JP2010512728A - Bstreptococcusの高度に病原性のst−17クローンの迅速な検出 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、B Streptococcusの高度に病原性のST-17クローンの迅速, 単純かつ特異的な検出を可能とするポリヌクレオチドに関する。
Streptococcus agalactiae〔B群レンサ球菌(GBS; Group B Streptococcus)としても知られる〕は、40%の健常成人の胃腸および尿生殖器の管に見出すことが可能な莢膜形成グラム陽性菌(capsulated Gram-positive bacterium)です。この共生生物体(commensal organism)は、先進国の新生児の罹病率(morbidity)および死亡率の主要な原因と考えることができる(Schrag et al., 2002)。
本発明の課題は、遺伝子gbs2018のST-17特異的な対立遺伝子を同定して、高度に病原性の血清型IIIのGBS株による感染の迅速で効率的な検出を可能とすることに関する。
本発明は、以下の群から選択されたポリヌクレオチドに関する:
a) ST-17 クローンの株の表面タンパク質Gbs2018をコード化しているB群レンサ球菌遺伝子であって、配列番号 5の配列 S10 (図 3b)を有している核酸配列を具備し、さらに少なくとも一つの配列番号 13の配列 S11a (図 4a)および/または配列番号 15の配列 S11b (図 4b)を有している少なくとも一つの核酸配列からなる(consisting in)ドメインを具備する遺伝子;
b) ストリンジェントな条件下でa)の遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチド;
c) a)で規定したB群レンサ球菌遺伝子に由来(derived from)する断片又はストリンジェントな条件下でa)に規定した遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチドに由来する対応する断片であって、ST-17クローンのGBS株の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードする断片;
d) a)で規定した遺伝子の又はb)で規定したポリヌクレオチドの又はc)で規定した断片の断片と実質的に相補的なポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS株の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
e) 但し、前記ポリヌクレオチドは、配列番号 1のgbs2018-NEM318 (図 1)と称されるコード配列を有している遺伝子ではない。
a) ST-17クローンの株の表面タンパク質Gbs2018をコード化しているB群レンサ球菌遺伝子であって、配列番号 5の配列 S10 (図 3b)を有している核酸配列を具備し、さらに少なくとも二つのコピーの配列番号 13の核酸配列 S11a (図 4a)または配列番号 15の核酸配列 S11b (図 4b)または少なくとも一つのコピーの各核酸配列S11a および S11bを有している少なくとも一つの核酸配列からなるドメインを具備する遺伝子;
b) ストリンジェントな条件下でa)の遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチド(S10セグメントおよびS11aセグメントおよびS11bセグメントの群のなかから選択される同一の又は異なる二つのセグメントとハイブリダイズするものを含んでいる);
c) a)で規定したB群レンサ球菌遺伝子に由来する断片又はストリンジェントな条件下で前記遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチドに由来する断片であって、ST-17クローンのGBS株の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードする断片;
d) a)で規定した遺伝子の又はb)で規定したポリヌクレオチドの又はc)で規定した断片の断片と実質的に相補的なポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS株の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
a) 配列番号33を有しているポリヌクレオチド;
b) 配列番号34を有しているポリヌクレオチド;
c) 配列番号27を有しているポリヌクレオチド;
d) 配列番号28を有しているポリヌクレオチド;
e) 配列番号29を有しているポリヌクレオチド;
f) GBS株のDNAを配列番号 33 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 35からなるポリヌクレオチド);
g) GBS株のDNAを配列番号 29 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 36からなるポリヌクレオチド);
h) GBS株のDNAを配列番号 29 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 37からなるポリヌクレオチド);
i) GBS株のDNAを配列番号 33 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 38からなるポリヌクレオチド);
j) GBS株のDNAを配列番号 27 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 39からなるポリヌクレオチド);
k) GBS株のDNAを配列番号 27 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 40からなるポリヌクレオチド);
l) ポリヌクレオチド a)〜k)のうちの一つの一鎖(one strand)と実質的に相補的であるポリヌクレオチド;
m) ストリンジェントな条件下でl)のポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチド;
n) ST-17クローンのgbs2018 遺伝子又はその断片を標的とすることにおいて適切なポリヌクレオチドであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントを含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントからなる配列を増幅および/または検出するためのポリヌクレオチド。
a) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
b) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 28の配列を有しているO12;
c) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 28の配列を有しているO12;
d) 配列番号 28の配列を有しているO12および配列番号 29の配列を有しているO13;
e) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
f) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
g) a)〜f)におけるプライマーに実質的に相補的なプライマーペア;
h) 各ポリヌクレオチドがST-17クローンのgbs2018 遺伝子又はその断片を標的とすることにおいて適切なプライマーペアであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントを含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントからなる配列を増幅するためのプライマーペア。
配列番号 33のST-17Sおよび配列番号 34のST-17ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 35の配列 ST-17S/ST-17AS (図 5a)のポリヌクレオチド;
配列番号 29のO13および配列番号 34のST17-ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 36の配列 O13/ST-17AS (図 5b)のポリヌクレオチド;
配列番号 29のO13および配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 37の配列 O13/O12 (図 5c)のポリヌクレオチド;
配列番号 33のST-17Sおよび配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 38の配列 ST-17S/O12 (図 5d)のポリヌクレオチド;
配列番号 27のO11および配列番号 34のST17-ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 39の配列 O11/ST-17AS (図 5e)のポリヌクレオチド;
配列番号 27のO11および配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 40の配列 O11/O12 (図 5f)のポリヌクレオチド;
好適な態様において、「増幅産物」は、配列番号 33のST-17Sおよび配列番号 34のST-17ASのオリゴヌクレオチドでPCR増幅後に得られる配列番号 35の配列 ST-17S/ST-17AS (図 5a)のポリヌクレオチドを意味する。
配列番号 31の配列を有しているdltRS;
配列番号 32の配列を有しているdltRAS;
配列番号 17の配列を有しているO1;
配列番号 18の配列を有しているO2;
配列番号 19の配列を有しているO3;
配列番号 20の配列を有しているO4;
配列番号 21の配列を有しているO5;
配列番号 22の配列を有しているO6;
配列番号 23の配列を有しているO7;
配列番号 24の配列を有しているO8;
配列番号 25の配列を有しているO9;
配列番号 26の配列を有しているO10;
配列番号 30の配列を有しているO14;
本明細書中に使用される「キット」の用語は、生物学的サンプル中のST-17 クローンのGBS 株による感染の検出に適切である要素のセットを意味する。特に、本発明によるキットは、少なくともST-17 GBS株の検出を許容するために必要で十分な全ての要素を具備する(例えば、本発明による一以上の単離されたポリヌクレオチド配列および検出操作の実行に必要とされる適切な試薬)。
a) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
b) 配列番号 17の配列を有しているO1および配列番号 28の配列を有しているO12;
c) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 28の配列を有しているO12;
d) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 24の配列を有しているO8;
e) 配列番号 25の配列を有しているO9および配列番号 30の配列を有しているO14;
f) 配列番号 25の配列を有しているO9および配列番号 18の配列を有しているO2;
g) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 28の配列を有しているO12;
h) 配列番号 28の配列を有しているO12および配列番号 29の配列を有しているO13;
i) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
j) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
k) a)〜j)におけるプライマーに実質的に相補的なプライマーペア;
h) 各ポリヌクレオチドがST-17クローンのgbs2018 遺伝子又はその断片を標的とすることにおいて適切なプライマーペアであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントまたは前記セグメントの断片を含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントまたは前記セグメントの断片からなる配列を増幅するためのプライマーペア。
検出された二本鎖核酸の変性(これによって、一本鎖核酸の形成に至る)、
前の変性工程の間に得られた核酸の鎖の各々と本発明による少なくとも一つのプライマーとのハイブリダイゼーション(前記核酸の鎖を本発明のプライマーの少なくとも一つのセットとストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下での接触に配置することによって行われる)、
プライマーが重合剤(DNAポリメラーゼ)および四つの異なるヌクレオシド三リン酸(dNTPs)の存在下でハイブリダイズする鎖に相補的なDNAの(前記プライマーから開始される)形成。
ポリペプチド S10 セグメント〔特に、配列番号 6の配列 S10 (図 3b)を有しているポリペプチド〕;
その断片〔特に、少なくとも 6 アミノ酸残基を有しており、エピトープを含んでいる断片〕;
前記S10 セグメントを含んでおり、少なくとも 190 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド。
ポリペプチド S11a セグメント〔特に、配列番号 14の配列 S11a (図 4a)を有しているポリペプチド〕;
ポリペプチド S11b セグメント〔特に、配列番号 16の配列 S11b (図 4b)を有しているポリペプチド〕;
その断片〔特に、少なくとも 6 アミノ酸残基を有しており、エピトープを含んでいる断片〕;
前記S11a セグメントを含んでおり、少なくとも 72 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド;
前記S11b セグメントを含んでおり、少なくとも 79 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド。
以下の例および対応する図面は、本発明を説明するために提供され、本発明の範囲を限定するものではない。同様の様式で、例に開示される特定の手段は、上記の要素に適用するために適切である。
抽出したDNAを、PCR増幅のマトリックス(matrix)として使用した。gbs2018の全ての対立遺伝子型の完全長の遺伝子を、プライマーペアO1-O2 (以下の表 S1 を参照されたい)を用いて増幅した(それぞれ前記遺伝子の上流および下流に局在する)。
クラスター Aは、4つの亜系統に分けられ、ST-19 および ST-23に属している株からのgbs2018 配列、特に配列決定された株2603 V/R および NEM316からのgbs2018 配列を含む。
5' セグメント S1(シグナルペプチドをコードする);
3' セグメント S8(「LPXTG」モチーフに疎水性ドメインおよび陽性に 荷電した尾部が続いたものからなる局在化シグナルをコードする)および;
セグメント S7〔配列「KPEA」に基づく4-アミノ酸長のモチーフをコード化している反復の可変数(n)を含む;nは、クラスターA および Bで54 および 126の間に範囲し、クラスター Cにおいてn = 45である〕。
セグメント S3は、クラスター Aの特有であるようにみえる;
セグメント S9(配列「IKAESINT/K」に基づいた8-アミノ酸長のモチーフをコード化している9つの反復を含んでいる)は、クラスター Bのみに見出された;
セグメント S10 および S11は、クラスター Cに特異的とおもわれる。驚くことに、二つのコピーのセグメント S11(セグメント S11a に続くセグメント S11bからなる)は、全てに見出されるが、クラスター Cに属している二つのST-17株(COH1 および NEM318)には見出されない。
特異的な プライマー dltRS および dltRASを、PCRによりGBS株を検出するために設計した。実際、このカップルのプライマーによって、dltRの存在下で234-bp 断片の増幅が認容される〔S. agalactiaeにおいて特異的に遭遇する単コピーの調節遺伝子〕[Poyart C. et al., 2001]。
参照株 S. agalactiae BM110から抽出されたDNAを、陽性対照として使用した;前記方法の分析感受性を、BM110のゲノムDNAの連続的な10倍希釈で評価した。標準物質/陽性対照は、103 および 101のGBS細菌ゲノムに相当する二つの希釈であった。
前記平板培養法によって、24 hで37°Cの後に13(15.2%)のGBS陽性の培養物が同定された。血清型の分布(株の数)は、III (5), Ia (2), および Ib (6)であった。
フランスの異なる地理的な領域からの浸潤性感染の原因の58の株を研究した〔即ち、28の無関係の新生児の浸潤性株および成人の浸潤性の感染から単離された30の非重複性(non-redundant)の株〕。受け取った全ての株を、さらに割当られた同定および抗菌感受性の特徴の確認、PCRに基づく分子的な血清型判別(Poyart など, 2006)による莢膜血清型の決定、およびリアルタイム PCRによる超病原性ST-17 クローンの検出(上記 および in Lamy など, 2006)で特性を調べた。
研究した58単離体のなかで、28の非重複性の株を新生児の浸潤性疾患から単離した。これらの株の16 および 12は、それぞれ早発性疾患(EOD;即ち、disease occurring up to 6 days 出生後6日までに生じている疾患)および遅発性疾患(LOD,即ち、7 日から3 月齢に生じている疾患)(表 3を参照されたい)。
30の非重複の株を、成人の浸潤性感染(二つの主な臨床上の総合的症状である敗血症および関節炎)から単離した。
妊婦の膣にコロニーを形成したGBSのなかの超病原性ST-17 クローンの有病率を研究するために、一年の期間(1/06/05から1/06/06)の間にCochin病院での妊婦から採取された膣サンプルから単離された全てのGBS株が研究された。凝集法で検出された全ての血清型 III GBSは、分子的な血清型判別で確認した。ST-17 クローンのPCR検出を、血清型判別が分子技術で確認された全ての血清型 III株に関して行った。得られた結果を、表5に示す。
Bisharat, N., Crook, D.W., Leigh, 1, Harding, RM., Ward, P.N., Coffey, T.J., Maiden, M.C., Peto, T., and Jones, N. (2004) Hyperinvasive neonatal group B streptococcus has arisen from a bovine ancestor. J Clin Microbiol 42: 2161-2167.
Bohnsack, J.F., Whiting, A.A., Martinez, G., Jones, N., Adderson, E.E., Detrick, S., Blaschke-Bonkowsky, A.J., Bisharat, N., and Gottschalk, M. (2004) Serotype III Streptococcus agalactiae from bovine milk and human neonatal infections. Emerg Infect Dis 10: 1412-1419.
Gaillot O, Poyart C, Berche P and Trieu-Cuot P. Molecular charcaterization and expression analysis of the superoxide dismutase gene from Streptococcus agalactiae. Gene 1997 Dec 19; 204:213-8.
Holland PM, Abramson RD, Watson R, Gelfand DH. Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5'----3' exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991 Aug 15;88(16):7276-80.
Huang Q, Fu WL. Comparative analysis of the DNA staining efficiencies of different fluorescent dyes in preparative agarose gel electrophoresis. Clin Chem Lab Med 2005; 43(8):841-2.
Jones N, Bohnsack JF, Takahashi S, et al. Multilocus sequence typing system for group B streptococcus. J Clin Microbiol 2003; 41:2530-6.
Jones, N., Oliver, K.A., Barry, J., Harding, R.M., Bisharat, N., Spratt, B.G., Peto, T., and Crook, D.W. (2006) Enhanced invasiveness of bovine-derived neonatal sequence type 17 group B streptococcus is independent of capsular serotype. Clin Infect Dis 42: 915-924.
Lamy, M.C., Dramsi, S., Billoet, A., Reglier-Poupet, H., Tazi, A., Raymond, J., Guerin, F., Couve, E., Kunst, F., Glaser, P., Trieu-Cuot, P., and Poyart, C. (2006) Rapid detection of the "highly virulent" group B streptococcus ST-17 clone. Microbes Infect 8: 1714-1722.
Lin, F.Y., Whiting, A., Adderson, E., Takahashi, S., Dunn, D.M., Weiss, R., Azimi, P.H., Philips, J.B., 3rd, Weisman, L.E., Regan, J., Clark, P., Rhoads, G.G., Frasch, CE., Troendle, J., Moyer, P., and Bolinsack, J.F. (2006) Phylogenetic lineages of invasive and colonizing strains of serotype III group B St-eptococci from neonates: a multicenter prospective study. / Clin Microbiol 44: 1257-1261.
Luan SL, Granlund M, Sellin M, Lagergard T, Spratt BG, Norgren M. Multilocus sequence typing of Swedish invasive group B streptococcus isolates indicates a neonatally associated genetic lineage and capsule switching. J Clin Microbiol 2005; 43:3727-33.
Musser, J. M., S. J. Mattingly, R. Quentin, A. Goudeau, and R. K. Selander. Identification of a high-virulence clone of type III Streptococcus agalactiae (group B streptococcus) causing invasive neonatal disease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989; 86:4731-4735.
Poyart C, Lamy MC, Boumaila C, Fiedler F and Trieu-Cuot P. Regulation of D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis in Streptococcus agalactiae involves a novel two-component regulatory system. J Bacteriol 2001; 183:6324-34.
Poyart, C, Billoet, A., Tavares, N., Raymond, J., Tazi, A., and Trieu-Cuot, P. (2006) A Multiplex PCR Assay For Rapid Identification of the Nine Capsular Serotypes of Streptococcus agalactiae. J Clin Microbiol (submitted).
Reglier-Poupet H, Quesne G, Le Theo E et al. Prospective evaluation of a real-time PCR assay for detection of group B streptococci in vaginal swabs from pregnant women. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2005; 24:355-7
Schrag, S. (2004) The past and the future of perinatal group B streptococcal disease prevention. Clin Infect Dis 39: 1136-1138.
Schrag, S.J., Zell, E.R., Lynfield, R., Roome, A., Arnold, K.E., Craig, A.S., Harrison, L.H., Reingold, A., Stefonek, K., Smith, G., Gamble, M., and Schuchat, A. (2002) A population-based comparison of strategies to prevent early-onset group B streptococcal disease in neonates. NEnglJMed 347: 233-239.
Schuchat, A. (1999) Group B streptococcus. Lancet 353: 51-56.
Stalhammar-Carlemalm, M., L. Stenberg, and G. Lindahl. Protein Rib: a novel group B streptococcal cell surface protein that confers protective immunity and is expressed by most strains causing invasive infections. J Exp Med 1993; 177:1593-1603
Tettelin H et al. Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Strpetococcus agalactiae: implications for the microbial "pan-genome". Proc Nat Acad Sci 2005; 102:13950-55.
Tyagi S, Kramer FR. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization. Nat Biotechnol. 1996 Mar;14(3):303-8.
Wessels MR, Haft RF, Heggen LM, Rubens CE. Identification of a genetic locus essential for capsule sialylation in type III group B streptococci. Infect Immun. 1992 Feb;60(2):392-400
Whitcombe D, Theaker J, Guy SP, Brown T, Little S. Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence. Nat Biotechnol 1999; 17(8):804-7.
Wittwer CT, Ririe KM, Andrew RV, et al. The LightCycler: a microvolume multisample fluorimeter with rapid temperature control. Biotechniques 1997;22:176-81.
Claims (55)
- 以下の群から選択されるポリヌクレオチド:
a) ST-17 クローンの株の表面タンパク質Gbs2018をコード化しているB群レンサ球菌遺伝子であって、配列番号 5の配列 S10を有している核酸配列を具備し、さらに少なくとも一つの配列番号 13の配列 S11aおよび/または配列番号 15の配列 S11bを有している少なくとも一つの核酸配列からなるドメインを具備する遺伝子;
b) ストリンジェントな条件下でa)の遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチド;
c) a)のB群レンサ球菌遺伝子に由来する断片又はストリンジェントな条件下でa)に規定した遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチドに由来する対応する断片であって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記Gbs2018表面タンパク質のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードする断片;
d) a)で規定した遺伝子の又はb)で規定したポリヌクレオチドの又はc)で規定した断片の断片と実質的に相補的なポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記Gbs2018表面タンパク質のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
e) 但し、前記ポリヌクレオチドは、配列番号 1のコード配列を有しているポリヌクレオチドからなる(consist in)ものではない。 - 請求項1に記載のポリヌクレオチドであって、以下の群から選択されるポリヌクレオチド:
a) ST-17クローンの株のGbs2018 表面 タンパク質をコード化しているB群レンサ球菌遺伝子であって、前記遺伝子は、配列番号 5を有しているS10セグメントの核酸配列を具備し、さらに少なくとも二つのコピーの配列番号 13のS11aセグメントの核酸配列または配列番号 15のS11bセグメントの核酸配列、または少なくとも一つのコピーの配列番号 13 および 配列番号 15の各核酸配列を有している少なくとも一つの核酸配列からなるドメインを具備する遺伝子;
b) ストリンジェントな条件下でa)の遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチド(S10セグメントおよびS11aセグメントおよびS11bセグメントの群のなかから選択される同一の又は異なる二つのセグメントとハイブリダイズするものを含んでいる);
c) a)で規定したB群レンサ球菌遺伝子に由来する断片又はストリンジェントな条件下で前記遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチドに由来する断片であって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記Gbs2018表面タンパク質のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードする断片;
d) a)で規定した遺伝子の又はb)で規定したポリヌクレオチドの又はc)で規定した断片の断片と実質的に相補的なポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記Gbs2018表面タンパク質のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。 - 請求項1または2に記載のポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切な配列番号 1を有しているgbs2018 遺伝子の断片であるポリヌクレオチド。
- 請求項1〜3の何れか1項に記載の断片であり、ST-17 クローンの株のgbs2018 遺伝子における配列番号 5のヌクレオチド配列を有しているS10 セグメントから由来し、前記断片は少なくとも 10 ヌクレオチドを有しているポリヌクレオチド。
- 配列番号 5の配列を有するS10 セグメントから由来する断片であり、該断片はST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である、請求項4に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項1〜5の何れか1項に記載のポリヌクレオチドであって、10〜30, 特に15〜30, 特に20〜30, または20〜25ヌクレオチドを有している前記遺伝子から由来するDNA断片であるポリヌクレオチド。
- 10〜700, 特に50〜700または100〜500, 特に200〜500, または200〜300ヌクレオチドを有している前記遺伝子から由来するDNA断片である、請求項1〜5の何れか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項6に記載のポリヌクレオチドであって、以下から選択されるポリヌクレオチド:
a) 配列番号33を有しているポリヌクレオチド;
b) 配列番号34を有しているポリヌクレオチド;
c) 配列番号27を有しているポリヌクレオチド;
d) 配列番号28を有しているポリヌクレオチド;
e) 配列番号29を有しているポリヌクレオチド;
f) GBS株のDNAを配列番号 33 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 35からなるポリヌクレオチド);
g) GBS株のDNAを配列番号 29 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 36からなるポリヌクレオチド);
h) GBS株のDNAを配列番号 29 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 37からなるポリヌクレオチド);
i) GBS株のDNAを配列番号 33 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 38からなるポリヌクレオチド);
j) GBS株のDNAを配列番号 27 および 配列番号 34から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 39からなるポリヌクレオチド);
k) GBS株のDNAを配列番号 27 および 配列番号 28から構成されるプライマーセットで増幅した場合に得られる増幅産物であるポリヌクレオチド(特に配列番号 40からなるポリヌクレオチド);
l) 実質的にポリヌクレオチド a)〜k)の一つの相補鎖であるポリヌクレオチド;
m) ストリンジェントな条件下でl)のポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチド;
n) ST-17クローンのgbs2018 遺伝子又はその断片を標的とすることにおいて適切であるポリヌクレオチドであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントを含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントからなる配列を増幅するためのポリヌクレオチド。 - 請求項1〜3の何れか1項に記載の断片であり、ST-17 クローンの株のgbs2018 遺伝子におけるS11aと称されるセグメントのコピーまたはS11bと称されるセグメントのコピーから由来するポリヌクレオチド。
- 請求項9に記載のポリヌクレオチドであって、S11a セグメントのコピーが配列番号 13の配列を有するか又はS11b セグメントのコピーが配列番号 15の配列を有するポリヌクレオチド。
- ST-17 クローンのGBS 株のDNAの検出のための又は係るDNAに由来する産物の検出のための方法に使用するために適切なプライマーセットであって、以下のプライマーペアを含む又は以下のプライマーペアからなるプライマーセット:
a) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
b) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 28の配列を有しているO12;
c) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 28の配列を有しているO12;
d) 配列番号 28の配列を有しているO12および配列番号 29の配列を有しているO13;
e) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
f) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
g) a)〜f)におけるプライマーに実質的に相補的なプライマーペア;
h) 各ポリヌクレオチドがST-17クローンのgbs2018 遺伝子又はその断片を標的とすることにおいて適切なプライマーペアであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントを含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントからなる配列を増幅するためのプライマーペア。 - 請求項11に記載のプライマーペアであって、配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17ASからなるプライマーペア。
- ST-17 クローンのGBS株のDNAの請求項11または12に記載のプライマーセットでの増幅産物からなるアンプリマー。
- 請求項13に記載のアンプリマーであって、前記増幅産物は以下のものから選択されるアンプリマー:
配列番号 33のST-17Sおよび配列番号 34のST-17ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 35の配列 ST-17S/ST-17AS (図 5a)のポリヌクレオチド;
配列番号 29のO13および配列番号 34のST17-ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 36の配列 O13/ST-17AS (図 5b)のポリヌクレオチド;
配列番号 29のO13および配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 37の配列 O13/O12 (図 5c)のポリヌクレオチド;
配列番号 33のST-17Sおよび配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 38の配列 ST-17S/O12 (図 5d)のポリヌクレオチド;
配列番号 27のO11および配列番号 34のST17-ASからなるプライマーセットで得られる配列番号 39の配列 O11/ST-17AS (図 5e)のポリヌクレオチド;
配列番号 27のO11および配列番号 28のO12からなるプライマーセットで得られる配列番号 40の配列 O11/O12 (図 5f)のポリヌクレオチド。 - 標識された請求項1〜14の何れか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項1〜15の何れか1項に記載のポリヌクレオチドおよび異種性の ポリヌクレオチドを具備する組換え型の又はキメラのポリヌクレオチド。
- 生物学的サンプルにおけるGBS 株による感染のインビトロ検出のためのキットであって、請求項11または12の何れか1項に記載のプライマーセットおよび前記プライマーセットで得られた増幅産物を検出するための手段を含むキット。
- 生物学的サンプルにおけるGBS 株による感染のインビトロ検出のためのキットであって、各プライマーが請求項6または7の何れか1項に記載のポリヌクレオチド配列であるプライマーセットおよび前記プライマーセットで得られた増幅産物を検出するための手段を含むキット。
- 請求項17または18に記載のキットであって、さらにGBS株のDNAの増幅に適切なプライマーセットを含み、前記プライマーセットは少なくとも二つのオリゴヌクレオチドを含んでいる又は少なくとも二つのオリゴヌクレオチドからなり、ここで少なくとも一つのオリゴヌクレオチドはセンスプライマーであり、少なくとも一つのオリゴヌクレオチドはアンチセンスプライマーであり、前記オリゴヌクレオチドは以下のものから選択されるキット:
配列番号 31の配列を有しているdltRS;
配列番号 32の配列を有しているdltRAS;
配列番号 17の配列を有しているO1;
配列番号 18の配列を有しているO2;
配列番号 19の配列を有しているO3;
配列番号 20の配列を有しているO4;
配列番号 21の配列を有しているO5;
配列番号 22の配列を有しているO6;
配列番号 23の配列を有しているO7;
配列番号 24の配列を有しているO8;
配列番号 25の配列を有しているO9;
配列番号 26の配列を有しているO10;
配列番号 30の配列を有しているO14。 - クローンST-17の高病原性GBS株のインビトロ検出のための方法であって、ST-17 クローンの高病原性GBS株をインビトロ検出するための方法に関し、該方法は生物学的サンプルにおけるgbs2018遺伝子又はその断片、又は前記遺伝子から由来するDNA産物を検出することを備える方法。
- クローンST-17の高病原性GBS株のインビトロ検出のための請求項20に記載の方法であって、生物学的サンプルにおけるセグメント S10 および/または the セグメント S11、又はその断片を検出することを備える方法。
- 請求項20または21に記載の方法であって、gbs2018 遺伝子又はその特異的な断片又は前記遺伝子に由来するDNA 産物の増幅の工程を備える方法。
- 請求項22に記載の方法であって、前記増幅の工程は、各プライマーが請求項6, 7 または8の何れか1項に記載のポリヌクレオチド配列を含む又はその配列からなるプライマーセットを用いることを含む方法。
- 請求項22に記載の方法であって、前記増幅の工程は、少なくとも一つの以下のプライマーペアを含んでいる又は少なくとも一つの以下のプライマーペアからなるプライマーセットを用いることを含む方法。
a) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
b) 配列番号 27の配列を有しているO1および配列番号 28の配列を有しているO12;
c) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 28の配列を有しているO12;
d) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 24の配列を有しているO8;
e) 配列番号 25の配列を有しているO9および配列番号 30の配列を有しているO14;
f) 配列番号 25の配列を有しているO9および配列番号 18の配列を有しているO2;
g) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 28の配列を有しているO12;
h) 配列番号 28の配列を有しているO12および配列番号 29の配列を有しているO13;
i) 配列番号 27の配列を有しているO11および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
j) 配列番号 29の配列を有しているO13および配列番号 34の配列を有しているST-17AS;
k) a)〜j)におけるプライマーに実質的に相補的なプライマーペア;
l) 各ポリヌクレオチドがgbs2018 遺伝子 ST-17クローン又はその断片を標的とすることにおいて適切なプライマーペアであって、前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントを含んでいる配列又は前記遺伝子のS10および/またはS11セグメントからなる配列を増幅するためのプライマーペア。 - 請求項22に記載の方法であって、前記増幅の工程は、以下のものからなるプライマーセットを用いることを含む方法:
a) 配列番号 33の配列を有しているST-17Sおよび配列番号 34の配列を有しているST-17AS; - 請求項22〜25の何れか1項に記載の方法であって、前記増幅は、PCRによって行われる方法。
- 請求項20〜26の何れか1項に記載の方法であって、前記生物学的サンプルは、哺乳類、特にヒト患者から得られる方法。
- 請求項20〜27の何れか1項に記載の方法であって、前記生物学的サンプルは、妊婦, 胚, 胎児, 新生児および/または小児から由来する方法。
- 新生児の浸潤性感染の検出における使用のための請求項20〜28の何れか1項に記載の方法であって、感染がGBS株のST-17 クローンの株によって生じる方法。
- GBS株のST-17 クローンの株によって生じる新生児の肺炎, 菌血症または髄膜炎の検出における使用のための請求項20〜29の何れか1項に記載の方法。
- 以下の群から選択されるポリヌクレオチドによってコード化されたポリペプチド:
a) ST-17 クローンの株の表面タンパク質Gbs2018をコード化しているB群レンサ球菌遺伝子であって、配列番号 5の配列 S10を有している核酸配列を具備し、さらに少なくとも一つの配列番号 13の配列 S11aおよび/または配列番号 15の配列 S11bを有している少なくとも一つの核酸配列からなるドメインを具備する遺伝子;
b) ストリンジェントな条件下でa)の遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチド;
c) a)のB群レンサ球菌遺伝子に由来する断片又はストリンジェントな条件下でa)に規定した遺伝子とハイブリダイズするポリヌクレオチドに由来する対応する断片であって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記Gbs2018表面タンパク質のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードする断片;
d) a)で規定した遺伝子の又はb)で規定したポリヌクレオチドの又はc)で規定した断片の断片と実質的に相補的なポリヌクレオチドであって、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切である又は前記表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド;
e) 但し、前記ポリヌクレオチドは、配列番号 1のコード配列を有している遺伝子ではない。 - 少なくとも 6 アミノ酸残基を有し、ST-17 クローンの株の表面タンパク質Gbs2018のエピトープを含んでいる断片である、請求項31に記載のポリペプチド。
- 請求項32に記載のポリペプチドであって、前記表面タンパク質は、配列番号 2の配列を有するポリペプチド。
- 請求項31〜33の何れか1項に記載のポリペプチドであって、前記ポリペプチドは、ST-17 クローンのGBS株のGbs2018 タンパク質のS10と称されるポリペプチド領域から由来し、以下のもののなかから選択されるポリペプチド:
ポリペプチド S10 セグメント;
その断片;
前記セグメントを含んでおり、少なくとも 190 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド。 - 請求項31〜33の何れか1項に記載のポリペプチドであって、前記ポリペプチドは、ST-17 クローンのGBS株のGbs2018 タンパク質のS11と称されるポリペプチド領域から由来し、以下のもののなかから選択されるポリペプチド:
ポリペプチド S11a セグメント;
ポリペプチド S11b セグメント;
その断片;
前記セグメントS11aを含んでおり、少なくとも 72 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド
前記セグメントS11bを含んでおり、少なくとも 79 アミノ酸残基を有し且つ550未満または300未満または250未満のアミノ酸残基を有しているポリペプチド。 - 請求項34に記載のポリペプチドであって、ST-17 クローンのGbs2018 表面タンパク質に対する抗体によって認識される配列番号 6を有するS10ポリペプチド領域の断片であるポリペプチド。
- 請求項35に記載のポリペプチドであって、ST-17 クローンのGbs2018 表面タンパク質に対する抗体によって認識される配列番号 14または配列番号16を有するS11ポリペプチド領域の断片であるポリペプチド。
