JP2005504037A - Ｉｖ型コラーゲンｎｃ１ドメイン六量体の結晶化構造 - Google Patents

Ｉｖ型コラーゲンｎｃ１ドメイン六量体の結晶化構造 Download PDF

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Abstract

本発明は、ＩＶ型コラーゲンの結晶化ＮＣ１ドメイン六量体、及びその結晶の製造方法を提供し、ここでＮＣ１ドメイン六量体は、結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を少なくとも３Ａ以下の解像度で決定することができるように結晶化される。本発明は、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、及び／または基底層構築を阻害するように化合物を設計するための方法であって、本発明の方法によって生成される結晶化ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を解析し、並びにその解析によってＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び六量体構築に重要であると同定されているＮＣ１ドメインの領域を標的とする成分を同定及び合成することを含む方法も提供する。本発明は、本発明の合理的薬物設計方法により、ここに開示されるＩＶ型コラーゲンＮＣ１六量体構造の解析に基づいて設計される新規ポリペプチドも提供する。

Description

【技術分野】
【０００１】
（相互参照）
本願は２００１年７月２７日出願の米国仮出願６０/３０８，５２３号；２００１年１０月２９日出願の６０/３５１，２８９号；２００２年３月２２日出願の６０/３６６，８５４号；及び２００２年６月３日出願の６０/３８５，３６２号に対する優先権を主張する。
【０００２】
（政府の利益の記載）
この研究は国立衛生研究所からの認可ＤＫ１８３８１及びＤＫ５３７６３によって支持されており、そしてひいては、米国政府は本発明において特定の権利を有し得る。
【０００３】
（発明の分野）
本発明は結晶学、分子生物学、蛋白質化学、血管新生、腫瘍増殖及び転移、並びに基底膜構築に関する。
【背景技術】
【０００４】
基底膜（基底層）はシート様細胞外基質（ＥＣＭ）であり、これは全ての組織の基本成分である。基底層は組織の区画化に対する備えを有し、組織区画間を移動する物質のフィルターとして作用する。典型的には、基底層は、血管及び毛細管を含む、動物の全ての組織における上皮または内皮と密接に関連して見出される。基底層区画は、細胞によって選択された後、自己構築して複雑な細胞外ネットワークを形成する。生物学的に活性の基底層の形成は関連細胞の発達及び分化に重要である。
【０００５】
ＩＶ型コラーゲンは基底膜の主要構造成分であることが示されており、α１（ＩＶ）からα６（ＩＶ）と呼ばれる６本の相同α鎖のファミリーからなる。各々のα鎖はカルボキシ末端の非コラーゲン性（ＮＣ１）ドメイン；中間領域の長いらせん状コラーゲン性ドメイン；及びアミノ末端の７Ｓコラーゲン性ドメインを特徴とする（Ｍａｒｔｉｎら、１９８８年、Ａｄｖ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｈｅｍ．３９：１〜５０；Ｇｕｎｗａｒら、１９９１年、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：１４０８８〜１４０９４）。３本のα鎖が三重らせん分子、「ヘテロ三量体」を構築する。このヘテロ三量体は、内質の内腔においてひとたび形成されると、細胞外間隙に分泌され、そこで２つのそのようなヘテロ三量体がＣ末端相互作用によって六量体を構築し、次いでＮ末端の会合によって超分子ネットワークを構築する。ＮＣ１ドメインは、六量体の構築を導くＣ末端二量体会合を決定することにより、この構築において主要な役割を果たす。
【０００６】
鎖の構成、そしてひいては、ＩＶ型コラーゲンネットワークの特性は２つの因子の影響を受ける。第１に、ネットワークの鎖の組成は鎖の利用可能性によって制限される：６本のα鎖は組織特異的発現パターンを示し、α１及びα２鎖は遍在性であり、α３−α６鎖はより制限された組織分布を有する。第２に、ＮＣ１ドメインはネットワークの鎖特異的構築に特異性を付与する。従って、鎖の分泌を三重らせんプロモーターの形成に方向付け、かつ三重らせんプロモーターを六量体の形成に、従って、コラーゲンネットワークの形成に方向付ける、今のところ同定されていない認識配列がＮＣ１ドメイン内に存在しなければならない。本質的かつ鎖化学量論的に異なる、多くのＩＶ型コラーゲン六量体が理論的に可能ではあるが、３つのみのが同定されている：［α１２α２］２、［α３α４α５］２、及び［（α１２α２）（α５２α６）］。
【０００７】
血管新生、新しい血管の形成プロセス、は生理学的プロセス、例えば、胚性及び出生後の発達に加えて、外傷修復において重要な役割を果たす。血管の形成は、炎症（例えば、糖尿病性網膜症及び関節炎）または腫瘍形成（例えば、癌）を含む病理学的プロセスによっても誘導され得る（Ｆｏｌｋｍａｎ、１９８５年、Ｐｅｒｓｐｅｃｔ、Ｂｉｏｌ．Ｍｅｄ．，２９，１０）。血管新生は、腫瘍もしくは正常細胞が分泌する血管新生成長因子の他に、細胞外基質の組成及び内皮酵素の活性によって調節される（ＮｉｃｏｓｉａとＯｔｔｉｎｅｔｔｉ、１９９０年、Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．，６３，１１５）。
【０００８】
全ての固形腫瘍増殖の共通の特徴は血液供給の必要性である。従って、多くの研究室が成長因子及びそれらの受容体に基づく抗血管新生性化合物の開発に焦点を当てている。このアプローチは幾らかの成功を導いてはいるが、血管新生の役割を果たすことが知られる成長因子の数は多い。従って、おそらくは腫瘍及び関連炎症性細胞が血管新生を誘導し得る様々な因子を産生するため、成長因子アンタゴニストが癌の治療において限られた用途のみを有し得る可能性が存在する。
【０００９】
これに関して、血管新生に共通の特徴、例えば、細胞外基質（ＥＣＭ）への内皮細胞接着を標的とする戦略がヒトにおける腫瘍増殖に対して強力な生理学的衝撃を有するものと予想される。この概念は、特異的ＥＣＭ細胞接着受容体、例えば、αｖβ３及びαｖβ５インテグリンのアンタゴニストが血管新生を遮断するという事実によって支持される。さらに、αｖβ３インテグリンはサイトカイン活性化内皮及び平滑筋細胞上に最も顕著に発現し、血管新生に必要であることが示されている。（Ｖａｒｎｅｒら、Ｃｅｌｌ Ａｄｈｅｓｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ３：３６７〜３７４（１９９５年）；Ｂｒｏｏｋｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２６４：５６９〜５７１（１９９４年））。これらの知見に基づくと、抗血管新生治療に対する潜在的に強力な新規アプローチは、個々のＥＣＭ成分内の重要な調節ドメインを特異的に標的とすることである。
【００１０】
特定のＩＶ型コラーゲンα（ＩＶ）ＮＣ１ドメインが血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、基底膜への細胞結合、及びＩＶ型コラーゲン分子の構築の有効な阻害剤であることが示されている（例えば、米国特許第５，６９１，１８２号；第５，８５６，１８４号；第６，３６１，９９４号；及び第６，３５８，７３５号を参照）。上記にもかかわらず、これらのプロセスを阻害することが可能な更なる化合物を同定することは当該技術分野に対する重要な価値を有する。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
従って、ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインの結晶構造を推定する方法、及びＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び／またはＩＶ型コラーゲン六量体の構築を阻害する化合物の設計にこの構造を用いる方法を提供することが非常に望ましい。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
一側面において、本発明はＩＶ型コラーゲンの結晶化ＮＣ１ドメイン六量体、及びその結晶の作製方法を提供し、ここで、ＮＣ１ドメイン六量体は、その結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を少なくとも３Å以下の解像度で決定することができるように結晶化される。
【００１３】
別の側面においては、本発明は、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、及び／または基底層構築を阻害するように化合物を設計するための方法であって、本発明の方法によって生成された結晶化ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を解析し、並びに該解析によってＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び六量体構築に重要であるものと同定されているＮＣ１ドメインの領域を標的とする化合物を同定及び合成することを含む方法を提供する。そのような化合物は血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底膜構築を阻害するのに用いることができる。
【００１４】
別の側面においては、本発明は、ここに開示されるＩＶ型コラーゲンＮＣ１六量体構造の解析に基づき、本発明の合理的薬物設計方法によって設計された新規ポリペプチドを提供する。結晶構造から入手可能な情報の結果として、ＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び／または六量体の構築に重要である個々のＮＣ１ドメイン配列を推定することが可能である。従って、それらの相互作用を妨害する治療用ポリペプチドを設計し、ＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び／またはＩＶ型コラーゲン六量体の構築を阻害することが可能である。そのような治療用ポリペプチドはＩＶ型コラーゲンの構築を阻害または中断させるのに用いることができ、そしてひいては、血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築の阻害に有用である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１５】
本願では、他に述べられない限り、用いられる技術はいくつかの公知の参考文献、例えば：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９年、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ （Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１８５，Ｄ．Ｇｏｅｄｄｅｌ編、１９９１年．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，カリフォルニア州）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｍ．Ｐ．Ｄｅｕｔｓｈｃｅｒ，編、（１９９０年）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）中の「蛋白質精製の手引き」；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら、１９９０年．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，カリフォルニア州）、Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ，第二版（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ．１９８７．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ニューヨーク州）、及びＧｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｐｐ．１０９〜１２８，Ｅ．Ｊ．Ｍｕｒｒａｙ編，Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ Ｉｎｃ．，Ｃｌｉｆｔｏｎ、ニュージャージー州）のいずれかにおいて見出すことができる。
【００１６】
ＩＶ型コラーゲンは細胞の内側でヘテロ三量体として合成及び構築され、これは次に細胞外に分泌され、そこで六量体構築体、続いて基底膜（基底層）構築が生じる。
【００１７】
本研究はＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体の構造を解明している。この構造の知識は、ＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び六量体の構築を阻害することができる化合物の設計における有用性を有し、そしてひいては、血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築の阻害において有益である。
【００１８】
本発明によって提供されるＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体構造の構造の知識も、ＩＶ型コラーゲン構築体の理解、そしてひいては、基底層／基底膜構造及び機能全般の理解をも高めるツール及び試薬を提供することによってヘテロ三量体及び六量体構築を促進する化合物の設計における有用性を有する。
【００１９】
一側面において、本発明は、結晶化ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体の三次元構造を３．０Å以下、好ましくは２．２Å以下、最も好ましくは２．０Å以下の解像度まで決定することができるように、単離及び精製されたＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１ドメイン六量体（「六量体」）の三次元構造に向けられ、ここで、これらの結晶は。室温でおおよそａ＝１２９．４１Å；おおよそｂ＝１４３．８７Å；おおよそｃ＝１６２．９２Å；及びおおよそβ＝９１．３°であり、かつ非対称単位内に４つの六量体を有する空間群Ｐ２１のものである。その代わりに、これらの結晶はおおよそａ＝１２７．１６Å；おおよそｂ＝１３９．５７Å；おおよそｃ＝１６０．２０Å；及びおおよそβ＝９１．３°並びに非対称単位内に４つの六量体を有する。更なる代替においては、これらの結晶は室温でおおよそａ＝７９．７９Å；おおよそｂ＝１３７．２０Å；おおよそｃ＝１２６．６９Å；及びおおよそβ＝９０．３°並びに非対称単位内に２つの六量体を有する。
【００２０】
別の側面において、本発明は、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体を約３．０Å以下、好ましくは２．２Å以下、最も好ましくは２．０Å以下の解像度まで結晶化するための方法であって、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体を０．５ｍｇ／ｍｌから約５０ｍｇ／ｍｌ、より好ましくは約１ｍｇ／ｍｌから約１５ｍｇ／ｍｌ、最も好ましくは約１０ｍｇ／ｍｌの濃度で提示し、結晶化を４℃から３２℃、より好ましくは１０℃から２６℃、さらにより好ましくは約１６°から２４℃、さらにより好ましくは２０℃で行い、それにより空間群Ｐ２１の結晶を得ることを含む方法を提供する。これらの結晶は、室温でおおよそａ＝１２９．４１Å；おおよそｂ＝１４３．８７Å；おおよそｃ＝１６２．９２Å；及びおおよそβ＝９１．３°を有し、かつ非対称単位内に４つの六量体を有する。その代わりに、これらの結晶の低温冷却により、おおよそａ＝１２７．１６Å；おおよそｂ＝１３９．５７Å；おおよそｃ＝１６０．２０Å；及びおおよそβ＝９１．３°を有し、かつ非対称単位内に４つの六量体を有する結晶が生じ得る。更なる代替においては、これらの結晶は室温でおおよそａ＝７９．７９Å；おおよそｂ＝１３７．２０Å；おおよそｃ＝１２６．６９Å；及びおおよそβ＝９０．３°を有し、かつ非対称単位内に２つの六量体を有し得る。
【００２１】
結晶化は、一実施形態においては、１０％（ｗ／ｖ）以上のＰＥＧ２０Ｋでの懸滴及び蒸気拡散法を用いて生じ得る。また代替法として、他の結晶化方法を用いることができる。例えば、温度変化を結晶の生成に用いることができ、または宇宙空間での結晶化を解像度の改善に用いることができる。結晶化は、別の実施形態においては、２０％以上のＰＥＧ３３５０で生じ得る。加えて、ＰＥＧ２０Ｋまたは３３５０の代わりに他の化学物質を用いることができる。例えば、有機化学物質（例えば、イソプロパノール）、無機化学物質（例えば（ＮＨ４）２ＳＯ４、ＮａＨ２ＰＯ４）、及び他の分子量のＰＥＧを用いることができる。この方法の更なる詳細は以下に説明される通りである。
【００２２】
更なる側面において、本発明は、結晶化ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体の三次元構造を決定するための方法であって、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体を上述の通りに結晶化する工程、及び続いて、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体を解析してその三次元構造を決定する工程を含む方法を提供する。好ましい実施形態において、解析はＸ線回折による。回折解析から生成されたデータの組はあらゆる適切なソフトウェアを用いて解析することができ、これにはＨＫＬ２０００スーツ（３９）のＤＥＮＺＯ及びＳＣＡＬＥＰＡＣＫプログラム、ＳＯＬＶＥプログラム（４０）、ＲＥＳＯＬＶＥ（４１）プログラム、及び／またはＣＣＰ４スーツ（４２）のＦＦＴプログラムが含まれるが、これらに限定されるものではない。得られる解析からのポリペプチドの追跡はあらゆる適切なソフトウェアを用いて達成することができ、これにはＴＯＭ ＦＲＯＤＯグラフィックスプログラム（４３）が含まれるがこれに限定されるものではない。最終構造解析はあらゆる適切なソフトウェアを用いて達成することができ、これにはＳＥＴＯＲ（４５）、ＧＲＡＳＰ（４６）、及びＳＵＲＦＮＥＴ（４７）グラフィックスソフトウェアパッケージ、ＣＣＰ４スーツ内の様々なユーティリティ・プログラム、及びＨＢＰＬＵＳ（４８）及び蛋白質−蛋白質相互作用ウェブサーバー（ｈｔｔｐ：//ｗｗｗ．ｂｉｏｃｈｅｍ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ/ｂｓｍ/ＰＰ/ｓｅｒｖｅｒ/）が含まれるがこれらに限定されるものではない。
【００２３】
ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２六量体の三次元構造を解析することにより、当該技術分野における熟練者は、以下に説明されるように、ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインヘテロ三量体及び六量体構築に重量な部位を決定することができる。
【００２４】
本発明の別の側面は、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２六量体の三次元構造を異なるＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメイン六量体結晶、または変異体の結晶、ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメイン六量体の類似体もしくは共複合体の三次元構造の解析に用いることである。
【００２５】
本発明の更なる側面は、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２六量体の三次元構造を、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体を含むＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体の構築の阻害剤の設計に用いることである。これらの阻害剤は、望ましくない血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築を阻害する治療薬として用いることができる。この実施形態は：
（ａ）結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を３Å以下の解像度まで決定できるようにＩＶ型コラーゲンのＮＣ１六量体の結晶を得、ここで、該結晶は［（α１）２.α２］２ＮＣ１六量体を含み、該結晶はおおよそａ＝１２７．１６Åから１２９．４１Å、ｂ＝１３９．５７Åから１４３．８７Å；ｃ＝１６０．２０Åから１６２．９２Å；β＝９１．３°を有する空間群Ｐ２１からなり；
（ｂ）ＩＶ型コラーゲンの結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を解析し；並びに
（ｃ）ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α鎖の：
（ｉ）鎖間ドメインスワッピング領域；
（ｉｉ）鎖内ドメインスワッピング領域；
（ｉｉｉ）特異性領域；
（ｉｖ）特異性領域パートナー；
（ｖ）六量体界面；
（ｖｉ）単量体−単量体界面；及び
（ｖｉｉ）超可変領域；
からなる群より選択される１つ以上の領域を標的として、ＩＶ型コラーゲン構築の潜在的阻害剤を設計する、
ことを含む。
【００２６】
ここで用いられる場合、「標的」または「ターゲッティング」は、共有結合的または非共有結合的手段により、この領域と相互作用する化合物を指す。様々な領域の定義は以下で論じられる。
【００２７】
上で論じられるように、ＮＣ１ドメインはＩＶ型コラーゲン鎖構築の選択プロセスを駆動し、従って、ＮＣ１ドメイン構築の解析はＩＶ型コラーゲン構築と相関する。さらに、異なるＮＣ１ドメインの高い相同性の程度を考えると、［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体結晶構造の解析は、他の六量体型の構造の他にそのような構築体の阻害剤についての洞察をもたらす。
【００２８】
ここで用いられる場合、「ＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体の構築体の阻害」は、そのようなヘテロ三量体及び／または六量体の初期構築体を阻害すること、またはＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインの既に構築されたヘテロ三量体及び六量体を破壊することを意味する。非常に好ましい実施形態においては、ここで同定された治療用化合物はそのようなＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインのヘテロ三量体及び／または六量体の初期構築を阻害する。
【００２９】
阻害剤はペプチド、またはＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び／または六量体構築を妨害することが予想される重要な領域から誘導されるペプチドに対する抗体を含み得る。その代わり、そのような構築を阻害するそれらの潜在能力に基づいて同定される小分子。巨大な、構造的に多様な化合物のライブラリ、例えば、Ａｖａｉｌａｂｌｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ（ＡＣＤ）の電子スクリーニングで、同定された重要領域と相互作用することが予想されるそのような分子の新規構造クラスを同定することができる。
加えて、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体構造の知識が、化合物の「新規設計が」があらゆるＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインへテロ三量体及び／または六量体の構築を阻害することを可能にする。
【００３０】
潜在的阻害剤は、ＧＲＡＭ、ＤＯＣＫ、またはＡＵＴＯＤＯＣＫ［Ｄｕｎｂｒａｃｋら、１９９７年、前出］のようなドッキング・プログラムを用いて、コンピュータ・モデリングを用いることによりコンピュータ・シミュレーション上で試験することができる。これらの手順は、候補化合物をＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体にコンピュータ・フィッティングさせ、候補化合物の形状及び化学構造が以下にしてＩＶ型コラーゲンへテロ三量体及び／または六量体の構築を阻害するのかを推定することを含む。コンピュータ・プログラムは、ＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２六量体上の関連結合部位に対する候補化合物の誘引、相反、及び立体的妨害の推定に用いることもできる。一般には、フィットが緊密である（例えば、立体妨害が小さい、及び／または誘引力が大きい）ほどその候補化合物は強力であり、その候補化合物が他の蛋白質との望ましくない相互作用のために重大な副作用を誘導することはほとんどありそうもない。
【００３１】
潜在的な小分子阻害剤は、例えば、例えば組換えバクテリオファージ（ＳｃｏｔｔとＳｍｉｔｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４９：３８６〜３９０（１９９０年）；Ｃｗｉｒｌａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８７：６３７８〜６３８２（１９９０年）；Ｄｅｖｌｉｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４９：４０４〜４０６（１９９０年））において生成された無作為ペプチドライブラリ、または組合せ化学ライブラリをスクリーニングすることによって得ることができる。このようにして選択された候補化合物は、１つ以上の見込みのある候補化合物が同定されるまで、コンピュータ・モデリング・プログラムによって系統的に修飾することができる。そのような解析は、例えばＨＩＶプロテアーゼ阻害剤の開発（Ｌａｍら，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６３：３８０〜３８４（１９９４年）；Ｗｌｏｄａｗｅｒら，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６２：５４３〜５８５（１９９３年）；Ａｐｐｅｌｔ，Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｄｅｓｉｇｎ １：２３〜４８（１９９３年）；Ｅｒｉｃｋｓｏｎ，Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ Ｄｅｓｉｇｎ １：１０９〜１２８（１９９３年））において有効であることが示されている。
【００３２】
そのようなコンピュータ・モデリングは、作製されうる本質的に無作為な無数の化学修飾とは対照的に、有限数の合理的な化学修飾の選択を可能にする。従って、ここに開示される三次元構造をコンピュータ・モデリングと共に用いることで、コンピュータ・シミュレーション上での迅速なスクリーニングが可能となり、これはスクリーニング速度及び効率を劇的に高める。
