JP2016049109A - 大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット - Google Patents
大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016049109A JP2016049109A JP2015168947A JP2015168947A JP2016049109A JP 2016049109 A JP2016049109 A JP 2016049109A JP 2015168947 A JP2015168947 A JP 2015168947A JP 2015168947 A JP2015168947 A JP 2015168947A JP 2016049109 A JP2016049109 A JP 2016049109A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- nos
- ecna114
- pcr
- primers
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
菌の遺伝子型別分類の方法としては、従来、パルスフィールドゲル電気泳動法(以下、PFGEという。)が多用されている。PFGEは菌のゲノムDNAを制限酵素で切断し、その断片の電気泳動パターンとして菌株の遺伝子型を決定する方法で、識別能力が高く、再現性があることから菌株識別の定法とされる。
前記2進法コード化した結果をさらに10進法コード化することで、結果の桁数が少なくなり、結果がより判別しやすくなるとともに、他の日時、他の検査室等で得られた結果と正確に比較することが可能となる。
本発明に係る大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法は、大腸菌の染色体上の(1)genomic isletを構成するORF、および(2)genomic islandを構成するORFの有無を任意の順で検出し、これらORFの有無の組み合わせにより遺伝子型別分類を行うステップを含む、これら2種類の由来の異なるORFの保有の有無の組み合わせにより遺伝子型別分類を行うステップを有することを特徴としている。以下、これらのORFについて説明する。
(大腸菌の遺伝的特徴)
大腸菌の遺伝的バックグラウンドを系統的に分類する方法として、multilocus sequence typing(MLST)解析が利用されている。大腸菌のMLST解析にはフランス、パスツール研究所が開発した方法と、Achtmanらが開発した方法(Molecular Microbiology 2006, 60:1136-1151)及びWhittamらが開発した方法(www.shigatox.net)があるが、ここではAchtmanらが開発した方法に従って解析した。
前記のCC型を区別するためには、大腸菌においてもgenomic isletを構成するORFを検出することが有用であることがわかった。表1に遺伝子データベース上の全ゲノム解析株におけるgenomic islet保有パターンを示す。genomic isletとは、細菌のゲノム同士を比較した場合に、5kbp程度、またはそれ以下の大きさで配列が異なる部分を言い、これはゲノム全体に散在しており、個体の生存確率に影響せず、進化の過程で取り残されたものと考えられる。
遺伝子EC55989_4085は、配列表の配列番号3(フォワード)および4(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0018は、配列表の配列番号5(フォワード)および6(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_1457は、配列表の配列番号7(フォワード)および8(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_1089は、配列表の配列番号9(フォワード)および10(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号413(フォワード)および414(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子LF82_085は、配列表の配列番号11(フォワード)および12(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号415(フォワード)および416(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS4731は、配列表の配列番号13(フォワード)および14(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号417(フォワード)および418(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2436は、配列表の配列番号15(フォワード)および16(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_0460は、配列表の配列番号17(フォワード)および18(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号419(フォワード)および420(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS0053は、配列表の配列番号19(フォワード)および20(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号421(フォワード)および422(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能である。
遺伝子EC55989_0189は、配列表の配列番号23(フォワード)および24(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0636は、配列表の配列番号25(フォワード)および26(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0699は、配列表の配列番号27(フォワード)および28(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0830は、配列表の配列番号29(フォワード)および30(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_1577は、配列表の配列番号31(フォワード)および32(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_1649は、配列表の配列番号33(フォワード)および34(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_1821は、配列表の配列番号35(フォワード)および36(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2719は、配列表の配列番号37(フォワード)および38(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4248は、配列表の配列番号39(フォワード)および40(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4374は、配列表の配列番号41(フォワード)および42(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4548は、配列表の配列番号43(フォワード)および44(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECABU_c34730は、配列表の配列番号45(フォワード)および46(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_0007は、配列表の配列番号47(フォワード)および48(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_0140は、配列表の配列番号49(フォワード)および50(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS0914は、配列表の配列番号51(フォワード)および52(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS3904は、配列表の配列番号53(フォワード)および54(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS4280は、配列表の配列番号55(フォワード)および56(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS4300は、配列表の配列番号57(フォワード)および58(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS4827は、配列表の配列番号59(フォワード)および60(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子LF82_248は、配列表の配列番号61(フォワード)および62(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能である。
