JP2021505204A - ポリメラーゼ連鎖反応システム - Google Patents

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Abstract

【課題】生体試料から核酸の抽出、PCR反応および多様な波長帯の励起光と当該蛍光のスキャニングを通したリアルタイム反応産物の検出を自動化して行うことができ、一回の作動で様々な検査が可能であり、使用が簡便であり、特に短時間で正確な結果を得ることができる装置の提供。【解決手段】核酸抽出試薬を媒介として生体試料の核酸を抽出する、核酸抽出カートリッジ(100)と;前記核酸抽出カートリッジに流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ(100)で抽出された核酸溶液を供給されて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物の乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに収容するPCRプレート(200)と;前記PCRプレート(200)の上部に配置され、前記反応ウェル(W)に隣接して互いに異なる温度を印加し、回転動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック(310、320)を含む温度制御モジュール(300)と;を含むポリメラーゼ連鎖反応システム。

Description

本発明は、ポリメラーゼ連鎖反応を具現する装置内で核酸の抽出と増幅反応および増幅された結果物をリアルタイムで検出できるシステム構造に関する。
時間と場所に拘束されることなく、患者の疾患を正確かつ迅速に診断するPOC(Point of care)診断技術は、証拠基盤精密医学の非常に重要な技術として注目されている。せき、下痢、高熱、生殖器の異常などの疾患症状を基準として疾患症状の原因になるすべての感染病原体を一回の検査を通じて、短時間で検査して、原因病原体を確認し、最適な抗生剤と治療剤を処方する症状基盤の現場診断は、未来精密医学の核心的な新技術として多くの研究が加えられて発展していっている。このような現場診断技術は、従来妊娠を確認するための妊娠テストキット、血糖を確認できる血糖測定器のように現場で非専門家により迅速かつ正確に診断をすることができるという長所がある。現在、分子診断技術は、多様な病原体を同時に検査できる多重検査法が開発されており、このような技術を活用して感染疾患で正確な原因を把握し、最適な処方を可能にすることによって、早期に疾患を治療して、患者の回復期間を画期的に短縮して、医療の質を高め、医療費用を節減する未来医学の核心的な技術として注目をあびている。
しかしながら、現在の分子診断システムは、結果の確認まで3時間以上かかり、熟練した専門家が使用しなければならないので、現場で要求されるPOC分子診断のためには、複雑な核酸抽出過程とリアルタイム遺伝子増幅検査を全自動で行うことができる自動化した小型装置の開発が必須であり、専門担当者ではなくても、容易に作動できなければならない。
代表的な分子診断方法としては、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR(polymerase chain reaction)、以下、「PCR」という)を用いる方法がある。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、1985年にKary Mullisにより発明された以後、特定のDNAを迅速かつ容易に増幅することができて、分子生物学と分子診断などに広範囲に用いられている。PCR/RT−PCRを用いると、体試料内に特定のDNA/RNAが存在するか否かを確認することができて、ウイルスなど病原性微生物の感染を診断するのに多く用いられている。このPCR/RT−PCR技術は、リアルタイム定量PCR(Realtime PCR、quantitative PCR)に発展するに伴い、PCRの終了と同時に結果を知ることができて、検査過程を簡素化して検査時間を大幅低減することができると共に、病原体の数を正確に定量することができて、HIV、HCV、HBVウイルスなどの治療効果をモニタリングする標準診断法として使用されている。また、特定の疾患に関連した遺伝子発現様相や遺伝子変異を検査することができて、疾患を診断するのに最も重要な技術として用いられている。
このようなPCRを行うためには、生体試料からPCR反応を阻害する物質を除去し、純粋な核酸を抽出する核酸抽出段階が必要である。核酸抽出過程は、多段階からなり、生体試料および核酸抽出の操作に熟練した技術が必要であり、手作業で行われる場合、作業者のミスによる汚染問題などがあるので、大部分は自動化した核酸抽出装備を使用して分子診断が行われている。
PCR反応および反応産物の検出のためには、リアルタイム定量PCR装置が備えられていなければならないので、従来、主に大型病院や臨床検査の専門機関で分子診断が行われた。
最近、研究開発を通じて核酸の抽出、PCR反応および反応産物の検出の全過程を自動化して、専門的な技術がなくても、容易にPCRを用いることができる多様な自動化システムおよびこれを用いる装置が開発されたことがある。
しかしながら、従来の装置は、非常に高価であるか、多くの処理時間がかかり、一度に多様な検査が行われにくいという問題点がある。
PCRの基本原理を説明すると、DNA二重らせんを95度加熱して1本鎖に分離させた後、反応溶液をアニール温度に冷却させて、PCR反応溶液に入っている増幅しようとする部位の両末端に相補的なプライマーが選択的にハイブリダイゼーションされるようにすると、DNAポリメラーゼがそれぞれの1本鎖に相補的なA、G、T、Cの4種のヌクレオシド三リン酸(nucleotide triphosphate)を順次に連結して、二重らせんに作る反応を繰り返して行うことである。実験的にPCR反応溶液を加温、冷却することを繰り返して30〜45サイクル(n)を行うことによって、特定のDNA二重らせんを2個だけ幾何級数的に増幅させる反応である。
RT−PCR反応は、逆転写反応を通じてcDNAを合成した後、PCRを通じて増幅できることになることによって、RNAを検出するための方法に拡張された。
PCRが分子診断に本格的に活用されるために、新しく開発されたリアルタイム定量PCRの原理を説明すると、PCR反応を用いて増幅されるDNAの定量分析のために、DNAの量に比例して蛍光が発生する物質をPCR反応液に添加した後、各サイクルごとに蛍光を測定して臨界蛍光値が検出されるサイクルを探し出して、これから初期のターゲット核酸の濃度を定量的に測定する方法である。
PCRが発明された以後、多様な応用技術が開発される間に、ゲノムプロジェクトを通じて数多くの病原体と疾患関連遺伝子の塩基配列が知られており、このような疾患関連DNA/RNA塩基配列を増幅して定性的に、定量的に診断する分子診断が迅速に発展してきた。従来のPCRは、温度を循環するにあたって、2時間内外の時間がかかるので、現場診断のために、さらに迅速かつ正確にPCRを行うことができる方法が持続的に開発されてきた(Lab Chip,2016,16,3866−3884)。
短時間でPCR反応を行うためには、反応溶液の温度を迅速に変化させなければならない。また、正確なPCR反応で所望のターゲットのみを増幅するためには、プライマーが所望のターゲットに特異的につくようにデザインされなければならないし、PCR温度循環反応でアニール温度を正確に調節しなければならない。
このためには、従来実験室で一般的に使用されている0.5、0.2ml反応器よりも、できるだけ熱容量が小さく、熱伝達がうまく行われる微細PCR反応容器が開発された。このような微細反応器は、反応溶液を少なく使用し、広い表面積を有しているので、迅速に熱伝達が行われて、迅速な加熱と冷却が可能である。シリコンウェハーに17×15mmのサイズで40〜80umの薄い反応溝にPCR溶液10ulを入れ、ガラス板で覆って、表面積が高く維持したが(>100mm/10ul)、従来のペルティエ(Peltier)方式のサーマルブロック(thermal block)を使用して一つのサイクルが約3分に時間を短縮させることは示されていない(Clin.Chem.40/9,1815−1818(1994))。
PCR反応器を迅速に熱循環させるために、高温水槽と低温水槽にPCR反応器を繰り返して浸漬し、高温水槽と低温水槽を移動する方式が初期のPCR反応装置として開発された(Turbo Thermalcycler.Bioneer Corp.Daejeon)。このように温度が異なる区域に反応器を循環させるPCR装備は、空間移動方式としてあらかじめ正確に温度が維持されている恒温水槽に反応器を浸漬することによって、迅速にかつ正確にPCR反応を行うことができるという長所がある。しかしながら、多数の恒温水槽が必要で、装備が大きくて、維持管理が煩雑であるので、固定されたブロックでペルティエ(Peltier)素子などを用いて時間によって温度を変える時間差温度循環方式を採択したPCR装備が主流をなしている。
微細流路を用いたPCR方式も、空間移動温度循環方式と時間差温度循環方式で開発された。空間移動温度循環方式は、大きく、FIFO(First−In−First−Out)方式で連続的に流れ出る開放された反応器方式と、異なる温度区間を繰り返して移動する閉鎖型方式とに分けられる。
開放型方式としては、1994年にNakanoなどが、温度が異なる区画を有する円筒形ブロックに毛細管を巻き取って、これに連続的にPCR溶液を流す方式で開発された(Biosci.Biotech.Biochem.,58(2),349−352,1994)。これを微細流路の形態で1998年に高温と低温区間を繰り返して流れて通過する微細流路方式のPCR装備が、Koppなどにより10ulの溶液を4.5秒のサイクルで20サイクル通過させてPCRが進行されることを確認した(Science 280 1046−1048,1998)。
