JP2021009135A - 情報処理装置、情報処理装置の制御方法、及びプログラム - Google Patents
情報処理装置、情報処理装置の制御方法、及びプログラム Download PDFInfo
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Abstract
Description
本実施形態における試料とは、複数種の化合物を含む混合物である。本実施形態では、試料は、被検物質と夾雑物とを含む混合物である。また、混合物の成分が特定されている必要はなく、未知の成分が含有されていてもよい。例えば、血液、尿、唾液などの生体由来の混合物でもよいし、飲食物でもよい。生体由来のサンプルの分析は、サンプル提供者の健康状態を知るための手がかりを含むため、その分析は医学的に価値がある。
本実施形態における被検物質とは、試料に含まれる1以上の既知の成分である。被検物質は、タンパク質、DNA、ウイルス、菌類、水溶性ビタミン類、脂溶性ビタミン類、有機酸類、脂肪酸類、アミノ酸類、糖類、農薬、及び環境ホルモンからなる群より選択される少なくとも1種であることが好ましい。
本実施形態における定量的な情報としては、試料中の被検物質の量、試料中の被検物質の濃度、試料中の被検物質の有無などが挙げられる。また、その他の定量的な情報としては、被検物質の基準量に対する、試料中の被検物質の量又は濃度の比率、試料中の被検物質の量又は濃度の比率などが挙げられる。
本実施形態におけるスペクトル情報とは、クロマトグラム、光電子スペクトル、赤外線吸収スペクトル(IRスペクトル)、核磁気共鳴スペクトル(NMRスペクトル)、蛍光スペクトル、蛍光X線スペクトル、紫外/可視吸収スペクトル(UV/Visスペクトル)、ラマンスペクトル、原子吸光スペクトル、フレーム発光スペクトル、発光分光スペクトル、X線吸収スペクトル、X線回折スペクトル、常磁性共鳴吸収スペクトル、電子スピン共鳴スペクトル、熱分析スペクトルなどのことである。
次に、図1を用いて、本実施形態における情報処理システムを説明する。図1は、本実施形態に係る情報処理装置を含む情報処理システムの全体構成を示す図である。
本実施形態における学習モデルとは、回帰学習モデルであり、深層学習などの機械学習によって生成されたものを用いることができる。機械学習アルゴリズムに教師データを用いて学習を行い、適切な予測が行えるように構築したものをここでは学習モデルと呼ぶ。学習モデルに用いる機械学習アルゴリズムには多様な種類がある。例えば、ニューラルネットワークを用いた深層学習を使用することができる。ニューラルネットワークは、入力層、出力層、及び複数の隠れ層から構成され、各層は、活性化関数と呼ばれる計算式で結合されている。ラベル(入力に対応する出力)付き教師データを用いる場合、入力と出力の関係が成り立つように活性化関数の係数を決定していく。複数の教師データを用いて係数を決定することで、高い精度で入力に対する出力を予測できる学習モデルを生成することができる。
分析装置23は、試料や被検物質などを分析するための装置である。分析装置23は、分析手段の一例に相当する。なお、前述したように、本実施形態では、情報処理装置10と分析装置23とが通信可能に接続されている。しかし、情報処理装置10の内部に分析装置23を備える形態であってもよいし、分析装置23の内部に情報処理装置10を備える形態であってもよい。さらに、不揮発メモリなどの記録媒体を介して分析結果(スペクトル情報)を分析装置23から情報処理装置10へ受け渡す形態であってもよい。
制御部37は、例えば、少なくとも1つのCPU(Central Processing Unit)などで実現され、情報処理装置10における処理を統括制御する。制御部37は、その機能的な構成として、受付部48、スペクトル情報選択部47、スペクトル情報取得部41、学習モデル生成部42、学習モデル取得部43、推定部44、情報取得部45、及び表示制御部46を具備する。
受付部48では、分析装置23から得られる分析結果、具体的には試料のスペクトル情報などを取得することができる。また、受付部48では、あらかじめ分析結果を格納したデータベース(図中のデータベース22)を用意し、データベースから分析結果、すなわち試料のスペクトル情報を取得してもよい。
スペクトル情報選択部47では、被検物質と夾雑物とを含む試料の分析結果、具体的には複数の試料のスペクトル情報を分析装置23から取得し、複数の試料のスペクトル情報から少なくとも2以上のスペクトル情報を選択する。なお、あらかじめ分析結果が格納されたデータベース22から、複数の試料のスペクトル情報を取得し、複数の試料のスペクトル情報から少なくとも2以上のスペクトル情報を選択してもよい。
