JP2012527223A - N−グリカンコアβ−ガラクトシルトランスフェラーゼおよびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
(i)配列番号1、3、5、7および9に記載されている核酸配列からなる群から選択される少なくとも1つの核酸配列、好ましくは配列番号1の核酸配列を含む核酸;
(ii)配列番号1、3、5および7に記載されている核酸配列からなる群から選択される核酸配列、好ましくは配列番号1の核酸配列と、少なくとも60、65、70または75%の同一性、好ましくは、少なくとも80、85または90%の同一性、より好ましくは、少なくとも95%の同一性、最も好ましくは、少なくとも98%の同一性の配列を有する核酸;
(iii)(i)または(ii)の核酸とハイブリダイズする核酸;
(iv)(i)、(ii)または(iii)の核酸のうちの1つの置換、付加および/または欠失によって誘導できる核酸;
(v)(i)の核酸とハイブリダイズする、(i)から(iv)の核酸のうちのいずれかのフラグメント
からなる群から選択される単離および精製された核酸によって解決される。
(i)配列番号1、3、7および9に記載されている核酸配列ならびに配列番号5の最初の1428核酸からなる群から選択される少なくとも1つの核酸配列、好ましくは配列番号1の核酸配列を含む核酸;
(ii)配列番号1、3および7に記載されている核酸配列ならびに配列番号5の最初の1428核酸からなる群から選択される核酸配列、好ましくは配列番号1の核酸配列と、少なくとも60、65、70または75%の同一性、好ましくは、少なくとも80、85または90%の同一性、より好ましくは、少なくとも95%の同一性、最も好ましくは、少なくとも98%の同一性の配列を有する核酸;
(iii)(i)または(ii)の核酸とハイブリダイズする核酸;
(iv)(i)、(ii)または(iii)の核酸のうちの1つの置換、付加および/または欠失によって誘導できる、核酸;
(v)(i)の核酸とハイブリダイズする、(i)から(iv)の核酸のうちのいずれかのフラグメント
からなる群から選択される。
(NCBIにおいて、参照配列NM_072144.4として、Wormbaseにおいて、M03F8.4としても記載されており、カエノラブディティス・エレガンスのガラクトシルトランスフェラーゼ[実施例セクションにおいてGalTと称されている]をコードしている)
ATGCCTCGAATCACCGCCAGTAAAATAGTTCTTCTAATTGCATTATCATTTTGTATTACTGTTATTTATCACTTTCCAATAGCAACGAGAAGCAGTAAGGAGTACGATGAATATGGAAATGAATATGAAAACGTTGCATCGATAGAGTCGGATATAAAAAATGTACGTCGATTACTTGACGAGGTACCGGATCCCTCACAAAACCGTCTACAATTCCTGAAACTTGATGAGCATGCTTTTGCATTCTCGGCCTACACAGACGATCGAAATGGAAATATGGGGTACAAATATGTCCGAGTCCTGATGTTTATCACGTCACAAGACAACTTTTCCTGTGAAATAAACGGGAGAAAGTCCACAGATGTATCACTTTACGAGTTCTCGGAAAATCACAAAATGAAGTGGCAAATGTTTATTTTGAATTGTAAACTACCCGATGGTATAGATTTCAATAATGTTAGCTCTGTAAAGGTCATAAGAAGCACAACCAAGCAGTTTGTTGATGTGCCGATTCGGTATAGAATTCAAGATGAGAAAATAATTACGCCAGACGAATATGACTATAAAATGTCAATTTGTGTTCCAGCATTGTTTGGAAATGGATATGATGCAAAGCGAATTGTTGAGTTTATTGAGCTGAATACTTTGCAAGGAATCGAGAAAATATACATTTACACTAATCAAAAAGAGCTTGATGGATCCATGAAGAAAACGTTGAAATACTATTCGGATAATCACAAAATAACATTAATTGATTACACATTACCATTCAGAGAGGATGGTGTTTGGTATCACGGGCAATTGGCAACTGTTACTGATTGTTTACTGAGAAACACTGGAATCACAAAATACACATTTTTCAATGATTTTGATGAGTTCTTCGTCCCCGTTATCAAAAGTCGGACTCTCTTTGAAACAATCAGTGGGCTTTTTGAAGATCCCACTATTGGATCGCAACGAACAGCTTTGAAGTATATAAATGCAAAAATCAAGAGCGCTCCGTATTCACTGAAAAATATTGTTTCCGAAAAACGAATTGAAACAAGATTCACGAAATGTGTAGTTCGACCGGAAATGGTTTTGAACAGGGTATTCATCATACGAGTAGAGTGATTCAAGACAACTATAAAACGGTTTCCCATGGCGGATCCCTTCTACGGGTTTATCATTACAAGGATAAAAAGTATTGTTGCGAAGACGAGAGCCTCTTGAAAAAACGGCATGGAGATCAACTTCGGGAAAAATTCGATTCAGTTGTTGGTCTTTAGACTTGTAG
配列番号2(NCBIにおいて参照配列NP_504545.2とも記載されている)
MPRITASKIVLLIALSFCITVIYHFPIATRSSKEYDEYGNEYENVASIESDIKNVRRLLDEVPDPSQNRLQFLKLDEHAFAFSAYTDDRNGNMGYKYVRVLMFITSQDNFSCEINGRKSTDVSLYEFSENHKMKWQMFILNCKLPDGIDFNNVSSVKVIRSTTKQFVDVPIRYRIQDEKIITPDEYDYKMSICVPALFGNGYDAKRIVEFIELNTLQGIEKIYIYTNQKELDGSMKKTLKYYSDNHKITLIDYTLPFREDGVWYHGQLATVTDCLLRNTGITKYTFFNDFDEFFVPVIKSRTLFETISGLFEDPTIGSQRTALKYINAKIKSAPYSLKNIVSEKRIETRFTKCVVRPEMVFEQGIHHTSRVIQDNYKTVSHGGSLLRVYHYKDKKYCCEDESLLKKRHGDQLREKFDSVVGLLDL
