JP2009515524A5 - - Google Patents
Info
- Publication number
- JP2009515524A5 JP2009515524A5 JP2008540194A JP2008540194A JP2009515524A5 JP 2009515524 A5 JP2009515524 A5 JP 2009515524A5 JP 2008540194 A JP2008540194 A JP 2008540194A JP 2008540194 A JP2008540194 A JP 2008540194A JP 2009515524 A5 JP2009515524 A5 JP 2009515524A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polymorphism
- seq
- drug
- nucleotide position
- susceptibility
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 29
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 29
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 29
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 27
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 27
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 26
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 25
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims description 25
- 230000033764 rhythmic process Effects 0.000 claims description 22
- 230000000747 cardiac effect Effects 0.000 claims description 20
- 102100033350 ATP-dependent translocase ABCB1 Human genes 0.000 claims description 19
- 108010047230 Member 1 Subfamily B ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 claims description 19
- 101150119038 ABCB1 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 claims description 15
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 15
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 15
- OHRURASPPZQGQM-GCCNXGTGSA-N romidepsin Chemical compound O1C(=O)[C@H](C(C)C)NC(=O)C(=C/C)/NC(=O)[C@H]2CSSCC\C=C\[C@@H]1CC(=O)N[C@H](C(C)C)C(=O)N2 OHRURASPPZQGQM-GCCNXGTGSA-N 0.000 claims description 13
- 229960003452 romidepsin Drugs 0.000 claims description 13
- OHRURASPPZQGQM-UHFFFAOYSA-N romidepsin Natural products O1C(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(=CC)NC(=O)C2CSSCCC=CC1CC(=O)NC(C(C)C)C(=O)N2 OHRURASPPZQGQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 108010091666 romidepsin Proteins 0.000 claims description 13
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 12
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 10
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 5
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 2
- 102220090100 rs1045642 Human genes 0.000 claims description 2
- 102220066605 rs1128503 Human genes 0.000 claims description 2
- 102200012755 rs2032582 Human genes 0.000 claims description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims 7
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims 6
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 claims 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 claims 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 1
- 208000018452 Torsade de pointes Diseases 0.000 claims 1
- 208000002363 Torsades de Pointes Diseases 0.000 claims 1
- 206010047281 Ventricular arrhythmia Diseases 0.000 claims 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 1