【００３３】
ひとたびそのような候補化合物が同定されると、以下に論じられるように、それらを化学的に合成し、かつそれらの生物活性をアッセイする。活性を示す化合物については、それらをＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体結晶と、その化合物と結晶構造との相互作用をマッピングする更なるＸ線回折解析のため、複合体化することができる。この補足結晶の三次元構造はＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓによって決定することができ、これは既知三次元構造を緊密に関連する分子または新規結晶形態にある蛋白質−リガンド複合体の構造を決定する探索モデルとして用いることを含む。新規結晶の測定されたＸ線回折特性をこの探索モデル構造と比較し、新規結晶における蛋白質の位置及び方向を算出する。このアプローチを用いることで、ここに開示されるＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体の構造をあらゆるそのようなＩＶ型コラーゲン六量体または共複合体の三次元構造の解析に用いることができる。
【００３４】
機能的アッセイ
ＩＶ型コラーゲンヘテロ三量体及び／または六量体のインビトロまたはインビボ構築に対する候補化合物の効果を試験するのに用いることができるあらゆるアッセイを本発明によって同定された候補化合物の効力の検証に用いることができる。さらに、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、及び内皮細胞接着及び／または運動性に対する候補化合物の効果を試験することができるあらゆるアッセイをそれらの阻害活性の検証に用いることができる。そのようなアッセイには、これらに限定されるものではないが、以下のものが含まれる。
【００３５】
構築アッセイ
一例において、用いられる方法はＢｏｕｔａｕｄら、ＪＢＣ ２７５（３９）：３０７１６〜３０７２４（２０００年）に記載される通りである。天然ＧＢＭ六量体を標準法によって単離し、トリス塩基を用いてｐＨ３．０で緩衝させた５０ｍＭギ酸の溶液中に希釈（＜５０μｇ／ｍｌ）することによって解離させる。これらの条件下において、ＨＰＬＣまたはＦＰＬＣゲル濾過によって検証できるように、ＮＣ１単量体及び二量体への完全な解離が生じる。緩衝液からの塩の不在が完全な六量体解離に最適である。解離したＮＣ１ドメインの構築は、反復希釈−濃縮サイクルにより緩衝液をトリス緩衝性食塩水（５０ｍＭ トリス、ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ）に変更することによって行う。ＮＣ１ドメインを約１ｍｇ／ｍｌの濃度、室温で２４時間、所望の濃度の候補化合物の存在または不在下においてインキュベートした後、ゲル濾過クロマトグラフィーを用いて反応生成物をそれらの分子量に従って分離する。混合物中の様々な種の相対量の定量をＨＰＬＣプロフィールからのピーク面積解析によって行う。精製α１−α６ ＮＣ１ドメインからの六量体構築を同様に行う。
【００３６】
全ての実験において、会合混合物中のＮＣ１ドメインの比は好ましくは１：１に維持される。単離されたＮＣ１六量体は、次に、免疫沈殿とそれに続くウェスタンブロッティングにより組成について；電子顕微鏡検査により全体的な外見（サイズ及び形状）について；及び沈降平衡超遠心により分子量について解析することができる。
【００３７】
血管新生に対するインビトロ効果
改変を加えて、ＮｉｃｏｓｉａとＯｔｔｉｎｅｔｔｉ、（１９９０年，Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．，６３，１１５）及びＮｉｃｏｓｉａら、（１９９４年，Ｅｘｐ．Ｂｉｏｌｏｇｙ，１６４，１９７〜２０６）の手順を、インビトロ条件下において血管新生に対する薬物候補の効果を試験するように設計された実験に用いる。このモデルは血管新生応答に対する成長因子及び細胞外基質分子の効果を研究するのに用いられており、大動脈環を三次元コラーゲンゲル中で血清非含有条件下において用いる。
【００３８】
１から３月齢Ｓｗｉｓｓ Ｗｅｂｓｔｅｒ雄マウスを用いて実験を行う。麻酔の後、胸部大動脈を無菌条件下で切除し、抗生物質を含有するＭＣＤＢ１３１無菌成長培地（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、カリフォルニア州）に移す。動脈から脂肪を切り取り、約６から８の１ｍｍ胸部セグメントを各々の検体から得る。セグメントを４８ウェル組織培養プレートに移す。動脈セグメントの移送前に、これらのプレートのウェルを１００マイクロリットルのＭａｔｒｉｇｅｌ（商標）（ＥＨＳ基底膜、Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、マサチューセッツ州）で層状化する。Ｍａｔｒｉｇｅｌ（商標）は使用前にＭＣＤＢ１３１成長培地で１：１に希釈する。セグメントをウェルの中央に配置した後、さらに１００マイクロリットルのＭａｔｒｉｇｅｌ（商標）を検体に被せる。従って、動脈セグメントは基底膜基質中に埋め込まれる。次に、各々のウェルに３００μリットルのＭＣＤＢ１３１成長培地を入れる。これらのプレートを３７℃、５％ＣＯ２に維持されたインキュベーターに入れる。検体を７日にわたって毎日観察する。新たに成長する微小血管を、培養期間中の様々な時間に、逆相顕微鏡を用いてカウントする。血管新生に対する薬物候補の効果について試験するため、薬物候補をＭａｔｒｉｇｅｌ（商標）及びＭＣＤＢ１３１成長培地と混合し、培養組織から基質への微小血管の成長を分析する。
【００３９】
皮下フィブリン移植片血管新生
フィブリン移植片が外科的に皮下に配置されたラットに薬物候補を静脈注射する、Ｄｖｏｒａｋら、（Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．５７（６）：６７３〜６８６（１９８７年））によって記載された方法の改変バージョン。例えば、ラットに対照または様々な濃度の薬物候補を尾静脈注射する。次に、適切な時間に移植片を取り出し、倒立顕微鏡を用いて直接分析する。この分析は、対照及び実験群においてフィブリン内部に成長した移植片当たりの血管数をカウントすることを含んでいた。
【００４０】
鶏胚ＣＡＭ血管新生アッセイ
記載されるように（Ｂｒｏｏｋｓら、Ｃｅｌｌ ９２：３９１〜４００（１９９８年））、ｂＦＧＦで１０日齢鶏胚のＣＡＭに血管新生を誘導する。２４時間後、その胚を、総容量１００μｌの無菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中の様々な濃度の薬物候補で全体的に処理する。２日後、胚を犠牲にし、フィルターディスク及びＣＡＭ組織を取り出す。フィルターディスクの限定面積内での血管原性血管分岐点の数をカウントすることにより、血管新生を定量する。血管新生指数は、実験的処理からの分岐点の数マイナス対照処理と定義される。
【００４１】
鶏胚腫瘍増殖アッセイ
簡潔に述べると、異なる腫瘍型の単一細胞懸濁液を１０日齢鶏胚のＣＡＭに適用する。これらの腫瘍には、例えば、ＣＳ−１メラノーマ細胞、ＨＴ１０８０ヒト繊維肉腫細胞、及びＨｅｐ−３ヒト類表皮カルチノーマ細胞が含まれ得る。２４時間後、これらの胚に様々な濃度の薬物候補を全体的に注射する。胚を合計で７日間インキュベートし、その時間でそれらを犠牲にする。生じた腫瘍を切除し、決定された湿重量を対照と比較する。
【００４２】
固定化ＮＣ１ドメインはヒト内皮細胞の接着を支持する
新たな血管を形成するため、内皮細胞はＥＣＭに接着し、それを通して移動する能力を有していなければならない。さらに、この内皮細胞−ＥＣＭ相互作用は新たな血管の形成に必要なシグナル伝達を促進し得る。従って、内皮細胞接着を支持する薬物候補の能力を評価することができる。
【００４３】
マイクロタイタープレートを可変量の薬物候補でコートした後、１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）と共にインキュベートして非特異的相互作用を遮断する。次に内皮細胞、例えば、ヒトＥＣＶ３０４細胞を固定化ポリペプチドに可変時間接着させる。非接着細胞を洗浄によって除去し、接着細胞から溶出されるクリスタルバイオレットの光学密度を測定することにより接着細胞を定量する。
【００４４】
インビトロ内皮細胞移動
浸潤性細胞プロセス、例えば、血管新生及び腫瘍転移も細胞の移動を必要とする。従って、ヒト内皮細胞の移動を支持する薬物候補の能力をインビトロで試験することができる。これらの実験は、本質的には、Ｂｒｏｏｋｓら、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９９：１３９０〜１３９８（１９９７年）における方法に従って行う。
【００４５】
インビボ内皮細胞移動
ヒト内皮細胞の移動を支持する薬物候補の能力をインビボで試験することができる。例えば、肺腫瘍の転移及び血管新生の両者の良好なモデルであると考えられる転移性Ｌｅｗｉｓ肺マウス腫瘍モデルにおいて、標準プロトコルを用いて、薬物候補を試験することができる（例えば、Ｔｅｉｃｈｅｒら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１８：２５６７〜２５７３（１９９８年）；Ｇｕｉｂａｕｄら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇｓ ８：２７６〜２８２（１９９７年）；Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５６：７１５〜７１８（１９９６年）を参照）。
【００４６】
腫瘍接種の１日後に開始して、２日毎に１回、所望の投与回数だけ薬物候補を静脈内投与する。全ての動物を、その研究を通して毎週２回秤量する。最終処置の１日後に開始して、各々の対照群から１匹以上のマウスを周期的に犠牲にして肺腫瘍負荷を測定する。対照動物の肺が意味のある評価をもたらすのに十分な腫瘍質量を有するとき、この実験を終了する。その時点で、残りの全ての動物の肺を切除して秤量し、直径が２ｍｍを上回る腫瘍病巣の数をカウントする。
【００４７】
別の側面においては、本発明は、上述の方法のいずれかによって同定されるＩＶ型コラーゲン構築の阻害剤を提供する。
【００４８】
別の側面においては、本発明は、上述の方法のいずれかによって同定される、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着、内皮細胞増殖、及び基底層構築からなる群より選択される、１つ以上のプロセスの阻害剤を提供する。
【００４９】
別の側面においては、本発明は、ＩＶ型コラーゲン構築の阻害または崩壊に用いることができ、従って、血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築の、阻害に有用である新規ポリペプチドを提供する。
【００５０】
「ポリペプチド」という用語は、２つ以上のサブユニット・アミノ酸、アミノ酸類似体、またはペプチド模倣体の化合物を指すようにその最も広い意味で用いられる。これらのサブユニットはペプチド結合によって連結する。ここに記載されるポリペプチドは化学的に合成されるものであっても、組換えで発現されるものであってもよい。
【００５１】
好ましくは、本発明のポリペプチドは化学的に合成される。固相、液相、もしくはペプチド縮合技術、またはそれらのあらゆる組合せの公知技術を用いて調製される合成ポリペプチドは、天然または非天然アミノ酸を含むことができる。ペプチド合成に用いられるアミノ酸は、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ（１９６３年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９〜２１５４）の元の固相手順の標準脱保護、中和、カップリング及び洗浄プロトコルを伴う標準Ｂｏｃ（Ｎα−アミノ保護Ｎα−ｔ−ブチルオキシカルボニル）アミノ酸樹脂であっても、またはＣａｒｐｉｎｏとＨａｎ（１９７２年、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３７：３４０３〜３４０９）により最初に記載された塩基不安定性Ｎα−アミノ保護９−フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）であってもよい。Ｆｍｏｃ及びＢｏｃ Ｎα−アミノ保護アミノ酸の両者とも、Ｓｉｇｍａ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌまたは当該技術分野における熟練者に知られた他の化学企業から入手することができる。加えて、これらのポリペプチドは、当該技術分野における熟練者に馴染みである他のＮα−保護基を用いて合成することができる。
【００５２】
固相ペプチド合成は当該技術分野における者に馴染みであり、かつ、例えば、ＳｔｅｗａｒｔとＹｏｕｎｇ、１９８４年、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，第二版 Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，Ｉｌｌ；ＦｉｅｌｄｓとＮｏｂｌｅ、１９９０年、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３５：１６１〜２１４において提供される技術によって、または自動合成機を用いて達成することができる。本発明のポリペプチドは、Ｄ−アミノ酸（これは、インビボでＬ−アミノ酸特異的プロテアーゼに対して耐性である）、Ｄ−及びＬ−アミノ酸の組合せ、並びに特別な特性を搬送する様々な「デザイナー」アミノ酸（例えば、β−メチルアミノ酸、Ｃα−メチルアミノ酸、及びＮα−メチルアミノ酸等）を含むことができる。合成アミノ酸は、リジンの代わりにオルニチン、フェニルアラニンの代わりにフルオロフェニルアラニン、及びロイシンまたはイソロイシンの代わりにノルロイシンを含む。
【００５３】
加えて、これらのポリペプチドは、新規特性を有するペプチドを調製するため、ペプチド模倣結合、例えば、エステル結合を有することができる。例えば、還元されたペプチド結合、すなわち、Ｒ１−ＣＨ２−ＮＨ−Ｒ２（ここで、Ｒ１及びＲ２はアミノ酸残基または配列である）を組み込むペプチドを生成することができる。還元されたペプチド結合はジペプチド・サブユニットとして導入することができる。そのようなポリペプチドはプロテアーゼ活性に対して耐性であり、インビボで長期化した半減期を有する。
【００５４】
上に論じられるように、細胞内でＩＶ型コラーゲンが合成されてヘテロ三量体として構築され、次にそれが細胞外に分泌され、そこで六量体構築、次いで基底膜構築が生じる。ここに開示されるポリペプチドは細胞内で機能してヘテロ三量体構築を妨げ、それは必然的に六量体構築をも阻害し、所望の治療結果をもたらす。その代わりに（または、それに加えて）、ここに開示されるポリペプチドは細胞外で機能して六量体構築を阻害し、及び／または構築された六量体を破壊し、所望の治療結果をもたらす。
【００５５】
そのようなポリペプチドは、一般的ヘテロ三量体構築（すなわち、α鎖特異的ではない）；特異的へテロ三量体構築（すなわち、α鎖特異的）；一般的六量体構築（すなわち、α鎖特異的ではない）；及び／または特異的六量体構築（すなわち、α特異的ではない）の阻害におけるそれらの有用性に基づいて選択することができる。ここで説明されるＩＶ型コラーゲン［（α１）２（α２）］２ＮＣ１六量体構造の知識なしに、そのような所望の特性を有する阻害剤の設計は当該技術分野における熟練者に利用可能ではない。
【００５６】
アミノ酸の一文字略語がここで用いられる；「ｎｏｒＬ」はノルロイシンを指す。
【００５７】
一実施形態において、ポリペプチドは一般式Ｉの、少なくとも８つの連続するアミノ酸からなる：
ＰＦ（Ｒ１）（Ｒ２）ＣＮ（Ｒ３）（Ｒ４）（Ｒ５）ＶＣ（Ｒ６）（Ｒ７）Ａ（配列番号１）
Ｒ１はＬ、Ｍ、Ａ、Ｖ、ｎｏｒＬ、及びＩからなる群より選択され；
Ｒ２はＦ及びＹからなる群より選択され；
Ｒ３はＩ、Ｖ、Ｌ、ｎｏｒＬ、Ａ、及びＰからなる群より選択され；
Ｒ４はＮ、Ｇ、及びＨからなる群より選択され；
Ｒ５はＮ、Ｄ、Ｑ、及びＥからなる群より選択され；
Ｒ６はＮ、Ｙ、及びＨからなる群より選択され；並びに
Ｒ７はＦ及びＹからなる群より選択される。
【００５８】
この一般式Ｉは、以下にさらに説明されるように、結晶構造中にβ６−β７鎖を含む鎖間ドメインスワッピング領域（「ＣＤＳＲ間」）のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域はヘテロ三量体内の鎖間相互作用に関与し、この配列の実質的な部分は六量体界面にも存在し、従って、六量体構築／安定化に関与する。そのようなものとして、一般式Ｉのペプチドは適切な鎖間相互作用の阻害に有用であり、従って、最適ヘテロ三量体及び六量体構築の破壊に有用である。
【００５９】
様々な更なる実施形態において、これらのポリペプチドは一般式Ｉの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、または１４アミノ酸からなる。好ましい実施形態において、このポリペプチドは一般式Ｉの１４アミノ酸からなる。
【００６０】
好ましい実施形態において、このポリペプチドは、Ｒ２がＦであり；Ｒ４がＮであり；Ｒ５がＮ及びＤからなる群より選択され；Ｒ６がＮであり；並びにＲ７がＦであるという更なる制限を伴う、一般式ＩＩの少なくとも８個の連続するアミノ酸からなる。この実施形態のポリペプチドはＣＤＳＲ間のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１、α３、及びα５ドメインの共通配列から誘導される。
【００６１】
更なる好ましい実施形態において、これらのポリペプチドは、Ｒ２がＹであり；Ｒ３がＰ及びＩからなる群より選択され；Ｒ５がＤ、Ｑ、及びＥからなる群より選択され；Ｒ６がＹ及びＨからなる群より選択され；並びにＲ７がＹであるという更なる制限を伴う、一般式Ｉの少なくとも８個の連続するアミノ酸からなる。この実施形態のポリペプチドは、ＣＤＳＲ間のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α２、α４、及びα６ドメインの共通配列から誘導される。
【００６２】
更なる好ましい実施形態において、式Ｉによるポリペプチドは、ＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（α１）（配列番号２）；ＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡ（α３）（配列番号３）；ＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（α５）（配列番号４）；ＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡ（α２）（配列番号５）；ＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡ（α４）（配列番号６）；及びＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡ（α６）（配列番号７）からなる群より選択される配列の少なくとも８個の連続するアミノ酸からなる。これらの配列は、個々のＩＶ型コラーゲンα１−α６ ＮＣ１ドメインからのＣＤＳＲ間配列を表す。様々な更なる実施形態において、これらのポリペプチドは列挙される配列のうちの１つの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、または１４アミノ酸からなる。好ましい実施形態において、このポリペプチドは列挙される配列のうちの１つの１４アミノ酸からなる。
【００６３】
別の実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＩＩの、少なくとも７個の連続するアミノ酸からなる：
ＰＦ（Ｒ１）ＥＣ（Ｒ２）Ｇ（Ｒ３）（Ｒ４）ＧＴＣ（Ｒ５）（配列番号８）
Ｒ１はＬ、Ａ、Ｖ、ｎｏｒＬ、及びＩからなる群より選択され；
Ｒ２はＨ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；
Ｒ３はＧ、Ｒ、Ａ、または不在からなる群より選択され；
Ｒ４はＲ及びＱからなる群より選択され；並びに
Ｒ５はＮ及びＨからなる群より選択される。
【００６４】
この一般式は、以下にさらに説明されるように、結晶中にβ６’−β７’鎖を含む鎖内ドメインスワッピング領域（「ＣＤＳＲ内」）のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域はヘテロ三量体内の単量体−単量体相互作用に関与し、その配列の実質的な部分は六量体界面にも存在し、従って、六量体構築／安定化に関与する。そのようなものとして、この一般式のペプチドはＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体相互作用の両者の阻害に有用である。
【００６５】
様々な更なる実施形態において、これらのペプチドは一般式ＩＩの少なくとも８、９、１０、１１、１２、または１３アミノ酸からなる。好ましい実施形態において、このペプチドは一般式ＩＩの１３アミノ酸からなる。
【００６６】
好ましい実施形態において、これらのペプチドは、Ｒ２がＨであり；Ｒ３がＲであり；Ｒ４がＧであり；及びＲ５がＮであるという更なる制限を伴う、一般式ＩＩの少なくとも７個の連続するアミノ酸からなる。この実施形態のポリペプチドはＩＶ型コラーゲンα１、α３、及びα５ ＮＣ１ドメインのＣＤＳＲ内配列の共通配列から誘導される。
【００６７】
更なる好ましい実施形態において、これらのポリペプチドは、Ｒ２がＮ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；Ｒ３がＧ、Ｒ、及びＡからなる群より選択され；Ｒ４がＲ及びＱからなる群より選択され；並びにＲ５がＨであるという更なる制限を伴う、一般式ＩＩの少なくとも７個の連続するアミノ酸からなる。この実施形態のポリペプチドはＩＶ型コラーゲンα２、α４、及びα６ ＮＣ１ドメインのＣＤＳＲ内配列の共通配列から誘導される。
【００６８】
更なる実施形態において、一般式ＩＩによるポリペプチドは、ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（α１及びα５）（配列番号９）；ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（α３）（配列番号１０）；ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨ（α２）（配列番号１１）；ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨ（α４）（配列番号１２）；及びＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨ（α６）（配列番号１３）からなる群より選択される配列の少なくとも７個の連続するアミノ酸からなる。これらの配列は、個々のＩＶ型コラーゲンα１−α６ ＮＣ１ドメインからのＣＤＳＲ内配列を表す。様々な更なる実施形態において、この実施形態のポリペプチドは列挙される配列のうちの１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、または１３アミノ酸からなる。最も好ましい実施形態においては、これらのポリペプチドは列挙される配列のいずれか１つの１２（α１，α３，α５）または１３（α２，α４，α６）個の連続するアミノ酸からなる。
【００６９】
更なる実施形態においては、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、完全長ＣＤＳＲ内ポリペプチド（例えば、配列番号９、１０、１１、１２、または１３）は、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシ末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、α１様ＮＣ１鎖のＣＤＳＲ内から誘導される本発明のポリペプチドは：
α１：（Ｅ）（Ｆ）（Ｒ）（Ｓ）（Ａ）ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（Ｙ）（Ｙ）（Ａ）（Ｎ）（Ａ）（配列番号１４）、
α３：（Ｅ）（Ｆ）（Ｒ）（Ａ）（Ｓ）ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（Ｙ）（Ｙ）（Ｓ）（Ｎ）（Ｓ）（配列番号１５）；及び
α５：（Ｅ）（Ｆ）（Ｒ）（Ｓ）（Ａ）ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（Ｙ）（Ｙ）（Ａ）（Ｎ）（Ｓ）（配列番号１６）；
（ここで、括弧内の残基はＣＤＳＲ内のフランキング配列である）
からなる群より選択される配列の少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、または２２アミノ酸からなる群より選択することができる。
【００７０】
その代わりに、α２様ＮＣ１鎖のＣＤＳＲ内配列から誘導される本発明のポリペプチドは：
α２：（Ｄ）（Ｆ）（Ｒ）（Ａ）（Ｔ）ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨ（Ｙ）（Ｙ）（Ａ）（Ｎ）（Ｋ）（配列番号１７）；
α４：（Ｄ）（Ｆ）（Ｒ）（Ａ）（Ａ）ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨ（Ｆ）（Ｆ）（Ａ）（Ｎ）（Ｋ）（配列番号１８）；及び
α６：（Ｄ）（Ｆ）（Ｒ）（Ａ）（Ｔ）ＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨ（Ｙ）（Ｆ）（Ａ）（Ｎ）（Ｋ）（配列番号１９）；
（ここで、括弧内の残基はＣＤＳＲ内のフランキング配列である）
からなる群より選択される配列の少なくとも１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３アミノ酸からなる群より選択することができる。
【００７１】
ＣＤＳＲ間配列は、所定のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインの直線配列においては同じα鎖内のＣＤＳＲ内配列から大きく分離されてはいるが（約１００アミノ酸分離されている）、誘導された結晶構造データに基づいて同じα鎖内のＣＤＳＲ内配列と密接した空間的近位に存在する。従って、別の実施形態においては、本発明は：
（ａ）１つ以上の一般式ＩのＣＤＳＲ間ポリペプチド；
（ｂ）１つ以上の一般式ＩＩのＣＤＳＲ内ポリペプチド；及び
（ｃ）０−２０アミノ酸からなる、ＣＤＳＲ内ポリペプチドとＣＤＳＲ間ポリペプチドとの間のリンカーポリペプチド、
を含むキメラポリペプチドを提供する。
【００７２】
好ましい実施形態において、これらのキメラポリペプチドのＣＤＳＲ間及び／またはＣＤＳＲ内部分は、それぞれ、一般式Ｉの８、９、１０、１１、１２、１３、または１４アミノ酸及び一般式ＩＩの７、８、９、１０、１１、１２、１３アミノ酸からなる。様々な他の好ましい実施形態においては、リンカーポリペプチドは０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０アミノ酸からなる。このスペーサーの最適の長さは、少なくとも部分的には、ＣＤＳＲ間及びＣＤＳＲ内の長さに加えて、そのキメラを創出するのに用いられる完全長ＣＤＳＲ間及びＣＤＳＲ内内の配列の位置に依存する。例えば、完全長ＣＤＳＲ間及び完全長ＣＤＳＲ内が用いられた場合、スペーサーは好ましくは長さが０〜５アミノ酸、より好ましくは長さが１−４アミノ酸、最も好ましくは長さが２−３アミノ酸である。ここでの教示に基づくと、更なるそのようなキメラポリペプチドを設計することは当該技術分野における熟練者には明らかであろう。