配列番号3は、配列番号4をコードしている核酸配列である:
(NCBIにおいて参照配列XM_001674213.1とも記載されており、カエノラブディティス・ブリグサエ(Caenorhabditis briggsae)のガラクトシルトランスフェラーゼをコードしている)
ATGCCACGAA TAACGGCAAG CAAAATAGTG TTATTATCTG TATTATCCTT ACTAACAGTT TTCTATCTGA ATACATTTTC GTCTATTAAA ATTGAAAACG ATCTCGACGG GACTGATTAC GACTTGGATT ACATAGAATC TGATATCAAA AAGACGCGTC GATTACTCAA TGAAATCCCT GATCCATCTC AAAACCGAGT TCAATTTTTT AAACTCGATG ATAATGGATA TGCATTCTCA GCATATACAG ATAATAGGAA AGGAAATATG GGTCACAAAT ATGTCAGAAT ATTAGTGTTC CTAACTAAAT TTGATGATTT TTCTTGCGAA ATTAACTCGA AGAAATCCTA TGTTGTTACA CTCTACGAGC TATCAGAAAA TCACAATATG AAGTGGAAAA TGTATATTTT GAATTGTTTA CTTCCCGATG GAATCACTTT CAACGATGTG AATTCTGTAA AAATATCTAG AAGTTCTTCA AAACTTTCAG TCCAAATCCC GATCAGATAT AGAATTCAAG ATGAGAAAAT GATGACTCCA GATGAATACG ATTATAAGTT GTCGATTTGT GTTCCTGCAC TTTTTGGAAA CGTTTATTAT CCAAGGAGGA TTATTGAATT TGTGGAACTA AACAGCTTGC AAGACATCGA CAAAATCTAC ATCTACTACA ATCCTTTAGA AATGACAGAT GAGGCCACAG AAAGGACTTT GAAGTTTTAT TCCAATAATG GGAAAATCAA TTTAATAGAA TTCATTCTCC CATTTCTAC TCGAGATGTT TGGTATTATG GGCAATTGGC CACCGTTACA GATTGTCTTC TCCGTAACAC TGGAATAACT CAATACACAT TTTTCAATGA TTTGGATGAA TTTTTCGTGC CAGTACTGGA CAACCAAACT CTCTCTGAAA CTGTGTCAGG ATTATTTGAA AATCGAAAAA TTGCCTCTCA GAGAACGGCC TTGAAATTTA TTAGTACAAA AATCAATCGA TCTCCTGTAA CTCTCAATAA TATTGTGTCT TCTAAAAATT TTGAAACGAG ATTCACAAAA TGCGTCGTAC GGCCGGAAAT GGTTTTTGAG CAGGGCATTC ACCATACGAG TAGAGTAATA CAAGACGACT ACGAAACCCC ATCCCATGAT GGATCACTTT TGCGTGTGTA TCACTACAGA GAACCAAGAT ATTGCTGCGA AAACGAGAAT CTTCTAAAAC AAAGATACGA TAAGAAGCTT CAAGAAGTTT TTGATGCTGT AGTTCTTATA TTGCATGTCA CATTTGATGT ATGGATATAT CACCTGAAAA ACACCCTCTA A
配列番号4(NCBI参照配列XP_001674265.1においても記載されている)
MPRITASKIV LLSVLSLLTV FYLNTFSSIK IENDLDGTDY DLDYIESDIK KTRRLLNEIP DPSQNRVQFF KLDDNGYAFS AYTDNRKGNM GHKYVRILVF LTKFDDFSCE INSKKSYVVT LYELSENHNM KWKMYILNCL LPDGITFNDV NSVKISRSSS KLSVQIPIRY RIQDEKMMTP DEYDYKLSIC VPALFGNVYY PRRIIEFVEL NSLQDIDKIY IYYNPLEMTD EATERTLKFY SNNGKINLIE FILPFSTRDV WYYGQLATVT DCLLRNTGIT QYTFFNDLDE FFVPVLDNQT LSETVSGLFE NRKIASQRTA LKFISTKINR SPVTLNNIVS SKNFETRFTK CVVRPEMVFE QGIHHTSRVI QDDYETPSHD GSLLRVYHYR EPRYCCENEN LLKQRYDKKL QEVFDAVVLI LHVTFDVWIY HLKNTL
配列番号5は、配列番号6、その後に終止コドンおよびさらに68ヌクレオチドをコードしている核酸配列(1428核酸)である:(NCBI参照配列XM_001629141.1においても記載されており、ネマトステラ・ベクテンシス(Nematostella vectensis)のガラクトシルトランスフェラーゼをコードしている)