上記ORFを検出することで、容易にCC型の区別ができる。
大腸菌の中には、腸管出血性大腸菌O157など病原性の高いクローンやST131など薬剤耐性遺伝子保有率の高いクローンが存在し、集団感染の原因となりやすいことが知られている。このような集団感染で問題となりやすいクローンによる集団感染の調査には、クローン識別より高い識別能力が必要な菌株識別法が必要となる。
遺伝子Z2415は、配列表の配列番号78(フォワード)および79(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z1432は、配列表の配列番号80(フォワード)および81(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS3501は、配列表の配列番号82(フォワード)および83(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_1587は、配列表の配列番号84(フォワード)および85(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z1797は、配列表の配列番号86(フォワード)および87(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2641は、配列表の配列番号88(フォワード)および89(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_2877は、配列表の配列番号90(フォワード)および91(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_1791は、配列表の配列番号92(フォワード)および93(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_0874は、配列表の配列番号94(フォワード)および95(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_1406は、配列表の配列番号96(フォワード)および97(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号399(フォワード)および400(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_2097は、配列表の配列番号98(フォワード)および99(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号411(フォワード)および412(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2129は、配列表の配列番号100(フォワード)および101(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号403(フォワード)および404(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_3979は、配列表の配列番号102(フォワード)および103(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号409(フォワード)および410(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_4026は、配列表の配列番号104(フォワード)および105(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S0497は、配列表の配列番号106(フォワード)および107(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_1225は、配列表の配列番号108(フォワード)および109(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号63は、配列表の配列番号110(フォワード)および111(リバース)のプライマー、または配列表の配列番号391(フォワード)および392(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号64は、配列表の配列番号112(フォワード)および113(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号65は、配列表の配列番号114(フォワード)および115(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号66は、配列表の配列番号116(フォワード)および117(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_3039は、配列表の配列番号118(フォワード)および119(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_2899は、配列表の配列番号120(フォワード)および121(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_3056は、配列表の配列番号122(フォワード)および123(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_3024は、配列表の配列番号124(フォワード)および125(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z2404は、配列表の配列番号126(フォワード)および127(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_3237は、配列表の配列番号128(フォワード)および129(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1189は、配列表の配列番号130(フォワード)および131(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z1456は、配列表の配列番号132(フォワード)および133(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_2915は、配列表の配列番号134(フォワード)および135(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z2384は、配列表の配列番号136(フォワード)および137(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1527は、配列表の配列番号138(フォワード)および139(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECH74115_1860は、配列表の配列番号140(フォワード)および141(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z1854は、配列表の配列番号142(フォワード)および143(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z3358は、配列表の配列番号144(フォワード)および145(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子Z3362は、配列表の配列番号146(フォワード)および147(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0314は、配列表の配列番号148(フォワード)および149(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0547は、配列表の配列番号150(フォワード)および151(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0685は、配列表の配列番号152(フォワード)および153(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0762は、配列表の配列番号154(フォワード)および155(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0766は、配列表の配列番号156(フォワード)および157(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0799は、配列表の配列番号158(フォワード)および159(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_0805は、配列表の配列番号160(フォワード)および161(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_1022は、配列表の配列番号162(フォワード)および163(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_1258は、配列表の配列番号164(フォワード)および165(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_1399は、配列表の配列番号166(フォワード)および167(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_1636は、配列表の配列番号168(フォワード)および169(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_2099は、配列表の配列番号170(フォワード)および171(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり
遺伝子EC55989_2104は、配列表の配列番号172(フォワード)および173(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2188は、配列表の配列番号174(フォワード)および175(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2249は、配列表の配列番号176(フォワード)および177(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2256は、配列表の配列番号178(フォワード)および179(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_2311は、配列表の配列番号180(フォワード)および181(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_3358は、配列表の配列番号182(フォワード)および183(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_3371は、配列表の配列番号184(フォワード)および185(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_3396は、配列表の配列番号186(フォワード)および187(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_3400は、配列表の配列番号188(フォワード)および189(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_3509は、配列表の配列番号190(フォワード)および191(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4034は、配列表の配列番号192(フォワード)および193(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4038は、配列表の配列番号194(フォワード)および195(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4041は、配列表の配列番号196(フォワード)および197(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4278は、配列表の配列番号198(フォワード)および199(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4878は、配列表の配列番号200(フォワード)および201(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4903は、配列表の配列番号202(フォワード)および203(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4941は、配列表の配列番号204(フォワード)および205(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4958は、配列表の配列番号206(フォワード)および207(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4963は、配列表の配列番号208(フォワード)および209(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4969は、配列表の配列番号210(フォワード)および211(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_4972は、配列表の配列番号212(フォワード)および213(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_5004は、配列表の配列番号214(フォワード)および215(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子EC55989_5006は、配列表の配列番号216(フォワード)および217(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS0288は、配列表の配列番号218(フォワード)および219(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS0797は、配列表の配列番号220(フォワード)および221(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS0813は、配列表の配列番号222(フォワード)および223(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1102は、配列表の配列番号224(フォワード)および225(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1176は、配列表の配列番号226(フォワード)および227(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1299は、配列表の配列番号228(フォワード)および229(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1301は、配列表の配列番号230(フォワード)および231(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1516は、配列表の配列番号232(フォワード)および233(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1564は、配列表の配列番号234(フォワード)および235(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1592は、配列表の配列番号236(フォワード)および237(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1597は、配列表の配列番号238(フォワード)および239(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1662は、配列表の配列番号240(フォワード)および241(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1663は、配列表の配列番号242(フォワード)および243(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1694は、配列表の配列番号244(フォワード)および245(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1933は、配列表の配列番号246(フォワード)および247(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS1937は、配列表の配列番号248(フォワード)および249(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2171は、配列表の配列番号250(フォワード)および251(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2283は、配列表の配列番号252(フォワード)および253(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2792は、配列表の配列番号254(フォワード)および255(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2927は、配列表の配列番号256(フォワード)および257(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS2996は、配列表の配列番号258(フォワード)および259(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS4458は、配列表の配列番号260(フォワード)および261(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS5272は、配列表の配列番号262(フォワード)および263(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS5304は、配列表の配列番号264(フォワード)および265(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECS5305は、配列表の配列番号266