JP2006345800A - Primer set for detecting human papilloma virus - Google Patents

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Abstract

<P>PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a primer set capable of specifically detecting a plurality of types of human papilloma virus (HPV) genes with high sensitivity. <P>SOLUTION: The kit for detecting HPV contains six or more primer sets comprising specific sequence, and a method specifically detecting HPV in a sample comprises performing, by using the kit, polymerase chain reaction using cDNA as a template, which cDNA is prepared by reverse transcription from DNA or mRNA obtained from the sample. <P>COPYRIGHT: (C)2007,JPO&INPIT

Description

本発明は、HPV遺伝子を検出するための特異的プライマーセット、およびこれを用いるHPV遺伝子の検出方法に関する。   The present invention relates to a specific primer set for detecting an HPV gene and a method for detecting an HPV gene using the primer set.

ヒトパピローマウイルス(HPV)は、パポバウイルス科に属するDNAウイルスであり、疣などの皮膚疾患や子宮頸部発癌と深く関与しており、実際子宮頸癌のほとんどからHPVが検出されている。HPVは約8000塩基対のゲノムDNAを持ち、その塩基配列の違いから100種類以上のサブタイプが報告されている。それらのサブタイプは、大きく皮膚病変に関与する皮膚型と、子宮頸部病変に関与している粘膜型に大別される。さらに、粘膜型と言われるHPVサブタイプは、子宮頸部において前癌病変から癌へ移行する危険性からハイリスク型、中間型、ローリスク型の3つに分類される。   Human papillomavirus (HPV) is a DNA virus belonging to the Papovaviridae family, and is deeply involved in skin diseases such as hemorrhoids and cervical carcinogenesis. In fact, HPV is detected from most cervical cancers. HPV has genomic DNA of about 8000 base pairs, and more than 100 subtypes have been reported due to differences in the base sequences. These subtypes are roughly classified into skin types that are mainly involved in skin lesions and mucosal types that are involved in cervical lesions. Furthermore, HPV subtypes called mucosal types are classified into three types: high risk type, intermediate type, and low risk type because of the risk of transition from precancerous lesions to cancer in the cervix.

前癌病変の細胞診や組織診において、HPVに感染している細胞が、多核化・核異型・錯角化・大型化などとともに、異型核周囲に空胞(hollow)を伴った細胞コイロサイトーシスと呼ばれる異型細胞であることが古くから知られている。しかしながら、近年の遺伝子検査により、コイロサイトーシスの存在の有無に関わらずHPV DNAが検出され、異形成という子宮頸癌の前癌病変そのものがHPV感染によって発生することが言われている。したがって、細胞診検査によるコイロサイトーシスや異形成の検索よりも、HPV遺伝子検査のほうが、より早い時期に確実に子宮頸部病変を捕らえることが可能である。   In the cytology and histology of precancerous lesions, HPV-infected cells are multinucleated, nuclear atypical, complexed, enlarged, etc. It has long been known to be an atypical cell called tosis. However, HPV DNA is detected by genetic testing in recent years regardless of the presence or absence of corocytosis, and it is said that a precancerous lesion of cervical cancer called dysplasia itself is caused by HPV infection. Therefore, HPV genetic testing can surely capture cervical lesions at an earlier stage than search for colocytosis and dysplasia by cytological examination.

HPV遺伝子検査の方法には、主にPCRの増幅を伴う方法と増幅を経ないで直接検出する方法が存在する。   There are mainly HPV genetic testing methods involving PCR amplification and methods for direct detection without amplification.

遺伝子増幅を伴わない方法の代表的なものはダイジーン社のハイブリッドキャプチャー法である。この方法は、HPVのDNAにRNAプローブをハイブリダイズさせた二本鎖をDNA−RNA二本鎖を認識する抗体を用いて検出する方法であるが、増幅を伴わないので、大量のサンプル細胞が必要であり、感度は高くない。さらに、非特異的な反応も出やすいため、さらによい方法が求められている。また、このキットはハイリスク・ローリスクの分類を行う目的で使用され、各型を同定することはできない。   A typical method that does not involve gene amplification is Daigene's hybrid capture method. This method is a method for detecting a double strand obtained by hybridizing an RNA probe to HPV DNA using an antibody that recognizes a DNA-RNA double strand. It is necessary and the sensitivity is not high. Furthermore, since a non-specific reaction is likely to occur, a better method is demanded. This kit is used for the purpose of high-risk / low-risk classification, and each type cannot be identified.

PCRによる増幅を伴う方法としては、増幅の後、制限酵素で切断し電気泳動でバンドを検出するPCR−RFLP法と、プローブを搭載したDNAアレイ(チップ)を用い、ラベルしたプローブをハイブリダイズさせシグナルを検出する方法に大別される。   As a method involving amplification by PCR, after amplification, a labeled probe is hybridized using a PCR-RFLP method in which a band is detected by electrophoresis after digestion with a restriction enzyme and a DNA array (chip) equipped with the probe. It is roughly divided into methods for detecting signals.

電気泳動的に検出するPCR−RFLP法は検出感度がそれほど高くないが、技術的には簡便であり、特殊な機器を必要としないために、コストも安く抑えることができる。PCR−RFLP法はPCR産物を複数のチューブに分注し、複数の制限酵素を用い電気泳動を行う方法である。従って、1検体あたり5〜8種類のチューブの操作が必要であるため作業が煩雑であり、また、サンプル中に複数のHPVが存在する場合、予想される切断パターンとは異なるパターンが得られるために、HPVの型を同定することはできない。近年、HPVの複数の型による重複感染が日常的に起きていることが示されており、重複感染を解析したいという臨床現場のニーズは高まっているが、PCR−RFLP法による検査では、感染した型を同定する目的は完全には達成できない。   Although the PCR-RFLP method for electrophoretic detection is not so high in detection sensitivity, it is technically simple and does not require a special instrument, so that the cost can be reduced. The PCR-RFLP method is a method in which PCR products are dispensed into a plurality of tubes, and electrophoresis is performed using a plurality of restriction enzymes. Therefore, the operation is complicated because it is necessary to operate 5 to 8 types of tubes per specimen, and when a plurality of HPVs exist in the sample, a pattern different from an expected cutting pattern is obtained. In addition, the type of HPV cannot be identified. In recent years, it has been shown that multiple infections due to multiple types of HPV have occurred on a daily basis, and there is an increasing need in the clinical field to analyze multiple infections. The purpose of identifying the type cannot be fully achieved.

