JP2017519485A - 携帯型核酸分析システム及び高性能マイクロ流体電気活性ポリマーアクチュエータ - Google Patents

Abstract

複数の配列増幅及び同時ハイブリダイゼーション読み出しによる一セットの別個の核酸配列の並列検出のためのデバイス、システム、及び方法。自動核酸分析システムは、試料溶解モジュールと、精製モジュールと、ＰＣＲモジュールと、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって、並行して別個の核酸配列を検出するように構成された検出モジュールと、をマイクロ流体接続内に備える。行き止まり流体チャンバを備える、高性能マイクロ流体電気活性ポリマー（μＥＡＰ）アクチュエータが、粒子分取のために構成され、上記チャンバの底面は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える。

Description

本出願は、２０１４年１１月１８日出願の米国特許第６２／０８１５２５号、２０１４年８月２５日出願の米国特許第６２／０４１４３０号、及び２０１４年４月１４日出願の米国特許第６１／９７９３７７号に対する優先権を主張するものである。

本発明は、米国国防総省高等研究計画局によって契約番号ＨＲ００１１−１４−Ｃ−００８２の下、政府の支援により行われた。政府は、本発明の特定の権利を有する。

導入
使用しやすいシステムにおける増幅及び検出と試料調製との統合は、核酸診断に対する重要な課題のままである（非特許文献１）。ＣｅｐｈｅｉｄのＧｅｎｅＸｐｅｒｔプラットフォーム、ＮａｎｏｓｐｈｅｒｅのＶｅｒｉｇｅｎｅプラットフォーム、Ｂｅｃｔｏｎ，Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ａｎｄ ＣｏｍｐａｎｙのＢＤ Ｍａｘ Ｓｙｓｔｅｍ、及びＬｉａｔの「ｌａｂ−ｉｎ−ａ−ｔｕｂｅ」使い捨てデバイスを含む、多数のシステムが、近接ＰＯＣ用途に使用される「ｍｏｄｅｒａｔｅ ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ」デバイスとして、ＦＤＡの認可を得ている（非特許文献２）。

研究文献は、病原体検出技術及びデバイスの例で溢れているが；生の生体試料を受容するように構成された、多重、自動、統合型「ｓａｍｐｌｅ ｔｏ ｒｅｓｕｌｔ」システムを開発することは誰もできなかった（非特許文献３）。初期の例では、電気泳動分離及びレーザ誘起蛍光を使用して、全血から抽出及び増幅された病原性ＤＮＡの存在を検出していた（非特許文献４）。Ｘｕ ｅｔ ａｌ．（非特許文献５）は、増幅の間にリアルタイム蛍光読み出しを使用して、僅かに１００コピー／μｌを検出した。Ｆｅｒｇｕｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（非特許文献６）は、電極触媒緩衝剤の存在下で、ナノ構造電極上のＰＮＡプローブにハイブリダイズされたウイルスＲＮＡを電気化学的に検出し、Ｌａｍ ｅｔ ａｌ．（非特許文献７）は、金電極上に堆積された、レドックス標識化された分子プローブに対する増幅されたｓｓＤＮＡのハイブリダイゼーションを検出した。Ｆｅｒｇｕｓｏｎ（非特許文献６）は、１０のＴＣＩＤ５０（組織培養感染量）に相当するＬＯＤを実証したが、これは臨床力価より４桁小さかった。Ｌａｍ（非特許文献７）は、１細菌／μｌのＬＯＤを実証したが、スパイク尿試料の分析を行うときには、１００ＣＦＵ／μｌの濃度が使用された。２つのグループは、核酸検出の基礎として横方向流サンドイッチアッセイを使用し（非特許文献８、９）、Ｆｒａｕｎｈｏｆｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｉｖＤ−Ｐｌａｔｆｏｒｍ（非特許文献１０）は、モジュール式プラットフォームを使用した。

何十年もの間、国防総省（ＤｏＤ）は、野外携帯型生物学的分析の必要性を認識していた。最初は、生物学的脅威を識別するための需要であったが；患者に合わせた医療の出現により、ＤｏＤは、環境監視に加えて、さらに日常的な健康状態監視の価値及び診療現場（ＰＯＣ）診断の有効性を認識した。実際に、ＤＡＲＰＡは、迅速な介在を可能にするために生物学的システムの監視を目的とした多数のプログラムを有する。しかしながら、数十年の投資にもかかわらず、必要な点で核酸処理を行う市販の機器は入手不可能である。この隔たりを埋めるために、「試料入力から回答出力まで」分析を行う、携帯型かつ統合型の、迅速に再構成可能な、自動バイオ検出システムを、ＳＲＩは開発し、我々は本明細書で開示する。

Ｎｉｅｍｚ， Ａ．， Ｔ．Ｍ． Ｆｅｒｇｕｓｏｎ， ａｎｄ Ｄ．Ｓ． Ｂｏｙｌｅ， Ｐｏｉｎｔ-ｏｆ-ｃａｒｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｔｅｓｔｉｎｇ ｆｏｒ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅｓ． Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ， ２０１１． ２９（５）： ｐ． ２４０-５０． Ｂｉｓｓｏｎｎｅｔｔｅ， Ｌ． ａｎｄ Ｍ．Ｇ． Ｂｅｒｇｅｒｏｎ， Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｔｈｒｏｕｇｈ Ｐｏｉｎｔ-ｏｆ-Ｃａｒｅ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ， ２０１２． ２（４）： ｐ． ５０-７０． Ｆｏｕｄｅｈ， Ａ．Ｍ．， ｅｔ ａｌ．， Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｄｅｓｉｇｎｓ ａｎｄ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｕｓｉｎｇ ｌａｂ-ｏｎ-ａ-ｃｈｉｐ ｄｅｖｉｃｅｓ ｆｏｒ ｐａｔｈｏｇｅｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｆｏｒ ｐｏｉｎｔ-ｏｆ-ｃａｒｅ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ． Ｌａｂ Ｃｈｉｐ， ２０１２． １２（１８）： ｐ． ３２４９-６６． Ｅａｓｌｅｙ， Ｃ．Ｊ．， ｅｔ ａｌ．， Ａ ｆｕｌｌｙ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｙｓｔｅｍ ｗｉｔｈ ｓａｍｐｌｅ-ｉｎ-ａｎｓｗｅｒ-ｏｕｔ ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ， ２００６． １０３（５１）： ｐ． １９２７２-７． Ｘｕ， Ｇ．， ｅｔ ａｌ．， Ａ ｓｅｌｆ-ｃｏｎｔａｉｎｅｄ ａｌｌ-ｉｎ-ｏｎｅ ｃａｒｔｒｉｄｇｅ ｆｏｒ ｓａｍｐｌｅ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅａｌ-ｔｉｍｅ ＰＣＲ ｉｎ ｒａｐｉｄ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ． Ｌａｂ Ｃｈｉｐ， ２０１０． １０（２２）： ｐ． ３１０３-３１１１． Ｆｅｒｇｕｓｏｎ， Ｂ．Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｈ１Ｎ１ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ ｆｒｏｍ ｔｈｒｏａｔ ｓｗａｂ ｓａｍｐｌｅｓ ｉｎ ａ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｐｏｉｎｔ-ｏｆ-ｃａｒｅ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ． Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ， ２０１１． １３３（２３）： ｐ． ９１２９-３５． Ｌａｍ， Ｂ．， ｅｔ ａｌ．， Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ-ｆｒｅｅ， ｓａｍｐｌｅ-ｔｏ-ａｎｓｗｅｒ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ３０ ｍｉｎｕｔｅｓ ｗｉｔｈ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｌｙｓｉｓ． Ａｎａｌ Ｃｈｅｍ， ２０１２． ８４（１）： ｐ． ２１-５． Ｃｈｅｎ， Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ， ｓｅｌｆ-ｃｏｎｔａｉｎｅｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｃａｓｓｅｔｔｅ ｆｏｒ ｉｓｏｌａｔｉｏｎ， ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ， ａｎｄ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ． Ｂｉｏｍｅｄ Ｍｉｃｒｏｄｅｖｉｃｅｓ， ２０１０． １２（４）： ｐ． ７０５-１９． Ｃｈｅｎ， Ｚ．， ｅｔ ａｌ．， Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｇｅｎｅｒｉｃ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｄｅｖｉｃｅ ｆｏｒ ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ ｉｎ ｏｒａｌ ｆｌｕｉｄｓ． Ｂｉｏｍｅｄ Ｒｅｓ Ｉｎｔ， ２０１３． ２０１３： ｐ． ５４３２９４． Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， Ｈｉｇｈｌｙ-ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｌａｂ-ｏｎ-ｃｈｉｐ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｐｏｉｎｔ-ｏｆ-ｃａｒｅ ｍｕｌｔｉｐａｒａｍｅｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ． Ｌａｂ Ｃｈｉｐ， ２０１２． １２（３）： ｐ． ４６４-７３．

本発明は、複数の配列増幅及び同時ハイブリダイゼーション読み出しによる一セットの別個の核酸配列の並列検出のためのデバイス、システム、及び方法を提供する。

一態様では、本発明は、試料溶解モジュールと、精製モジュールと、ＰＣＲモジュールと、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって、並行して別個の核酸配列を検出するように構成された検出モジュールと、をマイクロ流体接続内に備える、自動核酸分析システムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は：
上記検出モジュールが、エバネッセント波励起を利用したマイクロアレイスキャナを備えるマイクロアレイ検出光学素子を備え；
上記検出モジュールが、温度によって複数のストリンジェンシーを提供するように構成された自動ハイブリダイゼーションプロセッサを備え；及び／又は
上記ＰＣＲモジュールが、単一の反応で逆転写及びＰＣＲを行うように構成される、
システムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は、上記モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、上記カードを受容するように構成されたソケット、上記カードを操作するように構成された操作装置、上記操作装置を電子制御するように構成されたコントローラを備えるアナライザと、を備えるシステムを提供し、上記操作装置は、流体アクチュエータと、ＰＣＲサーマルサイクラと、自動ハイブリダイゼーションプロセッサ及びマイクロアレイ検出光学素子とを備える。

複数の実施形態において、本発明は、試薬を収容し、溶解、精製、ＰＣＲ、及び検出モジュールに試薬を送達するように構成された、試薬モジュールを更に備えるシステムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は：
携帯型：１０００ｉｎ^３未満及び１０ｌｂ未満であり；
迅速：分析が１２０分未満であり；
多重：５０より多い標的配列の同時分析を実施し；及び／又は
自動：試料導入と結果表示との間にユーザの介入を必要としない、システムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は：
試料がタンパク質分析物を含み、システムが更に、タンパク質分析物に核酸配列を含むタグを付けるように構成され；
固定されたプローブが、上記配列を、その空間的配置によって定義し；
増幅が、分析される配列の数より少ない多数のプライマ対によって、実施され；
別個の核酸配列が、複数の種／生物のものであり；
ＰＣＲモジュールが、金属（例えばアルミニウム）製ＰＣＲ反応チャンバを備え；
マイクロ流体接続が、気泡除去のために構成された通気膜を備え、上記通気膜はチャネル層の下方にあるため、チャネル全体が大気圧に曝露され（特定の実施形態では、独立した複数の片としてよりも１つの層として上記膜を製造する方が容易であるため、上記膜は上記カード全体に広がるものの、チャネル層の下側でのみ機能する）；
増幅が、消耗品内に完全に包含され（開放管などではなく）；及び／又は
検出が、プライマセットではなくプローブセットに基づくものである（新しい試験の構築が容易である）、
システムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は：
単一の容器において増幅を実施し（試料区分がなく）；
血液、唾液、ＧＩ試料、尿、創傷用綿棒、脊髄穿剌、鼻腔用綿棒、獣医及び農業ソースの分析物試料を受容して処理し；
検体収集ツール若しくは搬送媒体を介して試料を受容し；
１〜１００μｌの試料体積を処理し；
モジュール式であり（モジュールを交換することによって異なる用途をサポートでき）；
（チャネル寸法及び気泡除去によって行われる）計量が可能であり；並びに／又は
一方向性及び自己封止型である（試料の相互汚染を防止する）
ように構成された、システムを提供する。

複数の実施形態において、本発明は、モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、ハウジング（ボックス）及び上記ハウジング内でカードを受容するように構成されたソケットを備えるアナライザとを備える、システムを提供し、ここで上記アナライザは：
上記カードと連動して、溶解、精製、ＰＣＴ（増幅及び標識化）、並びに検出を実施し；
圧力（例えば試料搬送）、磁場（例えば試料混合）、温度（例えば、増幅、ストリンジェンシー、ハイブリダイゼーション）、及び／若しくは光（例えばハイブリダイゼーション検出）によって試料と相互作用し；並びに／又は
リアルタイムでハイブリダイゼーションを観察するためにエバネッセント波を試料と結合させること、並びに／若しくは配列情報をもたらす反応速度及び起こり得る塩基対不適合を決定することによって、検出を実施する。

複数の実施形態において、本発明は、モジュールを備える統合型マイクロ流体カード（カートリッジ）を備えるシステムを提供し、ここでカードは：
疾患タイプ（例えば、呼吸器疾患）に固有であり；
患者タイプ（例えば、小児）に固有であり；
病原体タイプ（例えば、生物兵器剤）に固有であり；
個体（例えば、薬理ゲノム学）に固有であり；
患者固有の情報のためにユニーク識別子を含有し；
無菌性を維持して相互汚染を最小化するために、単回使用用であり；
ロールツーロール製造ステップを使用して生産され；並びに／又は、
ポリカーボネートシャーシ、金属箔ＰＣＲチャンバ、アクリル構成要素、通気膜材料、及び／若しくはポリウレタンシールから生産される
ように構成される。

複数の実施形態において、本発明は、粒子又は細胞整列のための流体力学的集束及び／又は慣性集束を提供するように構成され、分取のために構成されたマイクロスケール電気活性ポリマー（ＥＡＰ）アクチュエータを備える、蛍光活性化細胞分取器（ＦＡＣＳ）などのマイクロ流体粒子分取器と、機能的に統合されたシステムを提供する。

ＥＡＰμ−分取器は、ｉＭＦＣシステムの粒子−濃度／分取モジュールと機能的に統合されるか又は粒子−濃度／分取モジュールとして組み込むことができ、また、大きな体積中の希釈粒子濃度（例えば、ｍｌ当たり数細胞で環境試料に存在する細菌）を濃縮することによって、又は多くの細胞の背景から選択された細胞（例えば、末梢血単核細胞の集団から活性Ｔ細胞）を分取することによって、システムが動作エンベロープを増加させることができるように構成できる。加えて、マイクロスケール電気活性ポリマーアクチュエータは、細胞捕獲、流体混合、ポンピングを含む、分取以外の代替的な用途に好適であり、従って、本主題の自動核酸分析システムから独立して提供、構成及び／又は操作できる。

本発明はまた、本開示のシステムを使用して、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって並行して別個の分析物核酸配列を検出する方法を提供する。

別の態様では、本発明は、流路周辺に構成された高性能マイクロ流体電気活性ポリマー（μＥＡＰ）アクチュエータを提供し、ここで、上記アクチュエータに印加される電圧パルスは、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、上記流路を横切って生成するように、上記アクチュエータを誘導し、上記アクチュエータは行き止まり流体チャンバを備え、上記チャンバの１つ以上の表面（例えば壁、床、天井）は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える。

単一のμＥＡＰアクチュエータは、アクチュエータによって駆動された流体噴射を受容するコンプライアントチャンバ（すなわち「蛇腹」）と対にすることができる。この構成は、動作中のアクチュエータを１つしか必要としないが、依然として交差流を生成できる。コンプライアントチャンバは、単に電気接続のない上記アクチュエータのうちの１つとしてよく、又は多チャネル／段階分取器のために使用する場合は、異なる幾何学的形状を有するチャンバとしてよい。