(フォワード)および267(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECSF_3727は、配列表の配列番号268(フォワード)および269(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECSF_4152は、配列表の配列番号270(フォワード)および271(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECSF2757は、配列表の配列番号272(フォワード)および273(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S0692は、配列表の配列番号274(フォワード)および275(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S0913は、配列表の配列番号276(フォワード)および277(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S1482は、配列表の配列番号278(フォワード)および279(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S2103は、配列表の配列番号280(フォワード)および281(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S3222は、配列表の配列番号282(フォワード)および283(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S4314は、配列表の配列番号284(フォワード)および285(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子S4832は、配列表の配列番号286(フォワード)および287(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号67配列表の配列番号288(フォワード)および289(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号68 は配列表の配列番号290(フォワード)および291(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号69 は配列表の配列番号292(フォワード)および293(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号70) は配列表の配列番号294(フォワード)および295(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号71は配列表の配列番号296(フォワード)および297(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号72 は配列表の配列番号298(フォワード)および299(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号73 は配列表の配列番号300(フォワード)および301(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号74 は配列表の配列番号302(フォワード)および303(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号75 は配列表の配列番号304(フォワード)および305(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能である。
遺伝子P423_16735cは、配列表の配列番号423(フォワード)および配列番号424(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子P423_16745cは、配列表の配列番号425(フォワード)および配列番号426(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子P423_16780cは、配列表の配列番号427(フォワード)および配列番号428(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子P423_10825cは、配列表の配列番号464(フォワード)および配列番号465(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
遺伝子ECNA114_4753は、配列表の配列番号429(フォワード)および配列番号430(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号376は、配列表の配列番号407(フォワード)および配列番号408(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号377は、配列表の配列番号431(フォワード)および配列番号432(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号378は、配列表の配列番号433(フォワード)および配列番号434(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号379は、配列表の配列番号435(フォワード)および配列番号436(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号380は、配列表の配列番号401(フォワード)および配列番号402(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号381は、配列表の配列番号393(フォワード)および配列番号394(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号382は、配列表の配列番号437(フォワード)および配列番号438(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号383は、配列表の配列番号439(フォワード)および配列番号440(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号384は、配列表の配列番号441(フォワード)および配列番号442(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号385は、配列表の配列番号443(フォワード)および配列番号444(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号386は、配列表の配列番号445(フォワード)および配列番号446(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号387は、配列表の配列番号447(フォワード)および配列番号448(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号388は、配列表の配列番号449(フォワード)および配列番号450(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号389は、配列表の配列番号405(フォワード)および配列番号406(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号390は、配列表の配列番号395(フォワード)および配列番号396(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号455は、配列表の配列番号451(フォワード)および配列番号452(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号456は、配列表の配列番号453(フォワード)および配列番号454(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能であり、
配列番号461は、配列表の配列番号462(フォワード)および配列番号463(リバース)のプライマーを使用することで、PCRにより検出可能である。
上述した、大腸菌の染色体上の、genomic isletを構成するORF(1)およびgenomic islandを構成するORF(2)の保有の有無の検出は、任意の順で行うことができる。具体的には、これらORFを各ORF毎に任意の順に検出してもよく、または、複数のORF毎に任意の順にまとめて検出してもよく、あるいは、全てのORFを同時に検出してもよい。ORFを検出する手段としては、PCRおよびハイブリダイゼーションが挙げられる。
各ORF毎に別々に検出する場合には、たとえば、検出対象のORF毎にそれぞれ対応する1組のプライマー(フォワードプライマーおよびリバースプライマー)を用いて、独立した系で、大腸菌のDNA抽出サンプルとともに、real time PCR反応などを行い、PCR増幅産物の生成シグナル蛍光などをリアルタイムに検出する。
これらのうちでは、複数のORFを簡便な手法で効率よくまとめて検出できる点から、マルチプレックスPCRが好ましい。