後者のハイブリダイゼーションを用いた方法は、検出感度が高く同定の特異性が高いが、ターゲットの調整やハイブリダイゼーション、洗浄、検出全ての工程において時間がかかる。また、プローブを搭載したDNAアレイ(チップ)の作製にコストがかかり、特殊な機器を必要とするために、汎用性が低い。一般的な市中病院の検査室レベルで導入可能な機器は現在存在しない。   The latter method using hybridization has high detection sensitivity and high identification specificity, but takes time in all steps of target adjustment, hybridization, washing, and detection. In addition, the production of a DNA array (chip) on which a probe is mounted is expensive and requires special equipment, so that versatility is low. There is currently no equipment that can be installed at the laboratory level of a typical city hospital.

したがって、検査の現場においては、HPVの検出およびタイピングを迅速、簡便かつ低コストで行うことができる方法が求められている。   Therefore, in the field of inspection, there is a demand for a method that can perform HPV detection and typing quickly, simply, and at low cost.

本発明に関連する先行技術文献情報としては以下のものがある。
特開2004−121240
Prior art document information related to the present invention includes the following.
JP-A-2004-121240

本発明は、複数の型のHPV遺伝子を特異的かつ高感度で検出することができるプライマーセットを提供することを目的とする。   An object of the present invention is to provide a primer set capable of detecting a plurality of types of HPV genes specifically and with high sensitivity.

本発明は、17種類のHPVを同時に特異的に検出することができるPCRプライマーセットを含むキットを提供する。該キットは、下記の表1に示されるプライマーセット1−17からなる群より選択される6またはそれ以上のプライマーセットを含む。   The present invention provides a kit including a PCR primer set that can specifically detect 17 types of HPV simultaneously. The kit includes 6 or more primer sets selected from the group consisting of primer sets 1-17 shown in Table 1 below.

すなわち、本発明のキットは、それぞれ配列番号1および配列番号2で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット1、それぞれ配列番号3および配列番号4で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット2、それぞれ配列番号5および配列番号6で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット3、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号11および配列番号12で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット6、それぞれ配列番号13および配列番号14で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット7、それぞれ配列番号15および配列番号16で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット8、それぞれ配列番号17および配列番号18で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット9、それぞれ配列番号19および配列番号20で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット10、それぞれ配列番号21および配列番号22で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット11、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15、それぞれ配列番号31および配列番号32で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット16、それぞれ配列番号33および配列番号34で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット17からなる群より選択される6またはそれ以上のプライマーセットを含む。   That is, the kit of the present invention includes primer set 1 including oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, respectively, and oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4, respectively. A primer set 2 comprising: a primer set 3 comprising oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6 respectively; and an oligonucleotide having a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8, respectively Primer set 4, primer set 5 including oligonucleotides having base sequences represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, respectively, primer set including oligonucleotides having base sequences represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12, respectively 6, each Primer set 7 including an oligonucleotide having the base sequence represented by column number 13 and SEQ ID NO: 14, primer set 8 including an oligonucleotide having the base sequence represented by SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16, respectively, SEQ ID NO: Primer set 9 comprising an oligonucleotide having the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18, primer set 10 comprising an oligonucleotide having the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 20, respectively, SEQ ID NO: 21 and Primer set 11 including an oligonucleotide having a base sequence represented by SEQ ID NO: 22, primer set 12 including an oligonucleotide having a base sequence represented by SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, respectively, SEQ ID NO: 25 And a primer set 13 including an oligonucleotide having a base sequence represented by SEQ ID NO: 26, a primer set 14 including an oligonucleotide having a base sequence represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively, SEQ ID NO: 29 and a sequence Primer set 15 including the oligonucleotide having the base sequence represented by No. 30 and Primer set 16 including the oligonucleotide having the base sequence represented by SEQ ID No. 31 and SEQ ID No. 32, respectively, SEQ ID No. 33 and SEQ ID No. 34 6 or more primer sets selected from the group consisting of a primer set 17 including an oligonucleotide having a base sequence represented by:

本発明のキットに含まれる各プライマーセットは、これらのプライマーセットを一緒に混合して用いた場合にも、各HPV遺伝子を特異的に増幅させることができ、かつHPVの型により長さの異なる増幅産物を与えるよう選択されている。したがって、1つの試験管内でマルチプレックスPCRを行い、1本のレーンで電気泳動を行って、増幅産物の長さを調べることにより、多数のHPVについて同時にその存在または非存在を調べることができる。   Each primer set included in the kit of the present invention can specifically amplify each HPV gene even when these primer sets are mixed together and have different lengths depending on the HPV type. Selected to give amplification product. Therefore, the presence or absence of a large number of HPVs can be examined simultaneously by performing multiplex PCR in one test tube, performing electrophoresis in one lane, and examining the length of the amplified product.

下記の実施例に示されるように、表1に示される17種類のプライマーセットおよび内部対照および外部対照プライマーをすべて混合して、16種類のHPVのゲノムの混合物をテンプレートとしてPCRを行ったときに、すべての型のHPVについて特異的な増幅産物が得られ、電気泳動で長さの異なるバンドとして確認された(図1)。このことは、表1に示される17種類のプライマーセットのうち、検出すべきHPVの型の数に応じて、任意の2組、3組、4組、ないしそれ以上の組のプライマーセットを選択して、マルチプレックスPCRと増幅産物の電気泳動を行うことにより、サンプル中に存在するHPV遺伝子を同定することが可能であることを示す。   As shown in the examples below, when the 17 types of primer sets shown in Table 1 and the internal control and external control primers were all mixed, PCR was performed using a mixture of 16 types of HPV genome as a template. Specific amplification products were obtained for all types of HPV and were confirmed by electrophoresis as bands of different lengths (FIG. 1). This means that, out of the 17 types of primer sets shown in Table 1, any 2 sets, 3 sets, 4 sets, or more primer sets can be selected according to the number of HPV types to be detected. Thus, it is shown that the HPV gene present in the sample can be identified by performing multiplex PCR and electrophoresis of amplification products.

好ましくは本発明のキットは、上記の表1に示されるプライマーセット1−17からなる群より選択される7またはそれ以上のプライマーセット、より好ましくは8またはそれ以上、さらに好ましくは9またはそれ以上、最も好ましくは10またはそれ以上のプライマーセットを含む。   Preferably, the kit of the present invention comprises 7 or more primer sets selected from the group consisting of primer sets 1-17 shown in Table 1 above, more preferably 8 or more, and even more preferably 9 or more. Most preferably, it contains 10 or more primer sets.

