JP2018505141A - クマリン系化合物及び関連する方法 - Google Patents

クマリン系化合物及び関連する方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2018505141A
JP2018505141A JP2017531589A JP2017531589A JP2018505141A JP 2018505141 A JP2018505141 A JP 2018505141A JP 2017531589 A JP2017531589 A JP 2017531589A JP 2017531589 A JP2017531589 A JP 2017531589A JP 2018505141 A JP2018505141 A JP 2018505141A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
substituted
alkyl
alkylthio
heteroalkyl
alkoxy
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2017531589A
Other languages
English (en)
Other versions
JP6814139B2 (ja
Inventor
デ ヘスス サンチェス,アンソニー
デ ヘスス サンチェス,アンソニー
Original Assignee
バイオサーチ テクノロジーズ インコーポレイテッド
バイオサーチ テクノロジーズ インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by バイオサーチ テクノロジーズ インコーポレイテッド, バイオサーチ テクノロジーズ インコーポレイテッド filed Critical バイオサーチ テクノロジーズ インコーポレイテッド
Publication of JP2018505141A publication Critical patent/JP2018505141A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6814139B2 publication Critical patent/JP6814139B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D405/00Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom
    • C07D405/02Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings
    • C07D405/06Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings linked by a carbon chain containing only aliphatic carbon atoms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D311/00Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings
    • C07D311/02Heterocyclic compounds containing six-membered rings having one oxygen atom as the only hetero atom, condensed with other rings ortho- or peri-condensed with carbocyclic rings or ring systems
    • C07D311/04Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring
    • C07D311/06Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring with oxygen or sulfur atoms directly attached in position 2
    • C07D311/08Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring with oxygen or sulfur atoms directly attached in position 2 not hydrogenated in the hetero ring
    • C07D311/12Benzo[b]pyrans, not hydrogenated in the carbocyclic ring with oxygen or sulfur atoms directly attached in position 2 not hydrogenated in the hetero ring substituted in position 3 and unsubstituted in position 7
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D491/00Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00
    • C07D491/02Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00 in which the condensed system contains two hetero rings
    • C07D491/04Ortho-condensed systems
    • C07D491/044Ortho-condensed systems with only one oxygen atom as ring hetero atom in the oxygen-containing ring
    • C07D491/052Ortho-condensed systems with only one oxygen atom as ring hetero atom in the oxygen-containing ring the oxygen-containing ring being six-membered
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07DHETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D491/00Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00
    • C07D491/12Heterocyclic compounds containing in the condensed ring system both one or more rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms and one or more rings having nitrogen atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by groups C07D451/00 - C07D459/00, C07D463/00, C07D477/00 or C07D489/00 in which the condensed system contains three hetero rings
    • C07D491/16Peri-condensed systems
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical

Abstract

本発明は、概して、生体分子を標識するために使用可能なクマリン系化合物、並びに、関連する合成方法及び試験方法に関する。該クマリン系化合物は、典型的には、核酸の自動合成に必要な条件にて、実質的な程度の分解又は変質を受けることなく残存し続ける。【選択図】なし

