JP2005507236A - 抗原性ポリペプチドに結合する新規抗体、抗原をコードする核酸、および使用方法 - Google Patents

抗原性ポリペプチドに結合する新規抗体、抗原をコードする核酸、および使用方法 Download PDF

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Abstract

本明細書には、ポリペプチドをコード化する核酸配列を開示する。また開示されるものは、ポリペプチドならびに誘導体、変異体、突然変異体、または上述のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体のフラグメントに免疫特異的に結合した抗体である。本発明は、これらの新規なヒト核酸およびタンパク質のいずれか一つに関与する障害の診断、処置および予防のための治療的、診断的および研究的方法をさらに開示する。

Description

【０００１】
（技術分野）
本発明は抗原性ポリペプチドに免疫特異的に結合する新規抗体に関し、こらはポリペプチドは細胞、組織、器官または生物における生化学的または生理学的応答に関係する特徴的な性質を有する。新規ポリペプチドは、新規遺伝子の遺伝子産物またはそれらの生物学的に活性な特定のフラグメントまたは誘導体である。抗体の使用方法は、ポリペプチドの診断的および予後的アッセイ法ならびに広範な病態を処置する方法を含む。
【０００２】
（背景技術）
真核細胞は、通常の条件下では細胞の維持および増殖を達成するために精妙にバランスを受けている、生化学的および生理学的方法を特色とする。そのような細胞が脊椎動物のような多細胞生物、またはさらに特別には哺乳動物のような生物の構成要素であるとき、生化学的および生理学的方法の調節には精緻な情報伝達経路を伴う。しばしば、そのような情報伝達経路は、細胞外の情報伝達タンパク質、情報伝達タンパク質に結合する細胞性受容体、および細胞内に局在する情報伝達構成要素より成る。
【０００３】
情報伝達タンパク質は、内分泌性エフェクター、パラクリンエフェクターまたはオートクリンエフェクターに分類され得る。内分泌性エフェクターは特定の器官により循環系中に分泌される情報伝達分子であり、これは次いで遠隔の標的器官または標的組織へと輸送される。標的細胞は内分泌性エフェクターの受容体を含み、内分泌性エフェクターが結合すると情報伝達カスケードが誘導される。パラクリンエフェクターには、互いに近傍にある分泌細胞と受容細胞、例えば同じ組織または器官内の２つの異なるクラスの細胞が関与する。第１のクラスの細胞がパラクリンエフェクターを分泌し、これが次いで、例えば細胞外液を介する拡散により、第２のクラスの細胞に到達する。第２のクラスの細胞はパラクリンエフェクターに対する受容体を含有しており、エフェクターの結合は情報伝達カスケードを誘導し、これが対応する生化学的または生理学的作用をもたらす。オートクリンエフェクターは、オートクリンエフェクターを分泌する同じタイプの細胞が受容体をも含有していること以外は、パラクリンエフェクターと高度の類似性を有している。かくして、オートクリンエフェクターは、同じ細胞上でまたは近接する同じ細胞上で受容体に結合する。次いで、結合過程は特色的な生化学的または生理学的作用をひき起こす。
【０００４】
情報伝達過程は細胞および組織に対し、これらに限定されない例として、細胞または組織の増殖の誘導、成長または増殖の抑制、細胞または組織の分化または成熟の誘導、および細胞または組織の分化または成熟の抑制を含む多様な作用をひき起こし得る。
【０００５】
多くの病態には、重要なエフェクタータンパク質の発現の調節不全が関与している。特定のクラスの病態においては、調節不全は、タンパク質エフェクターの合成および分泌の増加または過多として現れる。臨床現場において、対象が興味のあるタンパク質エフェクターレベルの増加または過多によりもたらされる異常に罹患していることを疑うことがある。
【０００６】
抗体は、特定の抗原に特異的に結合し、同族の抗原とは見なされない物質には弱く結合するか、または全く結合しない複数鎖タンパク質である。抗体は、Ｌ鎖と呼称する２本の短い鎖とＨ鎖と呼称する２本の長い鎖から成る。これらの鎖はイムノグロブリン領域より構成され、これらには一般的に２種類のクラス、即ち鎖１本当たり１個の可変領域およびＬ鎖の中には１個の定常領域、Ｈ鎖の中には３個以上の定常領域がある。免疫グロブリン分子の抗原特異的な部位は可変領域中に存在し、１本のＬ鎖および１本のＨ鎖の可変領域が互いに会合して抗原結合部分を形成する。同族のまたは標的の抗原に免疫特異的に結合する抗体は高親和性で結合する。従って、これらは試料中の抗原の存在を特異的にアッセイするのに有用である。加えて、これらは抗原の活性を不活化する潜在能力を有している。
【０００７】
それ故に、そのような対象由来の生物学的試料中の興味のあるタンパク質エフェクターのレベルをアッセイし、そしてそのレベルを非病態的状態に特色的なものと比較する必要がある。特に、抗原に免疫特異的に結合する抗体の使用に基づくそのようなアッセイの必要性がある。さらに、病態が、エフェクターに免疫特異的に結合する抗体の使用に基づいてエフェクターのレベルの増加または過多によりひき起こされる症例において、タンパク質エフェクターの活性を阻害する必要がある。かくして、生産産物としての抗体の必要性がある。さらに抗体を対象に投与することに基づく興味のあるタンパク質エフェクターのレベルの増加または過多によりもたらされる病態の処置方法の必要性がある。
【０００８】
(発明の要約)
本発明は新規ポリペプチドをコード化する核酸配列の発見に部分的に基づく。新規核酸およびポリペプチドは、本明細書においては、ＮＯＶＸまたはＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３等、核酸およびポリペプチドと呼ばれる。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにその誘導体、ホモログ、アナログおよびフラグメントは以後総称して「ＮＯＶＸ」核酸またはポリペプチド配列と呼ばれる。
【０００９】
一つの態様では、本発明はＮＯＶＸアミノ酸の成熟型を含む単離ペプチドを提供する。ポリペプチドは、例えば、ＮＯＶＸアミノ酸配列、または選択された配列に特定される任意のアミノ酸が、配列中においてアミノ酸残基の１５％未満が変更されるという条件で、異なるアミノ酸に変更されているＮＯＶＸアミノ酸配列の変異体であってもよい。本発明はまた、任意のＮＯＶＸポリペプチドのフラグメントを含む。もう一つの態様では、本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチドをコード化する単離核酸、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体を含む。
【００１０】
本発明にはまた、ＮＯＶＸ配列の天然に存在する変異体であるＮＯＶＸポリペプチドが含まれる。一つの実施態様では、変異体は、ＮＯＶＸ核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む。もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸポリペプチドはそこに記載される変異体ポリペプチドであり、そこでは選択された配列で特定される任意のアミノ酸が保存的置換を生じるように変更されている。
【００１１】
もう一つの態様では、本発明は、試料を提供すること；ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体に試料を導入すること；そしてＮＯＶＸポリペプチドに結合した抗体の存在または量を測定し、それにより試料中のＮＯＶＸポリペプチドの存在または量を測定すること；により、試料中のＮＯＶＸポリペプチドの存在または量を測定する方法を提供する。
【００１２】
さらにもう一つの態様では、本発明は、哺乳動物の対象中のＮＯＶＸポリペプチドの変化したレベルと関連した疾患の存在または素因を測定する方法を含み、これは第１の哺乳動物の対象由来の試料中のポリペプチドの発現レベルを測定し；第１ステップの試料中のポリペプチドの量を、疾患または素因を有しないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在するポリペプチドの量と比較する。第１の対象中のポリペプチドの発現レベルの対照試料に比較する変化は、疾患の存在または素因を示す。
【００１３】
もう一つの態様では、本発明は治療上または予防上有効な量の医薬組成物および医薬的に許容される担体を含む医薬組成物を含む。治療薬は、例えば、ＮＯＶＡ核酸、ＮＯＶＡポリペプチド、またはＮＯＶＡポリペプチドに特異的な抗体であっても良い。さらなる態様では、本発明は、治療上または予防上有効な量の本医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む。
【００１４】
さらにもう一つの態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドに関連するヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬品の製造における治療薬の使用を提供する。
【００１５】
さらなる態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドを発現する細胞試料を、ポリペプチドの活性を調整するのに十分な量でＮＯＶＸポリペプチドに結合する抗体と接触させることにより、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調整する方法を提供する。
【００１６】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチドをコード化する単離核酸、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体を含む。好ましい実施態様では、核酸分子は天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む。もう一つの実施態様では、核酸は変異体ポリペプチドをコード化し、そこでは変異体ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド変異体のポリペプチド配列を有する。もう一つの実施態様では、核酸分子はＮＯＶＸ核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる。一つの実施態様では、ＮＯＶＸ核酸分子は配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されたヌクレオチド配列または核酸配列の相補的配列（complement）に厳密な条件下でハイブリダイズする。一つの実施態様では、本発明は、核酸が天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子を提供する。
【００１７】
また本発明は、本明細書で説明される一つまたはそれ以上の核酸を含有するベクター、および本明細書で説明されるベクターまたは核酸を含有する細胞を含む。本発明はまた、上述の核酸分子のいずれかを含むベクターで形質転換した宿主細胞に向けられている。
【００１８】
さらにもう一つの態様では、本発明は、試料をＮＯＶＸ核酸に結合するプローブと接触させ、そしてＮＯＶＸ核酸に結合するプローブの量を測定することにより、試料中の核酸分子の存在または量を測定する方法を提供する。例えば、ＮＯＶＸ核酸は癌性の細胞または組織タイプのような細胞または組織タイプに対するマーカーであり得る。
【００１９】
さらなる態様では、本発明は、第１の哺乳動物の対象中の核酸分子の変化したレベルに関連する疾患の存在または素因を測定する方法を提供し、そこでは対照試料と比較しての第１の対象中の核酸のレベルの変化は疾患の存在または素因を示す。
【００２０】
本発明はさらに、ＮＯＶＸポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体を提供する。ＮＯＶＸ抗体は、モノクローナル、ヒト化、または完全なヒト抗体であっても良い。好ましくは、抗体はＮＯＶＸポリペプチドの抗体に対する１×１０−９Ｍ未満の解離定数を有する。さらに好ましくは、ＮＯＶＸ抗体はＮＯＶＸポリペプチドの活性を中和する。
【００２１】
さらなる態様では、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドに関連したヒトの疾患に関連した症候群を処置する医薬品の製造における治療薬の使用を提供する。好ましくは、治療薬はＮＯＶＸ抗体である。
【００２２】
なおさらなる態様では、本発明は、疾患を処置しまたは予防するのに十分な量でＮＯＶＸ抗体を対象に投与することにより、ＮＯＶＸ関連疾患を処置または予防する方法、哺乳動物における病態の処置方法、およびポリペプチドに関連する病変を処置または予防する方法を提供する。
【００２３】
特に規定されない限り、本明細書で使用する全ての技術的および科学的用語は本発明が属する技術分野に通常の技能を有する業者により普通に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で説明されるものと類似または同等の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、適当な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及される全ての刊行物、特許申請、特許、および他の参考文献は全体的な出典明示により本明細書の一部とする。抵触がある場合には本明細書が、定義を含め優先する。加えて、材料、方法および実施例は例示的なものであって限定することを意図しない。
本発明の他の特性および利点は以下の発明の開示および請求項より明らかであろう。
【００２４】
（発明の開示）
本発明は、新規ヌクレオチドおよびそれによりコードされたポリペプチドを提供する。本発明は、新規核酸配列、それらのコードされたポリペプチド、抗体、および他の関連化合物を含む。本明細書において、配列を「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」と総称し、対応するコードされたポリペプチドを「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」と称する。別段の記述がない限り、「ＮＯＶＸ」は本明細書に開示される任意の新規配列を指すことを意味する。表１にＮＯＶＸ核酸およびそれらのコードされたポリペプチドの要約を示す。
【００２５】
表１：ＮＯＶＸポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列および対応する配列
【表１】
Figure 2005507236
【００２６】
表１はＮＯＶＸ核酸の既知のタンパク質ファミリーとのホモロジーを示す。従って、表１の第１欄で特定されるＮＯＶＸに対応する本発明に従う核酸およりポリヌクレオチド、抗体および関連化合物は、例えば、表１の第５欄に特定される既知タンパク質ファミリーに関連する病変および疾患に関係する治療的応用および診断的応用において有用である。
【００２７】
ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコードされたポリペプチドは種々の応用および状況において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、該タンパク質とのドメインおよび配列関連性の存在に従うタンパク質ファミリーの新規メンバーとして有用である。加えて、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを用いて、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定し得る。
【００２８】
表１の第５欄で特定されるタンパク質ファミリーの他の既知のメンバーと一致して、本発明のＮＯＶＸポリペプチドは、そのようなタンパク質ファミリーの他のメンバーにホモロジーを示し、そしてそれらを特徴とするドメインを含有する。それぞれのＮＯＶＸについての配列関連性分析およびドメイン分析の詳細を実施例１〜４４に示す。
【００２９】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを、ＮＯＶＸの活性または機能を阻害または促進する分子をスクリーニングするのに使用し得る。特に、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、表１に掲げたタンパク質ファミリーと関連する疾患を調整または阻止する低分子の同定用の標的として使用され得る。
【００３０】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドはまた、特定の細胞タイプを検出にも有用である。ＮＯＶＸそれぞれに対する発現分析の詳細を実施例Ｂに示す。従って、本発明に従うＮＯＶＸ核酸、ポリペプチド、抗体および関連化合物は、正常組織対疾患組織、例えば、種々のがん、において異なる発現を有する種々の疾患の検出における診断的応用および治療的応用を有する。
本発明に従うＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドのさらに別の利用法が本明細書に開示される。
【００３１】
ＮＯＶＸクローン
ＮＯＶＸ核酸およびそれらのコードされたポリペプチドは、種々の応用および状況において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、上記該タンパク質と関連するドメインおよび配列の存在に従うタンパク質ファミリーの新規メンバーとして有用である。加えて、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドを、ＮＯＶＸポリペプチドが所属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するために使用され得る。
【００３２】
ＮＯＶＸ遺伝子およびそれらの対応するコードされたタンパク質は、例えば、タンパク質治療または遺伝子治療により、医学的状態を予防、処置または緩和するのに有用である。病態を、試料中の新規タンパク質の量を測定または新規遺伝子中の変異の存在を測定することにより診断し得る。ＮＯＶＸ遺伝子が最も高発現する組織に基づいて、それぞれのＮＯＶＸ遺伝子に対する特異的な使用を説明する。使用は、種々の疾患および障害を診断または処置するための産物を開発することを含む。
【００３３】
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、潜在的な診断応用および治療応用、および研究ツールとして有用である。これらは、特異的または選択的核酸、または特異的または選択的タンパク質を、診断マーカーおよび／または予後マーカーとして役立つことを含む。ここで核酸またはタンパク質の存在または量、ならびに以下のような潜在的な治療応用を評価する：（ｉ）タンパク質治療薬、（ｉｉ）低分子薬の標的、（ｉｉｉ）抗体の標的（治療的、診断的、薬の標的／細胞障害性抗体）、（ｉｖ）遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子手術）に有用な核酸、および（ｖ）インビトロおよびインビボでの組織再生を促進する組成物、（ｖｉ）生物学的防衛兵器。
【００３４】
一つの特別な実施態様では、本発明は、(ａ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型；(ｂ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体、但し、成熟型中の任意のアミノ酸は、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；(ｃ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列；(ｄ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ変異体、但し、選択された配列で特定される任意のアミノ酸は、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；およびｅ）ａ）ないしｄ）のいずれかのフラグメント、からなる群から選択したアミノ酸配列を含有する単離ポリペプチドを含む。
【００３５】
もう一つの特別な実施態様では、本発明は、(ａ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）を与えられたアミノ酸配列を持つ成熟型；(ｂ)配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体であり、選択された配列の成熟型中の任意のアミノ酸が、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；(ｃ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列；(ｄ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列の変異体であり、選択された配列中の特定されるアミノ酸が、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；および(ｅ) 配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドの少なくとも一部分、または選択された配列の任意のアミノ酸が、配列においてアミノ酸残基の１０％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、ポリペプチドの任意の変異体をコードする核酸のフラグメント；および(ｆ) 核酸分子のいずれかの相補的分子、からなる群より選択したアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む単離核酸分子を含む。
【００３６】
なおもう一つの特別な実施態様では、本発明は単離核酸分子を含む。ここで該核酸分子は、(ａ) 配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるヌクレオチド配列；(ｂ) 配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変更されているヌクレオチド配列；(ｃ) 配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択される配列を持つ核酸フラグメント；および(ｄ) 配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変更されている核酸フラグメント、からなる群より選択したヌクレオチド配列を含む。
【００３７】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチド
本発明の一つの態様は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはそれらの生物学的に活性な部分をコードする単離核酸分子に関する。また、本発明は、ＮＯＶＸをコードする核酸(例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ)を同定するためのハイブリダーゼーションプローブとしての使用に十分な核酸フラグメント、およびＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異用のＰＣＲプライマーとしての使用のためのフラグメントを含む。本明細書において使用する用語「核酸分子」とは、ＤＮＡ分子(例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ)、ＲＮＡ分子(例えば、ｍＲＮＡ)、ヌクレオチド類似体を用いて生成されたＤＮＡ類似体またはＲＮＡ類似体、およびそれらの誘導体、フラグメントおよび相同体を含むことを意図する。核酸分子は一本鎖でも二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖ＤＮＡである。
【００３８】
ＮＯＶＸ核酸は成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書において使用するように、本発明に開示するポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型とは、天然に存在するポリペプチド、前駆体、またはプロタンパク質の産物である。天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質は、限定されない例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物を含む。これに代えて、本明細書に説明するＯＲＦによりコードするポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質として定義し得る。産物の「成熟」体は、限定されない例として、遺伝子産物を生じる細胞(宿主細胞)内で起こり得る一つまたはそれ以上の天然に存在するプロセシングステップの結果として生じる。ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型を導くそのようなプロセシングステップの例として、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドまたはリーダー配列のタンパク質分解的切断を挙げる。従って、残基１がＮ末端メチオニンである１〜Ｎの残基を有する前駆ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟型は、Ｎ末端メチオニン除去後に残存する残基２〜Ｎを有する。これに代えて、残基１〜残基ＭからＮ末端シグナル配列を切断する、残基１〜Ｎを有する前駆ポリペプチドまたはたんぱく質より生じる成熟型は、残存する残基Ｍ＋１〜残基Ｎを有する。さらに本明細書において使用するように、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」型はタンパク質分解による切断事象以外の転写後の修飾により生じ得る。そのようなさらに別な方法は、限定されない例として、グリコシル化、ミリストイル化、またはリン酸化を含む。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質を、これらの方法のただ一つ、またはそれらのいずれかの組合せの操作によりもたらし得る。
【００３９】
本明細書において使用する用語「プローブ」は、好ましくは少なくとも約１０ヌクレオチド(ｎｔ)から１００ｎｔの間、または特定の使用によっては約、例えば６，０００ｎｔもの長さである可変的長さの核酸配列を指す。プローブを、同一、類似、または相補的な核酸配列の検出に使用し得る。より長いプローブを天然または組換え供給源から一般的に得る。より長いプローブは、特異性が高くより短長オリゴマーのプローブよりハイブリダイズするのが遅い。プローブは、一本鎖または二本鎖でもよく、そしてＰＣＲ、メンブレン−ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様技術において特異性を有するようにデザインされ得る。
【００４０】
本明細書において使用する用語「単離」核酸分子は、核酸の天然供給源に存在する他の核酸分子から分離された核酸である。好ましくは、「単離」核酸は、核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中で核酸に天然に隣接する配列(即ち核酸の５'末端および３'末端に位置する配列)を有しない。例えば、種々の実施態様において、単離ＮＯＶＸ核酸分子は、核酸が由来する細胞／組織(例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓等)のゲノムＤＮＡ中の核酸分子に天然に隣接する約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０.５ｋｂ、０.１ｋｂ以下、またはそれ未満のヌクレオチド配列を含有し得る。さらに、ｃＤＮＡ分子のような「単離」核酸分子は、他の細胞性物質、培地、または化学的前駆物質または他の化学物質を実質的に含まない。
【００４１】
本発明の核酸分子、例えば、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはこのヌクレオチド配列の補体を、標準的分子生物学の技術および本明細書に示す配列情報を用いて単離し得る。配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の核酸配列の全てまたは一部をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、標準的ハイブリダイゼーション技術およびクローニング技術(例えば、Sambrook, et al., (eds.), MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989; and Ausubel, et al., (eds.), CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, NY, 1993に記載されるように)を用いてＮＯＶＸ分子を単離し得る。
【００４２】
本発明の核酸は、鋳型としてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、またはこれに代えてゲノムＤＮＡを使用して標準的ＰＣＲ増幅技術にしたがって適切なオリゴヌクレオチドプライマーで増幅し得る。そのように増幅した核酸を、適切なベクターにクローニングし、ＤＮＡ配列分析により特徴づけ得る。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドを、標準合成技術、例えば自動ＤＮＡ合成装置の使用、により調製し得る。
【００４３】
本明細書において使用する用語「オリゴヌクレオチド」は、一連の連結するヌクレオチド残基を指す。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列に基づき得るし、またはそれらからデザインし得る。そして短いオリゴヌクレオチド配列を使用して、特定の細胞または組織の同一、類似、または相補的ＤＮＡまたはＲＮＡの存在を増幅し、確認し、または明らかにする。オリゴヌクレオチドは、長さ約１０ｎｔ、５０ｎｔ、または１００ｎｔ、好ましくは長さ約１５ｎｔ〜３０ｎｔの核酸配列を含む。本発明の一つの実施態様では、長さ１００ｎｔ未満の核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の少なくとも６個の連続したヌクレオチド、またはそれらの補体をさらに含む。オリゴヌクレオチドを、化学的に合成し、プローブとして使用し得る。
【００４４】
もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）に示すヌクレオチド配列、またはこのヌクレオチド配列の一部(例えば、ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするプローブ、プライマー、またはフラグメントとして使用し得るフラグメント)の補体である核酸分子を含む。配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）を示すヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）を示すヌクレオチド配列に十分に相補的であるものであり、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）を示すヌクレオチド配列と殆どミスマッチなしでまたは全くミスマッチ無しで水素結合し得。そのため核酸分子は安定な二本鎖を形成する。
【００４５】
本明細書において使用する用語「相補的」は、核酸分子のヌクレオチド単位間のWatson-CrickまたはHoogsteen塩基対を指し、用語「結合」は、２個のポリペプチドまたは化合物、または関連するポリペプチドまたは化合物またはそれらの組合せ間の物理的相互作用または化学的相互作用を意味する。結合は、イオン、非イオン、ファン・デル・ワールス、疎水性相互作用等を含む。物理的相互作用は直接的または間接的であり得る。間接的相互作用は、他のポリペプチドまたは化合物の作用を介したまたはこれに因るものであり得る。直接的結合は、他のポリペプチドまたは化合物の作用を介したまたはこれに因り起こるのではなく、代わりに他の実質的な化学的仲介物無しで起こる相互作用を指す。
【００４６】
本明細書で提供する「フラグメント」は、核酸の場合特異的ハイブリダイゼーションを可能にするのに十分な長さ、アミノ酸の場合にはエピトープの特異的認識に十分な長さである、少なくとも６個の(連続した)核酸または少なくとも４個の(連続した)アミノ酸の配列として定義され、そして全長より短い或る一部である。フラグメントは、選択した核酸またはアミノ酸配列の任意の連続した部分から由来するものであり得る。誘導体は、天然の化合物から直接、修飾によりまたは部分的置換によるいずれかで生成した核酸配列またはアミノ酸配列である。類似体は、天然化合物に類似しているが同一ではない構造を有する核酸配列またはアミノ酸配列であり、例えば、それらは特定の成分または側鎖に関して天然化合物と異なっている。類似体は、合成であり得るし異なる進化起源を由来とし得るし、野生型と比較して類似または反対の代謝活性を有し得る。同族体は、異なる生物種を由来とする特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【００４７】
全長ＮＯＶＸのクローンを、ＡＴＧ翻訳開始コドンおよびインフレームの停止コドンを含有するとして同定する。ＡＴＧ開始コドンを欠く任意の開示するＮＯＶＸヌクレオチド配列は、それ故にれぞれのＮＯＶＸポリペプチドの切断型Ｃ末端フラグメントをコードし、対応する全長ｃＤＮＡが開示する配列の５'方向へ伸長することを要求する。インフレームの停止コドンを欠く任意の開示するＮＯＶＸヌクレオチド配列は、同様にそれぞれのＮＯＶＸポリペプチドの切断型Ｎ末端フラグメントをコードし、対応する全長ｃＤＮＡが開示する配列の３'方向へ伸長することを要求する。
【００４８】
誘導体または類似体が下記に記載のような修飾核酸またはアミノ酸を含有する場合に、誘導体および類似体は全長または全長以外であり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体または類似体は、同一サイズの核酸またはアミノ酸配列に亘って、または当分野において公知のコンピューターホモロジープログラムにより整列する整列化配列と比較した際、種々の実施態様において、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性(好ましくは、８０〜９５％の同一性)で本発明の核酸またはタンパク質に実質的に相同である領域を含む分子、またはそれらのコードする核酸が本発明のタンパク質をコードする配列の補体厳密、中等度に厳密、または低い厳密度の条件下でハイブリダイズ可能である分子を含むが、これらに限定されない。例えば、Ausubel, et al., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, NY, 1993および以下を参照されたい。
【００４９】
「相同な核酸配列」または「相同なアミノ酸配列」またはそれらの変異体は、上述のようにヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルでのホモロジーを特徴とする配列を指す。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードするこれらの配列を含む。アイソフォームを、例えばＲＮＡの選択的スプライシングの結果として同一生物の異なる組織において発現し得る。これに代えて、アイソフォームを、異なる遺伝子によりコードし得る。本発明では、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の生物種のＮＯＶＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、脊椎動物を含むが脊椎動物に限定されない。よって例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、および他の生物を含む。相同なヌクレオチド配列はまた、本明細書に示すヌクレオチド配列の天然に存在する対立変異体および対立変異体を含むが、これらに限定しない。しかしながら、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の保存的アミノ酸置換(下記参照)をコードする核酸配列ならびにＮＯＶＸの生物活性を有するポリペプチドを含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性を、以下に説明する。
【００５０】
ＮＯＶＸポリペプチドを、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム(「ＯＲＦ」)によりコードする。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳し得るヌクレオチドに対応する。ＯＲＦを有する一連の核酸を、停止コドンにより中断しない。全長タンパク質をコードする配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始」コドンで始まり、３種の「停止」コドン即ちＴＡＡ、ＴＡＧまたはＴＧＡの一つで終わる。本発明の目的のため、ＯＲＦは、開始コドン、停止コドン、またはその両方があってもなくてもよい、コード化配列の任意の部分であり得る。ＯＲＦを真正の細胞性タンパク質をコードする良好な候補として考えるために、最小限の要件、例えば、５０個のアミノ酸またはそれ以上をコードする一連のＤＮＡ、がしばしば定められる。
【００５１】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定するヌクレオチド配列は、他の細胞タイプ、例えば他の組織由来のＮＯＶＸ相同体、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸ相同体を同定および／またはクローニングする際に有用であるようデザインするプローブおよびプライマーの作成を可能にする。プローブ／プライマーは、実質的に精製するオリゴヌクレオチドを典型的に含む。オリゴヌクレオチドは、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の少なくとも約１２、２５、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０または４００個の連続したセンス鎖のヌクレオチド配列；または配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；または配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の天然に存在する変異体に厳密な条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を典型的に含む。
【００５２】
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブを、同一タンパク質または相同タンパク質をコードする転写体またはゲノム配列を検出するのに使用し得る。種々の実施態様において、プローブは検出可能な標識がつけられており、例えば、標識は放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素のコファクターであり得る。かかるプローブは、対象由来の細胞試料中の一つのＮＯＶＸコード化核酸のレベルを測定することによるように、一つのＮＯＶＸタンパク質を誤って発現している細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として使用し得る、例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡを検出するかまたはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異または欠失をしたか否かを測定する。
【００５３】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」は、特定の生物学的分析において測定するような成熟型を含み、本発明のポリペプチドの活性に類似な、しかし必ずしも同一ではない活性を用量依存性の有無を問わず発揮するポリペプチドを指す。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントを、一つのＮＯＶＸの生物活性(ＮＯＶＸタンパク質の生物活性を以下に説明する)を有するポリペプチドをコードする配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコードする部分を発現し(例えば、インビトロ組換え発現により)、ＮＯＶＸのコードする部分の活性を評価するすることにより調製し得る。
【００５４】
ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチド変異体
本発明はさらに、遺伝子コードの縮重により配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）に示すヌクレオチド配列と異なっており、従って配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）に示すヌクレオチド配列によりコードするのと同一のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子を包含する。もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に示すアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【００５５】
配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）に示すヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、ＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に変化をもたらすＤＮＡ配列の多型が、集団(例えばヒトの集団)中に存在し得ることを当業者は理解する。ＮＯＶＸ遺伝子のかかる遺伝子多型は、天然の対立遺伝子変異に因り集団の中の個人間に存在し得る。本明細書において使用する用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、ＮＯＶＸタンパク質、好ましくは脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質をコードするオープンリーディングフレーム(ＯＲＦ)を含む核酸分子を指す。かかる天然の対立遺伝子変異は、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列中に１〜５％の変化を典型的にもたらす。天然の対立遺伝子変異の結果でありＮＯＶＸポリペプチドの機能活性を変化しない任意のおよび全てのかかるヌクレオチド変異体およびそこで得られるＮＯＶＸポリペプチド中のアミノ酸多型は、本発明の範囲内にあるものとする。
【００５６】
さらに、他の生物種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子、および従ってヒト配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあるものとする。本発明のＮＯＶＸｃＤＮＡの天然の変異体および相同体に対応する核酸分子は、厳密なハイブリダイゼーション条件下で標準的なハイブリダイゼーション技術に従うヒトｃＤＮＡまたはその一部をハイブリダイゼーション用プローブとして用いて、本明細書に開示するヒトＮＯＶＸ核酸との相同性に基づいて単離し得る。
【００５７】
従って、もう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子は少なくとも６ヌクレオチド長であり、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列を含む核酸分子に厳密な条件下でハイブリダイズする。もう一つの実施態様では、核酸は少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、２０００またはそれ以上のヌクレオチド長である。なおもう一つの実施態様では、本発明の単離核酸分子はコード化領域にハイブリダイズする。本明細書において用いる用語「厳密な条件下でハイブリダイズする」は、お互いに少なくとも約６０％相同なヌクレオチド配列がお互いに典型的にハイブリダイズしたままであるハイブリダイゼーション条件および洗滌条件を記載することを意図する。
【００５８】
相同体(即ち、ヒト以外の生物種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸)または他の関連配列(例えばパラログ)を、核酸のハイブリダイゼーションおよびクローニングの当分野において既知の方法を用いて特定のヒト配列の全部または一部をプローブとし、低度、中度、または高度に厳密なハイブリダイゼーションにより得られる。
【００５９】
本明細書において使用する用語「厳密なハイブリダイゼーション条件」は、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが標的配列にハイブリダイズするが他の配列にはハイブリダイズしない条件を指す。厳密な条件は配列依存性であり、異なる環境にり差がある。より長い配列は、より短い配列よりもより高温で特異的にハイブリダイズする。一般的に、厳密な条件を、一定のイオン強度およびｐＨにおいて、特定の配列の融解温度(Ｔｍ)より約５℃低いように選択する。Ｔｍは、標的配列と相補的なプローブの５０％が平衡時に標的配列にハイブリダイズする温度(一定のイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下で)である。標的配列はＴｍにおいて一般的に過剰に存在するので、プローブの５０％を平衡時に占める。典型的に、厳密な条件はｐＨ７.０〜８.３で塩濃度が約１.０Ｍナトリウムイオン未満、典型的には約０.０１〜１.０Ｍナトリウムイオン(または他の塩)であり、温度は短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド(例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ)に対して少なくとも約３０℃であり、より長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドに対して少なくとも約６０℃である。厳密な条件を、フォルムアミドのような不安定化剤の添加によっても達成し得る。
【００６０】
厳密な条件は当業者に公知であり、Ausubel, et al., (eds.), CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6.に見出すことができる。好ましくは、条件は、互いに少なくとも６５％、７０％、７５％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％相同な配列が互いに典型的にハイブリダイズしたままであるようなものである。厳密なハイブリダイゼーションの限定されない例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.５)、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０.０２％ＰＶＰ、０.０２％Ｆｉｃｏｌｌ、０.０２％ＢＳＡおよび５００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中６５℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで０.２×ＳＳＣ、０.０１％ＢＳＡ中６５℃で１回またはそれ以上洗滌する。配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の配列に厳密な条件下でハイブリダイズする本発明の単離核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書において使用づる用語「天然に存在する」核酸分子は、天然に(例えば、天然のタンパク質をコードする)存在する核酸配列を有するＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子を指す。
【００６１】
第２の実施態様では、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、類似体または誘導体と中度に厳密な条件下でハイブリダイズする核酸配列を提供する。中度に厳密なハイブリダイゼーション条件の限定されない例は、６×ＳＳＣ、５×Denhardt溶液、０.５％ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ中５５℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで１×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中３７℃で１回またはそれ以上洗滌することである。使用され得る他の中度に厳密な条件は当分野内で周知である。例えば、Ausubel, et al. (eds.), 1993, CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, NY, and Kriegler, 1990; GENE TRANSFER AND EXPRESSION, A LABORATORY MANUAL, Stockton Press, NY.を参照されたい。
【００６２】
第３の実施態様では、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、類似体または誘導体と低度に厳密な条件下でハイブリダイズする核酸配列を提供する。低度に厳密なハイブリダイゼーション条件の限定されない例は、３５％フォルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.５)、５ｍＭ ＥＤＴＡ、０.０２％ＰＶＰ、０.０２％Ｆｉｃｏｌｌ、０.２％ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％(ｗｔ／ｖｏｌ)硫酸デキストラン中４０℃でハイブリダイゼーションを行い、引き次いで２×ＳＳＣ、２５ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ(ｐＨ７.４)、５ｍＭ ＥＤＴＡ、および０.１％ＳＤＳ中５０℃で１回またはそれ以上洗滌することである。使用し得る他の低度に厳密な条件(例えば種間ハイブリダイゼーションに使用する)は当分野において周知である。例えば、Ausubel, et al. (eds.), 1993, CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, NY, and Kriegler, 1990; GENE TRANSFER AND EXPRESSION, A LABORATORY MANUAL, Stockton Press, NY.；Shilo and Weinberg, 1981. Proc Natl Acad Sci USA 78: 6789-6792を参照されたい。
【００６３】
保存的変異
集団中に存在し得るＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子変異に加えて、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列中に変異により変換を導入することができ、それによってＮＯＶＸタンパク質の機能活性を変えること無しに、コードするＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列の変化を導くことができることを当業者はさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基でアミノ酸置換に導くヌクレオチド置換を、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の配列中で行い得る。「非必須」アミノ酸残基は、ＮＯＶＸタンパク質の野生型の配列をそれらの生物活性を変化させることなく変えることのできる残基であるが、一方で「必須」アミノ酸残基をそのような生物活性に必要とする。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質中で保存するアミノ酸残基を、特に変換に耐えられないと予想する。保存的置換が行われ得るアミノ酸は当分野内で周知である。
【００６４】
本発明のもう一つの態様は、活性に必須でないアミノ酸残基中に変化を含有するＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。かかるＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）とアミノ酸配列において異なっているが、生物活性を依然保持している。一つの実施態様では、単離核酸分子はタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここでタンパク質は、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）のアミノ酸配列と少なくとも約４５％相同であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、核酸分子によりコードするタンパク質は、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に少なくとも約７０％相同であり；さらに好ましくは、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に少なくとも約８０％相同であり；それよりさらにより好ましくは、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に少なくとも約９０％相同であり；最も好ましくは、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に少なくとも約９５％相同である。
【００６５】
配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）のタンパク質に相同な一つのＮＯＶＸタンパク質をコードする単離核酸分子を、１個またはそれ以上のアミノ酸の置換、付加または欠失をコードするタンパク質内に導入するように配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列の中に１個またはそれ以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより創成し得る。
【００６６】
変異を、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の中に、部位直接的変異誘発およびＰＣＲ仲介性変異誘発のような、標準的技術により導入し得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換を、予想する１個またはそれ以上の非必須アミノ酸残基において行う。「保存的アミノ酸置換」は、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えるアミノ酸残基中の一つである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーを当分野内で定義する。これらのファミリーは、塩基性側鎖をもつアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)、酸性側鎖をもつアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)、電荷のない側鎖をもつアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン)、無極性側鎖をもつアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、ベータ位側鎖をもつアミノ酸(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、ならびに芳香族側鎖をもつアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)を含む。従って、ＮＯＶＸタンパク質中に予想する非必須アミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリーの別のアミノ酸残基で置換する。これに代えて、もう一つの実施態様では、変異を、飽和突然変異誘発のように、一つのＮＯＶＸコード化配列の全部または一部に沿って無作為に導入し得るし、得られた変異体をＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングして活性を保持する変異体を同定し得る。配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の変異誘発に引き続いて、コードされたタンパク質を当分野において公知の任意の組換え技術で発現し、タンパク質の活性を測定し得る。
【００６７】
アミノ酸ファミリーの関連性を、側鎖の相互作用に基づいても決定し得る。置換したアミノ酸は、十分に保存された「強い」残基または十分に保存された「弱い」残基であり得る。保存したアミノ酸残基の「強い」群は、次の群のいずれか一つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷであり、ここでアミノ酸の一文字表記は、互いに置換し得るアミノ酸でグル−プ分けする。同様に、保存した残基の「弱い」群は、次のいずれか一つであり得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＨＦＹであり、ここでそれぞれの群の文字はアミノ酸の一文字表記を表す。
【００６８】
一つの実施態様では、変異ＮＯＶＸタンパク質を、(i)他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質またはそれらの生物学的活性部位と相互作用するタンパク質：タンパク質を形成する活性、(ii)変異ＮＯＶＸタンパク質と一つのＮＯＶＸリガンド間の複合体形成、または(iii)細胞内標的タンパク質またはそれらの生物学的活性部位に結合する変異ＮＯＶＸタンパク質の活性についてアッセイし得る；(例えば、アビジンタンパク質)。
なおもう一つの実施態様では、変異ＮＯＶＸタンパク質を、特定の生物学的機能を調節する活性(例えば、インスリン分泌の調節)についてアッセイし得る。
【００６９】
アンチセンス核酸
本発明のもう一つの態様は、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）のヌクレオチド配列を含む核酸分子、またはそれらのフラグメント、相同体または誘導体、とハイブリダイズ可能なまたは相補的な単離アンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的な(例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード化鎖に相補的な、またはｍＲＮＡ配列に相補的な)ヌクレオチド配列を含む。特別な態様では、少なくとも約１０、２５、５０、１００、２５０、または５００のヌクレオチドまたは全ＮＯＶＸコード化鎖に相補的な配列、またはそれらの一部のみにを含むアンチセンス核酸分子を提供する。配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）の一つのＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、相同体、誘導体および類似体をコードする核酸分子、または配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）の一つのＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸を加えて提供する。
【００７０】
一つの実施態様では、アンチセンス核酸分子は、一つのＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード化鎖の「コード化領域」に対するアンチセンスである。用語「コード化領域」は、アミノ酸残基に翻訳するコドンを含むヌクレオチド配列の領域を指す。もう一つの実施態様では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード化鎖の「非コード化領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード化領域」は、アミノ酸に翻訳しないコード化領域に隣接する５'配列および３'配列を指す(即ち、５'非翻訳領域および３'非翻訳領域とも呼ぶ)。
【００７１】
本明細書に開示するＮＯＶＸタンパク質をコードするコード化鎖の配列を与えると、本発明のアンチセンス核酸をWatsonとCrickまたはHoogsteenの塩基対の規則にしたがってデザインし得る。アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの全コード化領域と相補的であり得るが、さらに好ましくは、ＮＯＶＸのｍＲＮＡのコード化または非コード化領域の一部のみに対するアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの翻訳開始部位を囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さ約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドであり得る。本発明のアンチセンス核酸を、当分野において公知の手順を用いる化学合成または酵素ライゲーション反応を用いて構築し得る。例えば、アンチセンス核酸(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド)は、天然に存在するヌクレオチドまたは分子の生物学的安定性を増加またはアンチセンス核酸とセンス核酸の間で形成する二本鎖の物理的安定性を増加するようデザインした様々に修飾したヌクレオチドを用いて、化学合成し得る(例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジンで置換したヌクレオチドを使用しうる)。
【００７２】
アンチセンス核酸を作成に使用し得る修飾ヌクレオチドの例として以下のものを挙げる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−(カルボキシヒドロキシメチル)ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−Ｄ−ガラクトシルクエノシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２,２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、ベータ−Ｄ−マンノシルクエオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸(ｖ)、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クエオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸(ｖ)、５−メチル−２−チオウラシル、３−(３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル)ウラシル、(ａｃｐ３)ｗ、および２、６−ジアミノプリン。これに代えて、アンチセンス核酸を、核酸がアンチセンスの配向(即ち、挿入した核酸から転写したＲＮＡが、興味ある標的核酸に対するアンチセンスの配向であり、以下の小節でさらに説明する)においてサブクローニングする発現ベクターを使用して生物学的に生産し得る。
【００７３】