さらに好ましくは、本発明のキットは、子宮頸癌との関連性が示唆されているHPV16、18、31、51、52、56および58の1つまたはそれ以上を検出しうるプライマーセットを含む。すなわち、本発明のキットは、以下のプライマーセットの少なくとも1つを含むことが好ましい:それぞれ配列番号5および配列番号6で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット3、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号13および配列番号14で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット7、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15。   More preferably, the kit of the present invention comprises a primer set capable of detecting one or more of HPV 16, 18, 31, 51, 52, 56 and 58 that have been suggested to be associated with cervical cancer. That is, the kit of the present invention preferably includes at least one of the following primer sets: primer set 3 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, respectively Primer set 4 comprising two oligonucleotides consisting of the base sequences represented by No. 7 and SEQ ID No. 8, respectively, Primer set 5 comprising oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID No. 9 and SEQ ID No. 10, respectively Primer set 7 comprising two oligonucleotides consisting of base sequences represented by No. 13 and SEQ ID No. 14, primer set 12 comprising two oligonucleotides comprising base sequences represented by SEQ ID No. 23 and SEQ ID No. 24, respectively SEQ ID NO: 25 Primer set 13 including two oligonucleotides each having a base sequence represented by SEQ ID NO: 26, primer set 14 including oligonucleotides having the base sequences represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively, SEQ ID NO: 29 And a primer set 15 comprising two oligonucleotides consisting of the base sequence represented by SEQ ID NO: 30.

さらにより好ましくは、本発明のキットは、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15を含む。   Even more preferably, the kit of the present invention is a primer set 4 comprising two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8, respectively, and a base represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, respectively. Primer set 5 including oligonucleotides having sequences, primer set 12 including two oligonucleotides each having a base sequence represented by SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, bases represented by SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26, respectively Primer set 13 including two oligonucleotides composed of sequences, primer set 14 including oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively, bases represented by SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30, respectively 2 consisting of arrays Including the primer set 15 comprising an oligonucleotide.

最も好ましくは、本発明のキットは、各々が配列番号1−34に記載の塩基配列を有する34種類のオリゴヌクレオチドを含む。   Most preferably, the kit of the present invention comprises 34 types of oligonucleotides each having the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 1-34.

別の観点においては、本発明は、試料におけるHPVの存在を検出する方法を提供する。該方法は、前記試料から得られたDNAをテンプレートとして、上述の本発明のキットを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、そして、増幅されたHPV遺伝子を検出することを含む。試料におけるHPVの発現を検出するためには、前記試料からmRNAを調製し、cDNAを合成した後、上述と同様にしてHPV遺伝子を増幅し、これを検出することができる。   In another aspect, the present invention provides a method for detecting the presence of HPV in a sample. The method includes performing a polymerase chain reaction using the above-described kit of the present invention using DNA obtained from the sample as a template, and detecting an amplified HPV gene. In order to detect HPV expression in a sample, mRNA is prepared from the sample, cDNA is synthesized, and then the HPV gene is amplified and detected in the same manner as described above.

本発明のヒトパピローマ検出用キットは、上記の表1に示される6種類以上のプライマーセットを含む。本発明にしたがえば、各プライマーセットを混合物として用いた場合でも、特定の型のHPVを特異的に検出することができる。後述の実施例に示されるように、本発明のプライマーセット1−17は、それぞれの標的HPVに対する特異性が高いため、これらを混合して1つの試験管内でマルチプレックスPCR反応を行った場合に、試料中に存在する特定の型のHPV遺伝子を特異的に増幅することが可能である。また、各プライマーセットは異なる長さの増幅産物が得られるように設計されているため、PCR反応生成物を1つのレーンで電気泳動で分離することにより、試料中に存在する特定の型のHPV遺伝子を特異的に検出することが可能である。本発明は多検体の検査を行う上で必要な、簡便性・迅速性・低コスト性の3要素を満たしている有用な方法である。   The human papilloma detection kit of the present invention includes six or more kinds of primer sets shown in Table 1 above. According to the present invention, even when each primer set is used as a mixture, a specific type of HPV can be specifically detected. As shown in Examples described later, since the primer set 1-17 of the present invention has high specificity for each target HPV, when these are mixed and subjected to multiplex PCR reaction in one test tube, It is possible to specifically amplify specific types of HPV genes present in the sample. In addition, since each primer set is designed so that amplification products of different lengths can be obtained, the PCR reaction products are separated by electrophoresis in one lane, so that a specific type of HPV present in the sample can be obtained. It is possible to detect a gene specifically. The present invention is a useful method that satisfies the three elements of simplicity, rapidity, and low cost necessary for testing a large number of specimens.

日常的に行われている婦人科細胞診検査は、HPV遺伝子検査と併用することで、さらに効果的であることが最近報告されている。すなわち、細胞診検査は形態学的特徴で細胞の状態を判定する技術であるが、肉眼で判断するために、結果が主観的になる可能性がある。細胞診の主観的定量検査に対し、本発明によるHPV遺伝子検査は、HPVの有無のみならず、HPVの型の同定まで行うことができるため、客観的な定性検査を行うことが可能である。したがって、HPV遺伝子検査は、細胞診検査の補助データとしても、単独のデータとしても非常に有効である。   It has recently been reported that gynecological cytodiagnosis performed on a daily basis is more effective when used in combination with HPV genetic testing. In other words, cytodiagnosis is a technique for determining the state of cells by morphological characteristics, but the result may be subjective because it is determined with the naked eye. In contrast to the subjective quantitative test of cytology, the HPV genetic test according to the present invention can perform not only the presence of HPV but also the identification of the type of HPV, so that an objective qualitative test can be performed. Therefore, the HPV genetic test is very effective both as auxiliary data for cytological examination and as independent data.

