JP2017522053A - 淡紅色で光沢のある果実を有するトマト植物 - Google Patents

淡紅色で光沢のある果実を有するトマト植物 Download PDF

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Abstract

本発明は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み（このような植物の果実は淡紅色の外見を示す）、且つ、変異型クチクラ欠乏（cuticle deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子をさらに含む（これにより果実が光沢のあるものとなる）、トマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物に関する。

Description

本発明は植物バイオテクノロジーおよび植物育種の分野に関する。一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子（myeloblastosis allele number 12）を含み、さらに、ＣＤタンパク質をコードする対立遺伝子（クチン欠乏性（Cutin Deficient）またはクチン欠乏（Cutin Deficiency）タンパク質）等のクチクラ発達に関与する対立遺伝子に変異を含み、前記変異が、野生型と比較して（有意に）増加した果実の光沢および／または赤熟（ＲＲ）期における（有意に）増加もしくは減少したクチンの蓄積をもたらす、淡紅色で光沢のある果実（すなわち、外見が淡紅色で光沢のある果実）を生産する栽培トマト（Solanum lycopersicum）植物が提供される。一つの態様において、赤熟（ＲＲ）期における増加もしくは減少したクチンの蓄積は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子（例えば、ＣＤタンパク質をコードするＣＤ遺伝子における対立遺伝子）における変異を欠く植物と比較して、少なくとも１５％の増加または減少（すなわち、それぞれ、少なくとも１５％より厚い、または少なくとも１５％より薄いクチン層厚）である。一つの態様において、栽培トマト植物は、ホモ接合型のｍｙｂ１２対立遺伝子（淡紅色（pink）対立遺伝子とも称される）を含み、さらに、ホモ接合型またはヘテロ接合型のｃｄ対立遺伝子（光沢性（glossy）対立遺伝子またはクチン欠失（cutin deficiency）対立遺伝子とも称される）、特に、ｃｄ２／ｃｄ２（ホモ接合型）またはＣＤ２／ｃｄ２（ヘテロ接合型）を含み、これにより、前記植物の赤熟した果実は、無色の果皮を有して、光沢のある外見に加えて淡紅色の外見を有する。光沢性（glossy）変異型ｃｄ２のヘテロ接合型は、前記変異を欠く植物（野生型ＣＤ２／ＣＤ２についてホモ接合性）と比較して、増加した光沢を示した。
本発明はさらに、配列番号１に、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型に、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有する；もしくは、配列番号１に、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型に、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の生産をもたらす、一つもしくは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、または、ｙ（黄色）遺伝子を含む、本発明の植物を提供する。さらに、変異型ｍｙｂ１２タンパク質を含む前記植物は、好ましくは、変異型ＣＤタンパク質をコードする対立遺伝子、例えば、ＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３タンパク質の変異対立遺伝子、も含む。一つの態様において、変異型ＣＤタンパク質は、野生型ＣＤ２タンパク質（配列番号２）に対してＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含む配列番号１１のタンパク質；および／または、配列番号１０に示されるような野生型ＣＤ２タンパク質に対してＤ７３７Ｎおよび／またはＱ７０８Ｈアミノ酸置換を含む配列番号１５の変異型ＣＤ２タンパク質である。従って、一つの態様において、トマト植物は、淡紅色で光沢があり、細胞が、ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２（変異型淡紅色（pink）対立遺伝子）またはｙ／ｙ（黄色(yellow)対立遺伝子）についてホモ接合性であり、且つ、ｃｄ１、ｃｄ２およびｃｄ３から選択される変異型ｃｄ対立遺伝子についてホモ接合性またはヘテロ接合性（変異型光沢性(glossy)対立遺伝子、例えば、ＣＤ２／ｃｄ２またはｃｄ２／ｃｄ２；ＣＤ１／ｃｄ１またはｃｄ１／ｃｄ１；ＣＤ３／ｃｄ３またはｃｄ３／ｃｄ３）である、果実を生産する。本発明はまた、本発明の植物に成長することができる、および／または、淡紅色で光沢のある果実を生産する他のトマト植物を作製するために、本発明の変異型ｍｙｂ１２遺伝子および／または変異型ｃｄ２遺伝子を入手し、従来の育種によりあらゆる他のトマト植物に導入することができる、トマト種子を提供する。本発明の植物の果実を含む、または本発明の植物の果実から成る食物および食品も提供される。または、あらゆる他のトマト植物、種子、組織、細胞、食物または飼料から、本発明の植物、種子、植物組織および細胞、並びに／またはそれらを原料とする食物および／もしくは飼料品を生産する方法も本明細書に包含され、これにより、変異型ｍｙｂ１２および／もしくはｃｄ２の遺伝子、ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）並びに／またはタンパク質の存在が検出可能である。
トマト果実の果皮色はＹ遺伝子によって決定される。遺伝子Ｙは果実の表皮の細胞壁中に満たされた明確な黄色色素を産生し、一方、その対立形質であるｙ遺伝子は、表皮壁に透明または無色の状態を生み出す（E.W. Lindstrom, 1925, Inheritance in Tomatoes, Genetics, issue 10(4) pp 305-317）。
淡紅色のトマト果実はアジアにおいて非常に好まれて消費されている。淡紅色の果実は、黄色色素を欠いた透明な表皮を有する果実において最初に記述された（Lindstrom, 1925, Inheritance in Tomatoes, Genetics, issue 10 (4) pp 305-317）。遺伝的研究によって、淡紅色果実が染色体１上に存在する一遺伝子的な劣性ｙ（黄色）遺伝子座からもたらされ、一方、赤色果実が優性Ｙ対立遺伝子を有するということが明らかにされた（Lindstrom 1925）。Ｙ遺伝子はＭＹＢ１２と同定されている（Ballester et al、下記参照）。ｙ遺伝子を含む多くのトマトの目録が利用可能であり、例えば、ｔｇｒｃ．ｕｃｄａｖｉｓ．ｅｄｕ／ｄａｔａ／ａｃｃ／ＧｅｎＤｅｔａｉｌ．ａｓｐｘ？ｇｅｎｅ＝ｙにおけるワールドワイドウェブを参照されたい。
トマト果実の色は主にカロテノイド類およびフラボノイド類によって決定される。熟したトマト果実の赤色は、主に、果実の熟成中に産生されるカロテノイドａｌｌ−ｔｒａｎｓ−リコピンの蓄積によるものである。リコピンに加え、トマト果実はかなりのレベルのビオラキサンチン、およびルテインを含有する。カロテノイド経路に変異を有するトマト植物は、変化したカロテノイド組成を有し、これが、オレンジ色（タンジェリンベータ（tangerine beta））または黄色（ｒ）の果実等の異なる果実色をもたらす（Lewinsohn et al. 2005 Trends Food Sci Technol., Vol 16 pp 407-415）。
さらに、フラボノイド類はトマト果実の色の決定に関与する。フラボノイド経路は果肉においては活性ではないため、フラボノイド類は主に果皮に蓄積する。トマト果皮において最も豊富なフラボノイド類の１つは黄色のナリンゲニンカルコンである。さらに、７０種に達する様々なフラボノイド類がトマト果実において同定されている。
Ballester et al.により、トマト（Solanum lycopersicum）の「Ｍｏｎｅｙｂｅｒｇ」と野生種ソラヌム・クミエレウスキイ（Solanum chmielewskii）との間の交雑種に由来する遺伝子移入系統（ＩＬ）集団の表現型分析が行われ、淡紅色の果実色を有する３つのＩＬが明らかにされた。これらのＩＬは、無色表皮をもたらす、故に赤色の果肉と組み合わされた場合に淡紅色果実をもたらすことが知られているｙ（黄色）変異の位置と一致する、染色体１の短腕上に、ホモ接合性のソラヌム・クミエレウスキイ（S. chmielewskii）遺伝子移入を有していた。淡紅色の果実が、成熟後のＭｏｎｅｙｂｅｒｇ果実の果皮では増加していた、果皮中の黄色フラボノイドナリンゲニンカルコンの成熟依存的な蓄積を欠いており、一方で、カロテノイドレベルは影響を受けていなかったことが、これと同じ研究によって明らかにされた（Ballester et al. 2010 Plant Physiology, vol 152 pp 71-84）。同じ研究において、Ballester et al.(Ballester et al. 2010 Plant Physiology, vol 152 pp 77、右側のコラム）は、「商業的供給源から得られた淡紅色ＭＹＢ１２対立遺伝子の推定アミノ酸配列は赤色Ｍｏｎｅｙｂｅｒｇ対立遺伝子と同一であった」と開示しており、「異常なＭＹＢ１２［タンパク質］機能ではなく、［Ballester et al.によって］試験された全ての淡紅色(pink)遺伝子型において観察された、調節解除されたＭＹＢ１２遺伝子発現が、淡紅色の表現型の主要な原因であることを示唆している。この淡紅色の原因は、遺伝子サイレンシング研究 遺伝子マッピング、分離比分析、およびＶＩＧＳ（ウイルス誘導性遺伝子サイレンシング）の結果を用いて確認された。
これまで、既存の市販の非ＧＭＯ無色果皮（すなわち淡紅色）ｙ変異体の解析では、ｍｙｂ１２対立遺伝子における変異も、そのプロモーター配列における変異も明らかにされなかったが、このことは、ｙ変異体表現型が調節遺伝子における変異、すなわち、さらなる変異対立遺伝子によるものであることを示している（Adato et al 2009 PLoS Genetics, vol 5, issue 12, e1000777）。
ＰＣＴ／ＥＰ２０１４／０５１５８２において、野生型トマト（Solanum lycopersicum）ｍｙｂ１２タンパク質配列と比較した場合にＧ５０Ｒアミノ酸置換を有する、または、配列番号１におけるアミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質を有する、２つの非ＧＭＯ栽培淡紅色トマト（Solanum lycopersicum）植物が開示された。これらの非ＧＭＯ栽培トマト植物の（無色の果皮による）淡紅色の果実は、一遺伝子劣性ｙ（黄色）座位についてホモ接合性である植物から得られる淡紅色の果実と同様に、野生型（すなわち赤色）栽培トマト植物と比較した場合に、外見の色が鈍い。これにより、これらの果実は光沢性が低く見える。結果として、淡紅色の非ＧＭＯ栽培トマト果実は、光沢がある野生型栽培トマト植物の果実と比較して、魅力のない外見を有することとなる。
植物クチクラは、クチンから成り、表面上にも蓄積する蝋で満たされた、保護層である。植物クチクラは植物の表皮細胞壁により合成される。植物クチクラは、気中植物器官からの水損失の制限、病原体、裂開、および収穫後の貯蔵期間の制御において重要な役割を果たす。トマト果実の輝度（光沢とも称される）もトマト果実のクチクラによって制御され、蝋の積載量とは無関係と思われる。しかし、これまで、クチンの積載量および／または組成と果実輝度との間の明らかな関連付けは為されていない。変質したクチン層を有する果実を有するトマト植物は、色が鈍いかまたは光沢があるように見え得る。多くの遺伝子がクチン発達に関与していると思われる。これらの遺伝子は異なる染色体に位置する場合があり、異なる遺伝様式を有する場合すらある（Petit et al Plant Physiology, 2014, Vol 164, pp 888-906; Isaacson et al The Plant Journal, 2009, Vol 60, pp 363-377）。
従って、淡紅色トマト果実を生産する通常の非ＧＭＯ栽培トマト植物の果実よりも、より光沢がある（more glossy）（すなわち、より光沢がある（glossier））淡紅色トマト果実を生産する非ＧＭＯ栽培トマト植物が必要とされている。
驚くべきことに、調節解除されたＭＹＢ１２遺伝子発現ではなく、異常なＭＹＢ１２タンパク質機能を有するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物が、淡紅色の外見のトマト果実を生産したことが、本発明者らによって発見された。これは非常に驚くべきことであり、Ballester et al. 2010およびAdato et al (2009)（上記）の概説では、調節解除されたＭＹＢ１２遺伝子発現が淡紅色の外見のトマト果実をもたらすことが開示されている。残念なことに、異常なＭＹＢ１２タンパク質機能を有するこれらの植物は、ｙ遺伝子を含む非ＧＭＯトマト植物と同様に、色が鈍い（すなわち、光沢が無い）トマト果実も有する。しかし、淡紅色の果実を有する（または生産することができる）トマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物が、クチン欠乏（Cutin Deficiency）遺伝子（ＣＤ遺伝子）の対立遺伝子等のクチクラ発達に関与する対立遺伝子に追加の変異を有する場合、前記変異は、光沢のある果実の外見をもたらす。一つの態様において、前記変異は、果実の赤熟（ＲＲ）期におけるクチンの蓄積の増加または減少をもたらす。一つの態様において、果実のＲＲ期におけるクチンの量（クチクラのクチン含量）は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子（ＣＤ対立遺伝子等）における変異を欠く植物と比較して、少なくとも１５％増加もしくは少なくとも１５％減少し、および／または、クチクラ層はそれぞれ少なくとも１５％より厚い、もしくは少なくとも１５％より薄い。このような植物は光沢のある淡紅色のトマト果実を生産する（生産可能である）。特に、前記植物または果実がいかなる他の植物または果実の表現型変化も疾患感受性も有さなかったという事実を考慮すると、これは非常に驚くべきことであった。クチクラ発達に関与する対立遺伝子は、一つの態様では、トマトＣＤ遺伝子（例えば、トマトＣＤ１遺伝子、ＣＤ２遺伝子またはＣＤ３遺伝子）から、特に、変異型のｃｄ１対立遺伝子、ｃｄ２対立遺伝子またはｃｄ３対立遺伝子から選択される。クチンの量および／またはクチクラ層厚が、変異型ＣＤ遺伝子を含まない、すなわち、野生型のＣＤ１、ＣＤ２およびＣＤ３対立遺伝子を含む正常なトマト植物と比較される。
従って、本発明は、一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、クチクラ発達に関与する対立遺伝子に変異を含み、前記変異が野生型植物（クチクラ発達の遺伝子における変異対立遺伝子を欠く）と比較して増加または減少した赤熟（ＲＲ）期におけるクチンの蓄積をもたらす、淡紅色で光沢のある果実（pink and glossy fruit）（「淡紅色で光沢のある果実（pink glossy fruit）」とも称される）を生産するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物に関する。一つの態様において、クチンの増加または減少はクチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く植物と比較して少なくとも１５％であり、および／または、それぞれ、クチクラ厚は少なくとも１５％より厚い、もしくは少なくとも１５％より薄い。
また、本発明は、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含み、または、ｙ（黄色）遺伝子をホモ接合型で含み、さらに、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、この変異型ｃｄ対立遺伝子が該変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較した場合に果実の光沢の増加をもたらすものである、淡紅色で光沢のある果実を生産するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物に関する。
一つの実施態様において、本発明は、変異型ｃｄ対立遺伝子、好ましくは変異型ＣＤタンパク質をコードする変異型ｃｄ対立遺伝子、の存在による、果実の光沢のある（色が鈍くない）外見と好ましくは組み合わせて、前記変異すなわちゲノムｍｙｂ１２遺伝子における変異が、果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において淡紅色の外見を示す前記植物の果実をもたらす、本発明の栽培トマト植物に関する。一つの態様において、変異型ｃｄ対立遺伝子はｃｄ２対立遺伝子であり、前記変異は、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％もしくは９９％の配列同一性を含むＣＤ２タンパク質をコードするｃｄ対立遺伝子等の配列番号１０の異型をコードするＣＤ対立遺伝子において、Ｇ７３６Ｖ置換、Ｄ７３７Ｎ置換および／またはＱ７０８Ｈ置換から選択される、野生型（機能的）ＣＤ２タンパク質に対する一つまたは複数のアミノ酸置換を引き起こす。Ｇ７３６Ｖ置換、Ｄ７３７Ｎ置換および／またはＱ７０８Ｈ置換から選択される一つまたは複数の変異は、従って、一つの態様においては、配列番号１０のそのような異型に存在する。
一般的定義
用語「核酸配列」（または核酸分子）とは、一本鎖形態または二本鎖形態のＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子、特に、本発明のタンパク質またはタンパク質断片をコードするＤＮＡ、を指す。「単離核酸配列」とは、それが単離された天然環境、例えば、細菌宿主細胞内の、または植物の核内ゲノムもしくは色素体ゲノム内の核酸配列、の中にはもはや存在しない、核酸配列を指す。
用語「タンパク質」または「ポリペプチド」は同義的に使用され、特定の作用機序、サイズ、三次元構造または起源に関係なく、アミノ酸鎖から成る分子を指す。従って、Ｍｙｂ１２タンパク質の「断片」または「部分」も、「タンパク質」と称され得る。「単離タンパク質」は、その天然環境、例えば、インビトロまたは組換え細菌もしくは植物宿主細胞内、にもはや存在しないタンパク質を指して用いられる。
用語「遺伝子」は、適切な調節領域（例えば、プロモーター）に機能的に連結された、細胞内でＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ、ｈｐＲＮＡまたはＲＮＡｉ分子）に転写される領域（転写領域）を含むＤＮＡ配列を意味する。従って、遺伝子は、いくつかの機能的に連結された配列、例えば、プロモーター、例えば翻訳開始に関与する配列を含む５’リーダー配列、（タンパク質）コード領域（ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、および、例えば転写終結点を含む３’非翻訳配列、を含み得る。遺伝子は、内在性遺伝子（起源種内の）またはキメラ遺伝子（例えば、導入遺伝子またはシス遺伝子）であり得る。
「遺伝子の発現」とは、適切な調節領域、特にプロモーター、に機能的に連結されたＤＮＡ領域が、生物学的に活性である、すなわち、生物学的に活性なタンパク質もしくはペプチド（もしくは活性ペプチド断片）に翻訳可能である、または、それ自体が活性を有する（例えば、転写後の遺伝子サイレンシングまたはＲＮＡｉにおいて）、ＲＮＡに転写されるプロセスを指す。コード配列は、センス配向（sense-orientation）であり得、所望の生物学的に活性なタンパク質またはペプチド、または活性ペプチド断片をコードする。
「活性タンパク質」または「機能的タンパク質」は、インビトロで、例えばインビトロ活性アッセイによって、および／または、インビボで、例えばタンパク質によって付与される表現型によって測定可能なタンパク質活性を有するタンパク質である。「野生型」Ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のアミノ酸配列同一性を含む完全に機能的なタンパク質である（配列番号１の「異型」または「機能的異型」とも称される）。同様に、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子は、前記野生型タンパク質または野生型の機能的異型をコードする対立遺伝子である。
「変異型ｍｙｂ１２タンパク質」は、本明細書においては、野生型Ｍｙｂ１２タンパク質をコードする核酸配列内に一つまたは複数の変異を含み、前記変異が、例えばインビボで、例えば変異対立遺伝子によって付与される改変された表現型によって測定可能な、「機能低減型」または「機能喪失型」のタンパク質（をコードする変異型核酸分子）をもたらす、タンパク質である。「機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質」または「活性低減型ｍｙｂ１２タンパク質」または機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質とは、赤色のトマト果肉と組み合わされた場合に完熟果実に淡紅色を与える、無色の果実表皮すなわち無色の果皮をもたらす、変異型ｍｙｂ１２タンパク質を指す。
「変異型ｃｄタンパク質」は、本明細書においては、野生型ＣＤタンパク質（クチン欠乏（Cutin Deficiency）タンパク質またはクチン欠乏性（Cutin Deficient）タンパク質）をコードする核酸配列内に一つまたは複数の変異を含み、前記変異が、例えばインビボで、例えば変異対立遺伝子によって付与される改変された表現型によって測定可能な、「機能低減型」または「機能喪失型」のタンパク質（をコードする変異型核酸分子）をもたらす、タンパク質である。「機能低減型ｃｄタンパク質」または「活性低減型ｃｄタンパク質」または機能喪失型ｃｄタンパク質とは、赤熟期における光沢のある外見もしくはトマト果実、並びに／または果実（果実クチクラ）のクチン含量および／もしくはクチクラ層厚の有意な増加もしくは減少をもたらす、変異型ｃｄタンパク質を指す。変異型ｃｄタンパク質は、例えば、変異型のｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３タンパク質であり得る。
「淡紅色のトマト果実」、「ｙ変異体」、「ｙ表現型」、または「無色果皮ｙ表現型／変異体」または「無色表皮」または「無色果皮」とは、例えば、黄色／オレンジ色の正常型表皮（配列番号１の野生型Ｍｙｂ１２タンパク質または機能的異型をコードする遺伝子の１つまたは２つのコピーを含む植物の果実において見られる）と比較した場合に、色が薄い（色素が少ない；より透明な）果実表皮を有し、それにより、赤色の果肉と組み合わされた場合に果実の淡紅色の外見がもたらされる、トマト果実、または果実を生産可能なトマト植物を指す。ｍｙｂ１２変異は劣性であるため、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含むトマト植物の果実表皮のみが無色の果皮を有する。果実表皮の色は、赤色期の果実を調べることにより、および／または、表皮を剥がし、例えば表皮を光源にかざして、表皮の色素沈着を視覚的に評価することにより、視覚的に簡単に比較することができる。あるいは、総フラボノイド含量またはナリンゲニンカルコンのレベルが、Adato et al（上記）またはBallester et al. 2010（上記）に記載されるのように、果皮組織において決定され得る。具体的には、材料および方法（Materials and Methods）の、フラボノイドおよびカロテノイドの抽出およびＨＰＬＣ解析（Flavonoid and Carotenoid Extraction and HPLC Analysis）において、Ballester et alは、「Phenolic and ascorbic acid extraction, separation and detection by HPLC-PDA (Boni et al (2005)(Boni et al. New Phytologist (2005) volume 166 pp 427-438)の４２９頁の左側のカラム の節にフラボノイド検出法を記載しているBoni et al (2005)を参照している。無色表皮ｍｙｂ１２変異体の表皮組織（果皮）は、野生型果実の果皮よりも有意に少ないナリンゲニンカルコンを含み、例えば、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性の果実において、５０ｍｇ／ｋｇ新鮮果皮重量未満、好ましくは、２０、１０、５、２、または１ｍｇ／ｋｇ新鮮果皮重量（fw of p
eel）未満の、ナリンゲニンカルコンを含む。そのため、一つの態様において、 無色表皮」または「無色果皮」は、果実において、５０ｍｇ／ｋｇ新鮮果皮重量未満、好ましくは２０、１０、５、２、またはさらには１ｍｇ／ｋｇ新鮮果皮重量未満のナリンゲニンカルコンを含む表皮と定義される。
表皮とは、植物の葉、花、果実および茎を覆う一層の細胞群を指す。表皮は植物と外部環境との間に境界を形成する。表皮はいくつかの機能を果たし、表皮は、水損失を防ぎ、ガス交換を制御し、代謝化合物を分泌し、（特に根において）水および無機栄養素を吸収する。
正常型表皮、すなわち正常型／赤色トマト果実の（すなわち、野生型Ｍｙｂ１２タンパク質をコードする遺伝子を含む植物の）表皮は、例えば、Ｍｏｎｅｙｂｅｒｇ、Ｐｕｓａ Ｓｈｅｅｔａｌ、Ｔａｐａ、Ｍ８２またはＴＰＡＡＤＡＳＵ等の赤色品種、および中国以外の国で生育される多くの他のトマト品種のように、赤熟期において、果実表皮内の黄色のフラボノイドナリンゲニンカルコンの蓄積により、黄色／オレンジ色を有する。
機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質は、例えば、一つまたは複数の変異をその核酸配列内に含む野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子である、「部分ノックアウト変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子」の転写および翻訳によって、得ることができる。一つの態様において、このような部分ノックアウト変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子は、生物活性が有意に低減するが完全には消失しないように、少なくとも１つの保存されたおよび／または機能的なアミノ酸が別のアミノ酸に置換された、ｍｙｂ１２タンパク質の産生を好ましくはもたらす、一つまたは複数の変異を含む野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子である。しかし、トマトＭｙｂ１２対立遺伝子における、一つまたは複数のナンセンス変異、ミスセンス変異、スプライス部位変異またはフレームシフト変異等の他の変異も、機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をもたらし得、このような機能低減型タンパク質は、野生型Ｍｙｂ１２タンパク質に対して、一つまたは複数のアミノ酸の置換、挿入または欠失を有し得る。変異対立遺伝子は、天然において見られる（例えば、ヒトによる変異誘発物質の適用無しに自然に生成される）変異対立遺伝子である「天然変異型」対立遺伝子、または人の介在によって、例えば変異誘発によって誘導される「誘導変異型」対立遺伝子のいずれかであり得る。
タンパク質をコードする核酸分子における「変異」は、例えば、一つまたは複数のヌクレオチドの置換、欠失または挿入による、野生型配列と比較した場合の一つまたは複数のヌクレオチドの変化である。「点変異」は、単一のヌクレオチドの置換、または単一のヌクレオチドの挿入もしくは欠失である。
「ナンセンス」変異は、コドンを終止コドンに変化させる、タンパク質をコードする核酸配列における（点）変異である。これにより、ｍＲＮＡ内および切断タンパク質内に存在する、中途での終止コドンがもたらされる。切断タンパク質は、機能低減または機能喪失を有し得る。
「ミスセンス」または非同義的変異は、コドンを異なるアミノ酸のコードに変化させる、タンパク質をコードする核酸配列における（点）変異である。結果として生じるタンパク質は、機能低減または機能喪失を有し得る。
「スプライス部位」変異は、ＲＮＡ前駆体のＲＮＡスプライシングを変化させる、タンパク質をコードする核酸配列における変異であり、これにより、野生型と異なるヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡおよび野生型と異なるアミノ酸配列を有するタンパク質がもたらされる。結果として生じるタンパク質は、機能低減または機能喪失を有し得る。
「フレームシフト」変異は、ｍＲＮＡの読み取り枠を変化させる、タンパク質をコードする核酸配列における変異であり、これにより、異なるアミノ酸配列をもたらされる。結果として生じるタンパク質は、機能低減または機能喪失を有し得る。
制御配列、例えば遺伝子のプロモーター、における変異は、遺伝子のｍＲＮＡ転写物の生成を減少させるまたは生成させなくする、例えば一つまたは複数のヌクレオチドの置換、欠失または挿入による、野生型配列と比較した場合の一つまたは複数のヌクレオチドの変化である。
「サイレンシング」とは、標的遺伝子または遺伝子ファミリーの遺伝子発現の下方制御または完全阻害を指す。
遺伝子サイレンシングアプローチにおける「標的遺伝子」は、キメラサイレンシング遺伝子（または「キメラＲＮＡｉ遺伝子」）が発現され、例えば、サイレンシングＲＮＡ転写物（例えば、内在性標的遺伝子発現を発現停止させることが可能なｄｓＲＮＡまたはヘアピンＲＮＡ）を生成する場合に、その内在性遺伝子発現が下方制御または完全阻害（発現停止）される、遺伝子または遺伝子ファミリー（または前記遺伝子の一つもしくは複数の特定の対立遺伝子）である。変異誘発アプローチでは、標的遺伝子は、遺伝子発現における変化（低減または喪失）またはコードされるタンパク質の機能における変化（低減または喪失）をもたらす変異をされる内在性遺伝子である。
本明細書で使用される場合、用語「機能的に連結された」とは、機能的な関係にあるポリヌクレオチド成分の連結を指す。核酸は、別の核酸配列との機能的な関係に置かれた場合、「機能的に連結されている」。例えば、プロモーター、さらに厳密にいえば転写制御配列、は、コード配列の転写に影響を与える場合、コード配列に機能的に連結されている。機能的に連結されたとは、連結されているＤＮＡ配列が、典型的には近接しており、２つのタンパク質コード領域の連結が必要な場合では、「キメラタンパク質」を生成するように近接し且つ読み取り枠内にある、ことを意味する。「キメラタンパク質」または「ハイブリッドタンパク質」は、連結されることで連結されたドメインの機能性を示する機能的タンパク質を形成する、種々のタンパク質「ドメイン」（またはモチーフ）から構成される、それ自体としては天然に存在しないタンパク質である。キメラタンパク質はまた、天然に生じる２つ以上のタンパク質の融合タンパク質であり得る。
用語「食物」は、消費されることで身体に栄養補給を与えるあらゆる物質である。通常、食物は植物起源または動物起源であり、炭水化物、脂肪、タンパク質、ビタミン、またはミネラル等の必須栄養素を含有する。前記物質は、エネルギーを生産する、生命を維持する、または成長を刺激する目的で、生物によって摂取され、生物の細胞によって同化される。食物という用語には、消費されることでヒトおよび動物の身体に栄養補給を与える物質の両方が含まれる。
異なる植物系統間の比較には、一つまたは複数の対照植物系統の植物（好ましくは野生型植物）と同じ条件下で、ある系統のいくつかの植物（例えば、系統あたり、少なくとも５の植物、好ましくは少なくとも１０、１５または２０の植物）を成長させること、および同じ環境条件下で成長した場合の植物系統間の統計的に有意な差異の決定が含まれると理解される。