ATGCGATGCT ATATTTACAA ATTGAGGTTG TCCGTTTGTC TGTTTGTAGT GCTCTTCACA GCACTGCTTT TCATCACCTA TTTAAACCAC TCAGAGCTTG AATCAGCAGA GAAAAGTAGC GGAAAAAGGA AGACGCGACA TCGTAAACGA ACACGTTCAC GCAAACAACA CGAGAGCCAT TTTCAGAAAG CTCGACTACA AGAAAGAGAA CTAGTATTAA GATCTACAGC GCCACCAACA TTACGAAGAG AAGTACAAGC GCATCGATTA GGGCAGATCC GTGGCAAGAA CACGGACCAG GGGATAACTG GAAAGTTCAC AGAGATCGCT AAAGACACGC ATATTTATTC AGCGTTTTAC GACGATGCCA AGTCAAATCC ATTCATTCGT CTTATCATCC TCTCGGGAAA ACACTACCAG CCTGGATTAT CTTGCCAATT TTGCGAACCT TTGTCCGCCA GTTGTAGTTT TGCGGACTCT AAAGCTGAAT ACTACACGAC CAACGAGAAC CATGGGAGAG TATTTGGCGG GTTCATTGCG AGTTGCCTCG TGCCTGATGG ATTCAATGCA GTGCCATTGT TTGTTGACAT AACGGCCGAT GTTAAGGGGG AGAAAAGCAA GGCACGGGTA CCTGTGGTGT CTAATGCACA TCTCTACTAC CCTATTAAAT ACGCAATCTG CGTCCCACCC CTCCGATCAG AGAAACTAAC AGCGAAAAGA CTCATAGAGT TTGTCGAGCT AACCAAACTT TTAGGCGCTA ACCATTTTAC TTTTTATGAC TTCAAAACGG ACCCGGAAGT CAATAACGTT TTAAGATATT ACCAGGAGAC ACAAGTAGCA AATGTTCTGC CATGGAATCT ACCTTCAAAT TTGGTATCCA GGCCGAACGA TATTTGGTAC TTTGGTCAGG TTTTGGCTAT TCTAGATTGC TTGTATCGCT ACAAGAACAG GGCAAAATTT GTAGCCTTCA ATGACGTAGA TGAGTTTATC GTTCCGCTAA GGAACAGCTC GATAGTGGAA ATACTAAACG CGTTTCACCG GCCATACCAC TGTGGACATT GCTTTCAGAG CGTGGTGTTC AGCTCAAACG CGAGATTTCC CAGGCAAAAA AGCGAGTTAG TTTCTCAGCG GTTCTTCCAC AGGACCCAGG AAACCATCCC TCTCCTCTCG AAATGCATTG TGGATCCTTT GAGAGTGTTC GAGATGGGGA TTCACCACAT AAGCAAGGCT ACAGGTCTGC GGTATTCCGT CAACTCAGTA CACGAGAGTG ACGCGGTTAT CTTCCATTAC AGGACTTGCA CTACGTCATT TGGTATACGT CATCAGTGCA TGAACCTAGT GCATGATGGG ACCATGGCCA AATATGGAAA ACGACTTCAG AAAATGTTTA GAAAGGTTGT AAATGATTTA AAACTTTTGG CACCAACGTA GCTATTTCGT AACACTTCAC ACTTTCATTG TTATAACAGA ATACAGAATA AATTAATGAT TGTTGTGCC
配列番号6(NCBI参照配列XP_001629191においても記載されている)
MRCYIYKLRL SVCLFVVLFT ALLFITYLNH SELESAEKSS GKRKTRHRKR TRSRKQHESH FQKARLQERE LVLRSTAPPT LRREVQAHRL GQIRGKNTDQ GITGKFTEIA KDTHIYSAFY DDAKSNPFIR LIILSGKHYQ PGLSCQFCEP LSASCSFADS KAEYYTTNEN HGRVFGGFIA SCLVPDGFNA VPLFVDITAD VKGEKSKARV PVVSNAHLYY PIKYAICVPP LRSEKLTAKR LIEFVELTKL LGANHFTFYD FKTDPEVNNV LRYYQETQVA NVLPWNLPSN LVSRPNDIWY FGQVLAILDC LYRYKNRAKF VAFNDVDEFI VPLRNSSIVE ILNAFHRPYH CGHCFQSVVF SSNARFPRQK SELVSQRFFH RTQETIPLLS KCIVDPLRVF EMGIHHISKA TGLRYSVNSV HESDAVIFHY RTCTTSFGIR HQCMNLVHDG TMAKYGKRLQ KMFRKVVNDL KLLAPT
配列番号7は、配列番号8をコードしている核酸配列である:
(NCBI参照配列XM_002189335においても記載されており、キンカチョウ(Taeniopygia guttata)のガラクトシルトランスフェラーゼをコードしている)
ATGACTGTAA CTTTAATGCT TGTGGTTTCT TATCTGAGAT TACAGAGACT TTCTCATCAG CCAAAAGTAA TTCAAGAAAG TAGAAGATGT AGAGGGAAAA TTGCCCTTAG CACAATAACA GCATTGGAAG GTAACAAAAC TGATATTATA TCCCCATACT TTGATGACAG AGAAAACAAA ATCACTCGTC TGATTGGGAT TGTTCACCAT AAAGATGTAA AACAACTGTT CTGCTGGTTC TGCTGTCAAG CCAATGGAAA GATATATGTA TCAAAAGCAG AAATAGATGT TCACTCGGAT AGATTTGGAT TCCCTTATGG TGCAGCAGAT ATAATTTGTT TGGAACCTGA AAACTGTGAT CCAACACATG TATCAATTCA TCAGTCTCCA TATGGAAATA TTGACCAGCT GCCGAGGTTT GAAATTAAAA ATCGCAGGCC TGAGACCTTT TCTGTTGACT TCACCGTGTG CATTTCTGCC ATGTTTGGAA ACTACAACAA TGTCTTGCAG TTTGTACAGA GTATGGAAAT