マルチプレックスPCR法は、プライマーミックスを用いてPCRを行う方法である。本発明にしたがう各プライマーセットは、複数のPCR産物の増幅が存在する場合でも、増幅産物が異なるサイズになるように設計されている。したがって、電気泳動でサイズを分画することで、特定の増幅産物の検出が可能である。さらに、複数の型のHPVが存在する場合でも、それぞれの型について増幅産物を検出することができる。1サンプルに対し1本のチューブでPCRを行い、1本のレーンで電気泳動を行うことにより、そのサンプル中に含まれるターゲット遺伝子が同定できるため、本発明の方法は多検体処理に向いている。しかも、ハイブリダイゼーション等の操作を必要としないため、コストを安く抑えることができ、検査時間も短い。また、検査の現場においても特別な訓練を必要とせず実施が可能である。   The multiplex PCR method is a method of performing PCR using a primer mix. Each primer set according to the present invention is designed so that the amplification products have different sizes even when amplification of a plurality of PCR products is present. Therefore, a specific amplification product can be detected by fractionating the size by electrophoresis. Furthermore, even when multiple types of HPV are present, amplification products can be detected for each type. Since the target gene contained in the sample can be identified by performing PCR with one tube for one sample and performing electrophoresis with one lane, the method of the present invention is suitable for multi-sample processing. . Moreover, since no operation such as hybridization is required, the cost can be reduced and the inspection time is short. In addition, it can be carried out without requiring special training at the inspection site.

HPV遺伝子検査は、臨床サンプルを用いた検査であるため、実験的な精度管理が非常に重要である。そのために、マルチプレックスPCRの増幅ターゲットとして、内部標準、外部標準を設定することが好ましい。   Since the HPV genetic test is a test using clinical samples, experimental accuracy control is very important. Therefore, it is preferable to set an internal standard and an external standard as amplification targets for multiplex PCR.

内部標準としては、臨床検体中に存在するヒトゲノムDNAに必ず含まれる遺伝子を選択する。HPVが存在しない場合でもヒトゲノムDNAが存在すれば必ずバンドが検出されるはずであるので、DNA抽出の陽性コントロールとして用いることができる。外部標準としては、任意のDNAを、その内部領域を増幅するプライマーセットと共に、反応液に添加して用いる。これにより、外部標準の増幅は必ず起こるはずであるので、増幅反応の陽性コントロールとして用いることができる。   As an internal standard, a gene that is necessarily contained in human genomic DNA present in a clinical specimen is selected. Even if HPV is not present, a band should be detected whenever human genomic DNA is present, and can therefore be used as a positive control for DNA extraction. As an external standard, arbitrary DNA is added to the reaction solution together with a primer set for amplifying the internal region. As a result, amplification of the external standard must occur, so that it can be used as a positive control for the amplification reaction.

本発明のプライマーセットの各オリゴヌクレオチドは、例えば汎用のDNA合成装置(例えば、Applied Biosystems社製 Model 394)を用いて化学的に合成することができる。オリゴヌクレオチドは、当該技術分野においてよく知られる他の方法のいずれかを用いて合成してもよい。   Each oligonucleotide of the primer set of the present invention can be chemically synthesized using, for example, a general-purpose DNA synthesizer (for example, Model 394 manufactured by Applied Biosystems). Oligonucleotides may be synthesized using any of the other methods well known in the art.

本発明のプライマーセットを用いて試料におけるHPV遺伝子の存在を検出するためには、試料からDNAを抽出し、これをテンプレートとして本発明のプライマーセットを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、HPV遺伝子を増幅させる。試料としては、HPVに感染していると疑われる被験者から得られた組織試料、生検、スメア等を用いることができる。さらに、採取した細胞から密度勾配遠心操作により、通常HPVが感染する子宮頸部扁平上皮細胞を濃縮して用いることもできる。あるいは、培養細胞、例えばHeLa細胞等を用いてもよい。本発明にしたがってHPV遺伝子の存在を検出することが有用であると考えられる対象疾病には、いぼ、上皮内新生物、皮膚癌、口腔・口咽頭癌、性器新生物、子宮頸癌、コンジローム、乳頭腫が含まれる。   In order to detect the presence of an HPV gene in a sample using the primer set of the present invention, DNA is extracted from the sample, and this is used as a template to perform polymerase chain reaction using the primer set of the present invention to amplify the HPV gene. Let As a sample, a tissue sample obtained from a subject suspected of being infected with HPV, a biopsy, a smear, or the like can be used. Furthermore, cervical squamous epithelial cells that are usually infected with HPV can be concentrated and used from the collected cells by density gradient centrifugation. Alternatively, cultured cells such as HeLa cells may be used. Target diseases considered useful for detecting the presence of the HPV gene according to the present invention include warts, intraepithelial neoplasia, skin cancer, oral and oropharyngeal cancer, genital neoplasia, cervical cancer, condyloma, Papilloma is included.

試料からDNAを抽出する方法は当該技術分野においてよく知られており、例えば、フェノール・クロロホルムによる抽出や、市販のDNA抽出試薬を用いる抽出により行うことができる。あるいは、カラムキット(GENERATION(登録商標) Capture Column Kit Gentra)による抽出を行ってもよい。   Methods for extracting DNA from a sample are well known in the art, and can be performed, for example, by extraction with phenol / chloroform or extraction using a commercially available DNA extraction reagent. Alternatively, extraction with a column kit (GENERATION (registered trademark) Capture Column Kit Gentra) may be performed.

さらに、本発明のプライマーセットは、HPV遺伝子のコーディング領域中の配列が増幅されるよう選択されているため、試料におけるHPV遺伝子の発現を検出するために用いることができる。HPV遺伝子の発現を検出するためには、試料からRNAを抽出して鋳型cDNAを調製し、これをテンプレートとして本発明のプライマーセットを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、試料中で発現されているHPV遺伝子を増幅させる。   Furthermore, since the primer set of the present invention is selected so that the sequence in the coding region of the HPV gene is amplified, it can be used to detect the expression of the HPV gene in the sample. In order to detect the expression of the HPV gene, RNA is extracted from the sample, a template cDNA is prepared, and this is used as a template to perform polymerase chain reaction using the primer set of the present invention. Amplify the gene.

試料からRNAを抽出する方法は当該技術分野においてよく知られており、例えば、グアニジン−イソチオシアネートおよびフェノール・クロロホルム抽出を用いることができる。あるいは市販のRNA抽出試薬を用いてもよい。   Methods for extracting RNA from a sample are well known in the art, and for example, guanidine-isothiocyanate and phenol / chloroform extraction can be used. Alternatively, a commercially available RNA extraction reagent may be used.

