JP2008505658A - リンパ組織におけるｃｄｋ９及び／又はｃｙｃｌｉｎｔ１の発現解析による癌の存在を判定するための方法 - Google Patents
リンパ組織におけるｃｄｋ９及び／又はｃｙｃｌｉｎｔ１の発現解析による癌の存在を判定するための方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2008505658A JP2008505658A JP2007521544A JP2007521544A JP2008505658A JP 2008505658 A JP2008505658 A JP 2008505658A JP 2007521544 A JP2007521544 A JP 2007521544A JP 2007521544 A JP2007521544 A JP 2007521544A JP 2008505658 A JP2008505658 A JP 2008505658A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- lymphoma
- cdk9
- cells
- cyclin
- expression
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 102100024457 Cyclin-dependent kinase 9 Human genes 0.000 title claims abstract description 103
- 101000980930 Homo sapiens Cyclin-dependent kinase 9 Proteins 0.000 title claims abstract description 103
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims abstract description 87
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 54
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title description 14
- 210000003563 lymphoid tissue Anatomy 0.000 title description 8
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title description 6
- 108050006400 Cyclin Proteins 0.000 claims abstract description 101
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 claims abstract description 64
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 claims abstract description 24
- 208000025205 Mantle-Cell Lymphoma Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 claims abstract description 16
- 210000001165 lymph node Anatomy 0.000 claims abstract description 15
- 201000007924 marginal zone B-cell lymphoma Diseases 0.000 claims abstract description 9
- 208000021937 marginal zone lymphoma Diseases 0.000 claims abstract description 9
- 210000001541 thymus gland Anatomy 0.000 claims abstract description 7
- 210000004880 lymph fluid Anatomy 0.000 claims abstract description 5
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 claims abstract description 5
- 102000016736 Cyclin Human genes 0.000 claims description 99
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 79
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 40
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 31
- 208000031671 Large B-Cell Diffuse Lymphoma Diseases 0.000 claims description 24
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 24
- 206010012818 diffuse large B-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 24
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 22
- 201000003444 follicular lymphoma Diseases 0.000 claims description 19
- 210000001280 germinal center Anatomy 0.000 claims description 19
- 208000013056 classic Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 claims description 16
- 206010073478 Anaplastic large-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 14
- 208000011691 Burkitt lymphomas Diseases 0.000 claims description 14
- 208000032004 Large-Cell Anaplastic Lymphoma Diseases 0.000 claims description 14
- 210000001948 pro-b lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 13
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 7
- 208000027190 Peripheral T-cell lymphomas Diseases 0.000 claims description 6
- 208000031672 T-Cell Peripheral Lymphoma Diseases 0.000 claims description 6
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 claims description 6
- 208000020968 mature T-cell and NK-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 claims description 6
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims description 6
- 238000013394 immunophenotyping Methods 0.000 claims description 4
- 210000001350 reed-sternberg cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 208000003950 B-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 3
- 206010042971 T-cell lymphoma Diseases 0.000 claims description 3
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000004324 lymphatic system Anatomy 0.000 claims description 3
- 208000027585 T-cell non-Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 claims description 2
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 claims description 2
- 238000010820 immunofluorescence microscopy Methods 0.000 claims description 2
- 102100036691 Proliferating cell nuclear antigen Human genes 0.000 abstract 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 14
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 13
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 12
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 10
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 6
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 6
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 6
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 6
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 5
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 5
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 5
