JP2003507027A

JP2003507027A - タンパク質、遺伝子ならびに乳癌の診断及び処置へのこれらの使用

Info

Publication number: JP2003507027A
Application number: JP2001517168A
Authority: JP
Inventors: ヘラス，ヘラス，ムジヤンセラゲ，アスラ，チャンドラシリ
Original assignee: オックスフォードグリコサイエンセス（ユーケー）リミテッド
Priority date: 1999-08-13
Filing date: 2000-08-14
Publication date: 2003-02-25
Also published as: WO2001013117A3; US20030152935A1; AU6583700A; EP1208381A2; WO2001013117A2

Abstract

(57)【要約】本発明は、乳癌のスクリーニング、診断及び予想を目的とする、乳癌処置の有効性をモニターすることを目的とする、ならびに薬剤の開発を目的とする方法及び組成物を提供するものである。血清の２次元電気泳動によって検出可能な乳癌関連特徴（ＢＦ）が記載される。本発明はさらに、髄液、血清または血漿中で検出可能な乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）、単離されたＢＰＩからなる製剤、ＢＰＩに免疫特異的な抗体、および前記からなるキットを提供するものである。

Description

【発明の詳細な説明】【０００１】イントロダクション本発明は、乳癌の疾病素質ならびにその発症及び発達に関連するタンパク質及
びタンパク質イソ型の、ならびにこれをコード化する遺伝子の同定に、ならびに
臨床上のスクリーング、診断、予想、治療及び予防への、さらには薬剤のスクリ
ーニング及び薬剤の開発へのこれらの使用に関するものである。【０００２】発明の背景乳癌は、米国において女性の間で最も頻繁に診断される非皮膚癌である。それ
は癌関与の死因として肺癌の次に多い。１９９７年にはおよそ１８０，０００件
の新たな乳癌が診断されるであろうし、約４４，０００人の女性がその病気によ
り死亡することが予想される（ナショナルキャンサーインスティテュート（
National Cancer Institute）、www.nci.org、米国、１９９９年）。英国におい
て、乳癌は、女性にとってかなり最も一般的であり、新たに３４，６００件が１
９９８年に存在している（キャンサーリサーチキャンペーン（Cancer Resea
rch Campaign）、www.crc.org、英国、２０００年）。乳癌の９９パーセントは
女性で発症している。乳癌発達のリスクは、年齢に応じて着実に増加する；乳癌
発達による寿命へのリスクは、米国の女性に関して、８人中１人であると見積も
られている。米国における乳癌治療の年間コストはおよそ１００億ドルである（
Fuqua等、２０００年、アメリカンアソシエーションフォーリサーチ（Ame
rican Association for Cancer Research）、www.aacr. org、米国）。乳癌の発
病率は、過去５０年間上昇しつづけてきたが、近年はプラトーになっている。こ
れは乳房撮影による乳癌の早期発見の期間を反映したものであろう。多くの既存
の要因が、女性がこの病気を持つことのリスクを増加させうる。これらとしては
、老齢、以前の乳癌の病歴、著しい放射線照射、家族の強力な乳癌の病歴、上位
の社会経済的クラス（upper socioeconomic class）、未産、早い月経開始、遅
い閉経、または３０歳を超える初妊娠の年齢が挙げられる。若いころの経口避妊
薬の長期間の使用はわずかにリスクを高めるようである。長期間の閉経後のエス
トロゲン補充は、リスクを２０％から４０％に高める。初潮年齢の低下、出産パ
ターンの変化、または外因性エストロゲン使用の増加が乳癌発病率の増加に寄与
していることが推測されている（フクア（Fuqua）等、２０００年、アメリカン
アソシエーションフォーキャンサーリサーチ（American Association f
or Cancer Research）、www.aacr.org、米国）。【０００３】乳癌の原因乳癌は異質な病気である。女性ホルモンが多くの乳房腫瘍の発症と進行を駆り
立てる重要な役割を果たしているが、その他の認識され、不明の関連要因が数多
く存在する。同定された腫瘍遺伝子における摂動としては、ＨＥＲ−２および上
皮成長因子受容体遺伝子の増幅、およびサイクリンＤ１の過剰発現がある。これ
らの腫瘍遺伝子の過剰発現は、非常に悪い予後に関与してきた。同様に、遺伝子
的な変化またはｐ５３遺伝子のような腫瘍のサプレッサー遺伝子の欠損が乳癌に
おいてよく知られており、悪い予後にも関連してきた。研究者らは、閉経前の家
族性乳癌を予測する、ＢＲＣＡＩおよびＢＲＣＡ２と呼ばれる、２種の遺伝子を
同定した。遺伝的なリスクの判断が現在可能であり、これは化学的予防試験のた
めの候補物質の同定を促進する（Fuqua等、２０００年、アメリカンアソシエ
ーションフォーキャンサーリサーチ（American Association for Cancer
Research）、www.aacr.org、米国）。【０００４】診断乳癌の早期診断は、最も好ましい治療成果を確実にするために非常に重要であ
る。先進のヘルスケアシステムを有する多くの国では、乳癌のスクリーニングプ
ログラムを行っている。これは、具体的には、この年齢間において最大の利益が
みられる５０〜６０歳の間の乳房の定期的なＸ線（乳房撮影）の形態をとる。当
局者によっては、このようなプログラムを６０歳超および４０〜４９歳群まで拡
張することを提唱している。多くの国の衛生に関する当局者はまた、女性による
定期的な乳房自己診断をも促進させている。これらスクリーニング方法の間に検
出された異常や症状として現れているケースは、一般的に、細胞吸引による細胞
分析、触知不可能な病巣に対する定位若しく超音波技術によるコアニードルバイ
オプシー、または切開若しくは切除生検によって確認される。同時に、治療のオ
プション及び予後に関する他の情報、例えば、エストロゲン受容体（ＥＲ）やプ
ロゲステロン受容体（ＰＲ）の状態など、が測定される（ナショナルキャンサ
ーインスティテュート（National Cancer Institute）、米国、２０００年、
ブレストキャンサーＰＤＱ（Breast Cancer PDQ）, www.nci.org）。【０００５】病気の進度および予後進度は、どの程度癌が広がっているかを見つけるプロセスである。アメリカン
ジョイントコミッティーオンキャンサー（American Joint Committee o
n Cancer)（ＡＪＣＱ）の進度システムは、ＴＮＭシステムとして知られており
、乳癌に関して最も頻繁に用いられているものである。進度のためのＴＭＮシス
テムは、情報に関する３つの重要要素がある。【０００６】０〜４の数に続く、Ｔの文字は、腫瘍の大きさおよび乳房の下の皮膚または胸
壁への拡がりを記載する。より大きい数字は、より大きい腫瘍および／または乳
房付近の組織へのより広い拡がりを意味する。【０００７】０〜３の数に続く、Ｎの文字は、癌が乳房付近のリンパ節に広がっているかど
うか、及びもし拡がっているならば、その罹患した節が腕の下の他の組織に癒着
しているかどうかを示す。【０００８】０または１に続く、Ｍの文字は、癌が、他の器官または乳房と隣り合っていな
いリンパ節に転移しているかどうかを示す。【０００９】この情報をいくらか明解にするために、ＴＮＭの表記は、段階０〜ＩＶ（０〜
４）と標識された、段階のより簡単なセットにグループ分けすることができる。
一般的に、数が小さければ、癌の拡がりも少ない。段階ＩＶ（４）のように数が
大きければ、より深刻な癌であることを意味する（アメリカンキャンサーソ
サイエティー（American Cancer Society）、２０００年、米国、www.cancer.or
g）。【００１０】【００１１】解剖段階（原発腫瘍の大きさ、腋窩リンパ節の関与）は重要な予後の要因であ
るが、他の特徴は予測値でもよい。例えば、ナショナルサージカルアジュバ
ントブレストアンドボウエルプロジェクト（National Surgical Adjuva
nt Breast and Bowel Project）（ＮＳＡＢＰ）及びザインターナショナル
ブレストキャンサースタディグループ（the International Breast Cance
r Study Group）（ＩＢＣＳＧ）の研究は、腫瘍の核グレード（nuclear grade）
および組織学的グレードは、それぞれ、乳癌用合併療法による結果を示す重要な
指標であることを示す。エストロゲン受容体の状態及び原発腫瘍の増殖能の測定
（Ｓ相および倍数性のチミジン標識指数またはフローサイトメトリー測定）が重
要な独立して予想値を有するという実質的な証拠がある。段階ＩＩの病気では、
ＰＲの状態は、ＥＲの状態よりも大きい予後的意義を有する。腫瘍の血管新生、
ｃ−ｅｒｂＢ−２、ｃ−ｍｙｃ、ｐ５３の発現、及びリンパ管浸潤もまた、乳癌
の患者において予後的指標である(ナショナルキャンサーインスティテュー
ト、米国、２０００年、ブレストキャンサーＰＤＱ、www.nci.org を参照)。【００１２】乳癌の検出および治療における改良された診療道具の必要性利点が公的な認識プログラムと組み合わされたターゲット化した乳房撮影及び
自己診断等の既存のスクリーニング方法をより積極的に適用することこにより生
じる兆候はあるものの、できる限り早期に乳癌を検出するためにはこれらのアプ
ローチでは限界がある。乳房撮影スクリーニングの拡張やより幅広い年齢群への
拡大を制限する重要な因子はコストである。乳房撮影は、高価なＸ線装置及びそ
れを操作し乳房造影図を解釈する高度に訓練された専門家を必要とする。加えて
、現在、乳房撮影で検出された疑わしい病巣はバイオプシーによって良性である
と確認されるまたは明確にされる必要がある。これは、その後に専門的な組織学
的検査や解釈を必要とする侵襲性方法であり、最終的な診断を遅らせうる。乳癌
と診断されたら、病気を安定化させるまたは取り除く外科手術、放射線および化
学療法のような治療介入の成功を確立することは困難である。寛解中の患者にお
ける残りの病気の程度を決定し、進行性の病気に再発の重要な早期発見をするこ
とは特に困難でありうる。乳癌をスクリーニングし、存在を確認すること、なら
びに治療に対する応答をモニターすることは、血清サンプルで病気を検出できる
信頼できかつ高感度の試験を用いることによって大いに助けられ得る。【００１３】病気の検出における血清タンパク質の変化潜在的に診断および病気のモニターを補助できる血清タンパク質パターンには
２つのタイプの変化がある。その１つは、癌細胞から血清に放出された通常は存
在しない新規タンパク質を血清で検出することである。診断の有意性を有し得る
変化の第２のタイプは、病気に応答して体で生産される血清中の特異的な反応性
タンパク質を検出することである。いくつかの乳癌細胞によって血清中に放出さ
れ得るタンパク質の例としては、ｃ−ｅｒｂＢ２／ＨＥＲ２／ｎｅｕとして知ら
れている成長因子レセプターの断片があり、これは正常な乳房細胞（breast cel
l）の表面には少量で存在するが乳癌によってははるかに高レベルで存在する(Pa
yne et al., 2000, Clin. Chem. 46:175-182)。診断のまたは予後の有意性を有
する癌によって血清中に放出されるタンパク質の第２の例としては、前立腺血清
抗原（prostate serum antigen）またはＰＳＡがあり、これは前立腺癌の診断お
よびモニターに用いられるものである(Fowler et al., 2000, J. Urol. 163:813
-818)。診断のまたは予後の有意性を有する数種の癌によって血清中に放出され
るタンパク質の更なる例としては、癌−胎芽抗原（carcino-embryonic antigen
）またはＣＥＡがある(Lumachi et al., 1999, Anticancer Res, 5C: 4485-4489
)。診断に関するこれらのマーカーの一般的な価値は、それらの特異性および感
度が不十分であるために限定されており、これらの基準を十分に満たす新しいマ
ーカーを見出す必要がある。【００１４】一括して急性期タンパク質と呼ばれる多くの反応性タンパク質は、癌等の組織
の損傷または感染に応答して放出されるＩＬ−１のような初期の「アラーム」炎
症媒介物（early "alarm" inflammatory mediator）に応答して血清中で濃度を
劇的に増加または減少する。診断のまたは予後の有意性を有する病気に応答して
血清中に存在する反応性タンパク質の例としては、リウマチ性関節炎における血
清アミロイドＡ（serum amyloid A）またはＳＡＡがある(Cunnane et al., 2000
, J. Rheumatol. 27:56-63)。このようなタンパク質の選択された例の高感度の
検出も乳癌の診断を補助し得る。他の疾患が乳癌と共に発症する高い割合、検出
するのに時間がかかる性質、かなり不十分な試験、およびそれらが高価であるた
めに、乳癌の陽性診断を導き出すまたは識別診断から乳癌を排除することに役立
つ血清、血液または尿のサンプル中の一つの物質または複数の物質を測定するこ
とが切望されている。【００１５】したがって、診断のための、高感度かつ特異的なバイオマーカーとしての乳癌
関連タンパク質を同定し、重篤度を評価し、生存する被検者において乳癌の発症
を予想し、および乳癌の治療をモニターする必要性がある。加えて、迅速に、潜
在的に、特異的に作用しかつ副作用がより少ない乳癌のための新しい治療剤の明
確な必要性がある。【００１６】発明の要約本発明は、乳癌の臨床的なスクリーニング、診断、予想、治療および予防のた
めの、乳癌処置の有効性をモニターするための、臨床試験における参加者を選択
するための、特定の治療的処置に最も反応しやすい患者を選択するための、およ
び乳癌の治療薬をスクリーニングし開発するための方法および組成物を提供する
ものである。【００１７】本発明の第一の態様は、２次元電気泳動により血清サンプルを分析して、少な
くとも一の乳癌関連特徴（Breast Cancer-Associated Feature）（ＢＦ）、例え
ば本明細書で開示される一以上のＢＦ、またはそれらの組み合わせの存在または
レベルを検出することからなる乳癌を診断する方法を提供することである。これ
らの方法はまた、治療の結果を臨床的にスクリーニングし、予想し、モニターす
る、特別な治療処置に最も反応しやすい患者を同定し、薬剤をスクリーニングお
よび開発し、ならびに薬剤処置の新規なターゲットを同定するのに適している。【００１８】本発明の第二の態様は、少なくとも一の乳癌関連タンパク質イソ型（Breast C
ancer-Associated Protein Isoform）（ＢＰＩ）、例えば本明細書で開示される
一以上のＢＰＩまたはそれらの組み合わせの存在またはレベルを血清サンプル中
で検出することからなる乳癌を診断する方法を提供することである。これらの方
法はまた、療の結果を臨床的にスクリーニングし、予想し、モニターする、特別
な治療処置に最も反応しやすい患者を同定し、薬剤をスクリーニングおよび開発
し、ならびに薬剤処置の新規なターゲットを同定するのに適している。【００１９】本発明の第三の態様は、ＢＰＩ、例えば本明細書で開示されるＢＰＩに免疫特
異的に結合することのできるモノクローナルおよびポリクローナル抗体を提供す
ることである。【００２０】本発明の第四の態様は、単離されたＢＰＩ、すなわちＢＰＩと有意に異なる等
電点または有意に異なる見かけの分子量を有するタンパク質またはタンパク質イ
ソ型を含まないＢＰＩからなる製剤を提供することである。【００２１】本発明の第五の態様は、乳癌の発症または発達を防止または遅延し、乳癌の進
行を防止または遅延し、または乳癌の症状を改善するために、被検者に、乳癌を
有する被検者におけるＢＰＩの発現もしくは活性（例えば、酵素または結合活性
）またはその両方を調節する（すなわち、アップレギュレートするまたはダウン
レギュレートする）、治療上有効な量の薬剤を投与することからなる、乳癌を処
置する方法を提供することである。【００２２】本発明の第六の態様は、ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、もしくはＢＰＩ関連ポリペプ
チドの発現または酵素もしくは結合活性を調節する（すなわち、アップレギュレ
ートまたはダウンレギュレートする）薬剤のスクリーニング方法を提供すること
である。【００２３】３．１．定義本明細書で用いられる「ＢＰＩ類似体」という用語は、ＢＰＩと同様のまたは
同一の機能を有するが、ＢＰＩのアミノ酸配列と同様のまたは同一のアミノ酸配
列を有するまたはＢＰＩと同様のまたは同一の構造を有する必要が必ずしもない
ポリペプチドを意味する。本明細書で用いられる、ポリペプチドのアミノ酸配列
は、以下に示す少なくとも一つの基準を満たしていれば、ＢＰＩと「同様である
」：（ａ）ポリペプチドは、ＢＰＩのアミノ酸配列と少なくとも３０％（より好
ましくは、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくと
も５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくと
も７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくと
も９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％）同一であるアミノ酸配列
を有する；（ｂ）ポリペプチドは、ＢＰＩの少なくとも５個のアミノ酸残基（よ
り好ましくは、少なくとも１０個のアミノ酸残基、少なくとも１５個のアミノ酸
残基、少なくとも２０個のアミノ酸残基、少なくとも２５個のアミノ酸残基、少
なくとも４０個のアミノ酸残基、少なくとも５０個のアミノ酸残基、少なくとも
６０個のアミノ酸残基、少なくとも７０個のアミノ酸残基、少なくとも８０個の
アミノ酸残基、少なくとも９０個のアミノ酸残基、少なくとも１００個のアミノ
酸残基、少なくとも１２５個のアミノ酸残基、または少なくとも１５０個のアミ
ノ酸残基）をコード化するヌクレオチド配列とストリンジェントな条件下でハイ
ブリダイズするヌクレオチド配列によってコード化される：または、（ｃ）ポリ
ペプチドは、ＢＰＩをコード化するヌクレオチド配列と少なくとも３０％（より
好ましくは、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なく
とも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なく
とも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なく
とも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％）同一であるヌクレオチ
ド配列によってコード化されている。本明細書で用いられる、ＢＰＩと「同様の
構造」を有するポリペプチドとは、ＢＰＩのと同様の２次、３次または４次構造
を有するポリペプチドを意味する。ポリペプチドの構造は、これらに限定されな
いが、Ｘ線結晶学、核磁気共鳴および結晶学的電子顕微鏡法を含む当業者に公知
の方法によって決定されうる。【００２４】本明細書で用いられる「ＢＰＩ融合タンパク質」という用語は、（ｉ）ＢＰＩ
、ＢＰＩ断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド（BPI-related polypeptide）またはＢ
ＰＩ関連ポリペプチドの断片のアミノ酸配列および（ii）異種ポリペプチド（す
なわち、非ＢＰＩ（non-BPI）、非ＢＰＩ断片または非ＢＰＩ関連ポリペプチド
）のアミノ酸配列からなるポリペプチドを意味する。【００２５】本明細書で用いられる「ＢＰＩ同族体」という用語は、ＢＰＩと同様のアミノ
酸配列を有するが、必ずしも該ＢＰＩと同様のまたは同一の機能を有さないポリ
ペプチドを意味する。【００２６】本明細書で用いられる「ＢＰＩ類似体（ortholog）」という用語は、（ｉ）Ｂ
ＰＩと同様のアミノ酸配列からなり、かつ（ｉｉ）ＢＰＩと同様のまたは同一の
機能を有する非ヒトポリペプチドを意味する。【００２７】本明細書で用いられる「ＢＰＩ関連ポリペプチド」という用語は、ＢＰＩ同族
体、ＡＰＩ類似体、ＢＰＩのイソ型、ＢＰＩ類似体、またはそれらのみ合わせを
意味する。【００２８】本明細書で用いられる「誘導体」という用語は、アミノ酸残基置換、欠失また
は付加の導入によって改変された第２のポリペプチドのアミノ酸配列からなるポ
リペプチドを意味する。誘導体ポリペプチドは、該第２のポリペプチドと同様の
または同一の機能を有する。【００２９】本明細書で用いられる「断片」という用語は、第２のポリペプチドのアミノ酸
配列の少なくとも５個のアミノ酸残基（好ましくは、少なくとも１０個のアミノ
酸残基、少なくとも１５個のアミノ酸残基、少なくとも２０個のアミノ酸残基、
少なくとも２５個のアミノ酸残基、少なくとも４０個のアミノ酸残基、少なくと
も５０個のアミノ酸残基、少なくとも６０個のアミノ酸残基、少なくとも７０個
のアミノ酸残基、少なくとも８０個のアミノ酸残基、少なくとも９０個のアミノ
酸残基、少なくとも１００個のアミノ酸残基、少なくとも１２５個のアミノ酸残
基、少なくとも１５０個のアミノ酸残基、少なくとも１７５個のアミノ酸残基、
少なくとも２００個のアミノ酸残基または少なくとも２５０個のアミノ酸残基）
のアミノ酸配列からなるペプチドまたはポリペプチドを意味する。ＢＰＩの断片
は、第２のポリペプチドの機能的活性を有していてもまたは有さなくてもよい。【００３０】本明細書で用いられる「折りたたみ変化（fold change）」という用語は、「
折たたみ増加」および「折たたみ減少」を含み、第２のサンプル（もしくはサン
プルセット）と比べた第１のサンプルもしくはサンプルセットにおけるＢＦの存
在比（abundance）の相対的な増加または減少またはポリペプチド（例えばＢＰ
Ｉ）の発現または活性における相対的な増加または減少を意味する。ＢＦまたは
ポリペプチドの折りたたみ変化は、当業者に既知の任意の技術によって測定され
るが、観察された増加または減少は用いる技術によって変化するであろう。好ま
しくは、折りたたみ変化は、以下に示す実施例において記載されたようにして本
明細書において決定される。【００３１】本明細書で用いられる「イソ型」という用語は、同じ遺伝子によってコード化
されるが、それらのｐＩもしくはＭＷまたはその両方が異なるポリペプチドの変
異体を意味する。このようなイソ型は、それらのアミノ酸組成（例えば、オルタ
ナティブスプライシングまたは制限されたタンパク質分解（limited proteolysi
s）の結果として）が異なっていてもよく、加えて、またはその代わりに、異な
る翻訳後修飾（例えば、配糖化、アシル化、リン酸化）から生じてもよい。【００３２】本明細書でＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現または活性に関して用
いられる「調節する（modulate）」という用語は、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリ
ペプチドの発現または活性のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーシ
ョンを意味する。本発明の開示に基づき、このような調節は、当業者に既知のま
たは本明細書で開示されたアッセイによって測定され得る。【００３３】２つのアミノ酸配列のまたは２つの核酸配列の一致率は、その配列を最適な比
較目的に関して並べ（例えば、最適な配列のアライメントに関してギャップを第
１の配列に導入しても良い）、対応する位置でアミノ酸残基またはヌクレオチド
を比較することによって決定される。「最適なアライメント」とは、最も高い一
致率を生じる２つの配列のアライメントである。一致率は、比較される配列中の
同一なアミノ酸残基またはヌクレオチドの数によって決定される（すなわち、一
致率（％）＝同一な位置の数／全位置数×１００）。【００３４】２つの配列間の一致率の決定は、当業者に既知の数学的アルゴリズムを用いて
なされてもよい。２つの配列を比較するための数学的アルゴリズムの例としては
、KarlinおよびAltschulのアルゴリズム（(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA
87:2264-2268）、KarlinおよびAltschulの改良されたアルゴリズム（(1993) Pro
c. Natl. Acad. Sci. USA 90:58735877）が挙げられる。Altschul等（(1990) J.
Mol. Biol. 215:403410）のＮＢＬＡＳＴプログラムおよびＸＢＬＡＳＴプログ
ラムは、このようなアルゴリズムを組み込んでいる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検
索（BLAST nucleotide searches）は、該ＮＢＬＡＳＴプログラムをスコア＝１
００、ワードレングス（wordlength）＝１２で用いて実施され、本発明の核酸分
子に相同性を有するヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク
質検索は、該ＸＢＬＡＳＴプログラムをスコア＝５０、ワードレングス＝３で用
いて実施され、本発明のタンパク質分子に相同性を有するアミノ酸配列を得るこ
とができる。比較目的でギャップドアライメントを得るために、Altschul等(199
7)（Nucleic Acids Res. 25:3389-3402）で説明されるようにして、ギャップド
ＢＬＡＳＴ（Gapped BLAST）が利用できる。代わりに、ＰＳＩ−Ｂｌａｓｔを用
いて、分子間の距離関係（Ｉｄ）を検出する反復検索を実施することができる。
ＢＬＡＳＴ、ギャップドＢＬＡＳＴおよびＰＳＩ−Ｂｌａｓｔプログラムを用い
る際に、それぞれのプログラム（例えばＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデ
フォルトのパラメータが用いられ得る。http://www.ncbi.nlm.nih.gov.を参照す
ること。【００３５】配列の比較のために利用される数学的アルゴリズムの他の例として、Myersお
よびMillerのアルゴリズム（CABIOS (1989)）が挙げられる。ＣＧＣ配列アライ
メントソフトウェアパッケージの一部である、ＡＬＩＧＮプログラム(version 2
.0)は、このようなアルゴリズムを組み込んでいる。当該分野において既知の配
列分析のための他のアルゴリズムとしては、TorellisおよびRobotti(1994)（Com
put. Appl. Biosci., 10 :3−5）で説明されているＡＤＶＡＮＣＥおよびＡＤＡ
Ｍ；ならびに、PearsonおよびLipman(1988)（Proc. Natl. Acad. Sci. 85:2444
−8）で説明されているＦＡＳＴＡが挙げられる。ＦＡＳＴＡでは、ｋｔｕｐは
検索の感度と速度を設定するコントロールオプションである。【００３６】４．図面の簡単な説明図１は、正常な血清及び乳癌を有する被検者から採取された血清との組み合わ
せを示す劣化血清（depleted serum）の、２次元電気泳動で得られたイメージで
あって、ＤＳ１、ＤＳ２、ＤＳ４、ＤＳ５、ＤＳ６、ＤＳ８、ＤＳ９、ＤＳ１０
、ＤＳ１１、ＤＳ１２およびＤＳ１３を称される１１個のランドマーク特徴を同
定するために注釈がつけられている。【００３７】５．発明の詳細な説明以下に詳細に説明される本発明は、哺乳動物被検者における乳癌の臨床的なス
クリーニング、診断および予想のための、乳癌治療の結果をモニターするための
、特別な治療処置に最も反応しやすい患者を同定するための、ならびに薬剤のス
クリーニングおよび薬剤の開発のための方法および組成物を提供するものである
。本発明はまた、乳癌を治療または予防するために哺乳動物被検者への治療用組
成物の投与を包含する。哺乳動物被検者は、ヒト以外の哺乳動物であってもよい
が、好ましくはヒト、より好ましくはヒト成人であり、すなわち、少なくとも２
１歳（より好ましくは、少なくとも３５歳、少なくとも５０歳、少なくとも６０
歳、少なくとも７０歳または少なくとも８０歳）のヒト被検者である。開示を明
確にするために、しかし限定する意図はないが、本発明は血清サンプルの分析に
関して説明される。しかしながら、当業者であればわかるように、以下に説明さ
れるアッセイや技術は、他の体液（例えば血液、血漿または唾液）、乳癌を有す
るまたは発達するリスクのある被検者の組織サンプル（例えば乳房またはリンパ
節生検のような生検）またはそれらのホモジネートを含む、他のタイプのサンプ
ルにも適用可能である。本発明の方法および組成物は、生きた被検者のスクリー
ニング、診断および予想に有用であるが、例えば同じ病気を発達させるリスクを
有する被検者の家族を同定するために、被検者の検死にも使用されてもよい。【００３８】本明細書で用いられているように、血清とは、血液サンプルの凝固および遠心
による沈殿によって生産される上清液を意味する。【００３９】５．１乳癌関連特徴（ＢＦ）本発明の一つの態様において、２次元電気泳動が、乳癌のスクリーニング、予
防または診断のために一以上の乳癌関連特徴（ＢＦ）の発現を検出または定量す
る、乳癌を有する被検者の予後を決定する、乳癌の進行をモニターする、乳癌治
療の有効性をモニターするために、または薬剤開発を目的として、被検者、好ま
しくは生きた被検者からの血清を分析するために用いられる。本明細書で用いら
れる、「２次元電気泳動」（２Ｄ電気泳動）とは、等電点電気泳動、その後に電
気泳動の変性を含む技術を意味する；これによって、複数の分離されたタンパク
質を含む２次元ゲル（２Ｄゲル）が得られる。好ましくは、電気泳動を変性する
工程は、ドデシル硫酸ナトリウム存在下のポリアクリルアミド電気泳動（ＳＤＳ
−ＰＡＧＥ）を用いる。特に好ましくは、高精密かつ自動操作可能な方法および
装置（「好ましい技術」）であり、これは、国際出願第９７ＧＢ３３０７号（Ｗ
Ｏ９８／２３９５０として公開されている）および米国出願第０８／９８０，５
７４号、いずれも１９９７年１２月１日付で出願されている、いずれも第２３頁
〜第３５頁における方法に特に関連させて参照することによって、その全体がこ
こに組み込まれる。簡単にいえば、好ましい技術は、生体試料中の生体分子（例
えば糖タンパク質を含むタンパク質）を同定し、選択し、特徴付けるための、効
率的なコンピュータ補助方法および装置を提供するものである。２次元アレイは
、電気泳動移動度および等電点に従って２次元ゲル上で生体分子を分離すること
によって得られる。２次元アレイ中で検出される複数の生体分子の同一性、見か
けの分子量、等電点、および相対存在比を表わす、コンピュータによるアレイの
デジタルプロフィールが得られ、それによって、複数の生体試料のプロフィール
のコンピュータ介在比較（computer-mediated comparison）、さらには有益な分
離されたタンパク質のコンピュータ補助の切り出しが可能になる。【００４０】蛍光標識されたタンパク質を検出するための好ましいスキャナーは、ＷＯ９
６／３６８８２号におよびDavid A. Basijiの博士論文（タイトル「Development
of a High-throughput Fluorescence Scanner Employing Internal Reflection
Optics and Phase-sensitive Detection (Total Internal Reflection, Electr
ophoresis)」、University of Washington (1997)、国際学位論部抄録（Dissert
ation Abstracts International）のVolume 58/12-B, page 6686）に説明されて
おり、いずれの内容も参照することによってここに組み込まれる。これらの文献
は、高速で自動化され統合された操作に関して特別に設計されたイメージスキャ
ナーを説明している。該スキャナーは、蛍光染料または銀染料で染色されたゲル
、さらには貯蔵リン蛍光スクリーン（storage phosphor screen）を映像化する
ことができる。Basijiの学位論文は、レーザーの散乱または均質な蛍光（homoge
neous fluorescence）によるベースラインノイズからの調節された蛍光を区別す
るためのフェーズ感受性検出システム（phase-sensitive detection system）を
提供するものであるが、スキャナーは非フェーズ感受性モード（non-phase-sens
itive mode）でも操作されてもよい。このフェーズ感受性検出能は、従来の蛍光
イメージングシステムに比べて装置の感度を１オーダー増加する。増強されたイ
メージの品質が工程の下流のイメージ分析を簡単にすると共に、高められた感度
は装置の上流のサンプル調製物の負荷を少なくする。【００４１】さらにより好ましいスキャナーは、アポロ２スキャナー（Apollo 2 scanner）
(Oxford Glycosciences, Oxford, UK)であり、これは、上述のスキャナーの改良
バージョンである。該アポロ２スキャナーでは、ゲルを精密なリード−スクリュ
ードライブシステム（precision lead-screw drive system）でスキャナーを介
して移す。ゲルをイメージング光学機器（imaging optics）に精密に移送する再
現性のある手段が提供されるので、Basijiの学位論文に説明されているベルト駆
動システム上にガラスプレートを設置することが好ましい。【００４２】アポロ２スキャナーにおいて、ゲルは、既知の位置でガラスプレートを固定す
る３つのアライメントストップ（alignment stop）に対して固定される。上述の
精密なトランスポートシステムとともにこれを行なうことによって、ゲルの絶対
位置を予想し記録することができる。これにより、各特徴のゲル上の座標がより
正確に決定され、所望であれば、その特徴の切り出しのためのカッティングロボ
ットに連結することが確実にできる。アポロ２スキャナーにおいて、ゲルを保持
するキャリアーは、イメージ形状寸法を修正するのに用いられる４つの不可欠な
蛍光マーカー（integral fluorescent markers）を有する。これらのマーカーは
、スキャニングが正確に行われたことを確認する品質制御特徴（quality contro
l feature）である。【００４３】 Basijiの学位論文で説明されたスキャナーに比べて、アポロ２スキャナーの光
学部品は逆に配置される。アポロ２スキャナーにおいて、レーザー、ミラー、導
波管および他の光学部品は、スキャンされるガラスプレートの上である。Basiji
の学位論文において説明されたスキャナーは、その下にこれらの部品を有する。
アポロ２スキャナーでは、ガラスプレートは、光路がガラスプレートを通って残
存するように、スキャナーゲル側に下方向に配置される（mounted onto the sca
nner gel side down）。このようにすることによって、ガラスプレートから離脱
するゲル粒子は、光学機器上ではなく装置のベース上に落ちるであろう。これは
システムの機能に影響を与えないが、その信頼性を高める。【００４４】シグナルの出力がピーク飽和なくまたはシグナルの平方根コード化なく全１６
ビットデータにデジタル化される、アポロ３スキャナーがさらにより好まし。補
正アルゴリズム（compensation algorithm）もまた、スキャニングビームの経路
に沿った検出感度の変動を修正するために適用されてきた。この変動は、光学に
おける異常および導波管の収集効率の相違によるものである。キャリブレーショ
ンは、終始同じ蛍光を有するパースペックスプレートを用いて行なわれる。この
プレートのスキャンから得られたデータは、各画素レベルからのシグナルをター
ゲットレベルまで増加させるのに必要な増倍係数を決定するのに用いられる。次
に、これらの係数は、次のゲルのスキャンで用いられ、内部の光学的変化（inte
rnal optical variations）を除去する。【００４５】本明細書で用いられる「特徴」という用語は、２Ｄゲルで検出されるスポット
を意味し、「乳癌関連特徴」（ＢＦ）という用語は、乳癌に冒されていない被検
者からのサンプル（例えば、血清サンプル）と比較して乳癌を有する被検者から
のサンプル（例えば、血清サンプル）中に異なって存在する特徴を意味する。本
明細書で用いられる、特徴（または、以下で定義されるような、ＢＰＩのタンパ
ク質イソ型）は、特徴、イソ型またはＢＰＩを検出するための方法（例えば、２
Ｄ電気泳動またはイムノアッセイ）によりを第１のおよび第２のサンプルに適用
した際に異なるシグナルが得られる場合、第２のサンプルに関して第１のサンプ
ル中に「異なって存在する」。検出方法が、特徴、イソ型またはＢＰＩが第２の
サンプルより第１のサンプルにおいてより多く存在することを示す場合、または
特徴、イソ型またはＢＰＩがイソ型またはＢＰＩが第１のサンプルでは検出可能
であり、第２のサンプルでは検出不可能である場合、特徴、イソ型またはＢＰＩ
は、第２のサンプルに関して第１のサンプル中で「増加する」。逆に、検出方法
が、特徴、イソ型またはＢＰＩが第２のサンプルより第１のサンプルにおいてよ
り少なく存在することを示す場合、または特徴、イソ型またはＢＰＩがイソ型ま
たはＢＰＩが第１のサンプルでは検出不可能であり、第２のサンプルでは検出可
能である場合、特徴、イソ型またはＢＰＩは、第２のサンプルに関して第１のサ
ンプル中で「減少する」。【００４６】好ましくは、２つのサンプルにおける特徴の相対存在比は、２段階で決定され
る。第一に、サンプル中の特徴の検出で得られたシグナルは、適切なバックグラ
ウンドパラメーター、例えば、（ａ）分析されるサンプル中の総タンパク質量（
例えば、ゲル上に載せられた総タンパク質）；（ｂ）発現参考特徴（Expression
Reference Feature）（ＥＲＦ）、すなわち、試験される被検者の集団において
、好ましい技術のばらつきの制限以内で、その存在比が不変である特徴、例えば
、以下で開示されるＥＲＦ；または（ｃ）より好ましくは、サンプル中の全ての
タンパク質から検出される総シグナルを参考にして標準化される。【００４７】第二に、１つのサンプルまたはサンプルセット中の特徴に関する標準化シグナ
ルは、第２のサンプルに関して第１のサンプル（またはサンプルセット）中で「
異なって存在する」特徴を同定するために、他のサンプルまたはサンプルセット
中の同じ特徴に関する標準化シグナルと比較される。【００４８】本明細書で開示されたＢＦは、乳癌に冒されていない被検者からの血清サンプ
ルと乳癌を有する被検者からの血清サンプルとを比較することによって同定され
た。乳癌に冒されていない被検者は、病気や症状が知られていない被検者（正常
な被検者）および乳癌以外の病気（乳房の異常を含む）を有する被検者を含む。【００４９】ＢＦの４つのグループは、好ましい技術の方法および装置によって同定された
。第１のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比べて初期乳癌を有
する被検者の血清で減少するＢＦから構成される。これらのＢＦは、表Ｉに示さ
れるような、見かけの分子量（ＭＷ）および等電点（ｐＩ）により記載できる。【００５０】【表１】【００５１】第２のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比べて初期乳癌を有
する被検者の血清で増加するＢＦから構成される。これらのＢＦは、以下のよう
なＭＷおよびｐＩにより記載できる。【００５２】【表２】【００５３】第３のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比べて転移性乳癌を
有する被検者の血清で減少するＢＦから構成される。これらのＢＦは、以下のよ
うなＭＷおよびｐＩにより記載できる。【００５４】【表３】【００５５】第４のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比べて転移性乳癌を
有する被検者の血清で増加するＢＦから構成される。これらのＢＦは、以下のよ
うなＭＷおよびｐＩにより記載できる。【００５６】【表４】【００５７】所定のＢＦに関して、乳癌に冒されていない被検者からの血清を分析して得ら
れたシグナルに対する乳癌を有する被検者からの血清を分析して得られたシグナ
ルは、使用される特定の分析プロトコルや検出技術に依存するだろう。したがっ
て、本発明は、各実験が、本明細書の記載に基づいて、診断技術において公知で
あるような、使用される分析プロトコル及び検出技術に従って乳癌に冒されてい
ない被検者における各ＢＦに関する参考範囲（reference range）を確立するこ
とを包含するものである。好ましくは、乳癌を有することがわかっている被検者
からの少なくとも１つのコントロール陽性血清サンプルまたは乳癌に冒されてい
ないことがわかっている被検者からの少なくとも１つのコントロール陰性血清サ
ンプル（およびより好ましくは、陽性および陰性両方のコントロールサンプル）
が、分析される試験サンプルの各バッチに含まれる。一実施形態において、特徴
の発現のレベルは、（ａ）エリア中で問題となっている特定の特徴と等価である
；および（ｂ）識別し得るタンパク質特徴を含まないイメージの隣接領域から得
られたシグナルのレベルとして規定される、バックグラウンド値と比較して測定
される。【００５８】好ましい実施形態においては、被検者（例えば、乳癌を有することが疑われる
または有することがわかっている被検者）の血清中のＢＦと関連するシグナルは
、同じ２Ｄゲルで検出される一以上のＥＲＦを参照して標準化される。当業者に
は明らかであるように、このようなＥＲＦは、好ましい技術を用いて異なるサン
プルを比較することによって容易に検出される。適切なＥＲＦとしては、以下の
表に記載されるものがある（ただしこれらに限定されない）。【００５９】【表５】【００６０】当業者であれば容易にわかるように、所定の特徴またはタンパク質イソ型の測
定されたＭＷおよびｐＩは、２Ｄ電気泳動の各段階及びランドマークのマッチン
グで使用される正確な方法に依存してある程度まで異なるであろう。本明細書で
用いられる、「ＭＷ」および「ｐＩ」という用語は、それぞれ、以下のセクショ
ン５に記載の参考プロトコルに厳密に従って測定される特徴またはタンパク質イ
ソ型の見かけの分子量（ダルトン）及び見かけの等電点を意味するものと定義さ
れる。参考プロトコルに従う際及びサンプルを２連でまたはそれ以上の反復数で
泳動する際には、ＢＦまたはＢＰＩの測定された平均ｐＩにおける偏差は、一般
的に３％未満であり、ＢＦまたはＢＰＩの測定された平均ＭＷにおける偏差は、
一般的に５％未満である。熟練者が参考プロトコル以外の方法を用いることを望
む場合には、（ａ）参考プロトコルによって及び（ｂ）逸脱した方法によって検
出された各ＢＦまたはタンパク質イソ型に関するＭＷおよびｐＩを比較するため
に、キャリブレーション実験を行なうべきである。【００６１】ＢＦは、乳癌の検出、予想、診断、モニターのためにまたは薬剤開発もしくは
特別な治療処置に最も反応しやすい患者の同定のために使用することができる。
本発明の一実施態様において、被検者（例えば、乳癌を有することが疑われる被
検者）からの血清が、下記ＢＦ：ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、Ｂ
Ｆ−５、ＢＦ−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３
、ＢＦ−１４、ＢＦ−４２の一以上の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によ
って分析される。乳癌に冒されていない一被検者または複数の被検者からの血清
（例えば、コントロールサンプルまたは予め血清された参考範囲）に対する被検
者からの血清における当該一以上のＢＦの存在比の減少は、初期乳癌の存在を示
す。【００６２】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、下記ＢＦ：ＢＦ−１
５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４
５の一以上の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。乳癌に
冒されていない一被検者または複数の被検者からの血清（例えば、コントロール
サンプルまたは予め血清された参考範囲）に対する被検者からの血清における当
該一以上のＢＦの存在比の増加は、初期乳癌の存在を示す。【００６３】他の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少が初
期乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ−
１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９
、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４、ＢＦ−４２；および、（
ｂ）その存在比の増加が初期乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの
組み合わせ、即ち、ＢＦ−１５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−
４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４５の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって
分析される。【００６４】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、下記ＢＦ：ＢＦ−１
９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２
８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３
４、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８の一以上の定量的検出を目的として２
Ｄ電気泳動によって分析される。乳癌に冒されていない一被検者または複数の被
検者からの血清（例えば、コントロールサンプルまたは予め血清された参考範囲
）に対する被検者からの血清における当該一以上のＢＦの存在比の減少は、転移
性乳癌の存在を示す。【００６５】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、下記ＢＦ：ＢＦ−３
５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４
１の一以上の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。乳癌に