RNAを鋳型としてcDNAを合成する方法も当該技術分野においてよく知られている。プライマーとしては市販のランダムプライマーを用い、dNTPsの存在下で、逆転写酵素を用いてcDNAを合成することができる。逆転写酵素としては、例えば、SuperScriptII(Invitrogen社)を用いることができる。   A method for synthesizing cDNA using RNA as a template is also well known in the art. A commercially available random primer can be used as a primer, and cDNA can be synthesized using reverse transcriptase in the presence of dNTPs. As the reverse transcriptase, for example, SuperScript II (Invitrogen) can be used.

次に、このようにして調製したDNAまたはcDNAをテンプレートとして、本発明のプライマーセットの混合物をプライマーとして用いて、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を行う。ポリメラーゼとしては例えばEx Taq(登録商標)(Takara)、Z−Taq、AccuPrime Taq DNA Polymerase、M−PCRキット(QIAGEN)に含まれるポリメラーゼ等を用いることができる。プライマーのTmに基づいて適当なPCR反応条件を選択する方法は当該技術分野においてよく知られており、当業者は、プライマーの長さやGC含量、目的とする特異性や感度、用いるポリメラーゼの特性等に基づいて、最適な条件を選択することができる。例えば、下記の実施例においては、95℃で15分間、次に94℃で30秒間、70℃で1.5分間、72℃で1分間を35サイクル、次に72℃で2分間でPCRを実施した。また、所定の検出感度を達成し、かつ、ウイルスの型による検出感度のばらつきが少なくなるように、PCR溶液中に含めるプライマーの量を適宜調節することができる。   Next, a polymerase chain reaction (PCR) is performed using the DNA or cDNA thus prepared as a template and a mixture of the primer set of the present invention as a primer. As the polymerase, for example, Ex Taq (registered trademark) (Takara), Z-Taq, AccuPrime Taq DNA Polymerase, a polymerase contained in an M-PCR kit (QIAGEN), or the like can be used. Methods for selecting appropriate PCR reaction conditions based on the Tm of the primer are well known in the art, and those skilled in the art will know the primer length, GC content, desired specificity and sensitivity, the characteristics of the polymerase used, etc. Based on the above, the optimum condition can be selected. For example, in the examples below, PCR was performed at 95 ° C for 15 minutes, then 94 ° C for 30 seconds, 70 ° C for 1.5 minutes, 72 ° C for 1 minute, 35 cycles, then 72 ° C for 2 minutes. Carried out. In addition, the amount of primer included in the PCR solution can be appropriately adjusted so as to achieve a predetermined detection sensitivity and reduce variations in detection sensitivity depending on the virus type.

次に、増幅産物を電気泳動で分離し、バンドの長さを判定することにより、試料中における各HPVの存在または非存在を検出することができる。   Next, the presence or absence of each HPV in the sample can be detected by separating the amplification products by electrophoresis and determining the length of the band.

本発明のキットは、17種類のHPVに対応するプライマーセットを一緒に混合して用いて、各HPV遺伝子を特異的に増幅させることができることを特徴とする。さらに、本発明のプライマーは、HPVの型により長さの異なる増幅産物をあたえるよう設計されている。すなわち、1つの試験管内でPCRを行い、1本のレーンで電気泳動を行って、増幅産物の長さを調べることにより、17種類のHPVについて同時にその存在または非存在を調べることができる。このため、型特異的プライマーを用いて別々の試験管内でPCRを行う従来技術の方法と比較して、アッセイが簡単であり、アッセイに要する時間、費用および試料が少なくてよいという利点を有する。また、多重感染の場合、すなわち試料中に複数種類のHPVが存在する場合でも、これらを同時に検出することが可能である。   The kit of the present invention is characterized in that each HPV gene can be specifically amplified using a primer set corresponding to 17 types of HPVs mixed together. Furthermore, the primer of the present invention is designed to give amplification products having different lengths depending on the HPV type. That is, the presence or absence of 17 types of HPV can be examined simultaneously by performing PCR in one test tube, performing electrophoresis in one lane, and examining the length of the amplified product. This has the advantage that the assay is simple and requires less time, money and samples for the assay compared to prior art methods that perform PCR in separate tubes using type specific primers. Moreover, even in the case of multiple infections, that is, when multiple types of HPV are present in a sample, these can be detected simultaneously.

以下に実施例により本発明をより詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例により限定されるものではない。   EXAMPLES The present invention will be described below in more detail with reference to examples, but the present invention is not limited to these examples.

プライマーの設計
HPVをはじめとして、臨床検査における遺伝子検査は、大量のヒトゲノムDNAやその他のウイルス・微生物などのDNAが存在する中から目的のウイルスのDNAの存在を検出する必要があり、そのためには、配列の特異性が高く設計されている必要がある。
Primer design Genetic testing in clinical tests, including HPV, requires detecting the presence of DNA of the target virus from the presence of large amounts of human genomic DNA and other DNA such as viruses and microorganisms. It is necessary to design the sequence with high specificity.

また、プライマーをミックスして用いることから、プライマーダイマーを生じにくいように、プライマー間の特異性が高いプライマーを設計する必要がある。さらに、相同性の高いHPVの複数のサブタイプを特異的に同定することができるプライマーを設計することは、非常に困難である。HPVの場合、普通にプライマー設計を行っただけでは、他のいずれかのタイプのHPVの配列とおおよそ7割以上の割合でマッチしてしまうことがほとんどである。したがって、非特異的増幅が起きないように、注意深くプライマーを設計することが必要である。   In addition, since the primers are mixed and used, it is necessary to design a primer having high specificity between the primers so that primer dimers are not easily generated. Furthermore, it is very difficult to design primers that can specifically identify multiple subtypes of HPV with high homology. In the case of HPV, it is almost the case that the sequence of one of the other types of HPV is matched at a ratio of approximately 70% or more by simply designing primers normally. Therefore, it is necessary to design primers carefully so that non-specific amplification does not occur.

本発明にしたがうHPVのマルチプレックスPCR法による遺伝子検査では、バンドのサイズによってサブタイプの同定を行うため、あらかじめPCR産物のサイズを変えて設計しなければならない。電気泳動によるPCR産物の分離は、最低10〜20塩基は離れなければ十分なの分解能が得られないため、ターゲット数が増えれば増えるほど緻密な設計が求められる。つまり、プライマー特異性を極限まで上げるのと同時に、バンドのサイズを数塩基単位で調節する必要があり、同定するターゲットの数が増えれば増えるほど、困難さは相対的に増加していくことになる。   In genetic testing by HPV multiplex PCR according to the present invention, subtype identification is performed according to the size of the band. Therefore, the PCR product size must be designed in advance. Separation of PCR products by electrophoresis requires sufficient design as the number of targets increases because sufficient resolution cannot be obtained unless at least 10 to 20 bases are separated. In other words, it is necessary to adjust the size of the band by several base units at the same time as raising the primer specificity to the limit, and the difficulty increases relatively as the number of targets to be identified increases. Become.