トマト果実の「成熟期」は以下のように分けることができる：（１）緑熟期（Mature green stage）：表面が完全に緑色であり；緑の濃淡度は薄縁色から濃緑色まで異なり得る。（２）催色期（Breaker stage）：多くて１０％の表面上で緑からやや黄褐色〜黄色、淡紅色または赤色への明確な色の変わり目がある；（３）転換期（Turning stage）：１０％〜３０％の表面が緑色でなくなり；全体として、緑色からやや黄褐色〜黄色、淡紅色、赤色、またはそれらの組合せへの明確な変化を示す。（４）淡紅色期（Pink stage）：３０％〜６０％の表面が緑でなくなり；全体として、淡紅色〜赤色を示す。（５）薄赤色期（Light red stage）（または後期オレンジ色期（late orange stage））：６０％〜９０％の表面が緑でなくなり；全体として、やや淡紅色〜赤色または赤色を示す。（６）赤色期（Red stage）（または赤熟期（Red Ripe stage））：９０％超の表面が緑でなくなり；全体として、赤色を示す。なお、通常のトマト果実（すなわち、熟した際に赤色）および本発明の淡紅色果実は共に、同様の成熟期を有する。しかし、赤色期（６）における色が異なり：本発明の果実では淡紅色であり、通常の（野生型）トマト果実では赤色である。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」を用いることで、所与のヌクレオチド配列と実質的に同一なヌクレオチド配列を特定することができる。ストリンジェントな条件は、配列依存的であり、異なる環境下では異なってくる。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定のイオン強度およびｐＨにおける特定の配列の融解温度（thermal melting point）（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全一致プローブにハイブリダイズする（規定のイオン強度およびｐＨ下での）温度である。典型的には、塩濃度がｐＨ７において約０．０２モル濃度であり、温度が少なくとも６０℃である、ストリンジェントな条件が選択されることとなる。塩濃度の低下および／または温度の上昇はストリンジェンシーを増加させる。ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば１００ｎｔのプローブを使用するノーザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、６３℃で２０分間の０．２×ＳＳＣ中での少なくとも１回の洗浄を含む条件、または等価条件である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション（例えば１００ｎｔのプローブを使用するサザンブロット）のストリンジェントな条件は、例えば、少なくとも５０℃の温度、通常は約５５℃で、２０分間の０．２×ＳＳＣ中での少なくとも１回の洗浄（通常２回）を含む条件、または等価条件である。Sambrook et al. (1989)およびSambrook and Russell (2001)も参照されたい。
「配列同一性」および「配列類似性」は、包括的または局所的なアラインメントアルゴリズムを用いる、２つのペプチド配列または２つのヌクレオチド配列のアラインメントによって決定することができる。配列は、例えばＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「Ｎｅｅｄｌｅ」（初期パラメータを使用、下記参照）によって最適にアラインメントされ、少なくともある特定の最小パーセンテージの配列同一性（以下で詳述）を共有する場合に、「実質的に同一な」または「実質的に類似した」と称され得る。これらのプログラムは、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈの包括的アラインメントアルゴリズムを使用して、２つの配列をそれらの全長に亘ってアラインメントし、一致数を最大化し、ギャップ数を最小化する。一般的には初期パラメータが使用され、ギャップ生成ペナルティーは１０であり、ギャップ伸長ペナルティーは０．５である（ヌクレオチドアラインメントおよびタンパク質アラインメントの両方で）。ヌクレオチドにおいては、使用される初期スコア行列はＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質においては、初期スコア行列はＢｌｏｓｕｍ６２である（Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919）。配列アラインメントおよび配列同一性パーセントのスコアは、例えば、ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）においてワールドワイドウェブ上で利用可能なＥＭＢＯＳＳ等のコンピュータプログラムを用いて決定され得る。あるいは、配列類似性または配列同一性は、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ等のデータベースに対して検索をかけることによって決定され得るが、ヒットを回収し、ペアワイズアラインメントにかけて、配列同一性を比較するべきである。２つのタンパク質または２つのタンパク質ドメイン、または２つの核酸配列は、配列同一性パーセントが少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％またはそれ以上（例えば、少なくとも９９．１、９９．２ ９９．３ ９９．４、９９．５、９９．６、９９．７、９９．８、９９．９またはそれ以上である場合に（Ｅｍｂｏｓｓ「ｎｅｅｄｌｅ」によって決定、初期パラメータ、すなわち、ギャップ生成ペナルティー＝１０、ギャップ伸長ペナルティー＝０．５、を使用、核酸にはスコア行列ＤＮＡＦＵＬＬ、タンパク質にはＢｌｏｓｕｍ６２を使用）、「実質的な配列同一性」を有する。
参照配列「に対する実質的な配列同一性」を有する、または参照配列に対して少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．９％の核酸配列同一性の配列同一性を有する、核酸配列（例えばＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）に対して言及が為される場合、一つの実施態様では、前記ヌクレオチド配列は、所与のヌクレオチド配列と実質的に同一であると見なされ、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて特定され得る。別の実施態様では、核酸配列は、所与のヌクレオチド配列と比較して一つまたは複数の変異を含むが、それでもなお、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて特定され得る。
本明細書において、およびその特許請求の範囲において、動詞「含む（to comprise）」およびその語形変化は、その非制限的な意味で用いられて、その言葉の後に続く項目が包含されるが、特に明記されていない事項が除外されないことを意味する。加えて、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」による要素に対する照応（reference）は、文脈が１つの要素が存在することおよび１つのみの要素が存在することを明白に要求していない限り、２つ以上の前記要素が存在する可能性を排除せしない。従って、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、通常、「少なくとも１つの」を意味する。さらに、本明細書において「配列」に対して言及する場合、概して、ある特定のサブユニット配列（例えばアミノ酸）を有する実際の物理的分子（actual physical molecule）が言及されることを理解されたい。
本明細書で使用される場合、用語「植物」は、植物全体またはそのあらゆる部分もしくは誘導体、例えば植物器官（例えば、収穫された、または収穫されていない果実、花、葉等）、植物細胞、植物プロトプラスト、植物全体に再生可能な植物細胞または組織の培養物、再生可能または再生不可な植物細胞、植物カルス、植物細胞集塊、および、植物中の、または、胚、花粉、胚珠、子房、果実（例えば、収穫後の組織または器官、例えば、収穫後のトマトまたはその一部）、花、葉、種子、塊茎、クローン増殖植物（clonally propagated plant）、根、茎、子葉、胚軸、根端等の植物の一部中の無処置の植物細胞を包含する。また、実生、未熟および成熟等のあらゆる発生段階も包含される。本明細書で使用される場合、植物という用語は、一つまたは複数の、本発明の変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子および／もしくはｍｙｂ１２タンパク質、並びに／または、クチクラ発達、特に果実クチクラのクチン含量および／もしくは果実のクチクラ層厚、に関与する対立遺伝子における変異、を含む植物および植物部位を包含する。
別の実施態様では、植物部位という用語は、一つまたは複数の、本発明の変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子および／またはｍｙｂ１２ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）および／またはｍｙｂ１２タンパク質を含み、且つ、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異をさらに含む、植物細胞、または植物組織または植物器官を指す。一つの態様において、植物部位は、植物に成長可能であり、および／または、光合成（すなわち、水、二酸化炭素および無機塩等の無機物からの炭水化物およびタンパク質の合成）で生存可能である。別の態様では、植物部位は、植物に成長不可であり、および／または、光合成（すなわち、水、二酸化炭素および無機塩等の無機物からの炭水化物およびタンパク質の合成）で生存不可である。
「植物系統」または「育種系統」とは、植物およびその子孫を指す。本明細書で使用される場合、用語「近交系」とは、繰り返し同系繁殖された植物系統を指す。
「植物品種（plant variety）」は、（植物育種者権の承認条件が満たされているか否かにかかわらず）ある特定の遺伝子型または遺伝子型の組合せからもたらされる特徴の発現に基づいて定義可能であり、それらの特徴のうちの少なくとも１つの発現によって他のあらゆる植物と区別可能であり、いかなる変化も無しに繁殖可能であるため、独立体として認識可能である、既知の最下位の同一植物分類群内の植物群である。従って、用語「植物品種」は、植物が同じ種類であったとしても、全てが１つの遺伝子座または遺伝子（またはこの単一の遺伝子座または遺伝子による一連の表現型的特徴）の存在を特徴とするが、その他の遺伝子座または遺伝子に関しては著しく互いに異なり得る場合、植物群を表すのに使用することはできない。
「Ｆ１、Ｆ２等」は、２つの親植物間または親系統間の交雑後の連続的な近縁世代を指す。２つの植物または系統を交雑することにより生産された種子から成長した植物はＦ１世代と称される。Ｆ１植物の自家受粉により、Ｆ２世代等がもたらされる。「Ｆ１雑種」植物（またはＦ１種）は、２つの近交系親系統の交雑から得られる世代である。「Ｍ１集団」は、ある特定の植物系統または栽培品種の複数の変異誘発種子／植物である。「Ｍ２、Ｍ３、Ｍ４等」は、第一の変異誘発種子／植物（Ｍ１）の自家受粉後に得られる連続的な世代を指す。
トマト果実に関連した用語「光沢（gloss）」、「光沢のある（glossy）」または「光沢度（glossiness）」または「輝度（brightness）」は、トマト果実表面による正反射レベルに関する。光沢（gloss）は、トマト果実表面に光沢のある（shiny）または光沢のある（lustrous）外見を持たせる特性である。光沢は散乱無しに光を反射する表面の能力により増加する。それ故、光沢はしばしば、試験表面に対してある角度をなす定出力光線を向けた後、反射光の量をモニターすることによって測定される。しかし、果実光沢はまた、正の対照および／または負の対照（例えば、ＷＴ栽培トマト植物の果実等）と比較して、光の反射をスコア化することにより、視覚的に測定することもできる。あるいは、果実の写真画像において、光飽和画素（light saturated pixel）の数を、光沢の尺度と解釈してもよい（特に、光強度、角度、環境および光源に対する果実の位置等の同一条件下で様々な果実を測定する場合。トマト（Solanum lycopersicum）果実において、クチクラを包埋している表皮細胞はトマト果実の輝度における重大な役割を担っているが、クチン積載量（すなわち、クチクラの果実クチン含量および／または果実クチクラ層厚）と果実輝度（上記参照）との間の明白な関連付けはできていない。果実クチクラ層厚はトマト果実発達の赤熟期において完熟に達する。消費者はしばしば果実光沢を果実品質と関連付けるため、果実光沢は重要な果実特性である。同様に、トマト果実は、色が鈍い（dull）と称される場合、光沢が無い。光沢は、２つ以上の対象の光沢を互いに比較することによって視覚的に測定することができ、あるいは、光沢計を使用してもよい。例えば、実施例３を参照されたい。従って、本明細書における、統計的に「有意に増加した光沢」または「増加した光沢」を有する果実を生産するトマト植物は、例えば、上記および実施例に記載のように、例えば赤熟期の果実の表面反射測定により測定された、その系統または品種のいくつかの果実およびいくつかの植物の平均光沢が、対照（例えば、野生型ＣＤ対立遺伝子についてホモ接合性、例えば、機能的なＣＤ２タンパク質をコードするＣＤ２／ＣＤ２）の果実よりも、（統計的に）有意により高い植物である。
用語「対立遺伝子」は、特定の遺伝子座の遺伝子の一つまたは複数の別形態のいずれかを意味し、これらの対立遺伝子は全て、特定の遺伝子座における１つの形質または特徴に関連している。生物の二倍体細胞では、所与の遺伝子の対立遺伝子は、染色体上の特定の位置、すなわち遺伝子座（locus）（複数形ではloci）に位置している。１つの対立遺伝子が、相同染色体対の各染色体上に存在している。二倍体植物種は、特定の遺伝子座に多数の異なる対立遺伝子を含み得る。これらは、遺伝子の同一対立遺伝子（ホモ接合性）または２つの異なる対立遺伝子（ヘテロ接合性）であり得る。
用語「遺伝子座（locus）」（複数形ではloci）は、例えば遺伝子または遺伝子マーカーが存在する、染色体上の特定の１つもしくは複数の場所または部位を意味する。Ｍｙｂ１２遺伝子座は従って、Ｍｙｂ１２遺伝子が存在するゲノム内の位置である。
「野生型対立遺伝子」（ＷＴまたはＷｔ）とは、本明細書では、完全に機能的なタンパク質（野生型タンパク質）をコードする遺伝子型を指す。完全に機能的なＭｙｂ１２タンパク質をコードするこのような配列は、例えば、ncbi.nlm.nih.govウェブサイト上で、/nuccore/171466740下に開示されるＮＣＢＩ ＥＵ４１９７４８ トマト（Solanum lycopersicum）ＭＹＢ１２（ＭＹＢ１２）のｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）に基づく、配列番号４に示される野生型Ｍｙｂ１２ ｃＤＮＡ（ｍＲＮＡ）配列、または配列番号７に示される野生型Ｍｙｂ１２ゲノム配列である。この野生型Ｍｙｂ１２ ｍＲＮＡにコードされるタンパク質配列は配列番号１に示される。前記タンパク質配列は３３８個のアミノ酸から成る。対立遺伝子（すなわち、配列番号１のタンパク質と同程度の果実着色、すなわち果実が成熟期にある場合は赤色トマト果実、を与える対立遺伝子）をコードする他の完全に機能的なＭｙｂ１２タンパク質が、他のトマト（Solanum lycopersicum）植物に存在し得、配列番号１との実質的な配列同一性、すなわち、配列番号１との少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を含み得る。このような完全に機能的な野生型Ｍｙｂ１２タンパク質は、本明細書では、配列番号１の「異型（variant）」と称される。同様に、このような完全に機能的なＭｙｂ１２タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号４および配列番号７の異型と称される。
完全に機能的なＣＤ２（Cutin Deficient 2）タンパク質をコードする野生型（ＷＴ）配列は、例えば、ワールドワイドウェブncbi.nlm.nihの/nuccore/NM_001247728下（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001247728 の、ＮＣＢＩ ＮＭ＿００１２４７７２８ トマト（Solanum lycopersicum）ＣＤ２（ＣＤ２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）に基づく配列番号１２に示される野生型ＣＤ２ ｃＤＮＡ（ｍＲＮＡ）配列に、または、配列番号１４に示される野生型ＣＤ２ゲノム配列にコードされる。この野生型ＣＤ２ ｍＲＮＡにコードされる野生型（機能的）タンパク質配列は配列番号１０に示される。前記野生型（機能的）タンパク質配列は８２１個のアミノ酸から成る。対立遺伝子（すなわち、配列番号１０のタンパク質と同程度のクチクラ発達、すなわち果実が成熟期にある場合は光沢のあるトマト果実、を与える対立遺伝子）をコードする他の完全に機能的なＣＤ２タンパク質が、他のトマト（Solanum lycopersicum）植物に存在し得、配列番号１０との実質的な配列同一性、すなわち、配列番号１０との少なくとも約８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を含み得る。このような完全に機能的な野生型ＣＤ２タンパク質は、本明細書では、配列番号１０の「異型」と称される。同様に、このような完全に機能的なＣＤ２タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１２および配列番号１４の異型と称され、配列番号１２または１４との実質的な配列同一性、すなわち、配列番号１２または１４との少なくとも約７０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を含み得る。
以下の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子は、本発明に記載の野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と比較して、ホモ接合型である場合に、果実発達の後期オレンジ色期および／もしくは赤色期において色の薄いトマト果実表皮を有する、および／または、淡紅色のトマト果実を有する、ｍｙｂ１２変異体の例示である。
なお、本明細書で参照されるヌクレオチド配列（配列番号４〜６）は、配列番号１〜３のタンパク質をコードするｃＤＮＡ、すなわちコードＤＮＡ配列である。開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なすと、配列番号４〜６は、ＴＡＧ終止コドンを含む１０１７個のヌクレオチドを有する。明らかなことであるが、これらのｃＤＮＡヌクレオチド配列に対して言及がなされる場合、ｃＤＮＡは、イントロンを追加で含有するためにヌクレオチドが異なる番号付けを有する、対応するトマト（Solanum lycopersicum）のゲノムｍｙｂ１２配列のコード領域であると理解される。従って、例えば配列番号４〜６のいずれか１つに記載のｍｙｂ１２配列を含むトマト植物に対して言及がなされる場合、配列番号４〜６のｍＲＮＡが転写される（順に、タンパク質に翻訳される）、コードＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を含むゲノムｍｙｂ１２配列を含むトマト植物、と理解される。チミン（Ｔ）がｍＲＮＡ内ではウラシル（Ｕ）であることを除いては、ｍＲＮＡはｃＤＮＡと同じヌクレオチド配列を有する。
さらに、本発明のタンパク質（すなわち、配列番号２または３の変異型ｍｙｂ１２タンパク質）をコードするヌクレオチド配列を含むトマト植物に対して言及がなされる場合、これは、遺伝暗号の縮重による、異なるヌクレオチド配列を包含する。一つの実施態様では、前記植物は、配列番号７に示されるゲノムＭｙｂ１２配列、または、それと実質的に同一（例えば、配列番号７と少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を有する）であるが、前記配列に、特に前記ゲノム配列のエクソンのコード配列（エクソン１のコード配列はヌクレオチド１〜１３４に亘り；エクソン２はヌクレオチド２２５〜３５３に亘り、エクソン３はヌクレオチド１７９１〜２１４０に亘り、エクソン４はヌクレオチド２７３４〜３１３７に亘る；開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なす）に、一つもしくは複数の変異を有し、色の薄いおよび／もしくは無色のトマト果実表皮をもたらす変異型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする、ゲノムＭｙｂ１２配列、を含む。一つの実施態様では、前記ゲノム配列は、配列番号２または配列番号３の変異型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする。
本発明により特定される、ホモ接合型である場合に、淡紅色のトマト果実および／または色の薄い表皮および／または無色表皮を付与する、１つの例示的な変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（変異体２９６１；種子寄託ＮＣＩＭＢ４２０８７およびＮＣＩＭＢ４２２６８に存在）は、翻訳中に６０個のアミノ酸残基から成る切断型タンパク質をもたらす変異を含み、一方で、野生型タンパク質は３３８個のアミノ酸残基を有する（配列番号１参照）。変異体２９６１の切断型タンパク質配列は配列番号２に示される。切断は、開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なして、配列番号４のヌクレオチド１８２におけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変化によるものである。変異体２９６１におけるこのＴ１８２Ａ変異は、ロイシン（すなわちＬｅｕまたはＬ）のコドン（ＴＴＧ）から終止コドン（ＴＡＧ）への変化をもたらす。これは、配列番号７の１３０５位における、ゲノムＤＮＡにおけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変異に対応する。変異型ｃＤＮＡは配列番号５に示される。
本発明により特定される、ホモ接合型である場合に、淡紅色のトマト果実および／または色の薄い表皮および／または無色表皮を付与する、別の例示的な変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（変異体５５０５；種子寄託ＮＣＩＭＢ４２０８８に存在）は、コードされるタンパク質（配列番号３）のアミノ酸５０におけるグリシン（ＧｌｙまたはＧ）からアルギニン（ＡｒｇまたはＲ）への変化をもたらす変異、すなわちＧ５０Ｒ変異、を含む。変異体５５０５のタンパク質配列は配列番号３に示される。前記アミノ酸置換は、開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なして、配列番号４のヌクレオチド１４８におけるグアニン（Ｇ）からシトシン（Ｃ）への変異（すなわち、Ｇ１４８Ｃ変異）によるものである。これは、配列番号７の１２７１位における、ゲノムＤＮＡにおけるグアニンからシトシンへの変異に対応する。変異型ｃＤＮＡは配列番号６に示される。
以下の変異型ｃｄ２対立遺伝子は、以下の変異型ｃｄ２対立遺伝子は、本発明に記載の野生型ＣＤ２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と比較して、変異型ｃｄ２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、光沢のあるトマト果実（例えば、果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期において）、すなわち有意に増加した光沢を有する果実、を有するｃｄ２変異体の例示である。また、変異型ｃｄ２対立遺伝子がヘテロ接合型である場合も、前記果実は、野生型ＣＤ２対立遺伝子（野生型ＣＤ２タンパク質をコードする）についてホモ接合性の、すなわち変異型ｃｄ２対立遺伝子（変異型ｃｄ２タンパク質をコードする）を欠くトマト植物の果実と比較して、有意に増加した光沢を有する。
従って、一つの態様において、一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含み、またはｙ（黄色）遺伝子をホモ接合型で含み、且つ、下記の変異型ｃｄ２対立遺伝子等の、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、この変異型ｃｄ対立遺伝子が、変異型ｃｄ２対立遺伝子を欠く植物等の、該変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較した場合に果実光沢の（統計的に有意な）増加をもたらすものである、淡紅色で光沢のある果実を生産するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物が提供される。なお、ｃｄ１、ｃｄ２およびｃｄ３遺伝子は異なる染色体上に位置する単一劣性遺伝子であるため（Isaacson et al. 2009によって、ｃｄ２は染色体１、ｃｄ３は染色体８に、ｃｄ１は染色体１１に位置付けられた）、複数の異なるＣＤ遺伝子の変異対立遺伝子の存在は可能ではあるが、本発明のトマト植物は、ｃｄ１、ｃｄ２およびｃｄ３から選択されるｃｄ遺伝子の１つのみの対立遺伝子に変異を含むことが好ましい。
なお、本明細書に参照されるヌクレオチド配列（配列番号１２、１３、および１６）は、配列番号１０（野生型（wilt type）ＣＤ２タンパク質）、配列番号１１（光沢をもたらす、Ｇ７３６Ｖ、すなわちグリシン（ＧまたはＧｌｙ）からバリン（ＶまたはＶａｌ）へのアミノ酸変化を有する変異型ｃｄ２タンパク質）、および配列番号１５（光沢をもたらす、Ｑ７０８Ｈ、すなわちグルタミン（ＱまたはＧｌｎ）からヒスチジン（ＨまたはＨｉｓ）への、およびＤ７３７Ｎ（すなわちアスパラギン酸（ＤまたはＡｓｐ）からアスパラギン（ＮまたはＡｓｎ）へのアミノ酸変化を有する変異型ｃｄ２タンパク質） のタンパク質をそれぞれコードする、ｃＤＮＡ、すなわちコードＤＮＡ配列である。開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なすと、配列番号１２、１３および１６は、ＴＡＧ終止コドンを含む２４６６個のヌクレオチドを有する。明らかなことであるが、これらのｃＤＮＡヌクレオチド配列に対して言及がなされる場合、ｃＤＮＡは、イントロンを追加で含有するためにヌクレオチドが異なる番号付けを有する、対応するトマト（Solanum lycopersicum）のゲノムcd2配列のコード領域であると理解される。従って、例えば配列番号１２、１３、または１６のいずれか１つに記載のｃｄ２配列を含むトマト植物に対して言及がなされる場合、それぞれ配列番号１２、１３、および１６のｍＲＮＡが転写される（順に、タンパク質に翻訳される）、コードＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を含むゲノムｃｄ２配列を含むトマト植物、と理解される。チミン（Ｔ）がｍＲＮＡ内ではウラシル（Ｕ）であることを除いては、ｍＲＮＡはｃＤＮＡと同じヌクレオチド配列を有する。
さらに、本発明のタンパク質（クチクラ発達、特にクチン産生、に関与）（すなわち、配列番号１１または配列番号１５の変異型ｃｄ２タンパク質）をコードするヌクレオチド配列を含むトマト植物に対して言及がなされる場合、これは、遺伝暗号の縮重による、異なるヌクレオチド配列を包含する。一つの実施態様では、前記植物は、配列番号１４に示されるゲノムＣＤ２配列、または、それと実質的に同一（例えば、配列番号１４と少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、または９９．９％の配列同一性を有する）であるが、前記配列に、特に前記ゲノム配列のエクソンにおけるコード配列（エクソン１におけるコード配列はヌクレオチド１〜（両端を含む（and including））２０４に亘り；エクソン２はヌクレオチド２８２〜５０２に亘り、エクソン３はヌクレオチド６００〜７１５に亘り、エクソン４はヌクレオチド８０９〜ヌクレオチド１４９４に亘り、エクソン５はヌクレオチド１６１７〜ヌクレオチド１７１７に亘り、エクソン６はヌクレオチド１８１９〜ヌクレオチド２０３２に亘り、エクソン７はヌクレオチド３４１７〜ヌクレオチド３５９１に亘り、エクソン８はヌクレオチド３７１８〜ヌクレオチド４０８６に亘り、エクソン９はヌクレオチド４５４２〜４９２１に亘る；開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なす）に、一つまたは複数の変異を有し、トマト果実発達の緑熟期以後（Mature Green stage）（例えば、催色期（Breaker stage）、オレンジ色期、または赤熟期）に光沢のあるトマト果実をもたらす変異型ｃｄ２タンパク質をコードする、ゲノムＣＤ２配列、を含む。一つの実施態様では、前記ゲノム配列は、配列番号１１の変異型タンパク質をコードする。別の実施態様では、前記植物は、配列番号１４のヌクレオチド７１７１にグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（配列番号１１に示されるアミノ酸変化Ｇ７３６Ｖをもたらす）を含む配列番号１４に示されるゲノムＣＤ２配列、またはそれと実質的に同一なゲノムＣＤ２配列、を含む。
本発明により特定される、光沢のあるトマト果実を付与する、１つの例示的な変異型ｃｄ２対立遺伝子（変異体８．１７および変異体２６４２８＿００１に存在するような）は、コードされるタンパク質（配列番号１１）のアミノ酸７３６におけるグリシン（ＧｌｙまたはＧ）からバリン（ＶａｌまたはＶ）への変化をもたらす変異、すなわちＧ７３６Ｖ変異、を含む。変異体８．１７（および変異体２６４２８＿００１）のｃｄ２タンパク質配列は配列番号１１に示される。前記アミノ酸置換は、開始コドンのＡＴＧにおけるＡをヌクレオチド位置１と見なして、配列番号１２のヌクレオチド２２０７におけるグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（すなわち、Ｇ２２０７Ｔ変異）によるものである。変異型ｃＤＮＡは配列番号13に示される。配列番号１２のｃＤＮＡにおけるＧ２２０７Ｔ変異は、配列番号１４のゲノムＤＮＡにおけるＧ７１７１Ｔ変異と一致する。
従って、一つの態様において、本発明のトマト植物は、変異型ＣＤ２対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、それによって、果実は変異型ｃｄ２対立遺伝子を欠く植物と比較して増加した光沢を有し、それによって、変異型ｃｄ２対立遺伝子はアミノ酸７３６（または異型における等価な位置）にバリンを含む配列番号１０のＣＤ２タンパク質（または、配列番号１０に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上の配列同一性を含む配列番号１０の異型）をコードする。
本発明で特定される光沢のあるトマト果実を付与する、１つの他の例示的な変異型ｃｄ２対立遺伝子（Isaacson et al（Isaacson et al, 2009, The plant Journal 60, 363-377）にあるような、変異型「ｃｄ２」；この論文のＣＤ２の配列データは、ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬデータライブラリーの受託番号ＧＱ２２２１８５に見出すことができる）は、コードされるタンパク質（配列番号１５）のアミノ酸７３７においてアスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）からアスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）への変化をもたらす変異、すなわちＤ７３７Ｎ変異；さらに、コードされるタンパク質（配列番号１５）のアミノ酸７０８においてグルタミン（ＧｌｎまたはＱ）からヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）への変化をもたらす変異、すなわちＱ７０８Ｈ変異、を含む。この「Isaacson 2009」ｃｄ２タンパク質配列は配列番号１５に示される。なお、結果（Results）の章において、Isaacson et alは、それらのｃｄ２変異体がＧ７３６Ｒ変異のみを含むと記載している（Isaacson et al, 2009, The plant Journal 60, 363-377の３７２頁、左側カラム）。Isaacson 2009に記載される変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む植物系統は、コーネル大学からの、「Ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ ｍａｋｅ ｔｏｍａｔｏｅｓ」コレクションにおいて入手可能である（ｅ４３９３ｍ２系統）。あるいは、前記アミノ酸置換の一方または両方を有する対立遺伝子を含む植物は、誘導性変異誘発によって新規に作製され得る。
従って、別の態様では、本発明のトマト植物は、変異型ｃｄ２対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、それによって、果実は変異型ｃｄ２対立遺伝子を欠く植物と比較して増加した光沢を有し、それによって、変異型ｃｄ２対立遺伝子は、アミノ酸７３７（もしくは異型における等価な位置）にアスパラギンを含み、および／または、アミノ酸７０８（もしくは異型における等価な位置）にヒスチジンを含む、配列番号１０のＣＤ２タンパク質（または配列番号１０に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上の配列同一性を含む配列番号１０の異型）をコードする。