冒されていない一被検者または複数の被検者からの血清（例えば、コントロール
サンプルまたは予め血清された参考範囲）に対する被検者からの血清における当
該一以上のＢＦの存在比の増加は、転移性乳癌の存在を示す。【００６６】他の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少が転
移性乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ
−１９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ
−２８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ
−３４、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８；および、（ｂ）その存在比の増
加が転移性乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち
、ＢＦ−３５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０
、ＢＦ−４１の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００６７】当業者は、ＢＦの適切な組み合わせを比較することによって、初期乳癌と転移
性乳癌とを識別して診断することが可能になることを、容易に理解できる。【００６８】さらなる実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少
が乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ−
１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９
、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４、ＢＦ−１９、ＢＦ−２０
、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２９
、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−４２
、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８；および、（ｂ）その存在比の増加が乳
癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ−１５
、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−３５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７
、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４１、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４
、ＢＦ−４５の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００６９】本発明のさらなる他の実施態様においては、被検者からの血清が、発現参考特
徴（ＥＲＦ）に対する一以上のＢＦの割合が乳癌が存在するかどうかを示す、下
記ＢＦ：ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ−７、ＢＦ
−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４、ＢＦ−１
５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−１９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２
２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３
０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−３５、ＢＦ−３
６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４１、ＢＦ−４
２、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４５、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４
８の一以上の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００７０】特定の実施態様においては、コントロールサンプルまたは参考範囲におけるＢ
Ｆ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の減少が
初期乳癌の存在を示す；ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、
ＢＦ−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−
１４、ＢＦ−４２は、この目的に適切なＢＦである。他の特定の実施態様におい
ては、コントロールサンプルまたは参考範囲におけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテ
ストサンプルにおける一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の増加が初期乳癌の存在を示す；
ＢＦ−１５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、
ＢＦ−４５は、この目的に適切なＢＦである。【００７１】さらなる特定の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）コントロー
ルサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一以上のＢ
Ｆ／ＥＲＦ比の減少が初期乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組
み合わせ、即ち、ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ−
７、ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４、
ＢＦ−４２；および、（ｂ）コントロールサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対
するテストサンプルにおける一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の増加が初期乳癌の存在を
示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ−１５、ＢＦ−１
６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４５の定量的検
出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００７２】特定の実施態様においては、コントロールサンプルまたは参考範囲におけるＢ
Ｆ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の減少が
転移性乳癌の存在を示す；ＢＦ−１９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、
ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、
ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８は
、この目的に適切なＢＦである。他の特定の実施態様においては、コントロール
サンプルまたは参考範囲におけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおけ
る一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の増加が転移性乳癌の存在を示す；ＢＦ−３５、ＢＦ
−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４１は、こ
の目的に適切なＢＦである。【００７３】さらなる特定の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）コントロー
ルサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一以上のＢ
Ｆ／ＥＲＦ比の減少が転移性乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの
組み合わせ、即ち、ＢＦ−１９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−
２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−
３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８；および
、（ｂ）コントロールサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプル
における一以上のＢＦ／ＥＲＦ比の増加が転移性乳癌の存在を示す、一以上のＢ
Ｆ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＦ−３５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、
ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４１の定量的検出を目的として２
Ｄ電気泳動によって分析される。【００７４】さらなる特定の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）コントロー
ルサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一以上のＢ
Ｆ／ＥＲＦ比の減少が乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれらの組み合
わせ、即ち、ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ−７、
ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４、ＢＦ
−１９、ＢＦ−２０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ
−２８、ＢＦ−２９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ
−３４、ＢＦ−４２、ＢＦ−４６、ＢＦ−４７、ＢＦ−４８；および、（ｂ）コ
ントロールサンプルにおけるＢＦ／ＥＲＦ比に対するテストサンプルにおける一
以上のＢＦ／ＥＲＦ比の増加が乳癌の存在を示す、一以上のＢＦ、またはこれら
の組み合わせ、即ち、ＢＦ−１５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ
−３５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ
−４１、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４５の定量的検出を目的として２Ｄ電
気泳動によって分析される。【００７５】好ましい実施態様においては、被検者からの血清が、複数のＢＦの定量的検出
を目的として分析される。【００７６】５．２乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）本発明の他の態様において、被検者、好ましくは生きている被検者からの血清
は、乳癌のスクリーニング若しくは診断のために、乳癌を有する被検者の予後を
決定するために、乳癌治療の有効性をモニターするために、または薬剤開発のた
めに、または特定の治療処置に最も反応しやすい患者を同定するために、一以上
の乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）の定量的検出に関して分析される。当該
分野において既知であるように、所定のタンパク質は、同一のアミノ酸配列を有
するタンパク質がｐＩ、ＭＷまたはその両方において異なりうるように、それら
のアミノ酸組成が異なる（例えば、オルタナティブスプライシング若しくは制限
されたタンパク質分解（limited proteolysis）の結果として）または異なる翻
訳後修飾（例えば、配糖化、リン酸化、アシル化）の結果として、またはその両
方である、変異体（イソ型）として発現されてもよい。これは、タンパク質イソ
型の異なる存在は、問題となるタンパク質をコード化する遺伝子の特異の発現を
必要としないということになる。本明細書で用いられる、「乳癌関連タンパク質
イソ型」という用語は、乳癌に冒されていない被検者からの血清と比べて乳癌を
有する被検者からの血清で異なって存在するタンパク質イソ型を意味する。【００７７】ＢＰＩの４つのグループが、好ましい技術の方法および装置を用いて、ＢＦの
部分的なアミノ酸配列によって同定された。第１のグループは、第１のグループ
は、乳癌に冒されていない被検者の血清と比べて初期乳癌を有する被検者の血清
で減少するＢＦから構成され、この際、特異の存在は有意である。これらのＢＰ
Ｉに関するタンデム質量分光分析(tandem mass spectrometry)によって同定され
た部分的なアミノ酸配列を表ＶＩに示す。各ＢＰＩに関して、タンパク質配列の
受託番号のリストが示され、それぞれはＢＰＩに関して同定された全ての部分的
アミノ酸配列に対応している。ＢＰＩによっては、タンデム質量分光分析由来の
部分的な配列情報は、既知の公報データベースに記載されていることが見出され
なかった。これらは、表ＶＩにおいて「ＮＯＶＥＬ」として列挙され、これらの
ＢＰＩに関する部分的アミノ酸配列情報は表ＸＩＩに示される。【００７８】【表６】【００７９】【００８０】第２のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比較して初期乳癌を
有する被検者の血清において増加するＢＰＩから構成され、この際、特異の存在
は有意である。これらのＢＰＩに関するタンデム質量分光分析によって同定され
た部分的なアミノ酸配列を表ＶＩＩに示す。各ＢＰＩに関して、タンパク質配列
の受託番号のリストが示され、それぞれはＢＰＩに関して同定された全ての部分
的アミノ酸配列に対応している。ＢＰＩによっては、タンデム質量分光分析由来
の部分的な配列情報は、既知の公報データベースに記載されていることが見出さ
れなかった。これらは、表ＶＩＩにおいて「ＮＯＶＥＬ」として列挙され、これ
らのＢＰＩに関する部分的アミノ酸配列情報は表ＸＩＩに示される。【００８１】【表７】【００８２】第３のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比較して転移性乳癌
を有する被検者の血清において減少するＢＰＩからなり、この際、特異の存在は
有意である。これらのＢＰＩに関するタンデム質量分光分析によって同定された
部分的なアミノ酸配列を表ＶＩＩＩに示す。各ＢＰＩに関して、タンパク質配列
の受託番号のリストが示され、それぞれはＢＰＩに関して同定された全ての部分
的アミノ酸配列に対応している。ＢＰＩによっては、タンデム質量分光分析由来
の部分的な配列情報は、既知の公報データベースに記載されていることが見出さ
れなかった。これらは、表ＶＩＩＩにおいて「ＮＯＶＥＬ」として列挙され、こ
れらのＢＰＩに関する部分的アミノ酸配列情報は表ＸＩＩに示される。【００８３】【表８】【００８４】【００８５】【００８６】第４のグループは、乳癌に冒されていない被検者の血清と比較して転移性乳癌
を有する被検者の血清において増加するＢＰＩからなり、この際、特異の存在は
有意である。これらのＢＰＩに関するタンデム質量分光分析によって同定された
部分的なアミノ酸配列を表ＩＸに示す。各ＢＰＩに関して、タンパク質配列の受
託番号のリストが示され、それぞれはＢＰＩに関して同定された全ての部分的ア
ミノ酸配列に対応している。ＢＰＩによっては、タンデム質量分光分析由来の部
分的な配列情報は、既知の公報データベースに記載されていることが見出されな
かった。これらは、表ＩＸにおいて「ＮＯＶＥＬ」として列挙され、これらのＢ
ＰＩに関する部分的アミノ酸配列情報は表ＸＩＩに示される。【００８７】【表９】【００８８】当業者には明白であるように、本明細書の記載に基づいて、所定のＢＰＩは、
表ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩまたはＩＸにおけるＢＰＩに関して提供されたデータ
に従って記載できる。ＢＰＩは、上記ＢＰＩに関して記載されたペプチド配列か
らなる（そのＢＰＩに関して記載されたペプチド配列の、好ましくは複数、より
好ましくは全てからなる）タンパク質であり、ＢＰＩに関して記載された値周辺
のｐＩ（述べられた値の、好ましくは１０％以内、より好ましくは５％以内、さ
らにより好ましくは１％以内）を有し、さらに、ＢＰＩに関して記載された値周
辺のＭＷ（述べられた値の、好ましくは１０％以内、より好ましくは５％以内、
さらにより好ましくは１％以内）を有する。【００８９】一実施態様において、被検者からの血清が、乳癌に冒されていない一被検者ま
たは複数の被検者からの血清（例えば、コントロールサンプルまたは予め血清さ
れた参考範囲）に対する被検者からの血清における一つのＢＰＩまたは複数のＢ
ＰＩ（またはこれらの組み合わせ）の存在比の減少が初期乳癌の存在を示す、一
以上の下記ＢＰＩ：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ
−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−
４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５３またはこれらの組み合わせの
定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９０】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、乳癌に冒されていな
い一被検者または複数の被検者からの血清（例えば、コントロールサンプルまた
は予め血清された参考範囲）に対する被検者からの血清における一つのＢＰＩま
たは複数のＢＰＩ（またはこれらの組み合わせ）の存在比の増加が初期乳癌の存
在を示す、一以上の下記ＢＰＩ：ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、
ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５またはこれらの組み合わせの定量的検出を目的とし
て２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９１】他の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少が初
期乳癌の存在を示す、一以上のＢＰＩ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＰ
Ｉ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、
ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、Ｂ
ＰＩ−５０、ＢＰＩ−５３；および、（ｂ）その存在比の増加が初期乳癌の存在
を示す、一以上のＢＰＩ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＰＩ−４２、Ｂ
ＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５の定量的検出を目的と
して２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９２】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、乳癌に冒されていな
い一被検者または複数の被検者からの血清（例えば、コントロールサンプルまた
は予め血清された参考範囲）に対する被検者からの血清における一つのＢＰＩま
たは複数のＢＰＩ（またはこれらの組み合わせ）の存在比の減少が転移性乳癌の
存在を示す、一以上の下記ＢＰＩ：ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１
、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、
ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、Ｂ
ＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５１、ＢＰ
Ｉ−５２、ＢＰＩ−５６の定量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析さ
れる。【００９３】本発明の他の実施態様においては、被検者からの血清が、乳癌に冒されていな
い一被検者または複数の被検者からの血清（例えば、コントロールサンプルまた
は予め血清された参考範囲）に対する被検者からの血清における一つのＢＰＩま
たは複数のＢＰＩ（またはこれらの組み合わせ）の存在比の増加が転移性乳癌の
存在を示す、一以上の下記ＢＰＩ：ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４８の定量的検出を
目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９４】他の実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少が転
移性乳癌の存在を示す、一以上のＢＰＩ、またはこれらの組み合わせ、即ち、Ｂ
ＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰ
Ｉ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ
−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−
４７、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５６；および、（
ｂ）その存在比の増加が転移性乳癌の存在を示す、一以上のＢＰＩ、またはこれ
らの組み合わせ、即ち、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４８の定量的検出を目的として
２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９５】当業者は、ＢＰＩの適切な組み合わせを比較することによって、初期乳癌と転
移性乳癌とを識別して診断することが可能になることを、容易に理解できる。【００９６】さらなる実施態様においては、被検者からの血清が、（ａ）その存在比の減少
が乳癌の存在を示す、一以上のＢＰＩ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＰ
Ｉ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、
ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、Ｂ
ＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰ
Ｉ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ
−３４、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−
４７、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５
３、ＢＰＩ−５６；および、（ｂ）その存在比の増加が乳癌の存在を示す、一以
上のＢＰＩ、またはこれらの組み合わせ、即ち、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４２、
ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５の定
量的検出を目的として２Ｄ電気泳動によって分析される。【００９７】よりさらなる実施態様においては、被検者からの血清が、一以上のＢＰＩおよ
び一以上の既知の乳癌のバイオマーカー（例えば、放出ｃ−ｅｒｂ−Ｂ２フラグ
メント（shed c-erb-B2 fragment） Payne et al. 2000, Clin. Chem. 46:175-1
82）の定量的検出を目的として分析される。この実施態様によれば、コントロー
ルまたは参考範囲に対する各ＢＰＩおよび既知のバイオマーカーの存在比は、被
検者が乳癌を有するかどうかを示す。【００９８】好ましくは、ＢＰＩの存在比は、発現参考タンパク質イソ型（Expression Ref
erence Protein Isoform）（ＥＲＰＩ）に対して標準化される。ＥＲＰＩは、好
ましい技術の方法および装置を用いて、上述したＥＲＦの部分的なアミノ酸配列
によって同定できる。ＥＲＰＩの部分的なアミノ酸配列、およびその配列と相同
性を有する既知のタンパク質を、表Ｘに示す。【００９９】【表１０】【０１００】上記に示したように、本明細書に記載されたＢＰＩは、以前に知られていない
タンパク質、さらにはイソ型が乳癌に関連すると従来知られていなかった既知の
タンパク質のイソ型を包含する。各ＢＰＩに関して、本発明はさらに、（ａ）単
離されたＢＰＩからなる製剤；（ｂ）ＢＰＩの一以上の断片からなる製剤；およ
び（ｃ）該ＢＰＩに、該断片に、または該ＢＰＩにおよび該断片にの両方に結合
する抗体を提供するものである。本明細書で用いられる際には、ＢＰＩは、混入
タンパク質を実質的に含まない製剤中に、すなわち、存在する全タンパク質の１
０％未満（好ましくは５％未満、より好ましくは１％未満）が混入タンパク質で
ある製剤中に存在する際に「単離される」。混入タンパク質は、２Ｄ電気泳動で
測定される際に、単離されたＢＰＩのものとは有意に異なるｐＩまたはＭＷを有
するタンパク質またはタンパク質イソ型である。本明細書で用いられる、「有意
に異なる」ｐＩまたはＭＷとは、好ましい技術に従って行なわれる、２Ｄ電気泳
動で、混入タンパク質がＢＰＩから分離(resolve)できるようなものである。【０１０１】一実施態様において、単離されたタンパク質が提供され、当該タンパク質は、
ＢＰＩに関して表ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩまたはＩＸで同定されたアミノ酸配列
を有するペプチドからなり、当該タンパク質は、ＢＰＩに関して表Ｉ、ＩＩ、Ｉ
ＩＩまたはＩＶで同定された値の１０％以内（好ましくは５％以内、より好まし
くは１％以内）のｐＩおよびＭＷを有する。【０１０２】本発明のＢＰＩは、当業者に既知の方法によって定性的にまたは定量的に検出
でき、これらとしては、本明細書に記載される好ましい技術に制限されないが、
キナーゼアッセイ、イムノアッセイ、およびウェスタンブロッティングが挙げら
れる。一実施態様において、ＢＰＩは、それらのＭＷおよびｐＩにより２Ｄゲル
上で分離され、ゲルを染色することによって可視化される。一実施態様において
、ＢＰＩは、蛍光染料で染色され、蛍光スキャナーでイメージ化される。Ｓｙｐ
ｒｏＲｅｄ(Molecular Probes, Inc., Eugene, Oregon)がこの目的に適した染
料である。その代替の染料は、１９９９年１０月５日付で出願された米国特許第
０９／４１２，１６８号に記載され、参考により完全に本明細書に引用される。【０１０３】または、ＢＰＩはイムノアッセイで検出できる。一実施態様において、イムノ
アッセイは、ＢＰＩが存在する場合に免疫特異的結合が起こるような条件下で試
験される被検者からのサンプルを抗ＢＰＩ抗体と接触させ、抗体による免疫特異
的結合の量を検出または測定することによってなされる。抗ＢＰＩ抗体は、本明
細書で示唆される方法および技術によって生産することができる；当該分野にお
いて既知のこのような抗体の例を表ＸＩに示す。表ＸＩに示されるこれらの抗体
は、ＢＰＩがそれ自身同じ系列のものであるタンパク質に結合することがすでに
知られている。好ましくは、抗ＢＰＩ抗体は、同じタンパク質の他のイソ型によ
りむしろＢＰＩに優先的に結合する。好ましい実施態様においては、抗ＢＰＩ抗
体は、同じタンパク質の他のイソ型より、少なくとも２倍大きな親和性、より好
ましくは少なくとも５倍大きな親和性、さらにより好ましくは少なくとも１０倍
大きな親和性でＢＰＩに結合する。表ＸＩに示される抗体がターゲットＢＰＩに
対して必要とされる優先的な選択性を発揮しない場合には、当業者は、このよう
な抗体の形成をを目的としてＢＰＩ自体を用いることによってさらなる抗体を生
成することができる。【０１０４】ＢＰＩは、ゲルから適切な膜（例えば、ＰＶＤＦ膜）に移された後、適当なア
ッセイで調べることができ、これらとしては、以下に制限されないが、本明細書
に記載される抗ＢＰＩ抗体、例えば、表ＸＩで同定された抗体、または有益なＢ
ＰＩに対して生じるたのものを用いたウェスタン法及び「サンドイッチイムノア
ッセイ」等の技術を用いた競合および非競合アッセイシステムが挙げられる。免
疫ブロット法は、ＢＰＩを同じ遺伝子によってコード化された他のイソ型から免
疫特異的に識別するのに必要とされる選択性を発揮するこれらの抗ＢＰＩ抗体を
同定するために使用できる。【０１０５】【表１１】【０１０６】一実施態様において、組織切片における抗体の結合は、異常なＢＰＩの位置(l
ocalization)または一以上のＢＰＩの異常なレベルを検出するのに用いられる。
特定の実施態様においては、ＢＰＩに対する抗体を用いて、異常なレベルのＢＰ
Ｉが乳癌を示すＢＰＩのレベルに関して被検者からの組織サンプル（例えば、乳
房生検）をアッセイできる。本明細書で用いられる、「異常なレベル(aberrant
level)」は、乳癌に冒されていない被検者におけるレベルまたは参照レベルに比
べて増加または減少するレベルを意味する。所望であれば、乳癌に冒されていな
い身体の部分から採取された、同じ被検者からの整合サンプル(matched sample)
との比較を行なってもよい。【０１０７】適当なイムノアッセイが使用でき、これらとしては、以下に制限されないが、
ウェスタン法、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素様免疫吸着法）、「サ
ンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈殿反応、ゲル拡散沈降反応
(gel diffusion precipitin reaction)、免疫拡散アッセイ(immunodiffusion as
say)、凝集アッセイ(agglutination assay)、補体固定化アッセイ(complement-f
ixation assay)、免疫放射定量測定法(immunoradiometric assay)、蛍光イムノ
アッセイ(fluorescent immunoassay)およびプロテインＡイムノアッセイ(protei
n A immunoassays)が挙げられる。【０１０８】例えば、ＢＰＩは、２段階サンドイッチアッセイによって液体サンプル（例え
ば、血清または血漿、ＣＳＦ、血液、尿または組織ホモジネート）で検出するこ
とができる。第１の段階では、捕捉試薬(capture reagent)（例えば、抗ＡＰＩ
抗体）がＢＰＩを捕捉するために用いられる。当該分野において既知のこのよう
な抗体の例は、表ＸＩに示される。捕捉試薬は，必要であれば固相に固定化され
てもよい。第２の段階では、直接的または間接的に標識された検出試薬が捕捉さ
れたＢＰＩを検出するために用いられる。一実施態様において、検出試薬は、レ
クチンである。ＢＰＩと同じコアタンパク質を有する他のイソ型にまたは抗体に
よって認識される抗原決定基を共有する他のタンパク質によりむしろＢＰＩに優
先的に結合するレクチンが、この目的のために使用できる。好ましい実施態様に
おいては、選ばれたレクチンは、ＢＰＩと同じコアタンパク質を有する他のイソ
型にまたは抗体によって認識される抗原決定基を共有する他のタンパク質により
、少なくとも２倍大きな親和性、より好ましくは５倍大きな親和性、さらにより
好ましくは１０倍大きな親和性で、ＢＰＩに結合する。本明細書の記載に基づい
て、所定のＢＰＩを検出するのに適するレクチンは、当該分野において既知の方
法によって容易に同定することができ、例えば、Sumar et al., Lectins as Ind
icators of Disease-Associated Glycoforms, Inの第１５８頁〜第１５９頁の表
I：Gabius H-J & Gabius S (eds.), 1993, Lectins and Glycobiologyの第１５
８頁〜第１７４頁(その全体を参照することによってここに組み込まれる)に列挙
された一以上のレクチンを試験することである。望ましいオリゴ糖特異性を有す
るレクチンは、例えば、ニトロセルロース膜等の適当な固体基板に移した後２Ｄ
ゲル中、２Ｄゲルのレプリカ中でのＢＰＩの検出能によって、または抗体による
捕捉後の２段階アッセイにおいて、同定されうる。別の実施態様においては、検
出試薬は、抗体、例えば、リン酸化アミノ酸に免疫特異的に結合する抗体等の、
他の翻訳後修飾物を免疫特異的に検出する抗体である。このような抗体の例とし
ては、以下に制限されないが、ホスホチロシン(phosphotyrosine)に結合するも
の（BD Transduction Laboratories, catalog nos.: P11230-050/P11230-150; P
11120; P38820; P39020）、ホスホセリン(phosphoserine)に結合するもの(Zymed
Laboratories Inc., South San Francisco, CA, catalog no. 61-8100)および
ホスホスレオニン(phosphothreonine)に結合するもの(Zymed Laboratories Inc.
, South San Francisco, CA, catalog nos. 71-8200, 13-9200)が挙げられる。【０１０９】所望であれば、相補的配列を含む、ＢＰＩ、関連遺伝子、または関連核酸配列
もしくはサブ配列（subsequences）をコード化する遺伝子はまたハイブリダイゼ
ーションアッセイに用いることができる。ＢＰＩ、または少なくとも８ヌクレオ
チド、好ましくは少なくとも１２ヌクレオチド、最も好ましくは少なくとも１５
ヌクレオチドからなるそのサブ配列をコード化するヌクレオチドがハイブリダイ
ゼーションプローブとして使用できる。ハイブリダイゼーションアッセイは、Ｂ
ＰＩをコード化する遺伝子の異常な発現に関連する、症状、疾患または病気の状
態の検出、予想、診断またはモニターに、または乳癌を示唆する徴候または症状
を有する被検者の特異の診断に使用できる。特に、このようなハイブリダイゼー
ションアッセイは、ハイブリダイゼーションが起こり得るような条件下で、ＢＰ
Ｉをコード化するＤＮＡまたはＲＮＡにハイブリダイズすることのできる核酸プ
ローブと核酸を含む被検者のサンプルを接触させ、得られたハイブリッド形成を
検出または測定することからなる方法によって、行なわれる。ヌクレオチドは、
以下に記載するように、乳癌を有する被検者の治療に使用できる。【０１１０】本発明はまた、抗ＢＰＩ抗体からなる診断キットを提供するものである。加え
て、このようなキットは、必要であれば、一以上の下記を含んでいてもよい；（
１）診断、予想、治療のためのモニターまたはこれら用途の組み合わせのために
抗ＢＰＩ抗体を用いるための説明書；（２）抗体に対する標識結合パートナー(l
abeled binding partner)；（３）抗ＢＰＩ抗体が固定化される固相（試薬スト
リップなど）；および（４）診断、予想若しくは治療用途またはこれらの組み合
わせに関する規定承認を示すラベルまたはインサート。抗体に対する標識結合パ
ーナーを提供しない場合には、抗ＢＰＩ抗体それ自身が検出可能なマーカー、例
えば化学発光、酵素、蛍光、または放射性成分などで標識されてもよい。【０１１１】本発明はまた、ＢＰＩをコード化するＲＮＡにハイブリッド形成できる核酸プ
ローブからなるキットを提供するものである。特定の実施態様においては、キッ
トは、一以上の容器中に、適切な反応条件下で、ポリメラーゼ連鎖反応(例えばI
nnis et al., 1990, PCR Protocols, Academic Press, Inc., San Diego, CAを
参照)、リガーゼ連鎖反応（ＥＰ３２０，３０８号を参照）、Ｑβレプリカー
ゼの使用、サイクリックプローブリアクション（cyclic probe reaction）また
は当該分野において既知の他の方法などによって、ＢＰＩをコード化する核酸の
少なくとも一部分を増幅し得る一対のプライマー（例えば、それぞれ６〜３０ヌ
クレオチド、より好ましくは１０〜３０ヌクレオチド、およびさらにより好まし
くは１０〜２０ヌクレオチドの範囲の大きさのもの）を含む。【０１１２】キットはまた、複数のＢＰＩまたはＢＰＩをコードする複数の核酸を検出しう
るものを提供する。さらにキットは、分離されたＢＰＩタンパク質、またはＢＰ
Ｉをコードする核酸の予め決定されている量を含み、例えば標準またはコントロ
ールのためである。【０１１３】５．３ＢＰＩおよびＢＰＩクラスターを同定するための統計的技術折りたたみ変化(fold change)、ウィルコクソンランク−合計テスト(Wilcoxon
Rank-Sum test)およびｔ検定等の、単一の変化量の差の分析ツールが、診断的
に乳癌と関連する個々のＢＦまたはＢＰＩを同定するのにまたは病気の経過を調
節する個々のＢＰＩを同定するのに有用である。しかしながら、多くの場合、当
業者は、病気の経過は、単離された個々のＢＦおよびＢＰＩよりむしろ、ＢＦま
たはＢＰＩの組み合わせを関連する（およびＢＰＩの組み合わせによって調節さ
れる）ことを理解している。このようなＢＦおよびＢＰＩの組み合わせを見出す
ストラテジーは、個々のＢＦおよびＢＰＩを見出す方法とは異なっている。この
ような場合、個々のＢＦおよびＢＰＩはそれぞれ、１つの変数としてみなすこと
ができ、病気はこれらの変数の相互作用によって生じるジョイント、多変数効果
（joint, multi-variate effect）とみなすことができる。【０１１４】以下のステップは、好ましい技術によって得られたデータからマーカーを同定
するのに用いることができる。【０１１５】第１のステップは、それぞれ乳癌に有意な関連を示すＢＦまたはＢＰＩの収集
を同定することである。同定されたＢＦまたはＢＰＩと乳癌との関連は、個々の
ＢＦまたはＢＰＩが診断として用いられる場合、望ましいような高い有意性を有
する必要はない。上述した試験（折りたたみ変化、ウィルコクソンランク−合計
テストなど）がこの段階で用いられる。次に、ＢＦまたはＢＰＩの適切なコレク
ションが同定されたら、クラスターを同定できる精密な多変数分析を用いて、乳
癌との有意なマルチ変数関連を評価する。【０１１６】線形判別分析(Linear Discriminant Analysis)（ＬＤＡ）は、変数（即ち、Ｂ
ＦまたはＢＰＩ）のクラスターと乳癌との有意な関連を検出するのに使用できる
、このような方法の一つである。ＬＤＡを行う場合、質量及び変数の測定値のリ
ニアーな組み合わせが乳癌を有する被検者と乳癌に冒されていない被検者とを区
別することによって病気の状態を状態を同定できるように、質量のセットが各変
数（即ち、ＢＦまたはＢＰＩ）を関連する。ＬＤＡに対する増強によって、変数
の段階的な包含(inclusion)（または除去）によりモデルの識別力を最適化する
ことができる。したがって、ＬＤＡの結果は、これらに限定されないが、診断、
予想、治療または薬剤開発に用いることができるＢＦまたはＢＰＩのクラスター
である。フレキシブル判別分析などの、ＬＤＡの他の増強された変数は、変数の
非線形組み合わせの使用により病気の状態を正常な状態と識別することができる
。識別分析の結果は、ｐｏｓｔ−ｈｏｃ試験によっておよびクラシフィケーショ
ンツリー(classification tree)等の別の技術を用いた分析を繰り返すことによ
っても確認できる。【０１１７】ＢＦまたはＢＰＩのさらなるカテゴリーは、１サンプル群（例えば、病気の被
検者からのサンプル）におけるＢＦまたはＢＰＩの特徴存在率(percentage feat
ure presence)を他のサンプル群（例えば、コントロール被検者からのサンプル
）におけるＢＦまたはＢＰＩの特徴存在率と比較することによる定性測定によっ
て同定されうる。ＢＦまたはＢＰＩの「特徴存在率(percentage feature presen
ce)」は、ＢＦまたはＢＰＩが選択された検出方法によって検出可能であるサン
プル群におけるサンプルの割合である。例えば、ＢＦが病気の被検者からのサン
プルの９５パーセントで検出可能である場合には、そのサンプル群におけるその
ＢＦの特徴存在率は９５パーセントである。病気ではない被検者からのサンプル
の５％のみが検出可能なレベルの同じＢＦを有する場合には、被検者のサンプル
におけるそのＢＦの検出は、その被検者が乳癌に罹っていると考えられることを
示唆する。【０１１８】５．４臨床研究における使用本発明の診断方法および組成物は、臨床研究をモニターする、例えば、乳癌の
治療のための薬剤を評価するのを補助しうる。一実施形態において、候補分子は
、乳癌を有する被験者のＢＦまたはＢＰＩレベルを乳癌に冒されていない被験者
において見出されるレベルにまで回復させる、または治療された被験者において
は、ＢＦもしくはＢＰＩレベルを非乳癌値にもしくはその近傍に保つ能力に関し
て、試験される。一以上のＢＦまたはＢＰＩのレベルがアッセイされうる。【０１１９】他の実施形態においては、本発明の方法および組成物は、乳癌を有する個体を
同定する臨床研究のための候補をスクリーニングするのに用いられる。次に、こ
のような個体は、研究から除外若しくは含有されうるまたは治療若しくは分析の
ための別個のコホートに配置されうる。所望する場合には、候補は、乳癌を有す
る個体を同定するために同時にスクリーニングされる；これらのスクリーニング
のための手順は当該分野において公知である。【０１２０】他の実施形態においては、本発明の方法および組成物は、所定の乳癌治療剤を
用いた治療に最も反応しそうな個体（例えば、特異的な抗体による治療が開発さ
れた乳癌抗原を提示する患者）をスクリーニングするために用いられる。【０１２１】５．５ＢＰＩの精製特定の態様においては、本発明は、抗原決定基（即ち、抗原によって認識され
うる）を含むまたは機能的に活性である単離された哺乳動物のＢＰＩ、好ましく
はヒトＢＰＩ、およびその断片を、さらには前記をコード化する核酸配列を提供
するものである。本明細書において用いられる「機能的に活性のある(functiona
lly active)」とは、全長の（野生型の）ＢＰＩと関連する１以上の機能的な活
性、例えば、ＢＰＩ基質またはＢＰＩ結合パートナーへの結合性、抗原性（抗Ｂ
ＰＩ抗体への結合性）、免疫原性、酵素活性などを示す物質をいう。【０１２２】特定の実施形態においては、本発明は、少なくとも５アミノ酸、少なくとも１
０アミノ酸、少なくとも５０アミノ酸、または少なくとも７５アミノ酸を含むＢ
ＰＩの断片を提供するものである。ＢＰＩの幾つかのまたは全ての領域が欠損し
ている断片も提供され、そのような断片からなるタンパク質（例えば、融合タン
パク質）もまた提供される。これらをコード化する核酸も提供される。【０１２３】ＢＰＩ、ＢＰＩの一部、またはＢＰＩの前駆体をコード化する組換え核酸が同
定されると、遺伝子産物が分析されうる。これは、産物の放射性標識さらにはゲ
ル電気泳動、イムノアッセイなどによる分析などの、産物の物理的または機能的
特性に基づくアッセイによって行われる。【０１２４】本明細書で同定されるＢＰＩは、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、
アフィニティー、およびサイズカラムクロマトグラフィー）、遠心、較差溶解度
(differential solubility)、またはタンパク質の精製のための他の標準的な技
術を含む標準的な方法によって、単離および精製されうる。【０１２５】または、ＢＰＩをコード化する組換え核酸が同定されると、ＢＰＩの全アミノ
酸配列が、組換え核酸に含まれる遺伝子のコーディング領域のヌクレオチド配列
から推測されうる。その結果、タンパク質が当該分野において既知の標準的な化
学的方法によって合成されうる(例えば、Hunkapiller et al., 1984, Nature 31
0:105-111を参照)。【０１２６】他の別の実施形態においては、天然のＢＰＩが上記記載したような標準的な方
法(例えば、イムノアフィニティー精製）によって、天然源から精製されうる。【０１２７】好ましい実施形態においては、ＢＰＩが上記好ましい技術によって単離される
。調製スケール用の泳動(preparative-scale runs)では、２ｐＨ単位またはそれ
未満のｐＨ範囲を有する狭範囲「ズームゲル」が、Westermeier, 1993, Electro
phoresis in Practice (VCH, Weinheim, Germany), pp. 197-209(これは参考に
より完全に本明細書に引用される)に記載されている方法に従った、等電点段階
では好ましい；この修飾によって、大容量の標的とするタンパク質をゲル上のせ
ることができ、これによりゲルから回収されうる単離ＢＰＩの量が増加する。調
製スケール用の泳動にこのようにして使用される際には、好ましい技術は、一回
の泳動で単離されたＢＰＩを、通常は、１００ｎｇまで得られ、１０００ｎｇま
で得ることができる。当業者は、ズームゲルがゲル等電点電気泳動を用いる分離
ストラテジーに使用できることを察知するであろう。【０１２８】したがって、本発明は、単離されたＢＰＩ、単離されたＢＰＩ関連ポリペプチ
ド、およびＢＰＩもしくはＢＰＩ関連ポリペプチドの単離された誘導体または断
片を提供するものである；前記は、組換えＤＮＡ技術によってまたは化学的合成
方法によって製造されうる。【０１２９】５．６ＢＰＩをコード化するＤＮＡの単離ＢＰＩをコード化する遺伝子のクローニングに関する特定の実施形態が、例を
用いて以下に示されるが、限定するものではない。【０１３０】ＤＮＡおよびＲＮＡ等の、ＢＰＩもしくはその断片、またはＢＰＩ関連ポリペ
