JP2010227111A - 遺伝子発現プロフィールを用いる、感染症の同定、モニタリング、および処置、ならびに感染症に関連する炎症状態の特徴付け - Google Patents
遺伝子発現プロフィールを用いる、感染症の同定、モニタリング、および処置、ならびに感染症に関連する炎症状態の特徴付け Download PDFInfo
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Abstract
【解決手段】本発明は、感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体に関するプロフィール・データ・セットを、RNA源を提供する被検体の試料にもとづいて、決定するための方法を、種々の実施形態で提供する。この方法は、表1の少なくとも2つの構成要素に対応するRNAの量を測定するために増幅を用いることを含む。プロフィール・データ・セットは、各構成要素の基準(measure)から構成され、増幅は実質的に再現可能である測定条件下でおこなわれる。
【選択図】なし
Description
本発明は、遺伝子発現データの使用に関し、特に感染症を同定、モニタリング、および処置するために、また感染症に誘発されたかまたはそれに関連した被検体の炎症状態を特徴付けおよび評価するために、遺伝子発現データを用いることに関する。
先行技術は、特定の状態の診断に役立つ特定のマーカーの有無を判断するために、遺伝子発現データを用い、いくつかの状況では、診断の精度または感度の増加を達成するために、特定の疾患マーカーの過剰発現についてのスコアの累積的な付加を、説明した。特定の患者の何らかの状態ならびに治療薬または栄養剤の種類および投薬量に対する患者の反応についての情報は、医療産業にとっての医療の効率という面からのみならず、患者にとって予後の改善および恩恵があることから、今日の臨床医学にとって重要な問題となった。
第1の実施形態では、感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体のプロフィール・データ・セットを、被検体から得た試料(RNA源を提供する試料)に基づいて決定するための方法が提供される。この方法は、表1の少なくとも2つの構成要素に対応するRNAの量を測定して、各構成要素の基準に到達させるために増幅を用いることを含み、プロフィール・データ・セットは、各構成要素の基準を含み、実質的に再現可能な測定条件下で増幅がおこなわれる。
前記第1の試料のものとは異なる環境下での前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関係する少なくとも1つの他の指標を生成するように、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットの前記少なくとも1つの基準から異なる環境下での前記感染症または感染症に関連した炎症状態の1つの基準へのマッピングを提供する指数関数に、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも1つの基準を適用するステップと、
をさらに含む、指標を与える方法、
を提供する。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
(項目1)
感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体のプロフィール・データ・セットを、RNA源を提供する被検体から得た試料に基づいて決定するための方法であって、
表1の少なくとも2つの構成要素に対応するRNAの量を測定して、各構成要素の基準に到達させるために増幅を用いることを含み、
前記プロフィール・データ・セットは、各構成要素の基準を含み、実質的に再現可能な測定条件下で増幅がおこなわれる、プロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目2)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇または減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を持つ、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目1に記載の方法。
(項目4)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目1に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目5)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目1に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目6)
すべての構成要素の増幅効率が実質的に同程度である、項目1に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目7)
前記すべての構成要素の増幅効率が2パーセント以内である、項目6に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目8)
前記すべての構成要素の増幅効率が1パーセント未満である、項目6に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目9)
前記試料が前記被検体から得た血液、血液分画、体液、細胞群、および組織からなる群から選択される、項目1〜8のいずれかに記載の方法。
(項目10)
RNA源を提供する被検体から得た試料に基づいて、該被検体での感染症または感染症に関連した炎症状態を、特徴づける方法であって、
複数のメンバーのプロフィール・データ・セットを評価することを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が全身性感染の不確徴の特徴づけを可能にするように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、方法。
(項目11)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を持つ、項目10に記載の方法。
(項目12)
被検体が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生じた炎症状態に関係している全身性感染の不確徴を持つ、項目10に記載の方法。
(項目13)
前記評価が、前記プロフィール・データ・セットを前記パネルの基線プロフィール・データ・セットと比較することを、さらに含み、前記基線プロフィール・データ・セットが、特徴づけられる感染症または該感染症に関連した炎症状態に関連がある、項目10に記載の、被検体での感染症または感染症に関連した炎症状態を特徴づけるための方法。
(項目14)
すべての構成要素の増幅効率が実質的に同程度である、項目10に記載の、被検体での感染症または感染症に関連した炎症状態を特徴づけるための方法。
(項目15)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染による、項目10に記載の方法。
(項目16)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染による、項目10に記載の方法。
(項目17)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染による、項目10に記載の方法。
(項目18)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染による、項目10に記載の方法。
(項目19)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染による、項目10に記載の方法。
(項目20)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)による、項目10に記載の方法。
(項目21)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウィルス血症、または真菌血症による、項目10に記載の方法。
(項目22)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物のいずれかの種類に起因する敗血症による、項目10に記載の方法。
(項目23)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、被検体の部分的な組織に関するものであり、前記試料が前記部分的な組織とは異なる種類の体液の組織に由来する、項目10に記載の方法。
(項目26)
前記プロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納することをさらに含む、項目1〜9のいずれかに記載の方法。
(項目27)
前記プロフィール・データ・セットの格納は、データベース内に、前記プロフィール・データ・セットが1件分のレコードとして格納されることを含む、項目26に記載の方法。
(項目28)
被検体での感染症または感染症に関連した炎症状態を、RNA源を提供する前記被検体から得た第1の試料に基づいて、評価するための方法であって、
前記第1の試料から、複数のメンバーを含む第1のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染症に関連した炎症状態の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が実質的に再現性のある測定条件下で得られるステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データ・セットを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データ・セットの各メンバーが前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、また前記基線プロフィール・データ・セットが、評価される前記感染症または感染症に関連した炎症状態と関連しているステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データ・セットが前記第1のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることによって、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態の評価が得られる、方法。
(項目29)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第1の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する、項目28に記載の方法。