上記電極の主な例は固体電極（例えば、ガラススライド上のインジウムスズ酸化物（ＩＴＯ）電極）であるが、上記電極はまた、又は代替的に、隣接するチャネル内の導電性流体などの流体を含む。

別の態様では、本発明は、流路周辺に互いに異なる位相で構成された複数のこのようなアクチュエータを提供し、ここで上記アクチュエータに印加される電圧パルスは、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、流路を横切って生成するように、上記アクチュエータを誘導し、各アクチュエータは行き止まり流体チャンバを備え、上記チャンバの表面は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極である。

別の態様では、上記複数のアクチュエータは、互いに１８０°異なる位相で構成された一対のこのようなアクチュエータである。

複数の実施形態において：

−上記チャンバ（単数若しくは複数）の複数の表面は、誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備え；

−上記流路は、粒子の水平整列のための流体力学的集束と垂直整列のための慣性集束との組み合わせを提供するように構成され；

−上記新しい流線は、分取出口に至り；

−上記流路は、試料投入チャネルと、分取済み及び未分取排出チャネルとを備え、上記新しい流線は、上記分取済み排出チャネルに至り；

−上記流路は、蛍光検出のために構成され、標的粒子が検出されるとすぐに、電圧パルスが、μＥＡＰアクチュエータに印加され；

−上記ＥＡＰ層は、厚さ１〜５０（若しくは２〜２５、若しくは５〜１５μｍ）であり；

−上記エラストマは、シリコーンであり；

−上記アクチュエータ（単数若しくは複数）は、多チャネルデバイスにおいて並列分取を提供するように構成され；

−上記アクチュエータ（単数若しくは複数）は、複数の出口への多段階連続分取を提供するように構成され；並びに／又は

−上記アクチュエータ（単数若しくは複数）は、標識活性化粒子分取器において機能的に統合される。

本発明はまた、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、流路を横切って生成するように、新しい流線上へアクチュエータ（単数又は複数）を誘導するために、電圧パルスを印加するステップを含むものなどの、上記アクチュエータを作製及び使用する方法を提供する。

本発明は、以上の実施形態のあらゆる組み合わせを、各組み合わせが詳細かつ個別に記載されているかのように、具体的に提供する。

図は、分子診断システムの物理的構成を示す。 図２Ａは、ｉＭＧＣカードを示す。 図２Ｂは、ｉＭＧＣカードを示す。 図２Ｃは、鼻腔用綿棒のための投入モジュールを示す。 図２Ｄは、ＴＥＣの配列を示す。 図２Ｅは、ＰＣＲ及び検出処理ブロック周辺のｉＭＦＣカードの断面図である。 図２Ｆは、検出ウェル、格子、及びクロムを有するガラス基板を示す。 図２Ｇは、光がどのようにガラス基板内に結合されるかを図示する、ガラス基板の側面図である。 図２Ｈは、ガラス基板内での内部全反射によって光がどのように進むかを図示する、ガラス基板の側面図である。 図２Ｉは、マイクロアレイに関連したＴＥＣ及びカメラシステムの配列を示す。 図３は、核酸をシリカフリットに結合する仕組みを示す。 図４は、通気膜による体積制御を示す。 図５Ｂは、流れを制御するバルブ制御の仕組みを示す。 ５Ａ図は、流れを制御するバルブ制御の仕組みを示す。 図６は、ｉＭＦＣカードの投影図である。 図７は、空圧システムを示す。 図８は、デバイス１０の物理的ハードウェアの機能ブロック図である。 図９は、μＥＡＰ ＦＡＣＳのチャネルレイアウトを概略的に示す、ＥＡＰマイクロ分取器の図である。 図１０は、７μｍ緑色蛍光粒子の筋画像を示す。 図１１は、フィコエリスリン標識化Ｂ細胞の分取を示す。 図１２は、複数の分取器の二重チャネルデバイスへの統合を示す。 図１３は、複数の分取器の多段階分取デバイスへの統合を示す。

特定の実施形態及びその実施例の詳細な説明
我々の発明は、人の介入なしで結果を生成することが可能な携帯型の安価な分子診断システムを提供し、人の介入は、試料を投入して結果を読み取るために必要とされるだけである。結果はまた、上で説明された種々の技術により、非常に高速で生成される。システムは、ｉＭＦＣと呼ばれる、使い捨て部材と連結する方法を含む。方法及びシステムによって、ｉＭＦＣは、基礎のハードウェアを修正する必要なく異なるタイプの試験を容易に実行するように構成される。最後に、カード自体は、モジュール式で、異なるタイプの試験を実行するために容易に修正可能である。

一態様では、本発明は、投入として試料を採取し、分子診断ステップを行い、診断試験の結果を表示できる自己完結型システムを提供する。典型的に、ステップは、（ｉ）例えば、ＤＮＡ試料が、血液、組織、尿、唾液、又は他の体液であり得る投入試料から抽出される、抽出及び精製と；（ｉｉ）例えば、試料の所定の配列が増幅される、増幅及び標識化と；（ｉｉｉ）ハイブリダイゼーションと；（ｉｖ）標的配列に結合される不必要な分子を除去するストリンジェンシー洗浄と、（ｖ）識別ステップが完了し所定の配列が識別される読み出しと、を含む。システムは、一般に、統合型マイクロ流体カード（ｉＭＦＣ）と呼ばれる使い捨て部材と、非使い捨てベースユニットと、を備える。統合型マイクロ流体カードは、連結方式によりベースユニットに結合され得る。ｉＭＦＣにおける流体流は、カードの構造の一部を形成するバルブを制御することによって、達成され得る。各々のカードは、生物学的マーカの特定のセットを検出及び識別するように設計され得る。

複数の実施形態において、試料投入と読み出しとの間のステップは、何らかの人の介入を必要とせずに実行され、システムは試料を区分せず、システムは少なくとも１，０００の標的を識別でき、システムは実行毎に５０を超える標的を識別でき及び／若しくは単一のシステムにおいてすべての試験ステップを実施し、並びに／又はリアルタイムハイブリダイゼーションを使用して、システムは、ハイブリダイゼーションが完了する前に結果を予測でき、標的濃度に関する情報を提供できる。

図１は、システム１０全体を示す。システムは、ユニットベース２０、ユニット蓋３０、及び使い捨て統合型マイクロ流体カード（ｉＭＦＣ）４０を備える。カードの設計はモジュール式であり、これによりカードは、血液の滴、鼻腔用綿棒、痰などを含むがこれらに限定されない種々の形態の試料投入を受容するためにカスタマイズできる、又はいろいろな試験を行うためにカスタマイズできる。一般に、試験工程は、最初に適切なカードを選択し、カードの投入チャンバに試料を配置し、ユニットベースにカードを配置し、蓋を閉じ、実行する適切なソフトウェアを選択することで、始まる。試験工程が開始すると、人の介入は必要ない。結果は、システムの一部として統合できるスクリーンに表示されても、又はコンピュータ若しくはスマートフォンなどの外部デバイスに送信されてもよい。試験が終結した後、カードは処分され、異なるカードが次の試験のために選択され得る。これらのステップの順序は、必要に応じて変化させることができる。

使い捨て統合型マイクロ流体カード：カードは一般に、１枚のカードに、溶解、精製、増幅、標識化、及び検出などの、複数の機能を組み合わせる。典型的な市販のシステムでは、これらの機能は複数の機器で達成される。我々は、気泡除去及び精密な計量、エバネッセント場撮像システムの統合、種々のステップにおける反応物及び化学反応の選択並びに迅速な増幅並びにリアルタイムハイブリダイゼーションなどの多数の技術及び特性を統合することによって、機能の統合を達成した。１枚のカードへの複数の機能の統合は、ＣＬＩＡ放棄を可能にすることができる。図２Ａはカードの斜視図であり、図２Ｂは平面図である。図２Ｂはまた、カード内で種々の機能を行うことができるエリア（破線で示される）を示す。例えば、ブロック１００は溶解ブロックであり、ブロック１１０は精製ブロックであり、ブロック１２０はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）工程が行われるところであり、ブロック１３０は検出が行われるところであり得る。試験試料を含有する流体は、カード内に組み込まれるチャネルによって上で説明された順序で１つのブロックから別のブロックへと流れる。１つのブロックから別のブロックへのこれらのチャネルを通る液体の流れは、バルブでかかる圧力に応じて開閉され得るマイクロバルブによって制御される。

溶解ブロック：試料投入はまた、ブロック１００、図２Ａ及び２Ｂ、溶解ブロックで行われ得る。血液の滴及び鼻腔用綿棒を使用するなどの、種々の方法が、試料の投入のために使用され得る。一実施形態では、カードは、試料を収集するために使用されるツールを直接受容する。典型的に、市販のシステムでは、試料を収集するために使用されるツールは、試験機器と直結しない。試験機器とツールの直結を可能にすることによって、汚染及びユーザエラーの原因は排除され得る。カードがモジュール式であるので、溶解ブロックは、種々の方法の投入を受けるために修正され得る。図２Ａ及び図２Ｂを参照すると、部材１０２は、１滴の血液などの、試料を受容する投入チャンバであり得る。図２Ｃは、モジュール式の利点を示し、溶解ブロックは、鼻腔用綿棒２５０を投入として受容するように構成される。血液の滴又は鼻腔用綿棒を使用するこれらの両方の場合のために、カード４０の基礎の設計は、同じであり；投入モジュールだけが、異なることができる。

種々様々な投入の方法に加えて、溶解モジュールは、機械的、化学的、又は他のタイプなどの、異なるタイプの溶解を実行するように構成され得る。図２Ａ及び図２Ｂを参照すると、溶解ブロックは、ビーズビータ１０４を有するものとして示されており、ビーズビータは、ビーズが充填されたビーズチャンバ、及びビーズを互いに衝突させるビーズチャンバの頂上に取り付けられた小型モータを備える。機械的溶解の一例は、衝突ビーズの間に位置する細胞が、溶解緩衝液にその内容物を解放して、溶解する。他のモジュールは、他のタイプの溶解を行うように構成され、これらのモジュールは、図２Ａ及び図２Ｂに示されるものとは異なるか又は少ないチャンバ又はサブモジュールを有することができる。例えば、化学的溶解を行うことが可能なモジュールは、ビーズビータの代わりに、試料を含有する溶解緩衝液と（恐らくは試薬ブロックに保存されて、適切な時にチャンバ内にパイプで搬送される）化学物質とを混合できる、他のチャンバを有することができる。従って、異なるタイプの溶解に、同じ基本設計のカードで対応できる。

溶解の工程を開始するために、試薬ブロック１４０の溶解緩衝剤ウェル１４２に保存された溶解緩衝液が、チャンバ１０８にパイプで搬送される。カード内で流体流を制御する方法は、マイクロバルブを制御することによって達成され得る。液体が孔に触れる際に、孔がチャンバと大気との間の圧力差によりエアロックし、チャンバが充填される間にチャンバの空気を逃すように、チャンバ１０８は、頂部に気体透過性の孔を有することができる。この孔は、テフロンなどの種々の材料から作製され得る。チャンバ１０８が充填されるときに、チャンバ１０８と投入チャンバ１０２との間のバルブが開かれ、緩衝液が投入試料と混合される。溶解緩衝剤と投入試料が混合されると、投入チャンバ１０２とビーズビータ１０４との間の別のバルブが、混合物をビーズビータに入れるために開かれ得る。次いで、ビーズビータの頂上のモータが、所定時間オンにされ、その後、ビーズビータ１０４とチャンバ１０６との間のバルブが開かれて、溶液が、すぐにチャンバ１０６内に流れ込む。チャンバ１０６は、グアニジン塩酸塩などの試薬で予め充填され、溶解された溶液と混合される。試薬との混合が完了した後、チャンバ１０６と精製ブロック１１０との間のバルブが、精製ブロック内にこの混合物を導くために開かれ得る。グアニジン塩酸塩により、試料のＤＮＡは、精製の工程において役立つ精製ブロックのシリカ系構造と結合できる。

異なるタイプの溶解を行い、種々の方法の投入を受け、投入方法のための実際のツールを受け入れる能力を提供する構成は、有利な特徴であり、この特徴が、デバイス１０において相乗的に組み合わせられ得る。

精製ブロック：チャンバ１０６と精製ブロックとの間のバルブが開かれるとき、溶液は、精製ブロック内に配設されたシリカフリットと接触する。フリット及びフリットを保持する構造としては、それぞれ、図２Ａ及び図２Ｂの１１２及び１１４が挙げられる。フリットを横切る溶液の流れが、図３に示されている。この図は、シリカフリット１１２周辺のカードの断面図を示す。シリカフリットは、ベース層４００と頂部キャップ層４３０との間に挟まれるチャネル４１０内に着座するメッシュの形態であり得る。ベース層、頂部キャップ層は、フリットを保持する構造１１４の一部を形成する。矢印は、チャネル４１０内の流体の流れを示す。グアニジン塩酸塩を収容するチャンバ１０６からの溶液中の核酸を含有する溶液は、フリットと結合して、矢印の方向に流れることになる。フリットを越えた後の溶液の流れは、マイクロバルブによって、残渣チャンバ内へ流れるように、又は更なる処理のために、方向付けられ得る。従って、溶液のＤＮＡは、フリットと結合するが、タンパク質及び脂質などの溶液の他の成分は、フリットを越えたフリット流と結合せず、チャネルによって残渣収集チャンバ１４４内へ方向付けられ得る。ＤＮＡ結合ステップの後、洗浄ステップが行われる。エタノールリザーバ１４６に収容されるエタノールは、ＤＮＡに結合されたままの溶解物の不要な成分を洗い落とす洗浄ステップを行うために、フリットを越えて流れることができる。次いで、エタノールは、乾燥させられる。精製工程における次のステップは、溶離緩衝ウェル１４８に保存された溶離緩衝液にフリットを洗浄させることである。このステップは、核酸をフリットから分離させる。溶液は、すぐにＰＣＲ工程ブロック１２０に入れられる。このステップで、更なる処理ステップ（ＰＣＲ工程）に対するバルブが開かれるが、残渣チャンバに対するバルブは閉じられる。

ＰＣＲブロック：精製ブロックの後に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が、好ましくは下で説明されるようなシステム適合によって実施され得る。ＰＣＲは、１２０として列挙されるＰＣＲブロックにおいて実行され、図２Ａ及び図２Ｂに示されるように、複数のステップで実行され得る。精製ステップの溶離洗浄が完了した後、核酸を含有する精製された溶液は、ＰＣＲマスタ混合物チャンバ１２２内に流れ込む。ここで、精製された溶液は、マスタ混合物チャンバの構造内に担持される凍結乾燥された（冷凍乾燥された）酵素と混合される。これらの酵素は、処理チェーンの更に下に存在する増幅ステップのために必要とされる。マスタ混合物チャンバは、ウェルを備えることができ、ウェルを充填する溶液の体積が制御されて、溶液の正確な体積を可能にし、気泡を回避又は除去できる。処理の種々の段階の正確な体積は、結果の精度に結びつく。

酵素との混合が完了した後、溶液は、ＰＣＲプライマチャンバ１２４内に流れ込み、そこで溶液は、凍結乾燥されたプライマと混合される。プライマチャンバはまた、溶液に混入される気泡を回避又は除去するだけでなく体積が正確に制御されるウェルであり得る。マスタ混合物及びプライマとの混合を伴うステップの分離は、一般に入手可能なマスタ混合物モジュールの使用を可能にし、デバイスのコスト全体を低減させるので、いくつかの状況において有利であり得る。加えて、例えば異なる標的分子の存在についてチェックするために使用され得る異なるプライマを有した複数のカードを作製することが可能であり得るので、２つのステップへの分離により、新たな脅威を試験するキットの迅速な配備がまた可能となる。プライマ（オリゴヌクレオチド）の凍結乾燥の工程は、高速かつ簡単であり、デバイス１０の外部の実験室において実行され得る。従って、好ましい場合には混合工程を１つのステップで行うこともできるが、２つの混合ステップを分離することによって、カードは、異なる物質に対して試験するように修正され得る。

