JP2003514766A - Oligonucleotide synthesis using Lewis acids as activators - Google Patents
Oligonucleotide synthesis using Lewis acids as activatorsInfo
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Abstract
(57)【要約】 ホスホルアミダイトの化学的性質によってオリゴヌクレオチドを合成するための方法であって、リン−酸素結合の形成のために活性剤としてルイス酸を使用することを改良点とする方法。 (57) [Summary] A method for synthesizing oligonucleotides by phosphoramidite chemistry, the improvement being the use of Lewis acids as activators for the formation of phosphorus-oxygen bonds.
Description
【0001】
技術分野
本発明は、ホスホルアミダイトの化学的性質によってオリゴヌクレオチドの調
製において活性剤としてルイス酸を使用する方法に関する。TECHNICAL FIELD The present invention relates to the use of Lewis acids as activators in the preparation of oligonucleotides due to the chemical nature of phosphoramidites.
【0002】
発明の背景
本発明は一般的に、有機化学および生物学の分野に関する。詳細には本発明は
、オリゴヌクレオチド合成に使用するための組成物および方法を対象とする。BACKGROUND OF THE INVENTION The present invention relates generally to the fields of organic chemistry and biology. In particular, the present invention is directed to compositions and methods for use in oligonucleotide synthesis.
【0003】
ホスホルアミダイトの化学的性質(Beaucage、S.L.およびLye
r、R.P.Tetrahedron(1992)、48、2223−2311
)は、オリゴヌクレオチドの合成用に最も広い範囲で使用されるカップリングの
化学的性質となっている。当業者によく知られるようにオリゴヌクレオチドのホ
スホルアミダイト合成は、活性剤を用いて活性化中間体を形成する反応、次に伸
長しているオリゴヌクレオチド鎖(一般に一端が適切な固形担体に固定されてい
る)に活性化中間体を順次加えてオリゴヌクレオチド生成物を形成することによ
る、ヌクレオシドホスホルアミダイトモノマー前駆物質の活性化に関する。一般
にテトラゾールはヌクレオシドホスホルアミダイトモノマーの活性化のために使
用される。その活性化はスキーム1に示されるメカニズムによって起こる。テト
ラゾールは、ジイソプロピルアミノホスフィン基の塩基性窒素にプロトン付加す
ると考えられる酸性プロトンを有し、したがってジイソプロピルアミノ基を離脱
基にする。次いで負に帯電したテトラゾリウムイオンが三価のリンを攻撃し、一
時的なリンテトラゾリド種を形成する。次いでヌクレオシドに結合している固形
担体の5’−OH基が活性のある三価のリン種を攻撃し、その結果内部ヌクレオ
チド結合が形成される。最終的に三価のリンは、五価のリンに酸化される。Phosphoramidite chemistry (Beaucage, SL and Lye)
r, R. P. Tetrahedron (1992), 48, 2223-2311.
) Is the most widely used coupling chemistry for the synthesis of oligonucleotides. As is well known to those skilled in the art, phosphoramidite synthesis of oligonucleotides involves the reaction of an activator to form an activated intermediate, followed by an elongating oligonucleotide chain (typically one end immobilized on a suitable solid support). The activation of nucleoside phosphoramidite monomer precursors by sequentially adding activating intermediates to form oligonucleotide products. Generally tetrazole is used for activation of nucleoside phosphoramidite monomers. Its activation occurs by the mechanism shown in Scheme 1. Tetrazole has an acidic proton believed to protonate the basic nitrogen of the diisopropylaminophosphine group, thus making the diisopropylamino group a leaving group. The negatively charged tetrazolium ion then attacks the trivalent phosphorus, forming a transient phosphorus tetrazolide species. The 5'-OH group of the solid support attached to the nucleoside then attacks the active trivalent phosphorus species, resulting in the formation of an internal nucleotide bond. Finally, trivalent phosphorus is oxidized to pentavalent phosphorus.
【0004】[0004]
【化5】 [Chemical 5]
【0005】
テトラゾールの主な欠点はそのコストと不安定性であり、テトラゾールは爆発
する可能性がある(Material Safety Data Sheets
すなわちMSDSには重要な爆発性危険物として1H−テトラゾールが記載され
ている)。その固有の不安定性のために、昇華されるテトラゾールは一般に、所
望のカップリング収率が保証されていることが必要である。さらに、テトラゾー
ル(典型的にはその飽和溶解度0.5M付近で使用される)は低温でアセトニト
リル溶液から沈殿する傾向がある。ある種の自動DNA合成装置上で、これがバ
ルブの封鎖につながる可能性がある。The major drawbacks of tetrazole are its cost and instability, and tetrazole can explode (Material Safety Data Sheets).
That is, 1H-tetrazole is described as an important explosive dangerous substance in MSDS). Due to its inherent instability, the sublimated tetrazole generally needs to ensure the desired coupling yield. In addition, tetrazole (typically used near its saturation solubility of 0.5M) tends to precipitate from acetonitrile solutions at low temperatures. On some automated DNA synthesizers this can lead to valve blockage.
【0006】
テトラゾールとほぼ同じくらい効率的に働く他の活性剤も、前述のテトラゾー
ルの欠点と同様の欠点を有する。これらの活性剤(いずれもプロトンドナーであ
る)には、活性剤のテトラゾールクラスの以下のメンバーがある。5−(p−ニ
トロフェニル)テトラゾール(Froehler、B.C.およびMattcu
cci、M.D.、Tetrahedron Letters(1983)、2
4、3171−3174);5−(p−ニトロフェニル)テトラゾールおよびD
MAP(Pon、R.T.、Tetrahedron Letters(198
7)、28、3643−3646;および5−(エチルチオ)−1H−テトラゾ
ール(Wright、P.他、Tetrahedron Letters(19
93)、34、3373−3376)。活性剤のこのテトラゾールクラスに加え
て、以下の活性剤も使用されている。N−メチルアニリントリフルオロアセテー
ト(Fourrey、J.L.およびVarenne、J.、Tetrahed
ron Letters(1984)、25、4511−4514);N−メチ
ルアルミニウムトリクロロアセテート(Fourrey、J.L.他、Tetr
ahedron Letters(1987)、28、1769−1772);
1−メチルイミダゾールトリフルオロメタンスルフォネート(Arnold、L
.他、Collect.Czech.Chem.Commun.(1989)、
54、523−532);オクタン酸またはトリエチルアミン(Stec、W.
