JP2014512806A - Ｂ細胞アンタゴニストに対する生物学的マーカー及び応答を予測するための方法 - Google Patents

Ｂ細胞アンタゴニストに対する生物学的マーカー及び応答を予測するための方法 Download PDF

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Abstract

Ｂ細胞アンタゴニストに対する患者の応答を予測する生物学的マーカーが提供される。また提供されるのは、そのような生物学的マーカーを使用する方法である。更に、自己免疫疾患、例えば、関節リウマチなどに罹患し、Ｂ細胞アンタゴニストに応答する可能性がない患者を同定するための方法が、その患者を治療する方法と同様に提供される。そのような患者を治療するための治療薬を選択する方法も提供される。

Description

関連出願に対する相互参照
本出願は、２０１１年２月２８日に出願された米国仮出願第６１／４４７，５１８号、及び２０１１年８月２５日に出願された米国仮出願第６１／５２７，５２５号の利益を主張し、その両方は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
分野
Ｂ細胞アンタゴニストに対する患者の応答を予測する生物学的マーカーが提供される。また提供されるのは、そのような生物学的マーカーを使用する方法である。更に、自己免疫疾患、例えば、関節リウマチなどに罹患し、Ｂ細胞アンタゴニストに応答する可能性がない患者を同定するための方法が、その患者を治療する方法と同様に提供される。そのような患者を治療するための治療薬を選択する方法も提供される。
背景
Ｂリンパ球は自己免疫疾患の病因に重要な役割を果たしている。特定のＢ細胞枯渇治療薬は、例えば、関節リウマチ（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、及び抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）関連血管炎を含む、種々の自己免疫疾患の治療に有効であることが示されている。
Ｂ細胞は骨髄内で成熟し、骨髄を、それらの細胞表面上で抗原結合抗体を発現する状態にする。ナイーブＢ細胞は、最初にその膜結合抗体が特異的である抗原に遭遇すると、細胞は急速に分裂し始め、その子孫は、記憶Ｂ細胞及び最終的に形質細胞に分化する形質芽細胞と呼ばれるエフェクター細胞に分化する。記憶Ｂ細胞は、より長い寿命を持ち、元の親細胞と同一の特異性を持つ膜結合抗体を発現し続ける。形質細胞は、膜に結合した抗体を産生せず、そのかわりに分泌され得る形態で抗体を産生する。分泌される抗体は、体液性免疫の主要なエフェクター分子である。
Ｂ細胞リンパ腫は、細胞表面抗原、ＣＤ２０を発現し、この抗原は、例えばリンパ腫の治療のための治療薬の標的として機能することができる。本質的には、そのような標的化は以下のように一般化することができる：Ｂ細胞のＣＤ２０表面抗原に特異的な抗体が患者に投与される。これらの抗ＣＤ２０抗体は、正常及び悪性Ｂ細胞の（表面上は）両方のＣＤ２０抗原に結合し、ＣＤ２０表面抗原に結合した抗体は、腫瘍性Ｂ細胞の破壊と枯渇につながる可能性がある。従って、そのような抗ＣＤ２０抗体は、Ｂ細胞を枯渇させる治療薬として知られている。
そのような抗ＣＤ２０抗体の一つは、ＣＤ２０抗原に対する、遺伝子操作されたキメラマウス／ヒトモノクローナル抗体であるリツキシマブ（リツキサン（登録商標））抗体である。リツキシマブは、米国特許第５７３６１３７号（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．）において「Ｃ２Ｂ８」と呼ばれる抗体である。リツキシマブは、再発性又は難治性の低悪性度又は濾胞性、ＣＤ２０陽性、Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫の患者の治療に適応される。活性のインビトロのメカニズムの研究は、リツキシマブはヒト補体に結合し、ＣＤＣを通してリンパＢ細胞株を溶解することが実証されている（Ｒｅｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，８３（２）：４３５−４４５（１９９４））。更に、それはＡＤＣＣためのアッセイにおいて有意な活性を有する。リツキシマブは、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫、慢性リンパ性白血病の治療のためだけでなく、ＴＮＦアンタゴニスト療法に対して以前に不十分な応答を示した関節リウマチ（ＲＡ）患者のために、ＦＤＡに承認されている。重要なのは、リツキシマブは、骨髄中のＣＤ２０陰性の初期Ｂ細胞系列前駆体細胞及び後期Ｂ系列の形質細胞を残し、そして治療を受けた患者は、４−６ヶ月で、その末梢血Ｂ細胞プールを通常満たし始める。
関節リウマチ（ＲＡ）は、米国では１．３から２．１万人の間に影響を与える臨床的に重要な、慢性の全身性自己免疫炎症性疾患である（例えば、Ａｌａｍａｎｏｓａ ａｎｄ Ｄｒｏｓｏｓ，Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．Ｒｅｖ．，４：１３０−１３６（２００５）を参照）。ＲＡは、原因不明の自己免疫疾患である。ほとんどのＲＡ患者は、現在利用可能な治療法によってさえも、進行性の関節破壊、変形、障害及び時期尚早の死さえももたらし得る、その病気の慢性の経過を受ける。年間、９００万人以上の医師への訪問、及び２５万人以上の入院がＲＡに起因する。
ＲＡの診断は通常、患者の徴候及び症状の臨床的及び実験室評価に依存する。一般に、ＲＡに罹患が疑われる患者の実験室評価は、リウマチ因子（ＲＦ）として知られている血清中の特定の抗体と環状シトルリン化ペプチド（抗ＣＣＰ）に対する抗体のレベルを決定することを含み得る。（例えば、Ｓｃｈｅｌｌｅｋｅｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４３：１５５−１６３（２０００）；ＤｉＦｒａｎｃｏ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｖ．Ｒｈｅｕｍ．Ｅｎｇｌ．Ｅｄ．，６６（５）：２５１−２５５（１９９９）；Ｒａｎｔａｐａａ−Ｄａｈｌｑｖｉｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４８：２７４１−２７４９（２００３）；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２２（１２）：１５０３−１５０７（２００６）；Ｒｕｓｓｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，３３（７）：１２４０−１２４２（２００６）；Ｏｔａ，Ｒｉｎｓｈｏ ｂｙｏｒｉ．Ｊａｐ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐａｔｈｏｌ．，５４（８）８６１−８６８（２００６）；Ａｖｏｕａｃ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．，６５（７）：８４５−８５１（２００６）を参照）。これらの抗体は、しばしばＲＡ患者の血清中に見出されるが、全てのＲＡ患者がそれらを有するわけではない。赤血球沈降速度（ＥＳＲ）として知られる追加の血液検査を使用してもよい。ＲＡに限らないものの、高いＥＳＲは、炎症過程の一般的な存在を示す。更なる血液検査を、ＲＡと関連しているＣ−反応性タンパク質（ＣＲＰ）などの他の因子のレベルを評価するために使用することができる。さらに、発症した関節のＸ線写真の分析を行ってもよい。つまり、ＲＡを診断するためのそうした現在利用可能な実験室検査は不正確かつ不完全である。
特定の例において、患者は、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）の基準を満たす場合に、ＲＡとの診断がなされる。特定のそのような基準は、最大の改善の前に少なくとも１時間続く関節の内外での朝のこわばり；３箇所以上の関節の関節炎：３箇所以上の関節部が、医師によって観察される軟組織の膨張又は体液（骨の過剰成長のみではない）を有する；１４の起こりうる関節部（左右）は、近位指節間関節（ＰＩＰ）、中手指節関節（ＭＣＰ）、手首、肘、膝、足首及び中足指節関節（ＭＴＰ）である；手関節の関節炎：手首、ＭＣＰ関節又はＰＩＰ関節などにおける、上記のように膨張した少なくとも一つの関節部；対称性関節炎：体の両側の同じ関節部（上記の３以上の関節部の関節炎）の同時関与（ＰＩＰ、ＭＣＰ又はＭＴＰ関節の両側性病変は、絶対的に左右対称でなくとも容認される）リウマトイド結節：医師によって観察される、骨の突出又は伸筋表面上、又は関節近接領域におけるリウマトイド結節；血清リウマチ因子：正常なコントロール患者の５％以下で陽性であるあらゆる方法による血清リウマチ因子の異常な量の証明；エックス線検査の変化：前後方向の手及び手首のＸ線における関節リウマチで典型的なエックス線検査の変化であって、罹患した関節に局所化するかほとんどが罹患した関節に近接する浸食又は明白な骨の脱灰を含む（骨関節炎の変化単独では適さない）。患者が上記の基準の少なくとも四つを満たす場合、ＲＡの診断が典型的に行われる。
特定の場合において、患者が特定の疾患活動性スコア（ＤＡＳ）を有する場合、ＲＡの診断がなされる（例えば、Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ Ｄ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ，１９９３，２０（３）：５７９−８１；Ｐｒｅｖｏｏ Ｍ．Ｌ．ｅｔ ａｌ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，１９９５，３８：４４−８を参照）。ＤＡＳシステムは、疾患活動性の現在の状態と変化の両方を表す。ＤＡＳスコアリングシステムは、ＲＡにおける臨床試験から得られた重み付き数式を用いる。例えば、ＤＡＳ２８は、０．５６（Ｔ２８）＋０．２８（ＳＷ２８）＋０．７０（Ｌｎ ＥＳＲ）＋０．０１４ ＧＨであり、ここでＴは圧痛関節数、ＳＷは腫脹関節数、ＥＳＲは赤血球沈降速度、及びＧＨはグローバルヘルス（ｇｌｏｂａｌ ｈｅａｌｔｈ）である。ＤＡＳの様々な値は、高い又は低い疾患活動性ならびに寛解を表し、その変化とエンドポイントスコアは反応の程度（無し、中等度、良好）による患者の分類をもたらす。
多発性硬化症（ＭＳ）は、脳及び脊髄に影響を与える中枢神経系の自己免疫性脱髄疾患である。ＭＳは一般に、再発寛解型の経過又は慢性進行性の経過を示す。再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）は、発作後の部分的又は全体的な回復により特徴付けられる。二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）は、着実に進行性になる再発寛解型経過である。発作と部分的回復が発生し続ける可能性がある。原発性進行性ＭＳ（ＰＰＭＳ）は発症から進行性である。ＰＰＭＳの患者の症状は、一般には寛解しない、−すなわち強さが減少しない。ＭＳに対する現在の治療は、コルチコステロイド、ベータインターフェロン（ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標）、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標））、酢酸グラチラマー（ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、メトトレキサート、アザチオプリン、シクロホスファミド、クラドリビン、バクロフェン、チザニジン、アミトリプチリン、カルバマゼピン（Ｂｅｒｋｏｗら（編）、１９９９、前掲）及びナタリズマブ（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））を含む。更に、ＭＳの病因にＢ細胞が関係があるとする報告に一致して、リツキシマブはＲＲＭＳにおいて（例えばＣｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｉｍｍｕｎｏｌ．１８０：６３−７０（２００６）を参照）及びＰＰＭＳにおいて（例えばＨａｗｋｅｒ Ｋ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｎｅｕｒｏｌ．６６（４）：４６０−７１（２００９）を参照）相当の臨床活性を示している。
一般的な疾患を持つ患者のほとんどは、プロテイナーゼ３又はミエロペルオキシダーゼに対する抗体を持っているため、ウェゲナー肉芽腫症及び顕微鏡的多発血管炎は、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）関連血管炎として分類される（Ｊｅｎｎｅｔｔｅ ＪＣ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ３７：１８７−１９２（１９９４）；Ｆｉｎｋｉｅｌｍａｎ ＪＤ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｍｅｄ １２０（７）：６４３．ｅ９−６４３．１４（２００７））。ＡＮＣＡ関連血管炎は、小規模から中規模の血管に影響を与え、気道、腎臓に好発する。（Ｈｏｆｆｍａｎ ＧＳ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ １１６：４８８−４９８（１９９２）；Ｇｕｉｌｌｅｖｉｎ Ｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４２：４２１−４３０（１９９９）；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ−Ｋｅｌｌｅｒ Ｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４３：１０２１−１０３２ （２０００）；Ｓｔｏｎｅ ＪＨ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４８：２２９９−２３０９（２００３））。シクロホスファミド及びグルココルチコイドは、ほぼ４０年間において寛解誘導のための標準的治療法であった。（Ｎｏｖａｃｋ ＳＮ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２８４：９３８−９４２（１９７１）；Ｆａｕｃｉ ＡＳ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ （Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ）５２：５３５−５６１（１９７３））．より最近では、多くの研究が、リツキシマブはウェゲナー肉芽腫症及びＡＮＣＡ−血管炎の臨床活性を示すことを示している。（Ｓｐｅｃｋｓ ｅｔ ａｌ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ，４４（１２）：２８３６−２８４０（２００１）；Ｋｅｏｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｋｉｄｎｅｙ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓ．Ｒｅｓ．，２６：２９３（２００３）；Ｅｒｉｋｓｓｏｎ，”Ｋｉｄｎｅｙ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２６：２９４（２００３）；Ｊａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｋｉｄｎｅｙ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２６：２９４−２９５（２００３）；Ｅｒｉｋｓｓｏｎ，Ｊ．Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄ．，２５７：５４０−５４８（２００５）；Ｋｅｏｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ，５２：２６２−２６８（２００５）；Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊ．Ｍｅｄ．３６３（３）：２２１−２３１（２０１０））．
ＲＡにおいて数多くの出版された研究は、種々の治療薬に対する患者の応答性を予測するために使用することができるバイオマーカーを含む、診断及び予後の目的のために信頼性の高いバイオマーカーを同定する試みを報告している。（例えば、Ｒｉｏｊａ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍ．５８（８）：２２５７−２２６７（２００８）；Ｐｙｒｐａｓｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．Ｔｈｅｒ．１４（１）：４３−４８（２０１０）；国際公開第２００４／０００９４７９号；国際公開第２００７／０１０５１３３号；国際公開第２００７／０３８５０１号；国際公開第２００７／１３５５６８号；国際公開第２００８／１０４６０８号；国際公開第２００８／０５６１９８号；国際公開第２００８／１３２１７６号；及び国際公開第２００８／１５４４２３号を参照）。しかしながら、臨床医又は他の人に、リウマチ性関節炎、臨床活性、治療に対する応答、予後、又は疾患を発症するリスクの病態生理学的な態様を正確に定義することを可能とする、臨床的に検証された診断マーカー、例えば、バイオマーカーは同定されていない。従って、ＲＡ患者が治療を求めるため、特定の患者に対して効果的な治療薬の探索に関わるかなりの試行錯誤がある。最も効果的な治療法を見つけるために、そのような試行錯誤ではしばしば、患者に相当なリスクや不快感を伴う。従って、どの患者がどの治療に応答するかを決定し、そしてそうした決定を関節リウマチ患者のためのより効果的な治療法に組み込むために、より効果的な手法が必要である。
客観的に患者のリウマチ性疾患の存在を同定し及び／又は分類し、関節リウマチ、多発硬化症又はＡＮＣＡ血管炎の病態生理学的態様、並びに臨床活性、種々の治療薬に対する応答を含む治療に対する応答、予後、及び／又は疾患を発症するリスクを定義するために使用することができる、分子ベースの診断方法を含む、追加の診断法を持つことが非常に有利であろう。また、疾患の様々な臨床的及び／又は病態生理学的及び／又は他の生物学的指標に関連した分子ベースの診断マーカーを持つことが有利であろう。従って、関節リウマチ並びに他の自己免疫障害に関連する新規分子性バイオマーカーを同定するためのの継続的必要性がある。このような関連は、患者における疾患の存在の同定、又は疾患の発症に対する感受性の決定に大いに利益を与えるであろう。このような関連は、ＲＡ、ＭＳ、ＡＮＣＡ血管炎の病態生理学的な態様、臨床活性、治療への反応、又は予後の同定に大いに利益を与えるであろう。更に、そのような関連に関する統計的及び生物学的に有意かつ再現可能な情報は、有意に特定の治療薬による治療の恩恵を受けることが予想される患者の特定のサブセットを同定するために、不可欠な構成要素として利用することができ、例えば、そこでは、そのような特定の患者集団においては、治療薬が、臨床試験において治療上の利益であるか又は治療上の利益であると示されている。
本明細書に記載の本発明は、特定の上述の必要性を満たし、他の利点を提供する。
本明細書に引用される全ての参考文献は、特許出願及び刊行物を含み、任意の目的のためにその全体が参考により援用される。
概要
本発明の組成物及び方法は、ＲＡ患者の後期Ｂ系列段階の形質／形質芽細胞に対する一定の分子マーカーのベースラインの血中濃度の上昇、及び特定の実施態様において、ＲＡ患者におけるナイーブ／成熟Ｂ細胞に対する一定の分子マーカーのベースラインの血中濃度の減少が、Ｂ細胞アンタゴニスト、例えば、抗ＣＤ２０モノクローナル抗体による治療に対するＲＡ患者の応答を予測し、そのような分子マーカーの、単独で又は組み合わせにおける使用が、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療レジメンに対する患者の応答を予測するという発見に、少なくとも部分的に基づいている。ある実施態様において、そのような分子マーカーは、単独で又は組み合わせにおいて、所定の他の自己免疫疾患、例えば、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ−血管炎に罹患した患者の、Ｂ細胞アンタゴニストでの治療に対する応答性を予測する。
従って、一態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測するための組成物が提供される。ある実施態様において、組成物は、対照患者から得られた生物学的サンプル中での全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡのレベルと比較して、又は全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡについての閾値と比較して、患者から得られた生物学的サンプル中で上昇した全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡを含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、組成物は、対照被験者の生物学的サンプル中の全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡのレベルと比較して、又は全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡの閾値と比較して、患者の生物学的サンプル中の低レベルの全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡを含むバイオマーカーを更に含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血である。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
別の態様において、組成物は、対照被験者から得られた生物学的サンプル中での形質／形質芽細胞で濃縮された遺伝子の発現レベルに比較して、患者から得られた生物学的サンプル中に、上昇した発現レベルの形質／形質芽細胞で濃縮された遺伝子を含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、組成物は、形質／形質芽細胞で濃縮された遺伝子の閾値に比較して、患者から得られた生物学的サンプル中に、上昇した発現レベルの形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪである。ある実施態様において、バイオマーカーはｍＲＮＡを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血である。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
別の態様において、組成物は、対照被験者の生物学的サンプル中のナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現レベルと比較して、患者の生物学的サンプル中で、低い発現レベルのナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、組成物は、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値に比較して、患者から得られた生物学的サンプル中に、低い発現レベルのナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、バイオマーカーはｍＲＮＡを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血である。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
さらに別の態様において、組成物は、１つ以上のバイオマーカーを含む。ある実施態様において、組成物は、患者の生物学的サンプル中で、上昇した発現レベルの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカー、及び低い発現レベルのナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカーを含む。ある実施態様において、患者の生物学的サンプル中の一以上のバイオマーカーの発現レベルが、対照患者の生物学的サンプル中の発現レベルと比較される。ある実施態様において、患者の生物学的サンプル中の一以上のバイオマーカーの発現レベルが、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子に対する閾値及びナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値と比較される。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、一以上のバイオマーカーはｍＲＮＡを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血である。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
別の態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測するための方法が提供される。ある実施態様において、本方法は、患者から得られた生物学的サンプル中で、形質／形質芽細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の発現を測定すること、及び患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現と、又は少なくとも一つの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子に対する閾値と比較することを含み、ここで対照被験者の生物学的サンプル中での発現に対して、又は閾値に対して比較して、患者の生物学的サンプル中での少なくとも一つの遺伝子の上昇した発現が、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測する。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪである。ある実施態様において、少なくとも一つの遺伝子の発現を測定することは、ｍＲＮＡを測定することを含む。更なる実施態様において、ｍＲＮＡを測定することは、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血を含む。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
更に別の態様において、本方法は、患者から得られた生物学的サンプル中で、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの、遺伝子の発現を測定すること、及び患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現と、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値と比較することを含み、ここで対照被験者の生物学的サンプル中での同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値に対して比較して、患者の生物学的サンプル中での少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の低レベルの発現が、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測する。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、少なくとも一つの遺伝子の発現を測定することは、ｍＲＮＡを測定することを含む。更なる実施態様において、ｍＲＮＡを測定することは、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血を含む。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
更に別の態様において、本方法は、患者から得られた生物学的サンプル中で、形質／形質芽細胞で濃縮された少なくとも一つの遺伝子の発現、及びナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮された少なくとも一つの遺伝子の発現を測定することを含む。ある実施態様において、患者の生物学的サンプル中での形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の発現レベル、及びナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現レベルが、対照被験者の生物学的サンプル中での同じそれぞれの遺伝子の発現レベルに対して比較される。ある実施態様において、患者の生物学的サンプル中での形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の発現レベル、及びナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現レベルが、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子及びナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値とそれぞれ比較される。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、遺伝子発現を測定することはｍＲＮＡを測定することを含む。更なる実施態様において、ｍＲＮＡを測定することは、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血を含む。ある実施態様において、患者は、関節リウマチを患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、患者は、再発寛解型多発性硬化症、又は一次性進行型多発性硬化症を患っている、または、患っていると疑われる。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、抗ＣＤ２０抗体である。更なる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、リツキシマブである。さらなる実施態様において、抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブである。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対して予測される応答は、無応答である。
別の態様において、Ｂ細胞アンタゴニスト以外の治療薬の治療的有効量を投与することを含む、患者の自己免疫疾患を治療する方法が提供される。ある実施態様において、治療に先立ち患者から得られた生物学的サンプルは、対照被験者から得られた生物学的サンプル中で同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又は形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子に対する閾値に対して比較して、形質／形質芽細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇を保有することが示されている。ある実施態様において、生物学的サンプルは、対照被験者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値に対して比較して、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の低レベルの発現を保有することが更に示されている。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪである。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血を含む。ある実施態様において、自己免疫疾患は、関節リウマチ、多発性硬化症、再発寛解型多発性硬化症、一次性進行型多発性硬化症、ループス、又はＡＮＣＡ−血管炎である。
一態様において、遺伝子発現は、マイクロアレイによって測定される。別の態様において、遺伝子発現は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又はリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）によって測定される。別の態様において、遺伝子発現は、多重ＰＣＲによって測定される。別の実施態様によれば、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の発現は、対照被験者の生物学的サンプルのそれと比較したとき、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の相対的ｍＲＮＡのレベルが、対照被験者のｍＲＮＡのレベルの二倍以上である場合に、上昇したと考えられる。別の実施態様によれば、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の相対的ｍＲＮＡのレベルが、対照被験者のサンプル中のレベルに比較して、３倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、又は３０倍以上である。別の実施態様において、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の発現は、対照被験者の生物学的サンプルのそれと比較したとき、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の相対的ｍＲＮＡのレベルが、対照被験者のｍＲＮＡのレベルの二倍未満である場合に、低いと考えられる。別の実施態様によれば、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の発現は、対照被験者の生物学的サンプルのそれと比較したとき、患者の生物学的サンプル中の目的の遺伝子の相対的ｍＲＮＡのレベルが、対照被験者のサンプルにおけるレベルに比較して、３倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、２５倍、または３０倍未満である場合に、低いと考えられる。
別の態様において、遺伝子発現レベルは、ＰＣＲ法やマイクロアレイ法によって測定される。一実施態様において、マイクロアレイ法は、上述した遺伝子をコードする核酸分子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズできる１つまたは複数の核酸分子を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様では、ＰＣＲ法は多重ＰＣＲである。
さらに別の態様において、自己免疫疾患に罹患している患者の治療のための治療薬を選択する方法が提供される。ある実施態様において、本方法は、患者から生物学的サンプルを得ること；患者から得られた生物学的サンプル中で、形質／形質芽細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の発現を測定すること；患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現と、又は少なくとも一つの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子に対する閾値と比較すること；患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現が、対照被験者の生物学的サンプル中の発現と、又は閾値と比較して上昇しているかどうかを決定すること；及び、患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現が上昇している条件で、Ｂ細胞アンタゴニスト以外の治療薬を選択することを包含する。患者から得られた生物学的サンプル中で、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の発現を測定すること；患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現と、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値と比較すること；患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現が、対照被験者の生物学的サンプル中での同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子に対する閾値に対して比較して低いかどうかを決定し；少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現が低い条件で、Ｂ細胞アンタゴニスト以外の治療薬を選択することを包含する。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪである。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、ナイーブ／成熟Ｂ細胞遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＦＣＲＬ５である。ある実施態様において、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子はＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子はＣＤ１９である。ある実施態様において、遺伝子発現を測定することはｍＲＮＡを測定することを含む。更なる実施態様において、ｍＲＮＡを測定することは、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む。ある実施態様において、生物学的サンプルは全血を含む。ある実施態様において、自己免疫疾患は、関節リウマチ、多発性硬化症、再発寛解型多発性硬化症、一次性進行型多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ−血管炎から選択される。