プライマとの混合が完了した後、溶液は、次いでＰＣＲチャンバ１２６へと流れる。ＰＣＲチャンバが非金属材料から作製され得る従来の市販のアプローチとは異なり、ｉＭＦＣカードのＰＣＲチャンバは、アルミニウムなどであるがこれらに限定されない、不動態化された金属から作製され得る。アルミニウムチャンバ内の溶液の温度の迅速な制御を可能にするので、金属の、特にアルミニウムの、使用は有利である。この迅速な制御は、アルミニウムチャンバの頂部及び底部と密着する熱電クーラ（ＴＥＣ）を有することによって達成される。ＰＣＲチャンバとＴＥＣとの密着は、ＰＣＲチャンバの上下に２つのＴＥＣを位置づけることによって得られる。ＰＣＲチャンバより上のＴＥＣは、デバイス１０の蓋３０（図１）上のＴＥＣハウジングユニット２００内に配設される。蓋が閉じられるときにＴＥＣ面がＰＣＲチャンバの頂部表面上に直接位置することができるように、ＴＥＣ２１０の面の形状とＰＣＲチャンバ１２６の形状は合わせられる。ＰＣＲチャンバより下のＴＥＣは、ユニットベース２０内に簡単に配設される。図２Ｄは、ＰＣＲチャンバが２つのＴＥＣ（ＴＥＣ面２１０を有する）２２０と（図において視認されないＴＥＣ面２４０を有する）２３０との間にどのように挟まれ得るかを示す。従って、ＴＥＣのこの配列及びアルミニウムＰＣＲチャンバの使用は、ＰＣＲ混合の迅速な温度サイクルを可能にする。測定により、この組み合わせが±１℃の精度で＞１５℃／秒の温度傾斜を可能にすることが見出された。次いで、この構成は、試料投入と結果出力との間の時間の短縮に直接寄与する。不動態化されたアルミニウムの使用による溶液の迅速な温度制御で得られる利点に加えて、非金属材料がＰＣＲチャンバのために使用される場合と比較して、溶液を加熱及び冷却するために必要なエネルギ量が低いという点で、更に別の利点が実現され得る。低いエネルギ量は、デバイスを実行するために必要な全体の電力が低いことを直接意味し、任意のバッテリ操作及びフィールド携帯性を可能にする。

ＰＣＲチャンバ１２６の別の態様が、ＰＣＲチャンバ及び検出ブロック１３０周辺のカードのセクションを示す、図２Ｅを参照してここで説明される。溶液の濃度を維持するために、ＰＣＲ工程が行われる間、空気混入はＰＣＲチャンバ内で回避又は最小化されなければならない。頂部及び底部セクションＰＣＲチャンバは、説明されたように、不動態化されたアルミニウムから作製され；従って、通気膜はここで使用されない。従って、別のチャネル２５７により大気へと順番に開くリザーバ２５５へと導かれるＰＣＲチャンバからの出口チャネル２５０が、提供される。従って、チャンバ１２６が溶液で充填される際に、空気は、押し出され大気に放出される。チャンバ１２６が充填される間に、チャネル２６０のバルブは閉じられ得る。充填工程の間、チャネル２５０及びリザーバ２５５もまた溶液で充填され、溶液は、空気がチャンバ１２６内に戻るのを防止する。また、溶液が６ｐｓｉの定圧により動かされるので、チャネル２５０又はリザーバ２５５からの逆流は発生しない。チャンバが充填された後、ＰＣＲ工程が開始される。ＰＣＲ工程の終了後、必要な標的配列は、検出ブロック内での検出のために増幅及び標識化される。

検出ブロックの一般的説明：ＰＣＲ工程が完了した後、図２Ｅを参照すると、チャネル２６０のバルブ２６２が開かれ、ＰＣＲチャンバ１２６内の増幅された成分（アンプリコン）を有する溶液が混合チャンバ２７５内に流され得る。ここで、溶液は、試薬ブロックのハイブリダイゼーション緩衝剤ウェル１５０に保存され得るハイブリダイゼーション緩衝剤と混合される。ハイブリダイゼーション緩衝剤の溶液は、ＰＣＲ生成物と混合される前に測量される。混合チャンバ２７５の混合工程が完了した後、溶液は、チャネル３３０を介して検出チャンバ３２５内に流される。検出チャンバ３２５、混合チャンバ２７５、チャンバ内に及びチャンバ外に溶液を搬送するチャネルはすべて、図２Ｂに示す検出ブロック１３０の一部を形成する。次に、検出チャンバ内で、ハイブリダイゼーション緩衝剤と混合されたＰＣＲ生成物は、ＤＮＡマイクロアレイを越えて流れされ得る。これは、ウェルが溶液を保持しマイクロアレイ３１５がウェルの底部に配設される図２Ｆに見られるような検出ウェル３１７で行われる。従って、この構成では、溶液は、マイクロアレイの頂部に位置する。図２Ｆは、ＤＮＡマイクロアレイ３１５の配列を示し、光がどのようにマイクロアレイ内に結合されるのかを説明し、この光はマイクロアレイを読み取るために使用される光学システムの一部を形成する。ＤＮＡマイクロアレイは、ガラス基板３１０上にグリッドパターンで配列されたいくつかのプローブを含有できる。各々のプローブは、ＤＮＡ（又はＲＮＡ）の鎖を含有でき、プローブの配列と相補的である試料溶液のヌクレオチド配列の存在を検出するために使用される。上述のように、これらのプローブは、ガラス基板３１０の頂部にグリッドパターンで位置する。光は、ガラス内にエッチングされた格子３０５を介して、ガラス基板内に結合される。

図２Ｇを参照すると、格子が、入射光３０６と共に示されている。入射光３０６は、所定の波長であり得る。格子の存在により、入射光は、複数の方向に進むことができ；いくつかの光は、３０７で示されるように通り抜けて伝送され、いくつかの光は、３０８及び３０９で示されるように、所定の角度で伝送され得る。光は、光３０７に対して追加的かつ鋭い角度で伝送され得るが、鋭い角度の光の強度は低くなる傾向にあるので、これらの角度は、本開示では無視される。光が伝送される（直線状に伝送されない光の）角度は、周知の格子方程式によって決定される。光３０８及び３０９の角度は、入射光３０６の波長を調整することによって、及び格子のパターン構成によって、調整され得る。次に、ガラス基板内に光を結合させるために、内部全反射の工程が使用される。この概念は、図２Ｈに示されている。この図では、直進して伝送される光３０７及び一つの角度で伝送される光３０９は、無視される。光３０８は、格子３０５のサイズの制約を受けたビームで示されている。従って、光ビーム３０８は、格子の左端から発せられる実線３０８Ｌと、格子の右端から発せられる破線３０８Ｒとで示されている。実線及び破線は、ビームの２つの端を区別するために使用され；他のいかなる差も示さない。ビーム３０８の角度並びにガラス基板及び周囲環境（本質的に空気）の屈折率に応じて、内部全反射は、Ｒ１とマークされたガラス基板領域１の頂部表面にセットされ得る。この反射光は、ガラス基板の底部表面に到達でき、（Ｒ２とマークされた）領域２で、再び内部全反射され得る。従って、内部全反射により、光は、マイクロアレイ３１５の下で検出ウェル３１７の後ろに向けて進められ得る。上述のように、マイクロアレイ３１５は、検出ウェル３１７の底部に位置する。光がマイクロアレイの位置に向けて進むため、エバネッセント場と呼ばれる別の現象を利用して、ＤＮＡマイクロアレイの感光性分子が励起される。内部全反射が発生する境界で、エバネッセント場が境界の他の側にセットされることは光学では周知である。これらのエバネッセント場は近接場現象であり、強度は境界から遠く離れて指数関数的に低下する。しかしながら、境界の直近では、エバネッセント場は感光性分子を励起することが可能であり、検出ウェル３１７の溶液が境界及び境界の近くに位置するので、エバネッセント場を使用する検出方法が可能となる。図２Ｈへ戻ると、検出ウェルが、包囲層３２０内に配設されるのが確認され；この包囲層は、クロムから作製される。クロム層はまた、図２Ｆにも示され、４つのすべての側部で検出ウェルを取り囲む。検出ウェルのすぐ近くからの迷光が低減又は除去されるように、クロムは、設計の一部として含まれる。誤った光の可能性は、検出ウェル上に黒いプラスチックシート３２７を結合させることによって、更に除去される。プラスチック以外の材料が、同様に使用され得る。

格子設計及び続く光３０８の角度、ガラス基板の厚さ、ガラス基板の屈折率、格子と検出ウェルとの間の距離は、我々がこのデバイスのために最適化したパラメータであり、相乗的な機能性を提供する。加えて、光３０８が、Ｒ１及びＲ２などの領域から（本質的にガラス−空気境界から）だけでなく、検出ウェルのガラス−溶液境界からも、内部全反射するように、光３０８の角度を選択できる。検出ウェルの溶液の屈折率はおよそ１．３３であり、空気の屈折率はおよそ１である。格子ピッチ、格子材料、及び基板指標は、異なる波長のレーザ光を使用するために変更できる。一例では、６３３ｎｍの波長の光が、７５０マイクロメートルの溶融シリカ基板上の１９５ｎｍピッチの１５０ｎｍの窒化ケイ素格子と共に使用された。光は、１０°開いて基板内に結合される。マイクロアレイが整数の全内部反射率はね返りに対応した距離で位置づけられるように、格子とマイクロアレイとの間の距離は選択される。上で定められたすべてのパラメータは、必要に応じて調整され得る。例えば、上で定められたものとは異なる格子間隔を必要とする他の光の波長が使用され得る。

ＴＥＣ３６５は、溶液の温度を制御するために、検出ウェル３１７を覆って配設され得る。最後に、マイクロアレイの一対一画像がカメラ検出器上に形成され得るように、ＣＣＤカメラ３６０がマイクロアレイの下に配設され得る。カメラシステムは、マイクロアレイ上の溶液の写真を撮影する。写真は、蛍光を発するマイクロアレイ内のエリアを明らかにする。この情報は、識別及び検出工程で使用される。

本発明は、検出機能を実施するために、説明された改良及び適合の相乗的な組み合わせを活用する。

検出ブロック−品質制御：試料内の標的配列を識別することに加えて、マイクロアレイは、ステップ（溶解、精製、酵素及びプライマとの混合など）を要求通りに確実に行うためにも、使用され得る。マーカが各々のステップで加えられ、マーカの有無がマイクロアレイ内で光学的に試験され得る。従って、マーカの有無を分析することによって、品質制御が、試験を適切に実行できたかどうか及び実行できなかった場所を識別するために、達成され得る。

検出ブロック−汎増幅：デバイス１０は、種々の核酸配列に対する試験のための試料区分を回避するために使用され得る。試料区分は、市販のシステムにおいて共通に使用され；試料は複数の試料に分割する必要があり、各々の分割された試料が特定の配列のために試験され得る。原試料が複数の試料に区分されるので、この方法は、試料区分の数に等しい数に検出限界を減少させる。試料区分を使用する代わりに、我々は、汎増幅と呼ばれる工程を実施し、これにより、細菌又はウイルスの種の変異が、試料を区分せずに識別され得る。種の変異体のＤＮＡのいくつかのセクションが同じか又は類似し得るので、このタイプの試験が可能となる。特定の配列が存在することを知って、プライマが、次いで、変異体を識別するために設計され得る。

典型的に、ＰＣＲは、約２０の異なるプライマセットに制限され、市販のシステムが検出できる標的の数を制限する。我々のシステムは汎増幅によって制限を克服し、ＰＣＲプライマセットは多くの生物に共通なＤＮＡ配列を標的とし、プライマ間の領域は生物間で非常に多様なＤＮＡ配列を含有する。汎増幅アプローチは、高多重化が可能であるマイクロアレイでの試料タイプの差異化を可能にする。例えば、コロナウイルスポリメラーゼ遺伝子の保存領域は、単一のプライマセットで６つの異なるコロナウイルス血清型の増幅を可能にし、各々の血清型が、プライマセット間の増幅された多様な領域を分析することによって、マイクロアレイ上で区別可能である。

汎増幅の１つの利点は、ＰＣＲを行う典型的な市販のデバイスよりも少ないプライマが必要とされることである。２０より多いプライマの使用は、プライマ分子がプライマの相補的な塩の列により互いにハイブリダイズする「プライマ二量体」と呼ばれる現象につながるが、我々の汎増幅工程は、少ないプライマの使用を可能にし、有利な構成をもたらす。

検出ブロック−リアルタイムハイブリダイゼーション：別の有利な構成では、試料投入と結果出力との間の時間を短縮することになるリアルタイムハイブリダイゼーションアプローチが、デバイス１０内で実施される。典型的な市販のアプローチでは、試験される試料（単数又は複数）の安定した濃度が実現されるまで、ハイブリダイゼーションは続けられる。これに対して、デバイス１０では、リアルタイムアプローチが実施され、ハイブリダイゼーションの開始直後の試料（単数又は複数）の濃度が上昇している間に、試料（単数又は複数）の濃度が繰り返し推定される。この技術は、ＣＣＤカメラからの信号の強さが反応速度曲線方程式に従って濃度に関連付けられ得るという観察に基づく（上記参照）。反応速度モデルを使用して、時間に対する蛍光信号増加が、監視され得る。この信号は、時定数が推定され得る指数関数としてモデル化又はフィッティングされ得る。時定数の推定により、分析物濃度が推定され得る。

検出ブロック−多段階温度制御の使用：典型的な市販のハイブリダイゼーション手順では、ハイブリダイゼーションが完了した後、結合されないプローブが洗い落とされ得るように、ストリンジェンシー洗浄が行われる。典型的に、ストリンジェンシー洗浄は、塩濃度を変化させることによって行われるが、しかしながら、デバイス１０では、類似の効果が、一定の塩濃度を維持しながら、ＴＥＣを使用して試料の温度を変化させることによって達成され得る。従って、ハイブリダイゼーションが完了し、画像の初期セットが撮影された後、結合されない分子のいくらかが除去され得るように、ＴＥＣの温度は増加させられ得る。溶液の温度を変化させるほうがハイブリダイゼーション緩衝剤の塩濃度を変化させるよりも容易であるので、これにより、結果のチェックを行う有利な手法が可能となる。

体積制御：試験手順は、正確な体積を必要とするが、正確な体積は、充填チャンバに存在する気泡によって損なわれ得る。典型的な市販のシステムでは、蠕動ポンプなどの種々のデバイスが使用されるが、これらのデバイスの追加はデバイスのコスト及び複雑さを増加させる。我々のデバイスは、高い精度及び確度（好ましくは１０％以下）を達成し、実施が安価な体積制御を提供する。

図４は、充填チャンバ周辺の構造と共に、充填チャンバ４５０を断面図で示す。充填チャンバは、ベース層４９０の頂部に位置することができる。チャンバの側部は、４６０で表される。流体は、矢印４８０に沿ってチャンバに入ることができる。充填チャンバの出口は、破線の矢印４９５でマークされる。部材４７０は、バルブであり；バルブが閉じられる場合には、流れは破線の矢印４９５に沿って発生しない。通気膜４４０は、図示されているように充填チャンバの頂部に取り付けられ得る。バルブが閉鎖されると、流体は、４８０の方向に充填チャンバ４５０内へ流れ込むことができる。通気膜は混入した空気を逃すことができ、充填チャンバが充填される際に、すべての空気が追い出される。通気膜は、チャンバと大気との間の圧力差により空気を逆流させず；従って、バルブ４７０が閉鎖されると、正確な量の流体が、充填チャンバ内に収集され得る。充填チャンバ内の体積の精度は、チャンバの寸法の精度により決定され、チャンバの寸法は、限定されないが機械加工及びエッチングなどの、周知の技術を使用して制御され得る。通気膜は、限定されないが微多孔ポリプロピレンなどの、材料から作製され得る。従って、精密に作製されたチャンバと通気膜の組み合わせにより、精密かつ正確な体積制御が、達成され得る。