(項目32)
前記環境が、(i)前記第1の試料が取られた時間、(ii)前記第1の試料が取られた部位、および(iii)前記第1の試料が取られた際の前記被検体の生物学的状態からなる群から選択される、項目31に記載の方法。
(項目33)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも1ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目31に記載の方法。
(項目34)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも12ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目31に記載の方法。
(項目35)
治療介入前に、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目31に記載の方法。
(項目36)
治療介入後に、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目31に記載の方法。
(項目37)
前記第1の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、項目28に記載の方法。
(項目38)
前記第1の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、項目28に記載の方法。
(項目39)
年齢、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つに関して、前記基線プロトフィール・データ・セットが、前記第1の試料が取られた時の前記被検体の生物学的状態とは異なる生物学的状態に、前記被検体がある時に取られた1種類以上の他の試料に由来する、項目31に記載の方法。
(項目40)
前記基線プロフィール・データ・セットが、1以上の異なる被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する、項目28に記載の方法。
(項目41)
前記1以上の異なる被検体が、前記被検体と、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つを共通して持つ、項目40に記載の方法。
(項目42)
前記臨床指標が少なくとも1種類以上の他の被検体の感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するために用いられ、少なくとも1種類以上の他の臨床指標のコンテクストで、前記較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することが、さらに含まれる、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目28に記載の方法。
(項目45)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染である、項目28に記載の方法。
(項目46)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目28に記載の方法。
(項目47)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目28に記載の方法。
(項目48)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目28に記載の方法。
(項目49)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目28に記載の方法。
(項目50)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウイルス血症、または真菌血症である、項目28に記載の方法。
(項目51)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物のいずれかの種類に起因する敗血症である、項目28に記載の方法。
(項目52)
前記関数が数学的関数であり、単純な差とは異なる、項目28に記載の方法。
(項目53)
前記関数が、前記基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーに対する前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーの比率の第2の関数である、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記関数が対数関数である、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記較正されたプロフィール・データ・セットの各メンバーが、D=F(1.1)−F(.9)でFは前記第2の関数とした場合に量Dを上回る量で変化する値を有するならば、生物学的意義を有する、項目53に記載の方法。
(項目56)
前記第1の試料の獲得および前記第1のプロフィール・データ・セットの定量が、第1の位置で実行され、前記較正されたプロフィール・データの生成が、第2の位置でデジタル記憶媒体上に格納されたデータベースにアクセスするためにネットワークを使用することを含む、項目28に記載の方法。
(項目57)
前記試料から定量化された第1のプロフィール・データ・セットを反映するために、前記データベースを更新することをさらに含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
ネットワークを使用することが、グローバル・コンピュータ・ネットワークへのアクセスを含む、項目56に記載の方法。
(項目59)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目28に記載の方法。
(項目60)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目28に記載の方法。
(項目61)
RNA源を提供する被検体由来の第1の試料に基づいて、前記被検体の感染症または感染症に関連した炎症状態を指し示す指標を与える方法であって、
前記第1の試料からプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記プロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各メンバーは、構成要素の測定が全身性感染の不確徴を指し示すように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、前記パネルが表1の遺伝子発現パネルの構成要素のうち少なくとも2つを含むステップと、
前記プロフィール・データ・セットを導き出すステップで、実質的に再現性のある測定条件下で各々の構成要素に対してそのような基準を達成するステップと、
前記プロフィール・データ・セットの少なくとも1つの基準から全身性感染の不確徴の少なくとも1つの基準へのマッピングを与える指数関数に、前記プロフィール・データ・セットの少なくとも1つの基準を適用することで、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関係する指標を生成するステップと、
を含む方法。
(項目62)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目61に記載の方法。
(項目63)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目61に記載の方法。
(項目64)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む2つの構成要素を有する、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目65)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む3つの構成要素を有する、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目66)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む4つの構成要素を有する、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目67)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む5つの構成
要素を有する、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目68)
前記指数関数が、式:
I = ΣC i M i P(i)
(式中、Iは指標、M i はプロフィール・データ・セットのメンバーiの値、C i は定数、およびP(i)はM i が累乗される冪)
を持つ複数の項の線形和として構成され、
前記データ・セット内のメンバー数までの整数の値iに対して、上記合計が形成される、
項目61〜67のいずれか一項に記載の指標を与える方法。
(項目69)
前記値C i およびP(i)を、潜在クラス模型化等の統計的手法を用いて決定し、前記全身性感染の不確徴に関係する臨床的、実験的に導き出されたデータおよび任意の他のデータを含むデータと相関させる、項目68に記載の指標を与える方法。
(項目70)
複数の被検体の関連したセットに関して決定された指数関数の標準的値に対して指標を与えて、前記標準的値に対して前記指標を解釈可能とするステップをさらに含む、項目68に記載の方法。
(項目71)
前記標準的値を与えることは、前記標準的値が約1であるように前記指数関数を構成することを含む、項目70に記載の方法。
(項目70)
前記標準的値を与えることは、前記標準的値が約0であり、0からの前記指数関数の偏差が標準偏差単位で表されるように、前記指数関数を構成することを含む、項目71に記載の方法。
(項目72)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目71に記載の方法。
(項目73)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目72に記載の方法。
(項目74)
臨床指標が、前記複数の被検体の関連したセットの前記感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するために用いられており、少なくとも1種類の他の臨床指標のコンテクストで前記較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することをさらに含む、項目68に記載の方法。
(項目75)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目74に記載の方法。