図１は、実施例１に記載されるように、Ｂ細胞及び形質芽細胞に対する血中ｍＲＮＡバイオマーカーを示す。（Ａ）ＣＤ２０のｍＲＮＡ発現レベル（ｘ軸）に比較した血中のＣＤ１９陽性Ｂ細胞（ｙ軸；細胞／μｌ）；（Ｂ）形質芽細胞及び成熟Ｂ細胞マーカーのＲＴ−ｑＰＣＲ発現レベルと様々なＢ細胞サブセットの間の相関係数；下の濃淡のバーは、低（左側）から高（右側）の相対的発現レベルを示す。（Ｃ）１５日と８４日に、ベースラインでリツキシマブを受ける患者からの全血ＲＮＡにおける全ゲノムｍＲＮＡマイクロアレイ解析（ｘ軸）に比較したＩｇＪの発現レベル（ＲＴ−ｑＰＣＲ；ｙ軸）に対するピアソンの相関係数；（Ｄ）ＡＣＲ５０非応答者（左側）と応答者（右側）におけるベースラインＩｇＪのｍＲＮＡレベルの比較；点線は０．１発現単位閾値を示す；ＩｇＪのレベルが０．１発現単位閾値を越える個体は白丸（ＡＣＲ５０非応答者、左側）及び白正方形（ＡＣＲ５０応答者、右側）として示される。 図２は、実施例１に説明されるように単一バイオマーカーのＣＤ１９（Ａ），ＦＣＲＬ５（Ｂ）及び併用バイオマーカーのＩｇＪｈｉ ＣＤ１９ｌｏ（Ｃ）に基づいて層別化された、ＲＥＦＬＥＸ試験からの患者群におけるＡＣＲ５０奏効率を示す。斜線のバー（Ａ−Ｃ）、リツキシマブによる治療を受けた患者の６ヶ月でのＡＣＲ５０奏功率；白いバー（Ａ−Ｃ）はプラセボを受けた患者の６ヶ月での（１６８日）ＡＣＲ５０奏功率。パネルＡ〜Ｃのバーの上の水平線は、バイオマーカー陽性と陰性のサブグループ間での活性なリツキシマブ群とプラセボ群に対するＡＣＲ５０の割合の相違について計算された統計の概要を指す。Ｐ値はフィッシャー正確確率検定を用いて計算した。「ｎ」は各サブグループにおける個々の患者の数を指す。これらの実験において、閾値は：ＩｇＪ発現≧０．１，ＦＣＲＬ５発現≧０．０２，及びＣＤ１９≧０．０５．ＩｇＪｈｉＣＤ１９ｌｏサブグループ（Ｃ）はＩｇＪ発現≧０．１及びＣＤ１９発現＜０．０５を有する。 図３は、実施例１に記載されるように、抗ＣＤ２０治療又はプラセボ後の患者からのｍＲＮＡにおけるＩｇＪバイオマーカーを示す。（Ａ）ＲＥＦＬＥＸ（リツキシマブ）試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪバイオマーカー；（Ｂ）ＤＡＮＣＥＲ（リツキシマブ）試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪバイオマーカー；（Ｃ）ＳＥＲＥＮＥ（リツキシマブ）試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪバイオマーカー；（Ｄ）ＳＣＲＩＰＴ（オクレリズマブ）試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪバイオマーカー；（Ｅ）統計で、個々の試験、集団における反復試験に対して（ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴ）、及び全試験一緒に対して、ＩｇＪｈｉサブグループと比較した場合のＩｇＪｌｏサブグループにおけるＡＣＲ５０応答の濃縮についてのオッズ比と９５％ｃ．ｉ． 図４は、実施例１に記載されるように、抗ＣＤ２０治療又はプラセボ後の患者からのｍＲＮＡにおけるＩｇＪ／ＦＣＲＬ５バイオマーカーを示す。（Ａ）ＲＥＦＬＥＸ試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏバイオマーカー；（Ｂ）ＤＡＮＣＥＲ試験のベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏバイオマーカー；（Ｃ）ＳＥＲＥＮＥ試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５バイオマーカー；（Ｄ）ＳＣＲＩＰＴ試験のベースラインのｍＲＮＡサンプル中のＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏバイオマーカー。（Ｅ）統計で、個々の試験、集団におけり反復試験に対して（ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴ）、及び全試験一緒に対して、残りの患者と比較した場合のＩｇＪｈｉＦｃＲＬ５ｌｏサブグループにおけるＡＣＲ５０応答の濃縮についてのオッズ比と９５％ｃ．ｉ． 図５は、実施例１に説明されるように、全試験にわたって、ＩｇＪ（Ａ−Ｃ）及びＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏ（Ｄ−Ｆ）バイオマーカーにより層別化されたＡＣＲ２０（Ａ，Ｄ），ＡＣＲ７０（Ｂ，Ｅ）及びΔＤＡＳ２８（Ｃ，Ｆ）の結果を示す。 図６は、実施例１に説明されるように、ＳＣＲＩＰＴオクレリズマブ試験におけるＲＴ−ｑＰＣＲによりアッセイされたベースラインのＩｇＪのｍＲＮＡレベルを示す。
詳細な説明
別に規定されない限り、本明細書で使用される技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を持つ。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ 第２版，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９４）、及びＭａｒｃｈ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ 第４版，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９２）は、本出願で使用される多くの用語に対する一般的な指針を当業者に与える。
所定の定義
本明細書を解釈する目的のために、以下の定義が適用され、適切な場合にはいつでも、単数形で使用される用語は複数も含み、その逆もある。以下に説明される任意の定義が、参照により本明細書に組み込まれる任意の文書と矛盾する場合には、以下に説明される定義が統制するであろう。
この明細書と付加された請求項において使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が特に明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。従って、例えば、「タンパク質」に対する参照は複数のタンパク質を含み；「細胞」に対する参照は細胞の混合物などを含む。
用語「自己免疫疾患」は、個体の自己組織又は臓器、又は同時分離又はその徴候又は結果として生じるその症状に対する及びそれらから生じる疾患又は症状である。典型的には、自己免疫疾患の様々な臨床及び実験室でのマーカーが存在する。限定されないが、高ガンマグロブリン血症、高レベルの自己抗体、組織中の抗原−抗体複合体の沈着、コルチコステロイド又は免疫抑制治療からの臨床的利益、発症した組織におけるリンパ細胞凝集体が存在し得る。
「関節リウマチ」（ＲＡ）は、関節軟骨に対して生じた損傷を持つ複数の関節の滑膜を主に伴い、慢性の全身性自己免疫炎症性疾患を指し、関節破壊をもたらす。ＲＡの主な症状としては、痛み、硬直、腫れ、及び／又は１つまたは複数の関節の機能の喪失である。
「多発性硬化症」（ＭＳ）は、自己免疫性脱髄疾患である。ＭＳは一般に、再発寛解型の経過又は慢性進行性の経過を示す。
本明細書で使用される場合、「再発寛解型ＭＳ」（ＲＲＭＳ）は、発作後の部分的又は全体的な回復により特徴付けられる。
用語「二次性進行型多発性硬化症」（ＳＰＭＳ）は、着実に進行性になる、ＭＳの再発寛解型のコースを指す。発作と部分的回復が発生し続ける可能性がある。
用語「一次性進行型多発性硬化症」（ＰＰＭＳ）は、発症から進行性であるＭＳを指す。ＰＰＭＳの患者の症状は、一般には寛解しない、−すなわち強さが減少しない。
本明細書において交換可能に使用される用語「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを意味し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらのアナログ、又はＤＮＡ又はＲＮＡポリメラーゼによりポリマー中に組み込むことができる任意の基質であってもよい。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらのアナログなどの修飾ヌクレオチドを含んでいてもよい。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの組み立て前または後に分け与えることができる。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは、標識成分との結合などによって、重合後に更に修飾することができる。他のタイプの修飾には、例えば「キャップ（ｃａｐｓ）」、類似体との自然に生じたヌクレオチドの一又は複数の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結（例えばホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミダート、カルバマート等）及び荷電連結（ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート等）を有するもの、ペンダント部分、例えばタンパク質（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ−Ｌ−リジン等）を含むもの、インターカレータ（ｉｎｔｅｒｃａｌａｔｏｒｓ）を有するもの（例えばアクリジン、ソラレン等）、キレート剤（例えば金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属等）を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾された連結を含むもの（例えばアルファアノマー核酸等）、並びにポリヌクレオチド（類）の未修飾形態が含まれる。更に、糖類中に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホナート基、ホスファート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されてもよく、又は付加的なヌクレオチドへのさらなる連結を調製するように活性化されてもよく、もしくは固体又は半固体担体に結合していてもよい。５’及び３’末端のＯＨはホスホリル化可能であり、又は１〜２０の炭素原子を有する有機キャップ基部分又はアミンで置換することもできる。また他のヒドロキシルは標準的な保護基に誘導体化されてもよい。またポリヌクレオチドは当該分野で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものをさらに含み得、これらには例えば２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖の類似体、アルファ−アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び非塩基性ヌクレオシド類似体、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル連結は代替の連結基で置き換えてもよい。これらの代替の連結基には、限定されるものではないが、ホスファートがＰ（Ｏ）Ｓ（「チオアート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオアート」）、「（Ｏ）ＮＲ２（「アミダート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）と置き換えられた実施態様のものが含まれ、ここでそれぞれのＲ及びＲ’は独立して、Ｈであるか又は、エーテル（−Ｏ−）結合を含んでいてもよい置換もしくは未置換のアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル又はアラルジル（ａｒａｌｄｙｌ）である。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。先の記述は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含むここで引用される全てのポリヌクレオチドに適用される。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも長さがおよそ７ヌクレオチドで、かつ長さがおよそ２５０ヌクレオチド未満である短い一本鎖のポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成物であってもよい。用語「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は、相互に排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上記の説明はオリゴヌクレオチドに対して等しく、完全に適用される。
用語「プライマー」は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般的に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、相補的核酸のハイブリダイゼーションを可能にする一本鎖ポリヌクレオチドを称する。
用語「アレイ」又は「マイクロアレイ」は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブ（例えばオリゴヌクレオチド）の秩序だった配置を意味する。基質は、ガラススライドなどの固体基質、又はニトロセルロースメンブレンなどの半固体基質でありうる。
用語「増幅」は、参照核酸配列又はその相補鎖の一又は複数のコピーを生産するプロセスを称する。増殖は、線形的又は指数関数的（例えばＰＣＲ）でありうる。「コピー」は、鋳型配列に対する完全な配列相補性又は同一性を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナログ、例えばデオキシイノシン、意図的な配列変化（例えば鋳型に完全には相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入される配列変化）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
用語「検出」は、直接的及び間接的な検出を含む検出する任意の手段を含む。
「上昇した発現」又は「上昇したレベル」は、自己免疫疾患、例えばＲＡなどに罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照に対して、又は事前に確立された閾値又はカットオフ値に対して、患者におけるｍＲＮＡ又はタンパク質の発現の増加を指す
用語「多重ＰＣＲ」は、単一反応で二以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のため、一以上のプライマーの組を使用して、単一供給源（例えば患者）から得られた核酸で実施される単一ＰＣＲ反応を指す。
本出願で使用される場合、「リウマチ因子」又は「ＲＦ」は、患者の血清中で検出され、ヒト及び動物のＩｇＧに存在する抗原決定基を指向する抗体の、ＩｇＭ、ＩｇＧ、又はＩｇＡアイソタイプを単独又は組み合わせで指す。
用語「ＲＦに対して陽性」とは、結果が、検出可能なレベルのＲＦを再現可能に含むと見なされるサンプルに対するそのアッセイについての閾値又はカットオフ値を越えている、ＲＦについてのアッセイ、例えばＥＬＩＳＡアッセイなどの結果を指す。
用語「ＲＦに対して陰性」とは、結果が、検出不可能なレベルのＲＦを再現可能に含むと見なされるサンプルに対するそのアッセイについての閾値又はカットオフ値を以下である、ＲＦについてのアッセイ、例えばＥＬＩＳＡアッセイなどの結果を指す。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ａｕｓｕｂｅｌ等，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，（１９９５）を参照のこと。
「ストリンジェントな条件」又は「高度のストリンジェンシー条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃において０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃において５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドと０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを用いるもの；又は（３）４２℃における５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５ｘデンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸と、４２℃における０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び５５℃での５０％ホルムアミド、次いで５５℃におけるＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる高ストリンジェンシー洗浄を用いるもの、によって同定される。
「中程度のストリンジェント条件」は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，１９８９）に記載されているように同定され、上記のストリンジェントより低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェント条件は、２０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中の３７℃での終夜インキュベーション、次いで１ｘＳＳＣ中３７−５０℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかを認識する。
本明細書で使用される用語「バイオマーカー」は、患者の表現型の指標、例えば、病理学的状態又は治療薬に対する応答性の可能性を指し、それらは患者の生物学的サンプル中に検出することができる。バイオマーカーは、限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、又は糖脂質ベースの分子マーカーを含む。
用語「診断」は、分子的又は病理学的状態、疾患又は状態の同定または分類を指すために本明細書で使用される。例えば、「診断」は、特定のタイプのＲＡを同定することを指し得る。「診断」は、例えば、組織病理学的な基準（例えば、リンパ球浸潤又は濾胞様リンパ様クラスター）によって、又は分子的特徴（例えば、前記遺伝子によりコードされた特定の遺伝子又はタンパク質の一つ又は組み合わせの発現により特徴付けられるサブタイプ）による特定のサブタイプのＲＡの分類を指す場合もある。
用語「診断幇助」は、本明細書において、特定のタイプの症状または状態の存在、又は性質に関する臨床的決定を行うことにおいて支援する方法を指す。例えば、ＲＡの診断を支援する方法は、個体からの生物学的サンプル中で特定の遺伝子死の発現を測定することを含むことができる。
用語「予後」は、本明細書において、ＲＡなどの自己免疫疾患の自己免疫疾患に起因する疾患の症状の可能性の予測を指すために使用される。
用語「予測」は、本明細書において、患者が、薬物（治療薬）又は一組の薬物、又は治療レジメンに対して、有利又は不利の何れかで応答するであろう可能性を言及するために使用される。一実施態様において、予測は、それらの応答の程度に関する。一実施態様において、予測は、患者が治療後、例えば、特定の治療薬による治療後に、又は疾患が再発することなく一定の期間、生存するか又は好転するかどうか及び／又はその可能性に関する。本発明の予想方法は、任意の特定の患者に対して最も適切な治療法を選択することにより治療の判断を下すために臨床的に使用することができる。本発明の予測方法は、例えば、所与の治療薬又はその組合せの投与、外科的介入、ステロイド治療等を含む所与の治療レジメンなどの治療計画に患者が良好に応答する可能性があるか、あるいは治療レジメン後に患者が長期生存するかどうか可能性があるかを予測することにおいて貴重なツールである。
本明細書で用いられる場合、「治療」は、治療されている個体又は細胞の自然経過を変えようと試みる臨床的介入を指し、臨床病理の過程の前かその最中に実行できる。治療の望ましい効果は、疾患又はその状態又はその症状の発生又は再発を予防し、疾患の状態又は症状を緩和し、疾患のを直接または間接的な病理学的帰結を減少させ、疾患の進行速度を減少させ、疾患状態を寛解又は軽減させ、及び寛解または予後の改善を達成することを包含する。幾つかの実施態様において、本発明の方法及び組成物は、疾患又は障害の発生を遅延させる試みにおいて有用である。
「有効量」とは、所望の治療的又予防的結果を達成するために必要な用量及び期間での、有効な量を指す。治療薬の「治療的有効量」は、疾患状態、年齢、性別、及び個々の体重、及び個体において所望の応答を誘発する抗体の能力などの要因に従って変わり得る。治療的有効量はまた、治療薬の毒性又は有害作用を、治療的に有益な作用が上回るものである。「予防的有効量」とは、所望の予防的成果を達成するために必要な用量及び期間での有効な量を指す。必ずでは無いが典型的には、予防的投与量は疾患の前又は疾患の初期の段階で使用されるため、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないであろう。
「個体」又は「被検体」又は「患者」は、脊椎動物である。ある実施態様において、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、霊長類（ヒト及び非ヒト霊長類を含む）及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。所定の実施態様において、哺乳動物はヒトである。
「対照被験者」は、特定の疾患、例えばＲＡなどを有していると診断されておらず、その疾患に関連した任意の徴候又は症状に罹患していない健常被験者を指す。
用語「サンプル」は。本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特性に基づいて、特徴付けされ及び／又は同定されるべき、細胞性及び／又は他の分子性実体を含む、対象の被験者から得られた又は由来した組成物を指す。例えば、「疾患サンプル」なる句及びその変形は、特徴付けられるべきである細胞性及び／又は分子性実体を含むことが予想されるか又は知られている、対象の被験者から得られた任意のサンプルを指す。
「組織」又は「細胞サンプル」は、被写体又は患者の組織から得られた類似の細胞の収集物を意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検又は吸引からの固形組織、血液又は任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織サンプルはまた、初代細胞又は培養細胞又は細胞株であり得る。任意で、組織又は細胞のサンプルは、疾患組織／臓器から得られる。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。本明細書で使用される場合、「参照サンプル」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照サンプル」、「対照細胞」又は「対照組織」は、本発明の方法又は組成物が同定するために用いられている疾患又は状態に罹患していないことがわかっているか、又は考えられている供給源から採取した試料、細胞又は組織を指す。一実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者と同じ身体の健康な部分から採取される。一実施態様では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者でない個体の身体の健康な部分から採取される。
本明細書における目的において、組織サンプルの「切片」とは、組織サンプルの一部又は一片、例えば組織サンプルから切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。本発明が、組織サンプルの同じ切片が形態学的及び分子的レベルで分析されるか、又はタンパク質及び核酸の両方に関して分析される方法を含むと理解される場合に、組織サンプルの複数の切片が採取され、本発明に係る分析に供されてもよいと理解される。
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うかどうかを決定してもよい。遺伝子発現分析又はプロトコルの実施態様に関し、遺伝子発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するかどうかを決定してもよい。
「医薬」は、疾患、障害及び／又は状態を治療するために活性な薬剤である。
特定の治療薬又は治療法の選択肢に対する「耐性増加」なる用語は、本発明に従って使用される場合、薬物の標準用量又は標準的な治療プロトコルへの応答を低下させたことを意味する。
特定の治療薬又は治療法の選択肢に対する「感受性低下」なる用語は、本発明に従って使用される場合、薬物の標準用量又は標準的な治療プロトコルへの応答を低下させたことを意味し、そこでは低下した応答は、薬剤の投与量、又は治療の強度を増加させることによって（少なくとも部分的に）補償することができる。
「患者応答」又は「応答」は、限定するものではないが以下のものを含む患者に利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価できる。（１）緩徐化及び完全な停止を含む、ある程度の疾患進行の阻害、（２）疾患出現及び／又は症状の数の減少、（３）病変サイズの減少、（４）近接する末梢器官及び／又は組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）、（５）疾患の拡がりの阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）、（６）必ずではないが疾患病変の退縮又は除去が生じ得る自己免疫応答の減少、（７）障害と関連する一又は複数の症状の、ある程度の軽減、（８）治療後の無症候期間の増加、及び／又は（９）治療後の特定の時点での死亡率の減少。
用語「遺伝子特性」は、「遺伝子発現特性」と互換的に使用され、その発現が、特定の分子、病理学的組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる特定のサブタイプまたは疾患状態の指標である遺伝子の一又は組み合わせを指す。ある実施態様において、遺伝子発現特性は、特定の治療薬又は治療レジメンに対する患者の応答性を予測する。ある実施態様において、遺伝子特性を含む一又は複数の遺伝子の発現は、対照被検体におけるそれと比べて上昇する。ある実施態様において、遺伝子特性を含む一又は複数の遺伝子の発現は、対照被検体におけるそれと比べて減少する。ある実施態様において、遺伝子特性を含む一又は複数の遺伝子の発現は、対照被検体におけるそれらの遺伝子の発現に比較して、試験被検体（例えば患者）において差次的に制御される。
用語「タンパク質特性」は、「タンパク質発現特性」と互換的に使用され、その発現が、特定の分子、病理学的組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる特定のサブタイプまたは疾患状態の指標であるタンパク質の一又は組み合わせを指す。ある実施態様において、タンパク質発現特性は、特定の治療薬又は治療レジメンに対する患者の応答性を予測する。ある実施態様において、タンパク質特性を含む一又は複数のタンパク質の発現は、対照被検体におけるそれと比べて上昇する。ある実施態様において、タンパク質特性を含む一又は複数のタンパク質の発現は、対照被検体におけるそれと比べて減少する。ある実施態様において、タンパク質特性を含む一又は複数のタンパク質の発現は、対照被検体におけるそれらのタンパク質の発現に比較して、試験被検体（例えば患者）において差次的に制御される。
「ＲＡ治療薬」、「ＲＡを治療するために有効な治療薬」及びその文法的変形は、本明細書で使用される場合、有効量で与えられると、ＲＡを有する被検体に治療的利益を与えることが知られ、臨床的に示され、又は臨床医により期待される薬剤を指す。
「ＭＳ治療薬」、「ＭＳを治療するために有効な治療薬」及びその文法的変形は、本明細書で使用される場合、有効量で与えられると、ＭＳを有する被検体に治療的利益を与えることが知られ、臨床的に示され、又は臨床医により期待される薬剤を指す。
「ＡＮＣＡ−血管炎治療薬」、「ＡＮＣＡ−血管炎を治療するために有効な治療薬」及びその文法的変形は、本明細書で使用される場合、有効量で与えられると、ＡＮＣＡ−血管炎を有する被検体に治療的利益を与えることが知られ、臨床的に示され、又は臨床医により期待される薬剤を指す。
「Ｂ細胞表面マーカー」または「Ｂ細胞表面抗原」は、本明細書中では、それと結合するアンタゴニストで標的化され得るＢ細胞の表面で発現される抗原である。Ｂ細胞表面マーカーの例としては、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１）、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ５３、ＣＤ７２、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＤｗ７５、ＣＤｗ７６、ＣＤ７７、ＣＤｗ７８、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ８３、ＣＤｗ８４、ＣＤ８５及びＣＤ８６白血球表面マーカーが挙げられる（説明に関しては、Ｔｈｅ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ａｎｔｉｇｅｎ Ｆａｃｔｓ Ｂｏｏｋ， 第２版 １９９７， 編集． Ｂａｒｃｌａｙ ｅｔ ａｌ． Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａｃｅ＆Ｃｏ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照）。他のＢ細胞表面マーカーとしては、ＲＰ１０５、ＦｃＲＨ２、Ｂ細胞ＣＲ２、ＣＣＲ６、Ｐ２Ｘ５、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＣＸＣＲ５、ＦＣＥＲ２、ＢＲ３、Ｂｔｉｇ、ＮＡＧ１４、ＳＬＧＣ１６２７０、ＦｃＲＨ１、ＩＲＴＡ２、ＡＴＷＤ５７８、ＦｃＲＨ３、ＩＲＴＡ１、ＦｃＲＨ６、ＢＣＭＡ及び２３９２８７が挙げられる。特に関心のあるＢ細胞表面マーカーは、哺乳動物の他の非Ｂ細胞組織と比較してＢ細胞上で優先的に発現され、そして前駆体Ｂ細胞と成熟Ｂ細胞の両方で発現され得る。
「Ｂ細胞表面マーカーに結合する抗体」とは、Ｂ細胞表面マーカーに結合することによって、哺乳動物のＢ細胞を破壊又は枯渇させるか、及び／又は１つまたは複数のＢ細胞機能を、例えばＢ細胞によって誘発された体液性応答を低減または防止することにより妨害する分子である。所定の場合における抗体は、それで治療された哺乳動物においてＢ細胞を枯渇する（すなわちＢ細胞の循環レベルを下げる）ことができる。このような枯渇は、例えば抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｂ細胞増殖の阻害、及び／又はＢ細胞死の誘導（例えば、アポトーシスを介して）など様々な機構を介して達成することができる。
「アンタゴニスト」は、リガンドの場合一以上の受容体に対するその結合、又は受容体の場合一以上のリガンドに対する結合を含む、特定の又は指定されたタンパク質の活性を中和し、遮断し、阻害し、抑止し、低減し又は干渉することが可能な分子を指す。アンタゴニストは、抗体及びその抗原結合断片、タンパク質、ペプチド、糖タンパク質、糖ペプチド、脂質、多糖類、オリゴ糖、核酸、生物有機分子、ペプチド模倣薬、薬理学的物質及びそれらの代謝物、転写及び翻訳制御配列、などが挙げられる。アンタゴニストはまた、タンパク質の小分子阻害剤、及び融合タンパク質、タンパク質に特異的に結合し、それによってその標的への結合を隔絶する受容体分子及び誘導体、タンパク質のアンタゴニスト変異体、タンパク質に対するアンチセンス分子、ＲＮＡアプタマー、及びタンパク質に対するリボザイムを包含する。
「Ｂ細胞アンタゴニスト」とは、Ｂ細胞表面マーカーに結合することによって、哺乳動物のＢ細胞を破壊又は枯渇させるか、及び／又は１つまたは複数のＢ細胞機能を、例えばＢ細胞によって誘発された体液性応答を低減または防止することにより妨害する分子である。所定の場合におけるアンタゴニストは、それで治療された哺乳動物においてＢ細胞を枯渇する（すなわちＢ細胞の循環レベルを下げる）ことができる。このような枯渇は、例えばＡＤＣＣ及び／又はＣＤＣ、Ｂ細胞増殖の阻害、及び／又はＢ細胞死の誘導（例えば、アポトーシスを介して）など様々な機構を介して達成することができる。典型的なアンタゴニストは、合成又は天然配列ペプチド、融合タンパク質、Ｂ細胞マーカーに結合し、任意で細胞毒性剤にコンジュゲートした小分子アンタゴニストを含む。例としては、限定されないが、例えばＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、ＢＲ３抗体（例えば、国際公開第０２２４９０９号）、及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンを含む。
ＣＤ２０抗体の例には以下のものが含まれる：現在では「リツキシマブ」（「リツキサン（登録商標）」）と呼称される「Ｃ２Ｂ８」（米国特許第５，７３６，１３７号）；「Ｙ２Ｂ８」又は「Ｉｂｒｉｔｕｍｏｍａｂ Ｔｉｕｘｅｔａｎ」ゼバリン（登録商標）と命名されるイットリウム−［９０］−標識２Ｂ８マウス抗体、ＩＤＥＣ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から市販（米国特許第５，７３６，１３７号；１９９３年６月２２日に受託番号ＨＢ１１３８８としてＡＴＣＣに寄託された２Ｂ８）；「１３１Ｉ−Ｂ１」またはＣｏｒｉｘａから市販の「ヨードＩ１３１ Ｔｏｓｉｔｕｍｏｍａｂ」抗体（ＢＥＸＸＡＲＴＭ）を生成するために１３１Ｉで任意に標識した「Ｔｏｓｉｔｕｍｏｍａｂ」とも呼称されるマウスＩｇＧ２ａ「Ｂ１」（米国特許第５，５９５，７２１号も参照のこと）；マウスモノクローナル抗体「１Ｆ５」（Ｐｒｅｓｓ等 Ｂｌｏｏｄ ６９（２）：５８４−５９１（１９８７）及びそれらの変異体、例として「フレームワークパッチ」又はヒト化１Ｆ５（国際公開第０３／００２６０７号，Ｌｅｕｎｇ，Ｓ；ＡＴＣＣ寄託番号ＨＢ−９６４５０）；マウス２Ｈ７及びキメラ２Ｈ７抗体（米国特許第５，６７７，１８０号）；ヒト化２Ｈ７（例えば、国際公開第０４／０５６３１２号；米国特許出願公開第２００６００２４２９５号）を参照；ＨＵＭＡＸ−ＣＤ２０ＴＭ抗体（Ｇｅｎｍａｂ，Ｄｅｎｍａｒｋ）；国際公開第２００４／０３５６０７号に記載されたヒトモノクローナル抗体（Ｔｅｅｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ．）；ＡＭＥ−１３３ＴＭ抗体（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）；キメラ又はヒト化Ａ２０抗体（それぞれｃＡ２０、ｈＡ２０）などのＡ２０抗体又はその変異形（米国公開番号２００３／０２１９４３３、免疫医学）；及びＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｔｙｐｉｎｇ Ｗｏｒｋｓｈｏｐより入手のモノクローナル抗体Ｌ２７、Ｇ２８−２、９３−１Ｂ３、Ｂ−Ｃ１又はＮＵ−Ｂ２（Ｖａｌｅｎｔｉｎｅ等，Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｔｙｐｉｎｇ ＩＩＩ（ＭｃＭｉｃｈａｅｌ，編集，４４０頁，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ（１９８７））。
本明細書で用いられる「ＢＡＦＦ」、「ＢＡＦＦポリペプチド」、「ＴＡＬＬ−１」又は「ＴＡＬＬ−１ポリペプチド」、「ＢＬｙＳ」なる用語は、「天然配列ＢＡＦＦポリペプチド」及び「ＢＡＦＦ変異体」を包含する。「ＢＡＦＦ」は、例えば米国特許出願公開第２００６／０１１０３８７号に記載されたヒトＢＡＦＦ配列を有するポリペプチド、及びそれらのホモログ及び断片及び変異体に対して与えられる命名であり、これらは天然配列ＢＡＦＦの生物学的活性を有する。ＢＡＦＦの生物学的活性は、Ｂ細胞生存を促進する、Ｂ細胞成熟を促進する、及びＢＲ３に結合することからなる群から選択されうる。用語「ＢＡＦＦ」は、Ｓｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌ．，６５：６８０（１９９９）；ＧｅｎＢａｎｋ 受託番号ＡＦ１３６２９３；国際公開第１９９８／１８９２１号；欧州特許第８６９，１８０号；国際公開第１９９８／２７１１４号；国際公開第１９９９／１２９６４号；国際公開第１９９９／３３９８０号；Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８５：２６０−２６３（１９９９）；Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１８９：１７４７−１７５６（１９９９）；及びＭｕｋｈｏｐａｄｈｙａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７４：１５９７８−１５９８１（１９９９）に記載されるそれらのポリペプチドを包含する。