上記genomic isletを構成するORF(1)およびgenomic islandを構成するORF(2)については塩基配列が90%程度相同なORFが臨床分離株やデータベース上に見られることから、これらの相同なORFも検出できるよう変異の少ない部分にプライマーを設計することで、臨床分離されることの多いほとんどの大腸菌に汎用的に使用できるとともに突然変異の影響を受けにくいプライマーとする。
(1)genomic isletを構成するORFのためのプライマーとして36組のプライマー、
(2)genomic islandを構成するORFためのプライマーとして144組のプライマー、の合計180組のプライマー(配列表の配列番号1〜62、76〜305、391〜454、462〜465)を本発明者は設計した。
ハイブリダイゼーションによりORFを検出する場合には、まず培養菌(大腸菌)からカラム抽出あるいはフェノール−クロロホルム抽出によって精製されたDNAをアルカリ変性し、ナイロンメンブレン、セルロースメンブレンあるいはマイクロプレートに定着させる。本発明で検出する各々のORFとハイブリダイズするプローブを作成する。プローブは人工合成DNAでも、上記で説明したプライマーを利用したPCRで作成しても良い。プローブはビオチン、ジゴキシゲニン、蛍光色素などを用いてラベルしておく。菌抽出DNAとプローブをハイブリダイズし、プローブのラベルに応じて、酵素付加、発色、発光などさせ、シグナルを捉える。これを各々の検出ORFについて実施する。
以下、マルチプックスPCRを行い、上記(1)〜(2)のORFのうち、上述した検出対象として好ましいORFを検出する場合を一例とし、本発明の大腸菌のクローン同定法、及び菌株識別法の手順を説明する。
便、血液、尿などの患者由来の検体あるいは患者に使用したカテーテルやガーゼ等の医療器具などの材料から、血液寒天培地(一般細菌分離用)、マッコンキー培地などの大腸菌を分離可能な培地を用いて大腸菌様の菌を分離する。その後、グラム染色による形態の確認、および生化学性状の確認により、大腸菌と同定する。
培養した菌体から、熱抽出、フェノール抽出、市販のDNA抽出キットによるDNA抽出、あるいは蒸留水またはTris-EDTAバッファーなどに菌体を懸濁し加熱して得られる熱抽出法などの方法でDNAを抽出し、PCR反応用の試料(テンプレート)とする。
マルチプレックスPCRで上記表7、8、9、10および11に記載の、genomic isletを構成するORF 10個、genomic islandを構成するORF 29個に加え、大腸菌マーカーとしてyhbX、Phylogenetic group検出部位としてchuA、yjaAおよびTspE4.C2および薬剤耐性遺伝子(CTX−M−1グループおよびCTX−M−9グループ)の検出を行う。具体的には、検出対象のORF群に対応する数のプライマーの組(フォワードプライマー及びリバースプライマー)を、14組、11組、13組、12組、および12組の5群に分け、それぞれの組毎に同一の反応チューブに入れ一括してPCR反応を行う。なお、クローン同定と菌株識別は同時に実施しても、別々に実施しても良い。
およそ50bp〜600bpのDNA断片が充分に分離されるような条件下でアガロースゲルなどのゲルを用い、PCR増幅産物を電気泳動する。泳動距離は約5〜6 cmでよく、ミニゲルの場合100V、60分程度で充分分離可能である。電気泳動後、エチジウムブロマイドやサイバーグリーンなどで染色して写真撮影を行う。また、たとえばAgilent 2100 バイオアナライザや島津製作所MultiNAのような各種のキャピラリー型電気泳動装置等を用いてPCR産物を分離し画像化することも可能である。
それぞれ最大14本、11本、13本、12本、または12本のバンドが現れる。本発明の遺伝子型タイピング法ではバンドサイズがあらかじめわかっているため、それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定する。場合によっては目的のサイズ以外の非特異的なバンドが現れることがあるが、非特異バンドは無視する。目的のサイズのバンド(各ORFに対応するバンドおよびポジティブコントロールに対応するバンド)が増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として2進法のコードを作成する。
このように判定結果をコード化すると遺伝的に近縁な株や血清型が同じ株では同一値となり、近縁関係がわかる。また、市販血清による血清型が決められない場合においても、遺伝子型が得られるため、汎用性の高いデータが得られる。さらに得られた遺伝子型コード同士を比較することで、異なる時期や施設で分離された菌株の特定であっても、容易かつ客観的に行うことができる。
24株は19種類の遺伝子型に細分された。
24株は19種類の遺伝子型に細分された。
なお、菌株番号55、57〜60および75〜87の株はすべてST131であると考えられる。また同一クローン(ST131)と考えられる17株は14種類の遺伝子型に細分された。
このように(1)genomic isletを構成するORF、および(2)genomic islandを構成するORFを組み合わせることで、クローンの同定と菌株識別を同時に行うことが可能となる。
以下、実施例に基づいて本発明をさらに具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。
腸管出血性大腸菌、病院で臨床分離された大腸菌および健常者から分離された大腸菌の合計24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大14本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図1および表14に示す。
先の実施例と同じ大腸菌の合計24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
<ORF検出(コード2)による菌株識別>
(大腸菌の培養)
臨床分離された腸管出血性大腸菌24株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大11本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図2および表15に示す。
先の実施例と同じ大腸菌の合計24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大13本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図3および表16に示す。
24株は19種類の遺伝子型に細分された。
以下、プライマー配列に2塩基程度の変更があった場合の実施例についてさらに具体的に説明する。
先の実施例と同じ大腸菌24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
<プライマー配列に2塩基程度の変更があった場合の実施例>
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大14本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図4、5および6に示す。図1、2および3、表14、15および16と同様の結果が得られた。
<腸管出血性大腸菌の菌株識別>
(大腸菌の培養)
集団感染2事例由来18株を含む臨床分離された腸管出血性大腸菌24株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大11本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図7および表18に示す。
病院で臨床分離された集団感染3事例由来7株を含む大腸菌および健常者から分離されたST131に相当する大腸菌の合計24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大13本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図8および表25に示す。
<クローン同定とST131クローンの菌株識別>
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大12本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表13と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図9、10および表17に示す。
表17において、一番上の行は菌株の番号、上から2番目の行はO血清型、上から3番目の行はH血清型、上から4番目及び5番目の行はMLST解析によるSequence type (ST)型およびclonal complex (CC)型である。
24株は5種類のクローンに分類された。なお、菌株番号55、57〜60および75〜87の株はすべてST131であると考えられる。また同一クローン(ST131)と考えられる17株は14種類の遺伝子型に細分された。
このように(1)genomic isletを構成するORF、および(2)genomic islandを構成するORFを組み合わせることで、クローンの同定と菌株識別を同時に行うことが可能となる。
以下、表10および表11に示されるプライマー配列に2塩基程度の変更があった場合の実施例についてさらに具体的に説明する。
実施例7と同じ大腸菌24株について、下記の手順により、ORF検出による遺伝子型別分類を行った。
<プライマー配列に2塩基程度の変更があった場合の実施例>
(大腸菌の培養)
大腸菌であると同定された24の菌株を、トリプトソイ寒天培地を用いて37℃で一晩培養した。
(DNA抽出)