(項目76)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目61に記載の方法。
(項目77)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目78)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目79)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目80)
評価されている前記感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目81)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目61に記載の方法。
(項目82)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染である、項目61に記載の方法。
(項目83)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目61に記載の方法。
(項目84)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目61に記載の方法。
(項目85)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目61に記載の方法。
(項目86)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目61に記載の方法。
(項目87)
少なくとも1つの他の試料から、少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットは、複数のメンバーを含み、各メンバーは、構成要素の測定が全身性感染の不確徴を指し示すように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、前記少なくとも1つの他の試料が、時点、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露の少なくとも1つに関して、前記第1の試料のものとは異なる環境下で取られた、同一の被検体に由来するものである、ステップと、
前記第1の試料のものとは異なる環境下での前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関係する少なくとも1つの他の指標を生成するように、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットの前記少なくとも1つの基準から異なる環境下での前記感染症または感染症に関連した炎症状態の1つの基準へのマッピングを提供する指数関数に、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも1つの基準を適用するステップと、
をさらに含む、項目61に記載の指標を与える方法。
(項目88)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目87に記載の方法。
(項目89)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目88に記載の方法。
(項目90)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む2つの構成要素を有する、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目91)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む3つの構成要素を有する、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目92)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む4つの構成要素を有する、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目93)
前記指数関数が、前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む5つの構成要素を有する、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目94)
前記指数関数が、式:
I = ΣC i M i P(i)
(式中、Iは指標、M i はプロフィール・データ・セットのメンバーiの値、C i は定数、およびP(i)はM i が累乗される冪)
を持つ複数の項の線形和として構成され、
前記データ・セット内のメンバー数までの整数の値iに対して、上記合計が形成される、
項目87〜93のいずれか一項に記載の指標を与える方法。
(項目95)
前記値C i およびP(i)を、潜在クラス模型化等の統計的手法を用いて決定し、前記全身性感染の不確徴に関係する臨床的、実験的に導き出されたデータおよび任意の他のデータを含むデータと相関させる、項目94に記載の指標を与える方法。
(項目96)
複数の被検体の関連したセットに関して決定された指数関数の標準的値に対して少なくとも1つの他の指標を与えて、前記標準的値に対して前記少なくとも1つの他の指標を解釈可能とするステップをさらに含む、項目87に記載の方法。
(項目97)
前記標準的値を与えることは、前記標準的値が約1であるように前記指数関数を構成することを含む、項目96に記載の方法。
(項目98)
前記標準的値を与えることは、前記標準的値が約0であり、0からの前記指数関数の偏差が標準偏差単位で表されるように、前記指数関数を構成することを含む、項目97に記載の方法。
(項目99)
前記複数の被検体の関連したセットの感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するために臨床指数が用いられており、少なくとも1種類の他の臨床指標に関連して較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することをさらに含む、項目94に記載の方法。
(項目100)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目139に記載の方法。
(項目101)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目87に記載の方法。
(項目102)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目103)
実質的に再現可能な前記測定条件は、5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目87に記載の指標を与える方法。
(項目104)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目87に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目105)
前記評価されている前記感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目87に記載の方法。
(項目106)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染によるものであり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表1の少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。
(項目107)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染によるものであり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表1の少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。
(項目108)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染であり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表1の少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。
(項目109)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染であり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表1の少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。
(項目110)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染であり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表Xの少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。
(項目111)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)であり、また複数の構成要素からなる前記パネルが表Xの少なくとも2つの構成要素を含む、項目87に記載の方法。全身性感染の不確徴。
(項目112)
被検体の感染症または感染症に関連した炎症状態を、RNA源を提供する前記被検体由来の第1の試料に基づいて、評価する方法であって、
前記第1の試料から第1のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第1のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染症に関連した炎症状態の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データ・セットを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データ・セットの各メンバーが前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットの各々のメンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の被検体の関連したセットに関して決定される標準的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データ・セットが前記第1のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態の評価が提供される、方法。