- 230000002055 immunohistochemical effect Effects 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 description 5
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 5
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 5
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 230000001613 neoplastic effect Effects 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 230000000284 resting effect Effects 0.000 description 4
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 4
- 241000945470 Arcturus Species 0.000 description 3
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 3
- 101150035324 CDK9 gene Proteins 0.000 description 3
- 101150112014 Gapdh gene Proteins 0.000 description 3
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 3
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 3
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 3
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 238000012137 double-staining Methods 0.000 description 3
- 230000006870 function Effects 0.000 description 3
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 3
- 238000012758 nuclear staining Methods 0.000 description 3
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 3
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 3
- 210000001978 pro-t lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 238000007447 staining method Methods 0.000 description 3
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 3
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 3
- 229960005486 vaccine Drugs 0.000 description 3
- 102100021631 B-cell lymphoma 6 protein Human genes 0.000 description 2
- 108010025461 Cyclin-Dependent Kinase 9 Proteins 0.000 description 2
- 102000013702 Cyclin-Dependent Kinase 9 Human genes 0.000 description 2
- 206010061819 Disease recurrence Diseases 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N Haematoxylin Chemical compound C12=CC(O)=C(O)C=C2CC2(O)C1C1=CC=C(O)C(O)=C1OC2 WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 2
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 2
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 101000971234 Homo sapiens B-cell lymphoma 6 protein Proteins 0.000 description 2
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 2
- 101000934372 Homo sapiens Macrosialin Proteins 0.000 description 2
- 208000030289 Lymphoproliferative disease Diseases 0.000 description 2
- 102100025136 Macrosialin Human genes 0.000 description 2
- 108090000028 Neprilysin Proteins 0.000 description 2
- 102000003729 Neprilysin Human genes 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 2
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 2
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 2
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 2
- 238000011109 contamination Methods 0.000 description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 2
- 239000011536 extraction buffer Substances 0.000 description 2
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 2
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 2
- 210000004180 plasmocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 2
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 1
- 208000002109 Argyria Diseases 0.000 description 1
- 238000009010 Bradford assay Methods 0.000 description 1
- 108010040340 CDC2-CDC28 Kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000001840 CDC2-CDC28 Kinases Human genes 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002435 Cyclin T Human genes 0.000 description 1
- 108010068106 Cyclin T Proteins 0.000 description 1
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 102000016911 Deoxyribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010053770 Deoxyribonucleases Proteins 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 238000002738 Giemsa staining Methods 0.000 description 1
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 1
- 101001011441 Homo sapiens Interferon regulatory factor 4 Proteins 0.000 description 1
- 101001131670 Homo sapiens PWWP domain-containing DNA repair factor 3A Proteins 0.000 description 1
- 108010058683 Immobilized Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 102100030126 Interferon regulatory factor 4 Human genes 0.000 description 1
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 description 1
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 description 1
- 102000043131 MHC class II family Human genes 0.000 description 1
- 108091054438 MHC class II family Proteins 0.000 description 1
- 206010064912 Malignant transformation Diseases 0.000 description 1
- 101100381525 Mus musculus Bcl6 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 1
- 108050007154 PWWP domain-containing DNA repair factor 3A Proteins 0.000 description 1
- 102100034640 PWWP domain-containing DNA repair factor 3A Human genes 0.000 description 1
- 229940124158 Protease/peptidase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 1
