JP2019149987A - Method for predicting the effectiveness of radiotherapy to head and neck squamous cell carcinoma - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、HPV陰性中咽頭扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効
性を予測する方法に関する。
The present invention relates to a method for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma such as HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma.
HPV陰性中咽頭扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌の一次治療としては、手術と放射線療
法が挙げられる。手術を選択した場合は、嚥下困難となり経口で食事をすることが難しくなる症例が多く認められる。その為、大きな切除が必要となるケースでは放射線療法が好ましい選択肢となるが、放射線療法を施行した場合、放射線に対し耐性を示し、予後が極めて不良である症例が認められる。そこで、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線の効果が得られやすいかどうかを予測するためのバイオマーカーがあれば、治療効果の向上および治療後のQOL向上に寄与すると考えられる。
Primary treatment for head and neck squamous cell carcinoma such as HPV negative oropharyngeal squamous cell carcinoma includes surgery and radiation therapy. When surgery is selected, there are many cases in which swallowing becomes difficult and it becomes difficult to eat orally. Therefore, radiation therapy is a preferred option in cases where large excision is required, but when radiation therapy is performed, there are cases that are resistant to radiation and have a very poor prognosis. Therefore, if there is a biomarker for predicting whether radiation effects can be easily obtained for squamous cell carcinoma of the head and neck, it is considered that it contributes to improvement of therapeutic effect and improvement of QOL after treatment.
例えば、遺伝子の発現レベルを指標として頭頸部癌等の癌に対する各種治療法の有効性を予測する方法が報告されている（特許文献１〜１１）。 For example, methods for predicting the effectiveness of various treatments for cancers such as head and neck cancer using gene expression levels as an index have been reported (Patent Documents 1 to 11).
本発明は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する方法を提供することを課題とする。 An object of the present invention is to provide a method for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma.
本発明者は、上記課題を解決するために鋭意検討した結果、miR-130bやmiR-365b等の特定の遺伝子の発現レベルがHPV陰性中咽頭扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射
線療法の有効性と相関していることを見出し、本発明を完成させた。
As a result of intensive studies to solve the above problems, the present inventor has shown that the expression level of specific genes such as miR-130b and miR-365b is radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma such as HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma And the present invention was completed.
すなわち、本発明は以下の通り例示できる。
［１］
頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する方法であって、
被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料におけるマーカーの発現レベルを指標として該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する工程を含み、
前記マーカーが、後述する（Ａ）〜（Ｃ）から選択される少なくとも１種の遺伝子であ
る、方法。
［２］
さらに、前記工程の前に、前記発現レベルを測定する工程を含む、前記方法。
［３］
少なくとも、miR-130bおよび／またはmiR-365bの発現レベルが指標とされる、前記方法。
［４］
前記（Ａ）および（Ｂ）から選択される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルが低い場合に、放射線療法が有効であると予測される、前記方法。
［５］
前記（Ｃ）から選択される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルが高い場合に、放射線療法が有効であると予測される、前記方法。
［６］
前記（Ａ）および（Ｂ）から選択される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルが高い場合に、放射線療法が有効でないと予測される、前記方法。
［７］
前記（Ｃ）から選択される少なくとも１種の遺伝子の発現レベルが低い場合に、放射線療法が有効でないと予測される、前記方法。
［８］
前記頭頸部扁平上皮癌が、HPV陰性である、前記方法。
［９］
前記頭頸部扁平上皮癌が、HPV陰性中咽頭扁平上皮癌である、前記方法。
That is, the present invention can be exemplified as follows.
[1]
A method for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma,
Predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject using as an index the expression level of the marker in the head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from the subject,
The method, wherein the marker is at least one gene selected from (A) to (C) described later.
[2]
The method further comprises the step of measuring the expression level before the step.
[3]
The method, wherein at least the expression level of miR-130b and / or miR-365b is used as an indicator.
[4]
The method, wherein radiation therapy is predicted to be effective when the expression level of at least one gene selected from (A) and (B) is low.
[5]
The method, wherein radiation therapy is predicted to be effective when the expression level of at least one gene selected from (C) is high.
[6]
The method, wherein radiation therapy is predicted to be ineffective when the expression level of at least one gene selected from (A) and (B) is high.
[7]
The method, wherein radiation therapy is predicted to be ineffective when the expression level of at least one gene selected from (C) is low.
[8]
The method, wherein the head and neck squamous cell carcinoma is HPV negative.
[9]
The method as described above, wherein the head and neck squamous cell carcinoma is HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma.
本発明によれば、HPV陰性中咽頭扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法
の有効性を予測することができる。すなわち、本発明は、例えば、頭頸部扁平上皮癌の患者に放射線療法を実施すべきか否かを決定するために有用である。
According to the present invention, the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma such as HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma can be predicted. That is, the present invention is useful, for example, for determining whether or not radiation therapy should be performed on patients with head and neck squamous cell carcinoma.
以下、本発明を詳細に説明する。 Hereinafter, the present invention will be described in detail.
＜１＞バイオマーカー
本発明は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するために用いることができるバイオマーカー（以下、単に「マーカー」ともいう）を提供する。
<1> Biomarker The present invention provides a biomarker (hereinafter also simply referred to as “marker”) that can be used to predict the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma.
マーカーとしては、下記（Ａ）〜（Ｃ）に示す遺伝子が挙げられる：
（Ａ）miR-130bおよびmiR-365b；
（Ｂ）C20orf141、JSRP1、TNNT1、RET、DKFZp779M0652、LDHC、CLVS1、FAM66D、MT1L、C11orf20、KRT86、SFTPD、LGALS7、TNFSF12-TNFSF13、BIRC7、LOC100271831、CITED4、USP2、METRN、MT1E、LOC400931、RPPH1、RPL9、BIN1、LOC100144603、CFD、C2CD4B、C17orf55、COMTD1、HLA-J、NNMT、TIAF1、HHLA3、RPL13AP3、POLR2L、C9orf170、ANGPTL4、OAZ3、C1orf170、MSRB2、NOSIP、PTPRCAP、SPAG4、LINGO3、BFSP2、ATP5D、RPL31P11、TOMM7、RPL39、C7orf50、RPL13AP20、C5orf39、C11orf83、ANKRD19、NDUFS7、CCDC85B、SHBG、LY6K、LOC401052、CCDC107、STARD10、RPS15、ENDOG、CEMP1、MVD、NCRNA00152、ALKBH7、RP
L36、RABAC1、FAM20C、RPL32、RPLP2、ZNF593、RPL13、HES4、MRPL54、AURKAIP1、RPL29
、LOC606724、TIMM13、FXYD5、DPM3、JOSD2、NDUFB11、PPIAL4G、C11orf67、NDUFA11、UQCR11、EEF1D、CTSF、ROMO1、HINT2、SSR4、MRPL42P5、GADD45GIP1、AMDHD2、PINK1、RPL28、SELM、TMEM91、LOC440957、DAPK3、SNTA1、RPSA、S100A13、C19orf24、TRAPPC2L、CCM2、PUSL1、RRAS、PGLS、TMEM141、AP2S1、ZNF524、PTP4A3、H2AFJ、EDF1、PACSIN3、F12
、SFTPC、FAM173A、TSTA3、TMSB10、CST3、RPL18A、CCS、ATP5I、C19orf70、ATAD3B、RPS2、THAP3、HDAC11、LOC150381、TFPT、LSM7、RPSAP58、PMVK、NME3、TMSL3、SNHG8、SEPW1、LOC729156、RPL27A、C21orf70、C1orf182、RPS6KB2、MPND、PRR24、RASSF1、PTDSS2、SSSCA1、ADAT3、CCDC96、GMFG、RTN2、PQLC1、SAT2、LOC541471、NUDT1、VMO1、CARHSP1
、RPL13A、RPL11、ZP3、NDUFB10、MBLAC1、RPL14、AGTRAP、ZFAND2B、PSMG3、RPL18、FBXL8、FKBP2、RPS9、OCEL1、RPS21、HYI、NDUFA3、STK19、DECR2、CCDC72、C16orf42、TMEM160、COTL1、PEX11G、MYL6、CLTB、TRAPPC5、RPL34、LOC550643、TMEM219、NDUFA13、PPP1R14B、CDC34、RPS24、C1orf86、PPP1R3F、GUK1、RPL10、MFSD10、TXNL4A、BCL7C、UQCRQ、DDRGK1、C9orf142、NAA10、RPS19、CCDC61、CCDC124、C17orf61、RPL35、HOMER3、ACY1、LENG9、WDR13、FLJ44635、PPP2R3B、GLTSCR2、C9orf23、RPS11、RBKS、UBA52、PPDPF、APRT、STUB1、SAC3D1、TUBA4A、CETN4P、NCRNA00160、LSMD1、HSBP1L1、TMEM149、MAP2K2、SERTAD1、RPSAP9、TRAF3IP3、MRPL28、FBXL15、RPS3、BSG、ALDOA、MFSD3、EBP、FAM186A、BCAS4、STX8、SCAND1、POC1A、C6orf108、ROBLD3、C2orf7、RPS10、RPL8、C20orf199、PPIAL4D、ZFAND2A、PLEKHJ1、RPL17、LOC100288778、MIIP、IMPDH2、SH2D3A、C19orf10、ETHE1、ZNF581、RPS16、RPL37A、MYEOV2、ARL6IP4、ATOX1、POLE4、SIL1、MAPK11、SLC25A26、EPN1、RPL26、PPIAL4C、UXT、NDUFB7、PRDX5、VPS28、RPS3A、PRELID1、SLC9A3R2、LSM3、NANS、TXNDC17、NMRAL1、FAM180B、RPS5、EEF1G、ATP5EP2、FUNDC2P2、C12orf39、RAB24、MAD1L1、TMEM54、NENF、METTL11A、RPL37、COX4I1、MXD3、MEIG1、CHCHD2、RPS13、EIF3B、SERF2、GBAP1、LOC388955、ARL2、GLTPD1、FAU、DGKZ、GET4、RPL41、NDUFB2、MPST、MRPL20、CCDC12、KCNK6、NUDT2、C19orf28、PPIA、ALKBH3、FAM127A、FAM108A1
、RPS29、POLD4、FLJ37307、PLSCR3、YIF1B、LYL1、ATPIF1、PRDX4、NDUFS8、ZNF784、STYXL1、EIF3K、RPS8、RPS14、VKORC1、HSD17B10、FIS1、FAM3A、GADD45B、SRM、RPS12、CUTA、GPX4、YIF1A、RPS6、TMEM147、ATP5O、PRX、TCEB2、VEGFB、MRPL52、C1orf122、PTRH1、C20orf27、RRP1、SHARPIN、MRPS6、ATP5E、2-Mar、BACE2、ARFRP1、RPS20、SPSB3、HDGFRP2、NHP2、MRPS24、C16orf13、COMMD6、MVP、NDUFV3、ARSA、UQCRC1、C11orf48、NDUFV1、APEH、ACOT6、CST11、ZNF205、DUS2L、CCDC22、SEPX1、POLR2I、NUDT22、ZNHIT1、ICAM2、DOHH、RPS26P11、C11orf74、MRPL23、TIMM17B、SSU72、PFDN5、KLF16、FAM110A、CHCHD1、CISD1、TSPO、GABARAP、ZMYND17、MRPL14、MAP7D1、PDXK、CARS2、RFXANK、HAUS7
、RNASEK、SIRT6、STK11、CYB561D2、RPL31、RP9P、ZDHHC24、RPL23A、EIF3G、BAD、PCBP4、FKBPL、S100A10、MBD3、TRPT1、RPL22、MPG、MRPS12、IER2、PQBP1、TOM1、TOMM6、CPSF3L、TMEM134、PLIN3、INTS1、COMMD1、EFCAB5、QPCTL、GSTK1、C1orf151、QDPR、PGM1
、PSMC3、NCLN、FHL3、KRTCAP2、ARFGAP2、C4orf3、ZNF688、THOP1、RPS15A、GLYCTK、R3HCC1、ZNF580、EIF3F、SLC25A39、OAZ1、C1orf91、C19orf43、ATP6V0D1、GRN、POLD2、C11orf2、CLPP、PEX16、C19orf25、PLP2、RPLP0、CD151、NDUFS3、DRAP1、FKBP8、S100A16
、MAD2L2、DVL1、ACAA1、TBL3、NDUFS5、AKR7A2、TSSC4、KIAA0415、CENPB、UBOX5、DULLARD、SCARNA7、C6orf129、FHOD1、MRPS25、HSPBP1、FLYWCH2、NDUFA7、GPX1、C8orf58、PIN4、TIMM8B、EIF6、TMEM102、MRPS34、PDF、DBNL、MRPL27、LONP1、MRPL53、RPUSD3、PNPLA6、PPP4C、TWF2、C9orf86、ACOT8、ABHD14B、NUDC、DEXI、TMEM208、LYPLA2、ABHD14A、ZFPL1、FBXW9、CD81、SLC2A8、DCTN3、TPRG1L、ATRIP、BCAP31、FASTK、HCFC1R1、CD59、RPL30、HIGD2A、COX8A、RPLP1、ASL、PIH1D1、GPKOW、POLR2E、PNPLA2、HEMK1、YKT6、ARPC4、AKR1A1、FUNDC2、RPS4X、FAM187B、MAPKAPK3、C1orf50、FBXW5、PGP、ATAD3A、DHRS7B、LRPAP1、RPL7A、ZNF408、C17orf79、AVEN、ATP5J、RPL27、MECR、UBXN6、FAM89B、DYNLRB1、ENO1、MCOLN1、DHRS7、PTOV1、ATG7、SPATA1、IRF3、C17orf59、SH3BGRL3、TRMT112、RPL10A、ECH1、TMEM222、SLC39A3、UBXN1、PLCB3、C19orf62、GNB2L1、PARK7、CDC37、NAPA、TMEM111、UQCR10、RP9、TRADD、CHST12、SLC27A1、NDUFC1、FKBP1A、ZYX、DNA
JC4、RER1、LOC407835、B4GALT7、AARSD1、SIRT3、COPE、MED16、EIF5A、ZDHHC4、HM13、ARFGAP1、RPL15、C16orf91、ERCC1、C3orf10、TRIP10、AES、NDUFA4、SNRNP35、DGAT1、IFRD2、C19orf56、DALRD3、DDX56、MANF、NPC2、MOB2、FAM125A、CCDC9、MAP4、C17orf101、C7orf30、CCDC94、RPL4、ITPA、PPP1CA、SEC13、RAC1、RNF181、CXXC1、C1orf159、ADAM15、HMGCL、CHMP1A、IL17RC、TPT1、STX4、PSMD13、TRAPPC1、TEX264、LMAN2、SNRPB、C18orf22、ABCB8、GMPPA、EIF2B3、BCKDK、ALG14、DNAJC1、C3orf75、ACOT9、DMAP1、EIF3I、C19orf53、NUBP2、CRLS1、OVCA2、IDH3G、DAGLB、COMMD9、GNPTG、DTD1、BLVRA、TADA3、RPL6、STX10、C21orf84、NOC2L、RUVBL2、SGTA、PPP2R1A、PRPF31、PSMD8、ARAF、RPL19、TBRG4、NSFL1C、MRPL37、CFL1、TAZ、RPL36AL、RBCK1、RNF126、C17orf49、TMEM53、MLST8、MCTS1、WIPI2、LMNA、SNAPC2、VPS4A、SNX21、SLC25A6、C11orf10、UROD、C1orf123、HAGH、NME6、ZNF787、QARS、C6orf153、DHPS、CINP、AKT1S1、INO80E、ZG16、TRNAU1AP、RPL19P12、MRPS15、RHOG、C11orf68、RNH1、HMOX2、GPATCH3、APBA3、CLN3、XAB2、RDBP、NUDCD3、SGSM3、TAF10、LOC401010、CETN2、DYNLL1、PPIE、TUSC2、ACTB、ERGIC3、ESRRA、OTUB1、C19orf22、TCEB1、PPP2R4、AGAP3、NSDHL、NTAN1、SNRNP70、IDH3B、MTMR14、PMF1、PELI3、RPL3、C1orf212、MBOAT7、PSMB6、MAF1、NUTF2、OCM、SNRPB2、TMEM126A、ORMDL2、EMD、PLEKHM2、NDUFAF3、TMEM115、C9orf11、EIF5AL1、UBE2J2、OTUD5、TMEM101、PSMA2、WIBG、SIRT2、PSMD4、CHMP4B、NDUFAF1、TRAPPC3、WDR45、DAZAP1、PFN1、PFKL、GPS2、DDX41、TCF25、IGBP1、ADK、THOC7、PET112L、POLR2G、SCAMP4、DFFA、CNO
、ANO10、ZNF653、EIF3CL、JMJD8、MAP1LC3B、TSR2、DAD1、CD2BP2、ATP6V0E1、C3orf31
、TMEM129、YIPF1、KRTAP4-9、ACTR1A、SPNS1、C20orf29、CSNK2B、KIAA2013、ADPRHL2、SARS、FAHD1、PEX14、CAPNS1、NACAP1、TMPRSS12、PGRMC2、CXorf40A、ILK、CCT7、MON1A、YIPF2、DEF8、MED11、CTDP1、RALY、ATP6V0C、TELO2、SPCS1、SCAMP3、DCTN2、ADRM1、PTP4A2、LOC284688、TMEM120B、ATG9A、RARS、ZBTB17、CDK16、NPRL3、CALM3、SNORA31、ASNA1、LAS1L、RNF151、MTCH2、SCYL1、C3orf19、RALA、FZR1、P4HB、COPZ1、LRRC47、GNG5、POLL、NKAP、KDELR1、PANK2、STK25、SAR1A、HMGB3L1、DNAJC8、PDZD11、DSTN、HSBP1、RPL29P2、RHOA、KARS、SCAF1、TNMD、HADHA、RBM10、PSMF1、LCN8、PSG8、KRTAP5-5、PRTN3、HBZ、RPS4Y2、RNASE13、PRSS1、RBMXL2、MCART3P、OR7E37P、LOC100128542、CCL16、PAPOLB、APOBEC1、およびHBM；
（Ｃ）UPK1B、UGT1A6、LRRC4、SOX2、SOX2OT、EDIL3、ABCA13、PEG10、ZNF192、TMPRSS11A、SCN9A、GPX2、GLI2、ABO、JAKMIP3、DMRT2、ANKRD36BP1、PCDHGB1、PCDHGB7、CACNA2D1、FER1L6、ADD2、KLHL23、PTPLB、PCDHGB5、CCNT1、LOC650623、FAM157A、AKAP2、IL6ST、LOC730101、BARD1、PRR11、L3MBTL4、TRPV3、RASSF9、FOXE1、GOLIM4、BCMO1、NRCAM、PCDHGA9、RAPGEF6、DGKG、DHX33、LOC641298、REST、MED12L、PCDHGB6、PRKG2、NCOA2、STOX2、DDI2、GALNT5、ZDHHC20、ZNF594、ZC3HAV1L、PCDHGA4、PPTC7、SHPRH、SERTAD4、ZDHHC11、ASXL2、GPLD1、FSTL4、SERINC5、UHMK1、HIPK3、GTF2A1、MGAT5、ZNF281、MYO5C、FRRS1、ZNF354C、PCDHB8、NBPF16、GAS2L3、RGS17、PCDHGB2、SBNO1、KLHL11、ZDHHC2
、GPR75、ANKRD56、ETV3、TMEM20、GPRC5D、OTX1、DSG2、PTPRZ1、SGK196、WNT9A、ALOX12P2、SPATA13、ZNF551、ZNF430、TMEM189-UBE2V1、CASC5、LOC100170939、DOC2B、C9orf129、LATS1、ARMCX6、USP51、LCOR、RNF168、RASSF3、DUOX2、HIP1、ZNF124、KBTBD7、CGN、TAF1L、CDKL5、FGFR2、MYLK、VANGL2、NCRNA00120、TMEM35、GPR176、TMEM151B、EME2
、N4BP2、DPY19L3、PVRL3、ZNF689、ILDR1、ADAM17、GPR19、REL、ZNF167、ITGA2、ULBP1、DPH3B、SMAD9、IPMK、PCDHGA2、TGFBRAP1、TAOK1、OCLN、ZFP3、IGF2BP2、PCDHGA6、NBPF9、PCDHGA1、NUDT16P1、LRRC37A4、EPS8、BRCA2、KRBA2、ZNF284、PLEKHA7、ROCK2、GMCL1、GTF2I、LIN52、ABCC5、MDN1、MFHAS1、NBPF10、RASA2、ERN1、TSTD2、LEPROT、TXLNG、C1orf58、EFCAB10、CYB5A、TRIM2、BRIP1、ZSCAN12、TTC30B、TRIM56、LOC646471、NBEAL1、LY75、ZNF718、E2F7、ZBTB26、CASP8AP2、TSPYL3、EXOC6B、SLC26A1、LOC402377、STRN、LOC284441、SIX1、ADD3、LOC283314、TXNRD1、C9orf41、C20orf177、SGPP2、ATF2
、ULBP3、LOC641367、EPC1、EVC2、SNHG4、C20orf118、C14orf174、CCDC74B、LOC619207
、LMTK2、CDC14A、ZNF619、PRMT6、GCLC、ZNF641、PLEKHG1、ZNF300、RIF1、C5orf25、CCDC39、CLSPN、TRPV4、ZFP14、MANSC1、DENND2C、LRIG3、PDPR、DZIP1L、USP12、LOC20218
1、ITGB8、PLAGL1、TTF2、MCF2L、TNFAIP2、ZNF827、NR2C2、FAM161B、NBPF3、ZNF280C、ZNF519、CEP97、PHLDB2、SLC7A8、ZNF572、ELK3、UBXN7、PSIMCT-1、LASS6、CCDC87、SPRY2、ZNF518A、EP300、BAG4、LOC100190986、B4GALNT3、STAG1、GCLM、ARHGAP11B、ATAD5