培養した菌のおよそ1コロニーに相当する量を、1.5mlのエッペンドルフチューブに入れた、トリス−EDTAバッファー100μl中に懸濁し、100℃で10分間加熱した。次いで、チューブを12,000rpmで3分間遠心分離し、その上清をDNA熱抽出サンプルとした。
RocheのFastStart DNA polymeraseを説明書に従って使用した。その際、反応液量は20μlとした。反応液20μlの組成は、10×FastStart Taq Buffer (MgCl2含有) 2μl、10mM dNTP Mix 0.4μl、25mM MgCl2 0.8μl、FastStart Taq DNA polymerase 0.2μl、蒸留水14.2μlおよびprimer mixtureを0.4μlである。これに、上記のDNA熱抽出サンプルを2μl(反応液の1/10量)加えた。
サーマルサイクラー(Applied Biosytems社製、GeneAmp PCR System 9700)に熱抽出したDNAと反応液の混合液をセットし、最初に95℃で4分間処理し、その後、95℃ 30秒、60℃ 30秒、72℃ 90秒のサイクルを30回繰り返したのち、72℃ 7分のファイナルエクステンションを行った。サイクル反応終了後、PCR産物は4℃で保存した。
アガロースゲル(4% NuSieve 3:1 in TBE buffer)を用い、ミニゲルを作成し、120Vで60分間、5μlのPCR産物を電気泳動した。泳動距離は約5cmであった。電気泳動後、エチジウムブロマイドで染色し、写真撮影を行った。
1反応につき最大12本のバンドが現れた。それぞれの菌株及び反応系において目的のサイズのバンドがあるか否かを判定し、目的のサイズのバンドが増幅していれば1、増幅が見られない場合を0として、上記表12と同様の2進法のコードを作成した。さらに2進法のコードを10進法に変換し、遺伝子型コードとした。
結果を図11および12に示す。図9および10、表17と同様の結果が得られた。
Claims (13)
- 大腸菌の染色体上の、
(1)genomic isletを構成するORF、および
(2)genomic islandを構成するORF、
の有無を任意の順で検出し、これらORFの有無の組み合わせにより遺伝子型別分類を行うステップを含む、大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。 - 前記(1)のORFにおけるgenomic isletが、ECNA114_4208、EC55989_4085、EC55989_0018、ECNA114_1457、EC55989_1089、LF82_085、ECS4731、ECS2436、ECNA114_0460、ECS0053、EC55989_0068、EC55989_0189、EC55989_0636、EC55989_0699、EC55989_0830、EC55989_1577、EC55989_1649、EC55989_1821、EC55989_2719、EC55989_4248、EC55989_4374、EC55989_4548、ECABU_c34730、ECNA114_0007、ECNA114_0140、ECS0914、ECS3904、ECS4280、ECS4300、ECS4827およびLF82_248からなる群より選ばれる少なくとも1種の遺伝子である請求項1に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記(2)のORFにおけるgenomic islandがECS1190、Z2415、Z1432、ECS3501、ECH74115_1587、EC55989_2129、Z1797、EC55989_2641、ECH74115_2877、ECH74115_1791、ECNA114_0874、EC55989_1406、ECNA114_2097、ECNA114_3979、ECNA114_4026、S0497、ECNA114_1225、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、ECH74115_3039、ECH74115_2899、ECH74115_3056、ECH74115_3024、Z2404、ECH74115_3237、ECS1189、Z1456、ECH74115_2915、Z2384、ECS1527、ECH74115_1860、Z1854、Z3358、Z3362、、EC55989_0314、EC55989_0547、EC55989_0685、EC55989_0762、EC55989_0766、EC55989_0799、EC55989_0805、EC55989_1022、EC55989_1258、EC55989_1399、EC55989_1636、EC55989_2099、EC55989_2104、EC55989_2188、EC55989_2249、EC55989_2256、EC55989_2311、EC55989_3358、EC55989_3371、EC55989_3396、EC55989_3400、EC55989_3509、EC55989_4034、EC55989_4038、EC55989_4041、EC55989_4278、EC55989_4878、EC55989_4903、EC55989_4941、EC55989_4958、EC55989_4963、EC55989_4969、EC55989_4972、EC55989_5004、EC55989_5006、ECS0288、ECS0797、ECS0813、ECS1102、ECS1176、ECS1299、ECS1301、ECS1516、ECS1564、ECS1592、ECS1597、ECS1662、ECS1663、ECS1694、ECS1933、ECS1937、ECS2171、ECS2283、ECS2792、ECS2927、ECS2996、ECS4458、ECS5272、ECS5304、ECS5305、ECSF_3727、ECSF_4152、ECSF2757、S0692、S0913、S1482、S2103、S3222、S4314、、S4832、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、P423_16715c、P423_16735c、P423_16745c、P423_16780c、ECNA114_4753、P423_10825c、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号455、配列番号456、および配列番号461からなる群より選ばれる少なくとも1種の遺伝子である請求項1に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記(1)のORFにおけるgenomic isletが、ECNA114_4208、EC55989_4085、EC55989_0018、ECNA114_1457、EC55989_1089、LF82_085、ECS4731、ECS2436、ECNA114_0460、ECS0053、EC55989_0068、EC55989_0189、EC55989_0636、EC55989_0699、EC55989_0830、EC55989_1577、EC55989_1649、EC55989_1821、EC55989_2719、EC55989_4248、EC55989_4374、EC55989_4548、ECABU_c34730、ECNA114_0007、ECNA114_0140、ECS0914、ECS3904、ECS4280、ECS4300、ECS4827およびLF82_248からなる群より選ばれる少なくとも4種の遺伝子である請求項1に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記(2)のORFにおけるgenomic islandがECS1190、Z2415、Z1432、ECS3501、ECH74115_1587、EC55989_2129、Z1797、EC55989_2641、ECH74115_2877、ECH74115_1791、ECNA114_0874、EC55989_1406、ECNA114_2097、ECNA114_3979、ECNA114_4026、S0497、ECNA114_1225、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、ECH74115_3039、ECH74115_2899、ECH74115_3056、ECH74115_3024、Z2404、ECH74115_3237、ECS1189、Z1456、ECH74115_2915、Z2384、ECS1527、ECH74115_1860、Z1854、Z3358、Z3362、、EC55989_0314、EC55989_0547、EC55989_0685、EC55989_0762、EC55989_0766、EC55989_0799、EC55989_0805、EC55989_1022、EC55989_1258、EC55989_1399、EC55989_1636、EC55989_2099、EC55989_2104、EC55989_2188、EC55989_2249、EC55989_2256、EC55989_2311、EC55989_3358、EC55989_3371、EC55989_3396、EC55989_3400、EC55989_3509、EC55989_4034、EC55989_4038、EC55989_4041、EC55989_4278、EC55989_4878、EC55989_4903、EC55989_4941、EC55989_4958、EC55989_4963、EC55989