- 238000010802 RNA extraction kit Methods 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 208000007660 Residual Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N Silane Chemical compound [SiH4] BLRPTPMANUNPDV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101001023030 Toxoplasma gondii Myosin-D Proteins 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 1
- 206010046865 Vaccinia virus infection Diseases 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 1
- 210000001130 astrocyte Anatomy 0.000 description 1
- 108700041737 bcl-2 Genes Proteins 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 230000017531 blood circulation Effects 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 125000002091 cationic group Chemical group 0.000 description 1
- 230000011712 cell development Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 230000000536 complexating effect Effects 0.000 description 1
- 238000012864 cross contamination Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000003831 deregulation Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 238000002224 dissection Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N eosin Chemical compound [Na+].OC(=O)C1=CC=CC=C1C1=C2C=C(Br)C(=O)C(Br)=C2OC2=C(Br)C(O)=C(Br)C=C21 YQGOJNYOYNNSMM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 210000001102 germinal center b cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 238000007490 hematoxylin and eosin (H&E) staining Methods 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000002991 immunohistochemical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 1
- 238000000370 laser capture micro-dissection Methods 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- 208000019420 lymphoid neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 201000001268 lymphoproliferative syndrome Diseases 0.000 description 1
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 1
- 238000002595 magnetic resonance imaging Methods 0.000 description 1
- 230000036212 malign transformation Effects 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 210000001806 memory b lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 210000001167 myeloblast Anatomy 0.000 description 1
- 230000001114 myogenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 230000010309 neoplastic transformation Effects 0.000 description 1
- 210000003924 normoblast Anatomy 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000001216 nucleic acid method Methods 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012261 overproduction Methods 0.000 description 1
- 210000002741 palatine tonsil Anatomy 0.000 description 1
- 239000000137 peptide hydrolase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 238000010926 purge Methods 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 201000006845 reticulosarcoma Diseases 0.000 description 1
- 208000029922 reticulum cell sarcoma Diseases 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 229910000077 silane Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000002363 skeletal muscle cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 239000008399 tap water Substances 0.000 description 1
- 235000020679 tap water Nutrition 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000002992 thymic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000010474 transient expression Effects 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 230000005740 tumor formation Effects 0.000 description 1
- 230000007306 turnover Effects 0.000 description 1
- 241000701161 unidentified adenovirus Species 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- 208000007089 vaccinia Diseases 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4739—Cyclin; Prad 1
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
Abstract
患者のリンパ腫の存在を判定するための方法を開示する。患者から採取した骨髄、胸腺、脾臓、リンパ節、リンパ液および／または又はリンパ球のサンプルは、CDK9および／またはCYCLIN T1の発現を測定するためにアッセイされる。CDK9及び/又はCYCLIN T1の存在によって、患者における、マントル細胞リンパ腫又は辺縁帯リンパ腫以外のリンパ腫を示す。
【選択図】なし
【選択図】なし
Description
本発明は、悪性リンパ球又はリンパ腫におけるCDK9及びCYCLIN T1の発現パターン、並びにCDK9及びCYCLIN T1の発現に基づく、リンパ腫の診断方法又は自己骨髄における潜在性腫瘍混入の同定方法、並びにリンパ腫の治療に関する。
リンパ系は、リンパ液と呼ばれる水様の透明な体液を循環器系と相互作用して全身に輸送する、臓器及び結節の網状組織である。リンパ液は、リンパ球と呼ばれる細胞を含む。リンパ球には大きく分けてB細胞とT細胞の2種類がある。B細胞は骨髄中の幹細胞から生じ、骨髄中でその構造的成長（分化）及び成熟を完了する。T細胞も骨髄より生じるが、胸腺で分化及び成熟する。B細胞及びT細胞のリンパ球は、血流によりこれらの臓器から出る。その後リンパ球は体の異なる部分へ移動し、各段階で固有の機能を果たす。
リンパ腫は、リンパ球が悪性化する場合に生じる、関連している癌の一群である。細胞が悪性化すると、その成熟段階は停止し、リンパ球が悪性化すると、その発生段階がリンパ腫の特定の種類を決定する。異なるサブタイプ及び異なる成熟段階のリンパ球が存在するため、異なる種類のリンパ腫が存在する。リンパ腫は通常、2つのグループ：古典的ホジキンリンパ腫（ホジキン病）と非ホジキンリンパ腫とに細分される。正常細胞と同様に、悪性リンパ球は身体の多くの部分に移動することができる。
リンパ腫は診断するのが困難であり、現在は、単独の検査でリンパ腫の診断を確立するのは不十分である。それどころか現在の臨床診療では、病理学者が正常なリンパ節の構造及び細胞特性における変化を探すことに携わっている。リンパ腫を評価するのに用いられる他の方法としては、血液検査、X線、コンピュータ断層撮影（CTスキャン）、磁気共鳴映像法(MRI)及び骨髄生検が挙げられる。