本明細書で用いられる「ＢＡＦＦアンタゴニスト」なる用語は、広義の意味で用いられ、（１）天然配列ＢＡＦＦポリペプチドに結合又は天然配列ＢＲ３ポリペプチドに結合してＢＡＦＦポリペプチドと相互作用するＢＲ３を部分的又は完全に遮断する、及び（２）天然配列ＢＡＦＦシグナル伝達を部分的又は完全に遮断、阻害又は中和する任意の分子を含む。とりわけ、天然配列ＢＡＦＦポリペプチドシグナル伝達はＢ細胞生存及びＢ細胞成熟を促進する。ＢＡＦＦシグナル伝達の阻害、遮断又はは中和により、とりわけＢ細胞数が減少する。本発明によるＢＡＦＦアンタゴニストは、インビトロ及び／又はインビボのＢＡＦＦポリペプチドの一以上の生物学的活性を部分的または完全に遮断、阻害ないし中和するであろう。一実施態様では、生物学的に活性なＢＡＦＦはインビトロ又はインビボで以下の事象：Ｂ細胞の生存促進、ＩｇＧ及び／又はＩｇＭレベルの増加、血漿細胞の数の増加、及び脾臓Ｂ細胞におけるＮＦ−κｂ２／１００からｐ５２ ＮＦ−κＢへのプロセシングの何れか一またはそれらのいくつかを増強する（例えば、Ｂａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９２：１４５３−１４６５（２０００）；Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：２６０−２６３（１９９９）；及びＫａｙａｇａｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１０：５１５−５２４（２００２））。
幾つかの実施態様において、本明細書に定義されるＢＡＦＦアンタゴニストは、抗ＢＡＦＦ抗体、ＢＡＦＦ−結合ポリペプチド（イムノアドヘシン及びペプチドを含む）、及びＢＡＦＦ結合性小分子を含む。ＢＡＦＦアンタゴニストは、例えば、国際公開第２００２／０２６４１号に記載されるＢＡＦＦ結合抗体を含む（例えば、その表１の配列番号１−４６，３２１−３２９，８３４−８７２，１５６３−１５９５，１８８１−１９０５の何れかのアミノ酸配列を含む抗体）。更なる実施態様において、イムノアドヘシンはＢＡＦＦ受容体のＢＡＦＦ結合領域（例えば、ＢＲ３、ＢＣＭＡ、又はＴＡＣＩの細胞外ドメイン）を含む。更なる実施態様において、イムノアドヘシンはＢＲ３−Ｆｃである。ＢＡＦＦ結合Ｆｃタンパク質の別の例は、国際公開第２００２／６６５１６号，国際公開第２０００／４０７１６号，国際公開第２００１／８７９７９号，国際公開第２００３／０２４９９１号，国際公開第２００２／１６４１２号，国際公開第２００２／３８７６６号,国際公開第２００２／０９２６２０号，及び国際公開第２００１／１２８１２号に見いだすことができる。ＢＡＦＦアンタゴニストを作成する方法は、例えば、米国特許出願公開第２００５／００９５２４３号及び米国特許出願公開第２００５／０１６３７７５号に記載される。
本明細書で用いられる「ＢＲ３」、「ＢＲ３ポリペプチド」又は「ＢＲ３受容体」なる用語は、以下に定義されるように、「天然配列ＢＲ３ポリペプチド」及び「ＢＲ３変異体」を包含する。「ＢＲ３」は、例えば、国際公開第２００３／１４２９４号及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に説明されるヒトＢＲ３配列を含むそれらのポリペプチドに与えられる命名である。ＢＲ３ポリペプチドは、例えばヒト組織型から又は別の供給源からなど、様々な供給源から単離することができ、又は組換え及び／又は合成法により調製することができる。用語ＢＲ３は、国際公開第２００２／２４９０９号，国際公開第２００３／１４２９４号，及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に記載あｓれるＢＲ３ポリペプチドを含む。抗ＢＲ３抗体は、例えば、国際公開第２００３／１４２９４号及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号に説明される方法に従って調製することができる。
「天然配列」ＢＲ３ポリペプチド又は「天然ＢＲ３」は、天然由来の対応するＢＲ３ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。そのような天然配列のＢＲ３ポリペプチドは天然から単離するか、組み換え及び／又は合成方法により生成することができる。「天然配列ＢＲ３ポリペプチド」なる用語は、ポリペプチドの天然に生じる切断型、可溶型ないし分泌型（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然に生じる変異型（例えば、選択的スプライシング型）及び天然に生じる対立変異型を具体的に包含する。本発明のＢＲ３ポリペプチドには、ヒトＢＲ３のアミノ酸残基１−１８４の近接した配列からなるかまたはそれらを含有するＢＲ３ポリペプチドが含まれる（国際公開第２００３／１４２９４号及び米国特許出願公開第２００５／００７０６８９号を参照）。
ＢＲ３「細胞外ドメイン」または「ＥＣＤ」は、膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインを実質的に含まないＢＲ３ポリペプチド型を意味する。ＢＲ３のＥＣＤ型には、ＢＲ３のアミノ酸１−７７、２−６２、２−７１、１−６１、７−７１、２３−３８及び２−６３からなる群から選択されるアミノ酸配列の何れか一を含むポリペプチドを含む。ある実施態様において、ＢＡＦＦアンタゴニストは、天然ＢＡＦＦに結合する、ヒトＢＲ３の上述したＥＣＤ型及び変異体及びそれらの断片の何れか一を含むポリペプチドである。
「ＢＲ３変異体」は、天然配列完全長ＢＲ３またはＢＲ３ ＥＣＤのアミノ酸配列と少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するＢＲ３ポリペプチドを意味し、天然配列ＢＡＦＦポリペプチドを結合する。場合によっては、ＢＲ３変異体は単一システイン豊富なドメインを含む。そのようなＢＲ３変異体ポリペプチドには、例えば完全長アミノ酸配列のうちの一以上のアミノ酸残基がＮ末端及び／又は／またはＣ末端で、並びに一以上の内部ドメイン内で付加または欠損しているＢＲ３ポリペプチドが含まれる。天然配列ＢＡＦＦポリペプチドを結合するＢＲ３ ＥＣＤの断片もまた包含される。
本明細書で用いられる「ＡＰＲＩＬアンタゴニスト」なる用語は、広義の意味で用いられ、（１）天然配列ＡＰＲＩＬポリペプチドに結合又はＡＰＲＩＬに対する天然配列リガンドに結合してＡＰＲＩＬポリペプチドとのリガンドの相互作用を部分的又は完全に遮断する、及び（２）天然配列ＡＰＲＩＬシグナル伝達を部分的又は完全に遮断、阻害又は中和する任意の分子を含む。とりわけ、天然配列ＡＰＲＩＬポリペプチドシグナル伝達はＢ細胞生存及びＢ細胞成熟を促進する。ＡＰＲＩＬ（増殖誘導リガンド）は、ＢＡＦＦへの受容体を共有するＴＮＦファミリーのメンバーである。ＡＰＲＩＬアンタゴニストの例は、限定されないが、アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇのイムノアドヘシンと同じ）及びＢＡＦＦ／ＡＰＲＩＬアンタゴニスト（水溶性ＢＣＭＡ−Ｆｃ）を含む。
「サイトカイン」なる用語は、一つの細胞集団から放出され、他の細胞に細胞間メディエータとして作用するタンパク質の一般用語である。このようなサイトカインの例としては、リンホカイン、モノカイン；ＩＬ−１，ＩＬ−１ａ，ＩＬ−２，ＩＬ−３，ＩＬ−４，ＩＬ−５，ＩＬ−６，ＩＬ−７，ＩＬ−８，ＩＬ−９，ＩＬ−１１，ＩＬ−１２，ＩＬ−１５，ＩＬ−１７Ａ，ＩＬ−１７Ｆ，ＩＬ−１７Ａ／Ｆなどのインターロイキン（ＩＬ）；ＴＮＦ−α又はＴＮＦ−βなどの腫瘍壊死因子；及びＬＩＦ及びキットリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。本明細書で使用される場合、サイトカインなる用語は天然源由来あるいは組換え細胞培養物由来のタンパク質及び天然配列サイトカインの生物学的に活性な等価物、例えば合成して産生された小分子実体及び薬学的に受容可能な誘導体及びその塩類を含む。
本明細書で使用される場合、「腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）」とは、Ｐｅｎｎｉｃａ等， Ｎａｔｕｒｅ，３１２：７２１（１９８４）又はＡｇｇａｒｗａｌ等，ＪＢＣ，２６０：２３４５（１９８５）に記載のアミノ酸配列を含有するヒトＴＮＦα分子を意味する。
本明細書中の「ＴＮＦα阻害剤」は、一般的にはＴＮＦαへの結合とその活性を中和することを介してＴＮＦαの生物学的活性をある程度阻害する薬剤である。本明細書で具体的に検討されるＴＮＦα阻害剤の例は、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）），インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）），アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩＴＭ），及びセルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））である。
「疾患修飾性抗リウマチ薬」又は「ＤＭＡＲＤ」の例には、ヒドロキシクロロキノン、スルファサラジン、メトトレキセート（並びに、経口及び皮下用メトトレキセート）、レフルノミド、アザチオプリン、Ｄ−ペニシラミン、ゴールド塩類（経口）、ゴールド塩類（筋肉内）、ミノサイクリン、シクロスポリン、ブドウ球菌プロテインＡ、これらの塩類及び誘導体を含むものなどがある。
「ＣＴＬＡ４」は、活性化Ｔリンパ球上に発現され、免疫応答のダウンレギュレーションに関与している。文献におけるＣＴＬＡ４の別名は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４、細胞分化抗原ＣＤ１５２、及び細胞傷害性Ｔリンパ球関連顆粒セリンプロテアーゼ４が含まれる。
本明細書で使用される、「販売承認」がある治療薬、又は「治療薬として承認され」ている治療薬、又はこれらの句のその文法上の変形は、関係政府団体（例えば、連邦、州ないしは地方の管理機関、部門、局）により、特定の疾患（例えばＲＡ）又は患者亜集団（例えば、特定の民族性、性別、生活習慣、疾患リスクプロファイルなどを有する患者）の治療のために、ある商業団体（例えば営利団体）によって、及び／又は該団体を介して、及び／又は該団体の代わりに販売されることが承認、許可、登録又は権限を与えられている（例えば薬剤製剤、医薬の形態の）薬剤を指す。関連する政府独立団体には、例えば、食品・医薬品局（ＦＤＡ）、欧州医薬品庁（ＥＭＡ）及びその同等団体が含まれる。
「抗体」（Ａｂ）及び「免疫グロブリン」（Ｉｇ）は、類似の構造的特徴を有する糖タンパク質を意味する。抗体は、特定の抗原に対して結合特異性を示すが、免疫グロブリンは、抗体と、一般に抗原特異性を欠く抗体様分子の双方を含む。後者の種類のポリペプチドは、例えばリンパ系では低レベルで、骨髄腫では高レベルで産出される。
「抗体」及び「免疫グロブリン」なる用語は、最も広義で相互に交換可能に使用され、モノクローナル抗体（例えば、全長又は無傷のモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、一価抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、所望の生物活性を示す限り二重特異性抗体）が含まれ、さらにある種の抗体断片（ここに詳細に記載されるもの）も含まれ得る。抗体は、キメラ、ヒト、ヒト化及び／又は親和成熟したものであってよい。
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、実質的にインタクトな形態の抗体を指し、以下に定義するような抗体断片は意味しない。この用語は、特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部、好ましくはその抗原結合領域を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）；直鎖状抗体；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体が含まれる。
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Ｆｃ」断片と命名される。ペプシン処置は、２つの抗原結合部位を有し、なお抗原を架橋することが可能なＦ（ａｂ’）２断片を産生する。
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含む最小抗体断片である。一実施態様において、２本鎖「Ｆｖ」種は、一本の重鎖と一本の軽鎖の可変ドメインが、堅固な非共有結合をなした二量体からなる。集合的に、Ｆｖの６つのＣＤＲが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
「Ｆａｂ」断片は、重鎖と軽鎖可変ドメインを含み、かつまた軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第一定常ドメイン（ＣＨ１）を含む。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域からの一以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシル末端で２〜３の付加残基を有する点がＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、本明細書において、Ｆａｂ’の名称であり、定常ドメインのシステイン残基が遊離チオール基を持つ。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は元々はＦａｂ’断片の対として生成され、その間にヒンジシステインを有する。抗体断片の他の化学結合も知られている。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団に含まれる個々の抗体は、少量で存在しうる可能性がある変異、例えば自然に生じる突然変異を除いて同一である。従って、修飾語「モノクローナル」は、個別の抗体の混合物ではないという抗体の性質を示す。ある実施態様では、このようなモノクローナル抗体は、通常、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、この場合、標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスにより得られる。例えば、この選択プロセスは、雑種細胞クローン、ファージクローン又は組換えＤＮＡクローンのプールのような複数のクローンからの、唯一のクローンの選択とすることができる。選択された標的結合配列を更に変化させることにより、例えば標的への親和性の向上、標的結合配列のヒト化、細胞培養液中におけるその産生の向上、インビボでの免疫原性の低減、多選択性抗体の生成等が可能になること、及び、変化させた標的結合配列を含む抗体も、本発明のモノクローナル抗体であることは理解されるべきである。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体の調製物とは異なり、モノクローナル抗体の調製物の各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定基に対するものである。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体の調製物は、それらが他の免疫グロブリンで通常汚染されていないという点で有利である。
修飾語「モノクローナル」は、抗体の実質的に均一な集団から得られる抗体の特徴を示し、いずれかの特定の方法による抗体の生産を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は様々な技術によって作製することができ、それらの技術には、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ等，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）；Ｈａｒｌｏｗ等，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，第２版 １９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ等：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｔ−Ｃｅｌｌ ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ５６３−６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４８１６５６７号参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ等，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ等，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕ等，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）；Ｌｅｅ等，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）；１０７３−１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０１（３４）：１２４６７−１２４７２（２００４）；及びＬｅｅ等，Ｊ．Ｉｍｍｏｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４））、並びに、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の一部又は全部、或るいはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子を有する動物にヒト又はヒト様抗体を生成する技術（例えば、国際公開第９８／２４８９３号；国際公開第９６／３４０９６号；国際公開第９６／３３７３５号；国際公開第９１／１０７４１号；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ等， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ等，Ｎａｔｕｒｅ ３６２：２５５−２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ等，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；同第５６６１０１６号；Ｍａｒｋｓ等，Ｂｉｏ．Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ等，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ ３６８：８１２−８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ等，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５−８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）及びＬｏｎｂｅｒｇ及びＨｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）参照）が含まれる。
本発明のモノクローナル抗体は、具体的には、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の種に由来する又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一又は相同であるが、その（それらの）鎖の残部は別の種に由来する又は別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一又は相同である「キメラ」抗体、並びにそのような抗体の断片（但し、それらが所望の生物学的活性を示すことを条件とする）であり得る（米国特許第４８１６５６７号；及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８１：６８５１−６８５５（１９８４））。
非ヒト（例えばマウス）の抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である一実施態様では、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は所望の特異性、親和性及び／又は能力を有する非ヒト霊長類のような非ヒト種（ドナー抗体）からの高頻度可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの例においては、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）の残基は、対応する非−ヒト残基によって置き換えられている。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、もしくはドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性をさらに洗練するために作成される場合がある。（１９９４）。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含み、超可変ループの全て又は実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン配列のものである。また、ヒト化抗体は、場合によっては免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのそれを含むであろう。更なる詳細については、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２９（１９８８）；及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２）を参照。また次の文献とそこに引用されている文献を参考のこと：Ｖａｓｗａｎｉ及びＨａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５−１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ２３：１０３５−１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ及びＧｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８−４３３（１９９４）。
「ヒト抗体」は、ヒトによって生産される抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を含むもの、及び／又はここに開示されたヒト抗体を作製する任意の技術を使用して製造されたものである。そのような技術には、ファージディスプレイライブラリーのようなヒト由来組み合わせライブラリーのスクリーニング（Ｍａｒｋｓ等，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７（１９９１）及びＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ等，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９：４１３３−４１３７（１９９１）参照）；ヒトモノクローナル抗体産生のためのヒトミエローマ及びマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株の使用（Ｋｏｚｂｏｒ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒ等，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７）及びＢｏｅｒｎｅｒ等，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）参照）；及び内因性の免疫グロブリンを産生しない、ヒト抗体の完全なレパートリーを産生可能なトランスジェニック動物（例えばマウス）におけるモノクローナル抗体の生成（Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ等，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ等，Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｒｍａｎｎ等，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，７：３３（１９９３）参照）が含まれる。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト動物由来の抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
「親和成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じさせる、その一又は複数のＣＤＲにおいて一又は複数の改変を持つものである。一実施態様では、親和成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル又はピコモルの親和性を有する。親和成熟抗体は、当該分野において知られている手順によって生産される。Ｍａｒｋｓ等，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和成熟について記載している。ＨＶＲ及び／又はフレームワーク残基のランダム突然変異誘導は、Ｂａｒｂａｓ等，Ｐｒｏｃ Ｎａｔ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ ９１：３８０９−３８１３（１９９４）；Ｓｃｈｉｅｒ等，Ｇｅｎｅ，１６９：１４７−１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎ等，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４−２００４（１９９５）；Ｊａｃｋｓｏｎ等，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−９（１９９５）；及びＨａｗｋｉｎｓ等，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）に記載されている。
「遮断抗体」又は「アンタゴニスト抗体」は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低下させる抗体である。特定の遮断抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、部分的又は完全に阻害する。
本明細書で使用される、「増殖阻害」抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞の増殖を防止又は低減するものである。例えば、抗体は、インビトロ及び／又はインビボで、Ｂ細胞の増殖を阻止又は低減させ得る。
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、標準的なアポトーシスアッセイにより測定できるようなＢ細胞などのプログラム細胞死、例えば、アネキシンＶの結合、ＤＮＡ断片化、細胞収縮、小胞体の肥大、細胞断片化、及び／又は膜小嚢の形成（アポトーシス体と呼称）を誘導するものである。
抗体の「エフェクター機能」とは、抗体のＦｃ領域（天然配列Ｆｃ領域又はアミノ酸配列変異体Ｆｃ領域）に帰する生物学的活性を意味し、抗体のアイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例には、限定されないが、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞障害（ＣＤＣ）；Ｆｃレセプター結合性；抗体依存性細胞媒介性細胞障害（ＡＤＣＣ）；貪食作用；細胞表面レセプター（例えば、Ｂ細胞レセプター）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化が含まれる。
本明細書中の「Ｆｃ領域」なる用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異体Ｆｃ領域を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変化するかも知れないが、通常、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６の位置又はＰｒｏ２３０からの位置のアミノ酸残基からそのカルボキシル末端まで伸長すると定義される。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵ番号付けシステムによれば残基４４７）は、例えば、抗体ンの産生又は精製中に、又は抗体の重鎖をコードする核酸を組み換え遺伝子操作することによって取り除かれてもよい。したがって、インタクトな抗体の組成物は、すべてのＫ４４７残基が除去された抗体群、Ｋ４４７残基が除去されていない抗体群、及びＫ４４７残基を有する抗体と有さない抗体の混合を含む抗体群を含みうる。
本明細書中で特に明記しない限り、免疫グロブリン重鎖の残基の番号付けは、Ｋａｂａｔ（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｅｄ．５（Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１））のＥＵインデックスのものである。「ＫａｂａｔのＥＵインデックス」はヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号を指す。
「機能性Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を保有する。典型的な「エフェクター機能」は、限定されないが、Ｃ１ｑ結合；ＣＤＣ、Ｆｃレセプター結合；ＡＤＣＣ；貪食作用；細胞表面レセプター（すなわち、Ｂ細胞レセプター）の下方制御などである。そのようなエフェクター機能は、結合ドメイン（例えば抗体可変ドメイン）と組み合わせるためにＦｃ領域を一般に必要とするので、例えば本明細書における定義に開示するような、様々なアッセイを用いて該エフェクター機能を評価することができる。
「天然配列Ｆｃ領域」は、天然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列のヒトＦｃ領域は、天然配列のヒトＩｇＧ１Ｆｃ領域（非Ａ−及びＡ−アロタイプ）；天然配列のヒトＩｇＧ２Ｆｃ領域；天然配列のヒトＩｇＧ３Ｆｃ領域；及び天然配列のヒトＩｇＧ４Ｆｃ領域；並びに、上記何れかの自然に生じる変異体が含まれる。
「変異体Ｆｃ領域」は、少なくとも１のアミノ酸修飾、典型的には１以上のアミノ酸置換によって天然配列Ｆｃ領域のものとは異なるアミノ酸配列を含む。
用語「Ｆｃ領域含有抗体」は、Ｆｃ領域を含む抗体を指す。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵ番号付けシステムによれば残基４４７）は、例えば、抗体精製中に、又は抗体の重鎖をコードする核酸を組み換え遺伝子操作することによって取り除かれてもよい。したがって、Ｆｃ領域を有する抗体を含んでなる組成物は、Ｋ４４７を有する抗体、すべてのＫ４４７が除去された抗体、又はＫ４４７残基を有する抗体とＫ４４７残基を有さない抗体の混合を含むことができる。
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを記述する。幾つかの実施態様において、ＦｃＲは天然型ヒトＦｃＲである。幾つかの実施態様では、ＦｃＲはＩｇＧ抗体（ガンマレセプター）と結合するもので、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスのレセプターを含み、これらのレセプターの対立遺伝子変異体、選択的にスプライシングされた形態のものも含まれる。ＦｃγＲＩＩレセプターには、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性型レセプター」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害型レセプター」）が含まれ、主としてその細胞質ドメインは異なるが、類似のアミノ酸配列を有するものである。活性型レセプターＦｃγＲＩＩＡは、細胞質ドメインにチロシン依存性免疫レセプター活性化モチーフ（ｉｍｍｕｎｏｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｒｏｓｉｎｅ−ｂａｓｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｍｏｔｉｆ；ＩＴＡＭ）を含んでいる。活性化レセプターＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに、免疫レセプターチロシン−ベース阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を含む。（例えば、Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３−２３４（１９９７）を参照）。ＦｃＲは、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５−３４（１９９４）；及びｄｅ Ｈａａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１（１９９５）に総説される。他のＦｃＲは、将来同定されるべきものを含み、本明細書にて用語「ＦｃＲ」により網羅される。
用語「Ｆｃレセプター」には、母性ＩｇＧの胎児への移送を担い（Ｇｕｙｅｒ等，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ等，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））、免疫グロブリンのホメオスタシスを調節する新生児性レセプターＦｃＲｎも含まれる。ＦｃＲｎへの結合の測定方法は公知である（例としてＧｈｅｔｉｅ ａｎｄ Ｗａｒｄ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ，１８（１２）：５９２−５９８（１９９７）；Ｇｈｅｔｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５（７）：６３７−６４０（１９９７）；Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７９（８）：６２１３−６２１６（２００４）；国際公開２００４／９２２１９（Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．）を参照）。
インビボでのヒトＦｃＲｎへの結合とヒトＦｃＲｎ高親和性結合ポリペプチドの血清半減期は、例えばヒトＦｃＲｎを発現するトランスジェニックマウス又は形質転換されたヒト細胞株、又はＦｃ変異形ポリペプチドを投与された霊長類動物においてアッセイすることができる。国際公開第２０００／４２０７２号（Ｐｒｅｓｔａ）にＦｃＲへの結合を向上又は減弱させた抗体変異体が述べられている。例えば、Ｓｈｉｅｌｄｓ等，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．９（２）：６５９１−６６０４（２００１）も参照のこと。
「ヒトエフェクター細胞」は、一又は複数のＦｃＲを発現する白血球であり、エフェクター機能を果たす。ある実施態様では、その細胞が少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を実行することが望ましい。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例として、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞障害性Ｔ細胞及び好中球が含まれる。エフェクター細胞は天然源、例えば血液から単離してもよい。
「抗体依存性細胞媒介性細胞障害」又は「ＡＤＣＣ」とは、ある種の細胞障害細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球及びマクロファージ）上に存在するＦｃレセプター（ＦｃＲｓ）と結合した分泌Ｉｇにより、これらの細胞障害エフェクター細胞が抗原−担持標的細胞に特異的に結合し、続いて細胞毒により標的細胞を死滅させることを可能にする細胞障害性の形態を意味する。ＡＤＣＣ、ＮＫ細胞を媒介する初代細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）の４６４ページの表３に要約されている。対象の分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、米国特許第５，５００，３６２号又は同第５，８２１，３３７号又は米国特許第６，７３７，０５６号（Ｐｒｅｓｔａ）に記載されているようなインビトロのＡＤＣＣアッセイを実施することができる。そのようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されるように、例えば動物モデルにおいて、インビボで評価することができる。
