JP2010527243A - 低分子干渉RNA(siRNA)を用いた記憶形成に関わる遺伝子の同定方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2007年5月15日に出願された米国仮特許出願番号第60/938,165号の35 U. S. C. §119の下での利益を主張しており、その全内容および実体は参照によって本明細書に援用される。
本発明は、低分子干渉RNA(siRNA)分子を用いた記憶形成に関わる遺伝子の同定方法に関する。
ヒトを含む多くの生物が有する特性は、過去の出来事の記憶である。この特性は、何十年も研究されており、多くの派生した問題を説明する多くの情報が現在利用可能である。例えば、2つの記憶の基本型:短期記憶を含む転写非依存性記憶、および長期記憶を含む転写依存性記憶が同定されている。
本発明は、候補遺伝子のsiRNAが転写依存性記憶形成、特に長期記憶形成に関わる候補遺伝子の阻害効果を決定するために使用できるという発見に関するものである。
本発明は、候補遺伝子のsiRNAが転写依存性記憶形成、特に長期記憶形成に関わる候補遺伝子の阻害効果を同定するおよび特徴づけるために使用できるという発見に関するものである。
用語「動物」は、本明細書で使用される場合、哺乳動物および他の動物、脊椎動物および無脊椎動物(例えば、鳥類、魚類、爬虫類、昆虫(例えば、ショウジョウバエ種)、アメフラシ)を含む。用語「哺乳動物」および「哺乳類」は、本明細書で使用される場合、子供に授乳するおよび子供を生む(真獣類もしくは胎盤哺乳動物)または卵を産む(後獣類もしくは非胎盤哺乳動物)、単孔類、有袋類および胎盤類などの任意の脊椎動物のことをいう。哺乳類種の例としては、ヒトおよび他の霊長類(例えば、サル、チンパンジー)、げっ歯類(例えば、ラット、マウス、モルモット)および反芻動物(例えば、ウシ、ブタ、ウマ)が挙げられる。本発明の方法は、非ヒト哺乳動物に使用される。
本発明の候補遺伝子は、多くの手段によって最初に同定することができる。記憶形成に寄与できる遺伝子の同定方法は、転写依存性記憶形成中に転写制御されるさらなる「下流」遺伝子を同定するディファレンシャルスクリーニングの使用を通じて、米国特許第7,005,256号に記載されている。動物が転写依存性記憶形成を誘発するのに必要な条件下で訓練された。訓練した動物の脳組織(例えば扁桃体、海馬)からRNAを抽出した。抽出物を用いてDNAプローブを合成し、マイクロアレイチップ上の相補DNA配列へのDNAプローブのハイブリダイゼーションに適切な条件下で、動物のゲノムの遺伝子のDNA配列を含むマイクロアレイチップとDNAプローブを接触させた。転写非依存性記憶形成中に生成したRNAと比べて転写依存性記憶形成中に生成したRNAから検出されたシグナル間での統計学的比較が、候補記憶遺伝子を同定するために行われた。
様々な種で、長期記憶(LTM)は、2つの主な生物学的性質によって定義される。第一に、長期記憶形成には、新規タンパク質の合成が必要とされる。第二に、長期記憶形成はcAMP応答性転写を伴い、cAMP応答エレメント結合タンパク質(CREB)ファミリー転写因子によって媒介される。
本発明によって1つまたは複数の標的配列が同定されると、適切なsiRNAは、例えば、合成または細胞での発現によって生成することができる。一態様において、siRNA分子のアンチセンス鎖をコードするDNA配列を、PCRによって作製することができる。別の態様において、siRNAコーディングDNAが、哺乳動物への移入を容易にするプラスミドまたはウイルスベクターなどのベクターにクローニングされる。別の態様において、siRNA分子は、化学または酵素手段を用いて合成されてもよい。
siRNA試料は、適切に製剤化することができ、以下のことが生じる場合に十分量の試料が細胞に入り遺伝子サイレンシングを誘導することを可能にする任意の手段によって、細胞の環境に適切に導入することができる。多くのdsRNA製剤は当該技術分野で公知であり、siRNAが標的細胞に入って作用することができる限り使用することができる。例えば、米国公開特許出願第2004/0203145号 A1および第2005/0054598号A1を参照、それぞれは参照によって本明細書に援用される。例えば、siRNAは、リン酸緩衝食塩水溶液、リポソーム、ミセル構造、およびカプシドなどのバッファ溶液中に配合することができる。カチオン性脂質を用いたsiRNA製剤は、細胞へのdsRNAのトランスフェクションを容易にするために使用することができる。例えば、カチオン性脂質、例えばリポフェクチン(米国特許第5,705,188号、参照によって本明細書に援用される)、カチオン性グリセロール誘導体、およびポリカチオン性分子、例えばポリリジン(公開PCT国際出願WO 97/30731、参照によって本明細書に援用される)を使用することができる。適切な脂質としてはオリゴフェクトアミン、リポフェクトアミン(Life Technologies)、NC388 (Ribozyme Pharmaceuticals, Inc., Boulder, Colo.)またはFuGene 6(Roche)が挙げられ、全ては製造業者の説明書に従って使用することができる。
