JP2021531278A - オリゴヌクレオチドの経口送達のための方法 - Google Patents

オリゴヌクレオチドの経口送達のための方法 Download PDF

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Abstract

オリゴヌクレオチドの経口投与のための方法が本明細書に提供される。マイクロRNAを標的とする修飾オリゴヌクレオチドの経口投与のための方法が本明細書にさらに提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2018年7月20日に出願された米国仮出願第62/701,317号の優先権の利益を主張するものであり、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
オリゴヌクレオチドの経口投与のための方法が本明細書に提供される。
現在、抗miRオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの好ましい投与経路は、皮下注射によるものである。経口投与がより便利であり得るため、オリゴヌクレオチドの経口投与に関するいくつかの研究が行われている。例えば、浸透促進剤とともに製剤化された修飾オリゴヌクレオチドの経口投与は、皮下注射と比較して、健康なボランティアにおいて9.5%の平均バイオアベイラビリティをもたらした(Tillman et al.,2008,J.Pharm.Sci.,97(1):225−36)。初期の肯定的な結果にもかかわらず、オリゴヌクレオチドの経口送達に対する課題は残っており、アンチセンスメカニズムを介して作用する化合物は、疾患の治療のための開発に進んでいない。
実施形態1 標的RNAの活性を阻害する方法であって、前記標的RNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物、またはその薬学的に許容される塩を対象に投与することを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜25個の連結ヌクレオチドの長さを有し、前記投与が、経口投与である、前記方法。
実施形態2 前記標的RNAが、マイクロRNAである、実施形態1に記載の方法。
実施形態3 前記標的RNAが、プレメッセンジャーRNAである、実施形態1に記載の方法。
実施形態4 前記標的RNAが、メッセンジャーRNAである、実施形態1に記載の方法。
実施形態5 前記標的RNAが、長鎖非コードRNAである、実施形態1に記載の方法。
実施形態6 前記標的RNAが、腎臓で発現し、前記化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態1〜5のいずれか1つに記載の方法。
実施形態7 前記標的RNAが、肝臓で発現し、前記化合物が、コンジュゲート部分に連結した前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、実施形態1〜5のいずれか1つに記載の方法。
実施形態8 前記対象が、前記標的RNAによって媒介される疾患を有する、実施形態1〜7のいずれか1つに記載の方法。
実施形態9 前記化合物の前記経口投与が、前記疾患の1つ以上の症状を改善する、実施形態8に記載の方法。
実施形態10 マイクロRNAの活性を阻害する方法であって、前記マイクロRNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物、またはその薬学的に許容される塩を対象に投与することを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜25個の連結ヌクレオチドの長さを有し、前記投与が、経口投与である、前記方法。
実施形態11 前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記マイクロRNAに完全に相補的である、実施形態1に記載の方法。
実施形態12 前記マイクロRNAが、腎臓で発現し、前記化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、実施形態1または2に記載の方法。
実施形態13 前記マイクロRNAが、肝臓で発現し、前記化合物が、コンジュゲート部分に連結した前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、実施形態1〜3のいずれか1つに記載の方法。
実施形態14 前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜21個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態15 前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜18個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態16 前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜15個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態17 前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜12個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態18 前記修飾オリゴヌクレオチドが、8〜12個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態19 前記修飾オリゴヌクレオチドが、8〜13個の連結ヌクレオシドの長さを有する、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態20 前記修飾オリゴヌクレオチドが、6個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態21 前記修飾オリゴヌクレオチドが、7個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態22 前記修飾オリゴヌクレオチドが、8個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態23 前記修飾オリゴヌクレオチドが、9個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態24 前記修飾オリゴヌクレオチドが、10個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態25 前記修飾オリゴヌクレオチドが、11個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態26 前記修飾オリゴヌクレオチドが、12個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態27 前記修飾オリゴヌクレオチドが、13個の連結ヌクレオシド長である、実施形態1〜13のいずれか1つに記載の方法。
実施形態28 前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも1つのヌクレオシドを含む、実施形態1〜27のいずれか1つに記載の方法。
実施形態29 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態30 各修飾糖部分が、独立して、2’−O−メチル糖部分、2’−O−メトキシエチル糖部分、2’−フルオロ糖部分、及び二環式糖部分から選択される、実施形態28または29に記載の方法。
実施形態31 各二環式糖部分が、独立して、cEt糖部分及びLNA糖部分から選択される、実施形態30に記載の方法。
実施形態32 前記cEtヌクレオシドが、S−cEtヌクレオシドである、実施形態31に記載の方法。
実施形態33 前記修飾オリゴヌクレオチドが、複数の非二環式ヌクレオシド及び複数の二環式ヌクレオシドを含む、実施形態1〜27のいずれかに記載の方法。
実施形態34 各非二環式ヌクレオシドが、独立して、2’−O−メチルヌクレオシド、2’−O−メトキシエチルヌクレオシド、及び2’−フルオロヌクレオシドから選択される、実施形態33に記載の方法。
実施形態35 各二環式ヌクレオシドが、cEtヌクレオシド及びLNAヌクレオシドから選択される、実施形態34に記載の方法。
実施形態36 前記cEtヌクレオシドが、S−cEtヌクレオシドである、実施形態35に記載の方法。
実施形態37 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間連結を含む、実施形態1〜36のいずれか1つに記載の方法。
実施形態38 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結が、修飾ヌクレオシド間連結である、実施形態1〜36のいずれか1つに記載の方法。
実施形態39 前記修飾ヌクレオシド間連結が、ホスホロチオエート連結である、実施形態37または38に記載の方法。
実施形態40 前記コンジュゲート部分が、コレステロール部分または炭水化物部分を含む、実施形態7または13に記載の方法。
実施形態41 前記炭水化物部分が、N−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、ガラクトサミン、N−ホルミルガラクトサミン、N−プロピオニル−ガラクトサミン、N−n−ブタノイルガラクトサミン、及びN−イソ−ブタノイル−ガラクトサミンから選択される、実施形態40に記載の方法。
実施形態42 前記化合物が、以下の構造を有し、
−リンカー−X−N−X−MO
式中、各Lが、独立して、リガンドであり、nが、1〜10であり、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、Xが、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、Xが、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態7または13に記載の方法。
実施形態43 nが、1より大きい場合、Ln−リンカーが、以下の構造を有し、
Figure 2021531278
式中、各Lが、独立して、リガンドであり、nが、1〜10であり、Sが、足場であり、Q’及びQ’’が、独立して、連結基である、実施形態42に記載の方法。
実施形態44 Q’及びQ’’が、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される、実施形態43に記載の方法。
実施形態45 前記足場が、2、3、4、または5個のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドに連結する、実施形態43または44に記載の方法。
実施形態46 前記足場が、3個のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドに連結する、実施形態43または44に記載の方法。
実施形態47 以下の構造を含み、
Figure 2021531278
式中、
Bが、―O−、−S−、−N(R)−、―Z−P(Z’)(Z”)O−、―Z−P(Z’)(Z”)O−N−X−、及び―Z−P(Z’)(Z”)O−N−X−から選択され、
MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドであり、
が、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、及びベンジルから選択され、
Z、Z’、及びZ”が、各々独立して、O及びSから選択され、
各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、
mが、1〜5であり、
が、ホスホジエステル連結及びホスホロチオエート連結から選択され、
が、ホスホジエステル連結であり、
波線が、残りのリンカー及びリガンド(複数可)との結合を示す、実施形態42〜46のいずれか1つに記載の方法。
実施形態48 nが、1〜5、1〜4、1〜3、または1〜2である、実施形態42〜47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態49 nが、3である、実施形態42〜48のいずれか1つに記載の方法。
実施形態50 少なくとも1つのリガンドが、炭水化物、コレステロール、脂質、リン脂質、抗体、リポタンパク質、ホルモン、ペプチド、ビタミン、ステロイド、及びカチオン性脂質から選択される、実施形態42〜49のいずれか1つに記載の方法。
実施形態51 少なくとも1つのリガンドが、マンノース、グルコース、ガラクトース、リボース、アラビノース、フルクトース、フコース、キシロース、D−マンノース、L−マンノース、D−ガラクトース、L−ガラクトース、D−グルコース、L−グルコース、D−リボース、L−リボース、D−アラビノース、L−アラビノース、D−フルクトース、L−フルクトース、D−フコース、L−フコース、D−キシロース、L−キシロース、アルファ−D−マンノフラノース、ベータ−D−マンノフラノース、アルファ−D−マンノピラノース、ベータ−D−マンノピラノース、アルファ−D−グルコフラノース、ベータ−D−グルコフラノース、アルファ−D−グルコピラノース、ベータ−D−グルコピラノース、アルファ−D−ガラクトフラノース、ベータ−D−ガラクトフラノース、アルファ−D−ガラクトピラノース、ベータ−D−ガラクトピラノース、アルファ−D−リボフラノース、ベータ−D−リボフラノース、アルファ−D−リボピラノース、ベータ−D−リボピラノース、アルファ−D−フルクトフラノース、アルファ−D−フルクトピラノース、グルコサミン、ガラクトサミン、シアル酸、及びN−アセチルガラクトサミンから選択される、実施形態42〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態52 少なくとも1つのリガンドが、N−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、ガラクトサミン、N−ホルミルガラクトサミン、N−プロピオニル−ガラクトサミン、N−n−ブタノイルガラクトサミン、及びN−イソ−ブタノイル−ガラクトサミンから選択される、実施形態42〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態53 各リガンドが、N−アセチルガラクトサミンである、実施形態42〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態54 前記化合物が、以下の構造を有し、