(項目113)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目112に記載の方法。
(項目113)
前記複数の被検体の関連したセットが、複数の健康な被検体のセットである、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目112に記載の方法。
(項目115)
前記被検体の関連したセットについて、臨床指標が感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するのに用いられ、少なくとも1種類の他の臨床指標に関連して較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することをさらに含む、項目114に記載の方法。
(項目116)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目115に記載の方法。
(項目117)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目112に記載の方法。
(項目118)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目112に記載の方法。
(項目119)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目112に記載の方法。
(項目120)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目112に記載の方法。
(項目121)
前記評価されている前記感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目112に記載の方法。
(項目122)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目112に記載の方法。
(項目123)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染である、項目112に記載の方法。
(項目124)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目112に記載の方法。
(項目125)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目112に記載の方法。
(項目126)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目112に記載の方法。
(項目127)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目112に記載の方法。
(項目128)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウイルス血症、または真菌血症である、項目112に記載の方法。
(項目129)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が任意の種類の微生物による敗血症である、項目112に記載の方法。
(項目130)
前記プロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納することをさらに含む、項目112に記載の方法。
(項目131)
前記プロフィール・データ・セットの格納は、データベース内に、前記プロフィール・データ・セットが1件分のレコードとして格納されることを含む、項目130に記載の方法。
(項目132)
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第1の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する、項目112に記載の方法。
(項目133)
前記1種類以上の他の試料が治療前インターベンションを受ける、項目132に記載の方法。
(項目134)
前記1種類以上の他の試料が治療後インターベンションを受ける、項目132に記載の方法。
(項目135)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも1ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目132に記載の方法。
(項目136)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも12ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目132に記載の方法。
(項目137)
前記第1の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、項目112に記載の方法。
(項目138)
前記第1の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、項目112に記載の方法。
(項目139)
被検体の感染症または感染症に関連した炎症状態を、前記被検体由来でありかつRNA源を提供する第1の試料および所定の指標細胞群に由来しかつRNA源を提供する第2の試料に基づいて評価する方法であって、
前記第1の試料またはその一部分を前記所定の指標細胞群に適用するステップと、
前記第2の試料から第1のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第1のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が全身感染の不確徴の測定を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNAまたはタンパク質構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データ・セットを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データ・セットの各メンバーが、前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットの各々のメンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の被検体の関連したセットに関して決定される標準的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データ・セットが前記第1のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態の評価が提供される、方法。
(項目140)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目139に記載の方法。
(項目142)
前記複数の被検体の関連したセットが、複数の健康な被検体のセットである、項目139に記載の方法。
(項目143)
前記複数の被検体の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目139に記載の方法。
(項目144)
前記複数の被検体の関連したセットの感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するために臨床指数が用いられており、少なくとも1種類の他の臨床指標に関連して較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することをさらに含む、項目143に記載の方法。
(項目145)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目144に記載の方法。
(項目146)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目139に記載の方法。
(項目147)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目139に記載の方法。
(項目148)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目139に記載の方法。
(項目149)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目139に記載の方法。
(項目150)
前記評価されている感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目139に記載の方法。
(項目151)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目139に記載の方法。
(項目152)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染である、項目139に記載の方法。
(項目153)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目139に記載の方法。
(項目154)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目139に記載の方法。
(項目155)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目139に記載の方法。
(項目156)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目139に記載の方法。
(項目157)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウイルス血症、または真菌血症である、項目139に記載の方法。
(項目158)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が任意の種類の微生物による敗血症である、項目139に記載の方法。
(項目159)
前記プロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納することをさらに含む、項目139に記載の方法。
(項目160)
前記プロフィール・データ・セットの格納は、データベース内に、前記プロフィール・データ・セットが1件分のレコードとして格納されることを含む、項目139に記載の方法。
(項目161)
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第1の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する項目139に記載の方法。
(項目162)
前記1種類以上の他の試料が治療前インターベンションを受ける、項目161に記載の方法。
(項目163)
前記1種類以上の他の試料が治療後インターベンションを受ける、項目161に記載の方法。