本発明のアンチセンス核酸分子を、それらが一つのＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズまたは結合し、それにより(例えば、転写および／または翻訳を阻害することにより)タンパク質発現を阻害するように典型的に対象に投与するか、または組織で作成する。ハイブリダイゼーションは、安定な二本鎖を形成する従来のヌクレオチドの相補性によるものでもあり得る。または、例えば、ＤＮＡ二本鎖に結合するアンチセンス核酸の場合には、二本鎖の大溝での特異的相互作用を介するものであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例として、組織部位への直接の注射を挙げる。これに代えて、アンチセンス核酸分子を、選択した細胞標的へ修飾しそこで全身性に投与し得る。例えば、全身性投与のために、アンチセンス分子を、選択した細胞表面上に発現する受容体または抗原に特異的に結合するように(例えば、ペプチドにアンチセンス核酸分子を連結させることまたは細胞表面受容体または抗原に結合する抗体により)修飾し得る。アンチセンス核酸分子をまた、本明細書に説明するベクターを用いて細胞に送達し得る。十分な核酸分子を送達するために、アンチセンス核酸分子を強力なｐｏｌＩＩプロモーターまたはｐｏｌＩＩＩプロモーターの調節下に置くベクター構造が好ましい。
【００７４】
なおもう一つの実施態様では、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的二本鎖ハイブリッドを形成し、これは通常のβユニットとは反対で鎖が互いに並行に走行する。例えば、Gaultier, et al., 1987. Nucl. Acids Res. 15: 6625-6641を参照されたい。アンチセンス核酸分子はまた、２'−ｏ−メチルリボヌクレオチド(例えば、Inoue, et al. 1987. Nucl. Acids Res. 15: 6131-6148を参照)またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体(例えば、Inoue, et al., 1987. FEBS Lett. 215: 327-330を参照)を含み得る。
【００７５】
リボザイムおよびＰＮＡ部分
核酸の修飾は、非限定的な例として、修飾した塩基、および糖リン酸主鎖を修飾または誘導した核酸を挙げる。これらの修飾を少なくとも部分的に行い、例えば対象への治療応用において核酸へ結合するアンチセンスとして使用し得るように修飾した核酸の化学的安定性を増強する。
【００７６】
一つの実施態様では、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、それらが相補的領域を有するｍＲＮＡのような一本鎖核酸を切断する能力のあるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒活性ＲＮＡ分子である。従って、リボザイム(例えば、Haselhoff and Gerlach 1988. Nature 334: 585-591に記載されているようなハンマーヘッドリボザイム)を使用して、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによりＮＯＶＸのｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコードする核酸に対する特異性を有するリボゾームは、本明細書に開示する一つのＮＯＶＸｃＤＮＡのヌクレオチド配列(即ち、配列番号２ｎ−１（ｎは１〜４６の整数である）)に基づいてデザインし得る。例えば、その中で活性部位のヌクレオチド配列がＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡ中で切断し得るヌクレオチド配列に相補的であるTetrahymenaＬ−１９ＩＶＳ ＲＮＡの誘導体を構築し得る。例えば、Cech, et al.の米国特許第４,９８７,０７１号およびCech, et al.の米国特許第５,１１６,７４２号を参照されたい。ＮＯＶＸｍＲＮＡをまた、ＲＮＡ分子のプールから特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡを選択するのに使用し得る。例えば、Bartel et al., (1993) Science 261:1411-1418を参照されたい。
【００７７】
一方、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＮＯＶＸ核酸の調節領域(例えば、ＮＯＶＸプロモーターおよび／またはエンハンサー)に相補的なヌクレオチド配列を標的とすることで阻害し、標的細胞中のＮＯＶＸ遺伝子の転写を阻止するトリプルヘリカル構造を形成し得る。例えば、Helene, 1991. Anticancer Drug Des. 6: 569-84; Helene, et al. 1992. Ann. N.Y. Acad. Sci. 660: 27-36; Maher, 1992. Bioassays 14: 807-15を参照されたい。
【００７８】
種々の実施態様において、ＮＯＶＸ核酸を塩基部分、糖部分、またはリン酸骨格部分において修飾し、例えば、分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは溶解度を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Hyrup, et al., 1996. Bioorg Med Chem 4: 5-23を参照されたい。本明細書において使用する用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースリン酸骨格を擬似ペプチド骨格で置換し、４個の核酸塩基のみを保持する核酸模倣体(例えばＤＮＡ模倣体)を指す。ＰＮＡの中性骨格は、低イオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡへの特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることを示す。ＰＮＡオリゴマーの合成を、Hyrup, et al., 1996. supra; Perry-O'Keefe, et al., 1996. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 14670-14675に記載されているように、標準固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施し得る。
【００７９】
ＮＯＶＸのＰＮＡを治療的応用および診断的応用に使用し得る。例えば、ＰＮＡを、例えば転写または翻訳停止を誘導することまたは複製を阻害することにより、遺伝子発現の配列特異的調整のためのアンチセンスまたは抗原薬剤として使用し得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えば、遺伝子中の単塩基対変異の分析(例えば、ＰＣＲ固定を指示するＰＮＡ；他の酵素、例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ、との組合せで使用し得る人工的制限酵素として(Hyrup, et al., 1996.supraを参照)；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブまたはプライマーとして(Hyrup, et al., 1996, supra; Perry-O'Keefe, et al., 1996. supraを参照))にも使用し得る。
【００８０】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸのＰＮＡを修飾して、例えば、ＰＮＡに親油性なまたは他の補助的な基をＰＮＡに結合することにより、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの生成により、またはリポゾームまたは当分野において公知の他の薬剤送達技術の使用によりそれらの安定性または細胞への取り込みを増強し得る。例えば、ＰＮＡとＤＮＡの有益な性質を結合し得るＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラを生成し得る。かかるキメラは、ＤＮＡ認識酵素(例えば、ＲＮａｓｅ ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ)がＤＮＡ部分と相互作用し、一方でＰＮＡ部分が結合高親和性および結合高特異性を提供することを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基結合、核酸塩基間の結合数および配向について選択した適当な長さのリンカーを使用して結合し得る(Hyrup, et al., 1996. supraを参照)。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成を、Hyrup, et al., 1996. supra and Finn, et al., 1996. Nucl Acids Res 24: 3357-3363に記載のように実施し得る。例えば、ＤＮＡ鎖を、標準ホスホラミダイトカップリング化学反応を使用して固相支持体上で合成し得る。そして修飾したヌクレオシド類似体、例えば、5'-(4-メトキシトリチル)アミノ-5'-デオキシチミジンホスホラミダイトをＰＮＡとＤＮＡの５'末端間で使用し得る。例えば、Mag, et al., 1989. Nucl Acid Res 17: 5973-5988を参照されたい。次いで、ＰＮＡモノマーを段階的にカップリングし、５'ＰＮＡセグメントおよび３'ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する。例えば、Finn, et al., 1996. supraを参照されたい。これに代えて、キメラ分子を５'ＤＮＡセグメントおよび３'ＰＮＡセグメントで合成することもできる。例えば、Petersen, et al., 1975. Bioorg. Med. Chem. Lett. 5: 1119-11124を参照されたい。
【００８１】
他の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、ペプチドのような添付群(例えば、インビボにおいて宿主細胞を標的とするため)、または細胞膜(例えば、Letsinger, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86: 6553-6556; Lemaitre, et al., 1987. Proc. Natl. Acad. Sci. 84: 648-652; ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照)または血液脳関門(例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照)を横切る輸送を促進する薬剤を含み得る。加えて、オリゴヌクレオチドを、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤(例えば、Krol, et al., 1988. BioTechniques 6:958-976を参照)または挿入剤(例えば、Zon, 1988. Pharm. Res. 5: 539-549を参照)で修飾し得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドを、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発性架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発性切断剤等に複合し得る。
【００８２】
ＮＯＶＸポリペプチド
本発明に従うポリペプチドは、配列が配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）において提供するＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含有するポリペプチドを含む。本発明はまた、その任意の残基が、配列番号２ｎ（ｎは１〜４６の整数である）に示す対応する残基から変換し得る一方で、そのＮＯＶＸ活性および生理機能を保持するタンパク質、またはそれらの機能的フラグメントを依然コードする変異タンパク質または変種タンパク質を含む。
【００８３】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持する一つのＮＯＶＸ変異体は、配列中の特定部位の残基を他のアミノ酸で置換する任意の変異体を含み、親タンパク質の２個の残基間にもう一残基または複数残基を挿入する可能性ならびに親配列から１個またはそれ以上の残基を欠失する可能性をさらに含む。任意のアミノ酸の置換、挿入または欠失を本発明に包含する。好ましい状況では、置換は上で定義した保存的置換である。
【００８４】
本発明の一つの態様は、単離ＮＯＶＸタンパク質およびそれらの生物活性部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、類似体、または相同体に関する。また、抗ＮＯＶＸ抗体産生用の免疫源としての使用に適当なポリペプチドフラグメントも提供し得る。一つの実施態様では、細胞または組織供給源から標準タンパク質精製技術を使用する適当な精製スキームにより天然のＮＯＶＸタンパク質を単離し得る。もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質を、組換えＤＮＡ技術により生産する。組換え発現に代えて、一つのＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドを、標準ペプチド合成技術を使用して化学的に合成し得る。
【００８５】
「単離」または「精製」ポリペプチドまたはタンパク質またはそれらの生物活性部分は、ＮＯＶＸタンパク質の由来する細胞供給源または組織供給源の細胞性物質または他の混入タンパク質を実質的に含まず、または化学的に合成したと際化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。「細胞性物質が実質的に含まれていない」という用語は、タンパク質を単離または組換え的に生産した元の細胞の細胞成分からタンパク質を分離したＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。一つの実施態様では、「細胞原料が実質的に含まれていない」という用語は、約３０％(乾燥重量比)未満の非ＮＯＶＸタンパク質(ここでは「混入タンパク質」とも言う)、さらに好ましくは約２０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、なおさらに好ましくは約１０％未満の非ＮＯＶＸタンパク質、そして最も好ましくは約５％未満の非ＮＯＶＸタンパク質を有するＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。ＮＯＶＸタンパク質またはそれらの生物活性部分を組換え的に生産する際には、それはまた、好ましくは培地を実質的に含まず、即ち、培地はＮＯＶＸタンパク質標本の容積の約２０％未満、さらに好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは５％未満を表す。
【００８６】
「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という用語は、ＮＯＶＸタンパク質の標本を含み、ここでタンパク質を、タンパク質の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質から分離する。一つの実施態様では、「化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」という用語は、約３０％未満(乾燥重量比)の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、さらに好ましくは約２０％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、なおさらに好ましくは約１０％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質、および最も好ましくは約５％未満の化学的前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を有するＮＯＶＸタンパク質の標本を含む。
【００８７】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含有しＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの活性を示すＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列(例えば、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)に十分相同なアミノ酸配列またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に示されるアミノ酸配列)に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。典型的に、生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。一つのＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば１０、２５、５０、１００またはそれ以上のアミノ酸残基の長さのポリペプチドであり得る。
さらに、タンパク質の他の領域が欠失した他の生物学的に活性な部分を、組換え技術で調製しそして天然のＮＯＶＸタンパク質の機能活性の一つまたはそれ以上について評価し得る。
【００８８】
一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)に示すアミノ酸配列を有する。他の実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)に実質的に相同であり、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のタンパク質の機能活性を保持するが、なお以下に詳述するように天然の対立遺伝子の変異体または変異に因りアミノ酸配列を異にする。従って、もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のアミノ酸配列と少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のＮＯＶＸタンパク質の機能活性を保持するタンパク質である。
【００８９】
２個またはそれ以上の配列間のホモロジーを測定すること
２個のアミノ酸配列または２個の核酸のホモロジーの割合を測定するために、配列を至適な比較目的でアラインメント(例えば、ギャップを、２番目のアミノ酸または核酸配列と至適なアラインメントになるように第１のアミノ酸配列または核酸配列の中に入れ得る)。対応するアミノ酸部位または核酸部位におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドを次いで比較する。第１の配列の部位を、第２の配列の対応する部位と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占めると、両分子はその部位において相同である(即ち、本明細書において使用するように、アミノ酸または核酸の「相同性」はアミノ酸または核酸の「同一性」と同等である)。
【００９０】
核酸配列の相同性を、２個の配列間の同一性の程度として測定し得る。相同性は、ＧＣＧプログラムパッケージに提供されるＧＡＰソフトウエアのような、当分野において公知のコンピュータープログラムを使用して測定し得る。Needleman and Wunsch, 1970. J Mol Biol 48: 443-453を参照されたい。以下のセッティング：ＧＡＰ生成ペナルティー５．０またはＧＡＰ伸長ペナルティー０．３で、ＧＣＧ ＧＡＰソフトウエアを使用して、上述の類似核酸配列のコード化領域は、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)に示すＤＮＡ配列のＣＤＳ(コード化)部分と好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の同一性の程度を示す。
【００９１】
用語「配列同一性」は、２個のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列が比較の特定領域に亘って残基毎に同一である程度を指す。用語「配列同一性の百分率」を、比較の領域に亘って至適にアラインメントした２個の配列を比較し、一致部位の数を求め同一の核酸塩基(例えば、核酸の場合には、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ)が両方の配列中に存在する部位数を測定して、一致部位の数を比較領域の部位の総数(即ち、ウインドウサイズ)で除し、商を１００倍して、配列同一性の百分率を得ることにより計算しうる。本明細書において使用する用語「実質的同一性」は、ポリヌクレオチド配列の特性を意味する。ここでポリヌクレオチドは、比較領域に亘って標準配列と比較して少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の配列同一性、およびしばしば９０〜９５％の配列同一性、さらに通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【００９２】
キメラタンパク質または融合タンパク質
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書において使用するように、一つのＮＯＶＸ「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに機能し得るように結合した一つのＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＮＯＶＸポリペプチド」は、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)の一つのＮＯＶＸタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指す一方で、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質と実質的に相同でないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチド、例えば、ＮＯＶＸタンパク質と異なり同一または異なる生物由来であるタンパク質を指す。一つのＮＯＶＸ融合タンパク質内では、ＮＯＶＸポリペプチドは一つのＮＯＶＸタンパク質の全部または一部に対応し得る。一つの実施態様では、一つのＮＯＶＸ融合タンパク質は一つのＮＯＶＸタンパク質の少なくとも一つの生物学的に活性な部分を含む。もう一つの実施態様では、一つのＮＯＶＸ融合タンパク質は、一つのＮＯＶＸタンパク質の少なくとも二つの生物学的に活性な部分を含む。なおもう一つの実施態様では、一つのＮＯＶＸ融合タンパク質は、一つのＮＯＶＸタンパク質の少なくとも三つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質内では、用語「機能し得るように結合した」は、ＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＮＯＶＸポリペプチドがお互いにインフレームで融合していることを示すものとする。非ＮＯＶＸポリペプチドを、ＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合し得る。
【００９３】
一つの実施態様では、融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質である。ここでＮＯＶＸ配列がＧＳＴ(グルタチオンＳ転移酵素)のＣ末端に融合する。そのような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【００９４】
もう一つの実施態様では、融合タンパク質は、そのＮ末端に異種のシグナル配列を含有する一つのＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞(例えば、哺乳動物の宿主細胞)において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌を異種シグナル配列の使用を介して増強し得る。
【００９５】
なおもう一つの実施態様では、融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質である。ここでＮＯＶＸ配列は、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバー由来の配列と融合している。本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を、医薬組成物中に組み入れ、対象に投与し、細胞上でのＮＯＶＸリガンドと一つのＮＯＶＸタンパク質との相互作用を阻害し、それによりインビボでのＮＯＶＸ仲介性の情報伝達を抑制し得る。ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を使用して、一つのＮＯＶＸと同種のリガンドの生物学的利用性に影響を及ぼし得る。ＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖および分化障害の処置ならびに細胞生存を調整(例えば増強または阻害)のために治療上有用であり得る。さらに、本発明のＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を使用して、対象中で抗ＮＯＶＸ抗体を生産し、ＮＯＶＸリガンドを精製し、そしてスクリーニングアッセイにおいて、ＮＯＶＸの一つのＮＯＶＸリガンドとの相互作用を阻害する分子を同定し得る。
【００９６】
本発明のＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質を、標準組換えＤＮＡ技術により生産し得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、例えば、連結のための平滑末端化または互い違い末端を用いること、適切な末端を提供するための制限酵素による切断、適切に粘着末端の充填、望ましくない結合を防止するためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的結合などの従来の方法にしたがってインフレームで一緒に連結する。もう一つの実施態様では、融合遺伝子を、自動ＤＮＡ合成機を含む従来の技術により合成し得る。これに代えて、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、２個の連続する遺伝子フラグメント間で相補的なオーバーハングを生じるアンカープライマーを用いて行い、それらを引き続いてアニールし、再増幅して、キメラ遺伝子配列を生成し得る(例えば、Ausubel, et al. (eds.) CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, 1992を参照)。さらに、融合部分を既にコードする多くの発現ベクター(例えば、ＧＳＴポリペプチド)が市販されている。ＮＯＶＸをコードする核酸を、融合部分がＮＯＶＸタンパク質にインフレームで結合するように、そのような発現ベクターの中にクローン化することができる。
【００９７】
ＮＯＶＸアゴニストおよびアンタゴニスト
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト(即ち、ミメティクス)またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の変異体を含む。ＮＯＶＸタンパク質の変異体は、突然変異(例えば、ＮＯＶＸタンパク質の離散的変異または切断)により生成し得る。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同一な生物学的諸活性またはそのサブセットを保持する。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質を含む、細胞の情報伝達カスケードの下流または上流メンバーに拮抗的に結合することにより、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質の一つまたはそれ以上の活性を阻害し得る。従って、特異的な生物学的作用を、限定された機能を有する変異体での処置により発揮することができる。一つの実施態様では、天然に存在する形のタンパク質の生物学的活性のサブセットを有する変異体による対象の処置は、天然に存在する形のＮＯＶＸタンパク質による処置と比べて対象における副作用がより少ない。
【００９８】
ＮＯＶＸアゴニスト(即ちミメティック)またはＮＯＶＸアンタゴニストのどちらかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の変異体は、ＮＯＶＸタンパク質の変異体(例えば切断変異体)の組換えライブラリーをＮＯＶＸタンパク質アゴニストまたはアンタゴニスト活性についてスクリーニングすることにより同定し得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸ変異体の変化に富むライブラリーを、核酸レベルでの組換え変異誘発によって生成し、そして変化に富む遺伝子ライブラリーによりコードする。ＮＯＶＸ変異体の変化に富むライブラリーは、例えば、潜在的ＮＯＶＸ配列の縮重したセットが個別のポリペプチドとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を遺伝子配列に酵素的に連結することにより、またはこれに代えて、その中にＮＯＶＸ配列のセットを含有するさらに大きい融合タンパク質(例えば、ファージディスプレー用に)のセットとして、生成し得る。縮重したオリゴヌクレオチド配列から潜在的ＮＯＶＸ変異体のライブラリーを使用して生成し得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成を自動ＤＮＡ合成機により行い、次いで、合成遺伝子を適切な発現ベクター内に連結し得る。遺伝子の縮重セットの使用は、潜在的ＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする配列の全ての、一つの混合物の提供を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当分野内において周知である。例えば、Narang, 1983. Tetrahedron 39: 3; Itakura, et al., 1984. Annu. Rev. Biochem. 53: 323; Itakura, et al., 1984. Science 198: 1056; Ike, et al., 1983. Nucl. Acids Res. 11: 477を参照されたい。
【００９９】
ポリペプチドライブラリー
加えて、ＮＯＶＸタンパク質コード化配列のフラグメントライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の変異体のスクリーニングおよびそれに続く選択のためにＮＯＶＸフラグメントの変化に富む集団を生成し得る。一つの実施態様では、コード化配列フラグメントのライブラリーを、一つのＮＯＶＸコード化配列の二本鎖ＰＣＲ断片を、ニッキングが分子あたり約１回生じる条件でヌクレアーゼ処置し、二本鎖ＤＮＡを変性させ、ＤＮＡを異なるニッキング産物由来のセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡに再生し、Ｓ１ヌクレアーゼで再生成した二本鎖から単鎖部分を除去し、そして得られたフラグメントライブラリーを発現ベクターに連結することにより、生成し得る。この方法によって、ＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端または内部フラグメントをコードする発現ライブラリーを誘導し得る。
【０１００】
点変異または切断により作成した組換えライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする、および選択した性質を有する遺伝子産物のためにｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする種々の技術は、当分野において公知である。かかる技術は、ＮＯＶＸタンパク質の組換え変異により生成した遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするハイスループット分析に適用可能な最も広く使用する技術は、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングし、得られたベクターライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、そして、所望の活性の検出がその生産物を検出する遺伝子をコードするベクターの単離を容易する条件で、組換え遺伝子を発現することを典型的に含む。ライブラリー中の機能的変異の頻度を増大する新しい技術である繰り返しアンサンブル変異誘発(ＲＥＭ)をスクリーニングアッセイと組み合わせて使用して、ＮＯＶＸ変異体を同定し得る。例えば、Arkin and Yourvan, 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 7811-7815; Delgrave, et al., 1993. Protein Engineering 6:327-331を参照されたい。
【０１０１】
ＮＯＶＸ抗体
本明細書において使用する用語「抗体」は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン(Ｉｇ)分子の免疫学的に活性な部分、即ち、抗原に特異的に結合する(と免疫学的に反応する)抗原結合部位を含有する分子を指す。かかる抗体としては、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、単鎖、Ｆａｂ、Ｆａｂ ' およびＦ( ａｂ ')2フラグメントならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げるが、これらに限定しない。一般に、ヒトから得る抗体分子は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥおよびＩｇＤのクラスのいずれかに関し、これらは分子中に存在するＨ鎖の性質によりお互いに異なる。特定のクラスは、ＩｇＧ1、ＩｇＧ2およびその他のような、サブクラスを同様に有する。さらに、ヒトにおいて、Ｌ鎖は、ｋ鎖またはラムダλ鎖であり得る。本明細書における抗体への参照は、ヒト抗体種の全てのそのようなクラス、サブクラスおよびタイプへの参照を含む。
【０１０２】
抗原として使用することを意図した本発明の単離タンパク質、またはその部分またはフラグメントを免疫源として使用しポリクローナルおよびモノクローナル抗体調製の標準的技術を使用し、抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成し得る。全長のタンパク質を使用し得るが、またはこれに代えて、本発明は、免疫源として使用するための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、配列番号２ｎ(ここで、ｎは１〜４６の整数である)に示すアミノ酸配列のような全長タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも６個のアミノ酸残基を含み、そしてペプチドに対して育成した抗体が、エピトープを含有する全長タンパク質または任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するようそのエピトープを包含する。好ましくは、抗原性ペプチドは、少なくとも１０個のアミノ酸残基、または少なくとも１５個のアミノ酸残基、または少なくとも２０個のアミノ酸残基、または少なくとも３０個のアミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドにより包含する好ましいエピトープは、表面に局在するタンパク質領域であり；これらは通常親水性領域である。
【０１０３】
本発明の特定の実施態様において、抗原性ペプチドにより包含される少なくとも一つのエピトープは、タンパク質の表面に局在するＮＯＶＸ領域、例えば、親水性領域である。ヒトＮＯＶＸタンパク質配列の疎水性分析は、ＮＯＶＸポリペプチドのどの領域が特に親水性であり、したがって抗体生産を目標とするために有用な表面残基をコードする可能性が高いかを示す。抗体生産を目標とするための手段として、親水性および疎水性領域を示すハイドロパシープロットを、例えば、どちらもフーリエ変換を用いるかまたは用いないで、Kyte DoolittleまたはHopp Woods方法を含む当分野において周知の任意の方法で生成し得る。例えば、Hopp and Woods, 1981, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 78: 3824-3828; Kyte and Doolittle 1982, J. Mol. Biol. 157: 105-142(いずれも全体的な出典明示により本明細書の一部とする)を参照されたい。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または相同体内の一つまたはそれ以上のドメインに特異的である、抗体はまた、本明細書において提供する。
【０１０４】
用語「エピトープ」には、免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体に特異的に結合し得る全てのタンパク質決定基(部位）が含まれる。エピトープ様決定基（部位）は、通常、化学的に活性な分子（例えば、アミノ酸もしくは糖側鎖など）表面群を含み、通常、特定の３次構造特性、に加えて特定電荷特性を示す。ＮＯＶＸポリペプチドまたはそれらのフラグメントは、少なくとも１つの抗原エピトープを持つ。アッセイ（例えば、当業者には既知のラジオリガンド結合アッセイまたは類似のアッセイ）によって測定されるような、平衡結合定数ＫＤが、＜１μＭ、好ましくは＜１００ｎＭ、より好ましくは＜１０ｎＭ、もっとも好ましくは＜１００ｐＭ〜約１ｐＭである場合、本発明の抗ＮＯＶＯＸ抗体は、抗原ＮＯＶＸに特異的に結合するという。
【０１０５】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、類似体、相同体、またはオーソログを、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の生成において免疫源として利用することができる。
【０１０６】
当分野内において公知の種々の方法を、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、類似体、相同体、またはオーソログ、に対するポリクローナルまたはモノクローナル抗体の生産に使用し得る(例えば、Antibodies: A Laboratory Manual, Harlow E, and Lane D, 1988, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NYを出典明示により本明細書の一部とする)を参照されたい。これらの抗体の幾つかについて以下に考察する。
【０１０７】
ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体の生産には、種々の適当な宿主動物(例えばウサギ、ヤギ、マウス、または他の哺乳動物)を、天然タンパク質、その合成変異体、または前述の誘導体を1回またはそれ以上注射して免疫を行い得る。適切な免疫原性製剤としては、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を代表する化学的に合成したポリペプチド、または組換え的に発現した免疫原性タンパク質を挙げ得る。さらに、タンパク質を、免疫する哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質と複合体を形成してもよい。かかる免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシニアン、血清アルブミン、ウシサイログロブリンおよび大豆トリプシン阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。製剤はさらにアジュバントを含有し得る。免疫応答を増大するために使用する種々のアジュバントとしては、フロイントの(完全および不完全)アジュバント、鉱物ゲル(例えば水酸化アルミニウム)、界面活性剤(例えばリゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、ジニトロフェノール等)、カルメット-ゲラン杆菌およびコリネバクテリウム-パルヴムのようなヒトに使用可能なアジュバント、または類似の免疫促進剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用し得るアジュバントのさらに別な例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント(モノホスホリルリピドＡ、合成ジコリノミコール酸トレハロース)を挙げ得る。
【０１０８】
免疫原性タンパク質に対するポリクローナル抗体を、哺乳動物から(例えば、血液から)単離して、免疫血清中の主としてＩｇＧ画分を提供するプロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティークロマトグラフィーのような、公知の技術を用いてさらに精製し得る。引き続いて、またはこれに代えて、求める免疫グロブリンの標的である特異的抗原、またはそのエピトープ、をカラム上に固相化して、イムノアフィニティークロマトグラフィーにより免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製を、例えば、D. Wilkinson (The Scientist, published by The Scientist, Inc., Philadelphia PA, Vol. 14, No. 8 (April 17, 2000), pp. 25-28)により考察する。
【０１０９】
モノクローナル抗体
本明細書において使用する用語「モノクローナル抗体」(ＭＡｂ)または「モノクローナル抗体組成物」は、特徴的なＬ鎖遺伝子産物および特徴的なＨ鎖遺伝子産物より成る抗体分子の１分子種のみを含有する抗体分子の集団を指す。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域(ＣＤＲ)は、集団の全ての分子において同一である。従って、ＭＡｂは、それに対する特徴的な結合活性を特徴とする抗原の特定のエピトープと免疫反応する能力がある抗原結合部位を含有する。
【０１１０】
モノクローナル抗体を、Kohler and Milstein, Nature, 256:495 (1975)により記載するような、ハイブリドーマ方法を用いて調製し得る。ハイブリドーマ方法では、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物を典型的に免疫化剤で免疫することにより、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生産するかまたは生産する能力のあるリンパ球を誘発する。これに代えて、リンパ球をインビトロで免疫することができる。
【０１１１】
免疫化剤としては典型的に、タンパク質抗原、それらのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的に、ヒト由来の細胞を所望するならば、末梢血リンパ球を使用し、またはヒト以外の哺乳動物源を所望するならば、脾臓細胞またはリンパ節細胞を使用するかのいずれかである。次いで、リンパ球を、ポリエチレングリコールのような適当な融合剤を用いて不死化細胞株と融合し、ハイブリドーマ細胞を生成する（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) pp. 59-103）。不死化細胞株は通常、形質転換した哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシまたはヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株を使用し得る。ハイブリドーマ細胞を、融合していない不死化細胞の増殖または生存を阻害する一つまたはそれ以上の物質を好ましくは含有する適切な培地中で培養し得る。例えば、親細胞が、酵素ヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ)を欠くならば、ハイブリドーマ用の培地は典型的に、その物質がＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻止する、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む(“ＨＡＴ培地”)。
【０１１２】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合し、選択した抗体生産細胞による抗体の高レベル発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に感受性のあるものである。さらに好ましい不死化細胞株は、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center, San Diego, Californiaおよびthe American Type Culture Collection, Manassas, Virginiaから入手し得るマウス骨髄腫細胞株である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の生産用に記載する（Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63）。
【０１１３】
ハイブリドーマが培養する培地を次いで、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイし得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって生産したモノクローナル抗体の結合特異性を、免疫沈降によりまたはラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)または酵素結合免疫吸着検査法(ＥＬＩＳＡ)のような、インビトロ結合アッセイによって測定する。そのような技術またはアッセイは当分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性を、例えば、Munson and Pollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)のScatchard分析により測定し得る。標的抗原に対して高度の特異性および高い結合親和性を有する抗体を同定することは、モノクローナル抗体の治療的応用において特に重要な目的である。
【０１１４】
所望のハイブリドーマ細胞を同定した後、クローンを限界希釈法でサブクローン化して、標準方法で増殖し得る(Goding,1986)。この目的のための適当な培地としては、例えば、Dulbecco's Modified Eagle's Medium培地およびＲＰＭＩ−１６４０培地を挙げ得る。これに代えて、ハイブリドーマ細胞を哺乳動物中で腹水としてインビボで増殖し得る。
【０１１５】
サブクローンにより分泌したモノクローナル抗体を、培地または腹水から、例えば、プロテイン−Ａセファローズ、ハイドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーのような従来の免疫グロブリン精製手順により単離または精製し得る。
【０１１６】
モノクローナル抗体をまた、米国特許第４,８１６,５６７号に記載するような組換えＤＮＡ方法により作り得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡを、従来の手順を使用して(例えば、マウス抗体のＨ鎖およびＬ鎖をコードする遺伝子に特異的に結合する能力のある、オリゴヌクレオチドプローブを使用することにより)容易に単離し配列決定し得る。本発明のハイブリドーマ細胞はそのようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離すれば、ＤＮＡを発現ベクター中に配置し、それを次いでサルのＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣(ＣＨＯ)細胞、またはそうしなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しない骨髄腫細胞のような宿主細胞中に形質移入して、組換え宿主細胞中でモノクローナル抗体の合成を取得し得る。ＤＮＡをまた、例えば相同なマウスの配列の代わりにヒトのＨ鎖およびＬ鎖の通常ドメインに対するコード化配列を置換することにより(米国特許第４,８１６,５６７号; Morrison, Nature 368, 812-13 (1994))、または非免疫グロブリンペプチドに対するコード化配列の全部または一部を免疫グロブリンのコード化配列に共有結合することにより、修飾し得る。そのような非免疫グロブリンポリペプチドを、本発明の抗体の通常ドメインに対して置換することができるか、または本発明の抗体の一つの抗原結合部位の可変ドメインに対して置換して、キメラ２価抗体を創成することができる。
【０１１７】
ヒト化抗体
本発明のタンパク質抗原に対する抗体はさらに、ヒト化抗体またはヒト抗体を含む。これらの抗体は、投与した免疫グロブリンに対してヒトによる免疫応答を惹き起こすことなくヒトに投与するのに適している。抗体のヒト化型は、主としてヒト免疫グロブリンの配列より成って、非ヒト免疫グロブリン由来の最小限の配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはそれらのフラグメント(Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆ(ａｂ')２または抗体の他の抗原結合サブ配列)である。ヒト化は、Winterまたは共同研究者(Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988))の方法にしたがって、げっ歯類のＣＤＲまたはＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列で置換することにより、実施し得る。(また、米国特許第５,２２５,５３９号を参照)場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレーム枠の残基を対応する非ヒト残基により置換し得る。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体またはＣＤＲまたはフレーム枠配列にも見出さない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は少なくとも一つ、また典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ここでＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、そしてフレーム枠領域の全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリンのコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体は至適にはまた、免疫グロブリンの通常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部を含む(Jones et al., 1986; Riechmann et al., 1988; and Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596 (1992))。
【０１１８】
ヒト抗体
完全なヒト抗体は、ＣＤＲを含むＬ鎖およびＨ鎖の全配列がヒトの遺伝子より生じる、抗体分子に本質的に関する。かかる抗体は本明細書では、「ヒト抗体」または「完全なヒト抗体」と呼称する。ヒトモノクローナル抗体を、トリオーマ技術；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術(Kozbor, et al., 1983 Immunol Today 4: 72を参照)およびＥＢＶハイブリドーマ技術により調製し、ヒトモノクローナル抗体を生産し得る(Cole, et al., 1985 In: MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96を参照)。ヒト化モノクローナル抗体を、本発明の実施に利用し得て、そしてヒトハイブリドーマを用いて(Cote, et al., 1983. Proc Natl Acad Sci USA 80: 2026-2030を参照)またはヒトＢ細胞をインビトロでEpstein Barrウイルスにより形質転換することによって(Cole, et al., 1985 In: MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96を参照)生産し得る。
【０１１９】
加えて、ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリー(Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581 (1991))を含むさらに別な技術を用いて生産し得る。同様に、ヒト抗体を、ヒト免疫グロブリンの座位をトランスジェニック動物、例えば、マウスに導入することによって作り得る。ここで内在性免疫グロブリン遺伝子を部分的にまたは完全に不活化する。チャレンジによって、遺伝子再配列、アセンブリー、および抗体レパトリ−を含む全ての面でヒトにおいて見られるのと非常に良く似たヒト抗体生産を観察する。このアプローチは、例えば、米国特許第５,５４５,８０７号; ５,５４５,８０６号; ５,５６９,８２５号; ５,６２５,１２６号; ５,６３３,４２５号; ５,６６１,０１６号、ならびに Marks et al. (Bio/Technology 10, 779-783 (1992))、Lonberg et al. (Nature 368 856-859 (1994))、Morrison ( Nature 368, 812-13 (1994))、Fishwild et al,( Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996))、Neuberger (Nature Biotechnology 14, 826 (1996))、 Lonberg and Huszar (Intern. Rev. Immunol. 13 65-93 (1995))に記載されている。
【０１２０】
ヒト抗体を、抗体によるチャレンジに応答して動物の内在性抗体ではなく完全なヒト抗体を生産するように修飾したトランスジェニック非ヒト動物を用いて、付加的に生産し得る(ＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／０２６０２を参照)。非ヒト宿主中の免疫グロブリンＨ鎖およびＬ鎖をコードする内在性遺伝子を無能にし、そしてヒト免疫グロブリンのＨ鎖およびＬ鎖をコードする活性座位を宿主のゲノムの中に挿入する。ヒトの遺伝子を、例えば、必要なヒトＤＮＡセグメントを含有する酵母の人工染色体を用いて組み入れ得る。全ての所望の修飾を提供する動物は次いで、修飾の全補体より少ない補体を含有するトランスジェニック動物を直接交配することにより子孫として得られる。そのような非ヒト動物の好ましい実施態様はマウスであり、ＰＣＴ公開番号ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６号に開示されているようにXenomouse[登録商標]と呼称する。この動物は、完全なヒト免疫グロブリンを分泌する、Ｂ細胞を生産する。抗体は、興味のある免疫原で免疫後、動物から、例えば、ポリクローナル抗体の標本として、直接得ることも、またはこれに代えて、モノクローナル抗体を生産するハイブリドーマのような、動物由来の不死化Ｂ細胞から得ることもできる。これに加えて、ヒトの可変領域を持つ免疫グロブリンをコードする遺伝子を回収し、発現して、抗体を直接得ることもでき、またはさらに修飾して、例えば、単鎖Ｆｖ分子のような抗体の類似体を得ることができる。
【０１２１】
内在性免疫グロブリンのＨ鎖の発現を欠失する、マウスとして例証した、非ヒト宿主を生産する方法の実施例は、米国特許第５,９３９,５９８号、に開示されている。それは、座位の再配列を阻止するためにそして再配列した免疫グロブリンＨ鎖の座位の転写物生成を阻止するために、胚性幹細胞中の少なくとも一つの内在性Ｈ鎖の座位からＪセグメントを欠失させ、この欠失は選択マーカーをコードする遺伝子を含有するターゲティングベクターによりもたらされ、そして体細胞または胚細胞が選択マーカーをコードする遺伝子を含有するトランスジェニックマウスを胚性幹細胞から生産することを含む方法により得られる。
【０１２２】
ヒト抗体のような興味のある抗体を生産する方法は、米国特許第５,９１６,７７１号、に開示されている。それは、Ｈ鎖をコードするヌクレオチド配列を含有する発現ベクターを一つの培養哺乳動物宿主細胞に導入すること、Ｌ鎖をコードするヌクレオチド配列を含有する発現ベクターをさらに別な哺乳動物宿主細胞に導入すること、および２個の細胞を融合してハイブリッド細胞を生成することを含む。ハイブリッド細胞は、Ｈ鎖およびＬ鎖を含有する抗体を発現する。
【０１２３】
この手順のさらなる改良において、免疫原上の臨床的に関係のあるエピトープを同定する方法、および関係のあるエピトープに高親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択する相関的方法が、ＰＣＴ公開番号ＷＯ９９／５３０４９に開示されている。
【０１２４】
Ｆａｂフラグメントおよび単鎖抗体
本発明にしたがって、技術を、本発明の抗原タンパク質に特異的な単鎖抗体の生産に適合することができる(例えば米国特許第４,９４６,７７８号を参照)。加えて、方法を、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築に適合し(例えば、Huse, et al., 1989 Science 246: 1275-1281、を参照)、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または相同体に対して所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能し得る。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含有する抗体フラグメントを、当分野において公知の技術により生産し得て、それは、(i)抗体分子のペプシン消化により生産するＦ( ａｂ ') ２フラグメント；(ii)Ｆ( ａｂ ') ２フラグメントのジスルフィド架橋を還元して得られるＦａｂフラグメント；(iii)抗体分子をパパインおよび還元剤で処置して生成するＦａｂフラグメント；ならびに(iv)Ｆｖフラグメントを含むが、これらに限定されない。
【０１２５】
二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる抗原に結合特異性を有するモノクローナル抗体、好ましくはヒトのまたはヒト化の抗体である。本明細書においては、結合特異性の一つは本発明の抗原タンパク質に対するものである。２番目の結合標的は、任意の他の抗原であって、有利に細胞表面タンパク質または受容体または受容体サブユニットである。
【０１２６】
二重特異性抗体の作成方法は当分野において公知である。伝統的に、二重特異性抗体の組換え生産は、２個のＨ鎖が異なる特異性を有する２個の免疫グロブリンＨ鎖／Ｌ鎖対の共発現に基づく(Milstein and Cuello, Nature, 305:537-539 (1983))。免疫グロブリンＨ鎖およびＬ鎖のランダムな組合せのため、これらのハイブリドーマ(クアドローマ)は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生産し、そのうちの一つだけが正しい２重特異性構造を有する。正しい分子の精製は通常、アフィニティークロマトグラフィーにより行う。類似の方法が、１９９３年５月に公開されたＷＯ９３／０８８２９およびTraunecker et al., EMBO J., 10:3655-3659 (1991)に開示されている。
【０１２７】
所望の結合特異性を持つ抗体の可変ドメイン(抗体−抗原結合部位)を、免疫グロブリンの通常ドメイン配列に融合し得る。融合は、好ましくは、ヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリンＨ鎖の通常ドメインと共にある。少なくとも融合の一つの中に存在するＬ鎖結合に必要な部位を含有する第１のＨ鎖通常領域(ＣＨ１)を有することが好ましい。免疫グロブリンＨ鎖の融合をコードするＤＮＡ、および所望ならば、免疫グロブリンＬ鎖を別々の発現ベクター中に挿入し適当な宿主生物中に形質移入する。二重特異性抗体のさらなる詳細については、例えば、Suresh et al., Methods in Enzymology, 121:210 (1986)を参照されたい。
【０１２８】
ＷＯ９６／２７０１１に記載されたもう一つのアプローチによれば、一対の抗体分子間の境界面を工学操作して、組換え細胞培地から回収するヘテロダイマーの百分率を最大にし得る。好ましい境界面は、抗体の通常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法では、第１の抗体分子の境界面の一つまたはそれ以上の小さなアミノ酸側鎖を、より大きな側鎖(例えばチロシンまたはトリプトファン)で置換する。大きな側鎖(複数を含む)と同一または類似のサイズの代償的な「空隙」を、大きなアミノ酸側鎖をより小さなもの(例えばアラニンまたはスレオニン)で置換することにより第２の抗体分子の境界面に生成する。これは、ホモダイマーのような他の望ましくない最終産物以上にヘテロダイマーの収量を増加する機構を提供する。
【０１２９】
二重特異性抗体を、抗体の全長または抗体フラグメント(例えばＦ(ａｂ')２二重特異性抗体)として調製することができる。抗体フラグメントから二重特異性抗体を生成する技術は文献に記載されている。例えば、二重特異性抗体フラグメントを、化学的結合を用いて調製することができる。Brennan et al., Science 229:81 (1985)は、完全な抗体をタンパク質分解酵素で切断してＦ(ａｂ')２フラグメントを生成する手順を記載する。これらのフラグメントをジチオール錯化剤の亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元して、隣接するジチオールを安定化させて、分子間ジスルフィド形成を阻止する。次いで、生成したＦａｂ'フラグメントをチオニトロ安息香酸(ＴＮＢ)誘導体に変換する。次いで、Ｆａｂ'−ＴＮＢの一つをメルカプトエチルアミンとの還元によりＦａｂ'−チオールに再変換し、そして等量の他のＦａｂ'−ＴＮＢ誘導体と混合して、二重特異性抗体を生成する。生成した二重特異性抗体を酵素の選択的固定化剤として使用し得る。
【０１３０】
これに加えて、Ｆａｂ'フラグメントを大腸菌から直接回収して、化学的にカップリングして、二重特異性抗体を生成し得る。Shalaby et al., J. Exp. Med. 175:217-225 (1992)は、完全にヒト化した二重特異性抗体のＦ(ａｂ')２分子の生産を記載している。それぞれのＦａｂ'フラグメントを大腸菌から別々に分泌し、インビトロで指向性化学カップリングに供して、二重特異性抗体を形成した。従って形成した二重特異性抗体を、ＥｒｂＢ２受容体を過剰発現する細胞および正常ヒトＴ細胞に結合することができ、ならびにヒト乳腺腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の溶解活性を誘発することができた。
【０１３１】