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 claims 1
- 206010003119 arrhythmia Diseases 0.000 claims 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 claims 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 1
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 claims 1
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 claims 1
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 claims 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 claims 1
- 102000004328 Cytochrome P-450 CYP3A Human genes 0.000 description 16
- 108010081668 Cytochrome P-450 CYP3A Proteins 0.000 description 16
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 10
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 6
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 5
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 4
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 4
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108091033380 Coding strand Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 108700009124 Transcription Initiation Site Proteins 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
Description
ＡＢＣＢ１ゲノム配列は、配列番号１に記載され、これは、ＡＹ９１０５７７（位置１１４９９８から位置２１０９４７を含む）に由来する。１２３６、２６７７及び３４３５多型は、配列番号１の位置４９，９１０；６８，８９４；及び９０，８７１（これらは、ＡＹ９１０５７７において、それぞれ位置１６４，９００；１８３８８４及び２０５，８６１に対応する）に生ずる。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のゲノムＡＢＣＢ１断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内であり、より小さな、より大きな、及び中間の断片を用いたスクリーニングも本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、そしてヒトゲノムにおいて特有の配列を提供し得る。断片の例としては、以下が挙げられる。配列番号４は、「１２３６多型」を位置７に含む。配列番号５は、「２６７７多型」を位置７に含む。配列番号６は、「３４３５多型」を位置１に含む。配列番号７は、１２３６及び２６７７多型をそれぞれ位置１及び１８，８９５に含む。配列番号８は、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１及び２１，９７８に含む。配列番号９は、１２３６、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１；１８，８９５；及び４０，９６２に含む。他の関係あるゲノム配列情報は、ＡＦ０１６５３４、ＡＹ９１０５７７、ＣＨ２３６９４９、Ｍ２９４２２、Ｍ２９４２３、Ｍ２９４２４、Ｍ２９４２５、Ｍ２９４２６、Ｍ２９４２７、Ｍ２９４２８、Ｍ２９４２９、Ｍ２９４３０、Ｍ２９４３１、Ｍ２９４３２、Ｍ２９４３３、Ｍ２９４３４、Ｍ２９４３５、Ｍ２９４３６、Ｍ２９４３７、Ｍ２９４３８、Ｍ２９４３９、Ｍ２９４４０、Ｍ２９４４１、Ｍ２９４４２、Ｍ２９４４３、Ｍ２９４４４、Ｍ２９４４５、Ｍ２９４４６、Ｍ２９４４７、Ｍ３７７２４、Ｍ３７７２５、Ｘ５８７２３、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。
ＡＢＣＢ１のｃＤＮＡ配列は、配列番号２に提供され、これは、ＮＭ＿０００９２７に由来する。１２３６、２６７７及び３４３５多型は、配列番号２の位置１２３６、２６７７及び３４３５に生ずる。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のｃＤＮＡ ＡＢＣＢ１断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内であり、より小さな、より大きな、及び中間の断片を用いたスクリーニングも本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、そしてヒトゲノムにおいて特有の配列を提供し得る。断片の例としては、以下が挙げられる。配列番号１０は、１２３６多型を位置７に含む。配列番号１１は、２６７７多型を位置７に含む。配列番号１２は、３４３５多型を位置５０７に含む。配列番号１３は、１２３６及び２６７７多型をそれぞれ位置１及び１，４４２に含む。配列番号１４は、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１及び７５９に含む。配列番号１５は、１２３６、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１、１４４２及び２，２００に含む。他の関係ある配列情報としては、ｍＲＮＡ配列ＡＢ２０８９７０、ＡＦ０１６５３５、ＡＹ４２５００５、ＡＹ４２５００６、ＢＱ７２０７６３、ＢＱ８８２４０１、ＢＸ５０９０２０、ＣＢ１６４６７６、Ｍ１４７５８、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。