したがって、本発明の主な目的は、生体試料から核酸の抽出、PCR反応および多様な波長帯の励起光と当該蛍光をスキャニングを通じて全自動でターゲット核酸検出を行すことができ、一回の作動で多数のターゲットを検査することができ、使用が簡便であり、特に短時間で正確な結果を得ることができる装置を提供することにある。
また、本発明の他の目的は、PCR過程に必要な温度調節過程を熱変性過程に必要な温度と結合過程に必要な正確な温度を反応対象物に迅速に繰り返して印加可能にして、迅速かつ正確なPCRを可能にして、反応の信頼性を最大化できる装置を提供することにある。
上述した課題を解決するための手段として、本発明の実施例では、図1〜図23に示されたように、内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出し、PCR予備混合物または鋳型物を形成する核酸抽出カートリッジ100と;前記核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジに流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ100で抽出された核酸溶液を供給されて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物の乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに注入させて収容するPCRプレート200と;前記PCRプレート200の上部に配置され、前記反応ウェルWに隣接して互いに異なる温度を印加し、回転動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック310、320を含む温度制御モジュール300と;を含んで構成され得る。
また、上述したポリメラーゼ連鎖反応システムは、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記反応ウェルWで増幅された反応物の濃度をスキャニングするスキャニングモジュール500;を含むポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
この場合、前記温度制御モジュール300は、前記反応ウェルの表面に対応する第1加圧面G1が具現され、加熱ユニットにより熱変性(denaturation)に必要な温度(以下、「第1温度」という)に維持される第1ヒーティングブロック310と;前記第1ヒーティングブロック310と対応する位置に離隔して配置され、前記反応ウェルの表面に対応する第2加圧面G2が設けられ、加熱ユニットにより結合(annealing)に必要な温度(以下、「第2温度」という)に維持される第2ヒーティングブロック320と;前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の回転動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール330と;を含む、ポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
また、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の離隔空間の間の熱輻射伝導を制御する冷却ファンユニット340;をさらに含む、構造のポリメラーゼ連鎖反応システムを具現するようにすることができる。
また、前記第2ヒーティングブロック320は、前記第2加圧面G2の反対側の上部に具現される冷却パターン部321をさらに含む、ポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
また、上述した構造において前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、内部に加熱ユニットと温度センサーを収容して、前記第1温度または第2温度に設定温度を維持するように、金属材質の胴体部で具現される、ポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
また、本発明の実施例において上述した前記駆動モジュール330は、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を自体回転させて、前記反応ウェルの表面に接する前記第1加圧面G1または第2加圧面G2に変更させる駆動軸Sを含む回転モジュールと;前記駆動軸Sと直交する方向への前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上下移動を具現する駆動フレーム332と、前記駆動フレームが貫通する構造で配置されるガイドフレーム334とを含む 上下移動モジュールと;を含む、ポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
また、前記駆動フレームの内部に内挿される構造で配置されて、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320と前記反応ウェルの表面の接触時に駆動フレームが上方向に復元力を印加する第1弾性部材333をさらに含むポリメラーゼ連鎖反応システムで具現することができる。
本発明の実施例における前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上部に離隔配置され、両端にガイドフレームの直径より大きくホールを備えて、一対のガイドフレーム334に挿入された後、ガイドフレームに備えられたピンによりガイドフレームから離脱を防止しつつ、駆動フレームの上下移動が可能にし、下方向に圧力を加えるとき、前記反応ウェルの表面の接触時に緩衝力を印加する第2弾性部材335;をさらに含む、ポリメラーゼ連鎖反応システムを具現することもできる。
また、前述した構造における本発明によるポリメラーゼ連鎖反応システムは、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記PCRプレート200の温度を前記第1温度または第2温度に維持する恒温プレート350;をさらに含んで構成され得る。
また、前記恒温プレート350は、第1温度に加温される第1領域と、前記第1領域から離隔される第2温度に加温される第2領域とを含み、前記恒温プレート350を前記PCRプレート200の下部に水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成され得る。
この場合、前記恒温プレート350は、前記第1領域と前記第2領域を区切る離隔部Ssが設けられ、前記離隔部Ssの両側端を基準として前記第1領域と前記第2領域が連結される構造で具現され得る。
また、前記恒温プレート350は、PCB基板に温度センサーと発熱素子回路を形成し、発熱素子と温度センサーが密着するように第1領域と第2領域に該当するそれぞれの金属板を接着する構造で具現され得る。
また、前記恒温プレート350の水平移動動作は、スライディング方式で具現され、かつ、前記恒温プレート350の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動するようにすることができる。
特に、前記第1領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロックが回転して、前記PCRプレートの上部面と対向するように対応し、前記第2領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロックが回転して、前記PCRプレートの上部面と対向するように対応するように作動するようにすることができる。
すなわち、前記PCRプレート200に対して温度循環を行う場合、第1温度に上げるためには、第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と対向するように回転運動し、PCRプレートの下部面は、前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後、第1ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧され、第2温度に下げるためには、前記PCRプレート200の上部面が前記第2ヒーティングブロックと対向するように回転運動し、PCRプレート200の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後、第2ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧されて、前記PCRプレート200の上下面に同時に加温と冷却が行われるように駆動され得る。
また、前記恒温プレート350は、少なくとも一つ以上の箇所で前記恒温プレートの温度をセンシングする温度センサーT1、T2と、設定温度の変化を制御する制御モジュールCpとを含む温度センサー部351をさらに含んで構成され得る。
この場合、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記反応ウェルWで増幅された反応物の濃度を多様な波長帯の励起光と当該蛍光をスキャニングするスキャニングモジュール500を含み、前記恒温プレート350に前記スキャニングモジュール500の検出光が誘導される光透過部Hが貫通構造で多数個設けられるように具現することができる。
本発明の実施例によれば、生体試料から核酸の抽出、PCR反応および多様な波長帯の励起光と当該蛍光スキャニングを通したリアルタイム反応産物の検出を自動化して行うことができ、一回の作動で様々な検査が可能であり、使用が簡便であり、特に短時間で正確な結果が得られる装置を提供することができる。
また、本発明の実施例によれば、PCR過程に必要な温度調節を熱変性段階と結合に必要な正確な温度を反応対象物に迅速にリアルタイムで一度に印加可能にして、正確なPCRを可能にすることによって、反応の信頼性を最大化できる効果がある。