組換え細胞培地から直接二重特異性抗体を作成し単離する種々の技術をまた記載する。例えば、二重特異性抗体をロイシンジッパーを用いて生産する。Kostelny et al., J. Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓタンパク質およびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーを遺伝子融合により二つの異なる抗体のＦａｂ'部分に結合した。抗体のホモダイマーをヒンジ領域において還元して、モノマーを形成し、次いで再酸化して、抗体のヘテロダイマーを形成した。この方法をまた、抗体のホモダイマーの生産に利用することができる。Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993)により記載されている「diabody」技術は、二重特異性抗体フラグメント作成のさらに別の機構を提供する。フラグメントは、リンカーによりＬ鎖可変領域(ＶＬ)に連結したＨ鎖可変領域(ＶＨ)を含むが、リンカーが短いため同じ鎖の上の２個のドメイン間での対形成を可能にしない。したがって、一つのフラグメントのＶＨおよびＶＬドメインは強制的にもう一つのフラグメントの相補的なＶＬおよびＶＨドメインと対を形成し、それにより二つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ(ｓＦｖ)のダイマーの使用による二重特異性抗体フラグメント作成のもう一つの戦略がまた報告されている。Gruber et al., J. Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
【０１３２】
３価以上の結合価をもつ抗体も考得る。例えば、３重特異性抗体を調製し得る。例えば、Tutt et al., J. Immunol. 147:60 (1991)。
典型的な二重特異性抗体は、少なくとも一つが本発明のタンパク質抗原に由来する二つの異なるエピトープに結合し得る。これに代えて、免疫グロブリン分子の抗−抗原アームを、白血球上でＴ細胞受容体分子(例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８またはＢ７)またはＦｃγＲＩ(ＣＤ６４)、ＦｃγＲＩＩ(ＣＤ３２)およびＦｃγＲＩＩＩ(ＣＤ１６)のような、ＩｇＧに対するＦｃ受容体(Ｆｃγ)のような誘発性分子に結合するアームと組み合わせて、特定の抗原を発現する細胞に対する細胞性防御機構に焦点を当て得る。二重特異性抗体をまた使用して、特定の抗原を発現している細胞に細胞障害性物質を指向し得る。これらの抗体は、抗原結合アームおよび細胞障害性薬剤またはＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡまたはＴＥＴＡのような放射性核種キレート化剤と結合するアームを所有する。興味のあるもう一つの二重特異性抗体は、本明細書に説明するタンパク質抗原と結合して、さらに組織因子(ＴＦ)と結合する。
【０１３３】
ヘテロ複合抗体
ヘテロ複合抗体はまた本発明の範囲内にある。ヘテロ複合抗体は、共有結合で結合した二つの抗体より成る。そのような抗体は、例えば、好ましくない細胞に免疫系の細胞を標的化するため(米国特許第４,６７６,９８０号)、およびＨＩＶ感染の処置のため(ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９)に提案あされている。これらの抗体を、架橋剤を伴うものを含むタンパク質合成化学の既知の方法を用いてインビトロで調製し得ると考えられている。例えば、ジスルフィド交換反応を使用してまたはチオエーテル結合を形成することより、イムノトキシンを構築することができる。この目的のために適当な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデートならびに、例えば、米国特許第４,６７６,９８０号に開示されているものを挙げ得る。
【０１３４】
エフェクター機能工学
例えば、がんの処置における抗体の有効性を増強するために、本発明の抗体をエフェクター機能に関して修飾することが望ましい。例えば、システイン残基(複数を含む)をＦｃ領域に導入し、それによりこの領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にし得る。かくして生成したホモダイマーの抗体は、改善した内部移行能および／または増強した補体仲介性細胞殺害ならびに抗体依存性細胞障害作用(ＡＤＣＣ)を有し得る。Caron et al., J. Exp Med., 176: 1191-1195 (1992) and Shopes, J. Immunol., 148: 2918-2922 (1992)を参照されたい。増強した抗腫瘍活性を持つホモダイマー抗体はまた、Wolff et al. Cancer Research, 53: 2560-2565 (1993)に記載されているように、ヘテロ２機能性架橋剤を用いて調製し得る。これに代えて、２重のＦｃ領域を有して、それにより増強した補体依存性細胞溶解およびＡＤＣＣ能を有する抗体を工学操作することができる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design, 3: 219-230 (1989)を参照されたい。
【０１３５】
免疫複合体
本発明はまた、化学療法剤、毒素(例えば、細菌、黴、植物、または動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらのフラグメント)または放射性同位体(即ち、放射性複合体)のような細胞毒性物質と複合した抗体を含む免疫複合体に関する。
【０１３６】
そのような免疫複合体の生成に有用な化学療法剤を上述する。使用できる酵素的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性フラグメント、内毒素Ａ鎖(Pseudomonas aeruginosa由来)、リシンＡ鎖、アビリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファサルシン、Aleurites fordii(シナアブラギリ)タンパク質、ディアンティンタンパク質、Phytolaca americanaタンパク質(ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ)、momoridica charantia(ツルレイシ)阻害剤、クルシン、クロチン、sapaonaria officinalisc阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、リストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシンおよびトリコテセンが挙げられる。種々の放射性核種を放射性複合抗体の生産に利用できる。例として、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙおよび１８６Ｒｅを挙げ得る。
【０１３７】
抗体と細胞障害性薬剤との複合体を、Ｎ−サクシンイミジル−３−(２−ピリジルジチオール)プロピオネート(ＳＰＤＰ)、イミノチオラン(ＩＴ)、イミドエステルの２機能性誘導体(ジメチルアジピイミデートＨＣＬのような)、活性エステル(ジサクシンイミジルスベレートのような)、アルデヒド(グルタルアルデヒドのような)、ビスアジド誘導体(ビス−(ｐ−アジドベンゾイル)−ヘキサンジアミンのような)、ビスジアゾニウム誘導体(ビス−(ｐ−ジアゾニウムベンゾイル)−エチレンジアミンのような)、ジイソシアネート(トリエン２、６−ジイソシアネートのような)、およびビス活性フッ素化合物(１,５−ジフルオロ２,４−ジニトロベンゼンのような)のような種々の２機能性タンパク質カップリング剤を用いて作る。例えば、リシン免疫毒素を、Vitetta et al., Science, 238: 1098 (1987)に記載のように調製することができる。炭素１４で標識した１−イソチオシアナートベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸(ＭＸ−ＤＴＰＡ)は、放射性ヌクレオチドを抗体に結合するための典型的なキレート化剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。
【０１３８】
もう一つの実施態様では、抗体を、腫瘍をプレターゲティンブのための「受容体」(ストレプトアビジンのような)に結合することができて、そこでは抗体−受容体複合体を患者に投与し、引き続いて未結合の複合体を除去剤を用いて血液循環から除去し、次いで今度は細胞障害性薬剤に複合した「リガンド」(例えばアビジン)を投与する。
【０１３９】
イムノリポゾーム
本明細書で開示される抗体をまた、イムノリポゾームとして処方することができる。抗体を含有するリポゾームは、Epstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985); Hwang et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980); ならびに米国特許第４,４８５,０４５号および第４,５４４,５４５号に記載されているような、当分野において公知の方法で調製する。増大した循環時間を持つリポゾームは、米国特許第５,０１３,５５６号に開示されている。
【０１４０】
特に有用なリポゾームを、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン(ＰＥＧ−ＰＥ)を含む脂質組成物を用いて逆相蒸発法により生成し得る。リポゾームを定められた孔径のフィルターを通して押し出して、所望の直径のリポゾームを得る。本発明の抗体のＦａｂ'フラグメントを、Martin et al ., J. Biol. Chem., 257: 286-288 (1982)に記載されるように、ジスルフィド交換反応を介してリポゾームに結合し得る。化学療法剤(ドキソルビシンのような)を任意にリポゾーム内に含有する。Gabizon et al., J. National Cancer Inst., 81(19): 1484 (1989)を参照されたい。
【０１４１】
本発明のタンパク質に対して指向した抗体の診断応用
本発明のタンパク質に対して指向した抗体を、タンパク質の局在および／または定量(例えば、適切な生理的試料中のタンパク質レベルの測定における使用、診断法における使用、タンパク質のイメージングにおける使用等)に関する当分野内において公知の方法で使用し得る。ある一定の実施態様では、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体、または相同体に対する抗原結合ドメインを含有する抗体を、薬理学的に活性な化合物として利用する(下記を参照)。
【０１４２】
本発明のタンパク質に対して特異的な抗体を、イムノアフィニティークロマトグラフィーまたは免疫沈降のような標準的な技術により、タンパク質を単離するために使用し得る。そのような抗体を、細胞由来の天然タンパク質および宿主細胞で発現する組換え的に生産した抗原の精製を容易にし得る。さらに、そのような抗体を使用して、抗原タンパク質の存在量またはパターンを評価するために抗原タンパク質(例えば、細胞溶解物または細胞上清中の)を検出することができる。タンパク質に対して指向した抗体を診断的に使用して、例えば、与えられた処置法の有効性を測定するために臨床検査の手順の一環として組織中のタンパク質レベルをモニターすることができる。抗体を検出可能な物質にカップリング(即ち物理的に連結)することにより、検出を促進し得る。検出可能な物質の例としては、種々の酵素、配合群、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質を挙げる。適当な酵素の例としては、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼおよびアセチルコリンエステラーゼを挙げ得る；適当な配合群の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンを挙げ得る；適当な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレッセイン、フルオレッセインイソチオシアナート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレッセイン、塩化ダンシルまたはフィコエリスリンを挙げ得る；発光物質の例としては、ルミノールを挙げ得る；生物発光物質の例としてはルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンを挙うるし、適当な放射性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈを挙げ得る。
【０１４３】
抗体治療法
ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化および完全なヒト抗体を含む本発明の抗体を治療薬として使用し得る。そのような薬剤を一般的に、対象の疾患または病変の治療または予防に使用する。抗体製剤、好ましくはその標的抗原に対して高い特異性および高い親和性を有するものを対象に投与して、一般的に標的への結合に因る効果を有する。そのような効果は、与えた抗体分子と問題とする標的抗原との間の相互作用の特異的性質に依存する２種類のうちの一つである。第１の場合では、抗体の投与は、標的の本来結合する内在性リガンドとの結合を阻止または阻害し得る。この場合には、抗体は標的に結合して、リガンドがエフェクター分子として作用する、天然に存在するリガンドの結合部位をマスクする。かくして、受容体はリガンドが役割を担う情報伝達経路を仲介する。
【０１４４】
これに代えて、作用は、抗体が標的分子上のエフェクター結合部位への結合により生理的結果を誘発するものであり得る。この場合には、疾患または病変においては存在しないかまたは欠陥のあり得る内在性リガンドを有する受容体である標的を、代替のエフェクターリガンドとしての抗体と結合して、受容体に基づく情報伝達事象を受容体により開始する。
【０１４５】
本発明の抗体の治療的に有効な量は一般的に、治療目的を達成するのに必要とされる量に関する。上述のように、これは、特定の場合には標的の機能を阻害し、そして他の場合には生理的応答を促進する抗体およびその標的抗原との間の結合相互作用であり得る。投与に必要な量はさらに、特定の抗原に対する抗体の結合親和性に依存するし、そしてまた投与した抗体が投与した対象の自由体積から除去し得る速度に依存する。本発明の抗体または抗体フラグメントの治療的に有効な投与量の通常の範囲は、限定されない例として、約０．１ｍｇ／ｋｇ体重〜約５０ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。通常の投与回数は、例えば、１日２回から１週１回の範囲であり得る。
【０１４６】
抗体の医薬組成物
本発明のタンパク質に特異的に結合する抗体、ならびに本明細書に開示するスクリーニングアッセイにより同定する他の分子を、医薬組成物の形で種々の障害の処置のために投与し得る。そのような組成物の調製に関与する原理および考慮事項、ならびに成分の選択の指針は、例えば、The Science And Practice Of Pharmacy 19th ed. (Alfonso R. Gennaro, et al., editors) Mack Pub. Co., Easton, Pa. : 1995、Drug Absorption Enhancement : Concepts, Possibilities, Limitations, And Trends, Harwood Academic Publishers, Langhorne, Pa., 1994、および Peptide And Protein Drug Delivery (Advances In Parenteral Sciences, Vol. 4), 1991, M. Dekker, New Yorkに提供されている。
【０１４７】
抗原タンパク質が細胞内にあり、完全な抗体を阻害剤として使用するならば、内部移行性抗体が好ましい。しかしながら、リポゾームを使用して、抗体または抗体フラグメントを細胞内に送達し得る。抗体フラグメントを使用する場合には、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最も小さな阻害フラグメントが好ましい。例えば、抗体の可変領域の配列に基づいて、標的タンパク質の配列に結合する能力を保持するペプチド分子をデザインし得る。そのようなペプチドを、化学的および／または組換えＤＮＡ技術により合成し得る。例えば、Marasco et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 7889-7893 (1993)を参照されたい。本明細書における処方はまた、処置する特定の適応のために必要なニつ以上の活性化合物、好ましくはお互いに悪影響を及ぼし合わない相補的活性を持つものを含有し得る。これに代えて、またはこれに加えて、組成物は、その機能を増強する薬剤、例えば、細胞障害性薬剤、サイトカイン、化学療法剤、または増殖阻害剤を含有していてもよい。そのような分子は好都合には、意図する目的にとって効果的な量で組み合わされて存在する。
【０１４８】
活性成分を、例えば、コアセルベーション技術または界面重合により調製したマイクロカプセル中で、例えば、ハイドロキシメチルセルローズまたはゼラチン−マイクロカプセルおよびポリ−(メチルメタクリレート)マイクロカプセル中で、それぞれ、コロイド状薬送達システム(例えば、リポゾーム、アルブミン小球体、ミクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル)中に、またはマクロエマルジョン中に閉じ込め得る。
【０１４９】
インビボ投与に使用する製剤は無菌でなければならない。このことを、無菌ろ過膜によるろ過により容易に達成する。
徐放性製剤を調製することができる。徐放性製剤の適当な例としては、抗体を含有する固相の疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルのような造形品の形をしている。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ハイドロゲル(例えば、ポリ(２−ヒドロキシエチル−メタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール)、ポリラクチド(米国特許第３,７７３,９１９号)、Ｌ−グルタミン酸およびγエチル−Ｌグルタミン酸エステルの共重合体、非分解性エチレン−ビニルアセテート、LUPRON DEPOT[登録商標](乳酸−グリコール酸共重合体および酢酸リュープロリドより成る注射用マイクロスフェア)のような分解性乳酸−グリコール酸共重合体が挙げられる。酢酸エチレンビニルおよび乳酸−グリコール酸のようなポリマーは１００日間に亘って分子を放出することができるが一方、特定のヒドロゲルはより短期間でタンパク質を放出する。
【０１５０】
ＥＬＩＳＡアッセイ
アナライトのタンパク質を検出する薬剤は、アナライトのタンパク質に結合する能力のある抗体、好ましくは検出可能な標識を持つ抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、またはさらに好ましくはモノクローナルであり得る。完全な抗体またはそのフラグメント(例えば、ＦａｂまたはＦ( ａｂ ) ２)を使うことができる。用語「標識」とは、プローブまたは抗体に関して、プローブまたは抗体に検出可能な物質をカップリングする(即ち、物理的に連結する)ことによるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接に標識するもう一つの薬剤との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含するものとする。間接標識の例としては、蛍光標識した第２抗体を用いた第１抗体の検出および蛍光標識ストレプトアビジンで検出できるようにＤＮＡプローブをビオチンで末端標識することが挙げられる。用語「生物学的試料」とは、対象から単離した組織、細胞および生物学的液体、ならびに対象内に存在する組織、細胞および液体を含むものとする。それ故に、用語「生物学的試料」の範囲には血液および血清、血漿、またはリンパ液を含む血液のフラクションまたは成分を含み得る。即ち、本発明の検出法を使用して、生物学的試料中のアナライトのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡをインビトロならびにインビボで検出することができる。例えば、アナライトのｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイツハイブリダイゼーションを挙げ得る。アナライトのタンパク質のインビトロ検出技術としては、酵素結合免疫吸着検査法(ＥＬＩＳＡ)、ウエスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光を挙げ得る。アナライトのＤＮＡのインビトロ検出技術としては、サザンハイブリダイゼーションを挙げ得る。イムノアッセイを実施する手順は、例えば、「ELISA: Theory and Practice: Methods in Molecular Biology」, Vol. 42, J. R. Crowther (Ed.) Human Press, Totowa, NJ, 1995、「Immunoassay」, E. Diamandis and T. Christopoulus, Academic Press, Inc., San Diego, CA, 1996、および「Practice and Thory of Enzyme Immunoassays」, P. Tijssen, Elsevier Science Publishers, Amsterdam, 1985に記載されている。さらに、アナライトのタンパク質のインビボ検出のための技術は、標識化した抗アナライトタンパク質抗体を対象に導入することを含む。例えば、対象中での存在または局在が標準的な造影技法で検出できる放射性マーカーで、抗体を標識し得る。
【０１５１】
ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞
本発明のもう一つの態様は、ＮＯＶＸタンパク質またはその誘導体、フラグメント、類似体または相同体をコードする核酸を含有するベクター、好ましくは発現ベクターに関する。本明細書において使用する用語「ベクター」とは、それに結合しているもう一つの核酸を運搬する能力のある核酸分子を指す。ベクターの一つのタイプは「プラスミド」であり、これは、さらに別なＤＮＡセグメントが結合した環状の二重鎖ＤＮＡループを指す。ベクターのもう一つのタイプはウイルスベクターであり、ここではさらに別なＤＮＡセグメントをウイルスゲノムの中に結合し得る。特定のベクターは、それらを導入した宿主細胞中で自律増幅することができる(例えば、細菌の複製起点を持つ細菌のベクターおよび哺乳動物のエピゾームベクター)。他のベクター(例えば、哺乳動物の非エピゾームベクター)は、宿主細胞中への導入に際し宿主細胞のゲノム中に組み込まれて、それにより宿主ゲノムと一緒に複製し得る。さらに、特定のベクターは、それらが機能し得るように連結した遺伝子の発現を指示する能力がある。そのようなベクターを、本明細書において「発現ベクター」と呼称する。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターはしばしばプラスミドの形をしている。プラスミドはベクターの最も通常に使用する形態であるので、本明細書においては、「プラスミド」および「ベクター」は互換的に使用し得る。しかしながら、本発明は、同等の機能を有するウイルスベクター(例えば、複製能を欠いたレトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス)のような他の形の発現ベクターを含むこととする。
【０１５２】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞中における核酸の発現に適した形での本発明の核酸を含み、これは組換え発現ウイルスを、発現に使用する宿主細胞に基づいて選択した発現すべき核酸配列に機能し得るように結合した一つまたはそれ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクター内において、「機能し得るように結合した」とは、興味のある核酸配列が核酸配列の発現を可能にする様式で(例えばインビトロ転写／翻訳システムでまたはベクターを宿主細胞に導入する場合には宿主細胞中で)調節配列に結合していることを意味するものとする。
【０１５３】
用語「調節配列」とは、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御要素(例えば、ポリアデニル化シグナル)を含むものとする。そのような調節配列は、例えば、Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)に記載されている。調節配列としては、多くのタイプの宿主細胞中でヌクレオチド配列の構成的発現を指示するものおよび特定の宿主細胞中でのみヌクレオチド配列の発現を指示するもの(例えば、組織特異的調節配列)を挙げ得る。発現ベクターのデザインが、形質転換する宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現レベル等のような要因に依存し得ることを当業者は理解する。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それにより本明細書に説明するように核酸によりコードする融合タンパク質またはペプチドを含むタンパク質またはペプチド(例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の突然変異型、融合タンパク質等)を生産し得る。
【０１５４】
本発明の組換え発現ベクターを、原核のまたは真核の細胞中におけるＮＯＶＸタンパク質発現用にデザインし得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質を、Escherichia coliのような細菌細胞、昆虫細胞(バキュロウイルス発現ベクターを使用して)、酵母細胞または哺乳動物細胞中で発現し得る。適当な宿主細胞は、Goeddel, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990)においてさらに考察されている。これに代えて、組換え発現ベクターを、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いてインビトロで転写して、翻訳し得る。
【０１５５】
真核細胞中におけるタンパク質の発現は最もしばしば、Escherichia coli中で融合タンパク質または非融合タンパク質のどちらかの発現を指示する構成的または誘導性プロモーターを含有するベクターを用いて行われる。融合ベクターは、その中にコードしたタンパク質に多数のアミノ酸を、通常には組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。そのような融合ベクターは典型的に三つの目的に役立つ：(i)組換えタンパク質の発現を増大するため；(ii)組換えタンパク質の溶解性を増加するため；および(iii)アフィニティークロマトグラフィーにおけるリガンドとして作用することにより組換えタンパク質の精製を助けるため。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解による切断部位を融合部分および組換えタンパク質の接合部に導入して、融合部分から組換えタンパク質の分離に引き続いて融合タンパク質の精製を可能にする。そのような酵素、およびそれらと同種の認識配列としては、Ｆａｃｔｏｒ Ｘａ、トロンビンおよびエンテロキナーゼを挙げ得る。典型的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ(ＧＳＴ)、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡをそれぞれ標的組換えタンパク質に融合させるｐＧＥＸ(Pharmacia Biotech Inc; Smith and Johnson, 1988. Gene 67: 31-40)、ｐＭＡＬ (New England Biolabs, Beverly, Mass.)およびｐＲＩＴ５ (Pharmacia, Piscataway, N.J.) を挙げ得る。
【０１５６】
適当な誘導性非融合E. coli発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ(Amrann et al., (1988) Gene 69:301-315)およびｐＥＴ１１ｄ (Studier et al., GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990) 60-89)を挙げ得る。
【０１５７】
E. coliにおけるタンパク質発現を最大にする一つの戦略は、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を障害した宿主細胞中でタンパク質を発現することである。Gottesman, GENE EXPRESSION TECHNOLOGY: METHODS IN ENZYMOLOGY 185, Academic Press, San Diego, Calif. (1990) 119-128を参照されたい。もう一つの戦略は、それぞれのアミノ酸に対する個別のコドンをE. coliで優先的に使用するものとなるように、発現ベクターに挿入する核酸の核酸配列を変更することである(例えば、Wada, et al., 1992. Nucl. Acids Res. 20: 2111-2118を参照)。本発明の核酸配列のそのような変更は標準的ＤＮＡ合成技法により行い得る。
【０１５８】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸ発現ベクターは酵母の発現ベクターである。酵母のSaccharomyces cerivisae中の発現ベクターの例としては、ｐＹｅｐＳｅｃ１ (Baldari, et al., 1987. EMBO J. 6: 229-234)、ｐＭＦａ(Kurjan and Herskowitz, 1982. Cell 30: 933-943)、ｐＪＲＹ８８ (Schultz et al., 1987. Gene 54: 113-123)、ｐＹＥＳ２(Invitrogen Corporation, San Diego, Calif.)、およびｐｉｃＺ(InVitrogen Corp, San Diego, Calif.)を挙げ得る。
【０１５９】
これに代えて、ＮＯＶＸをバキュロウイルス発現ベクターを用いて昆虫細胞中で発現し得る。培養昆虫細胞(例えば、ＳＦ９細胞)中でのタンパク質発現に利用可能なバクロウイルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ(Smith, et al., 1983. Mol. Cell. Biol. 3: 2156-2165) およびｐＶＬシリーズ(Lucklow and Summers, 1989. Virology 170: 31-39)を挙げ得る。
【０１６０】
なおもう一つの実施態様では、本発明の核酸を、哺乳動物の発現ベクターを用いて哺乳動物細胞中で発現し得る。哺乳動物の発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８(Seed, 1987. Nature 329: 840)およびｐＭＴ２ＰＣ(Kaufman, et al., 1987. EMBO J. 6: 187-195)を挙げ得る。哺乳動物細胞中で使用するときには、発現ベクターの制御機能はしばしば、ウイルスの調節要素により提供される。例えば、普通に使用するプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルスおよびシミアンウイルス４０に由来する。原核のおよび真核の細胞両方にとって適当な他の発現系については、例えば、Chapters 16 and 17 of Sambrook, et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989を参照されたい。
【０１６１】
もう一つの実施態様では、組換え哺乳動物表現ベクターは、特定の細胞タイプ中で優先的に核酸の発現を指示する能力がある(例えば、組織特異的調節要素を核酸を発現するために使用する)。組織特異的調節要素は当分野において公知である。適当な組織特異的プロモータの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター(肝臓特異的；Pinkert, et al., 1987. Genes Dev. 1: 268-277)、リンパ系特異的プロモーター(Calame and Eaton, 1988. Adv. Immunol. 43: 235-275)、特にT細胞受容体(Winoto and Baltimore, 1989. EMBO J. 8: 729-733)および免疫グロブリン (Banerji, et al., 1983. Cell 33: 729-740; Queen and Baltimore, 1983. Cell 33: 741-748)のプロモーター、ニューロン特異的プロモーター(例えば、ニューロフィラメントプロモーター; Byrne and Ruddle, 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 5473-5477)、膵臓特異的プロモーター(Edlund, et al., 1985. Science 230: 912-916)、ならびに乳腺特異的プロモーター(例えば、乳漿；米国特許第４,８７３,３１６号及びヨーロッパ出願公開第２６４,１６６号)を挙得る。例えば、マウスのｈｏｘプロモーター(Kessel and Gruss, 1990. Science 249: 374-379)およびα−フェトプロテインプロモーター(Campes and Tilghman, 1989. Genes Dev. 3: 537-546)の発生的に調節されるプロモーターも包含する。
【０１６２】
本発明はさらに、発現ベクターの中にアンチセンスの配向でクローン化した本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。即ち、ＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現(ＤＮＡ分子の転写による)を可能にするような様式で、調節配列に機能し得るように結合する。種々の細胞タイプ中のアンチセンスＲＮＡ分子の連続的発現を指示するアンチセンスの配向にクローン化した核酸に機能し得るように結合した調節配列、例えば、ウイルスのプロモーターおよび／またはエンハンサーを選択することができるか、またはアンチセンスＲＮＡの組織特異的または細胞タイプ特異的な構成的発現を指示する調節配列を選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、ベクターを導入した細胞タイプにより活性を決定する高効率調節領域の制御下で、アンチセンス核酸を生産する組換えプラスミド、ファージミドまたは弱毒化ウイルスの形であり得る。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節の考察については、例えば、Weintraub, et al., 「Antisense RNA as a molecular tool for genetic analysis」 Reviews-Trends in Genetics, Vol. 1(1) 1986を参照されたい。
【０１６３】
本発明のもう一つの態様は、本発明の組換え発現ベクターを導入する宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」を、本明細書においては互換的に使用する。そのような用語は、特定の対象の細胞のみならずそのような細胞の子孫または潜在的子孫をまた指すことを理解する。突然変異または環境の影響により後の世代に特定の修飾が生じるかもしれないため、そのような子孫は、実際には親細胞と同一ではないかもしれないが、本明細書において使用する用語の範囲内になお含まれる。
【０１６４】
宿主細胞は任意の原核細胞または真核細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質を、E. coliのような細菌細胞、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞(チャイニーズハムスター卵巣細胞(ＣＨＯ)またはＣＯＳ細胞)のような細菌の細胞中で発現することができる。他の適当な宿主細胞は当業者に周知である。
【０１６５】
ベクターＤＮＡを、従来の形質転換または形質移入技術により原核細胞または真核の細胞の中に導入することができる。本明細書において使用する用語「形質転換」および「形質移入」とは、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン仲介性形質移入、リポフェクション、またはエレクトロポレーションを含む外来の核酸(例えばＤＮＡ)を宿主細胞に導入するために当分野で認める種々の技術を指すものとする。宿主細胞を形質転換しまたは形質移入するための適当な方法は、MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL. 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989)および他の実験室マニュアルに見出すことができる。
【０１６６】
哺乳動物細胞の安定的な形質移入については、使用される発現ベクターおよび形質移入の技法に依存して、細胞のごく小数のフラクションが外来性ＤＮＡをそのゲノムの中に組み込み得る。これらの組み込み体を同定し選択するために、選択可能なマーカー(例えば、抗生物質に対する抵抗性)が一般的に、興味のある遺伝子と一緒に宿主細胞に導入される。種々の選択可能なマーカーとしては、Ｇ４１８,ハイグロマイシンおよびメトトレキセートのような薬剤に抵抗性を与えるものが挙げられる。選択可能なマーカーをコードする核酸を、ＮＯＶＸをコードするものと同一のベクター上で宿主細胞に導入することができか、または別のベクター上で導入することもできる。導入された核酸で安定に形質移入された細胞は、薬剤選択により同定されることができる(例えば、選択可能なマーカーを組み込んでいる細胞は生き残る一方で、他の細胞は死ぬ)。
【０１６７】
培地中の原核細胞または真核細胞のような本発明の宿主細胞を用いて、ＮＯＶＸタンパク質を生産する(即ち、発現する)ことができる。したがって、本発明は、本発明の宿主細胞を用いるＮＯＶＸタンパク質の生産方法をさらに提供する。一つの実施態様では、その方法は、本発明の宿主細胞(その中にＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターを導入する)を、ＮＯＶＸタンパク質を生産するような適当な培地中で培養することを含む。もう一つの実施態様では、その方法は、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離することをさらに含む。
【０１６８】
トランスジェニックＮＯＶＸ動物
本発明の宿主細胞をまた使用して、非ヒトトランスジェニック動物を生産し得る。例えば、一つの実施態様では、本発明の宿主細胞は、その中にＮＯＶＸタンパク質コード化配列を導入する受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、そのような宿主細胞を使用して、その中で外来性のＮＯＶＸ配列をゲノムの中に導入する非ヒトトランスジェニック動物、またはその中で内在性のＮＯＶＸ配列を変更する相同な組換え動物を創成することができる。そのような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性の研究にならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターの同定および／または評価に有用である。本明細書において使用する「トランスジェニック動物」とは、その中で動物の一つまたはそれ以上の細胞が導入遺伝子を含む非ヒト動物、好ましくは哺乳動物、さらに好ましくはラットまたはマウスのようなげっ歯類である。トランスジェニック動物の他の例としては、ヒト以外の霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両棲類等を挙げ得る。導入遺伝子は、それからトランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムの中に取り込まれ、そして成熟動物のゲノム内に残存して、それによりトランスジェニック動物の一つまたはそれ以上の細胞タイプまたは組織中におけるコード化遺伝子産物の発現を指令する外来性ＤＮＡである。本明細書において使用する「相同の組換え動物」とは、その中で内在性ＮＯＶＸ遺伝子が内在性遺伝子および、動物の細胞、例えば、動物の胚細胞の中に動物の発生前に導入された外来性ＤＮＡ分子との間で相同組換えにより変更した非ヒト動物、好ましくは哺乳類、さらに好ましくはマウスである。
【０１６９】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコードする核酸を受精卵母細胞の雄性前核の中に(例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染により)導入して、卵母細胞を偽妊娠雌性仮親動物の体内で発生することを可能にすることにより、創成することができる。配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のヒトＮＯＶＸｃＤＮＡ配列を、非ヒト動物のゲノム内に導入遺伝子として導入することができる。これに代えて、マウスＮＯＶＸ遺伝子のようなヒトＮＯＶＸ遺伝子の非ヒト相同体を、ヒトＮＯＶＸのｃＤＮＡとのハイブリダイゼーション(上にさらに詳述)に基づいて単離して、導入遺伝子として使用し得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた、導入遺伝子の発現効率を増加するために導入遺伝子中に含み得る。組織特異的調節配列をＮＯＶＸ導入遺伝子に機能し得るように結合して、特定の細胞にＮＯＶＸタンパク質の発現を指示し得る。胚の操作およびマイクロインジェクションによる、トランスジェニック動物、特にマウスのような動物の作成方法は当分野において従来的となってきており、例えば、米国特許第４,７３６,８６６号; ４,８７０,００９号; および４,８７３,１９１号;ならびにHogan, 1986. In: MANIPULATING THE MOUSE EMBRYO, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.に記載されている。類似の方法を他のトランスジェニック動物の生産に用い得る。初代トランスジェニック動物を、ゲノム内のＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／または動物の組織または細胞中におけるＮＯＶＸｍＲＮＡの発現に基づいて、同定し得る。次いで、初代トランスジェニック動物を、導入遺伝子を保持する追加的動物の繁殖に使用し得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を保持するトランスジェニック動物を使用して、他の導入遺伝子を保持するさらに別なトランスジェニック動物を繁殖し得る。
【０１７０】
相同の組換え動物を創成するために、その中に欠失、付加または置換を導入していて、それによりＮＯＶＸ遺伝子を変化させる例えば機能的に破壊する一つのＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含有するベクターを調製する。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子(例えば配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のｃＤＮＡ)であり得るが、さらに好ましくはヒトＮＯＶＸ遺伝子の非ヒト相同体である。例えば、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)のヒトＮＯＶＸ遺伝子のマウス相同体を使用して、マウスゲノム中の内在性ＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適する相同組換えベクターを構築することができる。一つの実施態様では、ベクターを、相同組換えにより、内在性遺伝子を機能的に破壊する(即ち、もはや機能的なタンパク質をコードしない；「ノックアウト」ベクターとも呼称する)ようにデザインする。
【０１７１】
これに代えて、ベクターは、相同組換えにより内在性ＮＯＶＸ遺伝子を変異するかまたは他のように変更するが、依然機能性タンパク質をコードする(例えば、上流の調節領域を変更してそれにより内在性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更する)ようにデザインし得る。相同組換えベクターでは、ＮＯＶＸ遺伝子の変更したタンパク質は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらに別な核酸により５'末端または３'末端に隣接して、ベクターにより保持する外来性ＮＯＶＸ遺伝子および胚性幹細胞中の内在性ＮＯＶＸ遺伝子の間で相同組換えが起こることを可能にする。さらに別な隣接ＮＯＶＸ核酸は、内在性遺伝子と成功裏に相同組換えが起きるように十分な長さを持つ。典型的には、数キロ塩基の隣接ＤＮＡ(５'末端および３'末端の両方とも)をベクターに含み得る。相同組換えベクターの記載については、例えば、Thomas, et al., 1987. Cell 51: 503を参照されたい。次いで、ベクターを胚性幹細胞株に(例えば、エレクトロポレーションにより)導入し、そしてその中で導入したＮＯＶＸ遺伝子を内在性ＮＯＶＸ遺伝子と相同的に組み換えた細胞を選択する。例えば、Li, et al., 1992. Cell 69: 915を参照されたい。
【０１７２】
次いで、選択した細胞を動物(例えば、マウス)の胚盤胞の中に注入して、凝集キメラを形成する。例えば、Bradley, 1987. In: TERATOCARCINOMAS AND EMBRYONIC STEM CELLS: A PRACTICAL APPROACH, Robertson, ed. IRL, Oxford, pp. 113-152を参照されたい。次いで、キメラ胚を適当な偽妊娠雌性仮親動物に植え込んで、胚を満期出産する。生殖細胞内に相同組換えしたＤＮＡを保持している子孫を用いて、その中で動物の全ての細胞が、導入遺伝子の生殖系列を介した伝達により相同組換えＤＮＡを含有する動物を繁殖させることができる。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築する方法は、Bradley, 1991. Curr. Opin. Biotechnol. 2: 823-829; ＰＣＴ国際公開第: ＷＯ９０／１１３５４号；ＷＯ９１／０１１４０号；ＷＯ９２／０９６８号;およびＷＯ９３／０４１６９号にさらに記載される。
【０１７３】
もう一つの実施態様では、導入遺伝子の調節発現を可能にする選択したシステムを含有する非ヒトトランスジェニック動物を生産し得る。そのようなシステムの一つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムである。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムの記載については、例えば、Lakso, et al., 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 6232-6236を参照されたい。リコンビナーゼシステムのもう一つの例は、Saccharomyces cerevisiaeのＦＬＰリコンビナーゼシステムである。O'Gorman, et al., 1991. Science 251:1351-1355を参照されたい。もしｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼシステムを用いて導入遺伝子の発現を調節するならば、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択したタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含有する動物が必要となる。そのような動物は、例えば、一つは選択したタンパク質をコードする導入遺伝子を含有し、他はリコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含有する二つのトランスジェニック動物を交配させることによる「ダブル」トランスジェニック動物の構築により提供し得る。
【０１７４】
本明細書に説明した非ヒトトランスジェニック動物のクローンはまた、Wilmut, et al., 1997. Nature 385: 810-813に記載された方法にしたがって生産することができる。略述すれば、トランスジェニック動物から細胞(例えば体細胞)を単離し、誘導して、増殖サイクルから抜け出てＧ０期に入ることができる。次いで、静止細胞を、例えば、電気パルスの使用により静止細胞を単離したのと同じ種類の動物由来の脱核した卵母細胞と融合することができる。次いで、再構成した卵母細胞を、それを桑実胚または胚盤胞にまで発生させて、次いで擬妊娠雌性仮親動物に導入するように培養する。この雌性仮親動物から生まれた子孫は、細胞(例えば体細胞)を単離する動物のクローンである。
【０１７５】
医薬組成物
本発明のＮＯＶＸ核酸分子、ＮＯＶＸタンパク質、抗−ＮＯＶＸ抗体(本明細書では「活性化合物」ともいう)、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、類似体および相同体を投与に適する医薬組成物の中に組込み得る。典型的に、そのような組成物は核酸分子、タンパク質または抗体およびおよび医薬的に許容され得る担体を含む。本明細書において使用する「医薬的に許容され得る担体」とは、医薬品投与に適合する任意のおよび全ての溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌および抗かび剤、等張および吸収遅延剤等を含むことを意図する。適当な担体は、この分野で標準的な参照テキストであるRemingtonの薬剤学の最新版(出典明示により本明細書の一部とする)に記載されている。そのような担体または賦形剤の好ましい例としては、水、食塩水、フィンガー溶液、ブドウ糖溶液および５％ヒト血清アルブミンを挙げるが、それらに限定しない。リポソームおよび脂肪油のような非水溶性ビークルもまた使用する。薬学的に活性な物質のためのそのような媒体および薬剤は当分野において周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物に適合しない限りでなければ、組成物内のそれらの使用を意図する。補助的な活性化合物をまた、組成物の中に組込み得る。
【０１７６】
本発明の医薬組成物を、その意図する投与経路に適合するように処方する。投与経路の例としては、非経口の、例えば、静脈の、皮内の、皮下の、経口の(例えば、吸入)、経皮の(即ち局所の)、経粘膜のおよび直腸の投与を挙げ得る。非経口の、皮内のまたは皮下の応用に使用する溶液または懸濁液としては、以下の成分を挙げることができる：注射用水のような無菌賦形剤、食塩水溶液、脂肪油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムのような抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸(ＥＤＴＡ)のようなキレート化剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝剤、ならびに塩化ナトリウムまたはブドウ糖のような等張性を調整する薬剤。塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基を用いてｐＨを調整することができる。非経口性製剤を、ガラスまたはプラスチックで作るアンプル、使い捨て注射器、または多回使用バイアルの中に封入し得る。
【０１７７】
注射用に適する医薬組成物としては、無菌水溶液(水溶性である場合)または分散液および無菌注射用の溶液または分散液の必要に応じて調合する製剤用の無菌粉末を挙げ得る。静脈投与のためには、適当な担体としては、生理食塩水、静菌性水、Cremophor EL[登録商標] (BASF, Parsippany, N.J.)またはリン酸緩衝食塩水(ＰＢＳ)を挙げ得る。全ての場合において、組成物は無菌でなければならず、容易に注射できる程度に流動性であるべきである。それは製造および保管の条件下で安定でなければならず、そして細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセリン、プロピレングリコールおよび液性ポリエチレングリコール等)ならびにそれらの適当な混合液を含有する溶媒または分散媒体であり得る。適切な流動性を、例えば、レシチンのようなコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒子径の維持により、および界面活性剤の使用により、保持し得る。微生物作用の保護は、種々の抗菌および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサール等、により達成される。多くの場合に、組成物中に、等張性薬剤、例えば、砂糖、マニトールのようなポリアルコール、ソルビトール、塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射用組成剤の吸収の延長は、組成物中に吸収を遅延する薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含むことによりもたらせ得る。
【０１７８】
無菌注射用溶液を、適切な溶媒の中に一つまたは上で列挙した成分の組合せと共に必要な量で活性化合物(例えば、一つのＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体)を組み込み、ついでろ過滅菌を行なうことにより調製することができる。一般的に、分散液は、基本的な分散媒体および上で列挙したものから必要な他の成分を含有する無菌ビークルの中に活性化合物を組み込むことにより調製することができる。無菌注射用溶液の調製のための無菌粉末の場合には、調製方法は、活性成分の粉末プラス前もって無菌ろ過されたその溶液からの任意のさらに別の望ましい成分の粉末を生成する真空乾燥および凍結乾燥である。
【０１７９】
一般的に、経口の組成物は、不活性賦形剤または食用の担体を含む。それらをゼラチンカプセル中に封入するかまたは錠剤に打錠することができる。経口治療投与の目的には、活性化合物を添加物と共に組込んで錠剤、トローチまたはカプセルの形状で使用することができる。経口の組成物をまた、うがい薬としての使用のために液体担体を用いて調製し得るが、そこでは液体担体中の化合物を経口的に塗布し、さっと取り除いて、吐き出すか飲み込む。薬学的に適合する結合剤、おおび／またはアジュバント材料を組成物の一部として含み得る。錠剤、丸剤、カプセル、トローチ等は任意の以下の成分または同様な性質を持つ化合物を含有し得る：微結晶セルロース、トラガカントゴムまたはゼラチンのような結合剤；デンプンまたは乳糖のような添加剤、アルギン酸、プリモゲルまたはコーンスターチのような崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはステロートのような滑沢剤；コロイド状二酸化ケイ素のような滑り剤；ショ糖またはサッカリンのような甘味剤；またはハッカ、サルチル酸メチル、オレンジ香料のような着香剤。
【０１８０】
吸入による投与のためには、化合物を、適当な噴射剤、例えば二酸化炭素のようなガスを含有する加圧容器またはディスペンザー、またはネブライザーからエアゾールスプレイの形式で送達し得る。
【０１８１】
全身的投与はまた、経粘液または経皮手段により得る。経粘液または経皮投与のためには、透過すべきバリアーに適切な浸透剤を処方に使用する。そのような浸透剤は当分野において一般的に公知であり、そして、例えば、経粘液投与のためには、洗剤、胆汁酸塩、フシジン酸誘導体を挙げ得る。経粘液投与は鼻腔スプレーまたは坐剤の使用により達成され得る。経皮投与のためには、活性化合物は、当分野において一般的に公知であるように、軟膏、軟膏剤、ゲルまたはクリームの中に処方される。
【０１８２】
化合物をまた、直腸送達のために坐薬(例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤用基材と共に)または保持浣腸剤の形式で調製し得る。
【０１８３】
一つの実施態様において、活性化合物を、埋没およびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出製剤のように、化合物を身体からの迅速な排泄から防止する担体と共に調製する。酢酸エチレンビニル、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ酢酸のような、生物分解性で生体適合性のポリマーを使用し得る。そのような製剤を調製する方法は当業者に明らかである。材料はまた、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals, Inc.から市販で入手可能である。リポソームの懸濁液(モノクローナル抗体を持つ感染した細胞からウイルス抗体に至って標的化したリポソームを含む)をまた、医薬的に許容され得る担体として使用することができる。これらを、例えば米国特許第４,５２２,８１１号に記載のように、当業者に公知の方法に従い調製し得る。
【０１８４】
投与の容易さおよび投与量の均一性のために、経口性または非経口性の組成物を単位投与剤型で処方することが特に有益である。本明細書で使用する単位投与剤型とは、処置する対象に対して単一の投与量として適する物理学的に分離した単位を指し；それぞれの単位は、必要な薬学的な担体と一緒に望ましい治療効果を生じるように計算した予め決められた量の活性化合物を含有する。本発明の単位投与剤型の規格は、活性化合物の特異な特色および達成するべき特別な治療効果、ならびにそのような活性化合物を個人の処置のために配合する当分野に固有の制限により指示されかつ直接に依存する。
【０１８５】
本発明の核酸分子をベクターの中に挿入して遺伝子治療ベクターとして使用することができる。遺伝子治療ベクターを、例えば、静脈注射、局所投与により(例えば、米国特許第５,３２８,４７０号を参照)または走触性注射(例えば、Chen, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 3054-3057を参照)により送達し得る。遺伝子治療ベクターの医薬製剤は、許容される賦形剤の中に遺伝子治療ベクターを含むか、またはその中に遺伝子治療ベクターを埋め込んだ持続性マトリックスを含み得る。これに代えて、完全な遺伝子治療ベクターを組換え細胞、例えばレテロウイルスベクターから無傷で生産し得る場合には、医薬製剤は遺伝子送達システムを生産する一つまたはそれ以上の細胞を含み得る。
医薬製剤を、投与指示書と共に、容器、パックまたはディスペンサーの中に含み得る。
【０１８６】
スクリーニングおよび検出の方法
以下に詳述するように、本発明の単離核酸分子を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を発現し(例えば、遺伝子治療応用において宿主細胞中で組換え発現ベクターを介して)、ＮＯＶＸｍＲＮＡ(例えば、生物学的試料中の)またはＮＯＶＸタンパク質中の遺伝的欠損を検出し、そしてＮＯＶＸ活性を調整することができる。加えて、ＮＯＶＸタンパク質を用いて、ＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調整する薬または化合物をスクリーニングし、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分なまたは過剰な生産、またはＮＯＶＸの野生型タンパク質と比較して低下または異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質型の生産を特徴とする疾患(例えば；糖尿病(インスリン放出を調節する)；肥満(脂質に結合し輸送する)；肥満に関連した代謝障害、代謝的シンドロームＸならびに食欲不振および慢性疾患および癌に関連した消耗性疾患、ならびに感染性疾患(抗ウイルス活性を有する)および種々の異脂肪血症を処置し得る。加えて、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を検出しかつ単離し、そしてＮＯＶＸ活性を調整し得る。なおさらなる態様では、本発明を方法で使用して、食欲、栄養の吸収および代謝基質の処分を正および負の両方の様式で影響させることができる。
本発明はさらに、本明細書に説明するスクリーニングアッセイで同定する新規な薬剤および上述の処置のためのそれらの使用に関する。
【０１８７】
スクリーニングアッセイ
本発明は、モジュレーター、即ち、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、または、例えばＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に促進的または阻害的作用を有する候補または試験化合物または薬剤(例えば、ペプチド、ペプチドミメティクス、低分子または他の薬)を同定する方法(本明細書では「スクリーニングアッセイ」とも呼称する)を提供する。本発明はまた、本明細書に説明するスクリーニングアッセイにおいて同定した化合物を含む。
【０１８８】
一つの実施態様では、本発明は、膜結合型の一つのＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合するかまたは活性を調整する候補または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物を、生物学的ライブラリー；空間的にアドレス参照可能な並列の固相または液相ライブラリー；デコンボリューションを必要とする合成的ライブラリー方法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー方法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー方法：を含む、当分野において周知のコンビナトリアルライブラリーにおける数多くのアプローチのいずれを用いても得られる。生物学的ライブラリーのアプローチはペプチドライブラリーに限定される一方で、他の４種のアプローチはペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である。例えば、Lam, 1997. Anticancer Drug Design 12: 145を参照されたい。
【０１８９】
本明細書において使用する「低分子」とは、約５ｋＤ未満の、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物を指す。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチドミメティクス、炭水化物、脂質または他の有機のまたは無機の分子であり得る。化学的および／または、真菌、細菌、または藻類の抽出物のような、生物学的混合物は当分野において公知であり、本発明の任意のアッセイを用いてスクリーニングすることができる。
【０１９０】
分子ライブラリー合成方法の例を、例えば、DeWitt, et al., 1993. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90: 6909、Erb, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91: 11422、Zuckermann, et al., 1994. J. Med. Chem. 37: 2678、Cho, et al., 1993. Science 261: 1303; Carrell, et al., 1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33: 2059、Carell, et al., 1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33: 2061、およびGallop, et al., 1994. J. Med. Chem. 37: 1233における当分野に見出し得る。
【０１９１】
