JP2009063508A - Cell image analyzer and cell image analysis software - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、細胞画像を解析する装置及びソフトウェアに関し、より詳しくは、様々な細胞種、様々な状態の細胞を含む細胞を解析する実験において、これら様々な細胞種、細胞状態のうち、特定の状態の細胞(群)を画像から自動的に抽出して細胞を分類する機能を備えた細胞画像解析装置及び細胞画像解析ソフトウェアに関する。
細胞画像解析装置は、大別すると2つのタイプに分けられる。1つは、薬剤スクリーニングなどの決められた所定の処理を大量に行うことを前提にしたいわゆるハイスループットな全自動の解析装置であり、もう1つは、研究補助用途のための半自動の解析システムである。
しかるに、本発明の細胞画像解析装置及び細胞画像解析ソフトウェアは、研究支援を目的とした半自動の解析システムに関するものである。
The present invention relates to an apparatus and software for analyzing a cell image, and more specifically, in an experiment for analyzing a cell including cells of various cell types and various states, a specific one of these various cell types and cell states is specified. The present invention relates to a cell image analysis apparatus and a cell image analysis software having a function of automatically extracting a state cell (group) from an image and classifying the cell.
Cell image analyzers are roughly classified into two types. One is a so-called high-throughput fully automatic analyzer that presupposes a large amount of predetermined processing such as drug screening, and the other is a semi-automatic analyzer system for research support applications. It is.
However, the cell image analysis apparatus and the cell image analysis software of the present invention relate to a semi-automatic analysis system for the purpose of research support.
従来、この種の細胞画像解析装置は、ある程度の数の細胞画像を自動的に取得し、取得した細胞画像の中から研究者が注目する(興味を持つ)特徴を備えた細胞を抽出する機能を備え、これらの細胞の数や、特徴的な量を数値化したデータをグラフ化したデータも含めて提供することができるようになっている。そのような細胞画像解析装置としては、例えば、次の特許文献1に記載の装置が提案されている。
ところで、研究者が注目する細胞は、一般に実験(研究)系により異なる。例えば、細胞が死滅するプロセスを対象とした研究を行う場合は、健康な細胞と死滅する細胞を区別する必要がある。また、例えば、複数の種類の細胞を培養した状態を観察し、その変化を定量化するような実験系においては、細胞の種類ごとに分類する必要がある。 By the way, the cells to which the researchers pay attention generally differ depending on the experimental (research) system. For example, when studying the process of cell death, it is necessary to distinguish between healthy cells and dead cells. Further, for example, in an experimental system in which a state in which a plurality of types of cells are cultured is observed and the change is quantified, it is necessary to classify the cells for each type of cell.
これら細胞の種類ごとの分類は、比較的複雑なものが多いため、目視による観察を基に行う場合が通常である。しかしながら、目視による観察を基に行う分類は手間と労力がかかるため、細胞画像解析装置を介して細胞の種類ごとの分類を自動的に行ことができるようにすることが望ましい。 Since the classification of each type of cell is relatively complicated, it is usually performed based on visual observation. However, since classification based on visual observation takes time and effort, it is desirable to be able to automatically perform classification for each cell type via the cell image analyzer.
しかるに、単純な実験系であれば、細胞画像解析装置を介して細胞の種類ごとの分類についての自動化を比較的容易に行うことができる。
例えば、細胞を死滅させる効果のある薬剤の効き目を評価するために、細胞の生死を判定し、その細胞数比を検出するような実験系では、死滅した細胞のみを特異的に染色するような蛍光物質を使って、生死判定がなされる。この場合には、蛍光を発する細胞と発しない細胞というように細胞を分類する基準が比較的単純であるため、細胞画像解析装置を介して細胞の種類ごとの分類を自動的に行ことができる。
However, with a simple experimental system, it is possible to relatively easily automate the classification for each cell type via the cell image analyzer.
For example, in order to evaluate the effectiveness of a drug that has the effect of killing cells, in an experimental system in which the viability of cells is determined and the ratio of the number of cells is detected, only dead cells are stained specifically. A life-and-death determination is made using a fluorescent substance. In this case, since the criteria for classifying the cells, such as cells that emit fluorescence and cells that do not emit fluorescence, are relatively simple, classification by cell type can be performed automatically via a cell image analyzer. .
しかしながら、研究用途全般においては、このような比較的容易な判断基準でもって、細胞画像解析装置を介して細胞の種類ごとの分類を完全に自動的に行って定量評価をすることのできる実験系は少数であり、大部分の実験系では、細胞の分類に判断基準として用いるための特徴の抽出が難しく、あるいは、細胞の分類に判断基準として用いるための特徴をあらかじめ決めておくことが難しい場合が殆どである。 However, in general research applications, an experimental system that can perform quantitative evaluation by fully automatically classifying each cell type via a cell image analyzer using such a relatively easy criterion. Is a small number, and in most experimental systems, it is difficult to extract features to be used as criteria for cell classification, or it is difficult to predetermine features to be used as criteria for cell classification Is most.
本発明は、上記従来の課題に鑑みてなされたものであり、実験者の手間や労力を極力省力化しながら、複雑な細胞分類をある程度自動的に行うことができ、且つ、ある程度の自由度をもって自動解析を進められるようにユーザである研究者の要望を反映することの可能な、細胞画像解析装置及び細胞画像解析ソフトウェアを提供することを目的としている。 The present invention has been made in view of the above-described conventional problems, and can perform complicated cell classification to some extent automatically while saving labor and labor of an experimenter as much as possible, and with a certain degree of freedom. An object of the present invention is to provide a cell image analysis device and a cell image analysis software capable of reflecting a researcher who is a user so that automatic analysis can proceed.