スペクトル情報取得部41は、スペクトル情報選択部47で選択した試料、及び被検物質のスペクトル情報をそれぞれ結合させたコネクテッドスペクトル情報を取得する。ここで、コネクテッドスペクトル情報とは、測定した複数のスペクトルのデータを結合させて得られる情報のことである。例えば、スペクトルを取得する際に測定波長を選択できる場合、複数の波長で測定した複数のスペクトルのデータを結合させて得られる情報のことである。そして、スペクトル情報取得部41は、取得した試料のコネクテッドスペクトル情報を、推定部44に出力する。また、取得した被検物質のコネクテッドスペクトル情報を学習モデル生成部42に出力する。
学習モデル生成部42は、スペクトル情報取得部41が取得した複数の被検物質のスペクトル情報を結合させたコネクテッドスペクトル情報を用いて教師データを生成する。そして、学習モデル生成部42は、教師データを用いて深層学習を実行し、学習モデルを生成する。教師データの生成及び学習モデルの生成に関する詳細な説明は、後述する。そして、学習モデル生成部42は、生成した学習モデルを学習モデル取得部43へ出力する。なお、学習モデル生成部42は、生成した学習モデルをデータベース22へ出力してもよい。
学習モデル取得部43は、学習モデル生成部42が生成した学習モデルを取得する。なお、学習モデルがデータベース22に格納されている場合には、学習モデル取得部43は、データベース22から学習モデルを取得する。そして、学習モデル取得部43は、取得した学習モデルを推定部44へ出力する。
推定部44は、学習モデル取得部43が取得した学習モデルに、スペクトル情報取得部41が取得した試料のスペクトル情報を結合させたコネクテッドスペクトル情報を入力することにより、試料に含まれる被検物質の定量的な情報を学習モデルに推定させる。そして、推定部44は、推定された定量的な情報を、情報取得部45へ出力する。推定部44は、試料のスペクトル情報を学習モデルに入力することにより、被検物質の定量的な情報を推定する推定手段の一例に相当する。
情報取得部45は、学習モデルが推定した定量的な情報を取得する。すなわち、情報取得部45は、被検物質と夾雑物とを含む試料のコネクテッドスペクトル情報を学習モデルに入力することにより推定された、被検物質の定量的な情報を取得する情報取得手段の一例に相当する。そして、情報取得部45は、取得した定量的な情報を表示制御部47へ出力する。
表示制御部46は、情報取得部45が取得した定量的な情報を表示部36に表示させる。表示制御部47は、表示制御手段の一例に相当する。
まず、分析装置23は、被検物質単体を分析する(ステップS1)。分析条件は、感度や分析時間などの観点から適宜選択すればよい。その際、被検物質の濃度を何通りか変化させて分析する。どの程度の数が必要であるかは、物質の性質などによっても異なるが、一般的に3点以上変化させることが好ましい。被検物質が複数種ある場合は、それぞれ分析することが好ましいが、被検物質同士の信号が十分に分離できる場合は、同時に測定してもよい。また、被検物質単体の分析結果には、複数のスペクトル情報が含まれている。スペクトル情報には、測定波長が異なるスペクトル情報が含まれていることが好ましい。
分析装置23は、被検物質と夾雑物とを含む目的試料を分析する(ステップS2)。測定条件は、前記ステップS1と同一条件で設定する。目的試料の分析結果には、複数のスペクトル情報が含まれている。スペクトル情報には、測定波長が異なるスペクトル情報が含まれていることが好ましい。また、分析装置23が目的試料を分析するタイミングは、ステップS3におけるスペクトル情報の選択よりも前に実行されればよく、どのようなタイミングであってもよい。
スペクトル情報選択部47は、ステップS1で得られた被検物質単体の分析結果に含まれる複数のスペクトル情報、及びステップS2で得られた目的試料の分析結果に含まれる複数のスペクトル情報から、2以上のスペクトル情報を選択する。そして、選択した被検物質単体のスペクトル情報を結合させた被検物質単体のコネクテッドスペクトル情報、及び選択した目的試料のスペクトル情報を結合させた目的試料のコネクテッドスペクトル情報を得る。
続いて、学習モデル生成部42は、ステップS3で得られた被検物質単体のコネクテッドスペクトル情報を用いて、複数の教師データを生成する。
続いて、推定部44は、上記ステップS4で生成された学習モデルを、ステップS3で得られた目的試料のコネクテッドスペクトル情報に適用して、被検物質の量を推定する。その際、量は、表示部36において表示する形式に換算する。表示部において表示する形式としては、g/L、mol/Lなどの濃度でもよいし、標準量に対する割合でもよい。