すなわち、従来の反応液を移動させながら温度を上昇させる温度制御方式の場合、温度の均一な増加を図ることができないので、PCR反応に不利になり、反応液が移動しつつ順次的な温度増加をもたらす方式で反応物全体に同時に温度均一化を具現することができないので、他の反応が起こるおそれが高くなる問題を一掃して、ヒーティングブロックに設定された温度範囲を恒温状態に維持し、反応液全体に直接加圧して温度を増加させる方式でPCR反応に必要な温度増加を非常に効率的に具現することができる。
また、温度を高温から低温に変化させる過程も、時間遅延を最小化するために、ヒーティングブロックの位置を変更してリアルタイムで加圧が行われるようにするところ、温度変化過程で必要な時間遅延による問題を画期的に解消することができることになる。
また、PCRプレートを核酸抽出カートリッジに挿入型構造で具現して、核酸抽出カートリッジは、共通で使用し、多様な検査キットに使用されるPCRプレートを少ない空間に保管しつつ、検査時に適合なPCRプレートを必要に応じて挿入して使用することができる。PCRプレート内に備えられる1個の反応ウェルで最大6個の蛍光値を分析できるようにし、必要に応じてPCRプレートの反応ウェルを8個まで増加させることができて、症状に関連した患者の生体試料に含まれている可能性があるすべての病原菌を増幅して検出することができるので、症状基盤の多重分子診断検査を提供することができるようにする。
また、本発明の実施例によれば、恒温プレートを第1温度と第2温度の勾配を有する領域に分画し、駆動モジュールを通じてヒーティングブロックの加圧時に前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する領域が対応するように移動して、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を行うようにすることによって、単一温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することができる効果もある。
また、移動型恒温プレート構造を具現するに際して、駆動動作を進める構成でスライディングテープを使用して製品の構成と移動の信頼性を確保することができるようにし、ターゲット内に入っているプレートの加熱時間を上下面に同時に具現される方法を取るので、検査時間を1/2に減らすことができる長所も具現される。
本発明の実施例によるポリメラーゼ連鎖反応システムを構成する要部構成を示すブロック構成図である。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。 本発明に適用されるPCRプレート200の一具現例を示すものである。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明に適用される恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動を説明するための概念図である。 本発明の核酸抽出カートリッジの斜視概念図であって、上述したPCRプレートが挿入結合された構造を示すものである。 図13の分離斜視図である。 図14の構造においてカートリッジ蓋体R1の内部構造を示すものである。 図14の構造の結合状態を透視図で示すものである。 本発明のカートリッジ構造の下部作動状態を示すものである。 本発明のカートリッジ構造の下部作動状態を示すものである。 本発明のカートリッジ構造の下部作動状態を示すものである。 上述した本発明によるポリメラーゼ連鎖反応システムを構成する装置全体的な構造と配置構成を示すものである。 図20における本発明の主要部の結合配置図を拡大したものである。 図21の部分の垂直断面概念図を図示して要部構成の配置を示すものである。 図22の側面斜視断面概念図を示すものである。
本発明の利点および特徴、そしてそれらを達成する方法は、詳細に後述されている実施例を参照すると明確になる。しかし、本発明は、ここで説明される実施例に限定されず、他の形態で具体化されることもできる。かえって、ここで紹介される実施例は、開示された内容が徹底且つ完全になり得るように、そして当業者に本発明の思想が十分に伝達され得るようにするために提供されるものである。
本出願において使用した用語は、単に特定の実施例を説明するために使用されたものであって、本発明を限定しようとする意図ではない。単数の表現は、文脈上明白に異なって意味しない限り、複数の表現を含む。本出願において、「含む」または「有する」などの用語は、明細書上に記載された特徴、数字、段階、動作、構成要素、部分品またはこれらを組み合わせたものが存在することを指定しようとするものであって、一つまたはそれ以上の他の特徴や数字、段階、動作、構成要素、部分品またはこれらを組み合わせたものの存在または付加可能性をあらかじめ排除しないものと理解されなければならない。
図1は、本発明の実施例によるポリメラーゼ連鎖反応システム(以下、「本発明」という)を構成する要部構成を示すブロック構成図である。
図1を参照すると、本発明の実施例によるポリメラーゼ連鎖反応システム(以下、「本発明」という)は、PCR過程に必要な温度調節過程を熱変性(denaturation)過程に必要な温度と結合過程(annealing)に必要な正確な温度を反応対象物に時間的差異なしにリアルタイムで一度に印加可能にして正確なPCRを可能にし、反応の信頼性を最大化することができるように、PCR反応プレートに接触して特定の温度を印加するヒーティングブロック構造物で具現される温度調節モジュールを備えることを特徴とする。
このような本発明による温度調節モジュールは、温度を第1温度から相対的に低温である第2温度またはこの逆の過程で第2温度から相対的に高温である第1温度で具現するのにかかる、時間遅延を最小化するように、第1温度と第2温度にそれぞれ設定されたヒーティングブロックの位置を変更してリアルタイムでPCR反応プレートに加圧が行われるようにするところ、温度変化過程で必要な時間遅延による問題を画期的に解消することができることになる。
また、本発明では、PCRプレートの下部に配置され、スライディング方式で水平移動する構造で動作する恒温プレート構造物をさらに備えるように具現することができる。この場合、前記PCRプレートの温度を第1温度または第2温度に維持する恒温プレート構造物で温度変化条件の印加に必要な所要時間を最小化して反応速度を最大化することができるようにする。
具体的に、本発明は、内部に貯蔵された核酸抽出試薬を媒介として前記生体試料の核酸を抽出し、PCR予備混合物または鋳型物を形成する核酸抽出カートリッジ100と、前記核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ100で抽出されたPCR予備混合物または鋳型物を供給されて、プライマー/プローブまたはプライマー/プローブが含まれたPCR乾燥物が収容された少なくとも1個以上の反応ウェルに分散させて収容するPCRプレート200と、前記PCRプレート200の上部に配置され、前記反応ウェルWに隣接して互いに異なる温度を印加する一対のヒーティングブロック310、320を含む温度制御モジュール300とを含んで構成され得る。
特に、本発明は、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記反応ウェルWで増幅された反応物の濃度をスキャニングするスキャニングモジュール500を含んで構成される。
本発明は、上述した構成を通じて、核酸抽出カートリッジを通じて専門家でなくても、所望の試料を投入して自由に核酸抽出が行われ得るようにする便宜性を提供すると同時に、PCRプレート200に加えられる増幅に必要な温度循環を薄いフィルムと圧着を通じてPCRプレート内の反応溶液に直接目標温度を印加できるヒーティングブロック構造物を用いて迅速かつ精密な温度制御が可能にすることができる。
また、スキャニングモジュールを通じて、リアルタイムでPCRプレートの下部で多様な波長帯の励起光と当該蛍光スキャニングを通じて反応物に対する検出作業が行われ得るように一つのシステムで具現されたポリメラーゼ連鎖反応(以下、「PCR」という)装置を提供することができるようにすることができる。
図2〜図7は、本発明における温度調節モジュール300の構造を説明するための図面を示すものである。
図2および図3は、本発明の温度調節モジュールの斜視概念図を示すものである。
図2および図3を参照すると、前記温度調節モジュール300は、生体試料の核酸を抽出し、ポリメラーゼと混合してPCR(polymerase chain reaction)予備混合物または核酸抽出物を核酸抽出カートリッジ(図1、100)から注入されて収容するPCRプレート200に対して一定の温度制御を行う機能を行う。
具体的には、前記温度制御モジュール300は、PCRプレート200に具現される反応ウェルWの表面に対応する第1加圧面G1が具現され、加熱ユニットにより熱変性(denaturation)に必要な温度(以下、「第1温度」という)の範囲に設定された温度に維持される第1ヒーティングブロック310を備える。同時に、前記第1ヒーティングブロック310と対応する位置に離隔して配置され、前記反応ウェルの表面に対応する第2加圧面G2が設けられ、加熱ユニットにより結合(annealing)に必要な温度(以下、「第2温度」という)の範囲に設定された温度に維持される第2ヒーティングブロック320を備えて構成される。特に、前記第1ヒーティングブロック310と、前記第2ヒーティングブロック320の構造物は、回転動作および上下移動動作が可能に具現され得るようにする。
前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、図2および図3に示されたように、相互対向する構造で対向配置され、全体的に上部面には、平たい構造の加圧機能を行うための構造で具現され、その上方の部分は、一定の曲率を有する立体型構造で備えられる。
前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、相互対向して配置され、かつ、対向する面は、相互離隔する構造で具現され、それぞれが互いに異なる設定温度を備えるように維持され得る。
