JP2019201654A - 標的抗生物質の感受性試験方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、「METHODS OF TARGETED ANTIBIOTIC SUSCEPTIBILITY TESTING」と題した、2013年7月3日出願の、米国特許仮出願第61/842,827号の優先権を主張するものであり、これらの内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれている。
第1溶解物に対して多重同定試験パネルを行うステップであって、第1溶解物が、微生物細胞を含有することが疑われる第1試料から得られたものである、ステップと、
微生物細胞を含有することが疑われる第2試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含み、また、第1試料及び第2試料は共通の被験体に由来する、ステップと、
主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップであって、選択された抗生物質は、少なくとも部分的には多重同定試験パネルの結果に基づいて選択されたものである、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネル同定パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む。
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、主要濃縮懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、参照濃縮懸濁液を得るステップと、
主要濃縮懸濁液及び参照濃縮懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む。
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、複数の主要アリコート、及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートの少なくとも2つが別個の選択された抗生物質を含むように、各主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して複数の主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、複数の主要溶解物、及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、複数の主要アッセイシグナル、及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む。
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を、標的mRNAの産生を誘導するように構成された刺激に供するステップであって、該刺激は、感受性微生物細胞及び/又は耐性微生物細胞に関するmRNAの産生が、選択された抗生物質への微生物細胞の暴露に起因して変更されるように選択される、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を溶解して、第1溶解物及び第2溶解物を得るステップであって、各溶解物中のmRNAの本質的な分解を回避するのに適するように溶解を行い、また、刺激に応答して微生物細胞中で産生されたmRNAの寿命に関連した時間スケールで溶解を行う、ステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連したmRNAを検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む。
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップと、
少なくとも1種の選択された抗生物質を主要アリコートに添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートから得られた微生物細胞を溶解し、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連したtmRNAを検出し、主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む。
次の実施例において、血球の部分的な溶解及び血液培養物の濃縮の後に全血サンプル中の細菌の増殖を確実にする方法を記述する。肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)種を例として用いた。肺炎桿菌をスパイクした全血中の血球を、溶解試薬によって部分的に溶解し、ほとんどの上清を遠心の後に除去した。採取した微生物細胞を含んでいる残存する最小量の液体を、TSB増殖培地を用いて濃縮し、37℃でプレインキュベーションして混合物中でこの細菌を増殖させた。
次の実施例において、血球の部分的な溶解及び血液培養物の濃縮の後に全血サンプル中の細菌の抗菌感受性試験を実施する方法を記述する。肺炎桿菌種を例として用いた。肺炎桿菌をスパイクした全血中の血球を、溶解試薬によって部分的に溶解し、ほとんどの上清を遠心の後に除去した。残存する最小量の液体を、TSB増殖培地を用いて濃縮し、37℃でプレインキュベーションして混合物中でこの細菌を増殖させた。プレインキュベーション時間の終了時に、一方は抗生物質を含まず、残りは種々の抗生物質を含む複数のチューブに培養物をアリコート分注して、抗菌感受性試験を実施した。
本実施例では、500μLの大腸菌一晩培養物を、最終濃度4又は8μg/mLの抗生物質ノルフロキサシンを含む又は含まない5mLのLBブロスに接種し、37℃にて120分間振盪しながらインキュベートした。上述のようにリン酸バッファーで細胞を洗浄及び再懸濁した後、E溶解の直前に、細胞を42℃にて3分間インキュベートして熱ショックを誘導した。名目上10細胞を含む1μlの電気溶解後の細胞溶解物をリアルタイムRT-PCR(RT+)又はPCR(RT-)に供した。本実施例ではDnaKフォワードプライマー(5’- GTACTACCAACTCTTGTGTAGCG -3’)(配列番号29)及び5’タグを有するR5リバースプライマー(5’- AGTACGCACGGTATCAGCAGCAAT -3’)(配列番号30)を使用した。サイクル数に対するリアルタイム蛍光シグナルを図11に示す。
1.迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
