JP2017515491A - 多発性骨髄腫の治療方法 - Google Patents

Abstract

本発明は、医療の分野におけるものであり、多発性骨髄腫（ＭＭ）の治療に関する。特に、本発明は、ＭＭ患者の特定の部分群、より具体的には、予後が不良の患者の治療改善のための手段及び方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、多発性骨髄腫を有する被験者が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定する方法であって、被験者からのサンプルに対して、遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＣＤＣ８５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＴＭＥＭ３７、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２からなる群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは、少なくとも２であり、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられる、方法を提供する。

Description

発明の分野
本発明は、医療の分野におけるものであり、多発性骨髄腫（ＭＭ）の治療に関する。特に、本発明は、ＭＭ患者の特定の部分群、より具体的には、予後が不良の患者の治療改善のための手段及び方法を提供する。特定の実施形態では、本発明は、予後が不良の患者が選択され、且つボルテゾミブ（Bortezomib）などのプロテアソーム阻害剤で治療される治療方法を提供する。

発明の背景
多発性骨髄腫（ＭＭ）は、造血器悪性腫瘍全体の１０％を占め、発生率は、年間１００，０００人当たり５件の症例であり、また、発症年齢の中央値は６５〜７０歳である。男性の方がやや多い。多発性骨髄腫の発生率は、白人においてアフリカ系アメリカ人の２倍高い。この疾患は、アジア系の個体に稀に認められる。これは、骨髄における１０％超の形質細胞を含むモノクローナル形質細胞増殖の存在、高カルシウム血症、腎不全、貧血、若しくは骨破壊などの１つ又は複数の末端臓器作用を伴う血清及び／又は尿中のモノクローナルタンパク質の存在により診断される（CRAB, Kyle et al.,Blood. 2008; 111(6): 2962-72, Raab et al., Lancet. 2009; 374 (9686):324-39.）。

近年、多発性骨髄腫の診断及び治療のための手法に劇的な変化があった。治療に対する、より新規で且つより標的特異的な手法によって、多発性骨髄腫患者の生存が延長している。生存の利点は、６５歳未満の患者についてより顕著である（その６８％及び５３％がそれぞれ５年及び１０年超生存し続けている）(Brenner et al., Haematologica. 2009; 94(2): 270-5, Painuly and Kumar, Clin. Med Insights Oncol. 2013; 7: 53-73）。

治療計画は、大きい変化を経たことにより、治療忍容性に有意な改善をもたらした。これに加えて、プロテアソーム阻害剤及び免疫調節薬などのさらに新規の療法によって、全生存期間の改善が達成された（Kumar et al., Blood. 2008; 111(5):2516-20, Myeloma Trialists’ Collaborative Group. J Clin Oncol. 1998;16(12): 3832-42）。

重要なクラスの新規抗骨髄腫薬は、ユビキチンプロテアソーム系を妨害して、腫瘍細胞のタンパク質分解装置を優先的に破壊することにより、アポトーシスに対するそれらの感受性を高める。

しかし、ＭＭは、依然として不治の悪性腫瘍であり、全生存期間（ＯＳ）は、数ヵ月〜１０年超の範囲に及び、３０％が診断後５年の生存に達している。

特に、ボルテゾミブは、骨髄腫治療において有意な臨床効果を示している。これは、最も一般に用いられているプロテアソーム阻害剤であり、数回の試験で全生存期間を延長するうえで有効であることが判明している（Painuly and Kumar, Clin. Med Insights Oncol. 2013; 7: 53-73）。シクロスファミド及びデキサメタゾンとボルテゾミブとの併用は、現時点で、ＭＭ患者の最適な治療に含まれる。

新たに診断された患者において疾患の転帰を予測するために多大な努力がなされてきた。血清β２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及びアルブミンなどの予後マーカは、共に国際病期分類システム（International Staging System）（ＩＳＳ）を構成し、患者を３つの異なるリスクカテゴリーに分類する（Greipp et al., J Clin Oncol. 2005; 23: 3412-3420）。

さらに、ＭＭは、細胞遺伝学的に、高二倍体（hyperdiploid）及び非高二倍体（nonhyperdiploid）ＭＭに区分することができ、後者のカテゴリーでは、染色体１４ｑ３２に免疫グロブリン重鎖を伴う高比率の転座が明らかにされている。ＣＣＮＤ１を伴う転座ｔ（１１；１４）と共に、高二倍体ＭＭは、非高二倍体ＭＭに比べて、比較的好ましい予後を有する。転座ｔ（４；１４）、ｔ（１４；１６）及びｔ（１４；２０）及び染色体１７の（部分的）欠失ｄｅｌ（１７）は、高リスクの遺伝子異常であると考えられる。

アーカンソー医科大学（University of Arkansas for Medical Sciences）（ＵＡＭＳ）は、その現地試験に参加した患者の遺伝子発現プロフィールに基づいて骨髄腫の分子分類を作成した。骨髄腫のＵＡＭＳ分子分類は、転座クラスターＭＳ、ＭＦ及びＣＤ−１／２、高二倍体クラスター、増殖関連遺伝子（ＰＲ）を含むクラスター並びに低比率の骨疾患（ＬＢ）を特徴とするクラスターを含む、７つの異なる遺伝子発現クラスターを識別する（Zhan et al, blood, 2006, vol 108: 6 2020-2028）。さらに近年では、この骨髄腫分類方法は、ＨＯＶＯＮ−６５／ＧＭＭＧ−ＨＤ４前向き（prospective）臨床試験（ＧＳＥ１９７８４）に基づいて拡張され、別の分子クラスター、すなわち、ＮＦ−κＢ、ＣＴＡ及びＰＲＬ３が見出された（Broyl et al., Blood 2010; 116: 2543 - 2553）。これらのクラスターは、疾患特異的遺伝子発現プロフィールに基づいて識別されたため、これらは、予後に関連し得ると仮定された。実際に、ＵＡＭＳ規定のクラスターＭＦ、ＭＳ及びＰＲは、トータルセラピーＴＴ２試験において高リスク疾患を識別することが判明し（Zhan et al, blood, 2006, vol 108: 6 2020-2028）、ＭＦ、ＭＳ、及びＰＲクラスターに属する患者は、予後が不良であることが分かった。

個別の療法応答予測を可能にすることより、治療計画を改善する必要が依然としてある。本発明は、この必要性に取り組むものである。

発明の概要
本発明者らは、多発性骨髄腫（ＭＭ）と診断された被験者（subject）が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定する、特に有利な方法を見出した。

第１の態様では、本発明は、多発性骨髄腫に罹患した被験者が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定する方法を提供し、この方法は、被験者からのサンプルに対して、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは、少なくとも２であり、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられる。

別の態様では、本発明は、多発性骨髄腫に罹患した被験者からのサンプルを、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる被験者のサンプルとして分類する方法を提供し、この方法は、前記サンプルに対して、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは、少なくとも２であり、前記サンプルにおいて、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、前記サンプルは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる被験者のサンプルとして分類される。

本発明の態様における遺伝子発現プロファイリングは、ＲＮＡサンプル中の選択された遺伝子の発現レベルを決定することによって実施するのが好ましい。発現レベルを決定するために好ましいサンプルは、組織、骨（骨髄など）又は血液から得られるサンプルである。前記サンプルは、癌細胞を含むか、又は癌細胞を含むことが疑われるものが好ましい。

本発明はまた、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法にも関し、この方法は、治療の前に、前述した方法によって、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるとして、多発性骨髄腫と診断された被験者を分類するステップ、及び識別された被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップを含む。