ＡＢＣＢ１のｃＤＮＡコード領域の翻訳は、配列番号３に提供される。配列番号３の位置８９３は、アミノ酸（例えば、アラニン、セリン又はスレオニン）であり得、これらは２６７７多型の多型バリアントに対応する。位置８９３はまた、任意の他のアミノ酸であり得る。ＡＢＣＢ１ポリペプチド配列の断片（例えば、ＡＢＣＢ１特異的抗体により認識される断片及びポリペプチド配列に見られるような特定のバリアントに特異的な抗体により認識される断片）はまた、本発明の範囲内である。他の問題となるＡＢＣＢ１ポリペプチド配列情報としては、ＡＡＢ７０２１８、ＡＡＷ８２４３０、ＥＡＬ２４１７３、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ８８０４７、ＡＡＡ８８０４８、ＣＡＡ４１５５８、ＢＡＤ９２２０７、ＡＡＢ６９４２３、ＡＡＲ９１６２１、ＡＡＲ９１６２２、ＡＡＡ５９５７５、Ｐ０８１８３、Ｑ５９ＧＹ９、Ｑ６ＴＢＬ４、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。
上記方法は、ＡＢＣＢ１の単一多型の一以上の多型バリアントをスクリーニングすることにより遂行され得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型；又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号４、１０又はそれらの組合せの配列を含み得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号５、１１又はそれらの組合せの配列を含み得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号６、１２又はそれらの組合せの配列を含み得る。
上記方法は、ＡＢＣＢ１の二以上の多型の一以上の多型バリアントのスクリーニングにより遂行され得る。一部の実施形態では、核酸は、第一の多型及び第二の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の位置２６７７における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースの一部では、核酸は、配列番号７、１３又はそれらの組合せの配列を含む。一部の実施形態では、核酸は、第一の多型及び第二の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の位置３４３５における多型又はそれらの組合せである。このような場合、核酸は、配列番号８、１４又はそれらの組合せの配列を含み得る。
一部の実施形態では、核酸は、第一、第二及び第三の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せであり、上記第三の多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の位置３４３５における多型又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号９、１５の配列又はそれらの組合せを含み得る。
以下は、ＣＹＰ３Ａ４の代表的な配列である。ＣＹＰ３Ａ４は、５’ゲノム隣接配列（配列番号１７、Ｄ１１１３１に由来）及びエキソン１で始まるゲノム配列（配列番号１８、ＮＧ＿０００００４の位置１４８，８９５〜１７６，０９０に由来）を有する。ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂは、特に本発明に関係するＣＹＰ３Ａ４の対立遺伝子バリアントである。この対立遺伝子バリアントは、配列番号１７の位置８１０にて５’ゲノム隣接配列において見出されており、コンセンサス配列から上記バリアントへのＡ＞Ｇ変異の結果である。他のヌクレオチドもまたこの位置に存在し得る。この位置における多型は、ｒｓ２７４０５７４と命名されている。配列番号１９は、ＣＹＰ３Ａ４のｃＤＮＡ配列を提供する。この配列は、完全ＣＹＰ３Ａ４ｃＤＮＡ配列に由来し、受入番号Ｍ１８９０７を有するコード鎖である。ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ多型は、この配列において見出されない。その理由は、ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ多型の後に転写開始部位があり、ｍＲＮＡでは発現が見出されないからである。配列番号２０は、ＣＹＰ３Ａ４のポリペプチド配列を提供する。この配列は、受入番号ＮＰ＿０５９４８８を有し、完全ＣＹＰ３Ａ４タンパク質配列に由来する。
以下は、ＣＹＰ３Ａ５の代表的な配列である。ＣＹＰ３Ａ５のｃＤＮＡは、ＢＣ０３３８６２に由来するものとして配列番号２３に記載される。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ対立遺伝子バリアントは、ＮＧ＿０００００４の位置２６０１６７でのＡ＞Ｇ変異の結果である。他のヌクレオチドもまた、この位置に存在し得る。この位置における多型は、ｒｓ７７６７４６と命名される。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型は、イントロン中に含まれ、コンセンサスｍＲＮＡ配列における発現が見出されない。
ＣＹＰ３Ａ５のアミノ酸配列は、配列番号２４である。以下の配列は、全部で５０２のアミノ酸を含む。この配列は、完全ＣＹＰ３Ａ５タンパク質配列に由来し、これは、受入番号ＮＰ＿０００７６８を有する。上記タンパク質は、ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型に関してホモ接合性の個人において発現されない。その理由は、イントロンＤＮＡの取り込みによって、イントロン３内にストップコドンが存在するために上記タンパク質のアミノ酸１０２の後ろが成熟前に切断されるからである。
本方法に適合性のキットもまた提供される。一局面では、核酸及びＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質を結合する薬物を備えたキットが提供される。核酸は、被検体からの試料をスクリーニングしてＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出する際に用いるものであり、ここで上記多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、上記核酸は、上記少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に、又は上記少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に隣接する配列に、特異的に結合する。一局面では、多型は、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定される多型又はそれらの組合せを含む。一局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。別の局面では、薬物は、ＦＫ２２８及び／又は本明細書中に記載される別の薬物である。一部の実施形態では、キットの核酸は、配列番号２８〜３９の何れか一つの核酸配列若しくはそれらの相補的配列（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔ）又はそれらの組合せを含む。
