JP2019520355A - ＴＮＦα拮抗薬を使用したドライアイ疾患の治療方法 - Google Patents

ＴＮＦα拮抗薬を使用したドライアイ疾患の治療方法 Download PDF

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Abstract

本開示は、ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を治療するための新規予測方法及び個別化療法に関する。具体的には、本開示は、当該の患者が遺伝的にＴＮＦα拮抗薬による治療に良好に応答し易いことに基づきＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体を患者に選択的に投与することにより、ＤＥＤを有する患者を治療する方法に関する。また、本明細書には、ＤＥＤを有する患者がＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体による治療に応答するであろう可能性を予測するのに有用な、伝達可能な形態の情報、診断方法、及びキットも開示される。

Description

本開示は、予測方法、個別化療法、キット、伝達可能な形態の情報及びドライアイ疾患を有する患者の治療方法に関する。
ドライアイ疾患（ＤＥＤ）は、眼表面炎症及び涙液膜のオスモル濃度の増加によって不快感、視力障害及び涙液膜不安定性の症状が引き起こされることを特徴とする涙液及びオキュラーサーフェスの一般的な多因子疾患である（Ｌｉｅｎｅｒｔ ＪＰ，Ｔａｒｋｏ Ｌ，Ｕｃｈｉｎｏ Ｍ，Ｃｈｒｉｓｔｅｎ ＷＧ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ ＤＡ．（２０１６）．Ｌｏｎｇ−ｔｅｒｍ Ｎａｔｕｒａｌ Ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ Ｄｒｙ Ｅｙｅ Ｄｉｓｅａｓｅ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｐａｔｉｅｎｔ’ｓ Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅ．Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ．１２３（２）：４２５−３３）。唯一利用可能な薬理学的治療は局所シクロスポリンであり、これは抗炎症剤で、涙液産生の増加に承認されている。ステロイド類もまたＤＥＤの治療に使用されているが、副作用が理由で長期使用は禁忌である。より重症型のＤＥＤには、血清点眼液及び強膜コンタクトレンズが推奨されている。しかしながら、これらの治療はいずれもＤＥＤの根本原因に十分に対処するものではない（Ｍａｒｓｈａｌｌ ＬＬ，Ｒｏａｃｈ ＪＭ．（２０１６）．Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｄｒｙ Ｅｙｅ Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｃｏｎｓｕｌｔ Ｐｈａｒｍ．２０１６；３１（２）：９６−１０６）。
乾性角結膜炎とも称されるドライアイは、毎年何百万人もの人が罹患する一般的な眼科的障害である。この病態は特に、受胎能消失後のホルモン変化に起因して閉経後女性に広範に見られる。ドライアイは罹患者の重症度が様々であり得る。軽症例では、患者は、ヒリヒリする痛み、乾燥感、及び多くの場合に眼瞼と眼表面との間に挟まった小さい異物によって引き起こされるような持続的刺激を経験し得る。重症例では、実質的に視覚が損なわれ得る。シェーグレン症候群及び瘢痕性類天疱瘡などの他の疾患もまた、ドライアイ病態につながり得る。屈折矯正手術に伴う一過性のドライアイ症状が場合によっては術後６週間〜６ヵ月以上続くことが報告されている。
ドライアイは幾つもの無関係な発病原因によって引き起こされ得るものと見られるが、合併症の発現は全てが共通する効果、即ち、前眼部涙液膜の破綻、その結果として起こる眼表面の露出、水分喪失、及びサイトカイン産生を共有し、上記に概説した症状の多くを引き起こす（Ｌｅｍｐ，Ｒｅｐｏｒｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｙｅ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ／Ｉｎｄｕｓｔｒｙ Ｗｏｒｋｓｈｏｐ ｏｎ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｒｉａｌｓ ｉｎ Ｄｒｙ Ｅｙｅｓ，Ｔｈｅ ＣＬＡＯ Ｊｏｕｒｎａｌ，ｖｏｌｕｍｅ ２１，ｎｕｍｂｅｒ ４，ｐａｇｅｓ ２２１−２３１（１９９５））。
医師らはドライアイ治療に対して幾つかの手法を取っている。一つの共通する手法は、いわゆる人工涙液を一日中点眼することを用いて眼の涙液膜を補充し、安定化させることとなっている。他の手法には、涙液の保持を促進する眼内挿入物（例えば涙点プラグ）の使用又は内因性涙液産生の刺激が含まれる。
代用涙液手法の例には、溶液を高粘性にして、ひいては眼から排出され難くする水溶性ポリマーを含有する緩衝等張生理食塩水、水溶液が含まれる。リン脂質及び油など、涙液膜の１つ以上の成分を供給することによる涙液膜の安定化もまた試みられている。リン脂質組成物はドライアイの治療に有用であることが示されている；例えば、ＭｃＣｕｌｌｅｙ ａｎｄ Ｓｈｉｎｅ，Ｔｅａｒ ｆｉｌｍ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｄｒｙ ｅｙｅ，Ｃｏｎｔａｃｔｏｌｏｇｉａ，ｖｏｌｕｍｅ ２０（４），ｐａｇｅｓ １４５−４９（１９９８）；及びＳｈｉｎｅ ａｎｄ ＭｃＣｕｌｌｅｙ，Ｋｅｒａｔｏｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖｉｔｉｓ ｓｉｃｃａ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｍｅｉｂｏｍｉａｎ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ ｐｏｌａｒ ｌｉｐｉｄ ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｙ，Ａｒｃｈｉｖｅｓ ｏｆ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ，ｖｏｌｕｍｅ １１６（７），ｐａｇｅｓ ８４９−５２（１９９８）を参照のこと。
別の手法には、人工涙液の代わりに潤滑物質を提供することが含まれる。例えば、米国特許第４，８１８，５３７号明細書（Ｇｕｏ）は潤滑性のリポソームベースの組成物を開示し、及び米国特許第５，８００，８０７号明細書（Ｈｕ ｅｔ ａｌ．）は、ドライアイの治療用のグリセリン及びプロピレングリコールを含有する組成物を開示している。
これらの手法はある程度の成功を収めているが、それにも関わらずドライアイの治療における問題点は依然として残されており、というのも、代用涙液の使用は一時的には有効であるものの、概して患者が起きている間は繰り返し適用する必要があるからである。患者が人工涙液溶液を１日の間に１０〜２０回適用しなければならないことも珍しくない。これをこなすのは厄介で時間がかかるのみならず、非常に高コストとなる可能性もある。
ドライアイに伴う症状の対症的軽減を主な目的とする上記に記載される試みの他に、かかる症状を引き起こす生理的条件の治療を目的とする方法及び組成物もまた探究されている。例えば、米国特許第５，０４１，４３４号明細書（Ｌｕｂｋｉｎ）は、結合型エストロゲン類などの性ステロイド類を使用して閉経後女性のドライアイ病態を治療することを開示している；米国特許第５，２９０，５７２号明細書（ＭａｃＫｅｅｎ）は、微粉化したカルシウムイオン組成物を使用して前眼部涙液膜産生を刺激することを開示している。
ドライアイの根本原因を治療しようとするかかる試みは、関連性のある眼組織の炎症及びマイボーム腺機能不全の治療に重点が置かれてきた。ドライアイ患者のかかる治療に向けた各種薬剤の使用が、ステロイド類（例えば米国特許第５，９５８，９１２号明細書；Ｍａｒｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｏｐｉｃａｌ ｎｏｎｐｒｅｓｅｒｖｅｄ ｍｅｔｈｙｌｐｒｅｄｎｉｓｏｌｏｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｋｅｒａｔｏｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖｉｔｉｓ ｓｉｃｃａ ｉｎ Ｓｊｏｅｇｒｅｎ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ，Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ，１０６（４）：８１１−８１６（１９９９）；及びＰｆｌｕｇｆｅｌｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，１５３，６０７号明細書）、サイトカイン放出阻害薬（Ｙａｎｎｉ，Ｊ．Ｍ．；ｅｔ．ａｌ．国際公開第００／０３７０５ Ａ１号パンフレット）、シクロスポリンＡ（Ｔａｕｂｅｒ，Ｊ．Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．１９９８，４３８（Ｌａｃｒｉｍａｌ Ｇｌａｎｄ，Ｔｅａｒ Ｆｉｌｍ，ａｎｄ Ｄｒｙ Ｅｙｅ Ｓｙｎｄｒｏｍｅｓ ２），９６９）、及び粘膜分泌促進薬（ｍｕｃｏｓｅｃｒｅｔａｔｏｇｕｅ）、例えば１５−ＨＥＴＥ（Ｙａｎｎｉ ｅｔ．ａｌ．，米国特許第５，６９６，１６６号明細書）を含め、開示されている。
多くの研究で、罹患組織における腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）を含めた炎症性サイトカインの上昇が報告されている（Ｍａｓｓｉｎｇａｌｅ ＭＬ，Ｌｉ Ｘ，Ｖａｌｌａｂｈａｊｏｓｙｕｌａ Ｍ，Ｃｈｅｎ Ｄ，Ｗｅｉ Ｙ，ｅｔ ａｌ．（２００９）．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｔｅａｒｓ ｏｆ ｄｒｙ ｅｙｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃｏｒｎｅａ．２８（９）：１０２３−７；Ｃｈｅｎ Ｙ，Ｚｈａｎｇ Ｘ，Ｙａｎｇ Ｌ，Ｌｉ Ｍ，Ｌｉ Ｂ，ｅｔ ａｌ．（２０１４）．Ｄｅｃｒｅａｓｅｄ ＰＰＡＲ−γ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖａ ａｎｄ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＴＮＦ−α ａｎｄ ＩＬ−１β ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｎｊｕｎｃｔｉｖａ ａｎｄ ｔｅａｒ ｆｌｕｉｄ ｏｆ ｄｒｙ ｅｙｅ ｍｉｃｅ．Ｍｏｌ Ｍｅｄ Ｒｅｐ．９（５）：２０１５−２３）。涙液又は結膜組織におけるＴＮＦαレベルとＤＥＤの臨床的重症度との間の相関もまた観察されている（Ｌｅｅ ＳＹ，Ｈａｎ ＳＪ，Ｎａｍ ＳＭ，Ｙｏｏｎ ＳＣ，Ａｈｎ ＪＭ，ｅｔ ａｌ．（２０１３）．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｅａｒ ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｊｏｅｇｒｅｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｄｒｙ ｅｙｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｎｄ ｎｏｎ−Ｓｊｏｅｇｒｅｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｄｒｙ ｅｙｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ａｍ Ｊ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．１５６（２）：２４７−２５３）。ＴＮＦ−αは多面発現性サイトカインであり、その受容体への結合時における細胞輸送の調節、活性化、及び様々な病原体に対する宿主防御に関与する。抗ＴＮＦ剤は、関節リウマチ及びクローン病を含めたヒト自己免疫疾患の治療において臨床的有効性を実証している。しかしながら、ＤＥＤに対する局所抗ＴＮＦ療法は、ＤＥＤにおけるＴＮＦ−α関与のエビデンスがあるにも関わらず評価されていない（Ｊｉ ＹＷ，Ｂｙｕｎ ＹＪ，Ｃｈｏｉ Ｗ，Ｊｅｏｎｇ Ｅ，Ｋｉｍ ＪＳ，ｅｔ ａｌ．（２０１３）．Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｃｕｌａｒ ｓｕｒｆａｃｅ ＴＮＦ−α ｒｅｄｕｃｅｓ ｏｃｕｌａｒ ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｄ ｌａｃｒｉｍａｌ ｇｌａｎｄ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｉｎｄｕｃｅｄ ｂｙ ｉｎ ｖｉｖｏ ｄｒｙ ｅｙｅ．Ｉｎｖｅｓｔ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ Ｖｉｓ Ｓｃｉ．５４（１２）：７５５７−６６）。
Ｈａｌｌａｋらによる最近の研究から、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）遺伝子のＶａｌ６６Ｍｅｔ及びビタミンＤ受容体（ＶＤＲ）遺伝子の２つのＳＮＰ、Ｆｏｋｌ及びＡｐａｌがＤＥＤに関連している可能性があり得ることが示された（Ｈａｌｌａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｖｅ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ ＆ Ｖｉｓｕａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２０１５，Ｖｏｌ．５６，５９９０−５９９６）。しかしながら、ＴＮＦα拮抗作用によって利益を受ける可能性が最も高いＤＥＤ患者を同定することのできる公知のＳＮＰはない。
本明細書には、ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者向けの、ＴＮＦα拮抗薬による治療前に良好に応答する可能性のある患者を同定することによりこれらの集団においてＴＮＦα拮抗作用の利益を最大化し、且つそのリスクを最小限に抑える新規予測方法及び個別化療法が提供される。この知見は、一部には、ｒｓ１８００６９３応答アレルから選択されるＤＥＤ応答マーカーを保因するＤＥＤ患者が、このアレルを保因しないＤＥＤ患者と比べてＬＭＥ６３６への応答の改善を示すという決定に基づく。
従って本発明者らは、ＴＮＦα拮抗作用（ａｎｔａｇｏｎｓｉｍ）に応答する可能性が高いＤＥＤ患者を同定することを含む種々の医薬製品及び方法において、及びＴＮＦα拮抗薬（例えばＬＭＥ６３６）をそれらの患者に処方するかどうか、又は代替療法レジメンを処方するかどうかについて医師の判断を助けることにおいて、対象をｒｓ１８００６９３応答アレルの存在に関して試験することが有用となり得ることを企図する。
従って、本開示の一つの目的は、患者の生化学的プロファイルのある種の側面に基づき、治療有効量のＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体を患者に投与することによりＤＥＤを有する患者を治療する方法を提供することである。本開示の別の目的は、患者の生化学的プロファイルのある種の側面に基づき、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体による治療に応答する可能性が高いＤＥＤを有する患者を同定する方法を提供することである。本開示の別の目的は、患者の生化学的プロファイルのある種の側面に基づき、ＤＥＤを有する患者がＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体による治療に応答するであろう可能性を決定する方法である。
本明細書には、ＤＥＤを有する患者を選択的に治療する様々な方法が開示される。一部の実施形態において、これらの方法は、患者からの生体試料を本開示のＤＥＤ応答マーカーに関してアッセイすること；及びその後、患者が応答マーカーを有する場合、治療有効量のＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体を患者に選択的に投与することを含む。
本明細書にはまた、ＤＥＤを有する患者がＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体による治療に応答するであろう可能性を予測する様々な方法も開示される。一部の実施形態において、これらの方法は、患者からの生体試料中にある本開示のＤＥＤ応答マーカーを検出することを含み、ここで応答マーカーの存在が、患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性の増加を示す。
好ましい実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬はＴＮＦα結合分子、好ましくは抗体又はその抗原結合部分、最も好ましくはＬＭＥ６３６である。一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、表１に示されるとおりの少なくとも１つのＤＥＤ応答マーカーである。
以下の説明及び添付の特許請求の範囲に追加の方法、使用、及びキットが提供される。当業者には、以下の説明及び添付の特許請求の範囲から、本開示の更なる特徴、利点及び態様が明らかになるであろう。
ｒｓ１８００６９３ ＣＣ遺伝子型を有する１２人の患者（ＬＭＥ６３６による治療の４人の患者及び媒体による治療の８人）のベースラインから４３日目までの症候変化を示す。 ＬＭＥ６３６又は媒体で治療した全ての患者に関する２６日目の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量を示すウォーターフォールプロットであり、治療及びｒｓ１８００６９３遺伝子型別の症候変化を可視化可能にする。 ＬＭＥ６３６又は媒体で治療した全ての患者に関する２７日目の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量を示すウォーターフォールプロットであり、治療及びｒｓ１８００６９３遺伝子型別の症候変化を可視化可能にする。 ＬＭＥ６３６又は媒体で治療した全ての患者に関する２８日目の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量を示すウォーターフォールプロットであり、治療及びｒｓ１８００６９３遺伝子型別の症候変化を可視化可能にする。 ＬＭＥ６３６又は媒体で治療した全ての患者に関する２９日目の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量を示すウォーターフォールプロットであり、治療及びｒｓ１８００６９３遺伝子型別の症候変化を可視化可能にする。