上記目的を達成するため、本発明による細胞画像解析装置は、細胞から発せられる光の像を画像として取得する画像取得手段から得られた画像に対して所定の処理を行い、複数の細胞を含む画像の中から、ユーザにとって興味ある特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群を自動的に抽出する機能を有する装置であって、ユーザが任意の細胞を前記興味ある細胞として指定できる機能を備えたことを特徴としている。 In order to achieve the above object, a cell image analysis apparatus according to the present invention includes a plurality of cells by performing predetermined processing on an image obtained from an image obtaining unit that obtains an image of light emitted from a cell as an image. A device having a function of automatically extracting a cell group having characteristics similar to a specific cell of interest to a user from an image, and having a function of allowing a user to designate an arbitrary cell as the cell of interest It is characterized by that.
また、本発明の細胞画像解析装置においては、前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群が他の細胞群と区別可能となる特徴量パラメタからなるパラメタ群を自動的に設定し、かつ、該パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に設定する機能を備えるのが好ましい。 In the cell image analysis apparatus of the present invention, a parameter group consisting of feature parameters that automatically distinguish a cell group having characteristics similar to the specific cell specified by the user from other cell groups is automatically set. In addition, it is preferable to provide a function for automatically setting the threshold value of each feature parameter included in the parameter group.
また、本発明の細胞画像解析装置においては、自動的に所定数の細胞をリストアップし、該リストアップした各細胞が前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群に含まれるか否かをユーザに聞き返し、その答えに応じて、前記パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に変更する、自動応答機能を備えるのが好ましい。 In the cell image analysis apparatus of the present invention, a predetermined number of cells are automatically listed, and each listed cell is included in a cell group having characteristics similar to the specific cell designated by the user. It is preferable to provide an automatic response function that asks the user whether or not, and automatically changes the threshold value of each feature parameter included in the parameter group according to the answer.
また、本発明の細胞画像解析装置においては、前記パラメタ群をユーザに提供し、あるいは、該パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタに対する細胞の分布をユーザに提供する機能を備えるのが好ましい。 The cell image analysis apparatus of the present invention preferably has a function of providing the parameter group to the user or providing the user with a cell distribution for each feature parameter included in the parameter group.
また、本発明の細胞画像解析装置においては、前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群の割合、前記パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの平均値、及び、各特徴量パラメタに関する他の細胞群との比較結果の少なくともいずれかを提供する機能を備えるのが好ましい。 Further, in the cell image analysis apparatus of the present invention, the ratio of the cell group having a feature similar to the specific cell designated by the user, the average value of each feature parameter included in the parameter group, and each feature value It is preferable to provide a function of providing at least one of comparison results with other cell groups regarding parameters.
また、本発明による細胞画像解析ソフトウェアは、細胞から発せられる光の像を画像として取得する画像取得手段から得られた画像に対して所定の処理を行い、複数の細胞を含む画像の中から、ユーザにとって興味ある特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群を自動的に抽出する機能を有する細胞画像解析装置に用いる細胞画像解析ソフトウェアであって、ユーザが任意の細胞を前記興味ある細胞として指定できる機能を備えたことを特徴としている。 In addition, the cell image analysis software according to the present invention performs a predetermined process on an image obtained from an image acquisition unit that acquires an image of light emitted from a cell as an image, and from among images including a plurality of cells, Cell image analysis software used in a cell image analysis device having a function of automatically extracting a cell group having characteristics similar to a specific cell of interest to the user, and the user designates any cell as the cell of interest It features a function that can be.
また、本発明による細胞画像解析ソフトウェアにおいては、前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群が他の細胞群と区別可能となる特徴量パラメタからなるパラメタ群を自動的に設定し、かつ、該パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に設定する機能を備えるのが好ましい。 Further, in the cell image analysis software according to the present invention, a parameter group composed of feature parameters that automatically distinguish a cell group having characteristics similar to the specific cell designated by the user from other cell groups is automatically set. In addition, it is preferable to provide a function for automatically setting the threshold value of each feature parameter included in the parameter group.
また、本発明による細胞画像解析ソフトウェアにおいては、自動的に所定数の細胞をリストアップし、該リストアップした各細胞が前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群に含まれるか否かをユーザに聞き返し、その答えに応じて、前記パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に変更する、自動応答機能を備えるのが好ましい。 In the cell image analysis software according to the present invention, a predetermined number of cells are automatically listed, and each listed cell is included in a cell group having characteristics similar to the specific cell designated by the user. It is preferable to provide an automatic response function that asks the user whether or not, and automatically changes the threshold value of each feature parameter included in the parameter group according to the answer.
また、本発明による細胞画像解析ソフトウェアにおいては、前記パラメタ群をユーザに提供し、あるいは、該パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタに対する細胞の分布をユーザに提供する機能を備えるのが好ましい。 The cell image analysis software according to the present invention preferably has a function of providing the user with the parameter group, or providing the user with a distribution of cells for each feature parameter included in the parameter group.
また、本発明による細胞画像解析ソフトウェアにおいては、前記ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群の割合、前記パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの平均値、及び、各特徴量パラメタに関する他の細胞群との比較結果の少なくともいずれかを提供する機能を備えるのが好ましい。 In the cell image analysis software according to the present invention, the ratio of the cell group having characteristics similar to the specific cell designated by the user, the average value of each feature parameter included in the parameter group, and each feature value It is preferable to provide a function of providing at least one of comparison results with other cell groups regarding parameters.