膜を伴う充填チャンバは、ｉＭＦＣカード内の種々の場所に位置する。従って、例えば、通気膜を有する充填チャンバは、ＰＣＲマスタ混合物チャンバ１２２及びＰＣＲプライマチャンバ１２４のために使用され得る。特にこれらの２つの位置において、凍結乾燥された化合物は、チャンバ内にペレットとして位置することができ；従って、これらのチャンバ内の再水和工程は、体積制御環境で行われ得る。

バルブ制御：図５Ａ及び図５Ｂは、流体流路５２０及び空気流路５４０を備えるｉＭＦＣカード、並びに可撓性膜５３０内で、バルブ及び流体の流れがどのように制御され得るかを示す。図５Ａは、流体が流体流路５２０を通って流れることができることを示すために、２つの追加的な矢印５５０を示す。流体は、６ｐｓｉなどの特定の圧力で、システムを通ってポンプ圧送され得る。膜５３０が、図５Ａに示すように、変形しない場合には、チャネル５２０は流体の自由な流れを可能にすることができる。しかしながら、１８ｐｓｉなどの高い圧力が空気流路に印加される場合には、図５Ｂに示すように膜を変形させて、チャネル５２０を通る流れを効果的に停止させることができる。従って、膜の両側の圧力を制御することによって、流路を通る流れは制御され得る。差圧を印加する空圧システムは、下で説明される。

ｉＭＦＣ層：上述のように、ｉＭＦＣカードは使い捨てであり、ポリカーボネート、アクリル、及びポリエチレンテレフタル酸塩などの、安価な材料で構成され得る。例えば、カードが異なる投入の方法を収容するために種々の異なるタイプの投入モジュールを有するように設計され得るなど、カードは異なるモジュールが収容され得る「マザーボード」と考えられ得る。カードが種々のモジュールを収容できるだけでなく、チャネル構成が、異なる診断試験を収容するか又は診断試験からステップを追加若しくは減少させるために、補正され得る。従って、各々のカードは、基礎となるハードウェアを変化させることを必要とせずに、所定の試験又は一連の試験を収容するように設計され得る。各々のカードは、１つ又は複数の層から作製され得る。カードの主要な機能の１つは、カードに内蔵された流体流路及び空気流路のシステムを通って、適切な時間に１つの場所から別の場所へ流体のルートを定めることである。他の機能としては、流れを計量すること、及び温度制御された環境を提供することが挙げられるが、これらに限定されない。

図６は、ｉＭＦＣカードのすべての層の複合「投写」画像を示す。一般に、カードは、６００のような１つ又は複数のチャネルを有し、その結果、流体は、これらのチャネル内の１つの位置から別の位置へ流れることができる。チャネルは、カード内の層の材料に溝を切ることによって、形成され得る。加えて、カードはまた、６３０のような１つ又は複数のバルブ、及び容積が計量され得る６２０のような１つ又は複数のチャネル若しくはリザーバを有することができる。いくつかの層又は層のセクションは、通気膜から構成され得る。カードは、６１０のような多数のポートを含有できる。ポートは、ハードウェアとカードとの間の連結を形成できる。これらのポートは、（流体を動かすために）駆動圧を又は（バルブを制御するために）バルブ圧を印加するために使用される。これらのポートの位置は、複数のカードで同じままであり、基礎のハードウェアを修正する必要が全くない。しかしながら、カードは任意の簡便な方式で設計され、カード上の機能は任意の簡便な方式で配設され得る。カードが基礎のハードウェアを変化させる必要なく種々の試験を行うために設計され得るので、この態様は、カードを汎用化する。

空圧システム：空圧システム（図７）は、カード内の流れの調節を司る。空圧システムは、ユニットベース内に位置することができるポンプを有することができる。このポンプは、１６ｐｓｉなどの、所望の圧力へとアキュムレータ内の空気を圧縮する。図はまた、アキュムレータからポンプまでのフィードバックループを示しており、これによりアキュムレータ内の圧力が一定に保たれる。アキュムレータから、アキュムレータの比較的高い圧力が６ｐｓｉなどの低い圧力まで調節されるレギュレータへ、１つの通路は通じる。この低い圧力は、システム全体内で流体を動かすために使用される。電磁バルブは、流体駆動をオンにするために、レギュレータの出力に含まれ得る。アキュムレータからの別の通路は、バルブの開閉を制御するために、１つ又は複数の電磁バルブを通過できる。従って、アキュムレータの比較的高い圧力（１６ｐｓｉ）は、バルブを制御するために使用され得る。図示されるように、各々の電磁バルブは、１つ又は複数のバルブを制御できる。図５Ａ及び図５Ｂは、流体の流れがどのように流体チャネル及び空気流路の設計により制御されるかを図示する。図７のコンテキストでは、流体チャネルは、「駆動」出力に接続され、空気流路は「バルブ」出力のうちの１つに接続され得る。

空圧システムは、ハードウェアの一部であり；従って、流体流のための又はバルブ制御のための圧力を供給する経路のいくつかは、容易に修正できない。しかしながら、カードの設計の柔軟性を達成するために、ポートのみは、同じ位置にある必要があり；これらのポートは、バルブを制御するために空気流路に、又は流体駆動チャネルに、圧力を供給するための手段である。これらのポートは、図６の６１０によって示される。従って、カードが同じ位置にポートを有する必要から、同じハードウェアユニットが使用され得るが、カード自体は、異なる目的のために設計され得る。

ハードウェア：図１に示すように、説明される試験システムは、携帯型ボックスに内蔵され、ユニットベース２０及びユニット蓋３０を備える。種々の機能及び能力が、ベース及び蓋内に物理的に構成され得る。図８は、ハードウェアの機能ブロック図を示す。ハードウェアは、プロセッサ及びバッテリなどの電源を備えることができる。プロセッサは、ＴＥＣ、モータ、光学システム、空圧システム、ディスプレイ、及び通信システムなどの、他の部材と連結され得る。ディスプレイシステムに関しては、デバイス１０は、メッセージ又は結果を中継できるスクリーンを有することができる。通信システムに関しては、ユニット１０は、イーサネット及びｂｌｕｅｔｏｏｔｈなどの、任意の好適な通信方法によって、外部のコンピュータに連結され得る。ディスプレイ及び通信サブシステムは、周知の技術を使用して実施され得る。図８はまた、カードが例えばＴＥＣ、モータなどのサブシステムのいくつかと機械的に連結され得ることを示す。これらの連結は、破線で示される。

我々の請求項に係る発明の実施形態としては、以下が挙げられる：

１．試料を注入又は挿入し、結果を読み取る目的以外は、試験工程を実行するための人の介入なしで、大きなセット（＞６、＞１０、＞２０、又は＞５０）の核酸配列を検出する、分子診断デバイス、システム、又は方法。

２．溶解、精製、ＰＣＲ、及びハイブリダイゼーションのステップが、１つのシステムに統合され、これらのステップが、使い捨てカードで実行される、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

３．モジュールを変化させることによって、カードが異なる試験のために構成され得るように、使い捨てカードが、モジュールを含有できる、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

４．分析物が、例えば、血液、唾液、ＧＩ試料、尿、創傷用綿棒、脊髄穿剌、鼻腔用綿棒、獣医及び農業ソースを含む様々なソースからの試料から検出され得る、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

５．試料を収集するために使用されるツールが、カードに直接投入され得る、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

６．ＰＣＲ工程の増幅ステップが、試料区分ではなく汎増幅と呼ばれる工程によって行われる、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

７．検出ステップが、マイクロアレイを使用する、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

８．マイクロアレイが、試験工程の各々のステップが適切に行われたかを検証する制御を含む、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

９．検出ステップが、反応速度モデルに基づいて、試料の濃度を予測するリアルタイムハイブリダイゼーション方法を使用し、読み出し時間が、低減される、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

１０．ＴＥＣと隣接及び接触して金属チャンバを位置づけることによってチャンバ内の温度が迅速に制御され得るように、ＰＣＲ工程が、不動態化された金属チャンバにおいて実行され、好ましくは使用される金属が、アルミニウムである、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

１１．チャネル又はチャンバが充填される際に、空気が通気膜から追い出されるように、溶液の体積が、通気膜と結合されたチャネル又はチャンバを使用することによって計量され；従って、空気を有することによる計量された体積の誤差が、最小化又は除去され得る、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

１２．空圧システムが、流体を動かし、バルブを制御するために、異なる圧力を印加することによって流体流を制御する、本明細書におけるデバイス、システム、又は方法。

追加的な実施形態及びその実施例の詳細な説明
様々な試料の核酸配列含有量を分析できる携帯型システムが、開示される。システムは、様々な生試料（診断又は環境）を採取し、自己完結型ユニットのマイクロアレイによって核酸抽出、精製、増幅、標識化、及び配列分析を行うことが可能である。システムは、自動化され、訓練された実験技師ではないユーザによる迅速な試料の現場分析を可能にする。

複数の実施形態において：
システムは、（１）再使用可能なハードウェアプラットフォームと、（２）行われるアッセイを決定する消耗統合型マイクロ流体カード（ｉＭＦＣ）と、を備え；
システムは、小さく（＜１５０、＜２５０、又は＜４００ｉｎ^３）、軽量で（＜３、５、又は１０ｌｂ）、高速、かつ直観的に使用され；
再使用可能なハードウェアが、空圧、圧力調節、温度制御、レーザ制御、及び最終的なマイクロアレイの撮像を制御かつ提供し；
ＭＦＣ消耗品が、試料溶解、精製、ＰＣＲ、及び検出を行い、必要とされるすべての乾燥試薬を貯蔵するカードを備え；及び／又は
ｉＭＦＣが、乾燥試薬の完全性を悪化させないように、すべての液体試薬を別々に保持する試薬保存要素を更に備える。

複数の実施形態において、システムは、以下のものを提供する：

使用しやすさ：訓練されていないオペレータによる現場使用のための、操作しやすさ及び解釈が簡単な結果；これは、「臨床検査室改善法（ＣＬＩＡ）‐放棄（ｗｅｉｖｅｄ）」となるように構成され；及び／又はユーザの介入を要しない試料投入から回答出力までの能力を提供する。

構成可能性：ｉＭＦＣはモジュール式であり、主要なｉＭＦＣの保管、及び最終生成物アッセイの機能性を定める、分離した、高速で生成される、低コストモジュールの取着を可能にし；主要なｉＭＦＣが同じままであるので、新たな脅威が現れる際に、システムは、新しいアッセイのジャストインタイム開発を提供する。

アッセイ柔軟性：試料タイプ（丈夫な胞子から容易に断裂する哺乳動物細胞まで）並びに／又は分析物種（ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びタンパク質）の柔軟性。

製造可能性及びコスト：ｉＭＦＣ及びモジュール式の構成要素は、低コスト射出成形又は高度な製造レーザ変換工程を使用して製造可能で；高速レーザ変換及び正確な積層は、１分に５０フィートに近い生産速度で１２５μｍ程度の小ささと５０μｍ未満の公差の特徴を有するｉＭＦＣの製造を可能にし；従来の射出成形技法と高度なレーザ変換技法との組み合わせは、１カードにつき総計１０ドル未満で、複雑な使い捨てカートリッジの生産を可能にする。

複数の実施形態において、我々のシステムは、生試料投入から回答出力まで完全に自動化され、及び／又は複数の分析タイプを可能にするように構成可能である。

複数の実施形態において、我々のシステムは、微生物、典型的に細菌、ウイルス、又は真菌検出、並びにｍＲＮＡ及びタンパク質検出による健康監視、並びに細胞選択及び濃縮などの、核酸、典型的にＤＮＡ又はＲＮＡ、の検出のために、携帯型バイオ分析プラットフォームを提供する。一実施形態では、システムは、（１）再使用可能なハードウェアプラットフォーム、及び（２）行われるアッセイを決定する消耗統合型マイクロ流体カード（ｉＭＦＣ）の２つの要素からなる。

複数の実施形態において、我々のシステムは、多種の用途に確実に適合可能である：

生菌剤検出：我々のＤＮＡ検出ｉＭＦＣは、実験室でのワークフロー：溶解、ＤＮＡ精製、ＤＮＡ増幅及び標識化、並びにハイブリダイゼーションと、類似の方式で動作する。各々のステップへの我々のマイクロ流体技術的アプローチは、下で強調される。

溶解は、丈夫な胞子から哺乳動物細胞までの、試料タイプの確固とした溶解のためにシリカビーズ及び低コスト使い捨てモータを使用して達成される。

我々は、ＤＮＡをシリカフリットに結合し、不純物を洗い落とし、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）においてすぐに使える溶液を溶離することによって、ＤＮＡを精製する。我々のＤＮＡ精製モジュール及び手順は、ユーザの介入なしで、〜５分で最初の６μｌ中の高いＤＮＡ濃度の溶離を可能にする。これに対して、胞子溶解及びＤＮＡ精製のための実験室ベンチアプローチは、７つのステップ全体で３０分かかり、実験室遠心機を必要とする。

我々は、２つのカスタム熱電クーラ（ＴＥＣ）間のアルミニウム壁のチャンバにおいてＤＮＡ増幅を行う。ＴＥＣ及びアルミニウムチャンバは、ＴＥＣとＰＣＲ混合物との間の迅速な伝熱を可能にする。我々は、１２分で大腸菌Ｏ１０４ Ｈ４病原体と関連した２つの遺伝子（ＡＧＧ及びＳＴＸ２）のＰＣＲ二重化を実証し、１０の遺伝子コピーまで検出した。

我々は、カスタムＤＮＡマイクロアレイ及び光学システムを使用してＤＮＡをハイブリダイズする。光は、格子を使用してガラス厚板内に結合され、内部全反射率によって閉じ込められたままとなる。表面上のエバネッセント波は、マイクロアレイの表面上のそれらの相補体にハイブリダイズされた標的配列を励起するために使用される。エバネッセント波の使用により、我々は、リアルタイムのハイブリダイゼーションを視覚化できる。カスタム光中継及びＣＣＤは、マイクロアレイの表面を撮像するために使用される。

我々は、複数の潜在的な生物兵器剤の多重検出を検証し、我々のアッセイ及びハードウェアプラットフォームのための受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を定めることができる。

ウイルスＲＮＡ検出：ウイルスＲＮＡを検出する我々の技術的アプローチは、単一の逆転写／ＰＣＲ混合を使用することを除き、ＤＮＡ検出への我々のアプローチと同じである。我々は、インフルエンザＨ３Ｎ２及びＨ１Ｎ１ウイルスに対する３０分未満の単一のマスタ混合物逆転写及びＰＣＲを実証した。フィールド携帯能力により、ＤＡＲＰＡのＰｒｏｐｈｅｃｙプログラムから得られる情報を直接活用でき、家畜の牛又は羊のウイルス集団において突然変異を引き起こす潜在的な大流行の早期検出が可能となる。