J.およびZon、G.、Tetrahedron Letters(1984
)、25、5279−5282);1−メチルイミダゾールHCl、5−トリフ
ルオロメチル−1H−テトラゾール、N,N−ジメチルアミンHCl、およびN
,N−ジメチルアミノピリジンHCl(Hering、G.他、Nucleos
ides and Nucleotides(1985)、4、169−171
)。概して、これらの活性剤はテトラゾールと比べて性能が劣る。Other activators that work nearly as efficiently as tetrazole have drawbacks similar to those of tetrazole described above. These activators, both of which are proton donors, have the following members of the tetrazole class of activators. 5- (p-nitrophenyl) tetrazole (Froehler, BC and Mattcu)
cci, M .; D. , Tetrahedron Letters (1983), 2
4, 3171-3174); 5- (p-nitrophenyl) tetrazole and D
MAP (Pon, RT, Tetrahedron Letters (198
7), 28, 3643-3646; and 5- (ethylthio) -1H-tetrazole (Wright, P. et al., Tetrahedron Letters (19.
93), 34, 3373-3376). In addition to this tetrazole class of activators, the following activators have also been used. N-methylaniline trifluoroacetate (Fourrey, JL and Varenne, J., Tetrahed.
ron Letters (1984), 25, 4511-4514); N-methylaluminum trichloroacetate (Fourrey, JL et al., Tetr.
ahedron Letters (1987), 28, 1769-1772);
1-Methylimidazole trifluoromethanesulfonate (Arnold, L
. Others, Collect. Czech. Chem. Commun. (1989),
54,523-532); octanoic acid or triethylamine (Stec, W .;
J. And Zon, G .; , Tetrahedron Letters (1984)
), 25, 5279-5282); 1-methylimidazole HCl, 5-trifluoromethyl-1H-tetrazole, N, N-dimethylamine HCl, and N.
, N-dimethylaminopyridine HCl (Hering, G. et al., Nucleos
des and Nucleotides (1985), 4, 169-171.
). In general, these activators have poorer performance than tetrazole.
【0007】
JP08301878は、他のプロトン活性剤の使用法を開示している。ベン
ジミダゾールとBF3エテレートが1:1の混合物が開示されており、BF3成
分が作用して、ホスホルアミダイト(中間体)の活性化に必要なベンジミダゾー
ルプロトンの酸性を増大させる。ベンジミダゾールBF3の複合体は、スキーム
1に記載されるテトラゾールと同様の方法で作用する。本発明は、プロトンドナ
ーを用いてホスホルアミダイト中間体を活性化するのではなく、活性化のために
ルイス酸を使用する。詳細には、本発明ではBF3エテレートが使用される。B
F3エテレートのベンジミダゾールBF3の複合体に勝る利点には、市販性、ベ
ンジミダゾールの除去に対してジエチルエーテルの除去が容易であることがある
。JP08301878 discloses the use of other proton activators. A 1: 1 mixture of benzimidazole and BF 3 etherate is disclosed in which the BF 3 component acts to increase the acidity of the benzimidazole proton required for activation of the phosphoramidite (intermediate). The benzimidazole BF 3 complex acts in a similar manner to the tetrazole described in Scheme 1. The present invention uses Lewis acids for activation rather than activating the phosphoramidite intermediate with a proton donor. In particular, BF 3 etherate is used in the present invention. B
An advantage of the F 3 etherate benzimidazole BF 3 complex is that it is commercially available and that removal of diethyl ether is easier than removal of benzimidazole.
【0008】
さらに、活性化ホスホルアミダイト中間体は湿気に非常に敏感である。非常に
高価なホスホルアミダイトの50%強〜100%は、無水溶媒(<20ppmの
湿気含有量)とさえも配列することが必要である。ごく微量の湿気の存在が収量
を大幅に減少させ、削除される配列の不純物を増加させる結果となる。ホスホル
アミダイト中間体を活性化することに加えて、ルイス酸はホスホルアミダイトの
分解を最小限にする湿気用スカベンジャーとして作用することができる。したが
って、ホスホルアミダイト中間体の活性化のためにルイス酸を使用することによ
って、カップリング効率が改善され、コストを低下させ、材料の取り扱いおよび
作業が好都合になる。Furthermore, activated phosphoramidite intermediates are very sensitive to moisture. More than 50% to 100% of the very expensive phosphoramidites need to be aligned even with anhydrous solvents (<20 ppm moisture content). The presence of trace amounts of moisture results in a significant decrease in yield and an increase in impurities in the deleted sequences. In addition to activating phosphoramidite intermediates, Lewis acids can act as moisture scavengers that minimize phosphoramidite degradation. Thus, the use of Lewis acids for activation of phosphoramidite intermediates improves coupling efficiency, reduces cost, and makes material handling and work convenient.
【0009】
しかしながらルイス酸の添加によって、反応混合物のpHを低下させる可能性
がある。反応混合物の酸性が増大すると、ホスホルアミダイト中間体上のN−お
よびO−保護基の除去を引き起こす可能性があり、望ましくない生成物およびよ
り低い収量につながる。したがってピリジンの添加を使用して、ホスホルアミダ
イト保護基が許容することができるレベルまでpHを増大させることができる。However, the addition of Lewis acids can lower the pH of the reaction mixture. Increasing acidity of the reaction mixture can cause the removal of N- and O-protecting groups on the phosphoramidite intermediate, leading to undesirable products and lower yields. Thus, the addition of pyridine can be used to increase the pH to a level that phosphoramidite protecting groups can tolerate.
【0010】
本発明の一目的は、固体相合成を含めた合成において使用するための、従来技
術のいずれの欠点も示さない、ルイス酸に活性化されるヌクレオシドを提供する
ことである。One object of the present invention is to provide Lewis acid activated nucleosides for use in the synthesis, including solid phase synthesis, which do not exhibit any of the drawbacks of the prior art.
【0011】
本発明の他の目的は、以下に記載されるルイス酸に活性化されるヌクレオシド
の調製および使用のための方法を提供することである。Another object of the present invention is to provide a method for the preparation and use of Lewis acid activated nucleosides described below.
【0012】
発明の概要
その主な実施形態において本発明は、以下の式Iのホホラミダイトモノマーを
活性化するための方法を開示する。SUMMARY OF THE INVENTION In its main embodiment, the present invention discloses a method for activating the follamidite monomer of formula I below.