GTATAAGATT CTTGGAGTAC AGAAAGTGGT GATCTATAAG AACAACTGCA GCCATCTGAT GGAGAAAGTC TTGAAATTTT ATATAGAAGA AGGAACTGTT GAGGTAATTC CCTGGCCAAT AGACTCACAC CTCAGGGTTT CTTCTAAATG GCGCTTCATG GAAGACGGGA CACACATTGG CTACTATGGA CAAATCACAG CTCTAAATGA CTGTATATAC CGCAACATGG AAAGGACCAA GTTTGTGGTC CTTAATGACG CTGATGAAAT AATTCTTCCC CTTAAACACC CAGACTGGAA AACAATGATG AACAGTCTTC AGGAGCAAAA CCCAGGGACT AGTGTTTTCC TTTTTGAGAA CCATATCTTC CCAGAAACTG TATTTTCTCC CATGTTCAAC ATTTCATCTT GGAATACTGT GCCAGGTGTT AACATATTGC AGCATGTGTA CAGAGAGCCT GACAGGAAAC ATGTAATCAA TCCCAGGAAA ATGATAGTTG ATCCACGAAA GGTGATTCAG ACTTCAGTCC ATTCTGTCCT ACGTGCTTAT GGGAAGAGCG TGAATGTTCC CATGGAAGTT GCCCTCATTT ATCACTGTCG GAAGGCCCTT CAAGGAAACC TTCCCAGAGA ATCTCTCATC AGGGATACAA CACTGTGGAG ATATAACTCA TCATTAATCA TGAATGTTAA CAAGGTTCTA TCTCAAACCA TGCTGCAAAC TCAAAATTGA
配列番号8(NCBI参照配列XP_002189371においても記載されている)
MTVTLMLVVS YLRLQRLSHQ PKVIQESRRC RGKIALSTIT ALEGNKTDII SPYFDDRENK ITRLIGIVHH KDVKQLFCWF CCQANGKIYV SKAEIDVHSD RFGFPYGAAD IICLEPENCD PTHVSIHQSP YGNIDQLPRF EIKNRRPETF SVDFTVCISA MFGNYNNVLQ FVQSMEMYKI LGVQKVVIYK NNCSHLMEKV LKFYIEEGTV EVIPWPIDSH LRVSSKWRFM EDGTHIGYYG QITALNDCIY RNMERTKFVV LNDADEIILP LKHPDWKTMM NSLQEQNPGT SVFLFENHIF PETVFSPMFN ISSWNTVPGV NILQHVYREP DRKHVINPRK MIVDPRKVIQ TSVHSVLRAY GKSVNVPMEV ALIYHCRKAL QGNLPRESLI RDTTLWRYNS SLIMNVNKVL SQTMLQTQN
配列番号9は、配列番号10をコードしている核酸配列である:
(NCBI参照配列XM_626032においても記載されており、クリプトスポリジウム・パルバム(Cryptosporidium parvum)のガラクトシルトランスフェラーゼをコードしている)
ATGCAAAGTA AAGTCATTTT TAGGATCTTG GTATTGATCA TTTCGGTGAT TGGATCCTTA TACTCAATAA TTCAATTAAT GCTAAAGGAG CTATCAAGTA ACAAAAATAT TCAAGAGGTT AGTCATTCAA GGAGGCTAAT AAGTGAACCT TACAGTGAAA GTATTAATGA ACAAAATGAT CAAGATTGGA AAGAACTAAA GCTAATAATT CCAAATCATT CTCAAATTAA CCAGCAGGAA AAAAATGGTA ATTTGATTGA GTTTAAAGTT TATATATACT CAGCATATTA TGATTGGAGA ATAGATAGGA TACGAATAAA TTCACTTATC CCATCGAATT TTTATGATCG AATAGAAATG GAATGTGCAA TAATCTTGGA CAAAAATATT TACACAGGAA CTATTAAAAA AGTGATTCAT AAGGAGCACC ATAATAAAGA ATATGTATCA TCGACTTTAC TCTGCGAAAT TGCAAAAAAT GAAATTAAAT TTGAGGATAT TTCAAGGAAA GTTTTGATAA CAATTTTGGA AAATGGAAAC AGCACAAATA AATCAGAAAT ATGGATAACT CTAAAAAAAA TTCCAAAAAA TAGCTCTAAT AATCATGAGC TGACTGTTTG TGTGAGACCT TGGTGGGGAG AGCCAATAAA GAATGGAAAC TTGGGAAATA AACAAAAATT TAACAATTCA GGGTTAATGC TTGAATTTAT TAATTCATAT TTATTCTTAG GAGCAAATAA ATTTTATTTA TATCAAAATT ACTTGGACAT TGACGAAGAT GTAAGAAATA TAATAAATTA TTATTCTAAT ATCAAAAATG TTTTGGAAAT TATTCCATAC TCATTACCAA TAATTCCATT TAAACAAGTT TGGGATTTCG CACAAACAAC AATGATACAG GACTGCCTAC TAAGAAATAT TGGAAAAACA AAATACTTGT TATTCGTAGA TACCGATGAA TTTGTATTTC CAAACTTGAA AAATTATAAC TTAATGGATT TTTTAAATTT ATTAGAAGCC AACAATCCTT ATTATAAAAA CAAAGTCGGG GCAATGTGGA TTCCAATGTA TTTTCATTTT TTAGAGTGGG AATCTGATAA AAATAATTTG AAGAAATATT