JP2017212982A - イソクエン酸デヒドロゲナーゼ(idh1)遺伝子発現のrna干渉媒介抑制 - Google Patents

イソクエン酸デヒドロゲナーゼ(idh1)遺伝子発現のrna干渉媒介抑制 Download PDF

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Abstract

【課題】IDH1及び突然変異IDH1遺伝子発現及び/又は活性のモジュレーションに応答する形質、疾患及び状態の研究、診断及び治療の為の、及び/又はIDH1又は突然変異IDH1遺伝子発現経路をモジュレーションする化合物、組成物及び方法の提供。【解決手段】IDH1又は突然変異IDH1の発現を抑制する単離された二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子であって、(a)siNAがセンス鎖及びアンチセンス鎖を含み、(b)各鎖が、独立して、15〜30ヌクレオチド長であり、(c)少なくとも1つの鎖が、特定の配列から選択される少なくとも15ヌクレオチド配列を含む、単離された二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子。好ましくは、少なくとも1つのヌクレオチドが化学修飾ヌクレオチドであり、また好ましくは少なくとも1つのヌクレオチドが汎用塩基を含む二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子。【選択図】図12

Description

関連出願に対する相互参照
本出願は、2011年6月6日付け出願の米国仮出願第61/493,570号(これ
を参照により本明細書に組み入れることとする)の利益を請求するものである。
配列表
37 CFR § 1.52(e)(5)に基づいてEFSを介して提出された配列表
を参照により本明細書に組み入れることとする。EFSを介して提出された配列表テキス
トファイルは、234,900バイトのサイズの2012年5月7日付けで作成されたフ
ァイル「SIRONC00004−PCT−SEQLIST−07MAY2012」を含
有する。
サイトゾルイソクエン酸デヒドロゲナーゼはイソクエン酸デヒドロゲナーゼ1(IDH
1)としても公知であり、COおよびα−ケトグルタラート(αKG)を産生するイソ
クエン酸の酸化的カルボキシル化を触媒する酵素である。IDH1における体細胞突然変
異は、結腸直腸癌、神経膠腫(例えば、等級II〜III神経膠星状細胞、乏突起神経膠
腫および神経膠芽細胞腫)、急性骨髄球様白血病(AML)、前立腺、B急性リンパ芽球
性白血病およびより低頻度の種々の他の悪性疾患を有する患者において特定されている(
Sjoblomら,2006,Science 314:268−274;Parson
sら,2008,Science 321:1807−1812;Bleekerら,2
009,Hum.Mutat.30:7−11;Yanら,2009,N.Engl.J
.Med.360:765−773;Yanら,2009,N.Engl.J.Med.
360:765−773;Mardisら,2009,N.Engl.J.Med.36
1:1058−1066)。重要なことに、神経膠腫およびAMLは、最悪の予後を示す
最も悪性の腫瘍型のうちの2つである。
これらの悪性疾患において見出されるIDH1突然変異は、イソシトラートへの結合に
関与するアルギニン三つ組触媒基の部分を(Arg100およびArg109と共に)形
成するアミノ酸であるArg132に影響を及ぼすヘテロ接合突然変異である。該突然変
異の位置ゆえに、該突然変異タンパク質は酵素活性を欠くと最初は仮定されたが、該突然
変異形態は、触媒的に不活性ではなく、αKGから2−ヒドロキシグルタラート(2HG
)に還元する新規酵素活性を有することが後に見出された(Dangら,2009 Na
ture 462:739−744)。IDH1のアミノ酸位置132位のアルギニンは
、ヒスチジン(R132H)、システイン(R132C)、グリシン(R132G)、セ
リン(R132S)、ロイシン(R132L)およびバリン(R132V)に突然変異し
ていることが判明している(Yenら,2010,Oncogene 29:6409−
6417)。
WO2010/105243(Dangら)として公開されているPCT国際特許出願
は、2HGの新活性を示す突然変異IDH1タンパク質をコードするmRNAを標的化す
る、核酸に基づくインヒビター(例えば、siRNA)を投与することによる、突然変異
イソクエン酸デヒドロゲナーゼの存在により特徴づけられる細胞増殖関連障害を有する患
者の治療方法を記載している。特異的なセンスおよびアンチセンス配列を有するsiRN
Aが該出願に記載されているが、該開示は、IDH1遺伝子発現のダウンレギュレーショ
ンおよび/またはIDHタンパク質レベルの低下もしくはいずれの機能アッセイにおける
そのようなダウンレギュレーションの結果をも示していない。
IDH1およびその突然変異形態を抑制する分子が依然として必要とされている。遺伝
子発現、特にIDH1および突然変異IDH1の遺伝子発現の、RNA干渉(以下「RN
Ai」)による改変は、この要求を満たすための1つのアプローチである。RNAiは短
い一本鎖RNA(「ssRNA」)または二本鎖RNA(「dsRNA」)分子により誘
発される。「短干渉性核酸(siNA)」または「短干渉性RNA」または「siRNA
」または「RNAiインヒビター」と称される短いdsRNA分子はは、siNAに対す
る配列相同性を共有するメッセンジャーRNA(「mRNA」)の発現をサイレンシング
する。これは、RNA誘発性サイレンシング複合体(RISC)と一般に称される、si
NAを含有するエンドヌクレアーゼ複合体により引き起こされるmRNAの切断により生
じうる。標的RNAの切断は、典型的に、siNA二本鎖のガイド配列に相補的な領域の
中央部で生じる(Elbashirら,2001,Genes Dev.,15:188
)。また、RNA干渉は、おそらく、翻訳を抑制する又はクロマチン構造を調節すること
により標的遺伝子配列の転写を妨げる細胞メカニズムによる小型RNA(例えば、マイク
ロRNAまたはmiRNA)媒介性遺伝子サイレンシングをも含みうる(例えば、All
shire,2002,Science,297:1818−1819;Volpeら,
2002,Science,297:1833−1837;Jenuwein,2002
,Science,297:2215−2218;およびHallら,2002,Sci
ence,297:2232−2237を参照されたい)。RNAiの分野における相当
な進歩にもかかわらず、IDH1および突然変異IDH1遺伝子発現を抑制しうる並びに
突然変異IDH1発現に関連した疾患(例えば、癌)を治療しうる物質が尚も必要とされ
ている。
発明の概括
本発明は、新規短干渉性核酸(siNA)分子を使用して、IDH1またはその誘導体
および/もしくは突然変異体の遺伝子発現のモジュレーションに応答する疾患を治療する
という課題の解決手段を提供する。本発明の一部として記載されている新規siNA分子
は、野生型IDH1遺伝子発現をモジュレーションするために、ならびに/またはIDH
1の1以上の誘導体および/もしくは突然変異形態の遺伝子発現をモジュレーションする
ために使用されうる。例えば、該新規siNA分子は、あるタイプの癌(例えば、中枢神
経系およびAMLの癌)において発現されるIDH1タンパク質の突然変異形態、例えば
IDH1−R132H、IDH1−R132C、IDH1−R132G、IDH1−R1
32S、IDH1−R132LおよびIDH1−R132Vの遺伝子発現をモジュレーシ
ョンするために使用されうる。野生型IDH1およびIDH1の突然変異形態は、併せて
、本明細書においては「IDH1関連」タンパク質および遺伝子と称される。
本発明は、小型核酸分子を使用するRNA干渉(RNAi)により、IDH1関連遺伝
子、特に、細胞増殖関連障害(例えば、中枢神経系およびAMLの癌)に関連したIDH
1関連遺伝子の発現をモジュレーションするのに、およびそのような障害に関連した状態
を治療するのに有用な化合物、組成物および方法を提供する。
特に、本発明は、小型核酸分子、すなわち、短干渉性核酸(siNA)分子、例えば短
干渉性RNA(siRNA)、二本鎖RNA(dsRNA)、マイクロRNA(miRN
A)、短ヘアピンRNA(shRNA)および環状RNA分子(これらに限定されるもの
ではない)、ならびにIDH1関連遺伝子および/またはIDH1関連遺伝子発現および
/もしくは活性の経路に関与する他の遺伝子発現をモジュレーションするために用いられ
る方法に関する。
1つの態様においては、本発明は、細胞または哺乳動物におけるIDH1関連遺伝子の
発現を抑制する二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該二本鎖siN
Aはセンス鎖およびアンチセンス鎖を含む。該アンチセンス鎖は、IDH1関連遺伝子の
発現に関連したRNAの少なくとも一部に相補的な配列を含む。該センス鎖は、該アンチ
センス鎖に相補的な配列を含む。種々の実施形態においては、siNA分子の鎖の少なく
とも1つは、配列番号1〜506の配列の群から選択される少なくとも15ヌクレオチド
配列を含む。
ある実施形態においては、表1aに記載されている標的配列に相補的な配列を有する少
なくとも15ヌクレオチドをアンチセンス鎖が含む、二本鎖短干渉性核酸(siNA)分
子を提供する。1つの実施形態においては、「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の
連続的ヌクレオチドである。該siNAのセンス鎖は、該アンチセンス鎖に相補的な領域
を含む。特定の実施形態においては、本発明のsiNAのアンチセンス鎖は、表1b(配
列番号440〜506)から選択されるアンチセンス配列の少なくとも15ヌクレオチド
を含む。他の実施形態においては、該センス鎖は、表1b(配列番号1〜67)に記載さ
れているセンス鎖配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む。他の実施形態においては、
本発明の二本鎖siNA分子は、表1b(配列番号1〜67)から選択されるセンス鎖の
少なくとも15ヌクレオチドと、表1b(配列番号440〜506)から選択されるアン
チセンス鎖の少なくとも15ヌクレオチドとを含む。前記実施形態のそれぞれにおいては
、「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。
本発明のこの態様の或る実施形態においては、アンチセンスおよび/またはセンス鎖が
、表1cに記載されている配列番号68〜439から選択される少なくとも1つのヌクレ
オチド配列を含む、二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供する。他の実施形態にお
いては、該アンチセンス鎖は、本発明の標的配列に相補的な配列を有する、表1cに記載
されている修飾配列を含む。他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は、表1c
に記載されている配列番号68〜439から選択される少なくとも2つの配列を含み、こ
こで、前記の少なくとも2つの配列の1つは前記の少なくとも2つの配列のもう1つに相
補的であり、前記の少なくとも2つの配列の1つは、IDH1関連遺伝子の発現において
生じるmRNAの配列に相補的である。
ある実施形態においては、本発明は、IDH1関連遺伝子の発現をモジュレーションす
る二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該siNA分子はセンス鎖お
よびアンチセンス鎖を含み、各鎖は、独立して、15〜30ヌクレオチド長であり、該ア
ンチセンス鎖は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)のいずれかに相
補的な配列を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、「
少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖は、
5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−3’(配列番号498);または
5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)のいずれかに
対する同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、
「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。したがって、該
siNA分子のアンチセンス鎖は、配列番号446、450、451、452、477、
478、479、480、498または502のいずれかの少なくとも15ヌクレオチド
配列を含む。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のセンス鎖は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)のいずれかに対
する同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、「
少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。したがって、該s
iNA分子のセンス鎖は、配列番号7、11、12、13、38、39、40、41、5
9または63のいずれかの少なくとも15ヌクレオチドの配列を含む。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7)および
5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11)および
5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12)および
5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13)および
5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38)および
5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39)および
5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40)および
5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41)および
5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59)および
5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−(配列番号498);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)および
5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)のいずれかを
含む。もう1つの実施形態においては、該siNA分子は、配列番号7および446の両
方、または配列番号11および450の両方、または配列番号12および451の両方、
または配列番号13および452の両方、または配列番号38および477の両方、また
は配列番号39および478の両方、配列番号40および479の両方、または配列番号
41および480の両方、または配列番号59および498の両方、または配列番号63
および502の両方の少なくとも15ヌクレオチド配列を含む
本発明の幾つかの実施形態においては、本発明のsiNAのヌクレオチドの全ては修飾
されていない。他の実施形態においては、siNA分子の一方または両方の鎖において、
独立して、該ヌクレオチド位置の1以上(1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、2
4、25、26、27、28、29または30個)が修飾されている。修飾には、核酸糖
修飾、塩基修飾、バックボーン(ヌクレオチド間結合)修飾、非ヌクレオチド修飾および
/またはそれらのいずれかの組合せが含まれる。ある場合には、プリンおよびピリミジン
ヌクレオチドが異なって修飾されている。例えば、プリンおよびピリミジンヌクレオチド
は、2’−糖位置において、異なって修飾されうる(すなわち、少なくとも1つのプリン
は、2’−糖位置において、同じ又は異なる鎖において、少なくとも1つのピリミジンと
は異なる修飾を有する)。ある場合においては、プリンは一方または両方の鎖において修
飾されていないが、ピリミジンは一方または両方の鎖において修飾されている。ある他の
場合においては、ピリミジンは一方または両方の鎖において修飾されていないが、プリン
は一方または両方の鎖において修飾されている。幾つかの場合には、少なくとも1つの修
飾ヌクレオチドは2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
オチドまたは2’−O−アルキルヌクレオチドである。幾つかの場合には、一方または両
方の鎖におけるピリミジンヌクレオチドの少なくとも5以上は全2’−デオキシ−2’−
フルオロまたは全2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。幾つかの場合には、
一方または両方の鎖におけるプリンヌクレオチドの少なくとも5以上は全2’−デオキシ
−2’−フルオロまたは全2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。該siNA
分子が本明細書に記載の1以上の修飾を含む或る場合においては、ガイド(アンチセンス
)鎖の5’末端の1、2および3位のヌクレオチドは修飾されていない。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は該鎖の一方または両方において1、
2、3または4ヌクレオチドの3’突出を有する。他の実施形態においては、該siNA
分子は突出を欠く(すなわち、平滑末端を有する)。好ましくは、該siNA分子はセン
スおよびアンチセンス鎖の両方に2ヌクレオチドの3’突出を有する。該突出は修飾され
ている又は修飾されていないことが可能である。該突出における修飾ヌクレオチドの例に
は、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、
ロック化(locked)核酸(LNA)ヌクレオチドまたは2’−デオキシヌクレオチ
ドが含まれるが、これらに限定されるものではない。該アンチセンス鎖における突出ヌク
レオチドは、IDH1関連標的配列におけるヌクレオチドに相補的なヌクレオチドを含み
うる。同様に、該センス鎖における突出は、IDH1関連標的配列内に存在するヌクレオ
チドを含みうる。ある場合には、本発明のsiNA分子は、2’−O−アルキル(例えば
、2’−O−メチル)ヌクレオチドであるアンチセンス鎖上の2つの3’突出ヌクレオチ
ド、および2’−デオキシヌクレオチドであるセンス鎖上の2つの3’突出ヌクレオチド
を有する。他の場合には、本発明のsiNA分子は、アンチセンス鎖およびセンス鎖の両
方において2’−O−アルキル(例えば、2’−O−メチル)ヌクレオチドである2つの
3’突出ヌクレオチドを有する。ある実施形態においては、2’−O−アルキルヌクレオ
チドは2’−O−メチルウリジンヌクレオチドである。ある場合には、該3’突出はまた
、該突出のヌクレオチド間に1以上のホスホロチオアート結合を含む。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子はキャップ(本明細書においては
「末端キャップ」とも称される)を有する。該キャップは5’末端に存在し(5’−キャ
ップ)、または3’末端に存在し(3’−キャップ)、または両末端(例えば、該siN
Aのセンス鎖の5’および3’末端)に存在する。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は該アンチセンス鎖の5’末端に
おいてリン酸化されている。該リン酸基はホスファート、ジホスファートまたはトリホス
ファートでありうる。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNAのアンチセンス鎖は、配列番号91、
107、111、115、199、213、227、231、303または411のいず
れかに対する配列同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。他の実施形態にお
いては、本発明のsiNA分子のセンス鎖、配列番号90、106、110、114、1
98、212、226、230、302または410のいずれかに対する配列同一性を有
する少なくとも15ヌクレオチドを含む。もう1つの実施形態においては、「少なくとも
15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は、配列番号90および91、配
列番号106および107、配列番号110および111、配列番号114および115
、配列番号198および199、配列番号212および213、配列番号226および2
27、配列番号230および231、配列番号302および303、または配列番号41
0および411のいずれかを含む。
本発明の二本鎖siNA分子は対称または非対称でありうる。これらの二本鎖siNA
の各鎖は、独立して、ヌクレオチド長において3〜30ヌクレオチドの範囲でありうる。
一般に、本発明のsiNA分子の各鎖は約15〜30(すなわち、約15、16、17、
18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30
)ヌクレオチド長である。
二本鎖である又は二重らせん構造を有する本発明のsiNA分子は、独立して、約3〜
約30(例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、
16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、2
9または30)塩基対を含む。一般に、本発明のsiNAの二重らせん構造は15〜30
塩基対、より一般には18〜25塩基対、更に一般には19〜24塩基対、最も一般には
19〜21塩基対長である。
ある実施形態においては、二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該
分子はセンス鎖およびアンチセンス鎖を有し、式(A):
Figure 2017212982

