲＮＡの投与によって行うことができる。
本発明において、前記細菌を非ヒト動物に「摂取」させる方法としては特に制限はなく、通常、経口投与によって行われるが、非経口投与（例えば、腸管内への投与）であってもよい。経口投与である場合には、前記細菌がより定着し易くなる等の観点から、非ヒト動物は、プロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）等の摂取により胃酸の産生を減少させておくこと、または抗生物質を摂取させておくことが好ましい。また、非ヒト動物には、前記細菌を１株摂取させればよいが、複数種の株を摂取させてもよい。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する物質をスクリーニングする方法 １＞
前述の通り、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している非ヒト動物においては、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導されており、またそのため、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物として好適に用いることができる。したがって、本発明は、このモデル動物を用いた、以下のスクリーニング方法をも提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含む方法。
前記方法に供される「被験物質」としては特に制限はなく、例えば、合成低分子化合物、抗体、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、脂質、糖類（単糖、二糖、オリゴ糖、糖鎖等）及びこれら物質から構成されるライブラリー、細胞（細菌、植物細胞、動物細胞）の抽出液及び培養物（培養上清等）、細菌の分泌産物、細菌による代謝産物、海洋生物、植物又は動物由来の抽出物、土壌、ランダムファージペプチドディスプレイライブラリーが挙げられる。
「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌」については、上述のとおりである。
本発明において、被験物質を非ヒト動物に「摂取」させる方法としては特に制限はなく、通常、経口投与によって行われるが、非経口投与（例えば、腸管内への投与）であってもよい。経口投与である場合には、被験物質が腸管内に送達され易くなる等の観点から、非ヒト動物は、プロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）等の摂取により胃酸の産生を減少させておくことが好ましい。
なお、前記スクリーニング方法における他の要素（非ヒト無菌動物、方法、条件等）は、前述の＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 １＞と同様である。
また、前述の方法を応用することにより、本発明は、以下のスクリーニング方法を提供することもできる。
Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させる活性を有する物質を、スクリーニングするための方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物に、被験物質を摂取させる工程と、該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させる活性を有する物質であると判定する工程とを、含む方法。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含む方法。
Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質をスクリーニングするための方法であって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物に、被験物質を摂取させる工程と、該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質であると判定する工程とを、含む方法。
なお、本発明において、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の「病変」としては特に制限はなく、当業者であれば、対象の疾患に応じ適宜選択することができ、例えば、前記疾患が、クローン病及び潰瘍性大腸炎等の炎症性腸疾患である場合には、図１３．１５及び１７に示すように、腸管内の炎症の程度を観察することによって評価することができる。また各疾患において定められている疾患スコア（例えば、潰瘍性大腸炎等においては「疾患活動性指数（ＤＡＩ）」、Ｓ．Ｗｉｒｔｚ，Ｃ．Ｎｅｕｆｅｒｔ，Ｂ．Ｗｅｉｇｍａｎｎ，Ｍ．Ｆ．Ｎｅｕｒａｔｈ，Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２，５４１（２００７）参照）を指標として評価することもできる。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 ２＞
本発明に関し、腸管内においては、図５１に示す通り、Ｔｈ１細胞誘導性細菌又は該菌に由来する生理活性物質は、腸管上皮細胞によって取り込まれて樹状細胞に譲渡される、または該生理活性物質は、直接樹状細胞に捕獲されることが想定される。さらに、前記生理活性物質を抗原として提示した樹状細胞が産生するサイトカインによって、ナイーブＴ細胞からＴｈ１細胞への分化が誘導されることが想定される。
そのため、この腸管内の系を構築すれば、上述のような動物を用いなくとも、Ｔｈ１細胞を誘導する活性を評価することができる。したがって、本発明は以下のスクリーニング方法をも提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌をスクリーニングする方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に被験細菌を添加する工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の誘導が検出された場合には、前記被験細菌を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌であると判定する工程とを、含む方法。
本発明において「被験細菌」は、特に制限はなく、例えば、ヒト口腔内細菌、ヒト膀胱内細菌、ヒト膣内細菌、ヒト尿管内細菌、ヒト尿中細菌、ヒト腸管内細菌が挙げられる。
本発明において「腸管上皮細胞」とは、腸管内の管腔面に存在する細胞であり、腸管における栄養吸収や免疫応答に関与している細胞を意味する。「末梢血単核細胞」とは、末梢血由来のリンパ球及び単球を含む細胞群（ＰＢＭＣ）を意味し、本発明においては末梢血そのものであってもよい。また、腸管上皮細胞及び末梢血単核細胞の由来としては特に制限はなく、ヒトを含む動物（ヒト、マウス、ラット、サル）が挙げられるが、ヒト由来の細胞が好適に用いられる。
「腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系」において、これら細胞が含まれる培養系であればよいが、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とは接触していることが好ましく、また末梢血単核細胞を含む層が下層であり、腸管上皮細胞を含む層が上層である、培養系であることがより好ましい。かかる培養系は、例えば、末梢血単核細胞の上に腸管上皮細胞を積層することにより構築することができ、また市販の複合培養系（トランスウェル（登録商標）培養システム等）を用い、上部コンパートメントに腸管上皮細胞、下部コンパートメントに末梢血単核細胞をそれぞれ単層培養すること等によっても構築することができる。
なお、前記スクリーニング方法における他の要素（方法、条件等）は、前述の＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 １＞と同様である。
また、前述の方法を応用することにより、本発明は、以下のスクリーニング方法を提供することもできる。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌をスクリーニングする方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に被験細菌を添加する工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合には、前記被験内細菌を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌であると判定する工程とを、含む方法。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法 ２＞
本発明によれば、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌から、さらに誘導を担う生理活性物質をスクリーニングすることができる。すなわち、本発明は、以下のスクリーニング方法をも提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を添加させる工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合には、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
なお、該方法に供される「生理活性物質」は、＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法 １＞に記載の通りである。また、前記スクリーニング方法における他の要素（方法、条件等）は、前述の＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 １＞と同様である。
さらに、前述の方法を応用することにより、本発明は、以下のスクリーニング方法を提供することもできる。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する細菌に由来する生理活性物質を添加する工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化の抑制が検出された場合には、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する生理活性物質であると判定する工程とを、含む方法。
＜Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を評価するためのキット＞
上述の通り、本発明によれば、インビトロにて、腸管内におけるＴｈ１細胞の誘導を再現することができる。
したがって、本発明は、腸管上皮細胞と、末梢血単核細胞とを含む、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を評価するためのキット、又は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導する細菌と、腸管上皮細胞と、末梢血単核細胞とを含む、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を評価するためのキットをも提供する。
なお、前記細菌、腸管上皮細胞、末梢血単核細胞については、＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 ２＞に記載の通りである。また、かかる評価用キットにはこれら細菌、細胞の他、これらを維持又は培養するための培地、培養システム（プレート等）、Ｔｈ１細胞を検出するための試薬（ＣＤ４抗体、ＩＦＮ－γ抗体、二次抗体、標識物質等）が含まれていてもよい。さらに、かかる評価用キットには、当該キットの使用説明書を含めることができる。
＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する物質をスクリーニングする方法 ２＞
前述の通り、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系、また更に腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を含む系は、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を評価するために、好適に用いることができる。したがって、本発明は、かかる系を用いた、以下のスクリーニング方法をも提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を添加しなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験化合物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含む方法。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験化合物を添加しなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含む方法。
なお、これら方法において用いられる物（系、細菌、被験物質）、方法及び条件等については、＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する細菌をスクリーニングする方法 ２＞、＜腸管内でＴｈ１細胞を誘導又は抑制する物質をスクリーニングする方法 １＞に記載の通りである。
＜Ｔｈ１細胞に起因する疾患の検査用組成物 １＞
上述の通り、本発明において、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、腸管内に定着することにより、Ｔｈ１細胞が誘導され、Ｔｈ１細胞に起因する疾患が誘発されることが明らかになった。そのため、前記細菌の存在を検出することにより、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査することが可能となる。
したがって、本発明は、以下のＴｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物を提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を特異的に認識する抗体を含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に特異的なヌクレオチド配列を検出するためのポリヌクレオチドを含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査するための組成物。
本発明において、「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌を特異的に認識する抗体」は、該細菌を特異的に認識し得る限り、ポリクローナル抗体であっても、モノクローナル抗体であってもよく、また抗体の機能的断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、可変領域断片（Ｆｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ｓｃ（Ｆｖ）２、ダイアボディー、多特異性抗体、又はこれらの重合体）であってもよい。本発明の抗体は、ポリクローナル抗体であれば、抗原（腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌、該細菌に由来するポリペプチド、ポリヌクレオチド、糖鎖、脂質等）で免疫動物を免疫し、その抗血清から、従来の手段（例えば、塩析、遠心分離、透析、カラムクロマトグラフィーなど）によって、精製して取得することができる。また、モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法や組換えＤＮＡ法によって作製することができる。
また、本発明の検査に用いる抗体としては、標識物質を結合させた抗体を使用することができる。当該標識物質を検出することにより、前記細菌又は該細菌に由来する物質に結合した抗体量を直接測定することが可能である。標識物質としては、抗体に結合することができ、化学的又は光学的方法に検出できるものであれば特に制限されることはなく、例えば、蛍光色素（ＧＦＰ等）、酵素（ＨＲＰ等）、放射性物質が挙げられる。
本発明の検査用組成物には、抗体成分の他、組成物として許容される他の成分を含むことができる。このような他の成分としては、例えば、担体、賦形剤、崩壊剤、緩衝剤、乳化剤、懸濁剤、安定剤、保存剤、防腐剤、生理食塩、標識物質、二次抗体が挙げられる。また、上記検査用組成物の他、標識物質の検出に必要な基質、陽性対照や陰性対照、あるいは試料の希釈や洗浄に用いる緩衝液、試料と本発明の抗体との反応に用いるチューブ又はプレート等を組み合わせることができ、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の検査用キットとすることもできる。また、標識されていない抗体を抗体標品とした場合には、当該抗体に結合する物質（例えば、二次抗体、プロテインＧ、プロテインＡなど）を標識化したものを組み合わせることができる。また、かかるＴｈ１細胞に起因する疾患の検査用キットには、当該キットの使用説明書を含めることができる。
さらに、本発明の検査用組成物には、本発明の抗体を検出するための装置を組み合わせることもできる。かかる装置としては、例えば、フローサイトメトリー装置、マイクロプレートリーダーが挙げられる。
本発明において、「腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に特異的なヌクレオチド配列を検出するためのポリヌクレオチド」としては、該細菌に特異的な配列を検出する限り、特に制限はなく、例えば、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有する、下記（ａ）～（ｂ）に記載のいずれかであるポリヌクレオチドが、挙げられる。
（ａ）前記特異的なヌクレオチド配列を挟み込むように設計された一対のプライマーであるポリヌクレオチド
（ｂ）前記特異的なヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列にハイブリダイズするプライマー又はプローブであるポリヌクレオチド。
かかる本発明のポリヌクレオチドは、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌のヌクレオチド配列に相補的な塩基配列を有する。ここで「相補的」とは、ハイブリダイズする限り、完全に相補的でなくともよい。これらポリヌクレオチドは、前記ヌクレオチド配列に対して、通常、８０％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、特に好ましくは１００％の相同性を有する。
本発明のポリヌクレオチドにおける「鎖長」として、プライマーとして用いる場合は、通常１５～１００ヌクレオチドであり、好ましくは１７～３０ヌクレオチドであり、より好ましくは２０～２５ヌクレオチドである。また、プローブとして用いる場合には、通常１５～１０００ヌクレオチドであり、好ましくは２０～１００ヌクレオチドである。
なお、本発明のポリヌクレオチドの具体的な態様として、以下に示すＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに属する２Ｈ７株に特異的なヌクレオチド配列を検出するためのポリヌクレオチド（一対のプライマー）が挙げられる。
ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿６８＿Ｆプライマー（配列：ＡＡＴＣＡＡＧＧＧＣＣＣＧＡＧＴＡＡＧＴ［配列番号：１］）と、ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿６８＿Ｒプライマー（配列：ＣＣＡＡＡＣＧＣＴＡＣＧＣＣＡＴＴＴＡＴ［配列番号：２］）との組み合わせ
ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿２９８＿Ｆプライマー（配列：ＡＧＣＡＣＴＡＧＣＧＧＣＴＧＴＧＧＴＡＴ［配列番号：３］）と、ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿２９８＿Ｒプライマー（配列：ＡＣＴＴＡＣＴＣＧＧＧＣＣＣＴＴＧＡＴＴ［配列番号：４］）との組み合わせ
ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿３０７＿Ｆプライマー（配列：ＡＡＴＣＡＡＧＧＧＣＣＣＧＡＧＴＡＡＧＴ［配列番号：５］）と、ｓｃａｆｆｏｌｄ００００４＿３０７＿Ｒプライマー（配列：ＡＴＴＣＡＧＧＧＧＣＴＧＡＡＧＧＡＧＴＴ［配列番号：６］）との組み合わせ。
本発明のポリヌクレオチドは、ＤＮＡであってもＲＮＡであってもよく、またその一部又は全部において、ＬＮＡ（登録商標、架橋化核酸）、ＥＮＡ（登録商標、２’－Ｏ，４’－Ｃ－Ｅｔｈｙｌｅｎｅ－ｂｒｉｄｇｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）、ＧＮＡ（グリセロール核酸）、ＴＮＡ（トレオ―ス核酸）、ＰＮＡ（ペプチド核酸）等の人工核酸によって、ヌクレオチドが置換されているものであってもよい。
なお、本発明のポリヌクレオチドは、市販のヌクレオチド自動合成機等を用いて化学的に合成することができる。
また、本発明の検査に用いるポリヌクレオチドとしては、標識物質を結合させたポリヌクレオチドを使用することができる。標識物質としては、ポリヌクレオチドに結合することができ、化学的又は光学的方法に検出できるものであれば特に制限されることはなく、例えば、蛍光色素（ＤＥＡＣ、ＦＩＴＣ、Ｒ６Ｇ、ＴｅｘＲｅｄ、Ｃｙ５等）、蛍光色素以外にＤＡＢ等の色素（ｃｈｒｏｍｏｇｅｎ）、酵素、放射性物質が挙げられる。
本発明の検査用組成物には、前述のポリヌクレオチドの他、薬理学上許容される他の成分を含むことができる。このような他の成分としては、例えば、緩衝剤、乳化剤、懸濁剤、安定剤、防腐剤、生理食塩等が挙げられる。
また、上記検査用組成物の他、ポリヌクレオチドに付加した標識物質の検出に必要な基質、陽性対照や陰性対照、試料の希釈や洗浄に用いる緩衝液等の標品を組み合わせ、試料と本発明のポリヌクレオチドとの反応に用いるチューブ又はプレート等を組み合わせることができ、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の検査用キットとすることもできる。さらに、かかるＴｈ１細胞に起因する疾患の検査用キットには、当該キットの使用説明書を含めることができる。
さらに、本発明の検査用組成物には、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に特異的なヌクレオチド配列を検出するための装置を組み合わせることもできる。かかる装置としては、例えば、ＰＣＲ装置、シークエンサー、マイクロアレイが挙げられる。
また、本発明においては、前述の抗体、ポリヌクレオチド、又は検査用組成物を用いた、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の検査方法も提供する。すなわち、前記抗体、ポリヌクレオチド、又は検査用組成物と、被検体から単離された試料とを接触させる工程、及び、該接触により、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の存在又は非存在を検出する工程、を含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の検査方法を、本発明は提供する。