CAACAATTGA GAAAAAAATT AAGAAAAAGA TGGCAAATAT TGAGTTTGTT CTATATCGTA AAACATGTAG AATGTTAAGT TCTGGAACAA AAAAAAGTGA CAAGACGAGA AGAAAAGTTA TTATTAGACC TGAAAGAGTT TTGTATATGG GTATACATGA AACAGAAGAG ATGCTAAGCA AAAAATTTCA TTTCATTAGA GCTCCTGTAA TTAATGTGGG TGGAGGAAAC GAACTAAGTA TATATTTACA TCATTATAGA AAAGCAAAAG GTATTGTAAA CAATGATCCC AAACAAAGAG AACTTGTGAA TATGTATTTA GAAAATGTTT GTTCAGATAA GCTGTTAGAT TCAGGGGGAG ATTCCATTCA AGATGGAGTA ATTGTCGACA ATACTGTTTG GGAGATATTT GGAACACACT TATACCAGAT AATTTTTGAG CATATTAAAG AAATCCAAGA TATGTACACA AATAAGGAAA TAATTAATGG AAATAAAAAT TTAAGTGTTG AAGAATTACA TAATTAA
配列番号10(NCBI参照配列XP_626032においても記載されている)
MQSKVIFRIL VLIISVIGSL YSIIQLMLKE LSSNKNIQEV SHSRRLISEP YSESINEQND QDWKELKLII PNHSQINQQE KNGNLIEFKV YIYSAYYDWR IDRIRINSLI PSNFYDRIEM ECAIILDKNI YTGTIKKVIH KEHHNKEYVS STLLCEIAKN EIKFEDISRK VLITILENGN STNKSEIWIT LKKIPKNSSN NHELTVCVRP WWGEPIKNGN LGNKQKFNNS GLMLEFINSY LFLGANKFYL YQNYLDIDED VRNIINYYSN IKNVLEIIPY SLPIIPFKQV WDFAQTTMIQ DCLLRNIGKT KYLLFVDTDE FVFPNLKNYN LMDFLNLLEA NNPYYKNKVG AMWIPMYFHF LEWESDKNNL KKYSTIEKKI KKKMANIEFV LYRKTCRMLS SGTKKSDKTR RKVIIRPERV LYMGIHETEE MLSKKFHFIR APVINVGGGN ELSIYLHHYR KAKGIVNNDP KQRELVNMYL ENVCSDKLLD SGGDSIQDGV IVDNTVWEIF GTHLYQIIFE HIKEIQDMYT NKEIINGNKN LSVEELHN
(a)配列番号2、4、6、8および10からなる群から選択されるアミノ酸配列、好ましくは配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチド、
(b)本発明の核酸によってコードされているポリペプチド、
(c)(a)および/または(b)のポリペプチドと、少なくとも25、30、または40%、好ましくは、少なくとも50または60%、より好ましくは、少なくとも70または80%、最も好ましくは、少なくとも90または95%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチド、
(d)(a)、(b)または(c)のフラグメントおよび/または機能的誘導体
からなる群から選択される、単離および精製されたポリペプチドを対象とする。
(i)少なくとも1つの本発明のポリペプチドを提供する段階、
(ii)少なくとも1つのフコシル化されたアクセプター基質を提供する段階、
(iii)好ましくは、マンガン(II)、コバルト(II)および/または鉄(II)イオンから選択され、より好ましくはマンガン(II)である少なくとも1つの適した二価の金属陽イオン補因子と、少なくとも1つの活性化された糖基質、好ましくは、ウリジン二リン酸(UDP)-ガラクトースとの存在下、本発明のポリペプチドの酵素活性に適した条件下で、(i)および(ii)をインキュベートする段階、
(iv)ガラクトシル-フコース誘導体を任意選択により単離する段階
を含む、ガラクトシル-フコシル誘導体を作製するための方法を対象とする。
(i)AFPを含む血液またはその画分、好ましくは血清を提供する段階と、
(ii)前記血液または前記その画分を、(a)本発明のポリペプチド、本発明の宿主細胞ならびに/または、カエノラブディティス・エレガンス、カエノラブディティス・ブリグサエ、ネマトステラ・ベクテンシス、キンカチョウおよび/もしくはクリプトスポリジウム・パルバムの細胞抽出物とともに、および(b)活性化されたガラクトシル誘導体、好ましくは、標識されたガラクトシル誘導体、好ましくは標識されたUDP-ガラクトースとともに、活性化されたガラクトースの、コアがフコシル化されたAFP(AFP-L3)へのガラクトシル転移を可能にする条件下で、インキュベートする段階と、
(iii)ガラクトース標識された、したがって、コアがフコシル化されたAFP(AFP-L3)を検出する段階と
を含む診断方法に関する。
実験手順
化学製品および供給業者
UDP-Gal(VWR InternationalおよびSigma)、UDP-Glc、UDP-GlcNAc、UDP-GalNAc(すべてSIGMA)、UDP-14C-Gal(GE Healthcare)、GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,6-[GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,3-]-Man、Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[α-1,6-Fuc]-GlcNAc、MMF6、GnGnF6(すべてDextra Laboratories、イギリス)、Fuc-α-1,6-GlcNAc(Carbosynth Ltd.、イギリス)、ダブシル-GEN[GnGnF6]R(Paschingerら、Glycobiology、15(5)、463〜474、2005)、ダブシル-GEN[MMF6]R(Fabiniら、J. Biol. Chem. 276(30)、28058〜28067、2001)、ダブシル-GEN[MMF3]R(Fabiniら、J. Biol. Chem. 276(30)、28058〜28067、2001)およびダンシル-N[GnGnF6]ST(Roitingerら、Glycoconj. J.、15(1)、89〜91、1998)は、以前に公開されている方法に従って得た。