Claims (15)
- ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在がスクリーニングされた被検体を処置するための医薬の製造における、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質に結合する薬物の使用であって、該多型バリアントが、該薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化に関連し、該多型が、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１における多型、配列番号２のヌクレオチド位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合せを含む、使用。
- 薬物が、抗癌剤、好ましくはＦＫ２２８（ロミデプシン）、ＦＲ９０１２２８、ＦＫ２２８（ロミデプシン）若しくはＦＲ９０１２２８のプロドラッグ、ＦＫ２２８（ロミデプシン）若しくはＦＲ９０１２２８の塩、又はそれらの組合せである、請求項１に記載の使用。
- 心調律異常が、（ｉ）心臓不整脈である、（ｉｉ）無症状律動異常及び心室性不整脈からなる群より選択される少なくとも一のメンバーを含む、並びに／又は（ｉｉｉ）ＳＴ／Ｔ波平坦化、トルサード・ド・ポワント、及びＱＴ間隔延長のうちの少なくとも一によって特徴付けられる、請求項２又は３に記載の使用。
- 多型バリアントが、（ｉ）ＡＢＣＢ１遺伝子の発現の増加若しくは減少に関連する、（ｉｉ）ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質の活性の増加若しくは減少に関連する、（ｉｉｉ）薬物誘導性心調律異常に対する感受性の増加に関連する、及び／又は（ｉｖ）薬物誘導性心調律異常に対する感受性の減少に関連する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の使用。
- 処置が、（ｉ）心調律異常に対する感受性の減少に関連する多型バリアントが存在する場合に、薬物の投薬量を増加させること、（ｉｉ）心調律異常に対する感受性の減少に関連する多型バリアントが存在しない場合に、薬物の投薬量を減少させること、（ｉｉｉ）薬物を投与しないこと、又は（ｉｖ）例えば、ＡＢＣＢ１遺伝子によって発現されるタンパク質に結合しない薬物のような、異なる薬物を投与することを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
- 第二の更なる薬物、好ましくは心調律異常を寛解するもの、と組合わせて用いられる、請求項５に記載の使用。
- （ｉ）多型バリアントが遺伝子の単一の染色体コピーに存在し、かつ、ヘテロ接合性が、心調律異常に対する感受性の変化に関連する、（ｉｉ）二以上の多型の多型バリアントのヘテロ接合性が、心調律異常に対する感受性の変化に関連する、又は（ｉｉｉ）多型バリアントが遺伝子の両染色体コピーに存在し、該多型バリアントのホモ接合性が検出された場合に該多型バリアントのホモ接合性が心調律異常に対する感受性の変化に関連する、若しくは二以上の多型の多型バリアントのホモ接合性が心調律異常に対する感受性の変化に関連する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用。
- 多型が、以下：
（ａ）配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１、配列番号２のヌクレオチド位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合わせ、
（ｂ）核酸が、好ましくは配列番号４、１０又はそれらの組合せを含む、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０又は配列番号２のヌクレオチド位置１２３６における多型、
（ｃ）核酸が、好ましくは配列番号５、１１又はそれらの組合せを含む、配列番号１のヌクレオチド位置６８，８９４又は配列番号２のヌクレオチド位置２６７７における多型、及び
（ｄ）核酸が、好ましくは配列番号６、１２又はそれらの組合せを含む、配列番号１のヌクレオチド位置９０，８７１又は配列番号２のヌクレオチド位置３４３５における多型、
からなる群より選択される、請求項１に記載の使用。 - （ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために、被検体からの試料をスクリーニングする際に用いる核酸であって、
該多型バリアントが、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質に結合する薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化に関連し、該多型が、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１における多型、配列番号２のヌクレオチド位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合せを含み、
該核酸が、該少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列又は該少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に隣接する配列に、特異的に結合し、
好ましくは該核酸が、配列番号２８〜３９のいずれか１つ又はその相補体又はそれらの組合わせを含む、核酸、及び、
（ｂ）好ましくはＦＫ２２８（ロミデプシン）又はＦＲ９０１２２８である、ＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質に結合する薬物、