【００７３】
これらのキメラポリペプチドの最も好ましい実施形態においては、ＣＤＳＲ間ポリペプチドは、ＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２）、ＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡ（配列番号３）、ＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号４）、ＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡ（配列番号５）、ＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡ（配列番号６）、及びＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡ（配列番号７）からなる群より選択され；ＣＤＳＲ内ポリペプチドは、ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（配列番号９）、ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（配列番号１０）、ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨ（配列番号１１）、ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨ（配列番号１２）、及びＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨ（配列番号１３）からなる群より選択され；並びに、リンカーポリペプチドは１、２、３、４、または５アミノ酸；最も好ましくは２アミノ酸である。
【００７４】
別の実施形態において、本発明のポリペプチドは一般式ＩＩＩ：
Ｆ（Ｒ１）Ｔ（Ｒ２）（配列番号２０）
（ここで、Ｒ１はＳ及びＴからなる群より選択され；並びに
Ｒ２はＭ及びＬからなる群より選択される）
のアミノ酸の配列からなる。
【００７５】
この一般式ＩＩＩは、以下にさらに説明されるように、結晶構造におけるβ５−β６鎖の間の特異的領域（「ＳＲ」）でのＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域は、所定のα鎖のＳＲが相互作用する単量体中の特異的領域パートナー（「ＳＲＰ」）を認識することにより、単量体間の特異的認識に関与する。そのようなものとして、一般式ＩＩＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体両者の相互作用の阻害に有用である。
【００７６】
更なる実施形態において、ＳＲポリペプチドは、ＦＳＴＭ（α１、α２、α５、及びα６）（配列番号２１）、ＦＴＴＭ（α３）（配列番号２２）及びＦＴＳＬ（α４）（配列番号２３）からなる群より選択される。
【００７７】
更なる実施形態において、ＳＲポリペプチド（例えば、配列番号２１、２２、及び２３）は、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、アミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者に０〜５アミノ酸をさらに含むことができる。従って、この実施形態によると、ＮＣ１ α鎖のＳＲ配列から誘導される本発明のポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＦＳＴＭ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＳＣＬＲＫ（配列番号２４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ１は配列ＰＦＬＦＣ（配列番号２５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＲＫＦＳＴＭＰＦＬＦＣである）（配列番号２６）；
α３：Ｘ３−ＦＴＴＭ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＣＬＱＲ（配列番号２７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ３は配列ＰＦＬＦＣ（配列番号２５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＱＲＦＴＴＭＰＦＬＦＣである）（配列番号２８）；
α５：Ｘ５−ＦＳＴＭ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＳＣＬＲＲ（配列番号２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ５は配列ＰＦＭＦＣ（配列番号３０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣである）（配列番号３１）；
α２：Ｘ２−ＦＳＴＭ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＳＣＬＡＲ（配列番号３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ２は配列ＰＦＬＹＣ（配列番号３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＡＲＦＳＴＭＰＦＬＹＣである）（配列番号３４）；
α４：Ｘ４−ＦＳＴＬ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＣＬＰＶ（配列番号３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ４は配列ＰＦＡＹＣ（配列番号３６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣである）（配列番号３７）；並びに
α６：Ｘ６−ＦＳＴＭ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＳＣＬＰＲ（配列番号３８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ６は配列ＰＦＩＹＣ（配列番号３９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全な配列はＳＣＬＰＲＦＳＴＭＰＦＩＹＣである）（配列番号４０）、
からなる群より選択することができる。
【００７８】
別の実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＩＶ：
（Ｒ１）ＭＦ（Ｒ２）Ｋ（配列番号４１）
（ここで、Ｒ１はＥ、Ｒ、及びＤからなる群より選択され；並びに
Ｒ２はＫ、Ｒ、及びＳからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【００７９】
この一般式ＩＶは、以下により詳細に論じられるように、β８’及びβ９’鎖の間に位置する特異的領域パートナー（「ＳＲＰ」）のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１、α３、及びα５ドメインの共通配列から誘導される。この領域は、所定のα鎖のＳＲＰが相互作用する、単量体における特異的領域（「ＳＲ」）を認識することにより、単量体間の特異的認識に関与する。そのようなものとして、一般式ＩＶのペプチドはＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体相互作用の両者の阻害に有用である。
【００８０】
好ましい実施形態においては、一般式ＩＶによるＳＲＰポリペプチドは、ＥＭＦＫＫ（α１）（配列番号４２）、ＲＭＦＲＫ（α３）（配列番号４３）、及びＤＭＦＳＫ（α５）（配列番号４４）からなる群より選択される。
【００８１】
更なる好ましい実施形態においては、ＳＲＰポリペプチは、ＳＦＱ（α２のＳＲＰ）（配列番号４５）；ＬＱＦ（α４のＳＲＰ）（配列番号４６）、及びＱＱＦ（α６のＳＲＰ）（配列番号４７）からなる群より選択される。これらの配列は、示されるように、ＩＶ型コラーゲンα鎖ＮＣ１ドメインのＳＲＰを表す。α２ ＮＣ１ドメインにおけるこの領域は、以下にさらに論じられるように、拡張立体配座をとり、かつ隣接α１鎖における拡張構造（Ｐｈｅ５７−Ｔｈｒ５９）と対を形成して短い平行βシートを形成し、これは構造全体における唯一の平行βシートである。
【００８２】
更なる実施形態において、これらのＳＲＰポリペプチド（例えば、配列番号４２−４７）は、最適阻害活性にポリペプチドに適切な二次構造の特長を付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、本発明のこの実施形態のＳＲＰ含有ポリペプチドは、
α１ Ｘ１−ＥＭＦＫＫ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＴＩＥＲＳ（配列番号４８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＰＴＰＳＴ（配列番号４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴＰＳＴである）（配列番号５０）；
α３：Ｘ３−ＲＭＦＲＫ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＬＮＰＥ（配列番号５１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＰＩＰＳＴ（配列番号５２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩＰＳＴである）（配列番号５３）；
α５：Ｘ５−ＤＭＦＳＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＴＶＤＶＳ（配列番号５４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＰＱＳＥＴ（配列番号５５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱＳＥＴである）（配列番号５６）；
α２：Ｘ２−ＳＦＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＩＰＥＱ（配列番号５７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＧＳＰＳＡ（配列番号５８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳＡである）（配列番号５９）；
α４：Ｘ４−ＬＱＦ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＴＶＫＡＤ（配列番号６０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＳＳＡＰＡ（配列番号６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡである）（配列番号６２）；並びに
α６：Ｘ６−ＱＱＦ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＶＥＥＲ（配列番号６３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＧＥＬＰＶ（配列番号６４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶである）（配列番号６５）、
からなる群より選択することができる。
【００８３】
別の実施形態においては、本発明のポリペプチドは、一般式Ｖ：
（Ｒ１）ＡＨ（Ｒ２）ＱＤ（配列番号６６）
（ここで、Ｒ１はＲ及びＫからなる群より選択され；並びに
Ｒ２はＧ及びＮからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【００８４】
この一般式Ｖは、以下により詳細に論じられるように、β４鎖のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインβ−樽様コアの共通配列から誘導される。この領域は一般的な単量体−単量体相互作用に関与する。そのようなものとして、一般式ＶのペプチドはＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体相互作用の両者の阻害に有用である。
【００８５】
好ましい実施形態において、一般式Ｖによるポリペプチドは、ＲＡＨＧＱＤ（α１，α３，α５）（配列番号６７）及びＫＡＨＮＱＤ（α２，α４，α６）（配列番号６８）からなる群より選択される。
【００８６】
更なる好ましい実施形態においては、一般式Ｖによるβ−樽ポリペプチド（例えば、配列番号６７〜６８）は、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者に含むことができる。従って、本発明のこの実施形態のβ−樽含有ポリペプチドは：
α１ Ｘ１−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＶＱＧＮＥ（配列番号６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＬＧＴＡＧ（配列番号７０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＶＱＧＮＥＲＡＨＧＱＤＤＬＧＴＡである）（配列番号７１）；
α３：Ｘ３−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＶＱＧＮＱ（配列番号７２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＬＧＴＬＧ（配列番号７３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＶＱＧＮＱＲＡＨＧＱＤＬＧＴＬＧである）（配列番号７４）；
α５：Ｘ５−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＶＱＧＮＫ（配列番号７５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＬＧＴＡＧ（配列番号７０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＶＱＧＮＫＲＡＨＧＱＤＬＧＴＡＧである）（配列番号７６）；
α２：Ｘ２−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＦＥＧＱＥ（配列番号７７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＬＧＬＡＧ（配列番号７８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＥＧＱＥＫＡＨＮＱＤＬＧＬＡＧである）（配列番号７９）；
α４：Ｘ４−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＬＥＧＱＥ（配列番号８０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＬＧＬＡＧ（配列番号７８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＬＥＧＱＥＫＡＨＮＱＤＬＧＬＡＧである）（配列番号８１）；並びに
α６：Ｘ６−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＶＥＧＱＥ（配列番号８２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＬＧＦＡＧ（配列番号８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＶＥＧＱＥＫＡＨＮＱＤＬＧＦＡＧである）（配列番号８４）、
からなる群より選択することができる。
【００８７】
別の実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＶＩ：
（Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）ＧＱ（配列番号８５）
（ここで、Ｒ１はＥ及びＱからなる群より選択され；並びに
Ｒ２はＳ、Ｔ、及びＧからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【００８８】
この一般式ＶＩは、以下により詳細に論じられるように、β４’鎖のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ドメインβ−樽様コアの共通配列から誘導される。この領域は一般的な単量体−単量体相互作用に関与する。そのようなものとして、一般式ＶＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンのヘテロ三量体及び六量体の両者の阻害に有用である。
【００８９】
好ましい実施形態においては、一般式ＶＩによるポリペプチドは、ＥＧＳＧＱ（α１，α５）（配列番号８６）、ＥＧＴＧＱ（α３）（配列番号８７）、ＥＧＧＧＱ（α２，α６）（配列番号８８）及びＱＧＧＧＱ（α４）（配列番号８９）からなる群より選択される。
【００９０】
更なる実施形態においては、一般式ＶＩによるβ−樽ポリペプチド（例えば、配列番号８６〜８９）は、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、本発明のこの実施形態のβ−樽含有ポリペプチドは：
α１及びα５ Ｘ１−ＥＧＳＧＱ−Ｚ１、ここで、ＸＩは配列ＴＳＡＧＡ（配列番号９０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＡＬＡＳＰ（配列番号９１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＳＡＧＡＥＧＳＧＱＡＬＡＳＰである）（配列番号９２）；
α３：Ｘ３−ＥＧＴＧＱ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＴＳＡＧＳ（配列番号９３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＡＬＡＳＰ（配列番号９１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＳＡＧＳＥＧＴＧＱＡＬＡＳＰである）（配列番号９４）；
α２：Ｘ２−ＥＧＧＧＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＡＡＧＤ（配列番号９５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＳＬＶＳＰ（配列番号９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＡＡＧＤＥＧＧＧＱＳＬＶＳＰである）（配列番号９７）；
α４：Ｘ４−ＱＧＧＧＱ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＴＧＡＧＤ（配列番号９８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＡＬＭＳＰ（配列番号９９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＧＡＧＤＱＧＧＧＱＡＬＭＳＰである）（配列番号１００）；並びに
α６：Ｘ６−ＥＧＧＧＱ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＡＡＧＡ（配列番号１０１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＳＬＶＳＰ（配列番号９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＡＡＧＡＥＧＧＧＱＳＬＶＳＰである）（配列番号１０２）、
からなる群より選択することができる。
【００９１】
別の実施形態において、これらのポリペプチドは、推定結晶構造から決定されるように、六量体界面に存在する配列を含む。ＩＶ型コラーゲンは細胞内部で合成されて三量体として構築され、次にそれは細胞外に分泌され、そこで六量体構築、及び続いて基底膜構築が生じる。治療薬、例えば、ここに開示されるものは、細胞内で三量体構築、従って、六量体の構築を妨げるように機能し、従って、所望の治療結果をもたらすことができる。その代わりに（または、それに加えて）、治療薬は細胞外で機能することができ、それは三量体構築を非阻害のままにするが六量体構築を標的とする。
【００９２】
そのようなものとして、六量体界面の領域からのポリペプチドは六量体形成の阻害または六量体形成の破壊に用いることができる。この実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＶＩＩ：
（Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）（Ｒ３）（配列番号１０３）
（ここで、Ｒ１はＱ及びＥからなる群より選択され；
Ｒ２はＮ及びＱからなる群より選択され；並びに
Ｒ３はＥ、Ｑ、及びＫからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【００９３】
この一般式ＶＩＩは、以下により詳細に論じられるように、β３鎖の終端からβ４鎖の最初までの六量体界面のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＶＩＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【００９４】
好ましい実施形態において、これらのポリペプチドは、Ｒ１がＱであり、かつＲ２がＮであるという更なる限定を伴う一般式ＶＩＩからなる。更なる好ましい実施形態において、一般式ＶＩＩによるポリペプチドは、ＱＧＮＥ（α１）（配列番号１０４）、ＱＧＮＱ（α３）（配列番号１０５）、及びＱＧＮＫ（α５）（配列番号１０６）からなる群より選択される。
【００９５】
更なる好ましい実施形態において、一般式ＶＩＩによるポリペプチドはＥＧＱＥ（配列番号１０７）からなり、これは一般式ＶＩＩにおいてα２／α４／α６ ＮＣ１ドメインに存在する配列の配列である。
【００９６】
更なる実施形態において、配列番号１０４〜１０７からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＱＧＮＥ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＳＬＬＹＶ（配列番号１０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＬＹＶＱＧＮＥＲＡＨＧＱである）（配列番号１１０）；
α３：Ｘ３−ＱＧＮＱ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＦＬＦＶ（配列番号１１１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＦＬＦＶＱＧＮＱＲＡＨＧＱである）（配列番号１１２）；
α５：Ｘ５−ＱＧＮＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＳＬＬＹＶ（配列番号１０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＬＹＶＱＧＮＫＲＡＨＧＱである）（配列番号１１３）；
α２：Ｘ２−ＥＧＱＥ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＳＬＬＹＦ（配列番号１１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＬＹＦＥＧＱＥＫＡＨＮＱである）（配列番号１１６）；
α４：Ｘ４−ＥＧＱＥ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＬＬＹＬ（配列番号１１７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＬＹＬＥＧＱＥＫＡＨＮＱである）（配列番号１１８）；並びに
α６：Ｘ６−ＥＧＱＥ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＳＬＬＦＶ（配列番号１１９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＬＬＦＶＥＧＱＥＫＡＨＮＱである）（配列番号１２０）、
からなる群より選択することができる。
【００９７】
一般式ＶＩＩによるこれらの六量体界面ポリペプチドの特に好ましい実施形態は、以下のように、α１−α６六量体ペプチドのアミノ及びカルボキシル末端の更なる１アミノ酸からなる：
α１ ＶＱＧＮＥＲ（配列番号１２１）
α３：ＶＱＧＮＱＲ（配列番号１２２）
α５：ＶＱＧＮＫＲ（配列番号１２３）
α２：ＦＥＧＱＥＫ（配列番号１２４）
α４：ＬＥＧＱＥＫ（配列番号１２５）
α６：ＶＥＧＱＥＫ（配列番号１２６）。
【００９８】
推定結晶構造からの決定で、ポリペプチドが六量体界面に存在する配列を含む更なる実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＶＩＩＩ：
Ｍ（Ｒ１）Ｍ（Ｒ２）Ｐ（配列番号１２７）
（ここで、Ｒ１はＳ、Ｎからなる群から選択されるか、または存在せず；並びに
Ｒ２はＡ、Ｑからなる群より選択されるか、または存在しない）
のアミノ酸配列からなる。
【００９９】
この一般式ＶＩＩＩは、以下により詳細に論じられるように、β８及びβ９鎖の間の六量体界面のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＶＩＩＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１００】
好ましい実施形態において、一般式ＶＩＩＩのポリペプチドは、ＭＳＭＡＰ（α１）（配列番号１２８）、ＭＮＭＡＰ（α３）（配列番号１２９）、ＭＳＭＱＰ（α５）（配列番号１３０）、及びＭＭＰ（α２、α４、及びα６）（配列番号１３１）からなる群より選択される。
【０１０１】
更なる好ましい実施形態において、配列番号１２８〜１３１からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両方にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＭＳＭＡＰ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＰＥＰＭＰ（配列番号１３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＩＴＧＥＮ（配列番号１３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＰＥＰＭＰＭＳＭＡＰＩＴＧＥＮである）（配列番号１３４）；