被検体としては特に制限はなく、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の罹患が疑われるヒト等の動物が挙げられる。また、かかる被検体から単離された試料としても特に制限はないが、被検体の糞便試料、その培養物、又はそれらから抽出されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、糖鎖、脂質等が、本発明の方法において好適に用いられる。
本発明の抗体又はそれを含む検査用組成物と、前記試料とを接触させることにより、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の存在又は非存在を検出する方法としては、例えば、ＥＬＩＳＡ法、イムノブロッティング、抗体アレイ解析法、免疫組織化学的染色法、フローサイトメトリー、イメージングサイトメトリー、ラジオイムノアッセイ、免疫沈降法等の抗体を用いて検出する方法（免疫学的手法）が挙げられる。
また、本発明のポリヌクレオチド又はそれを含む検査用組成物と、前記試料とを接触させることにより、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の存在又は非存在を検出する方法としては、例えば、ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、定量ＰＣＲ）、ＤＮＡマイクロアレイ解析法、ノーザンブロッティング、次世代シークエンシング法（合成シークエンシング法（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂｙ－ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、例えば、イルミナ社製Ｓｏｌｅｘａゲノムアナライザー又はＨｉｓｅｑ（登録商標）２０００によるシークエンシング）、パイロシークエンシング法（例えば、ロッシュ・ダイアグノステックス（４５４）社製のシークエンサーＧＳＬＸ又はＦＬＸによるシークエンシング（所謂４５４シークエンシング））、リガーゼ反応シークエンシング法（例えば、ライフテクノロジー社製のＳｏｌｉＤ（登録商標）又は５５００ｘｌによるシークエンシング）、ビーズアレイ法、ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション、ドットブロット、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイ法、質量分析法、ゲノムＰＣＲ法、サザンブロッティングを用いることができる。
本発明において、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の「検査」とは、該疾患の発症の有無のみならず、その発症のリスクを検査することも含まれ、前述の方法により、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の存在が検出されれば、Ｔｈ１細胞に起因する疾患が発症している又はその発症リスクが高いと判定することができる。
被検体におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の診断は、通常、医師（医師の指示を受けた者も含む）によって行われるが、本発明の方法によって得られるデータは、医師による診断に役立つものである。よって、本発明の方法は、医師による診断に役立つデータを収集し、提示する方法とも表現しうる。
また、本発明においては、前述の検査方法を利用したコンパニオン診断法、及びその薬剤も提供することができる。すなわち、本発明は以下も提供する。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対して抗菌活性を有する物質の、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の治療、改善又は予防における有効性を判定する方法であって、前記抗体、ポリヌクレオチド、又は検査用組成物と、被検体から単離された試料とを接触させる工程、該接触により、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌の存在又は非存在を検出する工程、前記工程において、前記細菌の存在が検出されれば、前記被検体における前記物質の前記疾患の治療、改善又は予防における有効性が高いと判定される方法。
Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する方法であって、前記判定方法により腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対して抗菌活性を有する物質の有効性が高いと判定された患者に、該物質を摂取させる工程を含む方法。
腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に対して抗菌活性を有する物質を、有効成分として含む、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防するための組成物であって、前記判定方法により有効性が高いと判定された被検体に摂取される組成物。
以下、実施例に基づいて本発明をより具体的に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。また、本実施例は、以下に示す材料及び方法を用いて行なった。
＜マウス＞
Ｃ５７ＢＬ／６マウス、ＢＡＬＢ／ｃマウス及びＩＱＩマウスは、ＳＰＦ又はＧＦ条件下にて維持されていたものを、三協ラボサービス（日本）、ＳＬＣ（日本）又はクレア（日本）から購入した。
なお、「ＳＰＦ」及び「ＧＦ」は各々、特定の病原性細菌の非存在下（ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｐａｔｈｏｇｅｎ－ｆｒｅｅ）又は無菌（Ｇｅｒｍ－Ｆｒｅｅ）の条件であることを示している。
ＧＦマウス及び純粋隔離群（ノトバイオート）マウスは、慶應義塾大学医学部・医学研究科又は理化学研究所 統合生命医科学研究センター（ＩＭＳ）のノトバイオート施設内で飼育し、維持した。
Ｉｌ１０－／－マウス及びＩｆｎｇｒ１－／－マウスは、ジャクソン研究所から購入した。Ｍｙｄ８８－／－マウス、Ｔｌｒ４－／－マウス及びＭｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウスは、オリエンタルバイオサービス（日本）から購入した。
全ての動物実験は、慶應義塾大学及び理化学研究所横浜施設の動物実験委員会の承認を受けて行なった。
＜１６ＳｒＲＮＡ遺伝子についてのパイロシークエンシング＞
マウスの糞便を、１０ｍＭ ＴｒｉｓＨＣｌ（ｐＨ８．０）含有２０％グリセロール／ＰＢＳに、終濃度が１０％（ｗ／ｖ）になるよう懸濁し、解析に供する迄は－８０℃にて保存した。
解析の際には、凍結サンプルを解凍し、１００μＬの懸濁液と、ＲＮａｓｅＡ（終濃度１００μｇ／ｍＬ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）及びリソゾーム（終濃度３．０ｍｇ／ｍＬ、Ｓｉｇｍａ社製）含有ＴＥ１０（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ，１０ｍＭ ＥＤＴＡ）バッファー９００μＬとを混合した。
得られた懸濁液を、３７℃にて１時間緩やかに混合させながら、インキュベーションした。精製アクロモぺプチダーゼ（Ｗａｋｏ社製）を終濃度２０００ｕｎｉｔ／ｍＬになるよう添加し、３７℃にて更に３０分間インキュベーションした。次いで、ラウリル硫酸ナトリウム（終濃度１％）及びプロテナーゼ（終濃度１ｍｇ／ｍＬ、Ｎａｃａｌａｉ社製）を、懸濁液に添加し、５５℃にて１時間インキュベートした。そして、高分子量ＤＮＡを、フェノール－クロロホルム－イソアミルアルコール（２５：２４：１）にて抽出し、イソプロパノールで沈殿させ、７０％エタノールで洗浄し、２００μＬのＴＥに再懸濁した。
次に、１６ＳｒＲＮＡのＶ１－Ｖ２領域を増幅するためのＰＣＲを、ＥｘＴａｑ（Ｔａｋａｒａ社製）と下記プライマーセットとを用いて行なった。
（１）ｔｈｅ ４５４ｐｒｉｍｅｒ Ａ
［５’－ＣＣＡＴＣＴＣＡＴＣＣＣＴＧＣＧＴＧＴＣＴＣＣＧＡＣＴＣＡＧ［配列番号：７］（４５４アダプター配列）＋バーコード（１０ｂａｓｅｓ）＋ＡＧＲＧＴＴＴＧＡＴＹＭＴＧＧＣＴＣＡＧ［配列番号：８］－３’（２７Ｆｍｏｄ）］
（２） ｔｈｅ ４５４ ｐｒｉｍｅｒ Ｂ
［５’－ＣＣＴＡＴＣＣＣＣＴＧＴＧＴＧＣＣＴＴＧＧＣＡＧＴＣＴＣＡＧ［配列番号：３５］（４５４アダプター配列）＋ＴＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴ［配列番号：９］－３’（３３８Ｒ）］。
次いで、各サンプルから得られた増幅産物（～３３０ｂｐ）を、ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ社製）を用いて精製し、ＤＮＡはＱｕａｎｔ－ｉＴ Ｐｉｃｏｇｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡアッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）及びＴＢＳ－３８０ ミニ－フルオロメーター（Ｔｕｒｎｅｒ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）を用いて定量した。
そして、増幅したＤＮＡを鋳型として、ＧＳジュニアチタニウムｅｍＰＣＲキット－Ｌｉｂ－Ｌ、ＧＳジュニアチタニウムシークエンシングキット及びＧＳジュニアチタニウムピコタイタープレートキット（全てＲｏｃｈｅ社製）を用い、メーカー説明書に従って、４５４ ＧＳ Ｊｕｎｉｏｒ（Ｒｏｃｈｅ社製）パイロシークエンシングを行なった。
クオリティフィルターをパスしたリードは、両方のプライマー配列を有さず、平均クオリティ値が＜２５であり、またキメラ産物の可能性があるリードを除外することにより得た。フィルターをパスしたリードの中から、各サンプルにおける両プライマー配列を削除した３０００リードを、カットオフシミラリティ９６％同一性を用いたＯＴＵ解析に供した。
各ＯＴＵにおける代表的な配列を、リボソーマルデータベースプロジェクト（ＲＤＰ）のデータベース、並びに、ＮＣＢＩ及びヒトマイクロバイオームプロジェクトにおいて公的利用可能なゲノム配列から本発明者らが構築したゲノムデータベースを用いてｂｌａｓｔ検索にかけた。
＜ヒト唾液サンプル、細菌培養、ノトバイオート動物の作製＞
ヒト唾液サンプルは、Ｈ．Ｓ．Ｓａｉｄ ｅｔ ａｌ．，ＤＮＡ ｒｅｓｅａｒｃｈ：ａｎ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｆｏｒ ｒａｐｉｄ ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｅｐｏｒｔｓ ｏｎ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｇｅｎｏｍｅｓ ２１，１５－２５（２０１４）に記載のとおり、治験審査委員会の承認を受けた研究プロトコールに沿って、琉球大学医学部附属病院より得た。また、各被験者よりインフォームドコンセントを得ている。
唾液サンプルは、唾液微生物叢における１６ＳｒＲＮＡ配列を主座標分析した結果に基づき、以下のヒトのものを、各グループ（健常、ＣＤ及びＵＣ）の代表例として選択した。
ＣＤ＃１の患者：ＩＢＤ０２９，５０歳、日本人男性，ＩＯＩＢＤ スコア３（活動期）