リンパ腫を含む多くの癌は、様々な悪性細胞における特定分子の固有の分子特性又は不適切な発現(例えば、濾胞性リンパ腫に見られるbcl-2遺伝子の再配列)によって特徴付けされる。そのため、これらの分子は特定の癌又はリンパ腫のマーカーとしての役割を果たす。使用する方法に関係なく、特定のリンパ腫の存在を正確に判定する能力は、リンパ腫の正確な診断及び安全で有効な治療のために極めて有用である。リンパ細胞の分化又は活性化の特定の段階で発現する分子の同定は、様々なリンパ腫の診断及び治療において、有用なマーカーとしての役割を果たすことができる。
Granaら、1994, Proc Natl Acad Sci U S A, 91:3834-3838 Fuら, 1999, J Biol Chem, 274:34527-34530 Pengら, 1998, Genes Dev, 12:755-762 Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888 Simoneら, 2002, Oncogene, 21:4137-4148 De Falcoら, 2002, Cancer Biol Ther, 1:342-347 Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888 MacLachlanら, 1998, J Cell Biochem, 71:467-478 Sanoら, 2002, Nat Med, 8:1310-1317 Napolitanoら, 2002, J Cell Physiol, 192:209-215 Herrmannら, 2001, J Cell Sci, 114(Pt8): 1491-1503
Granaら、1994, Proc Natl Acad Sci U S A, 91:3834-3838 Fuら, 1999, J Biol Chem, 274:34527-34530 Pengら, 1998, Genes Dev, 12:755-762 Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888 Simoneら, 2002, Oncogene, 21:4137-4148 De Falcoら, 2002, Cancer Biol Ther, 1:342-347 Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888 MacLachlanら, 1998, J Cell Biochem, 71:467-478 Sanoら, 2002, Nat Med, 8:1310-1317 Napolitanoら, 2002, J Cell Physiol, 192:209-215 Herrmannら, 2001, J Cell Sci, 114(Pt8): 1491-1503
本発明は、様々な悪性リンパ球及びリンパ腫において、CDK9及びCYCLIN T1の両方が発現していることを開示する。1つの態様において、本発明は、前駆B細胞及び前駆T細胞においてCDK9タンパク質及びCYCLIN T1タンパク質の両方が発現していることを開示する。末梢リンパ組織においては、濾胞間領域中の胚中心細胞並びに散在性B細胞芽球及び散在性T細胞芽球はCDK9/CYCLIN T1を発現するが、マントル細胞、プラズマ細胞及び小休止Tリンパ球はいずれの分子の発現も示さない。従って本発明は、CDK9/CYCLIN T1発現がリンパの分化/活性化の特定の段階にこのように関連していることを開示する。
別の態様において、本発明は、悪性リンパ腫におけるCDK9とCYCLIN T1との複合体が、前駆B細胞及び前駆T細胞、濾胞性リンパ腫などの胚中心細胞、活性化T細胞(すなわち、未分化大細胞リンパ腫)、並びに古典的ホジキンリンパ腫のホジキン細胞及びリード・シュテルンベルク（Reed-Strnberg）細胞から生じるリンパ腫において高発現していることを開示する。びまん性大細胞型B細胞、バーキットリンパ腫及び末梢T細胞リンパ腫(T細胞リンパ増殖障害)は広範な値を示した。マントル細胞及び辺縁帯リンパ腫ではCDK9/CYCLIN T1の発現は見られない。
さらに別の態様において、本発明は、CDK9/CYCLIN T1 mRNA比の不均衡を特定のリンパ腫の診断に用いることができることを開示する。この不均衡は、CYCLIN T1のmRNAと比べてCDK9のmRNAが過剰発現していることに起因する。具体的には、反応性リンパ節との比較において、RNAレベルでのCDK9/CYCLIN T1比の不均衡は、濾胞性リンパ腫、胚中心の表現型を有するびまん性大細胞型B細胞リンパ腫、並びに古典的ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫及び未分化大細胞リンパ腫の細胞株に見られる。
従って、本発明の実施形態において、ヒト患者中の、マントル細胞リンパ腫又は辺縁帯リンパ腫のいずれでもないリンパ腫の存在を判定するための方法が提供される。この判定方法は、CDK9タンパク質及び/又はCYCLIN T1タンパク質の発現を測定するために患者のリンパ系から採取したサンプル（例えば骨髄、胸腺、脾臓、リンパ節、リンパ液又はリンパ球）をアッセイすることを要とする。サンプル中のCDK9タンパク質及び/又はCYCLIN T1タンパク質の存在は、患者中のリンパ腫の存在を示唆する。リンパ腫は、前駆T細胞、前駆B細胞、胚中心細胞、活性化T細胞又はリード・シュテルンベルク細胞（極めて大型の異常B細胞）におけるCDK9及びCYCLIN T1の発現に起因するリンパ腫である。
別の実施形態において、リンパ腫に罹患している患者の臨床成績(化学療法後及び/又は放射線療法後）の評価方法が提供される。この方法は、患者から得た臨床検体の細胞におけるCDK9及び/又はCYCLIN T1発現レベルの計測、並びにその発現レベルを一連の参照発現レベル(例えば、正常な、非悪性リンパ球の発現レベル又は健常人の扁桃腺細胞における発現レベル)に対して比較することを含み、ここでCDK9及び/又はCYCLIN T1の発現レベルの増減は患者の臨床成績を示す。
本発明は、リンパ組織におけるCDK9とCYCLIN T1の発現を解析することによる癌の存在を判定するための方法に関する。
CDK9は、CDC2様キナーゼファミリーのメンバーである。PITALREとも呼ばれるこのキナーゼは、他のCDC2関連キナーゼ中に保存されている配列に由来する縮重オリゴヌクレオチドプライマーを用いて、PCRによりクローン化された(Granaら、1994, Proc Natl Acad Sci U S A, 91:3834-3838)。このキナーゼファミリーのメンバーは全て、このタンパク質のアミノ末端の近傍のPSTAIRE又はPSTAIRE様アミノ酸配列により特徴付けられる。CDK9は、様々なメンバーのサイクリンTファミリー(T1、T2a及びT2b)並びにCYCLIN Kと複合体を形成することが可能であり(Fuら, 1999, J Biol Chem, 274:34527-34530;Pengら, 1998, Genes Dev, 12:755-762)、一方、CYCLIN T1はCDK9活性の調節において最も重要な役割を果たす。CYCLIN T1発現の誘導は転写後の機構を通じて生じると考えられ(Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888)CYCLIN T1が上記複合体の制限要素であることを示唆している。
CDK9/CYCLIN T1複合体は、数種の細胞型の分化過程に必要であると考えられる。CDK9/CYCLIN T2複合体の過剰産生はMyoD機能を高め、筋分化を促進するが、ドミナントネガティブ型によるCDK9キナーゼ活性の阻害は、筋原性プログラムの活性化を妨げる(Simoneら, 2002, Oncogene, 21:4137-4148)。CDK9及びCYCLIN T1の発現は、神経細胞でも分化の間に増大するが、これらの発現レベルの変動は星状細胞の成熟の間には見られず、このことは、CDK9の分化への関与が、細胞型によって変化し得ること、また異なった刺激に依存する可能性があることを示唆している(De Falcoら, 2002, Cancer Biol Ther, 1:342-347)。
下記の具体的な実施例の記載において、CDK9とCYCLIN T1の分子がリンパ細胞の活性化及び分化に関与していることを決定するために、リンパ組織におけるCDK9とCYCLIN T1の発現の評価を提供する。実施例は、CDK9とCYCLIN T1の発現レベルが悪性形質転換と相関することを示すために、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫におけるCDK9とCYCLIN T1の発現の解析も提供する。特定のリンパ腫について用いた略語は以下のとおりである：B-LBL:前駆B細胞リンパ腫;T-LBL:前駆T細胞リンパ腫;MCL:マントル細胞リンパ腫;MZL:辺縁帯リンパ腫;FL:濾胞性リンパ腫;DLBCL:びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;BL:バーキットリンパ腫;cHL:古典的ホジキンリンパ腫;ALCL:未分化大細胞リンパ腫;PTCL:末梢T細胞リンパ腫。
本明細書の記載において用いられている用語及び表現は、説明のための用語として用いられ、限定するものではなく、このような用語及び表現の使用には、示されている特徴及び記載されている特徴、又はこれらの一部の任意の均等物を除外することを意図しない。
症例の選択及び従来の組織学：
反応性リンパ節の20の症例、正常胸腺の3つの症例、正常骨髄の4つの症例及びリンパ腫の163の症例（表1）は、Department of Human Pathology and Oncology, University of Siena (Italy)、the Department of Pathology, “G. Cotugno” Hospital, Naples (Italy)及びthe Department of Haematology “L.A. Seragnoli”, Bologna (Italy)から入手した。
反応性リンパ節の20の症例、正常胸腺の3つの症例、正常骨髄の4つの症例及びリンパ腫の163の症例（表1）は、Department of Human Pathology and Oncology, University of Siena (Italy)、the Department of Pathology, “G. Cotugno” Hospital, Naples (Italy)及びthe Department of Haematology “L.A. Seragnoli”, Bologna (Italy)から入手した。
定性的組織学的評価に用いた染色法としては、ヘマトキシリン及びエオシン染色法、ギムザ染色法、PAS染色法並びにゴモリ鍍銀染色法が挙げられる。この免疫組織化学的検査の結果を用いて、2人の病理学者が上記症例を別々に評価し、WHO分類に基づく診断上のコンセンサスを確立した。患者の年齢及び性別並びに生検部位について情報を入手することができた。分子解析用の凍結組織は、反応性リンパ節の5つの症例、MCLの5つの症例、FLの6つの症例及びDLBCLの8つの症例について入手することができた。