、STEAP2、MAML2、ZDHHC23、MCM9、PTPN13、ARL13B、GMCL1L、ATE1、FAM135A、CRYBG3、SPRED2、GPR173、MLL5、NR6A1、RNF138P1、ZDHHC21、REV3L、SLC30A4、RUNDC2C、RBL1、DDX21、WDR31、TAS2R5、ZCCHC11、ZFP92、TSSK4、BRWD3、LIMS1、UGCG、PLSCR4、ZNF816A、EML6、MYO9A、DPP8、RPL32P3、MPHOSPH9、TNFRSF11A、TOP2A、PGAP1、RSPRY1、RNF169、LRP8、ATP8B2、LOC100133991、ZNF468、SKIL、HLTF、8-Mar、ZNF28、NFE2L2、GLUD2、COL4A5、MARS2、CHML、ZNF649、PIKFYVE、ACAP2、IVD、LOC283922、NBPF15、RBM43、RAB15、PM20D2、ICK、FGD6、TP63、GALNT3、B3GAT2、ARMCX3、C10orf118、LOC100271836、CEP170
、RBBP5、SLC30A6、RSRC1、CPT1A、KIDINS220、TET3、AKAP10、ELK4、ZNF678、POLQ、SSFA2、C3orf58、HDGFRP3、CHD6、RGPD3、MYSM1、UST、QTRTD1、ADNP、DCLRE1A、PRKX、KIAA1324L、SLC25A40、USP49、PDP2、ZBTB39、B3GNT5、KIAA2018、KCTD20、NF1、KIF14、TOPBP1、DLEU7、C9orf102、RBM12B、HHAT、MANEA、SCD5、TRIM78P、ZNF217、LRRC58、CCDC75
、C4orf36、ANKRD36B、C14orf106、ZKSCAN1、FAM45B、FAM161A、HELB、CLCN2、ARL15、RAD54L2、C2orf86、RPL13P5、PLEKHA1、NNT、LRP6、CTAGE1、SP3、ATR、SOX13、TANC1、DGKE、FRK、ADAM10、ZNF160、LOC647288、PPP4R2、KLF7、PLEKHM3、LRRC8B、SP4、DOCK1、PAFAH1B2、CELSR1、ASH1L、ZNF100、ZNF546、C6orf167、RSBN1L、TAF2、ZMAT3、LPP、ZNF774、ZBTB38、NCK1、CEP152、PAQR3、MCM3APAS、COBLL1、PLEKHA5、CDK8、RIMBP3C、NPHP3
、SERINC4、BBX、MDM1、BIRC6、RB1、CDK5R1、ATP1B1、LOC284100、ECT2、IRF2、XRCC2、DENND4A、CCDC88C、DZIP1、KIAA1524、ELF1、WIPF2、PIP5K1P1、DCUN1D1、PHC3、CEP192
、KIF21A、CMTM1、WHSC1L1、MAP4K3、CHD9、LRRC8D、TAF1、ZNF292、NRSN2、TMEM38B、ZNF432、RAD51AP1、ANKIB1、ZNF776、ETV3L、KBTBD4、IFT80、SMCHD1、DVL3、HELZ、KIF27
、PAPOLG、OSBPL11、INTS2、PIK3R4、TMEM194A、OPHN1、DCK、TCF12、RBL2、CORO2A、ABCC1、ZNF354B、KIAA1804、SQLE、ANKRD17、CTDSPL2、TRIO、MAP3K2、MFSD6、TRRAP、FAM73A、LOC729020、ARL11、C1orf55、EIF2AK2、PIK3CA、RGPD4、ZBTB11、C20orf112、GUSBL1
、KLF5、BTAF1、LIN9、DHX36、PKD2、ZNF828、ZNF791、MSI2、ZFP112、IGSF3、FANCM、KILLIN、DIP2B、PELI1、BAZ2B、C1orf109、URB2、PDZD8、PTAR1、TBCCD1、MCC、NEO1、TRPM7、ZNF148、CCNT2、C5orf42、TMEM14A、MTBP、C11orf30、ARID2、DOCK9、HEATR5B、MAN1A2、CCNJ、ACRBP、ZMYND8、GTF2H3、BPTF、MLL2、ROCK1、DHFRL1、LOC728323、IL28RA、NBPF1、DNMBP、TOR1AIP2、IQCB1、CLDND1、KRIT1、ATP11B、FAM179B、NUP153、ATP8B1、LOC646214、ATP13A3、MAML1、GTF3C4、BCL6、TRUB1、TRAM2、MTSS1、PPP1R2P3、KLHL8、HMGXB4、TTC30A、STXBP4、NCAPD2、FAM117B、MBTD1、XRN1、CEP135、LOC642852、DNAJC13、TOM1L1、EIF2AK3、ZNF529、C1orf124、MYST3、RABL2B、EPC2、SR140、MED13L、SPTBN1、WDR35、ATAD2B、MTERF、STIL、MTMR1、SGK1、SCPEP1、HIC2、ZNF322A、ZNF800、MGA、NCAPH
、ACTL6A、SGK3、FNDC3A、FUBP1、MTR、SGOL2、GEN1、RBBP4、GALNT4、RMI1、APC、ZFX、MAPK6、ZNF260、PPAT、FBXO5、KLHL28、NCKAP1、KIAA1267、SHROOM2、TMEM39A、EXTL2、PLAGL2、CENPF、ZNF107、KLHL20、ASPM、ZNF141、SMC3、MAP3K5、SOCS4、ANKAR、ABHD2、C10orf18、JRKL、UHRF1BP1、MEGF9、IFT81、ARFGEF2、ZNF70、SMAD3、MOBKL1B、HEATR1、QSER1、USP46、B4GALT4、FZD6、CCDC14、PPP1R2P1、ZNF550、GCC2、KLHDC5、ALMS1、IMPACT、SMARCAD1、11-Sep、PKN2、SYNJ2、TNPO3、MDM2、SMC2、CSNK2A1P、ZNF304、TRIM68、SCYL2、FAM13B、ELOVL5、PHF8、KIAA1009、LANCL1、FAM123B、DIS3L、RBBP8、TMTC3、TNRC6B、CP110、TBC1D8、ARID4A、ZSCAN29、ARL6IP6、AHCTF1、PLXNA1、YEATS2、TAF1A、CASC4、LRRC8A、TET2、ANAPC1、HEATR5A、PHF6、RAI1、GORAB、ZMIZ1、ZNF680、KCTD18、RQCD1、DHX35、AEBP2、ERBB2IP、ZNF765、ZNF782、WDFY3、DHX40、WDHD1、ATXN1L、KCTD3、TOPORS、ARHGEF35、KLHDC10、ASAP1、DICER1、SLC33A1、ANKRD12、DBR1、CEP76、FRS2、SYNGAP1、ZC3H13、LOC100129726、EHBP1、EDEM3、ZNF484、PEX1、SLCO3A1、PRKCI、GPD2、DBF4B、LOC200030、KIAA0247、GPATCH8、EHHADH、AKAP9、BAZ1A、LBR、ZNF397OS、PGBD4、CASD1、KTELC1、C2orf44、ASB3、ARHGAP11A、LMNB1、KIAA0528、ING3、GTSE1、SENP7、FBXO30、SPEN、CDC42BPA、SENP1、ARHGAP5、PAK6、CLINT1、HACE1、GNA13、ADAT1、BBS10、S
TT3B、FBXO34、ABI2、KIAA1731、VPS13B、TMTC4、SLC25A36、PNPT1、ARHGEF11、ZNF189、ZBTB41、FAM76B、UBXN4、ZNF417、MSL2、POLK、UTP20、ZNRF3、DCAF7、RBM16、ZSWIM6、MED23、ATP2C1、ZNF367、NHSL1、ATXN7L1、PHF3、PIK3C2A、INO80D、NIPA1、BUB1B、MCM8
、PACSIN2、DCAF17、SMC4、LDOC1L、SLC44A1、CTTNBP2NL、RNF111、IDH1、RFX7、EFR3A、ANP32E、ATAD2、NPAT、LRRC16A、WDR11、FUBP3、RNF219、ZNF644、SPIN1、C12orf66、ITSN2、NUP160、ZNF397、GSK3B、ASAP2、PNN、ZNF512、DTL、ZRANB3、FAM98B、EIF2C4、SNX4、FBXO21、G2E3、C14orf135、MOSPD2、ARID1B、RCBTB1、TTC17、KNTC1、TADA2A、SPAST、KIAA0776、ATF1、LOC728640、PPARA、ACVR1B、ZNF498、RNF160、SMC6、RNF44、TTC5、MEX3C、CLASP1、NAPEPLD、TMEM30B、MSH2、USP34、KIAA1430、RBM27、MED13、DLG1、FYTTD1
、ZNF655、AQR、DTWD2、CENPC1、PUS7、SMEK2、WDR44、RPRD2、HIPK1、KIF18B、DMTF1、ZFR、EML4、ARID4B、RYK、GTF3C3、XPOT、UBXN2B、ZNF749、PPM1D、DEK、SPTLC2、C4orf21、ZMYM2、PRKD3、ZNF845、MCCC2、ERCC4、MKL2、RNF13、BRD3、FOXO3、RBMXL1、SLC35A5
、C5orf24、ARHGAP12、RIT1、PATL1、BAT2L2、ARMC8、CCDC52、CD46、NAB1、SUZ12、ZNF275、SMAD5、C1orf131、TMPO、LRIG2、CAMSAP1L1、BRPF3、MTMR4、SDCCAG1、C12orf48、TTC26、TCF7L2、C5orf51、WDSUB1、ARNTL、KDM3B、KIAA0240、ATRX、APPBP2、GTF2E1、RPS6KC1、ARAP3、PHF2、CBLL1、MAP4K5、HPS3、WDR5B、MYST2、GFM1、CTNND1、DDR1、MIER3、C2orf69、PON2、MINPP1、PPP2R5E、RNF43、TAF4、RB1CC1、SMG1、SLC35A3、ZNF37A、E2F3、TUBGCP3、METTL14、PAN2、ZNF548、SSH1、RNF138、CNST、ZZZ3、CBX1、BRCA1、RGPD6、PCNXL2、EPT1、TUBGCP4、SRPK2、PEX26、GPATCH2、PCGF5、NIPBL、XPR1、NCOR1、POLR1B
、DPY19L4、C13orf23、PHIP、B4GALT5、KIF23、USP37、SENP6、HIAT1、RAPH1、NUP155、MED1、ZNF507、RGNEF、TAF5L、ZNF436、SEC23IP、WDR47、ZCCHC8、SASS6、ATP6V1A、SFRS2IP、PPP1R12A、PRDM2、SLC11A2、IREB2、DNMT3A、TMEM185B、USP8、NSUN3、MCM2、TGS1、KIAA0947、JARID2、NCAPG2、WDR3、NFXL1、TCF20、CRKL、ZMYND11、UTP23、ABHD15、ATF7、MAPK1、CASP8、ZNF639、INTS6、TSPYL4、MOBKL1A、POGK、DNAJB14、DIDO1、HEATR6、MFN1、NEDD1、ZBTB1、ZNF664、SOCS5、MUDENG、THAP6、PNPLA8、ASTE1、KIF3A、RNFT1、ZNF621、KIAA1598、SOS1、FAM200A、CRAMP1L、PUM2、ZNF169、MLLT4、ZFP161、NCAPD3、TTC21B、VHL、ZFC3H1、METAP1、ZNF587、TBK1、TANK、DDX18、RAD21、NLN、NECAP1、CHD1、GON4L、COIL、TP53BP1、PIAS3、C17orf80、NCOA6、TPR、C10orf137、ZCCHC2、SETD5、ZBTB6、CEP350、SF3B1、FKTN、C3orf17、PALB2、TP53BP2、GK5、ZNF146、ANKRD40、BMI1、ORC2L、ALS2、PIAS1、PPM1B、ZBTB33、VPS54、ZBTB34、ESF1、PLEKHA3、ZNF326、ZNF627、LCMT2、PPIL4、MARVELD2、CNNM4、FOXO3B、TCERG1、PPP1R15B、TNRC6A、AFTPH、ADSS、BCL2L11、LSG1、UBN2、ALKBH8、TTLL5、C17orf71、MYNN、VEZF1、OSBPL9、BMPR1A、PHF12、PHLPP1、SP1、PRPF38B、C22orf30、SIN3A、PRKAA1、COMMD2、IKZF5、ZNF496、KRAS、TRIM37
、CSNK1G1、FEM1B、ZDHHC17、ZNF12、CCAR1、IPP、HIATL1、CDK12、ZWILCH、RFFL、GMFB
、MRPL3、ZNF623、SENP2、RBM25、CWC22、DCAF12、G3BP2、CCDC117、PDCD10、TNPO1、YLPM1、POM121、UPF2、ANKRA2、MICAL3、NARG2、TMX1、KPNA1、POGZ、DNAJC14、BAZ2A、OXR1、RECQL、RHOT1、APPL2、NUFIP2、XPO1、BRD4、INPP5F、CDC73、MSH6、MAP3K4、KIAA0494、GAPVD1、E2F6、SFRS12、UBE2H、USP33、PTPN11、C2orf60、C9orf6、C9orf80、TMEM30A
、ZNF434、ACTR2、POLR2B、ATXN7L3B、ZNF510、TUBD1、RLF、BRD2、PPIP5K2、ZBED4、BAZ1B、SFRS11、MAP3K7、TUG1、ANKRD11、UBAP2L、FOXJ3、ARFGEF1、PURA、EXOC8、INO80、LGALS8、CDC23、RNF6、THOC2、ZNF740、RIC8B、ZC3H7B、ISG20L2、GTF3C2、EIF4G3、REV1
、NSL1、OPA1、FBXL4、KIAA0317、PIP5K1A、ZXDC、NUPL1、RPE、PIK3CB、CASP3、ADCY3、EP400、FAR1、ZFP64、PPPDE1、RC3H1、R3HDM1、FBXO11、ZNF24、PCNP、NIN、SETX、CSNK1G3、KDM4A、SLC25A13、YY1、TDG、TIMELESS、IKBKAP、GABPB1、ASB7、PNO1、DEPDC5、ATN1、CDC42BPB、PKP4、ZNF562、BRD1、KIAA0753、RBM26、CREB1、TRA2B、NUDT21、MTX3、ATXN2、PRPF4B、SP2、UBE3A、RPRD1B、THAP5、MIS12、LOC728024、MBD4、ANGEL2、C12orf41、ZNF333、WDR45L、CDK17、C6orf120、TMEM181、RCHY1、PAK2、CDC40、HNRNPUL1、RAB3GAP1、DHX9、C1orf107、BCLAF1、POM121C、COPB2、MOBKL2C、RBM41、RABGAP1、LOC144438、TCHP、NAA25、HP1BP3、IPO9、FBXL20、SRGAP2、RALGAPB、PPIG、TRMT61B、ZBTB2、PHF20L1、SLC30A5、KPNB1、WDR43、ZNF143、SENP5、PAPOLA、DARS、7-Mar、PSMD5、MSL1、SMEK1
、LARP4、CORO1C、EIF2A、ACLY、ZNF384、CHUK、CEBPZ、PRPF40A、CCDC93、ZNF687、C2orf47、NMD3、SYNCRIP、NAA50、CLTC、NUP54、MPHOSPH10、CTCF、CSRNP2、AGK、ZMYM4、HNRPLL、CDC42SE1、FBXO28、EHMT1、SUDS3、DHX57、ANKRD27、SMCR7L、SYNRG、SFRS13A、RBM33、CBFB、TBP、DDX5、CPSF2、ACTR3、2-Sep、BAG5、PARS2、USP39、SMG7、SRRM1、FAM35A、SART3、FMR1、ARIH1、LUC7L2、SNIP1、CPSF7、CNOT4、TRAF3、CWC25、CPSF6、RAB7A、GGNBP2、DDX42、SFRS1、HNRNPH1、USP3、VTA1、CAPN7、USP10、DHX8、NLK、ZNF638、YTHDC1、RUNDC1、ZKSCAN5、
TFCP2、FAM53C、MKLN1、MATR3、ENOX2、HNRNPK、STAU1、およびRAB5C。
Examples of the marker include genes shown in the following (A) to (C):
(A) miR-130b and miR-365b;
(B) C20orf141, JSRP1, TNNT1, RET, DKFZp779M0652, LDHC, CLVS1, FAM66D, MT1L, C11orf20, KRT86, SFTPD, LGALS7, TNFSF12-TNFSF13, BIRC7, LOC100271831, CITED4, USRP2, METRN, RP1, 931 , BIN1, LOC100144603, CFD, C2CD4B, C17orf55, COMTD1, HLA-J, NNMT, TIAF1, HHLA3, RPL13AP3, POLR2L, C9orf170, ANGPTL4, OAZ3, C1orf170, MSRB2, NOSIP, PTPRCAP, SPAG4, SP1RP1 , TOMM7, RPL39, C7orf50, RPL13AP20, C5orf39, C11orf83, ANKRD19, NDUFS7, CCDC85B, SHBG, LY6K, LOC401052, CCDC107, STARD10, RPS15, ENDOG, CEMP1, MVD, NCRNA00152, ALKBH7, RP
L36, RABAC1, FAM20C, RPL32, RPLP2, ZNF593, RPL13, HES4, MRPL54, AURKAIP1, RPL29
, LOC606724, TIMM13, FXYD5, DPM3, JOSD2, NDUFB11, PPIAL4G, C11orf67, NDUFA11, UQCR11, EEF1D, CTSF, ROMO1, HINT2, SSR4, MRPL42P5, GADD45GIP1, AMDHD2, APNK3, RPL28, M3 , RPSA, S100A13, C19orf24, TRAPPC2L, CCM2, PUSL1, RRAS, PGLS, TMEM141, AP2S1, ZNF524, PTP4A3, H2AFJ, EDF1, PACSIN3, F12
, SFTPC, FAM173A, TSTA3, TMSB10, CST3, RPL18A, CCS, ATP5I, C19orf70, ATAD3B, RPS2, THAP3, HDAC11, LOC150381, TFPT, LSM7, RPSAP58, PMVK, NME3, TMSL3, SNHG8, SEPW1, 729, 729 , C1orf182, RPS6KB2, MPND, PRR24, RASSF1, PTDSS2, SSSCA1, ADAT3, CCDC96, GMFG, RTN2, PQLC1, SAT2, LOC541471, NUDT1, VMO1, CARHSP1
, RPL13A, RPL11, ZP3, NDUFB10, MBLAC1, RPL14, AGTRAP, ZFAND2B, PSMG3, RPL18, FBXL8, FKBP2, RPS9, OCEL1, RPS21, HYI, NDUFA3, STK19, DECR2, CCDC72, C16orf42, T160, G160 , CLTB, TRAPPC5, RPL34, LOC550643, TMEM219, NDUFA13, PPP1R14B, CDC34, RPS24, C1orf86, PPP1R3F, GUK1, RPL10, MFSD10, TXNL4A, BCL7C, UQCRQ, DDLGK1, C9orf142, 19ARP, 19ARP , HOMER3, ACY1, LENG9, WDR13, FLJ44635, PPP2R3B, GLTSCR2, C9orf23, RPS11, RBKS, UBA52, PPPPF, APRT, STUB1, SAC3D1, TUBA4A, CETN4P, NCRNA00160, LSMD1, TMEMRP3, TSERRP3 , MRPL28, FBXL15, RPS3, BSG, ALDOA, MFSD3, EBP, FAM186A, BCAS4, STX8, SCAND1, POC1A, C6orf108, ROBLD3, C2orf7, RPS10, RPL8, C20orf199, PPIAL4D, ZFAND2A, PLEKHJ1, RPLKHJ1RP , SH2D3A, C19orf10, ETHE1, ZNF581, RPS16, RPL37A, MYEOV2, ARL6IP4, ATOX1, POLE4, SIL1, MAPK11, SLC25A26 EPN1, RPL26, PPIAL4C, UXT, NDUFB7, PRDX5, VPS28, RPS3A, PRELID1, SLC9A3R2, LSM3, NANS, TXNDC17, NMRAL1, FAM180B, RPS5, EEF1G, ATP5EP2, FUNDC2P1, N12, F12, NE12 RPL37, COX4I1, MXD3, MEIG1, CHCHD2, RPS13, EIF3B, SERF2, GBAP1, LOC388955, ARL2, GLTPD1, FAU, DGKZ, GET4, RPL41, NDUFB2, MPST, MRPL20, CCDC12, KCNK6, NUDT2, PP19, C19orf28 FAM127A, FAM108A1
, RPS29, POLD4, FLJ37307, PLSCR3, YIF1B, LYL1, ATPIF1, PRDX4, NDUFS8, ZNF784, STYXL1, EIF3K, RPS8, RPS14, VKORC1, HSD17B10, FIS1, FAM3A, GADD45B, SRM, RPS12, SRM, RPS12, SRP, 1 , TMEM147, ATP5O, PRX, TCEB2, VEGFB, MRPL52, C1orf122, PTRH1, C20orf27, RRP1, SHARPIN, MRPS6, ATP5E, 2-Mar, BACE2, ARFRP1, RPS20, SPSB3, HDGFRP2, NHP2, MRPS24, C16orF13, COMM16 , NDUFV3, ARSA, UQCRC1, C11orf48, NDUFV1, APEH, ACOT6, CST11, ZNF205, DUS2L, CCDC22, SEPX1, POLR2I, NUDT22, ZNHIT1, ICAM2, DOHH, RPS26P11, C11orf74, MRPL23, SUMM17S, MRPL23, TIM17B , CHCHD1, CISD1, TSPO, GABARAP, ZMYND17, MRPL14, MAP7D1, PDXK, CARS2, RFXANK, HAUS7
, RNASEK, SIRT6, STK11, CYB561D2, RPL31, RP9P, ZDHHC24, RPL23A, EIF3G, BAD, PCBP4, FKBPL, S100A10, MBD3, TRPT1, RPL22, MPG, MRPS12, IER2, PQBP1, TOM1, TOMM6, CPMPL3 , INTS1, COMMD1, EFCAB5, QPCTL, GSTK1, C1orf151, QDPR, PGM1
, PSMC3, NCLN, FHL3, KRTCAP2, ARFGAP2, C4orf3, ZNF688, THOP1, RPS15A, GLYCTK, R3HCC1, ZNF580, EIF3F, SLC25A39, OAZ1, C1orf91, C19orf43, ATP6V0D1, GRN, P1 , RPLP0, CD151, NDUFS3, DRAP1, FKBP8, S100A16
, MAD2L2, DVL1, ACAA1, TBL3, NDUFS5, AKR7A2, TSSC4, KIAA0415, CENPB, UBOX5, DULLARD, SCARNA7, C6orf129, FHOD1, MRPS25, HSPBP1, FLYWCH2, NDUFA7, GPX1, C8orF58, GPX1, C8orF58 , PDF, DBNL, MRPL27, LONP1, MRPL53, RPUSD3, PNPLA6, PPP4C, TWF2, C9orf86, ACOT8, ABHD14B, NUDC, DEXI, TMEM208, LYPLA2, ABHD14A, ZFPL1, FBXW9, CD81, SLC2A8, DCTN3, TPRG, 31 , FASTK, HCFC1R1, CD59, RPL30, HIGD2A, COX8A, RPLP1, ASL, PIH1D1, GPKOW, POLR2E, PNPLA2, HEMK1, YKT6, ARPC4, AKR1A1, FUNDC2, RPS4X, FAM187B, MAPKAPK3P, MAPKAPK3P, MAPKAPK3P , LRPAP1, RPL7A, ZNF408, C17orf79, AVEN, ATP5J, RPL27, MECR, UBXN6, FAM89B, DYNLRB1, ENO1, MCOLN1, DHRS7, PTOV1, ATG7, SPATA1, IRF3, C17orf59, SH3BGRL3, TRMT112E, LC3CH3RP1 , UBXN1, PLCB3, C19orf62, GNB2L1, PARK7, CDC37, NAPA, TMEM111, UQCR10, RP9, TRADD, CHST12, SLC27A1, NDUFC1, FKBP1A, ZYX, DNA
JC4, RER1, LOC407835, B4GALT7, AARSD1, SIRT3, COPE, MED16, EIF5A, ZDHHC4, HM13, ARFGAP1, RPL15, C16orf91, ERCC1, C3orf10, TRIP10, AES, NDUFA4, SNRNP35, DGAT1, orrdd, 19FD MANF, NPC2, MOB2, FAM125A, CCDC9, MAP4, C17orf101, C7orf30, CCDC94, RPL4, ITPA, PPP1CA, SEC13, RAC1, RNF181, CXXC1, C1orf159, ADAM15, HMGCL, CHMP1A, IL17RC, TPT1, STX4, PPT1, 13 TEX264, LMAN2, SNRPB, C18orf22, ABCB8, GMPPA, EIF2B3, BCKDK, ALG14, DNAJC1, C3orf75, ACOT9, DMAP1, EIF3I, C19orf53, NUBP2, CRLS1, OVCA2, IDH3G, AGLTG, COMD9, GNP, COMD9, GNP RPL6, STX10, C21orf84, NOC2L, RUVBL2, SGTA, PPP2R1A, PRPF31, PSMD8, ARAF, RPL19, TBRG4, NSFL1C, MRPL37, CFL1, TAZ, RPL36AL, RBCK1, RNF126, C17orf49, TMEM53, MLST8, MC2 SNAPC2, VPS4A, SNX21, SLC25A6, C11orf10, UROD, C1orf123, HAGH, NME6, ZNF787, QARS, C6orf153, DHPS, CINP, AKT1S1, INO80E, ZG16, TRNAU1AP RPL19P12, MRPS15, RHOG, C11orf68, RNH1, HMOX2, GPATCH3, APBA3, CLN3, XAB2, RDBP, NUDCD3, SGSM3, TAF10, LOC401010, CETN2, DYNLL1, PPIE, TUSC2, ACTB, ERGIC3, ESRRA, OTUB1, CTC PPP2R4, AGAP3, NSDHL, NTAN1, SNRNP70, IDH3B, MTMR14, PMF1, PELI3, RPL3, C1orf212, MBOAT7, PSMB6, MAF1, NUTF2, OCM, SNRPB2, TMEM126A, ORMDL2, EMD, PLEKHM1, MELK11, NDFUF3T UBE2J2, OTUD5, TMEM101, PSMA2, WIBG, SIRT2, PSMD4, CHMP4B, NDUFAF1, TRAPPC3, WDR45, DAZAP1, PFN1, PFKL, GPS2, DDX41, TCF25, IGBP1, ADK, THOC7, PET112L, POLR2G, SCAMPC, DF
, ANO10, ZNF653, EIF3CL, JMJD8, MAP1LC3B, TSR2, DAD1, CD2BP2, ATP6V0E1, C3orf31
, TMEM129, YIPF1, KRTAP4-9, ACTR1A, SPNS1, C20orf29, CSNK2B, KIAA2013, ADPRHL2, SARS, FAHD1, PEX14, CAPNS1, NACAP1, TMPRSS12, PGRMC2, CXorf40A, ILK, CCT7, MON1A, YIPM11, DEF1 , RALY, ATP6V0C, TELO2, SPCS1, SCAMP3, DCTN2, ADRM1, PTP4A2, LOC284688, TMEM120B, ATG9A, RARS, ZBTB17, CDK16, NPRL3, CALM3, SNORA31, ASNA1, LAS1L, RNF151, MTCH2, LAF1, C3 , P4HB, COPZ1, LRRC47, GNG5, POLL, NKAP, KDELR1, PANK2, STK25, SAR1A, HMGB3L1, DNAJC8, PDZD11, DSTN, HSBP1, RPL29P2, RHOA, KARS, SCAF1, TNMD, HADHA, RBM10, PSMFG, 8N , KRTAP5-5, PRTN3, HBZ, RPS4Y2, RNASE13, PRSS1, RBMXL2, MCART3P, OR7E37P, LOC100128542, CCL16, PAPOLB, APOBEC1, and HBM;