Description

本発明は、概して、生体分子を標識するために使用可能なクマリン系化合物、並びに、関連する合成方法及び試験方法に関する。
研究者達は、オリゴヌクレオチドを標識するためのクマリンの使用についての研究を続けている。研究者達は、そのような化合物の合成操作に関連する本質的な困難について、以下のように指摘している:「クマリン色素は、明るく発光する有機発蛍光物質を表すが、DNA開裂および脱保護の間の典型的な強い塩基性条件下において安定ではない。そのため、これらの標識は、従来のホスホロアミダイト化学を用いてオリゴヌクレオチドに組み込むことができない。」 Berndl, S. et al. “Comparison of a Nucleosidic vs Non-Nucleosidic Postsynthetic ‘Click’ Modification of DNA with Base-Labile Fluorescent Probes(塩基不安定蛍光プローブを用いたDNAの合成後「クリック」修飾における、ヌクレオシド修飾と非ヌクレオシド修飾との比較)” Bioconjugate Chem. 2009, 20, 558-564.
クマリンは、「クリックケミストリー」及び活性化エステル化学を用いて、オリゴヌクレオチドに合成後に共役されている。対応するクマリンホスホロアミダイトを用いてクマリンをオリゴヌクレオチドに組み込んでいる例は、ほとんどない。例えば、US2004191796は、以下に示すような単独のクマリンホスホロアミダイト(構造1)について論述している:
Figure 2018505141
WO1996028438は、いくつかのクマリンホスホロアミダイト(構造2〜5)について論述している。全ての場合において、ホスホロアミダイト部位は、クマリン芳香族環に付着している。対応するオリゴヌクレオチドの脱保護には、高温アンモニアが使用されている。
Figure 2018505141
Figure 2018505141
Figure 2018505141
Figure 2018505141
EP1842923は、色素標識されたヌクレオチド誘導体に関する。この参考文献は、メタンスルホニルアミノインドールを介してホスホロアミダイトに連結されたクマリンについて論述している。この試薬から調製されたオリゴヌクレオチドは、アンモニアを用いて室温で2時間脱保護された。この化合物である構造6は、RocheよりCyan 500として販売されている。
Figure 2018505141
Kobertzらは、ソラレン系リボースホスホロアミダイト(構造7)について報告している(J. Am. Chem. Soc., 1997, 119 (25), pp 5960-5961)。 この参考文献は、このような化合物をPAC保護されたホスホロアミダイトと共に用いたオリゴヌクレオチドの調製について論述している。生成物は開裂されて、EtOH中10%DBUにより室温で24時間脱保護された。
Figure 2018505141
Braunsらは、クマリン−C−リボシドホスホロアミダイト(構造8)について報告している(J. Am. Chem. Soc., 1999, 121 (50), pp 11644-11649)。支持体からの対応するオリゴヌクレオチドの開裂および脱保護は、25℃で16時間、濃NHOHで処理することによって達成された。
Figure 2018505141
Ivanaらは、単独のクマリンホスホロアミダイト(構造9)について報告している(Collect. Czech. Chem. Commun. 2007, 72, 996-1004)。この参考文献は、DNA合成の例について何ら論述していない。
Figure 2018505141
Goguenらは、ホスホアミノ酸の調製における中間体としてのクマリンホスホロアミダイト(構造10)の調製について報告している(J. Am. Chem. Soc., 2011, 133 (29), pp 11038-11041)。
Figure 2018505141
Mengeらは、核酸塩基を介してヌクレオチドホスホロアミダイトに連結されたクマリン(構造11)の調製について報告している(Org. Lett., 2011, 13 (17), pp 4620-4623)。ホスホロアミダイトを用いて合成された対応するオリゴヌクレオチドは、室温でアンモニアを用いて開裂及び脱保護された。
Figure 2018505141
Sunらは、クリック共役におけるアルキン修飾クマリンホスホロアミダイト(構造12)の使用について報告している(Bioconj. Chem. 2013, 24(7):1226-34)。
Figure 2018505141
ある態様では、本発明は、構造14の化合物を提供する。
Figure 2018505141
整数mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。整数nは、0、1、2又は3である。整数oは、0、1、2又は3である。整数pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
他の態様では、本発明は、以下の化合物を提供する。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
Xは、−NH、−NHR12、−NR1314、−NHC(O)R16である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
及びRは、−H又は(C−C)アルキルから独立して選択される、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
Xは、−NH、−NHR12、−NR1314、−NHC(O)R16である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
24及びR25は、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
及びRは、独立してH又はCHであり、
EWGは、電子求引基である。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19及びR20は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
及びRは、−H及び(C−C)アルキルから独立して選択される、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、oは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
24及びR25は、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して4、5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
及びRは、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
24及びR25は、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH及びCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
24及びR25は、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
mは、0、1、2又は3である、上述の化合物。
25は、(C−C)アルキルである、上述の化合物。
Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
は、−Hである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
は、−NRである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
は、−Hである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
以下の構造の化合物:
Figure 2018505141
ここで、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
は、−H又は−CHである、上述の化合物。
は、−Hである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
は、−NRである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
は、−Hである、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成する、上述の化合物。
クマリン成分を含むオリゴヌクレオチドプローブを作製する方法であって、以下のステップを含む、方法。
1)固相合成法を用いてオリゴヌクレオチドを合成するステップであって、それによって固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供する、ステップ。
2)前記固体支持体結合オリゴヌクレオチドを、ホスホロアミダイト成分を含むクマリン化合物と反応させるステップであって、それによってクマリン成分を含む固体支持体結合オリゴヌクレオチドプローブを提供するステップ。
3)2時間〜8時間の間に、濃アンモニア中にて50℃〜70℃の温度で前記プローブを固体支持体から取り去るステップ。
4)前記プローブを単離するステップであって、単離された前記プローブのクマリン成分が5.0%未満の程度にまで分解されている、ステップ。
前記単離されたプローブの前記クマリン成分は、2.5%未満の程度にまで分解されている、上述の方法。
前記ホスホロアミダイト成分を含むクマリン化合物は、以下の構造のものである、上述の方法:
Figure 2018505141
ここで、
mは、1、2、3、4又は5であり、
nは、1、2又は3であり、
oは、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−O−P(NR2223)OCHCH−EWG又は(CHCHO)−CHCHOP(NR2223)OCHCH−EWG(ここで、aは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
前記ホスホロアミダイト成分を含むクマリン化合物は、以下の構造のものである、上述の方法:
Figure 2018505141
ここで、
mは、1、2、3、4又は5であり、
nは、1、2又は3であり、
oは、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
Xは、−O−P(NR2223)OCHCH−EWG又は(CHCHO)−CHCHOP(NR2223)OCHCH−EWG(ここで、aは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
前記ホスホロアミダイト成分を含むクマリン化合物は、以下の構造のものである、上述の方法:
Figure 2018505141
ここで、
mは、1、2、3、4又は5であり、
nは、1、2又は3であり、
oは、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
Xは、−O−P(NR2223)OCHCH−EWG又は(CHCHO)−CHCHOP(NR2223)OCHCH−EWG(ここで、aは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
前記ホスホロアミダイト成分を含むクマリン化合物は、以下の構造のものである、上述の方法:
Figure 2018505141
ここで、
mは、1、2、3、4又は5であり、
nは、1、2又は3であり、
oは、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
Xは、−O−P(NR2223)OCHCH−EWG又は(CHCHO)−CHCHOP(NR2223)OCHCH−EWG(ここで、aは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
以下の構造のクマリン−CPG化合物:
Figure 2018505141
ここで、前記クマリン成分は、以下の構造のものである:
Figure 2018505141
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、ラジカル、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、ラジカル、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
前記クマリン成分は、R又はRのいずれかを介して前記クマリン−CPG化合物に付着しており、
Zは、(CHであり、ここで、xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
リンカー1は、OC(O)(CHO(CH(CO)、NHC(O)(CHO(CH(CO)から選択され、ここで、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、zは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
リンカー2は、NH(CH及びO(CHから選択され、ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。
前記クマリン成分が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物:
Figure 2018505141
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
前記クマリン成分が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物:
Figure 2018505141
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
前記クマリン成分が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物:
Figure 2018505141
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
前記クマリン成分が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物:
Figure 2018505141
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHであり、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
クマリン−CPG化合物を作製する方法であって、以下のステップを含む方法。
a)以下の構造の第1クマリン系化合物を調製するステップ。
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
LGは、脱離基であり、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
b)前記第1クマリン系化合物を、以下の構造のアミンと反応させるステップであって、
Figure 2018505141
ここで、
Zは、(CHであり、ここで、xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
Aは、(CHであり、ここで、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
それによって、以下の構造の第2クマリン系化合物を提供する、ステップ。
Figure 2018505141
c)前記第2クマリン系化合物を、以下の構造の第1リンカー基と反応させるステップ。
Figure 2018505141
ここで、
LGは、第1脱離基であり、LGは、第2脱離基であり、Dは、(CH(xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、Eは、(CH(yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、
それによって、以下の構造の第3クマリン系化合物を提供する、ステップ。
Figure 2018505141
d)前記第3クマリン系化合物を、求核剤で修飾されたCPGと反応させるステップであって、
Figure 2018505141
それによって、クマリン−CPG化合物を提供する、ステップ。
前記第1クマリン系化合物が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物を作製する方法。
Figure 2018505141
LGは、脱離基であり、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
及びRは、独立してH又はCHである。
前記第1クマリン系化合物が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物を作製する方法。
Figure 2018505141
LGは、脱離基であり、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHであり、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択される、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環を形成する。
前記第1クマリン系化合物が以下の構造である、上述のクマリン−CPG化合物を作製する方法。
Figure 2018505141
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
LGは、脱離基であり、
は、H又はCHであり、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
他に明記されない限り、本明細書及び特許請求の範囲にて使用される以下の用語は、以下に示す意味を有する。
定義
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、一般に、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。全般的に、本明細書中で使用される命名法及び以下に記載される細胞培養、分子遺伝学、有機化学及び核酸化学及びハイブリダイゼーションにおける実験手順は、当技術分野において周知かつ一般的に使用されるものである。核酸及びペプチド合成には、標準技術が使用される。全般的に、酵素反応及び精製ステップは、製造業者の仕様書に従って実施される。本明細書全体を通じて提供される技術及び手順は、全般的に、当技術分野における従来の方法及び様々な一般的な参考書に従って行われる(全般的に、Sambrook et al. MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2d ed.
(1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.を参照のこと。これらの文献は、参照により本明細書に組み込まれる)。本明細書で使用される命名法及び分析化学における実験室手順、並びに以下に記載される合成有機化学は、当技術分野で周知で一般的に使用されているものである。化学合成及び化学分析には、標準的な技術又はその改変が使用される。
本明細書にて使用される場合、「分析物」は、診断試験が実施される任意の化合物又は分子を意味する。分析物は、例えば、タンパク質、ペプチド、炭水化物、多糖類、糖タンパク質、ホルモン、受容体、抗原、抗体、ウイルス、基質、代謝産物、遷移状態類縁体、補助因子、阻害物質、薬物、色素、栄養素、成長因子等であり得るが、これらに限定されない。
本明細書にて使用される場合、「エネルギー移動」は、励起基の励起状態エネルギーが、消光物質のような修飾基によって変更されるプロセスをいう。励起状態のエネルギー修飾基が消光基である場合には、蛍光基からの蛍光発光が減光(消光)させられる。エネルギー移動は、蛍光共鳴エネルギー移動又は直接エネルギー移動を介して起こり得る。これらの2つの場合における正確なエネルギー移動機構は、異なっている。本出願においてエネルギー移動について何らかの言及をする場合には、これらの機構的に異なる現象の全てが包含されることについて理解されるべきである。
本明細書にて使用される場合、「エネルギー移動対」は、エネルギー移動に関与する任意の2つの分子をいう。典型的には、一方の分子は蛍光基として作用し、他方の分子は蛍光修飾基として作用する。本発明の好ましいエネルギー移動対は、本発明の蛍光基及び消光基を含む。この適用において、エネルギー移動対の個々の要素が同一であることについては、制限されない。必要とされるのは、個々の要素間の距離がある臨界量だけ変化した場合に、エネルギー移動対の全体としての分光的性質が測定可能なように変化することのみである。「エネルギー移動対」は、エネルギー移動が起こる複合体を形成する分子の群を示すために使用される。このような複合体は、例えば、互いに異なっていてもよい2つの蛍光基と1つの消光基、2つの消光基と1つの蛍光基、又は、複数の蛍光基と複数の消光基を含み得る。複数の蛍光基及び/又は複数の消光基がある場合には、個々の基は互いに異なっていてもよい。
本明細書にて使用される場合、「蛍光修飾基」は、蛍光基からの蛍光発光を何らかの形で変化させることができる本発明の分子をいう。蛍光修飾基は、全般的に、エネルギー移動機構によってこのことを達成する。蛍光修飾基の独自性に応じて、蛍光発光は、減光、完全消光、増光、波長のシフト、極性のシフト及び蛍光寿命の変化を含むがこれらに限定されない多くの変更を受け得る。蛍光修飾基の一例としては、消光基が挙げられる。
本明細書にて使用される場合、「消光基」は、蛍光基によって発光される光を少なくとも部分的に減光させ得る本発明の任意の蛍光修飾基をいう。この減光は、本明細書では「消光」と称される。したがって、消光基の存在下にて蛍光基に照射すると、発光シグナルは想定よりも強度が低下するか、完全に生じなくなる。消光は、典型的には、蛍光基と消光基との間のエネルギー移動を介して起こる。
本明細書にて使用される場合、「核酸」は、DNA、RNA、一本鎖、二本鎖又はより高度に凝集したハイブリダイゼーションモチーフ、及びその任意の化学修飾を意味する。修飾には、追加の電荷、分極率、水素結合、静電相互作用及び核酸リガンドベース又は核酸リガンドへの流動性を全体として導入する化学基を提供する修飾が含まれるが、これらに限定されない。このような修飾には、ペプチド核酸(PNA)、ホスホジエステル基修飾(例えば、ホスホロチオエート、メチルホスホネート)、2’位糖修飾、5位ピリミジン修飾、環外アミンにおける8位プリン修飾、4−チオウリジンの置換、5−ブロモ又は5−ヨード−ウラシルの置換、骨格修飾、メチル化や、イソ塩基、イソシチジン及びイソグアニジンのような異常塩基対形成の組み合わせ等が含まれるが、これらに限定されない。また、核酸には、例えば、ニトロインドールなどの非天然塩基も含まれ得る。また、修飾には、BHQ、フルオロフォア又は他の成分によるキャッピングのような3’及び5’修飾も含まれ得る。
「ペプチド」は、モノマーがアミノ酸であってアミド結合を介して一緒に結合しているポリマーをいい、ポリペプチドとも称される。アミノ酸がα-アミノ酸である場合には、L−光学異性体又はD−光学異性体のいずれかが使用され得る。加えて、非天然アミノ酸、例えば、β−アラニン、フェニルグリシン及びホモアルギニンも含まれる。遺伝子にコードされていない一般的に遭遇するアミノ酸もまた、本発明において使用されてよい。本発明で使用される全てのアミノ酸は、D体またはL体のいずれであってもよい。全般的には、L体が好ましい。加えて、他のペプチド模倣体もまた、本発明において有用である。一般的な総説については、CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY OF AMINO ACIDS, PEPTIDES AND PROTEINS(アミノ酸、ペプチド及びタンパク質の化学および生化学), B. Weinstein, eds., Marcel Dekker, New York, p. 267 (1983)中のSpatola, A. F.を参照のこと。
「生物活性種」は、生体に投与された際に、その生体に影響を与える分子をいう。典型的な生物活性種には、医薬品、農薬、除草剤、成長調節剤等が含まれる。生物活性種には、小分子(すなわち、約1000ダルトン未満)、オリゴマー、ポリマー等が包含される。また、核酸及びその類縁体、ペプチド及びその類縁体等も含まれる。
本明細書では、用語「アルキル」は、分枝又は非分枝の、飽和又は不飽和の、一価及び二価の炭化水素基であって、全般的に約1〜30個の炭素、好ましくは4〜20個の炭素、より好ましくは6〜18個の炭素を有するものを示すために使用される。アルキル基は、1〜6個の炭素原子を有する場合、「低級アルキル」と称される。好適なアルキル基には、例えば、1つ以上のメチレン基、メチン(methine)基及び/又はメチン(methyne)基を含む構造が含まれる。分枝鎖構造は、i−プロピル、t−ブチル、i−ブチル、2−エチルプロピル等と同様の分枝モチーフを有する。本明細書にて使用される場合、該用語には、「置換アルキル」及び「環状アルキル」が包含される。用語(C〜C)アルキルは、1〜8個の炭素原子を有するアルキルをいう。
「置換アルキル」は、1つ以上の置換基を含む上記のアルキルをいい、該置換基としては、例えば、低級アルキル、アリール、アシル、ハロゲン(すなわち、アルキルハロ。例えば、CF)、ヒドロキシ、アミノ、アルコキシ、アルキルアミノ、アシルアミノ、チオアミド、アシルオキシ、アリールオキシ、アリールオキシアルキル、メルカプト、チア、アザ、オキソ、飽和及び不飽和環状炭化水素の両方、複素環などが挙げられる。これらの基は、アルキル成分の任意の炭素又は置換基に付着していてもよい。加えて、これらの基は、アルキル鎖からぶら下がっていてもよく、アルキル鎖と一体となっていてもよい。
本明細書では、用語「アリール」は、芳香族置換基を示すために使用される。芳香族置換基は、単一の芳香環であってもよく、共に縮合している、共有結合している又はジアゾ、メチレン若しくはエチレン部分のような共通基に連結している複数の芳香環であってもよい。一般的な連結基は、ベンゾフェノン中に含まれるようなカルボニルであってもよい。芳香族環には、とりわけフェニル、ナフチル、ビフェニル、ジフェニルメチル及びベンゾフェノンが含まれていてもよい。用語「アリール」には、「アリールアルキル」及び「置換アリール」が包含される。
「置換アリール」は、1つ以上の置換基を含む上記のアリールをいい、該置換基としては、低級アルキル、アシル、ハロゲン、アルキルハロ(例えば、CF)、ヒドロキシ、アミノ、アルコキシ、アルキルアミノ、アシルアミノ、アシルオキシ、フェノキシ、メルカプト、及び、芳香族環に縮合している、共有結合している又はジアゾ、メチレン若しくはエチレン部分のような共通基に連結している飽和及び不飽和環状炭化水素の両方が挙げられる。また、連結基は、シクロヘキシルフェニルケトンのようなカルボニルであってもよい。用語「置換アリール」には、「置換アリールアルキル」が包含される。
本明細書では、用語「アリールアルキル」は、アリール基が本明細書で定義されるアルキル基によって別の基に付着している「アリール」のサブセットを示すために使用される。
「置換アリールアルキル」は、置換アリール基が本明細書で定義されるアルキル基によって別の基に付着している「置換アリール」のサブセットを定義する。
用語「アシル」は、ケトン置換基C(O)Rを記述するために使用される。ここで、Rは、本明細書で定義されるアルキル又は置換アルキル、アリール又は置換アリールである。
本明細書では、用語「ハロゲン」は、フッ素、臭素、塩素及びヨウ素原子を示すために使用される。
本明細書では、用語「ヒドロキシ」は、−OH基を示すために使用される。
用語「アミノ」は−NRR’に対して使用される。ここで、R及びR’は、独立してH、アルキル、アリール又はそれらの置換類縁体である。「アミノ」には、第二級及び第三級アミンを意味する「アルキルアミノ」並びにRC(O)NR’基を記述する「アシルアミノ」が包含される。
本明細書では、用語「アルコキシ」は、−OR基(ここで、Rは、アルキルである)又はその置換類縁体を示すために使用される。好適なアルコキシ基には、例えば、メトキシ、エトキシ、t−ブトキシ等が含まれる。
本明細書にて使用される場合、用語「アリールオキシ」は、酸素原子を介して別の基に直接連結される芳香族基を意味する。この用語には、「置換アリール」について上述したように、芳香族基が置換された「置換アリールオキシ」成分が包含される。例示的なアリールオキシ成分には、フェノキシ、置換フェノキシ、ベンジルオキシ、フェネチルオキシ等が含まれる。
本明細書にて使用される場合、用語「アリールオキシアルキル」は、酸素原子を介して本明細書で定義されるアルキル基に付着した芳香族基を定義する。用語「アリールオキシアルキル」には、「置換アリール」について記述したように、芳香族基が置換された「置換アリールオキシアルキル」成分が包含される。
本明細書にて使用される場合、用語「メルカプト」は、一般構造−S−Rの成分を定義する。ここで、Rは、本明細書で定義されるH、アルキル、アリール又は複素環である。
用語「飽和環状炭化水素」は、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル等のような基、及びこれらの構造の置換類縁体を意味する。これらの環状炭化水素は、単環構造又は多環構造であり得る。
用語「不飽和環状炭化水素」は、シクロペンテン、シクロヘキセンのような少なくとも1つの二重結合を備えた一価の非芳香族基及びそれらの置換類縁体を記述するために使用される。これらの環状炭化水素は、単環構造又は多環構造であり得る。
本明細書にて使用される場合、用語「ヘテロアリール」は、芳香族環の1つ以上の炭素原子が窒素、酸素又は硫黄のようなヘテロ原子によって置換されている芳香族環をいう。ヘテロアリールは、単独の芳香族環、複数の芳香族環又は1つ以上の非芳香族環に結合した1つ以上の芳香族環であり得る構造をいう。複数の環を有する構造では、これらの環は、共に縮合していてもよく、共有結合していてもよく、ジアゾ、メチレン若しくはエチレン部分のような共通基に連結していてもよい。共通連結基は、フェニルピリジルケトン中に含まれるようなカルボニルであってもよい。本明細書にて使用される場合、チオフェン、ピリジン、イソキサゾール、フタルイミド、ピラゾール、インドール、フランのような環又はこれらの環のベンゾ縮合類縁体は、用語「ヘテロアリール」によって定義される。
「ヘテロアリールアルキル」は、本明細書で定義されるアルキル基がヘテロアリール基を別の基に連結する、「ヘテロアリール」のサブセットを定義する。
「置換ヘテロアリール」は、ヘテロアリール核が1つ以上の官能基により置換された上記のヘテロアリールをいい、該官能基としては、低級アルキル、アシル、ハロゲン、アルキルハロ(例えば、CF)、ヒドロキシ、アミノ、アルコキシ、アルキルアミノ、アシルアミノ、アシルオキシ、メルカプト等が挙げられる。したがって、チオフェン、ピリジン、イソオキサゾール、フタルイミド、ピラゾール、インドール、フランのような複素芳香環の置換類縁体又はこれらの環のベンゾ縮合類縁体は、用語「置換ヘテロアリール」によって定義される。
「置換ヘテロアリールアルキル」は、本明細書で定義されるアルキル基がヘテロアリール基を別の基に連結する、上記のような「置換ヘテロアリール」のサブセットを示す。