Figure 2021531278
式中、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、X及びXが、各々独立して、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態42〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態55 前記化合物が、以下の構造を有し、
Figure 2021531278
式中、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、X及びXが、各々独立して、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態42〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態56 X及びXのうちの少なくとも1つが、ホスホジエステル連結である、実施形態54または55に記載の方法。
実施形態57 X及びXの各々が、ホスホジエステル連結である、実施形態54または55に記載の方法。
実施形態58 mが、1である、実施形態42〜57のいずれか1つに記載の方法。
実施形態59 mが、2、3、4、または5である、実施形態42〜57のいずれか1つに記載の方法。
実施形態60 Nが、N’N”であり、各N’が、独立して、非修飾ヌクレオシドであり、pが、0〜4であり、N”が、非修飾糖部分を含むヌクレオシドである、実施形態42〜59のいずれか1つに記載の方法。
実施形態61 pが、0である、実施形態60に記載の方法。
実施形態62 pが、1、2、3、または4である、実施形態60に記載の化合物。
実施形態63 前記非修飾糖部分が、β−D−リボースまたはβ−D−デオキシリボースである、実施形態60〜62のいずれか1つに記載の方法。
実施形態64 前記β−D−デオキシリボースが、β−D−デオキシリボアデノシンである、実施形態63に記載の方法。
実施形態65 前記化合物が、医薬組成物中に存在する、実施形態1〜64のいずれか1つに記載の方法。
実施形態66 前記医薬組成物が、薬学的に許容される希釈剤を含む、実施形態65に記載の方法。
実施形態67 前記薬学的に許容される希釈剤が、水溶液である、実施形態66に記載の方法。
実施形態68 前記水溶液が、生理食塩水である、実施形態67に記載の方法。
実施形態69 前記水溶液が、重炭酸ナトリウムを含む、実施形態67または68に記載の方法。
様々な化合物の経口(上部パネル)または皮下(下部パネル)投与後の平均ALDOA抑制解除を示す。
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載される分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、当該技術分野において周知であり、一般的に使用されるものである。本明細書の用語に複数の定義がある場合は、本項の定義が優先される。標準的な技法が、化学合成、化学分析、薬学的調製、製剤化及び送達、ならびに患者の治療のために使用され得る。特定のそのような技法及び手順は、例えば、“Carbohydrate Modifications in Antisense Research”Edited by Sangvi and Cook,American Chemical Society,Washington D.C.,1994、及び“Remington’s Pharmaceutical Sciences”Mack Publishing Co.,Easton,Pa.,18th edition,1990に見ることができ、これは、任意の目的のために、参照により本明細書に組み込まれる。許容される場合、本明細書の開示全体を通して参照されるすべての特許、特許出願、公開出願及び公報、GENBANKシーケンス、ウェブサイト、ならびに他の公開された資料は、特に明記しない限り、それらの全体が参照により組み込まれる。URLまたは他のそのような識別子またはアドレスを参照する場合、そのような識別子は変わる可能性があり、インターネット上の特定の情報は変わる可能性があることが理解されるが、同等の情報は、インターネットを検索することによって見つけることができる。それらへの参照は、そのような情報の入手可能性と一般への普及を証明するものである。
本発明の組成物及び方法を開示及び記載する前に、本明細書において使用される専門用語は、特定の実施形態を説明する目的のためのものにすぎず、限定的であることを意図するものではないことを理解されたい。本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「a」、「an」、及び「the」は、文脈上、別途明確に指示されない限り、複数形の指示対象を含むことに留意されなければならない。
定義
「対象」とは、治療または療法のために選択されたヒトを意味する。
「それを必要としている対象」とは、特定の療法または治療を必要としていると特定された対象を意味する。
「有することが疑われる対象」とは、疾患の1つ以上の臨床的指標を呈する対象を意味する。
「投与すること」とは、対象に医薬剤または組成物を提供することを意味し、限定されないが、医療専門家による投与及び自己投与を含む。
「経口投与」とは、対象の口からの投与を意味する。
「非経口投与」とは、注射または注入を介した投与を意味する。非経口投与としては、限定されないが、皮下投与、静脈内投与、及び筋肉内投与が挙げられる。
「皮下投与」とは、皮膚の直下への投与を意味する。
「静脈内投与」とは、静脈内への投与を意味する。
「同時に投与される」とは、各薬剤の薬理学的効果が対象に存在する、任意の方法での、対象への2つ以上の薬剤の同時投与を指す。同時投与は、両方の薬剤が、単一の医薬組成物で、同じ剤形で、または同じ投与経路によって投与されることを必要としない。両方の薬剤の効果は、同時に存在する必要はない。効果は、ある期間重なることのみを必要とし、同一の広がりを有する必要はない。
「期間」とは、活性または事象が継続している期間を意味する。特定の実施形態では、治療期間とは、ある用量の医薬剤または医薬組成物が投与される期間である。
「療法」とは、疾患の治療方法を意味する。特定の実施形態では、療法としては、限定されないが、化学療法、放射線療法、または医薬剤の投与が挙げられる。
「治療」とは、疾患の治癒または改善のために使用される1つ以上の特定の手順を適用することを意味する。特定の実施形態では、特定の手順は、1つ以上の医薬剤を投与することである。
「改善」とは、状態または疾患の少なくとも1つの指標の重症度が低下することを意味する。特定の実施形態では、改善は、状態または疾患の1つ以上の指標の進行を遅延させることまたは減速させることを含む。指標の重症度は、当業者に既知である主観的尺度または客観的尺度によって決定され得る。
「発症のリスクがある」とは、対象が状態または疾患を発症する素因がある状態を意味する。特定の実施形態では、状態または疾患を発症するリスクのある対象は、状態または疾患の1つ以上の症状を呈するが、状態または疾患を有すると診断されるのに十分な数の症状を呈さない。特定の実施形態では、状態または疾患を発症するリスクのある対象は、状態または疾患の1つ以上の症状を呈するが、状態または疾患を有すると診断される必要がある程度は低い。
「発生を予防する」とは、疾患または状態を発症するリスクのある対象において、状態または疾患の発症を予防することを意味する。特定の実施形態では、疾患または状態を発症するリスクのある対象は、疾患または状態をすでに有する対象が受ける治療と同様の治療を受ける。
「発生を遅延させる」とは、疾患または状態を発症するリスクがある対象において、状態または疾患の発症を遅延させることを意味する。特定の実施形態では、疾患または状態を発症するリスクのある対象は、疾患または状態をすでに有する対象が受ける治療と同様の治療を受ける。
「治療剤」とは、疾患の治癒、改善、または予防に使用される医薬剤を意味する。
「用量」とは、単回投与で提供される医薬剤の特定の量を意味する。特定の実施形態では、用量は、2回以上のボーラス、錠剤、または注射で投与され得る。例えば、特定の実施形態では、皮下投与が所望される場合、所望の用量は、単回注射では容易に対応できない体積を必要とする。そのような実施形態では、2回以上の注射を使用して、所望の用量を達成し得る。特定の実施形態では、用量は、個体における注射部位反応を最小化するために、2回以上の注射で投与され得る。特定の実施形態では、用量は、緩徐な注入として投与される。
「投薬単位」とは、医薬剤が提供される形態を意味する。特定の実施形態では、投薬単位は、凍結乾燥されたオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。特定の実施形態では、投薬単位は、再構成されたオリゴヌクレオチドを含有するバイアルである。
「治療有効量」とは、動物に治療的利益をもたらす医薬剤の量を指す。
「医薬組成物」とは、個体への投与に好適な物質の混合物を意味し、医薬剤を含む。例えば、医薬組成物は、滅菌水溶液を含み得る。
「医薬剤」とは、対象に投与される場合に治療的効果をもたらす物質を意味する。
「有効医薬成分」とは、所望の効果をもたらす医薬組成物中の物質を意味する。
「薬学的に許容される塩」とは、本明細書に提供される化合物の生理学的及び薬学的に許容される塩、すなわち、化合物の所望の生物学的活性を保持し、かつ対象に投与される場合に望ましくない毒物学的効果を有さない塩を意味する。本明細書に提供される化合物の非限定的な例示的な薬学的に許容される塩としては、ナトリウム及びカリウムの塩形態が挙げられる。本明細書で使用される場合、「化合物」、「オリゴヌクレオチド」、及び「修飾オリゴヌクレオチド」という用語は、特に明記しない限り、その薬学的に許容される塩を含む。
「生理食塩水」とは、塩化ナトリウムの水溶液を意味する。
「臓器機能の改善」とは、正常範囲に向けた臓器機能の変化を意味する。特定の実施形態では、臓器機能は、対象の血液または尿中に見出される分子を測定することによって評価される。例えば、特定の実施形態では、肝機能の改善は、血中の肝トランスアミナーゼレベルの低下によって測定される。特定の実施形態では、腎機能の改善は、血中尿素窒素の減少、タンパク尿の減少、アルブミン尿の減少などによって測定される。
「許容可能な安全性プロファイル」とは、臨床的に許容可能な範囲内にある副作用のパターンを意味する。
「副作用」とは、所望の効果以外の、治療に起因する生理学的応答を意味する。特定の実施形態では、副作用としては、限定されないが、注射部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝臓毒性、腎臓毒性、中枢神経系異常、及びミオパシーが挙げられる。そのような副作用は、直接的または間接的に検出され得る。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの上昇は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増加は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。
「注射部位反応」とは、個体の注射部位での皮膚の炎症または異常な発赤を意味する。
「対象の服薬遵守」とは、対象が推奨または処方された療法を遵守することを意味する。
「遵守する」とは、対象が推奨された療法を遵守することを意味する。
「推奨された療法」とは、疾患を治療する、改善する、遅延させる、または予防するために医療専門家によって推奨された治療を意味する。
「オリゴヌクレオチド」とは、各々が互いに独立して、修飾または非修飾であり得る、複数の連結ヌクレオシドを含む化合物を意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」とは、天然に存在する末端、糖、核酸塩基、及び/またはヌクレオシド間連結と比較して1つ以上の修飾を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾ヌクレオシドを含み得る。
「抗miR」とは、マイクロRNAに相補的な核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを意味する。
「標的化」とは、標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列の設計及び選択のプロセスを意味する。
「を標的とする」とは、標的核酸へのハイブリダイゼーションが可能になる核酸塩基配列を有することを意味する。
「変調」とは、機能、量、または活性の変動を意味する。特定の実施形態では、変調とは、機能、量、または活性の増加を意味する。特定の実施形態では、変調とは、機能、量、または活性の低下を意味する。
「発現」とは、遺伝子のコード化された情報が、細胞内に存在し、かつ細胞内で作動する構造に変換される任意の機能及びステップを意味する。
「核酸塩基配列」とは、オリゴマー化合物または核酸における隣接する核酸塩基の順序を意味し、典型的には、任意の糖、連結、及び/または核酸塩基の修飾とは関係なく、5’から3’の配向で列挙される。
「隣接する核酸塩基」とは、核酸内で互いに直接隣接する核酸塩基を意味する。
「核酸塩基相補性」とは、2つの核酸塩基が水素結合を介して非共有結合的に対合する能力を意味する。
「相補的」とは、1つの核酸が別の核酸またはオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができることを意味する。特定の実施形態では、相補的とは、標的核酸にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドを指す。
「完全に相補的」とは、オリゴヌクレオチドの各核酸塩基が、標的核酸中の対応する各位置において、核酸塩基と対合できることを意味する。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、マイクロRNAに完全に相補的(100%相補的とも呼ばれる)であり、すなわち、オリゴヌクレオチドの各核酸塩基は、マイクロRNA中の対応する位置において、核酸塩基に相補的である。修飾オリゴヌクレオチドは、マイクロRNAに完全に相補的であり得、かつマイクロRNAの長さよりも短い複数の連結ヌクレオシドを有し得る。例えば、オリゴヌクレオチドの各核酸塩基がマイクロRNA中の対応する位置において核酸塩基に相補的である、10個の連結ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドは、マイクロRNAに完全に相補的である。