(項目164)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも1ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目161に記載の方法。
(項目165)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも12ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目161に記載の方法。
(項目166)
前記第1の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、項目139に記載の方法。
(項目167)
前記第1の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、項目139に記載の方法。
(項目168)
第1の因子が投与された標的細胞群に由来し、かつRNA源を提供する試料に基づいて、前記第1の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態を評価する方法であって、
前記試料から第1のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第1のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が前記第1の因子による影響を受けた感染症または感染症に関連した炎症状態の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データ・セットを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データ・セットの各メンバーが、前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、前記基線データ・セットの各メンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の標的細胞群の関連したセットに関して決定される標準的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データ・セットが前記第1のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記第1の因子による影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態の評価が提供される、方法。
(項目169)
前記標的細胞群が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目168に記載の方法。
(項目170)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態である、項目168に記載の方法。
(項目171)
前記複数の標的細胞群の関連したセットが、複数の健康な標的細胞群のセットである、項目168に記載の方法。
(項目172)
前記複数の標的細胞群の関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも1つの特性を持つ、項目168に記載の方法。
(項目173)
前記複数の標的細胞群の関連したセットの感染症または感染症に関連した炎症状態を評価するために臨床指数が用いられており、少なくとも1種類の他の臨床指標に関連して較正されたプロフィール・データ・セットを解釈することをさらに含む、項目172に記載の方法。
(項目174)
前記少なくとも1種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、X線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、項目173に記載の方法。
(項目175)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目168に記載の方法。
(項目176)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目168に記載の方法。
(項目177)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目168に記載の方法。
(項目178)
実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目168に記載の方法。
(項目179)
前記評価されている感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目168に記載の方法。
(項目180)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目168に記載の方法。
(項目181)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌である、項目168に記載の方法。
(項目182)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目168に記載の方法。
(項目183)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目168に記載の方法。
(項目184)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目168に記載の方法。
(項目185)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目168に記載の方法。
(項目186)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウイルス血症、または真菌血症である、項目168に記載の方法。
(項目187)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が任意の種類の微生物による敗血症である、項目168に記載の方法。
(項目188)
前記プロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納することをさらに含む、項目168に記載の方法。
(項目189)
前記プロフィール・データ・セットの格納は、データベース内に、前記プロフィール・データ・セットが1件分のレコードとして格納されることを含む、項目188に記載の方法。
(項目190)
前記第1の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、項目168に記載の方法。
(項目191)
前記第1の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、項目168に記載の方法。
(項目192)
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第1の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する、項目168に記載の方法。
(項目193)
前記1種類以上の他の試料が治療前インターベンションを受ける、項目192に記載の方法。
(項目194)
前記1種類以上の他の試料が治療後インターベンションを受ける、項目192に記載の方法。
(項目195)
前記第1の試料と前記1種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも1ヶ月を超えてから、前記1種類以上の他の試料が取られる、項目192に記載の方法。
(項目196)
第2の因子によって影響を受けた標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態に関連して、第1の因子によって影響を受けた標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態を、前記第1の因子が投与された前記標的細胞群に由来し、かつRNA源を提供する第1の試料と、前記第2の因子が投与された前記標的細胞群に由来し、かつRNA源を提供する第2の試料と、に基づいて評価する方法であって、
前記第1の試料から第1のプロフィール・データ・セットを導き出し、かつ前記第2の試料から第2のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第1のプロフィール・データ・セットおよび前記第2のプロフィール・データ・セットは各々、複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が、前記第2の因子に関連して前記第1の因子に影響された感染症または感染症に関連した炎症状態の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対して第1の較正プロフィール・データ・セットと第2の較正プロフィール・データ・セットとを生成するステップであり、(i)前記第1の較正プロフィール・データ・セットの各メンバーは、前記第1のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、(ii)前記第2の較正プロフィール・データ・セットの各メンバーは、前記パネルに対する前記第2のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記基線プロフィール・データ・セットとの関数であり、複数の被検体の関連したセットに関して決定された前記パネルの複数の構成要素のうちの一つの量の標準的な基準であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関連している、ステップと、
を有し、
前記第1および第2の較正プロフィール・データ・セットが、前記第1のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・セットとの比較ならびに前記第2のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記第2の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態に関連して、前記第1の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した炎症状態の評価が与えられる、方法。
(項目197)
前記標的細胞群が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目196に記載の方法。
(項目198)
前記標的細胞群が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態に関連した全身性感染の不確徴を呈する、項目196に記載の方法。
(項目199)
前記第1の因子が第1の薬物であり、また前記第2の因子が第2の薬物である、項目196に記載の方法。