α３：Ｘ３−ＭＮＭＡＰ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＰＡＬＭＰ（配列番号１３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＩＴＧＲＡ（配列番号１３６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＰＡＬＭＰＭＮＭＡＰＩＴＧＲＡである）（配列番号１３７）；
α５：Ｘ５−ＭＳＭＱＰ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＰＥＰＭＰ（配列番号１３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＬＫＧＱＳ（配列番号１３８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＰＥＰＭＰＭＳＭＱＰＬＫＧＱＳである）（配列番号１３９）；
α２；Ｘ２−ＭＭＰ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＡＰＬＰ（配列番号１４０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＶＡＥＤＥ（配列番号１４１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＡＰＬＰＭＭＰＶＡＥＤＥである）（配列番号１４２）；
α４：Ｘ４−ＭＭＰ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＡＡＰＬＰ（配列番号１４３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＬＳＥＥＡ（配列番号１４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＡＡＰＬＰＭＭＰＬＳＥＥＡである）（配列番号１４５）；並びに
α６：Ｘ６−ＭＭＰ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＡＰＩＰ（配列番号１４６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＶＳＱＴＱ（配列番号１４７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＴＡＰＩＰＭＭＰＶＳＱＴＱである）（配列番号１４８）、
からなる群より選択することができる。
【０１０２】
一般式ＶＩＩＩによるこれらの六量体界面ペプチドの特に好ましい実施形態は、以下のように、α１−α６六量体ペプチドのアミノ及びカルボキシル末端の両者の３つの更なるアミノ酸からなる：
α１：ＰＭＰＭＳＭＡＰＩＴＧ（配列番号１４９）；
α３：ＬＭＰＭＮＭＡＰＩＴＧ（配列番号１５０）；
α５：ＰＭＰＭＳＭＱＰＬＫＧ（配列番号１５１）；
α２：ＰＬＰＭＭＰＶＡＥ（配列番号１５２）；
α４：ＰＬＰＭＭＰＬＳＥ（配列番号１５３）；及び
α６：ＰＩＰＭＭＰＶＳＱ（配列番号１５４）。
【０１０３】
推定結晶構造からの決定でポリペプチドが六量体界面に存在する配列を含む更なる実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＩＸ：
ＡＧ（Ｒ１）（Ｒ２）（配列番号１５５）
（ここで、Ｒ１はＡ、Ｓ及びＤからなる群より選択され；並びに
Ｒ２はＥ及びＱからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【０１０４】
この一般式ＩＸは、以下により詳細に論じられるように、β３’及びβ４’鎖の間のＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α１−α６ドメインの共通配列から誘導される。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＩＸのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１０５】
好ましい実施形態において、一般式ＩＸのポリペプチドは、ＡＧＡＥ（α１、α５、及びα６）（配列番号１５６）、ＡＧＳＥ（α３）（配列番号１５７）、ＡＧＤＥ（α２）（配列番号１５８）、及びＡＧＤＱ（α４）（配列番号１５９）からなる群より選択される。
【０１０６】
更なる実施形態においては、配列番号１５６〜１５９からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＡＧＡＥ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＶＭＨＴＳ（配列番号１６０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＧＳＧＱＡ（配列番号１６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＶＭＨＴＳＡＧＡＥＧＳＧＱＡである）（配列番号１６２）；
α３：Ｘ３−ＡＧＳＥ−Ｚ３、ここで、Ｘ３はＩＭＦＴＳ（配列番号１６３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＧＴＧＱＡ（配列番号１６４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＩＭＦＴＳＡＧＳＥＧＴＧＱＡである）（配列番号１６５）；
α５：Ｘ５−ＡＧＡＥ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＭＭＨＴＳ（配列番号１６６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＧＳＧＱＡ（配列番号１６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＭＭＨＴＳＡＧＡＥＧＳＧＱＡである）（配列番号１６７）；
α２：Ｘ２−ＡＧＤＥ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＬＭＨＴＡ（配列番号１６８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＧＧＧＱＳ（配列番号１６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＬＭＨＴＡＡＧＤＥＧＧＧＱＳである）（配列番号１７０）；
α４：Ｘ４−ＡＧＤＱ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＬＭＨＴＧ（配列番号１７１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＧＧＧＱＡ（配列番号１７２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＬＭＨＴＧＡＧＤＱＧＧＧＱＡである）（配列番号１７３）；並びに
α６：Ｘ６−ＡＧＡＥ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＬＭＨＴＡ（配列番号１６８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＧＧＧＱＳ（配列番号１６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＬＭＨＴＡＡＧＡＥＧＧＧＱＳである）（配列番号１７４）、
からなる群より選択することができる。
【０１０７】
推定結晶構造からの決定でポリペプチドが六量体界面に存在する配列を含む更なる実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式Ｘ：
ＥＣ（Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）（Ｒ３）ＧＴＣ（Ｒ４）（Ｒ５）（Ｒ６）（配列番号１７５）
（ここで、Ｒ１はＨ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；
Ｒ２はＧ、Ｒ、Ａからなる群から選択されるか、または存在せず；
Ｒ３はＲ及びＱからなる群より選択され
Ｒ４はＮ及びＨからなる群より選択され；
Ｒ５はＦ及びＹからなる群より選択され；並びに
Ｒ６はＦ及びＹからなる群より選択される）
の配列の少なくとも５アミノ酸からなる。
【０１０８】
様々な好ましい実施形態において、このポリペプチドは一般式Ｘの少なくとも６、７、８、９、１０、１１、または１２アミノ酸からなる。好ましい実施形態においては、このポリペプチドは一般式Ｘの１２アミノ酸からなる。この一般式Ｘは、以下により詳細に論じられるように、上で論じられるＣＤＳＲ内と広範囲にわたって重複し、β６’−β７’鎖内に存在する。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＸのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１０９】
更なる実施形態においては、これらのポリペプチドは、Ｒ２がＧ、Ｒ、Ａからなる群より選択され；かつＲ４がＨであることを除いて、一般式Ｘについて上述される通りである。この実施形態のポリペプチドは一般式Ｘのα２／４／６の共通配列から誘導される。
【０１１０】
更なる好ましい実施形態においては、一般式Ｘのポリペプチドは、ＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（α１／３／５）（配列番号１７６）、ＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨＹＹ（α２）（配列番号１７７）、ＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦ（α４）（配列番号１７８）、及びＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦ（α６）（配列番号１７９）からなる群より選択される。
【０１１１】
更なる好ましい実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＸＩ：
（Ｒ１）（Ｒ２）Ｔ（Ｒ３）Ｋ（配列番号１８０）
（ここで、Ｒ１はＰ、Ｓ、及びＡからなる群より選択され；
Ｒ２はＳ、Ｅ、及びＤからなる群より選択され；並びに
Ｒ３はＬ及びＶからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【０１１２】
この一般式ＸＩは、以下により詳細に論じられるように、結晶構造中でβ９’鎖と重複して存在する。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＸＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１１３】
一般式ＸＩの好ましい実施形態においては、Ｒ３がＬである（α２／４／６／１／５におけるように）。一般式Ｘの更なる好ましい実施形態においては、Ｒ２がＤ及びＥから選択される（α２／４／５／６）。更なる好ましい実施形態においては、一般式ＸＩによるポリペプチドはＰＳＴＬＫ（α１）（配列番号１８１）、ＰＳＴＶＫ（α３）（配列番号１８２）、ＳＥＴＬＫ（α５及びα６）（配列番号１８３）、ＡＤＴＬＫ（α２）（配列番号１８４）、及びＰＤＴＬＫ（α４）（配列番号１８５）からなる群より選択される。
【０１１４】
更なる実施形態において、配列番号１８１〜１８５からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適する二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＰＳＴＬＫ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＦＫＫＰＴ（配列番号１８６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＡＧＥＬＲ（配列番号１８７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＫＫＰＴＰＳＴＬＫＡＧＥＬＲである）（配列番号１８８）；
α３：Ｘ３−ＰＳＴＶＫ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＦＲＫＰＩ（配列番号１８９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＡＧＥＬＥ（配列番号１９０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＲＫＰＩＰＳＴＶＫＡＧＥＬＥである）（配列番号１９１）；
α５：Ｘ５−ＳＥＴＬＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＦＳＫＰＱ（配列番号１９２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＡＧＤＬＲ（配列番号１９３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＳＫＰＱＳＥＴＬＫＡＧＤＬＲである）（配列番号１９４）；
α２：Ｘ２−ＡＤＴＬＫ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＱＧＳＰＳ（配列番号１９５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＡＧＬＩＲ（配列番号１９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＱＧＳＰＳＡＤＴＬＫＡＧＬＩＲである）（配列番号１９７）；
α４：Ｘ４−ＰＤＴＬＫ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＳＡＰＡ（配列番号１９８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＥＳＱＡＱ（配列番号１９９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＳＳＡＰＡＰＤＴＬＫＥＳＱＡＱである）（配列番号２００）；並びに
α６：Ｘ６−ＳＥＴＬＫ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＧＥＬＰＶ（配列番号２０１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＡＧＱＬＨ（配列番号２０２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＧＥＬＰＶＳＥＴＬＫＡＧＱＬＨである）（配列番号２０３）、
からなる群より選択することができる。
【０１１５】
更なる好ましい実施形態において、本発明のポリペプチドは一般式ＸＩＩ：
Ａ（Ｒ１）ＲＮＤ（配列番号２０４）
（ここで、Ｒ１はＳ、Ｑ、及びＲからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【０１１６】
この一般式ＸＩＩは、結晶構造においてβ７及びβ８鎖を接続する高度に保存されたループに存在する。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＸＩＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１１７】
更なる好ましい実施形態においては、一般式ＸＩＩによるポリペプチドは、ＡＳＲＮＤ（α１，α３，α５，α２）（配列番号２０５）、ＡＱＲＮＤ（α４）（配列番号２０６）、及びＡＲＲＮＤ（α６）（配列番号２０７）からなる群より選択される。
【０１１８】
更なる実施形態においては、配列番号２０５、２０６、及び２０７からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１及びα５：Ｘ１−ＡＳＲＮＤ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＮＶＣＮＦ（配列番号２０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＹＳＹＷＬ（配列番号２０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤＹＳＹＷＬである）（配列番号２１０）；
α３：Ｘ３−ＡＳＲＮＤ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＤＶＣＮＦ（配列番号２１１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＹＳＹＷＬ（配列番号２０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＤＶＣＮＦＡＳＲＮＤＹＳＹＷＬである）（配列番号２１２）；
α２：Ｘ２−ＡＳＲＮＤ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＤＶＣＹＹ（配列番号２１３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＫＳＹＷＬ（配列番号２１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＤＶＣＹＹＡＳＲＮＤＫＳＹＷＬである）（配列番号２１５）；
α４：Ｘ４−ＡＱＲＮＤ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＱＶＣＨＹ（配列番号２１６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＲＳＹＷＬ（配列番号２１７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬである）（配列番号２１８）；並びに
α６：Ｘ６−ＡＲＲＮＤ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＥＶＣＨＹ（配列番号２１９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＫＳＹＷＬ（配列番号２１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬである）（配列番号２２０）、
からなる群より選択することができる。
【０１１９】
更なる好ましい実施形態においては、本発明のポリペプチドは一般式ＸＩＩＩ：
（Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ３）Ｎ（Ｒ４）（配列番号２２１）
（ここで、Ｒ１はＹ及びＦからなる群より選択され；
Ｒ２はＹ及びＦからなる群より選択され；
Ｒ３はＡ及びＳからなる群より選択され；並びに
Ｒ４はＡ、Ｓ、及びＫからなる群より選択される）
のアミノ酸配列からなる。
【０１２０】
この一般式ＸＩＩＩは、結晶構造においてβ７’及びβ８’鎖を接続する高度に保存されたループに存在する。この領域は六量体界面に存在し、六量体の構築及び安定化に関与する。そのようなものとして、一般式ＸＩＩＩのペプチドはＩＶ型コラーゲンの六量体相互作用の阻害に有用である。
【０１２１】
更なる好ましい実施形態においては、一般式ＸＩＩＩによるポリペプチドは、ＹＹＡＮＡ（α１）（配列番号２２２）、ＹＹＳＮＳ（α３）（配列番号２２３）、ＹＹＡＮＳ（α５）（配列番号２２４）、ＹＹＡＮＫ（α２）（配列番号２２５）、ＦＦＡＮＫ（α４）（配列番号２２６）及びＹＦＡＮＫ（α６）（配列番号２２７）からなる群より選択される。
【０１２２】
更なる実施形態においては、配列番号２２２〜２２７からなる群より選択される六量体ポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＹＹＡＮＡ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＲＧＴＣＮＹＹＡＮＡＹＳＦＷＬである）（配列番号２３０）；
α３：Ｘ３−ＹＹＳＮＳ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＲＧＴＣＮＹＹＳＮＳＹＳＦＷＬである）（配列番号２３１）；
α５：Ｘ１−ＹＹＡＮＳ−Ｚ２、ここで、Ｘ１は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳＹＳＦＷＬである）（配列番号２３２）；
α２：Ｘ２−ＹＹＡＮＫ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＲＧＴＣＨ（配列番号２３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＲＧＴＣＨＹＹＡＮＫＹＳＦＷＬである）（配列番号２３４）；
α４：Ｘ４−ＦＦＡＮＫ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＱＧＴＣＨ（配列番号２３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＱＧＴＣＨＦＦＡＮＫＹＳＦＷＬである）（配列番号２３６）；並びに
α６：Ｘ６−ＹＦＡＮＫ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＲＧＴＣＨ（配列番号２３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＲＧＴＣＨＹＦＡＮＫＹＳＦＷＬである）（配列番号２３７）、
からなる群より選択することができる。
【０１２３】
更なる実施形態において、本発明は、β８’及びβ９’鎖の間に位置するＩＶ型コラーゲンα鎖ＮＣ１ドメイン配列の超可変領域から誘導される新規ポリペプチドを提供し、これらは結晶構造から単量体−単量体界面に存在するものと同定され、並びにＳＲＰを含み、かつＳＲとＳＲＰとの間での最適相互作用に適切な二次構造の付与に関与する。この実施形態において、これらのポリペプチドは、ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴ（α１）（配列番号２３８）、ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩ（α３）（配列番号２３９）、ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱ（α５）（配列番号２４０）、ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳ（α２）（配列番号２４１）、ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡ（α４）（配列番号２４２）、及びＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶ（α６）（配列番号２４３）からなる群より選択される配列の少なくとも７アミノ酸からなる。様々な実施形態において、これらのポリペプチドは、配列番号２３５−２４０からなる群より選択される配列の少なくとも８、９、１０、１１、または１２アミノ酸からなる。
【０１２４】
更なる実施形態において、配列番号２３８〜２４３からなる群より選択されるポリペプチドは、最適阻害活性に適切な二次構造の特長をポリペプチドに付与するため、任意に、同じα鎖から誘導される０〜５アミノ酸をアミノ及びカルボキシル末端のいずれかまたは両者にさらに含むことができる。従って、そのようなポリペプチドは：
α１：Ｘ１−ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＦＷＬＡＴ（配列番号２４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＰＳＴＬＫ（配列番号１８１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＡＴＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴＰＳＴＬＫである）（配列番号２４５）；
α３：Ｘ３−ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＦＷＬＡＳ（配列番号２４６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＰＳＴＶＫ（配列番号１８２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＡＳＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩＰＳＴＶＫである）（配列番号２４７）；
α５：Ｘ１−ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ１は配列ＦＷＬＡＴ（配列番号２４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＳＥＴＬＫ（配列番号１８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＡＴＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱＳＥＴＬＫである）（配列番号２４８）；
α２：Ｘ２−ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＡＤＴＬＫ（配列番号１８４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＴＴＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳＡＤＴＬＫである）（配列番号２５０）；
α４：Ｘ４−ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＰＤＴＬＫ（配列番号１８５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＴＴＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡＰＤＴＬＫである）（配列番号２５１）；並びに
α６：Ｘ６−ＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＳＥＴＬＫ（配列番号１８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である（従って、完全長配列はＦＷＬＴＴＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶＳＥＴＬＫである）（配列番号２５２）、
からなる群より選択することができる。
【０１２５】
更なる実施形態において、本発明は、単量体−単量体相互作用（従って、ヘテロ三量体の構築）、及び／または三量体−三量体相互作用（従って、六量体の構築）の阻害に重要であるものと同定される複数の領域を含む他のポリペプチドを提供する。本発明のこの側面によるポリペプチドは以下を含む：
ＳＲに加えてＣＤＳＲ間：
α１：ＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２５３）
α３：ＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡ（配列番号２５４）
α５：ＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２５５）
α２：ＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡ（配列番号２５６）
