JP2007506409A - 組換えdna分子を生成する方法 - Google Patents

組換えdna分子を生成する方法 Download PDF

Info

Publication number
JP2007506409A
JP2007506409A JP2006515990A JP2006515990A JP2007506409A JP 2007506409 A JP2007506409 A JP 2007506409A JP 2006515990 A JP2006515990 A JP 2006515990A JP 2006515990 A JP2006515990 A JP 2006515990A JP 2007506409 A JP2007506409 A JP 2007506409A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
primer
nucleic acid
hybridizes
sequence
segment
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2006515990A
Other languages
English (en)
Inventor
イッピコーグルー エフティミオス
Original Assignee
セラム バイオメディカル インスティテュート
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by セラム バイオメディカル インスティテュート filed Critical セラム バイオメディカル インスティテュート
Publication of JP2007506409A publication Critical patent/JP2007506409A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/575Hormones
    • C07K14/59Follicle-stimulating hormone [FSH]; Chorionic gonadotropins, e.g.hCG [human chorionic gonadotropin]; Luteinising hormone [LH]; Thyroid-stimulating hormone [TSH]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Endocrinology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Reproductive Health (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

本発明は、自然界において2つ以上のサブユニットで存在するタンパク質を、組換えによる方法によって生成する改良法を対象とし;より一般的には、2つ以上の不連続のDNA断片の連結によって得られるいかなるキメラDNA分子の増幅、およびそれに続く発現にも適用できる。