「補体依存性細胞障害」又は「ＣＤＣ」は、補体の存在下で標的細胞を溶解することを意味する。古典的補体経路の活性化は、その同族抗原に結合する（適切なサブクラスの）抗体に対する補体系（Ｃ１ｑ）の第一の成分の結合によって開始される。補体活性を評価するために、ＣＤＣアッセイが、例えばＧａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）に記載されるように実施することができる。Ｆｃ領域アミノ酸配列を変更してＣ１ｑ結合能力が増大又は減少したポリペプチド変異体は、米国特許第６１９４５５１号及び国際公開第１９９９／５１６４２号に記述される。またＩｄｕｓｏｇｉｅ等 Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：４１７８−４１８４（２０００）を参照のこと。
一般的に「結合親和性」は、分子（例えば抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば抗原）との間の非共有結合的な相互作用の総合的な強度を意味する。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載したものを含む、当技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。低親和性抗体は抗原にゆっくり結合して素早く解離する傾向があるのに対し、高親和性抗体は抗原により密接により長く結合したままとなる。結合親和性の様々な測定方法が当分野で公知である。
本明細書で用いる「実質的に類似」、「実質的に同じ」なる用語は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、わずかに又は全く生物学的及び／又は統計学的有意性がないと考慮するであろうほどに、２つの数値（例えば、一つは本発明の抗体に関連するもの、他方は参照／比較抗体に関連するもの）の間の十分高度な類似性を意味する。前記２つの値の間の差異は、参照／比較値に応じて、例えば約５０％以下、約４０％以下、約３０％以下、約２０％以下、及び／又は約１０％以下である。
本明細書で用いる「実質的に減少」、「実質的に異なる」という句は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、統計学的に有意であると考慮するであろうほどに、２つの数値（一般には、一つは分子に関連するもの、他方は参照／比較分子に関連するもの）の間の十分に高度な違いを意味する。前記２つの値の間の差異は、参照／比較分子の値に応じて、例えば約１０％より大きく、約２０％より大きく、約３０％より大きく、約４０％より大きく、及び／又は約５０％より大きい。
本明細書で用いられる「標識」なる単語は、検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、典型的には、例えば核酸プローブ又は抗体などの試薬に直接又は間接的にコンジュゲート又は融合しており、それがコンジュゲート又は融合している試薬の検出を容易にする。標識自体が検出可能なもの（例えば放射性標識又は蛍光性標識）であってもよく、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物ないしは組成物の化学的変化を触媒するものであってもよい。
核酸、ポリペプチド又は抗体のような「単離された」生物学的分子は、その自然環境の少なくとも一構成成分から同定及び分離、及び／又は回収されたものである。
本明細書中の「およそ」の値又はパラメーターへの言及は、その値又はパラメーター自体に対する実施態様を含む（記載する）。例えば、「およそＸ」との記載には「Ｘ」の記載が含まれる。
用語「薬学的製剤」は、医薬の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない無菌調製物を指す。
「無菌」製剤は、無菌であるか、又は全ての生きている微生物及びそれらの胞子が無い。
「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び／又はそのような治療用製品又は医薬の使用に関する警告を含む、治療用製品又は医薬の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えば、ＲＡ又は関節損傷の治療のための医薬、又は本発明のバイオマーカー遺伝子またはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含んでなる任意の製品（パッケージ又は容器など）である。ある実施態様において、製品は、本発明の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。
「ターゲット層（ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ）」は、個々の患者、患者集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
用語「血清サンプル」は、個体から得られた任意の血清サンプルを指す。哺乳動物由来の血清を得るための方法は当技術分野でよく知られている。
用語「全血」は、個体から得られた任意の全血サンプルを指す。典型的には、全血は、例えば細胞成分と血漿などの血液成分の全てを含有する。哺乳動物由来の全血を得るための方法は当技術分野でよく知られている。
「〜に応答しない」、「非応答」なる表現及びその文法的変形は、以前に投与された一又は複数の医薬（治療薬）に対する、被験者又は患者の反応を言及する場合、そのような医薬の投与で、治療される疾患の治療の任意の又は十分な徴候を示さなかった、又は医薬に対して臨床的に許容できないほど高い毒性を示した、又は最初にそのような医薬を投与された後で治療の徴候を維持しなかった被験者又は患者を、本明細書で定義される本文脈において使用される治療なる単語により記述する。「非応答性」なる句は、以前に投与された医薬に対して耐性及び／又は難治性である被験者の記述を含み、そして被験者又は患者が、彼ないし彼女に与えられている医薬を受けながら進行した状況、及び被験者又は患者が、彼ないし彼女がもはや応答性でなくなるまでの医薬を含むレジメンを完結した後で、１２ヶ月以内（例えば６ヶ月以内）に進行した状況を含む。従って、一又は複数の医薬に対する非応答性とは、以前又は現在の治療後に活動性疾患を持ち続ける被験者を含む。例えば、患者は、非応答性である医薬による治療の、およそ１ヶ月から３ヶ月後に、又は３ヶ月から６ヶ月後に、又は６ヶ月から１２ヶ月後に活動性疾患の活性を有する場合がある。そのような応答性は問題となっている疾患を治療に熟練した臨床医により評価され得る。
医薬に対する非応答の目的のために、一又は複数の医薬による過去又は現在の治療からの「臨床的に許容できない高レベルの毒性」を経験する被験者は、経験のある臨床医により重大であると考えられ、それに関連する一以上の負の副作用又は有害事象、例えば、重篤な感染症、うっ血性心不全、脱髄（多発性硬化症につながる）、重大な過敏症、神経病理学的事象、高度の自己免疫、癌、例えば子宮内膜癌、非ホジキンリンパ腫、乳癌、前立腺癌、肺癌、卵巣癌、メラノーマなど、及び結核（ＴＢ）などを経験する。
特定の疾患又は障害に罹患した患者に対する臨床的利益の増大に関連した、又は特定の治療薬又は治療レジメンに対する応答を予測するバイオマーカーの「量」又は「レベル」とは生物学的サンプル中での検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本明細書に開示された方法により測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療又は治療薬に対する反応又は予測される反応を決定するために使用することができる。
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のポリヌクレオチド又はアミノ酸生成物又はタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し作動する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本発明で使用される場合、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾を意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでタンパク質に翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、タンパク質には翻訳されていないもの（例えば、転移ＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
自己免疫疾患
自己免疫性疾患は依然としてヒトの臨床的に重要な疾患である。名前が示すように、自己免疫疾患は、体自身の免疫系を介して作用する。病理学的メカニズムは個々のタイプの自己免疫性疾患間で異なるが、共通のあるメカニズムは特定の内在性タンパク質に対する抗体（本明細書において、自己応答性抗体又は自己抗体と称される）の生成を伴う。医師及び科学者は、ＲＡ、多発性硬化症（ＭＳ）、血管炎、免疫媒介性疾患、及び全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）等のループスを含む７０の臨床的に異なった自己免疫性疾患を識別している。多くの自己免疫性疾患は、２０００００足らずの個体が罹患している稀な疾患であるが、あわせて、これらの疾患は、集団の５％と概算される何百万ものアメリカ人を苦しめており、ほとんどの疾患は女性に偏って発症する。これらの疾患の慢性的性質により、巨大な社会的かつ財政的な負荷が生じる。
炎症性関節炎は、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬性関節炎（ＰｓＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、シェーグレン症候群及び多発性筋炎を含む多様な自己免疫障害における顕著な臨床症状である。これらの患者のほとんどが、身体的診察時には関節の変形を起こしているが、典型的にはＲＡ及びＰｓＡ患者のみが、画像研究において骨の浸食を現している。
関節リウマチ
ＲＡは、北欧及び北アメリカの成人人口の約０．５〜１％及び世界の他の地域ではそれよりもわずかに少ない人々に影響を及ぼす慢性炎症性疾患である。Ａｌａｍａｎｏｓ ａｎｄ Ｄｒｏｓｏｓ，Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．Ｒｅｖ．，４：１３０−１３６（２００５）．それは、罹患している関節の滑膜における慢性炎症を特徴とする全身性炎症性疾患であり、慢性疼痛及び疲労に起因して最終的には日常の機能の喪失に導くものである。患者の大部分はまた、罹患している関節において軟骨及び骨の進行性増悪を起こし、最終的には持続性の障害に導き得る。ＲＡの長期の予後は悪く、患者の約５０％は、診断時から１０年以内に著しい機能障害を経験する。Ｋｅｙｓｔｏｎｅ，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ，４４（Ｓｕｐｐｌ．２）：ｉｉ８−ｉｉ１２（２００５）．平均余命は、平均３〜１０年短縮される。上掲のＡｌａｍａｎｏｓ ａｎｄ Ｒｏｓｏｓ。高力価のリウマチ因子（ＲＦ）を有する患者（患者の約８０％）が、より攻撃的な疾患を有し（Ｂｕｋｈａｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４６：９０６−９１２（２００２））、そしてＲＦ陰性の人よりも長期間結果が悪く、死亡率が高くなる。Ｈｅｌｉｏｖａａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．，５４：８１１−８１４（１９９５））．
ＲＡなどの慢性炎症性骨疾患の病因は、完全には解明されていない。このような疾患は、破骨細胞性吸収の増大に起因して、罹患している関節周辺の骨減少を伴う。このプロセスは、主に炎症促進性サイトカインの局所的産生の増大に媒介されている。Ｔｅｉｔｅｌｂａｕｍ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８９：１５０４−１５０８（２０００）；Ｇｏｌｄｒｉｎｇ ａｎｄ Ｇｒａｖａｌｌｅｓｅ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ．，２（１）：３３−３７（２０００）．これらのサイトカインは、破骨細胞系統の細胞に対して直接作用し得るか、または、骨芽細胞／ストローマ細胞による、不可欠な破骨細胞分化因子であるＮＦκＢ活性化レセプターリガンド（ＲＡＮＫＬ），Ｉ及び／又はその可溶性デコイレセプターであるオステオプロテゲリン（ＯＰＧ）の産生に影響を及ぼすことによって間接的に作用し得る。Ｈｏｓｓｂａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｏｎｅ Ｍｉｎ．Ｒｅｓ．，１５（１）：２−１２（２０００）．腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）は、炎症の主なメディエーターである。様々な型の骨減少の病因における重要性がいくつかの系統の実験上及び臨床上の証拠によって支持される。Ｆｅｌｄｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，８５（３）：３０７−３１０（１９９６）．しかしながら、破骨細胞形成（Ｄｏｕｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｌａｍｍ．４７：２７−３８（１９９６））、糜爛性関節炎（Ｃａｍｐｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１０７（１２）：１５１９−１５２７（２００１））または骨溶解（Ｃｈｉｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｏｎ．Ｍｉｎ．Ｒｅｓ．１６：３３８−３４７（２００１））は、ＴＮＦ−αの非存在下で生じ得るので、これらにとってＴＮＦ−αは必須ではない。
特にＲＡでは、免疫応答が、滑膜の区画における１つまたはいくつかの抗原提示によって開始／永続化されると考えられており、その結果、関節への急性的な炎症細胞及びリンパ球の流入が生じる。炎症の連続的な波によって、パンヌスと呼ばれる侵襲性及び糜爛性の組織の形成がもたらされる。これは、線維芽細胞様滑膜細胞の増殖及び炎症促進性サイトカイン、例えば、ＴＮＦ−α及びインターロイキン−１（ＩＬ−１）を産生するマクロファージの増殖を含む。タンパク分解性酵素の局所的放出、様々な炎症性メディエーター及び破骨細胞活性化は、組織損傷の多くに関与する。関節軟骨の喪失及び骨の浸食の形成が生じる。周囲の腱及び包は、炎症性プロセスによって影響を受けることになる場合がある。究極的には、関節構造の完全性が損なわれ、障害が生じる。
ＲＡの免疫病原性に対するＢ細胞の正確な関与は、完全には特徴付けされていない。しかしながら、Ｂ細胞が疾患プロセスに関与し得るいくつかの起こり得るメカニズムが存在する。Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ ａｎｄ Ｃａｒｓｏｎ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ．Ｔｈｅｒ．，５ Ｓｕｐｐｌ．４：Ｓ１−６（２００３）．
歴史的には、Ｂ細胞は、主に自己抗体産生細胞の前駆体として働くことによってＲＡにおける疾患プロセスに関与すると考えられていた。ＩＩ型コラーゲン及びプロテオグリカンならびにリウマチ因子に対する抗体をはじめとした多くの自己抗体特異性が、同定されている。大量の抗体の産生によって、免疫複合体の形成及び補体カスケードの活性化が導かれる。これは、その後、免疫応答を増幅し、局所的な細胞溶解を招くことがある。ＲＦ合成の増大及び補体の消耗は、疾患活性と相関がある。ＲＦ自体の存在が、ＲＡのより重篤な型及び関節外の特徴の存在と関連する。
Ｂ細胞が、非常に有効な抗原提示細胞（ＡＰＣ）であることを示す証拠がある（Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｋａｔｚ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３８：１０５１（１９９８）；Ｒｉｖｅｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３：１５８３−１５９３（２００１））。ＲＦ陽性Ｂ細胞は、その表面免疫グロブリンが、その中の抗原の存在に関係なく任意の免疫複合体の捕捉を容易に可能にし得るので、特に強力なＡＰＣであり得る。従って、多くの抗原が、Ｔ細胞に対する提示に対して処理され得る。さらに、近年、このことが、ＲＦ陽性Ｂ細胞の自己永続を可能にし得ると提案されている。Ｅｄｗａｒｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，９７：１８８−１９６（１９９９）．
Ｔ細胞の活性化では、２つのシグナルが、Ｔ細胞に送達される必要がある；１つは、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）抗原の存在下で処理されたペプチドを認識するＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）を介するものであり、第２のものは、共刺激分子を介するものである。Ｂ細胞は、活性化されると、その表面上に共刺激分子を発現し、それによってＴ細胞活性化及びエフェクター細胞の産生に対する第２のシグナルをもたらし得る。
Ｂ細胞は、サイトカインを産生することによってＢ細胞自身の機能ならびに他の細胞の機能を促進し得る。Ｈａｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１：４７５−４８２（２０００）．ＴＮＦ−α、ＩＬ−１、リンフォトキシン−α、ＩＬ−６及びＩＬ−１０は、Ｂ細胞がＲＡ滑膜において産生し得るサイトカインのいくつかである。
Ｔ細胞活性化が、ＲＡの病因において重要な要素であると考えられているが、重症複合免疫不全障害（ＳＣＩＤ）マウスにおいてヒト滑膜外植片を用いた近年の研究では、関節内でのＴ細胞の活性化及び保持が、Ｂ細胞の存在に決定的に依存することが証明された。Ｔａｋｅｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６７：４７１０−４７１８（２００１）．他のＡＰＣは、Ｔ細胞に対して同じ作用を有していないようであったので、上記のことにおけるＢ細胞の正確な役割は不明である。
関節に対する構造的損傷は、慢性滑膜炎症の重要な結果である。関節リウマチ（ＲＡ）を有する患者の６０％〜９５％が、疾患発症の３〜８年以内に少なくとも１つのＸ線撮影によって判断される（ｒａｄｉｏｇｒａｐｈｉｃ）糜爛を生じる（Ｐａｕｌｕｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２３：８０１−８０５（１９９６）；Ｈｕｌｓｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４３：１９２７−１９４０（２０００））。初期ＲＡでは、Ｘ線撮影によって判断される損傷スコアと機能的能力との相関は、小さいが、疾患の８年後には、相関係数は、０．６８にまで達することがある（Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ，３９：１２２−１３２（２０００））。少なくとも４年間ＲＡに罹患していた６０歳未満の１，００７人の患者において、Ｗｏｌｆｅらは（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４３ Ｓｕｐｐｌ．９：Ｓ４０３（２０００））、Ｘ線撮影によって判断されるＬａｒｓｅｎの損傷スコア（Ｌａｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｒａｄｉｏｌ．Ｄｉａｇｎ．１８：４８１−４９１（１９７７））の進行の速度と、社会保障身体障害状態の増加と、家族の収入の減少との間に著しい関連を見出した。
ＲＡの診断は、現在の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）の基準に従う場合があり、最大の改善の前に少なくとも１時間続く関節の内外での朝のこわばり；３箇所以上の関節の関節炎：３箇所以上の関節部が、医師によって観察される軟組織の膨張又は体液（骨の過剰成長のみではない）を有する；１４の起こりうる関節部（左右）は、近位指節間関節（ＰＩＰ）、中手指節関節（ＭＣＰ）、手首、肘、膝、足首及び中足指節関節（ＭＴＰ）である；手関節の関節炎：手首、ＭＣＰ関節又はＰＩＰ関節などにおける、上記のように膨張した少なくとも一つの関節部；対称性関節炎：体の両側の同じ関節部（上記の３以上の関節部の関節炎）の同時関与（ＰＩＰ、ＭＣＰ又はＭＴＰ関節の両側性病変は、絶対的に左右対称でなくとも容認される）リウマトイド結節：医師によって観察される、骨の突出又は伸筋表面上、又は関節近接領域におけるリウマトイド結節；血清リウマチ因子：正常なコントロール患者の５％以下で陽性であるあらゆる方法による血清リウマチ因子の異常な量の証明；エックス線検査の変化：前後方向の手及び手首のＸ線における関節リウマチで典型的なエックス線検査の変化であって、罹患した関節に局所化するかほとんどが罹患した関節に近接する浸食又は明白な骨の脱灰を含み得る（骨関節炎の変化単独では適さない）。患者が上記の基準の少なくとも四つを満たす場合、ＲＡの診断が典型的に行われる。
特定の場合において、患者が特定の疾患活動性スコア（ＤＡＳ）を有する場合、ＲＡの診断がなされる（例えば、Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ Ｄ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ，１９９３，２０（３）：５７９−８１；Ｐｒｅｖｏｏ Ｍ． Ｌ．ｅｔ ａｌ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，１９９５，３８：４４−８を参照）。ＤＡＳシステムは、疾患活動性の現在の状態と変化の両方を表す。ＤＡＳスコアリングシステムは、ＲＡにおける臨床試験から得られた重み付き数式を用いる。例えば、ＤＡＳ２８は、０．５６（Ｔ２８）＋０．２８（ＳＷ２８）＋０．７０（Ｌｎ ＥＳＲ）＋０．０１４ ＧＨであり、ここでＴは圧痛関節数、ＳＷは腫脹関節数、ＥＳＲは赤血球沈降速度、及びＧＨはグローバルヘルス（ｇｌｏｂａｌ ｈｅａｌｔｈ）である。ＤＡＳの様々な値は、高い又は低い疾患活動性ならびに寛解を表し、その変化とエンドポイントスコアは反応の程度（無し、中等度、良好）による患者の分類をもたらす。
ＲＡの治療のために、生物学的製剤を含む、数多くの治療薬が入手可能である。Ｆｕｒｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．６７：２−２５（２００８）．Ｘ線撮影によって判断される損傷の予防または遅延は、ＲＡ処置の目標の１つである。Ｅｄｍｏｎｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３６：３３６−３４０（１９９３）．６または１２ヶ月間の制御された臨床試験では、Ｘ線撮影によって判断される損傷スコアの進行が、メトトレキサート（ＭＴＸ）（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４３：４９５−５０５（２０００））、レフルノミド（上掲のＳｈａｒｐｅｔ ａｌ．）、スルファサラジン（ＳＳＺ）（上掲のＳｈａｒｐｅｔ ａｌ．）、プレドニゾロン（Ｋｉｒｗａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３３：１４２−１４６（１９９５）；Ｗａｓｓｅｎｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４２：Ｓｕｐｐｌ ９：Ｓ２４３（１９９９））、インターロイキン−１レセプターアンタゴニスト（Ｂｒｅｓｎｉｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ，４１：２１９６−２２０４（１９９８））またはインフリキシマブ／ＭＴＸ併用（Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５９４−１６０４（２０００））を投与された群よりもプラセボ群のほうが速かったことが証明されている。また、臨床試験でも、エタネルセプトによる処置後の、Ｘ線撮影によって判断される進行が、ＭＴＸによる処置後の進行よりも速くないことが証明されている。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ．， ３４３：１５８６−１５９３（２０００）．他の研究では、コルチコステロイド（Ｊｏｉｎｔ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｕｎｃｉｌ ａｎｄ Ｎｕｆｆｉｅｌｄ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ， Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．１９：３３１−３３７（１９６０）；Ｖａｎ Ｅｖｅｒｄｉｎｇｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．， １３６：１−１２（２００２））、シクロスポリンＡ（Ｐａｓｅｒｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ， ２４：２１１３−２１１８（１９９７）；Ｆｏｒｒｅ， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３７：１５０６−１５１２（１９９４））、ＭＴＸ対アザチオプリン（Ｊｅｕｒｉｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，１１４：９９９−１００４（１９９１））、ＭＴＸ対オーラノフィン（Ｗｅｉｎｂｌａｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３６：６１３−６１９（１９９３））、ＭＴＸ（メタアナリシス）（Ａｌａｒｃｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，１９：１８６８−１８７３（１９９２））、ヒドロキシクロロキン（ＨＣＱ）対ＳＳＺ（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，１：１０３６−１０３８）、ＳＳＺ（Ｈａｎｎｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．３６：１５０１−１５０９（１９９３））、プレドニゾロンとＭＴＸとＳＳＺとのＣＯＢＲＡ（Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｅｔｈｅｒａｐｅｉ Ｂｉｊ Ｒｅｕｍａｔｏｉｄｅ Ａｒｔｒｉｔｉｓ）併用（Ｂｏｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，３５０：３０９−３１８（１９９７）；Ｌａｎｄｅｗｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４６：３４７−３５６（２００２））、ＭＴＸとＳＳＺとＨＣＱとの併用（Ｏ’Ｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３４：１２８７−１２９１（１９９６）；Ｍｏｔｔｏｎｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｌａｎｃｅｔ，３５３：１５６８−１５７３（１９９９））、シクロホスファミドとアザチオプリンとＨＣＱとの併用（Ｃｓｕｋａ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ，２５５：２１１５−２１１９（１９８６））及びＭＴＸとアダリムマブの併用（Ｋｅｙｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４６ Ｓｕｐｐｌ．９：Ｓ２０５（２００２））によって処置される患者における、Ｘ線撮影によって判断される進行を評価している。Ｋｅｙｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４６ Ｓｕｐｐｌ． ９：Ｓ２０５ （２００２）．
ＦＤＡは、現在、ある特定の薬剤、例えば、レフルノミド、エタネルセプト及びインフリキシマブが、Ｘ線撮影によって判断される関節損傷の進行を遅延させるという表示の請求を承認した。これらの請求は、無作為に割り当てられた治療群とコントロール群との間に観察された進行速度の統計的な有意差に基づくものである。しかしながら、治療群内の個体とコントロール群内の個体とにおける進行速度は、かなりの程度で重複している。それゆえ、治療群間に有意差が存在することをよそに、これらのデータを、治療を開始している患者がＸ線撮影によって判断される損傷の進行に関して好ましい結果を有し得る確率を推定するために使用することはできない個別の患者由来のＸ線写真の対を、進行性でない（例えば、その両方の時点において損傷スコアが０である）、損傷スコアの上昇がない、糜爛を有する新しい関節がない、及び検出可能な最小の差異（すなわち、同じＸ線写真を繰り返し読み出したものの間の差について９５％信頼区間）を超えないスコアの変化、と分類するための様々な方法が提案されてきた。Ｌａｓｓｅｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ２６： ７３１−７３９ （１９９９）．
６か月または１２か月の臨床試験の開始時及び終了時に得たＸ線写真の対の間で、それらの間隔の間に個別の患者において構造的な損傷が増加するか否かを判定することは、いくつかの理由により困難である。Ｘ線撮影によって判断される損傷の割合は、ＲＡ患者の集団内で一様ではない；何人かの患者の損傷は、急速に進行することがあるが、その間隔が比較的短い場合は特に、多くの患者が、ほとんど進行しないかまたは全く進行しないことがある。Ｘ線撮影によって判断される損傷をスコア付けするための方法、例えば、Ｓｈａｒｐ法（Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， １４：７０６−７２０（１９７１）；Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ２８：１３２６−１３３５（１９８５））、Ｌａｒｓｅｎ法（Ｌａｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｃｔａ Ｒａｄｉｏｌ．Ｄｉａｇｎ．， １８：４８１−４９１（１９７７））及びこれらの方法の変法（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ， Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ， ２７：２６１−２６３（２０００））は、何が真であるかに関して、判読者の判断及び解釈に依存するものである。決定すべき因子は、肋軟骨下の皮質板の明らかな不連続が真であるか、あるいは、反対側の関節における皮質間の距離の減少が真であるか、または、それがそのフィルム及びＸ線ビームに対する関節の位置のわずかな変化、Ｘ線曝露の変化、もしくは、他のいくつかの技術的な因子によるものであるかである。
それゆえ、記録されたスコアは、真の損傷の近似値であり、多くの被験者に対して同じＸ線写真の反復スコア間の検出可能な最小の差は、ベースラインと最終的なＸ線写真との間に起こった実際の変化よりも大きい。判読者が、フィルムの時系列に対して盲検化されている場合、これらの避けられないスコア誤差は、スコアが低下しているときに明らかな「治癒」となり得るか、またはフィルム間の差の読み間違いが増えるときに明らかな急速な進行となり得る。この研究が、プラセボと比べて、有効な治療を受けるように無作為に割り当てられた、十分に大きい患者の集団を含むとき、正及び負の誤判読が互いに相殺し、そして治療群間の小さいけれども真の差が検出され得る。
ＲＡ疾患活動性を定量するために使用される臨床基準の不正確さは、同様の問題点の原因となっている。臨床試験に由来するある特定の評価項目間の統計的な有意差は、治療を開始している個体に対する改善の確率を推定するために有用でなかったＰａｕｌｕｓ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３３：４７７−４８４ （１９９０）．個別の改善の属性は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（ＡＣＲ）が作成した改善についての複合基準２０％（ＡＣＲ２０）（圧痛のある関節数及び腫脹関節数が２０％改善している場合、及び５つの追加の基準（疼痛、身体機能、患者による全般的な健康状態の評価、医師による全般的な健康状態の評価及び急性期反応レベル）のうち少なくとも３つにおいて２０％改善している場合に、患者を改善したと指定するもの）を用いることにより実用的になった（Ｆｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３８：７２７−７３５（１９９５））。Ｆｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３８：７２７−７３５ （１９９５）．これらの基準のすべては、検出可能な最小の差に対して大きい値を有するが、同じプロセス（疾患活動性）の７つの局面のうち５つにおいて同時に改善することを求めることによって、７つの誤判定の無作為性は、限定され、真の改善を個々に帰属することが容易となる。
ＲＡでは、関節損傷が、顕著な特徴である。関節破壊の放射線学的パラメータは、疾患の転帰の記述における重要な評価項目として考えられている。最近のＯＭＥＲＡＣＴ（Ｏｕｔｃｏｍｅ Ｍｅａｓｕｒｅｓ ｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｒｉａｌｓ）コンセンサスミーティングにおいて、縦断的観察研究に対する評価項目のコアセットの一部として放射線学が選択された。Ｗｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ４１ Ｓｕｐｐ ９： Ｓ２０４ （１９９８） 要旨。放射線学はまたＷＨＯ／ＩＬＡＲ（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ／Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｅａｇｕｅ ｏｆ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ）が要求する長期臨床試験における尺度のコアセットの一部である。Ｔｕｇｗｅｌｌ ａｎｄ Ｂｏｅｒｓ， Ｊ． Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， ２０：５２８−５３０ （１９９３）．
ＲＡにおける放射線学的損傷の転帰に対する利用可能なデータは、短期間及び長期間の研究の両方において得られる。最近疾患を発症したＲＡ患者の短期間の研究では、６ヶ月ごとに撮影されたＸ線写真によって、最初の急速な進行の後、２〜３年後に手及び肢において放射線学的損傷の進行速度の低下が認められたことが示された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．， ３５：２６−３４（１９９２）；Ｆｅｘ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，３５：１１０６−１０５５（１９９６）．Ｘ線撮影の頻度が低い長期間の研究では、一定速度の進行が見出され、罹患期間のうち最高２５年間にわたって過酷な損傷の変質を伴っていた。Ｗｏｌｆｅ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４１：１５７１−１５８２（１９９８）；Ｇｒａｕｄａｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４１：１４７０−１４８０（１９９８）；Ｐｌａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２５：４１７−４２６（１９９８）；Ｋａａｒｅｌａ ａｎｄ Ｋａｕｔｉａｉｎｅｎ，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２４：１２８５−１２８７（１９９７）．Ｘ線撮影で判断される進行パターンにおけるこれらの差が、スコア付け技術の差に起因するものであるか否かは明らかではない。
使用されるスコア付けのシステムにおいて、スコア付けされる関節の数、糜爛（ＥＲＯ）及び関節腔狭小化（ＪＳＮ）に対する独立したスコアの存在、関節あたりの最大スコア、ならびに、放射線学的異常の重み付けが異なる。今までのところ、好ましいスコア付け方法についてのコンセンサスは存在しない。初期関節炎を有する患者のコホート研究における経過観察の最初の３年間において、手及び肢の放射線学的損傷において判断される進行に対するＪＳＮ及びＥＲＯの寄与が異なることが見出された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３５：２６−３４（１９９２）．更に、ＥＲＯ及びＪＳＮを独立してスコアづけする方法、例えば、Ｓｈａｒｐスコア及びＫｅｌｌｇｒｅｎスコアが、Ｌａｒｓｅｎスコアなどの全般的な尺度を使用した方法よりも初期ＲＡにおける変化に対して敏感であることが見出された。Ｐｌａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２１：１８０８−１８１３（１９９４）；Ｃｕｃｈａｃｏｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，３５：７３６−７３９（１９９２）．Ｓｈａｒｐスコアは、非常に大きな労働力を要する方法である。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ，Ｂａｉｌｌｉｅｒｅｓ Ｃｌｉｎ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．， １０：４３５−５３３（１９９６）．後期ＲＡまたは破壊性ＲＡにおいて、Ｓｈａｒｐ法及びＬａｒｓｅｎ法は、同様の情報を提供することが見出された。しかしながら、疾患の後期に対する様々なスコア付け方法の感度は、未だ調査されておらず、ＥＲＯ及びＪＳＮを独立して測定するスコア付け方法は、有用な情報を提供すると立証され得る。Ｐｉｎｃｕｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２４：２１０６−２１２２（１９９７）．ＲＡの長期間評価について３つの放射線学的スコア付けシステムを比較しているＤｒｏｓｓａｅｒｓ−Ｂａｋｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４３：１４６５−１４７２（２０００）もまた参照のこと。