カエノラブディティス・エレガンスcDNAの単離およびM03F8.4の発現ベクター中へのクローニング
線虫系統:
カエノラブディティス・エレガンスを培養するための方法は、Brenner, S.(Genetics 77(1)、71〜94、1974)において記載されている。野生型BristolN2系統を、大腸菌OP50を播種した標準的なNGM寒天プレート上で、20℃で増殖させた。
カエノラブディティス・エレガンス混合培養物を、標準的なNGM寒天プレートから回収し、滅菌したM9緩衝液(22mM KH2PO4、42mM Na2HPO4、85mM NaCl、1mM MgSO4)中で2回洗浄した。NucleoSpin(登録商標)RNA II RNA単離キット(MACHEREY-NAGEL AG)を使用して、全RNAを抽出した。Superscript(商標)III Platinum Two-Step qRT-PCR Kit(Invitrogen AG)の第1鎖cDNA合成ステップを使用して、0.5μgの全RNAを用いてcDNA合成を実施した。
M03F8.4cDNAを、以前に調製されたcDNAライブラリーから、提供されたマニュアルに従ってPhusion High-Fidelity DNAポリメラーゼ(Finnzymes)を使用したPCRによって単離した。タグなし型の構築では、SalIおよびXbaI制限部位にそれぞれ隣接している以下のフォワードおよびリバースプライマーを使用した:5'-TTTGTCGA-CACTTCTGAATGCCTCG-3'(配列番号11)および5'-TTTTCTAGACTACAAGTCTAA-AAGACCAAC-3'(配列番号12)。結果として生じたフラグメントを、適切な制限酵素で消化し、pFastBac1ドナープラスミド(Invitrogen)中にクローニングした。N末端FLAGタグ付き型の構築では、開始コドンを欠くフォワードプライマーを使用した:5'-TTTGTCGACCCTCGAATCACCGCC-3'(配列番号13)。結果として生じたフラグメントを、N末端FLAG配列を含有するpFastBac1ドナープラスミド中にクローニングした(Mullerら、J. Biol. Chem. 277(36)、32417〜32420、2002)(両ベクターは、チューリッヒ大学、Institute of Physiology、Thierry Hennetから好意により提供された)。
組換えタンパク質の発現
カエノラブディティス・エレガンスのコアβ-1,4-GalT候補cDNA(N末端FLAGタグありおよびなし)および空ベクター対照を含有する組換えバキュロウイルスを、製造業者の使用説明書(Invitrogen)に従って作製した。2×106のS.フルギペルダ(S.frugiperda)(sf9)付着性昆虫細胞に組換えバキュロウイルスを感染させ、28℃で72時間インキュベーションした後、細胞を、2体積%Triton-X100およびプロテアーゼ阻害剤カクテル(Roche、complete EDTA-free)を含有する150μLのTris緩衝生理食塩水(pH7.4)において、振とう(4℃、15分)により溶解させた。溶解混合物を遠心分離にかけ(2000×g、5分)、除核後の上清を回収して、すべてのさらなる酵素試験に使用した。
変性ゲル電気泳動分析および免疫ブロット法
感染sf9細胞(2×106細胞、上記参照)を、200μLのLaemmli緩衝液中でボルテックスにかけ、加熱(95℃、5分)によってタンパク質を変性させた。室温まで冷却後、試料を遠心分離にかけ(16krpm、5分)、上清をさらなる分析に使用した。試料を、SDS-PAGEによって分離した(12%アクリルアミド、120V)。結果として生じたゲルを、銀染色またはニトロセルロース膜上へのブロッティングのいずれかによって分析した。膜をブロッキング(PBST中5%BSA)した後、抗FLAG抗体M2(SIGMA、PBST+1%BSA中1:2000希釈)、その後、徹底的に洗浄(PBST)した後に抗マウスHRP(Santa Cruz Biotechnology、PBST+1%BSA中1:10000希釈)とのインキュベーション、ならびにECL(Pierce)および写真用フィルムへの曝露を使用した最終的な検出によって、免疫検出を実施した。
グリコシルトランスフェラーゼアッセイ
塩化マンガン(II)(10μM)、UDP-ガラクトース(1mM)およびアクセプターフコシド(グリカンまたは糖(ポリ)ペプチド、40μM)を含有する2.5μLの最終体積のMES緩衝液(pH6.5、40μM)中で、0.5μlのsf9細胞粗抽出物(空ベクター対照バクミド、推定GalT発現バクミドまたは推定FLAGタグ付きGalT発現バクミドのいずれかを含有する)を使用して、適切な炭水化物または複合糖質に対する酵素活性を評価した。グリコシル化反応は。典型的には、別段記載のない限り、室温で2時間行った。ドナー特異性分析では、UDP-ガラクトースを、等濃度のUDP-Glc、UDP-GlcNAcまたはUDP-GalNAc(Sigma)でそれぞれ置き換えた。補因子特異性分析では、MnCl2を、等濃度の様々な金属塩化物またはNa2EDTAで置き換えた。アクセプターグリカン中へのガラクトースの組込みを定量するために、全UDP-Gal濃度を、10%UDP-14C-Gal(25nCi、GE Healthcare)でドープした。反応混合物(100μLのH2Oでクエンチさせた)を、陰イオン交換樹脂のカラム(AG1-X8、Cl-型、Bio-Rad Laboratories、200mg)に充填すること、および荷電していない生成物(H2O、900μL)の溶出によって、過剰の放射活性(UDP-14C-Gal)を除去した。
