JP2011125333A5 - - Google Patents

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Claims (20)

下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動する転写調節因子をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損細胞を使用し、
前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写抑制因子である場合には、該遺伝子スイッチを活性化する化合物の非存在下でデオキシチミジン三リン酸(dTTP)のデノボ(de novo)合成経路の阻害剤を添加して該細胞をインキュベーションした後に生細胞を回収すること、若しくは、該遺伝子スイッチを活性化する物質の存在下で変異原性ヌクレオシドを添加して該細胞をインキュベーションした後に生細胞を回収すること、または
前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写活性化因子である場合には、該遺伝子スイッチを活性化する化合物の存在下でデオキシチミジン三リン酸(dTTP)のデノボ(de novo)合成経路の阻害剤を添加して該細胞をインキュベーションした後に生細胞を回収すること、若しくは、該遺伝子スイッチを活性化する物質の非存在下で変異原性ヌクレオシドを添加して該細胞をインキュベーションした後に生細胞を回収すること、
を含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a),
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a transcriptional regulatory factor that operates on the promoter sequence of (a),
Using thymidine kinase deficient cells into which
When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional repressing factor, de novo of deoxythymidine triphosphate (dTTP) in the absence of a compound that activates the gene switch After recovering the live cells after incubation of the cells with the addition of an inhibitor of the synthetic pathway, or after incubating the cells with the addition of a mutagenic nucleoside in the presence of a substance that activates the gene switch When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional activator, the deoxythymidine triphosphate (in the presence of a compound that activates the gene switch is collected. recovering live cells after incubating the cells with the addition of inhibitors of the de novo synthesis pathway of dTTP) or activating the gene switch Recovering viable cells after incubation the cells by adding a mutagenic nucleoside in the absence of quality,
A method of selecting a gene switch and a genetic circuit.
下記工程(1)から(3)を含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法:
(1)下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動する転写調節因子をコードする遺伝子配列、
を、チミジンキナーゼ欠損細胞に導入する工程、
(2)前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写抑制因子である場合には、該遺伝子スイッチを活性化する物質の存在下で上記細胞に変異原性ヌクレオシドを添加してインキュベーションする工程、または、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写活性化因子である場合には、該遺伝子スイッチを活性化する物質の非存在下で上記細胞に変異原性ヌクレオシドを添加して該細胞をインキュベーションする工程、
および
(3)生細胞を回収する工程。
A method for selecting a gene switch and a genetic circuit including the following steps (1) to (3):
(1) An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a),
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a transcriptional regulatory factor that operates on the promoter sequence of (a),
A step for introducing thymidine kinase deficient cells,
(2) When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional repressing factor, incubation is performed by adding a mutagenic nucleoside to the cell in the presence of a substance that activates the gene switch. Or when the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional activator, a mutagenic nucleoside is added to the cell in the absence of a substance that activates the gene switch. Adding and incubating the cells;
and
(3) A step of collecting live cells.
前記工程(3)に続いて、下記工程(4)および(5)をさらに含む請求項2に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法:
(4)回収した生細胞を、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写抑制因子である場合には、前記遺伝子スイッチを活性化する物質の非存在下でデオキシチミジン三リン酸(dTTP)のデノボ(de novo)合成経路の阻害剤を添加してインキュベーションする工程、または、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写活性化因子である場合には、前記遺伝子スイッチを活性化する物質の存在下でdTTPのde novo合成経路の阻害剤を添加してインキュベーションする工程、
および
(5)生細胞を回収する工程。
The method for selecting a gene switch and a gene circuit according to claim 2, further comprising the following steps (4) and (5) following the step (3):
(4) When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional repressing factor, the collected live cells are deoxythymidine triphosphate in the absence of a substance that activates the gene switch. a step of adding an inhibitor of a denovo synthesis pathway of (dTTP) and incubating, or when the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional activator, the gene Adding an inhibitor of dTTP de novo synthesis pathway in the presence of a substance that activates the switch and incubating;
and
(5) A step of collecting live cells.
下記工程(6)から(8)を含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法:
(6)下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動する転写調節因子をコードする遺伝子配列、
を、チミジンキナーゼ欠損細胞に導入する工程、
(7)前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写抑制因子である場合には、前記遺伝子スイッチを活性化する物質の非存在下で上記細胞にデオキシチミジン三リン酸(dTTP)のデノボ(de novo)合成経路の阻害剤を添加してインキュベーションする工程、または、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写活性化因子である場合には、前記遺伝子スイッチを活性化する物質の存在下で上記細胞にdTTPのde novo合成経路の阻害剤を添加して該細胞をインキュベーションする工程、
および
(8)生細胞を回収する工程。
A method for selecting a gene switch and a genetic circuit, including the following steps (6) to (8):
(6) An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a),
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a transcriptional regulatory factor that operates on the promoter sequence of (a),
A step for introducing thymidine kinase deficient cells,
(7) When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional repressing factor, deoxythymidine triphosphate (dTTP) is added to the cell in the absence of a substance that activates the gene switch. A step of adding an inhibitor of the de novo synthesis pathway in the incubation step, or when the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional activator, activate the gene switch Adding an inhibitor of dTTP de novo synthesis pathway to the cells in the presence of a substance to be converted, and incubating the cells;
and
(8) A step of collecting live cells.