上記の要因を考慮しないで、ランダムにプライマーを設計しても、16種の型のHPVに対するプライマーをミックスした状態で、全く非特異的交差反応無しで、サンプル中に存在するHPVをバンドで検出することはほぼ不可能である。上記のような特異性の高いプライマーを得るためには、インシリコ/インビトロの両者での特異的増幅のチェックを同時に行いながら、プライマーセットを最適化することが必須である。全く配列の異なる遺伝子のマルチプレックスPCR法による同定において、数個のターゲットを増幅させた例は報告されているが、6個以上のターゲットを特異的に増幅確認できる系はほとんど知られていない。特に、HPVのように相互に相同性の高いウイルスについては、増幅産物の長さによって型を区別することができるマルチプレックスPCR系は知られていない。マルチプレックスPCR法においてターゲットの数を増やし難いもっとも大きな理由は、インシリコ/インビトロいずれにおいても非特異的な増幅を全てチェックするのに非常に手間がかかり、時間、コストを要するということである。   Even if primers are designed randomly without considering the above factors, HPV present in the sample can be detected in a band without any non-specific cross-reaction in the mixed state of primers for 16 types of HPV. It is almost impossible to do. In order to obtain a primer having high specificity as described above, it is essential to optimize the primer set while simultaneously checking specific amplification both in silico and in vitro. In the identification of genes having completely different sequences by the multiplex PCR method, there have been reported examples in which several targets are amplified, but few systems are known that can specifically amplify and confirm 6 or more targets. In particular, for viruses that are highly homologous to each other, such as HPV, there is no known multiplex PCR system that can distinguish the types according to the length of the amplification product. The biggest reason why it is difficult to increase the number of targets in the multiplex PCR method is that it takes a lot of time and cost to check all non-specific amplifications both in silico and in vitro.

インシリコでのチェックでは、設計したプライマーに似た配列が他のサブタイプの配列に存在しないことをチェックする。このとき、領域を絞って設計しようとすると、プライマーとして利用可能な領域を限定することになり、プライマーの候補が見つからない場合も多くある。そこで、あるHPVに対して設計したプライマーの配列を、他の全てのサブタイプのHPVの配列に対して検索をかけ、ミスマッチ率(%)でプライマーの候補を選出した。上記の操作を数十回繰り返し、全ての候補プライマーを選出した。候補プライマーが得られない場合は条件設定を変更し、最終的に候補プライマーを選出した。   In silico checks check that there are no sequences similar to the designed primers in other subtype sequences. At this time, if an attempt is made to design by narrowing down the region, the region that can be used as a primer is limited, and primer candidates are often not found. Therefore, a primer sequence designed for a certain HPV was searched for the sequences of all other subtypes of HPV, and primer candidates were selected with a mismatch rate (%). The above operation was repeated several tens of times to select all candidate primers. When a candidate primer could not be obtained, the condition setting was changed, and finally a candidate primer was selected.

次に、これらの候補プライマーセットを用いて、16種類のHPVのそれぞれのゲノムをテンプレートとして含むサンプルおよびこれらのゲノムを混合したテンプレートミックスを含むサンプルを用いて、PCRを行い、予想されるサイズに特異的にバンドが見られることを確認した。非特異的増幅が見られた場合、そのプライマーセットは排除し、再びインシリコの検証を行い、プライマーを再設計した後、特異性を確認した。このインシリコとインビトロの検証サイクルを数十回繰り返し、最適化を行った結果、表1に示されるプライマーセットの組を選択した。   Next, using these candidate primer sets, PCR is performed using a sample containing each of the genomes of 16 types of HPV as a template and a sample containing a template mix in which these genomes are mixed. It was confirmed that a band was specifically observed. When non-specific amplification was observed, the primer set was excluded, in-silico verification was performed again, the primer was redesigned, and the specificity was confirmed. This in silico and in vitro verification cycle was repeated dozens of times, and as a result of optimization, a set of primer sets shown in Table 1 was selected.

HPV遺伝子検査は、臨床サンプルを用いた検査であるため、実験的な精度管理が非常に重要である。そのために、マルチプレックスPCRの増幅ターゲットとして、内部標準、外部標準を設定した。内部標準としてはALAS1(aminolevulinate, delta-, synthase 1、NM_000688)のゲノム領域を用いた。外部標準としては、Brevundimonas diminuta (syn. Pseudomonas diminuta)のゲノムDNAをクローン化したプラスミドを、その内部領域を増幅するプライマーセットと共に、反応液当たり104コピーの量を添加して用いた。 Since the HPV genetic test is a test using clinical samples, experimental accuracy control is very important. Therefore, an internal standard and an external standard were set as amplification targets for multiplex PCR. As an internal standard, the genomic region of ALAS1 (aminolevulinate, delta-, synthase 1, NM_000688) was used. As an external standard, a plasmid obtained by cloning genomic DNA of Brevundimonas diminuta (syn. Pseudomonas diminuta) was used in an amount of 10 4 copies per reaction solution together with a primer set for amplifying the internal region.

これらの内部標準・外部標準を含め、合計19種のターゲットを増幅できる、マルチプレックスPCR用プライマーを設計することができた。これらの19組のプライマーセットの混合物を用いて、16種のHPVの型のバンドサイズによる同定が可能になった(図1)。PCR増幅産物は、クローニングとシーケンス解析を行い、目的の型のHPV遺伝子の塩基配列であることを確認した。   Primers for multiplex PCR capable of amplifying a total of 19 kinds of targets including these internal and external standards could be designed. Using a mixture of these 19 primer sets, it was possible to identify 16 HPV types by band size (FIG. 1). The PCR amplification product was cloned and sequenced to confirm that it was the nucleotide sequence of the target type of HPV gene.