α４：ＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡ（配列番号２５７）
α６：ＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡ（配列番号２５８）
ＣＤＳＲ間に加えて連続六量体界面領域：
α１：ＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２５９）
α３：ＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６０）
α５：ＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６１）
α２：ＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡＳＲＮＤ（配列番号２６２）
α４：ＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤ（配列番号２６３）
α６：ＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤ（配列番号２６４）
ＳＲに加えてＣＤＳＲ間、それに加えて連続六量体界面領域：
α１：ＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６５）
α３：ＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６６）
α５：ＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６７）
α２：ＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡＳＲＮＤ（配列番号２６８）
α４：ＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤ（配列番号２６９）
α６：ＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤ（配列番号２７０）
ＣＤＳＲ内に加えて連続六量体界面領域：
α１及びα５：ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号２７１）
α３：ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号２７２）
α２：ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨＹＹ（配列番号２７３）
α４：ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦ（配列番号２７４）
α６：ＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦ（配列番号２７５）
ＳＲＰ／可変領域に加えて連続六量体界面：
α１：ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴＰＳＴＬＫＡＧ（配列番号２７６）
α３：ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩＰＳＴＶＫＡＧ（配列番号２７７）
α５：ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱＳＥＴＬＫＡＧ（配列番号２７８）
α２：ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳＡＤＴＬＫＡＧ（配列番号２７９）
α４；ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡＰＤＴＬＫＥＳ（配列番号２８０）
α６：ＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶＳＥＴＬＫＡＧ（配列番号２８１）
特異的単量体−単量体阻害剤に加えてＳＲ：
α１：ＧＳＣＬＲＫＦＳＴＭ（配列番号２８２）
α３：ＧＳＣＬＱＲＦＴＴＭ（配列番号２８３）
α５：ＧＳＣＬＲＲＦＳＴＭ（配列番号２８４）
α２：ＧＳＣＬＡＲＦＳＴＭ（配列番号２８５）
α４：ＧＳＣＬＰＶＦＳＴＬ（配列番号２８６）
α６：ＧＳＣＬＰＲＦＳＴＭ（配列番号２８７）
単量体−単量体阻害剤に加えてＳＲ、加えてＣＤＳＲ間、加えて六量体界面
α１：ＬＲＫＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ（配列番号２８８）
α３：ＬＱＲＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦ（配列番号２８９）
α５：ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ（配列番号２９０）
α２：ＬＡＲＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹ（配列番号２９１）
α４：ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ（配列番号２９２）
α６：ＬＰＲＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹ（配列番号２９３）。
【０１２６】
別の側面において、本発明は、血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築を阻害するための方法であって、それらを必要とする被検体に血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着及び／または増殖、並びに基底層構築の阻害に有効な量の、本発明のポリペプチドの１種類以上、そのようなポリペプチドに対する抗体、またはそれらの医薬組成物を投与することを含む方法を提供する。
【０１２７】
「血管新生介在疾患」は望ましくない血管新生の付随を伴う疾患及び状態を指し、これには、これらに限定されるものではないが、固形及び血液由来の腫瘍、糖尿病性網膜症、関節リウマチ、網膜新血管新生、脈絡膜新血管新生、黄斑変性症、角膜新血管新生、未熟児の網膜症、角膜移植片拒絶反応、新生血管緑内障、水晶体後線維増殖症、流行性角結膜炎、ビタミンＡ欠乏症、コンタクトレンズ疲労、アトピー性角膜炎、上方輪部角結膜炎、翼状片乾燥角膜炎、ｓｏｇｒｅｎｓ（シェーグレン症？）、赤鼻、ｐｈｙｌｅｃｔｅｎｕｌｏｓｉｓ、梅毒、マイコバクテリア感染、脂質変性、化学的熱傷、細菌性潰瘍、真菌性潰瘍、単純ヘルペス感染、帯状疱疹感染、原生動物感染、カポジ肉腫、モーレン潰瘍、テリエン周辺変性症、辺縁角質溶解、外傷、全身性狼瘡、多発性動脈炎、ウェゲナー類肉腫症、強膜炎、スティーブン・ジョンソン病、放射状角膜切除術、鎌状赤血球貧血、類肉腫、弾性線維性仮性黄色腫、パジェット病、静脈閉塞症、動脈閉塞症、頸動脈閉塞病、慢性ブドウ膜炎、慢性ｖｉｔｒｉｔｉｓ、ライム病、イールズ病、Ｂｅｃｈｅｔｓ（ベーチェット？）病病、近視、視窩、スタルガルト病、扁平部炎、慢性網膜剥離、過粘稠度症候群、トキソプラズマ症、レーザー後合併症、線維性血管性組織の異常増殖、血管腫、Ｏｓｌｅｒ−Ｗｅｂｅｒ−Ｒｅｎｄｕ病（多発性肺動静脈瘻）、後天性免疫免疫不全症候群、眼血管新生病、骨関節炎、慢性炎症、クローン病、潰瘍性大腸炎、乾癬、アテローム性動脈硬化、及び類天疱瘡が含まれる（米国特許第５，７１２，２９１号を参照）。
【０１２８】
これらのポリペプチド、またはそのようなポリペプチドに対する抗体は滅菌のような通常の医薬上の操作を施すことができ、及び／または従来の補助剤、例えば保存剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、緩衝剤等を含むことができる。
【０１２９】
投与のため、ポリペプチドまたはそのようなポリペプチドに対する抗体は、通常、指示される投与経路に適する１種類以上の補助剤と組み合わせる。ポリペプチドまたはそのようなポリペプチドに対する抗体は、通常の投与のため、ラクトース、スクロース、デンプン粉、アルカン酸のセルロースエステル、ステアリン酸、タルク、ステアリン酸マグネシウム、酸化マグネシウム、リン酸及び硫酸のナトリウム及びカルシウム塩、アラビアゴム、ゼラチン、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、及び／またはポリビニルアルコールと混合することができ、並びに錠剤化またはカプセル化することができる。また代替物として、本発明のポリペプチドまたはそのようなポリペプチドに対する抗体は、生理食塩水、水、ポリエチレングリコール、プロピレングリコール、カルボキシメチルセルロースコロイド溶液、エタノール、コーン油、ラッカセイ油、綿実油、ゴマ油、トラガカントゴム、及び／または様々な緩衝液に溶解することができる。他の補助剤及び投与方法は、医薬技術分野において公知である。担体または希釈剤には、例えば、モノステアリン酸グリセロールまたはジステアリン酸グリセロール等を単独で、またはワックスもしくは当該技術分野において公知の他の材料を伴った、時間遅延材料が含まれ得る。
【０１３０】
本発明のこの側面の実施において、用いられるポリペプチド、そのようなポリペプチドに対する抗体、または医薬組成物の量または投与量範囲は、血管新生、血管新生介在疾患、腫瘍増殖、腫瘍転移、及び／または内皮細胞−細胞外基質相互作用を有効に阻害するものである。用いることができるポリペプチドの阻害性量は、一般には、約０．０１μｇ／体重ｋｇ〜約１０ｍｇ／体重ｋｇの範囲であり、好ましくは約０．０５μｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／体重ｋｇの範囲である。
【０１３１】
ポリペプチド、そのようなポリペプチドに対する抗体、またはそれらの医薬組成物は、経口、非経口、吸入スプレー、直腸、または局所を含むあらゆる適切な経路により、通常の薬学的に許容し得る担体、補助剤、及び賦形剤を含有する投与単位処方で投与することができる。ここで用いられる非経口という用語には、皮下、静脈内、動脈内、筋肉内、胸骨内、腱内、脊髄内、頭蓋内、胸腔内、輸液技術または腹腔内が含まれる。好ましい実施形態においては、ポリペプチドは静脈内または皮下投与される。
【０１３２】
ポリペプチド、そのようなポリペプチドに対する抗体、またはそれらの医薬組成物は固体形態（顆粒、粉末または座剤を含む）または液体形態（例えば、溶液、懸濁液、または乳剤）で作製することができる。本発明のポリペプチド及びそのようなポリペプチドに対する抗体は、様々な溶液に適用することができる。本発明による使用に適する溶液は無菌であり、十分な量のポリペプチドを溶解し、かつ目的とするようとに対して有害ではない。
【０１３３】
好ましい実施形態においては、ＩＶ型コラーゲンの２つ以上の領域を構築の阻害のために標的とするため、開示されるポリペプチド、そのようなポリペプチドに対する抗体、またはそれらの医薬組成物のうちから、１種類以上が用いられる。例えば、異なる六量体領域を標的とするペプチドを組み合わせて用いて、それらの阻害効果を高めることができる。代替法として、またはそれに加えて、単量体−単量体相互作用を標的とするペプチドを六量体構築を標的とするペプチドと組み合わせることで更なる阻害効果を提供することができる。ここでの教示に基づき、他の組合せは当該技術分野における熟練者の知識の範囲内にある。
【実施例】
【０１３４】
蛋白質精製及び結晶化。［（α１）２.α２］２ＮＣ１六量体を、Ｐｅｌ−Ｆｒｅｅｚｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（Ｒｏｇｅｒｓ，アーカンソー州）（３７）から購入したウシ眼レンズから単離した。簡潔に述べると、ＬＢＭは、１Ｍ ＮａＣｌ及びプロテアーゼ阻害剤の存在下において、レンズの超音波処理により調製した（３８）。ＮＣ１ドメインを完全長ＩＶ型コラーゲンから開裂させるため、ＬＢＭ調製品を、細菌コラゲナーゼを用いて３７℃で消化した。ＤＥ−５２及びＳ−３００カラムクロマトグラフィーを用いることによりＮＣ１六量体を精製した。
【０１３５】
市販の疎行列キット（Ｈａｍｐｔｏｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｌａｇｕｎａ Ｎｉｇｕｅｌ，カリフォルニア州）を用いる初期結晶化スクリーニングを、濃縮蛋白質（１０ｍｇ／ｍｌ）及び懸滴蒸気拡散法を用いて行った。ＬＢＭ ＮＣ１結晶は、一晩、１０％（ｗ／ｖ）ＰＥＧ２０Ｋ、０．１Ｍ Ｂｉｃｉｎｅ緩衝液（ｐＨ９．０）中、室温で、小クラスタとして成長する。微量接種手順を用いて、より低い蛋白質濃度を用いる類似条件下において回折品質の結晶を成長させた。これらの結晶は単斜Ｐ２１空間群に属し、単位セルの寸法は室温でａ＝１２９．４１Å、ｂ＝１４３．８７Å、ｃ＝１６２．９２、及びβ＝９１．３°であり、非対称単位内に４つの六量体を有する。２５％２，４−メチルペンタンジオール（ＭＰＤ）またはグリセロール中でのこれらの結晶の低温冷却は単位セルの収縮を生じる（ａ＝１２７．１６Å、ｂ＝１３９．５７Å；ｃ＝１６０．２０Å；β＝９１．３°）。
【０１３６】
構造決定及び微調整。最初の重原子浸漬は結晶化ｐＨで行い、後にリン酸緩衝液で中性ｐＨに切り替えた。２ｍＭ ＬｕＣｌ３またはＫ２ＰｔＣｌ６を含有する合成母液中に浸漬されたＮＣ１結晶は、その格子を、ａ＝７９．７９Å、ｂ＝１３７．２０Å、ｃ＝１２６．６９Å、β＝９０．３°及び非対称単位内に２つの六量体の寸法のより小さい単位セルに変形する。これらの結晶を２ｍＭ ＬｕＣｌ３に一晩浸漬することによって定型的に新たな形態に変換し、更なる重原子浸漬に用いた。０．５Ｍ ＫＢｒに１分間浸漬し、かつ冷Ｎ２流内で瞬間凍結した１個の結晶を用いて、多波長異常回折（ＭＡＤ）データ・セットをピーク、屈曲及び２つの離れた波長で集めた（表１）。重原子浸漬スクリーニングはＳｔａｎｆｏｒｄ Ｓｙｎｃｒｈｏｔｒｏｎ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＳＳＲＬ）のビームライン１−５及び９−２並びにＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙのＮａｔｉｏｎａｌ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ（ＮＳＬＳ）のビームラインＸ８Ｃで行った。この研究で用いたＢｒ−ＭＡＤデータ・セットはＳＳＲＬで収集し、ＨＫＬ２０００スーツ（３９）のＤＥＮＺＯ及びＳＣＡＬＥＰＡＣＫプログラムを用いて処理した。Ｂｒ部位はＳＯＬＶＥプログラム（４０）を用いて位置決定し、３７の最高ピーク（＞６δ）を解像度２．２Åの反射の位相決定に用いた。得られる位相をＲＥＳＯＬＶＥ（４１）を用いる溶媒平坦化によって改良し、ＣＣＰ４スーツ（４２）のＦＦＴプログラムを用いて電子密度マップを算出した。２本のα１鎖及び１本のα２鎖のポリペプチド（鎖Ａ〜Ｃ）を、ＴＯＭ ＦＲＯＤＯグラフィックスプログラム（４３）を用いて追跡した。Ｂｒ−部位から得られた非結晶学的対称（「ＮＣＳ」）関係を用いて完全な非対称単位を生成した――最初に第２三量体（鎖Ｄ−Ｆ）を生成して１つの六量体を完成させ、次いで最初の六量体から第２の六量体（鎖Ｇ−Ｌ）を生成した。０．８８５６Å（λ４）で収集した２．０Åデータ・セットをＣＮＳプログラム（４４）を用いるモデルの微調整に用い、データの５％はＲｆｒｅｅの監視のために取って置いた。初期モデルに、３０．０〜３．０Å解像度範囲（Ｒ＝０．３６１及びＲｆｒｅｅ＝０．３６４）における反射、次いで１０．０〜２．５Å解像度範囲（Ｒ＝０．３２６及びＲｆｒｅｅ＝０２８７）における模擬アニーリング微調整を用いる剛体微調整を施した。モデル構築並びに位置及び温度パラメータの微調整の数回の反復サイクルにおいて、解像度を２．０Åまで徐々に拡張した。微調整の最終ラウンドの間、２Ｆｏ−Ｆｃ及びＦｏ−Ｆｃマップ並びに水素結合基準を用いて、溶媒分子（水及びグリセロール）及びＢｒ−イオンを段階的に添加した。いくつかの側鎖の複数の配座異性体を最終ラウンドにおいてモデル化した。ＳＥＴＯＲ（４５）、ＧＲＡＳＰ（４６）、及びＳＵＲＦＮＥＴ（４７）グラフィックスソフトウェアパッケージ、並びにＣＣＰ４スーツの様々なユーティリティを用いて、構造を解析した。六量体界面はＨＢＰＬＵＳ（４８）及び蛋白質−蛋白質相互作用ウェブ・サーバー（ｈｔｔｐ：//ｗｗｗ．ｂｉｏｃｈｅｍ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ/ｂｓｍ/ＰＰ/ｓｅｒｖｅｒ/）を用いて解析した。
【表１】
Figure 2005504037
【０１３７】
＊全体的な完全性が示され、最高解像度シェルにおける完全性が括弧内に示される。Ｒｓｙｍ及びＩ／δ（Ｉ）も同様の約束事に従う。†Ｒｓｙｍ＝ΣｈΣｉ｜＜Ｉ（ｈ）＞−Ｉ（ｈ）ｉ｜／ΣｈΣｉ｜Ｉ（ｈ）ｉ｜。‡データの５％は洗練から除外され、Ｒｆｒｅｅの決定に用いられた。Ｒｃｒｙｓｔはこれらの反射を含まない。両者の場合において、Ｒ＝Σ（｜Ｆｏ｜−ｋ｜Ｆｃ｜）／Σ｜Ｆｏ｜（加重用の反射は適切に選択する）。
【０１３８】
（結果及び考察）
構造決定及び概要。α１及びα２鎖で構成されるウシＬＢＭ ＮＣ１六量体は、非対称単位当たり六量体４つの単車空間群Ｐ２１（Ａ形態）で結晶化する。これは、それぞれ非対称単位内に２つの六量体及び１つの六量体を伴って結晶化する、マウスＥＨＳ腫瘍ＮＣ１（４９）及びヒト胎盤ＮＣ１六量体（５０）について報告される結晶形態とは異なる。予備回折データの強度統計は、ＬＢＭ ＮＣ１結晶におけるｃ軸に沿った偽翻訳対称（ｐｓｅｕｄｏ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｓｙｍｍｅｔｒｙ）の存在を示唆した。浸漬実験を用いる重原子誘導体についての徹底的な探索は成功しなかった。しかしながら、ｐＨ７．０でＬｕＣｌ３に浸漬した結晶は、非対称単位内に２つの六量体のみを有する同じ空間群（Ｂ形態）への結晶学的翻訳を生じる偽翻訳対称の結果として、格子をより小さい単位セルに変換した。ＬｕＣｌ３に浸漬した結晶のＭＡＤデータは、おそらくは格子変換の原因である単一の弱い結合部位のため、有用な相情報をもたらさなかった。しかしながら、我々は、このより小さい単位セルを、新たに示唆されたハロゲン化物を用いる短浸漬戦略（５１、５２）を含む更なる重原子スクリーニングに利用した。ＬｕＣｌ３浸漬Ｂ形態結晶構造を、解像度２．０Åで、異常散乱体としてのＢｒ−を溶媒平坦化と組み合わせて用いるＭＡＤ法によって決定した。データ収集、フェージング及び微調整統計が表１に示される。
【０１３９】
このマップをヒトＮＣ１ α１及びα２配列に当てはめた（図２）が、これはいずれのウシ配列も入手できなかったためである。４種類の他の哺乳動物種のα１及びα２配列の各々が公知であり、それらはそれらの間で９５％を上回る配列同一性を共有する。ヒト配列の９５％を上回る残基が実験電子密度マップと一致する。ヒト配列とこのマップとの相違は、α１鎖における残基Ｉｌｅ１５Ｔｈｒ、Ｓｅｒ２２Ｐｒｏ、Ｐｒｏ１２９Ｇｌｎ並びにα２鎖におけるＡｓｐ９６Ｇｌｕ、Ｇｌｕ９７Ａｓｐ、及びＧｌｙ１７６Ａｌａに見出された。配列は、コラーゲン領域の最後のＧｌｙ−Ｘａａ−Ｙａａ反復の後の残基が両α鎖において最初の残基として数えられるようにナンバー付けされている。２つの六量体における１２本の鎖は、各々の三量体におけるα１、α１及びα２の順に鎖ＩＤ Ａ−Ｌが割り当てられている。このマップは全ての鎖のＮ末端の５−６残基及びＣ末端の２残基の乱れを示す。最終モデルは２つの六量体、３６のＢｒ−イオン、４８個のグリセロール分子及び１１３９個の水分子を含む。微調整の最終Ｒ因子及びＲｆｒｅｅは、それぞれ、０．１６８及び０．１９７である。９０％を上回る残基がラマチャンドランマップの最も好ましい領域内に存在し、各々の三量体における第１α１鎖のＡｒｇ７６及びＳｅｒ１４８、第２α１鎖のＳｅｒ１４８並びにα２鎖のＡｒｇ７５、Ｇｌｕ９５及びＡｌａ１４５が、許容し得ない領域に存在する。一握りの残基のみが複数の立体配座をとる。非対称単位内の２つの六量体は類似し、結晶の接触による明らかな相違がない。鎖Ａ〜Ｆを含む六量体をこのモデルの説明に用いる。
【０１４０】
六量体の全体的な構造が図３に示される。六量体内の２つの三量体は界面（「赤道面」）の二重ＮＣＳ軸によって関連付けられ、三量体内の単量体は三重らせん軸（「極軸」）と一致する偽三重対称性によって関連付けられる。
【０１４１】
単量体位相。複数配列比較を用いる我々の以前の研究（２２）によって予想されるように、ＮＣ１単量体はβ鎖を優先して新規三次構造内に折り畳まれる（図４）。三量体における２本のα１鎖は同一であり、α２鎖は類似の全体構造を有する。α１鎖の一方及びα２鎖における２１４個の一致残基のＣα原子は０．９ÅのＲＭＳ偏差と重なる。各々の鎖は２つの相同サブドメイン、Ｎ−及びＣ−サブドメインに分割することができる。これら２つのサブドメインは類似の位相で折り畳まれ、α１鎖の２つのサブドメインの９６個の一致残基のＣα原子は１．０ÅのＲＭＳ偏差と重なる。１２個の不変システイン残基は、各々のサブドメインに３つの、６つのジスルフィドを保存位置に形成する（図２及び５）。２つのサブドメイン間の主な相違は、６つのヒト配列において最も保存されない、Ｎ−サブドメインにＰｒｏ８６−Ｐｒｏ９５を、及びＣ−サブドメインにＩｌｅ１９６−Ｔｈｒ２０９を包含する領域に生じる（図１）。各々のサブドメインは２つのβシート−三重らせん接合点に近接する３本鎖逆平行シート（Ｉ＆Ｉ’）及び、六量体を構成する２つの三量体の間の相互作用の領域からなる、六量体界面に近接する６本鎖逆平行シート（ＩＩ＆ＩＩ’）を有する（図４及び５）。βシートＩは、ポリペプチドの最初の半分に属する配列の３本の非近接鎖（β１、β１０及びβ２）によって形成される。しかしながら、βシートＩＩにおいては、４本の鎖（β４、β３、β８、及びβ９）のみが配列の最初の半分に属し、残りの２本の鎖（β６’及びβ７’）は配列の第２の半分の一部を形成する。従って、配列の第２半分からのβヘアピン構造（「鎖内ドメインスワッピング領域」または「ＣＤＳＲ内」）はＮ−サブドメインにスワップして６本鎖βシートを形成する。ポリペプチドの２つの半分は位相的に類似し、Ｎ−サブドメイン内の６本鎖βシートに相当するＣ−サブドメイン内の領域は、単離された単量体構造において類似のβシートを形成するには２本の鎖を欠く。同様に、ドメイン・スワッピング相互作用に関与するＣ末端におけるβ６’−β７’に対応するＮ末端半分におけるβ６−β７ヘアピンは、単量体構造において外部に伸長する。これらの２つの特徴は、次項において説明される三量体組織の基礎を形成する。
【０１４２】
三量体組織：α１ ＮＣ１ドメインの２本の鎖及びα２ ＮＣ１ドメインの１本の鎖は偽三重分子対称性を有する三量体構造を形成する。各々の鎖は位相的に類似のサブドメインで構成されるため、偽六重対称性さえ存在する。三量体の位相図が図５に示される。三量体の構造は、約６５Åの底部直径及び内径約１２−１４．０Åの中空コアを有するほぼ円錐形状である。これはコラーゲン三重らせんの直径とほぼ同じであり、３本の鎖の全てのＮ末端が円錐の頂点で一緒になり、そこで三重らせんコラーゲンドメインがＮＣ１ドメインと連結する。三量体はいくつかの鎖間疎水性及び水素結合相互作用によって強固に充填される（表２）。一方の鎖のＮ−サブドメイン内の５つのセグメントの残基が第２鎖のＣ−サブドメイン内の７つのセグメントのものと接触し、三量体内の単量体−単量体相互作用の領域からなる「単量体−単量体界面」を構成する。最も重要な相互作用は１つのＮ−サブドメインセグメント及び２つのＣ−サブドメインセグメントに限定される（図１）。単量体−単量体相互作用には２つのレベルがあり、一方は「一般的三量体」構築に必須であり、他方は三量体内の単量体−単量体相互作用のαＮＣ１鎖特異性を決定する。
【表２】
Figure 2005504037
【０１４３】
三量体内には、以下の単量体−単量体界面が存在する：α１Ａ−α２Ｃ；α１Ｂ−α２Ｃ；及びα１Ａ−α１Ｂ。六量体は２つのそのような三量体を含む；第２三量体における単量体−単量体界面はα１Ｄ−α２Ｆ；α１Ｅ−α２Ｆ；及びα１Ｄ−α１Ｅである。
【０１４４】
一般的三量体：第１レベルで、単量体は互いに絡み合い、３Ｄドメインスワッピング相互作用によって三量体を形成する（図５及び６ａ）（５３）。６本鎖βシート（ＩＩ’）が、同じ鎖の２つの半分の内の鎖から形成されるＮ−サブドメイン内のβシートＩＩと同様に、Ｃ−サブドメインにおいて２本の異なるα鎖の鎖から形成される。これらのβシートはα１及びα２鎖において区別不能である。従って、６つのβシート（ＩＩ／ＩＩ’）が存在し、６つのサブドメインの各々における１つがＮＣ１三量体構造において終端閉鎖３Ｄドメインスワッピング相互作用を形成する。これらの６本鎖βシートの各々は配列の半分の４本の鎖（β４／４’、β３／３’、β８／８’、β９／９’）によって形成され、残りの２本の鎖（β６／６’、β７／７’）は同じ鎖（β６／β７；ＣＤＳＲ間）または隣接する鎖（β６’／β７／；「鎖内ドメインスワッピング領域」もしくは「ＣＤＳＲ内」）の他方の半分による寄与を受ける。β９を除く全ての鎖のアミノ酸配列は、種内及び種間に渡って、α鎖において高度に保存される。周期的な様式で形成される６つの位相的に類似するβシートは偽六重対称性の外観を三量体に付与する（図６ａ）。βシートの各々において、最も外側の鎖（β９／β９’）は六量体界面の赤道面に平行な表面上にあって外環の一部を形成し、最も内側の鎖（β４／β４’）はコア内を極軸、すなわち、偽三重軸に対してほぼ並行に走る。各々のシート内でのこれら２本の鎖の角度は約７５°であり、それが右回りのねじれをもたらす。６つのβシート全てからのβ４／β４’鎖は、それらの間に主鎖水素結合が存在しないものの、直径約１４Åの平行β樽様コアを形成する（図６ａ）。しかしながら、これらのコア鎖は主鎖−側鎖水素結合により直接、または溶媒分子を介して安定化されている。β４／β４’鎖は疎水性及び親水性残基の混合物を有し、前者はコアを指向し、後者は隣接鎖を指向する。興味深いことに、β４鎖は長鎖親水性アミノ酸を含み、それにより隣接鎖のβ４’鎖の主鎖原子とより直接的な水素結合が形成され、これはより強力な鎖間相互作用を示す。鎖内のβ４’とβ４との相互作用には主として溶媒分子が介在する。従って、６本鎖βシートは、３Ｄドメインスワッピング相互作用及びコンパクトなβ樽様コア構造により、一般的三量体構造の組織において必須の構造成分である。しかしながら、それらは三量体の鎖特異的構築においては限られた役割しか果たし得ない。従って、ＣＤＳＲ内、ＣＤＳＲ間、及びβ４／β４’ベースのβ樽様コアを標的とする化合物、例えば、これらの領域から誘導されるペプチドは、一般的な単量体−単量体相互作用の阻害に用いることができ、そしてひいては、三量体構築の阻害に用いることができる。
【０１４５】