_4969、EC55989_4972、EC55989_5004、EC55989_5006、ECS0288、ECS0797、ECS0813、ECS1102、ECS1176、ECS1299、ECS1301、ECS1516、ECS1564、ECS1592、ECS1597、ECS1662、ECS1663、ECS1694、ECS1933、ECS1937、ECS2171、ECS2283、ECS2792、ECS2927、ECS2996、ECS4458、ECS5272、ECS5304、ECS5305、ECSF_3727、ECSF_4152、ECSF2757、S0692、S0913、S1482、S2103、S3222、S4314、、S4832、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、P423_16715c、P423_16735c、P423_16745c、P423_16780c、ECNA114_4753、P423_10825c、配列番号376、配列番号377、配列番号378、配列番号379、配列番号380、配列番号381、配列番号382、配列番号383、配列番号384、配列番号385、配列番号386、配列番号387、配列番号388、配列番号389、配列番号390、配列番号455、配列番号456、および配列番号461からなる群より選ばれる少なくとも4種の遺伝子である、請求項1に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記(1)のORFにおけるgenomic isletが、ECNA114_4208、EC55989_4085、EC55989_0018、ECNA114_1457、EC55989_1089、LF82_085、ECS4731、ECS2436、ECNA114_0460およびECS0053からなる10種の遺伝子、及び/又はECNA114_4208、EC55989_4085、EC55989_1089、LF82_085、ECS4731、ECNA114_0460およびECS0053からなる7種の遺伝子であり、前記(2)のORFにおけるgenomic islandがECS1190、Z2415、Z1432、ECS3501、ECH74115_1587、EC55989_2129、Z1797、EC55989_2641、ECH74115_2877、ECH74115_1791からなる10種の遺伝子、及び/又はECNA114_0874、EC55989_1406、ECNA114_2097、EC55989_2129、ECNA114_3979、ECNA114_4026、S0497、ECNA114_1225、配列番号63、配列番号64、配列番号65および配列番号66からなる12種の遺伝子、及び/又はS0497、ECNA114_0874、P423_10825c、EC55989_2129、ECNA114_4026、P423_16715c、配列番号63、配列番号376、配列番号380、配列番号381、配列番号389、配列番号390および配列番号461からなる13種の遺伝子である、請求項1に記載の大腸菌のクローン同定および菌株識別法。
- 配列表の配列番号1と2、配列番号3と4、配列番号5と6、配列番号7と8、配列番号9と10または配列番号413と414、配列番号11と12または配列番号415と416、配列番号13と14または配列番号417と418、配列番号15と16、配列番号17と18または配列番号419と420、配列番号19と20または配列番号421と422に示された15組の塩基配列の組み合わせ(但し、上記塩基配列は、2塩基以下の塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していてもよい)からなる10組のプライマーを用いて、PCR法により前記(1)のORFの検出を行い、配列番号76と77、配列番号78と79、配列番号80と81、配列番号82と83、配列番号84と85、配列番号86と87、配列番号88と89、配列番号90と91、配列番号92と93、配列番号94と95、配列番号96と97、配列番号98と99、配列番号100と101または配列番号403と404、配列番号102と103、配列番号104と105、配列番号106と107、配列番号108と109、配列番号110と111または配列番号391と392、配列番号112と113、配列番号114と115、配列番号116と117、配列番号393と394、配列番号395と396、配列番号397と398、配列番号401と402、配列番号405と406、配列番号407と408、配列番号462と463、および配列番号464と465に示された31組の塩基配列の組み合わせ(但し、上記塩基配列は、2塩基以下の塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していてもよい)からなる29組のプライマーを用いて、PCR法により前記(2)のORFの検出を行う、請求項2から6の何れか1項に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 上記塩基配列が、塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していない、請求項7に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記PCR法がマルチプレックスPCR法である、請求項7又は8に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記(4)のORF有無の検出結果を、それぞれ1(有)と0(無)に置き換えて2進法コード化する、請求項1〜9の何れか1項に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 前記2進法コード化した結果をさらに10進法コード化する、請求項10に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のための方法。
- 配列表の配列番号1と2、配列番号3と4、配列番号5と6、配列番号7と8、配列番号9と10または配列番号413と414、配列番号11と12または配列番号415と416、配列番号13と14または配列番号417と418、配列番号15と16、配列番号17と18または配列番号419と420、配列番号19と20または配列番号421と422に示された15組の塩基配列の組み合わせ(但し、上記塩基配列は、2塩基以下の塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していてもよい)からなる10組のプライマーと、配列番号76と77、配列番号78と79、配列番号80と81、配列番号82と83、配列番号84と85、配列番号86と87、配列番号88と89、配列番号90と91、配列番号92と93、配列番号94と95、配列番号96と97、配列番号98と99、配列番号100と101または配列番号403と404、配列番号102と103、配列番号104と105、配列番号106と107、配列番号108と109、配列番号110と111または配列番号391と392、配列番号112と113、配列番号114と115、配列番号116と117、配列番号393と394、配列番号395と396、配列番号397と398、配列番号401と402、配列番号405と406、配列番号407と408、配列番号462と463および配列番号464と465に示された31組の塩基配列の組み合わせ(但し、上記塩基配列は、2塩基以下の塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していてもよい)からなる29組のプライマーを含む、クローン同定法および/又は菌株識別のためのプライマーセット。
- 上記塩基配列が、塩基の付加、置換、欠失及び/又は挿入を有していない、請求項12に記載の大腸菌のクローン同定法および/又は菌株識別のためのプライマーセット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2015168947A JP6387500B2 (ja) | 2014-08-29 | 2015-08-28 | 大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014175414 | 2014-08-29 | ||
JP2014175414 | 2014-08-29 | ||
JP2015168947A JP6387500B2 (ja) | 2014-08-29 | 2015-08-28 | 大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016049109A true JP2016049109A (ja) | 2016-04-11 |
JP6387500B2 JP6387500B2 (ja) | 2018-09-12 |
Family
ID=55657142
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2015168947A Active JP6387500B2 (ja) | 2014-08-29 | 2015-08-28 | 大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP6387500B2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2019004811A (ja) * | 2017-06-27 | 2019-01-17 | 愛知県 | Clostridium difficileの遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット |
DE102017007911B4 (de) | 2016-08-29 | 2019-03-28 | Fanuc Corporation | Formwerkzeug-Schließvorrichtung einer Spritzgießmaschine |
-
2015
- 2015-08-28 JP JP2015168947A patent/JP6387500B2/ja active Active
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
APPL.ENVIRON.MICROBIOL., 2005, VOL. 71, NO. 8, PP. 4875-4878, JPN6017045407 * |
MICROBIOLOGY, 2014.3.1, VOL. 160, NO. 3, PP. 502-513, JPN6017045405 * |
PNAS, 2011, VOL. 108, NO. 50, PP. 20142-20147, JPN6017045406 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE102017007911B4 (de) | 2016-08-29 | 2019-03-28 | Fanuc Corporation | Formwerkzeug-Schließvorrichtung einer Spritzgießmaschine |
JP2019004811A (ja) * | 2017-06-27 | 2019-01-17 | 愛知県 | Clostridium difficileの遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6387500B2 (ja) | 2018-09-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Caimi et al. | Leptospira spp., a genus in the stage of diversity and genomic data expansion | |
Weissman et al. | High-resolution two-locus clonal typing of extraintestinal pathogenic Escherichia coli | |
Tavares et al. | Identification of Streptococcus pneumoniae by a real-time PCR assay targeting SP2020 | |
Haddad et al. | Molecular differentiation of Mycobacterium bovis isolates. Review of main techniques and applications | |
Svensson et al. | A real-time PCR array for hierarchical identification of Francisella isolates | |
Hill-Cawthorne et al. | Recombinations in staphylococcal cassette chromosome mec elements compromise the molecular detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus | |
Lowe et al. | A Quadruplex Real-Time PCR Assay for the Rapid Detection and Differentiation of the Most Relevant Members of the B. pseudomallei Complex: B. mallei, B. pseudomallei, and B. thailandensis | |
JP6160015B2 (ja) | アシネトバクター属菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット | |
Shah et al. | Allele-specific PCR method based on rfbS sequence for distinguishing Salmonella gallinarum from Salmonella pullorum: serotype-specific rfbS sequence polymorphism | |
CN102947467A (zh) | 铜绿假单胞菌血清分型检测方法和试剂盒以及用于该方法和试剂盒的寡核苷酸序列 | |
Mandakovic et al. | Genomic-based restriction enzyme selection for specific detection of Piscirickettsia salmonis by 16S rDNA PCR-RFLP | |
Gand et al. | Development of a real-time PCR method for the genoserotyping of Salmonella Paratyphi B variant Java | |
JP6387500B2 (ja) | 大腸菌の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット | |
Hu et al. | Simultaneous analysis of foodborne pathogenic bacteria by an oligonucleotide microarray assay | |
JP2020115793A (ja) | 肺炎桿菌及び近縁菌種の遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット | |
JP5083571B2 (ja) | 黄色ブドウ球菌の遺伝子型別分類法およびこれに用いるプライマーセット | |
JP5707641B2 (ja) | 緑膿菌の遺伝子型別分類法およびこれに用いるプライマーセット | |
Tracz et al. | Genetic determinants and polymorphisms specific for human-adapted serovars of Salmonella enterica that cause enteric fever | |
Meng et al. | Development of cross‐priming amplification assays for rapid and sensitive detection of Aeromonas hydrophila | |
JP6945200B2 (ja) | Clostridium difficileの遺伝子型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット | |
Madadgar et al. | Genomic and phenotypic evaluation of Salmonella typhimurium and Salmonella enteritidis in Iran | |
Ashford et al. | Brucella | |
JP2007124970A (ja) | Lamp法を用いた百日咳菌遺伝子検出方法およびこの方法に用いるプライマーセット | |
Margos et al. | Species identification and phylogenetic analysis of Borrelia burgdorferi sensu lato using molecular biological methods | |
Matsuyama et al. | Clonal structure in Ichthyobacterium seriolicida, the causative agent of bacterial haemolytic jaundice in yellowtail, Seriola quinqueradiata, inferred from molecular epidemiological analysis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170118 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170118 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20171128 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20180126 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20180612 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20180706 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6387500 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |