JP2016059348A - T細胞リンパ腫の検査方法 - Google Patents
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Abstract
Description
1.被検者から採取された検体について、PRKCB遺伝子およびCCR4遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の検査方法。
2.被検者から採取された検体について、PRKCB遺伝子およびCCR4遺伝子の両遺伝子について変異を検出する工程を含む、前項1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
3.被検者から採取された検体について、さらに、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、およびSTAT3遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、前項1または2に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
4.被検者から採取された検体について、さらに、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、およびSTAT3遺伝子の全ての遺伝子について変異を検出する工程を含む、前項3に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
5.被検者から採取された検体について、さらに、TP53遺伝子、NOTCH1遺伝子、VAV1遺伝子、TBL1XR1遺伝子、GATA3遺伝子、IRF4遺伝子、FAS遺伝子、POT1遺伝子、RHOA遺伝子、IRF2BP2遺伝子、TET2遺伝子、HNRNPA2B1遺伝子、EP300遺伝子、CD58遺伝子、GPR183遺伝子、CSNK1A1遺伝子、CSNK2B遺伝子、FYN遺伝子、B2M遺伝子、CBLB遺伝子、CD28遺伝子、ZFP36L2遺伝子、CSNK2A1遺伝子、ATXN1遺伝子、SYNCRIP遺伝子、S1PR1遺伝子、RELA遺伝子、CDKN2A遺伝子、およびICOS遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、前項1〜4のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
6.被検者から採取された検体について、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、IRF4遺伝子、およびCD58遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異をさらに検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の病型分類の補助のための、前項1〜5のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
7.被検者から採取された検体について、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、IRF4遺伝子、およびCD58遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異をさらに検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の予後予測の補助のための、前項1〜5のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
8.PRKCB遺伝子の変異が、配列番号1に記載のアミノ酸配列における427番目のアミノ酸、470番目のアミノ酸、533番目のアミノ酸、546番目のアミノ酸、および630番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である、前項1〜7のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
9.CCR4遺伝子の変異が、配列番号3に記載のアミノ酸配列のうち、309〜360番目までのアミノ酸配列であるC末端領域における、少なくとも1以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異である、前項1〜8のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
10.CCR4遺伝子の変異が、配列番号3に記載の322番目のアミノ酸、323番目のアミノ酸、330番目のアミノ酸、331番目のアミノ酸、および336番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である、前項1〜9のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
11.各遺伝子の変異が、以下から選択されるものである、前項3〜10のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法:
(i)PLCG1遺伝子について、配列番号5に記載のアミノ酸配列における48番目のアミノ酸、345番目のアミノ酸、520番目のアミノ酸、748番目のアミノ酸、1016番目のアミノ酸、1163番目のアミノ酸、および1165番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(ii)CARD11遺伝子について、配列番号9に記載のアミノ酸配列における357番目のアミノ酸、361番目のアミノ酸、401番目のアミノ酸、615番目のアミノ酸、および626番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(iii)CCR7遺伝子について、配列番号7に記載のアミノ酸配列における349番目のアミノ酸、351番目のアミノ酸、および355番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異。
12.各遺伝子の変異が、以下から選択されるものである、前項5〜11のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法:
(1)VAV1遺伝子について、配列番号19に記載のアミノ酸配列における174番目のアミノ酸、175番目のアミノ酸、404番目のアミノ酸、556番目のアミノ酸、798番目のアミノ酸、および822番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(2)GPR183遺伝子について、配列番号21に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(3)TBL1XR1遺伝子について、配列番号15に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(4)GATA3遺伝子について、配列番号11に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異、フレームシフト変異またはスプライス部位変異をもたらす遺伝子変異:
(5)IRF4遺伝子について、配列番号13に記載のアミノ酸配列における59番目のアミノ酸、70番目のアミノ酸、および114番目のアミノ酸のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(6)IRF2BP2遺伝子について、配列番号23に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(7)HNRNPA2B1遺伝子について、配列番号17に記載のアミノ酸配列におけるエクソン10のスプライス部位変異、322番目のアミノ酸の変異、の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異:
(8)CSNK1A1遺伝子について、配列番号25に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異。
(9)CSNK2B遺伝子について、配列番号27に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異、またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(10)CSNK2A1遺伝子について、配列番号29に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異、フレームシフト変異またはスプライス部位変異をもたらす遺伝子変異:
(11)CD28遺伝子について、配列番号31に記載のアミノ酸配列における、124番目のアミノ酸、および175番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異。
13.被検者から採取された検体について、さらに、遺伝子のコピー数異常を検出することを含む、前項1〜12のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
14.被検者から採取された検体について、さらに、ヒト染色体14q31.1領域、ヒト染色体7q31.1領域、ヒト染色体1p21.3領域の少なくとも1つ以上の染色体の領域における、少なくとも1つ以上の部位の欠失を検出することを含む、前項1〜13のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
15.PRKCB遺伝子、CCR4遺伝子、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、NOTCH1遺伝子、VAV1遺伝子、TBL1XR1遺伝子、GATA3遺伝子、IRF4遺伝子、FAS遺伝子、POT1遺伝子、RHOA遺伝子、IRF2BP2遺伝子、TET2遺伝子、HNRNPA2B1遺伝子、EP300遺伝子、CD58遺伝子、GPR183遺伝子、CSNK1A1遺伝子、CSNK2B遺伝子、FYN遺伝子、B2M遺伝子、CBLB遺伝子、CD28遺伝子、ZFP36L2遺伝子、CSNK2A1遺伝子、ATXN1遺伝子、SYNCRIP遺伝子、S1PR1遺伝子、RELA遺伝子、CDKN2A遺伝子、およびICOS遺伝子のいずれか1の遺伝子の変異もしくはコピー数異常またはこれらによる遺伝子の機能変化を制御しうる物質をスクリーニングすることを特徴とする、T細胞リンパ腫の治療剤のスクリーニング方法。
配列番号1(673aa):Genbank Accession No. NP_002729
1 MADPAAGPPP SEGEESTVRF ARKGALRQKN VHEVKNHKFT ARFFKQPTFC SHCTDFIWGF
61 GKQGFQCQVC CFVVHKRCHE FVTFSCPGAD KGPASDDPRS KHKFKIHTYS SPTFCDHCGS
121 LLYGLIHQGM KCDTCMMNVH KRCVMNVPSL CGTDHTERRG RIYIQAHIDR DVLIVLVRDA
181 KNLVPMDPNG LSDPYVKLKL IPDPKSESKQ KTKTIKCSLN PEWNETFRFQ LKESDKDRRL
241 SVEIWDWDLT SRNDFMGSLS FGISELQKAS VDGWFKLLSQ EEGEYFNVPV PPEGSEANEE
301 LRQKFERAKI SQGTKVPEEK TTNTVSKFDN NGNRDRMKLT DFNFLMVLGK GSFGKVMLSE
361 RKGTDELYAV KILKKDVVIQ DDDVECTMVE KRVLALPGKP PFLTQLHSCF QTMDRLYFVM
421 EYVNGGDLMY HIQQVGRFKE PHAVFYAAEI AIGLFFLQSK GIIYRDLKLD NVMLDSEGHI
481 KIADFGMCKE NIWDGVTTKT FCGTPDYIAP EIIAYQPYGK SVDWWAFGVL LYEMLAGQAP
541 FEGEDEDELF QSIMEHNVAY PKSMSKEAVA ICKGLMTKHP GKRLGCGPEG ERDIKEHAFF
601 RYIDWEKLER KEIQPPYKPK ACGRNAENFD RFFTRHPPVL TPPDQEVIRN IDQSEFEGFS
661 FVNSEFLKPE VKS
T細胞リンパ腫に関連するPRKCB遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、具体的には配列番号1に記載のアミノ酸配列における427番目のアミノ酸、470番目のアミノ酸、533番目のアミノ酸、546番目のアミノ酸、および630番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である。PRKCB遺伝子における遺伝子変異は、より具体的には、配列番号1に記載のアミノ酸配列における、427番目のアスパラギン酸のアスパラギン、グリシンまたはアラニンへの置換(D427N、D427G、またはD427A)、470番目のアミノ酸のヒスチジンへの置換(D470H)、533番目のグルタミン酸のリジンへの置換(E533K)、546番目のグルタミン酸のバリンへの置換(E546V)、および630番目のアスパラギン酸のアスパラギン、チロシン、グリシンへの置換(D630N、D630Y、D630G)の少なくとも1つ以上をもたらす変異である。
配列番号3(360aa):Genbank Accession No. NP_005499
1 MNPTDIADTT LDESIYSNYY LYESIPKPCT KEGIKAFGEL FLPPLYSLVF VFGLLGNSVV
61 VLVLFKYKRL RSMTDVYLLN LAISDLLFVF SLPFWGYYAA DQWVFGLGLC KMISWMYLVG
121 FYSGIFFVML MSIDRYLAIV HAVFSLRART LTYGVITSLA TWSVAVFASL PGFLFSTCYT
181 ERNHTYCKTK YSLNSTTWKV LSSLEINILG LVIPLGIMLF CYSMIIRTLQ HCKNEKKNKA
241 VKMIFAVVVL FLGFWTPYNI VLFLETLVEL EVLQDCTFER YLDYAIQATE TLAFVHCCLN
301 PIIYFFLGEK FRKYILQLFK TCRGLFVLCQ YCGLLQIYSA DTPSSSYTQS TMDHDLHDAL
T細胞リンパ腫に関連するCCR4遺伝子の変異は、配列番号3に記載のアミノ酸配列における、309〜360番目までのアミノ酸配列であるC末端領域における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異である。CCR4遺伝子における遺伝子変異は、より具体的には、配列番号3に記載のアミノ酸配列における、322番目のシステインでのフレームシフト変異(C322fs)または322番目のシステインの位置に3塩基挿入され、システインとアルギニンが生じる変異(C322delinsCR)、323番目のシステインでのフレームシフト(C323fs)、330番目のグルタミンの終始コドンへの変換(Q330X)、331番目のチロシンの終始コドンへの変換(Y331X)、336番目のグルタミンの終始コドンへの変換(Q336X)の少なくとも1つ以上をもたらす変異である。