(C) UPK1B, UGT1A6, LRRC4, SOX2, SOX2OT, EDIL3, ABCA13, PEG10, ZNF192, TMPRSS11A, SCN9A, GPX2, GLI2, ABO, JAKMIP3, DMRT2, ANKRD36BP1, PCDHGB1, PCDHGB7, 1 , PCDHGB5, CCNT1, LOC650623, FAM157A, AKAP2, IL6ST, LOC730101, BARD1, PRR11, L3MBTL4, TRPV3, RASSF9, FOXE1, GOLIM4, BCMO1, NRCAM, PCDHGA9, RAPGEF6, DGKG, DHX33, LOC641298, RPC, ED , NCOA2, STOX2, DDI2, GALNT5, ZDHHC20, ZNF594, ZC3HAV1L, PCDHGA4, PPTC7, SHPRH, SERTAD4, ZDHHC11, ASXL2, GPLD1, FSTL4, SELINC5, UHMK1, HIPK3, NFAT1, FR3, 281 , NBPF16, GAS2L3, RGS17, PCDHGB2, SBNO1, KLHL11, ZDHHC2
, GPR75, ANKRD56, ETV3, TMEM20, GPRC5D, OTX1, DSG2, PTPRZ1, SGK196, WNT9A, ALOX12P2, SPATA13, ZNF551, ZNF430, TMEM189-UBE2V1, CASC5, LOC100170939, DOC2B, C9orf129, LAX1, CLC , RASSF3, DUOX2, HIP1, ZNF124, KBTBD7, CGN, TAF1L, CDKL5, FGFR2, MYLK, VANGL2, NCRNA00120, TMEM35, GPR176, TMEM151B, EME2
, N4BP2, DPY19L3, PVRL3, ZNF689, ILDR1, ADAM17, GPR19, REL, ZNF167, ITGA2, ULBP1, DPH3B, SMAD9, IPMK, PCDHGA2, TGFBRAP1, TAOK1, OCLN, ZFP3, IGF2BP1, DTPFGA6, NBPF9, RC , EPS8, BRCA2, KRBA2, ZNF284, PLKHA7, ROCK2, GMCL1, GTF2I, LIN52, ABCC5, MDN1, MFHAS1, NBPF10, RASA2, ERN1, TSTD2, LEPROT, TXLNG, C1orf58, EFCAB10, CYB5A, TRIM2, BRI, B , TRIM56, LOC646471, NBEAL1, LY75, ZNF718, E2F7, ZBTB26, CASP8AP2, TSPYL3, EXOC6B, SLC26A1, LOC402377, STRN, LOC284441, SIX1, ADD3, LOC283314, TXNRD1, C9orf41, C20orf177, SGPP2,
, ULBP3, LOC641367, EPC1, EVC2, SNHG4, C20orf118, C14orf174, CCDC74B, LOC619207
, LMTK2, CDC14A, ZNF619, PRMT6, GCLC, ZNF641, PLEKHG1, ZNF300, RIF1, C5orf25, CCDC39, CLSPN, TRPV4, ZFP14, MANSC1, DENND2C, LRIG3, PDPR, DZIP1L, USP12, LOC20218
1, ITGB8, PLAGL1, TTF2, MCF2L, TNFAIP2, ZNF827, NR2C2, FAM161B, NBPF3, ZNF280C, ZNF519, CEP97, PHLDB2, SLC7A8, ZNF572, ELK3, UBXN7, PSIMCT-1, LASS6, CCDC87, SPRY2, EP BAG4, LOC100190986, B4GALNT3, STAG1, GCLM, ARHGAP11B, ATAD5
, STEAP2, MAML2, ZDHHC23, MCM9, PTPN13, ARL13B, GMCL1L, ATE1, FAM135A, CRYBG3, SPRED2, GPR173, MLL5, NR6A1, RNF138P1, ZDHHC21, REV3L, SLC30A4, RUNDC2C, RBL1, DDX21W11 , TSSK4, BRWD3, LIMS1, UGCG, PLSCR4, ZNF816A, EML6, MYO9A, DPP8, RPL32P3, MPHOSPH9, TNFRSF11A, TOP2A, PGAP1, RSPRY1, RNF169, LRP8, ATP8B2, LOC100133991, ZNF468, SKIL, TF , NFE2L2, GLUD2, COL4A5, MARS2, CHML, ZNF649, PIKFYVE, ACAP2, IVD, LOC283922, NBPF15, RBM43, RAB15, PM20D2, ICK, FGD6, TP63, GALNT3, B3GAT2, ARMCX3, C10orf36, EP10027
, RBBP5, SLC30A6, RSRC1, CPT1A, KIDINS220, TET3, AKAP10, ELK4, ZNF678, POLQ, SSFA2, C3orf58, HDGFRP3, CHD6, RGPD3, MYSM1, UST, QTRTD1, ADNP, DCLRE1A, PRKX, KIA2524L , ZBTB39, B3GNT5, KIAA2018, KCTD20, NF1, KIF14, TOPBP1, DLEU7, C9orf102, RBM12B, HHAT, MANEA, SCD5, TRIM78P, ZNF217, LRRC58, CCDC75
, C4orf36, ANKRD36B, C14orf106, ZKSCAN1, FAM45B, FAM161A, HELB, CLCN2, ARL15, RAD54L2, C2orf86, RPL13P5, PLEKHA1, NNT, LRP6, CTAGE1, SP3, ATR, SOX13, TANC1, DGKE, FRNC , PPP4R2, KLF7, PLEKHM3, LRRC8B, SP4, DOCK1, PAFAH1B2, CELSR1, ASH1L, ZNF100, ZNF546, C6orf167, RSBN1L, TAF2, ZMAT3, LPP, ZNF774, ZBTB38, NCK1, CEP152, PAQAP3MC, HA3 , RIMBP3C, NPHP3
, SELINC4, BBX, MDM1, BIRC6, RB1, CDK5R1, ATP1B1, LOC284100, ECT2, IRF2, XRCC2, DENND4A, CCDC88C, DZIP1, KIAA1524, ELF1, WIPF2, PIP5K1P1, DCUN1D192, PHC3, CEP
, KIF21A, CMTM1, WHSC1L1, MAP4K3, CHD9, LRRC8D, TAF1, ZNF292, NRSN2, TMEM38B, ZNF432, RAD51AP1, ANKIB1, ZNF776, ETV3L, KBTBD4, IFT80, SMCHD1, DVL3, HELZ, KIF27
, PAPOLG, OSBPL11, INTS2, PIK3R4, TMEM194A, OPHN1, DCK, TCF12, RBL2, CORO2A, ABCC1, ZNF354B, KIAA1804, SQLE, ANKRD17, CTDSPL2, TRIO, MAP3K2, MFSD6, TRRAP, FAM73ARL11A1 , PIK3CA, RGPD4, ZBTB11, C20orf112, GUSBL1
, KLF5, BTAF1, LIN9, DHX36, PKD2, ZNF828, ZNF791, MSI2, ZFP112, IGSF3, FANCM, KILLIN, DIP2B, PELI1, BAZ2B, C1orf109, URB2, PDZD8, PTAR1, TBCCD1, MCC, NEO1, TRPM, 2 , C5orf42, TMEM14A, MTBP, C11orf30, ARID2, DOCK9, HEATR5B, MAN1A2, CCNJ, ACRBP, ZMYND8, GTF2H3, BPTF, MLL2, ROCK1, DHFRL1, LOC728323, IL28RA, NBPF1, DNMBP, TOR1AIP2, DNMBP, TOR1AIP2 , FAM179B, NUP153, ATP8B1, LOC646214, ATP13A3, MAML1, GTF3C4, BCL6, TRUB1, TRAM2, MTSS1, PPP1R2P3, KLHL8, HMGXB4, TTC30A, STXBP4, NCAPD2, FAM117B, MBTD1, 1351, MBTD1, EP1 , ZNF529, C1orf124, MYST3, RABL2B, EPC2, SR140, MED13L, SPTBN1, WDR35, ATAD2B, MTERF, STIL, MTMR1, SGK1, SCPEP1, HIC2, ZNF322A, ZNF800, MGA, NCAPH
, ACTL6A, SGK3, FNDC3A, FUBP1, MTR, SGOL2, GEN1, RBBP4, GALNT4, RMI1, APC, ZFX, MAPK6, ZNF260, PPAT, FBXO5, KLHL28, NCKAP1, KIAA1267, SHROOM2, TMEM39A, EXTL2, PFAGL2 , KLHL20, ASPM, ZNF141, SMC3, MAP3K5, SOCS4, ANKAR, ABHD2, C10orf18, JRKL, UHRF1BP1, MEGF9, IFT81, ARFGEF2, ZNF70, SMAD3, MOBKL1B, HEATR1, QSER1, USP46, B4DPP4, Z4DPP4 , GCC2, KLHDC5, ALMS1, IMPACT, SMARCAD1, 11-Sep, PKN2, SYNJ2, TNPO3, MDM2, SMC2, CSNK2A1P, ZNF304, TRIM68, SCYL2, FAM13B, ELOVL5, PHF8, KIAA1009, LANCL1, FAMRB3, BP1, TM3 , TNRC6B, CP110, TBC1D8, ARID4A, ZSCAN29, ARL6IP6, AHCTF1, PLXNA1, YEATS2, TAF1A, CASC4, LRRC8A, TET2, ANAPC1, HEATR5A, PHF6, RAI1, GORAB, ZMIZ1, TD18, TD18TD , ZNF765, ZNF782, WDFY3, DHX40, WDHD1, ATXN1L, KCTD3, TOPORS, ARHGEF35, KLHDC10, ASAP1, DICER1, SLC33A1, ANKRD12, DBR1, CEP76, FRS2, SYNGAP 1, ZC3H13, LOC100129726, EHBP1, EDEM3, ZNF484, PEX1, SLCO3A1, PRKCI, GPD2, DBF4B, LOC200030, KIAA0247, GPATCH8, EHHADH, AKAP9, BAZ1A, LBR, ZNF397OS, PGBD4, CASD1, CTEL1, CTEL1, CTEL1, CTEL1 LMNB1, KIAA0528, ING3, GTSE1, SENP7, FBXO30, SPEN, CDC42BPA, SENP1, ARHGAP5, PAK6, CLINT1, HACE1, GNA13, ADAT1, BBS10, S
TT3B, FBXO34, ABI2, KIAA1731, VPS13B, TMTC4, SLC25A36, PNPT1, ARHGEF11, ZNF189, ZBTB41, FAM76B, UBXN4, ZNF417, MSL2, POLK, UTP20, ZNRF3, DCAF7, RBM16, ZSWIM6, C23 ATXN7L1, PHF3, PIK3C2A, INO80D, NIPA1, BUB1B, MCM8
, PACSIN2, DCAF17, SMC4, LDOC1L, SLC44A1, CTTNBP2NL, RNF111, IDH1, RFX7, EFR3A, ANP32E, ATAD2, NPAT, LRRC16A, WDR11, FUBP3, RNF219, ZNF644, SPIN1, C12orf66, ITSN2, B160, ITSN2, 3SAP , PNN, ZNF512, DTL, ZRANB3, FAM98B, EIF2C4, SNX4, FBXO21, G2E3, C14orf135, MOSPD2, ARID1B, RCBTB1, TTC17, KNTC1, TADA2A, SPAST, KIAA0776, ATF1, LOC728640, PPARAZ, R , RNF44, TTC5, MEX3C, CLASP1, NAPEPLD, TMEM30B, MSH2, USP34, KIAA1430, RBM27, MED13, DLG1, FYTTD1
, ZNF655, AQR, DTWD2, CENPC1, PUS7, SMEK2, WDR44, RPRD2, HIPK1, KIF18B, DMTF1, ZFR, EML4, ARID4B, RYK, GTF3C3, XPOT, UBXN2B, ZNF749, PPM1D, DEK, SPTLf2, CPT , ZNF845, MCCC2, ERCC4, MKL2, RNF13, BRD3, FOXO3, RBMXL1, SLC35A5
, C5orf24, ARHGAP12, RIT1, PATL1, BAT2L2, ARMC8, CCDC52, CD46, NAB1, SUZ12, ZNF275, SMAD5, C1orf131, TMPO, LRIG2, CAMSAP1L1, BRPF3, MTMR4, SDCCAG1, C12orf48, TTC26RN, TTC26RN, TTC26RN , KDM3B, KIAA0240, ATRX, APPBP2, GTF2E1, RPS6KC1, ARAP3, PHF2, CBLL1, MAP4K5, HPS3, WDR5B, MYST2, GFM1, CTNND1, DDR1, MIER3, C2orf69, PON2, MINPP1, RPP43R5E, PPP2R5E , SLC35A3, ZNF37A, E2F3, TUBGCP3, METTL14, PAN2, ZNF548, SSH1, RNF138, CNST, ZZZ3, CBX1, BRCA1, RGPD6, PCNXL2, EPT1, TUBGCP4, SRPK2, PEX26, GPATCH2, POL1, PR1, PR1
, DPY19L4, C13orf23, PHIP, B4GALT5, KIF23, USP37, SENP6, HIAT1, RAPH1, NUP155, MED1, ZNF507, RGNEF, TAF5L, ZNF436, SEC23IP, WDR47, ZCCHC8, SASS6, ATP6V1A, SFRS2B1, PR1, SFRS2IP, PP1 , DNMT3A, TMEM185B, USP8, NSUN3, MCM2, TGS1, KIAA0947, JARID2, NCAPG2, WDR3, NFXL1, TCF20, CRKL, ZMYND11, UTP23, ABHD15, ATF7, MAPK1, CASP8, ZNF639, INTS6, TSPYB14 , DIDO1, HEATR6, MFN1, NEDD1, ZBTB1, ZNF664, SOCS5, MUDENG, THAP6, PNPLA8, ASTE1, KIF3A, RNFT1, ZNF621, KIAA1598, SOS1, FAM200A, CRAMP1L, PUM2, ZNF169, MLLT4, DFPHL, TT , ZFC3H1, METAP1, ZNF587, TBK1, TANK, DDX18, RAD21, NLN, NECAP1, CHD1, GON4L, COIL, TP53BP1, PIAS3, C17orf80, NCOA6, TPR, C10orf137, ZCCHC2, SETD5, ZBTB6, CEP350K, SF3 , PALB2, TP53BP2, GK5, ZNF146, ANKRD40, BMI1, ORC2L, ALS2, PIAS1, PPM1B, ZBTB33, VPS54, ZBTB34, ESF1, PLEKHA3, ZNF326, ZNF627, LCMT2 , PPIL4, MARVELD2, CNNM4, FOXO3B, TCERG1, PPP1R15B, TNRC6A, AFTPH, ADSS, BCL2L11, LSG1, UBN2, ALKBH8, TTLL5, C17orf71, MYNN, VEZF1, OSBPL9, BMPR1A, PHF12P, HLPR1A, PHF12P , PRKAA1, COMMD2, IKZF5, ZNF496, KRAS, TRIM37
, CSNK1G1, FEM1B, ZDHHC17, ZNF12, CCAR1, IPP, HIATL1, CDK12, ZWILCH, RFFL, GMFB
, MRPL3, ZNF623, SENP2, RBM25, CWC22, DCAF12, G3BP2, CCDC117, PDCD10, TNPO1, YLPM1, POM121, UPF2, ANKRA2, MICAL3, NARG2, TMX1, KPNA1, POGZ, DNAJC14, BAZ2A, OXR1, LOX1, L , NUFIP2, XPO1, BRD4, INPP5F, CDC73, MSH6, MAP3K4, KIAA0494, GAPVD1, E2F6, SFRS12, UBE2H, USP33, PTPN11, C2orf60, C9orf6, C9orf80, TMEM30A
, ZNF434, ACTR2, POLR2B, ATXN7L3B, ZNF510, TUBD1, RLF, BRD2, PPIP5K2, ZBED4, BAZ1B, SFRS11, MAP3K7, TUG1, ANKRD11, UBAP2L, FOXJ3, ARFGEF1, PURA, EXOC8, LOC80, LOC80, LOC80 , ZNF740, RIC8B, ZC3H7B, ISG20L2, GTF3C2, EIF4G3, REV1
, NSL1, OPA1, FBXL4, KIAA0317, PIP5K1A, ZXDC, NUPL1, RPE, PIK3CB, CASP3, ADCY3, EP400, FAR1, ZFP64, PPPDE1, RC3H1, R3HDM1, FBXO11, ZNF24, PCNP, NIN, SETX, LC3, A13 , YY1, TDG, TIMELESS, IKBKAP, GABPB1, ASB7, PNO1, DEPDC5, ATN1, CDC42BPB, PKP4, ZNF562, BRD1, KIAA0753, RBM26, CREB1, TRA2B, NUDT21, MTX3, ATXN2, PRPF3B, SP2, RPPF4B, SP2, ERP , MIS12, LOC728024, MBD4, ANGEL2, C12orf41, ZNF333, WDR45L, CDK17, C6orf120, TMEM181, RCHY1, PAK2, CDC40, HNRNPUL1, RAB3GAP1, DHX9, C1orf107, BCLAF1, POM121C, COPBBG, TCHBBRBMO , NAA25, HP1BP3, IPO9, FBXL20, SRGAP2, RALGAPB, PPIG, TRMT61B, ZBTB2, PHF20L1, SLC30A5, KPNB1, WDR43, ZNF143, SENP5, PAPOLA, DARS, 7-Mar, PSMD5, MSL1, SMEK1
, LARP4, CORO1C, EIF2A, ACLY, ZNF384, CHUK, CEBPZ, PRPF40A, CCDC93, ZNF687, C2orf47, NMD3, SYNCRIP, NAA50, CLTC, NUP54, MPHOSPH10, CTCF, CSRNP2, AGK, ZMYM4, HNRPLL, FCO28, E1 , SUDS3, DHX57, ANKRD27, SMCR7L, SYNRG, SFRS13A, RBM33, CBFB, TBP, DDX5, CPSF2, ACTR3, 2-Sep, BAG5, PARS2, USP39, SMG7, SRRM1, FAM35A, SART3, FMR1, ARIH1, SNC7L2 , CPSF7, CNOT4, TRAF3, CWC25, CPSF6, RAB7A, GGNBP2, DDX42, SFRS1, HNRNPH1, USP3, VTA1, CAPN7, USP10, DHX8, NLK, ZNF638, YTHDC1, RUNDC1, ZKSCAN5,
TFCP2, FAM53C, MKLN1, MATR3, ENOX2, HNRNPK, STAU1, and RAB5C.
上記（Ａ）、（Ｂ）、および（Ｃ）に示す遺伝子を、それぞれ、「マーカー（Ａ）」、「マーカー（Ｂ）」、および「マーカー（Ｃ）」ともいう。後述する（Ｂ１）、（Ｃ１）、（Ｘ）、（Ｙ）、（Ｘ１）、（Ｙ１）等に示す遺伝子についても同様である。 The genes shown in the above (A), (B), and (C) are also referred to as “marker (A)”, “marker (B)”, and “marker (C)”, respectively. The same applies to the genes shown in (B1), (C1), (X), (Y), (X1), (Y1), etc. described later.
マーカー（Ａ）は、マイクロＲＮＡ（miRNA）をコードする遺伝子である。マーカー（
Ｂ）および（Ｃ）は、タンパク質をコードする遺伝子である。これらの遺伝子の詳細な情報は、例えば、NCBI（National Center for Biotechnology Information）等のデータベ
ースから取得できる。miR-130b遺伝子は、NCBIにEntrez Gene ID: 406920として登録されている。miR-365b遺伝子は、NCBIにEntrez Gene ID: 100126356として登録されている。
The marker (A) is a gene encoding microRNA (miRNA). marker(
B) and (C) are genes encoding proteins. Detailed information on these genes can be obtained from databases such as NCBI (National Center for Biotechnology Information). The miR-130b gene is registered with NCBI as Entrez Gene ID: 406920. The miR-365b gene is registered with NCBI as Entrez Gene ID: 100126356.
マーカー（Ｂ）としては、特に、下記（Ｂ１）に示す遺伝子が挙げられる：
（Ｂ１）C20orf141、JSRP1、TNNT1、RET、DKFZp779M0652、LDHC、CLVS1、FAM66D、MT1L、C11orf20、KRT86、SFTPD、LGALS7、TNFSF12-TNFSF13、BIRC7、LOC100271831、CITED4、USP2、METRN、MT1E、LOC400931、RPPH1、RPL9、BIN1、LOC100144603、CFD、C2CD4B、C17orf55、COMTD1、HLA-J、NNMT、TIAF1、HHLA3、RPL13AP3、POLR2L、C9orf170、ANGPTL4、OAZ3、C1orf170、MSRB2、NOSIP、PTPRCAP、SPAG4、LINGO3、BFSP2、ATP5D、RPL31P11、TOMM7
、RPL39、C7orf50、RPL13AP20、C5orf39、C11orf83、ANKRD19、NDUFS7、CCDC85B、SHBG、LY6K、LOC401052、CCDC107、STARD10、RPS15、ENDOG、CEMP1、MVD、NCRNA00152、ALKBH7
、RPL36、RABAC1、FAM20C、RPL32、RPLP2、ZNF593、RPL13、HES4、MRPL54、AURKAIP1、RPL29、LOC606724、TIMM13、FXYD5、DPM3、JOSD2、NDUFB11、PPIAL4G、C11orf67、NDUFA11
、UQCR11、EEF1D、CTSF、ROMO1、HINT2、SSR4、MRPL42P5、GADD45GIP1、AMDHD2、PINK1、RPL28、SELM、TMEM91、LOC440957、DAPK3、SNTA1、RPSA、S100A13、C19orf24、TRAPPC2L
、CCM2、PUSL1、RRAS、PGLS、TMEM141、AP2S1、ZNF524、PTP4A3、H2AFJ、EDF1、PACSIN3
、F12、SFTPC、FAM173A、TSTA3、TMSB10、CST3、RPL18A、CCS、ATP5I、C19orf70、ATAD3B、RPS2、THAP3、HDAC11、LOC150381、TFPT、LSM7、RPSAP58、PMVK、NME3、TMSL3、SNHG8
、SEPW1、LOC729156、RPL27A、C21orf70、C1orf182、RPS6KB2、MPND、PRR24、RASSF1、PTDSS2、SSSCA1、ADAT3、CCDC96、GMFG、RTN2、PQLC1、SAT2、LOC541471、NUDT1、VMO1、CARHSP1、RPL13A、RPL11、ZP3、NDUFB10、MBLAC1、RPL14、AGTRAP、ZFAND2B、PSMG3、RPL18、FBXL8、FKBP2、RPS9、OCEL1、RPS21、HYI、NDUFA3、STK19、DECR2、CCDC72、C16orf42
、TMEM160、COTL1、PEX11G、MYL6、CLTB、TRAPPC5、RPL34、LOC550643、TMEM219、NDUFA13、PPP1R14B、CDC34、RPS24、C1orf86、PPP1R3F、GUK1、RPL10、およびMFSD10。
Examples of the marker (B) include the gene shown in the following (B1):
(B1) C20orf141, JSRP1, TNNT1, RET, DKFZp779M0652, LDHC, CLVS1, FAM66D, MT1L, C11orf20, KRT86, SFTPD, LGALS7, TNFSF12-TNFSF13, BIRC7, LOC100271831, CITED4, USP2, METL, RPRN9RP , BIN1, LOC100144603, CFD, C2CD4B, C17orf55, COMTD1, HLA-J, NNMT, TIAF1, HHLA3, RPL13AP3, POLR2L, C9orf170, ANGPTL4, OAZ3, C1orf170, MSRB2, NOSIP, PTPRCAP, SPAG4, SP1RP1 , TOMM7
, RPL39, C7orf50, RPL13AP20, C5orf39, C11orf83, ANKRD19, NDUFS7, CCDC85B, SHBG, LY6K, LOC401052, CCDC107, STARD10, RPS15, ENDOG, CEMP1, MVD, NCRNA00152, ALKBH7
, RPL36, RABAC1, FAM20C, RPL32, RPLP2, ZNF593, RPL13, HES4, MRPL54, AURKAIP1, RPL29, LOC606724, TIMM13, FXYD5, DPM3, JOSD2, NDUFB11, PPIAL4G, C11orf67, NDUFA11
, UQCR11, EEF1D, CTSF, ROMO1, HINT2, SSR4, MRPL42P5, GADD45GIP1, AMDHD2, PINK1, RPL28, SELM, TMEM91, LOC440957, DAPK3, SNTA1, RPSA, S100A13, C19orf24, TRAPPC2L
, CCM2, PUSL1, RRAS, PGLS, TMEM141, AP2S1, ZNF524, PTP4A3, H2AFJ, EDF1, PACSIN3
, F12, SFTPC, FAM173A, TSTA3, TMSB10, CST3, RPL18A, CCS, ATP5I, C19orf70, ATAD3B, RPS2, THAP3, HDAC11, LOC150381, TFPT, LSM7, RPSAP58, PMVK, NME3, TMSL3, SNHG8
, SEPW1, LOC729156, RPL27A, C21orf70, C1orf182, RPS6KB2, MPND, PRR24, RASSF1, PTDSS2, SSSCA1, ADAT3, CCDC96, GMFG, RTN2, PQLC1, SAT2, LOC541471, NUDT1, VMO11, CARHSP1, RPL13, RPL13, RPL13 , MBLAC1, RPL14, AGTRAP, ZFAND2B, PSMG3, RPL18, FBXL8, FKBP2, RPS9, OCEL1, RPS21, HYI, NDUFA3, STK19, DECR2, CCDC72, C16orf42
, TMEM160, COTL1, PEX11G, MYL6, CLTB, TRAPPC5, RPL34, LOC550643, TMEM219, NDUFA13, PPP1R14B, CDC34, RPS24, C1orf86, PPP1R3F, GUK1, RPL10, and MFSD10.