を含む、キット。 - 薬物誘導性心調律異常に対する感受性の変化をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために被検体からの試料をスクリーニングする工程であって、該多型バリアントが、該ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質に結合する薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化に関連し、該多型が、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１における多型、配列番号２のヌクレオチド位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合わせを含む、工程；及び
（ｂ）該被検体の該薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化を、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基づいて決定する工程、
を含む、方法。 - 試料が、以下：
（ａ）ＡＢＣＢ１をコード化する核酸であって、ＡＢＣＢ１をコード化する核酸が、好ましくは（ｉ）配列番号１、２の核酸配列、又はそれらの組合わせを含む、核酸、
（ｂ）（ａ）の少なくとも２０の連続するヌクレオチドを含む（ａ）の断片であって、該２０の連続するヌクレオチドが該多型を含む、断片、
（ｃ）（ａ）又は（ｂ）の相補体、並びに
（ｄ）（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）のうち二以上の組合わせ、
からなる群より選択される核酸を含む、請求項１０に記載の方法。 - 核酸が、以下：
（ａ）第一及び第二の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０又は配列番号２のヌクレオチド位置１２３６における多型であり、該第二の多型が、配列番号１のヌクレオチド位置６８，８９４又は配列番号２のヌクレオチド位置２６７７における多型であって、該核酸が、好ましくは配列番号７、１３又はそれらの組合わせを含み、
（ｂ）第一及び第二の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１のヌクレオチド位置６８，８９４又は配列番号２のヌクレオチド位置２６７７における多型であり、該第二の多型が、配列番号１のヌクレオチド位置９０，８７１又は配列番号２のヌクレオチド位置３４３５における多型であって、該核酸が、好ましくは配列番号８、１４又はそれらの組合せを含む、
請求項１１に記載の方法。 - 薬物誘導性心調律異常に対する感受性の変化をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために被検体からの試料をスクリーニングする工程であって、該多型バリアントが、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質に結合する薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化に関連し、該多型が、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定される多型又はそれらの組合わせを含む、工程；及び
（ｂ）該被検体の該薬物により誘導される心調律異常に対する感受性の変化を、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基づいて決定する工程
を含む、方法。 - 試料が、核酸アレイ、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ解析、ＰＣＲ、一本鎖高次構造多型バリアント（ＳＳＣＰ）技術、増幅不応性変異システム（ＡＲＭＳ）技術、ヌクレオチド配列決定、多型バリアント含有遺伝子によりコード化されるポリペプチドに特異的な抗体、又は分光分析を用いてスクリーニングされる、請求項１０〜１３のいずれか１項に記載の方法。
- プローブ、一組のプローブ、プライマー及び一組のプライマーからなる群より選択される物質を含む、薬物誘導性心調律異常に対する感受性の変化を決定するための薬剤であって、該物質は、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出し得、該多型バリアントは、薬物誘導性心調律異常に対する感受性の変化に関連し、該多型バリアントは、配列番号１のヌクレオチド位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１、配列番号２のヌクレオチド位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における少なくとも一の多型、又はそれらの組合わせを含む、薬剤。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US73608305P | 2005-11-10 | 2005-11-10 | |
| PCT/US2006/043656 WO2007058896A2 (en) | 2005-11-10 | 2006-11-09 | Materials and methods for abcb1 polymorphic variant screening, diagnosis, and treatment |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2009515524A JP2009515524A (ja) | 2009-04-16 |
| JP2009515524A5 true JP2009515524A5 (ja) | 2010-02-04 |
Family
ID=38049148
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2008540194A Withdrawn JP2009515524A (ja) | 2005-11-10 | 2006-11-09 | Ａｂｃｂ１多型バリアントスクリーニング、診断及び処置のための物質及び方法 |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20090325156A1 (ja) |
| EP (1) | EP1957673A2 (ja) |
| JP (1) | JP2009515524A (ja) |
| AU (1) | AU2006315760A1 (ja) |
| CA (1) | CA2629155A1 (ja) |
| WO (1) | WO2007058896A2 (ja) |
Families Citing this family (18)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP2049139A4 (en) | 2006-04-24 | 2009-06-24 | Gloucester Pharmaceuticals Inc | TREATMENT OF TUMORS EXPRESSING RAS |