(項目200)
前記第1の因子が薬物であり、また前記第2の因子が複合混合物である、項目196に記載の方法。
(項目201)
前記第1の因子が薬物であり、また前記第2の因子が栄養補助食品である、項目196に記載の方法。
(項目202)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目196に記載の方法。
(項目203)
前記定量的基準が増幅によって決定され、そして前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目196に記載の方法。
(項目204)
前記実質的に再現可能な前記測定条件は、5パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目196に記載の方法。
(項目205)
前記実質的に再現可能な前記測定条件が3パーセントを上回る再現性の範囲内である、項目196に記載の方法。
(項目206)
前記評価されている前記感染症または感染症に関連した炎症状態は、前記被検体の部分的な組織に関するものであり、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目196に記載の方法。
(項目207)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が微生物感染である、項目196に記載の方法。
(項目208)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が細菌感染である、項目196に記載の方法。
(項目209)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真核寄生生物感染である、項目196に記載の方法。
(項目210)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態がウイルス感染である、項目196に記載の方法。
(項目211)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が真菌感染である、項目196に記載の方法。
(項目212)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目196に記載の方法。
(項目213)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が菌血症、ウイルス血症、または真菌血症である、項目196に記載の方法。
(項目214)
前記感染症または感染症に関連した炎症状態が任意の種類の微生物による敗血症である、項目196に記載の方法。
(項目215)
前記第1および第2のプロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納するステップをさらに有する、項目196に記載の方法。
(項目216)
前記第1および第2のプロフィール・データ・セットを格納するステップは、各データ・セットをレコードとしてデータベースに格納することをさらに含む、項目196に記載の方法。
(項目217)
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第1の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1種類以上の他の試料に由来する、項目196に記載の方法。
(項目218)
前記基線プロフィール・データ・セットは、第2の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た1つ以上の他の試料から導き出される、項目196に記載の方法。
(項目219)
前記第1の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、項目196に記載の方法。
(項目220)
前記第1の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、項目196に記載の方法。
(項目221)
被検体に由来し、かつRNA源を提供する第1の試料に基づいて、全身性感染の不確徴を持つ前記被検体の炎症状態を示す指標を与える方法であって、
前記第1の試料からプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記プロフィール・データ・セットが複数のメンバーを含み、各メンバーが、前記構成要素の測定が前記炎症状態を示すように選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、前記パネルが表1の遺伝子発現パネルの構成要素のうち少なくとも2つを含む、ステップと、
前記プロフィール・データ・セットを導き出すステップで、実質的に再現性のある測定条件下で各々の構成要素に対してそのような基準を達成するステップと、
前記プロフィール・データ・セットから得た少なくとも1つの基準を、前記プロフィール・データ・セットの少なくとも1つの基準から前記炎症状態の少なくとも1つの基準へのマッピングを与える指数関数に適用することで、前記試料の炎症状態に関連した指標を生成するステップと、
を有し、
前記指数関数は、前記パネルの基線プロフィール・データ・セットからのデータを使用し、前記基線データ・セットの各メンバーは、前記パネルの構成要素の一つの量の、複数の被検体の関連したセットに関して決定された標準的な基準であり、前記基線データ・セットが、評価すべき前記炎症状態と関連している、方法。
(項目222)
前記被検体が、医学的標準的値と比較して白血球数の増加、体温の上昇、心拍数の上昇、および血圧の上昇もしくは減少の少なくとも1つを含む全身性感染の不確徴を呈する、項目221に記載の方法。
(項目223)
前記全身性感染の不確徴が、鈍的外傷または穿通性外傷、手術、心内膜炎、尿路感染、肺炎、あるいは歯科または婦人科の検査もしくは処置の少なくとも1つから生ずる炎症状態に関連する、項目221に記載の方法。
(項目224)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む2つの構成要素を有する、請
求項221に記載の指標を与える方法。
(項目225)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む3つの構成要素を有する、項目221に記載の指標を与える方法。
(項目226)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む4つの構成要素を有する、項目221に記載の指標を与える方法。
(項目227)
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む5つの構成要素を有する、項目221に記載の指標を与える方法。
(項目228)
前記指数関数が、前記指数関数が、式:I = ΣC i M i P(i) (式中、Iは指標、M i はプロフィール・データ・セットのメンバーiの値、C i は定数、およびP(i)はM i が累乗される冪)を持つ複数の項の線形和として構成され、前記データ・セット内のメンバー数までの全ての整数の値iに対して、上記合計が形成される、項目221〜227に記載の指標を与える方法。
(項目229)
前記値C i およびP(i)を、統計的手法、例えば潜在クラス模型化を用いて決定し、臨床的、実験的に導き出されたデータおよび前記全身性感染の不確徴に関係する任意の他のデータと相関させる、項目228に記載の指標を与える方法。
(項目230)
複数の被検体の関連したセットに関して決定された前記指数関数の標準的値に対して、前記指標を与えることで、該指標が前記標準的値に関連して解釈され得る、項目221に記載の方法。
(項目231)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約2パーセント未満である、項目221に記載の方法。
(項目232)
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約1パーセント未満である、項目221に記載の指標を与える方法。
(項目234)
実質的に再現可能な前記測定条件が5パーセントを上回る再現性の度合いの範囲内である、項目221に記載の指標を与える方法。
(項目235)
実質的に再現可能な前記測定条件は、3パーセントを上回る再現性の度合いの範囲内である、項目221に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
(項目236)
前記炎症状態が前記被検体の部分的な組織に関連して評価され、前記第1の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、項目221に記載の方法。
(項目237)
前記炎症状態が微生物感染である、項目221に記載の方法。
(項目238)
前記炎症状態が細菌感染である、項目221に記載の方法。
(項目239)
前記炎症状態が真核寄生生物感染である、項目221に記載の方法。
(項目240)
前記炎症状態がウイルス感染である、項目221に記載の方法。
(項目241)
前記炎症状態が真菌感染である、項目221に記載の方法。
(項目242)
前記炎症状態が全身性炎症反応症候群(SIRS)である、項目221に記載の方法。
(項目243)
少なくとも1つの他の試料から、少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットが複数のメンバーを含み、各メンバーが、前記構成要素の測定が前記炎症状態を示すようにして、選択された複数の構成要素から構成される1枚のパネルにある異なるRNA構成要素の量の定量的基準であり、前記少なくとも1つの他の試料は、時点、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露の少なくとも1つに関して、前記第1の試料のものとは異なる環境下で取られた、同一の被検体に由来する、ステップと、
前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セットの少なくとも1つの基準から異なる環境下で前記炎症状態の少なくとも1つの基準へのマッピングを提供する指数関数に対して、前記第1の試料のものとは異なる環境下で前記被検体の前記感染症または感染症に関連した炎症状態に関係する少なくとも1つの他の指標を生成するように、前記少なくとも1つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも1つの基準を適用する、ステップと、
をさらに含む、項目221に記載の指標を提供する方法。
(項目244)
感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体への治療介入を導くために指標を用いる方法であって、