次に、市販の種々のポリメラーゼを用いて、PCRの温度条件を様々に変化させて、条件の最適化を行った。その結果、QIAGENのM−PCRキットを用いて、95℃で15分、次に、94℃で30秒、70℃で1.5分、72℃で1分を35サイクル、72℃で2分の条件でPCRを行ったときに、反応液当たり102コピーの感度ですべての型のHPVの存在がバンドとして確認できた(図2)。 Next, using various commercially available polymerases, the temperature conditions of PCR were changed in various ways to optimize the conditions. As a result, using QIAGEN's M-PCR kit, 95 cycles at 95 ° C for 15 minutes, followed by 35 cycles of 94 ° C for 30 seconds, 70 ° C for 1.5 minutes, 72 ° C for 1 minute, 72 ° C for 2 minutes When PCR was performed under the conditions described above, the presence of all types of HPV was confirmed as a band with a sensitivity of 10 2 copies per reaction solution (FIG. 2).

臨床サンプルにおけるHPVの検出
臨床サンプルとしては、細胞診検査を行う検体の一部を材料として用い、密度勾配遠心分離により上皮細胞を濃縮した。細胞数が多い場合はカラムキット(GENERATION(登録商標) Capture Column Kit Gentra)を用いて、細胞数が少ない場合は、フェノールクロロフォルム抽出、エタノール沈殿を行うことにより、DNA抽出を行った。
Detection of HPV in a clinical sample As a clinical sample, a part of a specimen to be subjected to cytological examination was used as a material, and epithelial cells were concentrated by density gradient centrifugation. When the number of cells was large, a column kit (GENERATION (registered trademark) Capture Column Kit Gentra) was used. When the number of cells was small, DNA extraction was performed by phenol chloroform extraction and ethanol precipitation.

フェノールクロロフォルム抽出を使用してDNA抽出を行った場合には、以下の組成のPCR溶液を調製した。
PCRマスターミックス 12.5
プライマーミックス 4
テンプレート 1
外部標準プラスミド 1
DDW 6.5
計 25μl
When DNA extraction was performed using phenol chloroform extraction, a PCR solution having the following composition was prepared.
PCR master mix 12.5
Primer mix 4
Template 1
External standard plasmid 1
DDW 6.5
25 μl total

カラム抽出キット(GENERATION(登録商標) Capture Column Kit Gentra)を使用してDNA抽出を行った場合には、以下の組成のPCR溶液を調製した。
PCRマスターミックス 12.5
プライマーミックス 4
テンプレート 5
外部標準プラスミド 1
DDW 2.5
計 25μl
When DNA extraction was performed using a column extraction kit (GENERATION (registered trademark) Capture Column Kit Gentra), a PCR solution having the following composition was prepared.
PCR master mix 12.5
Primer mix 4
Template 5
External standard plasmid 1
DDW 2.5
25 μl total

PCRは、QIAGENのM−PCRキットを用いて行った。PCRの条件は、95℃で15分、次に、94℃で30秒、70℃で1.5分、72℃で1分を35サイクル、72℃で2分、最後に4℃とした。得られた増幅産物は、キャピラリ式電気泳動装置として、バイオアナライザ(アジレントテクノロジー社)を使用して解析した。   PCR was performed using the QIAGEN M-PCR kit. PCR conditions were 95 ° C for 15 minutes, then 94 ° C for 30 seconds, 70 ° C for 1.5 minutes, 72 ° C for 1 minute for 35 cycles, 72 ° C for 2 minutes, and finally 4 ° C. The obtained amplification product was analyzed using a bioanalyzer (Agilent Technology) as a capillary electrophoresis apparatus.

細胞診の日母分類による診断結果と、HPV陽性率の関係を調べたところ、非常に高い相関が見られた(表2)。   When the relationship between the diagnosis result by the cytological day classification and the HPV positive rate was examined, a very high correlation was found (Table 2).

細胞診陰性のクラスIではHPV陽性率4.2%であった。クラスIIで20.6%であったのに対し、クラスIIIは88.2%と顕著に増加傾向が見られた。さらにIIIbでは85.7%、IV、Vでは100%と、細胞診結果と感染率の間には明確な関連が見られた。   In class I with negative cytology, the HPV positive rate was 4.2%. Class III was 20.6%, whereas Class III was 88.2%, showing a significant increase. Furthermore, there was a clear relationship between cytological results and infection rate, with 85.7% for IIIb and 100% for IV and V.

さらに、米国の分類法であるベセスダシステムによる分類では、HSIL(クラスIIIaの中で中等度以上の核異型性と、クラスIV、Vをまとめた分類)の中では陽性率が96.9%(31/32)とほぼ100%に近い陽性率を示した(表3)。   Furthermore, according to the classification by the Bethesda system, which is a US classification method, the positive rate is 96.9% (31/31) among HSIL (class IIIa class nuclear atypia and classes IV and V combined). 32) and a positive rate close to 100% (Table 3).

クラスIIIは、形態学的に核の異形成を伴う細胞が含まれる場合に分類される。異形成とは、形態学的に捉えた場合、核の大きさ/細胞質の広さ(N/C)や、クロマチンの量に異常が見られることである。そもそも細胞診検査自体が、形態学を突き詰めていった学問であるので、細胞検査士によって判定が異なる場合もある。HPV検査は人間の主観によらず、感染細胞の有無を定性的に調べることができるため非常に有益であることが示された。   Class III is classified when morphologically cells with nuclear dysplasia are included. Dysplasia refers to abnormalities in the size of the nucleus / the size of the cytoplasm (N / C) and the amount of chromatin when viewed morphologically. In the first place, since cytodiagnosis itself is a study that has been focused on morphology, the judgment may differ depending on the cytologist. The HPV test has been shown to be very useful because it can qualitatively check the presence or absence of infected cells regardless of human subjectivity.

注目すべきは、細胞診で陰性とされる、クラスI、IIにおいても10〜20%のHPV陽性率が見られたことである。このことは、細胞診の判定結果が陰性でも、HPVタイピングを行うことで、その後核異型成の進行をフォローすることで、少しでも早く子宮頸癌の発見が可能になり、治療法の選択などで有利になることを示唆するものである。   It should be noted that HPV positive rate of 10 to 20% was also observed in class I and II, which are negative in cytology. This means that even if the results of cytodiagnosis are negative, HPV typing allows the detection of cervical cancer as soon as possible by following the progression of nuclear atypia, and the choice of treatment, etc. This suggests that it will be advantageous.

重複感染を同定した結果を示す(図3)。このように複数の型のHPVが存在した場合に、1段階の方法でバンドサイズにより明確に型を同定することができた。   The result of identifying the double infection is shown (FIG. 3). Thus, when there were a plurality of types of HPV, the type could be clearly identified by the band size by a one-step method.