発明の詳細な説明
まず、本発明者らは、Broyl et al., Blood 2010; 116: 2543-2553（これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）において識別されている、分子ＭＭクラスターを用いたクラスター呼称に関して、生存に対するボルテゾミブなどのプロテアソーム阻害剤の影響を評価した。従来通りに、すなわち、プロテアソーム阻害剤なしで治療した患者の場合、全生存期間（ＯＳ）及び無増悪生存期間（ＰＦＳ）の両方について全クラスター間で有意な差が認められた（いずれについても、ｐ＜０．００１）。クラスターＭＳ、ＭＦ及びＰＲは、ＯＳ及びＰＦＳの両方について最も短い生存期間を示した。

ボルテゾミブで治療した患者の群では、ＰＲクラスター遺伝子発現を有する者は依然として不良のＯＳ及びＰＦＳを示したが、ＭＦ及びＭＳクラスターの両方の生存は、明らかに改善した。興味深いことに、群ＣＤ−１、ＬＢ及びＮＦ−κＢのＰＦＳもボルテゾミブ療法で改善した。ＭＦクラスターに属するとして分類されたＭＭ患者は、プロテアソーム阻害剤による療法に最も良く応答することが判明した。特に、ＭＦクラスター患者の群が、この療法から最大の利益を受けたと思われる。

「ＭＭ」又は「多発性骨髄腫」という語句は、本明細書において、新たに診断された若しくは再発した多発性骨髄腫患者、又は新たに診断されたくすぶり型（Smoldering）患者及びＭＧＵＳ（意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症）患者を包含するために使用される。

本明細書で使用される「プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答する」又は「プロテアソーム阻害剤を用いた治療からの利益」という語句又は均等物は、非治療の被験者若しくは状態と比較して、又は従来の療法（ＶＡＤ）を受ける被験者と比較して、プロテアソーム阻害剤を用いた治療時に、より長い無増悪生存期間、全生存期間若しくはその両方のいずれかを有することを意味する。

従って、第１の実施形態において、本発明は、多発性骨髄腫に罹患した被験者の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物に関し、ここで、被験者は、ＭＦクラスターに属するとして分類され、ＭＦクラスター患者としての被験者の分類は、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現プロフィールに基づいて行われるのが好ましく、Ｎは、少なくとも２である。

別の態様では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者からのサンプルに対する遺伝子解析を実施するステップ、被験者からのサンプルの遺伝子解析の結果に基づいて被験者を多発性骨髄腫クラスターに分類するステップ、ＭＦクラスターに分類されたとして被験者を識別するステップ、及び識別された被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップを含み、ここで、ＭＦクラスター患者としての被験者の分類は、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現プロフィールに基づいて行われるのが好ましく、Ｎは、少なくとも２である。

また別の態様では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップを含み、ここで、被験者は、治療の前に、ＭＦクラスターに分類されており、ＭＦクラスター患者としての被験者の分類は、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現プロフィールに基づいて行われるのが好ましく、Ｎは、少なくとも２である。

ボルテゾミブ（ＰＡＤ、すなわち、ボルテゾミブ、アドリアマイシン、及びデキサメタゾンの組み合わせで治療）又は従来の療法（ＶＡＤ、すなわち、ビンクリスチン、アドリアマイシン、及びデキサメタゾンの組み合わせで治療）で治療した３０１人のＭＭ患者からなる群に対して、生存期間解析を実施した。患者群を１０のクラスターに層別化した（表１）。

従来の治療群（ＶＡＤ）では、この試験の患者の５％を占めるＭＦクラスターは、全クラスターの最も短いＰＦＳ及びＯＳ中央値（それぞれ、２及び４ヵ月）を示した。これと著しい対照をなして、ボルテゾミブ治療群では、ＭＦクラスターは、２７ヵ月のＰＦＳ中央値と５４ヵ月のＯＳ中央値を示し、これにより、従来の療法からボルテゾミブを用いた治療への生存期間の最も著しい改善（最も高いＰＡＤ／ＶＡＤ比）が明らかにされた（表２及び３）。

従来の治療群において、ＭＳクラスター（試験集団の１０％）のＰＦＳ中央値は、他の全てのクラスター（ＭＳ及びＭＦを除く）が平均して３１ヵ月の生存期間中央値であったのに対し、１５ヵ月であった。ＭＳクラスターのＰＦＳは、ボルテゾミブ治療群の方が６ヵ月長かった。ＯＳについては、従来の治療患者のＯＳ中央値が３０ヵ月に限定され、また、ボルテゾミブ治療患者のＯＳ中央値に達することなく（＞４１ヵ月）、差がさらに明確であった。

従来の治療患者では、ＭＦ及びＭＳに次ぐ短いＰＦＳ中央値を有する３番目のクラスターは、ＰＦＳ中央値が２０ヵ月のＰＲクラスターであった。ＭＦ及びＭＳの両方が、ボルテゾミブ療法の明らかな利益を示したのに対し、ＰＲクラスターは、ほぼ変わらないＰＦＳ（１９ヵ月）を示した。ＯＳに関しては、このクラスターは、従来の治療患者において２９ヵ月の生存期間中央値を示したが、ボルテゾミブ治療患者では中央値は２２ヵ月であった。

ＮＦ−κＢクラスターは、ボルテゾミブ治療患者の３２ヵ月に対して、従来の治療患者では２４ヵ月のＰＦＳ中央値を示した。

従来の治療患者に対し、ボルテゾミブ治療患者においてより長いＰＦＳ中央値を示すその他のクラスターは、患者の４％及び５％を占めるＣＤ−１及びＬＢであった（表２及び３）。

ボルテゾミブ療法からの利益を明らかにしたクラスターは、予後が不良のクラスターＭＳ及びＭＦ、並びにクラスターＣＤ−１、ＬＢ及びＮＦ−κＢを含む。合計すると、これらのクラスターは、患者集団の３６％を占める。他方で、ＰＲ患者（５％）は、ボルテゾミブ治療時に改善を示さなかった。

また、一部の患者は、ボルテゾミブ療法より従来の療法の方が良好であったことも判明した。ボルテゾミブ治療後のＰＦＳ中央値が、従来の薬剤での治療より低いクラスターは、ＣＤ−２（患者の１１％、それぞれ、３２ヵ月及び４１ヵ月）及び骨髄性（１２％、それぞれ、３２ヵ月及び３６ヵ月）を含んだ。

最後に、従来通り又はボルテゾミブを用いて治療した場合、２つのクラスターは、ＰＦＳ中央値に差がないことがわかった。これらは、ＣＴＡクラスター及び高二倍体クラスター（それぞれ、７％及び２４％を占める）であった。

結論として、ＰＲクラスターについては使用した治療に関係なく予後が不良のままであったが、予後不良のクラスターＭＦ及びＭＳに対してボルテゾミブの明らかな効果が認められた。これを、図１〜１０のカプラン−マイヤープロットにグラフとして表す。

従って、本発明は、多発性骨髄腫を有する被験者の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物に関し、ここで、被験者は、ＭＳ、ＭＦ、ＮＦκＢ、ＣＤ−１及びＬＢからなる群から選択されるクラスターに属する。

さらに具体的には、本発明は、多発性骨髄腫を有する被験者の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物に関し、ここで、被験者は、ＭＦクラスターに属する。

プロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ（Carfilzomib）、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ（Delanzomib）、オプロゾミブ（Oprozomib）、マリゾミブ（Marizomib）、ＡＭ−１１４、ＴＭＣ９５Ａ、クルクソン（Curcusone）−Ｄ及びＰＩ−１８４０並びにこれらの組み合わせからなる群から選択するのが有利である。これらの薬剤は、表４に示す異なる名称でも知られている。

