JP2020108370A - Detection of gene polymorphism of olfactory receptor gene and uses thereof - Google Patents
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Abstract
Description
本明細書は、嗅覚受容体遺伝子の遺伝子多型の検出及びその利用に関する。 The present specification relates to detection of genetic polymorphisms in olfactory receptor genes and uses thereof.
近年、嗅覚受容体遺伝子の一塩基多型（（single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）と嗅覚等の体質変化（老化を含む。））との関係が明らかになってきている（非特許文献１〜１４）。また、嗅覚受容体は、嗅上皮以外の脳、心蔵、肝臓、腎臓、精巣、卵巣等の組織でも発現していることが報告されている（非特許文献１５）。例えば、精巣で発現している嗅覚受容体ＯＲ１Ｄ２のＳＮＰが、精子走化症（不妊）に関与していることも明らかになっている（非特許文献１，２）。さらに、糖尿病やアルコール依存症に関連しているＳＮＰ（ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ５１Ｌ１）も見出されている（非特許文献１３，１４）。ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ４Ｆ１５は、ガン組織での発現も確認されており、ガンとの関連も推測されている（非特許文献１６）。さらにまた、２７種の嗅覚受容体のＳＮＰの機能評価も報告されている（非特許文献１７）。 In recent years, the relationship between single nucleotide polymorphisms (SNP) of olfactory receptor genes and constitutional changes (including aging) such as olfactory sense has been clarified (Non-patent Documents 1 to 14). .. It has been reported that olfactory receptors are also expressed in tissues other than olfactory epithelium such as brain, heart, liver, kidney, testis, ovary (Non-Patent Document 15). For example, it has been revealed that the SNP of the olfactory receptor OR1D2 expressed in the testis is involved in sperm chemotaxis (infertility) (Non-Patent Documents 1 and 2). Furthermore, SNPs (OR14J1, OR51L1) associated with diabetes and alcohol dependence have also been found (Non-patent Documents 13 and 14). Expression of OR1A2, OR1D2, and OR4F15 in cancer tissues has also been confirmed, and their association with cancer has been speculated (Non-Patent Document 16). Furthermore, functional evaluation of SNPs of 27 kinds of olfactory receptors has been reported (Non-patent document 17).
また、近年、遺伝子、環境、ライフスタイルに関する個人毎の相違を考慮した予防や治療法（Personalized Healthcare，Personalized Medicine）の開発が進められている。将来は、これらのビッグデータを活用した個人に最適なサービス、製品を提供する時代になると予測される。一方、産業界では“ものづくり”から“ことづくり”に重点が置かれるようになり、個人ごとに異なる感覚特性に訴える商品開発が進められている。また、車両などの種々の移動体、住宅、店舗等の種々の生活空間内での臭いに対する要求が厳しくなってきている。そこで、加齢臭やミドル脂臭や生乾き臭が同定され、対策用の製品が多く市販されている。 In addition, in recent years, development of preventive and therapeutic methods (Personalized Healthcare, Personalized Medicine) that take into account individual differences in genes, environment, and lifestyle has been advanced. It is predicted that the future will be an era in which the optimum services and products for individuals utilizing these big data will be provided. On the other hand, in the industrial world, the emphasis has been placed on “manufacturing” to “thing making”, and product development that appeals to different sensory characteristics for each individual is underway. In addition, demands for odors in various moving bodies such as vehicles and various living spaces such as houses and shops are becoming severe. Therefore, an aging odor, a middle-fat odor, and a raw dry odor have been identified, and many countermeasure products are commercially available.
しかしながら、ヒト嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰとその機能との関係はほとんど明らかになっていないのが現状である。 However, the relationship between the SNP of the human olfactory receptor gene and its function has not been clarified at present.
嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰと味覚、嗅覚、温冷感覚等の感覚特性などの個人の体質や健康状態との関係を明らかにすることにより、個人に最適な生活空間、食事、医療等を提供することができると考えられる。 By providing the relationship between the SNP of the olfactory receptor gene and individual constitution and health condition such as sensory characteristics such as taste, olfactory sense, and cold sensation, the optimal living space, diet, medical treatment, etc. are provided to the individual. It is considered possible.
本明細書は、個体の嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰ及び／又は嗅覚受容体のにおい成分に対する応答性を検出することにより、個人の感覚特性や体質等にも関連する有用な嗅覚受容体に関する情報の取得及び利用を提供する。 The present specification provides information on useful olfactory receptors related to individual sensory characteristics and constitution by detecting the responsiveness of individual olfactory receptor genes to SNPs and/or odorant components of olfactory receptors. Provide acquisition and usage.
本発明者らは、嗅覚受容体は、個体の嗅覚のみならず、種々の感覚特性や体質や健康状態も反映しうることから、嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰ及び／又は嗅覚受容体の応答性を嗅覚受容体関連情報として取得し、個人毎に最適な生活環境や医療等の提供を可能できるという知見を得た。本明細書は、かかる知見に基づき以下の手段を提供する。 Since the olfactory receptor can reflect not only the olfactory sense of an individual but also various sensory characteristics, constitution and health condition, the SNP of the olfactory receptor gene and/or the responsiveness of the olfactory receptor are We obtained it as information related to olfactory receptors and found that it is possible to provide an optimal living environment and medical care for each individual. The present specification provides the following means based on such findings.