本明細書では、用語「複素環」は、1〜12個の炭素原子及び環内の窒素、硫黄又は酸素から選択される1〜4個のヘテロ原子からなる単環又は複数の縮合環を有する1価の飽和又は不飽和非芳香族基を記述するために使用される。このような複素環としては、例えば、テトラヒドロフラン、モルホリン、ピペリジン、ピロリジン等が挙げられる。
本明細書にて使用される場合、用語「置換複素環」は、複素環核が1つ以上の官能基により置換された上記の複素環をいい、該官能基としては、低級アルキル、アシル、ハロゲン、アルキルハロ(例えば、CF)、ヒドロキシ、アミノ、アルコキシ、アルキルアミノ、アシルアミノ、アシルオキシ、メルカプト等が挙げられる。
用語「複素環式アルキル」は、本明細書で定義されるアルキル基が複素環基を別の基に連結する、「複素環」のサブセットを定義する。
化合物
ある態様では、本発明は、化合物に関する。
ある一連の化合物は、以下の構造13に示される:
Figure 2018505141
ここで、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造14に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造15に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
及びRは、独立してH又はCHである。
別の一連の化合物は、以下の構造16に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造17に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造18に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造19に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
及びRは、独立してH又はCHであり、
EWGは、電子求引基である。
別の一連の化合物は、以下の構造20に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19及びR20は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造21に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
nは、0、1、2又は3であり、
oは、0、1、2又は3であり、
pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造22に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して4、5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造23に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造24に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造25に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造26に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造27に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH及びCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造28に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造29に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−CH、−CHCH、−CH(CHであり、
破線は、任意の二重結合を表し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造30に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造31に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造32に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造33に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造34に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
破線は、任意の二重結合を表し、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の一連の化合物は、以下の構造35に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造36に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造37に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
別の一連の化合物は、以下の構造38に示される:
Figure 2018505141
ここで、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、−H又は−CHからなる群より選択され、
Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
EWGは、電子求引基であり、
22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択され、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成し、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHであり、
破線は、任意の二重結合を表す。
別の一連の化合物は、以下の構造39に示される:
Figure 2018505141
ここで、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された4、5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位を前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位と接続する成分である。リンカーの非限定的な例は、−NHCHCC−、−NH(CH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−NH(CHNH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−NHCHCH−、−NH(CH−NHC(O)CHCH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)を含む。
別の一連の化合物は、以下の構造40に示される:
Figure 2018505141
ここで、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された4、5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位を前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位と接続する成分である。リンカーの非限定的な例は、−NHCHCC−、−NH(CH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−NH(CHNH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−NHCHCH−、−NH(CH−NHC(O)CHCH−(ここで、bは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)を含む。
「ヌクレオシド三リン酸」とは、3つのリン酸に結合されたヌクレオシドをいう。
別の一連の化合物は、以下の構造41に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造42に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造43に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造44に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造45に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造46に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造47に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
別の一連の化合物は、以下の構造48に示される:
Figure 2018505141
ここで、
及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択される。
化合物の合成
A.クマリン−3−カルボキサミド
式105のクマリン−3−カルボキサミドは、ピペリジンのような触媒存在下において、適切に置換された4−アミノ−2−ヒドロキシベンズアルデヒド101をマロン酸ジアルキル104及び適切に置換されたアミノアルコール103と反応させることによって調製される。式107のクマリン−3−カルボキサミドは、炭素環成分を含んでいるアミノアルコール106を使用することによって調製される。
反応スキーム1
クマリン−3−カルボキサミドの調製
Figure 2018505141
B.クマリン−3−アセトアミド
ZnCl、HSO又はTFAのような適切な触媒の存在下において、適切に置換された3−アミノフェノール108をコハク酸アセチルジアルキル109と反応させることによって、クマリン−3−酢酸エステル110及びクマリン−3−酢酸111が生成される。クマリン−3−酢酸エステル110は、加水分解によってクマリン−3−酢酸111に変換される。
反応スキーム2
クマリン−3−酢酸エステル及びクマリン−3−酢酸の調製
Figure 2018505141
クマリン−3−アセトアミドは、クマリン−3−酢酸エステル110又はクマリン−3−酢酸111から出発して、複数の方法によって調製され得る。方法Aでは、クマリン−3−酢酸エステル110を、炭素環成分を含んでいる適切に置換されたアミノアルコール103又はアミノアルコール106と直接反応させることによって、クマリン−3−アセトアミド112又は113が得られる。
反応スキーム3
クマリン−3−アセトアミドの調製:方法A
Figure 2018505141
方法Bでは、クマリン−3−酢酸111を、NHSとDCC、EDCI、BOPのようなカップリング剤とを介して、又は、DSC(炭酸ジコハク酸イミジル)のようなNHS部分を直接導入する試薬を用いて、NHSエステル114に変換する。NHSエステル114を、炭素環部分を含んでいる適切に置換されたアミノアルコール103又はアミノアルコール106と反応させることによって、クマリン−3−アセトアミド112又は113が得られる。
反応スキーム4
クマリン−3−アセトアミドの調製:方法B
Figure 2018505141
方法Cでは、クマリン−3−酢酸111を、DCC、EDCI又はBOPのようなカップリング剤を使用して、炭素環部分を含んでいる適切に置換されたアミノアルコール103又はアミノアルコール106と直接カップリングすることによって、クマリン−3−アセトアミド112又は113が得られる。
反応スキーム5
クマリン−3−アセトアミドの調製:方法C
Figure 2018505141
C.クマリン−3−(2−エタノール)
クマリン−3−(2−エタノール)115は、ZnCl、HSO又はTFAのような適切な触媒の存在下において、適切な置換3−アミノフェノール108をα−アセチル−ブチロラクトンと反応させることによって調製される。この合成により、市販の試薬から一段階でホスホロアミダイト前駆体を容易に調製することが可能になる。
反応スキーム6
クマリン−3−(2−エタノール)の調製
Figure 2018505141
D.クマリンホスホロアミダイト
クマリン誘導体105,107,112,113又は115は、1H−テトラゾール又はエチルチオテトラゾールのような活性化剤の存在下において、3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)プロパンニトリルと反応させることによって、クマリンホスホロアミダイトに変換される。
反応スキーム7
クマリン−3−カルボキサミド及びクマリン−3−アセトアミド誘導体からのクマリンホスホロアミダイトの調製
Figure 2018505141
Figure 2018505141
本発明により提供される別の一連の化合物は、プローブである。プローブには、例えば、標的種(例えば、受容体、酵素等)、標的種に対するリガンド(例えば、核酸、ペプチド等)、小分子(例えば、薬物、殺虫剤等)等が共役しているクマリン系蛍光物質(例えば、上記の構造13〜48)が含まれる。このプローブは、生体外(in vitro)及び生体内(in vivo)での用途に使用され得る。
本発明の蛍光物質は、該蛍光物質を担体分子に付着させるために用いられる様々な合成条件下において、堅牢(robust)である。例えば、クマリン由来の蛍光物質の多くは、核酸の自動合成に必要な条件にて、実質的な程度の分解又は変質を受けることなく残存し続ける。これに対し、当該分野の多くで認識されるクマリン誘導体は、それらが結合しているキャリア分子を構築するために特別な条件を必要とするか、キャリア分子合成の完了後に付着される必要がある。プローブの合成がさらに複雑になると、合成の持続時間及びコストの両方が増加する。
特定の場合において、本発明の蛍光物質が核酸の自動合成に含まれる場合、該蛍光物質の分解又は変化は、生成物の核酸の10.0%未満である。他の場合には、該蛍光物質の分解又は変化は、生成物の核酸の5.0%未満、2.5%未満、1.0%未満又は0.5%未満である。
本発明により提供される別の一連の化合物は、小分子プローブである。本発明のクマリン系蛍光物質は、小分子プローブの構成要素として使用することができる。好ましい設計では、小分子プローブは、本発明に係る蛍光物質又はそのような分子の前駆体と、消光物質とを含む。例示的な実施形態では、酵素のような試薬が、該小分子から消光物質、蛍光物質又はその両方を開裂して、調査中の系内に蛍光を生じさせる(例えば、Zlokarnik et al., Science 279: 84-88 (1998)を参照のこと)。
本発明により提供される別の一連の化合物は、核酸プローブである。本発明のクマリン系蛍光物質は、核酸プローブとの共役において有用であり、例として5’−ヌクレアーゼアッセイ、鎖置換増幅(SDA)、核酸配列ベース増幅(NASBA)、ローリングサークル増幅(RCA)を含む様々なDNA増幅/定量化戦略における検出試薬の構成要素として使用可能であると共に、溶液相又は固相(例えば、アレイ)アッセイにおいて標的を直接検出することにも使用可能である。さらに、蛍光物質誘導核酸は、実質的に任意の様式のプローブで使用可能である。そのような様式には、例えば、分子ビーコン、Scorpionプローブ(商標)、Sunriseプローブ(商標)、立体配座支援プローブ、照光プローブ、インベーダー検出プローブ及びTaqManプローブ(商標)から選択される様式が含まれる。例として、以下を参照のこと:Cardullo, R., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:8790-8794 (1988); Dexter, D. L., J. Chem. Physics, 21:836-850 (1953); Hochstrasser, R. A., et al., Biophysical Chemistry, 45:133-141 (1992); Selvin, P., Methods in Enzymology, 246:300-334 (1995); Steinberg, I., Ann. Rev. Biochem., 40:83-114 (1971); Stryer, L., Ann. Rev. Biochem., 47:819-846 (1978); Wang, G., et al., Tetrahedron Letters, 31:6493-6496 (1990); Wang, Y., et al., 元素分析:Chem., 67:1197-1203 (1995); Debouck, C., et al., Nature Genetics(補遺), 21:48-50 (1999); Rehman, F. N., et al., Nucleic Acids Research, 27:649-655 (1999); Cooper, J. P., et al., Biochemistry, 29:9261-9268 (1990); Gibson, E. M., et al., Genome Methods, 6:995-1001 (1996); Hochstrasser, R. A., et al., Biophysical Chemistry, 45:133-141 (1992); Holland, P. M., et al., Proc Natl. Acad. Sci. USA, 88:7276-7289 (1991); Lee, L. G., et al., Nucleic Acids Rsch., 21:3761-3766 (1993); Livak, K. J., et al., PCR Methods and Applications, Cold Spring Harbor Press (1995); Vamosi, G., et al., Biophysical Journal, 71:972-994 (1996); Wittwer, C. T., et al., Biotechniques, 22:176-181 (1997); Wittwer, C. T., et al., Biotechniques, 22:130-38 (1997); Giesendorf, B. A. J., et al., Clinical Chemistry, 44:482-486 (1998); Kostrikis, L. G., et al., Science, 279:1228-1229 (1998); Matsuo, T., Biochemica et Biophysica Acta, 1379:178-184 (1998); Piatek, A. S., et al., Nature Biotechnology, 16:359-363 (1998); Schofield, P., et al., Appl. Environ. Microbiology, 63:1143-1147 (1997); Tyagi S., et al., Nature Biotechnology, 16:49-53 (1998); Tyagi, S., et al., Nature Biotechnology, 14:303-308 (1996); Nazarenko, I. A., et al., Nucleic Acids Research, 25:2516-2521 (1997); Uehara, H., et al., Biotechniques, 26:552-558 (1999); D. Whitcombe, et al., Nature Biotechnology, 17:804-807 (1999); Lyamichev, V., et al., Nature Biotechnology, 17:292 (1999); Daubendiek, et al., Nature Biotechnology, 15:273-277 (1997); Lizardi, P. M., et al., Nature Genetics, 19:225-232 (1998); Walker, G., et al., Nucleic Acids Res., 20:1691-1696 (1992); Walker, G. T., et al., Clinical Chemistry, 42:9-13 (1996); Compton, J., Nature, 350:91-92 (1991).
本発明に係る消光物質及びクマリン系蛍光物質の両方を有するプローブが使用され得るか、又は、1つ以上の核酸が消光物質又は蛍光物質によって単独で標識され得る。本発明に係る蛍光物質により単独で標識された核酸がプローブである場合には、第1の核酸と第2の核酸との間の相互作用は、蛍光物質と核酸との間の相互作用を観察することにより、より好ましくは、蛍光物質の蛍光が第2の核酸に付着した消光物質によって消光されることを観察することにより、検出され得る。
核酸の増幅、検出及び定量化を調査するために設計されたプローブにおいてそれらが全般的に有用であることに加えて、本蛍光物質は、現在既知の又は後に発見される実質的に任意の核酸プローブ様式において使用され得る。例えば、本発明のクマリン系蛍光物質は、Taqman(商標)プローブ((Held et al., Genome Res. 6: 986-994 (1996), Holland et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA 88: 7276-7280 (1991), Lee et al., Nucleic Acids Res. 21: 3761-3766 (1993))、分子ビーコン(Tyagi et al., Nature Biotechnology 14:303-308 (1996), Jayasena et al., 1999年11月23日に出願された米国特許第5,989,823号)、Scorpionプローブ(Whitcomb et al., Nature Biotechnology 17: 804-807 (1999))、Sunriseプローブ(Nazarenko et al., Nucleic Acids Res. 25: 2516-2521 (1997))、立体配座支援プローブ(Cook, R.,1999年6月9日に出願された米国仮特許出願第60/138,376号)、ペプチド核酸(PNA)ベースの照光プローブ(Kubista et al., 国際公開第97/45539号)、二重鎖特異的DNA色素(Higuchi et al, Bio/Technology 10: 413-417 (1992), Wittwer et al, BioTechniques 22: 130-138 (1997))等のようなプローブモチーフに組み込まれ得る。本消光物質が使用可能なこれら及び他のプローブモチーフは、NONISOTOPIC DNA PROBE TECHNIQUES, Academic Press, Inc. 1992において検討されている。
本発明のプローブにおいて使用するための核酸は、任意の適切なサイズであり得る。該核酸は、好ましくは約10〜約100ヌクレオチド、より好ましくは約10〜約80ヌクレオチド、さらに好ましくは約20〜約40ヌクレオチドの範囲である。本発明の核酸プローブの正確な配列及び長さは、該核酸プローブが結合する対象の標的ポリヌクレオチドの性質に部分的に依存する。結合位置及び長さは、特定の実施形態にとって適切なアニーリング特性及び融解特性を達成するように変更されてもよい。このような設計選択を行うための指針は、当技術分野にて認識されている多くの参考文献中に発見され得る。
好ましくは、核酸プローブの3’末端ヌクレオチドは、核酸ポリメラーゼによってブロックされる又は伸長不能にされる。このようなブロックは、ドナー又はアクセプター成分を核酸プローブの末端3’位に、直接的に又は連結成分によって付着させることにより、簡便に行われる。
核酸には、DNA、RNA若しくはキメラ混合物、又は、それらの誘導体又は修飾された形態が含まれ得る。プローブ核酸及び標的核酸はいずれも、一本鎖、二本鎖、三本鎖等として存在し得る。さらに、核酸は、放射性標識、小溝結合剤、挿入剤、ドナー及び/又はアクセプター成分等のような他の基を備えた塩基成分、糖成分又はリン酸骨格において修飾され得る。
例えば、核酸には、以下に限定されないが、5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4−アセチルシトシン、5−(カルボキシヒドロキシメチル)ウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−D−ガラクトシルキトシン、イノシン、N−イソペンテニルアデニン、1−メチルグアニン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアニン、2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、3−メチルシトシン、5−メチルシトシン、N−アデニン、7−メチルグアニン、5−メチルアミノメチルウラシル、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、β−D−マンノシルキトシン、5’−メトキシカルボキシメチルウラシル、5−メトキシウラシル、2−メチルチオ−N−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、ウィブトキソシン、シュードウラシル、クレオシン、2−チオシトシン、5−メチル−2−チオウラシル、2−チオウラシル、4−チオウラシル、5−メチルウラシル、ウラシル−5−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、5−メチル−2−チオウラシル、3−(3−アミノ−3−N−カルボキシプロピル)ウラシル、(acp3)w、ニトロインドール及び2,6−ジアミノプリンを含む群から選択される少なくとも1つの修飾塩基成分が含まれ得る。
別の実施形態では、核酸には、以下に限定されないが、アラビノース、2−フルオロアラビノース、キシルロース及びヘキソースを含む群から選択される少なくとも1つの修飾糖成分が含まれる。
さらに別の実施形態では、核酸には、以下に限定されないが、ペプチド核酸ハイブリッド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロアミドチオエート、ホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、メチルホスホネート、アルキルホスホトリエステル及びホルムアセタール又はその類縁体を含む群から選択される少なくとも1つの修飾リン酸骨格が含まれる。
本発明のホスホジエステル連結核酸は、当技術分野にて既知の標準的な方法により合成され得る。そのような方法としては、例えば、市販のアミダイト化学を用いて、(例えば、P.E. Biosystemsより市販の)自動DNA合成装置を使用する方法が挙げられる。修飾ホスホジエステル連結基を有する核酸は、当技術分野で既知の方法により合成され得る。例えば、ホスホロチオエート核酸は、Stein et al.の方法により合成されてもよく(Nucl. Acids Res. 16:3209 (1988))、メチルホスホネート核酸は、制御された細孔ガラスポリマー支持体を使用することによって調製可能である(Sarin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:7448-7451 (1988))。ホスホジエステル連結核酸及び修飾ホスホジエステル連結核酸の両方を合成する他の方法は、当業者にとって明らかであろう。
本発明の核酸プローブは、例えば、Ozaki et al., Nucleic Acids Research, 20: 5205-5214 (1992)や、Agrawal et al., Nucleic Acids Research, 18: 5419-5423 (1990)等の数多くのアプローチによって合成可能である。本発明の核酸プローブは、自動DNA合成装置、例えば、P.E. Biosystems社(カリフォルニア州フォスターシティ)のモデル392又は394DNA/RNA合成装置上で、ホスホロアミダイト化学(例えば、以下に示す参考文献:Beaucage et al., Tetrahedron, 48: 2223-2311 (1992)、Molko et al.による米国特許第4,980,460号、Koster et al.による米国特許第4,725,677号、Caruthers et al.による米国特許第4,415,732号、第4,458,066号及び第4,973,679号の開示を参照)のような標準化学を用いて、簡便に合成される。ホスホロチオエート、ホスホラミデート等のような非天然骨格基を生じる代替化学もまた、使用され得る。
自動核酸合成装置を利用して核酸を合成する場合、ドナー及びアクセプター成分は、好ましくは自動合成中に導入される。あるいは、これらの成分の1つ以上は、自動合成手順が開始される前又は後のいずれかに導入され得る。例えば、ドナー及び/又はアクセプター基は、所望の基で修飾された固体支持体を用いて、3’末端に導入され得る。加えて、ドナー及び/又はアクセプター基は、例えばホスホロアミダイトを含む基の誘導体により、5’末端に導入され得る。別の例示的な実施形態では、1つ以上のドナー及び/又はアクセプター基は、自動合成が完了した後に導入される。
二重標識プローブでは、蛍光物質は、好ましくは少なくとも約10ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約15ヌクレオチドだけ消光物質から離間される。ドナー成分は、好ましくは、プローブの3’又は5’末端のヌクレオチドのいずれかに付着される。蛍光物質はまた、好ましくは、プローブの3’又は5’末端のヌクレオチドのいずれかに付着される。より好ましくは、ドナー及びアクセプター成分は、それぞれプローブの3’−及び5’−又は5’−及び3’−末端ヌクレオチドに付着され、また、内部に配置することも有用である。
所望の核酸が合成されると、好ましくは、該核酸が該技術分野にて既知の方法により固体支持体上で合成されると共に存在する任意の保護基を除去するように処理された該固体支持体から、該核酸が開裂される(例えば、60℃、5時間、濃アンモニア)。塩基感受性基が核酸に付着している実施形態(例えば、TAMRA)では、脱保護は、より穏和な条件(例えば、tert−ブチルアミン/水1:3、8時間、70℃)を使用することが好ましい。これらの条件下における脱保護は、迅速に脱保護アミダイト(例えば、dC−アセチル、dG−dmf)を使用することよって促進される。
支持体からの開裂及び脱保護に続いて、核酸は、クロマトグラフィー、抽出及びゲル精製を含む当技術分野にて既知の任意の方法により精製される。好ましい実施形態では、核酸は、HPLCを用いて精製される。単離された核酸の濃度及び純度は、好ましくは、分光光度計において260nmでの光学密度を測定することにより決定される。
本発明によって提供される別の一連の化合物は、ペプチドプローブである。本発明の蛍光物質及び消光物質により標識されたペプチド、タンパク質及びペプチド核酸は、生体内(in vivo)及び生体外(in vitro)での酵素アッセイの両方において使用され得る。