本発明によれば、実験者の手間や労力を極力省力化しながら、複雑な細胞分類をある程度自動的に行うことができ、且つ、ある程度の自由度をもって自動解析を進められるようにユーザである研究者の要望を反映することができ、細胞の分類、解析を容易且つ正確に行うことの可能な、細胞画像解析装置及び細胞画像自動解析ソフトウェアが得られる。 According to the present invention, it is possible for a user to perform a complicated cell classification to some extent automatically while saving labor and labor of an experimenter as much as possible, and to proceed with an automatic analysis with a certain degree of freedom. A cell image analysis apparatus and cell image automatic analysis software that can reflect the demands of a person and can easily and accurately classify and analyze cells.
第一実施形態
図1は本発明の第一実施形態にかかる細胞画像解析装置の全体の概略構成を示すブロック図、図2は第一実施形態の細胞画像解析装置におけるパーソナルコンピュータを介したユーザインタフェースとして表示画面に表示される情報の一例を示す説明図、図3は第一実施形態の細胞画像解析装置における処理手順を示すフローチャート、図4は第一実施形態の細胞画像解析装置において取得した細胞画像から細胞の大きさに基づいて細胞を分類して表示画面に表示する機能の一例を示す説明図であって、(a)は複数の細胞画像から得られた情報を用いて作成した、細胞のサイズに対する頻度の分布の一例を示すグラフ、(b)は(a)のグラフに対応する細胞画像の一例を示す説明図である。図5は第一実施形態の細胞画像解析装置において取得した細胞画像中から興味ある細胞を指定して表示画面に表示する機能の一例を示す説明図であって、(a)は細胞画像上で興味ある細胞を指定したときに指定された細胞を切り出して表示した状態、(b)は指定された細胞を含む細胞種を表示する一表示例、(c)は指定された細胞を含む細胞種を表示する他の表示例を示している。図6は第一実施形態の細胞画像解析装置において取得した細胞画像中の細胞とグラフ上の位置との対応付けの一表示例を示す説明図であって、(a)は細胞のサイズに対する頻度の分布を示すグラフの特徴量の位置とそれに対応する細胞画像中の細胞とを矢印で表示した状態を示す説明図、(b)は(a)に示したグラフ上で所定位置を指定又は細胞画像上で所定の細胞を指定したときにおける、それに対応する細胞画像中の細胞又はグラフ上の位置を表示した状態を示す説明図、(c)は(a)に示した細胞画像上で分類に適していない細胞を指定したときにおける、それに対応するグラフ上の位置を表示した状態を示す説明図である。
First Embodiment FIG. 1 is a block diagram showing an overall schematic configuration of a cell image analyzing apparatus according to a first embodiment of the present invention, and FIG. 2 is a user interface via a personal computer in the cell image analyzing apparatus of the first embodiment. FIG. 3 is a flowchart showing a processing procedure in the cell image analyzer of the first embodiment, and FIG. 4 is a cell acquired in the cell image analyzer of the first embodiment. It is explanatory drawing which shows an example of the function which classify | categorizes a cell based on the magnitude | size of a cell from an image, and displays it on a display screen, Comprising: (a) is the cell created using the information obtained from the several cell image FIG. 7B is an explanatory diagram showing an example of a cell image corresponding to the graph of FIG. FIG. 5 is an explanatory diagram showing an example of a function for designating a cell of interest from the cell image acquired in the cell image analyzer of the first embodiment and displaying it on the display screen. When the cell of interest is specified, the specified cell is cut out and displayed, (b) is a display example that displays the cell type that includes the specified cell, and (c) is the cell type that includes the specified cell. The other example of a display which displays is shown. FIG. 6 is an explanatory view showing a display example of correspondence between cells in a cell image acquired by the cell image analyzer of the first embodiment and positions on the graph, and (a) shows a frequency with respect to the size of the cell. The explanatory view showing the state where the position of the feature amount of the graph showing the distribution of the cell and the cell in the cell image corresponding thereto are displayed by arrows, (b) designates a predetermined position on the graph shown in (a) or cell An explanatory diagram showing a state in which a cell in a corresponding cell image or a position on a graph is displayed when a predetermined cell is designated on the image, and (c) is classified on the cell image shown in (a). It is explanatory drawing which shows the state which displayed the position on the graph corresponding to when the cell which is not suitable is designated.
第一実施形態の細胞画像解析装置は、図1に示すように、照明光学系1、結像光学系2、試料を載置して観察位置に運ぶ電動ステージ3、及びCCDカメラなどの撮像素子4からなる顕微鏡と、顕微鏡に接続されたパーソナルコンピュータ(以下、「パソコン」)5を備えている。
顕微鏡は、細胞から発せられる光の像をCCDカメラ4を介して画像として取得することができるように構成されている。
パソコン5は、顕微鏡のCCDカメラ4を介して得られた画像に対して所定の処理を行い、複数の細胞を含む画像の中から、ユーザにとって興味ある特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群を自動的に抽出する機能を有している。
また、第一実施形態の細胞画像解析装置は、パソコン5によるユーザインタフェースを備えている。詳しくは、図2に示すように、モニタ5aの表示画面上に撮像した細胞画像やその細胞画像中における細胞の数などを表示する機能や、例えば、細胞画像ごとの細胞数の分布の変化をグラフで表示する機能等の、画像表示機能及びグラフ表示機能、さらには図1に示したキーボードやマウス等の入力手段5bを介して顕微鏡装置の動作制御を指示する入力機能等を備えたソフトウェアを有している。
As shown in FIG. 1, the cell image analysis apparatus according to the first embodiment includes an illumination
The microscope is configured such that an image of light emitted from a cell can be acquired as an image via the
The
In addition, the cell image analysis apparatus according to the first embodiment includes a user interface by the
そして、第一実施形態の細胞画像解析装置では、図3に示すように、細胞画像の撮像(ステップS1)、細胞画像解析:定量化(ステップS2)、細胞画像解析:細胞等の分類(ステップS3)、解析結果の表示(ステップS4)の順で画像解析処理を行うように構成されている。
ここで、画像解析処理の各段階における処理概要を簡単に説明する。
In the cell image analysis apparatus according to the first embodiment, as shown in FIG. 3, imaging of a cell image (step S1), cell image analysis: quantification (step S2), cell image analysis: classification of cells and the like (steps) Image analysis processing is configured to be performed in the order of S3) and analysis result display (step S4).