免疫組織化学法:
パラフィン切片による免疫表現型検査は、抗体の大型パネル(表2)とULTRAVISION/AP法(Bioptica, Milan, Italy)とを用いて行った。抗原回復は、1mM EDTA(pH 8.0)中で、以前の経験により、また使用した抗体に応じて、切片をプレッシャークッカー又は電子レンジのいずれかの中で加熱することによって行った。
パラフィン切片による免疫表現型検査は、抗体の大型パネル(表2)とULTRAVISION/AP法(Bioptica, Milan, Italy)とを用いて行った。抗原回復は、1mM EDTA(pH 8.0)中で、以前の経験により、また使用した抗体に応じて、切片をプレッシャークッカー又は電子レンジのいずれかの中で加熱することによって行った。
リンパ腫免疫表現型検査用の抗体は表2に報告したものであり、製造者に推奨される希釈度で用いた。モノクローナル抗CDK9(sc-13130)とポリクローナル抗CYCLIN T1(sc-8127)はSantaCruz, CAから入手し、1:50の希釈度で用いた。全切片について、所与の抗体に対して陽性の免疫染色を示していた細胞を、リンパ組織の無作為に選択した高倍率視野(HPF)中で計数し、その結果を、これらの領域内の全腫瘍細胞のパーセントで表した。観測者自身及び観測者間の、計数の再現性は約95%であった。
陰性対照は、使用した抗体に応じて、一次抗体を正常マウス血清/正常ヤギ血清と換えることによって得た。正常ヒト扁桃腺は、陽性対照としての役割を果たした。
二重染色法：
CDK9及びCYCLIN T1と組み合わせたCD3、CD20、CD79a、CD34及びCD68の二重染色法は、反応性リンパ節と骨髄の、選択した試料で行った。反応性リンパ節のパラフィン切片は通常の方法で脱パラし、再水和した。切片は全て、電子レンジ(750W)で、pH 9のTris EDTAバッファー中で2分間インキュベートし、TBS中に5分間置いた。内因性ペルオキシダーゼは、Peroxidase Blocking Reagent (DAKO, UK)を用いて20分間ブロッキングした。その後、上記の切片は、抗CDK9抗体及びCYCLIN T1抗体（両方とも1:50希釈）と共に、インキュベートした。TBS中で洗浄した後、このスライドは抗マウスEnVisionTM HRP試薬(DAKO, UK)と共にインキュベートした。このスライドは、EnVisionTM System kitで提供されるDAB基質を用いて発色させた。
CDK9及びCYCLIN T1と組み合わせたCD3、CD20、CD79a、CD34及びCD68の二重染色法は、反応性リンパ節と骨髄の、選択した試料で行った。反応性リンパ節のパラフィン切片は通常の方法で脱パラし、再水和した。切片は全て、電子レンジ(750W)で、pH 9のTris EDTAバッファー中で2分間インキュベートし、TBS中に5分間置いた。内因性ペルオキシダーゼは、Peroxidase Blocking Reagent (DAKO, UK)を用いて20分間ブロッキングした。その後、上記の切片は、抗CDK9抗体及びCYCLIN T1抗体（両方とも1:50希釈）と共に、インキュベートした。TBS中で洗浄した後、このスライドは抗マウスEnVisionTM HRP試薬(DAKO, UK)と共にインキュベートした。このスライドは、EnVisionTM System kitで提供されるDAB基質を用いて発色させた。
その後、抗CD3抗体、抗CD20抗体、抗CD79a抗体、抗CD34抗体及び抗CD68抗体(表2参照)を適切な希釈度で切片に加えた。TBS中で洗浄した後、これらの抗体を抗マウスEnVisionTM AP試薬(DAKO, UK)により検出した。スライドは、Vector Blue Substrate Kit (Vector Labs, UK)を用いて発色させた。切片は水道水で洗浄し、Aquamount (Merck, Germany)でマウントした。一次抗体及び二次抗体のインキュベーションは全て、室温で30分間続けた。
全組織からのRNA単離：
MCLの5つの症例及びDLBCLの8つの症例から得られた切片は、滅菌ブレードを用いて作製し、その後Tri試薬中でホモジナイズした。全RNAは、製造者の使用説明書(Invitrogen, CA)に従って抽出した。
MCLの5つの症例及びDLBCLの8つの症例から得られた切片は、滅菌ブレードを用いて作製し、その後Tri試薬中でホモジナイズした。全RNAは、製造者の使用説明書(Invitrogen, CA)に従って抽出した。
レーザーキャプチャーマイクロダイセクションとRNA抽出：
5つの反応性リンパ節から得られた胚中心及びマントル帯領域、並びにFLの6つの症例から得られた腫瘍細胞領域は、ヘマトキシリン及びエオシン(H&E)染色した切片に基づいて同定し、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)(Arcturus PixCell IITM, MWG-BIOTECH, Florence, Italy)を用いて単離した。
5つの反応性リンパ節から得られた胚中心及びマントル帯領域、並びにFLの6つの症例から得られた腫瘍細胞領域は、ヘマトキシリン及びエオシン(H&E)染色した切片に基づいて同定し、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)(Arcturus PixCell IITM, MWG-BIOTECH, Florence, Italy)を用いて単離した。
切片作製前に、クリオスタットは交差汚染を避けるために100%エタノールで拭き、各症例について未使用の使い捨てブレードを用いた。5〜6μmの厚さの切片を、室温で、Silane Prep Slides (Sigma, Saint Louis, MO, USA)上に置き;残りの切片の切断が完了するまでドライアイス上のスライドボックスに保存した。HistogeneTM 染色キット(Arcturus PixCell IITM MWG-BIOTECH, Florence, Italy)は、組織をLCM用に調製するために製造者の推奨に従って用いた。
顕微解剖した細胞は、PicoPureTM RNA単離キット(Arcturus, MWG Biotech, Florence, Italy)を用いて速やかに処理した。簡単に言えば、CapsureTMトランスファーフィルムキャリアーを、10μlの抽出バッファーが入っている標準的な微小遠心管に直接置いた。その後この遠心管を、抽出バッファーが遠心管のキャップ上で組織と接触するように42℃で30分間逆さに置き；残りの抽出手順は製造者の使用説明書に従って行った。
細胞株：
BL、cHL及びALCLについては新鮮なリンパ腫組織を入手することができなかったので、細胞株をRNA抽出用に用いることにした。ALCLの3つの細胞株(Fe-PD, OHNE OMNE, 299)、BLの1つの細胞株(Daudi)及びcHLの2つの細胞株(L1236, L428)は、Institut fur Pathologie Universitatsklinikum, Benjamin Franklin Freie Universitat, Berlin, Germanyから得た。RNAはDNase処理に供してその後RT-PCRに用いた。
BL、cHL及びALCLについては新鮮なリンパ腫組織を入手することができなかったので、細胞株をRNA抽出用に用いることにした。ALCLの3つの細胞株(Fe-PD, OHNE OMNE, 299)、BLの1つの細胞株(Daudi)及びcHLの2つの細胞株(L1236, L428)は、Institut fur Pathologie Universitatsklinikum, Benjamin Franklin Freie Universitat, Berlin, Germanyから得た。RNAはDNase処理に供してその後RT-PCRに用いた。
RT-PCR:
RT-PCR解析用に、10μlの単離されたRNAを、15μlのcDNA合成用逆転写酵素マスターミックスと混合した。逆転写は、42℃で1時間、RNAsin(Promega)の存在下でAMV(Promega)を用いて行った。リアルタイムPCRは、Rocheが提供する装置(LightCycler)を用いて行った。DNAマスターSYBRグリーン1キット(Roche Diagnostics, Germany)は、製造者の使用説明書に従って用いた。CDK9とCYCLIN T1はG3PDHに対して正規化した(CDK9用のプライマー:フォワード、
5'-ACGGCCTCTACTACATCCACA-3'(配列番号1)及びリバース、
5'-GCTGCGGGTCCACATCTCTGC-3'(配列番号2)）;CYCLIN T1オリゴヌクレオチド配列:フォワード、5'-AAACCAGAGGAGATAAAAATG-3'(配列番号3)及びリバース、
5'-GAATGAGAGTGCTTGTGTGAG-3'(配列番号4)。G3PDH用のプライマー配列は以前に記載されている13。ハウスキーピング遺伝子G3PDHを増幅するため、各サンプルについて前述のRNAを用いた。実験は全て3重に行った。
RT-PCR解析用に、10μlの単離されたRNAを、15μlのcDNA合成用逆転写酵素マスターミックスと混合した。逆転写は、42℃で1時間、RNAsin(Promega)の存在下でAMV(Promega)を用いて行った。リアルタイムPCRは、Rocheが提供する装置(LightCycler)を用いて行った。DNAマスターSYBRグリーン1キット(Roche Diagnostics, Germany)は、製造者の使用説明書に従って用いた。CDK9とCYCLIN T1はG3PDHに対して正規化した(CDK9用のプライマー:フォワード、
5'-ACGGCCTCTACTACATCCACA-3'(配列番号1)及びリバース、
5'-GCTGCGGGTCCACATCTCTGC-3'(配列番号2)）;CYCLIN T1オリゴヌクレオチド配列:フォワード、5'-AAACCAGAGGAGATAAAAATG-3'(配列番号3)及びリバース、
5'-GAATGAGAGTGCTTGTGTGAG-3'(配列番号4)。G3PDH用のプライマー配列は以前に記載されている13。ハウスキーピング遺伝子G3PDHを増幅するため、各サンプルについて前述のRNAを用いた。実験は全て3重に行った。
ウエスタンブロット法：
MCLの5つの新鮮なサンプルをEBCバッファー(50mM Tris-HCl pH8.0、NaCl 120mM、0.5％ NP40及び新鮮なプロテアーゼ阻害剤)中でホモジナイズした。タンパク質濃度は、Bradfordアッセイ(Biorad, CA)を用いて評価した。50μgのタンパク質抽出物を10％SDS-PAGEにロードして分離した。ウエスタンブロット法(WB)は、モノクローナル抗CDK9(sc-13330, Santa Cruz, CA)を1:500希釈で用いて、またポリクローナル抗CYCLIN T1(sc-8127, Santa Cruz, CA)を1:500希釈で用いて行った。Jurkatt細胞株は陽性対照として用いた。実験は全て3重に行った。