配列番号5(1291aa):Genbank Accession No. NP_002651
1 MAGAASPCAN GCGPGAPSDA EVLHLCRSLE VGTVMTLFYS KKSQRPERKT FQVKLETRQI
61 TWSRGADKIE GAIDIREIKE IRPGKTSRDF DRYQEDPAFR PDQSHCFVIL YGMEFRLKTL
121 SLQATSEDEV NMWIKGLTWL MEDTLQAPTP LQIERWLRKQ FYSVDRNRED RISAKDLKNM
181 LSQVNYRVPN MRFLRERLTD LEQRSGDITY GQFAQLYRSL MYSAQKTMDL PFLEASTLRA
241 GERPELCRVS LPEFQQFLLD YQGELWAVDR LQVQEFMLSF LRDPLREIEE PYFFLDEFVT
301 FLFSKENSVW NSQLDAVCPD TMNNPLSHYW ISSSHNTYLT GDQFSSESSL EAYARCLRMG
361 CRCIELDCWD GPDGMPVIYH GHTLTTKIKF SDVLHTIKEH AFVASEYPVI LSIEDHCSIA
421 QQRNMAQYFK KVLGDTLLTK PVEISADGLP SPNQLKRKIL IKHKKLAEGS AYEEVPTSMM
481 YSENDISNSI KNGILYLEDP VNHEWYPHYF VLTSSKIYYS EETSSDQGNE DEEEPKEVSS
541 STELHSNEKW FHGKLGAGRD GRHIAERLLT EYCIETGAPD GSFLVRESET FVGDYTLSFW
601 RNGKVQHCRI HSRQDAGTPK FFLTDNLVFD SLYDLITHYQ QVPLRCNEFE MRLSEPVPQT
661 NAHESKEWYH ASLTRAQAEH MLMRVPRDGA FLVRKRNEPN SYAISFRAEG KIKHCRVQQE
721 GQTVMLGNSE FDSLVDLISY YEKHPLYRKM KLRYPINEEA LEKIGTAEPD YGALYEGRNP
781 GFYVEANPMP TFKCAVKALF DYKAQREDEL TFIKSAIIQN VEKQEGGWWR GDYGGKKQLW
841 FPSNYVEEMV NPVALEPERE HLDENSPLGD LLRGVLDVPA CQIAIRPEGK NNRLFVFSIS
901 MASVAHWSLD VAADSQEELQ DWVKKIREVA QTADARLTEG KIMERRKKIA LELSELVVYC
961 RPVPFDEEKI GTERACYRDM SSFPETKAEK YVNKAKGKKF LQYNRLQLSR IYPKGQRLDS
1021 SNYDPLPMWI CGSQLVALNF QTPDKPMQMN QALFMTGRHC GYVLQPSTMR DEAFDPFDKS
1081 SLRGLEPCAI SIEVLGARHL PKNGRGIVCP FVEIEVAGAE YDSTKQKTEF VVDNGLNPVW
1141 PAKPFHFQIS NPEFAFLRFV VYEEDMFSDQ NFLAQATFPV KGLKTGYRAV PLKNNYSEDL
1201 ELASLLIKID IFPAKQENGD LSPFSGTSLR ERGSDASGQL FHGRAREGSF ESRYQQPFED
1261 FRISQEHLAD HFDSRERRAP RRTRVNGDNR L
T細胞リンパ腫に関連するPLCG1遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号5に記載のアミノ酸配列における48番目のアミノ酸、345番目のアミノ酸、520番目のアミノ酸、748番目のアミノ酸、1016番目のアミノ酸、1163番目のアミノ酸、および1165番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸のミスセンス変異である。PLCG1遺伝子における遺伝子変異は、より具体的には、配列番号5に記載のアミノ酸配列における、48番目のアルギニンのトリプトファンへの置換(R48W)、345番目のセリンのフェニルアラニンへの置換(S345F)、520番目のセリンのフェニルアラニンへの置換(S520F)、748番目のアルギニンのシステインまたはグリシンへの置換(R748C、R748G)、1016番目のグルタミンのロイシンまたはアルギニンへの置換(Q1016L、Q1016R)、1163番目のグルタミン酸のリジンへの置換(E1163K)、1165番目のアスパラギン酸のヒスチジン、グリシン、またはバリンへの置換(D1165H、D1165G、D1165V)の少なくとも1つ以上をもたらすものである。
配列番号7(378aa):Genbank Accession No. NP_001829
1 MDLGKPMKSV LVVALLVIFQ VCLCQDEVTD DYIGDNTTVD YTLFESLCSK KDVRNFKAWF
61 LPIMYSIICF VGLLGNGLVV LTYIYFKRLK TMTDTYLLNL AVADILFLLT LPFWAYSAAK
121 SWVFGVHFCK LIFAIYKMSF FSGMLLLLCI SIDRYVAIVQ AVSAHRHRAR VLLISKLSCV
181 GIWILATVLS IPELLYSDLQ RSSSEQAMRC SLITEHVEAF ITIQVAQMVI GFLVPLLAMS
241 FCYLVIIRTL LQARNFERNK AIKVIIAVVV VFIVFQLPYN GVVLAQTVAN FNITSSTCEL
301 SKQLNIAYDV TYSLACVRCC VNPFLYAFIG VKFRNDLFKL FKDLGCLSQE QLRQWSSCRH
361 IRRSSMSVEA ETTTTFSP
T細胞リンパ腫に関連するCCR7遺伝子の変異は、配列番号7に記載のアミノ酸配列における332〜378番目までのアミノ酸配列であるC末端領域における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異である。CCR7遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号7に記載のアミノ酸配列における、349番目のグルタミンの終始コドンへの変換(Q349X)、351番目のグルタミンの終始コドンへの変換(Q351X)、355番目のトリプトファンの終始コドンへの変換(W355X)の少なくとも1つ以上の変異をもたらすものである。
配列番号9(1154aa):Genbank Accession No. NP_115791
1 MPGGGPEMDD YMETLKDEED ALWENVECNR HMLSRYINPA KLTPYLRQCK VIDEQDEDEV
61 LNAPMLPSKI NRAGRLLDIL HTKGQRGYVV FLESLEFYYP ELYKLVTGKE PTRRFSTIVV
121 EEGHEGLTHF LMNEVIKLQQ QMKAKDLQRC ELLARLRQLE DEKKQMTLTR VELLTFQERY