本発明の態様の好ましい実施形態では、被験者は、ＭＦクラスターに属する。

プロテアソーム阻害剤はまた、他の薬剤と併用して投与してもよい。好ましい実施形態では、本療法はさらに、メルファラン（Melphalan）、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン（Cyclin）依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型（Bruton’s）キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤を投与するステップを含む。

別の表現では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者からのサンプルに対する遺伝子解析を実施するステップ、被験者からのサンプルの遺伝子解析の結果に基づいて被験者を多発性骨髄腫クラスターに分類するステップ、ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＬＢ、及びＮＦ−κＢからなる群から選択されるクラスターに分類されたとして被験者を識別するステップ、及び識別された被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップを含む。

好ましい態様では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者からのサンプルに対する遺伝子解析を実施するステップ、被験者からのサンプルの遺伝子解析の結果に基づいて被験者を多発性骨髄腫クラスターに分類するステップ、ＭＦクラスターに分類されたとして被験者を識別するステップ、及び識別された被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップを含む。

また別の好ましい実施形態では、本発明は、被験者が自家及び／若しくは同種幹細胞レスキューを受け、且つ／又は被験者がヒトである、前述の方法に関する。

また別の表現では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者をボルテゾミブで治療するステップを含み、ここで、被験者は、治療の前に、ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＬＢ、及びＮＦ−κＢからなる群から選択される多発性骨髄腫クラスターに分類されている。

好ましい実施形態では、本発明は、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、被験者をボルテゾミブで治療するステップを含み、ここで、被験者は、治療の前に、ＭＦクラスターに分類されている。

遺伝子発現解析は、ＭＭ患者をクラスター分類する有利な方法であることが判明した。そのため、本発明は、遺伝子解析が遺伝子発現解析である、前述の方法に関する。遺伝子発現解析がマイクロアレイ解析であるとき、特に優れた結果が得られた。しかし、遺伝子発現解析のための別の手段が同様に適合している場合もあり、このようなものとして、限定はしないが、遺伝子アレイ解析、ＲＮＡのシーケンシング、ＲＮＡ−ＦＩＳＨ、定量ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification）及びＰＣＲからなる群から選択される遺伝子発現解析方法がある。

多数の患者が参加する試験では、患者を遺伝子発現分析に基づいて特定のクラスターに分類することができると記載されている（Broyl et al., Blood 2010）。しかし、これまで、単一の患者を既知ＭＭクラスターの１つに確実に割り当てるのに利用可能な方法はなかった。

本発明者らは、本明細書に、ＭＭクラスターの１つに個別の被験者を分類する特に有利な方法を記載し、この方法は、限定数の遺伝子の発現プロフィールを用いた遺伝子発現プロファイリングを使用する。この方法は、遺伝子アレイ技術を使用するのが好ましい。本発明の態様の極めて好ましい実施形態では、表５〜１１のいずれか１つのプローブセットを用いて、遺伝子発現レベルを決定する。これらの表において、「プローブセットＩＤ」という表示は、以下の実施例に記載するように、Human Genome U133 Plus2.0マイクロアレイチップセットオリゴヌクレオチドアレイからのアフィメトリクス（Affymetrix）（Santa Clara, Calif.）識別子に対応するものである。これらの識別子は、１つ又は複数のユニークな遺伝子転写物を同定するのに用いるプローブセットを示している。従って、本明細書で開示する表５〜１１に関連する「遺伝子」という用語は、遺伝子転写物を指す場合もある。本発明の複数の態様では、表１０に示すように、各クラスターについての上位１００遺伝子を含む群から選択される少なくとも２つの遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するのが好ましい。表１０に示すＭＦクラスターの上位１００遺伝子からなる群から選択される少なくとも２つの遺伝子の発現を決定することにより、特定の患者を例えばＭＦクラスターに割り当てることができる。患者を特定のクラスターに割り当てるには、表１０にＭＦクラスターについて記載した遺伝子の群から選択される２つの遺伝子の任意の組み合わせで十分であった。表１０に示す他のクラスターについても同様であることが判明した。

本発明の態様のさらに有利な実施形態では、遺伝子発現分析は、表１０に示す遺伝子からなる群から選択される、少なくとも２つの遺伝子の発現プロフィールを決定するステップを含む。

従って、別の有利な実施形態では、本発明は、遺伝子発現解析が、クラスターＭＳ、ＭＦ、ＮＦ−κＢ、及びＬＢの各々について表１０の少なくとも最初の２つの遺伝子の発現プロフィールを含む、前述の方法及び態様に関する。

本発明の好ましい態様は、３つ以上の遺伝子の発現を決定するステップを含む。これは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４個、又はそれを超える遺伝子の発現を含む。

遺伝子の最適数は、ＭＳクラスターについては２０個の遺伝子（表５）、ＭＦクラスターについては９個の遺伝子（表６及び表１１）、ＣＤ−１クラスターについては２４個の遺伝子（表７）、ＮＦ−κＢクラスターについては２１個の遺伝子（表８）、並びにＬＢクラスターについては５個の遺伝子（表９）であることが明らかになった。

「多発性骨髄腫を有する被験者」又は「ＭＭ被験者」という用語は、多発性骨髄腫を有するとして診断された被験者、又は患者を指す。一般に、いずれの単一の試験の結果も多発性骨髄腫を診断するには十分ではない。診断は、患者の症状の説明、医師による患者の身体診察、血液検査及び任意選択のＸ線の結果を含む、複数の因子の組み合わせに基づいて行われる。被験者における多発性骨髄腫の診断は、当技術分野で知られるいずれの確立された診断手順で行ってもよい。一般に、多発性骨髄腫は、形質細胞腫瘍が生検により確認されるか、又はＭタンパク質の血液若しくは尿レベルのいずれかが、所定のレベル（例えば、それぞれ、３ｇ／ｄＬ及び１ｇ／ｄＬ）を超えるか、若しくは画像研究において、腫瘍成長若しくは脆い骨（骨粗鬆症）のために骨に孔が認められるという所見と併せて、骨髄中の少なくとも１０％の細胞が形質細胞であるときに診断される。

特定の理論に束縛されるものではないが、本明細書に記載する使用のためのプロテアソーム阻害剤は、２６Ｓプロテアソームとの相互作用を介してその機能を発揮することが本明細書において提唱される。２６Ｓプロテアソーム阻害剤は、癌細胞を含むあらゆる細胞におけるタンパク質分解及びタンパク質再局在化を調節する必須タンパク質複合体である。これは、誤って折り畳まれたタンパク質の増殖、アポトーシス、及び分解を含む多くの細胞プロセスに関与している。さらに、プロテアソーム阻害剤は、疾患関連タンパク質の分解において重要な役割を果たす。プロテアソーム阻害剤は、３段階のユビキチン化プロセスによりタンパク質に結合される、ユビキチン分子タグを認識する。

分解及び再局在化のためにターゲティングされるタンパク質は、ユビキチン鎖により標識され、これは、プロテアソームによって認識される。ユビキチンの局在化に応じて、タンパク質は、プロテアソームによる異なったプロセシングを被ることになる。リシン４８結合ユビキチン鎖でタグ付けされたタンパク質は、分解のために標識されている。単一のユビキチン群又はリシン６３に結合したユビキチン鎖でタグ付けされたタンパク質は、再局在化などの別の生物学的プロセスのために標識されている。