MCLの5つの新鮮なサンプルをEBCバッファー(50mM Tris-HCl pH8.0、NaCl 120mM、0.5％ NP40及び新鮮なプロテアーゼ阻害剤)中でホモジナイズした。タンパク質濃度は、Bradfordアッセイ(Biorad, CA)を用いて評価した。50μgのタンパク質抽出物を10％SDS-PAGEにロードして分離した。ウエスタンブロット法(WB)は、モノクローナル抗CDK9(sc-13330, Santa Cruz, CA)を1:500希釈で用いて、またポリクローナル抗CYCLIN T1(sc-8127, Santa Cruz, CA)を1:500希釈で用いて行った。Jurkatt細胞株は陽性対照として用いた。実験は全て3重に行った。
CDK9とCYCLIN T1の発現は、免疫組織化学を用いて測定し、核染色パターンによって示されるように両方ともリンパ細胞における発現を示した。CDK9とCYCLlN T1の発現は、胸腺の被膜下外皮質のリンパ球集団にて、さらに腫瘍性T細胞前駆体にて主に見られた。骨髄においては、CDK9とCYCLIN T1の発現は、リンパ球及び骨髄由来の、より未成熟な細胞に現われた。CDK9とCYCLIN T1の核染色は、CD34について陽性の細胞(幹細胞、プロB細胞)の大部分、プレB細胞を示すと考えられるCD20陽性細胞の小集団、CD68陽性骨髄芽球及び巨赤芽球で見られた。前駆B細胞由来の腫瘍も、CDK9とCYCLIN T1の両方について染色された核を有した。末梢リンパ組織において、胚中心細胞(GC)、特に胚中心芽細胞においてCDK9とCYCLIN T1の発現が見られた(図1a及び図1b)。マントル細胞は、試験した症例の全てにおいて常に陰性であった。濾胞間領域中の、散在性B細胞芽球及び散在性T細胞芽球も、CD20抗体とCD3抗体をそれぞれ用いた二重染色によって示されるように、CDK9とCYCLIN T1を発現した。休止期小型Bリンパ球と休止期小型Tリンパ球は陰性であった。髄洞中のマクロファージと成熟形質細胞は、CDK9抗体とCYCLIN T1抗体に対して全く反応を示さなかった。末梢Bリンパ細胞及び末梢Tリンパ細胞から生じたリンパ腫の中でも、FL(図1c)及びALCL(図1f)は、両方のタンパク質について陽性な腫瘍細胞の40％以上を示した。古典的ホジキンリンパ腫のホジキン細胞とリード・シュテンベルク細胞も、両方のタンパク質について強い核染色を示した(図1e)。DLBCL(図1d)、BL、及びPTCL(図示せず)は、0％〜100％にわたる大きな変動を示した。DLBCLは、CD10、BCL6及びMUM-1(表3)の免疫組織化学的発現に応じて、GC様と非GC様とにさらに分類される。興味深いことに、DLBCLにおいて、CDK9陽性細胞及びCYCLIN T1陽性細胞のパーセントと、胚芽中心マーカー（例えばBCL6(r=0.81;p<0.001)及びCD10(r=0.83;p<0.001)）の発現との間に相関関係が見られたが(データ示さず)、MUM1の発現との間には相関関係は見られなかった。MZL又はMCLにおいては、CDK9とCYCLIN T1の発現は検出されなかった。
悪性リンパ腫におけるCDK9発現の結果は図2にまとめた。CYCLIN T1について得られた結果は、CDK9について得られた結果と密接に関連していた(データ示さず)。
反応性リンパ節、悪性リンパ腫の幾つかのサンプル及び細胞株におけるCDK9とCYCLIN T1のmRNA発現は、RT-PCRによって解析した。この結果は図3(a、b及びc)にまとめた。
顕微解剖した反応性胚中心細胞及びマントル細胞において、CDK9とCYCLIN T1のmRNAが同程度、1:1の比で観察されたが、正常マントル細胞においては、いずれの分子の発現も、免疫組織化学を用いてもタンパク質レベルで検出することはできなかった。
CDK9とCYCLIN T1のmRNA発現レベルは、リンパ腫の種類に応じて、解析対象の腫瘍サンプル間で異なっていた。MCLにおいては、CDK9とCYCLIN T1のmRNAは正常なマントル細胞と同じレベルで発現していた(図3a)。対照的に、FLにおいては、CDK9のmRNAは反応性胚中心と比べて過剰発現していたが、CYCLIN T1発現については、反応性胚中心と腫瘍性胚中心との間で差異は観察されなかった。
DLBCLにおいて不均一な状態が見られた：
全症例中のCDK9とCYCLIN T1の発現の平均値は、CDK9のmRNAレベルのわずかな増大を示した。しかし、GC様の表現型を有するDLBCLは、CDK9/CYCLIN T1比の著しい不均衡を示し、これはFLで観察された状態と似ていた(図3b)。
全症例中のCDK9とCYCLIN T1の発現の平均値は、CDK9のmRNAレベルのわずかな増大を示した。しかし、GC様の表現型を有するDLBCLは、CDK9/CYCLIN T1比の著しい不均衡を示し、これはFLで観察された状態と似ていた(図3b)。
解析したcHL、BL、及びALCLの細胞株中で、CDK9の過剰発現も観察されたが、CYCLIN T1の発現は低く、やはりCDK9/CYCLIN T1比の不均衡をもたらしていた(図3c)。
正常マントル細胞と腫瘍性マントル細胞が、免疫組織化学的タンパク質発現を伴わず、胚中心細胞と同様のCDK9及びCYCLIN T1のmRNA発現を示したため、凍結組織を入手することができたMCLの5つの症例のウエスタンブロット解析を行った。MCLの全症例において、JurkatT細胞株におけるタンパク質発現と比べて、ウエスタンブロット法を用いてもCDK9とCYCLIN T1の発現はほとんど検出することができなかった。(図4a及び図4b)。
本発明において、CDK9/CYCLIN T1はBリンパ球とTリンパ球の分化/活性化プログラムに関与することが示されている。CDK9とCYCLIN T1のタンパク質発現は、リンパ細胞の種類によって著しく異なる。このタンパク質発現は、前駆B細胞及び前駆T細胞には存在するが、末梢リンパ組織における上記発現は、形質B細胞又は記憶B細胞へ分化する前の、抗原チャレンジした胚中心B細胞(胚中心芽細胞)において常に最高レベルで検出することができた。さらに、濾胞間領域中の散在性B細胞芽球と散在性T細胞芽球もCDK9とCYCLIN T1を発現していたが、マントル細胞と小型休止期Tリンパ球は、いずれの分子の発現も示さなかった。これらの結果は、CDK9/CYCLIN T1が、リンパ細胞の分化/活性化プログラムの特定の段階において当該細胞において発現されることを示す。さらに、これらのタンパク質の発現は、増殖している細胞（例えば、前駆B細胞及び前駆T細胞、胚中心細胞並びに免疫芽細胞）で主に見られるため、本明細書では細胞周期と関連するものとして示す。この知見は、末梢血リンパ球がPMA及びPHAによる活性化の後、細胞周期に入って、細胞周期を進め、CDK9/CYCLIN T1の発現が同時に著しくアップレギュレートされるという実験上の証拠と一致する(Herrmannら, 1998, J Virol, 72:9881-9888)。しかし、CDK9/CYCLIN T1の発現は、他の細胞型では増殖及び/又は細胞周期と関連していない。骨格筋及び神経細胞株の両方において、CDK9キナーゼ活性は、非同調的増殖の間より分化の終末で高いが、少なくともC2C12細胞においては、活性のレベルは終末分化が達成される前が最も高いと考えられる(MacLachlanら, 1998, J Cell Biochem, 71:467-478;Sanoら, 2002, Nat Med, 8:1310-1317;Napolitanoら, 2002, J Cell Physiol, 192:209-215)。
CDK9とCYCLIN T1の複合体の、悪性リンパ腫における免疫組織化学的発現は、この複合体が、前駆T細胞及び前駆B細胞、胚中心細胞(FL)及び活性化T細胞(すなわちALCL)から生じたリンパ腫において高発現しているため、その細胞起源を反映すると考えられる。古典的ホジキンリンパ腫のホジキン細胞及びリード・シュテルンベルク細胞におけるCDK9とCYCLIN T1の発現の知見も、これらがGC細胞又はポストGC細胞から生じたことと一致する。T細胞リンパ増殖障害の中でも、DLBCL、BL及びPTCLは広範囲の値を示したが、おそらくこれは細胞起源の不均一性を反映しているだろう。対照的に、免疫組織化学を用いても、MZL又はMCLにおいてCDK9とCYCLIN T1の発現は検出されなかった。結果的に、CDK9及びCYCLIN T1が構成的に高発現している段階から生じたリンパ系腫瘍形成の同定には免疫染色が適している。
意外にも、CDK9とCYCLIN T1のmRNA発現パターンは、免疫組織化学で検出されるタンパク質発現プロファイルと完全に一致しているわけではない。正常マントル細胞及び腫瘍マントル細胞におけるCDK9とCYCLIN T1のmRNAのレベルは反応性GC細胞と比べると類似しているが、いずれの分子についてもマントル細胞ではタンパク質の発現を検出することはできなかった。CDK9とCYCLIN T1が転写される細胞においてタンパク質発現が検出できないことは、転写後レベルの遮断、又はこれらのタンパク質の機能を要しない分化の特定の段階ある細胞におけるタンパク質の迅速なターンオーバーを示唆する。また、CDK9はFLの腫瘍性GC細胞において強く過剰発現していたが、CYCLIN T1は影響を受けていなかった。GC様の表現型を有するDLBCLにおけるCDK9とCYCLIN T1との比は、FLにおけるこれらの比と類似していた。同様に、cHL、BL、及びALCLの細胞株は、高レベルのCDK9 mRNAの存在下で低いCYCLIN T1 mRNAを示した。これらの知見は、リンパ組織における腫瘍性形質転換がCDK9/CYCLIN T1比の不均衡と関連する可能性があることを示す。転写及び分化においてCDK9/CYCLIN T1複合体は重要であるため、この不均衡は、未同定の転写因子が媒介して活性化された転写の脱制御に関与する可能性がある。CDK9とCYCLIN T1の配分パターンは、転写阻害剤で処理した細胞において変化することが見出されている。CYCLIN T1欠損変異体の一過的発現は、転写におけるCYCLIN T1の重要な役割を示した(Herrmannら, 2001, J Cell Sci, 114(Pt8): 1491-1503)。
上記の実施例は、可能性のある癌指標としての、CDK9又はCYCLIN T1のタンパク質またはRNAの発現の測定方法を記載する。上記のとおり、これらの遺伝子は悪性リンパ球において発現し、当業者がこれらの遺伝子を、例えばリンパ腫のアッセイに利用することを可能とする。
患者（ヒト患者）から得られた、適宜利用可能な組織又は液体サンプルは全て遺伝子発現レベルの測定に用いることができる。特定の実施形態において、解析対象のサンプルは骨髄、胸腺組織サンプル、脾臓組織サンプル、リンパ節、リンパ液及び/又はリンパ球である。サンプルは生検から得られる。1つの実施形態において、サンプルは侵襲が最小である方法によって迅速且つ容易に入手可能であるサンプルである。遺伝子発現解析用サンプルの調製方法は当技術分野において周知であり、市販のキットを用いて行うことができる。