181 YKMKEERDSY NDELVKVKDD NYNLAMRYAQ LSEEKNMAVM RSRDLQLEID QLKHRLNKME
241 EECKLERNQS LKLKNDIENR PKKEQVLELE RENEMLKTKN QELQSIIQAG KRSLPDSDKA
301 ILDILEHDRK EALEDRQELV NRIYNLQEEA RQAEELRDKY LEEKEDLELK CSTLGKDCEM
361 YKHRMNTVML QLEEVERERD QAFHSRDEAQ TQYSQCLIEK DKYRKQIREL EEKNDEMRIE
421 MVRREACIVN LESKLRRLSK DSNNLDQSLP RNLPVTIISQ DFGDASPRTN GQEADDSSTS
481 EESPEDSKYF LPYHPPQRRM NLKGIQLQRA KSPISLKRTS DFQAKGHEEE GTDASPSSCG
541 SLPITNSFTK MQPPRSRSSI MSITAEPPGN DSIVRRYKED APHRSTVEED NDSGGFDALD
601 LDDDSHERYS FGPSSIHSSS SSHQSEGLDA YDLEQVNLMF RKFSLERPFR PSVTSVGHVR
661 GPGPSVQHTT LNGDSLTSQL TLLGGNARGS FVHSVKPGSL AEKAGLREGH QLLLLEGCIR
721 GERQSVPLDT CTKEEAHWTI QRCSGPVTLH YKVNHEGYRK LVKDMEDGLI TSGDSFYIRL
781 NLNISSQLDA CTMSLKCDDV VHVRDTMYQD RHEWLCARVD PFTDHDLDMG TIPSYSRAQQ
841 LLLVKLQRLM HRGSREEVDG THHTLRALRN TLQPEEALST SDPRVSPRLS RASFLFGQLL
901 QFVSRSENKY KRMNSNERVR IISGSPLGSL ARSSLDATKL LTEKQEELDP ESELGKNLSL
961 IPYSLVRAFY CERRRPVLFT PTVLAKTLVQ RLLNSGGAME FTICKSDIVT RDEFLRRQKT
1021 ETIIYSREKN PNAFECIAPA NIEAVAAKNK HCLLEAGIGC TRDLIKSNIY PIVLFIRVCE
1081 KNIKRFRKLL PRPETEEEFL RVCRLKEKEL EALPCLYATV EPDMWGSVEE LLRVVKDKIG
1141 EEQRKTIWVD EDQL
T細胞リンパ腫に関連するCARD11遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号9に記載のアミノ酸配列における357番目のアミノ酸、361番目のアミノ酸、401番目のアミノ酸、615番目のアミノ酸、および626番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である。CRAD11遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号9に記載のアミノ酸配列における、357番目のアスパラギン酸のアスパラギンまたはグリシンへの置換(D357N、D357G)、361番目のチロシンのシステインまたはセリンへの置換(Y361C、Y361S)、401番目のアスパラギン酸のアスパラギンまたはバリンへの置換(D401N、D401V)、615番目のセリンのフェニルアラニンへの置換(S615F)、626番目のグルタミン酸のリジンへの置換(E626K)の少なくとも1つ以上をもたらすものである。
配列番号11(444aa):Genbank Accession No. NP_001002295
1 MEVTADQPRW VSHHHPAVLN GQHPDTHHPG LSHSYMDAAQ YPLPEEVDVL FNIDGQGNHV
61 PPYYGNSVRA TVQRYPPTHH GSQVCRPPLL HGSLPWLDGG KALGSHHTAS PWNLSPFSKT
121 SIHHGSPGPL SVYPPASSSS LSGGHASPHL FTFPPTPPKD VSPDPSLSTP GSAGSARQDE
181 KECLKYQVPL PDSMKLESSH SRGSMTALGG ASSSTHHPIT TYPPYVPEYS SGLFPPSSLL
241 GGSPTGFGCK SRPKARSSTE GRECVNCGAT STPLWRRDGT GHYLCNACGL YHKMNGQNRP
301 LIKPKRRLSA ARRAGTSCAN CQTTTTTLWR RNANGDPVCN ACGLYYKLHN INRPLTMKKE
361 GIQTRNRKMS SKSKKCKKVH DSLEDFPKNS SFNPAALSRH MSSLSHISPF SHSSHMLTTP
421 TPMHPPSSLS FGPHHPSSMV TAMG
T細胞リンパ腫に関連するGATA3遺伝子の変異は、配列番号11に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異、スプライス部位変異である。GATA3遺伝子の変異は、より具体的には、配列番号11に記載のアミノ酸配列における63番目のチロシンの終始コドンへの変換(Y63X)、エクソン2のスプライス部位の変異(アクセプター部位またはドナー部位の変異)、96番目のトリプトファンの終始コドンへの変換(W96X)の少なくとも1つ以上をもたらすものである。
配列番号13(450aa):Genbank Accession No. NP_001182215
1 MNLEGGGRGG EFGMSAVSCG NGKLRQWLID QIDSGKYPGL VWENEEKSIF RIPWKHAGKQ
61 DYNREEDAAL FKAWALFKGK FREGIDKPDP PTWKTRLRCA LNKSNDFEEL VERSQLDISD
121 PYKVYRIVPE GAKKGAKQLT LEDPQMSMSH PYTMTTPYPS LPAQVHNYMM PPLDRSWRDY
181 VPDQPHPEIP YQCPMTFGPR GHHWQGPACE NGCQVTGTFY ACAPPESQAP GVPTEPSIRS
241 AEALAFSDCR LHICLYYREI LVKELTTSSP EGCRISHGHT YDASNLDQVL FPYPEDNGQR
301 KNIEKLLSHL ERGVVLWMAP DGLYAKRLCQ SRIYWDGPLA LCNDRPNKLE RDQTCKLFDT
361 QQFLSELQAF AHHGRSLPRF QVTLCFGEEF PDPQRQRKLI TAHVEPLLAR QLYYFAQQNS
421 GHFLRGYDLP EHISNPEDYH RSIRHSSIQE
T細胞リンパ腫に関連するIRF4遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号13に記載のアミノ酸配列における59番目のアミノ酸、70番目のアミノ酸、および114番目のアミノ酸のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である。IRF4遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号13に記載のアミノ酸配列における、59番目のリジンのアルギニンへの置換(K59R)、70番目のロイシンのバリンへの置換(L70V)、114番目のセリンのアルギニンまたはアスパラギンへの置換(S114R、S114N)の少なくとも1つ以上の変異もたらすものである。
配列番号15(514aa):Genbank Accession No. NP_078941
1 MSISSDEVNF LVYRYLQESG FSHSAFTFGI ESHISQSNIN GALVPPAALI SIIQKGLQYV
61 EAEVSINEDG TLFDGRPIES LSLIDAVMPD VVQTRQQAYR DKLAQQQAAA AAAAAAAASQ
121 QGSAKNGENT ANGEENGAHT IANNHTDMME VDGDVEIPPN KAVVLRGHES EVFICAWNPV
181 SDLLASGSGD STARIWNLSE NSTSGSTQLV LRHCIREGGQ DVPSNKDVTS LDWNSEGTLL
241 ATGSYDGFAR IWTKDGNLAS TLGQHKGPIF ALKWNKKGNF ILSAGVDKTT IIWDAHTGEA
301 KQQFPFHSAP ALDVDWQSNN TFASCSTDMC IHVCKLGQDR PIKTFQGHTN EVNAIKWDPT
361 GNLLASCSDD MTLKIWSMKQ DNCVHDLQAH NKEIYTIKWS PTGPGTNNPN ANLMLASASF
421 DSTVRLWDVD RGICIHTLTK HQEPVYSVAF SPDGRYLASG SFDKCVHIWN TQTGALVHSY
481 RGTGGIFEVC WNAAGDKVGA SASDGSVCVL DLRK
T細胞リンパ腫に関連するTBL1XR1遺伝子の変異は、配列番号15に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異であり、具体的には142〜143番目、230番目、290番目、307番目、および325番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である。TBL1XR1遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号15に記載のアミノ酸配列における、142番目のアラニン〜143番目のアスパラギンの位置に2塩基挿入されて終始コドンが生じる変異(A142_N143delinsX)、230番目のセリンのフェニルアラニンもしくはプロリンへの置換、または欠失(S230F、S230P、S230del)、290番目のスレオニンのアルギニンまたはリジンへの置換(T290R、T290K)、307番目のヒスチジンのアルギニン、プロリン、またはチロシンへの置換(H307R、H307P、H307Y)、325番目のシステインのチロシンまたはフェニルアラニンへの置換(C325Y、C325F)の少なくとも1つ以上をもたらすものである。
配列番号17(341aa):Genbank Accession No. NP_002128
1 MEREKEQFRK LFIGGLSFET TEESLRNYYE QWGKLTDCVV MRDPASKRSR GFGFVTFSSM
61 AEVDAAMAAR PHSIDGRVVE PKRAVAREES GKPGAHVTVK KLFVGGIKED TEEHHLRDYF
121 EEYGKIDTIE IITDRQSGKK RGFGFVTFDD HDPVDKIVLQ KYHTINGHNA EVRKALSRQE
181 MQEVQSSRSG RGGNFGFGDS RGGGGNFGPG PGSNFRGGSD GYGSGRGFGD GYNGYGGGPG
241 GGNFGGSPGY GGGRGGYGGG GPGYGNQGGG YGGGYDNYGG GNYGSGNYND FGNYNQQPSN
301 YGPMKSGNFG GSRNMGGPYG GGNYGPGGSG GSGGYGGRSR Y
T細胞リンパ腫に関連するHNRNPA2B1遺伝子の変異は、配列番号17における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異、フレームシフト変異、またはスプライス部位変異であり、具体的には、エクソン10のスプライス部位変異、および配列番号17に記載のアミノ酸配列における322番目のアミノ酸の変異の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異である。HNRNPA2B1遺伝子における322番目のアミノ酸変異は、より具体的には、配列番号17に記載のアミノ酸配列における322番目のグリシンのアルギニンまたは終始コドンへの置換(G322R、G322X)である。
配列番号19(845aa):Genbank Accession No. NP_005419
1 MELWRQCTHW LIQCRVLPPS HRVTWDGAQV CELAQALRDG VLLCQLLNNL LPHAINLREV
61 NLRPQMSQFL CLKNIRTFLS TCCEKFGLKR SELFEAFDLF DVQDFGKVIY TLSALSWTPI
121 AQNRGIMPFP TEEESVGDED IYSGLSDQID DTVEEDEDLY DCVENEEAEG DEIYEDLMRS
181 EPVSMPPKMT EYDKRCCCLR EIQQTEEKYT DTLGSIQQHF LKPLQRFLKP QDIEIIFINI
241 EDLLRVHTHF LKEMKEALGT PGAANLYQVF IKYKERFLVY GRYCSQVESA SKHLDRVAAA
301 REDVQMKLEE CSQRANNGRF TLRDLLMVPM QRVLKYHLLL QELVKHTQEA MEKENLRLAL
361 DAMRDLAQCV NEVKRDNETL RQITNFQLSI ENLDQSLAHY GRPKIDGELK ITSVERRSKM
421 DRYAFLLDKA LLICKRRGDS YDLKDFVNLH SFQVRDDSSG DRDNKKWSHM FLLIEDQGAQ
481 GYELFFKTRE LKKKWMEQFE MAISNIYPEN ATANGHDFQM FSFEETTSCK ACQMLLRGTF
541 YQGYRCHRCR ASAHKECLGR VPPCGRHGQD FPGTMKKDKL HRRAQDKKRN ELGLPKMEVF
601 QEYYGLPPPP GAIGPFLRLN PGDIVELTKA EAEQNWWEGR NTSTNEIGWF PCNRVKPYVH
661 GPPQDLSVHL WYAGPMERAG AESILANRSD GTFLVRQRVK DAAEFAISIK YNVEVKHIKI
721 MTAEGLYRIT EKKAFRGLTE LVEFYQQNSL KDCFKSLDTT LQFPFKEPEK RTISRPAVGS
781 TKYFGTAKAR YDFCARDRSE LSLKEGDIIK ILNKKGQQGW WRGEIYGRVG WFPANYVEED
841 YSEYC
T細胞リンパ腫に関連するVAV1遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号19に記載のアミノ酸配列における174番目のアミノ酸、175番目のアミノ酸、404番目のアミノ酸、556番目のアミノ酸、798番目のアミノ酸、および822番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である。VAV1遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号19に記載のアミノ酸配列における、174番目のチロシンのシステインへの置換(Y174C)、175番目のグルタミン酸のバリンへの置換(E175V)、404番目のリジンのアルギニンへの置換(K404R)、556番目のグルタミン酸のアルパラギン酸またはリジンへの置換(E556D、E556K)、798番目のアルギニンのプロリンまたはグルタミンへの置換(R798P、R798Q)、および822番目のアルギニンのグルタミンへの置換(R822Q)の少なくとも1つ以上をもたらすものである。