マーカー（Ｃ）としては、特に、下記（Ｃ１）に示す遺伝子が挙げられる：
（Ｃ１）UPK1B、UGT1A6、LRRC4、SOX2、SOX2OT、EDIL3、ABCA13、PEG10、ZNF192、TMPRSS11A、SCN9A、GPX2、GLI2、ABO、JAKMIP3、DMRT2、ANKRD36BP1、PCDHGB1、PCDHGB7、CACNA2D1、FER1L6、ADD2、KLHL23、PTPLB、PCDHGB5、CCNT1、LOC650623、FAM157A、AKAP2、IL6ST、LOC730101、BARD1、PRR11、L3MBTL4、TRPV3、RASSF9、FOXE1、GOLIM4、BCMO1、NRCAM、PCDHGA9、RAPGEF6、DGKG、DHX33、LOC641298、REST、MED12L、PCDHGB6、PRKG2、NCOA2
、STOX2、DDI2、GALNT5、ZDHHC20、ZNF594、ZC3HAV1L、PCDHGA4、PPTC7、SHPRH、SERTAD4、ZDHHC11、ASXL2、GPLD1、FSTL4、SERINC5、UHMK1、HIPK3、GTF2A1、MGAT5、ZNF281、MYO5C、FRRS1、ZNF354C、PCDHB8、NBPF16、GAS2L3、RGS17、PCDHGB2、SBNO1、KLHL11、ZDHH
C2、GPR75、ANKRD56、ETV3、TMEM20、GPRC5D、OTX1、DSG2、PTPRZ1、SGK196、WNT9A、ALOX12P2、SPATA13、ZNF551、ZNF430、TMEM189-UBE2V1、CASC5、LOC100170939、DOC2B、C9orf129、LATS1、ARMCX6、USP51、LCOR、RNF168、RASSF3、DUOX2、HIP1、ZNF124、KBTBD7、CGN、TAF1L、CDKL5、FGFR2、MYLK、VANGL2、NCRNA00120、TMEM35、GPR176、TMEM151B、EME2、N4BP2、DPY19L3、PVRL3、ZNF689、ILDR1、ADAM17、GPR19、REL、ZNF167、ITGA2、ULBP1、DPH3B、SMAD9、IPMK、PCDHGA2、TGFBRAP1、TAOK1、OCLN、ZFP3、IGF2BP2、PCDHGA6、NBPF9、PCDHGA1、NUDT16P1、LRRC37A4、EPS8、BRCA2、KRBA2、ZNF284、PLEKHA7、ROCK2、GMCL1、GTF2I、LIN52、ABCC5、MDN1、MFHAS1、NBPF10、RASA2、ERN1、TSTD2、LEPROT、TXLNG、C1orf58、EFCAB10、CYB5A、TRIM2、BRIP1、ZSCAN12、TTC30B、TRIM56、LOC646471、NBEAL1、LY75、ZNF718、E2F7、ZBTB26、CASP8AP2、TSPYL3、EXOC6B、SLC26A1、LOC402377
、STRN、LOC284441、SIX1、ADD3、LOC283314、TXNRD1、C9orf41、C20orf177、SGPP2、ATF2、ULBP3、LOC641367、EPC1、EVC2、SNHG4、C20orf118、C14orf174、CCDC74B、LOC619207、LMTK2、CDC14A、ZNF619、PRMT6、GCLC、ZNF641、PLEKHG1、ZNF300、RIF1、C5orf25、CCDC39、CLSPN、TRPV4、ZFP14、MANSC1、DENND2C、LRIG3、PDPR、DZIP1L、USP12、LOC202181、ITGB8、PLAGL1、TTF2、MCF2L、TNFAIP2、ZNF827、NR2C2、FAM161B、NBPF3、ZNF280C、ZNF519、CEP97、PHLDB2、SLC7A8、ZNF572、ELK3、UBXN7、PSIMCT-1、LASS6、CCDC87、SPRY2、ZNF518A、EP300、BAG4、LOC100190986、B4GALNT3、STAG1、GCLM、ARHGAP11B、ATAD5
、STEAP2、MAML2、ZDHHC23、MCM9、PTPN13、ARL13B、GMCL1L、ATE1、FAM135A、CRYBG3、SPRED2、GPR173、MLL5、NR6A1、RNF138P1、ZDHHC21、REV3L、SLC30A4、RUNDC2C、RBL1、DDX21、WDR31、TAS2R5、ZCCHC11、ZFP92、TSSK4、BRWD3、LIMS1、UGCG、PLSCR4、ZNF816A、EML6、MYO9A、DPP8、RPL32P3、MPHOSPH9、TNFRSF11A、TOP2A、PGAP1、RSPRY1、RNF169、LRP8、ATP8B2、LOC100133991、ZNF468、SKIL、HLTF、8-Mar、ZNF28、NFE2L2、GLUD2、COL4A5、MARS2、CHML、ZNF649、PIKFYVE、ACAP2、IVD、LOC283922、NBPF15、RBM43、RAB15、PM20D2、ICK、FGD6、TP63、GALNT3、B3GAT2、ARMCX3、C10orf118、LOC100271836、CEP170
、RBBP5、SLC30A6、RSRC1、CPT1A、KIDINS220、TET3、AKAP10、ELK4、ZNF678、POLQ、SSFA2、C3orf58、HDGFRP3、CHD6、RGPD3、MYSM1、UST、QTRTD1、ADNP、DCLRE1A、PRKX、KIAA1324L、SLC25A40、USP49、PDP2、ZBTB39、B3GNT5、KIAA2018、KCTD20、NF1、KIF14、TOPBP1、DLEU7、C9orf102、RBM12B、HHAT、MANEA、SCD5、TRIM78P、ZNF217、LRRC58、CCDC75
、C4orf36、ANKRD36B、C14orf106、ZKSCAN1、FAM45B、FAM161A、HELB、CLCN2、ARL15、RAD54L2、C2orf86、RPL13P5、PLEKHA1、NNT、LRP6、CTAGE1、SP3、ATR、SOX13、TANC1、DGKE、FRK、ADAM10、ZNF160、LOC647288、PPP4R2、KLF7、PLEKHM3、LRRC8B、SP4、DOCK1、PAFAH1B2、CELSR1、ASH1L、ZNF100、ZNF546、C6orf167、RSBN1L、TAF2、ZMAT3、LPP、ZNF774、ZBTB38、NCK1、CEP152、PAQR3、MCM3APAS、COBLL1、PLEKHA5、CDK8、RIMBP3C、NPHP3
、SERINC4、BBX、MDM1、BIRC6、RB1、CDK5R1、ATP1B1、LOC284100、ECT2、IRF2、XRCC2、DENND4A、CCDC88C、DZIP1、KIAA1524、ELF1、WIPF2、PIP5K1P1、DCUN1D1、PHC3、CEP192
、KIF21A、CMTM1、WHSC1L1、MAP4K3、CHD9、LRRC8D、TAF1、ZNF292、NRSN2、TMEM38B、ZNF432、RAD51AP1、ANKIB1、ZNF776、ETV3L、KBTBD4、IFT80、SMCHD1、DVL3、HELZ、KIF27
、PAPOLG、OSBPL11、INTS2、PIK3R4、TMEM194A、OPHN1、DCK、TCF12、RBL2、CORO2A、ABCC1、ZNF354B、KIAA1804、SQLE、ANKRD17、CTDSPL2、TRIO、MAP3K2、MFSD6、TRRAP、FAM73A、LOC729020、ARL11、C1orf55、EIF2AK2、PIK3CA、RGPD4、ZBTB11、C20orf112、GUSBL1
、KLF5、BTAF1、LIN9、DHX36、PKD2、ZNF828、ZNF791、MSI2、ZFP112、IGSF3、FANCM、KILLIN、DIP2B、PELI1、BAZ2B、C1orf109、URB2、PDZD8、PTAR1、TBCCD1、MCC、NEO1、TRPM7、ZNF148、CCNT2、C5orf42、およびTMEM14A。
Examples of the marker (C) include the gene shown in the following (C1):
(C1) UPK1B, UGT1A6, LRRC4, SOX2, SOX2OT, EDIL3, ABCA13, PEG10, ZNF192, TMPRSS11A, SCN9A, GPX2, GLI2, ABO, JAKMIP3, DMRT2, ANKRD36BP1, PCDHGB1, PCDHGB7, CAC1HL23PT , PCDHGB5, CCNT1, LOC650623, FAM157A, AKAP2, IL6ST, LOC730101, BARD1, PRR11, L3MBTL4, TRPV3, RASSF9, FOXE1, GOLIM4, BCMO1, NRCAM, PCDHGA9, RAPGEF6, DGKG, DHX33, LOC641298, RPC, ED , NCOA2
, STOX2, DDI2, GALNT5, ZDHHC20, ZNF594, ZC3HAV1L, PCDHGA4, PPTC7, SHPRH, SERTAD4, ZDHHC11, ASXL2, GPLD1, FSTL4, SELINC5, UHMK1, HIPK3, GTF2A1, MGAT5, ZNF281M, PC5 , GAS2L3, RGS17, PCDHGB2, SBNO1, KLHL11, ZDHH
C2, GPR75, ANKRD56, ETV3, TMEM20, GPRC5D, OTX1, DSG2, PTPRZ1, SGK196, WNT9A, ALOX12P2, SPATA13, ZNF551, ZNF430, TMEM189-UBE2V1, CASC5, LOC100170939, DOC2B, C9orf129, LC9P, 51C RNF168, RASSF3, DUOX2, HIP1, ZNF124, KBTBD7, CGN, TAF1L, CDKL5, FGFR2, MYLK, VANGL2, NCRNA00120, TMEM35, GPR176, TMEM151B, EME2, N4BP2, DPY19L3, PVRL3, ZNF689, ILDRGP1, 1917 ZNF167, ITGA2, ULBP1, DPH3B, SMAD9, IPMK, PCDHGA2, TGFBRAP1, TAOK1, OCLN, ZFP3, IGF2BP2, PCDHGA6, NBPF9, PCDHGA1, NUDT16P1, LRRC37A4, EPS8, BRCA2, KRBA2, CLF1, CLNF2, CLF2, GNF1, CLF7 LIN52, ABCC5, MDN1, MFNAS1, NBPF10, RASA2, ERN1, TSTD2, LEPROT, TXLNG, C1orf58, EFCAB10, CYB5A, TRIM2, BRIP1, ZSCAN12, TTC30B, TRIM56, LOC646471, NBEAL1, LY75, ZNF718, E2F7, ZNF718, E2F7 TSPYL3, EXOC6B, SLC26A1, LOC402377
, STRN, LOC284441, SIX1, ADD3, LOC283314, TXNRD1, C9orf41, C20orf177, SGPP2, ATF2, ULBP3, LOC641367, EPC1, EVC2, SNHG4, C20orf118, C14orf174, CCDC74B, LOC619207, LMTK1, LC6, 619, CDC14AZ , PLEKHG1, ZNF300, RIF1, C5orf25, CCDC39, CLSPN, TRPV4, ZFP14, MANSC1, DENND2C, LRIG3, PDPR, DZIP1L, USP12, LOC202181, ITGB8, PLAGL1, TTF2, MCF2L, TNFAIP2, NFFA3, NFFA3, ZNF827, C2 , ZNF519, CEP97, PHLDB2, SLC7A8, ZNF572, ELK3, UBXN7, PSIMCT-1, LASS6, CCDC87, SPRY2, ZNF518A, EP300, BAG4, LOC100190986, B4GALNT3, STAG1, GCLM, ARHGAP11B, ATAD5
, STEAP2, MAML2, ZDHHC23, MCM9, PTPN13, ARL13B, GMCL1L, ATE1, FAM135A, CRYBG3, SPRED2, GPR173, MLL5, NR6A1, RNF138P1, ZDHHC21, REV3L, SLC30A4, RUNDC2C, RBL1, DDX21W11 , TSSK4, BRWD3, LIMS1, UGCG, PLSCR4, ZNF816A, EML6, MYO9A, DPP8, RPL32P3, MPHOSPH9, TNFRSF11A, TOP2A, PGAP1, RSPRY1, RNF169, LRP8, ATP8B2, LOC100133991, ZNF468, SKIL, TF , NFE2L2, GLUD2, COL4A5, MARS2, CHML, ZNF649, PIKFYVE, ACAP2, IVD, LOC283922, NBPF15, RBM43, RAB15, PM20D2, ICK, FGD6, TP63, GALNT3, B3GAT2, ARMCX3, C10orf36, EP10027
, RBBP5, SLC30A6, RSRC1, CPT1A, KIDINS220, TET3, AKAP10, ELK4, ZNF678, POLQ, SSFA2, C3orf58, HDGFRP3, CHD6, RGPD3, MYSM1, UST, QTRTD1, ADNP, DCLRE1A, PRKX, KIA2524L , ZBTB39, B3GNT5, KIAA2018, KCTD20, NF1, KIF14, TOPBP1, DLEU7, C9orf102, RBM12B, HHAT, MANEA, SCD5, TRIM78P, ZNF217, LRRC58, CCDC75
, C4orf36, ANKRD36B, C14orf106, ZKSCAN1, FAM45B, FAM161A, HELB, CLCN2, ARL15, RAD54L2, C2orf86, RPL13P5, PLEKHA1, NNT, LRP6, CTAGE1, SP3, ATR, SOX13, TANC1, DGKE, FRNC , PPP4R2, KLF7, PLEKHM3, LRRC8B, SP4, DOCK1, PAFAH1B2, CELSR1, ASH1L, ZNF100, ZNF546, C6orf167, RSBN1L, TAF2, ZMAT3, LPP, ZNF774, ZBTB38, NCK1, CEP152, PAQAP3MC, HA3 , RIMBP3C, NPHP3
, SELINC4, BBX, MDM1, BIRC6, RB1, CDK5R1, ATP1B1, LOC284100, ECT2, IRF2, XRCC2, DENND4A, CCDC88C, DZIP1, KIAA1524, ELF1, WIPF2, PIP5K1P1, DCUN1D192, PHC3, CEP
, KIF21A, CMTM1, WHSC1L1, MAP4K3, CHD9, LRRC8D, TAF1, ZNF292, NRSN2, TMEM38B, ZNF432, RAD51AP1, ANKIB1, ZNF776, ETV3L, KBTBD4, IFT80, SMCHD1, DVL3, HELZ, KIF27
, PAPOLG, OSBPL11, INTS2, PIK3R4, TMEM194A, OPHN1, DCK, TCF12, RBL2, CORO2A, ABCC1, ZNF354B, KIAA1804, SQLE, ANKRD17, CTDSPL2, TRIO, MAP3K2, MFSD6, TRRAP, FAM73ARL11A1 , PIK3CA, RGPD4, ZBTB11, C20orf112, GUSBL1
, KLF5, BTAF1, LIN9, DHX36, PKD2, ZNF828, ZNF791, MSI2, ZFP112, IGSF3, FANCM, KILLIN, DIP2B, PELI1, BAZ2B, C1orf109, URB2, PDZD8, PTAR1, TBCCD1, MCC, NEO1, TRPM, 2 , C5orf42, and TMEM14A.
マーカー（Ｂ）および（Ｃ）としては、特に、下記（Ｘ）に示す遺伝子も挙げられる：（Ｘ）ALKBH7、RASSF1、C9orf142、RPS3、STK11、IRF3、MCTS1、OTUB1、USP10、FMR1、TIMELESS、YY1、SETX、BAZ1B、BRD4、ALKBH8、NCOA6、TP53BP1、TANK、ZBTB1、MAPK1、NIPBL、BRCA1、SMC6、ZRANB3、DTL、MCM8、TOPORS、APC、SGK1、STXBP4、BCL6、TAF1、ZBTB38、ZMAT3、ATR、HELB、TOPBP1、POLQ、RBBP5、TP63、RNF169、TOP2A、MCM9、ATAD5、ATF2
、TAOK1、RNF168、SHPRH、およびBARD1。
Markers (B) and (C) include, in particular, genes shown in (X) below: (X) ALKBH7, RASSF1, C9orf142, RPS3, STK11, IRF3, MCTS1, OTUB1, USP10, FMR1, TIMELESS, YY1 , SETX, BAZ1B, BRD4, ALKBH8, NCOA6, TP53BP1, TANK, ZBTB1, MAPK1, NIPBL, BRCA1, SMC6, ZRANB3, DTL, MCM8, TOPORS, APC, SGK1, STXBP4, BCL6, TAF1, ZBTB38, HEB , TOPBP1, POLQ, RBBP5, TP63, RNF169, TOP2A, MCM9, ATAD5, ATF2
, TAOK1, RNF168, SHPRH, and BARD1.
マーカー（Ｂ）および（Ｃ）としては、特に、下記（Ｙ）に示す遺伝子も挙げられる：（Ｙ）TFPT、NUDT1、STUB1、RPS3、ALKBH3、ERCC1、DMAP1、RUVBL2、CINP、INO80E、OTUB1、FZR1、POLL、USP3、MBD4、TDG、REV1、INO80、MSH6、RECQL、NCOA6、ASTE1、ZBTB1、BRCA1、SMG1、ATRX、ERCC4、MSH2、TTC5、ZRANB3、INO80D、POLK、RBBP8、SMC3、GEN1、ACTL6A、EPC2、GTF2H3、TRRAP、RAD51AP1、XRCC2、ATR、HELB、TOPBP1、POLQ、CLSPN、TAOK1、EME2、およびSHPRH。 Markers (B) and (C) include, in particular, the genes shown in (Y) below: (Y) TFPT, NUDT1, STUB1, RPS3, ALKBH3, ERCC1, DMAP1, RUVBL2, CINP, INO80E, OTUB1, FZR1 , POLL, USP3, MBD4, TDG, REV1, INO80, MSH6, RECQL, NCOA6, ASTE1, ZBTB1, BRCA1, SMG1, ATRX, ERCC4, MSH2, TTC5, ZRANB3, INO80D, POLK, RBBP8, SMC3, GEN1, ACTL6A, ECTL2A , GTF2H3, TRRAP, RAD51AP1, XRCC2, ATR, HELB, TOPBP1, POLQ, CLSPN, TAOK1, EME2, and SHPRH.
マーカー（Ｘ）は、マーカー（Ｂ）および（Ｃ）の内、cellular response to DNA damage stimulusに関与する遺伝子である。マーカー（Ｙ）は、マーカー（Ｂ）および（Ｃ）の内、DNA repairに関与する遺伝子である。 Marker (X) is a gene involved in cellular response to DNA damage stimulus among markers (B) and (C). The marker (Y) is a gene involved in DNA repair among the markers (B) and (C).
マーカー（Ｘ）としては、特に、下記（Ｘ１）に示す遺伝子が挙げられる：
（Ｘ１）ALKBH7、RASSF1、TAF1、ZBTB38、ZMAT3、ATR、HELB、TOPBP1、POLQ、RBBP5、TP63、RNF169、TOP2A、MCM9、ATAD5、ATF2、TAOK1、RNF168、SHPRH、およびBARD1。
Examples of the marker (X) include the gene shown in the following (X1):
(X1) ALKBH7, RASSF1, TAF1, ZBTB38, ZMAT3, ATR, HELB, TOPBP1, POLQ, RBBP5, TP63, RNF169, TOP2A, MCM9, ATAD5, ATF2, TAOK1, RNF168, SHPRH, and BARD1.
マーカー（Ｙ）としては、特に、下記（Ｙ１）に示す遺伝子が挙げられる：
（Ｙ１）TFPT、NUDT1、TRRAP、RAD51AP1、XRCC2、ATR、HELB、TOPBP1、POLQ、CLSPN、TAOK1、EME2、およびSHPRH。
Examples of the marker (Y) include the gene shown in the following (Y1):
(Y1) TFPT, NUDT1, TRRAP, RAD51AP1, XRCC2, ATR, HELB, TOPBP1, POLQ, CLSPN, TAOK1, EME2, and SHPRH.
マーカーとしては、１種のマーカーを用いてもよく、２種またはそれ以上のマーカーを用いてもよい。マーカーとしては、例えば、１種以上、２種以上、５種以上、１０種以上、２０種以上、５０種以上、１００種以上、２００種以上、５００種以上、１０００種以上、１５００種以上、または２０００種以上のマーカーを用いてもよい。例えば、マーカー（Ａ）から選択される１種またはそれ以上、例えば全て、の遺伝子をマーカーとして用いてもよい。また、例えば、マーカー（Ｂ）または（Ｂ１）から選択される１種またはそれ以上、例えば全て、の遺伝子をマーカーとして用いてもよい。また、例えば、マーカー（Ｃ）または（Ｃ１）から選択される１種またはそれ以上、例えば全て、の遺伝子をマーカーとして用いてもよい。また、例えば、マーカー（Ｘ）または（Ｘ１）から選択される１種またはそれ以上、例えば全て、の遺伝子をマーカーとして用いてもよい。また、例えば、マーカー（Ｙ）または（Ｙ１）から選択される１種またはそれ以上、例えば全て、の遺伝子をマーカーとして用いてもよい。また、例えば、それらの組み合わせを用いてもよい。具体的には、例えば、マーカー（Ａ）から選択される１種またはそれ以上の遺伝子と、マーカー（Ｂ）および（Ｃ）から選択される１種またはそれ以上の遺伝子とを組み合わせてマーカーとして用いてもよい。より具体的には、例えば、マーカー（Ａ）〜（Ｃ）の全ての遺伝子を組み合わせてマーカーとして用いてもよい。 As the marker, one type of marker may be used, or two or more types of markers may be used. As the marker, for example, 1 or more, 2 or more, 5 or more, 10 or more, 20 or more, 50 or more, 100 or more, 200 or more, 500 or more, 1000 or more, 1500 or more, Alternatively, 2000 or more types of markers may be used. For example, one or more, for example, all genes selected from the marker (A) may be used as the marker. Further, for example, one or more, for example, all genes selected from the marker (B) or (B1) may be used as the marker. Further, for example, one or more, for example, all genes selected from the marker (C) or (C1) may be used as the marker. Further, for example, one or more, for example, all genes selected from the marker (X) or (X1) may be used as the marker. Further, for example, one or more, for example, all genes selected from the markers (Y) or (Y1) may be used as the markers. Further, for example, a combination thereof may be used. Specifically, for example, one or more genes selected from the marker (A) and one or more genes selected from the markers (B) and (C) are used in combination as a marker. May be. More specifically, for example, all the genes of markers (A) to (C) may be combined and used as a marker.
「マーカーを用いる」とは、少なくとも当該マーカーを用いることをいう。すなわち、「マーカーを用いる」とは、当該マーカーのみを用いる場合に限られず、当該マーカーと他のマーカーとを組み合わせて用いる場合も包含する。具体的には、例えば、「miR-130bをマーカーとして用いる」とは、miR-130bのみをマーカーとして用いる場合に限られず、miR-130bと他のマーカーとを組み合わせてマーカーとして用いる場合も包含する。「マーカーの発現レベルを測定する」や「マーカーの発現レベルを指標とする」等のマーカーに関する他の表現についても同様である。すなわち、「マーカーの発現レベルを測定する」とは、少なくとも当該マーカーの発現レベルが測定されることをいう。また、「マーカーの発現レベルを指標とする」とは、少なくとも当該マーカーの発現レベルを指標とすることをいう。 “Using a marker” means using at least the marker. That is, “using a marker” is not limited to using only the marker, but includes using the marker in combination with another marker. Specifically, for example, “using miR-130b as a marker” is not limited to the case where only miR-130b is used as a marker, but also includes the case where miR-130b and another marker are used in combination. . The same applies to other expressions relating to the marker such as “measure the expression level of the marker” and “use the expression level of the marker as an index”. That is, “measuring the expression level of a marker” means that at least the expression level of the marker is measured. Further, “using the expression level of a marker as an index” means that at least the expression level of the marker is used as an index.
また、マーカー（Ａ）〜（Ｃ）から選択される１種またはそれ以上のマーカーを、マーカー（Ａ）〜（Ｃ）以外の１種またはそれ以上のマーカーと組み合わせて用いてもよい。
マーカー（Ａ）〜（Ｃ）以外のマーカーとしては、マーカー（Ａ）〜（Ｃ）以外の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性の予測に有用なマーカーが挙げられる。
Further, one or more markers selected from the markers (A) to (C) may be used in combination with one or more markers other than the markers (A) to (C).
Examples of the markers other than the markers (A) to (C) include markers useful for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma other than the markers (A) to (C).
また、本発明は、後述するような用途でのマーカーの使用を提供する。すなわち、本発明は、例えば、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するためのマーカーの使用を提供する。 The present invention also provides for the use of markers in applications such as those described below. That is, the present invention provides the use of a marker to predict the effectiveness of radiation therapy for, for example, head and neck squamous cell carcinoma.
＜２＞本発明の方法
上記マーカーは、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するために利用することができる。具体的には、上記マーカーの発現レベルを指標として、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測することができる。より具体的には、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを指標として、該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測することができる。
<2> Method of the Present Invention The marker can be used to predict the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma. Specifically, the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma can be predicted using the expression level of the marker as an index. More specifically, using the expression level of the marker in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from the subject as an index, the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject can be predicted. it can.
すなわち、本発明は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する方法であって、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを指標として該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する工程を含む方法を提供する。同工程を「予測工程」ともいう。同方法は、予測工程の前に、さらに、前記発現レベルを測定する工程を含んでいてもよい。同工程を「測定工程」ともいう。すなわち、同方法は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する方法であって、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを測定する工程、および前記発現レベルを指標として前記被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する工程を含む方法であってもよい。 That is, the present invention is a method for predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma, and using the expression level of the marker in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from the subject as an index A method comprising predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma in a subject is provided. This process is also referred to as a “prediction process”. The method may further include a step of measuring the expression level before the prediction step. This process is also referred to as “measurement process”. That is, the method is a method for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma, measuring the expression level of the marker in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from a subject, and The method may include a step of predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject using the expression level as an index.
また、本発明は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するための指標として用いられるデータを取得する方法であって、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを測定する工程を含む方法を提供する。同工程については、測定工程についての記載を準用できる。同方法においては、測定された上記マーカーの発現レベルを、前記データ（頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するための指標として用いられるデータ）とみなしてよい。言い換えると、測定工程を実施することにより、前記データを取得することができる。 Further, the present invention is a method for obtaining data used as an index for predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma, wherein the above-mentioned sample in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from a subject A method comprising the step of measuring the expression level of the marker is provided. About the process, the description about a measurement process can apply mutatis mutandis. In the method, the measured expression level of the marker may be regarded as the data (data used as an index for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma). In other words, the data can be acquired by performing the measurement process.
これらの方法を総称して、「本発明の方法」ともいう。 These methods are collectively referred to as “the method of the present invention”.
「頭頸部扁平上皮癌」とは、頭頸部領域に生じる扁平上皮癌をいう。頭頸部領域としては、咽頭、喉頭、口腔、鼻副鼻腔、側頭骨（中耳・外耳）が挙げられる。すなわち、頭頸部扁平上皮癌としては、咽頭扁平上皮癌、喉頭扁平上皮癌、口腔扁平上皮癌、鼻副鼻腔扁平上皮癌、中耳扁平上皮癌、外耳扁平上皮癌が挙げられる。咽頭としては、上咽頭、中咽頭、下咽頭が挙げられる。すなわち、咽頭扁平上皮癌としては、上咽頭扁平上皮癌、中咽頭扁平上皮癌、下咽頭扁平上皮癌が挙げられる。頭頸部扁平上皮癌は、HPV（Human papillomavirus）陰性であってもよく、HPV陽性であってもよい。頭頸部扁平上皮癌は、特に、HPV陰性であってよい。頭頸部扁平上皮癌としては、特に、HPV陰性中咽頭扁平上皮癌が挙げられる。頭頸部扁平上皮癌としては、１種の頭頸部扁平上皮癌を対象としてもよく、２種またはそれ以上の頭頸部扁平上皮癌を対象としてもよい。 “Head and neck squamous cell carcinoma” refers to squamous cell carcinoma that occurs in the head and neck region. Examples of the head and neck region include the pharynx, larynx, oral cavity, nasal sinuses, and temporal bone (middle ear / outer ear). That is, the squamous cell carcinoma of the head and neck includes pharyngeal squamous cell carcinoma, laryngeal squamous cell carcinoma, oral squamous cell carcinoma, nasal sinus squamous cell carcinoma, middle ear squamous cell carcinoma, and outer ear squamous cell carcinoma. The pharynx includes the nasopharynx, the oropharynx, and the hypopharynx. That is, examples of pharyngeal squamous cell carcinoma include nasopharyngeal squamous cell carcinoma, oropharyngeal squamous cell carcinoma, and hypopharyngeal squamous cell carcinoma. Head and neck squamous cell carcinoma may be negative for HPV (Human papillomavirus) or positive for HPV. Head and neck squamous cell carcinoma may in particular be HPV negative. Head and neck squamous cell carcinoma includes, in particular, HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma. As the head and neck squamous cell carcinoma, one type of head and neck squamous cell carcinoma may be targeted, or two or more types of head and neck squamous cell carcinoma may be targeted.
「頭頸部扁平上皮癌試料」とは、頭頸部扁平上皮癌細胞を含む試料をいう。頭頸部扁平上皮癌試料は、頭頸部扁平上皮癌細胞からなるものであってもよく、そうでなくてもよい。頭頸部扁平上皮癌試料としては、頭頸部扁平上皮癌細胞やそれを含む組織が挙げられる。頭頸部扁平上皮癌試料として、具体的には、頭頸部扁平上皮癌部位の生検サンプルが挙げられる。頭頸部扁平上皮癌試料が被検者より分離される時期は、被検者が頭頸部扁平上
皮癌に罹患している時期であれば特に制限されない。頭頸部扁平上皮癌試料は、例えば、ステージ０、ステージI、ステージII、ステージIII、またはステージIVの頭頸部扁平上皮癌の患者から分離されたものであってよい。
The “head and neck squamous cell carcinoma sample” refers to a sample containing head and neck squamous cell carcinoma cells. The head and neck squamous cell carcinoma sample may or may not consist of head and neck squamous cell carcinoma cells. Examples of the head and neck squamous cell carcinoma sample include head and neck squamous cell carcinoma cells and tissues containing the cells. Specific examples of the head and neck squamous cell carcinoma sample include a biopsy sample of a head and neck squamous cell carcinoma site. The time when the head and neck squamous cell carcinoma sample is separated from the subject is not particularly limited as long as the subject is suffering from head and neck squamous cell carcinoma. The head and neck squamous cell carcinoma sample may be isolated from, for example, a patient with stage 0, stage I, stage II, stage III, or stage IV head and neck squamous cell carcinoma.
「被検者」とは、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性の予測の対象とするヒト個体をいう。被検者は、それに由来する頭頸部扁平上皮癌試料を利用できるものであれば、すなわち、頭頸部扁平上皮癌試料を取得できるか、既に取得したものであれば、特に制限されない。すなわち、被検者としては、現在頭頸部扁平上皮癌に罹患している患者や、過去に頭頸部扁平上皮癌に罹患していた患者が挙げられる。例えば、現在頭頸部扁平上皮癌に罹患している患者について、頭頸部扁平上皮癌試料を採取し、それを用いて放射線療法の有効性を予測することができる。また、例えば、頭頸部扁平上皮癌が完治または寛解した患者について、頭頸部扁平上皮癌に罹患していた際に採取された頭頸部扁平上皮癌試料を用いて、将来的に頭頸部扁平上皮癌が再発した場合の放射線療法の有効性を予測することもできる。被検者は、放射線療法の実施前の患者であってもよく、放射線療法の実施中の患者であってもよく、放射線療法の実施後の患者であってもよい。 A “subject” refers to a human individual for whom the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is predicted. The subject is not particularly limited as long as the subject can use the head and neck squamous cell carcinoma sample derived therefrom, that is, the subject can obtain the head and neck squamous cell carcinoma sample or has already obtained it. That is, the subject includes a patient who currently suffers from squamous cell carcinoma of the head and neck and a patient who has suffered from squamous cell carcinoma of the head and neck in the past. For example, for a patient currently suffering from head and neck squamous cell carcinoma, a head and neck squamous cell carcinoma sample can be collected and used to predict the effectiveness of radiation therapy. In addition, for example, for patients who have been completely cured or ameliorated in squamous cell carcinoma of the head and neck, using a head and neck squamous cell carcinoma sample collected when suffering from squamous cell carcinoma of the head and neck, It is also possible to predict the effectiveness of radiation therapy in the event of recurrence. The subject may be a patient before performing radiation therapy, a patient undergoing radiation therapy, or a patient after performing radiation therapy.