ＣＤ＃２の患者：ＩＢＤ１２１，５２歳、日本人男性，ＩＯＩＢＤ スコア１（寛解期）
ＵＣ＃１の患者：ＩＢＤ０９６，２３歳、日本人女性，ＵＣ－ＤＡＩ 軽度
ＵＣ＃２の患者：ＩＢＤ１１８，６５歳、日本人男性，ＵＣ－ＤＡＩ 中等度
健常ドナー＃１：Ｓ－ＡＫＯ０７，３７歳、日本人男性
健常ドナー＃２：Ｓ－ＡＫＯ１７，３９歳、日本人女性。
唾液サンプルは、等量（ｗ／ｖ）の２０％グリセロール／ＰＢＳ含有ＰＢＳに懸濁し、液体窒素にてサンプルを急速に凍らせ、使用する迄－８０℃にて保存した。
使用の際に、凍結ストックは解凍し、４℃にて１０分間３３００ｇにて遠心処理し、ＰＢＳにて懸濁した後、ＧＦマウスに経口投与した（マウス１匹あたり１００μＬ）。Ｔｈ１誘導性細菌株を単離するため、ＧＦ＋ＣＤ＃２及びＧＦ＋ＵＣ＃２の盲腸内容物を、ＰＢＳにて段階的に希釈し、非選択的及び選択的アガープレート上に播いた。次いで、嫌気性条件（８０％ Ｎ２，１０％ Ｈ２，１０％ ＣＯ２）下、嫌気性チャンバー（Ｃｏｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）にて、３７℃で２日間又は４日間培養した後、独立したコロニーを採取した。
１６ＳｒＲＮＡ遺伝子領域を下記ユニバーサルプライマーセットを用いて増幅し、配列を決定した。
（２７Ｆ：５’－ＡＧＲＧＴＴＴＧＡＴＹＭＴＧＧＣＴＣＡＧ－３’［配列番号：８］，
１４９２Ｒ：５’－ＧＧＹＴＡＣＣＴＴＧＴＴＡＣＧＡＣＴＴ－３’［配列番号：１０］）
カルチャーコレクションにおいて配列が得られたサンプルは、それらの１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列が１００％一致した場合に、「ｓｔｒａｉｎｓ」に分類した。
得られた株の配列は、近縁の種又は株、対応するＯＴＵｓを判定するため、ＲＤＰデータベース、並びにＧＦ＋ＣＤ＃２及びＧＦ＋ＵＣ＃２の糞便サンプルから検出されたＯＴＵｓと比較した。
細菌の混合液を調製するため、細菌株を個別にコンフルエンスになる迄培養し、等量の培地になるよう混合した。なお、個別培養は、Ｋｐ－２Ｈ７，Ｅｃ－２Ｂ１についてはＳｃｈａｅｄｌｅｒブロスにて、２Ｄ５，Ｖｅ－２Ｅ１，２Ｇ７，２Ｅ４についてはＰＹＧブロスにて、Ｆｕ－２１ｆ，２Ｂ１１についてはＥＧＦブロスにて行なった。
単離株の混合物は、ＧＦマウスに経口投与した（マウス１匹あたり、総細菌 約１～２×１０８ＣＦＵを含む２００μＬ培地を投与した）。また、混合物を摂取させた全てのマウスは、シングルノトバイオートアイソレータにて維持した。
細菌株 Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、ＢＡＡ－２５５２、ＢＡＡ－１７０５、７００７２１、７００６０３及び１３８８２は、アメリカンタイプカルチャーコレクション（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）より購入した。
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ＫＰ－１はｔｈｅ Ｓｃｏｔｔ Ａ．Ｒｉｃｅ 研究所にて単離された（Ｋ．Ｗ．Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ ＩＳＭＥ ｊｏｕｒｎａｌ ８，８９４（Ａｐｒ，２０１４）参照）。
ＫＣＴＣ２２４２は、韓国微生物カルチャーコレクション（ＫＣＴＣ、Ｄａｅｊｅｏｎ，Ｋｏｒｅａ）より得た。
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ３４Ｅ１は、本発明者 本田賢也の研究室にて、アンピシリン処理したＳＰＦマウスの盲腸内容物から単離した。
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株は、３７℃にて、Ｓｃｈａｅｄｌｅｒブロス、Ｌｕｒｉａ Ｂｅｒｔａｎｉ（ＬＢ）ブロス又はＬＢアガープレートにて培養した。
加熱殺菌体を投与するため、Ｋｐ－２Ｈ７を一晩培養し、オートクレーブした水にて洗浄し、１０５℃で３０分間で加熱殺菌した。それを、飲料水を通してＧＦマウスに３週間摂取させた（５ｘ１０７相当ＣＦＵ／ｍＬ）。
＜Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａの気管内注入＞
ＳＰＦ Ｂ６マウスを、イソフルランにて麻酔し、背臥位をとらせた。麻酔条件下、気管を約２ｃｍ縦に切開することによって正中線上で開き、無菌ＰＢＳ又はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ懸濁液（１ｘ１０６／１０μＬ）を、無菌３０ゲージニードルにて気管内に注入した。マウスは、細菌を接種してから７日後に屠殺して肺を回収し、リンパ球の単離及び組織解析に供した。
＜リンパ球の単離及びフローサイトメトリー＞
小腸及び大腸、肺、並びに口蓋を回収した。腸は縦方向に開き、全ての管腔内容物を除去するため、ＰＢＳにて洗浄した。全てのサンプルは、５ｍＭ ＥＤＴＡ含有ハンクス平衡塩溶液（ＨＢＳＳ）２０ｍＬにて、３７℃に設定した振とう水浴中、２０分間インキュベートし、上皮細胞を除去した。
鉗子を用いて、残った上皮細胞、筋層及び脂肪組織を除去した後、サンプルを切って小片にし、４％ウシ胎仔血清及び０．５ｍｇ／ｍＬコラゲナーゼＤ、０．５ｍｇ／ｍＬ ディスパーゼＩＩ及び４０μｇ／ｍＬ ＤＮａｓｅＩ（全てＲｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ社製）含有ＲＰＭＩ１６４０ １０ｍＬにて、３７℃に設定した振とう水浴中、４５分間インキュベートした。
消化処理した組織は、５ｍＭ ＥＤＴＡ含有ＨＢＳＳにて洗浄し、４０％パーコール（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ社製）５ｍＬに再懸濁し、１５ｍＬファルコンチューブ中の８０％パーコール２．５ｍＬ上に重層した。そして、パーコール密度勾配分離を、２５℃、８５０ｇで２５分間遠心処理に供することによって行なった。リンパ球は、パーコール密度勾配の境界面から回収し、１０％ＦＢＳ含有ＲＰＭＩ１６４０にて洗浄し、Ｇｏｌｇｉｓｔｏｐ（登録商標、ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）の存在下、３７℃、４時間、５０ｎｇ／ｍＬ ＰＭＡ及び７５０ｎｇ／ｍＬ イオノマイシン（共にＳｉｇｍａ社製）にて刺激した。
死細胞は、Ｇｈｏｓｔ Ｄｙｅ ７８０（Ｔｏｎｂｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）にて標識した後、細胞を透過処理に供し、抗ＣＤ３ｅ抗体（ＢＶ６０５；Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ社製），抗ＣＤ４抗体（ＢＶ５１０；Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ社製），抗ＣＤ８ａ抗体（ＰＥ／Ｃｙ７；Ｂｉｏｌｅｄｇｅｎｄ社製），抗ＴＣＲβ抗体（ＢＶ４２１；Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ社製），抗ＴＣＲｇｄ抗体（ＰＥ；Ｂｉｏｌｅｄｇｅｎｄ社製），抗ＣＤ４４抗体（ＢＶ７８５；Ｂｉｏｌｅｄｇｅｎｄ社製），抗ＩＦＮ－γ抗体（ＦＩＴＣ ｏｒ ＰＥ／Ｃｙ７；Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ社製），抗ＩＬ－１７Ａ抗体（ｅＦｌｕｏｒ６６０；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社製），抗Ｔ－Ｂｅｔ抗体（ＰＥ／Ｃｙ７；Ｂｉｏｌｅｄｇｅｎｄ社製），抗ＲＯＲγｔ抗体（ＰＥ ｏｒ ＡＰＣ；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社製）及び抗Ｆｏｘｐ３抗体（ＰｅｒＣＰＣｙ５．５；ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社製）によって、Ｆｏｘｐ３／転写因子染色バッファーキット（Ｔｏｎｂｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）を用いて染色した。
全てのデータは、ＢＤ ＬＳＲＦｏｒｔｅｓｓａ又はＦＡＣＳＡｒｉａ ＩＩ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社製）にて取得し、Ｆｌｏｗｊｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ社製）にて解析した。なお、生リンパ球ゲート内のＣＤ４＋ＴＣＲβ＋ＣＤ３ｅ＋サブセットを、ＣＤ４＋Ｔ細胞と定義した。
＜走査型電子顕微鏡＞
腸はＰＢＳにて洗浄し、２．５％グルタルアルデヒド含有５０ｍＭリン酸バッファー（ｐＨ７．２）にて固定し、１％四酸化オスミウム含有５０ｍＭリン酸バッファー（ｐＨ７．２）にて後固定した。サンプルは、エタノール系にて脱水させ、酢酸イソアミルに置換した。脱水後、サンプルを臨界点乾燥機（ＣＰＤ ０３０；Ｌｅｉｃａ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ）に供し、白金にてコーティングし、走査型電子顕微鏡（ＳＵ－１５１０；Ｈｉｔａｃｈｉ Ｈｉｇｈ－Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用い、５ｋＶ又は１０ｋＶにて観察した。全ての走査型顕微鏡による解析は、動物１個体あたり少なくとも１０エリアを対象として行なった。なお、各グループは動物３～５個体にて構成される。
＜透過型電子顕微鏡＞
細菌の構造を可視化するため、金属接触凍結法及び凍結置換法を用いた。凍結装置は、冷凍剤として液体窒素を備えたｔｙｐｅ ＶＦＺ－１０１（株式会社真空デバイス社製，茨城，日本）を用いた。凍結置換は２％ＯｓＯ４含有アセトン、－８０℃、１２０時間かけて行ない、徐々に室温に戻していった（１２．５時間かけ－８０℃から－５５℃まで温度を上昇させ、その後－５５℃を８時間維持した。１０時間かけ－５５℃から－２５℃まで温度を上昇させ、その後－２５℃を８時間維持した。そして、５時間かけ－２５℃から０℃まで温度を上昇させた）。
細菌の細胞は、低粘度のエポキシ樹脂（Ｎｉｓｓｈｉｎ ＥＭ）に包埋し、ウルトラミクロトーム（ＥＭ－ＵＣ７；Ｌｅｉｃａ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて超薄切片を調製した
４％酢酸ウラニル水溶液にて１２分間、Ｒｅｙｎｏｌｄｓ’ｌｅａｄキレート溶液（Ｅ．Ｓ．Ｒｅｙｎｏｌｄｓ，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃｅｌｌ ｂｉｏｌｏｇｙ １７，２０８（Ａｐｒ， １９６３）参照）にて１分間、切片を染色した。そして、透過型電子顕微鏡（ＪＥＭ－１４００；Ｊｅｏｌ，東京，日本）を用い、８０ｋＶにて観察した。
ネガティブ染色による電子顕微鏡観察のため、細菌をアガープレート上にて培養し、２．５％グルタルアルデヒド含有１％酢酸アンモニウムにて固定した。Ｆｏｒｍｖａｒコーティング親水前処理銅グリッド（２００メッシュ）上にサンプルを載せ、直ぐにグリッドをろ紙に端から接触させ、余剰サンプルを除去した。りんタングステン酸（ｐＨ７．０）にてサンプルを１０～２０秒間染色し、吸い取って乾かし、ＪＥＭ－１４００にて観察した。
＜抗生物質にて処理したマウスにおける菌の定着＞
ＳＰＦマウス（ＷＴ Ｂ６，Ｉｌ１０－／－又はＩｆｎｇｒ１－／－）を、菌強制摂取の前に、下記抗生物質を飲料水を介して４日間投与した。また、これら抗生物質を投与しないマウスも用意した。
抗生物質：アンピシリン（２００ｍｇ／Ｌ）、タイロシン（５００ｍｇ／Ｌ）、メトロニダゾール（５００ｍｇ／Ｌ）、スペクチノマイシン（２００ｍｇ／Ｌ）、バンコマイシン（２００ｍｇ／Ｌ）。