「パーセント相補性」とは、標的核酸の等長部分に相補的であるオリゴヌクレオチドの核酸塩基の割合を意味する。パーセント相補性は、標的核酸中の対応する位置において核酸塩基に相補的であるオリゴヌクレオチドの核酸塩基の数を、オリゴヌクレオチド中の核酸塩基の総数で割ることによって計算される。
「パーセント同一性」とは、第2の核酸中の対応する位置において核酸塩基と同一である第1の核酸中の核酸塩基の数を、第1の核酸中の核酸塩基の総数で割ったものを意味する。特定の実施形態では、第1の核酸は、マイクロRNAであり、第2の核酸は、マイクロRNAである。特定の実施形態では、第1の核酸は、オリゴヌクレオチドであり、第2の核酸は、オリゴヌクレオチドである。
「ハイブリダイズする」とは、核酸塩基の相補性によって起こる相補的な核酸のアニーリングを意味する。
「ミスマッチ」とは、第2の核酸の対応する位置において、核酸塩基とワトソンクリック対合することができない第1の核酸の核酸塩基を意味する。
核酸塩基配列の文脈における「同一」とは、糖、連結、及び/または核酸塩基修飾とは関係なく、かつ存在する任意のピリミジンのメチル状態とは関係なく、同じ核酸塩基配列を有することを意味する。
「マイクロRNA」とは、長さが18〜25核酸塩基である内因性非コードRNAを意味し、酵素ダイサーによるプレマイクロRNAの切断の産物である。成熟したマイクロRNAの例は、miRBaseとして既知であるマイクロRNAデータベースに見られる(http://microrna.sanger.ac.uk/)。特定の実施形態では、マイクロRNAは、「マイクロRNA」または「miR」と略される。
「マイクロRNA調節転写物」とは、マイクロRNAによって調節される転写物を意味する。
「シード配列」とは、成熟マイクロRNA配列の5’末端の核酸塩基2〜7を含む核酸塩基配列を意味する。
「シードマッチ配列」とは、シード配列に相補的であり、かつシード配列と同じ長さである、核酸塩基配列を意味する。
「天然に存在するヌクレオシド間連結」とは、ヌクレオシド間の3’から5’へのホスホジエステル連結を意味する。
「天然糖」とは、DNA(2’−H)またはRNA(2’−OH)に見られる糖を意味する。
「ヌクレオシド間連結」とは、隣接しているヌクレオシド間の共有結合を意味する。
「連結ヌクレオシド」とは、共有結合によって結合されたヌクレオシドを意味する。
「核酸塩基」とは、別の核酸塩基と非共有結合的に対合することができる複素環部分を意味する。
「ヌクレオシド」とは、糖部分に連結された核酸塩基を意味する。
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合しているホスフェート基を有するヌクレオシドを意味する。
複数の連結ヌクレオシド「からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物」とは、特定の数の連結ヌクレオシドを有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を意味する。したがって、化合物は、追加の置換基またはコンジュゲートを含み得る。特に明記しない限り、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドのものを超える任意の追加のヌクレオシドを含まない。
「修飾ヌクレオシド」とは、天然に存在するヌクレオシドからの任意の変化を有するヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドは、修飾糖及び非修飾核酸塩基を有し得る。修飾ヌクレオシドは、修飾糖及び修飾核酸塩基を有し得る。修飾ヌクレオシドは、天然糖及び修飾核酸塩基を有し得る。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、二環式ヌクレオシドである。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、非二環式ヌクレオシドである。
「2’−修飾ヌクレオシド」とは、位置が2−デオキシリボースまたはリボースで番号付けされているように、フラノシル環の2’位に相当する位置に任意の修飾を有する糖を含むヌクレオシドを意味する。2’−修飾ヌクレオシドとしては、限定されないが、二環式糖部分を含むヌクレオシドが挙げられることを理解されたい。
「修飾ヌクレオシド間連結」とは、天然に存在するヌクレオシド間連結からの任意の変化を意味する。
「ホスホロチオエートヌクレオシド間連結」とは、非架橋原子のうちの1つが硫黄原子であるヌクレオシド間の連結、すなわちOP(O)(S)O−を意味する。疑義を避けるために、硫黄原子は、プロトン化され得るか、またはNa、Kなどの対イオンと会合され得る。
「ホスホジエステル連結」とは、構造−OP(O)O−を有するヌクレオシド間の連結を意味する。疑義を避けるために、非架橋酸素のうちの1つは、プロトン化され得るか、またはNa、Kなどの対イオンと会合され得る。
「非修飾核酸塩基」とは、RNAまたはDNAの天然に存在する複素環式塩基を意味し、プリンは、アデニン(A)及びグアニン(G)をベースとし、ピリミジンは、チミン(T)、シトシン(C)(5−メチルシトシンなど)、及びウラシル(U)をベースとする。
「5−メチルシトシン」とは、シトシン環の5位に付着しているメチル基を含むシトシンを意味する。
「非メチル化シトシン」とは、シトシン環の5位に付着しているメチル基を有さないシトシンを意味する。
「修飾核酸塩基」とは、非修飾核酸塩基ではない任意の核酸塩基を意味する。
「糖部分」とは、天然に存在するフラノシルまたは修飾糖部分を意味する。
「修飾糖部分」とは、置換糖部分または糖代理物を意味する。
「2’−O−メチル糖」または「2’−OMe糖」とは、2’位にO−メチル修飾を有する糖を意味する。
「2’−O−メトキシエチル糖」または「2’−MOE糖」とは、2’位にO−メトキシエチル修飾を有する糖を意味する。
「2’−O−フルオロ」または「2’−F」とは、2’位のフルオロ修飾を有する糖を意味する。
「二環式糖部分」とは、4〜7員環の2個の原子を結合して第2の環を形成し、二環式構造をもたらす架橋を含む、4〜7員環(限定されないが、フラノシルなど)を含む修飾糖部分を意味する。特定の実施形態では、4〜7員環は、糖環である。特定の実施形態では、4〜7員環は、フラノシルである。特定のそのような実施形態では、架橋は、フラノシルの2’−炭素と4’−炭素を結合する。非限定的な例示的な二環式糖部分としては、LNA、ENA、cEt、S−cEt、及びR−cEtが挙げられる。
「ロックド核酸(LNA)糖部分」とは、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間に(CH)−O架橋を含む置換糖部分を意味する。
「ENA糖部分」とは、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間に(CH−O架橋を含む置換糖部分を意味する。
「拘束エチル(cEt)糖部分」とは、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間にCH(CH)−O架橋を含む置換糖部分を意味する。特定の実施形態では、CH(CH)−O架橋は、S配向に拘束されている。特定の実施形態では、CH(CH)−O架橋は、R配向に拘束されている。
「S−cEt糖部分」とは、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間にS拘束CH(CH)−O架橋を含む置換糖部分を意味する。
「R−cEt糖部分」とは、4’フラノース環原子と2’フラノース環原子の間にR拘束CH(CH)−O架橋を含む置換糖部分を意味する。
「2’−O−メチルヌクレオシド」とは、2’−O−メチル糖修飾を有する修飾ヌクレオシドを意味する。
「2’−O−メトキシエチルヌクレオシド」とは、2’−O−メトキシエチル糖修飾を有する修飾ヌクレオシドを意味する。2’−O−メトキシエチルヌクレオシドは、修飾または非修飾核酸塩基を含み得る。
「2’−フルオロヌクレオシド」とは、2’−フルオロ糖修飾を有する修飾ヌクレオシドを意味する。2’−フルオロヌクレオシドは、修飾または非修飾核酸塩基を含み得る。
「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を有する修飾ヌクレオシドを意味する。二環式ヌクレオシドは、修飾または非修飾核酸塩基を有し得る。
「cEtヌクレオシド」とは、cEt糖部分を含むヌクレオシドを意味する。cEtヌクレオシドは、修飾または非修飾核酸塩基を含み得る。
「S−cEtヌクレオシド」とは、S−cEt糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「R−cEtヌクレオシド」とは、R−cEt糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「β−D−デオキシリボヌクレオシド」とは、天然に存在するDNAヌクレオシドを意味する。
「β−D−リボヌクレオシド」とは、天然に存在するRNAヌクレオシドを意味する。
「LNAヌクレオシド」とは、LNA糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「ENAヌクレオシド」とは、ENA糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
本明細書で使用される場合、「連結基」は、1つ以上の共有結合を介して第1の化学成分を第2の化学成分に付着させる原子または原子の群を指す。
本明細書で使用される場合、「リンカー」は、1つ以上の共有結合を介して1つ以上のリガンドを修飾または非修飾ヌクレオシドに付着させる原子または原子群を指す。修飾または非修飾ヌクレオシドは、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドの一部であり得るか、またはホスホジエステルもしくはホスホロチオエート結合を介して修飾オリゴヌクレオチドに付着され得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、1つ以上のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に付着させる。いくつかの実施形態では、リンカーは、1つ以上のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に付着させる。いくつかの実施形態では、リンカーは、1つ以上のリガンドを、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に付着している修飾または非修飾ヌクレオシドに付着させる。いくつかの実施形態では、リンカーは、1つ以上のリガンドを、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に付着している修飾または非修飾ヌクレオシドに付着させる。リンカーが、1つ以上のリガンドを、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端または修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に付着している修飾もしくは非修飾ヌクレオシドに付着させる場合、いくつかの実施形態では、リンカーの付着点は、修飾または非修飾糖部分の3’炭素であり得る。リンカーが、1つ以上のリガンドを、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端または修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に付着している修飾もしくは非修飾ヌクレオシドに付着させる場合、いくつかの実施形態では、リンカーの付着点は、修飾または非修飾糖部分の5’炭素であり得る。
概要
オリゴヌクレオチドの経口投与は、皮下投与に対して有利であり得るいくつかの特徴、例えば、患者の服薬遵守の改善、投与の利便性の改善、及び皮下注射部位の反応の欠如を有する。
今日まで、抗miR化合物を含むオリゴヌクレオチドの経口投与は、十分に特性評価されていない。したがって、修飾オリゴヌクレオチドの経口投与を、実験動物モデルで評価した。修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基配列、長さ、化学修飾パターン、及びコンジュゲート部分の存在が異なっていた。予期せぬことに、特定の修飾オリゴヌクレオチドの経口投与は、皮下投与後に観察されたものに匹敵する薬力学的活性を示すことが観察された。さらに、標的組織で検出された修飾オリゴヌクレオチドの量が、皮下投与された同じ化合物で検出された量と比較して比較的少ない場合、強力な薬力学的活性が観察された。
したがって、標的RNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物の対象への経口投与の方法が本明細書に提供される。標的RNAは、例えば、マイクロRNA、プレメッセンジャーRNA、メッセンジャーRNA、または長鎖非コードRNAであり得る。
特定の方法
標的RNAの活性を阻害する方法が本明細書に提供され、方法は、標的RNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物、またはその薬学的に許容される塩を対象に投与することを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜25個の連結ヌクレオチドの長さを有し、投与は、経口投与である。特定の実施形態では、標的RNAは、マイクロRNAである。特定の実施形態では、標的RNAは、プレメッセンジャーRNAである。特定の実施形態では、標的RNAは、メッセンジャーRNAである。特定の実施形態では、標的RNAは、長鎖非コードRNAである。
特定の実施形態では、標的RNAは、腎臓に存在し、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、標的RNAは、肝臓に存在し、化合物は、コンジュゲート部分に連結された修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、対象は、標的RNAによって媒介される疾患を有する。特定の実施形態では、化合物の経口投与は、標的RNAによって媒介される疾患の1つ以上の症状を改善する。