プチドをコード化する配列からなる本発明のヌクレオチド配列は、従来の化学的
アプローチまたはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅などの、当該分野におい
て既知の方法を用いて合成される。また、本発明のヌクレオチド配列により、例
えば、ｃＤＮＡライブラリー、ゲノムライブラリーまたは発現ライブラリーをス
クリーニングすることによって、ＢＰＩ同族体もしくはＢＰＩ類似体をコード化
する遺伝子が同定およびクローニングできる。【０１３１】例えば、ＰＣＲ技術によってＢＰＩをコード化する遺伝子をクローニングする
ために、固定化された(anchored)変性オリゴヌクレオチド（または一連の最も可
能性のある(most likely)オリゴヌクレオチド）が、同一タンパク質の部分とし
て同定される全てのＢＰＩペプチド断片のために設計されうる。種々の条件下で
のＰＣＲ反応は、１以上の種由来の関連するｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ（例え
ば、脳組織由来のまたは免疫系の細胞由来の）を用いて実施され得る。また、ベ
クトル(vectorette)反応が、上述のようにオリゴヌクレオチド（好ましくはネス
ト状である(nested)）を用いた入手可能なｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡで実施さ
れうる。ベクトルＰＣＲは、ただ一つのプライマーの配列が知られているような
状況で特定のＤＮＡ断片の増幅を可能にする方法である。従って、それは、配列
情報が一の末端においてのみ入手可能であるＤＮＡの伸長にＰＣＲの適用を拡張
する。(Arnold C, 1991, PCR Methods Appl. 1(1):3942; Dyer KD, Biotechniqu
es, 1995, 19(4):5502)。ベクトルＰＣＲは、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮ
Ａライブラリープールをテンプレートとして用いて、例えば、ＢＰＩペプチド断
片に関してコードする固定化された変性オリゴヌクレオチド（または最も可能性
のあるオリゴヌクレオチド）であるプローブにより実施される。【０１３２】固定化された変性オリゴヌクレオチド（および最も可能性のあるオリゴヌクレ
オチド）は、全てのＢＰＩペプチド断片のために設計されうる。これらのオリゴ
ヌクレオチドは、標識されて、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡライブラリーを含む
フィルターにハイブリダイズされてもよい。同一のタンパク質由来の異なるペプ
チドに対するオリゴヌクレオチドによって、ライブラリーの同じものがしばしば
同定されるであろう。ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡライブラリーは、適当なまた
は所望する哺乳動物種から、例えばヒトから得てもよい。【０１３３】本発明のＢＰＩまたはＢＰＩ断片をコード化するヌクレオチド配列を含むヌク
レオチド配列は、他のタンパク質をコード化する遺伝子の相補的な伸長に選択的
にハイブリダイズする能力に有用である。用途によって、ＢＰＩをコード化する
ヌクレオチドの配列に対して、少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５
０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９
５％もしくは９９％同一または１００％同一であるヌクレオチド配列を得るため
に、種々のハイブリダイズ条件が用いられる。【０１３４】高度な選択性のためには、低塩または高温条件のような、比較的ストリンジェ
ントな条件がデュプレックスを形成するために用いられる。本明細書において用
いられる「非常にストリンジェントな条件」とは、０．５ＭＮａＨＰＯ₄、７
％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭＥＤＴＡ中のフィルターに結合
したＤＮＡに６５℃でハイブリダイズさせ、６８℃の０．１×ＳＳＣ／０．１％
ＳＤＳで洗浄することを意味する(Ausubel F.M. et al., eds., 1989, Curren
t Protocols in Molecular Biology, Vol. I, Green Publishing Associates, I
nc., and John Wiley & Sons, Inc., New York, at p. 2.10.3;全体が本明細書
に参照として組み込まれる)。用途によっては、デュプレックスの形成のために
より厳しくない条件が必要とされる。本明細書において用いられる「適度にスト
リンジェントな条件」とは、４２℃の０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳで洗浄
することを意味する(Ausubel et al., 1989, 上記記載)。ハイブリダイズ条件は
、ハイブリットデュプレックスを不安定化させるために、ホルムアミドの量を増
加させて添加することによっても、よりストリンジェントにされうる。このよう
に、特定のハイブリダイズ条件は容易に操作でき、一般的には所望する結果に応
じて選択されるであろう。一般的には、５０％ホルムアミドの存在下での簡便な
ハイブリダイズ温度は、ＢＰＩをコード化する遺伝子の断片に９５〜１００％同
一であるプローブのためには４２℃、９０〜９５％の同一性のためには３７℃、
７０〜９０％の同一性のために３２℃である。【０１３５】ゲノムライブラリーの調製において、ＤＮＡ断片が生成され、それらの幾つか
は、ＢＰＩの一部または全部をコード化しているであろう。ＤＮＡ断片を調製す
る適当な方法が本発明に使用される。例えば、ＤＮＡを種々の制限酵素を用いて
特定部位で切断してもよい。または、マンガンの存在下でデオキシリボヌクレア
ーゼを用いてＤＮＡをフラグメント化してもよく、またはＤＮＡを、例えば、超
音波処理によって、物理的に剪断してもよい。次に、ＤＮＡ断片を、以下に制限
されるものではないが、アガロースおよびポリアクリルアミドゲル電気泳動、カ
ラムクロマトグラフィーおよびショ糖勾配遠心分離などの、標準的な技術によっ
て、サイズに従って分離できる。さらに、ＤＮＡ断片は、以下に制限されるもの
ではないが、プラスミド、コスミド、バクテリオファージラムダまたはＴ₄、お
よび酵母人工染色体（ＹＡＣ）等の適当なベクターに挿入されうる(例えば、Sam
brook et al., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Cold
Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York; Glover, D
.M. (ed.), 1985, DNA Cloning: A Practical Approach, MRL Press, Ltd., Oxf
ord, U.K. Vol. I, II; Ausubel F.M. et al., eds., 1989, Current Protocols
in Molecular Biology, Vol. I, Green Publishing Associates, Inc., 及び J
ohn Wiley & sons, Inc., New Yorkを参照)。ゲノムライブラリーは、標識プロ
ーブへの核酸のハイブリッド形成によって、スクリーニングされてもよい(Bento
n and Davis, 1977, Science 196:180; Grunstein and Hogness, 1975, Proc. N
atl. Acad. Sci. U.S.A. 72:3961)。【０１３６】本明細書の記載に基づいて、ゲノムライブラリーは、当該分野において既知の
最適なアプローチを用いてＢＰＩのペプチドのアミノ酸配列に相当する標識変性
オリゴヌクレオチドでスクリーニングされてもよい。使用されるプローブは、少
なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１５ヌクレオチド、少なくとも２０ヌク
レオチド、少なくとも２５ヌクレオチド、少なくとも３０ヌクレオチド、少なく
とも４０ヌクレオチド、少なくとも５０ヌクレオチド、少なくとも６０ヌクレオ
チド、少なくとも７０ヌクレオチド、少なくとも８０ヌクレオチド、または少な
くとも１００ヌクレオチドである。好ましくは、プローブは１０ヌクレオチドま
たはそれより長く、より好ましくは１５ヌクレオチドまたはそれより長い。【０１３７】上記表ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩおよびＩＸで示されるように、本明細書で開示
されているＢＰＩによっては、配列が公知の遺伝子によってコード化された既に
同定されたタンパク質のイソ型に対応するものがある。このような遺伝子をスク
リーニングするために、遺伝子またはその補体に相補的なプローブも用いられる
；好ましくは、プローブは１０ヌクレオチドまたはそれより長く、より好ましく
は１５ヌクレオチドまたはそれより長い。所定のＢＰＩをコード化するヌクレオ
チド配列が知られていないときには、変性プローブがスクリーニングに使用でき
る。表ＸＩＩに、一連の変性プローブを、以下のＢＰＩのそれぞれに対して提示
する：ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４
５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０
、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、
ＢＰＩ−５６。本発明において質量分光分析によって配列決定のために用いられ
る方法においては、以下のアミノ酸群は、同一の質量を有するため区別できない
：ロイシン（Ｌ）およびイソロイシン（Ｉ）；アルパラギン（Ｎ）および２つの
グリシン（ＧＧ）。さらに、本発明の方法においてアミノ酸の配列決定に用いら
れるタンデム質量分光分析の質量正確性は、以下のアミノ酸群を区別するには不
十分であった：フェニルアラニン（Ｆ）および酸化メチオニン（Ｍ^*）；トリプ
トファン（Ｗ）およびアスパラギン酸とアラニンとの組み合わせ（即ち、ＤＡま
たはＡＤ）；トリプトファン（Ｗ）およびグルタミン酸（Ｅ）とグリシン（Ｇ）
との組み合わせ（即ち、ＥＧまたはＧＥ）；トリプトファン（Ｗ）およびバリン
（Ｖ）とセリン（Ｓ）との組み合わせ（即ち、ＶＳまたはＳＶ）。表ＸＩＩでは
、可能なアミノ酸配列が、それぞれ質量分光分析によって決定される各配列に対
して列挙され、各可能なアミノ酸配列に対する好ましい、完全に変性された一連
のプローブ群が、提示されている。【０１３８】【表１２】【０１３９】【０１４０】【０１４１】【０１４２】【０１４３】上記表ＸＩＩでは、好ましい、変異された一連のプローブは、ＧＣＧＳｅｑ
Ｗｅｂ（商標）配列分析ソフトウェア (SeqWeb^TM version 1.1, part of Wiscon
sin Package Version 10, Genetics Computer Group, Inc.)において使用されて
いるGCG Nucleotide Ambiguity Codesを用いて記載される。これらのNucleotide
Ambiguity Codesは、以下の意味を有する。【０１４４】【０１４５】ＧＣＧは、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢによって報告されるアミノ酸コードおよびヌク
レオチド表現に対する文字コードを使用している。これらのコードは、ＥＭＢＬ
、ＧｅｎＢａｎｋ及びＰＩＲｄａｔａｂａｓｅｓを用いたコードと適合する。
IUPAC, Commission on Nomenclature of Organic Chemistry. A Guide to IUPAC
Nomenclature of Organic Compounds (Recommendations 1993), Blackwell Sci
entific publications, 1993を参照。【０１４６】ライブラリーがスクリーニングされる際に、ＢＰＩまたはその断片をコード化
する挿入ＤＮＡを有するクローンは、対応する変性オリゴヌクレオチドプローブ
（またはその補体）の群の１種またはそれ以上にハイブリッド形成するであろう
。このようなオリゴヌクレオチドプローブのゲノムライブラリーへのハイブリッ
ド形成は、当該分野において既知の方法を用いて実行される。例えば、上述の変
性オリゴヌクレオチド群、もしくはそれらの補体（またはそのような群のいずれ
か、もしくはその補体）を用いたハイブリッド形成は、上記定義された高度にス
トリンジェントな条件もしくは適度にストリンジェントな条件下で行なわれる、
または２×ＳＳＣ、１．０％ＳＤＳ中で、５０℃で行なわれ、上記高度にストリ
ンジェントなまたは適度にストリンジェントな条件で記載した洗浄条件を用いて
洗浄される。【０１４７】本発明のさらなるの態様においては、ＢＰＩ全体、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連
ポリペプチド、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片前記のいずれかコード化す
るヌクレオチド配列を含むクローンはまた、発現ライブラリーをスクリーニング
することによって得られる。例えば、関連する源由来のＤＮＡを単離し、ランダ
ムな断片を調製して、ベクター中に挿入された配列がベクターが次に導入される
宿主細胞によって発現されうるように発現ベクター（例えば、バクテリオファー
ジ、プラスミド、ファージミドまたはコスミド）の中に連結(ligated)する。続
いて、種々のスクリーニングアッセイが、発現させられたＢＰＩまたはＢＰＩ関
連ポリペプチドを選択するために用いられうる。一実施形態において、本発明の
種々の抗ＢＰＩ抗体が、当該分野において既知の方法を用いて所望するクローン
を同定するために用いられうる。例えば、Harlow and Lane, 1988, Antibodies:
A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring H
arbor, NY, Appendix IVを参照。ライブラリー由来のコロニーまたはプラークを
抗体と接触させて、抗体に結合したこれらのクローンを同定する。【０１４８】一実施形態において、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、また
はＢＰＩ関連ポリペプチドの断片をコード化するＤＮＡを含むコロニーまたはプ
ラークは、参照として本明細書に引用されるOlsvick et al., 29th ICAAC, Hous
ton, Tex. 1989に従って、ＤＹＮＡビーズを用いて検出されうる。抗ＢＰＩ抗体
は、トシル化されたＤＹＮＡビーズＭ２８０に架橋された後、これらの抗体含有
ビーズは組換えポリペプチドを発現するコロニーまたはプラークと接触させられ
る。ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現するコロニーまたはプラークは
、ビーズに結合しているものとして同定される。【０１４９】または、抗ＢＰＩ抗体は、シリカまたはセライト(Celite)（登録商標）樹脂等
の、適当な支持体に非特異的に固定化されうる。次に、この材料を用いて、本明
細書に記載されるようなＢＰＩタンパク質またはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現
する細菌コロニーに吸着する。【０１５０】他の態様においては、ＢＰＩ全体またはその一部をコード化する実質的に純粋
なＤＮＡ（即ち、混入核酸を実質的に含まないＤＮＡ）をゲノムＤＮＡから単離
するのにＰＣＲ増幅が用いられてもよい。好ましくは、このようなＤＮＡは、少
なくとも９５％純粋であり、より好ましくは９９％純粋である。本明細書に開示
されているＢＰＩのペプチド配列に対応するオリゴヌクレオチド配列、変性体(d
egenerate)などが、プライマーとして使用できる。【０１５１】ＰＣＲは、例えば、Perkin-Elmer Cetusサーマルサイクラー(Perkin-Elmer Ce
tus thermal cycler)及びＴａｑポリメラーゼ(ＧｅｎｅＡｍｐ（登録商標）ま
たはＡｍｐｌｉＴａｑＤＮＡポリメラーゼ)を用いることによって行なわれる
。ＰＣＲ反応に使用される、数種の異なる変性プライマーを合成することを選択
してもよい。変性プライマーとＤＮＡ中の対応する配列とのヌクレオチド配列の
相似性をより大きくまたはより小さくするために、ＰＣＲ反応を開始するのに用
いられるハイブリッド形成条件のストリンジェンシーを変化させることも可能で
ある。ＢＰＩをコード化する配列のセグメントの増幅が成功した後、そのセグメ
ントを分子的にクローニングし、配列を決定し、完全なゲノムクローンを単離す
るためのプローブとして利用してもよい。これにより、さらに、以下に記載され
るように、遺伝子の完全なヌクレオチド配列の決定、その発現の分析、および機
能分析のためのそのタンパク質産物の生産が可能になるであろう。【０１５２】ＢＰＩをコード化する遺伝子はまた、核酸のハイブリッド形成によるｍＲＮＡ
の選択さらにはインビトロ翻訳によって同定されてもよい。この方法において、
断片はハイブリッド形成によって相補的ｍＲＮＡを単離するために用いられる。
このようなＤＮＡ断片は、他の種（例えば、マウス、ヒト）のＢＰＩをコード化
する、入手可能で精製されたＤＮＡを表してもよい。単離されたｍＲＮＡの単離
産物のインビトロの翻訳産物の免疫沈降または機能アッセイ（例えば、インビト
ロでの凝集能；レセプターへの結合性）によって、ｍＲＮＡ、およびこれにより
所望の配列を含む相補的ＤＮＡ断片が同定される。加えて、特定のｍＲＮＡが、
細胞から単離されたポリソームのＢＰＩを特異的に認識する固定化抗体への吸着
によって、選択されうる。ＢＰＩをコード化する放射性標識されたｃＤＮＡは、
選択されたｍＲＮＡ（吸着ポリソーム由来の）をテンプレートとして用いて合成
されうる。次に、放射性標識されたｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、他のゲノムＤＮ
Ａ断片の中からＢＰＩをコード化するＤＮＡ断片を同定するためのプローブとし
て用いられうる。【０１５３】ＢＰＩをコード化するゲノムＤＮＡを単離することの別の方法としては、これ
らに限定されるものではないが、既知の配列から遺伝子配列そのものを化学的に
合成することまたはＢＰＩをコード化するｍＲＮＡに対してｃＤＮＡを作製する
ことが挙げられる。例えば、ＢＰＩをコード化する遺伝子のｃＤＮＡクローニン
グのためのＲＮＡは、ＢＰＩが発現する細胞から単離されうる。当業者は、本明
細書の記載から、他の方法を使用してもよく、またこれは本発明の概念の範囲内
であることを理解するであろう。【０１５４】適当な真核細胞が、ＢＰＩをコード化する遺伝子の分子クローニングのための
核酸源として役に立ちうる。ＢＰＩをコード化する核酸配列は、脊椎動物、哺乳
動物、霊長類、ヒト、ブタ、ウシ、ネコ、ニワトリ、ウマ、イヌまたはマウス源
から単離されうる。ＤＮＡは、クローニングされたＤＮＡ（例えば、ＤＮＡ「ラ
イブラリー」）から当該分野において既知の標準的な方法によって、化学的合成
によって、ｃＤＮＡクローニングによって、または所望する細胞から精製された
ゲノムＤＮＡまたはその断片のクローニングによって、得ることができる（例え
ば、Sambrook et al., 1989, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed
., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York; Gl
over, D.M. (ed.), 1985, DNA Cloning: A Practical Approach, MRL Press, Lt
d., Oxford, U.K. Vol. I, II.を参照）。ゲノムＤＮＡから誘導されるクローン
は、コーディング領域に加えて調節およびイントロンＤＮＡ領域を含んでいても
よい；ｃＤＮＡから誘導されるクローンはエキソン配列のみを含んでいるであろ
う。【０１５５】さらに、同定され、単離された遺伝子またはｃＤＮＡは、適当なクローニング
ベクター内に挿入されうる。当該分野において既知の数多くのベクター−宿主系
が用いられうる。当業者が推測するように、選択されるベクター系が使用される
宿主細胞と適合することが唯一の制限事項である。このようなベクターとしては
、以下に限定されるものではないが、ラムダ誘導体等のバクテリオファージ、Ｐ
ＢＲ３２２やｐＵＣプラスミド誘導体若しくはBluescriptベクター(Stratagene)
等のプラスミドまたはアデノウイルス、アデノ−関連ウィルス(adeno-associate
d virus)若しくはレトロウイルス等の修飾ウイルスが挙げられる。クローニング
ベクターへの挿入は、例えば、相補的な付着端を有するクローニングベクターに
ＤＮＡ断片を連結することによって、達成されうる。しかしながら、ＤＮＡを断
片化するために用いられる相補的な制限部位がクローニングベクター中に存在し
ない場合には、ＤＮＡ分子の末端を酵素的に修飾してもよい。または、ＤＮＡ末
端にヌクレオチド配列（リンカー）を連結することによって、所望する部位を作
製してもよい；これらの連結されるリンカーは、制限エンドヌクレアーゼの認識
配列をコード化する特定の化学的に合成されたオリゴヌクレオチドを含んでいて
もよい。代わりの方法としては、開裂されたベクターおよびＢＰＩをコード化す
る遺伝子が、ホモポリマーテーリング(homopolymeric tailing)によって修飾さ
れてもよい。組換え分子は、遺伝子配列の多くのコピーが生成されるように、形
質転換、トランスフェクション、感染、エレクトロポレーションなどを介して宿
主細胞中に導入することができる。【０１５６】特定の実施形態においては、ＢＰＩをコード化する単離された遺伝子、ｃＤＮ
Ａまたは合成ＤＮＡ配列を取り込んでいる組換えＤＮＡ分子で宿主細胞を形質転
換することによって、遺伝子の多重コピーの生成ができる。このようにして、遺
伝子は、形質転換体を成長させ、形質転換体から組換えＤＮＡ分子を単離し、必
要であれば単離された組換えＤＮＡから挿入された遺伝子を回収することによっ
て、大量に得られる。【０１５７】本発明のヌクレオチド配列としては、天然のＢＰＩと実質的に同じアミノ酸配
列を有するアミノ酸配列をコード化するヌクレオチド配列、機能的に同等のアミ
ノ酸を有するアミノ酸配列をコード化するヌクレオチド配列、ＢＰＩ、ＢＰＩの
断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片をコード
化するヌクレオチド配列が挙げられる。【０１５８】特定の実施形態においては、ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化する単離され
た核酸分子は、１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失がコード化されたタン
パク質中に導入されるように、１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を
ＢＰＩのヌクレオチド配列中に導入することによって作製されうる。当業者に既
知の標準的な技術が、例えば、特定部位の突然部位誘発およびＰＣＲで媒介され
た突然変異などの、突然変異を導入するのに使用できる。好ましくは、保存的ア
ミノ酸置換は、１以上の推定された非必須アミノ酸残基にでなされる。「保存的
アミノ酸置換」とは、アミノ酸残基を同様の電荷を有する側鎖を持つアミノ酸残
基で置換することをいう。同様の電荷を有する側鎖を持つアミノ酸残基の群は当
該分野において定義される。これらの群としては、塩基性の側鎖（例えば、リシ
ン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性の側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタ
ミン酸）、電荷のない極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン
、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニ
ン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニ
ン、トリプトファン）、β−分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイ
シン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファ
ン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。または、飽和突然変異誘発(s
aturation mutagenesis)などによって、コーディング配列の全部または一部にラ
ンダムに突然変異が導入されてもよく、得られた突然変異体は、活性を保持する
突然変異体を同定するために、生物学的活性に関してスクリーニングされる。突
然変異誘発後は、コード化されたタンパク質を発現でき、タンパク質の活性が決
定されうる。【０１５９】５．７ＢＰＩをコード化するＤＮＡの発現ＢＰＩ、ＢＰＩの類似体、ＢＰＩ関連ペプチド、または前記いずれかの断片若
しくは他の誘導体をコードするヌクレオチド配列は、適当な発現ベクター、即ち
、挿入されたタンパク質のコーディング配列の転写及び翻訳の必要な要素(eleme
nt)含むベクター中に挿入されうる。必要な転写及び翻訳シグナルはまた、ＢＰ
Ｉをコード化する若しくはその隣接領域、またはＢＰＩ関連ポリペプチドをコー
ド化する天然遺伝子若しくはその隣接領域によって供給されうる。様々な宿主−
ベクター系が、タンパク質のコーディング配列を発現するのに本発明において利
用される。これらとしては、以下に制限されないが、ウィルス（例えば、ワクチ
ニアウィルス、アデノウィルス等）に感染させた哺乳動物細胞系；ウィルス（例
えば、バキュロウィルス）に感染させた昆虫細胞系；酵母ベクターを含む酵母等
の微生物；またはバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、若しくはコス
ミドＤＮＡで形質転換された細菌が挙げられる。ベクターの発現系は、その強さ
や特異性が異なる。使用される宿主−ベクター系によって、数多くの適当な転写
及び翻訳要素のうちの一が使用されてもよい。特定の実施態様においては、ヒト
遺伝子をコード化するヌクレオチド配列（またはヒトＢＰＩの機能的に活性のあ
る部分をコード化するヌクレオチド配列）が発現される。さらなる他の実施態様
においては、ＢＰＩのドメインを有するＢＰＩの断片が発現される。【０１６０】ベクターへのＤＮＡ断片の挿入について従来記載されるいずれかの方法が、適
当な転写及び翻訳コントロールシグナルならびにタンパク質のコーディング配列
から構成されるキメラ遺伝子を含む発現ベクターを構築するのに使用される。こ
れらの方法としては、インビトロの組換えＤＮＡ及び合成技術ならびにインビボ
の組換え体（遺伝子組換え）が挙げられる。ＢＰＩまたはこの断片をコード化す
る核酸配列の発現は、ＢＰＩまたはこの断片が組換えＤＮＡ分子で形質転換され
た宿主で発現するように第２の核酸配列によって制御されてもよい。例えば、Ｂ
ＰＩの発現は、当該分野において既知のプロモーターまたはエンハンサー要素に
よって制御されてもよい。ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化する
遺伝子の発現を制御するのに使用されるプロモーターとしては、以下に制限され
ないが、ＳＶ４０初期プロモーター(early promoter)領域(Bernoist and Chambo
n, 1981, Nature 290:304-310)、ラウス肉腫ウイルスの３’長末端反復に含まれ
るプロモーター(Yamamoto, et al., 1980, Cell 22:787-797)、ヘルペスチミジ
ンキナーゼプロモーター(Wagner et al., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
. 78:1441-1445)、メタロチオネイン遺伝子の調節配列(Brinster et al., 1982,
Nature 296:39-42)、テトラサイクリン（Ｔｅｔ）プロモーター(Gossen et al.
, 1995, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 89:55475551)；β−ラクタマーゼプロモー
ター((β-lactamase promoter)(Villa-Kamaroff, et al., 1978, Proc. Natl. A
cad. Sci. U.S.A. 75:3727-3731)、またはｔａｃプロモーター(DeBoer, et al.,
1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80:21-25;また、"Useful proteins from
recombinant bacteria" in Scientific American, 1980, 242:74-94をも参照)
等の原核生物の発現ベクター；ノパリンシンセターゼプロモーター領域(Herrera
-Estrella et al., Nature 303:209-213)またはカリフラワーモザイクウイルス
３５ＳＲＮＡプロモーター(Gardner, et al., 1981, Nucl. Acids Res. 9:287
1)、及び光合成酵素リブロース２リン酸カルボキシラーゼのプロモーター(Herre
ra-Estrella et al., 1984, Nature 310:115-120)を有する植物の発現ベクター
；Ｇａｌ４プロモーター、ＡＤＣ（アルコールデヒドロゲナーゼ）プロモーター
、ＰＧＫ（ホスホグリセロールキナーゼ）プロモーター、アルカリホスファター
ゼプロモーター等の酵母または他の真菌由来のプロモーター要素、ならびに組織
特異性を発揮しかつ形質転換動物で利用されてきた、以下の動物の転写制御領域
：膵腺房細胞中で活性を有するエラスターゼＩ遺伝子制御領域(Swift et al., 1
984, Cell 38:639-646; Ornitz et al., 1986, Cold Spring Harbor Symp. Quan
t. Biol. 50:399-409; MacDonald, 1987, Hepatology 7:425-515)；膵臓ベータ
細胞中で活性を有するインスリン遺伝子制御領域(Hanahan, 1985, Nature 315:1
15-122)、リンパ系細胞中で活性を有する免疫グロブリン遺伝子制御領域(Grossc
hedl et al., 1984, Cell 38:647-658; Adames et al., 1985, Nature 318:533-
538; Alexander et al., 1987, Mol. Cell. Biol. 7:1436-1444)、精巣、乳房、
リンパ系及び肥満細胞中で活性を有するマウス乳腺癌ウイルスの制御領域(Leder
et al., 1986, Cell 45:485-495)、肝臓中で活性を有するアルブミン遺伝子制
御領域(Pinkert et al., 1987, Genes and Devel. 1:268-276)、肝臓中で活性を
有するα−フェトプロテイン遺伝子制御領域(Krumlauf et al., 1985, Mol. Cel
l. Biol. 5:1639-1648; Hammer et al., 1987, Science 235:53-58)；肝臓中で
活性を有するα−１−アンチトリプシン遺伝子制御領域(Kelsey et al., 1987,
Genes and Devel. 1:161-171)、骨髄細胞中で活性を有するβ−グロブリン遺伝
子制御領域(Mogram et al., 1985, Nature 315:338-340; Kollias et al., 1986
, Cell 46:89-94)；脳の乏突起膠細胞中で活性を有するミエリン塩基性タンパク
質遺伝子制御領域(Readhead et al., 1987, Cell 48:703-712)；骨格筋中で活性
を有するミオシン軽鎖−２遺伝子制御領域(Sani, 1985, Nature 314:283-286)；
ニューロン細胞(neuronal cell)中で活性を有するニューロン特異的エノラーゼ(
neuronal-specific enolase)（ＮＳＥ）(Morelli et al., 1999, Gen. Virol. 8
0:571-83)；ニューロン細胞中で活性を有する脳誘導神経栄養性因子(brain-deri
ved neurotrophic factor)（ＢＤＮＦ）(Tabuchi et al., 1998, Biochem. Biop
hysic. Res. Com. 253:818-823)；星状細胞中で活性を有する神経膠線維酸性タ
ンパク質（ＧＦＡＰ）プロモーター(Gomes et al., 1999, Braz J Med Biol Res
32(5):619-631; Morelli et al., 1999, Gen. Virol. 80:571-83)及び視床下部
中で活性を有する性腺刺激放出ホルモン遺伝子制御領域(Mason et al., 1986, S
cience 234:1372-1378)が挙げられる。【０１６１】特定の実施態様においては、ＢＰＩをコード化する核酸に連結されるプロモー
ター、一以上の複製のオリジン、及び必要であれば、一以上の選択マーカー（例
えば、抗生物質耐性遺伝子）からなるベクターが使用される。【０１６２】特定の実施態様においては、発現構築物は、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプ
チドのコーディング配列を３つのｐＧＥＸベクター（グルタチオン−Ｓ−トラン
スフェラーゼ発現ベクター；Smith and Johnson, 1988, Gene 7:31-40）のそれ
ぞれのＥｃｏＲＩ制限部位にサブクローニングすることによって作製される。
これによって、正確なリーディングフレーム中でサブクローンからＢＰＩ産物ま
たはＢＰＩ関連ポリペプチドが発現できる。【０１６３】哺乳動物宿主細胞では、数多くのウィルスを基礎とした発現系が利用される。
アデノウィルスが発現ベクターとして使用される場合には、ＢＰＩのコーディン
グ配列またはＢＰＩ関連ポリペプチドのコーディング配列は、アデノウィルスの
転写／翻訳制御複合体、例えば、レイトプロモーター(late promoter)及び３部
分リーダー配列(tripartite leader sequence)に連結されてもよい。次に、この
キメラ遺伝子は、インビトロまたはインビボ組換えによってアデノウィルスのゲ
ノムに挿入されてもよい。ウィルスゲノムの非必須領域（例えば、領域Ｅ１また
はＥ３）の挿入によって、生育可能でかつ感染宿主中で抗体分子を発現できる組
換えウィルスが得られるであろう（例えば、Logan & Shenk, 1984, Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 81:355-359を参照）。特定の開始シグナルはまた、挿入された
抗体のコーディング配列の効率的な翻訳に必要であるかもしれない。これらのシ
グナルとしては、ＡＴＧ開始コドン及び隣接配列が挙げられる。さらに、開始コ
ドンは、完全な挿入物の翻訳を確かに行なうために所望のコーディング配列と同
じリーディングフレームにいなければならない。これらの外因性の翻訳制御シグ
ナル及び開始コドン様々なオリジン由来であってもよく、天然及び合成双方であ
ってもよい。発現の有効性は、適当な転写エンハンサー要素、転写ターミネータ
ーなどを含ませることによって促進されてもよい（Bittner et al., 1987, Meth
ods in Enzymol. 153:51-544を参照）。【０１６４】ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化する遺伝子の挿入物を含む発
現ベクターは、３種の一般的なアプローチによって同定できる：（ａ）核酸のハ
イブリダイゼーション、（ｂ）「マーカー」遺伝子機能の存在または不存在、及
び（ｃ）挿入配列の発現。第一のアプローチでは、発現ベクター中に挿入された
ＢＰＩをコード化する遺伝子の存在が、ＢＰＩをコード化する挿入遺伝子と相同
性を有する配列からなるプローブを用いた核酸のハイブリダイゼーションによっ
て検出できる。第二のアプローチでは、組換えベクター／宿主系が、ベクターへ
のＢＰＩをコード化する遺伝子の挿入によって生じる特定の「マーカー」遺伝子
機能（例えば、チミジンキナーゼ活性、抗生物質に対する耐性、形質転換の表現
型、バキュロウィルスにおけるオクルージョンボディ(occlusion body)の形成な
ど）の存在または不存在に基づいて同定及び選択できる。例えば、ＢＰＩをコー
ド化する遺伝子がベクターのマーカー遺伝子配列内に挿入されると、ＢＰＩ挿入
物をコード化する遺伝子を含む組換え体は、マーカー遺伝子機能の不存在によっ
て同定できる。第三のアプローチでは、組換え発現ベクターは、組換え体によっ
た発現される遺伝子産物（即ち、ＢＰＩ）をアッセイすることによって同定でき
る。このようなアッセイは、例えば、抗ＢＰＩ抗体との結合などの、インビトロ
のアッセイシステムにおけるＢＰＩの物理的なまたは機能的な特性を基礎とする
ものでありうる。【０１６５】加えて、挿入された配列の発現を調節する、または所望の特定の様式で遺伝子
産物を修飾、処理する宿主細胞株が選択されてもよい。特定のプロモーターから
の発現は特定のインデューサーの存在下で上昇できる；このため、遺伝子操作さ
れたＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現を制御してもよい。さらに、異
なる宿主細胞は、翻訳及び翻訳後プロセシング及び修飾（例えば、配糖化、タン
パク質のリン酸化）に関する特徴的な及び特異的な機構を有する。適当な細胞系
または宿主系が、発現される外来タンパク質の所望の修飾及びプロセシングを確
かに行なうために選択されうる。例えば、細菌系での発現は配糖化されない産物
を生産するであろうし、酵母における発現は配糖化された産物を生産するであろ
う。一次転写産物の適当なプロセシング、配糖化、及び遺伝子産物のリン酸化に
関する細胞機構(cellular machinery)を有する真核宿主細胞を使用してもよい。
このような哺乳動物宿主細胞としては、以下に制限されないが、ＣＨＯ、ＶＥＲ
Ｙ、ＢＨＫ、Ｈｅｌａ、ＣＯＳ、ＭＤＣＫ、２９３、３Ｔ３、ＷＩ３８、および
特に、例えば、ＳＫ−Ｎ−ＡＳ、ＳＫ−Ｎ−ＦＩ、ＳＫ−Ｎ−ＤＺのヒト神経芽
細胞腫(Sugimoto et al., 1984, J. Natl. Cancer Inst. 73: 51-57)、ＳＫ−Ｎ
−ＳＨのヒト神経芽細胞腫(Biochim. Biophys. Acta, 1982, 704: 450-460)、ダ
オイのヒト小脳髄芽細胞腫(Daoy human cerebellar medulloblastoma)(He et al
., 1992, Cancer Res. 52: 1144-1148)、ＤＢＴＲＧ−０５ＭＧグリア芽細胞腫
細胞(Kruse et al., 1992, In Vitro Cell. Dev. Biol. 28A: 609-614)、ＩＭＲ
−３２のヒト神経芽細胞腫(Cancer Res., 1970, 30: 2110-2118)、１３２１Ｎ１
のヒト星状細胞腫(Proc. Natl Acad. Sci. USA ,1977, 74: 4816)、ＭＯＧ−Ｇ
−ＣＣＭのヒト星状細胞腫(Br. J. Cancer, 1984, 49: 269)、Ｕ８７ＭＧのヒト
グリア芽細胞腫−星状細胞腫(Acta Pathol. Microbiol. Scand., 1968, 74: 465
-486)、Ａ１７２のヒトグリア芽細胞腫(Olopade et al., 1992, Cancer Res. 52
: 2523-2529)、Ｃ６のラット神経膠腫細胞(Benda et al., 1968, Science 161:
370-371)、Ｎｅｕｒｏ−２ａのマウス神経芽細胞腫(Proc. Natl. Acad. Sci. US
A, 1970, 65: 129-136)、ＮＢ４１Ａ３のマウス神経芽細胞腫(Proc. Natl. Acad
. Sci. USA, 1962, 48: 1184-1190)、ＳＣＰのヒツジ脈絡叢(Bolin et al., 199
4, J. Virol. Methods 48: 211-221)、Ｇ３５５−５、ＰＧ−４のネコ正常星状
細胞(Haapala et al., 1985, J. Virol. 53: 827-833)、Ｍｐｆのフェレット脳(
Trowbridge et al., 1982, In Vitro 18: 952-960)等のニューロン細胞系、なら
びに例えば、ＣＲＬ７０３０及びＨｓ５７８Ｂｓｔ等のＣＴＸＴＮＡ２のラッ
トの正常な脳皮質(Radany et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 646
7-6471)等の正常な細胞系が挙げられる。さらに、異なるベクター／宿主発現系
が異なる程度のプロセシング反応を行なってもよい。【０１６６】組換えタンパク質の長期間で高収率の生産のために、安定した発現が好ましい
。例えば、異なって発現するまたは経路の異なる遺伝子タンパク質を安定して発
現する細胞系を操作してもよい。ウィルスの複製オリジンを含む発現ベクターを
用いるよりむしろ、宿主細胞に、適当な発現制御要素（例えば、プロモーター、
エンハンサー、配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位など）によって
制御されるＤＮＡ及び選択マーカーを形質転換してもよい。外来ＤＮＡを導入後
、操作された細胞を栄養強化倍地で１〜２日間生育させた後、選択培地に切り換
えてもよい。組換えプラスミド中の選択マーカーは選択に対する耐性を付与し、
これにより細胞はそのクロモソーム中にプラスミドを安定して組み込み、生育し
て細胞増殖巣を形成することができ、さらに、クローニングされて細胞系に拡張
できる。この方法は、異なって発現するまたは経路の異なる遺伝子タンパク質を
発現する細胞系を操作するのに好ましく使用される。このような操作された細胞
系は、異なって発現するまたは経路の異なる遺伝子タンパク質の内因性の活性に
影響を与える化合物のスクリーニング及び評価に特に有用である。【０１６７】多くの選択系が使用され、これらとしては、以下に制限されないが、単純疱疹
ウイルスチミジンキナーゼ(Wigler, et al., 1977, Cell 11:223)、ヒポキサン
チン−グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(Szybalska & Szybalski, 19
62, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 48:2026)、及びアデニンホスホリボシルトラ
ンスフェラーゼ(Lowy, et al., 1980, Cell 22:817)遺伝子が、それぞれ、ｔｋ^- 、ｈｇｐｒｔ^-またはａｐｒｔ^-細胞で使用できる。また、代謝拮抗剤耐性が、メ
トトレキセートに対する耐性を付与する、ｄｈｆｒ(Wigler, et al., 1980, Nat
l. Acad. Sci. USA 77:3567; O'Hare, et al., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 78:1527)；ミコフェノール酸(mycophenolic acid)に対する耐性を付与する
、ｇｐｔ(Mulligan & Berg, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:2072)；ア
ミノグリコシドＧ−４１８に対する耐性を付与する、ｎｅｏ(Colberre-GarBPIn,
et al., 1981, J. Mol. Biol. 150:1)；及びハイグロマイシンに対する耐性を
付与する、ｈｙｇｒｏ(Santerre, et al., 1984, Gene 30:147)遺伝子に関して
選択の基礎として使用できる。【０１６８】他の特定の実施態様においては、ＢＰＩ、断片、類似体、または誘導体を、融
合物、またはキメラタンパク質産物（異種タンパク質配列にペプチド結合を介し
て結合されたタンパク質、断片、類似体、または誘導体からなる）として発現し
てもよい。例えば、本発明のポリペプチドを、免疫グロブリン（ＩｇＡ、ＩｇＥ
、ＩｇＧ、ＩｇＭ）の定常ドメイン、またはその一部（ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３
、またはその組み合わせ及びその一部）と融合して、キメラポリペプチドを得て
もよい。このような融合タンパク質は、精製を容易にし、インビボでの半減期を
増加し、さらに免疫系への上皮のバリアを介した抗原のデリバリーを促進する。
インビボでの半減期の増加及び精製の容易さは、ヒトＣＤ４ポリペプチドの始め
の２つのドメイン及び哺乳動物の免疫グロブリンの重または軽鎖の定常領域の様
々なドメインからなるキメラタンパク質について示された。例えば、ＥＰ３９
４，８２７; Traunecker et al., Nature, 331:8486 (1988)を参照。免疫系への
上皮のバリアを介した抗原の促進されたデリバリーは、ＩｇＧまたはＦｃ断片等
のＦｃＲｎ結合パートナーに接合された抗原（例えば、インスリン）について示
された（例えば、ＰＣＴ公開公報ＷＯ９６／２２０２４及びＷＯ９９／０
４８１３を参照）。【０１６９】ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、またはＢＰＩ関連ポリペプ
チドの断片をコード化する核酸は、発現ポリペプチドの検出及び精製を助けるた
めにエピトープタグ（例えば、ヘマグルチニン（「ＨＡ」）タグまたはフラグタ
グ(flag tag)）に融合されてもよい。例えば、Janknecht et al.によって記載さ
れたシステムによって、ヒト細胞系で発現した非変性融合タンパク質を容易に精
製できる(Janknecht et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:8972-897)
。【０１７０】融合タンパク質は、適当なコーディングフレーム中に、当該分野において既知
の方法によって所望のアミノ酸配列をコード化する適当な核酸配列を相互に連結
し、当該分野において一般的に既知の方法によってキメラ産物を発現することに
よって作製できる。または、融合タンパク質は、例えば、ペプチド合成器の使用
によって、タンパク質合成技術によって作製してもよい。【０１７１】ｃＤＮＡ及びゲノム配列双方がクローニング、発現されうる。【０１７２】５．８ＢＰＩのドメインの構造ＢＰＩによってはドメインが当該分野において既知であり、科学的な文献に記
載されている。さらに、ＢＰＩのドメインは、当業者に既知の技術を用いて同定
できる。例えば、ＢＰＩの一以上のドメインは、下記プログラム：ＰｒｏＤｏｍ
、ＴＭｐｒｅｄ、及びＳＡＰＳの一以上を用いて同定できる。ＰｒｏＤｏｍは、
ポリペプチドのアミノ酸配列をコンパイルされたドメイン(compiled domain)の
データベースと比較するものである（例えば、http://www.toulouse.inra.fr/pr
odom.html; Corpet F., Gouzy J. & Kahn D., 1999, Nucleic Acids Res., 27:2
63-267を参照）。ＴＭｐｒｅｄは、ポリペプチドの膜スパン領域(membrane-span
ning region)およびこれらの配向を予想するものである。このプログラムは、Ｔ
Ｍｂａｓｅ、天然に生じる膜内外タンパク質のデータベースの統計学的な分析に
基づくアルゴリズムを使用するものである（例えば、http://www.ch.embnet.org
/software/TMPRED#form.html; Hofmann & Stoffel. (1993) "TMbase - A databa
se of membrane spanning proteins segments." Biol. Chem. Hoppe-Seyler 347
,166を参照）。ＳＡＰＳプログラムは、チャージクラスター(charge-cluster)、
繰り返し、疎水性領域、組成ドメイン(compositional domain)のような統計学的
に有意な特徴に関してポリペプチドを分析するものである（例えば、Brendel et
al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 2002-2006を参照）。ゆえに、本
明細書の記載に基づいて、当業者は、酵素または結合活性を有するＢＰＩのドメ
インを同定で基、さらに、このようなドメインをコード化するヌクレオチド配列
を同定できる。次に、これらのヌクレオチド配列は、ＢＰＩの酵素または結合活
性を保持するＢＰＩ断片の組換え発現に使用できる。【０１７３】本明細書の記載に基づいて、当業者は、酵素または結合活性を有するＢＰＩの
ドメインを同定で基、さらに、このようなドメインをコード化するヌクレオチド
配列を同定できる。次に、これらのヌクレオチド配列は、ＢＰＩの酵素または結
合活性を保持するＢＰＩ断片の組換え発現に使用できる。【０１７４】一実施態様において、ＢＰＩは、既知のポリペプチドの同定されたドメインと
十分同等なアミノ酸配列を有する。本明細書に使用される、「十分同等な」とい
うことばは、第１及び第２のアミノ酸またはヌクレオチド配列が共通の構造ドメ
イン若しくは共通の機能的な活性または双方を有するまたはコード化するのに十
分多数の第２のアミノ酸またはヌクレオチド配列と一致するまたは等価の（例え
ば、同じ側鎖を有する）アミノ酸残基またはヌクレオチドを含む第１のアミノ酸
またはヌクレオチド配列を意味する。【０１７５】ＢＰＩドメインは、当業者によく知られた技術を用いてその機能を評価できる
。例えば、ドメインは、当業者に既知の技術を用いてキナーゼ活性についてまた
はＤＮＡへの結合能について評価できる。キナーゼ活性は、例えば、ポリペプチ
ドの基質のリン酸化能を測定することによって、評価できる。ＤＮＡ結合能は、
例えば、電気移動度シフトアッセイ(mobility shift assay)においてＤＮＡ結合
素子へのポリペプチドの結合能を測定することによって、評価できる。【０１７６】５．９ＢＰＩに対する抗体の生産本発明によると、ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、ＢＰＩ関連タンパク質または前記い
ずれかの断片若しくは誘導体が、免疫原等の免疫特異的に結合する抗体を得るた
めの免疫原として使用されてもよい。このような免疫原は、上記した方法などの
、いずれかの公知の手段によって単離できる。本発明の抗体としては、以下に制
限されないが、ポリクローナル、モノクローナル、二重特異(bispecific)、ヒト
化またはキメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂ断片及びＦ（ａｂ’）断片、Ｆａｂ発現
ライブラリーによって生産される断片、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、及び
上記いずれかのエピトープ結合断片挙げられる。本明細書で使用される「抗体」
ということばは、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的に活性
のあるタンパク質、即ち、抗原に特異的に結合する抗原結合部位を有する分子を
意味する。本発明の免疫グロブリン分子は、いずれのクラス（例えば、ＩｇＧ、
ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ及びＩｇＡ）であってもまたは免疫グロブリン分子のサ
ブクラスであってもよい。【０１７７】一実施態様において、ＢＰＩをコード化する遺伝子の遺伝子産物を認識する抗
体は、公的に利用できる。例えば、これらのＢＰＩおよび／またはこれらのイソ
型を認識する抗体としては、その抗体は上記表Ｘに示されるような市販により購
入できるＢＰＩ−５、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−２
１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２９
、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４を認識する抗体が挙げられる。他
の実施態様においては、当業者に既知の方法を用いて、ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、
ＢＰＩ関連タンパク質、または前記いずれかの誘導体若しくは断片を認識する抗
体を産生する。【０１７８】本発明の一実施態様において、ＢＰＩの特異的なドメインに対する抗体が生産
される。特定の実施態様においては、ＢＰＩの親水性断片が抗体の生産を目的と
する免疫原として使用される。【０１７９】抗体の生産において、所望の抗体のスクリーニングは、当該分野において既知
の技術、例えば、ＥＬＩＳＡ（酸素結合免疫吸着検査法）によって達成できる。
例えば、ＢＰＩの特定のドメインを認識する抗体を選択するために、このような
ドメインを含むＢＰＩ断片に結合する産物について生成したハイブリドーマをア
ッセイしてもよい。第１のＢＰＩ同族体に特異的に結合するが第２のＢＰＩ同族
体には特異的に結合しない（またはあまり強く結合しない）抗体を選択するため
に、第１のＢＰＩ同族体へのポジティブな結合及び第２のＢＰＩ同族体への結合
の欠損（または抑制された結合）に基づいて選択できる。同様にして、ＢＰＩに
特異的に結合するが同じタンパク質の異なるイソ型（ＢＰＩと同じコアペプチド
を有する異なるグリコフォーム(glycoform)など）には特異的に結合しない（ま
たはあまり強く結合しない）抗体を選択するために、ＢＰＩへのポジティブな結
合及び異なるイソ型（例えば、異なるグリコフォーム(glycoform)）への結合の
欠損（または抑制された結合）に基づいて選択できる。ゆえに、本発明は、ＢＰ
Ｉの異なる一のイソ型または複数のイソ型（例えば、グリコフォーム）に比べて
ＢＰＩにより大きな親和性（好ましくは少なくとも２倍、より好ましくは少なく
とも５倍、さらにより好ましくは少なくとも１０倍大きな親和性）で結合する抗
体（好ましくはモノクローナル抗体）を提供するものである。【０１８０】本発明の方法で使用されるポリクローナル抗体は、免疫処置された動物の血清
由来の抗体分子の異質な集団である。分画されない免疫血清もまた使用できる。
当該分野における様々な方法が、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチ
ド、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片に対するポリクローナル抗体の生産に
使用される。特定の実施態様においては、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチド
のエピトープに対するウサギのポリクローナル抗体が得られる。例えば、ポリク
ローナルまたはモノクローナル抗体の生産を目的として、様々な宿主動物が、天
然または合成（例えば、組換）バージョンのＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプ
チド、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片による注射によって免疫処置でき、
これらとしては、以下に制限されないが、ウサギ、マウス、ラットなどが挙げら
れる。本明細書に記載される好ましい技術は、このような免疫処置に適する単離
されたＢＰＩを提供する。ＢＰＩがゲル電気泳動によって精製される際には、Ｂ
ＰＩはポリアクリルアミドゲルから前もって抽出されてあるいは抽出されずに免
疫処置に使用できる。様々なアジュバントが、宿主の種によって、免疫学的な応
答を促進するのに使用され、これらとしては、以下に制限されないが、完全また
は不完全フロイントアジュバント、水酸化アルミニウム等の無機質ゲル(mineral
gel)、リゾレシチン等の界面活性物質、プルロニックポリオール(pluronic pol
yol)、ポリアニオン、ペプチド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシニアン、
ジニトロフェノール、及びＢＣＧ（カルメット−ゲラン杆菌(bacille Calmette-
Guerin)）またはコリネバクテリウムパルヴム(corynebacterium parvum)等の
アジュバントが挙げられる。さらなるアジュバントもまた当該分野において既知
である。【０１８１】ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、またはＢＰＩ関連ポリペプ
チドの断片に対するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の調製を目的として、培養物
における連続的な細胞系による抗体分子の生産のために提供される技術が使用さ
れる。例えば、元々、Kohler and Milstein (1975, Nature 256:495-497)によっ
て開発されたハイブリドーマ技術、さらにはトリオーマ技術(trioma technique)
、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術(Kozbor et al., 1983, Immunology Today 4:7
2)、及びヒトのモノクローナル抗体を生産するためのＥＢＶ−ハイブリドーマ技
術(Cole et al., 1985, in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan
R. Liss, Inc., pp. 77-96)。このような抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、Ｉ
ｇＡ、ＩｇＤなどのいずれかの免疫グロブリンのクラスであっても及びこのいず
れかのサブクラスであってもよい。本発明のｍＡｂを生産するハイブリドーマは
、インビトロでまたはインビボで培養されてもよい。本発明のさらなる実施態様
においては、モノクローナル抗体は、既知の技術（ＰＣＴ／ＵＳ９０／０２５４
５号、参考により本明細書に引用される）を用いて無菌動物で生産されてもよい
。【０１８２】モノクローナル抗体としては、以下に制限されないが、ヒトのモノクローナル
抗体及びキメラモノクローナル抗体（例えば、ヒト−マウスキメラ）が挙げられ
る。キメラ抗体は、ヒトの免疫グロブリンの定常領域及びマウスのｍＡｂ由来の
可変領域を有するもの等の、異なる部分が異なる動物種由来である分子である。
（例えば、Cabilly et al., 米国特許第４，８１６，５６７号; 及び Boss et a
l., 米国特許第４，８１６，３９７号を参照、これらは参考により完全に本明細
書に引用される。）ヒト化抗体は、非ヒト種由来の一以上の相補的決定領域(com
plementarily determining region)（ＣＤＲ）及びヒトの免疫グロブリン分子由
来のフレームワーク領域を有する非ヒト種由来の抗体分子である（例えば、Quee
n, 米国特許第５，５８５，０８９号を参照、これは参考により完全に本明細書
に引用される）。【０１８３】キメラ及びヒト化モノクローナル抗体は、例えば、ＰＣＴ公開公報ＷＯ８
７／０２６７１号；欧州特許出願第１８４，１８７号；欧州特許出願第１７１，
４９６号；欧州特許出願第１７３，４９４号；ＰＣＴ公開公報ＷＯ８６／０
１５３３号；米国特許第４，８１６，５６７号；欧州特許出願第１２５，０２３
号； Better et al., 1988, Science 240:1041−1043; Liu et al., 1987, Proc
. Natl. Acad. Sci. USA 84:3439-3443; Liu et al., 1987, J. Immunol. 139:3
521-3526; Sun et al., 1987, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:214-218; Nishi
mura et al., 1987, Canc. Res. 47:999-1005; Wood et al., 1985, Nature 314
:446-449; and Shaw et al., 1988, J. Natl. Cancer Inst. 80:1553-1559; Mor
rison, 1985, Science 229:1202-1207; Oi et al., 1986, Bio/Techniques 4:21
4; 米国特許第５，２２５，５３９号; Jones et al., 1986, Nature 321:552-52
5; Verhoeyan et al. (1988) Science 239:1534; 及び Beidler et al., 1988,
J. Immunol. 141:4053-4060に記載される方法を用いて、当該分野において既知
の組換ＤＮＡ技術によって製造できる。【０１８４】完全にヒトの抗体が、ヒト被検者の治療のための処置には特に望ましい。この
ような抗体は、内因性の免疫グロブリンの重及び軽鎖遺伝子を発現することはで
きないがヒトの重及び軽鎖遺伝子を発現できる形質転換マウスを用いて製造でき
る。形質転換マウスを、選択された抗原、例えば、本発明のＢＰＩの全部または
一部で一般的な方法で免疫処置する。この抗原に対するモノクローナル抗体は、
公知のハイブリドーマ技術を用いて得られる。形質転換マウスによって収容され
るヒトの免疫グロブリントランスジーンは、Ｂ細胞の分化中に再配列した(rearr
ange)後、クラススイッチ及び体細胞突然変異を受ける。ゆえに、このような技
術を用いることにより、治療上有用なＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ及びＩｇＥ抗体を
産生することができる。ヒト抗体を生産するこの技術の概要として、Lonberg an
d Huszar (1995, Int. Rev. Immunol. 13:65-93)を参照。ヒト抗体及びヒトモノ
クローナル抗体を生産するこの技術ならびにこのような抗体を生産するためのプ
ロトコルの詳細な記載として、米国特許第５，６２５，１２６号；米国特許第５
，６３３，４２５号；米国特許第５，５６９，８２５号；米国特許第５，６６１
，０１６号；及び米国特許第５，５４５，８０６号を参照。さらに、Abgenix, I
nc. (Freemont, CA) 及び Genpharm (San Jose, CA)などの会社が上記したのと
同様の技術を用いて選択された抗原に対するヒト抗体を提供するのに携わってい
る。【０１８５】選択されたエピトープを認識する完全にヒトの抗体は、「ガイド選択(guided
selection)」と称される技術を用いて得られる。このアプローチでは、選択され
た非ヒトモノクローナル抗体、例えば、マウスの抗体を用いて、同じエピトープ
を認識する完全にヒトの抗体の選択をガイドする(Jespers et al. (1994) Bio/t
echnology 12:899-903)。【０１８６】本発明の抗体は、当該分野において既知の様々なファージディスプレイ方法(p
hage display method)を用いても得られる。ファージディスプレイ方法では、機
能的な抗体ドメインを、これらをコード化するポリヌクレオチド配列を有するフ
ァージ粒子の表面に表示する。特に、このようなファージは、レパートリーまた
はコンビナトリアル抗体ライブラリー（例えば、ヒトまたはマウス）から発現す
る抗原結合ドメインを表示するのに利用できる。有益な抗原に結合する抗原結合
ドメインを発現するファージは、抗原により、例えば、標識抗原または固体表面
若しくはビースに結合または捕捉された抗原を用いて、選択または同定できる。
これらの方法に使用されるファージは、具体的には、ファージ遺伝子ＩＩＩまた
は遺伝子ＶＩＩＩタンパク質のいずれかに組換えにより融合されたＦａｂ、Ｆｖ
、またはジスルフィド安定化Ｆｖ抗体ドメインでファージから発現されるｆｄ及
びＭ１３結合ドメインを含む線状ファージである。本発明の抗体を作製するのに
使用できるファージディスプレイ方法としては、Brinkman et al., J. Immunol.
Methods 182:41-50 (1995); Ames et al., J. Immunol. Methods 184:177-186
(1995); Kettleborough et al., Eur. J. Immunol. 24:952-958 (1994); Persic
et al., Gene 187 9-18 (1997); Burton et al., Advances in Immunology 57:
191-280 (1994); ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＧＢ９１／０１１３４号；ＰＣＴ公開公
報ＷＯ９０／０２８０９号；ＷＯ９１／１０７３７号；ＷＯ９２／０１
０４７号；ＷＯ９２／１８６１９号；ＷＯ９３／１１２３６号；ＷＯ９５
／１５９８２号；ＷＯ９５／２０４０１号；ならびに米国特許第５，６９８，
４２６号；第５，２２３，４０９号；第５，４０３，４８４号；第５，５８０，
７１７号；第５，４２７，９０８号；第５，７５０，７５３号；第５，８２１，
０４７号；第５，５７１，６９８号；第５，４２７，９０８号；第５，５１６，
６３７号；第５，７８０，２２５号；第５，６５８，７２７号；第５，７３３，
７４３及び第５，９６９，１０８号に開示されるものが挙げられる；これらはそ
れぞれ参考により完全に本明細書に引用される。【０１８７】上記引用文献に記載されるのと同様にして、ファージの選択後、例えば、以下
に詳細に記載されるようにして、ファージの抗体のコーディング領域を、単離し
て、これを用いてヒト抗体等の、全体の抗体、または他の所望の抗原結合断片を
得、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母、及び細菌等の、所望の宿主で発
現させてもよい。例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’及びＦ（ａｂ’）２断片を組換えで
生産する技術はまた、ＰＣＴ公開公報ＷＯ９２／２２３２４号; Mullinax e
t al., BioTechniques 12(6):864-869 (1992); 及び Sawai et al., AJRI 34:26
-34 (1995); 及び Better et al., Science 240:1041-1043 (1988)に開示される
ものなどの当該分野において既知の方法を用いて使用されてもよい（当該引用文
献は参考により完全に本明細書に引用される）。【０１８８】単鎖Ｆｖｓ及び抗体を生産するのに使用できる技術の例としては、米国特許第
４，９４６，７７８号及び第５，２５８，４９８号; Huston et al., Methods i
n Enzymology 203:46-88 (1991); Shu et al., PNAS 90:7995-7999 (1993); 及
び Skerra et al., Science 240:1038-1040 (1988)に記載されるものが挙げられ
る。【０１８９】本発明はさらに、当該分野において既知の方法によって作製できる、二重特異
抗体(bispecific antibody)の使用を提供するものである。全長の二重特異抗体
の従来の生産は、２本の鎖が異なる特異性を有する、２つの免疫グロブリン重鎖
−軽鎖対の同時発現(coexpression)に基づくものである(Milstein et al., 1983
, Nature 305:537-539)。免疫グロブリンの重及び軽鎖の任意組合せにより、こ
れらのハイブリドーマ（クアドロマ(quadroma)）は１０個の異なる抗体分子の潜
在的な混合物を生産し、これらのうち１個のみが正確な二重特異的構造を有する
。一般的にアフィニティクロマトグラフィー段階によって行なわれる、正しい分
子の精製は、むしろ扱いにくく、産物の収率は低い。同様の方法は、１９９３年
５月１３日に公開されたＷＯ９３／０８８２９号に、およびTraunecker et al
., 1991, EMBO J. 10:3655-3659に開示される。【０１９０】異なる及びもり好ましいアプローチによると、所望の結合特異性（抗体−抗原
結合部位）を有する抗体の可変ドメインを、免疫グロブリンの定常ドメイン配列
に融合する。この融合は、好ましくは、ヒンジの少なくとも一部、ＣＨ２、及び
ＣＨ３領域からなる、免疫グロブリンの重鎖の定常ドメインを用いる。融合物の
少なくとも一中に存在する、軽鎖の結合に必要な部位を含む第１の重鎖定常領域
（ＣＨ１）を有することが好ましい。免疫グロブリンの重鎖の融合物、および必
要であれば免疫グロブリンの軽鎖をコード化するＤＮＡを、別の発現ベクターに
挿入して、適当な宿主生物体に一緒にトランスフェクションする(co-transfect)
。これにより、構築に使用される３種のポリペプチド鎖の等しくない割合が最適
な収率を提供する際に実施態様における３種のポリペプチド断片の相互の割合を
調節するのに大きな柔軟性が得られる。しかしながら、等しい比率の少なくとも
２種のポリペプチド鎖の発現により高い収率が得られる際にはまたはその比率が
特定の有意性を持たない際には一つの発現ベクター中に２種または３種すべての
ポリペプチド鎖に関するコーディング配列を挿入することが可能である。【０１９１】このアプローチの好ましい実施態様においては、二重特異抗体は、一方のアー
ムに第１の結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖、および他方の
アームにハイブリッド免疫グロブリン重鎖−軽鎖対（第２の結合特異性を提供す
る）から構成される。二重特異分子の半分のみにおける免疫グロブリン軽鎖の存
在が容易な分離を提供するので、この非対称な構造は所望の二重特異化合物を望
ましくない免疫グロブリン鎖の組み合わせからの分離を容易にすることが見出さ
れた。このアプローチは、１９９４年３月３日に公開されたＷＯ９４／０４６
９０号に開示される。二重特異抗体の形成に関するさらなる詳細については、例
えば、Suresh et al., Methods in Enzymology,1986, 121:210を参照。【０１９２】本発明は、抗ＢＰＩ免疫グロブリン分子の機能的に活性のある断片、誘導体ま
たは類似体を提供するものである。機能的に活性のあるとは、断片、誘導体また
は類似体が、断片、誘導体または類似体がこれ由来である抗体によって認識され
る同じ抗原を認識する抗−抗−イディオタイプ抗体(anti-anti-idiotype antibo
dy)（即ち、３次抗体(tertiary antibody)）を誘発できることを意味する。詳細
には、好ましい実施態様においては、免疫グロブリン分子のイディオタイプの抗
原性は、抗原を特異的に認識するＣＤＲ配列のＣ末端であるフレームワーク及び
ＣＤＲ配列の欠損によって促進される。どのＣＤＲ配列が抗原に結合するかを決
定するために、ＣＤＲ配列を含む合成ペプチドが、当該分野において既知の結合
アッセイ方法によって抗原を用いた結合アッセイで使用できる。【０１９３】本発明は、以下に制限されないが、Ｆ（ａｂ’）₂断片及びＦａｂ断片などの
抗体の断片を提供するものである。特定のエピトープを認識する抗体の断片は、
既知の技術によって得られる。Ｆ（ａｂ’）₂断片は、可変領域、軽鎖の定常領
域及び重鎖のＣＨ１ドメインから構成され、抗体分子のペプシンによる消化によ
って得られる。Ｆａｂ断片は、Ｆ（ａｂ’）₂断片のジスルフィド結合を還元す
ることによって得られる。本発明はまた、本発明の抗体の重鎖及び軽鎖のダイマ
ー、またはＦｖｓ若しくは単鎖抗体（ＳＣＡ）などのこの最小断片（例えば、米
国特許第４，９４６，７７８号; Bird, 1988, Science 242:423-42; Huston et
al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; 及び Ward et al., 19
89, Nature 334:544-54に記載されるような）、または本発明の抗体と同等の特
異性を有する他の分子を提供するものである。単鎖抗体は、アミノ酸架橋を介し
てＦｖ領域の重及び軽鎖断片を連結し、これにより単鎖ポリペプチドを得ること
によって形成される。大腸菌(E. coli)における機能的なＦｖ断片のアセンブリ
に関する技術を使用してもよい(Skerra et al., 1988, Science 242:1038-1041)
。【０１９４】他の実施態様においては、本発明は、免疫グロブリンではない他のタンパク質
のアミノ酸配列（またはその一部、好ましくはタンパク質の少なくとも１０、２
０または５０アミノ酸部分）にＮ末端若しくはＣ末端のいずれかで、例えば、免
疫グロブリンが共有結合（例えば、ペプチド結合）を介して融合する、本発明の
免疫グロブリン（またはその機能的に活性のある断片）の融合タンパク質を提供
するものである。好ましくは、免疫グロブリン、またはその断片は、定常ドメイ
ンのＮ末端で他のタンパク質に共有結合する。上述したように、このような融合
タンパク質は、精製を容易にし、インビボでの半減期を増加し、さらに免疫系へ
の上皮のバリアを介した抗原のデリバリーを促進する。【０１９５】本発明の免疫グロブリンは、修飾される、即ち、共有結合が免疫特異的な結合
を損なわない限りいずれかのタイプの分子の共有結合によって、修飾される類似
体及び誘導体を包含する。例えば、以下に制限されないが、免疫グロブリンの誘
導体及び類似体としては、例えば、配糖化、アセチル化、ペギレーション(pegyl
ation)、リン酸化、アミド化、既知の保護／ブロック基による誘導化、タンパク
質分解による切断(proteolytic cleavage)、細胞のリガンド若しくは他のタンパ
ク質への連結などによって、さらに予め修飾されるものが挙げられる。数多くの
化学的な修飾が既知の技術によって行なわれ、これらとしては、以下に制限され
ないが、特異的な化学的な切断、アセチル化、ホルミル化などが挙げられる。さ
らに、類似体または誘導体は一以上の非古典的なアミノ酸を含んでもよい。【０１９６】前記抗体は、例えば、これらのタンパク質の撮像、適当な生理学的なサンプル
におけるこれらのレベルの測定を目的として、診断方法になど、本発明のＢＰＩ
の位置ぎめ及び活性に関連する当該分野において既知の方法に使用される。【０１９７】５．１０抗体の発現本発明の抗体は、特に、化学的な合成によってまたは組換え発現によって、抗
体の合成に関する当該分野において既知の方法によって製造でき、組換え発現技
術によって製造されるのが好ましい。【０１９８】抗体、またはその断片、誘導体若しくは類似体の組換え発現は、抗体をコード
化する核酸の構築を必要とする。抗体のヌクレオチド配列が知られている際には
、抗体をコード化する核酸を、簡単に言うと、抗体をコード化する配列の一部を
含む重複したオリゴヌクレオチドの合成、これらのオリゴヌクレオチドのアニー
リング及びライゲーション、さらにはＰＣＲによるリガンドオリゴヌクレオチド
の増幅を含む、化学的に合成されたオリゴヌクレオチドからの組み立てられても
よい（例えば、Kutmeier et al., 1994, BioTechniques 17:242に記載されるよ
うにして）。【０１９９】または、抗体をコード化する核酸を、抗体をクローニングすることによって得
てもよい。特定の抗体をコード化する核酸を含むクローンを利用することはでき
ないが抗体分子の配列が知られている場合には、抗体をコード化する核酸を、配
列の３’若しくは５’末端にハイブリッド形成可能な合成プライマーを用いたＰ
ＣＲ増幅によってまたは特定の遺伝子配列に特異的なオリゴヌクレオチドプロー
ブを用いたクローニングによって適当な源（例えば、抗体ｃＤＮＡライブラリー
、または抗体を発現する組織若しくは細胞から得られたｃＤＮＡライブラリー）
から得てもよい。【０２００】特定の抗原を特異的に認識する抗体分子を利用することができない（またはこ
のような抗体をコード化する核酸をクローニングするためのｃＤＮＡライブラリ
ーのための源）場合には、特定の抗原に特異的な抗体を、例えば、ウサギ等の、
動物を免疫処置してポリクローナル抗体を得ることによって、またはより好まし
くは、モノクローナル抗体を得ることによって、当該分野において既知の方法に
よって得てもよい。または、抗体の少なくともＦａｂ部分をコード化するクロー
ンを、特定の抗原に結合するＦａｂ断片のクローン用のＦａｂ発現ライブラリー
（例えば、Huse et al., 1989, Science 246:1275-1281に記載されるような）を
スクリーニングすることによってまたは抗体ライブラリーをスクリーニングする
ことによって（例えば、Clackson et al., 1991, Nature 352:624; Hane et al.
, 1997 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:4937を参照）、得てもよい。【０２０１】抗体分子の少なくとも可変ドメインをコード化する核酸が得られたら、これを
抗体分子の定常領域をコード化するヌクレオチド配列を含むベクターに導入して
もよい（例えば、ＰＣＴ公開公報ＷＯ８６／０５８０７号；ＰＣＴ公開公報
ＷＯ８９／０１０３６号；及び米国特許第５，１２２，４６４号を参照）。
完全な抗体分子を発現させることができる核酸との同時発現(co-expression)用
の完全な軽または重鎖を含むベクターもまた使用できる。次に、抗体をコード化
する核酸は、スルフヒドリル基を含まないアミノ酸残基との鎖内ジスルフィド結
合に関係する一以上の可変領域システイン残基を置換（または欠損）するのに必
要なヌクレオチドの置換または欠損を導入するのに使用できる。このような修飾
は、ヌクレオチド配列に特定の突然変異または欠損を導入することに関する当該
分野において既知の方法によって行なわれ、これとしては、例えば、以下に制限
されないが、化学的な突然変異誘発、インビトロの特定部位の突然変異誘発(Hut
chinson et al., 1978, J. Biol. Chem. 253:6551)、ＰＣＴを基礎とした方法な
どが挙げられる。【０２０２】さらに、適当な生物学的な活性を有するヒトの抗体分子由来の遺伝子と一緒に
適当な抗原特異性を有するマウスの抗体分子由来の遺伝子をスプライシングする
ことによる「キメラ抗体」の製造を目的として開発された技術(Morrison et al.
, 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. 81:851-855; Neuberger et al., 1984, Natur
e 312:604-608; Takeda et al., 1985, Nature 314:452-454)が使用できる。上
記したように、キメラ抗体は、マウスのｍＡｂ由来の可変領域及びヒト抗体の定
常領域を有するもの、例えば、ヒト化抗体などの、異なる部分が異なる動物種由
来である分子である。【０２０３】本発明の抗体分子をコード化する核酸が得られたら、抗体分子の製造用のベク
ターを、当該分野において既知技術を用いて組換えＤＮＡ技術によって製造して
もよい。ゆえに、抗体分子配列を含む核酸を発現することによる本発明のタンパ
ク質を調製する方法をここで説明する。当業者に既知の方法を用いて、抗体分子
のコーディング配列ならびに適当な転写及び翻訳コントロールシグナルを含む発
現ベクターを構築できる。これらの方法としては、例えば、インビトロの組換え
ＤＮＡ技術、合成技術、及びインビボの遺伝子組換えが挙げられる。例えば、Sa
mbrook et al. (1990, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2d Ed., Col
d Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY) 及び Ausubel et al.
(eds., 1998, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons,
NY)を参照。【０２０４】発現ベクターを公知の技術によって宿主細胞に移入した後、トランスフェクシ
ョンされた細胞を公知の技術によって培養して、本発明の抗体を生産する。【０２０５】本発明の組換え抗体を発現するのに使用される宿主細胞は、大腸菌(Escherich
ia coli)等の細菌細胞、または特に全体の組換え抗体分子を発現するためには、
好ましくは真核細胞のいずれであってもよい。特に、ヒトのサイトメガロウイル
ス由来の主要な中間初期遺伝子プロモーター要素(major intermediate early ge
ne promoter element)等のベクターと組み合わせた、チャイニーズハムスター卵
巣細胞（ＣＨＯ）などの哺乳動物細胞が抗体の有効な発現系である(Foecking et
al., 198, Gene 45:101; Cockett et al., 1990, Bio/Technology 8:2)。【０２０６】様々な宿主−発現ベクター系が、本発明の抗体分子を発現するのに利用される
。このような宿主−発現ベクター系は、有益なコーディング配列が生産された後
精製されるベヒクルを表わすが、適当なヌクレオチドのコーディング配列で形質
転換またはトランスフェクションされると、in situで本発明の抗体分子を発現
する細胞をも表わす。これらとしては、以下に制限されないが、抗体のコーディ
ング配列を含む組換えバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ若しくはコ
スミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換された細菌（例えば、大腸菌(E. coli)、
枯草菌(B. subtilis)）；抗体のコーディング配列を含む組換え酵母発現ベクタ
ーで形質転換された酵母（例えば、サッカロミセス属(Saccharomyces)、ピチア
属(Pichia)）；抗体のコーディング配列を含む組換えウィルス発現ベクター（例
えば、バキュロウィルス）で感染させた昆虫細胞系；組換えウィルス発現ベクタ
ー（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、ＣａＭＶ；タバコモザイクウイル
ス、ＴＭＶ）で感染された若しくは抗体のコーディング配列を含む組換えプラス
ミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）で形質転換された植物細胞系；ま
たは哺乳動物細胞のゲノム由来（例えば、メタロチオネインプロモーター）若し
くは哺乳動物ウィルス（例えば、アデノウィルスレイトプロモーター(adenoviru
s late promoter)；ワクチニアウゥルス７．５Ｋプロモーター）由来のプロモ
ーターを含む組換え発現構築物を有する哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ、ＣＨ
Ｏ、ＢＨＫ、２９３、３Ｔ３細胞）が挙げられる。【０２０７】細菌系では、数多くの発現ベクターが発現される抗体分子に意図された用途に
よって好ましく選択される。例えば、抗体分子からなる薬剤組成物を得るために
、大量のこのようなタンパク質を製造しようとする際には、容易に精製される融
合タンパク質産物を高レベルで発現させるベクターが望ましい。このようなベク
ターとしては、以下に制限されないが、融合タンパク質が製造されるように、抗
体のコーディング配列がｌａｃＺコーディング領域を有するフレームにベクター
中に連結される、大腸菌発現ベクターｐＵＲ２７８(Ruther et al., 1983, EMBO
J. 2:1791)；ｐＩＮベクター(Inouye & Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13
:3101-3109; Van Heeke & Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509)など
が挙げられる。ｐＧＥＸベクターもまた、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラー
ゼ（ＧＳＴ）を有する融合タンパク質として外来ポリヌクレオチドを発現させる
のに使用される。通常、このような融合タンパク質は可溶性であり、マトリック
スグルタチオン−アガロースビーズに吸着及び結合させた後、遊離グルタチオン
の存在下で溶出することによって溶解細胞から容易に精製できる。ｐＧＥＸベク
ターは、クローニングされたターゲット遺伝子産物がＧＳＴ部分から放出されう
るように、トロンビンまたは第Ｘａ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計
される。【０２０８】昆虫系では、オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス(Autograph
a californica nuclear polyhedrosis virus)（ＡｃＮＰＶ）が外来遺伝子を発
現するベクターとして使用される。このウィルスはスポドプテラフルギペルダ
(Spodoptera frugiperda)細胞中で成長する。抗体のコーディング配列を、ウィ
ルスの非必須領域（例えば、ポリヘドリン(polyhedrin)遺伝子）中に個々にクロ
ーニングして、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリヘドリン(polyhedrin)プ
ロモーター）の制御下におく。哺乳動物の宿主細胞では、数多くのウィルスに基
づいた発現系（例えば、アデノウィルス発現系）が使用される。【０２０９】上述したように、挿入された配列の発現を調節する、または望ましい特定の方
法で遺伝子産物を修飾、処理する宿主細胞株が選ばれる。タンパク質産物のこの
ような修飾（例えば、配糖化）及びプロセシング（例えば、切断）は、タンパク
質の機能に重要である。【０２１０】組換え抗体の長期間で高収率の生産のために、安定した発現が好ましい。例え
ば、有益な抗体を安定して発現する細胞系は、抗体のヌクレオチド配列及び選択
可能なヌクレオチド配列（例えば、ネオマイシンまたはハイグロマイシン）を有
する発現ベクターに細胞をトランスフェクションさせて、選択マーカーの発現で
選択することによって、製造できる。このように操作された細胞系は、抗体分子
と直接または間接的に相互作用する化合物のスクリーニング及び評価に特に有用
である。【０２１１】抗体分子の発現レベルは、ベクターの増幅によって増加できる（レビューとし
て、Bebbington and Hentschel, The use of vectors based on gene amplifica
tion for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA clonin
g, Vol.3. (Academic Press, New York, 1987)を参照）。抗体を発現するベクタ
ー系のマーカーが増幅可能である際には、宿主細胞の培養物中に存在する阻害剤
のレベルの増加によりマーカー遺伝子のコピー数が増加するであろう。増幅され
た領域は抗体遺伝子と会合するので、抗体の生産もまた向上するであろう(Crous
e et al., 1983, Mol. Cell. Biol. 3:257)。【０２１２】宿主細胞は、本発明の２種の発現ベクターと一緒にトランスフェクション(co-
transfect)されるが、この際、第１のベクターは重鎖由来のポリペプチドをコー
ド化し、第２のベクターは軽鎖由来のポリペプチドをコード化する。この２種の
ベクターは、重及び軽鎖のポリペプチドを同等に発現できる同じ選択マーカーを
含んでもよい。または、重及び軽鎖のポリペプチド双方をコード化するを単一の
ベクターを用いてもよい。このような状況では、軽鎖は、過剰の毒性のある遊離
重鎖を防止するために重鎖の前に置かれなければならない(Proudfoot, 1986, Na
ture 322:52; Kohler, 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:2197)。重及び軽
鎖に関するコーディング配列は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡからなってもよい
。【０２１３】本発明の抗体分子が組換えにより発現したら、抗体分子は、抗体分子の精製に
関する当該分野において既知の方法によって、例えば、クロマトグラフィー（例
えば、イオン交換クロマトグラフィー、プロテインＡまたは特定の抗原によるな
どのアフィニティクロマトグラフィー、及びサイズカラムクロマトグラフィー(s
izing column chromatography)）、遠心、較差溶解度(differential solubility
)によって、またはタンパク質の精製に関する他の標準的な技術によって、精製
される。【０２１４】または、融合タンパク質は、発現される融合タンパク質に特異的な抗体を用い
ることによって容易に精製される。例えば、Janknecht et al.によって記載され
るシステムによって、ヒト細胞系で発現する非変性融合タンパク質が容易に精製
できる(Janknecht et al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:8972-897)。
このシステムでは、有益な遺伝子を、遺伝子のオープンリーディングフレームが
６個のヒスチジン残基から構成されるアミノ末端タグに翻訳により融合されるよ
うに、ワクチニア組換えプラスミドにサブクローニングされる。タグは、融合タ
ンパク質のマトリックス結合ドメインとして作用する。組換えワクチニアウィル
スで感染させた細胞からの抽出物を、Ｎｉ２＋ニトリル酢酸(nitriloacetic aci
d)−アガロースカラムにのせ、ヒスチジン標識タンパク質(histidine-tagged pr
otein)をイミダゾール含有緩衝液で選択的に溶出する。【０２１５】５．１１接合抗体好ましい実施態様において、抗ＢＰＩ抗体またはこの断片は、診断または治療
部分と接合される。抗体は、診断にまたは所定の処置レジメの有効性を決定する
のに使用できる。検出は抗体を検出可能な物質にカップリングすることによって
容易に行なえる。検出可能な物質としては、様々な酵素、補欠分子族、蛍光材料
、発光材料、生物発光材料；放射性核種、陽電子放出金属（陽電子射出断層撮影
に使用される）、及び非放射性常磁性金属イオンが挙げられる。一般的に、本発
明による診断として使用される抗体に接合できる金属イオンに関しては、米国特
許第４，７４１，９００号を参照。適当な酵素としては、西洋ワサビペルオキシ
ダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリ
ンエステラーゼが挙げられる；適当な補欠分子族としては、ストレプトアビジン
、アビジン及びビオチンが挙げられる；適当な蛍光材料としては、ウンベリフェ
ロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジク
ロロトリアジルアミンフルオレセイン(dichlorotriazinylamine fluorescein)、
ダンシルクロリド及びフィコエリトリンが挙げられる；適当な発光材料としては
、ルミノールが挙げられる；適当な生物発光材料としては、ルシフェラーゼ、ル
シフェリン、及びエクオリンが挙げられる；さらに、適当な放射性核種としては
、¹²⁵Ｉ、¹³¹Ｉ、¹¹¹Ｉｎ及び⁹⁹Ｔｃが挙げられる。【０２１６】抗ＢＰＩ抗体またはこの断片を、治療剤または薬剤部分(drug moiety)に接合
して所定の生物学的な応答を修飾してもよい。治療剤または薬剤部分は、典型的
な化学治療剤に限定されると解されるものではない。例えば、薬剤部分は、所望
の生物学的な活性を有するタンパク質またはポリペプチドであってもよい。この
ようなタンパク質としては、例えば、アブリン、リシンＡ、緑膿菌のエキソトキ
シン(pseudomonas exotoxin)、若しくはジフテリア毒素等の毒素；腫瘍壊死因子
、α−インターフェロン、β−インターフェロン、神経成長因子、血小板由来成
長因子、組織プラスミノーゲン活性化因子、血栓剤または抗脈管形成剤(anti-an
giogenic agent)、例えば、アンギオスタチン(angiostatin)若しくはエンドスタ
チン(endostatin)等のタンパク質；または、リンホカイン、インターロイキン−
１（ＩＬ−１）、インターロイキン−２（ＩＬ−２）、インターロイキン−６（
ＩＬ−６）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(granulocyte macrophage
colony stimulating factor)（ＧＭ−ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子(granu
locyte colony stimulating factor)（Ｇ−ＣＳＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）
若しくは他の成長因子等の生体応答調節剤が挙げられる。【０２１７】このような治療部分の抗体への接合技術は既知であり、例えば、Arnon et al.