化合物のライブラリーを、溶液中で(例えば、Houghten, 1992. Biotechniques 13: 412-421)、またはビーズ上で(Lam, 1991. Nature 354: 82-84)、チップ上で(Fodor, 1993. Nature 364: 555-556)、バクテリア(Ladner, 米国特許第５,２２３,４０９号)、胞子 (Ladner, 米国特許第５,２３３,４０９号)、プラスミド (Cull, et al., 1992. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 1865-1869)上でまたはファージ上で(Scott and Smith, 1990. Science 249: 386-390; Devlin, 1990. Science 249: 404-406、Cwirla, et al., 1990. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 6378-6382、Felici, 1991. J. Mol. Biol. 222: 301-310、Ladner, 米国特許第５,２３３,４０９号)で提供し得る。
【０１９２】
一つの実施態様では、アッセイは細胞に基づくアッセイであり、そこでは膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を試験化合物と接触させ、そして試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質に結合する能力を測定する。細胞は、例えば、哺乳動物由来または酵母細胞であり得る。試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力を測定することは、例えば、試験化合物を放射性同位元素または酵素標識とカップリングして、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分への試験化合物の結合を、複合物中の標識化合物を検出することにより測定できるようにする。例えば、試験化合物を、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃまたは３Ｈで直接的にまたは間接的に標識し、そして放射性同位元素を放射線放射の直接計数またはシンチレーション計数により検出する。これに代えて、試験化合物を、例えば、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼにより酵素的に標識し、そして適切な基質の生産物への変換の測定により酵素標識を検出する。一つの実施態様では、アッセイは、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を、ＮＯＶＸに結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成して、アッセイ混合物を試験化合物と接触し、そして試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に、既知化合物と比較して優先的に結合する能力を測定することを含む。
【０１９３】
もう一つの実施態様では、アッセイは細胞に基づくアッセイであり、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面に発現する細胞を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調整する(例えば促進または阻害する)能力を測定することを含む。試験化合物がＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調整する活性を測定することは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が一つのＮＯＶＸの標的分子と結合するかまたは相互作用をする能力を測定することにより達成し得る。本明細書において使用する「標的分子」とは、自然界で一つのＮＯＶＸタンパク質が結合または相互作用する分子、例えば、一つのＮＯＶＸと相互作用するタンパク質を発現する細胞表面の分子、２番目の細胞表面の分子、細胞外の環境中の分子、細胞膜の内側表面と会合している分子または細胞質の分子である。ＮＯＶＸの標的分子は、非ＮＯＶＸ分子または本発明の一つのＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドであり得る。一つの実施態様では、一つのＮＯＶＸの標的分子は、細胞外のシグナル(例えば、膜結合ＮＯＶＸ分子への化合物の結合により発生するシグナル)を細胞膜を通してかつ細胞内への伝達を促進する情報伝達経路の成分である。標的は、例えば、触媒活性を有する２番目の細胞内タンパク質または下流のシグナル分子とＮＯＶＸとの会合を促進するタンパク質であり得る。
【０１９４】
ＮＯＶＸタンパク質を一つのＮＯＶＸの標的分子と結合するかまたは相互作用をする能力を測定することは、直接的な結合を測定する上述の方法の一つにより達成し得る。一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質が一つのＮＯＶＸの標的分子と結合または相互作用する能力を測定することは、標的分子の活性を測定することにより達成することができる。例えば、標的分子の活性を、標的の細胞性第二のメッセンジャー(即ち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３等)の誘導を検出すること、適切な基質に対する標的の触媒／酵素活性を検出すること、受容体遺伝子(検出可能なマーカー、例えば、ルシフェラーゼ、をコードする核酸に機能し得るように結合したＮＯＶＸ応答性調節要素を含む)の誘導を検出すること、または細胞応答、例えば、細胞の生存、細胞の分化、または細胞の増殖、を検出することにより測定し得る。
【０１９５】
なおもう一つの実施態様では、本発明のアッセイは無細胞アッセイであって、一つのＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を測定することを含む。ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合を、上述のように、直接的または間接的のどちらかで測定することができる。一つのそのような実施態様では、アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分をＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物を試験化合物と接触すること、および試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に既知化合物と比較して優先的に結合する能力を測定することを含む。
【０１９６】
なおもう一つの実施態様では、アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性なタンパク質を試験化合物と接触し、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性なタンパク質の活性を調整する(例えば促進または阻害する)能力を測定することを含む無細胞アッセイである。ＮＯＶＸの活性を調整する試験化合物の能力を測定することは、例えば、ＮＯＶＸタンパク質が一つのＮＯＶＸの標的分子に結合する活性を直接な結合を測定するために上述した方法の一つにより達成することができる。さらに別の実施態様では、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力を測定することは、ＮＯＶＸタンパク質がさらに一つのＮＯＶＸの標的分子を調整する能力を測定することにより達成することができる。例えば、適切な基質に対する標的分子の触媒／酵素活性を上述のように測定することができる。
【０１９７】
なおもう一つの実施態様では、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分をＮＯＶＸタンパク質と結合する既知の化合物と接触して、アッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物を試験化合物と接触すること、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することを含むが、そこでは試験化合物が一つのＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を測定することは、ＮＯＶＸタンパク質が一つのＮＯＶＸの標的分子に優先的に結合するかまたはその活性を調整する能力を測定することを含む。
【０１９８】
本発明の無細胞アッセイは、可溶性型または膜結合型のＮＯＶＸタンパク質の両方に使用することができる。膜結合型のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、膜結合型のＮＯＶＸタンパク質を溶液中に維持するように、可溶化剤を利用するのが望ましい。そのような可溶化剤の例としては、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ[登録商標]Ｘ-１００、Ｔｒｉｔｏｎ[登録商標]Ｘ-１１４、Ｔｈｅｓｉｔ[登録商標]、イソトリデシポリ(エチレングリコールエーテル)ｎのような非イオン性界面活性剤、Ｎ−ドデシル−Ｎ,Ｎ−ジメチル−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−(３−クロルアミドプロピル)ジメチルアミニオール−１−プロパンスルホネート(ＣＨＡＰＳ)、または３−(３−クロルアミドプロピル)ジメチルアミニオール−２ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート(ＣＨＡＰＳＯ)を挙げ得る。
【０１９９】
本発明の上記のアッセイ法の二つ以上の実施態様において、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子を固相化して、一つまたは両方のタンパク質の非複合型から複合型の分離を容易にし、ならびにアッセイの自動化に適合することができる。試験化合物のＮＯＶＸタンパク質への結合、または候補化合物存在下および非存在下でのＮＯＶＸタンパク質と標的分子との相互作用は、反応物質を含有するのに適する任意の容器において達成することができる。そのような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、およびマイクロ遠心チューブを挙げ得る。一つの実施態様では、一つまたは両方のタンパク質をマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質を提供し得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ−標的融合タンパク質をグルタチオンセファローズビーズ(Sigma Chemical, St. Louis, MO)またはグルタチオンで誘導体化したマイクロタイタープレート上に吸着し、これを次いで試験化合物、または試験化合物および非吸着標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のどちらかと結合し、そして混合物を複合体形成を促進する条件下で(例えば、塩およびｐＨに関して生理的な条件で)インキュベートする。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレート穴を洗滌して、非結合成分を全て除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定化し、複合体を例えば上述のように、直接的にまたは間接的に測定する。これに代えて、複合体をマトリックスから解離し、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合または活性レベルを標準的技術を用いて測定することもできる。
【０２００】
マトリックス上にタンパク質を固定化する他の技術をまた、本発明のスクリーニングアッセイに使用し得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質またはその標的分子のいずれかをビオチンおよびストレプトアビジンの結合を利用して固定化することができる。ビオチニル化ＮＯＶＸタンパク質または標的分子をビオチン−ＮＨＳ(Ｎ−ヒドロキシ−サクシンイミド)から当分野内で周知の技術(例えば、ビオチニル化キット、Pierce Chemicals, Rockford, Ill.)を用いて調製して、ストレプトアビジンをコーティングした９６穴プレート(Pierce Chemical)の穴に固定化することができる。これに代えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるが、ＮＯＶＸタンパク質のその標的タンパク質への結合を妨害しない抗体をプレートの穴に誘導体化して、非結合標的またはＮＯＶＸタンパク質を抗体との結合により穴に捕捉することができる。そのような複合体を検出する方法としては、ＧＳＴ−固定化複合体について上述したものに加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応する抗体を用いる複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関連した酵素活性を検出することに依存する酵素結合アッセイを挙げ得る。
【０２０１】
もう一つの実施態様では、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレータを、細胞を候補化合物と接触し、細胞中のＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を測定する方法で同定する。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルを、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと比較する。次いで、候補化合物を、この比較に基づいてＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質のモジュレータとして同定し得る。例えば、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を候補化合物の存在下での方がその非存在下でよりも多い(即ち統計的に有意に多い)ときには、候補化合物を、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質発現の促進剤として同定する。これに代えて、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が候補化合物の存在下での方がその非存在下でよりも少ない(即ち統計的に有意に少ない)ときには、候補化合物を、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質発現の阻害剤として同定する。細胞中のＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルを、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはタンパク質を検出するために本明細書で説明する方法により測定することができる。
【０２０２】
本発明のなおもう一つの態様では、ＮＯＶＸタンパク質は２ハイブリッドアッセイまたは３ハイブリッドアッセイ(例えば米国特許第5,283,317号、Zervos, et al., 1993. Cell 72: 223-232、Madura, et al., 1993. J. Biol. Chem. 268: 12046-12054、Bartel, et al., 1993. Biotechniques 14: 920-924、Iwabuchi, et al., 1993. Oncogene 8: 1693-1696、および Brent 第ＷＯ９４／１０３００号を参照)おける「ベイトタンパク質」として使用して、ＮＯＶＸと結合または相互作用をしてＮＯＶＸ活性を調整する他のタンパク質(「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」)を同定し得る。そのようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流または下流の要素としてＮＯＶＸタンパク質によるシグナルの増幅に関与する可能性が高い。
【０２０３】
２ハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合および活性化ドメインより成る殆どの転写因子のモジュール構成的性質に基づく。略述すれば、アッセイには２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。１つの構築物においては、ＮＯＶＸをコードする遺伝子を既知の転写因子(例えば、ＧＡＬ−４)のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合する。他の構築物においては、未同定のタンパク質(「プレイ」または「試料」)をコードするＤＮＡ配列ライブラリー由来のＤＮＡを、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合する。もし「ベイト」および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用してＮＯＶＸ依存性複合体を形成することができれば、転写因子のＤＮＡ結合および活性化ドメインを近くに引き寄せ得る。この近接は、転写因子に応答性の転写調節部位に機能し得るように結合したレポーター遺伝子(例えば、ＬａｃＺ)の転写を可能にする。レポーター遺伝子の発現を検出し、機能的転写因子を含有する細胞コロニーを単離し、そしてこれを用いてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローン化遺伝子を得ることができる。
本発明はさらに前述のスクリーニングアッセイにより同定する新規薬剤および本明細書に説明する処置へのその使用に関する。
【０２０４】
検出アッセイ
本明細書で同定するｃＤＮＡの一部またはフラグメント(および対応する完全な遺伝子配列)をポリヌクレオチド試薬として種々の方式で使用することができる。例として、限定は無しに、これらの配列を：(i)染色体上のそれぞれの遺伝子をマップし；かくして遺伝的疾患に関連した遺伝子領域の位置を見つける；(ii)微量の生物学的試料から個人を同定する(組織タイピング)；および(iii)生物学的試料の法医学的同定を助けるために用い得る。これらの応用の幾つかを以下のサブセクションで説明する。
【０２０５】
染色体マッピング
一旦遺伝子の配列(または配列の一部)を単離すれば、この配列を用いて、染色体上の遺伝子の位置をマップすることができる。この方法を染色体マッピングと呼ぶ。したがって、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)であるＮＯＶＸ配列の一部またはフラグメント、またはそれらのフラグメントまたは誘導体を用いて、染色体上のＮＯＶＸ遺伝子の位置をそれぞれマップし得る。染色体へのＮＯＶＸ配列のマッピングは、これらの配列を疾患に関連する遺伝子と相関づける重要な第一歩である。
【０２０６】
略述すれば、ＮＯＶＸ遺伝子を、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー(好ましくは１２−２５ｂｐ長)を調製することにより染色体にマップし得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を使用して、ゲノムＤＮＡ中の二つ以上のエキソンに亘らないで、そのため増幅プロセスを複雑にするプライマーを迅速に選択し得る。次いで、これらのプライマーを、個別のヒト染色体を含有する体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングに使用し得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含有するそれらのハイブリッドのが、増幅したフラグメントを生成する。
【０２０７】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞(例えば、ヒトおよびマウスの細胞)を融合することにより調製する。ヒトおよびマウスの細胞のハイブリッドが増殖し、分裂するうちに、それらはヒト染色体をランダムな順序で徐々に欠失するが、マウスの染色体を保持する。特定の酵素を欠くためマウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を用いることにより、必要とする酵素をコードする遺伝子を含有する一つのヒト染色体を保持する。種々の培地を使用することにより、ハイブリッド細胞株のパネルを樹立し得る。パネル中のそれぞれの細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体、および完全なセットのマウス染色体を含有し、個別の遺伝子を特定のヒト染色体に容易にマップすることを可能にする。例えば、D'Eustachio, et al., 1983. Science 220: 919-924を参照されたい。ヒト染色体のフラグメントのみを含有する体細胞ハイブリッドをまた、転座および欠失を持つヒト染色体を用いることにより生産し得る。
【０２０８】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の配列を特定の染色体に対応付ける迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて、１日に３個以上の配列を対応付けることが可能である。ＮＯＶＸ配列を用いてオリゴヌクレオチドプライマーをデザインすることにより、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて細かな局在部位の特定化を達成し得る。
【０２０９】
分裂中期の染色体スプレッドへのＤＮＡ配列の蛍光インシツハイブリダイゼーション(ＦＩＳＨ)をさらに用いて、正確な染色体上の位置を１ステップで提供し得る。染色体スプレッドを、コルセミドのような紡錘体を破壊する化学物質により細胞分裂を分裂中期でブロックされている細胞を用いて作成し得る。染色体を短時間トリプシンで処理し、次いでギムザ染色し得る。明暗のバンドのパターンがそれぞれの染色体上に出現し、それにより染色体を個別に同定し得る。ＦＩＳＨ技術を５００または６００塩基と短いＤＮＡ配列で使用し得る。しかしながら、１,０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で特定の染色体上の位置に結合する可能性がより高い。好ましくは１,０００塩基、そしてさらに好ましくは２,０００塩基が合理的な時間に良好な結果を得るのに十分である。この技術の総説については、Verma, et al., HUMAN CHROMOSOMES: A MANUAL OF BASIC TECHNIQUES (Pergamon Press, New York 1988を参照されたい。
【０２１０】
染色体マッピング用の試薬を個別に使用して、単一の染色体またはその染色体上の単一の部位を標識すること、または試薬のパネルを複数の部位および／または複数の染色体を標識するために使用し得る。遺伝子の非コード化領域に対応する試薬が実際には、マッピングの目的には好ましい。コード化領域を遺伝子ファミリー内で保存する可能性がより高く、かくして染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションのチャンスが増大する。
【０２１１】
一旦配列を正確な染色体上の位置にマッピングすると、染色体上の配列の物理的な位置を遺伝子マップのデータと関連づけ得る。そのようなデータを、例えば、in McKusick, Mendelian Inheritance in Man (Hopkins University Welch Medical Libraryを通してオンラインで入手可能)に見出す。同じ染色体部位にマッピングした遺伝子と疾患との間の関係を、次いで、例えば、Egeland, et al., 1987. Nature, 325: 783-787に記載する関連分析(物理的に隣接している遺伝子の同時遺伝)により同定し得る。
【０２１２】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子に関連した疾患に罹患している個人と罹患していない個人の間のＤＮＡ配列の差を測定し得る。もし変異を罹患している個人のいくらかまたは全部で観察するが、罹患していない個人のいずれでも観察しないならば、変異は特定の疾患の原因剤である可能性が高い。罹患した個人と罹患していない個人の比較は一般的に、まず染色体スプレッドから視認可能な欠失または転座のような染色体の目に見える構造変化、またはそのＤＮＡ配列に基づくＰＣＲの使用で検出可能な構造変化の探索を伴う。最後に、数人の個人由来の遺伝子の完全なシークエンシングを行って、変異の存在を確認し、そして変異を多型性と区別し得る。
【０２１３】
組織タイピング
本発明のＮＯＶＸ配列をまた使用して、微量な生物学的試料から個人を同定し得る。この技術では、個人のゲノムＤＮＡを一つまたはそれ以上の制限酵素で消化して、サザンブロット上でプローブ結合し、同定用のユニークなバンドを生成する。本発明の配列は、ＲＦＬＰ(制限断片長多型、米国特許第５,２７２,０５７号に記載)のさらに別なＤＮＡマーカーとして有用である。
【０２１４】
さらに、本発明の配列を使用して、個人のゲノムの選択した部分の実際の塩基ごとのＤＮＡ配列を測定するさらに別な技術を提供し得る。かくして、本明細書に説明したＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５'末端および３'末端から二つののＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを用いて、個人のＤＮＡを増幅し、引き続いてこれをシークエンシングし得る。
【０２１５】
それぞれの個人は、対立遺伝子の違いによるそのようなＤＮＡの特徴的セットを有するため、この様式で調製した個人由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、特徴的個人の同定を提供し得る。本発明の配列を使用して、個人および組織由来のそのような同定配列を得ることができる。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を特徴的に表現する。対立遺伝子の変異は、これらの配列のコード化領域中にある程度起こり、そして非コード化領域中にはより大きな程度で起こる。個別のヒト間の対立遺伝子の変異は、５００塩基に約１個の頻度で起こることを推定する。対立遺伝子変異の多くは、制限断片長多型(ＲＦＬＰ)を含む単一ヌクレオチド多型(ＳＮＰ)に因る。
【０２１６】
本明細書に説明する配列のそれぞれを、個人由来のＤＮＡを同定の目的で比較し得る標準として、ある程度、使用し得る。非コード化領域にはより多くの遺伝子多型が起こるため、個人を識別するにはより少ない配列が必要である。非コード化配列は、それぞれが１００塩基の非コード化増幅配列を生じる多分１０〜１,０００個のプライマーのパネルにより個人の明白な同定を無理なく提供し得る。もし配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)の配列のような予想するコード化配列を使用すれば、明白な個人の同定のためのさらに適切なプライマーの数は５００〜２,０００である。
【０２１７】
予防医学
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬理ゲノミクス、および臨床試験のモニタリングを予後的(予測的)目的で使用し、それにより個人を予防的に処置する、予測医学の分野に関する。したがって、本発明の１つの態様は、ＮＯＶＸタンパク質および／または核酸の発現ならびにＮＯＶＸ活性を生物学的試料(例えば、血液、血清、細胞、組織)との関連で測定して、それにより個人が異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害に罹患しているか、または障害を発症するリスクを有しているか否かを測定するための診断アッセイに関する。障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を挙げ得る。本発明はまた、個人がＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または活性に関連した障害を発症するリスクを有しているか否かを測定するための予後的(予測的)アッセイを提供する。例えば、一つのＮＯＶＸ遺伝子の突然変異を生物学的試料中でアッセイし得る。そのようなアッセイを、予後的または予測的目的に使用し、それによりＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または生物学的活性を特徴とするかまたはこれと関連する障害の発生に先立って個人を予防的に処置し得る。
【０２１８】
本発明のもう一つの態様は、個人におけるＮＯＶＸタンパク質、核酸発現または活性を測定し、それによりその個人にとって適切な治療的または予防的な薬剤を選択する方法(本明細書では「薬理ゲノミクス」と呼称する)を提供する。薬理ゲノミクスは、個人の遺伝子型に基づいた個人の治療的または予防的処置のための薬剤(例えば薬)の選択を可能にする(例えば、個人の遺伝子型を検査して、個人が特定の薬剤に応答する能力を測定する)。
【０２１９】
本発明のなおもう一つの態様は、薬剤(例えば、薬、化合物)が臨床試験においてＮＯＶＸの発現または活性に与える影響をモニタリングすることに関する。
これらおよび他の薬剤については以下のセクションで詳細に説明する。
【０２２０】
診断的アッセイ
生物学的試料中におけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出する例示的な方法は、被験対象から生物学的試料を得ること、および生物学的試料をＮＯＶＸタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸(例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ)を検出する能力のある化合物または薬剤と接触し、ＮＯＶＸの存在が生物学的試料中で検出できるようにすることを伴う。ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの検出用の薬剤は、ＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡとハイブリダイズする能力のある標識核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数である)の核酸のような全長ＮＯＶＸ核酸、または少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０または５００ヌクレオチド長でそして厳密な条件下でＮＯＶＸｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドの一部である。本発明の診断的アッセイにおいて使用するための他の適当なプローブを本明細書で説明する。
【０２２１】
ＮＯＶＸタンパク質検出用の薬剤は、ＮＯＶＸタンパク質に結合する能力のある抗体、好ましくは検出可能な標識を持つ抗体である。抗体は、ポリクローナル、またはさらに好ましくはモノクローナルであり得る。完全な抗体、またはそのフラグメント(例えば、ＦａｂまたはＦ(ａｂ')２)を使用し得る。プローブまたは抗体に関する用語「標識」とは、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする(即ち物理的に結合する)ことによりプローブまたは抗体を直接的に標識すること、ならびに直接標識したもう一つの試薬との反応性によりプローブまたは抗体を間接的に標識することを包含する。間接的な標識の例としては、蛍光標識した第２抗体を用いた第１抗体の検出、および蛍光標識したストレブトアビジンで検出し得るように、ビオチンでＤＮＡプローブを末端標識することを挙げ得る。用語「生物学的試料」とは、対象から単離した組織、細胞および生物学的液体、ならびに対象内に存在する組織、細胞および液体を含む。即ち、本発明の検出法を使用して、インビトロおよびインビボで生物学的試料中のＮＯＶＸｍＲＮＡ、タンパク質、またはゲノムＤＮＡを検出し得る。例えば、ＮＯＶＸｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインシツハイブリダイゼーションを挙げ得る。ＮＯＶＸタンパク質を検出するためのインビトロ技術としては、酵素結合免疫測定法(ＥＬＩＳＡ)、ウエスタンブロット、免疫沈降、および免疫蛍光を挙げ得る。ＮＯＶＸゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションを挙げ得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質を検出するためのインビボ技術は、対象中へ標識抗ＮＯＶＸ抗体を導入することを含む。例えば、抗体を、対象中のその存在および位置を標準造影技術で検出し得る放射活性マーカーで標識することができる。
【０２２２】
一つの実施態様では、生物学的試料は被験対象由来のタンパク質分子を含有する。これ代えて、生物学的試料は、被験対象由来のｍＲＮＡ分子または被験対象由来のゲノムＤＮＡ分子を含有し得る。好ましい生物学的試料は、対象より従来の手段で単離した末梢血白血球試料である。
【０２２３】
もう一つの実施態様では、方法は、対照対象から対照の生物学的試料を得ること、対照試料をＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出する能力のある化合物または薬剤と、ＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を生物学的試料中で検出するように接触すること、および対照試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を試験試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと比較することをさらに伴う。
【０２２４】
本発明はまた、生物学的試料中のＮＯＶＸの存在を検出するキットを包含する。例えば、キットは：生物学的試料中のＮＯＶＸタンパク質またはｍＲＮＡを検出する能力のある標識化合物または薬剤；試料中のＮＯＶＸの量を測定する手段；および試料中のＮＯＶＸの量を標準と比較する手段を含み得る。化合物および薬剤を適当な容器中に包装し得る。キットは、ＮＯＶＸタンパク質または核酸を検出するキットの使用のための使用説明書をさらに含み得る。
【０２２５】
予後アッセイ
さらに、本明細書に説明する診断方法を利用して、異常ＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。例えば、先行の診断アッセイおよび以下のアッセイのような、本明細書で説明するアッセイを利用して、ＮＯＶＸタンパク質、核酸の発現または活性に関連した障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。これに代えて、予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象を同定し得る。かくして、本発明は、試験試料を対象から得て、そして異常なＮＯＶＸタンパク質または核酸(例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ)を検出する異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を同定する方法を提供し、そこではＮＯＶＸタンパク質または核酸の存在は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を有するかまたは発症するリスクにある対象に対する診断になる。本明細書において使用する「試験試料」とは、興味のある対象から得られる生物学的試料を指す。例えば、試験試料は生物学的液体(例えば血清)、細胞試料、または組織であり得る。
【０２２６】
さらに、本明細書に説明する予後アッセイを使用して、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または障害を処置するために、対象に薬剤(例えばアゴニスト、アンタゴニスト、ペプチドミメティック、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の医薬候補物)を投与することができるか否かを決定し得る。例えば、そのような方法を使用して、対象の疾患を薬剤により有効に処置するか否かを決定し得る。かくして、本発明は、試験試料を得て、ＮＯＶＸタンパク質または核酸を検出する異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した障害を薬剤により対象を有効に処置し得るか否かを決定する方法を提供する(例えば、そこではＮＯＶＸタンパク質または核酸の存在は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した障害を処置するために薬剤を投与され得る対象に対する診断になる)。
【０２２７】
本発明の方法をまた使用して一つのＮＯＶＸ遺伝子中の遺伝的損傷を検出し、それにより損傷のある遺伝子を有する対象が異常な細胞増殖および／または分化を特徴とする障害のリスクにあるか否かを決定し得る。種々の実施態様において、これらの方法は、対象由来の細胞試料中において、一つのＮＯＶＸタンパク質をコードする遺伝子の完全性に影響を及ぼす少なくとも一つの変更、即ちＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を特徴とする遺伝的損傷の存在または不在の検出を含む。例えば、そのような遺伝的損傷を、(i)一つのＮＯＶＸ遺伝子からの一つまたはそれ以上のヌクレオチドの欠失；(ii)一つのＮＯＶＸ遺伝子への一つまたはそれ以上のヌクレオチドの付加；(iii)一つのＮＯＶＸ遺伝子の一つまたはそれ以上のヌクレオチドの置換、(iv)一つのＮＯＶＸ遺伝子の染色体転座、(v)一つのＮＯＶＸ遺伝子のｍＲＮＡ転写物レベルの変化、(vi)ゲノムＤＮＡのメチル化パターンのような一つのＮＯＶＸ遺伝子の異常修飾、(vii)一つのＮＯＶＸ遺伝子のｍＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、(viii)一つのＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、(ix)一つのＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子欠失、および(ｘ)一つのＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾の少なくとも一つの存在の確認により検出し得る。本明細書に説明する一つのＮＯＶＸ遺伝子の損傷を検出するために使用し得る当分野において公知の多数のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的試料は、対象から従来の手段で単離した末梢血白血球試料である。しかしながら、例えば、頬粘膜細胞を含む有核細胞を含有する任意の生物学的試料を使用し得る。
【０２２８】
特定の実施態様では、損傷の検出は、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ ＰＣＲのようなポリメラーゼ連鎖反応(ＰＣＲ)(例えば米国特許第４,６８３,１９５号および第４,６８３,２０２号を参照)におけるかまたはこれに代えて、連結連鎖反応(ＬＣＲ)(例えば、Landegran, et al., 1988. Science 241: 1077-1080、およびNakazawa, et al., 1994. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 360-364を参照)におけるプローブ／プライマーの使用を伴うが、後者はＮＯＶＸ遺伝子中の点突然変異検出に特に有用であり得る(Abravaya, et al., 1995. Nucl. Acids Res. 23: 675-682を参照)。この方法は、患者から細胞試料を集め、試料の細胞から核酸(例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたは両方)を単離し、ＮＯＶＸ遺伝子(もし存在するならば)のハイブリダイゼーションおよび増幅が起きるような条件下で、一つのＮＯＶＸ遺伝子と特異的にハイブリダイズする一つまたはそれ以上のプライマーと核酸試料を接触し、そして増幅産物の存在または不在を検出し、または増幅産物のサイズを検出し、そして対照試料と長さを比較するステップを含み得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書に説明する変異の検出に使用する任意の技術と一緒に予備的増幅ステップとして使用するのが望ましい。
【０２２９】
さらに別な増幅法としては：自己保持配列複製(Guatelli, et al., 1990. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87: 1874-1878を参照)、転写増幅システム(Kwoh, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 1173-1177を参照); Ｑβレプリカーゼ(Lizardi, et al, 1988. BioTechnology 6: 1197を参照)、または任意の他の核酸増幅法に引き続いて当業者に周知の技術を用いる増幅分子の検出を挙げ得る。これらの検出スキームは、核酸分子がごく少数で存在するならば、そのような分子の検出に特に有用である。
【０２３０】
さらに別の実施態様では、試料細胞由来の一つのＮＯＶＸ遺伝子中の変異を、制限酵素切断パターンの変化により同定し得る。例えば、試料および対照のＤＮＡを単離し、増幅し(任意に)、一つまたはそれ以上の制限エンドヌクレアーゼで処理し、そしてフラグメントのサイズをゲル電気泳動で測定して比較する。試料と対照のＤＮＡ間のフラグメントサイズの差は試料ＤＮＡ中の変異を示す。さらに、配列特異的リボゾーム(例えば、米国特許第５,４９３,５３１号を参照)を使用して、リボゾーム切断部位の発生または消失により特異的な変異の存在を評価し得る。
【０２３１】
他の実施態様では、ＮＯＶＸ中の遺伝的突然変異は、試料および対照の核酸、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡを数百または数千個のオリゴヌクレオチドプローブを含有する高密度アレイにハイブリダイズすることにより同定することができる。例えば、Cronin, et al., 1996. Human Mutation 7: 244-255、Kozal, et al., 1996. Nat. Med. 2: 753-759を参照されたい。例えば、ＮＯＶＸ中の遺伝的変異を、上述のCronin, et al.に記載するように光を発生するＤＮＡプローブを含有する２次元アレイ中で同定し得る。略述すれば、プローブの１番目のハイブリダイゼーションアレイを用いて、試料と対照中の長い一続きのＤＮＡをスキャンして、一連の重なり合うプローブの線形アレイを作成することにより配列間の塩基変化を同定し得る。このステップは点突然変異の同定を可能にする。これに、検出した全ての変種または変異に相補的なさらに小さな特別のプローブアレイを用いることにより特定の変異の特徴化を可能にする２番目のハイブリダイゼーションを行う。それぞれの変異アレイは、一つは野生型遺伝子に相補的で、他は突然変異遺伝子に相補的な並行なプローブのセットから成る。
【０２３２】
なおもう一つの実施態様において、当分野において公知の種々のシークエンシング反応のいずれかを使用してＮＯＶＸ遺伝子を直接にシークエンシングして、試料のＮＯＶＸの配列を対応する野生型(対照)配列と比較することにより変異を検出し得る。シークエンシング反応の例としては、Maxim and Gilbert, 1977. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 560またはSanger, 1977. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74: 5463により開発された技術に基づくものを挙げ得る。質量分析によるシークエンシング(例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９４／１６１０１号; Cohen, et al., 1996. Adv. Chromatography 36: 127-162およびGriffin, et al., 1993. Appl. Biochem. Biotechnol. 38: 147-159を参照)を含む種々の自動化シークエンシング方法のいずれも診断アッセイの実施に際して利用され得ることをまた考え得る(例えば、Naeve, et al., 1995. Biotechniques 19: 448を参照)。
【０２３３】
ＮＯＶＸ遺伝子中の変異を検出する他の方法としては、切断剤からの保護を用いてＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖中のミスマッチ塩基を検出する方法を挙げ得る。例えば、Myers, et al., 1985. Science 230: 1242を参照されたい。一般に、「ミスマッチ切断」の当分野の技術は、野生型ＮＯＶＸ配列を含有する(標識した)ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織試料より得た潜在的突然変異体のＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズすることにより形成したヘテロ二重鎖を提供することから始まる。二重鎖を、対照および試料の鎖の間の塩基のミスマッチのために存在する二重鎖の単鎖領域を切断する薬剤で処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖をＲＮａｓｅで処理し、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドはＳ１ヌクレアーゼで処置し、ミスマッチ領域を酵素的に処理し得る。他の実施態様では、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡの二重鎖のどちらかをヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムおよびピペリジンで処理し得る。ミスマッチ領域の処理の後、得られた材料を次いで変性ポリアクリルアミドゲル上でサイズにより分離して変異の部位を決定する。例えば、Cotton, et al., 1988. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 4397、Saleeba, et al., 1992. Methods Enzymol. 217: 286-295を参照されたい。一つの実施態様では、対照のＤＮＡまたはＲＮＡを検出用に標識し得る。
【０２３４】
なおもう一つの実施態様では、ミスマッチ切断反応は、細胞の試料より得られたＮＯＶＸｃＤＮＡ中で点突然変異を検出しマッピングするために、規定したシステム中で二重鎖ＤＮＡ中のミスマッチ塩基対を認識する一つまたはそれ以上のタンパク質(いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素)を使用する。例えば、E. coliのｍｕｔＹ酵素はＧ／ＡミスマッチのＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシダーゼはＧ／ＴミスマッチのＴを切断する。例えば、Hsu, et al., 1994. Carcinogenesis 15: 1657-1662を参照されたい。例示的な実施態様によれば、一つのＮＯＶＸ配列、例えば、野生型ＮＯＶＸ配列に基づくプローブを、試験細胞(複数を含む)由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物とハイブリダイズする。この二重鎖をＤＮＡミスマッチ修復酵素で処理して、切断生産物をもしあれば電気泳動のプロトコール等から検出し得る。例えば、米国特許第５,４５９,０３９号を参照されたい。
【０２３５】
他の実施態様では、電気泳動上の移動度の変化を用いて、ＮＯＶＸ遺伝子の変異を同定する。例えば、単鎖コンフォーメーション多型(ＳＳＣＰ)を使用して、突然変異体および野生型核酸の間の電気泳動移動度の差を検出し得る。例えば、Orita, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 86: 2766、Cotton, 1993. Mutat. Res. 285: 125-144、Hayashi, 1992. Genet. Anal. Tech. Appl. 9: 73-79を参照されたい。試料および対照のＮＯＶＸ核酸の単鎖ＤＮＡフラグメントを変性し、復元することを可能にする。単鎖核酸の二次構造は配列により異なり、電気泳動上の移動度のそこで得た変化はたとえ１個の塩基変化の検出をも可能にする。ＤＮＡフラグメントを標識プローブで標識または検出し得る。アッセイの感度を、２次構造が配列変化により感受性であるＲＮＡ(ＤＮＡよりもむしろ)を使用することにより増大し得る。一つの実施態様では、主題の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度の変化に基づいて二重鎖へテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Keen, et al., 1991. Trends Genet. 7: 5を参照されたい。
【０２３６】
なおもう一つの実施態様では、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル中での突然変異体または野生型フラグメントの移動を、変性濃度勾配ゲル電気泳動(ＤＧＧＥ)を用いてアッセイする。例えば、Myers, et al., 1985. Nature 313: 495を参照されたい。ＤＧＧＥを分析法として使用する際、ＤＮＡを修飾し、例えば、凡そ４０ｂｐの高融点ＧＣ富化ＤＮＡのＧＣクランプをＰＣＲで付加することにより、それが完全に変性しないことを保証する。さらなる実施態様では、変性勾配に代えて温度勾配を使用して、対照および試料のＤＮＡの移動度の差を同定する。例えば、Rosenbaum and Reissner, 1987. Biophys. Chem. 265: 12753を参照されたい。
【０２３７】
点突然変異を検出するための他の技術の例として、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長を挙げ得るが、これらに限定しない。例えば、既知の変異を中央に置いたオリゴヌクレオチドプライマーを調製し、次いで完全なマッチが見られる場合にのみハイブリダイゼーションを認める条件下で、標的ＤＮＡとハイブリダイズする。例えば、Saiki, et al., 1986. Nature 324: 163、Saiki, et al., 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 6230を参照されたい。オリゴヌクレオチドをハイブリダイズ用膜に付着して、標識した標的ＤＮＡとハイブリダイズする際、そのような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ増幅した標的ＤＮＡまたは多数の異なる突然変異体とハイブリダイズする。
【０２３８】
これに代えて、選択的ＰＣＲ増幅に基づく対立遺伝子特異的増幅技術を本発明と一緒に使用し得る。特異的増幅のためのプライマーとして使用するオリゴヌクレオチドは、興味のある変異を分子の中央で(増幅がディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存するように；例えば、Gibbs, et al., 1989. Nucl. Acids Res. 17: 2437-2448を参照)または適切な条件下で、ミスマッチがポリメラーゼ伸長を阻止または低減できる(例えば、Prossner, 1993. Tibtech. 11: 238を参照)一つのプライマーの３'最末端において保持していてもよい。加えて、切断に基づく検出を創成するために、変異の領域に新規制限部位を導入するのが望ましい。例えば、Gasparini, et al., 1992. Mol. Cell Probes 6: 1を参照されたい。特定の実施態様では、増幅はまた、増幅のためのＴａｑリガーゼを使用して実施され得ることを予想する。例えば、Barany, 1991. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 189を参照されたい。このような場合には、５'末端配列の３'末端に完全なマッチがある場合にのみ連結が起こり、増幅の存在または不在を調べることにより特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０２３９】
本明細書に説明する方法を、例えば、本明細書に説明する少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含むプレパック診断キットを利用することにより実施し得る。これを、例えば、臨床の場においてＮＯＶＸ遺伝子の関与する疾患または疾病の症状を示すかまたは家族歴のある患者を診断するのに簡便に使用し得る。
【０２４０】
さらに、ＮＯＶＸを発現する任意の細胞タイプまたは組織、好ましくは末梢血白血球を本明細書に説明した予後アッセイに利用し得る。しかしながら、例えば、頬粘膜細胞の有核細胞を含む任意の生物学的試料を使用し得る。
【０２４１】
薬理ゲノミクス
本明細書に説明したスクリーニングアッセイにより同定するようなＮＯＶＸ活性(例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現)に促進的または阻害的効果を有する薬剤またはモジュレータを個人に投与し、障害(障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を挙げ得る)を(予防的にまたは治療的に)処置することができる。そのような処置と一緒に、個人の薬理ゲノミクス(即ち、個人の遺伝子型および外来性化合物または薬に対するその個人の応答との間の関係の研究)を考慮し得る。治療薬の代謝の差は、薬理学的に活性な薬の用量と血中濃度の関係を変えることにより、重症の毒性または治療の失敗をもたらし得る。かくして、個人の薬理ゲノミクスは、個人の遺伝子型の考慮に基く予防的または治療的処置ための有効な薬剤(例えば薬)の選択を許容する。そのような薬理ゲノミクスをさらに用いて、適切な投与量および治療方法を決定し得る。したがって、個人のＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、またはＮＯＶＸ遺伝子の変異の含量を測定し、それにより個人の治療的処置または予防的処置に適切な薬剤(複数を含む)を選択し得る。
【０２４２】
薬理ゲノミクスは、罹患した人における変化した薬剤分布および異常な作用に因る薬への応答における臨床的に有意な遺伝的変異を取り扱う。例えば、Eichelbaum, 1996. Clin. Exp. Pharmacol. Physiol., 23: 983-985; Linder, 1997. Clin. Chem., 43: 254-266を参照されたい。一般に、二つのタイプの薬理遺伝学的異常を区別し得る。薬が身体に作用する方式を変える単一の因子として伝達する遺伝的異常(変化した薬剤作用)または身体が薬に作用する方式を変える単一因子として伝達する遺伝的異常(変化した薬物代謝)がある。これらの薬理遺伝学的異常は、稀な欠陥または多型性のどちらかとして生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸脱水素酵素(Ｇ６ＰＤ)欠乏症は、よくみられる遺伝性酵素異常症であり、そこでは主な臨床的合併症は、酸化剤の薬(抗マラリア剤、スルホンアミド剤、鎮痛剤、ニトロフラン類)摂取後またはソラマメ摂食後の溶血である。
【０２４３】
例示的実施態様として、薬の代謝酵素の活性は、薬の作用の強度および持続の両者の主たる決定因子である。薬の代謝酵素の遺伝的多型性(例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２(ＮＡＴ２)ならびにチトクローム妊娠帯前駆タンパク質酵素のＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９)の発見は、なぜ或る患者は標準かつ安全用量の薬物摂取後に期待した薬の効果を得られないかまたは過大な薬の応答および重篤な毒性を示すのかについての説明を提供する。これらの多型性を、人口集団で高代謝群(ＥＭ)および低代謝群(ＰＭ)の２つの表現型で表現する。ＰＭの存在比率は異なる集団間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型性で、そして幾つかの変異が、機能的なＣＹＰ２Ｄ６の不在をもたらすＰＭを同定する。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低代謝群は、標準的な用量の投与を受けた際、極めて頻繁に過剰な薬の応答および副作用を経験する。代謝物が活性な治療成分であるならば、ＣＹＰ２Ｄ６が生成する代謝物モルヒネにより仲介するコデインの鎮痛作用について実証するように、ＰＭは治療応答を示さない。それと全く正反対なのが、標準の用量に応答しないいわゆる超高速代謝群である。最近、超高速代謝群の分子的根拠をＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に因ると確認した。
【０２４４】
従って、個人のＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、またはＮＯＶＸ遺伝子の変異含量を測定し、それにより個人の治療的処置または予防的処置のために適切な薬剤(複数を含む)を選択し得る。加えて、薬理遺伝学的研究を用いて、薬の代謝酵素をコードする遺伝子多型の対立遺伝子の遺伝子型決定を、個人の薬の応答性の表現型の同定に応用し得る。この知識を投与量および薬の選択に応用する際、本明細書で説明する例示的スクリーニングアッセイの一つにより同定したモジュレータのようなＮＯＶＸモジュレータで対象を処置する際に、有害作用または治療失敗を避け、かくして治療的または予防的効率を増強し得る。
【０２４５】
臨床試験の作用モニタリング
ＮＯＶＸの発現または活性(例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調整する活性)に対する薬剤(例えば、薬、化合物)の影響をモニタリングすることは、基礎的な薬のスクリーニングに応用できるだけでなく、また臨床試験にも応用できる。例えば、本明細書に説明したようにスクリーニングアッセイにより、ＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベルを増加し、またはＮＯＶＸ活性を上方調節すると決定した薬剤の有効性を、低下したＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベル、または下方制御されたＮＯＶＸ活性を示す対象の臨床試験でモニターし得る。これに代えて、ＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベルを減少し、またはＮＯＶＸ活性を下方調節すると決定した薬剤の有効性を、増加したＮＯＶＸ遺伝子発現、タンパク質レベル、または上方制御したＮＯＶＸ活性を示す対象の臨床試験でモニターし得る。そのような臨床試験において、ＮＯＶＸ、および、好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関係する他の遺伝子の発現または活性を、特定の細胞の免疫応答性の「読み出し」またはマーカーとして使用し得る。
【０２４６】
限定しない例として、ＮＯＶＸ活性(例えば、本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定する)を調整する薬剤(例えば、化合物、薬または低分子)を用いた処置により細胞中で調整するＮＯＶＸを含む遺伝子を同定し得る。従って、細胞増殖障害に対する薬剤の効果を、例えば、臨床試験において検討するために、細胞を単離してＲＮＡを調製し、そして障害に関連すると思うＮＯＶＸおよび他の遺伝子の発現レベルを分析し得る。遺伝子発現レベル(即ち、遺伝子発現パターン)を、本明細書に説明するようにノーザンブロット分析またはＲＴ−ＰＣＲにより、またはこれに代えて本明細書で説明する方法の一つにより生産したタンパク質の量を測定することにより、またはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性レベルを測定することにより、定量することができる。この様式においては、遺伝子発現パターンは、薬剤に対する細胞の生理学的応答を示すマーカーとしての役割を果たす。したがって、薬剤による個人の処置の前および処置中の種々の時点で、この応答状態を測定し得る。
【０２４７】
一つの実施態様において、本発明は、薬剤(例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチドミメティック、核酸、低分子、または本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定した他の薬候補物)で対象を処置することの有効性をモニターする方法を提供し、その方法は、(i)薬剤投与前に対象から投与前試料を得て、(ii)投与前試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現レベルを検出し、(iii)対象から一つまたはそれ以上の投与後の試料を得て、(iv)投与後の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性レベルを検出し、(v)投与前の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性レベルを投与後のひとつまたは複数の試料中のＮＯＶＸタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡと比較し、そして(vi)それにしたがって対象への薬剤の投与を変更するステップを含む。例えば、ＮＯＶＸの発現または活性を検出したより高レベルに増加するためには、即ち、薬剤の有効性を増加するためには、薬剤の増加した投与が望ましい。これに代えて、ＮＯＶＸの発現または活性を検出したより低レベルに減少する、即ち、薬剤の有効性を減少するためには、薬剤の減少した投与が望ましい。
【０２４８】
処置方法
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患のリスクにある(罹りやすい)かまたは疾患を有する対象を処置する予防的方法および治療的方法の両方を提供する。疾患としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心疾患、大動脈弁狭窄、心房中隔欠損症(ＡＳＤ)、房室(Ａ−Ｖ)管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損症(ＶＳＤ)、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満、移植、副腎白質萎縮症、先天性副腎過形成、前立腺がん、新生物、腺がん、リンパ腫、子宮がん、受胎能、血友病、凝固性亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全症、移植片対宿主病、ＡＩＤＳ、気管支喘息、クローン病；多発性硬化症、アルブライト遺伝性骨ジストロフィーの処置ならびに類似の他の疾患、障害および異常を挙げ得る。
これらの処置法を以下にさらに詳細に考察する。
【０２４９】
疾患および障害
増加したレベル(疾患または障害に罹患していない対象と比べて)または生物学的活性を特徴とする疾患および障害を、活性に拮抗する(即ち、低下するかまたは阻害する)治療薬で処置し得る。活性に拮抗する治療薬を、治療的様式または予防的様式で投与し得る。利用し得る治療薬としては、(i)前述のペプチド、またはその類似体、誘導体、フラグメントまたは相同体；(ii)前述のペプチドに対する抗体；(iii)前述のペプチドをコードする核酸；(iv)アンチセンス核酸および前述のペプチドの内在的機能を相同組換えにより「ノックアウト」するのに使用する「機能障害性」である核酸(即ち、前述のペプチドに対するコード化配列のコード化配列内への非相同的挿入に因る)の投与(例えば、Capecchi, 1989. Science 244: 1288-1292を参照)；または(v)前述のペプチドおよびその結合相手との相互作用を変化するモジュレータ(即ち、本発明のさらに別なペプチドのミメティックまたは本発明のペプチドに特異的な抗体を含む阻害剤、アゴニスト、アンタゴニスト)を挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５０】