Here, the outline of the process at each stage of the image analysis process will be briefly described.
細胞画像の撮像
細胞画像の撮像処理(ステップS1)では、撮像はあらかじめ決められた手順に従い、自動的に行う。詳しくは、顕微鏡装置の動作制御を指示するためのソフトウェアを介して顕微鏡の動作制御を予め設定しておく。そして、予め設定した動作制御に従い、例えば、ステージ3の位置を所定位置に移動し、結像光学系2のフォーカス位置を自動的に調整し、CCDカメラ4で撮像し、パソコンに画像データとして蓄積するといった手順を繰り返し行うことで複数の細胞画像を取得していく。
In the cell image imaging process (step S1), imaging is automatically performed according to a predetermined procedure. Specifically, the operation control of the microscope is set in advance through software for instructing the operation control of the microscope apparatus. Then, in accordance with preset operation control, for example, the position of the
細胞画像解析:定量化
細胞画像解析:定量化処置(ステップS2)では、細胞の解析をある程度自動的に行う。詳しくは、主に画像処理、画像解析のためのソフトウェアを介して、画像中での細胞の領域を特定し、或いは、細胞のサイズ、明るさ、真円度、また異なる蛍光色素による明るさの比率など、複数の特徴量を自動的に計算し、定量化を行う。
なお、これらの特徴量については、統計的に処理する。即ち、複数画像における各画像中の細胞ごとに得られた特徴量の平均化、規格化等を行う。
Cell image analysis: quantification Cell image analysis: In quantification treatment (step S2), cell analysis is automatically performed to some extent. Specifically, the area of cells in the image is specified mainly through software for image processing and image analysis, or the cell size, brightness, roundness, and brightness of different fluorescent dyes. Multiple features such as ratios are automatically calculated and quantified.
These feature values are processed statistically. In other words, the feature values obtained for each cell in each image in a plurality of images are averaged and normalized.
細胞画像解析:分類
細胞画像解析:分類処理(ステップS3)では、細胞画像解析:定量化処置(ステップS2)を介して平均化、規格化等されたデータを用いて所定の特徴ごとに細胞を分類する。
例えば、血球系の細胞とがん組織から遊離した細胞などでは、大きさと形がかなり異なる。そこで、これらの特徴(大きさ、形)にしたがって細胞を分類する。この例の場合、前者の細胞は、小さく丸いものが多く、後者の細胞は、大きく形がゆがんだものが多い。例えば、細胞の大きさの分布をグラフに示すと、図4(a)に示すように、二つの特徴的なピークが現れる。そこで、この二つの特徴的なピーク近傍に夫々分布される細胞の群ごとに細胞を分類することができる。
Cell image analysis: Classification Cell image analysis: In classification processing (step S3), cells are analyzed for each predetermined feature using data averaged and normalized through cell image analysis: quantification processing (step S2). Classify.
For example, blood cells and cells released from cancer tissue are quite different in size and shape. Therefore, the cells are classified according to these characteristics (size, shape). In this example, the former cells are often small and round, and the latter cells are often large and distorted. For example, when the cell size distribution is shown in a graph, two characteristic peaks appear as shown in FIG. Therefore, the cells can be classified for each group of cells distributed in the vicinity of these two characteristic peaks.
また、第一実施形態の細胞画像解析装置では、実験系によってはさらに解析を行う。例えば、異なる蛍光特性をもつ物質で染色した細胞だけを選ぶような場合、各細胞領域におけるその蛍光の明るさの量により細胞を分類することもできるようになっている。 Moreover, in the cell image analyzer of the first embodiment, further analysis is performed depending on the experimental system. For example, when only cells stained with substances having different fluorescence characteristics are selected, the cells can be classified according to the amount of fluorescence brightness in each cell region.
解析結果の表示
解析結果の表示処理(ステップS4)では、細胞画像解析:分類処理(ステップS3)での分類にしたがって、例えば、その細胞の比率、その蛍光がある程度発光しているものとそうでないものとの比率を、グラフや数値などの表示態様でもって表示画面上に表示する。
Analysis result display In the analysis result display process (step S4), according to the classification in the cell image analysis: classification process (step S3), for example, the ratio of the cells, the fluorescence emitted to some extent or not, is not so. The ratio to the object is displayed on the display screen in a display form such as a graph or a numerical value.
また、第一実施形態の細胞画像解析装置では、上述したのと同様の画像解析処理を、例えば、培養条件を変えて、或いは、異なる試料を用いて行い、その解析結果を比較するなどの研究を行うこともできるようになっている。 Further, in the cell image analysis apparatus of the first embodiment, the same image analysis processing as described above is performed, for example, by changing the culture conditions or using different samples and comparing the analysis results. Can also be done.