, "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy"
, in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), p
p. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985); Hellstrom et al., "Antibodies For D
rug Delivery", in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (e
ds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987); Thorpe, "Antibody Carriers
Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review", in Monoclonal Antibodi
es '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp
. 475-506 (1985); "Analysis, Results, And Future Prospective Of The Ther
apeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy", in Monoclonal A
ntibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 3
03-16 (Academic Press 1985), およびThorpe et al., "The Preparation And C
ytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates", Immunol. Rev., 62:119
-58 (1982)を参照。【０２１８】または、抗体を、米国特許第４，６７６，９８０号においてSegalによって記
載されるようにして２次抗体に接合して抗体異種接合体(antibody heteroconjug
ate)を形成してもよい。【０２１９】治療部分が接合されたまたは接合されない抗体を、単独でまたは細胞毒性因子
および／またはサイトカインと組み合わせて投与される治療剤として使用しても
よい。【０２２０】５．１２乳癌の診断本発明によると、乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有することが知ら
れている被検者から得られた組織、血清、血漿または尿のテストサンプルが、診
断若しくはモニターに、または特定の治療のための処置に反応すると最も考えら
れる患者を同定するのに使用できる。一実施態様においては、コントロールサン
プル（乳癌に冒されていない一被検者または複数の被検者からの）または予め決
定された参考範囲に比してテストサンプルにおける一以上のＢＦまたはＢＰＩ（
またはこれらのいずれか組み合わせ）の存在比が減少することによって、乳癌の
存在が示される；この目的に適するＢＦ及びＢＰＩは、上記で詳述したように、
それぞれ、表Ｉ、ＩＩＩ、ＶＩ及びＶＩＩで同定される。本発明の他の実施態様
においては、コントロールサンプルまたは予め決定された参考範囲に比してテス
トサンプルにおける一以上のＢＦまたはＢＰＩ（またはこれらのいずれか組み合
わせ）の存在比が増加することによって、乳癌の存在が示される；この目的に適
するＢＦ及びＢＰＩは、上記で詳述したように、それぞれ、表ＩＩ、ＩＶ及びＶ
ＩＩＩで同定される。他の実施態様においては、コントロールサンプルまたは予
め決定された参考範囲に比べたテストサンプルにおける一以上のＢＦまたはＢＰ
Ｉ（またはこれらのいずれか組み合わせ）の相対存在比が、乳癌のサブタイプ（
例えば、家族性または散在性乳癌）を示す。さらなる他の実施態様においては、
コントロールサンプルまたは予め決定された参考範囲に比べたテストサンプルに
おける一以上のＢＦまたはＢＰＩ（またはこれらのいずれか組み合わせ）の相対
存在比が、乳癌の程度または重篤度を示す。前記方法のいずれかにおいて、本明
細書に記載される一以上のＢＰＩの検出は、必要であれば、乳癌の一以上のさら
なるバイオマーカーの検出と組み合わされてもよい。当該分野における適当な方
法を、ＢＦ及びＢＰＩのレベルを測定するのに使用でき、これらとしては、本明
細書に記載される好ましい技術に制限されるものではないが、キナーゼアッセイ
、ＢＰＩを検出および／または視覚化するイムノアッセイ（例えば、ウェスタン
法、免疫沈降、その後にドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳
動、免疫細胞化学など）が挙げられる。ＢＰＩが既知の機能を有する場合には、
その機能に関するアッセイを用いて、ＢＰＩの発現を測定してもよい。さらなる
実施態様においては、コントロールサンプルまたは予め決定された参考範囲に比
してテストサンプルにおける表ＶＩまたはＶＩＩ（またはこれらのいずれか組み
合わせ）に示される一以上のＢＰＩを含むｍＲＮＡの存在比が減少することによ
って、乳癌の存在が示される。さらなる実施態様においては、コントロールサン
プルまたは予め決定された参考範囲に比してテストサンプルにおける表ＶＩＩＩ
またはＩＸ（またはこれらのいずれか組み合わせ）に示される一以上のＢＰＩを
コード化するｍＲＮＡの存在比が増加することによって、乳癌の存在が示される
。適当なハイブリダイゼーションアッセイは、ＢＰＩをコード化するｍＲＮＡを
検出するおよび／または視覚化すること（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブ
ロット、in situハイブリダイゼーションなど）によって、ＢＰＩの発現を検出
するのに使用できる。【０２２１】本発明の他の実施態様においては、ＢＰＩに特異的に結合する、標識抗体、こ
れらの誘導体及び類似体を、乳癌を検出、診断、またはモニターする診断目的に
使用してもよい。好ましくは、乳癌は、動物で、より好ましくは哺乳動物で、及
び最も好ましくはヒトで検出される。【０２２２】５．１３スクリーニングアッセイ本発明は、ＢＰＩに結合するまたはＢＰＩの発現若しくは活性に刺激若しくは
阻害効果を有する物質（例えば、候補化合物またはテスト化合物）を同定する方
法を提供するものである。本発明はまた、ＢＰＩ関連ポリペプチド若しくはＢＰ
Ｉ融合タンパク質に結合するまたはＢＰＩ関連ポリペプチド若しくはＢＰＩ融合
タンパク質の発現若しくは活性に刺激若しくは阻害効果を有する物質、候補化合
物またはテスト化合物を同定する方法を提供するものである。物質、候補化合物
またはテスト化合物の例としては、以下に制限されるものではないが、核酸（例
えば、ＤＮＡ及びＲＮＡ）、炭水化物、脂質、タンパク質、ペプチド、ペプチド
ミメティックス(peptidomimetics)、小分子及び他の薬剤が挙げられる。物質は
、生物学的なライブラリー(biological library)；空間的にアドレス可能な平行
固相(spatially addressable parallel solid phase)または液相ライブラリー；
逆重畳積分を必要とする合成ライブラリー方法；「one-bead one-compound」ラ
イブラリー方法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を用いた合成ラ
イブラリー方法などの、当該分野において既知のコンビナトリアルライブラリー
(combinatorial library)方法において数多くのアプローチのいずれかを用いて
行なわれる。生物学的なライブラリーのアプローチはペプチドライブラリーに制
限されるが、他の４つのアプローチは化合物のペプチド、非ペプチドオリゴマー
または小分子ライブラリーに適用できる（Lam, 1997, Anticancer Drug Des. 12
:145；米国特許第５，７３８，９９６号；及び米国特許第５，８０７，６８３号
、これらはそれぞれ参考により完全に本明細書に引用される）。【０２２３】分子ライブラリーの合成方法の例は当該分野において見出され、例えば、DeWi
tt et al., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6909; Erb et al., 1994, P
roc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11422; Zuckermann et al., 1994, J. Med. Che
m. 37:2678; Cho et al., 1993, Science 261:1303; Carrell et al., 1994, An
gew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059; Carell et al., 1994, Angew. Chem. Int
. Ed. Engl. 33:2061; および Gallop et al., 1994, J. Med. Chem. 37:1233に
見出され、これらはそれぞれ参考により完全に本明細書に引用される。【０２２４】化合物のライブラリーは存在して(present)もよく、例えば、溶液中に（例え
ば、Houghten, 1992, Bio/Techniques 13:412-421）、またはビーズ(Lam, 1991,
Nature 354:82-84)、チップ(Fodor, 1993, Nature 364:555-556)、細菌（米国
特許第５，２２３，４０９号）、胞子（米国特許第５，５７１，６９８号；第５
，４０３，４８４号；及び第５，２２３，４０９号）、プラスミド(Cull et al.
, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:1865-1869)またはファージ(Scott and
Smith, 1990, Science 249:386-390; Devlin, 1990, Science 249:404-406; Cw
irla et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6378-6382; および Felic
i, 1991, J. Mol. Biol. 222:301-310)上に存在してもよい。これらはそれぞれ
参考により完全に本明細書に引用される。【０２２５】一実施態様において、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片（例えば、機能的に活性のある断
片）、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ
融合タンパク質と相互作用する（即ち、これらに結合する）物質は、細胞を基礎
とするアッセイシステムで同定される。この実施態様によると、ＢＰＩ、ＢＰＩ
の断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰ
Ｉ融合タンパク質を発現する細胞を、候補化合物またはコントロール化合物と接
触させて、候補化合物のＢＰＩとの相互作用能を測定する。必要であれば、この
アッセイは、複数（例えばライブラリー）の候補化合物をスクリーニングするの
に使用してもよい。例えば、細胞は、原核生物（例えば、大腸菌(E. coli)）で
由来あってもまたは真核生物（例えば、酵母または哺乳動物）由来であってもよ
い。さらに、細胞は、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ
関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質を内因的に発現してもま
たはＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチド
の断片、またはＢＰＩ融合タンパク質を発現するように遺伝子操作されてもよい
。場合によっては、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関
連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質または候補化合物は、ＢＰ
Ｉ及び候補化合物間の相互作用を検出できるように、例えば、放射性標識（³²Ｐ
、³⁵Ｓ若しくは¹²⁵Ｉなど）または蛍光標識（フルオレセインイソチオシアネー
ト、ローダミン、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン(all
ophycocyanin)、ｏ−フタルアルデヒドまたはフルオレスカミンなど）で標識さ
れる。候補化合物がＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関
連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質と直接または間接的に相互
作用できることは、当業者に既知な方法によって測定できる。例えば、候補化合
物及びＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチ
ドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質間の相互作用は、フローサイトメトリー
、シンチレーションアッセイ、免疫沈降またはウェスタンブロット分析によって
測定できる。【０２２６】他の実施態様においては、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片（例えば、機能的に活性のあ
る断片）、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢ
ＰＩ融合タンパク質と相互作用する（即ち、これらに結合する）物質は、細胞を
含まないアッセイシステムで同定される。この実施態様によると、天然の若しく
は組換えＢＰＩ若しくはこの断片、または天然の若しくは組換えＢＰＩ関連ポリ
ペプチド若しくはこの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質若しくはこの断片を、
候補化合物またはコントロール化合物と接触させて、候補化合物のＢＰＩまたは
ＢＰＩ関連ポリペプチドまたはＢＰＩ融合タンパク質との相互作用能を測定する
。必要であれば、このアッセイは、複数（例えばライブラリー）の候補化合物を
スクリーニングするのに使用してもよい。好ましくは、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、
ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タ
ンパク質を、まず、例えば、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、
ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質を、これを特異的
に認識、結合する固定化抗体と接触させることによって、またはＢＰＩ、ＢＰＩ
の断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰ
Ｉ融合タンパク質の精製された調製物を、タンパク質に結合するように設計され
た表面と接触させることによって、固定化する。ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ
関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク
質は、一部が若しくは完全に精製されてもよく（例えば、部分的にまたは完全に
他のポリペプチドを含まない）または細胞溶解産物の一部であってもよい。さら
に、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチド
の断片は、ＢＰＩ若しくはこれの生物学的に活性のある部分、またはＢＰＩ関連
ポリペプチドおよびグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ等のドメインからな
る融合タンパク質であってもよい。または、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連
ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片またはＢＰＩ融合タンパク質は、
当業者に既知の技術（例えば、ビオチン化キット、Pierce Chemicals; Rockford
, IL）を用いてビオチン化されてもよい。候補化合物のＢＰＩ、ＢＰＩの断片、
ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タ
ンパク質との相互作用能は、当業者に既知の方法によって測定できる。【０２２７】他の実施態様においては、細胞を基礎とするアッセイシステムは、ＢＰＩの生
産若しくは分解に応答できるまたはＢＰＩの翻訳後修飾に応答できる、酵素等の
、タンパク質、またはこの生物学的に活性のある部分に結合するまたはこの活性
を調節する物質を同定するのに使用される。１次スクリーニングでは、複数（例
えばライブラリー）の化合物を、（ｉ）ＢＰＩ、ＢＰＩのイソ型、ＢＰＩの同族
体、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ融合タンパク質、または前記いずれかの生
物学的に活性のある断片；および（ｉｉ）ＢＰＩ、ＢＰＩのイソ型、ＢＰＩの同
族体、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ融合タンパク質または断片の生産、分解
、または翻訳後修飾を調節する化合物を同定するために、ＢＰＩ、ＢＰＩのイソ
型、ＢＰＩの同族体、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ融合タンパク質または断
片のプロセシングに応答できるタンパク質を自然にまたは組換えにより発現する
細胞と接触させる。必要であれば、次に、１次スクリーニングで同定された化合
物を、有益な特定のＢＰＩを自然にまたは組換えにより発現する細胞に対して２
次スクリーニングでアッセイしてもよい。候補化合物の、ＢＰＩ、イソ型、同族
体、ＢＰＩ関連ポリペプチド、またはＢＰＩ融合タンパク質の生産、分解、また
は翻訳後修飾の調節能は、以下に制限されるものではないが、フローサイトメト
リー、シンチレーションアッセイ、免疫沈降またはウェスタンブロット分析など
の、当業者に既知の方法によって測定できる。【０２２８】他の実施態様においては、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、
ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質と競合して相互作
用する（即ち、これらに結合する）物質は、競合結合アッセイで同定される。こ
の実施態様によると、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ
関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質を発現する細胞を、候補
化合物及びＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペ
プチドの断片またはＢＰＩ融合タンパク質と相互作用することが知られている化
合物と接触させる；次に、候補化合物の、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポ
リペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質との
競合的な相互作用能を測定する。または、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポ
リペプチドまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片と競合して相互作用する（即ち
、これらに結合する）物質は、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチド
、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質を候補化合物及
びＢＰＩ、ＢＰＩ関連ポリペプチドまたはＢＰＩ融合タンパク質と相互作用する
ことが知られている化合物と接触させることによって、細胞を含まないアッセイ
システムで同定される。上述したように、候補化合物の、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片
、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩ関連ポリペプチドの断片、またはＢＰＩ融合
タンパク質との相互作用能は、当業者に既知の方法によって測定できる。これら
のアッセイは、細胞を基礎とするものであってもあるいは細胞を含まないもので
あっても、複数（例えばライブラリー）の候補化合物をスクリーニングするのに
使用できる。【０２２９】他の実施態様においては、ＢＰＩ、またはＢＰＩ関連ポリペプチドを調節する
（即ち、アップレギュレーションする(upregulate)またはダウンレギュレーショ
ンする(downregulate)）物質は、ＢＰＩ、またはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現
する細胞（例えば、原核生物由来または真核生物由来の細胞）を、候補化合物ま
たはコントロール化合物（例えば、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ））と接触さ
せて、ＢＰＩ、ＢＰＩ関連ポリペプチド、またはＢＰＩ融合タンパク質、ＢＰＩ
をコード化するｍＲＮＡ、またはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮ
Ａの発現を測定することによって同定される。候補化合物の存在下での選択され
たＢＰＩ、ＢＰＩ関連ポリペプチド、ＢＰＩをコード化するｍＲＮＡ、またはＢ
ＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡの発現のレベルを、候補化合物の
不存在下での（例えば、コントロール化合物の存在下での）ＢＰＩ、ＢＰＩ関連
ポリペプチド、ＢＰＩをコード化するｍＲＮＡ、またはＢＰＩ関連ポリペプチド
をコード化するｍＲＮＡの発現のレベルと比較する。次に、候補化合物が、この
比較に基づいてＢＰＩ、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現の調節剤として同
定できる。例えば、ＢＰＩまたはｍＲＮＡの発現が不存在下に比べて候補化合物
の存在下での方が有意に大きい場合には、その候補化合物はＢＰＩまたはｍＲＮ
Ａの発現の刺激剤として同定される。または、ＢＰＩまたはｍＲＮＡの発現が不
存在下に比べて候補化合物の存在下での方が有意に小さい場合には、その候補化
合物はＢＰＩまたはｍＲＮＡの発現の阻害剤として同定される。ＢＰＩまたはこ
れをコード化するｍＲＮＡの発現のレベルは、当業者に既知の方法によって測定
できる。例えば、ｍＲＮＡの発現は、ノーザンブロット分析またはＲＴ−ＰＣＲ
によって評価でき、また、タンパク質のレベルは、ウェスタンブロット分析によ
って評価できる。【０２３０】他の実施態様においては、ＢＰＩ、またはＢＰＩ関連ポリペプチドの活性を調
節する物質は、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドを含む調製物、またはＢＰ
ＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現する細胞（例えば、原核または真核細胞
）を、テスト化合物またはコントロール化合物と接触させて、テスト化合物の、
ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの活性の調節（例えば、刺激または阻害）
能を測定することによって同定される。ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの
活性は、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの細胞のシグナル伝達経路（例え
ば、Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出する、適当な
基質でのターゲットの触媒若しくは酵素活性を検出する、レポーター遺伝子（例
えば、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドに応答でき、検出マーカー、例えば
、ルシフェラーゼをコード化する核酸に操作により連結される調節要素）の誘導
を検出する、または細胞の応答、例えば、細胞の分化、若しくは細胞の増殖を検
出することによって、評価できる。この記載に基づいて、当業者に既知の技術が
これらの活性を測定するのに使用できる（例えば、米国特許第５，４０１，６３
９号を参照、これは参考により完全に本明細書に引用される）。次に、候補化合
物は、候補化合物の効果をコントロール化合物と比較することによってＢＰＩま
たはＢＰＩ関連ポリペプチドの活性の調節剤として同定されうる。適当なコント
ロール化合物としては、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）及び一般的な生理食塩
水（ＮＳ）が挙げられる。【０２３１】他の実施態様においては、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現、活性
または発現及び活性の双方を調節する（即ち、アップレギュレーションする(upr
egulate)またはダウンレギュレーションする(downregulate)）物質は、動物モデ
ルで同定される。適当な動物の例としては、以下に制限されないが、マウス、ラ
ット、ウサギ、サル、モルモット、イヌ及びネコが挙げられる。好ましくは、使
用される動物は、乳癌のモデル（例えば、エストロゲンが枯渇した重篤な合併免
疫不全(MDA-MB-345 estrogen-deprived Severe Combined Immunodeficient)（Ｓ
ＣＩＤ）マウスにおけるＭＤＡ−ＭＢ−３４５等のヒトの乳癌細胞系の異種移植
片、Eccles et al. 1994 Cell Biophysics 24/25, 279）を表わす。この実施態
様によると、テスト化合物またはコントロール化合物は、適当な動物に（例えば
、経口で、直腸にまたは腹腔内若しくは静脈内に等の非経口で）投与され、ＢＰ
ＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現、活性または発現及び活性の双方に関す
る効果を測定する。ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現の変化は、上記
で概説した方法によって評価できる。【０２３２】さらなる他の実施態様においては、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドは、
ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドに結合するまたはこれと相互作用する他の
タンパク質を同定するための２−ハイブリッドアッセイ(two-hybrid assay)また
は３ハイブリッドアッセイ(three hybrid assay)における「バイトタンパク質(b
ait protein)」として使用される（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号;
Zervos et al. (1993) Cell 72:223-232; Madura et al. (1993) J. Biol. Chem
. 268:12046-12054; Bartel et al. (1993) Bio/Techniques 14:920-924; Iwabu
chi et al. (1993) Oncogene 8:1693-1696; 及びＰＣＴ公開公報第ＷＯ９４
／１０３００号を参照）。当業者には考えられるように、このような結合タンパ
ク質はまた、例えば、本発明のＢＰＩを含むシグナル経路の上流または下流要素
として本発明のＢＰＩによるシグナルの伝達にかかわりがあると考えられる。【０２３３】好ましい実施態様において、本明細書に記載されるスクリーニング及びアッセ
イは、例えば、ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、若しくはＢＰＩ関連ポリペプチド、前記
いずれかの断片、またはＢＰＩ融合タンパク質の活性を調節する（またはこの発
現及び活性双方を調節する）化合物をスクリーニングするまたは同定するのに使
用される。【０２３４】本発明はさらに、上記スクリーニングアッセイによって同定される新規な物質
および本明細書に記載されるような処置へのこれらの使用を提供するものである
。【０２３５】５．１４ＢＰＩの治療用途本発明は、治療化合物の投与による様々な病気及び疾患の処置及び予防を提供
するものである。このような化合物としては、以下に制限されるものではないが
、ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、ＢＰＩ関連ポリペプチド及びこれらの誘導体（断片を
含む）；前記に対する抗体；ＢＰＩ、ＢＰＩ類似体、ＢＰＩ関連ポリペプチド及
びこれらの断片をコード化する核酸；ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドをコ
ード化する遺伝子に対するアンチセンス核酸；ならびにＢＰＩまたはＢＰＩ関連
ポリペプチドをコード化する遺伝子の調節剤（例えば、アゴニスト及びアンタゴ
ニスト）が挙げられる。本発明の重要な特徴は、乳癌に係わりのあるＢＰＩをコ
ード化する遺伝子の同定である。乳癌は、乳癌被検者の血清中で減少する一以上
のＢＰＩの機能及び発現を促進する治療化合物の投与によって、または乳癌を有
する被検者の血清中で増加する一以上のＢＰＩの機能及び発現を抑制する治療化
合物の投与によって処置（例えば、症状を改善するまたは開始若しくは進行を遅
延する）または予防されうる。【０２３６】一実施態様において、それぞれがＢＰＩに特異的に結合する一以上の抗体は、
単独でまたは一以上のさらなる治療化合物若しくは処置と組み合わせて投与され
る。このような治療化合物または処置の例としては、以下に制限されないが、タ
キソール、シクロフォスファミド、タモキシフェン、フルオロウラシル及びドキ
ソルビシンが挙げられる。【０２３７】好ましくは、抗体等の生物学的な産物は、投与される被検者に対して同種異系
である。好ましい実施態様においては、ヒトのＢＰＩ若しくはヒトのＢＰＩ関連
ポリペプチド、ヒトのＢＰＩ若しくはヒトのＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化
する核酸配列、またはヒトのＢＰＩ若しくはヒトのＢＰＩ関連ポリペプチドに対
する抗体を、治療（例えば、症状を改善するまたは開始若しくは進行を遅延する
）または予防のためにヒト被検者に投与する。【０２３８】５．１４．１乳癌の処置および予防乳癌は、乳癌に冒されていない被検者の血清と比較して乳癌を有する被検者の
血清中に異なって存在する、一以上のＢＰＩのレベル若しくは活性（即ち、機能
）−または一以上のＢＦのレベル−を調節する（即ち、増加するまたは減少する
）化合物を乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有することが知られている
または乳癌が発達する危険のある被検者に投与することによって、処置または予
防される。一実施態様において、乳癌は、乳癌を有する被検者の血清中で減少す
る、一以上のＢＰＩのレベル若しくは活性（即ち、機能）−または一以上のＢＦ
のレベル−をアップレギュレーションする(upregulate)（即ち、増加する）化合
物を乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有することが知られているまたは
乳癌が発達する危険のある被検者に投与することによって、処置または予防され
る。他の実施態様においては、乳癌を有する被検者の血清中で増加する、一以上
のＢＰＩのレベル若しくは活性（即ち、機能）−または一以上のＢＦのレベル−
をアップレギュレーションする(upregulate)化合物を投与する。このような化合
物の例としては、以下に制限されないが、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片及びＢＰＩ関連
ポリペプチド；ＢＰＩ、ＢＰＩの断片及びＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化す
る核酸（例えば、遺伝子治療に使用される）；ならびに酵素活性を有する上記Ｂ
ＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドでは、酵素活性を調節することが知られてい
る化合物または分子が挙げられる。使用できる他の化合物、例えば、ＢＰＩアゴ
ニストが、インビトロアッセイを用いて同定できる。【０２３９】乳癌は、乳癌を有する被検者の血清中で増加する、一以上のＢＰＩのレベル若
しくは活性−または一以上のＢＦのレベル−をダウンレギュレーションする(dow
nregulate)化合物を乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有することが知ら
れているまたは乳癌が発達する危険のある被検者に投与することによっても、処
置または予防される。他の実施態様においては、乳癌を有する被検者の血清中で
減少する、一以上のＢＰＩのレベル若しくは活性−または一以上のＢＦのレベル
−をダウンレギュレーションする(downregulate)化合物を投与する。このような
化合物の例としては、以下に制限されないが、ＢＰＩアンチセンスオリゴヌクレ
オチド、リボザイム、ＢＰＩに対する抗体、およびＢＰＩの酵素活性を阻害する
化合物が挙げられる。他の有効な化合物、例えば、ＢＰＩアンタゴニスト及び小
分子ＢＰＩアンタゴニストが、インビトロアッセイを用いて同定できる。【０２４０】好ましい実施態様においては、治療およびまたは予防は、個々の被検者の必要
性に合わせられる。ゆえに、特定の実施態様においては、一以上のＢＰＩのレベ
ル若しくは機能、または一以上のＢＦのレベルを促進する化合物が、当該一以上
のＢＰＩのレベル若しくは機能、または当該一以上のＢＦのレベルがないまたは
コントロール若しくは正常な参考範囲に比して減少する、乳癌を有すると疑われ
ているまたは乳癌を有することが知られている被検者に治療のためにまたは予防
のために投与される。さらなる実施態様においては、一以上のＢＰＩのレベル若
しくは機能、または一以上のＢＦのレベルを促進する化合物が、当該一以上のＢ
ＰＩのレベル若しくは機能、または当該一以上のＢＦのレベルがコントロール若
しくは参考範囲に比して増加する、乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有
することが知られている被検者に治療のためにまたは予防のために投与される。
さらなる実施態様においては、一以上のＢＰＩのレベル若しくは機能、または一
以上のＢＦのレベルを減少する化合物が、当該一以上のＢＰＩのレベル若しくは
機能、または当該一以上のＢＦのレベルがコントロール若しくは参考範囲に比し
て増加する、乳癌を有すると疑われているまたは乳癌を有することが知られてい
る被検者に治療のためにまたは予防のために投与される。さらなる実施態様にお
いては、一以上のＢＰＩのレベル若しくは機能、または一以上のＢＦのレベルを
減少する化合物が、当該一以上のＢＰＩのレベル若しくは機能、または当該一以
上のＢＦのレベルがコントロール若しくは参考範囲に比して減少する、乳癌を有
すると疑われているまたは乳癌を有することが知られている被検者に治療のため
にまたは予防のために投与される。このような化合物の投与による、ＢＰＩの機
能若しくはレベル、またはＢＦのレベルの変化は、例えば、サンプル（例えば、
血清、血液若しくは尿のサンプルまたは生検組織等の組織サンプル）を得、当該
ＢＦのレベルまたは当該ＢＰＩのレベル若しくは活性、または当該ＢＰＩをコー
ド化するｍＲＮＡのレベル、または前記いずれかの組み合わせをインビトロでア
ッセイすることによって、容易に検出されうる。このようなアッセイは、本明細
書に記載されるような化合物の投与の前後に行なわれる。【０２４１】本発明の化合物としては、いずれの化合物に制限されるものではないが、例え
ば、このような化合物がタキソール、シクロフォスファミド、タモキシフェン、
フルオロウラシル及びドキソルビシンでない場合には乳癌のＢＰＩまたはＢＦの
プロフィールを正常に回復する、小有機分子、タンパク質、ペプチド、抗体、核
酸などが挙げられる。【０２４２】５．１４．２遺伝子治療特定の実施態様において、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、ＢＰＩ関連ポリペプチドま
たはＢＰＩ関連ポリペプチドの断片をコード化する配列を有する核酸は、遺伝子
治療によってＢＰＩの機能を促進するために投与される。遺伝子治療とは、発現
するまたは発現可能な核酸の被検者への投与を意味する。この実施態様において
、核酸は、ＢＰＩの機能を促進することによって治療効果を仲介するそのコード
化されたポリペプチドを生産する。【０２４３】当該分野において利用できるいずれの遺伝子治療方法も本発明に従って使用で
きる。具体的な方法を以下に説明する。【０２４４】遺伝子治療法の一般的なレビューに関しては、Goldspiel et al., 1993, Clin
ical Pharmacy 12:488-505; Wu and Wu, 1991, Biotherapy 3:87-95; Tolstoshe
v, 1993, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 32:573-596; Mulligan, 1993, Scien
ce 260:926-932; and Morgan and Anderson, 1993, Ann. Rev. Biochem. 62:191
-217; May, 1993, TIBTECH 11(5):155-215). Methods commonly known in the a
rt of recombinant DNA technology which can be used are described in Ausu
bel et al. (eds.), 1993, Current Protocols in Molecular Biology, John Wi
ley & Sons, NY; 及び Kriegler, 1990, Gene Transfer and Expression, A Lab
oratory Manual, Stockton Press, NYを参照。【０２４５】好ましい態様において、化合物は、ＢＰＩまたはこれの断片若しくはキメラタ
ンパク質をコード化する核酸からなり、当該核酸は、適当な宿主中でＢＰＩまた
はこれの断片若しくはキメラタンパク質を発現する発現ベクターの一部である。
特に、このような核酸は、ＢＰＩのコーディング領域に操作により連結されたプ
ロモーターを有し、当該プロモーターは誘導性(inducible)または構成性(consti
tutive)（および、必要であれば、組織特異的）である。他の特定の実施態様に
おいては、ＢＰＩのコーディング配列及びいずれかの他の所望の配列がゲノムの
所望の部位での相同組換えを促進する領域に隣接し(flank)、これによりＢＰＩ
核酸の染色体内の発現を提供する核酸分子が使用される(Koller and Smithies,
1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:8932-8935; Zijlstra et al., 1989, Na
ture 342:435-438)。【０２４６】被検者への核酸のデリバリーは直接的であってもよく、この場合には、被検者
は核酸または核酸を運搬する(carrying)ベクターに直接暴露される；このアプロ
ーチはインビボ遺伝子治療として知られている。または、被検者への核酸のデリ
バリーは間接的であってもよく、この場合には、細胞にまずインビトロで核酸を
形質転換した後、被検者に移植する；このアプローチはex vivo遺伝子治療とし
て知られている。【０２４７】特定の実施態様において、核酸は直接インビボで投与され、この際、核酸は発
現してコード化産物を生産する。これは、当該分野において既知の数多くの方法
によって、例えば、適当な核酸の発現ベクターの一部としてこれを構築し、細胞
内になるように投与することによって、例えば、欠損若しくは弱毒化レトロウィ
ルスまたは他のウィルスベクターを用いた感染によって（米国特許第４，９８０
，２８６号を参照）；裸のＤＮＡを直接注入することによって；微粒子の衝撃(m
icroparticle bombardment)（例えば、遺伝子ガン； Biolistic, Dupont)の使用
によって；脂質、細胞表面レセプターまたはトランスフェクション剤(transfect
ing agent)で被覆することによって；リポソーム、微粒子またはマイクロカプセ
ルへの封入によって；核に入ることが知られるペプチドに連結された核酸を投与
することによって；またはレセプターを特異的に発現する細胞タイプを標的にす
るのに使用できる、レセプターが介するエンドサイトーシス（例えば、Wu and W
u, 1987, J. Biol. Chem. 262:4429-4432を参照）を受けるリガンドに連結され
た核酸を投与することによって達成できる。他の実施態様においては、リガンド
が、核酸がリソソームにより分解されるのを防止できる、エンドソームを破壊す
る融合誘導ウィルスペプチドを有する、核酸−リガンド複合体を形成してもよい
。さらなる他の実施態様においては、核酸は、特定のレセプターを標的にするこ
とによって、細胞に特異的な取り込み及び発現についてインビボで標的にされう
る（例えば、１９９２年４月１６日付のＰＣＴ公開公報ＷＯ９２／０６１８０
号 (Wu et al.); １９９２年１２月２３日付のＷＯ９２／２２６３５号 (Wils
on et al.); １９９２年１１月２６日付のＷＯ９２／２０３１６号 (Findeis et
al.); １９９３年７月２２日付のＷＯ９３／１４１８８号 (Clarke et al.),
１９９３年１０月１４日付のＷＯ９３／２０２２１号 (Young)を参照）。ま
たは、核酸は、相同組換えによって、細胞内に導入され、発現用の宿主細胞ＤＮ
Ａ内に取り込まれてもよい(Koller and Smithies, 1989, Proc. Natl. Acad. Sc
i. USA 86:8932-8935; Zijlstra et al., 1989, Nature 342:435-438)。【０２４８】特定に実施態様において、ＢＰＩをコード化する核酸を含むウィルスベクター
が使用される。例えば、レトロウィルスベクターが使用できる（Miller et al.,
1993, Meth. Enzymol. 217:581-599を参照）。これらのレトロウィルスベクタ
ーは、ウィルスゲノムのパッケージングおよび宿主細胞ＤＮＡへの組み込みに必
要でないレトロウィルスの配列を削除するように予め修飾された。遺伝子治療に
使用されるＢＰＩをコード化する核酸をベクター中にクローニングして、これに
より、被検者への遺伝子のデリバリーが容易になる。レトロウィルスベクターに
関するより詳細は、Boesen et al., 1994, Biotherapy 6:291-302に見出され、
これには幹細胞を化学療法により耐性にするために造血幹細胞にｍｄｒ１遺伝子
をデリバリーするのにレトロウィルスベクターを使用することが記載される。遺
伝子治療におけるレトロウィルスベクターの使用を説明する他の引用文献は、Cl
owes et al., 1994, J. Clin. Invest. 93:644-651; Kiem et al., 1994, Blood
83:1467-1473; Salmons and Gunzberg, 1993, Human Gene Therapy 4:129-141;
および Grossman and Wilson, 1993, Curr. Opin. in Genetics and Devel. 3:
110-114がある。【０２４９】アデノウィルスは、遺伝子治療に使用できる他のウィルスベクターである。ア
デノウィルスは、遺伝子を気道上皮にデリバリーするための特に魅力的なベヒク
ルである。アデノウィルスは、自然には、気道上皮に感染して軽い病気を引き起
こす。アデノウィルスを基礎とするデリバリーシステムに関する他のターゲット
としては、肝臓、中枢神経系、内皮細胞、及び筋肉がある。アデノウィルスは、
非分裂細胞を感染できるという利点を有する。Kozarsky and Wilson, 1993, Cur
rent Opinion in Genetics and Development 3:499-503には、アデノウィルスを
基礎とする遺伝子治療のレビューが示される。Bout et al., 1994, Human Gene
Therapy 5:3-10には、アカゲザルの気道上皮に遺伝子を伝達するのにアデノウィ
ルスベクターを使用することが示される。遺伝子治療におけるアデノウィルスの
使用の他の例は、Rosenfeld et al., 1991, Science 252:431-434; Rosenfeld e
t al., 1992, Cell 68:143-155; Mastrangeli et al., 1993, J. Clin. Invest.