用語「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「〜を含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」並びに「〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、例えばＸ「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」組成物は、Ｘのみからなってもよく、又は追加の何か、例えばＸ＋Ｙを含んでもよい。
数値ｘに関して用語「約」は、文脈上特に指示がない限り±１０％を意味する。
本明細書で使用されるとき、用語「対象」及び「患者」には、任意のヒト又は非ヒト動物が含まれる。用語「非ヒト動物」には、あらゆる脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、雌ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類など、哺乳類及び非哺乳類が含まれる。
用語「アッセイする」は、同定し、スクリーニングし、プロービングし、試験し、測定し、又は決定する行為を指して使用され、この行為はいかなる従来手段によって実施されてもよい。例えば、試料は特定の遺伝子又はタンパク質マーカーの存在に関して、ＥＬＩＳＡアッセイ、ノーザンブロット、イメージング、血清型タイピング、細胞タイピング、遺伝子シーケンシング、表現型タイピング、ハプロタイピング、免疫組織化学、ウエスタンブロット、質量分析法等を用いることによりアッセイされ得る。用語「検出する」（など）は、所与のソースから特定の情報を抽出する行為を意味し、これは直接的であっても又は間接的であってもよい。本明細書に開示される予測方法の一部の実施形態では、所与の事物（例えばアレル、タンパク質レベル等）の存在が生体試料において間接的に、例えばデータベースに問い合わせることにより検出される。用語「アッセイする」及び「決定する」は、物質の変換、例えば、生体試料、例えば血液試料又は他の組織試料のある状態から別の状態への、当該試料を物理試験に供することによる変換を企図する。
用語「入手する」は、調達すること、例えば何らかの方法で、例えば物理的介入（例えば生検、採血）又は非物理的介入（例えばサーバを介した情報の伝送）等によって所有物として獲得することを意味する。
語句「生体試料をアッセイする……」などは、試料が所与のＤＥＤ応答マーカーの存在のいずれかに関して（直接、或いは間接的に）試験され得ることを意味して使用される。物質の存在が１つの確率を意味し、及び物質の非存在が別の確率（ｐｒｏｂａｂｉｌｔｉｔｙ）を意味する状況では、かかる物質の存在又は非存在のいずれかが治療判断の指針として用いられ得ることは理解されるであろう。例えば、患者がＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかの決定は、患者に特定の応答アレルが実際に存在することを決定することによるか、又は患者に特定の応答アレルが存在しないことを決定することにより得る。かかる場合のいずれにおいても、患者がＤＥＤ応答マーカーの存在を有するかどうかが決定されている。本開示の方法は、特に、特定の個体がＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかを決定することを含む。この決定は、患者が表１のＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかを同定することにより行われる。これらの決定の各々（即ち、存在又は非存在）は、そのままで患者のアレル状態を提供し、従ってこれらの決定（ｄｅｔｅｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ）の各々は、特定の個体がＴＮＦα拮抗作用に更に良好に応答するか否かの指標を同様に提供する。
表１は本開示の様々な応答アレルを示す。第１列は、第２列のＳＮＰが存在する遺伝子を提供し、及び第３列は、当該遺伝子における当該ＳＮＰの概略位置を提供する。
表１に挙げられるＳＮＰは、所与の応答アレルのいずれかが存在する場合に（即ち、患者が所与の応答アレルに関してホモ接合又はヘテロ接合のいずれである場合にも）ＴＮＦα拮抗作用に関して予測的価値を有するが、以下の実施例で考察するとおり、ＣＣ遺伝子型の患者はＣＴ又はＴＴ遺伝子型の患者と比べてＬＭＥ６３６への応答の改善が大きい傾向があった。
用語「ドライアイ」は、乾性結膜炎又は乾性角結膜炎の別名でも知られ、前眼部涙液膜の破綻、その結果として起こる露出した眼の外表面の水分喪失を伴う一般的な眼科的障害である。特定の実施形態において、「ドライアイ」は中等度から重度として特徴付けられ、重症度は当業者により、例えば本明細書に記載されるとおりの全般的眼部不快感スコアに基づいて決定される。ドライアイの重症度の決定方法はまた、例えば、２００７年国際ドライアイ研究会（２００７ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｄｒｙ Ｅｙｅ Ｗｏｒｋｓｈｏｐ）によるＤＥＷＳ定義・分類ガイドライン（“Ｔｈｅ Ｏｃｕｌａｒ Ｓｕｒｆａｃｅ”Ａｐｒｉｌ ２００７，Ｖｏｌ．５，Ｎｏ．２，ｐａｇｅｓ ７５−９２を参照）にも記載され、又はＳｕｌｌｉｖａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｖｅ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｙ ＆ Ｖｉｓｕａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１０，Ｖｏｌ．５１，ｐｇ．６１２５−６１３０）により記載される方法である。
用語「ＴＮＦα」は腫瘍壊死因子アルファ（カケクチンとしても知られる）を指し、これは、単球及びマクロファージを含め、多数の細胞型によりエンドトキシン又は他の刺激に応答して産生される天然に存在する哺乳類サイトカインである。ＴＮＦαは、炎症反応、免疫学的反応、及び病態生理学的反応の主要なメディエーターである（Ｇｒｅｌｌ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｃｅｌｌ，８３：７９３−８０２）。「ＴＮＦα」には、様々な種（例えばヒト、マウス、及びサル）由来の野生型ＴＮＦα、ＴＮＦαの多型変異体、及びＴＮＦαの機能的等価物が含まれる。本開示に係るＴＮＦαの機能的等価物は、好ましくは野生型ＴＮＦα（例えばヒトＴＮＦα）と少なくとも約８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は更には９９％の全体的配列同一性を有し、且つ炎症反応、免疫学的反応、及び病態生理学的反応を媒介する能力を実質的に保持している。
「ＴＮＦα拮抗薬」は、本明細書で使用されるとき、ＴＮＦα機能、発現及び／又はシグナル伝達に（例えばＴＮＦαのＴＮＦα受容体への結合を遮断することにより）拮抗する（例えばそれを低減する、阻害する、減少させる、遅延させる）能力を有する分子を指す。ＴＮＦα拮抗薬の非限定的な例としては、ＴＮＦα結合分子及びＴＮＦα受容体結合分子が挙げられる。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦα拮抗薬が用いられる。
「ＴＮＦα結合分子」とは、ヒトＴＮＦα抗原に単独で、或いは他の分子と結び付いて結合する能力を有する任意の分子を意味する。結合反応は、例えば、ＴＮＦαのその受容体への結合の阻害を決定する結合アッセイ、競合アッセイ又はバイオアッセイを含めた標準方法（定性的アッセイ）又は任意の種類の結合アッセイにより、無関係な特異性の、但し理想的には同じアイソタイプの抗体、例えば抗ＣＤ２５抗体を使用する陰性対照試験を基準として示されてもよい。ＴＮＦα結合分子の非限定的な例には、小分子、ＴＮＦα受容体デコイ、及びＢ細胞又はハイブリドーマによって産生されるとおりのＴＮＦαに結合する抗体及びキメラ、ＣＤＲグラフト又はヒト抗体又はその任意の断片、例えばＦ（ａｂ’）２及びＦａｂ断片、並びに単鎖又はシングルドメイン抗体が含まれる。好ましくはＴＮＦα結合分子はＴＮＦα機能、発現及び／又はシグナル伝達に拮抗する（例えばそれを低減する、阻害する、減少させる、遅延させる）。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦα結合分子が用いられる。
「ＴＮＦα受容体結合分子」とは、ヒトＴＮＦα受容体に単独で、或いは他の分子と結び付いて結合する能力を有する任意の分子を意味する。結合反応は、例えば、ＴＮＦα受容体のＴＮＦαへの結合の阻害を決定する結合アッセイ、競合アッセイ又はバイオアッセイを含めた標準方法（定性的アッセイ）又は任意の種類の結合アッセイにより、無関係な特異性の、但し理想的には同じアイソタイプの抗体を使用する陰性対照試験を基準として示されてもよい。ＴＮＦα受容体結合分子の非限定的な例には、小分子、ＴＮＦαデコイ、及びＢ細胞又はハイブリドーマによって産生されるとおりのＴＮＦα受容体に対する抗体及びキメラ、ＣＤＲグラフト又はヒト抗体又はその任意の断片、例えばＦ（ａｂ’）２及びＦａｂ断片、並びに単鎖又はシングルドメイン抗体が含まれる。好ましくはＴＮＦα受容体結合分子はＴＮＦα機能、発現及び／又はシグナル伝達に拮抗する（例えばそれを低減する、阻害する、減少させる、遅延させる）。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦα受容体結合分子が用いられる。
用語「抗体」には、本明細書において参照されるとき、全抗体及びその任意の抗原結合部分又は単鎖が含まれる。天然に存在する「抗体」は、ジスルフィド結合によって相互に連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと省略する）及び重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む。各軽鎖は軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと省略する）及び軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は１つのドメイン、ＣＬを含む。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と称される一層高度に保存された領域が散在した超可変領域又は相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域に更に細かく分けることができる。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４で並んだ３つのＣＤＲ及び４つのＦＲを含む。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の種々の細胞（例えばエフェクター細胞）及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含め、宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦα又はＴＮＦα受容体に対する抗体、好ましくはＴＮＦαに対する抗体、例えばＬＭＥ６３６が用いられる。
抗体の「抗原結合部分」という用語は、本明細書で使用されるとき、抗原（例えばＴＮＦα）に特異的に結合する能力を保持している抗体の断片を指す。完全長抗体の断片によって抗体の抗原結合機能が果たされ得ることが示されている。抗体の「抗原結合部分」という用語の範囲内に含まれる結合断片の例としては、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片；ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ）２断片；ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；抗体の単一のアームのＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片；ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８９ Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６）；及び単離ＣＤＲが挙げられる。例示的抗原結合部位は、配列番号１〜６（表２）に示されるとおりのＬＭＥ６３６のＣＤＲ、好ましくは重鎖ＣＤＲ３を含む。更に、Ｆｖ断片の２つのドメイン、ＶＬ及びＶＨは別個の遺伝子によりコードされるが、組換え方法を用いて合成リンカーによってつなぎ合わせて、それらが単一のタンパク質鎖として作られることを可能にすることができ、ここではＶＬ及びＶＨ領域が対を成して一価分子を形成する（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる；例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８８ Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６；及びＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：５８７９−５８８３を参照のこと）。かかる一本鎖抗体もまた、用語「抗体」の範囲内に含まれることが意図される。一本鎖抗体及び抗原結合部分は当業者に公知の従来技術を用いて入手される。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦαに対する（例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体に対する一本鎖抗体又は抗体の抗原結合部分が用いられる。
「単離抗体」は、本明細書で使用されるとき、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す（例えば、ＴＮＦαに特異的に結合する単離抗体は、ＴＮＦα以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない）。用語「モノクローナル抗体」又は「モノクローナル抗体組成物」は、本明細書で使用されるとき、単一分子組成の抗体分子の調製物を指す。用語「ヒト抗体」は、本明細書で使用されるとき、フレームワーク領域及びＣＤＲ領域の両方がヒト起源の配列に由来する可変領域を有する抗体を含むことが意図される。「ヒト抗体」は、ヒト、ヒト組織又はヒト細胞によって作製される必要はない。本開示のヒト抗体は、ヒト配列によってコードされないアミノ酸残基（例えばインビトロでランダム又は部位特異的突然変異誘発によるか、インビボで抗体遺伝子の組換え中にジャンクションにおけるＮ−ヌクレオチド付加によるか、又はインビボで体細胞突然変異により導入される突然変異）を含んでもよい。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の一部の実施形態では、ＴＮＦα拮抗薬はヒト抗体、単離抗体、及び／又はモノクローナル抗体である。本開示の方法、レジメン、キット、プロセス、使用及び組成物の他の実施形態では、ＴＮＦα拮抗薬は組換え単鎖（ｓｃＦｖ）抗体である。
用語「ＫＤ」は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を指すことが意図される。用語「ＫＤ」は、本明細書で使用されるとき、Ｋｄ対Ｋａの比（即ちＫｄ／Ｋａ）から求められる、且つモル濃度（Ｍ）として表される解離定数を指すことが意図される。抗体のＫＤ値は、当該技術分野で十分に確立されている方法を用いて決定することができる。抗体のＫＤの決定方法は当該技術分野において公知であり、例えばＢｉａｃｏｒｅ（登録商標）システムなどのバイオセンサーシステムを用いる。一部の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）はヒトＴＮＦαに約５〜２５０ｐＭのＫＤで結合する。
用語「親和性」は、単一の抗原部位における抗体と抗原との間の相互作用強度を指す。各抗原部位の範囲内で、抗体「アーム」の可変領域は弱い非共有結合性の力によって多数の部位で抗原と相互作用する；相互作用が多いほど親和性が強くなる。様々な種のＴＮＦαに対する抗体の結合親和性を判定する標準アッセイは当該技術分野において公知であり、例えばＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット及びＲＩＡが挙げられる。抗体の結合反応速度（例えば結合親和性）はまた、Ｂｉａｃｏｒｅ解析によるなど、当該技術分野において公知の標準アッセイによっても評価することができる。
当該技術分野において公知の及び本明細書に記載される方法論に従い決定されるとおりのこれらのＴＮＦα機能特性（例えば生化学的、免疫化学的、細胞、生理学的又は他の生物学的活性など）の１つ以上を「阻害」する抗体は、抗体の非存在下で（又は無関係な特異性の対照抗体が存在する場合に）見られるものと比べた特定の活性の統計的に有意な減少に関係することが理解されるであろう。ＴＮＦα活性を阻害する抗体は、例えば測定されるパラメータの少なくとも約１０％、少なくとも５０％、８０％又は９０％の統計的に有意な減少に影響を及ぼし、及び本開示の方法、使用、プロセス、キット及び組成物の特定の実施形態では、使用されるＴＮＦα抗体は９５％、９８％又は９９％超のＴＮＦα機能的活性を阻害し得る。
用語「誘導体」は、特に指示されない限り、例えば指定される配列（例えば可変ドメイン）の本開示に係るＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）のアミノ酸配列変異体、及び共有結合修飾（例えばペグ化、脱アミド、ヒドロキシル化、リン酸化、メチル化等）を定義して使用される。「機能的誘導体」は、本開示のＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子と共通する定性的生物学的活性を有する分子を含む。機能的誘導体には、本明細書に開示されるとおりのＴＮＦα拮抗薬の断片及びペプチド類似体が含まれる。断片は、例えば指定される配列の本開示に係るポリペプチドの配列内にある領域を含む。本明細書に開示されるＴＮＦα拮抗薬の機能的誘導体（例えばＬＭＥ６３６の機能的誘導体）は、好ましくは、本明細書に開示されるＴＮＦα結合分子のＶＨ及び／又はＶＬ配列（例えば表２のＶＨ及び／又はＶＬ配列）と少なくとも約６５％、７５％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は更には９９％の全体的配列同一性を有するＶＨ及び／又はＶＬドメインを含み、且つヒトＴＮＦαへの結合能力を実質的に保持している。