次いで、表示部は、上記ステップS5において推定された被検物質の量を表示し、ユーザに提示する。その際、グラフ形式や表形式に整理して表示してもよい。
以下に、実施例および比較例を挙げて本発明をより詳細に説明する。なお、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
以下、上述したデータ処理の手法の効果を評価するために、バニリルマンデル酸(VMa)とクレアチニン(Cre)との混合物中のVMaの定量に上述した手法を適用した例である。ここで、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)により得られるクロマトグラムの縦軸は信号強度(AU)であり、横軸は時間(秒)である。以下、試料の注入からある化合物が検出器で検出されるまでに要する時間をその化合物の保持時間(リテンションタイム)という。
まず、VMa(10μg/mL)とCre(10μg/mL)をそれぞれHPLCで分析して、3つの波長(210nm、230nm、245nm)におけるクロマトグラムを得た(図5参照)。図5より、VMaとCreのリテンションタイムがほぼ同じであることが判明した。
次に、教師データを作成した。濃度の異なるVMa(0.00μg/mL、2.00μg/mL、4.00μg/mL、6.00μg/mL、8.00μg/mL、10.00μg/mL)とCreをそれぞれ混合した混合物において、3つの波長(210nm、230nm、245nm)におけるクロマトグラムをそれぞれ準備した。その際、Creの濃度は、10μg/mL以下の範囲で無作為に選んだものである。そして、各混合物において測定された3つの波長のクロマトグラムを結合させ、シミュレーションクロマトグラムを作成した。図8及び9を用いて、詳細に説明する。
作成した教師データをもとに、機械学習を行い、学習モデルを生成した。機械学習の手法としては、全結合ニューラルネットワークを用い、活性化関数としてrelu関数、及びlinear関数を用いた。損失関数として平均二乗誤差を用い、最適化アルゴリズムにはAdamを用いた。十分な定量精度を得るためには、100エポック程度の繰り返し演算が必要であった。
濃度の異なるVMa(2.00μg/mL、4.00μg/mL、6.00μg/mL、8.00μg/mL、10.00μg/mL)と濃度の異なるCre(4.00μg/mL、10.00μg/mL)をそれぞれ混合した混合物において、3つの波長(210nm、230nm、245nm)におけるクロマトグラムをそれぞれ準備した(図6参照)。そして、各混合物で測定された3つの波長のクロマトグラムを結合させて、シミュレーションクロマトグラムを作成した。
測定するクロマトグラムの波長を3種から2種(230nm、245nm)に変更したこと以外は、実施例1と同様の方法で学習モデルを用いた精度の確認を行った。各シミュレーションクロマトグラムを生成した学習モデルに適用し、VMaに対応するピークの高さを予測した。表2には、その予測結果と相関係数について記載する。このように、VMaの仕込み量とVMaの予測値との間の相関係数R2の値が0.634と大きく、VMaの定量的な情報を高精度に予測できたことを示している。
測定するクロマトグラムの波長を3種から1種(230nm)に変更したこと以外は、実施例1と同様の方法で学習モデルを用いた精度の確認を行った。各シミュレーションクロマトグラムを生成した学習モデルに適用し、VMaに対応するピークの高さを予測した。表3には、その予測結果と相関係数について記載する。このように、VMaの仕込み量とVMaの予測値との間の相関係数R2の値が0.069と小さく、VMaの定量的な情報を高精度に予測できなかったことを示している。
測定するクロマトグラムの波長を3種から1種(245nm)に変更したこと以外は、実施例1と同様の方法で学習モデルを用いた精度の確認を行った。各シミュレーションクロマトグラムを生成した学習モデルに適用し、VMaに対応するピークの高さを予測した。表4には、その予測結果と相関係数について記載する。このように、VMaの仕込み量とVMaの予測値との間の相関係数R2の値が0.035と小さく、VMaの定量的な情報を高精度に予測できなかったことを示している。
以下、上述したデータ処理の手法の効果を評価するために、VMaとCreの両方の定量に上述した手法を適用した例である。
教師データを作成した。濃度の異なるVMa(0.00μg/mL、2.00μg/mL、4.00μg/mL、6.00μg/mL、8.00μg/mL、10.00μg/mL)とCreをそれぞれ混合した混合物において、2つの波長(230nm、245nm)におけるクロマトグラムをそれぞれ準備した。その際、Creの濃度は、10μg/mL以下の範囲で無作為に選んだものである。そして、各混合物において測定された2つの波長のクロマトグラムを結合させ、シミュレーションクロマトグラムを作成した。