配列番号21(361aa):Genbank Accession No. NP_004942
1 MDIQMANNFT PPSATPQGND CDLYAHHSTA RIVMPLHYSL VFIIGLVGNL LALVVIVQNR
61 KKINSTTLYS TNLVISDILF TTALPTRIAY YAMGFDWRIG DALCRITALV FYINTYAGVN
121 FMTCLSIDRF IAVVHPLRYN KIKRIEHAKG VCIFVWILVF AQTLPLLINP MSKQEAERIT
181 CMEYPNFEET KSLPWILLGA CFIGYVLPLI IILICYSQIC CKLFRTAKQN PLTEKSGVNK
241 KALNTIILII VVFVLCFTPY HVAIIQHMIK KLRFSNFLEC SQRHSFQISL HFTVCLMNFN
301 CCMDPFIYFF ACKGYKRKVM RMLKRQVSVS ISSAVKSAPE ENSREMTETQ MMIHSKSSNG
361 K
T細胞リンパ腫に関連するGPR183遺伝子の変異は、配列番号21に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1以上のナンセンス変異、フレームシフト変異またはスプライス部位変異である。
配列番号23(571aa):Genbank Accession No. NP_001070865
1 MAAAVAVAAA SRRQSCYLCD LPRMPWAMIW DFTEPVCRGC VNYEGADRVE FVIETARQLK
61 RAHGCFPEGR SPPGAAASAA AKPPPLSAKD ILLQQQQQLG HGGPEAAPRA PQALERYPLA
121 AAAERPPRLG SDFGSSRPAA SLAQPPTPQP PPVNGILVPN GFSKLEEPPE LNRQSPNPRR
181 GHAVPPTLVP LMNGSATPLP TALGLGGRAA ASLAAVSGTA AASLGSAQPT DLGAHKRPAS
241 VSSSAAVEHE QREAAAKEKQ PPPPAHRGPA DSLSTAAGAA ELSAEGAGKS RGSGEQDWVN
301 RPKTVRDTLL ALHQHGHSGP FESKFKKEPA LTAVARTARK RKPSPEPEGE VGPPKINGEA
361 QPWLSTSTEG LKIPMTPTSS FVSPPPPTAS PHSNRTTPPE AAQNGQSPMA ALILVADNAG
421 GSHASKDANQ VHSTTRRNSN SPPSPSSMNQ RRLGPREVGG QGAGNTGGLE PVHPASLPDS
481 SLATSAPLCC TLCHERLEDT HFVQCPSVPS HKFCFPCSRQ SIKQQGASGE VYCPSGEKCP
541 LVGSNVPWAF MQGEIATILA GDVKVKKERD S
T細胞リンパ腫に関連するIRF2BP2遺伝子の変異は、配列番号23に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異であり、ミスセンス変異は具体的には194番目のアミノ酸の変異である。IRF2BP2遺伝子におけるミスセンス変異は、より具体的には、配列番号23に記載のアミノ酸配列における、194番目のグリシンのアスパラギン酸またはバリンへの置換(G194D、G194V)である。
配列番号25(337aa):Genbank Accession No. NP_001883
1 MASSSGSKAE FIVGGKYKLV RKIGSGSFGD IYLAINITNG EEVAVKLESQ KARHPQLLYE
61 SKLYKILQGG VGIPHIRWYG QEKDYNVLVM DLLGPSLEDL FNFCSRRFTM KTVLMLADQM
121 ISRIEYVHTK NFIHRDIKPD NFLMGIGRHC NKLFLIDFGL AKKYRDNRTR QHIPYREDKN
181 LTGTARYASI NAHLGIEQSR RDDMESLGYV LMYFNRTSLP WQGLKAATKK QKYEKISEKK
241 MSTPVEVLCK GFPAEFAMYL NYCRGLRFEE APDYMYLRQL FRILFRTLNH QYDYTFDWTM
301 LKQKAAQQAA SSSGQGQQAQ TPTGKQTDKT KSNMKGF
T細胞リンパ腫に関連するCSNK1A1遺伝子の変異は、少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号25に記載のアミノ酸配列における136番目のアミノ酸、160番目のアミノ酸、および198番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異である。CSNK1A1遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号25に記載のアミノ酸配列における、136番目のアスパラギン酸のヒスチジン、グリシン、アスパラギンへの置換(D136H、D136G、D136N)、160番目のロイシンのフェニルアラニンへの置換(L160F)、198番目のグルタミンのリジンまたはグルタミン酸への置換(Q198K、Q198E)の少なくとも1つ以上の変異をもたらすものである。
配列番号27(215aa):Genbank Accession No. NP_001311
1 MSSSEEVSWI SWFCGLRGNE FFCEVDEDYI QDKFNLTGLN EQVPHYRQAL DMILDLEPDE
61 ELEDNPNQSD LIEQAAEMLY GLIHARYILT NRGIAQMLEK YQQGDFGYCP RVYCENQPML
121 PIGLSDIPGE AMVKLYCPKC MDVYTPKSSR HHHTDGAYFG TGFPHMLFMV HPEYRPKRPA
181 NQFVPRLYGF KIHPMAYQLQ LQAASNFKSP VKTIR
T細胞リンパ腫に関連するCSNK2B遺伝子の変異は、配列番号27に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異、またはフレームシフト変異であり、具体的には173番目のアミノ酸、および182番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異である。CSNK2B遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号27に記載のアミノ酸配列における、173番目のグルタミン酸の終始コドンへの変換またはアスパラギン酸への置換(E173X、E173D)、182番目のグルタミンの終始コドンへの変換(Q182X)の少なくとも1つ以上の変異をもたらすものである。
配列番号29(391aa):Genbank Accession No.NP_001886
1 MSGPVPSRAR VYTDVNTHRP REYWDYESHV VEWGNQDDYQ LVRKLGRGKY SEVFEAINIT
61 NNEKVVVKIL KPVKKKKIKR EIKILENLRG GPNIITLADI VKDPVSRTPA LVFEHVNNTD
121 FKQLYQTLTD YDIRFYMYEI LKALDYCHSM GIMHRDVKPH NVMIDHEHRK LRLIDWGLAE
181 FYHPGQEYNV RVASRYFKGP ELLVDYQMYD YSLDMWSLGC MLASMIFRKE PFFHGHDNYD
241 QLVRIAKVLG TEDLYDYIDK YNIELDPRFN DILGRHSRKR WERFVHSENQ HLVSPEALDF
301 LDKLLRYDHQ SRLTAREAME HPYFYTVVKD QARMGSSSMP GGSTPVSSAN MMSGISSVPT
361 PSPLGPLAGS PVIAAANPLG MPVPAAAGAQ Q
T細胞リンパ腫に関連するCSNK2A1遺伝子の変異は、配列番号29に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異である。
配列番号31(220aa):Genbank Accession No. NP_006130
1 MLRLLLALNL FPSIQVTGNK ILVKQSPMLV AYDNAVNLSC KYSYNLFSRE FRASLHKGLD
61 SAVEVCVVYG NYSQQLQVYS KTGFNCDGKL GNESVTFYLQ NLYVNQTDIY FCKIEVMYPP
121 PYLDNEKSNG TIIHVKGKHL CPSPLFPGPS KPFWVLVVVG GVLACYSLLV TVAFIIFWVR
181 SKRSRLLHSD YMNMTPRRPG PTRKHYQPYA PPRDFAAYRS
T細胞リンパ腫に関連するCD28遺伝子の変異は少なくとも1つ以上のミスセンス変異であり、配列番号31に記載のアミノ酸配列における124番目のアミノ酸、および175番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上の変異である。CD28遺伝子における変異は、より具体的には、配列番号31に記載のアミノ酸配列における、124番目のアスパラギン酸のグルタミン酸またはバリンへの置換(D124E、D124V)、175番目のスレオニンのイソロイシンまたはプロリンへの置換(T175I、T175P)の少なくとも1つ以上の変異をもたらすものである。
本実施例では、T細胞リンパ腫のうちATLとPTCL-NOSと診断された患者であり、インフォームドコンセントが得られた患者について、京都大学の倫理委員会によって承認されたプロトコルに従って、本発明のための検体を採取し、網羅的な遺伝子変異解析を行った。
本実施例では、38例のATL患者から採取した正常組織・腫瘍組織由来の検体を用いて、全エクソーム解析を行い、網羅的な遺伝子変異解析を実施した。同時に、全ゲノム解析(10例)、トランスクリプトーム解析(23例)、メチローム解析(40例)、SNPアレイを用いたコピー数解析(233例)を含めたマルチプラットフォームによる解析を行った。さらに、355例のT細胞リンパ腫検体を用いて同定された遺伝子変異のフォローアップシーケンスを行った。これらを組み合わせて、網羅的にT細胞リンパ腫の遺伝子異常を解明することを試みた。
まず、38例の初発ATL患者の正常組織および腫瘍組織由来の検体を対象とし、DNAについて全エクソーム解析を行った。ゲノム領域のうち、タンパク質をコードする全エクソン領域(Exome)を、ヒト全エクソンキャプチャキットであるSureSelect Human All Exon V5(アジレント・テクノロジー株式会社)を用いて濃縮し、HiSeq2000(Illumina 社)を用いて塩基配列を決定した。腫瘍組織由来のDNAの塩基配列と正常組織由来のDNAの塩基配列を比較することにより、遺伝子の変異を確認した。
ATLおよびPTCL-NOS患者を中心とする355例のT細胞リンパ腫患者の腫瘍組織由来の検体を対象として、SureSelect Target Enrichment(アジレント・テクノロジー株式会社)を用いて、標的シーケンスを行った。ターゲット領域としては、全エクソーム解析で同定された遺伝子およびそれらと関連する経路に属する146遺伝子を対象とした。
233例の初発ATL患者の腫瘍組織由来の検体を対象としてGeneChip Human Mapping 250K Nsp(Affymetrix)を用いたSNPアレイにより、コピー数解析を行った。
41例のPTCL-NOS患者の腫瘍組織由来の検体を用いて同様の解析を行ったところ、CD28遺伝子のコピー数の増幅など共通するコピー数異常が確認された。
10例の初発ATL患者の正常組織および腫瘍組織由来の検体を対象とし、DNAについて全ゲノム解析を行った。全ゲノム解析では、HiSeq2000(Illumina 社)を用いて塩基配列を決定した。
実施例1において同定された複数の遺伝子変異について、以下、機能解析を行った。
(1)最も多くのホットスポットミスセンス変異が確認されたPRKCB D427Nは、3次元構造解析から、膜転移に重要なC1Bドメインを繋ぎ止めるNFDモチーフの構造を不安定にさせて、PRKCBを膜転移・活性化しやすくすると考えられた。ATLの分子病態の特徴はNF-κBが活性化していることであり、PRKCBを含むprotein kinase CはNF-κB経路の上流として機能することが知られているため、PRKCB D427変異がNF-κB経路に与える影響について、293T細胞に変異型PRKCB遺伝子(D427変異)を導入することにより評価した。
Claims (15)
- 被検者から採取された検体について、PRKCB遺伝子およびCCR4遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、PRKCB遺伝子およびCCR4遺伝子の両遺伝子について変異を検出する工程を含む、請求項1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、さらに、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、およびSTAT3遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、請求項1または2に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、さらに、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、およびSTAT3遺伝子の全ての遺伝子について変異を検出する工程を含む、請求項3に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、さらに、TP53遺伝子、NOTCH1遺伝子、VAV1遺伝子、TBL1XR1遺伝子、GATA3遺伝子、IRF4遺伝子、FAS遺伝子、POT1遺伝子、RHOA遺伝子、IRF2BP2遺伝子、TET2遺伝子、HNRNPA2B1遺伝子、EP300遺伝子、CD58遺伝子、GPR183遺伝子、CSNK1A1遺伝子、CSNK2B遺伝子、FYN遺伝子、B2M遺伝子、CBLB遺伝子、CD28遺伝子、ZFP36L2遺伝子、CSNK2A1遺伝子、ATXN1遺伝子、SYNCRIP遺伝子、S1PR1遺伝子、RELA遺伝子、CDKN2A遺伝子、およびICOS遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異を検出する工程を含む、請求項1〜4のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、IRF4遺伝子、およびCD58遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