JP2012529724A - 質量分析計データを取得する方法及び装置 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図2
Description
本出願は、2009年5月29日に出願された米国仮特許出願No.US61/182,124及び2009年5月29日に出願された英国特許出願No.0909284.2に基づく優先権を主張するものであり、前記出願の内容は、参照することにより、その全体があらゆる目的で本明細書に組み込まれる。
Claims (25)
- 質量分析計のデータを取得する方法であって、
取得エンジンにより、質量分析計のイオン検出器からデータを受信すること、
前記受信したデータの強度ピークを検出すること、
前記検出したピークに対して、前記取得エンジンにより、前記ピークに関する時間と強度との情報を含む、所定数のビットからなるデータワードを生成すること、
前記データワードに対応するデータを、ネットワークインターフェースを用いて、プロセッサに伝達すること、
前記取得エンジンと前記ネットワークインターフェースとの間で、バッファと、前記ネットワークインターフェースに接続されるプロトコルスタックとを備えるデータスループットモジュールを介して、前記データワードに対応するデータチャンクをやり取りすること、
を備え、
前記バッファは複数のセグメントを備え、各セグメントは所定数のビットからなる複数の部分として構成されるメモリーブロックにより規定され、各セグメントの少なくとも1つのヘッダー部分が前記セグメントの内容に関するヘッダー情報を含むヘッダーワード用に確保され、
前記方法は、更に、
前記バッファにより、前記データチャンクを受信すること、
各チャンクが前記セグメントの前記部分のうちの1つの部分を占めるような前記データチャンクを、前記バッファの前記セグメントのうち最初の1つのセグメントにストリーミングして、前記最初の1つのセグメントが充填されると、データチャンクを前記バッファの次のセグメントにストリーミングすること、及び、
前記セグメントのうちの最初の1つのセグメントのデータを前記プロトコルスタックに転送すること、を備える方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記バッファは、FIFO(First In First Out)バッファである、方法。 - 請求項2に記載の方法であって、
前記バッファは、リングバッファである、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
スキャン終了時に、前記取得エンジンにより、スキャン終了マーカーを含むスキャン終了ワードを生成し、
前記バッファは、1つのセグメントにストリーミングされたデータにスキャン終了マーカーが含まれている場合に、そのセグメントへのデータのストリーミングを終了し、以降のデータを前記バッファ内の次のセグメントにストリーミングし、前記最初のセグメント内のデータを前記最初のセグメントから前記プロトコルスタックに転送するように構成されている、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記バッファは、1つのセグメントへのデータのストリーミングが終了する際に、ヘッダー情報を含むヘッダーワードを、前記セグメントのヘッダー部分に書き込むように構成されている、方法。 - 請求項5に記載の方法であって、
前記ヘッダー情報は、前記セグメント内のワード数を特定する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記取得エンジンと前記バッファとの間に圧縮エンジンを備える、方法。 - 請求項7に記載の方法であって、
前記圧縮エンジンは2段階の圧縮を実施可能であり、
第1段階では、1つのグループの最初のワードが第1のビット数を有し、それ以降のワードが前記第1のビット数よりも少ない第2のビット数を有する差分ワードとなるように、データをグループにフォーマットする、方法。 - 請求項8に記載の方法であって、
1つのグループの前記差分ワードは、時間差分ワードと強度差分ワードとのワード対を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記取得エンジンにおいて、ゼロ値を取り除く予備段階のデータ圧縮を実行する、方法。 - 請求項1に記載の方法であって、
前記プロトコルスタックは、ハードウェア・プロトコルスタックである、方法。 - 質量分析計のデータを取得する装置であって、
前記質量分析計のイオン検出器からデータを受信し、強度ピークを検出し、前記ピークに対して、前記ピークに関する時間と強度との情報を含む、所定数のビットからなるデータワードを生成する取得エンジンと、
プロセッサと、
前記データワードに対応するデータを前記プロセッサに伝達するネットワークインターフェースと、