| US8957027B2 (en) | 2006-06-08 | 2015-02-17 | Celgene Corporation | Deacetylase inhibitor therapy |
| EP2041312B1 (en) * | 2006-07-14 | 2010-12-01 | The Govt. of the USA as Represented by the Secretary of the Dept. of Health and Human Services | Abcbi genotyping to predict microtubule-stabilizing-agent-induced toxicity |
| CA2674309A1 (en) | 2006-12-29 | 2008-07-10 | Gloucester Pharmaceuticals, Inc. | Preparation of romidepsin |
| ES2582602T3 (es) | 2007-03-28 | 2016-09-14 | Signal Diagnostics | Sistema y método de análisis de alta resolución de ácidos nucleicos para detectar variaciones de secuencia |
| US10669574B2 (en) | 2008-11-18 | 2020-06-02 | XCR Diagnostics, Inc. | DNA amplification technology |
| NZ706052A (en) | 2010-07-12 | 2016-07-29 | Celgene Corp | Romidepsin solid forms and uses thereof |
| US8859502B2 (en) | 2010-09-13 | 2014-10-14 | Celgene Corporation | Therapy for MLL-rearranged leukemia |
| WO2012166795A1 (en) * | 2011-05-30 | 2012-12-06 | String Therapeutics Inc. | Methods and compositions for therapeutic drug monitoring and dosing by point-of-care pharmacokinetic profiling |
| US20140349862A1 (en) * | 2011-05-30 | 2014-11-27 | Vuong Ngoc Trieu | Methods and compositions for therapeutic drug monitoring and dosing by point of care pharmacokinetic profiling |
| AU2013202506B2 (en) | 2012-09-07 | 2015-06-18 | Celgene Corporation | Resistance biomarkers for hdac inhibitors |
| AU2013202507B9 (en) | 2012-11-14 | 2015-08-13 | Celgene Corporation | Inhibition of drug resistant cancer cells |
| US10370707B2 (en) * | 2013-10-09 | 2019-08-06 | Fluoresentric, Inc. | Multiplex probes |
| NZ630311A (en) | 2013-12-27 | 2016-03-31 | Celgene Corp | Romidepsin formulations and uses thereof |
| CN105886599A (zh) * | 2014-10-20 | 2016-08-24 | 江苏所罗门兄弟医学科技有限公司 | 一种用于ABCB1基因分型的ARMS-qPCR检测试剂盒及检测方法 |
| CN108060230A (zh) * | 2018-02-07 | 2018-05-22 | 山东德诺生物科技有限公司 | 用于检测rs1045642的引物探针组及其应用 |
| CN110643699B (zh) * | 2019-10-16 | 2020-12-01 | 成都仕康美生物科技有限公司 | 一种环孢素a代谢基因检测试剂盒及其应用方法 |
| CN112980943B (zh) * | 2021-03-31 | 2022-02-08 | 山东英盛生物技术有限公司 | 一种用于检测他克莫司精准用药的方法及引物、pcr试剂和试剂盒 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| PL354034A1 (en) * | 1999-07-30 | 2003-12-15 | EPIDAUROS Biotechnologie AktiengesellschaftEPIDAUROS Biotechnologie Aktiengesellschaft | Polymorphisms in the human mdr-1 gene and their use in diagnostic and therapeutic applications |
| US20040115627A1 (en) * | 2000-04-12 | 2004-06-17 | Judy Raucy | Compositions and methods for induction of proteins involved in xenobiotic metabolism |
| ATE381626T1 (de) * | 2000-04-13 | 2008-01-15 | Univ Georgetown | Genetische diagnose zur feststellung von qt- verlängerungen als unerwünschte reaktion auf arzneimittel |
| AU2002328945A1 (en) * | 2001-07-23 | 2003-02-24 | Epidauros Biotechnologie Ag | Methods for improved treatment of cancer with irinotecan based on mrp1 |
| EP1579003A2 (en) * | 2002-12-21 | 2005-09-28 | Pfizer Products Inc. | Methods and compositions relating to drug-induced arrhythmia |