本発明の方法において用いられる遺伝子発現レベルは、現在公知の方法、又は測定対象のレベルに関する定量的情報を提供し得る将来考案される方法の全てによって測定することができる。これらの方法は、好ましくは高感度な方法であり、再現可能な結果を提供する。1つの実施形態において、核酸増幅技術に基づく方法が用いられる。特に、ポリメラーゼ連鎖反応法(PCR)及び関連の増幅技術（例えばNASBA）に基づく方法ならびに他の等温増幅技術を用いることができる。特に、CDK9遺伝子又はCYCLIN T1遺伝子のmRNAの逆転写を行い、その後、得られたcDNAの増幅を行うことによる、いわゆるRT-PCR法が考えられる。
発現の測定は、例えば、CDK9及び/又はCYCLIN T1遺伝子の転写産物を核酸ハイブリダイゼーションによって測定することによっても行うことができる。好適な実施形態において、実験者は、サンプルを、CDK9又はCYCLIN T1遺伝子の転写産物と特異的にハイブリダイズする核酸分子と接触させることにより、この転写産物の存在を判定する。標的に対する核酸分子のハイブリダイゼーションは、CDK9遺伝子又はCYCLIN T1遺伝子の発現及び癌の可能性を示唆する。好ましくは、この判定は、ポリメラーゼ連鎖反応と同様に2つのプライマー分子を用いて行われる。これらアッセイとの関連において、CDK9遺伝子又はCYCLIN T1遺伝子の発現の測定も本発明の一部である。
代替アッセイも本発明の一部である。代替アッセイとしては、電気泳動法、又は1つ以上の選択された抗体を用いる、サンプルの免疫表現型検査法、免疫ブロット法、免疫組織化学法若しくは免疫蛍光顕微鏡検査法が挙げられる。
このようなアッセイは、実験者が抗体を測定する任意の標準的な方法、例えばサンプルを、抗体が結合するか否かを判定するために要する量のタンパク質および任意の追加試薬と接触させることにより判定する方法、また任意の付加的試薬と接触させることによって行うことができる。1つの方法は固定化タンパク質の使用を含み、ここで当該タンパク質は当技術分野において公知の標準的な方法のいずれかによって、固定化し、続いてサンプルと接触させ、その後例えば抗IgG抗体、抗Fc抗体等と接触させる。反対に、CDK9及び/又はCYCLIN T1タンパク質の存在は、上記アッセイのタンパク質の代わりに抗体を用いて判定することもできる。
CDK9発現又はCYCLIN T1発現と特定のリンパ腫との相関関係に加えて、異常なCDK9発現又はCYCLIN T1発現に関連した症状の治療に有用な様々な治療法及び治療組成物も、本発明の一部である。これに関連して、「異常なCDK9発現又は異常なCYCLIN T1発現」は、発現自体、又は正常な個体中の発現レベルとは異なる発現レベルを意味し得る。すなわち、異常なCDK9又はCYCLIN T1の発現レベルとは、正常な個体より低い発現レベル又は高い発現レベルであり得る。
本発明は、例えば悪性リンパ球におけるCDK9又はCYCLIN T1の発現を阻害又は遮断するためにアンチセンス分子を使用するような、治療法を想定する。これらのアンチセンス分子は、核酸分子にハイブリダイズしてその発現を阻害するオリゴヌクレオチドである。好ましくは、これらのアンチセンス分子の長さは17〜50ヌクレオチドである。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、好ましくはカチオン性リポソームなどの好適な担体と組み合わせて投与される。
他の治療法としては、CDK9タンパク質又はCYCLIN T1タンパク質自体、これらに由来する1つ以上の抗原ペプチド、およびいわゆるポリトピック型ワクチン、又はCDK9タンパク質若しくはCYCLIN T1タンパク質の阻害剤、の投与が挙げられる。ポリトピック型ワクチンは複数の抗原ペプチドを含み、これらのペプチドは、好ましくはリンカー配列により互いに結合してはいない。得られたペプチドは、MHCクラスI分子又はMHCクラスII分子のいずれかに結合することができる。これらのタンパク質、ペプチド、又はポリトピック型ワクチンは、適切なアジュバントと組み合わせて投与することができる。これらは上記のタンパク質、ペプチド、ポリトピック構造等の発現が可能であるように設計された遺伝子構築物の形態で投与することもできる。
本明細書に記載の治療組成物及び治療法は処方することができる。投与する薬剤の量及び投与法は、治療する症状及び個人によって異なるであろう。標準的な投与形式（例えば、静脈内投与、皮内投与、皮下投与、経口投与、直腸投与、及び経皮投与）を用いることができる。製剤に関しては、タンパク質及び/又はペプチドをアジュバント及び/又は担体と組み合わせることができる。本発明の他の態様は当業者には明らかであり、本明細書においてあらためて述べる必要はない。
核酸法を用いる場合、多様なベクター（例えばワクシニア、レトロウイルス又はアデノウイルスベースのベクター）を用いることができる。真核生物のトランスフェクション（例えばヒト細胞のトランスフェクション）に有用な任意のベクターを用いることができる。これらのベクターは、例えば、その表面に関連ペプチド/MHC複合体を提示する樹状細胞などの細胞を作製するために用いることができる。その後これらの細胞は、標準的な方法を用いて投与前に非増殖性とすることができる。
本発明は、リンパ腫治療後の残存腫瘍細胞の分子検出も意図する。リンパ腫を患う患者は、化学療法により臨床的完全寛解を達成し得ることが多いが、それでも再発は生じる。残存腫瘍細胞が治療中生き残り、その後の病気再発の原因となるのであろう。その後、これら残存腫瘍細胞は続いて起こる病気再発の原因となり得る。自己幹細胞レスキューを伴う高用量化学療法を受けた患者は、所与の自己幹細胞又は骨髄中への潜在性腫瘍混入の結果として、リンパ腫を再発する可能性もある。本発明の方法は、移植前に行う場合、骨髄パージングの有効性を評価するために用いることもできる。
本明細書中で引用される全ての刊行物及び参考文献は、特許出願を含むがこれに限定されるものではなく、個々の刊行物又は参考文献の各々が、明確且つ個別に示され、十分に記載され本明細書中に参考として援用されるように、その全てが参考として本明細書中に援用される。この発明は特定の実施形態に関して記載されているが、これらの方法及び組成物を変更したものを用いることができること、並びに本発明は本明細書中に具体的に記載されている方法とは別の方法で実施し得ることが意図されることは、当業者には自明である。従って本発明は、請求項に記載される本発明の精神及び範囲に包含される全ての変更物を含む。
Claims (17)
- 被験体における、マントル細胞リンパ腫又は辺縁帯リンパ腫のいずれでもないリンパ腫の存在を判定するための方法であって、該方法は、CDK9タンパク質又はCYCLIN T1タンパク質の発現を測定するために被験体のリンパ系から採取したサンプルのアッセイを含み、サンプル中のCDK9タンパク質又はCYCLIN T1タンパク質の存在は、被験体における該リンパ腫の存在を示す、前記方法。
- 前記サンプルが、骨髄、胸腺、脾臓、リンパ節、リンパ液又はリンパ球である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が、前駆T細胞、前駆B細胞、胚中心細胞、活性化T細胞又はリード・シュテルンベルク（Reed-Sternberg）細胞におけるCDK9及びCYCLIN T1の発現から生じるリンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が、マントル細胞リンパ腫又は辺縁帯リンパ腫のいずれでもないリンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が前駆B細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が前駆T細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が濾胞性リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫がびまん性大細胞型B細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫がバーキットリンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が古典的ホジキンリンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が未分化大細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記リンパ腫が末梢T細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
- 前記アッセイが、1つ以上の選択された抗体を用いたサンプルの免疫表現型検査、免疫ブロット、免疫組織化学又は免疫蛍光顕微鏡検査を含む、請求項１に記載の方法。
- ヒト患者中のリンパ腫の存在を判定するための方法であって、該方法は、CDK9及びCYCLIN T1のmRNAレベルを測定するためにヒト患者のリンパ系から採取したサンプルをアッセイすることを含み、CYCLIN T1と比較して増大したレベルのCDK9を伴うCDK9/CYCLIN T1 mRNA比の不均衡はリンパ腫を示す、前記方法。
- 前記リンパ腫が、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、古典的ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫及び未分化大細胞リンパ腫からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
- 前記サンプルが、骨髄、胸腺、脾臓、リンパ節、リンパ液又はリンパ球である、請求項１４に記載の方法。
- 前記リンパ腫が、前駆T細胞、前駆B細胞、胚中心細胞、活性化T細胞又はリード・シュテルンベルク細胞におけるCDK9及びCYCLIN T1の発現から生じるリンパ腫である、請求項１４に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US58721304P | 2004-07-12 | 2004-07-12 | |
| PCT/US2005/024585 WO2006017239A1 (en) | 2004-07-12 | 2005-07-12 | Methods for determining presence of cancer by analyzing the expression of cdk9 and/or cyclin t1 in lymphoid tissue |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2008505658A true JP2008505658A (ja) | 2008-02-28 |
Family
ID=35839586