項目61、87、221、または243のいずれかに記載の指標を与えるステップと、前記指標を、複数の被検体の関連したセットに関して決定された前記指標の標準的値と比較して差を求めるステップと、前記指標と前記指標の標準的値との差を用いて、治療介入を導くステップと、
を含む、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目245)
前記治療介入が微生物特異的治療である、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目246)
前記治療介入が細菌特異的治療である、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目247)
前記治療介入が真菌特異的治療である、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目248)
前記治療介入がウイルス特異的治療である、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目249)
前記治療介入が真核寄生生物特異的治療である、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目250)
前記治療介入が宿主免疫系に向けられている、項目224に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
(項目251)
感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体の対象とする病原体のクラス内の病原体の種類を、前記被検体由来であり、かつRNA源を提供する少なくとも1つの試料に基づいて、区別する方法であって、
前記被検体に対して、項目1に記載の少なくとも1つのプロフィール・データ・セットを決定するステップと、前記プロフィール・データ・セットを、前記対象とする病原体の前記クラス内の複数の試料の少なくとも1つの関連したセットに関連して決定された少なくとも1つの基線プロフィール・データ・セットと比較して、差を求めるステップと、
前記差を用いて、前記被検体に対する前記少なくとも1つのプロフィール・データ・セット内の前記病原体の種類を、前記少なくとも1つの基線プロフィール・データ・セットの前記病原体のクラスから区別する、ステップと、
を含む、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目252)
前記病原体のクラスが微生物である、項目251に記載の、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目253)
前記病原体のクラスが細菌である、項目252に記載の、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目254)
グラム陽性細菌病原体をグラム陰性病原体細菌と区別するために、前記差が用いられる、項目253に記載の、前記細菌病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目255)
前記病原体のクラスが真菌である、項目252に記載の、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目256)
急性カンジダ病原体を慢性カンジダ病原体と区別するために、前記差が用いられる、項目255に記載の、前記真菌病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目257)
前記病原体のクラスがウイルスである、項目252に記載の、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目258)
DNAウイルス病原体をRNAウイルス病原体と区別するために、前記差が用いられる、項目257に記載の、前記ウイルス病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目259)
ライノウイルス病原をインフルエンザ病原と区別するために、前記差が用いられる、項目257に記載の、前記ウイルス病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目260)
前記病原体のクラスが真核寄生生物である、項目252に記載の、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目261)
プラズモディウム寄生虫病原をトリパノソーマの病原体と区別するために、前記差が用いられる、項目260に記載の、前記真核寄生生物病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
(項目262)
感染症にかかった被検体または感染症に関連した炎症状態を持つ被検体の対象とする病原体のクラス内の病原体の種類を、前記被検体の少なくとも1つの試料に基づいて、区別するために指標を用いる方法であって、
前記被検体に対して項目61、87、221、または243のいずれかに記載の少なくとも1つの指標を与えるステップと、
前記少なくとも1つの指標を、複数の被検体の少なくとも1つの関連したセットに関連して決定された前記指標の少なくとも1つの標準的値と比較して、少なくとも1つの差を得るステップと、
前記少なくとも1つの指標と前記指標に対する前記少なくとも1つの標準的値との前記少なくとも1つの差を用いて、前記病原体のクラスに由来する病原体の種類を区別する、ステップと、
を含む、病原体のクラス内の病原体の種類を区別するために指標を用いる方法。
定義
以下の用語は、文脈で必要とされない限り、指示した意味を持つものとする。
「アルゴリズム(algorithm)」は、生物学的状態を記述するための一組の規則である。この一組の規則は、もっぱら代数学的に定義されるが、領域特異的知識、専門家の解釈、または他の臨床指標を必要とする二者択一的または複合的決定点も含むことが可能である。
ここに開示される方法は、全ての細胞がRNAを転写すること、またどのようにして全ての種類の細胞からRNAを抽出するかは当業者に周知であることから、当業者による過度の実験の必要なしで、ヒト、ほ乳類、または他の生体の細胞に適用することができる。
遺伝子発現パネルの構成要素を選択するための一般的なアプローチが、PCT出願公開番号WO01/25473に開示されている。われわれは、広範囲に及ぶ遺伝子発現パネルを設計し、各々のパネルが血液または他の組織からなる試料から導き出される生物学的状態の定量的基準を提供することを、実験的に確認した。各パネルに関して、実験によって、パネル構成要素を用いた遺伝子発現プロフィールが生物学的状態の情報を与えることが確認された(われわれは、他のところで、生物学的状態の情報を得る上有益であることから、とりわけ、治療介入のための標的を与えるのと同様に、治療の効果を測定するために、遺伝子発現プロフィールを用いることができることを示す)。遺伝子発現パネルの実施例を、各々のパネル構成要素の簡単な説明に加えて、以下の通りに本明細書に添付された表に示す。
表2.糖尿病遺伝子発現パネル
表3.前立腺遺伝子発現パネル
表4.皮膚応答遺伝子発現パネル
表5.肝臓の代謝および疾患遺伝子発現パネル
表6.内皮遺伝子発現パネル
表7.細胞の健康およびアポトーシス遺伝子発現パネル
表8.サイトカイン遺伝子発現パネル
表9.TNF/IL1阻害遺伝子発現パネル
表10.ケモカイン遺伝子発現パネル
表11.乳癌遺伝子発現パネル
表12.感染症遺伝子発現パネル
当業者は、本出願で明瞭に表現される原理に従って、他のパネルを構築して実験的に検証することが可能である。
われわれは、一つの試料を一つのパネルにかけることを、一般に4重におこなった。すなわち、試料を複数のアリコートに分けて、各アリコートについて、一つの遺伝子発現パネルでの各構成要素の濃度を測定する。各アッセイを4重におこなって合計で900回の構成要素アッセイによって、われわれは、各アッセイについての結果間で、平均変動係数(標準偏差/平均)*100)が2パーセント未満、一般に1パーセント未満であるという知見を得た。この数値は、われわれが「アッセイ内変動性(intra−assay variability)」と呼ぶところの基準である。われわれは、また、同一の試料材料を用いて、異なる条件でのアッセイを実施した。72のアッセイでは、24メンバーからなるパネルでの構成要素の濃度測定、また時間経過に伴う3通りの異なる条件で決定されたそのような濃度測定からの結果から、われわれは平均変動係数が5パーセント未満、一般に2パーセント未満であることを見いだした。この数値は、われわれが「アッセイ間変動性(inter−assay variability)」と呼ぶところの基準である。
試料内の特定のRNAの量を測定するために、われわれは、当業者に周知の方法を用いて、遺伝子発現パネルの構成要素に関する試料から転写されたRNAを抽出および定量した(詳しくは、以下のプロトコルを参照せよ。また、RNA分析プロトコルとして本明細書で援用されるPCT出願公開番号WO 98/24935も参照せよ)。
ヒト血液を、静脈穿刺によって得て、少なくとも3つの時点について十分な量で、試料を基線、非刺激、および刺激用に分けて、アッセイのために調製する。典型的な刺激物として、リポ多糖類(LPS)、植物性血球凝集素(PHA)、および加熱殺菌されたブドウ球菌(HKS)またはカラギーンが挙げられ、個別に(典型的に)または組み合わせて使用してもよい。ヘパリン化全血のアリコートを刺激物無しで混合し、5%CO2の大気中で37℃に30分間、保った。刺激物を種々の濃度で添加し、混合して、ゆるくキャップをはめて37℃で30分間保った。さらなる試験化合物をこの時点で添加し、試験化合物の期待される薬物速度論に従い、異なる時間で保持してもよい。所定の時間で、細胞を遠心分離によって回収し、種々の標準的な手段によって血漿を取り除き、さらにRNAを抽出した。