遺伝子の標的配列に特異的なsiRNAのアンチセンス鎖をコードするDNA配列を発現のために哺乳動物細胞に導入する。遺伝子中の1つより多くの配列(異なるプロモーター領域配列および/またはコーディング領域配列など)を標的とするために、それぞれの標的とされた遺伝子配列に特異的な別々のsiRNAコーディングDNA配列を同時に細胞内に導入することができる。別の態様に従って、哺乳動物細胞を、遺伝子中の複数の配列を標的とする複数のsiRNAに接触させてもよい。
標的遺伝子の発現は、当該技術分野において現在公知であるかまたは後に開発される任意の適切な方法により測定することができる。標的遺伝子の発現を測定するために使用される方法が標的遺伝子の性質に依存することを理解し得る。例えば、標的遺伝子がタンパク質をコードする場合、用語「発現」は遺伝子由来のタンパク質または転写産物のことを表し得る。このような例において、標的遺伝子の発現は、標的遺伝子に対応するmRNAの量を測定すること、またはタンパク質の量を測定することにより決定することができる。タンパク質は、染色、またはイムノブロッティングなどのタンパク質アッセイで評価することができるか、または該タンパク質が測定可能な反応を触媒する場合に反応速度を測定することで評価することができる。全てのかかる方法は当該技術分野において公知であり、使用可能である。遺伝子産物がRNA種である場合、発現は遺伝子産物に対応するRNAの量を決定することで測定できる。測定は、細胞、細胞抽出物、組織、組織抽出物または任意の他の適切な供給物質で行うことができる。
CREBおよびPP1のαアイソフォームを標的とする一組のsiRNAをNeuro2Aマウス神経芽細胞株でスクリーニングした。いくつかの対照遺伝子のmRNAレベルに影響を及ぼさずに、CREBおよびPP1αを効果的に標的とし得るいくつかの適切なsiRNAを同定した(図1)。
CREB siRNA1センス鎖5'-CAAUACAGCUGGCUAACAAUU-3'; 配列番号:3
CREB siRNA1アンチセンス鎖5'-UUGUUAGCCAGCUGUAUUGUU-3'; 配列番号:4
CREB siRNA2センス鎖センス鎖5'-GCAAGAGAAUGUCGUAGAAUU-3'; 配列番号:5
CREB siRNA2アンチセンス鎖5'-UUCUACGACAUUCUCUUGCUU-3'; 配列番号:6
PP1αセンス鎖5'-UAGCGACUAAACACAUCAAUU-3'; 配列番号:7
PP1αアンチセンス鎖5'-UUGAUGUGUUUAGUCGCUAUU-3'; 配列番号:8
のsiRNAを選んだ。
CNSにおける合成siRNAのインビボ送達は制限された拡散および取り込みにより阻害される。
文脈恐怖条件付けにおけるCREBのsiRNA媒介性ノックダウンの効果を試験した。CREB遺伝子の全てのスプライシングバリアントに共通な領域(NM_009952の1114-1132、CREB遺伝子のエクソン7に相当)をターゲッティングするsiRNAを使用した。(Lonze and Ginty, 2002, Neuron, 35,:605-623))に従った命名法。マウスをCREB siRNA1またはノンターゲッティング対照siRNAで1日に1回、3日間連続して処理した。3日後に行動試験を開始した(図3bも参照)。以前の研究でsiRNA二本鎖によりCNS中で遺伝子ノックダウンを生じさせるには数日かかることが示されていたので、この設計は、海馬のsiRNAノックダウンのパイロット実験に基づいて選択した((Salahpourら、2007, Biol. Psychiatry 61 :65-69) Tanら、2005, Gene Therapy 12:59-66;Thakkerら、2004, Proc. Natl. Acad. Sci USA 101 :17270-17275)。