アシアロトランスフェリン(GalGal)は、ヒトアポトランスフェリンのシアリダーゼ処理によって以前に調製された(Iskratschら、Anal. Biochem.、368、133〜146、2009)。
構造分析
ダブシル-GEN[GnGnF6]Rをガラクトシル化条件に曝露させた後、結果として生じた未精製の混合物を、50mMナトリウムクエン酸およびpH4.5に調整し、アスペルギルス・オリゼβガラクトシダーゼ(27mU)(Gutterniggら、J. Biol. Chem. 282(38)、27825〜27840、2007を参照されたい)で2日間、30℃で消化した。試料を、MALDI-TOF質量分析によって分析した(下記参照)。
ドナー特異性およびドナー濃度に対する反応速度依存の分析の両方で、逆相Hypersil ODS C18カラム(4×250mm、5μm)においてアイソクラティック溶媒系(0.7mL/分、0.05体積%TFA水溶液中9%MeCN(95体積%))、および蛍光検出(315nmで励起、発光は550nmで検出した)を室温で使用して、ダンシル-N[GnGnF6]STアクセプター基質を、ガラクトシル化された反応生成物から分離した。Shimadzu HPLCシステムは、SCL-10A制御装置、2つのLC10APポンプおよびClass-VPソフトウェア(V6.13SP2)を使用してパーソナルコンピュータにより制御されるRF-10AXL蛍光検出器からなっていた。ダンシル-N[GnGnF6]STは、9.09分の保持時間で、およびガラクトシル化された反応生成物は8.06分で溶出した。
BRUKER Ultraflex TOF/TOF装置において、α-シアノ-4-ヒドロキシ桂皮酸マトリックスを使用して、MALDI-TOF質量分析によってグリカンを分析した。外部較正にはペプチド標準混合物(Bruker)を使用した。
陰イオン交換樹脂カラムおよびプロテインGビーズの溶出液を、シンチレーション流体(Irga-Safe Plus、Packard、4mL)と完全に混合し、Perkin Elmer Tri-Carb 2800TRを用いて測定した。
Fuc-L-フコース、Gal-D-ガラクトース、GalNAc-D-N-アセチルガラクトサミン、Glc-D-グルコース、GlcNAc-D-N-アセチルグルコサミン、Man-D-マンノース
複合グリカンの省略形(Schachter命名法[Biochem Cell Biol 64(3)、163〜181、1986]に従う):
GalGal Gal-β-1,4-GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,6-[Gal-β-1,4-GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-GlcNAc
GnGn GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,6-[GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-GlcNAc
GnGnF6 GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,6-[GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[α-1,6-Fuc]-GlcNAc
GnGnF6Gal GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,6-[GlcNAc-β-1,2-Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[Gal-β-1,4-Fuc-α-1,6]-GlcNAc
MMF6 Man-α-1,6-[Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[α-1,6-Fuc]-GlcNAc
MMF6Gal Man-α-1,6-[Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[Gal-β-1,4-Fuc-α-1,6]-GlcNAc
MMF3 Man-α-1,6-[Man-α-1,3-]-Man-β-1,4-GlcNAc-β-1,4-[α-1,3-Fuc]-GlcNAc
Claims (15)
- (i)配列番号1、3、5、7および9に記載されている核酸配列からなる群から選択される少なくとも1つの核酸配列を含む核酸;
(ii)配列番号1に記載されている核酸配列と、少なくとも60または70%の同一性、好ましくは、少なくとも80または90%の同一性、より好ましくは少なくとも95%の同一性、最も好ましくは少なくとも98%の同一性の配列を有する核酸;
(iii)(i)または(ii)の核酸とハイブリダイズする核酸;
(iv)(i)、(ii)または(iii)の核酸のうちの1つの置換、付加および/または欠失によって誘導できる核酸;
(v)(i)の核酸とハイブリダイズする、(i)から(iv)の核酸のうちのいずれかのフラグメント
からなる群から選択される、単離および精製された核酸。 - DNA、RNAまたはPNA、好ましくはDNAまたはPNA、より好ましくはDNAである、請求項1に記載の核酸。
- 好ましくはL-フコシド-、より好ましくはα-L-フコシド-、より好ましくはFuc-α-1,6-GlcNAc-、最も好ましくはGnGnF6含有多糖/オリゴ糖または複合糖質をアクセプター基質とする、ガラクトシルトランスフェラーゼ活性、好ましくは、β-1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードしている、請求項1または2に記載の核酸。