【0013】[0013]
【化6】 [Chemical 6]
【0014】
上式でB1がプリン塩基およびピリミジン塩基からなる群から選択され、
R1が第二アミンであり(好ましいアミンはジイソプロピルアミンである)、
R2がアルコキシ、アルキル、アルキルスルフォニルアルコキシ、アリールス
ルフォニルアルコキシ、シアノアルコキシ、およびハロアルコキシからなる群か
ら選択され、
R3がヒドロキシ保護基であり(好ましい基は4,4’−ジメトキシトリチル
である)、
R4が水素および−OR7からなる群から選択され、R7がヒドロキシ保護基
であり、式Iのホスホルアミダイトモノマーを任意選択量のピリジンおよびルイ
ス酸で処理し、好ましいルイス酸は塩化アルミニウム、塩化ビスマス(III)
、三フッ化ホウ素、塩化鉄(II)、塩化鉄(III)、臭化マグネシム、塩化
マグネシム、トリフロロメタンスルホン酸マグネシウム、塩化マンガン(II)
、臭化亜鉛、塩化亜鉛および塩化ジルコニウム(IV)からなる群から選択され
る。In the above formula, B 1 is selected from the group consisting of purine bases and pyrimidine bases, R 1 is a secondary amine (the preferred amine is diisopropylamine), R 2 is an alkoxy, alkyl, alkylsulfonylalkoxy, arylsulfonyl alkoxy are selected from cyano alkoxy, and the group consisting of haloalkoxy, R 3 is a hydroxy protecting group (preferred groups are 4,4'-dimethoxytrityl), R 4 is hydrogen and -OR 7 Selected from the group wherein R 7 is a hydroxy protecting group and the phosphoramidite monomer of formula I is treated with an optional amount of pyridine and a Lewis acid, preferred Lewis acids are aluminum chloride, bismuth (III) chloride.
, Boron trifluoride, iron (II) chloride, iron (III) chloride, magnesium bromide, magnesium chloride, magnesium trifluoromethanesulfonate, manganese (II) chloride
, Zinc bromide, zinc chloride and zirconium (IV) chloride.
【0015】
発明の詳細な説明
明細書に引用した全ての特許、特許出願および参照文献は、ここで参照のため
にそのまま組み入れている。一致しない場合は、定義を含めた本開示を優先させ
る。DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION All patents, patent applications and references cited in the specification are hereby incorporated by reference in their entirety. In case of conflict, the present disclosure including definitions will control.
【0016】
用語の定義
本明細書および添付の請求項において用いられる以下の用語の意味は、次のよ
うに定義される。Definitions of Terms The meanings of the following terms used in the specification and the appended claims are defined as follows.
【0017】
ここで用いられる用語の「アルコキシ」とは、ここで定義されるオキシ基を介
して親分子部分に付加した、ここで定義されるアルキル基を指す。アルコキシ基
の代表例としては、限定しないが、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、2−プロ
ポキシ、ブトキシ、t−ブトキシ、ペンチロキシなどが挙げられる。The term “alkoxy” as used herein refers to an alkyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an oxy group, as defined herein. Representative examples of alkoxy groups include, but are not limited to, methoxy, ethoxy, propoxy, 2-propoxy, butoxy, t-butoxy, pentyloxy and the like.
【0018】
ここで用いられる用語の「アルキル」とは、1〜5個の炭素原子を含む直鎖ま
たは分枝状炭化水素を指す。アルキルの代表例としては、限定しないが、メチル
、エチル、n−プロピル、イソ−プロピル、n−ブチル、s−ブチル、イソブチ
ル、t−ブチル、n−ペンチルなどが挙げられる。The term “alkyl” as used herein refers to a straight or branched chain hydrocarbon containing 1 to 5 carbon atoms. Representative examples of alkyl include, but are not limited to, methyl, ethyl, n-propyl, iso-propyl, n-butyl, s-butyl, isobutyl, t-butyl, n-pentyl and the like.
【0019】
ここで用いられる用語の「アルキルカルボニル」とは、ここで定義されるカル
ボニル基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアルキル基を指す。
アルキルカルボニルの代表例としては、限定しないが、アセチル、エチルカルボ
ニルなどが挙げられる。The term “alkylcarbonyl,” as used herein, refers to an alkyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through a carbonyl group, as defined herein.
Representative examples of alkylcarbonyl include, but are not limited to, acetyl, ethylcarbonyl, and the like.
【0020】
ここで用いられる用語の「アルキルカルボニルオキシ」とは、ここで定義され
るオキシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアルキルカルボニ
ル基を指す。アルキルカルボニルオキシの代表例としては、限定しないが、アセ
チルオキシ、エチルカルボニルオキシ、t−ブチルカルボニルオキシなどが挙げ
られる。The term “alkylcarbonyloxy” as used herein refers to an alkylcarbonyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an oxy group, as defined herein. Representative examples of alkylcarbonyloxy include, but are not limited to, acetyloxy, ethylcarbonyloxy, t-butylcarbonyloxy, and the like.
【0021】
ここで用いられる用語の「アルキルスルホニル」とは、ここで定義されるスル
ホニル基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアルキル基を指す。
アルキルスルホニルの代表例としては、限定しないが、メチルスルホニル、エチ
ルスルホニルなどが挙げられる。The term “alkylsulfonyl” as used herein refers to an alkyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through a sulfonyl group, as defined herein.
Representative examples of alkylsulfonyl include, but are not limited to, methylsulfonyl, ethylsulfonyl, and the like.
【0022】
ここで用いられる用語の「アルキルスルホニルアルコキシ」とは、ここで定義
されるアルコキシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアルキル
スルホニル基を指す。アルキルスルホニルアルコキシの代表例としては、限定し
ないが、2−メチルスルホニルエトキシ、2−エチルスルホニルエトキシなどが
挙げられる。The term “alkylsulfonylalkoxy” as used herein refers to an alkylsulfonyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkoxy group, as defined herein. Representative examples of alkylsulfonylalkoxy include, but are not limited to, 2-methylsulfonylethoxy, 2-ethylsulfonylethoxy, and the like.
【0023】 ここで用いられる用語の「アミノ」とは、−NH2基を指す。The term “amino” as used herein refers to a —NH 2 group.
【0024】
ここで用いられる用語の「アミノ保護基」または「N−保護基」とは、合成手
順中の望ましくない反応に対してアミノ基の保護を意図した基を指す。一般に使
用される窒素保護基は、Green,T.W.、およびWuts,P.G.M.
(1991),Protective Groups In Organic
Synthesis(2nd ed.),New York:John Wil
ey & Sonsに記載されている。好ましい窒素保護基は、ホルミル、アセ
チル、ベンゾイル、ピバロイル、t−ブチルアセチル、フェニルスルホニル、ベ
ンジル、t−ブチルオキシカルボニル(Boc)、ベンジルオキシカルボニル(
Cbz)である。The term “amino protecting group” or “N-protecting group” as used herein refers to groups intended to protect the amino group against undesired reactions during synthetic procedures. Commonly used nitrogen protecting groups are described in Green, T .; W. , And Wuts, P .; G. M.
(1991), Protective Groups In Organic.
Synthesis (2nd ed.), New York: John Wil
ey & Sons. Preferred nitrogen protecting groups are formyl, acetyl, benzoyl, pivaloyl, t-butylacetyl, phenylsulfonyl, benzyl, t-butyloxycarbonyl (Boc), benzyloxycarbonyl (
Cbz).