次に、このような第一実施形態の細胞画像解析装置の解析系におけるユーザインタフェースの詳細な構成について説明する。
第一実施形態の細胞画像解析装置では、ユーザが任意の細胞を興味ある細胞として指定できる機能として、例えば、画像中の細胞を指定し、これらの細胞領域を切り出し、表示するインターフェースを細胞画像解析ソフトウェアとして備えている。
Next, a detailed configuration of the user interface in the analysis system of the cell image analysis apparatus of the first embodiment will be described.
In the cell image analysis apparatus of the first embodiment, as a function that allows the user to designate an arbitrary cell as a cell of interest, for example, an interface for designating a cell in an image, cutting out these cell regions, and displaying them is displayed. It is provided as software.
例えば、図5に示すように、細胞画像解析ソフトウェアを介して表示画面に表示されている細胞画像のうち、ユーザが興味のある細胞を選択して画面クリックなどの操作により指定する。
図5(a)は、細胞画像に含まれている2種類の細胞種(大きいものと小さいもの)のうち、大きいものを指定した例を示している。
For example, as shown in FIG. 5, a cell in which the user is interested is selected from the cell images displayed on the display screen via the cell image analysis software, and designated by an operation such as a screen click.
FIG. 5 (a) shows an example in which a larger one of two types of cells (large and small) included in the cell image is designated.
この操作により、ユーザが指定した細胞に対して、例えば、似た細胞を細胞画像中から選び出し、画像上で表示、あるいはグラフで表示することが可能となる。 By this operation, for example, similar cells can be selected from the cell image and displayed on the image or displayed as a graph with respect to the cell designated by the user.
図5(b)は、細胞画像上で、興味ある細胞として指定された大きな細胞だけ表示の色を変えるなどの表示方法により、選択された細胞を含む所定種類の細胞を表示した例を示している。 FIG. 5B shows an example in which a predetermined type of cells including selected cells are displayed by a display method such as changing the display color of only large cells designated as cells of interest on the cell image. Yes.
また、別の表示方法として、例えば、図5(c)に示すように、抽出した細胞を別の画像パネル上に切り出して一覧表示することもできるようになっている。 As another display method, for example, as shown in FIG. 5C, the extracted cells can be cut out on another image panel and displayed as a list.
しかしながら、単に細胞画像上で所望の細胞をクリックによって指定する機能を備えただけでは、その画面クリックによって指定した細胞が、分類に適した特徴を有さない場合に、細胞を分類するために特定の細胞を指定するというユーザの目的に却ってそぐわないものになるおそれがある。 However, simply having the function to specify the desired cell by clicking on the cell image, the cell specified by clicking on the screen is specified to classify the cell when it does not have characteristics suitable for classification. There is a risk that it will become unsuitable for the user's purpose of designating cells.
そこで、本発明の細胞画像解析装置では、細胞の分類に適した細胞を指定し易くするために、例えば、次のような機能が追加されている。
その機能の1つとして、第一実施形態の細胞画像解析装置では、細胞画像上での細胞の指定が、グラフ上での細胞の指定とリンクするようになっている。
例えば、図6(a),(b)に示すように、表示画面に表示された細胞画像中の任意の細胞をクリックすると、その細胞に関する所定の特徴量の大きさがグラフの分布上での位置として表示される。これにより、全体の分布を見ながら、そのクリックした任意の細胞が他の細胞と比較してどのような特徴をもち、どれだけ特徴を良くあらわしたものであるかという判断が可能になる。その結果、例えば、図6(a),(b)に示すように、2つのピークを持った分布をもつ細胞画像の場合、この2つのピークの中間位置に位置する細胞は、図6(c)のグラフに示すように、頻度が低く細胞の分類のための基準としては、適さないものであることが分かる。
Therefore, in the cell image analysis apparatus of the present invention, for example, the following functions are added in order to make it easy to specify cells suitable for cell classification.
As one of the functions, in the cell image analysis apparatus of the first embodiment, the designation of the cell on the cell image is linked to the designation of the cell on the graph.
For example, as shown in FIGS. 6 (a) and 6 (b), when an arbitrary cell in the cell image displayed on the display screen is clicked, the size of a predetermined feature amount related to the cell is displayed on the graph distribution. Displayed as a position. Accordingly, it is possible to determine what kind of characteristic the arbitrary clicked cell has compared to other cells and how well the characteristic is displayed while looking at the overall distribution. As a result, for example, as shown in FIGS. 6 (a) and 6 (b), in the case of a cell image having a distribution having two peaks, a cell located at an intermediate position between the two peaks is shown in FIG. As can be seen from the graph of), the frequency is low and it is not suitable as a standard for cell classification.
また、例えば、細胞の分布グラフ上の一点を指定することにより、特徴的な細胞を指定することも可能になっている。これにより、例えば、図6に示したグラフにおけるピークの中心位置に近い細胞を選択することができ、より正確な細胞の分類が可能になる。 Also, for example, by specifying one point on the cell distribution graph, it is possible to specify a characteristic cell. Thereby, for example, a cell close to the center position of the peak in the graph shown in FIG. 6 can be selected, and more accurate cell classification becomes possible.