本発明によって提供される一連の材料は、クマリン系蛍光物質を固定化した固体支持体である。本発明の蛍光物質は、任意の有用な構成を有する実質的に任意のポリマー、生体分子及び固体又は半固体材料に固定化され得る。さらに、1つ以上の蛍光物質を含む任意の共役が、同様に固定化され得る。該支持体が固体又は半固体である場合には、核酸プローブを固定するのに好ましいタイプの支持体の例には、以下に限定されないが、制御された細孔ガラス、ガラスプレート、ポリスチレン、アビジン被覆ポリスチレンビーズ、セルロース、ナイロン、アクリルアミドゲル及び活性化デキストランが含まれる。これらの固体支持体は、化学的に安定であり、官能化が容易であると共に表面領域が明確であるため、好ましい。制御された細孔ガラス(CPG、500オングストローム、1000オングストローム)及び非膨潤性高架橋ポリスチレン(1000オングストローム)のような固体支持体が、特に好ましい。
本発明によれば、固体支持体の表面は、本発明の蛍光物質又は本発明の蛍光物質を含んでいる種により官能化される。説明を明確にするため、以下の説明は、反応性蛍光物質を固体支持体に付着させることに焦点を合わせる。また、以下の説明は、反応性蛍光物質をその構造内に含んでいる種を固体支持体に付着させること、及び、この種及び反応性蛍光物質を他の分子及び構造に付着させることについても、広く関連する。
蛍光物質は、好ましくは、蛍光物質上の反応基と、固体支持体の表面上の反応基又は固体支持体に付着したリンカーとの間に、結合を形成することによって固体支持体に付着され、それによって、固体支持体を1つ以上の蛍光物質により誘導体化する。反応性基の非限定的な例には、アミン、水酸基、カルボン酸、カルボン酸誘導体、アルケン、スルフヒドリル基、シロキサン等が含まれる。
本発明により提供される一連の化合物は、核酸捕捉プローブである。ある実施形態では、本発明に係るクマリン系蛍光物質を含む固定化された核酸は、捕捉プローブとして使用される。核酸プローブは、例えば該プローブの3’又は5’末端ヌクレオチドを固体支持体に付着させることにより、固体支持体に直接付着させられ得る。しかしながら、より好ましくは、プローブは、リンカーによって固体支持体に付着される。リンカーは、プローブを固体支持体から離間させるのに役立つ。リンカーは、最も好ましくは長さ約5〜約30原子の長さであり、より好ましくは長さ約10〜約50原子の長さである。
さらに別の好ましい実施形態では、固体支持体は、プローブを調製する際の合成支持体としても使用される。固体支持体と核酸の最初の3’−単位との間のリンカーの長さ及び化学的安定性は、支持体に結合した核酸の効率的な合成及びハイブリダイゼーションに重要な役割を果たす。リンカーアームは、自動合成中に高い収率(97%超)が達成され得るよう、十分に長くするべきである。必要とされるリンカーの長さは、使用される特定の固体支持体に依存する。例えば、高架橋ポリスチレンを固体支持体として使用する場合において、核酸の自動合成中に97%超の収率を達成するには、通常は6原子リンカーであれば十分である。CPGを固体支持体として使用する場合において、自動合成中に高い収率(97%超)を達成するには、リンカーアームは、好ましくは少なくとも20原子の長さである。
固体支持体上に固定化されたプローブのハイブリダイゼーションでは、全般的に、プローブが固体支持体から少なくとも30原子、より好ましくは少なくとも50原子だけ離間されることが必要とされる。この離間を達成するために、リンカーは、全般的に、リンカーと3’末端との間に位置するスペーサーを含む。核酸合成のために、リンカーアームは、通常、エステル結合によって3’末端の3’−OHに付着される。該エステル結合は、塩基性試薬を用いて開裂可能であり、それによって固体支持体から核酸を遊離させ得る。
当技術分野で既知の広く様々なリンカーが、核酸プローブを固体支持体に付着させるために使用されてもよい。リンカーは、固体支持体に付着したプローブへの標的配列のハイブリダイゼーションを有意に妨げない任意の化合物で形成されていてもよい。リンカーは、例えば、ホモポリマー核酸から形成されていてもよく、そのようなホモポリマー核酸は、自動合成によってリンカーに容易に付加され得る。あるいは、官能化ポリエチレングリコールのようなポリマーが、リンカーとして使用され得る。このようなポリマーは、標的核酸へのプローブのハイブリダイゼーションを有意に妨げないため、この場合はホモポリマー核酸よりも好ましい。ポリエチレングリコールは、市販されており、有機媒体及び水性媒体の両方に可溶であり、官能化が容易であり、また核酸合成条件下及び合成後の条件下において完全に安定であるため、特に好ましい。
固体支持体、リンカー及びプローブ間の連結は、好ましくは、高温での塩基性条件下における塩基保護基の合成又は除去中に開裂されない。しかしながら、これらの連結は、様々な条件下にて開裂可能な基から選択され得る。この場合において好ましい連結の例には、カルバメート、エステル及びアミド連結が含まれる。
本発明により提供される一連の材料は、アクリルアミド固定化プローブである。別の好ましい実施形態では、種は、アクリルアミドマトリクスのようなマトリクス内にあり、該種は、本発明に係るクマリン系蛍光物質を有する、又は、固定化された該種の存在が、蛍光物質を有するプローブを用いて確認される。好ましい実施形態では、該固定化は、Mosaic Technologies(マサチューセッツ州ケンブリッジ)によって発明及び商業化された「アクリダイト(acrydite)」法と組み合わせて行われる(Rehman et al., Nucleic Acids Research, 27: 649-655 (1999))を参照のこと)。アクリダイト法は、重合したポリアクリルアミドネットワーク内でのアルケン標識された捕捉プローブの固定化を可能にする。電気泳動条件下にて標的混合物が固定化されたプローブバンドを通過する場合、標的核酸は実質的に定量的に捕捉される。しかしながら、この事象の検出には、この場合第2のプローブが必要となる。ある実施形態では、蛍光物質及び/又は消光物質を有するプローブは、アクリルアミドマトリクス内に固定化された後、標的混合物と接触させられる。捕捉プローブとして蛍光プローブを使用することにより、標的混合物からのシグナルがリアルタイムで直接検出され得る。
本発明により提供される化合物の集合は、マイクロアレイである。マイクロアレイには、固定化されたクマリン系蛍光物質、及びクマリン系蛍光物質により官能化された化合物(例えば、ペプチド、核酸、生物活性剤など)が含まれる。さらに、本発明は、蛍光物質により官能化されたプローブを用いてマイクロアレイを対応検査(interrogate)する方法を提供する。該固定化された種及び該プローブは、実質的に任意のタイプの分子から選択され、このような分子には、以下に限定されないが、小分子、ペプチド、酵素核酸等が含まれる。
複数の固定化された核酸からなる核酸マイクロアレイは、ゲノム情報を生成するための重要なツールである(Debouck, C., et al., Nature Genetics(補遺), 21:48-50 (1999)を参照のこと)。以下の説明は、核酸マイクロアレイと組み合わせた本発明による蛍光物質の使用に焦点を合わせる。この焦点は、例示的であることを意図されるものであって、本発明のこの態様を実施可能な材料の範囲を限定するものではない。
別の好ましい実施形態では、本発明の化合物は、マイクロアレイ形式にて利用される。蛍光物質、又は蛍光物質を有する種は、それ自体がマイクロアレイの構成要素であり得るか、マイクロアレイの構成要素をスクリーニングするためのツールとして利用され得る。
基板上にクマリン系プローブの整列アレイを作製する1つの方法は、「ドットブロット」アプローチである。この方法では、真空マニホールドによって、複数(例えば96個)のプローブの水性サンプルが、直径3ミリメートルのウェルから基材へと移動させられる。該プローブは、多孔性膜をベーキングする又はUV放射線に曝すことによって、該多孔性膜上に固定化される。この手順における一般的な変形としては、ウェルが非常に細長い楕円形を有する「スロットブロット」法が挙げられる。
プローブの整列アレイを作製するのに使用される別の技術では、多孔質膜のような基材に試料のアレイを移動させるために、ウェル内に浸漬されたピンのアレイ、例えば96ウェルのマイクロタイタープレートが使用される。あるアレイには、22×22cm領域内に9216個スポットのアレイを作製するために、膜を千鳥状にスポットするよう設計されたピンが含まれる。Lehrach, et al., HYBRIDIZATION FINGERPRINTING IN GENOME MAPPING AND SEQUENCING(ゲノムマッピング及び配列決定におけるハイブリダイゼーションフィンガープリント), GENOME ANALYSIS, Vol. 1, Davies et al, Eds., Cold Springs Harbor Press, pp. 39-81 (1990)を参照のこと。
プローブの整列アレイを作製する別の方法は、Pirrung et al.(米国特許第5,143,854号、1992年発行)及びFodor et al.(Science、251:767-773(1991))によって記載されたものと類似している。この方法は、粒子又は他の基材における種々別個の領域にて、異なるプローブを合成することを伴う。この方法は、好ましくは、(例えば、20塩基未満の)比較的短いプローブ分子と共に使用される。関連する方法は、Southern et al.により記載されている(Genomics, 13: 1008-1017 (1992))。
Khrapko, et al., DNA Sequence, 1: 375-388 (1991)は、DNAをポリアクリルアミドの薄層上にスポットすることによって核酸マトリクスを作製する方法について記載している。スポッティングは、マイクロピペットを用いて手動で行われる。
基板は、フォトリソグラフィ(Kleinfield et al., J. Neurosci. 8:4098-120 (1998))、フォトエッチング、化学エッチング及びマイクロコンタクトプリンティング(Kumar et al., Langmuir 10:1498-511 (1994))のような技法を用いて、パターン形成され得る。基板上にパターンを形成するための他の技術は、当業者にとって容易に明らかであろう。
基板上のパターンのサイズ及び複雑さは、利用される技法の分解能及びパターンが意図される目的によってのみ制限される。例えば、マイクロコンタクトプリンティングを使用すると、基板上には200nm程の小さな形態が積層される。Xia, Y., J. Am. Chem. Soc. 117:3274-75 (1995)を参照のこと。同様に、フォトリソグラフィを使用すると、1μm程の小さな形態を有するパターンが生成される。Hickman et al., J. Vac. Sci. Technol. 12:607-16 (1994)を参照のこと。本発明において有用なパターンには、ウェル、囲い、隔壁、凹部、入口、出口、通路、谷、回折格子等の形態を含むパターンが含まれる。
現在好ましい実施形態では、パターン形成は、プローブを収容するための複数の隣り合うウェル、窪み又は穴を有する基板を生成するために使用される。全般的に、これらの基板形態のそれぞれは、起立した壁又は仕切りによって他のウェルから隔離されており、これらのウェルは容易には流体連通しない。したがって、特定のウェル内に配置された粒子、試薬又は他の物質は、該ウェル内に実質的に閉じ込められたままとなる。別の好ましい実施形態では、パターン形成は、デバイスを通過する通路の形成を可能にする。該通路によって、分析物又は他の物質は、デバイスに入ること及び/又はデバイスから出ることが可能になる。
別の実施形態では、プローブは、それらを基板上に直接「印刷」することによって固定化されるか、代わりに「リフトオフ」技法が利用され得る。リフトオフ技法では、パターン形成されたレジストが基板上に配置されると共に、レジストに覆われていない領域にプローブが配置され、続いて、レジストが除去される。本発明の基板と共に使用するための適切なレジストは、当業者にとって既知である。例えば、Kleinfield et al., J. Neurosci. 8:4098-120 (1998)を参照のこと。フォトレジストを除去した後、第1のプローブとは異なる構造を有する第2のプローブが、最初にレジストによって覆われていた領域上にて、該基板に結合させられ得る。この技法を用いると、種々の特性を有するプローブのパターンを備えた基板が製造され得る。同様の基板構成は、所望の特性を有する層を基板上に直接マイクロプリントすることによって、到達可能である。Mrkish et al. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 25:55-78 (1996)を参照のこと。
本発明によって提供される別の一連の物質は、CPGに固定化された化合物である。ここで、該化合物は、クマリン系成分(クマリン−CPG化合物)を含む。
ある場合には、クマリン−CPG化合物は、構造50のものである。
Figure 2018505141
ここで、該クマリン成分は、構造151のものである:
Figure 2018505141
構造151に関して、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、ラジカル、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、ラジカル、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
構造150のクマリン成分は、R又はRのいずれかを介して前記クマリン−CPG化合物に付着しており、Zは、(CHであり、ここで、xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。リンカー1及びリンカー2のようなリンカーは、任意の適切な構造であってもよい。多くの場合、リンカー1は、OC(O)(CHO(CH(CO)、NHC(O)(CHO(CH(CO)から選択され、ここで、yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、zは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、また、リンカー2は、NH(CH及びO(CHから選択され、ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10である。
所定の場合には、構造150のクマリン成分は、構造152のものである:
Figure 2018505141
構造152に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、Rは、−H又は−CHである。
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
所定の場合には、構造150のクマリン成分は、構造153のものである:
Figure 2018505141
構造153に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
及びRは、独立してH又はCHであり、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
所定の場合には、構造150のクマリン成分は、構造154のものである:
Figure 2018505141
構造154に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHである。
所定の場合には、構造150のクマリン成分は、構造155のものである:
Figure 2018505141
構造155に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
は、H又はCHであり、
は、H、CH、CHCH又はCH(CHであり、
24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
方法
方法の態様では、本発明は、クマリン成分を含むプローブを作製する方法を提供する。該方法は、1)固相合成法を用いてクマリン成分含有プローブを合成するステップと、2)2時間〜8時間の間に、濃アンモニア中にて50℃〜70℃の温度で前記プローブを固体支持体から取り去るステップと、3)前記プローブを単離するステップとを伴う。プローブを取り去った結果、単離された前記クマリン成分は、10.0%未満の程度にまで分解される。典型的には、単離された前記クマリン成分は、5.0%未満、2.5%未満又は1.0%未満の程度にまで分解される。
方法の態様では、本発明は、クマリン成分を含むプローブを作製する方法を提供する。該方法は、1)固相合成法を用いてクマリン成分含有プローブを合成するステップと、2)2時間〜8時間の間に、濃アンモニア中にて50℃〜70℃の温度で前記プローブを固体支持体から取り去るステップと、3)前記プローブを単離するステップとを伴う。プローブを取り去った結果、単離された前記クマリン成分は、10.0%未満の程度にまで分解される。典型的には、単離された前記クマリン成分は、5.0%未満、2.5%未満又は1.0%未満の程度にまで分解される。
方法の態様では、本発明は、クマリン成分を含むプローブを作製する方法を提供する。該方法は、1)固相合成法を用いてクマリン成分含有プローブを合成するステップと、2)4時間〜12時間の間に、tert−ブチルアミン/水1:3中にて60℃〜80℃の温度で前記プローブを固体支持体から取り去るステップと、3)前記プローブを単離するステップとを伴う。プローブを取り去った結果、単離された前記クマリン成分は、10.0%未満の程度にまで分解される。典型的には、単離された前記クマリン成分は、5.0%未満、2.5%未満又は1.0%未満の程度にまで分解される。
方法の態様では、本発明は、試料が酵素を包含しているかどうかを決定する方法を提供する。該方法は、(a)試料を本発明のクマリン系蛍光物質を含むペプチド構造と接触させるステップと、(b)前記蛍光物質を励起させるステップと、(c)前記試料の蛍光特性を決定するステップであって、前記試料中における前記酵素の存在によって、前記蛍光特性に変化が生じる、ステップとを含む。
好ましいペプチド構造は、i)本発明のクマリン系蛍光物質である蛍光物質と、ii)消光物質と、iii)前記酵素の開裂認識部位とを含む。さらに、前記ペプチドは、好ましくは、蛍光物質が励起された際に、蛍光物質と消光物質との間のドナー−アクセプターエネルギー移動が可能になる立体配座にある。
別の方法の態様では、本発明は、化合物が酵素の活性を変更しているかどうかを決定する方法を提供する。本発明の該態様における好ましい実施形態は、本発明の上述の態様に併せて列挙されたステップと、さらに(c)前記試料の蛍光特性を決定するステップであって、前記試料中における前記酵素の前記活性によって、蛍光特性に変化が生じる、ステップとを含む。
別の方法の態様では、本発明は、核酸標的配列を検出する方法を提供する。該方法は、(a)前記標的配列を検出用核酸と接触させるステップと、(b)前記標的結合配列を前記標的配列にハイブリダイズさせるステップであって、それによって前記検出用核酸の配座を変質させて、蛍光パラメータの変化を生じさせる、ステップと、(c)前記蛍光パラメータの前記変化を検出するステップであって、それによって前記核酸標的配列を検出するステップとを含む。
ここに記載される方法では、他に明記されない限り、好ましい検出用核酸は、一本鎖標的結合配列を含む。該結合配列は、i)本発明のクマリン系蛍光物質、及び、ii)消光物質を該結合配列に連結している。
別の方法の態様では、本発明は、標的配列の増幅を検出する方法を提供する。該方法は、以下のステップを包む増幅反応の使用を含む:(a)前記標的配列と前記検出用核酸とをハイブリダイズさせるステップであって、前記検出用核酸は、一本鎖標的結合配列と、該標的結合配列に分子内で凝集した二次構造5’を含み、前記検出用配列の少なくとも一部は、前記標的配列へのハイブリダイゼーションが可能な一本鎖尾部を形成している、ステップ。(b)ハイブリダイズした前記検出核酸をポリメラーゼを用いて前記標的配列上に伸長することにより検出用核酸伸長生成物を生成すると共に、該検出用核酸伸長生成物を前記標的配列から分離するステップ。(c)プライマーを前記検出用核酸伸長生成物にハイブリダイズすると共に、プライマーをポリメラーゼを用いて伸長するステップであって、それによって前記分子内で凝集した二次構造を線形化すると共に蛍光パラメータの変化を生じさせる、ステップ。(d)前記蛍光パラメータの前記変化を検出するステップであって、それによって前記標的配列を検出する、ステップ。
別の方法の態様では、本発明は、試料が酵素を含んでいるかどうかを決定する方法を提供する。該方法は、(a)試料をペプチド構造と接触させるステップと、(b)前記クマリン系蛍光物質を励起させるステップと、(c)前記試料の蛍光特性を決定するステップであって、前記試料中における前記酵素の存在によって、前記蛍光特性に変化が生じる、ステップとを含む。
本発明を実施するのに有用なペプチド構造は、以下の特徴を有する。i)本発明のクマリン系蛍光物質である蛍光物質、ii)消光物質、及び、iii)前記酵素の開裂認識部位。
別の方法の態様では、本発明は、クマリン−CPG化合物を作製する方法を提供する。該方法は、以下のステップを含む:
構造156の第1クマリン系化合物を調製するステップ。
Figure 2018505141
構造156に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、Rは、H又はCHであり、LGは、脱離基である。脱離基は、不均一結合開裂にて一対の電子と共に外れる分子断片である。脱離基は、アニオンまたは中性分子であり得るが、いずれの場合にも、脱離基は、結合の不均一開裂から生じる付加的な電子密度を安定化させることができる。脱離基の非限定的な例には、ハライド(例えば、Cl)、酸素系アニオン(例えば、CHCO 、CNO−O)、硫黄系アニオン(例えば、CH)等が含まれる。
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
前記第1クマリン系化合物を、構造157のアミンと反応させるステップ。
Figure 2018505141
構造157に関して、
Zは、(CH(xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、Aは、(CH(yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)である。
前記第1クマリン系化合物を構造157のアミンと反応させることによって、構造158の第2クマリン系化合物が提供される。
Figure 2018505141
前記第2クマリン系化合物を、構造159の第1リンカー基と反応させるステップ。
Figure 2018505141
構造159に関して、
LGは、第1脱離基であり、LGは、第2脱離基であり、Dは、(CH(xは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)であり、Eは、(CH(yは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)である。
構造158を構造159と反応させることによって、構造160の第3クマリン系化合物が提供される。
Figure 2018505141
前記第3クマリン系化合物(構造160)を、求核剤で修飾されたCPG(構造161)と反応させることによって、クマリン−CPG化合物を提供するステップ。
Figure 2018505141
クマリン−CPG化合物を作製する方法に関して、特定の場合には、前記第1クマリン系化合物は、構造162のものである。
Figure 2018505141
構造162に関して、
LGは、脱離基であり、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、Rは、H又はCHであり、R及びRは、独立してH又はCHである。
クマリン−CPG化合物を作製する方法に関して、特定の場合には、前記第1クマリン系化合物は、構造163のものである。
Figure 2018505141
構造163に関して、
LGは、脱離基であり、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、Rは、H又はCHであり、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択される、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環を形成する。
クマリン−CPG化合物を作製する方法に関して、特定の場合には、前記第1クマリン系化合物は、構造164のものである。
Figure 2018505141
構造164に関して、
mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、LGは、脱離基であり、Rは、H又はCHであり、R24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、R25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
別の方法の態様では、本発明は、クリックケミストリー(アルキンへのアジドの付加。典型的には、金属触媒によって媒介される)を用いて、第1分子を第2分子と共役させる方法であって、それによって本発明のクマリン系蛍光物質を少なくとも1つ含んでいるプローブを生成する方法を提供する。第1分子又は第2分子のいずれかは、アジド成分を含み、アジド成分を含まない第1又は第2分子は、アルキン成分を含む。本発明のクマリン系蛍光物質の該少なくとも1つは、第1分子及び/又は第2分子に由来して生じる。
上述のクリックケミストリー法において使用されるアジドの非限定的な例には、構造165、構造166、構造167及び構造168が含まれる。
Figure 2018505141
Figure 2018505141
Figure 2018505141
Figure 2018505141
構造165〜168についての置換基及び変数は、以下のように定義される:mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、nは、0、1、2又は3であり、oは、0、1、2又は3であり、pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、Rは、−H又は−CHからなる群より選択され、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
別の方法の態様では、本発明は、生体由来の試料中の酵素の活性量を決定する方法を提供する。該方法は、(a)酵素を含む試料とペプチド構造を含む化合物とを接触させるステップと、(b)前記蛍光物質を励起させるステップと、(c)前記試料の蛍光特性を決定するステップであって、前記試料中における前記酵素の活性によって、前記蛍光特性に変化が生じる、ステップとを含む。本発明の該態様において有用なペプチド構造は、すぐ上で説明したペプチド構造と実質的に同じである。
実施例1
化合物201の調製
Figure 2018505141
2−(7−(ジメチルアミノ)−4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−3−イル)酢酸メチル
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、3−ジメチルアミノフェノール(66.3g、483mmol)、2−アセチルコハク酸ジメチル(86.2g、531mmol)及び塩化亜鉛(92.2g、676mmol)を投入した。該混合物を、24時間の間120℃に加熱し、冷却した。該反応物全体を、DCM(1.5L)と、濃HCl(70mL)を添加した水(4L)との間で分配した。各層を分離して、水相をDCM(1L×2回)で抽出した。有機相を併せて、水(4L×2回)で洗浄した。有機層を0.5N KOH(1L、500ml×2回)で抽出して、これらの洗液を以下のクマリン酸抽出のために保存した。有機相を飽和食塩水(4L)により洗浄し、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、赤色半固体31.0gを得た。IPA(150ml)より再結晶することによって、化合物201を桃色固体として得た(14.6g、11%収率)。m.p.130−132℃ H NMR(400MHz、DMSO−d)δ1.18(3H,t,J=7.0Hz),3.00(6H,s),3.88(2H,s),4.10(2H,q,J=7.1Hz),6.05(1H,s),6.56(1H,d,J=2.8Hz),6.73(1H,dd,J=2.8,9.2Hz),7.43(1H,d,J=9.2Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]1517NOの計算値:276.12;実測値:276.12 元素分析:C1517NOの計算値:C,65.44;H,6.22;N,5.09;実測値:C,65.49;H,6.18;N,5.08
実施例2
化合物202の調製
Figure 2018505141
2−アセチルコハク酸ジメチルの代わりに2−アセチルコハク酸ジエチルを用いて実施例1の手順に従い、それによって化合物202を明紫色固体として24%収率で得た。m.p.125−127℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.18(3H,t,J=7.0Hz),3.00(6H,s),3.88(2H,s),4.10(2H,q,J=7.1Hz),6.05(1H,s),6.56(1H,d,J=2.8Hz),6.73(1H,dd,J=2.8,9.2Hz),7.43(1H,d,J=9.2Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]1619NOの計算値:290.14;実測値:290.14 元素分析:C1619NOの計算値:C,66.42;H,6.62;N,4.84;実測値:C,66.25;H,6.57;N,5.00
実施例3
化合物203の調製
Figure 2018505141
2−(7−(ジメチルアミノ)−4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−3−イル)酢酸
手順A:実施例1からのアルカリ洗液を、AcOHを用いて酸性化させた。固体を濾別して乾燥させ、それによって化合物203を桃色固体として得た(25.2g、20%収率)。同様に、実施例2からのアルカリ洗液を、AcOHを用いて酸性化させることによって、203を11%収率で得た。
手順B:化合物202(4g)を、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内で、MeOH(25ml)中に溶解させた。10%KOH/MeOH(25ml)を添加して、反応物を室温で18時間撹拌した。該混合物をAcOHを用いて酸性化させ、固体を濾別して乾燥させることによって、化合物203を桃色固体として得た(3.43g、95%収率)。m.p.206−208℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ2.31(3H,s),3.01(6H,s),3.52(2H,s),6.55(1H,d,J=2.4Hz),6.74(1H,dd,J=2.4,9.2Hz),7.58(1H,d,J=9.2Hz),12.34(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]1415NOの計算値:262.11,実測値:262.11
実施例4
化合物204の調製
Figure 2018505141