マイクロRNAの活性を阻害する方法が本明細書に提供され、方法は、マイクロRNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物、またはその薬学的に許容される塩を対象に投与することを含み、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜25個の連結ヌクレオチドの長さを有し、投与は、経口投与である。特定の実施形態では、マイクロRNAは、腎臓に存在し、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドからなる。特定の実施形態では、マイクロRNAは、肝臓に存在し、化合物は、コンジュゲート部分に連結された修飾オリゴヌクレオチドを含む。
特定の実施形態では、対象は、マイクロRNAによって媒介される疾患を有する。特定の実施形態では、化合物の経口投与は、マイクロRNAによって媒介される疾患の1つ以上の症状を改善する。
特定の実施形態では、本明細書に提供される方法は、肝細胞を本明細書に提供される化合物と接触させることを含む。特定の実施形態では、本明細書に提供される方法は、腎細胞を本明細書に提供される化合物と接触させることを含む。
治療に使用するための、標的RNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物の経口投与のための方法が本明細書に提供される。
治療に使用するための、マイクロRNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物の経口投与のための方法が本明細書に提供される。
特定の化合物及び組成物
特定の実施形態では、本明細書に提供される方法は、修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物の経口投与を含む。特定の実施形態では、本明細書に提供される方法は、修飾オリゴヌクレオチドからなる化合物の経口投与を含む。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜25個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜21個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜18個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜15個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6〜12個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、8〜10個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、8〜12個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、8〜13個の連結ヌクレオシドの長さを有する。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、6個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、7個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、8個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、9個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、10個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、11個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、12個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、13個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、14個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、15個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、16個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、17個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、18個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、19個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、20個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、21個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、22個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、23個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、24個の連結ヌクレオシド長である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、25個の連結ヌクレオシド長である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、標的RNAの核酸塩基配列に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも95%、少なくとも96%、または100%相補的である。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、標的RNAに対して少なくとも90%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、または100%相補的である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、マイクロRNAの核酸塩基配列に対して少なくとも90%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、または100%相補的である。
修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結(例えば、各ホスホロチオエート連結及び各ホスホジエステル連結)において、非架橋ヘテロ原子(例えば、SまたはO)は、プロトン化される得か、またはNa、Kなどの対イオンと会合され得る。化合物の薬学的に許容される塩は、分子あたりのホスホロチオエート及び/またはホスホジエステル連結が存在するよりも少ないカチオン性対イオン(Na、Kなど)を含み得る(すなわち、いくつかのホスホロチオエート及び/またはホスホジエステル連結は、プロトン化され、いくつかは、対イオンと会合される)。例えば、9個の連結ヌクレオチド長である修飾オリゴヌクレオチドの薬学的に許容される塩は、修飾オリゴヌクレオチドの分子あたり8個未満のカチオン性対イオン(Na、Kなど)を含み得る。すなわち、いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、平均して、修飾オリゴヌクレオチドの分子あたり1、2、3、4、5、6、または7個のカチオン性対イオンを含み得、残りのホスホロチオエート及び/またはホスホジエステル連結は、プロトン化されている。
本明細書に提供される化合物、及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に提供される。特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、水溶液である。特定の実施形態では、水溶液は、生理食塩水である。本明細書で使用される場合、薬学的に許容される希釈剤は、滅菌希釈剤であると理解される。
特定の修飾
修飾オリゴヌクレオチドは、核酸塩基、糖、及び/またはヌクレオシド間連結に対する1つ以上の修飾を含み得る。例えば、細胞取り込みの増強、他のオリゴヌクレオチドまたは核酸標的に対する親和性の増強、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増大などの望ましい特性のために、非修飾形態よりも修飾核酸塩基、糖、及び/またはヌクレオシド間連結のほうが選択され得る。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、安定化ヌクレオシドである。安定化ヌクレオシドの例は、2’−修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分を含む修飾ヌクレオシドは、非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾糖は、修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、2’−修飾ヌクレオシドである。
特定の実施形態では、2’−修飾ヌクレオシドは、二環式糖部分を含む。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、アルファ配置のD糖である。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、ベータ配置のD糖である。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、アルファ配置のL糖である。特定のそのような実施形態では、二環式糖部分は、ベータ配置のL糖である。
特定の実施形態では、二環式糖部分は、2’−炭素原子と4’−炭素原子との間の架橋基を含む。二環式糖部分を含むヌクレオシドは、二環式ヌクレオシドまたはBNAと称される。特定の実施形態では、以下に示すように、二環式ヌクレオシドとしては、限定されないが、(A)α−L−メチレンオキシ(4’−CH−O−2’)BNA、(B)β−D−メチレンオキシ(4’−CH−O−2’)BNA、(C)エチレンオキシ(4’−(CH−O−2’)BNA、(D)アミノオキシ(4’−CH−O−N(R)−2’)BNA、(E)オキシアミノ(4’−CH−N(R)−O−2’)BNA、(F)メチル(メチレンオキシ)(4’−CH(CH)−O−2’)BNA(拘束エチルまたはcEtとも称される)、(G)メチレン−チオ(4’−CH−S−2’)BNA、(H)メチレン−アミノ(4’−CH2−N(R)−2’)BNA、(I)メチル炭素環式(4’−CH−CH(CH)−2’)BNA、(J)c−MOE(4’−CH−OMe−2’)BNA、及び(K)プロピレン炭素環式(4’−(CH−2’)BNAが挙げられる。
Figure 2021531278
式中、Bxは、核酸塩基部分であり、Rは、独立して、H、保護基、またはC〜C12アルキルである。
特定の実施形態では、2’−修飾ヌクレオシドは、F、OCF、O−CH、OCHCHOCH、2’−O(CHSCH、O−(CH−O−N(CH、−O(CHO(CHN(CH、及びO−CH−C(=O)−N(H)CHから選択される2’−置換基を含む。
特定の実施形態では、2’−修飾ヌクレオシドは、F、O−CH、及びOCHCHOCHから選択される2’−置換基を含む。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上のヌクレオシド間修飾を含む。特定のそのような実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結は、修飾ヌクレオシド間連結である。特定の実施形態では、修飾ヌクレオシド間連結は、リン原子を含む。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間連結を含む。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結である。
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、7−デアザグアニン、7−デアザアデニン、ヒポキサンチン、キサンチン、7−メチルグアニン、2−アミノピリジン、及び2−ピリドンから選択される。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、2−アミノプロピルアデニン、5−プロピニルウラシル、及び5−プロピニルシトシンを含む、5−置換ピリミジン、6−アザピリミジン、ならびにN−2、N−6、及びO−6置換プリンから選択される。
特定のコンジュゲート構造
特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート部分を含む化合物が本明細書に提供され、コンジュゲート部分は、ある標的細胞タイプへの化合物の送達を改善する。
コンジュゲート化合物は、以下の構造Cによって記載され得、
−リンカー−X−N−X−MO
式中、各Lは、独立して、リガンドであり、nは、1〜10であり、各Nは、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mは、1〜5であり、Xは、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、Xは、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOは、修飾オリゴヌクレオチドである。
例えば、抗miR−122化合物RG6650は、構造Cの以下の実施形態によって記載され得、
Figure 2021531278
式中、MOは、修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ構造UACACTC(RG4773)を有し、下付き文字が続かないヌクレオシドは、β−D−デオキシリボヌクレオシドであり、下付き文字「S」が続くヌクレオシドは、S−cEtヌクレオシドであり、各ヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結であり、Xは、ホスホジエステル連結であり、mは、1であり、Nは、β−D−デオキシリボアデノシンであり、Xは、ホスホジエステル連結であり、コンジュゲート部分は、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に連結されている。