また、グラフ上で細胞を選択する場合、選択した指定細胞に対応する(近似する)細胞を、現在表示されている細胞画像上で、選択された細胞における所定の特徴量の値に最も近いものを選ぶようにすることも可能である。 In addition, when selecting a cell on the graph, the cell corresponding to (approximating) the selected designated cell is the one closest to the value of the predetermined feature value of the selected cell on the currently displayed cell image. It is also possible to choose.
細胞の分布は通常複数の画像にわたるものである。このため、第一実施形態の細胞画像解析装置は、例えば、グラフ表示された分布上の点のうち、そのグラフに含まれる指定細胞の位置だけを抜き出して、点滅や異なる色で表示し、特定画像中(現在表示されている画像中)でこの指定位置に最も近い特徴量の値をもつ細胞を選ぶという機能も備えている。 Cell distribution usually spans multiple images. For this reason, for example, the cell image analysis apparatus of the first embodiment extracts only the position of the designated cell included in the graph from the points on the distribution displayed in the graph, and displays the specified cell with blinking or different colors. It also has a function of selecting a cell having a feature value closest to the designated position in the image (in the currently displayed image).
このように構成された第一実施形態の細胞画像解析装置によれば、複数の方法で、かつ、細胞の画像と、特徴量の分布など、複数の結果を参照しながら細胞の特徴を指定することができる。 According to the cell image analysis apparatus of the first embodiment configured as described above, the feature of the cell is designated by a plurality of methods and referring to a plurality of results such as the cell image and the distribution of the feature amount. be able to.
第二実施形態
図7は本発明の第二実施形態の細胞画像解析装置で設定する特徴量パラメタの説明図で、(a)は細胞のサイズ、(b)は細胞の真円度、(c)は細胞の輝度、(d)は各細胞を(a)〜(c)の特徴量パラメタのうち所定の特徴量パラメタを有する細胞の像からなる細胞画像の一例をそれぞれ示している。図8は特徴量パラメタの組合せと、その組合せに対応する細胞の分類例を示す説明図で、(a)は適切な特徴量パラメタの組合せによる細胞の分類例、(b)は不適切な特徴量パラメタの組合せによる細胞の分類例をそれぞれ示している。
第二実施形態の細胞画像解析装置は、第一実施形態の細胞画像解析装置の構成に加えて、ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群が他の細胞群と区別可能となる特徴量パラメタからなるパラメタ群を自動的に設定し、かつ、これらのパラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に設定する機能を備えている。
Second Embodiment FIG. 7 is an explanatory view of the feature parameter set by the cell image analyzer of the second embodiment of the present invention, where (a) is the cell size, (b) is the roundness of the cell, (c ) Shows the luminance of the cell, and (d) shows an example of a cell image made up of an image of each cell having a predetermined feature parameter among the feature parameters of (a) to (c). FIG. 8 is an explanatory diagram showing a combination of feature parameter and an example of cell classification corresponding to the combination. (A) is an example of cell classification by appropriate feature parameter combination, and (b) is an inappropriate feature. Examples of cell classification based on combinations of quantity parameters are shown.
In addition to the configuration of the cell image analysis device of the first embodiment, the cell image analysis device of the second embodiment can distinguish a cell group having characteristics similar to a specific cell designated by the user from other cell groups. And a function for automatically setting a parameter group of feature quantity parameters, and automatically setting a threshold value of each feature quantity parameter included in these parameter groups.
細胞の分類は、複数の特徴量の値のそれぞれについての全体の分布を比較することで得られる。例えば、細胞の種類を分類する実験系において、特徴量パラメタ1を細胞の大きさの平均、特徴量パラメタ2を細胞の莫円度の平均、特徴量パラメタ3を細胞の明るさの平均とする。例えば、図7に示すように、この3つの特徴量パラメタのうち、細胞の大きさ、細胞の真円度に関しては、細胞の種類による依存性が高く、細胞種によって分布が大きく変わるものであるとする一方で、細胞の明るさに関しては、細胞種によって分布に大きな特徴は見られないものとする。この場合、特徴量パラメタ3は、細胞の分類に適した特徴量パラメタとはいえない。
The classification of the cells is obtained by comparing the entire distribution for each of the plurality of feature value values. For example, in an experimental system for classifying cell types, the
このような各特徴量パラメタの分類に対する効果を判定する方法としては、次のような方法が考えられる。
特徴量パラメタをp1,p2,p3,・・・とし、指定された細胞の特徴量の値をap1,ap2,ap3,・・・とする。ここで、各特徴量に対して適当な幅(例えばその値を中心に5%の細胞を含む値)をもつ上限値及び下限値を閥値としてそれぞれ設定し、特徴量の上限値の組をamp1,amp2,amp3,・・・、特徴量の下限値の組をalp1,alp2,alp3,・・・としたときに、alp1>axp1>amp1を満たす細胞群が例えば得られるものとする。
このalp1>axp1>amp1を満たす細胞群は、細胞画像全体に含まれる細胞のうち、特徴量パラメタ1に関して、指定細胞の特徴量の値に近い値をもつ上位下位5%ずつの細胞を意味している。ここで、指定細胞の特徴量の値に近い値をもつ上位下位5%ずつの細胞群は、特徴量パラメタ1,2,3ごとにそれぞれ異なる場合が多いと考えられるが、もしこれら特徴量パラメタのうち、幾つか所定の特徴量パラメタの組合せによって細胞が効果的に分類できる場合には、その幾つか所定の特徴量パラメタを基準として分類された細胞群の集団は一致するはずである。つまり、細胞の特徴量パラメタp1,p2,p3,・・・のうち、細胞の分類に効果のある特徴量パラメタの組合せを、例えば、指定細胞に近い値をもつ上位下位5%ずつの細胞群の重なりが多いパラメタ群として定義することができる(図8参照)。
The following method can be considered as a method for determining the effect on the classification of each feature parameter.