91:225-234; ＰＣＴ公開公報ＷＯ９４／１２６４９号; 及び Wang, et al.,
1995, Gene Therapy 2:775-783に見出される。【０２５０】遺伝子治療に使用されるアデノ−関連ウィルス(adeno-associated virus)（Ａ
ＡＶ）がまた報告されている(Walsh et al., 1993, Proc. Soc. Exp. Biol. Med
. 204:289-300; 米国特許第５，４３６，１４６号)。【０２５１】他の遺伝子治療法は、エレクトロポレーション、リポフェクション(lipofecti
on)、リン酸カルシウムによるトランスフェクション(calcium phosphate mediat
ed transfection)、またはウィルスの感染等の方法によって組織培養の細胞に遺
伝子を伝達することに係る。一般的に、伝達方法としては、細胞への選択マーカ
ーの伝達がある。次に、細胞を選択下におき、取り込まれて、伝達された遺伝子
を発現している細胞を単離する。さらに、これらの細胞を被検者にデリバリーす
る。【０２５２】この実施態様において、核酸は、得られる組換細胞のインビボでの投与前に細
胞中に導入される。このような導入は、以下に制限されないが、トランスフェク
ション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、核酸配列を含む
ウィルスまたはバクテリオファージベクターによる感染、細胞融合、クロモソー
ムによる遺伝子の伝達(chromosome-mediated gene transfer)、ミクロセルによ
る遺伝子の伝達(microcell-mediated gene transfer)、スフェロプラスト融合な
どの、当該分野においていずれかの既知の方法によって行なわれる。外来遺伝子
の細胞への導入に関して数多くの技術が当該分野において既知であり（例えば、
Loeffler and Behr, 1993, Meth. Enzymol. 217:599-618; Cohen et al., 1993,
Meth. Enzymol. 217:618-644; Cline, 1985, Pharmac. Ther. 29:69-92を参照
）、受容細胞の必要な発達上の及び生理学的な機能が破壊しない際には、本発明
に従って使用してもよい。核酸が細胞で発現可能であり、好ましくはその細胞子
孫に受け継がれかつ発現可能であるように、細胞に核酸を安定して伝達するため
の技術が提供されるべきである。【０２５３】得られた組換細胞は、当該分野において既知の様々な方法によって被検者にデ
リバリーされうる。好ましい実施態様においては、上皮細胞を、例えば、皮下に
注射する。他の実施態様においては、組換皮膚細胞を被検者に皮膚移植片として
適用してもよい。組換血球（例えば、造血幹または前駆細胞）は静脈内に投与さ
れることが好ましい。使用されることが予想される細胞の量は、所望の効果、被
検者の状態に依存し、当業者に決定できる。【０２５４】核酸を遺伝子治療を目的として導入できる細胞は、望ましい、使用される細胞
タイプを包含し、以下に制限されないが、ニューロン細胞(neuronal cells)、グ
リア細胞（例えば、オリゴデンドロサイト(oligodendrocytes)または星状細胞）
、上皮細胞、内皮細胞、ケラチノサイト、線維芽細胞、筋肉細胞、肝細胞；Ｔリ
ンパ球、Ｂリンパ球、単球、マクロファージ、好中球、好酸球、巨核球、顆粒球
等の血球；様々な幹または前駆細胞、特に例えば、骨髄、臍帯血、抹消血または
胎児肝から得られるような、造血幹または前駆細胞が挙げられる。【０２５５】好ましい実施態様においては、遺伝子治療に使用される細胞は、処置される被
検者にとって自己由来である。【０２５６】組換細胞を遺伝子治療に使用する実施態様においては、ＢＰＩをコード化する
核酸を核酸が細胞またはその子孫に発現可能であるように細胞中に導入した後、
組換細胞を治療効果を目的としてインビボで投与する。特定の実施態様において
は、幹または前駆細胞が使用される。インビトロで単離、維持されうる幹または
前駆細胞が本発明のこの実施態様に従って使用できる（例えば、１９９４年４月
２８日付の、ＰＣＴ公開公報ＷＯ９４／０８５９８号; Stemple and Anderson
, 1992, Cell 71:973-985; Rheinwald, 1980, Meth. Cell Bio. 21A:229; 及び
Pittelkow and Scott, 1986, Mayo Clinic Proc. 61:771を参照）。【０２５７】特定の実施態様においては、遺伝子治療を目的として導入される核酸は、核酸
の発現が適当な転写の誘導物質の存在または不存在を制御することによって制御
可能であるように、コーディング領域に操作により連結される誘導プロモーター
を含む。【０２５８】ＢＰＩをコードするＤＮＡの直接的な注入はまた、例えば、米国特許第５，５
８９，４６６号に記載された技術に従って行なわれてもよい。これらの技術は、
「裸のＤＮＡ(naked DNA)」、即ち、適当な担体に加えてリポソーム、細胞、ま
たは他の材料の不存在下での単離されたＤＮＡの注入を包含する。タンパク質を
コード化し、適当なプロモーターに操作により連結されたＤＮＡの注入によって
、注入部位付近の細胞中でタンパク質が生産され、注入されたＤＮＡによってコ
ード化されたタンパク質に対する被検者の免疫反応が誘発される。好ましい実施
態様において、（ａ）ＢＰＩをコード化するＤＮＡ及び（ｂ）プロモーターから
なる裸のＤＮＡは、被検者に注射されて、ＢＰＩに対する免疫反応を誘発する。【０２５９】５．１４．３乳癌を処置するためのＢＰＩの阻害本発明の一実施態様において、乳癌は、乳癌に冒されていない被検者の血清と
比較して乳癌を有する被検者の血清中で上昇する一以上のＢＰＩのレベルおよび
／または機能を中和する（阻害する）化合物の投与によって処置または予防され
る。これを目的として有用である化合物としては、以下に制限されないが、抗Ｂ
ＰＩ抗体（及びその結合領域を含む断片や誘導体）、ＢＰＩアンチセンスまたは
リボザイム核酸、ならびに相同組換えによって内因性のＢＰＩ機能を「ノックア
ウトする(knockout)」のに使用される機能障害性ＢＰＩをコード化する核酸が挙
げられる（例えば、Capecchi, 1989, Science 244:1288−1292を参照）。ＢＰＩ
の機能を阻害する他の化合物は、既知のインビトロアッセイ、例えば、テスト化
合物の、ＢＰＩの他のタンパク質若しくは結合パートナーとの結合の阻害能、ま
たは既知のＢＰＩの機能の阻害能に関するアッセイを使用することによって同定
できる。好ましくは、このような阻害は、インビトロまたは細胞培養中でアッセ
イされるが、遺伝的なアッセイを使用してもよい。好ましい技術を使用して、化
合物の投与前後でＢＰＩのレベルを検出してもよい。好ましくは、適当なインビ
トロまたはインビボアッセイを用いて、下記により詳述するように、特定の化合
物の効果及びその投与が疾患組織の処置について兆候を示すかどうかを決定する
。【０２６０】特定の実施態様において、ＢＰＩの機能を阻害する化合物は、ＢＰＩの血清レ
ベルまたは機能活性の増加（例えば、正常なレベルまたは所望のレベルより大き
い）が乳癌に冒されていない被検者の血清または所定の参考範囲に比較して検出
される被検者に治療のためにまたは予防のために投与される。当該分野における
標準的な方法を用いて、上記で概説したように、ＢＰＩのレベルまたは機能の増
加を測定できる。好ましいＢＰＩ阻害組成物としては、小分子、即ち、１０００
ダルトン以下の分子がある。このような小分子は本明細書に記載されるスクリー
ニング方法によって同定されうる。【０２６１】５．１４．４ＢＰＩのアンチセンスレギュレーション特定の実施態様において、ＢＰＩの発現は、ＢＰＩアンチセンス核酸の使用に
よって阻害される。本発明は、ＢＰＩまたはその一部をコード化する遺伝子また
はｃＤＮＡに対するアンチセンスである少なくとも６ヌクレオチドを含む核酸の
治療を目的とするまたは予防を目的とする使用を提供するものである。本明細書
で使用される、ＢＰＩ「アンチセンス」核酸は、ＢＰＩをコード化するＲＮＡ（
好ましくはｍＲＮＡ）の一部に対する配列の相補性によってハイブリッド形成で
きる核酸を意味する。アンチセンス核酸は、ＢＰＩをコード化するｍＲＮＡのコ
ーディングおよび／または非コーディング領域に相補的であってもよい。このよ
うなアンチセンス核酸は、ＢＰＩの発現を阻害する化合物として有用であり、乳
癌の処置または予防に使用できる。【０２６２】本発明のアンチセンス核酸は、２本鎖または１本鎖のオリゴヌクレオチド、Ｒ
ＮＡ若しくはＤＮＡまたはこれらの修飾若しくは誘導体であり、細胞に直接投与
されてもまたは外因性の導入された配列の転写によって細胞内で生産されてもよ
い。【０２６３】本発明はさらに、以下に記載されるように、製薬上許容できる担体における有
効量の本発明のＢＰＩアンチセンス核酸からなる薬剤組成物を提供するものであ
る。【０２６４】他の実施態様においては、本発明は、本発明のＢＰＩアンチセンス核酸を含む
有効量の組成物を有する細胞を提供することからなる原核または真核細胞におけ
るＢＰＩ拡散配列の発現の阻害方法を提供するものである。【０２６５】ＢＰＩアンチセンス核酸及びその使用を下記に詳細に説明する。【０２６６】５．１４．４．１ＢＰＩアンチセンス核酸ＢＰＩアンチセンス核酸は、少なくとも６個のヌクレオチドを有し、６〜約５
０オリゴヌクレオチドの範囲のオリゴヌクレオチドであることが好ましい。特定
の態様において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド、少なく
とも１５ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、または少なくとも２０
０ヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ若しくはＲＮＡまたはこ
れらのキメラ混合物若しくは誘導体または修飾体であってもよく、１本鎖であっ
てもまたは２本鎖であってもよい。オリゴヌクレオチドは、塩基部分、糖部分、
またはリン酸主鎖で修飾されてもよい。オリゴヌクレオチドは、ペプチド等の他
の付加基(appended group)；細胞膜（例えば、Letsinger et al., 1989, Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 86:6553-6556; Lemaitre et al., 1987, Proc. Natl. Ac
ad. Sci. 84:648-652; １９９８年１２月１５日に公開された、ＰＣＴ公開公報
ＷＯ８８／０９８１０号を参照）若しくは血液脳関門（例えば、１９８８年４
月２５日に公開された、ＰＣＴ公開公報ＷＯ８９／１０１３４号を参照）での
輸送を容易にする物質；ハイブリダイゼーションの引き金になる切断物質(hybri
dization-triggered cleavage agent)（例えば、Krol et al., 1988, BioTechni
ques 6:958-976を参照）または挿入剤（例えば、Zon, 1988, Pharm. Res. 5:539
-549を参照）を含んでもよい。【０２６７】本発明の好ましい態様において、ＢＰＩアンチセンスオリゴヌクレオチドは、
好ましくは１本鎖ＤＮＡで形成されることが好ましい。オリゴヌクレオチドは、
当該分野において通常知られている置換基でその構造のいずれかの位置で修飾さ
れてもよい。【０２６８】ＢＰＩアンチセンスオリゴヌクレオチドは、下記５−フルオロウラシル、５−
ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、
キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウラ
シル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシ
メチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルクエオ
シン(beta-D-galactosylqueosine)、イノシン、Ｎ６−イソペンチルアデニンア
デニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン
、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチル
シトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラ
シル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルクエ
シン(beta-D-mannosylqueosine)、５'−メトキシカルボキシメチルウラシル、５
−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシ
ル−５−オキシ酢酸（ｖ）(uracil-5-oxyacetic acid (v))、ワイブトキソシン(
wybutoxosine)、シュードウラシル、クエオシン(queosine)、２−チオシトシン
、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５メ
チルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキ
シ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２
−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６−ジアミノプリン、
及び他の塩基類似体の少なくとも一を有していてもよい。【０２６９】他の実施態様において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも一の修飾糖部分、
例えば、下記糖部分：アラビノース、２−フルオロアラビノース、キシルロース
、及びヘキソースの一を有する。【０２７０】さらなる他の実施態様においては、オリゴヌクレオチドは、少なくとも一の下
記修飾リン酸主鎖(modified phosphate backbone)：ホスホロチオエート(phosph
orthioate)、ホスホロジチオエート、ホスホロアミドチオエート、ホスホルアミ
デート(phosphoramidate)、ホスホルジアミデート、メチルホスホネート、アル
キルホスホトリエステル、ホルムアセタール(formacetal)、またはホルムアセタ
ールの類似体を有する。【０２７１】さらなる他の実施態様においては、オリゴヌクレオチドは、α−アノマーオリ
ゴヌクレオチドである。α−アノマーオリゴヌクレオチドは、一般的なβ−ユニ
ットとは反対に、ストランドが相互に平行に走っている相補的なＲＮＡと特異的
な２本鎖ハイブリッドを形成する(Gautier et al., 1987, Nucl. Acids Res. 15
:6625-6641)。【０２７２】オリゴヌクレオチドは、他の分子、例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーショ
ンの引き金になる架橋剤(hybridization triggered cross-linking agent)、輸
送剤、またはハイブリダイゼーションの引き金になる切断物質(hybridization-t
riggered cleavage agent)に接合されてもよい。【０２７３】本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば、（Biosearch, Applied Biosystems
などから市販されているような）自動型のＤＮＡ合成器を使用することによって
、当該分野において既知の標準的な方法によって合成されてもよい。例としては
、ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドをSteinらの方法(1988, Nucl. Acids
Res. 16:3209)によって合成してもよく、また、メチルホスホロチオエートオリ
ゴヌクレオチドを制御された多孔質ガラスポリマー支持体の使用によって調製し
てもよい(Sarin et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:7448-7451)。【０２７４】特定の実施態様においては、本発明のＢＰＩアンチセンス核酸は、外因性の配
列からの転写によって細胞内で製造される。例えば、ベクターを細胞によって取
り込まれるようにインビボで導入して、この細胞内でベクターまたはこの一部を
転写して、本発明のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を製造する。このようなベクタ
ーは、ＢＰＩアンチセンス核酸をコード化する配列を含むであろう。このような
ベクターは、所望のアンチセンスＲＮＡを製造するように転写できるものである
限り、エピソームであってもまたはクロモソームに組み込まれてもよい。このよ
うなベクターは、当該分野における組換ＤＮＡ技術標準によって構築できる。ベ
クターは、哺乳動物細胞での複製及び発現に使用される、プラスミド、ウィルス
、または当該分野において既知の他のものであってもよい。ＢＰＩアンチセンス
ＲＮＡをコード化する配列の発現は、哺乳動物、好ましくはヒト、細胞中で作用
する当該分野において既知のプロモーターによることができる。このようなプロ
モーターは、誘導性(inducible)であってもまたは構成性(constitutive)であっ
てもよい。このようなプロモーターの例は上記で概説する。【０２７５】本発明のアンチセンス核酸は、ＢＰＩをコード化する遺伝子、好ましくはＢＰ
Ｉをコード化するヒト遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的である配
列を有する。しかしながら、好ましいものの、完全な相補性は必要ではない。本
明細書中で称される「ＲＮＡの少なくとも一部に相補的な」配列とは、ストリン
ジェントな条件（例えば、６５(Ｃでの７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）
、１ｍＭＥＤＴＡにおけるハイブリダイゼーション及び６８(Ｃでの０．１×
ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳによる洗浄からなる非常にストリンジェントな条件、ま
たは４２(Ｃでの０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳによる洗浄からなる適度にス
トリンジェントな条件）下でＲＮＡとハイブリッド形成して、安定したデュプレ
ックスを形成できるのに十分な相補性を有する配列を意味する；ゆえに、２本鎖
のＡＰＩアンチセンス核酸の場合には、デュプレックスＤＮＡの１本鎖を試験さ
れてもよく、またはトリプレックスの形成をアッセイしてもよい。ハイブリッド
形成能は、相補性の度合い及びアンチセンス核酸の長さの双方に依存するであろ
う。通常、ハイブリッド形成する核酸が長くなるほど、核酸が含むＢＰＩをコー
ド化するＲＮＡとの塩基のミスマッチが増加するが、依然として安定なデュプレ
ックス（または、場合によってはトリプレックス）を形成する。当業者は標準的
な方法の使用によりミスマッチの許容できる程度を確認して、ハイブリッド形成
複合体の融点を測定できる。【０２７６】５．１４．４．２ＢＰＩアンチセンス核酸の治療用途ＢＰＩアンチセンス核酸は、ターゲットＢＰＩが乳癌を有すると疑われている
または乳癌に冒されている被検者の血清中で過剰に発現する際に乳癌を処置また
は予防するのに使用できる。好ましい実施態様においては、１本鎖ＤＮＡのＢＰ
Ｉアンチセンスオリゴヌクレオチドが使用される。【０２７７】ＢＰＩをコード化するＲＮＡを発現するまたは過剰に発現する細胞型は、当該
分野において既知の様々な方法によって同定できる。このような細胞型としては
、以下に制限されないが、白血球（例えば、好中球、マクロファージ、単球）及
び定住細胞（例えば、星状細胞、グリア細胞、ニューロン細胞、及び上衣細胞）
挙げられる。このような方法としては、以下に制限されないが、ＢＰＩに特異的
な核酸とのハイブリダイゼーション（例えば、ノーザンハイブリダイゼーション
、ドットブロットハイブリダイゼーション、in situハイブリダイゼーションな
ど）、細胞型からのＲＮＡがＢＰＩにインビトロで翻訳されることができること
を観察すること、イムノアッセイなどが挙げられる。好ましい態様においては、
被検者からの１次組織を、例えば、免疫細胞化学またはin situハイブリダイゼ
ーションによって、処置前にＢＰＩの発現についてアッセイできる。【０２７８】製薬上許容できる担体における有効量のＢＰＩアンチセンス核酸からなる、本
発明の薬剤組成物は、乳癌を有する患者に投与できる。【０２７９】乳癌の処置に有効であろうＢＰＩアンチセンス核酸の量は、標準的な臨床技術
によって決定できる。【０２８０】特定の実施態様においては、一以上のＢＰＩアンチセンス核酸からなる薬剤組
成物は、リポソーム、微粒子、またはマイクロカプセルにより投与される。本発
明の様々な実施態様においては、このような組成物はＢＰＩアンチセンス核酸の
一様の放出を達成するのに使用される。【０２８１】５．１４．５阻害性リボザイムおよび３重らせんアプローチ他の実施態様において、乳癌の症状は、ＢＰＩをコード化する遺伝子配列を既
知の遺伝子「ノックアウト」、リボザイムまたは３重らせん方法と組み合わせて
使用してＢＰＩの遺伝子発現を減少することによってＢＰＩのレベルまたはＢＰ
Ｉ活性を減少することにより緩和されてもよい。このアプローチでは、リボザイ
ムまたは３重らせん分子は、ＢＰＩをコード化する遺伝子の活性、発現または合
成を調節し、これにより乳癌の症状を緩和するのに使用される。このような分子
は、突然変異型または非突然変異型のターゲット遺伝子の発現を抑制するまたは
阻害するように設計されてもよい。このような分子の製造及び使用技術は当業者
にはよく知られている。【０２８２】ＢＰＩをコード化する遺伝子ｍＲＮＡ転写物を触媒で切断するように設計され
るリボザイム分子は、ターゲット遺伝子ｍＲＮＡの翻訳、従って遺伝子産物の発
現を防止するのに使用できる。（例えば、１９９０年１０月４日に公開された、
ＰＣＴ国際公報ＷＯ９０／１１３６４号; Sarver et al., 1990, Science 247
:1222-1225を参照）。【０２８３】リボザイムは、ＲＮＡの特異的な切断を触媒することができる酵素ＲＮＡ分子
である。（レビューとして、Rossi, 1994, Current Biology 4, 469-471を参照
）。リボザイムの作用メカニズムは、相補的なターゲットＲＮＡへのリボザイム
分子の配列特異的なハイブリッド形成、さらにはエンドヌクレアーゼによる切断
(endonucleolytic cleavage event)を含む。リボザイム分子の組成は、ターゲッ
ト遺伝子ｍＲＮＡに相補的な一以上の配列を含まなければならず、また、ｍＲＮ
Ａの切断に応答できる既知の触媒配列を含まなければならない。この配列につい
ては、例えば、米国特許第５，０９３，２４６号を参照し、これは参考により完
全に本明細書に引用される。【０２８４】認識配列に特異的な部位でｍＲＮＡが切断するリボザイムをＡＰＩをコード化
するｍＲＮＡを破壊するのに使用できるが、シュモクザメのリボザイムの使用が
好ましい。シュモクザメのリボザイムはターゲットｍＲＮＡと相補的な塩基対を
形成するフランキング領域によって要求される一でｍＲＮＡを切断する。ターゲ
ットｍＲＮＡが下記２塩基配列：５’−ＵＧ−３’を有することが唯一の必要条
件である。シュモクザメのリボザイムの構築及び製造は当該分野においてよく知
られており、Myers, 1995, Molecular Biology and Biotechnology: A Compreh
ensive Desk Reference, VCH Publishers, New York, (see especially Figure
4, page 833)におよびHaseloff and Gerlach, 1988, Nature, 334, 585-591に十
分記載されており、これらはそれぞれ参考により完全に本明細書に引用される。【０２８５】好ましくは、リボザイムは、切断認識部位がＡＰＩをコード化するｍＲＮＡの
５’末端付近に位置するように、すなわち、有効性を上げかつ非機能性ｍＲＮＡ
転写物の細胞内の蓄積を最小限にするように、操作される。【０２８６】本発明のリボザイムはまた、テトラヒメナサーモフィラ(Tetrahymena therm
ophila)に自然に発生する（ＩＶＳ、またはＬ−１９ＩＶＳＲＮＡとして知
られる）、Thomas Cech and collaborators (Zaug, et al., 1984, Science, 22
4, 574-578; Zaug and Cech, 1986, Science, 231, 470-475; Zaug, et al., 19
86, Nature, 324, 429-433; University Patents Inc.による国際公開公報ＷＯ
８８／０４３００号; Been and Cech, 1986, Cell, 47, 207-216)によって広
範に記載されるものなどのＲＮＡエンドヌクレアーゼ（以降、「Ｃｅｃｈ型リボ
ザイム(Cech-type ribozyme)」）をも含む。Ｃｅｃｈ型リボザイムは、ターゲッ
トＲＮＡ配列とハイブリッド形成した後ターゲットＲＮＡの切断が起こる８塩基
対の活性部位を有する。本発明は、ＢＰＩをコード化する遺伝子中に存在する８
塩基対の活性部位配列を標的とする上記Ｃｅｃｈ型リボザイムを包含する。【０２８７】アンチセンスアプローチにおけるのと同様、リボザイムは、修飾オリゴヌクレ
オチド（例えば、安定性、ターゲッティングなどを改善するため）からなっても
よく、インビボでＢＰＩを発現する細胞にデリバリーされなければならない。好
ましいデリバリー方法は、トランスフェクションされた細胞がＢＰＩをコード化
する内因性のｍＲＮＡを破壊し、翻訳を阻害するのに十分な量のリボザイムを製
造するように、強力な構成性ｐｏｌＩＩＩまたはｐｏｌＩＩプロモーターの
制御を受けてリボザイムを「コード化する」ＤＮＡ構築物を用いるものである。
リボザイムは、アンチセンス分子とは異なり、触媒性であるため、より低い細胞
内濃度が有効のために必要である。【０２８８】内因性ＢＰＩ発現はまた、ターゲット相同組換(targeted homologous recombi
nation)を用いて、ＢＰＩをコード化する遺伝子、またはこのような遺伝子のプ
ロモーターを不活性化するまたは「ノックアウトする」ことによって抑制されて
もよい（例えば、Smithies, et al., 1985, Nature 317:230-234; Thomas and C
apecchi, 1987, Cell 51:503-512; Thompson et al., 1989, Cell 5:313-321;
及び Zijlstra et al., 1989, Nature 342:435-438を参照。これらはそれぞれ参
考により完全に本明細書に引用される）。例えば、内因性遺伝子（ＢＰＩをコー
ド化する遺伝子のコーディング領域または調節領域）に相同性のあるＤＮＡに隣
接する非機能性ＢＰＩをコード化する突然変異遺伝子（または完全に関連のない
ＤＮＡ配列）が、インビボでターゲット遺伝子を発現する細胞にトランスフェク
ションするのに、選択マーカーおよび／またはネガティブな選択マカーと共にま
たはこのようなマーカーなしで、使用できる。ターゲット相同組換による、ＤＮ
Ａ構築物の挿入によって、ターゲット遺伝子の不活性化が起こる。このようなア
プローチは、ＥＳ（胚幹）細胞の修飾が不活性なターゲット遺伝子を有する動物
の子孫を得るのに使用できる農業分野で特に適する（例えば、Thomas and Capec
chi, 1987 and Thompson, 1989, supraを参照）。しかしながら、このアプロー
チは、組換ＤＮＡ構築物が直接投与されるまたは適当なウィルスベクターを用い
てインビボの必要な部位に標的とされる場合にはヒトでの使用に適合してもよい
。【０２８９】または、ＢＰＩをコード化する遺伝子の内因性の発現は、遺伝子の調節領域（
即ち、遺伝子のプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的であるデオ
キシリボヌクレオチド配列を標的として体内の標的細胞でのＢＰＩをコード化す
る遺伝子の転写を防止する３重らせん構造を形成することによって抑制できる。
（一般的に、Helene, 1991, Anticancer Drug Des., 6(6), 569-584; Helene, e
t al., 1992, Ann. N.Y. Acad. Sci., 660, 27-36; 及び Maher, 1992, Bioassa
ys 14(12), 807-815を参照）。【０２９０】転写の阻害を目的とした３重らせんの形成に使用される核酸分子は、１本鎖で
、デオキシヌクレオチドから構成されなければならない。こえらのオリゴヌクレ
オチドの塩基組成は、通常デュプレックスの一方のストランドに存在するプリン
またはピリミジンの相当の大きさのストレッチを必要とする、フーグスティーン
型塩基対ルールにより３重らせんの形成を促進するように設計されなければなら
ない。ヌクレオチド配列はピリミジンを基礎とし、これにより得られる３重らせ
んの３本の会合ストランドにＴＡＴ及びＣＧＣ⁺が生じる。このピリミジンリッ
チな分子は、そのストランドに平行な方向でデュプレックスの１本鎖のプリンリ
ッチな領域との塩基の相補性を提供する。加えて、プリンリッチである、例えば
、Ｇ残基のストレッチを含む核酸分子が選択されてもよい。これらの分子はＣＧ
対がリッチであるＤＮＡデュプレックスと３重らせんを形成するであろう。この
際、大部分のプリン残基は標的となるデュプレックスの１本鎖上に位置し、これ
によりトリプレックスの３本のストランドにＧＧＣトリプレットが生じる。【０２９１】または、３重らせんの形成について標的とされうる潜在的な配列は、いわゆる
「スイッチバック」核酸分子を作製することによって増加する。スイッチバック
分子は、まずデュプレックスの一方のストランドと、次に他方と塩基対を形成す
るように、５’−３’、３’−５’を交互に合成され、デュプレックスの一方の
ストランドに存在するプリンまたはピリミジンを相当の大きさにストレッチに対
する必要性を排除する。【０２９２】本明細書に記載されるアンチセンス、リボザイム、または３重らせん分子を突
然変異した遺伝子の発現を阻害するのに利用する際には、技術が、存在するＢＰ
Ｉの濃度が正常な表現型に必要であるのに比して低い状況が生じるほど非常に有
効にＢＰＩの正常な遺伝子アレルによって製造されるｍＲＮＡの転写（３重らせ
ん）または翻訳（アンチセンス、リボザイム）を抑制するまたは阻害することが
可能である。このような場合には、ＢＰＩをコード化する遺伝子の活性の実質的
に正常なレベルを維持できるようにするために、遺伝子治療を用いて、細胞中に
正常な遺伝子活性を発揮し、どんなアンチセンス、リボザイム、または３重らせ
ん処置を利用していてもその処理を受けやすい配列を含まないＢＰＩをコード化
し、発現する核酸分子を導入してもよい。または、遺伝子が細胞外タンパク質を
コード化する場合には、正常なＢＰＩをＢＰＩ活性の必要なレベルを維持するた
めに一緒に投与してもよい。【０２９３】本発明のアンチセンスＲＮＡ及びＤＮＡ、リボザイム、ならびに３重らせん分
子は、上記したように、ＤＮＡ及びＲＮＡ分子の合成に関して当該分野において
既知のいずれかの方法によって調製される。これらとしては、例えば、固相ホス
ホルアミダイト化学合成等の当該分野においてよく知られているオリゴデオキシ
リボヌクレオチド及びオリゴリボヌクレオチドを化学的に合成する技術がある。
または、ＲＮＡ分子を、アンチセンスＲＮＡ分子をコード化するＤＮＡ配列のイ
ンビトロ及びインビボの転写によって形成してもよい。このようなＤＮＡ配列は
、Ｔ７またはＳＰ６ポリメラーゼプロモーターなどの適当なＲＮＡポリメラーゼ
プロモーターを含む広範なベクター中に取り込まれてもよい。または、使用され
るプロモーターによって、ＲＮＡを構成によりまたは誘導により合成するアンチ
センスｃＤＮＡ構築物を細胞系に安定して導入してもよい。【０２９４】５．１５治療または予防用化合物に関するアッセイ本発明はまた、乳癌の処置または予防を目的とする化合物の効能を同定または
確認するために薬剤の発見に使用されるアッセイを提供するものである。テスト
化合物は、これらが乳癌を有する被検者のＢＦ若しくはＢＰＩレベルを乳癌を持
たない被検者で見出されるレベルに回復できるかまたは乳癌の実験動物モデルで
同様の変化をもたらすことができるかについてアッセイできる。乳癌を有する被
検者のＢＦ若しくはＢＰＩレベルを乳癌を持たない被検者で見出されるレベルに
回復するまたは乳癌の実験動物モデルで同様の変化をもたらすことができる化合
物は、さらなる薬剤の発見のための先導化合物(lead compound)として使用でき
る、または治療のために使用できる。ＢＦ及びＢＰＩの発現は、好ましい技術、
イムノアッセイ、ゲル電気泳動、さらに視覚化、ＢＰＩ活性の検出、または本明
細書で示唆される若しくは当業者に既知の他の方法によってアッセイされうる。
このようなアッセイは、候補薬剤のスクリーニング、臨床上のモニターまたは薬
剤の開発に使用でき、ＢＦまたはＢＰＩの存在比が臨床的病気の代理マーカー(s
urrogate marker)として機能できる。【０２９５】様々な特定の実施態様においては、インビトロアッセイが被検者の疾患に関わ
る細胞型を代表する細胞を用いて行なわれ、化合物がこのような細胞型に所望の
効果を有するかどうかを決定できる。【０２９６】治療に使用される化合物は、ヒトで試験される前に適当な動物モデルで試験さ
れてもよく、これらとしては、以下に制限されないが、ラット、マウス、ニワト
リ、ウシ、サル、ウサギなどが挙げられる。インビボ試験では、ヒトに投与され
る前に、当該分野において既知のいずれかの動物モデルが使用されてもよい。乳
癌の動物モデルの例としては、以下に制限されないが、エストロゲンが枯渇した
重篤な合併免疫不全(MDA-MB-345 estrogen-deprived Severe Combined Immunode
ficient)（ＳＣＩＤ）マウスにおけるＭＤＡ−ＭＢ−３４５(Eccles et al., 19
94 Cell Biophysics 24/25, 279)等のヒト乳癌細胞系の異種移植片が挙げられる
。これらは、これらのモデルで示される病理が乳癌のものと同様であるため、Ｂ
ＦまたはＢＰＩレベルを調節するテスト化合物を試験するのに利用できる。また
、本明細書の開示に基づいて、形質転換動物を一以上のＢＰＩをコード化する一
遺伝子または複数の遺伝子の「ノックアウト」突然変異で製造できることは当業
者には明らかである。遺伝子の「ノックアウト」突然変異は、遺伝子産物に関連
した活性がほとんどまたは完全に存在しないように、突然変異遺伝子を発現させ
ない、または異常な形態で若しくは低レベルで発現させる突然変異である。好ま
しくは、形質転換動物は哺乳動物であり、より好ましくは、形質転換動物はマウ
スである。【０２９７】一実施態様において、ＢＰＩの発現を調節するテスト化合物は、ＢＰＩを発現
する、非ヒト動物（例えば、マウス、ラット、サル、ウサギ、及びモルモット）
、好ましくは乳癌の非ヒト動物モデルで同定される。この実施態様に従うと、テ
スト化合物またはコントロール化合物を動物に投与し、一以上のＢＰＩの発現に
関するテスト化合物の効果を測定する。一ＢＰＩ（または複数のＢＰＩ）の発現
を変更するテスト化合物は、テスト化合物で処置された動物または動物群におけ
る選択された一ＢＰＩ若しくは複数のＢＰＩ（またはこれをコード化するｍＲＮ
Ａ）のレベルをコントロール化合物で処置された動物または動物群におけるＢＰ
ＩまたはｍＲＮＡのレベルと比較することによって同定されうる。当業者に既知
の技術、例えば、in situハイブリダイゼーションを用いて、ｍＲＮＡ及びタン
パク質レベルを測定できる。動物は、テスト化合物の効果をアッセイするために
犠牲にされてもあるいはされなくてもよい。【０２９８】他の実施態様においては、ＢＰＩまたはこの生物学的に活性のある部分の活性
を調節するテスト化合物は、ＢＰＩを発現する、非ヒト動物（例えば、マウス、
ラット、サル、ウサギ、及びモルモット）、好ましくは乳癌の非ヒト動物モデル
で同定される。この実施態様に従うと、テスト化合物またはコントロール化合物
を動物に投与し、ＢＰＩの活性に関するテスト化合物の効果を測定する。一ＢＰ
Ｉ（または複数のＢＰＩ）の活性を変更するテスト化合物は、コントロール化合
物で処置された動物及びテスト化合物で処置された動物をアッセイすることによ
って同定できる。ＢＰＩの活性は、ＢＰＩの細胞の２次メッセンジャーの誘導（
例えば、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）を検出する、Ｂ
ＰＩまたはその結合パートナーの触媒若しくは酵素活性を検出する、レポーター
遺伝子（例えば、ルシフェラーゼまたはグリーン蛍光タンパク質(green fluores
cent protein)等の、検出可能なマーカーをコード化する核酸に操作により連結
される本発明のＢＰＩに応答できる調節要素）の誘導を検出する、または細胞の
応答（例えば、細胞の分化若しくは細胞の増殖）を検出することによって、評価
できる。当業者に既知の技術がＢＰＩの活性の変化を検出するのに使用できる（
例えば、米国特許第５，４０１，６３９号を参照、これは参考により本明細書に
引用される）。【０２９９】さらなる他の実施態様においては、一ＢＰＩ（または複数のＢＰＩ）のレベル
または発現を調節するテスト化合物が、乳癌を有するヒト被検者、好ましくは乳
癌を有するものおよび最も好ましくは重篤な乳癌を有するもので同定される。こ
の実施態様に従うと、テスト化合物またはコントロール化合物をヒト被検者に投
与して、ＢＰＩの発現に関するテスト化合物の効果を、生体試料（例えば、乳癌
の生検または血清、血漿、若しくは尿などの体液）中のＢＰＩまたはこれをコー
ド化するｍＲＮＡの発現を分析することによって測定される。ＢＰＩの発現を変
更するテスト化合物は、コントロール化合物で処置した被検者若しくは被検者群
におけるＢＰＩまたはこれをコード化するｍＲＮＡのレベルをテスト化合物で処
置した被検者若しくは被検者群におけるのと比較することによって同定できる。
または、ＢＰＩの発現の変化は、テスト化合物の投与前後の被検者若しくは被検
者群におけるＢＰＩまたはこれをコード化するｍＲＮＡのレベルを比較すること
によって同定してもよい。当業者に既知の技術を用いて、生体試料を得、ｍＲＮ
Ａまたはタンパク質の発現を分析できる。例えば、本明細書に記載される好まし
い技術を用いて、ＢＰＩのレベルの変化を評価できる。【０３００】他の実施態様においては、一ＢＰＩ（または複数のＢＰＩ）の活性を調節する
テスト化合物が、乳癌を有するヒト被検者、好ましくは乳癌を有するものおよび
最も好ましくは重篤な乳癌を有するもので同定される。この実施態様に従うと、
テスト化合物またはコントロール化合物をヒト被検者に投与して、ＢＰＩの活性
に関するテスト化合物の効果を測定する。ＢＰＩの活性を変更するテスト化合物
は、コントロール化合物で処置した被検者からの生体試料をテスト化合物で処置
した被検者からの試料と比較することによって同定できる。または、ＢＰＩの活
性の変化は、テスト化合物の投与前後の被検者若しくは被検者群におけるＢＰＩ
の活性を比較することによって同定してもよい。ＢＰＩの活性は、生体試料（例
えば、乳癌の生検または血清、血漿、若しくは尿などの体液）においてＢＰＩの
細胞のシグナル伝達経路（例えば、細胞内のＣａ２＋、ジアシルグリセロール、
ＩＰ３など）の誘導、ＢＰＩ若しくはその結合パートナーの触媒若しくは酵素活
性、または細胞の応答、例えば、細胞の分化若しくは細胞の増殖を検出すること
によって評価できる。当業者に既知の技術を用いて、ＢＰＩの２次メッセンジャ
ーの誘導の変化または細胞応答の変化を検出することができる。例えば、ＲＴ−
ＰＣＲが、細胞の２次メッセンジャーの誘導の変化を検出するのに使用できる。【０３０１】好ましい実施態様においては、ＢＰＩのレベルまたは発現をコントロールの被
検者（例えば、乳癌に冒されていないヒト）で検出されるレベルに変更するテス
ト化合物は、さらなる試験または治療用途を目的として選択される。他の好まし
い実施態様においては、ＢＰＩの活性をコントロールの被検者（例えば、乳癌に
冒されていないヒト）で見出される活性に変更するテスト化合物は、さらなる試
験または治療用途を目的として選択される。【０３０２】他の実施態様においては、乳癌に関連する一以上の症状の重篤度を減少するテ
スト化合物が、乳癌を有するヒト被検者、好ましくは乳癌を有する被検者および
最も好ましくは重篤な乳癌を有する被検者で同定される。この実施態様に従うと
、テスト化合物またはコントロール化合物を被検者に投与して、乳癌の一以上の
症状に関するテスト化合物の効果を測定する。一以上の症状を抑制するテスト化
合物は、コントロール化合物で処置された被検者をテスト化合物で処置された被
検者と比較することによって同定できる。乳癌に精通している医師に既知の技術
を用いて、テスト化合物が乳癌に関連する一以上の症状を抑制するかどうかを決
定できる。例えば、乳癌を有する被検者において記憶を促進するまたは錯乱を抑
制するテスト化合物は乳癌を有する被検者を処置するのに有益であろう。【０３０３】好ましい実施態様においては、乳癌を有するヒトにおいて乳癌に関連する一以
上の症状の重篤度を減少するテスト化合物は、さらなる試験または治療用途を目
的として選択される。【０３０４】５．１６治療用及び予防用組成物ならびにこれらの使用本発明は、被検者に有効量の本発明の化合物を投与することからなる処置（お
よび予防）方法を提供するものである。好ましい態様では、化合物は実質的に精
製される（例えば、その効果を制限するまたは望ましくない副作用をもたらす物
質を実質的に含まない）。被検者は、好ましくは動物であり、このような動物と
しては、以下に制限されないが、ウシ、ブタ、ウマ、ニワトリ、ネコ、イヌなど
の動物が挙げられ、好ましくは哺乳動物であり、最も好ましくはヒトである。特
定の実施態様においては、非ヒト哺乳動物が被検者である。【０３０５】化合物が核酸を含む際に使用できる配合物及び投与方法は上記したとおりであ
る；さらなる適当な配合物及び投与経路を以下に記載する。【０３０６】例えば、リポソーム、微粒子、マイクロカプセルへの封入、化合物を発現でき
る組換細胞、レセプターが介するエンドサイトーシス（例えば、Wu and Wu, 198
7, J. Biol. Chem. 262:4429-4432を参照）、レトロウィルス若しくは他のベク
ターの一部としての核酸の構築など、様々なデリバリーシステムが知られており
、本発明の化合物を投与するのに使用できる。導入方法は、経腸または非経口で
あってもよく、以下に制限されないが、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、
鼻腔内、硬膜外、及び経口経路が挙げられる。化合物は、簡便な経路によって、
例えば、輸注若しくは大量注射によって、上皮若しくは粘膜皮膚の内層（例えば
、口腔粘膜、直腸及び腸粘膜など）を介した吸収によって投与されてもよく、他
の生物学的に活性のある薬剤と一緒に投与されてもよい。投与は、全身であって
もまたは局所であってもよい。加えて、脳室内及び髄腔内注射等の、適当な経路
によって中枢神経系に本発明の薬剤組成物を導入することが望ましい；脳室内注
射は、例えば、オマヤレザバー等の、レザバーに付けられた脳室内カテーテルに
よって容易に行なわれる。肺への投与もまた、吸入器またはネブライザーの使用
、ならびにエアゾール剤(aerosolizing agent)による配合によって使用できる。【０３０７】特定の実施態様においては、処置の必要のある領域に局所的に本発明の薬剤組
成物を投与することが望ましい；これは、例えば、以下に制限されるものではな
いが、外科手術中の局所注入、例えば、外科手術後の創傷被覆材と組み合わせた
、局所適用によって、注射によって、カテーテルによって、坐剤によって、また
はインプラントによって、達成される。この際、インプラントはシアラスティッ
ク膜(sialastic membrane)等の膜などの、多孔質、非多孔質、またはゲル状材料
、または繊維からなる。一実施態様においては、投与は、血清へのまたは悪性腫
瘍または腫瘍性若しくは腫瘍前性(pre-neoplastic)組織の部位（または前部位(f
ormer site)）での直接注射によってもよい。【０３０８】他の実施態様においては、化合物は、ベシクル、特にリポソームにデリバリー
されてもよい（Langer, 1990, Science 249:1527-1533; Treat et al., in Lipo
somes in the Therapy of Infectious Disease and Cancer, Lopez-Berestein a
nd Fidler (eds.), Liss, New York, pp. 353-365 (1989); Lopez-Berestein, i
bid., pp. 317-327を参照; 一般的に同書を参照）。【０３０９】さらなる他の実施態様においては、化合物は、制御放出系でデリバリーされて
もよい。一実施態様においては、ポンプが使用されてもよい（Langer, supra; S
efton, 1987, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201; Buchwald et al., 1980,
Surgery 88:507; Saudek et al., 1989, N. Engl. J. Med. 321:574を参照）。
他の実施態様においては、ポリマー材料が使用されてもよい（Medical Applicat
ions of Controlled Release, Langer and Wise (eds.), CRC Pres., Boca Rato
n, Florida (1974); Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design
and Performance, Smolen and Ball (eds.), Wiley, New York (1984); Ranger
and Peppas, J., 1983, Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61; see als
o Levy et al., 1985, Science 228:190; During et al., 1989, Ann. Neurol.