特定の実施形態では、構造Cの1つ以上のリガンドは、GalNAc部分のように、肝臓への取り込みを促進するリガンドであり得る。そのようなリガンドとしては、コレステロール、及び限定されないが、ガラクトースまたはガラクトース誘導体などのアシアロ糖タンパク質受容体(ASGPR)に対して親和性を有する他のリガンドが挙げられる。特定の実施形態では、ASGPRに対して親和性を有するリガンドは、N−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、ガラクトサミン、N−ホルミルガラクトサミン、N−プロピオニル−ガラクトサミン、N−n−ブタノイルガラクトサミン、またはN−イソ−ブタノイル−ガラクトサミンである。
特定の実施形態では、nが1より大きい場合、リンカーは、化合物の残りの部分(すなわち、修飾オリゴヌクレオチド(MO)、X−N−X−MO、X−N−Y−MOなど)に2つ以上のLを連結することができる足場を含む。いくつかのそのような実施形態では、化合物(構造A、B、C、またはDの化合物など)のL−リンカー部分は、構造Eを含み、
Figure 2021531278
式中、各Lは、独立して、リガンドであり、nは、1〜10であり、Sは、足場であり、Q’及びQ’’は、独立して、連結基である。
特定の実施形態では、各Q’及びQ’’は、独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。
特定の実施形態では、足場は、2、3、4、または5個のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドに連結する。特定の実施形態では、足場は、3個のリガンドを修飾オリゴヌクレオチドに連結する。
非限定的な例示的な構造Eは、構造E(i)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(ii)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、Rは、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、Rは、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、Rは、Hまたはメチルである。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(iii)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(iv)であり、
Figure 2021531278
式中、L及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(v)であり、
Figure 2021531278
式中、L及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(vi)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(vii)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択され、Z及びZ’は、各々独立して、O及びSから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも1つのP原子上のZまたはZ’は、Sであり、他方のZまたはZ’は、Oである(すなわち、ホスホロチオエート連結)。いくつかの実施形態では、各−OP(Z)(Z’)O−は、ホスホロチオエート連結である。いくつかの実施形態では、Z及びZ’は、両方とも、少なくとも1つのP原子上のOである(すなわち、ホスホジエステル連結)。いくつかの実施形態では、各−OP(Z)(Z’)O−は、ホスホジエステル連結である。
さらなる非限定的な例示的な構造Eは、構造E(viii)であり、
Figure 2021531278
式中、L、L、及びLは、各々独立して、リガンドであり、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、連結基であり、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、C〜Cアルキル、及び置換C〜Cアルキルから選択される。
いくつかの実施形態では、Q’、Q’、Q’、及びQ’’は、各々独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、及びRは、各々独立して、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、及びブチルから選択される。いくつかの実施形態では、R、R、R、及びRは、各々、H及びメチルから選択される。
非限定的な例示的な足場及び/または足場を含むリンカー、ならびにそれらの合成は、例えば、PCT公開第WO2013/033230号、米国特許第8,106,022 B2号、米国特許出願公開第2012/0157509 A1号、米国特許第5,994,517号、米国特許第7,491,805 B2号、米国特許第8,313,772 B2号、Manoharan,M.,Chapter 16,Antisense Drug Technology,Crooke,S.T.,Marcel Dekker,Inc.,2001,391−469に記載されている。
特定の実施形態では、化合物のL−リンカー部分は、構造Fを含み、
Figure 2021531278
式中、
Bは、―O−、−S−、−N(R)−、―Z−P(Z’)(Z”)O−、―Z−P(Z’)(Z”)O−N−X−、及び―Z−P(Z’)(Z”)O−N−Y−から選択され、
MOは、修飾オリゴヌクレオチドであり、
は、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、及びベンジルから選択され、
Z、Z’、及びZ”は、各々独立して、O及びSから選択され、
各Nは、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、
mは、1〜5であり、
Xは、ホスホジエステル連結及びホスホロチオエート連結から選択され、
Yは、ホスホジエステル連結であり、
波線は、残りのリンカー及びリガンド(複数可)との結合を示す。
特定の実施形態では、波線は、上記の構造Eとの結合を示す。
特定の実施形態では、nは、1〜5、1〜4、1〜3、または1〜2である。特定の実施形態では、nは、1である。特定の実施形態では、nは、2である。特定の実施形態では、nは、3である。特定の実施形態では、nは、4である。特定の実施形態では、nは、5である。
特定の実施形態では、化合物のL−リンカー部分は、構造Gを含み、
Figure 2021531278
式中、
Bは、―O−、−S−、−N(R)−、―Z−P(Z’)(Z’’)O−、―Z−P(Z’)(Z’’)O−N−X−、及び―Z−P(Z’)(Z’’)O−N−Y−から選択され、
MOは、修飾オリゴヌクレオチドであり、
は、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、及びベンジルから選択され、
Z、Z’、及びZ’’は、各々独立して、O及びSから選択され、
各Nは、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、
mは、1〜5であり、
Xは、ホスホジエステル連結及びホスホロチオエート連結から選択され、
Yは、ホスホジエステル連結であり、
各Lは、独立して、リガンドであり、nは、1〜10であり、Sは、足場であり、Q’及びQ’’は、独立して、連結基である。
特定の実施形態では、各Q’及びQ’’は、独立して、ペプチド、エーテル、ポリエチレングリコール、アルキル、C〜C20アルキル、置換C〜C20アルキル、C〜C20アルケニル、置換C〜C20アルケニル、C〜C20アルキニル、置換C〜C20アルキニル、C〜C20アルコキシ、置換C〜C20アルコキシ、アミノ、アミド、ピロリジン、8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸(ADO)、スクシンイミジル4−(N−マレイミドメチル)シクロヘキサン−1−カルボキシレート、及び6−アミノヘキサン酸から選択される。
化合物の非限定的な例示的なL−リンカー部分(例えば、構造FまたはGの)は、以下の構造Hに示され、
Figure 2021531278
式中、波線は、修飾オリゴヌクレオチドへの、例えば、構造BにおけるXへの、または例えば、構造CもしくはDにおけるXもしくはYへの付着を示す。
特定の実施形態では、本明細書に記載のコンジュゲート修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物は、構造Aを有し、
−リンカー−MO
式中、各Lは、独立して、リガンドであり、nは、1〜10であり、MOは、修飾オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態では、化合物は、構造Jを有し、
Figure 2021531278
式中、各Nは、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mは、1〜5であり、X及びXは、各々独立して、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOは、修飾オリゴヌクレオチドである。
特定の実施形態では、X及びXのうちの少なくとも1つは、ホスホジエステル連結である。特定の実施形態では、X及びXの各々は、ホスホジエステル連結である。
特定の実施形態では、mは、1である。特定の実施形態では、mは、2である。特定の実施形態では、mは、3、4、または5である。特定の実施形態では、mは、2、3、4、または5である。特定の実施形態では、mが1より大きい場合、Nの各修飾または非修飾ヌクレオシドは、ホスホジエステルヌクレオシド間連結またはホスホロチオエートヌクレオシド間連結によって、Nの隣接する修飾または非修飾ヌクレオシドに結合され得る。
本明細書に記載の実施形態のいずれにおいても、Nは、N’N’’であり得、各N’は、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、pは、0〜4であり、N’’は、非修飾糖部分を含むヌクレオシドである。
特定の実施形態では、pは、0である。特定の実施形態では、pは、1、2、3、または4である。特定の実施形態では、pが1、2、3、または4である場合、各N’は、非修飾糖部分を含む。
特定の実施形態では、非修飾糖部分は、β−D−リボースまたはβ−D−デオキシリボースである。特定の実施形態では、β−D−デオキシリボースは、β−D−デオキシリボアデノシンである。
pが1、2、3、または4である特定の実施形態では、N’は、プリン核酸塩基を含む。特定の実施形態では、N’’は、プリン核酸塩基を含む。特定の実施形態では、プリン核酸塩基は、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、キサンチン、及び7−メチルグアニンから選択される。特定の実施形態では、N’は、β−D−デオキシリボアデノシンまたはβ−D−デオキシリボグアノシンである。特定の実施形態では、N’’は、β−D−デオキシリボアデノシンまたはβ−D−デオキシリボグアノシンである。
特定の実施形態では、pは、1であり、N’及びN’’は、各々、β−D−デオキシリボアデノシンであり、N’及びN’’は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結によって連結されている。特定の実施形態では、pは、1であり、N’及びN’’は、各々、β−D−デオキシリボアデノシンであり、N’及びN’’は、ホスホジエステルヌクレオシド間連結によって連結されている。特定の実施形態では、pは、1であり、N’及びN’’は、各々、β−D−デオキシリボアデノシンであり、N’及びN’’は、ホスホロチオエートヌクレオシド間連結によって連結されている。
pが1、2、3、または4である特定の実施形態では、N’は、ピリミジン核酸塩基を含む。特定の実施形態では、N’’は、ピリミジン核酸塩基を含む。特定の実施形態では、ピリミジン核酸塩基は、シトシン、5−メチルシトシン、チミン、ウラシル、及び5,6−ジヒドロウラシルから選択される。
特定の実施形態では、各Nの糖部分は、独立して、β−D−リボース、β−D−デオキシリボース、2’−O−メトキシ糖、2’−O−メチル糖、2’−フルオロ糖、及び二環式糖部分から選択される。特定の実施形態では、各二環式糖部分は、独立して、cEt糖部分、LNA糖部分、及びENA糖部分から選択される。特定の実施形態では、cEt糖部分は、S−cEt糖部分である。特定の実施形態では、cEt糖部分は、R−cEt糖部分である。
特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に連結されたコンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に連結されたコンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に連結されたコンジュゲート部分を含む。特定の実施形態では、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端に連結された第1のコンジュゲート部分と、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端に連結された第2のコンジュゲート部分とを含む。
特定の代謝産物