語句「実質的に同一」は、関連性のあるアミノ酸又はヌクレオチド配列（例えばＶＨ又はＶＬドメイン）が特定の参照配列と比較して同一である又は（例えば保存されたアミノ酸置換による）実質的でない差異しか有しないであろうことを意味する。実質的でない差異には、指定される領域（例えばＶＨ又はＶＬドメイン）の５アミノ酸配列中１又は２個の置換（例えば、セリンのスレオニンとのスワッピングなどの保存的置換、又は抗体活性、構造の完全性、補体結合等に関与しない位置における置換）など、軽微なアミノ酸変化が含まれる。抗体の場合、第２の抗体は同じ特異性を有し、且つその親和性の少なくとも５０％を有する。本明細書に開示される配列と実質的に同一な（例えば少なくとも約８５％の配列同一性の）配列もまた、本開示の一部である。一部の実施形態において、誘導体ＴＮＦα抗体（例えばＬＭＥ６３６の誘導体、例えばＬＭＥ６３６バイオシミラー抗体）の配列同一性は、本開示の配列を基準として約９０％以上、例えば９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上であってもよい。
天然ポリペプチド及びその機能的誘導体に関して「同一性」とは、本明細書では、最大のパーセント同一性が達成されるように、且ついかなる保存的置換も配列同一性の一部としては考慮せずに配列をアラインメントし、必要であればギャップを導入した後の、対応する天然ポリペプチドの残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。Ｎ末端又はＣ末端の伸長も挿入も、同一性を減じるとは解釈されないものとする。アラインメントの方法及びコンピュータプログラムは周知である。パーセント同一性は、標準的なアラインメントアルゴリズム、例えばＡｌｔｓｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２１５：４０３ ４１０）によって記載されるベーシック・ローカル・アラインメント・サーチ・ツール（ＢＬＡＳＴ：Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ）；Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４８：４４４ ４５３）のアルゴリズム；又はＭｅｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（（１９８８）Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．，４：１１ １７）のアルゴリズムによって決定することができる。パラメータ一式は、Ｂｌｏｓｕｍ ６２スコアリング行列で、ギャップペナルティ１２、ギャップ伸長ペナルティ４、及びフレームシフトギャップペナルティ５であってもよい。２つのアミノ酸又はヌクレオチド配列間のパーセント同一性はまた、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ（（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ，４：１１−１７）のアルゴリズムを用いて、ＰＡＭ１２０重み付け残基テーブル、ギャップ長ペナルティ１２及びギャップペナルティ４を使用して決定することもできる。
「アミノ酸」は、あらゆる天然に存在するＬ−α−アミノ酸を例えば指し、及びＤ−アミノ酸を含む。語句「アミノ酸配列変異体」は、本開示に係る配列と比較したときそのアミノ酸配列に何らかの違いがある分子を指す。例えば指定される配列の本開示に係るポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、なおもヒトＴＮＦαへの結合能力を有している。アミノ酸配列変異体には、置換変異体（本開示に係るポリペプチドにおいて少なくとも１つのアミノ酸残基が取り除かれ、それに代えて同じ位置に別のアミノ酸が挿入されているもの）、挿入変異体（本開示に係るポリペプチドにおける特定の位置にあるアミノ酸に直接隣接して１つ以上のアミノ酸が挿入されているもの）及び欠失変異体（本開示に係るポリペプチドにおいて１つ以上のアミノ酸が取り除かれているもの）が含まれる。
用語「薬学的に許容可能」は、１つ又は複数の活性成分の生物学的活性の有効性に干渉しない非毒性物質を意味する。
化合物、例えばＴＮＦα結合分子又は別の薬剤に関して用語「投与する」は、当該化合物を任意の経路によって患者に送達することを指して使用される。
本明細書で使用されるとき、「治療有効量」は、患者（ヒトなど）への単回又は複数回用量投与時に、障害又は再発性障害を治療し、予防し、その発症を予防し、治癒し、遅延させ、その重症度を低減し、その少なくとも１つの症状を改善するのに有効な、又はかかる治療がない場合に予想される生存を超えて患者の生存を延長させるのに有効なＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）の量を指す。単独で投与される個別の活性成分（例えばＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６）に適用される場合、この用語は当該成分単独を指す。併用に適用される場合、この用語は、併用投与か、逐次投与か、それとも同時投与かに関わらず、治療効果をもたらす活性成分の総量を指す。
用語「治療」又は「治療する」は、疾患に罹るリスクがある又は疾患に罹っていると疑われる患者並びに病気の又は疾患若しくは病状に罹患していると診断された患者の治療を含め、予防的又は防御的治療（場合による）並びに治癒的又は疾患修飾的治療の両方を指し、及び臨床的再発の抑制を含む。治療は、障害又は再発性障害を予防し、治癒し、その発症を遅延させ、その重症度を低減し、又はその１つ以上の症状を改善するため、又はかかる治療がない場合に予想される生存を超えて患者の生存を延長させるため、医学的障害を有する又は最終的に障害に後天的に罹ることになり得る患者に投与されてもよい。
語句「治療に応答する」は、特定の治療、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＬＭＥ６３６）の送達時に患者が前記治療からの臨床的に有意味な利益を示すことを意味して使用される。ＤＥＤの場合、かかる基準には、例えば全般的眼部不快感スコアの改善が含まれる。かかる基準の全てが、患者が所与の治療に応答しているかどうかの許容される尺度である。語句「治療に応答する」は、絶対的な応答というよりむしろ比較的に解釈されることが意図される。例えば、ＤＥＤ応答マーカーを有するＤＥＤ患者は、ＤＥＤ応答マーカーを有しないＤＥＤ患者と比べてＴＮＦα拮抗薬による治療からの利益をより多く有すると予測される。これらのＤＥＤ応答マーカー保因者はＴＮＦα拮抗薬による治療に更に良好に応答し、単にＴＮＦα拮抗薬による「治療に応答する」と言われ得る。
語句「データを受け取る」は、例えば口頭で、電子的に（例えば電子メールにより、ディスケット又は他の媒体上に符号化されて）、書面によるなど、任意の利用可能な手段によって情報を所有物として入手することを意味して使用される。
本明細書で使用されるとき、患者に関して「選択する」及び「選択される」は、特定の患者がより大きい患者集団から、その特定の患者が所定の基準を有すること、例えばその患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき（それに起因して）特別に選ばれることを意味して使用される。同様に、「選択的に治療する」は、ＤＥＤを有する患者に治療を提供することを指し、ここで当該の患者はより大きい患者集団から、その特定の患者が所定の基準を有することに基づき特別に選ばれ、例えばＤＥＤ患者は、その患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに起因して治療に特別に選ばれる。同様に、「選択的に投与する」は、より大きい患者集団から、その特定の患者が所定の基準、例えば特定の遺伝子マーカー又は他の生物学的マーカーを有することに基づき（それに起因して）特別に選ばれる患者に薬物を投与することを指す。選択する、選択的に治療する、及び選択的に投与するとは、患者がＤＥＤを有することのみに基づき標準治療レジメンが送達されるというよりむしろ、患者の特定の生物学に基づき患者に個別化療法が送達されることを意味する。本明細書で使用されるときの治療方法に関して選択するとは、ＤＥＤ応答マーカーを有する患者の偶然の治療を指すのでなく、むしろ、患者がＤＥＤＩ応答マーカーを有することに基づき患者にＴＮＦα拮抗薬を投与する慎重な選択を指す。従って、選択的治療は、そのアレル状態に関わらず全ての患者に特定の薬物を送達する標準治療とは異なる。
本明細書で使用されるとき、「予測する」は、ＤＥＤを有する個体がＴＮＦα結合分子による治療に応答するであろう可能性又はそれに更に良好に応答するであろう可能性を医療提供者が決定できるようにするための情報が本明細書に記載される方法により提供されることを示す。これは１００％の精度で応答を予測可能であることを指すものではない。代わりに、当業者は、これが確率の増加を指すことを理解するであろう。
本明細書で使用されるとき、「可能性」及び「可能性がある」は、あるイベントが起こることがどの程度確からしいかの尺度である。これは「確率」と同義的に使用されてもよい。可能性は、推測を超えるが確信には至らない確率を指す。従って、常識、訓練又は経験を用いる合理的な人が、状況を所与として、あるイベントが確からしいと結論付ける場合に、イベントは可能性がある。一部の実施形態において、可能性が確かめられると、患者はＴＮＦα結合分子で治療されてもよく（又は治療が継続される、又は治療が投薬量増加に移る）、又は患者は治療されなくてもよい（又は治療が中断される、又は治療がより低用量に移る）。
語句「可能性の増加」は、あるイベントが起こるであろう確率の増加を指す。例えば、本明細書における一部の方法では、患者がＴＮＦα結合分子による治療に応答する可能性の増加又はＤＥＤ応答マーカーを有しないＤＥＤ患者と比較してＴＮＦα結合分子による治療により良く応答する可能性の増加を示すかどうかの予測が可能である。
本明細書で使用されるとき「ＳＮＰ」は「一塩基多型」を指す。一塩基多型は、ゲノム（又は他の共有される配列）中の単一のヌクレオチドが生物学的種のメンバー間又は個体における対を成す染色体間で異なる場合に起こるＤＮＡ配列変異である。ほとんどのＳＮＰはアレルを２つのみ有し、通常は集団中で一方がより多く見られる。ＳＮＰは、遺伝子のエクソン又はイントロン、遺伝子の上流又は下流非翻訳領域、又は単なるゲノム位置（即ち転写されない）に存在し得る。ＳＮＰが遺伝子のコード領域に存在するとき、ＳＮＰは遺伝子コードの冗長性に起因してサイレントであることもあり（即ち、同義多型）、又はＳＮＰはコードされたポリペプチドの配列に変化をもたらすこともある（即ち、非同義多型）。本開示では、ＳＮＰはその一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）ｒｓ番号、例えば「ｒｓ１８００６９３」によって識別される。ｄｂＳＮＰは、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）が国立ヒトゲノム研究所（ＮＨＧＲＩ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）と共同で開発及び運営する様々な種内及び種間の遺伝的変異に関する無料の公的アーカイブである。
ＳＮＰなどの多型部位は、通常は目的集団のゲノムにおいてその前後に保存配列があり、従って多型部位の位置は、往々にして、ＳＮＰの場合に一般に「ＳＮＰコンテクスト配列」と称される、多型部位を取り囲むコンセンサス核酸配列（例えば３０〜６０ヌクレオチド）に基づき決めることができる。本明細書に開示されるＳＮＰのコンテクスト配列については、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐで利用可能なＮＣＢＩ ＳＮＰデータベースを参照し得る。或いは、多型部位の位置は、遺伝子、ｍＲＮＡ転写物、ＢＡＣクローンの始端に対する、又は更にはタンパク質翻訳の開始コドン（ＡＴＧ）に対する参照配列（例えばＧｅｎｅＢａｎｋ寄託物）上のその位置によって同定されてもよい。当業者は、目的集団中の各個体において特定の多型部位の位置が、コンセンサス配列又は参照配列と比較したときの当該個体のゲノムにおける１つ以上の挿入又は欠失の存在に起因して参照配列又はコンテクスト配列の正確に同じ位置に存在しないこともあることを理解する。検出しようとする多型部位における選択的アレルのアイデンティティと、その多型部位が存在する参照配列又はコンテクスト配列の一方又は両方とが当業者に提供されたとき、任意の所与の個体における多型部位の選択的アレルを検出するためのロバストで特異的且つ正確なアッセイを設計することは、当業者にとってルーチンである。従って、当業者は、参照配列又はコンテクスト配列における（又はかかる配列の開始コドンに対する）特定の位置を参照することにより本明細書に記載される任意の多型部位の位置を特定することは単に便宜上であること、及び字義通りの任意の具体的に挙げられるヌクレオチド位置が、本明細書に記載される遺伝子タイピング方法又は当該技術分野において公知の他の遺伝子タイピング方法のいずれかを用いて本発明の遺伝子マーカーに関して試験される任意の個体の同じ遺伝子座に同じ多型部位が実際に位置するいかなるヌクレオチド位置も含むことを理解するであろう。
ＳＮＰに加えて、遺伝子多型には、遺伝子エンハンサー、エクソン、イントロン、プロモーター、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ等に生じる転座、挿入、置換、欠失等が含まれる。
本明細書で使用されるとき「ｒｓ１８００６９３」は、腫瘍壊死因子受容体１（ＴＮＦＲ１）としても知られるヒト腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー１Ａ（ＴＮＦＲＳＦ１Ａ）遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１０６５．３）の６番目のイントロンの範囲内にあるＴ／Ｃ ＳＮＰを指す。ＴＮＦＲＳＦ１Ａタンパク質は主要なＴＮＦα受容体のうちの１つであり、ＮＦ−κＢ経路に関与し、アポトーシスを媒介し、及び炎症を調節する。ｒｓ１８００６９３多型部位は染色体１２：６３３０８４３に位置する。語句「ｒｓ１８００６９３応答アレル」は、本明細書で使用されるとき、ｒｓ１８００６９３多型部位にある「Ｃ」アレル（非コード鎖の場合Ｇアレル）又は「Ｔ」アレル（非コード鎖の場合Ａアレル）を指す。本開示の方法、使用、及びキットの一部の実施形態では、患者は少なくとも１つのｒｓ１８００６９３応答アレルを有する。
前述の応答アレルは、ＴＮＦα拮抗作用に対するＤＥＤ患者の応答の予測に有用である。一部の実施形態において、ＣＣ、ＣＴ、又はＴＴ遺伝子型を有するＤＥＤ患者は、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６などのＴＮＦα抗体による治療に応答する可能性があると見なされる。
当業者が認識するとおり、特定のＳＮＰを含む核酸試料は相補的二本鎖分子であってもよく、従ってセンス鎖上の特定の部位への言及は、同様に相補的アンチセンス鎖上の対応する部位への言及である。同様に、染色体の一方の鎖の両方のコピー上のＳＮＰについて得られる特定の遺伝子型への言及は、他方の鎖の両方のコピー上の同じＳＮＰについて得られる相補的な遺伝子型と等価である。従って、例えばコード鎖上のｒｓ１８００６９３多型部位についてのＴ／Ｃ遺伝子型は、非コード鎖上の当該多型部位についてのＡ／Ｇ遺伝子型と等価である。
本明細書で使用されるとき、「ゲノム配列」はゲノムに存在するＤＮＡ配列を指し、アレル内の一領域、アレルそれ自体、又は目的のアレルを含む染色体（ｃｈｒｏｍｓｏｍｅ）のより大きいＤＮＡ配列を含む。
ＤＥＤ応答マーカーの産物には、核酸産物及びポリペプチド産物が含まれる。「ポリペプチド産物」は、ＤＥＤ応答マーカー（ｍａｒｋｅ）によってコードされるポリペプチド及びその断片を指す。「核酸産物」は、ＤＥＤ応答マーカーの任意のＤＮＡ（例えばゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ等）又はＲＮＡ（例えばプレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等）産物及びその断片を指す。
「等価な遺伝子マーカー」は、目的のアレルと相互に関連のある遺伝子マーカーを指し、例えばそれは目的のアレルと連鎖不平衡（ＬＤ）を示すか、又は遺伝子連鎖している。患者がＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかの決定は、患者からの生体試料をアレルそれ自体に関して直接調べるよりむしろ、等価な遺伝子マーカーが用いられてもよい。特定のＳＮＰに関するＬＤの決定を支援する様々なプログラムが存在し、例えば、ＨａｐｌｏＢｌｏｃｋ（ｂｉｏｉｎｆｏ．ｃｓ．ｔｅｃｈｎｉｏｎ．ａｃ．ｉｌ／ｈａｐｌｏｂｌｏｃｋ／で利用可能）、ＨａｐＭａｐ、ＷＧＡ Ｖｉｅｗｅｒがある。
用語「プローブ」は、別の物質、例えばＤＥＤ応答マーカーに関連する物質を特異的に検出するのに有用な任意の物質組成物を指す。プローブは、ＤＥＤ応答マーカー、又はＤＥＤ応答マーカーの核酸産物のゲノム配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（コンジュゲートオリゴヌクレオチドを含む）であってもよい。コンジュゲートオリゴヌクレオチドとは、受容体分子（例えばその抗原に特異的な抗体）に対して高度に特異的なリガンド（例えば抗原）を含む発色団又は分子に共有結合的に結合したオリゴヌクレオチドを指す。プローブはまた、ＤＥＤ応答マーカー内の特定の領域を増幅させるための、例えば別のプライマーと一緒のＰＣＲプライマーであってもよい。更に、プローブは、これらのアレルのポリペプチド産物に特異的に結合する抗体であってもよい。更に、プローブは、ＤＥＤ応答マーカーの等価な遺伝子マーカーを検出する（例えば結合する又はハイブリダイズする）能力を有する任意の物質組成物であってもよい。好ましい実施形態において、プローブは目的のアレルの核酸配列（好ましくはゲノムＤＮＡ）に特異的にハイブリダイズするか、又はポリペプチド配列に特異的に結合する。