2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸メチル
3−ジメチルアミノフェノールの代わりに8−ヒドロキシ−ジュロリジンを用いて実施例1の手順に従い、それによって、化合物204を淡黄褐色固体として得た(28%収率)。m.p.117−119℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.88(4H,m,J=5.6Hz),2.25(3H,s),2.71(4H,q,J=6.8Hz),3.21(4H,q,J=6.3Hz),3.58(2H,s),3.59(3H,s),7.15(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]1921NOの計算値:327.15,実測値:327.15 元素分析:C1921NOの計算値:C,69.71;H,6.47;N,4.28;実測値:C,69.55;H,6.38;N,4.20
実施例5
化合物205の調製
Figure 2018505141
2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸
実施例4からのアルカリ洗液を、AcOHを用いて酸性化させた。固体を濾別して乾燥させ、それによって化合物205を淡黄色固体として得た(27%収率)。m.p.182−186℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.89(4H,m),2.25(3H,s),2.73(4H,q,J=6.1Hz),3.22(4H,q,J=5.9Hz),3.47(2H,s),7.16(1H,s),12.45(1H,verybrs) MS(ES+)m/z:[M+H]1819NOの計算値:314.14,実測値:314.14
実施例6
化合物206の調製
Figure 2018505141
2−(9−エチル−4,6,8,8−テトラメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸メチル
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに,1−エチル−2,2,4−トリメチル−1,2−ジヒドロキノリン−7−オール臭化水素酸塩(14.9g、50mmol),2−アセチルコハク酸ジメチル(18.8g、100mmol)及び塩化亜鉛(19.1g、140mmol)を投入した。該混合物を,20時間の間125℃に加熱し,その後冷却した。該反応物全体を,DCM(400mL)と,濃HCl(10mL)を添加した水(600mL)との間で分配した。各層を分離して,水相をDCM(300mL×2回)で抽出した。有機相を併せて,水(600mL×2回)及び飽和食塩水(800mL)で洗浄し,MgSOを用いて乾燥させ,濃縮することによって,暗緑色シロップを得た(13.7g、77%収率)。この粗製物質を,0%〜2% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製して,緑色固体を得た(7.0g、39%収率)。IPA(50ml)より再結晶することによって,化合物206を黄色固体として得た(3.54g、20%収率)。m.p.107−109℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.13(3H,t,J=5.6Hz),1.34(6H,s),1.98(3H,d,J=0.8Hz),2.31(3H,s),3.40(2H,q,J=5.6Hz),3.60(2H,s),3.61(3H,s),5.40(1H,s),6.34(1H,s),7.21(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2125NOの計算値:356.19,実測値:356.19
実施例7
化合物207の調製
Figure 2018505141
2−(9−エチル−4,6,8,8−テトラメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸
クマリンエステル206(3g、8.44mmol)をMeOH(20ml)中に溶解させて、10% KOH/MeOH(20ml)を添加した。室温で14時間撹拌した後、酢酸(1.2ml)を添加して、該混合物を濃縮した。残渣を溶解させ、追加の酢酸(1.5ml)を添加することによってスラリーを形成した。該スラリーを、一晩の間4℃に保った。翌日、上清を暗色ゴム状塊からデカントした。該ゴム質をDCM(100ml)中に溶解して、水(50ml)及び飽和食塩水(50ml)で洗浄した。有機相をMgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、化合物207を茶黄色固体として得た(2.44g、85%収率)。m.p.223−227℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.14(3H,t,J=5.6Hz),1.34(6H,s),1.99(3H,d,J=0.8Hz),2.31(3H,s),3.40(2H,q,J=5.6Hz),3.51(2H,s),5.40(1H,d,J=1.2Hz),6.39(1H,s),7.21(1H,s),12.31(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2023NOの計算値:342.17,実測値:342.17
実施例8
化合物208の調製
Figure 2018505141
(3−(2−エトキシ−2−オキソエチル)−9−エチル−4,8,8−トリメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−6−イル)メタンスルホン酸ナトリウム
(1−エチル−7−ヒドロキシ−2,2−ジメチル−1,2−ジヒドロキノリン−4−イル)メタンスルホン酸ナトリウム(2.14g、6.70mmol)を、アセチルコハク酸ジエチル(2.90g、13.4mmol)及び塩化亜鉛(2.56g、18.8mmol)と、20時間の間125℃で反応させた。該混合物を冷却させ、EtOHを用いて摩砕した(40ml×3回)。該EtOH洗液を濃縮し、それによって黒色残渣を得た(5.35g)。この粗製物質を、0〜15% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製した。生成物の分画を濃縮することによって、化合物208を暗色ゴム質として得た(482mg、15%収率)。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.15(3H,t,J=6.4Hz),1.18(3H,t,J=6.4Hz),1.34(6H,s),2.31(3H,s),3.17(3H,d,J=3.2Hz),3.40(2H,q,J=5.2Hz),3.58(2H,s),3.61(3H,s),4.08(4H,重複m),5.48(1H,s),6.30(1H,s),7.77(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2227NOS(酸形態)の計算値:450.16,実測値:450.16
実施例9
化合物209の調製
Figure 2018505141
2−(7−(ジメチルアミノ)−4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−3−イル)酢酸2,5−ジオキソピロリジン−1−イル
化合物203(20g、76.5mmol)及びNHS(10.6g、91.8mmol)をマグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内で、DMF(800ml)中に溶解させた。ジシクロヘキシルカルボジイミド(20.5g、99.5mmol)を添加して、反応物を室温で48時間の間撹拌した。該スラリーを濾別して、濾液を氷水(3L)中に撹拌しながら注ぎ入れた。沈殿物を濾別し、水で洗浄して乾燥させることによって、化合物206を淡黄塩固体として得た(31.9g、121%収率)。NMRによって、該物質が18mol%のDCUを含んでいることが示されたが、そのことは後の反応に影響を及ぼさなかった。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ2.37(3H,s),2.79(4H,brs),3.03(6H,s),4.01(2H,s),6.57(1H,d,J=2.4Hz),6.75(1H,dd,J=2.4,8.8Hz),7.63(1H,d,J=9.2Hz)
実施例10
化合物210の調製
Figure 2018505141
2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸2,5−ジオキソピロリジン−1−イル
化合物203の代わりに化合物205を用いて実施例9の手順に従い、それによって、化合物210を黄褐色固体として116%収率で得た。NMRによって、該物質が25mol%のDCUを含んでいることが示された。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.88(4H,m,J=6.0Hz),2.32(3H,s),2.73(4H,m,J=4.4Hz),2.79(4H,brs),3.24(4H,q,J=5.9Hz),3.98(2H,s),7.22(1H,s)
実施例11
化合物211の調製
Figure 2018505141
2−(9−エチル−4,6,8,8−テトラメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸2,5−ジオキソピロリジン−1−イル
クマリン酸207(2.0g、5.86mmol)を、DMF(30ml)中にて炭酸N,N’−ジコハク酸イミジル(1.95g、7.62mmol)及びDIEA(909mg、7.03mmol)と反応させた。室温で4時間撹拌した後、該混合物を冷水(400ml)中に注ぎ入れ、それによって黄色懸濁液を得た。該懸濁液を、一晩の間4℃に保った。吸引濾過することによって、黄色固体を得た。該黄色固体をDCM(40ml)中に溶解して、水(20ml)及び飽和食塩水(20ml)で洗浄した。有機相をMgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、化合物211をコハク色泡状物として得た(2.32g、90%収率)。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.15(3H,t,J=6.4Hz),1.35(6H,s),2.00(3H,d,J=0.4Hz),2.38(3H,s),2.80(4H,brs),3.42(2H,q,J=6.4Hz),4.00(2H,s),5.42(1H,s),6.34(1H,s),7.24(1H,s)
実施例12
化合物212の調製
Figure 2018505141
7−(ジメチルアミノ)−3−(2−(4−ヒドロキシピペリジン−1−イル)−2−オキソエチル)−4−メチル−2H−クロメン−2−オン
化合物211(15g、34.6mmol)及び4−ヒドロキシ−ピペリジン(4.55g、45mmol)を、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内で、DMF(200ml)中に溶解させた。室温で4時間撹拌した後、該フラスコを一晩の間4℃に保った。沈殿物を濾別し、DMF(25ml×2回),DCM(25ml×2回)で洗浄して乾燥させることによって、化合物212を白色固体として125%収率で得た。NMRによって、26mol%のDCUの存在が示された。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.24(3H,m),1.39(1H,m),1.69(3H,m),2.23(3H,s),2.90(1H,m),3.01(6H,s),3.25(1H,m),3.48(1H,m),3.60(2H,d,J=2.8Hz),3.70(1H,m),3.87(2H,m),6.54(1H,d,J=2.4Hz),6.69(1H,dd,J=2.4,8.8Hz),7.43(1H,d,J=8.8Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]1924の計算値:345.18,実測値:345.18
実施例13
化合物213の調製
Figure 2018505141
2−(7−(ジメチルアミノ)−4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−3−イル)−N−(6−ヒドロキシヘキシル)アセトアミド
4−ヒドロキシピペリジンの代わりにアミノヘキサノールを用いて実施例12の手順に従い、それによって、化合物213を乳白色固体として100%収率で得た。NMRによって、該物質が16mol%のDCUを含んでいることが示された。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.24(4H,m),1.37(3H,m),2.28(3H,s),3.01(6H,s),3.37(2H,m),4.33(1H,t,J=5.2Hz),6.54(1H,d,J=2.4Hz),6.73(1H,dd,J=2.4,8.8Hz),7.56(1H,d,J=8.8Hz),7.83(1H,t,J=5.7Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]2028の計算値:361.21,実測値:361.21
実施例14
化合物214の調製
Figure 2018505141
10−(2−(4−ヒドロキシピペリジン−1−イル)−2−オキソエチル)−9−メチル−2,3,6,7−テトラヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−11(5H)−オン
化合物209の代わりに化合物210を用いて実施例12の手順に従い、それによって、化合物214を淡黄色固体として116%収率で得た。NMRによって、該物質が25mol%のDCUを含んでいることが示された。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.23(2H,m),1.68(2H,m),1.88(4H,m,J=5.9Hz),2.19(3H,s),2.74(4H,q,J=6.4Hz),3.22(4H,q,J=6.4Hz),3.57(2H,d,J=3.2Hz),3.57(1H,m),3.70(1H,m),3.86(2H,m),7.14(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2328の計算値:397.21,実測値:397.21
実施例15
化合物215の調製
Figure 2018505141
N−(6−ヒドロキシヘキシル)−2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセトアミド
4−ヒドロキシ−ピペリジンの代わりにアミノヘキサノールを用いて実施例13の手順に従い、それによって、化合物215を淡黄色固体として98%収率で得た。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.24(4H,m),1.38(4H,q,J=6.9Hz),1.88(4H,q,J=5.9Hz),2.73(4H,q,J=6.3Hz),3.00(2H,q,J=6.6Hz),3.22(2H,q,J=5.9Hz),3.37(4H,m),4.32(1H,t,J=5.2Hz)7.14(1H,s),7.76(1H,t,J=5.6Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]2432の計算値:413.24,実測値:413.24
実施例16
化合物216の調製
Figure 2018505141
9−エチル−3−(2−(4−ヒドロキシピペリジン−1−イル)−2−オキソエチル)−4,6,8,8−テトラメチル−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−2−オン
化合物211(2.00g、4.56mmol)を、DMF(10ml)中にてHO−ピペリジン(554mg、5.47mmol)と室温で反応させた。2時間の後、該反応物を一晩の間4℃に保った。吸引濾過することによって、化合物216を淡黄色粉末として得た(872mg、45%収率)。濾液に水(20ml)を添加することによって、より多くの生成物を沈殿させた。吸引濾過することによって、追加の化合物216を得た(1.00g、52%収率)。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.14(3H,t,J=5.6Hz),1.22(2H,m),1.34(6H,s),1.68(2H,m),1.79(1H,m),1.99(3H,s),2.24(3H,s),2.44(2H,m),2.54(3H,s),2.89(1H,m),2.99(1H,m),3.26(1H,m),3.40(2H,q,J=6Hz),3.45(1H,m),3.60(2H,d,J=3.6),3.71(1H,m,J=3.2Hz),3.86(2H,m),5.39(1H,d,J=0.4Hz),6.33(1H,s),7.19(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2532の計算値:425.24,実測値:425.24
実施例17
化合物217の調製
Figure 2018505141
7−(ジエチルアミノ)−3−(4−ヒドロキシピペリジン−1−カルボニル)−2H−クロメン−2−オン
4−(ジエチルアミノ)−2−ヒドロキシベンズアルデヒド(10g、51.7mmol)、マロン酸ジエチル(9.95g、62.1mmol)、4−ヒドロキシピペリジン(26.2g、259mmol)、ピペリジン(5滴)及び酢酸(5滴)を、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに添加した。該反応物を、4時間の間100℃に加熱した。冷却後、該シロップを水(400ml)中に注ぎ入れ、DCM(200ml×3回)で抽出した。有機層を水(300ml×2回)、1Mクエン酸水溶液(300ml×3回)及び飽和食塩水(500ml)で洗浄した後、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、黄色泡状物13.0gを得た。この粗製物質を、0〜5% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物217を黄色泡状物として得た(12.2g、68%収率)。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.12(6H,t,J=7.2Hz),1.35(2H,m),1.73(2H,m),3.12(2H,m),3.44(4H,q,J=7.1Hz),3.71(1H,m,J=4.1Hz),3.97(1H,m),4.78(1H,d,J=4.0Hz),6.54(1H,d,J=2.8Hz),6.73(1H,dd,J=2.4,8.8Hz),7.48(1H,d,J=9.2Hz),7.92(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]1924の計算値:345.81,実測値:345.81
実施例18
化合物218の調製
Figure 2018505141
7−(ジエチルアミノ)−N−(2−(2−ヒドロキシエトキシ)エチル)−2−オキソ−2H−クロメン−3−カルボキサミド
4−ヒドロキシピペリジンの代わりにアミノエトキシエタノールを用いて実施例17の手順に従い、それによって、化合物218を淡黄色固体として65%収率で得た。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.14(6H,t,J=7.0Hz),3.49(12H,m),4.60(1H,t,J=5.6Hz),6.61(1H,d,J=2.0Hz),6.80(1H,dd,J=2.4,6.8Hz),7.68(1H,d,J=8.8Hz),8.67(1H,s),8.77(1H,t,J=5.4Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]1824の計算値:349.18,実測値:349.18
実施例19
化合物219の調製
Figure 2018505141
N−(2−(2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)エチル)−2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセトアミド
化合物211(2.05g、5mmol)と2−(2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)−エタンアミン(1.42g、6.5mmol)とを、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内でDMF(15ml)中にて反応させた。室温で18時間撹拌した後、該反応混合物を濃縮した。残渣をDCM(75ml)中に溶解させ、1N HCl(50ml×2回)及び飽和食塩水(75ml)で洗浄した。有機相をMgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、コハク色残渣を得た(2.59g)。この粗製物質を、0〜2% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物219を淡橙色半固体として得た(1.84g、85%収率)。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.55−1.90(2H,m),1.97(4H,quint,J=6.0Hz),2.44(3H,s),2.79(2H,t,J=6.2Hz),2.88(2H,t,J=6.6Hz),3.25(4H,q,J=6.4Hz),3.39(4H,quint,J=5.1Hz),3.53(2H,t,J=5.2Hz),3.53(2H,s),3.55−3.80(8H,m),6.72(1H,brt),7.01(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2635の計算値:514.27,実測値:514.27
実施例20
化合物220の調製
Figure 2018505141
8−ヒドロキシ−1,2,3,5,6,7−ヘキサヒドロピリド[3,2,1−ij]キノリン−9−カルボアルデヒド,(8−ヒドロキシ−ジュロリジン−9−カルボアルデヒド)
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、DMF(100ml)を投入し、氷浴中で0〜5℃まで冷却した。オキシ塩化リン(39.5g、257mmol)を滴加して、該混合物を30分の間撹拌した。DMF(75ml)中に溶解させた8−ヒドロキシ−ジュロリジン(34g、180mmol)を滴加して、該混合物を徐々に室温まで温めた。該混合物を、油浴中で1時間の間、85℃まで加熱した。室温まで冷却した後、該反応物を、氷(400g)中に撹拌しながら注ぎ入れた。一晩の間4℃に保った後、該固体を吸引濾過して、水(50ml×4回)で洗浄した。該濾過ケーキをDCM(500ml)中に溶解させて、該溶液を飽和炭酸水素ナトリウム(100ml)で洗浄した。該水性洗液を、DCM(50ml)で抽出した。有機相を併せて、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、化合物220を淡緑色結晶固体として得た(36.0g、92%収率)。m.p.72−73℃ H NMR(400MHz,CDCl)δ1.93(4H,m,J=5.6Hz),2.68(4H,t,J=6.4Hz),3.27(4H,q,J=6.4Hz),6.84(1H,s),9.37(1H,s),11.81(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]1315NOの計算値:218.12,実測値:218.12.
実施例21
化合物221の調製
Figure 2018505141
10−(4−ヒドロキシピペリジン−1−カルボニル)−2,3,6,7−テトラヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−11(5H)−オン
4−(ジエチルアミノ)−2−ヒドロキシベンズアルデヒドの代わりに化合物220を用いて実施例17の手順に従い、それによって、化合物221を黄色固体として82%収率で得た。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.60(2H,brs),1.92(2H,brs),1.97(4H,t,J=4.4Hz),2.75(2H,t,J=5.0Hz),2.87(2H,t,J=5Hz),3.22(1H,m),3.30(4H,t,J=4.8Hz),3.36(1H,m),3.60(1H,m),3.95(1H,m),4.17(1H,m),6.88(1H,s),7.73,(1H,s) MS(ES+)m/z:[M+H]2124の計算値:369.18,実測値:369.18
実施例22
化合物222の調製
Figure 2018505141
7−(ジメチルアミノ)−3−(2−ヒドロキシエチル)−4−メチル−2H−クロメン−2−オン
マグネチックスターラー及び還流凝縮器を備えた丸底フラスコに、3−ジメチルアミノフェノール(10g、72.9mmol)、α−アセチル−ブチロラクトン(10.3g、80.2mmol)、塩化亜鉛(13.9g、102mmol)及び無水エタノール(100ml)を投入した。該反応物を、2時間の間還流させた。冷却後、該反応物を濃縮して、1N
HCl(120ml)を添加した水(600mL)中に注ぎ入れた。該混合物を、DCM(200ml×3回)で抽出した。有機層を水(500ml×2回)及び飽和食塩水(500ml)で洗浄した後、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、赤褐色固体9.40gを得た。この固体をIPA(25ml)より再結晶することによって、化合物222を明黄褐色固体として得た(3.96g、22%収率)。m.p.141−145℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ2.34(3H,s),2.68(2H,t,J=7.0Hz),2.99(6H,s),3.47(2H,q,J=6.5Hz),4.65(1H,t,J=5.8Hz),6.51(1H,d,J=2.4Hz),6.71(1H,dd,J=2.8,9.2Hz),7.53(1H,d,J=8.8Hz) MS(ES+)m/z:[M+H]1417NOの計算値:248.13,実測値:248.13 元素分析:C1417NOの計算値:C,68.00;H,6.93;N,5.66;実測値:C,67.73,H,6.74;N,5.82.
実施例23
化合物223の調製
Figure 2018505141
10−(2−ヒドロキシエチル)−9−メチル−2,3,6,7−テトラヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−11(5H)−オン
3−ジメチル−アミノフェノールの代わりに8−ヒドロキシジュロリジンを用いて実施例21の手順に従い、それによって、化合物223を黄褐色固体として34%収率で得た。m.p.146−148℃ H NMR(400MHz,DMSO−d)δ1.87(4H,q,J=6.0Hz),2.29(3H,s),2.66(3H,t,J=7.2Hz),2.71(3H,q,J=6.8Hz),3.20(4H,q,J=6.0Hz),3.44(1H,q,J=6.0Hz),4.62(1H,t,J=5.6Hz),7.11(1H,s).MS(ES+)m/z:[M+H]1821NOの計算値:300.16,実測値:300.16 元素分析:C1821NOの計算値:C,72.22;H,7.07;N,4.68;実測値:C,71.82;H,7.07;N,4.75
実施例24
化合物224の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(2−(7−(ジメチルアミノ)−4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−3−イル)アセチル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、化合物212(6g、14.0mmol、80%純度)及びDMF(50ml)を投入した。該懸濁液に1H-テトラゾール(294mg、4.2mmolを添加し、その後にDMF(15ml)中の3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)−プロパンニトリル(5.05g、16.8mmol)溶液を添加した。室温で15時間の間撹拌した後、追加の3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)プロパンニトリル(2.52g、8.4mmol)を添加した。さらに15時間の後、該溶液を飽和炭酸水素ナトリウム溶液(700ml)中に注ぎ入れ、DCM(200ml×3回)で抽出した。有機相を、炭酸水素ナトリウム溶液(400ml×2回)及び飽和食塩水(400ml)で洗浄した。MgSOを用いて乾燥させ、その後に濃縮することによって、淡緑色シロップ11.7gを得た。この粗製物質を、50%〜100% DCM/1%TEAを添加した石油エーテルを用いたアルミナ上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物224を淡黄色固体として得た(4.58g、60%収率)。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.19(12H,m),1.25(6H,m),1.41(3H,d,J=6.4Hz),1.6−1.9(5H,m),2.40(3H,m),2.64(2H,m),3.04(6H,s),3.5−3.9(10H,m),4.11(2H,m)6.50(1H,d,J=2.8Hz),6.62(1H,dd,J=2.4,8.8Hz),7.45(1H,d,J=8.8Hz) 31P NMR(162MHz,CDCl)δ146.209,146.397 MS(ES+)m/z:[M+H]2841Pの計算値:545.29,実測値:545.29
実施例25
化合物225の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセチル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物212の代わりに化合物214を用いて実施例24の手順に従い、それによって、化合物225を黄色半固体として38%収率で得た。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.17−1.25(12H,m),1.30(2H,d,J=6.8Hz),1.16−2.0(4H,m),1.97(4H,m),2.36(3H,d,J=2.8Hz),2.64(2H,dt,J=2.4Hz),2.78(2H,t,J=6.2Hz),2.88(2H,m),3.23(4H,m),3.4−3.9(10H,m),7.02(1H,s) 31P NMR(162MHz,CDCl)δ146.159,146.329 MS(ES+)m/z:[M+H]3245Pの計算値:597.32,実測値:496.20(M−i−PrN)
実施例26
化合物226の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(7−(ジエチルアミノ)−2−オキソ−2H−クロメン−3−カルボニル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、化合物217(8g、23.2mmol)及びDCM(75ml)を投入した。1H-テトラゾール(488mg、7.0mmol)を添加し、その後にDCM(25ml)中の3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)プロパンニトリル(8.40g、27.9mmol)溶液を添加した。室温で15時間の間撹拌した後、溶液を飽和炭酸水素ナトリウム(250ml×2回)で洗浄し、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、金色泡状物12.7gを得た。この粗製物質を、50%〜100% DCM/1%TEAを添加した石油エーテルを用いたアルミナ上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物226を金色シロップとして得た(10.3g、81%収率)。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.1−1.3(18H,m),1.77(2H,m),1.92(2H,m),2.63(2H,q,J=6.8Hz),3.35(1H,m),3.43(4H,q,J=7.1Hz),3.62(3H,m),3.76(2H,m),3.83(2H,m),4.13(1H,m),6.47(1H,d,J=2.4Hz),6.59(1H,dd,J=2.8,5.0Hz),7.29(1H,m),7.81(1H,s) 31P NMR(162MHz,CDCl)δ146.208,146.384 MS(ES+)m/z:[M+H]2841Pの計算値:545.29,実測値:545.29
実施例27
化合物227の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−カルボニル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物217の代わりに化合物221を用いて実施例26の手順に従い、それによって、化合物227を黄色泡状物として40%収率で得た。H NMR(400MHz,DMSO−d)δ0.97(2H,brs),1.14(12H,m),1.55(2H,m),1.76(2H,m),1.97(4H,m),2.73(5H,m),3.26(4H,m),3.43(1H,m),3.57(1H,m),3.71(1H,m),4.06(1H,m),7.06(1H,s),7.84(1H,s) 31P NMR(162MHz,DMSO−d)δ145.985 MS(ES+)m/z:[M+H]3041Pの計算値:569.29,実測値:569.29
実施例28
化合物228の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)エチル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物217の代わりに化合物223を用いて実施例18の手順に従い、それによって、化合物228を淡黄色ガラス状物として72%収率で得た。H NMR(400MHz,CDCl)δ1.15(12H,t,J=7.2Hz),1.98(4H,m),2.37(3H,s),2.60(2H,t,J=6.8Hz),2.79(2H,t,J=6.2Hz),2.88(2H,t,J=6.4Hz),3.23(4H,m),3.56(2H,HHHm),3.77(4H,m)7.01(1H,s) 31P NMR(162MHz,CDCl)δ147.581 MS(ES+)m/z:[M+H]2738Pの計算値:500.27,実測値:399.15(M−i−PrN)
実施例29
クマリンホスホロアミダイト合成試薬により標識されたオリゴヌクレオチドの固相合成
アンモニア安定クマリン試薬(224,225又は228)について、A、C及びGの環外アミン基上における保護基は、それぞれ、ベンゾイル、アセチル及びジメチルホルムアミジンであった。アンモニア不安定クマリン(226又は227)について、A、C及びGは、フェノキシアセチル、アセチル及び4−イソプロピルフェノキシアセチルによって保護されていた。
一般手順:Biosearch 8700又はExpedite NAS 8900自動DNA合成装置において、クマリンホスホロアミダイト合成試薬で標識されたオリゴヌクレオチドを、シアノエチルホスホロアミダイトモノマーを用いて3’−グリコール酸CPG(van der Laan, et. Al, Tetrahedron Lett. 38: 2252 (1997))上に200nmスケールにて作製した。合成が完了した後、(ジクロロメタン中3%ジクロロ酢酸を用いて)5’DMT基を除去し、合成カラムを乾燥アセトニトリルで洗浄した。
クマリンをオリゴヌクレオチドにカップリングするため、クマリンホスホロアミダイト100mgをアセトニトリル又はDCM(1500μl)中に溶解した。溶液の一部(500μl)を、1mlシリンジを用いてカラムに投与した。アセトニトリル(500μl)中0.25Mエチルチオテトラゾール又は0.45M 1H−テトラゾールを含有する付属シリンジを、カラムの他端に取り付けた。シリンジを用いて溶液をCPG上で混合し、10分間放置させた。このプロセスを、残りのホスホロアミダイト溶液を用いてさらに2回繰り返した。カラムをDNA合成装置上に再配置し、アセトニトリルで洗浄した後、酸化剤溶液 (THF(70%):ピリジン(20%):水(10%)混合液中0.02Mヨウ素)で洗浄した。30秒後、この溶液をアセトニトリルで洗浄し、各カラムの内容物を2mlのバイアル内へと排出した。
実施例30
CPG上でのオリゴヌクレオチドの開裂と脱保護
手順A(クマリンホスホロアミダイト224,225又は228から調製したアンモニア安定オリゴヌクレオチドの場合):CPG上のオリゴヌクレオチドに、標準的なアンモニア脱保護(濃NHOH1ml、60℃、1〜2時間)を行った。CPGを濾別し、濾液を真空下で濃縮することによって、粗クマリンで標識されたオリゴヌクレオチドを得た。HPLC及びLCMS分析のため、該試料を脱イオン水(1ml)に溶解した。スペクトル分析のため、該試料をqPCR緩衝液に溶解した。
手順B(クマリンホスホロアミダイト226又は227から調製したアンモニア不安定オリゴヌクレオチドの場合):CPG上のオリゴヌクレオチドを、50mM KCO/MeOH1mlにより一晩処理した。混合物をAcOHにより酸性化して、CPGを濾別し、濾液を真空下で濃縮することによって、粗クマリンで標識されたオリゴヌクレオチドを得た。HPLC及びLCMS分析のため、該試料を脱イオン水(1ml)に溶解した。スペクトル分析のため、該試料をqPCR緩衝液に溶解した。
実施例31
粗オリゴヌクレオチドの精製
修飾オリゴヌクレオチドを、分取カラムRP−C18(10×100mm、5μM、130Å、Xbridge)上でのHPLCにより、以下の条件を用いて精製した:A)トリエチルアミン/酢酸緩衝液(50mM)、B)アセトニトリル。グラジエント:0〜95%B(10分間)、流速:10mL/分、UV/vis検出:260nm及び400nm。
実施例32
オリゴヌクレオチド232の調製
Figure 2018505141
実施例29に記載されるように、5’ヒドロキシルにおいて化合物224で標識されたDNA断片3’−TTCGATAAGTCTAGC−5’を調製した。実施例30の手順Aに記載されるように、生成物232を支持体から開裂して脱保護した。MS(ESI):計算値:4973.4,実測値:4974.0 Abs/Em=380/488nm(qPCR緩衝液中)
実施例33
オリゴヌクレオチド233の調製
Figure 2018505141
実施例29に記載されるように、5’ヒドロキシルにおいて化合物225で標識されたDNA断片3’−TTCGATAAGTCTAGC−5’を調製した。実施例30の手順Aに記載されるように、生成物233を支持体から開裂して脱保護した。MS(ESI):計算値:5026.5,実測値:5025.0 Abs/Em=398/498nm(qPCR緩衝液中)
実施例34
オリゴヌクレオチド234の調製
Figure 2018505141
実施例29に記載されるように、5’ヒドロキシルにおいて化合物226で標識されたDNA断片3’−TTCGATAAGTCTAGC−5’を調製した。実施例30の手順Bに記載されるように、生成物234を支持体から開裂して脱保護した。MS(ESI):計算値:4974.4,実測値:4974.0 Abs/Em=418/490nm(qPCR緩衝液中)
実施例35
オリゴヌクレオチド235の調製
Figure 2018505141
実施例29に記載されるように、5’ヒドロキシルにおいて化合物227で標識されたDNA断片3’−TTCGATAAGTCTAGC−5’を調製した。実施例30の手順Bに記載されるように、生成物235を支持体から開裂して脱保護した。MS(ESI):計算値:4997.4,実測値:4998.0 Abs/Em=435/501nm(qPCR緩衝液中)
実施例36
オリゴヌクレオチド236の調製
Figure 2018505141
実施例29に記載されるように、5’ヒドロキシルにおいて化合物228で標識されたDNA断片3’−TTTTTTTTTT−5’を調製した。実施例30の手順Aに記載されるように、生成物236を支持体から開裂して脱保護した。MS(ESI):計算値:3341.1,実測値:3341.0
結果
Figure 2018505141
実施例37
化合物237の調製
Figure 2018505141
N−(1−(ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)−3−ヒドロキシプロパン−2−イル)−2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセトアミド
化合物210(5g、12.2mmol)を、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内のDMF(200ml)中セリノールODMT(6.00g、15.2mmol)及びトリエチルアミン(10ml、71.7mmol)溶液を添加した。室温で72時間の間撹拌した後、該反応物を真空下で濃縮し、それによって残渣を得た。残渣を、2%ピリジン/EtOAcを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物237を得た(7.2g、86%収率)。
実施例38
化合物238の調製
Figure 2018505141
2−(2−(3−(ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)−2−(2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセトアミド)プロポキシ)−2−オキソエトキシ)酢酸
化合物237(5g、7.26mmol)を、丸底フラスコ内のピリジン中に溶解して真空下で濃縮することにより、乾燥させた。ピリジン(200ml)及びジグリコール酸無水物(5.00g、43.1mmol)を添加した。室温で72時間の間撹拌した後、追加のジグリコール酸無水物(5.00g、43.1mmol)を添加した。該混合物をさらに24時間の間撹拌して、真空下で濃縮した。残渣をDCM(200ml)中に溶解し、飽和KHPO溶液(200ml)で洗浄して、乾燥させる(NaSO)と共に真空下で濃縮した。残渣を、5〜30% MeOH/2%TEA及び2%ピリジンを含有したDCMを用いたアルミナ上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物238をTEA塩として得た(6.00g、91%収率)。
実施例39
化合物239の調製
Figure 2018505141
2−(2−オキソ−2−((3−CPG−プロピル)アミノ)エトキシ)酢酸3−(ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)−2−(2−(9−メチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセトアミド)プロピル
化合物238(3g、3.31mmol)を、DMF(75ml)中に溶解した。BOP(ヘキサフルオロリン酸(ベンゾトリアゾール−1−イルオキシ−トリス(ジメチルアミノ)ホスホニウム)(3g、6.78mmol)、ピリジン(10ml)及びアミノプロピルCPG(10g、500Å、130μmol/gロード)を添加した。室温で18時間の間静置した後、該CPGをMeCN(100ml×3回)でリンスした。N−メチルイミダゾール(THF中239M、50ml)及び酢酸無水物(50ml)を添加した。室温で10分の間静置した後、該CPGをMeCN(100ml×2回)、MeOH(100ml×2回)及びDCM(100ml×2回)でリンスし、真空下で乾燥させることによって、最終誘導化CPG239を得た。試料の脱トリチル化および比色定量化によって、35μmol/gCPGのロードが示された。
実施例40
化合物240の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(2−(9−エチル−4,6,8,8−テトラメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)アセチル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、化合物216(2.12g、5.0mmol)及びDCM(30mL)を投入した。該懸濁液に、1H-テトラゾール(195mg、1.5mmol)を添加し、その後にDCM(5mL)中3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)−プロパンニトリル(3.32g、11mmol)溶液を添加した。室温で3.5時間の間撹拌した後、追加の3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)プロパンニトリル(2.00g、6.6mmol)を添加した。さらなる15時間の後、該溶液を飽和炭酸水素ナトリウム溶液(250mL)中に注ぎ入れて、DCM(100ml×3回)で抽出した。有機相を飽和炭酸水素ナトリウム溶液(200mL×2回)及び飽和食塩水(300mL)で洗浄した。NaSOを用いて乾燥し、その後に濃縮することによって、6.20gの淡黄色シロップを得た。この粗製物質を、50%〜100% DCM/1%TEAを添加した石油エーテルを用いたアルミナ上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物240を淡黄色シロップとして得た(1.74g、56%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]3449Pの計算値:624.34,実測値:523.22(M−i−PrN)
実施例41
化合物241の調製
Figure 2018505141
1−エチル−7−ヒドロキシ−2,2,4−トリメチル−1,2,3,4−テトラヒドロキノリン−6−カルボアルデヒド
1−エチル−2,2,4−トリメチル−1,2,3,4−テトラヒドロキノリン−7−オール(21.9g、100mmol)を、酢酸無水物(70mL)中に溶解し、N下にて2時間の間100℃で加熱した。この溶液を濃縮した。該残渣に水(150mL)及びDCM(100mL)を添加して、該混合物を30分の間撹拌した。これらの層を分離した。水層を、さらにDCM(150mL×2回)で抽出した。有機抽出物を併せて、水(500mL×2回)で洗浄し、飽和食塩水(500mL)で洗浄して、乾燥(MgSO)及び濃縮することによって、シロップを得た。POClを、氷浴中で冷却されたDMF(60mL)中にゆっくりと添加して、該混合物を30分の間撹拌した。上記の該シロップをDMF(25mL)中に溶解して、10分にわたって該POCl/DMF混合液に添加した。氷浴を取り除き、該反応物を室温で2時間の間撹拌した後、1時間の間100℃に加熱した。該反応物を冷却して、氷(250g)中に撹拌しながら注ぎ入れた。該混合物を、DCM(250mL×2回)で抽出した。有機抽出物を併せて、水(500mL)で洗浄し、飽和食塩水(500mL)で洗浄して、乾燥(MgSO)及び濃縮することによって、暗緑色シロップを得た(28.2g)。この粗製物質を、0%〜1% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物241をコハク色シロップとして得た(22.7g、92%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]1521NOの計算値:247.16,実測値:247.16
実施例42
化合物242の調製
Figure 2018505141
9−エチル−3−(4−ヒドロキシピペリジン−1−カルボニル)−6,8,8−トリメチル−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−2−オン
化合物241(6.18g、25mmol)、マロン酸ジエチル(4.81g、30mmol)、4−ヒドロキシピペリジン(9.10g、90mmol)、ピペリジン(4滴)及び酢酸(4滴)を、マグネチックスターラーを備えたバイアルに添加した。該反応物を、3.5時間の間100℃に加熱した。冷却後、該シロップを水(300mL)中に注ぎ入れ、DCM(150mL×3回)で抽出した。有機相を水(200mL×2回)、1Mクエン酸水溶液(200mL×3回)及び飽和食塩水(350mL)で洗浄し、MgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、暗コハク色泡状物8.14gを得た。この粗製物質を、0%〜5% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物242を金色泡状物として得た(6.57g、66%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2330の計算値:398.22,実測値:398.22
実施例43
化合物243の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(9−エチル−6,8,8−トリメチル−2−オキソ−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−カルボニル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、化合物242(5.98g、15mmol)及びMeCN(100mL)を投入した。1H-テトラゾール(315mg、4.5mmol)を添加し、その後にMeCN(10mL)中3−((ビス(ジイソプロピルアミノ)ホスフィノ)オキシ)プロパンニトリル(5.43g、18mmol)溶液を添加した。室温で15時間の間撹拌した後、該溶液を飽和炭酸水素ナトリウム溶液(100mL)中に注ぎ入れ、DCM(100mL×2回)で抽出した。有機相を飽和炭酸水素ナトリウム溶液(200mL)及び飽和食塩水(200mL)で洗浄した。NaSOを用いて乾燥させ、その後に濃縮することによって、金色泡状物8.66gを得た。この粗製物質を、50%〜100%DCM/1%TEAを添加した石油エーテルを用いたアルミナ上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物243を黄色粘性シロップとして得た(6.90g、77%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]3247Pの計算値:598.33,実測値:598.33
実施例44
化合物244の調製
Figure 2018505141
2−(1,1,7,7,9−ペンタメチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸メチル
マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコに、3−1,1,7,7−テトラメチル−1,2,3,5,6,7−ヘキサヒドロピリド[3,2,1−ij]キノリン−8−オール(24.5g、100mmol)、2−アセチルコハク酸ジメチル(37.6g、200mmol)及び塩化亜鉛(38.2g、280mmol)を投入した。該混合物を48時間の間120℃に加熱して、冷却した。該反応物全体を、DCM((500mL)と、濃HCl(30mL)を添加した水(1L)との間で分配した。各層を分離して、水相をDCM(400mL×3回)で抽出した。有機相を併せて、濃HCl(30mL)を添加した水(1L)、淡水(1L)及び飽和食塩水(1L)で洗浄した。有機相をMgSOを用いて乾燥させ、濃縮することによって、暗緑色シロップ36.0gを得た。この粗製物質を、0%〜2% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって暗茶色シロップを得た。該暗茶色シロップをエーテル(400mL)中に溶解し、0.5N KOH(200mL×2回、100mL)で洗浄し、飽和食塩水(400mL)で洗浄して、乾燥(MgSO)及び濃縮することによって、暗茶色泡状物を得た(19.4g)。IPA(30ml)より再結晶することによって、化合物244を黄色粘性泡状物として得た(9.33g、24%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2329NOの計算値:383.21,実測値:383.21
実施例45
化合物245の調製
Figure 2018505141
2−(1,1,7,7,9−ペンタメチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸
上記実施例44からのシリカゲルカラム精製物を、10%MeOH/1%ACOHを添加したDCMを用いてさらに溶出することにより、化合物245を暗緑色固体.として得た(5.00g、14%収率)。上記実施例44からの塩基性抽出物を酸性化することにより、化合物245をさらに3.20g得た(3.20g、9%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2227NOの計算値:369.19,実測値:369.19
実施例46
化合物246の調製
Figure 2018505141
2−(1,1,7,7,9−ペンタメチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)酢酸2,5−ジオキソピロリジン−1−イル
化合物245(8.10g、21.9mmol)を、DMF(100mL)中炭酸N,N’−ジコハク酸イミジル(6.74g、26.3mmol)及びDIEA(3.26g、25.2mmol)と反応させた。室温で15時間の間撹拌した後、該溶液を40mM冷HCl(1.3L)中に注ぎ入れた。吸引濾過することによって、黄色固体を得た。該黄色固体を水(50mL×2回)で洗浄し、乾燥することによって、化合物246をコハク色固体として得た(8.70g、85%収率)。
実施例47
化合物247の調製
Figure 2018505141
10−(2−(4−ヒドロキシピペリジン−1−イル)−2−オキソエチル)−1,1,7,7,9−ペンタメチル−2,3,6,7−テトラヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−11(5H)−オン
化合物246(7.00g、15mmol)及び4−ヒドロキシ−ピペリジン(1.82g、18mmol)を、マグネチックスターラーを備えた丸底フラスコ内にてDMF(40mL)中に溶解した。室温で2.5時間の間撹拌した後、該フラスコを一晩の間−20℃に保った。沈殿物を濾別し、濾液を水(800mL)中に注ぎ入れた。該混合物をDCM(100mL×4回)で抽出し、水(400mL)で洗浄し、飽和食塩水(400mL)で洗浄して、乾燥(MgSO)及び濃縮することによって、黒色泡状物を得た(6.56g)。この粗製物質を、0%〜5% MeOH/DCMを用いたシリカゲル上のカラムクロマトグラフィーにより精製し、それによって化合物247を暗茶色泡状物として得た(3.94g、58%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2736の計算値:452.27,実測値:452.27
実施例48
化合物248の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(2−(1,1,7,7,9−ペンタメチル−11−オキソ−2,3,5,6,7,11−ヘキサヒドロ−1H−ピラノ[2,3−f]ピリド[3,2,1−ij]キノリン−10−イル)アセチル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物216の代わりに化合物247(3.50g、7.73mmol)を用い、またDCMの代わりにMeCNを用いて実施例40の手順に従い、それによって、化合物248をコハク色シロップとして得た(4.75g、94%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]3653Pの計算値:652.38,実測値:551.26(M−i−PrN)
実施例49
化合物249の調製
Figure 2018505141
2−(4,6,8,8,9−ペンタメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸メチル
1−エチル−2,2,4−トリメチル−1,2−ジヒドロキノリン−7−オール臭化水素酸塩の代わりに1,2,2,4−テトラメチル−1,2−ジヒドロキノリン−7−オール(43.2g、228mmol)を用いて実施例6の手順に従い、それによって、化合物249を黄色固体として得た(26.2g、34%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2023NOの計算値:341.16,実測値:341.16
実施例50
化合物250の調製
Figure 2018505141
2−(4,6,8,8,9−ペンタメチル−2−オキソ−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸メチル
化合物249(8.55g、25mmol)を、DCM(200mL)中に溶解した。トリエチルシラン(29.1g、250mmol)及びトリフルオロ酢酸(57.0g、500mmol)を添加して、該混合物を13時間の間還流させた。該反応物を冷却し、1N NaOH(500mL)、水(500mL)及び飽和食塩水(500mL)で洗浄した。乾燥(MgSO)及び濃縮することによって、化合物250を淡黄褐色固体として得た(8.59g、100%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2025NOの計算値:343.18,実測値:343.18
実施例51
化合物251の調製
Figure 2018505141
2−(4,6,8,8,9−ペンタメチル−2−オキソ−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸
化合物202の代わりに化合物250(6.87g、20mmol)を用いて実施例3の手順Bに従い、それによって、化合物251を黄色固体として得た(5.09g、77%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]1923NOの計算値:329.16,実測値:329.16
実施例52
化合物252の調製
Figure 2018505141
2−(4,6,8,8,9−ペンタメチル−2−オキソ−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)酢酸2,5−ジオキソピロリジン−1−イル
化合物245の代わりに化合物251(3.95g、12mmol)を用いて実施例46の手順に従い、それによって、化合物252を黄色固体として得た(4.56g、89%収率)。
実施例53
化合物253の調製
Figure 2018505141
3−(2−(4−ヒドロキシピペリジン−1−イル)−2−オキソエチル)−4,6,8,8,9−ペンタメチル−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−2−オン
化合物211の代わりに化合物252(4.00g、9.38mmol)を用いて実施例16の手順に従い、それによって、化合物253を黄褐色固体として得た(3.90g、100%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2432の計算値:412.24,実測値:412.24
実施例54
化合物254の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(2−(4,6,8,8,9−ペンタメチル−2−オキソ−6,7,8,9−テトラヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−イル)アセチル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物216の代わりに化合物253(3.50g、8.48mmol)を用いて実施例40の手順に従い、それによって、化合物254を金色泡状物として得た(3.90g、75%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]3349Pの計算値:612.34,実測値:612.34
実施例55
化合物255の調製
Figure 2018505141
1−エチル−7−ヒドロキシ−2,2,4−トリメチル−1,2−ジヒドロキノリン−6−カルボアルデヒド
1−エチル−2,2,4−トリメチル−1,2,3,4−テトラヒドロキノリン−7−オールの代わりに1−エチル−2,2,4−トリメチル−1,2−ジヒドロキノリン−7−オール(21.7g、100mmol)を用いて実施例41の手順に従い、それによって、化合物255を黒色シロップとして得た(12.1g、50%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]1519NO:245.14の計算値,実測値:245.14
実施例56
化合物256の調製
Figure 2018505141
9−エチル−3−(4−ヒドロキシピペリジン−1−カルボニル)−6,8,8−トリメチル−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−2−オン
化合物241の代わりに化合物255(8.52g、29.7mmol)を用いて実施例42の手順に従い、それによって、化合物255を暗コハク色泡状物として得た(9.52g、51%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]2328の計算値:396.20,実測値:396.20
実施例57
化合物257の調製
Figure 2018505141
2−シアノエチル(1−(9−エチル−6,8,8−トリメチル−2−オキソ−8,9−ジヒドロ−2H−ピラノ[3,2−g]キノリン−3−カルボニル)ピペリジン−4−イル)ジイソプロピルホスホロアミダイト
化合物242の代わりに化合物256(2.97g、7.5mmol)を用いて実施例43の手順に従い、それによって、化合物257を橙色泡状物として得た(3.62g、80%収率)。MS(ES+)m/z:[M+H]3245Pの計算値:596.31,実測値:596.31