他の例示的な変異型クチン欠乏（Cutin Deficiency）（またはクチン欠乏性（Cutin Deficient））対立遺伝子は、Isaacson et al, 2009 (The plant Journal 60, 363-377)に開示されているような、ｃｄ１およびｃｄ３である。変異型ｃｄ１対立遺伝子を含む植物系統（ｅ４２４７ｍ１系統）または変異型ｃｄ３対立遺伝子を含む植物系統（ｎ３０５６ｍ１系統）は、コーネル大学からの「Ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ ｍａｋｅ ｔｏｍａｔｏｅｓ」コレクションにおいて入手可能な、から得ることができる。
変異体Ｐ２３Ｃ１０、Ｐ３２Ｈ５、Ｐ８Ａ１２、Ｐ５Ｅ１、Ｐ４Ｂ６、Ｐ３０Ｂ６、Ｐ６Ａ２、Ｐ３Ｈ６、Ｐ４Ｅ２、Ｐ１５Ｃ１２、Ｐ３０Ａ１２、Ｐ１８Ｈ８、Ｐ１７Ｆ１２、Ｐ２３Ｆ１２、Ｐ１１Ｈ２、およびＰ２６Ｅ８（Petit et al、上記参照、光沢のある植物（Glossy plant）下の表１に列挙される）等の、Petit et al (Plant Physiology 2014 vol 164 pp 888-906)で開示されている他の光沢のある植物。
「変異対立遺伝子」とは、本明細書では、野生型対立遺伝子と比較して、コード配列（ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノム配列）内に一つまたは複数の変異を含む対立遺伝子を指す。このような変異（例えば、一つまたは複数のヌクレオチドの挿入、逆位、欠失および／または置換）は、例えば、タンパク質が、例えば、切断されることにより、または、一つもしくは複数のアミノ酸が欠失、挿入もしくは置換されたアミノ酸配列を有することにより、インビトロおよび／もしくはインビボ機能性が低減した（機能低減型）、または、インビトロおよび／もしくはインビボ機能性が無い（機能喪失型）、コード化タンパク質をもたらし得る。このような変化は、タンパク質の、異なる３Ｄ高次構造の所有、異なる細胞内区画への標的化、改変された触媒ドメインの所有、核酸またはタンパク質に対する改変された結合活性の所有、等をもたらし得る。
「野生型植物」および「野生型果実」または「正常型成熟」植物／果実とは、本明細書では、完全に機能的なＭｙｂ１２タンパク質をコードする、野生型（ＷＴまたはＷｔ）Ｍｙｂ１２対立遺伝子（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）の２つのコピーを含むトマト植物を指す（例えば、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含む「変異型植物」とは対照的）。「野生型果実光沢」または「正常型果実光沢」または「正常型光沢」とは、本明細書では、通常のクチクラ層を含む、例えば、機能的ＣＤタンパク質をコードするＣＤ１、ＣＤ２および／またはＣＤ３遺伝子の野生型（ＷＴまたはＷｔ）ＣＤ対立遺伝子の２つのコピー、すなわち、ＣＤ１／ＣＤ１、ＣＤ２／ＣＤ２およびＣＤ３／ＣＤ３を含む、トマト植物；特に、完全に機能的なＣＤ２タンパク質をコードする野生型ＣＤ２対立遺伝子（ＣＤ２／ＣＤ２）を含む植物（例えば、変異型ｃｄ２対立遺伝子をホモ接合型で含む「変異型植物」とは対照的）、を指す。このような植物は、例えば、表現型アッセイにおける適切な対照となる。野生型および／または変異型植物は「栽培トマト植物」であることが好ましい。例えば、栽培品種Ｍｏｎｅｙｍａｋｅｒは野生型植物であり、同様に、栽培品種Ａｉｌｓａ Ｃｒａｉｇ、栽培品種Ｔａｐａ、Ｍ８２、並びに野生型ＣＤ１、ＣＤ２およびＣＤ３対立遺伝子（完全に機能的なＣＤタンパク質をコードする）についてホモ接合性の多くの他の栽培品種も野生型植物である。
「トマト植物」または「栽培トマト植物」は、人により栽培された、良好な農学的特徴を有する、トマト（Solanum lycopersicum）植物、すなわち、トマト（Solanum lycopersicum）の品種、育種系統または栽培品種であり；このような植物は、「野生型植物」、すなわち、栽培植物よりもかなり乏しい生産量および乏しい農学的特徴を一般的に有し、例えば野生集団において天然に生育する植物、ではないことが好ましい。「野生型植物」には、例えば、ある種の、生態型、ＰＩ（移入植物（Plant Introduction））系統、在来種または野生系統（wild accession）もしくは近縁野生種が含まれる。ヒトの歴史において古くから一般に育成され、しばしば特定の地理的地域に適合した、いわゆる、伝播品種（heirloom variety）または伝播栽培品種（heirloom cultivar）、すなわち、放任受粉品種または放任受粉栽培品種も、本発明の一つの態様において、栽培トマト植物として本明細書に包含される。
トマトの近縁野生種としては、ソラヌム・アルカヌム（S. arcanum）、ソラヌム・クミエレウスキ（S. chmielewskii）、ソラヌム・ネオリクキ（S. neorickii）（＝Ｌ・パルビフロルム（L. parviflorum））、ソラヌム・ケエスマニアエ（S. cheesmaniae）、ソラヌム・ガラパゲンセ（S. galapagense）、ソラヌム・ピムピネルリホリウム（S. pimpinellifolium）、ソラヌム・キレンセ（S. chilense）、ソラヌム・コルネリオムレリ（S. corneliomulleri）、ソラヌム・ハブロカイテス（S. habrochaites）（＝Ｌ・ヒルスタム（L. hirsutum））、ソラヌム・フアユラセンセ（S. huaylasense）、ソラヌム・シシュムブリイフォリウム（S. sisymbriifolium）、ソラヌム・ペルビアナム（S. peruvianum）、ソラヌム・ヒルスタム（S. hirsutum）またはソラヌム・ペンネリ（S. pennellii）が挙げられる。
「平均値（average）」または「平均値（mean）」とは、本明細書では、相加平均を指し、両方の用語が同義的に使用される。用語「平均値（average）」または「平均値（mean）」は、従って、いくつかの測定値の相加平均を指す。植物系統または品種の表現型がある程度生育条件に依存すること、および、それ故、少なくとも５、１０、１５、２０、３０またはそれ以上の植物（または植物部位）の相加平均が、好ましくは、何回かの反復実験および同一実験における同一条件下で育成された適切な対照植物を伴う無作為化された実験計画において測定されることが、当業者によって理解される。「統計的に有意な」または「統計的に有意に」異なる、または「有意に」異なる、とは、適切な対照（control）または比較対象（comparison）と比較した場合に、対照または比較対象（の平均値）からの、その特徴における統計的に有意な差異を示す（例えば、ＡＮＯＶＡを用いて、ｐ値が０．０５未満、ｐ＜０．０５）、植物系統または品種の特徴を指す。
色（colour）および色（color）は同義的に使用される。
用語「ある特定の表現型形質を有する果実を生産するトマト植物」および「ある特定の表現型形質を有する果実を生産可能なトマト植物」は本明細書中で同義的に使用され、果実を生産可能な（栽培）トマト植物（トマト（Solanum lycopersicum））を指す。特定の表現型形質は、果実にのみ見られるものであり、植物それ自体に見られるものである必要はない。
配列表の簡単な説明
配列番号１は、ＮＣＢＩ ＥＵ４１９７４８トマト（Solanum lycopersicum）ＭＹＢ１２（ＭＹＢ１２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171466740）に基づくｍＲＮＡに由来する、トマト（Solanum lycopersicum)の野生型の、完全に機能的な、ＭＹＢ１２タンパク質配列を示す。
配列番号２は、トマト（Solanum lycopersicum）の変異体２９６１ ｍｙｂ１２タンパク質配列を示す。
配列番号３は、トマト（Solanum lycopersicum）の変異体５５０５ ｍｙｂ１２タンパク質配列を示す。
配列番号４は、ＮＣＢＩ ＥＵ４１９７４８トマト（Solanum lycopersicum）Ｍｙｂ１２（ＭＹＢ１２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171466740）に基づく、トマト（Solanum lycopersicum）の野生型Ｍｙｂ１２ ｃＤＮＡを示す。
配列番号５はトマト（Solanum lycopersicum）の変異体２９６１ ｍｙｂ１２ ｃＤＮＡ配列を示す。
配列番号６はトマト（Solanum lycopersicum）の変異体５５０５ ｍｙｂ１２ ｃＤＮＡ配列を示す。
配列番号７は、配列番号１および４と同じ供給源の、トマト（Solanum lycopersicum）の野生型Ｍｙｂ１２ゲノムＤＮＡを示す。
配列番号８は、果実表皮色に影響を与えない変異体５０５８ ｍｙｂ１２タンパク質配列を示す。
配列番号９は、果実表皮色に影響を与えない変異体６８９９ ｍｙｂ１２タンパク質配列を指す。
配列番号１０は、ワールドワイドウェブncbi.nlm.nihの/nuccore/NM_001247728下（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001247728）の、ＮＣＢＩ ＮＭ＿００１２４７７２８トマト（Solanum lycopersicum）ＣＤ２（ＣＤ２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）に基づくｍＲＮＡに由来する、トマト（Solanum lycopersicum）の野生型の、完全に機能的な、ＣＤ２タンパク質配列を示す。
配列番号１１はトマト（Solanum lycopersicum）の変異体２６４２８＿００１ ｃｄ２タンパク質配列を示す。
配列番号１２は、ワールドワイドウェブncbi.nlm.nihの/nuccore/NM_001247728下（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001247728）の、ＮＣＢＩ ＮＭ＿００１２４７７２８トマト（Solanum lycopersicum）ＣＤ２（ＣＤ２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ）に基づく、トマト（Solanum lycopersicum）の野生型Ｃｄ２ ｃＤＮＡを示す。
配列番号１３はトマト（Solanum lycopersicum）の変異体２６４２８＿００１ ｃｄ２ ｃＤＮＡ配列を示す。
配列番号１４は、配列番号１０および１２と同じ供給源の、トマト（Solanum lycopersicum）の野生型Ｃｄ２ゲノムＤＮＡを示す。対応する変異体２６４２８＿００１ ｃｄ２ゲノムＤＮＡは、野生型配列におけるようなグアニン（Ｇ）の代わりに、７１７１位のチミン（Ｔ）、すなわちＧ７１７１Ｔ変異、を配列番号１４に含む。
配列番号１５は、Isaacson et al（上記参照）のトマト（Solanum lycopersicum）の変異型ｃｄ２タンパク質配列を示す；Genbank EMBL ACCESSION GQ222185 version GQ222185.1 GI:255529748 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/gq222185。
配列番号１６は、Isaacson et al（上記参照）に基づく、トマト（Solanum lycopersicum）の変異型ｃｄ２ ｃＤＮＡ配列を示す；Genbank EMBL ACCESSION GQ222185 version GQ222185.1 GI:255529748 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/gq222185。
正常型（野生型）および変異型の果実のトマト果皮（表皮）の写真。野生型果実は、無色の果皮を有する、変異体１（すなわち、配列番号２のタンパク質をコードするｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性の、変異体２９６１）には見られない、表皮中の黄色／オレンジ色の化合物を有する。変異体２（すなわち、変異体５５０５）は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子がヘテロ接合型で存在する場合に黄色／オレンジ色のトマト果皮を示し、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（配列番号３のタンパク質をコードする）がホモ接合型である場合に無色の果皮を示す。ホモ接合型では、果実は主に淡紅色であり；果実が植物に接触していた場所の周囲においてのみ、表皮はいくらかの黄色／オレンジ色化合物を含有しており、一方、果実の残部では、この化合物は表皮に存在していない。
野生型Ｍｙｂ１２タンパク質（配列番号１）、変異体２９６１ｍｙｂ１２タンパク質（配列番号２）、変異体５５０５ｍｙｂ１２タンパク質（配列番号３）、並びに、５０５８（配列番号８）および６８９９（配列番号９）と名付けられた、２つの他の非淡紅色の、すなわち、「通常の赤色の」植物のＭｙｂ１２タンパク質のアミノ酸配列を含む表。
正常型および変異型の果実の赤熟期のトマト果実の写真（淡紅色形質および光沢のある形質の両方についての）。上層は赤色のトマト果実（例えば、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子に対してホモ接合性（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）または野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子に対してヘテロ接合性（Ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２）を示しており；下層は変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子に対してホモ接合性（ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２）（変異体２９６１に存在するような）の植物から得られた淡紅色のトマト果実を示しており；左から右に、トマト果実は、野生型ＣＤ２対立遺伝子に対してホモ接合性（ＣＤ２／ＣＤ２）、変異体２６４２８＿００１の植物に存在するような変異型ｃｄ２対立遺伝子に対してヘテロ接合性（ＣＤ２／ｃｄ２）、および変異体２６４２８＿００１の植物に存在するような変異型ｃｄ２対立遺伝子に対してホモ接合性（ｃｄ／ｃｄ２）である。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/gq222185にIsaacson et al The Plant Journal, 2009, Vol 60, pp 363-377によって提出され、Isaacson et al The Plant Journal, 2009, Vol 60, pp 363-377に記述された、変異型ＣＤ２タンパク質配列に対して差異を有する野生型および変異型トマトのＣＤ２タンパク質配列。
発明の具体的説明
最も広い意味において、本発明は、果実の「光沢」における有意な増加および／または果実クチクラのクチン量の有意な増加もしくは減少を引き起こす変異を有する、「淡紅色の」果実色を生じさせる対立遺伝子の組合せに関する。一つの態様では、クチクラ厚が有意に増加および／または減少することにより、光沢の増加または減少がもたらされる。そのため、一つの態様において、本発明は、果実の「光沢」における有意な増加、および／または果実クチクラのクチン量の有意な増加もしくは減少、および／またはそれぞれ有意により厚いもしくはより薄い果実クチクラ層（すなわち、より多量のクチンを有するより厚いクチクラおよびより低量のクチンを有するより薄いクチクラ）を引き起こす変異を有する、「淡紅色の」果実色を生じさせる対立遺伝子の組合せに関する。従って、淡紅色に関するあらゆる変異対立遺伝子（ｍｙｂ１２変異体およびｙ遺伝子、本明細書に記載）が、光沢および／またはクチン蓄積に関する変異対立遺伝子（特に、ＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３遺伝子の変異対立遺伝子、本明細書に記載）と組合せられる。淡紅色で光沢のある変異体が本明細書において異なる態様で記載されている場合も、単一植物（系統または品種）のゲノムにおける、およびそのような単一植物（系統または品種）の細胞における、遺伝子組合せが、淡紅色で光沢のある果実をもたらすと見なされることを理解されたい。また、淡紅色で光沢のある果実を生産するＦ１雑種を生産するのに適した親系統も本明細書に包含される（例えば同系交配）。親系統は、Ｆ１雑種がｍｙｂ１２またはｙ遺伝子についてホモ接合性であり淡紅色を発現する限り、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子についてヘテロ接合性であってよい。
従って、一つの態様において、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、または、ｙ（黄色）遺伝子をホモ接合型で含み、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、この変異型ｃｄ対立遺伝子が該変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較した場合に果実の光沢の増加をもたらすものである、淡紅色で光沢のある果実を生産するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物が提供される。
本発明は淡紅色で光沢のある果実を生産する（生産可能である）トマト（Solanum lycopersicum）栽培植物を開示しており、前記栽培植物は、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、クチクラ発達に関与する対立遺伝子において、特にＣＤ１、ＣＤ２およびＣＤ３から選択されるＣＤ遺伝子において変異を含み、前記変異は、野生型植物、すなわちクチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く植物、と比較して、少なくとも１５％の赤熟（ＲＲ）期におけるクチン蓄積の増加もしくは減少をもたらし；および／または、一つの態様では、それぞれ、クチクラ層が少なくとも１５％より厚いもしくは少なくとも１５％より薄く；および／または、前記変異は野生型植物（すなわち、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く（すなわち、クチクラ発達に関与する完全に機能的な対立遺伝子、例えば、完全に機能的なＣＤ遺伝子を有する）植物を含む）と比較して、果実光沢の有意な増加をもたらす。
一つの態様において、淡紅色で光沢のある果実を生産可能な本発明の植物は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子（本明細書では「変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子」とも称される）を含む。別の態様では、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子は、ｍｙｂ１２対立遺伝子の、およびｍｙｂ１２対立遺伝子の発現を調節する遺伝子における、コード領域における変異、非コード領域における変異、プロモーターにおける変異からなる群から選択される変異を有する。別の態様では、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異は、ｙ変異表現型を生じる変異、すなわち、当該技術分野において公知の調節遺伝子における変異によるもの、である（例えば、Adato et al 2009 PLoS Genetics, Vol 5 issue 12, e1000777）。
さらに別の態様では、淡紅色で光沢のある果実を生産可能な本発明の植物における、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらすか、またはより低いｍｙｂ１２タンパク質レベルをもたらす変異は、ｍｙｂ１２対立遺伝子における変異である。前記より低いｍｙｂ１２タンパク質レベルは、前記一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を欠く植物と比較されることを理解されたい。
変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異。前記変異を欠く植物は、ｍｙｂ１２対立遺伝子を除いて、本発明の植物と同一の遺伝子構造を有することが好ましい。さらに別の態様では、ｍｙｂ１２対立遺伝子におけるこの変異によって、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生がもたらされる。
別の態様における、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は配列番号１において（すなわち、配列番号１の野生型タンパク質に対して）、または配列番号１の（機能的）異型において（すなわち、配列番号１の野生型タンパク質の機能的異型に対して）、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有し、前記異型は配列番号１に対して少なくとも約８５％アミノ酸配列同一性を有し；または、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有する配列番号１に対する配列同一性に加えて、配列番号１に対して少なくとも約９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％のアミノ酸配列同一性を有し；または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において（すなわち、配列番号１の野生型タンパク質に対して）、または（機能的な）その異型（すなわち、配列番号１の野生型タンパク質の機能的異型に対して）、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含み、前記異型は、配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有し；または、配列番号１に対して少なくとも約９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％のアミノ酸配列同一性を有し、あるいは、前記異型は、配列番号１のアミノ酸１〜６０に対して少なくとも９５％（例えば、９６％、９７％、９８％、９９％）のアミノ酸配列同一性を有する、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な本発明の植物。言い換えれば、変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１のアミノ酸１〜６０、または配列番号１に対して少なくとも約８５％、９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の機能的異型のアミノ酸１〜６０を含む。配列番号１の（機能的）異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有する変異型ｍｙｂ１２タンパク質に対する言及が為される場合、このような配列番号１の（機能的）異型は、Ｇ５０Ｒ置換に加えて、配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有し；または、配列番号１に対して少なくとも約９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％のアミノ酸配列同一性を有する。言い換えれば、Ｇ５０Ｒ置換が配列番号１の異型に存在することによって、前記異型は本発明の機能低下ｍｙｂ１２タンパク質となるはずである。
配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性（または、あらゆる他の配列同一性割合）を有し、且つ前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有する配列番号１の（機能的）異型に対して言及が為される場合は常に、ＧからＲへのアミノ酸置換の位置は、配列番号１の異型に生じ得る一つまたは複数のアミノ酸欠失または挿入によって、いくつかのアミノ酸位置、例えば、−５、−４、−３、−２、−１、＋１、＋２、＋３、＋４、＋５のアミノ酸位置、変動し得る、と理解される。さらに、特定の位置に変異を有する他の配列の異型に対して言及が為される場合も常に、同じ理論的根拠が適用されると理解される。
別の態様では、より低量のｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含む光沢のある淡紅色の果実を生産可能な本発明の植物は、ｙ（黄色）対立遺伝子を含む。
配列番号１の異型が機能的であるかどうかは、表現型によって、すなわち、配列番号１の異型をコードする対立遺伝子についてホモ接合性であるトマト植物が、果実発達の赤熟期におけるトマト果実上に有色の（黄色〜オレンジ）表皮を生産する（この場合は機能的なＭｙｂ１２タンパク質である）かどうかを判定することによって、試験可能である。
一つの実施態様において、本発明は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、前記一つまたは複数の変異が果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期において淡紅色の外見を示す前記植物の果実をもたらす、本発明の栽培トマト植物に関する。
別の実施態様において、本発明は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、またはｙ遺伝子がホモ接合型である場合に、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であるトマト（Solanum lycopersicum）と比較して、前記一つまたは複数の変異が果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期において淡紅色の外見を示す前記植物の果実をもたらす、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な栽培トマト植物に関する。
さらに別の実施態様において、本発明は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、前記一つまたは複数の変異が、果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期におけるトマト果実の、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子（例えば、配列番号１のタンパク質をコードする）についてホモ接合性のトマト植物の表皮よりも色が薄い表皮、または無色の表皮を示す、前記植物の果実をもたらす、本発明の栽培トマト植物に関する。
一つの態様において、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に見られ、前記種子から由来し得る、または入手され得る（または由来する、または入手される）ｍｙｂ１２対立遺伝子を、１つまたは２つのコピーで、すなわち、ホモ接合型またはヘテロ接合型で含む、本発明の栽培トマト植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）に関する。ヘテロ接合型では、他の対立遺伝子は、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子、または本明細書で提供される他のｍｙｂ１２変異体のうちのいずれか１つ等に由来する別の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子、または、本明細書に記載の機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質もしくは機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードするあらゆる他の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子であり得る。ヘテロ接合型では、他の対立遺伝子は、従って、機能低減型または機能喪失型のｍｙｂ１２対立遺伝子であり得る。両方の対立遺伝子が機能低減型または機能喪失型のｍｙｂ１２対立遺伝子である場合、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性の植物と比較して、または、機能的（野生型もしくは異型）Ｍｙｂ１２対立遺伝子について１つのコピーを含む（ヘテロ接合性の）植物と比較して、表皮は無色になるか、または色素沈着の有意な減少を有する。
一つの態様において、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物と、別のトマト植物とを交雑することによって入手可能であり；別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である。
別の態様において、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物から、前記種子から成長した植物と別のトマト植物とを交雑することによって入手可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である。
別の態様において、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物と、別のトマト植物とを交雑することによって入手可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である。
このように、ホモ接合型である場合に無色果皮表現型を与えるＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を、従来の育種によってあらゆる他のトマト植物に導入することにより、赤熟したトマトに前記対立遺伝子が導入された場合に淡紅色の果実をつける品種を作製することができる。変異対立遺伝子はまた、黄色、緑、オレンジ等の他の果肉色を生み出すトマト植物にも導入可能である。果肉色を決定する遺伝子座がいくつか存在する（Sacks and Francis 2001, J. Amer. Soc. Hort. Sci. 126(2): 221-226を参照）。しかし、一つの態様では、赤色の果肉色を生み出すトマト植物との組合せによって、赤熟期における果実の全体的に淡紅色の外見が得られる。
さらに別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子等における、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含む。
さらに別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物と、別のトマト植物とを交雑することによって派生可能であり、別の態様では、この他の植物は、光沢のあるトマト果実を生産する、すなわち、クチクラ発達に関与する遺伝子の変異対立遺伝子を含む、特に、ＣＤ１、ＣＤ２およびＣＤ３遺伝子から選択される変異型ＣＤ遺伝子を含む、植物である。変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（またはｙ遺伝子）（例えば上記）をホモ接合型で含み、且つ、変異型ｃｄ対立遺伝子、特に、対立遺伝子にコードされるＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３タンパク質に変異を含む変異型ｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３対立遺伝子を含む、交雑子孫を選択することにより、前記植物によって生産される果実は淡紅色で光沢のある表現型を有することとなる。
別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７として寄託された種子の植物および別のトマト植物から入手可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である（特に、変異型ｃｄ対立遺伝子、例えばｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３、をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む植物）。
別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物および別のトマト植物から入手可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である（特に、変異型ｃｄ対立遺伝子、例えばｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３、をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む植物）。