減少したレベル(疾患または障害に罹患していない対象と比べて)または生物学的活性を特徴とする疾患および障害を、活性を増加する(即ち、アゴニストである)治療薬で処置し得る。活性を上方制御する治療薬を、治療的様式または予防的様式で投与し得る。利用し得る治療薬としては、前述のペプチド、またはその類似体、誘導体、フラグメント、または相同体；またはバイオアベイラビリティーを増加するアゴニストを挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５１】
増加または減少したレベルを、患者の組織試料(例えば、生検組織から)を得て、インビトロでＲＮＡまたはペプチドのレベル、発現したペプチド(または前述のペプチドのｍＲＮＡ)の構造および／または活性をアッセイすることにより、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することにより容易に検出し得る。当分野内で周知の方法としては、イムノアッセイ(例えば、ウエスタンブロット分析、免疫沈降とそれに引き続くドデシル硫酸ナトリウム(ＳＤＳ)ポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫細胞化学、等)および／またはｍＲＮＡ発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インシツハイブリダイゼーション、等)を挙げ得るが、これらに限定しない。
【０２５２】
予防的方法
一つの態様では、異常なＮＯＶＸ発現または少なくとも一つのＮＯＶＸ活性を調整する薬剤を対象に投与することにより、本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連した疾患または異常を、対象において予防する方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性が原因または一因となって生じる疾患のリスクを有する対象を、例えば、本明細書で説明するように診断的アッセイまたは予後的アッセイのいずれかまたはそれらの組合せによって同定し得る。疾患または障害を予防し、または、これに代えて、その進行を遅らせるようにＮＯＶＸ異常に特徴的な症状の出現に先立って予防的薬剤の投与を行い得る。ＮＯＶＸ異常のタイプに依存して、例えば、一つのＮＯＶＸアゴニストまたはＮＯＶＸアンタゴニストである薬剤を対象の処置に使用し得る。適切な薬剤を、本明細書で説明するスクリーニング法に基づいて決定することができる。本発明の予防的方法をさらに以下のサブセクションで考察する。
【０２５３】
治療的方法
本発明のもう一つの態様は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調整する方法に関する。本発明の調整方法は、細胞を細胞に関連するＮＯＶＸタンパク質活性の一つまたはそれ以上の活性を調整する薬剤と接触することを含む。ＮＯＶＸタンパク質活性を調整する薬剤は、核酸またはタンパク質、一つのＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同属のリガンド、ペプチド、一つのＮＯＶＸペプチドミメティック、または低分子のような本明細書に説明する薬剤であり得る。一つの実施態様では、薬剤は一つまたはそれ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を促進する。そのような促進的薬剤の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質および細胞中に導入したＮＯＶＸをコードする核酸分子を挙げ得る。もう一つの実施態様では、薬剤は一つまたはそれ以上のＮＯＶＸタンパク質活性を阻害する。そのような阻害的薬剤の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子および抗−ＮＯＶＸ抗体を挙げ得る。これらの調整方法は、インビトロで(例えば、細胞を薬剤と共に培養することにより)または、これに代えて、インビボで(例えば、薬剤を対象に投与することにより)実施し得る。このように、本発明は一つのＮＯＶＸタンパク質または核酸分子の異常な発現または活性を特徴とする疾患または障害に罹患した個人を処置する方法を提供する。一つの実施態様では、その方法は、薬剤(例えば、本明細書で説明するスクリーニングアッセイで同定した薬剤)またはＮＯＶＸの発現または活性を調整する(例えば、上方制御または下方制御する)薬剤の組合せを投与することを伴う。もう一つの実施態様では、その方法は減少または異常なＮＯＶＸの発現または活性を補償するための治療として一つのＮＯＶＸタンパク質または核酸分子を投与することを伴う。
【０２５４】
ＮＯＶＸが異常に下方制御されているかおよび／または増加したＮＯＶＸ活性が有益な効果を有すると思われる状況では、ＮＯＶＸ活性を促進することが望ましい。そのような状況の一つの例は、対象が異常な細胞増殖および／または分化(例えば、がんまたは免疫関連疾患)を特徴とする障害を有する場合である。そのような状況のもう一つの例は、対象が妊娠性疾患(例えば、子癇前症)を有する場合である。
【０２５５】
治療薬の生物学的効果の測定
本発明の種々の実施態様において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを実施して、特定の治療薬の効果およびその投与を罹患している組織の処置に適応があるか否かを決定する。
【０２５６】
種々の特定の実施態様において、患者の障害に関与する代表的なタイプ(複数を含む)の細胞についてインビトロアッセイを実施して、投与した治療薬が細胞タイプに所望の効果を発揮するかどうかを測定し得る。治療に使用する化合物を、ヒト対象での試験に先立って、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギ等を限定することなく含む適切な動物モデルシステムで試験し得る。同様に、インビボ試験でも、ヒト対象への投与に先立って、当分野において公知の動物モデルシステムのいずれかを使用し得る。
【０２５７】
本発明の組成物の予防的使用および治療的使用
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は：代謝性障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に伴う代謝障害、代謝性シンドロームＸならびに慢性疾患および種々のがんに関連した消耗性疾患を限定することなく、含み、種々の障害に関連する潜在的で予防的応用および治療的応用に有用である。
【０２５８】
例として、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり得、そしてタンパク質は、それを必要とする対象に投与する際に有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、代謝性疾患、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、がん関連悪液質、がん、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症：に罹患した患者の処置に効果を有するであろう。
【０２５９】
ＮＯＶＸタンパク質をコードする新規核酸、および本発明のＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントはまた、核酸またはタンパク質の存在または量を評価する診断的応用にも有用であり得る。さらなる使用は、抗細菌分子(即ち、或るペプチドは抗細菌的性質を有することが見出されている)としてであるかもしれない。これらの物質は、治療的または診断的方法に使用するための本発明の新規物質に免疫特異的に結合する抗体の作成にさらに有用である。
【０２６０】
実施例
実施例Ａ： ポリペプチドおよびポリペプチド配列、並びに相同性データ
実施例１
ＮＯＶ１クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１Ａに示す。
【表２】
Figure 2005507236
【０２６１】
表１Ａの続き
【表３】
Figure 2005507236
【０２６２】
ｓ表１Ａの続き
【表４】
Figure 2005507236
【０２６３】
表１Ａの続き
【表５】
Figure 2005507236
【０２６４】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表６】
Figure 2005507236
【０２６５】
ＮＯＶ１ａタンパク質のさらなる解析により、表１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表７】
Figure 2005507236
【０２６６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１ａタンパク質の検索により、表１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表８】
Figure 2005507236
【０２６７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１ａタンパク質は、表１ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表９】
Figure 2005507236
【０２６８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１ａタンパク質は表１Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表１０】
Figure 2005507236
【０２６９】
実施例２
ＮＯＶ２クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２Ａに示す。
【表１１】
Figure 2005507236
【０２７０】
ＮＯＶ２ａタンパク質のさらなる解析により、表２Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１２】
Figure 2005507236
【０２７１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２ａタンパク質の検索により、表２Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１３】
Figure 2005507236
【０２７２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２ａタンパク質は、表２ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１４】
Figure 2005507236
【０２７３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２ａタンパク質は表２Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１５】
Figure 2005507236
【０２７４】
実施例３
ＮＯＶ３クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表３Ａに示す。
【表１６】
Figure 2005507236
【０２７５】
ＮＯＶ３ａタンパク質のさらなる解析により、表３Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１７】
Figure 2005507236
【０２７６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ３ａタンパク質の検索により、表３Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１８】
Figure 2005507236
【０２７７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ３ａタンパク質は、表３ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１９】
Figure 2005507236
【０２７８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ３ａタンパク質は表３Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表２０】
Figure 2005507236
【０２７９】
実施例４
ＮＯＶ４クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表４Ａに示す。
【表２１】
Figure 2005507236
【０２８０】
ＮＯＶ４ａタンパク質のさらなる解析により、表４Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２２】
Figure 2005507236
【０２８１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ４ａタンパク質の検索により、表４Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２３】
Figure 2005507236
【０２８２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ４ａタンパク質は、表４ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２４】
Figure 2005507236
【０２８３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ４ａタンパク質は表４Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表２５】
Figure 2005507236
【０２８４】
実施例５
ＮＯＶ５クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表５Ａに示す。
【表２６】
Figure 2005507236
【０２８５】
ＮＯＶ５ａタンパク質のさらなる解析により、表５Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表２７】
Figure 2005507236
【０２８６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ５ａタンパク質の検索により、表５Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表２８】
Figure 2005507236
【０２８７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ５ａタンパク質は、表５ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表２９】
Figure 2005507236
【０２８８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ５ａタンパク質は表５Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表３０】
Figure 2005507236
【０２８９】
実施例６
ＮＯＶ６クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表６Ａに示す。
【表３１】
Figure 2005507236
【０２９０】
ＮＯＶ６ａタンパク質のさらなる解析により、表６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表３２】
Figure 2005507236
【０２９１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ６ａタンパク質の検索により、表６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３３】
Figure 2005507236
【０２９２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ６ａタンパク質は、表６ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３４】
Figure 2005507236
【０２９３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ６ａタンパク質は表６Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表３５】
Figure 2005507236
【０２９４】
実施例７
ＮＯＶ７クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表７Ａに示す。
【表３６】
Figure 2005507236
【０２９５】
ＮＯＶ７ａタンパク質のさらなる解析により、表７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表３７】
Figure 2005507236
【０２９６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ７ａタンパク質の検索により、表７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表３８】
Figure 2005507236
【０２９７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ７ａタンパク質は、表７ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表３９】
Figure 2005507236
【０２９８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ７ａタンパク質は表７Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表４０】
Figure 2005507236
【０２９９】
実施例８
ＮＯＶ８クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表８Ａに示す。
【表４１】
Figure 2005507236
【０３００】
ＮＯＶ８ａタンパク質のさらなる解析により、表８Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表４２】
Figure 2005507236
【０３０１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ８ａタンパク質の検索により、表８Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表４３】
Figure 2005507236
【０３０２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ８ａタンパク質は、表８ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表４４】
Figure 2005507236
【０３０３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ８ａタンパク質は表８Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表４５】
Figure 2005507236
【０３０４】
実施例９
ＮＯＶ９クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表９Ａに示す。
【表４６】
Figure 2005507236
【０３０５】
表９Ａの続き
【表４７】
Figure 2005507236
【０３０６】
表９Ａの続き
【表４８】
Figure 2005507236
【０３０７】
上記タンパク質配列の配列比較により、表９Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表４９】
Figure 2005507236
【０３０８】
ＮＯＶ９ａタンパク質のさらなる解析により、表９Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表５０】
Figure 2005507236
【０３０９】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ９ａタンパク質の検索により、表９Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表５１】
Figure 2005507236
【０３１０】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ９ａタンパク質は、表９ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表５２】
Figure 2005507236
【０３１１】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ９ａタンパク質は表９Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表５３】
Figure 2005507236
【０３１２】
実施例１０
ＮＯＶ１０クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１０Ａに示す。
【表５４】
Figure 2005507236
【０３１３】
表１０Ａの続き
【表５５】
Figure 2005507236
【０３１４】
表１０Ａの続き
【表５６】
Figure 2005507236
【０３１５】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１０Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表５７】
Figure 2005507236
【０３１６】
ＮＯＶ１０ａタンパク質のさらなる解析により、表１０Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表５８】
Figure 2005507236
【０３１７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１０ａタンパク質の検索により、表１０Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表５９】
Figure 2005507236
【０３１８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１０ａタンパク質は、表１０ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表６０】
Figure 2005507236
ＮＯＶ１０ａタンパク質のＰＦａｍ解析では、有意な一致は見出されなかった。
【０３１９】
実施例１１
ＮＯＶ１１クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１１Ａに示す。
【表６１】
Figure 2005507236
【０３２０】
表１１Ａの続き
【表６２】
Figure 2005507236
【０３２１】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１１Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表６３】
Figure 2005507236
【０３２２】
ＮＯＶ１１ａタンパク質のさらなる解析により、表１１Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表６４】
Figure 2005507236
【０３２３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１１ａタンパク質の検索により、表１１Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表６５】
Figure 2005507236
【０３２４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１１ａタンパク質は、表１１ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表６６】
Figure 2005507236
【０３２５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１１ａタンパク質は表１１Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表６７】
Figure 2005507236
【０３２６】
実施例１２
ＮＯＶ１２クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１２Ａに示す。
【表６８】
Figure 2005507236
【０３２７】
表１２Ａの続き
【表６９】
Figure 2005507236
【０３２８】
表１２Ａの続き
【表７０】
Figure 2005507236
【０３２９】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１２Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表７１】
Figure 2005507236
【０３３０】
ＮＯＶ１２ａタンパク質のさらなる解析により、表１２Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表７２】
Figure 2005507236
【０３３１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１２ａタンパク質の検索により、表１２Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表７３】
Figure 2005507236
【０３３２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１２ａタンパク質は、表１２ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表７４】
Figure 2005507236
【０３３３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１２ａタンパク質は表２Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表７５】
Figure 2005507236
【０３３４】
実施例１３
ＮＯＶ１３クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１３Ａに示す。
【表７６】
Figure 2005507236
【０３３５】
表１３Ａの続き
【表７７】
Figure 2005507236
【０３３６】
ＮＯＶ１３ａタンパク質のさらなる解析により、表１３Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表７８】
Figure 2005507236
【０３３７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１３ａタンパク質の検索により、表１３Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表７９】
Figure 2005507236
【０３３８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１３ａタンパク質は、表１３ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表８０】
Figure 2005507236
【０３３９】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１３ａタンパク質は表１３Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表８１】
Figure 2005507236
【０３４０】
実施例１４
ＮＯＶ１４クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１４Ａに示す。
【表８２】
Figure 2005507236
【０３４１】
ＮＯＶ１４ａタンパク質のさらなる解析により、表１４Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表８３】
Figure 2005507236
【０３４２】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１４ａタンパク質の検索により、表１４Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表８４】
Figure 2005507236
【０３４３】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１４ａタンパク質は、表１４ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表８５】
Figure 2005507236
【０３４４】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１４ａタンパク質は表１４Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表８６】
Figure 2005507236
【０３４５】
実施例１５
ＮＯＶ１５クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１５Ａに示す。
【表８７】
Figure 2005507236
【０３４６】
ＮＯＶ１５ａタンパク質のさらなる解析により、表１５Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表８８】
Figure 2005507236
【０３４７】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１５ａタンパク質の検索により、表１５Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表８９】
Figure 2005507236
【０３４８】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１５ａタンパク質は、表１５ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表９０】
Figure 2005507236
【０３４９】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１５ａタンパク質は表１５Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表９１】
Figure 2005507236
【０３５０】
表１５Ｅの続き
【表９２】
Figure 2005507236
【０３５１】
実施例１６
ＮＯＶ１６クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１６Ａに示す。
【表９３】
Figure 2005507236
【０３５２】
表１６Ａの続き
【表９４】
Figure 2005507236
【０３５３】
表１６Ａの続き
【表９５】
Figure 2005507236
【０３５４】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１６Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表９６】
Figure 2005507236
【０３５５】
ＮＯＶ１６ａタンパク質のさらなる解析により、表１６Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表９７】
Figure 2005507236
【０３５６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１６ａタンパク質の検索により、表１６Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表９８】
Figure 2005507236
【０３５７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１６ａタンパク質は、表１６ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表９９】
Figure 2005507236
【０３５８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１６ａタンパク質は表１６Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表１００】
Figure 2005507236
【０３５９】
実施例１７
ＮＯＶ１７クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１７Ａに示す。
【表１０１】
Figure 2005507236
【０３６０】
表１７Ａの続き
【表１０２】
Figure 2005507236
【０３６１】
表１７Ａの続き
【表１０３】
Figure 2005507236
【０３６２】
表１７Ａの続き
【表１０４】
Figure 2005507236
【０３６３】
表１７Ａの続き
【表１０５】
Figure 2005507236
【０３６４】
表１７Ａの続き
【表１０６】
Figure 2005507236
【０３６５】
ＮＯＶ１７ａタンパク質のさらなる解析により、表１７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１０７】
Figure 2005507236
【０３６６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１７ａタンパク質の検索により、表１７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１０８】
Figure 2005507236
【０３６７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１７ａタンパク質は、表１７ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１０９】
Figure 2005507236
【０３６８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１７ａタンパク質は表１７Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１１０】
Figure 2005507236
【０３６９】
表１７Ｅの続き
【表１１１】
Figure 2005507236
【０３７０】
表１７Ｅの続き
【表１１２】
Figure 2005507236
【０３７１】
実施例１８
ＮＯＶ１８クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１８Ａに示す。
【表１１３】
Figure 2005507236
【０３７２】
表１８Ａの続き
【表１１４】
Figure 2005507236
【０３７３】
上記タンパク質配列の配列比較により、表１８Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１１５】
Figure 2005507236
【０３７４】
ＮＯＶ１８ａタンパク質のさらなる解析により、表１８Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１１６】
Figure 2005507236
【０３７５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１８ａタンパク質の検索により、表１８Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１１７】
Figure 2005507236
【０３７６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１８ａタンパク質は、表１８ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１１８】
Figure 2005507236
【０３７７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１８ａタンパク質は表１８Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表１１９】
Figure 2005507236
【０３７８】
実施例１９
ＮＯＶ１９クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表１９Ａに示す。
【表１２０】
Figure 2005507236
【０３７９】
ＮＯＶ１９ａタンパク質のさらなる解析により、表１９Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１２１】
Figure 2005507236
【０３８０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ１９ａタンパク質の検索により、表１９Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１２２】
Figure 2005507236
【０３８１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ１９ａタンパク質は、表１９ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１２３】
Figure 2005507236
【０３８２】
表１９Ａの続き
【表１２４】
Figure 2005507236
【０３８３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ１９ａタンパク質は表１９Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１２５】
Figure 2005507236
【０３８４】
実施例２０
ＮＯＶ２０クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２０Ａに示す。
【表１２６】
Figure 2005507236
【０３８５】
ＮＯＶ２０ａタンパク質のさらなる解析により、表２０Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１２７】
Figure 2005507236
【０３８６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２０ａタンパク質の検索により、表２０Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１２８】
Figure 2005507236
【０３８７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２０ａタンパク質は、表２０ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１２９】
Figure 2005507236
【０３８８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２０ａタンパク質は表２０Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１３０】
Figure 2005507236
【０３８９】
実施例２１
ＮＯＶ２１クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２１Ａに示す。
【表１３１】
Figure 2005507236
【０３９０】
ＮＯＶ２１ａタンパク質のさらなる解析により、表２１Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１３２】
Figure 2005507236
【０３９１】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２１ａタンパク質の検索により、表２１Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１３３】
Figure 2005507236
【０３９２】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２１ａタンパク質は、表２１ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１３４】
Figure 2005507236
【０３９３】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２１ａタンパク質は表２１Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１３５】
Figure 2005507236
【０３９４】
実施例２２
ＮＯＶ２２クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２２Ａに示す。
【表１３６】
Figure 2005507236
【０３９５】
ＮＯＶ２２ａタンパク質のさらなる解析により、表２２Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１３７】
Figure 2005507236
【０３９６】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２２ａタンパク質の検索により、表２２Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１３８】
Figure 2005507236
【０３９７】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２２ａタンパク質は、表２２ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１３９】
Figure 2005507236
【０３９８】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２２ａタンパク質は表２２Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１４０】
Figure 2005507236
【０３９９】
実施例２３
ＮＯＶ２３クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２３Ａに示す。
【表１４１】
Figure 2005507236
【０４００】
表２３Ａの続き
【表１４２】
Figure 2005507236
【０４０１】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２３Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１４３】
Figure 2005507236
【０４０２】
ＮＯＶ２３ａタンパク質のさらなる解析により、表２３Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１４４】
Figure 2005507236
【０４０３】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２３ａタンパク質の検索により、表２３Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１４５】
Figure 2005507236
【０４０４】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２３ａタンパク質は、表２３ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１４６】
Figure 2005507236
【０４０５】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２３ａタンパク質は表２３Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表１４７】
Figure 2005507236
【０４０６】
実施例２４
ＮＯＶ２４クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２４Ａに示す。
【表１４８】
Figure 2005507236
【０４０７】
ＮＯＶ２４ａタンパク質のさらなる解析により、表２４Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１４９】
Figure 2005507236
【０４０８】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２４ａタンパク質の検索により、表２４Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１５０】
Figure 2005507236
【０４０９】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２４ａタンパク質は、表２４ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１５１】
Figure 2005507236
【０４１０】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２４ａタンパク質は表２４Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１５２】
Figure 2005507236
【０４１１】
実施例２５
ＮＯＶ２５クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２５Ａに示す。
【表１５３】
Figure 2005507236
【０４１２】
表２５Ａの続き
【表１５４】
Figure 2005507236
【０４１３】
表２５Ａの続き
【表１５５】
Figure 2005507236
【０４１４】
表２５Ａの続き
【表１５６】
Figure 2005507236
【０４１５】
表２５Ａの続き
【表１５７】
Figure 2005507236
【０４１６】
表２５Ａの続き
【表１５８】
Figure 2005507236
【０４１７】
表２５Ａの続き
【表１５９】
Figure 2005507236
【０４１８】
上記タンパク質配列の配列比較により、表２５Ｂに示す以下の配列の関係が得られた。
【表１６０】
Figure 2005507236
【０４１９】
ＮＯＶ２５ａタンパク質のさらなる解析により、表２５Ｃに示す以下の特性が得られた。
【表１６１】
Figure 2005507236
【０４２０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２５ａタンパク質の検索により、表２５Ｄに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１６２】
Figure 2005507236
【０４２１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２５ａタンパク質は、表２５ＥのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１６３】
Figure 2005507236
【０４２２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２５ａタンパク質は表２５Ｆに示すドメインを含有すると示された。
【表１６４】
Figure 2005507236
【０４２３】
実施例２６
ＮＯＶ２６クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２６Ａに示す。
【表１６５】
Figure 2005507236
【０４２４】
ＮＯＶ２６ａタンパク質のさらなる解析により、表２６Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１６６】
Figure 2005507236
【０４２５】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２６ａタンパク質の検索により、表２６Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１６７】
Figure 2005507236
【０４２６】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２６ａタンパク質は、表２６ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１６８】
Figure 2005507236
【０４２７】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２６ａタンパク質は表２６Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１６９】
Figure 2005507236
【０４２８】
実施例２７
ＮＯＶ２７クローンを解析した。ヌクレオチドとコード化されるポリペプチド配列を表２７Ａに示す。
【表１７０】
Figure 2005507236
【０４２９】
ＮＯＶ２７ａタンパク質のさらなる解析により、表２７Ｂに示す以下の特性が得られた。
【表１７１】
Figure 2005507236
【０４３０】
特許および特許公報で刊行された配列を含む所有権データベースであるＧｅｎｅｓｅｑデータベースにおけるＮＯＶ２７ａタンパク質の検索により、表２７Ｃに示すいくつかの相同タンパク質が得られた。
【表１７２】
Figure 2005507236
【０４３１】
公開配列データベースのＢＬＡＳＴ検索において、ＮＯＶ２７ａタンパク質は、表２７ＤのＢＬＡＳＴＰデータに示すタンパク質と相同性を有すると判明した。
【表１７３】
Figure 2005507236
【０４３２】
ＰＦａｍ解析により、ＮＯＶ２７ａタンパク質は表２７Ｅに示すドメインを含有すると示された。
【表１７４】
Figure 2005507236
【０４３３】
実施例Ｂ：ＮＯＶＸクローンの同定
本発明で同定したＮＯＶＸ標的配列をエクソン結合方法に供し、配列を確認した。ＰＣＲプライマーは、順方向プライマーについては利用可能な最上流の配列から、そして逆方向プライマーについては利用可能な最下流の配列から出発することでデザインした。それぞれの場合において、特有なまたは高選択的などちらかである適当な配列に出会うまで、または逆方向プライマーの場合には停止コドンに到達するまで、それぞれの末端からコーディング配列に向かって内側に踏み込んで配列を検討した。そのようなプライマーを、全長ｃＤＮＡ、標的配列のＤＮＡまたはタンパク質配列の部分(一つまたはそれ以上のエクソン)に対するインシリコの予測に基づいて、または他の種からの緊密に類似したヒト配列に対する予測エクソンの翻訳した相同性によりデザインした。次いで、これらのプライマーを以下のヒトｃＤＮＡプールに基づいたＰＣＲ増幅において使用した：副腎、骨髄、脳−扁桃、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全縁、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺臓、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ、乳腺、膵臓、脳下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。
【０４３４】
通常は、得られた単位複製配列をゲル精製し、クローン化し、そして高度重複性に至るまでシークエンスした。エクソン結合から誘導したＰＣＲ産物を、InvitrogenのｐＣＲ２.１ベクターの中にクローン化した。得た細菌性クローンは、ｐＣＲ２.１ベクター中へクローン化した全オープンリーディングフレームをカバーする挿入断片を有する。すべてのクローンから得た配列を、それ自体と、CuraGen Corporationデータベース中の他のフラグメントと、および公的ＥＳＴと共に集合した。フラグメントおよびＥＳＴを、集合体の他の成分とのそれらの同一性の程度が少なくとも９５％で５０ｂｐ以上であったとき、集合体の成分として含んだ。加えて、配列トレースを手動で評価し、妥当であれば訂正のため編集した。これらの手順が本明細書において報告する配列を提供する。
【０４３５】
実施例Ｃ：種々の細胞および組織におけるクローンの定量的発現分析
種々の正常および病変由来の細胞、細胞株、および組織からのＲＮＡ試料を含むマイクロタイタープレートを用い、リアルタイム定量的ＰＣＲ(ＲＴＱ ＰＣＲ)を用いて、種々のクローンの定量的な発現を評価した。ＲＴＱ ＰＣＲは、Applied Biosystems ABI PRISM [登録商標] 7700 またはABI PRISM [登録商標] 7900 HT Sequence Detection System上で実施された。種々の収集試料をプレート上で集め、パネル１(正常組織およびがん細胞株を含有する)、パネル２(正常およびがん起源の組織由来の試料を含有する)、パネル３(がん細胞株を含有する)、パネル４(正常組織からの細胞および細胞株ならびに炎症異常に関連する細胞を含有する)、パネル５Ｄ／５Ｉ(代謝性疾患を強調するヒト組織および細胞株を含有する)、ＡＩ_包括的_パネル(正常組織および自己免疫疾患からの試料を含有する)、パネルＣＮＳＤ.０１(正常および疾患脳からの中枢神経系試料を含有する)、ならびにＣＮＳ_神経変性_パネル(正常およびアルツハイマー病の脳からの試料を含有する)と示す。
【０４３６】
２８Ｓおよび１８ＳリボソームＲＮＡ染色強度比を指針(２：１〜２.５：１ ２８ｓ：１８ｓ)として用いるアガロースゲル電気泳動図および分解生成物を示唆するであろう低分子量ＲＮＡの不在の目視査定によって、すべての試料からのＲＮＡの完全性を品質制御する。単一エクソンの区間に渡って増幅するようにデザインされたプローブおよびプライマーのセットを用い、逆転写酵素の不在下で行われるＲＴＱ ＰＣＲ反応によりゲノムＤＮＡ汚染に対して、試料を制御する。
【０４３７】
最初に、ＲＮＡ試料を、構成的に発現される遺伝子(例えば、β−アクチンおよびＧＡＰＤＨ)のような参照核酸へ規格化した。規格化されたＲＮＡ(５μｌ)をｃＤＮＡに変換して、製造元の指示にしたがって、One Step RT-PCR Master Mix Reagents (Applied Biosystems; Catalog No. 4309169)および遺伝子−特異的プライマーを用いるＲＴＱ ＰＣＲにより分析した。
【０４３８】
他の場合では、規格化されていないＲＮＡ試料を、製造元の指示にしたがって、Superscript II (Invitrogen Corporation; Catalog No. 18064-147)および無秩序な６量体を用いて、単鎖ｃＤＮＡ(ｓｓｃＤＮＡ)に変換した。１０μｇまでの全ＲＮＡを含む反応を２０μｌの容積で実施し、４２℃で６０分間インキュベートした。この反応は、１００μｌの最終容積で５０μｇの全ＲＮＡにまでスケールを拡大し得る。次いで、ｓｓｃＤＮＡ試料を、製造元の指示にしたがって、1X TaqMan [登録商標] Universal Master mix (Applied Biosystems; catalog No. 4324020)を用いて、先に記載したように参照核酸へ規格化する。
【０４３９】
プローブおよびプライマーを、Applied Biosystems Primer Express Software package (Apple Computer's Macintosh Power PC用１版)または標的配列を入力として用いる類似のアルゴリズムにしたがって、それぞれのアッセイに対してデザインした。反応条件に対してデフォルト設定を使用し、以下のパラメーターを設定し、プライマーを選択した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ、プライマー融解温度(Ｔｍ)範囲＝５８°〜６０℃、プライマー最適Ｔｍ＝５９℃、最大プライマー差＝２℃、プローブは５´Ｇを持たない、プローブＴｍはプライマーＴｍよりも１０℃大きくなければならない、アンプリコン(増幅産物)のサイズは７５ｂｐ〜１００ｂｐ。選択されたプローブおよびプライマー(下を参照)は、Synthegen (Houston, TX, USA)により合成された。プローブをＨＰＬＣで二回精製して未カップリングの染料を除去し、質量分析法により評価して、レポーターおよび消光剤の染料がプローブのそれぞれ５'および３'末端にカップリングしていることを立証した。それらの最終濃度は、順方向および逆方向プライマーでそれぞれ９００ｎＭ、ならびにプローブで２００ｎＭであった。
【０４４０】
ＰＣＲ条件：ＲＮＡ試料で作業するとき、それぞれの組織およびそれぞれの細胞株からの規格化されたＲＮＡを、９６穴または３８４穴のＰＣＲプレート(Applied Biosystems)のいずれか一方のそれぞれの穴の中にスポットした。ＰＣＲカクテルには、単一の遺伝子特異的プローブとプライマーのセットまたは二つの多重プローブとプライマーのセット(標的クローンに特異的なセットおよび標的プローブによって多重化されているもう一つの遺伝子特異的なセット)のどちらかが含まれる。製造元の指示にしたがい、TaqMan [登録商標] One-Step RT-PCR Master Mix (Applied Biosystems; Catalog No. 4313803)を用いて、ＰＣＲ反応をセットアップした。逆転写を、４８℃で３０分間実施し、引き続いて以下のように増幅／ＰＣＲサイクルを実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間の４０サイクル。結果をｌｏｇ尺度を用いてＣＴ値(与えられた試料が蛍光の閾値をクロスするサイクル)として記録し、与えられた試料と２のデルタＣＴ乗として表わされる最低ＣＴ値を有する試料との間のＲＮＡ濃度の差とした。次いで、百分率相対発現は、このＲＮＡ差の逆数を取り１００倍することによって得られる。
【０４４１】
ｓｓｃＤＮＡ試料で作業するときは、先にＲＮＡ試料について記載したように、規格化したｓｓｃＤＮＡを用いた。製造元の指示にしたがって、1X TaqMan [登録商標] Universal Master mix (Applied Biosystems; catalog No. 4324020)を用いて、一つまたは二つのセットのプローブとプライマーを含むＰＣＲ反応をセットアップした。ＰＣＲ増幅を以下のように実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間の４０サイクル。結果を分析し、先に説明したように処理した。
【０４４２】
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄ
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄのためのプレートは、２個の対照穴(ゲノムＤＮＡ対照および化学対照)ならびに種々の試料からのｃＤＮＡを含有する９４穴を含む。これらのパネルにおける試料は、二つのクラス：培養細胞株由来の試料および一次正常組織由来の試料、に区分される。細胞株は、以下のタイプのがんに由来する：肺がん、乳がん、黒色腫、結腸がん、前立腺がん、ＣＮＳがん、扁平上皮細胞がん腫、卵巣がん、肝臓がん、腎臓がん、胃がんおよび膵臓がん。これらのパネルで用いられる細胞株は、培養細胞株のための保管所の、the American Type Culture Collection (ＡＴＣＣ)を通じて広く入手でき、そしてＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養された。これらのパネルで見られる正常組織は、単一の成人個体または胎児のすべての主要器官系に由来する試料から成っている。これらの試料は以下の器官に由来する：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺臓、胎児肺臓、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、脳下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。
【０４４３】
パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄについての結果では、以下の略語を用いる。
ｃａ．：がん腫
＊：転移から確立される
ｍｅｔ：転移
ｓ ｃｅｌｌ ｖａｒ：小細胞変異体
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ：小さくない
ｓｑｕａｍ：扁平
pl.eff＝pl effusion：胸膜浸出液
ｇｌｉｏ：神経膠腫
ａｓｔｒｏ：星状神経膠腫
ｎｅｕｒｏ：神経芽細胞腫
【０４４４】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１.４
パネル１.４のためのプレートは、２個の対照穴(ゲノムＤＮＡ対照および化学対照)ならびに種々の試料からのｃＤＮＡを含有する９４穴を含む。パネル１.４における試料は、二つのクラス：培養細胞株由来の試料および一次正常組織由来の試料、に分けられる。細胞株は、以下の型のがんに由来する：肺がん、乳がん、黒色腫、結腸がん、前立腺がん、ＣＮＳがん、扁平上皮細胞がん腫、卵巣がん、肝臓がん、腎臓がん、胃がんおよび膵臓がん。パネル１.４で用いられる細胞株は、培養細胞株のための保管所の、the American Type Culture Collection (ＡＴＣＣ)を通じて広く入手でき、ＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養した。パネル１.４で見られる正常組織は、２〜５人の種々の成人個体または胎児のすべての主要器官系に由来する試料プールから成っている。これらの試料は以下の器官に由来する：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺臓、胎児肺臓、脳の種々の領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、脳下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣および脂肪。略語は、パネル１、１.１、１.２、および１.３Ｄについて記載された通りである。
【０４４５】
パネル２Ｄおよび２.２
パネル２Ｄおよび２.２のためのプレートは、一般的に２個の対照穴およびthe National Cancer Institute's Cooperative Human Tissue Network (ＣＨＴＮ)またはthe National Disease Research Initiative (ＮＤＲＩ)と密接に協力して働く外科医によって調達されたヒト組織から単離されたＲＮＡまたはｃＤＮＡから成る９４個の試験試料を含む。組織はヒト悪性腫瘍に由来し、指示された場合には、多くの悪性腫瘍組織は、腫瘍の直ぐ横に隣接した非がん性組織から得られる「対応辺縁」を有する。これらを正常隣接組織と呼称し、以下の結果では「ＮＡＴ」と表す。腫瘍組織および「対応辺縁」は、二人の独立した病理学者(外科病理学者さらにＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者)により評価される。この分析は、腫瘍分化のグレードの組織病理学的評価を提供する。さらに、大部分の試料は、患者の臨床段階に関する情報を提供するところの外科病理学的報告原本を含む。これらのマッチド周縁は、手術領域を取り囲む組織(即ち、直接隣接部)から取られる(表ＲＲでは、正常隣接組織の場合「ＮＡＴ」と表記される)。加えて、ＲＮＡおよびｃＤＮＡ試料は、高齢者または突然死犠牲者(事故、など)で実施された剖検由来の種々のヒト組織から得られた。これらの組織は無疾患であることが確認されており、Clontech (Palo Alto, CA)、Research GeneticsおよびInvitrogenのような種々の商業的供給者から購入された。