(式中、上側の鎖は該二本鎖核酸分子のセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であ
り、該アンチセンス鎖は配列番号446、配列番号450、配列番号451、配列番号4
52、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号480、配列番号4
98または配列番号502の少なくとも15ヌクレオチド配列を含み、該センス鎖は、該
アンチセンス鎖に対する相補性を有する配列を含む;
各Nは、独立して、修飾されていない若しくは化学修飾されているヌクレオチドであ
る、または非ヌクレオチドである;
各Bは、存在する又は存在しない末端キャップである;
(N)は突出ヌクレオチドを表し、それらのそれぞれは、独立して、修飾されていな
い又は化学修飾されている;
X1およびX2は、独立して、0〜4の整数である;
X3は15〜30の整数である;
X4は12〜27の整数である;
[N1]−[N2]−[N3]は修飾ヌクレオチドまたはリボヌクレオチドであり、
ここで、[N1]−[N2]−[N3]は、以下のものからなる群から選択される:
(a)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は
2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチドである;
(b)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は
2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレ
オチドである;
(c)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−O−メチルヌクレオチドである;
(d)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレオチドである;お
よび
(e)[N1]はリボヌクレオチドであり、[N2]はリボヌクレオチドであり、[
N3]はリボヌクレオチドである)を含む。
1つの実施形態においては、本発明は、
(a)NX4位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオ
キシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ
ヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
(b)NX4位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ
−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌク
レオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
(c)NX3位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオ
キシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ
ヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;および
(d)NX3位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ
−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌク
レオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである、式(A)の二本鎖
短干渉性核酸(siNA)分子に関する。
本発明は更に、所望により医薬上許容される担体または希釈剤と組合された、本明細書
に記載されている二本鎖核酸分子を含む組成物を提供する。
該組成物の投与は公知方法により行われることが可能であり、該核酸はインビトロまた
はインビボで所望の標的細胞内に導入される。
細胞、組織および生物内への本発明の核酸分子の導入に一般に用いられる技術は種々の
担体系、試薬およびベクターの使用を含む。本発明における使用に適したそのような担体
系の非限定的な例には、コンジュゲート、核酸−脂質粒子、脂質ナノ粒子(LNP)、リ
ポソーム、リポプレックス(lipoplex)、ミセル、ウイロソーム、核酸複合体お
よびそれらの混合物が含まれる。
本発明の組成物はエアゾール、分散液、溶液(例えば、注射可能溶液)、クリーム、軟
膏、錠剤、散剤(粉末)、懸濁液などの形態でありうる。これらの組成物は、いずれかの
適当な経路で、例えば、経口的、舌下、頬側、非経口的、鼻腔内または局所的に投与され
うる。幾つかの実施形態においては、該組成物はエアゾール化され、吸入により運搬され
る。
本発明の分子および組成物は広範な治療用途わたる有用性を有する。したがって、本発
明のもう1つの態様は、対象の治療における本発明の分子および組成物の使用に関する。
したがって、本発明は、IDH1関連遺伝子またはタンパク質の作用により又は作用の喪
失により引き起こされる状態に罹患している対象、例えばヒトの治療方法を提供し、該方
法は、本発明の二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子の有効量を該対象に投与することを
含む。ある実施形態においては、該状態は癌(例えば、神経膠腫、神経膠芽細胞腫、AM
L)である。
本発明のこれらの及び他の態様は、以下の詳細な説明および添付図面を参照することに
より明らかとなろう。更に、本明細書に記載されているいずれの方法または組成物も、本
明細書に記載されているいずれかの他の方法または組成物に関して実施されうること、お
よび種々の実施形態が組合されうることが想定される。
また、本発明の種々の態様を説明し及びより詳細に記載するために、本明細書の全体に
わたって特許、特許出願および他の文書が引用されている。本明細書に引用されているこ
れらの参考文献のそれぞれの全体を、図面を含め、参照により本明細書に組み入れること
とする。
発明の詳細な説明
A.用語および定義
本出願においては以下の用語および定義が適用される。
本明細書および添付の特許請求の範囲において用いる単数形表現は、文脈に明らかに矛
盾しない限り、複数対象物を含む。したがって、例えば、「細胞」に対する言及は2以上
の細胞などの組合せを含む。
特に示されていない限り、いずれの濃度範囲、百分率範囲、比範囲または整数範囲も、
挙げられている範囲内の任意の整数および適当な場合にはその分数(例えば、整数の10
分の1および100分の1)の値を含むと理解されるべきである。
数字に関して本明細書中で用いる「約」または「およそ」は、特に示されていない限り
、またはそうでないことが文脈から明らかでない限り(そのような数字が、可能な値の1
00%を超える場合は除かれる)、一般に、該数字のいずれかの方向(より大きい又はよ
り小さい)の5%の範囲内に含まれる数字を含むと理解される。特に示されていない限り
、またはそうでないことが文脈から明らかでない限り、範囲が示されている場合には、該
範囲内にエンドポイントが含まれる。
本明細書中で用いる「非塩基」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているとお
りのその意味を示す。この語は、一般に、ヌクレオチド塩基を欠く又は糖部分の1’位に
核酸塩基の代わりに水素原子(H)もしくは他の非核酸塩基化学基を有する糖部分に関す
るものである。例えば、Adamicら,米国特許第5,998,203号を参照された
い。1つの実施形態においては、本発明の非塩基部分はリボース、デオキシリボースまた
はジデオキシリボース糖である。
本明細書中で用いる「非環状ヌクレオチド」なる語は、当技術分野で一般に受け入れら
れているその意味を示す。この語は、一般に、非環状リボース糖を有するいずれかのヌク
レオチドを意味し、この場合、例えば、該リボース炭素/炭素または炭素/酸素結合のい
ずれかが、独立して又は一緒になって、該ヌクレオチドに存在しない。
本明細書中で用いる「アルキル」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。この語は、一般に、直鎖状、分枝鎖状、アルケニル、アルキニル基および
環式基を含むが芳香族基を含まない飽和または不飽和炭化水素を意味する。それでも、前
記アルキルは非芳香族複素環基をも意味する。好ましくは、アルキル基は1〜12個の炭
素を有する。より好ましくは、それは1〜7個の炭素、より好ましくは1〜4個の炭素の
低級アルキルである。アルキル基は置換されている又は置換されていないことが可能であ
る。置換されている場合、置換基は、好ましくは、ヒドロキシル、ハロゲン、シアノ、C
1−C4アルコキシ、=O、=S、NO、SH、NHまたはNRであり、ここ
で、RおよびRは、独立して、HまたはC1−C4アルキルである。
本明細書中で用いる「アンチセンス領域」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられ
ているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、標的核酸配列
に対する相補性を有するsiNA分子のヌクレオチド配列を意味する。また、siNA分
子のアンチセンス領域は、所望により、siNA分子のセンス領域に対する相補性を有す
る核酸配列を含みうる。1つの実施形態においては、該siNA分子のアンチセンス領域
はアンチセンス鎖またはガイド鎖と称される。
「非対称ヘアピン」なる語は、アンチセンス領域、ヌクレオチドまたは非ヌクレオチド
を含みうるループ部分、および該アンチセンス領域より少数のヌクレオチドを含むセンス
領域(該センス領域は、該アンチセンス領域と塩基対形成しループと二重らせんを形成す
るのに十分な相補性を有する)を含む直鎖状siNA分子を意味する。例えば、本発明の
非対称ヘアピンsiNA分子は、細胞またはインビトロ系においてRNAiをもたらすの
に十分な長さ(例えば、約15〜約30、または約15、16、17、18、19、20
、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30ヌクレオチド)を
有するアンチセンス領域、および約4〜約12(例えば、約4、5、6、7、8、9、1
0、11または12)ヌクレオチドを含むループ領域、および該アンチセンス領域に相補
的な約3〜約25(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、
14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25)ヌク
レオチドを有するセンス領域を含みうる。該非対称ヘアピンsiNA分子は、化学修飾さ
れていることが可能な5’末端ホスファート基をも含みうる。該非対称ヘアピンsiNA
分子のループ部分は、本明細書に記載されているとおりのヌクレオチド、非ヌクレオチド
、リンカー分子またはコンジュゲート分子を含みうる。
本明細書中で用いる「生分解性」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。この語は、一般に、生物学的系における分解、例えば、酵素的分解または
化学的分解に関するものである。
本明細書中で用いる「生分解性リンカー」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられ
ているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、1つの分子を
もう1つの分子に連結するために設計された、生物学的系における分解に感受性であるリ
ンカー分子を意味する。該リンカーは核酸または非核酸系リンカーでありうる。例えば、
生分解性リンカーは、リガンドまたは生物学的に活性な分子を本発明のsiNAに結合さ
せるために使用されうる。あるいは、生分解性リンカーは、本発明のsiNA分子のセン
ス鎖とアンチセンス鎖とを結合させるために使用されうる。生分解性リンカーは、その安
定性が特定の目的(例えば、特定の組織または細胞型への運搬)のために調節されうるよ
うに設計される。核酸系生分解性リンカーの安定性は、種々の化学的手段、例えば、リボ
ヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドおよび化学修飾ヌクレオチド、例えば2’−O
−メチル、2’−フルオロ、2’−アミノ、2’−O−アミノ、2’−C−アリル、2’
−O−アリルおよび他の2’−修飾および塩基修飾ヌクレオチドの組合せを用いることに
より調節されうる。該生分解性核酸リンカー分子は二量体、三量体、四量体またはそれよ
り長い核酸分子、例えば、約2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13
、14、15、16、17、18、19または20ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチド
であることが可能であり、あるいはリン系結合、例えばホスホルアミダートまたはホスホ
ジエステル結合を有する単一ヌクレオチドを含みうる。該生分解性核酸リンカー分子は核
酸バックボーン、核酸糖または核酸塩基修飾をも含みうる。
本明細書中で用いる「生物学的に活性な分子」なる語は、当技術分野で一般に受け入れ
られているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、系におい
て生物学的応答を惹起もしくは修飾しうる、ならびに/または他の生物学的に活性な分子
の薬物動態および/もしくは薬力学をモジュレーションしうる化合物または分子を意味す
る。生物学的に活性な分子の例には、siNA分子の単独体、または治療的に活性な分子
、例えば抗体、コレステロール、ホルモン、抗ウイルス物質、ペプチド、タンパク質、化
学療法剤、小分子、ビタミン、補因子、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチ
ド、酵素核酸、アンチセンス核酸、三重らせん形成性オリゴヌクレオチド、ポリアミン、
ポリアミド、ポリエチレングリコール、他のポリエーテル、2−5Aキメラ、siNA、
dsRNA、アロザイム、アプタマー、デコイおよびそれらの類似体(これらに限定され
るものではない)を含む他の分子とsiNA分子との組合せが含まれる。
本明細書中で用いる「生物学的系」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられている
その意味を示す。この語は、一般に、ヒトまたは動物(これらに限定されるものではない
)を含む生物学的起源からの精製または未精製形態の物質を意味し、ここで、該系は、R
NAi活性に要求される成分を含む。したがって、この語は、例えば、細胞、組織、対象
もしくは生物またはそれらの抽出物を含む。この語は生物学的起源からの再構成物質をも
含む。
本明細書中で用いる「平滑末端」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、突出ヌクレオチドを有
さない二本鎖siNA分子の末端を意味する。例えば、平滑末端を有する二本鎖siNA
分子の2本の鎖は、末端の突出ヌクレオチドを伴わずに、マッチした塩基対により、互い
に整列する。本発明のsiNA二重らせん分子は該二重らせんの一方または両方の末端に
平滑末端(例えば、アンチセンス鎖の5’末端に位置する末端、センス鎖の5’末端また
は二重らせんの両末端)を含みうる。
本明細書中で用いる「キャップ」(本明細書においては「末端キャップ」とも称される
)なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその意味を示す。本発明の典型的な
核酸分子に関しては、この語は、本発明の1以上の核酸分子の1以上の末端に組込まれう
る化学修飾ヌクレオチドまたは非ヌクレオチドでありうる部分を意味する。これらの末端
修飾は該核酸分子をエキソヌクレアーゼ消化から保護し、細胞内の運搬および/または局
在化を補助しうる。該キャップは本発明の任意の核酸分子の5’末端(5’−キャップ)
または3’末端(3’−キャップ)に存在することが可能であり、あるいは両末端に存在
することが可能である。キャップは本発明の核酸分子のセンス鎖の5’末端、3’末端な
らびに/または5’および3’末端に存在しうる。また、キャップは、所望により、本発
明の核酸分子のアンチセンス鎖の3’末端に存在しうる。非限定的な例においては、5’
−キャップは、LNA、グリセリル、逆方向デオキシ非塩基残基(部分)、4’5’−メ
チレンヌクレオチド、1−(ベータ−D−エリスロフラノシル)ヌクレオチド、4’−チ
オヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、1,5−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド
、L−ヌクレオチド、アルファ−ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、ホスホロジチオ
アート結合、トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド、非環状3’,4’−secoヌク
レオチド、非環状3,4−ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環状3,5−ジヒドロキ
シペンチルヌクレオチド、3’−3’−逆方向ヌクレオチド部分、3’−3’−逆方向非
塩基部分、3’−2’−逆方向ヌクレオチド部分、3’−2’−逆方向非塩基部分、1,
4−ブタンジオールホスファート、3’−ホスホルアミダート、ヘキシルホスファート、
アミノヘキシルホスファート、3’−ホスファート、3’−ホスホロチオアート、ホスホ
ロジチオアート、または架橋もしくは非架橋メチルホスホナート部分を含むが、これらに
限定されるものではない。3’−キャップの非限定的な例は、LNA、グリセリル、逆方
向デオキシ非塩基残基(部分)、4’5’−メチレンヌクレオチド、1−(ベータ−D−
エリスロフラノシル)ヌクレオチド、4’−チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、
5’−アミノ−アルキルホスファート、1,3−ジアミノ−2−プロピルホスファート、
3−アミノプロピルホスファート、6−アミノヘキシルホスファート、1,2−アミノド
デシルホスファート、ヒドロキシプロピルホスファート、1,5−アンヒドロヘキシトー
ルヌクレオチド、L−ヌクレオチド、アルファ−ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、
ホスホロジチオアート、トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド、非環状3’,4’−s
ecoヌクレオチド、3,4−ジヒドロキシブチルヌクレオチド、3,5−ジヒドロキシ
ペンチルヌクレオチド、5’−5’−逆方向ヌクレオチド部分、5’−5’−逆方向非塩
基部分、5’−ホスホルアミダート、5’−ホスホロチオアート、1,4−ブタンジオー
ルホスファート、5’−アミノ、架橋および/または非架橋5’−ホスホルアミダート、
ホスホロチオアートおよび/またはホスホロジチオアート、架橋または非架橋メチルホス
ホナート、ならびに5’−メルカプト部分(より詳細には、参照により本明細書に組み入
れるBeaucageおよびIyer,1993,Tetrahedron 49,19
25を参照されたい)を含むが、これらに限定されるものではない。図5は種々のキャッ
プの非限定的な例の幾つかを示す。
本明細書中で用いる「細胞」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその意
味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語はその通常の生物学的な意味で
用いられ、全多細胞生物を意味せず、例えば、特に、ヒトを意味しない。細胞は生物、例
えば鳥類、植物および哺乳動物、例えばヒト、ウシ、ヒツジ、霊長類、サル、ブタ、イヌ
およびネコに存在しうる。細胞は原核細胞(例えば、細菌細胞)または真核細胞(例えば
、哺乳類または植物細胞)でありうる。細胞は体細胞または生殖系列由来、全能性または
多能性、分裂性または非分裂性でありうる。また、細胞は配偶子もしくは胚、幹細胞また
は完全分化細胞から誘導されることが可能であり、あるいはそれらを含みうる。
本明細書中で用いる「化学修飾」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、天然siRNAまたは
RNA全般のヌクレオチドとは異なるヌクレオチドの化学構造の任意の修飾を意味する。
「化学修飾」なる語は、本明細書に記載されている又は当技術分野で公知の、糖、塩基ま
たはヌクレオチド間結合における天然siRNAまたはRNAの付加、置換または修飾を
含む。ある実施形態においては、「化学修飾」なる語は、ある生物学的系における天然に
存在するRNAの或る形態に関するもの、例えば2’−O−メチル修飾またはイノシン修
飾でありうる。
本明細書中で用いる「相補性」または「相補的」なる語は、当技術分野で一般に受け入
れられているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、一般に
、伝統的なワトソン−クリックまたは本明細書に記載されている他の非伝統的な結合型に
よる1つの核酸配列ともう1つの核酸配列との間の水素結合の形成または存在に関するも
のである。本発明の核酸分子の場合、核酸分子に関するその相補的配列に対する結合自由
エネルギーは、該核酸の関連機能(例えば、RNAi活性)の進行を可能にするのに十分
なものである。核酸分子に関する結合自由エネルギーは当技術分野でよく知られている(
例えば、Turnerら,1987,CSHSymp.Quant.Biol.LII
pp.123−133;Frierら,1986,Proc.Nat.Acad.Sci
.USA 83:9373−9377;Turnerら,1987,J.Am.Chem
.Soc.109:3783−3785を参照されたい)。完全な相補性は、核酸配列の
連続残基の全てがもう1つの核酸配列内の同じ数の連続残基と水素結合することを意味す
る。部分的相補性は核酸分子内に種々のミスマッチまたは塩基対不形成ヌクレオチド(例
えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれ以上のミスマッチ、非ヌ
クレオチドリンカーまたは塩基対不形成ヌクレオチド)を含むことがあり、これらは、該
核酸分子のアンチセンス鎖もしくはアンチセンス領域とセンス鎖もしくはセンス領域との
間または該核酸分子のアンチセンス鎖もしくはアンチセンス領域と対応標的核酸分子との
間で生じるバルジ、ループまたは突出を形成しうる。そのような部分的相補性は、関与す
るヌクレオチドの総数に基づいて塩基対不形成ヌクレオチドの数により決定される相補性
比率(%相補性)、すなわち、約50%、60%、70%、80%、90%などにより表
されうる。そのような部分的相補性は、該核酸分子(例えば、siNA)がその機能(例
えば、配列特異的RNAiを引き起こす能力)を維持する限りにおいて許容される。
本明細書中で用いる「組成物」または「製剤」なる語は、当技術分野で一般に受け入れ
られているそれらの意味を示す。これらの語は、一般に、例えば医薬上許容される担体ま
たは希釈剤中の、細胞または対象(例えば、ヒトを含む)内への投与(例えば、全身また
は局所投与)に適した形態の組成物または製剤を意味する。適当な形態は、1つには、使
用または進入経路(例えば、経口、経皮、吸入または注射)に左右される。そのような形
態は、該組成物または製剤が標的細胞(すなわち、負荷電核酸が運搬に望ましい細胞)に
到達するのを妨げるものであるべきではない。例えば、血流内に注射される組成物は可溶
性であるべきである。他の要因は当技術分野で公知であり、毒性、該組成物または製剤が
その効果を発揮するのを妨げる形態のような考慮事項を含む。本明細書中で用いる医薬製
剤には、ヒトおよび獣医用の製剤が含まれる。本発明の核酸分子との製剤化に適した物質
の非限定的な例には、脂質ナノ粒子(例えば、Sempleら,2010,Nat Bi
otechnol,Feb;28(2):172−6.を参照されたい)、P−糖タンパ
ク質インヒビター(例えば、プルロニック(Pluronic)P85)、生分解性重合
体、例えば、徐放運搬用のポリ(DL−ラクチド−コグリコリド)ミクロスフェア(Em
erich,DFら,1999,Cell Transplant,8,47−58)、
および充填ナノ粒子、例えば、ポリブチルシアノアクリラートから構成されるものが含ま
れる。本発明の核酸分子の運搬手段の他の非限定的な例には、Boadoら,1998,
J.Pharm.Sci,87,1308−1315;Tylerら,1999,FEB
S Lett.,421,280−284;Pardridgeら,1995,PNAS
USA.,92,5592−5596;Boado,1995,Adv.Drug D
elivery Rev.,15,73−107;Aldrian−Herradaら,
1998,Nucleic Acids Res.,26,4910−4916;および
Tylerら,1999,PNAS USA.,96,7053−7058に記載されて
いる物質が含まれる。「医薬上許容される組成物」または「医薬上許容される製剤」は、
本発明の核酸分子の、それらの所望の活性に最も適した身体位置への有効な分布を可能に
する組成物または製剤を意味しうる。
「細胞毒性/静細胞物質」なる語は、細胞の機能を直接的に阻害することにより細胞死
を引き起こす若しくは細胞増殖を抑制する又は細胞有糸分裂を抑制もしくは阻害する化合
物、例えばアルキル化物質、腫瘍壊死因子、インターカレーター、低酸素活性化性化合物
、微小管インヒビター/微小管安定化物質、有糸分裂キネシンのインヒビター、ヒストン
デアセチラーゼのインヒビター、有糸分裂進行に関与するキナーゼのインヒビター、代謝
拮抗物質;生体応答調節物質;ホルモン/抗ホルモン治療用物質、造血成長因子、モノク
ローナル抗体標的化治療用物質、トポイソメラーゼインヒビター、プロテアソームインヒ
ビターおよびユビキチンリガーゼインヒビターを意味する。
本明細書中で用いる「遺伝子」または「標的遺伝子」なる語は、当技術分野で一般に受
け入れられているそれらの意味を示す。これらの語は、一般に、ポリペプチドの産生に必
要な部分長または全長のコード配列を含む核酸(例えば、DNAまたはRNA)配列を意
味する。標的遺伝子は該核酸配列のUTRまたは非コード領域をも含みうる。遺伝子また
は標的遺伝子は、機能性RNA(fRNA)または非コードRNA(ncRNA)、例え
ば小一過性RNA(stRNA)、マイクロRNA(miRNA)、小核RNA(snR
NA)、短干渉性RNA(siRNA)、核小体RNA(snRNA)、リボソームRN
A(rRNA)、転移RNA(tRNA)およびそれらの前駆体RNAをコードしうる。
そのような非コードRNAは、機能性または調節性細胞過程に関与するfRNAまたはn
cRNAの活性をモジュレーションする際にsiNA媒介性RNA干渉のための標的核酸
分子として働きうる。したがって、疾患につながる異常fRNAまたはncRNA活性は
本発明のsiNA分子によりモジュレーションされうる。fRNAおよびncRNAを標
的化するsiNA分子は、遺伝的刷込み、転写、翻訳または核酸プロセシング(例えば、
トランスアミノ化、メチル化など)のような細胞過程に介入することにより対象、生物ま
たは細胞の遺伝子型または表現型を操作または改変するためにも使用されうる。標的遺伝
子は、細胞由来の遺伝子、内因性遺伝子、トランスジーンまたは外因性遺伝子、例えば、
感染後に細胞内に存在する病原体、例えばウイルスの遺伝子でありうる。標的遺伝子を含
有する細胞は任意の生物、例えば植物、動物、原虫、ウイルス、細菌または真菌から誘導
され、またはそれらに含有されうる。植物の非限定的な例には、単子葉植物、双子葉植物
または裸子植物が含まれる。動物の非限定的な例には、脊椎動物または無脊椎動物が含ま
れる。真菌の非限定的な例には、カビまたは酵母が含まれる。総説としては、例えば、S
nyderおよびGerstein,2003,Science,300,258−26
0を参照されたい。
本明細書中で用いる「相同配列」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
れらの意味を示す。これらの語は、一般に、遺伝子、遺伝子転写産物および/または非コ
ードポリヌクレオチドのような1以上のポリヌクレオチド配列により共有されているヌク
レオチド配列を意味する。例えば、相同配列は、関連しているが異なるタンパク質、例え
ば異なる遺伝子ファミリーメンバー、異なるタンパク質エピトープ、異なるタンパク質ア
イソフォームまたは完全分岐遺伝子をコードする2以上の遺伝子により共有されているヌ
クレオチド配列でありうる。相同配列は、2以上の非コードポリヌクレオチド、例えば非
コードDNAまたはRNA、調節配列、イントロン、および転写制御または調節の部位に
より共有されているヌクレオチド配列でありうる。相同配列は、2以上のポリヌクレオチ
ド配列により共有されている配列領域をも含みうる。相同性は、完全同一(100%)で
あることを必要とせず、部分相同配列も本発明の範囲に含まれる(例えば、少なくとも9
5%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、8
5%、84%、83%、82%、81%、80%など)。相同性(%)は、2つの配列間
のマッチヌクレオチドの数を、比較されている全長により割り算し、100を掛けた数で
ある。
「IDH1」なる語は、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1(サイトゾルイソクエン酸デ
ヒドロゲナーゼとしても公知)を意味する。表5は、野生型ヒトIDH1タンパク質をコ
ードするヌクレオチド配列を開示しているNCBI Genbankアクセッション番号
を一覧している。「IDH1関連」なる語は、IDH1遺伝子またはタンパク質、例えば
、野生型IDH1遺伝子およびコード化タンパク質の両方、ならびにそれらの誘導体、例
えば、野生型IDH1遺伝子およびコード化タンパク質および/またはペプチドの突然変
異形態および/またはスプライス変異体を含む。例えば、ヒトIDH1の種々の突然変異
形態、すなわち、132位のアルギニンがヒスチジンに突然変異しているもの(IDH1
−R132H)、システインに突然変異しているもの(IDH1−R132C)、グリシ
ンに突然変異しているもの(IDH1−R132G)、セリンに突然変異しているもの(
IDH1−R132S)、ロイシンに突然変異しているもの(IDH1−R132L)お
よびバリンに突然変異しているもの(IDH1−R132V)が特定されている。これら
の突然変異形態、およびそれらをコードするポリヌクレオチドはそれぞれ、「IDH1関
連」なる語に含まれる。
「RNAi活性の改善」なる語は、インビトロおよび/またはインビボで測定されたR
NAi活性の増加を意味し、この場合、RNAi活性は、RNAiをもたらすsiNAの
能力および本発明のsiNAの安定性の両方を反映するものである。本発明においては、
これらの活性の産生は、複数のリボヌクレオチドを含有する全RNA siNAまたはs
iNAと比較してインビトロおよび/またはインビボで上昇しうる。幾つかの場合には、
siNA分子の活性または安定性は低下(すなわち、10倍未満)しうるが、siNA分
子の全活性はインビトロおよび/またはインビボで増強しうる。
「含む」(およびそのいずれかの形態、例えば「含み」および「含まれる」)、「含ん
でなる」(およびそのいずれかの形態、例えば「有する」または「有し」)または「含有
する」(およびそのいずれかの形態、例えば「含有し」または「含有している」)なる語
は包括性であり、非限定性(オープン・エンド)であり、列挙されていない追加的な要素
または方法工程を除外しない。
「抑制」、「ダウンレギュレーション」または「減少(低下)」なる語は、当技術分野
で一般に受け入れられているそれらの意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては
、この語は、一般に、遺伝子の発現における、または1以上のタンパク質もしくはタンパ
ク質サブユニットをコードするRNA分子または等価RNA分子のレベルにおける、ある
いは1以上のタンパク質またはタンパク質サブユニットの活性における、本発明の核酸分
子(例えば、siNA)の非存在下で観察されるものより低いレベルへの低下を意味する
。ダウンレギュレーションは、翻訳後サイレンシング、例えばRNAi媒介性切断、また
はDNAメチル化パターンもしくはDNAクロマチン構造の改変にも関連づけられうる。
本明細書中で用いる「間欠的」または「間欠的に」なる語は、当技術分野で一般に受け
入れられているそれらの意味を示す。これらの語は、一般に、規則的または不規則的な間
隔での周期的停止および開始を意味する。
「ヌクレオシド間結合」または「ヌクレオシド間リンカー」または「ヌクレオチド間結
合」または「ヌクレオチド間リンカー」なる語は本明細書中で互換的に用いられ、当技術
分野で公知のとおり、2つのヌクレオシド単位間のいずれかのリンカーまたは結合、例え
ばホスファート、ホスファートの類似体、ホスホナート、グアニジウム、ヒドロキシルア
ミン、ヒドロキシルヒドラジニル、アミド、カルバマート、アルキルおよび置換アルキル
結合(これらに限定されるものではない)を意味する。ヌクレオシド間結合は核酸分子の
バックボーンを構成する。
本明細書中で用いる「哺乳類」または「哺乳動物」なる語は、当技術分野で一般に受け
入れられているそれらの意味を示す。これらの語は、一般に、任意の温血脊椎動物種、例
えばヒト、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ハムスター、モルモット、ウサギ、家畜などを
意味する。
「加圧式定量噴霧式吸入器」または「MDI」なる語は、容器、該容器を覆う固定キャ
ップ、および該容器内に配置された製剤定量弁を含む単位を意味する。MDI系は適当な
チャネリング装置を含む。適当なチャネリング装置は、例えば、弁アクチュエータ、およ
び充填キャニスターから該定量弁を介して患者の鼻または口(例えば、マウスピースアク
チュエータ)へと医薬が運搬されうる円筒形および円錐状導管を含む。
本明細書中で用いる「マイクロRNA」または「miRNA」なる語は、当技術分野で
一般に受け入れられているその意味を示す。この語は、一般に、mRNA切断、翻訳抑制
/阻害またはヘテロクロマチンサイレンシングのいずれかにより標的メッセンジャーRN
Aの発現を調節する小さな二本鎖RNAを意味する(例えば、Ambros,2004,
Nature,431,350−355;Bartel,2004,Cell,116,
281−297;Cullen,2004,Virus Research.,102,
3−9;Heら,2004,Nat.Rev.Genet.,5,522−531;Yi
ngら,2004,Gene,342,25−28;およびSethupathyら,2
006,RNA,12:192−197を参照されたい)。
本明細書中で用いる「モジュレート(モジュレーション)」なる語は、当技術分野で一
般に受け入れられているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語
は、遺伝子の発現または1以上のRNA分子(コード化または非コード化)のレベルまた
は1以上のRNA分子もしくはタンパク質もしくはタンパク質サブユニットの活性がアッ
プレギュレーションまたはダウンレギュレーションされて、発現、レベルまたは活性が、
モジュレーションを引き起こす分子の非存在下で観察されるものより高くなる又は低くな
る場合を意味する。例えば、幾つかの実施形態における「モジュレート(モジュレーショ
ン)」なる語は、例えば遺伝子発現の、抑制を意味することがあり、他の実施形態におい
ては、例えば遺伝子発現の、増強またはアップレギュレーションを意味することがある。
本明細書中で用いる「修飾(された)ヌクレオチド」なる語は、当技術分野で一般に受
け入れられているその意味を示す。この語は、一般に、当技術分野で一般に公知の未修飾
(または天然)ヌクレオチドの塩基、糖および/またはホスファートの化学構造における
修飾を含有するヌクレオチドを意味する。修飾ヌクレオチドの非限定的な例は本明細書お
よび米国特許出願第12/064,014号(US 20090176725として公開
されている)に記載されている。
「塩基対不形成」なる語は、二本鎖siNA分子のセンス鎖またはセンス領域とアンチ
センス鎖またはアンチセンス領域との間で塩基対形成していないヌクレオチドに関するも
のである。塩基対不形成ヌクレオチドは、例えば、ミスマッチ、突出および一本鎖ループ
を含みうるが、これらに限定されるものではない。
「非ヌクレオチド」なる語は、1以上のヌクレオチド単位の代わりにポリヌクレオチド
鎖内に取り込まれうる任意の基または化合物、例えば非塩基部分またはアルキル鎖(これ
らに限定されるものではない)を意味する。該基または化合物は、それが、一般に認識さ
れているヌクレオチド塩基、例えばアデノシン、グアニン、シトシン、ウラシルまたはチ
ミンを含有しておらず、1’位に核酸塩基を欠く点において、「非塩基」である。
「ヌクレオチド」なる語は、当技術分野で一般に認識されているとおりに用いられる。
ヌクレオチドは、一般に、核酸塩基、糖およびヌクレオシド間結合、例えばホスファート
を含む。該塩基は、当技術分野でよく知られているとおり、天然塩基(標準)、修飾塩基
または塩基類似体でありうる。そのような塩基は、一般に、ヌクレオチド糖部分の1’位
に位置する。また、該ヌクレオチドは、該糖、ヌクレオシド間結合および/または塩基部
分において修飾されていない又は修飾されていることが可能である(互換的に、ヌクレオ
チド類似体、修飾ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、非標準ヌクレオチドなどとも称さ
れる;例えば、米国特許出願第12/064,014号(US 20090176725
として公開)を参照されたい)。
本明細書中で用いる「突出」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその意
味を示す。典型的な二本鎖核酸分子に関しては、この語は、一般に、二本鎖核酸分子の2
本の鎖間で塩基対形成していないヌクレオチド配列の末端部分を意味する(例えば、図4
を参照されたい)。突出は、存在する場合、典型的には、siNA二重らせんの一方また
は両方の鎖の3’末端に位置する。
本明細書中で用いる「非経口」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその
意味を示す。この語は、一般に、消化管を経由する以外の方法で分子、薬物、物質または
化合物を投与する方法または技術を意味し、表皮、皮下、血管内(例えば、静脈内)、筋
肉内または鞘内注射または注入技術などを含む。
「経路標的」なる語は、遺伝子発現または活性の経路に関与する任意の標的を意味する
。例えば、いずれかの与えられた標的は、生物学的経路における上流、下流または変更遺
伝子を含みうる関連経路標的を有しうる。これらの経路標的遺伝子は、本明細書に記載の
疾患、状態および形質の治療において相加または相乗効果をもたらしうる。
「ホスホロチオアート」なる語は、酸素原子の代わりに1以上の硫黄原子を含むヌクレ
オチド間ホスファート結合を意味する。したがって、ホスホロチオアートなる語はホスホ
ロチオアートおよびホスホロジチオアートヌクレオチド間結合の両方を意味する。
「1位」なる語は、鎖、例えばアンチセンス鎖の末端の第1ヌクレオチドの位置を意味
する。本明細書において言及されている全ての位置は、鎖の末端から数えたヌクレオチド
の位置であり、例えば、アンチセンス鎖の5’末端からの1〜3位は、アンチセンス鎖の
5’末端から数えた1、2および3位の3ヌクレオチドを意味する。
本明細書中で用いる「リボヌクレオチド」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられ
ているその意味を示す。この語は、一般に、β−D−リボフラノース部分の2’位にヒド
ロキシル基を有するヌクレオチドを意味する。
本明細書中で用いる「RNA」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその
意味を示す。一般に、RNAなる語は、少なくとも1つのリボフラノシド部分を含む分子
を意味する。この語は、二本鎖RNA、一本鎖RNA、単離RNA、例えば部分精製RN
A、実質的に純粋なRNA、合成RNA、組換え製造RNA、ならびに1以上のヌクレオ
チドの付加、欠失、置換および/または改変の点で天然RNAとは異なる改変RNAを含
みうる。そのような改変は、例えば、siNAの末端または内部への、例えばRNAの1
以上のヌクレオチドにおける、非ヌクレオチド物質の付加を含みうる。本発明のRNA分
子におけるヌクレオチドは、非標準ヌクレオチド、例えば、天然に存在しないヌクレオチ
ドまたは化学合成ヌクレオチドもしくはデオキシヌクレオチドをも含みうる。これらの改
変RNAは、天然に存在するRNAの類似体と称されうる。
「RNA干渉」なる語または「RNAi」なる語は、当技術分野で一般に公知のとおり
、短干渉性核酸分子により引き起こされる、細胞における遺伝子発現を抑制またはダウン
レギュレーションする生物学的過程を意味する。例えば、以下のものを参照されたい:Z
amoreおよびHaley,2005,Science,309,1519−1524
;VaughnおよびMartienssen,2005,Science,309,1
525−1526;Zamoreら,2000,Cell,101,25−33;Bas
s,2001,Nature,411,428−429;Elbashirら,2001
,Nature,411,494−498;ならびにKreutzerら,国際PCT公
開番号WO 00/44895;Zernicka−Goetzら,国際PCT公開番号
WO 01/36646;Fire,国際PCT公開番号WO 99/32619;Pl
aetinckら,国際PCT公開番号WO 00/01846;MelloおよびFi
re,国際PCT公開番号WO 01/29058;Deschamps−Depail
lette,国際PCT公開番号WO 99/07409;ならびにLiら,国際PCT
公開番号WO 00/44914;Allshire,2002,Science,29
7,1818−1819;Volpeら,2002,Science,297,1833
−1837;Jenuwein,2002,Science,297,2215−221
8;ならびにHallら,2002,Science,297,2232−2237;H
utvagnerおよびZamore,2002,Science,297,2056−
60;McManusら,2002,RNA,8,842−850;Reinhartら
,2002,Gene & Dev.,16,1616−1626;ならびにReinh
art & Bartel,2002,Science,297,1831。また、RN
Aiなる語は、例えば翻訳後遺伝子サイレンシング、翻訳抑制、転写抑制またはエピジェ
ネティクス(後成学)のような配列特異的RNA干渉を示すために用いられる他の語と同
意義であると意図される。例えば、本発明のsiNA分子は、転写後レベルまたは転写前
レベルのいずれかにおいて遺伝子を後成学的にサイレンシングするために使用されうる。
非限定的な例においては、本発明のsiNA分子による遺伝子発現のエピジェネティック
(後成的)モジュレーションは、遺伝子発現を改変するためのクロマチン構造またはメチ
ル化パターンのsiNA媒介性修飾により生じうる(例えば、Verdelら,2004
,Science,303,672−676;Pal−Bhadraら,2004,Sc
ience,303,669−672;Allshire,2002,Science,
297,1818−1819;Volpeら,2002,Science,297,18
33−1837;Jenuwein,2002,Science,297,2215−2
218;およびHallら,2002,Science,297,2232−2237を
参照されたい)。もう1つの非限定的な例においては、本発明のsiNA分子による遺伝
子発現のモジュレーションは、当技術分野で公知のとおり、RISCまたは翻訳抑制によ
るRNA(コードまたは非コードRNA)のsiNA媒介性切断により生じることがあり
、あるいはモジュレーションは転写抑制により生じうる(例えば、Janowskiら,
2005,Nature Chemical Biology,1,216−222を参
照されたい)。
「RNAiインヒビター」なる語は、細胞または生物におけるRNA干渉機能または活
性をダウンレギュレーション、低減または抑制しうる任意の分子を意味する。RNAiイ
ンヒビターは、タンパク質成分、例えばRISC、または核酸成分、例えばmiRNAも
しくはsiRNAを含むRNAi経路のいずれかの成分の機能と相互作用し又は干渉する
ことにより、RNAiをダウンレギュレーション、低減または抑制(例えば、標的ポリヌ
クレオチドのRNAi媒介性切断、翻訳抑制または転写サイレンシング)しうる。RNA
iインヒビターは、RISC、miRNA、siRNAまたは細胞または生物におけるR
NAi経路のいずれかの他の成分の機能と相互作用し又は干渉しうるsiNA分子、アン
チセンス分子、アプタマーまたは小分子でありうる。RNAi(例えば、標的ポリヌクレ
オチドのRNAi媒介性切断、翻訳抑制または転写サイレンシング)により、本発明のR
NAiインヒビターは、標的遺伝子の発現をモジュレーション(例えば、アップレギュレ
ーションまたはダウンレギュレーション)するために使用されうる。
本明細書中で用いる「センス領域」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられている
その意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、siNA分子のアン
チセンス領域に対する相補性を有するsiNA分子のヌクレオチド配列を意味する。また
、siNA分子のセンス領域は、標的核酸配列に対する相同性または配列同一性を有する
核酸配列を含みうる。1つの実施形態においては、該siNA分子のセンス領域はセンス
鎖またはパッセンジャー鎖とも称される。
「短干渉性核酸」、「siNA」、「短干渉性RNA」、「siRNA」、「短干渉性
核酸分子」、「短干渉性オリゴヌクレオチド分子」または「化学修飾短干渉性核酸分子」
なる語は、配列特異的にRNA干渉(「RNAi」)または遺伝子サイレンシングを引き
起こすことにより遺伝子発現またはウイルス複製を抑制またはダウンレギュレーションし
うる任意の核酸分子を意味する。これらの語は、個々の核酸分子、複数のそのような核酸
分子またはそのような核酸分子のプールの双方を意味しうる。該siNAは、自己相補的
なセンスおよびアンチセンス鎖を含む二本鎖核酸分子であることが可能であり、ここで、
該アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的で
あるヌクレオチド配列を含み、該センス鎖は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌ
レオチド配列を含む。該siNAは、二重らせん、非対称二重らせん、ヘアピンまたは非
対称ヘアピン二次構造(自己相補的なセンスおよびアンチセンス領域を有するもの)を有
するポリヌクレオチドであることが可能であり、ここで、該アンチセンス領域は、別の標
的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を
含み、該センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む
。該siNAは、自己相補的なセンスおよびアンチセンス領域を含む2以上のループ構造