Ｋｐ－２Ｈ７又はＫａ－１１Ｅ１２を、ＬＢブロスにてｌｏｇフェーズに至るまで培養し、１～２ｘ１０８ＣＦＵｓをマウスへの接種のために用いた。
菌を強制接種させてから、１、３、７、１４及び２１日後に糞便を回収し、それからＤＮＡを、１６ＳｒＲＮＡ遺伝子パイロシークエンシングに供するため、抽出した。菌が定着したことの確認は、各株に特異的な下記プライマーを用いたｑＰＣＲにて行った。
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ（ｏｍｐＫ３６－３＿Ｆ：５’－ＧＣＧＡＣＣＡＧＡＣＣＴＡＣＡＴＧＣＧＴ－３’［配列番号：１１］，ｏｍｐＫ３６－３＿Ｒ：５’－ＡＧＴＣＧＡＡＡＧＡＧＣＣＣＧＣＧＴＣ－３’［配列番号：１２］）、
Ｋｐ－２Ｈ７（ｓｃａ４＿２９８＿Ｆ：５’－ＡＧＣＡＣＴＡＧＣＧＧＣＴＧＴＧＧＴＡＴ－３’［配列番号：１３］，ｓｃａ４＿２９８＿Ｒ：５’－ＡＣＴＴＡＣＴＣＧＧＧＣＣＣＴＴＧＡＴＴ－３’［配列番号：１４］）、
Ｋａ－１１Ｅ１２（ｇｒｏｕｐ＿４０３７＿Ｆ：５’－ＣＴＴＣＧＣＣＴＴＣＡＴＣＡＧＣＴＴＣＡ－３’［配列番号：１５］，ｇｒｏｕｐ＿４０３７＿Ｒ：５’－ＴＣＡＴＣＡＴＴＡＡＣＧＣＧＧＧＴＣＡＧ－３’［配列番号：１６］）。
実験の最後には、大腸組織を回収し、Ｔｈ１細胞の頻度を調べた。
＜大腸のＥＣ及びＤＣの調製＞
大腸組織を回収し、縦方向に切り開き、氷冷ＰＢＳにてよく洗浄し、上皮細胞（ＥＣｓ）をガラススライドを用いてはがし、直ぐに液体窒素にて凍結させ、解析に供するまで－８０℃にて保存した。
残った組織を、５ｍＭ ＥＤＴＡ含有ＨＢＳＳにて３７℃、２０分間、振とうさせながらインキュベートし、ＥＣｓを完全に除去した。次いで、組織を切り込み、小片にし、４％ウシ胎仔血清、０．５ｍｇ／ｍＬ コラゲナーゼＤ、０．５ｍｇ／ｍＬ ディスパーゼＩＩ及び４０μｇ／ｍＬ ＤＮａｓｅＩ含有ＲＰＭＩ１６４０にて、３７℃の振とう水浴中、４５分間インキュベートした。
ＣＤ１１陽性細胞は、抗ＣＤ１１ｃ抗体（ＡＰＣ；Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ社製）にて染色し、抗ＡＰＣビースを用いたＭＡＣＳ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ社製）にて濃縮した。陽性として選択された細胞を、更にＦＡＣＳＡｒｉａＩＩによるソーティングに供することにより、約９７％の純度とした。
＜ＲＮＡ－ｓｅｑ及びｑＰＣＲ解析＞
ＴＲＩｚｏｌ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を用い、その説明書に従って、大腸のＥＣ及びＤＣからトータルＲＮＡを単離した。
リアルタイムｑＰＣＲのため、ＲｅｖｅｒＴｒａ Ａｃｅ（登録商標） ｑＰＣＲ ＲＴマスターミックス（ＴＯＹＯＢＯ社製）を用い、ｃＤＮＡを合成した。Ｔｈｕｎｄｅｒｂｉｒｄ（登録商標） ＳＹＢＲ ｑＰＣＲミックス（ＴＯＹＯＢＯ社製）を用い、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ４８０（Ｒｏｃｈｅ）．にてｑＰＣＲを実施した。プライマーは以下の物を用いた。
Ｇａｐｄｈ， ５’－ＣＴＣＡＴＧＡＣＣＡＣＡＧＴＣＣＡＴＧＣ－３’［配列番号：１７］ ａｎｄ ５’－ＣＡＣＡＴＴＧＧＧＧＧＴＡＧＧＡＡＣＡＣ－３’［配列番号：１８］
Ｇｂｐ２， ５’－ＴＧＣＴＧＧＡＴＣＴＴＴＧＣＴＴＴＧＧＣ－３’［配列番号：１９］ ａｎｄ ５’－ＡＧＴＴＡＧＣＴＣＣＧＴＣＡＣＡＴＡＧＴＧＣ－３’［配列番号：２０］
Ｇｂｐ６， ５’－ＡＡＴＧＣＣＴＴＧＡＡＧＣＴＧＡＴＣＣＣ－３’［配列番号：２１］ ａｎｄ ５’－ＧＴＴＣＴＴＴＧＴＣＡＴＧＣＧＴＴＧＧＣ－３’［配列番号：２２］
Ｉｆｉ４７， ５’－ＧＧＣＴＣＡＴＴＧＣＴＴＣＡＧＡＣＴＴＴＣＣ－３’［配列番号：２３］ ａｎｄ ５’－ＡＣＴＧＡＴＣＣＡＴＧＧＣＡＧＴＴＡＣＣＡＧ－３’［配列番号：２４］
Ｃｘｃｌ９， ５’－ＡＴＣＡＴＣＴＴＣＣＴＧＧＡＧＣＡＧＴＧＴＧ－３’［配列番号：２５］ ａｎｄ ５’－ＴＴＧＴＴＧＣＡＡＴＴＧＧＧＧＣＴＴＧＧ－３’［配列番号：２６］
Ｈ２－Ａｂ１， ５’－ＴＴＧＧＣＣＴＴＴＴＣＡＴＣＣＧＴＣＡＣ－３’［配列番号：２７］ ａｎｄ ５’－ＡＴＴＣＧＧＡＧＣＡＧＡＧＡＣＡＴＴＣＡＧＧ－３’［配列番号：２８］
Ｈ２－ＤＭｂ１， ５’－ＴＣＴＣＣＡＧＣＧＴＴＴＧＣＡＡＡＡＣＧ－３’［配列番号：２９］ ａｎｄ ５’－ＡＡＡＧＧＴＧＴＧＧＴＴＴＧＧＧＣＴＡＣ－３’［配列番号：３０］
Ｉｆｉ２０８， ５’－ＡＧＡＡＣＴＴＧＣＡＧＣＴＣＧＴＧＴＴＧ－３’［配列番号：３１］ ａｎｄ ５’－ＴＧＧＴＴＣＴＡＣＴＴＣＣＣＡＡＧＣＴＴＣＣ－３’［配列番号：３２］
Ｉｆｎｇ， ５’－ＡＣＧＧＣＡＣＡＧＴＣＡＴＴＧＡＡＡＧＣ－３’［配列番号：３３］ ａｎｄ ５’－ＡＣＣＡＴＣＣＴＴＴＴＧＣＣＡＧＴＴＣＣ－３’［配列番号：３４］。
ＲＮＡ－ｓｅｑを行なうため、イルミナ用ＮＥＢＮｅｘｔ Ｕｌｔｒａ ＲＮＡライブラリー調製キット（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ社製）を用い、メーカーの使用説明書に従って、ＲＮＡライブラリーを調製した。
ライブラリーの質を評価するため、ＨｉＳｅｑ １５００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製）によるシングルエンド５０ｂｐリードにより、シークエンシングを行なった。
シークエンシングしたリードは、マウス参照ゲノム（ｍｍ９，ＮＣＢＩ ｂｕｉｌｄ ３７）にマッピングし、Ｔｏｐｈａｔ＆Ｃｕｆｆｌｉｎｋｓソフトウェアパイプラインを用い、１００万リードあたり・１ｋｂｐあたりのフラグメント数（ＦＰＫＭ）値に正規化した。
図２５におけるヒートマップは、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたマウスにおいて、ＧＦマウス及びＢＡＡ２５５２のみを定着させたマウスと比較して、発現が向上していた遺伝子（＞２－ｆｏｌｄ，ＦＰＫＭ ｖａｌｕｅ ０．１以上）の相対強度（ｒｅｌａｔｉｖｅ ａｂｕｎｄａｎｃｅ、Ｚ－ｓｃｏｒｅ）を示す。
図２７におけるヒートマップは、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたマウスにおいて、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＭｙｄ８８－／－マウスと比較して、発現がよく向上していた遺伝子（＞２－ｆｏｌｄ，ＦＰＫＭ ｖａｌｕｅ ０．１以上）の相対強度（Ｚ－ｓｃｏｒｅ）を示す。
発現が向上していた遺伝子（図２６の左に示す遺伝子、図２６の右に示す遺伝子又は図２８に示す遺伝子）は、ＤＡＶＩＤバイオインフォマティクスリソース６．８（Ｗ．Ｈｕａｎｇ ｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ４，４４（２００９））を用い、遺伝子オントロジーエンリッチメント解析に供した。
＜組織学的解析＞
Ｋｐ－２Ｈ７及びＫａ－１１Ｅ１２を対象とする蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を行なうため、大腸組織をメタノール－カルノイ溶液にて固定し、パラフィンに包埋した。切片は、０．１Ｍ ＨＣｌにて処理し、５’Ａｌｅｘａ４８８－標識ＥＵＢ３３８（５’－ＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＴＡＧＧＡＧＴ－３’）プローブとハイブリダイズさせ、ローダミン標識ヨーロッパハリエニシダアグルチニンＩ（ＵＥＡ１、Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社製）にて染色した。全ての切片は、ＤＡＰＩにて対比染色し、Ｆｌｕｏｒｏｍｏｕｎｔ／Ｐｌｕｓ（Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社製）に載せ、ライカ社製ＴＣＳ ＳＰ５共焦点顕微鏡にて可視化した。
大腸炎及び肺炎の発症及び受症度を評価するため、経口接種してから５週間後又は気管内注入してから７日後に、マウスを屠殺した。大腸及び肺は、４％パラホルムアルデヒドにて固定してパラフィンに包埋し、ヘマトキシリン及びエオシンにて染色した。
大腸炎の程度は、次の基準に基づき、階級分けした。
炎症性細胞浸潤（スコア：０～４）
粘膜肥厚（スコア：０～４）
杯細胞減少（スコア：０～４）
陰窩膿瘍（スコア：０～４）
構造破壊（スコア：０～４）。
最終的な組織学的スコアは、これらパラメーターのスコア総和により決定した。
肺炎のスコアは、下記２つの切片のスコアに総和により決定した。
肺胞（変化なし：０、浮腫：１、肺胞腔における炎症細胞の検出：２、肺膿腫を伴う肺胞の炎症性破壊）
細気管支（変化なし：０、壁における軽度の炎症：１、内腔のかさぶた（ｌｕｍｉｎａｌ ｓｌｏｕｇｈ）を伴う壁における重度の炎症：２、内腔のかさぶた及び気管支周囲炎を伴う重度の炎症：３）。
＜細菌ゲノムのシークエンシング＞
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ株のゲノムを、上記１６ＳｒＲＮＡ遺伝子パイロシークエンシングに記載の方法と同様の方法にて抽出した。そして、ＰａｃＢｉｏＲＳＩＩ及びイルミナＭｉＳｅｑシークエンサーを用いたホールゲノムショットガン配列決定法にて、ゲノム配列を決定した。
ゲノムＤＮＡを切断し、ＤＮＡフラグメントを得た。鋳型ＤＮＡは各供給者によるプロトコールに沿って調製した。得られたＲＳＩＩリードを、ＨＧＡＰ３を用いたｄｅ ｎｏｖｏ－アッセンブリーに供した。ＭｉＳｅｑリード（２ｘ３００ｎｔ）は、ＲＳＩＩをアッセンブルして得られたコンティグ上にマッピングし、質の低い領域の配列を修正した。
単離した株の系統発生を評価するため、５４の完全ゲノムと１５のドラフトゲノムとを、ＮＣＢＩよりダウンロードした。これらゲノムには、５９ Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株，３ Ｋ．ｖａｒｉｉｃｏｌａ株，１ Ｋ．ｍｉｃｈｉｇａｎｅｎｓｉｓ株，３ Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ株，１ Ｋ．ｑｕａｓｉｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株及び２ Ｋ．ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓ（Ｅ．ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）株が含まれる。そして、近隣結合法を用い、Ｍａｓｈ距離（Ｂ．Ｄ．Ｏｎｄｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １７，１３２（Ｊｕｎ ２０，２０１６） 参照）に基づき、系統樹を構築した。
＜ＭＬＳＴ、ｗｚｉ及びｗｚｃシークエンスタイピング＞
各株のゲノム配列については、ＭＬＳＴデータベースに対してアライメントをかけた（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｇｓｄｂ．ｐａｓｔｅｕｒ．ｆｒ／ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ／ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ．ｈｔｍｌ）。そして、配列に基づくｃａｐｓｕｌａｒ （Ｋ）タイピングを、ｗｚｉ又はｗｚｃ遺伝子のシークエンシングに基づいて行なった。
＜細菌の運動分析＞