三量体構造における鎖特異性：β８’及びβ９’鎖を接続するループの配列は６本のヒトα鎖全てにおいて最も可変の領域である（「超可変領域」と呼ぶ）。この超可変領域は、その一次配列において、結晶構造中のα１及びα２鎖において異なる二次構造としてそれ自体を表す。それは全てのα１様鎖において短い３１０らせん（ｇ２’）（「特異性領域パートナー」もしくは「ＳＲＰ」；Ｇｌｕ２００−Ｌｙｓ２０４（ＥＭＦＫＫ））を形成するが、α２鎖における対応する領域（Ｓｅｒ１９８−Ｇｌｎ２００；ＳＰＱ）は拡張立体配座（βｐ’）をとり、隣接α１Ｂ鎖における拡張構造（「特異性領域」もしくは「ＳＲ」；βｐ、Ｐｈｅ５７−Ｍｅｔ６０；ＦＳＴＭ）と対を形成して短い平行βシートを形成する（図８ｂ）。α１及びα２に由来するＳＲの配列は同一である（ＦＳＴＭ）ことに注意しなければならない。これは全構造において唯一の平行βシートであり、主としてβ鎖で構成される。βｐの配列は６本のα鎖全てにおいて高度に保存され、α２鎖においては、α１Ａ鎖内に平行βシートを形成するパートナーがないとしても、同じ拡張構造を形成する。従って、これらの２本の鎖の間の更なる主鎖水素結合相互作用は、α２鎖に存在する拡張構造よりもα１鎖における３１０らせん構造の存在のため、α１Ｂ−α２界面（すなわち、α１のＳＲとα２のＳＲＰとの相互作用を含む）のみで見出され、α２−α１Ａ（すなわち、α１のＳＲＰとα２のＳＲとの相互作用を含む）またはα１Ａ−α１Ｂ（すなわち、α１のＳＲとα１のＳＲＰとの相互作用を含む）界面においては見出されない。３つの界面での二次構造要素におけるこの相違に加えて、単量体−単量体界面での主鎖−側鎖及び側鎖−側鎖相互作用にも相違が存在する（図６ｂ）。これも３つの界面での極性対非極性原子の異なる比に反映される（表２）。従って、ＳＲ、ＳＲＰ、または超可変領域を標的とする化合物、例えば、これらの領域から誘導されるペプチドは、特異的単量体−単量体相互作用の阻害、そしてひいては、三量体構築の阻害に用いることができる。
【０１４６】
さらに、単量体−単量体界面内の個々の界面の組成を考えると、特異的三量体構築の好ましい阻害剤はα１及びα２において同一であるＳＲを標的とし、そしてひいては、そのような阻害剤は単量体−単量体界面内の各界面での相互作用を妨害し、そしてひいては三量体構築を阻害するものと予想される。α１Ｂ−α２界面に見られる更なるＨ結合相互作用に必要であるα２ ＳＲＰを標的とする阻害剤も好ましい。
【０１４７】
Ｌｙｓ５６（α１Ｂ）の側鎖は、α２鎖における平行βシートに先行するループの主鎖と主鎖及びＧｌｎ１２０（α２）の側鎖の近接結合とに挟まれている。この緊密に固定された位置において、Ｌｙｓ５６（α１Ｂ）はＩｌｅ１９４（α２）のカルボニル及びＡｓｐ１２１（α２）のカルボニルと２つの強力な水素結合を、並びにＧｌｎ１２０（α２）及びＧｌｕ１９６（α２）のカルボニルと２つのより弱い相互作用を形成する直線配座が想定される。α２鎖の平行βシートに対応するα１様（すなわち、α１／３／５ファミリー）領域は３１０らせんであり、これはより長い配列に及ぶ。従って、α１Ａ−α１Ｂ界面において、Ｌｙｓ５６（α１Ａ）は主鎖結合と完全に平行ではなく、これはＩｌｅ１９６（α１Ｂ）のカルボニル酸素と弱い水素結合のみを形成する、異なる回転異性体配座をとるより多くの空間をこのリジンにもたらす。これは、α２の親水性Ａｓｐ１２１に代わるα１鎖の疎水性Ｔｈｒ１２４の存在によっても影響を受けることがある。α２−α１Ａ界面では、Ａｒｇ５５（α２）が他の２つの界面におけるα１鎖のＬｙｓ５６と同様の位置に入り、Ｉｌｅ１９６（α１Ａ）のカルボニルと強力な水素結合相互作用を１つ有する。Ａｒｇ５５／Ａｌａ５４及びＧｌｙ９８／Ｇｌｕ９５を含むアミノ酸配列における他の相違は界面での水素結合パターンに相違をもたらす。従って、Ａｒｇ５５（α２）／Ｌｙｓ５６（α１）は最適α１−α２単量体−単量体相互作用に重要な残基であり、この領域を標的とする化合物、例えば、ＬＲＫＦ（配列番号２９４）（α１）またはＬＡＲＦ（配列番号２９５）（α２）を含むペプチドは特異的単量体−単量体相互作用の構築の阻害に用いることができる。この領域はＳＲに先行するため、この領域をＳＲと組み合わせて、特異的単量体−単量体相互作用の複数の側面を妨害し、より長いペプチドを形成することができ、そしてひいては三量体構築の阻害により効果を示す。
【０１４８】
さらに、領域Ｉｌｅ１９４−Ｇｌｕ１９６（α２）、Ｉｌｅ１９６（α１）及びＧｌｎ１２０−Ａｓｐ１２１（α２）も最適α１−α２単量体−単量体相互作用に関与し、これらの領域を標的とする化合物、例えば、ＩＰＥ（配列番号２９４）（α２ １８４−１９６）、ＩＥＲ（配列番号２９５）（α１ １９６−１９８）またはＱＤ（配列番号２９６）（α２ １２０−１２１）を含むペプチドは特異的単量体−単量体相互作用の構築の阻害、そしてひいては三量体構築の阻害に用いることができる。
【０１４９】
α１Ｂ−α２界面（すなわち、α１のＳＲとα２のＳＲＰとの相互作用を含む）は最大数の接触残基、親水性原子の最高割合を有し、かつ他の単量体−単量体界面よりも多くの水素結合を含む（表２）。他方、埋もれている表面積はα１Ａ−α１Ｂ界面（すなわち、α１のＳＲとα１のＳＲＰとの相互作用を含む）で最大である。これらの観察から、α１Ｂ−α２界面は水素結合相互作用によって優先的形成され、α１Ａ−α１Ｂ界面はより強い疎水性力によって安定化される。
【０１５０】
界面での特異的相互作用に加えて、充填の考察も三量体での鎖化学量論の決定において重要な役割を果たし得る。α１及びα２ ＮＣ１鎖は類似の三次構造に低ＲＭＳ偏差で折り畳まれはするが、各々のＮＣ１鎖における２つのサブドメインの相対方向は三重らせん接合点近傍で異なる。α２鎖におけるＮ−サブドメインのＴｈｒ１３−Ｔｙｒ３０を含む領域は、α１構造における類似領域の相対方向と比較して、α２鎖におけるＣ−サブドメインのその等価領域Ａｓｐ１２１−Ｔｙｒ１３８からさらに離れている。三重らせん接合点近傍でのα２構造のより大きい幅は、仮定上のα２ホモ三量体に充填されるとき、深刻な立体的衝突を生じる。しかしながら、たとえ弱い相互作用を有するとしても、仮定上のホモ三量体において３本のα１鎖を収容させることが可能である。
【０１５１】
単量体−単量体相互作用を妨害するように設計されたペプチドを、好ましくは、そのような単量体−単量体構築が生じる細胞に送達することが好ましい。また代替法としては、それらのペプチドを、細胞によって分泌されている構築された三量体の破壊に用いることができる。
【０１５２】
六量体構築：ＩＶ型コラーゲン三量体は、ひとたび内質の内腔において形成されると、細胞外間隙に分泌され、そこでＮ及びＣ末端会合によって六量体、次いで超分子ネットワークへと構築される。ＮＣ１ドメインは、六量体構築につながるＣ末端二量体会合を決定することにより、この組立において主要な役割を果たす。この項においては、結晶構造において観察されるそのような六量体構築に影響を及ぼす力を説明し、ＩＶ型コラーゲンネットワーク構築における特異性の理論的根拠を提供する。
【０１５３】
フットボール型六量体は２つの同一三量体で構成され、各々は前項において説明されるように２本のα１鎖及び１本のα２鎖を含む。緊密に絡み合った三量体によって形成される各々のプロトマー（すなわち、ＮＣ１ドメインを含む、完全なＩＶ型コラーゲン三量体）は単一の存在と考えられ、それ故に六量体を他のホモ二量体蛋白質複合体と比較して解析することができる（４３）。我々は、２つの三量体間の相互作用の強度を評価し、かつＩＶ型コラーゲンネットワークにおける六量体構築を解析するため、六量体界面を定義するいくつかのパラメータを決定している（表３）。
【表３】
Figure 2005504037
【０１５４】
ほとんどのホモ二量体と同様に、２つのＮＣ１三量体は、赤道面に存在し、かつ個々の三量体内の偽三重対称軸に対して垂直である、二重ＮＣＳ軸によって関連付けられる（図４）。この対称性の制約は、より効率的な充填に加えて、α１様及びα２様配列の界面残基におけるいくつかの相違によって部分的に影響を受けることがある。六量体界面は２つの三量体のほぼ平坦な表面によって形成され、平均面からの全ての六量体界面原子のＲＭＳ偏差は１．９Åである（図９ａ）。これは、最近の総説（４３）において考察された３２のホモ二量体についての平均平面値３．５Åよりも有意に低い。３つの単量体の各々の６つのセグメントによって形成される、三量体当たり合計で１０９残基の六量体界面はほぼ円形であり、平均面の長軸及び短軸の長さは、それぞれ、約６９及び６１Åと測定される。この平坦な円形六量体界面は三量体当たり約４４００Å２の溶媒接近可能面積を覆い、これはより大きい界面を有するより大きい分子の観察と相関する（５４）。そのような大きい界面は、疎水性及び親水性残基の両者を含む三量体間の強力な相互作用を促進する。六量体界面における極性（４５．５％）及び非極性原子（５４．５％）は、ほぼ等しい割合であり、これは六量体の安定化における両タイプの相互作用の重要性を強調する。
【０１５５】
考察は、ここまで、六量体界面の全体的な性質に焦点を当てていた。次に、六量体界面での個々の鎖間の相互作用をより詳細に解析する。一方の三量体の各々の単量体は他方の三量体の２つの単量体と接触し、これらは接触面積の程度及び水素結合の数に基づいて「主」及び「副」接触と呼ばれる。主接触を作製する２つの単量体は、六量体の変性実験（５５）において用いられる用語と同様の意味で、「二量体」と呼ばれる。これらの２つの三量体の間の二重ＮＣＳは２本のα１鎖によって形成される「ホモ二量体」を唯１つ生じ（図７Ａ）、残りはα１及びα２鎖によって形成される２つの「ヘテロ二量体」である（図７Ａ〜Ｂ）。
【０１５６】
偽三重軸の周りでの一方の三量体の他方に対する１２０°の回転は「全ホモ二量体」構造を生じる。そのような配置が不可能である理由は主として対称性の考察で説明することができる：対称性の破壊は、おそらくは相互作用がより少なく、かつ幾らかの好ましからざる接触を伴う、効率に劣る充填を生じる。界面での複雑な水素結合相互作用を理解するため、各々の単量体とその「主」及び「副」相互作用パートナーとの相互作用を研究することが必須である。このレベルで提示される複雑性は、相互作用を構造中の３つの領域：「主」接触の「コア」及び「外側」領域並びに「主−副接合部」に分解することによって、さらに単純化することができる。
【０１５７】
主接触のコア領域：３Ｄドメインスワッピング相互作用によって形成される２つの６本鎖βシート、ＩＩ及びＩＩ'は、三量体組織の場合のように、六量体構築の形成において重要な役割を果たす。六量体界面は、コアにおいてβ３−β４及びβ３’−β４’を接続するβターンによって占められている。これらのターンは、βシートＩＩ／ＩＩ’の残りの鎖と共に、多数の保存残基を、六量体界面での広範な水素結合相互作用のため位置付ける。２つの三量体内のコアβターン（２つの等価サブドメインによる寄与で単量体当たり２つ）は、一方の三量体内の各ターンが他方の三量体内の２つのターンと接触するように、ねじれた立体配置で充填される。Ｎ−サブドメイン内のターンは、第２（Ａｓｎ３９／Ｇｌｎ３８）及び第３位置（Ｇｌｕ４０／３９）に親水性アミノ酸を含むＩ’／ＩＩＩ’型のものである。Ｃ−サブドメインターンはα１鎖においてはＩＩ型、α２鎖においてはＩＩ’型のものであり、小疎水性アミノ酸、Ａｌａ１４９／１４６−Ｇｌｙ１５０／１４７−Ａｌａ１５１／Ａｓｐ１４８、β膨隆を誘導するＡｌａ１４９α１またはＡｓｐ１４８α２を伴う。従って、Ｎ−サブドメイン内のターンの親水性側鎖は水素結合に関与し、Ｃ−サブドメイン内のターンの疎水性残基は疎水性相互作用に加えてペプチド面のスタッキング効果によって充填される（図７Ａ）。Ｎ−サブドメイン内のＡｓｎ３９（Ｇｌｎ３８）側鎖はＣ−サブドメインターン内の主鎖アミドと水素結合を形成するが、保存Ｇｌｕ４０（３９）は他方の三量体内の単量体鎖のＮ−及びＣ−サブドメインの間に侵入し、保存Ｇｌｎ３７（３６）の側鎖と水素結合を形成する。α１−α１二量体内のＧｌｕ４０残基は互いに強力な水素結合を形成し、これはα１−α２二量体においては失われている。ターン及び側鎖の充填はＣＰＫモデルにおけるコア界面では緊密であるように見え、これは明確な水素結合相互作用に加えて、強力なファン・デル・ワールス相互作用を示す。従って、六量体界面での主接触のコア領域を標的とする化合物、例えばこれらの領域から誘導されるペプチドを、六量体構築の阻害に用いることができる。例えば、β３−β４接続領域またはβ３’−β４’接続領域を含むペプチドを、主接触のコア領域での六量体構築の阻害に用いることができる。
【０１５８】
主接触の外側領域：Ａｒｇ１７９（１７７）に先行する配列可変性はα１−α２（六量体）界面での潜在的Ｈ結合の数に影響を及ぼす。外側領域における相互作用は、β７及びβ８、並びにβ７’及びβ８’シートを接続する高度に保存されたループを含む。六量体のα１−α１主界面においては、一方の鎖の高度に保存されたＡｌａ７４−Ａｓｐ７８の５個の近接カルボニル酸素が対称セットの他方の鎖の側鎖Ａｓｎ７７、Ａｒｇ１７９、及びＴｙｒ１８５と水素結合を形成する（図９ｃ）。これらの側鎖はα１及びα２鎖の両者においても保存される。しかしながら、α２配列におけるＧｌｙ１７６の挿入及びＡｓｎ１７４の置換は保存Ａｓｎ７８及びＡｒｇ１７７残基の方向を変化させ、これがα１−α２界面においていくつかの水素結合を生じる。従って、六量体界面での主接触の外側領域を標的とする化合物、例えば、これらの領域から誘導されるペプチドを六量体構築の阻害に用いることができる。例えば、配列ＡＳＲＮＤ（配列番号２０１）（α１）もしくはＹＹＡＮＡ（配列番号２１８）（α１）、または他のα鎖における対応配列を含むペプチドを、主接触の外側領域での六量体構築の阻害に用いることができる。
【０１５９】
主−副接合部：主−副接合部は、一方の三量体からの２本鎖が、他方の三量体の２本鎖と接触する六量体界面の領域である。２つの型の接合部が存在し、一方は３本のα１及び１本のα２鎖を含み、他方はα１及びα２鎖の各々を２本含む。これらの２つの接合部における水素結合パターンは高度に保存される（図７Ｃ）。α１−α１及びα２−α２の両者は界面においてＡｓｎ１８７（１８５）−Ｔｙｒ１８９（１８８）（ＮＹＹ）（配列番号２９７）水素結合対を形成する。これに加えて、Ａｓｎ１８７（１８５）は対向する三量体からの別の鎖（上で論じられる主接触の外側領域内）のＡｒｇ７６（７５）と水素結合の対を形成する。２本の異なる鎖からの残基を含む、Ａｓｎ１８７（１８５）によって形成される複数の水素結合は、好ましくは、三量体−三量体界面を安定化する主要因子の１つである。従って、六量体界面での主−副接合部を標的とする化合物、例えば、これらの領域から誘導されるペプチドを六量体構築の阻害に用いることができる。例えば、配列ＮＹＹ（配列番号２８８）（α１）（例えば、ＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号１７２））、もしくは他のα鎖における対応配列を含み、これらの全てが六量体界面に存在する（及びＣＤＳＲ内の大部分を含む）か、またはＡＳＲＮＤ（配列番号２０１）（α１（ＡＲＧ７６（７５）残基を含む）、もしくは他のα鎖における対応配列を含むペプチドを、主−副接合部での六量体構築の阻害に用いることができる。従って、配列ＡＳＲＮＤ（配列番号２０１）を含むペプチドは、主接触の外側領域及び主−副接合部の両者での相互作用を妨害することにより、六量体構築を妨害することができる。同様に、ＣＤＳＲ内を標的とし、かつ配列「ＮＹＹ」（配列番号２８８）からの２個の追加Ｙ残基を含むように伸長するペプチドは、六量体構築に加えて、三量体構築の阻害に用いることができる。
【０１６０】
六量体界面に位置し、かつ六量体構築に重要であると信じられる他の残基には、（１）ＭＳＭＡＰ（配列番号１２９）（残基９１−９５α１）／ＭＭＰ（配列番号１３２）（α２）、及び他のα鎖における対応配列；（２）ＰＳＴＬＫ（配列番号１７７）（α１における残基２０８−２１２；β９’鎖；α２におけるＡＤＴＬＫ（配列番号１８０））、及び他のα鎖における対応配列；（３）ＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２８９）（α１及びα５−−ＣＤＳＲ間と共通の広汎性を有する）、及び他のα鎖における対応配列；
α３：ＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦ（配列番号２９８）
α２：ＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹ（配列番号２９９）
α４：ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ（配列番号３００）
α６：ＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹ（配列番号３０１）。
【０１６１】
従って、これらの配列を含むペプチド、またはそれらの一部は、六量体構築の阻害に用いることができる。
【０１６２】
ジスルフィド結合：鎖間または鎖内？
ジスルフィド架橋はコラーゲン構築において繰り返されるテーマであり、三量体構造の安定化において重要な役割を果たすものと信じられる（１１）。原繊維プロコラーゲンは、Ｃ−テロペプチドまたはＣ−プロペプチドのいずれかにおいてプロテインジスルフィドイソメラーゼによって触媒される鎖間ジスルフィド結合を形成するものと信じられる（５６，Ｋｉｏｖｕ，１９８７＃３４３）。鎖間ジスルフィドはＩＶ型コラーゲンのコラーゲン及びＮＣ１ドメインの両者において形成されるものと提唱されている。コラーゲンドメインにおける鎖間ジスルフィドがプロトマー内で形成されてコラーゲン三重らせんを安定化するのに対して、ＮＣ１ドメインにおけるものはプロトマー間に生じてＣ末端でネットワークを安定化するものと信じられる。２つの異なるプロトマーからの類似α鎖のＮＣ１ドメイン間でのジスルフィド交換が、六量体構築における主要安定化力の１つであるとして提唱された（５７）。変性条件下において、ヒト胎盤誘導ＮＣ１六量体は二量体及び単量体として解離した。これらの二量体は主としてジスルフィド架橋によって架橋することが示された。しかしながら、いくつかのＢＭから単離されたＮＣ１六量体を比較するＬａｎｇｅｖｅｌｄらの後の研究（５５）はどちらかといえば複雑な結果を明らかにした。胎盤ＢＭ及び腎糸球体ＢＭ ＮＣ１六量体の結果は、前の観察、変性時に二量体として解離、と一致するが、ＬＢＭ ＮＣ１六量体は主として単量体として解離し、ジスルフィド架橋の不在が暗示された。ＬＢＭ ＮＣ１六量体の結晶構造はまさにそれ、全てのシステインが鎖内ジスルフィドに関与することを明らかにする。
【０１６３】
Ｓｉｅｂｏｌｄら（５７）は、α１鎖におけるＮ−サブドメイン内のＣｙｓ２０（２０’）−Ｃｙｓ１１１’（１１１）及びＣｙｓ５３（５３’）−Ｃｙｓ１０８’（１０８）対（並びにＣ−サブドメイン内の同様の位置のもの）を含むジスルフィド交換が、各サブドメイン内で臭化シアンに基づいて合計４つのジスルフィド架橋を生じていると提唱した。結晶構造において観察されるジスルフィドの幾何位相学的配置は、そのような再配置の可能性が極端に離れていることを示唆する（図７Ａ）。ＮＣ１単量体内のジスルフィドは３段に配置され、Ｃｙｓ２０−Ｃｙｓ１１１及びＣｙｓ１３０−Ｃｙｓ２２５は三重らせん接合部に近く、Ｃｙｓ６５−Ｃｙｓ７１及びＣｙｓ１７６−Ｃｙｓ１８２は界面に近く、並びにＣｙｓ５３−Ｃｙｓ１０８及びＣｙｓ１６４−Ｃｙｓ２２２はその間に存在する。α１Ａ−α１Ｄ二量体の単量体内の、ジスルフィド対Ｃｙｓ２０−Ｃｙｓ１１１及びＣｙｓ５３−Ｃｙｓ１０８は、それぞれ約７０Å及び５０Å離れている。従って、ジスルフィド交換の可能性は、あるとすれば、Ｃｙｓ６５−Ｃｙｓ７１及びＣｙｓ１７６−Ｃｙｓ１８２対のみに存在する。しかしながら２つの三量体のねじれ型配列は、α１Ａ鎖のＣｙｓ６５−Ｃｙｓ７１対を、Ｎ−サブドメイン内のその対応物Ｃｙｓ６５’−Ｃｙｓ７１’よりも、α１Ｄ鎖のそのＣ−サブドメイン等価Ｃｙｓ１７６’−Ｃｙｓ１８２’対へと近づける。α１Ａ−α１Ｄ二量体内のこれら２つの最も近いジスルフィド対は、互いから約１６Åにある。さらにより重要なことには、これらの鎖内ジスルフィドは３Ｄドメインスワップβヘアピン領域内に位置する。ジスルフィド交換がこれらの対の間で実際に可能であったならば、それは大きな立体配剤の変化を含む。「交換可能な」システイン残基を含むβヘアピンのそのような変動は鎖間及び鎖内両方の３Ｄドメインスワッピング相互作用を破壊し、このため三量体構造を不安定化する。これらの理由から、本構造内の２つのプロトマーに属する単量体間のジスルフィド架橋を予見することは困難である。我々はまた、プロトマー内ジスルフィドの可能性も試験したが、これも大きな立体配座の変化を必要とし、潜在的に３本の鎖のＮ末端を移動させてコラーゲン−ＮＣ１連結に選択的に影響を及ぼす。プロトマー間ジスルフィド架橋を説明するには、全ての他のＢＭからのＮＣ１ドメインに対し、代替の立体配座が存在しなければならない。
【０１６４】
生物学的意義。非コラーゲンドメインに関する利用可能な結晶学的データは、ほとんど存在しない。唯一の利用可能な非コラーゲンドメインの構造は、エンドスタチンのものであり（５８，５９）、これはＸＶＩＩＩ及びＸＶ型コラーゲンからの一本鎖の相同断片である。
【０１６５】
本研究は、ＩＶ型コラーゲンα１．α２ネットワークの鎖化学量論の最初の明白な構造的基礎に加えて、ＩＶ型コラーゲンの鎖特異的構築の構造的基礎を提供する。ＮＣ１単量体は新規三次構造内に折り畳まれ、（α１）２.α２の末端閉鎖三量体が、独自３Ｄドメインスワッピング相互作用を通じて組織化される。これらの特徴は、ドメインスワッピングに関与する領域の、全体的な配列類似性及び非常に高い配列同一性により、全ての種からの、全てのＩＶ型コラーゲンネットワークにおいて保存されなければならない。鎖特異性は、構成鎖のＮＣ１ドメインの超可変領域の一次配列における相違によって決定され、これは単量体−単量体界面での異なる二次構造として表される。六量体構造は、ジスルフィド架橋の必要なしに、三量体−三量体界面での広範な疎水性及び親水性相互作用によって安定化される。ＬＢＭ ＮＣ１六量体の結晶構造及びいくつかのＢＭからのＮＣ１六量体の変性研究は、鎖間ジスルフィドによって架橋する六量体においては、代わりの立体配座が存在しなければならないことを示唆する。いくつかのこれまで不明の酵素的プロセスが、同じアミノ酸配列の、異なる組織における異なる立体配座への折り畳みの原因であり得る。
【０１６６】
（参照文献）
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４０．Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ，Ｔ．Ｃ．，及びＢｅｒｅｎｄｚｅｎ，Ｊ．（１９９７）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５５，８４９−８６１
４１．Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ，Ｔ．Ｃ．（２０００）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ ５６（Ｐｔ ８），９６５−７２．
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４３．Ｊｏｎｅｓ，Ｓ．，及びＴｈｏｒｎｔｏｎ，Ｊ．Ｍ．（１９９６）Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ Ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ（Ｕ．Ｓ．Ａ）９３，１３−２０
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４７．Ｌａｓｋｏｗｓｋｉ，Ｒ．Ａ．（１９９５）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈ．１３．，，３２３−３３０
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４９．Ｔｉｍｐｌ，Ｒ．，Ｏｂｅｒｂａｕｍｅｒ，Ｉ．，ｖｏｎ ｄｅｒ Ｍａｒｋ，Ｈ．，Ｂｏｄｅ，Ｗ．，Ｗｉｃｋ，Ｇ．，Ｗｅｂｅｒ，Ｓ．，及びＥｎｇｅｌ，Ｊ．（１９８５）Ａｎｎ ＮＹ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ４６０，５８−７２
５０．Ｓｔｕｂｂｓ，Ｍ．，Ｓｕｍｍｅｒｓ，Ｌ．，Ｍａｙｒ，Ｉ．，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｍ．，Ｂｏｄｅ，Ｗ．，Ｈｕｂｅｒ，Ｒ．，Ｒｉｅｓ，Ａ．，及びＫｕｈｍ，Ｋ．（１９９０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１１，６８３−６８４
５１．Ｄａｕｔｅｒ，Ｚ．，及びＤａｕｔｅｒ，Ｍ．（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８９，９３−１０１
５２．Ｄａｕｔｅｒ，Ｚ．，Ｄａｕｔｅｒ，Ｍ．，及びＲａｊａｓｈａｎｋａｒ，Ｋ．Ｒ．（２０００）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ５６，２３２−２３７
５３．Ｓｃｈｌｕｎｅｇｇｅｒ，Ｍ．Ｐ．，Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｍ．Ｊ．，及びＥｉｓｅｎｂｅｒｇ，Ｄ．（１９９７）Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ ５０，６１−１３２
５４．Ｊｏｎｅｓ，Ｔ．Ａ．（１９７８）Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．１１，２６８−２７２
５５．Ｌａｎｇｅｖｅｌｄ，Ｊ．Ｐ．，Ｗｉｅｓｌａｎｄｅｒ，Ｊ．，Ｔｉｍｏｎｅｄａ，Ｊ．，ＭｃＫｉｎｎｅｙ，Ｐ．，Ｂｕｔｋｏｗｓｋｉ，Ｒ．Ｊ．，Ｗｉｓｄｏｍ，Ｂ．Ｊ．，Ｊｒ．，及びＨｕｄｓｏｎ，Ｂ．Ｇ．（１９８８）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６３（２１），１０４８１−８
５６．Ｕｉｔｔｏ，Ｊ．，及びＰｒｏｃｋｏｐ，Ｄ．Ｊ．（１９７３）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．５５，９０４−９１１
５７．Ｓｉｅｂｏｌｄ，Ｂ．，Ｄｅｕｔｚｍａｎｎ，Ｒ．，及びＫｕｈｎ，Ｋ．（１９８８）Ｅｕｒ ＪＢｉｏｃｈｅｍ １７６（３），６１７−２４
５８．Ｈｏｈｅｎｅｓｔｅｒ，Ｅ．，Ｓａｓａｋｉ，Ｔ．，Ｏｌｓｅｎ，Ｂ．Ｒ．，及びＴｉｍｐｌ，Ｒ．（１９９８）Ｅｍｂｏ Ｊ．１７，１６５６−１６６４
５９．Ｓａｓａｋｉ，Ｔ．，Ｌａｒｓｓｏｎ，Ｈ．，Ｔｉｓｉ，Ｄ．，Ｃｌａｅｓｓｏｎ−Ｗｅｌｓｈ，Ｌ．，Ｈｏｈｅｎｅｓｔｅｒ，Ｅ．，及びＴｉｍｐｌ，Ｒ．（２０００）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３０１，１１７９−１１９０
６０．Ｐｅｔｉｔｃｌｅｒｃ，Ｅ．，Ｂｏｕｔａｕｄ，Ａ．，Ｐｒｅｓｔａｙｋｏ，Ａ．，Ｘｕ，Ｊ．，Ｓａｄｏ，Ｙ．，Ｎｉｎｏｍｉｙａ，Ｙ．，Ｓａｒｒａｓ，Ｍ．Ｐ．，Ｊｒ．，Ｈｕｄｓｏｎ，Ｂ．Ｇ．，及びＢｒｏｏｋｓ，Ｐ．Ｃ．（２０００）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７５（１１），８０５１−６１
６１．Ｌａｓｋｏｗｓｋｉ，Ｒ．Ａ．，ＭａｃＡｒｔｈｕｒ，Ｍ．Ｗ．，Ｍｏｓｓ，Ｄ．Ｓ．，及びＴｈｏｒｎｔｏｎ，Ｊ．Ｍ．（１９９３）Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｃｒｙｓｔ．．２６，２８３−２９１
６２．Ｂａｒｔｏｎ，Ｇ．Ｊ．（１９９３）Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．６，３７−４０
【図面の簡単な説明】
【０１６７】
【図１】α１様（１、３、及び５）及びα２様（２、４、及び６）ファミリーにグループ分けされる、６本のヒトαＮＣ１鎖の配列比較。システイン対鎖内ジスルフィドは、下部に同一番号が付されている。三量体−三量体界面を形成する６つのセグメントには囲みが付され、単量体−単量体での３つの主要セグメントは、より大きなフォントサイズで強調されている。一般的及び特異的相互作用を形成する最も重要なセグメントは、下部に暗影付きのバーでそれぞれ特定されている。