およびステムを有する環状一本鎖ポリヌクレオチドであることが可能であり、ここで、該
アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相補的で
あるヌクレオチド配列を含み、該センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応する
ヌクレオチド配列を含み、該環状ポリヌクレオチドは、RNAiを引き起こしうる活性s
iNA分子を産生するようにインビボまたはインビトロのいずれかでプロセシング(加工
)されうる。該siNAは、標的核酸分子またはその一部におけるヌクレオチド配列に相
補的なヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含むことが可能であり(例え
ば、この場合、そのようなsiNA分子は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌク
レオチド配列のsiNA分子内の存在を要しない)、ここで、該一本鎖ポリヌクレオチド
は更に、末端ホスファート基、例えば5’−ホスファート(例えば、Martinezら
,2002,Cell,110,563−574およびSchwarzら,2002,M
olecular Cell,10,537−568を参照されたい)または5’,3’
−ジホスファートを含みうる。
本明細書中で用いる「対象」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているその意
味を示す。この語は、一般に、本発明の核酸分子が投与されうる生物を意味する。対象は
、ヒトまたはヒト細胞を含む哺乳類または哺乳類細胞でありうる。この語はまた、外植細
胞のドナーもしくはレシピエントである生物または該細胞自体を意味する。
本明細書中で用いる「全身投与」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。この語は、一般に、血流中の薬物のインビボ全身吸収または蓄積およびそ
れに続く全身への分布を意味する。
「IDH1」または「IDH1関連」なる語と共に用いられた場合の「標的」なる語は
、任意のIDH1関連標的タンパク質、ペプチドもしくはポリペプチド、またはコード化
ポリヌクレオチド/核酸配列(例えば、標的DNAまたは標的RNA)(限定的なもので
はないが、表2および表5に一覧されているものを含む)を意味する。したがって、ID
H1関連標的は、野生型IDH1タンパク質およびそのコード遺伝子の両方、ならびにそ
れらの誘導体、例えば、野生型IDH1遺伝子およびコード化タンパク質および/または
ペプチドの突然変異形態および/またはスプライス変異体でありうる。例えば、ヒトID
H1の種々の突然変異形態、すなわち、132位のアルギニンがヒスチジンに突然変異し
ているもの(IDH1−R132H)、システインに突然変異しているもの(IDH1−
R132C)、グリシンに突然変異しているもの(IDH1−R132G)、セリンに突
然変異しているもの(IDH1−R132S)、ロイシンに突然変異しているもの(ID
H1−R132L)およびバリンに突然変異しているもの(IDH1−R132V)が特
定されている。
本明細書中で用いる「標的部位」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。この語は、一般に、例えば、標的配列に相補的な配列をアンチセンス領域
内に含有するsiNA構築物によりもたらされる切断のために「標的化」される標的核酸
分子(例えば、RNA)内の配列を意味する。
本明細書中で用いる「治療的有効量」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられてい
るその意味を示す。この語は、一般に、研究者、獣医、医師または他の臨床家により求め
られている細胞、組織、系、動物またはヒトの生物学的または医学的応答を惹起する化合
物または組成物の量を意味する。例えば、疾患または障害に関連した測定可能なパラメー
タにおける少なくとも25%の減少が認められる場合に、与えられた臨床的治療が有効だ
とみなされるならば、その疾患または障害の治療のための薬物の治療的有効量は、そのパ
ラメータにおいて少なくとも25%の減少を引き起こすのに必要な量である。
本明細書中で用いる「汎用塩基」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。汎用塩基なる語は、一般に、天然DNA/RNA塩基のそれぞれと塩基対
を形成するヌクレオチド塩基類似体であって、それらの間で相違をほとんど又は全く伴わ
ないものを意味する。汎用塩基の非限定的な例には、当技術分野で公知のとおり(例えば
、Loakes,2001,Nucleic Acids Research,29,2
437−2447を参照されたい)、C−フェニル、C−ナフチルおよび他の芳香族誘導
体、イノシン、アゾールカルボキサミドおよびニトロアゾール誘導体、例えば3−ニトロ
ピロール、4−ニトロインドール、5−ニトロインドールおよび6−ニトロインドールが
含まれる。
本明細書中で用いる「アップレギュレーション」なる語は、当技術分野で一般に受け入
れられているその意味を示す。本発明の典型的な核酸分子に関しては、この語は、遺伝子
の発現、または1以上のタンパク質もしくはタンパク質サブユニットをコードするRNA
分子もしくは等価RNA分子のレベル、または1以上のRNA、タンパク質もしくはタン
パク質サブユニットの活性の、本発明の核酸分子(例えば、siNA)の非存在下で観察
されるものを超えるレベルまでの増加を意味する。ある場合には、siNA分子での遺伝
子発現のアップレギュレーションまたは促進は、不活性または弱化分子の存在下で観察さ
れるレベルを超えるものである。他の場合には、siNA分子での遺伝子発現のアップレ
ギュレーションまたは促進は、例えば、スクランブル配列またはミスマッチを有するsi
NA分子の存在下で観察されるレベルを超えるものである。更に他の場合には、本発明の
核酸分子での遺伝子発現のアップレギュレーションまたは促進は、該核酸分子の存在下の
ほうが、その非存在下より大きい。幾つかの場合には、遺伝子発現のアップレギュレーシ
ョンまたは促進は、RNA媒介性遺伝子サイレンシング、例えば、アップレギュレーショ
ンされるべき対象遺伝子の発現をダウンレギュレーションし、抑制し又はサイレンシング
するコードまたは非コードRNA標的のRNAi媒介性切断またはサイレンシングの抑制
に関連づけられる。遺伝子発現のダウンレギュレーションは、例えば、コードRNAまた
はそのコード化タンパク質により、例えば負のフィードバックまたは拮抗作用により誘導
されうる。遺伝子発現のダウンレギュレーションは、例えば、関心のある遺伝子に対する
調節制御を有する非コードRNAにより、例えば、翻訳抑制、クロマチン構造、メチル化
、RISC媒介性RNA切断または翻訳抑制により該遺伝子の発現をサイレンシングする
ことにより誘導されうる。したがって、関心のある遺伝子をダウンレギュレーション、抑
制またはサイレンシングする標的の抑制またはダウンレギュレーションは、治療用の対象
遺伝子の発現をアップレギュレーションするために用いられうる。
本明細書中で用いる「ベクター」なる語は、当技術分野で一般に受け入れられているそ
の意味を示す。ベクターなる語は、一般に、1以上の核酸分子を運搬するために用いられ
るいずれかの核酸および/またはウイルスに基づく発現系または技術を意味する。
B.本発明のsiNA分子
本発明は、疾患および/または生理的状態、例えば、IDH1関連遺伝子またはタンパ
ク質の発現に関連した細胞増殖関連障害、例えば、中枢神経系の癌(神経膠腫)およびA
ML(これらに限定されるものではない)を治療するために使用されうるIDH1関連ポ
リヌクレオチド配列を標的化するsiNAを含む組成物および方法を提供する。本発明の
特定の態様および実施形態においては、本発明の核酸分子は、表1aおよび表1bに示さ
れている配列の少なくとも15ヌクレオチド配列を含む。該siNAは幾つかの形態で提
供されうる。例えば、本発明のsiNAは1以上のsiNA化合物として単離されること
が可能であり、あるいはそれは核酸プラスミド内の転写カセットの形態をとることが可能
である。該siNAは化学合成されることも可能である。該siNAは、例えば表1cお
よび表6に示されているような修飾および/または修飾パターンを含みうる。したがって
、種々の実施形態においては、本発明の核酸の鎖または領域の少なくとも1つは、配列番
号1〜506からなる配列の群から選択される少なくとも15ヌクレオチド配列を含む。
該siNAは単独で投与されることが可能であり、あるいは他のsiNA分子またはID
H1関連疾患もしくは状態を治療する通常の物質と共投与されることが可能である。
本発明のsiNA分子は、RNA転写産物との相互作用により或いは個々の遺伝子配列
との相互作用により、特にIDH1関連遺伝子の遺伝子サイレンシングを引き起こすため
に使用されうる。そのような相互作用は、例えば、RNAiにより、または標的のクロマ
チン構造もしくはメチル化パターンをモジュレーションし標的のヌクレオチド配列で標的
遺伝子の転写を妨げることによりサイレンシングを引き起こす細胞過程により、転写レベ
ルまたは転写後レベルで遺伝子サイレンシングのモジュレーションを引き起こす。よく詳
細には、該標的はIDH1関連RNA、DNAまたはmRNAのいずれかである。
1つの態様においては、本発明は、細胞または哺乳動物におけるIDH1関連遺伝子の
発現を抑制するための短干渉性核酸(siNA)分子を提供する。該siNAは一本鎖ま
たは二本鎖でありうる。二本鎖の場合、該siNAはセンスおよびアンチセンス鎖を含む
。アンチセンス鎖は、IDH1関連遺伝子の発現において形成されるmRNAの少なくと
も一部に相補的である。センス鎖はアンチセンス鎖に相補的な領域を含む。特定の実施形
態においては、アンチセンス鎖は、表1b(配列番号440〜506)から選択されるア
ンチセンス配列の少なくとも15ヌクレオチドを含む。一般に、二本鎖siNAは、表1
b(配列番号1〜67)から選択されるセンス鎖の少なくとも15ヌクレオチドと、表1
b(配列番号440〜506)から選択されるアンチセンス鎖の少なくとも15ヌクレオ
チドとを含む。もう1つの実施形態においては、「少なくとも15ヌクレオチド」は15
個の連続的ヌクレオチドである。
本発明のsiNAのヌクレオチドの1以上は、所望により、修飾されていてもよい。化
学修飾siNAの他の実施形態においては、本発明の幾つかのsiNAは、表1cに記載
されている配列番号68〜439から選択される少なくとも1つのヌクレオチド配列を含
む。他の実施形態においては、該siNAは、表1cに記載されている配列番号68〜4
39から選択される少なくとも2つの配列を含み、ここで、前記の少なくとも2つの配列
の1つは、前記の少なくとも2つの配列のもう1つに相補的であり、前記の少なくとも2
つの配列の1つは、IDH1関連遺伝子の発現において生じるmRNAの配列に相補的で
ある。本発明の或る修飾siNAの例を表1cに示す。
本発明の二本鎖RNA分子は、相補的であり対称または非対称でありうる2つの異なる
別々の鎖、すなわち、2つの一本鎖RNA分子を含むことが可能であり、あるいは、2つ
の相補的部分(例えば、センス領域およびアンチセンス領域)が塩基対形成し、1以上の
一本鎖「ヘアピン」領域(すなわち、ループ)により共有結合されていて例えば一本鎖短
ヘアピンポリヌクレオチドまたは環状一本鎖ポリヌクレオチドが生じている1つの一本鎖
分子を含むことが可能である。
該リンカーはポリヌクレオチドリンカーまたは非ヌクレオチドリンカーでありうる。幾
つかの実施形態においては、該リンカーは非ヌクレオチドリンカーである。幾つかの実施
形態においては、本発明のヘアピンまたは環状siNA分子は1以上のループモチーフを
含有し、ここで、該siNA分子のループ部分の少なくとも1つは生分解性である。例え
ば、インビボでの該siNA分子のループ部分の分解が、1、2、3または4ヌクレオチ
ドを含む3’末端ヌクレオチド突出のような3’末端突出を有する二本鎖siNA分子を
与えうるように、本発明の一本鎖ヘアピンsiNA分子は設計される。あるいは、インビ
ボでのsiNA分子のループ部分の分解が、約2ヌクレオチドを含む3’末端ヌクレオチ
ド突出のような3’末端突出を有する二本鎖siNA分子を与えうるように、本発明の環
状siNA分子は設計される。
本発明の対称siNA分子においては、それぞれの鎖、センス(パッセンジャー)鎖お
よびアンチセンス(ガイド)鎖は、独立して、約15〜約30(例えば、約15、16、
17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29また
は30)ヌクレオチド長である。一般に、本発明の対称siNA分子の各鎖は約19〜2
4(例えば、約19、20、21、22、23または24)ヌクレオチド長である。
非対称siNA分子においては、該分子のアンチセンス領域または鎖は約15〜約30
(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、2
6、27、28、29または30)ヌクレオチド長であり、ここで、センス領域は約3〜
約25(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15
、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25)ヌクレオチド長
である。一般に、本発明の非対称siNA分子の各鎖は約19〜24(例えば、約19、
20、21、22、23または24)ヌクレオチド長である。
更に他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は一本鎖ヘアピンsiNA分子を
含み、ここで、該siNA分子は約25〜約70(例えば、約25、26、27、28、
29、30、31、32、33、34、35、36、40、45、50、55、60、6
5または70)ヌクレオチド長である。
更に他の実施形態においては、本発明はsiNA分子は一本鎖環状siNA分子を含み
、ここで、該siNA分子は約38〜約70(例えば、約38、40、45、50、55
、60、65または70)ヌクレオチド長である。
更に他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は一本鎖非環状siNA分子を含
み、ここで、該siNA分子は、独立して、約15〜約30(例えば、約15、16、1
7、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または
30)ヌクレオチド長である。
種々の対称実施形態においては、本発明のsiNA二重らせんは、独立して、約15〜
約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、2
5、26、27、28、29または30)塩基対を含む。一般に、該siNAの二重らせ
ん構造は15〜30、より一般には18〜25、更に一般には19〜24、最も一般には
19〜21塩基対を含有する。
本発明の二重らせんsiNA分子が非対称である更に他の実施形態においては、該si
NA分子は約3〜25(例えば、約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、1
3、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または25)
塩基対を含む。一般に、該siNAの二重らせん構造は15〜25、より一般には18〜
25、更に一般には19〜24、最も一般には19〜21塩基対を含有する。
本発明のsiNA分子がヘアピンまたは環状構造である更に他の実施形態においては、
該siNA分子は約15〜約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、2
1、22、23、24、25、26、27、28、29または30)塩基対を含む。
本発明のsiNA分子のセンス鎖およびアンチセンス鎖またはセンス領域およびアンチ
センス領域は相補的でありうる。また、該アンチセンス鎖またはアンチセンス領域は、例
えば表5においてNCBI Genbankアクセッション番号により表されている配列
または表2に開示されている配列(これらに限定されるものではない)のようなIDH1
関連標的RNAのヌクレオチド配列またはその一部に相補的でありうる。該siNAのセ
ンス鎖またはセンス領域はIDH1関連遺伝子またはその一部のヌクレオチド配列を含み
うる。ある実施形態においては、本発明のsiNA分子のセンス領域またはセンス鎖は、
例えば表5においてNCBI Genbankアクセッション番号により表されている配
列または表2に開示されている配列(これらに限定されるものではない)のようなIDH
1関連標的ポリヌクレオチド配列に相補的である、該siNA分子のアンチセンス領域ま
たはアンチセンス鎖の部分に相補的である。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は該siNA分子のセンス鎖また
はセンス領域とアンチセンス鎖またはアンチセンス領域との間に完全な相補性を有する。
他の又は同じ実施形態においては、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖は対応IDH
1関連標的核酸分子に完全に相補的である。
更に他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は、該siNA分子のセンス鎖ま
たはセンス領域とアンチセンス鎖またはアンチセンス領域との間、あるいは該siNA分
子のアンチセンス鎖またはアンチセンス領域と対応IDH1関連標的核酸分子との間に部
分的な相補性(すなわち、100%未満の相補性)を有する。したがって、幾つかの実施
形態においては、本発明の二本鎖核酸分子は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である約
15〜約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21、22、23、2
4、25、26、27、28、29または30)ヌクレオチドを一方の鎖内に有する。他
の実施形態においては、該分子は、該二本鎖核酸分子のアンチセンス領域のヌクレオチド
に相補的である約15〜約30(例えば、約15、16、17、18、19、20、21
、22、23、24、25、26、27、28、29または30)ヌクレオチドをセンス
領域内に有する。ある実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子は、対応IDH1関
連標的核酸分子のヌクレオチド配列に相補的である約15〜約30(例えば、約15、1
6、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29
または30)ヌクレオチドをアンチセンス鎖内に有する。
他の実施形態においては、該siNA分子は、該siNA分子がその活性、例えばRN
Aiを引き起こす活性を維持する限り、1以上のヌクレオチドの欠失、置換、ミスマッチ
および/または付加を含有しうる。非限定的な例においては、該欠失、置換、ミスマッチ
および/または付加はループまたはバルジ、あるいはゆらぎ又は他の代替的(非ワトソン
−クリック)塩基対を形成しうる。したがって、幾つかの実施形態においては、例えば、
本発明の二本鎖核酸分子は、他方の鎖または領域に対するミスマッチまたは塩基対不形成
を有する1以上(例えば、1、2、3、4、5または6)のヌクレオチドを一方の鎖また
は領域内に有する。他の実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子は、他方の鎖また
は領域に対するミスマッチまたは塩基対不形成を有する1以上(例えば、1、2、3、4
、5または6)のヌクレオチドを各鎖または領域内に有する。好ましい実施形態において
は、本発明のsiNAは3個以下のミスマッチを含有する。該siNAのアンチセンス鎖
が標的配列に対するミスマッチを含有する場合、ミスマッチの領域は相補性の領域の中心
部に位置しないことが好ましい。
他の実施形態においては、該siNA分子は、該siNA分子がその活性、例えばRN
Aiを引き起こす活性を維持する限り、1以上のヌクレオチドの欠失、置換、ミスマッチ
および/または付加を配列に有する配列番号1〜67および配列番号440〜506(表
1bに示されている)から選択される少なくとも1つの配列を含有しうる。非限定的な例
においては、該欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加はループまたはバルジ、ある
いはゆらぎ又は他の代替的(非ワトソン−クリック)塩基対を形成しうる。
本発明はまた、第1鎖および第2鎖が互いに相補的であり、少なくとも1つの鎖が、配
列番号1〜67および配列番号440〜506(表1bに示されている)から選択される
ポリヌクレオチド配列に高いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズ可能であり、
該ヌクレオチドのいずれかが修飾されていない又は化学修飾されている、二本鎖核酸(s
iNA)分子を含む。ハイブリダイゼーション技術は当業者によく知られている(例えば
、Sambrookら,Molecular Cloning:A Laborator
y Manual,2nd Ed.,Cold Spring Harbor Labo
ratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(198
9)を参照されたい)。好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、5
0% ホルムアミド、5×SSC(150mM NaCl、15mM クエン酸三ナトリ
ウム)、50mM リン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハルト液、10% 硫酸
デキストランおよび20μg/ml 変性せん断サケ精子DNAを含む溶液中、42℃で
の一晩のインキュベーション、ならびにそれに続く、約65℃での0.1×SSC中のフ
ィルターの洗浄を含む。1つの特定の実施形態においては、第1鎖は、他方の鎖のヌクレ
オチドに相補的である約15、16、17、18、19、20または21ヌクレオチドを
有し、少なくとも1つの鎖は、配列番号1〜67および配列番号440〜506(表1b
に示されている)から選択されるポリヌクレオチド配列にハイブリダイズ可能である。よ
り好ましい実施形態においては、第1鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である約1
5、16、17、18、19、20または21ヌクレオチドを有し、少なくとも1つの鎖
は、配列番号7、配列番号446、配列番号11、配列番号450、配列番号12、配列
番号451、配列番号13、配列番号452、配列番号38、配列番号477、配列番号
39、配列番号478、配列番号40、配列番号479、配列番号41、配列番号480
、配列番号59、配列番号498、配列番号63または配列番号502に高いストリンジ
ェンシーの条件下でハイブリダイズ可能であり、該ヌクレオチドのいずれかは修飾されて
おらず又は化学修飾されている。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は約1〜約4(例えば、約1、2、3
または4)ヌクレオチドの突出を含む。該突出におけるヌクレオチドは同じ又は異なるヌ
クレオチドでありうる。幾つかの実施形態においては、該突出は該二本鎖核酸分子の一方
または両方の鎖の3’末端に存在する。例えば、本発明の二本鎖核酸分子は、該二本鎖核
酸分子のアンチセンス鎖/領域の3’末端、センス鎖/領域の3’末端、またはアンチセ
ンス鎖/領域およびセンス鎖/領域の両方にヌクレオチドまたは非ヌクレオチド突出を含
みうる。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子の突出部分を含むヌクレオチドは
、IDH1関連標的ポリヌクレオチド配列に基づく配列を含み、ここで、本発明のsiN
A分子のアンチセンス鎖/領域の突出部分を含むヌクレオチドは該IDH1関連標的ポリ
ヌクレオチド配列内のヌクレオチドに相補的であり、および/または本発明のsiNA分
子のセンス鎖/領域の突出部分を含むヌクレオチドは該IDH1関連標的ポリヌクレオチ
ド配列内のヌクレオチドを含みうる。したがって、幾つかの実施形態においては、該突出
は、該IDH1関連標的ポリヌクレオチド配列の部分に相補的である2ヌクレオチドの突
出を含む。しかし、他の実施形態においては、該突出は、該IDH1関連標的ポリヌクレ
オチド配列の部分に相補的でない2ヌクレオチドの突出を含む。ある実施形態においては
、該突出は、IDH1関連標的ポリヌクレオチド配列の部分に相補的でない3’−UU突
出を含む。他の実施形態においては、該突出はアンチセンス鎖の3’末端におけるUU突
出およびセンス鎖の3’末端におけるTT突出を含む。他の実施形態においては、該突出
は、本明細書における実施例、表および図に記載されているヌクレオチドを含む。
3’末端ヌクレオチド突出を有する本明細書に記載されているsiNA分子の実施形態
のいずれかにおいては、該突出は、所望により、1以上の核酸糖、塩基またはバックボー
ン位置において化学修飾されている。本発明の二本鎖核酸(siNA)分子の突出部分に
おける修飾ヌクレオチドの代表的で非限定的な例には、2’−O−アルキル(例えば、2
’−O−メチル)、2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−デオキシ
−2’−フルオロアラビノ(FANA)、4’−チオ、2’−O−トリフルオロメチル、
2’−O−エチル−トリフルオロメトキシ、2’−O−ジフルオロメトキシ−エトキシ、
汎用塩基、非環状または5’−C−メチルヌクレオチドが含まれる。より好ましい実施形
態においては、該突出ヌクレオチドは、それぞれ独立して、2’−O−アルキルヌクレオ
チド、2’−O−メチルヌクレオチド、2’−デオキシ−2−フルオロヌクレオチドまた
は2’−デオキシリボヌクレオチドである。幾つかの場合には、該突出ヌクレオチドは1
以上のホスホロチオアート結合により連結されている。
更に他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は、平滑末端を有する(すなわち
、ヌクレオチド突出を伴わない)二重らせん核酸分子を含み、ここで、両末端が平滑であ
り、あるいは該末端の1つが平滑である。幾つかの実施形態においては、本発明のsiN
A分子は1つの平滑末端を含み、例えば、この場合、アンチセンス鎖の5’末端およびセ
ンス鎖の3’末端はいずれの突出ヌクレオチドをも有さず、あるいはアンチセンス鎖の3
’末端およびセンス鎖の5’末端はいずれの突出ヌクレオチドをも有さない。他の実施形
態においては、本発明のsiNA分子は2つの平滑末端を含み、例えば、この場合、アン
チセンス鎖の3’末端およびセンス鎖の5’末端ならびにアンチセンス鎖の5’末端およ
びセンス鎖の3’末端はいずれの突出ヌクレオチドをも有さない。
本発明のsiNA分子の実施形態または態様のいずれかにおいては、センス鎖および/
またはアンチセンス鎖は更に、該センス鎖および/またはアンチセンス鎖の3’末端、5
’末端または3’および5’末端の両方にキャップ(例えば、本明細書に記載されている
もの、または当技術分野で公知のもの)を有する。ヘアピンsiNA分子の場合、該キャ
ップは該ポリヌクレオチドの末端ヌクレオチドの一方または両方に存在しうる。幾つかの
実施形態においては、該キャップは二本鎖siNA分子のセンス鎖の一方または両方の末
端に存在する。他の実施形態においては、該キャップはアンチセンス(ガイド)鎖の3’
末端に存在する。好ましい実施形態においては、キャップはセンス鎖の3’末端およびセ
ンス鎖の5’末端に存在する。
そのような末端キャップの代表的で非限定的な例には、逆方向非塩基ヌクレオチド、逆
方向デオキシ非塩基ヌクレオチド、逆方向ヌクレオチド部分、図5に示されている基、グ
リセリル修飾、アルキルもしくはシクロアルキル基、複素環、または当技術分野で一般に
公知のいずれかの他のキャップが含まれる。
本発明のsiNA分子の実施形態のいずれかは5’ホスファート末端を有しうる。幾つ
かの実施形態においては、該siNAは末端ホスファートを欠く。
本発明のいずれかのsiNA分子または構築物は1以上の化学修飾を含みうる。修飾は
、例えば安定性、活性、毒性、免疫応答(例えば、インターフェロン応答、炎症性もしく
は炎症促進性サイトカイン応答またはToll様受容体応答の刺激の阻害)および/また
はバイオアベイラビリティのようなインビトロまたはインビボ特性を改善するために用い
られうる。
出願人は、対応未修飾siNA分子と比較して改善されたRNAi活性および/または
安定性を有する化学修飾siNA分子を本明細書に記載している。本明細書に開示されて
いる種々の化学修飾siNAモチーフは、未修飾または最低限度に修飾された活性siR
NAに実質的に類似したRNAi活性を維持する能力を付与し(例えば、Elbashi
r,2001,EMBO J.,20:6877−6888を参照されたい)、同時に、
治療用途における使用に適切なヌクレアーゼ抵抗性および薬物動態特性を付与する。
種々の実施形態においては、本発明のsiNA分子は、センスおよび/またはアンチセ
ンス鎖に存在するいずれかの(例えば、1以上または全ての)ヌクレオチドが修飾ヌクレ
オチドである(例えば、1つのヌクレオチドが修飾されている、または幾つかのヌクレオ
チド(すなわち、複数または2以上)が修飾されている、または全てのヌクレオチドが修
飾ヌクレオチドである)、修飾を含む。幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA
分子は化学修飾で部分的に修飾されている(例えば、約1、2、3、4、5、6、7、8
、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、2
2、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35
、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、
49、50、55または59ヌクレオチドが修飾されている)。幾つかの実施形態におい
ては、本発明のsiNA分子は、修飾ヌクレオチドである少なくとも約8、10、12、
14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、4
0、42、44、46、48、50、52、54、56、58または60ヌクレオチドを
含む。他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は化学修飾で完全に修飾(100
%修飾)されている。すなわち、該siNA分子はいずれのリボヌクレオチドをも含有し
ない。幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のセンス鎖におけるヌクレオ
チドの1以上が修飾されている。同じ又は他の実施形態においては、本発明のsiNA分
子のアンチセンス鎖におけるヌクレオチドの1以上が修飾されている。
単一siNA分子内の化学修飾は同じ又は異なりうる。幾つかの実施形態においては、
少なくとも1つの鎖は少なくとも1つの化学修飾を有する。他の実施形態においては、各
鎖は、同じ又は異なりうる少なくとも1つの化学修飾、例えば糖、塩基またはバックボー
ン(すなわち、ヌクレオチド間結合)修飾を有する。他の実施形態においては、本発明の
siNA分子は少なくとも2、3、4、5またはそれ以上の異なる化学修飾を含有する。
本発明における使用に適した化学修飾の非限定的な例は米国特許出願第10/444,
853号、第10/981,966号および第12/064,014号(US 2004
0192626、US 20050266422およびUS 20090176725と
して公開されている)ならびにそれらにおいて引用されている参考文献に開示されており
、糖、塩基およびホスファート修飾、非ヌクレオチド修飾、ならびに/またはそれらのい
ずれかの組合せを含む。これらの米国特許出願(第10/444,853号、第10/9
81,966号および第12/064,014号)を、本発明のsiNAとの使用に適し
た化学修飾を記載する目的のために、参照により本明細書に組み入れることとする。
本発明の或る特定の実施形態においては、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドは、当技
術分野で一般に認識されているとおり、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、
2’−デオキシヌクレオチド、2’−O−アルキル(例えば、2’−O−メチル)ヌクレ
オチドまたはロック化(locked)核酸(LNA)ヌクレオチドが含まれる。
本発明の更に他の実施形態においては、少なくとも1つのヌクレオチドはリボ様ノーザ
ン(Northern)またはA形態ヘリックス立体配置を有する(例えば、Saeng
er,Principles of Nucleic Acid Structure,
Springer−Verlag ed.,1984を参照されたい)。ノーザン立体配
置を有するヌクレオチドの非限定的な例には、ロック化核酸(LNA)ヌクレオチド(例
えば、2’−O,4’−C−メチレン−(D−リボフラノシル)ヌクレオチド)、2’−
メトキシエトキシ(MOE)ヌクレオチド、2’−メチル−チオ−エチルヌクレオチド、
2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−デオキシ−2’−クロロヌクレオ
チド、2’−アジドヌクレオチド、2’−O−トリフルオロメチルヌクレオチド、2’−
O−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、2’−O−ジフルオロメトキシ−エト
キシヌクレオチド、4’−チオヌクレオチドおよび2’−O−メチルヌクレオチドが含ま
れる。
種々の実施形態においては、該二本鎖siNA分子に存在するピリミジンヌクレオチド
の大部分(例えば、50%を超える)は糖修飾を含む。同じおよび/または他の実施形態
の幾つかにおいては、該二本鎖siNA分子に存在するプリンヌクレオチドの大部分(例
えば、50%を超える)は糖修飾を含む。
幾つかの実施形態においては、該アンチセンス鎖におけるピリミジンヌクレオチドは2
’−O−メチルまたは2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、
該アンチセンス鎖におけるプリンヌクレオチドは2’−O−メチルヌクレオチドまたは2
’−デオキシヌクレオチドである。他の実施形態においては、該センス鎖におけるピリミ
ジンヌクレオチドは2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、該
センス鎖に存在するプリンヌクレオチドは2’−O−メチルまたは2’−デオキシプリン
ヌクレオチドである。
本発明の或る実施形態においては、該センス鎖上の相補的領域におけるピリミジンヌク
レオチドの全ては2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。ある
実施形態においては、該アンチセンス鎖の相補的領域におけるピリミジンヌクレオチドの
全ては2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。ある実施形態に
おいては、該センス鎖上の相補的領域におけるプリンヌクレオチドの全ては2’−デオキ
シプリンヌクレオチドである。ある実施形態においては、該アンチセンス鎖上の相補的領
域におけるプリンの全ては2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。ある実施形態に
おいては、該センス鎖上の相補的領域におけるピリミジンヌクレオチドの全ては2’−デ
オキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、該アンチセンス鎖の相補的領域
におけるピリミジンヌクレオチドの全ては2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌ
クレオチドであり、該センス鎖上の相補的領域におけるプリンヌクレオチドの全ては2’
−デオキシプリンヌクレオチドであり、該アンチセンス鎖上の相補的領域におけるプリン
の全ては2’−O−メチルプリンヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、一方または両方の鎖におけるピリミジンヌクレオチドの
少なくとも5以上は2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。幾
つかの実施形態においては、一方または両方の鎖におけるピリミジンヌクレオチドの少な
くとも5以上は2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドである。幾つかの実施形態にお
いては、一方または両方の鎖におけるプリンヌクレオチドの少なくとも5以上は2’−デ
オキシ−2’−フルオロプリンヌクレオチドである。幾つかの実施形態においては、一方
または両方の鎖におけるプリンヌクレオチドの少なくとも5以上は2’−O−メチルプリ
ンヌクレオチドである。
ある実施形態においては、該プリンおよびピリミジンは2’−糖位置において異なって
修飾される(すなわち、少なくとも1つのプリンは、同じ又は異なる鎖において、2’−
糖位置において、少なくとも1つのピリミジンとは異なる修飾を有する)。例えば、幾つ
かの実施形態においては、一方または両方の鎖におけるピリミジンヌクレオチドの少なく
とも5以上は2’−デオキシ−2’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、一方また
は両方の鎖における少なくとも5以上のプリンヌクレオチドは2’−O−メチルプリンヌ
クレオチドである。他の場合には、一方または両方の鎖におけるピリミジンヌクレオチド
の少なくとも5以上は2’−O−メチルピリミジンヌクレオチドであり、一方または両方
の鎖における少なくとも5以上のプリンヌクレオチドは2’−デオキシ−2’−フルオロ
プリンヌクレオチドである。
種々の修飾および修飾パターンを有するそのようsiNA分子のセンスおよびアンチセ
ンス鎖の他の非限定的な例を図2および3に示す。
前記修飾またはそれらの組合せ(引用参考文献におけるものを含む)はいずれも、本発
明のsiNA分子のいずれかに適用されうる。
本発明の修飾siNA分子は該siNA分子内の種々の位置に修飾を含みうる。幾つか
の実施形態においては、本発明の二本鎖siNA分子は該siNA二重らせん内の内部塩
基対形成位置に修飾ヌクレオチドを含む。他の実施形態においては、本発明の二本鎖si
NA分子は該siNA分子の塩基対不形成または突出領域に修飾ヌクレオチドを含む。更
に他の実施形態においては、本発明の二本鎖siNA分子は該siNA分子の末端位置に
修飾ヌクレオチドを含む。例えば、そのような末端領域には、該siNA分子の領域のセ
ンスおよび/アンチセンス鎖の3’位および/または5’位が含まれる。また、本発明の
修飾siNA分子のいずれかは、該siNA二重らせんの一方または両方のオリゴヌクレ
オチド鎖において、例えば、センス鎖、アンチセンス鎖または両方の鎖において、修飾を
有しうる。更に、本発明のsiNA分子の化学修飾に関しては、本発明の二本鎖siNA
分子の各鎖は、各鎖が、異なる化学修飾パターンを含むように、1以上の化学修飾を有し
うる。
前記修飾またはそれらの組合せ(引用参考文献におけるものを含む)はいずれも、本発
明の実施形態のいずれかに適用されうる。
ある実施形態においては、本発明の二本鎖siNA分子の各鎖は、異なる化学修飾パタ
ーン、例えば、本明細書に記載されている(表6を参照されたい)いずれかの安定化化学
(「Stab」)修飾化学法またはそれらのいずれかの組合せ、すなわち、一定のSta
b化学センスおよびアンチセンス鎖の種々の組合せを含む。更に、種々の修飾パターンを
もたらしうる修飾法の非限定的な例を表6に示す。「Stab」として表6に記載されて
いる安定化化学法は、センス/アンチセンス化学法のいずれかの組合せ、例えば、Sta
b 7/8、Stab 7/11、Stab 8/8、Stab 18/8、Stab
18/11、Stab 12/13、Stab 7/13、Stab 18/13、St
ab 7/19、Stab 8/19、Stab 18/19、Stab 7/20、S
tab 8/20、Stab 18/20、Stab 7/32、Stab 8/32も
しくはStab 18/32または安定化化学法のいずれかの他の組合せで組合されうる
本発明のsiNAのいずれかにおいては、該siNA分子のガイド鎖またはガイド領域
(アンチセンス鎖またはアンチセンス領域としても公知である)の5’末端における1以
上(例えば、1、2、3、4または5)のヌクレオチドはリボヌクレオチドである。
ある実施形態においては、本発明は、IDH1またはその誘導体もしくは突然変異体の
発現をモジュレーションする二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該
siNA分子は、センス鎖およびアンチセンス鎖を含み、各鎖は、独立して、15〜30
ヌクレオチド長であり、該アンチセンス鎖は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)のいずれかに相
補的な配列を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、「
少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖は、
5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−3’(配列番号498);または
5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)のいずれかに
対する同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、
「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。したがって、該
siNA分子のアンチセンス鎖は配列番号446、450、451、452、477、4
78、479、480、498または502のいずれかの少なくとも15ヌクレオチド配
列を含む。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のセンス鎖は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)のいずれかに対
する同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。1つの実施形態においては、「
少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。したがって、該s
iNA分子のセンス鎖は配列番号7、11、12、13、38、39、40、41、59
または63のいずれかの少なくとも15ヌクレオチド配列を含む。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は、
5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7)および
5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11)および
5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12)および
5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13)および
5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38)および
5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39)および
5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40)および
5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41)および
5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59)および
5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−(配列番号498);または
5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)および
5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)のいずれかを
含む。もう1つの実施形態においては、該siNA分子は、配列番号7および446の両
方、または配列番号11および450の両方、または配列番号12および451の両方、
または配列番号13および452の両方、または配列番号38および477の両方、また
は配列番号39および478の両方、または配列番号40および479の両方、または配
列番号41および480の両方、または配列番号59および498の両方、または配列番
号63および502の両方の少なくとも15ヌクレオチド配列を含む
幾つかの実施形態においては、該siNA分子は、該siNA分子がその活性、例えば
RNAiを引き起こす活性を維持する限り、配列番号7、配列番号446、配列番号11
、配列番号450、配列番号12、配列番号451、配列番号13、配列番号452、配
列番号38、配列番号477、配列番号39、配列番号478、配列番号40、配列番号
479、配列番号41、配列番号480、配列番号59、配列番号498、配列番号63
または配列番号502の少なくとも15ヌクレオチド配列内に1以上のヌクレオチドの欠
失、置換、ミスマッチおよび/または付加を含有しうる。非限定的な例においては、該欠
失、置換、ミスマッチおよび/または付加はループまたはバルジ、あるいはゆらぎ又は他
の代替的(非ワトソン−クリック)塩基対を形成しうる。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子のアンチセンス鎖は、配列番号9
1、107、111、115、199、213、227、231、303または411の
いずれかに対する配列同一性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。他の実施形態
においては、本発明のsiNA分子のセンス鎖は、配列番号90、106、110、11
4、198、212、226、230、302または410のいずれかに対する配列同一
性を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む。もう1つの実施形態においては、「少な
くとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子は配列番号90および91、配列
番号106および107、配列番号110および111、配列番号114および115、
配列番号198および199、配列番号212および213、配列番号226および22
7、配列番号230および231、配列番号302および303、または配列番号410
および411のいずれかを含む。
ある実施形態においては、二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子を提供し、ここで、該
分子はセンス鎖およびアンチセンス鎖を有し、式(A):
Figure 2017212982