Description

本発明は、自然界において2つ以上のサブユニットで存在するタンパク質を、組換えによる方法によって生成する改良法を対象とし;より一般的には、2つ以上の不連続のDNA断片の連結によって得られるいかなるキメラDNA分子の増幅、およびそれに続く発現にも適用できる。
融合タンパク質の発現は、当技術分野で周知であり、例えば、以下の特許刊行物、すなわち、特許文献1、特許文献2、特許文献3、特許文献4、特許文献5、特許文献6、および特許文献7に開示されている。
適当な発現システムにおける、注目している組換え体タンパク質(例えばヒトタンパク質)の製造は、組換えDNA技術の主要な産業応用の1つである。多くの場合のようにタンパク質が宿主細胞内で不安定である場合、注目しているタンパク質を、後に所定の特定部位でプロセシングされて所望のタンパク質を遊離するであろう保護的な(または安定化する)タンパク質を含む融合部分の形態で製造することが有利となることがある。
融合タンパク質を作製する別の理由は、適当なポリペプチド配列を選択して、1つまたは複数のそのような配列を、注目しているポリペプチドまたはタンパク質のアミノ末端またはカルボキシ末端に結合させることによって、発現レベルを増大させ、および/または精製過程を容易にすることである。融合タンパク質を発現するさらに別の理由は、2つ以上の異なったタンパク質またはサブユニットの特徴的な性質を単一鎖にもたせ、それによって、そのタンパク質それ自体における、より高い活性/用量比を提供し、および/または2つのサブユニットの連結を得るための余分なステップを回避することでありうる。組換えタンパク質の発現に伴う古典的な問題の1つは、発現するべき核酸の有用かつ信頼できる供給源を得ることに関するものである。
欧州特許第6694号明細書 欧州特許第20290号明細書 米国特許第4898830号明細書 米国特許第5452199号明細書 欧州特許第213472号明細書 欧州特許第196864号明細書 欧州特許第461165号明細書 米国特許第5385839号明細書 米国特許第5168062号明細書 Sambrook, Fritsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (1989)Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes I and II (D. N. Glover ed. 1985) Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait ed. 1984) Nucleic Acid Hybridization [B. D. Hames & S. J. Higgins eds. (1985)] Transcription And Translation [B. D. Hames & S. J. Higgins, eds. (1984)] Animal Cell Culture [R. I. Freshney, ed. (1986)] Immobilized Cells And Enzymes [IRL Press, (1986)] B. Perbal, A Practical Guide To Molecular Cloning (1984) F. M. Ausubel et al. (eds.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (1994); (1989); (1992) Saiki et al., Science 1988, 239: 487 Benoist and Chambon, Nature 1981, 290: 304-310 Yamamoto, et al., Cell 1980, 22: 787-797 Wagner et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981; 82: 3567-71 Wolfe, et al. Nature Genetics 1992; 1: 379-384 Brinster et al., Nature 1982, 296: 39-42 Villa-Komaroff, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1978, 75: 3727-3731 DeBoer, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1983, 80: 21-25 "Useful proteins from recombinant bacteria" in Scientific American 1980, 242: 74-94 Gunning, et al. Proc. Natl. Acad. Sci USA 1987; 84: 4831-4835 Klessig, et al. Mol. Cell Biol. 1984; 4: 1354-1362 Weiss, et al. RNA Tumor Viruses. (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N. Y.: 1985) Broach, et al. "Experimental Manipulation of Gene Expression." ed. M. Inouye (Academic Press; 1983) Animal Cell Culture: A Practical Approach 3rd Edition. J. Masters, ed. Oxford University Press Basic Cell Culture 2nd Edition. Davis, J. M. ed. Oxford University Press (2002) Artificial self-assembling systems for gene delivery. Felgner, et al., eds. Oxford University Press (1996) Lebkowski, et al. Mol Cell Biol 1988 8(10): 3988-3996 pTARGET(商標)Mammalian Expression System Technical Manual Dahl et al. Methods Enzymol 1989; 168: 414-422
この問題に取り組む1つの方法は、発現するべきタンパク質をコードするmRNAの使用である。しかし、mRNAは、天然の状態で常に容易に見出されるわけではない。例えば、ベータ鎖ヒト卵胞刺激ホルモン(FSH)の場合には、対応するmRNAは、ヒト脳下垂体細胞にのみ見出すことができ、しかもそれは極微量でしかない。利用可能であるには、このmRNAを、死亡直後のヒト脳下垂体細胞から採取しなければならない。
代替の一手段は、注目しているコード配列をゲノムDNAから得ることである。しかし、これは厄介で時間のかかる過程である。何故なら、しばしば、不要なDNA物質が大量に初期試料に存在し、それによって、突然変異や他の誤りの確率が増大するからである。したがって、ポリペプチドの発現に使用する核酸配列を生成するための、とりわけ、組換え異種融合ポリペプチドの発現に使用する核酸配列を生成するための改善された方法の必要性が今なお存在している。
本発明者らは、遂に、既知の方法に伴う上述の不都合のうち少なくとも1つを伴わずに、タンパク質および融合タンパク質の発現をゲノムDNAから開始することを可能にする方法を見出した。新規のこの方法は、組換えタンパク質の産生に向けた新規のアプローチを提供する。すなわち、この方法は、コードしているDNA断片を、制限酵素を使用せずに、所望の位置で連結して増幅することを可能にする。これは、所望のDNAのまさにコード領域のみを(すなわちイントロンなしで)使用して、それによって、スプライシングを回避し、および/または望ましくないアンプリコンの形成を低減することが可能であることを意味する。
この新規な方法の利点の例は、ヒトベータFSHの発現によって代表される。ヒトベータFSHを発現する遺伝子は、1500塩基を超える長さであるが、対応するコード領域は390塩基長にすぎない。本発明の方法論によれば、1500塩基の遺伝子全体を用いる必要なく、390塩基の正しいDNA配列を含有する発現構築物を構築することが可能である。したがって、不必要でありかつ問題を起こす可能性のある1110塩基の余分なDNAの除去を、制限酵素を使用せずに、且つ、mRNAを単離してcDNAを生成する余分なステップを経ずに行うことが可能となる。したがって、本発明は、有用であり、安価であり、かつ間違いがより少ない。
本発明の方法論を用いれば、2つの異なったタンパク質またはタンパク質サブユニットの特徴を単一鎖中で発現するDNAキメラ分子、あるいは特定のタンパク質のその活性をになう部分のみを発現するDNAキメラ分子を設計することさえも可能であり、比較的単純である。例えば、LH活性のみでなくFSH活性をも有する新規タンパク質を発現することが可能である。換言すれば、追加されたか、増強されているか、または別の方法で修飾された活性を有する新規タンパク質を生成することが可能である。小型で正確なDNA小片を用いることによって、同一または同様の活性を有するより小さいポリペプチドを得るために、野生型タンパク質における実際の活性部位を操作することも可能となり、それによって、新規のポリペプチドは、大きさがより小さいことによって、野生型タンパク質とは異なった投与経路で(すなわち、注射によってではなく、吸入によって、あるいは経皮または経粘膜経路で)患者に投与されるか、あるいは、治療用タンパク質の組換え体生成における収率の増大など、他の利点を有するかもしれない。
下記の詳細な説明および実施例から明らかになるように、本発明の方法は、2つの不連続のDNAセグメントX1およびX2で最初に実行され、従って、これらが1つに融合する一連のPCR増幅ステップに基づいている。そのようにして得られたポリヌクレオチド(X1X2)は、その後、所望のポリペプチドを既知の方法によって組換え細胞またはトランスジェニック動物で発現するために適当な発現ベクターに挿入される。このポリペプチドは融合ポリペプチドでもよく、あるいは、ポリヌクレオチドエレメントX1およびX2(但し、X1およびX2はゲノムDNA中で隣接していないエキソン配列である)からなるcDNAを翻訳することによって自然に生成されるタンパク質に同一なポリペプチドでもよい。本発明に包含されるその他のキメラポリペプチドには、黄体形成ホルモン−卵胞刺激ホルモン(LH−FSH)などの二重活性ポリペプチド、または、その成熟タンパク質がLH、FSH、甲状腺刺激ホルモン(TSH)、絨毛性性腺刺激ホルモン(CG)、もしくは任意の他の活性ポリペプチドである単一のポリペプチド、プロポリペプチド、もしくはプレプロポリペプチドが含まれる。
別の態様では、本発明は、FSH活性を有するキメラ卵胞刺激ホルモン(FSH)ポリペプチドを対象とするが、このキメラ卵胞刺激ホルモン(FSH)ポリペプチドは、2本の別々のポリペプチド鎖(天然の分子ではαおよびβと名付けられている)の代わりに、α鎖の3’末端がβ鎖の5’末端に直接融合されているα鎖をコードする単一の融合ポリヌクレオチドセグメントを含む。コードされているキメラポリペプチド分子は、AB−FSHと呼ばれ、FSH活性を有することが示されている。キメラAB−FSHタンパク質を生成するこの方法は、完全長のタンパク質が単一のベクターにおいてコードされ、単一のプロモーターから発現されるので、活性な卵胞刺激ホルモンの簡便な発現を可能にする。この方法は、単離されたベータ−FSH鎖および/またはアルファ−FSH鎖を含まない活性で安定なAB−FSH融合タンパク質を容易に精製することを可能にする。
AB−FSHは、発現を行う細胞からの融合タンパク質の分泌を指示するα鎖用のシグナル配列と共に発現させて、その後の精製を容易にすることが好ましい。シグナル配列は、翻訳後修飾において切断されるであろう。別法として、β鎖のシグナル配列をα鎖の5’に用いることもでき、また、α鎖のシグナル配列をβ鎖の5’に用いることもできる。
本発明によれば、当技術分野の技術の範囲内で、従来の分子生物学、微生物学、および組換えDNA技法を用いることができる。そのような技術は文献において十分に説明されている。例えば、非特許文献1(本明細中、「Sambrookら1989」と称する);非特許文献2;非特許文献3;非特許文献4;非特許文献5;非特許文献6;非特許文献7;非特許文献8;および非特許文献9を参照のこと。
定義
本明細書で使用される場合、DNAの「増幅」は、DNA配列の混合物中にある特定のDNA配列の濃度を増大させるためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の使用を意味する。PCRに関する説明には、非特許文献10を参照のこと。
「遺伝子」という用語は、1つまたは複数のタンパク質または酵素の全体または一部を含むアミノ酸の特定の配列をコードしているか、あるいはそれに対応しているDNA配列を意味し、このDNA配列は、調節DNA配列(プロモーター配列など)および非翻訳配列(5’非翻訳領域、3’非翻訳領域、およびイントロンなど)を含んでも、含まなくてもよい。一部の遺伝子は、構造遺伝子ではなく、DNAからRNAに転写されることはあるが、アミノ酸配列には翻訳されない。
特定の二本鎖DNA分子の構造について論じる場合、本明細書では、DNAの非転写鎖(すなわち、転写されたmRNAに相同な配列を有する鎖であり、センス鎖または「順方向」鎖としても知られている)に沿って、5’から3’方向に配列を定義する通常の慣例に従って配列を記載することができる。特定の二本鎖DNA分子と比較した他のDNA配列の構成は、本明細書では、通常の慣例に従って記載することができ、ここで、特定の二本鎖DNAの5’末端にある配列は、「上流」配列(UR)であり、特定の二本鎖DNAの3’末端にある配列は、「下流」(DR)配列である。しかし、本発明の方法は、参照のセンス(「順方向」)鎖、およびそれに相補的なアンチセンス(「逆方向」)鎖の両方の増幅に有効であることに留意されたい。
特定の一本鎖ポリヌクレオチド(オリゴヌクレオチドPCRプライマー、または二本鎖DNA分子の分離された鎖など)の構造について論じる場合、本明細書では、配列を5’から3’方向に定義する通常の慣例に従って配列を記載し、その5’末端は、前記一本鎖ポリヌクレオチドのリン酸端末を表し、その3’末端は、前記一本鎖ポリヌクレオチドのヒドロキシ端末を表す。詳細には、「順方向」プライマーは、アンチセンス(「逆方向」)鎖の3’末端にハイブリッド形成して相補的なセンス(または「順方向」)鎖の5’−3’重合を導くオリゴヌクレオチドである。逆に、「逆方向」プライマーは、センス(「順方向」)鎖の3’末端にハイブリッド形成して相補的なアンチセンス(「逆方向」)鎖の5’−3’重合を導くオリゴヌクレオチドである。
「発現構築物」、「発現ベクター」、または「構築物」は、選択された宿主細胞における標的核酸配列の適切な転写および翻訳を提供する配列エレメントと作用可能(operably)に連結した標的核酸配列またはその発現が望まれている配列とを含む核酸配列を意味する。そのような配列エレメントには、例えば、プロモーター、分泌のためのシグナル配列、およびポリアデニル化シグナルを含めることができる。「発現構築物」、「発現ベクター」、または「構築物」は、「ベクター配列」をさらに含む。「ベクター配列」とは、(限定されるものではないが)プラスミド、コスミド、ファージベクター、ウイルスベクター、および酵母人工染色体を含めた、本発明の組換えDNA技術において、発現構築物のクローニングおよび増殖を促進する有用性を有する、当技術分野で確立されているいくつかの核酸配列の任意のものを意味する。本発明の発現構築物は、宿主を形質転換して、導入された標的核酸配列の発現(例えば転写および翻訳)を促進するように、宿主細胞内に導入することができる。
「プロモーター」または「プロモーター配列」は、細胞内でRNAポリメラーゼに結合して、下流(3’方向)のコード配列の転写を開始することができるDNA調節領域である。本発明を定義する目的においては、プロモーター配列は、転写開始部位によってその3’末端で境界が定められ、バックグランドを超えて検出可能なレベルで転写を開始するのに必要最小限の数の塩基またはエレメントを含むように上流(5’方向)に延在している。プロモーター配列中には、RNAポリメラーゼ結合の原因となるタンパク質結合ドメイン(コンセンサス配列)に加えて、転写開始部位(好都合には、例えばヌクレアーゼS1を用いたマッピングによって定義される)も見出されるであろう。プロモーターは、エンハンサー配列およびリプレッサー配列を含めた他の発現調節配列に作用可能に接続されていることがある。
RNA、ポリペプチド、タンパク質、または酵素などの発現産物を「コードする」配列は、発現された際に、そのRNA、ポリペプチド、タンパク質、または酵素の産生をもたらすヌクレオチド配列であり、すなわち、このヌクレオチド配列は、そのポリペプチド、タンパク質、または酵素のアミノ酸配列をコードする。タンパク質のコード配列は開始コドン(通常ATG)および停止コドンを含むことができる。
「宿主細胞」とは、本発明の1つまたは複数の発現構築物で形質移入または形質転換されている細胞を意味する。そのような宿主細胞には、原核細胞および真核細胞が含まれる。本発明での使用に好ましい真核細胞は、COS細胞およびCHO細胞など、in vitroで培養されている哺乳類細胞である。宿主細胞という用語は、トランスジェニック哺乳動物など、in vivoで見出される形質転換細胞も包含する。
「形質移入」または「形質転換」とは、(限定されるものではないが)マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポソーム媒介の形質移入、カルシウムリン酸媒介の形質移入、またはウイルス媒介の形質移入を含めた、当技術分野で確立されている任意の方法によって、本発明の1つまたは複数の発現構築物を宿主細胞に導入する過程を意味する。形質移入または形質転換によって本発明の発現構築物が導入されている宿主細胞は、「形質移入され」ているか、あるいは「形質転換され」ている。
キメラポリヌクレオチドX1X2の増幅
本発明者らは、注目している2つの不連続のヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むキメラポリヌクレオチド(X1X2)を増幅する方法を発見した。一実施形態では、X1配列およびX2配列は、区別できるタンパク質をコードする配列に由来し、したがって、X1X2配列は融合タンパク質をコードする。別の実施形態では、X1配列およびX2配列は、単一タンパク質をコードする配列に由来する。例えば、X1およびX2は、ある遺伝子の2つのエキソン配列を表してもよく、これらのエキソン配列は、その遺伝子のゲノム配列中では隣接していない(例えばイントロン、あるいは場合によっては他のエキソンまたはエキソンの一部による分離によって)が、その遺伝子の転写されたmRNA中では隣接している(例えば介在配列を除去するスプライシングによって)。この場合、本発明の方法は、スプライシングされたRNAの単離、cDNAの作製、またはゲノムDNA配列の複雑な制限消化および連結の実行を必要とせずに、X2がX1のすぐ3’にある、連結されたX1X2配列の直接的な生成を可能にする。
注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2は、X1を含む核酸分子と、X2を含む核酸分子とを含む核酸混合物から得ることができる。別法として、注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2は、同一の核酸分子に含まれるが、それらは連続していない。この核酸分子は例えばゲノムDNAでよい。この核酸分子は、哺乳動物に由来するもの、中でもヒトに由来するものが好ましい。
本発明の一実施形態では、この方法は4回の異なったPCR反応を含む。
第1の反応では、第1の核酸セグメントX1を第1のプライマーセットで作製および増幅し、このプライマーセットは、(i)X1配列の一方の鎖の3’末端にハイブリッド形成する第1のプライマーであるPFX1(これは「X1用のプライマー順方向」を意味する)と、(ii)X1配列の相補体の3’末端にハイブリッド形成する第2のプライマーであるPRX1(これは「X1用のプライマー逆方向」を意味する)とを含む(図1)。増幅されたX1 PCR産物は、任意の適した方法で単離することができる(例えば、非特許文献1、非特許文献8、および非特許文献9に記載されている通りに;例えば、共にQiagen社製のQIAquick PCR精製キットおよびQIAEX IIゲル抽出キットを含めた市販のキット)。
第2の反応では、第2の核酸セグメントX2を第2のプライマーセットで作製および増幅し、このプライマーセットは、(i)X2配列の一方の鎖の3’末端にハイブリッド形成する第2の順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2配列の相補体の3’末端にハイブリッド形成する第2の逆方向プライマーであるPRX1とを含む。増幅されたX2産物は、任意の適した方法で単離または精製することができる。
第3のPCR反応(図2)では、中間体分子であるX1URまたはDRX2を作製および増幅する。X1URは、X1の第1の核酸セグメント全体と、X2の比較的小さい5’セグメントとを含み、X1の3’末端がX2の5’セグメントに融合している。DRX2は、X2の第1の核酸セグメント全体と、X1の比較的小さい3’セグメントとを含み、X2の5’末端がX1の3’セグメントに融合している。このステップは、第3のプライマーセットを用いて実行する。X1UR用では、第3のプライマーセットは、(i)PFX1および(ii)融合プライマーPRX1−PFX2’を含み、この融合プライマーは、PRX1のヌクレオチド配列と、そのすぐ3’末端に続く、PFX2の相補体の配列(PFX2’と名付けられている)とを有する。DRX2用では、第3のプライマーセットは、(i)融合プライマーPRX1’−PFX2と、(ii)プライマーPRX2とを含み、この融合プライマーは、順方向プライマーPFX2の5’末端と、それに結合したPRX1の相補体のヌクレオチド配列(PRX1’と名付けられている)とを有する。いずれの中間体も、任意の適した方法を用いて単離または精製することができる。
第4の反応(図3)において、最後に、所望のポリヌクレオチドX1X2を作製および増幅する。このPCR反応は、TaqDNAポリメラーゼの、市販されている多くの供給源に関して、そのTaq酵素が、ある特定の温度では5’−3’DNAポリメラーゼ活性と5’−3’エキソヌクレアーゼ活性との両方を有するという事実によっている。
この第4の反応の一実施形態では、以下の試薬、すなわち、X1UR増幅産物、X2増幅産物、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を使用する。この反応では、X1URおよびX2の両方が、プライマーPFX1およびプライマーPRX2を用いたPCRのテンプレートとして働く。これらのテンプレートは、ここで重要な2つの分子種、すなわち分子種Aおよび分子種Bにアニールする。
分子種Aは、X1URの順方向(5’−3’)鎖、およびX2の逆方向(3’−5’)鎖からなり、これら2つの鎖は、相補的な、X1URのUR領域におけるX2由来の配列と、X2の逆方向鎖の3’末端とを介してアニールしている。いずれのプライマーも分子種Aに結合しないが、Taqポリメラーゼは、アニールしている重複領域の3’末端を伸長して、二本鎖分子種X1X2を生成するであろう。
分子種Bは、X1URの逆方向(3’−5’)鎖、およびX2の順方向(5’−3’)鎖からなり、これら2つの鎖は、相補的な、X1URのUR領域におけるX2由来の配列と、X2の順方向鎖の5’末端とを介してアニールしている。両方のプライマーとも、この分子種に結合する。アニールしたプライマーの3’末端が、その後、Taqポリメラーゼの5’−3’ポリメラーゼ活性によって伸長される。テンプレート上で各プライマーが5’−3方向に伸長し、アニールしている元の鎖(X1URの逆方向鎖またはX2の順方向鎖)がTaqポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ活性によって除去されるため、最終産物であるX1X2の両鎖は完全なものとなるであろう。換言すれば、PRX2の伸長産物がX1URの逆方向鎖の5’末端に「出会う」鎖には、「ニック」がないであろう。何故なら、後者はTaq酵素によって除去され、一方、X1X2の(新たに合成された)順方向鎖は、PRX2の伸長産物の残りが構築されるためのテンプレートとして働くであろうからである。同じ過程が働いて、X1X2の完全な順方向鎖をもたらす。すなわち、プライマーPRX1の伸長産物がX2の順方向鎖の5’末端に「出会う」と、この鎖がTaq酵素によって除去され、一方、X1X2の(新たに合成された)逆方向鎖は、PFX1の伸長産物の残りが構築されるためのテンプレートとして働くであろう。
この第4の反応の代替の一実施形態では、以下の試薬、すなわちDRX2増幅産物、X1増幅産物、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を使用する。この反応では、DRX2およびX1の両方が、プライマーPFX1およびプライマーPRX2を用いたPCRのテンプレートとして働く。第4のPCR反応のこのバージョンでは、分子種Aおよび分子種Bを形成するためのアニーリングが、X1の相補的X1配列と、DRX2のDR領域とによって媒介されるが、これは、すぐ上に記載した実施形態に類似したものであり、本明細書によって同様に包含される。
この第4の反応のさらに別の実施形態では、以下の試薬、すなわち、X1UR増幅産物、DRX2増幅産物、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を使用する。この反応では、X1URおよびDRX2の両方が、プライマーPFX1およびプライマーPRX2を用いたPCRのテンプレートとして働く。第4のPCR反応のこのバージョンでは、分子種Aおよび分子種Bを形成するためのアニーリングが、X1URのUR領域の相補的X2配列およびX2の順方向鎖の5’末端と、X1の相補的X1配列およびDRX2のDR領域との両方によって媒介されるが、これは、すぐ上に記載した実施形態に類似したものであり、本明細書によって同様に包含される。
分子種Aの伸長には、いかなるオリゴヌクレオチドプライマーも必要でないことが理解されよう。したがって、エキソヌクレアーゼとしても作用するポリメラーゼを利用するという上述の指示は、分子種Bの増幅に関するものである。しかし実際には、効率および簡便性の理由から、分子種Aの伸長および分子種Bの伸長は、両方とも同じ反応混合物中で行われ、したがって同じ酵素が両方に使用されるであろう。
本発明の他の実施形態では、この方法は4回未満の異なったPCR反応を含む。
例えば、本発明の方法では、開始DNAセグメントであるX1およびX2の両方(またはすべて)をPCR増幅または単離する必要がない。したがって、中間体X1URおよび/またはDRX2は、X1またはX2を生成するPCRを最初に行わずに、一次テンプレート配列(例えばゲノムDNAまたはcDNA)から直接生成することができる。例えば、ゲノムDNAからX1URを直接増幅するのに、プライマーPFX1およびハイブリッドプライマーPRX1−PFX2’を使用することができる。同様に、ゲノムDNAからDRX2を直接増幅するのに、プライマーPRX2およびハイブリッドプライマーPRX1’−PFX2を使用することができる。しかし、増幅または単離されたX1配列およびX2配列から開始することによって、後続の増幅ステップがより効率的になる。
セグメントX2をX1URと結合させてキメラDNA分子X1X2を組み立てる場合には、セグメントX2を増幅または単離するべきである。同様に、セグメントX1をDRX2と結合させてキメラDNA分子X1X2を組み立てる場合には、セグメントX1を増幅または単離するべきである。
好ましい実施形態(以下、「ストラテジー#2」と呼ぶ)によれば、本発明は、注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法を対象とし、ここで、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にあり、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
(a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
(b)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第2の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
(c)ステップ(a)および(b)のX1産物およびX2産物を単離するステップと;
(d)化学量論量の、ステップ(c)の単離されたX1産物およびX2産物、ならびにプライマーPFX1、プライマーPRX2、および融合プライマーを含む単一の反応容器中でPCRを行うステップとを含み、該融合プライマーは、PRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有し、この単一容器中で行ったPCRは、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドX1URの増幅をもたらし、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX1と、X2の5’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X1の3’末端は、X2の該5’セグメントに融合しており、前記反応は、X1UR中間体の増幅ももたらして、X1URおよびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を形成し、次に、5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するDNAポリメラーゼ、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製するステップとを含む。
別法では、ステップ(d)は、化学量論量の、ステップ(c)の単離されたX1産物およびX2産物、ならびにプライマーPRX1、プライマーPFX2、および融合プライマーを含む単一の反応容器中でPCRを行うことによって実施でき、ここで、該融合プライマーは、PFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有し、この単一容器中で行ったPCRは、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドDRX2の増幅をもたらし、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX2と、X1の3’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X2の5’末端は、X1の該3’セグメントに融合しており、前記反応は、DRX2中間体の増幅ももたらして、DRX2およびX1を変性およびアニールして、アニールされた分子種を形成し、次に、5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するDNAポリメラーゼ、プライマーPRX1、およびプライマーPFX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製する。
本発明の方法は、キメラ分子X1X2に、追加の配列(X3)をさらに連結するのにも使用できることが理解されよう。例えば、DNA小片X1X2およびX3をポリヌクレオチドX1X2X3に組み立てる場合、URアプローチを使用するならば、セグメントX1X2も、同様にX3の5’末端に相補的な延長部を有するであろう(これと並んで、DRアプローチでは、X1X2が、X1X2の3’末端に相補的な延長部を有するセグメントX3に連結されるであろう)。
上記の方法は、キメラタンパク質をコードする核酸配列を作製すること、あるいは、多重エキソンタンパク質をコードする核酸配列をゲノム由来のDNAから組み立てることに限定されない。1つまたは複数のDNA分子からの制限断片を含めた、いかなる2つ以上のポリヌクレオチドセグメントも融合することができる。上記の方法は、3つ以上の不連続もしくは異種の核酸分子、またはそのような分子のセグメントを含むポリヌクレオチドを生成するように、容易に適合させることができる。
ポリメラーゼ/エキソヌクレアーゼ活性を併せ持つ適当なTaqポリメラーゼは市販されている。例えば、Pfu DNAポリメラーゼ(#M7741または#M7745);Tth DNAポリメラーゼ(#M2101または#M2105);Tfl DNAポリメラーゼ(#M1945または#M1945)を参照のこと。これらはすべて、Promega Corporation社(Madison WI、米国)から購入できる。
注目しているX1X2の新規に増幅されたポリヌクレオチドは、したがって、標準的な方法によって単離することができ、対応する融合ポリペプチドの発現を提供するために適当な発現系に挿入することができる。
発現構築物
本発明の発現構築物は、プロモーター、翻訳開始シグナル(「開始」コドン)、翻訳終結シグナル(「終止」コドン)、およびポリアデニル化シグナルを含めた、増幅された配列を選択された宿主細胞内で適切に転写および翻訳させるのに必要なエレメントと、それらに作用可能に連結された、増幅されたポリヌクレオチド配列とを含有する。発現構築物は、内部リボソーム侵入部位(IRES)、エンハンサー、応答エレメント、サプレッサー、シグナル配列、および同様のものを含めた、増幅された配列の発現を修飾する追加の配列を含んでよい。
プロモーター配列は、宿主細胞にとって内在性のものでも、異種のものでもよく、偏在的な発現(すなわち、発現が、明らかな外部刺激の非存在下で起こり、かつ細胞型特異的でない)を提供するものでも、組織特異的な発現(細胞型特異的な発現としても知られている)を提供するものでもよい。
遺伝子発現を制御するのに使用できるプロモーターには、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター(特許文献8および特許文献9)、SV40初期プロモーター領域(非特許文献11)、ラウス肉腫ウイルスの3’長末端反復に含有されるプロモーター(非特許文献12)、単純ヘルペスウイルス(HSV)チミジンキナーゼプロモーター/エンハンサー(非特許文献13)および単純ヘルペスウイルスLATプロモーター(非特許文献14)、メタロチオネイン遺伝子の調節配列(非特許文献15);β−ラクタマーゼプロモーター(非特許文献16)、またはtacプロモーター(非特許文献17)などの原核細胞の発現ベクター;非特許文献18も参照;Gal4プロモーター、ADC(アルコールデヒドロゲナーゼ)プロモーター、PGK(ホスホグリセロールキナーゼ)プロモーター、アルカリ性ホスファターゼプロモーターなどの酵母または他の真菌からのプロモーターエレメント;ヒトベータアクチンプロモータ(非特許文献19)、マウス乳癌ウイルスの長末端反復中に存在するグルココルチコイド誘導性プロモーター(MMTV LTR;非特許文献20)、モロニーマウス白血病ウイルスの長末端反復配列(MuLV LTR;非特許文献21)が含まれるが、これらに限定されない。
発現構築物は、発現構築物のクローニングおよび増殖を促進するベクター配列をさらに含む。プラスミドおよび真菌ベクターを含めた多数のベクターが、様々な真核および原核の宿主細胞内での複製および/または発現用に記載されている。本発明で有用な標準的ベクターは、当技術分野で周知であり、これらには、プラスミド、コスミド、ファージベクター、ウイルスベクター、および酵母人工染色体が含まれる(しかし、これらに限定されない)。ベクター配列は、大腸菌(E.coli)内で増殖するための複製開始点;SV40複製開始点;宿主細胞内での選択に用いるアンピシリン、ネオマイシン、もしくはプロマイシン耐性遺伝子;および/または優性の選択的マーカーに、注目している遺伝子を加えたものを増幅する遺伝子(例えばジヒドロ葉酸還元酵素遺伝子)を含有してよい。in vitro細胞培養における、コードされている標的−レポーター融合タンパク質の長期発現は、哺乳類宿主細胞における染色体外構築物の自律増殖を可能にするベクター配列(例えばエプスタイン−バーウイルス由来のEBNA−1およびoriP)を使用することによって実現することができる。
例えば、プラスミドは、通常のタイプのベクターである。プラスミドは、一般的には、追加の外来性DNAを容易に受け入れることができ、かつ適当な宿主細胞に容易に導入することができる、通常は細菌起源の、二本鎖DNAの自己充足的な分子である。プラスミドベクターは、通常、外来性DNAを挿入するのに適した1つまたは複数の独特の制限部位を有する。原核細胞の発現に使用できるプラスミドの例には、pBR322由来のプラスミド、pEMBL由来のプラスミド、pEX由来のプラスミド、pBTac由来のプラスミド、およびpUC由来のプラスミドが含まれるが、これらに限定されない。
酵母での発現用のベクターが多数存在する。例えば、YEP24、YIP5、YEP51、YEP52、pYES2、およびYRP17は、遺伝子構築物をS.cerevisiaeに導入するのに有用な、クローニングおよび発現の媒体である(例えば、非特許文献22を参照)。これらのベクターは、pBR322 oriの存在によって、大腸菌(E.coli)で複製でき、かつ、酵母2ミクロンプラスミドの複製決定部位によって、S.cerevisiaeで複製できる。
哺乳類細胞での発現用の発現ベクターが多数存在する。これらのベクターの多くは、細菌内でのベクターの増殖を促進する原核細胞配列を含有し、かつ真核細胞での発現を引き起こす1つまたは複数の真核細胞転写調節配列を含有する。pcDNAI/amp、pcDNAI/neo、pRc/CMV、pSV2gpt、pSV2neo、pSV2−dhfr、pTk2、pRSVneo、pMSG、pSVT7、pko−neo、およびpHygに由来するベクターは、真核細胞の形質移入に適した哺乳類発現ベクターの例である。これらのベクターの一部は、原核および真核の両方の細胞における複製および薬剤抵抗性選択を容易にするために、pBR322などの細菌プラスミド由来の配列を付加することによって修飾されている。ウシ乳頭腫ウイルス(BPV−1)、またはエプスタイン−バーウイルスなどのウイルスの派生物(pHEBo、pREP由来、およびp205)を、真核細胞におけるタンパク質の一過性発現に用いることができる。バキュロウイルス発現系(例えば、非特許文献9を参照)を用いることもできる。そのようなバキュロウイルス発現系の例には、pVL由来のベクター(pVL1392、pVL1393、およびpVL941など)、pAcUW由来のベクター(pAcUW1など)、およびpBlueBac由来のベクター(β−gal含有pBlueBac III)が含まれる。
原核細胞および真核細胞の両方に適した他の発現系、および一般的な組換え操作に関しては、非特許文献1、第16章および第17章を参照されたい。
本発明の発現構築物は、in vitroの真核または原核の宿主細胞に形質移入または形質転換することができる。好ましいin vitroの宿主細胞は、COS細胞およびCHO細胞などの哺乳類細胞系である。哺乳類細胞のin vitro培養のプロトコルは、当技術分野で十分に確立されている[例えば、非特許文献23および非特許文献24を参照]。形質移入および形質転換の技法は、当技術分野で十分に確立されており、それらには、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポソーム媒介性形質移入、カルシウムリン酸媒介性形質移入、またはウイルス媒介性形質移入を含めることができる[例えば、非特許文献25;非特許文献26;非特許文献1;および非特許文献9を参照]。
生物学的に活性なキメラタンパク質の生産
本発明の好ましい態様によれば、生物学的に活性なポリペプチドE1E2をコードするポリヌクレオチドX1X2を生成するのに本発明の方法が使用される。ここで、E1はX1によってコードされているポリペプチド配列であり、そして、E2はX2によってコードされているポリペプチド配列である。
本発明の別の態様によれば、2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2は、2つのエキソンであって、これらは両方ともヒトゲノムに存在し、それぞれが、生物学的に活性なタンパク質の2つの断片のうちの1つをコードする。
一実施例では、X1およびX2は、FSHのベータサブユニットの2つのエキソンをコードする。
別の実施例では、X1およびX2は、多重サブユニットタンパク質の2つのサブユニット、FSHのアルファサブユニットおよびベータサブユニットをコードする。したがって、本発明のさらに別の態様によれば、ポリヌクレオチド(X1X2)は、絨毛性性腺刺激ホルモン(CG)、黄体形成ホルモン(LH)、卵胞刺激ホルモン(FSH)、または甲状腺刺激ホルモン(TSH)の活性を有する単一ポリペプチドをコードするか;あるいは、これらのホルモンの複数の活性(例えばLHおよびFSHの両方の活性)を有する単一ポリペプチドをコードする。
別法として、ポリヌクレオチド(X1X2)は前タンパク質E1E2をコードするものでもよく、ここで、セグメントE1は融合パートナー、例えばシグナル配列を表し、そして、E2は生物学的に活性な成熟ポリペプチドである。シグナル配列は、E2における天然のシグナル配列でも、異なるシグナル配列でもよい。その目的は、成熟E2の分泌を促進することであろう。
例えば、セグメントX1およびX2からなるFSHのβサブユニットを生成することができる。別法として、1つに融合される、DNAの異種セグメントを用いることによって、いかなる他のキメラポリペプチドも生成することができる。したがって、キメラタンパク質は、構成ポリペプチドの両方の特性を有するであろう。このようにして、新規かつ独特の分子を生成することができる。
実施例はhFSHのベータサブユニットの発現に関するもの、ならびに、FSHのアルファおよびベータサブユニットの両方(AB−FSHと名付ける)を含有するキメラタンパク質の発現に関するものであるが、これらから明らかになるように、本発明による方法は、いかなる2つ(またはそれより多く)の不連続のDNAセグメントを使用しても実行することができる。当業者ならば容易に理解するであろうように、追加のセグメントを使用する場合には、追加のPCRステップが必要になるであろう。
次いで、本発明を以下の実施例によって説明する。しかし、これらの使用および明細書中のいずれの他の実施例も単なる例示にすぎず、本発明または任意の例示の形態の範囲および意味を少しも限定するものではない。同様に、本発明は本明細書に記載の特定の好ましい実施形態に限定するものではない。実際、本発明の多くの修正形態および変形形態はこの明細書を読めば直ちに当業者に明らかであろうし、本発明の精神および範囲から逸脱することなく行うことができる。したがって、本発明は特許請求の範囲が権利を有するものと等価物の全容に従って、添付の特許請求の範囲の用語によってのみ限定されるべきである。
(実施例1)
新規なPCR手順を用いたβ−FSH発現構築物の構築
ヒトFSHのβサブユニットをコードするゲノムDNAの配列はGenbank受託番号AH003599にある。ヒトFSHのβサブユニットのcDNA配列は配列番号1である。シグナル配列は配列番号2として記述されている。エキソン1は配列番号3の配列を有し、エキソン2は配列番号4の配列を有する。ヒトβ−FSHの対応するアミノ酸配列は、配列番号5にある。β−FSHは、本実施例が製造する唯一のものの様々な多形で存在することに留意すべきである。しかし、本方法により、任意の他の多形を容易に調製することができたであろう。
A β−FSHをコードする配列のPCR増幅
1.β−FSHの2つのエキソンのうちの1つを各々コードする2つのDNA断片の単離および増幅
ヒトゲノムDNAを、Nucleo Spin Blood Quick Pureキット(Macherey−Nagel GmBH & Co.)を用いて50μlの全血から抽出した。次いで、単離したDNAを100μlのTB緩衝液(DNA溶液)に溶解した。10μlのこのDNA溶液を、2つの独立したPCR反応(PCR反応に付き5μlゲノムDNA溶液)用の鋳型として用いた。
第1のPCR反応をβ−FSHのエキソン1に特異的なプライマーを用いて行った。配列(配列番号7)5’−ATG AAG ACA CTC CAG TTT TTC TTC C−3’を有する順方向プライマーPFX1は、配列番号1の40位から64位の断片に相当する。配列(配列番号8)5’−CCT GGT GTA GCA GTA GCC AGC−3’を有する逆方向プライマーPRX1は、配列番号1の198位から178位の断片の相補体に相当する。このPCR反応は、図1の左図に図示されているように、生成物X1を増幅する。
第2のPCR反応をβ−FSHのエキソン2に特異的なプライマーを用いて行った。配列(配列番号9)5’−GAT CTG GTG TAT AAG GAC CCA−3’を有する順方向プライマーPFX2は、配列番号1の199位から219位の断片に相当する。配列(配列番号10)5’−TTA TTC TTT CAT TTC ACC AAA GG−3’を有する逆方向プライマーPRX2は、配列番号1の429位から407位の断片の相補体に相当する。このPCR反応は、図1の左図に図示されているように、生成物X2を増幅する。
各独立のPCR反応物は、鋳型としてのヒトゲノムDNA溶液5μl、および以下の追加の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmolを含むdNTPストック溶液 5μl
4.100pmol/μl順方向プライマーストック溶液1μl
5.100pmol/μl逆方向プライマーストック溶液1μl
6.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で30秒間、その後72℃で1分間からなる30サイクルの増幅;および72℃で5分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
各PCRによる生成物X1およびX2(それぞれβ−FSHエキソン1およびエキソン2断片)の増幅は、対照分子量マーカーとしてDNA分子量マーカーφX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.、Cambridge、UK)を用い、125mAで30分間、アガロースゲル(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。結果を図4に示す(レーン2および3参照)。次いで、PCR反応の生成物X1およびX2をPCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製した。
2.X1UR中間生成物のPCR増幅:
PCR反応を、配列(配列番号11):
Figure 2007506409
(ここで、PRX1の配列は、イタリック体を使用し、PFX2の配列の逆方向の相補体には下線をしている)を有するエキソン1の順方向プライマーPFX1(配列番号7)およびハイブリッド逆方向プライマーPRX1−PFX2’を用い、鋳型としての生成物X1(上記のように調製)上で行った。
PCR反応混合物は、鋳型としてのPCR生成物X1(β−FSHのエキソン1:配列番号3)溶液1μl、および上記に記載した追加の試薬を含有していた。サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間からなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。この反応を図2の先頭の図に示す。
PCRによるX1UR中間生成物の増幅は、対照分子量マーカーとしてDNA分子量マーカーφX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.、Cambridge、UK)を用い、125mAで30分間、アガロースゲル(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。次いで、X1UR PCR生成物をPCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製し、純粋なDNAを最終体積50μlで得た。DNAの純度およびサイズを、対照分子量マーカーとしてDNA分子量マーカーφX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.、Cambridge、UK)を用い、125mAで30分間、アガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。
中間体X1UR β−FSH PCR生成物(配列番号13)は、配列番号4(β−FSHエキソンX2配列)の最初の21塩基対によりその3’末端で伸長されたX1(β−FSHエキソン1;配列番号3)配列よりなる。
3.生成物X1X2(エキソン1−エキソン2 β−FSH)のPCR増幅
生成物X1X2を増幅するために、2つの異なる戦略を使用した。
戦略#1:
図3に記載された最初の戦略では、PCR反応をエキソン1の順方向プライマーPFX1(配列番号7)およびエキソン2の逆方向プライマーPRX2(配列番号10)を用いて行った。より早期に増幅された生成物X1URおよびX2をこの反応の鋳型とした。このPCR反応は、以下の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.X1UR中間体PCR生成物(配列番号13)1μl
5.X2PCR生成物(β−FSHのエキソン2:配列番号4)1μl
6.100pmol/μl PFX1(β−FSHエキソン1順方向プライマー(配列番号7))ストック希釈液1μl
7.100pmol/μl PRX2(β−FSHエキソン2逆方向プライマー(配列番号10))ストック希釈液1μl
8.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison、WI、USA)2μl
9.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
このPCR反応による生成物X1X2の増幅は、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。結果を図4に示す(レーン4参照)。次いで、このPCR反応の生成物をPCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製し、純粋なDNAを最終体積50μlで得た。DNAの純度およびサイズを、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。
生成物のサイズは、アガロースゲル電気泳動(上述のように行われる)により決定したところ、約390bpであった。この生成物の配列が、プライマーPFX1(β−FSHエキソン1順方向プライマー(配列番号7))を用い、従来の配列分析によりβ−FSHのX1X2(配列番号6;Genbank受託番号NM_000510参照)の全長をコードする配列であることを確認した。
戦略#2:
代わる戦略では、最終的PCR生成物X1X2を、鋳型として生成物X1およびX2を用い、一段階の3プライマーPCR法により生成した。この戦略は、1PCRステップによりクローニングプロセスを短縮させた。この戦略では、プライマーPRX2、PFX1、およびハイブリッド逆方向プライマーPRX1−PFX2’を鋳型としての生成物X1およびX2上で用い、それにより最初のX1UR中間体、次いでX1X2最終生成物を一段階のPCR反応で増幅させた。PCR反応は、以下の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.X1 PCR生成物(配列番号3)2μl
5.X2 PCR生成物(β−FSHのエキソン2:配列番号4)2μl
6.100pmol/μl PRX2(β−FSHエキソン2逆方向プライマー(配列番号10))ストック希釈液1μl
7.100pmol/μl順方向プライマーPFX1(β−FSHエキソン1順方向プライマー(配列番号7)ストック希釈液1μl
8.100pmol/μlハイブリッド逆方向プライマーPRX1−PFX2’(配列番号11)ストック希釈液1μl
9.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
10.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
このPCR反応による生成物X1X2の増幅は、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。次いで、このPCR反応の生成物をPCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製し、純粋なDNAを最終体積50μlで得た。DNAの純度およびサイズを、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。
生成物のサイズは、アガロースゲル電気泳動(上述のように行われる)により決定したところ、約390bpであった。この生成物の配列が、プライマーPFX1(β−FSHエキソン1順方向プライマー(配列番号7))を用い、従来の配列分析によりβ−FSHのX1X2(配列番号6;Genbank受託番号NM_000510参照)の全長をコードする配列であることを確認した。
両方のPCR戦略を用いた場合の結果は同じであったが、我々は、より多量で高純度の生成物DNAを生じるので、戦略#1 PCR反応由来の生成物X1X2を使用した。しかし、化学量論的な量の鋳型を必要とするが、2番目のアプローチも実行可能であり、非常に早く進行するという利点を有する。
4.生成物X1X2(エキソン1−エキソン2 β−FSH)へのShine−DelgarmoおよびKozak配列の付加
発現されたSDK−X1X2転写の翻訳を指示するShine−DelgarnoおよびKozakコンセンサス配列(SDK)を形成するために、17ヌクレオチド配列を、PCR生成物X1X2(エキソン1−エキソン2 β−FSH)(配列番号6)の5’末端に付加した。プライマーPRX2、β−FSHエキソン2逆方向プライマー(配列番号10);および配列
Figure 2007506409
(ここでShine−DelgarnoおよびKozakコンセンサス配列には下線をし、エキソン1順方向プライマーPFX1(配列番号7)の配列はイタリック体とし、翻訳開始のための「開始」コドンはボールド体としている)を有する新たな順方向プライマーSDK−PFX1を用いて、PCR生成物X1X2上でPCR反応を行うことによりこの配列を付加した。PCR反応物は、鋳型としてのPCR生成物X1X2(エキソン1−エキソン2 β−FSH)1μl、および以下の追加の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.100pmol/μl SDK−PFX1プライマー(配列番号12)ストック希釈液1μl
5.100pmol/μl PRX2(β−FSHエキソン2逆方向プライマー(配列番号10))ストック希釈液1μl
6.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。
このPCR反応による生成物SDK−X1X2の増幅は、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。次いで、このPCR反応の生成物を、PCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製し、純粋なDNAを最終体積50μlで得た。DNAの純度およびサイズを、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。
B.β−FSH発現構築物の構築
PCR生成物SDK−X1X2を、製造元の指示(非特許文献27)に従って、pTARGET(商標)発現ベクター(Promega)に導入してクローン化した。この系は、PCR生成物(Taqポリメラーゼ活性の当然の結果として導入される)の各末端の3’アデニン突出を、直線化されたpTARGET(商標)発現ベクター上の5’チミン突出とアニーリングすることによりなされる結合に基づいている。結合したpTARGET(商標)ベクターを、E.coli DH5αに形質転換させた。
形質転換したE.coli DH5αを固体培地で24時間培養し、次いで各形質転換由来の10個の細菌コロニーを用いて個別の液体培地に接種した。プラスミドDNAを、製造元の指示に従って、JET Quick Plasmid Miniprep Spin Kit/50(Genomed GmBH、Wielamdstr Bad Oeynhomsen)を用いて培養した液体培地から抽出した。
次いで、単離したプラスミドDNAについて、PCRによるSDK−X1X2 β−FSHインサートの導入を調べた。このPCRでは、プライマーPFX1(β−FSHエキソン1順方向プライマー(配列番号7))およびPRX2(β−FSHエキソン2逆方向プライマー(配列番号10))を、1μlの精製したプラスミドDNA鋳型を増幅するのに用いた。X1X2断片の増幅の成功により、pTARGETベクターへ導入したβ−FSH配列のクローン化の成功が確認された。得られた発現構築物を、pTPKBFSH(SDK−X1X2 PCR生成物インサート含有pTARGET)と名付けた。
(実施例2)
哺乳類細胞培養におけるβ−FSHの発現
pTPKBFSH(SDK−X1X2 β−FSHインサート含有pTargeT)発現構築物を、COS−7L(Invitrogen、catalog No.11622016)、およびCHO−S(Invitrogen、catalog No.11619012)細胞系におけるβ−FSHタンパク質の発現に用いた。pTPKBFSH構築物を、LIPOFECTAMINE 2000(Invitrogen)トランスフェクション試薬を用い、製造元の指示に従って様々な細胞系に形質移入した。発現ベクターpSV−β−ガラクトシダーゼ(Promega)がトランスフェクション対照物として含まれていた。
トランスフェクション後、細胞を1000μg/mlゲネチシン(ゲネチシン)を含む選択培地で7日間培養した。ゲネチシン耐性細胞を200μg/mlでゲネチシンを含む新たな培地に移して、細胞密度が10細胞/mlとなるまで培養した。次いで、この培養液の上清について、β−FSHサブユニットの存在を、生理活性ヒトβ−FSHを検出するための卵胞刺激ホルモン(非特許文献28)のための顆粒膜細胞アロマターゼバイオアッセイ(Granulosa Aromatase Bioassay:GABアッセイ)法を用いて試験した。このアッセイは、顆粒膜細胞のアロマターゼ活性の刺激に基づくFSH活性を定量化するが、アロマターゼ活性は、アンドロステンジオン前駆物質からのエストロゲン産生の放射性免疫定量法により測定する。したがって、このアッセイは試験試料の生物学的に活性なβ−FSHタンパク質の量を定量化する機能的アッセイである。
GABアッセイにおいて顆粒膜細胞を誘導するために、無傷のメスSpague−Dawleyラット(21〜22日齢)に、ジエチルスチルベストロール(DES)約10mgを含むシラスチックカプセル(10mm)を移植して、顆粒膜細胞の増殖を刺激した。4日後、動物を屠殺し、卵巣を除去し、カプセルを除去した。カプセルを除去した卵巣の卵胞を、27ゲージの皮下注射器で穿刺し、顆粒膜細胞をペニシリン/ステレプトマイシン(各100U/mL)および2mM L−グルタミンを補充したMcCoy’s 5a培地(Gibco)に移動させた。細胞を5分間低速で遠心することによりペレット化し、次いで新鮮な培地で洗浄した。細胞生存率を細胞アリコートのトリパンブルー染色により評価し、次いで血球計を用いて細胞を計数した。その後、細胞を培地中で希釈して最終体積約2000から2400生存細胞/mlとした。
アッセイの日に、新鮮なGABアッセイ培地を準備した。GABアッセイ培地は、ペニシリン/ステレプトマイシン(各100U/mL)および2mM L−グルタミンに加えて、1.25μM アンドロステンジオン(Sigma)、0.125μM ジエチルスチルベストロール(Sigma);37.5ng/mL ヒト絨毛性ゴナドトロピン(Sigma:カタログ#C−0434)、0.156mM 1−メチル−3−イソブチルキサンチン(Sigma)、および1.25μg/mlインスリン(Sigma:カタログ#I−1507)を補充したMcCoy’s 5a培地(Gibco)であった。
次いで、400μlのGABアッセイ培地および60μLの顆粒膜細胞懸濁液(約50,000から80,000個の生存細胞)を24ウェルプレートの各ウェルに加えた。次に、40μlのpTPKBFSH−形質移入COSもしくはCHO細胞上清または様々な濃度の陽性対照組換えFSH(Organon)を各ウェルに加えた。次いで、このプレートを加湿した5% COインキュベーター中で、37℃で3日間培養した。次いで、各ウェルから上清を収穫し、10〜20μlの上清のエストロゲンレベルを放射性免疫測定法により測定した。エストロゲン放射性免疫測定法は、製造元の指示に従い、エストラジオール測定(Orion Diagnostic、Finland)用のSpectria RIA kitを用いて行った。
このアッセイでは、様々な濃度の陽性対照組換えFSH(Organon)を試験して、FSH活性の滴定曲線を計算するのに用いた(ミリユニット/ミリリットル、mU/mlの組換えFSH濃度対エストロゲン放射性免疫測定値、表1参照)。次いで、この対照曲線を用いて、pTPKBFSH−形質移入COSまたはCHO細胞の上清におけるβ−FSH活性量を内挿した。
pTPKBFSH−形質移入細胞由来の1/1000希釈の上清を顆粒膜細胞アッセイで試験した際、348pg/mlのエストラジオールを産生した。この値はおよそ25mU/mlの対照組換えFSHで見られるものとほぼ等しい。試験した上清の希釈因子について是正した後に、この結果はpTPKBFSH−形質移入細胞系が生理活性β−FSHを約25ユニット/mlの量で産生することを示している。
Figure 2007506409
(実施例3)
AB FSHにおけるキメラDNAの産生および発現
ヒトFSHホルモンタンパク質は、αサブユニットに加えβサブユニットからなるマルチサブユニットタンパク質である。αサブユニットの完全cDNA配列は、配列番号14(Genbank受託番号NM_000735)である。この実施例では、ホルモンの両サブユニットが一本鎖タンパク質に含まれている活性なヒトFSHタンパク質の産生について説明する。
A.β−FSHサブユニットをコードする核酸配列
β−FSHサブユニットをコードする配列(X1X2;配列番号6)を、実施例1に記載したように調製した。
B.α−FSHサブユニットをコードする核酸配列
mRNAを、Oligotex Direct mRNA Mini Kit(Qiagen、Cat.No.72022)を用い、製造元の指示に従ってヒト胎盤組織から単離した。プライマーにHCG−SENT(5’−ATG GAT TAC TAC AGA AAA TAT GCA GCT ATC−3’;配列番号15)およびHCG−ANTISENT(5’− TTA AGA TTT GTG ATA ATA ACA AGT ACT GCA G−3’;配列番号16)を用い、5μlの単離したmRNAを逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)で鋳型として用いた。このRT−PCR反応を、製造元の指示に従ってRT−PCR Kit(Gibco)を用いて行った。このRT−PCRの生成物をglycalAと名付け、2%アガロースゲル電気泳動(上述のように行われる;図5、レーン3参照)およびプライマーHCG−SENTおよびHCG−ANTISENTを用いて行われる配列決定により、ヒトα−FSHの完全なコード配列(配列番号17)を示すことを確認した。
次いで、glycalA α−FSH RT−PCR生成物を、pLenti6/V5 Directional TOPOクローニングキットを用い、製造元(Invitrogen K4955−10)の指示に従って、pLenti6/V5 D−TOPOベクターに導入してクローン化した。このクローニングを可能にするために、ヌクレオチド配列CACCをプライマーHCG−SENTCACC(5’−CAC CAT GGA TTA CTA CAG AAA ATA TGC AGC TAT C−3’配列番号18)およびHCG−ANTISENT(配列番号16)を用いたPCRを介して、glycalA RT−PCR生成物の5’末端に付加した。このPCRは、鋳型としてのglycalA(α−FSH)RT−PCR生成物1μl、および以下の追加の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムを含まないM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.100pmol/μlプライマーHCG−SENTCACC(配列番号18)ストック希釈液1μl
5.100pmol/μlプライマーHCG−ANTISENT(配列番号16)ストック希釈液1μl
6.TAQ(5U/μl)(ストック緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは、以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。
次いで、CACCglycalA(配列番号19)と名付けられたこのPCR生成物を、製造元の指示に従ってpLenti6/V5 D−TOPOベクターに挿入した。この発現構築物をpLenti6/V5−glycalAと名付けた。
この構築物は、in vitro細胞培養液でのα−FSHサブユニットの一過性の発現に用いることができる。代わりに、α−FSHの安定な発現が望まれる場合には、pLenti6/V5−glycalAが、ViralPower packaging mixと共に、ViraPower 293FT−Producer 細胞系に挿入され、パッケージされたレンチウイルスを生じる(製造元の指示に従う:pLenti6/V5 Directional TOPO cloning kit、Invitrogen K4955−10)。このパッケージされたウイルスは、培養液中で哺乳類細胞系を変換するのに用いられ、α−FSHサブユニットを安定に発現する哺乳類細胞系を製造する。
C.α−FSH +β−FSH(AB−FSH)をコードする核酸配列の作成
上述したα−FSHおよびβ−FSHをコードする配列を使用してキメラ核酸分子α−β−FSHを作製したが、ここで、成熟β−FSHタンパク質(すなわち、シグナルペプチドなし)をコードする配列を、α−FSHのタンパク質(すなわち、シグナルペプチドを含む)をコードする配列の3’末端に融合させた。X1X2 βヒトFSHの産生のために、α−β−FSH(AB−FSH;配列番号20)のヌクレオチド配列を、上述したPCRをベースにした方法を用いて作成した。このヌクレオチド配列は、AB−FSHポリペプチド(配列番号27)をコードする。
1.成熟β−FSH
PCR反応を行い、成熟β−FSH(すなわち、シグナルペプチドをコードする配列を欠く)をコードする核酸配列を生成した。このPCR反応を、鋳型としての精製したX1X2 PCR生成物(上記実施例1参照)溶液1μl上で、新たな順方向プライマーPFMX2(5’−AAT AGC TGT GAG CTG ACC AA−3’;配列番号21)および逆方向プライマーPRX2(配列番号10)を用いて行った。この反応は、追加の試薬を含み、上記実施例1A1に記載したサイクリングパラメータを用いて行った(β−FSHの2つのエキソンのうちの1つを各々コードする2つのDNA断片の単離および増幅)。得られたPCR生成物は、S−FSH−B(配列番号22)と名付け、2%アガロースゲル電気泳動により確認した(上述のように行う;図5のレーン2参照)。
2.前駆体タンパク質α−FSH
第2のPCR反応を行い、終止コドンを除去したα−FSHの前駆体タンパク質の核酸配列を生成した。α−FSH終止コドンの除去は、α−β−FSH融合タンパク質の早発性の切断を防止するために必要である。このPCR反応を、プライマーHCG−SENT(配列番号15)および新たなプライマーHCG−ANTISENT/woTAA(5’−AGA TTT GTG ATA ATA ACA AGT ACT GCA GTG G−3’;配列番号23)を用いて鋳型としてのglycalA PCR生成物(配列番号17)上で行った。このPCRは、鋳型としてのglycalA(α−FSH)PCR生成物1μl、および以下の追加の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.100pmol/μlプライマーHCG−SENT(配列番号15)ストック希釈液1μl
5.100pmol/μlプライマーHCG−ANTISENT/woTAA(配列番号23)ストック希釈液1μl
6.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。得られたPCR生成物を、glycalwoTAA(配列番号24;TAA終止コドンなしのα−FSH配列)と名付けた。
3.α−β−FSH(AB−FSH)
最初のPCRを行い、5’成熟β−FSHをコードする配列(S−FSH−B)の短い断片を終止コドンを除去したα−FSH配列(glycalwoTAA)の3’末端に結合した中間核酸分子を生成した。このPCRは、鋳型としてのglycalwoTAA PCR生成物、順方向プライマーHCG−SENT(配列番号15)、およびハイブリッド逆方向プライマーABLIGATION(配列番号25)
Figure 2007506409
(ここで、下線した配列はプライマーPFMX2(配列番号21)の逆相補体であり、プライマーANTISENT/woTAAの配列(配列番号23)はイタリック体としている)を用いて行った。このPCRは、鋳型としてのglycalwoTAA PCR生成物1μl、および以下の追加の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.100pmol/μlプライマーHCG−SENT(配列番号15)ストック希釈液1μl
5.100pmol/μlプライマーABLIGATION(配列番号25)ストック希釈液1μl
6.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。我々は、このPCR反応の生成物をglycalwoTAAURと名付けた(配列番号26)。
次いで、第2のPCR反応を行い、鋳型としてglycalwoTAAUR中間PCR生成物(配列番号26)およびS−FSH−B PCR生成物(配列番号22)を用いて最終的なα−β−FSH配列(AB−FSH)を生成した。PCRを順方向プライマーHCG−SENT(配列番号15)および逆方向プライマーPRX2(配列番号10)を用いて行った。このPCR反応は、以下の試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.glycalwoTAAUR中間PCR生成物(配列番号26)1μl
5.X2 S−FSH−B PCR生成物(配列番号22)1μl
6.100pmol/μlプライマーHCG−SENT(配列番号15)ストック希釈液1μl
7.100pmol/μlプライマーPRX2(配列番号10)ストック希釈液1μl
8.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
9.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
このPCRの生成物がAB−FSH(配列番号20)であることを2%アガロースゲル電気泳動(上述のように行う;図5のレーン4参照)およびベクタープライマーを用いたpLenti/AB−FSH構築物(下記参照)の配列決定により確認した。
次いで、ヌクレオチド配列CACCを付加するのに用いたPCRプライマーがHCG−SENTCACC(配列番号18)およびPRX2(配列番号10)であった以外は上述したように(実施例3B。「α−FSHサブユニットをコードする核酸配列」)、AB−FSH PCR生成物を製造元の指示に従ってpLenti6/V5 Directional TOPO cloning kit(Invitrogen K4955−10)を用いてpLenti6/V5 D−TOPOベクターに導入してクローン化した。この発現構築物はpLenti/Aβ−FSHと名付けた。
(実施例4)
哺乳動物細胞培養液でのα−FSHおよびβ−FSHの同時発現
pLenti6/V5−glycalA(glycalA α−FSHインサート含有pLenti6/V5−D−TOPOベクター)およびpTPKBFSH(SDK−X1X2 β−FSHインサート含有pTargeT)発現構築物を、COS−7L(Invitrogen、カタログNo.11622016)の完全ヒトFSHホルモンおよびCHO−S(Invitrogen、カタログNo.11619012)細胞系の発現に用いた。α−FSHおよびβ−FSH発現構築物を、製造元の指示に従ってLIPOFECTAMINE 2000(Invitrogen)トランスフェクション試薬を用いて様々な細胞系に同時形質移入した。発現ベクターpSV−β−ガラクトシダーゼ(Promega)がトランスフェクション対照物として含まれていた。
トランスフェクション後、細胞を1000μg/mlのゲネチシンおよび400μg/mlのブラストサイジンを含む選択培地で7日間培養した。ゲネチシン−ブラストサイジン耐性細胞をゲネチシン(200μg/ml)およびブラストサイジン(200μg/mL)を含む新たな培地に移して、細胞密度が10細胞/mlとなるまで培養した。次いで、この培養液の上清について、マルチサブユニット(非共有結合したαサブユニットおよびβサブユニット)FSH複合体の存在を試験した。
αおよびβ−FSH複合体の存在を、卵胞刺激ホルモン(FSH)の定量のための免疫放射定量測定法キットであるBIOSOURCE FSH−IRMAキット(Biosource Europe S.A.、Cat#KIP0841−KIP0844)を用いて検出した。このFSH−IRMAアッセイは、2つのモノクローナル抗体、すなわちFSHのαサブユニットに特異的なものおよびFSHのβサブユニットに特異的なものの使用に基づいている。したがって、このアッセイは完全なαおよびβ−FSH複合体しか検出しない。pLenti6/V5−glycalAおよびpTPKBFSH同時形質移入細胞の上清を、製造元の指示に従ってFSH−IRMAキットを用いて試験した。このアッセイは、この上清がαおよびβ−FSH複合体を110U/mlの量で含んでいることを示した。
(実施例5)
哺乳動物細胞培養液中でのα−β−FSH融合タンパク質の発現
α−β−FSH発現構築物であるpLenti/AB−FSHを、製造元の指示にしたがってCOS−7L細胞(Invitrogen、カタログNo.11622016)にLIPOFECTAMINE 2000(Invitrogen)トランスフェクション試薬を用いて形質移入した。発現ベクターpSV−β−ガラクトシダーゼ(Promega)がトランスフェクション対照物として含まれていた。
トランスフェクション後、細胞を400μg/mlのブラストサイジン(Gibco)を含む選択培地で7日間培養した。ブラストサイジン耐性細胞を200μg/mlのゲネチシンを含む新たな培地に移して、細胞密度が10細胞/mlとなるまで培養した。次いで、これらの細胞を収穫し、溶解した。細胞は、1mLの培地中で凍結し、解凍することにより溶解した。次いで、溶解した細胞を遠心して細胞片をペレット化した。次いで、上清を収穫し、α−β−FSHの存在を試験した。
次いで、α−β−FSH融合タンパク質の存在を、卵胞刺激ホルモン(FSH)の定量のための免疫放射定量測定法キットであるBIOSOURCE FSH−IRMAキット(Biosource Europe S.A.、Cat#KIP0841−KIP0844)を用いて検出した。このFSH−IRMAアッセイは、2つのモノクローナル抗体、すなわちFSHのαサブユニットに特異的なものおよびFSHのβサブユニットに特異的なもの使用に基づいている。溶解したpLenti/AB−FSH−形質移入COS−7L細胞の上清を、製造元の指示に従ってFSH−IRMAキットを用いて試験した。このアッセイは、キメラα−β−FSHタンパク質が325U/mlの濃度で存在していたことを示した。このアッセイでは、この結果がα−β−FSHタンパク質の存在量を示すが、このアッセイが真の機能的アッセイではないことに留意する。
産生したα−β−FSHタンパク質が生物学的に活性であることを検証するために、溶解したpLenti/AB−FSH−形質移入COS−7L細胞の上清を、上記実施例2に記載の顆粒膜アッセイで試験する。このアッセイでは、400μlのGABアッセイ培地および60μLの顆粒膜細胞懸濁液(約50,000から80,000生存細胞)を24ウェルプレートの各ウェルに加える。次に、40μLの溶解したpLenti/AB−FSH−形質移入COS−7L細胞または様々な濃度の陽性対照組換えFSH(Organon)の上清を各ウェルに加える。次いで、プレートを加湿した5%COインキュベーター中で、37℃で3日間培養する。次いで、各ウェルからの上清を収穫し、10〜20μlの上清を放射性免疫測定法によりエストロゲンレベルを測定する。エストロゲン放射性免疫測定法は、製造元の指示に従い、エストラジオール測定(Orion Diagnostic、Finland)用のSpectria RIA kitを用いて行われる。
このアッセイでは、様々な濃度の陽性対照組換えFSH(Organon)を試験して、FSH活性の滴定曲線を計算するのに用いる(ミリユニット/ミリリットル、mU/mlの組換えFSH濃度対エストロゲン放射性免疫測定値)。次いで、この対照曲線を用いて、生物学的に活性なα−β−FSHの量を内挿した。本アッセイでは、本発明のα−β−FSHは、生物学的活性のユニット/mgのタンパク質で示されるように、現在利用可能な組換えFSH(Organon)よりも実質的に高い活性プロファイルを示す。
(実施例6)
INF−β/INF−α2B発現構築物の構築
INF−βをコードするゲノムDNAの配列は、Genbank Accession NM002167である。INF−βのcDNA配列は配列番号28(ここより後はTHIMIOS1という)であり、それは終止コドンなしの上記配列NM002167に相当する。成熟INF−α2Bの配列は、Genbank Accession Genbank NM000605(ここより後はPENNY1という)の一部である。
A β−FSHをコードする配列のPCR増幅
1.2つのインターフェロン(INF−βおよびINF−α2B)のうちの1つをそれぞれコードする2つのDNA断片の単離および増幅
ヒトゲノムDNAを、Nucleo Spin Blood Quick Pure kit(Macherey−Nagel GmBH & Co.)を用いて50μlの全血から抽出した。次いで、単離したDNAを100μlのTB緩衝液に溶解した(DNA溶液)。10μlのこのDNA溶液を、2つの独立のPCR反応での鋳型として用いた(5μlゲノムDNA溶液/PCR反応)。最初のPCR反応を、INF−βに特異的なプライマーを用いて行った。
順方向プライマーは、配列ATGACCAACAAGTGTCTCCTCCAAATTGCTを有する(ここより後はTHIMIOSFという)。終止コドンなしの逆方向プライマーは、配列GTTTCGGAGGTAACCTGTAAGTCTGTTAATを有する(ここより後はTHIMIOSRという)。このPCR反応は、INF−βの生成物CDSを増幅する。
第2のPCR反応を、INF−α2Bの成熟鎖に特異的なプライマーを用いて行った。順方向プライマーGACGACGACGACAAGTGTGATCTGCCTCAAACCCA(ここより後はPENNYFという)は、エンテロキナーゼ部位を発現する1〜5の主要なシーケンシング(prime sequencing)を含む;この部位は、産生後に切断されるという選択肢を発現したタンパク質分子に与えるために付加され、したがって、万一に備えて2つの異なる生成物を提供する。
エンテロキナーゼ部位(ここより後はPENNYFという)を含む成熟INF−α2B配列は、配列番号29に対応する。
逆方向プライマーは、TCATTCCTTACTTCTTAAAC(ここより後はPENNYRという)である。
各々独立のPCR反応は、鋳型としてのヒトゲノムDNA溶液5μl、および以下の追加試薬を含んでいた:
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.100pmol/μl順方向プライマーストック希釈液1μl
5.100pmol/μl逆方向プライマーストック希釈液1μl
6.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
7.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で30秒間、その後72℃で1分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で5分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
INF−βおよびINF−α2B生成物のPCR増幅を、対照分子量マーカーとしてDNA分子量マーカーφX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.、Cambridge、UK)を用い、125mAで30分間、アガロースゲル(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。結果を図4に示す(レーン2および3参照)。結果を図4に示す(レーン2および3参照)。次いで、PCR反応の生成物を、PCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製した。
このようにして得られたエンテロキナーゼ部位を有するINF−β/INF−α2Bは、配列番号30に相当するが、エンテロキナーゼ部位を有しないものは、配列番号31に相当する。
代わる方法では、最終的なPCR生成物を、鋳型としてINF−βおよびINF−α2B生成物を、PCRプライマーとしてTHIMIOSF、PENNYR、およびこの下に報告される配列を有する結合プライマーTINALEMEを用いて、一段階の3プライマーPCR法により生成した。
ATCACACTTGTCGTCGTCGTTTCGGAGGTAACCTGTAAGTCT
1.10×PCR緩衝液(好熱性のDNAポリメラーゼ10×緩衝液、マグネシウムフリーM190G、Promega Madison WI、USA)10μl
2.25mmol MgCl 10μl
3.dATP、dTTP、dCTP、およびdGTPを各々10μmol含むdNTPストック溶液5μl
4.THIMIOS1 PCR生成物2μl
5.HESEMESA PCR生成物2μl
6.100pmol/μl順方向プライマーストックTHIMIOSF 1μl
7.100pmol/μl逆方向プライマーストックPENNYR 1μl
8.100pmol/μlハイブリッドプライマーTINALEME 1μl
9.TAQ(5U/μl)(貯蔵用緩衝液A中のTaqDNAポリメラーゼ、Cat No.Mi865、Promega Madison WI、USA)2μl
10.HO 65μl
サイクリングパラメータは以下のとおりであった。95℃で2分間最初の変性;各サイクルが、94℃で30秒間、次いで50℃で1分間、その後68℃で2分間よりなる30サイクルの増幅;および72℃で10分間最後の伸長。サイクリングは、PTC−100(商標)programmable Thermal Controller(MJ Research Inc、Watertown、Mass、USA)を用いて行った。
このPCR反応による生成物の増幅を、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。次いで、このPCR反応の生成物を、PCR Clean−up Kit(Nucleospin Extract。Cat No.740590.50)を用いて精製して、純粋なDNAを最終体積50μlで得た。DNAの純度およびサイズを、上述のように行われるアガロース(TAE緩衝液中2%)電気泳動により確認した。生成物のサイズは、アガロースゲル電気泳動により決定した。
本発明は、本明細書に記載した特定の実施形態により制限されるものではない。実際、本明細書に記載のものに加え、前述の記載および添付の図から本発明の様々な改変が当業者に明らかであろう。このような改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内に収まることを意図している。
さらに、すべての値はおよそであり、説明のために提供されていることを理解すべきである。
特許、特許出願、公報、製品説明書、および手順書は、この出願を通じて引用され、実際上、これらの開示は本明細書にそのまま援用される。
出発物質を増幅する最初のPCR反応に使用される2片の出発物質(二本鎖ポリヌクレオチドセグメント)と、それに結合するプライマーとの模式図である。PFX1はエキソン1の順方向PCRプライマーであり;PRX1はエキソン1の逆方向PCRプライマーであり;「OH」および「HO」は二本鎖DNAの3’端末のヒドロキシ基を表し;PFX2はエキソン2の順方向PCRプライマーであり;PRX2はエキソン2の逆方向PCRプライマーである。 中間体PCR産物を生成するPCRステップの模式図である。ここで、X1URを作製するには、X2の5’末端部分をX1の3’末端に付加し、あるいは、DRX2を作製するには、X1の3’末端の部分をX2の5’末端に付加する。PRX1−PFX2’は、PRX1プライマー配列をPFX2プライマーの相補配列(PFX2’)と結合することによって作製された逆方向PCRプライマーであり;PRX1’−PFX2は、PRX1プライマーの相補配列(PRX1’)をPFX2プライマー配列と結合することによって作製された順方向PCRプライマーである。 第3のPCR反応ステップの模式図である。この図は、中間体生成物X1URおよびX2出発物質を変性するステップと、それに続く、アニーリングによって分子種Aおよび分子種Bの混合物を形成するステップと、それに続く、伸長のステップであって、それにおいて、5’−3’重合によって分子種AがX1X2を形成し、さらに共時的な5’−3’重合および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性によって分子種BがX1X2を形成するステップとを図示する。X1X2は、その後の、変性、アニーリング、および伸長の周回によって増幅される。プライマーPFX1およびPRX2を用いれば、同等の機構によってX1およびDRX2のテンプレートからのX1X2分子種の形成ももたらされることに留意されたい。図3において、
Figure 2007506409
は、TaqDNAポリメラーゼを表し;
Figure 2007506409
は、TaqDNAポリメラーゼ進行性の方向を示し;かつ、
Figure 2007506409
および
Figure 2007506409
は、TaqDNAポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ活性によって分子種Bから放出されたヌクレオチドを表す。
X1ベータ−FSH PCR産物(レーン2)、X2ベータ−FSH PCR産物(レーン3)、およびX1X2ベータ−FSH PCR産物(レーン4)の、成功したPCR増幅を示すアガロースゲルの写真である。レーン1は、ΦX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.社(Cambridge、英国))分子量マーカーである。 S−FSH−B PCR産物(レーン2)、glycalA RT PCR産物(レーン3)、およびAB−FSH(アルファ−ベータ−FSH)PCR産物(レーン4)の、成功したPCR増幅を示すアガロースゲルの写真である。レーン1は、ΦX/Hinc II MK13a(HT Biotechnology Ltd.社(Cambridge、英国))分子量マーカーである。

Claims (29)

  1. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
    (b)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第2の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
    (c)ステップ(a)および(b)のX1産物およびX2産物を単離するステップと;
    (d)化学量論量の、ステップ(c)の単離されたX1産物およびX2産物、ならびにプライマーPFX1、プライマーPRX2、および融合プライマーを含む単一の反応容器中でPCRを行うステップとを含み、該融合プライマーは、PRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有し、この単一容器中で行ったPCRは、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドX1URの増幅をもたらし、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX1と、X2の5’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X1の3’末端は、X2の該5’セグメントに融合しており、前記反応は、X1UR中間体の増幅ももたらして、X1URおよびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するDNAポリメラーゼ、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製することを特徴とする方法。
  2. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
    (b)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第2の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
    (c)ステップ(a)および(b)のX1産物およびX2産物を単離するステップと;
    (d)化学量論量の、ステップ(c)の単離されたX1産物およびX2産物、ならびにプライマーPRX1、プライマーPFX2、および融合プライマーを含む単一の反応容器中でPCRを行うステップとを含み、該融合プライマーは、PFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有し、この単一容器中で行ったPCRは、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドDRX2の増幅をもたらし、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX2と、X1の3’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X2の5’末端は、X1の該3’セグメントに融合しており、前記反応は、DRX2中間体の増幅ももたらして、DRX2およびX1を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するDNAポリメラーゼ、プライマーPRX1、およびプライマーPFX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製することを特徴とする方法。
  3. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
    (b)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第2の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
    (c)第3のプライマーセットを用いて、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドX1URを増幅するステップであって、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX1と、X2の5’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X1の3’末端は、X2の該5’セグメントに融合しており、該第3のプライマーセットは、(i)PFX1および(ii)融合プライマーを含み、該融合プライマーは、PRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有する、X1URを増幅するステップと;
    (d)X1URおよびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、DNAポリメラーゼ、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製するステップとを含むことを特徴とする方法。
  4. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
    (b)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第2の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
    (c)第3のプライマーセットを用いて、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドDRX2を増幅するステップであって、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX2と、X1の3’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X2の5’末端は、X1の該3’セグメントに融合しており、該第3のプライマーセットは、(i)PRX2、および(ii)融合プライマーを含み、該融合プライマーは、PFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有する、DRX2を増幅するステップと;
    (d)DRX2およびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、DNAポリメラーゼ、プライマーPRX1、およびプライマーPFX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製するステップとを含むことを特徴とする方法。
  5. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2と、(ii)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2とを含む第2のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX2を増幅するステップと;
    (b)第3のプライマーセットを用いて、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドX1URを増幅するステップであって、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX1と、X2の5’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X1の3’末端は、X2の該5’セグメントに融合しており、該第3のプライマーセットは、(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)融合プライマーとを含み、該融合プライマーは、X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有する、X1URを増幅するステップと;
    (c)X1URおよびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、DNAポリメラーゼ、プライマーPFX1、およびプライマーPRX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製するステップとを含むことを特徴とする方法。
  6. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)(i)X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1と、(ii)X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1とを含む第1のプライマーセットを用いて、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含む第1の二本鎖核酸セグメントX1を増幅するステップと;
    (b)第3のプライマーセットを用いて、中間体である二本鎖ポリヌクレオチドDRX2を増幅するステップであって、該中間体は、センスおよびアンチセンスの核酸鎖を含み、かつ、二本鎖核酸セグメントX2と、X1の3’二本鎖核酸セグメントとを含み、ここで、X2の5’末端は、X1の該3’セグメントに融合しており、該第3のプライマーセットは、(i)X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2と、(ii)融合プライマーとを含み、該融合プライマーは、X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有する、DRX2を増幅するステップと;
    (c)DRX2およびX2を変性およびアニールして、アニールされた分子種を生成し、次に、DNAポリメラーゼ、プライマーPRX1、およびプライマーPFX2を用いて前記アニールされた分子種を伸長および増幅することによってX1X2を作製するステップとを含むことを特徴とする方法。
  7. セグメントX1およびセグメントX2は両方とも同じ核酸分子に含まれることを特徴とする請求項1から6のいずれかに記載の方法。
  8. 前記核酸分子は哺乳類ゲノム、好ましくはヒトゲノムであることを特徴とする請求項7に記載の方法。
  9. 前記ポリヌクレオチド(X1X2)は生物学的に活性なポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項1から8のいずれかに記載の方法。
  10. 前記ポリヌクレオチド(X1X2)は、絨毛性性腺刺激ホルモン(CG)の活性を有するポリペプチド;黄体形成ホルモン(LH)、卵胞刺激ホルモン(FSH)、またはLHおよびFSHの両方の活性を有するポリペプチド;甲状腺刺激ホルモン(TSH);あるいは、アルファ−インターフェロン(INF−α)、ベータ−インターフェロン(INF−β)、またはINF−αおよびINF−βの両方の活性を有するポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項9に記載の方法。
  11. セグメントX1はシグナル配列をコードし、X2は生物学的に活性なポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項1から8のいずれかに記載の方法。
  12. ポリヌクレオチド(X1X2)によってコードされた組換えタンパク質を製造する方法であって、請求項1から6のいずれかに記載の方法によって得られたポリヌクレオチド(X1X2)を適当な発現ベクターに挿入することを含むことを特徴とする方法。
  13. 配列番号20に記載のポリヌクレオチド配列セットを含むことを特徴とする核酸分子。
  14. 請求項13の核酸分子を含むことを特徴とするベクター。
  15. 配列番号20のポリヌクレオチドを発現するように形質転換されることを特徴とする哺乳類宿主細胞。
  16. 配列番号27に記載のアミノ酸配列を含むことを特徴とするポリペプチド。
  17. 配列番号11に記載の配列セットを有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
  18. 配列番号12に記載の配列セットを有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
  19. 配列番号30または配列番号31に記載の配列セットを有することを特徴とするオリゴヌクレオチド。
  20. 請求項19に記載のオリゴヌクレオチドの1つによってコードされていることを特徴とするポリペプチド。
  21. 請求項20に記載のポリペプチドの活性を有することを特徴とするポリペプチド。
  22. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)以下のプライマーセット(i)および(ii)を用いたポリメラーゼ連鎖反応で、X1URおよびDRX2(ここでURは少なくとも12ヌクレオチドを有するX2の5’セグメントであり、DRは少なくとも12ヌクレオチドを有するX1の3’セグメントである)からなる群から選択された少なくとも1つの中間体二本鎖ポリヌクレオチドを増幅するステップであって、
    プライマーセット(i)は、X1UR用であり、X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1、および融合プライマーであり、該融合プライマーは、X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有し、
    プライマーセット(ii)は、DRX2用であり、X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2、および融合プライマーであり、該融合プライマーは、X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有する、中間体二本鎖ポリヌクレオチドを増幅するステップと;
    (b)(i)該中間体がX1URである場合、X2のアンチセンス鎖にアニールされたX1URのセンス鎖;
    (ii)該中間体がDRX2である場合、DRX2のアンチセンス鎖にアニールされたX1のセンス鎖;および、
    (iii)該中間体がX1URおよびDRX2である場合、DRX2のアンチセンス鎖にアニールされたX1URのセンス鎖
    からなる群から選択された分子種Aを形成するステップと;
    (c)(i)該中間体がX1URである場合、X2のセンス鎖にアニールされたX1URのアンチセンス鎖;
    (ii)該中間体がDRX2である場合、DRX2のセンス鎖にアニールされたX1のアンチセンス鎖;および、
    (iii)該中間体がX1URおよびDRX2である場合、DRX2のセンス鎖にアニールされたX1URのアンチセンス鎖
    からなる群から選択された分子種Bを形成するステップと;
    (d)所定の重合条件下で行ったポリメラーゼ連鎖反応により、5’−3’ポリメラーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素を用いて分子種Aを伸長させてX1X2を形成し、さらに、プライマーPFX1およびプライマーPRX2、ならびに5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するポリメラーゼ酵素を用いて分子種Bを伸長させてX1X2を形成するステップとを含むことを特徴とする方法。
  23. 注目している2つのヌクレオチドセグメントX1およびX2を含むポリヌクレオチド(X1X2)(但し、X1X2の中にあるX2は、X1のすぐ3’にある)を、X1を含む核酸分子と、X2を含む同じまたは異なる核酸分子とから作製する方法であって、X1およびX2が同じ分子に由来する場合にはそれらは連続しておらず、この方法は、
    (a)以下のプライマーセット(i)および(ii)を用いたポリメラーゼ連鎖反応で、X1URおよびDRX2(但し、URは少なくとも12ヌクレオチドを有するX2の5’セグメントであり、DRは少なくとも12ヌクレオチドを有するX1の3’セグメントである)からなる群から選択された少なくとも1つの中間体二本鎖ポリヌクレオチドを増幅するステップであって、
    プライマーセット(i)は、X1UR用であり、X1のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX1、および融合プライマーであり、該融合プライマーは、X1のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX1のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PFX2’と名付けられたPFX2の相補体の配列とを有し、
    プライマーセット(ii)は、DRX2用であり、X2のセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する逆方向プライマーであるPRX2、および融合プライマーであり、該融合プライマーは、X2のアンチセンス鎖の3’末端にハイブリッド形成する順方向プライマーであるPFX2のヌクレオチド配列と、その5’末端でそれに先行する、PRX1’と名付けられたPRX1の相補体の配列とを有する、中間体二本鎖ポリヌクレオチドを増幅するステップと;
    (b)(i)分子種Aを形成する、X1URのセンス鎖およびX2のアンチセンス鎖;
    (ii)分子種Aを形成する、X1のセンス鎖およびDRX2のアンチセンス鎖;
    (iii)分子種Aを形成する、X1URのセンス鎖およびDRX2のアンチセンス鎖;
    (iv)分子種Bを形成する、X1URのアンチセンス鎖およびX2のセンス鎖;
    (v)分子種Bを形成する、X1のアンチセンス鎖およびDRX2のセンス鎖;
    (iii)分子種Aを形成する、X1URのアンチセンス鎖およびDRX2のセンス鎖
    のうち少なくとも1組をアニールさせるステップと;
    (c)所定の重合条件下で行ったポリメラーゼ連鎖反応により、5’−3’ポリメラーゼ活性を有するポリメラーゼ酵素を用いて分子種Aを伸長させてX1X2を形成し、さらにプライマーPFX1およびプライマーPRX2、ならびに5’−3’ポリメラーゼ活性および5’−3’エキソヌクレアーゼ活性の両方を有するポリメラーゼ酵素を用いて分子種Bを伸長させてX1X2を形成するステップとを含むことを特徴とする方法。
  24. セグメントX1およびセグメントX2は両方とも同じ核酸分子に含まれることを特徴とする請求項22または23に記載の方法。
  25. 前記核酸分子は哺乳類ゲノム、好ましくはヒトゲノムであることを特徴とする請求項24に記載の方法。
  26. 前記ポリヌクレオチド(X1X2)は生物学的に活性なポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項22から25のいずれかに記載の方法。
  27. 前記ポリヌクレオチド(X1X2)は、絨毛性性腺刺激ホルモン(CG)、黄体形成ホルモン(LH)、卵胞刺激ホルモン(FSH)、または甲状腺刺激ホルモン(TSH)の活性を有するポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項26に記載の方法。
  28. セグメントX1はシグナル配列をコードし、X2は生物学的に活性なポリペプチドをコードすることを特徴とする請求項22から27のいずれかに記載の方法。
  29. ポリヌクレオチド(X1X2)によってコードされた組換えタンパク質を製造する方法であって、請求項22から27のいずれかに記載の方法によって得られたポリヌクレオチド(X1X2)を適当な発現ベクターに挿入することを含むことを特徴とする方法。
JP2006515990A 2003-06-20 2004-06-18 組換えdna分子を生成する方法 Pending JP2007506409A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US48058103P 2003-06-20 2003-06-20
US49358603P 2003-08-07 2003-08-07
PCT/EP2004/006600 WO2004113565A1 (en) 2003-06-20 2004-06-18 Method of producing recombinant dna molecules