ｍＲＮＡ検出：我々は、同じハードウェアを使用して、ｍＲＮＡ分析に対処でき、反応速度データを捕捉するために、ポリＴビーズ及びリアルタイムのマイクロアレイの撮像を使用してｍＲＮＡ捕捉を可能にするようにｉＭＦＣを更新する。反応速度測定値の使用により、我々は、平衡に達する前に、各々の分析物ウェルの濃度を決定ことができ、それにより、遺伝子発現分析を典型的に行うハイブリダイゼーション時間を低減させる。ｍＲＮＡが必要な点で血液試料を迅速に分析する我々の能力は、Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ ＤｉｓｅａｓｅプログラムにおけるＤＡＲＰＡ投資を活用する。

タンパク質検出：我々は、タンパク質結合事象を核酸読み出しに変換でき、それにより、同じプラットフォームに核酸及びタンパク質の両方をアッセイする力を与える。血漿タンパク質濃度は、健康状態又は環境曝露を示す。我々は、電離放射線曝露を示す４−ホスト−反応タンパク質パネルを開発し；他の環境曝露診断のための類似のパネルがまた、プラットフォームに統合され得る。我々は、ビーズ上のタンパク質分析物を捕捉するために、ｍＲＮＡ検出のためのモジュールと同じビーズ捕捉マイクロ流体モジュールを使用した。ビーズは、ポリＴオリゴヌクレオチドの代わりに特定のタンパク質分析物のための抗体で官能化される。オリゴヌクレオチドで標識化された第２の抗体が、従来の免疫アッセイと同様にレポーター分子として使用される。サンドイッチアッセイがストリンジェント洗浄を受けると、レポーターオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ検出用と同じモジュールを使用して増幅、標識化、及びハイブリダイズされる。我々は、このアプローチを「微小球−免疫−ＰＣＲ」（ＭＳｉＰＣＲ）と呼ぶ。

細胞選択及び濃縮：我々のフロントエンドモジュールは、実験室スケール蛍光活性化細胞分取器（ＦＡＣＳ）に似た、マイクロ流体電気活性ポリマー（ＥＡＰ）細胞分取器を使用した所定の細胞選択及び濃縮を可能にする。モジュールは、大きな体積中の希釈細胞濃度（ｍｌ当たり数細菌細胞）を濃縮するか、又は多くの細胞の背景から選択された細胞（すべての末梢血単核細胞から活性Ｔ細胞だけ）を分取することによって、システムの動作可能なエンベロープを増加させる。このモジュールにおいて、我々は、流体力学的集束及び／又は慣性集束を使用して細胞を整列させ、次いでＥＡＰアクチュエータを使用して蛍光トリガに基づいて分取する。我々は、２５，０００細胞／秒を超える速さで分取する技法の潜在性を実証した。

ベースライン手持ちアナライザ
ハードウェアプラットフォームは、微生物ＤＮＡ試料のｉＭＦＣ処理を支援するために必要とされるすべての必要なハードウェア操作を提供する。ユーザは、コンピュータＵＳＢポートを介してハードウェアプラットフォームと相互作用する。ｉＭＦＣがハードウェアに挿入され蓋が閉鎖されると、ユーザは、所望のアッセイのための所定の処理スクリプトを選択する。スクリプトが開始された後、手持ち装置は、完了まで、ユーザ相互作用なしで稼働する。稼働の間、画像が、手持ち装置からホストＰＣへ転送され、ホストＰＣで、それらは分析される。稼働の完了時に、分析及び結果が、ユーザレビューのためにスクリーン上に表示される。

ハードウェアは、好ましくは１ｆｔ^３未満、好ましくは２００ｉｎ^３未満、の総体積を有する小さな携帯型デバイスで細胞溶解、精製、増幅、及び検出を可能にするように設計される。一実施形態では、ハードウェア寸法は、１４８ｉｎ^３の総体積で、深さ４．７５ｉｎｘ幅６．２５ｉｎ×高さ５ｉｎである。

ｉＭＦＣ上で、膜バルブ及び液体流は、正圧によって制御される。空圧サブシステムは、手持ちアナライザ（ＨＨＡ）のすべての空圧構成要素を相互接続して、ｉＭＦＣ上の投入ポートへそれらの構成要素出力のルートを定めるカスタムアクリルマニホールドを中心とする。このマニホールドは、ｉＭＦＣ上のマイクロ流体バルブ膜操作に適切な調節された圧力（１８ｐｓｉ）で空気の体積を保持するためにアキュムレータを含有する。単一のソレノイドが、アッセイ処理の間、好きな時にｉＭＦＣに駆動圧をトリガするために使用される。この駆動圧ポートは、（統合型マニホールドに取り付けられた）圧力レギュレータを通ってルートを定められ、その結果、駆動圧は、任意のＨＨＡのために０〜１０ｐｓｉ間に調整され得る。

表１は、機能要素及びその目的並びにベースラインシステムにおける実施を示す。増幅（ＰＣＲ）及び検出モジュールを支援するハードウェアは、ベースラインｉＭＦＣの説明の一部として下で詳細に説明される。第２の列は、機能要素の目的を列挙し、最後の列は、所望の能力を達成するためにハードウェアプラットフォーム上で実施される我々の技術的アプローチを列挙する。

ベースラインｉＭＦＣ及びｉＭＦＣモジュール
ｉＭＦＣ消耗品は、（１）試料溶解、精製、ＰＣＲ、及び検出を行い、必要とされるすべての乾燥試薬を貯蔵するカードと、（２）乾燥試薬の完全性を悪化させないようにすべての液体試薬を別々に保持する試薬保存要素と、を備える。ｉＭＦＣがモジュール形式で設計された、すなわち特定用途向けのモジュールが汎用カード上へ組み立てられるので、新しい用途のためのｉＭＦＣが、モジュールを簡単に交換することによって容易に高速で開発され得る。この融通特性は、新しいカード、すなわち最も複雑な構成要素、の再設計、開発、及び製造の必要性を除去する。成型されると、同じカードが広範囲の用途のために使用され、それにより、コスト及び開発時間が低減される。

マイクロ流体カード：カードは、正圧駆動流を利用し、（１）流体チャネルと、（２）流体流を制御する２２の膜バルブと、（３）流体チャネルからの気泡除去のための孔と、を含有する３つの機能層からなる。これらの機能層は共に、２つの射出成形部品によって取り囲まれた９つのラミネート層から構成される。７つのモジュールが、カード上に、４つ（溶解モジュール、精製フィルタ、ＰＣＲマスタ混合物チャンバ、及びプライマチャンバ）が頂部表面上、３つ（ＰＣＲチャンバ、撹拌棒ミキサチャンバ、及び検出チャンバ）が底部表面上に、予め取り付けられる。対象の標的を検知するためにＤＮＡマイクロアレイを含有する光導波路チップが、検出チャンバに固着される。

試薬ブロック：ユーザがプログラムを開始するときに、手持ちハードウェアの膨脹可能なブラダは、箔シールを突き刺すために試薬ブロックを鋭利物上へ押圧し、次に、液体試薬を放出させる。正圧駆動流により、空気は、試薬ブロックの各々のチャンバに入り、出口ビアを通ってカード内へ液体試薬を動かす。カード上の圧縮性ガスケットは、試薬ブロック−カード連結部で、流体又は空気漏れを防止する。表２は、ＤＮＡ分析のために試薬ブロックに保存され得る液体を確認する。異なる用途（ｍＲＮＡ又はタンパク質分析）のために設計されるカードは、異なる試薬を有することになる。試薬ブロックはまた、カードを通って流れる試薬を収集するために吸収性材料を収容する廃棄リザーバを備える。試薬ブロックは、好ましくは、生物学的アッセイ分析のために必要とされる単一のパッケージ済みフォーマットのすべての液体試薬を収容する。表は、ＤＮＡ分析のために現在使用される試薬を列挙する。緩衝剤名が、緩衝剤の目的及び正確な化学処方と共に定められる。試薬ブロックは、多目的であり、必要とされる試薬は、ｉＭＦＣによって行われる生物学的アッセイに応じて変化することになる。我々の技術的アプローチは、同じパッケージを使用し、ＲＮＡウイルス検出、ｍＲＮＡ検出、及びタンパク質検出のための新しいアッセイ能力を支持するためにそのパッケージに異なる試薬を充填することである。

溶解：試薬ブロックからの液体の放出に続く、自動プログラムにおける次のステップは、溶解である。溶解モジュールは、胞子試料でさえも扱うことができ、試料チャンバ、（胞子溶解のための）ビーズビートチャンバ、及び結合剤チャンバの、３つのチャンバからなる。試薬ブロックからの溶解緩衝剤が試料チャンバ内に流れ込んだ後、モータは、溶解緩衝剤を試料と混合するためにオンになる。混合された試料は、次いで、ビーズビートチャンバ内に流れ込み、そこで、第２のモータが、ガラスビーズを攪拌してビーズビートを介して胞子試料を溶解させるために、３分間稼働する。溶解された試料は、次いで、結合剤チャンバに入り、そこで、塩酸グアニジウムと重硫酸ナトリウムとの固体混合物（結合剤）が、次のステップにおける精製フィルタへのＤＮＡの結合を容易にするために、試料に溶かされる。

このアプローチの概念の証明として、我々は、溶解モジュールによって溶解された枯草菌胞子の試料から溶解効率データを得た。胞子は、最も難しい溶解状況を代表する。非胞子への適用のために、ビーズビートチャンバは、設計を単純化してコストを低減させるために、モータのないチャンバモジュールと取り換えられ得る。

精製：我々は、マイクロ流体ＤＮＡ精製のための技術的アプローチを開発する際にいくつかの難問に直面した。例えば、我々は、胞子試料を良好に溶解して精製するために、複数の遠心分離ステップを含む、７つのステップ、及び３０分の時間を必要とする、実験室手順を複製したアプローチを開発する必要があった。更に我々は、最初の６μＬ断片にＤＮＡを溶離する必要があった。実験室アッセイでは、精製されたＤＮＡは、典型的に、大きい体積（例えば２０μＬ）で溶離され、次いで、小さい体積分量（１〜３μＬ）が、ＰＣＲ増幅のために使用される。この状況では、ＤＮＡが混合され、従って、溶離速度は、２０μＬ全体にわたって平均化される；大部分の流れが層流であるので、マイクロ流体アプローチは、ほとんど混合されず、従って、溶離されたＤＮＡの最も高い濃度は、最初の断片にあることが必要である。

我々は、溶解モジュールを使用して枯草菌胞子溶解の３つの複製を行った。結果は、１０７の胞子の出発ストックからの割合（生存度数に基づく）で下に示される。対照は、Ｃｌａｒｅｍｏｕｎｔビーズビートデバイスであった。我々のマイクロ流体の結果は、実験室ピペット及び管を使用した対照と同等である。

溶解の後のｉＭＦＣ上で、試料は、精製モジュールを通って流れ、ＤＮＡは、フィルタに結合し、残留する溶解された試料の内容物は、廃棄リザーバへと流れる。試薬ブロックからの洗浄緩衝剤が、次いで、残留不純物を除去するためにフィルタを通って流れ、同様に廃棄リザーバに集まる。空気が、フィルタを乾燥させるために、精製モジュールを通って伝送され、次いで試薬ブロックからの溶離緩衝剤が続き（第１の断片において重要な溶離を達成するキーとなる態様は溶離緩衝剤ｐＨである）、溶離緩衝剤は、流れる際に、ＰＣＲに備えてフィルタから精製されたＤＮＡを除去する。表４は、マイクロ流体カード上で精製された大腸菌試料の３つの複製のデータを提示し、標準精製フィルタからの結果とそれらの結果を比較する。いずれの場合も、最も高い濃度が第１の断片において現れていることは明らかである。各々の断片は、溶離緩衝剤の〜６μｌのＤＮＡを表す。

我々は、ｉＭＦＣプロトコルを使用して大腸菌試料精製の３つの複製を繰り返した。我々には、典型的な実験室ベンチアプローチと同様に、溶離全体をプールして、ピペットで断片だけを選択する機会がないので、第１の断片において大部分のＤＮＡを溶離するためのプロトコルを開発した。結果は、最大濃度が最初の６μｌ断片において現れることを明らかに示す。

ＰＣＲ増幅及び標識化：フィルタから精製されたＤＮＡを搬送した後、溶離緩衝剤は、ＰＣＲマスタ混合物チャンバを充填し、ＰＣＲマスタ混合物チャンバは、凍結乾燥されたマスタ混合物を収容する。次いで、再水和されたマスタ混合物は、プライマチャンバ内に流れ込んで、乾燥されたプライマを再水和する。我々は、汎用ＰＣＲマスタ混合物モジュールの再使用を可能にするために、プライマ及びマスタ混合物を分離した。オリゴヌクレオチドの凍結乾燥は高速であり、このアプローチによって、我々は、新たな脅威に対して試験するためのキットの迅速な配備を支援できる。再水和ステップの後、試料は、マスタ混合物及びプライマと共に、ＰＣＲチャンバに入り、そこで、試料ＤＮＡは次いで増幅される。

２つのキーとなる特性：（１）アルミニウムＰＣＲモジュール表面、及び（２）±１℃の精度で＞１５℃／秒の傾斜をつけることができる新規ＴＥＣアセンブリにより、我々は、迅速なＰＣＲを達成できる。

ＰＣＲモジュールは、２つのＴＥＣアセンブリの間に挟まれる。ＰＣＲマスタ混合物は、２つの２５μｍアルミニウム壁で包囲された高さ１ｍｍのアクリルチャンバに保持される。ＰＣＲチャンバのアルミニウム表面は、ＴＥＣアセンブリへの及びＴＥＣアセンブリから液体ＰＣＲ混合物への熱の高速な伝導度を可能にする。比較として、厚さ５０μｍのプラスチックは、〜３Ｘだけ傾斜速度が遅くなる。

ＳＲＩは、カスタムＴＥＣアセンブリを設計及び試験した。我々は、製作のためにＲＭＴ社に設計図を移行した。カスタムＳＲＩアセンブリは、ヒートシンク、ＴＥＣ、フィードバックセンサ（サーミスタ）、及びセンサを取り囲む窒化アルミニウム（ＡｌＮ）熱スプレッダを組み合わせる。各々のサーミスタセンサは、ＨＨＡが任意のセンサ製造誤差耐性を補償できるように、較正される。

我々のＰＣＲシステムの概念の証明として、我々は、２０１１年ドイツで発生した大腸菌Ｏ１０４ Ｈ４病原体と関連した凝集型接着線毛（ＡＧＧ）及び志賀毒素（ＳＴＸ２）遺伝子のための二重ＰＣＲアッセイを作り出した。プライマ及びプローブは、発生が始まった直後にＢＧＩによってアップロードされた配列分析に基づいて、特異領域のために選択された。卓上設備を使用した実験室アッセイが、ＡＧＧ及びＳＴＸ２標的のためのプローブ選択及びプライマ最適化の確立のために使用された。確立されると、アッセイは、ＳＲＩマイクロ流体ＰＣＲシステムに移行された。ＳＲＩ ＰＣＲシステムは、熱伝導及び温度均一性のために最適化されたアルミニウムＰＣＲチャンバ、及び迅速な温度サイクルのための新規サーミスタ駆動ＴＥＣ設計を利用するので、アルミニウムチャンバを不動態化するために使用される補助剤を伴ったカスタムマスタ混合物製剤は、１６分でのＡＧＧ及びＳＴＸ２標的の二重増幅を可能にした。