海馬記憶形成の研究に対するsiRNAアプローチの適切さをさらに評価するために、記憶抑制遺伝子タンパク質ホスファターゼ1(PP1)を標的とした。PP1はCaMKIIαおよびAMPAイオノトロピーグルタミン酸レセプターの負の制御因子として作用する((Lisman and Zhabotinsky, 2001 , Neuron 31:191-201)に概説)。PP1はPKAまたはCaMKIVにより活性化されたCREBを脱リン酸化し、記憶形成中のCREBの活性を阻害する(Bitoら、1996, Cell 87:1203-1214)(Lonze, B. E. & Ginty, D. D.2002, Neuron 35, 605-23;Genoux, D.ら、2002, Nature 418:970-5)。以前の結果により、前脳でのインヒビター1の過剰発現によるPP1の遺伝子阻害が物体認識記憶を促進させ、記憶形成時のCRE依存性転写を高めることが示されている(Genoux, D.ら、2002, Nature 418:970-5)。従って、CREBのsiRNAノックダウンが記憶形成を阻害したので、siRNA媒介性のPP1のノックダウンは文脈および時間的記憶を促進するはずである。げっ歯類の海馬において少なくとも3種類のPP1のアイソフォームが発現している(α、βおよびγ1;(da Cruz e Silvaら、1995, J. Neurosci. 15:3375-3389))。樹状突起および核に局在し海馬形成の際に豊富に存在するので、PP1のαサブユニット(PP1α)を標的とした(Ouimetら、1995, Proc. Natl, Acad Sci USA 92:3396-3400)。
リアルタイムPCRによる発現プロファイリングにより、末梢組織ではほとんど発現がないマウスおよびヒトのCNSにおけるGpr12 mRNA発現が明らかにされた(図6)。
Gpr12 siRNA2センス鎖GAGGCACGCCCAUCAGAUAUU; 配列番号:15
Gpr12 siRNA2アンチセンス鎖UAUCUGAUGGGCGUGCCUCUU; 配列番号:16
ノンターゲッティングsiRNAセンス鎖UAGCGACUAAACACAUCAAUU; 配列番号:17
ノンターゲッティングsiRNAアンチセンス鎖UUGAUGUGUUUAGUCGCUAUU; 配列番号:18
のsiRNAを選択した。
動物および環境。若い成体(10〜12週齢)のC57BL/6雄マウス(Taconic, NY)を使用した。到着したらすぐに、マウスを標準的な実験ケージにグループに分けて飼育し(5匹マウス)、12:12時間の明暗周期で維持した。実験は常に該周期の明期で行った。カニューレ挿入手術後、マウスを一度それぞれのケージに戻して実験の終了までそのまま維持した。訓練および試験時間を除き、マウスは制約なしで食餌および水にありつけた。国立衛生研究所(NIH)のガイドラインと一致し、施設内の動物管理使用委員会に承認を受けた標準条件下でマウスを維持および飼育した。
文脈記憶を評価するために、CREBノックアウトマウスの記憶の評価のために元来開発された、標準化された文脈恐怖条件付け課題を使用した((Bourtchuladzeら、1994 Cell 79, 59-68)。訓練日に、非条件付け刺激(US)、2秒間の0.5mAの足ショックの開始前に、マウスを条件付けチャンバー(Med Associates, Inc., VA)に2分間入れた。弱い訓練(2回の訓練試行)のために、ショック間に1分の試行間隔をあけてUSを2回繰り返した。強い訓練(5回の試験試行)のために、ショック間に1分の試行間隔をあけて5回の足ショックを与えた(Bourtchouladze ら、1998 Learn Mem 5, 365-374.);(Scottら、2002 J Mol Neurosci 19, 171-177);(Tullyら、2003 Nat Rev Drug Discov 2, 267-277)。自動化ソフトウェアパッケージ(Med Associates, Inc.,VA)を使用して訓練を実施した。最後の訓練試行の後、マウスを条件付けチャンバー内にさらに30秒間残し、その後ホームケージに戻した。訓練の24時間後に文脈記憶を試験した。マウスを同じ訓練チャンバーに入れ、すくみ行動をスコアリングして条件付けを評価した。すくみは5秒間の完全な運動の欠如として定義した((Fanselow and Bolles, 1979 J Comp Physiol Psychol 93, 736-744.);(Bourtchuladzeら、1994 Cell 79, 59-68);(Bourtchouladzeら、1998 Learn Mem 5, 365-374)。全試験時間は3分間続いた。各実験対象後、実験装置を75%エタノール、水で完全に洗浄し、乾燥させて換気した。各実験を撮影した。全ての実験者は薬物および訓練条件について盲目であった。
Claims (35)
- (a)遺伝子に特異的で十分なsiRNAを動物に投与し、遺伝子の機能を阻害する工程;
(b)該動物を、処理されていない正常動物の転写依存性記憶形成を誘導するのに十分な条件下で訓練する工程 ;および
(c)該処理された動物の訓練によって誘導される転写依存性記憶形成のレベルを決定する工程
を含む、方法。 - 処理されていない動物の転写依存性記憶形成に対する処理された動物の転写依存性記憶形成の増大の決定は、遺伝子の阻害が転写依存性記憶形成の増強をもたらすことを示す、請求項1記載の方法。