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2007506409A true JP2007506409A (ja) 2007-03-22

Family

ID=33544448

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2006515990A Pending JP2007506409A (ja) 2003-06-20 2004-06-18 組換えdna分子を生成する方法

Country Status (10)

Country Link
US (1) US7560528B2 (ja)
EP (1) EP1594991B1 (ja)
JP (1) JP2007506409A (ja)
AT (1) ATE339523T1 (ja)
AU (1) AU2004249869A1 (ja)
CA (1) CA2529246A1 (ja)
CY (1) CY1105855T1 (ja)
DE (1) DE602004002388T2 (ja)
DK (1) DK1594991T3 (ja)
WO (1) WO2004113565A1 (ja)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009028945A2 (en) * 2007-08-30 2009-03-05 Academisch Ziekenhuis Bij De Universiteit Van Amsterdam Pathways involved in arteriogenesis and uses thereof
TW200918058A (en) 2007-08-31 2009-05-01 Organon Nv TSH receptor antagonizing tetrahydroquinoline compounds
CN113599503A (zh) * 2021-07-28 2021-11-05 安徽中起生物科技有限公司 一种调节卵巢功能的生物制剂及其制备方法和应用
CN116640227B (zh) * 2022-12-16 2023-12-01 宁波甲贝医药科技有限公司 一种新型、长效且高活性的促卵泡激素融合蛋白

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5023171A (en) * 1989-08-10 1991-06-11 Mayo Foundation For Medical Education And Research Method for gene splicing by overlap extension using the polymerase chain reaction
US5169764A (en) * 1990-08-08 1992-12-08 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Multitrophic and multifunctional chimeric neurotrophic factors, and nucleic acids and plasmids encoding the chimeras
US6238890B1 (en) * 1994-02-18 2001-05-29 Washington University Single chain forms of the glycoprotein hormone quartet
US6183987B1 (en) * 1995-02-17 2001-02-06 Stichting Institut Voor Dierhouderij En Diergezonheld Production of biologically active recombinant bovine follicle stimulation hormone (rec bFSH) in the baculovirus expression system
US5891855A (en) * 1996-02-12 1999-04-06 The Scripps Research Institute Inhibitors of leaderless protein export
WO1999016904A1 (en) 1997-09-29 1999-04-08 City Of Hope Efficient linking of nucleic acid segments
WO1999058721A1 (en) * 1998-05-12 1999-11-18 Whitehead Institute For Biomedical Research Multiplex dna amplification using chimeric primers
US7081446B2 (en) * 2002-01-31 2006-07-25 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Long-acting follicle stimulating hormone analogues and uses thereof

Also Published As

Publication number Publication date
WO2004113565A1 (en) 2004-12-29
CY1105855T1 (el) 2011-02-02
CA2529246A1 (en) 2004-12-29
EP1594991A1 (en) 2005-11-16
ATE339523T1 (de) 2006-10-15
AU2004249869A1 (en) 2004-12-29
US7560528B2 (en) 2009-07-14
US20060177826A1 (en) 2006-08-10
DE602004002388D1 (de) 2006-10-26
EP1594991B1 (en) 2006-09-13
DK1594991T3 (da) 2007-01-29
DE602004002388T2 (de) 2007-10-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP4008336A1 (en) A recombinant nucleic acid molecule of transcriptional circular rna and its application in protein expression
Swergold Identification, characterization, and cell specificity of a human LINE-1 promoter
DK2951309T3 (en) INCREASED TRANSGEN EXPRESSION AND PROCESSING
KR101982360B1 (ko) 콤팩트 tale-뉴클레아제의 발생 방법 및 이의 용도
AU750025B2 (en) Expression of endogenous genes by non-homologous recombination of a vector construct with cellular DNA
US20040162416A1 (en) Compositions and methods for non-targeted activation of endogenous genes
US20130324593A1 (en) Novel Hybrid Promoter and Recombinant Vector Comprising the Same
US9260721B2 (en) Expression vector and methods of producing high levels of proteins
AU2016203681A1 (en) DNA element having the activity of enhancing foreign gene expression
JP2007506409A (ja) 組換えdna分子を生成する方法
US9862969B2 (en) Promoter derived from human gene
TW200930815A (en) Novel recombination sequences
CN112639098A (zh) Hspa8基因的启动子
CN109320597B (zh) 狐亚科激活素a蛋白及其制备与应用
CN106701764B (zh) 15kDa硒蛋白基因的启动子及其核心区与应用
KR20240029020A (ko) Dna 변형을 위한 crispr-트랜스포손 시스템
CN113201543A (zh) 企鹅珍珠贝Tyr基因的启动子及其应用
CN115074361A (zh) 真菌来源的强启动子及其应用
EP1758933B1 (en) Chimeric human growth hormone derived from the placenta and pituitary isoform and processes for obtaining said chimera
Aboul-Soud cDNA Cloning of a Bovine Insulin-like growth factor-1 from Egyptian Buffalos and Expression of its Recombinant Protein in Escherichia coli
EP1161533A1 (en) Expression of human alpha-fetoprotein in mammalian cells
Zucchetti Transposon based technology in DHFR knockout CHO cell line improves generation of AMH high producing clones for industrial applications
ZA200606318B (en) Chimeric human growth hormone derived from the placenta and pituitary isoform and processes for obtaining said chimera