「放射線療法」とは、放射線の照射による治療法をいう。放射線としては、Ｘ線、ガンマ線、電子線、陽子線、重粒子線が挙げられる。放射線としては、１種の放射線を用いてもよく、２種またはそれ以上の放射線を用いてもよい。放射線療法は、単独で実施されてもよく、そうでなくてもよい。放射線療法は、化学療法や手術等の、他の治療法と組み合わせて実施されてもよい。すなわち、「放射線療法の有効性」には、放射線療法を単独で実施する場合の放射線療法の有効性に限られず、放射線療法を他の治療法と組み合わせて実施する場合の放射線療法の有効性も包含される。 “Radiotherapy” refers to a treatment by irradiation with radiation. Examples of radiation include X-rays, gamma rays, electron beams, proton beams, and heavy particle beams. As the radiation, one type of radiation may be used, or two or more types of radiation may be used. Radiation therapy may or may not be performed alone. Radiation therapy may be performed in combination with other therapies such as chemotherapy and surgery. In other words, “effectiveness of radiotherapy” is not limited to the effectiveness of radiotherapy when radiotherapy is performed alone, but also the effectiveness of radiotherapy when radiotherapy is combined with other therapies. Is included.
「頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性」とは、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の治療効果の有無または程度をいう。頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が治療効果を示すことを、「頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である」または「頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法に感受性である」ともいう。また、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の治療効果の程度が大きいことを、「頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が高い」ともいう。頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が治療効果を示さないことを、「頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない」または「頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法に耐性である」ともいう。また、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の治療効果の程度が小さいことを、「頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が低い」ともいう。「頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である」とは、例えば、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の実施により、頭頸部扁平上皮癌が完治または寛解すること、頭頸部扁平上皮癌が縮小すること、頭頸部扁平上皮癌の拡大が低減または防止されることであってよい。また、「頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である」とは、例えば、放射線療法の予後が良好であることであってもよい。「頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である」とは、特に、放射線療法が有効でない被検者において頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施した場合と比較して放射線療法の予後が良好であることであってもよい。「予後が良好である」とは、例えば、生存率が向上することであってよい。生存率の向上としては、Overall Survival（全生存期間）の延長、Progression-Free Survival（無増悪生存期間）の延長、Relapse-Free Survival（無再発生存期間）の延長、Median Survival（生存期間中央値）の延長が挙げられる。 “Effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma” refers to the presence or absence of the therapeutic effect of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma. “Radiotherapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck” or “sensitive to radiation therapy for squamous cell carcinoma of the head and neck” Say. In addition, the fact that the therapeutic effect of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is large is also referred to as “high effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma”. “Radiotherapy is not effective for squamous cell carcinoma of the head and neck” or “Resistant to radiotherapy for squamous cell carcinoma of the head and neck” Say. Further, the fact that the therapeutic effect of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma is small is also referred to as “low effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma”. “Radiotherapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck” means, for example, that the radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is completely cured or ameliorated by squamous cell carcinoma of the head and neck, or squamous cell carcinoma of the head and neck May be reduced, or the expansion of head and neck squamous cell carcinoma may be reduced or prevented. Further, “the radiation therapy is effective for head and neck squamous cell carcinoma” may be, for example, that the prognosis of the radiation therapy is good. “Radiotherapy is effective against squamous cell carcinoma of the head and neck” means that radiation therapy is particularly effective compared to when radiation therapy is performed on head and neck squamous cell carcinoma in subjects who are not effective. The prognosis may be good. “The prognosis is good” may be, for example, an improvement in the survival rate. Survival improvements include extended Overall Survival, Progression-Free Survival, Relapse-Free Survival, Median Survival (median survival) ).
本発明の方法による予測結果は、被検者の頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施するかを決定するための指標として用いることができる。言い換えると、本発明の方法を実施することにより、被検者の頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施するかを決定するための指標が得られる。すなわち、例えば、本発明の方法により放射線療法が有効であると予測された場合に、被検者の頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施すると決
定してよい。また、例えば、本発明の方法により放射線療法が有効でないと予測された場合に、被検者の頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施しないと決定してよい。
The prediction result obtained by the method of the present invention can be used as an index for determining whether to perform radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma of a subject. In other words, by performing the method of the present invention, an index for determining whether to perform radiation therapy for the head and neck squamous cell carcinoma of the subject can be obtained. That is, for example, when it is predicted that radiation therapy is effective by the method of the present invention, it may be determined that radiation therapy is performed on the head and neck squamous cell carcinoma of the subject. Further, for example, when it is predicted that radiotherapy is not effective by the method of the present invention, it may be determined that radiotherapy is not performed on the subject's head and neck squamous cell carcinoma.
本発明の方法は、放射線療法の実施前に実施してもよく、放射線療法の実施中に実施してもよく、放射線療法の実施後に実施してもよい。本発明の方法は、特に、放射線療法の実施前に実施してよい。本発明の方法を放射線療法の実施前に実施することにより、例えば、放射線療法を開始するかを決定するための指標が得られる。また、本発明の方法を放射線療法の実施中に実施することにより、例えば、放射線療法を継続するかを決定するための指標が得られる。また、本発明の方法を放射線療法の実施後に実施することにより、例えば、放射線療法を再度実施するかを決定するための指標が得られる。すなわち、例えば、本発明の方法により放射線療法が有効であると予測された場合に、放射線療法を開始、継続、または再度実施すると決定してよい。また、例えば、本発明の方法により放射線療法が有効でないと予測された場合に、放射線療法を開始、継続、または再度実施しないと決定してよい。 The method of the present invention may be performed before the radiation therapy, may be performed during the radiation therapy, or may be performed after the radiation therapy. The method of the present invention may in particular be performed prior to performing radiation therapy. By performing the method of the present invention before performing radiation therapy, for example, an index for determining whether to start radiation therapy can be obtained. Further, by performing the method of the present invention during the execution of radiation therapy, for example, an index for determining whether to continue radiation therapy can be obtained. In addition, by performing the method of the present invention after performing radiation therapy, for example, an index for determining whether to perform radiation therapy again can be obtained. That is, for example, if it is predicted that radiation therapy will be effective by the method of the present invention, it may be decided to start, continue, or perform radiation therapy again. Also, for example, if it is predicted that radiation therapy is not effective by the method of the present invention, it may be determined that radiation therapy is not started, continued, or performed again.
本発明の方法は、頭頸部扁平上皮癌の完治または寛解の前に実施してもよく、頭頸部扁平上皮癌の完治または寛解の後に実施してもよい。本発明の方法を頭頸部扁平上皮癌の完治または寛解の前に実施することにより、例えば、現在発生している頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法を実施するかを決定するための指標が得られる。また、本発明の方法を頭頸部扁平上皮癌の完治または寛解の後に実施することにより、例えば、将来的に頭頸部扁平上皮癌が再発した場合に放射線療法を実施するかを予め決定するための指標が得られる。 The method of the present invention may be performed before the complete cure or remission of head and neck squamous cell carcinoma, or may be performed after the complete cure or remission of head and neck squamous cell carcinoma. By performing the method of the present invention before the complete cure or remission of squamous cell carcinoma of the head and neck, for example, an index for determining whether to perform radiation therapy for the head and neck squamous cell carcinoma currently occurring can get. In addition, by carrying out the method of the present invention after complete cure or remission of head and neck squamous cell carcinoma, for example, in order to determine in advance whether radiation therapy will be performed when head and neck squamous cell carcinoma recurs in the future An indicator is obtained.
＜測定工程＞
測定工程は、被検者から分離した頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを測定する工程である。
<Measurement process>
The measurement step is a step of measuring the expression level of the marker in the head and neck squamous cell carcinoma sample separated from the subject.
マーカーの発現レベルは、例えば、マーカーから発現する産物の量として測定することができる。すなわち、マーカーの発現レベルとしては、マーカーの発現産物の量が挙げられる。発現産物としては、転写産物や翻訳産物が挙げられる。転写産物としては、ｍｉＲＮＡ前駆体、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ等のＲＮＡが挙げられる。翻訳産物としては、タンパク質が挙げられる。マーカーの発現レベルとして、具体的には、マーカー（Ａ）の場合、ｍｉＲＮＡ前駆体の量やｍｉＲＮＡの量が挙げられる。マーカーの発現レベルとして、具体的には、マーカー（Ｂ）および（Ｃ）の場合、ｍＲＮＡの量やタンパク質の量が挙げられる。 The expression level of the marker can be measured, for example, as the amount of product expressed from the marker. That is, the expression level of the marker includes the amount of the marker expression product. Examples of expression products include transcription products and translation products. Examples of the transcription product include RNA such as miRNA precursor, miRNA, and mRNA. Examples of translation products include proteins. Specific examples of the marker expression level include the amount of miRNA precursor and the amount of miRNA in the case of marker (A). Specific examples of marker expression levels include the amount of mRNA and the amount of protein in the case of markers (B) and (C).
マーカーの発現レベルは、具体的には、当該マーカーの発現レベルを反映する適当なデータの形態で取得することができる。マーカーの発現レベルを反映するデータを、「マーカーの発現データ」ともいう。すなわち、「マーカーの発現レベルを測定する」とは、具体的には、マーカーの発現レベルを、それを反映するデータ（すなわち当該マーカーの発現データ）の形態で取得することであってよい。言い換えると、測定工程において測定される「マーカーの発現レベル」とは、具体的には、マーカーの発現データであってよい。すなわち、例えば、ｍｉＲＮＡ前駆体、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ等の「ＲＮＡの量を測定する」とは、具体的には、当該ＲＮＡの量を反映するデータを取得することであってよい。また、例えば、「タンパク質の量を測定する」とは、具体的には、当該タンパク質の量を反映するデータを取得することであってよい。マーカーの発現データは、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するために利用できるものであれば、特に制限されない。マーカーの発現データは、マーカーの発現レベルの具体的な値（例えば、細胞当たりのＲＮＡやタンパク質の分子数）であってもよく、そうでなくてもよい。すなわち、マーカーの発現レベルの具体的な値は、取得されてもよく、されなくともよい。例えば、測
定したデータからマーカーの発現レベルの具体的な値を算出してもよく、しなくてもよい。マーカーの発現データとしては、後述するようなマーカーの発現レベルを測定する方法により得られる生データやそれを加工したデータが挙げられる。例えば、マーカーの発現レベルを蛍光等のシグナルの強度に基づいて測定する場合、そのような生データとしては、当該シグナルの強度の測定値が挙げられる。マーカーの発現データは、例えば、内部標準等の基準に基づいて補正されていてもよい。マーカーの発現データは、具体的には、例えば、内部標準等の基準に対するマーカーの発現レベルの相対値として取得されてもよい。内部標準としては、ハウスキーピング遺伝子の発現レベルが挙げられる。ハウスキーピング遺伝子としては、U6やRNU48が挙げられる。
Specifically, the expression level of the marker can be obtained in the form of appropriate data that reflects the expression level of the marker. Data reflecting the expression level of the marker is also referred to as “marker expression data”. That is, “measuring the expression level of a marker” may specifically mean obtaining the expression level of a marker in the form of data reflecting that (ie, expression data of the marker). In other words, the “marker expression level” measured in the measurement step may specifically be marker expression data. That is, for example, “measuring the amount of RNA” such as a miRNA precursor, miRNA, or mRNA may specifically mean obtaining data reflecting the amount of RNA. In addition, for example, “measuring the amount of protein” may specifically mean obtaining data reflecting the amount of the protein. The marker expression data is not particularly limited as long as it can be used to predict the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma. The marker expression data may or may not be a specific value of the marker expression level (for example, the number of RNA or protein molecules per cell). That is, the specific value of the marker expression level may or may not be acquired. For example, the specific value of the expression level of the marker may or may not be calculated from the measured data. Examples of marker expression data include raw data obtained by a method for measuring the expression level of a marker as described later, and data obtained by processing the raw data. For example, when measuring the expression level of a marker based on the intensity of a signal such as fluorescence, such raw data includes a measurement value of the intensity of the signal. The expression data of the marker may be corrected based on a standard such as an internal standard. Specifically, for example, the marker expression data may be acquired as a relative value of the marker expression level with respect to a reference such as an internal standard. An internal standard includes the level of housekeeping gene expression. Housekeeping genes include U6 and RNU48.
マーカーの発現レベルを測定する手段は、特に制限されない。マーカーの発現レベルは、測定対象の種類に応じた適切な手法により測定することができる。マーカーの発現レベルは、例えば、ＲＮＡまたはタンパク質を定量する公知の手法により測定することができる。ＲＮＡの定量法としては、RNA-seq解析、定量PCR、マイクロアレイ、ノーザンブロッティング、FISH（fluorescence in situ hybridization）が挙げられる。タンパク質の定量法としては、ウェスタンブロッティングやELISAが挙げられる。これらの手法は、常法
により実施することができる。複数のマーカーの発現レベルを測定する場合、それらの発現レベルは、例えば、それぞれ別個に測定してもよく、まとめて同時に測定してもよい。
The means for measuring the expression level of the marker is not particularly limited. The expression level of the marker can be measured by an appropriate technique according to the type of measurement target. The expression level of the marker can be measured, for example, by a known technique for quantifying RNA or protein. Examples of RNA quantification methods include RNA-seq analysis, quantitative PCR, microarray, Northern blotting, and FISH (fluorescence in situ hybridization). Examples of protein quantification methods include Western blotting and ELISA. These methods can be implemented by a conventional method. When measuring the expression levels of a plurality of markers, these expression levels may be measured separately, for example, or may be measured simultaneously.
＜予測工程＞
予測工程は、被検者から分離した頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを指標として該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する工程である。
<Prediction process>
The predicting step is a step of predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject using the expression level of the marker in the head and neck squamous cell carcinoma sample separated from the subject as an index.
マーカーの発現レベルは、具体的には、当該マーカーの発現レベルを反映する適当なデータの形態で予測工程に用いることができる。すなわち、「マーカーの発現レベルを指標とする」とは、具体的には、マーカーの発現レベルを、それを反映するデータの形態（すなわち当該マーカーの発現データ）の形態で指標として用いることであってよい。言い換えると、予測工程において指標とされる「マーカーの発現レベル」とは、具体的には、マーカーの発現データであってよい。 Specifically, the expression level of the marker can be used in the prediction step in the form of appropriate data reflecting the expression level of the marker. That is, “using the expression level of a marker as an index” specifically means that the expression level of a marker is used as an index in the form of data reflecting that (that is, expression data of the marker). It's okay. In other words, the “marker expression level” used as an index in the prediction step may specifically be marker expression data.
予測工程は、例えば、マーカーの発現レベルの高低（すなわち、マーカーの発現レベルが高いか低いか）を指標として実施できる。マーカーの発現レベルの高低は、例えば、マーカーの発現レベルを所定の閾値と比較することにより決定できる。言い換えると、予測工程は、例えば、マーカーの発現レベルを閾値と比較することにより実施できる。すなわち、「マーカーの発現レベルが高い」とは、例えば、マーカーの発現レベルが閾値と比較して高いことであってよい。「マーカーの発現レベルが閾値と比較して高い」とは、例えば、マーカーの発現レベルが閾値以上であること、マーカーの発現レベルが閾値超であること、またはマーカーの発現レベルが閾値よりも統計学的に有意に高いことであってよい。また、「マーカーの発現レベルが低い」とは、例えば、マーカーの発現レベルが閾値と比較して低いことであってよい。「マーカーの発現レベルが閾値と比較して低い」とは、例えば、マーカーの発現レベルが閾値以下であること、マーカーの発現レベルが閾値未満であること、またはマーカーの発現レベルが閾値よりも統計学的に有意に低いことであってよい。 The prediction step can be performed using, for example, the level of marker expression (that is, whether the marker expression level is high or low) as an index. The level of marker expression can be determined, for example, by comparing the marker expression level with a predetermined threshold. In other words, the prediction step can be performed, for example, by comparing the expression level of the marker with a threshold value. That is, “the expression level of the marker is high” may be, for example, that the expression level of the marker is higher than the threshold value. “The expression level of the marker is higher than the threshold value” means, for example, that the expression level of the marker is equal to or higher than the threshold value, the expression level of the marker is higher than the threshold value, or the expression level of the marker is more statistical than the threshold value. It may be scientifically significantly higher. Further, “the expression level of the marker is low” may be, for example, that the expression level of the marker is lower than a threshold value. “The expression level of the marker is lower than the threshold value” means, for example, that the expression level of the marker is lower than the threshold value, the expression level of the marker is lower than the threshold value, or the expression level of the marker is statistically lower than the threshold value. It may be scientifically significantly lower.
具体的には、マーカーの発現レベルは、閾値を基準に、有効範囲と非有効範囲とに区分することができる。「有効範囲」とは、あるマーカーの発現レベルについて、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である可能性が高い範囲をいう。「非有効範囲」とは、あるマーカーの発現レベルについて、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない可能性が高い範囲をいう。すなわち、マーカーの発現レベルが有効範囲にあれば、頭頸部
扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である可能性が高いと予測できる。一方、マーカーの発現レベルが非有効範囲にあれば、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない可能性が高いと予測できる。
Specifically, the expression level of the marker can be divided into an effective range and an ineffective range based on a threshold value. The “effective range” refers to a range in which radiation therapy is highly likely to be effective for squamous cell carcinoma of the head and neck with respect to the expression level of a certain marker. The “ineffective range” refers to a range in which radiation therapy is not likely to be effective for squamous cell carcinoma of the head and neck with respect to the expression level of a certain marker. That is, if the expression level of the marker is within the effective range, it can be predicted that radiation therapy is highly effective for head and neck squamous cell carcinoma. On the other hand, if the expression level of the marker is in the ineffective range, it can be predicted that there is a high possibility that radiation therapy is not effective for head and neck squamous cell carcinoma.
なお、本発明において、あるマーカーの発現レベルが有効範囲に含まれることを、当該マーカーの判定結果が「陽性」であるともいう。また、本発明において、あるマーカーの発現レベルが非有効範囲に含まれることを、当該マーカーの判定結果が「陰性」であるともいう。 In the present invention, the fact that the expression level of a certain marker is included in the effective range is also referred to as “positive” as the determination result of the marker. In the present invention, the expression level of a marker being included in the ineffective range is also referred to as “negative” as a result of the marker determination.
例えば、マーカーがマーカー（Ａ）および（Ｂ）から選択される場合は、マーカーの発現レベルが閾値と比較して低い場合に頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してよい。また、マーカーの発現レベルが低いほど、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である可能性が高いと予測してもよい。また、マーカーの発現レベルが低いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が高いと予測してもよい。この場合、閾値と比較して低いとみなされる範囲が有効範囲であり、残部が非有効範囲である。 For example, if the marker is selected from markers (A) and (B), predicting that radiation therapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck when the expression level of the marker is low compared to the threshold Good. Further, it may be predicted that the lower the expression level of the marker, the higher the possibility that radiation therapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck. In addition, the lower the marker expression level, the higher the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma. In this case, the range that is considered to be lower than the threshold is the effective range, and the remainder is the ineffective range.
例えば、マーカーがマーカー（Ｃ）から選択される場合は、マーカーの発現レベルが閾値と比較して高い場合に頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してよい。また、マーカーの発現レベルが高いほど、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である可能性が高いと予測してもよい。また、マーカーの発現レベルが高いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が高いと予測してもよい。この場合、閾値と比較して高いとみなされる範囲が有効範囲であり、残部が非有効範囲である。 For example, if the marker is selected from markers (C), radiation therapy may be predicted to be effective for head and neck squamous cell carcinoma when the expression level of the marker is high compared to the threshold. It may also be predicted that the higher the expression level of the marker, the higher the possibility that radiation therapy is effective for head and neck squamous cell carcinoma. It may also be predicted that the higher the expression level of the marker, the higher the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma. In this case, a range that is considered to be higher than the threshold value is an effective range, and the remainder is an ineffective range.
閾値は、頭頸部扁平上皮癌の種類、マーカーの種類、マーカーの発現データの種類、所望の予測精度等の諸条件に応じて、当業者が適宜設定することができる。閾値を決定する手段は、特に制限されない。閾値は、例えば、集団を２群に区分するためのデータ解析に利用される公知の手法に従って決定することができる。 The threshold can be appropriately set by those skilled in the art according to various conditions such as the type of head and neck squamous cell carcinoma, the type of marker, the type of marker expression data, and the desired prediction accuracy. The means for determining the threshold is not particularly limited. The threshold value can be determined, for example, according to a known method used for data analysis for dividing a group into two groups.
閾値は、例えば、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が明らかである被検者（「対照被検者」ともいう）について測定されたマーカーの発現レベルに基づいて決定することができる。対照被検者は、それに由来する頭頸部扁平上皮癌試料を利用できるものであって、且つ、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が明らかであるものであれば、特に制限されない。すなわち、対照被検者としては、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が実施された患者であって、以てその有効性が明らかとなっているものが挙げられる。対照被検者としては、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である被検者（「感受性被検者」ともいう）や頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない被検者（「耐性被検者」ともいう）が挙げられる。閾値は、感受性被検者について測定されたマーカーの発現レベルのみに基づいて決定してもよく、耐性被検者について測定されたマーカーの発現レベルのみに基づいて決定してもよく、感受性被検者と耐性被検者の両方について測定されたマーカーの発現レベルに基づいて決定してもよい。閾値は、通常、感受性被検者と耐性被検者の両方について測定されたマーカーの発現レベルに基づいて決定してよい。感受性被検者と耐性被検者は、それら被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性に応じて適宜区分できる。例えば、放射線療法により頭頸部扁平上皮癌が完治または寛解した場合に被検者を感受性被検者としてよい。また、例えば、放射線療法の実施後に頭頸部扁平上皮癌の再発なく１年間、３年間、５年間、または１０年間経過した場合に被検者を感受性被検者としてもよい。感受性被検者と耐性被検者の人数は、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性の予測が所望の精度で可能となる閾値が得られる限り、特に制限されない。感受性被検者と耐性被検者の人数は、それぞれ、１人であってもよく、２人またはそれ以上であってもよい。感受性被検者と耐性被検者の人数は、それぞれ、通常、複数名であってよい。感受性被検者と耐性被検者の人数は、それぞれ、
例えば、５人以上、１０人以上、２０人以上、または５０人以上であってもよい。
The threshold can be determined, for example, based on the expression level of the marker measured for a subject (also referred to as “control subject”) for which the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is clear. The control subject is not particularly limited as long as the head and neck squamous cell carcinoma sample derived therefrom can be used and the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is clear. That is, the control subject includes a patient who has undergone radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma and whose effectiveness has been clarified. Control subjects include those in whom radiation therapy is effective for head and neck squamous cell carcinoma (also referred to as “sensitive subjects”) and those in whom radiation therapy is not effective for head and neck squamous cell carcinoma (Also referred to as “resistant subjects”). The threshold may be determined based solely on the expression level of the marker measured for the susceptible subject, or may be determined based solely on the expression level of the marker measured for the resistant subject. Determination may be based on the level of marker expression measured for both the subject and the resistant subject. The threshold may usually be determined based on the expression level of the marker measured for both sensitive and resistant subjects. Sensitive subjects and resistant subjects can be appropriately classified according to the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma in these subjects. For example, a subject may be a sensitive subject when head and neck squamous cell carcinoma is completely cured or ameliorated by radiation therapy. In addition, for example, a subject may be a sensitive subject when 1 year, 3 years, 5 years, or 10 years have passed without recurrence of head and neck squamous cell carcinoma after radiation therapy. The number of sensitive subjects and resistant subjects is not particularly limited as long as a threshold value is obtained that enables prediction of the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma with desired accuracy. The number of sensitive subjects and resistant subjects may each be one, or two or more. The number of sensitive subjects and resistant subjects may each be usually multiple. The number of sensitive and resistant subjects is
For example, it may be 5 or more, 10 or more, 20 or more, or 50 or more.
感受性被検者について測定されたマーカーの発現レベルのみに基づいて閾値を決定する場合には、例えば、感受性被検者の複数個体で測定されたマーカーの発現レベルの上限から下限までの範囲から選択される値、例えば平均値、を閾値として設定してもよい。また、例えば、感受性被検者の複数個体で測定されたマーカーの発現レベルの分布において、感受性被検者の所定の割合が有効範囲に含まれるように閾値を決定してもよい。所定の割合とは、例えば、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または１００％であってよい。 When determining the threshold based only on the expression level of the marker measured for the sensitive subject, for example, select from the range from the upper limit to the lower limit of the expression level of the marker measured on multiple individuals of the sensitive subject A value to be set, for example, an average value, may be set as the threshold value. Further, for example, the threshold value may be determined so that a predetermined ratio of the sensitive subjects is included in the effective range in the distribution of the expression level of the marker measured in a plurality of individuals of the sensitive subjects. The predetermined ratio may be, for example, 70% or more, 80% or more, 90% or more, 95% or more, 97% or more, or 100%.
耐性被検者について測定されたマーカーの発現レベルのみに基づいて閾値を決定する場合には、例えば、耐性被検者の複数個体で測定されたマーカーの発現レベルの上限から下限までの範囲から選択される値、例えば平均値、を閾値として設定してもよい。また、例えば、耐性被検者の複数個体で測定されたマーカーの発現レベルの分布において、耐性被検者の所定の割合が非有効範囲に含まれるように閾値を決定してもよい。所定の割合とは、例えば、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または１００％であってよい。 When determining the threshold based only on the expression level of the marker measured for the resistant subject, for example, select from the range from the upper limit to the lower limit of the marker expression level measured on multiple individuals of the resistant subject A value to be set, for example, an average value, may be set as the threshold value. Further, for example, the threshold value may be determined so that a predetermined ratio of the resistant subjects is included in the ineffective range in the distribution of the expression level of the marker measured in a plurality of individuals of the resistant subjects. The predetermined ratio may be, for example, 70% or more, 80% or more, 90% or more, 95% or more, 97% or more, or 100%.