【０４４６】
パネル３Ｄ
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡ試料および２個の対照試料から成る。特に、これらの試料のうち９２個は培養ヒトがん細胞株由来であり、２個のヒト一次小脳組織の試料、および２個の対照である。ヒト細胞株は、一般的にＡＴＣＣ(American Type Culture Collection)、ＮＣＩまたはドイツがん細胞バンクから得られ、以下の組織群に入る：舌の扁平上皮細胞がん腫、乳がん、前立腺がん、黒色腫、類表皮がん腫、肉腫、膀胱がん腫、膵臓がん、腎臓がん、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚部、胃、結腸、肺およびＣＮＳがん細胞株。加えて、２個の独立した小脳の試料がある。これらの細胞をすべて標準的な推奨された条件下で培養し、ＲＮＡを標準的な手法を用いて抽出する。パネル３Ｄおよび１.３Ｄにおける細胞株は、科学的な文献で用いられる最も普通の細胞株である。
【０４４７】
パネル４Ｄ、４Ｒ、および４.１Ｄ
パネル４は、炎症疾患に関連する種々のヒト細胞株または組織から単離されたＲＮＡ(パネル４Ｒ)またはｃＤＮＡ(パネル４Ｄ／４.１Ｄ)から成る、９６穴プレート(２個の対照穴、９４個の試験試料)上の試料を含む。結腸および肺(Stratagene, La Jolla, CA)ならびに胸腺および腎臓(Clonetech)のような対照正常組織からの全体のＲＮＡを使用した。肝硬変患者の肝臓組織およびエリトマトーデス患者の腎臓からの全体のＲＮＡは、BioChain (Biochain Institute, Inc., Hayward, CA)から入手された。クローン病および潰瘍性大腸炎を持つと診断された患者からのＲＮＡ標本用の腸組織は、the National Disease Research Interchange (ＮＤＲＩ) (Philadelphia, PA)から入手された。
【０４４８】
星状膠細胞、肺線維芽細胞、皮膚線維芽細胞、冠動脈平滑筋細胞、小気道上皮、気管支上皮、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒト肺動脈内皮細胞、ヒト臍帯静脈内皮細胞は、すべてClonetics (Walkersville, MD)から購入され、これらの細胞タイプのためにCloneticsから供給された培地中で発育させた。これらの一次細胞タイプを、指示されたとおり、６時間および／または１２〜１４時間、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せで活性化した。以下のサイトカインが用いられた：凡そ１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１ベータ、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦアルファ、凡そ２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮガンマ、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、凡そ５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。時には内皮細胞を、０.１％血清を有するCloneticsからの基本培地中での培養により種々の時間飢餓状態においた。
【０４４９】
単核細胞を、CuraGen Corporationの従業員の血液からFicollを用いて調製した。これらの細胞から、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco/Life Technologies, Rockville, MD)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびインターロイキン２中で４〜６日間での培養によってＬＡＫ細胞を調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮガンマならびに５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで６時間活性化した。或る場合には、単核細胞を４〜５日間、凡そ５μｇ／ｍｌのＰＨＡ(フィトヘマグルチニン)またはＰＷＭ(アメリカヤマゴボウマイトジェン)と共に、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で培養した。試料をＲＮＡ調製のために２４、４８および７２時間で採取した。ＭＬＲ(混合リンパ球反応)試料は、二人のドナーから血液を採取し、Ficollを用いて単核細胞を単離し、そして単離された単核細胞を１：１で、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール(５.５×１０−５Ｍ)(Gibco)、および１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で凡そ２×１０６細胞／ｍｌの最終濃度で混合することによって、得られた。ＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡ調製のために試料を１〜７日の範囲にわたる種々の時点で採取した。
【０４５０】
単核細胞から、製造元の指示にしたがってＣＤ１４Miltenyi Beads、正ｖｅＶＳ選択カラムおよびVario Magnetを用いて、単球を単離した。単球を、ＤＭＥＭ５％ウシ胎仔血清(ＦＣＳ)(Hyclone, Logen, UT)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)、５０ｎｇ／ｍｌ ＧＭＣＳＦおよび５ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−４中で５〜７日間での培養によって樹状細胞に分化させた。単球をＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)および１０％ＡＢヒト血清または凡そ５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間での培養によって、マクロファージを調製した。単球、マクロファージおよび樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポ多糖(ＬＰＳ)で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗−ＣＤ４０モノクローナル抗体で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０４５１】
単核細胞から、製造元の指示にしたがってＣＤ４、ＣＤ８およびＣＤ５６ Miltenyi Beads、正ＶＳ選択カラムならびにVario Magnetを用いて、ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球およびＮＫ細胞をまた単離した。ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４およびＣＤ１９Miltenyi Beadsならびに正の選択を用いて、単核細胞からＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４およびＣＤ１９細胞を除去することによって、ＣＤ４５ＲＡおよびＣＤ４５ＲＯ ＣＤ４リンパ球を単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを用いてＣＤ４５ＲＯ ＣＤ４リンパ球を単離すると、残存する細胞はＣＤ４５ＲＡ ＣＤ４リンパ球であった。ＣＤ４５ＲＡ ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ ＣＤ４およびＣＤ８リンパ球を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)の中に入れて、１０６細胞／ｍｌで、ＰＢＳ中の０.５μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ２８ (Pharmingen)および３μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ３(ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ)で終夜コーティングされたFalcon ６穴組織培養プレート上へ平板培養した。６および２４時間後に、ＲＮＡ調製のため細胞を集めた。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、我々は単離されたＣＤ８リンパ球を抗−ＣＤ２８および抗−ＣＤ３でコーティングされたプレート上で４日間活性化し、次いで細胞を集め、それらをＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２中で増殖させた。次いで、増殖したＣＤ８細胞を、プレートに結合された抗−ＣＤ３および抗−ＣＤ２８で４日間再び活性化し、前記のように増殖した。第二の活性化後６および２４時間ならびに第二の拡大培養４日後にＲＮＡを単離した。単離されたＮＫ細胞を、ＲＮＡの調製前の４〜６日間に、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、ならびに１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２中で培養した。
【０４５２】
Ｂ細胞を得るために、扁桃腺をＮＤＲＩから取得した。扁桃腺を無菌解剖ハサミで切り裂き、次いで篩いに通過させた。次いで、扁桃腺細胞を遠心沈殿し、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)および１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中に、１０６細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化させるために、我々は５μｇ／ｍｌのＰＷＭまたは凡そ１０μｇ／ｍｌの抗−ＣＤ４０(Pharmingen)および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４を用いた。ＲＮＡ調製のために、細胞を２４、４８および７２時間にて収穫した。
【０４５３】
一次および二次のＴｈ１／Ｔｈ２およびＴｒ１細胞を調製するために、６−穴Falconプレートを１０μｇ／ｍｌ抗−ＣＤ２８(Pharmingen)および２μｇ／ｍｌ ＯＫＴ３(ＡＴＣＣ)で終夜コーティングして、次いでＰＢＳで二回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球(Poietic Systems, German Town, MD)を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２(４ｎｇ／ｍｌ)中に、１０５〜１０６細胞／ｍｌで培養した。Ｔｈ１に対してはＩＬ−１２(５ｎｇ／ｍｌ)および抗−ＩＬ４(１μｇ／ｍｌ)を用いた一方で、Ｔｈ２に対してはＩＬ−４(５ｎｇ／ｍｌ)および抗−ＩＦＮガンマ(１μｇ／ｍｌ)を用い、そしてＴｒ１に対しては５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０を用いた。４〜５日後、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球をＤＭＥＭ中で一回洗浄し、そしてＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)およびＩＬ−２(１ｎｇ／ｍｌ)中で４〜７日間培養した。これに続いて、活性化したＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球を、抗−ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインで、ただしアポトーシスを阻止するために抗−ＣＤ９５Ｌ(１μｇ／ｍｌ)を加えて、５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１のリンパ球を洗浄し、次いでＩＬ−２で４〜７日間再び培養した。活性化Ｔｈ１およびＴｈ２のリンパ球を、最大３サイクルの間このように維持した。一次および二次のＴｈ１、Ｔｈ２およびＴｒ１から、プレートに結合された抗−ＣＤ３および抗−ＣＤ２８ｍＡｂによる第二および第三活性化の後６および２４時間後、ならびにインターロイキン２中での第二および第三の拡大培養開始から４日後に、ＲＮＡを調製した。
【０４５４】
ＡＴＣＣから以下の白血球細胞株を入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、０.１ｍＭ ｄｂｃＡＭＰ中に５×１０５細胞／ｍｌで三日毎に培地を交換し、かつ細胞濃度を５×１０５細胞／ｍｌに調整しながら、８日間での培養によって、さらに分化させた。これらの細胞を培養するために、我々は、５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)を添加して、ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩ(ＡＴＣＣによって推奨されたように)を用いた。ＲＮＡを、休眠細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６および１４時間活性化した細胞のいずれかから、調製した。角化細胞株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２をまた、ＡＴＣＣから取得した。両方を、ＤＭＥＭ５％ＦＣＳ(Hyclone)、１００μＭ非必須アミノ酸(Gibco)、１ｍＭピルビン酸ナトリウム(Gibco)、メルカプトエタノール５.５×１０−５Ｍ(Gibco)、および１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ(Gibco)中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を凡そ５ｎｇ／ｍｌ ＴＮＦアルファおよび１ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−１ベータで６および１４時間活性化する一方で、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を以下のサイトカインで６および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌ ＩＬ−１３および２７ｎｇ／ｍｌ ＩＦＮガンマ。
【０４５５】
これらの細胞株および血液細胞については、Trizol (Gibco BRL)を用い凡そ１０７細胞／ｍｌを溶解してＲＮＡを調製した。手短に言えば、１／１０容量のブロモクロロプロパン(Molecular Research Corporation)をＲＮＡ試料に加え、ボルテックスし、室温にて１０分後に管をSorvall SS34回転器中で１４,０００ｒｐｍで遠心した。水相を除去し、１５ｍｌのFalcon Tubeの中に入れた。等容積のイソプロパノールを加えて、−２０℃で終夜放置した。沈殿したＲＮＡをSorvall SS34回転器中、９,０００ｒｐｍで、１５分間、遠心沈殿し、７０％エタノール中で洗浄した。ペレットをＲＮアーゼの無い水３００μｌに再溶解させ、緩衝液(Promega) ３５μｌ、ＤＴＴ５μｌ、ＲＮＡｓｉｎ７μｌおよびＤＮアーゼ８μｌを加えた。管を３７℃で３０分間インキュベートし、汚染しているゲノムＤＮＡを除去し、フェノール／クロロホルムで一回抽出し、１／１０容積の３Ｍ酢酸ナトリウムおよび２容積の１００％エタノールで再沈殿した。ＲＮＡを遠心沈殿し、ＲＮアーゼの無い水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０４５６】
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１.０
ＡＩ_包括的_パネル_ｖ１.０のためのプレートは、Backus HospitalおよびClinomics (Frederick, MD)から取得した手術および検死ヒト組織から単離されたｃＤＮＡから成る２個の対照穴および８９個の試験試料を含む。Backus Hospitalからの組織試料から、全ＲＮＡをCuraGenの施設で抽出した。他の組織からの全ＲＮＡは、Clinomicsから取得した。
【０４５７】
滑液、滑膜、骨および軟骨を含む関節組織を、Backus Hospitalで全膝または臀部置換手術を行った患者から取得した。直ぐ後で、組織試料を液体窒素中で素早く凍結し、単離されたＲＮＡが最適な品質であり分解していないことを保証した。変形性関節炎および慢性関節リウマチの関節組織のさらに別の試料を、Clinomicsから取得した。正常な対照組織はClinomicsから供給され、そして外傷犠牲者の剖検の間に取得された。
【０４５８】
乾癬組織および隣接のマッチド組織の手術標本は、全ＲＮＡとしてClinomicsから取得した。二人の男性および二人の女性患者を年齢２５歳から４７歳から選択した。いずれの患者も、試料が単離されたときには、処方薬剤を服用していなかった。
【０４５９】
潰瘍性大腸炎およびクローン病を持つ患者からの疾患結腸ならびに隣接のマッチド組織の手術標本は、Clinomicsから取得した。年齢４１〜６９歳の間の三人の女性および三人の男性のクローン病患者からの腸組織を用いた。二人の患者は処方医薬品を受けていなかった一方で、他はデキサメタゾン、フェノバルビタールまたはタイレノールを服用していた。潰瘍性大腸炎組織は、三人の男性および四人の女性患者からのものであった。患者のうち四人はレブビドを服用し、二人はフェノバルビタールを受けていた。
【０４６０】
無疾患または肺気腫、喘息またはＣＯＰＤを持つ外傷被害者の検死肺組織からの全ＲＮＡを、Clinomicsから購入した。年齢４０〜７０歳の範囲にわたる肺気腫患者は、すべて喫煙者であって、この年齢範囲は、タバコ関連の肺気腫を持つ患者に焦点を当てかつアルファ−１抗−トリプシン欠乏症を持つそれらの患者を除外するために、選択された。喘息患者は、年齢３６〜７５歳の範囲にわたり、そしてＣＯＰＤを持つ可能性のあるそれらの患者を阻止するために喫煙者を除外した。ＣＯＰＤ患者は、年齢３５〜８０歳の範囲にわたり、喫煙者および非喫煙者の両方を含んでいた。大部分の患者は、コルチコステロイドおよび気管支拡張剤を服用していた。
【０４６１】
ＡＩ_包括的_パネル_V１.０パネルの中の組織を同定するために使用するラベルの中で、以下の略語を用いる。
ＡＩ： 自己免疫
Ｓｙｎ： 滑液
Normal： 明白な疾患なし
Ｒｅｐ２２／Ｒｅｐ２０：個別の患者
ＲＡ： 慢性関節リウマチ
Backus： Backus Hospitalから
ＯＡ： 変形性関節炎
(ＳＳ)(ＢＡ)(ＭＦ)：個別のの患者
Ａｄｊ：隣接組織
Match control：隣接組織
−Ｍ： 男性
−Ｆ： 女性
ＣＯＰＤ： 慢性閉塞性肺疾患
【０４６２】
パネル５Ｄおよび５Ｉ
パネル５Ｄおよび５Ｉのためのプレートは、２個の対照穴および代謝性疾患を強調するヒト組織および細胞株から単離された種々のｃＤＮＡを含む。代謝組織を、Gestational Diabetes(妊娠性糖尿病)研究に登録された患者から取得した。ヒト間葉幹細胞からの脂肪細胞の分化の種々の段階中で、細胞を取得した。また、ヒト膵臓島細胞も取得した。
【０４６３】
Gestational Diabetes(妊娠性糖尿病)研究では対象は、若くて(１８〜４０歳)、日常的な(選択的)帝王切開術を行う妊娠性糖尿病の有無以外は健康な婦人である。幼児出産後、外科的切開が修復／縫合されているとき、産科医がそれぞれの外科的レベルの縫合中に露出された代謝組織の小量の試料(＜１ｃｃ)を摘出した。生検物質は、無菌生理食塩液ですすぎ洗いされ、水分を吸取り、摘出時から５分以内に迅速凍結された。次いで、組織は液体窒素中で急速冷凍され、個別に無菌のねじ蓋管に入れられて保存され、CuraGenへの輸送のためにまたは採取されるまでドライアイス上に置かれた。興味のある代謝組織としては、子宮壁(平滑筋)、内臓脂肪、骨格筋(直筋)および皮下脂肪が挙げられる。患者の説明は以下の通りである。
患者２ 糖尿病ラテンアメリカ系、過体重、インスリン非服用
患者７〜９ 非糖尿病白人系で肥満(ＢＭＩ＞３０)
患者１０ 糖尿病ラテンアメリカ系、過体重、インスリン服用
患者１１ 非糖尿病アフリカ系米国人で過体重
患者１２ インスリン服用の糖尿病ラテンアメリカ系
【０４６４】
脂肪細胞の分化を、二つの複製のみを有するところのドナー３Ｕを除き、Osirus(Clonetics/Bio Whittakerの一部門)から３部で得られたドナー前駆細胞中で誘導した。Cloneticsの科学者は、CuraGenのためにヒト間葉幹細胞(ＨｕＭＳＣ)を、Mark F. Pittenger, et al., Multilineage Potential of Adult Human Mesenchymal Stem Cells Science Apr 2 1999: 143-147に見られる公開されたプロトコルに基づいて単離し、成長させ、分化させた。Cloneticsから、ｍＲＮＡの単離およびｄｓ ｃＤＮＡの生産に適するTrizol溶解物または凍結ペレットを得た。それぞれのドナーの一般的説明は、以下の通りである。
ドナー２および３Ｕ： 間葉幹細胞、未分化脂肪
ドナー２および３ＡＭ： 脂肪、中途分化脂肪
ドナー２および３ＡＤ： 脂肪、分化脂肪
【０４６５】
ヒト細胞株は、一般的にＡＴＣＣ(American Type Culture Collection)、ＮＣＩまたはドイツがん細胞バンクから得られ、以下の組織群に入る：近位曲尿細管、子宮平滑筋細胞、小腸、肝臓ＨｅｐＧ２がん細胞、心臓一次間質細胞および副腎皮質腺腫細胞。これらの細胞をすべて標準的な推奨された条件下で培養し、ＲＮＡを標準的な手順を用いて抽出した。すべての試料をCuraGenで加工して、単鎖ｃＤＮＡを生産した。
【０４６６】
パネル５Ｉは、先に記載したすべての試料にDiabetic Research Institute at the University of Miami School of Medicineから取得した、５８歳女性患者からの膵島の追加を含む。膵島組織は外部業者で全ＲＮＡに加工されて、パネル５Ｉに加えるためにCuraGenに運ばれた。
【０４６７】
５Ｄおよび５Ｉパネル中の組織を確認するために使用されるラベルでは、以下の略語を用いる：
ＧＯ Adipose： 大網膜脂肪
ＳＫ： 骨格筋
ＵＴ： 子宮
ＰＬ： 胎盤
ＡＤ： 分化脂肪
ＡＭ： 中途分化脂肪
Ｕ： 未分化幹細胞
【０４６８】
パネルＣＮＳＤ.０１
パネルＣＮＳＤ.０１のためのプレートは、２個の対照穴とthe Harvard Brain Tissue Resource Centerから取得した検死ヒト脳組織から単離されたｃＤＮＡから成る９４個の試験試料を含む。脳を、死後４〜２４時間の間のドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者が切片にし、液体窒素蒸気中−８０℃で凍結した。神経病理学者がすべての脳を切片にし、検査して、明確な関連する神経病理学で診断を確認する。
【０４６９】
疾患診断は患者記録からを取られる。パネルは以下の診断のそれぞれからの二つの脳を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティントン病、進行性核上性麻痺、抑鬱、および「正常対照」。これらのそれぞれの脳内で、以下の領域が提示される：帯状回、側頭極、淡蒼球、黒質、Brodman４野(一次運動野)、Brodman７野(頭頂皮質)、Brodman９野(前前頭皮質)およびBrodman１７野(後頭皮質)。すべての場合において、脳領域のすべては提示されていない；例えば、ハンティントン病は、部分的に淡蒼球における神経変性を特徴とし、かくしてこの領域は確認されたハンティントン病の症例から取得することは不可能である。同じくパーキンソン病は、黒質の変性を特徴とし、この領域を取得するのをさらに困難にしている。正常対照脳の神経病理学検査を行い、神経変性と一致するいかなる病理もないことを見い出した。
【０４７０】
ＣＮＳパネル中の組織を確認するために使用するラベルでは、以下の略語を用いる。
ＰＳＰ： 進行性核上麻痺
Sub Nigra： 黒質
Glob Palladus： 淡蒼球
Temp Pole： 側頭極
Cing Gyr： 帯状回
ＢＡ４： Brodman４野
【０４７１】
パネルＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０
パネルＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０のためのプレートは、２個の対照穴とthe Harvard Brain Tissue Resource Center (McLean Hospital)およびthe Human Brain and Spinal Fluid Resource Center (VA Greater Los Angeles Healthcare System)から取得した検死ヒト脳組織から単離したｃＤＮＡから成る４７個の試験試料を含む。脳を、死後４〜２４時間の間のドナーの頭蓋冠から取り出し、神経解剖学者が切片にし、液体窒素蒸気中−８０℃で凍結した。神経病理学者がすべての脳を切片にし、検査して明確な関連する神経病理学で診断を確認する。
【０４７２】
疾患診断は患者記録からを取られる。パネルは、アルツハイマー病(ＡＤ)疾患からの６個の脳および死亡前に痴呆の形跡を示さなかったところの「正常対照」からの８個の脳を含む。８個の正常対照脳は、二種の範疇に区分される：痴呆およびアルツハイマー様病理(対照)を持たない対照ならびに痴呆を持たないが重症アルツハイマー様病理、(特に０〜３の尺度でレベル３として評価される老人斑負荷；０＝斑形跡なし、３＝重症ＡＤ老人斑負荷)、の証拠を持つ対照。これらのそれぞれの脳内で、以下の領域が提示される：海馬、側頭皮質(Brodman２１野)、頭頂皮質(Brodman７野)および後頭皮質(Brodman１７野)。これらの領域は、ＡＤにおける全てのレベルを包含するために選択された。海馬はＡＤにおける初期および重症神経損失の領域であり；側頭皮質は海馬の後でＡＤにおいて神経変性を呈すと知られており；頭頂皮質は病気の後期段階で中程度の神経死を呈し；後頭皮質はＡＤにおいて生き長らえ、それ故にＡＤ患者内で「対照」領域として働く。すべての場合において、脳領域のすべては提示されていない。
【０４７３】
ＣＮＳ_神経変性_Ｖ１.０パネル中の組織を確認するために使用するラベルでは、以下の略語を用いる。
ＡＤ： アルツハイマー病脳；患者は痴呆になり、剖検でＡＤ様病理を呈した。
Control： 対照脳；痴呆でない患者、神経病理を呈さない
Control(Path)： 対照脳；痴呆ではないが重症ＡＤ様病理を呈する患者
Sup Temporal Ctx：上側頭皮質
Inf Temporal Ctx：下側頭皮質
【０４７４】
Ａ．ＮＯＶ１ａおよびＮＯＶ１ｂ(CG56258-01 および CG56258-02：ナトリウム／カルシウム交換体)
遺伝子 CG56258-021 および CG56258-02 の発現を、表ＡＡ、ＡＢ、およびＡＣに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ２９０３、Ａｇ５０３５、およびＡｇ６１６３を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＡＤ、ＡＥ、ＡＦ、ＡＧ、ＡＨ、およびＡＩに示す。
【０４７５】
【表１７５】
Figure 2005507236
【０４７６】
【表１７６】
Figure 2005507236
【０４７７】
【表１７７】
Figure 2005507236
【０４７８】
【表１７８】
Figure 2005507236
【０４７９】
表ＡＤの続き
【表１７９】
Figure 2005507236
【０４８０】
表ＡＤの続き
【表１８０】
Figure 2005507236
【０４８１】
【表１８１】
Figure 2005507236
【０４８２】
【表１８２】
Figure 2005507236
【０４８３】
表ＡＦの続き
【表１８３】
Figure 2005507236
【０４８４】
【表１８４】
Figure 2005507236
【０４８５】
表ＡＧの続き
【表１８５】
Figure 2005507236
【０４８６】
【表１８６】
Figure 2005507236
【０４８７】
表ＡＨの続き
【表１８７】
Figure 2005507236
【０４８８】
【表１８８】
Figure 2005507236
【０４８９】
表ＡＩの続き
【表１８９】
Figure 2005507236
【０４９０】
ＡＩ＿包括的＿パネル＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ２９０３／Ａｇ５０３５ ２つの異なるプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、非常によく一致した結果を与える。対照サンプルにおける発現と比較した場合に、CG56258-01 遺伝子は、変形性関節炎を有する患者由来の滑膜と骨のサンプルにより多く関連が見られる。従って、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、変形性関節炎の処置に有効である。Ａｇ６１６３のプローブとプライマーのセットでの第３の実験は、低い／検出不能なレベルの発現を示す（CT＞３５）。
【０４９１】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ２９０３／Ａｇ５０３５ ２つの異なるプローブおよびプライマーでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を得る。このパネルは、アルツハイマー病において、CG56258-01 遺伝子のディファレンシャルな(differential)発現を示さない。しかしながら、この発現プロファイルから、脳におけるこの遺伝子の存在、アルツハイマーの患者の海馬および対照の患者の後頭皮質で最も高い発現を有することを確かめられた（CT＝２８−３０）。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．３Ｄを参照されたい。
【０４９２】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．５ 要約：
Ａｇ５０３５ 同じプローブとプライマーでの２つの実験は、高い脳優先的発現を示す CG56258-02 遺伝子とすばらしく一致した結果を与える（CT＝３０−３１）。さらに、中度レベルの発現が、胎児および大人の骨格筋において見られる（CT＝３０−３１）。この発現プロファイルは、パネル１．３Ｄにおける結果とすばらしく一致している。中枢神経系および代謝性疾患におけるこの遺伝子の有用性をさらに論じるには、パネル１．３Ｄを参照されたい。
【０４９３】
パネル １．３Ｄ 要約：
Ａｇ２９０３ CG56258-01 遺伝子の発現は、胎児の骨格筋において最も高い（ＣＴ＝２６．８）。さらに、顕著なレベルの発現が、大人の骨格筋および胎児の心臓においても見られる。従って、この遺伝子の発現は、このパネルにおける別のサンプル由来の骨格筋由来サンプルを分化するのに、そして骨格筋のマーカーとして用いられた。この遺伝子は、ナトリウム／カルシウム交換をコードすると推定されている。変化したレベルの細胞内のカルシウムは、タイプ２型糖尿病を含む多くの疾患を示唆している。その発現プロファイルおよびカルシウム輸送タンパク質に対する相同性に基づいて、この遺伝子もしくは遺伝子産物の発現もしくは機能の治療的調節が、タイプ２型糖尿病の処置に有効であり得る。
【０４９４】
さらに、中度ないし低レベルの発現が、調べたＣＮＳの全ての領域で見られる。カルシウムの取りこみの阻害が、大脳性虚血に対する応答において、ニューロンの死を減少させることが示されている。従って、カルシウム輸送タンパク質のものと推定されるこの遺伝子は、卒中の処置のための優良な薬物ターゲットを表す。卒中直後のアンタゴニストでの処置は、梗塞の全体積を減少させ、そして卒中の全体の重症度を減少させ得る。
【０４９５】
全般的に、以下を参照のこと。
Balasubramanyam M, Balaji RA, Subashini B, Mohan V. Evidence for mechanistic alterations of Ca2+ homeostasis in Type 2 diabetes mellitus. Int J Exp Diabetes Res 2001;1(4):275-87. PMID: 11467418;
Matsuda T, Arakawa N, Takuma K, Kishida Y, Kawasaki Y, Sakaue M, Takahashi K, Takahashi T, Suzuki T, Ota T, Hamano-Takahashi A, Onishi M, Tanaka Y, Kameo K, Baba A. SEA0400, a novel and selective inhibitor of the Na+-Ca2+ exchanger, attenuates reperfusion injury in the in vitro and in vivo cerebral ischemic models. J Pharmacol Exp Ther 2001 Jul;298(1):249-56.
【０４９６】
パネル２Ｄ 要約：
Ａｇ２９０３ このパネルにおける CG56258-01 遺伝子の発現は、パネル１．３Ｄに見られるプロファイルと一致する。正常筋肉サンプルにおいて、発現が最も高く、そして最も卓越している（ＣＴ＝２８．７）。代謝性疾患におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．３Ｄを参照されたい。
【０４９７】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ５０３５ CG56258-02 遺伝子の発現は、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−１βで処置された肺および皮膚の微小血管で制限されている（CT＝３３−３４）。表皮細胞は、炎症性細胞の炎症細胞の活性化および動員に関する表面タンパク質の発現を変化させることによって、炎症性応答において重要な役割を果たすことが知られている。皮膚の微小血管の表皮細胞におけるこの遺伝子の発現は、このタンパク質が、乾癬を含む皮膚疾患に対する炎症性応答に関係することを示唆している。肺の微小血管の表皮細胞における発現は、タンパク質がこの転写物によってコードされるタンパク質が、喘息、アレルギー、慢性閉塞性肺疾患、および気腫を含む肺疾患にも関係することを示唆している。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質の治療的調節は、乾癬、喘息、アレルギー慢性閉塞性肺疾患、および気腫に関する症候の改善をもたらし得る。
【０４９８】
Ａｇ５０３５ この遺伝子での１つの実験から得た結果は、含まれていない。ａｍｐ プロットは、この試験が実験的に困難であったことを示している。
Ａｇ６１６３ この遺伝子の発現は、このパネルにおける全サンプルで低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０４９９】
Ｂ．ＮＯＶ２ａ（CG59843-01：フィブロペリン III 様）
遺伝子 CG59843-01 を、表ＢＡ、ＢＢ、およびＢＣに記載された、プライマー−プローブのセット Ａｇ２７９７、Ａｇ３６０６、およびＡｇ２２１を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＢＤ、ＢＥ、ＢＦ、ＢＧ、ＢＨ、ＢＩ、ＢＪ、ＢＫ、およびＢＬに示す。
【０５００】
【表１９０】
Figure 2005507236
【０５０１】
【表１９１】
Figure 2005507236
【０５０２】
【表１９２】
Figure 2005507236
【０５０３】
【表１９３】
Figure 2005507236
【０５０４】
【表１９４】
Figure 2005507236
【０５０５】
表ＢＥの続き
【表１９５】
Figure 2005507236
【０５０６】
【表１９６】
Figure 2005507236
【０５０７】
表ＢＦの続き
【表１９７】
Figure 2005507236
【０５０８】
【表１９８】
Figure 2005507236
【０５０９】
表ＢＧの続き
【表１９９】
Figure 2005507236
【０５１０】
【表２００】
Figure 2005507236
【０５１１】
表ＢＨの続き
【表２０１】
Figure 2005507236
【０５１２】
表ＢＨの続き
【表２０２】
Figure 2005507236
【０５１３】
【表２０３】
Figure 2005507236
【０５１４】
表ＢＩの続き
【表２０４】
Figure 2005507236
【０５１５】
【表２０５】
Figure 2005507236
【０５１６】
表ＢＪの続き
【表２０６】
Figure 2005507236
【０５１７】
【表２０７】
Figure 2005507236
【０５１８】
表ＢＫの続き
【表２０８】
Figure 2005507236
【０５１９】
【表２０９】
Figure 2005507236
【０５２０】
表ＢＬの続き
【表２１０】
Figure 2005507236
【０５２１】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３６０６ このパネルは、アルツハイマー病における CG59843-01 遺伝子のディファレンシャルな発現を示していない。しかし、この発現プロファイルで、脳におけるこの遺伝子の存在すること、最も高い発現がアルツハイマーの患者の側頭皮質においてであることが確かめられた。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．４を参照されたい。プローブとプライマーのセット Ａｇ２７９７を用いた第２の実験の結果は、含まれていない。ａｍｐプロットは、この試験が実験的に困難であったことを示している。
【０５２２】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３６０６ CG59843-01 遺伝子の最も高い発現は、脳癌細胞株において見られる（ＣＴ＝２４）。さらに、この遺伝子は高い脳の優先発現を示し、このパネルで示した全てのＣＮＳ領域における高レベルの発現を示す。従って、この遺伝子の発現は、脳由来のサンプルと、このパネルの別のサンプルを区別するのに用いられ得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、神経学的疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、統合失調症、多発性硬化症、卒中、および癲癇などの処置に有用であり得る。
【０５２３】
高レベルの発現が、黒色腫、肺癌細胞株および脳癌細胞株由来のサンプルにおいても見られる。従って、この遺伝子の発現は、これらのタイプの癌におけるマーカーとして用いられ得る。この遺伝子は、フィブロペリン(fibropellin)様分子をコードする。フィブロペリンは、細胞接着に関する糖タンパク質である。従って、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、黒色腫、肺癌、および脳癌の処置に有効であり得る。
【０５２４】
全般的に、以下を参照のこと。
Burke RD, Lail M, Nakajima Y. The apical lamina and its role in cell adhesion in sea urchin embryos. Cell Adhes Commun 1998 Mar;5(2):97-108. PMID: 9638331
【０５２５】
パネル１ 要約：
Ａｇ２２１ このパネルにおける発現は、パネル１．４で見られるプロファイルと一致している。CG59843-01 遺伝子は、高い脳の優先発現を示し、小脳において最も高い発現を示す（ＣＴ＝２１．４）。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．４を参照されたい。
【０５２６】
パネル１．３Ｄ 要約：
Ａｇ２７９７ 同じプローブとプライマーのセットでの２つの実験はすばらしく一致した結果を与え、視床において最も高い発現を示す（CT＝２４．５−２５．５）。
【０５２７】
高レベルの発現は、黒色腫、肺癌細胞株および脳癌細胞株由来のサンプルにおいても見られる。ＣＮＳおよび癌におけるこの遺伝子の有用性をさらに論じるには、パネル１．４を参照されたい。
【０５２８】
中度ないし低レベルの発現は、副腎、下垂体、胎児心臓、および胎児骨格筋においても見られる。代謝組織におけるこの発現は、この遺伝子産物が、肥満や糖尿病を含む代謝性疾患の病因 および／または処置に関係していることを示唆している。
【０５２９】
パネル２Ｄ 要約：
Ａｇ２７９７ 同じプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を与える。CG59843-01 遺伝子の最も高い発現は、腎臓においても見られる（CT＝２８）。この遺伝子の発現は、コントロール・マージン（CT＝２８−３１）と比較して、腎臓癌（CT＝３１−３８）、胃癌、および大腸癌を下方制御する。従って、この遺伝子の発現は、正常腎臓、正常胃、および正常結腸組織と癌サンプルを区別するのに用いられ得る。
【０５３０】
さらに、この遺伝子の顕著な発現は、乳癌、膀胱癌、肺悪性癌、および前立腺癌のサンプルにおいても見られる。従って、小分子薬物および抗体の使用によるこの遺伝子の治療的調節は、膀胱癌、乳癌、腎臓癌、または肺癌の処置において有益であり得る。
【０５３１】
パネル３Ｄ 要約：
Ａｇ２７９７ CG59843-01 遺伝子の最も高い発現は、小細胞性肺癌細胞株において見られる（ＣＴ＝２５）。顕著なレベルの発現は、小脳においても見られる。これは、上記のパネルで見られる、高い脳の優先発現プロファイルと一致している。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルとこのパネルにおける別のサンプルを区別するのに用いられ得る。さらに、この遺伝子の顕著な発現は、扁平上皮細胞性肺癌、大細胞性肺癌、肺類癌腫、横紋筋肉腫、線維肉腫、骨肉腫、髄芽腫、平滑筋肉腫、頚部癌、および膵臓癌と関係している。
【０５３２】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３６０６／２７９７ CG59843-01 遺伝子は、パネル４Ｄと４．１Ｄで示されたように、肺炎症性疾患をモデルとした幾つかの活性化された細胞タイプに渡って、再現的に発現された。これらは、サイトカイン活性化肺線維芽細胞、サイトカイン活性化肺大動脈表皮細胞、およびサイトカイン活性化気管支表皮細胞（CT＝２８−３１）を含む。従って、小分子薬物および抗生物質の使用による この遺伝子もしくは遺伝子産物の治療的調節は、炎症性肺疾患、例えば喘息、気腫、および慢性閉塞性肺疾患(これらに制限されない)の症候を減少させ得るか、もしくは除去し得る。
【０５３３】
パネル４Ｄ 要約：
関連のコメントにおいて、パネル４．１Ｄの注釈を参照のこと。
【０５３４】
パネルＣＮＳ＿１ 要約：
Ａｇ３６０６ このパネルは、脳におけるこの遺伝子の存在を確認している。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．４を参照されたい。
【０５３５】
Ｃ．ＮＯＶ３ａ（CG59845-01：ブチロフィリン(butyrophilin)）
遺伝子 CG59845-01 の発現を、表ＣＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３６０７を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＣＢに示す。
【０５３６】
【表２１１】
Figure 2005507236
【０５３７】
【表２１２】
Figure 2005507236
【０５３８】
表ＣＢの続き
【表２１３】
Figure 2005507236
【０５３９】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３６０７ このパネルのサンプル全てに渡って、CG59845-01 遺伝子の発現は、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５４０】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３６０７ このパネルのサンプルの全てに渡って、CG59845-01 遺伝子の発現は、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５４１】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３６０７ CG59845-01 遺伝子の最も高い発現は、専らＰＭＡ／イオノマイシンで処置されたＬＡＫ細胞において見られる（ＣＴ＝３３．５）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルとこのパネルにおける別のサンプルを区別するのに用いられ得る。ＬＡＫ細胞は、腫瘍免疫学、および 腫瘍と同様の ウイルスおよび細菌感染細胞の 細胞のクリアランスに関連している。従って、小分子薬物もしくは抗生物質の使用による この遺伝子によってコードされたタンパク質の機能の調節は、これらの細胞の機能を変化させ、これらの状態に関する症候の改善をもたらし得る。
【０５４２】
Ｄ．ＮＯＶ４ａ（CG59871-01：ＣＶＢ３結合タンパク質）
表ＤＡおよびＤＢに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３８０６ および Ａｇ３８０８を用いて、CG59871-01 を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＤＣ、ＤＤ、およびＤＥに示す。
【０５４３】
【表２１４】
Figure 2005507236
【０５４４】
【表２１５】
Figure 2005507236
【０５４５】
【表２１６】
Figure 2005507236
【０５４６】
【表２１７】
Figure 2005507236
【０５４７】
表ＤＤの続き
【表２１８】
Figure 2005507236
【０５４８】
【表２１９】
Figure 2005507236
【０５４９】
表ＤＥの続き
【表２２０】
Figure 2005507236
【０５５０】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３８０６ このパネルは、個々の独立のグループの脳における、低レベルでの CG59871-01 遺伝子の発現を確認する。しかし、アルツハイマー病の死後の脳と、この実験における非検出対照の脳の間で、この遺伝子のディファレンシャルな発現が検出されなかった。中枢神経系疾患の処置におけるこの遺伝子の潜在的な有用性を論じるには、パネル１．４を参照されたい。
【０５５１】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３８０６ 大腸癌ＣａＣｏ−２細胞株において、CG59871-01 遺伝子の最も高い発現が検出されている（ＣＴ＝２６．３）。さらに、この遺伝子の高い発現は、大腸癌、ＣＮＳ癌、胃癌、肺癌、乳癌、および卵巣癌、扁平上皮細胞株癌腫、黒色腫細胞株においても見られる。従って、小分子薬物の使用による この遺伝子もしくは遺伝子産物の活性の治療的調節は、これらの癌の処置に有益であり得る。
【０５５２】
代謝機能もしくは内分泌機能を有する組織の間でも、膵臓、脂肪、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓、および胃腸管において、この遺伝子は高ないし中度レベルで発現される。従って、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌／代謝関連疾患、例えば肥満および糖尿病の処置に有用であり得る。
【０５５３】
興味深いことに、この遺伝子は、成人の肺および肝臓のサンプル（CT＝３３−３５）と比較して、胎児において、ずっと高レベルで発現される（CT＝２８）。この観察は、この遺伝子の発現が、胎児の肺および肝臓を、対応する成人の組織と区別するのに用いられ得る。
【０５５４】
さらに、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含む、調べられた中枢神経系の全ての領域において、高ないし中度レベルで発現される。従って、この遺伝子は、中枢神経系疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、癲癇、多発性硬化症、統合失調症、およびうつ病において、役割を果たし得る。さらに、この遺伝子の発現は、成人全体の脳（ＣＴ＝２９）と比較したとき、胎児の方が高い（ＣＴ＝２６）。従って、この遺伝子の発現は、胎児を成人の脳を区別するのに用いられ得る。
【０５５５】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３８０６ CG59871-01 遺伝子の最も高い発現は、結腸サンプルにおいて検出される（ＣＴ＝３０）。さらに、この遺伝子の顕著な発現は、正常肺、胸腺、および腎臓組織において見られる。従って、この遺伝子によってコードされるタンパク質で設計される 抗体もしくは小分子の治療は、これらの組織の機能を調節することができ、そしてこれらの組織を襲う炎症性もしくは自己免疫性疾患、例えば ループスおよび糸球体腎炎、炎症性腸疾患、喘息、アレルギー、ＣＯＰＤ、および気腫などの処置に重要であり得る。
【０５５６】
この遺伝子の高い発現は、ＮＣＩ−Ｈ２９２、小気道上皮(small airway epithelium)、皮膚微小血管ＥＣ、ＴＮＦα＋ＩＬ１β処置気管支上皮、ＨＵＶＥＣ、ＥＯＬ−１ ｄｂｃＡＭＰ、Ｒａｍｏｓ（Ｂ細胞）、および活性型二次Ｔｒ１細胞においても見られる。肺由来もしくは肺中の細胞、活性型Ｔ細胞、および活性型Ｂ細胞における この遺伝子の発現は、この遺伝子が、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギー、および気腫を含む、病理学的かつ炎症性肺疾患の状態と同様に、正常状態に関係することを示唆している。
【０５５７】
Ｅ．ＮＯＶ５ａ（CG59883-01：ＣＶＢ３結合タンパク質）
表ＥＡに記載したプライマー−プローブのセット Ａｇ３６２５を用いて、遺伝子 CG59883-01 の発現を評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＥＢおよびＥＣに示す。
【０５５８】
【表２２１】
Figure 2005507236
【０５５９】
【表２２２】
Figure 2005507236
【０５６０】
表ＥＢの続き
【表２２３】
Figure 2005507236
【０５６１】
【表２２４】
Figure 2005507236
【０５６２】
表ＥＤの続き
【表２２５】
Figure 2005507236
【０５６３】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３６２５ このパネルの全てのサンプルにおいて、CG59883-01 遺伝子の発現は、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５６４】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３６２５ CG59883-01 遺伝子の発現は、精巣癌および脳癌細胞株に制限される（CT＝３０−３２）。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルおよびこのパネルの別のサンプルを区別するために、そして精巣組織のマーカーとして、用いられ得る。さらに、この遺伝子産物の発現もしくは機能の治療的調節は、男性の不妊症および性機能低下の処置に有用であり得る。
【０５６５】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３６２５ CG59883-01 遺伝子の発現は、処置および無処置ＮＣＩ−Ｈ２９２粘膜表皮性細胞のクラスターで制限される（CT＝３２−３３）。これらの細胞の処置は、この細胞株の転写物の発現をあまり変化させないように見える。従って、該タンパク質は、ＮＣＩ−Ｈ２９２に類似の特定の肺腫瘍を識別するのに用いられ得る。コードされたタンパク質は、肺中の杯状細胞の正常な機能に寄与し得る。従って、このタンパク質における治療の設計は、気腫および喘息、および産生される杯状細胞もしくは粘液が、病理学的な結果を有する 別の肺疾患の処置に重要であり得る。
【０５６６】
Ｆ．ＮＯＶ６ａ（CG59901-01：スカベンジャー受容体）
CG59901-01 遺伝子の発現を、表ＦＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３６２７を用いて評価した。
【０５６７】
【表２２６】
Figure 2005507236
【０５６８】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３６２７ CG59901-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５６９】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３６２７ CG59901-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５７０】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３６２７ CG59901-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５７１】
Ｇ．ＮＯＶ７ａ（CG88748-01：環状ヌクレオチド−ゲート化チャンネル タンパク質）
CG88748-01 遺伝子の発現は、表ＧＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３６７７を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＧＢに示す。
【０５７２】
【表２２７】
Figure 2005507236
【０５７３】
【表２２８】
Figure 2005507236
【０５７４】
表ＧＢの続き
【表２２９】
Figure 2005507236
【０５７５】
表ＧＤ．パネル４．１Ｄ
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３６７７ CG88748-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５７６】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３６７７ CG88748-01 遺伝子の発現は、精巣で制限される（ＣＴ＝３３．８）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルと このパネルの別のサンプルを区別するのに、そして精巣組織のマーカーとして、用いられ得る。さらに、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、男性の不妊症もしくは性機能低下に有効であり得る。
【０５７７】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３６７７ CG88748-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルについて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５７８】
Ｈ．ＮＯＶ８ａ（CG90021-01：精巣メタロプロテイナーゼ様、ディスインテグリン様）
遺伝子 CG90021-01 の発現を、表ＨＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３７０１を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＨＢおよびＨＣに示す。
【０５７９】
【表２３０】
Figure 2005507236
【０５８０】
【表２３１】
Figure 2005507236
【０５８１】
表ＨＢの続き
【表２３２】
Figure 2005507236
【０５８２】
【表２３３】
Figure 2005507236
【０５８３】
表ＨＣの続き
【表２３４】
Figure 2005507236
【０５８４】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３７０１ CG90021-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルにおいて、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５８５】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３７０１ CG90021-01 遺伝子の発現は、精巣で制限される（ＣＴ＝３３）。この発現は、このタンパク質の 精巣のタンパク質と推定されるという同定と一致している。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルと このパネルにおける別のサンプルを区別するのに、そして精巣組織のマーカーとして用いられ得る。さらに、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、男性の不妊症および性機能低下の処置に有用であり得る。
【０５８６】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３７０１ CG90021-01 遺伝子の発現は、活性型二次Ｔｈ１細胞のサンプルで制限される（ＣＴ＝３０．４）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルと このパネルの別のサンプルを区別するのに、そして活性型Ｔｈ１細胞を識別するためのマーカーとして用いられ得る。さらに、この遺伝子産物は、Ｔ細胞が慢性的に刺激される疾患と関連し得る。
【０５８７】
Ｉ．ＮＯＶ９ａ（CG90709-01：イオン輸送タンパク質）
遺伝子 CG90709-01 の発現を、表ＩＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３７１２を用いて評価した。
【０５８８】
【表２３５】
Figure 2005507236
【０５８９】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３７１２ CG90709-01 遺伝子の発現は、このパネルにおける全てのサンプルに渡って、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５９０】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３７１２ CG90709-01 遺伝子での１つの実験の結果は、含まれていない。ａｍｐ プロットは、この実験が実験的に困難であったことを示している。
【０５９１】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３７１２ CG90709-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルに渡って、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０５９２】
Ｊ．ＮＯＶ９ｃおよびＮＯＶ９ｄ（CG90709-03 および CG90709-04：イオン輸送タンパク質）
遺伝子 CG90709-03 および CG90709-04 の発現を、表ＪＡおよびＪＢに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ５８６４およびＡｇ５９４１を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＪＣ、ＪＤ、ＪＥ、およびＪＦに示す。
【０５９３】
【表２３６】
Figure 2005507236
【０５９４】
【表２３７】
Figure 2005507236
【０５９５】
【表２３８】
Figure 2005507236
【０５９６】
表ＪＣの続き
【表２３９】
Figure 2005507236
【０５９７】
表ＪＣの続き
【表２４０】
Figure 2005507236
【０５９８】
【表２４１】
Figure 2005507236
【０５９９】
【表２４２】
Figure 2005507236
【０６００】
表ＪＥの続き
【表２４３】
Figure 2005507236
【０６０１】
【表２４４】
Figure 2005507236
【０６０２】
表ＪＦの続き
【表２４５】
Figure 2005507236
【０６０３】
表ＪＦの続き
【表２４６】
Figure 2005507236
【０６０４】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ５８６４ 異なるプローブおよびプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致しており、CG90709-03 遺伝子の最も高い発現は、対応対照潰瘍性大腸炎サンプルおよびＯＡ 軟骨におけるものである（CT＝３０）。興味深いことに、この遺伝子の発現は、対応対照潰瘍性大腸炎サンプルおよび対応対照クローン病サンプルで、対応する疾患の組織と比較して、より高い。さらに、この遺伝子の顕著な発現は、変形性関節炎およびリウマチ性関節炎の患者由来の 滑膜、骨、軟骨のサンプルにおいても観測されている。従って、この遺伝子の治療的調節は、炎症性腸疾患および関節炎の処置に有用であり得る。
【０６０５】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ５８６４ CG90709-03 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルに渡って低い／検出不能である（CT＞３４）。
【０６０６】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．５ 要約：
Ａｇ５８６４ CG90709-03 遺伝子の最も高い発現は、黒色腫ＳＫ−ＭＥＬ−５細胞株において検出される（ＣＴ＝２８．２）。この遺伝子の高ないし中度の発現は、黒色腫、腎臓癌、扁平上皮細胞癌腫、卵巣癌および乳癌においても見られる。従って、小分子薬物もしくは抗生物質の使用による この遺伝子もしくはそのタンパク質産物の活性の治療的調節は、これらの癌の処置に有益であり得る。
【０６０７】
代謝機能もしくは内分泌機能を有する組織の中では、この遺伝子は、膵臓、脂肪、副腎、および胃腸管において、中度で発現される。従って、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌／代謝関連疾患、例えば肥満や糖尿病の処置に有用であり得る。
【０６０８】
CG90709-03 遺伝子は、イオン輸送タンパク質をコードする。イオン輸送タンパク質は、カチオンを膜を通して移動する任を負う。このファミリーは、ナトリウム、カリウム、およびカルシウム・イオン・チャネルを含む。イオン輸送タンパク質の生理学的な機能は、その細胞下の位置、およびその活性を調節する細胞のメカニズム(Ref.1)によって、一部 決定される。近年では、イオン輸送タンパク質をコードする遺伝子の変異が、膵臓の嚢胞性線維症を含む慢性膵炎の進行に関連することが示されている(Ref.2)。CG90709-03 遺伝子は、膵臓において、中度レベルで発現される（ＣＴ＝３３）。従って、この遺伝子の活性の治療的調節は、膵炎の処置に有用であり得る。
【０６０９】
さらに、この遺伝子の顕著な発現は、脾臓および胸腺においても観測されている。従って、この遺伝子の機能をブロックする抗体もしくは小分子の治療は、抗炎症性治療として、アレルギー、自己免疫疾患、および炎症性疾患の処置に有用であり得る。
【０６１０】
全般的に、以下を参照のこと。
Dunbar LA, Caplan MJ. (2001) Ion pumps in polarized cells: sorting and regulation of the Na+, K+- and H+, K+-ATPases. J Biol Chem 2001 Aug 10;276(32):29617-20. PMID: 11404365.