プロテアソームによるタンパク質基質の分解のためには、このタンパク質が、プロテアソームの調節ゲートを通過して（１９Ｓ）、触媒コア中のタンパク質分解酵素と相互作用する必要がある（２０Ｓ）。プロテアソームの触媒コア粒子は、プロテアソームのタンパク質分解装置を形成する。ポリ−ユビキチン化タンパク質（基質）は、プロテアソームの触媒コア粒子にプロセシングされる。プロテアソーム複合体は、現在、２６Ｓプロテアソームと一般に呼ばれている。ゲート開放後、基質は、コア粒子の触媒室に転位するが、ここには、いくつかの活性分解部位が存在する。

プロテアソームの阻害は、癌治療のユニークな手法である。固形腫瘍を含む様々な腫瘍タイプにおいて臨床前活性が明らかにされている。癌治療におけるプロテアソーム阻害剤の使用の可能性は、Adams et al., Cancer research 59: 2615-2699 (1999) [18]に詳細に記載されている。最新のプロテアソーム阻害剤は、プロテアソームの触媒コア粒子に結合して、これに影響を与える。ボルテゾミブ、すなわちＰＳ−３４１は、ＦＤＡ承認を受けた最初のプロテアソーム阻害剤であった。今日では、他のプロテアソーム標的治療薬が、限定はしないが、癌を含む多種多様な疾患での適用のための様々な開発段階にある。

プロテアソーム阻害剤が、in vitro及びin vivoで悪性細胞の細胞死を招く正確な下流の機構は依然として十分に解明されていないが、研究によって、プロテアソーム阻害剤に誘導される悪性細胞死は、小胞体の誘導、ストレス及び小胞体ストレス応答の活性化、ＮＦ−κＢ炎症経路の阻害、カスパーゼ−８及びアポトーシスの活性化、並びに活性酸素種の生成増加に関連することが示されている。

癌におけるプラス効果は、恐らくプロテアソームにより調節される分解の阻害、従って、（アポトーシス促進）タンパク質の蓄積によるものであろう。加えて、研究により、プロテアソーム阻害剤が、癌細胞に対して選択的であることも判明している。癌細胞は、プロテアソーム阻害剤に対して高い感受性を有すると思われ、同様の効果が化学療法においても観察されている。

２６Ｓプロテアソームの妨害は、癌治療のユニークな手法を形成する。プロテアソームは、それ自体で高度に保存されたタンパク質複合体である。さらに、プロテアソームは、ヒト身体の全細胞における効率的な管理のための高度に調節されたゴミ箱（trash bin）機構として記載することができる、比較的独立したタンパク質複合体である。その結果、プロテアソーム阻害の下流の効果は類似している。プロテアソーム阻害剤は、分解装置を阻害した後、タンパク質を蓄積し、これによって、腫瘍細胞の排除を駆動する。従って、ボルテゾミブ治療のプラス効果から利益を得る患者は、別のプロテアソーム阻害剤のプラス効果からも利益を得ると考えられる。

本発明の好ましい実施形態では、プロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブである。ボルテゾミブは、細胞のプロテアソームの機能を可逆的に阻止し、癌細胞の増殖及び生存に関するものを含む多数の生物学的経路に影響を与える。しかし、本発明はまた、プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブ、ＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択される、前述の使用のための組成物又は方法にも関する。

ボルテゾミブは、少なくとも１回以前に治療を受けたことがある、その疾患が最後の治療時に増悪した、及び骨髄移植を既に受けたか、又は骨髄移植に不適である多発性骨髄腫患者における使用のために現在承認されている。ボルテゾミブは、再発した多発性骨髄腫を有する患者及び腎不全に罹患したＭＭ患者において有意な活性を有する。

ボルテゾミブを用いた治療の効果又は成果は、ボルテゾミブをデキサメタゾンと併用した場合に増加することが知られている。その効果はさらに、ドキソルビシンなどの他の薬剤と併用すると、相乗効果的に向上することもわかっている。

従って、プロテアソーム阻害剤は、本発明の態様において、単独、又は他の薬剤、例えば、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、抗体断片を基材とする薬剤を含むモノクローナル抗体薬、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤との組み合わせのいずれかで使用してもよい。

メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、抗体断片を基材とする薬剤を含むモノクローナル抗体薬、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤と組み合わせたボルテゾミブの使用が好ましい。

本明細書に記載する使用のための組成物又は本明細書に記載する治療方法は、多発性骨髄腫の従来の療法に対して複数の利点を有する。従来の療法では、患者が、ＭＦクラスターに属するか否か、又は例えば、表１１に記載の９個の遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の異常な発現を有するか否かの事前選択なしに、ボルテゾミブをＭＭ患者に投与した。その結果、プロテアソーム阻害剤を用いた治療から利益を受けない可能性がある被験者の過剰処置を招いた。

「異常な発現」又は「異常に発現している」という用語は、所与の遺伝子の過剰発現又は過小発現を指す。過剰発現は、遺伝子の発現が、基準レベルより高いときに起こり、過小発現は、遺伝子の発現レベルが、基準レベルを下回るときに起こる。基準レベルは、任意に選択してもよく、又は実験により決定してもよい。好ましい実施形態では、基準レベルは、正常な発現レベル、すなわち、正常で、健康な対照被験者の発現レベルである。別の好ましい実施形態では、基準レベルは、対照被験者の集団における遺伝子の平均発現レベルである。ＭＭ患者において、ある遺伝子が異常に発現しているか否かを決定する目的で、基準発現レベルは、対照ＭＭ患者又はＭＭ患者の集団における上記遺伝子の発現レベルであるのが有利である。例えば、表６及び表１１は、ＭＦクラスターに属する、すなわちプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるＭＭ患者において、遺伝子ＣＣＤＣ８５Ａ、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２が過小発現するのに対し、遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ及びＴＭＥＭ３７は過剰発現することを示している。表１１に示す過剰発現及び過小発現は、ＭＭ患者の集団におけるそれぞれの遺伝子の平均発現を基準値として用いて決定される。

表６は、遺伝子チップアレイ技術を用いて、表示する９個の遺伝子の異常な発現を決定するために使用される１１のプローブセットを示す。遺伝子発現を決定する他の方法を使用しても、均等な又は同じ結果が得られるであろう。このような他の方法は、別のプローブセット又は全く異なる技術を含み得る。本発明のある態様では、表６又は表１１の９個の遺伝子の群から選択される２つの遺伝子の発現が用いられる限り、本発明の態様で使用される方法は、被験者をＭＭ患者のＭＦクラスターに割り当てるための信頼性があり且つ正確な結果を提供する。

プロテアソーム阻害剤は、重篤な末梢神経障害を引き起こす恐れがあり、その結果、疼痛及び（重篤な）身体障害を招き、患者は最終的に車椅子生活に陥る場合もある。さらに、プロテアソーム阻害剤は、静脈内又は皮下投与され得るが、これによって、投与部位に極めて高い中毒量が生じ得る。また、この投与経路の場合、患者は、医師のところまで移動する必要があり、これは、多くの場合、こうした患者が不調な状態であるか、及び／又は医師から離れた場所に住んでいる可能性があるため、重大な制約となり得る。

従って、プロテアソーム阻害剤の使用は、他の利用可能な治療と比較して、治療から利益を受けないか、又はほとんど受けないであろう患者において回避するのが好ましい。本明細書において既述したように、ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＬＢ及びＮＦ−κＢクラスターに属さないＭＭ患者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療時に、より長い無増悪生存期間、全生存期間、又はその両方を呈示する。本明細書において既述したように、ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＬＢ及びＮＦ−κＢクラスターのいずれにも属さず、ＣＤ−２、ＣＴＡ、ＨＹ、骨髄性及びＰＲクラスターに属するＭＭ患者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療時に、より長い無増悪生存期間又は全生存期間を呈示するという意味で利益を受けないか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療時に無増悪生存期間又は全生存期間の減少という有害な応答を示すことさえある。