25:351; Howard et al., 1989, J. Neurosurg. 71:105を参照）。さらなる他の
実施態様においては、制御放出系を、治療のターゲット、即ち、脳に配置して、
これにより全身系の投与量の一部のみを必要としてもよい（例えば、Goodson, i
n Medical Applications of Controlled Release, supra, vol. 2, pp. 115-138
(1984)を参照）。【０３１０】他の制御放出系は、Langer (1990, Science 249:1527-1533)によるレビューに
記載される。【０３１１】本発明の化合物がタンパク質をコード化する核酸である特定の実施態様におい
ては、核酸は、例えば、レトロウィルスベクター（米国特許第４，９８０，２８
６号を参照）の使用によって、または直接注射によって、または微粒子の衝撃(m
icroparticle bombardment)（例えば、遺伝子ガン； Biolistic, Dupont)の使用
によって、または脂質若しくは細胞表面レセプター若しくはトランスフェクショ
ン剤(transfecting agent)で被覆することによって、または核に入ることが知ら
れるホメオボックス様ペプチドに連結された核酸を投与する（例えば、Joliot e
t al., 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:1864-1868を参照）ことなどによ
って、適当な核酸の発現ベクターの一部としてこれを構築し、細胞内になるよう
に投与することによって、インビボで投与されてそのコード化されたタンパク質
の発現を促進することができる。または、核酸を細胞内に導入して、相同組換え
によって、発現用の宿主細胞ＤＮＡ内に取り込んでもよい。【０３１２】本発明はまた、薬剤組成物を提供するものである。このような組成物は、治療
上有効な量の化合物、及び製薬上許容できる担体からなる。特定の実施態様にお
いて、「製薬上許容できる」ということばは、連邦若しくは州政府の調節局(reg
ulatory agency)によって認可されるまたは米国薬局方若しくは動物、より特に
ヒトで使用される他の通常認識される薬局方に列挙されることを意味する。「担
体」ということばは、これと共に治療が投与される希釈剤、アジュバント、賦形
剤、またはベヒクルを意味する。このような医薬品担体(pharmaceutical carrie
r)は、水及びピーナッツ油、大豆油、鉱油、ゴマ油等の石油、動物、植物または
合成由来のものなどの油などの油などの、滅菌液体であってもよい。水は、薬剤
組成物を静脈内に投与する際に好ましい担体である。生理食塩水ならびにデキス
トロース及びグリセロール水溶液もまた、特に注射溶液用の、液状担体として使
用できる。適当な医薬品賦形剤(pharmaceutical excipient)としては、デンプン
、グルコース、ラクトース、ショ糖、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、チョーク
、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タル
ク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコー
ル、水、エタノールなどが挙げられる。組成物は、必要であれば、少量の湿潤若
しくは乳化剤、またはｐＨ緩衝剤を含んでもよい。これらの組成物は、溶液、懸
濁液、エマルジョン、錠剤、ピル、カプセル、粉末、徐放性配合物などの形態を
とりうる。組成物は、通常の結合剤やトリグリセリド等の担体と共に、坐剤とし
て配合されてもよい。経口用の配合物としては、医薬品グレードのマンニトール
、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、
セルロース、炭酸マグネシウムなどの標準的な担体を含んでもよい。適当な医薬
品担体の例は、E.W. Martinによる"Remington's Pharmaceutical Sciences"に記
載される。このような組成物は、被検者への適当な投与形態を提供できるように
適当な量の担体と共に、好ましくは精製形態の、治療上有効な量の化合物を含む
であろう。配合物は、投与の形態に適合するものでなければならない。【０３１３】好ましい実施態様においては、組成物は、ヒトへの静脈内投与に適する薬剤組
成物として定常的な方法に従って配合される。具体的には、静脈内投与用の組成
物は、滅菌等張緩衝水溶液における溶液である。必要であれば、組成物はまた、
可溶化剤及び注射部位での痛みを和らげるためにリドカインなどの局所麻酔剤を
含んでもよい。通常、成分は、例えば、活性物質の量を示すアンプルまたは小さ
い袋等の密閉容器における乾燥凍結乾燥粉末または水を含まない濃縮物として、
単位投与形態(unit dosage form)で別々にまたは一緒に混合して供給される。組
成物を輸注によって投与しようとする際には、滅菌された医薬品グレードの水ま
たは生理食塩水を含む輸液ボトルで調剤されてもよい。組成物を注射によって投
与する際には、注射用の滅菌水または生理食塩水のアンプルを、成分を投与前に
混合するように提供されてもよい。【０３１４】本発明の化合物は、中和または塩の形態として配合できる。製薬上許容できる
塩としては、塩酸、リン酸，酢酸、シュウ酸、酒石酸等由来のものなどの遊離ア
ミノ基で形成されたもの、およびナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシ
ウム、水酸化第２鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミ
ノエタノール、ヒスチジン、プロカイン等由来のものなどの遊離カルボキシル基
で形成されたものが挙げられる。【０３１５】乳癌の処置に有効であろう本発明の化合物の量は、標準的な臨床技術によって
決定できる。加えて、インビボアッセイを、必要であれば、最適な投与量範囲の
見極めるのを助けるのに使用してもよい。また、配合物中に使用される正確な投
与量は、投与経路、及び病気または疾患の重篤度によって異なるであろうし、開
業医の判断や各被験者の状況に従って決定されるべきである。しかしながら、静
脈内投与に関する適当な投与量の範囲は、通常、体重１ｋｇ当たり約２０〜５０
０μｇの活性化合物である。鼻腔内投与に関する適当な投与量の範囲は、通常、
約０．０１ｐｇ／ｋｇ体重から約１ｍｇ／ｋｇ体重である。有効な投与量はイン
ビトロまたは動物モデル試験システムから引き出される用量反応曲線から外挿さ
れてもよい。【０３１６】坐剤は、通常、０．５重量％〜１０重量％の範囲の活性成分を含む；経口用配
合物は、１０％〜９５％の活性成分を含むことが好ましい。【０３１７】本発明はまた、本発明の薬剤組成物の一以上の成分で充填された一以上の容器
からなる医薬品パック(pharmaceutical pack)またはキットを提供するものであ
る。必要であれば、このような容器に、医薬または生物学的な製品の製造、使用
または販売を規制する政府の局(governmental agency)によって定められた形態
の注意書きをつけてもよい。この注意書きは、（ａ）ヒトへの投与に関する製造
、使用または販売の局による認可、（ｂ）使用に関する説明書、または両方を反
映するものである。【０３１８】６．実施例：乳癌患者の血清中で異なって発現するタンパク質の同定下記方法を用いて、（ａ）初期乳癌を有する１５人の患者、（ｂ）転移性乳癌
を有する１７人の患者からの血清サンプル、及び（ｃ）乳癌に罹っていない被検
者から採取された１３個の関連しないコントロールサンプル中のタンパク質を、
等電点電気泳動さらにはＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離し、分析した。以下に記
載される方法の６．１．１〜６．１．１９（含む）を、ここでは「参考プロトコ
ル」と称する。【０３１９】１．材料および方法６．１．１サンプルの調製タンパク質アッセイ(Pierce BCA Cat # 23225)を、受け取られた各血清サンプ
ルについて行なった。タンパク質の分離の前に、各サンプルを、有益なタンパク
質を干渉するまたは有益なタンパク質の分析を制限するタンパク質を除去するこ
とによってタンパク質の分離を促進、簡便化し、分析を容易にするために、特定
のタンパク質を選択的に除去するために処理した。１９９９年６月１日に提出の
、国際特許第ＰＣＴ／ＧＢ９９／０１７４２号を参照。これは参考により完全に
本明細書に引用され、特に３及び６頁を参照。【０３２０】アルブミン、ハプトグロビン、トランスフェリン及び免疫グロブリンＧ（Ｉｇ
Ｇ）の血清からの除去（「血清除去」）は、サンプルをアルブミン、ハプトグロ
ビン及びトランスフェリンを選択的に除去するための固定化抗体、ならびに免疫
グロブリンＧを選択的に除去するためのプロテインＧ(protein G)を含む一連の
「Ｈｉ−Ｔｒａｐ」カラムに通すアフィニティクロマトグラフィー精製によって
達成された。タンデムに組み合わされた２個のアフィニティカラムを、抗体をＨ
ｉ−Ｔｒａｐカラムに含まれるプロテインＧ−セファロース（プロテインＧ−セ
ファロースＨｉ−Ｔｒａｐカラム(Protein G-Sepharose Hi-Trap column)（１ｍ
ｌ）Pharmacia Cat. No. 17-0404-01）にカップリングすることによって調製し
た。これは、カラムに下記溶液を順次循環することによって行なわれた：（１）
ダルベッコのリン酸緩衝生理食塩水(Dulbecco's Phosphate Buffered Saline)(G
ibco BRL Cat. No. 14190-094)；（２）濃縮抗体溶液；（３）２００ｍＭ炭酸
ナトリウム緩衝液、ｐＨ８．３５；（４）架橋溶液（２００ｍＭ炭酸ナトリウ
ム緩衝液、ｐＨ８．３５、２０ｍＭジメチルピメリミデート(dimethylpimelim
idate)）；および（５）５００ｍＭエタノールアミン、５００ｍＭＮａＣｌ
。次に、３番目の（非誘導化(un-derivatised)）プロテインＧＨｉ−Ｔｒａｐ
カラムをタンデムカラムアセンブリの下端に取り付けた。【０３２１】クロマトグラフィー方法を、一連の７種までの泳動が連続的に行なわれるよう
に、Akta Fast Protein Liquid Chromatography（ＦＰＬＣ）システムを用いて
自動化した。サンプルを、アフィニティクロマトグラフィー媒体が選択的に上記
タンパク質に結合することによりサンプルからこれらを除去する３個のＨｉ−Ｔ
ｒａｐカラムに通した。カラムにのせ、洗浄する段階中にカラムから溶出した非
結合材料の（「流動フラクション(Flowthrough fraction)」）及びImmunopure G
entle Ag/Ab溶出緩衝液(Immunopure Gentle Ag/Ab Elution Buffer)(Pierce Cat
. No. 21013)での溶出段階によって溶出した結合タンパク質の（「結合／溶出フ
ラクション(Bound/Eluted fraction)」）フラクション（具体的には、３ｍｌ／
管）を集めた。非結合材料を含む溶出液をフラクション中に集めて、これを貯め
、遠心限外瀘過によって脱塩／濃縮し、２次元ＰＡＧＥ(2D PAGE)によるさらな
る分析まで貯めて待った。【０３２２】約３００μｇの全タンパク質を含む一定容積の除去血清を分取し、等容の１０
％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ(Fluka 71729)、２．３％（ｗ／ｖ）ジチオトレイトー
ル(BDH 443852A)を添加した。サンプルを９５℃で５分間加熱した後、２０℃に
冷却した。１２５μｌの下記緩衝液をさらにサンプルに添加した：８Ｍ尿素(BDH 452043w) ４％ＣＨＡＰＳ(Sigma C3023) ６５ｍＭジチオトレイトール（ＤＴＴ）２％（ｖ／ｖ）Ｒｅｓｏｌｙｔｅｓ３．５−１０(BDH 44338 2x) この混合物をボルテックスし、１５℃で１３０００ｒｐｍで５分間遠心し、上
清を等電点電気泳動によって分析した。【０３２３】６．１．２等電点電気泳動等電点電気泳動（ＩＥＦ）を、製造社の指示書に記載される方法に従って、Im
mobiline（登録商標） DryStrip Kit (Pharmacia BioTech)を用いて行なった。I
mmobiline（登録商標） DryStrip Kit, Pharmacia, # 18-1038-63, Edition AB
の指示書を参照（参考により完全に本明細書に引用される）。固定化ｐＨ勾配(I
mmobilized pH Gradient)（ＩＰＧ）ストリップ（１８ｃｍ、ｐＨ３〜１０の
非リニアストリップ；Pharmacia Cat. # 17-1235-01）を、Immobiline DryStrip
のユーザーズマニュアルに記載されるようにして、８Ｍ尿素、２％（ｗ／ｖ）
ＣＨＡＰＳ、１０ｍＭＤＴＴ、２％（ｖ／ｖ）Ｒｅｓｏｌｙｔｅｓ３．
５−１０の溶液中で２０℃で一晩再水和した。ＩＥＦでは、５０μｌの上清（上
記と同様にして調製）をストリップにのせ、カップローディングユニット(cup-l
oading unit)をストリップの基本的な末端に置いた。次に、のせられたゲルを鉱
油(Pharmacia 17-3335-01)で被覆して、Pharmacia EPS3500XL power supply (Ca
t 19-3500-01)を用いて、下記プロフィールに従って、電圧を即座にストリップ
に印加した：初期電圧＝３００Ｖで２時間３時間にわたる３００Ｖ〜３５００Ｖのリニアな傾斜１９時間３５００Ｖで保持この方法のすべての段階で、電流制限は１２ゲルで１０ｍＡに設定し、ワット
数の制限を５Ｗに設定した。温度は、泳動中２０℃に維持された。【０３２４】６．１．３ゲル平衡およびＳＤＳ−ＰＡＧＥ最終の１９時間段階の後、ストリップを即座に取り除いて、下記組成：６Ｍ
尿素；２％（ｗ／ｖ）ＤＴＴ；２％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ；３０％（ｖ／ｖ）
グリセロール(Fluka 49767)；０．０５ＭＴｒｉｓ／ＨＣｌ，ｐＨ６．８(Sigm
a Cat T-1503)の第１の溶液中に２０℃で１０分間浸漬した。このストリップを
第一の溶液から取り出して、下記組成：６Ｍ尿素；２％（ｗ／ｖ）ヨードア
セトアミド(Sigma I-6125)；２％（ｗ／ｖ）ＳＤＳ；３０％（ｖ／ｖ）グリ
セロール；０．０５ＭＴｒｉｓ／ＨＣｌ，ｐＨ６．８の第２の溶液中に２０℃
で１０分間浸漬した。第２の溶液から取り除いた後、ストリップを、以下に示さ
れるように修飾して、Hochstrasser et al., 1988, Analytical Biochemistry 1
73: 412-423（参考により完全に本明細書に引用される）に従って、ＳＤＳ−Ｐ
ＡＧＥ用の支持ゲルにのせた。【０３２５】６．１．４支持ゲルの調製ゲルを、下記寸法：２３ｃｍ幅×２４ｃｍ長（後ろの板）；中央の１９ｃｍに
２ｃｍ深さのノッチのある２３ｃｍ幅×２４ｃｍ長（前の板）の２枚のガラス板
の間にキャストした。ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルの共有結合を促進するために、後ろ
の板を、エタノールにおけるγ−メタクリル−オキシプロピルトリメトキシシラ
ン(BindSilane（商標）; Pharmacia Cat. # 17-1330-01)の０．４％溶液で処理
した。前の板を、ゲルの接着を抑制するために(RepelSilane（商標） Pharmacia
Cat. # 17-1332-01)で処理した。過剰の試薬を水で洗浄することによって除去
し、板を乾燥させた。この段階で、ゲルの識別として、および板の被覆面を同定
するマーカーとして、粘着性のバーコードを、ゲルマトリックスと接触しないよ
うな位置に後ろの板に付けた。【０３２６】乾燥板を、１３個のゲルサンドイッチを収容できるキャスティグボックスに組
み込んだ。各サンドイッチの上及び下板を、２．５ｃｍ幅の、１ｍｍ厚のスペー
サーによって間隔をあけた。サンドイッチに、ゲル重合後のサンドイッチの分離
を容易にするためにアセテートシートをはさんだ。次に、キャスティングをHoch
strasser et al., op. citに従って行なった。【０３２７】９〜１６％のリニアなポリアクリルアミドの濃度勾配を、Angelique gradient
casting system (Large Scale Biology)を用いて、前の板のノッチのレベルよ
り２ｃｍ下の位置まで広がるように、キャストした。ストック溶液は下記のとお
りであった。アクリルアミド（水における４０％）は、Serva (Cat. # 10677)か
らであった。架橋剤は、全出発モノマー含量の２．６％（ｗ／ｗ）の濃度の、Ｐ
ＤＡ(BioRad 161-0202)であった。ゲル緩衝液は、０．３７５ＭＴｒｉｓ／Ｈ
Ｃｌ，ｐＨ８．８であった。重合触媒は０．０５％（ｖ／ｖ）ＴＥＭＥＤ(Bio
Rad 161-0801)であり、開始剤は０．１％（ｗ／ｖ）ＡＰＳ(BioRad 161-0700)
であった。ＳＤＳはゲルに含ませず、スタッキングゲルを使用しなかった。キャ
ストされたゲルを、２０℃で一晩重合した後、６ｍｌのゲル緩衝液の入った密閉
ポリエチレンバッグ中に４℃で貯蔵し、４週間以内に使用した。【０３２８】６．１．５ＳＤＳ−ＰＡＧＥ０．５％（ｗ／ｖ）アガロース(Fluka Cat 05075)を、泳動緩衝液（０．０２
５ＭＴｒｉｓ，０．１９８Ｍグリシン(Fluka 50050)，１％（ｗ／ｖ）Ｓ
ＤＳ，微量のブロモフェノールブルーを追加）中に調製した。アガロースが溶解
するまで、アガロース懸濁液を攪拌しながら７０℃に加熱した。支持２次元ゲル
の上部をアガロース溶液で充填し、平衡化ストリップをアガロース中に置き、ゲ
ルが完全に２次元ゲルと接触するまでパレットナイフで軽くたたいた。Amess et
al., 1995, Electrophoresis 16: 1255-1267（参考により完全に本明細書に引
用される）に記載されるように、ゲルを２次元泳動タンクに置いた。活性ゲル領
域を効率よく冷却できるように、緩衝液のレベルがポリアクリルアミドを含む２
次元ゲルの領域の上部より若干高くなるまで、タンクを泳動緩衝液（上記と同様
）で満たした。泳動緩衝液をゲルによって形成された上部の緩衝液コンパートメ
ントに添加した後、電圧をConsort E-833 power supplyを用いて即座にゲルに印
加した。１時間、ゲルを２０ｍＡ／ゲルで泳動した。ワット数の制限は６ゲルを
含むタンクで１５０Ｗに設定し、電圧の制限は６００Ｖに設定した。次に、１時
間後、ブロモフェノールブルーのラインがゲルの下端から０．５ｃｍになるまで
、電圧及びワット数の制限を前記と同様にして、ゲルを４０ｍＡ／ゲルで泳動し
た。緩衝液の温度は泳動中１６℃に維持された。ゲルは２連で泳動しなかった。【０３２９】６．１．６染色電気泳動の作業が終了したら、ゲルを固定のためにタンクからすぐに取り出し
た。ゲルカセットの上の板を注意深く取り除き、ゲルを下の板に結合させたまま
にした。次に、ゲルが付いた下の板を、１２ゲルを収容できる、染色装置に入れ
た。ゲルを、ゲル上を連続的に循環させた、４０％（ｖ／ｖ）エタノール(BDH 2
8719)、１０％（ｖ／ｖ）酢酸(BDH 100016X)、５０％（ｖ／ｖ）水(MilliQ-Mi
llipore)の固定化溶液中に完全に浸した。一晩インキュベートした後、固定化液
をタンクから排出し、ゲルを、７．５％（ｖ／ｖ）酢酸，０．０５％（ｗ／ｖ）
ＳＤＳ，９２．５％（ｖ／ｖ）水に３０分間浸漬することによって下塗した(p
rime)。次に、下塗溶液を排出し、ゲルを、Sypro Red (Molecular Probes, Inc.
, Eugene, Oregon)の染色溶液中に４時間、完全に浸漬することによって染色し
た。この目的に使用できる他の染料は、１９９９年１０月５日に提出された、米
国特許出願第０９／４１２，１６８号に記載され、これは参考により完全に本明
細書に引用される。【０３３０】６．１．７ゲルの撮像(imaging) コンピューターで判読可能な出力を、上記５．１で記載されたApollo 2 スキ
ャナー(Oxford Glycosciences, Oxford, UK)で蛍光染色されたゲルを撮像するこ
とによって得た。このスキャナーは、イメージの形状寸法(geometry)を修正する
のに使用され、スキャニングが正しく行なわれたことを確認するための特性のコ
ントロール特徴(quality control feature)である４種の必須の蛍光マーカー（
Ｍ１、Ｍ２、Ｍ３、Ｍ４と称する）を有するゲルキャリアを有する。【０３３１】スキャニングでは、ゲルを染色液から取り除き、水で洗浄して、簡単に空気乾
燥して、Apollo 2で撮像した。撮像後、ゲルを少量の染色溶液を含むポリエチレ
ンバッグ中に密閉した後、４℃で貯蔵した。【０３３２】６．１．８データのデジタル分析データを、以下により詳細に記載されるように、５．４及び５．５で米国特許
出願第０８／９８０，５７４号（ＷＯ９８／２３９５０号として公開）（参考
により完全に本明細書に引用される）に記載されるのと同様にして処理した。【０３３３】スキャナーからの出力を、まずMELANIE（登録商標） II 2D PAGE 分析プログ
ラム (Release 2.2, 1997, BioRad Laboratories, Hercules, California, Cat.
# 170-7566)を用いて処理し、登録点であるＭ１、Ｍ２、Ｍ３、及びＭ４を自動
的に検出し；イメージの縁を自動的に切り落とし（即ち、ゲル、例えば、参考フ
レームの境界より外側にあるスキャンされたイメージの領域からのシグナルを除
去する）；ちりによるアーチファクトを除去し(filter out)；特徴を検出、定量
し；さらにＧＩＦフォーマットでイメージファイルを作製した。特徴は、下記パ
ラメーターを用いて検出した：平滑性(smooths)＝２ラプラス閾値５０部分閾値(Partials threshold) １飽和＝１００とがり＝０最小長さ(Minimum Perimeter)＝１０６．１．９ｐＩ及びＭＷ値の代入ランドマーク識別(Landmark identification)を用いて、イメージで検出され
た特徴のｐＩ及びＭＷを測定した。ＤＳ１、ＤＳ２、ＤＳ４、ＤＳ５、ＤＳ６、
ＤＳ８、ＤＳ９、ＤＳ１０、ＤＳ１１、ＤＳ１２、及びＤＳ１３と称される、１
１個の顕著な特徴(landmark feature)を標準的な血清イメージで同定した。これ
らの顕著な特徴を図１に示し、表ＸＩＩＩに示されるｐＩ及びＭＷ値を代入した
。【０３３４】【表１３】【０３３５】可能な限り多くのランドマークをデータの各ゲルイメージで同定した。次に、
研究ゲルにおける各特徴を、２つの最も近いランドマークに対してリニアな内挿
または外挿（MELANIE（登録商標）-II ソフトウェアを用いて）を行なうことに
よってｐＩ値に代入し、２つの最も近いランドマークに対してリニアな内挿また
は外挿（MELANIE（登録商標）-II ソフトウェアを用いて）を行なうことによっ
てＭＷ値に代入した。【０３３６】６．１．１０１次マスターイメージによるマッチングイメージを編集して、ちりによるひどいアーチファクトを除去し、タンパク質
の特徴のスミアリング等のひどい異常性を有する、またはローディング若しくは
全体のイメージの輝度が低すぎて最も輝度の高い特徴を超える同定ができない、
または解像度が低すぎて特徴の正確な検出ができないイメージを拒否した。次に
、全体のサンプルセットからの一つの共通したイメージと対を形成することによ
って、イメージを比較した。この共通のイメージ、「１次マスターイメージ(pri
mary master image)」は、タンパク質のロード（最大のロードは最大の特徴の検
出と一致する）、良好に解像されたミオグロビン領域（ミオグロビンを内部標準
として使用した）、及び一般的なイメージの質に基づいて選択された。さらに、
１次マスターイメージは、分析に含まれるすべてのものの一般的に代表となると
考えられるイメージであるものを選択した。（１次マスターゲルが研究ゲルの代
表であると判断されるこのプロセスは、下記方法で再チェックされ、１次マスタ
ーゲルが代表となりえないと見られる場合には、これを拒否して、代表的な１次
マスターゲルが見出されるまでこのプロセスを繰り返した。）それぞれの残った研究ゲルイメージを、共通のタンパク質の特徴が以下に記載
されるように１次マスターゲルとそれぞれ個々のゲルイメージとの間で対になる
ように１次マスターゲルに個々にマッチングさせた。【０３３７】６．１．１１サンプル間のクロスマッチング異なって発現する特徴を同定することを目的として大多数のサンプルの統計学
的な分析を容易にするために、各研究ゲルの形状寸法を、以下のようにしてタン
パク質の特徴のパターン、及び１次マスターのもの間の最大のアライメントにつ
いて調節した。それぞれの研究ゲルのイメージを、個々に、多重解像ゆがみ方法
(multi-resolution warping procedure)を用いて１次マスターイメージの形状寸
法に変換した。この方法は、相互のサンプルの電気泳動分離プロセスの物理的な
パラメーターの小さな変化によって生じるゆがみに関してイメージの形状寸法を
修正するものである。観察された変化は、見出されたゆがみが、局所的及び全体
的なスケールで変動する、単純な形状寸法のゆがみではなく、むしろ滑らかな流
れである。【０３３８】多重解像モデル(multi-resolution modeling)における基本的な原則は、平滑
なシグナルを「スケールスペース(scale space)」での漸進的な変化(evolution)
として形成し、このスペースで、連続的なより細かいスケールでの細部を高分解
シグナルを得るために低解像近似に加える。このようなタイプのモデルは、ベク
ターの流れ場（参考イメージの各画素位置で規定される）に適用され、これによ
り任意の平滑な流れを比較的少ない自由度で形成できる。各イメージをまず、初
期イメージ由来のイメージの、スタック、またはピラミッド状に、変えたが、平
滑にされ、各レベル（ガウスピラミッド）で各方向に２の係数によって解像度を
減少させ、相当するイメージの差を各レベルで計算し、平滑イメージ及びその祖
先（ラプラスピラミッド）間の差異を表わす。ゆえに、ラプラスイメージは異な
るスケールでのイメージの細部を表わす。【０３３９】２種の所定のイメージ間のゆがみを評価するために、ピラミッドでレベル７で
（即ち、解像を７回連続して減少した後）計算を行なった。ラプラスイメージを
双方向での隣接するグリッド位置間で５０％重複する、１６×１６画素のグリッ
ドに分け、参考及びテストイメージの相当するグリッド区間の相互相関を計算し
た。次に、ゆがみの変位(distortion displacement)を、相関マトリックスの最
大の位置によって得た。すべての変位が特定のレベルで算出された後、ピラミッ
ドの次のレベルに内挿し、テストイメージに適用した後、変位に対するさらなる
相関を次のスケールで算出した。【０３４０】ゆがみ(warping)プロセスによって、１次マスターイメージ、及び他のサンプ
ルのイメージにおける共通の特徴間の良好なアライメントが得られた。MELANIE
（登録商標） II 2D PAGE分析プログラムを用いて、１次マスター及び各他のイ
メージ間で約５００〜７００個のマッチした特徴の対を算出、記録した。このプ
ログラムの精度は、上記したようなイメージのアライメントによって有意に向上
した。さらに精度を向上するために、すべの対を最終的にＭｅｌＶｉｅｗ対話式
編集プログラム(MelView interactive editing program)で目で調べ、正しくな
いと認識された残りの対を除いた。このような認識により不適当な対の数が好ま
しい技術（同様の生体試料の繰り返しの分析によって測定される）の全体的な再
現性を超える場合には、１次マスターゲルであると選択されたゲルは１次マスタ
ーゲルとして機能する研究ゲルの代表には不十分であると判断された。この場合
には、１次マスターゲルとして選択されたゲルは拒否され、異なるゲルを１次マ
スターゲルとして選択し、プロセスを繰り返した。【０３４１】次に、すべてのイメージを一緒に加えて複合マスターイメージを作製し、すべ
ての部分イメージのすべてのゲルの特徴の位置及び形状を下記にようにしてこの
複合マスターに重ねた。すべての初期の対を計算、修正及び保存した後、第二の
通過を行ない、これにより元の（ゆがみのない）イメージを２回目に１次マスタ
ーの形状寸法に変換した。この時間は対のゲルの特徴の重心によって規定される
多重連絡点(multiple tie-point)の平滑な内挿によって計算される流れ場を使用
した。ゆえに、複合マスターイメージは、その特徴のディスクリプタで１次マス
ターイメージを初期化することによって得られた。各イメージを１次マスターの
形状寸法に変換したら、複合マスターイメージにピクセル単位でデジタルで合わ
せ、上記した方法によって対にならなかった特徴は複合マスターイメージの記述
(description)に添加されたと考えられ、重心は流れ場の修正を用いてマスター
形状寸法に調節された。【０３４２】処理の最終的な段階は、複合マスターイメージ及びその特徴のディスクリプタ
に適当され、これは共通の形状寸法に変換された研究におけるすべてのイメージ
からのすべての特徴が表わす。これらの特徴を、これらの間の重複度合いによっ
て、関連するセットまたは「クラスター」に分けた。次に、各クラスターに、単
一の同定指数、分子クラスター指数(molecular cluster index)（ＭＣＩ）を与
えた。【０３４３】ＭＣＩは、異なるイメージでのマッチした特徴のセットを明らかにする。ゆえ
に、ＭＣＩは、異なるサンプルにおける２次元分離の等しい位置で溶出する一タ
ンパク質または複数のタンパク質を表わす。【０３４４】６．１．１２プロフィールの構築研究されたすべての成分ゲルを最終的な複合マスターイメージに合わせた後、
各特徴の強さを測定、保存した。この分析の最終結果は、それぞれの同定された
特徴に関して：１）複合マスターイメージ内の相当する特徴（ＭＣＩ）に対する
単一の識別コード、２）ゲル内の特徴のｘ、ｙ座標、３）ＢＦの等電点（ｐＩ）
、４）ＢＦの見掛け分子量（ＭＷ）、５）シグナル値、６）それぞれの前記測定
の標準偏差、及び７）この特徴がマッチするマスターゲルへの各特徴のＭＣＩの
連結方法を、含んだデジタルプロフィールの形成であった。実験情報管理システ
ム(Laboratory Information Management System)（ＬＩＭＳ）によって、このＭ
ＣＩプロフィールは、ゲルプロフィールデータベースのコンピューター分析によ
って同定されたタンパク質を検索できるように、これから生じた実際の貯蔵され
たゲルに追跡可能であった。また、ＬＩＭＳにより、プロフィールを元のサンプ
ルまたは患者にまで追跡することもできた。【０３４５】６．１．１３プロフィールの統計学的な分析以下に記載する補足的な統計学的なストラテジーを用いて、マスター群のＭＣ
ＩからＢＦを同定した。しかしながら、当業者は、使用されるさらなる統計学的
な方法を選択することができ、本発明はこれらの分析方法に制限されるものでは
ないと解される。【０３４６】ＭＣＩ内の各ＢＦの平均の割合を表わす折りたたみ変化(fold change)を、コ
ントロール及び乳癌サンプルの各セット間の各ＭＣＩについて算出した。折りた
たみ変化の平均に関する９５％の信頼限界を算出した。信頼限界を超えるまたは
未満である折りたたみ変化を有するＭＣＩを、９５％の選択率の有意な折りたた
み変化の閾値の基準を満たしたＢＦとして選択した。ＭＣＩの折りたたみ変化は
９５％の信頼限界に基づくものであるため、有意な折りたたみ変化の閾値はそれ
自体９５％であることになる。【０３４７】第二の重複しないストラテジー(non-overlapping strategy)は、ウィルコクソ
ンランク−合計テスト(Wilcoxon Rank-Sum test)の使用によるものである。この
テストは、各ＭＣＩを基礎としてコントロール及び乳癌サンプル間で行なわれる
。０．０５以下のｐ−値を記録したＭＣＩを、９５％の選択率の統計学的に有意
なＢＦとして選択した。【０３４８】第三の重複しない選択ストラテジーは、質的な存在または不存在のみに基づく
ものである。この方法を用いて、特徴の存在率（％）を、このような質的な基準
のみ、即ち、存在または不存在に基づいて潜在的なＢＦである各ＭＣＩについて
コントロールサンプル及び乳癌患者サンプルで算出した。乳癌サンプルで９５％
以上の特徴の存在率（％）及びコントロールサンプルで５％以下の特徴の存在率
（％）を記録したＭＣＩを、９５％の選択率の質的に異なるＢＦとして選択した
。９５％の選択率の質的に異なるＢＦの第２の群を、コントロールサンプルで９
５％以上の特徴の存在率（％）及び乳癌血清サンプルで５％以下の特徴の存在率
（％）を記録したＭＣＩによって形成した。【０３４９】制限されるものではないが、これらの３種の分析ストラテジーの一以上の適用
によって、ＢＦが（ａ）所定の選択率の有意な折りたたみ変化の閾値、または（
ｂ）ウィルコクソンランク−合計テスト(Wilcoxon Rank-Sum test)によって測定
される際の統計学的な有意性、または（ｃ）所定の選択率の質的な差異に基づい
て選択できた。【０３５０】ＥＲＦはすべての血清サンプル中に存在し、変動係数はすべてのサンプルで１
０％未満であった。【０３５１】６．１．１４選択されたタンパク質の回収および分析ＢＦにおけるタンパク質をロボットで切り出し、処理してトリプシンペプチド
を得た；これらのペプチドの部分的なアミノ酸配列を、当業者に既知の技術を用
いて、質量分光分析によって、さらには１９９７年６月１８日に提出された特許
第０８／８７７，６０５号（ＷＯ９８／５３３２３号として公開）及び１９９
８年６月１５日に提出された特許第０９／０９４，９９６号に記載されるような
、de novo配列決定(de novo sequencing)によって決定した。これらはそれぞれ
参考により完全に本明細書に引用される。【０３５２】６．２結果これらの初期実験により、乳癌に冒されていない１３人の患者からの血清に比
して１５人の初期乳癌患者からの血清中で減少した１３種の特徴及び増加した７
種の特徴；乳癌に冒されていない１３人の患者からの血清に比して１７人の転移
性乳癌患者からの血清中で減少した１５種の特徴及び増加した７種の特徴が同定
された。これらのＢＦの詳細は、表Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ及びＩＶに示される。各Ｂ
Ｆは、正常な血清と比べて乳癌血清中に異なって存在した（ｐ＜０．０５）。好
ましいＢＦ（ＢＦ−３、ＢＦ−１３、ＢＦ−１９、ＢＦ−２２、ＢＦ−２６、Ｂ
Ｆ−２８、ＢＦ−４０）によっては、差異が非常に有意であった（ｐ＜０．０１
）。【０３５３】部分的なアミノ酸配列をこれらのＢＦ中で異なって存在したＢＰＩについて決
定した。これらのＢＰＩの詳細は、表ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ及びＩＸに示され
る。公的なデータベースのコンピューター検索によって、部分的なアミノ酸配列
（表ＸＩＩに記載されるようにコア配列ならびにＮ−末端及びＣ−末端の集団(m
ass)を有する）、またはこのような部分的なアミノ酸配列をコード化するオリゴ
ヌクレオチドが調べられた公的なデータベースに記載されていなかった少なくと
も１６個のＢＰＩが同定された。【０３５４】本発明は、本願に記載される特定の実施態様の点で制限されるものではなく、
これらの実施態様は本発明の個々の態様を単に詳細に説明するものであると解さ
れる。本明細書で列挙されたものに加えて、本発明の概念に含まれる機能的に等
価な方法及び装置は、前記説明及び添付図面から当業者には明らかであろう。こ
のような修飾及び変更は、添付の特許請求の範囲の概念に含まれると解される。
本願で列挙された引用文献、特許及び特許出願のそれぞれの内容は、参考により
完全に本明細書に引用される。【図面の簡単な説明】【図１】正常な血清及び乳癌を有する被検者から採取された血清との組み合わせを示す
劣化血清（depleted serum）の、２次元電気泳動で得られたイメージであって、
ＤＳ１、ＤＳ２、ＤＳ４、ＤＳ５、ＤＳ６、ＤＳ８、ＤＳ９、ＤＳ１０、ＤＳ１
１、ＤＳ１２およびＤＳ１３を称される１１個のランドマーク特徴を同定するた
めに注釈がつけられている。

【手続補正書】【提出日】平成１４年２月１４日（２００２．２．１４）【手続補正１】【補正対象書類名】明細書【補正対象項目名】特許請求の範囲【補正方法】変更【補正の内容】【特許請求の範囲】【請求項１】（ａ）２次元電気泳動によって被検者からの体液のテストサ
ンプルを分析して、特徴の２次元アレイを形成し、該アレイは、その相対存在比
が乳癌の存在、不存在、段階若しくは重篤度と相関するまたは乳癌の発症若しく
は経過を予想する、ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、ＢＦ
−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１４
、ＢＦ−１５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−１９、ＢＦ−２０
、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２９
、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−３５
、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、及びＢＦ−
４１から選ばれる少なくとも一の選択された乳癌関連特徴(Breast Cancer-Assoc
iated Feature)（ＢＦ）からなり；および（ｂ）テストサンプルにおける各選択された特徴の存在比を、乳癌に冒されてい
ない一人以上のヒトからの体液における前記選択された特徴の存在比と、または
乳癌に冒されていない被検者の前記特徴に関して予め決定された参考範囲と、ま
たはテストサンプルにおける少なくとも一の発現参考特徴(Expression Referenc
e Feature)（ＥＲＦ）の存在比と比較することからなる、被検者において乳癌をスクリーニングする、診断する若しくは予
想する、被検者における乳癌の段階若しくは重篤度を測定する、乳癌が発達する
危険のある被検者を同定する、または乳癌を有する被検者に投与される治療の効
果をモニターする方法。【請求項２】体液は血清または血漿である、請求項１に記載の方法。【請求項３】段階（ｂ）は、サンプルにおける各選択された特徴の存在比
を、乳癌に冒されていない一人以上のヒトからの血清における前記選択された特
徴の存在比とまたは乳癌に冒されていない被検者における前記特徴に関して予め
決定された参考範囲と比較することからなる、請求項１または２に記載の方法。【請求項４】被検者からの血清または血漿のサンプルにおいて、下記乳癌
関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ
）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ
−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−
２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２
７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３
、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、
ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、Ｂ
ＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の少なくとも一を定量的に検出することからなる、被
検者において乳癌をスクリーニングする、診断する若しくは予想する、被検者に
おける乳癌の段階若しくは重篤度を測定する、乳癌が発達する危険のある被検者
を同定する、または乳癌を有する被検者に投与される治療の効果をモニターする
方法。【請求項５】被検者からの血清のサンプルにおいて、下記乳癌関連タンパ
ク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）：ＢＰＩ
−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、Ｂ
ＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−５０、ＢＰ
Ｉ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５の少なくとも一を定量的に検出すること
からなる、被検者において初期乳癌をスクリーニングする、診断するまたは予想
する方法。【請求項６】被検者からの血清のサンプルにおいて、下記乳癌関連タンパ
ク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）：ＢＰＩ
−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−
２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３
２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９
、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５６の少なくとも一を
定量的に検出することからなる、被検者において転移性乳癌をスクリーニングす
る、診断するまたは予想する方法。【請求項７】乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）ＢＰＩ−２７を検出す
ることからなる、請求項４または６に記載の方法。【請求項８】乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）ＢＰＩ−３７を検出す
ることからなる、請求項４または６に記載の方法。【請求項９】定量的に検出する段階はサンプルの少なくとも一のアリコー
トを試験することからなり、該試験する段階は、（ａ）アリコートを予め選択されたＢＰＩに対して免疫特異的である抗体と接触
させ；および（ｂ）抗体及びアリコート中の少なくとも一種間で生じる結合を定量的に測定す
ることからなる、請求項４〜８のいずれか１項に記載の方法。【請求項１０】定量的に検出する段階は複数の予め選択されたＢＰＩの定
量的な検出について複数の抗体を用いて複数のアリコートを試験することからな
る、請求項４〜９のいずれか１項に記載の方法。【請求項１１】該一の抗体または複数の抗体はモノクローナル抗体である
、請求項９または１０に記載の方法。【請求項１２】単離された乳癌関連タンパク質イソ型（ＢＰＩ）ＢＰＩ−
４９からなる製剤。【請求項１３】下記配列：ＡＮまたはＡＧＧを有するペプチドからなる単
離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項１４】タンパク質は約６．０８の等電点（ｐＩ）及び約５９５２
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項１３に記載の製剤。【請求項１５】ｐＩが６．０８の１０％以内であり、ＭＷが５９５２０の
１０％以内である、請求項１４に記載の製剤。【請求項１６】下記乳癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associate
d Protein Isoforms)（ＢＰＩ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰ
Ｉ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−
１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２
４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１
、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、
ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、Ｂ
ＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一に免疫特異的に結
合できる抗体。【請求項１７】モノクローナル抗体である、請求項１６に記載の抗体。【請求項１８】治療上有効な量の請求項１６または１７に記載の抗体また
は該抗体の断片若しくは誘導体及び製薬上許容できる担体からなり、該断片若し
くは誘導体は、請求項１６または１７に記載の抗体の結合ドメインを含むもので
ある、薬剤組成物。【請求項１９】乳癌を処置または予防する必要のある被検者に、治療上有
効な量の請求項１６または１７に記載の抗体または該抗体の断片若しくは誘導体
を投与することからなり、該断片若しくは誘導体は、請求項１６または１７に記
載の抗体の結合ドメインを含むものである、乳癌を処置または予防する方法。【請求項２０】乳癌を処置または予防する必要のある被検者に、下記乳癌
関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ
）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ
−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−
２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２
７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３
、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、
ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、Ｂ
ＰＩ−５５、またはＢＰＩ−５６の一以上をコード化する核酸を治療上有効な量
投与することからなる乳癌を処置または予防する方法。【請求項２１】乳癌を処置または予防する必要のある被検者に、下記乳癌
関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ
）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ
−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−
２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２
７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３
、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、
ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、Ｂ
ＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一以上の発現を阻害する核酸を治療上有効な量投与
することからなる乳癌を処置または予防する方法。【請求項２２】核酸はＢＰＩアンチセンス核酸またはリボザイムである、
請求項２１に記載の方法。【請求項２３】（ａ）ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、またはＢＰＩ関連ポリペプ
チドを候補物質と接触させ；および（ｂ）候補物質がＢＰＩ、ＢＰＩの断片、またはＢＰＩ関連ポリペプチドと相互
作用するか否かを決定することからなる、ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１
０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９
、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、
ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、Ｂ
ＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰ
Ｉ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ
−５４、ＢＰＩ−５５、及びＢＰＩ−５６から選択される乳癌関連タンパク質イ
ソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）、ＢＰＩの断片
、またはＢＰＩ関連ポリペプチドと相互作用する物質のスクリーニングまたは同
定方法。【請求項２４】（ａ）ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現する細
胞の第１集団を候補物質と接触させ；（ｂ）該ＢＰＩまたは該ＢＰＩ関連ポリペプチドを発現する細胞の第２集団をコ
ントロール物質と接触させ；および（ｃ）細胞の第１及び第２集団における該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプ
チドまたは該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ
の発現のレベルを比較する、または細胞の第１及び第２集団における細胞の２次
メッセンジャーの誘導のレベルを比較することからなる、ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１
０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９
、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、
ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、Ｂ
ＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰ
Ｉ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ
−５４、ＢＰＩ−５５、及びＢＰＩ−５６から選択される乳癌関連タンパク質イ
ソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）、またはＢＰＩ
関連ポリペプチドの発現または活性を調節する物質のスクリーニングまたは同定