- 処理されていない動物の転写依存性記憶形成に対する処理された動物の転写依存性記憶形成の減少の決定は、遺伝子の阻害が転写依存性記憶形成の阻害をもたらすことを示す、請求項1記載の方法。
- 前記siRNAが訓練期間の前または訓練期間と同時に投与される、請求項1記載の方法。
- 転写依存性記憶形成が長期記憶形成である、請求項1記載の方法。
- 転写依存性記憶形成が特定の認知課題の成績によって明示される、請求項1記載の方法。
- 前記動物が非ヒト哺乳動物である、請求項1記載の方法。
- 工程(b)の訓練が複数訓練期間を含む、請求項1記載の方法。
- 工程(b)の訓練が分散訓練プロトコルを含む、請求項1記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による文脈恐怖訓練プロトコルを含む、請求項1記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による痕跡恐怖条件付けを含む、請求項1記載の方法。
- 前記訓練が、文脈記憶、時間的記憶、空間的記憶、エピソード記憶、受動回避記憶、能動回避記憶、社会伝達の食物嗜好記憶、条件付け味覚回避、および社会的認識記憶からなる群より選択される記憶パラダイムに関する、請求項1記載の方法。
- (a)遺伝子に特異的で十分なsiRNAを動物に投与し、遺伝子の機能を阻害する工程;
(b)該動物を、処理されていない正常動物の長期記憶形成を誘導するのに十分な条件下で訓練する工程; および
(c)該処理された動物の訓練によって誘導される長期記憶形成のレベルを決定する工程
を含む、方法。 - 処理されていない動物の長期記憶形成に対する処理された動物の長期記憶形成の増大の決定は、遺伝子の阻害が長期記憶形成の増強をもたらすことを示す、請求項13記載の方法。
- 処理されていない動物の長期記憶形成に対する処理された動物の長期記憶形成の減少の決定は、遺伝子の阻害が長期記憶形成の阻害をもたらすことを示す、請求項13記載の方法。
- 前記siRNAが訓練期間の前または訓練期間と同時に投与される、請求項13記載の方法。
- 長期記憶形成が特定の認知課題の成績によって明示される、請求項13記載の方法。
- 前記動物が非ヒト哺乳動物である、請求項13記載の方法。
- 工程(b)の訓練が複数訓練期間を含む、請求項13記載の方法。
- 工程(b)の訓練が分散訓練プロトコルを含む、請求項13記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による文脈恐怖訓練プロトコルを含む、請求項13記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による痕跡恐怖条件付けを含む、請求項13記載の方法。
- 前記訓練が、文脈記憶、時間的記憶、空間的記憶、エピソード記憶、受動回避記憶、能動回避記憶、社会伝達の食物嗜好記憶、条件付け味覚回避、および社会的認識記憶からなる群より選択される記憶パラダイムに関する、請求項13記載の方法。
- (a)遺伝子に特異的で十分なsiRNAを動物に投与し、遺伝子の機能を阻害する工程;
(b)該動物を、処理されていない正常動物の特定の認知課題の成績における改善を生じるのに十分な条件下で訓練する工程;および
(c)該処理された動物の訓練によって生じる認知成績のレベルを決定する工程
を含む、方法。 - 処理されていない動物の認知成績のレベルに対する処理された動物の認知成績のレベルの決定は、遺伝子の阻害が認知成績の増強をもたらすことを示す、請求項24記載の方法。
- 処理されていない動物の認知成績のレベルに対する処理された動物の認知成績のレベルの減少の決定は、遺伝子の阻害が認知成績の阻害をもたらすことを示す、請求項24記載の方法。
- 前記siRNAが訓練期間の前または訓練期間と同時に投与される、請求項24記載の方法。
- 認知成績が長期記憶形成である、請求項24記載の方法。
- 認知成績が特定の認知課題の成績によって明示される、請求項24記載の方法。
- 前記動物が非ヒト哺乳動物である、請求項24記載の方法。
- 工程(b)の訓練が複数訓練期間を含む、請求項24記載の方法。
- 工程(b)の訓練が分散訓練プロトコルを含む、請求項24記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による文脈恐怖訓練プロトコルを含む、請求項24記載の方法。
- 工程(b)の訓練が1回または複数回の試行による痕跡恐怖条件付けを含む、請求項24記載の方法。
- 前記訓練が、文脈記憶、時間的記憶、空間的記憶、エピソード記憶、受動回避記憶、能動回避記憶、社会伝達の食物嗜好記憶、条件付け味覚回避、および社会的認識記憶からなる群より選択される記憶パラダイムに関する、請求項24記載の方法。
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