Bornstein JD, Cohn JA. (1999) Cystic fibrosis in the pancreas: recent advances provide new insights. Curr Gastroenterol Rep 1(2):161-5. PMID: 10980944.
【０６１１】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ５８６４ CG90709-03 遺伝子の最も高い発現は、ＬＰＳ処置 単球において検出される（ＣＴ＝２７）。さらに、この遺伝子の発現は、休止型単球において、低いもしくは検出不能である（ＣＴ＝３７）。従って、この遺伝子の発現は、処置 単球および休止型単球を区別するのに用いられ得る。さらに、生来の免疫と免疫適応を連結するのに非常に重要な役割を果たす細胞である、ＬＰＳ処置 単球における この遺伝子の発現は、この遺伝子産物における免疫反応を開始する役割を持つことを示唆している。従って、モノクローナル抗体もしくは小分子の適応による この遺伝子の発現もしくは活性の調節は、炎症性疾患の早期段階を減少させ または妨げ、炎症性疾患、例えば乾癬、喘息、炎症性腸疾患、リウマチ性関節炎、変形性関節炎、および他の肺炎症性疾患の重症度を低下させ得る。
【０６１２】
この遺伝子の発現は、活性型一次および二次 Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１細胞、ＴＮＦ α処置皮膚線維芽細胞 ＣＣＤ１０７０細胞、ＬＰＳ処置マクロファージ、イオノマイシン処置 Ｒａｍｏｓ Ｂ細胞、ＰＷＭ／ＣＤ４０ＬおよびＩＬ−４処置Ｂリンパ球、およびＰＷＭ／ＰＨＡ処置ＰＭＢＣにおいて、刺激される。従って、この遺伝子がコードすると推定されるタンパク質は、活性型ＢもしくはＴ細胞を診断的に識別するのに、潜在的に用いられ得る。さらに、遺伝子産物もまた、喘息、気腫、ＩＢＤ、ループスまたは関節炎、およびＴ細胞とＢ細胞を活性化する別の疾患の処置に、潜在的に治療的に用いられ得る。
【０６１３】
この遺伝子の発現はまた、ＴＮＦ α処置皮膚線維芽細胞ＣＣＤ１０７０において、休止型細胞（ＣＴ＝３４）と比べて刺激される（ＣＴ＝３１）。従って、この遺伝子の発現は、これらの処置線維芽細胞と休止型線維芽細胞を区別するのに用いられ得る。また、この遺伝子産物の治療的調節は、皮膚疾患、例えば感染の処置に有用であり得る。
【０６１４】
Ｋ．ＮＯＶ１０ａ（CG90739-01：神経腺タンパク様）
遺伝子 CG90739-01 の発現を、表ＫＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３７９６を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＫＢ、ＫＣ、およびＫＤに示す。
【０６１５】
【表２４７】
Figure 2005507236
【０６１６】
【表２４８】
Figure 2005507236
【０６１７】
【表２４９】
Figure 2005507236
【０６１８】
表ＫＣの続き
【表２５０】
Figure 2005507236
【０６１９】
【表２５１】
Figure 2005507236
【０６２０】
表ＫＤの続き
【表２５２】
Figure 2005507236
【０６２１】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３７９６ このパネルは、アルツハイマー病において、CG56153-01 遺伝子のディファレンシャルな発現を示さない。しかし、この発現プロファイルは、脳におけるこの遺伝子の存在を、そしてアルツハイマー患者の海馬における最も高い発現（ＣＴ＝３３）を確認している。従って、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、神経性疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、統合失調症、多発性硬化症、卒中、および癲癇の処置に有用であり得る。
【０６２２】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３７９６ CG90739-01 遺伝子での１つの実験の結果を含まない。ａｍｐプロットは、この実験が実験的に困難であったことを示している。
【０６２３】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．５ 要約：
Ａｇ３７９６ CG90739-01 遺伝子の最も高い発現は、精巣において見られる（ＣＴ＝２７）。従って、この遺伝子の発現は、このサンプルと このパネルの別のサンプルを区別するのに、そして精巣組織のマーカーとして、用いられ得る。さらに、このタンパク質の発現もしくは機能の治療的調節は、男性の不妊症または性機能低下の処置に有効であり得る。
【０６２４】
さらに、この遺伝子の低いが顕著な発現は、海馬、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含む、調べられた中枢神経系の多くの領域において見られる。この遺伝子は、神経腺タンパク質様タンパク質の変異体をコードする。神経腺タンパク質は、ＡＤおよびダウン症の脳組織で識別される線状タンパク質である。ＡＤを伴う神経腺タンパク質（ＡＤ７ｃ−ＮＴＰ）は、〜４１ｋＤの膜貫通リンタンパク質であり、トランスフェクトされた神経細胞における、アポトーシスおよび神経突起の発芽を引き起こすことが示されている(Ref. 1, 2)。従って、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、神経疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、およびダウン症の処置に有用であり得る。
【０６２５】
全般的に、以下を参照のこと。
de la Monte SM. (1999) Molecular abnormalities of the brain in Down syndrome: relevance to Alzheimer's neurodegeneration. J Neural Transm Suppl;57:1-19. PMID: 10666665.
Suzanne M. de la Monte, Jack R. Wands (2001) The AD7C-NTP neuronal thread protein biomarker for detecting Alzheimer's disease. Journal of Alzheimer's Disease Volume 3 (3), 345-353.
【０６２６】
腫瘍学＿細胞株＿スクリーニング＿パネル＿ｖ３．２ 要約：
Ａｇ３７９６ CG90739-01 遺伝子の発現は、このパネルの全てのサンプルに渡って、低い／検出不能である（CT＞３５）。
【０６２７】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３７９６ CG90739-01 遺伝子の発現は、抗−ＣＤ９５で処置された二次Ｔｈ１／ＴＨ２／Ｔｒ１細胞において最も高い（ＣＴ＝３１．７）。このパネルにおけるこの遺伝子の発現は、Ｔ細胞、特に慢性活性型Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１細胞、ＬＡＫ細胞、マクロファージ、および樹状細胞を含む造血細胞に主に関係すると思われる。従って、この転写物またはそれがコードするタンパク質は、造血肝細胞を検出するのに用いられ得る。さらに、この転写物をコードするタンパク質を設計する治療は、抗原産生細胞（マクロファージおよび樹状細胞）、またはＴ細胞の機能を制御するのに重要であり、そして喘息、気腫、乾癬、関節炎、およびＩＢＤの処置に重要であり得る。
【０６２８】
Ｌ．ＮＯＶ１１ａおよびＮＯＶ１１ｂ（CG91667-01 および CG91667-02：ｄｌｋ１）
遺伝子 CG91667-01 および CG91667-02 の発現は、表ＬＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３００９を用いて評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＬＢ、ＬＣ、ＬＤ、ＬＥ、およびＬＦに示す。CG91667-02 は、CG91667-01 遺伝子の全長の天然のクローンを表し、遺伝子配列の予測を確認する。
【０６２９】
【表２５３】
Figure 2005507236
【０６３０】
【表２５４】
Figure 2005507236
【０６３１】
表ＬＢの続き
【表２５５】
Figure 2005507236
【０６３２】
【表２５６】
Figure 2005507236
【０６３３】
表ＬＣの続き
【表２５７】
Figure 2005507236
【０６３４】
【表２５８】
Figure 2005507236
【０６３５】
表ＬＤの続き
【表２５９】
Figure 2005507236
【０６３６】
【表２６０】
Figure 2005507236
【０６３７】
表ＬＥの続き
【表２６１】
Figure 2005507236
【０６３８】
【表２６２】
Figure 2005507236
【０６３９】
表ＬＦの続き
【表２６３】
Figure 2005507236
【０６４０】
表ＬＦの続き
【表２６４】
Figure 2005507236
【０６４１】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３００９ CG91667-01 遺伝子の最も高い発現は、変形性関節炎の患者由来の骨において見られる（ＣＴ＝２４．８）。
【０６４２】
パネル１．３Ｄ 要約：
Ａｇ３００９ 同じプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を与え、CG91667-01 遺伝子、すなわちＤＬＫ１ホモログの最も高い発現は、胎児骨格筋においてである（CT＝２１−２２）。この発現は、骨格筋において、この遺伝子の優先発現を示す公表データと一致している。
【０６４３】
さらに、この遺伝子は、胎児骨格筋において、成人の対応物における発現と比較して、ずっと高いレベルで発現される（CT＝２９）。従って、この遺伝子の発現は、胎児由来のこの組織と成人由来のこの組織を区別するのに用いられ得る。さらに、この遺伝子の胎児骨格筋における相対過剰発現は、タンパク質産物が、胎児における筋肉の成長もしくは発達を増強し、そして成人において再生能力で作用することを示唆している。より特定的には、この遺伝子がコードするタンパク質による 筋肉の弱体または栄養不良の処置は、筋肉量もしくは機能を元に戻し得る。
【０６４４】
この遺伝子は、胎児肝臓（ＣＴ＝２５）、肺（ＣＴ＝３２）、および心臓および腎臓（CT＝２７）においても、成人の心臓（ＣＴ＝３０）、肺、肝臓、および腎臓（CT＝４０）における発現と比較して、ずっと高いレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現は、肺、肝臓、腎臓、および心臓の、胎児と成人の形態を区別するのに用いられ得る。Ｄｌｋ１は、成長シグナルおよび分化シグナルに応答する細胞に含まれている(Ref.1, 2)。この遺伝子の著しい発現は、細胞の成長および増殖にも関係し得る。
【０６４５】
この遺伝子の高レベルの発現はまた、肝臓癌細胞株においても存在する。さらに、この遺伝子の低いが顕著な発現は、肺癌およびＣＮＳ癌と関連している。先のＤＬＫ１遺伝子は、小細胞性肺癌腫および神経内分泌腫瘍細胞株において、ディファレンシャルに発現されることが示されている(Ref.3)。従って、小分子薬物または抗生物質の使用による この遺伝子の治療的調節は、肝臓癌、肺癌、およびＣＮＳ癌の処置に有益であり得る。
【０６４６】
全般的に、以下を参照のこと。
Charlier C, Segers K, Wagenaar D, Karim L, Berghmans S, Jaillon O, Shay T, Weissenbach J, Cockett N, Gyapay G, Georges M. Human-ovine comparative sequencing of a 250-kb imprinted domain encompassing the callipyge (clpg) locus and identification of six imprinted transcripts: DLK1, DAT, GTL2, PEG11, antiPEG11, and MEG8. Genome Res 2001 May;11(5):850-62. PMID: 11337479.
Baladron V, Jose Ruiz-Hidalgo M, Bonvini E, Gubina E, Notario V, Laborda J.The EGF-like Homeotic Protein dlk AffeCT Cell Growth and InteraCT with Growth-Modulating Molecules in the Yeast Two-Hybrid System. Biochem Biophys Res Commun 2002 Feb 22;291(2):193-204. PMID: 11846389.
Laborda J, Sausville EA, Hoffman T, Notario V. (1993) dlk, a putative mammalian homeotic gene differentially expressed in small cell lung carcinoma and neuroendocrine tumor cell line. J Biol Chem 268(6):3817-20. PMID: 8095043.
【０６４７】
パネル２Ｄ 要約：
Ａｇ３００９ 同じプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を与え、CG91667-01 遺伝子の最も高い発現は、腎臓癌においてである（CT＝２５）。さらに、この遺伝子は、肝臓腫瘍および腎臓腫瘍において、相当する対応対照正常組織よりも高く発現される。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルと このパネルの別のサンプルを区別するのに、そしてこれらの癌のマーカーとして、用いられ得る。腎臓癌および肝臓癌におけるこの発現は、Ｄｌｋ１が成長および分化シグナルに応答する細胞に関連し得るという公表された論文と一致している。従って、ヒトのモノクローナル抗体による この遺伝子産物の治療的ターゲッティングは、特に腎臓腫瘍や肝臓腫瘍において、腫瘍細胞成長および転移の程度を、制限する もしくはブロックすると予測される。
【０６４８】
パネル３Ｄ 要約：
Ａｇ３００９ CG91667-01 遺伝子の最も高い発現は、横紋筋肉腫細胞株において見られる（ＣＴ＝２５）。顕著なレベルの発現は、肺癌、骨髄性白血病、神経芽細胞腫、および神経外胚葉組織由来の細胞株においても見られる。従って、この遺伝子の発現は、横紋筋肉腫細胞株と、このパネルの別のサンプルを区別するのに用いられ得る。
【０６４９】
この遺伝子は、ＮＯＴＣＨファミリーに属する デルタ様タンパク質前駆体（ＤＬＫ）をコードする。近年では、ＮＯＴＣＨファミリーに属する類似のタンパク質 ＤＬＬ４が、レトロウイルス介在遺伝子組換えによってマウスで過剰発現させた場合に、Ｔ細胞白血病／リンパ腫を誘発することが示されている(ref.1)。従って、小分子薬物もしくは抗生物質の使用による この遺伝子の治療的調節は、白血病、リンパ腫、芽細胞腫、および肉腫の処置において、有益であり得る。
【０６５０】
全般的に、以下を参照のこと。
Yan XQ, Sarmiento U, Sun Y, Huang G, Guo J, Juan T, Van G, Qi MY, Scully S, Senaldi G, Fletcher FA. (2001) A novel Notch ligand, Dll4, induces T-cell leukemia/lymphoma when overexpressed in mice by retroviral-mediated gene transfer. Blood 98(13):3793-9. PMID: 11739188.
【０６５１】
パネル４Ｄ 要約：
Ａｇ３００９ 同じプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を与え、CG91667-01 遺伝子の最も高い発現は、ＫＵ−８１２好塩基球細胞株由来の処置サンプルもしくは無処置サンプルにおいてである（CT＝２９−３０）。低いが顕著なレベルの発現は、休止型星状膠細胞、結腸、胸腺、および腎臓においても見られる。ａｍｐプロットがこの実験が実験的に困難であったことを示す(Run 161701540)ため、このプローブとプライマーでの第３の実験のデータは含まれない。
【０６５２】
好塩基球は、ヒスタミン、およびアレルゲンに応じる別の生物学的モディファイヤー(modifier)を放出し、喘息や過敏性反応の病状に重要な役割を果たす。従って、この遺伝子がコードすると推定されるタンパク質に対して設計された治療は、これらの疾患における好塩基球の機能をブロックすることによって、炎症を減少または阻害させ得る。さらに、これらの細胞は、様々な炎症性肺疾患および腸疾患、例えば喘息、クローン病、および潰瘍性大腸炎に寄与する炎症性細胞の妥当なモデルである。従って、この遺伝子産物の機能を調節する治療は、喘息、クローン病、および潰瘍性大腸炎に罹患している患者の症候を減少または除き得る。
【０６５３】
Ｍ．ＮＯＶ１２ａおよびＮＯＶ１２ｂ（CG92293-01 および CG92293-02：ポリタンパク質(ovochymase)）
遺伝子 CG92293-01 および CG92293-02 の発現を、表ＭＡとＭＢに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３７７５およびＡｇ５２７３を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＭＣ、ＭＤ、ＭＥ、およびＭＦに示す。
【０６５４】
【表２６５】
Figure 2005507236
【０６５５】
【表２６６】
Figure 2005507236
【０６５６】
【表２６７】
Figure 2005507236
【０６５７】
表ＭＣの続き
【表２６８】
Figure 2005507236
【０６５８】
【表２６９】
Figure 2005507236
【０６５９】
【表２７０】
Figure 2005507236
【０６６０】
表ＭＥの続き
【表２７１】
Figure 2005507236
【０６６１】
【表２７２】
Figure 2005507236
【０６６２】
表ＭＦの続き
【表２７３】
Figure 2005507236
【０６６３】
ＡＩ＿包括的パネル＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ５２７３ CG92293-01 遺伝子は、リウマチ性関節炎の患者の 骨、軟骨、および滑膜由来のサンプルのクラスターにおいて、わずかに過剰に発現される（CT＝３３−３４）。この発現プロファイルは、この遺伝子産物の治療的調節が、リウマチ性関節炎に罹患している患者の症候を減少もしくは除き得ることを示唆している。
【０６６４】
ＣＮＳ＿神経変異性＿ｖ１．０ 要約：
Ａｇ３７７５ ２つのプローブとプライマーのセットでの２つの実験は、すばらしく一致した結果を与える。このパネルは、アルツハイマー病において、CG92152-01 遺伝子のディファレンシャルな発現を示していない。しかしながら、この発現プロファイルから、この遺伝子が脳に存在すること、そして最も高い発現は、アルツハイマー病の患者の海馬においてである（CT＝３１−３２）ことが確認される。中枢神経系におけるこの遺伝子の有用性を論じるには、パネル１．４を参照されたい。
【０６６５】
一般的＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４ 要約：
Ａｇ３７７５ CG92152-01 遺伝子の最も高い発現は、卵巣癌細胞株において見られる（ＣＴ＝３２）。著しいレベルの発現は、乳癌細胞株および肺癌細胞株由来のサンプルのクラスターにおいて見られる。従って、この遺伝子の発現は、これらのサンプルと このパネルの別のサンプルを区別するのに、そしてこれらの癌の存在を検出するマーカーとして用いられ得る。さらに、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、卵巣癌、乳癌および肺癌の処置において有効であり得る。
【０６６６】
この遺伝子はまた、海馬、視床、黒質、扁桃体、小脳、および大脳皮質を含む、ＣＮＳにおいて、低レベルで発現される。従って、この遺伝子の発現もしくは機能の治療的調節は、神経疾患、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、統合失調症、多発性硬化症、卒中、および癲癇の処置に有用であり得る。
【０６６７】
代謝性機能を有する組織の中では、この遺伝子は、脂肪、副腎、膵臓、心臓、および成人と胎児の骨格筋において、低いが顕著なレベルで発現される。これらの組織における発現は、この遺伝子産物が、正常神経内分泌および代謝において役割を果たすこと、およびこの遺伝子の非制御発現が、神経内分泌性疾患もしくは代謝性疾患、例えば肥満および糖尿病に寄与することを示唆している。
【０６６８】
パネル４．１Ｄ 要約：
Ａｇ３７７５ CG92152-01 遺伝子の最も高い発現は、皮膚線維芽細胞で処置されたＩＬ−４において見られる（CT＝３２．５）。低いが顕著なレベルの発現はまた、処置および無処置 肺および皮膚線維芽細胞、および慢性的に活性化されたＴｈ２細胞においても見られる。肺および皮膚由来線維芽細胞におけるこの遺伝子の発現は、この遺伝子が、正常状態と、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギー、乾癬、および気腫を含む病理学的炎症性肺疾患に関係することを示唆している。
【０６６９】
Ｎ．ＮＯＶ１５ａ（CG92531-01：ロイシンリッチ）
遺伝子 CG92531-01 の発現は、表ＮＡに記載されたプライマー−プローブのセット Ａｇ３８３９を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの結果を、表ＮＢ、ＮＣ、およびＮＤに示す。
【０６７０】
【表２７４】
Figure 2005507236
【０６７１】
【表２７５】
Figure 2005507236
【０６７２】
【表２７６】
Figure 2005507236
【０６７３】
表ＮＣの続き
【表２７７】
Figure 2005507236
【０６７４】
【表２７８】
Figure 2005507236
【０６７５】
表ＮＤの続き
【表２７９】
Figure 2005507236
【０６７６】
CNS_神経変性_v1.0要約:
Ag3839このパネルは、CG92531-01遺伝子の、独立群の固体の脳での低レベルの発現を確認する。しかし、この遺伝子のディファレンシャルな発現は、この実験においてアルツハイマー病の検視用脳および非発狂対照のものの間では検出されなかった。中枢神経系障害の処置におけるこの遺伝子の潜在的利用性の考察のためにパネル１．４を参照されたい。
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag3839 CG92531-01遺伝子の最高発現が、CNS癌(神経膠腫/星細胞腫)細胞株U-118-MG(CT=31.3)で検出される。この遺伝子の懸著な発現が、このパネルで使用された癌細胞株のクラスター(CNS、結腸、胃腸、肺、乳、卵巣、前立腺および黒色腫)において見出される。したがって、この遺伝子またはそのタンパク質産物の活性の治療的調節は、小分子薬物、または抗体の使用によって、これらの癌の処置において有益であり得る。
【０６７７】
代謝または内分泌性機能を有する組織では、この遺伝子は、低ないし中度レベルで発現され、膵臓、脂肪細胞、副腎、甲状腺、骨格筋、心臓、肝臓および消化管でのレベルを調節する。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌/代謝関連疾患、例えば肥満および糖尿病の処置で有用であるとわかり得る。
【０６７８】
興味深いことに、この遺伝子の発現は、胎児心臓サンプル（CT=36)と比較して、成人（CT=33)でより高い。こうして、この遺伝子の発現を使用し、成人と胎児心臓の間を区別できる。
【０６７９】
加えて、この遺伝子は、低ないし中度レベルで発現され、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含む試験された中枢神経系のすべての領域でのレベルを調節する。したがって、この遺伝子は中枢神経系障害例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、癲癇、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病で役割を演じる。
パネル4.1D要約:Ag3839CG92531-01遺伝子の最高発現は、TNFα+IL-1β処置された肺微小血管EC(CT=32)で検出される。加えて、この遺伝子は、健康および疾患の免疫応答で広範囲の顕著な細胞型で高ないし中度レベルで発現される。これらの細胞は、T細胞、B細胞、内皮細胞、マクロファージ／単球および末梢血液単核細胞ファミリー、並びに肺および皮膚からの上皮および線維芽細胞型、および結腸、肺、胸腺および腎臓によって提示される正常組織のメンバーを含む。発現のこの普遍パターンは、この遺伝子産物が、これらおよび他の細胞型および組織についてホメオスタシス過程に関与し得ることを示唆する。このパターンは、一般スクリーニングパネルv1.4での発現プロファイルと一致し、そしてまた細胞生存および増殖での該遺伝子産物についての役割を示唆する。したがって、機能的治療での遺伝子産物の調節は、これらの細胞型に付随する機能の緩和につながり得そして自己免疫および炎症性疾患、例えば喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、紅斑性狼瘡、乾癬、リュウマチ様関節炎、および変形性関節症に罹患する患者の症状の改善につながり得る。
【０６８０】
O.NOV16aおよびNOV16b(CG92715-01およびCG92715-02:LRRタンパク質)
CG92715-01およびCG92715-02の遺伝子の発現を、プライマー−プローブセットAg2502であって、表OAに記載されるのを使用して評価した。RTQ-PCR実施の結果は、表OB、OC、OD、OEおよびOFに示す。
【０６８１】
【表２８０】
Figure 2005507236
【０６８２】
【表２８１】
Figure 2005507236
【０６８３】
【表２８２】
Figure 2005507236
【０６８４】
表ＯＣの続き
【表２８３】
Figure 2005507236
【０６８５】
【表２８４】
Figure 2005507236
【０６８６】
表ＯＤの続き
【表２８５】
Figure 2005507236
【０６８７】
表ＯＤの続き
【表２８６】
Figure 2005507236
【０６８８】
【表２８７】
Figure 2005507236
【０６８９】
表ＯＥの続き
【表２８８】
Figure 2005507236
【０６９０】
【表２８９】
Figure 2005507236
【０６９１】
表ＯＦの続き
【表２９０】
Figure 2005507236
【０６９２】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag2502このパネルはアルツハイマー病でのCG92715-01遺伝子のディファレンシャルな発現を示さない。しかし、この発現プロファイルは、アルツハイマー病患者（CT=26.9)からの海馬での最高発現を有する、脳でのこの遺伝子の存在を確認する。パネル１．３Dを、中枢神経系でのこの遺伝子の利用性の考察のために参照されたい。
【０６９３】
パネル1.3D要約:Ag2502CG92715-01遺伝子の最高発現が、大脳皮質(CT=27)でみられる。加えて、発現の低レベルが、このパネルで試験したすべてのCNS領域でみられる。この遺伝子は、ロイシンに富む反復タンパク質をコードする。ロイシンに富む反復（ロイシンリッチリピート）(LRR)は、不可逆タンパク質−タンパク質相互作用を仲介し、そして細胞性接着およびシグナル伝達を含む広範の細胞性機能を有する。これらのタンパク質のいくつか、例えばコネクチン、スリット、カオプチン、およびトール(Toll)は、Drosophilaの神経性発達での神経発達で役割を有し、そして神経発達でおよびヒトの成人神経系で顕著であるが明瞭な役割を演じ得る(Ref.1)。Drosophiliaでは、軸索案内タンパク質のLRR領域は、これらの機能のために重要であると示された（特に軸索消散）。この遺伝子によってコードされたロイシンに富む反復タンパク質は、大脳皮質で最高発現を示すから、一般に軸索、樹状突起および／または成長円錐のためのすぐれた候補ニューロン案内である。したがって、このタンパク質のレベル、またはこのタンパク質を介する可能なシグナル伝達の治療的調節は、増強/指示補償シナプス生成およびニューロン死に応答したCNS（発作、頭部外傷）軸索病変（脊髄傷害）、または神経変性（アルツハイマー、パーキンソン、ハンチントン、血管性痴呆症または任意の神経変性疾患）での繊維成長での利用性を有し得る。
【０６９４】
中度発現レベルはまた、卵巣癌、肺癌および脳癌に由来する細胞株でみられる。したがって、この遺伝子産物の発現または機能の治療的調節は、これらの癌の処置で有効であり得る。
【０６９５】
代謝的に関連する組織内で、この遺伝子発現は、胎児骨格筋、甲状腺および下垂体でみられる。この観察は、治療的調節が、代謝的疾患、例えば肥満および糖尿病並びに神経内分泌腺障害の処置を助け得ることを示唆する。糖タンパク質ホルモンは、卵巣、精巣および甲状腺の発達および機能に、特異的高アフィニティレセプターに結合することによって影響を及ぼす。興味深いことに、これらのレセプターの細胞外ドメインは、ある数のロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）タンパク質スーパーファミリーであり、そして高アフィニティ結合の原因となる。
【０６９６】
同じプローブおよびプライマーセットでの第2実験からの結果は、含まれない（実施165518160）。該増幅プロットは、この実施での実験的困難性があったことを指摘する。
【０６９７】
全般に、参照せよ、
Jiang X., Dreano M., Buckler D.R., Cheng S., Ythier A., Wu H., Hendrickson W.A., el Tayar N. (1995) Structural predictions for the ligand-binding region of glycoprotein hormone receptors and the nature of hormone-receptor interactions. Structure 3: 1341-1353. PMID: 8747461
Battye R., Stevens A., Perry R.L., Jacobs J.R. (2001) Repellent signaling by Slit requires the leucine-rich repeats. J. Neurosci. 21: 4290-4298. PMID: 11404414
Itoh A., Miyabayashi T., Ohno M., Sakano S. 1998 Cloning and expressions of three mammalian homologues of Drosophila slit suggest possible roles for Slit in the formation and maintenance of the nervous system. Brain Res. Mol. Brain Res. 62: 175-186. PMID: 9813312
【０６９８】
パネル 2D 要約:Ag2502 同じプローブおよびプライマーセットでの2つの実験は、すばらしい一致である結果を生んだ。CG92715-01遺伝子の最高発現は、腎臓癌で見られる(CT=27.7)。加えて、発現は、通常隣接組織での発現と比較したときに、腎臓癌で有意により高く、これは腎臓癌進行での役割を示唆する。また膀胱、胃、結腸、および卵巣癌での中ないし低発現がある。こうして、この遺伝子の発現を、腎臓癌サンプルをこのパネルの他のサンプルから区別するため、そして腎臓癌のマーカーとして使用し得る。さらに、ヒトモノクローナル抗体でのCG92715-01遺伝子の治療的ターゲティングを、特異的に腎臓、卵巣、膀胱、胃、および結腸腫瘍での、腫瘍細胞移動、侵入および転移の程度を限定または阻止することを想起する。
【０６９９】
パネル3D要約:Ag2502 CG92715-01遺伝子の最高発現が肺癌細胞株(CT=28)でみられる。加えて、発現の中度レベルが、肺および脳癌細胞株のクラスターでみられる。卓越発現がまた、小脳でみられ、パネル1.3Dで見られる発現と一致する。低いが顕著な発現がまた、腎臓癌および卵巣癌細胞株で見られる。こうして、この遺伝子の発現を使用し、肺および脳癌株およびこのパネルの他のサンプルの通常脳と区別し、そして肺および脳癌についてのマーカーとして使用し得る。加えて、この遺伝子の中度発現がまた、黒色腫、横紋筋肉腫、骨肉腫、腎臓および膀胱癌腫、リンパ腫、卵巣および子宮頚部癌および胃癌細胞株でみられる。したがって、この遺伝子の発現また機能の治療的調節は、これらの癌の処置で有効であり得る。
【０７００】
パネル4D要約:Ag2502 Ag2502 CG92715-01遺伝子の最高発現が好酸球で見られる(CT=32)。さらに、ディファレンシャル遺伝子発現が、休止条件下の好酸球細胞株EOL-1で、ホルボールエステルおよびイオノマイシンによって刺激されたEOL-1細胞のそれ(CT=34.4)を超えて、観察される。こうして、この遺伝子は、好酸球機能に関与し得る。このタンパク質に惹起された抗体であってその活性を刺激するものは、好酸球活性化の減少において、およびＴ細胞介在自己免疫および炎症性疾患についての抗炎症性治療剤として有用であり得る。低いが顕著なレベルの発現がまた、処置および無処置NCI-H292粘膜表皮性および通常結腸、肺、および前立腺でみられる。制限発現のこのパターンは、この遺伝子が、これらの組織の通常ホメオスタシスおよび/または肺の病理学的/炎症性条件に関与し得ることを示唆する。
【０７０１】
P.NOV17a(CG92813-01:カドヘリン関連腫瘍抑制前駆体(FAT))
遺伝子 CG92813-01の発現は、プライマー-プローブセットAg1350、Ag1413、Ag1414、Ag1515、Ag3085、Ag693、Ag694、Ag740およびAg3819を使用して評価し、表PA、PB、PC、PD、PE、PF、PG、PHおよびPIに記載した。RTQ-PCR実施の結果は表PJ、PK、PL、PM、PN、PO、PP、PQおよびPRに示される。
【０７０２】
【表２９１】
Figure 2005507236
【０７０３】
【表２９２】
Figure 2005507236
【０７０４】
【表２９３】
Figure 2005507236
【０７０５】
【表２９４】
Figure 2005507236
【０７０６】
【表２９５】
Figure 2005507236
【０７０７】
【表２９６】
Figure 2005507236
【０７０８】
【表２９７】
Figure 2005507236
【０７０９】
【表２９８】
Figure 2005507236
【０７１０】
【表２９９】
Figure 2005507236
【０７１１】
【表３００】
Figure 2005507236
【０７１２】
表ＰＪの続き
【表３０１】
Figure 2005507236
【０７１３】
【表３０２】
Figure 2005507236
【０７１４】
表ＰＫの続き
【表３０３】
Figure 2005507236
【０７１５】
表ＰＫの続き
【表３０４】
Figure 2005507236
【０７１６】
【表３０５】
Figure 2005507236
【０７１７】
表ＰＬの続き
【表３０６】
Figure 2005507236
【０７１８】
表ＰＬの続き
【表３０７】
Figure 2005507236
【０７１９】
【表３０８】
Figure 2005507236
【０７２０】
表ＰＭの続き
【表３０９】
Figure 2005507236
【０７２１】
【表３１０】
Figure 2005507236
【０７２２】
表ＰＮの続き
【表３１１】
Figure 2005507236
【０７２３】
【表３１２】
Figure 2005507236
【０７２４】
表ＰＯの続き
【表３１３】
Figure 2005507236
【０７２５】
表ＰＯの続き
【表３１４】
Figure 2005507236
【０７２６】
【表３１５】
Figure 2005507236
【０７２７】
表ＰＰの続き
【表３１６】
Figure 2005507236
【０７２８】
表ＰＰの続き
【表３１７】
Figure 2005507236
【０７２９】
【表３１８】
Figure 2005507236
【０７３０】
表ＰＱの続き
【表３１９】
Figure 2005507236
【０７３１】
表ＰＱの続き
【表３２０】
Figure 2005507236
【０７３２】
【表３２１】
Figure 2005507236
【０７３３】
表ＰＲの続き
【表３２２】
Figure 2005507236
【０７３４】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag1413/Ag3819/Ag693異なるプライマーおよびプローブセットでの3実験は、すばらしい位置である。このパネルは、CG92813-01遺伝子の、固体の独立群の脳の低レベルで発現を確認する。しかし、この遺伝子のディファレンシャル発現は、この実験においてアルツハイマー病検視後脳および非発狂コントロールの間で検出されなかった。中枢神経系障害の処置におけるこの遺伝子の潜在的利用性の考察についてパネル1.4を参照せよ。
【０７３５】
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag1413/Ag3819異なるプライマーおよびプローブセットでの2実験はすばらしい一致であり、肺癌細胞株NCI-H23でCG92813-01遺伝子の最高発現を有した(CT=26-28)。高ないし中レベルのこの遺伝子の発現はまた、CNS癌、腎臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および黒色腫細胞株で見られる。したがって、この遺伝子またはそのタンパク質産物の活性の治療的調節は、小分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介して、肺癌または卵巣癌の処置で有益であり得る。CG92813-01遺伝子は、カドヘリン関連腫瘍抑制前駆体をコードする。E-カドヘリン、関連タンパク質を、乳癌検出のための全長マーカーとして使用する(Ref.1).したがって、CG92813-01遺伝子の発現はまた、前記癌の診断マーカーとして使用し得る。
代謝または内分泌機能を有する組織間で、この遺伝子は、膵臓、脂肪細胞、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および胃腸管で、高ないし中レベルで発現される。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌/代謝的関連疾患、例えば肥満および糖女房の処置で有用であるとわかり得る。加えて、Eカドヘリン、関連タンパク質は、腹腔スプルー病の小腸管粘膜の減少が示され(Ref.1)、サンプルはこのパネルで使用しない。Eカドヘリンと同様に、我々はCG92813-01遺伝子の発現がまた腹腔スプール病のこの組織で減少し得ることを予測する。腹腔スプールは、慢性疾患で、ここで特徴的粘膜病変の小腸および欠損栄養吸収があり、これはコムギグリアジンおよび食物からの関連穀物タンパク質をやめると改善する。ビオプシー標本は、びまん性腸炎とはっきりした萎縮症またはウイルスの全体喪失を実証する。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、腹腔スプール病の処置で有用とわかり得る。
【０７３６】
加えて、この遺伝子は、試験した中枢神経系のすべての領域で低ないし中レベル発現され、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含むものである。この遺伝子産物は、分子のカドヘリンスーパーファミリーに属する膜横断糖タンパク質であって、これは多くの生物プロセス、例えば細胞接着、細胞骨格構成、および形態発生に関与する。カドヘリンは、特異的に発達および傷害への応答中に、軸索案内および脂肪接着タンパク質として作用できる(ref2)。したがって、このタンパク質のレベルの操作は、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、脊髄小脳失調、進行性核上性麻痺、ALS、頭部外傷、発作またはニューロン喪失に付随する任意の他の疾患/状態のニューロン死への補償シナプス発生性応答の誘導での使用し得る。
Ag740この遺伝子での1実験からの結果は含まれない。増幅プロットは、この実施で実験困難性があったことを指摘する。
【０７３７】
全般に参照せよ、
BarshackI,GoldbergI,ChowersY,WeissB, Horowitz A, Kopolovic J. (2001) Immunohistochemical analysis of candidate gene product expression in the duodenal epithelium of children with coeliac sprue. J Clin Pathol 54(9):684-8. PMID: 11533074
Ranscht B. (2000) Cadherins: molecular codes for axon guidance and synapse formation. Int. J. Dev. Neurosci. 18: 643-651. PMID: 10978842
【０７３８】
パネル 1.2 要約:Ag694同じプライマーおよびプローブセットでの2実験はすばらしい一致であり、CG92813-01遺伝子の神経芽細胞腫転移SK-N-AS,および２の肺癌(NCI-H23、HOP-62)細胞株で最高発現であった(CT=26-28)。この遺伝子の高ないし中レベル発現はまた、CNS癌、腎臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および黒色腫細胞株のクラスターで見られる。この遺伝子の顕著な発現は、また、試験した代謝または内分泌機能を有する組織および中枢神経系のすべての領域でみられる。
Ag693この遺伝子の最高発現が、胎児脳で検出される(CT=28.5)。この遺伝子の発現は、脳領域、内皮細胞、膀胱、肝臓、および肺癌NCI-H23細胞株のいくつかに制限される(CT=28-32)。こうして、この遺伝子の発現を、このパネルで使用した他のサンプルからこれらのサンプルを区別するため使用できる。このプライマーおよびプローブセットは、遺伝子の異なる領域を認識し、そして種々の発現パターンを示すことを注意せよ。
パネル1.3D要約:Ag3085CG92813-01遺伝子の最高発現が、胎児脳で検出される(CT=28)。この遺伝子の高ないし中レベル発現が、CNS癌、腎臓癌、肺癌、乳癌、卵巣癌および黒色腫細胞株のクラスターで見られる。この遺伝子の発現は、代謝または内分泌機能を有する組織および試験した中枢神経系の全ての領域で見られる。この遺伝子の潜在的利用性の考察についてパネル1.4を参照。
【０７３９】
パネル2.2要約:Ag3085CG92813-01遺伝子の最高発現が正常子宮で検出される(CT=30).この遺伝子の高ないし中レベル発現が、また正常および癌組織の両方で見られる。興味深いことに、この遺伝子の発現は、結腸、卵巣、肺(OD04237-02)、肝臓(ODO4310)、腎臓(OD04348;8120614)のコントロールマージンサンプル中で、それらの対応癌組織と比較して、より高い。パネル1.4をこの遺伝子の潜在的利用性の考察のために参照。
パネル2D要約:Ag1413/Ag740CG92813-01遺伝子の最高発現が、正常腎臓および結腸でみられる(CT=29-30)。異なるプライマーおよびプローブでの2実験は、よい一致であり、正常および癌組織の両方でこの遺伝子の懸著な発現がある。興味深いことに、この遺伝子は、結腸(ODO3920)、肝臓(ODO4310)、および卵巣(OD04768-08)のコントロールマージンサンプルで、対応癌組織と比較して、よりたかい。パネルを、この遺伝子の潜在利用考察に参照。
【０７４０】
パネル4.1D要約:Ag1413/Ag3819/Ag740異なるプローブおよびプライマーセットでのこれらの実験は、すばらしい一致であり、INFγ処置したHUVEC細胞でのCG92813-01遺伝子の最高発現を有した(CT=25-27)。加えて、この遺伝子の高ないし中程度発現が、処置および無処置HUVEC、肺微小血管EC、微小血管皮膚EC、気管支上皮、小気道上皮、NCI-H292、HPAEC、肺線維芽細胞、および皮膚線維芽細胞でみられる。この遺伝子の、肺に由来するまたはその内の細胞での発現は、この遺伝子が、正常条件並びに生理学的および、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギーおよび気腫を含む炎症性肺障害に関与し得ることを示唆する。
【０７４１】
加えて、この遺伝子の最高発現がまた、結腸、肺、前立腺および腎臓によって代表される正常組織で検出される。したがって、この遺伝子によってコードされるタンパク質の活性の治療的調節は、これらの組織に影響する疾患、例えば炎症成長疾患、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギー、気腫、狼瘡および糸球体腎炎の処置で有用であり得る。
パネル4D要約:Ag1515/Ag3085異なるプローブおよびプライマーセットでの実験は、すばらしい一致であり、IFNγ処置HUVEC細胞でのCG92813-01遺伝子の最高発現を有する(CT=25-27)。加えて、この遺伝子の高ないし中程度発現が、処置および無処置HUVEC、肺肺微小血管EC、微小血管皮膚EC、気管支上皮、小気道上皮、NCI-H292、HPAEC、肺線維芽細胞、および皮膚線維芽細胞でみられる。この遺伝子の、肺に由来するまたはその内の細胞での発現は、この遺伝子が、正常条件並びに生理学的および、慢性閉塞性肺疾患、喘息、アレルギーおよび気腫を含む炎症性肺障害に関与し得ることを示唆する。
興味深いことに、この遺伝子の発現は、TNFα+IL-1β処置細胞(CT=30-31）と比較して、無処置HPAEC（CT=27-28)でより高い。こうして、この遺伝子の発現は、無処置HPAECサンプルから処置を区別するために使用できる。
【０７４２】
加えて、この遺伝子の最高発現がまた、結腸、肺、前立腺および腎臓によって代表される正常組織で検出される。興味深いことに、この遺伝子の発現は、正常結腸（CT=28-29)と比較して、IBD結腸炎およびクローン病を有する患者からの結腸サンプル（CT=28−29）でずっと低い。したがって、この遺伝子によってコードされるタンパク質の活性の治療的調節は、炎症性長疾患の処置で有用であり得る。