【0025】
ここで用いられる用語の「アリ−ル」とは、芳香族単環式環系または縮合環の
1つまたは両方が芳香族である二環縮合環系を指す。アリールの代表例としては
、限定しないが、アズレン、インダニル、インデニル、ナフチル、フェニル、テ
トラヒドロナフチルなどが挙げられる。The term “aryl” as used herein refers to an aromatic monocyclic ring system or a bicyclic fused ring system in which one or both of the fused rings are aromatic. Representative examples of aryl include, but are not limited to, azulene, indanyl, indenyl, naphthyl, phenyl, tetrahydronaphthyl, and the like.
【0026】
本発明のアリール基は、アルキル、シアノ、ハロゲン、ハロアルキルおよびニ
トロから独立に選ばれる1個、2個または3個の置換基で置換することができる
。The aryl groups of the present invention can be substituted with 1, 2 or 3 substituents independently selected from alkyl, cyano, halogen, haloalkyl and nitro.
【0027】
ここで用いられる用語の「アリ−ルアルコキシ」とは、ここで定義されるアル
コキシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアリール基を指す。
アリ−ルアルコキシの代表例としては、限定しないが、2−フェニルエトキシ、
2−ナフチルエトキシ、2−(4−ニトロフェニル)エトキシなどが挙げられる
。The term “arylalkoxy” as used herein refers to an aryl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkoxy group, as defined herein.
Representative examples of arylalkoxy include, but are not limited to, 2-phenylethoxy,
2-naphthylethoxy, 2- (4-nitrophenyl) ethoxy and the like can be mentioned.
【0028】
ここで用いられる用語の「アリ−ルスルホニル」とは、ここで定義されるスル
ホニル基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアリール基を指す。
アリ−ルスルホニルの代表例としては、限定しないが、フェニルスルホニル、ナ
フチルスルホニルなどが挙げられる。The term “arylsulfonyl”, as used herein, refers to an aryl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through a sulfonyl group, as defined herein.
Representative examples of arylsulfonyl include, but are not limited to, phenylsulfonyl, naphthylsulfonyl, and the like.
【0029】
ここで用いられる用語の「アリ−ルスルホニルアルコキシ」とは、ここで定義
されるアルコキシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるアリール
スルホニル基を指す。アリ−ルスルホニルアルコキシの代表例としては、限定し
ないが、2−フェニルスルホニルエトキシ、3−フェニルスルホニルプロポキシ
などが挙げられる。The term “arylsulfonylalkoxy” as used herein refers to an arylsulfonyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkoxy group, as defined herein. Representative examples of arylsulfonylalkoxy include, but are not limited to, 2-phenylsulfonylethoxy, 3-phenylsulfonylpropoxy, and the like.
【0030】 ここで用いられる用語の「カルボニル」とは、−C(O)−基を指す。[0030] The term "carbonyl" as used herein refers to a -C (O)-group.
【0031】
ここで用いられる用語の「カテコール」とは、両方の酸素ここで定義され、M
に付加されるC6H4−1,2−(O−)2基を指す。As used herein, the term “catechol” is defined herein for both oxygen and M
C 6 H 4 -1,2- added to (O-) refers to two groups.
【0032】 ここで用いられる用語の「シアノ」とは、−CN基を指す。[0032] The term "cyano," as used herein, refers to a -CN group.
【0033】
ここで用いられる用語の「シアノアルコキシ」とは、ここで定義されるアルコ
キシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるシアノ基を指す。シア
ノアルコキシの代表例としては、限定しないが、2−シアノエトキシ、2−シア
ノプロポキシ、1−メチル−2−シアノエトキシ、1,1−ジメチル−2−シア
ノエトキシ、1,1−ジメチル−2−シアノエトキシなどが挙げられる。The term “cyanoalkoxy” as used herein refers to a cyano group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkoxy group, as defined herein. Representative examples of cyanoalkoxy include, but are not limited to, 2-cyanoethoxy, 2-cyanopropoxy, 1-methyl-2-cyanoethoxy, 1,1-dimethyl-2-cyanoethoxy, 1,1-dimethyl-2-. Examples thereof include cyanoethoxy.
【0034】
ここで用いられる用語の「ハロ」または「ハロゲン」とは、−Cl、−Br、
−Iまたは−Fを指す。The term “halo” or “halogen” as used herein refers to —Cl, —Br,
Refers to -I or -F.
【0035】
ここで用いられる用語の「ハロアルコキシ」とは、ここで定義されるアルコキ
シ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義される少なくとも1個のハロゲ
ンを指す。ハロアルコキシの代表例としては、限定しないが、2,2,2−トリ
クロロエトキシ、1,1−ジメチル−2,2,2−トリクロロエトキシ、トリフ
ロロメトキシなどが挙げられる。The term “haloalkoxy” as used herein refers to at least one halogen, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkoxy group, as defined herein. Representative examples of haloalkoxy include, but are not limited to, 2,2,2-trichloroethoxy, 1,1-dimethyl-2,2,2-trichloroethoxy, trifluoromethoxy and the like.
【0036】
ここで用いられる用語の「ハロアルキル」とは、ここで定義されるアルキル基
を介して親分子部分に付加した、ここで定義される少なくとも1個のハロゲンを
指す。ハロアルキルの代表例としては、限定しないが、クロロメチル、2−フロ
ロエチル、トリフロロメチル、ペンタフロロエチル、2−クロロ−3−フロロペ
ンチルなどが挙げられる。The term “haloalkyl” as used herein refers to at least one halogen, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an alkyl group, as defined herein. Representative examples of haloalkyl include, but are not limited to, chloromethyl, 2-fluoroethyl, trifluoromethyl, pentafluoroethyl, 2-chloro-3-fluoropentyl, and the like.