感受性被検者と耐性被検者でマーカーの発現レベルを測定した結果の両方に基づいて閾値を決定する場合には、例えば、感受性被検者の所定の割合が有効範囲に含まれ、且つ、耐性被検者の所定の割合が非有効範囲に含まれるように閾値を決定してもよい。感受性被検者の内の有効範囲に含まれるものの割合、および、耐性被検者の内の非有効範囲に含まれるものの割合は、いずれも高い方が好ましい。これらの割合は、それぞれ、例えば、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または１００％であってよい。これらの割合の両方を高くすることが難しい場合は、例えば、本発明の方法による予測結果の利用目的等の諸条件に応じて、いずれかの割合が優先的に高くなるように閾値を設定してもよい。例えば、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である患者にできる限り漏れなく放射線療法を実施することを目的とする場合は、偽陰性率（頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効である被検者について、放射線療法が有効でないと予測される比率）を下げるために、感受性被検者の内の有効範囲に含まれるものの割合が優先的に高くなるように閾値を設定してよい。また、例えば、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない患者を放射線療法の対象からできる限り除外することを目的とする場合は、偽陽性率（頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でない被検者について、放射線療法が有効であると予測される比率）を下げるために、耐性被検者の内の非有効範囲に含まれるものの割合が優先的に高くなるように閾値を設定してよい。 When determining the threshold based on both the result of measuring the expression level of the marker in a susceptible subject and a resistant subject, for example, a predetermined percentage of sensitive subjects are included in the effective range, and The threshold may be determined such that a predetermined percentage of resistant subjects is included in the ineffective range. It is preferable that the ratio of those included in the effective range among the susceptible subjects and the ratio included in the non-effective range among the resistant subjects are higher. These ratios may be, for example, 70% or more, 80% or more, 90% or more, 95% or more, 97% or more, or 100%, respectively. When it is difficult to increase both of these ratios, for example, according to various conditions such as the purpose of use of the prediction result by the method of the present invention, a threshold is set so that either ratio is preferentially increased. May be. For example, if the goal is to perform radiation therapy as effectively as possible in patients who have radiation therapy effective for squamous cell carcinoma of the head and neck, a false negative rate (radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is For subjects who are effective, the threshold is set so that the proportion of sensitive subjects within the effective range is preferentially higher in order to lower the rate that radiation therapy is expected to be ineffective). It's okay. In addition, for example, when aiming to exclude patients who are not effective for radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma from radiation therapy as much as possible, a false positive rate (radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma) To reduce the proportion of subjects who are not effective, the threshold is set so that the proportion of resistant subjects that are in the ineffective range is preferentially higher. May be set.
閾値の決定は、例えば、ソフトウェアを用いて実施してもよい。例えば、統計解析ソフトウェアを用い、耐性被検者と感受性被検者とを統計学的に最も適切に判別できるような閾値を決定してもよい。そのようなソフトウェアとしては、「Ｒ」等の統計解析ソフトウェアが挙げられる。 The determination of the threshold value may be performed using software, for example. For example, a threshold value that can statistically most appropriately distinguish between a resistant subject and a susceptible subject may be determined using statistical analysis software. Examples of such software include statistical analysis software such as “R”.
具体的には、例えば、miR-130bの場合、U6とRNU48の発現レベルの相加平均に対して、
発現量が5.372Δct以上である（すなわち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場
合の相対値として2-5.372以下である）場合に頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有
効であると予測してもよい。また、具体的には、例えば、miR-365bの場合、U6とRNU48の
発現レベルの相加平均に対して、発現量が5．501Δct以上である（すなわち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場合の相対値として2-5.501以下である）場合に頭頸部扁
平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してもよい。なお、上記発現レベルの記載における「U6とRNU48の発現レベルの相加平均に対して」とは、マーカーの発現レベル
を特定するための便宜上の記載であり、実際にU6とRNU48の発現レベルの相加平均を基準
として用いることを要しない。すなわち、例えば、U6とRNU48の発現レベルの相加平均に
代えて、他のハウスキーピング遺伝子の発現レベルを基準として用いてもよい。その場合、上記発現レベルの記載における数値（Δct値や相対値）は、他のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに応じて適宜読み替えればよい。すなわち、例えば、発現レベルがU6とRNU48の発現レベルの相加平均の半分であるハウスキーピング遺伝子を基準とする場合、上
記発現レベルの記載における相対値は、いずれも２倍に読み替えればよい。
Specifically, for example, in the case of miR-130b, the arithmetic mean of the expression levels of U6 and RNU48,
Radiation therapy for squamous cell carcinoma of the head and neck when the expression level is 5.372Δct or more (ie, the expression level is 2-5.372 or less as a relative value when the arithmetic mean of U6 and RNU48 is 1) May be expected to be effective. Specifically, for example, in the case of miR-365b, the expression level is 5.501Δct or more with respect to the arithmetic average of the expression levels of U6 and RNU48 (that is, the expression level is the phase of U6 and RNU48). It may be predicted that radiation therapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck when the arithmetic mean is 1 and 2 to 5.501 or less. In the above expression level description, “with respect to the arithmetic mean of the expression levels of U6 and RNU48” is a description for the convenience of specifying the expression level of the marker, and actually the expression levels of U6 and RNU48. It is not necessary to use the arithmetic mean as a reference. That is, for example, instead of the arithmetic mean of the expression levels of U6 and RNU48, the expression levels of other housekeeping genes may be used as a reference. In that case, the numerical value (Δct value or relative value) in the description of the expression level may be appropriately read according to the expression level of other housekeeping genes. That is, for example, when a housekeeping gene whose expression level is half of the arithmetic average of the expression levels of U6 and RNU48 is used as a reference, the relative value in the expression level description may be read twice.
複数のマーカーを組み合わせて利用する場合、少なくとも１種のマーカーが陽性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してもよく、全てのマーカーが陽性である場合のみ頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してもよい。例えば、１種以上、２種以上、５種以上、１０種以上、２０種以上、５０種以上、１００種以上のマーカーが陽性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してもよい。また、例えば、利用したマーカーの１０％以上、３０％以上、５０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または１００％のマーカーが陽性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測してもよい。また、陽性と判定されるマーカーの数が多いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効である可能性が高いと予測してもよい。また、陽性と判定されるマーカーの数が多いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が高いと予測してもよい。 When using multiple markers in combination, if at least one marker is positive, it may be predicted that radiation therapy will be effective for squamous cell carcinoma of the head and neck, only if all markers are positive Radiotherapy may be expected to be effective for head and neck squamous cell carcinoma. For example, radiation therapy is effective for squamous cell carcinoma of the head and neck if one or more, two or more, five or more, ten or more, 20 or more, 50 or more, or 100 or more markers are positive It may be predicted. Also, for example, if 10% or more, 30% or more, 50% or more, 70% or more, 80% or more, 90% or more, 95% or more, 97% or more, or 100% of the markers used are positive Radiotherapy may be expected to be effective for head and neck squamous cell carcinoma. Further, it may be predicted that the greater the number of markers determined to be positive, the higher the possibility that radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is effective. It may also be predicted that the greater the number of markers determined to be positive, the higher the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma.
複数のマーカーを組み合わせて利用する場合、少なくとも１種のマーカーが陰性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でないと予測してもよく、全てのマーカーが陰性である場合のみ頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でないと予測してもよい。例えば、１種以上、２種以上、５種以上、１０種以上、２０種以上、５０種以上、１００種以上のマーカーが陰性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でないと予測してもよい。また、例えば、利用したマーカーの１０％以上、３０％以上、５０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または１００％のマーカーが陰性であれば頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でないと予測してもよい。また、陰性と判定されるマーカーの数が多いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効でない可能性が高いと予測してもよい。また、陰性と判定されるマーカーの数が多いほど、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性が低いと予測してもよい。 When using multiple markers in combination, radiation therapy may not be effective for squamous cell carcinoma of the head and neck if at least one marker is negative, and only if all markers are negative It may be predicted that radiotherapy is not effective for squamous cell carcinoma of the head. For example, if 1 or more, 2 or more, 5 or more, 10 or more, 20 or more, 50 or more, 100 or more markers are negative, radiation therapy is not effective for head and neck squamous cell carcinoma It may be predicted. Also, for example, if 10% or more, 30% or more, 50% or more, 70% or more, 80% or more, 90% or more, 95% or more, 97% or more, or 100% of the markers used are negative It may be predicted that radiation therapy is not effective for head and neck squamous cell carcinoma. Further, it may be predicted that the greater the number of markers determined to be negative, the higher the possibility that radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma is not effective. In addition, it may be predicted that the greater the number of negative markers, the lower the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma.
複数のマーカーを組み合わせて利用する場合、複数回の予測を実施してもよい。例えば、少なくとも１種のマーカーの発現レベルを指標として一旦予測を行い、さらに他の少なくとも１種のマーカーの発現レベルを指標として追加で予測を行うことにより、予測の精度を高めてもよい。 When a plurality of markers are used in combination, a plurality of predictions may be performed. For example, prediction accuracy may be improved by performing prediction once using the expression level of at least one marker as an index, and additionally performing prediction using the expression level of at least one other marker as an index.
また、複数のマーカーを用いる場合、予測工程は、各マーカーの発現レベルの個別の高低を直接指標とせずに、すなわち各マーカーの発現レベルに個別の閾値を設定せずに、多変量解析により総合的に実施することもできる。すなわち、例えば、感受性被検者と耐性被検者について複数のマーカーの発現レベルを多変量解析することにより、頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効であると予測される区分および／または頭頸部扁平上皮癌に対して放射線療法が有効でないと予測される区分を設定することができる。区分は、頭頸部扁平上皮癌の種類、マーカーの種類、マーカーの発現データの種類、所望の予測精度等の諸条件に応じて、当業者が適宜設定することができる。上述した閾値の設定についての記載は、多変量解析による区分の設定にも準用できる。被検者がそれらのいずれかの区分に分類されるかを確認することにより、該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測することができる。多変量解析としては、主成分分析、因子分析、自己組織化地図、クラスター分析、判別分析、重回帰分析、正準相関分析が挙げられる
。多変量解析は、例えば、上述したようなソフトウェアを用いて実施してもよい。
In addition, when using a plurality of markers, the prediction process is performed by multivariate analysis without directly setting the individual expression levels of each marker as an index, that is, without setting individual thresholds for the expression levels of each marker. Can also be implemented. That is, for example, a multivariate analysis of the expression levels of multiple markers for sensitive and resistant subjects, and / or a segment where radiation therapy is expected to be effective for head and neck squamous cell carcinoma and / or A category in which radiation therapy is predicted to be ineffective for head and neck squamous cell carcinoma can be set. The classification can be appropriately set by those skilled in the art according to various conditions such as the type of head and neck squamous cell carcinoma, the type of marker, the type of marker expression data, and the desired prediction accuracy. The description about the threshold value setting described above can be applied mutatis mutandis to the setting of the classification by multivariate analysis. By confirming whether the subject is classified into any of these categories, the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject can be predicted. Multivariate analysis includes principal component analysis, factor analysis, self-organizing map, cluster analysis, discriminant analysis, multiple regression analysis, and canonical correlation analysis. Multivariate analysis may be performed using, for example, software as described above.
＜３＞本発明のキット
本発明は、本発明の方法を実施するために用いることのできるキットを提供する。同キットを、「本発明のキット」ともいう。
<3> Kit of the Present Invention The present invention provides a kit that can be used for carrying out the method of the present invention. The kit is also referred to as “the kit of the present invention”.
本発明のキットとしては、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するためのキットや、頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するための指標として用いられるデータを取得するためのキットが挙げられる。本発明のキットは、例えば、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを測定することができるように構成されていてよい。すなわち、本発明のキットは、具体的には、例えば、被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料における上記マーカーの発現レベルを測定するための構成要素を含むキットであってよい。そのような構成要素としては、試薬や器具が挙げられる。そのような構成要素は、マーカーの発現レベルを測定する手段等の諸条件に応じて適宜設定できる。 As the kit of the present invention, a kit for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma and data used as an index for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma are acquired. For the kit. The kit of the present invention may be configured to measure the expression level of the marker in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from a subject, for example. That is, specifically, the kit of the present invention may be, for example, a kit including a component for measuring the expression level of the marker in a head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from a subject. Such components include reagents and instruments. Such a component can be appropriately set according to various conditions such as means for measuring the expression level of the marker.
試薬としては、プライマーやプローブが挙げられる。プライマーとしては、マーカーの転写産物からｃＤＮＡを合成するために用いることができるプライマーや、該ｃＤＮＡからｃＲＮＡを合成するために用いることができるプライマーが挙げられる。プローブとしては、マーカーの転写産物、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡ等の核酸を検出するためのプローブや、マーカーの翻訳産物を検出するためのプローブが挙げられる。プローブとして、具体的には、ＤＮＡプローブ等の核酸プローブ、抗体、アプタマーが挙げられる。器具としては、マイクロアレイが挙げられる。マイクロアレイには、例えば、プローブ等の試薬が配置されていてよい。 Examples of the reagent include a primer and a probe. Examples of the primer include a primer that can be used to synthesize cDNA from a transcription product of a marker, and a primer that can be used to synthesize cRNA from the cDNA. Examples of the probe include a probe for detecting a transcription product of a marker, a nucleic acid such as cDNA and cRNA, and a probe for detecting a translation product of the marker. Specific examples of the probe include nucleic acid probes such as DNA probes, antibodies, and aptamers. An instrument includes a microarray. For example, a reagent such as a probe may be arranged in the microarray.
＜４＞本発明のプログラム
本発明は、本発明の方法に含まれる工程をコンピュータに実行させるプログラムを提供する。同プログラムを、「本発明のプログラム」ともいう。
<4> Program of the Present Invention The present invention provides a program for causing a computer to execute the steps included in the method of the present invention. This program is also referred to as “the program of the present invention”.
すなわち、本発明においては、本発明の方法に含まれる工程をコンピュータが実行してもよい。コンピュータは、本発明の方法に含まれる工程の一部または全部を実施してよい。コンピュータは、例えば、測定工程および／または予測工程を実施してよい。 In other words, in the present invention, a computer may execute the steps included in the method of the present invention. The computer may perform some or all of the steps included in the method of the present invention. The computer may perform, for example, a measurement process and / or a prediction process.
具体的には、例えば、医療関係者は、被験体から頭頸部扁平上皮癌試料を分離し、必要により前処理を行い、マーカー測定装置にセットすることができる。コンピュータは、マーカー測定装置に頭頸部扁平上皮癌試料中のマーカーの発現レベルを測定させ、測定結果を取得することができる。コンピュータは、さらに、測定結果に基づいて被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測することができる。コンピュータは、さらに、そのようにして得られた予測結果を出力することができ、以て医療関係者は予測結果を取得することができる。 Specifically, for example, a medical staff can separate a head and neck squamous cell carcinoma sample from a subject, perform pretreatment if necessary, and set the sample in a marker measuring device. The computer can cause the marker measuring device to measure the expression level of the marker in the head and neck squamous cell carcinoma sample and obtain the measurement result. The computer can further predict the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject based on the measurement result. The computer can further output the prediction result thus obtained, so that the medical staff can obtain the prediction result.
本発明のプログラムは、コンピュータが読み取り可能な記録媒体に記録され、提供されてよい。「コンピュータが読み取り可能な記録媒体」とは、データやプログラム等の情報が電気的、磁気的、光学的、機械的、または化学的作用等により蓄積され、さらに蓄積された情報をコンピュータから読み取ることのできる記録媒体をいう。そのような記録媒体としては、フロッピー（登録商標）ディスク、光磁気ディスク、CD-ROM、CD-R/W、DVD-ROM、DVD-R/W、DVD-RAM、DAT、8mmテープ、メモリカード、ハードディスク、ROM（リードオンリーメモリ）、SSDが挙げられる。また、本発明のプログラムは、コンピュータにより
実行される各ステップが別個のプログラムとして記録されていてもよい。
The program of the present invention may be provided by being recorded on a computer-readable recording medium. "Computer-readable recording medium" means that information such as data and programs is accumulated by electrical, magnetic, optical, mechanical, chemical action, etc., and the accumulated information is read from the computer A recording medium capable of recording. Such recording media include floppy disk, magneto-optical disk, CD-ROM, CD-R / W, DVD-ROM, DVD-R / W, DVD-RAM, DAT, 8mm tape, memory card , Hard disk, ROM (read only memory), SSD. In the program of the present invention, each step executed by the computer may be recorded as a separate program.
以下、非限定的な実施例により本発明をさらに具体的に説明する。 Hereinafter, the present invention will be described more specifically with reference to non-limiting examples.
＜１＞miR-130bおよびmiR-365bとHPV陰性中咽頭扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性
との相関の評価
放射線療法が実施されたHPV陰性中咽頭扁平上皮癌患者32例について、放射線療法の実
施前に分離された8μm厚のFFPE切片（病理診断科で保管されているブロックから切り出したもの）3〜5枚から、HE染色標本を見ながらメスを用いて癌部を切り出し、サンプルとした。Maxwell RSC RNA FFPE kit（Promega, AS1440）を用いてサンプルを前処理した後、Maxwell RSC miRNA Tissue kit（Promega, AS1460）を用いてサンプルからmicro RNAを抽
出した。次に、Taqman Micro RNA Reverse Transcription（Applied Biosystems）を用いてmiR-130bまたはmiR-365b特異的に逆転写してcDNAを合成し、Light cycler 480 probes master（Roche）でqPCRを実施した。miR-130bおよびmiR-365bの発現レベルを、内部標準
に対する相対量として算出した。内部標準としては、U6とRNU48の相加平均を用いた。miR-130bについては、5.372Δct以上（すなわち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場合の相対値として2-5.372以下）のものを低発現群、5.372Δct未満（すなわち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場合の相対値として2-5.372超）のものを高発現群と
した。miR-365bについては、5.501Δct以上（すなわち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場合の相対値として2-5.501以下）のものを低発現群、5.501Δct未満（すなわ
ち、発現量が、U6とRNU48の相加平均を1とした場合の相対値として2-5.501超）のものを
高発現群とした。各RNAの逆転写の条件は以下の通りである。
<1> Evaluation of the correlation between miR-130b and miR-365b and the effectiveness of radiation therapy for HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma 32 patients with HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma treated with radiation therapy From 3 to 5 FFPE sections (cut from a block stored in the Department of Pathology) separated before the implementation, the cancer area was cut out using a scalpel while looking at the HE-stained specimen and used as a sample. . After pretreatment of the sample using Maxwell RSC RNA FFPE kit (Promega, AS1440), microRNA was extracted from the sample using Maxwell RSC miRNA Tissue kit (Promega, AS1460). Next, cDNA was synthesized by reverse transcription specifically miR-130b or miR-365b using Taqman Micro RNA Reverse Transcription (Applied Biosystems), and qPCR was performed with Light cycler 480 probes master (Roche). The expression levels of miR-130b and miR-365b were calculated as relative amounts relative to the internal standard. As an internal standard, an arithmetic average of U6 and RNU48 was used. As for miR-130b, those with an expression level of 5.372 Δct or more (ie, the expression level is 2 to 5.372 or less as a relative value when the arithmetic mean of U6 and RNU48 is 1) are low expression groups, less than 5.372 Δct (ie, expression level, was high expression group things 2 -5.372 greater) as a relative value in the case of the 1 arithmetic mean of U6 and RNU48. As for miR-365b, those with an expression level of 5.501 Δct or more (ie, the expression level is 2 to 5.501 or less as a relative value when the arithmetic mean of U6 and RNU48 is 1) is a low expression group, less than 5.501 Δct (that is, A high expression group was expressed in terms of the relative expression when the arithmetic mean of U6 and RNU48 was 1, and the relative value was more than 2 -5.501 . The conditions for reverse transcription of each RNA are as follows.
＜miR-130b＞
TaqMan(R) MicroRNA Assays INV, S
Assay ID: 000456
生物種: Human
Assay Name: hsa-miR-130b
Scale :S (50 RT 150 PCR rxns)
Part Number: 4427975
<MiR-130b>
TaqMan (R) MicroRNA Assays INV, S
Assay ID: 000456
生物種: Human
Assay Name: hsa-miR-130b
Scale: S (50 RT 150 PCR rxns)
Part Number: 4427975
＜miR-365b＞
TaqMan(R) MicroRNA Assays INV, S
Assay ID: 001020
生物種: Human
Assay Name: hsa-miR-365
Scale :S (50 RT 150 PCR rxns)
Part Number: 4427975
<MiR-365b>
TaqMan (R) MicroRNA Assays INV, S
Assay ID: 001020
生物種: Human
Assay Name: hsa-miR-365
Scale: S (50 RT 150 PCR rxns)
Part Number: 4427975
＜RNU48＞
TaqMan(R) MicroRNA Assays MTO, M
Assay ID: 001006
生物種: Mature miRNA Control
Assay Name: RNU48
Scale :M (750 RT 750 PCR rxns)
Part Number: 4440887
<RNU48>
TaqMan (R) MicroRNA Assays MTO, M
Assay ID: 001006
生物種: Mature miRNA Control
Assay Name: RNU48
Scale: M (750 RT 750 PCR rxns)
Part Number: 4440887
＜U6＞
TaqMan(R) MicroRNA Assays MTO, M
Assay ID: 001973
生物種: Mature miRNA Control
Assay Name: U6 snRNA
Scale :M (750 RT 750 PCR rxns)
Part Number: 4440887
<U6>
TaqMan (R) MicroRNA Assays MTO, M
Assay ID: 001973
生物種: Mature miRNA Control
Assay Name: U6 snRNA
Scale: M (750 RT 750 PCR rxns)
Part Number: 4440887
miR-130bおよびmiR-365bの発現レベルと放射線療法の予後との関係を図１に示す。miR-130bおよびmiR-365bのいずれについても、低発現群では、高発現群と比較して、Overall Survival（全生存期間）が延長する傾向が認められ、また、Progression-Free Survival
（無増悪生存期間）が有意に延長していた。すなわち、これらのmicro RNAの発現レベル
がHPV陰性中咽頭扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性と相関していることが明らかと
なった。よって、これらのmicro RNAは、HPV陰性中咽頭扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するためのバイオマーカーとして有用であると考えられる。
The relationship between the expression level of miR-130b and miR-365b and the prognosis of radiation therapy is shown in FIG. For both miR-130b and miR-365b, there was a tendency for overall survival to be prolonged in the low expression group compared to the high expression group, and Progression-Free Survival
(Progression-free survival) was significantly prolonged. That is, it was revealed that the expression level of these microRNAs correlated with the effectiveness of radiation therapy for HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma. Therefore, these micro RNAs are considered useful as biomarkers for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinomas such as HPV-negative oropharyngeal squamous cell carcinoma.
＜２＞RNA-seqを利用したマーカーのスクリーニング
NIH（National Institutes of Health）のTCGA（The Cancer Genome Atlas）から、放
射線療法が実施されたHPV陰性頭頸部扁平上皮癌患者60例について、放射線療法の実施前
に分離された癌細胞における遺伝子の発現データ（RNA-seqデータ）を取得した。60例の
内、放射線療法の実施後、本実験の実施時点までHPV陰性頭頸部扁平上皮癌の再発なく経
過した50例を放射線療法感受性群、それ以外の10例を放射線療法耐性群に区分した。RNA-seqデータに基づき、各遺伝子の発現レベルについて、感受性群と耐性群で２群間比較を
実施した。２群間比較は、統計解析ソフトウェア「Ｒ」を用い、Limmaにて実施した。
<2> Marker screening using RNA-seq
Expression of genes in cancer cells isolated before radiation therapy for 60 HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma patients treated with radiation therapy from NIH (National Institutes of Health) TCGA (The Cancer Genome Atlas) Data (RNA-seq data) was acquired. Of the 60 patients, 50 patients who had passed without recurrence of HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma after the radiation therapy were classified into the radiation therapy sensitive group and the other 10 patients were classified into the radiation therapy resistant group . Based on the RNA-seq data, the sensitivity level and the resistance group were compared between the two groups for the expression level of each gene. Comparison between the two groups was performed at Limma using statistical analysis software “R”.
その結果、マーカー（Ｂ）および（Ｃ）として記載した計2237遺伝子の発現レベルが、感受性群と耐性群で有意に相違していた（p < 0.05且つq < 0.05）。具体的には、マーカー（Ｂ）の発現レベルは耐性群で有意に高く、特にマーカー（Ｂ１）の発現レベルは耐性群で感受性群の２倍以上であった。また、マーカー（Ｃ）の発現レベルは感受性群で有意に高く、特にマーカー（Ｃ１）の発現レベルは感受性群で耐性群の２倍以上であった。 As a result, the expression level of the total 2237 genes described as markers (B) and (C) was significantly different between the sensitive group and the resistant group (p <0.05 and q <0.05). Specifically, the expression level of the marker (B) was significantly higher in the tolerance group, and in particular, the expression level of the marker (B1) was more than twice that of the sensitivity group in the tolerance group. In addition, the expression level of the marker (C) was significantly higher in the sensitive group, and in particular, the expression level of the marker (C1) was more than twice that of the resistant group in the sensitive group.
＜３＞ＰＣＡによるHPV陰性頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性の予測（１）
上記＜２＞で用いたHPV陰性頭頸部扁平上皮癌症例60例について、マーカー（Ｂ）およ
び（Ｃ）として記載した計2237遺伝子の発現レベルの主成分分析（ＰＣＡ）を実施した。
<3> Prediction of effectiveness of radiation therapy for HPV negative head and neck squamous cell carcinoma by PCA (1)
Principal component analysis (PCA) of the expression level of a total of 2237 genes described as markers (B) and (C) was performed on 60 HPV negative head and neck squamous cell carcinoma cases used in <2> above.
結果を図２に示す。これら2237遺伝子の発現レベルを指標とすることにより、耐性群と感受性群とを高精度に分離できた。例えば、楕円で囲んだ部分には耐性群が選択的に区分されており、感受性群は矢印で示した２例しか含まれていない。よって、これらの遺伝子は、HPV陰性頭頸部扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測
するためのバイオマーカーとして有用であると考えられる。
The results are shown in FIG. By using the expression level of these 2237 genes as an index, the tolerance group and the sensitivity group could be separated with high accuracy. For example, the tolerance group is selectively divided in a portion surrounded by an ellipse, and the sensitivity group includes only two examples indicated by arrows. Therefore, these genes are considered useful as biomarkers for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinomas such as HPV negative head and neck squamous cell carcinomas.
＜４＞ＰＣＡによるHPV陰性頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性の予測（２）
上記＜２＞で用いたHPV陰性頭頸部扁平上皮癌症例60例について、上記2237遺伝子からcellular response to DNA damage stimulusに関与するグループ（マーカー（Ｘ）として
記載した50遺伝子）およびDNA repairに関与するグループ（マーカー（Ｙ）として記載した49遺伝子）を選択し、それぞれ、発現レベルの主成分分析（ＰＣＡ）を実施した。
<4> Prediction of effectiveness of radiotherapy for HPV negative head and neck squamous cell carcinoma by PCA (2)
About 60 HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma cases used in <2> above, involved in cellular response to DNA damage stimulus from the 2237 gene (50 genes described as marker (X)) and DNA repair Groups (49 genes described as markers (Y)) were selected and principal component analysis (PCA) of expression levels was performed for each.
その結果、いずれのグループを対象とした場合にも、上記2237遺伝子全てを対象とした場合と同等の分離能が得られた。よって、これらのグループの遺伝子は、HPV陰性頭頸部
扁平上皮癌等の頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測するためのバイオマーカーとして有用であると考えられる。
As a result, in any group, the same separability as in the case of targeting all the 2237 genes was obtained. Therefore, the genes of these groups are considered useful as biomarkers for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma such as HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma.