そのため、本発明は、被験者におけるＭＭを治療する方法にも関し、この方法は、プロテアソーム阻害剤を含まない治療計画を被験者に施行するステップを含み、ここで、被験者は、ＣＤ−２、ＣＴＡ、ＨＹ、骨髄性又はＰＲクラスターに属するとして事前に診断されている。ＭＭ患者が、ＣＤ−２、ＣＴＡ、ＨＹ、骨髄性又はＰＲクラスターに属するか否かは、例えば、ＭＭ患者が、ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＮＦ−κＢ及びＬＢクラスターのいずれにも属さないことを確認することによって決定してもよい。これは、これらのクラスターの各々について、表５〜９に表示する陰性（非クラスター）分類器又は陽性（クラスター）分類器のいずれかを用いて、前記患者における遺伝子発現レベルを決定して、少なくとも２つの遺伝子に基づき、患者が、クラスターＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＮＦ−κＢ又はＬＢのいずれかについて異常な遺伝子発現レベルを有していないことを明らかにすることによって達成するのが有利である。例えば、非ＭＦクラスター被験者は、表６又は表１１に記載の９個の遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の異常な発現を示さない。

好ましい実施形態では、本発明は、前述の方法に関し、ここで、被験者に対するプロテアソーム阻害剤の投与は、ＭＦクラスターに属していないか、又は表１１に記載の９個の遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の異常な発現を示さない患者の治療にはプロテアソーム阻害剤が有効ではないことを知ったうえで実施される。

本発明の方法を適用する際、治療から最も多く利益を受ける患者（応答者）を選択して、治療から利益を受ける見込みが低い患者（非応答者）から分けてもよく、このことは、（不必要な）プロテアソーム阻害剤治療の有意な低減を意味し、その結果、有害な事象を被る患者が少なくなる。

本発明の治療方法は、このように、不必要な高額の治療の使用を防止すると共に、（重大な）有害事象の際の患者の不必要なフォローアップ及び入院を回避することによって、費用低減につながる。

好ましい態様では、本発明は、ＭＭを有する被験者を治療する方法に関し、この方法は、ＭＭを有する被験者に、プロテアソーム阻害剤の投与を含む治療計画を試行するステップを含み、ここで、被験者は、治療の前に、ＭＦクラスターに属していると診断されるか、又は表１１に記載の９個の遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子の異常な発現を有しており、前記治療は、任意選択で、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体薬、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される少なくとも１種の薬剤の投与をさらに含む。

本発明者らはまた、多発性骨髄腫を有する被験者がＭＦクラスターに属するか否か、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定する新しい方法を見出した。そのために、本発明者らは、遺伝子発現解析に基づく方法を提供する。表１１は、ＭＭを有する被験者がＭＦクラスターに属するか否か、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定するのに使用するための遺伝子セットを記載する。遺伝子の略語（遺伝子名（Gene Symbol））及びプローブセットは、当業者が関連遺伝子を明確に決定するうえで十分なものである。詳細は、http://www.affymetrix.com/support/technical/annotationfilesmain.affxから入手することができる。データベースの詳細は以下の通りである：Affymetrix、netaffx-annotation-date=2012-10-15、netaffx-annotation-netaffx-build=33、genome-version=hg19、genome-version-ncbi=GRCh37。

ＭＦクラスターに属する個体、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる個体は、表１１に記載の９個の遺伝子の群から選択される少なくとも２つの遺伝子の正規化発現レベルを決定することにより、他のＭＭ被験者から識別することができ、ここで、被験者は、少なくとも２つの遺伝子が異常に発現すれば、ＭＦクラスターに属するか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答すると見込まれることが判明した。

従って、本発明の態様の非常に好ましい実施形態では、表１１に記載の９個の遺伝子の群から選択される、少なくとも２つの遺伝子の正規化発現レベルを決定するが、ここで、前記遺伝子の少なくとも２つ、好ましくは３、４、５、６、７、８若しくは９個の遺伝子が異常に発現すれば、被験者は、ＭＦクラスターに属するか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる。

本発明の態様において、遺伝子の発現レベルを決定するステップは、被験者のサンプル、好ましくは核酸サンプル、例えば、ＭＭ被験者の骨、組織又は体液サンプルから核酸を単離した後に得られる核酸サンプルに対する遺伝子発現解析の実施を含むのが好ましい。サンプルに対する遺伝子発現解析の実施方法は、当技術分野において公知である。

本明細書で使用する核酸サンプルという用語は、被験者から得られる、核酸を含有するサンプル、例えば、骨、血液又は組織、好ましくは形質細胞から得られるサンプルを指す。

本明細書で使用する「正規化発現レベル」という用語は、目的の遺伝子（表１１に記載の９個の遺伝子の群から選択される）の発現レベルを基準発現レベルで割ったものを意味する。この基準発現レベル又は基準発現レベル値は、任意で選択してもよいが、ＭＭと診断された少なくとも１人の対照個体において決定される目的の遺伝子の発現レベルであるのが好ましい。基準レベルは、ＭＦ群に属さないＭＭと診断された対照個体における目的の遺伝子の発現レベルであるのが、さらに好ましい。最も好ましいのは、前述したものなどの対照個体の群から得られる基準発現レベルである。このような好ましい基準値は、ＭＦ群に属さないＭＭと診断された対照個体の群からの平均発現レベルを計算することによって得ることもできる。

表１１に記載の遺伝子の発現レベルは、形質細胞から得られるＲＮＡサンプルにおいて決定することができ、ここで、ＣＤ１３８、ＣＤ３１９又はＣＤ２６９表面タンパク質陽性細胞が好ましい。

「過剰発現している」という用語は、本明細書において、基準発現レベルを超える発現のレベルを示すために使用される。当業者は、基準発現レベルを決定するための方法を熟知している。好ましい実施形態では、本発明の方法に従って決定される発現レベルは、基準値を少なくとも１０％上回り、例えば、基準値を２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％以上上回り、例えば、基準値を１００、２００、３００又は４００％以上上回る。

「過小発現している」という用語は、本明細書において、基準発現レベルを下回る発現のレベルを示すために使用される。当業者は、基準発現レベルを決定するための方法を熟知している。好ましい実施形態では、本発明の方法で決定される発現レベルは、基準値を少なくとも１０％下回り、例えば、基準値を２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％以上下回り、例えば、基準値を１００、２００、３００又は４００％以上下回る。

従って、ＭＭ被験者が、ＭＦクラスターに属するか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定するために、表１１に表示する遺伝子群を用いてもよい。表１１から選択される２つの遺伝子の任意のセットの発現レベルを決定して、特定の遺伝子セットの基準発現レベルと比較してもよい。２つの遺伝子の各々の発現レベルが異常であれば、被験者は、ＭＦクラスターに属するか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる。

遺伝子の発現レベルを決定するための当技術分野で公知の好適な技術は多数存在する。そのようなものとして、限定はしないが、遺伝子発現アレイ解析、ＲＮＡの（次世代）シーケンシング、ＲＮＡ−ＦＩＳＨ、定量ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、ＭＬＰＡ、マイクロアレイＧＥＰ、ＰＣＲなどが挙げられる。

この方法は、表１１から選択される３つ以上の遺伝子、例えば、３、４、５、６、７、８、又は９個の遺伝子の発現レベルを決定することによって、さらに改善することもできる。