語句「特異的にハイブリダイズする」は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でのハイブリダイゼーション（ｈｙｂｒｉｚａｔｉｏｎ）を指して使用される。ストリンジェントな条件は当業者に公知であり、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６を参照することができる。当該文献には水性及び非水性方法が記載されており、いずれを用いることもできる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中約４５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中５０℃での少なくとも１回の洗浄である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の第２の例は、６×ＳＳＣ中約４５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中５５℃での少なくとも１回の洗浄である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の別の例は、６×ＳＳＣ中約４５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中６０℃での少なくとも１回の洗浄である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の更なる例は、６×ＳＳＣ中約４５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中６５℃での少なくとも１回の洗浄である。高ストリンジェントな条件には、０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ中６５℃でのハイブリダイゼーション、続いて０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳ中６５℃での少なくとも１回の洗浄が含まれる。
語句「核酸の一領域」は、大きい核酸配列内にある小さい配列を指して使用される。例えば、遺伝子は染色体の一領域である、エクソンは遺伝子の一領域である、などである。
ポリペプチドの文脈で用語「特異的に結合する」は、プローブが望ましくないポリペプチドにランダムに結合するのでなく、むしろ所与のポリペプチド標的（例えばＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物）に結合することを意味して使用される。しかしながら、「特異的に結合する」は、プローブが所与のポリペプチド標的の存在の有用な測定をもたらす能力を当該の交差反応性が妨げない限り、望ましくないポリペプチドとの何らかの交差反応性を除外しない。
用語「能力を有する」は、所与の結果を実現可能であることを意味して使用され、例えば特定の物質の存在を検出する能力を有するプローブとは、そのプローブを使用して特定の物質を検出し得ることを意味する。
「オリゴヌクレオチド（ｏｌｉｏｇｏｎｕｃｅｌｏｔｉｄｅ）」は、短い、例えば２〜１００塩基のヌクレオチド配列を指す。
用語「生体試料」は、本明細書で使用されるとき、同定、診断、予測、又はモニタリングに用いられ得る患者からの試料を指す。好ましい試料としては、滑液、血液、血液由来産物（バフィーコート、血清、及び血漿など）、リンパ液、尿、涙液、唾液、毛球細胞、脳脊髄液、頬側スワブ、糞便、滑液、滑膜細胞、喀痰、又は組織試料（例えば軟骨試料）が挙げられる。加えて、当業者は、一部の試料が分画又は精製手順後、例えば全血からのＤＮＡの単離後であればより容易な分析となり得ることを理解するであろう。
ＴＮＦα拮抗薬
開示される様々な医薬組成物、レジメン、プロセス、使用、方法及びキットは、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）を利用する。
一実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）は、超可変領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３を含む少なくとも１つの重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含み、前記ＣＤＲＨ１はアミノ酸配列 配列番号１を有し、前記ＣＤＲＨ２はアミノ酸配列 配列番号２を有し、及び前記ＣＤＲＨ３はアミノ酸配列 配列番号３を有する。一実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）は、超可変領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２及びＣＤＲＬ３を含む少なくとも１つの軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＣＤＲＬ１はアミノ酸配列 配列番号４を有し、前記ＣＤＲＬ２はアミノ酸配列 配列番号５を有し、及び前記ＣＤＲＬ３はアミノ酸配列 配列番号６を有する。
一実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）はＶＨドメイン及びＶＬドメインを含み、ここで：ａ）ＶＨドメインは（例えば配列中に）：ｉ）超可変領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３を含み、前記ＣＤＲＨ１はアミノ酸配列 配列番号１を有し、前記ＣＤＲＨ２はアミノ酸配列 配列番号２を有し、及び前記ＣＤＲＨ３はアミノ酸配列 配列番号３を有し；及びｂ）ＶＬドメインは（例えば配列中に）超可変領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２及びＣＤＲＬ３を含み、前記ＣＤＲＬ１はアミノ酸配列 配列番号４を有し、前記ＣＤＲＬ２はアミノ酸配列 配列番号５を有し、及び前記ＣＤＲＬ３はアミノ酸配列 配列番号６を有する。
一実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）は、ａ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）；ｂ）配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）；ｃ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含むＶＨドメイン及び配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含むＶＬドメイン；ｄ）配列番号１、配列番号２、及び配列番号３として示される超可変領域を含むＶＨドメイン；ｅ）配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含むＶＬドメイン；又はｆ）配列番号１、配列番号２、及び配列番号３として示される超可変領域を含むＶＨドメイン及び配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含むＶＬドメインを含む。
参照し易いように、ＬＭＥ６３６ ｓｃＦｖ抗体の超可変領域のアミノ酸配列を以下の表２に提供する。
一部の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）は配列番号７の軽鎖を含む。他の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬は配列番号８の重鎖を含む。他の実施形態において、ＴＮＦα ７拮抗薬は配列番号７の軽鎖及び配列番号８の重鎖を含む。一部の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬は配列番号７の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬は配列番号８の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬は配列番号７の３つのＣＤＲ及び配列番号８の３つのＣＤＲを含む。配列番号７及び配列番号８のＣＤＲは表２に示す。他の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬は配列番号９の配列を含む：
超可変領域はあらゆる種類のフレームワーク領域を伴い得るが、好ましくはヒト起源のものである。好適なフレームワーク領域は、Ｋａｂａｔ Ｅ．Ａ．ｅｔ ａｌ，前掲に記載される。好ましい重鎖フレームワークは、配列番号１０に示されるとおりのＬＭＥ６３６抗体の重鎖フレームワークである：
好ましい軽鎖フレームワークは、配列番号１１に示されるとおりのＬＭＥ６３６抗体の軽鎖フレームワークである：
配列番号１０及び配列番号１１の配列中で使用されるとき、（Ｘ）ｎ＝３−５０はＣＤＲを表す。
一実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）は、ａ）配列中に超可変領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３を含む第１のドメイン（前記ＣＤＲＨ１はアミノ酸配列 配列番号１を有し、前記ＣＤＲＨ２はアミノ酸配列 配列番号２を有し、及び前記ＣＤＲＨ３はアミノ酸配列 配列番号３を有する）；及びｂ）超可変領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２及びＣＤＲＬ３を含む第２のドメイン（前記ＣＤＲＬ１はアミノ酸配列 配列番号４を有し、前記ＣＤＲＬ２はアミノ酸配列 配列番号５を有し、及び前記ＣＤＲＬ３はアミノ酸配列 配列番号６を有する）；及びｃ）第１のドメインのＮ末端の端及び第２のドメインのＣ末端の端又は第１のドメインのＣ末端の端及び第２のドメインのＮ末端の端のいずれかに結合するペプチドリンカーを含む抗原結合部位を含む単鎖結合分子から選択される。
或いは、本開示の方法に用いられるＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）は、本明細書において配列（ｓｅｑｕｎｅｎｃｅ）によって示されるＴＮＦα結合分子の誘導体（例えばペグ化バージョンのＬＭＥ６３６）を含んでもよい。或いは、本開示の方法に用いられるＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）のＶＨ又はＶＬドメインは、本明細書に示されるＶＨ又はＶＬドメイン（例えば配列番号８及び７に示されるもの）と実質的に同一のＶＨ又はＶＬドメインを有してもよい。本明細書に開示される抗ＴＮＦα抗体は、配列番号８として示されるものと実質的に同一の重鎖及び／又は配列番号７として示されるものと実質的に同一の軽鎖を含んでもよい。本明細書に開示される抗ＴＮＦα抗体は、配列番号８を含む重鎖及び配列番号７を含む軽鎖を含んでもよい。本明細書に開示される抗ＴＮＦα抗体は、ａ）配列番号８に示されるものと実質的に同一のアミノ酸配列を有する可変ドメイン及びヒト重鎖の定常部分を含む１つの重鎖；及びｂ）配列番号７に示されるものと実質的に同一のアミノ酸配列を有する可変ドメイン及びヒト軽鎖の定常部分を含む１つの軽鎖を含んでもよい。或いは、本開示の方法に用いられるＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）は、本明細書に示される参照ＴＮＦα結合分子のアミノ酸配列変異体であってもよい。かかる誘導体及び変異体例の全てにおいて、ＴＮＦα拮抗薬は、約５０ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、又はより好ましくは約３ｎＭ以下の前記分子の濃度で約１ｎＭ（＝３０ｎｇ／ｍｌ）のヒトＴＮＦαの活性を５０％阻害する能力を有し、前記阻害活性は、例えば、Ｃｈｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１１，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，Ｖｏｌ ６，ｉｓｓｕｅ １，ｅ１６３７３に記載されるとおりＬ９２９細胞のＴＮＦα細胞傷害性の中和に関してアッセイすることにより測定される。
本開示はまた、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、又はフレームワークのアミノ酸残基のうちの１つ以上、典型的には僅か数個（例えば１〜４つ）が、例えば対応するＤＮＡ配列の突然変異、例えば部位特異的突然変異誘発によって変化しているＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）も含み得る。本開示は、かかる変化したＴＮＦα拮抗薬をコードするＤＮＡ配列を含む。
本開示はまた、ヒトＴＮＦαに対して結合特異性を有するＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）、詳細にはＴＮＦαのその受容体への結合を阻害する能力を有するＴＮＦα抗体及び約５０ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、又はより好ましくは約３ｎＭ以下の前記分子の濃度で１ｎＭ（＝３０ｎｇ／ｍｌ）のヒトＴＮＦαの活性を５０％阻害する能力を有するＴＮＦα抗体（前記阻害活性は、Ｌ９２９細胞のＴＮＦα細胞傷害性の中和に関してアッセイすることにより測定される）も含む。
好ましい実施形態において、本開示の方法、使用、キット等に用いられる抗ＴＮＦα抗体はＬＭＥ６３６であり、これは配列番号９の配列を含む。ＬＭＥ６３６は、ヒトＴＮＦαを阻害する、且つ標準的な発現技術によって大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）で組換え産生される２５４アミノ酸（分子質量：２６．７ｋＤａ）からなるヒト化モノクローナルｓｃＦｖ抗体断片である。この分子は、グリシン及びセリンからなる可動性アミノ酸配列によって共有結合的に連結された、モノクローナルウサギ抗ヒトＴＮＦα抗体の軽鎖及び重鎖可変領域配列からの相補性決定領域（ＣＤＲ）及び特定のフレームワーク残基をヒト軽鎖及び重鎖可変領域フレームワークにグラフトすることにより遺伝子操作された。
一実施形態において、発現ベクターにおける開始コドンに由来するメチオニンが、それが翻訳後に切断されなかった場合には最終的なタンパク質に存在する。その場合、ＬＭＥ６３６は配列番号１２の配列を有する：
本開示の方法、キット及び使用に用いられる他の好ましいＴＮＦα抗体は、国際公開第２００９／１５５７２３号パンフレット及び国際公開第２０１２／０５１７３４号パンフレットに示されるものである。
アッセイ技法、診断方法及び伝達可能な形態の情報の作成方法
本開示の方法は、ＤＥＤの治療又は改善、並びにＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６による治療に対するＤＥＤ患者の応答可能性の予測に有用である。これらの方法は、特に、患者からの試料中に患者がＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかを決定することを用いる。
患者からの生体試料は、任意の適用可能な従来手段によりＤＥＤ応答マーカーの存在に関してアッセイされてもよく、手段は特定のマーカーがエクソン、イントロン、ｍＲＮＡの非コード部分又は非コード（ｎｏｎ−ｃｏｎｄｉｎｇ）ゲノム配列のいずれの範囲内にあるかに応じて選択されることになる。
数多くの生体試料、例えば、血液、滑液、バフィーコート、血清、血漿、リンパ液、糞便、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、頬側スワブ、喀痰、又は組織を使用して、アレル又はタンパク質の存在、遺伝子又はタンパク質の発現レベル、及びタンパク質の活性が同定され得る。本開示の方法においては生体試料内の様々なソースを使用することができ、例えば生体試料から得られたゲノムＤＮＡをアッセイしてＤＥＤ応答マーカーを検出してもよく、又は生体試料から得られたＤＥＤ応答マーカーの産物、例えば核酸産物（例えばＤＮＡ、プレｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ等）及びポリペプチド産物（例えば発現したタンパク質）をアッセイしてもよい。
本発明者らは、表１の様々なＳＮＰアレルが特定の患者のＴＮＦα拮抗作用による（例えばＬＭＥ６３６を使用した）治療への応答性を予測するのに有用であることを決定した。好ましい実施形態において、対象がＤＥＤ応答マーカーを有するかどうかを決定するため、ＤＥＤ応答マーカーのゲノム配列が分析される。
実施例に記載するとおり、本発明者らの最新の知見は、ＳＮＰ ｒｓ１８００６９３に関連する遺伝子型の存在がＤＥＤに対するＴＮＦα拮抗作用（例えばＬＭＥ６３６）への応答の向上を予測するのに有用であり得るという結論につながる。ＤＥＤ応答マーカーの存在は、種々の遺伝子タイピング技法によって検出し得る。典型的には、かかる遺伝子タイピング技法は、目的の多型部位（例えばＳＮＰ）を含む領域、又はそれに隣接する領域に相補的な１つ以上のオリゴヌクレオチドを利用する。目的とする特定の多型部位の遺伝子タイピングに使用するオリゴヌクレオチドの配列は、典型的にはコンテクスト配列又は参照配列に基づき設計される。
ＤＥＤ応答マーカーの存在の同定には、数多くの方法及び装置が利用可能である。当該技術分野において周知の方法、例えばフェノール／クロロホルム抽出、ＧｅｎｔＡＳ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｑｉａｇｅｎ、ＣＡ）からのＰＵＲＥＧＥＮＥ ＤＮＡ（登録商標）精製システムにより、生体試料からＳＮＰ検出用のＤＮＡ（ゲノムＤＮＡ及びｃＤＮＡ）を調製することができる。ＤＮＡ配列の検出には、当該領域内にあるセンス鎖又はアンチセンス鎖のいずれかに位置する１つ又は複数のヌクレオチドを調べることが含まれ得る。患者における多型の存在は、配列特異的プローブ、例えば、Ｔａｑｍａｎからの加水分解プローブ、Ｂｅａｃｏｎｓ、Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓ；又はマーカー若しくは多型を検出するハイブリダイゼーションプローブを使用したＰＣＲにより得られたＤＮＡ（ゲノムＤＮＡ又はｃＤＮＡ）から検出されてもよい。多型の検出には、配列特異的プローブは、それが目的のアレルのゲノムＤＮＡ、又はある場合には目的のＲＮＡに特異的にハイブリダイズするように設計され得る。多型部位（例えばＳＮＰ）のプライマー及びプローブは、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐで利用可能なＮＣＢＩ ＳＮＰデータベースに収載されているコンテクスト配列に基づき設計されてもよい。これらのプローブは、直接検出のため標識されてもよく、又はプローブに特異的に結合する二次的な検出可能分子を接触させてもよい。ＰＣＲ産物もまたＤＮＡ結合剤によって検出することができる。次に前記ＰＣＲ産物は、続いて当該技術分野で利用可能な任意のＤＮＡシーケンシング方法によりシーケンシングすることができる。或いは、アレルの存在は、限定はされないが、サンガー法ベースのシーケンシング、パイロシーケンシング又は次世代シーケンシングなど、任意のシーケンシング方法を用いてシーケンシングすることにより検出し得る（Ｓｈｅｎｄｕｒｅ Ｊ．ａｎｄ Ｊｉ，Ｈ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９９８），Ｖｏｌ．２６，Ｎｒ １０，ｐａｇｅｓ １１３５−１１４５）。ＳＮＰに最適化されたアレル識別アッセイは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）から購入してもよい。