Claims (9)
被検者から分離された頭頸部扁平上皮癌試料におけるマーカーの発現レベルを指標として該被検者における頭頸部扁平上皮癌に対する放射線療法の有効性を予測する工程を含み、
前記マーカーが、下記（Ａ）〜（Ｃ）から選択される少なくとも１種の遺伝子である、方法：
（Ａ）miR-130bおよびmiR-365b；
（Ｂ）C20orf141、JSRP1、TNNT1、RET、DKFZp779M0652、LDHC、CLVS1、FAM66D、MT1L、C11orf20、KRT86、SFTPD、LGALS7、TNFSF12-TNFSF13、BIRC7、LOC100271831、CITED4、USP2、METRN、MT1E、LOC400931、RPPH1、RPL9、BIN1、LOC100144603、CFD、C2CD4B、C17orf55、COMTD1、HLA-J、NNMT、TIAF1、HHLA3、RPL13AP3、POLR2L、C9orf170、ANGPTL4、OAZ3、C1orf170、MSRB2、NOSIP、PTPRCAP、SPAG4、LINGO3、BFSP2、ATP5D、RPL31P11、TOMM7、RPL39、C7orf50、RPL13AP20、C5orf39、C11orf83、ANKRD19、NDUFS7、CCDC85B、SHBG、LY6K、LOC401052、CCDC107、STARD10、RPS15、ENDOG、CEMP1、MVD、NCRNA00152、ALKBH7、RPL36、RABAC1、FAM20C、RPL32、RPLP2、ZNF593、RPL13、HES4、MRPL54、AURKAIP1、RPL29
、LOC606724、TIMM13、FXYD5、DPM3、JOSD2、NDUFB11、PPIAL4G、C11orf67、NDUFA11、UQCR11、EEF1D、CTSF、ROMO1、HINT2、SSR4、MRPL42P5、GADD45GIP1、AMDHD2、PINK1、RPL28、SELM、TMEM91、LOC440957、DAPK3、SNTA1、RPSA、S100A13、C19orf24、TRAPPC2L、CCM2、PUSL1、RRAS、PGLS、TMEM141、AP2S1、ZNF524、PTP4A3、H2AFJ、EDF1、PACSIN3、F12
、SFTPC、FAM173A、TSTA3、TMSB10、CST3、RPL18A、CCS、ATP5I、C19orf70、ATAD3B、RPS2、THAP3、HDAC11、LOC150381、TFPT、LSM7、RPSAP58、PMVK、NME3、TMSL3、SNHG8、SEPW1、LOC729156、RPL27A、C21orf70、C1orf182、RPS6KB2、MPND、PRR24、RASSF1、PTDSS2、SSSCA1、ADAT3、CCDC96、GMFG、RTN2、PQLC1、SAT2、LOC541471、NUDT1、VMO1、CARHSP1
、RPL13A、RPL11、ZP3、NDUFB10、MBLAC1、RPL14、AGTRAP、ZFAND2B、PSMG3、RPL18、FBXL8、FKBP2、RPS9、OCEL1、RPS21、HYI、NDUFA3、STK19、DECR2、CCDC72、C16orf42、TMEM160、COTL1、PEX11G、MYL6、CLTB、TRAPPC5、RPL34、LOC550643、TMEM219、NDUFA13、PPP1R14B、CDC34、RPS24、C1orf86、PPP1R3F、GUK1、RPL10、MFSD10、TXNL4A、BCL7C、UQCRQ、DDRGK1、C9orf142、NAA10、RPS19、CCDC61、CCDC124、C17orf61、RPL35、HOMER3、ACY1、LENG9、WDR13、FLJ44635、PPP2R3B、GLTSCR2、C9orf23、RPS11、RBKS、UBA52、PPDPF、APRT、STUB1、SAC3D1、TUBA4A、CETN4P、NCRNA00160、LSMD1、HSBP1L1、TMEM149、MAP2K2、SERTAD1、RPSAP9、TRAF3IP3、MRPL28、FBXL15、RPS3、BSG、ALDOA、MFSD3、EBP、FAM186A、BCAS4、STX8、SCAND1、POC1A、C6orf108、ROBLD3、C2orf7、RPS10、RPL8、C20orf199、PPIAL4D、ZFAND2A、PLEKHJ1、RPL17、LOC100288778、MIIP、IMPDH2、SH2D3A、C19orf10、ETHE1、ZNF581、RPS16、RPL37A、MYEOV2、ARL6IP4、ATOX1、POLE4、SIL1、MAPK11、SLC25A26、EPN1、RPL26、PPIAL4C、UXT、NDUFB7、PRDX5、VPS28、RPS3A、PRELID1、SLC9A3R2、LSM3、NANS、TXNDC17、NMRAL1、FAM180B、RPS5、EEF1G、ATP5EP2、FUNDC2P2、C12orf39、RAB24、MAD1L1、TMEM54、NENF、METTL11A、RPL37、COX4I1、MXD3、MEIG1、CHCHD2、RPS13、EIF3B、SERF2、GBAP1、LOC388955、ARL2、GLTPD1、FAU、DGKZ、GET4、RPL41、NDUFB2、MPST、MRPL20、CCDC12、KCNK6、NUDT2、C19orf28、PPIA、ALKBH3、FAM127A、FAM108A1
、RPS29、POLD4、FLJ37307、PLSCR3、YIF1B、LYL1、ATPIF1、PRDX4、NDUFS8、ZNF784、STYXL1、EIF3K、RPS8、RPS14、VKORC1、HSD17B10、FIS1、FAM3A、GADD45B、SRM、RPS12、CUTA、GPX4、YIF1A、RPS6、TMEM147、ATP5O、PRX、TCEB2、VEGFB、MRPL52、C1orf122、PTRH1、C20orf27、RRP1、SHARPIN、MRPS6、ATP5E、2-Mar、BACE2、ARFRP1、RPS20、SPSB3、HDGFRP2、NHP2、MRPS24、C16orf13、COMMD6、MVP、NDUFV3、ARSA、UQCRC1、C11orf48、NDUFV1、APEH、ACOT6、CST11、ZNF205、DUS2L、CCDC22、SEPX1、POLR2I、NUDT22、ZNHIT1、ICAM2、DOHH、RPS26P11、C11orf74、MRPL23、TIMM17B、SSU72、PFDN5、KLF16、FAM110A、CHCHD1、CISD1、TSPO、GABARAP、ZMYND17、MRPL14、MAP7D1、PDXK、CARS2、RFXANK、HAUS7
、RNASEK、SIRT6、STK11、CYB561D2、RPL31、RP9P、ZDHHC24、RPL23A、EIF3G、BAD、PCBP
4、FKBPL、S100A10、MBD3、TRPT1、RPL22、MPG、MRPS12、IER2、PQBP1、TOM1、TOMM6、CPSF3L、TMEM134、PLIN3、INTS1、COMMD1、EFCAB5、QPCTL、GSTK1、C1orf151、QDPR、PGM1
、PSMC3、NCLN、FHL3、KRTCAP2、ARFGAP2、C4orf3、ZNF688、THOP1、RPS15A、GLYCTK、R3HCC1、ZNF580、EIF3F、SLC25A39、OAZ1、C1orf91、C19orf43、ATP6V0D1、GRN、POLD2、C11orf2、CLPP、PEX16、C19orf25、PLP2、RPLP0、CD151、NDUFS3、DRAP1、FKBP8、S100A16
、MAD2L2、DVL1、ACAA1、TBL3、NDUFS5、AKR7A2、TSSC4、KIAA0415、CENPB、UBOX5、DULLARD、SCARNA7、C6orf129、FHOD1、MRPS25、HSPBP1、FLYWCH2、NDUFA7、GPX1、C8orf58、PIN4、TIMM8B、EIF6、TMEM102、MRPS34、PDF、DBNL、MRPL27、LONP1、MRPL53、RPUSD3、PNPLA6、PPP4C、TWF2、C9orf86、ACOT8、ABHD14B、NUDC、DEXI、TMEM208、LYPLA2、ABHD14A、ZFPL1、FBXW9、CD81、SLC2A8、DCTN3、TPRG1L、ATRIP、BCAP31、FASTK、HCFC1R1、CD59、RPL30、HIGD2A、COX8A、RPLP1、ASL、PIH1D1、GPKOW、POLR2E、PNPLA2、HEMK1、YKT6、ARPC4、AKR1A1、FUNDC2、RPS4X、FAM187B、MAPKAPK3、C1orf50、FBXW5、PGP、ATAD3A、DHRS7B、LRPAP1、RPL7A、ZNF408、C17orf79、AVEN、ATP5J、RPL27、MECR、UBXN6、FAM89B、DYNLRB1、ENO1、MCOLN1、DHRS7、PTOV1、ATG7、SPATA1、IRF3、C17orf59、SH3BGRL3、TRMT112、RPL10A、ECH1、TMEM222、SLC39A3、UBXN1、PLCB3、C19orf62、GNB2L1、PARK7、CDC37、NAPA、TMEM111、UQCR10、RP9、TRADD、CHST12、SLC27A1、NDUFC1、FKBP1A、ZYX、DNAJC4、RER1、LOC407835、B4GALT7、AARSD1、SIRT3、COPE、MED16、EIF5A、ZDHHC4、HM13、ARFGAP1、RPL15、C16orf91、ERCC1、C3orf10、TRIP10、AES、NDUFA4、SNRNP35、DGAT1、IFRD2、C19orf56、DALRD3、DDX56、MANF、NPC2、MOB2、FAM125A、CCDC9、MAP4、C17orf101、C7orf30、CCDC94、RPL4、ITPA、PPP1CA、SEC13、RAC1、RNF181、CXXC1、C1orf159、ADAM15、HMGCL、CHMP1A、IL17RC、TPT1、STX4、PSMD13、TRAPPC1、TEX264、LMAN2、SNRPB、C18orf22、ABCB8、GMPPA、EIF2B3、BCKDK、ALG14、DNAJC1、C3orf75、ACOT9、DMAP1、EIF3I、C19orf53、NUBP2、CRLS1、OVCA2、IDH3G、DAGLB、COMMD9、GNPTG、DTD1、BLVRA、TADA3、RPL6、STX10、C21orf84、NOC2L、RUVBL2、SGTA、PPP2R1A、PRPF31、PSMD8、ARAF、RPL19、TBRG4、NSFL1C、MRPL37、CFL1、TAZ、RPL36AL、RBCK1、RNF126、C17orf49、TMEM53、MLST8、MCTS1、WIPI2、LMNA、SNAPC2、VPS4A、SNX21、SLC25A6、C11orf10、UROD、C1orf123、HAGH、NME6、ZNF787、QARS、C6orf153、DHPS、CINP、AKT1S1、INO80E、ZG16、TRNAU1AP、RPL19P12、MRPS15、RHOG、C11orf68、RNH1、HMOX2、GPATCH3、APBA3、CLN3、XAB2、RDBP、NUDCD3、SGSM3、TAF10、LOC401010、CETN2、DYNLL1、PPIE、TUSC2、ACTB、ERGIC3、ESRRA、OTUB1、C19orf22、TCEB1、PPP2R4、AGAP3、NSDHL、NTAN1、SNRNP70、IDH3B、MTMR14、PMF1、PELI3、RPL3、C1orf212、MBOAT7、PSMB6、MAF1、NUTF2、OCM、SNRPB2、TMEM126A、ORMDL2、EMD、PLEKHM2、NDUFAF3、TMEM115、C9orf11、EIF5AL1、UBE2J2、OTUD5、TMEM101、PSMA2、WIBG、SIRT2、PSMD4、CHMP4B、NDUFAF1、TRAPPC3、WDR45、DAZAP1、PFN1、PFKL、GPS2、DDX41、TCF25、IGBP1、ADK、THOC7、PET112L、POLR2G、SCAMP4、DFFA、CNO
、ANO10、ZNF653、EIF3CL、JMJD8、MAP1LC3B、TSR2、DAD1、CD2BP2、ATP6V0E1、C3orf31
、TMEM129、YIPF1、KRTAP4-9、ACTR1A、SPNS1、C20orf29、CSNK2B、KIAA2013、ADPRHL2、SARS、FAHD1、PEX14、CAPNS1、NACAP1、TMPRSS12、PGRMC2、CXorf40A、ILK、CCT7、MON1A、YIPF2、DEF8、MED11、CTDP1、RALY、ATP6V0C、TELO2、SPCS1、SCAMP3、DCTN2、ADRM1、PTP4A2、LOC284688、TMEM120B、ATG9A、RARS、ZBTB17、CDK16、NPRL3、CALM3、SNORA31、ASNA1、LAS1L、RNF151、MTCH2、SCYL1、C3orf19、RALA、FZR1、P4HB、COPZ1、LRRC47、GNG5、POLL、NKAP、KDELR1、PANK2、STK25、SAR1A、HMGB3L1、DNAJC8、PDZD11、DSTN、HSBP1、RPL29P2、RHOA、KARS、SCAF1、TNMD、HADHA、RBM10、PSMF1、LCN8、PSG8、KRTAP5-5、PRTN3、HBZ、RPS4Y2、RNASE13、PRSS1、RBMXL2、MCART3P、OR7E37P、LOC100128542、CCL16、PAPOLB、APOBEC1、およびHBM；
（Ｃ）UPK1B、UGT1A6、LRRC4、SOX2、SOX2OT、EDIL3、ABCA13、PEG10、ZNF192、TMPRSS11A、SCN9A、GPX2、GLI2、ABO、JAKMIP3、DMRT2、ANKRD36BP1、PCDHGB1、PCDHGB7、CACNA2D1、FER1L6、ADD2、KLHL23、PTPLB、PCDHGB5、CCNT1、LOC650623、FAM157A、AKAP2、IL6ST、LOC730101、BARD1、PRR11、L3MBTL4、TRPV3、RASSF9、FOXE1、GOLIM4、BCMO1、NRCAM、PCDHGA9、RAPGEF6、DGKG、DHX33、LOC641298、REST、MED12L、PCDHGB6、PRKG2、NCOA2、STOX2、DDI2、GALNT5、ZDHHC20、ZNF594、ZC3HAV1L、PCDHGA4、PPTC7、SHPRH、SERTAD4、Z
DHHC11、ASXL2、GPLD1、FSTL4、SERINC5、UHMK1、HIPK3、GTF2A1、MGAT5、ZNF281、MYO5C、FRRS1、ZNF354C、PCDHB8、NBPF16、GAS2L3、RGS17、PCDHGB2、SBNO1、KLHL11、ZDHHC2
、GPR75、ANKRD56、ETV3、TMEM20、GPRC5D、OTX1、DSG2、PTPRZ1、SGK196、WNT9A、ALOX12P2、SPATA13、ZNF551、ZNF430、TMEM189-UBE2V1、CASC5、LOC100170939、DOC2B、C9orf129、LATS1、ARMCX6、USP51、LCOR、RNF168、RASSF3、DUOX2、HIP1、ZNF124、KBTBD7、CGN、TAF1L、CDKL5、FGFR2、MYLK、VANGL2、NCRNA00120、TMEM35、GPR176、TMEM151B、EME2
、N4BP2、DPY19L3、PVRL3、ZNF689、ILDR1、ADAM17、GPR19、REL、ZNF167、ITGA2、ULBP1、DPH3B、SMAD9、IPMK、PCDHGA2、TGFBRAP1、TAOK1、OCLN、ZFP3、IGF2BP2、PCDHGA6、NBPF9、PCDHGA1、NUDT16P1、LRRC37A4、EPS8、BRCA2、KRBA2、ZNF284、PLEKHA7、ROCK2、GMCL1、GTF2I、LIN52、ABCC5、MDN1、MFHAS1、NBPF10、RASA2、ERN1、TSTD2、LEPROT、TXLNG、C1orf58、EFCAB10、CYB5A、TRIM2、BRIP1、ZSCAN12、TTC30B、TRIM56、LOC646471、NBEAL1、LY75、ZNF718、E2F7、ZBTB26、CASP8AP2、TSPYL3、EXOC6B、SLC26A1、LOC402377、STRN、LOC284441、SIX1、ADD3、LOC283314、TXNRD1、C9orf41、C20orf177、SGPP2、ATF2
、ULBP3、LOC641367、EPC1、EVC2、SNHG4、C20orf118、C14orf174、CCDC74B、LOC619207
、LMTK2、CDC14A、ZNF619、PRMT6、GCLC、ZNF641、PLEKHG1、ZNF300、RIF1、C5orf25、CCDC39、CLSPN、TRPV4、ZFP14、MANSC1、DENND2C、LRIG3、PDPR、DZIP1L、USP12、LOC202181、ITGB8、PLAGL1、TTF2、MCF2L、TNFAIP2、ZNF827、NR2C2、FAM161B、NBPF3、ZNF280C、ZNF519、CEP97、PHLDB2、SLC7A8、ZNF572、ELK3、UBXN7、PSIMCT-1、LASS6、CCDC87、SPRY2、ZNF518A、EP300、BAG4、LOC100190986、B4GALNT3、STAG1、GCLM、ARHGAP11B、ATAD5
、STEAP2、MAML2、ZDHHC23、MCM9、PTPN13、ARL13B、GMCL1L、ATE1、FAM135A、CRYBG3、SPRED2、GPR173、MLL5、NR6A1、RNF138P1、ZDHHC21、REV3L、SLC30A4、RUNDC2C、RBL1、DDX21、WDR31、TAS2R5、ZCCHC11、ZFP92、TSSK4、BRWD3、LIMS1、UGCG、PLSCR4、ZNF816A、EML6、MYO9A、DPP8、RPL32P3、MPHOSPH9、TNFRSF11A、TOP2A、PGAP1、RSPRY1、RNF169、LRP8、ATP8B2、LOC100133991、ZNF468、SKIL、HLTF、8-Mar、ZNF28、NFE2L2、GLUD2、COL4A5、MARS2、CHML、ZNF649、PIKFYVE、ACAP2、IVD、LOC283922、NBPF15、RBM43、RAB15、PM20D2、ICK、FGD6、TP63、GALNT3、B3GAT2、ARMCX3、C10orf118、LOC100271836、CEP170
、RBBP5、SLC30A6、RSRC1、CPT1A、KIDINS220、TET3、AKAP10、ELK4、ZNF678、POLQ、SSFA2、C3orf58、HDGFRP3、CHD6、RGPD3、MYSM1、UST、QTRTD1、ADNP、DCLRE1A、PRKX、KIAA1324L、SLC25A40、USP49、PDP2、ZBTB39、B3GNT5、KIAA2018、KCTD20、NF1、KIF14、TOPBP1、DLEU7、C9orf102、RBM12B、HHAT、MANEA、SCD5、TRIM78P、ZNF217、LRRC58、CCDC75
、C4orf36、ANKRD36B、C14orf106、ZKSCAN1、FAM45B、FAM161A、HELB、CLCN2、ARL15、RAD54L2、C2orf86、RPL13P5、PLEKHA1、NNT、LRP6、CTAGE1、SP3、ATR、SOX13、TANC1、DGKE、FRK、ADAM10、ZNF160、LOC647288、PPP4R2、KLF7、PLEKHM3、LRRC8B、SP4、DOCK1、PAFAH1B2、CELSR1、ASH1L、ZNF100、ZNF546、C6orf167、RSBN1L、TAF2、ZMAT3、LPP、ZNF774、ZBTB38、NCK1、CEP152、PAQR3、MCM3APAS、COBLL1、PLEKHA5、CDK8、RIMBP3C、NPHP3
、SERINC4、BBX、MDM1、BIRC6、RB1、CDK5R1、ATP1B1、LOC284100、ECT2、IRF2、XRCC2、DENND4A、CCDC88C、DZIP1、KIAA1524、ELF1、WIPF2、PIP5K1P1、DCUN1D1、PHC3、CEP192
、KIF21A、CMTM1、WHSC1L1、MAP4K3、CHD9、LRRC8D、TAF1、ZNF292、NRSN2、TMEM38B、ZNF432、RAD51AP1、ANKIB1、ZNF776、ETV3L、KBTBD4、IFT80、SMCHD1、DVL3、HELZ、KIF27
、PAPOLG、OSBPL11、INTS2、PIK3R4、TMEM194A、OPHN1、DCK、TCF12、RBL2、CORO2A、ABCC1、ZNF354B、KIAA1804、SQLE、ANKRD17、CTDSPL2、TRIO、MAP3K2、MFSD6、TRRAP、FAM73A、LOC729020、ARL11、C1orf55、EIF2AK2、PIK3CA、RGPD4、ZBTB11、C20orf112、GUSBL1
、KLF5、BTAF1、LIN9、DHX36、PKD2、ZNF828、ZNF791、MSI2、ZFP112、IGSF3、FANCM、KILLIN、DIP2B、PELI1、BAZ2B、C1orf109、URB2、PDZD8、PTAR1、TBCCD1、MCC、NEO1、TRPM7、ZNF148、CCNT2、C5orf42、TMEM14A、MTBP、C11orf30、ARID2、DOCK9、HEATR5B、MAN1A2、CCNJ、ACRBP、ZMYND8、GTF2H3、BPTF、MLL2、ROCK1、DHFRL1、LOC728323、IL28RA、NBPF1、DNMBP、TOR1AIP2、IQCB1、CLDND1、KRIT1、ATP11B、FAM179B、NUP153、ATP8B1、LOC646214、ATP13A3、MAML1、GTF3C4、BCL6、TRUB1、TRAM2、MTSS1、PPP1R2P3、KLHL8、HMGXB4、TTC30A、STXBP4、NCAPD2、FAM117B、MBTD1、XRN1、CEP135、LOC642852、DNAJC13、TOM1L1、EIF2AK3、ZNF529、C1orf124、MYST3、RABL2B、EPC2、SR140、MED13L、SPTBN1、WDR
35、ATAD2B、MTERF、STIL、MTMR1、SGK1、SCPEP1、HIC2、ZNF322A、ZNF800、MGA、NCAPH
、ACTL6A、SGK3、FNDC3A、FUBP1、MTR、SGOL2、GEN1、RBBP4、GALNT4、RMI1、APC、ZFX、MAPK6、ZNF260、PPAT、FBXO5、KLHL28、NCKAP1、KIAA1267、SHROOM2、TMEM39A、EXTL2、PLAGL2、CENPF、ZNF107、KLHL20、ASPM、ZNF141、SMC3、MAP3K5、SOCS4、ANKAR、ABHD2、C10orf18、JRKL、UHRF1BP1、MEGF9、IFT81、ARFGEF2、ZNF70、SMAD3、MOBKL1B、HEATR1、QSER1、USP46、B4GALT4、FZD6、CCDC14、PPP1R2P1、ZNF550、GCC2、KLHDC5、ALMS1、IMPACT、SMARCAD1、11-Sep、PKN2、SYNJ2、TNPO3、MDM2、SMC2、CSNK2A1P、ZNF304、TRIM68、SCYL2、FAM13B、ELOVL5、PHF8、KIAA1009、LANCL1、FAM123B、DIS3L、RBBP8、TMTC3、TNRC6B、CP110、TBC1D8、ARID4A、ZSCAN29、ARL6IP6、AHCTF1、PLXNA1、YEATS2、TAF1A、CASC4、LRRC8A、TET2、ANAPC1、HEATR5A、PHF6、RAI1、GORAB、ZMIZ1、ZNF680、KCTD18、RQCD1、DHX35、AEBP2、ERBB2IP、ZNF765、ZNF782、WDFY3、DHX40、WDHD1、ATXN1L、KCTD3、TOPORS、ARHGEF35、KLHDC10、ASAP1、DICER1、SLC33A1、ANKRD12、DBR1、CEP76、FRS2、SYNGAP1、ZC3H13、LOC100129726、EHBP1、EDEM3、ZNF484、PEX1、SLCO3A1、PRKCI、GPD2、DBF4B、LOC200030、KIAA0247、GPATCH8、EHHADH、AKAP9、BAZ1A、LBR、ZNF397OS、PGBD4、CASD1、KTELC1、C2orf44、ASB3、ARHGAP11A、LMNB1、KIAA0528、ING3、GTSE1、SENP7、FBXO30、SPEN、CDC42BPA、SENP1、ARHGAP5、PAK6、CLINT1、HACE1、GNA13、ADAT1、BBS10、STT3B、FBXO34、ABI2、KIAA1731、VPS13B、TMTC4、SLC25A36、PNPT1、ARHGEF11、ZNF189、ZBTB41、FAM76B、UBXN4、ZNF417、MSL2、POLK、UTP20、ZNRF3、DCAF7、RBM16、ZSWIM6、MED23、ATP2C1、ZNF367、NHSL1、ATXN7L1、PHF3、PIK3C2A、INO80D、NIPA1、BUB1B、MCM8
、PACSIN2、DCAF17、SMC4、LDOC1L、SLC44A1、CTTNBP2NL、RNF111、IDH1、RFX7、EFR3A、ANP32E、ATAD2、NPAT、LRRC16A、WDR11、FUBP3、RNF219、ZNF644、SPIN1、C12orf66、ITSN2、NUP160、ZNF397、GSK3B、ASAP2、PNN、ZNF512、DTL、ZRANB3、FAM98B、EIF2C4、SNX4、FBXO21、G2E3、C14orf135、MOSPD2、ARID1B、RCBTB1、TTC17、KNTC1、TADA2A、SPAST、KIAA0776、ATF1、LOC728640、PPARA、ACVR1B、ZNF498、RNF160、SMC6、RNF44、TTC5、MEX3C、CLASP1、NAPEPLD、TMEM30B、MSH2、USP34、KIAA1430、RBM27、MED13、DLG1、FYTTD1
、ZNF655、AQR、DTWD2、CENPC1、PUS7、SMEK2、WDR44、RPRD2、HIPK1、KIF18B、DMTF1、ZFR、EML4、ARID4B、RYK、GTF3C3、XPOT、UBXN2B、ZNF749、PPM1D、DEK、SPTLC2、C4orf21、ZMYM2、PRKD3、ZNF845、MCCC2、ERCC4、MKL2、RNF13、BRD3、FOXO3、RBMXL1、SLC35A5
、C5orf24、ARHGAP12、RIT1、PATL1、BAT2L2、ARMC8、CCDC52、CD46、NAB1、SUZ12、ZNF275、SMAD5、C1orf131、TMPO、LRIG2、CAMSAP1L1、BRPF3、MTMR4、SDCCAG1、C12orf48、TTC26、TCF7L2、C5orf51、WDSUB1、ARNTL、KDM3B、KIAA0240、ATRX、APPBP2、GTF2E1、RPS6KC1、ARAP3、PHF2、CBLL1、MAP4K5、HPS3、WDR5B、MYST2、GFM1、CTNND1、DDR1、MIER3、C2orf69、PON2、MINPP1、PPP2R5E、RNF43、TAF4、RB1CC1、SMG1、SLC35A3、ZNF37A、E2F3、TUBGCP3、METTL14、PAN2、ZNF548、SSH1、RNF138、CNST、ZZZ3、CBX1、BRCA1、RGPD6、PCNXL2、EPT1、TUBGCP4、SRPK2、PEX26、GPATCH2、PCGF5、NIPBL、XPR1、NCOR1、POLR1B
、DPY19L4、C13orf23、PHIP、B4GALT5、KIF23、USP37、SENP6、HIAT1、RAPH1、NUP155、MED1、ZNF507、RGNEF、TAF5L、ZNF436、SEC23IP、WDR47、ZCCHC8、SASS6、ATP6V1A、SFRS2IP、PPP1R12A、PRDM2、SLC11A2、IREB2、DNMT3A、TMEM185B、USP8、NSUN3、MCM2、TGS1、KIAA0947、JARID2、NCAPG2、WDR3、NFXL1、TCF20、CRKL、ZMYND11、UTP23、ABHD15、ATF7、MAPK1、CASP8、ZNF639、INTS6、TSPYL4、MOBKL1A、POGK、DNAJB14、DIDO1、HEATR6、MFN1、NEDD1、ZBTB1、ZNF664、SOCS5、MUDENG、THAP6、PNPLA8、ASTE1、KIF3A、RNFT1、ZNF621、KIAA1598、SOS1、FAM200A、CRAMP1L、PUM2、ZNF169、MLLT4、ZFP161、NCAPD3、TTC21B、VHL、ZFC3H1、METAP1、ZNF587、TBK1、TANK、DDX18、RAD21、NLN、NECAP1、CHD1、GON4L、COIL、TP53BP1、PIAS3、C17orf80、NCOA6、TPR、C10orf137、ZCCHC2、SETD5、ZBTB6、CEP350、SF3B1、FKTN、C3orf17、PALB2、TP53BP2、GK5、ZNF146、ANKRD40、BMI1、ORC2L、ALS2、PIAS1、PPM1B、ZBTB33、VPS54、ZBTB34、ESF1、PLEKHA3、ZNF326、ZNF627、LCMT2、PPIL4、MARVELD2、CNNM4、FOXO3B、TCERG1、PPP1R15B、TNRC6A、AFTPH、ADSS、BCL2L11、LSG1、UBN2、ALKBH8、TTLL5、C17orf71、MYNN、VEZF1、OSBPL9、BMPR1A、PHF12、PHLPP1、SP1、PRPF38B、C22orf30、SIN3A、PRKAA1、COMMD2、IKZF5、ZNF496、KRAS、TRIM37