第1溶解物に対して多重同定試験パネルを行うステップであって、第1溶解物が、微生物細胞を含有することが疑われる第1試料から得られたものである、ステップと、
微生物細胞を含有することが疑われる第2試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含み、また、第1試料及び第2試料は共通の被験体に由来する、ステップと、
主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップであって、選択された抗生物質は、少なくとも部分的には多重同定試験パネルの結果に基づいて選択されたものである、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネル同定パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
2.逆転写及び増幅がrRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの低下は、選択された抗生物質の有効性を示す、実施形態1に記載の方法。
3.逆転写及び増幅がtmRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの低下は、選択された抗生物質の有効性を示す、実施形態1に記載の方法。
4.逆転写及び増幅がmRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの変化を利用して、選択された抗生物質の有効性を決定する、実施形態1に記載の方法。
5.主要アリコート及び参照アリコートをmRNAの産生を誘導するように構成された刺激に供するステップをさらに含み、該刺激は、感受性微生物細胞及び/又は耐性微生物細胞に関するmRNAの産生が上記抗生物質への微生物細胞の暴露に起因して変更されるように選択される、実施形態4に記載の方法。
6.逆転写及び増幅が、多重同定試験パネルにより検出可能な微生物細胞に関連した核酸配列を含むように複数の核酸配列を検出する、実施形態1〜5のいずれかに記載の方法。
7.逆転写及び増幅が、多重同定試験パネルにより検出可能な微生物細胞の2種以上の間で保存されている少なくとも1つの核酸配列を検出する、実施形態1〜6のいずれかに記載の方法。
8.微生物細胞を遠心分離により分離する、実施形態1〜7のいずれかに記載の方法。
9.微生物細胞を濾過により分離する、実施形態1〜7のいずれかに記載の方法。
10.第1試料及び第2試料が全血試料であり、上記方法が、主要アリコート及び参照アリコートを得る前に、第1の血液溶解試薬を第2試料に添加するステップをさらに含む、実施形態1〜9のいずれかに記載の方法。
11.第1の血液溶解試薬を添加した後に第2試料を遠心分離するステップ、及び上清の少なくとも一部を取り出すステップをさらに含む、実施形態10に記載の方法。
12.第1の血液溶解試薬がサポニン及びSPSを含み、全血と第1の血液溶解試薬との混合時のサポニン及びSPSの濃度が、それぞれ約1.0〜10mg/mL及び0.5〜2mg/mLである、実施形態10又は11に記載の方法。
13.主要アリコートから微生物細胞を分離する前に、第2の血液溶解試薬を主要アリコートに添加するステップをさらに含む、実施形態10〜12のいずれかに記載の方法。
14.第2の血液溶解試薬がサポニン及びSPSを含み、全血と第2の血液溶解試薬との混合時のサポニン及びSPSの濃度が、それぞれ約1.5〜80mg/mL及び0.5〜20mg/mLである、実施形態13に記載の方法。
15.第1試料及び第2試料が、喀痰試料、尿試料、脳脊髄液試料の1つに由来する、実施形態1〜9のいずれかに記載の方法。
16.第1試料及び第2試料が、血清試料、血漿試料及び血液培養試料の1つである、実施形態1〜9のいずれかに記載の方法。
17.第2試料が第1試料から得られる、実施形態1〜16のいずれかに記載の方法。
18.主要アリコート及び参照アリコートを得る前に、増殖培地を第2試料に添加する、実施形態1〜17のいずれかに記載の方法。
19.第1溶解物における核酸の多重増幅検出を行う前に増殖培地を第2試料に添加し、第2試料を、核酸の多重増幅検出を行いながら、微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、実施形態18に記載の方法。
20.選択された抗生物質を主要アリコートに添加する前に、第2試料を微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、実施形態18に記載の方法。
21.第2試料のインキュベーション前に抗生物質吸収剤を第2試料に添加し、主要アリコート及び参照アリコートを得る前に該抗生物質吸収剤を第2試料から除去する、実施形態19又は20に記載の方法。
22.選択された抗生物質を主要アリコートに添加する前に、主要アリコート及び参照アリコートを微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、実施形態1〜17のいずれかに記載の方法。
23.多重同定試験パネルの各試験が、界、科、グラム染色性、属、種及び株の1つと関連している、実施形態1〜22のいずれかに記載の方法。
24.核酸の多重増幅検出が、rRNAを検出するために逆転写及びその後の多重増幅を利用する、実施形態1〜23のいずれかに記載の方法。
25.逆転写を、初期増殖ステップを行うことなしに実施する、実施形態24に記載の方法。
26.微生物細胞の存在を、およそ1時間以内に同定パネルの中から同定する、実施形態1〜25のいずれかに記載の方法。
27.アリコートの数が2である、実施形態1〜26のいずれかに記載の方法。
28.アリコートの数が2〜4である、実施形態1〜26のいずれかに記載の方法。
29.主要アリコートが第1の主要アリコートであり、選択された抗生物質が第1の選択された抗生物質であり、ここで1以上の追加アリコートが第2試料から得られ、上記方法が、各追加アリコートに追加の選択された抗生物質を添加するステップ、各追加アリコートを処理して微生物細胞に対する追加の選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップをさらに含み、ここで各追加の選択された抗生物質は、少なくとも部分的には微生物細胞の同定に基づいて選択される、実施形態1〜26のいずれかに記載の方法。
30.選択された抗生物質が、少なくとも部分的には微生物細胞の同定に基づいて、かつ少なくとも部分的にはメモリに記録された耐性記録の処理により、自動的に選択される、実施形態1〜29のいずれかに記載の方法。