前記取得エンジンと前記ネットワークインターフェースとの間に備えられ、前記データワードに対応するデータチャンクのやり取りに介在するデータスループットモジュールであって、前記データチャンクを受信するバッファと、前記ネットワークインターフェースに接続されるプロトコルスタックと、を備えるデータスループットモジュールと、
を備え、
前記バッファは複数のセグメントを備え、各セグメントは所定数のビットからなる複数の部分として構成されるメモリーブロックにより規定され、各セグメントの少なくとも1つのヘッダー部分が前記セグメントの内容に関するヘッダー情報を含むヘッダーワード用に確保され、
前記バッファの最初のセグメントが、各チャンクが前記部分のうちの1つの部分を占めるように、前記最初のセグメントにストリーミングされるデータチャンクを受信し、前記最初のセグメントが充填されると、次のセグメントがデータチャンクを受信し、前記最初のセグメント内のデータを前記最初のセグメントから前記プロトコルスタックに転送する、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
前記バッファは、FIFO(First In First Out)バッファである、装置。 - 請求項13に記載の装置であって、
前記バッファは、リングバッファである、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
スキャン終了時に、前記取得エンジンにより、スキャン終了マーカーを含むスキャン終了ワードを生成し、
前記バッファは、1つのセグメントにストリーミングされたデータにスキャン終了マーカーが含まれている場合に、そのセグメントへのデータのストリーミングを終了し、以降のデータを前記バッファ内の次のセグメントにストリーミングし、前記最初のセグメント内のデータを前記最初のセグメントから前記プロトコルスタックに転送するように構成されている、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
前記バッファは、1つのセグメントへのデータのストリーミングが終了する際に、ヘッダー情報を含むヘッダーワードを、前記セグメントのヘッダー部分に書き込むように構成されている、装置。 - 請求項16に記載の装置であって、
前記ヘッダー情報は、前記セグメント内のワード数を特定する、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
前記取得エンジンと前記バッファとの間に圧縮エンジンを備える、装置。 - 請求項18に記載の装置であって、
前記圧縮エンジンは2段階の圧縮を備え、
第1段階では、1つのグループの最初のワードが第1のビット数を有し、それ以降のワードが前記第1のビット数よりも少ない第2のビット数を有する差分ワードとなるように、データをグループにフォーマットする、装置。 - 請求項19に記載の装置であって、
1つのグループの前記差分ワードは、時間差分ワードと強度差分ワードとのワード対を含む、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
前記取得エンジンは、ゼロ値を取り除く予備段階のデータ圧縮を実行する、装置。 - 請求項12に記載の装置であって、
前記プロトコルスタックは、ハードウェア・プロトコルスタックである、装置。 - 質量分析計のデータを取得する方法であって、
取得エンジンにより、質量分析計のイオン検出器からデータを受信すること、
前記受信したデータの強度ピークを検出すること、
前記検出したピークに対して、前記取得エンジンにより、前記ピークに関する時間と強度との情報を含むデータを生成すること、及び、
前記時間と強度との情報を含むデータを、ネットワークインターフェースを介してプロセッサに伝達すること、
を備え、
前記取得エンジンからの前記データは、受信したデータのバッファリング、フォーマット及びパケット化を行なってパケット化したデータをプロトコルスタックに伝達するバッファを備えるデータスループット最適化モジュールに送られ、
前記プロトコルスタックは、前記データを前記ネットワークインターフェースに伝達する、方法。 - 請求項23に記載の方法であって、
前記バッファは、複数のセグメントを備えるリングバッファであり、
最初のセグメントにデータがストリーミングされ、前記最初のセグメントが充填されると、その後、次のセグメントにデータがストリーミングされる、方法。 - 請求項24に記載の方法であって、
前記データスループット最適化モジュールは、前記取得エンジンから受信したデータを圧縮して、圧縮したデータを前記バッファに伝達するデータ圧縮エンジンを備える、方法。
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