The feature parameter is p1, p2, p3,..., And the specified feature value of the cell is ap1, ap2, ap3,. Here, an upper limit value and a lower limit value each having an appropriate width (for example, a value including 5% of cells centered on the value) are set as threshold values for each feature value, and a set of upper limit values of the feature values is set. Assume that a group of cells satisfying alp1>axp1> amp1 is obtained when a set of lower limit values of amp1, amp2, amp3,..., alp1, alp2, alp3,.
The cell group satisfying alp1>axp1> amp1 means cells in the upper and lower 5% each having a value close to the feature value of the designated cell with respect to the
例えば、特徴量パラメタ1と特徴量パラメタ2との組合せが適切である場合には、図8(a)に示すように、特徴量パラメタ1により分類される細胞群の集団と、特徴量パラメタ2により分類される細胞群の集団とが略一致して、細胞群の分布にきれいに分かれる。一方、特徴量パラメタ1と特徴量パラメタ2との組合せが不適切である場合には、図8(b)に示すように、特徴量パラメタ1により分類される細胞群の集団と、特徴量パラメタ2により分類される細胞群の集団とが一致せず、細胞群の分布がきれいに分かれない。
For example, when the combination of the
なお、閥値は、上記の例では上下5%としたが、第二実施形態の細胞画像解析装置では、例えば、上記のようにして決定されたパラメタ群及びパラメタ群に対して決定された細胞群に関して、細胞群が重なりの度合いがもっとも多くなる値を閥値とするなどの方法により自動的に決定することができるようになっている。
このように構成された第二実施形態の細胞画像解析装置によれば、分類により適した細胞を指定し易くなる。
The threshold value is 5% in the upper and lower directions in the above example. However, in the cell image analysis apparatus of the second embodiment, for example, the parameter group determined as described above and the cell determined for the parameter group are used. With respect to the group, the cell group can be automatically determined by a method such as taking a value where the degree of overlap of the cell group is the highest.
According to the cell image analysis apparatus of the second embodiment configured as described above, it becomes easy to designate a cell suitable for classification.
第三実施形態
図9は本発明の第三実施形態にかかる細胞画像解析装置に備わる細胞の指定についてのフィードバック機能による手順を示す説明図で、(a)はユーザが指定した細胞に基づいて近似する細胞を自動的にリストアップして画面表示する段階、(b)は画面表示された複数の細胞の中から特定細胞に近似しない細胞をユーザが指定する段階、(c)はユーザによる特定細胞に近似しない細胞の指定に基づき特徴量パラメタの閥値を変更する段階をそれぞれ示している。
Third Embodiment FIG. 9 is an explanatory diagram showing a procedure by a feedback function for cell designation provided in the cell image analysis apparatus according to the third embodiment of the present invention. (A) is an approximation based on the cell designated by the user. (B) is a step in which a user designates a cell that does not approximate a specific cell from a plurality of cells displayed on the screen, and (c) is a specific cell by the user. The steps of changing the threshold value of the feature parameter based on the designation of the cells that are not approximate to are shown.
第三実施形態の細胞画像解析装置は、第二実施形態の細胞画像解析装置の構成に加えて、ユーザが指定した細胞の特徴を絞り込むため、自動的にいくつかの細胞をリストアップし、これらが興味ある細胞群に含まれるか否かをユーザに聞き返し、その答えに応じて、パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に変更する、自動応答機能を備えている。 In addition to the configuration of the cell image analyzer of the second embodiment, the cell image analyzer of the third embodiment automatically lists several cells in order to narrow down the characteristics of the cells specified by the user. Is included in the cell group of interest, and an automatic response function is provided to automatically change the threshold value of each feature parameter included in the parameter group according to the answer.
自動応答機能を備えなくても細胞の分類を決定することはできる。しかし、ユーザによる判断、フィードバックを行えば、より正確な分類を行うことができる。
そこで、第三実施形態の細胞画像解析装置は、第二実施形態の細胞画像解析装置においてユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群が他の細胞群と区別可能となる特徴量パラメタからなるパラメタ群を自動的に設定し、そのパラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの閥値を自動的に設定する機能を介して自動的に抽出された細胞分類に関し、例えばいくつかの細胞を選び出し、ユーザにこれが正しい分類であるか否かを尋ね、ユーザからその分類が間違ったものであるとの応答があった場合、各特徴量パラメタの閥値を変更し、より正確な細胞分類を行えるようにするための機能を備えている(図9参照)。
詳しくは、まず、図9(a)に示すように、ユーザが指定した特定の細胞に近似する細胞を自動的にリストアップして画面表示する。
次いで、図9(b)に示すように、画面表示された細胞中から指定した特定の細胞に近似しない細胞を分類に不適切な細胞としてユーザに指定させる。
ユーザによる不適切な細胞の指定があったときは、図9(c)に示すように、その指定に基づき、特徴量パラメタの閥値を変更する。
以後、同じ処理をユーザから不適切な細胞の指定がなくなるまで繰り返すことにより、より正確な特徴量パラメタの値が設定されることになる。
The cell classification can be determined without an automatic response function. However, more accurate classification can be performed if judgment and feedback are performed by the user.