- エピトープを含んでおり、請求項31〜37の何れか1項に記載のポリペプチドから選択され、6 〜50, または6 〜30, または6 〜15のアミノ酸を含んでおり、ST-17 クローンのGbs2018 表面タンパク質に対する抗体によって認識される能力を有するポリペプチド。
- ST-17 クローンの株のものであり、GBSの血清型 IIIの他の株に認識されない、請求項38に記載のポリペプチド。
- 請求項31〜39の何れか1項に記載のポリペプチドおよび異種性のポリペプチドを含んでいる組換え型の又はキメラのポリペプチド。
- 担体分子と関連する請求項31〜40の何れか1項に記載のポリペプチド。
- GBS株のクローン ST-17のGBS 表面タンパク質を特異的に認識することを特徴とする抗体。
- 請求項42に記載の抗体であって、前記表面タンパク質は、ST-17クローンのGBS系統の特異的な検出のための方法における使用に適切な配列番号 2の配列又はその断片を有する抗体。
- 請求項31〜39の何れか1項に記載のポリペプチドに対する抗体を調製するための方法であって、動物を前記ポリペプチドで免疫することと、および前記ポリペプチドに対して産生された抗体を回収することとを備える方法。
- 生物学的サンプルにおけるGBS 株による感染のインビトロ検出のためのキットであって、請求項31〜41の何れか1項に記載のポリペプチドまたは請求項42〜44に記載の抗体又はその断片、および前記ポリペプチド又は前記抗体又はその断片および前記生物学的サンプルで得られる抗原/抗体複合体を検出するための手段を具備しているキット。
- ST-17クローンの高病原性GBS株のインビトロ検出のための方法であって、生物学的サンプルにおけるST-17 クローンのGbs2018 表面 タンパク質又はその断片を検出すること又はST-17 クローンのGbs2018 表面 タンパク質又はその断片を標的とすることを備える方法。
- 請求項46に記載の方法であって、請求項 31〜41に記載のポリペプチドまたは請求項42または43に記載の抗体又はその断片を前記生物学的サンプルと接触させることと及び抗原/抗体の複合体の形成を検出することとを備える方法。
- 請求項44, 46 および47の何れか1項に記載の方法であって、前記生物学的サンプルは、哺乳類、特にヒトから得られる方法。
- 請求項44および46〜48の何れか1項に記載の方法であって、前記生物学的サンプルは、妊婦, 胚, 胎児, 新生児および/または小児から由来する方法。
- 新生児の浸潤性感染の検出における使用のための請求項44および46〜49の何れか1項に記載の方法であって、感染がGBS株のST-17 クローンの株によって生じる方法。
- GBS株のST-17 クローンの株によって生じる新生児の肺炎, 菌血症または髄膜炎の検出における使用のための請求項44および46〜50の何れか1項に記載の方法。
- GBS株のST-17 クローンの株によって生じる新生児の浸潤性感染、新生児の死亡率または新生児の罹病率の検出における使用のための請求項1〜15の何れか1項に記載のポリヌクレオチドまたは請求項17〜19の何れか1項に記載のキット。
- GBS株のクローンST-17の株によって生じる新生児の肺炎、菌血症または髄膜炎の検出における使用のための請求項1〜16の何れか1項に記載のポリヌクレオチドまたは請求項17〜19の何れか1項に記載のキット。
- 哺乳類および/またはヒトにおけるGBS株のST-17 クローンの株の検出における使用のための請求項1〜16の何れか1項に記載のポリヌクレオチドまたは請求項17〜19の何れか1項に記載のキット。
- 妊娠中の女性, 胚, 胎児および/または新生児におけるGBS株のST-17 クローンの株の検出における使用のための請求項1〜16の何れか1項に記載のポリヌクレオチドまたは請求項17〜19の何れか1項に記載のキット。
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---|---|---|---|---|
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Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004099242A2 (en) * | 2003-05-07 | 2004-11-18 | Intercell Ag | Streptococcus agalactiae antigens i + ii |
WO2006069200A2 (en) * | 2004-12-22 | 2006-06-29 | Novartis Vaccines And Diagnostics Inc. | Group b streptococcus |
WO2006130328A2 (en) * | 2005-05-13 | 2006-12-07 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Serum resistance factors of gram positive bacteria |
Family Cites Families (5)
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---|---|---|---|---|
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2004099242A2 (en) * | 2003-05-07 | 2004-11-18 | Intercell Ag | Streptococcus agalactiae antigens i + ii |
WO2006069200A2 (en) * | 2004-12-22 | 2006-06-29 | Novartis Vaccines And Diagnostics Inc. | Group b streptococcus |
WO2006130328A2 (en) * | 2005-05-13 | 2006-12-07 | Novartis Vaccines And Diagnostics, Inc. | Serum resistance factors of gram positive bacteria |
Non-Patent Citations (3)
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---|
JPN6012012792; Microb. Infect. Vol.8, 20060421, p.1714-1722 * |
JPN6012012793; PNAS Vol.86, 1989, p.4731-4735 * |
JPN6012012796; PNAS Vol.102, No.39, 2005, p.13950-13955 * |
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