作成した教師データをもとに、機械学習を行い、学習モデルを生成した。機械学習の手法としては、全結合ニューラルネットワークを用い、活性化関数としてrelu関数、及びlinear関数を用いた。損失関数として平均二乗誤差を用い、最適化アルゴリズムにはAdamを用いた。十分な定量精度を得るためには、100エポック程度の繰り返し演算が必要であった。
濃度の異なるVMa(2.00μg/mL、4.00μg/mL、6.00μg/mL、8.00μg/mL、10.00μg/mL)と濃度の異なるCre(約4.00μg/mL、約10.00μg/mL)をそれぞれ混合した混合物において、2つの波長(230nm、245nm)におけるクロマトグラムをそれぞれ準備した(図7参照)。そして、各混合物で測定された2つの波長のクロマトグラムを結合させて、シミュレーションクロマトグラムを作成した。
Claims (28)
- 被検物質と夾雑物とを含む試料の複数のスペクトル情報のうち、選択された2以上のスペクトル情報を学習モデルに入力することにより推定された、前記被検物質の定量的な情報を取得する情報取得手段を有することを特徴とする情報処理装置。
- 前記スペクトル情報の選択が、スペクトルを測定する波長に基づいて行われる請求項1に記載の情報処理装置。
- 前記選択されたスペクトル情報の数が、前記被検物質の種類の数よりも多い請求項1又は2に記載の情報処理装置。
- 前記スペクトル情報が、クロマトグラム、光電子スペクトル、赤外線吸収スペクトル、核磁気共鳴スペクトル、蛍光スペクトル、蛍光X線スペクトル、紫外/可視吸収スペクトル、ラマンスペクトル、原子吸光スペクトル、フレーム発光スペクトル、発光分光スペクトル、X線吸収スペクトル、X線回折スペクトル、常磁性共鳴吸収スペクトル、電子スピン共鳴スペクトル、及び熱分析スペクトルからなる群より選択される少なくとも1種である請求項1乃至3のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 前記試料の複数のスペクトル情報を取得するための分析を行う分析手段をさらに有する請求項1乃至4のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 前記分析手段が、クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、光電子分光法、赤外吸収分光法、核磁気共鳴分光法、蛍光分光法、蛍光X線分光法、可視・紫外線吸収分光法、ラマン分光法、原子吸光法、フレーム発光分光法、発光分光法、X線吸収分光法、X線回折法、電子スピン共鳴分光法、及び熱分析法からなる群より選択される少なくとも1種の手法を用いる請求項5に記載の情報処理装置。
- 前記学習モデルが、前記選択されたスペクトル情報に基づいて生成された学習用スペクトル情報と、前記選択されたスペクトル情報に基づいて特定される、前記被検物質の定量的な情報との複数の組を教師データとして用いて学習された学習モデルである請求項1乃至6のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 前記学習用スペクトル情報が、前記選択されたスペクトル情報とランダムノイズとを用いて生成される請求項7に記載の情報処理装置。
- 前記ランダムノイズが、複数のガウス関数の組み合わせによって得られる波形である請求項8に記載の情報処理装置。
- 前記被検物質が、タンパク質、DNA、ウイルス、菌類、水溶性ビタミン類、脂溶性ビタミン類、有機酸類、脂肪酸類、アミノ酸類、糖類、農薬、及び環境ホルモンからなる群より選択される少なくとも1種である請求項1乃至9のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 前記被検物質が、有機酸類である請求項10に記載の情報処理装置。
- 前記有機酸類が、バニリルマンデル酸、及びクレアチニンのいずれかである請求項10又は11に記載の情報処理装置。
- 前記定量的な情報が、前記試料中の前記被検物質の量、前記試料中の前記被検物質の濃度、前記試料中の被検物質の有無、前記被検物質の基準量に対する前記試料中の前記被検物質の濃度又は量の比率、及び前記試料中の前記被検物質の濃度又は量の比率からなる群より選択される少なくとも1種である請求項1乃至12のいずれか1項に記載の情報処理装置。
- 被検物質と夾雑物とを含む試料の複数のスペクトル情報のうち、選択された2以上のスペクトル情報を学習モデルに入力することにより推定された、前記被検物質の定量的な情報を取得する情報取得工程を有することを特徴とする情報処理装置の制御方法。
- 前記スペクトル情報の選択が、スペクトルを測定する波長に基づいて行われる請求項14に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記選択されたスペクトル情報の数が、前記被検物質の種類の数よりも多い請求項14又は15に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記スペクトル情報が、クロマトグラム、光電子スペクトル、赤外線吸収スペクトル、核磁気共鳴スペクトル、蛍光スペクトル、蛍光X線スペクトル、紫外/可視吸収スペクトル、ラマンスペクトル、原子吸光スペクトル、フレーム発光スペクトル、発光分光スペクトル、X線吸収スペクトル、X線回折スペクトル、常磁性共鳴吸収スペクトル、電子スピン共鳴スペクトル、及び熱分析スペクトルからなる群より選択される少なくとも1種である請求項14乃至16のいずれか1項に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記試料の複数のスペクトル情報を取得するための分析を行う分析工程をさらに有する請求項14乃至17のいずれか1項に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記分析工程が、クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、光電子分光法、赤外吸収分光法、核磁気共鳴分光法、蛍光分光法、蛍光X線分光法、可視・紫外線吸収分光法、ラマン分光法、原子吸光法、フレーム発光分光法、発光分光法、X線吸収分光法、X線回折法、電子スピン共鳴分光法、及び熱分析法からなる群より選択される少なくとも1種の手法を用いて行う請求項18に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記学習モデルが、前記選択されたスペクトル情報に基づいて生成された学習用スペクトル情報と、前記選択されたスペクトル情報に基づいて特定される、前記被検物質の定量的な情報との複数の組を教師データとして用いて学習された学習モデルである請求項14乃至19のいずれか1項に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記学習用スペクトル情報が、前記選択されたスペクトル情報とランダムノイズとを用いて生成される請求項20に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記ランダムノイズが、複数のガウス関数の組み合わせによって得られる波形である請求項21に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記被検物質が、タンパク質、DNA、ウイルス、菌類、水溶性ビタミン類、脂溶性ビタミン類、有機酸類、脂肪酸類、アミノ酸類、糖類、農薬、及び環境ホルモンからなる群より選択される少なくとも1種である請求項14乃至22のいずれか1項に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記被検物質が、有機酸類である請求項23に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記有機酸類が、バニリルマンデル酸、及びクレアチニンのいずれかである請求項23又は24に記載の情報処理装置の制御方法。
- 前記定量的な情報が、前記試料中の前記被検物質の量、前記試料中の前記被検物質の濃度、前記試料中の被検物質の有無、前記被検物質の基準量に対する前記試料中の前記被検物質の濃度又は量の比率、及び前記試料中の前記被検物質の濃度又は量の比率からなる群より選択される少なくとも1種である請求項14乃至25のいずれか1項に記載の情報処理装置の制御方法。
- 請求項1乃至13のいずれか1項に記載の情報処理装置の各手段としてコンピュータを機能させることを特徴とするプログラム。
- 被検物質と夾雑物とを含む試料の複数のスペクトル情報のうち、選択された2以上のスペクトル情報を学習モデルに入力することにより推定された、前記被検物質の定量的な情報を取得する情報取得手段を有する情報処理装置であって、
前記学習モデルが、前記選択された試料のスペクトル情報に基づいて選択された被検物質単体のスペクトル情報から生成された学習用スペクトル情報と、前記選択された被検物質単体のスペクトル情報から特定された定量的な情報とを関連付けて学習した学習モデルであることを特徴とする情報処理装置。
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