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2007521544A Pending JP2008505658A (ja) | 2004-07-12 | 2005-07-12 | リンパ組織におけるｃｄｋ９及び／又はｃｙｃｌｉｎｔ１の発現解析による癌の存在を判定するための方法 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20080318216A1 (ja) |
| EP (1) | EP1789581A4 (ja) |
| JP (1) | JP2008505658A (ja) |
| CA (1) | CA2573590A1 (ja) |
| WO (1) | WO2006017239A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR100984735B1 (ko) * | 2009-05-28 | 2010-10-01 | 동국대학교 산학협력단 | 신개념 신약개발을 위한 타겟 단백질단백질 상호작용을 저해하는 신약후보물질의 스크리닝 방법 |
| ES2352777B1 (es) * | 2009-07-31 | 2012-01-23 | Hospital Clinic De Barcelona | Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5015568A (en) * | 1986-07-09 | 1991-05-14 | The Wistar Institute | Diagnostic methods for detecting lymphomas in humans |
| CA2413475C (en) * | 2002-04-25 | 2010-07-27 | The Government Of The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services | Zap-70 expression as a marker for chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma (cll/sll) |
-
2005
- 2005-07-12 US US11/632,244 patent/US20080318216A1/en not_active Abandoned
- 2005-07-12 CA CA002573590A patent/CA2573590A1/en not_active Abandoned
- 2005-07-12 JP JP2007521544A patent/JP2008505658A/ja active Pending
- 2005-07-12 WO PCT/US2005/024585 patent/WO2006017239A1/en active Application Filing
- 2005-07-12 EP EP05770003A patent/EP1789581A4/en not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP1789581A4 (en) | 2008-06-11 |
| CA2573590A1 (en) | 2006-02-16 |
| WO2006017239A1 (en) | 2006-02-16 |
| EP1789581A1 (en) | 2007-05-30 |
| US20080318216A1 (en) | 2008-12-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Manda et al. | Exosomes as a biomarker platform for detecting epidermal growth factor receptor–positive high-grade gliomas | |
| Muller et al. | Exosomes isolated from plasma of glioma patients enrolled in a vaccination trial reflect antitumor immune activity and might predict survival | |
| Takeuchi et al. | Expression of differentiation melanoma-associated antigen genes is associated with favorable disease outcome in advanced-stage melanomas | |
| Fehm et al. | Detection and characterization of circulating tumor cells in blood of primary breast cancer patients by RT-PCR and comparison to status of bone marrow disseminated cells | |
| Wilson et al. | Relationship of p53, bcl-2, and tumor proliferation to clinical drug resistance in non-Hodgkin's lymphomas | |
| Boone et al. | Targeting the Wnt/β-catenin pathway in primary ovarian cancer with the porcupine inhibitor WNT974 | |
| Lantuejoul et al. | Differential expression of telomerase reverse transcriptase (hTERT) in lung tumours | |
| JP6908785B2 (ja) | Ｇｃｃ２遺伝子又はタンパク質を過発現するエクソソーム基盤肺癌診断又は予後予測用マーカー組成物 | |
| Nakamura et al. | Immunohistochemical detection of mutated epidermal growth factor receptors in pulmonary adenocarcinoma | |
| Sato et al. | Activation of WD repeat and high-mobility group box DNA binding protein 1 in pulmonary and esophageal carcinogenesis | |
| US20150132764A1 (en) | Bag3 as biochemical serum and tissue marker | |
| Kato et al. | Activation of placenta-specific transcription factor distal-less homeobox 5 predicts clinical outcome in primary lung cancer patients | |
| US20140322356A1 (en) | Ctc biomarker assay to combat breast cancer brain metastasis | |
| Aboudola et al. | Bone marrow phospho-STAT5 expression in non-CML chronic myeloproliferative disorders correlates with JAK2 V617F mutation and provides evidence of in vivo JAK2 activation | |
| EP1959022B1 (en) | Detection of uterine leiomyosarcoma using lmp2 | |
| JP2021019612A (ja) | 治療剤に対する抵抗性の診断に使用するためのＥＲＣＣ１アイソフォーム３のｍＲＮＡおよび／またはタンパク質ならびにこのｍＲＮＡおよび／またはタンパク質を使用する治療剤に対する抵抗性を診断するための方法 | |
| Kim et al. | Usefulness of melanoma antigen (MAGE) gene analysis in tissue samples from percutaneous needle aspiration biopsy of suspected lung cancer lesions | |
| JP2008505658A (ja) | リンパ組織におけるｃｄｋ９及び／又はｃｙｃｌｉｎｔ１の発現解析による癌の存在を判定するための方法 | |
| JP2018036233A (ja) | 抗癌剤の感受性及び癌の予後に対する診断マーカー | |
| Masud et al. | Zinc finger protein‑like 1 is a novel neuroendocrine biomarker for prostate cancer | |
| AU2009216723B2 (en) | BRCA1 mRNA expression predicts survival in patients with bladder cancer treated with neoadjuvant cisplatin-based chemotherapy | |
| KR102615797B1 (ko) | T 세포에 의한 교모세포종 치료 효과의 유효성 예측 방법 | |
| Pagani et al. | Detection procedures for neuroblastoma cells metastatic to blood and bone marrow: blinded comparison of chromogranin A heminested reverse transcription polymerase chain reaction to tyrosine hydroxylase nested reverse transcription polymerase chain reaction and to anti-GD2 immunocytology | |
| JP2016154447A (ja) | 膵がんの予後評価方法 | |
| Aljardali et al. | Nucleolar Localization of the RNA Helicase DDX21 Predicts Survival Outcomes in Gynecologic Cancers |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080707 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110419 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20111025 |