Claims (16)

  1. 以下の構造の化合物。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
    nは、0、1、2又は3であり、
    oは、0、1、2又は3であり、
    pは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10であり、
    は、−H又は−CHからなる群より選択され、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、Rは、Rと共同して5若しくは6員炭素環若しくは複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合炭素環又は複素環系を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    Xは、−OH、−NH、−SH、−OR11、−NHR12、−NR1314、−OC(O)R15、−NHC(O)R16、−SC(O)R17、−C(O)OH、−C(O)OR18、−C(O)NHR19、−C(O)NR2021、−Nであり、
    11、R12、R13、R14、R15、R16、R17、R18、R19、R20及びR21は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、−CHCH(OH)CH(OH)、−CH(CHOH)、−CHCCH、−(CHCHO)−CHCHOH(ここで、aは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)、−P(NR2223)OCHCH−EWG、−P(O)(O−)−オリゴヌクレオチド、−(CHCC−ヌクレオシド、−(CHCC−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CH−ヌクレオシド、−(CH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNH−ヌクレオシド、−(CHNH−[ヌクレオシド三リン酸]、−(CHNHC(O)(CH−ヌクレオシド、−(CHNHC(O)(CH−[ヌクレオシド三リン酸](ここで、bは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、
    EWGは、電子求引基であり、
    22及びR23は、−CH、−CHCH、−CH(CHから独立して選択される、又は、R22及びR23は、共同して複素環を形成する。
  2. mは、0、1、2又は3であり、nは、1又は2であり、mは、1又は2であり、pは、0、1、2又は3である、請求項1に記載の化合物。
  3. は、−H又は(C−C)アルキルである、請求項2に記載の化合物。
  4. Xは、−OH、−OR11又は−OC(O)R15である、請求項3に記載の化合物。
  5. は、−Hである、又は、Rは、Rと共同して5又は6員炭素環又は複素環を形成する、請求項4に記載の化合物。
  6. クマリン成分を含むオリゴヌクレオチドプローブを作製する方法であって、
    1)固相合成法を用いてクマリン成分含有プローブを合成するステップであって、少なくとも1つのクマリン成分含有ヌクレオシド三リン酸をプローブに取り入れることを含む、ステップと、
    2)2時間〜8時間の間に、濃アンモニア中にて50℃〜70℃の温度で前記プローブを固体支持体から取り去るステップと、
    3)前記プローブを単離するステップであって、単離された前記プローブのクマリン成分が5.0%未満の程度にまで分解されている、ステップと
    を含む、方法。
  7. 前記クマリン成分含有ヌクレオシド三リン酸の前記クマリン成分は、以下の構造である、請求項6に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位を前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位と接続する成分であり、
    「ヌクレオシド三リン酸」とは、3つのリン酸に結合されたヌクレオシドをいう。
  8. 前記単離されたプローブの前記クマリン成分は、2.5%未満の程度にまで分解されている、請求項7に記載の方法。
  9. 前記クマリン成分含有ヌクレオシド三リン酸の前記クマリン成分は、以下の構造である、請求項7に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、H又はCHであり、
    及びRは、独立してH又はCHであり、
    「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位と前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位とを接続する成分であり、
    「ヌクレオシド三リン酸」とは、3つのリン酸に結合されたヌクレオシドをいう。
  10. 前記クマリン成分含有ヌクレオシド三リン酸の前記クマリン成分は、以下の構造である、請求項7に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、H又はCHであり、
    及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成し、
    「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位を前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位と接続する成分であり、
    「ヌクレオシド三リン酸」とは、3つのリン酸に結合されたヌクレオシドをいう。
  11. 前記クマリン成分含有ヌクレオシド三リン酸の前記クマリン成分は、以下の構造である、請求項7に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、H又はCHであり、
    24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
    25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHであり、
    「リンカー」は、前記化合物のクマリン部位を前記化合物のヌクレオシド又はヌクレオシド三リン酸部位と接続する成分であり、
    「ヌクレオシド三リン酸」とは、3つのリン酸に結合されたヌクレオシドをいう。
  12. 核酸標的配列を検出する方法であって、
    (a)核酸標的配列を検出用核酸と接触させるステップであって、前記検出用核酸が少なくとも10個のヌクレオチドを含み、前記ヌクレオチドの少なくとも1つがクマリン系蛍光物質に連結されており、前記ヌクレオチドの前記少なくとも1つが消光物質に連結されている、ステップと、
    (b)前記検出用核酸を前記核酸標的配列にハイブリダイズさせるステップであって、それによって前記検出用核酸の立体配座を変質させて、蛍光パラメータの変化を生じさせる、ステップと、
    (c)前記蛍光パラメータの前記変化を検出するステップであって、それによって前記核酸標的配列を検出するステップと
    を含む、方法。
  13. 前記クマリン系蛍光物質は、以下の構造である、請求項12に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、−H、−CH、−(CHC(O)NR10(ここで、mは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)からなる群より選択され、かつ、R及びR10は、−H、−CHCCH、−(CHCHO)CHCCH、−CH、−(CHCHO)CH、−(CHOH、−(CHCHO)CHCHOH、(ここで、oは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、pは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、xは、2、3、4、5、6、7、8、9又は10、qは、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10)から独立して選択され、又は、R及びR10は、共同して水酸基で置換された5、6若しくは7員複素環(例えば、ピペリジニル)を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6若しくは7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成し、又は、R、R及びRは、共同して5又は6員環を有する縮合環系を形成し、
    は、−H、−ハロゲン、−CF、−OH、−NH、−CCH、−CN、−NO、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル、(C−C)アルキルチオ、(C−C)置換アルキルチオ、(C−C)アルコキシ、(C−C)置換アルコキシ、−NRからなる群より選択され、ここで、R及びRは、H、(C−C)アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して4、5、6又は7員複素環、(C−C)ヘテロアルキル、(C−C)置換ヘテロアルキル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリールを形成する。
  14. 前記クマリン系蛍光物質は、以下の構造である、請求項13に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    及びRは、独立してH又はCHであり、
    は、−H又は−CHである。
  15. 前記クマリン系蛍光物質は、以下の構造である、請求項13に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、−H又は−CHであり、
    及びRは、H、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキルから独立して選択され、又は、R及びRは、共同して5、6又は7員複素環を形成する。
  16. 前記クマリン系蛍光物質は、以下の構造である、請求項13に記載の方法。
    Figure 2018505141
    ここで、
    mは、1、2、3、4又は5であり、
    は、−H又は−CHであり、
    24は、(C−C)アルキル又は(C−C)置換アルキルであり、
    25は、(C−C)アルキル、(C−C)置換アルキル又はCHSOHである。
JP2017531589A 2015-01-20 2016-01-19 クマリン系化合物及び関連する方法 Active JP6814139B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562125431P 2015-01-20 2015-01-20
US62/125,431 2015-01-20
PCT/US2016/000010 WO2016118305A1 (en) 2015-01-20 2016-01-19 Coumarin-based compounds and related methods