Ｐａｕｌｕｓら、Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５０：１０８３−１０９６（２００４）では、臨床試験に参加したＲＡを有する個体における、Ｘ線撮影によって判断される関節損傷を進行性または非進行性と分類し、構造的な関節損傷の多くの不正確で関連性があるが別々の尺度を含む、複合した定義を使用することによって、観察コホートにおけるＲＡ関節損傷を進行性または非進行性と分類することができると結論付けた。ＲＡ患者の日々の臨床上の管理では、１対のＸ線写真の間において、Ｘ線撮影によって判断されるＳｈａｒｐ損傷スコア単位の少なくとも５つが変化した後に、その構造の変化が真であると考えられ、そしてその変化を、処置を決定する基準として使用するべきであると思われる。
特定のＲＡ治療薬
通常、ＲＡの初期治療は、以下の薬剤の一又は複数の投与を含む：非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、例えば、アセチルサリチル酸（例えば、アスピリン）、イブプロフェン（Ｍｏｔｒｉｎ）、ナプロキセン（Ｎａｐｒｏｓｙｎ）、インドメタシン（Ｉｎｄｏｃｉｎ）、ナブメトン（Ｒｅｌａｆｅｎ）、トルメチン（Ｔｏｌｅｃｔｉｎ）；糖質コルチコイド（関節注入による）；及び低用量プレドニゾン。”Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ，”Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ ４６（２）：３２８−３４６（Ｆｅｂｒｕａｒｙ，２００２）を参照のこと。新規にＲＡと診断された大多数の患者は、診断から３ヵ月以内に疾患修飾性抗リウマチ剤（ＤＭＡＲＤ）により治療を始める。ＲＡで一般に用いられているＤＭＡＲＤは、ヒドロキシクロロキン、スルファサラジン、メトトレキセート（＋経口及び皮下メトトレキサート）、レフルノミド、アザチオプリン、Ｄ−ペニシラミン、ゴールド（Ｇｏｌｄ）（経口）、ゴールド（筋肉内）、ミノサイクリン、シクロスポリン、ブドウ球菌プロテインＡ免疫吸着である。特定の場合において、患者は、アザチオプリン又はシクロホスファミドなどの免疫調節薬剤で治療される。更なるＲＡ治療薬は、抗サイトカイン剤（例えば、抗腫瘍壊死因子α、抗インターロイキン−１受容体（例えば、アナキンラ（ａｎａｋｉｎｒａ））、抗インターロイキン１０、抗インターロイキン６受容体、抗インターロイキン６、抗インターフェロンα、抗Ｂ−リンパ球刺激因子）共刺激（ｃｏｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ）の阻害剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＣＴＬＡ４−Ｉｇ（例えば、アバタセプト））を含む。
特定の場合において、ＴＮＦα阻害剤はＲＡの治療に使用されてきた。典型的なＴＮＦα阻害剤は、エタネルセプト（商品名ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の下で販売されている）、インフリキシマブ（商品名ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）の下で販売されている）、アダリムマブ（商品名ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）の下で販売されている）、ゴリムマブ（商品名ＳＩＭＰＯＮＩＴＭで販売されている）及びセルトリズマブペゴル（商品名ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）の下で販売されている）が含まれる。
エタネルセプト（商品名ＥＮＢＲＥＬ（登録商標）の下で販売されている）は、活動性ＲＡの治療用に米国で承認されら注射可能な薬物である。エタネルセプトはＴＮＦαに結合し、関節及び血液から大半のＴＮＦαを除去する働きをし、それによってＴＮＦαが慢性関節リウマチの炎症及び他の症状を促進するのを阻止する。エタネルセプトは、ヒトＩｇＧ１のＦｃ部分にリンクされているヒト７５ｋＤ（ｐ７５）腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）の細胞外リガンド結合部分からなる「イムノアドヘシン」融合タンパク質である。薬物は、重篤な感染症及び敗血症、及び多発性硬化症（ＭＳ）などの神経系障害を含む負の副作用と関連している。例えば、ｗｗｗ．ｒｅｍｉｃａｄｅ−ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ．ｃｏｍ／ｐａｇｅｓ／ｅｎｂｒｅｌ＿ｅｍｂｒｅｌ．ｈｔｍｌを参照。
ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標）の商品名で販売されているインフリキシマブは、ＲＡ及びクローン病を治療するために処方される免疫抑制剤である。インフリキシマブは、ＴＮＦαに結合し、炎症を生成するＴＮＦを標的し結合することによって、体内の炎症を軽減させるキメラモノクローナル抗体である。インフリキシマブは、心不全及び結核を含む感染症、並びにＭＳで生じる脱髄などの特定の致命的な反応にリンクされている。例えば、ｗｗｗ．ｒｅｍｉｃａｄｅ−ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ．ｃｏｍを参照。
２００２年に、アボット・ラボラトリーズは、以前Ｄ２Ｅ７として知られているアダリムマブ（商品名ＨＵＭＩＲＡ（登録商標）の下で販売されている）にＦＤＡの承認を受けた。アダリブマブは、一又は複数の伝統的な疾患修飾性ＤＭＲＤに対する応答が不十分な、中程度から重度に活動性のＲＡに罹患した成人における構造的損傷の徴候及び症状を減少させ、その増悪を阻害するために承認された、ＴＮＦαに結合するヒトモノクローナル抗体である。
２００９年４月に、Ｃｅｎｔｏｃｏｒ Ｏｒｔｈｏ Ｂｉｏｔｅｃｈ社はＦＤＡの承認を受けた。ゴルムマブ（商品名ＳＩＭＰＯＮＩＴＭで販売）を、中等度から重度の乾癬性関節炎、及び強直性脊椎炎に罹患した患者に市販するためにＦＤＡの承認を受けた。ゴリムマブは、ヒトＴＮＦαに対して特異的なヒトＩｇＧ１κモノクローナル抗体であり、毎月一度患者によって皮下に自己投与される。ゴリムマブは、ＴＮＦαの可溶性生理活性型及び膜貫通生理活性型の両方に結合する。ＴＮＦαを阻害する他の薬剤に類似して、ゴリムマブは、深刻かつ生命を脅かす真菌感染症を含む感染のリスクなどの所定の副作用と関連している。
２００９年５月に、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）の商品名で販売されている）が、ＲＡ患者の治療のためにＦＤＡによって承認された。それは、誘導中に隔週で、その後維持の最中に４週間ごとに、医療専門家によって皮下注射で投与される。セルトリズマブペゴルは、約４０ｋＤａのポリエチレングリコール（ＰＥＧ２ＭＡＬ４０Ｋ）にコンジュゲートし、ヒトＴＮＦαに対して特異性を有する、組換えヒト化抗体のＦａｂ’断片である。セルトリズマブペゴルはまた、他のＴＮＦα阻害剤に似て、重篤な感染症のリスクの増加など、一定の安全上のリスクと関連している。
所定の場合において、リツキシマブ抗体（商品名ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）で販売）がＲＡに対する治療として用いられている。リツキシマブは、ＣＤ２０抗原に対する、遺伝子操作型キメラマウス／ヒトモノクローナル抗体である。リツキシマブは、１９９８年４月７日に発行された米国特許第５７３６１３７号（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．）において「Ｃ２Ｂ８」と呼ばれる抗体である。
別の抗ＣＤ２０抗体は、オクレリズマブある。オクレリズマブは、抗ＣＤ２０抗体のヒト化変異体、２Ｈ７である。そのようなヒト化２Ｈ７変異体は、例えば、国際公開第２００４／０５６３１２号に記載されている（国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４０４２６）。
Ｂ細胞アンタゴニスト活性を有するＲＡ治療薬は、例えば、特定の生物学的特性をスクリーニングする化合物により同定することができる。例えば、化合物は、迅速かつ特異的分解のために、ｃｍｙｃタンパク質を標的とすることにより、Ｂ細胞増殖の阻害についてスクリーニングされることを特徴とするＳｕｎｄｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６６，１７７５−１７８２（２００６）に記載のスクリーニング方法を用いることができる。ＢＡＦＦ，ＡＰＲＩＬ、及びＢ細胞の生存とスクリーニングに関するチュートリアルに関しては、Ｍａｃｋａｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２１：２３１−２６４（２００３）を、並びにＢ細胞増殖とＡＰＲＩＬにおいてはＴｈａｎｇａｒａｊｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃａｎｄｉｎａｖｉａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６５（１）：９２（２００７）を参照のこと。更に、Ｓａｋｕｒａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７（１）：１１０（２００７）は、ＴＡＣＩは、ＢＡＦＦ−Ｒ及びＣＤ４０による共刺激された抗体産生を減衰させることを開示している。更に、Ａｃｏｓｔａ−Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７（４）：９９０（２００７）は、ＢＡＦＦとＬＰＳはＣＤ９５／Ｆａｓ−媒介性細胞死を起こしやすくなるようにＢ細胞を誘導するために協同することを開示している。更なるスクリーニング法は、Ｍａｒｔｉｎ ａｎｄ Ｃｈａｎ，”Ｂ Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ ｉｎ Ｄｉｓｅａｓｅ：Ｅｖｏｌｖｉｎｇ Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｃｌｉｎｉｃ Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，”２４：４６７−４９６（２００６），Ｐｉｌｌａｉ ｅｔ ａｌ．，”Ｍａｒｇｉｎａｌ Ｚｏｎｅ Ｂ Ｃｅｌｌｓ” Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２３：１６１−１９６（２００５），及びＨａｒｄｙ ａｎｄ Ｈａｙａｋａｗａ， ”Ｂ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｐａｔｈｗａｙｓ，” Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１９：５９５−６２１（２００１）に見いだすことができる。これら及び他の参考文献から、当業者は、適切なアンタゴニストをスクリーニングすることができる。マイクロアレイをこの目的のために（Ｈａｇｍａｎｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９０：８２−８３（２０００））、並びにＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）のために（Ｎｇｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４４１：１０６−１１０（２００６））．用いることができる。
本発明の範囲内に含まれるＢ細胞アンタゴニストは、抗体、合成または天然配列ペプチド、イムノアドヘシン、及びＢ−細胞表面マーカーまたはＢ細胞特異的生存または増殖因子に結合し、任意で、別の分子に結合したり又は融合した小分子アンタゴニストが含まれる。ある実施態様において、アンタゴニストは、抗体又はイムノアドヘシンを含む。それは、限定されないが、抗ＣＤ２３（例えばルミリキシマブ）、抗ＣＤ２０、抗ＣＤ２２，又は抗ＢＲ３抗体を含む、イムノアドヘシンなどのＢＬｙＳアンタゴニスト、ＡＲＲＩＬアンタゴニスト、及び／又はＢＬｙｓイムノアドヘシンを含む。ある実施態様において、ＢＬｙｓイムノアドヘシンは、ＢＲ３の細胞外ドメインを含むＢＲ３イムノアドヘシン、ＴＡＣＩの細胞外ドメインを含むＴＡＣＩイムノアドヘシン、及びＢＣＭＡの細胞外ドメインを含むＢＣＭＡイムノアドヘシンから選択される。ＢＲ３イムノアドヘシンのある実施態様は、国際公開第２００５／００３５１号、米国特許出願公開第２００５／００９５２４３号、米国特許出願公開第２００５／０１６３７７５号及び国際公開第２００６／０６８８６７号に記載されるｈＢＲ３−Ｆｃを含む。ある実施態様において、ＢＬｙｓアンタゴニストは、抗ＢＬｙｓ抗体であり、ここでは抗ＢＬｙｓ抗体は、残基１６２−２７５を含むＢＬｙｓの領域内でＢＬｙｓに結合することを特徴とし、又は抗ＢＲ３抗体であり、ここでは抗ＢＲ３抗体は、ヒトＢＲ３の残基２３−３８を含む領域でＢＲ３に結合することを特徴とする。ある実施態様において、イムノアドヘシンは、ＴＡＣＩ−Ｉｇ（アタシセプト）及びＢＲ３−Ｉｇから選択される。ある実施態様において、Ｂ細胞アンタゴニストは、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＢＡＦＦ、またはＡＰＲＩＬに対する。あるそのような実施態様において、アンタゴニストは、抗体又はＴＡＣＩ−Ｉｇである。
ＢＬ−ＣＡＭまたはＬｙｂ８としても知られるＣＤ２２抗原又はＣＤ２２は、約１３０ｋＤａ（還元型）から１４０ｋＤａ（非還元型）の分子量を有する１型内在性膜糖タンパク質である。これは、Ｂリンパ球の細胞質及び細胞膜の両方で発現される。ＣＤ２２抗原は、ＣＤ１９抗原とほとんど同じ段階で、Ｂ細胞リンパ球の分化の初期に現れる。特定の他のＢ細胞マーカーと異なり、ＣＤ２２の膜発現は、成熟Ｂ細胞（ＣＤ２２＋）及び形質細胞（ＣＤ２２−）の間に含まれる後期分化段階に限定される。ＣＤ２２抗原は、例えば、Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１７３：１３７（１９９１）及びＷｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５０：５０１３（１９９３）．に記載される。
特定の典型的な抗ＣＤ２２抗体は、欧州特許第１，４７６，１２０号（Ｔｅｄｄｅｒ ａｎｄ Ｔｕｓｃａｎｏ），欧州特許第１，４８５，１３０号（Ｔｅｄｄｅｒ），及び欧州特許第１，５０４，０３５号（Ｐｏｐｐｌｅｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ．）、並びに米国特許出願公開第２００４／０２５８６８２号（Ｌｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．）、米国特許出願公開第５，４８４，８９２号（Ｄａｎａ−Ｆａｒｂｅｒ）、米国特許第６，１８３，７４４号（Ｉｍｍｕｎｏｍｅｄｉｃｓ，ｅｐｒａｔｕｚｕｍａｂ），及び米国特許第７，０７４，４０３号（Ｇｏｌｄｅｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｈａｎｓｅｎ）に記載されるものを含む。
ＢＬｙＳ（ＢＡＦＦ、ＴＡＬＬ−１、ＴＨＡＮＫ、ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、またはｚＴＮＦ４としても知られている）は、Ｂ細胞の生存及び成熟に必須であるＴＮＦ１リガンドスーパーファミリーのメンバーである。トランスジェニックマウスにおけるＢＡＦＦの過剰発現は、Ｂ細胞の過形成及び重度の自己免疫疾患の発症をもたらす（Ｍａｃｋａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１９０：１６９７−１７１０（１９９９）；Ｇｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，４０４：９９５−９９９（２０００）；Ｋｈａｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ，９７：３３７０−３３７５（２０００））。ＢＡＦＦレベルは、ＳＬＥ、ＲＡ、及びシェーグレン症候群などの様々な自己免疫疾患を持つヒト患者において上昇している（Ｃｈｅｅｍａ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，４４：１３１３−１３１９（２００１）；Ｇｒｏｏｍ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１０９：５９−６８（２００２）；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１６６：６−１０（２００１））。さらに、ＢＡＦＦレベルは、疾患の重症度と相関しており、ＢＡＦＦがこれらの疾患の病因に直接的な役割を果たすことができることを示唆している。ＢＡＦＦは、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー、ＴＡＣＩ、ＢＣＭＡ、及びＢＲ３の３つのメンバーに結合することによって、Ｂ細胞に作用する（ＢＡＦＦ−Ｒとしても知られる）（Ｇｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，上掲；Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９３：２１０８−２１１１（２００１）；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．１１：１５４７−１５５２（２００１）；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１：３７−４１（２０００）；Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９３：２１１１−２１１４（２００１））。
３つのうち、ＢＲ３はＢＡＦＦに特異的であり、他の２つはまた、関連するＴＮＦファミリーメンバー、増殖誘導リガンド（ＡＰＲＩＬ）に結合する。ＢＡＦＦの表現型及び受容体ノックアウト又は変異体マウスの比較は、ＢＲ３を介したシグナル伝達はＢＡＦＦのＢ細胞生存機能を媒介することを示している（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．，上記，２００１；Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，上記）。対照的に、ＴＡＣＩは抑制性受容体として働くように見えるが（Ｙａｎ，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２：６３８−６４３（２００１））、ＢＣＭＡの役割は不明である（Ｓｃｈｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，上記）。米国特許出願公開第２００７／００７１７６０号は、ＢＬｙＳ及びＡＰＲＩＬの増殖誘導機能を抑制するのに十分な量のＴＡＣＩ−Ｉｇ融合分子を用いるＢ細胞悪性腫瘍の治療を開示している。
ＢＲ３は、Ｂ細胞の表面に発現した１８４残基のＩＩＩ型膜貫通タンパク質である（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｙａｎ，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎ．，上記）。細胞内領域は、既知の構造ドメイン又はタンパク質−タンパク質相互作用モチーフへの配列類似性を持たない。にも関わらず、ＢＲ３を介するＢＡＦＦ誘導型シグナル伝達は、転写因子ＮＦ−Ｂ２／ｐ１００のｐ５２へのプロセシングをもたらす（Ｃｌａｕｄｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３：９５８−９６５（２００２）；Ｋａｙａｇａｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１０：５１５−５２４（２００２））。ＢＲ３の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）も多岐にわたる。ＴＮＦＲファミリーのメンバーは通常、細胞外領域に複数のシステインに富んだドメイン（ＣＲＤ）の存在によって特徴付けられ；各ＣＲＤは典型的には、６つのシステインによって３つのジスルフィド結合で安定化された約４０残基からなる。このファミリーのありふれたメンバーは、リガンド表面上の２つの別個のパッチと相互作用する２つのＣＲＤを通じてリガンドと接触する（Ｂｏｄｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，２７：１９−２６（２００２））。しかし、ＢＲ３ ＥＣＤは、せいぜい部分的なＣＲＤを形成することができる、たった４つのシステイン残基を含み、その小さな受容体がどのように高親和性リガンド結合を付与するのかという疑問を提起している。
ＢＲ３のＢＡＦＦ結合ドメインが２６残基のコア領域内にあることが示されている（Ｋａｙａｇａｋｉ ｅｔ ａｌ．，上記）。６つのＢＲ３残基は、βヘアピンペプチド内で構造をとると（ｂｈｐＢＲ３）、ＢＡＦＦ結合を付与するのに十分であり、ＢＡＦＦ媒介型シグナル伝達を遮断する。その他はＢＡＦＦと相互作用すると主張されたポリペプチドを報告している（例えば、国際公開第２００２／２４９０９号、国際公開第２００３／０３５８４６号、国際公開第２００２／１６３１２号、及び国際公開第２００２／０２６４１号）。
機能損失及びＸ線写真変化は、疾患過程の初期で生じる。これらの変化はある種のＤＭＡＲＤの使用により、遅延化又は予防することができる。いくつかのＤＭＡＲＤは、病初では臨床的に効果的であり、良好な耐性を有するが、これらの薬剤の多くは、経時的にあまり効果がなくなるか、又は毒性が増加してくる。その効能及び耐用性に基づき、ＭＴＸは、他の治療が測定されることにより、標準的な治療となる。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５８６−１５９３（２０００）；Ａｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．，２７：６４４−６５２（２０００）．
近年の研究では、レフルノミド、ＭＴＸ、又はプラセボを摂取した後期ＲＡに罹患した患者（Ｓｔｒａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，１５９：２５４２−２５５０（１９９９））、並びにＭＴＸに部分的に反応した後、インフリキシマブとＭＴＸ、又はプラセボとＭＴＸを摂取した患者における、Ｘ線検査での進行が調べられた。Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５９４−１６０２（２０００）；Ｍａｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ，３５４：１９３２−１９３９（１９９９）．ＥＮＢＲＥＬＴＭ ＥＲＡ（初期ＲＡ）治験の最初の１年において、エタネルセプトは、疾患の徴候及び症状の改善性、及びＸ線検査上での進行の阻害において、ＭＴＸよりもかなり効果的であることが示された。Ｂａｔｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３４３：１５８６−１５９３（２０００）．Ｇｅｎｏｖｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．４６：１４４３−１４５０（２００２）は、研究の２年目の結果が報告されており、単独療法としてのエタネルセプトは、疾患活動度の低減、構造的損傷の抑制、及び初期の攻撃的ＲＡを患っている患者における２年以上にわたっての身体障害の低減において、ＭＴＸよりも安全で優れていると結論付けている。更に研究されたのは、中程度から重篤なＲＡ患者において、ＭＴＸと併用したオクレリズマブ（ＣＤ２０＋Ｂ細胞を標的とするヒト化抗体）の安全性と臨床活性であった（Ｐｈ Ｉ／ＩＩ ＡＣＴＩＯＮ試験）。Ｇｅｎｏｖｅｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５４（９）：Ｓ６６−Ｓ６７（２００６年９月）。
さらに、手及び足におけるＸ線検査における進行の低下は、ＭＴＸと併用してインフリキシマブを受容した後の、初期のＲＡの患者において観察された。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：４１７（２００５）．初期のＲＡの患者は、インフリキシマブで治療した後の身体機能に、臨床的に有意義で持続性の改善が達成された。Ｓｍｏｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：４１８−４１９（２００５）．
ＡＳＳＥＲＴと命名された、ランダム化されたプラセボ対照試験から得られた、強直性脊椎炎（ＡＳ）に罹患した患者の骨密度におけるインフリキシマブ治療の効果は、Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１９（２００５）に報告されている。ＡＳＳＥＲＴ試験では、インフリキシマブはＡＳ患者でその疲労や痛みを改善することを示した。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１８−３１９（２００５）．ＡＳＳＥＲＴにより治療されたＡＳ患者におけるインフリキシマブの有効性と安全性は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．，５：５８２−５９１（２００５）によって説明されている。著者らは、インフリキシマブは、２４週間の試験期間中ＡＳ患者の大規模コホートにおいて、良好な耐容性を示し効果的であると結論づけている。更に、脊椎炎症におけるインフリキシマブ治療の効果を、ＡＳに罹患した２７９人の患者のランダム化されたプラセボ対照試験における磁気共鳴映像により評価した。Ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：３１７（２００５）．ＡＳに罹患した患者における脊椎のＸ線検査による進行において治療効果が測定されるべき方法は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５２：１９７９−１９８５（２００５）が取り組んでいる。
１年後の、インフリキシマブ多国籍ＰｓＡ対照試験（ＩＭＰＡＣＴ）のＸ線検査の分析の結果が、Ａｎｔｏｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ６４：１０７（２００５）により報告されている。併用治療試験による、ＲＡにおける抗ＴＮＦ因子治験からのデータを詳細にサブ解析することによる、臨床的改善の見られないＲＡ患者でのインフリキシマブとＭＴＸを用いた治療によるＸ線検査上の利点の証拠は、Ｓｍｏｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．５２：１０２０−１０３０（２００５）により報告されている。（修正されたシャープ／ｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅスコアにおける平均変化により測定された場合の）Ｘ線検査上での進行は、インフリキシマブとＭＴＸを受容した患者よりも、ＭＴＸとプラセボを受容した患者のほうが、より大きかった。著者は、臨床的改善のない患者でさえ、インフリキシマブとＭＴＸを用いた治療により、破壊過程に対してかなりの利点が提供され、このような患者において、疾患のこれらの２つの測定が解離していることが示唆される。ベースラインとなるＸ線検査上での損傷と、ＲＡに罹患した患者をインフリキシマブを用いて治療した後の身体機能における改善との間の関連性は、Ｂｒｅｅｄｖｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ Ｒｈｅｕｍａｔｉｃ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，６４：５２−５５（２００５）に記載されている。構造的損傷は、シャープスコアのｖａｎ ｄｅｒ Ｈｅｉｊｄｅ修正を使用して評価した。著者は、ベースラインにおいて関節損傷が大きければ大きいほど、ベースラインにおける身体機能は乏しく、治療後の身体機能の改善性は少なく、関節破壊の進行を遅延化させるために、初期の治療介入の重要性が強調されると結論付けた。
関節リウマチ分子バイオマーカー
多くの研究者が、ＲＡ患者から単離された滑膜組織のマイクロアレイ遺伝子発現プロファイリング研究を行ってきた。公開された研究は、ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ ｅｔ ａｌ．，ｃＤＮＡマイクロアレイ技術を用いたリウマチ滑膜内の特徴的な遺伝子発現プロファイルの発見：組織破壊及び修復の複数の経路が存在することの証拠（Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｏｆ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｖｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ｓｙｎｏｖｉｕｍ ｕｓｉｎｇ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｐａｔｈｗａｙｓ ｏｆ ｔｉｓｓｕｅ ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒ），Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ Ａｐｒ；４（３）：１８７−９６（２００３）；ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ，ｅｔ ａｌ．，関節リウマチは異種起源の疾患である：関節リウマチ組織間でのＳＴＡＴ−１経路の活性化の違いの証拠（Ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｉｓ ａ ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＳＴＡＴ−１ ｐａｔｈｗａｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ｔｉｓｓｕｅｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ Ａｕｇ；４８（８）：２１３２−４５（２００３）；Ｆｉｎｉｓ Ｋ ｅｔ ａｌ．，ゲノムワイドな相補的なＤＮＡマイクロアレイ及び組織アレイ技術を使用する色素性絨毛結節性滑膜炎の分析は、潜在的な新規な治療的アプローチに対する見通しを明らかにする（Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｉｇｍｅｎｔｅｄ ｖｉｌｌｏｎｏｄｕｌａｒ ｓｙｎｏｖｉｔｉｓ ｗｉｔｈ ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ ＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎｄ ｔｉｓｓｕｅ ａｒｒａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｒｅｖｅａｌｓ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｎｏｖｅｌ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ Ｍａｒ；５４（３）：１００９−１９（２００６）；Ｌｉｎｄｂｅｒｇ Ｊ，ｅｔ ａｌ．，関節リウマチ患者の滑膜組織中のｍＲＮＡ発現プロファイルにおけるインフリキシマブの効果（Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ ｏｎ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｔｉｓｓｕｅ ｏｆ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｐａｔｉｅｎｔｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．８（６）：Ｒ１７９（２００６）；ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｏｕｗ Ｋｒａａｎ ＴＣ ｅｔ ａｌ．，抗腫瘍壊死因子アルファによる治療に対する応答性は、関節リウマチ患者の治療前の組織の炎症レベルに関連する（Ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ ｔｏ ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｕｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ａｌｐｈａ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｓ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ ｐｒｅ−ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｔｉｓｓｕｅ ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｌｅｖｅｌｓ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｐａｔｉｅｎｔｓ），Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．Ａｐｒ；６７（４）：５６３−６（２００８）；Ｈｕｂｅｒ Ｒ ｅｔ ａｌ．，関節リウマチ滑膜のｍＲＮＡ発現プロファイルにおける、グループ内、個体間、及び遺伝子特異的な差異の同定（Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｒａ−ｇｒｏｕｐ，ｉｎｔｅｒ−ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ，ａｎｄ ｇｅｎｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｒｉａｎｃｅｓ ｉｎ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｍｅｍｂｒａｎｅ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ １０（４）：Ｒ９８（２００８）；Ｂａｄｏｔ Ｖ ｅｔ ａｌ．，滑膜内の遺伝子発現プロファイリングは、関節リウマチのアダリムマブによる治療に対する反応の有無を予測する特徴を同定する（Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｉｎ ｔｈｅ ｓｙｎｏｖｉｕｍ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｏｆ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ａｄａｌｉｍｕｍａｂ ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ），Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．１１（２）：Ｒ５７（２００９），電子出版２００９年４月２３日を含む。
国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０４７７３４（国際公開第２０１１／０２８９４５号）は、大規模な集合でのＲＡ滑膜組織のゲノムワイドな転写の統計的に厳格な照合を記載している。ＲＡの関節は、転写的には異なるが、罹病期間、Ｘ線検査上ので状態又は炎症の全身的尺度では異ならない４つの分子表現型に層別化された。メタ分析は、各表現型は病理学的な関連を持つ生物学的な違いを反映した異なる転写プログラムを示したことを明らかにした。遺伝子発現モジュールが、各表現型に対して開発され、統計的学習の手順を使用して精密化され、独立したデータセットで検証された。更に、表現型固有のモジュールは、抗ＣＤ２０モノクローナル抗体などのＢ細胞標的治療に対する予測可能な応答を持つＲＡのサブタイプに新しい患者を層別化するための分子マーカーを同定するために使用された。
多発性硬化症及び特定の治療薬