細菌の運動分析は、１４ｍＬチューブに入れた０．２５％含有半固形ＬＢ培地を用いて行なった。ＬＢブロス培地にて培養した細菌を、半固形ＬＢ培地にストレートワイヤを用い、チューブの真ん中に、培地半分の深さまで突き刺し、接種した。３７℃で２４時間インキュベーションした後、培地中の至るところに放散及び漠然とした拡散が認めされた細菌を、運動性細菌と判定した。細菌の鞭毛は、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ ｍＴＬＲ５細胞（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ社製）を用い、メーカープロトコールに従って検出した。
＜統計解析＞
全ての統計解析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｉｎｃ．）又はＪＭＰソフトウェアｖ．１２（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．）を用い、独立両側スチューデントｔ検定（パラメリック）、ウィルコクソンの順位和検定（ノンパラメリック）、並びに一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）及びそれに続くテューキーのポストホックテスト（３以上のグループ、パラメリック）を行なった。
以上の材料及び方法を用い、先ず、腸管に定着することによって、強い免疫刺激を引き起こし、ひいてはクローン病等を誘発する口腔内細菌の同定を、ノトバイオート（純粋隔離群）を用い、試みた。
（実施例１）
本発明者らは、クローン病（ＣＤ）２患者の唾液サンプルを、Ｃ５７ＢＬ／６（Ｂ６）無菌（ＧＦ）マウスに、強制的に経口投与してノトバイオートマウスを作製した。そして、各グループのマウスを、純粋隔離アイソレーターにて６週間飼育し、小腸及び結腸固有層（ＬＰ）の免疫細胞について調べた。
その結果、図１及び２に示すとおり、ＣＤ患者＃１の唾液を投与そしたマウス（ＧＦ＋ＣＤ＃１マウス）において、腸のＴ細胞における有意な変化は認められなかった。それに対し、ＣＤ患者＃２の唾液を投与されたマウス（ＧＦ＋ＣＤ＃２マウス）の結腸固有層において、インターフェロンγ（ＩＦＮ－ｇ）＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（Ｔｈ１細胞）の顕著な蓄積が認められた。
そこで、ＧＦマウス投与前の唾液微生物叢と、該微生物叢を定着させた動物（ｅｘＧＦマウス）の糞便微生物叢とにおいて、１６ＳｒＲＮＡシークエンシングにより、群集構成を比較した。
その結果、図３に示すとおり、両患者の唾液サンプルは、同様の微生物構成を示したにも関わらず、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウス及びＧＦ＋ＣＤ＃１マウスの糞便微生物叢間においては顕著な差が認められた。重要なこととして、ｅｘＧＦマウスの糞便微生物叢において観察された大概の細菌種は、唾液微生物叢においては僅かに存在している細菌種であった。
これらの結果から、口腔内微生物叢において僅かに存在する細菌種であっても消化管に定着することができ、更に限られたサブセットによって腸のＴｈ１細胞の蓄積を誘導できることが明らかになった。
次に、Ｔｈ１細胞を誘導する細菌を単離するため、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスの盲腸内容物を、様々な培地を用い、嫌気条件にて培養した。そして、様相の異なる２４のコロニーを採取した。
１６ＳｒＲＮＡ遺伝子をシークエンシングした結果、これらコロニーには、多様な属から構成される下記８株含まれており、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスに定着した消化管微生物叢の主要な細菌種を占めていることが明らかになった。
Ｇｅｍｅｌｌａ，Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ，Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ，Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ，Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ，Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ。
これら単離された細菌株がＴｈ１細胞誘導能を有するかどうかを調べるため、これら８株全てを培養し、それらを混合した物（８－ｍｉｘ）をＧＦマウスに投与した。そして、図１、２及び４に示すとおり、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスにおいて観察された結果と振幅比較した結果、８－ｍｉｘが接種されたマウスの腸のＬＰにおいて、Ｔｈ１細胞の効率的な誘導が認められた。
Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ（Ｆｕ）及びＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ（Ｖｅ）は、ＩＢＤの発病に関与していることが知られているため（非特許文献２参照）、次に、この２株を定着させたマウスを作製した。しかしながら、図４に示すとおり、これら細菌株を定着させたマウスにおいて、Ｔｈ１細胞は僅かにしか認められなかった。
次に、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスの微生物叢において最も多くの構成比率を示したＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｓｔｒａｉｎ ＩＤ ２Ｈ７（Ｋｐ－２Ｈ７）について試験した。
その結果、図４に示すとおり、Ｋｐ－２Ｈ７以外の７株（７－ｍｉｘ）を混合して投与してもＴｈ１細胞は誘導されなかったにも関わらず、Ｋｐ－２Ｈ７のみを経口投与した結果、Ｔｈ１細胞は顕著に誘導された。この結果から、Ｋｐ－２Ｈ７株が、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスにおいて観察されたＴｈ１細胞の蓄積に主に貢献する細菌株であることが明らかになった。
Ｋｐ－２Ｈ７による誘導効果は、試験した免疫細胞において相対的に、Ｔｈ１細胞特異的なものであった（図５ 参照）。また、誘導されたＴｈ１細胞はインターロイキン１７、ＲＯＲγｔ及びＦｏｘｐ３に対してネガティブな反応を示した一方で、Ｔ－ｂｅｔ及びＣＤ４４に対してはポジティブな反応を示した（図６ 参照）。これらの結果から、慢性的に活性化された／メモリーＴｈ１細胞が製造されていることが示唆される（Ｓ．Ｏｋａｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４９，６０６－６１３（２０１５） 参照）。また、小腸よりも大腸の方がより優位にＴｈ１細胞が誘導されていることを反映するように、Ｋｐ－２Ｈ７は主に大腸に定着していた（図７及び８ 参照）。
重要なこととして、Ｂ６ ＧＦ Ｋｐ－２Ｈ７マウスの口腔内組織（口蓋及び舌）においてＴｈ１細胞の存在比率の増加は認められなかったことから、当該細菌は、口腔において無害であることが示唆される（図９ 参照）。
また、ＩＱＩ／Ｊｉｃマウス及びＢ６マウスにおいてはＴｈ１細胞の増加が認められた一方で、ＢＡＬＢ／ｃにおいてそれは認められなかった。このことから、腸のＴｈ１細胞誘導において、宿主の遺伝型とＫｐ－２Ｈ７との相互作用が必要であることが示唆される（図１０ 参照））。
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する細菌種は、しばし多剤耐性を獲得し、医療関連感染を引き起こし得る（Ｅ．Ｓ．Ｓｎｉｔｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ４，１４８ｒａ１１６（２０１２）、Ｋ．Ｅ．Ｈｏｌｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ １１２，Ｅ３５７４－３５８１ （２０１５）、Ｅ．Ｇ．Ｐａｍｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５２，
５３５－５３８（２０１６） 参照）。
本発明者らが単離したＫｐ－２Ｈ７は、図１１及び表１２に示すとおり、アンピシリン（Ａｍｐ）、タイロシン（Ｔｙｌ）、スペクチノマイシン（Ｓｐｃ）及びメトロニダゾール（ＭＮＺ）といった様々な抗生物質に対して耐性を示した。また、図１２に示すとおり、Ｋｐ－２Ｈ７の強固な定着は、腸におけるＴｈ１細胞の顕著な増加を伴った。
Figure 2022133363000012
次に、本発明者らは、Ｋ－２Ｈ７の腸炎惹起性について調べた。その結果、図１３～１６に示すとおり、Ｔｈ１細胞が誘導されたにも関わらず、Ｋｐ－２Ｈ７は、野生型（ＷＴ）宿主、当該菌のみを定着させたＢ６ ＧＦマウス、又はＡｍｐ処理して定着させたマウスの腸内において、炎症性の変化を引き起こさなかった。
微生物と遺伝的因子との相互作用は、ＩＢＤの発病に大いに寄与するため（Ｈ．Ｃｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５２，１１１６－１１２０（２０１６） 参照）、腸炎を遺伝学的に生じさせるＩｌ１０－／－Ｂ６マウスにおけるＫｐ－２Ｈ７定着の影響を調べた。
ＧＦ Ｉｌ１０－／－マウス又はＡｍｐ処理ＳＰＦ Ｉｌ１０－／－マウスに、Ｋｐ－２Ｈ７又はＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｓｔｒａｉｎ ＩＤ ２Ｂ１（Ｅｃ－２Ｂ１）を経口投与した。
なお、Ｅｃ－２Ｂ１は、図４に示すとおり、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスから単離されたが、Ｔｈ１細胞の誘導能が弱い細菌である。また、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ及びＥ．ｃｏｌｉは、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに属し、このファミリーには、ＩＢＤの発症に関与する菌も含まれる（非特許文献２、Ｘ．Ｃ．Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １３，Ｒ７９（２０１２） 参照）。
その結果、図１３～１７に示すとおり、Ｋｐ－２Ｈ７によって、ｅｘＧＦマウス又はアンピシリン処理ＳＰＦ Ｉｌ１０－／－マウスの近位結腸において、Ｅｃ－２Ｂ１よりも重度の炎症が引き起こされることが、組織学解析により明らかになった）。
このことから、Ｋｐ－２Ｈ７は、種特異的及び宿主の遺伝型特異的な様式にて、Ｔｈ１細胞の応答及びおそらくは付随的な炎症誘発効果を誘導することによって、消化管病原性共生生物として活動していることが示唆される。
特筆すべきは、図には示さないが、Ｋｐ－２Ｈ７を気管内を通して肺に注入した際に、肺のＴ細胞においては、Ｔｈ１応答よりもＴｈ１７応答の方が優位であった。そして、この応答には、遺伝学的に標準なマウスであっても、重度の肺の病変が付随する。
それゆえ、Ｋｐ－２Ｈ７のＴｈ１誘導への強い影響は、消化管特異的であり、おそらくは、消化管特異的上皮細胞（ＥＣ）及び樹状細胞（ＤＣ）の貢献によるものと思われる。
（実施例２）
Ｋｐ－２Ｈ７が介するＴｈ１細胞誘導が基礎となるメカニズムを探るため、様々なアプローチを試みた。
先ず、生体内において、死菌がＴｈ１細胞を誘導できるか調べた。すなわち、インビトロ培養したＫｐ－２Ｈ７を加熱殺菌し、ＧＦマウスに飲料水を介して３週間経口投与した。その結果、図１８に示すとおり、加熱殺菌した細菌は、Ｔｈ１細胞の頻度に影響を与えなかった。