例えば、第1ヒーティングブロック310の前記第1温度は、二重らせんDNA(生体試料から抽出されたDNAを含む)を分離させる熱変性段階(denaturation)に適用する温度であって、94〜96℃の範囲で設定され得る。本発明の好ましい一例では、95℃に維持されるようにすることができる。
また、第2ヒーティングブロック320の前記第2温度は、分離した鋳型DNAにプライマーが結合されるようにするプライマー結合段階(annealing)に必要な温度であって、50〜65℃の範囲で設定され得る。本発明の好ましい一例では、55℃に維持されるようにすることができる。
前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、内部に水や熱伝達流体を収容する方式でなく、熱容量が大きくて、熱伝達効率が良い金属材質の胴体を備える構造で具現されて、内部の加熱ユニットにより設定温度に常時維持が可能である。このために、内部に温度センサーを装着して一定の温度維持をすることができるように、加熱ユニットは、温度調節を通じて制御されなければならない。
すなわち、前記PCRプレート200にPCR予備混合物が注入される場合、前記第1温度の適用が必要な時期には、前記第1ヒーティングブロック310が回転して、前記PCRプレート200の表面に隣接することになる。すなわち、第1加圧面G1は、平たい構造の平板構造であるところ、PCRプレート200の全体表面に同時に同じ温度で同じ加圧力で加熱が可能になるところ、全体試料に均一な温度伝達が可能になる。
また、結合段階に必要な前記第2温度の適用が必要な時期には、回転動作によって上部に配置される第2ヒーティングブロック320の下部に降りることになり、PCRプレート200の全表面に同時に同じ温度で同じ加圧力で加熱可能にする。
すなわち、設定温度の反応を準備する時間が別に必要でなく、簡単な回転動作によってPCRプレート200の全体表面に同時に同じ温度で同じ加圧力で加熱可能な方式で駆動することになるところ、従来の設定温度を制御するための方式に比べて迅速かつ精密なPCR反応を導出することができることになる。
また、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320は、互いに異なる温度に設定されていて、常時第1ヒーティングブロックにより第2ヒーティングブロックが輻射熱、伝導熱により加熱され得ることを勘案して、二つの構造物間の離隔空間に冷却効果を具現することができる冷却ファンユニット340を備えることができるようにする。
前記第2ヒーティングブロック320は、相対的に第2温度、例えば、55℃のアニーリング温度を維持できるようにすることが重要なので、第1ヒーティングブロック310の熱干渉を最小化し、あふれる熱を容易に冷却ファンユニットにより発散できる発散型冷却パターンを上部に備えることができる。このような一例として、本発明では、前記第2ヒーティングブロック320に第2加圧面G2の反対側の上部に具現される冷却パターン部321をさらに含むようにすることができる。前記冷却パターン部321は、上部に突出型パターンが多数具現される構造であって、空気との接触表面積を広げて、熱発散効率を高めることができて、一定の低温を維持するのに有利にする。
上述した本発明は、PCR反応を具現する反応試料を移動したり、時間設定を通じて他の加熱領域に移動させる方式とは異なって、反応試料を固定した状態で上部で全体的に同時に均一な温度を高めることができるようにヒーティングブロック構造を適用して、第1温度および第2温度の正確な伝達を具現することができることになる。
また、本発明の実施例では、上述した温度調節モジュールと連動する恒温プレート350をさらに含んで備えることができるようにする。
前記恒温プレート350は、図2および図3に示されたように、温度調節モジュールを構成するヒーティングブロック構造物の下部に配置され、PCRプレート200が進入した後、上部で温度調節モジュール300の第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320が回転動作と上下移動動作によってPCRプレートを加圧する場合、第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320の温度と同じ温度を有するように調節することができるようにする。
このために、前記恒温プレート350は、前記PCRプレート200の下部に水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成され得るようにする。
前記水平移動駆動モジュール400は、図2および図3に示されたように、恒温プレート350の一端に結合する移動バー420と、駆動モーター部410、および前記駆動モーター部410の回転力を前記移動バー420の水平移動力に切り替える切替プレート430を含んで構成され得る。
このような水平移動駆動モジュール400は、前記恒温プレート350を上述した温度調節モジュール300の下部方向に水平移動することができるようにし、特に、本発明の実施例による前記恒温プレート350は、第1温度に加温される第1領域と、前記第1領域から離隔される第2温度に加温される第2領域とに区切られる構造で具現され得る(図21〜図23の部分の説明参照)。
すなわち、本発明の実施例では、前記恒温プレート350を第1温度と第2温度の勾配を有する領域に分画し、水平移動駆動モジュール400を通じてヒーティングブロックの加圧時に前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する領域が対応するようにスライディング構造で水平移動して、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を行うようにすることによって、単一温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することになる。
図4および図5は、図2および図3の温度調節モジュールの横断面概念図であって、図4は、第1ヒーティングブロックの下部に降りた以後、図5のように下部に下降して、PCRプレート200の表面に密着して第1温度を印加する過程を示すものである。
このように、本発明の温度調節モジュール300は、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の回転動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール330を備えて、このようなヒーティングモジュールの動作を自動化することができるようにする。
図2〜図5を参照すると、前記駆動モジュールは、第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を自体回転させて、前記反応ウェルの表面に接する前記第1加圧面G1または第2加圧面G2に変更させる駆動軸Sを含む回転モジュールを備える。
すなわち、前記回転モジュールは、第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を自体回転させる機能を行う。すなわち、図4および図5に示されたように、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上下移動を具現するためには、駆動モーターMの回転力を印加されて、PCRプレート表面と接触するヒーティングブロックを合わせることができるようにする。
また、上下移動を具現するために、前記駆動軸Sと直交する方向への前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上下移動を具現する駆動フレーム332と、前記駆動フレームが貫通する構造で配置されるガイドフレーム334とを含む上下移動モジュールを含んで構成され得る。
すなわち、図4のように、第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320がPCRプレート200から離隔(m)しており、以後、図5に示されたようにガイドフレーム334に沿って駆動フレーム332が下降して、第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の前記第1加圧面G1または第2加圧面G2がPCRプレートの表面と接触できるようにする。
上述したように、本発明における温度制御モジュール300は、PCRプレート200内のPCR対象物全体に、第1温度と第2温度をPCRプレートの表面全体にすぐに印加することができることになる長所が具現され、印加速度の観点および反応の効率性の観点から卓越した効果を具現することができることになる。
また、前記温度制御モジュール300のヒーティングブロックの構造物は、常時回転が可能な上部に位置するようにし、PCRプレートと圧着する場合にのみ、下部に降りる構造である。このような構造を具現するために、前記駆動フレームの内部に内挿される構造で配置されて、圧着しない場合、常時上部に上昇するようにする復元力を有する第1弾性部材333を含むことができるようにする。
また、本発明では、前記PCRプレート200に接して加圧を具現する場合、過度な加圧力を印加するのを防止するために、加圧する力を伝達する第2弾性部材335を備える。
前記第2弾性部材335は、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上部に離隔配置され、両端にガイドフレームの直径より大きくホールを備えて、一対のガイドフレーム334に挿入された後、ガイドフレームに備えられたピンによりガイドフレームから離脱を防止しつつ、駆動フレームの上下移動が可能にし、下部に圧力を加えるとき、第2弾性部材335の中間を押圧して、第2弾性部材が若干曲がって一定の加圧をすることができるようにした。