【図２】（ａ）α１鎖及び（ｂ）α２鎖。結晶構造に基づいて二次構造要素が割り当てられている。α１及びα２構造の両者は、β鎖β１−β１０及びβ１’−β１０’並びに３１０らせんｇ１及びｇ１’を含む。二次構造における相違は、２つの配列における同じ領域での、α１における３１０らせん及びα２におけるβ鎖βｐ’である。α２鎖のβｐ’鎖のパートナーは、２本のα１鎖のうち一方である。α２における対応領域及び他方のα１鎖は、拡張された構造である。これらの領域は囲みによって印付けられている。二次構造はＰＲＯＣＨＥＣＫ（６１）からのものであった。
【図３】推定ＮＣ１六量体構造の立体図。三量体−三量体界面（「赤道面」）、コラーゲン三重鎖接合部、及び偽三重軸もしくは三重らせん軸（「極軸」）が特定されている。これらの２つの三量体は、極軸と紙面に対し垂直な、二重ＮＣＳ軸によって関連付けられている。この図及び図５、８、９及び１０ｂは、ＳＥＴＯＲ（４５）を用いて作成した。
【図４】（ａ）六量体中のα１単量体構造の図示。４つのβ−シート領域がＩ、ＩＩ、ＩＩ’及びＩＩとして特定され、３つの短い３１０らせんも示される。
【図５】鎖間及び鎖内３Ｄドメイン・スワッピング相互作用（一般的構築体）及び異なる二次構造要素との鎖界面（特異的構築体）を示す、ＮＣ１三量体の位相図。二次構造要素はα１Ａ鎖についてのみ表示される。Ｎ−サブドメインにおけるβ−シート、Ｉ及びＩＩ、並びにＣ−サブドメインにおけるＩ’及びＩＩ’が同定されている。各々のサブドメインは１０本のβ鎖（β１−β１０及びβ１’−β１０’）及び２本の短い３１０（ｇ１及びｇ２’）らせんを有する。加えて、３つの界面に異なる二次構造が存在する−α１Ｂ−α２界面の平行β−シート（βｐ−βｐ’）並びに、α１Ａ−α１Ｂ及びα２−α１Ａ界面での３１０らせん（ｇ１’）及び拡張構造。
【図６】ａ）三量体における一般的相互作用。鎖間及び鎖内３Ｄドメイン・スワッピング相互作用によって形成される６本鎖β−シートは三量体組織における主要な力を形成する。サブドメインに属するこれらのシートはそのような相互作用を強調するために囲み内に示される。円の内側に示される中央β樽様コアも、この骨格のパッキング及び安定化において役割を果たす。（ｂ）３つの界面での独自二次構造及び顕著な側鎖相互作用が示される。α１ｂ−α２界面は他の界面よりも多数の水素結合を有する。
【図７】三量体−三量体界面。α１−α１及びα１−α２二量体の「コア」（図７Ａ）、「外側」（図７Ｂ）及び主−副接合部（図７Ｃ）の界面における、必須水素結合相互作用の比較（詳細は本文を参照）。

Claims (80)

  1. 少なくとも８個の連続するアミノ酸からなるポリペプチドで、その一般式Ｉは：
    ＰＦ（Ｒ１）（Ｒ２）ＣＮ（Ｒ３）（Ｒ４）（Ｒ５）ＶＣ（Ｒ６）（Ｒ７）Ａ（配列番号１）
    ここで、Ｒ１はＬ、Ｍ、Ａ、Ｖ、ｎｏｒＬ、及びＩからなる群より選択され；
    Ｒ２はＦ及びＹからなる群より選択され；
    Ｒ３はＩ、Ｖ、Ｌ、ｎｏｒＬ、Ａ、及びＰからなる群より選択され；
    Ｒ４はＮ、Ｇ、及びＨからなる群より選択され；
    Ｒ５はＮ、Ｄ、Ｑ、及びＥからなる群より選択され；
    Ｒ６はＮ、Ｙ、及びＨからなる群より選択され；及び
    Ｒ７はＦ及びＹからなる群より選択される。
  2. 一般式Ｉのアミノ酸配列からなる請求項１に記載のポリペプチド。
  3. Ｒ２がＦであり；
    Ｒ４がＮであり；
    Ｒ５がＮ及びＤからなる群より選択され；
    Ｒ６がＮであり；かつ
    Ｒ７がＦである、
    請求項１に記載のポリペプチド。
  4. Ｒ２がＹであり；
    Ｒ３がＰ及びＩからなる群より選択され；
    Ｒ５がＤ、Ｑ、及びＥからなる群より選択され；
    Ｒ６がＹ及びＨからなる群より選択され；かつ
    Ｒ７がＹである、
    請求項１に記載のポリペプチド。
  5. ポリペプチドが、ＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２）；ＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡ（配列番号３）；ＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号４）；ＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡ（配列番号５）；ＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡ（配列番号６）；及びＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡ（配列番号７）からなる群より選択される、請求項１に記載のポリペプチド。
  6. 少なくとも７個の連続するアミノ酸からなるポリペプチドで、一般式ＩＩは：
    ＰＦ（Ｒ１）ＥＣ（Ｒ２）Ｇ（Ｒ３）（Ｒ４）ＧＴＣ（Ｒ５）（配列番号８）
    ここで、Ｒ１はＬ、Ａ、Ｖ、ｎｏｒＬ、及びＩからなる群より選択され；
    Ｒ２はＨ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；
    Ｒ３はＧ、Ｒ、Ａ、または不在からなる群より選択され；
    Ｒ４はＲ及びＱからなる群より選択され；かつ
    Ｒ５はＮ及びＨからなる群より選択される。
  7. 一般式ＩＩのアミノ酸配列からなる請求項６に記載のポリペプチド。
  8. Ｒ２がＨであり；
    Ｒ３がＲであり；
    Ｒ４がＧであり；かつ
    Ｒ５がＮである、
    請求項６に記載のポリペプチド。
  9. Ｒ２がＮ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；
    Ｒ３がＧ、Ｒ、及びＡからなる群より選択され；
    Ｒ４がＲ及びＱからなる群より選択され；かつ
    Ｒ５がＨである、
    請求項６に記載のポリペプチド。
  10. ポリペプチドが、ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（配列番号９）；ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮ（配列番号１０）；ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨ（配列番号１１）；ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨ（配列番号１２）；及びＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨ（配列番号１３）からなる群より選択される、請求項６に記載のポリペプチド。
  11. （ａ） ＥＦＲＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＡ（配列番号１４）、
    （ｂ） ＥＦＲＡＳＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＳＮＳ（配列番号１５）；
    （ｃ） ＥＦＲＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳ（配列番号１６）；
    （ｄ） ＤＦＲＡＴＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨＹＹＡ）ＮＫ（配列番号１７）；
    （ｅ） ＤＦＲＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮＫ（配列番号１８）；及び
    （ｆ） ＤＦＲＡＴＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦＡＮＫ（配列番号１９）
    からなる群より選択される、少なくとも１３アミノ酸からなるポリペプチド。
  12. （ａ）請求項１によるポリペプチド；
    （ｂ）請求項６によるポリペプチド；及び
    （ｃ）０から２０の間のアミノ酸からなるポリペプチドリンカー
    からなるキメラポリペプチド。
  13. （ａ）請求項５によるポリペプチド；
    （ｂ）請求項１０によるポリペプチド；及び
    （ｃ）２アミノ酸からなるポリペプチドリンカー、
    からなる請求項１２に記載のキメラポリペプチド。
  14. 一般式ＩＩＩ：
    Ｆ（Ｒ１）Ｔ（Ｒ２）（配列番号２０）
    （ここで、Ｒ１はＳ及びＴからなる群より選択され；かつ
    Ｒ２はＭ及びＬからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  15. ポリペプチドが、ＦＳＴＭ（配列番号２１）、ＦＴＴＭ（配列番号２２）及びＦＴＳＬ（配列番号２３）からなる群より選択される、請求項１４に記載のポリペプチド。
  16. （ａ）Ｘ１−ＦＳＴＭ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＳＣＬＲＫ（配列番号２４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ１は配列ＰＦＬＦＣ（配列番号２５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＦＴＴＭ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＣＬＱＲ（配列番号２７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ３は配列ＰＦＬＦＣ（配列番号２５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＦＳＴＭ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＳＣＬＲＲ（配列番号２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ５は配列ＰＦＭＦＣ（配列番号３０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＦＳＴＭ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＳＣＬＡＲ（配列番号３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ２は配列ＰＦＬＹＣ（配列番号３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＦＳＴＬ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＣＬＰＶ（配列番号３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ４は配列ＰＦＡＹＣ（配列番号３６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＦＳＴＭ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＳＣＬＰＲ（配列番号３８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、及びＺ６は配列ＰＦＩＹＣ（配列番号３９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  17. 一般式ＩＶ：
    （Ｒ１）ＭＦ（Ｒ２）Ｋ（配列番号４１）
    （ここで、Ｒ１はＥ、Ｒ、及びＤからなる群より選択され；かつ
    Ｒ２はＫ、Ｒ、及びＳからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  18. ポリペプチドが、ＥＭＦＫＫ（配列番号４２）、ＲＭＦＲＫ（配列番号４３）、及びＤＭＦＳＫ（配列番号４４）からなる群より選択される、請求項１７に記載のポリペプチド。
  19. （ａ）Ｘ１−ＥＭＦＫＫ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＴＩＥＲＳ（配列番号４８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＰＴＰＳＴ（配列番号４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＲＭＦＲＫ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＬＮＰＥ（配列番号５１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＰＩＰＳＴ（配列番号５２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＤＭＦＳＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＴＶＤＶＳ（配列番号５４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＰＱＳＥＴ（配列番号５５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  20. ＳＦＱ（配列番号４５）；ＬＱＦ（配列番号４６）、及びＱＱＦ（配列番号４７）からなる群より選択されるポリペプチド。
  21. （ａ）Ｘ２−ＳＦＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＩＰＥＱ（配列番号５７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＧＳＰＳＡ（配列番号５８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ４−ＬＱＦ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＴＶＫＡＤ（配列番号６０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＳＳＡＰＡ（配列番号６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｃ）Ｘ６−ＱＱＦ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＶＥＥＲ（配列番号６３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＧＥＬＰＶ（配列番号６４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  22. 一般式Ｖ：
    （Ｒ１）ＡＨ（Ｒ２）ＱＤ（配列番号６６）
    （ここで、Ｒ１はＲ及びＫからなる群より選択され；かつ
    Ｒ２はＧ及びＮからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  23. ポリペプチドが、ＲＡＨＧＱＤ（配列番号６７）及びＫＡＨＮＱＤ（配列番号６８）からなる群より選択される配列からなる、請求項２２に記載のポリペプチド。
  24. （ａ）Ｘ１−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＶＱＧＮＥ（配列番号６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＬＧＴＡＧ（配列番号７０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＶＱＧＮＱ（配列番号７２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＬＧＴＬＧ（配列番号７３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＲＡＨＧＱＤ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＶＱＧＮＫ（配列番号７５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＬＧＴＡＧ（配列番号７０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＦＥＧＱＥ（配列番号７７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＬＧＬＡＧ（配列番号７８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＬＥＧＱＥ（配列番号８０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＬＧＬＡＧ（配列番号７８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＫＡＨＮＱＤ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＶＥＧＱＥ（配列番号８２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＬＧＦＡＧ（配列番号８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  25. 一般式ＶＩ：
    （Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）ＧＱ（配列番号８５）
    （ここで、Ｒ１はＥ及びＱからなる群より選択され；かつ
    Ｒ２はＳ、Ｔ、及びＧからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  26. ポリペプチドが、ＥＧＳＧＱ（配列番号８６）、ＥＧＴＧＱ（配列番号８７）、ＥＧＧＧＱ（配列番号８８）及びＱＧＧＧＱ（配列番号８９）からなる群より選択される、請求項２５に記載のポリペプチド。
  27. （ａ）Ｘ１−ＥＧＳＧＱ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＴＳＡＧＡ（配列番号９０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＡＬＡＳＰ（配列番号９１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＥＧＴＧＱ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＴＳＡＧＳ（配列番号９３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＡＬＡＳＰ（配列番号９１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ２−ＥＧＧＧＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＡＡＧＤ（配列番号９５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＳＬＶＳＰ（配列番号９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ４−ＱＧＧＧＱ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＴＧＡＧＤ（配列番号９８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＡＬＭＳＰ（配列番号９９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｅ）Ｘ６−ＥＧＧＧＱ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＡＡＧＡ（配列番号１０１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＳＬＶＳＰ（配列番号９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  28. 一般式ＶＩＩ：
    （Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）（Ｒ３）（配列番号１０３）
    （ここで、Ｒ１はＱ及びＥからなる群より選択され；
    Ｒ２はＮ及びＱからなる群より選択され；かつ
    Ｒ３はＥ、Ｑ、及びＫからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  29. Ｒ１がＱであり、かつＲ２がＮである、請求項２８に記載のポリペプチド。
  30. ポリペプチドが、ＱＧＮＥ（配列番号１０４）、ＱＧＮＱ（配列番号１０５）、ＱＧＮＫ（配列番号１０６）、及びＥＧＱＥ（配列番号１０７）からなる群より選択される、請求項２８に記載のポリペプチド。
  31. （ａ）Ｘ１−ＱＧＮＥ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＳＬＬＹＶ（配列番号１０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＱＧＮＱ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＳＦＬＦＶ（配列番号１１１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＱＧＮＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＳＬＬＹＶ（配列番号１０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＲＡＨＧＱ（配列番号１０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＥＧＱＥ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＳＬＬＹＦ（配列番号１１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＥＧＱＥ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＬＬＹＬ（配列番号１１７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＥＧＱＥ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＳＬＬＦＶ（配列番号１１９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＫＡＨＮＱ（配列番号１１５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  32. ポリペプチドが、ＶＱＧＮＥＲ（配列番号１２１）、ＶＱＧＮＱＲ（配列番号１２２）、ＶＱＧＮＫＲ（配列番号１２３）、ＦＥＧＱＥＫ（配列番号１２４）、ＬＥＧＱＥＫ（配列番号１２５）、及びＶＥＧＱＥＫ（配列番号１２６）からなる群より選択される、請求項３１に記載のポリペプチド。
  33. 一般式ＶＩＩＩ：
    Ｍ（Ｒ１）Ｍ（Ｒ２）Ｐ（配列番号１２７）
    （ここで、Ｒ１はＳ、Ｎからなる群から選択されるか、または存在せず；かつ
    Ｒ２はＡ、Ｑからなる群より選択されるか、または存在しない）
    の配列からなるポリペプチド。
  34. ポリペプチドが、ＭＳＭＡＰ（配列番号１２８）、ＭＮＭＡＰ（配列番号１２９）、ＭＳＭＱＰ（配列番号１３０）、及びＭＭＰ（配列番号１３１）からなる群より選択される、請求項３３に記載のポリペプチド。
  35. （ａ）Ｘ１−ＭＳＭＡＰ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＰＥＰＭＰ（配列番号１３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＩＴＧＥＮ（配列番号１３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＭＮＭＡＰ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＰＡＬＭＰ（配列番号１３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＩＴＧＲＡ（配列番号１３６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＭＳＭＱＰ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＰＥＰＭＰ（配列番号１３２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＬＫＧＱＳ（配列番号１３８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＭＭＰ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＴＡＰＬＰ（配列番号１４０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＶＡＥＤＥ（配列番号１４１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＭＭＰ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＡＡＰＬＰ（配列番号１４３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＬＳＥＥＡ（配列番号１４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＭＭＰ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＴＡＰＩＰ（配列番号１４６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＶＳＱＴＱ（配列番号１４７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  36. ＰＭＰＭＳＭＡＰＩＴＧ（配列番号１４９）；ＬＭＰＭＮＭＡＰＩＴＧ（配列番号１５０）；ＰＭＰＭＳＭＱＰＬＫＧ（配列番号１５１）；ＰＬＰＭＭＰＶＡＥ（配列番号１５２）；ＰＬＰＭＭＰＬＳＥ（配列番号１５３）；及びＰＩＰＭＭＰＶＳＱ（配列番号１５４）からなる群より選択されるポリペプチド。
  37. 一般式ＩＸ：
    ＡＧ（Ｒ１）（Ｒ２）（配列番号１５５）
    （ここで、Ｒ１はＡ、Ｓ及びＤからなる群より選択され；かつ
    Ｒ２はＥ及びＱからなる群より選択される）
    の配列からなるポリペプチド。
  38. ポリペプチドが、ＡＧＡＥ（配列番号１５６）、ＡＧＳＥ（配列番号１５７）、ＡＧＤＥ（配列番号１５８）、及びＡＧＤＱ（配列番号１５９）からなる群より選択される、請求項３７に記載のポリペプチド。