インビトロまたはインビボでのエキソヌクレアーゼ及び/またはエンドヌクレアーゼへの曝露時に、化合物は、化合物全体の様々な位置で切断を受け得る。そのような切断の生成物は、親化合物のある程度の活性を保持し得るので、それ自体が、活性代謝物と見なされる。したがって、化合物の代謝産物は、本明細書に記載の方法で使用され得る。特定の実施形態では、(非コンジュゲートまたはコンジュゲート)修飾オリゴヌクレオチドは、5’末端及び/または3’末端で切断を受け、親修飾オリゴヌクレオチドと比較して、5’末端及び/または3’末端に1、2、または3つ少ないヌクレオチドを有する代謝産物をもたらす。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’末端で切断を受け、5’末端ヌクレオチドを放出し、親修飾オリゴヌクレオチドと比較して、5’末端に1つ少ないヌクレオチドを有する代謝産物をもたらす。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、5’末端で切断を受け、2つの5’末端ヌクレオシドを放出し、親修飾オリゴヌクレオチドと比較して、5’末端に2つ少ないヌクレオチドを有する代謝産物をもたらす。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、3’末端で切断を受け、3’末端ヌクレオチドを放出し、親修飾オリゴヌクレオチドと比較して、3’末端に1つ少ないヌクレオチドを有する代謝産物をもたらす。特定の実施形態では、修飾オリゴヌクレオチドは、3’末端で切断を受け、2つの3’末端ヌクレオシドを放出し、親修飾オリゴヌクレオチドと比較して、3’末端に2つ少ないヌクレオチドを有する代謝産物をもたらす。
コンジュゲート部分に連結された修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物はまた、修飾オリゴヌクレオチドとリガンドとの間のリンカー内の部位でも切断を受け得る。特定の実施形態では、切断により、コンジュゲート部分の一部を含む親修飾オリゴヌクレオチドが生じる。特定の実施形態では、切断により、修飾オリゴヌクレオチドとリガンドとの間のリンカーの1つ以上のサブユニットを含む親修飾オリゴヌクレオチドが生じる。例えば、化合物が、構造L−リンカー−X−N−X−MOを有する場合、いくつかの実施形態では、切断により、Nの1つ以上のヌクレオチドを含む親修飾オリゴヌクレオチドが生じる。いくつかの実施形態では、コンジュゲート修飾オリゴヌクレオチドの切断により、親修飾オリゴヌクレオチドが生じる。いくつかのそのような実施形態では、例えば、化合物が、構造L−リンカー−X−N−X−MOを有する場合、いくつかの実施形態では、切断により、Nのヌクレオチドをいずれも含まない親修飾オリゴヌクレオチドが生じる。
特定の核酸塩基配列
実施例及び配列表に見られるものを含むがこれらに限定されない、本明細書に記載の任意の核酸塩基配列は、核酸へのいかなる修飾からも独立している。したがって、配列番号によって定義される核酸は、独立して、1つ以上の糖部分、1つ以上のヌクレオシド間連結、及び/または1つ以上の核酸塩基に対する1つ以上の修飾を含み得る。
本出願に添付される配列表は、必要に応じて、各核酸塩基配列を「RNA」または「DNA」のいずれかとして特定するが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組み合わせによって修飾され得る。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを説明するための「RNA」または「DNA」などの指定がいくらか恣意的であることを容易に理解するであろう。例えば、2′−OH糖部分及びチミン塩基を含むヌクレオシドを含む修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を有するDNA(DNAの天然2′−Hの場合は、2′−OH)、または修飾塩基(RNAの天然ウラシルの場合は、チミン(メチル化ウラシル))を有するRNAとして記載することができる。
したがって、配列表中のものを含むがこれらに限定されない、本明細書に提供される核酸配列は、修飾核酸塩基を有するような核酸を含むがこれらに限定されない、天然または修飾RNA及び/もしくはDNAの任意の組み合わせを含有する核酸を包含することが意図されている。さらなる例であり、限定するものではないが、核酸塩基配列「ATCGATCG」を有する修飾オリゴヌクレオチドは、修飾または非修飾にかかわらず、限定されないが、配列「AUCGAUCG」を有するものなどのRNA塩基、ならびに「AUCGATCG」などのいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基を有するもの、ならびに「ATmeCGAUCG」(ここで、meCは、5−メチルシトシンを示す)などの他の修飾塩基を有するオリゴヌクレオチドを含むそのような化合物など、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含する。同様に、核酸塩基配列「AUCGAUCG」を有する修飾オリゴヌクレオチドは、修飾または非修飾にかかわらず、限定されないが、配列「ATCGATCG」を有するものなどのDNA塩基、ならびに「AUCGATCG」などのいくつかのDNA塩基及びいくつかのRNA塩基を有するもの、ならびに「ATmeCGAUCG」(ここで、meCは、5−メチルシトシンを示す)などの他の修飾塩基を有するオリゴヌクレオチドを含むそのような化合物など、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含する。
特定の合成方法
修飾オリゴヌクレオチドは、当該技術分野で既知である自動化された固相合成方法を用いて作製し得る。固相合成中、ホスホルアミダイトモノマーは、固体支持体に共有結合しているヌクレオシドに順次結合する。このヌクレオシドは、修飾オリゴヌクレオチドの3’末端ヌクレオシドである。典型的には、カップリングサイクルは、4つのステップ:脱トリチル化(酸による5’−ヒドロキシル保護基の除去)、カップリング(支持体結合ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドへの活性化ホスホロアミダイトの付着)、酸化または硫化(酸化剤または硫化剤による新しく形成されたホスファイトトリメスターの変換)、及びキャッピング(未反応5’−ヒドロキシル基のアセチル化)を含む。最終カップリングサイクルの後、固体支持体に結合したオリゴヌクレオチドを、脱トリチル化ステップに供し、続いて切断及び脱保護ステップに供し、同時にオリゴヌクレオチドを固体支持体から放出し、保護基を塩基から除去する。固体支持体を濾過により除去し、濾液を濃縮し、得られた溶液を同一性及び純度について試験する。次いで、オリゴヌクレオチドを、例えば、アニオン交換樹脂が充填されたカラムを使用して精製する。
GalNAcコンジュゲート修飾オリゴヌクレオチドは、非コンジュゲートオリゴヌクレオチドを生成した固相合成と同様に、自動化された固相合成を用いて作製し得る。GalNAcコンジュゲートオリゴヌクレオチドの合成中、ホスホルアミダイトモノマーは、固体支持体に共有結合しているGalNAcコンジュゲートに順次連結する。GalNAcコンジュゲートとGalNAcコンジュゲート固体支持体の合成は、例えば、米国特許第8,106,022号、及び国際出願公開第WO2013/033230号に記載されており、これらの各々は、1つ以上のGalNAc部分を含むコンジュゲートなどの炭水化物含有コンジュゲートの合成、及び固体支持体に共有結合しているコンジュゲートの合成の説明のために、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
特定の医薬組成物
本明細書に提供される化合物、及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に提供される。特定の実施形態では、薬学的に許容される希釈剤は、水溶液である。特定の実施形態では、水溶液は、生理食塩水である。本明細書で使用される場合、薬学的に許容される希釈剤は、滅菌希釈剤であると理解される。好適な投与経路としては、限定されないが、経口投与が挙げられる。
特定の実施形態では、本明細書に提供される化合物及び重炭酸ナトリウムを含む医薬組成物が、本明細書に提供される。
特定の実施形態では、医薬組成物は、好適な希釈剤中で調製され、調製中に酸または塩基でpH7.0〜9.0に調整され、次いで滅菌条件下で凍結乾燥されている、本明細書に提供される化合物である。その後、凍結乾燥された修飾オリゴヌクレオチドは、好適な希釈剤、例えば、水などの水溶液、または生理食塩水、ハンクス液、もしくはリンゲル液などの生理学的に適合性のある緩衝液で再構成される。特定の実施形態では、医薬組成物のpHは、重炭酸ナトリウムの溶液で約9.0に調整される。再構成された生成物は、皮下注射または静脈内注入として投与される。凍結乾燥された医薬品は、2mLのI型の透明なガラスバイアル(硫酸アンモニウム処理)にパッケージされ、ブロモブチルゴムクロージャーで栓をされ、アルミニウムのオーバーシールで密封され得る。
特定の実施形態では、医薬組成物は、投薬単位(例えば、錠剤、カプセル、ボーラスなど)の形態で投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、25mg〜250mgから選択される範囲内の用量で本明細書に提供される化合物を含む。特定の実施形態では、そのような医薬組成物は、25mg、30mg、35mg、40mg、45mg、50mg、55mg、60mg、65mg、70mg、75mg、80mg、85mg、90mg、95mg、100mg、105mg、110mg、115mg、120mg、125mg、130mg、135mg、140mg、145mg、150mg、155mg、160mg、165mg、170mg、175mg、180mg、185mg、190mg、195mg、200mg、205mg、210mg、215mg、220mg、225mg、230mg、235mg、240mg、245mg、または250mgから選択される用量で存在する本明細書に提供される化合物を含む。
医薬組成物は、好適な安定剤、または高度に濃縮された溶液の調製を可能にするための医薬剤の溶解度を増加させる薬剤も含有し得る。
本明細書に提供される医薬組成物は、経口投与のために調製される。そのような実施形態のいくつかでは、医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む1つ以上の化合物を1つ以上の薬学的に許容される担体と組み合わせることによって製剤化される。そのような担体のいくつかは、医薬組成物を、対象による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化することを可能にする。
特定の実施形態では、経口使用のための医薬組成物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物と1個以上の固体賦形剤を混合することによって得られる。好適な賦形剤としては、脂肪酸、胆汁酸、キレート剤、及び非キレート性非界面活性剤などの浸透促進剤が挙げられる。特定の実施形態では、脂肪酸は、アラキドン酸、オレイン酸、ラウリン酸、カプリン酸、カプリル酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、ジカプレート、トリカプレート、モノオレイン、ジラウリン、グリセリル1−モノカプレート、1−ドデシルアザシクロヘプタン−2−オン、アシルカミチン、アシルコリン、及びモノグリセリド、またはそれらの薬学的に許容される塩から選択される。特定の実施形態では、胆汁酸は、コール酸、デヒドロコール酸、デオキシコール酸、グルコール酸、グリコール酸、グリコデオキシコール酸、タウロコール酸、タウロデオキシコール酸、ケノデオキシコール酸、ウルソデオキシコール酸、タウロ−24,25−ジヒドロフシジン酸ナトリウム、グリコジヒドロフシジン酸ナトリウム、及びポリオキシエチレン−9−ラウリルエーテル、またはそれらの薬学的に許容される塩から選択される。特定の実施形態では、キレート剤は、EDTA、クエン酸、サリチル酸塩、コラーゲンのN−アシル誘導体、ラウレス−9、及びベータ−ジケトンのN−アミノアシル誘導体、またはそれらの混合物から選択される。特定の実施形態では、浸透促進剤は、カプリン酸ナトリウム(C10)及び/またはカプリル酸ナトリウム(C12)を含む。
追加の好適な賦形剤としては、限定されないが、充填剤、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトール、またはソルビトールを含む糖;セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントガム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、及び/またはポリビニルピロリドン(PVP)などが挙げられる。特定の実施形態では、そのような混合物は任意に粉砕され、補助剤が任意に添加される。特定の実施形態では、医薬組成物は、錠剤または糖衣錠コアを得るために形成される。特定の実施形態では、崩壊剤(例えば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはその塩(アルギン酸ナトリウムなど))が添加される。
特定の実施形態では、糖衣錠コアは、コーティングされて提供される。特定のそのような実施形態では、任意に、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポルゲル、ポリエチレングリコール、及び/または二酸化チタン、ラッカー溶液、ならびに好適な有機溶媒もしくは溶媒混合物を含有し得る、濃縮糖液が使用され得る。染料または顔料は、錠剤または糖衣錠コーティングに添加され得る。
特定の実施形態では、経口投与のための医薬組成物は、ゼラチンでできた押し込み嵌めカプセルである。そのような押し込み嵌めカプセルのいくつかは、1つ以上のラクトース等の充填剤、デンプン等の結合剤、及び/またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウム等の滑沢剤、ならびに任意に安定剤と混合して、本発明の1つ以上の医薬剤を含む。特定の実施形態では、経口投与のための医薬組成物は、ゼラチン及びグリセリンまたはソルビトールなどの可塑剤でできた軟性の密封カプセルである。特定の軟性カプセルでは、本発明の1つ以上の医薬剤は、脂肪油、流動パラフィン、または液体ポリエチレングリコールなどの好適な液体中で溶解または懸濁される。加えて、安定剤が添加され得る。
特定の実施形態では、医薬組成物は、口腔投与のために調製される。そのような医薬組成物のいくつかは、従来の方法で製剤化された錠剤またはロゼンジである。特定の実施形態では、本明細書に提供される医薬組成物は、それらの当該技術分野で確立された使用レベルで、医薬組成物に従来見られる他の補助成分をさらに含有し得る。したがって、例えば、組成物は、例えば、鎮痒剤、収斂剤、局所麻酔薬、または抗炎症剤などの、追加の適合性のある薬学的に活性な材料を含有し得る。