機械学習及び統計学において、分類は、カテゴリーメンバーが既知である観察結果（又は事例）を含むトレーニングデータセットに基づいて、いずれのカテゴリーのセットに新しい観察結果が属するかを決定することが問題である。特に、具体的実装で、分類を実施するアルゴリズムは、分類器（classifier）として知られている。

線形又は非線形分類器境界を有する多くの分類器が当技術分野で知られており、例えば、限定はしないが、以下のものが挙げられる：ＣｌａＮＣ、最近傍平均分類器（nearest mean classifier）、単純ベイズ分類器（simple Bayes classifier）、線形判別分析（ＬＤＡ）、二次判別分析（quadratic discriminant analysis）（ＱＤＡ）、サポートベクターマシン（Support Vector Machine）（ＳＶＭ）、又はｋ最近傍（k-nearest neighbor）（ｋ−ｎｎ）分類器。

特に有利な実施形態では、本発明は、線形分類器を含む方法に関する。ＣｌａＮＣ分類器（最近傍重心に関する分類）は、そのような線形分類器である。この分類器では、ｘと呼ばれる単一のＭＭ患者について、２つの重心の各々までの距離ｄを計算する。本明細書において、重心は、０及び１の添え字と共に示される（１は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる患者を表し、また、０は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答しないことが見込まれる患者を表す）。使用する距離は、正規化されたユークリッド距離の測度であり、以下の式で表されるｄ_０及びｄ_１が得られる：

式中、ｘ_ｉは、被験者ｘの特定の遺伝子ｉの発現レベルを表し、遺伝子ｉは、表１１に記載の９個の遺伝子から選択され、Ｎは、表１１に記載の９個の遺伝子から選択される遺伝子の総数であり、ｍ_０及びｓ_０は、表１１に記載の値であり、ｍ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の標準偏差である。

次に、ＭＭ患者を最小距離ｄ（すなわち、最近傍の重心）の群に割り当てる。従って、ｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられ、又はｄ_０の値がｄ_１の値より小さいか、若しくはそれに等しければ、被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答しないことが見込まれると結論付けられる。

本発明の好ましい実施形態による決定の一例を実施例４に記載する。

本明細書に記載する教示内容は、表１１に記載する厳密な値が、所望の結果を達成する唯一の方法であるかのように狭義に解釈すべきではない。表１１に記載する通りに用いたとき、本発明を実施する最良の形態が提供されるが、ｍ_０、ｍ_１、ｓ_０及びｓ_１の数は、これらの数を５０％上回るか、又は下回る値も満足な結果をもたらすような指針として用いることができる。これに関して、ｍ_０、ｍ_１、ｓ_０及びｓ_１の値が、表１に記載する値に類似していれば、さらに正確で且つ信頼できる結果が得られることに留意すべきである。上記に関して、表１に記載する値と１０％の差しかない値は、２０、３０又は４０％の差がある値より優れた結果をもたらす。

別の実施形態では、本発明の趣旨から逸脱することなく、数を小数第１位又は２位まで四捨五入してもよい。

要約すると、本発明は、多発性骨髄腫と診断された被験者が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定するための方法に関し、この方法は、被験者からのサンプルに対して、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは少なくとも２であり、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられる。

本発明はまた、
ａ．表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択されるＮ個の遺伝子の発現レベルの検出のための少なくとも１つのプローブを提供するステップ、
ｂ．患者に由来するｍＲＮＡを含むサンプルとプローブを接触させるステップ、
ｃ．少なくともＮ個の遺伝子から個別の遺伝子の各々の発現レベルを決定するステップ
を含む、前述の方法にも関する。

プローブという用語は、目的の遺伝子と特異的にハイブリダイズすることができるＲＮＡ又はＤＮＡから構成されるオリゴヌクレオチドを指す。当業者であれば、プローブの有効な設計についての境界を十分に認識されよう。例えば、遺伝子アレイ解析による遺伝子発現の検出のためには、単一のプローブで十分となり得る。有利な実施形態では、少なくとも１つのプローブは、プローブセット、すなわち、増幅しようとするヌクレオチド領域の両端に前方及び逆方向にハイブリダイズすることができる２つのプローブを含む。このようなプローブは、ＰＣＲ解析又はシーケンシングに有利となり得る。

前述の方法は、表１１から選択される３つ以上の遺伝子を遺伝子発現解析に使用することによって改善され得る。有利な実施形態では、前述した方法は、Ｎ個の遺伝子を使用し、ここで、Ｎは、少なくとも３、４、５、６、７、８、又は少なくとも９である。

被験者が、ＭＦクラスターに属するか、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるという結論付けは、前述したように、２つの遺伝子の異常な発現レベルに基づいて行ってもよい。これは、結論を２〜Ｎ個の遺伝子の発現レベルに基づいて行えば、さらに改善され得る。

遺伝子発現解析の他の手段も同様に適している。このような技術の非限定的例として、遺伝子アレイ解析、ＲＮＡのシーケンシング、ＲＮＡ−ＦＩＳＨ、定量ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、多重ライゲーション依存性プローブ増幅（Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification）、マイクロアレイ遺伝子発現プロファイリング及びＰＣＲが挙げられる。しかし、遺伝子発現チップの使用が好ましい。

本明細書に記載する方法で識別した患者は、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択されるプロテアソーム阻害剤で治療するのが有利である。ボルテゾミブの使用が好ましい。

プロテアソーム阻害剤に加えて、選択された患者は、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤で治療してもよい。

遺伝子発現解析は、形質細胞を含むサンプルに対して実施するのが有利である。

異常な発現が、被験者がＭＦクラスターに属すること、又はプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答すると見込まれることを示すか否かを決定するために、線形分類器などの分類器を使用するのが有利である。

特に好ましい分類器は、ＣｌａＮＣ（最近傍重心に関する分類）分類器である。その際、多発性骨髄腫を有する単一の被験者ｘについて、距離ｄ０及びｄ１が計算され、ここで、ｄ０及びｄ１は、式１及び２：

により定義され、
式中、ｘ_ｉは、被験者ｘの特定の遺伝子ｉの発現レベルを表し、遺伝子ｉは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択され、Ｎは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択される遺伝子の総数であり、ｍ_０及びｓ_０は、表１１に記載の値であり、ｍ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の標準偏差であり、ｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられ、又はｄ_０の値がｄ_１の値より小さいか、若しくはそれに等しければ、被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答しないことが見込まれると結論付けられる。

本発明はまた、被験者における多発性骨髄腫を治療する方法に関し、この方法は、
ａ）多発性骨髄腫と診断された被験者を、治療の前に、前述した方法でプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるとして分類するステップ、及び
ｂ）識別された被験者をプロテアソーム阻害剤で治療するステップ
を含む。

好ましい実施形態では、本発明は、プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブ、ＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択される、前述の方法に関する。プロテアソーム阻害剤は、ボルテゾミブであるのが好ましい。

治療は、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤をさらに含むのが好ましい。

換言すれば、本発明は、多発性骨髄腫を有する被験者の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物に関し、ここで、被験者は、治療の前に、前述した方法におけるプロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるとして診断されている。

前述の本方法は、多発性骨髄腫と診断された被験者ｘがＭＦクラスターに属するか否かを決定するために使用することもできる。このような方法は、２つの重心の各々までの距離ｄ０及びｄ１を計算し、これは、式１及び２：

により定義され、
式中、ｘ_ｉは、被験者ｘの特定の遺伝子ｉの発現レベルを表し、遺伝子ｉは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択され、Ｎは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択される遺伝子の総数であり、ｍ_０及びｓ_０は、表１１に記載の値であり、ｍ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の標準偏差であり、ｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられ、或いはｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、被験者ｘは、ＭＦクラスターに属することが見込まれると結論付けられ、又はｄ_０の値がｄ_１の値より小さいか、若しくはそれに等しければ、被験者ｘは、ＭＦクラスターに属さないことが見込まれると結論付けられる。