異をさらに検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の病型分類の補助のための、請求項1〜5のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、IRF4遺伝子、およびCD58遺伝子の少なくとも1つ以上の遺伝子の変異をさらに検出する工程を含む、T細胞リンパ腫の予後予測の補助のための、請求項1〜5のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- PRKCB遺伝子の変異が、配列番号1に記載のアミノ酸配列における427番目のアミノ酸、470番目のアミノ酸、533番目のアミノ酸、546番目のアミノ酸、および630番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である、請求項1〜7のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- CCR4遺伝子の変異が、配列番号3に記載のアミノ酸配列のうち、309〜360番目までのアミノ酸配列であるC末端領域における、少なくとも1以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異である、請求項1〜8のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- CCR4遺伝子の変異が、配列番号3に記載の322番目のアミノ酸、323番目のアミノ酸、330番目のアミノ酸、331番目のアミノ酸、および336番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異である、請求項1〜9のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 各遺伝子の変異が、以下から選択されるものである、請求項3〜10のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法:
(i)PLCG1遺伝子について、配列番号5に記載のアミノ酸配列における48番目のアミノ酸、345番目のアミノ酸、520番目のアミノ酸、748番目のアミノ酸、1016番目のアミノ酸、1163番目のアミノ酸、および1165番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(ii)CARD11遺伝子について、配列番号9に記載のアミノ酸配列における357番目のアミノ酸、361番目のアミノ酸、401番目のアミノ酸、615番目のアミノ酸、および626番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(iii)CCR7遺伝子について、配列番号7に記載のアミノ酸配列における349番目のアミノ酸、351番目のアミノ酸、および355番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異。 - 各遺伝子の変異が、以下から選択されるものである、請求項5〜11のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法:
(1)VAV1遺伝子について、配列番号19に記載のアミノ酸配列における174番目のアミノ酸、175番目のアミノ酸、404番目のアミノ酸、556番目のアミノ酸、798番目のアミノ酸、および822番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(2)GPR183遺伝子について、配列番号21に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1以上のナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(3)TBL1XR1遺伝子について、配列番号15に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(4)GATA3遺伝子について、配列番号11に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異、フレームシフト変異またはスプライス部位変異をもたらす遺伝子変異:
(5)IRF4遺伝子について、配列番号13に記載のアミノ酸配列における59番目のアミノ酸、70番目のアミノ酸、および114番目のアミノ酸のアミノ酸の少なくとも1つ以上のアミノ酸の変異をもたらす遺伝子変異:
(6)IRF2BP2遺伝子について、配列番号23に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(7)HNRNPA2B1遺伝子について、配列番号17に記載のアミノ酸配列におけるエクソン10のスプライス部位変異、322番目のアミノ酸の変異、の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異:
(8)CSNK1A1遺伝子について、配列番号25に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異。
(9)CSNK2B遺伝子について、配列番号27に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のミスセンス変異、ナンセンス変異、またはフレームシフト変異をもたらす遺伝子変異:
(10)CSNK2A1遺伝子について、配列番号29に記載のアミノ酸配列における、少なくとも1つ以上のナンセンス変異、フレームシフト変異またはスプライス部位変異をもたらす遺伝子変異:
(11)CD28遺伝子について、配列番号31に記載のアミノ酸配列における、124番目のアミノ酸、および175番目のアミノ酸の少なくとも1つ以上の変異をもたらす遺伝子変異。 - 被検者から採取された検体について、さらに、遺伝子のコピー数異常を検出することを含む、請求項1〜12のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- 被検者から採取された検体について、さらに、ヒト染色体14q31.1領域、ヒト染色体7q31.1領域、ヒト染色体1p21.3領域の少なくとも1つ以上の染色体の領域における、少なくとも1つ以上の部位の欠失を検出することを含む、請求項1〜13のいずれか1に記載のT細胞リンパ腫の検査方法。
- PRKCB遺伝子、CCR4遺伝子、PLCG1遺伝子、CARD11遺伝子、CCR7遺伝子、STAT3遺伝子、TP53遺伝子、NOTCH1遺伝子、VAV1遺伝子、TBL1XR1遺伝子、GATA3遺伝子、IRF4遺伝子、FAS遺伝子、POT1遺伝子、RHOA遺伝子、IRF2BP2遺伝子、TET2遺伝子、HNRNPA2B1遺伝子、EP300遺伝子、CD58遺伝子、GPR183遺伝子、CSNK1A1遺伝子、CSNK2B遺伝子、FYN遺伝子、B2M遺伝子、CBLB遺伝子、CD28遺伝子、ZFP36L2遺伝子、CSNK2A1遺伝子、ATXN1遺伝子、SYNCRIP遺伝子、S1PR1遺伝子、RELA遺伝子、CDKN2A遺伝子、およびICOS遺伝子のいずれか1の遺伝子の変異もしくはコピー数異常またはこれらによる遺伝子の機能変化を制御しうる物質をスクリーニングすることを特徴とする、T細胞リンパ腫の治療剤のスクリーニング方法。
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