特定の多型（例えばＳＮＰ）を調べるため、例えば、ハイブリダイゼーションベースの方法、例えばダイナミックアレル特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子タイピング、分子ビーコンによる多型部位（例えばＳＮＰ）検出（Ａｂｒａｖａｙａ Ｋ．，ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ Ｌａｂ Ｍｅｄ．４１：４６８−４７４）、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ技術（登録商標）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｏｌｄｅｎ Ｇａｔｅ（登録商標）技術及び市販の高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｈｕｍａｎ ＳＮＰ５．０ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）は、５００，０００を超えるヒトＳＮＰを遺伝子タイピングすることのできるゲノムワイドアッセイを実施する）、ＩｌｌｕｍｉｎａからのＢｅａｄＣｈｉｐ（登録商標）キット、例えばＨｕｍａｎ６６０Ｗ−Ｑｕａｄ及びＨｕｍａｎ １．２Ｍ−Ｄｕｏ）；酵素ベースの方法、例えば制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、ＰＣＲベースの方法（例えばテトラプライマーＡＲＭＳ−ＰＣＲ）、インベーダーアッセイ（Ｏｌｉｖｉｅｒ Ｍ．（２００５）Ｍｕｔａｔ Ｒｅｓ．５７３（１−２）：１０３−１０）、様々なプライマー伸長アッセイ（検出フォーマット、例えばＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法、電気泳動法、ブロッティング法、及びＥＬＩＳＡ様方法に組み込まれる）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイ、及びオリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ；及び他の増幅後方法、例えば一本鎖コンホメーション多型分析（Ｃｏｓｔａｂｉｌｅ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．２７（１２）：１１６３−７３）、温度勾配ゲル電気泳動（ｔｅｍｐｅｒａｕｒｅ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｇｅｌ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ（例えばサーマス・アクアチカス（Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ）のＭｕｔＳタンパク質は異なる単一ヌクレオチドミスマッチに異なる親和性で結合し、キャピラリー電気泳動法に使用すると６組全てのミスマッチセットを区別することができる）、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手可能な専売のＳＮＰ検出システム）、キャピラリー電気泳動法、質量分析法、及び様々なシーケンシング方法、例えばパイロシーケンシング及び次世代シーケンシング等を含め、様々な技法を適用することができる。ＳＮＰ遺伝子タイピングの市販キットとしては、例えば、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｄｙｎａｍｉｃ Ａｒｒａｙ（登録商標）ＩＦＣ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子タイピングアッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）ｉＰＬＥＸ Ｇｏｌｄ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ）、Ｔｙｐｅ−ｉｔ Ｆａｓｔ（登録商標）ＳＮＰプローブＰＣＲキット（Ｑｕｉａｇｅｎ）等が挙げられる。
一部の実施形態において、患者における多型部位（例えばＳＮＰ）の存在は、ハイブリダイゼーションアッセイを用いて検出される。ハイブリダイゼーションアッセイでは、遺伝子マーカーの存在は、試料からの核酸が相補核酸分子、例えばオリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズする能力に基づき決定される。種々のハイブリダイゼーションアッセイが利用可能である。一部では、目的の配列に対するプローブのハイブリダイゼーションが、結合したプローブの可視化、例えばノーザン又はサザンアッセイにより直接検出される。これらのアッセイでは、ＤＮＡ（サザン）又はＲＮＡ（ノーザン）が単離される。次にＤＮＡ又はＲＮＡが、ゲノムにおいて低頻度で切断し、且つアッセイされるマーカーのいずれの近傍でも切断しない一連の制限酵素で切断される。次にＤＮＡ又はＲＮＡが例えばアガロースゲル上で分離され、膜に転写される。１つ又は複数の標識プローブ、例えばラジオヌクレオチド（ｒａｄｉｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）又は結合剤（例えばＳＹＢＲ（登録商標）グリーン）を取り込むことによるものを、低い、中程度の又は高いストリンジェンシー条件下で膜に接触させる。未結合プローブが取り除かれ、標識プローブの可視化により結合の存在が検出される。一部の実施形態では、アレイ、例えばＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）システム（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）を使用して対象が遺伝子タイピングされてもよい。
従来の遺伝子タイピング方法がまた、遺伝子タイピングでの使用のため修正されてもよい。かかる従来方法としては、例えば、ＰＣＲ及びその変法などのＤＮＡ増幅技法、ダイレクトシーケンシング、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＭＡＰ（登録商標）技術と組み合わせたＳＳＯハイブリダイゼーション、ＳＳＰタイピング、及びＳＢＴが挙げられる。
配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ：Ｓｅｑｕｅｎｃｅ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）タイピングは、ＰＣＲターゲット増幅、ビーズ上に固定化した配列特異的オリゴヌクレオチドのパネルへのＰＣＲ産物のハイブリダイゼーション、発色によるプローブ結合増幅産物の検出と、続くデータ解析を用いる。当業者であれば、記載される配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）ハイブリダイゼーションが、Ｏｎｅ Ｌａｍｂｄａ，Ｉｎｃ．（Ｃａｎｏｇａ Ｐａｒｋ、ＣＡ）により提供されるもの又はＬｉｆｅｃｏｄｅｓ ＨＬＡタイピングキット（Ｔｅｐｎｅｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｃｏｒｐ．）をＬｕｍｉｎｅｘ（登録商標）技術（Ｌｕｍｉｎｅｘ、Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、ＴＸ）と組み合わせるなど、様々な市販のキットを使用して実施されてもよいことを理解するであろう。ＬＡＢＴｙｐｅ（登録商標）ＳＳＯは、配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）プローブ及び色別のミクロスフェアを使用してＨＬＡアレルを同定する逆ＳＳＯ（ｒＳＳＯ）ＤＮＡタイピングソリューションである。標的ＤＮＡがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅され、次にビーズプローブアレイとハイブリダイズする。このアッセイは９６ウェルＰＣＲプレートの単一のウェルで行われる；従って、９６の試料を一度に処理することができる。
配列特異的プライマー（ＳＳＰ：Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｐｒｉｍｅｒｓ）タイピングはＰＣＲベースの技法であり、ＤＮＡベースのタイピング用の配列特異的プライマーを使用する。ＳＳＰ方法は、制御されたＰＣＲ条件下では、標的配列と完全に一致する配列を有するプライマーのみが増幅産物をもたらすという原理に基づく。アレル配列特異的プライマー対が、単一のアレル又はアレル集団に特異的な標的配列を選択的に増幅するように設計される。ＰＣＲ産物はアガロースゲル上で可視化することができる。全ての試料中に存在する非アレル配列と一致する対照プライマー対が、ＰＣＲ増幅効率を確かめるための内部ＰＣＲ標準として働く。当業者であれば、記載される配列特異的プライマータイピングによる低い、中程度の及び高い分解能の遺伝子タイピングが、Ｏｌｅｒｕｐ ＳＳＰ（商標）キット（Ｏｌｅｒｕｐ、ＰＡ）若しくは（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）又はＡｌｌｓｅｔ ａｎｄ（商標）Ｇｏｌｄ ＤＱＡ１低分解能ＳＳＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）など、様々な市販のキットを使用して実施されてもよいことを理解するであろう。
配列ベースタイピング（ＳＢＴ：Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｂａｓｅｄ Ｔｙｐｉｎｇ）は、ＰＣＲターゲット増幅と、続くＰＣＲ産物のシーケンシング及びデータ解析に基づく。
ある場合には、ＲＮＡ、例えば成熟ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡもまた、特定の多型の存在を決定するのに使用することができる（表１を参照）。所与の遺伝子から転写されたｍＲＮＡの配列の分析は、限定はされないが、ノーザンブロット分析、ヌクレアーゼ保護アッセイ（ＮＰＡ）、インサイチュハイブリダイゼーション、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＴ−ＰＣＲ ＥＬＩＳＡ、ＴａｑＭａｎベースの定量的ＲＴ−ＰＣＲ（プローブベースの定量的ＲＴ−ＰＣＲ）及びＳＹＢＲグリーンベースの定量的ＲＴ−ＰＣＲを含めた、当該技術分野における任意の公知の方法を用いて実施することができる。一例において、ｍＲＮＡレベルの検出には、単離したｍＲＮＡと、ＤＥＤ応答マーカーによってコードされるｍＲＮＡにハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドとを接触させることが含まれる。核酸プローブは、典型的には、例えば完全長ｃＤＮＡ、又は少なくとも７、１５、３０、５０、又は１００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドなど、ストリンジェントな条件下でｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分なその一部分であってもよい。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、問題のマーカーが発現していることを示す。あるフォーマットでは、ＲＮＡを固体表面に固定化し、例えばアガロースゲルに単離ＲＮＡを流してｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に転写することにより、プローブと接触させる。増幅プライマーとは、遺伝子の５’又は３’領域（それぞれプラス鎖及びマイナス鎖、又はその逆）にアニールして、間に短い領域を含むことができる一対の核酸分子であると定義される。一般に、増幅プライマーは約１０〜３０ヌクレオチド長であり、約５０〜２００ヌクレオチド長の領域に隣接する。適切な条件下及び適切な試薬によれば、かかるプライマーは、そのプライマーに隣接するヌクレオチド配列を含む核酸分子を増幅することが可能である。ＰＣＲ産物は、限定はされないが、ゲル電気泳動及びＤＮＡ特異的染色剤による染色又は標識プローブへのハイブリダイゼーションを含め、任意の好適な方法によって検出することができる。
ある場合には、患者における多型の存在は、ＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物を分析することにより決定し得る（表１を参照のこと）。ポリペプチド産物の検出は、限定はされないが、免疫細胞化学的染色、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、分光測定法、ＨＰＬＣ、及び質量分析法を含めた、当該技術分野における任意の公知の方法を用いて実施することができる。
試料中のポリペプチド産物を検出する一つの方法は、マーカータンパク質と特異的に相互作用する能力を有する結合タンパク質（例えば抗体）であるプローブを用いるものである。好ましくは、標識抗体、その結合部分、又は他の結合パートナーが使用され得る。抗体は、モノクローナル又はポリクローナル由来であることができ、又は生合成的に作製されてもよい。結合パートナーはまた、天然に存在する分子であっても、又は合成的に作製されてもよい。複合体化したタンパク質の量は、当該技術分野において記載される標準的なタンパク質検出方法を用いて決定される。免疫学的アッセイ設計、理論及びプロトコルの詳細なレビューについては、Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｂｕｔｔ，Ｗ．Ｒ．，ｅｄ．，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８４を含め、当該技術分野における数多くのテキストを参照することができる。標識抗体によるタンパク質の検出には、種々のアッセイが利用可能である。直接標識には、抗体に付加された蛍光又は発光タグ、金属、色素、放射性核種（ｒａｄｉｏｎｕｃｌｅｉｄｅｓ）などが含まれる。間接的標識には、アルカリホスファターゼ、水素ペルオキシダーゼなど、当該技術分野において周知の様々な酵素が含まれる。一段階アッセイでは、存在する場合にポリペプチド産物を固定化し、標識抗体と共にインキュベートする。固定化された標的分子に標識抗体が結合する。洗浄して未結合分子を取り除いた後、試料が標識に関してアッセイされる。
タンパク質又はポリペプチドに特異的な固定化抗体の使用もまた、本開示によって企図される。抗体は、磁性又はクロマトグラフ用マトリックス粒子、アッセイ場所の表面（マイクロタイターウェルなど）、固体基板材料片（プラスチック、ナイロン、紙など）など種々の固体支持体上に固定化することができる。固体支持体上に抗体又は複数の抗体をアレイ状にコーティングすることにより、アッセイストリップを調製することができる。次にこのストリップを試験試料に浸漬し、次に洗浄及び検出ステップを通じて速やかに処理すると、呈色したスポットなど、計測可能なシグナルが生成され得る。
二段階アッセイでは、固定化されたＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物が非標識抗体とインキュベートされてもよい。次に、存在する場合には非標識抗体複合体が、その非標識抗体に特異的な二次標識抗体に結合する。試料が洗浄され、標識の存在に関してアッセイされる。抗体の標識に使用されるマーカーの選択は、適用に依存して異なることになる。しかしながら、マーカーの選択は、当業者には容易に決定可能である。抗体は、放射性原子、酵素、発色団又は蛍光部分、又は比色タグで標識されてもよい。タグ付加用標識の選択はまた、所望の検出限界にも依存することになる。酵素アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、典型的には、酵素タグが付加された複合体と酵素基質との相互作用によって形成された呈色産物の検出を可能にする。放射性原子の一部の例としては、３２Ｐ、１２５Ｉ、３Ｈ、及び１４Ｐが挙げられる。酵素の一部の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼが挙げられる。発色団部分の一部の例としては、フルオレセイン及びローダミンが挙げられる。抗体は、当該技術分野において公知の方法によりこれらの標識にコンジュゲートされてもよい。例えば、酵素及び発色団分子は、ジアルデヒド、カルボジイミド、ジマレイミドなどのカップリング剤を用いて抗体にコンジュゲートされてもよい。或いは、コンジュゲーションはリガンド−受容体対によって行われてもよい。一部の好適なリガンド−受容体対としては、例えばビオチン−アビジン又は−ストレプトアビジン、及び抗体−抗原が挙げられる。
一態様において、本開示は、生体試料中のポリペプチド産物の検出にサンドイッチ技法の使用を企図する。この技法には、目的のタンパク質への結合能を有する抗体が２つ必要である：例えば、１つは固体支持体上に固定化され、及び１つは溶液中に遊離しているが、何らかの容易に検出可能な化学的化合物で標識されている。二次抗体に用いられ得る化学的標識の例としては、限定はされないが、放射性同位体、蛍光化合物、及び酵素又はその他の、反応物質又は酵素基質への曝露時に呈色した若しくは電気化学的に活性な産物を生成する分子が挙げられる。ポリペプチド産物を含有する試料をこのシステムに入れると、ポリペプチド産物は固定化抗体及び標識抗体の両方に結合する。この結果が、支持体表面上の「サンドイッチ」免疫複合体である。未結合の試料成分及び過剰な標識抗体を洗い流し、支持体表面上のタンパク質と複合体化した標識抗体の量を計測することにより、複合体化したタンパク質が検出される。サンドイッチイムノアッセイは高度に特異的で極めて高感度であり、但し適切な検出限界の標識が使用されるものとする。