そこで、Ｋｐ－２Ｈ７の特異的局在を調べるため、Ｋｐ－２Ｈ７を定着させたマウスの大腸をｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションにて調べた。
その結果、図１９に示すとおり、Ｋｐ－２Ｈ７は、ムチン層上に存在しており、上皮層上への癒着又は該層内への侵入についての証拠は認められなかった。これらの結果から、Ｔｈ１誘導は、上皮層から離れたところに局在する生菌の活性によって媒介されていることが示唆される。
次に、メカニズムをより解明するために、表１３に示す、ヒト、マウス又は環境に由来する８つの異なるＫ． ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株を用意した。
Figure 2022133363000013
先ず、Ｋｐ－２Ｈ７及び８つのＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株に関し、配列を新たに得て、又は公的データベースから配列を得て、多座位シークエンスタイピング（ＭＬＳＴ）、ｃａｐｓｕｌａｒ（Ｋ）タイピングに基づくシークエンス及びコアゲノム系統解析を行なうことによって、これらは系統発生学的に異なることを明らかにした（表１３及び図２０ 参照）。
次に、各細菌株のみを定着させたＢ６マウスを作製した。その結果、図２１に示すとおり、試験した細菌株は、大腸におけるＴｈ１細胞誘導能において、かなりのばらつきが認められた。すなわち、ＡＴＣＣ７００６０３、ＢＡＡ－１７０５及び３４Ｅ１といったいくつかの細菌株において、Ｋｐ－２Ｈ７と同等のＴｈ１細胞誘導が認められたが、その他の株においてその誘導能は低かった。特に、ＫＣＴＣ２２４２及びＢＡＡ２５５２は、Ｔｈ１細胞頻度に全く又は僅かにしか影響を与えなかった。このことから、Ｔｈ１細胞の誘導が細菌株特異的であることが示唆される。
また、これらＴｈ１細胞の誘導強度は細菌量に依存しておらず、また炎症を伴うものでもなかった（図２２ 参照）。さらに、Ｔｈ１細胞の誘導と、ＭＬＳＴ、Ｋ－タイピング及び系統との間に関連はなかった（図２０、図２１及び表１３ 参照）。
全ゲノムについて比較解析を行なった結果、図２３に示すとおり、６４の遺伝子グループにおいて、Ｔｈ１誘導との正の相関性が認められた。前記遺伝子グループには、フルクトース、ガラクチトール及びマンノースに関連する吸収及び代謝の過程に関与する酵素をコードすると予測される遺伝子が含まれていた（図２３及び表１～１０ 参照）。
これらの遺伝子については、炎症性疾患において豊富に発現していることから、免疫変調作用を有していることが示唆され、またそれによって、Ｔｈ１細胞誘導に関与しているかもしれないということが報告されている（非特許文献１、Ｘ．Ｃ．Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １３，Ｒ７９（２０１２）、Ａ．Ｒ．Ｒｅｃｏｒｄｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｌａｎｔ－ｍｉｃｒｏｂｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：ＭＰＭＩ ２４，７５１－７５７（２０１１）、Ｓ．Ｆｕｋｕｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４６９，５４３－５４７（２０１１）、Ａ．Ｎ．Ｔｈｏｒｂｕｒｎ，Ｌ．Ｍａｃｉａ，Ｃ．Ｒ．Ｍａｃｋａｙ，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ４０，８３３－８４２（２０１４） 参照）。
次に、本発明者らは、Ｔｈ１誘導を調整している宿主細胞のシグナル伝達を明らかにすることを試みた。特に、Ｋｐ－２Ｈ７のみを定着させたＧＦ Ｍｙｄ８８－／－マウス、Ｍｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウス、Ｔｌｒ４－／－マウスを用いて、自然免疫シグナル経路の関与について調べた。
Ｔｈ１誘導の程度は、Ｍｙｄ８８－／－マウス及びＭｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウスにおいて有意に低く、Ｔｌｒ４－／－マウスにおいては部分的に減弱した（図２４ 参照）。このことから、ＩＬ－１ｂ及びＩＬ－１８を含め、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲｓ）、及び、可能性として他のＭｙＤ８８依存的受容体を介した、自然免疫シグナル経路が、関与していることが示唆される。
Ｋｐ－２Ｈ７又はＢＡＡ２５５２のみを１週間定着させた野生型マウス、並びにＫｐ－２Ｈ７のみを３週間定着させた野生型マウス、Ｍｙｄ８８－／－マウス、Ｍｙｄ８８－／－Ｔｒｉｆ－／－マウス及びＴｌｒ４－／－マウスから単離した、大腸のＥＣ及びＤＣにおける遺伝子発現プロファイルを、ＧＦマウスと比較するため、ＲＮＡシークエンシングを行なった（図２５～２８ 参照）。
抗原プロセシング／提示に関与する主要組織適合遺伝子複合体関連分子（例えば、Ｈ２－ＤＭｂ１、Ｈ２－Ａｂ１及びＴａｐ１）、並びにグアニル酸塩結合タンパク質（ＧＢＰｓ）といった、ＩＦＮ誘導性（ＩＦＩ）遺伝子の発現は、ＧＦ ＷＴ＋Ｋｐ－２Ｈ７マウス由来の大腸ＥＣ及びＤＣにおいて、有意に亢進していた。また、図２９に示すとおり、ｑＰＣＲ解析によって、発現の差異が確認された。図２５及び２９～３１に示すとおり、とりわけ、ＥＣ及びＤＣにおけるＩＦＩ遺伝子、並びにＤＣにおけるＩｆｎｇ遺伝子の発現亢進は、Ｔｈ１誘導が制限されている定着の初期（１週間）において始まった。このことから、ＩＦＮ－ｇ及びＩＦＩの発現亢進は、結果であることのみならず、Ｔｈ１細胞の誘導に関与していることが示唆される。
この解釈と一致して、図３２に示すとおり、ＩＦＮ－ｇ受容体１欠損（ＩＦＮｇＲ１－／－）マウスにおいて、Ｋｐ－２Ｈ７定着によるＴｈ１細胞の誘導は不完全なものであった。
まとめると、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、ある種の自然免疫系リガンドを産生する。それは、ムチン層を透過し、腸のＥＣ及びＤＣにアクセスすることができる。その結果、ＭｙＤ８８及びＩＦＩ依存性シグナル伝達経路が活性化され、Ｔｈ１細胞が誘導されると考えられる。
（実施例３）
口腔由来の細菌とＴｈ１細胞誘導との関連を更に確かめるために、２人の健常ドナー（Ｈｅ＃１及びＨｅ＃２）、並びに活動期にある潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者２人（ＵＣ＃１及びＵＣ＃２）から、更なる唾液サンプルを得て、それらサンプルをＧＦ ＷＴ Ｂ６マウスに経口投与した。
その結果、図３３に示すとおり、ＵＣ患者♯２から得た唾液サンプルを接種したマウス（ＧＦ＋ＵＣ＃２マウス）の大腸ＬＰにおいて、ＧＦ＋ＣＤ＃２マウスに匹敵するほどの顕著なＴｈ１細胞の蓄積が認められた。
検出されたＴｈ１細胞誘導を担う細菌株を単離するため、ＧＦ＋ＵＣ＃２マウスの盲腸内容物を回収し、インビトロで培養した。その結果、図３４に示すとおり、本発明者らは、ＧＦ＋ＵＣ＃２マウスの微生物叢の概要を示す１３株の単離に成功した。
また、ＧＦマウスに、１３株の混合物（１３－ｍｉｘ）を経口投与することによって、大腸におけるＴｈ１細胞誘導に関し、ＧＦ＋ＵＣ＃２マウスにおいて検出された表現型を、完全に再現することができた（図３３、図３５ 参照）。
１３細菌株において、共にＩＢＤの発症に関与し、重要な多剤耐性を示す病原性共生生物として報告されていることから（Ｙ．Ｔａｕｒ，Ｅ．Ｇ．Ｐａｍｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅｓ ２６，３３２－３３７（２０１３）、Ａ． Ｄａｖｉｎ－Ｒｅｇｌｉ，Ｊ．Ｍ．Ｐａｇｅｓ，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ６，３９２（２０１５）、Ｓ．Ｍｏｎｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌ ｄｉｓｅａｓｅｓ １７，１８５－１９２（２０１１） 参照）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ ｓｔｒａｉｎ ＩＤ １１Ａ１ （Ｅｆ－１１Ａ１）及びＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓ １１Ｅ１２（Ｋａ－１１Ｅ１２）に注目した。
なお、Ｋ．ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｅｒｏｇｅｎｅｓからの再分類が、昨今提案されている。また、この細菌は、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅとの１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列の同一性が９９％であり、系統発生的に極めて近い（Ｓ．Ｍ．Ｄｉｅｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ３０，３６９－３８３（２０１３） 参照）。
そこで、Ｅｆ－１１Ａ１、Ｋａ－１１Ｅ１２又は他の１１細菌株の混合物（１１－ｍｉｘ）を、ＧＦマウスに強制投与した。その結果、図３５に示すとおり、Ｋａ－１１Ｅ１２は、ＧＦ＋１３－ｍｉｘマウス及びＧＦ＋ＵＣ＃２マウスにて認められた程顕著に、大腸におけるＴｈ１細胞の蓄積を誘導した。一方、Ｅｆ－１１Ａ１及び１１－ｍｉｘにおいてそれ程の誘導は認められなかった。
したがって、Ｋａ－１１Ｅ１２は、たとえＧＦ＋ＵＣ＃２マウスの消化管微生物叢において少数派の菌に過ぎないとしても、ＧＦ＋ＵＣ＃２マウスにおいて認められたＴｈ１細胞誘導の大きな要因である可能性が高い（図３４ 参照）。
また、図３６及び表１４に示すとおり、Ｋａ－１１Ｅ１２は、多種の抗生物質に対して耐性を示した。
Figure 2022133363000014
さらに、図３７～３９に示すとおり、Ｋａ－１１Ｅ１２の定着は、Ｉｌ１０－／－マウスにおいてひどい炎症を引き起こすことも明らかになった）。
このことから、口腔内に由来し、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの近縁であり、また多種の抗生物質に対して耐性を示す、Ｋ．ａｅｒｏｍｏｂｉｌｉｓ株は、Ｋｐ－２Ｈ７によく似て病原性共生細菌として機能するものと考えられる。
さらに、図４０に示すとおり、ＦＩＳＨによって、Ｋａ－１１Ｅ１２は、Ｋｐ－２Ｈ７同様、大腸のＥＣから離れて定着することが明らかになった。
また、Ｋａ－１１Ｅ１２は、図４１～４３に示すとおり、鞭毛アセンブリシステムを有し、高度な運動性を発揮し、またＴＬＲ５の刺激性も有する。一方、Ｋｐ－２Ｈ７は、図４４及び４５に示すとおり、莢膜（ｃａｐｓｕｌｅ）を形成せず、外膜小胞（ＯＭＶ）又はＯＭＶ様構造体を産生する。
また、特筆すべきは、図３３に示すとおり、ＧＦ＋Ｈｅ＃１マウスにおいて、Ｔｈ１細胞の実質的な増加が認められ、さらに、糞便の微生物叢には、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの配列が含まれていた（図３４ 参照）。
そこで、ＧＦ＋Ｈｅ＃１マウスの盲腸内容物から、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株（Ｋｐ－４０Ｂ３株）を単離し、それをマウスに接種した（ＧＦ＋Ｋｐ－４０Ｂ３）。その結果、図４６に示すとおり、大腸におけるＴｈ１細胞の強い蓄積が認められた。
したがって、ＩＢＤ患者から単離されたＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ種同様に、健常なヒトの口腔に定着しているＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株も、腸内に定着した時、Ｔｈ１誘導を引き起こすことができることが明らかになった。