31.選択された抗生物質が、医師から得られた情報に基づいて得られる、実施形態1〜29のいずれかに記載の方法。
32.多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連した少なくとも1つの対応する抗生物質を有し、少なくとも1種の選択された抗生物質は、
選択された抗生物質として、多重同定試験パネルの結果に関連した対応する抗生物質を選択する工程であって、選択された抗生物質の有効性の決定が、医師から情報を受けることなしに上記選択された抗生物質に基づく反射試験(reflex test)として行われる、工程
により選択される、実施形態1〜29のいずれかに記載の方法。
33.多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくともサンプルタイプによって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、第1試料のサンプルタイプに関連したその対応する抗生物質として選択される、実施形態32に記載の方法。
34.多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくとも病棟によって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、第1試料が収集された病棟に関連したその対応する抗生物質として選択される、実施形態32に記載の方法。
35.多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくとも地域感染又は院内感染としての感染の起源によって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、該感染起源に関連したその対応する抗生物質として選択される、実施形態32に記載の方法。
36.迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、主要濃縮懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、参照濃縮懸濁液を得るステップと、
主要濃縮懸濁液及び参照濃縮懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
37.主要アリコートが第1の主要アリコートであり、選択された抗生物質が第1の選択された抗生物質であり、ここで1以上の追加アリコートが試料から得られ、上記方法が、各追加アリコートに追加の選択された抗生物質を添加するステップ、各追加アリコートを処理して各追加の選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップをさらに含む、実施形態36に記載の方法。
38.迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、複数の主要アリコート、及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートの少なくとも2つが別個の選択された抗生物質を含むように、各主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して複数の主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、複数の主要溶解物、及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、複数の主要アッセイシグナル、及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
39.迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を、標的mRNAの産生を誘導するように構成された刺激に供するステップであって、該刺激は、感受性微生物細胞及び/又は耐性微生物細胞に関するmRNAの産生が、選択された抗生物質への微生物細胞の暴露に起因して変更されるように選択される、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を溶解して、第1溶解物及び第2溶解物を得るステップであって、各溶解物中のmRNAの本質的な分解を回避するのに適するように溶解を行い、また、刺激に応答して微生物細胞中で産生されたmRNAの寿命に関連した時間スケールで溶解を行う、ステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連したmRNAを検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
40.抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップと、
少なくとも1種の選択された抗生物質を主要アリコートに添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートから得られた微生物細胞を溶解し、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連したtmRNAを検出し、主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
以下の実施例は、当業者が本開示の実施形態を理解及び実行することを可能にするために提示される。これらは、本開示の範囲に対する限定として解釈すべきではなく、それらの例示及び代表としてのみ解釈すべきである。
Claims (40)
- 迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
第1溶解物に対して多重同定試験パネルを行うステップであって、第1溶解物が、微生物細胞を含有することが疑われる第1試料から得られたものである、ステップと、
微生物細胞を含有することが疑われる第2試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含み、また、第1試料及び第2試料は共通の被験体に由来する、ステップと、
主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップであって、選択された抗生物質は、少なくとも部分的には多重同定試験パネルの結果に基づいて選択されたものである、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、多重同定試験パネル同定パネルによって検出可能な微生物細胞に関連した核酸を検出し、それにより参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。 - 逆転写及び増幅がrRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの低下は、選択された抗生物質の有効性を示す、請求項1に記載の方法。