特定のキット
本発明は、キットも提供する。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に提供される1つ以上の化合物を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される化合物は、バイアル内に存在する。複数(10個など)のバイアルは、例えば、分配パック内に存在することができる。いくつかの実施形態では、バイアルは、注射器で利用できるように製造されている。キットは、本明細書に提供される化合物を使用するための説明書も含有することができる。
いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に提供される化合物を対象に投与するために使用され得る。そのような事例では、本明細書に提供される少なくとも1つの化合物を含むことに加えて、キットは、以下:注射器、アルコールスワブ、綿球、及び/またはガーゼパッドのうちの1つ以上をさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、マイクロRNAに相補的な化合物は、バイアル内よりむしろ、事前に充填された注射器(例えば、ニードルガードを有する27ゲージ、1/2インチのニードルを備えた単回投与注射器など)内に存在し得る。複数(10個など)の事前に充填された注射器は、例えば、分配パック内に存在することができる。キットは、本明細書に提供される化合物を投与するための説明書も含有することができる。
特定の実験モデル
特定の実施形態では、本発明は、実験モデルにおいて本明細書に提供される化合物を使用及び/または試験する方法を提供する。当業者は、そのような実験モデルのプロトコルを選択及び改変して、本明細書に提供される化合物を評価することができる。
抗miR化合物の投与後のマイクロRNAのアンチセンス阻害の効果は、当該技術分野で既知である様々な方法によって評価し得る。特定の実施形態では、これらの方法を使用して、インビトロまたはインビボでの細胞または組織中のマイクロRNAレベルを定量化する。特定の実施形態では、マイクロRNAレベルの変化は、マイクロアレイ分析によって測定される。特定の実施形態では、マイクロRNAレベルの変化は、TaqMan(登録商標)MicroRNAアッセイ(Applied Biosystems,Life Technologiesブランド)などのいくつかの市販のPCRアッセイのうちの1つによって測定される。
抗miR化合物のインビトロ活性は、ルシフェラーゼ細胞培養アッセイを使用して評価し得る。このアッセイでは、マイクロRNAルシフェラーゼセンサー構築物は、ルシフェラーゼ遺伝子に融合した目的のマイクロRNAの1つ以上の結合部位を含有するように設計されている。マイクロRNAがルシフェラーゼセンサー構築物内のその同族部位に結合する場合、ルシフェラーゼの発現が抑制される。適切な抗miRが細胞に導入される場合、それは標的マイクロRNAに結合し、ルシフェラーゼ発現の抑制を緩和する。したがって、このアッセイでは、目的のマイクロRNAの効果的な阻害剤である抗miRが、ルシフェラーゼ発現の増加を引き起こす。
抗miR化合物の活性は、マイクロRNAの標的のmRNA及び/またはタンパク質レベルを測定することによって評価し得る。マイクロRNAは、1つ以上の標的RNA内の相補的部位に結合して、標的RNAの抑制をもたらすため、マイクロRNAの阻害は、マイクロRNAの標的のmRNA及び/またはタンパク質のレベルの増加(すなわち、抑制解除)をもたらす。1つ以上の標的RNAの抑制解除は、インビボまたはインビトロで測定し得る。例えば、miR−122の標的は、アルドラーゼA(ALDOA)である。miR−122の阻害はALDOA mRNAのレベルの上昇をもたらすため、ALDOA mRNAレベルを使用して、抗miR−122化合物の阻害活性を評価し得る。
以下の実施例は、本発明のいくつかの実施形態をより完全に例示するために提示されている。しかしながら、それらは、本発明の広い範囲を限定するものとして決して解釈されるべきではない。当業者は、本発明の趣旨から逸脱することなく、様々な化合物を設計するために、この発見の基礎となる原理を容易に採用するであろう。
実施例1:
オリゴヌクレオチドの経口投与は、皮下投与に対して有利であり得るいくつかの特徴、例えば、患者の服薬遵守の改善、投与の利便性の改善、及び皮下注射部位の反応の欠如を有する。今日まで、抗miR化合物の経口投与は、十分に特性評価されていない。したがって、抗miR化合物の経口投与を、実験動物モデルで評価した。
表1は、マイクロRNAに相補的な非コンジュゲート修飾オリゴヌクレオチドの配列及び糖部分を示す。RG5116は、let−7のヌクレオチド1〜19に100%相補的である。RG5365は、let−7のヌクレオチド1〜9に100%相補的である。RG7443は、miR−122のヌクレオチド2〜10に100%相補的である。下付き文字「D」が続くヌクレオシドは、β−デオキシリボヌクレオチドであり、下付き文字「M」が続くヌクレオシドは、2’−O−メチルヌクレオシドであり、下付き文字「E」が続くヌクレオシドは、2’−O−メトキシエチルヌクレオシドであり、下付き文字「F」が続くヌクレオシドは、2’−フルオロヌクレオシドであり、下付き文字「K」が続くヌクレオシドは、S−cEtヌクレオシドである。特に明記しない限り、すべてのヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエート連結であり、すべてのシトシンは、非メチル化シトシンである。
Figure 2021531278
表2は、修飾オリゴヌクレオチド及びコンジュゲート部分を含む、化合物の構造を示す。
Figure 2021531278
構造C:
Figure 2021531278
構造J:
Figure 2021531278
抗let−7化合物の薬力学的活性
抗let−7化合物の薬力学的(PD)活性を、多重遺伝子のPDシグネチャを使用して評価した。抗miRを用いて治療した後、14〜18個の検証済みlet−7標的遺伝子の発現の変化を、RT−PCRで測定する。選択したlet−7標的遺伝子の倍率変化のlog2を平均化し、その平均を、薬力学的活性の指標として使用されるlet−7 PDシグネチャスコア(let−7 PD sig)と見なす。
各5匹のマウス群を、抗let−7化合物を用いて治療した。投与量及び投与経路を表3に示す。ここで、「s.c.」は皮下投与を示し、「p.o.」は経口投与を示す。抗miR化合物は、皮下投与の場合、PBS中で送達した。経口投与される抗miR化合物は、PBS溶液中で調製し、pH9.5になるまで0.3M重炭酸ナトリウム(BC)を添加した。経口投与の場合、動物は、事前に12時間絶食させた。すべての治療群において、マウスに単回投与し、4日後に屠殺した。肝臓、腎臓、及び結腸組織を、薬力学的及び薬物動態学的分析のために収集した。RNAを各組織から単離し、各群の平均let−7 PDシグネチャスコアを決定した。
Figure 2021531278
表3に示すように、腎臓では、経口投与された100mg/kgの9−merのPD活性は、皮下投与された30mg/kgの9−merのPD活性に匹敵する。肝臓では、9−merのPD活性は皮下投与後のほうが高いが、経口投与した場合にも9−merはPD効果を示す。特に、経口投与後の強力なPD効果は、より短い9−merの化合物で観察されるが、19−merまたはコレステロールコンジュゲート19−merでは観察されない。
抗let−7化合物の薬力学的活性−用量応答
経口投与された抗miRのPD活性をさらに評価するために、3〜100mg/kgの範囲の用量のRG5365で追加の実験を行った。
表4に示すように、各5匹のマウス群を、抗let−7化合物を用いて治療した。ここで、「s.c.」は皮下投与を示し、「p.o.」は経口投与を示す。抗miR化合物は、皮下投与の場合、PBS中で送達した。経口投与される抗miR化合物は、PBS溶液中で調製し、pH9.5になるまで0.3M重炭酸ナトリウム(BC)を添加した。経口投与の場合、動物は、事前に12時間絶食させた。すべての治療群について、マウスに単回投与し、4日後に屠殺した。肝臓、腎臓、及び結腸組織を、薬力学的及び薬物動態学的分析のために収集した。RNAを各組織から単離し、各群の平均let−7 PDシグネチャスコアを決定した。
Figure 2021531278
Figure 2021531278
この実験では、治療後に肝臓及び腎臓に存在する抗miRの量も評価した。
抗miR化合物の組織濃度を、溶解緩衝液中でのタンパク質消化を使用して化合物を抽出し、続いて、化合物に対して配列相補性を有する蛍光プローブに抗miR化合物をハイブリダイズさせることによって測定した。ハイブリダイゼーション後、化合物の同一性及び濃度を、蛍光と組み合わせた高速液体クロマトグラフィー(HPLC−FL)を使用して評価した。
Figure 2021531278
この実験では、経口投与後、9−merは、腎臓において統計的に有意な用量依存性のPD効果を示した。統計的に有意なPD効果は、肝臓において最高用量の9−merで観察されたが、3つの最低用量ではPD効果は観察されなかった。以前の実験と同様に、経口投与後、肝臓及び腎臓におけるPD効果は、9−merで観察されたが、19−merでは観察されなかった。興味深いことに、9−merの経口投与後に腎臓で検出された抗miRの量は、皮下投与後に検出された量よりも少なかったが、PD効果は相当なものであった。この観察は、経口投与後、比較的少量の抗miR化合物に腎臓が曝露されることによって、強力なPD効果が達成できることを示唆している。
抗miR−122化合物の薬力学的活性
追加のマイクロRNAであるmiR−122を標的とする抗miRのPD効果を評価するために、実験を行った。let−7を標的とするRG5365は、本明細書に記載の他の実験と比較するために含んだ。
表6に示すように、各5匹のマウス群を、抗let−7化合物及び抗miR−122化合物を用いて治療した。ここで、「s.c.」は皮下投与を示し、「p.o.」は経口投与を示す。抗miR化合物は、皮下投与の場合、PBS中で送達した。経口投与される抗miR化合物は、PBS溶液中で調製し、pH9.5になるまで0.3M重炭酸ナトリウム(BC)を添加した。経口投与の場合、動物は、事前に12時間絶食させた。すべての治療群について、マウスに単回投与し、4日後に屠殺した。肝臓及び腎臓組織を、薬力学的及び薬物動態学的分析のために収集した。RNAを肝臓及び腎臓から単離した。
抗let−7化合物については、let−7 PDシグネチャスコアを、肝臓組織及び腎臓組織の両方について生成した。抗miR−122化合物については、肝臓及び腎臓におけるALDOA抑制を、RT−PCRで測定した。
Figure 2021531278
Figure 2021531278
肝臓におけるRG6650(*)については、1匹を除くすべての動物の結果が定量化できなかったため、平均ug/gは報告しない。
この実験では、経口投与後、let−7を標的とする9−merは、腎臓及び肝臓において統計的に有意なPD効果を示した。抗miR−122化合物を用いた治療後のPD効果は観察されなかったが、miR−122阻害によるALDOAの抑制解除は、腎臓におけるPD活性の最適な指標ではない場合がある。特に、非コンジュゲート抗miR−122化合物RG7443の経口投与では、肝臓において実質的なPD効果をもたらさなかったが、GalNAcコンジュゲート化合物RG6650の経口投与では、皮下投与後に観察されたものに匹敵するPD効果をもたらした。
抗let−7及び抗miR−17化合物の薬力学的活性
追加のマイクロRNAであるmiR−17を標的とする抗miRのPD効果を評価するために、実験を行った。let−7を標的とするRG5365は、本明細書に記載の他の実験と比較するために含んだ。
表5に示すように、各5匹のマウス群を、抗miR化合物の単回投与で治療した。動物は、経口投与の前に12時間絶食させた。動物は、投与の4日後に屠殺した。腎臓組織を、薬力学的及び薬物動態学的分析のために収集した。
化合物のPD効果を、相補的な抗miRによるマイクロRNA標的の関与を直接測定するマイクロRNAポリソームシフトアッセイ(miPSA)を使用することによって決定した(Androsavich et al.,Nucleic Acids Research,2015,44:e13)。このアッセイを使用して、抗miR化合物が、正常なマウス及びPKDマウスの腎臓においてマイクロRNA標的に直接関与する程度を決定した。miPSAは、活性miRNAが並進的に活性な高分子量(HMW)ポリソームにおいてそれらのmRNA標的に結合するのに対し、阻害されたmiRNAは低MW(LMW)ポリソームに存在するという原理に依存する。抗miRを用いた治療により、マイクロRNAのHMWポリソームからLMWポリソームへのシフト、すなわち、マイクロRNAのHMWポリソームからLMWポリソームへの変位をもたらす。miPSAアッセイから、変位の測定値、すなわちPSAスコアを決定する。
腎臓組織中の平均PSAスコア、及び腎臓組織中で検出された抗miRの平均量を表8に示す。
Figure 2021531278
表8に示すように、PSA変位スコアで測定した場合、各9−merの抗miRは、腎臓において有意なPD効果を示した。興味深いことに、各9−merの経口投与後に腎臓で検出された抗miRの量は、皮下投与後に検出された量よりも少なかったが、PD効果は相当なものであった。この観察は、経口投与後、皮下投与後よりも少量の抗miRに腎臓が曝露されることによって、実質的なPD効果を達成できることを示唆している。
まとめると、これらの実験は、比較的低い組織レベルが検出されたにもかかわらず、標的組織(コンジュゲート抗miRの場合は肝臓、非コンジュゲート抗miRの場合は腎臓)において経口投与されたコンジュゲート及び非コンジュゲートの短い抗miR化合物の強力なPD効果を示した。
実施例2:追加の抗miR−122化合物
経口送達及び皮下送達された化合物の相対活性をさらに評価するために、様々な長さ、コンジュゲート部分、及びヌクレオシド間連結の追加の抗miR−122化合物を試験した。化合物を、表9に示す。GalNAc部分とコンジュゲートしている化合物は、実施例1における構造Cに示されるような構造を有し、ここで、Xは、ホスホジエステル連結であり、mは、1であり、Nは、β−D−デオキシヌクレオシド(dA)であり、Xは、ホスホジエステル連結であり、MOは、修飾オリゴヌクレオチドである。コレステロール部分とコンジュゲートしている化合物は、実施例1における構造Jに示されるような構造を有し、ここで、Xは、ホスホジエステル連結であり、mは、1であり、Nは、β−D−デオキシヌクレオシド(dA)であり、Xは、ホスホジエステル連結であり、MOは、修飾オリゴヌクレオチドである。