Therefore, the cell image analysis apparatus according to the third embodiment is characterized in that a cell group having characteristics similar to a specific cell specified by the user in the cell image analysis apparatus according to the second embodiment can be distinguished from other cell groups. A parameter group consisting of parameters is automatically set, and the cell classification automatically extracted through the function of automatically setting the threshold value of each feature parameter included in the parameter group, for example, some cells If the user responds that the classification is wrong, the threshold value of each feature parameter is changed to make the cell classification more accurate. Is provided (see FIG. 9).
Specifically, as shown in FIG. 9 (a), first, cells similar to a specific cell designated by the user are automatically listed and displayed on the screen.
Next, as shown in FIG. 9B, the user designates a cell that does not approximate the specified cell from the cells displayed on the screen as a cell inappropriate for classification.
When the user designates an inappropriate cell, as shown in FIG. 9C, the feature value parameter threshold value is changed based on the designation.
Thereafter, the same process is repeated until the user no longer designates an inappropriate cell, whereby a more accurate feature parameter value is set.
第四実施形態
第四実施形態の細胞画像解析装置は、第二実施形態の細胞画像解析装置の構成に加えて、第二実施形態の細胞画像解析装置を介して得られた特徴量パラメタからなるパラメタ群を、もっとも良い特徴群としてユーザに提供し、あるいは、このパラメタ群に含まれる各特徴量パラメタに対する細胞の分布をユーザに提供する機能を備えている。このようにすれば、ユーザが判断を容易に行えるようになる。
Fourth Embodiment A cell image analysis apparatus according to the fourth embodiment includes feature amount parameters obtained via the cell image analysis apparatus according to the second embodiment in addition to the configuration of the cell image analysis apparatus according to the second embodiment. A parameter group is provided to the user as the best feature group, or a cell distribution for each feature parameter included in the parameter group is provided to the user. In this way, the user can easily make a determination.
第四実施形態の細胞画像解析装置のように、これらの分類の結果を画像だけでなく、パラメタ群や各特徴量に対する細胞の分布を表示してユーザに提供する機能を備えれば、正確な分類を行うことが可能になる。
例えば、図8に示したような分布を表示画面に表示する。このため、ユーザは、細胞を指定することによって設定されたパラメタ群が適切なものか否かの判断が容易になる。
As with the cell image analysis apparatus of the fourth embodiment, if the function of displaying the result of these classifications as well as the image, and displaying the distribution of cells with respect to the parameter group and each feature amount is provided to the user, it is accurate. Classification can be performed.
For example, the distribution as shown in FIG. 8 is displayed on the display screen. For this reason, the user can easily determine whether or not the parameter group set by designating the cell is appropriate.
第五実施形態
第五実施形態の細胞画像解析装置は、第一〜第四実施形態のいずれかの細胞画像解析装置の構成に加えて、ユーザの指定した特定の細胞と似た特徴をもつ細胞群の割合、パラメタ群に含まれる各特徴量パラメタの平均値、及び、各特徴量パラメタに関する他の細胞群との比較などの結果の少なくともいずれかを提供する機能を備えている。
Fifth Embodiment A cell image analysis device according to the fifth embodiment is a cell having characteristics similar to a specific cell designated by the user in addition to the configuration of the cell image analysis device according to any one of the first to fourth embodiments. It has a function of providing at least one of a group ratio, an average value of each feature parameter included in the parameter group, and a result of comparison with other cell groups regarding each feature parameter.
これらの結果は、実験の結果として使うことができる上、また、細胞の分類についての正確さをユーザが判断するために用いることができる。 These results can be used as experimental results and can also be used by the user to determine the accuracy of the cell classification.
このように、第一実施形態〜第五実施形態の細胞画像解析装置によれば、細胞画像解析装置を使用するユーザは、細胞の分類、解析等を容易に正確に行うことができるようになる。 As described above, according to the cell image analysis devices of the first to fifth embodiments, a user who uses the cell image analysis device can easily and accurately classify and analyze cells. .
本発明は、研究補助用途のために、様々な細胞種、様々な状態の細胞を含む細胞を解析する実験において、これら様々な細胞種、細胞状態のうち、特定の状態の細胞(群)を画像から自動的に抽出して細胞を分類する医療、医学、生物学の分野に有用である。 The present invention relates to a cell (group) of a specific state among these various cell types and cell states in an experiment for analyzing cells containing cells of various cell types and various states for the purpose of supporting research. It is useful in the medical, medical, and biological fields where cells are automatically extracted from images and classified.
1 照明光学系
2 結像光学系
3 ステージ3
4 CCDカメラ(撮像素子)
5 パーソナルコンピュータ
5a モニタ
5b キーボード
1 Illumination
4 CCD camera (image sensor)
5
Claims (10)
ユーザが任意の細胞を前記興味ある細胞として指定できる機能を備えたことを特徴とする細胞画像解析装置。 A feature similar to a specific cell that is of interest to the user from among images containing a plurality of cells, by performing predetermined processing on the image obtained from the image acquisition means that acquires an image of light emitted from the cell as an image A device having a function of automatically extracting a cell group having
A cell image analysis apparatus provided with a function that allows a user to designate an arbitrary cell as the cell of interest.
ユーザが任意の細胞を前記興味ある細胞として指定できる機能を備えたことを特徴とする細胞画像解析ソフトウェア。 A feature similar to a specific cell that is of interest to the user from among images containing a plurality of cells, by performing predetermined processing on the image obtained from the image acquisition means that acquires an image of light emitted from the cell as an image Cell image analysis software used in a cell image analysis device having a function of automatically extracting a cell group having
A cell image analysis software comprising a function that allows a user to designate an arbitrary cell as the cell of interest.
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