(式中、上側の鎖は該二本鎖核酸分子のセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であ
り、該アンチセンス鎖は配列番号446、配列番号450、配列番号451、配列番号4
52、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号480、配列番号4
98または配列番号502の少なくとも15ヌクレオチド配列を含み、該センス鎖は、該
アンチセンス鎖に対する相補性を有する配列を含む;
各Nは、独立して、修飾されていない若しくは化学修飾されているヌクレオチドであ
る、または非ヌクレオチドである;
各Bは、存在する又は存在しない末端キャップである;
(N)は突出ヌクレオチドを表し、それらのそれぞれは、独立して、修飾されていな
い又は化学修飾されている;
X1およびX2は、独立して、0〜4の整数である;
X3は15〜30の整数である;
X4は12〜27の整数である;
[N1]−[N2]−[N3]は修飾ヌクレオチドまたはリボヌクレオチドであり、
ここで、[N1]−[N2]−[N3]は、以下のものからなる群から選択される:
(a)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は
2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシ−2’
−フルオロヌクレオチドである;
(b)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は
2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレ
オチドである;
(c)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−O−メチルヌクレオチドである;
(d)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−
2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレオチドである;お
よび
(e)[N1]はリボヌクレオチドであり、[N2]はリボヌクレオチドであり、[
N3]はリボヌクレオチドである)を含む。
幾つかの実施形態においては、式AのsiNA分子は、該siNA分子がその活性、例
えばRNAiを引き起こす活性を維持する限り、配列番号446、配列番号450、配列
番号451、配列番号452、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列
番号480、配列番号498または配列番号502の少なくとも15ヌクレオチド配列に
対する1以上のヌクレオチドの欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加を含有しうる
。非限定的な例においては、該欠失、置換、ミスマッチおよび/または付加はループまた
はバルジ、あるいはゆらぎ又は他の代替的(非ワトソン−クリック)塩基対を形成しうる
1つの実施形態においては、本発明は、
(a)NX4位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオ
キシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ
ヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
(b)NX4位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ
−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌク
レオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
(c)NX3位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオ
キシ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシ
ヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;および
(d)NX3位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ
−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌク
レオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである、式(A)の二本鎖
短干渉性核酸(siNA)分子に関する。
ある実施形態においては、本発明は、
(a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
(b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
が2’−O−アルキルヌクレオチドである;
(c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;および
(d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
が2’−デオキシヌクレオチドである、式(A)の二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子
に関する。
ある実施形態においては、本発明は、
(a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;
(b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
がリボヌクレオチドである;
(c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;および
(d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
がリボヌクレオチドである、式(A)の二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子に関する。
ある実施形態においては、本発明は、
(a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
(b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
が2’−O−アルキルヌクレオチドである;
(c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオ
チドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;および
(d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチド
が2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである、式(A)の二本鎖短干渉性核酸
(siNA)分子に関する。
ある実施形態においては、本発明は、1以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合
を更に含む、式(A)の二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子に関する。
幾つかの実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は該核酸分子のアンチセンス
鎖またはアンチセンス領域の5’末端に末端ホスファート基を含む。
種々の実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は、各X1およびX2=1また
は2;X3=18、19、20、21、22、23または24;およびX4=15、16
、17、18、19、20または21を含む。
ある実施形態においては、式Aを有するsiNA分子はX1=2およびX2=2を含む
1つの特定の実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は各X1およびX2=2
;X3=19;およびX4=16を含む。
ある実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は該センス鎖またはセンス領域の
3’および5’末端にキャップ(B)を含む。
ある実施形態においては、式Aを有するsiNA分子はアンチセンス鎖またはアンチセ
ンス領域の3’末端にキャップ(B)を含む
種々の実施形態においては、式AのsiNA分子はセンス鎖またはセンス領域の3’お
よび5’末端のキャップ(B)ならびにアンチセンス鎖またはアンチセンス領域の3’末
端のキャップ(B)を含む。
更に他の実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は該二本鎖核酸分子のセンス
(上側)鎖の5’末端のみにキャップ(B)を有する。
幾つかの実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は更に、ヌクレオチド間に1
以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む。ある実施形態においては、式Aを
有するsiNA分子は、該核酸分子のセンス鎖、アンチセンス鎖またはセンス鎖とアンチ
センス鎖との両方の3’末端の第1末端(N)と隣接ヌクレオチドとの間に1以上のホス
ホロチオアートヌクレオチド間結合を含む。例えば、二本鎖核酸分子は、ホスホロチオア
ートヌクレオチド間結合(NsN;ここで、「s」はホスホロチオアートを示す)を伴う
突出ヌクレオチド位置を有するX1および/またはX2=2を含みうる。
幾つかの実施形態においては、式Aを有するsiNA分子のヌクレオチドの1以上は汎
用塩基を有する。
ある実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖の5’から1
4位に、その14位のヌクレオチドがプリンである場合、リボヌクレオチドを有する。他
の実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は、アンチセンス鎖の5’位から14
位に、その14位のヌクレオチドがピリミジンヌクレオチドである場合、リボヌクレオチ
ド、2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドまたは2’−O−メチルヌクレオチド
を有する。特に好ましい実施形態においては、アンチセンス鎖の5’末端から14位は、
そのヌクレオチドがプリンまたはピリミジンであるかどうかにかかわらず、2’−デオキ
シ−2’−フルオロヌクレオチドである。
幾つかの実施形態においては、式Aを有するsiNA分子は、IDH1関連標的ポリヌ
クレオチド配列におけるヌクレオチドに相補的であるアンチセンス鎖(下側の鎖)におけ
る(N)ヌクレオチドを含み、それはまた、アンチセンス(下側)鎖のNおよび[N]ヌ
クレオチドに対する相補性を有する。
本発明のsiNAに適用可能であるものとして前記で考察されている前記修飾またはそ
れらの組合せ(引用参考文献におけるものを含む)は、式Aを有するsiNA分子の実施
形態のいずれかにも適用されうる。
C.siNA分子の作製/合成
本発明のsiNAは、当業者に公知の幾つかの技術を用いて得られうる。例えば、該s
iNAは化学合成されることが可能であり、あるいはプラスミドによりコードされうる(
例えば、ヘアピンループを有する二重らせんに自動的に折り畳まれる配列として転写され
うる)。siNAは、より長いdsRNA(例えば、約25ヌクレオチド長より長いds
RNA)の、大腸菌(E.coli)RNアーゼIIまたはDicerによる切断によっ
ても製造されうる。これらの酵素は生物学的に活性なsiNAへとdsRNAをプロセシ
ングする(Yangら,PNAS USA 99:9942−9947(2002);C
alegariら,PNAS USA 99:14236(2002);Byronら,
Ambion Tech Notes 10(1):4−6(2009);Kawask
iら,Nucleic Acids Res.,31:981−987(2003);K
nightおよびBass,Science,293:2269−2271(2001)
;ならびにRoberstonら,J.Biol.Chem 243:82(1969)
)。
1.化学合成
好ましくは、本発明のsiNAは化学合成される。オリゴヌクレオチド(例えば、ある
修飾オリゴヌクレオチド、またはリボヌクレオチドを欠くオリゴヌクレオチドの一部)は
、当技術分野で公知の方法を用いて合成される(例えば、Caruthersら,199
2,Methods in Enzymology 211,3−19;Thompso
nら,国際PCT公開番号WO 99/54459;Wincottら,1995,Nu
cleic Acids Res.23,2677−2684;Wincottら,19
97,Methods Mol.Bio.,74,59;Brennanら,1998,
Biotechnol Bioeng.,61,33−45;およびBrennan,米
国特許第6,001,311号に記載されているとおり)。オリゴヌクレオチドの合成は
、一般的な核酸保護およびカップリング基、例えば、5’末端におけるジメトキシトリチ
ルおよび3’末端におけるホスホラミダイトを利用する。
修飾を伴わないsiNA分子は、Usmanら,1987,J.Am.Chem.So
c,109,7845およびScaringeら,1990,Nucleic Acid
s Res.,18,5433に記載されている方法を用いて合成される。これらの合成
は、本発明の或るsiNA分子に使用されうる5’末端におけるジメトキシトリチルおよ
び3’末端におけるホスホラミダイトのような一般的な核酸保護およびカップリング基を
利用する。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は、米国特許第6,995,259号
、第6,686,463号、第6,673,918号、第6,649,751号、第6,
989,442号および第7,205,399号に記載の方法により合成され、脱保護さ
れ、分析される。
非限定的な合成例においては、小規模合成は、2’−O−メチル化ヌクレオチドに関す
る2.5分間のカップリング工程および2’−デオキシヌクレオチドまたは2’−デオキ
シ−2’−フルオロヌクレオチドに関する45秒間のカップリング工程を伴う0.2μm
olの規模の方法を用いて、394 Applied Biosystems,Inc.
合成装置において行われる。表7は、該合成サイクルにおいて使用される試薬の量および
接触時間を示す。
あるいは、本発明のsiNA分子は別々に合成され、合成後に、例えば連結により(例
えば、Mooreら,1992,Science 256,9923;Draperら,
国際PCT公開番号WO 93/23569;Shabarovaら,1991,Nuc
leic Acids Research 19,4247;Bellonら,1997
,Nucleosides & Nucleotides,16,951;およびBel
lonら,1997,Bioconjugate Chem.8,204)、または合成
および/もしくは脱保護後のハイブリダイゼーションにより合体されうる。
Scaringeら,米国特許第5,889,136号、第6,008,400号およ
び第6,111,086号の教示を用いることによっても、本発明の種々のsiNA分子
が合成されうる。
2.ベクター発現
あるいは、標的IDH1関連分子をコードする遺伝子と相互作用し、それをダウンレギ
ュレーションする本発明のsiNA分子は、DNAまたはRNAベクター内に挿入された
転写単位(例えば、Coutureら,1996,TIG.,12,510を参照された
い)から発現され、運搬されうる。該組換えベクターはDNAプラスミドまたはウイルス
ベクターでありうる。siNAを発現するウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス、レ
トロウイルス、アデノウイルスまたはアルファウイルス(これらに限定されるものではな
い)に基づいて構築されうる。
幾つかの実施形態においては、本発明の核酸分子を発現させるために、pol III
に基づく構築物が使用される。siNA分子の配列の転写は、真核生物RNAポリメラー
ゼI(pol I)、RNAポリメラーゼII(pol II)またはRNAポリメラー
ゼIII(pol III)のためのプロモーターから駆動されうる(例えば、Thom
pson,米国特許第5,902,880号および第6,146,886号を参照された
い)(また、IzantおよびWeintraub,1985,Science,229
,345;McGarryおよびLindquist,1986,Proc.Natl.
Acad.Sci.,USA 83,399;Scanlonら,1991,Proc.
Natl.Acad.Sci.USA,88,10591−5;Kashani−Sab
etら,1992,Antisense Res.Dev.,2,3−15;Dropu
licら,1992,J.Virol.,66,1432−41;Weerasingh
eら,1991,J.Virol.,65,5531−4;Ojwangら,1992,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89,10802−6;Chenら,
1992,Nucleic Acids Res.,20,4581−9;Sarver
ら,1990 Science,247,1222−1225;Thompsonら,1
995,Nucleic Acids Res.,23,2259;Goodら,199
7,Gene Therapy,4,45も参照されたい)。pol IIまたはpol
IIIプロモーターからの転写産物は細胞内で高レベルで発現され、与えられた細胞型
における与えられたpol IIプロモーターのレベルは、近傍に存在する遺伝子調節配
列(エンハンサー、サイレンサーなど)の性質に左右される。原核生物RNAポリメラー
ゼ酵素が適当な細胞内で発現されるならば、原核生物RNAポリメラーゼプロモーターも
使用される(Elroy−SteinおよびMoss,1990,Proc.Natl.
Acad.Sci.USA,87,6743−7;GaoおよびHuang 1993,
Nucleic Acids Res.,21,2867−72;Lieberら,19
93,Methods Enzymol,217,47−66;Zhouら,1990,
Mol.Cell.Biol.,10,4529−37を参照されたい)。幾人かの研究
者は、そのようなプロモーターから発現される核酸分子が哺乳類細胞において機能しうる
ことを示している(例えば、Kashani−Sabetら,1992,前掲;Ojwa
ngら,1992,前掲;Chenら,1992,前掲;Yuら,1993,Proc.
Natl.Acad.Sci.USA,90,6340−4;L’Huillierら,
1992,EMBO J.,11,4411−8;Lisziewiczら,1993,
Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A,90,8000−4;Thomp
sonら,1995,Nucleic Acids Res.,23,2259;および
Sullenger & Cech,1993,Science,262,1566)。
より詳しくは、U6小核(snRNA)、転移RNA(tRNA)およびアデノウイルス
VA RNAをコードする遺伝子に由来するもののような転写単位は、細胞において高濃
度の所望のRNA分子(例えば、siNA)を得るのに有用である(Thompsonら
,1995,前掲;CoutureおよびStinchcomb,1996,前掲;No
onbergら,1994,Nucleic Acid Res.,22,2830;N
oonbergら,米国特許第5,624,803号;Goodら,1997,Gene
Ther.,4,45;ならびにBeigelmanら,国際PCT公開番号WO 9
6/18736)。前記のsiNA転写単位は、プラスミドDNAベクター、ウイルスD
NAベクター(例えば、アデノウイルスまたはアデノ随伴ウイルスベクター)またはウイ
ルスRNAベクター(例えば、レトロウイルスまたはアルファウイルスベクター)(これ
らに限定されるものではない)を含む、哺乳類細胞内への導入のための種々のベクター内
に組込まれうる(総説としては、Coutureら,1996,TIG,12,510を
参照されたい)。
本発明のsiNA分子を発現させるために使用されるベクターは、siNA二重らせん
の一方もしくは両方の鎖、またはsiNA二重らせんへと自己ハイブリダイズする単一自
己相補性鎖をコードしうる。本発明のsiNA分子をコードする核酸配列は、該siNA
分子の発現を可能にする様態で機能的に連結されうる(例えば、Paulら,2002,
Nature Biotechnology,19,505;Miyagishiおよび
Taira,2002,Nature Biotechnology,19,497;な
らびにLeeら,2002,Nature Biotechnology,19,500
を参照されたい)。
D.担体/運搬系
本発明のsiNAは直接的に加えられ、あるいはカチオン性脂質と複合体化され、リポ
ソーム内に封入され、あるいはsiNA分子を発現する組換えプラスミドまたはウイルス
ベクターとして複合体化され、あるいは標的細胞または組織に運搬されうる。核酸分子の
運搬のための方法は、例えば、Akhtarら,1992,Trends Cell B
io.,2,139;Delivery Strategies for Antise
nse Oligonucleotide Therapeutics,Akhtar編
,1995;Maurerら,1999,Mol.Membr.Biol.,16,12
9−140;HoflandおよびHuang,1999,Handb.Exp.Pha
rmacol,137,165−192;ならびにLeeら,2000,ACS Sym
p.Ser.,752,184−192に記載されている。Beigelmanら,米国
特許第6,395,713号およびSullivanら,PCT国際出願公開番号WO
94/02595は更に、核酸分子の運搬のための一般的方法を記載している。これらの
方法は実質的に全ての核酸分子の運搬に利用されうる。核酸分子は、リボソーム内への封
入、イオントホレシスまたは他の小胞、例えば生分解性重合体、ヒドロゲル、シクロデキ
ストリン(例えば、Gonzalezら,1999,Bioconjugate Che
m.,10,1068−1074;Wangら,国際PCT公開番号WO 03/475
18およびWO 03/46185を参照されたい)、ポリ(乳酸−コ−グリコール酸)
(PLGA)およびPLCAミクロスフェア(例えば、米国特許第6,447,796号
および米国特許出願公開第US 2002130430号を参照されたい)、生分解性ナ
ノカプセルおよび生物接着性ミクロスフェア内への封入またはタンパク質性ベクター(O
’HareおよびNormand,国際PCT公開番号WO 00/53722)(これ
らに限定されるものではない)を含む、当業者に公知の種々の方法により細胞に投与され
うる。
1つの態様においては、本発明は、本明細書に記載されているsiNA分子を含有する
担体系を提供する。幾つかの実施形態においては、該担体系は、脂質に基づく担体系、カ
チオン性脂質、またはリポソーム核酸複合体、リポソーム、ミセル、ウイロソーム、脂質
ナノ粒子またはそれらの混合物である。他の実施形態においては、該担体系は、重合体に
基づく担体系、例えばカチオン性重合体−核酸複合体である。追加的な実施形態において
は、該担体系は、シクロデキストリンに基づく担体系、例えば、シクロデキストリン重合
体−核酸複合体である。他の実施形態においては、該担体系は、タンパク質に基づく担体
系、例えばカチオン性ペプチド−核酸複合体である。もう1つの実施形態においては、該
担体系は脂質ナノ粒子(「LNP」)製剤である。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は、例えば米国特許出願第11/35
3,630号、第11/586,102号、第61/189,295号、第61/204
,878号、第61/235,476号、第61/249,807号および第61/29
8,022号に記載されているとおり、脂質ナノ粒子組成物で製剤化される。ある実施形
態においては、本発明のsiNA分子は、40/48/2/10の比のカチオン性脂質/
コレステロール/PEG−C−DMA/DSPC、40/48/2/10の比のカチオン
性脂質/コレステロール/PEG−DMG/DSPC、または60/38/2の比のカチ
オン性脂質/コレステロール/PEG−DMGを含む脂質ナノ粒子組成物で製剤化される
。ある実施形態においては、該カチオン性脂質はオクチルCLinDMA、DLinDM
A、L−278、DLinKC2DMAまたはMC3(表9を参照されたい)である。
種々の実施形態においては、表8に記載されている脂質ナノ粒子製剤は本発明における
任意のsiNA分子またはsiNA分子の組合せに適用される。
ある他の実施形態においては、本発明は、PCT国際出願公開番号WO 2010/0
21865、WO 2010/080724、WO 2010/042877、WO 2
010/105209およびWO 2011/022460ならびに米国特許出願第61
/249,807号、第61/298,022号、第61/322,054号、第61/
347,640号、第61/351,373号、第61/382,067号、第61/3
84,486号および第61/388,201号に記載されているカチオン性脂質製剤の
いずれかで製剤化された本発明のsiNA分子を含む組成物に関する。
他の実施形態においては、本発明は本発明のsiNA分子のコンジュゲートおよび/ま
たは複合体に関する。そのようなコンジュゲートおよび/または複合体は、生物学的系(
例えば、細胞)内へのsiNA分子の運搬を促進させるために使用されうる。本発明によ
り提供されるコンジュゲートおよび複合体は、治療用化合物を細胞膜越えに移入し、薬物
動態を改変し、および/または本発明の核酸分子の局在化をモジュレーションすることに
より、治療活性を付与しうる。そのようなコンジュゲートの非限定的な例は、米国特許公
開番号US 2008/0152661およびUS 2004/0162260(例えば
、CDM−LBA、CDM−Pip−LBA、CDM−PEG、CDM−NAGなど)な
らびに米国特許出願第10/201,394号ならびに米国特許第7,833,992号
、第6,528,631号、第6,335,434号、第6,235,886号、第6,
153,737号、第5,214,136号および第5,138,045号に記載されて
いる。
種々の実施形態においては、ポリエチレングリコール(PEG)は本発明のsiNA化
合物に共有結合されうる。該結合PEGは任意の分子量のもの、好ましくは、約100〜
約50,000ダルトン(Da)のものでありうる。
更に他の実施形態においては、本発明は、例えば国際PCT公開番号WO 96/10
391;Ansellら,国際PCT公開番号WO 96/10390;Holland
ら,国際PCT公開番号WO 96/10392に開示されているような、本発明のsi
NA分子およびポリ(エチレングリコール)脂質(PEG修飾または長循環性リポソーム
またはステルスリポソーム)を含有する表面修飾リポソームを含む組成物または製剤に関
する。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA分子はまた、ポリエチレンイミンおよ
びその誘導体、例えばポリエチレンイミン−ポリエチレングリコール−N−アセチルガラ
クトサミン(PEI−PEG−GAL)またはポリエチレンイミン−ポリエチレングリコ
ール−トリ−N−アセチルガラクトサミン(PEI−PEG−トリGAL)誘導体で製剤
化または複合体化されうる。1つの実施形態においては、本発明の核酸分子は、米国特許
出願公開第2003/077829号に記載されているとおりに製剤化される。
他の実施形態においては、本発明のsiNA分子は、膜破壊剤、例えば米国特許出願公
開第2001/0007666号に記載されているものと複合体化される。更に他の実施
形態においては、該膜破壊剤および該siNA分子はまた、カチオン性脂質またはヘルパ
ー脂質分子、例えば米国特許第6,235,310号に記載されている脂質と複合体化さ
れる。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は、米国特許出願公開第2003/0
77829号、第2005/0287551号、第2005/0164220号、第20
05/0191627号、第2005/0118594号、第2005/0153919
号、第2005/0085486号および第2003/0158133号ならびに国際P
CT公開番号WO 00/03683およびWO 02/087541に記載されている
運搬系と複合体化される。
幾つかの実施形態においては、本発明のリポソーム製剤は、米国特許第6,858,2
24号、第6,534,484号、第6,287,591号、6,835,395号、第
6,586,410号、第6,858,225号、第6,815,432号、第6,58
6,001号、第6,120,798号、第6,977,223号、第6,998,11
5号、第5,981,501号、第5,976,567号、第5,705,385号なら
びに米国特許出願公開番号2006/0019912、2006/0019258、20
06/0008909、2005/0255153、2005/0079212、200
5/0008689、2003/0077829、2005/0064595、2005
/0175682、2005/0118253、2004/0071654、2005/
0244504、2005/0265961および2003/0077829に記載され
ている化合物および組成物で製剤化または複合体化された本発明のsiNA分子(例えば
、siNA)を含む。
あるいは、本発明のsiNAを発現する前記の組換えプラスミドおよびウイルスベクタ
ーが、本発明の分子を運搬するために使用されうる。siNA分子を発現するベクターの
運搬は全身性であることが可能であり、例えば静脈内または筋肉内投与、対象者から外植
された標的細胞への投与およびそれに続く、該対象者への再導入、あるいは所望の標的細
胞内への導入を可能にするいずれかの他の手段によるものでありうる(総説としては、C
outureら,1996,TIG.,12,510を参照されたい)。そのような組換
えプラスミドは直接的に投与されることが可能であり、あるいは例えばMirus Tr
ansit LT1親油性試薬;リポフェクチン;リポフェクタミン;セルフェクチン;
ポリカチオン(例えば、ポリリシン)またはリポソーム 脂質に基づく担体系、カチオン
性脂質またはリポソーム核酸複合体、ミセル、ウイロソーム、脂質ナノ粒子を含む適当な
運搬試薬と共に投与されうる。
E.キット
本発明はまた、キット形態の核酸を提供する。該キットは容器を含みうる。該キットは
、典型的には、本発明の核酸を、その投与のための説明と共に含有する。ある場合には、
該核酸に標的化部分が結合していることが可能である。標的化部分(例えば、抗体、タン
パク質)を結合させる方法は当業者に公知である。ある場合には、該核酸は化学修飾され
ている。他の実施形態においては、該キットは本発明のsiNA分子の2以上を含有する
。該キットは、医薬上許容される担体または希釈剤と共に本発明のsiNA分子を含みう
る。該キットは更に、賦形剤を含みうる。
F.治療用途/医薬組成物
IDH1の研究における現在の一連の知見は、IDH1活性をアッセイするための方法
の必要性、ならびに研究、診断および治療用の、野生型および/または突然変異IDH1
の発現を調節する化合物の必要性を示している。後記のとおり、本発明の核酸分子は、I
DH1および/または突然変異IDH1レベルに関連した1以上の病態を診断するための
アッセイにおいて使用されうる。また、該核酸分子および医薬組成物は、IDH1関連R
NAレベルに関連した1以上の病態を治療するために使用されうる。
1.IDH1および/または突然変異IDH1に関連した病態
IDH1関連遺伝子および/またはタンパク質の発現に関連づけられうる個々の病態に
は、細胞増殖関連障害、例えば、中枢神経系の癌(例えば、神経膠腫(例えば、神経膠芽
細胞腫、星状細胞腫、乏突起神経膠腫、テント上)および原始神経外胚葉性腫瘍(例えば
、髄芽腫))、および骨髄系細胞の増殖により特徴づけられる造血障害(例えば、AML
、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性新生物(MPN))が含まれる。
本発明のsiNA分子は標的IDH1関連mRNAを分解する(そしてそれにより、I
DH1関連遺伝子またはタンパク質の発現に関連した疾患を抑制する)と理解される。疾
患の抑制は、対象における疾患の進行を直接的に測定することにより評価されうる。それ
は、該疾患に関連した状態の変化または逆転を観察することによっても推論されうる。ま
た、本発明のsiNA分子は予防手段として使用されうる。したがって、本発明の核酸分
子および医薬組成物の使用は、IDH1関連遺伝子発現の調節に関連したこれらの疾患お
よび他の疾患の改善、治療、予防および/または治癒のために用いられうる。
2.医薬組成物
本発明のsiNA分子は、種々の治療、予防、獣医、診断、標的妥当性評価、ゲノム発
見、遺伝的操作および薬物ゲノム(pharmacogenomic)の用途に有用な試
薬および方法を提供する。
a.製剤
本発明は、記載されているsiNA分子の医薬組成物、すなわち、医薬上許容される担
体または希釈剤中の組成物を提供する。これらの製剤または組成物は、当技術分野で一般
に公知の医薬上許容される担体または希釈剤を含みうる。
1つの実施形態においては、本発明は、配列番号7、配列番号446、配列番号11、
配列番号450、配列番号12、配列番号451、配列番号13、配列番号452、配列
番号38、配列番号477、配列番号39、配列番号478、配列番号40、配列番号4
79、配列番号41、配列番号480、配列番号59、配列番号498、配列番号63ま
たは配列番号502の少なくとも15ヌクレオチドを含むsiNA分子を含む医薬組成物
に関する。もう1つの実施形態においては、「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の
連続的ヌクレオチドである。更にもう1つの実施形態においては、本発明は、式(A)を
含むsiNA分子を含む医薬組成物に関する。
本発明のsiNA分子は、好ましくは、当技術分野で公知の技術に従い、対象に投与す
る前に医薬組成物として製剤化される。本発明の医薬組成物は、少なくとも無菌であり発
熱物質を含有しないことにより特徴づけされる。本発明の医薬組成物の製造方法は、例え
ばRemington’s Pharmaceutical Science,17 e
d.,Mack Publishing Company,Easton,Pa.(19
85)に記載されている当技術分野の技量の範囲内である。
幾つかの実施形態においては、本発明の医薬組成物(例えば、siNAおよび/または
そのLNP製剤)は更に、通常の医薬賦形剤および/または添加剤を含む。適当な医薬賦
形剤には、保存剤、香味剤、安定剤、抗酸化剤、浸透圧調節剤、緩衝剤(バッファー)お
よびpH調節剤が含まれる。適当な添加剤には、生理的に生体適合性であるバッファー(
例えば、塩酸トリメチルアミン)、キレート剤(例えば、DTPAまたはDTPA−ビス
アミド)、またはカルシウムキレート錯体(例えば、カルシウムDTPA、CaNaDT
PA−ビスアミド)の添加、または所望により、カルシウムもしくはナトリウム塩(例え
ば、塩化カルシウム、アスコルビン酸カルシウム、グルコン酸カルシウムまたは乳酸カル
シウム)の添加が含まれる。また、抗酸化剤および懸濁化剤が使用されうる。
局所投与用の種々のタイプの製剤の非限定的な例には、軟膏剤、ローション剤、クリー
ム剤、ゲル剤、フォーム(泡剤)、経皮パッチによる運搬用の製剤、散剤、噴霧剤、エア
ゾール剤、カプセル剤またはカートリッジ(吸入器またはインサフレーターにおける使用
のためのもの)または滴剤(例えば、点眼剤または点鼻剤)、噴霧療法のための水剤(溶
液)/懸濁剤、坐剤、ペッサリー、貯留型浣腸剤、および咀嚼可能もしくは吸い込み可能
な錠剤もしくはペレット剤(例えば、アフタ性潰瘍の治療のためのもの)、またはリポソ
ームもしくはマイクロカプセル製剤が含まれる。
軟膏剤、クリーム剤およびゲル剤は、例えば、適当な増粘剤および/またはゲル化剤お
よび/または溶媒の添加により、水性または油性基剤で製剤化されうる。そのような基剤
の非限定的な例には、例えば、水および/または油、例えば流動パラフィン、または植物
油、例えばラッカセイ油もしくはヒマシ油、または溶媒、例えばポリエチレングリコール
が含まれうる。該基剤の性質に応じて、種々の増粘剤およびゲル化剤が使用されうる。そ
のような物質の非限定的な例には、白色軟パラフィン、ステアリン酸アルミニウム、セト
ステアリルアルコール、ポリエチレングリコール、羊毛脂、ミツロウ、カルボキシポリメ
チレンおよびセルロース誘導体および/またはグリセリルモノステアラートおよび/また
はノニオン乳化剤が含まれる。
1つの実施形態においては、ローション剤が水性または油性基剤で製剤化されることが
可能であり、一般に、1以上の乳化剤、安定剤、分散剤、懸濁化剤または増粘剤をも含有
するであろう。
1つの実施形態においては、いずれかの適当な散剤基剤、例えばタルク、ラクトースま
たはデンプンの補助により、外部適用のための散剤が形成されうる。滴剤は、1以上の分
散剤、可溶化剤、懸濁化剤または保存剤をも含む水性または非水性基剤で製剤化されうる
経口使用を意図した組成物は医薬組成物の製造のための当技術分野で公知の任意の方法
により製造されることが可能であり、そのような組成物は、医薬上優美かつ美味な製剤を
得るために、1以上のそのような甘味剤、香味剤、着色剤および保存剤を含有しうる。錠
剤は、錠剤の製造に適した無毒性の医薬上許容される賦形剤と混合された有効成分を含有
する。これらの賦形剤は、例えば不活性な希釈剤、例えば炭酸カルシウム、炭酸ナトリウ
ム、ラクトース、リン酸カルシウムまたはリン酸ナトリウム;顆粒化および崩壊剤、例え
ばコーンスターチまたはアルギン酸;結合剤、例えばデンプン、ゼラチンまたはアカシア
;ならびに滑沢剤、例えばステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸またはタルクであり
うる。該錠剤はコーティングされていないものであることが可能であり、あるいはそれは
公知技術によりコーティングされうる。幾つかの場合には、そのようなコーティングは、
胃腸管における崩壊および吸収を遅延させて長期にわたる持続的作用をもたらすための公
知技術により調製されうる。例えば、時間遅延性物質、例えばグリセリルモノステアラー
トまたはグリセリルジステアラートが使用されうる。
経口用製剤は、硬ゼラチンカプセル剤(この場合、有効成分は不活性固体希釈剤、例え
ば炭酸カルシウム、リン酸カルシウムまたはカオリンと混合さている)または軟ゼラチン
カプセル剤(この場合、有効成分は水または油媒体、例えばラッカセイ油、液体パラフィ
ンまたはオリーブ油と混合されている)としても提供されうる。
水性懸濁剤は、水性懸濁剤の製造に適した賦形剤と混合された活性物質を含有する。そ
のような賦形剤は、懸濁化剤、例えばカルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、
ヒドロキシプロピル−メチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン
、トラガカントガムおよびアカシアガムであり、分散または湿潤剤は、天然に存在するホ
スファチド、例えばレシチン、アルキレンオキシドと脂肪酸との縮合産物、例えばポリオ
キシエチレンステアラート、またはエチレンオキシドと長鎖脂肪族アルコールとの縮合産
物、例えばヘプタデカエチレンオキシセタノール、または脂肪酸およびヘキシトールに由
来する部分エステルとエチレンオキシドとの縮合産物、例えばポリオキシエチレンソルビ
トールモノオレアート、または脂肪酸およびヘキシトール無水物に由来する部分エステル
とエチレンオキシドとの縮合産物、例えばポリエチレンソルビタンモノオレアートであり
うる。該水性懸濁剤は、1以上の保存剤、例えばエチルまたはn−プロピル、p−ヒドロ
キシベンゾアート、1以上の着色剤、1以上の香味剤、および1以上の甘味剤、例えばス
クロースまたはサッカリンをも含有しうる。
油性懸濁剤は、有効成分を、植物油、例えばラッカセイ油、オリーブ油、ゴマ油または
ヤシ油、あるいは鉱油、例えば流動パラフィンに懸濁させることにより製剤化されうる。
該油性懸濁剤は、増粘剤、例えばミツロウ、固型パラフィンまたはセチルアルコールを含
有しうる。美味な経口製剤を得るために、甘味剤(例えば、前記のもの)および香味剤が
添加されうる。これらの組成物は、例えばアスコルビン酸のような抗酸化剤の添加により
保存されうる。
また、本発明の医薬組成物は水中油エマルションの形態でありうる。油相は植物油、例
えばオリーブ油またはラッカセイ油、あるいは鉱油、例えば流動パラフィンまたはこれら
の混合物でありうる。適当な乳化剤は、天然に存在するガム、例えばアカシアガムまたは
トラガカントガム、天然に存在するホスファチド、例えばダイズ、レシチン、および脂肪
酸とヘキシトール無水物とに由来するエステルまたは部分エステル、例えばソルビタンモ
ノオレアート、およびエチレンオキシドとの該部分エステルの縮合産物、例えばポリオキ
シエチレンソルビタンモノオレアートでありうる。該エマルションは甘味剤および香味剤
をも含有しうる。
シロップ剤およびエリキシル剤は、甘味剤、例えばグリセロール、プロピレングリコー
ル、ソルビトールまたはスクロースを使用して製剤化されうる。そのような製剤は粘滑剤
、保存剤ならびに香味および着色剤をも含有しうる。該医薬組成物は無菌の注射可能な水
性または油性懸濁剤の形態でありうる。この懸濁剤は、前記で挙げられている適当な分散
または湿潤剤および懸濁化剤を使用して公知の技術により製剤化されうる。該無菌注射剤
はまた、無毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒中の、例えば1,3−ブタンジ
オール中の溶液としての、無菌の注射可能な溶液または懸濁液でありうる。使用されうる
許容されるビヒクルおよび溶媒としては、水、リンゲル液および等張性塩化ナトリウム溶
液が挙げられる。また、無菌の不揮発性油が溶媒または懸濁媒体として簡便に使用される
。この目的には、合成モノ−またはジグリセリドを含む、刺激の少ないいずれかの不揮発
性油が使用されうる。また、注射剤の製造においては、脂肪酸、例えばオレイン酸が有用
である。
本発明の核酸分子はまた、例えば該薬物の直腸投与のための坐剤の形態で投与されうる
。これらの組成物は、常温では固体であるが直腸温度では液体であり従って直腸内で溶解
して該薬物を放出する適当な非刺激性賦形剤と該薬物とを混合することにより製造されう
る。そのような物質には、カカオ脂およびポリエチレングリコールが含まれる。
本発明の核酸は無菌媒体中で非経口的に投与されうる。該分子は、用いられるビヒクル
および濃度に応じて、該ビヒクルに懸濁または溶解されうる。有利には、局所麻酔薬、保
存剤および緩衝剤のような佐剤がビヒクルに溶解されうる。
他の実施形態においては、肺運搬における使用のための、本発明で提供されるsiNA
およびLNP組成物および製剤は更に、1以上の界面活性剤を含む。本発明の組成物の取
り込みを増強するための適当な界面活性剤(サーファクタント)または界面活性剤成分に
は、サーファクタントタンパク質A、サーファクタントタンパク質B、サーファクタント
タンパク質C、サーファクタントタンパク質Dおよびサーファクタントタンパク質E、ジ
飽和ホスファチジルコリン(ジパルミトイル以外)、ジパルミトイルホスファチジルコリ
ン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール
、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン;ホスファチジン酸、ユビキ
ノン、リゾホスファチジルエタノールアミン、リゾホスファチジルコリン、パルミトイル
−リゾホスファチジルコリン、デヒドロエピアンドロステロン、ドリコール、スルファチ
ジン酸、グリセロール−3−ホスファート、ジヒドロキシアセトンホスファート、グリセ
ロール、グリセロール−3−ホスホコリン、ジヒドロキシアセトン、パルミタート、シチ
ジンジホスファート(CDP)ジアシルグリセロール、CDPコリン、コリン、コリンホ
スファートの合成および天然ならびに完全およびトランケート化形態;ならびに、とりわ
け、オメガ−3脂肪酸、ポリエン酸、ポリエノン酸、レシチン、パルミチン酸、エチレン
またはプロピレンオキシドの非イオン性ブロック共重合体、ポリオキシプロピレン、単量
体および重合体ポリオキシエチレン、デキストランおよび/またはアルカノイル側鎖を有
する単量体および重合体ポリ(ビニルアミン)、Brij 35、Triton X−1
00および合成界面活性剤ALEC、Exosurf、SurvanおよびAtovaq
uone、界面活性剤の成分のための天然担体ビヒクルである天然および人工層状体が含
まれる。これらの界面活性剤は製剤中で単一界面活性剤または多成分界面活性剤の一部と
して、あるいは本発明における医薬組成物の核酸成分の5’および/または3’末端への
共有結合付加体として使用されうる。
b.組合せ
本発明のsiNAおよび医薬製剤は単独で対象に投与されることが可能であり、あるい
は1以上の他の治療用物質、例えば抗癌物質と組合せて使用されうる。したがって、ここ
で開示されている化合物と他の抗癌または化学療法物質との組合せは本発明の範囲内であ
る。そのような物質の例は、Cancer Principles and Pract
ice of Oncology,V.T.DevitaおよびS.Hellman(編
),6th edition(2001年2月15日),Lippincott Wil
liams & Wilkins Publishersに見出されうる。当業者は、関
わっている癌および薬物の個々の特性に基づいて、どの物質の組合せが有用であるかを認
識しうるであろう。本発明のsiNAは、癌において使用されるいずれかの治療用物質と
組合された場合にも有用である。本化合物は、放射線療法と共に投与される場合に特に有
用である。
したがって、もう1つの実施形態においては、本発明は、1以上の抗癌または化学療法
物質と、本発明のsiNA分子、例えば、配列番号7、配列番号446、配列番号11、
配列番号450、配列番号12、配列番号451、配列番号13、配列番号452、配列
番号38、配列番号477、配列番号39、配列番号478、配列番号40、配列番号4
79、配列番号41、配列番号480、配列番号59、配列番号498、配列番号63も
しくは配列番号502または式(A)の少なくとも15ヌクレオチドを含むsiNA分子
(これらに限定されるものではない)との組合せを提供する。もう1つの実施形態におい
ては、該組合せのsiNA成分の「少なくとも15ヌクレオチド」は15個の連続的ヌク
レオチドである。
ある実施形態においては、本発明のsiNA分子は、以下のものを含む公知抗癌物質と
組合された場合に有用である:エストロゲン受容体モジュレーター、アンドロゲン受容体
モジュレーター、レチノイド受容体モジュレーター、細胞毒性物質、抗増殖物質、プレニ
ル−タンパク質トランスフェラーゼインヒビター、血管新生インヒビター、細胞増殖およ
び生存シグナリングのインヒビター、アポトーシス誘導物質、ならびに細胞周期チェック
ポイントを阻害する物質。
本発明の分子と組合せて使用されうるエストロゲン受容体モジュレーターの例には、タ
モキシフェン(tamoxifen)、ラロキシフェン(raloxifene)、ヨー
ドキシフェン(idoxifene)、LY353381、LY117081、トレミフ
ェン(toremifene)、フルベストラント(fulvestrant)、4−[
7−(2,2−ジメチル−1−オキソプロポキシ−4−メチル−2−[4−[2−(1−
ピペリジニル)エトキシ]フェニル]−2H−1−ベンゾピラン−3−イル]−フェニル
−2,2−ジメチルプロパノアート、4,4’−ジヒドロキシベンゾフェノン−2,4−
ジニトロフェニル−ヒドラゾンおよびSH646が含まれるが、これらに限定されるもの
ではない。
本発明の分子と組合せて使用されうるアンドロゲン受容体モジュレーターの例には、フ
ィナステリド(finasteride)および他の5α−レダクターゼインヒビター、
ニルタミド(nilutamide)、フルタミド(flutamide)、ビカルタミ
ド(bicalutamide)、リアロゾール(liarozole)および酢酸アビ
ラテロン(abiraterone)が含まれるが、これらに限定されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうるそのようなレチノイド受容体モジュレーターの例
には、ベキサロテン(bexarotene)、トレチノイン(tretinoin)、
13−シス−レチノイン酸、9−シス−レチノイン酸、α−ジフルオロメチルオルニチン
、ILX23−7553、トランス−N−(4’−ヒドロキシフェニル)レチナミドおよ
びN−4−カルボキシフェニルレチナミドが含まれるが、これらに限定されるものではな
い。
本発明の分子と組合せて使用されうる細胞毒性物質の例には、以下のものが含まれるが
、それらに限定されるものではない:セルテネフ(sertenef)、カケクチン(c
achectin)、イホスファミド(ifosfamide)、タソネルミン(tas
onermin)、ロニダミン(lonidamine)、カルボプラチン(carbo
platin)、アルトレタミン(altretamine)、プレドニムスチン(pr
ednimustine)、ジブロモズルシトール(dibromodulcitol)
、ラニムスチン(ranimustine)、ホテムスチン(fotemustine)
、ネダプラチン(nedaplatin)、オキサリプラチン(oxaliplatin