（実施例４）
本発明者らは、次に、ＩＢＤ及び他の疾患の患者において、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａが豊富に存在しているかどうかを調べた。
先ず、１６ＳｒＲＮＡ遺伝子配列データベースを解析した結果、図４７に示すとおり、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａメンバーの比存在度は、健常人と比較して、ＣＤ（クローン病）患者（Ｐ＝０．０１５７）、ＰＳＣ（原発性硬化性胆管炎）患者（Ｐ＝０．０３０９）及びアルコール依存症患者（Ｐ＜０．０００１）は、有意に高いことを見出した。
次に、ＩＢＤ患者の腸内微生物叢のメタゲノムデータベース、ＭＧＨのＩＢＤ研究における計画的研究（ＰＲＩＳＭ）から得られた非ＩＢＤコントロール（Ｘ．Ｃ．Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｌｏｇｙ １３，Ｒ７９（２０１２） 参照）及びペンシルバニア大学におけるＣＤコホート（ＵＰｅｎｎコホート）（Ｊ．Ｄ．Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ｈｏｓｔ＆ｍｉｃｒｏｂｅ １８，４８９－５００（２０１５） 参照）に対象を拡大して、更なる解析を行った。
その結果、図４８に示すとおり、集約したＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ種の比存在度は、非ＩＢＤ又は全てのコホートにおける健常なコントロールと比較して、ＩＢＤ患者は有意に高かいことが明らかになった（Ｐ ＜０．０１））。
また、ＰＲＩＳＭ及びＵＰｅｎｎコホートの糞便微生物叢における、Ｋｐ２Ｈ７が調整するＴｈ１誘導が関連する遺伝子（図２３ 参照）を解析した。
その結果、図４９及び５０に示すとおり、Ｔｈ１関連遺伝子における１００万リードあたり・１ｋｂｐあたりのリード数（ＲＰＫＭ）値は、非ＩＢＤサンプルよりも患者サンプルの方が概して高かった。
また、ＰＲＩＳＭコホートにおいて、９ＣＤ，５ＵＣ及び３ｎｏｎ－ＩＢＤが、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａを保因していた。そして、７ＣＤ，４ＵＣ及び０非ＩＢＤコントロールは、それらの腸内微生物叢において、平均ＲＰＫＭが＞１にて存在する閾値付近にて、Ｔｈ１関連遺伝子は陽性であった（図４９ 参照）。
ＵＰｅｎｎコホートにおいて、Ｔｈ１関連遺伝子と相関する遺伝子は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ 種を保因するＣＤ患者において豊富に発現していたが、非ＩＢＤコントロールにおいて認められなかった（図５０ 参照）。
概して、ＩＢＤ患者におけるＴｈ１関連遺伝子の割合は、マン・ホイットニーのＵ検定による解析の結果、非ＩＢＤコントロールと比較して、統計学的に有意であった（Ｐ＝０．００９８８）。
以上説明したように、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａに属する２Ｈ７株、１１Ｅ１２株、３４Ｅ１株、ＢＡＡ－１７０５株、７００６０３株、４０Ｂ３株といった細菌によって、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導することができる。
したがって、本発明によれば、このような腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌（Ｔｈ１細胞誘導性細菌）を標的とし、該細菌の増殖を抑制又は死滅等させることにより、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制することが可能となる。また該Ｔｈ１細胞誘導性細菌の増殖の抑制等によって、腸管内の免疫を抑制することも可能となり、ひいては、クローン病、潰瘍性大腸炎といったＴｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防することも可能となる。
さらに、本発明によれば、前記細菌を検出することにより、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を検査することも可能となる。
また、本発明によれば、このようなＴｈ１細胞誘導性細菌又はその生理活性物質を用いることにより、Ｔｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導し、また免疫を賦活させ、ひいては、感染症の治療、抗がん作用の増強を行うことも可能である。
したがって、本発明は、医薬品の開発、各種疾患の治療、改善、予防又は診断において、極めて有用である。
配列番号：１～３５
＜２２３＞ 人工的に合成されたプライマーの配列

Claims (12)

  1. 下記（ａ）～（ｄ）に記載の細菌からなる細菌群から選択される少なくとも１の細菌であり、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌
    （ａ）バイオサンプルアクセッション番号：ＳＡＭＤ０００８３９１０によって特定される細菌
    （ｂ）バイオサンプルアクセッション番号：ＳＡＭＤ０００８３９１２によって特定される細菌
    （ｃ）バイオサンプルアクセッション番号：ＳＡＭＤ０００８３９１１によって特定される細菌
    （ｄ）バイオサンプルアクセッション番号：ＳＡＭＤ０００８３９１３によって特定される細菌。
  2. 請求項１に記載の細菌を有効成分として含有する、対象における、Ｔｈ１細胞の増殖若しくは活性化を誘導、又は、免疫を賦活するための組成物。
  3. 医薬組成物である、請求項２に記載の組成物。
  4. 経口投与用組成物である、請求項３に記載の組成物。
  5. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
    腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を、非ヒト無菌動物に摂取させる工程と、
    該非ヒト無菌動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合に、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  6. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質をスクリーニングする方法であって、
    腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌に由来する生理活性物質を添加させる工程と、
    該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にてＴｈ１細胞の増殖又は活性化が検出された場合には、前記生理活性物質を、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する生理活性物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  7. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、
    腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、
    該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を添加しなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験化合物は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  8. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質のスクリーニング方法であって、
    腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
    該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  9. Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は増悪させる活性を有する物質を、スクリーニングするための方法であって、
    腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物に、被験物質を摂取させる工程と、
    該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、
    前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも増加している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を誘発又は憎悪させる活性を有する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  10. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、
    腸管上皮細胞と末梢血単核細胞とを含む系において、該腸管上皮細胞に、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌と、被験物質とを添加する工程と、
    該系におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験化合物を添加しなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  11. 腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質のスクリーニング方法であって、
    腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している非ヒト動物に、被験物質を摂取させる工程と、
    該非ヒト動物の腸管内におけるＴｈ１細胞の数又は活性を検出する工程と、
    前記工程にて検出されたＴｈ１細胞の数又は活性が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を抑制する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
  12. Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質をスクリーニングするための方法であって、
    腸管内でＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が腸管内に定着している、Ｔｈ１細胞に起因する疾患の非ヒトモデル動物に、被験物質を摂取させる工程と、
    該非ヒト動物におけるＴｈ１細胞に起因する疾患の病変の程度を検出する工程と、
    前記工程にて検出された病変の程度が、前記被験物質を摂取させなかった場合におけるそれよりも低減している場合に、前記被験物質は、Ｔｈ１細胞に起因する疾患を治療、改善又は予防する活性を有する物質であると判定する工程とを、含み、
    前記腸管内においてＴｈ１細胞の増殖又は活性化を誘導する細菌が、請求項１に記載の細菌である、方法。
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