結果は、４０ＰＣＲサイクル（９５℃変性ステップ、６２℃アニーリング、及び７３℃伸長）のオーバレイを提供した。各々のサイクルは、４０サイクル間に２１秒で、合計で１４分のＰＣＲ熱サイクルとなる。残りは、初期変性、及びウラシル−ＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＮＧ）処理のための時間である。我々のカスタムマスタ混合物は、増幅の一部としてｄＵＴＰを含有し、ＵＮＧステップにより、ハードウェアプラットフォームの異なる使用の間に確実に汚染が存在しない。我々は、５つの異なる投入コピー数（１０、５０、１００、５００、及び１，０００）で１６分のＰＣＲを試験し、ＡＧＧ及びＳＴＸ２遺伝子のための増幅率を定量化した。更に我々は、１２分のＰＣＲプロトコルを使用して５００のコピー投入を試験して、サイクル時間が１サイクルにつき２１秒から１５秒まで低減されたことを観察した。また、２分のＵＮＧ処理及び初期変性が、わずか１０分のサイクル時間に使用された。表５は、各々の試料のアンプリコンを定量化して増幅率を決定するために、アンプリコン標準に対するネステッドＰＣＲの結果を示す。全体として、我々は、モジュール式ＰＣＲに対して１．６ｘ１０９から３．４ｘ１０１１の増幅範囲を有した。加えて、モジュール式ＰＣＲシステムによって生成されたアンプリコンは、ＳＲＩモジュール式ハイブリダイゼーションシステムによって検出された。

モジュール式ＰＣＲの試料の定量化の結果：結果は、すべての試料が、ハイブリダイゼーションにおいて＞３．４ｎＭのアンプリコンを有し、１ｎＭ ＬＯＤを超えることを示す。

検出：所定の標的の存在を検出するために、増幅された試料は、光導波路チップ上のマイクロアレイにハイブリダイズされる。ハイブリダイゼーションを容易にするために、試薬ブロックからのＳＳＰＥ緩衝剤が、増幅された試料に最初に添加される。２つの計量チャンバが、ＳＳＰＥ緩衝剤に対する試料の最適な比率を得るために利用される。

ＳＳＰＥ及びＰＣＲ生成物は、混合されて、次いで検出チャンバに押し込まれ、検出チャンバは、光導波路チップ上のマイクロアレイより上の試料を培養する。我々のカスタムＴＥＣアセンブリを使用した５分の温度制御されたハイブリダイゼーションの後に、試料を洗い落としてハイブリダイズされなかったアンプリコンを除去するために追加的なＳＳＰＥ緩衝剤が検出チャンバ内に流れ込み、続いて、クロスハイブリダイゼーション又は間違ったプローブに非特異的に結合された任意のアンプリコンを除去するために昇温される。

最後に、ＤＮＡマイクロアレイは、カスタム照射、収集、及び撮像光学ブロックを使用して撮像される。光学ブロックは、マイクロアレイハイブリダイゼーションをレーザ照射し撮像するために必要なすべてを備えるスタンドアロンサブ構成要素として設計される。光学ブロックは、ＨＨＡ内への設置の前に、予め整列及び調整され得る。この整列が行われると、設置の時に更なる調整の必要がない。

レーザ照射光学素子は、線生成レーザダイオードモジュール及び回転鏡からなる。レーザ照射の標的は、マイクロアレイチップ上の格子である。線生成レーザダイオードは、マイクロアレイにハイブリダイゼーションを視覚化するために使用されるＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６４７ｎｍ色素分子を励起するために、矩形パターンで６３５ｎｍ、１０ｍＷのビームを発する。線生成ダイオードモジュールは、既成のパッケージ（Ｃｏｈｅｒｅｎｔ）内に統合された合焦及び線生成光学素子を有する。

マイクロアレイ撮像光学素子は、折り畳み１：１中継レンズ及び干渉フィルタを備える。カスタム設計された中継レンズ群は、最大集光能のために高感度である（ｆ／１．５）。中継レンズ群は、サイズが小さい（直径１２ｍｍ及び長さ＜２７ｍｍ）。レーザ励起光及び散乱光が我々のモノクロＣＣＤ撮像器に到達することを避けるために使用される（誘電体スタックから作製された）２つの干渉フィルタ内に十分に光の照準が合わせられるように、中継レンズは設計される。

ＣＣＤチップ及び電子部品は、ノイズを低減させ信号損失を最小化するために、マイクロアレイ撮像光学素子に直接接続される。ＣＣＤは、ＣＣＤ冷却を必要としない、マイクロアレイ分析のために十分な読み出し速さ（４フレーム／秒）及びマイクロアレイ撮像のために十分な信号対ノイズを可能にする。

光学システムの概念の証明として、我々は、ＳＲＩアルミニウムＰＣＲチャンバ及びＴＥＣアセンブリによって生成されたＰＣＲアンプリコンをハイブリダイズし、説明された光学システムを使用して結果を読み出した。試験プロトコルは、（我々の迅速なＤＮＡ合成機器によって識別されるような）スポットされたプローブ、５分間３７℃でのオンボード培養、３７℃から６０℃への増加温度での複数のストリンジェンシー洗浄、及び自動画像捕捉のための光学パッケージを含んでいた。我々は、対照（Ａ３）分析物だけを有する陰性対照、ＰＣＲへの１０のコピーから結果として生じるアンプリコン、及びＰＣＲへの５０のコピーからのアンプリコンをハイブリダイズした。アッセイ結果は、陰性対照試料、並びにＡＧＧ及びＳＴＸ２のための個々のプライマから増幅された試料をハイブリダイズすることにより、選択性を証明した。ハイブリダイゼーションの画像は、標的プローブが、１０−及び５０−投入テンプレートの場合には明らかに視認可能であるが、Ａ３対照の場合には存在しないことを実証した。

ｉＭＦＣ消耗品の低コスト大量製造：我々は、大量生産のためにｉＭＦＣ成型のコストを引き下げる製造工程計画を開発した。射出成形は部品を作り出す単純かつ安価な方法であるので、我々は、カードの最上及び最下層、並びに溶解モジュール及び試薬ブロックを射出成形した。カードの残りのラミネート層は、自動ロールツーロール工程において成型され、ロールツーロール工程では、材料のロールが、共に積層され、レーザ切断され、次いで別のロールに巻き戻され、そのすべてが迅速なパイプライン形式の設備システム上にある。およそ数百万ものカードの高い生産量により、コストは、１カードにつき１０ドルの低さとすることができる。

ＤＮＡ検出アプローチ：我々が、適切なプローブを選択して、約２週間でベンチＰＣＲアッセイを我々のプラットフォームに移行できるように、我々のシステムは、１０時間未満ですべての可能なプローブを有するオリゴヌクレオチドアレイをアンプリコンへフォトリソグラフィ的に合成する能力を有する。本明細書において示されるように、我々は、増幅アッセイを開発し、ｉＭＦＣ ＰＣＲに増幅アッセイを移行し、及び大腸菌Ｏ１０４ Ｈ４のためのプローブ選択するこの能力の実証に成功した。

ウイルスＲＮＡ検出アプローチ：ＲＮＡウイルス検出は、ＲＮＡウイルスゲノムの逆転写及び増幅のためのマイクロ流体アッセイを有した、ＤＮＡ検出に対するものとすべて同じモジュールを使用する。我々は、季節性インフルエンザと豚インフルエンザとを区別できるアッセイを使用してこのアプローチの概念を実証した。インフルエンザアッセイを開発するためにとられたアプローチは、一般化可能であり、選択剤ＲＮＡウイルスに対して同じアプローチを使用できる。

インフルエンザの識別のための、我々の第１のステップは、インフルエンザＡ型マトリックス遺伝子のセグメント、並びにＨ１（豚）及びＨ３（季節性）株を区別する血球凝集素遺伝子の部分を選択的に増幅するプライマを識別することであった。我々のＲＴ−ＰＣＲプロトコルは、４２℃５分の逆転写（ＲＴ）ステップを伴い、このステップで、リバースプライマが、ＲＮＡ標的にアニーリングし、第１のＤＮＡ鎖の合成を開始する。次いで、２分の逆転写酵素非活性化及び同時Ｔａｑポリメラーゼ「ホットスタート」によって、フォワードプライマが、第１のＤＮＡ鎖にアニーリングされて、第２のＤＮＡ鎖を合成することが可能である。この時点で、４０サイクルのＰＣＲが、９５℃１０秒の変性、６２℃２０秒のアニーリング、及び７５℃５秒の伸長を伴って、開始する。良好な増幅が卓上機器において達成されると、我々は、モジュール式増幅システムへ移動し、システムが、ｉＭＦＣにおいて増幅をシミュレートする。このシステムにおける速い温度傾斜のため、上で説明されたＲＴ−ＰＣＲプロトコルは＜３３分であり、ＲＴ−ＰＣＲ生成物は、最初にゲル電気泳動を使用して、次いでマイクロアレイ上で評価される。ＣＡ ２００９豚インフルエンザ株（Ｈ１Ｎ１）及びＨＫ ６８季節性株Ｈ３Ｎ２（三重増幅）のマトリックス及び血球凝集素遺伝子のモジュール式の増幅に対するゲル電気泳動結果が得られた。２４４ｂｐアンプリコンは、インフルエンザＡ型マトリックス遺伝子を示す。Ｈ１株の血球凝集素アンプリコンは、１７３塩基対であり、Ｈ３アンプリコンは、１７７塩基対である。ＤＮＡマイクロアレイ上の配列特異的プローブに対するハイブリダイゼーションは、Ｈ１及びＨ３株の明確な差異化をもたらす。

マイクロアレイ上で高感度な選択的検出を達成する際の第１のステップは、我々の対象の標的のためにアンプリコン全体を覆う２０〜２５ｍｅｒのプローブを含有するフォトリソグラフ的に合成されたプローブ選択チップを準備することである。対象のアンプリコンに１日未満ですべての可能なプローブを合成する我々の力は、我々が、高感度で特異的なプローブに対して経験的に試験できることを意味する。次に、我々は、最も高感度で特異的なプローブを選択するために、マイクロアレイにハイブリダイゼーション実験を行った。Ｈ１とＨ３とを容易に区別するプローブの選択が、２つのアンプリコンを容易に差異化するアンプリコンのいくつかの領域が存在するかによって、識別された。最高のプローブが、我々の手持ちデバイスで使用されるように、エポキシ官能基化顕微鏡スライド又は導波路チップ上でスポットするためにアミン修飾で付けられ得る。

ｍＲＮＡ検出アプローチ：末梢単核球細胞（ＰＢＭＣ）の遺伝子発現プロファイリングは、病態、環境曝露、及び感染の発症前診断を監視する有用な方法である。ｍＲＮＡ発現分析が可能な我々のｉＭＦＣは、ハードウェアプラットフォームの僅かに修正されたバージョン、特別なＴＥＣ、及びマイクロアレイ上の増加した照射均一性−を使用し、
−ＰＢＭＣ選択及び溶解：全血からＰＢＭＣ精製するための市販サイズの排除フィルタ、及び本明細書において説明される細胞選択器モジュールを使用する。
−ｍＲＮＡ精製：ポリＴオリゴヌクレオチドで被覆された微小球を使用して溶解された細胞からｍＲＮＡを捕捉する。
−Ｔ７線形増幅及び標識化：Ｔ７増幅及び標識化のための現在のＰＣＲチャンバ並びに市販のキットを使用する。
−迅速なハイブリダイゼーション：分析物濃度を決定するために、ハイブリダイゼーションの反応速度測定値を使用し；遺伝子発現ハイブリダイゼーションのために必要な時間を数時間から数分まで削減する。
−Ｔ７増幅：既存のｉＭＦＣ ＰＣＲモジュール及び市販のキットを活用する。
を行うことができる。

ｍＲＮＡ精製：ｍＲＮＡ精製のために、我々は、ポリＴ被覆されたビーズにｍＲＮＡをハイブリダイズして、包含物を洗い落として、次いでポリＴビーズからｍＲＮＡを解放できるマイクロ流体精製モジュールを使用する。我々は、〜５μｍ微小球ビーズを溶液内に保つミキサ、及び洗浄ステップの後にビーズから捕捉されたｍＲＮＡを溶かすための新しいＴＥＣを使用する。我々は、５μｍビーズが蛇腹混合チャンバとフィルタとの間でよく動くかを検証するために、デバイスを試験した。我々はまた、流体が、ポリＴ：ｍＲＮＡ二重鎖の変性を可能にするために、〜８０℃まで加熱され得ることを実証した。

迅速なハイブリダイゼーション：ハイブリダイゼーション時間を減少させて反復性を改善するために、我々は、反応速度パラメータから濃度を推量する。標的転写の数がプローブの数を超える状況では、信号値対時間は、以下の反応速度曲線をたどることになる：
Ｙ＝Ｃ（１−ｅ^−ｒｔ），ｒ＝ｋ_ｏｆｆ＋［Ａ］ｋ_ｏｎ

式中、Ｙは、背景減算された信号であり；ｋ_ｏｆｆ及びｋ_ｏｎは、温度、遺伝子配列、及びプローブシフトに依存した反応速度パラメータであり；［Ａ］は、溶液中の標的遺伝子の濃度であり；Ｃは、光強度、プローブ密度、標的濃度、及び反応速度パラメータを含む複数の因子に依存するスケール係数である。我々のプローブ選択技術は、複数の濃度にわたって数式をハイブリダイゼーション信号の時系列に当てはめることによって、ｋ_ｏｆｆ及びｋ_ｏｎを推定する。これらの推定値は、保存されて、［Ａ］を推定するためにリアルタイムで使用され得る。光強度及びプローブ合成密度の変動は、パラメータＣに影響を及ぼすが指数関数内の変数ではないので、この反応速度技術は、チップ間の及び同じチップの複製反復性を著しく改善する。

概念の証明として、我々は、合成された２５塩基対オリゴマ標的から開始して、反応速度アプローチで実験を行った。１つのプローブのＡ３対照に対する反応速度応答において、オリゴヌクレオチドを標識化した。各々の線は、Ａ３の異なる濃度：５０ｎＭ、１００ｎＭ、３００ｎＭに対する応答を表す。非線形最小二乗当てはめが、時系列ごとにパラメータＣ及びｒを推定するために、使用される。次いで、複数の濃度［Ａ］での実験が、ｒと［Ａ］との間のアフィン関係を明らかにする。

我々は、ｒと［Ａ］との間に高感度で反復可能な関係をもたらす状態を識別する。我々のデータは、［Ａ］＝（５０、１００、３００）ｎＭに対してｒ＝（０．００３１、０．００３３、及び０．００５８）ｓ−１で、関係が正しい方向に発生し得ることを示す。反応速度曲線当てはめの追加的な恩恵は、平衡値Ｃが反応速度ｒより良好であると判明する場合であっても、当てはめ工程が短期ノイズを平均するということである。反応速度パラメータを測定する力が、チップ表面に結合される蛍光分子だけを励起するためのエバネッセント波のｉＭＦＣの使用に依存し、標的溶液が適所にある間でも高い信号対背景比をもたらすことに、我々はまた留意する。

タンパク質検出アプローチ：タンパク質バイオマーカを含むようにｉＭＦＣプラットフォームの検出能力を拡張する１つの手法は、微小球免疫アッセイであり、微小球免疫アッセイは、標的抗原が存在するときに、非線形増幅可能ＤＮＡ標的を生成するためにオリゴヌクレオチドで標識化された抗体を使用し、我々は、ＳＲＩの実証された微小球免疫ＰＣＲアッセイ（ＭＳｉＰＣＲ）に基づいたｉＭＦＣプラットフォームを有する免疫アッセイモジュールを開発した。ビオチン化された標的特異的抗体は、標的抗原の最初の捕捉のためにストレプトアビジン被覆された６μｍポリスチレンビーズ上へ抱合される。分離標的特異的抗体は、標的タンパク質の第２の捕捉事象のために１つのオリゴヌクレオチドと化学的に抱合される。２つのタンパク質捕捉事象の間の広範な洗浄は、任意の結合されない標的並びに遊離抱合体を洗い落とす。残りのビーズ部分は、次いで、ｔａｑｍａｎプローブと共に標識化された特異的プライマセットを使用して、増幅される。増幅された核酸信号は、続いて、検出及び読み出しのためにマイクロアレイ上へハイブリダイズされる。我々は、卓上アッセイをｉＭＦＣプラットフォームに移動させた：我々の概念の証明のためのｉＭＦＣプラットフォーム用のモジュール式システムは、核酸増幅後にビーズを捕えるフィルタと共に、洗浄及び培養ステップのための蛇腹ミキサを組み込む。