)、テモゾロミド(temozolomide)、ヘプタプラチン(heptaplat
in)、エストラムスチン(estramustine)、トシル酸イムプロスルファン
(improsulfan)、トロホスファミド(trofosfamide)、ニムス
チン(nimustine)、塩化ジブロスピジウム(dibrospidium)、プ
ミテパ(pumitepa)、ロバプラチン(lobaplatin)、サトラプラチン
(satraplatin)、プロフィロマイシン(profiromycin)、シス
プラチン(cisplatin)、イロフルベン(irofulven)、デキシホスフ
ァミド(dexifosfamide)、シス−アミンジクロロ(2−メチル−ピリジン
)白金、ベンジルグアニン、グルホスファミド(glufosfamide)、GPX1
00、(トランス,トランス,トランス)−ビス−ミュー−(ヘキサン−1,6−ジアミ
ン)−ミュー−[ジアミン−白金(II)]ビス[ジアミン(クロロ)白金(II)]テ
トラクロリド、ジアリジジニルスペルミン(diarizidinylspermine
)、三酸化ヒ素、1−(11−ドデシルアミノ−10−ヒドロキシウンデシル)−3,7
−ジメチルキサンチン、ゾルビシン(zorubicin)、イダルビシン(idaru
bicin)、ダウノルビシン(daunorubicin)、ビサントレン(bisa
ntrene)、ミトザントロン(mitoxantrone)、ピラルビシン(pir
arubicin)、ピナフィド(pinafide)、バルルビシン(valrubi
cin)、アムルビシン(amrubicin)、アンチネオプラストン(antine
oplaston)、3’−デアミノ−3’−モルホリノ−13−デオキソ−10−ヒド
ロキシカルミノマイシン、アンナマイシン(annamycin)、ガラルビシン(ga
larubicin)、エリナフィド(elinafide)、MEN10755および
4−デメトキシ−3−デアミノ−3−アジリジニル−4−メチルスルホニル−ダウノルビ
シン(WO 00/50032を参照されたい)。
本発明の分子と組合せて使用されうる低酸素活性化性化合物の一例としては、チラパザ
ミン(tirapazamine)が挙げられる。
本発明の分子と組合せて使用されうるプロテアソームインヒビターの例には、ラクタシ
スチン(lactacystin)およびボルテゾミブ(bortezomib)が含ま
れるが、これらに限定されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうる微小管インヒビター/微小管安定化物質の例には
、パクリタクセル(paclitaxel)、硫酸ビンデシン(vindesine)、
3’,4’−ジデヒドロ−4’−デオキシ−8’−ノルビンカロイコブラスチン(nor
vincaleukoblastine)、ドセタキソール(docetaxol)、リ
ゾキシン(rhizoxin)、ドラスタチン(dolastatin)、ミボブリン(
mivobulin)イセチオナート、オーリスタチン(auristatin)、セマ
ドチン(cemadotin)、RPR109881、BMS184476、ビンフルニ
ン(vinflunine)、クリプトフィシン(cryptophycin)、2,3
,4,5,6−ペンタフルオロ−N−(3−フルオロ−4−メトキシフェニル)ベンゼン
スルホンアミド、アンヒドロビンブラスチン(anhydrovinblastine)
、N,N−ジメチル−L−バリル−L−バリル−N−メチル−L−バリル−L−プロリル
−L−プロリン−t−ブチルアミド、TDX258、エポチロン(epothilone
s)(例えば、米国特許第6,284,781号および第6,288,237号を参照さ
れたい)およびBMS188797が含まれるが、これらに限定されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうるトポイソメラーゼインヒビターの幾つかの例には
、以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない:トポテカン(topot
ecan)、ヒカプタミン(hycaptamine)、イリノテカン(irinote
can)、ルビテカン(rubitecan)、6−エトキシプロピオニル−3’,4’
−O−エキソ−ベンジリデン−シャールトルーシン(chartreusin)、9−メ
トキシ−N,N−ジメチル−5−ニトロピラゾロ[3,4,5−kl]アクリジン−2−
(6H)プロパンアミン、1−アミノ−9−エチル−5−フルオロ−2,3−ジヒドロ−
9−ヒドロキシ−4−メチル−1H,12H−ベンゾ[de]ピラノ[3’,4’:b,
7]−インドリジノール[1,2b]キノリン−10,13(9H,15H)ジオン,ル
ルトテカン(lurtotecan)、7−[2−(N−イソプロピルアミノ)エチル]
−(20S)カンプトテシン(camptothecin)、BNP1350、BNPI
1100、BN80915、BN80942、リン酸エトポシド(etoposide)
、テニポシド(teniposide)、ソブゾキサン(sobuzoxane)、2’
−ジメチルアミノ−2’−デオキシ−エトポシド(etoposide)、GL331、
N−[2−(ジメチルアミノ)エチル]−9−ヒドロキシ−5,6−ジメチル−6H−ピ
リド[4,3−b]カルバゾール−1−カルボキサミド、アスラクリン(asulacr
ine)、(5a,5aB,8aa,9b)−9−[2−[N−[2−(ジメチルアミノ
)エチル]−N−メチルアミノ]エチル]−5−[4−ヒドロキシ−3,5−ジメトキシ
フェニル]−5,5a,6,8,8a,9−ヘキソヒドロフロ(3’,4’:6,7)ナ
フト(2,3−d)−1,3−ジオキソール−6−オン、2,3−(メチレンジオキシ)
−5−メチル−7−ヒドロキシ−8−メトキシベンゾ[c]−フェナントリジニウム、6
,9−ビス[(2−アミノエチル)アミノ]ベンゾ[g]イソグイノリン−5,10−ジ
オン、5−(3−アミノプロピルアミノ)−7,10−ジヒドロキシ−2−(2−ヒドロ
キシエチルアミノメチル)−6H−ピラゾロ[4,5,1−de]アクリジン−6−オン
、N−[1−[2(ジエチルアミノ)エチルアミノ]−7−メトキシ−9−オキソ−9H
−チオキサンテン−4−イルメチル]ホルムアミド、N−(2−(ジメチルアミノ)エチ
ル)アクリジン−4−カルボキサミド、6−[[2−(ジメチルアミノ)エチル]アミノ
]−3−ヒドロキシ−7H−インデノ[2,1−c]キノリン−7−オンおよびジメスナ
(dimesna)。
本発明の分子と組合せて使用されうる、有糸分裂キネシン、特にヒト有糸分裂キネシン
KSPのインヒビターの例には、PCT公開WO01/30768、WO01/9827
8、WO03/050,064、WO03/050,122、WO03/049,527
、WO03/049,679、WO03/049,678、WO04/039774、W
O03/079973、WO03/099211、WO03/105855、WO03/
106417、WO04/037171、WO04/058148、WO04/0587
00、WO04/126699、WO05/018638、WO05/019206、W
O05/019205、WO05/018547およびWO05/017190、ならび
に米国特許出願公開番号US2005/0176776に記載されているインヒビターが
含まれるが、これらに限定されるものではない。1つの実施形態においては、有糸分裂キ
ネシンのインヒビターには、KSPのインヒビター、MKLP1のインヒビター、CEN
P−Eのインヒビター、MCAKのインヒビター、Kifl4のインヒビター、Mpho
sph1のインヒビターおよびRab6−KIFLのインヒビターが含まれるが、これら
に限定されるものではない。
本発明の化合物と組合せて使用されうるヒストンデアセチラーゼインヒビターの例には
、TSA、オキサムフラチン(oxamflatin)、PXD101、MG98、バル
プロ酸およびスクリプタイド(scriptaid)が含まれるが、これらに限定される
ものではない。他のヒストンデアセチラーゼインヒビターに対する更なる言及はMill
er,T.A.ら,J.Med.Chem.46(24):5097−5116(200
3)に見出されうる。
本発明の分子と組合せて使用されうる、有糸分裂の進行に関与するキナーゼのインヒビ
ターには、オーロラキナーゼのインヒビター、Polo様キナーゼ(PLK)のインヒビ
ター(特にPLK−1のインヒビター)、bub−1のインヒビターおよびbub−R1
のインヒビターが含まれるが、これらに限定されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうる抗増殖性物質には、以下のものが含まれるが、そ
れらに限定されるものではない:アンチセンスRNAおよびDNAオリゴヌクレオチド、
例えばG3139、ODN698、RVASKRAS、GEM231およびINX300
1、ならびに抗代謝拮抗物質、例えばエノシタビン(enocitabine)、カルモ
フル(carmofur)、テガフル(tegafur)、ペントスタチン(pento
statin)、ドキシフルリジン(doxifluridine)、トリメトレキセー
ト(trimetrexate)、フルダラビン(fludarabine)、カペシタ
ビン(capecitabine)、ガロシタビン(galocitabine)、シタ
ラビンオクホスファート(cytarabine ocfosfate)、ホステアビン
(fosteabine)ナトリウム水和物、ラルチトレキセド(raltitrexe
d)、パルチトレキシド(paltitrexid)、エミテフル(emitefur)
、チアゾフリン(tiazofurin)、デシタビン(decitabine)、ノラ
トレキセド(nolatrexed)、ペメトレキセド(pemetrexed)、ネル
ザラビン(nelzarabine)、2’−デオキシ−2’−メチリデンシチジン、2
’−フルオロメチレン−2’−デオキシシチジン、N−[5−(2,3−ジヒドロ−ベン
ゾフリル)スルホニル]−N’−(3,4−ジクロロフェニル)尿素、N6−[4−デオ
キシ−4−[N2−[2(E),4(E)−テトラデカジエノイル]グリシルアミノ]−
L−グリセロ−B−L−マンノ−ヘプトピラノシル]アデニン、アプリジン(aplid
ine)、エクテイナスシジン(ecteinascidin)、トロキサシタビン(t
roxacitabine)、4−[2−アミノ−4−オキソ−4,6,7,8−テトラ
ヒドロ−3H−ピリミジノ[5,4−b][1,4]チアジン−6−イル−(S)−エチ
ル]−2,5−チエノイル−L−グルタミン酸、アミノプテリン(aminopteri
n)、5−フルオロウラシル、アラノシン(alanosine)、11−アセチル−8
−(カルバモイルオキシメチル)−4−ホルミル−6−メトキシ−14−オキサ−1,1
−ジアザテトラシクロ(7.4.1.0.0)−テトラデカ−2,4,6−トリエン−9
−イル酢酸エステル、スワインソニン(swainsonine)、ロメトレキソール(
lometrexol)、デクスラゾキサン(dexrazoxane)、メチオニナー
ゼ(methioninase)、2’−シアノ−2’−デオキシ−N4−パルミトイル
−1−B−D−アラビノフラノシルシトシンおよび3−アミノピリジン−2−カルボキサ
ルデヒドチオセミカルバゾン。
本発明の分子と組合せて使用されうるモノクローナル抗体標的化治療用物質の例には、
癌細胞特異的または標的細胞特異的モノクローナル抗体に細胞毒性物質または放射性同位
体が結合している治療用物質、例えばBexxarが含まれる。
本発明の分子と組合せて使用されうるプレニル−タンパク質トランスフェラーゼインヒ
ビターの例には、以下の刊行物および特許において見出されうるものが含まれるが、それ
らに限定されるものではない:WO96/30343、WO97/18813、WO97
/21701、WO97/23478、WO97/38665、WO98/28980、
WO98/29119、WO95/32987、WO94/19357、WO95/08
542、WO95/11917、WO95/12612、WO95/12572、WO9
5/10514、WO95/10515、WO95/10516、WO95/24612
、WO95/34535、WO95/25086、WO96/05529、WO96/0
6138、WO96/06193、WO96/16443、WO96/21701、WO
96/21456、WO96/22278、WO96/24611、WO96/2461
2、WO96/05168、WO96/05169、WO96/00736、WO96/
17861、WO96/33159、WO96/34850、WO96/34851、W
O96/30017、WO96/30018、WO96/30362、WO96/303
63、WO96/31111、WO96/31477、WO96/31478、WO96
/31501、WO97/00252、WO97/03047、WO97/03050、
WO97/04785、WO97/02920、WO97/17070、WO97/26
246、WO97/30053、WO97/44350およびWO98/02436;米
国特許第5,420,245号、第5,523,430号、第5,532,359号、第
5,510,510号、第5,589,485号、第5,602,098号、第5,66
1,152号、第5,571,792号;ならびに欧州特許出願公開番号0 618 2
21、0 675 112、0 604 181、0 696 593。血管新生に対す
るプレニル−タンパク質トランスフェラーゼインヒビターの役割の一例に関しては、Eu
ropean J.of Cancer,Vol.35,No.9,pp.1394−1
401(1999)を参照されたい。
本発明の分子と組合せて使用されうる血管新生インヒビターの例には、以下のものが含
まれるが、それらに限定されるものではない:チロシンキナーゼインヒビター、例えば、
チロシンキナーゼ受容体Flt−1(VEGFR1)およびFlk−1/KDR(VEG
FR2)のインヒビター、上皮由来、繊維芽細胞由来または血小板由来増殖因子のインヒ
ビター、MMP(マトリックスメタロプロテアーゼ)インヒビター、インテグリンブロッ
カー、インターフェロンα、インターロイキン−12、ペントサンポリスルファート、シ
クロオキシゲナーゼインヒビター、例えば非ステロイド抗炎症物質(NSAID)、例え
ばアスピリンおよびイブプロフェン、ならびに選択的シクロオキシゲナーゼ2インヒビタ
ー、例えばセレコキシブ(celecoxib)およびロフェコキシブ(rofecox
ib)(PNAS,Vol.89,p.7384(1992);JNCI,Vol.69
,p.475(1982);Arch.Opthalmol,Vol.108,p.57
3(1990);Anat.Rec,Vol.238,p.68(1994);FEBS
Letters,Vol.372,p.83(1995);Clin,Orthop.
Vol.313,p.76(1995);J.Mol.Endocrinol.,Vol
.16,p.107(1996);Jpn.J.Pharmacol.,Vol.75,
p.105(1997);Cancer Res.,Vol.57,p.1625(19
97);Cell,Vol.93,p.705(1998);Intl.J.Mol.M
ed.,Vol.2,p.715(1998);J.Biol.Chem.,Vol.2
74,p.9116(1999))、ステロイド抗炎症物質(例えば、コルチコステロイ
ド、ミネラルコルチコステロイド、デキサメタゾン(dexamethasone)、プ
レドニゾン(prednisone)、プレドニゾロン(prednisolone)、
メチルプレド(methylpred)、ベタメタゾン(betamethasone)
)、カルボキシアミドトリアゾール、コムブレタスタチン(combretastati
n)A−4、スクアラミン(squalamine)、6−O−クロロアセチル−カルボ
ニル)−フマギロール(fumagillol)、サリドマイド(thalidomid
e)、アンジオスタチン(angiostatin)、トロポニン−1、アンジオテンシ
ンIIアンタゴニスト(Fernandezら,J.Lab.Clin.Med.105
:141−145(1985)を参照されたい)、およびVEGFに対する抗体(Nat
ure Biotechnology,Vol.17,pp.963−968(Octo
ber 1999);Kimら,Nature,362,841−844(1993);
WO00/44777;およびWO00/61186)、エンドスタチン(endost
atin)、ウクライン(ukrain)、ランピルナーゼ(ranpirnase)、
IM862、5−メトキシ−4−[2−メチル−3−(3−メチル−2−ブテニル)オキ
シラニル]−1−オキサスピロ[2,5]オクタ−6−イル(クロロアセチル)カルバマ
ート、アセチルジナナリン(acetyldinanaline)、5−アミノ−1−[
[3,5−ジクロロ−4−(4−クロロベンゾイル)−フェニル]メチル]−1H−1,
2,3−トリアゾール−4−カルボキサミド、CM101、スクアラミン(squala
mine)、コムブレタスタチン(combretastatin)、RPI4610、
NX31838、硫酸化マンノペントースホスファート、7,7−(カルボニル−ビス[
イミノ−N−メチル−4,2−ピロロカルボニルイミノ[N−メチル−4,2−ピロール
]−カルボニルイミノ]−ビス−(1,3−ナフタレンジスルホナート)、および3−[
(2,4−ジメチルピロール−5−イル)メチレン]−2−インドリノン(SU5416
)。
血管新生をモジュレーションまたは抑制する他の治療用物質も本発明の分子と組合せて
使用されることが可能であり、凝固および線維素溶解系をモジュレーションまたは抑制す
る物質を包含する(Clin.Chem.La.Med.38:679−692(200
0)における総説を参照されたい)。本発明の化合物と組合せて使用されうる、凝固およ
び線維素溶解経路をモジュレーションまたは抑制するそのような物質の例には、ヘパリン
(Thromb.Haemost.80:10−23(1998)を参照されたい)、低
分子量ヘパリンおよびカルボキシペプチダーゼUインヒビター(活性トロンビン活性化性
線維素溶解インヒビター(TAFIa)のインヒビターとしても公知である)が含まれる
が、これらに限定されるものではない。TAFIaインヒビターはPCT公開WO03/
013,526および米国特許出願(U.S.Ser.)第60/349,925号(2
002年1月18日付け出願)に記載されている。
本発明の分子と組合せて使用されうる、細胞周期チェックポイントを妨げる物質は、限
定的なものではないがATR、ATM、Chk1およびChk2キナーゼのインヒビター
ならびにcdkおよびcdcキナーゼインヒビターを包含し、特に、7−ヒドロキシスタ
ウロスポリン、フラボピリドール(flavopiridol)、CYC202(Cyc
lacel)およびBMS−387032により例示される。
本発明の分子と組合せて使用されうる、受容体チロシンキナーゼ(RTK)を妨げる物
質には、c−Kit、Eph、PDGF、Flt3およびMAPK1のインヒビターが含
まれるが、これらに限定されるものではない。他の物質には、Bume−Jensenお
よびHunter,Nature,411:355−365,2001に記載されている
RTKのインヒビターが含まれる。
本発明の分子と組合せてと使用されうる、細胞周期および生存シグナリング経路のイン
ヒビターには、以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない:EGFRの
インヒビター(例えば、ゲフィチニブ(gefitinib)およびエルロチニブ(er
lotinib))、ERB−2のインヒビター(例えば、トラスツズマブ(trast
uzumab))、IGFRのインヒビター、サイトカイン受容体のインヒビター、MA
PK1のインヒビター、PI3Kのインヒビター(例えば、LY294002)、セリン
/トレオニンキナーゼのインヒビター(限定的なものではないが、例えばWO02/08
3064、WO02/083139、WO02/083140、US2004−0116
432、WO02/083138、US2004−0102360、WO03/0864
04、WO03/086279、WO03/086394、WO03/084473、W
O03/086403、WO2004/041162、WO2004/096131、W
O2004/096129、WO2004/096135、WO2004/096130
、WO2005/100356、WO2005/100344に記載されているもののよ
うなAktのインヒビターを含む、)、Rafキナーゼのインヒビター(例えば、BAY
−43−9006)、MEKのインヒビター(例えば、CI−1040およびPD−09
8059)およびmTORのインヒビター(例えば、Wyeth CCI−779)。そ
のような物質には、小分子インヒビター化合物および抗体アンタゴニストが含まれる。
本発明の分子と組合せて使用されうるアポトーシス誘導物質には、TNF受容体ファミ
リーメンバー(TRAIL受容体を含む)のアクチベーターが含まれるが、これらに限定
されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうる、選択的COX−2インヒビターであるNSAI
Dには、米国特許第5,474,995号、米国特許第5,861,419号、米国特許
第6,001,843号、米国特許第6,020,343号、米国特許第5,409,9
44号、米国特許第5,436,265号、米国特許第5,536,752号、米国特許
第5,550,142号、米国特許第5,604,260号、U.S.5,698,58
4号、米国特許第5,710,140号、WO94/15932、米国特許第5,344
,991号、米国特許第5,134,142号、米国特許第5,380,738号、米国
特許第5,393,790号、米国特許第5,466,823号、米国特許第5,633
,272および米国特許第5,932,598号(それらの全てを参照により本明細書に
組み入れることとする)に開示されているNSAIDが含まれるが、これらに限定される
ものではない。
本発明の分子と組合せた場合に特に有用であるCOX−2のインヒビターには、3−フ
ェニル−4−(4−(メチルスルホニル)フェニル)−2−(5H)−フラノンおよび5
−クロロ−3−(4−メチルスルホニル)−フェニル−2−(2−メチル−5−ピリジニ
ル)ピリジンまたはそれらの医薬上許容される塩が含まれる。
COX−2の特異的インヒビターとして記載されており、したがって本発明において有
用である分子には、パレコキシブ(parecoxib)、CELEBREX(登録商標
)およびBEXTRA(登録商標)またはそれらの医薬上許容される塩が含まれるが、こ
れらに限定されるものではない。
本発明の分子と組合せて使用されうるチロシンキナーゼインヒビターには、以下のもの
が含まれるが、それらに限定されるものではない:N−(トリフルオロメチルフェニル)
−5−メチルイソオキサゾール−4−カルボキサミド、3−[(2,4−ジメチルピロー
ル−5−イル)メチリデニル)インドリン−2−オン、17−(アリルアミノ)−17−
デメトキシゲルダナマイシン(demethoxygeldanamycin)、4−(
3−クロロ−4−フルオロフェニルアミノ)−7−メトキシ−6−[3−(4−モルホリ
ニル)プロポキシル]キナゾリン、N−(3−エチニルフェニル)−6,7−ビス(2−
メトキシエトキシ)−4−キナゾリンアミン、BIBX1382,2,3,9,10,1
1,12−ヘキサヒドロ−10−(ヒドロキシメチル)−10−ヒドロキシ−9−メチル
−9,12−エポキシ−1H−ジインドロ[1,2,3−fg:3’,2’,1’−kl
]ピロロ[3,4−i][1,6]ベンゾジアゾシン−1−オン、SH268、ゲニステ
イン(genistein)、イマチニブ(imatinib)(STI571)、CE
P2563、4−(3−クロロフェニルアミノ)−5,6−ジメチル−7H−ピロロ[2
,3−d]ピリミジンメタンスルホナート、4−(3−ブロモ−4−ヒドロキシフェニル
)アミノ−6,7−ジメトキシキナゾリン、4−(4’−ヒドロキシフェニル)アミノ−
6,7−ジメトキシキナゾリン、SU6668、STI571A、N−4−クロロフェニ
ル−4−(4−ピリジルメチル)−1−フタラジンアミンおよびEMD121974。
伝統的な抗癌化合物以外のもの、例えば、HMG−CoAレダクターゼインヒビター、
PPAR−γ(すなわち、PPAR−ガンマ)アゴニストおよびPPAR−δ(すなわち
、PPAR−デルタ)アゴニストとの組合せも本組成物および方法に含まれる。
本発明の分子と組合せて使用されうるHMG−CoAレダクターゼインヒビターの例に
は、以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない:ロバスタチン(lov
astatin)(MEVACOR(登録商標);米国特許第4,231,938号、第
4,294,926号および第4,319,039号を参照されたい)、シンバスタチン
(simvastatin)(ZOCOR(登録商標);米国特許第4,444,784
号、第4,820,850号および第4,916,239号)、プラバスタチン(pra
vastatin)(PRAVACHOL(登録商標);米国特許第4,346,227
号、第4,537,859号、第4,410,629号、第5,030,447号および
第5,180,589号を参照されたい)、フルバスタチン(fluvastatin)
(LESCOL(登録商標);米国特許第5,354,772号、第4,911,165
号、第4,929,437号、第5,189,164号、第5,118,853号、第5
,290,946号および第5,356,896号)およびアトルバスタチン(ator
vastatin)(LIPITOR(登録商標);米国特許第5,273,995号、
第4,681,893号、第5,489,691号および第5,342,952号を参照
されたい)。本発明において使用されうるこれらの及び追加的なHMG−CoAレダクタ
ーゼインヒビターの構造式はM.Yalpani,“Cholesterol Lowe
ring Drugs”,Chemistry & Industry,pp.85−8
9(1996年2月5日)の87ページならびに米国特許第4,782,084号および
第4,885,314号に記載されている。
PPAR−γ(すなわち、PPAR−ガンマ)アゴニストおよびPPAR−δ(すなわ
ち、PPAR−デルタ)アゴニストは或る悪性疾患の治療に有用である。PPAR−γお
よびPPAR−δは核ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体γおよびδである。内皮細
胞上のPPAR−γの発現および血管新生におけるその関与が文献において報告されてい
る(J.Cardiovasc.Pharmacol.31:909−913(1998
);J.Biol.Chem.274:9116−9121(1999);Invest
.Ophthalmol Vis.Sci.41:2309−2317(2000)を参
照されたい)。より最近になって、PPAR−γアゴニストはインビトロにおけるVEG
Fに対する血管新生応答を抑制することが示されており、トログリタゾン(trogli
tazone)およびマレイン酸ロシグリタゾン(rosiglitazone)の両方
がマウスにおける網膜血管新生の発生を抑制する(Arch.Ophthamol.11
9:709−717(2001))。本発明の化合物と組合せて使用されうるPPAR−
γアゴニストおよびPPAR−γ/αアゴニストの例には、以下のものが含まれるが、そ
れらに限定されるものではない:チアゾリジンジオン(例えば、DRF2725、CS−
011、トログリタゾン(troglitazone)、ロシグリタゾン(rosigl
itazone)およびピオグリタゾン(pioglitazone))、フェノフィブ
レート(fenofibrate)、ジェムフィブロジル(gemfibrozil)、
クロフィブレート(clofibrate)、GW2570、SB219994、AR−
H039242、JTT−501、MCC−555、GW2331、GW409544、
NN2344、KRP297、NP0110、DRF4158、NN622、GI262
570、PNU182716、DRF552926、2−[(5,7−ジプロピル−3−
トリフルオロメチル−1,2−ベンゾイソオキサゾール−6−イル)オキシ]−2−メチ
ルプロピオン酸(USSN 09/782,856に開示されている)および2(R)−
7−(3−(2−クロロ−4−(4−フルオロフェノキシ)フェノキシ)プロポキシ)−
2−エチルクロマン−2−カルボン酸(WO2002/026729に開示されている)
本発明のもう1つの実施形態は、癌の治療のための遺伝子治療と組合されたここに開示
されている分子の使用である。癌の治療のための遺伝的方法の概説については、Hall
ら(Am J Hum Genet 61:785−789(1997))およびKuf
eら(Cancer Medicine,5th Ed,pp 876−889,BC
Decker,Hamilton,2000)を参照されたい。遺伝子治療は、いずれか
の腫瘍抑制遺伝子を運搬するために用いられうる。そのような遺伝子の例には、組換えウ
イルス媒介性遺伝子導入により運搬されうるp53(例えば、米国特許第6,069,1
34号を参照されたい)、uPA/uPARアンタゴニスト(“Adenovirus−
Mediated Delivery of a uPA/uPAR Antagoni
st Suppresses Angiogenesis−Dependent Tum
or Growth and Dissemination in Mice”Gene
Therapy,August5(8):1105−13(1998))およびインタ
ーフェロンガンマ(J Immunol 164:217−222(2000))が含ま
れるが、これらに限定されるものではない。
また、本発明の分子は、固有の多剤耐性(MDR)、特に、輸送体タンパク質の高レベ
ルの発現に関連したMDRのインヒビターと組合せて投与されうる。そのようなMDRイ
ンヒビターには、p−糖タンパク質(P−gp)のインヒビター、例えばLY33597
9、XR9576、OC144−093、R101922、VX853およびPSC83
3(バルスポダル(valspodar))が含まれる。
本発明の分子は、本発明の分子の単独での使用または放射線療法との併用から生じうる
、急性、遅延性、後期および予期性嘔吐を含む悪心または嘔吐を治療するための制吐物質
と共に使用されうる。嘔吐の予防または治療のために、本発明の分子は、他の制吐物質、
特に以下のものと共に使用されうる:ニューロキニン−1受容体アンタゴニスト、5HT
3受容体アンタゴニスト、例えばオンダンセトロン(ondansetron)、グラニ
セトロン(granisetron)、トロピセトロン(tropisetron)およ
びザチセトロン(zatisetron)、GABAB受容体アゴニスト、例えばバクロ
フェン(baclofen)、コルチコステロイド、例えばデカドロン(Decadro
n)(デキサメタゾン)、ケナログ(Kenalog)、アリストコルト(Aristo
cort)、ナサリド(Nasalide)、プレフェリド(Preferid)、ベネ
コルテン(Benecorten)など、例えば米国特許第2,789,118号、第2
,990,401号、第3,048,581号、第3,126,375号、第3,929
,768号、第3,996,359号、第3,928,326号および第3,749,7
12号に開示されているもの、抗ドーパミン物質、例えばフェノチアジン(phenot
hiazine)(例えば、プロクロペラジン(prochlorperazine)、
フルフェナジン(fluphenazine)、チオリダジン(thioridazin
e)およびメソリダジン(mesoridazine))、メトクロプラミド(meto
clopramide)またはドロナビノール(dronabinol)。1つの実施形
態においては、ニューロキニン−1受容体アンタゴニスト、5HT3受容体アンタゴニス
トおよびコルチコステロイドから選択される制吐物質が、本化合物の投与に際して生じう
る嘔吐の治療または予防のための佐剤として投与される。
本発明の分子と共に使用されるニューロキニン−1受容体アンタゴニストは、例えば、
以下のものに十分に記載されている:米国特許第5,162,339号、第5,232,
929号、第5,242,930号、第5,373,003号、第5,387,595号
、第5,459,270号、第5,494,926号、第5,496,833号、第5,
637,699号、第5,719,147号;欧州特許公開番号EP 0 360 39
0、0 394 989、0 428 434、0 429 366、0 430 77
1、0 436 334、0 443 132、0 482 539、0 498 06
9、0 499 313、0 512 901、0 512 902、0 514 27
3、0 514 274、0 514 275、0 514 276、0 515 68
1、0 517 589、0 520 555、0 522 808、0 528 49
5、0 532 456、0 533 280、0 536 817、0 545 47
8、0 558 156、0 577 394、0 585 913,0 590 15
2、0 599 538、0 610 793、0 634 402、0 686 62
9、0 693 489、0 694 535、0 699 655、0 699 67
4、0 707 006、0 708 101、0 709 375、0 709 37
6、0 714 891、0 723 959、0 733 632および0 776
893;PCT国際特許公開番号WO90/05525、90/05729、91/09
844、91/18899、92/01688、92/06079、92/12151、
92/15585、92/17449、92/20661、92/20676、92/2
1677、92/22569、93/00330、93/00331、93/01159
、93/01165、93/01169、93/01170、93/06099、93/
09116、93/10073、93/14084、93/14113、93/1802
3、93/19064、93/21155、93/21181、93/23380、93
/24465、94/00440、94/01402、94/02461、94/025
95、94/03429、94/03445、94/04494、94/04496、9
4/05625、94/07843、94/08997、94/10165、94/10
167、94/10168、94/10170、94/11368、94/13639、
94/13663、94/14767、94/15903、94/19320、94/1
9323、94/20500、94/26735、94/26740、94/29309
、95/02595、95/04040、95/04042、95/06645、95/
07886、95/07908、95/08549、95/11880、95/1401
7、95/15311、95/16679、95/17382、95/18124、95
/18129、95/19344、95/20575、95/21819、95/225
25、95/23798、95/26338、95/28418、95/30674、9
5/30687、95/33744、96/05181、96/05193、96/05
203、96/06094、96/07649、96/10562、96/16939、
96/18643、96/20197、96/21661、96/29304、96/2
9317、96/29326、96/29328、96/31214、96/32385
、96/37489、97/01553、97/01554、97/03066、97/
08144、97/14671、97/17362、97/18206、97/1908
4、97/19942および97/21702;ならびに英国特許公開番号2 266
529、2 268 931 、2 269 170、2 269 590、2 271
774、2 292 144、2 293 168、2 293 169および2 3
02 689。そのような化合物の製造は前記特許および刊行物(それらを参照により本
明細書に組み入れることとする)に十分に記載されている。
1つの実施形態においては、本発明の分子と共に使用されるニューロキニン−1受容体
アンタゴニストは、2−(R)−(1−(R)−(3,5−ビス(トリフルオロメチル)
−フェニル)エトキシ)−3−(S)−(4−フルオロフェニル)−4−(3−(5−オ
キソ−1H,4H−1,2,4−トリアゾロ)メチル)モルホリン、またはその医薬上許
容される塩(これは米国特許第5,719,147号に記載されている)から選択される
本発明の分子はまた、貧血の治療において有用な物質と共に投与されうる。そのような
貧血治療用物質としては、例えば、連続的赤血球形成受容体アクチベーター(例えば、エ
ポエチンアルファ)が挙げられる。
本発明の分子はまた、好中球減少症の治療において有用な物質と共に投与されうる。そ
のような好中球減少症治療用物質としては、例えば、好中球の産生および機能を調節する
造血成長因子、例えばヒト顆粒球コロニー刺激因子(G−CSF)が挙げられる。G−C
SFの例には、フィルグラスチム(filgrastim)およびPEG−フィルグラス
チムが含まれる。
本発明の分子はまた、免疫増強薬、例えばレバミゾール(levamisole)、イ
ソプリノシン(isoprinosine)およびザダキシン(Zadaxin)と共に
投与されうる。
本発明の分子はまた、他のsiNA療法と組合された癌の治療または予防に有用であり
うる。
本発明の分子はまた、γ−セクレターゼインヒビターおよび/またはNOTCHシグナ
リングのインヒビターと組合せて投与されうる。そのようなインヒビターには、WO01
/90084、WO02/30912、WO01/70677、WO03/013506
、WO02/36555、WO03/093252、WO03/093264、WO03
/093251、WO03/093253、WO2004/039800、WO2004
/039370、WO2005/030731、WO2005/014553、USSN
10/957,251、WO2004/089911、WO02/081435、WO
02/081433、WO03/018543、WO2004/031137、WO20
04/031139、WO2004/031138、WO2004/101538、WO
2004/101539およびWO02/47671に記載されている化合物(LY−4
50139を含む)が含まれる。
本発明の分子はまた、PARPインヒビターと組合された癌の治療または予防に有用で
ありうる。
本発明の分子はまた、以下の治療用物質と組合された癌の治療に有用でありうる:アバ
レリックス(abarelix)(Plenaxis depot(登録商標));アル
デスロイキン(aldesleukin)(Prokine(登録商標));アルデスロ
イキン(Aldesleukin)(Proleukin(登録商標));アレムツズマ
ブ(Alemtuzumabb)(Campath(登録商標));アリトレチノイン(
alitretinoin)(Panretin(登録商標));アロプリノール(al
lopurinol)(Zyloprim(登録商標));アルトレタミン(altre
tamine)(Hexalen(登録商標));アミホスチン(amifostine
)(Ethyol(登録商標));アナストロゾール(anastrozole)(Ar
imidex(登録商標));三酸化ヒ素(Trisenox(登録商標));アスパラ
ギナーゼ(asparaginase)(Elspar(登録商標));アザシチジン(
azacitidine)(Vidaza(登録商標));塩酸ベンダムスチン(ben
damustine)(Treanda(登録商標));ベバクジマブ(bevacuz
imab)(Avastin(登録商標));ベキサロテン(bexarotene)カ
プセル(Targretin(登録商標));ベキサロテン(bexarotene)ゲ
ル(Targretin(登録商標));ブレオマイシン(bleomycin)(Bl
enoxane(登録商標));ボルテゾミブ(bortezomib)(Velcad
e(登録商標));ブレフェルジン(brefeldin)A;静脈内ブスルファン(b
usulfan)(Busulfex(登録商標));経口ブスルファン(busulf
an)(Myleran(登録商標));カルステロン(calusterone)(M
ethosarb(登録商標));カペシタビン(capecitabine)(Xel
oda(登録商標));カルボプラチン(carboplatin)(Paraplat
in(登録商標));カルムスチン(carmustine)(BCNU(登録商標),
BiCNU(登録商標));カルムスチン(carmustine)(Gliadel(
登録商標));ポリフェプロサン(Polifeprosan)20インプラントと併用
されるカルムスチン(carmustine)(Gliadel Wafer(登録商標
));セレコキシブ(celecoxib)(Celebrex(登録商標));セツキ
シマブ(cetuximab)(Erbitux(登録商標));クロラムブシル(ch
lorambucil)(Leukeran(登録商標));シスプラチン(cispl
atin)(Platinol(登録商標));クラドリビン(cladribine)
(Leustatin(登録商標)、2−CdA(登録商標));クロファラビン(cl
ofarabine)(Clolar(登録商標));シクロホスファミド(cyclo
phosphamide)(Cytoxan(登録商標)、Neosar(登録商標))
;シクロホスファミド(cyclophosphamide)(Cytoxan Inj
ection(登録商標));シクロホスファミド(cyclophosphamide
)(Cytoxan Tablet(登録商標));シタラビン(cytarabine
)(Cytosar−U(登録商標));シタラビン(cytarabine)リポソー
ム(DepoCyt(登録商標));ダカルバジン(dacarbazine)(DTI
C−Dome(登録商標));ダクチノマイシン(dactinomycin)、アクチ
ノマイシン(actinomycin)D(Cosmegen(登録商標));ダルテパ
リン(dalteparin)ナトリウム注射用(Fragmin(登録商標));ダル
ベポエチンアルファ(Darbepoetin alfa)(Aranesp(登録商標
));ダサチニブ(dasatinib)(Sprycel(登録商標));ダウノルビ
シン(daunorubicin)リポソーム(DanuoXome(登録商標));ダ
ウノルビシン,ダウノマイシン(daunomycin)(Daunorubicin(
登録商標));ダウノルビシン,ダウノマイシン(Cerubidine(登録商標))
;デガレリックス(degarelix)(Firmagon(登録商標));デニロイ
キン・ジフチトックス(Denileukin diftitox)(Ontak(登録
商標));デクスラゾキサン(dexrazoxane)(Zinecard(登録商標
));塩酸デクスラゾキサン(Totect(登録商標));ジデムニン(didemn
in)B;17−DMAG;ドセタキセル(docetaxel)(Taxotere(
登録商標));ドキソルビシン(doxorubicin)(Adriamycin P
FS(登録商標));ドキソルビシン(Adriamycin(登録商標),Rubex
(登録商標));ドキソルビシン(Adriamycin PFS Injection
(登録商標));ドキソルビシンリポソーム(Doxil(登録商標));プロピオン酸
ドロモスタノロン(dromostanolone)(Dromostanolone(
登録商標));プロピオン酸ドロモスタノロン(Masterone Injectio
n(登録商標));エクリズマブ注射用(eculizumab injection)
(Soliris(登録商標));エリオットB(Elliott’s B)溶液(El
liott’s B Solution(登録商標));エルトロンボパッグ(eltr
ombopag)(Promacta(登録商標));エピルビシン(epirubic
in)(Ellence(登録商標));エポエチン(Epoetin)アルファ(ep
ogen(登録商標));エルロチニブ(erlotinib)(Tarceva(登録
商標));エストラムスチン(estramustine)(Emcyt(登録商標))
;エチニルエストラジオール;リン酸エトポシド(etoposide)(Etopop
hos(登録商標));エトポシド,VP−16(Vepesid(登録商標));エベ
ロリムス(everolimus)錠剤(Afinitor(登録商標));エキセメス
タン(exemestane)(Aromasin(登録商標));フェルモキシトール
(ferumoxytol)(Feraheme Injection(登録商標));
フィルグラスチム(Filgrastim)(Neupogen(登録商標));フロク
スウリジン(floxuridine)(動脈内)(FUDR(登録商標));フルダラ
ビン(fludarabine)(Fludara(登録商標));フルオロウラシル(
fluorouracil),5−FU(Adrucil(登録商標));フルベストラ
ント(fulvestrant)(Faslodex(登録商標));ゲフィニチブ(g
efitinib)(Iressa(登録商標));ゲルダナマイシン(geldana
mycin);ゲムシタビン(gemcitabine)(Gemzar(登録商標))
;ゲムツズマブ・オゾガマイシン(gemtuzumab ozogamicin)(M
ylotarg(登録商標));酢酸ゴセレリン(goserelin)(Zolade
x Implant(登録商標));(Zoladex(登録商標));酢酸ヒストレリ
ン(histrelin)(Histrelin implant(登録商標));ヒド
ロキシ尿素(Hydrea(登録商標));イブリツモマブ・チウキセタン(Ibrit
umomab Tiuxetan)(Zevalin(登録商標));イダルビシン(i
darubicin)(Idamycin(登録商標));イホスファミド(ifosf
amide)(IFEX(登録商標));メシル酸イマチニブ(imatinib)(G
leevec(登録商標));インターフェロンアルファ2a(Roferon A(登
録商標));インターフェロンアルファ2b(Intron A(登録商標));イオベ
ングアン(iobenguane)I 123注射用(AdreView(登録商標))
;イリノテカン(irinotecan)(Camptosar(登録商標));イキサ
ベピロン(ixabepilone)(Ixempra(登録商標));イアパチニブ(
Iapatinib)錠剤(Tykerb(登録商標));レナリドミド(lenali
domide)(Revlimid(登録商標));レトロゾール(letrozole
)(Femara(登録商標));ロイコボリン(leucovorin)(Wellc
ovorin(登録商標),Leucovorin(登録商標));酢酸ロイプロイド(
Leuprolide)(Eligard(登録商標));レバミソール(levami
sole)(Ergamisol(登録商標));ロムスチン(lomustine),
CCNU(CeeBU(登録商標));メクロレタミン(meclorethamine
),ナイトロジェンマスタード(Mustargen(登録商標));酢酸メゲストロー
ル(megestrol)(Megace(登録商標));メルファラン(melpha
lan),L−PAM(Alkeran(登録商標));メルカプトプリン,6−MP(
Purinethol(登録商標));メスナ(mesna)(Mesnex(登録商標
));メスナ(Mesnex tabs(登録商標));メトトレキセート(metho
trexate)(Methotrexate(登録商標));メトクスサレン(met
hoxsalen)(Uvadex(登録商標));8−メトキシソラレン;マイトマイ
シン(mitomycin)C(Mutamycin(登録商標));ミトタン(mit
otane)(Lysodren(登録商標));ミトザントロン(mitoxantr
one)(Novantrone(登録商標));ミトラマイシン(mitramyci
n);フェンプロピオン酸ナンドロロン(nandrolone)(Durabolin
−50(登録商標));ネララビン(nelarabine)(Arranon(登録商
標));ニロチニブ(nilotinib)(Tasigna(登録商標));ノフェツ
モマブ(Nofetumomab)(Verluma(登録商標));オファツムマブ(
ofatumumab)(Arzerra(登録商標));オプレルベキン(Oprel
vekin)(Neumega(登録商標));オキサリプラチン(oxaliplat
in)(Eloxatin(登録商標));パクリタクセル(paclitaxel)(
Paxene(登録商標));パクリタクセル(Taxol(登録商標));パクリタク
セルタンパク質結合粒子(Abraxane(登録商標));パリフェルミン(pali
fermin)(Kepivance(登録商標));パミドロナート(pamidro
nate)(Aredia(登録商標));パニツムマブ(panitumumab)(
Vectibix(登録商標));パゾパニブ(pazopanib)錠剤(Votri
enttm(登録商標));ペガデマーゼ(pegademase)(Adagen(P
egademase Bovine)(登録商標));ペガスパルガーゼ(pegasp
argase)(Oncaspar(登録商標));ペグフィルグラスチム(Pegfi
lgrastim)(Neulasta(登録商標));ペメトレキセド(pemetr
exed)二ナトリウム(Alimta(登録商標));ペントスタチン(pentos
tatin)(Nipent(登録商標));ピポブロマン(pipobroman)(
Vercyte(登録商標));プレリキサホル(plerixafor)(Mozob
il(登録商標));プリカマイシン(plicamycin),ミトラマイシン(mi
thramycin)(Mithracin(登録商標));ポルフィメル(porfi
mer)ナトリウム(Photofrin(登録商標));プララトレキサート(pra