パネルCNS_1要約:Ag693このパネルは、個体の独立群の脳の低レベルのCG92813-01遺伝子の発現を確認する。
【０７４３】
Q.NOV19a(CG93088-01:モノカルボキシレート輸送体)
プライマー-プローブセットセットAg3841を使用して、遺伝子CG93088-01の発現を評価し、表QAに記載する。RTQ-PCR実施の結果は表QB、QC、およびQDに示される。
【０７４４】
【表３２３】
Figure 2005507236
【０７４５】
【表３２４】
Figure 2005507236
【０７４６】
表ＱＢの続き
【表３２５】
Figure 2005507236
【０７４７】
【表３２６】
Figure 2005507236
【０７４８】
表ＱＣの続き
【表３２７】
Figure 2005507236
【０７４９】
【表３２８】
Figure 2005507236
【０７５０】
表ＱＤの続き
【表３２９】
Figure 2005507236
【０７５１】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag3841同じプローブおよびプライマーセットでの2実験は、すばらしい一致である。それは、個体の独立群の脳の低レベルのCG93088-01遺伝子の発現を確認する。この遺伝子は、非発狂対照と比較したとき、アルツハイマー病患者の側頭皮質で上方調節されている(Ancovaによって分析したときp=0.02、asa共分散を使用してウェルあたり負荷された総ｃDNAの評価）。この遺伝子はしたがって、小さい分子標的であり得、そしてこの輸送体の阻止は、アルツハイマー病の進行を減速または停止させ得る。
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag3841CG93088-01遺伝子の最高発現が、副腎で検出される(CT=25)。加えて、この遺伝子はまた、代謝または内分泌機能を有する他の組織、例えば膵臓、脂肪細胞、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および胃腸管で高ないし中度レベルで発現される。CG93088-01遺伝子は、モノカーボヒドレート輸送体、糖輸送体ファミリーに属する輸送体をコードする。最近、このファミリーに属するタンパク質が、非-インスリン-依存性糖尿病(NIDDM)と連関することが示された(Ref.1)。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌/代謝関連疾患、例えば肥満および糖尿病であってNIDDMを含むものの処置で有用であるとわかり得る。
【０７５２】
興味深いことに、成人肝臓(CT=35.6)と比較したときに、胎児(CT=28.7)のずっとより高レベルで発現される。この観察は、この遺伝子の発現を使用し、成人肝臓と胎児を区別し得ることを示唆する。
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含む試験した中枢神経系のすべての領域で高ないし中度レベルで発現される。したがって、この遺伝子は、中枢神経系障害例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、癲癇、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病で役割を演じ得る。
【０７５３】
全般に参照せよ、
McVie-WylieAJ,LamsonDR, Chen YT. (2001) Molecular cloning of a novel member of the GLUT familyの transporters, SLC2a10 (GLUT10), localized on chromosome 20q13.1: a candidate gene for NIDDM susceptibility. Genomics 72(1):113-7. PMID: 11247674
【０７５４】
パネル2.2要約:Ag3841CG93088-01遺伝子での1実験からの結果は含まれない。増幅プロットは、この実施での実験困難性があったことを指摘する。
パネル4.1D要約:Ag3841CG93088-01遺伝子の最高発現が、腎臓サンプルで検出される(CT=26)。したがって、この遺伝子によってコードされたタンパク質で設計された抗体または小分子治療は、腎臓機能を調節し、そして狼瘡および糸球体腎炎を含む腎臓に影響する炎症性または自己免疫疾患の処置で重要であり得る。
加えて、この遺伝子の低ないし中度発現がまた、TNFα+IL-1β処置HPAEC、ケラチノサイト、好塩基球、星状膠細胞、冠状動脈SMC、小気道上皮、肺微小血管EC、微小血管皮膚ECおよびPWM処置Bリンパ球でみられる。興味深いことに、この遺伝子の発現は、TNFα+IL-1β処置HPAEC、IFNγ/IL-11処置HUVEC細胞、PWM処置PBMC細胞、IL-2+IL-18処置LAK細胞、活性化一次および二次Th1、Th2、Tr1細胞で、これらの対応無処置または休止型細胞と比較して、刺激されている。したがって、機能的治療剤での遺伝子産物の調節は、この細胞型と連関する機能の変化につながり、および自己免疫および炎症性疾患例えば喘息、アレルギー、炎症性腸疾患、紅斑性狼瘡、乾癬、リウマチ様関節炎、および骨粗鬆症に罹患する患者の症状の改善につながり得る。
【０７５５】
R.NOV21a(CG93345-01:GPCR)
遺伝子CG93345-01の発現を、プライマー-プローブセットAg3850を使用して評価し、表RAに記載する.RTQ-PCR実施の結果を表RBに示す。
【０７５６】
【表３３０】
Figure 2005507236
【０７５７】
【表３３１】
Figure 2005507236
【０７５８】
表ＲＢの続き
【表３３２】
Figure 2005507236
【０７５９】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag3850CG93345-01遺伝子の発現は、このパネルのすべてのサンプルで低/検出不能である(CT>35)。
【０７６０】
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag3850CG93345-01遺伝子の発現は、肺癌細胞株に由来するサンプルに制限される(CT=31.1)。こうして、この遺伝子の発現は、このサンプルとこのパネルの他のサンプルの間を区別するためにおよび肺癌のそんざいを検出するためのマーカーとそいて使用し得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、肺癌の処置で有効であり得る。
【０７６１】
パネル4.1D要約:Ag3850CG93345-01遺伝子の発現は、このパネルのすべてのサンプルで低/検出不能である(CT>35)。
【０７６２】
S.NOV22a(CG93400-01:GPCR)
遺伝子CG93400-01の発現を、プライマー-プローブセットAg3853を使用して評価し,表SAに記載する.RTQ-PCR実施の結果は、表SB、およびSCに示す。
【０７６３】
【表３３３】
Figure 2005507236
【０７６４】
【表３３４】
Figure 2005507236
【０７６５】
表ＳＢの続き
【表３３５】
Figure 2005507236
【０７６６】
【表３３６】
Figure 2005507236
【０７６７】
表ＳＣの続き
【表３３７】
Figure 2005507236
【０７６８】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag3853CG93400-01遺伝子の発現は、このパネルのすべてのサンプルで低/検出不能である(CT>35)。
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag3853CG93400-01遺伝子の発現は、肺癌細胞株に由来するサンプルに制限される(CT=31)。こうして、この遺伝子の発現を使用し、このサンプルとこのパネルの他のサンプルの間を区別し、そして肺癌の存在を検出するためのマーカーとして使用し得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、肺癌の処置で有効であり得る。
【０７６９】
パネル4.1D要約:Ag3853CG93400-01遺伝子の発現は、IL-2処置NK細胞由来のサンプルに制限される(CT=31.5)。こうして,この遺伝子の発現を使用し、このサンプルと、このパネルの他のサンプルの間を区別し、そして活性化NK細胞のマーカーとして使用し得る。
T.NOV23a(CG93410-01:グルタメートレセプター5)
遺伝子CG93410-01の発現を、プライマー-プローブセットAg1682を使用して評価し、表TAに記載する。RTQ-PCR実施の結果は表TBおよびTCに示す。
【０７７０】
【表３３８】
Figure 2005507236
【０７７１】
【表３３９】
Figure 2005507236
【０７７２】
表ＴＢの続き
【表３４０】
Figure 2005507236
【０７７３】
表ＴＢの続き
【表３４１】
Figure 2005507236
【０７７４】
【表３４２】
Figure 2005507236
【０７７５】
表ＴＣの続き
【表３４３】
Figure 2005507236
【０７７６】
表ＴＣの続き
【表３４４】
Figure 2005507236
【０７７７】
パネル1.3D要約:Ag1682同じプローブおよびプライマーセットでの2実験はすばらしい一致であり、肺癌SHP-77細胞株のこの遺伝子の最高発現であった(CT=26)。加えて、この遺伝子の低ないし中度発現がまた、癌細胞株の数(黒色腫、卵巣、乳、肺、腎臓、結腸、CNSおよび肝臓腺癌)で観察される。したがって、この遺伝子またはそのタンパク質産物の活性の治療的調節は、小分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用によって、これらの癌の処置で有益であり得る。
【０７７８】
加えて、この遺伝子は、扁桃体、海馬、黒質、視床、小脳、大脳皮質、および脊髄を含む試験したすべての中枢神経系のすべての領域で高ないし中レベルに発現される。したがって、この遺伝子は、中枢神経系障害例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、癲癇、多発性硬化症、統合失調症およびうつ病で役割を演じ得る。CG93410-01は、グルタメートレセプター５(GluR5)のスプライス変異体をコードする。GluR5の突然変異または対立遺伝子変異は、家族性菌萎縮性側索硬化症(ALS)(Ref.1)および幼若不存在癲癇(JAE)(Ref.2)と連化し得ることが示された.したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、ALSおよびJAEの処置で有用とわかり得る。
【０７７９】
代謝的または内分泌機能を有する組織間で、この遺伝子は、膵臓、副腎、胎児骨格筋、胎児心臓、胎児肝臓および胃腸管で高ないし中レベルに発現される。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌/代謝関連疾患、例えば肥満および糖尿病の処置で有用とわかり得る。
興味深いことに、この遺伝子は、胎児で成人骨格筋、心臓および肝臓で(CT=30-33)、成人骨格筋、心臓および肝臓(CT>35)と比較したときに、ずっとより高レベルで発現される。この観察は、この遺伝子を使用して、成人組織から胎児組織を区別し得ることを示唆する。
【０７８０】
全般に参照せよ、
EubanksJH,PuranamRS,KlecknerNW,BettlerB,Heinemann SF, McNamara JO. (1993) The gene encoding the glutamate receptor subunit GluR5 is located on human chromosome 21q21.1-22.1 in the vicinity of the gene for familial amyotrophic lateral sclerosis. Proc Natl Acad Sci U S A 90(1):178-82. PMID: 8419920
Sander T, Hildmann T, Kretz R, Furst R, Sailer U, Bauer G, Schmitz B, Beck-Mannagetta G, Wienker TF, Janz D. (1997). PMID: 9259378
【０７８１】
パネル2D要約:Ag1682同じプローブおよびプライマーセットでの2実験は、すばらしい一致であり、肺悪性癌(OD03126)でこの遺伝子の最高発現である(CT=28-31)。加えて、この遺伝子の発現は、正常、対照辺縁および癌組織の両方で見られる。この遺伝子の潜在的利用性の考察についてパネル1.4参照。
【０７８２】
U.NOV24a(CG93722-01:セリンプロテアーゼヘアピン)
遺伝子CG93722-01の発現を、プライマー-プローブセットAg1299、Ag897、Ag898およびAg228を使用して評価し、表UA、UB、UCおよびUDに記載する。RTQ-PCR実施の結果は表UE、およびUFに示す。
【０７８３】
【表３４５】
Figure 2005507236
【０７８４】
【表３４６】
Figure 2005507236
【０７８５】
【表３４７】
Figure 2005507236
【０７８６】
【表３４８】
Figure 2005507236
【０７８７】
【表３４９】
Figure 2005507236
【０７８８】
表ＵＥの続き
【表３５０】
Figure 2005507236
【０７８９】
【表３５１】
Figure 2005507236
【０７９０】
表ＵＦの続き
【表３５２】
Figure 2005507236
【０７９１】
パネル1要約:Ag228CG93722-01遺伝子の発現は、睾丸でもっぱら検出される。こうして、この遺伝子の発現を使用し、このパネルで使用された他のサンプルから睾丸を区別できる。したがって、この遺伝子によってコードされたセリンプロテアーゼの活性の治療的調節は、受胎能力および性機能低下の処置において有用であり得る。
【０７９２】
パネル1.3D要約:Ag898CG93722-01遺伝子の発現は、睾丸で専ら検出される。こうしてこの遺伝子の発現を使用し、このパネルで使用される他のサンプルから睾丸を区別できる。したがって、この遺伝子によってコードさえるセリンプロテアーゼの活性の治療的調節は、受胎能力および性機能低下の処置において有用であり得る。
【０７９３】
パネル4D要約:Ag1299CG93722-01遺伝子の発現はこのパネルのすべてのサンプルにわたり低/検出不能(CT>35)である。
V.NOV25a,NOV25b,およびNOV25c(CG93858-01およびCG93858-02およびCG56914-03:フィブリン6様)
【０７９４】
遺伝子CG93858-01および変異体CG93858-02およびCG56914-03の発現を、プライマー-プローブセットAg1315b、Ag1316b、Ag1924、Ag900、Ag3960、およびAg4338を使用して評価した。加えて、遺伝子CG93858-02の発現はまた、プライマー-プローブセットAg343、Ag3108、Ag771、Ag772、Ag3899を使用して評価し、CG56914-03についてはAg3108およびAg3899のみが対応する。プローブは表VA、VB、VC、VD、VE、VF、VG、VH、VI、VJおよびVKに記載する。RTQ-PCR実施の結果は、表VL、VM、VN、VO、VP、VQ、およびVRに示す。
【０７９５】
【表３５３】
Figure 2005507236
【０７９６】
【表３５４】
Figure 2005507236
【０７９７】
【表３５５】
Figure 2005507236
【０７９８】
【表３５６】
Figure 2005507236
【０７９９】
【表３５７】
Figure 2005507236
【０８００】
【表３５８】
Figure 2005507236
【０８０１】
【表３５９】
Figure 2005507236
【０８０２】
【表３６０】
Figure 2005507236
【０８０３】
【表３６１】
Figure 2005507236
【０８０４】
【表３６２】
Figure 2005507236
【０８０５】
【表３６３】
Figure 2005507236
【０８０６】
【表３６４】
Figure 2005507236
【０８０７】
表ＶＬの続き
【表３６５】
Figure 2005507236
【０８０８】
表ＶＬの続き
【表３６６】
Figure 2005507236
【０８０９】
【表３６７】
Figure 2005507236
【０８１０】
表ＶＭの続き
【表３６８】
Figure 2005507236
【０８１１】
【表３６９】
Figure 2005507236
【０８１２】
表ＶＮの続き
【表３７０】
Figure 2005507236
【０８１３】
表ＶＮの続き
【表３７１】
Figure 2005507236
【０８１４】
【表３７２】
Figure 2005507236
【０８１５】
表ＶＯの続き
【表３７３】
Figure 2005507236
【０８１６】
【表３７４】
Figure 2005507236
【０８１７】
表ＶＰの続き
【表３７５】
Figure 2005507236
【０８１８】
【表３７６】
Figure 2005507236
【０８１９】
表ＶＱの続き
【表３７７】
Figure 2005507236
【０８２０】
表ＶＱの続き
【表３７８】
Figure 2005507236
【０８２１】
表ＶＱの続き
【表３７９】
Figure 2005507236
【０８２２】
【表３８０】
Figure 2005507236
【０８２３】
表ＶＲの続き
【表３８１】
Figure 2005507236
【０８２４】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag3899/Ag3960/Ag4338/Ag772CG94013-01遺伝子の発現はこのパネルのすべてのサンプルにわたり低/検出不能である(CT>34)。
【０８２５】
一般スクリーニング_パネル_v1.4要約:Ag3899/Ag3960/Ag43382つの異なるプライマーおよびプローブセットの3実験の結果は、すばらしく一致し、CNS癌(星細胞腫)SNB-75細胞株でのCG94013-01遺伝子の最高発現である(CT=23-26).加えて、この遺伝子の高発現がCNS癌細胞株、結腸癌組織、腎臓癌細胞株UO-31、乳癌および黒色腫細胞株で見られる。したがって、この遺伝子の発現を使用して、これらのサンプルを、パネルの他のサンプルから区別し、そしてまた、これらの癌の検出のためのマーカーとして使用し得る。小和枝手、この遺伝子またはそのタンパク質産物の活性の治療的調節は、小分子薬物、タンパク質治療剤または抗体の使用を介して、これらの癌の処置において有用であり得る。
代謝的または内分泌機能を有する組織間で、この遺伝子は、膵臓、脂肪細胞、副腎、甲状腺、下垂体、骨格筋、心臓、肝臓および胃腸管で低ないし中レベルで発現される。したがって、この遺伝子の活性の治療的調節は、内分泌/代謝関連疾患、例えば肥満および糖尿病の処置で有用であるとわかり得る。
【０８２６】
興味深いことに、この遺伝子は、胎児組織で(CT=31-32)および肺(CT=28)で、対応する成人組織と比較してCT=33-35)、ずっとより高レベルで発現される。この観察は、この遺伝子を使用して、対応成人組織からこれらの胎児組織を区別できることを示唆する。
パネル1要約:Ag343CG94013-01遺伝子の最高発現が、乳癌MDA-N細胞株で検出される(CT=26)。加えてこの遺伝子の最高発現がまた、黒色腫、アストロチーム、および肺癌細胞株で観察される。パネル1.4を、この遺伝子の利用性のために、参照。
パネル1.2要約:Ag771/Ag7722つの実験は、すばらしい一致を示し、この遺伝子の、黒色腫細胞株で最高発現である(CT=25)。発現の高レベルはまた、黒色腫、乳および脳癌細胞株からのサンプルのクラスターで見られ。こうして、この遺伝子の発現を使用し、黒色腫サンプルおよびこのパネルの他のサンプルを区別しそしてこれらの癌の存在の検出のマーカーとして使用し得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、黒色腫、乳および脳癌の処置で有効であり得る。Ag772での第3の実験は、含まれない。結果は、実施で実験困難があったことを示唆する。
【０８２７】
パネル1.3D要約:Ag3108CG94013-01遺伝子の最高発現が黒色腫(転移)Hs688(B)。T細胞株(CT=27)で検出される。加えて、この遺伝子の発現はまた黒色腫、乳癌、肺癌、アストロチーム細胞株および結腸癌で、よくないし中度に分化した(ODO3866)組織でより高い。パネル1.4を、この遺伝子の利用性について参照。
パネル2.1要約:Ag3108CG94013-01遺伝子の最高発現が、黒色腫転移サンプルで検出される(CT=29)。加えて、この遺伝子の発現は転移乳癌(OD04590-03)で(CT=33)、乳癌(OD04590-01)(CT=36.7)と比較してより高い。こうして、この遺伝子の発現を使用し、これらの2サンプルを互いに区別し、そしてまた癌転移のマーカーとして使用し得る。パネル1.4をこの遺伝子のさらなる利用性のために参照。
【０８２８】
パネル4.1D要約:Ag3899/Ag3960/Ag43383つの実験の結果は、すばらしく一致し、肺でCG94013-01遺伝子が最高発現である（CT=30-31)。加えて、この遺伝子の顕著な発現がHUVEC細胞、肺線維芽細胞および皮膚線維芽細胞でみられる。したがって、この遺伝子によってコードされるタンパク質で設計した抗体または小分子治療剤は、炎症性肺障害例えば慢性閉塞肺疾患、喘息、アレルギーおよび気腫および皮膚障害であって乾癬を含むものの処置で重要であり得る。
【０８２９】
加えて、この遺伝子の低発現は、腎臓で見られる。したがって、この遺伝子によってコードされるタンパク質で設計された抗体または小分子治療剤は、腎臓機能を調節し、そして炎症性または自己免疫疾患であって、狼瘡および糸球体腎炎を含む、腎臓に影響するものの処置で有用であり得る。
プローブおよびプライマーセットAg772での実験からの結果は、含まれない。増幅プロットは、この実施が実験困難性があったことを示唆する。
【０８３０】
パネル4D要約:Ag3108CG94013-01遺伝子の肺(CT=28.6)での最高発現.加えてこの遺伝子の顕著な発現が、HPAEC細胞、HUVEC細胞、肺線維芽細胞、TNFα+IL1β処置気管支上皮および皮膚線維芽細胞でみられる。したがって、この遺伝子によってコードされるタンパク質で設計された抗体または小分子治療剤は、慢性閉塞肺疾患、喘息、アレルギーおよび気腫および乾癬を含む皮膚障害のような炎症性肺障害の処置で重要であり得る。
加えて、この遺伝子の低発現は、また腎臓および結腸で見られる。したがってこの遺伝子によってコードされるタンパク質で設計された抗体または小分子治療剤は、狼瘡および糸球体腎炎を含む腎臓に影響する炎症性または自己免疫性疾患、並びにクローン病のような炎症性腸疾患の処置で重要であり得る。
【０８３１】
興味深いことに、この遺伝子の発現は、PMA/イオノマイシン処置好塩基球で(CT=30)、休止型好塩基球と比較して(CT=36)、刺激される。好塩基球は、アレルゲンに応答して、ヒスタミンおよび他の生物モディファイアーを放出し、そして喘息および過敏感反応の病理において重要な役割を演じる。したがって、この遺伝子によってコードされた推定タンパク質に対して設計された治療剤は、これらの疾患での好塩基球機能を阻止することによって炎症を減少または阻害し得る。加えて、これらの細胞は、種々の炎症性肺および腸疾患、例えば喘息、クローン病および腸潰瘍に関与する炎症性細胞について合理的モデルである。したがって、この遺伝子産物の機能を調節する治療剤は、喘息、クローン病および腸潰瘍に罹患する患者の症状を現象または排除し得る。
【０８３２】
Ag1924CG94013-01遺伝子での１実験からの結果は含まれない。増幅プロとは、実施に実験困難性があったことを示す。
【０８３３】
W.NOV26a(CG93871-01:フィブリン)
遺伝子CG93871-01の発現は、プライマー-プローブセットAg1294b、Ag746およびAg905を使用して評価し、表WA、WBおよびWCに記載した。RTQ-PCR実施の結果は表WD、WE、WF、WG、WHおよびWIに示す。
【０８３４】
【表３８２】
Figure 2005507236
【０８３５】
【表３８３】
Figure 2005507236
【０８３６】
【表３８４】
Figure 2005507236
【０８３７】
【表３８５】
Figure 2005507236
【０８３８】
表ＷＤの続き
【表３８６】
Figure 2005507236
【０８３９】
表ＷＤの続き
【表３８７】
Figure 2005507236
【０８４０】
【表３８８】
Figure 2005507236
【０８４１】
【表３８９】
Figure 2005507236
【０８４２】
表ＷＦの続き
【表３９０】
Figure 2005507236
【０８４３】
表ＷＦの続き
【表３９１】
Figure 2005507236
【０８４４】
【表３９２】
Figure 2005507236
【０８４５】
表ＷＧの続き
【表３９３】
Figure 2005507236
【０８４６】
表ＷＧの続き
【表３９４】
Figure 2005507236
【０８４７】
【表３９５】
Figure 2005507236
【０８４８】
表ＷＨの続き
【表３９６】
Figure 2005507236
【０８４９】
【表３９７】
Figure 2005507236
【０８５０】
表ＷＩの続き
【表３９８】
Figure 2005507236
【０８５１】
表ＷＩの続き
【表３９９】
Figure 2005507236
【０８５２】
AI_comprehensiveパネル_v1.0要約:Ag1294bこのパネルのCG93871-01遺伝子の発現は、この遺伝子の、免疫応答に関与する細胞での発現を確認する。この遺伝子の最高発現が正常肺でみられる(CT=30.5)。パネル4Dを、炎症中のこの遺伝子の利用性の考察のために参照。
【０８５３】
CNS_神経変性_v1.0要約:Ag1294bこのパネルは、アルツハイマー病でのCG56153-01遺伝子のディファレンシャル発現を示さない。しかし、この発現プロファイルは、脳でのこの遺伝子の存在を確認する。したがって、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、神経性小該、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病、統合失調症、多発性硬化症、発作および癲癇の処置で有用であり得る。
【０８５４】
パネル1.2要約:Ag746同じプローブおよびプライマーセットでの2実験は、すばらしく一致し、肝臓癌細胞株でのCG93871-01遺伝子の最高発現がある(CT=27)。発現の高レベルは、胎児および成人肝臓組織、結腸癌細胞株および肺癌細胞株で見られる。こうして、この遺伝子の発現を使用し、肝臓由来サンプル、結腸癌細胞株および肺癌細胞株を、このパネルの他のサンプルから区別し得る。この遺伝子の発現をまた診断マーカーとして使用し、結腸および肺癌の存在を検出し得る。
【０８５５】
中度発現はまた、胎児脳、胎座、および内皮細胞でみられる。
【０８５６】
パネル2D要約:Ag746同じプローブおよびプライマーセットでの2実験は、すばらしく一致し、CG93871-01遺伝子の肝臓癌での最高発現である(CT=31)。肝臓由来組織での卓越発現は、パネル1.2での結果と矛盾しない。発現の中レベルがまた卵巣癌および腎臓癌からのサンプルで明かである。さらに、この遺伝子の発現は、正常隣接組織よりもこれらの癌でより高い。こうして、この遺伝子の発現を使用し、肝臓由来サンプルとこのパネルの他のサンプルと区別し、肝臓、腎臓、および卵巣癌の存在を検出するマーカーとして使用し得る。さらに、この遺伝子の発現または機能の治療的調節は、肝臓、腎臓および卵巣癌の処置で有効であり得る。
【０８５７】
パネル4.1D要約:Ag1294bこの実験からの結果は、パネル４Dの発現プロファイルと一致し、IL-4処置皮膚芽細胞でのこの実験でのCG93871-01遺伝子の最高発現である(CT=29.9)。加えて、この実験は、休止型好中球での発現プロファイルの低いが顕著なレベルを示し(CT=33.2)、これはパネル4Dに不存在のサンプルである。パネル4Dを、炎症でのこの遺伝子の利用性について参照。
【０８５８】
パネル4D要約:Ag1294bT同じプローブおよびプライマーセットでの2実験は、すばらしく一致する結果を生じ、CG93871-01遺伝子のIL-4処置皮膚線維芽細胞での最高発現である(CT=30)。加えて、この遺伝子は、IFNγ刺激皮膚線維芽細胞、活性化肺線維芽細胞、HPAEC、肺および皮膚微小血管、活性化小気道および気管支上皮、活性化NCI-H292細胞、急性活性化T細胞、および活性化B細胞で中レベルで発現される。
肺および皮膚でのT細胞、活性化B細胞および細胞の発現のレベルに基づいて、この遺伝子の機能を阻止する治療剤は、活性化B細胞が異常免疫応答の生成で抗原を提示する自己免疫および炎症性疾患を有する患者の症状を減少または排除する治療剤として、およびクローン病、潰瘍性結腸炎、多発性硬化症、慢性閉塞肺疾患、喘息、アレルギー、気腫、リウマチ様関節炎、または乾癬を含むT細胞介在疾患を処置するのにおいて、有用であり得る。
【０８５９】
実施例D:NOVX核酸配列での単一ヌクレオチド多型性の同定
変異体配列がまた、この応用にふくまれる。変異体配列は、単一ヌクレオチド多型性(SNP)を含むことができる。SNPは、幾つかの例で、「cSNP」として言及され、SNPを含むヌクレオチド配列がcDNAとして起源することをいう。SNPは、いくつかのやり方で生じ得る。例えば、SNPは、多型性部位の1ヌクレオチドの、他との置換のためであり得る。そのような置換は、トランジションまたはトランスバージョンであることができる。SNPはまた、参照アリルからのヌクレオチドの欠失または挿入から生じることができる。この場合には、多型性部位は、１のアリルが他のアリルの特定のヌクレオチドについてギャップを有する１部位である。遺伝子ないのSNPは、SNPの位置での遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化という結果となり得る。遺伝子内SNPはまた、サイレントであり得、このときSNPを含むコドンは、遺伝的コードの縮重の結果として同じアミノ酸をコードする。遺伝子の領域外にまたは遺伝子内のイントロンに存在するSNPは、タンパク質の任意のアミノ酸配列に変化を生じないが、発現パターンの調節は変化し得る。例は、一時的発現、生理学的応答調節、細胞型発現調節、発現の強度、および転写伝令の安定性を含む。
【０８６０】
エキソンリンキングプロセスによって生産されるSeqCallingアセンブリは、選択され、以下の基準を使用して、伸長した。すべてまたは一部の当初または伸長配列への９８％同一性を有する領域を有するゲノムクローンは、クエリーヒトゲノムデータベースへの関連配列を使用して、サーチする。得られるゲノムクローンは、さらなる分析のために選択あSレ、といのは、この同一性は、これらのクローンがSeqCallngアセンブリについてのゲノム遺伝子座を含むことを指摘するからである。これらの配列を推定コード領域について並びに既知DNAおよびタンパク質配列への類似性について分析した。これらの分析のために使用されたプログラムは、Grail、Genscan,BLAST,HMMER,FASTA,Hybridおよび他の関連プログラムを含む。
【０８６１】
いくつかの追加的ゲノム領域はまた、同定され、というのはそれらの了以家ヘのSeqCallingアセンブリマップを選択したからである。そのようなSeqCalling配列は、相同性またはエキソン予測によって定義された領域とオーバーラップした。これらがまた含まれ、というのは、フラグメントの位置は、本来予測配列中に含まれた、類似性またはエキソン予測によって同定された、ゲノム領域の近傍であるからである。そのように同定された配列は手動でアセンブリし、それからCuraGenコーポレーションのヒトSeqCallingデータベースから取られる１または２以上の追加的配列を使用して伸長され得た。包含に好適なSeqCallingフラグメントを、CuraTools（登録商標）プログラムSeqExtendによって、または分析したゲノムクローンの適当な領域へのSeqCallingフラグメントマッピングを同定することによって同定した。
【０８６２】
前記手法によって定義した領域を次いで、手動で統合し、そして例えば本来のフラグメント中のミスコール性塩基から、または予測エキソン結合、EST位置および配列類似性の領域間の食い違いから生じられ得る明白な矛盾について更正し、ここに開示の最終配列を誘導した。必要なときに、SwqCallingアセンブリおよびゲノムクローンを同定するためのプロセスは反復し、完全長配列を誘導した(Alderbornetal.,DeterminationofSinglenucleotidePolymorphismsbyReal-timePyrophosphateDNASequencing.GenomeResearch.10(8)1249-1265,2000)。
【０８６３】
変異体は、個別に報告するが、すべてのまたは選択サブセットの変異体の任意の組み合わせはまた、本発明の企図NOVX実施態様として包含される。
【０８６４】
結果:
NOV2aSNPデータ
NOV2aの２多型性変異体が同定され、表28Aに示す。
【表４００】
Figure 2005507236
【０８６５】
NOV11aSNPデータ
NOV11aの２多型性変異体を同定し、表28Bに示す。
【表４０１】
Figure 2005507236
【０８６６】
NOV12aSNPデータ
NOV12aの１１多形性変異体を同定し表28Cに示す。
【表４０２】
Figure 2005507236
【０８６７】
NOV17aSNPデータ
NOV17aの１１変異体を同定し、表28Dに示す。
【表４０３】
Figure 2005507236
【０８６８】
NOV19a SNPデータ
NOV19aの３変異体を同定し 表 28Eに示す。
【表４０４】
Figure 2005507236
【０８６９】
NOV20a SNPデータ
NOV20aの２多型性変異体を同定し表 28Fに示す。
【表４０５】
Figure 2005507236
【０８７０】
（他の実施態様）
特定の実施態様は、詳細にここに開示されるが、これは例示のみの目的のためになされ、そして続く添付クレームの範囲について限定を意図しない。特に、発明者によって種々の置換、変更および修飾が本発明に、クレームによって定義の本発明の精神および範囲から離れることなくなしうることが企図される。核酸出発材料、所望のクローン、またはライブラリー型の選択は、ここに記載の実施態様の知識を有する当業者の日常的事項であると信じられる。提示クレームは、ここに開示の発明の代表である。その他、非クレーム発明はまた企図される。出願人は、以下のクレームのそのような発明を追及する権利を保存する。

Claims (38)

  1. 単離ポリペプチドであって、
    ａ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型；
    ｂ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体、但し、成熟型中の任意のアミノ酸は、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；
    ｃ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列；
    ｄ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ変異体、但し、選択された配列で特定される任意のアミノ酸は、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている；および
    ｅ)ａ)ないしｄ)のいずれかのフラグメント
    からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
  2. 配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択される配列を持つ天然に存在する対立遺伝子の変異体である、請求項１に記載のポリペプチド。
  3. 対立遺伝子の変異体が、配列番号２ｎ−１(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択される核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む、請求項２に記載のポリペプチド。
  4. 請求項１に記載された変異体ポリペプチドであり、選択された配列中で特定される任意のアミノ酸が保存的置換を生じるように変更されている、請求項１に記載のポリペプチド。
  5. 請求項１に記載のポリペプチドおよび医薬的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  6. 請求項５に記載の医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む、キット。
  7. ヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬の製造における治療物質の使用であって、疾患が請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変から選択され、治療物質が請求項１に記載のポリペプチドである、使用。
  8. 試料中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を測定する方法であって、その方法は：
    (ａ)試料を用意すること；
    (ｂ)ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体に試料を導入すること；および
    (ｃ)ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を測定し、それにより試料中のポリペプチドの存在または量を測定すること
    を含む、方法。
  9. 第１の哺乳動物の対象中の請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連した疾患の存在または素因を測定する方法であって、
    ａ)第１の哺乳動物の対象由来の試料におけるポリペプチドの発現レベルを測定すること；および
    ｂ)ステップ（a)の試料中のポリペプチドの量を、疾患または素因を有さないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在するポリペプチドの量と比較することを含み、対照試料に比較するときの第１の対象中のポリペプチドの発現レベルの変化は、疾患の存在または素因を示す、方法。
  10. 請求項１に記載のポリペプチドの活性を調整する方法であって、ポリペプチドの活性を調整するのに十分な量でポリペプチドに結合する化合物と共に請求項に記載のポリペプチドを発現する細胞試料を導入することを含む、方法。
  11. 対象がヒトである、請求項１０に記載の方法。
  12. ポリペプチドをコード化する核酸配列を含む単離核酸分子であって、そのポリペプチドは：
    ａ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)を与えられたアミノ酸配列を持つ成熟型；
    ｂ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を持つ成熟型の変異体であり、選択された配列の成熟型中の任意のアミノ酸が、成熟型の配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；
    ｃ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列；
    ｄ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列の変異体であり、選択された配列中の特定されるアミノ酸が、配列中のアミノ酸残基の１５％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、変異体；
    ｅ)配列番号２ｎ(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドの少なくとも一部分、または選択された配列の任意のアミノ酸が、配列においてアミノ酸残基の１０％未満が変更を受けるという条件で異なるアミノ酸に変更されている、ポリペプチドの任意の変異体をコードする核酸のフラグメント；および
    ｆ)核酸分子のいずれかの相補的分子
    からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離核酸分子。
  13. 核酸分子が天然に存在する対立遺伝子の核酸変異体のヌクレオチド配列を含む、請求項１２に記載の核酸分子。
  14. 変異体ポリペプチドをコードする請求項１２に記載の核酸分子であって、変異体ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド変異体のポリペプチド配列を有する、核酸分子。
  15. 請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子が配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数)からなる群から選択される核酸配列から１個のヌクレオチドだけ異なる、核酸分子。
  16. 請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子は
    ａ)配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数)からなる群から選択されるヌクレオチド配列
    ｂ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変更されているヌクレオチド配列；
    ｃ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択される配列を持つ核酸フラグメント；および
    ｄ)配列番号２ｎ−１(ｎは１〜４６の整数である)からなる群から選択されるヌクレオチド配列中で一つまたはそれ以上のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、ヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で異なるヌクレオチドに変更されている核酸フラグメント
    からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
  17. 請求項１２に記載の核酸分子であって、核酸分子が配列番号２ｎ−１(ここで、ｎは１〜４６の整数)からなる群から選択されるヌクレオチド配列、またはヌクレオチド配列の相補的配列（complement）に厳密な条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
  18. 請求項１２に記載の核酸分子であって、選択されたヌクレオチド配列のコード化配列で特定化される任意のヌクレオチドが、選択された配列からなる群から選択されるものから、選択されたコード化配列中のヌクレオチドの１５％未満が変更を受けるという条件で、異なるヌクレオチドに変更されているヌクレオチド配列、第１のポリヌクレオチドの相補的分子である単離された第２のポリヌクレオチド、またはそれらのいずれかのフラグメントを含む、核酸分子。
  19. 請求項１２に記載の核酸分子を含むベクター。
  20. 核酸分子に機能し得るように結合されたプロモーターをさらに含む、請求項１９に記載のベクター。
  21. 請求項２０に記載のベクターを含む細胞。
  22. 請求項１２に記載の核酸分子の存在または量を試料中で測定する方法であって：
    （ａ）試料を用意すること；
    （ｂ）核酸分子に結合するプローブに試料を導入すること；および
    （ｃ）核酸分子に結合したプローブの存在または量を測定し、それにより試料中の核酸分子の存在または量を測定すること
    を含む、方法。
  23. 核酸分子の存在または量が、細胞または組織のタイプに対するマーカーとして使用される、請求項２２に記載の方法。
  24. 細胞または組織のタイプが癌性である、請求項２３に記載の方法。
  25. 第一の哺乳動物の対象中の請求項１２に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を測定する方法であって：
    ａ）第１の哺乳動物の対象由来の試料における核酸の量を測定すること；および
    ｂ）ステップ（ａ）の試料中の核酸の量を、疾患または素因を有さないことが知られている第２の哺乳動物の対象由来の対照試料中に存在する核酸の量と比較すること；
    を含み；
    対照試料に比較するときの第１の対象における核酸のレベルの変化は、疾患の存在または素因を示す、方法。
  26. 請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体。
  27. モノクローナル抗体である、請求項２６に記載の抗体。
  28. ヒト化抗体である、請求項２６に記載の抗体。
  29. 完全なヒト抗体である、請求項２６に記載の抗体。
  30. 抗体へのポリペプチドの結合解離定数が１×１０−９Ｍ未満である、請求項２６に記載の抗体。
  31. ポリペプチドの活性を平衡化する請求項２６に記載の抗体。
  32. 請求項２６に記載のポリペプチドおよび医薬的に許容される担体を含む医薬組成物
  33. 請求項２９に記載の医薬組成物を一つまたはそれ以上の容器内に含む、キット。
  34. ヒトの疾患に関連する症候群を処置する医薬の製造における治療物質の使用であって、疾患が請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変から選択され、治療物質がＮＯＶＸ抗体である、使用。
  35. ＮＯＶＸに関連する病変を処置または予防する方法であって、そのような処置または予防が望まれる対象に、対象におけるＮＯＶＸと関連する病変を処置または予防するために十分な量で請求項２６に記載の抗体を投与することを含む、方法。
  36. 哺乳動物の病態を処置する方法であって、請求項２６に記載の抗体を哺乳動物に病態を軽減するのに十分な量で投与することを含む方法。
  37. 請求項１に記載のポリペプチドに関連する病変を処置または予防する方法であって、そのような処置または予防が望まれる対象に、対象におけるＮＯＶＸと関連する病変を処置または予防するために十分な量で請求項２６に記載の抗体を投与することを含む、方法。
  38. 対象がヒトである、請求項３７に記載の方法。
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