また、前記第2弾性部材335は、図示された実施例では、板スプリング構造物で具現されて、下部方向への第1および第2ヒーティングブロックが加圧される場合に、一定の緩衝力を発揮して、過度な加圧力がPCRプレートの表面に印加されないように制御できることになる。
本発明の前記温度制御モジュール300の場合、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320の上部に離隔配置される。
また、本発明のシステム構造においてPCRプレート200は、上面に反応ウェルが具現される板状型構造物の形態を備えるが、この場合、前記PCRプレート200は、一定の温度、例えば第2温度(例えば55℃)の範囲を維持できるように、下部に恒温プレート350の構造物をさらに含んで構成され得るようにする。
これは、本発明の温度制御モジュール300により第1温度(例えば95℃)の第1ヒーティングブロックを密着して温度を上昇させる場合や、第2温度(例えば55℃)の第2ヒーティングブロックを密着する場合、PCRプレート200が目標温度に迅速に到達する場合にのみ、内部増幅効率が非常に良くなるためである。
したがって、本発明の実施例では、前記PCRプレート200の下部に配置されて、前記PCRプレート200の温度を前記第2温度に維持する恒温プレート350をさらに含んで構成され得るようにするということが好ましい。
特に、前記恒温プレート350の構造物を備えることは、固定型で装着し、一定に設定された温度を印加する方式で具現することも良いが、上述したように、恒温プレート350自体を区切って、第1温度および第2温度を印加する領域に区分し、恒温プレートを水平移動できる構造で具現され得るようにすることがより好ましい。
図6は、図2の構造において恒温プレート350を水平移動駆動モジュール400を通じて温度調節モジュールの下部に水平移動させて進入させた様子を示す図であり、図7は、図6の動作で恒温プレート350を外側に水平移動させて温度領域に変更を与えた様子を示すものである。すなわち、図6の構造では、第1ヒーティングブロックが第1温度を印加するように配置されれば、前記第1領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロックが回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応する。以後、図7のように、前記第2領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロックが回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応するように作動する様子を示すものである。
前記恒温プレート350の水平移動動作は、スライディング方式で具現され、かつ、前記恒温プレート350の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動するように具現することができる。
また、図6および図7を参照すると、これは、本発明による温度制御モジュールの底面を示す概念図であって、図示のように、恒温プレート350は、前記PCRプレート200と下部のスキャニングモジュール(不図示)(図1の参照符号500)との間に配置されるようにし、前記スキャニングモジュールから照射される励起光が照射して前記PCRプレート200に伝達され、蛍光が検出され得るように前記スキャニングモジュール500の光が誘導される光透過部hが貫通構造で多数設けられる。
したがって、本発明では、上述したスキャナを装着した一体型システムで核酸抽出、PCR過程と検出過程を一つのシステム内で具現することができ、多様な疾患診断に適用可能に分離型PCRプレート構造物を具現することができるようにする。
図8は、本発明に適用されるPCRプレート200の一具現例を示すものである。
図8を参照し、上述した図2および図3の概念図を参照すると、本発明による前記PCRプレート200は、プレート形状の表面にプライマー乾燥物が収容される少なくとも1以上の反応ウェルW1…Wnが具現される胴体部210と、前記胴体部210の一端から延び、前記核酸抽出カートリッジ100に内挿される構造で結合する。
特に、前記核酸抽出カートリッジ100で引き込まれるように前記PCR予備混合物が注入される注入ホールh1を備える挿入部220が具現される構造で具現され得る。また、前記PCRプレート200は、前記注入ホールh1と連結されて前記多数の反応ウェルに連結されるように前記胴体部の表面に設けられる流路部231を備える連結部230が設けられる構造で具現され得るようにする。
具体的に、前記PCRプレート200は、図8に示されたように、多数の反応ウェルW1…Wnが具現される胴体部210を備える。この場合、前記反応ウェルの場合、図示された構造では、8個の反応ウェルを備える構造で具現されたが、これに限定されるものではなく、少なくとも1個以上の個数を備える構造で具現することができることはもちろんであり、反応ウェルの構造も、胴体部210の表面を加工して凹状のパターン構造で具現することも可能である。
特に、本発明の好ましい実施例としては、図8のように、胴体部210の表面領域に一定の前記反応ウェルの領域を区切る隔壁パターン215が突出する構造で設けられるようにし、前記反応ウェル内に乾燥された状態で備えられるプライマーと核酸抽出カートリッジで注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物が反応ウェル内で分散して混合され得るようにする。
また、前記PCRプレート200は、前記多数の反応ウェルの上部を密封するカバー部材(不図示)を含んで構成され、前記カバー部材は、光透過性を有する透明な材質のフィルム素材を適用することができる。
前記カバー部材が反応ウェルの表面に密着して反応ウェルの内部を空洞部で具現することになれば、以後、核酸抽出カートリッジで注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物は、前記空洞部に存在する空気層を押し出して反応ウェルの内部に注入されることになる。
特に、本発明では、図8の構造のように、前記胴体部210内の反応ウェルと連結される流路部231が備えられるようにする。前記流路部は、注入ホールh1と連結される 始点231から前記胴体部210を経由して前記胴体部の末端部232まで延長するように具現され、かつ、前記末端部232で前記挿入部と反対になる方向の前記多数の反応ホールの端部とそれぞれ連結されるように具現され得るようにする。
すなわち、図2のように、挿入部の下部に設けられる注入ホールh1を通じて核酸抽出カートリッジが注入されることになる場合、流路の始点231から胴体部を横切る方向x1に流路が具現され、胴体部の末端地点で左右に分岐されて、それぞれの反応ウェルに入口と連結されるように具現することができる。このように流路を形成する理由は、カバー部材で密封される反応ウェルの領域には、内部に空気層が微量存在することになって、注入されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物が、図8の構造のように、胴体部の中心線cxを基準として、下部領域350から満ちることになり、空気層は、胴体部の上部領域Caに押されて上がることになる。
したがって、相対的に反応ウェルの下部領域CbにPCR反応が行われる混合物が配置されることになり、これは、本発明のヒーティングブロックが加圧を行う領域とスキャナモジュールの検出を行う領域が、装備の特性上、図8のように下部領域Cbでなされることになって、検出の精密度やPCR反応の効率性、温度制御の効率性の全部を高めることができるようにすることができる。
また、本発明において前記PCRプレート200は、光透過性が高い合成樹脂材で具現されるようにすることが好ましい。これは、上述したスキャナモジュールの機能によって光透過性が高い材質で構成して、検出の効率性を高めることができるようにするためである。
このような材質としては、透明PP、PE、PPA、PMMA、PCなど多様な合成樹脂材を適用することができるが、必ずこれらに限定されるものではなく、一定の光透過性を確保することができる材質であれば、適用が可能であるといえる。
ただし、前記PCRプレート200は、下部の恒温プレートで印加される熱源により一定の温度を維持することができるようになり、反応ウェル内に充填されるPCR(polymerase chain reaction)予備混合物または核酸溶液と乾燥されたプライマー/プローブまたはこれらを含むPCR反応物に直接印加される温度制御モジュールの温度維持の効率性のために、前記胴体部210の厚さは、1.0mm〜3.0mmの範囲で具現され得るようにする。1.0mm未満の厚さでは、第1温度を設定する高温の熱が胴体部の下部までに容易に伝達されて、恒温プレートとの熱干渉がなされて、温度制御が容易でなく、3.0mmを超過する場合には、反応ウェルに収容される物質に対する温度制御は容易であるが、下部の恒温プレートの温度制御が容易でないことになって、一定の温度維持が難しい短所が発生することになる。
すなわち、本発明では、図4および図5で詳述したように、前記第1ヒーティングブロック310と前記第2ヒーティングブロック320を自体回転させて、前記反応ウェルの表面に接する前記第1加圧面G1または第2加圧面G2は、前記隔壁パターン215の上部面と前記隔壁パターンをカバーするカバー部材と接触する構造で加圧して、設定温度を第1温度や第2温度にして反応物の温度を制御することになる。
また、前記PCRプレート200に対して温度循環を行う場合、図2および図3の構造による温度調節モジュールにおいて、第1温度に上げるためには、第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と対向するように回転運動し、PCRプレートの下部面は、前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後、第1ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧される。