【0037】
用語「ヒドロキシ保護基」または「O−保護基」とは、合成手順中、望ましく
ない反応に対してヒドロキシ基の保護を意図した基を指す。一般に使用されるヒ
ドロキシ保護基は、ここに参照のために組込まれているT.H.Greenおよ
びP.G.M.Wuts,Protective Groups in Org
anic Synthesis,2nd editon,New York:J
ohn Wiley & Sons,New York(1991)に記載され
ている。ヒドロキシ保護基の代表例としては、限定しないが、置換メチルエーテ
ル類、例えばメトキシメチル、ベンジルオキシメチル、2−メトキシエトキシメ
チル、2−(トリメチルシリル)−エトキシメチル、ベンジルおよびトリフェニ
ルメチル;テトラヒドロピラニルエーテル類;置換エチルエーテル類、例えば2
,2,2−トリクロロエチルおよびt−ブチル;シリルエーテル類、例えばトリ
メチルシリル、t−ブチルジメチルシリルおよびt−ブチルジフェニルシリル;
環式アセタール類およびケタール類、例えばメチレンアセタール、アセトニドお
よびベンジリデンアセタール;環式オルトエステル類、例えばメトキシメチレン
、;環式炭酸エステル類;環式ホウ酸エステル類;カルボニル誘導体、例えばア
セチル、p−フェニルアゾフェニルオキシカルボニル、9−フロレニルメトキシ
カルボニル、2,4−ジニトロフェニルエトキシカルボニル、2−(メチルチオ
メトキシメチル)ベンゾイル、2−(イソプロピルチオメトキシメチル)ベンゾ
イル、2−(2,4−ジニトロベンゼンスルフェニルオキシメチル)ベンゾイル
、4−(メチルチオメトキシ)ブチリルおよびレブリニル;トリチル誘導体、例
えば4,4’−ジメトキシトリチル、4,4’,4”−トリス−(ベンジルオキ
シ)トリチル、4,4’,4”−トリス(4,5−ジクロロフタールイミド)ト
リチル、4,4’,4”−トリス−(レブリニルオキシ)トリチル、3−(イミ
ダゾリルメチル)−4,4’−ジメトキシトリチル、4−デシクロキシトリチル
、4−ヘキサデシルオキシトリチルおよび1,1−ビス−(4−メトキシフェニ
ル)−1’−ピレニルメチル;置換キサンテニル基類、例えばピキシル(9−フ
ェニルキサンテン−9−イル)、9−(p−メトキシフェニル)キサンテン−9
−イル)および9−(4−オクタデシルオキシフェニル)キサンテン−9−イル
が挙げられる。The term “hydroxy protecting group” or “O-protecting group” refers to groups intended to protect a hydroxy group against undesired reactions during synthetic procedures. Commonly used hydroxy protecting groups can be found in T.W., incorporated herein by reference. H. Green and P.M. G. M. Wuts, Protective Groups in Org
anic Synthesis, 2nd editon, New York: J
ohn Wiley & Sons, New York (1991). Representative examples of hydroxy protecting groups include, but are not limited to, substituted methyl ethers such as methoxymethyl, benzyloxymethyl, 2-methoxyethoxymethyl, 2- (trimethylsilyl) -ethoxymethyl, benzyl and triphenylmethyl; tetrahydropyranyl ether. Substituted ethyl ethers such as 2
, 2,2-Trichloroethyl and t-butyl; silyl ethers such as trimethylsilyl, t-butyldimethylsilyl and t-butyldiphenylsilyl;
Cyclic acetals and ketals such as methylene acetals, acetonides and benzylidene acetals; cyclic orthoesters such as methoxymethylene; cyclic carbonates; cyclic borate esters; carbonyl derivatives such as acetyl, p-phenyl Azophenyloxycarbonyl, 9-florenylmethoxycarbonyl, 2,4-dinitrophenylethoxycarbonyl, 2- (methylthiomethoxymethyl) benzoyl, 2- (isopropylthiomethoxymethyl) benzoyl, 2- (2,4-dinitrobenzenesul) Phenyloxymethyl) benzoyl, 4- (methylthiomethoxy) butyryl and levulinyl; trityl derivatives such as 4,4'-dimethoxytrityl, 4,4 ', 4 "-tris- (benzyloxy) trityl, 4,4'. 4 "-tris (4,5-dichlorophthalimide) trityl, 4,4 ', 4" -tris- (levulinyloxy) trityl, 3- (imidazolylmethyl) -4,4'-dimethoxytrityl, 4-decycloxy Trityl, 4-hexadecyloxytrityl and 1,1-bis- (4-methoxyphenyl) -1'-pyrenylmethyl; substituted xanthenyl groups such as pixyl (9-phenylxanthen-9-yl), 9- (p- Methoxyphenyl) xanthene-9
-Yl) and 9- (4-octadecyloxyphenyl) xanthen-9-yl.
【0038】
ここで用いられる用語の「ルイス酸」とは、1個の空軌道または1個の電子対
を有するプロトン以外の化学種を指す。ルイス酸は、限定しないが、エテレート
、水和物、チオエテレートなどの錯体として購入または調製し得ることが解され
得る。さらに、本発明用に購入または調製された錯体は、酸性プロトンを含まな
いことが解され得る。ルイス酸の代表例としては、限定しないが、塩化アルミニ
ウム、塩化ビスマス(III)、三フッ化ホウ素、塩化鉄(II)、塩化鉄(I
II)、臭化マグネシウム、塩化マグネシウム、トリフロロメタンスルホン酸マ
グネシウム、塩化マンガン(II)、臭化亜鉛、塩化亜鉛、塩化ジルコニウム(
IV)などが挙げられる。The term “Lewis acid” as used herein refers to a chemical species other than a proton having one unoccupied orbital or one electron pair. It can be appreciated that Lewis acids can be purchased or prepared as, but not limited to, complexes of etherates, hydrates, thioetherates, and the like. Furthermore, it can be seen that the complexes purchased or prepared for the present invention do not contain acidic protons. Representative examples of Lewis acids include, but are not limited to, aluminum chloride, bismuth (III) chloride, boron trifluoride, iron (II) chloride, iron chloride (I
II), magnesium bromide, magnesium chloride, magnesium trifluoromethanesulfonate, manganese (II) chloride, zinc bromide, zinc chloride, zirconium chloride (
IV) and the like.
【0039】
ここで用いられる用語の「メチレンジオキシ」とは、R80およびR81が独
立にハロゲンおよびアルキルから選ばれる−OC(R80)(R81)O−基を
指す。メチレンジオキシ基の酸素原子は、2個の隣接する炭素原子を介して親分
子部分に付加する。メチレンジオキシ基の代表例としては、限定しないが、1,
3−ジオキソラニル、2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラニル、2−メチル
−1,3−ジオキソラニルなどが挙げられる。The term “methylenedioxy” as used herein refers to a —OC (R 80 ) (R 81 ) O— group in which R 80 and R 81 are independently selected from halogen and alkyl. The oxygen atom of the methylenedioxy group is attached to the parent molecular moiety through two adjacent carbon atoms. Representative examples of methylenedioxy groups include, but are not limited to, 1,
3-dioxolanyl, 2,2-dimethyl-1,3-dioxolanyl, 2-methyl-1,3-dioxolanyl and the like can be mentioned.
【0040】 ここで用いられる用語の「オキシ」とは、(−O−)を指す。[0040] The term "oxy" as used herein refers to (-O-).
【0041】
ここで用いられる用語の「プリン塩基」とは、9H−プリン−6−イラミン(
アデニン)および2−アミノ−1,9−ジヒドロ−6H−プリン−6−オン(グ
アニン)から選ばれる有機塩基を指す。アデニンに付加したアミノ基は窒素保護
基で保護し得る。As used herein, the term “purine base” refers to 9H-purine-6-imylamine (
Adenine) and 2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one (guanine). The amino group added to adenine can be protected with a nitrogen protecting group.
【0042】 ここで用いられる用語の「プロトン」とは、H+を指す。The term “proton” as used herein refers to H + .