システム改善：光学ブロックは、より均一なパターンをマイクロアレイ格子に提供して、検出信号対ノイズ比を改善するために５３２ｎｍ励起を使用するように、修正され得る。６３５ｎｍから５３２ｎｍへの励起光源の切り替え工程は、格子ピッチを変化させることだけが問題である。

この修正された光学ブロックは、レーザ標的照射光学素子及びマイクロアレイ撮像光学素子からなる。レーザ標的照射光学素子は、小型ダイオード励起固体（ＤＰＳＳ）レーザモジュール、走査及び合焦光学素子、並びに２Ｄ走査微小電子機械システム（ＭＥＭＳ）鏡を使用する。ＤＰＳＳレーザモジュールは、Ｃｙ３色素分子を励起するために５３２ｎｍで４０ｍＷのレーザビームを出力できる。ビームは、合焦光学素子を使用してＭＥＭＳ鏡上に合焦させることができる。２Ｄ ＭＥＭＳ鏡は、矩形上のスポットを走査し、格子にビームを向けることができる。走査鏡で反射した後に、ビームは走査レンズと衝突し、走査レンズは、ビームがマイクロアレイチップ上の格子に入る前に、ビームの照準を合わせる。

このシステムは、格子全体上の、従ってマイクロアレイ全体上の、同じレーザスポットを走査する。これは、２５％の強度を変化させることができる線生成光学素子からの照射不均一を除去する。ビームがマイクロアレイチップ格子に入る前に、走査レンズにより、我々は、ビームの照準を合わせることも可能である。我々は、概念の証明により、新しい走査技術的アプローチを確証した。マイクロアレイ撮像光学素子は、異なる励起（５３２ｎｍ）及び発射（５７０ｎｍ）波長のためのフィルタを除き、現在の光学ブロックと変わらない。

我々の請求項に係る発明の実施形態としては、以下が挙げられる：

１．試料溶解モジュールと、精製モジュールと、ＰＣＲモジュールと、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって、並行して別個の核酸配列を検出するように構成された検出モジュールと、をマイクロ流体接続内に備える、自動核酸分析システム。

２．上記検出モジュールが、エバネッセント波励起を利用したマイクロアレイスキャナを備えるマイクロアレイ検出光学素子を備え；
上記検出モジュールが、温度によって複数のストリンジェンシーを提供するように構成された自動ハイブリダイゼーションプロセッサを備え；及び／又は
上記ＰＣＲモジュールが、単一の反応で逆転写及びＰＣＲを行うように構成される、
前述又は後述の請求項のシステム。

３．上記モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、上記カードを受容するように構成されたソケット、上記カードを操作するように構成された操作装置、上記操作装置を電子制御するように構成されたコントローラを備えるアナライザとを備えるシステムであって、上記操作装置は、流体アクチュエータと、ＰＣＲサーマルサイクラと、自動ハイブリダイゼーションプロセッサ及びマイクロアレイ検出光学素子とを備える、前述又は後述の請求項のシステム。

４．試薬を収容し、溶解、精製、ＰＣＲ、及び検出モジュールに試薬を送達するように構成された、試薬モジュールを更に備える、前述又は後述の請求項のシステム。

５．携帯型：１０００ｉｎ^３未満及び１０ｌｂ未満であり；
迅速：分析が１２０分未満であり；
多重：５０より多い標的配列の同時分析を実施し；及び／又は
自動：試料導入と結果表示との間にユーザの介入を必要としない、前述又は後述の請求項のシステム。

６．試料がタンパク質分析物を含み、システムが更に、タンパク質分析物に核酸配列を含むタグを付けるように構成され；
固定されたプローブが、上記配列を、その空間的配置によって定義し；
増幅が、分析される配列の数より少ない多数のプライマ対によって、実施され；
別個の核酸配列が、複数の種／生物のものであり；
ＰＣＲモジュールが、金属（例えばアルミニウム）製ＰＣＲ反応チャンバを備え；
マイクロ流体接続が、気泡除去のために構成された通気膜を備え、上記通気膜はチャネル層の下方にあるため、チャネル全体が大気圧に曝露され（特定の実施形態では、独立した複数の片としてよりも１つの層として上記膜を製造する方が容易であるため、上記膜は上記カード全体に広がるものの、チャネル層の下側でのみ機能する）；
増幅が、消耗品内に完全に包含され（開放管などではなく）；及び／又は
検出が、プライマセットではなくプローブセットに基づくものである（新しい試験の構築が容易である）、
前述又は後述の請求項のシステム。

７．単一の容器において増幅を実施し（試料区分がなく）；
血液、唾液、ＧＩ試料、尿、創傷用綿棒、脊髄穿剌、鼻腔用綿棒、獣医及び農業ソースの分析物試料を受容して処理し；
検体収集ツール若しくは搬送媒体を介して試料を受容し；
１〜１００μｌの試料体積を処理し；
モジュール式であり（モジュールを交換することによって異なる用途をサポートでき）；
（チャネル寸法及び気泡除去によって行われる）計量が可能であり；並びに／又は
一方向性及び自己封止型である（試料の相互汚染を防止する）
ように構成された、前述又は後述の請求項のシステム。

８．モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、ハウジング（ボックス）及び上記ハウジング内でカードを受容するように構成されたソケットを備えるアナライザとを備える、システムであって、ここで上記アナライザは：
上記カードと連動して、溶解、精製、ＰＣＴ（増幅及び標識化）、並びに検出を実施し；
圧力（例えば試料搬送）、磁場（例えば試料混合）、温度（例えば、増幅、ストリンジェンシー、ハイブリダイゼーション）、及び／若しくは光（例えばハイブリダイゼーション検出）によって試料と相互作用し；並びに／又は
リアルタイムでハイブリダイゼーションを観察するためにエバネッセント波を試料と結合させること、並びに／若しくは配列情報をもたらす反応速度及び起こり得る塩基対不適合を決定することによって、検出を実施する、前述又は後述の請求項のシステム。

９．モジュールを備える統合型マイクロ流体カード（カートリッジ）を備えるシステムを提供し、ここでカードは：
疾患タイプ（例えば、呼吸器疾患）に固有であり；
患者タイプ（例えば、小児）に固有であり；
病原体タイプ（例えば、生物兵器剤）に固有であり；
個体（例えば、薬理ゲノム学）に固有であり；
患者固有の情報のためにユニーク識別子を含有し；
無菌性を維持して相互汚染を最小化するために、単回使用用であり；
ロールツーロール製造ステップを使用して生産され；並びに／又は、
ポリカーボネートシャーシ、金属箔ＰＣＲチャンバ、アクリル構成要素、通気膜材料、及び／若しくはポリウレタンシールから生産される
ように構成される、前述又は後述の請求項のシステム。

１０．粒子又は細胞整列のための流体力学的集束及び／又は慣性集束を提供するように構成され、分取のために構成されたマイクロスケール電気活性ポリマー（ＥＡＰ）アクチュエータを備える、蛍光活性化細胞分取器（ＦＡＣＳ）などのマイクロ流体粒子分取器と、機能的に統合された、前述の請求項のシステム。

１１．前述の請求項のシステムを使用して、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって並行して別個の分析物核酸配列を検出することを含む、方法。

追加的な実施形態及びその実施例の詳細な説明：
新規のポイントオブケア用、携帯型、かつ高統合型の用途のための高性能蛍光活性化分取（ＦＡＣＳ）。
最高級の市販のＦＡＣＳ機器は、帯電液滴内に含有される細胞を静電的に検出することによって、１０，０００から４０，０００種類／秒の分取速度を達成する［１、２］。それらは、応範囲の用途、例えば、免疫治療のための癌−標的Ｔ細胞の単離、組織工学のための幹細胞の富化、及び操作又は更なる分析のための所定の細胞の分離（例えば、ＤＮＡ配列決定、ＲＮＡ発現、及び蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）に適用され得る。しかしながら、それらは、専門のオペレータを必要とする大きい高価な機器であり、従って、ポイントオブケア用又は携帯型の用途に好適ではない。加えて、それらのモノリシック性は、他の機器又は工程と容易に統合できないことを意味する。

これらの制限に対処しようとして、研究者たちは、多くの種類のマイクロ流体ＦＡＣＳを開発した。最近まで、これらのデバイスは遅く（従来のＦＡＣＳより桁違いに遅く）、ほとんどは、成型が困難で又は製造及び実際の適用に不適当であった。パルスレーザ活性化細胞分取（ＰＬＡＣＳ）の開発により、現行のマイクロ流体技術は、高純度で〜１０，０００細胞／秒へと増加した［３］。ＰＬＡＣＳでは、細胞は、プラズマ泡を迅速に拡大及び縮小させることによって生成される流体噴射を使用して分取される。流体デバイスは単純であり、安価であり、かつ使い捨てであるが、システムは高反復速度パルスレーザを必要とし、パルスレーザは高価で大きい。従って、ＰＬＡＣＳは、スケール及び費用の難問に対処することに失敗する。

我々は、電気刺激に応答して形状を変化させるポリマーであるＥＡＰに基づいた流体操作への単純なアプローチを開示する。それらは、チャネルの断面の幾何学的形状を変化させるために、マイクロ流体デバイスにおいて使用され、電気泳動分離のための小さな注入を発生させ［４］、チャネルの流体抵抗を修正して遮断物を清浄にした［５］。我々は、新規な高性能マイクロ流体ＥＡＰ（μＥＡＰ）アクチュエータを開発して、マイクロＦＡＣＳ内に統合した。

電気活性ポリマー操作：我々の流体アクチュエータは、１つ又は複数の表面がＥＡＰを備える行き止まり流体チャンバを備える。一実施態様では、チャンバの床は、誘電性エラストマ（シリコーン）の薄い（〜１２μｍ）ＥＡＰ層で覆われた電極である。概念的には、シリコーンは、可撓性コンデンサのように機能する。電圧が電極に印加されるときに、それは歪み、チャンバ体積を増加させてチャンバ内に流体を引き込む。電圧が解放されるときに、シリコーンは緩み、チャンバから流体を押し出す。

ＥＡＰアクチュエータは、実証済みのマイクロスケール製造技術を使用して、容易に成型される。アクチュエータを作り出すために、我々は、ベース基板になるインジウムスズ酸化物被覆されたスライド上へ電極をパターン化する。我々は、次いで、スライド上へ未硬化シリコーンの層をスピンさせて、それを熱硬化させる。チャネル層を作り出すために、我々は、従来のソフトリソグラフィを使用してマイクロ流体チャネルを成形する。我々は、次いで、チャネル層を整列しシリコーン被覆されたスライドにプラズマボンディングすることによって、デバイスを完成させる。ソフトリソグラフィによるアクチュエータの互換性は、アクチュエータをマイクロ流体デバイスの大きな既存のライブラリ内に容易に統合できることを意味する。これはまた、迅速な試作を可能にする。デバイスは、操作のための電圧源しか必要としないため安価であり、成型アプローチは低コスト製造が容易である。

特定の実例において、我々は、１０μｓの応答時間を実証するアクチュエータ＜１ｍｍ^２を成型した。しかしながら、アクチュエータサイズはまた、ミクロンスケール（例えば１、１０、又は１００μｍ^２未満）であり、応答時間は、より短い１０、１、０．１μｓ未満であり得る。これらのサイズオプションは、ハンドヘルド型及び統合型の両方の用途に特に適しており、また並列動作の増加にも適している。

これらの例示的なＥＡＰアクチュエータの迅速な応答速度（＜２０μｓ）はまた、それらが＞２５，０００細胞／秒の分取速度であることを示す。デバイスは、操作のための電圧源しか必要とせず、低コストマイクロ成型技術を使用して構築されるため、安価である。ポリマーとしてのシリコーンの使用は、ソフトリソグラフィによるマイクロ流体チャネルとのＥＡＰアクチュエータの単純な統合を可能にする。これにより、迅速な試作、及び製造量までのスケールアップが可能となる。ＥＡＰμＦＡＣＳは、手持ちフォーマットの卓上ＦＡＣＳにスループット等価物を送達する。

我々は、ＥＡＰμＦＡＣＳの性能を最適化し、ｉＭＦＣシステムと統合された細胞濃縮／分取モジュールに改善されたデバイスを組み込む。モジュールは、大きな体積中の希釈細胞濃度（例えば、ｍｌ当たり数細胞で環境試料に存在する細菌）を濃縮することによって、又は多くの細胞の背景から選択された細胞（例えば、末梢血単核細胞の集団から活性Ｔ細胞）を分取することによって、システムが、動作エンベロープを増加させることを可能にする。マイクロ分取器の実施形態は、更に、下で説明される。

分取器設計：分取器は、３つのキーとなる機能：整列、検出、及び分取を行う。我々の設計（例えば図９）は、整列のための流体力学的及び慣性集束の組み合わせ、並びに迅速な分取のためのＥＡＰ操作の使用を含む、複数の革新を組み込む。従来の細胞分取器では、粒子又は細胞は、タイトな線の試料流を挟む同軸のシース流を使用して、水平かつ垂直に集束される。大部分のマイクロ流体デバイスは平らであるので、一方向（すなわち水平）に粒子を集束させることができるだけであり；多層デバイスは、その上縦又は横に粒子を集束させることができるが、製造が著しく複雑である。垂直集束がないと、粒子は、チャネルの高さにわたって分布し、速度及び重なりの変動をもたらす。我々の設計では、流体力学的集束によって交差領域において水平に、また慣性集束によって長い「ネック」において垂直に整列する。流体速度が粒子に上揚力を発生させるほど十分に高いときに、慣性集束は行われる［６］。組み合わせによって、我々は、我々の単純な製造アプローチを保つ単層デバイスにおいて効果的に粒子を整列させることができる。

分取のために、我々は、最初に、蛍光を使用して粒子を検出し、標的粒子が検出されるとすぐに、電圧パルスが１つ又は複数のＥＡＰアクチュエータに印加される。アクチュエータは、図９に示されるように、分取出口に至る新しい流線上へ標的粒子を偏らせる過渡的な交差流を生成する。

図９は、μＥＡＰ ＦＡＣＳのチャネルレイアウトを概略的に示した（ａ）ＥＡＰマイクロ分取器を図示する。挿入画像は、チャネルの主要な機能を示す。水平整列は、流体力学的集束（左）によって達成され、垂直整列は、慣性集束（中央）によって達成される。最後に、標的粒子が、μＥＡＰアクチュエータ（右）によって分取される。長期露出画像は、分取されない及び分取された粒子からの筋を示す。流速は、８μｌ／分（１０７ｍｍ／秒）で、操作パルスは４００Ｖで１ｍｓであった。

１８０°異なる位相で動作する対アクチュエータの使用は、流体に印加される力を２倍にして、チャネル長と比例する流体抵抗を低減させることによって、性能を著しく改善する。２つのアクチュエータでは、一方が流体を「引き」他方が流体を「押して」、流体は、アクチュエータの間の短い距離に沿ってのみ変位する（典型的に〜２ｍｍ）。これに対して、単一のアクチュエータでは、流体変位は、アクチュエータからデバイス出口まで行われる（〜３０ｍｍ）。

我々のμＦＡＣＳデバイスを試験するために、我々は、検出及び制御システムを使用し、システムは、落射蛍光顕微鏡、電荷結合デバイス（ＣＣＤ）カメラ、光電子倍増管、フィールド−プログラム可能ゲートアレイ（ＦＰＧＡ）ベースデータ取得システム、及び電圧増幅器からなる。