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2020162281A Division JP2021020903A (ja) 2015-01-20 2020-09-28 クマリン系化合物及び関連する方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2018505141A true JP2018505141A (ja) 2018-02-22
JP6814139B2 JP6814139B2 (ja) 2021-01-13

Family

ID=56417579

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2017531589A Active JP6814139B2 (ja) 2015-01-20 2016-01-19 クマリン系化合物及び関連する方法
JP2020162281A Pending JP2021020903A (ja) 2015-01-20 2020-09-28 クマリン系化合物及び関連する方法

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2020162281A Pending JP2021020903A (ja) 2015-01-20 2020-09-28 クマリン系化合物及び関連する方法

Country Status (15)

Country Link
US (1) US11034677B2 (ja)
EP (1) EP3247710B1 (ja)
JP (2) JP6814139B2 (ja)
CN (1) CN107207480B (ja)
AU (1) AU2016209680B2 (ja)
BR (1) BR112017013027A2 (ja)
CA (1) CA2970353C (ja)
CL (1) CL2017001433A1 (ja)
DK (1) DK3247710T3 (ja)
ES (1) ES2931081T3 (ja)
MY (1) MY186450A (ja)
PL (1) PL3247710T3 (ja)
SG (1) SG11201705411SA (ja)
WO (1) WO2016118305A1 (ja)
ZA (1) ZA201704200B (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108148574B (zh) * 2018-02-06 2020-06-16 中国刑事警察学院 可视化检验射击残留物的荧光探针及其制备方法和用途
US11834714B2 (en) 2021-12-20 2023-12-05 Enumerix, Inc. Detection and digital quantitation of multiple targets

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1088261A (zh) * 1992-07-17 1994-06-22 阿普罗精内斯有限公司 使用3sr扩增法原位检测核酸
WO1994002644A1 (en) 1992-07-17 1994-02-03 Aprogenex, Inc. In situ detection of nucleic acids using 3sr amplification
US6495676B1 (en) 1993-04-13 2002-12-17 Naxcor Nucleic acid sequence detection employing probes comprising non-nucleosidic coumarin derivatives as polynucleotide-crosslinking agents
WO1996028438A1 (en) 1995-03-09 1996-09-19 Naxcor Non-nucleosidic coumarin derivatives as polynucleotide-cross-linking agents
US6727356B1 (en) 1999-12-08 2004-04-27 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Fluorescent quenching detection reagents and methods
DE10329860A1 (de) 2003-07-02 2005-01-20 Atto-Tec Gmbh Sulfonamidderivate polycyclischer Farbstoffe für analytische Anwendungen
US7705150B2 (en) * 2004-02-04 2010-04-27 Biosearch Technologies, Inc. Cyanine dyes
US7759470B2 (en) 2006-02-20 2010-07-20 Roche Diagnostics Operations, Inc. Labeling reagent
WO2009061911A1 (en) * 2007-11-06 2009-05-14 Wyeth Assays and methods for evaluating multimeric complexes
US20090197254A1 (en) * 2007-12-14 2009-08-06 Ming-Chou Lee Variant scorpion primers for nucleic acid amplification and detection
US20100029017A1 (en) * 2008-07-29 2010-02-04 Becton, Dickinson And Company Mono-chlorinated hydroxycoumarin conjugates
US20120016128A1 (en) * 2010-07-16 2012-01-19 Zhenjun Diwu Rhodamine lactone phosphoramidites and polymers
FR3026698B1 (fr) * 2014-10-01 2018-05-04 U-Shin France Antivol pour colonne de direction de vehicule automobile

Also Published As

Publication number Publication date
JP6814139B2 (ja) 2021-01-13
DK3247710T3 (en) 2022-11-14
JP2021020903A (ja) 2021-02-18
WO2016118305A1 (en) 2016-07-28
BR112017013027A2 (pt) 2018-01-09
CA2970353A1 (en) 2016-07-28
AU2016209680B2 (en) 2020-09-03
ES2931081T3 (es) 2022-12-23
US20170015652A1 (en) 2017-01-19
EP3247710B1 (en) 2022-10-19
CA2970353C (en) 2021-07-06
AU2016209680A1 (en) 2017-06-08
EP3247710A4 (en) 2018-10-10
EP3247710A1 (en) 2017-11-29
CN107207480B (zh) 2021-06-25
ZA201704200B (en) 2021-10-27
PL3247710T3 (pl) 2023-03-06
MY186450A (en) 2021-07-22
US11034677B2 (en) 2021-06-15
CN107207480A (zh) 2017-09-26
SG11201705411SA (en) 2017-08-30
CL2017001433A1 (es) 2017-12-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP1305445B9 (en) Covalent conjugates of 1,4-bis-phenylazo-benzene and phenylazo-phenazine derivatives as dark quenchers of donor acceptor energy transfer for fluorescence detection of biomolecules and drugs
US9228225B2 (en) Xanthene dyes
US8436153B2 (en) Cyanine dyes
JP2021020903A (ja) クマリン系化合物及び関連する方法
DK1740100T3 (en) xanthene

Legal Events

Date Code Title Description
RD04 Notification of resignation of power of attorney

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424

Effective date: 20180615

A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20181121

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20190829

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20190913

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20191210

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20200207

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20200309

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20200529

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20200924

C60 Trial request (containing other claim documents, opposition documents)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60

Effective date: 20200924

C11 Written invitation by the commissioner to file amendments

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C11

Effective date: 20201009

A911 Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911

Effective date: 20201029

C21 Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21

Effective date: 20201030

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20201127

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20201218

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6814139

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250