また、第2温度に下げるためには、前記PCRプレート200の上部面が前記第2ヒーティングブロックと対向するように回転運動し、PCRプレート200の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後、第2ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧されて、前記PCRプレート200の上下面に同時加温と冷却が行われるように駆動されることになる。
このような動作によって、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を行うようにすることによって、単一温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することができるので、ターゲット内に入っているプレートの加熱時間を上下面に同時に具現される方法を取るので、検査時間を1/2に減らすことができる長所が具現される。
図9〜図12は、このような恒温プレートと水平移動駆動モジュールの構造および作動方式を詳細に説明するための図である。
図9は、図2および図3で恒温プレート350が保持された構造を示すものであり、図10は、恒温プレート構造のみを分離した構造を示すものである。
図9および図10を参照すると、本発明の実施例による恒温プレート350は、図2および図3に示された温度調節モジュールを構成するヒーティングブロック構造物の下部に配置され、PCRプレート200が配置された後、上部で温度調節モジュール300の第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320が回転動作と上下移動動作によってPCRプレートを加圧する場合、第1ヒーティングブロック310や第2ヒーティングブロック320の温度と同じ温度を有するように機能することができるようにする。
前記恒温プレート350は、図9に示されたように、第1温度を維持する前記第1領域a1と第2温度を維持する前記第2領域a2とを区切る離隔部Ssが設けられ、前記離隔部Ssの両側端a3、a4を基準として前記第1領域a1と前記第2領域a2が連結される構造で具現される。
前記恒温プレート350の一端には、コネクター構造物Ca、Cbが装着されて電源印加または制御信号を伝達できるようにする。
特に、前記恒温プレート350の水平移動動作は、スライディング方式で具現され、かつ、前記恒温プレート350の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動するように具現して、構造の簡素化を具現することはもちろん、移動性を増進することができるようにする。
この場合、第2領域a2部分には、透過ホールHを設けて増幅された反応物の濃度をスキャニングするスキャニングモジュール500の検出光を透過することができるように具現することもできる。
前記第1領域a1と前記第2領域a2には、温度センサーSa、Sbを設けて当該領域の温度を測定し制御管理することができるようにすることができる。
図11は、図10の下部面を示すものであって、制御信号と電源を印加する接続コネクター部Cc、Cdが設けられ、温度センサーSa、Sbを設けて第1温度および第2温度の恒温維持を具現することができるようにする。
恒温プレートの第1領域や第2領域の温度維持は、多様な加熱手段、熱線や加熱抵抗体などの多様な手段をプレートの内部に装着する方式を使用することもできるが、本発明の好ましい実施例では、エポキシ印刷回路に電極と温度センサー回路を具現し、電極の間に発熱ペイントを塗布した後、第1領域と第2領域に該当する金属板をそれぞれの温度センサーと発熱ペイントに密着するように接着して、このような効果を具現することができるようにする。
図12は、図6および図7で上述した作動方式をより具体的に説明するための上部平面概念図である。
本発明では、前記PCRプレート200の下部に前記恒温プレート350を、水平移動する水平移動駆動モジュール400をさらに含んで構成され得るようにする。
前記水平移動駆動モジュール400は、図2および図3に示されたように、恒温プレート350の一端に結合する移動バー420と駆動モーター部410、そして前記駆動モーター部410の回転力を前記移動バー420の水平移動力に切り替える切替プレート430を含んで構成され得ることは、上述したことがある。
図12に示されたように、核酸抽出カートリッジに挿入されて流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジで抽出された核酸溶液は、注入ホールh1に注入されることになり、注入された抽出核酸溶液は、以後、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物の乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに注入させて収容するPCRプレート200に移動することになる。
以後、前記PCRプレート200の反応ウェル部分に第1温度または第2温度を形成するための本発明の温度調節モジュールが回転して下降することになる。
この場合、水平移動駆動モジュール400は、前記恒温プレート350を温度調節モジュール300の下部方向に水平移動することができるようにし、水平移動駆動モジュール400を通じてヒーティングブロックを通じてPCRプレートを加圧時に前記ヒーティングブロックの温度に対応する設定温度(第1温度または第2温度)を有する領域が対応するようにスライディング構造で水平移動することになる。
この場合、前記第1領域a1がPCRプレート200の下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロック(図2、310)が回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応し、以後、ヒーティングブロックが下降してPCRプレートの上部面と接触することになる。
また、前記第2領域a2がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロック(図2、320)が回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応するように作動し、以後、ヒーティングブロックが下降してPCRプレートの上部面と接触することになる。
つまり、PCRプレート200に対して温度循環を行う場合、第1温度に上げるためには、第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と対向するように回転運動し、PCRプレートの下部面は、前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後、第1ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧されるように駆動する。
また、さらに、第2温度に降りるためには、前記PCRプレート200の上部面が前記第2ヒーティングブロックと対向するように回転運動し、PCRプレート200の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後、第2ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧されて、前記PCRプレート200の上下面に同時に加温と冷却が行われるように駆動することになる。
このように、PCRプレートの上下面に同時に接触加圧を行うようにすることによって、単一温度に維持される恒温プレート方式に比べて2倍の効率を具現することになる。
以下では、上述した本発明におけるPCRプレートに核酸抽出物を含むPCR(polymerase chain reaction)予備混合物を具現する核酸抽出カートリッジを図13〜図19を参照して説明することとする。
図13は、本発明の核酸抽出カートリッジの斜視概念図であって、上述したPCRプレートが挿入結合された構造を示すものである。図10は、図9の分離斜視図であり、図11は、図10の構造でカートリッジ蓋体R1の内部構造を示すものである(本実施例では、遺伝子増幅プレートの反応ウェルが2個である構造を例示して説明することとする)。
図13〜図15を参照すると、本発明による核酸抽出カートリッジ100は、DNA抽出に必要な溶液の入った多数の隔壁構造の収容部22、23、24、25、26を備えるカートリッジ蓋体R1と、前記蓋体R1と挿入構造で結合し、前記収容部で引き込まれる溶液を試料と反応または洗浄する反応収容部11が設けられるカートリッジ本体部R2とを含んで構成され得る。
この場合、前記反応収容部11で精製されたPCR予備混合物を前記カートリッジ本体部R2に内挿される構造で結合される前記PCRプレート200の注入ホールh1に注射するピストン18を備えて構成される。
このような本発明の核酸抽出カートリッジの作用を図14および図15、図17を参照して説明すると、次の通りである。図16は、図13の透明斜視図を図示して結合後の内部構造を示すものである。
本発明の核酸抽出カートリッジは、本体部R2の底面に、内部に流路19−1が形成されたロータリーバルブ19が装着されていて、このロータリーバルブを回転させると、カートリッジ本体R2の各収容部11、12、13、14、15、16、17の空間と前記ロータリーバルブ19の流路を連結させることができる。特定の収容部に流路を連結させた後、ピストン18を作動させて、収容部に入れられた溶液を取り、他の収容部あるいはPCRプレート200に物質を移送することができるように設計された。
図14および図15に示されたように、前記カートリッジ蓋体R1の内部には、DNA抽出に必要なそれぞれの溶液の入った収容部22、23、24、25、26が形成されており、この収容部の底面は、フィルムなどで密封されていて、本体収容部の貫通針(図12の10−1構成)により容易に貫通され得るように設計された。また、5個の孔21−1、21−2、27、28、29が形成されている。