前記工程(8)に続いて、下記工程(9)および(10)をさらに含む請求項4に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法:
(9)回収した生細胞を、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写抑制因子である場合には前記遺伝子スイッチを活性化する物質の存在下で変異原性ヌクレオシドを添加してインキュベーションする工程、または、前記(f)の転写調節因子をコードする遺伝子配列が転写活性化因子である場合には前記遺伝子スイッチを活性化する物質の非存在下で変異原性ヌクレオシドを添加してインキュベーションする工程、
および
(10)生細胞を回収する工程。
The method for selecting a gene switch and a gene circuit according to claim 4, further comprising the following steps (9) and (10) following the step (8):
(9) When the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional repressing factor, the recovered living cells are added with a mutagenic nucleoside in the presence of a substance that activates the gene switch. Or a mutagenic nucleoside is added in the absence of a substance that activates the gene switch when the gene sequence encoding the transcriptional regulatory factor of (f) is a transcriptional activator. Incubating,
and
(10) A step of collecting live cells.
チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列が、ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列である、請求項1から5のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 6. The method for selecting a gene switch and a gene circuit according to any one of claims 1 to 5, wherein the gene sequence encoding thymidine kinase is a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase. チミジンキナーゼ欠損細胞が、大腸菌のチミジンキナーゼ欠損株である、請求項1から6のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 The method for selecting a gene switch and a gene circuit according to any one of claims 1 to 6, wherein the thymidine kinase-deficient cell is a thymidine kinase-deficient strain of E. coli. 変異原性ヌクレオシドが、6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)である、請求項1から7のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 The mutagenic nucleoside is 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3,4-dihydro-8H-pyrimido [4,5-c] [1,2] oxazin-7-one (dP) The method for selecting a gene switch and a genetic circuit according to any one of claims 1 to 7. デオキシチミジン三リン酸(dTTP)のデノボ(de novo)合成経路の阻害剤が、5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)またはその誘導体である、請求項1から8のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 The de novo synthesis pathway inhibitor of deoxythymidine triphosphate (dTTP) is 5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) or a derivative thereof according to any one of claims 1 to 8. A method for selecting the gene switch and the genetic circuit as described. 下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、N-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の存在下で6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)を添加して該大腸菌株を5分間から60分間インキュベーションした後に生細胞を回収することを含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
In the presence of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) and 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3,4-dihydro-8H-pyrimido Gene switch and gene circuit comprising collecting live cells after adding [4,5-c] [1,2] oxazin-7-one (dP) and incubating the E. coli strain for 5 to 60 minutes How to choose.
下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、N-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の非存在下で5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)を添加して該大腸菌株を12時間から20時間インキュベーションした後に生細胞を回収することを含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
Was used in the absence of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) and 5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) was added for 12 hours. A method for selecting a gene switch and a genetic circuit, comprising recovering viable cells after incubation for 20 hours.
下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、N-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の存在下で6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)を添加して該大腸菌株を5分間から60分間インキュベーションした後に生細胞を回収し、次いで、AHLの非存在下で5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)を添加して該大腸菌株を12時間から20時間インキュベーションした後に生細胞を回収することを含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
In the presence of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) and 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3,4-dihydro-8H-pyrimido [4,5-c] [1,2] Oxazin-7-one (dP) was added and the E. coli strain was incubated for 5 to 60 minutes before harvesting the viable cells and then in the absence of AHL A method for selecting a gene switch and a gene circuit, comprising recovering viable cells after adding 5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) and incubating the E. coli strain for 12 to 20 hours.
下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、N-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の非存在下で5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)を添加して該大腸菌株を12時間から20時間インキュベーションした後に生細胞を回収し、次いで、AHLの存在下で6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)を添加して該大腸菌株を5分間から60分間インキュベーションした後に生細胞を回収することを含む、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
Was used in the absence of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) and 5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) was added for 12 hours. Viable cells were harvested after 20 hours of incubation, and then 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3,4-dihydro-8H-pyrimido [4,5-c] [4,5] in the presence of AHL 1,2] A method for selecting a gene switch and a gene circuit, comprising recovering viable cells after adding Oxazin-7-one (dP) and incubating the E. coli strain for 5 to 60 minutes.
下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、異なる濃度のN-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の存在下およびAHLの非存在下で5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)を添加して該大腸菌株を12時間から20時間インキュベーションした後に生細胞を回収し、次いで、前記濃度の1/10濃度のAHLの存在下で6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)を添加して該大腸菌株を5分間から60分間インキュベーションした後に生細胞を回収することにより、AHLに対する感度の異なる遺伝子スイッチおよび遺伝子回路を取得することを特徴とする、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) was added in the presence of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) at different concentrations and in the absence of AHL. Then, after the E. coli strain was incubated for 12 to 20 hours, the living cells were collected, and then 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3 in the presence of 1/10 concentration of AHL. , 4-dihydro-8H-pyrimido [4,5-c] [1,2] oxazin-7-one (dP) is added, and the E. coli strain is incubated for 5 to 60 minutes, and then the living cells are collected. To obtain a gene switch and a gene circuit having different sensitivities to AHL.