【0043】
ここで用いられる用語の「ピリミジン塩基」とは、2,4(1H,3H)−ピ
リミジンジオン(ウラシル)、5−メチル−2,4(1H,3H)−ピリミジン
ジオン(チミン)および4−アミノ−2(1H)−ピリミジノン(シトシン)か
ら選ばれる有機塩基を指す。シトシンに付加したアミノ基は、窒素保護基で保護
し得る。As used herein, the term “pyrimidine base” refers to 2,4 (1H, 3H) -pyrimidinedione (uracil), 5-methyl-2,4 (1H, 3H) -pyrimidinedione (thymine) and Refers to an organic base selected from 4-amino-2 (1H) -pyrimidinone (cytosine). The amino group added to cytosine may be protected with a nitrogen protecting group.
【0044】 ここで用いられる用語の「スルホニル」とは、−SO2−基を指す。The term “sulfonyl” as used herein refers to a —SO 2 — group.
【0045】 ここで用いられる用語の「トリフロロメタン」とは、−CF3基を指す。The term “trifluoromethane” as used herein refers to a —CF 3 group.
【0046】
ここで用いられる用語の「トリフロロメタンスルホニル」とは、ここで定義さ
れるスルホニル基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるトリフロロ
メタン基を指す。The term “trifluoromethanesulfonyl,” as used herein, refers to a trifluoromethane group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through a sulfonyl group, as defined herein.
【0047】
ここで用いられる用語の「トリフロロメタンスルホニルオキシ」とは、ここで
定義されるオキシ基を介して親分子部分に付加した、ここで定義されるトリフロ
ロメタンスルホニル基を指す。The term “trifluoromethanesulfonyloxy” as used herein refers to a trifluoromethanesulfonyl group, as defined herein, appended to the parent molecular moiety through an oxy group, as defined herein.
【0048】
略語
下記の略語が使用される。すなわちジメチルアセトアミドには、DMA、4,
4’−ジメトキシトリチルには、DMT、酢酸エチルにはEtOAc、当量には
eq、物質安全データシートにはMSDS、重炭酸ナトリウムにはNaHCO3
、硫酸ナトリウムにはNa2SO4、薄層クロマトグラフィーにはTLC。Abbreviations The following abbreviations are used. That is, for dimethylacetamide, DMA, 4,
The 4'-dimethoxytrityl, DMT, the ethyl acetate EtOAc, the equivalent eq, the Material Safety Data Sheet MSDS, the sodium bicarbonate NaHCO 3, the sodium sulphate Na 2 SO 4, thin layer chromatography TLC.
【0049】
合成法
本発明の化合物および方法は、本発明の化合物が調製される方法を図解してい
る下記の合成図と関連させると、よりよく理解されるであろう。Synthetic Methods The compounds and methods of this invention will be better understood in connection with the synthetic schemes below which illustrate how the compounds of the invention are prepared.
【0050】[0050]
【化7】 [Chemical 7]
【0051】
ルイス酸を活性化剤として用いる一般的手順:
ホスホルアミダイト(i)(1.0当量)とヌクレオシド(ii)(1.0当
量)のアセトニトリルまたはDMA(0.1M)溶液をルイス酸(表1)で処理
した。この溶液を室温で混合し、展開溶媒として、EtOAc:トリエチルアミ
ン(95:5)を用いてTLCでモニターした。5分から60分未満範囲(表1
)の後、反応混合物をNaHCO3でクエンチし、EtOAcで抽出した。有機
層をNaHCO3水で洗浄し、乾燥(Na2SO4)、減圧下蒸発させ、ほぼ定
量的収量で二量体生成物(iii)を得た。31
P NMR(500MHz、CD2Cl2)δ139.5、139.7;
MS(ESI+)m/z:1041.4(M+)。General Procedure Using Lewis Acid as Activator: A solution of phosphoramidite (i) (1.0 eq) and nucleoside (ii) (1.0 eq) in acetonitrile or DMA (0.1M) was added to Lewis solution. Treated with acid (Table 1). The solution was mixed at room temperature and monitored by TLC using EtOAc: triethylamine (95: 5) as the developing solvent. Range from 5 minutes to less than 60 minutes (Table 1
After), the reaction mixture was quenched with NaHCO 3 and extracted with EtOAc. The organic layer was washed with aqueous NaHCO 3 , dried (Na 2 SO 4 ) and evaporated under reduced pressure to give the dimeric product (iii) in near quantitative yield. 31 P NMR (500 MHz, CD 2 Cl 2 ) δ 139.5, 139.7; MS (ESI + ) m / z: 1041.4 (M + ).
【0052】
ルイス酸を活性化剤として用いる一般的手順:
ホスホルアミダイト(i)(1.0当量)とヌクレオシド(ii)(1.0当
量)のアセトニトリルまたはDMA(0.1M)溶液をピリジン(2当量)で処
理し、次いでルイス酸(2当量)を添加した。この溶液を室温で混合し、展開溶
媒として、EtOAc:トリエチルアミン(95:5)を用いてTLCでモニタ
ーした。5分未満後、反応混合物をNaHCO3でクエンチし、EtOAcで抽
出した。有機層をNaHCO3水で洗浄し、乾燥(Na2SO4)、減圧下蒸発
させ、ほぼ定量的収量で二量体生成物(iii)を得た。31
P NMR(500MHz、CD2Cl2)δ139.5、139.7;
MS(ESI+)m/z:1041.4(M+)。General Procedure Using Lewis Acid as Activator: A solution of phosphoramidite (i) (1.0 eq) and nucleoside (ii) (1.0 eq) in acetonitrile or DMA (0.1 M) was added to pyridine. Treated with (2 eq) then Lewis acid (2 eq) was added. The solution was mixed at room temperature and monitored by TLC using EtOAc: triethylamine (95: 5) as the developing solvent. After less than 5 minutes, the reaction mixture was quenched with NaHCO 3, and extracted with EtOAc. The organic layer was washed with aqueous NaHCO 3 , dried (Na 2 SO 4 ) and evaporated under reduced pressure to give the dimeric product (iii) in near quantitative yield. 31 P NMR (500 MHz, CD 2 Cl 2 ) δ 139.5, 139.7; MS (ESI + ) m / z: 1041.4 (M + ).
【0053】[0053]
【表1】 [Table 1]
【0054】
二量体(iii)は、一般の当業者に知られた標準的条件を用いて酸化するこ
とができ、リン酸塩が得られることが解され得る(J.Am.Chem.Soc
.,(1976),98,3655−3661)。酸化二量体の5’−OHは脱
保護することができ、ルイス酸活性化ホスホルアミダイトモノマーで処理されて
トリマーを形成する。この一連のステップは、本発明の方法が固相合成を含むオ
リゴヌクレオチドの調製に使用し得るように、所望の長さのオリゴヌクレオチド
が合成されるまで反復することができる。It can be seen that the dimer (iii) can be oxidized using standard conditions known to the person skilled in the art to give the phosphate (J. Am. Chem. Soc.