前記カートリッジ蓋体R1の第1収容部22には、バインディングバッファー(Binding buffer)、第2収容部23には、第1洗浄バッファー、第3収容部24には、第2洗浄バッファー、第4収容部25には、第3洗浄バッファー、第5収容部26には、溶出バッファー(Elution buffer)が入っている。
PCRプレート200は、透明なプラスチック材質[ポリエチレン、ポリプロピレン、PETなど]のフィルムで覆われており、反応ウェルの内部には、乾燥されたPCRプライマー/プローブまたはこれらを含むPCR混合物が入っている構造であり、これは、上述した図8で詳述した構造と同じである。
本発明の核酸抽出カートリッジの作用は、次のような順序に進行され得る。
1.生体試料の投入
カートリッジ本体部R2、カートリッジ蓋体R1およびPCRプレート200が結合された状態で後述する自動化装備に装着され、図14に示された第1孔21−1に生体試料(血液)が投入される。
2.細胞から核酸の流出およびビーズとの結合
図17に示されたように、カートリッジ本体部R2の下部に配置されたロータリーバルブ19の回転およびピストン18の作用を通じて第1収容部22のバインディングバッファーが反応収容部11に投入されて、生体試料およびマグネチックタブレットMTのビーズ(シリカがコーティングされたマグネチックビーズ)と混ざる。
本発明において使用されるマグネチックタブレットMTは、カートリッジ本体部R2の前記反応収容部11の内部に延びる貫通管路の末端部にマグネチックタブレットMTが装着されて、生体試料に含有された細胞から抽出される核酸が前記マグネチックタブレットが溶解して分散したマグネチックビーズの表面と核酸が結合するようにする機能を行う。
この際、前記のマグネチックタブレットの代わりに、バインディングバッファーに前記マグネチックビーズを懸濁させて使用してもよい。
以後、カートリッジ本体部R2の密閉された第2孔21−2に振動子(sonication tip)が投入されて超音波が加えられれば、プラスチックを通じて超音波が伝達されて、生体試料、タブレットおよびバインディングバッファーが混合されて反応液が均質化され、この際、生体試料に含有された生体組織も破砕されて、核酸が流出され、流出された核酸は、ビーズの表面に結合される。
カートリッジ本体部R2の第3孔27にマグネチックバー(magnetic bar)が投入されれば、ビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて残りの反応液が第1収容部に移される。
3.1次洗浄
図16に示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて第2収容部23の第1洗浄バッファー(Washing buffer)が反応収容部11に投入されて核酸が結合されたビーズと混ざる。
以後、図14の第3孔27からマグネチックバーが除去され、第2孔21−2に振動子に超音波が加えられれば、1次洗浄が行われる。この1次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
第3孔27にマグネチックバーが投入されて、ビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて1次洗浄液が第2収容部23に移される。
4.2次洗浄
図16に示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて第3収容部24の第2洗浄バッファーが反応収容部11に投入されて、核酸が結合されたビーズと混ざる。
以後、図14の第3孔27からマグネチックバーが除去され、第2孔21−2に振動子に超音波が加えられれば、2次洗浄が行われる。この2次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
前記第3孔27にマグネチックバーが投入されて、ビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて2次洗浄液が第3収容部24に移される。
5.3次洗浄
図16に示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて第4収容部25の第3洗浄バッファーが反応収容部11に投入されて、核酸が結合されたビーズと混ざる。
以後、図14の第3孔27でマグネチックバーが除去され、第2孔21−2に振動子に超音波が加えられれば、3次洗浄が行われる。この3次洗浄により核酸以外にビーズに非特異的に結合された物質が洗浄される。
前記第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて3次洗浄液が第4収容部25に移される。
6.核酸の溶出
図16に示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて第5収容部26の溶出バッファーが反応収容部11に投入されて、核酸が結合されたビーズと混ざる。
以後、図14の第3孔27からマグネチックバーが除去され、第2孔21−2に振動子が投入されて超音波が加えられれば、ビーズの表面に結合されていた核酸が溶出バッファーに溶解する。
7.PCR予備混合物の生成
第3孔27にマグネチックバーが投入されてビーズが反応収容部の壁面に固定され、ロータリーバルブの回転および小さいピストンを選択して、これを用いて核酸が溶解した溶出バッファーが第6収容部17に投入されて、第6収容部に入れられたPCR材料[ポリメラーゼ(polymerase)、dNTPなどの混合物]と混ざり、これに伴い、PCR予備混合物が生成される。本発明において使用される「PCR予備混合物」は、以上の物質で具現されるものと定義して使用する。前記過程は、プライマー/プローブを含んでいるPCR反応物がPCRプレートの各ウェルに乾燥されている場合、省略され、核酸溶出液を下記のようにすぐにPCRプレートに注入する。
8.PCRプレートへの伝達
図16に示されたカートリッジ本体部R2のロータリーバルブの回転およびピストンの作用を通じて第6収容部に生成されたPCR予備混合物がPCRプレート200に投入されて、PCRプレート200に入れられたプライマー/プローブと混ざる。このような投入過程は、図19に示されたように、ピストン18の加圧によってロータリーバルブの流路Yに沿って移動して、注入ホールh1に注入されることになる。
以後、第4孔29に加熱棒が投入されて、PCR反応プレートの入口部分のカバーフィルムが加圧加熱され、これに伴い、PCR反応プレートが密封される。
9.PCR反応
最終的に、PCRプレート200には、生体試料から抽出された核酸、ポリメラーゼ(polymerase)、dNTP、プライマー/プローブおよびその他緩衝液が含有された状態となる。
したがって、このPCRプレート200に前述した本発明の温度制御モジュールを通した加圧式熱印加を通じてPCR反応が行われるようにする。
図20〜図23は、上述した本発明によるポリメラーゼ連鎖反応システムを構成する装置全体的な構造と配置構成を示すものである。
図20のように、本発明によるポリメラーゼ連鎖反応システムに核酸抽出カートリッジが内部に装着されれば、側面には、上述したPCRプレート200が保持されることになる。前記PCRプレート200の胴体部に該当する反応ウェルが存在する部分は、外部に露出し、その上部に上述した温度制御モジュール300が配置されることになる。
図21は、図20における本発明の主要部の結合配置図を拡大したものであり、図22は、図21の部分の垂直断面概念図を図示して要部構成の配置を示すものである。図23は、図22の側面斜視断面概念図を示すものである。
図21〜図23に示されたように、本発明による核酸抽出カートリッジ100の内部から抽出された核酸を含むPCR予備混合物は、反応ウェルが具現されたPCRプレート200に注入されることになる。前記PCRプレート200の上部には、前記反応ウェルの表面に対応する第1加圧面G1が具現され、加熱ユニットにより熱変性(denaturation)に必要な温度に維持される第1ヒーティングブロック310が配置され、これと結合されて、軸Sを基準として回転によって加圧される領域が変更される構造で具現することができる第2ヒーティングブロック320が対向して配置される。これに伴い、反応ウェルに注入されたPCR予備混合物は、熱変性に必要な第1温度(95℃)や、結合(annealing)に必要な第2温度(55℃)に符合するように、ヒーティングブロックにより直接加熱されることになる。
また、図22および図23に示されたように、PCRプレート200の下部には、恒温プレート350が配置されて、PCRプレート200の温度を一定の温度水準で維持されるようにする。
前記恒温プレート350の下部には、スキャニングモジュール500が配置されて、光照射部E1により照射される光Lが、恒温プレート350の光透過部Hを経由してPCRプレート200に到達することになって、蛍光検出が行われることになる。
本発明の実施例では、上述したように、温度制御モジュールにより第1温度(例えば95℃)の第1ヒーティングブロックを密着して温度を上昇させる場合や、第2温度(例えば55℃)の第2ヒーティングブロックを密着する場合、PCRプレート200が一定の温度範囲に維持される状態であれば、内部増幅反応物の温度制御が非常に容易になるので、上述した恒温プレートの温度を第2温度に一定に維持することが、反応の信頼性を高めるための大変重要な要因として作用することになる。PCRプレートの温度を95℃に上げる場合、第1温度ブロックと第1高温区域を密着させて熱伝達速度を増加させてPCRプレートの温度を2〜3秒内に迅速に95℃に到達させることができる。
RNAターゲットを検出するRT/PCRを行う場合、RT−PCR反応乾燥物が入っているPCR予備混合物やPCRプレートを使用する。低温ブロックをRT反応温度に調節して、PCR反応プレートに密着した後、RT反応時間だけ維持して、逆転写反応を行った後、前記PCR反応を行うことができる。