別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子の植物と別のトマト植物とを交雑することによって派生可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である（特に、変異型ｃｄ対立遺伝子、例えばｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３、をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む植物）。
別の態様では、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７として寄託された種子の植物と別のトマト植物とを交雑することによって派生可能であり、別の態様では、この他の植物は光沢のあるトマト果実を生産する植物である（特に、変異型ｃｄ対立遺伝子、例えばｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３、をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む植物）。
別の態様では、一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子は本発明の植物にホモ接合型で存在する。
一つの態様において、一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子は本発明の植物にヘテロ接合型で存在する。
一つの態様において、ｙ遺伝子はホモ接合型で存在する。
一つの態様において、本発明は、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含み（無色の果実表皮または有意に低減した色素沈着を有する表皮を生じる）、且つ一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型でさらに含み、前記変異型ｃｄ対立遺伝子が前記変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較して増加した果実の光沢をもたらす、淡紅色で光沢のある果実を生産する（生産可能な）トマト（Solanum lycopersicum）栽培植物を開示する。一つの態様において、変異型ｃｄ対立遺伝子は、本明細書の別の場所に記載された対立遺伝子のうちの１つ、特に、配列番号１１または配列番号１５のタンパク質をコードする対立遺伝子等の変異型ｃｄ２対立遺伝子である。光沢の増加は、種々の方法により、例えば、視覚的または定量的に、例えば、光沢計を用いて、実施例に記載されるように光の反射を測定することにより、測定することができる。平均果実光沢は、野生型（変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く／野生型の完全に機能的なＣＤ対立遺伝子を含む）の果実よりも、統計的に有意により高いことが好ましい。従って、平均光沢は、品種Ｍ８２、Ｍｏｎｅｙｍａｋｅｒ、および他の品種の果実等の、野生型（光沢が無い、色が鈍い）果実の平均光沢の、少なくとも１．３倍、１．５倍、１．７倍、２倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍またはそれ以上であることが好ましい。
一つの態様において、本発明は、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含み（無色の果実表皮または有意に低減した色素沈着を有する表皮を生じる）、且つ、クチクラ発達に関与する対立遺伝子に変異をさらに含み（ＣＤ遺伝子の変異対立遺伝子等）、前記変異が、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く植物と比較して、赤熟（ＲＲ）期におけるクチンの蓄積の少なくとも１５％の増加もしくは減少（例えば、少なくとも約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、もしくはさらには少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％の増加もしくは減少）をもたらし；および／または、別の態様では、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における前記変異（ＣＤ遺伝子の変異対立遺伝子等）が、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く植物と比較して、少なくとも１５％より厚いもしくは少なくとも１５％より薄いクチクラ層（例えば、それぞれ、少なくとも約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、もしくはさらには少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％より厚いもしくはより薄いクチクラ層）をもたらす、淡紅色で光沢のある果実を生産する（生産可能な）トマト（Solanum lycopersicum）栽培植物を開示する。従って、一つの態様において、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における前記変異（ＣＤ遺伝子の変異対立遺伝子等）は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く植物の果実と比較して、ＲＲ期における果実の、クチクラの平均クチン含量の（統計的に）有意な増加または量および平均クチクラ層厚の（統計的に）有意な増加または減少の両方をもたらす。
別の態様では、本発明は、少なくとも１５％の赤熟（ＲＲ）期におけるクチン蓄積の増加もしくは減少および／またはクチクラ層厚の増加もしくは減少（例えば、少なくとも約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、またはさらには少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％の増加または減少）をもたらす変異が、Ｍ８２またはＭｏｎｅｙｍａｋｅｒまたはＴＡＰＡ等の野生型植物と比較される、本発明の植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物）に関する。
さらに別の態様では、クチン蓄積および／またはクチクラ厚は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を除いて、本発明の植物と同じ遺伝的特質を有する植物と比較される。
別の態様では、本発明は、クチンの量および／またはクチクラ層厚が、トマト（Solanum lycopersicum）の正常型栽培植物の７０％未満である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらに別の態様では、本発明は、クチンの量および／またはクチクラ層厚が、Ｍ８２等（例えば、正常型／野生型植物）の、２つの野生型ＣＤ対立遺伝子（例えばＣＤ２／ＣＤ２）を含む植物のそれの９０％未満、８５％未満、または７０％未満である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。例えば、クチンの量および／またはクチクラ層厚は、トマト（Solanum lycopersicum）の正常型栽培植物（変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く）の、６５％未満、例えば６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、またはさらには１０％未満、またはさらには５％未満、または４％未満または３％未満または２％未満である。さらに別の態様では、クチンの量および／またはクチクラ層厚は、Ｍ８２の、６５％未満、例えば、６０％、５５％、５０、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、またはさらには１０％未満、またはさらには５％未満、４％未満、３％未満または２％未満である。
さらに別の態様では、本発明は、平均クチン量が、赤熟（ＲＲ）期において、８５０μｇ ｃｍ−２未満または７００μｇ ｃｍ−２未満、または６００もしくは５００μｇ ｃｍ−２未満である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。例えば、クチン層厚は、４５０μｇ ｃｍ−２未満、例えば、４００μｇ ｃｍ−２未満、または３５０μｇ ｃｍ−２未満または３００μｇ ｃｍ−２未満または２５０μｇ ｃｍ−２未満または２００μｇ ｃｍ−２未満または１５０μｇ ｃｍ−２未満またはさらには１００μｇ ｃｍ−２未満または５０μｇ ｃｍ−２未満または４０μｇ ｃｍ−２未満または２０μｇ ｃｍ−２未満である（赤熟期において）。
果実クチクラの（平均）クチン量は、クチン単量体および蝋の解析下で、Isaacson et al. 2009（上記）３７５頁に記載されるように、クチン単量体レベルを測定することによって測定することができる。
さらに別の態様では、本発明は、平均クチクラ層厚が、赤熟期（ＲＲ）において１１μｍ未満、１０μｍ未満、８μｍ未満、６μｍ未満、４μｍ未満またはさらには２μｍ未満である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。クチクラ層厚（または「クチクラ膜」）は、例えば、同じ表題下のIsaacson et al. 2009（上記）３７４頁および３７５頁に記載されるように、透過型電子顕微鏡法（ＴＥＭ）、走査型電子顕微鏡法（Scanning Electron Microspcopy）（ＳＥＭ）または光学顕微鏡法によって測定することができる。
既に記載したように、一つの態様において、平均クチン含量および平均クチクラ層厚は共に、変異対立遺伝子によって影響を受け、すなわち、上記の両方の値は前記２つの列挙から選択されるあらゆる組合せで組合せられる。
さらに別の態様では、本発明は、赤熟（ＲＲ）期における果実の光沢レベルが、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異（変異型ｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３対立遺伝子等）を欠く同一系統または野生型植物の果実の光沢レベルよりも少なくとも１．３倍、１．５倍、２．０倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍高い、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。一つの実施態様では、光沢レベルは、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠くが淡紅色の果実を生産する同一系統の（すなわち、同じ遺伝的特質を有する）植物と比較される。
さらに別の態様では、本発明は、赤熟（ＲＲ）期における淡紅色果実の光沢レベルが、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠く同一系統または野生型植物の果実の光沢レベルよりも少なくとも１．３倍、１．５倍、２．０倍、２．５倍、３．０倍、３．５倍高い、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。一つの実施態様では、光沢レベルは、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を欠くが淡紅色の果実を生産する同一系統の（すなわち、同じ遺伝的特質を有する）植物と比較される。
Isaacson et al（上記参照）は、減少したクチクラ層厚（例えば、考察（Discussion）の５行目の「クチン含量における劇的な減少」を参照）および高度に光沢のある表現型を有する、３つの変異型系統（ｃｄ１、ｃｄ２、およびｃｄ３）を開示している。これらの変異体は、「Ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ Ｍａｋｅ Ｔｏｍａｔｏｅｓ」のコレクションから入手された（Menda et al, 2004, In silico screening of a saturated mutation library of tomato, Plant Journal 38, pp 861-872）。Isaacsonは、ｃｄ２への原因変異をトマト染色体１に位置付けた。Isaacsonらは、タンパク質をＧ７３６Ｒとする原因変異を特許請求している。しかしながら、これは、Isaacsonらが論文の最後で参照しているタンパク質配列（すなわち、ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬ受託番号ＧＱ２２２１８５）と一致していない。Ｇｅｎｂａｎｋタンパク質配列は、Ｇ７３６Ｒ変異を示しておらず、代わりに、野生型タンパク質配列（配列番号１０に示される）と比較した場合の２つの他の変異を示している：野生型ｃｄ２配列の７０８位において、グルタミン（ＱまたはＧｌｎ）がヒスチジン（ＨまたはＨｉｓ）に置換されている（すなわち、Ｑ７０８Ｈ変異）；加えて、７３７位において、アスパラギン酸（ＤまたはＡｓｐ）がアスパラギン（ＮまたはＡｓｎ）に置換されている（すなわち、Ｄ７３７Ｎ変異）。
本発明者らはまた、ＣＤ２遺伝子に変異を含み、前記変異を欠く野生型植物よりも有意により光沢のある果実をもたらす変異型植物を特定したが、前記変異体はIsaacson 2009のアミノ酸置換、すなわちＧ７３６Ｖアミノ酸置換、とは異なるアミノ酸置換を有していた。Ｇ７３６Ｖ変異体を異なるｍｙｂ１２変異体（淡紅色変異体）と組み合わせることにより、光沢のある淡紅色の果実を生産するトマト果実がもたらされた。
従って、本発明は、一つの態様において、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異がＣＤ１、ＣＤ２、またはＣＤ３遺伝子の対立遺伝子に存在する（例えば、Isaacson et al（上記参照）によって開示される、または本明細書の別の場所に記載される）、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。変異の結果、コードされるＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３タンパク質が一つまたは複数のアミノ酸置換、挿入または欠失を含むことにより、果実光沢が有意に増加され、および／または、果実クチクラのクチンレベルが有意に増加もしくは減少され、および／または、クチクラ層厚が有意に増加もしくは減少され；あるいは、クチクラ発達に関与するＣＤ２対立遺伝子における変異は、配列番号１０における（配列番号１１に示される）、または配列番号１０に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有する（且つ、前記異型はアミノ酸７３６位にバリンを有する）その異型（配列番号１０の）における、Ｇ７３６Ｖ（グリシンからバリンへの置換）アミノ酸置換をもたらし；あるいは、クチクラ発達に関与するＣＤ２対立遺伝子における変異は、配列番号１０における、または配列番号１０に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型における、Ｑ７０８Ｈ（グルタミンからヒスチジン）および／またはＤ７３７Ｎ（アスパラギン酸からアスパラギン）アミノ酸置換をもたらす。Ｑ７０８ＨおよびＤ７３７Ｎアミノ酸置換を有する配列番号１０のアミノ酸配列は、配列番号１５において開示され、Isaacson et al, 2009(The plant Journal 60, 363-377)に記載される植物から、例えば、ｅ４３９３ｍ２ｅ系統（コーネル大学からの「Ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ ｍａｋｅ ｔｏｍａｔｏｅｓ」コレクションの）と変異対立遺伝子を欠く野生型トマト植物とを交雑することにより、得ることができる。すなわち、通常の育種を用いて、変異型ｃｄ２対立遺伝子を他のトマト植物に導入することができる。あるいは、ＴＩＬＬＩＮＧ等の方法を用いて、淡紅色の果実の光沢を増強するのに適した変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む（変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子を含む）植物を特定することができる。
同様に、変異型ｃｄ１対立遺伝子および変異型ｃｄ３対立遺伝子は、コーネル大学からの「Ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ ｍａｋｅ ｔｏｍａｔｏｅｓ」コレクションにおいて入手可能な、変異型ｃｄ１対立遺伝子を含む植物系統（ｅ４２４７ｍ１系統）または変異型ｃｄ３対立遺伝子を含む植物系統（ｎ３０５６ｍ１系統）から得ることができる。あるいは、ｃｄ１およびｃｄ２をクローニングおよび配列決定し、その後、光沢を増強する変異対立遺伝子（および前記対立遺伝子を含む植物）を、変異誘発を用いて新規に作製することができる。また、トマトのＣＤ１配列はＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＥＪ８８７７９．１（タンパク質）およびＪＦ９６８５９２（ゲノムＤＮＡ）において入手可能であるため、この配列に基づいて、果実光沢の増強をもたらすＣＤ１標的遺伝子におけるＴＩＬＬＩＮＧ変異体を特定することができる。
別の態様では、本発明は、変異型ｃｄ２対立遺伝子を含み、前記変異が、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有し且つ前記Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換を有するその（すなわち、配列番号１０の）異型においてＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含むｃｄ２タンパク質の産生をもたらす（コードする）、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらに別の実施態様では、前記異型は、配列番号１０に対して少なくとも８０％、例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも９９．５％の配列同一性を有し、７３６位バリンを含み、野生型（機能的）異型ＣＤ２タンパク質と比較して増強された果実光沢を与える。
ある配列の「異型」におけるＧ７３６Ｖ等の特定の変異が言及される場合、アミノ酸の番号／位置は同じである必要はないと理解されるべきであり、すなわち、配列番号１１の７３６位のバリンは、異型においては異なる位置番号を有していてもよい。しかし、当業者は、例えば、変異の前後の一連の、例えば５つの、アミノ酸（例えばＶＶＭＮＧＶＤＳＡＹＶ）を見ることによって、または、これらの配列を互いにアラインメントすることによって、それが異型における相当アミノ酸であるかどうかを容易に特定することができる。そのため、適切にペアワイズ・アラインメントが行われた場合、当業者は、高いアミノ酸配列同一性（これらのタンパク質の少なくとも８０％、例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも９９．５％の同一性）により、異型タンパク質における相当アミノ酸を特定することができる。
さらに別の態様では、本発明は、配列番号１０において、または、配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有し且つ前記Ｑ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を有する配列番号１０の異型において、Ｑ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を有するＣＤ２タンパク質をコードする変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらに別の実施態様では、前記異型は、配列番号１０に対して少なくとも８０％、例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも９９．５または９９．９％の配列同一性を有し、野生型（機能的）異型ＣＤ２タンパク質と比較して増強された果実光沢を与える。
別の態様では、本発明は、配列番号１３に記載の、または配列番号１３に対して７０％の核酸配列同一性を有し且つ２２０７位にチミンを有するその異型に記載のｍＲＮＡをコードする、変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらに別の実施態様では、前記異型は、配列番号１３に対して少なくとも７５％、８０％、例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも９９．５または９９．９％の配列同一性を有し、増強された光沢を与える変異型ｃｄ２タンパク質をコードする。
別の実施態様では、本発明は、配列番号１２に記載の、または７０％の核酸配列同一性を有し且つＧ２２０７Ｔヌクレオチド置換を有するその異型に記載のｍＲＮＡをコードする変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらに別の実施態様では、前記異型は、配列番号１２に対して少なくとも７５％、８０％、例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも９９．５または９９．９％の配列同一性を有し、増強された光沢を与える変異型ｃｄ２タンパク質をコードする。
さらに別の実施態様では、本発明は、配列番号１１または配列番号１５に記載の変異型ｃｄ２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。
さらに別の実施態様では、本発明は、以下のアミノ酸置換：Ｇ７３６Ｖ、Ｄ７３７Ｎおよび／またはＱ７０８Ｈのうちの一つまたは複数を含む配列番号１０に記載のＣＤ２タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。
さらに別の実施態様では、本発明は、配列番号１４と実質的に同一な、具体的には、配列番号１４と少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を有し、配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換をコードする、ゲノムｃｄ２配列を含む、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。さらなる実施態様では、ゲノムｃｄ２配列は、配列番号１４のヌクレオチド７１７１位にグアニン（ｇ）からチミン（ｔ）への（Ｇ７１７１Ｔ）変異を含む。
さらに別の実施態様では、本発明は、前記変異型ｃｄ２対立遺伝子がヘテロ接合型で存在する、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。ＣＤ２／ｃｄ２植物が野生型ＣＤ２／ＣＤ２植物よりも有意により光沢のある果実を生産することが分かったことから、ＣＤ２／ｃｄ２（またはＣＤ１／ｃｄ１；ＣＤ３／ｃｄ３）等のヘテロ接合型の変異型ｃｄ対立遺伝子の使用も、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（好ましくはホモ接合型）またはｙ遺伝子（好ましくはホモ接合型）と組み合わせて、淡紅色で光沢のある果実をもたらす、本発明の実施態様である。
さらに別の実施態様では、本発明は、前記変異型ｃｄ２対立遺伝子がホモ接合型で存在する、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。ｃｄ２／ｃｄ２植物が野生型ＣＤ２／ＣＤ２対立遺伝子を含む植物の果実よりはるかに光沢のある、非常に光沢のある果実を生産したことが分かったため、ｃｄ２／ｃｄ２（またはｃｄ１／ｃｄ１；ｃｄ３／ｃｄ３）等のホモ接合型の変異型ｃｄ対立遺伝子の使用も、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（好ましくはホモ接合型）またはｙ遺伝子（好ましくはホモ接合型）と組み合わせて、淡紅色で光沢のある果実をもたらす、本発明の実施態様である。
なお、淡紅色対立遺伝子は、一つの態様において、異なる染色体上に存在することから複数の変異型ｃｄ遺伝子の積み重ね（stacking）も可能ではあろうが、ＣＤ１遺伝子、ＣＤ２遺伝子またはＣＤ３遺伝子から選択されるクチクラ発達に関与する１つのみの遺伝子の変異体と組み合わされる。そのため、ＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３遺伝子（の変異対立遺伝子）のいずれか１つが、トマト植物において、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子と組み合わせられ、一方で、前記トマト植物はその他のＣＤ遺伝子については野生型（機能的）対立遺伝子を含む（例えば、変異型ｃｄ２対立遺伝子がホモ接合型またはヘテロ接合型で使用される場合、ＣＤ１遺伝子およびＣＤ３遺伝子は野生型、機能的である）。
さらに別の実施態様では、本発明は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異が、ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された種子に存在する変異型ｃｄ２対立遺伝子における変異である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。従来の育種を用いることで、この対立遺伝子を、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子と組み合わせることができる。
別の実施態様では、本発明は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異が、ＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在する変異型ｃｄ２対立遺伝子における変異である、本発明の植物、すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な植物、に関する。従来の育種を用いることで、この対立遺伝子を、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子と組み合わせることができる。
さらに別の態様では、本発明の栽培トマト植物（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産可能な）はＦ１雑種である。Ｆ１雑種は、２つの本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含むことが好ましい。さらなる態様において、Ｆ１雑種は２つの本発明の変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む。別の態様では、Ｆ１雑種は、２つの本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子、および１つまたは２つの本発明の変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む。Ｆ１雑種は２つの近交系親系統から作製され、これも本発明の一つの態様であるが、これは、これらの親系統が少なくとも１つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子、または所望により２つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（ｍｙｂ１２についてホモ接合性）を含むためである。あるいは、これらの親系統は本発明の少なくとも１つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および１つの変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む。一つの態様において、前記親系統は本発明の２つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および２つの変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む。
本発明はまた、本発明の植物に成長可能な種子に関する。
別の態様では、本発明は、本発明の植物に成長可能な種子を含有する容器に関する。
さらに別の態様では、本発明は、一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、または、ｙ遺伝子を含み、さらに、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を含むことで、すなわち、ｃｄ２等の変異型ｃｄ対立遺伝子を含むことで、果実光沢の有意な増強がもたらされる、本発明の（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産することが可能な）植物の植物部位に関する。前記変異対立遺伝子は植物のゲノムにおいて組合せられるため、植物および植物部位の全ての栄養細胞が前記組合せを含む。加えて、いくつかの生殖細胞（花粉、子房）はまた、前記組合せを保持する。そのため、一つの態様において、本明細書に記載の変異対立遺伝子を有する栄養細胞を含む全ての栄養細胞および植物部位も包含され、変異対立遺伝子を保持する生殖細胞も同様に包含される。
一つの態様において、本発明は、ゲノム内に変異対立遺伝子の組合せを含む、例えば、トマト果実、種子、花粉、細胞または子孫等の本発明の植物の植物部位に関する。
さらに別の態様では、本発明は、本発明の（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産することが可能な）植物の、植物および植物部位（例えば、トマト果実、種子、花粉、細胞または子孫）に関し、前記植物および植物部位は、
配列番号１において、または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性（例えば、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有する、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異を含む、ｍｙｂ１２対立遺伝子；
配列番号１において、または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性（例えば、０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異を含む、ｍｙｂ１２対立遺伝子；および
ｙ（黄色）遺伝子
からなる群から選択される、一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み；
前記植物または植物部位は、
配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子；
並びに、
配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、Ｑ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子、
からなる群から選択されるクチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異をさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、本発明の（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産することが可能な）植物の、植物または植物部位（例えば、トマト果実、種子、花粉、細胞または子孫）に関し、前記植物または植物部位は、配列番号１において、または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有する、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、前記植物または植物部位は、
配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子、
並びに
配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）を有するその異型において、Ｑ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子
からなる群から選択される、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異をさらに含む。