- 逆転写及び増幅がtmRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの低下は、選択された抗生物質の有効性を示す、請求項1に記載の方法。
- 逆転写及び増幅がmRNAを検出するために行われ、参照アッセイシグナルと比較した主要アッセイシグナルの変化を利用して、選択された抗生物質の有効性を決定する、請求項1に記載の方法。
- 主要アリコート及び参照アリコートをmRNAの産生を誘導するように構成された刺激に供するステップをさらに含み、該刺激は、感受性微生物細胞及び/又は耐性微生物細胞に関するmRNAの産生が上記抗生物質への微生物細胞の暴露に起因して変更されるように選択される、請求項4に記載の方法。
- 逆転写及び増幅が、多重同定試験パネルにより検出可能な微生物細胞に関連した核酸配列を含むように複数の核酸配列を検出する、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 逆転写及び増幅が、多重同定試験パネルにより検出可能な微生物細胞の2種以上の間で保存されている少なくとも1つの核酸配列を検出する、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 微生物細胞を遠心分離により分離する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 微生物細胞を濾過により分離する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 第1試料及び第2試料が全血試料であり、上記方法が、主要アリコート及び参照アリコートを得る前に、第1の血液溶解試薬を第2試料に添加するステップをさらに含む、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 第1の血液溶解試薬を添加した後に第2試料を遠心分離するステップ、及び上清の少なくとも一部を取り出すステップをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- 第1の血液溶解試薬がサポニン及びSPSを含み、全血と第1の血液溶解試薬との混合時のサポニン及びSPSの濃度が、それぞれ約1.0〜10mg/mL及び0.5〜2mg/mLである、請求項10又は11に記載の方法。
- 主要アリコートから微生物細胞を分離する前に、第2の血液溶解試薬を主要アリコートに添加するステップをさらに含む、請求項10〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 第2の血液溶解試薬がサポニン及びSPSを含み、全血と第2の血液溶解試薬との混合時のサポニン及びSPSの濃度が、それぞれ約1.5〜80mg/mL及び0.5〜20mg/mLである、請求項13に記載の方法。
- 第1試料及び第2試料が、喀痰試料、尿試料、脳脊髄液試料の1つに由来する、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 第1試料及び第2試料が、血清試料、血漿試料及び血液培養試料の1つである、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 第2試料が第1試料から得られる、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。
- 主要アリコート及び参照アリコートを得る前に、増殖培地を第2試料に添加する、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 第1溶解物における核酸の多重増幅検出を行う前に増殖培地を第2試料に添加し、第2試料を、核酸の多重増幅検出を行いながら、微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、請求項18に記載の方法。
- 選択された抗生物質を主要アリコートに添加する前に、第2試料を微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、請求項18に記載の方法。
- 第2試料のインキュベーション前に抗生物質吸収剤を第2試料に添加し、主要アリコート及び参照アリコートを得る前に該抗生物質吸収剤を第2試料から除去する、請求項19又は20に記載の方法。
- 選択された抗生物質を主要アリコートに添加する前に、主要アリコート及び参照アリコートを微生物増殖の促進に適切な条件下でインキュベーションする、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 多重同定試験パネルの各試験が、界、科、グラム染色性、属、種及び株の1つと関連している、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- 核酸の多重増幅検出が、rRNAを検出するために逆転写及びその後の多重増幅を利用する、請求項1〜23のいずれか1項に記載の方法。
- 逆転写を、初期増殖ステップを行うことなしに実施する、請求項24に記載の方法。
- 微生物細胞の存在を、およそ1時間以内に同定パネルの中から同定する、請求項1〜25のいずれか1項に記載の方法。
- アリコートの数が2である、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。
- アリコートの数が2〜4である、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。
- 主要アリコートが第1の主要アリコートであり、選択された抗生物質が第1の選択された抗生物質であり、ここで1以上の追加アリコートが第2試料から得られ、上記方法が、各追加アリコートに追加の選択された抗生物質を添加するステップ、各追加アリコートを処理して微生物細胞に対する追加の選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップをさらに含み、ここで各追加の選択された抗生物質は、少なくとも部分的には微生物細胞の同定に基づいて選択される、請求項1〜26のいずれか1項に記載の方法。
- 選択された抗生物質が、少なくとも部分的には微生物細胞の同定に基づいて、かつ少なくとも部分的にはメモリに記録された耐性記録の処理により、自動的に選択される、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。
- 選択された抗生物質が、医師から得られた情報に基づいて得られる、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。
- 多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連した少なくとも1つの対応する抗生物質を有し、少なくとも1種の選択された抗生物質は、
選択された抗生物質として、多重同定試験パネルの結果に関連した対応する抗生物質を選択する工程であって、選択された抗生物質の有効性の決定が、医師から情報を受けることなしに上記選択された抗生物質に基づく反射試験(reflex test)として行われる、工程
により選択される、請求項1〜29のいずれか1項に記載の方法。 - 多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくともサンプルタイプによって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、第1試料のサンプルタイプに関連したその対応する抗生物質として選択される、請求項32に記載の方法。
- 多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくとも病棟によって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、第1試料が収集された病棟に関連したその対応する抗生物質として選択される、請求項32に記載の方法。
- 多重同定試験パネルの陽性試験結果の1以上の組み合わせが、それに関連して、少なくとも地域感染又は院内感染としての感染の起源によって分類された複数の対応する抗生物質を有し、選択された抗生物質は、該感染起源に関連したその対応する抗生物質として選択される、請求項32に記載の方法。
- 迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、主要濃縮懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して、参照濃縮懸濁液を得るステップと、
主要濃縮懸濁液及び参照濃縮懸濁液中の微生物細胞を溶解して、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。 - 主要アリコートが第1の主要アリコートであり、選択された抗生物質が第1の選択された抗生物質であり、ここで1以上の追加アリコートが試料から得られ、上記方法が、各追加アリコートに追加の選択された抗生物質を添加するステップ、各追加アリコートを処理して各追加の選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップをさらに含む、請求項36に記載の方法。
- 迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、複数の主要アリコート、及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートの少なくとも2つが別個の選択された抗生物質を含むように、各主要アリコートに少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して複数の主要懸濁液を得るステップと、
参照アリコートから微生物細胞を分離し、分離された微生物細胞を再懸濁して参照懸濁液を得るステップと、
主要懸濁液及び参照懸濁液中の微生物細胞を溶解して、複数の主要溶解物、及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、複数の主要アッセイシグナル、及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。 - 迅速な抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップであって、主要アリコート及び参照アリコートは増殖培地を含む、ステップと、
主要アリコートに、少なくとも1種の選択された抗生物質を添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートを、選択された抗生物質の有効性の試験のために微生物増殖を促進するのに適切な条件下でインキュベーションするステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を、標的mRNAの産生を誘導するように構成された刺激に供するステップであって、該刺激は、感受性微生物細胞及び/又は耐性微生物細胞に関するmRNAの産生が、選択された抗生物質への微生物細胞の暴露に起因して変更されるように選択される、ステップと、
主要アリコート及び参照アリコート中の微生物細胞を溶解して、第1溶解物及び第2溶解物を得るステップであって、各溶解物中のmRNAの本質的な分解を回避するのに適するように溶解を行い、また、刺激に応答して微生物細胞中で産生されたmRNAの寿命に関連した時間スケールで溶解を行う、ステップと、
主要溶解物及び参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、微生物試験パネルのメンバーに関連したmRNAを検出し、主要アッセイシグナル及び参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。 - 抗生物質感受性試験を行う方法であって、
微生物細胞を含有することが疑われる試料から、少なくとも主要アリコート及び参照アリコートを得るステップと、
少なくとも1種の選択された抗生物質を主要アリコートに添加するステップと、
主要アリコート及び参照アリコートから得られた微生物細胞を溶解し、主要溶解物及び参照溶解物を得るステップと、
主要溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連したtmRNAを検出し、主要アッセイシグナルを得るステップと、
参照溶解物に対して逆転写及び増幅を行って、試験パネルのメンバーに関連した核酸を検出し、参照アッセイシグナルを得るステップと、
主要アッセイシグナルと参照アッセイシグナルを比較して、微生物細胞に対する選択された抗生物質の有効性の尺度を得るステップと
を含む方法。
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