特定のRNAを、メッセージ特異的プライマーまたはランダム・プライマーを用いて増幅する。特異的プライマーは、ヒトおよび他の動物から得たゲノムおよびcDNAライブラリー由来の情報を含む公共データベース(例えば、Unigene, National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, Bethesda, Md.)から得たデータから合成した。試験試料または指標試料から得られる特定のRNAから優先して増幅するために、プライマーの選択をおこなう。例えば、RT PCR, Chapter 15 in RNA Methodologies, A laboratory guide for isolation and characterization, 2nd edition, 1998,Robert E. Farrell, Jr., Ed., Academic Press; または Chapter 22 pp.143−151, RNA isolation and characterization protocols, Methods in molecular biology, Volume 86, 1998, R. Rapley and D. L. Manning Eds., Human Press, または14 in Statistical refinement of primer design parameters, Chapter 5, pp.55−72, PCR applications: protocols for functional genomics, M. A. Innis, D. H. Gelfand and J. J. Sninsky, Eds., 1999, Academic Press)を参照せよ。増幅は、等温条件でおこなうか、またはサーマルサイクラーを用いておこなう(例えば、Applied Biosystems, Foster City, Calif.から入手したABI9600または9700または7700;Nucleic acid detection methods, pp. 1−24, in Molecular methods for virus detection, D. L. Wiedbrauk and D. H., Farkas, Eds., 1995, Academic Pressを参照せよ)。増幅された核酸は、増幅プライマーについて記載したように公知のデータベースから同定および合成される蛍光標識した検出プライマーを使用して検出される(例えば、TaqmanTM PCR Reagent Kit, Protocol, part number 402823 revision A, 1996, Applied Biosystems, Foster City Calif.を参照せよ)。
1.Applied Biosystems TAQMAN逆転写試薬キット(Reverse Transcription Reagents Kit)(P/N 808−0234)。キット構成要素:10xTaqMan RT緩衝液、25ml塩化マグネシウム、デオキシNTP混合物、ランダム・ヘキサマー、RNアーゼ阻害剤、MultiScribe逆転写酵素(50U/ml)(2)RNアーゼ/DNアーゼを含まない水(DEPC処理水、Ambion (P/N 9915G)から入手。またはその等価物)。
1.RNアーゼ阻害剤およびMultiScribe逆転写酵素を直ちに氷上に置く。他の試薬全てを室温で解凍して氷上に置くことができる。
10X RT緩衝液 10.0 110.0
25mMMgCl2 22.0 242.0
dNTP 20.0 220.0
ランダム・ヘキサマー 5.0 55.0
RNアーゼ阻害剤 2.0 22.0
逆転写酵素 2.5 27.5
水 18.5 203.5
合計: 80.0 880.0(1試料あたり80ml)
4.各RNA試料を1.5ml微量遠心管内で全量20mlにし(例えば、THP−1RNAに対して、10mlRNAを取り、RNアーゼ/DNアーゼを含まない水で20mlに希釈。全血RNAに対して、20ml全RNAを使用)、ステップ5、2、3からの80mlRT反応混合物を加える。ピペットで上下させることで混合する。
材料
1.目的とする各々の遺伝子用の20Xプライマー/プローブ混合物。
1.目的とする遺伝子用のプライマー/プローブ、18S内在性対照用のプライマー/プローブ、および2XPCRマスター混合物を含む各プライマー/プローブ混合物のストックを以下のようにして作る。ピペット操作エラーを許すために、充分に過剰な量を作る(例えば約10%の過剰)。以下の例は、2つの条件(2枚のプレート)を試験する4重試料による1つの遺伝子のための典型的なセットアップを例証する。
2X マスター混合物 12.50 112.50
20X18Sプライマー/プローブ混合物 1.25 11.25
20X目的遺伝子プライマー/プローブ混合物 1.25 11.25
合計 15.00 135.00
2.2000μlの水に95μlのcDNAを希釈してcDNA標的のストックを作る。cDNAの量を調整して10ないし18、典型的には12ないし13のCt値を得る。
単一の個体および大きな個体群に由来する試料の分析によって、特定のパネルまたは一連のパネルに関連したプロフィール・データ・セットのライブラリーが得られる。これらのプロフィール・データ・セットは、基線プロフィール・データ・セットとして使用するためにライブラリーにレコードとして格納可能である。用語「基線(baseline)」が示唆することは、格納された基線プロフィール・データ・セットが、生物学的状態または作用因子に関する情報を持つ較正されたプロフィール・データ・セットを提供するための比較物(comparator)として機能するということである。基線プロフィール・データ・セットをライブラリーに保存して、多数の相互参照手段として分類することができる。分類法の1つの形態は、データ・セットが導き出されたパネルの特徴に依存するものであってもよい。分類のもう一つの形態は、特定の生物学的状態によるものであってもよい。生物学的状態の概念は、1つの細胞または細胞群が任意の時間に見いだされ得る任意の状態を包含する。この状態は、試料の全体の配置、被検体の性別、またはあらゆる他の判別子を反映するものであってもよい。判別子の一部は重なっていてもよい。単一の被検体または特定の臨床試験と関連するレコードについて、ライブラリーにアクセスすることも可能である。基線プロフィール・データ・セットの分類に、特定の被検体、症状、特定の作用因子等についての医学情報による注釈をさらにつけることも可能である。
我々が、「遺伝子発現パネル」と「遺伝子増幅」とに関連して上述した遺伝子発現の測定において成し遂げた再現性があれば、我々は差がそのような条件下での測定で生ずる場合、その差が生物学的状態の差に起因していると結論する。このように、我々は較正されたプロフィール・データ・セットが同じ条件下で同じ個体から取り出される試料で非常に再現性があることを発見した。我々は、同様に、較正されたプロフィール・データ・セットが繰り返し試験される試料で再現性があることを発見した。我々は、被検体からの試料が生体外(ex vivo)で化合物にさらされる時に得られる「較正されたプロフィール・データ・セット」が、生体内(in vivo)で試料にさらされた試料に由来する較正されたプロフィール・データに相当する、再現例も見つけた。重要なことに、我々は作用因子で処置される指標細胞系が生体内(in vivo)または生体外(ex vivo)細胞群から得られる較正されたプロフィール・データ・セットと同等の較正されたプロフィール・データ・セットを、多くの場合、提供することができることを発見した。さらに、我々は指標細胞上に被検体からの試料を投与することが健康状態、症状、治療介入、老化、あるいは前記被検体の環境刺激または毒素への曝露を含む、前記被検体の生物学的状態に関する情報を得る上で有益な較正されたプロフィール・データ・セットを提供することができることを発見した。
前記較正されたプロフィール・データ・セットはスプレッドシートまたは視覚的に表すことが可能であり、例えば棒グラフまたは表形式で、あるいは三次元表示で表してもよい。基線とプロフィール・データとを関連させる関数は、対数として表された比率であってもよい。構成要素をX軸上で項目別に示し、対数目盛りをY軸上に置くことが可能である。較正されたデータ・セットのメンバーを、基線に対して、遺伝子発現の相対的な強化を表す正値として、または遺伝子発現の相対的減少を表している負の値として、表現することが可能である。
(i)一群または一組の被検体または試料あるいは細胞群の全体にわたる生物学的状態に関する遺伝子発現プロフィールの著しい一貫性と、(ii)パネルの全ての構成要素についての増幅の特異性と効率が実質的に類似している測定条件下で、遺伝子発現プロフィールを生ずる遺伝子発現パネルの構成要素の実質的に再現可能な測定を与える手順の使用とが組み合わさった状態で、遺伝子発現プロフィールを特徴づけ、それによって生物学的状態の測定がなされる指標の使用を可能にする。
I = ΣCiMi P(i)
のかたちで表され、式中、Iは指標、Miはプロフィール・データ・セットのメンバーiの値、Ciは定数、およびP(i)はMiが累乗される冪である。上記データ・セット内のメンバー数までの全ての整数の値iに対して、上記合計が形成される。したがって、われわれは線形多項式を持つ。
式中、構成要素周囲の波括弧は、そのような構成要素の測定を示し、構成要素は表1の炎症遺伝子発現パネルのサブセットである。
実施例1:大きい複合データ・セットの分析を補助する急性炎症指標
本発明の一実施形態では、上記指標値またはアルゴリズムを用いて、複合データ・セットを、被検体の炎症状態に関する情報を有する単一指標値に、減じることができる。このことは図1Aおよび図1Bに例示されている。
被検体の炎症状態は、生物学的状態の過去の経過、将来の経過、処置への反応などに関する情報を明らかにする。急性炎症指標は、被検体の生物学的状態に関するそのような情報を現すのに用いられ得る。このことは、図2で例示される。
この用量は、図3に示すように、開発中の化合物またはヒトおよび非ヒト被検体で試験される化合物についての濃度とタイミングを含む。急性炎症指標が、共通の作用機序のない治療化合物または治療介入のための共通の基準値として使われる場合がある。上記指標によって示されるように、化合物に対する遺伝子の反応を誘発するが既知の生物学的状態の改善はは達成しない化合物を、生物学的状態の処置において種々の効果を有する異なる化合物と比較することができる。
この作用因子は、開発中および/または複雑な性質のものである。これを図4に例示する。
図6および7は、2つの異なった患者群(患者セット)の全血から得られる遺伝子発現プロフィール(表1の炎症遺伝子発現パネルの48個の遺伝子座を使用)の算術平均値を示す。これらの患者セットは正常または診断未確定の両方である。第1の患者セットはボンフィルズとして同定されるもの(ダイアモンドで示したプロット)で、米国コロラド州デンバーのボンフィルズ輸血センター(Bonfils Blood Center)で供血者と認められた17人の被検体から構成される。第2の患者セットは9人の供血者からなり、遺伝子発現プロフィールは、4週間にわたり4回実施したアッセイから得られた。この第2の患者セット(四角形で示したプロット)の被検体は、本願の譲受人であるソース・プレシジョン・メディシン社(Source Precision Medicine, Inc)の従業員から採用された。各群についての遺伝子発現平均は、遺伝子発現炎症パネルの48の遺伝子座の各々について算出された。遺伝子座1〜24(以下、しばしば炎症48A遺伝子座と呼ぶ)についての結果を図6に示し、遺伝子座25〜48(以下、しばしば炎症48B遺伝子座と呼ぶ)についての結果を図7に示す。
図11は、8ヶ月にわたり毎月アッセイされた単一の被検体の4つの遺伝子(表1の炎症遺伝子発現パネルのもの)の各々に関する発現量を示す。発現量が時間とともに顕著な一貫性を示していることがわかる。
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- 本明細書中に記載の発明。
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