前記PCR反応を通じて増幅された核酸の存在有無あるいは増幅された核酸の濃度を決定してこの情報を診断に用いることができるが、この際、増幅された核酸の存在有無あるいは濃度は、通常の核酸検出方法を用いて達成することができる。
例えば、DNA挿入(intercalation)染料であるDNAマイナーグローブ挿入蛍光染料であるサイバーグリーン(SYBR green)を使用する方法、多様な蛍光と消光体が付着されたプローブを使用して多様な波長帯の励起光と当該蛍光をスキャニングする方法などが用いられるが、これに制限されるものではない。
以上では、本発明を好ましい実施例に基づいて説明したが、本発明の技術的思想は、これに限定されず、請求項に記載された範囲内で変形や変更実施可能であることは、本発明の属する技術分野における通常の知識を有する者に明白なことであり、そのような変形や変更は、添付の特許請求範囲に属すると言える。

Claims (17)

  1. 核酸抽出試薬を媒介として生体試料の核酸を抽出する、核酸抽出カートリッジ(100)と;
    前記核酸抽出カートリッジに流路が連結される構造で結合し、前記核酸抽出カートリッジ(100)で抽出された核酸溶液を供給されて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマープローブが含まれたPCR混合物の乾燥物が収容された少なくとも1以上の反応ウェルに収容するPCRプレート(200)と;
    前記PCRプレート(200)の上部に配置され、前記反応ウェル(W)に隣接して互いに異なる温度を印加し、回転動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック(310、320)を含む温度制御モジュール(300)と;
    を含むポリメラーゼ連鎖反応システム。
  2. 前記温度制御モジュール(300)は、
    前記反応ウェルの表面に対応する第1加圧面(G1)が具現され、熱変性(denaturation)に必要な第1温度に維持される第1ヒーティングブロック(310)と;
    前記第1ヒーティングブロック(310)と対応する位置に離隔して配置され、前記反応ウェルの表面に対応する第2加圧面(G2)が設けられ、結合(annealing)に必要な第2温度に維持される第2ヒーティングブロック(320)と;
    前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の回転動作または上下移動動作を具現する駆動モジュール(330)と;を含む、請求項1に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  3. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の間の熱輻射伝導を制御する冷却ファンユニット(340);をさらに含む、請求項2に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  4. 前記第2ヒーティングブロック(320)は、
    前記第2加圧面(G2)の反対側の上部に具現される冷却パターン部(321)をさらに含む、請求項3に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  5. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)は、
    温度センサーと加熱ユニットを通じて前記第1温度または前記第2温度に設定温度を維持する、請求項3に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  6. 前記駆動モジュール(330)は、
    前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)を自体回転させて、前記反応ウェルの表面に接する前記第1加圧面(G1)または第2加圧面(G2)に変更させる駆動軸(S)を含む回転モジュールと;
    前記駆動軸(S)と直交する方向への前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の上下移動を具現する駆動フレーム(332)と、前記駆動フレームが貫通する構造で配置されるガイドフレーム(334)とを含む上下移動モジュールと;を含む、請求項3に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  7. 前記駆動フレームの内部に内挿される構造で配置されて、前記第1ヒーティングブロック(310)または前記第2ヒーティングブロック(320)と前記反応ウェルの表面の接触時に前記駆動フレームが上方向に復元力を印加する第1弾性部材(333);をさらに含む、請求項6に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  8. 前記第1ヒーティングブロック(310)と前記第2ヒーティングブロック(320)の上部に離隔配置され、両端にガイドフレームの直径より大きくホールを備えて、一対のガイドフレーム(334)に挿入された後、ガイドフレームに備えられたピンによりガイドフレームから離脱を防止しつつ、駆動フレームの上下移動が可能にし、下方向に圧力を加えるとき、前記反応ウェルの表面の接触時に緩衝力を印加する第2弾性部材(335);をさらに含む、請求項7に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  9. 核酸溶液を供給されて、プライマーまたはプライマー/プローブまたはプライマー/プローブが含まれたPCR混合物の乾燥物が収容されたPCRプレート(200)の上部に互いに異なる第1温度および第2温度を印加するように、回転動作および上下移動動作が可能な一対のヒーティングブロック(310、320)を含む温度制御モジュール(300)と;
    前記PCRプレート(200)の下部に配置されて、前記PCRプレート(200)の温度を前記第1温度または前記第2温度に維持する恒温プレート(350)と;をさらに含む、ポリメラーゼ連鎖反応システム。
  10. 前記恒温プレート(350)は、
    第1温度に加温される第1領域と、前記第1領域と離隔する第2温度に加温される第2領域とを含み、
    前記恒温プレート(350)を前記PCRプレート(200)の下部に水平移動する水平移動駆動モジュールをさらに含む、請求項9に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  11. 前記恒温プレート(350)は、
    前記第1領域と前記第2領域を区切る離隔部(Ss)が設けられ、
    前記離隔部(Ss)の両側端を基準として前記第1領域と前記第2領域が連結される構造である、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  12. 前記恒温プレート(350)は、
    PCB基板に温度センサーと発熱素子回路を形成し、発熱素子と温度センサーが密着するように第1領域と第2領域に該当するそれぞれの金属板を接着する、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  13. 前記恒温プレート(350)の水平移動動作は、スライディング方式で具現され、かつ、
    前記恒温プレート(350)の側面部と接触するスライディングテープと接触して移動する、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  14. 前記第1領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第1ヒーティングブロックが回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応し、
    前記第2領域がPCRプレートの下部に水平移動して配置される場合、前記第2ヒーティングブロックが回転して前記PCRプレートの上部面と対向するように対応するように作動される、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  15. 前記PCRプレート(200)に対して温度循環を行う場合、
    第1温度に上げるためには、第1ヒーティングブロックがPCRプレートの上部面と対向するように回転運動し、PCRプレートの下部面は、前記恒温プレートの第1領域が水平移動した後、第1ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧され、
    第2温度に下げるためには、前記PCRプレート(200)の上部面が前記第2ヒーティングブロックと対向するように回転運動し、PCRプレート(200)の下部面では、前記恒温プレートの第2領域が水平移動した後、第2ヒーティングブロックが下方へ移動して接触加圧されて、
    前記PCRプレート(200)の上下面に同時に加温と冷却が行われるように駆動される、請求項14に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  16. 前記恒温プレート(350)は、
    少なくとも一つ以上の箇所で前記恒温プレートの温度をセンシングする温度センサー(T1、T2)と、設定温度の変化を制御する制御モジュール(Cp)とを含む温度センサー部(351);をさらに含む、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
  17. 前記PCRプレート(200)の下部に配置されて、前記反応ウェル(W)で増幅された反応物の濃度を多様な波長帯の励起光と当該蛍光をスキャニングするスキャニングモジュール(500)を含み、
    前記恒温プレート(350)に前記スキャニングモジュール(500)の検出光が誘導される光透過部(H)が貫通構造で多数個設けられる、請求項10に記載のポリメラーゼ連鎖反応システム。
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