時間（月）に対する累積無増悪生存期間を示すＭＳクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積無増悪生存期間を示すＭＦクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積無増悪生存期間を示すＣＤ−１クラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積無増悪生存期間を示すＮＦ−κＢクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積無増悪生存期間を示すＬＢクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積全生存期間を示すＭＳクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積全生存期間を示すＭＦクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積全生存期間を示すＣＤ−１クラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積全生存期間を示すＮＦ−κＢクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。 時間（月）に対する累積全生存期間を示すＬＢクラスターのカプラン−マイヤー曲線である。黒い破線は、ＰＡＤ治療群であり、グレーの実線は、ＶＡＤ治療群である。

実施例
実施例１：試験設計
総数８３３人の患者が、大規模前向き無作為化第ＩＩＩ相試験（ＨＯＶＯＮ−６５／ＧＭＭＧ−ＨＤ４）に参加した。ビンクリスチン、ドキソルビシン、及びデキサメタゾン（ＶＡＤ）、又はボルテゾミブ、ドキソルビシン、及びデキサメタゾン（ＰＡＤ）を用いた３サイクルの導入療法に患者を無作為に割り当てた。いずれの群も自家幹細胞レスキューを併用した高用量メルファランを受けた後、タリドミド（ＶＡＤに割り当てられた群）又はボルテゾミブ（ＰＡＤに割り当てられた群）を用いた維持療法を２年にわたって受けた（Sonneveld et al., J Clin Oncol, Vol 30, no24, 2946-2955, 2012）。

エラスムス大学医療センター（Erasmus University MC）、ハイデルベルク大学（University of Heidelberg）及び参加サイトの倫理委員会は、本試験を承認した。ヘルシンキ宣言（Declaration of Helsinki）に従って、治療プロトコル及びサンプル入手に対するインフォームドコンセントを本試験に参加する全ての患者から取得した。エラスムス医療センターの治験審査委員会、すなわち倫理委員会は、診断用腫瘍材料の使用を承認した。

実施例２：遺伝子発現プロファイリング、結果及び統計解析の評価
ＨＯＶＯＮ−６５／ＧＭＭＧ−ＨＤ４試験に参加した患者から得られた遺伝子発現データセットＧＳＥ１９７８４を使用した（Broyl et al., Blood 2010; 116: 2543-2553）。分子分類には総数３２０人の患者が参加し、フォローアップデータは、３１９人の患者について入手可能であった。１０人未満のクラスターは本試験に含まれなかったため、患者の総数は、３０１となった（表１）。進行、再発又は死亡のいずれかが最初に起こるまでの無増悪生存期間（ＰＦＳ）を無作為化から計算した。非破壊性同種幹細胞移植（ＡｌｌｏＳＣＴ）を受けた患者は、ＡｌｌｏＳＣＴの日に打ち切られた（censored）。無作為化からあらゆる原因による死亡まで、全生存期間（ＯＳ）を測定した。最後の接触日に生存している患者は打ち切られた。フォローアップの中央値は４１ヵ月であった。ＳＰＳＳソフトウェアを用いて、生存分析を実施した。クラスター同士の生存時間の有意差について評価するために、ログランク検定を用いてカプラン−マイヤー分析を実施した。

実施例３：患者群のクラスタリング
本発明者らが公開した骨髄腫分類（EMC classification, Broyl et al., Blood 2010; 116: 2543-2553）は、ＣＤ−１、ＣＤ−２、ＭＳ、ＰＲ、ＨＹ、ＭＦ、骨髄性、ＮＦ−κＢ、ＣＴＡ、及びＰＲＬ−３を含む１０の主要クラスターから構成された。ＭＦクラスターは、さらにＬＢサブクラスター、及びＭＦサブクラスターに細分することができる。加えて、１つのクラスターは、明瞭な遺伝子発現シグネチャーがなく、従って、プロフィールなし（ＮＰ）クラスターである（Broyl et al., Blood 2010; 116: 2543-2553）。

本明細書に記載する試験では、クラスターＰＲＬ−３及びＮＰは、１０人未満の患者から構成されていたため、無視した。Broyl et al., Blood 2010で同定されたＬＢ及びＭＦサブクラスターは、本明細書ではクラスターとみなす。

実施例４：多発性骨髄腫（ＭＭ）患者をクラスターＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＮＦ−κＢ、又はＬＢに分類するための精密な方法
この方法は、クラスターＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＮＦ−κＢ、及びＬＢに関連する遺伝子のｍＲＮＡレベルを測定するために、アレイ技術、例えば、Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0マイクロアレイチップを使用した。ＭＡＳ５アルゴリズムを用いて、チップ測定値を正規化し（刈り込み平均を１５００に調整）、ｌｏｇ２変換した後、プローブセット毎に平均分散正規化を実施した。

続いて、クラスターの各々について、ダブルループ交差確認手順を用い、３２９のサンプルのＨＯＶＯＮ−６５／ＧＭＭＧ−ＨＤ４コホートから最近傍重心分類器を取得した。内側ループ内で、１〜１００プローブセットまでの範囲にわたる精度を評価するために、学習曲線を作成した。これらの分類器は、１つのクラスターを他の全ての患者に対して考慮する。ＭＭ患者ｘの場合、正規化ユークリッド距離測度を用いて、２つの重心の各々までの距離ｄを計算し、クラスター及び非クラスター（例えば、ＭＦ及び非ＭＦ）と命名した。これによって、以下の式：

に表されるｄ_{クラスター}及びｄ_{非クラスター}が得られ、
式中、ｘは、分類しようとするＭＭ患者の発現レベルを表し、Ｎは、特定の分類器で用いられるプローブセットの総数であり、ｍ_ｉは、プローブセットｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、プローブセットｉの重心の標準偏差である。次に、最小の距離ｄ（すなわち、最近傍重心）を有する群にＭＭ患者を割り当てる。

例えば、ＭＦクラスターと表１１に記載の最初の２つの遺伝子とを考慮し、これら２つの遺伝子の発現を所与の患者において測定する。次に、ＭＦ及び非ＭＦ基準群との類似性を決定する。その後、最も類似する群に患者を分類する。

学習曲線は、分類器の各々が、プローブセットの範囲全体にわたって極めて正確であることを示した。ＭＳ、ＭＦ、ＣＤ−１、ＮＦ−κＢ、及びＬＢクラスターについて、使用したプローブセット及び重心（平均及び標準偏差）を表５〜９にそれぞれ記載する。