- (a)配列番号2、4、6、8および10からなる群から選択されるアミノ酸配列、好ましくは配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチド、
(b)請求項1から3のいずれかに記載の核酸によりコードされているポリペプチド、
(c)(a)および/または(b)のポリペプチドと、少なくとも25、30または40%、好ましくは、少なくとも50または60%、より好ましくは、少なくとも70または80%、最も好ましくは、少なくとも90または95%のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチド、
(d)(a)、(b)または(c)のフラグメントおよび/または機能的誘導体
からなる群から選択される、単離および精製されたポリペプチド。 - 好ましくはL-フコシド-、より好ましくはα-L-フコシド-、より好ましくはFuc-α-1,6-GlcNAc-、最も好ましくはGnGnF6含有多糖/オリゴ糖または複合糖質をアクセプター基質とする、ガラクトシルトランスフェラーゼ活性、好ましくは、β-1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ活性を有する、請求項4に記載のポリペプチド。
- 請求項1から3のいずれかに記載の核酸を含む組換えベクター、好ましくは、ウイルスまたはエピソームのベクター、好ましくはバキュロウイルスベクター。
- 酵母細胞、好ましくは、サッカロマイセス・セレビジエ(Saccharomyces cerevisiae)、ピキア・パストリス(Pichia pastoris)細胞、大腸菌(E.coli)細胞、植物細胞、好ましくはタバコ(Nicotiana tabacum)またはヒメツリガネゴケ(Physcomitrella patens)細胞、NIH-3T3哺乳動物細胞および昆虫細胞からなる群から選択される、より好ましくは、sf9昆虫細胞である、請求項1から3および6のいずれかに記載の核酸またはベクターを含む宿主細胞。
- 請求項4または5に記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
- モノクローナル抗体である、請求項8に記載の抗体。
- 請求項5に記載のポリペプチドに特異的に結合するモノクローナル抗体を発現する、ハイブリドーマ細胞系。
- ガラクトシル含有オリゴ糖/多糖および/または複合糖質、好ましくはガラクトシル-フコシド含有オリゴ糖/多糖および/または複合糖質、より好ましくはD-ガラクトピラノシル-β-1,4-L-フコピラノシル-α-1,6-GlcNAc含有オリゴ糖/多糖および/または複合糖質、最も好ましくはGnGnF6Gal-および/またはMMF6Gal含有オリゴ糖および複合糖質を作製するための、請求項4または5に記載のポリペプチド、請求項4または5に記載のポリペプチドを含む細胞抽出物、好ましくは、カエノラブディティス・エレガンス(Caenorhabditis elegans)、カエノラブディティス・ブリグサエ(Caenorhabditis briggsae)、ネマトステラ・ベクテンシス(Nematostella vectensis)、キンカチョウ(Taeniopygia guttata)もしくはクリプトスポリジウム・パルバム(Cryptosporidium parvum)の抽出物、および/または請求項7の宿主細胞の使用。
- 以下の段階:
(i)少なくとも1つの本発明のポリペプチドを提供する段階、
(ii)少なくとも1つのフコシル化されたアクセプター基質を提供する段階、
(iii)好ましくはマンガン(II)、コバルト(II)および/または鉄(II)イオンから選択され、より好ましくはマンガン(II)である少なくとも1つの適した二価の金属陽イオン補因子と、少なくとも1つの活性化された糖基質、好ましくはウリジン二リン酸(UDP)-ガラクトースとの存在下、本発明のポリペプチドの酵素活性に適した条件下で、(i)および(ii)をインキュベートする段階、
(iv)ガラクトシル-フコース誘導体を任意選択により単離する段階
を含む、ガラクトシル-フコシル誘導体を作製するための方法。 - ガラクトシル化合物をコアがフコシル化されたαフェトプロテイン(AFP)に共有結合させるための、好ましくは、肝細胞癌(HCC)を検出および/または定量するための、請求項4または5に記載の少なくとも1つのポリペプチド、請求項7に記載の宿主細胞ならびに/またはカエノラブディティス・エレガンス、カエノラブディティス・ブリグサエ、ネマトステラ・ベクテンシス、キンカチョウおよび/もしくはクリプトスポリジウム・パルバムの細胞抽出物の使用。
- 以下の段階:
(i)AFPを含む血液またはその画分、好ましくは血清を提供する段階と、
(ii)前記血液または前記その画分を、(a)請求項4または5に記載のポリペプチド、請求項7に記載の宿主細胞ならびに/またはカエノラブディティス・エレガンス、カエノラブディティス・ブリグサエ、ネマトステラ・ベクテンシス、キンカチョウおよび/もしくはクリプトスポリジウム・パルバムの細胞抽出物とともに、および(b)活性化されたガラクトシル誘導体、好ましくは標識されたガラクトシル誘導体、好ましくは標識されたUDP-ガラクトースとともに、活性化されたガラクトースの、コアがフコシル化されたAFP(AFP-L3)へのガラクトシル転移を可能にする条件下で、インキュベートする段階と、
(iii)ガラクトース標識された、したがって、コアがフコシル化されたAFP(AFP-L3)を検出する段階と
を含む診断方法。 - 対象とする試料、例えば、ヒトまたは哺乳動物の試料において、好ましくは細胞画分または抽出物試料において、線虫または病原体、好ましくはカエノラブディティス・エレガンス、カエノラブディティス・ブリグサエおよび/またはクリプトスポリジウム・パルバムを同定および/または定量するための、請求項8または9に記載の抗体の使用。
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