多発性硬化症（ＭＳ）は、脳及び脊髄に影響を与える中枢神経系の疾患である。ＭＳは一般に、再発寛解型の経過又は慢性進行性の経過を示す。再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）は、発作後の部分的又は全体的な回復により特徴付けられる。二次性進行型ＭＳ（ＳＰＭＳ）は、着実に進行性になる再発寛解型経過である。発作と部分的回復が発生し続ける可能性がある。原発性進行性ＭＳ（ＰＰＭＳ）は発症から進行性である。ＰＰＭＳの患者の症状は、一般には寛解しない、−すなわち強さが減少しない。
ＭＳの通常の徴候と症状は、一以上の四肢、体幹、又は顔の片側の感覚異常；脚や手の脱力感又は不器用；又は視覚障害（例えば片目の部分的失明や痛みなど）、視界の暗さ、又は暗点が含まれる。その他の一般的な初期症状は、複視（複視（ｄｉｐｌｏｐｉａ））をもたらす眼の麻痺、一以上の四肢の一過性脱力、肢の若干のこわばり又は異常な疲労、軽微の歩行障害、膀胱の制御障害、めまい、及び軽度の情緒障害が挙げられる（Ｂｅｒｋｏｗ ｅｔ ａｌ．（編），１９９９，Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ：第１７版）。ＭＳの病因は不明であるが、ウイルス感染症、遺伝的素因、環境、及び自己免疫疾患は、すべてが疾患の原因であるように見える。ＭＳ患者の病変は、主にＴリンパ球媒介ミクログリア細胞と浸潤マクロファージの浸潤物が含まれている。ＣＤ４＋Ｔリンパ球は、これらの病変に存在する主な細胞型である。ＭＳ病変の特徴は、ＭＲＩスキャンで見られる通常の白質からの境界の極めて明瞭な脱髄の領域である、プラークである。ＭＳプラークの組織学的所見は、疾患の異なる段階に応じて変化する。活動性病変では、血液脳関門が損傷を受けており、それにより細胞外空間への血清タンパク質の血管外遊出を可能としている。炎症細胞は血管周囲細胞浸潤及び白質の至るところで見ることができる。ＣＤ４−Ｔ細胞、特にＴｈ１は、プラークの端での後毛細管小静脈周囲に蓄積し、また、白質に散在している。活動性病変において、接着分子の上方制御及びリンパ球と単球の活性化のマーカー、例えばＩＬ２−Ｒ及びＣＤ２６もまた観察された。活動性病変における脱髄はオリゴデンドロサイトの破壊は付随しておきない。対照的に、疾患が慢性化した段階において、病変は、オリゴデンドロサイトの喪失、従って、血液中のミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）抗体の存在によって特徴付けられる。ＭＳに対する現在の治療は、コルチコステロイド、ベータインターフェロン（ＢＥＴＡＦＥＲＯＮ（登録商標）、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、ＲＥＢＩＦ（登録商標））、酢酸グラチラマー（ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標））、メトトレキサート、アザチオプリン、シクロホスファミド、クラドリビン、バクロフェン、チザニジン、アミトリプチリン、カルバマゼピン（Ｂｅｒｋｏｗら（編）、１９９９、前掲）及びナタリズマブ（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標））を含む。
ＡＮＣＡ−血管炎及び特定の治療薬
一般的な疾患を持つ患者のほとんどは、プロテイナーゼ３又はミエロペルオキシダーゼに対する抗体を持っているため、ウェゲナー肉芽腫症及び顕微鏡的多発血管炎は、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）関連血管炎として分類される。（Ｊｅｎｎｅｔｔｅ ＪＣ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ３７：１８７−１９２（１９９４）；Ｆｉｎｋｉｅｌｍａｎ ＪＤ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｍｅｄ １２０（７）：６４３．ｅ９−６４３．１４（２００７））ＡＮＣＡ関連血管炎は、小規模から中規模の血管に影響を与え、気道、腎臓に好発する。（Ｈｏｆｆｍａｎ ＧＳ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ １１６：４８８−４９８（１９９２）；Ｇｕｉｌｌｅｖｉｎ Ｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４２：４２１−４３０（１９９９）；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ−Ｋｅｌｌｅｒ Ｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４３：１０２１−１０３２（２０００）；Ｓｔｏｎｅ ＪＨ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ４８：２２９９−２３０９（２００３））。シクロホスファミド及びグルココルチコイドは、ほぼ４０年間において寛解誘導のための標準的治療法であった。（Ｎｏｖａｃｋ ＳＮ ｅｔ ａｌ．， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２８４：９３８−９４２（１９７１）；Ｆａｕｃｉ ＡＳ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ）５２：５３５−５６１（１９７３））．このレジメンは、重篤なＡＮＣＡ関連血管炎の通常の治療成績を、死亡から疾患の制御及び一時的な寛解への強い可能性へと変換する。（Ｈｏｆｆｍａｎ ＧＳ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｇｕｉｌｌｅｖｉｎ Ｌ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ−Ｋｅｌｌｅｒ上記；Ｗａｌｔｏｎ ＥＷ．，ＢＭＪ ２：２６５−２７０（１９５８）；Ｊａｙｎｅ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３４９：３６−４４（２００３）；Ｔｈｅ Ｗｅｇｅｎｅｒ’ｓ Ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｓｉｓ Ｅｔａｎｅｒｃｅｐｔ Ｔｒｉａｌ（ＷＧＥＴ）Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｒｏｕｐ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５２：３５１−３６１（２００５）．しかし、全ての患者、及び疾病の再燃が頻繁にあり反復治療を必要とする人が、薬のこの組み合わせにより寛解することはない。更に、シクロホスファミドの副作用、不妊、血球減少、感染症、膀胱損傷、及び癌、並びにグルココルチコイド治療の長期経過の複数の有害作用は、長期の疾患や死亡の主要な原因である。（Ｈｏｆｆｍａｎ ＧＳ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｇｕｉｌｌｅｖｉｎ Ｌ ｅｔ ａｌ．，上記；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ−Ｋｅｌｌｅｒ上記；Ｊａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，上記；ＷＧＥＴ上記；Ｓｔｏｎｅ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ５４：１６０８−１６１８（２００６）；Ｐａｇｎｏｕｘ Ｃ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ５８：２９０８−２９１８（２００８））．
多くの研究が、リツキシマブはウェゲナー肉芽腫症及びＡＮＣＡ−血管炎の臨床活性を示すことを示している。例えば、Ｓｐｅｃｋｓらは、ウェゲナー肉芽腫症を治療する高用量のグルココルチコイド３７５ｍｇ／ｍ２のリツキシマブの４回の注入の成功利用を開示した。（Ｓｐｅｃｋｓ ｅｔ ａｌ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ，４４（１２）：２８３６−２８４０（２００１））．別の研究では、リツキシマブは、３７５ｍｇ／ｍ２を４回の投与量とともに、経口プレドニゾンを１ｍｇ／ｋｇ／日、４週目までにそれを４０ｍｇ／日まで減少させ、続く１６週間にわたって完全に中止に至る経口プレドニゾンと併用して使用されるときに、重篤なＡＮＣＡ関連血管炎のための耐容性良好な、効果的な寛解導入剤であることが見いだされた。四人の患者は、再発／上昇するＡＮＣＡ力価にたいしてリツキシマブ単独で再治療した。グルココルチコイド以外に、追加の免疫抑制剤は、寛解導入及び持続的寛解の維持（６ヶ月以上）のために必要は思われない。Ｋｅｏｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｋｉｄｎｅｙ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓ．Ｒｅｓ．，２６：２９３（２００３）は、難治性のＡＮＣＡ関連血管炎を有する１１人の患者が、４週間にリツキシマブを３７５ｍｇ／ｍ２の用量及び高用量のグルココルチコイドによる治療により寛解に入った。難治性ＡＮＣＡ関連血管炎を有する患者に、静注によるＣＴＸ、ミコフェノール酸モフェチル、アザチオプリン、又はレフルノミドなど、明らかな有効性を持つ、免疫抑制薬剤と一緒にリツキシマブを投与した。Ｅｒｉｋｓｓｏｎ， ”Ｋｉｄｎｅｙ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２６：２９４（２００３）（治療に応答した４週間において週１回、３７５ｍｇ／ｍ２のリツキシマブで治療されたＡＮＣＡ関連血管炎の５人の患者）；Ｊａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｋｉｄｎｅｙ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ Ｐｒｅｓｓｕｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２６：２９４−２９５（２００３）（付随する免疫抑制剤及びプレドニゾンと一緒にＣＴＸを含む、３７５ｍｇ／ｍ２のリツキシマブの注入を４週間受けた難治性血管炎の患者６人は血管炎活性の大幅な低下を経験した）も参照のこと。難治性全身性血管炎患者に対する投与の４回の投与で１用量あたり３７５ｍｇ／ｍ２で、静脈注射ＣＴＸと一緒にリツキシマブを用いる更なる報告は、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｊａｙｎｅ， “Ａ ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ，ｏｐｅｎ ｌａｂｅｌ ｔｒｉａｌ ｏｆ Ｂ−ｃｅｌｌ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｒｉｔｕｘｉｍａｂ ｉｎ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｖａｓｃｕｌｉｔｉｓ” ｐｏｓｔｅｒ ９９８（１１ｔｈ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｖａｓｃｕｌｉｔｉｓ ａｎｄ ＡＮＣＡ ｗｏｒｋｓｈｏｐ），Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｎｅｐｈｒｏｌｏｇｙ，Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．，１４：７５５Ａ（２００３）に与えられる。２週間又は４週間の５００ｍｇのリツキシマブの投与で首尾良く治療されたＡＮＣＡ陽性血管炎の９人の患者に関するＥｒｉｋｓｓｏｎ， Ｊ．Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄ．，２５７：５４０−５４８（２００５）；及び難治性ＡＮＣＡ関連血管炎の１１人の患者において、４週間でリツキシマブを３７５ｍｇ／ｍ２の用量による治療若しくは再治療が、Ｂリンパ球枯渇によって寛解を誘導することを報告した（試験は２０００年１月から２００２年９月にかけて実施された）、Ｋｅｏｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ，５２：２６２−２６８（２００５）も参照。更に最近、Ｓｔｏｎｅらは、重篤なＡＮＣＡ関連血管炎の寛解の誘導のためのシクロホスファミド治療に比較した、リツキシマブ治療の非劣性、及び疾患が再発する優位性の可能性を報告した。（Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊ．Ｍｅｄ．３６３（３）：２２１−２３１（２０１０））．
特定の更なる自己免疫疾患
「自己免疫性疾患」は、臓器特異的疾患（すなわち、免疫応答が、内分泌系、造血系、皮膚、循環器系、胃腸及び肝臓系、腎臓系、甲状腺、耳、神経筋系、中枢神経系などといった臓器系に対して特異的である）又は、複数の臓器系に影響しうる全身性疾患（例えば全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、関節リウマチ、多発性筋炎など）でありうる。典型的な疾患には、自己免疫性リウマチ学疾患（例えば、関節リウマチ、シェーグレン症候群、強皮症、ＳＬＥ及びループス腎炎などの狼瘡、多発性筋炎／皮膚筋炎、クリオグロブリン血症、抗リン脂質抗体症候群、及び乾癬の関節炎など）、自己免疫性胃腸及び肝臓疾患（例えば、炎症性腸疾患（例えば潰瘍性大腸炎及びクローン病）、自己免疫性胃炎及び悪性貧血、自己免疫性肝炎、原発性胆管萎縮症、原発性硬化性胆管炎、及び小児脂肪便病など）、血管炎（例えば、チャング−シュトラウス血管炎、ウェゲナー肉芽腫症及び顕微鏡的多発血管炎を含むＡＮＣＡ−ネガティブ血管炎及びＡＮＣＡ−関連血管炎）、自己免疫性神経学的疾患（例えば、多発性硬化症、眼球クローヌスミオクローヌス症候群、重症筋無力症、視神経脊髄炎、パーキンソン病、アルツハイマー病、及び自己免疫性多発性神経炎など）、腎臓疾患（例えば、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、及びベルガー病など）、自己免疫性皮膚科疾患（例えば、乾癬、蕁麻疹、蕁麻疹、尋常性天疱瘡、類天疱瘡、及び皮膚紅班性狼瘡など）、血液系疾患（例えば、血小板減少性紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病、輸血後の紫斑病、及び自己免疫溶血性貧血など）、アテローム性動脈硬化、ブドウ膜炎、自己免疫性聴覚疾患（例えば、内耳疾患及び聴力障害など）、ベーチェット病、レイノー症候群、臓器移植及び自己免疫性内分泌系疾患（例えば、インスリン依存型糖尿病（ＩＤＤＭ）などの糖尿病関連の自己免疫性疾患、アジソン病及び自己免疫性甲状腺疾患（例えばグレーブス病及び甲状腺炎）など）が含まれる。
場合によって上記のものを包含する、本明細書中で定義されるような他の自己免疫性疾患の具体的な例には、限定されるものではないが、関節炎（急性及び慢性の関節リウマチ、例として、若年発症関節リウマチ及び段階、例として、関節リウマチ関節滑膜炎、痛風又は痛風性関節炎、急性の免疫学的な関節炎、慢性炎症性関節炎、変形性関節症、ＩＩ型コラーゲン誘導性の関節炎、感染性関節炎、ライム関節炎、増殖性関節炎、乾癬の関節炎、スティル病、椎骨関節炎、骨関節炎、慢性関節炎プログレディエンテ、変形性関節炎、慢性多発性関節炎プリマリア、反応性関節炎、閉経期の関節炎、エストロゲン−枯渇関節炎、及び強直性脊椎炎／リウマチ様脊椎炎）、自己免疫性リンパ系増殖性疾患、炎症性過剰増殖性皮膚病、乾癬、例としてプラーク乾癬、滴状乾癬、膿疱性乾癬及び爪乾癬、アトピー、例としてアトピー性疾患、例えば花粉症及びジョブ症候群、皮膚炎、例として接触皮膚炎、慢性接触皮膚炎、剥脱性皮膚炎、アレルギー性皮膚炎、アレルギー性接触皮膚炎、蕁麻疹、疱疹状皮膚炎、貨幣状皮膚炎、脂漏性皮膚炎、非特異的皮膚炎、原発性刺激物接触皮膚炎、及びアトピー性皮膚炎、Ｘ連鎖過剰ＩｇＭ症候群、アレルギー性眼内炎症性疾患、蕁麻疹、例として慢性アレルギー性蕁麻疹及び慢性特発性蕁麻疹、例として慢性自己免疫性蕁麻疹、筋炎、多発性筋炎／皮膚筋炎、若年性皮膚筋炎、中毒性上皮性表皮壊死症、強皮症（全身強皮症を含む）、全身性硬化症などの硬化症、多発性硬化症（ＭＳ）、例として脊髄−視神経ＭＳ、原発性進行性ＭＳ（ＰＰＭＳ）、及び再発性寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ）、進行性全身性硬化症、アテローム性動脈硬化、動脈硬化症、皮膚硬化症、失調性硬化症、視神経脊髄炎（ＮＭＯ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病、自己免疫媒介性胃腸疾患、胃腸炎症、大腸炎、例えば潰瘍性大腸炎、大腸炎潰瘍、顕微鏡的大腸炎、膠原性大腸炎、多発性大腸炎、壊死性全腸炎、及び経壁性大腸炎、及び自己免疫性炎症性腸疾患）、腸炎症、膿皮症壊疽、結節性紅斑、原発性硬化性胆管炎、呼吸窮迫症候群、例として、成人又は急性の呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、髄膜炎、葡萄膜の全部又は一部の炎症、虹彩炎、脈絡膜炎、自己免疫性血液疾患、移植片対宿主病、遺伝性血管性浮腫などの血管性浮腫、髄膜炎の脳神経損傷、妊娠ヘルペス、妊娠性類天疱瘡、陰嚢掻痒、自己免疫性早期卵巣機能不全、自己免疫性症状による急性聴力損失、ＩｇＥ媒介性疾患、例えばアナフィラキシー及びアレルギー性鼻炎及びアトピー性鼻炎、脳炎、例えばラスマッセンの脳炎及び辺縁及び／又は脳幹脳炎、ブドウ膜炎、例として、前部ブドウ膜炎、急性前ブドウ膜炎、肉芽腫ブドウ膜炎、非顆粒性ブドウ膜炎、水晶体抗原性ブドウ膜炎、後部ブドウ膜炎又は自己免疫ブドウ膜炎、ネフローゼ症候群を有する又は有さない糸球体腎炎（ＧＮ）、例として、慢性又は急性の糸球体腎炎、例として原発性ＧＮ、免疫性ＧＮ、膜性ＧＮ（膜性ネフロパシ）、特発性膜性ＧＮ又は特発性膜性ネフロパシ、膜又は膜性増殖性ＧＮ（ＭＰＧＮ）（タイプＩ及びタイプＩＩを含む）、急速進行性ＧＮ（ＲＰＧＮ）、増殖性腎炎、自己免疫性多腺性内分泌不全、亀頭炎、例として形質細胞限局性亀頭炎、亀頭包皮炎、遠心性環状紅斑、色素異常性固定性紅斑、多形性紅斑、環状肉芽腫、光沢苔癬、硬化性萎縮性苔癬、慢性単純性苔癬、棘状苔癬、扁平苔癬、薄板状魚鱗癬、表皮剥離性角質増殖症、妊娠前角化症、膿皮症壊疽、アレルギー性状態及び応答、食物アレルギー、薬剤アレルギー、昆虫アレルギー、まれなアレルギー性疾患、例として肥満細胞症、アレルギー性応答、湿疹、例としてアレルギー性又はアトピー性湿疹、乾皮性湿疹、異常発汗剤湿疹及び小胞の掌蹠湿疹、喘息、例えば喘息気管支炎、気管支喘息及び自己免疫喘息、Ｔ細胞の浸潤を伴う症状及び慢性炎症反応、妊娠中の胎児のＡＢＯ式血液型など外来性抗原に対する免疫反応、慢性肺炎症性疾患、自己免疫心筋炎、白血球粘着力欠損、ループス、例としてループス腎炎、ループス脳炎、小児ループス、非腎性ループス、腎外ループス、ジスコイドループス、円板状エリテマトーデス、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、脱毛症ループス、ＳＬＥ、例えば皮膚ＳＬＥ又は亜急性の皮膚ＳＬＥ、新生児期ループス症候群（ＮＬＥ）及び紅班性狼瘡汎発、若年性開始型（Ｉ型）真正糖尿病、例として小児ＩＤＤＭ、成人発症型真正糖尿病（ＩＩ型糖尿病）、自己免疫性糖尿病、特発性の尿崩症、糖尿病性網膜症、糖尿病性ネフロパシ、糖尿病性大腸炎、糖尿病性大動脈疾患、サイトカイン及びＴリンパ球によって媒介される急性及び遅発性過敏症と関係する免疫応答、結核、サルコイドーシス、肉芽腫症、例としてリンパ腫肉芽腫症、無顆粒球症、血管炎（例として、リウマチ性多発性筋痛及び巨細胞（高安）動脈炎などの大脈管脈管炎、川崎病及び結節性多発動脈炎／結節性動脈周囲炎などの中脈管脈管炎、免疫血管炎、ＣＮＳ血管炎、皮膚血管炎、過敏性血管炎、フィブリノイドを壊死させる血管炎及び全身性壊死性血管炎などの壊死性血管炎、ＡＮＣＡネガティブ血管炎、及びチャーグ−ストラウス症候群（ＣＳＳ）などのＡＮＣＡ関連の血管炎、ヴェゲナー肉芽腫、及び顕微鏡的多発性血管炎）、側頭動脈炎、無形成性貧血、自己免疫無形成性貧血、クームズ陽性貧血症、ダイアモンドブラックファン貧血症、溶血性貧血又は免疫溶血性貧血、例として自己免疫溶血性貧血（ＡＩＨＡ）、悪性貧血（貧血症悪性熱）、アジソン病、純粋な赤血球貧血症又は形成不全（ＰＲＣＡ）、第ＶＩＩＩ因子欠損症、血友病Ａ、自己免疫好中球減少症、例として汎血球減少症、白血球減少症、白血球血管外遊出を伴う疾患、ＣＮＳ炎症性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、多器官損傷症候群、例えば敗血症、外傷又は出血の二次症状、抗原−抗体複合体関連疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、単神経炎、アレルギー性神経炎、ベーチェット病／症候群、カールスマン症候群、グッドパスチャー症候群、レイノー症候群、シェーグレン症候群、スティーブンスジョンソン症候群、天疱瘡又は類天疱瘡、例えば水疱性類天疱瘡、瘢痕性（粘液膜）類天疱瘡、皮膚類天疱瘡、尋常性天疱瘡、新生物関連天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡粘液−膜天疱瘡、及び紅斑性天疱瘡、後天性表皮水疱症、眼炎症、アレルギー性眼性炎症、例えばアレルギー性結膜、直鎖状ＩｇＡ水疱性疾患、自己免疫誘導性結膜炎、自己免疫多腺性内分泌障害、ライター病又は症候群、自己免疫性状態による熱性損傷、子癇前症、免疫複合体疾患、例として、免疫複合体腎炎、抗体が媒介する腎炎、神経炎症性疾患、多発性神経炎、慢性神経障害、例えばＩｇＭ多発性神経炎又はＩｇＭ媒介性神経障害、血小板減少（例えば心筋梗塞患者によるもの）、例えば血栓性血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、輸血後紫斑病（ＰＴＰ）、ヘパリン誘発性血小板減少及び自己免疫性又は免疫媒介性血小板減少、例えば慢性及び急性のＩＴＰを含む特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、強膜炎、例えば特発性のセラト強膜炎、上強膜炎、自己免疫性精巣炎及び卵巣炎を含む精巣及び卵巣の自己免疫性疾患、一次甲状腺機能低下症、副甲状腺機能低下症、自己免疫内分泌性疾患、例えば甲状腺炎、例えば自己免疫性甲状腺炎、橋本病、慢性甲状腺炎（橋本甲状腺炎）又は亜急性の甲状腺炎、自己免疫甲状腺性疾患、特発性甲状腺機能低下症、グレーブス病、グレーブス眼疾患（眼障害又は甲状腺関連の眼障害）、自己免疫多腺性症候群などの多腺性症候群、例えばタイプＩ（又は、多腺性内分泌障害症候群）、腫瘍随伴症候群、例として神経系新生物関連症候群、例えばランバート−イートン筋無力症症候群又はイートン―ランバート症候群、スティッフマン又はスティッフマン症候群、脳脊髄炎、例として、アレルギー性脳脊髄炎又は脳脊髄炎性アレルギー及び実験的アレルギー性脳脊髄炎（ＥＡＥ）、重症筋無力症、例えば胸腺腫関連の重症筋無力症、小脳性退化、神経ミオトニ、眼球クローヌス又は眼球クローヌス筋硬直症候群（ＯＭＳ）及び感覚系神経障害、多病巣性運動神経障害、シーハン症候群、自己免疫肝炎、慢性肝炎、類狼瘡肝炎、巨細胞肝炎、慢性活動性肝炎又は自己免疫慢性活動性肝炎、間質性肺炎、例えばリンパ系間隙間質性肺炎（ＬＩＰ）、閉塞性細気管支炎（非移植）対ＮＳＩＰ、ギラン‐バレー症候群、ベルガー病（ＩｇＡネフロパシ）、特発性ＩｇＡネフロパシ、線状ＩｇＡ皮膚病、急性発熱性好中性皮膚病、角層下膿疱症、一過性棘融解皮膚病、肝硬変、例として原発性胆管萎縮症及び肺線維症、自己免疫腸疾患症候群、セリアックないしはコエリアック病、脂肪便症（グルテン腸疾患）、抵抗性スプルー、特発性スプルー、クリオグロブリン血症、例として混合性クリオグロブリン血症、アミロトロフィック側索硬化症（ＡＬＳ；筋萎縮性側索硬化症（Ｌｏｕ Ｇｅｈｒｉｇ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ））、冠状動脈疾患、自己免疫性耳疾患、例として、自己免疫内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫聴力障害、多発性軟骨炎、例として、抵抗性又は再発性ないしは再発する多発性軟骨炎、肺胞状蛋白症、コーガン症候群／非梅毒性間質性角膜炎などの角膜炎、ベル麻痺、スウィート病／症候群、自己免疫性酒さ、帯状ヘルペス関連疼痛、アミロイドーシス、非癌性リンパ球増多症、一次リンパ球増多症、これにはモノクローナルＢ細胞リンパ球増多症（例えば良性モノクローナル免疫グロブリン症及び未同定の有意なモノクローナルガーモパチィ（ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ｇａｒｎｍｏｐａｔｈｙ ｏｆ ｕｎｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ）、ＭＧＵＳ）が含まれる、末梢性神経障害、腫瘍随伴症候群、チャネル病、例として、癲癇、片頭痛、不整脈、筋疾患、難聴、盲目、周期性麻痺及びＣＮＳのチャネル病、自閉症、炎症性ミオパシ、局所性又は分節性又は限局性分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、内分泌性眼障害、ブドウ膜網膜炎、脈絡網膜炎、自己免疫性肝臓病、線維症、多内分泌性不全、シュミット症候群、副腎炎、胃萎縮、初老期痴呆、脱髄性疾患、例として、自己免疫脱髄性病及び慢性炎症性脱髄性多発性神経炎、ドレスラー症候群、円形脱毛症、完全脱毛症、ＣＲＥＳＴ症候群（石灰沈着、レイノー現象、食道運動障害、強指症及び毛細管拡張症）、雌雄自己免疫性不妊性、例えば、抗精子抗体によるもの、混合性結合組織病、シャーガス病、リウマチ熱、再発性中絶、農夫肺、多形性紅斑、心切開術後症候群、クッシング症候群、愛鳥家肺、アレルギー性肉芽腫性脈管炎、良性リンパ球血管炎、アルポート症候群、肺胞炎、例えばアレルギー性肺胞炎及び繊維化肺胞炎、間隙肺疾患、輸血反応、ハンセン病、マラリア、寄生虫病、例としてリーシュマニア症、キパノソミアシス（ｋｙｐａｎｏｓｏｍｉａｓｉｓ）、住血吸虫症、蛔虫症、アスペルギルス症、サンプター症候群、カプラン症候群、デング熱、心内膜炎、心内膜心筋線維形成、広汎性間隙肺線維形成、間質性肺線維形成、繊維化縦隔炎、肺線維形成、特発性の肺線維形成、嚢胞性線維症、眼内炎、持久性隆起性紅斑、胎児赤芽球症、好酸性筋膜炎（ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｆａｃｉｉｔｉｓ）、シャルマン症候群、フェルティー症候群、フィラリア（ｆｌａｒｉａｓｉｓ）、毛様体炎、例えば慢性毛様体炎、ヘテロ慢性毛様体炎、虹彩毛様体炎（急性又は慢性）又はＦｕｃｈの毛様体炎）、ヘーノホ−シェーンライン紫斑病、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染、ＳＣＩＤ、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、エコーウィルス感染、敗血症（全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ））、内毒血症、膵炎、ｔｈｙｒｏｘｉｃｏｓｉｓ、パルボウィルス感染、風疹ウィルス感染、種痘後症候群、先天性風疹感染、エプスタインバーウイルス感染、耳下腺炎、エヴァンの症候群、自己免疫性腺機能不全、シドナム舞踏病、連鎖球菌感染後腎炎、閉塞性血栓性血管炎（ｔｈｒｏｍｂｏａｎｇｉｔｉｓ ｕｂｉｔｅｒａｎｓ）、甲状腺中毒症、脊髄癆、脈絡膜炎、巨細胞多発性筋痛、慢性過敏性肺炎、結膜炎、例として、春季カタル、乾性角結膜炎及び流行性角結膜炎、特発性腎臓症候群、微小変化ネフロパシ、良性家族性及び乏血−再灌流障害、移植臓器再灌流、網膜自己免疫、関節炎症、
気管支炎、慢性閉塞性気道／肺性疾患、珪肺症、アフタ、アフタ性口内炎、動脈硬化症疾患（大脳血管性不足）、例として動脈硬化脳症及び動脈硬化症網膜症、アスペルミオジェネース（ａｓｐｅｒｍｉｏｇｅｎｅｓｅ）、自己免疫性溶血、ベック病、クリオグロブリン血症、デュピュイトラン拘縮、水晶体過敏性眼内炎、腸炎アレルギー、結節性紅斑、ｌｅｐｒｏｓｕｍ、特発性顔麻痺、慢性疲労症候群、リウマチ性熱、ハンマンリッチ病、感覚器性（ｓｅｎｓｏｎｅｕｒａｌ）聴力障害、血色素尿症発作（ｈａｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ ｐａｒｏｘｙｓｍａｔｉｃａ）、性機能低下、回腸炎領域、白血球減少症、単核細胞増加症感染、横移動脊髄炎、一次特発性の粘液水腫、ネフローゼ、眼炎ｓｙｍｐｈａｔｉｃａ（交感性眼炎）、新生児眼炎、視神経炎、精巣炎肉芽腫症、膵炎、多発性神経根炎急性、膿皮症壊疽、Ｑｕｅｒｖａｉｎ甲状腺炎、後天性脾臓萎縮、非悪性胸腺腫、リンパ濾胞性胸腺炎、白斑、毒性ショック症候群、食中毒、Ｔ細胞の浸潤を伴う症状、白血球−粘着力欠損、サイトカイン及びＴリンパ球に媒介される急性及び遅発性過敏症関連免疫応答、白血球血管外遊出を伴う疾患、多器官損傷症候群、抗原−抗体複合体媒介性疾患、抗糸球体基底膜疾患、自己免疫多腺性内分泌障害、卵巣炎、原発性粘液水腫、自己免疫萎縮性胃炎、リウマチ性疾患、混合性結合組織病、ネフローゼ症候群、膵島炎、多内分泌性不全、自己免疫多腺性症候群、例えば多腺性症候群Ｉ型、成人発症型特発性副甲状腺機能低下症（ＡＯＩＨ）、拡張型心筋症、例えば後天性表皮水疱症（ＥＢＡ）、ヘモクロマトーシス、心筋炎、ネフローゼ症候群、原発性硬化性胆管炎、化膿性又は非化膿性副鼻腔炎、急性又は慢性副鼻腔炎、篩骨、正面、上顎骨又は蝶形骨副鼻腔炎、アレルギー性副鼻腔炎、好酸球性関連疾患、例えば好酸球増加症、肺浸潤好酸球増加症、好酸球増加症−筋肉痛症候群、レフラー症候群、慢性好酸性肺炎、熱帯肺好酸球増加症、気管支肺炎アスペルギルス症、アスペルギローム又は好酸球性を含有する肉芽腫、アナフィラキシー、脊椎関節症、血清陰性脊椎関節炎疹、多内分泌性自己免疫性疾患、硬化性胆管炎、強膜、上強膜、慢性皮膚粘膜カンジダ症、ブラットン症候群、乳児期の一過性低ガンマグロブリン血症、ウィスコット‐アルドリッチ症候群、毛細血管拡張性運動失調症候群、血管拡張症、膠原病と関係する自己免疫疾患、リウマチ、例えば慢性関節リウマチ、リンパ節炎、血圧応答の減退、血管機能不全、組織損傷、心血管乏血、痛覚過敏、腎虚血、脳虚血、及び脈管化を伴う疾患、アレルギー性過敏症疾患、糸球体腎炎、再灌流障害、虚血性再灌流障害、心筋又は他の組織の再灌流損傷、リンパ腫気管気管支炎、炎症性皮膚病、急性炎症性成分を有する皮膚病、多臓器不全、水疱性疾患、腎皮質壊死、急性化膿性髄膜炎又は他の中枢神経系炎症性疾患、眼性及び眼窩の炎症性疾患、顆粒球輸血関連症候群、サイトカイン誘発性毒性、ナルコレプシ、急性重症炎症、慢性難治性炎症、腎盂炎、動脈内過形成、消化性潰瘍、弁膜炎、及び子宮内膜症などがある。
一般的な技術
本発明の実施は、特に明記しない限り、当業者の技術範囲内の分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来技術を用いる。このような技術は、文献、例えば、”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”， ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， １９８９）；”Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，編，１９８４）；”Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，編，１９８７）；”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ． Ｍ． Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，編， １９８７， ａｎｄ ｐｅｒｉｏｄｉｃ ｕｐｄａｔｅｓ）； ”ＰＣＲ： Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，編，１９９４）に完全に説明されている。
本発明に用いられるプライマー、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、当該技術分野で既知の標準技術を用いて生成することができる。
ＲＡ患者、及び例えばＭＳ及びＡＮＣＡ血管炎など他の自己免疫疾患に罹患した患者の、特定の治療薬に対する応答性の予測に関連したバイオマーカー及び遺伝子発現特性が、本明細書にて提供される。これらの特性並びに遺伝子にコードされるｍＲＮＡ又は個別のタンパク質の発現レベルが、ＲＡ治療薬、ＭＳ治療薬、及び／又はＡＮＣＡ血管炎治療薬に対する応答性を予測するためのバイオマーカーを構成する。従って、本明細書に開示される本発明は、例えば、自己免疫疾患の診断及び治療に関連する方法及び組成物において様々な設定に有用である。
遺伝子発現レベルの検出
本明細書記載された方法の何れかに係る核酸は、ゲノムＤＮＡ、又はＲＮＡ又はｍＲＮＡから生成されたｃＤＮＡから転写されたＲＮＡであり得る。核酸は、脊椎動物、例えば哺乳動物に由来し得る。核酸は、それがその起源から直接得られた場合、または、それが、その起源で見つかった核酸のコピーである場合に、特定の起源「に由来する」と言われる
核酸は、核酸のコピー、例えば増幅から生じたコピーを含む。増幅は、特定の場合において、例えば変異を検出するための所望の量の材料を得るために望まれ得る。アンプリコンは、その後、後述のように、特定の遺伝子の発現を決定するために、変異検出方法に供することができる。
ｍＲＮＡのレベルは、市販のキットや試薬の使用を含み、当業者に周知の種々の方法により測定し、定量化することができる。そのような方法の一つは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である。定量的な使用のための別の方法は、リアルタイム定量的ＰＣＲ又はｑＰＣＲである。例えば、「ＰＣＲプロトコル、方法と応用への手引き」（Ｍ．Ａ．Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，編，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，１９９０）；「分子生物学における現在のプロトコル」（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，編，１９８７，及び定期的なアップデート）；及び「ＰＣＲ：ポリメラーゼ連鎖反応」，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，編，１９９４）を参照。
マイクロアレイは、典型的には、例えば、高ストリンジェンシー条件下で、ｃＤＮＡ又はｃＲＮＡサンプルとハイブリダイズするために、配列した一連の数千もの核酸プローブを使用する多重化技術である。プローブ−標的ハイブリダイゼーションは、典型的には、フルオロフォア、銀、又は化学発光標識化標的の検出によって検出され、定量化され、標的内の核酸配列の相対量を決定する。典型的なマイクロアレイでは、プローブは化学的マトリックスへの共有結合により（エポキシ−シラン、アミノ−シラン、リジン、ポリアクリルアミド等を介して）、固体表面に結合されている。固体表面は、例えば、ガラス、シリコンチップ、または微視的ビーズである。様々なマイクロアレイは、例えば、アフィメトリクス社（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ）とイルミナ社（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ）により製造されたものを含み市販されている。
生物学的サンプルは、当業者に公知の特定の方法を用いて得ることができる生物学的サンプルは脊椎動物から、特に、哺乳動物から得られる。特定の場合において、生物学的サンプルは、滑膜組織、血清又は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。そうした身体サンプルをスクリーニングすることによって、単純な早期診断を、例えば、ＲＡ、ＭＳ、又はＡＮＣＡ血管炎などの疾患のために実現することができる。更に、治療の進行は、標的核酸（又はコードされるポリペプチド）の発現レベルの変化に対して、そのような身体サンプルを試験することによってより容易にモニタリングすることができる。
被験者又は組織又は細胞サンプルが、本明細書に開示された特定の血清バイオマーカーの相対量又は遺伝子発現特性を含有することを決定した後に、適切な治療薬の有効量が、被験者の特定疾患、例えばＲＡ、ＭＳ、又はＡＮＣＡ血管炎などを治療するために被験者に投与され得ることが意図される。本明細書に記載の哺乳動物における様々な病理学的状態の臨床診断は、当業者によって行うことができる。例えば、哺乳動物における自己免疫疾患、例えば、ＲＡ、ＭＳ、又はＡＮＣＡ血管炎の診断または検出を可能にする臨床診断技術は、当該技術分野で利用可能である。
治療薬は、ボーラスとして静脈内投与など既知の方法に従って、又はある期間にわたる連続注入によって、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内（ｉｎｔｒａｃｅｒｏｂｒｏｓｐｉｎａｌ）、皮下、関節内、滑液内、髄腔内、経口、局所、又は吸入経路によって投与することができる。任意で、投与は、様々な市販の装置を用いた小型ポンプによる注入を介して行われてもよい。
キット
本明細書で記述され又は提言される用途における使用のため、キット又は製造品も提供される。このようなキットは、バイアル、チューブなどのような一又は複数の容器手段を密に閉じ込めて収容するように区画化されている運搬手段を含む場合があり、容器手段の各々は該方法で使用される別個の手段の一つを含む。例えば、容器手段の一つは、標識されているか又は検出可能に標識されうるプローブを含みうる。そのようなプローブは、遺伝子発現特性の遺伝子を含むポリヌクレオチドに対して特異的なポリヌクレオチドでありうる。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチドを収容する容器、及び／又は酵素、蛍光又は放射性標識などのリポーター分子に結合した、アビジン又はストレプトアビジンなどのビオチン結合タンパク質のようなレポーター手段を含む容器を有していてもよい。