、CSNK1G1、FEM1B、ZDHHC17、ZNF12、CCAR1、IPP、HIATL1、CDK12、ZWILCH、RFFL、GMFB
、MRPL3、ZNF623、SENP2、RBM25、CWC22、DCAF12、G3BP2、CCDC117、PDCD10、TNPO1、YLPM1、POM121、UPF2、ANKRA2、MICAL3、NARG2、TMX1、KPNA1、POGZ、DNAJC14、BAZ2A、OXR1、RECQL、RHOT1、APPL2、NUFIP2、XPO1、BRD4、INPP5F、CDC73、MSH6、MAP3K4、KIAA0494、GAPVD1、E2F6、SFRS12、UBE2H、USP33、PTPN11、C2orf60、C9orf6、C9orf80、TMEM30A
、ZNF434、ACTR2、POLR2B、ATXN7L3B、ZNF510、TUBD1、RLF、BRD2、PPIP5K2、ZBED4、BAZ1B、SFRS11、MAP3K7、TUG1、ANKRD11、UBAP2L、FOXJ3、ARFGEF1、PURA、EXOC8、INO80、LGALS8、CDC23、RNF6、THOC2、ZNF740、RIC8B、ZC3H7B、ISG20L2、GTF3C2、EIF4G3、REV1
、NSL1、OPA1、FBXL4、KIAA0317、PIP5K1A、ZXDC、NUPL1、RPE、PIK3CB、CASP3、ADCY3、EP400、FAR1、ZFP64、PPPDE1、RC3H1、R3HDM1、FBXO11、ZNF24、PCNP、NIN、SETX、CSNK1G3、KDM4A、SLC25A13、YY1、TDG、TIMELESS、IKBKAP、GABPB1、ASB7、PNO1、DEPDC5、ATN1、CDC42BPB、PKP4、ZNF562、BRD1、KIAA0753、RBM26、CREB1、TRA2B、NUDT21、MTX3、ATXN2、PRPF4B、SP2、UBE3A、RPRD1B、THAP5、MIS12、LOC728024、MBD4、ANGEL2、C12orf41、ZNF333、WDR45L、CDK17、C6orf120、TMEM181、RCHY1、PAK2、CDC40、HNRNPUL1、RAB3GAP1、DHX9、C1orf107、BCLAF1、POM121C、COPB2、MOBKL2C、RBM41、RABGAP1、LOC144438、TCHP、NAA25、HP1BP3、IPO9、FBXL20、SRGAP2、RALGAPB、PPIG、TRMT61B、ZBTB2、PHF20L1、SLC30A5、KPNB1、WDR43、ZNF143、SENP5、PAPOLA、DARS、7-Mar、PSMD5、MSL1、SMEK1、LARP4、CORO1C、EIF2A、ACLY、ZNF384、CHUK、CEBPZ、PRPF40A、CCDC93、ZNF687、C2orf47、NMD3、SYNCRIP、NAA50、CLTC、NUP54、MPHOSPH10、CTCF、CSRNP2、AGK、ZMYM4、HNRPLL、CDC42SE1、FBXO28、EHMT1、SUDS3、DHX57、ANKRD27、SMCR7L、SYNRG、SFRS13A、RBM33、CBFB、TBP、DDX5、CPSF2、ACTR3、2-Sep、BAG5、PARS2、USP39、SMG7、SRRM1、FAM35A、SART3、FMR1、ARIH1、LUC7L2、SNIP1、CPSF7、CNOT4、TRAF3、CWC25、CPSF6、RAB7A、GGNBP2、DDX42、SFRS1、HNRNPH1、USP3、VTA1、CAPN7、USP10、DHX8、NLK、ZNF638、YTHDC1、RUNDC1、ZKSCAN5、
TFCP2、FAM53C、MKLN1、MATR3、ENOX2、HNRNPK、STAU1、およびRAB5C。 A method for predicting the effectiveness of radiation therapy for head and neck squamous cell carcinoma,
Predicting the effectiveness of radiotherapy for head and neck squamous cell carcinoma in the subject using as an index the expression level of the marker in the head and neck squamous cell carcinoma sample isolated from the subject,
The marker is at least one gene selected from the following (A) to (C):
(A) miR-130b and miR-365b;
(B) C20orf141, JSRP1, TNNT1, RET, DKFZp779M0652, LDHC, CLVS1, FAM66D, MT1L, C11orf20, KRT86, SFTPD, LGALS7, TNFSF12-TNFSF13, BIRC7, LOC100271831, CITED4, USRP2, METRN, RP1, 931 , BIN1, LOC100144603, CFD, C2CD4B, C17orf55, COMTD1, HLA-J, NNMT, TIAF1, HHLA3, RPL13AP3, POLR2L, C9orf170, ANGPTL4, OAZ3, C1orf170, MSRB2, NOSIP, PTPRCAP, SPAG4, SP1RP1 , TOMM7, RPL39, C7orf50, RPL13AP20, C5orf39, C11orf83, ANKRD19, NDUFS7, CCDC85B, SHBG, LY6K, LOC401052, CCDC107, STARD10, RPS15, ENDOG, CEMP1, MVD, NCRNA00152, ARLKBH7, RPL36, ARP , ZNF593, RPL13, HES4, MRPL54, AURKAIP1, RPL29
, LOC606724, TIMM13, FXYD5, DPM3, JOSD2, NDUFB11, PPIAL4G, C11orf67, NDUFA11, UQCR11, EEF1D, CTSF, ROMO1, HINT2, SSR4, MRPL42P5, GADD45GIP1, AMDHD2, APNK3, RPL28, M3 , RPSA, S100A13, C19orf24, TRAPPC2L, CCM2, PUSL1, RRAS, PGLS, TMEM141, AP2S1, ZNF524, PTP4A3, H2AFJ, EDF1, PACSIN3, F12
, SFTPC, FAM173A, TSTA3, TMSB10, CST3, RPL18A, CCS, ATP5I, C19orf70, ATAD3B, RPS2, THAP3, HDAC11, LOC150381, TFPT, LSM7, RPSAP58, PMVK, NME3, TMSL3, SNHG8, SEPW1, 729, 729 , C1orf182, RPS6KB2, MPND, PRR24, RASSF1, PTDSS2, SSSCA1, ADAT3, CCDC96, GMFG, RTN2, PQLC1, SAT2, LOC541471, NUDT1, VMO1, CARHSP1
, RPL13A, RPL11, ZP3, NDUFB10, MBLAC1, RPL14, AGTRAP, ZFAND2B, PSMG3, RPL18, FBXL8, FKBP2, RPS9, OCEL1, RPS21, HYI, NDUFA3, STK19, DECR2, CCDC72, C16orf42, T160, G160 , CLTB, TRAPPC5, RPL34, LOC550643, TMEM219, NDUFA13, PPP1R14B, CDC34, RPS24, C1orf86, PPP1R3F, GUK1, RPL10, MFSD10, TXNL4A, BCL7C, UQCRQ, DDLGK1, C9orf142, 19ARP, 19ARP , HOMER3, ACY1, LENG9, WDR13, FLJ44635, PPP2R3B, GLTSCR2, C9orf23, RPS11, RBKS, UBA52, PPPPF, APRT, STUB1, SAC3D1, TUBA4A, CETN4P, NCRNA00160, LSMD1, TMEMRP3, TSERRP3 , MRPL28, FBXL15, RPS3, BSG, ALDOA, MFSD3, EBP, FAM186A, BCAS4, STX8, SCAND1, POC1A, C6orf108, ROBLD3, C2orf7, RPS10, RPL8, C20orf199, PPIAL4D, ZFAND2A, PLEKHJ1, RPLKHJ1RP , SH2D3A, C19orf10, ETHE1, ZNF581, RPS16, RPL37A, MYEOV2, ARL6IP4, ATOX1, POLE4, SIL1, MAPK11, SLC25A26 EPN1, RPL26, PPIAL4C, UXT, NDUFB7, PRDX5, VPS28, RPS3A, PRELID1, SLC9A3R2, LSM3, NANS, TXNDC17, NMRAL1, FAM180B, RPS5, EEF1G, ATP5EP2, FUNDC2P1, N12, F12, NE12 RPL37, COX4I1, MXD3, MEIG1, CHCHD2, RPS13, EIF3B, SERF2, GBAP1, LOC388955, ARL2, GLTPD1, FAU, DGKZ, GET4, RPL41, NDUFB2, MPST, MRPL20, CCDC12, KCNK6, NUDT2, PP19, C19orf28 FAM127A, FAM108A1
, RPS29, POLD4, FLJ37307, PLSCR3, YIF1B, LYL1, ATPIF1, PRDX4, NDUFS8, ZNF784, STYXL1, EIF3K, RPS8, RPS14, VKORC1, HSD17B10, FIS1, FAM3A, GADD45B, SRM, RPS12, SRM, RPS12, SRP, 1 , TMEM147, ATP5O, PRX, TCEB2, VEGFB, MRPL52, C1orf122, PTRH1, C20orf27, RRP1, SHARPIN, MRPS6, ATP5E, 2-Mar, BACE2, ARFRP1, RPS20, SPSB3, HDGFRP2, NHP2, MRPS24, C16orF13, COMM16 , NDUFV3, ARSA, UQCRC1, C11orf48, NDUFV1, APEH, ACOT6, CST11, ZNF205, DUS2L, CCDC22, SEPX1, POLR2I, NUDT22, ZNHIT1, ICAM2, DOHH, RPS26P11, C11orf74, MRPL23, SUMM17S, MRPL23, TIM17B , CHCHD1, CISD1, TSPO, GABARAP, ZMYND17, MRPL14, MAP7D1, PDXK, CARS2, RFXANK, HAUS7
, RNASEK, SIRT6, STK11, CYB561D2, RPL31, RP9P, ZDHHC24, RPL23A, EIF3G, BAD, PCBP
4, FKBPL, S100A10, MBD3, TRPT1, RPL22, MPG, MRPS12, IER2, PQBP1, TOM1, TOMM6, CPSF3L, TMEM134, PLIN3, INTS1, COMMD1, EFCAB5, QPCTL, GSTK1, C1orf151, QDPR, PGM1
, PSMC3, NCLN, FHL3, KRTCAP2, ARFGAP2, C4orf3, ZNF688, THOP1, RPS15A, GLYCTK, R3HCC1, ZNF580, EIF3F, SLC25A39, OAZ1, C1orf91, C19orf43, ATP6V0D1, GRN, P1 , RPLP0, CD151, NDUFS3, DRAP1, FKBP8, S100A16
, MAD2L2, DVL1, ACAA1, TBL3, NDUFS5, AKR7A2, TSSC4, KIAA0415, CENPB, UBOX5, DULLARD, SCARNA7, C6orf129, FHOD1, MRPS25, HSPBP1, FLYWCH2, NDUFA7, GPX1, C8orF58, GPX1, C8orF58 , PDF, DBNL, MRPL27, LONP1, MRPL53, RPUSD3, PNPLA6, PPP4C, TWF2, C9orf86, ACOT8, ABHD14B, NUDC, DEXI, TMEM208, LYPLA2, ABHD14A, ZFPL1, FBXW9, CD81, SLC2A8, DCTN3, TPRG, 31 , FASTK, HCFC1R1, CD59, RPL30, HIGD2A, COX8A, RPLP1, ASL, PIH1D1, GPKOW, POLR2E, PNPLA2, HEMK1, YKT6, ARPC4, AKR1A1, FUNDC2, RPS4X, FAM187B, MAPKAPK3P, MAPKAPK3P, MAPKAPK3P , LRPAP1, RPL7A, ZNF408, C17orf79, AVEN, ATP5J, RPL27, MECR, UBXN6, FAM89B, DYNLRB1, ENO1, MCOLN1, DHRS7, PTOV1, ATG7, SPATA1, IRF3, C17orf59, SH3BGRL3, TRMT112E, LC3CH3RP1 , UBXN1, PLCB3, C19orf62, GNB2L1, PARK7, CDC37, NAPA, TMEM111, UQCR10, RP9, TRADD, CHST12, SLC27A1, NDUFC1, FKBP1A, ZYX, DNAJC4 , RER1, LOC407835, B4GALT7, AARSD1, SIRT3, COPE, MED16, EIF5A, ZDHHC4, HM13, ARFGAP1, RPL15, C16orf91, ERCC1, C3orf10, TRIP10, AES, NDUFA4, SNRNP35, DGAT3, FRD, C19RD , NPC2, MOB2, FAM125A, CCDC9, MAP4, C17orf101, C7orf30, CCDC94, RPL4, ITPA, PPP1CA, SEC13, RAC1, RNF181, CXXC1, C1orf159, ADAM15, HMGCL, CHMP1A, IL17RC, TPT1, STX4, MD , LMAN2, SNRPB, C18orf22, ABCB8, GMPPA, EIF2B3, BCKDK, ALG14, DNAJC1, C3orf75, ACOT9, DMAP1, EIF3I, C19orf53, NUBP2, CRLS1, OVCA2, IDH3G, DAGLB, DTMD1, T , STX10, C21orf84, NOC2L, RUVBL2, SGTA, PPP2R1A, PRPF31, PSMD8, ARAF, RPL19, TBRG4, NSFL1C, MRPL37, CFL1, TAZ, RPL36AL, RBCK1, RNF126, C17orf49, TMEM53, MLST8, MCTS1, MLST8, MCTS1 , VPS4A, SNX21, SLC25A6, C11orf10, UROD, C1orf123, HAGH, NME6, ZNF787, QARS, C6orf153, DHPS, CINP, AKT1S1, INO80E, ZG16, TRNAU1AP, R PL19P12, MRPS15, RHOG, C11orf68, RNH1, HMOX2, GPATCH3, APBA3, CLN3, XAB2, RDBP, NUDCD3, SGSM3, TAF10, LOC401010, CETN2, DYNLL1, PPIE, TUSC2, ACTB, ERGIC3, ESRRA, OTUB22, C19 PPP2R4, AGAP3, NSDHL, NTAN1, SNRNP70, IDH3B, MTMR14, PMF1, PELI3, RPL3, C1orf212, MBOAT7, PSMB6, MAF1, NUTF2, OCM, SNRPB2, TMEM126A, ORMDL2, EMD, PLEKHM1, MELK11, NDFUF3T UBE2J2, OTUD5, TMEM101, PSMA2, WIBG, SIRT2, PSMD4, CHMP4B, NDUFAF1, TRAPPC3, WDR45, DAZAP1, PFN1, PFKL, GPS2, DDX41, TCF25, IGBP1, ADK, THOC7, PET112L, POLR2G, SCAMPC, DF
, ANO10, ZNF653, EIF3CL, JMJD8, MAP1LC3B, TSR2, DAD1, CD2BP2, ATP6V0E1, C3orf31
, TMEM129, YIPF1, KRTAP4-9, ACTR1A, SPNS1, C20orf29, CSNK2B, KIAA2013, ADPRHL2, SARS, FAHD1, PEX14, CAPNS1, NACAP1, TMPRSS12, PGRMC2, CXorf40A, ILK, CCT7, MON1A, YIPM11, DEF1 , RALY, ATP6V0C, TELO2, SPCS1, SCAMP3, DCTN2, ADRM1, PTP4A2, LOC284688, TMEM120B, ATG9A, RARS, ZBTB17, CDK16, NPRL3, CALM3, SNORA31, ASNA1, LAS1L, RNF151, MTCH2, LAF1, C3 , P4HB, COPZ1, LRRC47, GNG5, POLL, NKAP, KDELR1, PANK2, STK25, SAR1A, HMGB3L1, DNAJC8, PDZD11, DSTN, HSBP1, RPL29P2, RHOA, KARS, SCAF1, TNMD, HADHA, RBM10, PSMFG, 8N , KRTAP5-5, PRTN3, HBZ, RPS4Y2, RNASE13, PRSS1, RBMXL2, MCART3P, OR7E37P, LOC100128542, CCL16, PAPOLB, APOBEC1, and HBM;
(C) UPK1B, UGT1A6, LRRC4, SOX2, SOX2OT, EDIL3, ABCA13, PEG10, ZNF192, TMPRSS11A, SCN9A, GPX2, GLI2, ABO, JAKMIP3, DMRT2, ANKRD36BP1, PCDHGB1, PCDHGB7, 1 , PCDHGB5, CCNT1, LOC650623, FAM157A, AKAP2, IL6ST, LOC730101, BARD1, PRR11, L3MBTL4, TRPV3, RASSF9, FOXE1, GOLIM4, BCMO1, NRCAM, PCDHGA9, RAPGEF6, DGKG, DHX33, LOC641298, RPC, ED , NCOA2, STOX2, DDI2, GALNT5, ZDHHC20, ZNF594, ZC3HAV1L, PCDHGA4, PPTC7, SHPRH, SERTAD4, Z
DHHC11, ASXL2, GPLD1, FSTL4, SELINC5, UHMK1, HIPK3, GTF2A1, MGAT5, ZNF281, MYO5C, FRRS1, ZNF354C, PCDHB8, NBPF16, GAS2L3, RGS17, PCDHGB2, SBNO1, KLHL11, ZDHHC2
, GPR75, ANKRD56, ETV3, TMEM20, GPRC5D, OTX1, DSG2, PTPRZ1, SGK196, WNT9A, ALOX12P2, SPATA13, ZNF551, ZNF430, TMEM189-UBE2V1, CASC5, LOC100170939, DOC2B, C9orf129, LAX1, CLC , RASSF3, DUOX2, HIP1, ZNF124, KBTBD7, CGN, TAF1L, CDKL5, FGFR2, MYLK, VANGL2, NCRNA00120, TMEM35, GPR176, TMEM151B, EME2
, N4BP2, DPY19L3, PVRL3, ZNF689, ILDR1, ADAM17, GPR19, REL, ZNF167, ITGA2, ULBP1, DPH3B, SMAD9, IPMK, PCDHGA2, TGFBRAP1, TAOK1, OCLN, ZFP3, IGF2BP1, DTPFGA6, NBPF9, RC , EPS8, BRCA2, KRBA2, ZNF284, PLKHA7, ROCK2, GMCL1, GTF2I, LIN52, ABCC5, MDN1, MFHAS1, NBPF10, RASA2, ERN1, TSTD2, LEPROT, TXLNG, C1orf58, EFCAB10, CYB5A, TRIM2, BRI, B , TRIM56, LOC646471, NBEAL1, LY75, ZNF718, E2F7, ZBTB26, CASP8AP2, TSPYL3, EXOC6B, SLC26A1, LOC402377, STRN, LOC284441, SIX1, ADD3, LOC283314, TXNRD1, C9orf41, C20orf177, SGPP2,
, ULBP3, LOC641367, EPC1, EVC2, SNHG4, C20orf118, C14orf174, CCDC74B, LOC619207
, LMTK2, CDC14A, ZNF619, PRMT6, GCLC, ZNF641, PLEKHG1, ZNF300, RIF1, C5orf25, CCDC39, CLSPN, TRPV4, ZFP14, MANSC1, DENND2C, LRIG3, PDPR, DZIP1L, USP12, LOC202181, ITGB8L , TNFAIP2, ZNF827, NR2C2, FAM161B, NBPF3, ZNF280C, ZNF519, CEP97, PHLDB2, SLC7A8, ZNF572, ELK3, UBXN7, PSIMCT-1, LASS6, CCDC87, SPRY2, ZNF518A, EP300, BAG4, LOC100190GC , ARHGAP11B, ATAD5
, STEAP2, MAML2, ZDHHC23, MCM9, PTPN13, ARL13B, GMCL1L, ATE1, FAM135A, CRYBG3, SPRED2, GPR173, MLL5, NR6A1, RNF138P1, ZDHHC21, REV3L, SLC30A4, RUNDC2C, RBL1, DDX21W11 , TSSK4, BRWD3, LIMS1, UGCG, PLSCR4, ZNF816A, EML6, MYO9A, DPP8, RPL32P3, MPHOSPH9, TNFRSF11A, TOP2A, PGAP1, RSPRY1, RNF169, LRP8, ATP8B2, LOC100133991, ZNF468, SKIL, TF , NFE2L2, GLUD2, COL4A5, MARS2, CHML, ZNF649, PIKFYVE, ACAP2, IVD, LOC283922, NBPF15, RBM43, RAB15, PM20D2, ICK, FGD6, TP63, GALNT3, B3GAT2, ARMCX3, C10orf36, EP10027
, RBBP5, SLC30A6, RSRC1, CPT1A, KIDINS220, TET3, AKAP10, ELK4, ZNF678, POLQ, SSFA2, C3orf58, HDGFRP3, CHD6, RGPD3, MYSM1, UST, QTRTD1, ADNP, DCLRE1A, PRKX, KIA2524L , ZBTB39, B3GNT5, KIAA2018, KCTD20, NF1, KIF14, TOPBP1, DLEU7, C9orf102, RBM12B, HHAT, MANEA, SCD5, TRIM78P, ZNF217, LRRC58, CCDC75
, C4orf36, ANKRD36B, C14orf106, ZKSCAN1, FAM45B, FAM161A, HELB, CLCN2, ARL15, RAD54L2, C2orf86, RPL13P5, PLEKHA1, NNT, LRP6, CTAGE1, SP3, ATR, SOX13, TANC1, DGKE, FRNC , PPP4R2, KLF7, PLEKHM3, LRRC8B, SP4, DOCK1, PAFAH1B2, CELSR1, ASH1L, ZNF100, ZNF546, C6orf167, RSBN1L, TAF2, ZMAT3, LPP, ZNF774, ZBTB38, NCK1, CEP152, PAQAP3MC, HA3 , RIMBP3C, NPHP3
, SELINC4, BBX, MDM1, BIRC6, RB1, CDK5R1, ATP1B1, LOC284100, ECT2, IRF2, XRCC2, DENND4A, CCDC88C, DZIP1, KIAA1524, ELF1, WIPF2, PIP5K1P1, DCUN1D192, PHC3, CEP
, KIF21A, CMTM1, WHSC1L1, MAP4K3, CHD9, LRRC8D, TAF1, ZNF292, NRSN2, TMEM38B, ZNF432, RAD51AP1, ANKIB1, ZNF776, ETV3L, KBTBD4, IFT80, SMCHD1, DVL3, HELZ, KIF27
, PAPOLG, OSBPL11, INTS2, PIK3R4, TMEM194A, OPHN1, DCK, TCF12, RBL2, CORO2A, ABCC1, ZNF354B, KIAA1804, SQLE, ANKRD17, CTDSPL2, TRIO, MAP3K2, MFSD6, TRRAP, FAM73ARL11A1 , PIK3CA, RGPD4, ZBTB11, C20orf112, GUSBL1
, KLF5, BTAF1, LIN9, DHX36, PKD2, ZNF828, ZNF791, MSI2, ZFP112, IGSF3, FANCM, KILLIN, DIP2B, PELI1, BAZ2B, C1orf109, URB2, PDZD8, PTAR1, TBCCD1, MCC, NEO1, TRPM, 2 , C5orf42, TMEM14A, MTBP, C11orf30, ARID2, DOCK9, HEATR5B, MAN1A2, CCNJ, ACRBP, ZMYND8, GTF2H3, BPTF, MLL2, ROCK1, DHFRL1, LOC728323, IL28RA, NBPF1, DNMBP, TOR1AIP2, DNMBP, TOR1AIP2 , FAM179B, NUP153, ATP8B1, LOC646214, ATP13A3, MAML1, GTF3C4, BCL6, TRUB1, TRAM2, MTSS1, PPP1R2P3, KLHL8, HMGXB4, TTC30A, STXBP4, NCAPD2, FAM117B, MBTD1, 1351, MBTD1, EP1 , ZNF529, C1orf124, MYST3, RABL2B, EPC2, SR140, MED13L, SPTBN1, WDR
35, ATAD2B, MTERF, STIL, MTMR1, SGK1, SCPEP1, HIC2, ZNF322A, ZNF800, MGA, NCAPH
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, CSNK1G1, FEM1B, ZDHHC17, ZNF12, CCAR1, IPP, HIATL1, CDK12, ZWILCH, RFFL, GMFB
, MRPL3, ZNF623, SENP2, RBM25, CWC22, DCAF12, G3BP2, CCDC117, PDCD10, TNPO1, YLPM1, POM121, UPF2, ANKRA2, MICAL3, NARG2, TMX1, KPNA1, POGZ, DNAJC14, BAZ2A, OXR1, LOX1, L , NUFIP2, XPO1, BRD4, INPP5F, CDC73, MSH6, MAP3K4, KIAA0494, GAPVD1, E2F6, SFRS12, UBE2H, USP33, PTPN11, C2orf60, C9orf6, C9orf80, TMEM30A
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TFCP2, FAM53C, MKLN1, MATR3, ENOX2, HNRNPK, STAU1, and RAB5C.
。 The method according to any one of claims 1 to 7, wherein the head and neck squamous cell carcinoma is HPV negative.
一項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 8, wherein the head and neck squamous cell carcinoma is HPV negative oropharyngeal squamous cell carcinoma.
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