. , (1976), 98, 3655-3661). The 5'-OH of the oxidized dimer can be deprotected and treated with a Lewis acid activated phosphoramidite monomer to form a trimer. This series of steps can be repeated until the desired length of the oligonucleotide has been synthesized so that the method of the invention can be used to prepare the oligonucleotide including solid phase synthesis.
Claims (20)
物を含む組成物であって、 【化1】 上式でB1がプリン塩基およびピリミジン塩基からなる群から選択され、 R1が−NR5R6であり、R5およびR6がアルキルおよびアリールアルキ
ルからなる群から独立に選択され、 R2がアルコキシ、アルキル、アルキルスルフォニルアルコキシ、アリールス
ルフォニルアルコキシ、シアノアルコキシ、およびハロアルコキシからなる群か
ら選択され、 R3がヒドロキシ保護基であり、 R4が水素および−OR7からなる群から選択され、R7がヒドロキシ保護基
である組成物。1. A composition comprising a Lewis acid, an optional amount of pyridine, and a compound of formula I as follows: Where B 1 is selected from the group consisting of purine bases and pyrimidine bases, R 1 is —NR 5 R 6 , R 5 and R 6 are independently selected from the group consisting of alkyl and arylalkyl, and R 2 Is selected from the group consisting of alkoxy, alkyl, alkylsulfonylalkoxy, arylsulfonylalkoxy, cyanoalkoxy, and haloalkoxy, R 3 is a hydroxy protecting group, R 4 is selected from the group consisting of hydrogen and —OR 7 . The composition wherein R 7 is a hydroxy protecting group.
ルト、銅、クロム、金、ハフニウム、イリジウム、鉄、ランタン、マグネシウム
、マンガン、水銀、モリブデン、ニッケル、ニオブ、オスミウム、パラジウム、
プラチナ、リン、レニウム、ルテニウム、スカンジウム、銀、タンタル、テルル
、スズ、タングステン、チタン、バナジウム、亜鉛、ジルコニウム、およびイッ
トリウムからなる群から選択され、 R10がアルコキシ、アルキルカルボニロキシ、トリフルオロメタンスルフォ
ニロキシ、シアノ、およびハロゲンからなる群から選択され、 R11が存在しないか、またはアルコキシ、アルキルカルボニロキシ、トリフ
ルオロメタンスルフォニロキシ、シアノ、およびハロゲンからなる群から選択さ
れ、 または、1つになっているR10とR11がカテコールを形成し、両方の酸素
原子がMに結合し、 R12が存在しないか、またはアルコキシ、アルキルカルボニロキシ、トリフ
ルオロメタンスルフォニロキシ、シアノ、およびハロゲンからなる群から選択さ
れ、 R13が存在しないか、またはアルコキシ、アルキルカルボニロキシ、トリフ
ルオロメタンスルフォニロキシ、シアノ、およびハロゲンからなる群から選択さ
れ、 R14が存在しないか、またはハロゲンからなる群から選択される、請求項1
に記載の組成物。2. Including the Lewis acid of formula II below: In the above formula, M is aluminum, antimony, bismuth, boron, cadmium, cobalt, copper, chromium, gold, hafnium, iridium, iron, lanthanum, magnesium, manganese, mercury, molybdenum, nickel, niobium, osmium, palladium,
Selected from the group consisting of platinum, phosphorus, rhenium, ruthenium, scandium, silver, tantalum, tellurium, tin, tungsten, titanium, vanadium, zinc, zirconium, and yttrium, where R 10 is alkoxy, alkylcarbonyloxy, trifluoromethanesulfur. Selected from the group consisting of phenyloxy, cyano, and halogen, wherein R 11 is absent or selected from the group consisting of alkoxy, alkylcarbonyloxy, trifluoromethanesulfonyloxy, cyano, and halogen, or one R 10 and R 11 form a catechol, both oxygen atoms are bound to M and R 12 is absent or is alkoxy, alkylcarbonyloxy, trifluoromethanesulfonyloxy, cyano, and halogen. Or Is selected from the group consisting of or R 13 is absent, or alkoxy, alkylcarbonyloxy, trifluoromethane sulfonyl b alkoxy, is cyano, and the group consisting of halogen, R 14 is absent or a group consisting of halogen, Selected from
The composition according to.
チタン、亜鉛、およびジルコニウムからなる群から選択され、 R10がアルコキシ、シアノ、ハロゲンおよびトリフルオロメタンスルフォニ
ロキシからなる群から選択され、 R11がアルコキシ、シアノ、ハロゲンおよびトリフルオロメタンスルフォニ
ロキシからなる群から選択され、 または、1つになっているR10とR11がカテコールを形成し、両方の酸素
原子がMに結合し、 R12が存在しないか、またはアルコキシおよびハロゲンからなる群から選択
され、 R13が存在しないか、またはアルコキシおよびハロゲンからなる群から選択
され、 R14が存在しない、請求項2に記載の組成物。3. The Lewis acid of formula II, wherein M is aluminum, bismuth, boron, iron, magnesium, manganese,
Selected from the group consisting of titanium, zinc and zirconium, R 10 selected from the group consisting of alkoxy, cyano, halogen and trifluoromethanesulfonyloxy, R 11 consisting of alkoxy, cyano, halogen and trifluoromethanesulfonyloxy. Selected from the group, or R 10 and R 11 which are joined together form a catechol, both oxygen atoms are bound to M, R 12 is absent or selected from the group consisting of alkoxy and halogen. The composition of claim 2, wherein R 13 is absent or is selected from the group consisting of alkoxy and halogen and R 14 is absent.
素、塩化鉄(II)、塩化鉄(III)、臭化マグネシム、塩化マグネシム、ト
リフロロメタンスルホン酸マグネシウム、塩化マンガン(II)、臭化亜鉛、塩
化亜鉛および塩化ジルコニウム(IV)からなる群から選択される前記ルイス酸
を含む、請求項1に記載の組成物。4. Aluminum chloride, bismuth (III) chloride, boron trifluoride, iron (II) chloride, iron (III) chloride, magnesium bromide, magnesium chloride, magnesium trifluoromethanesulfonate, manganese (II) chloride. The composition of claim 1, comprising the Lewis acid selected from the group consisting of :, zinc bromide, zinc chloride and zirconium (IV) chloride.
、請求項1に記載の組成物。5. The composition of claim 1, wherein R 5 and R 6 are independently selected from the group consisting of alkyl.
項1に記載の組成物。6. The composition of claim 1, wherein R 5 is isopropyl and R 6 is isopropyl.
1に記載の組成物。7. The composition according to claim 1, wherein R 2 is selected from the group consisting of cyanoalkoxy.
。8. The composition according to claim 1, wherein R 2 is 2-cyanoethoxy.