下記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクター:
(a)ヒトヘルペスウイルス由来チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列、
(b)前記(a)の配列の上流に該配列に作動可能に連結されたプロモータ配列であってリプレッサータンパク質CIの作用を受けるプロモータ、
並びに、
下記配列(c)から(f)を少なくとも保持する発現ベクター:
(c)前記プロモータ配列とは異なるプロモータ配列であってその下流の遺伝子スイッチ発現配列に作動可能に連結されたプロモータ配列
(d)前記遺伝子スイッチ発現配列、
(e)前記遺伝子スイッチ発現配列によりコードされる遺伝子スイッチの標的配列、
(f)前記標的配列が作動可能に連結された遺伝子であって前記(a)のプロモータ配列に作動するCIタンパク質をコードする遺伝子配列、
を導入したチミジンキナーゼ欠損大腸菌株を使用し、異なる種類のN-アシル-L-ホモセリンラクトン(AHL)の存在下およびAHLの非存在下で5-フルオロ-2'-デオキシウリジン(5FdU)を添加して該大腸菌株を12時間から20時間インキュベーションした後に生細胞を回収し、次いで、前記種類とは異なるAHLの存在下で6-(β-D-2-デオキシリボ-フラノシル)-3,4-ジヒドロ-8H-ピリミド[4,5-c][1,2]オキザジン-7-オン(dP)を添加して該大腸菌株を5分間から60分間インキュベーションした後に生細胞を回収することにより、AHL特異性の異なる遺伝子スイッチおよび遺伝子回路を取得することを特徴とする、遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。
An expression vector having at least the following sequences (a) and (b):
(a) a gene sequence encoding human herpesvirus-derived thymidine kinase,
(b) a promoter sequence operably linked to the sequence upstream of the sequence of (a), which is subjected to the action of the repressor protein CI,
And
An expression vector having at least the following sequences (c) to (f):
(c) a promoter sequence different from the promoter sequence and operably linked to a downstream gene switch expression sequence
(d) the gene switch expression sequence,
(e) a target sequence of a gene switch encoded by the gene switch expression sequence,
(f) a gene sequence in which the target sequence is operably linked and encodes a CI protein that operates on the promoter sequence of (a),
5-fluoro-2'-deoxyuridine (5FdU) was added in the presence of different types of N-acyl-L-homoserine lactone (AHL) and in the absence of AHL. Then, after the E. coli strain was incubated for 12 to 20 hours, the living cells were collected, and then 6- (β-D-2-deoxyribo-furanosyl) -3,4- in the presence of AHL different from the above type. AHL is obtained by recovering viable cells after adding dihydro-8H-pyrimido [4,5-c] [1,2] oxazin-7-one (dP) and incubating the E. coli strain for 5 to 60 minutes. A method for selecting a gene switch and a gene circuit, comprising obtaining a gene switch and a gene circuit having different specificities.
遺伝子スイッチ発現配列がLuxR変異体をコードする遺伝子配列である、請求項14または請求項15に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 16. The method for selecting a gene switch and a gene circuit according to claim 14, wherein the gene switch expression sequence is a gene sequence encoding a LuxR mutant. 前記配列(a)および(b)を少なくとも保持する発現ベクターが、該配列(a)および(b)に加えて蛍光タンパク質をコードする遺伝子配列をさらに含む発現ベクターである、請求項1から16のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法。 The expression vector holding at least the sequences (a) and (b) is an expression vector further comprising a gene sequence encoding a fluorescent protein in addition to the sequences (a) and (b). The method for selecting a gene switch and a genetic circuit according to any one of the above. チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列とその上流に該遺伝子配列に作動可能に連結されたプロモータ配列とを少なくとも含む発現ベクターであって、請求項1から17のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法に使用される発現ベクター。 An expression vector comprising at least a gene sequence encoding thymidine kinase and a promoter sequence operably linked to the gene sequence upstream of the gene sequence, and the gene switch and gene according to any one of claims 1 to 17 An expression vector used in a circuit selection method. チミジンキナーゼをコードする遺伝子配列および蛍光タンパク質をコードする遺伝子配列、並びにこれら遺伝子配列の上流に該遺伝子配列に作動可能に連結されたプロモータ配列を少なくとも含む発現ベクターであって、請求項1から17のいずれか1項に記載の遺伝子スイッチおよび遺伝子回路の選択方法に使用される発現ベクター。 An expression vector comprising at least a gene sequence encoding thymidine kinase and a gene sequence encoding a fluorescent protein, and a promoter sequence operably linked to the gene sequence upstream of the gene sequence, An expression vector used in the method for selecting a gene switch and a genetic circuit according to any one of the above. 配列表の配列番号2または配列番号3に記載の塩基配列で表されるDNAからなる発現ベクター。 An expression vector comprising a DNA represented by the nucleotide sequence set forth in SEQ ID NO: 2 or SEQ ID NO: 3 in the sequence listing.
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