初期粒子分離の実証：μＥＡＰ分取器の分離能力を実証するために、我々は、緑色蛍光信号をゲートオンして、６２０Ｖ、５００μｓパルスをＥＡＰアクチュエータに印加することによって、緑色（７μｍ）及び赤色（５μｍ）蛍光粒子の混合物を分取した。流体流速は１０μｌ／分であり、結果として１３３ｍｍ／秒の平均線速度となった。分取されない細胞は、廃棄チャネルへのそれらのデフォルト通路を辿り、分取された細胞は、分取チャネルを通って出る流線に偏った（図１０）。我々は、分取不能及び分取可能の両方のチャネル出口から１０μｌの流体体積を捕捉した。体積は、別個の手動血球計算器において撮像された。血球計算器の結果に基づいて、我々は、１００％の純度及び９３％の収率を算定した。

アクチュエータ性能最適化：我々の概念の初期の証明の後、我々は、分取スループットを改善するために、ＥＡＰ流体アクチュエータの設計研究を開始した。我々は、ＣＯＭＳＯＬ Ｍｕｌｔｉｐｈｙｓｉｃｓを使用してアクチュエータの簡易電気機械モデルを開発した。我々の結果は、大部分の操作がデバイスの周辺で行われることを示した。これらの結果に基づいて、我々は、様々なアクチュエータ設計を開発して、それらの性能を経験的に試験した。印加される電圧を増加させて、アクチュエータの幾何学的形状を修正することによって、我々は、ＥＡＰアクチュエータの性能を改善することが可能であった。我々は、２５μｓ、８００Ｖパルス、３０μｌ／分（４００ｍｍ／秒）の流速で、我々の初期粒子分離の実証において使用された分取器よりも２０倍改善して、粒子の分取に成功した。

細胞分取の実証：μＥＡＰ ＦＡＣＳ内での細胞分離を実証するために、我々は、蛍光標識されたＢ細胞を有するマウスリンパ球の試料を調製した。白血球は、遠心分離によって分離されて、次いでフィコエリスリン抱合型Ｂ２２０抗体で標識化する前に固定された。試料が、ＦＡＣＳに投入された。図１１は、分取されたＢ細胞の画像である。分取は、１００μｓ、８００Ｖパルス、１１μｌ／分（１４７ｍｍ／秒）で行われた。蛍光筋が中央で最も明るいことに留意されたい。標識化された細胞が蛍光粒子より著しく暗いので、我々は、検出領域の細胞を照射するために、４８８ｎｍダイオードレーザを使用し、減光発光ダイオード（ＬＥＤ）ランプが全視野照射を提供した。右の明るいスポットは、汚染フィラメントによって壁に取り残された細胞である。

多分取器の統合：直接成型及びソフトリソグラフィによる互換性のため、μＥＡＰ分取器は、より複雑なデバイスに容易に統合できる。我々のＥＡＰアクチュエータの統合能力を示すために、我々は、複数の独立した分取器を特性とする追加的なデバイスを開発した。図１２は、二重チャネルデバイスにおける並列分取を示し、長期露出は、並列チャネルにおいて独立して分取される２つの粒子を示し、図１３は、複数の出口への二重段階連続分取を示し、長期露出は、２つの連続分取器によって３つのホッパのうちの１つに分取される２つの粒子を示す。注：ホッパ３は、デフォルト（分取されない）ホッパであった。高次複数チャネル並列及び多段階連続分取構成は、類似して構成される。

我々のマイクロ流体蛍光活性化細胞分取器（μＦＡＣＳ）は、粒子を分取するために必要なすべての機能：粒子の整列、粒子の蛍光信号の検出、蛍光に基づいた分取決定、続く適切な分取、を提供する。実証された能力としては：２０μｓと低い複数のアクチュエータパルス長での粒子分取；複数の及び単一のアクチュエータ構成を有する分取；複数のチャネル分取器における独立した並列分取；多段階分取器における順次分取；が挙げられ、マイクロ電気活性ポリマー（μＥＡＰ）分取器の恩恵としては：（ａ）分取が、単一の電気入力によって迅速にトリガされること（２０μ秒の分取が実証された）；（ｂ）μＥＡＰアクチュエータが、様々なマイクロ成型技術と互換性を持つこと；及び、（ｃ）μＥＡＰ分取器が容易に統合され。並列可能で、携帯型スケールデバイスに適していること、が挙げられる。

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［２］ Ｍ． Ｅ． Ｐｉｙａｓｅｎａ ａｎｄ Ｓ． Ｗ． Ｇｒａｖｅｓ， “Ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｆｌｏｗ ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ ｗｉｔｈ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ ａｎｄ ｍｉｃｒｏｆａｂｒｉｃａｔｉｏｎ，” Ｌａｂ ｏｎ ａ Ｃｈｉｐ， １４， １０４４-１０５９， ２０１４．
［３］ Ｙ． Ｃｈｅｎ， Ｔ．-Ｈ． Ｗｕ， Ｙ．-Ｃ． Ｋｕｎｇ， Ｍ． Ａ． Ｔｅｉｔｅｌｌ， ａｎｄ Ｐ．-Ｙ． Ｃｈｉｏｕ， “３Ｄ ｐｕｌｓｅｄ ｌａｓｅｒ-ｔｒｉｇｇｅｒｅｄ ｈｉｇｈ-ｓｐｅｅｄ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ-ａｃｔｉｖａｔｅｄ ｃｅｌｌ ｓｏｒｔｅｒ，” Ａｎａｌｙｓｔ， １３８， ７３０８-７３１５， ２０１３．
［４］ Ａ． Ｋ． Ｐｒｉｃｅ， Ｋ． Ｍ． Ａｎｄｅｒｓｏｎ， ａｎｄ Ｃ． Ｔ． Ｃｕｌｂｅｒｓｏｎ， “Ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｅｌｅｃｔｒｏａｃｔｉｖｅ ｐｏｌｙｍｅｒ ａｃｔｕａｔｏｒ ｏｎ ａ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ ｄｅｖｉｃｅ，” Ｌａｂ ｏｎ ａ Ｃｈｉｐ， ９， ２０７６-２０８４， ２００９．
［５］ Ｃ． Ｍｕｒｒａｙ， Ｄ． ＭｃＣｏｕｌ， Ｅ． Ｓｏｌｌｉｅｒ， Ｔ． Ｒｕｇｇｉｅｒｏ， Ｘ． Ｎｉｕ， Ｑ． Ｐｅｉ， Ｄ． Ｄｉ Ｃａｒｌｏ， “Ｅｌｅｃｔｒｏ-ａｄａｐｔｉｖｅ ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ ｆｏｒ ａｃｔｉｖｅ ｔｕｎｉｎｇ ｏｆ ｃｈａｎｎｅｌ ｇｅｏｍｅｔｒｙ ｕｓｉｎｇ ｐｏｌｙｍｅｒ ａｃｔｕａｔｏｒｓ，” Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ ａｎｄ Ｎａｎｏｆｌｕｉｄｉｃｓ， １４， ３４５-３５８， ２０１３．
［６］ Ｄ． Ｄｉ Ｃａｒｌｏ， Ｄ． Ｉｒｉｍｉａ， Ｒ．Ｇ． Ｔｏｍｐｋｉｎｓ， ａｎｄ Ｍ． Ｔｏｎｅｒ， “Ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ ｉｎｅｒｔｉａｌ ｆｏｃｕｓｉｎｇ， ｏｒｄｅｒｉｎｇ， ａｎｄ ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｉｎ ｍｉｃｒｏｃｈａｎｎｅｌｓ，” Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， １０４， １８８９２-１８８９７， ２００７．

我々の請求項に係る発明の実施形態としては、以下が挙げられる：

１．流路周辺に構成された高性能マイクロ流体電気活性ポリマー（μＥＡＰ）アクチュエータであって、ここで、上記アクチュエータに印加される電圧パルスは、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、上記流路を横切って生成するように、上記アクチュエータを誘導し、上記アクチュエータは行き止まり流体チャンバを備え、上記チャンバの１つ又は複数の表面は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える、アクチュエータ。

２．流路周辺に互いに異なる位相で構成された、請求項１の複数のアクチュエータであって、ここで上記アクチュエータに印加される電圧パルスは、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、流路を横切って生成するように、上記アクチュエータを誘導し、各アクチュエータは行き止まり流体チャンバを備え、上記チャンバの表面は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える、請求項１の複数のアクチュエータ。

３．流路周辺に互いに１８０°異なる位相で構成された、請求項１の一対のアクチュエータであって、ここで上記アクチュエータに印加される電圧パルスは、流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、流路を横切って生成するように、上記アクチュエータを誘導し、各アクチュエータは行き止まり流体チャンバを備え、上記チャンバの表面は誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える、請求項１の一対のアクチュエータ。

４．上記チャンバ（単数又は複数）の複数の表面は、誘電性エラストマのＥＡＰ層で覆われた電極を備える、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

５．上記流路は、粒子の水平整列のための流体力学的集束と垂直整列のための慣性集束との組み合わせを提供するように構成される、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

６．上記新しい流線は、分取出口に至る、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

７．上記流路は、試料投入チャネルと、分取済み及び未分取排出チャネルとを備え、上記新しい流線は、上記分取済み排出チャネルに至る、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

８．上記流路は、蛍光検出のために構成され、標的粒子が検出されるとすぐに、電圧パルスが、μＥＡＰアクチュエータに印加される、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

９．上記ＥＡＰ層は、厚さ１〜５０（若しくは２〜２５、若しくは５〜１５μｍ）である、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

１０．上記エラストマは、シリコーンである、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

１１．多チャネルデバイスにおいて並列分取を提供するように構成された、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

１２．複数の出口への多段階連続分取を提供するように構成された、前述又は後述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

１３．標識活性化粒子分取器において機能的に統合された、前述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）。

１４．流路内の標的粒子を新しい流線上へ偏らせる過渡的な交差流を、流路を横切って生成するように、新しい流線上へアクチュエータ（単数又は複数）を誘導するために、電圧パルスを印加するステップを含む、前述の請求項のアクチュエータ（単数又は複数）を使用する方法。

本発明は、詳述された特定の及び好ましい実施形態のすべての組み合わせを包含する。本明細書に記載の例及び実施形態は例示目的にすぎず、これらに関する種々の修正又は変更が当業者に提案され、本出願の趣旨及び範囲、並びに添付の特許請求の範囲内に含まれることになることが理解される。本明細書中の引用文献を含む、本明細書において引用されるすべての刊行物、特許及び特許出願は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に援用される。

Claims (11)

1. 試料溶解モジュールと、精製モジュールと、ＰＣＲモジュールと、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって、並行して別個の核酸配列を検出するように構成された検出モジュールと、をマイクロ流体接続内に備える、自動核酸分析システム。
2. 前記検出モジュールが、エバネッセント波励起を利用したマイクロアレイスキャナを備えるマイクロアレイ検出光学素子を備え；
   前記検出モジュールが、温度によって複数のストリンジェンシーを提供するように構成された自動ハイブリダイゼーションプロセッサを備え；及び／又は
   前記ＰＣＲモジュールが、単一の反応で逆転写及びＰＣＲを行うように構成される、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
3. 前記モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、前記カードを受容するように構成されたソケット、前記カードを操作するように構成された操作装置、前記操作装置を電子制御するように構成されたコントローラを備えるアナライザと、を備え、前記操作装置は、流体アクチュエータと、ＰＣＲサーマルサイクラと、自動ハイブリダイゼーションプロセッサ及びマイクロアレイ検出光学素子とを備える、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
4. 試薬を収容し、溶解、精製、ＰＣＲ、及び検出モジュールに試薬を送達するように構成された、試薬モジュールを更に備える、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
5. 携帯型：１０００ｉｎ^３未満及び１０ｌｂ未満であり；
   迅速：分析が１２０分未満であり；
   多重：５０より多い標的配列の同時分析を実施し；及び／又は
   自動：試料導入と結果表示との間にユーザの介入を必要としない、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
6. 試料がタンパク質分析物を含み、システムが更に、タンパク質分析物に核酸配列を含むタグを付けるように構成され；
   固定されたプローブが、前記配列を、その空間的配置によって定義し；
   増幅が、分析される配列の数より少ない多数のプライマ対によって、実施され；
   別個の核酸配列が、複数の種／生物のものであり；
   ＰＣＲモジュールが、金属（例えばアルミニウム）製ＰＣＲ反応チャンバを備え；
   マイクロ流体接続が、気泡除去のために構成された通気膜を備え、前記通気膜はチャネル層の下方にあるため、チャネル全体が大気圧に曝露され（特定の実施形態では、独立した複数の片としてよりも１つの層として前記膜を製造する方が容易であるため、前記膜は前記カード全体に広がるものの、チャネル層の下側でのみ機能する）；
   増幅が、消耗品内に完全に包含され（開放管などではなく）；及び／又は
   検出が、プライマセットではなくプローブセットに基づくものである（新しい試験の構築が容易である）、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
7. 単一の容器において増幅を実施し（試料区分がなく）；
   血液、唾液、ＧＩ試料、尿、創傷用綿棒、脊髄穿剌、鼻腔用綿棒、獣医及び農業ソースの分析物試料を受容して処理し；
   検体収集ツール若しくは搬送媒体を介して試料を受容し；
   １〜１００μｌの試料体積を処理し；
   モジュール式であり（モジュールを交換することによって異なる用途をサポートでき）；
   （チャネル寸法及び気泡除去によって行われる）計量が可能であり；並びに／又は
   一方向性及び自己封止型である（試料の相互汚染を防止する）
   ように構成された、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
8. モジュールを備える統合型マイクロ流体カードと、ハウジング（ボックス）及び前記ハウジング内でカードを受容するように構成されたソケットを備えるアナライザとを備える、前記システムであって、前記アナライザは：
   前記カードと連動して、溶解、精製、ＰＣＴ（増幅及び標識化）、並びに検出を実施し；
   圧力（例えば試料搬送）、磁場（例えば試料混合）、温度（例えば、増幅、ストリンジェンシー、ハイブリダイゼーション）、及び／若しくは光（例えばハイブリダイゼーション検出）によって試料と相互作用し；並びに／又は
   リアルタイムでハイブリダイゼーションを観察するためにエバネッセント波を試料と結合させること、並びに／若しくは配列情報をもたらす反応速度及び起こり得る塩基対不適合を決定することによって、検出を実施する、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
9. モジュールを備える統合型マイクロ流体カード（カートリッジ）を備えるシステムであって、前記カードは：
   疾患タイプ（例えば、呼吸器疾患）に固有であり；
   患者タイプ（例えば、小児）に固有であり；
   病原体タイプ（例えば、生物兵器剤）に固有であり；
   個体（例えば、薬理ゲノム学）に固有であり；
   患者固有の情報のためにユニーク識別子を含有し；
   無菌性を維持して相互汚染を最小化するために、単回使用用であり；
   ロールツーロール製造ステップを使用して生産され；並びに／又は、
   ポリカーボネートシャーシ、金属箔ＰＣＲチャンバ、アクリル構成要素、通気膜材料、及び／若しくはポリウレタンシールから生産される、
   ように構成される、前述又は後述の請求項に記載のシステム。
10. 粒子又は細胞整列のための流体力学的集束及び／又は慣性集束を提供するように構成され、分取のために構成されたマイクロスケール電気活性ポリマー（ＥＡＰ）アクチュエータを備える、マイクロ流体蛍光活性化細胞分取器（μＦＡＣＳ）と、機能的に統合された、前述の請求項に記載のシステム。
11. 前述の請求項に記載のシステムを使用して、複数の配列増幅及び同時マイクロアレイハイブリダイゼーション読み出しによって並行して別個の分析物核酸配列を検出する方法。

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