-
2006
- 2006-11-09 EP EP06837251A patent/EP1957673A2/en not_active Withdrawn
- 2006-11-09 AU AU2006315760A patent/AU2006315760A1/en not_active Abandoned
- 2006-11-09 WO PCT/US2006/043656 patent/WO2007058896A2/en active Application Filing
- 2006-11-09 US US12/093,225 patent/US20090325156A1/en not_active Abandoned
- 2006-11-09 CA CA002629155A patent/CA2629155A1/en not_active Abandoned
- 2006-11-09 JP JP2008540194A patent/JP2009515524A/ja not_active Withdrawn
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP2009515524A5 (ja) | ||
| Moriya et al. | Effects of polymorphisms of MDR1, MRP1, and MRP2 genes on their mRNA expression levels in duodenal enterocytes of healthy Japanese subjects | |
| EP1907569B1 (en) | Genetic variants in the tcf7l2 gene as diagnostic markers for risk of type 2 diabetes mellitus | |
| US20160083805A1 (en) | Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders | |
| WO2006088950B1 (en) | Methods and reagents for treatment and diagnosis of age-related macular degeneration | |
| Lee et al. | Hereditary sensory neuropathy is caused by a mutation in the delta subunit of the cytosolic chaperonin-containing t-complex peptide-1 (Cct4) gene | |
| JP2008529536A5 (ja) | ||
| Lin et al. | Additional evidence that the K-ras protooncogene is a candidate for the major mouse pulmonary adenoma susceptibility (Pas-1) gene | |
| KR101633783B1 (ko) | Cyp3a5 및 cyp3a7 유전자 부위의 염기서열 다형성을 이용한 타크로리무스 혈중 약물 농도 예측 방법 | |
| US20120282621A1 (en) | Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders | |
| US20100092468A1 (en) | Method for predicting therapeutic responsiveness to tnf-alpha blocking agents | |
| US6869762B1 (en) | Crohn's disease-related polymorphisms | |
| JP2002518051A5 (ja) | ||
| WO2001020031A2 (en) | Polymorphisms in a klotho gene | |
| Zhang et al. | Polymorphisms of chromogranin B gene associated with schizophrenia in Chinese Han population | |
| US20110184044A1 (en) | Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders | |
| Liao et al. | Mutation analysis of the human dystrobrevin-binding protein 1 gene in schizophrenic patients | |
| Shah et al. | Monoamine Oxidase A gene polymorphisms and self reported aggressive behaviour in a Pakistani ethnic group | |
| JP4242590B2 (ja) | 慢性関節リウマチの疾患感受性遺伝子、及びその利用 | |
| Yu et al. | Mutation screening and association study of the beta-adrenergic receptor kinase 2 gene in schizophrenia families | |
| US7851151B2 (en) | HNF-1α gene including novel single-nucleotide polymorphism, protein encoded by the HNF-1α gene, and polynucleotide, microarray, kit, and method for diagnosis of MODY3 | |
| AU2017265006A1 (en) | Methods of analysis of polymorphisms and uses thereof | |
| US20230151426A1 (en) | Reticulocalbin-3 (RCN3) Variants And Treatment Of Asthma With Interleukin-4 Receptor Alpha (IL4R) Antagonists | |
| JP4056212B2 (ja) | Ｇｅｆｓ＋関連遺伝子とｇｅｆｓ＋診断方法 | |
| KR100677724B1 (ko) | ＨＮＦ-4α 유전자의 단일염기 다형성 및 그 용도 |