さらに別の態様では、本発明は、本発明の（すなわち、光沢のある淡紅色の果実を生産することが可能な）植物の、トマト植物および植物部位（例えば、トマト果実、種子、花粉、細胞または子孫）に関し、前記トマト植物および植物部位は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１に、または配列番号１に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％）を有するその異型に、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含み、前記植物部位は、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％）のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす、クチクラ発達に関与する対立遺伝子、特にｃｄ２対立遺伝子、に変異をさらに含み；一つの態様では、配列番号１に対して９０％の配列同一性を有する異型が、配列番号１０に対して少なくとも７５％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型と組み合わされ；別の態様では、配列番号１に対して９５％の配列同一性を有する異型が、配列番号１０に対して少なくとも７５％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型と組み合わされ；別の態様では、配列番号１に対して９９％の配列同一性を有する異型が、配列番号１０に対して少なくとも７５％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．８％等）のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型と組み合わされる。一つの態様において、上記組合せのうちのいずれかを含むトマト果実は、前記ｍｙｂ１２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において淡紅色の外見を示す。一つの態様において、上記組合せのうちのいずれかを含むトマト果実は、前記ｍｙｂ１２対立遺伝子がホモ接合型である場合に、果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において淡紅色で光沢のある外見を示す。
一つの態様において、本発明は、本発明の植物のトマト果実、種子、花粉、植物部位、細胞または子孫に関し、前記トマト果実、種子、花粉、植物部位、細胞または子孫は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有し；
または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む。
あらゆるトマト植物の組織、細胞、果実、花粉、花、またはトマト植物の他の部分における本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子の１つまたは２つのコピーの存在は、標準的な分子生物学的手法を用いて、内在性の対立遺伝子（ゲノムＤＮＡ）、ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）またはタンパク質の存在を検出することによって決定することができる。例えば、ＰＣＲ、配列決定、ＥＬＩＳＡアッセイまたは他の手法が使用され得る。
あらゆるトマト植物の組織、細胞、果実、花粉、花、またはトマト植物の他の部分における本発明の変異型ｃｄ２対立遺伝子の１つまたは２つのコピーの存在は、標準的な分子生物学的手法を用いて、内在性の対立遺伝子（ゲノムＤＮＡ）、ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡ）またはタンパク質の存在を検出することによって決定することができる。例えば、ＰＣＲ、配列決定、ＥＬＩＳＡアッセイまたは他の手法が使用され得る。
また本発明は、トマト果実が果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において淡紅色の外見を示し、植物および植物部位が本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性である、本発明の植物のトマト果実に関する。一つの態様において、本発明は、トマト果実が、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子、例えば、配列番号１のタンパク質をコードする対立遺伝子、についてホモ接合性であるトマト（Solanum lycopersicum）と比較して、果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において淡紅色の外見を示す、本発明の植物のトマト果実に関する。
また本発明は、トマト果実が果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において光沢のある淡紅色の外見を示し、植物および植物部位が本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性である、本発明の植物のトマト果実に関する。一つの態様において、本発明は、トマト果実が、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子、例えば、配列番号１のタンパク質をコードする対立遺伝子、についてホモ接合性であり、且つ、野生型ＣＤ２対立遺伝子、例えば、配列番号１０のタンパク質をコードする対立遺伝子、についてホモ接合性である、トマト（Solanum lycopersicum）と比較して、果実発達の後期オレンジ色期および赤色期において光沢のある淡紅色の外見を示す、本発明の植物のトマト果実に関する。
さらに別の態様では、本発明は、本発明の植物から得られる果実または前記果実の一部を含む、またはそれから成る、食物または食品に関する。繰り返しになるが、食物または食品中の本発明の変異型ｃｄ２対立遺伝子または変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子等の変異対立遺伝子の１つまたは２つのコピーの存在は、特に、食物または食品が新鮮果実組織を含むまたはそれから成る場合、標準的な分子生物学的手法によって検出することができ；組織の種類に依っては、本発明の植物の果実の淡紅色で光沢のある表現型を見せることが難しい場合がある。トマトペースト、トマトスープまたはトマトソース等の高度に加工された食品においては、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子、またはその断片（ｍｙｂ１２対立遺伝子のゲノムＤＮＡ断片）、または変異型ｍｙｂ１２タンパク質を検出することが難しい場合があるが、それは、これらが加工中に破壊されている場合があるためである。これらの製品においては、解析は早期に実行される必要がある。
別の態様では、本発明は、本発明の植物から得られる果実または果実の一部を含む組成物に関する。また、本発明の植物の栄養繁殖も本明細書に包含される一つの態様である。同様に、新鮮なうちの消費（fresh consumption）のための、または加工するための、または加工形態の、収穫された果実および果実部分も、包含される。果実は、等級分けされ、大きさで分類され、および／または梱包されてもよい。果実はスライスもしくはダイスカットまたはさらに加工されてもよい。
なお、本発明の変異対立遺伝子は、あらゆる種類の栽培トマト、すなわち、様々な形状（丸い、長方形の、細長い、セイヨウナシ形の（pear）、等）および大きさ（チェリートマト（cherry）、マイクロトマト（micro）、ミニトマト（mini）、ビーフステーキトマト（beefsteak）、グレープトマト（grape）、スライシングまたはグローブトマト（slicing or globe）、プラムトマト（plum）、ペアートマト（pear）等）の果実を生産する栽培トマトに導入することができる。前記果実は二房室型または多房室型であり得る。従って、そのようなあらゆる種類が、本発明の淡紅色で光沢のある果実を生産することができる。淡紅色で光沢のある特徴はまた、ＷＯ２０１３１３５７２６に記載のインテンス（intense）果実表現型とも組み合わせることができる。
また、本発明は、ハイブリッドトマト（Solanum lycopersicum）植物を作製する方法に関し、該方法は、
（ａ）本発明の（例えば、請求項１〜１７のいずれか一項からの）、または本発明の植物に成長可能な植物から得られる種子（例えば、請求項１８に記載の）から、第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を入手すること；および
（ｂ）前記第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を第二のトマト（Solanum lycopersicum）植物と交雑して雑種種子を得ること
を含み、
前記雑種種子から成長した前記ハイブリッドトマト（Solanum lycopersicum）植物は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有し；
あるいは、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型の、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含み；または、前記植物は、ｙ（黄色）遺伝子を含む。
一つの態様において、段階ｂ）で生産された種子から成長した植物はまた、からなる群から選択される変異を含むｃｄ２対立遺伝子等の、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を含む：配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＧ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異、並びに、配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＱ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異。
一つの態様において、段階ｂ）で生産された種子から成長した植物は、配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＧ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす、ｃｄ２対立遺伝子等の、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を含み；加えて、これらの植物は、一つもしくは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を有し、前記変異は、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらし、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有し；もしくは、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型のアミノ酸６１〜３３８の欠失を含み；または、前記植物はｙ（黄色）遺伝子を含む。
また、一つの態様において、トマト（Solanum lycopersicum）植物は、本発明の植物であり、すなわち、少なくとも１つの本発明の変異型ｃｄ２およびｍｙｂ１２対立遺伝子を含む。得られるＦ１雑種種子、および前記種子から成長した植物は、少なくとも１つ、好ましくは２つの変異型ｃｄ２対立遺伝子、および１つ、好ましくは２つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子、好ましくは２つの同一のｃｄ２対立遺伝子および２つの同一のｍｙｂ１２対立遺伝子を含む。Ｆ１雑種種子（およびそれから成長した植物）は、従って、一つの態様において、本発明のｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であり、且つ、本発明のｃｄ２対立遺伝子についてもホモ接合性である。
さらに別の実施態様では、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子は、栽培トマト（例えば、育種系統、品種または伝播品種）またはトマトの近縁野生種に由来し、および／または、それにおいて生成される。このような人為的突然変異は、例えば、ＥＰ１９６３５０５に記載されるような標的変異を用いて誘導され得る。トマトの近縁野生種で生成された変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子は、次に、育種によって栽培トマトに容易に導入される。同様に、変異型ｃｄ２対立遺伝子は、栽培トマト（例えば、育種系統、品種または伝播品種）またはトマトの近縁野生種に由来し得る、および／または、それにおいて生成され得る。このような人為的突然変異は、例えば、ＥＰ１９６３５０５に記載されるような標的変異を用いて誘導され得る。トマトの近縁野生種で生成された変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子は、次に、育種によって栽培トマトに容易に導入される。ＮＣＩＭＢ４２０８７に存在する変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（配列番号２のｍｙｂ１２タンパク質をコードする）は、例えば、ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された単一トマト植物において、ＮＣＩＭＢ４２２６９に存在するような変異型ｃｄ２対立遺伝子（配列番号１１のｃｄ２タンパク質をコードする）と組み合わされている。
別の態様では、本発明は、配列番号２もしくは配列番号３に対する実質的な配列同一性を有する、または、配列番号２もしくは配列番号３のタンパク質と１００％同一である、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする、内因性ｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含むことから、野生型（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）植物と比較した場合に、果実発達の後期オレンジ色期または赤色期において色の薄い表皮および／または無色表皮および／または淡紅色のトマト果実を有する、本発明のトマト植物に関する。
別の態様では、本発明は、配列番号２もしくは配列番号３に対する実質的な配列同一性を有する、または、配列番号２もしくは配列番号３のタンパク質と１００％同一である、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする、内因性ｍｙｂ１２対立遺伝子をホモ接合型で含むことから、野生型（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）植物と比較した場合に、果実発達の後期オレンジ色期または赤色期（例えば、赤熟期）において色の薄い表皮および／または無色表皮および／または淡紅色のトマト果実を有し、さらに、Ｇ７３６Ｖ、Ｄ７３７ＮおよびＱ７０８Ｈから選択される一つまたは複数のアミノ酸置換を含む配列番号１０のＣＤ２タンパク質をコードする内因性ｃｄ２対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、野生型（ＣＤ２／ＣＤ２）植物の果実と比較した場合に果実発達の赤色期（ＲＲ期）において有意により光沢のある；および／または、野生型（ＣＤ２／ＣＤ２）植物の果実と比較した場合に果実発達の赤色期（ＲＲ期）において有意により高いもしくはより低いクチン含量を含む、および／または、野生型（ＣＤ２／ＣＤ２）植物の果実と比較した場合に果実発達の赤色期（ＲＲ期）において有意により厚いもしくはより薄いクチクラ層を含む、果実を生産する、本発明のトマト植物に関する。
別の実施態様では、本発明は、配列番号２もしくは配列番号３に対する実質的な配列同一性または配列番号２もしくは配列番号３に対する１００％の配列同一性を有する、単離タンパク質に関する。さらなる別の実施態様では、本発明は、配列番号２もしくは配列番号３に対する実質的な配列同一性または配列番号２もしくは配列番号３に対する１００％の配列同一性を有するタンパク質をコードする、単離核酸配列に関する。
別の実施態様では、本発明は、配列番号１１に対する実質的な配列同一性または配列番号１１に対する１００％の配列同一性を有する、単離タンパク質に関する。さらなる別の実施態様では、本発明は、配列番号１１に対する実質的な配列同一性または配列番号１１に対する１００％の配列同一性を有するタンパク質をコードする、単離核酸配列に関する。
さらに別の実施態様では、本発明は、配列番号５もしくは配列番号６に対する実質的な配列同一性を有する、もしくは配列番号５もしくは配列番号６に対して１００％の配列同一性を有する、単離核酸配列、ＤＮＡもしくはＲＮＡ；または、配列番号５もしくは配列番号６に対する実質的な配列同一性を有する、もしくは配列番号５もしくは配列番号６に対して１００％の配列同一性を有する核酸配列に転写されている、単離核酸配列、に関する。
さらに別の実施態様では、本発明は、配列番号１３に対する実質的な配列同一性を有する、もしくは配列番号１３に対して１００％の配列同一性を有する、単離核酸配列、ＤＮＡもしくはＲＮＡ；または、配列番号１３に対する実質的な配列同一性を有する、もしくは配列番号１３に対して１００％の配列同一性を有する核酸配列に転写されている、単離核酸配列、に関する。
本発明のさらに別の態様では、Ｅｘｐｅｒｔ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ＥＰＣ２０００、Ｒｕｌｅ３２（１））に従い、ブダペスト条約に従って、その代表的な種子がＮｕｎｈｅｍｓ Ｂ．Ｖ．によって寄託され、ＮＣＩＭＢ Ｌｔｄ．（Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, Scotland AB21 9YA、英国）において２０１２年１２月５日に寄託が受諾された、本発明のトマト植物の果実と同じまたは類似の表皮および／または果皮色を果実発達の赤熟期において有する、トマト植物が提供される。種子は以下の受託番号：ＮＣＩＭＢ４２０８７（変異体２９６１）またはＮＣＩＭＢ４２０８８（変異体５５０５）を与えられた。
本発明のさらなる態様において、その代表的な種子がＮＣＩＭＢ４２２６８（変異体８．１７）およびＮＣＩＭＢ４２２６９（変異体２６４２８．００１）としてＮｕｎｈｅｍｓ Ｂ．Ｖによって寄託された、本発明のトマト植物の果実と、同一もしくは類似の果実発達の赤熟期における光沢、および／または同一もしくは類似のクチン含量、および／または同一もしくは類似のクチクラ層厚を有する、トマト植物が提供される。
本発明のさらなる態様において、ＮＣＩＭＢ４２２６８（変異体８．１７；ｃｄ２／ｃｄ２）またはＮＣＩＭＢ４２２６９（変異体２６４２８．００１；ｃｄ２／ｃｄ２）として寄託された種子から成長した植物を、ｃｄ２変異体を欠く（ＣＤ２遺伝子について野生型である、ＣＤ２／ＣＤ２）別のトマト植物と交雑することから得られたＦ１トマト植物の果実と、同一もしくは類似の果実発達の赤熟期における光沢、および／または同一もしくは類似のクチン含量、および／または同一もしくは類似のクチクラ層厚を有する、トマト植物が提供される。
本発明のさらに別の態様では、その代表的な種子がＮＣＩＭＢ４２２６８（変異体８．１７；ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２およびｃｄ２／ｃｄ２）としてＮｕｎｈｅｍｓ Ｂ．Ｖによって寄託された、本発明のトマト植物の果実と；またはＮＣＩＭＢ４２２６８と野生型トマト植物（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２およびＣＤ２／ＣＤ２）との交雑によって得られたＦ１植物の果実と、同一または類似の光沢（および／またはクチン含量および／またはクチクラ層厚）並びに同一または類似の表皮および／または果皮色を果実発達の赤熟期において有する、トマト植物が提供される。
「同一または類似の」とは、特徴（例えば、色；光沢；クチン含量；クチクラ厚）が、記述および／または寄託された植物の特徴と統計的に有意に異なっていないこと；言い換えれば、特徴について比較された植物（または植物系統または品種）の間で統計的に有意な差異が見られないこと（例えば、一元配置ＡＮＯＶＡにおいて、Ｐ値が、有意差が無いことを示す０．０５超である）、を意味する。
さらなる態様により、本発明は、本発明のトマト植物の細胞培養物または組織培養物を提供する。細胞培養物または組織培養物は再生可能な細胞を含む。このような細胞または組織は、本発明のトマト植物の葉、花粉、胚、子葉、胚軸、分裂組織細胞、根、根端、葯、花、種子または茎に由来し得る。別の実施態様では、細胞培養物または組織培養物は再生可能な細胞を含まない。一つの態様において、本発明の非増殖性細胞が提供され、本発明の非増殖性細胞を含む、またはそれから成る細胞培養物または組織培養物が提供される。
本発明の一つの態様は、本発明のトマト植物を作製する方法であり、前記方法は、以下の段階を含む：
ａ． トマト植物の植物材料（plant material）、好ましくは種子、を入手すること；
ｂ． 前記植物材料を変異誘発物質で処理して変異誘発された植物材料、例えば変異誘発種子、を生成すること；
ｃ． 前記変異誘発された植物材料、例えば、変異誘発種子または自家受粉により得られたその子孫、を解析すること、並びに
配列番号７に対する実質的な配列同一性を有する少なくとも１つのｍｙｂ１２対立遺伝子において、もしくはその機能的異型において、少なくとも１つの変異を有する植物を特定すること；並びに／または、
配列番号１４に対する実質的な配列同一性を有する少なくとも１つのｃｄ２対立遺伝子において、もしくはその機能的異型において、少なくとも１つの変異を有する植物を特定すること；または、
配列番号７に対する実質的な配列同一性を有する少なくとも１つのｍｙｂ１２対立遺伝子において、もしくはその機能的異型において、少なくとも１つの変異を有し、且つ、配列番号１４に対する実質的な配列同一性を有する少なくとも１つのｃｄ２対立遺伝子において、もしくはその機能的異型において、少なくとも１つの変異を有する、植物を特定すること。
前記方法は、前記少なくとも１つのｍｙｂ１２対立遺伝子を含む植物、または自家受粉によって得られたその子孫を、前記少なくとも１つのｃｄ２対立遺伝子を含む前記植物と、または自家受粉によって生産されたその子孫と、交雑して、前記ｍｙｂ１２対立遺伝子および前記ｃｄ２対立遺伝子の両方を含む植物をえること、をさらに含んでいてもよい。
前記方法は、選択された植物または前記植物の子孫のトマト果実の色または光沢を解析し、その果実が淡紅色またはやや淡紅色を有する植物を選択すること、をさらに含み得る。一つの態様において、前記変異は、配列番号１に、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型に、Ｇ５０Ｒからなる群から選択されるアミノ酸置換をもたらす変異から選択され；または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１の、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型において、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む。さらなる態様において、前記変異は、配列番号４においてＧ１４８ＣおよびＴ１８２Ａからなる群から選択されるｃＤＮＡにおける変化を引き起こす変異から選択される。
この方法の、段階ｃ）において、配列番号１４に対する実質的な配列同一性を有する少なくとも１つのｃｄ２対立遺伝子において、またはその機能的異型において、少なくとも１つの変異を有するｃｄ２対立遺伝子を含む、植物材料が特定され得る。１つのｃｄ２対立遺伝子におけるこの少なくとも１つの変異は、一つの態様では、配列番号１０に、もしくは配列番号１０に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型に、Ｇ７３６Ｖおよび／またはＤ７３７Ｎおよび／またはＱ７０８Ｈアミノ酸置換をもたらす変異である。さらに別の実施態様では、１つのｃｄ２対立遺伝子におけるこの少なくとも１つの変異は、配列番号１４におけるＧ７１７１Ｔ変異を含む。
この方法において、段階ａ）の植物材料は、トマト植物系統または栽培品種の種子、花粉、植物細胞、または植物組織からなる群から選択されことが好ましい。植物種子がより好ましい。別の態様では、この方法で使用される変異誘発物質はエチルメタンスルホン酸である。段階ｂ）および段階ｃ）において、変異誘発された植物材料は、トマトＴＩＬＬＩＮＧ集団等の変異型集団であることが好ましい。従って、一つの態様において、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含むトマト植物を生産する方法が提供され、前記方法は以下の段階を含む：
ａ） トマトＴＩＬＬＩＮＧ集団を用意すること、
ｂ） ｍｙｂ１２遺伝子における変異体を求めて前記ＴＩＬＬＩＮＧ集団を選別すること、および
ｃ） その果実が野生型（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）果実と比較して無色の表皮または色の薄い表皮を生産する植物（またはそれらの植物の子孫）をｂ）の変異型植物から選択すること。
別の態様では、変異型ｃｄ２対立遺伝子を含むトマト植物を生産する方法が提供され、前記方法は以下の段階を含む：
ｉ） トマトＴＩＬＬＩＮＧ集団を用意すること、
ｉｉ） ｃｄ２遺伝子における変異体を求めて前記ＴＩＬＬＩＮＧ集団を選別すること、および
ｉｉｉ） その果実が野生型（ＣＤ２／ＣＤ２）果実と比較してより光沢のある植物（またはそれらの植物の子孫）をｂ）の変異型植物から選択すること。
従って、別の態様では、変異型ｍｙｂ１２およびｃｄ２対立遺伝子を含む本発明のトマト植物を生産する方法が提供され、前記方法は、段階ｃ）で選択された植物（または自家受粉によって生産されたその子孫）を、段階ｉｉｉ）で選択された植物と（または自家受粉によって生産されたその子孫と）交雑する段階、並びに、子孫植物を自家受粉させ、淡紅色で光沢のある果実を生産する子孫を選択する段階、を含む。
変異型植物（Ｍ１）は、一回または複数回自家受粉されて、段階ｃ）における表現型検査のための、例えばＭ２集団または好ましくはＭ３もしくはＭ４集団が生産されることが好ましい。Ｍ２集団において、前記変異対立遺伝子は、１（変異対立遺伝子についてホモ接合性）：２（変異対立遺伝子についてヘテロ接合性）：１（野生型 対立遺伝子についてホモ接合性）の割合で存在する。
さらに別の態様において、本発明は、ハイブリッドトマト（Solanum lycopersicum）植物を生産する方法に関し、前記方法は、
（ａ） 本発明の、または本発明の植物に成長可能な種子由来の、第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を入手する工程；および
（ｂ） 前記第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を第二のトマト（Solanum lycopersicum）植物と交雑して雑種種子を得る工程；
を含んでなり、
前記ハイブリッドトマト（Solanum lycopersicum）植物は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有する、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つもしくは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み；
または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１のアミノ酸６１〜３３８の欠失、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型におけるアミノ酸６１〜３３８（もしくはアミノ酸６１からタンパク質の末端まで）の欠失を含み；
さらに、前記植物は、クチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異、特に、配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＧ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子、並びに、配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型においてＱ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ２対立遺伝子からなる群から選択されるｃｄ２対立遺伝子を含む。
本発明の植物および植物部位（例えば、果実、細胞等）は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性またはヘテロ接合性であり得る。
一つまたは複数の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、且つ、配列番号１または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列類似性を有するその異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有する変異型ｍｙｂ１２タンパク質を産生し；
または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１に、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型にアミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、
本発明の植物は、野生型植物よりも少ない果実を生産しないことが好ましい。従って、植物当たりの果実数は減少しないことが好ましい。
他の推定上のＭＹＢ１２遺伝子／タンパク質は、コンピュータで、例えば、既存の核酸またはタンパク質データベース（例えば、ＧＥＮＢＡＮＫ、ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ、ＴｒＥＭＢＬ）において、配列類似性検索ツール（ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＸ、ＴＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等）等の標準的な配列解析ソフトウェアを用いて、核酸配列またはタンパク質配列を特定することにより、特定することができる。
一つの実施態様では、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型変異型ｍｙｂ１２タンパク質（野生型トマト近縁体のｍｙｂ１２タンパク質等の異型またはオルソログを含む）が提供され、植物および植物部位が、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型変異体をコードする一つまたは複数のｍｙｂ１２対立遺伝子をそれらのゲノム内に含むことによって、機能低減型が、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であるトマト（Solanum lycopersicum）と比較して、変異対立遺伝子がホモ接合型である場合に、淡紅色のトマト果実（ホモ接合型ｍｙｂ１２変異体と赤色果肉の組合せにおいて）並びに／または色の薄い表皮および／もしくは無色表皮を与える。
別の実施態様では、配列番号１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性を有する；または配列番号１に対して少なくとも約９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％、もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する、変異タンパク質が提供される。別の実施態様では、配列番号１の、または配列番号１に対して少なくとも約９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％、もしくは１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列の、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００、１２０、または１５０個の連続アミノ酸を含み、配列番号１におけるＧ５０Ｒアミノ酸置換を含む、そのような変異タンパク質の断片が提供される。さらなる別の実施態様では、そのようなタンパク質またはタンパク質断片をコードする核酸配列が提供される。
さらに別の実施態様では、果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期においてトマト果実の無色表皮を得るための、トマト植物における、本明細書で定義される、変異タンパク質またはその異型、またはその断片の使用が提供される。このようなタンパク質またはタンパク質断片をコードする核酸の使用も提供される。