好ましくは、試料中のポリペプチド産物の存在は、放射免疫測定法又は酵素結合免疫測定法、競合的結合酵素結合免疫測定法、ドットブロット、ウエスタンブロット、クロマトグラフィー、好ましくは高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、又は当該技術分野において公知の他のアッセイにより検出される。タンパク質又はポリペプチドへの抗体の特異的免疫学的結合は、直接又は間接的に検出することができる。
ドットブロッティングは、抗体をプローブとして使用して所望のタンパク質を検出するため当業者によってルーチンで行われている（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ Ｇｕｉｄｅ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，Ｐａｇｅ ２６３，Ｐｒｏｍｅｇａ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）。ドットブロット装置を使用して試料が膜に適用される。膜と共に標識プローブがインキュベートされ、タンパク質の存在が検出される。
ウエスタンブロット分析は当業者に周知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，１９８９，Ｖｏｌ．３，Ｃｈａｐｔｅｒ １８，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）。ウエスタンブロットでは、試料がＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離される。ゲルが膜に転写される。膜が標識抗体と共にインキュベートされて、所望のタンパク質が検出される。
上記に記載されるアッセイは、限定はされないが、イムノブロッティング、免疫拡散法、免疫電気泳動法、又は免疫沈降などのステップを含む。一部の実施形態では、自動分析器を使用してＤＥＤ応答マーカーの存在が決定される。
本明細書には、患者からの生体試料中におけるＤＥＤ応答マーカーの存在又は非存在を検出することを含む、ＤＥＤを有する患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性を予測する方法が開示され、ここで：ａ）ＤＥＤ応答マーカーの存在は、患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性の増加を示し；及びｂ）ＤＥＤ応答マーカーの非存在は、患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性の減少を示す。
一部の実施形態において、本方法は、患者から生体試料を入手するステップを更に含み、ここで入手するステップはアッセイステップの前に実施される。
一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、生体試料をＤＥＤ応答マーカーの核酸産物、ＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物、又はＤＥＤ応答マーカーの等価な遺伝子マーカーに関してアッセイすることにより検出される。一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、生体試料をＤＥＤ応答マーカーのゲノム配列に関してアッセイすることにより検出される。一部の実施形態において、生体試料は、滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される。
一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーの存在は、ノーザンブロット分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、ダイレクトシーケンシング、ダイナミックアレル特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖コンホメーション多型分析、温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動法、サザンブロット、イムノアッセイ、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ、及び質量分析法からなる群から選択される技法によって検出される。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬はＴＮＦα結合分子又はＴＮＦα受容体結合分子である。一部の実施形態において、ＴＮＦα結合分子又はＴＮＦα受容体結合分子はＴＮＦα結合分子である。一部の実施形態において、ＴＮＦα結合分子はＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分である。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＴＮＦα抗体は組換えヒト化抗体である。本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、組換えヒト化ＴＮＦα抗体はＬＭＥ６３６である。
治療方法及びＴＮＦα拮抗薬の使用
本開示の方法によれば、臨床医はＤＥＤ患者に個別化療法を提供することが可能であり、即ち、本方法によれば、患者をＴＮＦα拮抗薬（例えばＬＭＥ６３６）で選択的に治療すべきかどうか又は患者を市販の治療若しくは局所シクロスポリンで選択的に治療すべきかどうかを決定することが可能である。このように、臨床医は、ＤＥＤに罹患している患者集団全体におけるＴＮＦα拮抗作用（ａｎｔａｇｎｏｉｓｍ）の利益を最大化し、且つそのリスクを最小限に抑えることができる。ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）が、特にＤＥＤ応答マーカーを有する患者において、本明細書に開示されるとおりのＤＥＤの治療、予防、又は軽減（例えば徴候と症状及び構造変化、眼部不快感の改善等）に有用であることは理解されるであろう。
ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）は、インビトロ、エキソビボで使用され、又は医薬組成物中に配合されてインビボで個体（例えばヒト患者）に投与されることにより、例えばＤＥＤ応答マーカーを有する患者において、ＤＥＤを治療、軽減、又は予防し得る。医薬組成物は、その意図される投与経路に適合するように製剤化されることになる（例えば、経口組成物は概して不活性希釈剤又は食用担体を含む）。投与経路の他の非限定的な例としては、非経口（例えば静脈内）、皮内、皮下、経口（例えば吸入）、経皮（局所）、経粘膜、及び直腸投与が挙げられる。意図される各経路に適合する医薬組成物は当該技術分野において周知である。
ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）は、薬学的に許容可能な担体と組み合わせたとき医薬組成物として使用され得る。かかる組成物は、ＴＮＦα拮抗薬に加えて、担体、様々な希釈剤、充填剤、塩、緩衝液、安定剤、可溶化剤、及び当該技術分野において周知の他の材料を含有し得る。担体の特性は投与経路に依存することになる。本開示の方法に用いられる医薬組成物はまた、特定の標的となる障害の治療用の追加の治療剤も含有し得る。例えば、医薬組成物はまた、他の抗炎症剤も含み得る。かかる追加の因子及び／又は薬剤は、ＴＮＦα結合分子との相乗効果を生じさせるため、又はＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）によって引き起こされる副作用を最小限に抑えるために本医薬組成物中に含まれ得る。
本開示の方法に用いられる医薬組成物は従来方式で製造されてもよい。一実施形態において、医薬組成物は凍結乾燥形態で提供される。即時投与には、医薬組成物は好適な水性担体、例えば滅菌注射用水又は滅菌緩衝生理食塩水中に溶解される。ボーラス注射よりむしろ注入による投与用に大容積の溶液を作ることが望ましいと考えられる場合、製剤化時点でヒト血清アルブミン又は患者自身のヘパリン処理血液を生理食塩水に配合することが有利であり得る。かかる生理学的に不活性なタンパク質が過剰に存在すると、注入溶液と共に使用される容器及び管類の壁への吸着による抗体の損失が防止される。アルブミンが使用される場合、好適な濃度は生理食塩水の重量基準で０．５〜４．５％である。他の製剤には、液体又は凍結乾燥製剤が含まれる。
抗体、例えばＴＮＦαに対する抗体は、典型的には、即時非経口投与可能な水性形態で製剤化されるか、又は投与前に好適な希釈剤で再構成する凍結乾燥物として製剤化されるかのいずれかである。本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα抗体、例えばＬＭＥ６３６は凍結乾燥物として製剤化される。好適な凍結乾燥製剤は、少量の液体容積（例えば２ｍｌ以下）で再構成して皮下投与を可能にすることができ、且つ抗体凝集レベルが低い溶液を提供することができる。
適切な投薬量は、当然ながら、例えば、利用される詳細なＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα受容体抗体又はその抗原結合部分）、宿主、投与様式並びに治療下の病態の性質及び重症度に依存して、及び患者が受けた前治療の性質に依存して異なることになる。最終的には、各個別の患者を治療するためのＴＮＦα拮抗薬の量は、担当の医療提供者が判断することになる。一部の実施形態において、担当の医療提供者は低用量のＴＮＦα拮抗薬を投与し、患者の応答を観察してもよい。他の実施形態において、患者に投与されるＴＮＦα拮抗薬の１つ又は複数の初期用量は高く、次に再発の徴候が現れるまで漸減される。より高用量のＴＮＦα拮抗薬が投与されてもよく、ここでその患者についての最適な治療効果が達成されると、投薬量は概してそれ以上増量されない。
本開示の治療方法又は使用の一部の実施において、治療有効量のＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）が患者、例えば哺乳類（例えばヒト）に投与される。本開示の方法は、ＤＥＤ応答マーカーの存在に依存した患者（即ち、ＤＥＤを有する患者）の選択的な治療を提供することが理解されるが、これは、患者が最終的にＴＮＦα拮抗薬で治療される場合に、かかるＴＮＦα拮抗薬療法が必ず単剤療法であることを除外するものではない。実際、患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に選択される場合、本開示の方法によりＴＮＦα拮抗薬（例えばＬＭＥ６３６）が単独で投与されても、又は患者のＤＥＤの治療用の他の療法薬と併用して投与されても、いずれでもよい。１つ以上の追加の療法薬と共投与されるとき、ＴＮＦα拮抗薬は他の療法薬と同時に投与されても、又は逐次的に投与されても、いずれでもよい。逐次的に投与される場合、ＴＮＦα拮抗薬と併用する他の療法薬との適切な投与順序、並びに共送達に適切な投薬量は、主治医が判断することになる。
ＴＮＦα拮抗薬は、好都合には、非経口的に、静脈内に、例えば肘前静脈又は他の末梢静脈内に、筋肉内に、又は皮下に投与することができる。本開示の医薬組成物を使用した静脈内（ｉ．ｖ．）療法の継続期間は、治療下の疾患の重症度並びに各個別の患者の状態及び個人的応答に依存して異なることになる。また、本開示の医薬組成物を使用した皮下（ｓ．ｃ．）療法も企図される。本開示の医薬組成物を使用したｉ．ｖ．又はｓ．ｃ．療法の適切な継続期間及び療法の投与タイミングは、医療提供者が判断することになる。
特定の実施形態において、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６は、眼窩周囲、結膜、テノン嚢下、前房内、硝子体内、眼内、網膜下、結膜下、球後、又は小管内注射など、眼組織注射により；カテーテル又はその他、多孔質、非多孔質、又はゼラチン質材料を含む網膜ペレット、眼内挿入物、サポジトリー又はインプラントなどの留置装置を使用した眼への直接適用により；局所点眼薬又は軟膏により；又は結膜嚢にある又は強膜に隣接して（経強膜的）若しくは強膜に（強膜内）若しくは眼の範囲内に植え込まれる徐放装置により、眼に直接送達することができる。小管内注射は、シュレム管を排出させる静脈集合管内、又はシュレム管内であってもよい。
眼送達には、本発明の抗体を眼科学的に許容可能な保存剤、共溶媒、界面活性剤、粘度促進剤、浸透促進剤、緩衝液、塩化ナトリウム、又は水と共に組み合わせて水性滅菌眼科用懸濁剤又は溶液を形成してもよい。局所眼科用製剤は、例えば複数回投与形態で包装されてもよい。従って使用中の微生物汚染を防ぐための保存剤が必要となり得る。好適な保存剤としては、クロロブタノール、メチルパラベン、プロピルパラベン、フェニルエチルアルコール、エデト酸二ナトリウム、ソルビン酸、ポリクオタニウム−１、又は当業者に公知の他の薬剤が挙げられる。かかる保存剤は、典型的には０．００１〜１．０％ｗ／ｖのレベルで利用される。本発明の単位用量組成物は無菌であり得るが、典型的には防腐処理されていない。従ってかかる組成物は、概して保存剤を含有しない。
特定の実施形態において、眼への局所投与が意図される組成物は点眼薬又は眼軟膏として製剤化され、ここで抗体の総量は約０．１〜１０．０％（ｗ／ｗ）であり得る。好ましくは、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６の量は約５．０〜約１０．０％（ｗ／ｗ）、最も好ましくは約６．０％（ｗ／ｗ）である。
特定の状況における本発明の組成物は、局所投与用溶液として投与されることになる。製剤化の簡便さ、並びに患者が罹患した眼に１〜２滴の溶液を滴下することによりかかる組成物を容易に投与可能であることに基づき、水溶液が概して好ましい。しかしながら、本組成物はまた、懸濁液、粘性又は半粘性ゲル、又は他のタイプの固体又は半固体組成物であってもよい。
製剤中に存在する抗体の治療有効量は、例えば、所望の用量容積及び１つ又は複数の投与様式を考慮することにより決定される。約１．０ｍｇ／ｍｌ〜約１００ｍｇ／ｍｌ、好ましくは約５．０ｍｇ／ｍｌ〜約８０ｍｇ／ｍｌ及び最も好ましくは約１０．０ｍｇ／ｍｌ〜約６０ｍｇ／ｍｌが、製剤中の例示的抗体濃度である。
全身投与の一般的な提案として、投与されるＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６の治療有効量は、１回又はそれより多い投与によるかに関わらず、約０．１〜約１００ｍｇ／ｋｇ患者体重の範囲であってもよく、使用される抗体の典型的な範囲は、例えば、約０．３〜約２０ｍｇ／ｋｇ、より好ましくは約０．３〜約１５ｍｇ／ｋｇが１日に投与されるものである。しかしながら、他の投薬量レジメンが有用であり得る。この療法の進捗は従来技術によって容易にモニタされる。
本明細書には、ａ）患者がＤＥＤ応答マーカーを有することを基準として治療有効量のＴＮＦα拮抗薬を患者に選択的に投与することのいずれかを含む、ＤＥＤを有する患者を選択的に治療する方法が開示され、ここでＤＥＤ応答マーカーはｒｓ１８００６９３応答アレルである。
一部の実施形態において、本方法は、患者から生体試料を入手するステップを更に含み、ここで入手するステップはアッセイステップの前に実施される。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、生体試料をＤＥＤ応答マーカーの核酸産物、ＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物、又はＤＥＤ応答マーカーの等価な遺伝子マーカーに関してアッセイすることにより検出される。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、生体試料をＤＥＤ応答マーカーのゲノム配列に関してアッセイすることにより検出される。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、生体試料は、滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される。
本開示の方法及び使用の一部の実施形態において、ＤＥＤ応答マーカーは、ノーザンブロット分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、ダイレクトシーケンシング、ダイナミックアレル特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖コンホメーション多型分析、温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動法、サザンブロット、イムノアッセイ、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ、及び質量分析法からなる群から選択される技法によって検出される。
キット
本発明はまた、患者からの生体試料（試験試料）中のＤＥＤ応答マーカーを検出するキットも包含する。かかるキットを使用して、ＤＥＤを有する患者がＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）による治療に応答する（又はより高い応答性を有する）可能性があるかどうかを予測することができる。例えば、本キットは、生体試料中のＤＥＤ応答マーカー、それらのアレルの産物及び／又はそれらのアレルの等価な遺伝子マーカーを検出する能力を有するプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｏｄｅ）、抗体、標識化合物又は他の薬剤）を含むことができる。本キットはまた、患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性の予測の提供に関する説明書も含み得る。
プローブは、ゲノム配列、核酸産物、又はポリペプチド産物に特異的にハイブリダイズし得る。例示的プローブは、表１の応答アレルに特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド又はコンジュゲートオリゴヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ等からの）；プライマー伸長オリゴヌクレオチド、アレル特異的プライマー、アレル特異的プライマーとアレル特異的（ｓｐｅｃｆｉｃ）プローブとプライマー伸長プライマーとの組み合わせ等である。任意選択で、本キットは、内部標準アレルを標的とするプローブを含むことができ、これは一般集団が呈する任意のアレルであってよい。内部標準アレルの検出は、キットの性能を保証するように設計される。本開示のキットはまた、例えば、緩衝剤、保存剤、又はタンパク質安定化剤も含むことができる。本キットはまた、検出可能な薬剤の検出に必要な構成要素（例えば酵素又は基質）も含むことができる。本キットはまた、アッセイして、含まれる試験試料と比較することのできる対照試料又は一系列の対照試料も含むことができる。キットの各構成要素は、通常、個別の容器内に封入され、様々な容器の全てが使用説明書と共に単一のパッケージ内にある。
かかるキットはまた、ＴＮＦα拮抗薬、例えばＴＮＦα結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分、例えばＬＭＥ６３６）又はＴＮＦα受容体結合分子（例えばＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分）（例えば液体又は凍結乾燥形態）又はＴＮＦα拮抗薬（上記に記載される）を含む医薬組成物も含み得る。このように、かかるキットは、ＴＮＦα拮抗薬（例えばＬＭＥ６３６）を使用したＤＥＤの選択的な治療に有用である。加えて、かかるキットはＴＮＦα拮抗薬の投与手段（例えば、シリンジ及びバイアル、プレフィルドシリンジ、プレフィルドペン）及び使用説明書を含んでもよい。これらのキットは、例えば同封されたＴＮＦα拮抗薬、例えばＬＭＥ６３６と併用して送達されるＤＥＤ治療用の追加の治療剤（上記に記載される）を含んでもよい。
語句「投与手段」は、限定はされないが、プレフィルドシリンジ、バイアル及びシリンジ、注射ペン、自動注入装置、静脈内点滴及びバッグ、ポンプ等を含めた、薬物を患者に全身投与するための任意の利用可能な実施手段を指して使用される。かかるアイテムを用いて、患者が薬物を自己投与してもよく（即ち、薬物を自ら投与してもよく）、又は医師が薬物を投与してもよい。
概要
上記の添付の説明に、本開示の１つ以上の実施形態の詳細を示している。本開示の実施又は試験においては本明細書に記載されるものと同様の又は等価な任意の方法及び材料を使用し得るが、ここでは好ましい方法及び材料を記載する。本開示の他の特徴、目的、及び利点は、この説明及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。本明細書及び添付の特許請求の範囲においては、単数形は、文脈上特に明確に指示されない限り複数の指示対象を含む。特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本開示が属する技術分野の当業者が一般に理解するのと同じ意味を有する。本明細書に引用される全ての特許及び刊行物は参照によって援用される。以下の実施例は、本開示の好ましい実施形態を更に詳しく例示するために提供される。これらの例は、決して添付の特許請求の範囲により定義されるとおりの本開示の特許（ｐａｔｉｅｎｔ）事項の範囲を限定するものと解釈されてはならない。
実施例１−ＣＬＭＥ６３６Ｘ２２０２Ａ研究：ＬＭＥ６３６はドライアイ疾患の徴候及び症状を改善する
ＣＬＭＥ６３６Ｘ２２０２Ａは、重症ドライアイ疾患（ＤＥＤ）の患者においてＬＭＥ６３６による局所眼治療の有効性及び安全性を判定する概念実証（ＰｏＣ）研究であった。本ＰｏＣ研究の主要目的は、治療２９日目の全般的眼部不快感スコアによって決定されるとおりの眼症状の低減における局所投与ＬＭＥ６３６のＬＭＥ６３６媒体と比べた有効性を実証することであった。重要な副次的目的は、全般的眼部不快感スコアの改善＞２０の患者のパーセンテージを判定することであった（レスポンダー解析）。書面によるインフォームドコンセントが得られた患者からＤＮＡ試料を収集し、予備的薬理遺伝学的解析を行うことにより、ＬＭＥ６３６治療への応答に影響を与え得る遺伝因子を同定した。薬理遺伝学的解析については実施例２に記載する。
治療段階で、６９人の患者はＬＭＥ６３６の投与を受け、及び６５人はＬＭＥ６３６媒体の投与を受けるように無作為化した。ＬＭＥ６３６及びＬＭＥ６３６媒体でそれぞれ６７人及び６４人の患者がこの研究を完了し、パープロトコル解析の一部とした。人口統計学的特性及びベースライン特性は、以下のパラメータを含め、これらの２群間で十分に均衡がとれていた（ＬＭＥ６３６対ＬＭＥ６３６媒体）：平均年齢６１．７対５８．８歳；女性患者６１人対５４人；ベースライン時の平均全般的眼部不快感７７．９対８０．３。
主要有効性エンドポイントについて、全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量は（ＬＭＥ６３６対ＬＭＥ６３６媒体）：２９日目に−７．９［１．４５ＳＥ］対−３．６［１．４９ＳＥ］（主要タイムポイント及びパープロトコル・アナリシス・セット）及び４３日目に−１０．５［１．７４ＳＥ］対−５．４［１．７７ＳＥ］（フル・アナリシス・セットによる予備的タイムポイント）であった。２９日目におけるベースラインからの変化量の差の９０％信頼区間は−７．７〜−０．８であった。
ＬＭＥ６３６対ＬＭＥ６３６媒体について、２９日目に２０単位以上の全般的眼部不快感のベースラインからの改善を達成した患者数は１２人（１７．９％）対３人（４．７％）であり、カイ二乗検定及びワルド区間に基づくｐ値は０．０１８であった（レスポンダー解析）。
結論として、これらの結果は主要解析の予め指定した基準を満たし、レスポンダー解析によって更に裏付けられた。改善は２９日目から４３日目まで持続した。
実施例２：薬理遺伝学的（ＰＧ）解析の材料及び方法
実施例２．１：試料及び処理
合計１２７例の患者試料を収集した。以下の基準を全て満たす患者を本薬理遺伝学的解析に組み入れた：
・書面による薬理遺伝学的研究へのインフォームドコンセントを提出した。
・ＤＮＡの抽出及び遺伝子タイピングに成功した。
・臨床試験全体の解析に含まれた。
同意を得た患者から血液試料を個別の試験施設で採取し、次にＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＮＣ ２８４０１）に発送した。Ｃｏｖａｎｃｅ（Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ ４６２１４）によって血液から各患者のゲノムＤＮＡが抽出され、及びＣｌｉｎｉｃａｌ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｌｅｎｅｘａ、ＫＳ ６６２１５）によりＴａｑＭａｎ技術を用いて遺伝子タイピングデータが生成された。９つのＳＮＰのうち、８つが発色に成功し、１つ（ｒｓ１１５５７５８５７）は局所ＤＮＡ配列の複雑さに起因して発色しなかった。これらの８つのＳＮＰについて、１２７例のＤＮＡ試料のうち１２６例の遺伝子タイピングに成功した。１例の患者試料はＤＮＡのクオリティに問題があり、遺伝子タイピングに失敗した。クオリティコントロールとして２つのデュプリケート試料を含めた。
薬物標的（ＴＮＦ−α）又はその受容体（ＴＮＦＲ１）にあること、又はシェーグレン症候群に高度に関連する遺伝的変異であることに基づき、ＰＧ解析に幾つかの候補遺伝子及び一塩基多型（ＳＮＰ）を選択した（表１を参照のこと）。
実施例２．２：統計的分析
主要有効性エンドポイント
主要有効性エンドポイントは、治療２９日目における全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量であった。有効性解析にはパー・プロトコル・セットを使用した。
ＬＭＥ６３６で治療した患者における遺伝子型効果の検定には：ベースライン全般的不快感スコア、遺伝子型、治療日数、遺伝子型×治療日数の相互作用、年齢及び人種を項とする混合モデル反復測定解析を実施した。遺伝子型群間における全般的不快感のベースラインからの平均変化量の差の推定値及び関連する９０％信頼区間を提示した。
治療２９日目における遺伝子型と治療との間の相互作用の検定には：ＡＮＣＯＶＡモデルを使用し、ベースライン全般的不快感スコア、年齢及び人種を共変量として含めた。遺伝子型群間における全般的不快感のベースラインからの平均変化量の差の推定値及び関連する９０％信頼区間を提示した。
統計的検定は全て両側であった。多重検定を調整するためボンフェローニ補正を適用した。多重検定調整後にｐ≦０．１を達成した任意の遺伝的効果について、個々の患者データを表示する散布図又はウォーターフォールプロットが提示されることになる。
重要な副次的有効性エンドポイント
重要な副次的有効性エンドポイントは、ベースラインから治療２９日目までの全般的眼部不快感スコアの改善＞２０の患者（レスポンダーとして決定される）のパーセンテージであった。有効性解析にはパー・プロトコル・セットを使用した。
フィッシャーの正確確率検定を使用した。主要エンドポイントと関連付けられた遺伝子型のみを解析した。遺伝子型群間で全般的眼部不快感スコアの改善＞２０の患者のパーセンテージを提示した。
実施例３：ＰＧ解析結果
実施例３．１：ＰＧ及び全試験集団の比較
８つのＳＮＰについて、合計１２６例の患者試料を遺伝子タイピングすることに成功した。クオリティコントロール用に導入した２つのデュプリケートは８つのＳＮＰ遺伝子型の１００％の一致を示した。遺伝子型データを有する１２６人の患者のうち、８８人が治療に入った。遺伝子型データを有し、且つ治療に入ったそれらの８８人の患者のうち、８６人がパープロトコル・アナリシス・セット中にあった。対照的に、全試験はパープロトコル・アナリシス・セットに１３１人の患者を有した。表３は、それぞれＰＧ集団及び全試験における人口統計学的特徴、ベースライン時の全般的眼部不快感スコア、及び治療による奏効率を要約する。ＰＧ集団は、これらの変数、特にベースライン時の全般的眼部不快感スコアによって決定するとき、全試験と同様に見えた。
実施例３．２：主要有効性エンドポイント解析−初期関連性検定
総合的臨床試験と同様に、混合モデル反復測定解析を用いて、遺伝子型と治療２９日目における全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量との間の関連性を検定した。検定した８つのＳＮＰの中で、ｒｓ１８００６９３のみがＬＭＥ６３６への応答に関してボンフェローニ補正後に有意な効果を示した（ｐ＜０．０００１）（表４）。ＳＮＰ ｒｓ１８００６２９は、臨床エンドポイントと名目上の有意な関連性を示したが（ｐ＝０．０１５９）、ボンフェローニ補正後にこの有意性は消失した（ｐ＝０．１２７２）。
表５に示されるとおり、症候改善に対するｒｓ１８００６９３の遺伝子型効果はＬＭＥ６３６で治療した患者にのみに現れ、媒体で治療した患者にはなかった。ＣＣ遺伝子型の患者はＣＴ又はＴＴ遺伝子型の患者よりも改善が大きい傾向があった。
実施例３．３：主要有効性エンドポイント解析−治療と遺伝子型との間の相互作用
次に、本発明者らは、治療と遺伝子型との間に相互作用があるかどうかを共分散分析（ＡＮＣＯＶＡ）モデルを用いて検定した。初期混合モデル解析と同様に、治療２９日目にｒｓ１８００６９３のみが有意な相互作用を示した（ｐ＝０．００７６）（表６）。相互作用はボンフェローニ補正後も有意なままであった（ｐ＝０．０６０８）。
相互作用検定は治療２９日目についてのみであった。しかしながら、個々の治療日に欠損値があった。治療とｒｓ１８００６９３との間の相互作用の理解向上のため、本発明者らは、２３日目〜２８日目の相互作用について更に検定した。表７に示されるとおり、２３〜２９日目にも相互作用について同様の傾向が観察された。
実施例３．４：重要な副次的有効性エンドポイント解析
副次的有効性エンドポイント解析は遺伝子型群間の奏効率に焦点を置いた。ｒｓ１８００６９３は主要有効性エンドポイントと関連性がある唯一のＳＮＰであるため、ｒｓ１８００６９３のみを解析した。フィッシャーの正確確率検定によって示されるとおり、奏効率はＣＴ又はＴＴ遺伝子型の患者と比べてＣＣ遺伝子型の患者ではるかに高かった（表８）。これらの結果は主要有効性エンドポイント解析を裏付けるものである。しかしながら、レスポンダー数が少ないため、慎重に解釈することが望ましい。
実施例３．５：個々の患者データの可視化
この薬理遺伝学的解析は、１２人のＣＣ遺伝子型の患者とした。症候変化を可視化して治療間で比較するため、これらの１２人のＣＣ遺伝子型患者の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量をベースラインから４３日目まで治療日に対してプロットした。図１に示されるとおり、ＬＭＥ６３６で治療した４人の患者中３人が時間の経過に伴い大きい症候改善を有した。対照的に、媒体で治療した８人の患者の中で、一貫して１０単位より高い症候改善を示した患者はいなかった。治療２９日目におけるＬＭＥ６３６と媒体との間の症候改善の差は、ＡＮＣＯＶＡ分析により有意であった（ｐ＜０．０００１）。
全ての患者の全般的眼部不快感スコアのベースラインからの変化量をウォーターフォールプロットによって更に図示し、治療及び遺伝子型別の症候変化の可視化を可能にした（図２〜図５）。興味深いことに、ＣＣ遺伝子型の患者では最小限の媒体応答のみが見られた一方、ＣＴ及びＴＴ群内では＞１０の媒体応答が起こった。このデータから、ＣＣ遺伝子型の患者は、単に媒体では軽減されない可能性が高いある種のドライアイ疾患を有し得ることが示唆された。
結論
この予備的な薬理遺伝学的解析では、候補遺伝子手法を用い、ＬＭＥ６３６の作用機構と関連性のある遺伝子及びシェーグレン症候群と関連付けられる遺伝子に焦点を置いた。標本サイズが小さいため、解析には８つのＳＮＰのみを含めて、多重検定の調整の負荷を軽減した。ＴＮＦ−α遺伝子の３つのＳＮＰが、関節リウマチなどの自己免疫疾患の患者における抗ＴＮＦ剤への応答に関連することが報告された（Ｊｕｌｉａ Ａ，Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ−Ｎｅｂｒｏ Ａ，Ｂｌａｎｃｏ Ｆ，Ｏｒｔｉｚ Ａ，Ｃａｎｙｅｔｅ ＪＤ，ｅｔ ａｌ．（２０１６）．Ａ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｓｔｕｄｙ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａ ｎｅｗ ｌｏｃｕｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ａｎｔｉ−ＴＮＦ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｊ．１６（２）：１４７−５０）。主に多発性硬化症（ＭＳ）に関連するＴＮＦＲ１遺伝子の１つのＳＮＰはエクソン６のスキッピングを引き起こし、可溶性ＴＮＦＲ１（ｓＴＮＦＲ１）の産生をもたらす（Ｄｅ Ｊａｇｅｒ ＰＬ，Ｊｉａ Ｘ，Ｗａｎｇ Ｊ，ｄｅ Ｂａｋｋｅｒ ＰＩ，Ｏｔｔｏｂｏｎｉ Ｌ，ｅｔ ａｌ．（２００９）．Ｍｅｔａ−ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅ ｓｃａｎｓ ａｎｄ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ＣＤ６，ＩＲＦ８ ａｎｄ ＴＮＦＲＳＦ１Ａ ａｓ ｎｅｗ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ ｌｏｃｉ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．４１（７）：７７６−８２；Ｇｒｅｇｏｒｙ ＡＰ，Ｄｅｎｄｒｏｕ ＣＡ，Ａｔｔｆｉｅｌｄ ＫＥ，Ｈａｇｈｉｋｉａ Ａ，Ｘｉｆａｒａ ＤＫ，ｅｔ ａｌ．（２０１２）．ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｉｓｋ ｍｉｒｒｏｒｓ ｏｕｔｃｏｍｅ ｏｆ ａｎｔｉ−ＴＮＦ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ．２３；４８８（７４１２）：５０８−１１）。ＤＥＤ患者においてシェーグレン症候群リスクアレルがＬＭＥ６３６への応答に及ぼす潜在的影響を調べるため、シェーグレン症候群に強く関連する４つのＳＮＰをこの解析に含めた（Ｌｅｓｓａｒｄ ＣＪ，Ｌｉ Ｈ，Ａｄｒｉａｎｔｏ Ｉ，Ｉｃｅ ＪＡ，Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ Ａ，Ｇｒｕｎｄａｈｌ ＫＭ，ｅｔ ａｌ．（２０１３）．Ｖａｒｉａｎｔｓ ａｔ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｌｏｃｉ ｉｍｐｌｉｃａｔｅｄ ｉｎ ｂｏｔｈ ｉｎｎａｔｅ ａｎｄ ａｄａｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ａｒｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ Ｓｊｏｅｇｒｅｎ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．４５（１１）：１２８４−９２）。
ｓＴＮＦＲ１は、ＴＮＦ−α変換酵素によって細胞膜から構成的に放出され、シェーグレン症候群、ぶどう膜炎及び緑内障を含めた様々なヒト疾患の経過中にそのレベルが増加する（Ｔｏｕｃｈａｒｄ Ｅ，Ｂｌｏｑｕｅｌ Ｃ，Ｂｉｇｅｙ Ｐ，Ｋｏｗａｌｃｚｕｋ Ｌ，Ｊｏｎｅｔ Ｌ，ｅｔ ａｌ．（２００９）．Ｌｏｃａｌ ｏｃｕｌａｒ ｉｍｍｕｎｏｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｉｎｇ ｆｒｏｍ ｅｌｅｃｔｒｏｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｐｌａｓｍｉｄ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｓｏｌｕｂｌｅ ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｉｎ ｔｈｅ ｃｉｌｉａｒｙ ｍｕｓｃｌｅ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１６（７）：８６２−７３；Ｓａｋｉｍｏｔｏ Ｔ，Ｙａｍａｄａ Ａ，Ｓａｗａ Ｍ．（２００９）．Ｒｅｌｅａｓｅ ｏｆ ｓｏｌｕｂｌｅ ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １ ｆｒｏｍ ｃｏｒｎｅａｌ ｅｐｉｔｈｅｌｉｕｍ ｂｙ ＴＮＦ−ａｌｐｈａ−ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｇ ｅｎｚｙｍｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｅｃｔｏｄｏｍａｉｎ ｓｈｅｄｄｉｎｇ．Ｉｎｖｅｓｔ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ Ｖｉｓ Ｓｃｉ．５０（１０）：４６１８−２１；Ｓａｋｉｍｏｔｏ Ｔ，Ｏｈｎｉｓｈｉ Ｔ，Ｉｓｈｉｍｏｒｉ Ａ．（２０１４）．Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｏｆ ｅｃｔｏｄｏｍａｉｎ ｓｈｅｄｄｉｎｇ ｏｆ ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １ ｉｎ ｏｃｕｌａｒ ｓｕｒｆａｃｅ．Ｉｎｖｅｓｔ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ Ｖｉｓ Ｓｃｉ．５５（４）：２４１９−２３）。対照的に、ｓＴＮＦＲ１産生プロセスを損なう突然変異は、自己炎症性障害である周期性症候群を引き起こす（Ｍａｇｎｏｔｔｉ Ｆ，Ｖｉｔａｌｅ Ａ，Ｒｉｇａｎｔｅ Ｄ，Ｌｕｃｈｅｒｉｎｉ ＯＭ，Ｃｉｍａｚ Ｒ，ｅｔ ａｌ．（２０１３）．Ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｒｅｃｅｎｔ ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｐａｔｈｏｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｔｕｍｏｕｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｓｙｎｄｒｏｍｅ（ＴＲＡＰＳ）：ｐｅｒｓｏｎａｌ ｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗ．Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．３１（３ Ｓｕｐｐｌ ７７）：１４１−９）。従って、ｓＴＮＦＲ１産生の不均衡がヒト疾患の病因に寄与し得る。一部の機構研究からは、ｓＴＮＦＲ１はＴＮＦ−α活性の生理学的アテニュエーターとして働き得るか、又はＴＮＦ−αの効果を増進させる緩衝システムとして機能し得ることが示唆された（Ａｄｅｒｋａ Ｄ，Ｅｎｇｅｌｍａｎｎ Ｈ，Ｍａｏｒ Ｙ，Ｂｒａｋｅｂｕｓｃｈ Ｃ，Ｗａｌｌａｃｈ Ｄ．（１９９２）．Ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｂｉｏａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ｂｙ ｉｔｓ ｓｏｌｕｂｌｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ．Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．１７５（２）：３２３−９；Ｇｒｅｇｏｒｙ ＡＰ，Ｄｅｎｄｒｏｕ ＣＡ，Ａｔｔｆｉｅｌｄ ＫＥ，Ｈａｇｈｉｋｉａ Ａ，Ｘｉｆａｒａ ＤＫ，ｅｔ ａｌ．（２０１２）．ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒ １ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｉｓｋ ｍｉｒｒｏｒｓ ｏｕｔｃｏｍｅ ｏｆ ａｎｔｉ−ＴＮＦ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ．２３；４８８（７４１２）：５０８−１１）。ｒｓ１８００６９３はｓＴＮＦＲ１産生の新規機構と考えられる。最近の研究では、ｒｓ１８００６９３ ＣＣ遺伝子型がＴＮＦ−αへのシグナル伝達の増加と相関したこと、及びこのシグナル伝達の変化が細胞内でのｓＴＮＦＲ１の局在変化に起因し得ることが実証された（Ｈｏｕｓｌｅｙ ＷＪ，Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ ＳＤ，Ｖｅｒａ Ｋ，Ｍｕｒｉｋｉｎａｔｉ ＳＲ，Ｇｒｕｔｚｅｎｄｌｅｒ Ｊ，ｅｔ ａｌ．（２０１５）．Ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｎｔｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ｄｒｉｖｅ ＮＦκＢ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ａｎｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｔｉｍｕｌｉ．Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．１０；７（２９１）：２９１ｒａ９３）。
１０００人ヒトゲノムデータベースに報告されるとおり、ＣＣの保因率は白人及びアフリカ人でそれぞれ１９．９％及び１２．７％である。対照的に（Ｉｎ ｃｏｎｔｒａｃｔ）、ＣＣの保因率は、ＬＭＥ６３６Ｘ２２０２研究においては、白人及びアフリカ人でそれぞれ１１．５％（１１／９６）及び１２．７％（２／１９）である。文献にはドライアイ疾患に関するゲノムワイドな遺伝的関連性研究は報告されていない。ｒｓ１８００６９３がドライアイ疾患リスクに対して影響を有するかどうかは不明である。
本発明者らは、特に、ＤＥＤにおけるＴＮＦα拮抗作用、例えばＴＮＦα抗体、例えばＬＭＥ６３６への応答の予測となる特定の遺伝的変異を同定した。本明細書に開示される知見は、特定のＳＮＰが患者のＤＥＤを発症する可能性の増加に関連し得るという事実のみに基づいたのでは予測し得なかったであろう。本明細書に開示される知見は、ＳＮＰが研究された特定の遺伝子のみに基づいたのでは予測し得なかったであろう。実際、試験した８つのＳＮＰのうち４つはＴＮＦα経路に関連することが知られ、４つはシェーグレン症候群に関連することが知られていたが、ＴＮＦＲ１遺伝子に位置するｒｓ１８００６９３のみがＬＭＥ６３６治療への応答に対して有意な効果を示した。ＣＣ遺伝子型の患者はＣＴ又はＴＴ遺伝子型の患者と比べて症状に関してはるかに大きい改善を有する傾向があった。そのため、患者が薬物にどの程度応答するかは、当該の患者が特定の疾患状態に関連するアレルを保因するかどうか、又は患者が特定の遺伝子にＳＮＰを保因するかどうかのみに基づいて予測することはできない。
本発明者らは、本明細書に開示される予測方法及び個別化療法が、ＬＭＥ６３６などのＴＮＦα拮抗薬による治療前に応答する可能性がある患者を同定することにより、ＤＥＤを有する患者においてＴＮＦα拮抗作用の利益を最大化し、且つそのリスクを最小限に抑えるのに有用であると結論付ける。
配列表

Claims (27)

  1. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき治療有効量のＴＮＦα拮抗薬を前記患者に選択的に投与することを含み、前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルである、方法。
  2. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者をＴＮＦα拮抗薬で選択的に治療する方法であって、
    ａ）前記患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に前記患者を選択すること；及び
    ｂ）その後、治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬を前記患者に投与すること
    を含み；
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルである、方法。
  3. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者をＴＮＦα拮抗薬で選択的に治療する方法であって、
    ａ）前記患者からの生体試料をＤＥＤ応答マーカーに関してアッセイすること；及び
    ｂ）その後、前記患者からの前記生体試料が前記ＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき治療有効量のＴＮＦα拮抗薬を前記患者に選択的に投与すること
    を含み；
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルである、方法。
  4. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者をＴＮＦα拮抗薬で選択的に治療する方法であって、
    ａ）前記患者からの生体試料をＤＥＤ応答マーカーに関してアッセイすること；
    ｂ）その後、前記患者からの前記生体試料が前記ＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に前記患者を選択すること；及び
    ｃ）その後、治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬を前記患者に投与すること
    を含み；
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルである、方法。
  5. 前記アッセイするステップが、前記生体試料を前記ＤＥＤ応答マーカーの核酸産物、前記ＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物、又は前記ＤＥＤ応答マーカーの等価な遺伝子マーカーに関してアッセイすることを含む、請求項３又は４に記載の方法。
  6. 前記アッセイするステップが、前記生体試料を前記ＤＥＤ応答マーカーのゲノム配列に関してアッセイすることを含む、請求項５に記載の方法。
  7. 前記生体試料が、滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される、請求項３〜６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記アッセイするステップが、ノーザンブロット分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、ダイレクトシーケンシング、ダイナミックアレル特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖コンホメーション多型分析、温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動法、サザンブロット、イムノアッセイ、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ、及び質量分析法からなる群から選択される技法を含む、請求項３〜７のいずれか一項に記載の方法。
  9. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者の治療における使用のためのＴＮＦα拮抗薬において、前記患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬が前記患者に投与されることになり、前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルであることを特徴とする、ＴＮＦα拮抗薬。
  10. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者の治療における使用のためのＴＮＦα拮抗薬において、
    ａ）前記患者がＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき前記患者が前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に選択されることになり；及び
    ｂ）その後、治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬が前記患者に投与されることになり、
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルであることを特徴とする、ＴＮＦα拮抗薬。
  11. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者の治療における使用のためのＴＮＦα拮抗薬において、
    ａ）前記患者からの生体試料がＤＥＤ応答マーカーに関してアッセイされることになり；及び
    ｂ）前記患者からの前記生体試料が前記ＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬が前記患者に選択的に投与されることになり、
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルであることを特徴とする、ＴＮＦα拮抗薬。
  12. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者の治療における使用のためのＴＮＦα拮抗薬において、
    ａ）前記患者からの生体試料がＤＥＤ応答マーカーに関してアッセイされることになり；
    ｂ）前記患者からの前記生体試料が前記ＤＥＤ応答マーカーを有することに基づき前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に前記患者が選択され；及び
    ｃ）治療有効量の前記ＴＮＦα拮抗薬が前記患者に選択的に投与されることになり、
    前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルであることを特徴とする、ＴＮＦα拮抗薬。
  13. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者がＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性を予測する方法であって、前記患者からの生体試料をＤＥＤ応答マーカーの存在又は非存在に関してアッセイすることを含み、前記ＤＥＤ応答マーカーの存在は、前記患者が前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に応答するであろう可能性の増加を示し、及び前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルである、方法。
  14. 前記患者から前記生体試料を入手するステップを更に含み、前記入手するステップが検出するステップより前に実施される、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記アッセイするステップが、前記生体試料を前記ＤＥＤ応答マーカーの核酸産物、前記ＤＥＤ応答マーカーのポリペプチド産物、又は前記ＤＥＤ応答マーカーの等価な遺伝子マーカーに関してアッセイすることを含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  16. 前記アッセイするステップが、前記生体試料を前記ＤＥＤ応答マーカーのゲノム配列に関してアッセイすることを含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 前記生体試料が、滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される、請求項１１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記アッセイするステップが、ノーザンブロット分析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ、ダイレクトシーケンシング、ダイナミックアレル特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖コンホメーション多型分析、温度勾配ゲル電気泳動法（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能融解分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動法、サザンブロット、イムノアッセイ、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ、及び質量分析法からなる群から選択される技法を含む、請求項１１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. ドライアイ疾患（ＤＥＤ）を有する患者のＴＮＦα拮抗薬による治療への応答性を予測するための伝達可能な形態の情報を作成する方法であって、
    ａ）前記患者からの生体試料中のＤＥＤ応答マーカーの存在に基づき前記患者が前記ＴＮＦα拮抗薬による治療に応答する可能性の増加を決定することであって、前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３応答アレルであること；及び
    ｂ）前記決定するステップの結果を伝達における使用のための有形媒体又は無形媒体の形態に記録すること
    を含む方法。
  20. 前記ＤＥＤが中等度から重度である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法又は使用。
  21. 前記ＤＥＤ応答マーカーがｒｓ１８００６９３ Ｃ／Ｃアレルである、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法又は使用。
  22. 前記ＴＮＦα拮抗薬がＴＮＦα結合分子又はＴＮＦα受容体結合分子である、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法又は使用。
  23. 前記ＴＮＦα拮抗薬がＴＮＦα結合分子である、請求項２２に記載の方法又は使用。
  24. 前記ＴＮＦα結合分子がＴＮＦα抗体又はその抗原結合部分である、請求項２３に記載の方法又は使用。
  25. ａ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）；
    ｂ）配列番号７として示されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）；
    ｃ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含むＶＨドメイン及び配列番号７として示されるアミノ酸配列を含むＶＬドメイン；
    ｄ）配列番号１、配列番号２、及び配列番号３として示される超可変領域を含むＶＨドメイン；
    ｅ）配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含むＶＬドメイン；
    ｆ）配列番号１、配列番号２、及び配列番号３として示される超可変領域を含むＶＨドメイン及び配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含むＶＬドメイン；及び
    ｇ）配列番号９の配列
    を含むＴＮＦα抗体である、請求項２４に記載の方法又は使用。
  26. 前記ＴＮＦα抗体が組換え抗体である、請求項２５に記載の方法又は使用。
  27. 前記ＴＮＦα抗体がＬＭＥ６３６である、請求項２６に記載の方法又は使用。
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