atrexate)注射用(Folotyn(登録商標));プロカルバジン(proc
arbazine)(Matulane(登録商標));キナクリン(quinacri
ne)(Atabrine(登録商標));ラパマイシン(rapamycin);ラス
ブリカーゼ(Rasburicase)(Elitek(登録商標));塩酸ラロキシフ
ェン(raloxifene)(Evista(登録商標));リツキシマブ(Ritu
ximab)(Rituxan(登録商標));ロミデプシン(romidepsin)
(Istodax(登録商標));ロミプロスチム(romiplostim)(Npl
ate(登録商標));サルグラモスチム(sargramostim)(Leukin
e(登録商標));サルグラモスチム(Sargramostim)(Prokine(
登録商標));ソラフェニブ(sorafenib)(Nexavar(登録商標));
ストレプトゾシン(streptozocin)(Zanosar(登録商標));マレ
イン酸スニチニブ(sunitinib)(Sutent(登録商標));タルク(Sc
lerosol(登録商標));タモキシフェン(tamoxifen)(Nolvad
ex(登録商標));テモゾロミド(temozolomide)(Temodar(登
録商標));テムシロリムス(temsirolimus)(Torisel(登録商標
));テニポシド(teniposide),VM−26(Vumon(登録商標));
テストラクトン(testolactone)(Teslac(登録商標));チオグア
ニン,6−TG(Thioguanine(登録商標));チオプリン;チオテパ(Th
ioplex(登録商標));トポテカン(topotecan)(Hycamtin(
登録商標));トレミフェン(toremifene)(Fareston(登録商標)
);トシツモマブ(Tositumomab)(Bexxar(登録商標));トシツモ
マブ/I−131トシツモマブ(Bexxar(登録商標));トランス−レチノイン酸
;トラスツズマブ(Trastuzumab)(Herceptin(登録商標));ト
レチノイン(tretinoin),ATRA(Vesanoid(登録商標));トリ
エチレンメラミン(triethylenemelamine);ウラシルマスタード(
Uracil Mustard)(Uracil Mustard Capsules(
登録商標));バルルビシン(valrubicin)(Valstar(登録商標))
;ビンブラスチン(vinblastine)(Velban(登録商標));ビンクリ
スチン(vincristine)(Oncovin(登録商標));ビノレルビン(v
inorelbine)(Navelbine(登録商標));ボリノスタット(vor
inostat)(Zolinza(登録商標));ウォルトマンニン(wortman
nin);およびゾレドロナート(zoledronate)(Zometa(登録商標
))。
前記の組合せは医薬製剤の形態での使用のために簡便に提供されることが可能であり、
したがって、前記の組合せと医薬上許容される希釈剤または担体とを含む医薬組成物は本
発明のもう1つの態様である。
そのような組合せの個々の成分は、別々の又は組合された医薬製剤中で、連続的または
同時に投与されうる。
したがって、記載されている分子は、例えば他のMAPK1インヒビターのような当技
術分野で公知のとおりの、対象または生物における本明細書に記載されている疾患、障害
、状態および形質を予防または治療するための1以上の公知の化合物、治療または処置と
組合せて使用されうるであろう。
3.治療用途
IDH1関連遺伝子発現およびタンパク質活性に関する研究における現在の一連の知見
は、治療用途のためのそれらの発現および/または活性を調節しうる方法の必要性を示し
ている。
したがって、本発明の1つの態様は、IDH1関連発現の作用により又は作用の喪失に
より引き起こされる状態に罹患したヒト(これに限定されるものではない)を含む対象の
治療方法を含み、該方法は、本発明の二本鎖siNA分子の有効量を該対象に投与するこ
とを含む。この態様の1つの実施形態においては、該siNA分子は、配列番号7、配列
番号446、配列番号11、配列番号450、配列番号12、配列番号451、配列番号
13、配列番号452、配列番号38、配列番号477、配列番号39、配列番号478
、配列番号40、配列番号479、配列番号41、配列番号480、配列番号59、配列
番号498、配列番号63もしくは配列番号502または式(A)の少なくとも15ヌク
レオチドを含む。もう1つの実施形態においては、「少なくとも15ヌクレオチド」は1
5個の連続的ヌクレオチドである。
この態様のもう1つの実施形態においては、該状態は癌である又は癌により引き起こさ
れる。したがって、ある実施形態においては、本発明の分子および組成物は、癌細胞およ
び癌の転移の予防またはモジュレーションを含む癌の治療方法において有用である。本発
明のこの態様により治療可能な癌には、以下のものが含まれうる:膀胱癌、膀胱移行上皮
癌、尿路上皮癌、脳癌、神経膠腫、星状細胞腫、乳癌、乳癌腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、
直腸癌、結腸直腸癌腫、結腸癌、遺伝非ポリープ症結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、食
道扁平上皮癌、眼黒色腫、ブドウ膜黒色腫、眼内黒色腫、原発性眼内リンパ腫、腎細胞癌
、明細胞腎細胞癌、乳頭腎細胞癌、白血病、急性リンパ性白血病(ALL)、急性脊髄性
白血病(AML)、慢性脊髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、
肝癌、ヘパトーマ、肝細胞癌、胆管癌、肺癌、小細胞肺癌(SCLC)、非小細胞肺癌(
NSCLC)、非ホジキンリンパ腫、B細胞リンパ腫、T細胞リンパ腫、前駆Tリンパ芽
球性リンパ腫/白血病、多発性骨髄腫、卵巣癌、膵癌、膵管腺癌、前立腺癌、前立腺腺癌
、横紋筋肉腫、胎児性横紋筋肉腫、皮膚癌、黒色腫、悪性黒色腫、皮膚黒色腫、粘膜黒色
腫、小腸癌、胃癌、胃癌腫、精巣癌、精巣精上皮腫、精巣非精上皮腫、甲状腺癌、乳頭状
甲状腺癌および乳頭状腺癌。
本発明のsiNA分子はエクスビボ用途における試薬としても使用される。例えば、s
iNA試薬は、治療効果を得るために対象内に移植される組織または細胞内に導入される
。該細胞および/または組織は、外植片を後に受ける生物または対象に由来することが可
能であり、あるいは移植前の別の生物または対象に由来することが可能である。細胞また
は組織が、インビボで移植された場合に、所望の表現型を得る又は機能を果たしうるよう
に、該siNA分子は、該細胞または組織における1以上の遺伝子の発現をモジュレーシ
ョンするために使用されうる。1つの実施形態においては、患者からの或るIDH1関連
標的細胞を外植する。これらの摘出細胞を、該細胞内の特定のヌクレオチド配列を標的化
するIDH1関連siNAと、これらの細胞による該siNAの取り込みに適した条件下
で接触させる(例えば、カチオン性脂質、リポソームなどのような運搬試薬を使用する、
または細胞内へのsiNAの運搬を促進するエレクトロポレーションのような技術を用い
る)。ついで該細胞を同じ患者または他の患者に再導入する。
G.投与
組成物または製剤は種々の方法で投与されうる。ある実施形態においては、該siNA
分子の投与は、単独療法としての単独の、または本明細書に記載されている若しくは当技
術分野で公知の追加的な療法と組合された局所投与または全身投与である。
本発明は、肺運搬のような、肺細胞および組織のような関連組織または細胞への局所投
与により、対象または生物を本発明のsiNA分子と接触させることに関する。局所投与
は、例えば、吸入、噴霧療法、カテーテル法、移植、直接注射、皮膚/経皮適用、パッチ
、ステント化、点耳/点眼、または関連組織への門脈投与、または当技術分野で一般に公
知であるいずれかの他の局所投与技術、方法もしくは処置を含みうる。
更に他の実施形態においては、本発明は、対象または生物における癌組織または細胞の
ような関連組織または細胞への全身投与により(例えば、siNAの静脈内または皮下投
与により)、対象または生物を本発明のsiNA分子と接触させることに関する。全身投
与は、例えば、当技術分野で一般に公知である肺投与(吸入、噴霧療法など)、静脈内投
与、皮下投与、筋肉内投与、カテーテル法、鼻咽頭投与、経皮投与または経口/胃腸投与
を含みうる。
1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、当
技術分野で一般に公知のとおり、肝臓に投与される(Wenら,2004,World
J Gastroenterol,10,244−9;Muraoら,2002,Pha
rm Res.,19,1808−14;Liuら,2003,gene Ther.,
10,180−7;Hongら,2003,J Pharm Pharmacol,54
,51−8;Herrmannら,2004,Arch Virol.,149,161
1−7;およびMatsunoら,2003,gene Ther.,10,1559−
66)。
1つの実施形態においては、本発明は、単球およびリンパ球を含む造血細胞へ本発明の
siNA分子を運搬するための方法の使用に関する。これらの方法はHartmannら
,1998,J.Phamacol.Exp.Ther.,285(2),920−92
8;Kronenwettら,1998,Blood,91(3),852−862;F
ilionおよびPhillips,1997,Biochim.Biophys.Ac
ta.,1329(2),345−356;MaおよびWei,1996,Leuk.R
es.,20(11/12),925−930;ならびにBongartzら,1994
,Nucleic Acids Research,22(22),4681−8に詳細
に記載されている。
1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、当
技術分野で一般に公知のとおり、皮膚または小胞に直接的または局所的(例えば、局部的
)に投与される(例えば、Brand,2001,Curr.Opin.Mol.The
r.,3,244−8;Regnierら,1998,J.Drug Target,5
,275−89;Kanikkannan,2002,BioDrugs,16,339
−47;Wraightら,2001,Pharmacol.Ther.,90,89−
104;ならびにPreatおよびDujardin,2001,STP Pharma
Sciences,11,57−68を参照されたい)。1つの実施形態においては、本
発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、所望により追加的な物質(例えば、
イソプロピルミリスタートおよびカルボマー980)を含む、アルコール(例えば、エタ
ノールまたはイソプロパノール)、水を含むヒドロアルコール性ゲル製剤を使用して直接
的または局所的に投与される。他の実施形態においては、該siNAは、鼻腔に局所投与
されるように製剤化される。局所製剤は罹患領域への1日当たり1以上の適用により投与
されることが可能であり、皮膚領域を覆う密封包帯が有利に使用されうる。連続的または
持続的運搬は接着性貯留系により達成されうる。
1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子は、例えば特定の器官または区画(
例えば、眼、眼の背部、心臓、肝臓、腎臓、膀胱、前立腺、腫瘍、CNSなど)へ、イオ
ントホレシスにより投与される。イオントホレシス運搬の非限定的な例は、例えば、WO
03/043689およびWO03/030989(それらの全体を参照により本明細書
に組み入れることとする)に記載されている。
1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、本
明細書に記載されているとおり及び当技術分野で一般に公知のとおり、肺に投与される。
もう1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子およびその製剤または組成物は、
米国特許公開第2006/0062758号、第2006/0014289号および第2
004/0077540号に記載されているとおり、肺組織および細胞に投与される。
本発明の投与方法の非限定的な例には、経口、頬側、舌下、非経口(すなわち、関節内
、静脈内、腹腔内、皮下または筋肉内)、局所直腸投与または他の局所投与が含まれる。
1つの実施形態においては、本発明の組成物は通気および吸入により投与されうる。
幾つかの実施形態においては、該医薬組成物はボーラス注射により静脈内または腹腔内
に投与される(例えば、米国特許第5,286,634号を参照されたい)。脂質核酸粒
子は、疾患部位に直接注射により、または疾患部位から遠位の部位に注射により投与され
うる(例えば、Culver,HUMAN GENE THERAPY,Mary An
n Liebert,Inc.,Publishers,New York.pp.70
−71(1994)を参照されたい)。
治療用途の場合、本発明のsiNA分子または医薬組成物の医薬上有効な用量が対象に
投与される。医薬上有効な用量は、疾患発生を予防、抑制する又は病態を治療する(症状
を或る程度、好ましくは、症状の全てを改善する)のに必要な用量である。当業者は、対
象のサイズおよび体重、疾患の進行または侵入の程度、対象の年齢、健康状態および性別
、投与経路ならびに投与が局所性であるか全身性であるかというような要因を考慮するこ
とにより、与えられた対象に投与されるべき本発明のsiNAの治療的に有効な用量を容
易に決定することが可能である。一般に、有効成分0.1μg/kg〜100mg/kg
体重/日の量が、負荷電重合体の効力に応じて投与される。最適な投与スケジュールは患
者の体内の薬物蓄積の測定から算出されうる。本発明のsiNA分子は単一用量または複
数用量で投与されうる。
本発明のsiNA分子は、月1回、週1回、1日1回(QD)投与されることが可能で
あり、あるいは毎月、毎週または毎日の複数の用量(限定的なものではないが、例えば、
毎日2回(BID)、毎日3回(TID)、2週間に1回)に分割されることが可能であ
る。したがって、投与は単一または分割用量で達成されうる。当業者は、測定された滞留
時間および体液または組織内の薬物濃度に基づいて、投与のための反復率を容易に推定す
ることが可能である。
また、該投与は連続的(すなわち、毎日)または間欠的でありうる。例えば、本発明の
化合物の間欠的投与は1週間当たり1〜6日間の投与でありることが可能であり、あるい
はそれは周期的な投与(例えば、連続した2〜8週間の毎日の投与、ついで1週間までの
、投与無しの中止期間)を意味することが可能であり、あるいはそれは隔日の投与を意味
しうる。
本発明の組成物は、単独で又は他の適当な成分と組合されて、吸入(例えば、鼻腔内ま
たは気管内)により投与されるエアゾール製剤(すなわち、それは「噴霧化」されうる)
に製造されうる(Brighamら,Am.J.Sci.,298:278(1989)
を参照されたい)。エアゾール製剤は、許容されうる加圧プロペラント、例えばジクロロ
ジフルオロメタン、プロパン、窒素などの中に配置されうる。
1つの実施形態においては、本発明のsiNA分子およびその製剤は、肺運搬により投
与され、例えば、関連肺組織内への核酸分子の急速な局所取り込みをもたらす、吸入装置
またはネブライザーにより投与されるエアゾールまたは噴霧乾燥製剤の吸入により投与さ
れる。微粒化核酸組成物の呼吸可能な乾燥粒子を含有する固体粒状組成物は、乾燥または
凍結乾燥核酸組成物を粉砕し、ついで該微粒化組成物を例えば400メッシュスクリーン
に通過させて大きな凝集物を破壊または分離除去することにより製造されうる。本発明の
siNA組成物を含む固体粒状組成物は、所望により、エアゾールの形成を促進するよう
に働く分散剤、および他の治療用化合物を含有しうる。適当な分散剤はラクトースであり
、これは、いずれかの適当な比(例えば、1対1の重量比)で、核酸化合物と混合されう
る。
本発明のsiNA分子または組成物を含む噴霧組成物は、例えば、適当な液化プロペラ
ントを使用して加圧式定量噴霧式吸入器のような加圧パックから運搬されるエアゾール剤
として、あるいは水性の溶液または懸濁液として製剤化されうる。1つの実施形態におい
ては、吸入に適した本発明のエアゾール組成物は懸濁液または溶液であることが可能であ
り、一般に、本発明のsiNA分子と、適当なプロペラント、例えばフルオロカーボンも
しくは水素含有クロロフルオロカーボンまたはそれらの混合物、特にヒドロフルオロアル
カン、特に1,1,1,2−テトラフルオロエタン、1,1,1,2,3,3,3−ヘプ
タフルオロ−n−プロパンまたはその混合物とを含有する。該エアゾール組成物は、所望
により、当技術分野でよく知られている追加的な製剤化賦形剤、例えば界面活性剤を含有
しうる。非限定的な例には、オレイン酸、レシチンまたはオリゴ乳酸または誘導体、例え
ばWO94/21229およびWO98/34596に記載されているもの、および共存
溶媒、例えばエタノールが含まれる。1つの実施形態においては、本発明の医薬エアゾー
ル製剤は、所望により界面活性剤および/または共存溶媒と組合されていてもよい、本発
明の化合物とフルオロカーボンもしくは水素含有クロロフルオロカーボンまたはそれらの
混合物をプロペラントとして含む。
本発明のエアゾール製剤は適当な緩衝剤の添加により緩衝化されうる。
エアゾール製剤は、所望により使用されうる追加的な添加剤、例えば保存剤(該製剤が
無菌に製造されていない場合)を含みうる。非限定的な例には、メチルヒドロキシベンゾ
アート、抗酸化剤、香味剤、揮発性油、緩衝剤および乳化剤ならびに他の製剤界面活性剤
が含まれる。1つの実施形態においては、分解を軽減し、より安全な本発明の生体適合性
非液体粒子懸濁組成物(例えば、siNAおよび/またはそのLNP製剤)を得るために
、フルオロカーボンまたはペルフルオロカーボン担体が使用される。もう1つの実施形態
においては、ネブライザーを含む装置は、静菌性であることにより適合装置における微生
物増殖の可能性を低減するフルオロ化合物を含む本発明の組成物(例えば、siNAおよ
び/またはそのLNP製剤)を運搬する。
吸入器またはインサフレーターにおいて使用される、例えばゼラチンの本発明の組成物
を含むカプセルおよびカートリッジは、本発明の化合物と適当な散剤基剤、例えばラクト
ースまたはデンプンとの吸入用粉末混合物を含有するように製剤化されうる。1つの実施
形態においては、各カプセルまたはカートリッジは本発明のsiNA分子と1以上の賦形
剤とを含有する。もう1つの実施形態においては、本発明の化合物は、例えばラクトース
のような賦形剤を伴わないで提供されうる。
本発明のエアゾール組成物は、呼吸可能なサイズの粒子、例えば、吸入に際して鼻、口
および喉頭を通過するのに並びに気管支および肺胞を通過するのに十分に小さいサイズの
粒子を含む製剤として、呼吸系内に投与されうる。一般に、呼吸可能な粒子は約0.5〜
10ミクロンの範囲のサイズである。1つの実施形態においては、該粒子範囲は1〜5ミ
クロンでありうる。もう1つの実施形態においては、該粒子範囲は2〜3ミクロンであり
うる。該エアゾール剤中に含まれる呼吸可能でないサイズの粒子は喉において析出し嚥下
される傾向にあり、したがって、該エアゾール剤中の呼吸可能でない粒子の量は最小化さ
れる。鼻腔内投与の場合、鼻腔内の保持を保証するためには、10〜500μmの範囲の
粒子サイズが好ましい。
幾つかの実施形態においては、本発明のsiNA組成物は、加圧エアゾール製剤、加圧
ポンプもしくは噴霧化により鼻に投与される水性製剤により、例えば鼻炎の治療のために
、鼻に局所的に投与される。適当な製剤は、この目的のための希釈剤または担体として水
を含有する。ある実施形態においては、肺または鼻への本発明の組成物の投与のための水
性製剤には、通常の賦形剤、例えば緩衝剤、等張性改変剤などが配合されうる。
本発明のsiNA分子は、前記のとおり、粒子および/またはエアゾール剤として製剤
化され、運搬され、当業者に公知の種々のエアゾール化装置から投薬されうる。
本発明のsiNA分子または製剤を含む液体または非液体粒子のエアゾール剤は、いず
れかの適当な手段により、例えばネブライザー(例えば、米国特許第4,501,729
号を参照されたい)、例えば超音波またはエアジェットネブライザーを含む装置を使用し
て製造されうる。
本発明のsiNA分子または製剤と界面活性剤とを含む固体粒子エアゾール剤は、いず
れかの固体粒子エアゾール製造装置を使用して製造されうる。本発明のsiNA分子と共
に使用される1つのタイプの固体粒子エアゾール製造装置はインサフレーターである。第
2のタイプの例示的エアゾール製造装置は加圧式定量噴霧式吸入器(「MDI」)を含む
。本明細書に教示されているsiNA分子または製剤を含有するMDIは当技術分野の方
法により製造されうる(例えば、前記ByronおよびWO96/32099を参照され
たい)。
該siNA分子は、WO05/044354に記載され例示されているもののような流
体ディスペンサーからの運搬のための流体製剤としても製剤化されうる。
本発明の或る実施形態においては、ネブライザー装置は、意識のある自発呼吸患者に対
する、または全年齢の調節呼吸患者に対する適用において使用される。該ネブライザー装
置は肺への標的化局所的および全身的薬物運搬に使用されうる。1つの実施形態において
は、本発明のsiNA分子または製剤を局所的に肺または肺組織に運搬するために、ネブ
ライザーを含む装置が使用される。もう1つの実施形態においては、本発明のsiNA分
子または製剤を全身的に運搬するために、ネブライザーを含む装置が使用される。
H.本発明のsiNA分子の他の適用/用途
本発明のsiNA分子は診断用途、研究用途および/または医薬の製造にも使用されう
る。
1つの態様においては、本発明は、対象における疾患、形質または状態の診断に適した
条件下で本発明の組成物を対象に投与することを含む、対象における疾患、形質または状
態を診断するための方法に関する。
もう1つの実施形態においては、本発明は、医薬の製造における使用のための、本発明
の二本鎖核酸の使用を含む。1つの実施形態においては、該医薬は、IDH1関連遺伝子
またはタンパク質の作用または作用の喪失により引き起こされる状態の治療における使用
のためのものである。1つの実施形態においては、該医薬は、中枢神経系の癌およびAM
L(これらに限定されるものではない)を含む細胞増殖関連障害の治療用の使用のための
ものである。
図1は、RNAiに関与する標的RNA分解の非限定的な提示メカニズムの表示を示す。外来性一本鎖RNA、例えばウイルス、トランスポゾンまたは他の外因性RNAからRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRP)により産生された二本鎖RNA(dsRNA)はDICER酵素を活性化し、そしてこれはsiNA二本鎖を産生する。あるいは、合成siNAまたは発現されたsiNAが適当な手段により直接的に細胞内に導入されうる。活性siNA複合体は標的RNAを認識して、RISCエンドヌクレアーゼ複合体による標的RNAの分解またはRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRP)による追加的なRNAの合成を引き起こし、これはDICERを活性化し、追加的なsiNA分子を産生し、それによりRNAi応答を増幅しうる。 図2は、代表的siNA二本鎖の一般化構造を用いて、本発明の化学修飾siNA構築物の非限定的な例を示す。この図に示されている具体的な修飾は、単独で、または本発明のいずれかのsiNA分子に関してここに記載されている他の修飾および特徴に加えて該図の他の修飾と組合せて用いられうる。この図において、Nはいずれかのヌクレオチド、または所望により、本明細書に記載されている非ヌクレオチドを表す。B−NX3−(N)X2−B−3’を有する上側の鎖はsiNAのセンス(またはパッセンジャー)鎖であり、B(N)X1−NX4−[N3]−[N2]−[N1]−5’を有する下側の鎖はsiNAのアンチセンス(またはガイド)鎖である。センス鎖の内部のヌクレオチド(または場合によっては非ヌクレオチド)はNX3と称され、アンチセンス鎖の内部のヌクレオチド(または場合によっては非ヌクレオチド)はNX4と称される。該内部のヌクレオチド(または場合によっては非ヌクレオチド)は一般に2つの鎖の間で塩基対形成しているが、幾つかの実施形態においては、塩基対形成を欠く(例えば、ミスマッチまたはギャップを有する)こともある。突出領域のヌクレオチド(または場合によっては非ヌクレオチド)は括弧(N)により示されている。アンチセンス鎖の5’末端部分のヌクレオチドは[N]([N1]、[N2]、[N3])として示されている。末端ギャップは同じ鎖の5’および/または3’末端に存在してもよく、更に、アンチセンス鎖の3’末端に存在してもよい。一般に、各鎖は、独立して、約15〜約30ヌクレオチド長の範囲でありうるが、いずれかの突出ヌクレオチドの存在によって変動しうる。ある実施形態においては、X1およびX2は、独立して、0〜4の整数であり、X3は15〜30の整数であり、X4は12〜27の整数である。siNA構築物のセンスおよびアンチセンス鎖のヌクレオチドに関して、種々の修飾が示される。[N3]、[N2]および[N1]ヌクレオチドは2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロまたは2’−メトキシ修飾で化学修飾され、リボースヌクレオチドを含みうる。(N)突出ヌクレオチドの位置は、本明細書に記載されているとおりに化学修飾されることが可能であり(例えば、2’−O−メチル、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−デオキシ、LNA、汎用塩基など)、対応標的核酸配列から誘導されること又は誘導されないことが可能である。この図に示されている構築物は、本明細書に記載されているホスホロチオアート結合をも含みうる。例えば、ホスホロチオアート結合はいずれかのNおよび/または(N)位置の間に存在しうる。そのようなホスホロチオアートの組込みは、プリン「R」およびピリミジン「Y」位置の間で、または一般にピリミジン結合の安定化のために用いられうる。更に、この図には示されていないが、この図に示されている構築物は、所望により、センス鎖の5’末端から9番目の位置に、またはガイド鎖の5’末端から11個のヌクレオチド位置を数えることによりガイド鎖の5’末端に基づく11番目の位置にリボヌクレオチドを含みうる。同様に、該アンチセンス鎖は、5’末端から14番目の位置にリボヌクレオチドまたは2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドを含むことが可能であり、あるいは、2’−O−アルキルヌクレオチド(例えば、2’−O−メチルプリン)がこの位置に存在しないように、選択または設計されうる。更に、この図に示されていないが、アンチセンス鎖の5’末端位置は、本明細書に記載されているとおり、末端ホスファート基を含みうる。 図3は、図2に示されている代表的siNA二本鎖に適用される修飾の或る組合せの非限定的な例を示す。代表的構造の下に示されている表は、(N)X1、(N)X2、NX3、NX4および[N3]−[N2]−[N1]ヌクレオチド(および場合によっては非ヌクレオチド)の位置の特定の組合せを示す。例えば、5個以上(例えば、5、6、7、8、9または10個以上)のNX3および5個以上(5、6、7、8、9または10個以上)のNX4ピリミジン「Y」およびプリン「R」ヌクレオチドの組合せが特定されており、それらのそれぞれは、独立して、随意的ホスホロチオアート置換に加えて、該図に示されている特定の(N)X1および/または(N)X2の置換を有しうる。5’末端アンチセンス鎖[N3]−[N2]−[N1]ヌクレオチドは2’−デオキシ、2’−デオキシ−2’−フルオロまたは2’−メトキシ修飾で修飾され、あるいは、示されているとおりのリボヌクレオチドである。 図4A〜Cは本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2および3に示されている代表的構造の基準は、図4A〜Cに示されている構造のいずれにも適用されうる。 図4Aに示されている例示物(構築物1、2および3)は19個の代表的塩基対を有するが、本発明の種々の実施形態は、本明細書に記載されている任意の数の塩基対を含む。直線で挟まれた領域は、例えば、約1、2、3または4ヌクレオチド長、好ましくは約2ヌクレオチドを含むヌクレオチド突出を表す。構築物1および2は、独立して、RNAi活性のために使用されうる。構築物2はポリヌクレオチドまたは非ヌクレオチドリンカー(これは、所望により、生分解性リンカーとして設計されうる)を含みうる。1つの実施形態においては、構築物2に示されているループ構造は、インビボおよび/またはインビトロで構築物1の形成をもたらす生分解性リンカーを含みうる。もう1つの実施形態においては、構築物3は、同じ原理で構築物2を得るために使用されることが可能であり、この場合、インビボおよび/またはインビトロで活性siNA構築物2を得るためにリンカーが使用され、所望により、インビボおよび/またはインビトロで活性siNA構築物1を得るために別の生分解性リンカーが使用されうる。そのようなものとして、インビボまたはインビトロおよび/またはインビトロでの使用のためのsiNA構築物の設計に基づいて、siNA構築物の安定性および/または活性がモジュレーションされうる。 図4A〜Cは本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2および3に示されている代表的構造の基準は、図4A〜Cに示されている構造のいずれにも適用されうる。 図4Bに示されている例は、部分的相補性により生じる突出、バルジ、ループおよびステムループを含みうる例えばマイクロRNAまたはsiRNAのような本発明の二本鎖核酸分子の種々の変異体を表す。バルジ、ループおよびステムループは、本発明の二本鎖核酸分子の一方または両方の鎖における約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個またはそれ以上のヌクレオチドのミスマッチまたはバルジのようないずれかの度合の部分的相補性により生じうる。 図4A〜Cは本発明の種々のsiNA構築物の非限定的な例を示す。図2および3に示されている代表的構造の基準は、図4A〜Cに示されている構造のいずれにも適用されうる。 図4Cにおける例は、ジヌクレオチド3’突出を有する2つの21ヌクレオチド配列の19塩基対の二重らせんを含む本発明のモデル二本鎖核酸分子を表す。最上部の鎖(1)はセンス鎖(パッセンジャー鎖)を表し、中央の鎖(2)はアンチセンス(ガイド鎖)を表し、下側の鎖(3)は標的ポリヌクレオチド配列を表す。ジヌクレオチド突出(NN)は、標的ポリヌクレオチドに由来する配列を含みうる。例えば、ガイド鎖内の3’−(NN)配列は標的ポリヌクレオチドの5’−[NN]配列に相補的でありうる。また、パッセンジャー鎖の5’−(NN)配列は、標的ポリヌクレオチド配列の5’−[NN]配列と同じ配列を含みうる。他の実施形態においては、例えば、ガイド鎖内の3’−(NN)配列が標的ポリヌクレオチドの5’−[NN]配列に相補的でなく、パッセンジャー鎖の5’−(NN)配列が、標的ポリヌクレオチド配列の5’−[NN]配列と異なる配列を含みうる場合、突出(NN)は標的ポリヌクレオチド配列に由来しない。追加的な実施形態においては、いずれかの(NN)ヌクレオチドが、例えば2’−O−メチル、2’−デオキシ−2−フルオロおよび/または本明細書における他の修飾として化学修飾されている。更に、該パッセンジャー鎖は該パッセンジャー鎖のリボヌクレオチド位置N(斜字)を含みうる。示されている代表的な19塩基対の21マー二重らせんの場合、位置N(斜字)はパッセンジャー鎖の5’末端から9ヌクレオチドでありうる。しかし、異なる長さの二重らせんにおいては、位置N(斜字)は、ガイド鎖の5’末端から11のヌクレオチド位置を数え、パッセンジャー鎖における対応塩基対形成ヌクレオチドを選ぶことにより、ガイド鎖の5’末端に基づいて決定される。Ago2による切断は、矢印により示されているとおり、10位と11位との間で生じる。追加的実施形態においては、ガイド鎖の5’末端から10および11のヌクレオチド位置を数え、パッセンジャー鎖における対応塩基対形成ヌクレオチドを選ぶことにより、ガイド鎖の5’末端に基づいて10位および11位の2つのリボヌクレオチドが存在する。アンチセンス鎖ヌクレオチドはリボヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドであることも可能であり、ガイド鎖の5’末端から14位に位置する。該修飾は例えば2’−デオキシ−2’−フルオロ修飾でありうるが、好ましくは、2’−O−アルキル修飾ではない。該アンチセンス鎖のN3、N2およびN1位は修飾ヌクレオチドを含む。 図5は、例えば、(1)[3−3’]−逆方向デオキシリボース、(2)デオキシリボヌクレオチド、(3)[5’−3’]−3’−デオキシリボヌクレオチド、(4)[5’−3’]−リボヌクレオチド、(5)[5’−3’]−3’−O−メチルリボヌクレオチド、(6)3’−グリセリル、(7)[3’−5’]−3’−デオキシリボヌクレオチド、(8)[3’−3’]−デオキシリボヌクレオチド、(9)[5’−2’]−デオキシリボヌクレオチド、および(10)[5’−3’]−ジデオキシリボヌクレオチド(X=Oの場合)を含む、本発明のsiNA配列の5’および/または3’末端を安定化するために用いられうる種々の安定化化学法(1〜10)の非限定的な例を示す。この図に示されている修飾および未修飾バックボーン化学法に加えて、これらの化学法は、本明細書に記載されている種々の糖および塩基ヌクレオチド修飾と組合されうる。 図6は、直鎖状および二重らせん構築物ならびにそれらの非対称(不斉)誘導体を含む、本発明のリン酸化siNA分子の非限定的な例を示す。 図7は本発明の化学修飾末端ホスファート基の非限定的な例を示す。 図8は、本発明のコレステロール結合siNA分子を合成するために使用されうるコレステロール結合ホスホラミダイトの非限定的な例を示す。siNA分子のセンス鎖の5’末端に連結されたコレステロール部分を有する一例が示されている。 図9は、核酸鎖に連結された5’および3’逆方向非塩基キャップの実施形態を示す。 図10はMOG−G−UVMヒト神経膠腫細胞における優先的なIDH1 R132H特異的RNAiノックダウンを示す。20nM siNAでのトランスフェクションの72時間後にサンプルを調製した。トランスフェクトされた個々のsiNAはsiNA二重らせんID番号(例えば、R−008364600−000R;表1cを参照されたい)により特定されている。 図11Aおよび11Bは、IDH1 R132のRNAiノックダウンによる、2−ヒドロキシグルタラート(2−HG)産生および細胞培養培地内への分泌の減少を示す(各柱状グラフはn=4)。図AおよびBは各実験の開始時の細胞プレーティング密度においてのみ異なる。siNAでのトランスフェクションの96時間後にサンプルを調製した。トランスフェクトされた個々のsiNAはsiNA二重らせんID番号(例えば、R−008364600−000R;表1cを参照されたい)により特定されている。 図11Aおよび11Bは、IDH1 R132のRNAiノックダウンによる、2−ヒドロキシグルタラート(2−HG)産生および細胞培養培地内への分泌の減少を示す(各柱状グラフはn=4)。図AおよびBは各実験の開始時の細胞プレーティング密度においてのみ異なる。siNAでのトランスフェクションの96時間後にサンプルを調製した。トランスフェクトされた個々のsiNAはsiNA二重らせんID番号(例えば、R−008364600−000R;表1cを参照されたい)により特定されている。 図12はIDH1 siNAノックダウンとヒドロキシグルタラート(2−HG)分泌の減少との間の相関性を示す。 実施例 つぎに、以下の非限定的な実施例を用いて本発明を例示する。当業者は、実質的に同じ結果が得られるように変更または修飾されうる種々の非臨界的パラメーターを容易に認識するであろう。
実施例1:IDH1 siNAの設計および合成
IDH1 siNAの合成 − 一連のsiNA分子を設計し、合成し、IDH1遺伝
子発現に対する有効性に関して評価した。PCT国際出願番号PCT/US2010/0
36463(WO2010/138755として公開されている)(これを、siNAを
設計し選択する目的のために、参照により本明細書に組み入れることとする)に記載され
ている方法により、あるIDH1配列を設計し、選択した。著作権のあるアルゴリズムを
使用して、他の配列を設計し、選択した。ヒトIDH1突然変異体を標的化するsiNA
配列を、それぞれの突然変異体部位を含むように選択した。野生型ヒトIDH1遺伝子内
の標的配列を、主に、著作権のあるアルゴリズムにより決定された高い有効性のスコアを
与えるものから選択した。選択されたIDH1関連siNAの標的配列を表1a(標的配
列)に記載する。表1aにおける標的配列に対応するsiNA配列のセンスおよびアンチ
センス鎖を表1bに記載する。表1aにおける標的配列の一部に対応する種々の化学修飾
siNAを表1cに記載する。
Figure 2017212982

Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982

標的配列の各オリゴヌクレオチドに関しては、該siNAの、2つの個々の相補的鎖を
、固相合成を用いて、別々に合成し、ついで逆相固相抽出(SPE)により別々に精製し
た。該相補鎖を、二本鎖(二重らせん)を形成させるためにアニールさせ、所望の濃度お
よび選択されたバッファー中で運搬した。
簡潔に説明すると、当技術分野で一般に公知の方法を用いて(例えば、US 2009
0176725として公開された米国特許出願第12/064,014号を参照されたい
)、自動固相合成装置においてホスホラミダイト化学を用いて、一本鎖オリゴヌクレオチ
ドを合成した。合成カラムに第1ヌクレオシド残基(天然または化学修飾体)で誘導体化
された固体支持体を充填した。5’−ヒドロキシルを遊離させる、酸不安定性5’−O−
ジメトキシトリチル基の脱トリチル化により、合成を開始させた。適当に保護されたホス
ホラミダイトおよび適当な活性化因子(アセトニトリル中)を該合成カラムに同時に運搬
して、該5’−ヒドロキシルへの該アミダイトのカップリングを生じさせた。ついで該カ
ラムを溶媒、例えばアセトニトリルで洗浄した。酸化溶液、例えばヨウ素溶液を該カラム
を通して送り出して、亜リン酸トリエステル結合P(III)をそのホスホトリエステル
P(V)類似体へと酸化させた。2,6−ルチジンおよびN−メチルイミダゾールの存在
下、例えば無水酢酸のような試薬を使用して、未反応の5’−ヒドロキシル基をキャップ
化した。次のホスホラミダイトの取り込みのために、脱トリチル化工程により、伸長サイ
クルを再開させた。所望の配列が合成されるまで、このプロセスを繰返した。該合成は最
終的な5’末端保護基(トリチルまたは5’−O−ジメトキシトリチル)で終結した。
該合成の完了直後に、該固相および付随オリゴヌクレオチドをアルゴン圧または真空下
で乾燥させた。水性塩基を加え、該混合物を加熱して、スクシニル結合の切断、シアノエ
チルホスファート保護基の除去および環外アミン保護の脱保護を生じさせた。
リボヌクレオチドを含有しない一本鎖上で、以下のプロセスを行った。該固体支持体を
該水性塩基で処理した後、該混合物を濾過して、該脱保護粗製合成物から該固体支持体を
分離した。ついで該固体支持体を水で洗浄し、これを濾液と合わせた。得られた塩基性溶
液は5’末端位置上の5’−O−ジメトキシトリチル基の保持(トリチル−オン)を可能
にする。
リボヌクレオチドを含有する一本鎖の場合には、以下のプロセスを行った。該固体支持
体を水性塩基で処理した後、該混合物を濾過して、該脱保護粗製合成物から該固体支持体
を分離した。ついで該固体支持体をジメチルスルホキシド(DMSO)で洗浄し、これを
濾液と合わせた。フッ化物試薬、例えばトリエチルアミントリヒドロフルオリドを該混合
物に加え、該溶液を加熱した。該反応を適当なバッファーでクエンチして、最終的な5’
末端位置に5’−O−ジメトキシトリチル基を含有する粗製一本鎖の溶液を得た。
クロマトグラフィー精製、例えばSPE RPC精製を用いて、各粗製一本鎖のトリチ
ル−オン溶液を精製した。該トリチル基の疎水性は、非トリチル化トランケート化不完全
配列より強力な、所望の完全長オリゴの保持を可能にする。該不完全配列を適当な溶媒、
例えば低比率のアセトニトリルで、該樹脂から選択的に洗浄した。ついで、保持されたオ
リゴヌクレオチドをトリフルオロ酢酸でカラム上で脱トリチル化して、該酸不安定性トリ
チル基を除去した。残留酸を該カラムから洗浄し、塩交換を行い、該物質の最終的な脱塩
を開始させた。該完全長オリゴを水性−有機溶媒で精製形態で回収した。ついで該最終産
物を純度(HPLC)、同一性(Maldi−TOF MS)および収率(UV A26
)に関して分析した。該オリゴを凍結乾燥または真空凝縮により乾燥させた。
該産物の分析に基づいて、アニールさせるために、該乾燥オリゴを適当なバッファーに
溶解させ、ついで該センスおよびアンチセンスオリゴヌクレオチド鎖の等モル量(理論吸
光係数を用いて計算した)を混合した。ついで該溶液を所望の最終濃度およびクロマトグ
ラフィー法による二重らせんの純度に関して分析した。該分析が過剰のいずれかの鎖を示
した場合には、二重らせん化が完了するまで、追加的な非過剰な鎖を滴下した。該標的産
物の純度が得られたことを分析が示した場合には、該物質をそのまま使用した。
表1cは、このプロトコールを用いて合成された、またはこのプロトコールもしくは当
技術分野で公知の他の方法を用いて合成されうる種々の化学修飾siNAを示す。表1c
における各「siNA二重らせんID」番号は、センスおよびアンチセンス鎖を有する単
一のsiNA二重らせんを表し、ここで、該センスおよびアンチセンス鎖は、示されてい
るヌクレオチドおよびそれらのヌクレオチドの化学修飾形態から構成される。例えば、s
iNA二重らせんID番号R−008364807−000Wは、配列5’−AUUGG
AUCUACAUAGCUAU−3’(配列番号1)(この二重らせんID番号に関して
は表1cの第4列に示されている)を有するヒトIDH1の標的部位342に対する二本
鎖siNA二重らせんである。二重らせんR−008364807−000Wに関しては
、2つのエントリーが存在し(該表の第2行および第3行を参照されたい)、表1cにお
いて挙げられているsiNA二重らせんID番号のそれぞれに関しても同様である。これ
らのエントリーは該表の「修飾配列」の列(第5列)において異なる。この表に挙げられ
ている二重らせんのそれぞれに関して、該二重らせんの第1エントリーの「修飾配列」の
列において示されている配列はセンス鎖(例えば、二重らせんR−008364807−
000Wに関しては配列番号68)を表し、該二重らせんの第2エントリーの「修飾配列
」の列において示されている配列はアンチセンス鎖(例えば、二重らせんR−00836
4807−000Wに関しては配列番号69)を表す。アンチセンス配列は、示されてい
る標的配列(センス配列)に相補的であるものとして容易に特定される。
Figure 2017212982

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Figure 2017212982

Figure 2017212982

Figure 2017212982

ここで、
A、C、GおよびU=リボースA、C、GまたはU。
a、g、cおよびu=2’−デオキシ−2’−フルオロA、G、CまたはU。
および=2’−O−メチル(2’−OMe)A、U、CまたはG。
斜字体のA、U、CおよびG=デオキシA、U、CまたはG。
B=逆方向非塩基。
斜字体のT=チミジン。
s=ホスホロチオアート結合。
工業的製造のための更なる合成工程 − アニーリング工程後に標的産物純度が得られ
たことを分析が示したら、濃縮および脱塩のために、該物質を接線流動濾過(TFF)系
に移す。それは、該アニーリング工程前にこれを行うのとは対照的なものである。
限外濾過:適当な分子量カットオフ膜を含有するTFF系を使用して、該アリール化産
物溶液を濃縮する。濃縮後、濾液の伝導度が水のものとなるまで、該産物溶液を、Mil
li−Q水を使用するダイアフィルトレーションにより脱塩する。
凍結乾燥:該濃縮溶液をボトルに移し、急速冷凍し、凍結乾燥装置に接続する。ついで
該産物を粉末へと凍結乾燥する。該ボトルを該凍結乾燥装置から取り出し、そのまま使用
する。
実施例2:IDH1遺伝子発現に対して活性なsiNAを特定するための初期スクリー
ニング
ルシフェラーゼレポータープラスミドの設計 − psiCHECK(商標)−2ベク
ター(Promega Cat#C8021)の修飾形態を使用して、野生型R132H
およびR132C突然変異IDH1対立遺伝子に特異的なレポーター構築物を作製した。
該単点突然変異部位の周囲の200塩基対の領域をXhoIおよびNotI制限部位間に
クローニングして、レニラ(Renilla)ルシフェラーゼおよびIDH1インサート
(Genscript)間の転写融合産物を得た。各融合転写産物において、該レニラ(
Renilla)ルシフェラーゼオープンリーディングフレームはIDH1インサートの
上流に位置する。該融合転写産物のIDH1関連インサートを標的化するsiNAはレニ
ラ(Renilla)ルシフェラーゼ発現のノックダウンを引き起こしうる。レニラ(R
enilla)ルシフェラーゼ発現のレベルは、レニラ(Renilla)ルシフェラー
ゼ活性の量を直接的に測定することにより決定されうる。該プラスミドは、IDH1 s
iNAにより影響されないホタルルシフェラーゼ遺伝子を発現し、該プラスミドは、細胞
内にトランスフェクトされたプラスミドの量のばらつきを考慮するためにデータを正規化
するために使用されうる。
3つのレポーターのIDH1インサート配列は以下のとおりである。
野生型IDH1−
CGGTCTTCAGAGAAGCCATTATCTGCAAAAATATCCCCCG
GCTTGTGAGTGGATGGGTAAAACCTATCATCATAGGTCGT
CATGCTTATGGGGATCAATACAGAGCAACTGATTTTGTTG
TTCCTGGGCCTGGAAAAGTAGAGATAACCTACACACCAAG
TGACGGAACCCAAAAGGTGACATACCTGGTACATAACTTT
(配列番号507);
IDH1−R132H突然変異体−
CGGTCTTCAGAGAAGCCATTATCTGCAAAAATATCCCCCG
GCTTGTGAGTGGATGGGTAAAACCTATCATCATAGGTCAT
CATGCTTATGGGGATCAATACAGAGCAACTGATTTTGTTG
TTCCTGGGCCTGGAAAAGTAGAGATAACCTACACACCAAG
TGACGGAACCCAAAAGGTGACATACCTGGTACATAACTTT
(配列番号508);
およびIDH1−R132C突然変異体−
CGGTCTTCAGAGAAGCCATTATCTGCAAAAATATCCCCCG
GCTTGTGAGTGGATGGGTAAAACCTATCATCATAGGTTGT
CATGCTTATGGGGATCAATACAGAGCAACTGATTTTGTTG
TTCCTGGGCCTGGAAAAGTAGAGATAACCTACACACCAAG
TGACGGAACCCAAAAGGTGACATACCTGGTACATAACTTT
(配列番号509)。
野生型IDH1−R132HおよびIDH1−R132Cの完全長DNAおよびタンパ
ク質配列を表2に記載する。
Figure 2017212982

細胞培養調製 − ヒトヘパトーマ細胞系HepG2を変法イーグル培地内で増殖させ
た。マウスヘパトーマ細胞系Hepa1−6をダルベッコ変法イーグル培地内で増殖させ
た。全ての培地を10% ウシ胎児血清、100μg/mL ストレプトマイシン、10
0U/mL ペニシリンおよび1% 炭酸水素ナトリウムで補足した。
トランスフェクションおよびスクリーニング − 細胞を96ウェル組織培養プレート
内で10,000細胞/ウェルの密度でプレーティングし、37℃で一晩インキュベート
した。翌日、レポータープラスミドおよびsiNAをリポフェクタミン(Lipofec
tamine(商標))200試薬(Invitrogen)でコトランスフェクトした
。初期スクリーニングでは、siNAおよびプラスミドの最終濃度は、それぞれ、10n
Mおよび600ng/mlであった。
12点の用量反応曲線実験のために、一連のsiNAを40nMから4倍希釈し、一方
、プラスミド濃度は600ng/mlのままに一定に維持した。全てのトランスフェクシ
ョンは、複数の生物学的重複実験として設計した。トランスフェクションの1日後、該培
地を新鮮な培地と交換し、該細胞を37℃で更に1日間インキュベートした。トランスフ
ェクションの2日後、該レポータープラスミドからのレニラ(Renilla)ルシフェ
ラーゼおよびホタルルシフェラーゼ活性を、Dual−Glo(商標)ルシフェラーゼア
ッセイ系(Promega Cat # E2940)を該製造業者の説明に従い使用し
て測定した。
データ分析 − 異なるウェルにおける異なるトランスフェクション効率に関して正規
化するために、各ウェルのレニラ(Renilla)ルシフェラーゼ活性を、同じ細胞か
らのホタルルシフェラーゼ活性で割り算した。野生型および突然変異IDH1 siNA
により得られた正規化ルシフェラーゼ活性を更に、非標的化対照siNAにより得られた
該正規化ルシフェラーゼ活性により割り算して、レポーター発現のノックダウン率(%K
D)を求めた。Log2(変化倍率)(「log2FC」)を以下の式に従い計算した:
log2FC=log2[100/(100−%KD)]。
効力50およびIC50の全計算は、R.2.9.2ソフトウェアを使用して行った。
単一リガンド結合に関するS字形用量反応(一定勾配)式を用いて、該データを分析した
。効力50は、50%標的mRNAノックダウンを与える計算されたsiNAトランスフ
ェクション濃度である。低い最大ノックダウン(log2(変化倍率)<1)を有するs
iNAの場合、効力50は計算できない。
結果 − 既に記載されているとおりに、IDH1関連siNAを設計し、合成した。
レニラ(Renilla)ルシフェラーゼおよびIDH1関連インサート(野生型、R1
32H突然変異体またはR132C突然変異体のいずれか)間の転写融合産物を与える修
飾psiCHECK(商標)−2ベクターに基づくレポータープラスミドでトランスフェ
クトされたHepa1−6細胞において、種々のsiNAをスクリーニングした。該マウ
ス細胞における種々の修飾IDH1関連siNAでの処理の際のIDH1関連mRNA発
現レベル(野生型、R132H突然変異体またはR132C突然変異体のいずれか)にお
けるLog2FCを表3a、表3b、表3cおよび表3dに示す。各実験において、n=
2〜4である。表3cに示されているスクリーニングデータは、主に、Stab 04/
05化学(表6を参照されたい)を有する化学修飾siNAからのデータを含むが、3’
突出以外は未修飾であるsiNAからの幾つかのデータをも含む。表3dに示されている
スクリーニングデータは、3’突出を除いた未修飾siNAからのデータのみを含む。各
スクリーニングは、該ルシフェラーゼアッセイ法を用いて、48時間の時点で行った。
Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982

表3a〜dからの選択された高順位siNAを更に、用量反応曲線を用いて、ヒトHe
pG2およびマウスHepa1−6細胞における有効性および効力に関して分析した。こ
れらのsiNAに関する結果を表4a、表4b、表4cおよび表4dに示す。効力50(
表4a〜dにおける「P50」)を48時間の曝露時間の後で決定した。
Figure 2017212982
Figure 2017212982
Figure 2017212982
Figure 2017212982