ｃＤＮＡ（配列番号４、またはその異型）を含むゲノムＤＮＡにおける、いかなる種類の変異も（例えば、一つまたは複数のヌクレオチドの挿入、欠失および／または置換）、コードされるＭｙｂ１２タンパク質の機能の低下をもたらし得る。しかし、全ての変異が、本明細書に含まれる実施例で説明されるように、無色表皮を生じさせるわけではない。好ましい実施態様において、例えば野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であるトマト（Solanum lycopersicum）と比較した場合に、淡紅色のトマト果実（ホモ接合型ｍｙｂ１２変異体と果肉の組合せにおいて）並びに／または色の薄い表皮および／もしくは無色表皮をもたらす、一つまたは複数の変異による機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする、ｍｙｂ１２核酸配列が提供さる。
同様に、野生型ＣＤ対立遺伝子についてホモ接合性であるトマト（Solanum lycopersicum）と比較した場合に、赤色期における果実光沢の増強、および／または有意により高いもしくはより低いクチンレベル、および／または有意により厚いもしくはより薄いクチクラ層をもたらす、一つまたは複数の変異による機能喪失型ＣＤタンパク質または機能低減型ＣＤタンパク質（例えば、変異型ｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３タンパク質）をコードする、ｃｄ核酸配列が提供される。
インビボにおける機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質またはこのようなタンパク質の機能低減型は、本明細書に記載のように、この変異対立遺伝子が、ホモ接合型において、後期オレンジ色期もしくは赤熟期のトマト果実の表皮の色に対して有する影響を決定することにより、または、後期オレンジ色期または赤熟期のトマト果実におけるトマト果実の色に対する変異の影響を決定することにより、試験することができ；ホモ接合型変異対立遺伝子が赤色果肉と組み合わされている場合、果実色は淡紅色になる。このような変異型の機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型タンパク質をコードする核酸配列を含み、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と所望により比較した場合に、後期オレンジ色期および／または赤熟期において色の薄い表皮および／または無色表皮および／または淡紅色のトマト果実を有する植物は、例えば、例えば変異誘発を用いて新規に作製することができ、当該技術分野において公知のＴＩＬＬＩＮＧによって特定することができる。
ＣＤタンパク質のインビボにおける機能喪失または機能低減は、本明細書に記載されるように、この変異対立遺伝子が、ホモ接合型またはヘテロ接合型で、果実の赤熟期における光沢、クチン含量および／またはクチクラ層厚に対して有する影響を決定することによって、試験することができる。
また、遺伝子導入法を用いて、変異型のｍｙｂ１２タンパク質またはｃｄタンパク質をコードする変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子またはｃｄ対立遺伝子のインビボにおける機能性を試験することができる。変異対立遺伝子が植物プロモーターに機能的に連結され、キメラ遺伝子が形質転換によってトマト植物に導入され得る。再生植物（または、例えば自家受粉によって得られた子孫）が、後期オレンジ色期および／または赤熟期における表皮色および／またはトマト果実色について試験され得る。例えば、非機能的なｍｙｂ１２対立遺伝子またはｃｄ対立遺伝子を含むトマト植物が形質転換されて、遺伝子導入ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｃｄ対立遺伝子の機能性が試験され得る。
ＴＩＬＬＩＮＧ（ゲノム内誘導性局所破壊標的化（Targeting Induced Local Lesions IN Genomes））は、従来の化学的突然変異誘発法を用いて、変異発見のためのハイスループットスクリーニングを後に受ける変異誘発された個体のライブラリーを作製する、一般的な逆遺伝学の手法である。ＴＩＬＬＩＮＧは、化学的突然変異誘発とプールされたＰＣＲ産物の変異スクリーニングとを組合せることで、標的遺伝子のミスセンス変異対立遺伝子およびナンセンス変異対立遺伝子の単離を得る。従って、ＴＩＬＬＩＮＧは、従来の化学的突然変異誘発（例えば、ＥＭＳまたはＭＮＵ変異誘発）または他の変異誘発法（例えば、ＵＶ等の照射）を使用し、それに続いて、本発明のＭｙｂ１２等の特定の標的遺伝子における変異についてのハイスループットスクリーニングを使用する。ＣＥＬ１またはＥＮＤＯ１等のＳ１ヌクレアーゼが、変異型および野生型標的ＤＮＡのヘテロ二本鎖の切断、並びに、例えば、ＬＩ−ＣＯＲゲルアナライザーシステム等の電気泳動を用いた切断産物の検出に使用される（例えばHenikoff et al. Plant Physiology 2004, 135: 630-636を参照）。ＴＩＬＬＩＮＧは、トマト（http://tilling.ucdavis.edu/index.php/Tomato_Tilling参照）、イネ（Till et al. 2007, BMC Plant Biol 7: 19）、シロイヌナズナ（Till et al. 2006, Methods Mol Biol 323: 127-35）、アブラナ属、トウモロコシ（Till et al. 2004, BMC Plant Biol 4: 12）等の多くの植物種で応用されている。
本発明の一つの実施態様において、係る変異型ｍｙｂ１２または変異型ｃｄタンパク質をコードする（ｃＤＮＡまたはゲノム）核酸配列は、一つまたは複数のナンセンス変異および／またはミスセンス変異、例えば、塩基転位（プリンの別のプリンとの置換（Ａ⇔Ｇ）またはピリミジンの別のピリミジンとの置換（Ｃ⇔Ｔ））または塩基転換（プリンのピリミジンとの置換、またはその逆（Ｃ／Ｔ⇔Ａ／Ｇ） を含む。一つの実施態様では、ナンセンス変異および／またはミスセンス変異は、Ｍｙｂ１２エクソンもしくはＣＤエクソンのいずれかをコードするヌクレオチド配列、または、異型Ｍｙｂ１２タンパク質もしくは異型ＣＤタンパク質の実質的に類似したドメイン、すなわち、配列番号１（Ｍｙｂ１２）もしくは配列番号１０（ＣＤ２）のアミノ酸に対して、もしくはその異型に対して、少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％、９９％のアミノ酸配列同一性を含むドメイン、に存在する。
一つの実施態様において、エクソンコード配列の１つに一つまたは複数のナンセンス変異および／またはミスセンス変異を含むｍｙｂ１２ヌクレオチド配列、並びに、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と所望により比較した場合に淡紅色のトマト果実および／または色の薄い表皮および／または無色表皮をもたらす係る変異対立遺伝子を含む植物が提供される。
一つの実施態様において、エクソンコード配列の１つに一つまたは複数のナンセンス変異および／またはミスセンス変異を含むｃｄ２ヌクレオチド配列、並びに、野生型ＣＤ２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と比較した場合に光沢のあるまたは有意により光沢のあるトマト果実をもたらす係る変異対立遺伝子を含む植物が提供される。
本発明の特定の実施態様において、本発明の変異型の機能喪失型または機能低減型のｍｙｂ１２対立遺伝子および／またはｃｄ２対立遺伝子を含むトマト植物および植物部位（果実、種子等）が提供される。
また、例えば、配列番号２もしくは３に示されるｍｙｂ１２、または上記で定義された（あらゆるキメラタンパク質またはハイブリッドタンパク質または変異型タンパク質または切断型タンパク質を含む）その異型等の、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする核酸配列（ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）が提供される。遺伝暗号の縮重により、種々の核酸配列が同じアミノ酸配列をコードし得る。提供される核酸配列は、自然発生的な核酸配列、人工的な核酸配列または合成核酸配列を包含する。Ｍｙｂ１２をコードする核酸配列は、配列番号４（ＮＣＢＩ ＥＵ４１９７４８ トマト（Solanum lycopersicum）ＭＹＢ１２（ＭＹＢ１２）ｍＲＮＡ（完全長ｃｄｓ） http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/171466740）で規定される。
また、例えば、配列番号１１もしくは１５に示されるｃｄ２、または上記で定義された（あらゆるキメラタンパク質またはハイブリッドタンパク質または変異型タンパク質または切断型タンパク質を含む）その異型等の、機能喪失型ｃｄタンパク質（特にｃｄ２）または機能低減型ｃｄタンパク質（特にｃｄ２）をコードする核酸配列（ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）が提供される。
ＲＮＡが言及されながら、配列がＤＮＡ配列として示されている場合、ＲＮＡ分子の実際の塩基配列は、チミン（Ｔ）がウラシル（Ｕ）で置換されているという差異を伴って、同一であると理解される。本明細書でヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）について言及する場合、イタリック体が使用され（例えば、ｍｙｂ１２対立遺伝子）、一方、タンパク質について言及する場合、イタリック体は使用されない（例えば、ｍｙｂ１２タンパク質）。変異体は小文字であり（例えば、ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｍｙｂ１２タンパク質）、一方、野生型／機能性型は大文字（Ｍｙｂ１２対立遺伝子またはＭｙｂ１２タンパク質）から始まる。
また、変異型ｍｙｂ１２タンパク質、すなわち、上記のような、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質をコードする核酸配列（ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ）、並びに、そのような変異型配列を含む植物および植物部位が提供される。例えば、コードされるタンパク質をインビボにおいて機能喪失または機能低減させる、野生型Ｍｙｂ１２コード配列に一つまたは複数のナンセンス変異および／またはミスセンス変異を含むｍｙｂ１２核酸配列。また、スプライス部位変異、すなわち、ＲＮＡ前駆体の異常なスプライシングに繋がるゲノムｍｙｂ１２配列における変異、並びに／またはフレームシフト変異、並びに／または一つもしくは複数の核酸の挿入（例えば、トランスポゾン挿入）および／もしくは欠失等の、他の変異を有する配列が提供される。
明らかなことであるが、核酸ハイブリダイゼーション、ＰＣＲ技術、コンピュータによる解析および核酸合成等の多くの方法を用いて、ｍｙｂ１２核酸配列またはｃｄ核酸配列の異型または断片を同定、合成または単離することができる。配列番号４（または配列番号１０）の異型は、野生型の機能的Ｍｙｂ１２タンパク質（もしくはＣＤ２タンパク質）をコードし得るか、または、例えば、ＴＩＬＬＩＮＧ等の方法による変異誘発、もしくは他の方法によって生成された、これらのうちいずれかの、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質（もしくはＣＤ２タンパク質）もしくは機能低減型変異対立遺伝子をコードし得る。
本発明の植物を従来の植物育種法で使用することで、同じ特徴を有するより多くの植物を生産することができ、または、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子もしくは変異型ｃｄ２対立遺伝子を、同一もしくは近縁植物種の他の植物系統もしくは品種に導入することができる。
また、当該技術分野において公知の植物形質転換法および再生法を用いて、本発明の変異型ｍｙｂ１２ヌクレオチド配列または変異型ｃｄ２ヌクレオチド配列を用いて、遺伝子導入植物を作製することができる。所望の表現型の良好な発現をもたらす、ゲノム内の特定の位置に挿入されたキメラ遺伝子（機能喪失型ｍｙｂ１２もしくはｃｄタンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２もしくはｃｄタンパク質をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結されたプロモーターを含む）を有する形質転換事象である、「選良事象（elite event）」が選択され得る。
上記の本発明の植物は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であるか、またはヘテロ接合性である。同様に、上記の本発明の植物は、変異型ｃｄ対立遺伝子（ｃｄ１、ｃｄ２またはｃｄ３）、例えばｃｄ２対立遺伝子、についてホモ接合性であるか、またはヘテロ接合性である。変異対立遺伝子をホモ接合型で含む植物を作製するために、自家受粉が使用され得る。本発明の変異型のｍｙｂ１２およびまたはｃｄ対立遺伝子（例えばｃｄ２対立遺伝子）は、交雑、自家受粉、戻し交雑等等の従来の育種法によって、他のあらゆるトマト植物に導入することができる。従って、本発明の少なくとも１つの変異型のｍｙｂ１２およびまたはｃｄ（例えばｃｄ２）対立遺伝子を有する含むあらゆる種類のトマトが作製可能である。そのゲノム内に少なくとも１つの変異型ｍｙｂ１２およびまたはｃｄ（例えばｃｄ２）対立遺伝子を有し、機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質（もしくはｃｄタンパク質、例えばｃｄ２タンパク質）または野生型Ｍｙｂ１２（もしくはＣＤ、例えばＣＤ２）タンパク質と比較して低減した活性を有するｍｙｂ１２（またはｃｄタンパク質、例えばｃｄ２タンパク質、各々）を産生する、あらゆるソラヌム・リコペルシクム（S. lycopersicum）が作製および／または特定され得る。従って、トマト植物は、あらゆる栽培トマト、あらゆる市販品種、あらゆる育種系統または他であり得、トマト植物は、あらゆる色の果肉、あらゆる形状および大きさの果実を生産する、確定または不定の、放任受粉したまたはハイブリッドの、トマト植物であり得る。特定のトマト植物において、または生殖互換性の（sexually compatible）トマト近縁種において、作製および／または特定された変異対立遺伝子は、育種（変異対立遺伝子を含む植物との交雑、およびその後の、変異対立遺伝子を含む子孫の選別）によって、他のあらゆるトマト植物に容易に導入され得る。
あらゆるトマト植物もしくは植物部位における本発明の変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子もしくはｃｄ対立遺伝子（例えばｃｄ２対立遺伝子）の有無、および／または子孫植物への前記対立遺伝子の遺伝の有無は、表現型によって、および／または分子ツールを用いて（例えば、直接的または間接的な方法を用いた、ｍｙｂ１２もしくはｃｄヌクレオチド配列またはｍｙｂ１２もしくはｃｄタンパク質の有無を検出）、決定することができる。
変異対立遺伝子は、一つの実施態様では、栽培植物において作製または特定されるが、野生型植物または非栽培植物において作製および／または特定された後に、例えば交雑および選別を用いて栽培植物に導入されてもよい（例えば胚救出による種間交雑を用いて変異対立遺伝子を導入してもよい）。従って、変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子またはｃｄ対立遺伝子は、トマト（Solanum lycopersicum）において、または、例えば、ソラヌム・ケエスマニイ（S. cheesmanii）、ソラヌム・キレンセ（S. chilense）、ソラヌム・ハブロカイテス（S. habrochaites）（Ｌ・ヒルスタム（L. hirsutum））、ソラヌム・クミエレウスキ（S. chmielewskii）、ソラヌム・リコペルシクムｘソラヌム・ペルビアナム（S. lycopersicum x S. peruvianum）、ソラヌム・グランデュロスム（S. glandulosum）、ソラヌム・ヒルスタム（S. hirsutum）、ソラヌム・ミヌタム（S. minutum）、ソラヌム・パルビフロルム（S. parviflorum）、ソラヌム・ペンネリ（S. pennellii）、ソラヌム・ペルビアナム（S. peruvianum）、ソラヌム・ペルビアナム変種フミフサム（S. peruvianum var. humifusum）およびソラヌム・ピンピネリフォリウム（S. pimpinellifolium）等のトマトの近縁野生種を含む他のソラヌム属種において、作製（変異誘発法を用いて標的のｍｙｂ１２遺伝子もしくはｃｄ遺伝子またはその異型を変異誘発する人為的変異）および／または特定（自然発生的または天然の対立遺伝子変異）された後に、栽培されたソラヌム属植物、例えばトマト（Solanum lycopersicum）、に従来の育種法によって導入されてもよい。用語「従来の育種法」は、本明細書において、対立遺伝子を導入することができる、育種家に公知の、交雑、自家受粉、選別、倍加半数体作製、胚救出、原形質融合、橋渡し種を介した導入等、すなわち遺伝子改変以外の方法、を包含する。
別の実施態様において、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または変異型ｃｄ対立遺伝子を含む植物（例えばトマト）が、同一種または近縁種の別の植物と交雑されて、変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子および／またはｃｄ対立遺伝子を含む雑種植物（雑種種子）が作製される。このような雑種植物も本発明の一つの実施態様である。
一つの実施態様では、本発明の少なくとも１つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または少なくとも１つの変異型ｃｄ対立遺伝子、好ましくは２つのｍｙｂ１２対立遺伝子および／または１つもしくは２つのｃｄ対立遺伝子（例えばｃｄ２）を含む、Ｆ１雑種トマト種子（すなわち、Ｆ１雑種トマト植物に成長可能な種子）が提供される。Ｆ１雑種種子（雑種種子とも称される）は、２つの近交系トマト親植物間の交雑種から回収された種子である。このようなＦ１雑種は、１つもしくは２つの本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または１つもしくは２つの本発明の変異型ｃｄ対立遺伝子（例えば変異型ｃｄ２）を含み得る。２つの本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含むこのようなＦ１雑種は、同一のｍｙｂ１２対立遺伝子の２つのコピーまたは２つの異なる本発明のｍｙｂ１２対立遺伝子を含み得る。従って、一つの実施態様では、本発明の植物が親植物として使用されて、Ｆ１雑種が生産される。２つの本発明の変異型ｃｄ対立遺伝子を含むＦ１雑種は、同一のｃｄ対立遺伝子の２つのコピー（例えば配列番号１１のタンパク質を共にコードするｃｄ２／ｃｄ２）または２つの異なる本発明のｃｄ対立遺伝子（例えば、１つが配列番号１１のタンパク質をコードするｃｄ２で、１つが配列番号１５のタンパク質をコードするｃｄ２）を含み得る。従って、一つの実施態様では、本発明の植物が親植物として使用されて、Ｆ１雑種が生産される。
また、変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子またはｃｄ対立遺伝子（例えばｃｄ２）を別の植物に導入するための方法が提供され、前記方法は、変異型のｍｙｂ１２対立遺伝子および／またはｃｄ対立遺伝子（例えばｃｄ２）をそのゲノム内に含むトマト植物を用意し、前記植物を別のトマト植物と交雑し、前記交雑種の種子を得ること、を含む。これらの種子から得られる植物をさらに自家受粉および／または交雑し、前記変異対立遺伝子を含む子孫を選別、および／または、前記変異対立遺伝子の存在について表現型によって選別してもよい。例えば、果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期において色の薄いもしくは無色のトマト果実表皮を示す果実または淡紅色のトマト果実を生産する植物の選別は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子（ホモ接合型）についての選別となる。同様に、ｃｄ２対立遺伝子等の変異型ｃｄ対立遺伝子が導入され、遺伝子型および／または表現型によって選別され得る。
上記のように、他の変異誘発法および／または選別法が、本発明の変異型植物を作製するために、同様に使用され得ると理解される。種子が、例えば照射または化学処理されることで、変異型集団が作製され得る。また、ｍｙｂ１２またはｃｄ（例えばｃｄ２）の直接的な遺伝子配列決定を用いて、変異誘発された植物集団が変異対立遺伝子についてスクリーニングされ得る。例えば、ＫｅｙＰｏｉｎｔスクリーニングは、変異型のｍｙｂ１２またはｃｄ対立遺伝子を含む植物を特定するために使用され得る、配列に基づく方法である（Rigola et al. PloS One, March 2009, Vol 4(3):e4761）。
従って、より低レベルの野生型Ｍｙｂ１２タンパク質を果実内に産生する非遺伝子導入変異型トマト植物が提供され、または、一つまたは複数の内因性ｍｙｂ１２対立遺伝子における一つまたは複数の変異により、果実内に野生型Ｍｙｂ１２タンパク質を完全に欠く、果実内に機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質を産生する、非遺伝子導入変異型トマト植物が提供される。これらの変異体は、ＴＩＬＬＩＮＧもしくはその変形法等の変異誘発法によって、または他のあらゆる方法によって、作製され得る。機能喪失型Ｍｙｂ１２タンパク質または機能低減型Ｍｙｂ１２タンパク質をコードするＭｙｂ１２対立遺伝子が、単離および配列決定され得る、または、従来の育種法によって他の植物に導入され得る。
同様に、より低レベルの野生型ＣＤタンパク質（例えば、ＣＤ２タンパク質）を果実内に産生する非遺伝子導入変異型トマト植物が提供され、または、一つまたは複数の内因性ｃｄ（例えば、ｃｄ２）対立遺伝子における一つまたは複数の変異により、果実内に野生型ＣＤ（例えば、ＣＤ２タンパク質）タンパク質を完全に欠く、果実内に機能喪失型ｃｄタンパク質（例えば、ｃｄ２タンパク質）または機能低減型ｃｄタンパク質（例えば、ｃｄ２タンパク質）を産生する、非遺伝子導入変異型トマト植物が提供される。これらの変異体は、ＴＩＬＬＩＮＧもしくはその変形法等の変異誘発法によって、または他のあらゆる方法によって、作製され得る。機能喪失型ＣＤタンパク質（例えばＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３）または機能低減型ＣＤタンパク質（例えば、ＣＤ１、ＣＤ２またはＣＤ３）をコードするＣＤ対立遺伝子が、単離および配列決定され得る、または、従来の育種法によって他の植物に導入され得る。
特に、より低レベルの野生型Ｍｙｂ１２タンパク質果実内に産生する非遺伝子導入変異型トマト植物が提供され、または、果実内に野生型Ｍｙｂ１２タンパク質を完全に欠き、一つもしくは複数の内因性ｍｙｂ１２対立遺伝子における一つもしくは複数の変異による機能喪失型ｍｙｂ１２タンパク質もしくは機能低減型ｍｙｂ１２タンパク質を果実内に産生し、さらに、低レベルの野生型ＣＤタンパク質（例えばＣＤ２タンパク質）を果実内に産生する、非遺伝子導入変異型トマト植物が提供され、または、野生型ＣＤタンパク質（例えばＣＤ２タンパク質）を果実内に完全に欠き、一つもしくは複数の内因性ｃｄ（例えばｃｄ２）対立遺伝子における一つもしくは複数の変異による、機能喪失型ｃｄタンパク質（例えばｃｄ２タンパク質）もしくは機能低減型ｃｄタンパク質（例えばｃｄ２タンパク質）を果実内に産生する、非遺伝子導入変異型トマト植物が提供される。
本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または変異型ｃｄ対立遺伝子をゲノム内に含む、収穫された果実、収穫された組織または器官、種子、花粉、花、子房等を包含する、植物の、またはその子孫のあらゆる部分が提供される。また、それらのゲノム内に変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または変異型ｃｄ対立遺伝子を含む植物細胞培養または植物組織培養が提供される。植物細胞培養または植物組織培養は、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または変異型ｃｄ対立遺伝子をそのゲノム内に含む植物全体に再生可能であることが好ましい。また、ｍｙｂ１２変異対立遺伝子および／またはｃｄ変異対立遺伝子を含む一倍体細胞の染色体倍加によって生じる倍加半数体植物（および倍加半数体植物に成長可能な種子）、並びに、変異型のｍｙｂ１２および／またはｃｄ対立遺伝子をそれらのゲノム内に含む雑種植物（および雑種植物に成長可能な種子）が本明細書に包含され、一つの態様において、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含む倍加半数体植物および雑種植物は、野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と比較した場合に、果実発達の後期オレンジ色期および／もしくは赤色期におけるトマト果実の、色の薄いもしくは無色の表皮を示し、並びに／または、一つの態様において、変異型ｃｄ対立遺伝子を含む倍加半数体植物および雑種植物は、野生型ＣＤ対立遺伝子についてホモ接合性のトマト（Solanum lycopersicum）と比較した場合に、果実発達の赤色期において有意により光沢のあるトマト果実を示す。
植物部位は、増殖性（propagating）または非増殖性（non-propagating）、例えば、非増殖性植物細胞であり得、具体的には、本明細書において開示される本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子をそのゲノム内に含む非増殖性植物細胞が提供される。一つの実施態様では、本発明は、本明細書において開示される本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、本明細書において開示されるクチクラ発達に関与する対立遺伝子における変異を含む、非増殖性植物細胞に関する。さらなる実施態様では、本発明は、本明細書において開示される本発明の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、本発明の変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む、非増殖性植物細胞に関する。
本発明はさらに、配列番号１のＧ５０Ｒから選択される少なくとも１つの人為的な非遺伝子導入的変異を有する、もしくは、配列番号１の、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型における、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、内因性ｍｙｂ１２タンパク質；または、そのようなタンパク質をコードする内因性ｍｙｂ１２対立遺伝子、に関する。
変異型植物は良好な他の農学的特徴も有することが好ましく、すなわち、変異型植物は、野生型植物と比較して、減少した果実数および／または低下した果実品質を有さないことが好ましい。好ましい実施態様では、植物はトマト植物であり、果実は、あらゆる形状または大きさまたは果肉色の加工トマト（processing tomato）、生食用トマト等のトマト果実である。従って、１つもしくは２つの変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子および／または１つもしくは２つの変異型ｃｄ対立遺伝子を含む植物または植物部位の収穫産物も提供される。これには、トマトペースト、ケチャップ、トマトジュース、カットされたトマト果実、缶詰果実、乾燥果実、皮むき加工された果実等の下流の加工製品が包含される。前記製品は、それらのゲノムＤＮＡ内に変異対立遺伝子を含むことにより特定され得る。
一つの態様において、ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された植物におけるような淡紅色で光沢のある形質のための遺伝的特質を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物が提供される。
別の態様において、ＮＣＩＭＢ４２２６８またはＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された植物におけるような光沢のある形質のための遺伝的特質を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物が提供される。
別の態様において、ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された植物におけるような淡紅色の形質のための遺伝的特質を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物が提供される。
別の態様において、ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された植物におけるような淡紅色の形質のための遺伝的特質を含み、ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された植物におけるような光沢形質のための遺伝的特質を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物が提供される。
別の態様において、ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された植物におけるような淡紅色の形質のための遺伝的特質を含み、ＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された植物におけるような光沢形質のための遺伝的特質を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物が提供される。
さらに別の態様において、本発明は、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有し、Ｇ７３６Ｖ置換を有する配列番号１０の異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ対立遺伝子を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物（または植物部位）に関する。
さらに別の態様において、本発明は、配列番号１において、または配列番号１アミノ酸１〜６０に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型において、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、本発明のトマト植物（または果実、種子、花粉、細胞等の植物部位）に関する。
一つの態様において、本発明は、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有し、Ｇ７３６Ｖ置換を有する配列番号１０の異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ対立遺伝子を含み；且つ、配列番号１において、または配列番号１アミノ酸１〜６０に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型において、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物（または植物部位）に関する。
一つの態様において、本発明は、配列番号１０においてＧ７３６Ｖアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ対立遺伝子を含み；且つ、配列番号１においてアミノ酸６１〜３３８の欠失を含む変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物（または植物部位）に関する。
一つの態様において、本発明は、本発明の（すなわち光沢のある淡紅色の果実を生産する）植物（または植物部位）に関し、前記植物または植物部位は、配列番号１においてアミノ酸６１〜３３８の欠失を含む変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み；且つ、前記植物部位は、配列番号１０において、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型において、Ｇ７３６Ｖおよび／またはＱ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ対立遺伝子をさらに含む。
本発明はさらに以下の実施態様に関する。これらの実施態様では、非増殖性植物細胞が、光合成を通じて水、二酸化炭素および無機塩等の無機物から炭水化物およびタンパク質を合成することによりその生命を維持できない植物細胞であることを理解されたい。
実施態様１．
淡紅色で光沢のある果実を生産することができるトマト（Solanum lycopersicum）栽培植物の非増殖性細胞であって、ホモ接合型で、一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、またはｙ（黄色）遺伝子を含み；
一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含み、前記変異型ｃｄ対立遺伝子が前記変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較した場合に果実の光沢の増加をもたらす、前記非増殖性細胞。
実施態様２．
一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、ｍｙｂ１２対立遺伝子の、およびｍｙｂ１２対立遺伝子の発現を調節する遺伝子における、コード領域における変異、非コード領域における変異、プロモーターにおける変異からなる群から選択される変異を有する、実施態様１に記載の非増殖性植物細胞。
実施態様３．
一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらすか、または前記一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を欠く植物と比較してより低いｍｙｂ１２タンパク質レベルをもたらす、実施態様１または２に記載の非増殖性植物細胞。
実施態様４．
前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１においてグリシン５０からアルギニンへの（Ｇ５０Ｒ）アミノ酸置換を有する；または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１から成り、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換をさらに含む；または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１から成り、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換および８以下（例えば、１、２、３、または４以下）のアミノ酸置換または欠失をさらに含む；または、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１から成り、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換および８以下（例えば１、２、３、または４以下）のアミノ酸置換または欠失をさらに含み、配列番号１のＮ末端および／またはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０以下）のアミノ酸残基から成る任意の配列からさらに成る、実施態様４に記載の非増殖性植物細胞；
または、
前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が、配列番号１に、もしくは配列番号１のアミノ酸１〜６０に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するその異型に、アミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、実施態様３に記載の非増殖性植物細胞；
または、
前記植物がｙ（黄色）遺伝子を含む、実施態様３に記載の植物細胞。
実施態様５．
一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号７にハイブリダイズし、ヌクレオチド１２７１におけるグアニン（Ｇ）からシトシン（Ｃ）への変異（Ｇ１２７１Ｃ）をさらに含む；または、ｍｙｂ１２対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号４にハイブリダイズし、ヌクレオチド１４８におけるグアニン（Ｇ）からシトシン（Ｃ）への変異（Ｇ１４８Ｃ）をさらに含む、実施態様１〜４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞；
または、
一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号７にハイブリダイズし、ヌクレオチド１３０５位におけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変異（Ｔ１３０５）をさらに含む；または、ｍｙｂ１２対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号４にハイブリダイズし、ヌクレオチド１８２位におけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変異（Ｔ１８２Ａ）をさらに含む、実施態様１〜４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様６．
受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７またはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在し、前記種子から由来し得る、もしくは入手され得る（もしくは由来する、もしくは入手される）、ｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、実施態様１〜５のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様７．
前記変異型ｃｄ対立遺伝子がＣＤ１遺伝子、ＣＤ２遺伝子およびＣＤ３遺伝子からなる群から選択される遺伝子の対立遺伝子である、実施態様１〜６のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様８．
一つまたは複数の変異を含むｃｄ対立遺伝子が変異型ｃｄタンパク質の産生をもたらす、実施態様１〜７のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様９．
一つまたは複数の変異を含むｃｄ対立遺伝子が配列番号１０において一つまたは複数の変異を含む変異型ｃｄ２タンパク質をコードするｃｄ２対立遺伝子である、実施態様1〜8のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１０．
クチン含量および／またはクチクラ層厚が通常のトマト（Solanum lycopersicum）栽培植物の７０％未満である、実施態様１〜９のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。トマト（Solanum lycopersicum）の正常型栽培植物は、変異型ｃｄ対立遺伝子を欠き、さらに、本発明の植物細胞と同じ遺伝子構造を含むトマト（Solanum lycopersicum）植物であることが好ましい。
実施態様１１．
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０から成るタンパク質をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記タンパク質が配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換をさらに含む；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記異型が配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、前記異型が１６以下（例えば１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下）のアミノ酸置換もしくは欠失をさらに含む；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記異型が配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、前記異型が１６以下（例えば１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下）のアミノ酸置換もしくは欠失をさらに含み、前記異型がさらに配列番号１０のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０）のアミノ酸残基から成る任意の配列から成る；
または、
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０から成るタンパク質をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記タンパク質が配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換をさらに含む；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記異型が配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を含み、前記異型が１６以下（例えば１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下）のアミノ酸置換もしくは欠失をさらに含む；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記異型が配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を含み、前記異型が１６以下（例えば１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下）のアミノ酸置換もしくは欠失をさらに含み、前記異型がさらに配列番号１０のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０）のアミノ酸残基から成る任意の配列から成る、
実施態様１〜１０のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１２．
非増殖性植物細胞が、配列番号１３に記載のｍＲＮＡをコードする核酸配列、もしくは配列番号１３に対して少なくとも９０％（例えば、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％）の核酸配列同一性を有し且つ２２０７位にチミンを有する配列番号１３の異型を含む；または、前記植物が配列番号１１に記載のタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む；または、前記植物が、配列番号１４と少なくとも９０％（例えば、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％ の配列同一性を有し、且つ以下のアミノ酸置換：Ｇ７３６Ｖ、Ｄ７３７Ｎおよび／もしくはＱ７０８Ｈのうちの一つもしくは複数を含む変異型ＣＤ２タンパク質をコードするゲノムｃｄ２配列を含む、実施態様１〜１１のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１３．
変異型ｃｄ対立遺伝子が配列番号１０から成るタンパク質をコードするｃｄ２対立遺伝子であり、前記タンパク質が配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換をさらに含む；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、さらに、８以下の（例えば１、２、３もしくは４以下の）アミノ酸置換もしくは欠失を含む、配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子である；または、
変異型ｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、さらに、８以下（例えば１、２、３もしくは４以下）のアミノ酸置換もしくは欠失を含み、さらに、配列番号１０のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０）のアミノ酸残基から成る任意の配列から成る、配列番号１０の機能的異型をコードするｃｄ２対立遺伝子である、
実施態様１〜１２のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１４．
変異型ｃｄ対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１４にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド７１７１におけるグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（Ｇ７１７１Ｔ）を含む；または、ｍｙｂ１２対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１２にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド２２０７におけるグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（Ｔ２２０７Ｇ）を含む、実施態様１〜１３のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１５．
一つまたは複数の変異を含むｃｄ対立遺伝子が、ＮＣＩＭＢ４２２６８またはＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在するようなｃｄ２対立遺伝子である、実施態様１〜１４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様１６．
変異型ｃｄ対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１４にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド７１７１におけるグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（Ｇ７１７１Ｔ）を含む；または、ｍｙｂ１２対立遺伝子がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１２にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド２２０７におけるグアニン（Ｇ）からチミン（Ｔ）への変異（Ｔ２２０７Ｇ）を含む、変異型ｃｄ対立遺伝子。
実施態様１７．
植物育種における、または植物の特定における、実施態様１６に記載の変異型ｃｄ対立遺伝子の用途。
実施態様１８．
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号７にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド１２７１におけるグアニン（Ｇ）からシトシン（Ｃ）への変異（Ｇ１２７１Ｃ）を含む；または、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号４にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド１４８におけるグアニン（Ｇ）からシトシン（Ｃ）への変異（Ｇ１４８Ｃ）を含む；
または、
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号７にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド位置１３０５におけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変異（Ｔ１３０５）を含む；または、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号４にハイブリダイズし、さらに、ヌクレオチド位置１８２におけるチミン（Ｔ）からアデニン（Ａ）への変異（Ｔ１８２Ａ）を含む、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子。
実施態様１９．
植物育種における、または植物の特定における、実施態様１８に記載の変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子の用途。
実施態様２０．
配列番号１から成り、Ｇ５０Ｒアミノ酸置換をさらに含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質；または、配列番号１から成り、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換および８以下の（例えば１、２、３、もしくは４以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質；または、配列番号１から成り、前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換および８以下の（例えば、１、２、３、もしくは４以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含み、配列番号１のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０以下）のアミノ酸残基から成る任意の配列からさらに成る、変異型ｍｙｂ１２タンパク質；
または、
配列番号１のアミノ酸１〜６０から成る変異型ｍｙｂ１２タンパク質、または、
配列番号１のアミノ酸１〜６０から成り、１つのアミノ酸置換もしくは欠失からさらに成る、変異型ｍｙｂ１２タンパク質；または
配列番号１のアミノ酸１〜６０から成り、１つのアミノ酸置換もしくは欠失からさらに成り、配列番号１のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０以下）のアミノ酸残基から成る任意の配列からさらに成る、変異型ｍｙｂ１２タンパク質。
実施態様２１．
配列番号１０から成り、配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換をさらに含む、変異型ｃｄ２タンパク質；または
配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、１６以下の（例えば、１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含む、配列番号１０の機能的異型；または、
配列番号１０にＧ７３６Ｖアミノ酸置換を含み、１６以下の（例えば、１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含み、配列番号１０のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０）のアミノ酸残基から成る任意の配列からさらに成る、配列番号１０の機能的異型；
または、
配列番号１０から成り、配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換をさらに含む、タンパク質；または
配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を含み、１６以下の（例えば、１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含む、配列番号１０の機能的異型；または
配列番号１０にＱ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換を含み、１６以下の（例えば、１、２、３、４、５、６、７もしくは８以下の）アミノ酸置換もしくは欠失をさらに含み、配列番号１０のＮ末端および／もしくはＣ末端における１〜１０（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０）のアミノ酸残基から成る任意の配列からさらに成る、配列番号１０の機能的異型。
実施態様２２．
植物選別法であって、前記植物材料における実施態様１６もしくは１８に記載の変異対立遺伝子を特定する段階を含む、または、実施態様２０もしくは２１に記載の変異タンパク質を特定する段階を含む、前記植物選別法。
実施態様２３．
変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在するような対立遺伝子である、実施態様１〜１４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞；または
変異型ｃｄ対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６８もしくはＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在するような対立遺伝子である、実施態様１〜１４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞；または
変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在するような対立遺伝子であり、変異型ｃｄ対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された種子に存在するような対立遺伝子である、実施態様１〜１４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞；または
変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在するような対立遺伝子であり、変異型ｃｄ対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在するような対立遺伝子である、実施態様１〜１４のいずれか１つに記載の非増殖性植物細胞。
実施態様２４．
淡紅色で光沢のある果実を示すトマト（Solanum lycopersicum）植物を生産する方法であって、
ａ．レシピエントトマト（Solanum lycopersicum）植物またはその一部を準備する段階；
ｂ． 本明細書における本発明の実施態様または態様のいずれかにおいて定義される、ホモ接合型の、一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、またはｙ（黄色）遺伝子を含む、第一のドナートマト（Solanum lycopersicum）植物を準備する段階；
ｃ． 本明細書における本発明の実施態様または態様のいずれかにおいて定義される、変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較して増加した果実光沢をもたらす、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む、第二のドナートマト（Solanum lycopersicum）植物を準備する段階；
ｄ． レシピエント植物および第一のドナー植物を交雑する段階；
ｅ． 淡紅色の果実を示す子孫植物を選別する段階；
ｆ． 段階ｅの子孫植物を第二のドナー植物と交雑する段階；
ｇ． 淡紅色で光沢のある果実を示し、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子を含む、子孫植物を選別する段階、
を含む、方法。
実施態様２５．
淡紅色で光沢のある果実を示すトマト（Solanum lycopersicum）植物を生産する方法であって、
ａ． レシピエントトマト（Solanum lycopersicum）植物またはその一部を準備する段階；
ｂ． 本明細書における本発明の実施態様または態様のいずれかにおいて定義される、ホモ接合型の、一つもしくは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、またはｙ（黄色）遺伝子を含む、第一のドナートマト（Solanum lycopersicum）植物を準備する段階；
ｃ． 本明細書における本発明の実施態様または態様のいずれかにおいて定義される、変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較して増加した果実光沢をもたらす、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含む、第二のドナートマト（Solanum lycopersicum）植物を準備する段階；
ｄ． レシピエント植物および第二のドナー植物を交雑する段階；
ｅ． 光沢のある果実を示し、一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子を含む、子孫植物を選別する段階；
ｆ． 段階ｅの子孫植物を第一のドナー植物と交雑する段階；
ｇ． 淡紅色で光沢のある果実を示す子孫植物を選別する段階、
を含む、前記方法。
実施態様２６．
一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（cuticle deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子が実施態様１３または１６で定義されたｃｄ対立遺伝子である、実施態様２４または２５に記載の方法。
実施態様２７．
一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が実施態様５で定義されたｍｙｂ１２対立遺伝子である、実施態様２４または２５に記載の方法。
実施態様２８．
一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（cuticle deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子が実施態様１３または１６で定義されたｃｄ対立遺伝子であり、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が実施態様５で定義されたｍｙｂ１２対立遺伝子である、実施態様２４または２５に記載の方法。
実施態様２９．
一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（cuticle deficiency）（ｃｄ）対立遺伝子が実施態様１６で定義されたｃｄ対立遺伝子であり、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が実施態様５で定義されたｍｙｂ１２対立遺伝子である、実施態様２８に記載の方法。
特定の受託番号として寄託された種子に存在するような対立遺伝子に対して言及がなされる場合は常に、前記特定の受託番号に存在するような、もしくはそれから由来し得る、もしくは入手され得る、もしくは由来する、もしくは入手される、または、前記特定の受託番号に存在するような、もしくはそれから由来し得る、もしくは入手され得る、もしくは由来する、もしくは入手される、対立遺伝子も包含されると理解される。
種子寄託
実施例１に記載の２つのトマトＴＩＬＬＩＮＧ変異体（ｍｙｂ１２変異体）の代表的な種子サンプルが、Ｅｘｐｅｒｔ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ＥＰＣ２０００、Ｒｕｌｅ３２（１））に従い、ブダペスト条約に従って、Ｎｕｎｈｅｍｓ Ｂ．Ｖ．によって寄託され、ＮＣＩＭＢ社（NCIMB Ltd.）（Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, Scotland AB21 9YA、英国）において２０１２年１２月５日に寄託が受諾された。種子は以下の受託番号：ＮＣＩＭＢ４２０８７（変異体２９６１）およびＮＣＩＭＢ４２０８８（変異体５５０５）を与えられた。
実施例３に記載のトマト変異体（ｃｄ２変異体）を含む２つの系統の代表的な種子サンプルが、Ｅｘｐｅｒｔ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（ＥＰＣ２０００、Ｒｕｌｅ３２（１））に従い、ブダペスト条約に従って、Ｎｕｎｈｅｍｓ Ｂ．Ｖ．によって寄託され、ＮＣＩＭＢ社（Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, Scotland AB21 9YA、英国）において２０１４年７月４日に寄託が受諾された。種子は以下の受託番号：ＮＣＩＭＢ４２２６８（変異体８．１７）およびＮＣＩＭＢ４２２６９（変異体２６４２８．００１）が与えられ、共に同一の光沢変異（ｃｄ２／ｃｄ２）を有する。変異体８．１７はまた、変異体２９６１に存在するＭｙｂ１２変異対立遺伝子についてホモ接合性であり、光沢のある淡紅色の果実を生産する。さらに、野生型淡紅色（pink）（赤色（red））対立遺伝子および光沢性（glossy）（色の鈍い（dull））対立遺伝子の両方についてホモ接合性の７．９系統の種子が寄託され（ＮＣＩＭＢ４２２６７）、ＮＣＩＭＢ社において２０１４年７月４日に寄託が受諾された。
出願人は、出願が拒絶され，取下又は擬制取下とされた場合において、特許付与についての公告まで、または出願日から２０年間、生物材料およびそれに由来するあらゆる材料の試料が、Ｒｕｌｅ３２（１）ＥＰＣまたは各国の関連法または同様の規定および規制を有する条約に従って、指定の専門家に譲渡されるのみであることを要求する。
寄託物へのアクセスは、請求に応じて権利を有すると米国特許庁長官が定めた人物が、本願の係属中は利用可能である。特許が付与された際は、米国特許法施行規則§１．８０８（ｂ）に従って、寄託された材料の公衆への利用可能性に対して寄託者により課される全ての制限は、変更不能に取り除かれる。寄託物は、３０年間、または最終請求の後５年間、またはいずれか長い方の特許の権利行使可能期間、維持され、その期間中に生育不能になった場合は置き換えられる。出願人は、本願の本発明に基づきまたは植物品種保護法（7 USC 2321 et seq.）に基づき付与されたいかなる権利も放棄しない。
一般的方法
ＰＣＲ増幅産物は、増幅に使用されたものと同じプライマーを用いて、サービス会社（ベース・クリアー社（BaseClear）、オランダ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂａｓｅｃｌｅａｒ．ｃｏｍ／）によって直接配列決定された。得られた配列をコンピュータプログラム（ＣＬＣ Ｂｉｏ Ｍａｉｎ Ｗｏｒｋ Ｂｅｎｃｈ、デンマーク、ｗｗｗ．ｃｌｃｂｉｏ．ｃｏｍ）を用いてアラインメントし、ヌクレオチド変化を特定した。
材料
解析および変異誘発に使用した水は、Ｍｉｌｌｉ−Ｑ ｗａｔｅｒ Ｉｎｔｅｇｒａｌ ｓｙｓｔｅｍ、Ｑ−ｇａｒｄ Ｔ２ ＣａｒｔｒｉｄｇｅおよびＱｕａｎｔｕｍ ＴＥＸ Ｃａｒｔｒｉｄｇｅが搭載されたＭｉｌｌｉ−Ｑ ｔｙｐｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ａ＋において濾過された水道水である。水の抵抗値は１８ＭＯｈｍ以上である。
エチルメタンスルホン酸（ＥＭＳ）（純粋）はシグマ社から入手した（製品番号Ｍ０８８０）。
トマト成熟および表皮色および／またはトマト果実色の測定
トマト成熟は、例えば、果実の視覚的評価および／または果実の硬度もしくは軟化の測定、トマト果実中のリコピン含量、果実のエチレン生産、果実の色の測定、または別のあらゆる方法、または方法の組合せを定期的に行うことのような、当該技術分野において公知の種々の方法により測定することができる。果実硬度は、例えば、適切な触針（例えば、３ｍｍの触針）を装着された針入度計で測定された、例えば０．１ｍｍを単位にして、耐変形性を評価することによって測定することができる（Mutschler et al, 1992, Hortscience 27 pp 352-355）（Martinez et al 1995 Acta Horticulturae 412 pp 463-469）。当該技術分野にはテクスチュロメーターの使用等の別の方法が存在する（Bui et al. 2010; International Journal of Food Properties, Volume 13, Issue 4 pp 830 846）。
果実色は、新鮮トマトのグレードに関する米国基準（アメリカ合衆国農務省、１９７３、ＵＳ ｓｔａｎｄａｒｄｓ ｆｏｒ ｇｒａｄｅｓ ｏｆ ｆｒｅｓｈ ｔｏｍａｔｏｅｓ、Ｕ．Ｓ． Ｄｅｐｔ Ａｇｒ． Ａｇｒ． Ｍｋｔｇ． Ｓｅｒｖ．、ワシントンＤ．Ｃ．）により、比色計で色を測定することにより（Mutschler et al, 1992, Hortscience 27 pp 352-355）、または王立園芸協会（ＲＨＳ）色表（ｗｗｗ．ｒｈｓ．ｏｒｇ．ｕｋ）等の色表に対して色を比較することにより、分類することができる。
あるいは、トマト果実の外側の色は、３つのパラメータが得られる比色計によって測定することができる：明度、並びに緑から赤のスケールにおける色度座標および青から黄色のスケールにおける色度座標（Liu et al, 2003, Plant Biotechnology Journal 1, pp 195-207）。