キットは、典型的には、上述の容器と、商業的及び使用者の観点からみて望ましい材料、例えばバッファー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用のための指示書を有するパッケージ挿入物を収容する一又は複数のその他の容器を具備する。特定の治療又は非治療的用途に組成物が使用されることを示すラベルが容器上にあってもよく、またそのラベルは上述したもののようにインビボ用途又はインビトロ用途の何れかについての指示を示すものであってもよい。キット中の他の任意成分には、一又は複数のバッファー（例えばブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファーなど）、酵素標識によって化学的に変化する基質などの他の試薬（例えば色素原）、エピトープ探索溶液、コントロール試料（ポジティブコントロール及び／又はネガティブコントロール）、コントロールスライドなどがある。
マーケティング法
また、本発明には、特定の疾患、例えば、ＲＡ、ＭＳ、又はＡＮＣＡ−血管炎の患者又は患者集団を、そこからサンプルを得て、本明細書に開示されるように血清バイオマーカーのレベルの遺伝子発現特性を示して、治療するための薬剤又は薬学的組成物の使用を促す、指示する、及び／又は明確に述べることを含む、治療薬又はその薬学的に許容可能な組成物をマーケティングするための方法が包含される。
マーケティングは一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のためのマーケティングには、公報、広告、製品の提供、後援、引受業務、及び販売促進が含まれる。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、促進し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。
本明細書中の診断方法のマーケティングは、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用するマーケティング媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。
使用されるマーケティングの種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断のマーケティングを規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。マーケティングは、サービスの相互作用及び／又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。
以下は本発明の方法及び組成物の例である。上記提供される一般的な説明を前提として、他の様々な実施態様が実施され得ることが理解される。
実施例１：
序論
無作為化プラセボ対照臨床試験では、メトトレキサート（ＭＴＸ）及び／又は抗ＴＮＦ治療が不成功であったＲＡ患者に対してリツキシマブが有効であることが示されている（Ｅｍｅｒｙ Ｐ， ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ． ２００６；５４ （５）：１３９０−４００；Ｃｏｈｅｎ ＳＢ， ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（９）：２７９３−８０６）。他の免疫生物製剤と同様に、リツキシマブは、他の可能性のある副作用うち、注入反応及び感染症などの特定のリスクに関連している。ＲＡにおけるリツキシマブ療法のベネフィット／リスクの式を改善するために、我々は、ベースライン予測の臨床的特徴または奏効率が増大した患者の亜集団を同定する分子マーカーの同定に興味を抱いてきた。同様に、代替療法を処方することができるように、リツキシマブから利益を全く受けない患者の亜集団を同定することに関心がある。近年の研究は、自己抗体（リウマチ因子及び／または抗ＣＣＰ抗体）及び急性期反応物Ｃ反応性タンパク質のレベルの上昇は、ＲＡにおいてリツキシマブに対する応答者を高める（Ｓｅｌｌａｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ＆Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ ２０１１；６３：９３−９３８；Ｄｏｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１０；１２５：４６４−４７５）。
現在の研究の目的は、末梢血中のＢ系統細胞のレベルを定量し、次いで治療の前にＢ細胞サブセット組成物の違いが、ＲＡにおいてリツキシマブに対する臨床反応と相関するかどうかを判断するため、ｍＲＮＡを基にした方法論を検証することであった。データには、後期Ｂ系統段階の形質芽細胞に対する分子マーカーの血中レベルのベースラインの上昇がＲＡにおける抗ＣＤ２０治療に対する非応答を予測するという概念をサポートしている。
方法と被験者
臨床研究のデザインとサンプル収集
ＲＥＦＬＥＸは、活性ＲＡで一以上の抗ＴＮＦ薬（ＴＮＦ−ＩＲ）に対する応答が不十分な５１８人の患者におけるリツキシマブ（２ｘ１０００ｍｇ）治療の多施設、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、第ＩＩ相臨床試験であった（Ｃｏｈｅｎ ＳＢ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（９）：２７９３−８０６）。ＤＡＮＣＥＲは、４６２人のＲＡ患者を登録した無作為化、多施設、二重盲検、プラセボ対照第ＩＩ相臨床試験であった。被験者は、プラセボ、リツキシマブを２ｘ５００ｍｇ、又はリツキシマブを２ｘ１０００ｍｇを、グルココルチコイドを含むか又は含まずに受けるために無作為化された。ＤＡＮＣＥＲ試験からの、患者の人口統計、ベースラインの臨床的特徴及び転帰の完全な特性評価が出版されている（Ｅｍｅｒｙ Ｐ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（５）：１３９０−４００．）．。ＳＥＲＥＮＥは、メトトレキサート（ＭＴＸ−ＩＲ）への応答が不十分な５１２人のＲＡ患者において、リツキシマブの二種の投与計画（２ｘ ５００ｍｇ 及び ２ ｘ １０００ｍｇ）の有効性を評価する第ＩＩＩ相無作為化プラセボ対照試験であった（Ｅｍｅｒｙ Ｐ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．２０１０ Ｓｅｐ；６９（９）：１６２９−３５．電子出版 ２０１０年５月２０日）。三つの試験の選択基準は以下が含まれる：登録の少なくとも６ヶ月前に、改訂米国リウマチ学会基準に従った関節リウマチの診断、年齢が１８〜８０歳、ベースラインとスクリーニングの時点で関節腫脹数≧８（６６関節数）及び圧痛関節数≧８（６８関節数）、スクリーニングの時に、ＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈｒ又はＣＲＰ≧１．５ｍｇ／ｄＬ （ＲＥＦＬＥＸ，ＤＡＮＣＥＲ）、又はＥＳＲ≧２８ｍｍ／ｈｒ又はＣＲＰ≧０．６ｍｇ／ｄＬ（ＳＥＲＥＮＥ）のどちらかであり、ＭＴＸを少なくとも１２週間、投与量１０〜２５ｍｇ／週で受け、最終４週間は安定した投与量で受けること。ＲＥＦＬＥＸの更なる要件は、４週間以上のエタネルセプトからの休薬期間、及び８週間以上のインフリキシマブからの休薬期間、及び少なくとも一つ関節での浸食のＸ線による証拠を含んでいた。三つの試験全てにおいて、リツキシマブ又はプラセボが、付随するメトトレキサートとともに、第一日と１５日に静脈内注入によって投与された（治療する医師によって処方される場合１０−２５ｍｇ／週）。全患者において、１００ｍｇの静脈内注入によるメチルプレドニゾロンがリツキシマブ又はプラセボ注入の少なくとも３０分前に投与された。すべての患者はまた、５ｍｇ／週の葉酸を受け取った。
ＳＣＲＩＰＴは、８４０人のＴＮＦ−ＩＲ ＲＡ患者における、オクレリズマブの、ヒト化抗ＣＤ２０モノクローナル抗体の多施設、無作為化、二重盲検、プラセボ対照第ＩＩＩ相臨床試験であった。患者は、非生物学的なＤＭＡＲＤ治療が付随する背景があった。被験者は３つの試験群に無作為化され、プラセボ又は２００ｍｇないし５００ｍｇのオクレリズマブの２つのコースを受け、投薬後４８週間の間、臨床的利益について評価した。試験に対する試験対象患者基準は、１９８７年のＡＣＲ基準を用いる少なくとも３ヶ月間のＲＡ診断、関節腫脹数（６６関節）≧４、圧痛関節数（６８関節）≧４、ＣＲＰ≧０．６ｍｇ／ｄＬ及び正のリウマチ因子及び／又は抗ＣＣＰ抗体の状態を含んでいた。
試験集団のそれぞれに対するベースライン人口動態及び臨床活性測定を以下の表２及び３にまとめる。
ｍＲＮＡをベースにしたバイオマーカーの開発のため（以下を参照）、我々はＡＣＴＩＯＮ試験からのサンプルを用いた。ＡＣＴＩＯＮは、ＲＡ患者における、ＭＴＸとプラセボに対するＭＴＸとオクレリズマブの、Ｉ／ＩＩ相を組み合わせた投与量決定試験であった。ＡＣＴＩＯＮ試験における、完全な患者の人口動態、臨床的知見及び転帰が出版されている（Ｇｅｎｏｖｅｓｅ ＭＣ，ｅｔ ａｌ，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００８ Ｓｅｐ；５８（９）：２６５２−６１）。本試験に登録された全患者において、ＲＴ−ｑＰＣＲ及びマイクロアレイ遺伝子発現解析に対する全血ＰａｘＧｅｎｅサンプル並びにＦＡＣＳ解析用のＥＤＴＡ血は、ベースラインと事前に定められた時点で得られた。
全ての抗ＣＤ２０試験におけるベースラインのＰＡｘＧｅｎｅ血液ＲＮＡサンプルの収集は任意であって、インフォームドコンセントの後で得られた。従って、ＲＮＡサンプルは各試験集団のサブセットのみから入手可能であった（ＲＥＦＬＥＸ，ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴからのサンプルのそれぞれ２７％，３１％，３０％及び４９％）。
方法
マイクロアレイ方法及び解析
ＲＮＡは、製造業者の推奨プロトコルと試薬（ＰＡＸｇｅｎｅＴＭ 血液 ＲＮＡキット，Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ， Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を用いてＣｏｖａｎｃｅ （Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，ＮＪ）で精製した。抽出されたＲＮＡの量と質は、ＮａｎｏＤｒｏｐ （ＮＤ１０００，Ｃｅｌｂｉｏ，ＭＩ）及びＡｇｉｌｅｎｔ ２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ，Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）で評価した。
２４の試験患者のサブセットからのＲＮＡは、アジレント全ヒトゲノム４ｘ４４マイクロアレイ（Ｐａｒｔ ＩＤ Ｇ４１１２−６０５１０，Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ，Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓ Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）でプロファイリングされた。マイクロアレイ画像は、アジレントの特徴抽出（ＦＥ）ソフトウェア、バージョン９．５を使用して分析された。差次的遺伝子発現解析が、パルテック・ソフトウェア（Ｐａｒｔｅｋ Ｉｎｃ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を用いて行われた。短く言えば、遺伝子発現データは対数変換され、変位値を正規化した。ベースライン時とリツキシマブ（ＲＴＸ）治療後８４日で（ＦＡＣＳ分析によって決定される場合）、枯渇剤と非枯渇剤の間の倍率変化とｐ値に基づいて、最も有意に異なる遺伝子のリストは、３方式ＡＮＯＶＡを用いて導出された。最初のリストは、主に免疫グロブリン鎖遺伝子、並びに確立された形質細胞マーカー及びＢ細胞マーカーからなる。上位〜３０遺伝子から、７つの遺伝子が、それらの性能、特異性、及び予備的なインビトロでの実験（データは示さず）をもとにして更なる解析のために選択された。
遺伝子発現解析
試薬及び計測手段
ＴａｑＭａｎユニバーサルマスターミックス、ＴａｑＭａｎ ＰｒｅＡｍｐマスターミックス及び遺伝子発現アッセイは、アプライドバイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）由来であった。事前の増幅反応がＧｅｎｅＡｍｐ ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を使用して実施された。リアルタイムＰＣＲ反応は、フリューダイムデジタルアレイ遺伝子発現技術（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ）、又は、ＡＢＩプリズム７９００ＨＴ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を利用する３８４ウェルプレートでのどちらかを使用して行った。両方のリアルタイムＰＣＲ法は、一連のＱＣ実験（データは示さず）で互いに対して検証された。
候補のｍＲＮＡバイオマーカーの選択
以下のＢ細胞遺伝子が最初にマルチプレックスＲＴ−定量ＰＣＲ遺伝子発現解析のために選択された：ナイーブ及び記憶Ｂ細胞で富む遺伝子（ＣＤ１９，ＣＤ２０，ＰＯＵ２ＡＦ１，ＦＣＲＬ５スプライスバリアント−ＦＣＲＬ５／ＩＲＴＡ２ｃ，在庫（ｉｎｖｅｎｔｏｒｉｅｄ）ＡＢＩアッセイ ＨＳ０１０７０２０４＿ｍ１、骨髄形質細胞に主に発現されるＩＲＴＡ ２ａ及びｂとは対照的に、ナイーブ及び成熟Ｂ細胞で主に発現されることが予備的実験で示された（Ｐｏｌｓｏｎ ＡＧ，ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００６ Ｓｅｐ；１８（９）：１３６３−７３．電子出版 ２００６年７月１８日）；形質芽細胞／形質細胞で富む遺伝子（Ｉｇ−Ｊ 鎖，ＢＣＭＡ）；及びＢ細胞及び形質細胞で（高レベルで）見いだされる遺伝子（Ｉｇ軽鎖）。ＰＯＵ２ＡＦ１は、恐らくは少量であるために良好には機能せず、そしてＩｇＬは我々の手では成熟Ｂ細胞を形質芽細胞から区別しなかった；従ってこれらの２つのマーカーは更に考慮しなかった。すべてのデータは、ハウスキーピング遺伝子ＧＡＰＤＨに対して正規化した。全てのプライマー／プローブはＴａｑＭａｎ遺伝子発現アッセイであった（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）。
ＲＮＡ，ｃＤＮＡ及びｑＰＣＲ
ＲＮＡはＰＡＸｇｅｎｅＴＭ血液ＲＮＡキットを、製造業者のプロトコルに従って、使用して全血液から抽出した（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）。抽出されたＲＮＡの量と質は、ＮａｎｏＤｒｏｐ（ＮＤ１０００，Ｃｅｌｂｉｏ，ＭＩ）及びＡｇｉｌｅｎｔ ２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ）技術の両方を用いて評価した。
ｑＰＣＲ多重アッセイの初期工程において、ＢｉｏＲａｄ ｉＳｃｒｉｐｔ ｃＤＮＡ合成キット（ＢｉｏＲａｄ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）を用いて、ＳＣＲＩＰＴサンプルにおいて３００ｎｇのＲＮＡが使用されたことを除いて、サンプルあたり１００ｎｇのＲＮＡがｃＤＮＡに逆転写され、そして合成後に、水で１０ｎｇ／ｕｌのインプットＲＮＡに希釈された。続いて、特異的プライマー対を用いてｃＤＮＡの予備増幅工程が、市販のｃＤＮＡプレアンプリフィケーションキット（ＴａｑＭａｎ ＰｒｅＡｍｐ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ Ｋｉｔ，Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ），を用いて、以前に記載されたように行った（Ｃｉｏｔｔｉ Ｐ，ｅｔ ａｌ．，Ｄｉａｇｎ Ｍｏｌ Ｐａｔｈｏｌ．２００９ Ｊｕｎ；１８（２）：１１２−８）。プレアンプリフィケーションの産物は、製造業者のプロトコルに従って、ＴＥ緩衝液で１：５希釈された。ＳＣＲＰＴ試験からのサンプルは事前増幅されなかった。定量的ＰＣＲは、フリューダイムデジタルアレイ遺伝子発現技術（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）、又は、ＡＢＩ７９００ＨＴ機器（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）をのどちらかを使用して行った。フリューダイム動的配列のために、反応あたり２．２５ｕｌの事前増幅されたｃＤＮＡが用いられ、ＴａｑＭａｎアッセイのために、２ｕｌの事前増幅されたｃＤＮＡ又は非増幅型ｃＤＮＡ（ＳＣＲＩＰＴ）が反応あたり用いられた。
ｑＰＣＲ反応における事前増幅産物及び非増幅型産物と間の潜在的なバイアスを評価するために、ヒトＢ細胞株から事前増幅された（５０ｎｇから５ｎｇの）ＲＮＡテンプレート及び非増幅型ＲＮＡテンプレートの一定範囲を試験した。各遺伝子の発現は各実験で２回測定され、重複の平均値をヒトのＧＡＰＤＨに対して正規化し、各遺伝子に対するデルタＣｔ（ΔＣｔ）を生成した。サンプルの重複は、一般的に５％未満で変動した。データは、ＢｉｏＭａｒｋの遺伝子発現データ解析ソフトウェア（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）を用いて解析し、Ｃｔ値を得た。発現データは、式２-ΔＣｔを用いて、相対的な存在量として算出した。
Ｂ細胞系列における遺伝子発現の評価
ヒトＢ細胞は、前述したように、ナイーブＢ細胞、非スイッチ型（ｕｎｓｗｉｔｃｈｅｄ）とスイッチ型（ｓｗｉｔｃｈｅｄ）記憶Ｂ細胞及び形質細胞の間でマーカーを用いて区別するために、健常ドナーからの末梢血液又はロイコパックから選別した（Ａｂｂａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ ２００５；６：３１９−３３１）。ナイーブＢ細胞はＣＤ１９＋ＣＤ２７−ＩｇＧ／Ａ−、非スイッチ型記憶Ｂ細胞はＣＤ１９＋ＣＤ２７＋ＩｇＧ／Ａ−、スイッチ型Ｂ細胞はＣＤ１９＋ＣＤ２７＋ＩｇＭ−であった。形質細胞はＣＤ１９＋ＣＤ１３８＋であった。ＲＮＡは精製され、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＨＧＵ１３３Ａ及びＨＧＵ１３３Ｂ ＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（登録商標）に対してハイブリダイズした。ＩｇＪ，ＦｃＲＬ５／ＩＲＴＡ２ｃ，ＣＤ１９及びＢＣＭＡについてのプローブ発現のレベルの平均は、各Ｂ細胞集団における各々の正規化した蛍光値から決定された。
統計的分析
データからの厳選された臨床例報告は、ジェネンテックでの臨床試験データベースから、バイオマーカーの発見を容易にするように設計されたカスタマイズされたＯｒａｃｌｅデータベースへ移された。データ解析は、ＪＭＰソフトウエア（ＳＡＳ，Ｃａｒｙ，ＮＣ）を用いて実施され、そして、すべての統計解析は、グラフパッドプリズムソフトウエア（ＧｒａｐｈＰａｄ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）を用いて行った。
線形に変換された値に関して活動的な群とプラセボ群におけるＡＣＲ５０応答者対非応答者の間の発現の違いは、ノンパラメトリックマンホイットニー検定を用いて評価した。
限界感度法を、２４週でＡＣＲ５０を達成することができなかったことにより定義される、プラセボで補正された応答の欠如において富む、候補のバイオマーカーの閾値を同定するために、ＲＥＦＬＥＸ試験からのベースラインＲＮＡサンプルに適用した。限界感度法と分析は以下のように実行された。
臨床的利益が増加したサブグループを同定するために、ＲＥＦＬＥＸから試験集団は、ベースラインの臨床的特徴、及び血清サンプルが入手可能であった患者で測定された血清学的バイオマーカーを用いて層別化された。適合しているバイオマーカーの血清サンプルを有する患者のサブグループのベースライン特性は、臨床試験の患者群全体で同程度であった。各連続的バイオマーカー（一定範囲の離散的な値が可能である）及び２４週での評価項目ＡＣＲ５０の調査において、バイアスを調節するため、可能性のある閾値の範囲（５パーセンタイルの増分で２０番目から８０番目のバイオマーカーのパーセンタイル）に対するサブグループの有効性の差異を示すプロットが生成された。有効性の差異の最大値を与える閾値（Δ高−Δ低）が次いで同定された。この閾値に対して、統計的有意性に対処するために並べ替え検定が用いられた。各並べ替えにおいて、バイオマーカーの値が並べ換えられ、治療の割り当てと評価項目の両方が修正された。有効性差異の最大値はその並べ替えられたデータセットに対して計算され、元のデータから観察された有効性の差異の最大と比較された。並べ替えＰ値は２０００の並べ替えに基づいていた。有効性差異の最大値に関する９５％信頼区間を算出した。リツキシマブ治療患者において臨床的利益が増大したＲＥＦＬＥＸのサブグループを同定し有効性差異の最高値を持つ４つのバイオマーカー（ＣＲＰ，ＩｇＧ−抗−ＣＣＰ，ＩｇＡ−ＲＦ及びｓＣＤ２５）は、優先順位をつけ、更にＳＥＲＥＮＥ試験のデータセットで調査した。更に、それらの２つのバイオマーカー（二変量）の組み合わせのうち５つも試験された。６番目の組み合わせ、ＩｇＧ、抗ＣＣＰ及びＩｇＡ−ＲＦは、２つのバイオマーカーの間の高い相関に起因して考慮されなかった。ＣＲＰはＡＣＲ有効性評価の構成要素の一つであるため、ＤＡＳ−ＥＳＲもまたＳＥＲＥＮＥデータセットにおける試験用に優先順位がつけられた。
近年、ＳＥＲＥＮＥ試験におけるリツキシマブ投与量の間で（５００ｍｇと１０００ｍｇ）、臨床的転帰又は安全性の結果のどちらにおいても有意な違いは無いことが報告された（Ｅｍｅｒｙ Ｐ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．２０１０ Ｓｅｐ；６９（９）：１６２９−３５．電子出版 ２０１０年５月２０日）。ＡＣＲ５０奏効率は、ＳＥＲＥＮＥで２４週において、リツキシマブ５００ｍｇ（２６．３％；ｎ＝１６７）とリツキシマブ１０００ｍｇ（２５．９％；ｎ＝１７０）の投与量群の間で似ており、薬力学的特性は、２つの投与量の間で同等であったため（Ｅｍｅｒｙ Ｐ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（５）：１３９０−４００）、我々は、この分析のために単一治療群として両方の投与量を組み合わせた。ＲＥＦＬＥＸについて記載したように、それぞれのバイオマーカーを分析した。５つのニ変量サブグループ候補の各々は、「ａｎｄ」の規則を用いて構築され、個々のバイオマーカーに対する最良のサブグループを定める同一の方向（例えば、高い又は低い）を適用した。二変量サブグループ候補は、このサブグループにいない患者に対して、ＣＲＰが上昇し、ＩｇＡ ＲＦが上昇した患者を比較することにより形成された；サブグループは、バイアスを調節するため、少なくとも２０％の患者が各サブグループにおかれるという制限下で、ＣＲＰ又はＩｇＡ−ＲＦのどちらかの３０番目、４０番目、５０番目、６０番目、及び７０番目のパーセンタイルによって決定された。他の非優先的なベースラインバイオマーカー（例えば、ＩｇＭ−ＲＦ、ＩｇＧ−ＲＦ、及びＩｇＧ抗ＣＣＰ）とバイオマーカーの組み合わせの探索的解析も行った。
ＲＥＦＬＥＸ試験で一度確立された、予測的バイオマーカー及び２つのバイオマーカーの組み合わせに対する閾値は、その後将来を見越して、複製コホートからのデータを使用して予め指定された診断計画に従って試験された。
ＳＣＲＩＰＴにおいては、非増幅型ＲＮＡの我々の使用に起因し、解析で３つのリツキシマブ試験からの活動性群のサンプルから由来する全体的なパーセンタイル閾値を、将来を見越して適用した。従って、ＳＣＲＩＰＴにおいて、ＩｇＪｈｉ は上位２０％のサンプルとして定義され（図６）、ＦＣＲＬ５ｌｏ は下位１５％のサンプルとして定義された。ＳＣＲＩＰＴにおいてＩｇＪｈｉ バイオマーカーの状態を測定するために用いたＩｇＪの存在量の最も高い２０番目のパーセンタイルの将来を見越して定義されたカットオフ値が、図６において点線で示されている。２０％閾値を超えたＩｇＪのレベルを持つ個体は白丸として示されている。
その試験及び重複コホートにおけるバイオマーカー陽性患者及び陰性患者において、活動性群及びプラセボ群の間のＡＣＲ２０，ＡＣＲ５０，ＡＣＲ７０，ＡＣＲｎ，及びＤＡＳ２８応答における違いが計算され、Ｐ値が決定された。分類上の変数（ＡＣＲ２０，ＡＣＲ５０，ＡＣＲ７０）に対して、２つの別個の分割表、一つは活動性群で一つはプラセボ群、が各コホートに対して（試験、複製及び全て）作成され、バイオマーカー陽性サブセット対バイオマーカー陰性サブセットにおける応答者の割合を比較した。統計的有意性がフィッシャー直接確率法を用いて計算され、両側Ｐ値が計算された。オッズ比と推論統計計算は、統計的計算のためのＲ言語を用いて実行された。オッズ比の信頼区間は、両側フィッシャー直接確率法に基づいていた。ＤＡＳ２８スコアのＰ値は、両側スチューデントｔ検定から得られた。相関係数は、ピアソンの相関係数を用いて計算した。クラスタリングは、ツリービューソフトウェア（Ｐａｇｅ，Ｒ．Ｄ．Ｍ．，Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ １９９６ １２：３５７−３５８．）を用いて行った。
結果
全血におけるＢ細胞系列に対するＲＴ−ｑＰＣＲ ｍＲＮＡアッセイ
我々は最初に、全血中のＢ細胞を検出及び定量するためのｍＲＮＡベースの方法を開発に着手した。多重逆転写定量的ＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）分析が、治療前のベースラインからのサンプル、及びＢ細胞枯渇後１５日と８４日のものを含む、Ｂ細胞枯渇（リツキシマブ又はオクレリズマブ）治療を受けている患者からの全血のＲＮＡサンプルで、実施された。ＲＴ−ｑＰＣＲ分析は、ＣＤ１９、ＣＤ２０及びＦＣＲＬ５／ＩＲＴＡ２ｃのＢ細胞特異的スプライスバリアント、成熟Ｂ細胞の全てのマーカーのために設計された。更なるアッセイがＪ−鎖（ＩｇＪ）及びＢＣＭＡ、Ｂ形質芽細胞及び形質細胞に非常に富んでいる遺伝子に対して設計された。フローサイトメトリーがベースラインと治療後１５日目と８４日目で実施され、アジレント遺伝子発現マイクロアレイデータが、サンプルのサブセットに対して生成された（ベースライン及び８４日目）（上記の方法を参照）。
我々は、ＣＤ２０ ｍＲＮＡ ＲＴ−ｑＰＣＲ分析により決定されるＢ細胞遺伝子発現レベルと、フローサイトメトリーにより決定される絶対ＣＤ１９＋数の間に高レベルの一致を見いだした（ｒ２＝０．５２，Ｐ＜０．０００１）（図１Ａ）。図１Ａに示す実験において、血中のＣＤ１９陽性Ｂ細胞（細胞／μｌ：ｙ軸）が、抗ＣＤ２０Ｂ細胞枯渇治療を受けている患者から様々な時点で収集された全１８６サンプルで、フローサイトメトリーを用いて定量化された。同時にサンプリングされた全血ＲＮＡが、ＲＴ−ｑＰＣＲを用いてＣＤ２０発現レベルに対してアッセイされ（上記の方法を参照）、ピアソンの相関係数を算出した。重要なことに、ＲＴ−ｑＰＣＲ法は、低いＢ細胞レベルで高い感受性を維持した。多変量相関プロットと教師なしのクラスタリングを使用して、５つの試験される遺伝子が二つの独立したマーカーセットに分割された（図１Ｂ）。図１Ｂに示す結果において、相関係数が、形質芽細胞（ＩｇＪ及びＢＣＭＡ）及び成熟Ｂ細胞マーカー（ＦＣＲＬ５，ＣＤ１９及びＣＤ２０）のＲＴ−ｑＰＣＲ ｍＲＮＡ発現レベルと、フローサイトメトリーにより決定される様々なＢ細胞サブセットの間で計算され、その後教師なしのクラスタリングを用いて視覚化された。ＣＤ１９，ＣＤ２０及びＦＣＲＬ５の発現は、お互いに相関しており（ｒ＞０．７５）、そして絶対ＣＤ１９＋及びＣＤ２７−ナイーブＢ細胞数と相関していた（ｒ＞０．４５）。ＩｇＪとＢＣＭＡはお互いに相関していたが（ｒ＞０．８）、ＣＤ１９＋，ＣＤ２７−ナイーブＢ細胞数又はＣＤ２７＋記憶Ｂ細胞数とは相関は弱かった。２つのｍＲＮＡマーカー群は、お互いに低レベルの相関のみを示した（ｒ＜０．４）（図１Ｂ及び表１）。
ＲＴ−ｑＰＣＲによって測定された血液Ｂ細胞の転写レベルは、アジレント全ゲノム遺伝子発現マイクロアレイを用いて定量したｍＲＮＡレベルと有意に相関していたが（図１Ｃ）、しかし、少量の転写産物の検出のためのダイナミックレンジはＲＴ−ｑＰＣＲ法を用いて有意に拡張された。このことは、全血中の希少なＢ系統細胞の検出と定量化のためのこれらのアッセイを用いる全体的な戦略において重要であった。図１Ｃに示す結果において、Ｂ細胞枯渇治療を受けている患者の、ベースライン（ｎ＝１０）、１５日目（ｎ＝１０）及び８４日目（ｎ＝１０）での全血ＲＮＡが、ＲＴ−ｑＰＣＲを用いて（ｙ軸）、及びアジレント全ゲノムｍＲＮＡマイクロアレイ解析により（ｘ軸）、ＩｇＪについてアッセイされ、ピアソンの相関係数を算出した。
リツキシマブ応答に対するバイオマーカーとしてのベースラインのＩｇＪとＦＣＲＬ５のｍＲＮＡレベル
抗ＴＮＦの不十分な応答者におけるリツキシマブ治療のＲＥＦＬＥＸ試験（Ｃｏｈｅｎ ＳＢ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（９）：２７９３−８０６）が、治療応答を予測するベースラインのｍＲＮＡバイオマーカーを同定するためにトレーニングセットとして用いられた。ベースラインのＲＮＡは、１４１人のＲＥＦＬＥＸ試験参加者（１１８人のリツキシマブ治療群、２３人のプラセボ群）から利用可能であった。ＲＥＦＬＥＸコホートにおけるベースラインでの臨床及び研究室でのデータが表２に提供される。ここで試験されたトレーニングセットと全ＲＥＦＬＥＸ試験集団の間でベースラインのパラメーターに有意な違いは無かった（表３）。
２４週における、活動性ＲＡの徴候や症状の５０％改善を示すＡＣＲ５０奏功率がこの試験における主要評価項目として用いられた。ｍＲＮＡサンプルが入手可能であったＲＥＦＬＥＸ患者コホートの活動性群におけるＡＣＲ５０の割合は、プラセボ群における１７％に比べて２５％であった。比較では、全体のＲＥＦＬＥＸ試験集団は、活動性群（ｎ＝２９８）でＡＣＲ５０の割合が２７％を有しており、プラセボ群（ｎ＝２０１）では５％であった。
全血においてＲＴ−ｑＰＣＲによりアッセイされたベースラインのＩｇＪのｍＲＮＡのレベルが、ＲＡにおけるリツキシマブのＲＥＦＬＥＸ試験の活動性群からのＡＣＲ５０非応答者（ｎ＝８８）と応答者（ｎ＝３０）で比較された。図１Ｄに示されるように、ＩｇＪ（及びＢＣＭＡ、データ非表示）のベースラインのｍＲＮＡ発現レベルの平均値は、第２４週でＡＣＲ５０応答率を達成できなかった患者においてわずかに高く（Ｐ＝０．０３）、ベースラインのＩｇＪが閾値の０．１ｍＲＮＡ発現単位を上回る患者のサブグループでＡＣＲ５０非応答者が有意に増加していた。２つの患者サブグループ間でＣＤ２０，ＣＤ１９又はＦＣＲＬ５のベースライン発現においては有意な違いは無かった（データ非表示）。正式な閾値の解析では、ベースラインＩｇＪ及びＢＣＭＡの発現は、ＡＣＲ５０応答者と非応答者の間を区別するのに最良の性能を有していた。対照的に、図２ＡとＢに示されるように、単一ベースラインマーカーとしてのＣＤ１９及びＦＣＲＬ５（またＣＤ２０、データ非表示）は、応答に対して集団を有意には層別化しなかった。バイオマーカーの閾値は、上記の方法に記載のように正式な閾値解析手法を用いて確立された。
次に我々は、ＩｇＪｈｉバイオマーカーを、２つの更なる独立したリツキシマブＲＡ試験のＤＡＮＣＥＲ（Ｅｍｅｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４：１３９０−１４００）及びＳＥＲＥＮＥ（Ｅｍｅｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．２０１０；６９：１６２９−１６３５）、及びオクレリズマブＲＡ試験のＳＣＲＩＰＴから入手可能なサンプルに対して適用した。ＤＡＮＣＥＲは、ＴＮＦで不十分な応答者（ＴＮＦ−ＩＲ）及びメトトレキサートで不十分な応答者（ＭＴＸ−ＩＲ）である被験者の両方を登録する第ＩＩ相試験であり、ＳＥＲＥＮＥは、ＭＴＸ−ＩＲのみを登録する第ＩＩＩ相試験であり、ＳＣＲＩＰＴはＴＮＦ−ＩＲ被験者を登録する第ＩＩＩ相試験であった（上記の方法を参照）。全体で、３つの重複コホートは、４７５人の抗ＣＤ２０治療（２９７ ＴＮＦ−ＩＲ及び１７８ ＭＴＸ−ＩＲ）被験者と２２８人のプラセボ処置（１４４ ＴＮＦ−ＩＲ及び８４ ＭＴＸ−ＩＲ）被験者を含む。ベースラインの臨床的データと個体群統計学的データは、複製コホートと元のＲＥＦＬＥＸ試験コホート間で、被験者の年齢、性別、及び血清陽性の一般的なバランスのとれた分布を示していた（表２）。罹病期間、圧痛関節数、関節腫脹数及びＣＲＰにおける観測されたベースラインの違いは、個々の試験の包含基準を反映していた（表２）。
図３に示されるように、ＲＡサブグループは、抗ＣＤ２０治療後における有効性の減少を実証したＩｇＪのｍＲＮＡバイオマーカーにより定義された。図３Ａは、ＲＡにおけるリツキシマブのＲＥＦＬＥＸ試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプルの評価を受けて、６ヶ月（１６８日目）でのＡＣＲ５０応答率の予測因子としてのＩｇＪに対する最適なバイオマーカーの閾値の同定を示している。図３Ａ−Ｄにおいて、抗ＣＤ２０で治療された被験者は斜線のバーで示され；プラセボで処置された被験者は空のバーで示される。次いで、バイオマーカーの閾値（ＩｇＪ≧又は＜０．１発現単位）が、ＲＡにおけるリツキシマブのＤＡＮＣＥＲ試験及びＲＥＦＬＥＸ試験からのベースラインのｍＲＮＡサンプルにおいて、将来を見越して試験された。ＲＡにおけるオクレリズマブのＳＣＲＩＰＴ試験に対するバイオマーカーの閾値は、リツキシマブ試験からのパーセント閾値に基づいていた。
事前に確立されたＩｇＪの単一バイオマーカーの閾値（ＩｇＪ≧０．１単位）のＤＡＮＣＥＲへの適用は、ＩｇＪｌｏサブセットにおいてＡＣＲ５０の１６％の濃縮（ＩｇＪｌｏにおいて３０％に対してＩｇＪｈｉにおいて１４％、図３Ｂ）を、及びＳＥＲＥＮＥにおいて６％の濃縮（ＩｇＪｌｏにおいて３０％に対してＩｇＪｈｉにおいて２４％、図３Ｃ）をもたらした。ＳＣＲＩＰＴにおいては、非増幅型ＲＮＡがバイオマーカーのアッセイに用いられ、従って、ＲＥＦＬＥＸで確立された正確な発現閾値は、ＳＣＲＩＰＴサンプルに対しては適用できなかった。その代わりに、リツキシマブ試験からの予め決められた全体のパーセント閾値−サンプルの上位２０％として定義されたＩｇＪｈｉ−がＳＣＲＩＰＴのＩｇＪバイオマーカー分析に対して、将来を見越して適用された。この閾値を使用して、ＩｇＪｈｉサブセットに対して比較した場合、ＳＣＲＩＰＴ ＩｇＪｌｏにおいてＡＣＲ５０の割合に１５％の濃縮があった（ＩｇＪｌｏにおいて２５％に対してＩｇＪｈｉにおいて１０％；図３Ｄ）。図３Ａ−Ｄにおいて、ΔはＩｇＪｈｉ及びＩｇＪｌｏサブグループ間における活動性抗ＣＤ２０群に対するＡＣＲ５０のパーセンテージの差を、「ｎ」は各サブグループの個々の被験者Ｉの数を指し、棒の上の数は各サブグループにおけるＡＣＲ５０の％である。図３Ｅは、個々の試験、集団における複製試験（ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴ）において、及び全試験一緒において、ＩｇＪｈｉサブグループに比較した場合に、ＩｇＪｌｏサブグループにおけるＡＣＲ５０応答の濃縮に関するオッズ比と９５％信頼区間（ｃ．ｉ．）を示す。試験の各々は、ＩｇＪｈｉサブセットに比較した場合、ＩｇＪｌｏにおいてＡＣＲ５０の割合が改善する類似の傾向を示した（４つの試験に対するバイオマーカーのオッズ比は、ＲＥＦＬＥＸ，ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴのそれぞれに対して４．４，２．６，１．４及び２．９であった）。３つの複製コホート（ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ及びＳＣＲＩＰＴ）の併用解析において、全体のＡＣＲ５０奏功率は、ＩｇＪｌｏ群（ｎ＝３８５）において２７％、及びＩｇＪｈｉ群（ｎ＝９０）において１３％であり（Ｐ複製＝０．００６；オッズ比（ＯＲ）＝２．４，９５％信頼区間（ｃ．ｉ．）（１．２，５．０）；図２Ｅ）であり、プラセボ群の間では有意な違いは無かった（それぞれ９％及び８％；Ｐ＝１．０）。全ての４つの試験を併用すると、活動性群におけるＡＣＲ５０奏効率は、ＩｇＪｌｏ群（ｎ＝４７１）に対して２８％、ＩｇＪｈｉ群（ｎ＝１２２）に対して１２％であった（オッズ比（ＯＲ）＝２．７；９５％信頼区間（ｃ．ｉ．）（１．５，５．３）；図３Ｅ）。
単一形質芽細胞バイオマーカーが抗ＣＤ２０非応答者において濃縮することができることが確立されたので、次に第二のバイオマーカーが更に試験的予測値を更に増加することができるかどうかを決めようとした。両方とも形質芽細胞マーカーである、ＩｇＪとＢＣＭＡの組み合わせはＩｇＪ単独に対して更なる有意な濃縮を示さなかった（データ非表示）。しかし、ＩｇＪ≧０．１（ＩｇＪｈｉ）と低レベルのＦＣＲＬ５（＜０．０２，ＦＣＲＬ５ｌｏ）の組み合わせは、図４Ａに示されるように活動性群において、全てのＡＣＲ５０応答者を除外した。２つのバイオマーカーが定義した群（ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏに対する他の全て）に対する奏功率は、非常に異なっていた（ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏにおいて０％ＡＣＲ５０，他の全てにおいて３０％ＡＣＲ５０）。２つのバイオマーカーの併用を用いたプラセボ群のサブセット化（Ｓｕｂｓｅｔｔｉｎｇ）は、類似のＡＣＲ５０奏功率をもたらし、このバイオマーカーの併用は、リツキシマブに対する応答において、診断的よりはむしろ予測的であったことを示唆している（図４Ａ）。ＩｇＪｈｉＣＤ１９ｌｏバイオマーカーの併用は、ＡＣＲ５０（図２Ｃ）及び他の評価項目（非表示）に対するサブセットを区別する類似の性能を示しており、ベースラインにおける高レベルの形質芽細胞のｍＲＮＡと低レベルのナイーブ／記憶Ｂ細胞ｍＲＮＡの併用は、抗ＣＤ２０に対する有効性の負の予測因子であったことを示唆している。
ＩｇＪｈｉ／ＦＣＲＬ５ｌｏの組み合わせバイオマーカーの閾値の、ＤＡＮＣＥＲ，ＳＥＲＥＮＥ，及びＳＣＲＩＰＴからのサンプルへの適用は、バイオマーカー陰性サブセットにおいてＡＣＲ５０奏功率の濃縮をもたらした（それぞれ図４の、Ｂ、Ｃ及びＤ）。リツキシマブ試験において、ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏバイオマーカーは、ＩｇＪ発現≧０．１及びＦＣＲＬ５発現＜０．０２として定義された。ＳＣＲＩＰＴにおいて、併用バイオマーカーは、リツキシマブ試験に基づいて、予め決められたパーセンテージ閾値に基づいていた：ＩｇＪｈｉ−最高の第２０番目のパーセンタイル；ＦＣＲＬ５ｌｏ−最低の第１５番目のパーセンタイル。．「他の全て」のサブグループは、各試験において、ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｈｉであるものとともにＩｇＪｌｏである個人から構成されていた。「ｎ」は各群における個々の被験者の数を指し、バーの上の数は各サブグループにおけるＡＣＲ５０の％である。複製サンプルにおいて、治療群における全体のＡＣＲ５０の割合は、バイオマーカー陰性群（ｎ＝３９８）において２７％で、ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏ群（ｎ＝７４）において１２％であり（Ｐ複製＝０．００８；オッズ比（ＯＲ）＝２．７，９５％信頼区間（ｃ．ｉ．）（１．３，６．３）；図４Ｅ）、プラセボ群の間では有意な違いは無かった（それぞれ８％及び１１％；Ｐ＝０．５）。４つの試験からのデータを組み合わせると、治療群におけるＡＣＲ５０奏効率は、バイオマーカー陰性群（ｎ＝４９４）に対して２８％であり、ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏ群（ｎ＝９５）に対して９％であった（オッズ比（ＯＲ）＝３．６；９５％信頼区間（ｃ．ｉ．）（１．８，８．４）；図４Ｅ）。全体で、ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏ非応答者のサブグループは、試験された被験者の１７％を包含していた。
ＩｇＪ及びＩｇＪ−ＦＣＲＬ５バイオマーカーの他の臨床転帰への適用
４つの試験全ての混合サンプルにおいて、ＩｇＪバイオマーカー（図５Ａ−Ｃ）とＩｇＪ−ＦＣＲＬ５の両方の併用バイオマーカー（図５Ｄ−Ｆ）はまた、６ヶ月にてＡＣＲ２０，ＡＣＲ７０，及びＤＡＳ２８奏功率に違いを示した。図において、斜線のバーは、抗ＣＤ２０で治療された患者において６ヶ月（１６８日目）で示された奏功率を示し；空のバーはプラセボを受けた患者において６ヶ月（１６８日目）で示された奏功率を示す。パネルの各々におけるΔは、ＩｇＪｌｏ及びＩｇＪｈｉ（Ａ−Ｃ）サブグループ間又は他の全てとＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏ（Ｄ−Ｆ）の間における、活動性抗ＣＤ２０群に対する各々のＡＣＲパーセンテージの差を示す。「ｎ」は各群における個々の患者の数を指し、バーの上の数は各サブグループにおけるＡＣＲ５０の％である。ＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏサブグループは、ＩｇＪ発現≧０．１及びＦＣＲＬ５発現＜０．０２である。パネルＤ−Ｆの「他の全て」のサブグループは、ベースラインＩｇＪ＜０．１の全個体と、ＩｇＪ≧０．１及びＦＣＲＬ５≧０．０２であった個体から構成された。
バイオマーカーで定義されたＩｇＪｈｉとＩｇＪｌｏサブグループ間のベースラインの臨床的データと個体群統計学的データは、２つのサブセットは高度に似ていることを示した（表４）。同様に、ＩｇＪ−ＦＣＲＬ５併用バイオマーカーにより定義されたベースラインの臨床的データと個体群統計学的データにおいて、有意な差は観察されなかった（表６）。我々はまた、３つのリツキシマブ試験にわたってＴＮＦ−ＩＲ及びＭＴＸ−ＩＲサブグループにおいて、ベースラインパラメーターと臨床転帰を比較した。全体として、より重篤な疾患と一致して、ＴＮＦ−ＩＲ被験者は、ＭＴＸ−ＩＲ被験者よりも、より長期の罹患期間、より高いＣＲＰレベル、及びより高いベースラインＤＡＳ２８スコアを有していた。興味深いことに、リツキシマブの研究からのデータは、ＭＴＸ−ＩＲ被験者に比べて、ＩｇＪｈｉバイオマーカーのサブセットがＴＮＦ−ＩＲに富んでいたことが示され（それぞれ、３０％対１８％；Ｐ＝０．０１）、ＲＡのＩｇＪｈｉサブセットはまた抗ＴＮＦ薬による治療に対して多少抵抗性である場合があることを示唆している。
議論
以前の研究では、リツキシマブ誘導型Ｂ細胞枯渇に続く生物学的後遺症を、ＲＡにおける臨床転帰と相関させることを試みた。リツキシマブ治療後に数週間の末梢血におけるＢ細胞の持続性（Ｄａｓｓ Ｓ，ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００８；５８（１０）：２９９３−９）又は４週目の滑膜Ｂ細胞の不完全な枯渇（Ｔｅｎｇ ＹＫ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００７；５６（１２）：３９０９−１８）は、ＲＡにおける奏功率の低下と相関していた。初期発達段階のＢ細胞（例えば、ＣＤ１０＋未成熟Ｂ細胞）によるＢ系列の再構成は、より深刻なＢ細胞枯渇の徴候である可能性があり、より良好なリツキシマブ奏功率と関連していたが（Ｌｅａｎｄｒｏ ＭＪ， ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００６；５４（２）：６１３−２０）、記憶表現型Ｂ細胞（ＣＤ２７＋）による再構成は、より低い奏功率と関連していた（Ｒｏｌｌ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００８；５８：１５６６−１５７５）。Ｂ細胞枯渇に抵抗する細胞は、ＣＤ２７やＣＤ３８などの表面マーカーを発現するＢ形質芽細胞を含むが、ＣＤ２０を欠いている（Ｐａｌａｎｉｃｈａｍｙ Ａ， ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００８；５８（１２）：３６６５−３６７４）。
本研究では、我々は、ＣＤ２０陰性形質芽細胞のベースラインの数は、ＲＡにおける抗ＣＤ２０治療に対する応答を予測する場合があると仮説を立て、治療の前に、血液の細胞組成の推定を提供するために、全血ＲＮＡサンプル中の形質芽細胞特異的な遺伝子の発現を定量するＲＴ−ｑＰＣＲアッセイを開発した。ＲＡにおけるリツキシマブまたはオクレリズマブの、４つの無作為化試験、プラセボ対照試験からのデータとサンプルを用いて、我々は、形質芽細胞特異的転写産物ＩｇＪのベースラインレベルの上昇単一マーカーとして又はＦＣＲＬ５の低レベルの成熟Ｂ細胞スプライスバリアントとの併用でのどちらかで、プラセボと相違しない奏功率を示す、〜１７−２０％のＲＡの亜集団を定めることを見いだした。更に、これらのバイオマーカーは、より重篤で治療耐性疾患のための単なる予測でなく、むしろ抗ＣＤ２０応答に対する予測的マーカーであった。重要なことに、これらは治療開始前に行うことができるベースライン測定値であり、日常的な臨床用途のための標準化される可能性を持っている。本明細書で提示されたデータに基づいて、我々は、ベースラインでのｍＲＮＡマーカーＩｇＪｈｉ又はＩｇＪｈｉＦＣＲＬ５ｌｏが陽性の患者は、抗ＣＤ２０治療から恩恵を受ける可能性が低いと結論付けている。
最近の出版物は、本明細書で提示された一定の結論を支持している（Ｖｉｔａｌ ＥＭ， ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２０１０ Ｍａｙ；６２（５）：１２７３−９）。ＲＡにおけるリツキシマブの転帰の観察試験において、血中のベースラインの形質芽細胞の数（フローサイトメトリーにより決定されるＣＤ２７＋＋ＣＤ３８＋＋）は、応答者（ｎ＝５４）に比して、最初のサイクルのリツキシマブ非応答者（ｎ＝３２）において、有意に高かった（オッズ比（ＯＲ）＝０．４７；９５％信頼区間（ＣＩ）０．２８−０．２７；Ｐ＝０．００３）（Ｉｄ．）。最初のサイクルのリツキシマブ非応答者はまた、治療後にＢ細胞系列が不完全に枯渇する可能性が高かった。試験した患者の数は比較的少数であり、データは、無作為化プラセボ対照被験者からではなかったが、それにもかかわらずこれらのデータは、ベースライン時の形質芽細胞のレベルの上昇は、ＲＡにおけるリツキシマブに対する非応答を予測するという考え方と一致している。
形質芽細胞は、ワクチン接種の後（Ｏｄｅｎｄａｈｌ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ．２００５；１０５（４）：１６１４−２１）及び急性及び慢性感染の状況下（Ｊａｉｍｅｓ ＭＣ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｖｉｒｏｌ．２００４；７８（２０）：１０９６７−７６；Ｍｏｉｒ Ｓ， ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００９；９（４）：２３５−４５）を除いて、健常個体の末梢血において有意なレベルでは一般的に見いだされない。循環する形質芽細胞は自己免疫における病原性の役割を持っているのか、または単に調節不全型、機能亢進性の免疫系のマーカーであるかどうかは、現在のところ不明である。血中形質芽細胞のレベルの上昇は、ＳＬＥにおける免疫抑制療法の後で正常値へと戻り、疾患の活動性の改善と相関しているという知見（Ａｎｏｌｉｋ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００４；５０（１１）：３５８０−９０）は、形質芽細胞は疾患の病因に重要な役割を有し得るという考えをサポートしている。
抗ＣＤ２０によるＢ細胞枯渇を回避する形質芽細胞は、例えば、ＣＸＣＲ３及びＣＸＣＲ４などのケモカイン受容体の発現を介して、炎症部位（例えば関節）へ戻る能力を保持し得る（Ｈａｕｓｅｒ ＡＥ，ｅｔ ａｌ．，ＪＩｍｍｕｎｏｌ．２００２；１６９（３）：１２７７−８２）。そして、それらは、自己抗体の局所分泌を通して疾患の一因となる可能性があり、炎症性サイトカインの放出につながるＦｃ受容体の結合を介してマクロファージを活性化することができる（Ｃｌａｖｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．２００８；５８：６７８−６８８）。更に、形質芽細胞は高レベルのＢＣＭＡ、生存サイトカインＢＡＦＦに対する高親和性受容体を発現する（Ｙａｎｇ Ｍ，ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００７；１７５（５）：２８１４−２４）。抗ＣＤ２０によるＢ細胞枯渇の後に観察されるＢＡＦＦの顕著な上昇は（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｇ，ｅｔａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ ２００６；５４：７２３−７３２；Ｖａｌｌｅｒｓｋｏｇ Ｔ，ｅｔ ａｌ．，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ ２００６；８：Ｒ１６７）、枯渇を回避する循環性形質芽細胞の生存を特異的に高め、それにより抗ＣＤ２０療法に対する耐性の一因となる場合がある。
より一般的には、本明細書に提示されるこれらのデータは、治療応答に対する患者のサブグループを層別化することができるベースラインマーカーを同定することを目的とした試験における、大規模な無作為化、プラセボ対照臨床試験データセットの価値を実証している。プラセボ群は、新しい治療法の有効性を試験するために必要とされ、それらはまた、定義されたサブグループのためのバイオマーカーが、単に予測に対して予後徴候であるかを決定するために不可欠である。予後マーカーは疾患の経過又は重症度の観点で患者を層別し、必ずしも活動性とプラセボ群間に有意な差を示すことは期待されていない。一方、予測マーカーは、プラセボ群でなく活動性群を層別化する。予測マーカーは、一度同定されると、それらは、反応する可能性が最も高い患者への個々の薬物の標的化を支援することができるため、個人向けの健康管理のアプローチにおいて価値がある。
要約すると、我々は、形質芽細胞のｍＲＮＡマーカーの、単独で又は低レベルの成熟Ｂ細胞マーカーと一緒での、血中発現のベースラインの上昇は、リツキシマブによる標準的なＢ細胞枯渇治療に対して、６ヶ月時点での応答性が低下したＲＡの〜１７−２０％のサブセットを定義する。ＲＡ患者のこのサブセットが、Ｂ細胞枯渇治療の更なる期間から恩恵を受けるか、又は別の代わりに利用できる治療法に応答するかどうかは決められていない。更に、これらのバイオマーカーが、他の疾患、例えば、再発寛解型多発性硬化症（Ｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ．Ｊ Ｍｅｄ．３５８（７）：６７６−８８（２００８））及び原発性進行多発性硬化症（Ｈａｗｋｅｒ Ｋ，ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｎｅｕｒｏｌ．２００９ Ｏｃｔ；６６（４）：４６０−７１）、及びＡＮＣＡ関連血管炎を含む、抗ＣＤ２０療法は臨床活性を示している、多発性硬化症（Ｓｔｏｎｅ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１０ Ｊｕｌ １５；３６３（３）：２２１−３２）などにおいて、奏功率の層別化に有用であるかを決めることは興味深いであろう。ものの、ＦＤＡが承認した（又は有効とした）診断試験は、臨床使用のために現在利用可能ではないものの、我々は、ベースライン形質芽細胞レベルの定量は、可能性のある臨床的利益を最大にするために、ＲＡにおける抗ＣＤ２０治療薬による治療法の決定を通知する可能性を有していることを提唱する。

Claims (101)

  1. Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対する患者の応答を予測するためのバイオマーカーであって、該バイオマーカーが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡのレベルと比較して、又は全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡの閾値と比較して、患者から得られた生物学的サンプル中で増加した全形質／形質芽細胞のｍＲＮＡを含むバイオマーカー。
  2. 対照被験者の生物学的サンプル中の全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡと比較して、又は全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡの閾値と比較して、患者の生物学的サンプル中の全ナイーブ／成熟Ｂ細胞のｍＲＮＡの低下したレベルを更に含む、請求項１に記載のバイオマーカー。
  3. 生物学的サンプルが全血である、請求項１に記載のバイオマーカー。
  4. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われる、請求項１に記載のバイオマーカー。
  5. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われる、請求項１に記載のバイオマーカー。
  6. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項５に記載のバイオマーカー。
  7. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項１に記載のバイオマーカー。
  8. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２０抗体である、請求項７に記載のバイオマーカー。
  9. 抗ＣＤ２０抗体が、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される、請求項８に記載のバイオマーカー。
  10. 抗ＣＤ２０抗体がリツキシマブである、請求項９に記載のバイオマーカー。
  11. 抗ＣＤ２０抗体がオクレリズマブである、請求項９に記載のバイオマーカー。
  12. Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療薬に対する患者の応答を予測するためのバイオマーカーであって、該バイオマーカーが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の発現レベルと比較して、又は全形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、患者から得られた生物学的サンプル中で、上昇した発現レベルの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子を含むバイオマーカー。
  13. 対照被験者の生物学的サンプル中のナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子と比較して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、患者の生物学的サンプル中に、低レベルのナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子を更に含む、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  14. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  15. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項１３に記載のバイオマーカー。
  16. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項１３に記載のバイオマーカー。
  17. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項１３に記載のバイオマーカー。
  18. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項１３に記載のバイオマーカー。
  19. バイオマーカーがｍＲＮＡを含む、請求項１２に記載の方法。
  20. 生物学的サンプルが全血である、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  21. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われる、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  22. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われる、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  23. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項２２に記載のバイオマーカー。
  24. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項１２に記載のバイオマーカー。
  25. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２０抗体である、請求項２４に記載のバイオマーカー。
  26. 抗ＣＤ２０抗体が、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される、請求項２５に記載のバイオマーカー。
  27. 抗ＣＤ２０抗体がリツキシマブである、請求項２６に記載のバイオマーカー。
  28. 抗ＣＤ２０抗体がオクレリズマブである、請求項２６に記載のバイオマーカー。
  29. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項１７に記載のバイオマーカー。
  30. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項１７に記載のバイオマーカー。
  31. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項３０に記載のバイオマーカー。
  32. 予測された応答が非応答である、請求項１から３１の何れか一項に記載のバイオマーカー。
  33. Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測する方法であって、該方法が、
    患者から得られた生物学的サンプル中で形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一の遺伝子の発現レベルを測定し、及び
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現に対して、又は少なくとも一つの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値に対して比較することを含み、
    対照被験者の生物学的サンプル中の発現に対して、又は閾値に対して、患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇が、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測する方法。
  34. 患者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な少なくとも一の遺伝子の発現レベルを測定し、及び
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値に対して比較することを更に含み、
    対照被験者の生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値に対する、患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の低レベルの発現が、Ｂ細胞アンタゴニストを含む治療に対する患者の応答を予測する、請求項３３に記載の方法。
  35. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項３３に記載の方法。
  36. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項３４に記載の方法。
  37. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項３４に記載の方法。
  38. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項３４に記載の方法。
  39. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項３４に記載の方法。
  40. 少なくとも一つの遺伝子の発現を測定することが、ｍＲＮＡを測定することを含む、請求項３３に記載の方法。
  41. ｍＲＮＡを測定することが、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む、請求項４０に記載の方法。
  42. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項３３に記載の方法。
  43. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われる、請求項３３に記載の方法。
  44. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われる、請求項３３に記載の方法。
  45. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項４４に記載の方法。
  46. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２２抗体、抗ＣＤ２０抗体、抗ＢＲ３抗体及びＢＲ３−Ｆｃイムノアドヘシンから選択される、請求項３３に記載の方法。
  47. Ｂ細胞アンタゴニストが抗ＣＤ２０抗体である、請求項４６に記載の方法。
  48. 抗ＣＤ２０抗体が、リツキシマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ、オクレリズマブ、１Ｆ５、２Ｈ７、及びＡ２０から選択される、請求項４７に記載の方法。
  49. 抗ＣＤ２０抗体がリツキシマブである、請求項４８に記載の方法。
  50. 抗ＣＤ２０抗体がオクレリズマブである、請求項４８に記載の方法。
  51. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項３８に記載の方法。
  52. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項３８に記載の方法。
  53. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項５２に記載の方法。
  54. 患者が関節リウマチに罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項３９に記載の方法。
  55. 患者が、多発性硬化症、ループス、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される自己免疫疾患に罹患している、又は罹患が疑われ、Ｂ細胞アンタゴニストがリツキシマブ及びオクレリズマブから選択される、請求項３９に記載の方法。
  56. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項５５に記載の方法。
  57. 予測された応答が非応答である、請求項３３から５６の何れか一項に記載のバイオマーカー。
  58. 患者から得られた生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルと比較して、又は形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇を有することが示されていることを条件として、関節リウマチを治療するために、患者にＢ細胞アンタゴニスト以外の治療薬の治療的有効量を投与することを含む、関節リウマチを治療する方法。
  59. 生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮された遺伝子に対する閾値に対して比較して、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の低レベルの発現を保有することが更に示されている、請求項５８に記載の方法。
  60. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項５８に記載の方法。
  61. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項５９に記載の方法。
  62. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項５９に記載の方法。
  63. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項５９に記載の方法。
  64. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項５９に記載の方法。
  65. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項５８に記載の方法。
  66. 患者から得られた生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルと比較して、又は形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇を有することが示されていることを条件として、多発性硬化症を治療するために、患者にＢ細胞アンタゴニスト以外の治療薬の治療的有効量を投与することを含む、多発性硬化症を治療する方法。
  67. 生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮された遺伝子に対する閾値に対して比較して、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の低レベルの発現を保有することが更に示されている、請求項６６に記載の方法。
  68. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項６６に記載の方法。
  69. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項６７に記載の方法。
  70. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項６７に記載の方法。
  71. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項６７に記載の方法。
  72. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項６７に記載の方法。
  73. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項６６に記載の方法。
  74. 多発性硬化症が、再発寛解型多発性硬化症又は一次性進行型多発性硬化症から選択される、請求項６６に記載の方法。
  75. 患者から得られた生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルと比較して、又は形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇を有することが示されていることを条件として、ＡＮＣＡ血管炎を治療するために、患者にＢ細胞アンタゴニスト以外の治療薬の治療的有効量を投与することを含む、ＡＮＣＡ血管炎を治療する方法。
  76. 生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮された遺伝子に対する閾値に対して比較して、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の低レベルの発現を保有することが更に示されている、請求項７５に記載の方法。
  77. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項７５に記載の方法。
  78. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項７６に記載の方法。
  79. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項７６に記載の方法。
  80. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項７６に記載の方法。
  81. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項７６に記載の方法。
  82. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項７５に記載の方法。
  83. 患者から得られた生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルと比較して、又は形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値と比較して、形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一つの遺伝子の発現の上昇を有することが示されていることを条件として、ループスを治療するために、患者にＢ細胞アンタゴニスト以外の治療薬の治療的有効量を投与することを含む、ループスを治療する方法。
  84. 生物学的サンプルが、対照被験者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される同じ少なくとも一つの遺伝子の発現レベルに対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮された遺伝子に対する閾値に対して比較して、ナイーブ／成熟Ｂ細胞で濃縮される少なくとも一つの遺伝子の低レベルの発現を保有することが更に示されている、請求項８３に記載の方法。
  85. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項８３に記載の方法。
  86. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項８４に記載の方法。
  87. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項８４に記載の方法。
  88. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項８４に記載の方法。
  89. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項８４に記載の方法。
  90. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項８３に記載の方法。
  91. 自己免疫疾患に罹患した患者の治療のために治療薬を選択する方法であって、
    患者から生物学的サンプルを入手し；
    患者から得られた生物学的サンプル中で形質／形質芽細胞に豊富な少なくとも一の遺伝子の発現レベルを測定し；
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの遺伝子の発現に対して、又は少なくとも一つの、形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子の閾値に対して比較することを含み、
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現が、対照被験者の生物学的サンプル中の発現と比較して、又は閾値と比較して、上昇しているかを決定し；及び
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの遺伝子の発現が上昇することを条件として、Ｂ細胞アンタゴニスト以外の治療薬を選択することを含む方法。
  92. 患者から得られた生物学的サンプル中でナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な少なくとも一の遺伝子の発現レベルを測定し、
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現を、対照被験者から得られた生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値に対して比較することを更に含み、
    患者の生物学的サンプル中の少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現が、対照被験者の生物学的サンプル中の同じ少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現に対して、又はナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の閾値に対して比較して低いかどうかを決定し、及び
    少なくとも一つの、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子の発現が低いことを条件として、Ｂ細胞アンタゴニスト以外の治療薬を選択することを含む、請求項９１に記載の方法。
  93. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪである、請求項９１に記載の方法。
  94. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項９２に記載の方法。
  95. ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項９２に記載の方法。
  96. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＦＣＲＬ５である、請求項９２に記載の方法。
  97. 形質／形質芽細胞に豊富な遺伝子がＩｇＪであり、ナイーブ／成熟Ｂ細胞に豊富な遺伝子がＣＤ１９である、請求項９２に記載の方法。
  98. 少なくとも一つの遺伝子の発現を測定することが、ｍＲＮＡを測定することを含む、請求項９１に記載の方法。
  99. ｍＲＮＡを測定することが、ＰＣＲ法又はマイクロアレイチップを含む、請求項９８に記載の方法。
  100. 生物学的サンプルが全血を含む、請求項９１に記載の方法。
  101. 自己免疫疾患が、関節リウマチ、多発性硬化症、再発寛解型多発性硬化症、一次性進行型多発性硬化症、及びＡＮＣＡ血管炎から選択される、請求項９１に記載の方法。
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