［１］以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型を検出する工程、
を備える、体質の評価方法。
［２］前記１種又は２種以上の一塩基多型は、前記ＯＲ１Ａ１におけるＰ２８５Ｓ（以下、ＯＲ１Ａ１−Ｐ２８５Ｓという。以下、同じ。）、
ＯＲ２ＡＫ２−Ｓ８４Ｎ、ＯＲ２ＡＫ２−Ｖ１８８Ｍ、ＯＲ２ＡＫ２−Ｖ１５Ａ及びＯＲ２ＡＫ２−Ｒ２７０Ｗ、
ＯＲ２Ｊ２−Ｋ３１２Ｍ、ＯＲ２Ｊ２−Ｙ７４Ｈ、ＯＲ２Ｊ２−Ｖ１４６Ａ及びＯＲ２Ｊ２−Ｔ２１８Ａ、
ＯＲ２Ｌ３−Ｉ３９Ｔ、ＯＲ２Ｌ３−Ｐ７８Ｌ、ＯＲ２Ｌ３−Ｓ１０４Ｌ及びＯＲ２Ｌ３−Ｍ１３９Ｖ、
ＯＲ２Ｗ１−Ｄ２９６Ｎ、
ＯＲ８Ｄ１−Ｃ１２７Ｗ及びＯＲ８Ｄ１−Ｌ１９４Ｐ、
ＯＲ８Ｈ１−Ｇ２Ｓ、
ＯＲ１０Ｇ３−Ｓ７３Ｇ及びＯＲ１０Ｇ３−Ｒ２９２Ｑ、
ＯＲ５１Ｉ２−Ｔ１３４Ａ、ＯＲ５１Ｉ２−Ｒ１５１Ｐ及びＯＲ５１Ｉ２−Ｒ２６３Ｈ、
ＯＲ５１Ｌ１−Ｔ１９６Ｉ及びＯＲ５１Ｌ１−Ｉ２８１Ｍ、並びに
ＯＲ５１Ｖ１−Ｌ３６Ｆ
からなる群から選択される、請求項１に記載の評価方法。
［３］前記１種又は２種以上の一塩基多型の検出工程は、前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子の少なくとも前記１種又は２種以上の一塩基多型を規定する領域を含むポリヌクレオチド領域を増幅し、前記ポリヌクレオチド領域を含む増幅断片について前記１種又は２種以上の一塩基多型の存在を検出する工程である、［１］又は［２］に記載の評価方法。
［４］前記体質は、嗅覚に関する応答性である、［１］〜［３］のいずれかに記載の評価方法。
［５］［１］〜［４］のいずれかに記載の評価方法に用いるキットであって、
前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子の前記１種又は２種以上の一塩基多型を規定する領域を含むポリヌクレオチド領域を増幅するためのプライマーセットと、
前記プライマーセットによって増幅された増幅断片を検出するための１種又は２種以上のプローブと、
を備える、キット。
［６］さらに、前記１種又は２種以上のプローブを備える固相担体を、備える、［５］に記載のキット。
［７］以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容体の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報に基づいて、前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型の存在可能性を予測する工程、
とを備える、遺伝子多型の予測方法。
［８］前記嗅覚受容体応答性情報は、ヒト個体の嗅覚受容体を利用した応答性評価結果から得られた情報である、［７］に記載の予測方法。
［９］前記嗅覚受容体応答性情報は、異なる強度のにおい成分をヒト個体の嗅覚受容体に作用させてヒト個体における知覚程度に基づく情報である、［７］又は［８］に記載の予測方法。
［１０］ヒト個体についての体質関連情報の取得方法であって、
以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容体の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報、及び／又は
前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型に関する嗅覚受容体遺伝子多型情報を取得する、方法。
[1] The following human olfactory receptor genes;
One or more single nucleotide polymorphisms in one or more olfactory receptor genes selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1. The step of detecting the mold,
A method for evaluating constitution, comprising:
[2] The one or two or more single nucleotide polymorphisms are P285S in OR1A1 (hereinafter, referred to as OR1A1-P285S. The same applies hereinafter),
OR2AK2-S84N, OR2AK2-V188M, OR2AK2-V15A and OR2AK2-R270W,
OR2J2-K312M, OR2J2-Y74H, OR2J2-V146A and OR2J2-T218A,
OR2L3-I39T, OR2L3-P78L, OR2L3-S104L and OR2L3-M139V,
OR2W1-D296N,
OR8D1-C127W and OR8D1-L194P,
OR8H1-G2S,
OR10G3-S73G and OR10G3-R292Q,
OR51I2-T134A, OR51I2-R151P and OR51I2-R263H,
OR51L1-T196I and OR51L1-I281M, and OR51V1-L36F
The evaluation method according to claim 1, which is selected from the group consisting of:
[3] The step of detecting one or two or more single nucleotide polymorphisms is a region that defines at least one or two or more single nucleotide polymorphisms of the one or two or more olfactory receptor genes. The evaluation according to [1] or [2], which is a step of amplifying a polynucleotide region containing the polynucleotide region and detecting the presence of the one or two or more single nucleotide polymorphisms in the amplified fragment containing the polynucleotide region. Method.
[4] The evaluation method according to any one of [1] to [3], wherein the constitution is olfactory responsiveness.
[5] A kit used for the evaluation method according to any one of [1] to [4],
A primer set for amplifying a polynucleotide region containing a region defining the one or more single nucleotide polymorphisms of the one or more olfactory receptor genes,
One or more probes for detecting an amplified fragment amplified by the primer set;
A kit comprising.
[6] The kit according to [5], further comprising a solid phase carrier including the one or more types of probes.
[7] The following human olfactory receptor genes:
One or more kinds selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1 or one or more kinds of olfactory receptor genes; A step of predicting the existence possibility of one or two or more single nucleotide polymorphisms in the one or more olfactory receptor genes, based on the olfactory receptor responsiveness information regarding the responsiveness of the olfactory receptor,
A method for predicting a genetic polymorphism, comprising:
[8] The prediction method according to [7], wherein the olfactory receptor responsiveness information is information obtained from a responsiveness evaluation result using an olfactory receptor of a human individual.
[9] The prediction according to [7] or [8], wherein the olfactory receptor responsiveness information is information based on the degree of perception in human individuals by causing odorant components of different strengths to act on olfactory receptors in human individuals. Method.
[10] A method for obtaining constitution-related information about a human individual, comprising:
The following human olfactory receptor genes;
One or more selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1 or two or more olfactory receptor genes Receptor Responsiveness Information Regarding Responsiveness of Olfactory Receptor, and/or Olfactory Receptor Gene Polymorphism Information Regarding One or Two or More Single Nucleotide Polymorphisms in the One or Two or More Olfactory Receptor Genes How to get.
本明細書の開示は、嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰの検出及びその利用に関する。本明細書に開示される嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰを検出して嗅覚受容体遺伝子多型情報を取得することにより、その嗅覚受容体の機能、すなわち、におい成分に対する応答性の相違などの体質やその変化に関する体質関連情報を取得できる。また、嗅覚受容体のにおい成分に関する応答性に関する嗅覚受容体応答性情報を取得することで、嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰを推測することができ、ひいては、体質やその変化などの体質関連情報についても類推することができる。 The disclosure of the present specification relates to detection of SNP of olfactory receptor gene and its use. By detecting one or more SNPs of the olfactory receptor gene disclosed in the present specification and acquiring olfactory receptor gene polymorphism information, the function of the olfactory receptor, that is, a response to an odor component It is possible to acquire constitution-related information regarding constitution and changes such as gender differences. Further, by obtaining the olfactory receptor responsiveness information regarding the responsiveness of the odor component of the olfactory receptor, the SNP of the olfactory receptor gene can be inferred, and by extension, the constitutional information such as the constitution and its change can also be obtained. It can be analogized.
なお、一塩基多型（single nucleotide polymorphism：ＳＮＰ）は、一般的には、遺伝子の塩基配列において一つの塩基だけ異なる状態およびその部位をいう。また、遺伝子多型とは、一般的には、母集団中１％以上の頻度で存在する２以上の対立遺伝子（アレル）をいう。本明細書において、ＳＮＰは、好ましくは、当業者が自由に利用可能な公開されたデータベースに登録されたＳＮＰであって、そのリファレンス番号から特定できるＳＮＰである。 In addition, a single nucleotide polymorphism (SNP) generally refers to a state in which the nucleotide sequence of a gene differs by only one nucleotide and its site. The genetic polymorphism generally refers to two or more alleles (alleles) present at a frequency of 1% or more in the population. In the present specification, the SNP is preferably an SNP registered in a public database freely available to those skilled in the art and which can be identified by its reference number.
以下、本明細書に開示される嗅覚受容体のＳＮＰの検出及びその利用に関する実施形態について以下に詳細に説明する。 Hereinafter, an embodiment relating to detection of an olfactory receptor SNP and use thereof disclosed in the present specification will be described in detail below.
（体質の評価方法）
本明細書に開示される体質の評価方法は、以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰを検出する工程、を備えることができる。
(Evaluation method of constitution)
The constitutional evaluation method disclosed in the present specification includes the following human olfactory receptor genes;
Detects one or more SNPs of one or more olfactory receptor genes selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1. Can be provided.
これらの嗅覚受容体遺伝子は、ヒトの嗅覚受容体のうち、本発明者らが知得している主たる受容体又はその組合せとリガンド（におい成分）との組合せから選択されたものである。これらの嗅覚受容体の遺伝子については、後述するようなＳＮＰが既に知られており、これらのＳＮＰが嗅覚受容体の応答性に影響することがわかっている。したがって、これらの嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰ又はその組合せの有無に関する情報（以下、嗅覚受容体遺伝子多型情報ともいう。）が、嗅覚受容体の応答性、すなわち、嗅覚を含む体質の良好な指標になるものと考えられる。これらの嗅覚受容体遺伝子とリガンドとの関係を表１に示す。 These olfactory receptor genes are selected from among human olfactory receptors, the main receptors known by the present inventors or combinations thereof and a combination of a ligand (smell component). Regarding these olfactory receptor genes, SNPs as described below are already known, and it is known that these SNPs affect the responsiveness of olfactory receptors. Therefore, information on the presence or absence of SNPs of these olfactory receptor genes or the combination thereof (hereinafter, also referred to as olfactory receptor gene polymorphism information) is responsiveness of olfactory receptors, that is, a good index of constitution including olfaction. It is supposed to become. Table 1 shows the relationship between these olfactory receptor genes and ligands.
表１に示すように、これらの嗅覚受容体遺伝子は、１種又は２種以上のにおい成分に応答することができる。 As shown in Table 1, these olfactory receptor genes are capable of responding to one or more odor components.
これらの嗅覚受容体遺伝子の塩基配列及びアミノ酸配列については、例えば、ＮＣＢＩ（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene）のほか、HUGO Gene Nomenclature Committee ( HYPERLINK "https://www.genenames.org/" https://www.genenames.org/)において取得できる。また、これらの嗅覚受容体のＳＮＰやその頻度情報については、The Human Olfactory Data Explorer （https://genome.weizmann.ac.il/horde/）や東北メディカル・メガバンク統合データベースdbTMMカタログ（http://www.dist.megabank.tohoku.ac.jp/about/data/index.html）等を参照することができる。 Regarding the nucleotide sequences and amino acid sequences of these olfactory receptor genes, for example, in addition to NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene), HUGO Gene Nomenclature Committee (HYPERLINK "https://www .genenames.org/" https://www.genenames.org/). For information on SNPs of these olfactory receptors and their frequency information, The Human Olfactory Data Explorer (https://genome.weizmann.ac.il/horde/) and Tohoku Medical Megabank Integrated Database dbTMM Catalog (http:/ /www.dist.megabank.tohoku.ac.jp/about/data/index.html) etc. can be referred to.
例えば、本発明者においてリガンドが判明している嗅覚受容体遺伝子とそのＳＮＰ（表２においては、嗅覚受容体遺伝子によってコードされる嗅覚受容体タンパク質のアミノ酸配列におけるＳＮＰに基づくアミノ酸変化（例えば、ＯＲ１Ａ１−Ｐ２８５Ｓ（２８５位のＰ（プロリン）がＳ（セリン）に変化））として表す。）又はその組合せとｒｓ番号のリスト並びに出現割合（％）を表２に示す。表２からも明らかであるように、嗅覚受容体遺伝子においては、ＳＮＰの現れる割合（％）が高い傾向にあり、嗅覚受容体遺伝子は多様性に富む傾向があるといえる。なお、表２中、東北メディカルメガバンクdataの遺伝子型の割合（％）は、メジャーホモ又はそれぞれの遺伝子多型をマイナーホモで持つ確率を表す。例えば、OR1A1については、当該遺伝子型をホモで持っている人の割合を示し、OR1A1-P285Sについては、当該ＳＮＰをホモで持っている人の割合を示す。また、表２中、1000 Genomes Project data（allele frequency）における遺伝子型の割合（％）は、対立遺伝子頻度を表す。例えば、ひとつの遺伝子座に対して、複数の対立遺伝子が存在する場合、それぞれの対立遺伝子の集団中における頻度を表す。 For example, an olfactory receptor gene whose ligand is known in the present inventor and its SNP (in Table 2, an amino acid change based on the SNP in the amino acid sequence of the olfactory receptor protein encoded by the olfactory receptor gene (for example, OR1A1 -P285S (P (proline) at the 285th position is changed to S (serine))) or a combination thereof and a list of rs numbers and an appearance ratio (%) are shown in Table 2. As is clear from Table 2, the olfactory receptor gene tends to have a high SNP appearance rate (%), and it can be said that the olfactory receptor gene tends to be rich in diversity. In Table 2, the genotype ratio (%) of Tohoku Medical Megabank data indicates the probability of having major homo or minor polymorphism of each gene polymorphism. For example, for OR1A1, the percentage of people who have the genotype homozygously is shown, and for OR1A1-P285S, the percentage of people who have the SNP homozygously is shown. In Table 2, the genotype ratio (%) in 1000 Genomes Project data (allele frequency) represents the allele frequency. For example, when multiple alleles are present for one locus, the frequency of each allele in the population is shown.
本評価方法において検出対象とすることができる嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰ又はその組合せが表２に例示されている。すなわち、例えば、ＯＲ１Ａ１に関してＰ２８５Ｓ、ＯＲ２ＡＫ２に関してＳ８４Ｎ、Ｖ１８８Ｍ、Ｖ１５Ａ、Ｒ２７０Ｗ、ＯＲ２Ｊ２に関してＫ３１２Ｍ、Ｙ７４Ｈ、Ｖ１４６Ａ及びＴ２１８Ａ、ＯＲ２Ｌ３に関してＩ３９Ｔ、Ｐ７８Ｌ、Ｓ１０４Ｌ及びＭ１３９Ｖ、ＯＲ２Ｗ１に関してＤ２９６Ｎ、ＯＲ８Ｄ１に関してＣ１２７Ｗ及びＬ１９４Ｐ、ＯＲ８Ｈ１に関してＧ２Ｓ、ＯＲ１０Ｇ３に関してＳ７３Ｇ及びＲ２９２Ｑ、ＯＲ５１Ｉ２に関してＴ１３４Ａ、Ｒ１５１Ｐ及びＲ２６３Ｈ、ＯＲ５１Ｌ１に関してＴ１９６Ｉ及びＩ２８１Ｍ、並びにＯＲ５１Ｖ１に関してＬ３６Ｆが挙げられる。 Table 2 shows SNPs of olfactory receptor genes or combinations thereof that can be detected in the present evaluation method. That is, for example, P285S for OR1A1, S84N, V188M, V15A, R270W for OR2AK2, K312M, Y74H, V146A and T218A for OR2J2, I39T, P78L, S104L and M139V for OR2L3, D296N1 and P8D for OR2W1, and D296N, OR8D. Examples include S73G and R292Q for G2S, OR10G3, T134A, R151P and R263H for OR51I2, T196I and I281M for OR51L1, and L36F for OR51V1.
これらの嗅覚受容体遺伝子についての上記ＳＮＰ又はその組合せは、嗅覚受容体が応答することがわかっているにおいにおい成分のうち１種又は２種以上のにおい成分について天然型の嗅覚受容体とは異なる（すなわち、応答強度が天然型に比較して強い又は弱いなど）応答性を示すことができる。嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰ（アミノ酸変異）による嗅覚応答性の表現型は、その嗅覚受容体が応答するにおい成分に対して同様の応答性変化を必ずしも示すわけではなく、１種又は２種以上のにおい成分については応答強度が増大し、及び／又は、他の１種又は２種以上のにおい成分については応答強度が低下し、及び／又は、更に他の１種又は２種以上のにおい成分については応答強度が変化しない場合がありうる。また、特定の嗅覚受容体遺伝子における複数のＳＮＰｓのにおい成分に対する反応性が、互いに異なる場合もある。このような場合、特定の嗅覚受容体遺伝子におけるＳＮＰｓを相互に識別することも可能となる。 The above SNPs or combinations thereof for these olfactory receptor genes differ from natural olfactory receptors in one or more odorous components known to be responded to by olfactory receptors. Responsiveness can be exhibited (that is, the response strength is stronger or weaker than the natural type). The olfactory responsiveness phenotype due to the SNP (amino acid mutation) of the olfactory receptor gene does not always show the same responsiveness change to the odorant component to which the olfactory receptor responds, and one or more kinds of Response intensity increases for odor components, and/or response intensity decreases for other one or more odor components, and/or for other one or more odor components. The response strength may not change. In addition, the reactivity of a plurality of SNPs in a specific olfactory receptor gene to odor components may be different from each other. In such a case, it becomes possible to distinguish SNPs in specific olfactory receptor genes from each other.
こうした種々のＳＮＰを１種又は２種以上組みあわせて検出対象とすることができる。例えば、後段にて開示する表４の内容によれば、ＯＲ１Ａ１に関しては、Ｐ２８５Ｓを単独で検出対象とすることができる。例えば、（−）−カルボン及び／又は３−オクタノンに対する嗅覚応答性が観察されたとき、Ｐ２８５ＳというＳＮＰを有している可能性を肯定することができ、ひいては嗅覚を含む体質の変化や特異性までも評価することができる。また、ＯＲ２ＡＫ２に関しては、Ｓ８４Ｎを単独で検出対象とすることができる。例えば、４−メチル−３−ヘキセン酸及び／又は３−オクタノンに対する嗅覚応答性が観察されたとき、Ｓ８４ＮというＳＮＰを有している可能性等を肯定することができる。 One of these various SNPs or a combination of two or more thereof can be the detection target. For example, according to the contents of Table 4 disclosed in the latter part, P285S can be independently set as the detection target for OR1A1. For example, when olfactory responsiveness to (−)-carvone and/or 3-octanone is observed, it may be possible to affirm the possibility of having an SNP of P285S, which in turn changes the physical constitution including olfaction and specificity. Can even be evaluated. Regarding OR2AK2, S84N can be the detection target independently. For example, when the olfactory responsiveness to 4-methyl-3-hexenoic acid and/or 3-octanone is observed, the possibility of having an SNP of S84N can be affirmed.
同様に、例えばＯＲ２Ｊ２―Ｙ７４Ｈ／Ｖ１４６Ａ／Ｔ２１８Ａ（以下、ＯＲ２Ｊ２についてのこれらのＳＮＰｓの組合せを意味する。以下、他のＯＲ及びＳＮＰｓについて同様である。）を、検出対象とすることができる。この組合せは、例えば、バニリン及び／又はγ−ウンデカラクトンに対する嗅覚応答性が減弱又は応答性がないとき、これら全てのＳＮＰｓを有している可能性等を肯定できるという組合せを意味している。同様の観点から、例えば、ＯＲ２Ｌ３−Ｉ３９Ｔ／Ｐ７８Ｌ／Ｓ１０４Ｌ／Ｍ１３９Ｖを検出対象とすることができる。また例えば、ＯＲ８Ｄ１−Ｃ１２７Ｗ／Ｌ１９４Ｐを検出対象とすることができる。また例えば、ＯＲ５１Ｉ２−Ｒ１５１Ｐ／Ｒ２６３Ｈを検出対象とすることができる。 Similarly, for example, OR2J2-Y74H/V146A/T218A (hereinafter referred to as a combination of these SNPs for OR2J2. The same applies to other ORs and SNPs hereinafter) can be the detection target. This combination means, for example, when the olfactory responsiveness to vanillin and/or γ-undecalactone is diminished or non-responsive, it is possible to affirm the possibility of having all these SNPs. .. From the same viewpoint, for example, OR2L3-I39T/P78L/S104L/M139V can be the detection target. Further, for example, OR8D1-C127W/L194P can be the detection target. Further, for example, OR51I2-R151P/R263H can be the detection target.
これらのＳＮＰを検出対象とすることで得られる嗅覚受容体遺伝子多型情報から、嗅覚受容体のにおい成分に対する応答性の相違、嗅覚を含む体質を明確に判別することができる。 From the olfactory receptor gene polymorphism information obtained by using these SNPs as detection targets, the difference in responsiveness of the olfactory receptor to odorous components and the constitution including olfaction can be clearly discriminated.
本評価方法で検出対象とするＳＮＰは、上記したｒｓ番号で特定されている。ｒｓ番号を参照することで、検出すべきＳＮＰ及びその近傍の塩基配列を確認できる。 The SNP to be detected by this evaluation method is specified by the rs number described above. By referring to the rs number, the SNP to be detected and the base sequence in the vicinity thereof can be confirmed.
嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰを検出する方法は特に限定するものではない。ヒト遺伝子のＳＮＰを検出するのに用いられる公知の方法を適宜用いることができる。例えば、ダイレクトシーケンス法、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法、ＰＣＲ−一本鎖ＤＮＡ高次構造多型解析（ＳＳＣＰ）法、制限酵素切断断片長多型（ＲＦＬＰ）法、定量的リアルタイムＰＣＲ検出法、インベーダ法、ＴＤＩ（Template-directed Dye-terminator Incorporation）法、ＡＲＭＳ（Amplification Refracting Mutation System）法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）法、ＲＮＡ分解酵素（ＲＮａｓｅＡ）切断法、化学切断法、ＤＯＬ（Dye-labeled Oligonucleotide Ligation）法、および質量分析を用いた遺伝子多型検出法等などから適宜選択して実施することができる。 The method for detecting the SNP of the olfactory receptor gene is not particularly limited. Known methods used for detecting SNPs of human genes can be appropriately used. For example, direct sequencing method, allele-specific oligonucleotide (ASO) hybridization method, PCR-single-stranded DNA conformational polymorphism analysis (SSCP) method, restriction enzyme cleavage fragment length polymorphism (RFLP) method, quantitative Real-time PCR detection method, invader method, TDI (Template-directed Dye-terminator Incorporation) method, ARMS (Amplification Refracting Mutation System) method, denaturant concentration gradient gel electrophoresis (DGGE) method, RNA degrading enzyme (RNaseA) cleavage method, It can be appropriately selected from a chemical cleavage method, a DOL (Dye-labeled Oligonucleotide Ligation) method, a gene polymorphism detection method using mass spectrometry, and the like.
例えば、１種又は２種以上のＳＮＰの検出は、上記嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰを規定する領域を含むポリヌクレオチド領域を増幅し、前記ポリポリヌクレオチド領域を含む増幅断片について前記１種又は２種以上のＳＮＰの存在を検出することができる。前記ポリヌクレオチド領域の増幅は、いわゆるＰＣＲに基づく種々の方法を採用することができ、一般的には、前記ポリヌクレオチド領域を増幅するように設定された塩基配列を有するプライマーセットを用いて、前記ポリヌクレオチド領域を増幅して二本鎖ＤＮＡ断片を取得し、当該二本鎖ＤＮＡ断片につき、例えば、特異的にＳＮＰを検出できるプローブを用いたハイブリダイゼーション等を用いてＳＮＰを検出することができる。 For example, detection of one or two or more SNPs is carried out by amplifying a polynucleotide region containing a region defining one or more SNPs of the olfactory receptor gene, and using an amplified fragment containing the polynucleotide region. The presence of the one or more SNPs can be detected. For amplification of the polynucleotide region, various methods based on so-called PCR can be adopted, and generally, using a primer set having a base sequence set to amplify the polynucleotide region, A double-stranded DNA fragment can be obtained by amplifying the polynucleotide region, and the double-stranded DNA fragment can be detected by using, for example, hybridization with a probe capable of specifically detecting the SNP. ..
上記嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上のＳＮＰは、嗅覚受容体のリガンドであるにおい成分に対する応答性（感受性）、すなわち、嗅覚に関する応答性を変化させる。すなわち、応答性を増強する場合もあり応答性を低減する場合もある。したがって、上記嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上のＳＮＰを検出することで、その嗅覚受容体の応答性に関する情報（以下、嗅覚受容体応答性情報ともいう。）を取得することができる。嗅覚受容体応答性情報は、嗅覚受容体のリガンドであるにおい成分に対する当該嗅覚受容体の応答性に関する情報である。かかる情報は、個体の嗅覚に関連する特性であるほか、他の知覚（味覚等）にも関連し、ひいては体質に関連すると考えられる。したがって、嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰを検出することで、個体の体質を評価することができる。 One or more SNPs in the olfactory receptor gene change the responsiveness (sensitivity) to the odor component that is a ligand of the olfactory receptor, that is, the olfactory responsiveness. That is, the responsiveness may be enhanced and the responsiveness may be reduced. Therefore, by detecting one kind or two or more kinds of SNPs in the olfactory receptor gene, information on the responsiveness of the olfactory receptor (hereinafter, also referred to as olfactory receptor responsiveness information) can be obtained. .. The olfactory receptor responsiveness information is information on the responsiveness of the olfactory receptor to an odor component that is a ligand of the olfactory receptor. Such information is considered to be related to the olfactory sense of the individual, to other perceptions (taste, etc.), and eventually to the constitution. Therefore, the constitution of an individual can be evaluated by detecting one or more SNPs of the olfactory receptor gene.
（評価方法に用いるキット）
本明細書に開示されるキットは、本明細書に開示される上記評価方法を実施するためのキットである。本キットは、上記した１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰを規定する領域を含むポリヌクレオチド領域を増幅するためのプライマーセットと、前記プライマーセットによって増幅された増幅断片を検出するための１種又は２種以上のプローブと、を備えることができる。かかるキットによれば、ヒト個体の嗅覚の応答性などの体質に関する情報を取得できる。
(Kit used for evaluation method)
The kit disclosed in the present specification is a kit for carrying out the above-described evaluation method disclosed in the present specification. This kit is a primer set for amplifying a polynucleotide region containing a region defining one or more SNPs of one or more olfactory receptor genes described above, and is amplified by the primer set. And one or more probes for detecting the amplified fragment. According to such a kit, it is possible to acquire information on the constitution such as olfactory responsiveness of a human individual.
本キットにおけるプライマーの塩基配列は、当業者であれば、検出すべき１種又は２種以上のＳＮＰを含む塩基配列を取得することができれば、ＳＮＰの検出態様に応じて適切なプライマーセットの各プライマーによる識別配列（ハイブリダイズ配列）を適宜決定することができる。また、かかるプライマーセットによって増幅されたＤＮＡ断片の塩基配列を取得できるため、ＳＮＰの検出態様に応じて、当該ＤＮＡ断片を特異的に捕捉するプローブの構成や塩基配列も当業者であれば適宜決定できる。 If the person skilled in the art can obtain the base sequence containing one or more kinds of SNPs to be detected, the base sequences of the primers in the present kit can be selected from each of the appropriate primer sets depending on the detection mode of the SNP. The identification sequence (hybridizing sequence) by the primer can be appropriately determined. Further, since the base sequence of the DNA fragment amplified by such a primer set can be obtained, those skilled in the art can appropriately determine the configuration and base sequence of the probe that specifically captures the DNA fragment according to the detection mode of SNP. it can.
さらに、本キットは、プローブが固定された固相担体を備えていてもよい。プライマーセットにより増幅されたＤＮＡ断片を捕捉するプローブは、必要に応じて適当な固相担体に固定されていてもよい。固相担体は、当該分野において周知であり、例えば、球状のビーズであり、例えば、平板状のチップであり、ウェルを有するプレート状であり、ストリップ状であり、スティック状である。なお、プローブハイブリダイゼーションは、種々の態様で実施できる。ハイブリダイゼーション液中に固相担体を浸漬した状態であってもよいし、ハイブリダイゼーション液で多孔質性のストリップ状やスティック状等の固相担体を毛細管現象等で移動させるクロマトグラフィー形態であってもよい。 Further, the kit may include a solid phase carrier to which a probe is fixed. The probe that captures the DNA fragment amplified by the primer set may be immobilized on a suitable solid phase carrier, if necessary. The solid phase carrier is well known in the art, and is, for example, spherical beads, for example, a plate-shaped chip, a plate having wells, a strip, or a stick. The probe hybridization can be carried out in various modes. The solid phase carrier may be immersed in the hybridization solution, or it may be in a chromatographic form in which the solid phase carrier, such as a porous strip or stick, is moved by the hybridization solution by capillary action or the like. Good.
（遺伝子多型の予測方法）
本明細書に開示される遺伝子多型の予測方法は、以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報に基づいて、前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上のＳＮＰの存在可能性を予測する工程、を備えることができる。この方法によれば、嗅覚受容体応答性情報から、簡易に、嗅覚受容体遺伝子におけるＳＮＰの存在可能性を予測できる。もしくは、ＳＮＰに対応する遺伝子領域における何らかの異常を予測できる。
(Method for predicting genetic polymorphism)
The method for predicting a genetic polymorphism disclosed in the present specification comprises the following human olfactory receptor gene;
One or two kinds encoded by one or more kinds of olfactory receptor genes selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10A6, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1. Predicting the existence possibility of one or two or more SNPs in the one or more olfactory receptor genes based on the above olfactory receptor responsiveness information relating to olfactory receptor responsiveness be able to. According to this method, the existence possibility of SNP in the olfactory receptor gene can be easily predicted from the olfactory receptor responsiveness information. Alternatively, some abnormality in the gene region corresponding to SNP can be predicted.
嗅覚受容体応答性情報を得るための嗅覚受容体の応答性評価は、特に限定するものではなく、ヒト個体の嗅覚受容体を利用した応答性評価結果から得ることができる。嗅覚受容体応答性情報は、例えば、異なる強度のにおい成分をヒト個体の嗅覚受容体に作用させてヒト個体における知覚程度に基づく情報とすることができる。こうした嗅覚受容体応答性情報は、対象となるヒト個体に対する官能評価によって得ることができる。 The olfactory receptor responsiveness evaluation for obtaining olfactory receptor responsiveness information is not particularly limited, and can be obtained from the responsiveness evaluation result using the olfactory receptor of a human individual. The olfactory receptor responsiveness information can be, for example, information based on the degree of perception in a human individual by causing odorant components having different intensities to act on the olfactory receptor in the human individual. Such olfactory receptor responsiveness information can be obtained by sensory evaluation of a target human individual.
官能評価は、例えば、評価しようとする嗅覚受容体のリガンド（におい成分）について異なるにおい強度となるようににおい成分の濃度を異ならせた被験体（ガス又は液体）を、直接的又は間接的（例えば、繊維状体や多孔質体に含浸させた状態）でヒト個体の鼻腔に導入するようにして、当該におい成分を検知するか否かの閾値濃度で評価することができる。そのほか、官能評価は、公知の香料、臭気の官能評価方法を適宜採用して実施することができる。例えば、代表的な検査装置やキットとしては、Ｔ&Ｔオルファクトメーター（例えば、第一薬品産業株式会社製）、静脈性嗅覚検査（アリナミンテスト）、においスティック（Oder Stick Identification Test for Japanese; OSIT-J、例えば、第一薬品産業株式会社製）、Open Essence(例えば、和光純薬工業株式会社製)などを適宜選択することができる。 The sensory evaluation is, for example, direct or indirect (direct or indirect) test for a subject (gas or liquid) in which the concentration of the odor component is varied so that the odorant ligand (odor component) to be evaluated has different odor intensity. For example, it can be evaluated by the threshold concentration of whether or not the odorous component is detected by being introduced into the nasal cavity of a human individual in a state of being impregnated with a fibrous body or a porous body). In addition, the sensory evaluation can be carried out by appropriately adopting a known sensory evaluation method for perfume and odor. For example, typical test devices and kits include a T&T olfactometer (for example, manufactured by Dai-ichi Yakuhin Sangyo Co., Ltd.), a venous olfaction test (alinamin test), and an odor stick (Oder Stick Identification Test for Japanese; OSIT-J). , For example, manufactured by Dai-ichi Yakuhin Sangyo Co., Ltd., Open Essence (for example, manufactured by Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) and the like can be appropriately selected.
嗅覚受容体のにおい成分に対する応答性の大小は、例えば、評価しようとする嗅覚受容体の遺伝子につきＳＮＰを有しない個体群における特定におい成分に対する平均的な知覚閾値を基準として判断してもよい。また例えば、なんら特定されない個体群についての特定におい成分対する平均的な知覚閾値を基準として判断してもよい。また例えば、一般に、ヒトがにおいを知覚できる平均的な閾値を基準として判断してもよい。また例えば、上記した商業的に入手可能な検査装置やキットを用いる場合には、当該装置等のプロトコール等に記載される基準を採用することもできる。 The magnitude of the responsiveness of the odorant receptor to the odorant component may be determined based on, for example, the average perceptual threshold value for the particular odorant component in a population having no SNP for the gene of the olfactory receptor to be evaluated. Alternatively, for example, the average perceptual threshold value for a specific odor component of an unspecified individual group may be used as a reference. Further, for example, generally, the judgment may be made based on an average threshold value that allows humans to perceive odor. Further, for example, when the above-mentioned commercially available inspection device or kit is used, the standard described in the protocol of the device or the like can be adopted.
評価しようとする嗅覚受容体のリガンドとなるにおい成分が複数ある場合には、これらのうち１種又は２種以上のにおい成分につき実施すればよい。全てのにおい成分について実施してもよい。 When there are a plurality of odorous components serving as ligands of the olfactory receptor to be evaluated, it may be carried out for one or two or more of these odorous components. You may implement about all the odor components.
異なる嗅覚受容体が同一のにおい成分をリガンドとする場合もある。この場合は、このにおい成分についての応答性は、異なる複数の嗅覚受容体におけるＳＮＰの存在可能性を示す有効な指標となる。 Different olfactory receptors may use the same odor component as a ligand. In this case, the responsiveness to this odor component is an effective indicator of the possible presence of SNPs at different olfactory receptors.
（ヒト個体についての体質関連情報の取得方法）
本明細書に開示されるヒト個体の体質関連情報の取得方法は、以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容体の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報、及び／又は前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における嗅覚受容体遺伝子多型情報を取得する方法である。かかる方法によれば、におい成分が最初に接触する嗅覚受容体に関連する情報から、個体の体質や体質の変化についての情報を得ることができる。
(How to obtain constitution-related information about human individuals)
The method for acquiring the constitutional information of a human individual disclosed in the present specification includes the following human olfactory receptor genes; OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2W1, OR2L3, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1 Receptor Responsiveness Information Regarding Responsiveness of One or Two or More Olfactory Receptors Encoded by One or Two or More Olfactory Receptor Genes Selected from, and/or Said One or Two or More Is a method for obtaining olfactory receptor gene polymorphism information in the olfactory receptor gene of. According to such a method, it is possible to obtain information about the constitution of the individual or changes in the constitution from the information relating to the olfactory receptor with which the odor component first comes into contact.
ヒト個体の嗅覚受容体応答性情報は、既に説明した方法により取得することができるし、嗅覚受容体遺伝子多型情報についても既に説明した方法により取得できる。これらの一方又は双方を取得することにより、ヒト個体の嗅覚特性を含む体質に関する情報を得ることができる。 The olfactory receptor responsiveness information of a human individual can be obtained by the method already described, and the olfactory receptor gene polymorphism information can also be obtained by the method already described. By acquiring one or both of these, information about the constitution including the olfactory characteristics of the human individual can be obtained.
嗅覚受容体の応答性は、ヒト個体において変化する場合もある。すなわち、例えば年齢により、また例えば生活環境により、また例えば健康状態により、また例えば疾患により変化しうる。嗅覚受容体応答性情報をモニタリングすることで、嗅覚を含んだ体質の変化、関連ある嗅覚受容体遺伝子の異常、関連ある嗅覚受容体遺伝子が関連する疾患の予兆等のヒト個体の体質関連情報を取得することができる。 Olfactory receptor responsiveness may also be altered in human individuals. That is, it can vary, for example, with age, for example with the living environment, for example with the state of health, and for example with diseases. By monitoring olfactory receptor responsiveness information, it is possible to obtain information on the constitution of a human individual, such as changes in constitution including olfaction, abnormalities in related olfactory receptor genes, and signs of diseases related to related olfactory receptor genes. Can be obtained.
以下、本明細書の開示をより具体的に説明するために具体例としての実施例を記載する。以下の実施例は、本明細書の開示を説明するためのものであって、その範囲を限定するものではない。 Hereinafter, examples will be described as specific examples in order to more specifically describe the disclosure of the present specification. The following examples are provided to illustrate the disclosure herein and not to limit its scope.
表２に示したヒト嗅覚受容体遺伝子多型を含むＤＮＡ（コード領域）を含む遺伝子を合成した。合成した各遺伝子を、Ｆｌｅｘｉ Ｖｅｃｔｏｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ）に常法に従って組み込み、ＳｇｆＩとＰｍｅＩサイトを利用して、ｐＦ５Ｋ ＣＭＶ−ｎｅｏ Ｆｌｅｘｉ ＶｅｃｔｏｒーＯＲを作製した。 A gene containing a DNA (coding region) containing the human olfactory receptor gene polymorphism shown in Table 2 was synthesized. Each of the synthesized genes was incorporated into Flexi Vector (Promega) according to a conventional method, and pF5K CMV-neo Flexi Vector-OR was prepared using SgfI and PmeI sites.
ＨＥＫ２９３細胞を１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）−ペニシリン／ストレプトマイシンを含むＤＭＥ培地にて培養後、表３に示す組成の反応液を調製し、クリーンベンチ内で３０分放置した後、３８４ウェル（ポリーＬ−リジンコート・ホワイトプレート）の各ウェルに添加した。次いで、ＨＥＫ２９３細胞を３．０×１０5／ｃｍ2の割合で各ウェルに播種し、ＣＯ2インキュベータ内で２４時間培養した。 After culturing the HEK293 cells in a DME medium containing 10% fetal bovine serum (FBS)-penicillin/streptomycin, a reaction solution having the composition shown in Table 3 was prepared and allowed to stand for 30 minutes in a clean bench, and then 384 well (poly L-lysine coated white plate). Then, HEK293 cells were seeded in each well at a rate of 3.0×10 5 /cm 2 and cultured in a CO 2 incubator for 24 hours.
ＣＲＥ応答の測定には、細胞内ｃＡＭＰ量の増加をホタルルシフェラーゼ遺伝子由来の発光値としてモニターするルシフェラーゼレポータージーンアッセイを用いた。また、ＣＭＶプロモーター下流にウミシイタケルシフェラーゼ遺伝子を融合させたものを同時に遺伝子導入し、遺伝子導入効率や細胞数の誤差を補正する内部標準として用いた。 To measure the CRE response, a luciferase reporter gene assay was used which monitors an increase in intracellular cAMP amount as a luminescence value derived from the firefly luciferase gene. In addition, a fused Renilla luciferase gene downstream of the CMV promoter was simultaneously introduced into a gene and used as an internal standard for correcting an error in gene introduction efficiency or cell number.
２４時間培養後、培地を取り除き、無血清培地で調製した対象におい成分を種々の濃度で添加し、４時間ＣＯ2インキュベータ内に放置した。ルシフェラーゼ活性はＤｕａｌ−Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ ａｓｓａｙ ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ社）の添付プロトコールに準じて測定した。におい成分刺激により誘導されたホタルルシフェラーゼ由来の発光値をコントロール群（におい成分非処理群）の発光値で割った値をＦｏｌｄ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅとして、応答強度の指標とした。４−メチル−３−ヘキセン酸等の各種におい成分に対する応答性評価結果を、図１〜１１に示す。また、図１２〜２８に、表２に示すＳＮＰを含む嗅覚受容体遺伝子の塩基配列を（配列番号１〜１７）示す。また、嗅覚受容体の応答強度を表４に示す。 After culturing for 24 hours, the medium was removed, the target odor components prepared in serum-free medium were added at various concentrations, and the cells were allowed to stand in a CO 2 incubator for 4 hours. Luciferase activity was measured according to the attached protocol of Dual-Glo Luciferase assay system (Promega). The value obtained by dividing the luminescence value derived from firefly luciferase induced by the odor component stimulation by the luminescence value of the control group (no odor component treatment group) was used as a fold induction of luciferase and used as an index of response intensity. The results of responsiveness evaluation to various odor components such as 4-methyl-3-hexenoic acid are shown in FIGS. 12 to 28 show the nucleotide sequences of olfactory receptor genes containing SNPs shown in Table 2 (SEQ ID NOS: 1 to 17). Table 4 shows the response intensity of olfactory receptors.