この化合物のセットでは、試験された最長のオリゴヌクレオチドを含む化合物は、RG−101としても既知である18−merのRG2459であった。RG2459の一連のトランケーションを生成し、それぞれ15、14、13、及び9個の連結ヌクレオシドの修飾オリゴヌクレオチドを有する化合物RG7441、RG3396、RG7442、及びRG6650をもたらした。これらの4つの化合物の各々は、ホスホジエステル連結β−D−デオキシリボアデノシンを介して修飾オリゴヌクレオチドにコンジュゲートしているGalNAc部分を含む。RG6386はRG2459に類似しているが、修飾オリゴヌクレオチドの5’末端の糖修飾が変更されている。RG8210は、RG6650と同じ化学修飾を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むが、代わりに、β−D−デオキシリボアデノシンを介したホスホジエステル連結を介してコレステロール部分とコンジュゲートしている。RG7443は、RG6650及びRG8120の修飾オリゴヌクレオチドと同じ化学修飾パターンを有するが、コンジュゲートしていない。RG2634及びRG3059は、両方とも、ホスホジエステル連結β−D−デオキシリボアデノシンを介してGalNAc部分にコンジュゲートしている、均一にcEt修飾された修飾オリゴヌクレオチドを含む。RG2634の修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間連結はホスホロチオエートであるが、RG3059のヌクレオシド間連結はホスホジエステルである。RG4474の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、miR−122の配列とのミスマッチを含み、ミスマッチ対照化合物として使用した。
Figure 2021531278
下付き文字「D」が続くヌクレオシドは、β−D−デオキシリボヌクレオシドを示し、下付き文字「E」が続くヌクレオシドは、2’−MOEヌクレオシドを示し、下付き文字「S」が続くヌクレオシドは、S−cEtヌクレオシドを示す。ホスホジエステルヌクレオシド間連結は、上付き文字「O」で示され、他のすべてのヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエートである。「Me」は、ヌクレオシドの塩基上の5−メチル基を示す。
化合物RG2459、RG6650、RG6386、RG7441、RG2634、及びRG7442は、第1の実験で試験した。化合物RG7443、RG6650、RG4474、RG3059、RG3396、及びRG8120は、第2の実験で試験した。各3匹のマウス群に、100mg/kgの用量を経口投与(p.o.)するか、または10mg/kgの用量を皮下投与(s.c.)した。抗miR化合物は、皮下投与の場合、PBS中で送達した。経口投与される抗miR化合物は、PBS溶液中で調製し、pH9.5になるまで0.3M重炭酸ナトリウム(BC)を添加した。経口投与の場合、動物は、事前に12時間絶食させた。すべての治療群について、マウスに単回投与し、2、4、または7日後に屠殺した。肝臓組織を、薬力学的及び薬物動態学的分析のために収集した。RNAを肝臓から単離し、肝臓におけるALDOA抑制をRT−PCRを介して測定し、ハウスキーピング遺伝子RplpO(これもまたRT−PCRによって測定した)に対して正規化した。
ALDOAの抑制解除は、研究終了2日目、4日目、及び7日目でほぼ同様であったため、2日目、4日目、及び7日目の各治療の平均ALDOA抑制解除を計算し、図1に示す。
皮下投与した場合、化合物は、同様の活性を示した。しかしながら、経口投与後、化合物活性の差異は明らかであった。特に、経口投与後、より短い抗miR長を有する化合物は、より高い活性に向かう傾向を示した。例えば、18、16、及び14個の連結ヌクレオシドの抗miRを含むRG2459、RG6386、及びRG7441は、PBS処理と比較してALDOAの実質的な抑制解除をもたらさなかった。さらに、非コンジュゲート9−merのRG7443及びホスホジエステル連結8−merを有するコンジュゲート化合物RG3059は、ALDOAを実質的に抑制解除しなかった。陰性対照RG4474は、ALDOAを抑制解除しなかった。12−merの抗miRを含むRG7442、及び13−merの抗miRを含むRG3396は、より活性であった。それぞれ9−mer及び8−merの抗miRを含むGalNAcコンジュゲート化合物RG6650及びRG2634は、ALDOAの抑制解除を示した。同様に、9−merの抗miRを含むコレステロールコンジュゲートRG8120は、ALDOAの抑制解除を示した。したがって、コンジュゲート化合物の活性は、抗miRの長さが減少するにつれて増加し、より短い長さのコンジュゲート化合物が経口投与後により活性であることを示している。
本明細書に記載されているものに加えて、本発明の様々な改変が、前述の説明から当業者には明らかとなるであろう。また、そのような改変が、添付の特許請求の範囲の範囲内に入ることも意図されている。本出願に引用された各参考文献(ジャーナル記事、米国及び米国以外の特許、特許出願公報、国際特許出願公報、GENBANK(登録商標)アクセッション番号などを含むがこれらに限定されない)は、その全体が参照により本明細書に具体的に組み込まれる。

Claims (45)

  1. マイクロRNAの活性を阻害する方法であって、前記マイクロRNAに相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物、またはその薬学的に許容される塩を対象に投与することを含み、前記修飾オリゴヌクレオチドが、6〜25個の連結ヌクレオチドの長さを有し、前記投与が、経口投与である、前記方法。
  2. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、前記マイクロRNAに完全に相補的である、請求項1に記載の方法。
  3. 前記マイクロRNAが、腎臓で発現し、前記化合物が、前記修飾オリゴヌクレオチドからなる、請求項1または2に記載の方法。
  4. 前記マイクロRNAが、肝臓で発現し、前記化合物が、コンジュゲート部分に連結した前記修飾オリゴヌクレオチドを含む、請求項1または2に記載の方法。
  5. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、8〜13個の連結ヌクレオシド長であるか、または8〜12個の連結ヌクレオチド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、8個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、9個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、10個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、11個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  10. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、12個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  11. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、13個の連結ヌクレオシド長である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、修飾糖部分を含む少なくとも1つのヌクレオシドを含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが、修飾糖部分を含む、請求項12に記載の方法。
  14. 各修飾糖部分が、独立して、2’−O−メチル糖部分、2’−O−メトキシエチル糖部分、2’−フルオロ糖部分、及び二環式糖部分から選択される、請求項12または13に記載の方法。
  15. 各二環式糖部分が、独立して、cEt糖部分及びLNA糖部分から選択される、請求項14に記載の方法。
  16. 前記cEtヌクレオシドが、S−cEtヌクレオシドである、請求項15に記載の方法。
  17. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、複数の非二環式ヌクレオシド及び複数の二環式ヌクレオシドを含む、請求項1〜11のいずれかに記載の方法。
  18. 各非二環式ヌクレオシドが、独立して、2’−O−メチルヌクレオシド、2’−O−メトキシエチルヌクレオシド、及び2’−フルオロヌクレオシドから選択される、請求項17に記載の方法。
  19. 各二環式ヌクレオシドが、cEtヌクレオシド及びLNAヌクレオシドから選択される、請求項18に記載の方法。
  20. 前記cEtヌクレオシドが、S−cEtヌクレオシドである、請求項19に記載の方法。
  21. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間連結を含む、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間連結が、修飾ヌクレオシド間連結である、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記修飾ヌクレオシド間連結が、ホスホロチオエート連結である、請求項21または22に記載の方法。
  24. 前記コンジュゲート部分が、コレステロール部分または炭水化物部分を含む、請求項4に記載の方法。
  25. 前記炭水化物部分が、N−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、ガラクトサミン、N−ホルミルガラクトサミン、N−プロピオニル−ガラクトサミン、N−n−ブタノイルガラクトサミン、及びN−イソ−ブタノイル−ガラクトサミンから選択される、請求項24に記載の方法。
  26. 前記化合物が、以下の構造を有し、
    −リンカー−X−N−X−MO
    式中、各Lが、独立して、リガンドであり、nが、1〜10であり、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、Xが、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、Xが、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、請求項4に記載の方法。
  27. 以下の構造を含み、
    Figure 2021531278
    式中、
    Bが、―O−、−S−、−N(R)−、―Z−P(Z’)(Z”)O−、―Z−P(Z’)(Z”)O−N−X−、及び―Z−P(Z’)(Z”)O−N−X−から選択され、
    MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドであり、
    が、H、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、及びベンジルから選択され、
    Z、Z’、及びZ”が、各々独立して、O及びSから選択され、
    各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、
    mが、1〜5であり、
    が、ホスホジエステル連結及びホスホロチオエート連結から選択され、
    が、ホスホジエステル連結であり、
    波線が、残りのリンカー及びリガンド(複数可)との結合を示す、請求項26に記載の方法。
  28. nが、1〜5、1〜4、1〜3、または1〜2である、請求項26または27に記載の方法。
  29. nが、3であり、各リガンドが、N−アセチルガラクトサミンである、請求項26または27に記載の方法。
  30. nが、1であり、前記リガンドが、コレステロールである、請求項26または27に記載の方法。
  31. 前記化合物が、以下の構造を有し、
    Figure 2021531278
    式中、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、X及びXが、各々独立して、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、請求項26または27に記載の方法。
  32. 前記化合物が、以下の構造を有し、
    Figure 2021531278
    式中、各Nが、独立して、修飾または非修飾ヌクレオシドであり、mが、1〜5であり、X及びXが、各々独立して、ホスホジエステル連結またはホスホロチオエート連結であり、MOが、前記修飾オリゴヌクレオチドである、請求項26または27に記載の方法。
  33. 及びXのうちの少なくとも1つが、ホスホジエステル連結である、請求項31または32に記載の方法。
  34. 及びXの各々が、ホスホジエステル連結である、請求項31または32に記載の方法。
  35. mが、1である、請求項26〜34のいずれか一項に記載の方法。
  36. mが、2、3、4、または5である、請求項26〜34のいずれか一項に記載の方法。
  37. が、N’N”であり、各N’が、独立して、非修飾ヌクレオシドであり、pが、0〜4であり、N”が、非修飾糖部分を含むヌクレオシドである、請求項26〜36のいずれか一項に記載の方法。
  38. pが、0である、請求項37に記載の方法。
  39. 前記非修飾糖部分が、β−D−リボースまたはβ−D−デオキシリボースである、請求項37または38に記載の方法。
  40. 前記β−D−デオキシリボースが、β−D−デオキシリボアデノシンである、請求項39に記載の方法。
  41. 前記化合物が、医薬組成物中に存在する、請求項1〜40のいずれか一項に記載の方法。
  42. 前記医薬組成物が、薬学的に許容される希釈剤を含む、請求項41に記載の方法。
  43. 前記薬学的に許容される希釈剤が、水溶液である、請求項42に記載の方法。
  44. 前記水溶液が、生理食塩水である、請求項43に記載の方法。
  45. 前記水溶液が、重炭酸ナトリウムを含む、請求項43または44に記載の方法。
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