  39. （ａ）Ｘ１−ＡＧＡＥ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＶＭＨＴＳ（配列番号１６０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＧＳＧＱＡ（配列番号１６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＡＧＳＥ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＩＭＦＴＳ（配列番号１６３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＧＴＧＱＡ（配列番号１６４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＡＧＡＥ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＭＭＨＴＳ（配列番号１６６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＧＳＧＱＡ（配列番号１６１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＡＧＤＥ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＬＭＨＴＡ（配列番号１６８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＧＧＧＱＳ（配列番号１６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＡＧＤＱ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＬＭＨＴＧ（配列番号１７１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＧＧＧＱＡ（配列番号１７２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＡＧＡＥ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＬＭＨＴＡ（配列番号１６８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＧＧＧＱＳ（配列番号１６９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  40. 一般式Ｘ：
    ＥＣ（Ｒ１）Ｇ（Ｒ２）（Ｒ３）ＧＴＣ（Ｒ４）（Ｒ５）（Ｒ６）（配列番号１７５）
    （ここで、Ｒ１はＨ、Ｎ、Ｑ、及びＳからなる群より選択され；
    Ｒ２はＧ、Ｒ、Ａからなる群から選択されるか、または存在せず；
    Ｒ３はＲ及びＱからなる群より選択され
    Ｒ４はＮ及びＨからなる群より選択され；
    Ｒ５はＦ及びＹからなる群より選択され；かつ
    Ｒ６はＦ及びＹからなる群より選択される）
    の少なくとも５個の連続するアミノ酸からなるポリペプチド。
  41. ポリペプチドが一般式Ｘのアミノ酸配列からなる請求項４０に記載のポリペプチド。
  42. Ｒ２がＧ、Ｒ、Ａからなる群より選択され；かつ
    Ｒ４がＨである、
    請求項４０に記載のポリペプチド。
  43. ポリペプチドが、ＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号１７６）、ＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨＹＹ（配列番号１７７）、ＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦ（配列番号１７８）、及びＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦ（配列番号１７９）からなる群より選択される、請求項４０に記載のポリペプチド。
  44. 一般式ＸＩ：
    （Ｒ１）（Ｒ２）Ｔ（Ｒ３）Ｋ（配列番号１８０）
    （ここで、Ｒ１はＰ、Ｓ、及びＡからなる群より選択され；
    Ｒ２はＳ、Ｅ、及びＤからなる群より選択され；かつ
    Ｒ３はＬ及びＶからなる群より選択される）
    のアミノ酸配列からなるポリペプチド。
  45. Ｒ３がＬである請求項４４に記載のポリペプチド。
  46. Ｒ２がＤ及びＥから選択される請求項４４に記載のポリペプチド。
  47. ポリペプチドが、ＰＳＴＬＫ（配列番号１８１）、ＰＳＴＶＫ（配列番号１８２）、ＳＥＴＬＫ（配列番号１８３）、ＡＤＴＬＫ（配列番号１８４）、及びＰＤＴＬＫ（配列番号１８５）からなる群より選択される、請求項４４に記載のポリペプチド。
  48. （ａ）Ｘ１−ＰＳＴＬＫ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＦＫＫＰＴ（配列番号１８６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＡＧＥＬＲ（配列番号１８７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＰＳＴＶＫ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＦＲＫＰＩ（配列番号１８９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＡＧＥＬＥ（配列番号１９０）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ５−ＳＥＴＬＫ−Ｚ５、ここで、Ｘ５は配列ＦＳＫＰＱ（配列番号１９２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＡＧＤＬＲ（配列番号１９３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＡＤＴＬＫ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＱＧＳＰＳ（配列番号１９５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＡＧＬＩＲ（配列番号１９６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＰＤＴＬＫ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＳＳＡＰＡ（配列番号１９８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＥＳＱＡＱ（配列番号１９９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＳＥＴＬＫ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＧＥＬＰＶ（配列番号２０１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＡＧＱＬＨ（配列番号２０２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  49. 一般式ＸＩＩ：
    Ａ（Ｒ１）ＲＮＤ（配列番号２０４）
    （ここで、Ｒ１はＳ、Ｑ、及びＲからなる群より選択される）
    のアミノ酸配列からなるポリペプチド。
  50. ポリペプチド配列が、ＡＳＲＮＤ（配列番号２０５）、ＡＱＲＮＤ（配列番号２０６）、及びＡＲＲＮＤ（配列番号２０７）からなる群より選択される、請求項４９のポリペプチド。
  51. （ａ）Ｘ１−ＡＳＲＮＤ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＮＶＣＮＦ（配列番号２０８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＹＳＹＷＬ（配列番号２０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＡＳＲＮＤ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＤＶＣＮＦ（配列番号２１１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＹＳＹＷＬ（配列番号２０９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ２−ＡＳＲＮＤ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＤＶＣＹＹ（配列番号２１３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＫＳＹＷＬ（配列番号２１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ４−ＡＱＲＮＤ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＱＶＣＨＹ（配列番号２１６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＲＳＹＷＬ（配列番号２１７）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｅ）Ｘ６−ＡＲＲＮＤ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＥＶＣＨＹ（配列番号２１９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＫＳＹＷＬ（配列番号２１４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  52. 一般式ＸＩＩＩ：
    （Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ３）Ｎ（Ｒ４）（配列番号２２１）
    （ここで、Ｒ１はＹ及びＦからなる群より選択され；
    Ｒ２はＹ及びＦからなる群より選択され；
    Ｒ３はＡ及びＳからなる群より選択され；かつ
    Ｒ４はＡ、Ｓ、及びＫからなる群より選択される）
    のアミノ酸配列からなるポリペプチド。
  53. ポリペプチド配列が、ＹＹＡＮＡ（配列番号２２２）、ＹＹＳＮＳ（配列番号２２３）、ＹＹＡＮＳ（配列番号２２４）、ＹＹＡＮＫ（配列番号２２５）、ＦＦＡＮＫ（配列番号２２６）及びＹＦＡＮＫ（配列番号２２７）からなる群より選択される、請求項４９に記載のポリペプチド。
  54. （ａ）Ｘ１−ＹＹＡＮＡ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＹＹＳＮＳ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ１−ＹＹＡＮＳ−Ｚ２、ここで、Ｘ１は配列ＲＧＴＣＮ（配列番号２２８）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＹＹＡＮＫ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＲＧＴＣＨ（配列番号２３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＦＦＡＮＫ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＱＧＴＣＨ（配列番号２３５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＹＦＡＮＫ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＲＧＴＣＨ（配列番号２３３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＹＳＦＷＬ（配列番号２２９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  55. ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴ（配列番号２３８）、ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩ（配列番号２３９）、ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱ（配列番号２４０）、ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳ（配列番号２４１）、ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡ（配列番号２４２）、及びＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶ（配列番号２４３）からなる群より選択されるポリペプチド。
  56. （ａ）Ｘ１−ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴ−Ｚ１、ここで、Ｘ１は配列ＦＷＬＡＴ（配列番号２４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ１は配列ＰＳＴＬＫ（配列番号１８１）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｂ）Ｘ３−ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩ−Ｚ３、ここで、Ｘ３は配列ＦＷＬＡＳ（配列番号２４６）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ３は配列ＰＳＴＶＫ（配列番号１８２）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｃ）Ｘ１−ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱ−Ｚ２、ここで、Ｘ１は配列ＦＷＬＡＴ（配列番号２４４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ５は配列ＳＥＴＬＫ（配列番号１８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｄ）Ｘ２−ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳ−Ｚ２、ここで、Ｘ２は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ２は配列ＡＤＴＬＫ（配列番号１８４）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；
    （ｅ）Ｘ４−ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡ−Ｚ４、ここで、Ｘ４は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ４は配列ＰＤＴＬＫ（配列番号１８５）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である；及び
    （ｆ）Ｘ６−ＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶ−Ｚ６、ここで、Ｘ６は配列ＦＷＬＴＴ（配列番号２４９）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸であり、Ｚ６は配列ＳＥＴＬＫ（配列番号１８３）の０、１、２、３、４、または５アミノ酸である、
    からなる群より選択されるポリペプチド。
  57. ＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２５３）、ＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡ（配列番号２５４）、ＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡ（配列番号２５５）、ＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡ（配列番号２５６）、ＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡ（配列番号２５７）、ＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡ（配列番号２５８）、ＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２５９）、ＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６０）、ＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６１）、ＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡＳＲＮＤ（配列番号２６２）、ＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤ（配列番号２６３）、ＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤ（配列番号２６４）、ＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６５）、ＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６６）、ＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤ（配列番号２６７）、ＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹＡＳＲＮＤ（配列番号２６８）、ＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤ（配列番号２６９）、ＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤ（配列番号２７０）、ＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号２７１）、ＰＦＬＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹ（配列番号２７２）、ＰＦＩＥＣＮＧＧＲＧＴＣＨＹＹ（配列番号２７３）、ＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦ（配列番号２７４）、ＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦ（配列番号２７５）、ＩＥＲＳＥＭＦＫＫＰＴＰＳＴＬＫＡＧ（配列番号２７６）、ＬＮＰＥＲＭＦＲＫＰＩＰＳＴＶＫＡＧ（配列番号２７７）、ＶＤＶＳＤＭＦＳＫＰＱＳＥＴＬＫＡＧ（配列番号２７８）、ＩＰＥＱＳＦＱＧＳＰＳＡＤＴＬＫＡＧ（配列番号２７９）、ＶＫＡＤＬＱＦＳＳＡＰＡＰＤＴＬＫＥＳ（配列番号２８０）、ＶＥＥＲＱＱＦＧＥＬＰＶＳＥＴＬＫＡＧ（配列番号２８１）、ＧＳＣＬＲＫＦＳＴＭ（配列番号２８２）、ＧＳＣＬＱＲＦＴＴＭ（配列番号２８３）、ＧＳＣＬＲＲＦＳＴＭ（配列番号２８４）、ＧＳＣＬＡＲＦＳＴＭ（配列番号２８５）、ＧＳＣＬＰＶＦＳＴＬ（配列番号２８６）、ＧＳＣＬＰＲＦＳＴＭ（配列番号２８７）、ＬＲＫＦＳＴＭＰＦＬＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ（配列番号２８８）、ＬＱＲＦＴＴＭＰＦＬＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦ（配列番号２８９）、ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ（配列番号２９０）、ＬＡＲＦＳＴＭＰＦＬＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹ（配列番号２９１）、ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ（配列番号２９２）、ＬＰＲＦＳＴＭＰＦＩＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹ（配列番号２９３）、ＩＰＥ（配列番号２９４）、ＩＥＲ（配列番号２９５）、ＱＤ（配列番号２９６）、ＮＹＹ（配列番号２９７）、ＦＣＮＶＮＤＶＣＮＦ（配列番号２９８）、ＹＣＮＰＧＤＶＣＹＹ（配列番号２９９）、ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ（配列番号３００）、及びＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹ（配列番号３０１）からなる群より選択されるポリペプチド。
  58. （ａ）請求項１〜５７のいずれか１項に記載のポリペプチド；及び
    （ｂ）薬学的に許容し得る担体、
    を含む医薬組成物。
  59. 組織において血管新生を阻害するための方法であって、該組織を有効阻害量の請求項１〜５７のいずれか１項のポリペプチドと接触させることを含む方法。
  60. 組織において血管新生を阻害するための方法であって、該組織を有効阻害量の請求項５８の医薬組成物と接触させることを含む方法。
  61. 血管新生が腫瘍誘導性である請求項５９または６０の方法。
  62. 哺乳動物において血管新生介在疾患または状態を治療するための方法であって、血管新生介在疾患または状態を患う哺乳動物に、血管新生の阻害に有効な量の請求項１〜５７のいずれか１項のポリペプチドを投与することを含む方法。
  63. 哺乳動物において血管新生介在疾患または状態を治療するための方法であって、血管新生介在疾患または状態を患う哺乳動物に、血管新生の阻害に有効な量の請求項５８の医薬組成物を投与することを含む方法。
  64. 血管新生介在疾患または状態が、固形及び血液由来の腫瘍、糖尿病性網膜症、関節リウマチ、網膜新血管新生、脈絡膜新血管新生、黄斑変性症、角膜新血管新生、未熟児の網膜症、角膜移植片拒絶反応、新生血管緑内障、水晶体後線維増殖症、流行性角結膜炎、ビタミンＡ欠乏症、コンタクトレンズ疲労、アトピー性角膜炎、上方輪部角結膜炎、翼状片乾燥角膜炎、ｓｏｇｒｅｎｓ（シェーグレン症？）、赤鼻、ｐｈｙｌｅｃｔｅｎｕｌｏｓｉｓ、梅毒、マイコバクテリア感染、脂質変性、化学的熱傷、細菌性潰瘍、真菌性潰瘍、単純ヘルペス感染、帯状疱疹感染、原生動物感染、カポジ肉腫、モーレン潰瘍、テリエン周辺変性症、辺縁角質溶解、外傷、全身性狼瘡、多発性動脈炎、ウェゲナー類肉腫症、強膜炎、スティーブン・ジョンソン病、放射状角膜切除術、鎌状赤血球貧血、類肉腫、弾性線維性仮性黄色腫、パジェット病、静脈閉塞症、動脈閉塞症、頸動脈閉塞病、慢性ブドウ膜炎、慢性ｖｉｔｒｉｔｉｓ、ライム病、イールズ病、Ｂｅｃｈｅｔｓ（ベーチェット？）病、近視、視窩、スタルガルト病、扁平部炎、慢性網膜剥離、過粘稠度症候群、トキソプラズマ症、レーザー後合併症、線維性血管性組織の異常増殖、血管腫、Ｏｓｌｅｒ−Ｗｅｂｅｒ−Ｒｅｎｄｕ病、後天性免疫免疫不全症候群、眼血管新生病、骨関節炎、慢性炎症、クローン病、潰瘍性大腸炎、乾癬、アテローム性動脈硬化、及び類天疱瘡からなる群より選択される、請求項６２または６３に記載の方法。
  65. 腫瘍転移を阻害するための方法であって、腫瘍または組織を、腫瘍転移の阻害に有効な量の請求項１〜５７のいずれか１項のポリペプチドと接触させることを含む方法。
  66. 腫瘍転移を阻害するための方法であって、腫瘍または組織を、腫瘍転移の阻害に有効な量の請求項５８に記載の医薬組成物と接触させることを含む方法。
  67. 腫瘍増殖を阻害するための方法であって、腫瘍または組織を、腫瘍増殖の阻害に有効な量の請求項１〜５７のいずれか１項に記載のポリペプチドと接触させることを含む方法。
  68. 腫瘍転移を阻害するための方法であって、腫瘍または組織を、腫瘍増殖の阻害に有効な量の請求項５８に記載の医薬組成物と接触させることを含む方法。
  69. 動物組織における細胞外基質との内皮細胞相互作用を阻害するための方法であって、腫瘍または動物組織を、細胞外基質との内皮細胞相互作用の阻害に有効な量の請求項１〜５７のいずれか１項に記載のポリペプチドと接触させることを含む方法。
  70. 動物組織における細胞外基質との内皮細胞相互作用を阻害するための方法であって、腫瘍または動物組織を、細胞外基質との内皮細胞相互作用の阻害に有効な量の請求項５８に記載の医薬組成物と接触させることを含む方法。
  71. 細胞における基底膜形成または組織発達を阻害するための方法であって、細胞または組織を、基底膜形成の阻害に有効な量の請求項１〜５７のいずれか１項に記載のポリペプチドと接触させることを含む方法。
  72. 細胞における基底膜形成または組織発達を阻害するための方法であって、細胞または組織を、基底膜形成の阻害に有効な量の請求項５８に記載の医薬組成物と接触させることを含む方法。
  73. ＩＶ型コラーゲンのＮＣ１ドメイン六量体の結晶であって、ＩＶ型コラーゲンの［（α１）２.α２］２ＮＣ１六量体を含み、結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を３Å以下の解像度まで決定できるようにおおよそａ＝１２７．１６Å〜１２９．４１Å、ｂ＝１３９．５７Å〜１４３．８７Å；ｃ＝１６０．２０Å〜１６２．９２Å；β＝９１．３°を有する空間群Ｐ２１からなる結晶。
  74. 結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を２．２Å以下の解像度まで決定することができる、請求項７３に記載の結晶。
  75. 結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を２Å以下の解像度まで決定することができる、請求項７３に記載の結晶。
  76. ＩＶ型コラーゲン構築の阻害剤を同定するための方法であって：
    （ａ）ＩＶ型コラーゲンのＮＣ１六量体の結晶であって、ＩＶ型コラーゲンの［（α１）２.α２］２ＮＣ１六量体を含み、結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を３Å以下の解像度まで決定できるように、およそａ＝１２７．１６Å〜１２９．４１Å、ｂ＝１３９．５７Å〜１４３．８７Å；ｃ＝１６０．２０Å〜１６２．９２Å；β＝９１．３°を有する空間群Ｐ２１からなる結晶を得、
    （ｂ）請求項７５のＩＶ型コラーゲンの結晶化ＮＣ１ドメイン六量体の三次元構造を解析し；及び
    （ｂ）ＩＶ型コラーゲンＮＣ１ α鎖の：
    （ｉ）鎖間ドメインスワッピング領域；
    （ｉｉ）鎖内ドメインスワッピング領域；
    （ｉｉｉ）特異性領域；
    （ｉｖ）特異性領域パートナー；
    （ｖ）六量体界面；
    （ｖｉ）単量体−単量体界面；及び
    （ｖｉｉ）超可変領域
    からなる群より選択される１つ以上の領域を標的として、ＩＶ型コラーゲン構築の潜在的阻害剤を設計する、
    ことを含む方法。
  77. （ａ）潜在的阻害剤を合成し；及び
    （ｂ）潜在的阻害剤がＩＶ型コラーゲンの構築を阻害するかどうかを決定する、
    ことをさらに含む、請求項７６に記載の方法。
  78. （ａ）潜在的阻害剤を合成し；及び
    （ｂ）潜在的阻害剤が、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着、内皮細胞増殖、及び基底層構築のうち、１つ以上を阻害するかどうかを決定するアッセイを実施する、
    ことをさらに含む、請求項７６に記載の方法。
  79. 請求項７６〜７８のいずれか１項の方法によって同定される、ＩＶ型コラーゲン構築の阻害剤。
  80. 請求項７６〜７８のいずれか１項の方法によって同定される、血管新生、腫瘍増殖、腫瘍転移、内皮細胞接着、内皮細胞増殖、及び基底層構築からなる群より選択される１つ以上のプロセスの阻害剤。
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