リコピン含量は、Fish et al. A quantitative assay for lycopene that utilizes reduced volumes of organic solvents. Fish et al. J. Food Compos. Anal. 2002, 15, 309-317の有機溶剤体積減少法（reduced volumes of organic solvents）に従って測定することができる。この方法を用いることで、基礎的な物理化学的特徴（色、硬度、溶性固形物、酸味、およびｐＨ）を同時に評価しながら、無処置のトマト果実に対して直接測定されたリコピン含量を決定することができる（Clement et al, J. Agric. Food Chem. 2008, 56, 9813-9818）。
フラボノイド含量は、Ballester et al 2010（上記参照）またはSlimestad et al (Slimestad et al 2008, J. Agric. Food Chem. Vol 56, pp 2436-2441)で提供されたプロトコルに従って測定することができる。あるいは、フラボノイド類は、加水分解抽出物および非加水分解抽出物をそれぞれ調製することにより、アグリコンとして、またはそれらのグリコシドとして、測定することができる。加水分解抽出物は、調製し、光ダイオード検出を用いるＨＰＬＣ（０．１％トリフルオロ酢酸中２５％アセトニトリル）によって解析することができる。ケルセチン、ナリンゲニン、およびケンフェロール（０〜２０ｇ／ｍＬ）の用量反応曲線を確立することで、加水分解抽出物中のこれらの化合物を定量化することができる。非加水分解抽出物は、１０分間の超音波処理により、７５％メタノール水溶液中で調製することができる。続いて、抽出されたフラボノイド種のＨＰＬＣが、０．１％トリフルオロ酢酸中５〜５０％アセトニトリルの勾配を用いて行われ得る。溶出ピークの吸光度スペクトルおよび滞留時間が、Bovy et al (Bovy et al 2002, The Plant Cell vol 14 pp 2509-2526)に詳述されるように、市販のフラボノイド標準物質のそれらと比較され得る。
果実果皮または表皮を、メスを用いてトマト果実の残部（すなわち、トマト果実の果肉）から注意深く分離させた。果皮または表皮の色を視覚により分類した。
実施例１
変異誘発
商業的加工トマト育種で使用された高度にホモ接合性の（highly homozygous）近交系を、以下のプロトコルを用いる変異誘発処理に使用した。種子を湿ったＷｈａｔｍａｎ（登録商標）紙上で２４時間吸水した後、２０，０００個の種子を、それぞれ２５００個から成る８つの処理単位に分け、三角フラスコ内で１００ｍｌの超純水および１％の濃度のエチルメタンスルホン酸（ＥＭＳ）中に浸漬した。フラスコを室温で１６時間穏やかに振盪した。最後に、ＥＭＳを流水下で洗い落した。ＥＭＳ処理の後、種子を温室に直接播種した。発芽した６０％の種子のうち、１０６００の植物を畑に移植した。これらの１０６００の植物のうち、１７９０は果実をつけなかったか、または果実を生産する前に枯れた。それぞれの残りのＭ１変異型植物について、１つの果実が収穫され、その種子が分離された。Ｍ２集団と名付けられた得られた集団は、それぞれが１つのＭ２ファミリーを表す８８１０個の種子ロットから構成される。これらのうち、５８５のファミリーを、低い結実により、集団から除外した。
ＤＮＡを各Ｍ２種子ロットに由来する１０の種子プールから抽出した。１つの変異体系統につき、１０個の種子を、９６ディープウェルプレートからのＭｉｃｒｏｎｉｃ（登録商標）ディープウェルチューブ（http://www.micronic.com）にプールし、２個のステンレスボールを各チューブに加えた。チューブおよび種子を液体窒素中で１分間凍結し、直ちに種子を、Ｄｅｅｐｗｅｌｌ振盪機（バスコン社製（Vaskon）９６ ｇｒｉｎｄｅｒ、ベルギー；http://www.vaskon.com）において、１６，８Ｈｚ（最高速度の８０％）で２分間、細粉に挽いた。ＡＧＯＷＡ（登録商標）Ｐｌａｎｔ ＤＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（http://www.agowa.de）からの３００μｌのＡｇｏｗａ（登録商標）Ｌｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒ Ｐを試料植物に加え、粉末をＤｅｅｐｗｅｌｌ振盪機において１６，８Ｈｚで１分間振盪することにより溶液中に懸濁させた。プレートを４０００ｒｐｍで１０分間遠心した。７５μｌの上清を、Ｊａｎｕｓ ＭＤＴ（登録商標）（パーキンエルマー社、米国；http://www.perkinelmer.com）プラットフォーム（９６ヘッド）を用いて９６ Ｋｉｎｇｆｉｓｈｅｒプレートにピペッティング移動させた。パーキンエルマー社製Ｊａｎｕｓ（登録商標）液体取扱いロボットおよび９６ Ｋｉｎｇｆｉｓｈｅｒ（登録商標）（サーモ・ラボシステムズ社（Ｔｈｅｒｍｏ ｌａｂｓｙｓｔｅｍｓ）、フィンランド；http://www.thermo.com）を用いて、以下の段階を行った。ＤＮＡを含有する上清を、結合緩衝液（１５０μｌ）および磁気ビーズ（２０μｌ）で希釈した。ＤＮＡがビーズに結合した後、２回の連続的な洗浄段階を実行し（洗浄緩衝液１：Ａｇｏｗａ洗浄緩衝液１ １／３、エタノール１／３、イソプロパノール１／３；洗浄緩衝液２：７０％エタノール、３０％Ａｇｏｗａ洗浄緩衝液２）、最後に、溶出緩衝液（１００μｌ ＭＱ、０，０２５μｌ Ｔｗｅｅｎ）中で溶出させた。
１０個のトマト（S. lycopersicum）種子の粉砕により磁気ビーズを飽和させるのに充分なＤＮＡが得られ、これにより、高度に均一な、同程度のＤＮＡ濃度の全ての試料を得た。λＤＮＡ参照と比較して、各試料について３０ｎｇ／μｌの濃度を推定した。２回希釈したＤＮＡを４倍フラットプールした（4 fold flat pooled）。変異検出解析のために、２μｌのプールＤＮＡをマルチプレックスＰＣＲに使用した。
ＨＲＭのための遺伝子断片を増幅するために使用したプライマーは、コンピュータプログラム（Ｐｒｉｍｅｒ３、http://primer3.sourceforge.net/）を用いて設計した。増幅産物の長さは２００〜４００塩基対に限定した。プライマーの質を、単一産物をもたらすべきテストＰＣＲ反応によって決定した。
遺伝子断片を増幅するためのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）。 １０ｎｇのゲノムＤＮＡを、１０μｌの総体積の、４μｌの反応緩衝液（５×反応緩衝液）、２μｌの１０×ＬＣ色素（（ＬＣＧｒｅｅｎ＋色素、アイダホ・テクノロジー社（Idaho Technology Inc.）、ユタ州、米国）、それぞれ５ｐｍｏｌｅのフォワードプライマーおよびリバースプライマー、４ｎｍｏｌｅのｄＮＴＰ（ライフテクノロジーズ社、ニューヨーク州、米国）および１ユニットのＤＮＡポリメラーゼ（Ｈｏｔ Ｓｔａｒｔ ＩＩ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ）と混合した。反応条件は以下であった：９８℃３０秒、次に、４０サイクルの、９８℃１０秒、６０℃１５秒、７２℃２５秒、最後に、７２℃で６０秒。
高解像度融解曲線解析（High Resolution Melt curve analysis）（ＨＲＭ）は、ヒトおよび植物の遺伝学における感度の良いハイスループットな方法であると証明されている。ＨＲＭは非酵素的なスクリーニング法である。ＰＣＲ増幅中、色素（ＬＣＧｒｅｅｎ＋色素、アイダホ・テクノロジー社、ユタ州、米国）分子が、二本鎖ＤＮＡ分子の各々のアニールされた塩基対間にインターカレートする。前記分子に捕捉された際、前記色素は４７０ｎｍでの励起後に５１０ｎｍの蛍光を放出する。ＤＮＡ試料連続的に加熱されている間、蛍光検出器（ＬｉｇｈｔＳｃａｎｎｅｒ、アイダホ・テクノロジー社、ユタ州、米国）内のカメラによって蛍光強度が記録される。ＤＮＡ螺旋の配列特異的な安定性に依存した温度において、二本鎖ＰＣＲ産物が融解を開始し、色素を放出する。色素の放出により、蛍光の減少がもたらされ、これが蛍光検出器によって融解曲線として記録される。変異を含有するプールはＰＣＲ後の断片混合物においてヘテロ二重鎖を形成する。これらは、ホモ二重鎖と比較して、示差的な融解温度曲線と特定される。
個々の植物における特定の変異の存在を、特定された対応ＤＮＡプールの個々のＭ２種子ロットから得られたＤＮＡに対してＨＲＭ解析を繰り返すことで確認した。４つの個々のＭ２ファミリーＤＮＡ試料のうち１つにおいて、ＨＲＭプロファイルに基づいて、変異の存在が確認された場合、ＰＣＲ断片を配列決定してその遺伝子における変異を特定した。
変異が分かった後、そのような変異の影響を、予測された点変異が遺伝子の機能に対して有害作用をもたらす可能性が最も高い、ユーザーにより選択された遺伝子の領域およびそのコード配列の領域を特定する、コンピュータプログラムＣＯＤＤＬｅ（Ｃｈｏｏｓｉｎｇ ｃｏｄｏｎｓ ｔｏ Ｏｐｔｉｍｉｚｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ Ｄｅｌｅｔｅｒｉｏｕｓ Ｌｅｓｉｏｎｓ、http://www.proweb.org/coddle/）を用いて予測した。
タンパク質活性に対する予測された影響を有する変異を含有するＭ２ファミリー由来の種子を、前記植物の表現型分析のために播種した。
自家受粉とその後の選別の後に、ホモ接合性変異体を選別または入手した。植物の対応タンパク質および表現型に対する変異の影響を決定した。
異なる特定された変異を含有する種子を発芽させ、植物を、土を含む鉢において育成した。温室は１６／８明暗レジーム並びに１８℃の夜間温度および２２〜２５℃の日中温度を有した。各々の遺伝子型について、５つの植物を育てた。第二、第三および第四花序を解析に使用した。花序を、自家受粉により着果させる花序当たり６つの花を残して、剪定した。第一および第六の花の着果の日付を記録し、同様に、第一および第六の果実の催色期および赤色期の日付を記録した。第六の果実の催色期において、果房（truss）を収穫し、温室内の開放箱の中で貯蔵した。果実の状態を成熟期の全体に亘って記録した。
後期において、果実の状態を果実の視覚的評価に基づいて決定し、最も古い果実が「不良」となった日付を記録し、さらに、果実の劣化を記録した（果実を挟むことにより評価されるさらなる果実の柔らかさ、並びに脱水／水分喪失、果皮の破れおよび真菌生育の視覚的評価によって示される）。
以下の変異体が特定され：変異体２９６１、変異体５５０５、変異体５０５８、変異体６８９９、最初の２つの変異体の種子を上記の受託番号でＮＣＩＭＢに寄託した。異型Ｍｙｂ１２タンパク質を含む植物５０５８および６８９９は無色果皮表現型を示さなかったため、Ｍｙｂ１２の機能的異型と見なされる。
野生型Ｍｙｂ１２のｃＤＮＡ（配列番号４に示される）と比較したヌクレオチド配列における変異、および各変異体のタンパク質配列に対するその影響は、上に記載されており（変異体２９６１および５５０５）、図２にも示される。変異体５０５８および６８９９のタンパク質配列は図２に示される。
観察された、変異体２９６１におけるＴ１８２Ａ変異および変異体５５０５におけるＧ１４８Ｃ変異は、両変異がＥＭＳ変異体においてあまり多く見られないという意味において注目すべきものである。ＥＭＳは通常、グアニンのエチル化を引き起こし、エチルグアニンをもたらすことで、エチルグアニンとチミンとの対合エラーを生じさせる。これは、ＧからＡへの変異およびＣからＴへの変異をもたらす（Krieg (1963) Genetics 48 pp 561 - 580）。
上記変異型植物またはそれに由来する植物（例えば、自家受粉または交雑による）等の、標的配列における変異を含み、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子を含む、植物は、変異体２９６１および５５０５のトマト果実色を除いて、野生型植物と比較した場合に、全ての植物部位の正常な栄養生長を示す。その他の２つの変異体（５０５８および６８９９）は、野生型と比較した場合に、正常なトマト果実色を有する。標的配列に変異を含む植物を、それらの果実色について、表現型によって選別した。
上記変異型植物またはそれに由来する植物（例えば、自家受粉または交雑による）等の、標的ｃｄ２配列における変異を含み、変異型ｃｄ２対立遺伝子を含む、植物は、変異体２９６１および５５０５のトマト果実光沢を除いて、野生型植物と比較した場合に、全ての植物部位の正常な栄養生長を示す。その他の２つの変異体（５０５８および６８９９）は、野生型と比較した場合に、正常なトマト果実色を有する。標的配列に変異を含む植物を、それらの果実色について、表現型によって選別した。
実施例２
トマト果実の果実色決定
異なる変異を含有する種子を発芽させ、植物を、土を含む鉢において育成した。温室は１６／８明暗レジーム並びに１８℃の夜間温度および２２〜２５℃の日中温度を有した。各々の遺伝子型について、５つの植物を育てた。第二、第三および第四花序を解析に使用した。花序を、自家受粉により着果させる花序当たり６つの花を残して、剪定した。第一および第六の花の着果の日付を記録し、同様に、第一および第六の果実の催色期および赤色期の日付を記録した。第四の果実の赤色期において、果房を収穫し、温室内の開放箱の中で貯蔵した。果実の状態を成熟期の全体に亘って記録した。
果実および表皮の色を後期オレンジ色期および赤色期において視覚的に決定した。果実および表皮の色は、例えば、王立園芸協会（ＲＨＳ）の色表（http://www.rhs.org.uk/Plants/RHS-Publications/RHS-colour-charts）の色コードに位置付けることにより特徴付けることができる。
変異体２９６１（図２における変異体１、ホモ接合性）の果実は、赤熟期において、淡紅色の表現型および無色の透明な表皮を有した。変異体５５０５（図２における変異体２、ホモ接合性）の果実も、赤熟期において、淡紅色の表現型および色の薄い／無色の透明な表皮を有した。赤色期における何日かの後、変異体５５０５（ｍｙｂ１２変異についてホモ接合性）の果実は、主に果実の岐肩（shoulder）上の表皮（すなわち、皮）内に存在する少量のフラボノイドを発達させた。淡紅色の果実表現型以外では、両変異体は、植物に対する他のいかなる外見上の多面発現効果も有さなかった。
ｍｙｂ１２変異についてヘテロ接合性（すなわち、Ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２）の、変異体５５０５（図２におけるヘテロ接合性の変異体２、ヘテロ接合性）の果実は、赤熟期において、赤色果実表現型およびオレンジ色表皮を有した。
上記の実験１の集団において、２つの他の変異体を特定した（５０５８および６８９９）。５０５８のトマト果実は果実発達の赤色期において赤色であった。変異体６８９９（図２における変異体３、ホモ接合性）のトマト果実も赤色の果実を有した。このことから、アミノ酸置換Ｇ６８ＲおよびＥ２０Ｋは、タンパク質機能に影響を与えるとは思われず、これらの２つの変異体はＭｙｂ１２の機能的異型であると見なすことができる。
特定された４つ全てのｍｙｂ１２変異体は、図２に示すようなｍｙｂ１２タンパク質における変異を含み、変異型ｍｙｂ１２タンパク質がそれら全てにおいて産生される。しかし、ｍｙｂ１２タンパク質の機能に対する変異の影響は異なっており：それらのうち２つのみが、異常なｍｙｂ１２タンパク質機能によって生じる淡紅色の表現型を有する。従って、全てのｍｙｂ１２変異体が無色の果皮および淡紅色のトマト果実をもたらすわけではないと思われる。本発明の淡紅色トマトは、無色果皮表現型をもたらす特定の遺伝的セットアップを含む。
実施例３
トマト果実の果実光沢決定
種々の室内ヌンヘムス社（Nunhems）専売育種系統の果実を、果実光沢についてスコア化した（視覚によるスコア化、データ未記載）。高い果実光沢を有し、赤色果実を有する１つの系統を、淡紅色のトマトを生産可能なトマト植物との交雑のために選択した。この材料（変異体２６４２８．００１）の種子をＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託した。
形質遺伝研究によって、２つの形質（淡紅色および光沢）が、各々一遺伝子性であったこと、すなわち、単一遺伝子によって生じたことが明らかにされた。交雑、自家受粉および戻し交雑等の育種法を用いた際、最初、前記２つの形質は組み合わせることができず、これにより、前記形質が同一染色体（染色体１）上に位置していることが示唆され、さらに、組換え頻度が低いことから、これらの形質（淡紅色果実色および光沢）のための２つの対立遺伝子は互いに近く位置しており、組換え可能でないかもしれないと想定された。最終的に、本発明者らは、所望の組換えを得ることに成功し、変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性およびヘテロ接合性の、且つ、ｃｄ２対立遺伝子についてホモ接合性およびヘテロ接合性の、トマト植物を生産することができた。ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性であり、且つ変異型ｃｄ２対立遺伝子についてホモ接合性である植物（変異体８．１７；配列番号１１の変異型ｃｄ２タンパク質をコード）の種子が、ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された。淡紅色および光沢のある変異のいずれかまたは両方についてホモ接合性またはヘテロ接合性である本発明の植物は、正常な成長挙動および正常な植物特徴（果実色および光沢を除く）を示し、すなわち、淡紅色変異体のＴＩＬＬＩＮＧバックグラウンドによる負の植物特徴は存在しなかった。
異なる変異を含有する種子を発芽させ、植物を、土を含む鉢において育成した。温室は１６／８明暗レジーム並びに１８℃の夜間温度および２２〜２５℃の日中温度を有した。各々の遺伝子型について、５つの植物を育てた。第二、第三および第四花序を解析に使用した。花序を、自家受粉により着果させる花序当たり６つの花を残して、剪定した。第一および第六の花の着果の日付を記録し、同様に、第一および第六の果実の催色期および赤色期の日付を記録した。第四の果実の赤色期において、果房を収穫し、温室内の開放箱の中で貯蔵した。果実の状態を成熟期の全体に亘って記録した。
果実光沢を緑熟期、オレンジ色期および赤色期（赤熟期、またはＲＲ期）において視覚的に決定した。果実光沢を以下の範囲に亘る相対スケールでスコア化した：
例えば、淡紅色の果実（変異型淡紅色（pink）対立遺伝子についてホモ接合性、ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２）、野生型光沢性（Glossy）形質についてホモ接合性（すなわち、ＣＤ２／ＣＤ２により色が鈍いまたは光沢が無い）に対しての、＋；から
赤色の果実（変異型淡紅色（pink）対立遺伝子についてヘテロ接合性、Ｍｙｂ１２／ｍｙｂ１２、または野生型Ｍｙｂ１２対立遺伝子についてホモ接合性（Ｍｙｂ１２／Ｍｙｂ１２）、変異型光沢性（Glossy）形質についてホモ接合性（例えばｃｄ２／ｃｄ２）に対しての、＋＋＋＋＋＋まで。
さらに、光沢の程度を、光沢計（ＥＴＢ−０６８６光沢計、グライガー社（Graigar）、広東、中国）を用いて、（赤熟期に）定量化した。この光沢計を用いて、正反射を測定した。６０度の所定の反射角にわたって光強度を記録した。光沢計の測定結果を、既定の屈折率を有する黒色ガラス基準（ＥＴＢ−０６８６光沢計に付属）からの反射光の量と関連付けた。この既定標準の測定値は１００光沢ユニットに等しいものとした。混入光（すなわち、環境からの光）の影響を防ぐために、測定は暗室で行った。果実の光沢性は、果実の全体にわたって等しく分布していない。従って、１つの果実につき、ちょうど果柄（pedicel）から花床（blossom end）までの果皮上の４つの位置で光反射を測定することにより、光沢を決定した。１つの遺伝子型につき、４つの果実を測定し、これらのそのようにして得られた１６の測定値の平均値を、光沢の相対値と見なした。これらの光沢測定の結果を下記の表１に示す。
野生型（７．９）の果実は赤熟期において正常な赤色トマト色および反射を示す。変異体７．６７（ホモ接合性の淡紅色（pink）、ＮＣＩＭＢ４２２６９由来のヘテロ接合性の光沢性（glossy）対立遺伝子 の果実は、淡紅色であり、野生型よりもわずかにより光沢があった。変異体７．２２（ＮＣＩＭＢ４２０８７由来のホモ接合性のｍｙｂ１２対立遺伝子；ＮＣＩＭＢ４２２６９由来のホモ接合性の光沢性（glossy）変異体）の果実は、淡紅色で非常に光沢のある果実を有した。
ＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された（配列番号１１のｃｄ２タンパク質を産生する）光沢性（glossy）変異体を用いた従来の育種は、植物系統に依存して、植物果実が光沢に対する中間の表現型影響を示したこと、すなわち、ＮＣＩＭＢ４２２６９に存在するｃｄ２対立遺伝子についてヘテロ接合性の植物が、野生型植物より高いが、変異型ｃｄ２対立遺伝子についてホモ接合性の植物の果実よりも低い、光沢を有したこと、を示した。

Claims (20)

  1. 淡紅色で光沢のある果実を生産するトマト（Solanum lycopersicum）の栽培植物であって、
    ホモ接合型で、一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を含んでなり、またはｙ（黄色）遺伝子を含んでなり；かつ、
    一つまたは複数の変異を含むクチクラ欠乏（Cuticle Deficiency）（ＣＤ）対立遺伝子をホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなり、この変異型ｃｄ対立遺伝子が、該変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物の果実と比較した場合に果実の光沢の増加をもたらすものである、植物。
  2. 一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、ｍｙｂ１２対立遺伝子の、およびｍｙｂ１２対立遺伝子の発現を調節する遺伝子における、コード領域における変異、非コード領域における変異、プロモーターにおける変異からなる群から選択される変異を有する、請求項１に記載の植物。
  3. 一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子が、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらすか、または前記一つまたは複数の変異を含むｍｙｂ１２対立遺伝子を欠く植物と比較してより低いｍｙｂ１２タンパク質レベルをもたらす、請求項１または２に記載の植物。
  4. 前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１もしくはその異型においてグリシン５０からアルギニンへの（Ｇ５０Ｒ）アミノ酸置換を有し、該異型が配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、且つ前記Ｇ５０Ｒアミノ酸置換を有するものである、請求項３に記載の植物；
    または
    前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質が配列番号１もしくはその異型においてアミノ酸６１〜３３８の欠失を含み、該異型が配列番号１のアミノ酸１〜６０に対して少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有するものである、請求項３に記載の植物；
    または
    ｙ（黄色）遺伝子を含む、請求項３に記載の植物。
  5. 前記植物の果実が果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期（すなわち、赤熟期）においてトマト果実の無色表皮を含み、果実クチクラのクチンの量が前記変異型ｃｄ対立遺伝子を欠く植物と比較して少なくとも１５％増加または減少している、請求項１〜４のいずれか一項に記載の植物。
  6. 前記ｍｙｂ１２対立遺伝子またはｙ遺伝子がホモ接合型である場合に、植物の果実が果実発達の後期オレンジ色期および／または赤色期において淡紅色の外見を示す、請求項１〜５のいずれか一項に記載の植物。
  7. 前記変異型ｃｄ対立遺伝子が、ＣＤ１遺伝子、ＣＤ２遺伝子およびＣＤ３遺伝子からなる群から選択される遺伝子の対立遺伝子である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物。
  8. 一つまたは複数の変異を含むｃｄ対立遺伝子が変異型ｃｄタンパク質の産生をもたらす、請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物。
  9. 一つまたは複数の変異を含むｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０において一つまたは複数の変異を含む変異型ｃｄ２タンパク質をコードするｃｄ２対立遺伝子である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の植物。
  10. クチン含量および／またはクチクラ層厚が、通常のトマト（Solanum lycopersicum）栽培植物の７０％未満である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の植物。
  11. トマト果実のクチン含量が赤熟（ＲＲ）期において５００μｇ ｃｍ−２未満であり、および／またはトマト果実のクチクラ層厚が赤熟（ＲＲ）期において８μｍ未満、もしくは６μｍ未満である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の植物。
  12. 赤熟（ＲＲ）期における果実の光沢レベルが、同一系統または野生型植物の果実の光沢レベルよりも少なくとも２倍高い、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の植物。
  13. 変異型ｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０において、もしくは配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の機能的異型において、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換をコードするｃｄ２対立遺伝子であるか；または
    変異型ｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０において、もしくは配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の機能的異型において、Ｑ７０８Ｈおよび／もしくはＤ７３７Ｎアミノ酸置換をコードするｃｄ２対立遺伝子である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の植物。
  14. 変異型ｃｄ対立遺伝子が、配列番号１０の、または配列番号１０に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、且つ、７３６位におけるグリシンからバリンへのアミノ酸置換（Ｇ７３６Ｖ）を含む配列番号１０の機能的異型における、Ｇ７３６Ｖアミノ酸置換をコードするｃｄ２対立遺伝子である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の植物。
  15. トマト植物が、配列番号１３に記載のｍＲＮＡをコードする核酸配列、もしくは配列番号１３に対して７０％の核酸配列同一性を有し且つ２２０７位にチミンを有する配列番号１３の異型を含む；または、前記植物が配列番号１１に記載のタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む；または、前記植物が、配列番号１４と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％の配列同一性を有し、且つ、以下のアミノ酸置換：Ｇ７３６Ｖ、Ｄ７３７Ｎおよび／もしくはＱ７０８Ｈのうちの一つもしくは複数を含む変異型ＣＤ２タンパク質をコードするゲノムｃｄ２配列を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の植物。
  16. Ｆ１雑種植物である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の植物。
  17. 請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物に成長可能な、種子。
  18. ａ）配列番号１において、または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有する、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異；
    ｂ）配列番号１において、または配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型においてアミノ酸６１〜３３８の欠失を含む、変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらす変異；および
    ｙ（黄色）遺伝子
    からなる群から選択される一つまたは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含んでなり；
    配列番号１０における、または配列番号１０に対して少なくとも７５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１０の異型における、Ｇ７３６Ｖおよび／またはＱ７０８Ｈおよび／またはＤ７３７Ｎアミノ酸置換の生成をもたらす変異を含むｃｄ対立遺伝子をさらに含んでなる、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物の果実、種子、花粉、細胞または子孫などのトマト植物部位。
  19. トマト（Solanum lycopersicum）植物を生産する方法であって、
    （ａ）請求項１〜１７のいずれか一項に記載の、または請求項１８に記載の種子に由来する第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を得る工程；および
    （ｂ）前記第一のトマト（Solanum lycopersicum）植物を第二のトマト（Solanum lycopersicum）植物と交雑して種子を得る工程；
    を含んでなり、
    工程（ｂ）の種子から成長した前記トマト（Solanum lycopersicum）植物が一つもしくは複数の変異を有するｍｙｂ１２対立遺伝子を含み、該変異は変異型ｍｙｂ１２タンパク質の産生をもたらすものであり、該変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型においてＧ５０Ｒアミノ酸置換を有し；
    もしくは、前記変異型ｍｙｂ１２タンパク質は、配列番号１において、もしくは配列番号１に対して少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列番号１の異型においてアミノ酸６１〜３３８の欠失を含み；
    または、前記植物がｙ（黄色）遺伝子を含み；
    所望により段階（ｂ）において雑種種子が生産される、方法。
  20. 変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に見られ、該種子に由来し得る、もしくは該種子から入手され得る、もしくは該種子に由来する、もしくは該種子から入手される、または該種子に存在する、対立遺伝子である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物もしくは請求項１７に記載の種子もしくは請求項１８に記載の植物部位；または
    変異型ｃｄ対立遺伝子が、受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６８もしくはＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在する対立遺伝子である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物もしくは請求項１７に記載の種子もしくは請求項１８に記載の植物部位；または
    変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在する対立遺伝子であり、変異型ｃｄ対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６８として寄託された種子に存在する対立遺伝子である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物もしくは請求項１７に記載の種子もしくは請求項１８に記載の植物部位；または
    変異型ｍｙｂ１２対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２０８７もしくはＮＣＩＭＢ４２０８８として寄託された種子に存在する対立遺伝子であり、変異型ｃｄ対立遺伝子が受託番号ＮＣＩＭＢ４２２６９として寄託された種子に存在する対立遺伝子である、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の植物もしくは請求項１７に記載の種子もしくは請求項１８に記載の植物部位。
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