完全な上位１００プローブセットＩＤリストを表１０に記載する。表５〜９に示すサブセットを用いるとき、サブセットは、最良性能とほぼ均等に機能する。

参照文献
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２．Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ Ｐ，Ｓｃｈｍｉｄｔ−Ｗｏｌｆ Ｉ，ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｏｌｔ Ｂ，ｅｔ ａｌ．Ｂｏｒｔｅｚｏｍｉｂ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｎｅｗｌｙ ｄｉａｇｎｏｓｅｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｍｙｅｌｏｍａ：ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｔｈｅ ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ ｐｈａｓｅ ３ ＨＯＶＯＮ−６５／ＧＭＭＧ−ＨＤ４ ｔｒｉａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ，ｉｎ ｐｒｅｓｓ．２０１２．
３．Ｂｒｏｙｌ Ａ，Ｈｏｓｅ Ｄ，Ｌｏｋｈｏｒｓｔ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｍｙｅｌｏｍａ ｉｎ ｎｅｗｌｙ ｄｉａｇｎｏｓｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｂｌｏｏｄ．２０１０；１１６：２５４３−２５５３．
４．Ｃｕｓａｃｋ ＪＣ．Ｒａｔｉｏｎａｌｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｂｏｒｔｅｚｏｍｉｂ．Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｖ．２００３；２９ Ｓｕｐｐｌ １：２１−３１．
５．Ｈｉｄｅｓｈｉｍａ Ｔ，Ｃｈａｕｈａｎ Ｄ，Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ Ｐ，ｅｔ ａｌ．ＮＦ−ｋａｐｐａ Ｂ ａｓ ａ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔａｒｇｅｔ ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｍｙｅｌｏｍａ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２００２；２７７：１６６３９−１６６４７．
６．Ｍｕｌｌｉｇａｎ Ｇ，Ｍｉｔｓｉａｄｅｓ Ｃ，Ｂｒｙａｎｔ Ｂ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ａｎｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ Ｂｏｒｔｅｚｏｍｉｂ．Ｂｌｏｏｄ．２００７；１０９：３１７７−３１８８．

Claims (25)

1. 多発性骨髄腫を有する被験者が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定する方法であって、前記被験者からのサンプルに対して、遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＣＤＣ８５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＴＭＥＭ３７、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２からなる群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは、少なくとも２であり、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、前記被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられる、方法。
2. 前記被験者からのサンプルに対して遺伝子発現解析を実施する前記ステップが、
   ａ．遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＣＤＣ８５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＴＭＥＭ３７、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２からなる群から選択されるＮ個の遺伝子の発現レベルの検出のための少なくとも１つのプローブを用意するステップ、
   ｂ．前記プローブを前記サンプルと接触させるステップ、
   ｃ．前記少なくともＮ個の遺伝子からの少なくとも２つの遺伝子の発現レベルを決定するステップ
   を含む、請求項１に記載の方法。
3. Ｎが、少なくとも３、４、５、６、７、８、又は少なくとも９である、請求項１又は２に記載の方法。
4. ２〜Ｎ個の遺伝子が異常に発現している場合、前記被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
5. 前記遺伝子発現解析が、遺伝子アレイ解析、ＲＮＡのシーケンシング、ＲＮＡ−ＦＩＳＨ、定量ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、多重ライゲーション依存性プローブ増幅、マイクロアレイ遺伝子発現プロファイリング及びＰＣＲからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
6. 前記遺伝子発現解析が、遺伝子発現チップで実施される、請求項５に記載の方法。
7. 前記プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
8. 前記プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブである、請求項７に記載の方法。
9. 前記治療が、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される薬剤の投与をさらに含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
10. 前記サンプルが、形質細胞を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
11. 遺伝子が異常に発現しているか否かを決定するために、分類器が使用される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
12. 前記分類器が、線形分類器である、請求項１１に記載の方法。
13. 前記線形分類器が、ＣｌａＮＣ（最近傍重心に関する分類）分類器である、請求項１２に記載の方法。
14. 多発性骨髄腫を有する単一の被験者ｘについて、距離ｄ_０及びｄ_１が計算され、ｄ_０及びｄ_１は、式１及び２：
    

    

    
    により定義され、
    式中、ｘ_ｉは、前記被験者ｘの特定の遺伝子ｉの発現レベルを表し、遺伝子ｉは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択され、Ｎは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択される遺伝子の総数であり、ｍ_０及びｓ_０は、表１１に記載の値であり、ｍ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の標準偏差であり、ｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、前記被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられ、又はｄ_０の前記値がｄ_１の前記値より小さいか、若しくはそれに等しければ、前記被験者ｘは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答しないことが見込まれると結論付けられる、請求項１３に記載の方法。
15. 多発性骨髄腫を有する被験者を治療する方法であって、
    ａ）治療の前に、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、多発性骨髄腫に罹患した被験者が、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるか否かを決定するステップ、及び
    ｂ）ａ）で決定された通り、治療に応答することが見込まれる前記被験者に、治療に有効な用量のプロテアソーム阻害剤を投与するステップ
    を含む、方法。
16. 前記プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブ、ＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
17. 前記プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブである、請求項１６に記載の方法。
18. 前記治療が、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される１種又は複数種の薬剤を前記被験者に投与することをさらに含む、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
19. 多発性骨髄腫の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物であって、被験者が、治療の前に、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法で、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれるとして診断されている、組成物。
20. 遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＣＤＣ８５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＴＭＥＭ３７、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２からなる群の少なくとも２つの遺伝子の異常な発現を示す被験者における多発性骨髄腫の治療に使用するためのプロテアソーム阻害剤を含む組成物。
21. 前記プロテオソーム阻害剤が、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、ＭＬＮ９７０８、デランゾミブ、オプロゾミブ、ＡＭ−１１４、マリゾミブＴＭＣ−９５Ａ、クルクソン−Ｄ及びＰＩ−１８４０からなる群から選択される、請求項１９又は２０に記載の使用のための組成物。
22. 前記プロテアソーム阻害剤が、ボルテゾミブである、請求項２１に記載の使用のための組成物。
23. 多発性骨髄腫の前記治療が、メルファラン、プレドニゾン、ドキソルビシン、デキサメタゾン、免疫調節薬、モノクローナル抗体タイプの薬剤、キネシンスピンドルタンパク質（ＫＳＰ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、ＢＣＬ２−阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、ブルトン型キナーゼ阻害剤、インスリン様成長因子阻害剤、ＲＡＳ阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤及びＢ−ＲＡＦ阻害剤からなる群から選択される１種又は複数種の薬剤を組み込んだ治療計画を含む、請求項１９〜２２のいずれか一項に記載の組成物。
24. 多発性骨髄腫と診断された被験者ｘが、ＭＦクラスターに属するか否かを決定する方法であって、距離ｄ_０及びｄ_１が計算され、ｄ_０及びｄ_１は、式１及び２：
    

    

    
    により定義され、
    式中、ｘ_ｉは、前記被験者ｘの特定の遺伝子ｉの発現レベルを表し、遺伝子ｉは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択され、Ｎは、表１１に記載の９個の遺伝子を含む群から選択される遺伝子の総数であり、ｍ_０及びｓ_０は、表１１に記載の値であり、ｍ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の平均値であり、ｓ_ｉは、表１１に記載の遺伝子ｉの重心の標準偏差であり、ｄ_１の値がｄ_０の値より小さければ、前記被験者は、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれると結論付けられ、或いはｄ_１の前記値がｄ_０の前記値より小さければ、前記被験者ｘは、前記ＭＦクラスターに属することが見込まれ、又はｄ_０の前記値がｄ_１の前記値より小さいか、若しくはそれに等しければ、前記被験者ｘは、前記ＭＦクラスターに属さないことが見込まれると結論付けられる、方法。
25. 多発性骨髄腫に罹患した被験者からのサンプルを、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる被験者のサンプルとして分類する方法であって、前記サンプルに対して、遺伝子ＮＵＡＫ１、ＩＴＧＢ７、ＡＧＭＡＴ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＣＤＣ８５Ａ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＴＭＥＭ３７、ＲＮＦ１４４Ａ及びＣＭＰＫ２からなる群から選択されるＮ個の遺伝子の遺伝子発現解析を実施するステップを含み、ここで、Ｎは、少なくとも２であり、前記サンプルにおいて、前記Ｎ個の遺伝子の少なくとも２つが異常に発現している場合、前記サンプルは、プロテアソーム阻害剤を用いた治療に応答することが見込まれる被験者のサンプルとして分類される、方法。

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