細胞診検体を多検体解析した結果、全陽性検体中の3割弱に複数の感染が確認された。中には、4種の型が同時感染している検体も確認された。これらのことは、HPVの重複感染は日常的に生じていることが示唆している。   As a result of multi-sample analysis of cytological specimens, multiple infections were confirmed in less than 30% of all positive specimens. Among them, specimens in which four types were simultaneously infected were also confirmed. These suggest that HPV co-infection occurs on a daily basis.

以上の結果から、本発明のHPV検出キットを用いて、マルチプレックスPCRにより、臨床サンプルからHPVを特異的に検出しうることが示された。さらに重複感染も検出しうることが明らかとなった。   From the above results, it was shown that HPV can be specifically detected from clinical samples by multiplex PCR using the HPV detection kit of the present invention. Furthermore, it became clear that superinfection could be detected.

図1は、本発明のHPV検出キットを用いるHPV遺伝子増幅時における型特異性の検証の結果を示す。FIG. 1 shows the results of verification of type specificity at the time of HPV gene amplification using the HPV detection kit of the present invention. 図2は、本発明のHPV検出キットを用いる検出感度の検証の結果を示す。FIG. 2 shows the result of verification of detection sensitivity using the HPV detection kit of the present invention. 図3は、本発明のHPV検出キットを用いる重複感染の検出の結果を示す。FIG. 3 shows the results of detection of superinfection using the HPV detection kit of the present invention.

Claims (5)

それぞれ配列番号1および配列番号2で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット1、それぞれ配列番号3および配列番号4で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット2、それぞれ配列番号5および配列番号6で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット3、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号11および配列番号12で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット6、それぞれ配列番号13および配列番号14で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット7、それぞれ配列番号15および配列番号16で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット8、それぞれ配列番号17および配列番号18で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット9、それぞれ配列番号19および配列番号20で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット10、それぞれ配列番号21および配列番号22で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット11、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15、それぞれ配列番号31および配列番号32で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット16、それぞれ配列番号33および配列番号34で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット17からなる群より選択される6またはそれ以上のプライマーセットを含む、HPVを検出するためのキット。 Primer set 1 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 1 and SEQ ID NO: 2, respectively, Primer set including two oligonucleotides each including a base sequence represented by SEQ ID NO: 3 and SEQ ID NO: 4 2. Primer set 3 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, respectively, and two oligonucleotides each including a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 Primer set 4, primer set 5 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, respectively, two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 11 and SEQ ID NO: 12 Primer set 6 containing Primer set 7 including two oligonucleotides consisting of base sequences represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14, respectively, and two oligonucleotides consisting of base sequences represented by SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 16, respectively Primer set 8, primer set 9 comprising two oligonucleotides consisting of base sequences represented by SEQ ID NO: 17 and SEQ ID NO: 18, respectively, and two oligonucleotides comprising base sequences represented by SEQ ID NO: 19 and SEQ ID NO: 20, respectively A primer set 10 comprising two oligonucleotides each comprising two oligonucleotides comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 21 and SEQ ID NO: 22, respectively, and two primer sequences comprising a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, respectively Including oligonucleotides Primer set 12, which includes two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26, and two oligonucleotides each comprising a base sequence represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28 A primer set 14 including two oligonucleotides each including two oligonucleotides each having a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30, respectively, and two primer sequences each including a nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 31 and SEQ ID NO: 32. A primer set 16 including an oligonucleotide, and 6 or more primer sets selected from the group consisting of a primer set 17 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 33 and SEQ ID NO: 34, A kit for detecting HPV. それぞれ配列番号5および配列番号6で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット3、それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号13および配列番号14で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット7、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15からなる群より選択される1またはそれ以上のプライマーセットを含む、請求項1記載のキット。 Primer set 3 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 5 and SEQ ID NO: 6, respectively, Primer set including two oligonucleotides each including a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8 4. Primer set 5 including oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, respectively, Primer set comprising two oligonucleotides each comprising the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 13 and SEQ ID NO: 14 7. Primer set 12 comprising two oligonucleotides consisting of base sequences represented by SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, respectively, comprising two oligonucleotides comprising base sequences represented by SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26, respectively Primer set 3. Primer set 14 containing oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively, Primer set comprising two oligonucleotides consisting of the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30, respectively The kit according to claim 1, comprising one or more primer sets selected from the group consisting of 15. それぞれ配列番号7および配列番号8で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット4、それぞれ配列番号9および配列番号10で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット5、それぞれ配列番号23および配列番号24で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット12、それぞれ配列番号25および配列番号26で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット13、それぞれ配列番号27および配列番号28で表される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット14、それぞれ配列番号29および配列番号30で表される塩基配列からなる2つのオリゴヌクレオチドを含むプライマーセット15を含む、請求項1記載のキット。 Primer set 4 comprising two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 7 and SEQ ID NO: 8, primer set 5 comprising an oligonucleotide having a base sequence represented by SEQ ID NO: 9 and SEQ ID NO: 10, respectively Primer set 12 including two oligonucleotides each consisting of a base sequence represented by SEQ ID NO: 23 and SEQ ID NO: 24, and primer set including two oligonucleotides each including a base sequence represented by SEQ ID NO: 25 and SEQ ID NO: 26 13. Primer set 14 comprising oligonucleotides having the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 27 and SEQ ID NO: 28, respectively, Primer set comprising two oligonucleotides comprising the nucleotide sequences represented by SEQ ID NO: 29 and SEQ ID NO: 30, respectively Including 15, kit of claim 1 wherein. 各々が配列番号1−34に記載の塩基配列からなる34種類のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のキット。 The kit according to claim 1, comprising 34 kinds of oligonucleotides each consisting of the base sequence set forth in SEQ ID NOs: 1-34. 試料におけるHPVの存在または発現を検出する方法であって、前記試料から得られたDNAまたは前記試料から得られたmRNAから逆転写により調製したcDNAをテンプレートとして、請求項1−4のいずれかに記載のキットを用いてポリメラーゼ連鎖反応を行い、そして、増幅されたHPV遺伝子を検出することを含む方法。
A method for detecting the presence or expression of HPV in a sample, wherein DNA obtained from the sample or cDNA prepared by reverse transcription from mRNA obtained from the sample is used as a template. Performing a polymerase chain reaction using the kit described and detecting the amplified HPV gene.
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