表４には、応答強度が２以下を「―」とし、２〜１０を「＋」とし、１０〜５０を「＋＋＋」と表記している。また、この表記には該当しないが、明らかに応答強度に変化がある場合には、「↑」（強度向上）又は「↓」（強度低下）を示した。なお、図５Ａ、図５Ｂに示すように、ＯＲ２Ｗ１については、３種の溶媒（４−メチル−３−ヘキセン酸、１−オクテン−３−オール及び３−オクタノン）のうち、（１）−オクテン−３−オールにつては、天然及びＳＮＰにおいて応答強度がほぼ同等であったが、他の２種の溶媒については、応答強度が低下していた。したがって、図１〜１１及び表４の結果から、これらに示す嗅覚受容体遺伝子の１種又は２種以上のＳＮＰで、嗅覚受容体応答性の強度変化が認められた。このことから、こうしたＳＮＰｓを備えるヒト個体における嗅覚の感受性（応答性）が異なることが予測される。 In Table 4, a response strength of 2 or less is represented by "-", 2-10 is represented by "+", and 10-50 is represented by "++++". Further, although not corresponding to this notation, when there is a clear change in the response strength, “↑” (increase in strength) or “↓” (decrease in strength) was shown. As shown in FIGS. 5A and 5B, regarding OR2W1, (1)-octene was selected from among three kinds of solvents (4-methyl-3-hexenoic acid, 1-octen-3-ol and 3-octanone). Regarding -3-ol, the response intensity was almost the same in the natural and SNP, but the response intensity was decreased in the other two solvents. Therefore, from the results of FIGS. 1 to 11 and Table 4, a change in the intensity of olfactory receptor responsiveness was observed in one or more SNPs of the olfactory receptor genes shown therein. From this, it is predicted that olfactory sensitivity (responsiveness) in human individuals having such SNPs is different.
このようにこれらの嗅覚受容体遺伝子のＳＮＰと嗅覚受容体応答性が大きく関連付けられた。嗅覚受容体はヒトが最も早く外来物質と接触しうる受容体である。かかる受容体遺伝子におけるＳＮＰｓの解析によって、ヒト個体における嗅覚感受性のほか、種々の体質に関連する情報を取得できることがわかった。 Thus, the SNPs of these olfactory receptor genes and olfactory receptor responsiveness were largely associated. Olfactory receptors are the receptors that humans can contact with foreign substances most quickly. By analyzing SNPs in such receptor genes, it was found that information relating to various constitutions in addition to olfactory sensitivity in human individuals can be obtained.
Claims (10)
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型を検出する工程、
を備える、体質の評価方法。 The following human olfactory receptor genes;
One or more single nucleotide polymorphisms in one or more olfactory receptor genes selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1. The step of detecting the mold,
A method for evaluating constitution, comprising:
ＯＲ２ＡＫ２−Ｓ８４Ｎ、ＯＲ２ＡＫ２−Ｖ１８８Ｍ、ＯＲ２ＡＫ２−Ｖ１５Ａ及びＯＲ２ＡＫ２−Ｒ２７０Ｗ、
ＯＲ２Ｊ２−Ｋ３１２Ｍ、ＯＲ２Ｊ２−Ｙ７４Ｈ、ＯＲ２Ｊ２−Ｖ１４６Ａ及びＯＲ２Ｊ２−Ｔ２１８Ａ、
ＯＲ２Ｌ３−Ｉ３９Ｔ、ＯＲ２Ｌ３−Ｐ７８Ｌ、ＯＲ２Ｌ３−Ｓ１０４Ｌ及びＯＲ２Ｌ３−Ｍ１３９Ｖ、
ＯＲ２Ｗ１−Ｄ２９６Ｎ、
ＯＲ８Ｄ１−Ｃ１２７Ｗ及びＯＲ８Ｄ１−Ｌ１９４Ｐ、
ＯＲ８Ｈ１−Ｇ２Ｓ、
ＯＲ１０Ｇ３−Ｓ７３Ｇ及びＯＲ１０Ｇ３−Ｒ２９２Ｑ、
ＯＲ５１Ｉ２−Ｔ１３４Ａ、ＯＲ５１Ｉ２−Ｒ１５１Ｐ及びＯＲ５１Ｉ２−Ｒ２６３Ｈ、
ＯＲ５１Ｌ１−Ｔ１９６Ｉ及びＯＲ５１Ｌ１−Ｉ２８１Ｍ、並びに
ＯＲ５１Ｖ１−Ｌ３６Ｆ
からなる群から選択される、請求項１に記載の評価方法。 The one or two or more single nucleotide polymorphisms are P285S in OR1A1 (hereinafter, referred to as OR1A1-P285S. The same applies hereinafter),
OR2AK2-S84N, OR2AK2-V188M, OR2AK2-V15A and OR2AK2-R270W,
OR2J2-K312M, OR2J2-Y74H, OR2J2-V146A and OR2J2-T218A,
OR2L3-I39T, OR2L3-P78L, OR2L3-S104L and OR2L3-M139V,
OR2W1-D296N,
OR8D1-C127W and OR8D1-L194P,
OR8H1-G2S,
OR10G3-S73G and OR10G3-R292Q,
OR51I2-T134A, OR51I2-R151P and OR51I2-R263H,
OR51L1-T196I and OR51L1-I281M, and OR51V1-L36F
The evaluation method according to claim 1, which is selected from the group consisting of:
前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子の前記１種又は２種以上の一塩基多型を規定する領域を含むポリヌクレオチド領域を増幅するためのプライマーセットと、
前記プライマーセットによって増幅された増幅断片を検出するための１種又は２種以上のプローブと、
を備える、キット。 A kit used for the evaluation method according to any one of claims 1 to 4,
A primer set for amplifying a polynucleotide region containing a region defining the one or more single nucleotide polymorphisms of the one or more olfactory receptor genes,
One or more probes for detecting an amplified fragment amplified by the primer set;
A kit comprising.
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容体の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報に基づいて、前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型の存在可能性を予測する工程、
とを備える、遺伝子多型の予測方法。 The following human olfactory receptor genes;
One or more kinds selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1 or one or more kinds of olfactory receptor genes; A step of predicting the existence possibility of one or two or more single nucleotide polymorphisms in the one or more olfactory receptor genes, based on the olfactory receptor responsiveness information regarding the responsiveness of the olfactory receptor,
A method for predicting a genetic polymorphism, comprising:
以下のヒト嗅覚受容体遺伝子；
ＯＲ１Ａ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｊ２、ＯＲ２Ｌ３、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ１０Ｇ３、ＯＲ５１Ｉ２、ＯＲ５１Ｌ１及びＯＲ５１Ｖ１からなる群から選択される１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子によってコードされる１種又は２種以上の嗅覚受容体の応答性に関する嗅覚受容体応答性情報、及び／又は
前記１種又は２種以上の嗅覚受容体遺伝子における１種又は２種以上の一塩基多型に関する嗅覚受容体遺伝子多型情報を取得する、方法。 A method of obtaining constitution-related information about a human individual, comprising:
The following human olfactory receptor genes;
One or more kinds selected from the group consisting of OR1A1, OR2AK2, OR2J2, OR2L3, OR2W1, OR8D1, OR8H1, OR10G3, OR51I2, OR51L1 and OR51V1 or one or more kinds of olfactory receptor genes; The olfactory receptor responsiveness information regarding the responsiveness of the olfactory receptor, and/or the olfactory receptor gene polymorphism information regarding one or two or more single nucleotide polymorphisms in the one or more olfactory receptor genes, How to get.
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