実施例3:インビトロIDH1タンパク質ノックダウン
インビトロ細胞培養系 − ヒト神経膠腫細胞系MOG−G−UVWを、Europe
an Collection of Cell Cultures(ECACC(UK)
)により推奨されているとおりに増殖させた。pLENTI6.2 C末端V5レンチウ
イルス発現系(Invitrogen)を使用して、MOG−G−UVW細胞を、ヒトI
DH1−R132Hを発現するように操作した。レンチウイルス感染後、GLUTAMA
X(Invitrogen)、1% 炭酸水素ナトリウム、ピルビン酸ナトリウム、5マ
イクログラム/mlのブラスチシジン(blasticidin)および10% ウシ胎
児血清で補足されたDMEM−F12内で、MOG−G−UVW IDH1 R132H
細胞を増殖させた。該2−HG測定のために、ダルベッコ改変イーグル培地GLUTAM
AX(Invitrogen)、D−グルコース、ピルビン酸ナトリウムおよび10%
ウシ胎児血清内で肉腫細胞系を増殖させた。
IDH1タンパク質ノックダウンを評価するための実験 − siRNAタンパク質ノ
ックダウン実験のために、細胞を6ウェル組織培養プレート内にプレーティングし、37
℃で一晩インキュベートした。翌日、Lipofectamine(商標)RNAiMA
X試薬(Invitrogen)を使用して、siNAまたはsiGLOトランスフェク
ション対照(Dharmacon)を20nMの最終濃度でトランスフェクトした。翌朝
、細胞培地を交換した。トランスフェクションの72時間後、細胞をPBSで1回洗浄し
、m−PER細胞溶解バッファー(Pierce)で細胞溶解させ、ウエスタンブロット
を行った。特に示されていない限り1:1000の希釈度の以下の抗体を使用して、タン
パク質発現を評価した:V5タグ付きIDH1−R132H(Invitrogen)、
1:400の希釈度の内因性抗ヒトIDH1(Protein Tech Group)
、抗ヒトGAPDH(Cell Signaling Technologies)およ
び抗ヒトチューブリン(Tubulin)(Cell Signal Technolo
gies)。
2−ヒドロキシグルタラートの評価のための質量分析 − 突然変異IDH1のsiN
Aノックダウンの際の2−ヒドロキシグルタラート(2−HG)を測定するために、細胞
を6ウェル組織培養プレート内にプレーティングし、37℃で一晩インキュベートした。
翌日、Lipofectamine(商標)RNAiMAX試薬(Invitrogen
)を使用して、siNAを20nMの最終濃度でトランスフェクトした。全てのトランス
フェクションを複数の生物学的重複実験として設計した。翌朝、細胞培地を交換した。M
OG−G−UVW IDH1−R132Hに関してはトランスフェクションの72時間後
、およびHT−1080細胞に関してはトランスフェクションの96時間後、培地上清を
集め、96ウェルプレートに移し、アセトニトリルで希釈した。プレートを室温で320
0RPMで10分間遠心して、沈殿タンパク質を清澄化し、2−HGをAPI−400質
量分析計における質量分析により分析した。
結果 −
1)MOG−G−UVMヒト神経膠腫細胞における優先的IFH1−R132H特異的
RNAiノックダウン − 図10におけるウエスタンブロットデータは、ヒトIDH1
に基づく幾つかのsiNA配列が、ヒト神経膠腫MOG−G−UVW細胞系におけるID
H1発現を抑制しうることを示している。C末端V5タグを野生型または突然変異IDH
タンパク質内に導入し、V5特異的抗体でのブロッティングにより発現を測定した。図1
0は、野生型IDH1発現を完全状態に維持しながら突然変異IDH1−R132Hの発
現を有効に阻止する、siNA二重らせんID番号R−008364600−000Rの
活性を示す。siNA二重らせんID番号R−008364714−000Cはまた、突
然変異体特異的IDH1−R132H RNAi活性を有するが、それは、SsiNA
R−008364600−000Rより低い度合のものである。これとは対照的に、si
NA配列R−008364798−000BおよびR−008364836−000Pは
野生型または突然変異IDH1−R132H対立遺伝子の発現を無差別に妨げた。
2)RNAiによるIDH1−R132Cの抑制は培地内の2−HGを減少させる −
図11Aおよび11Bは、ヒトIDH1に基づく幾つかのsiNA配列が代謝産物2−
ヒドロキシグルタラート(2−HG)の産生および細胞培養培地内への分泌を妨げうるこ
とを示している。図11Aおよび図11Bは各実験の開始時の細胞プレーティング密度の
みにおいて異なる。示されているとおり、R132C特異的配列R−008372811
−000L、R−008372886−000B、R−008372855−000Rま
たは無差別IDH1 siNA R−008364798−000B(前記)はそれぞれ
、トランスフェクションの96時間後に、培地内の分泌2−HGのレベルを減少させうる
。模擬トランスフェクト化細胞または非標的化対照siNA配列は高レベルの2−HGを
維持した。
3)IDH1 siRNAノックダウンは2−HGの減少と相関する − 図12は、
IDH1のsiNAノックダウンが、選択された2−ヒドロキシグルタラート(2−HG
)の減少と相関することを証明している。96時間のインキュベーション時間の後、si
NA二重らせんID番号R−008364836−000BまたはR−00836479
8−000Bのいずれかでトランスフェクトされた細胞においては、IDH1タンパク質
および2−HGが有意に減少した。定量的には、R−008364836−000Bおよ
びR−008364798−000Bは共に、このアッセイにおいて類似レベルのノック
ダウン活性を有するため、85%のIDH1タンパク質の減少は2−HGの78%の減少
を引き起こした。対照サンプルは、模擬トランスフェクション(RNAiMax)、非標
的化対照または蛍光トランスフェクション対照siGLOからなり、これらはいずれもI
DH1タンパク質発現または2−HG産生を有意には損なわなかった。
実施例4:siNAのインビトロ血清安定性の決定
siNAをHOで50μM〜100μM ストック溶液として再構成させ、予め37
℃に加温されたヒト血清に20μg/mLの最終濃度まで加える。ついで該混合物を37
℃で0、1および2時間インキュベートする。各時点の終了時に、等容量のフェノメネク
ス(Phenomenex)細胞溶解−ローディングバッファーと混合することにより該
反応を停止させる。オリゴヌクレオチドをフェノメネクス(Phenomenex)固相
抽出により96ウェル形態において精製し、Labconco Triad Lyo−0
0417で乾燥状態まで凍結乾燥させる。凍結乾燥サンプルを、RNアーゼ非含有H
で調製された150μLの1mM EDTA中で再構成させる。ついで、ThermoF
isher Orbitrapでの液体クロマトグラフィー/質量分析(LC/MS)分
析のために、該サンプル溶液を1mM EDTAで5倍希釈する。該siNAの血清代謝
産物を測定分子量に基づいて決定した。
実施例5:サイトカイン誘導の試験
脂質ナノ粒子(40/48/2/10の比のDLinDMA/コレステロール/S−P
EG−C−DMA/DSPC)中にローディングされた本発明の種々のsiNAの免疫刺
激効果を評価するために、単一の3mpk容量のLNP製剤化siNAを尾静脈注射によ
り3C57Bl/6マウスに投与する。投与後の3および24時間の時点で、血清または
血漿サンプルを集める。これらのサンプルにおけるサイトカインおよびケモカインレベル
を、Aushon BiosciencesのSearchlight IR Cyto
kine Arrayを該製造業者の説明に従い使用して測定する。測定されるサイトカ
インおよびケモカインはIL−1a、IL−1β、IL−6、KC、IL−10、IFN
γ、TNF、GMCSF、MIP−1β、MCP−1/JEおよびRANTESである。
実施例6:非ヒト霊長類における薬力学的研究
脂質ナノ粒子(例えば、40/48/2/10の比のDLinDMA/コレステロール
/S−PEG−C−DMA/DSPC)内にローディングされたsiNAの単一の2.5
mpk用量を静脈内注入によりリサース・マカク(Rhesus macaque)サル
に投与する。標的mRNAノックダウンをモニターするために、16Tゲージ・メングヒ
ニ(Menghini)針を使用して、動物1匹当たり約20mgの組織に関して、投与
前および後の種々の時点で肝臓生検を行う。該治療に関連した潜在的毒性をモニターする
ために、投与前および後の種々の時点で全血および血清/血漿も集める。全ての方法は、
USD A Animal Welfare Act(9 CFR,Parts1、2お
よび3)に概説されている規制およびGuide for Care and Use
of Laboratory Animals(ILAR publication,1
996,National Academy Press)において特定されている条件
に従う。標的遺伝子発現におけるLog2(変化倍率)は投与後の種々の時点で決定され
る。該サルの投与前標的遺伝子発現レベルは、最初の投与の7日前に測定する。
実施例7:siNA脂質ナノ粒子(LNP)製剤
DLinDMA製剤に関する一般的LNP法の説明 − 脂質ナノ粒子を衝撃ジェット
法により製造する。アルコールに溶解した脂質を、クエン酸バッファーに溶解したsiN
Aと混合することにより、該粒子を形成させる。脂質とsiNAとの混合比は約45〜5
5% 脂質および35〜45% siNAが目標(標的)とされる。該脂質溶液はカチオ
ン性脂質、ヘルパー脂質(コレステロール)、PEG(例えば、PEG−C−DMA、P
EG−DMG)脂質およびDSPC(アルコール(例えば、エタノール)中で5〜15m
g/mLの濃度、目標は9〜12mg/mL)を含有する。該脂質の比は、カチオン脂質
に関しは25〜98(目標は35〜65)のモルパーセント範囲を有し、該ヘルパー脂質
は0〜75(目標は30〜50)のモルパーセント範囲を有し、PEG脂質は1〜15(
目標は1〜6)のモルパーセント範囲を有し、DSPCは0〜15(目標は0〜12)の
モルパーセント範囲を有する。該siNA溶液は、3.5〜5の範囲のpHを有するクエ
ン酸ナトリウム緩衝塩溶液中で0.3〜1.0mg/mL(目標は0.3〜0.9mg/
mL)の濃度範囲で1以上のsiNA配列を含有する。それらの2つの液体を15〜40
℃(目標は30〜40℃)の範囲の温度に加熱し、ついで衝撃ジェットミキサーにおいて
混合して、瞬時にLNPを形成させる。管IDは0.25〜1.0mmの範囲、および1
0〜600mL/分の合計流量を有する。流量と管IDとの組合せは30〜200nmの
LNPの粒径を制御する効果を示す。ついで該溶液を、より高いpHを有する緩衝溶液と
、1:1〜1:3 vol:vol(目標は1:2 vol:vol)の範囲の混合比で
混合する。この緩衝溶液は15〜40℃(目標は30〜40℃)の範囲の温度である。該
混合LNPをアニオン交換濾過工程前に30分〜2時間維持する。インキュベート中の温
度は15〜40℃(目標は30〜40℃)の範囲である。インキュベート後、該溶液を、
アニオン交換分離工程を構成する0.8μmフィルターで濾過する。このプロセスは、1
mm ID〜5mm IDの範囲の管ID、および10〜2000mL/分の流量を用い
る。該LNPを濃縮し、限外濾過法によりダイアフィルトレーションする。この場合、該
アルコールを除去し、該クエン酸バッファーを最終バッファー溶液、例えばリン酸緩衝食
塩水と交換する。該限外濾過法は接線流動濾過形態(TFF)を用いる。この方法は30
〜500KDの膜名目分子量カットオフ範囲を用いる。該膜形態は中空糸または平坦なシ
ートカセットである。適切な分子量カットオフを用いる該TFF法は保持物質中に該LN
Pを保持し、濾液または浸透物は該アルコール、クエン酸バッファーおよび最終的なバッ
ファー廃棄物を含有する。該TFF法は、初期濃度から1〜3mg/mLのsiNA濃度
を伴う多工程法である。濃縮後、該LNP溶液を10〜20容量にわたって最終バッファ
ーに対するダイアフィルトレーションに付して、該アルコールを除去し、バッファー交換
を行う。ついで該物質を更に1〜3倍濃縮する。該LNP法の最終工程は、該濃縮LNP
を滅菌濾過し、該産物をバイアルに入れるためのものである。
分析方法:
1)siNA濃度 − siNA二重らせん濃度は、2996 PDA検出器と共にW
aters 2695 Alliance系(Water Corporation,M
ilford MA)を使用する強アニオン交換高速液体クロマトグラフィー(SAX−
HPLC)により決定される。該LNP(RNAi運搬ビヒクル(RDV)とも称される
)を、全siNAを遊離させるために0.5% TritonX−100で処理し、25
4nmでのUV検出を伴うDionex BioLC DNAPac PA 200(4
×250mm)カラムを使用するSAX分離により分析する。移動相は、0〜15分の直
線勾配および1ml/分の流量を伴う、A:25mM NaClO、10mM Tri
s、20% EtOH(pH7.0)およびB:250mM NaC1O、10mM
Tris、20% EtOH(pH7.0)から構成される。siNA量を、siNA標
準曲線を比較することにより決定する。
2)封入率 − RDVの封入率をモニターするためのRNA定量のために、蛍光試薬
SYBR Goldを使用する。遊離siNAおよび全siNA量を決定するために、T
riton X−100の存在下または非存在下でRDVを使用する。該アッセイは、M
olecular Devices(Sunnyvale,CA)のSpectraMa
x M5eマイクロプレート分光光度計を使用して行う。サンプルを485nmで励起さ
せ、蛍光発光を530nmで測定する。siNA標準曲線を比較することにより、siN
Aの量を決定する:封入率=(1−遊離siNA/全siNA)×100%。
3)粒径および多分散性 − 1μgのsiNAを含有するRDVを1×PBSで3m
lの最終容量に希釈する。ZetaPALS装置(Brookhaven Instru
ments Corporation,Holtsville,NY)を使用する動的光
散乱法により、該サンプルの粒径および多分散性を測定する。90℃の散乱角で、25℃
で、He−Neレーザーを使用して、散乱強度を測定する。
4)ゼータ(ζ)電位分析 − 1μgのsiNAを含有するRDVを1mM Tri
sバッファー(pH7.4)で2mlの最終容量に希釈する。光源としてのHe−Neレ
ーザーおよび電極と共にZetaPALS装置(Brookhaven Instrum
ents Corporation,Holtsville,NY)を使用して、サンプ
ルの電気泳動移動度を決定する。ζ電位の計算において、スモルチョウスキー(Smol
uchowski)限界を推定する。
5)脂質分析 − コロナ帯電エアゾール検出器(CAD)(ESA Bioscie
nces,Inc.,Chelmsford,MA)と共にWaters 2695 A
lliance系(Water Corporation,Milford MA)を使
用する逆相高速液体クロマトグラフィー(RP−HPLC)により、個々の脂質濃度を決
定する。Agilent Zorbax SB−C18(50×4.6mm,粒径1.8
μm)カラムを60℃でCADと共に使用して、RDVにおける個々の脂質を分析する。
移動相は、A:HO中の0.1 TFAおよびB:IPA中の0.1% TFAから構
成される。勾配は、時間0からの60%移動相Aおよび40%移動相Bから1.00分に
おける40%移動相Aおよび60%移動相Bへ;時間1.00から5.00分までの40
%移動相Aおよび60%移動相B;5.00分からの40%移動相Aおよび60%移動相
Bから10.00分における25%移動相Aおよび75%移動相Bへ;10.00分から
の25%移動相Aおよび75%移動相Bから15.00分における5%移動相Aおよび9
5%移動相Bへ;ならびに15.00からの5%移動相Aおよび95%移動相Bから20
.00分における60%移動相Aおよび40%移動相Bへ、1ml/分の流量で変化する
。二次曲線の当てはめでRDVにおける全ての脂質成分に関する標準曲線と比較すること
により、個々の脂質濃度を決定する。各脂質のモル比率を、その分子量に基づいて計算す
る。
表8における種々の製剤のための一般的LNP製造 − siNAおよび/または担体
分子を25mM クエン酸バッファー(pH4.0)に0.9mg/mLの濃度で溶解す
ることにより、表8におけるsiNAナノ粒子溶液を製造する。カチオン性脂質(例えば
、CLinDMAまたはDOBMA;表8における製剤に関する構造および比を参照され
たい)、DSPC、コレステロールおよびPEG−DMGの混合物(表8に比が示されて
いる)を約15mg/mLの濃度で無水エタノールに溶解することにより脂質溶液を製造
する。窒素とホスファートとの比は約3:1である。
等容量のsiNA/担体および脂質溶液を、2個のFPLCポンプを使用して、同じ流
量で、混合Tコネクタへ運搬する。所望の粒径に調節するために、背圧弁を使用する。生
じた乳状混合物を無菌ガラスボトル内に集める。ついでこの混合物を等容量のクエン酸バ
ッファーでゆっくり希釈し、イオン交換膜で濾過して、該混合物中の遊離siNA/担体
を除去する。クエン酸バッファー(pH4.0)に対する限外濾過を用いてエタノールを
除去し(ALCOスクリーンからの試験スティック)、PBS(pH7.4)に対する限
外濾過を用いてバッファーを交換する。最終LNPを、所望の容量に濃縮することにより
得、0.2μmフィルターで濾過滅菌する。得られたLNPを粒径、ζ電位、アルコール
含量、全脂質含量、封入核酸および全核酸濃度の点で特徴づける。
LNP製造方法 − 非限定的な例において、以下のとおりにバルクにおいてLNP−
086 siNA/担体製剤を製造する。該方法は、(1)脂質溶液を調製すること、(
2)siNA/担体溶液を調製すること、(3)混合/粒子形成、(4)インキュベーシ
ョン、(5)希釈、ならびに(6)限外濾過および濃縮からなる。
1)脂質溶液の調製 − 三頚2L丸底フラスコ、冷却器、測定用シリンダー、および
2個の10L円錐ガラス容器を発熱物質除去処理に付す。該脂質を室温に加温する。該三
頚丸底フラスコ内にピペットで50.44gのCLinDMA、および43.32gのD
SPC、5.32gのコレステロール、6.96gのPEG−DMG、および2.64g
のリノレイルアルコールを移す。該混合物に1Lのエタノールを加える。該丸底フラスコ
を、J−CHEMプロセスコントローラに接続された加熱マントル内に配置する。上部に
冷却器を取り付けて、該脂質懸濁液をアルゴン下で撹拌棒で撹拌する。熱電対プローブを
、密閉アダプターが取り付けられた該丸底フラスコの一方の頚から該懸濁液内に入れる。
該懸濁液を、それが透明になるまで、30℃で加熱する。該溶液を室温に冷却し、円錐ガ
ラス容器に移し、キャップで密閉する。
2)siNA/担体溶液の調製 − 無菌容器(例えば、Corning貯蔵ボトル)
内に、3.6gに水補正係数(約1.2)を掛け算した重量の第1 siNA粉末(「s
iNA−1」)を秤量して入れる。該siNAを発熱物質除去済み5Lガラス容器に移す
。該秤量容器をクエン酸バッファー(25mM,pH4.0および100mM NaCl
)で3回洗浄し、該洗浄液を5L容器内に入れ、クエン酸バッファーで4Lに適宜調節す
る。以下の方法を用いて、該siNA溶液の濃度をUV分光計で決定する。20μLを該
溶液から取り出し、1000μLに50倍希釈し、クエン酸バッファーでのブランキング
の後、A260nmにおけるUV読取値を記録する。これを繰返す。それらの2つのサン
プルの読取値が合致する場合には、平均を取り、該siNAの吸光係数に基づいて濃度を
計算する。該最終濃度が0.90±0.01mg/mLの範囲から外れている場合には、
更にsiNA/担体粉末を加え、または更にクエン酸バッファーを加えることにより、該
濃度を調節する。第2 siNA(「siNA−2」)に関して、このプロセスを繰返す
。発熱物質除去済み10Lガラス容器内に、4Lのそれぞれ0.9mg/mLのsiNA
溶液を移す。
あるいは、該siNA/担体溶液が、2以上のsiNA二重らせんおよび/または担体
の混合物ではなく、単一のsiNA二重らせんおよび/または担体を含む場合には、該s
iNA/担体を25mM クエン酸バッファー(pH4.0,100mMのNaCl)に
溶解して、0.9mg/mLの最終濃度を得る。
ついで該脂質/エタノール溶液を、Master Flex Pristaltic
Pump Model 7520−40を使用して、Pall Acropak 20
0.8/0.2μm滅菌フィルターPN 12203に通過させて、発熱物質除去済みガ
ラス容器内に滅菌濾過して、該封入プロセス用の無菌出発物質を得る。該濾過プロセスは
、20cmの膜面積を用いて、80mLの規模で行う。流量は280mL/分である。
このプロセスは、管直径および濾過面積を増加させることにより、規模改変されうる。
3)粒子形成−混合工程 − AKTA P900ポンプのスイッチを入れ、1000
mLの1N NaOHを1Lガラス容器内に配置し、1000mLの70% エタノール
を1Lガラス容器内に配置し、圧力蓋が付いた該ポンプを各容器に接続することにより、
衛生処理を行う。2000mLガラス容器を該ポンプ出口の下に配置し、アルゴンが10
psiで該系を流れるようにし、流量を40分の時間設定で40mL/分に設定する。該
衛生処理が完了したら、該ガスのスイッチを切り、使用の準備が整うまで該ポンプを該溶
液中で保存する。使用前に、200mLのエタノールおよび200mLの無菌クエン酸バ
ッファーを使用することにより、該ポンプ流動を確認する。
該AKTAポンプに、該無菌脂質/エタノール溶液、該無菌siNA/担体またはsi
NA/担体混合物/クエン酸バッファー溶液、および蓋付きの発熱物質除去済み受容容器
(2×バッチサイズ)を接続する。該ガスのスイッチを入れ、混合中、圧力を5〜10p
siに維持する。
4)インキュベーション − 該溶液を、22±2時間のインキュベーション時間にわ
たって、混合した後に維持する。該インキュベーションは室温(20〜25℃)で行い、
処理中の溶液を光から防護する。
5)希釈 − 等しい長さの管およびTee接続および360mL/分の流量で設定さ
れた複ヘッド蠕動ポンプ,Master Flex Peristaltic Pump
,Model 7520−40を使用して、該脂質siNA溶液を等容量のクエン酸バッ
ファーで希釈する。
6)限外濾過および濃縮 − 該限外濾過プロセスは、時間の決まったプロセスであり
、流量は注意深くモニターされる必要がある。これは2工程プロセスであり、第1工程は
、該希釈物を32Lから3600mLに及び約2mg/mLの濃度にする濃縮工程である
該第1工程においては、限外濾過膜GE PN UFP−100−C−35Aを備えた
フレックススタンド(Flexstand)をクアトロフロー(quatroflow)
ポンプに取り付ける。200mLのWFIを貯留容器に加え、ついで3Lの0.5N 水
酸化ナトリウム(これはついで、濃縮水を通過して流れて廃棄される)を加える。このプ
ロセスを3回繰返す。ついで3LのWFIを該系に2回流し、ついで3Lのクエン酸バッ
ファーを流す。ついで該ポンプを排液に付す。
該希釈LNP溶液を貯蔵容器内に4Lの目印まで入れる。該ポンプのスイッチを入れ、
透過流量が300mL/分となり、液体レベルが貯蔵容器内で4Lで一定となるように該
ポンプの速度を調節する。全ての該希釈LNP溶液が該貯蔵容器に移ったら、該ポンプを
停止させる。該ポンプ速度を、必要に応じて調節することにより、該希釈LNP溶液を2
40分で3600mLに濃縮する。
第2工程は、エタノールクエン酸バッファーをリン酸緩衝食塩水と交換するダイアフィ
ルトレーション工程である。該ダイアフィルトレーション工程は3時間を要し、この場合
も、流量を注意深くモニターする必要がある。この工程中、該エタノール濃度をヘッドス
ペースGCによりモニターする。3時間後(20ダイアフィルトレーション容量)、該溶
液を約6mg/kgまたは1.2Lの容量まで濃縮するために第2濃縮を行う。この物質
を発熱物質除去済みガラス容器内に集める。該系を高流量で400mLのPBSで洗浄し
、透過ラインを閉じる。この物質を集め、第1収集物に加える。この時点での予想濃度は
4.5mg/mLである。該濃度および容量を決定する。
該蠕動ポンプの供給管を、72LのPBS(0.05μm濾過物)を含有する容器内に
配置し、流量を、まず、貯蔵容器において3600mLの一定容量を維持するように調節
し、ついで400mL/分まで増加させる。該LNP溶液をPBS(20容量)での18
0分間のダイアフィルトレーションに付す。
該LNP溶液を1.2Lの目印まで濃縮し、発熱物質除去済み2Lメスシリンダー内に
集める。400mLのPBSを該貯蔵容器に加え、該ポンプを2分間にわたって再循環さ
せる。この洗浄液を集め、該メスシリンダー内に集められたLNP溶液に加える。
得られたLNPを粒径、ζ電位、アルコール含量、全脂質含量、封入核酸および全核酸
濃度に関して特徴づけする。
本発明は、記載されている目的を遂行し、記載されている目標および利点ならびにそれ
らにおいて固有のものを達成するために十分に適合化される、と当業者は容易に認識する
であろう。好ましい実施形態の現在の代表例として本明細書に記載されている方法および
組成物は典型例であり、本発明の範囲を限定するものではない。本発明の精神に包含され
特許請求の範囲により定められるそれらにおける変更および他の用途が当業者において見
出されるであろう。
表5:IDH1関連NCBI Genbankアクセッション番号
NM 05896 − 配列番号516;
ホモサピエンス(Homo sapiens)IDH1;
GI:28178824。
Figure 2017212982

Figure 2017212982

CAP=任意の末端キャップ;例えば、図5を参照されたい。
全てのStab化学は、本発明の二重らせんのために互いに組合せて(例えば、センス
およびアンチセンス鎖化学の組合せとして)用いられることが可能であり、あるいは、例
えば本発明の一本鎖核酸分子の単離において用いられることが可能である。全てのSta
b化学は、2’−O−アルキル、2’−デオキシ−2’−フルオロ、2’−デオキシ、L
NAもしくは他の修飾ヌクレオチドを有する3’突出ヌクレオチドまたは非ヌクレオチド
を含みうる。全てのStab化学は、典型的には、約19〜21ヌクレオチドを含むが、
本明細書に記載されているとおりに変動しうる。全てのStab化学はまた、アンチセン
スまたはガイド鎖の5’末端から決定された場合の二本鎖核酸二重らせんの11番目の塩
基対位置に、センスまたはパッセンジャー鎖における単一リボヌクレオチドを含みうる(
図4Cを参照されたい)。全てのStabはまた、前記Stabの代わりに、アンチセン
ス鎖の5’末端からの14位に2’−デオキシ−2’−フルオロ修飾を、それがその位置
においてプリンであるかピリミジンであるかには無関係に、有しうる(図4Cを参照され
たい)。前記のアンチセンス鎖の全てのStab化学は、該アンチセンス鎖の5’末端か
らの1、2および/または3位に、2’−デオキシウリジンの代わりに、チミジンを有し
うる(図4Cを参照されたい)。S=センス鎖。AS=アンチセンス鎖。Stab23
は、3’−CAPに隣接した単一リボヌクレオチドを有する。Stab24およびSt
ab28は5’末端に単一リボヌクレオチドを有する。Stab25、Stab26、
Stab27、Stab35、Stab35G、Stab35N、Stab35re
、Stab36、Stab50、Stab53、Stab53NおよびSta
b54は5’末端に3個のリボヌクレオチドを有する。Stab29、Stab30、
Stab31、Stab33およびStab34の、5’末端からの最初の3個のヌクレ
オチド位置のいずれかのプリンは、リボヌクレオチドである。p=ホスホロチオアート結
合。†Stab35は、3’突出に2’−O−メチルUを、そして5’末端に3個のリボ
ヌクレオチドを有する。†Stab36は、標的配列に相補的である2’−O−メチル突
出(天然に存在する突出)、および5’末端の3個のリボヌクレオチドを有する。‡−S
tab04H、Stab06C、Stabl07H、Stab07mU、Stab09H
、Stab16C、Stab16H、Stab18C、Stab18H、Stab52H
、Stab05C、Stab05N、Stab10C、Stab10N、Stab35G
、Stab35N、Stab35N、Stab35rev、Stab50、S
tab53、Stab53N、Stab54は2個の2’−O−メチルU3’突出を
有する。Stab35G、Stab35N、Stab35rev、Stab50
、Stab53およびStab53Nは、5’末端から決定された場合のガイド鎖の
14位の2’−O−メチル修飾を許容しない。
Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982
Figure 2017212982

Figure 2017212982

Figure 2017212982

Figure 2017212982

Figure 2017212982

Claims (40)

  1. IDH1または突然変異IDH1の発現を抑制する単離された二本鎖短干渉性核酸(s
    iNA)分子であって、
    (a)該siNAがセンス鎖およびアンチセンス鎖を含み、
    (b)各鎖が、独立して、15〜30ヌクレオチド長であり、
    (c)少なくとも1つの鎖が、配列番号1〜506からなる群から選択される少なくと
    も15ヌクレオチド配列を含む、単離された二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子。
  2. IDH1または突然変異IDH1の発現を抑制する二本鎖短干渉性核酸(siNA)分
    子であって、
    (a)該siNAがセンス鎖およびアンチセンス鎖を含み、
    (b)各鎖が、独立して、15〜30ヌクレオチド長であり、
    (c)該アンチセンス鎖が、
    5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
    5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
    5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
    5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
    5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
    5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
    5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
    5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
    5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
    5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)
    のいずれかに相補的な配列を有する少なくとも15ヌクレオチドを含む、二本鎖短干渉性
    核酸(siNA)分子。
  3. IDH1または突然変異IDH1の発現を抑制する二本鎖短干渉性核酸(siNA)分
    子であって、
    (a)該siNAがセンス鎖およびアンチセンス鎖を含み、
    (b)各鎖が、独立して、15〜30ヌクレオチド長であり、
    (c)該アンチセンス鎖が、
    5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
    5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
    5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
    5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
    5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
    5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
    5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
    5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
    5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−3’(配列番号498);または
    5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)
    の少なくとも15ヌクレオチド配列を含み、ここで、該ヌクレオチドの1以上は化学修飾
    されていてもよい、二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子。
  4. 該センス鎖が、
    5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7);
    5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11);
    5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12);
    5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13);
    5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38);
    5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39);
    5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40);
    5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41);
    5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59);または
    5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)
    の少なくとも15ヌクレオチド配列を含み、ここで、該ヌクレオチドの1以上は化学修飾
    されていてもよい、請求項3記載の二本鎖siNA分子。
  5. 該siNAが、
    5’−CUAUCAUCAUAGGUCGUCA−3’(配列番号7)および
    5’−UGACGACCUAUGAUGAUAG−3’(配列番号446);
    5’−CAUCAUAGGUCGUCAUGCU−3’(配列番号11)および
    5’−AGCAUGACGACCUAUGAUG−3’(配列番号450);
    5’−AUCAUAGGUCGUCAUGCUU−3’(配列番号12)および
    5’−AAGCAUGACGACCUAUGAU−3’(配列番号451);
    5’−UCAUAGGUCGUCAUGCUUA−3’(配列番号13)および
    5’−UAAGCAUGACGACCUAUGA−3’(配列番号452);
    5’−CAUCAUAGGUUGUCAUGCU−3’(配列番号38)および
    5’−AGCAUGACAACCUAUGAUG−3’(配列番号477);
    5’−AUCAUAGGUUGUCAUGCUU−3’(配列番号39)および
    5’−AAGCAUGACAACCUAUGAU−3’(配列番号478);
    5’−UCAUAGGUUGUCAUGCUUA−3’(配列番号40)および
    5’−UAAGCAUGACAACCUAUGA−3’(配列番号479);
    5’−CAUAGGUUGUCAUGCUUAU−3’(配列番号41)および
    5’−AUAAGCAUGACAACCUAUG−3’(配列番号480);
    5’−CAUAGGUCAUCAUGCUUAU−3’(配列番号59)および
    5’−AUAAGCAUGAUGACCUAUG−(配列番号498);または
    5’−GGUCAUCAUGCUUAUGGGG−3’(配列番号63)および
    5’−CCCCAUAAGCAUGAUGACC−3’(配列番号502)
    のいずれかを含む、請求項4記載の二本鎖siNA分子。
  6. 少なくとも1つのヌクレオチドが化学修飾ヌクレオチドである、前記請求項のいずれか
    1項記載の二本鎖siNA分子。
  7. 少なくとも1つの非ヌクレオチドを含む、前記請求項のいずれか1項記載の二本鎖si
    NA分子。
  8. 少なくとも1つのヌクレオチドが汎用塩基を含む、前記請求項のいずれか1項記載の二
    本鎖siNA分子。
  9. 少なくとも1つのホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、前記請求項のいずれ
    か1項記載の二本鎖siNA分子。
  10. 少なくとも1つの鎖の3’末端、5’末端、または3’および5’末端の両方にキャッ
    プを含む、前記請求項のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  11. 一方または両方の鎖上に1以上の3’突出ヌクレオチドを含む、前記請求項のいずれか
    1項記載の二本鎖siNA分子。
  12. 該アンチセンス鎖の5’末端がリン酸化されている、前記請求項のいずれか1項記載の
    二本鎖siNA分子。
  13. 少なくとも1つの鎖上の3’突出ヌクレオチドが2’−O−メチルヌクレオチドである
    、請求項11記載の二本鎖siNA分子。
  14. 該2’−O−メチルヌクレオチドがホスホロチオアートヌクレオチド間結合で連結され
    ている、請求項13記載の二本鎖siNA分子。
  15. 少なくとも1つの化学修飾ヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチ
    ドである、請求項6記載の二本鎖siNA分子。
  16. 少なくとも1つの化学修飾ヌクレオチドが2’−デオキシヌクレオチドである、請求項
    6記載の二本鎖siNA分子。
  17. 少なくとも1つの化学修飾ヌクレオチドが2’−O−アルキルヌクレオチドである、請
    求項6記載の二本鎖siNA分子。
  18. 一方または両方の鎖における5以上のピリミジンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’
    −フルオロピリミジンヌクレオチドである、請求項1〜5のいずれか1項記載の二本鎖s
    iNA分子。
  19. 一方または両方の鎖における5以上のピリミジンヌクレオチドが2’−O−メチルピリ
    ミジンヌクレオチドである、請求項1〜5のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  20. 一方または両方の鎖における5以上のプリンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フ
    ルオロプリンヌクレオチドである、請求項1〜5のいずれか1項記載の二本鎖siNA分
    子。
  21. 一方または両方の鎖における5以上のプリンヌクレオチドが2’−O−メチルプリンヌ
    クレオチドである、請求項1〜5のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  22. 一方または両方の鎖における5以上のプリンヌクレオチドが2’−O−メチルプリンヌ
    クレオチドである、請求項18記載の二本鎖siNA分子。
  23. 一方または両方の鎖における5以上のプリンヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フ
    ルオロヌクレオチドである、請求項19記載の二本鎖siNA分子。
  24. センス鎖およびアンチセンス鎖を有する式(A):
    Figure 2017212982

    (式中、上側の鎖は該二本鎖核酸分子のセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であ
    り、該アンチセンス鎖は配列番号446、配列番号450、配列番号451、配列番号4
    52、配列番号477、配列番号478、配列番号479、配列番号480、配列番号4
    98または配列番号502の少なくとも15ヌクレオチド配列を含み、該センス鎖は、該
    アンチセンス鎖に対する相補性を有する配列を含む;
    各Nは、独立して、修飾されていない若しくは化学修飾されているヌクレオチドである
    、または非ヌクレオチドである;
    各Bは、存在する又は存在しない末端キャップである;
    (N)は突出ヌクレオチドを表し、それらのそれぞれは、独立して、修飾されていない
    又は化学修飾されている;
    X1およびX2は、独立して、0〜4の整数である;
    X3は15〜30の整数である;
    X4は12〜27の整数である;
    [N1]−[N2]−[N3]は修飾ヌクレオチドまたはリボヌクレオチドであり、こ
    こで、[N1]−[N2]−[N3]は、以下のものからなる群から選択される:
    (a)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は2
    ’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシ−2’−
    フルオロヌクレオチドである;
    (b)[N1]は2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N2]は2
    ’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレオ
    チドである;
    (c)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−2
    ’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−O−メチルヌクレオチドである;
    (d)[N1]は2’−デオキシヌクレオチドであり、[N2]は2’−デオキシ−2
    ’−フルオロヌクレオチドであり、[N3]は2’−デオキシヌクレオチドである;およ

    (e)[N1]はリボヌクレオチドであり、[N2]はリボヌクレオチドであり、[N
    3]はリボヌクレオチドである)を含む二本鎖短干渉性核酸(siNA)分子。
  25. (a)NX4位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキ
    シ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌ
    クレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
    (b)NX4位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
    2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
    オチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;
    (c)NX3位における1以上のピリミジンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキ
    シ−2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌ
    クレオチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである;および
    (d)NX3位における1以上のプリンヌクレオチドが、独立して、2’−デオキシ−
    2’−フルオロヌクレオチド、2’−O−アルキルヌクレオチド、2’−デオキシヌクレ
    オチド、リボヌクレオチドまたはそれらのいずれかの組合せである、請求項24記載の二
    本鎖siNA分子。
  26. X1が2であり、X2が2である、請求項24または請求項25記載の二本鎖siNA
    分子。
  27. 1以上のヌクレオチドが汎用塩基を有する、請求項24〜26のいずれか1項記載の二
    本鎖siNA分子。
  28. 該アンチセンス鎖の5’末端からの14位のヌクレオチドが2’−O−メチルヌクレオ
    チドではない、請求項24〜27のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  29. 該アンチセンス鎖の5’末端からの14位のヌクレオチドが2’−デオキシ−2’−フ
    ルオロヌクレオチドである、請求項24〜28のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子
  30. 1以上の突出ヌクレオチドが2’−O−メチルヌクレオチドである、請求項24〜29
    のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  31. 少なくとも1つのホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項24〜30の
    いずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  32. 各X1およびX2=1または2;X3=18、19、20、21、22、23または2
    4;およびX4=15、16、17、18、19、20または21である、請求項24記
    載の二本鎖siNA分子。
  33. 各X1およびX2=2;X3=19;およびX4=16である、請求項24記載の二本
    鎖siNA分子。
  34. (a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
    (b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    2’−O−アルキルヌクレオチドである;
    (c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;および
    (d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    2’−デオキシヌクレオチドである、請求項25記載の二本鎖siNA分子。
  35. (a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;
    (b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    リボヌクレオチドである;
    (c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;および
    (d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    リボヌクレオチドである、請求項25記載の二本鎖siNA分子。
  36. (a)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである;
    (b)NX4位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    2’−O−アルキルヌクレオチドである;
    (c)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のピリミジンヌクレオチ
    ドが2’−O−アルキルヌクレオチドである;および
    (d)NX3位における1、2、3、4、5個またはそれ以上のプリンヌクレオチドが
    2’−デオキシ−2’−フルオロヌクレオチドである、請求項25記載の二本鎖siNA
    分子。
  37. 1以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項34、35または36
    のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子。
  38. 医薬上許容される担体または希釈剤中に前記請求項のいずれか1項記載の二本鎖siN
    A分子を含む組成物。
  39. IDH1または突然変異IDH1の作用により又は作用の喪失により引き起こされる状
    態に罹患したヒト対象の治療方法を含み、該方法が、
    (a)請求項1〜37のいずれか1項記載の二本鎖siNA分子、
    (b)請求項38記載の組成物
    の有効量を該対象に投与することを含む、治療方法。
  40. 該状態が癌である、請求項39記載の方法。
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