シである、請求項1に記載の組成物。9. The composition according to claim 1, wherein R 1 is diisopropylamino and R 2 is 2-cyanoethoxy.
トリス−(ベンジロキシ)トリチル、4,4’,4”−トリス−(4,5−ジク
ロロフタルイミド)トリチル、4,4’,4”−トリス−(レブニロキシ)トリ
チル、3−(イミダゾールメチル)−4,4’−ジメトキシトリチル、ピクシル
(9−フェニルキサンテン−9−yl)、9−(p−メトキシフェニル)キサン
テン−9−yl)、4−デシロキシトリチル、4−ヘキサデシロキシトリチル、
9−(4−オクタデシロキシフェニル)キサンテン−9−yl、1,1−ビス−
(4−メトキシヘニル)−1’−ピレニルメチル、p−フェニルアゾフェニロキ
シカルボニル、9−フルオレニルメトキシカルボニル、2,4−ジニトロフェニ
ルエトキシカルボニル、4−(メトキシルチオエトキシ)ブチリル、2−(メト
キシルチオエトキシメチル)ベンゾイル、2−(イソプロピルメトキシルチオメ
トキシメチル)ベンゾイル、2−(2,4−ジニトロベンゼンスルフォニロキシ
メチル)ベンゾイル、およびレブリニルからなる群から選択される、請求項1に
記載の組成物。10. R 3 is 4,4′-dimethoxytrityl, 4,4 ′, 4 ″-
Tris- (benzyloxy) trityl, 4,4 ', 4 "-Tris- (4,5-dichlorophthalimido) trityl, 4,4', 4" -Tris- (revnyloxy) trityl, 3- (imidazolemethyl) -4 , 4'-dimethoxytrityl, pixyl (9-phenylxanthene-9-yl), 9- (p-methoxyphenyl) xanthene-9-yl), 4-decyloxytrityl, 4-hexadecyloxytrityl,
9- (4-octadecyloxyphenyl) xanthene-9-yl, 1,1-bis-
(4-Methoxyphenyl) -1'-pyrenylmethyl, p-phenylazophenyloxycarbonyl, 9-fluorenylmethoxycarbonyl, 2,4-dinitrophenylethoxycarbonyl, 4- (methoxylthioethoxy) butyryl, 2- (methoxylthio) The composition of claim 1 selected from the group consisting of ethoxymethyl) benzoyl, 2- (isopropylmethoxylthiomethoxymethyl) benzoyl, 2- (2,4-dinitrobenzenesulfonyloxymethyl) benzoyl, and levulinyl. .
記載の組成物。11. The composition according to claim 1, wherein R 3 is 4,4′-dimethoxytrityl.
物。12. The composition of claim 1, comprising 1 to 4 molar equivalents of pyridine.
ウ素、塩化鉄(II)、塩化鉄(III)、臭化マグネシム、塩化マグネシム、
トリフロロメタンスルホン酸マグネシウム、塩化マンガン(II)、臭化亜鉛、
塩化亜鉛および塩化ジルコニウム(IV)からなる群から選択される前記ルイス
酸、 0〜4モル当量のピリジン、 およびR1がジイソプロピルアミノであり、 R2が2−シアノエトキシであり、 R3が4,4’−ジメトキシトリチルである式Iの前記化合物含む、請求項1
に記載の組成物。13. Aluminum chloride, bismuth (III) chloride, boron trifluoride, iron (II) chloride, iron (III) chloride, magnesium bromide, magnesium chloride,
Magnesium trifluoromethanesulfonate, manganese (II) chloride, zinc bromide,
Said Lewis acid selected from the group consisting of zinc chloride and zirconium (IV) chloride, 0-4 molar equivalents of pyridine, and R 1 is diisopropylamino, R 2 is 2-cyanoethoxy and R 3 is 4 , 4'-Dimethoxytrityl, comprising the compound of formula I.
The composition according to.
に選択され、 R2がアルコキシ、アルキル、アルキルスルフォニルアルコキシ、アリールス
ルフォニルアルコキシ、シアノアルコキシ、およびハロアルコキシからなる群か
ら選択され、 R3がヒドロキシ保護基であり、 R4が水素および−OR7からなる群から選択され、 R8が−OR7であり、 R9が水素および−OR7からなる群から選択され、 または、1つになっているR8とR9がメチレンジオキシ基を形成し、 前記方法が式IVの化合物、 【化4】 を用いて請求項1に記載の組成物を処理することを含む方法。14. A method for the preparation of a compound of formula III as follows: Where B 1 and B 2 are independently selected from the group consisting of purine and pyrimidine bases, and R 2 is selected from the group consisting of alkoxy, alkyl, alkylsulfonylalkoxy, arylsulfonylalkoxy, cyanoalkoxy, and haloalkoxy. , R 3 is a hydroxy protecting group, selected from the group R 4 is hydrogen and -OR 7, R 8 is -OR 7, is selected from the group R 9 is consisting of hydrogen and -OR 7, or R 8 and R 9 together form a methylenedioxy group, said method comprising a compound of formula IV: A method comprising treating the composition of claim 1 with.
。16. The method of claim 14, wherein R 2 is cyanoalkoxy.
記載の方法。17. The method of claim 14, wherein R 2 is 2-cyanoethoxy and the singular R 8 and R 9 form a methylenedioxy group.
記載の方法。18. R 2 is 2-cyanoethoxy, R 3 is 4,4′-dimethoxytrityl, R 4 is hydrogen, and R 8 and R 9 which are united are methylenedioxy. 15. The method of claim 14, wherein the group is formed.
る処理によってヌクレオシドホスホルアミダイトモノマー前駆物質を活性化して
活性化中間体を形成し、前記活性化中間体を順次加えてオリゴヌクレオチド生成
物を形成し、ホスホルアミダイトモノマー活性剤として前記ルイス酸を使用する
ことを改良点とする方法。19. A method of synthesizing an oligonucleotide, wherein a nucleoside phosphoramidite monomer precursor is activated by treatment with a Lewis acid to form an activated intermediate, and the activated intermediate is sequentially added to the oligonucleotide. A process improved by forming a product and using said Lewis acid as a phosphoramidite monomer activator.
)、三フッ化ホウ素、塩化鉄(II)、塩化鉄(III)、臭化マグネシム、塩
化マグネシム、トリフロロメタンスルホン酸マグネシウム、塩化マンガン(II
)、臭化亜鉛、塩化亜鉛および塩化ジルコニウム(IV)からなる群から選択さ
れる、請求項19に記載の方法。20. The Lewis acid is aluminum chloride, bismuth chloride (III
), Boron trifluoride, iron (II) chloride, iron (III) chloride, magnesium bromide, magnesium chloride, magnesium trifluoromethanesulfonate, manganese chloride (II
), Zinc bromide, zinc chloride and zirconium (IV) chloride.
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