方法。【請求項２５】（ａ）候補物質を第１の哺乳動物または哺乳動物群に投与
し；（ｂ）コントロール物質を第２の哺乳動物または哺乳動物群に投与し；（ｃ）第１及び第２の群におけるＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドのまた
はＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡの発現のレベ
ルを比較し；およひ（ｄ）必要であれば、第１及び第２の群におけるＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリ
ペプチドのまたはＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮ
Ａの発現のレベルを、正常なコントロール哺乳動物におけるＢＰＩ若しくはＢＰ
Ｉ関連ポリペプチドのまたはＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化
するｍＲＮＡの発現のレベルと比較する、または細胞の第１及び第２集団におけ
る細胞の２次メッセンジャーの誘導のレベルを、正常なコントロール哺乳動物に
おける細胞の２次メッセンジャーの誘導のレベルと比較することからなる、ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１
０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９
、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、
ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、Ｂ
ＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰ
Ｉ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ
−５４、ＢＰＩ−５５、及びＢＰＩ−５６から選択される乳癌関連タンパク質イ
ソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）、またはＢＰＩ
関連ポリペプチドの発現または活性を調節する物質のスクリーニングまたは同定
方法。【請求項２６】哺乳動物は乳癌の動物モデルまたは乳癌を有するヒト被検
者である、請求項２５に記載の方法。【請求項２７】（ａ）第１のアリコートにおいて、候補物質をＢＰＩまた
はＢＰＩ関連ポリペプチドと接触させ、および（ｂ）候補物質の添加後の第１のアリコートにおけるＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポ
リペプチドの活性を、コントロールのアリコートにおけるＢＰＩまたはＢＰＩ関
連ポリペプチドの活性と、または予め決定された参考範囲と比較することからなる、ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１
０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９
、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、
ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、Ｂ
ＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４８、ＢＰ
Ｉ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ
−５４、ＢＰＩ−５５、及びＢＰＩ−５６から選択される乳癌関連タンパク質イ
ソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）、またはＢＰＩ
関連ポリペプチドの活性を調節する物質のスクリーニングまたは同定方法。【請求項２８】ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドは組換タンパク質で
ある、請求項２３、２４または２７に記載の方法。【請求項２９】ＢＰＩ−４９またはこれの補体をコード化するヌクレオチ
ド配列にハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項３０】ＢＰＩ−４９またはこれの補体の少なくとも１０個の連続
したアミノ酸をコード化するヌクレオチド配列にハイブリッド形成する単離され
た核酸分子。【請求項３１】請求項２９または３０に記載の核酸分子からなるベクター
。【請求項３２】請求項２９または３０に記載の核酸分子を発現するように
遺伝子操作された宿主細胞。【請求項３３】（ａ）ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９
、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、
ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、Ｂ
ＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰ
Ｉ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ
−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−
５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６から選択されるＢＰＩをコー
ド化するヌクレオチド配列に相補的である１０個以上の連続したヌクレオチドか
らなる少なくとも一のオリゴヌクレオチドプローブを、被検者からの生体試料か
ら得られたＲＮＡとまたは前記ＲＮＡから複製されたｃＤＮＡと接触させ、この
際、該接触は存在する場合にはヌクレオチド配列とのプローブのハイブリッド形
成が行なえる条件下で起こる；（ｂ）存在する際には、プローブ及びヌクレオチド配列間のハイブリッド形成を
検出し；および（ｃ）存在する際には、段階（ｂ）で検出されたハイブリッド形成を、コントロ
ールサンプルで検出されたハイブリッド形成と、または予め決定された参考範囲
と比較することからなる、被検者における乳癌をスクリーニングする、診断する若しくは予
想するまたは被検者に投与された抗乳癌剤若しくは治療の効果をモニターする方
法。【請求項３４】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジェ
ントな条件下で、核酸配列：ＧＣＮＡＡＹまたは核酸配列：ＧＣＣＡＡＣにハイ
ブリッド形成する単離された核酸分子。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/82 ４Ｃ０８５Ａ６１Ｐ 35/00 16/32 ４Ｃ０８６Ｃ０７Ｋ 14/82 Ｃ１２Ｎ 1/15 ４Ｈ０４５ 16/32 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/02 1/21 1/68 Ａ 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/15 ＺＣ１２Ｑ 1/02 33/483 Ｆ 1/68 33/50 ＺＧ０１Ｎ 27/447 33/53 Ｄ 33/15 Ｍ 33/483 33/566 33/50 33/574 Ａ 33/53 Ｚ 33/577 Ｂ 33/566 37/00 １０２ 33/574 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＡＧ０１Ｎ 27/26 ３１５Ｈ 33/577 ３１５Ｇ 37/00 １０２３２５ＡＡ６１Ｋ 37/02 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＢＺ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷＦターム(参考） 2G045 AA26 AA29 AA40 CA26 DA12 DA13 DA14 DA36 DA78 FB02 FB03 FB05 4B024 AA12 BA36 BA45 CA04 EA04 GA11 HA01 HA14 4B063 QA19 QQ03 QR33 QR55 QR59 QS33 QS34 4B065 AA90X AA93Y AB01 BA02 CA24 CA25 CA46 4C084 AA13 AA30 BA01 ZB26 4C085 AA13 AA14 BB23 BB31 CC21 EE01 4C086 AA01 EA16 MA01 MA04 NA14 ZB26 4H045 AA11 AA30 BA10 CA40 DA75 DA86 EA28 EA51 FA74

Claims

【特許請求の範囲】【請求項１】（ａ）２次元電気泳動によって被検者からの体液のテストサ
ンプルを分析して、特徴の２次元アレイを形成し、該アレイは、その相対存在比
が乳癌の存在、不存在、段階若しくは重篤度と相関するまたは乳癌の発症若しく
は経過を予想する少なくとも一の選択された特徴からなり；および（ｂ）テストサンプルにおける各選択された特徴の存在比を、乳癌に冒されてい
ない一人以上のヒトからの体液における前記選択された特徴の存在比と、または
乳癌に冒されていない被検者の前記特徴に関して予め決定された参考範囲と、ま
たはテストサンプルにおける少なくとも一の発現参考特徴(Expression Referen
ce Feature)（ＥＲＦ）の存在比と比較することからなる、被検者において乳癌をスクリーニングする、診断する若しくは予
想する、被検者における乳癌の段階若しくは重篤度を測定する、乳癌が発達する
危険のある被検者を同定する、または乳癌を有する被検者に投与される治療の効
果をモニターする方法。【請求項２】体液は血清または血漿である、請求項１に記載の方法。【請求項３】該方法は乳癌のスクリーニングまたは診断を目的とするもの
であり、少なくとも一の選択された特徴の相対存在比は乳癌の存在または不存在
と相関する、請求項１または２に記載の方法。【請求項４】該方法は乳癌を有する被検者に投与される治療の効果をモニ
ターすることを目的とするものであり、少なくとも一の選択された特徴の相対存
在比は乳癌の重篤度と相関する、請求項１または２に記載の方法。【請求項５】段階（ｂ）は、サンプルにおける各選択された特徴の存在比
を、乳癌に冒されていない一人以上のヒトからの血清における前記選択された特
徴の存在比とまたは乳癌に冒されていない被検者における前記特徴に関して予め
決定された参考範囲と比較することからなる、請求項２に記載の方法。【請求項６】段階（ｂ）は、下記乳癌関連特徴(Breast Cancer-Associate
d Feature)（ＢＦ）：ＢＦ−１、ＢＦ−２、ＢＦ−３、ＢＦ−４、ＢＦ−５、Ｂ
Ｆ−７、ＢＦ−８、ＢＦ−９、ＢＦ−１０、ＢＦ−１２、ＢＦ−１３、ＢＦ−１
４、ＢＦ−１５、ＢＦ−１６、ＢＦ−１７、ＢＦ−１８、ＢＦ−１９、ＢＦ−２
０、ＢＦ−２２、ＢＦ−２３、ＢＦ−２６、ＢＦ−２７、ＢＦ−２８、ＢＦ−２
９、ＢＦ−３０、ＢＦ−３１、ＢＦ−３２、ＢＦ−３３、ＢＦ−３４、ＢＦ−３
５、ＢＦ−３６、ＢＦ−３７、ＢＦ−３８、ＢＦ−３９、ＢＦ−４０、ＢＦ−４
１、ＢＦ−４２、ＢＦ−４３、ＢＦ−４４、ＢＦ−４５、ＢＦ−４６、ＢＦ−４
７、ＢＦ−４８の一以上を定量的に検出することからなる、請求項１または２に
記載の方法。【請求項７】段階（ａ）は、等電点電気泳動さらにはドデシル硫酸ナトリ
ウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）からなる、請求項１
〜６のいずれか１項に記載の方法。【請求項８】被検者からの血清または血漿のサンプルにおいて、下記乳癌
関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ
）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ
−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−
２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２
７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３
、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、
ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、Ｂ
ＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰ
Ｉ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の少なくとも一を定量的
に検出することからなる、被検者において乳癌をスクリーニングする、診断する
若しくは予想する、被検者における乳癌の段階若しくは重篤度を測定する、乳癌
が発達する危険のある被検者を同定する、または乳癌を有する被検者に投与され
る治療の効果をモニターする方法。【請求項９】定量的に検出する段階はサンプルの少なくとも一のアリコー
トを試験することからなり、該試験する段階は、（ａ）アリコートを予め選択されたＢＰＩに対して免疫特異的である抗体と接触
させ；および（ｂ）抗体及びアリコート中の少なくとも一種間で生じる結合を定量的に測定す
ることからなる、請求項８に記載の方法。【請求項１０】定量的に検出する段階は複数の予め選択されたＢＰＩの定
量的な検出用の複数の抗体を用いて複数のアリコートを試験することからなる、
請求項９に記載の方法。【請求項１１】該一の抗体または複数の抗体はモノクローナル抗体である
、請求項９または請求項１０に記載の方法。【請求項１２】下記単離された乳癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer
-Associated Protein Isoforms)（ＢＰＩ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ
−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３
、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、
ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、Ｂ
ＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰ
Ｉ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ
−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−
５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５
５、ＢＰＩ−５６の一からなる製剤。【請求項１３】請求項１２に記載の少なくとも一の製剤からなるキット。【請求項１４】下記配列：ＥＣＱを有するペプチドからなる単離されたヒ
トタンパク質からなる製剤。【請求項１５】タンパク質は約４．３１の等電点（ｐＩ）及び約２７９３
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項１４に記載の製剤。【請求項１６】ｐＩが４．３１の１０％以内であり、ＭＷが２７９３０の
１０％以内である、請求項１５に記載の製剤。【請求項１７】ｐＩが４．３１の５％以内であり、ＭＷが２７９３０の５
％以内である、請求項１５に記載の製剤。【請求項１８】ｐＩが４．３１の１％以内であり、ＭＷが２７９３０の１
％以内である、請求項１５に記載の製剤。【請求項１９】下記配列：ＣＱＡＴＧＦＳＰＲまたはＣＱＡＴＧＭＳＰＲ
を有するペプチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項２０】タンパク質は約６．４４の等電点（ｐＩ）及び約４４９６
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項１９に記載の製剤。【請求項２１】ｐＩが６．４４の１０％以内であり、ＭＷが４４９６０の
１０％以内である、請求項２０に記載の製剤。【請求項２２】ｐＩが６．４４の５％以内であり、ＭＷが４４９６０の５
％以内である、請求項２０に記載の製剤。【請求項２３】ｐＩが６．４４の１％以内であり、ＭＷが４４９６０の１
％以内である、請求項２０に記載の製剤。【請求項２４】下記配列：ＤＤＦまたはＤＤＭを有するペプチドからなる
単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項２５】下記配列：ＬＥＦＦＰＲ、ＩＥＦＦＰＲ、ＬＥＭＦＰＲ、
ＬＥＦＭＰＲ、ＬＥＭＭＰＲ、ＩＥＭＦＰＲ、ＩＥＦＭＰＲ、またはＩＥＭＭＰ
Ｒを有するペプチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項２６】単離されたタンパク質は、さらに下記配列：ＬＥＦＦＰＲ
、ＩＥＦＦＰＲ、ＬＥＭＦＰＲ、ＬＥＦＭＰＲ、ＬＥＭＭＰＲ、ＩＥＭＦＰＲ、
ＩＥＦＭＰＲ、またはＩＥＭＭＰＲを有するペプチドからなる請求項２５に記載
の製剤。【請求項２７】タンパク質は約５．３４の等電点（ｐＩ）及び約１６６２
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項２４、２５または２６に記載の製剤
。【請求項２８】ｐＩが５．３４の１０％以内であり、ＭＷが１６６２０の
１０％以内である、請求項２７に記載の製剤。【請求項２９】ｐＩが５．３４の５％以内であり、ＭＷが１６６２０の５
％以内である、請求項２７に記載の製剤。【請求項３０】ｐＩが５．３４の１％以内であり、ＭＷが１６６２０の１
％以内である、請求項２７に記載の製剤。【請求項３１】下記配列：ＡＮまたはＡＧＧを有するペプチドからなる単
離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項３２】タンパク質は約６．０８の等電点（ｐＩ）及び約５９５２
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項３１に記載の製剤。【請求項３３】ｐＩが６．０８の１０％以内であり、ＭＷが５９５２０の
１０％以内である、請求項３２に記載の製剤。【請求項３４】ｐＩが６．０８の５％以内であり、ＭＷが５９５２０の５
％以内である、請求項３２に記載の製剤。【請求項３５】ｐＩが６．０８の１％以内であり、ＭＷが５９５２０の１
％以内である、請求項３２に記載の製剤。【請求項３６】下記配列：ＶＹＱ、ＬＬＥＮ、ＬＩＥＮ、ＩＬＥＮ、ＩＩ
ＥＮ、ＬＬＥＧＧ、ＬＩＥＧＧ、ＩＬＥＧＧ、ＩＩＥＧＧ、またはＰＡを有する
一以上のペプチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項３７】タンパク質は約６．０２の等電点（ｐＩ）及び約５９４１
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項３６に記載の製剤。【請求項３８】ｐＩが６．０２の１０％以内であり、ＭＷが５９４１０の
１０％以内である、請求項３７に記載の製剤。【請求項３９】ｐＩが６．０２の５％以内であり、ＭＷが５９４１０の５
％以内である、請求項３７に記載の製剤。【請求項４０】ｐＩが６．０２の１％以内であり、ＭＷが５９４１０の１
％以内である、請求項３７に記載の製剤。【請求項４１】下記配列：ＣＹＣＱＫを有するペプチドからなる単離され
たヒトタンパク質からなる製剤。【請求項４２】タンパク質は約７．２７の等電点（ｐＩ）及び約３０４５
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項４１に記載の製剤。【請求項４３】ｐＩが７．２７の１０％以内であり、ＭＷが３０４５０の
１０％以内である、請求項４２に記載の製剤。【請求項４４】ｐＩが７．２７の５％以内であり、ＭＷが３０４５０の５
％以内である、請求項４２に記載の製剤。【請求項４５】ｐＩが７．２７の１％以内であり、ＭＷが３０４５０の１
％以内である、請求項４２に記載の製剤。【請求項４６】下記配列：ＬＤＤＹＬＮ、ＬＤＤＹＩＮ、ＩＤＤＹＬＮ、
ＩＤＤＹＩＮ、ＬＤＤＹＬＧＧ、ＬＤＤＹＩＧＧ、ＩＤＤＹＬＧＧ、ＩＤＤＹＩ
ＧＧ、ＨＡＱ、ＥＬまたはＥＩを有する一以上のペプチドからなる単離されたヒ
トタンパク質からなる製剤。【請求項４７】タンパク質は約５．９７の等電点（ｐＩ）及び約９１４１
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項４６に記載の製剤。【請求項４８】ｐＩが５．９７の１０％以内であり、ＭＷが９１４１０の
１０％以内である、請求項４７に記載の製剤。【請求項４９】ｐＩが５．９７の５％以内であり、ＭＷが９１４１０の５
％以内である、請求項４７に記載の製剤。【請求項５０】ｐＩが５．９７の１％以内であり、ＭＷが９１４１０の１
％以内である、請求項４７に記載の製剤。【請求項５１】下記配列：ＦＧＰＶＰＲまたはＭＧＰＶＰＲを有するペプ
チドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項５２】タンパク質は約４．７９の等電点（ｐＩ）及び約４７１３
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項５１に記載の製剤。【請求項５３】ｐＩが４．７９の１０％以内であり、ＭＷが４７１３０の
１０％以内である、請求項５２に記載の製剤。【請求項５４】ｐＩが４．７９の５％以内であり、ＭＷが４７１３０の５
％以内である、請求項５２に記載の製剤。【請求項５５】ｐＩが４．７９の１％以内であり、ＭＷが４７１３０の１
％以内である、請求項５２に記載の製剤。【請求項５６】下記配列：ＹＣＴまたはＶＶＥＥを有する一以上のペプチ
ドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項５７】タンパク質は約６．１５の等電点（ｐＩ）及び約１９１７
６０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項５６に記載の製剤。【請求項５８】ｐＩが６．１５の１０％以内であり、ＭＷが１９１７６０
の１０％以内である、請求項５７に記載の製剤。【請求項５９】ｐＩが６．１５の５％以内であり、ＭＷが１９１７６０の
５％以内である、請求項５７に記載の製剤。【請求項６０】ｐＩが６．１５の１％以内であり、ＭＷが１９１７６０の
１％以内である、請求項５７に記載の製剤。【請求項６１】下記配列：ＷＬＧＤ、ＤＡＬＧＤ、ＡＤＬＧＤ、ＥＧＬＧ
Ｄ、ＧＥＬＧＤ、ＶＳＬＧＤ、ＳＶＬＧＤ、ＷＩＧＤ、ＤＡＩＧＤ、ＡＤＩＧＤ
、ＥＧＩＧＤ、ＧＥＩＧＤ、ＶＳＩＧＤ、ＳＶＩＧＤ、ＱＣＶＶＤＦＦＲ、ＱＣ
ＶＶＤＭＦＲ、ＱＣＶＶＤＦＭＲ、またはＱＣＶＶＤＭＭＲを有する一以上のペ
プチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項６２】タンパク質は約６．０７の等電点（ｐＩ）及び約３３４０
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項６１に記載の製剤。【請求項６３】ｐＩが６．０７の１０％以内であり、ＭＷが３３４００の
１０％以内である、請求項６２に記載の製剤。【請求項６４】ｐＩが６．０７の５％以内であり、ＭＷが３３４００の５
％以内である、請求項６２に記載の製剤。【請求項６５】ｐＩが６．０７の１％以内であり、ＭＷが３３４００の１
％以内である、請求項６２に記載の製剤。【請求項６６】下記配列：ＷＬＱＶ、ＤＡＬＱＶ、ＡＤＬＱＶ、ＥＧＬＱ
Ｖ、ＧＥＬＱＶ、ＶＳＬＱＶ、ＳＶＬＱＶ、ＷＩＱＶ、ＤＡＩＱＶ、ＡＤＩＱＶ
、ＥＧＩＱＶ、ＧＥＩＱＶ、ＶＳＩＱＶ、ＳＶＩＱＶ、ＹＦＶ、ＹＭＶ、ＷＬＱ
Ｇ、ＤＡＬＱＧ、ＡＤＬＱＧ、ＥＧＬＱＧ、ＧＥＬＱＧ、ＶＳＬＱＧ、ＳＶＬＱ
Ｇ、ＷＩＱＧ、ＤＡＩＱＧ、ＡＤＩＱＧ、ＥＧＩＱＧ、ＧＥＩＱＧ、ＶＳＩＱＧ
、またはＳＶＩＱＧを有する一以上のペプチドからなる単離されたヒトタンパク
質からなる製剤。【請求項６７】タンパク質は約５．３８の等電点（ｐＩ）及び約６７２９
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項６６に記載の製剤。【請求項６８】ｐＩが５．３８の１０％以内であり、ＭＷが６７２９０の
１０％以内である、請求項６７に記載の製剤。【請求項６９】ｐＩが５．３８の５％以内であり、ＭＷが６７２９０の５
％以内である、請求項６７に記載の製剤。【請求項７０】ｐＩが５．３８の１％以内であり、ＭＷが６７２９０の１
％以内である、請求項６７に記載の製剤。【請求項７１】下記配列：ＤＥＳＬＱＶＡＥＲまたはＤＥＳＩＱＶＡＥＲ
を有するペプチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項７２】タンパク質は約４．９８の等電点（ｐＩ）及び約３５４４
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項７１に記載の製剤。【請求項７３】ｐＩが４．９８の１０％以内であり、ＭＷが３５４４０の
１０％以内である、請求項７２に記載の製剤。【請求項７４】ｐＩが４．９８の５％以内であり、ＭＷが３５４４０の５
％以内である、請求項７２に記載の製剤。【請求項７５】ｐＩが４．９８の１％以内であり、ＭＷが３５４４０の１
％以内である、請求項７２に記載の製剤。【請求項７６】下記配列：ＶＨＮまたはＶＨＧＧを有するペプチドからな
る単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項７７】タンパク質は約５．１３の等電点（ｐＩ）及び約２０７３
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項７６に記載の製剤。【請求項７８】ｐＩが５．１３の１０％以内であり、ＭＷが２０７３０の
１０％以内である、請求項７７に記載の製剤。【請求項７９】ｐＩが５．１３の５％以内であり、ＭＷが２０７３０の５
％以内である、請求項７７に記載の製剤。【請求項８０】ｐＩが５．１３の１％以内であり、ＭＷが２０７３０の１
％以内である、請求項７７に記載の製剤。【請求項８１】下記配列：ＰＦＰまたはＰＭＰを有するペプチドからなる
単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項８２】タンパク質は約６．３７の等電点（ｐＩ）及び約４１２６
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項８１に記載の製剤。【請求項８３】ｐＩが６．３７の１０％以内であり、ＭＷが４１２６０の
１０％以内である、請求項８２に記載の製剤。【請求項８４】ｐＩが６．３７の５％以内であり、ＭＷが４１２６０の５
％以内である、請求項８２に記載の製剤。【請求項８５】ｐＩが６．３７の１％以内であり、ＭＷが４１２６０の１
％以内である、請求項８２に記載の製剤。【請求項８６】下記配列：ＶＰＮまたはＶＰＧＧを有するペプチドからな
る単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項８７】タンパク質は約６．２０の等電点（ｐＩ）及び約６７２８
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項８６に記載の製剤。【請求項８８】ｐＩが６．２０の１０％以内であり、ＭＷが６７２８０の
１０％以内である、請求項８７に記載の製剤。【請求項８９】ｐＩが６．２０の５％以内であり、ＭＷが６７２８０の５
％以内である、請求項８７に記載の製剤。【請求項９０】ｐＩが６．２０の１％以内であり、ＭＷが６７２８０の１
％以内である、請求項８７に記載の製剤。【請求項９１】下記配列：ＦＦ、ＦＭ、ＭＦ、ＭＭ、ＥＮまたはＥＧＧを
有する一以上のペプチドからなる単離されたヒトタンパク質からなる製剤。【請求項９２】タンパク質は約６．７２の等電点（ｐＩ）及び約４７５５
０の見掛け分子量（ＭＷ）を有する、請求項９１に記載の製剤。【請求項９３】ｐＩが６．７２の１０％以内であり、ＭＷが４７５５０の
１０％以内である、請求項９２に記載の製剤。【請求項９４】ｐＩが６．７２の５％以内であり、ＭＷが４７５５０の５
％以内である、請求項９２に記載の製剤。【請求項９５】ｐＩが６．７２の１％以内であり、ＭＷが４７５５０の１
％以内である、請求項９２に記載の製剤。【請求項９６】下記乳癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associate
d Protein Isoforms)（ＢＰＩ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰ
Ｉ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−
１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２
４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１
、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、
ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、Ｂ
ＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰ
Ｉ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ
−５６の一に免疫特異的に結合できる抗体。【請求項９７】モノクローナル抗体である、請求項９６に記載の抗体。【請求項９８】ＢＰＩの他のイソ型よりも大きな親和性でＢＰＩに結合す
る、請求項９６または９７に記載の抗体。【請求項９９】ＢＰＩのいずれかの他のイソ型よりも大きな親和性でＢＰ
Ｉに結合する、請求項９６に記載の抗体。【請求項１００】請求項９６または９７に記載の一以上の抗体からなるキ
ット。【請求項１０１】治療上有効な量の請求項９６または９７に記載の抗体及
び製薬上許容できる担体からなる薬剤組成物。【請求項１０２】治療上有効な量の請求項９６または９７に記載の抗体の
断片または誘導体、この際、該断片または誘導体は抗体の結合ドメインを含む；
および製薬上許容できる担体からなる薬剤組成物。【請求項１０３】乳癌を処置または予防する必要のある被検者に、下記乳
癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰ
Ｉ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰ
Ｉ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ
−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−
２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３
３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２
、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、
ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、Ｂ
ＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一をコード化する核
酸を治療上有効な量投与することからなる乳癌を処置または予防する方法。【請求項１０４】乳癌を処置または予防する必要のある被検者に、下記乳
癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)（ＢＰ
Ｉ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰ
Ｉ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ
−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−
２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３
３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２
、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、
ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、Ｂ
ＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一以上の機能を阻害
する核酸を治療上有効な量投与することからなる乳癌を処置または予防する方法
。【請求項１０５】乳癌の処置または予防に使用される薬剤の製造における
下記乳癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)
（ＢＰＩ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０
、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、
ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、Ｂ
ＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰ
Ｉ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ
−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−
４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５
２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一をコード化
する治療上有効な量の核酸の使用。【請求項１０６】乳癌の処置または世像に使用される薬剤の製造における
下記乳癌関連タンパク質イソ型(Breast Cancer-Associated Protein Isoforms)
（ＢＰＩ）：ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０
、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４、ＢＰＩ−１９、
ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、ＢＰＩ−２５、Ｂ
ＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰ
Ｉ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ
−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−
４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５
２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６の一以上の機能
を阻害する治療上有効な量の核酸の使用。【請求項１０７】核酸はＢＰＩアンチセンス核酸またはリボザイムである
、請求項１０４または１０６に記載の方法。【請求項１０８】（ａ）ＢＰＩ、ＢＰＩの生物学的に活性のある部分、ま
たはＢＰＩ関連ポリペプチドを候補物質と接触させ；および（ｂ）候補物質がＢＰＩ、ＢＰＩの断片、またはＢＰＩ関連ポリペプチドと相互
作用するか否かを決定することからなる、ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、またはＢＰＩ関連ポリペプチドと相互作
用する物質のスクリーニング方法。【請求項１０９】ＢＰＩ、ＢＰＩの断片、またはＢＰＩ関連ポリペプチド
は細胞によって発現される、請求項１０６に記載の方法。【請求項１１０】細胞は組換ＢＰＩ、組換ＢＰＩの断片、または組換ＢＰ
Ｉ関連ポリペプチドを発現する、請求項１０７に記載の方法。【請求項１１１】（ａ）ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドを発現する
細胞の第１集団を候補物質と接触させ；（ｂ）該ＢＰＩまたは該ＢＰＩ関連ポリペプチドを発現する細胞の第２集団をコ
ントロール物質と接触させ；および（ｃ）細胞の第１及び第２集団における該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプ
チドまたは該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ
のレベルを比較する、または細胞の第１及び第２集団における細胞の２次メッセ
ンジャーの誘導のレベルを比較することからなる、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現または活性を調節す
る物質のスクリーニング方法。【請求項１１２】該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチド、該ＢＰＩ
若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ、または該細胞の２
次メッセンジャーのレベルは、細胞の第２集団におけるより細胞の第１集団にお
ける方が大きい、請求項１０９に記載の方法。【請求項１１３】該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチド、該ＢＰＩ
若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ、または該細胞の２
次メッセンジャーのレベルは、細胞の第２集団におけるより細胞の第１集団にお
ける方が小さい、請求項１０９に記載の方法。【請求項１１４】（ａ）候補物質を第１の哺乳動物または哺乳動物群に投
与し；（ｂ）コントロール物質を第２の哺乳動物または哺乳動物群に投与し；および（ｃ）第１及び第２の群におけるＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドのまた
はＢＰＩ若しくはＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡの発現のレベ
ルを比較することからなる、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの発現または活性を調節す
る物質のスクリーニングまたは同定方法。【請求項１１５】哺乳動物は乳癌の動物モデルである、請求項１１２に記
載の方法。【請求項１１６】該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチド、該ＢＰＩ
若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ、または該細胞の２
次メッセンジャーの発現のレベルは、第２の群におけるより第１の群における方
が大きい、請求項１１２または１１３に記載の方法。【請求項１１７】該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチド、該ＢＰＩ
若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡ、または該細胞の２
次メッセンジャーの発現のレベルは、第２の群におけるより第１の群における方
が小さい、請求項１１２または１１３に記載の方法。【請求項１１８】第１及び第２の群における該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関
連ポリペプチド、該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍ
ＲＮＡ、または該細胞の２次メッセンジャーのレベルを、さらに正常なコントロ
ール哺乳動物における該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドまたは該ＢＰ
Ｉ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドをコード化するｍＲＮＡのレベルに比較す
る、請求項１１２に記載の方法。【請求項１１９】該候補物質の投与は、第１の群における該ＢＰＩ若しく
は該ＢＰＩ関連ポリペプチド、または該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチ
ドをコード化するｍＲＮＡ、または該細胞の２次メッセンジャーのレベルを、第
２の群における該ＢＰＩ若しくは該ＢＰＩ関連ポリペプチドまたは該ｍＲＮＡま
たは該細胞の２次メッセンジャーのレベルになるように調節する、請求項１１２
に記載の方法。【請求項１２０】該哺乳動物は乳癌を有するヒト被検者である、請求項１
１２〜１１７のいずれか１項に記載の方法。【請求項１２１】（ａ）候補物質をＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチド
と接触させ；および（ｂ）存在する際には、前記物質及びＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチド間の
結合を定量的に検出することからなる、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドと相互作用する物質のスク
リーニングまたは同定方法。【請求項１２０】（ａ）第１のアリコートにおいて、候補物質をＢＰＩま
たはＢＰＩ関連ポリペプチドと接触させ、および（ｂ）候補物質の添加後の第１のアリコートにおけるＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポ
リペプチドの活性を、コントロールのアリコートにおけるＢＰＩまたはＢＰＩ関
連ポリペプチドの活性と、または予め決定された参考範囲と比較することからなる、ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドの活性を調節する物質のス
クリーニングまたは同定方法。【請求項１２１】ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドは組換タンパク質
である、請求項１１９または１２０に記載の方法。【請求項１２２】ＢＰＩまたはＢＰＩ関連ポリペプチドは固相に固定化さ
れる、請求項１１９〜１２１のいずれか１項に記載の方法。【請求項１２３】ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−
４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４
９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４
、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６またはこれらの補体をコード化するヌクレオチド
配列にハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１２４】ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−
４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４
９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４
、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５６またはこれらの補体の少なくとも１０個の連続し
たアミノ酸をコード化するヌクレオチド配列にハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１２５】請求項１２３または１２４に記載の核酸分子からなるベ
クター。【請求項１２６】請求項１２５に記載のベクターからなる宿主細胞。【請求項１２７】請求項１２３または１２４に記載の核酸分子を発現する
ように遺伝子操作された宿主細胞。【請求項１２８】（ａ）ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、ＢＰＩ−
９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰＩ−１４
、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ−２４、
ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−３１、Ｂ
ＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４０、ＢＰ
Ｉ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５、ＢＰＩ
−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、ＢＰＩ−
５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、ＢＰＩ−５
６から選択されるＢＰＩをコード化するヌクレオチド配列に相補的である１０個
以上の連続したヌクレオチドからなる少なくとも一のオリゴヌクレオチドプロー
ブを、被検者からの生体試料から得られたＲＮＡと、または前記ＲＮＡから複製
されたｃＤＮＡと接触させ、この際、該接触は存在する場合にはヌクレオチド配
列とのプローブのハイブリッド形成が行なえる条件下で起こる；（ｂ）存在する際には、プローブ及びヌクレオチド配列間のハイブリッド形成を
検出し；および（ｃ）存在する際には、段階（ｂ）で検出されたハイブリッド形成を、コントロ
ールサンプルで検出されたハイブリッド形成と、または予め決定された参考範囲
と比較することからなる、被検者における乳癌をスクリーニングする、診断する若しくは予
想するまたは被検者に投与された抗乳癌剤若しくは治療の効果をモニターする方
法。【請求項１２９】段階（ａ）は、ＢＰＩ−１、ＢＰＩ−５、ＢＰＩ−６、
ＢＰＩ−９、ＢＰＩ−１０、ＢＰＩ−１１、ＢＰＩ−１２、ＢＰＩ−１３、ＢＰ
Ｉ−１４、ＢＰＩ−１９、ＢＰＩ−２０、ＢＰＩ−２１、ＢＰＩ−２３、ＢＰＩ
−２４、ＢＰＩ−２５、ＢＰＩ−２７、ＢＰＩ−２８、ＢＰＩ−２９、ＢＰＩ−
３１、ＢＰＩ−３２、ＢＰＩ−３３、ＢＰＩ−３４、ＢＰＩ−３７、ＢＰＩ−４
０、ＢＰＩ−４１、ＢＰＩ−４２、ＢＰＩ−４３、ＢＰＩ−４４、ＢＰＩ−４５
、ＢＰＩ−４６、ＢＰＩ−４７、ＢＰＩ−４８、ＢＰＩ−４９、ＢＰＩ−５０、
ＢＰＩ−５１、ＢＰＩ−５２、ＢＰＩ−５３、ＢＰＩ−５４、ＢＰＩ−５５、Ｂ
ＰＩ−５６から選択されるＢＰＩをコード化するヌクレオチド配列に相補的であ
る１０個以上の連続したヌクレオチドからなる複数のオリゴヌクレオチドプロー
ブを、被検者からの生体試料から得られたＲＮＡと、または前記ＲＮＡから複製
されたｃＤＮＡと接触させ、この際、該接触は存在する場合にはヌクレオチド配
列とのプローブのハイブリッド形成が行なえる条件下で起こるからなる、請求項
１２８に記載の方法。【請求項１３０】段階（ａ）は、ヌクレオチド配列をＤＮＡアレイにハイ
ブリッド形成する段階を含み、アレイの一以上は別個のＢＰＩをコード化する複
数のヌクレオチド配列に相補的であるプローブである、請求項１２８に記載の方
法。【請求項１３１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＴＧＹＣＡＲにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１３２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＧＴＧＣＣＡＧにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１３３】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＹＣＡＲＧＣＮＡＣＮＧＧＮＴＴＹＷＳ
ＮＣＣＮＭＧＮまたはＴＧＹＣＡＲＧＣＮＡＣＮＧＧＮＡＴＧＷＳＮＣＣＮＭＧ
Ｎにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１３４】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＣＣＡＧＧＣＣＡＣＣＧＧＣＴＴＣＡＧ
ＣＣＣＣＣＧＣまたはＴＧＣＣＡＧＧＣＣＡＣＣＧＧＣＡＴＧＡＧＣＣＣＣＣＧ
Ｃにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１３５】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＹＧＡＹＴＴＹまたはＧＡＹＧＡＹＡＴ
Ｇにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１３６】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＧＡＲＴＴＹＴＴＹＣＣＮＭＧＮ、Ａ
ＴＨＧＡＲＴＴＹＴＴＹＣＣＮＭＧＮ、ＹＴＮＧＡＲＡＴＧＴＴＹＣＣＮＭＧＮ
、ＹＴＮＧＡＲＴＴＹＡＴＧＣＣＮＭＧＮ、ＹＴＮＧＡＲＡＧＴＡＧＴＣＣＮＭ
ＧＮ、ＡＴＨＧＡＲＡＴＧＴＴＹＣＣＮＭＧＮ、ＡＴＨＧＡＲＴＴＹＡＴＧＣＣ
ＮＭＧＮ、またはＡＴＨＧＡＲＡＴＧＡＴＧＣＣＮＭＧＮにハイブリッド形成す
る単離された核酸分子。【請求項１３７】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＧＡＲＴＴＹＴＴＹＣＣＮＭ
ＧＮ、ＡＴＨＧＡＲＴＴＹＴＴＹＣＣＮＭＧＮ、ＹＴＮＧＡＲＡＴＧＴＴＹＣＣ
ＮＭＧＮ、ＹＴＮＧＡＲＴＴＹＡＴＧＣＣＮＭＧＮ、ＹＴＮＧＡＲＡＧＴＡＧＴ
ＣＣＮＭＧＮ、ＡＴＨＧＡＲＡＴＧＴＴＹＣＣＮＭＧＮ、ＡＴＨＧＡＲＴＴＹＡ
ＴＧＣＣＮＭＧＮ、またはＡＴＨＧＡＲＡＴＧＡＴＧＣＣＮＭＧＮにもハイブリ
ッド形成する、請求項１３５に記載の単離された核酸分子。【請求項１３８】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＣＧＡＣＴＴＣまたはＧＡＣＧＡＣＡＴ
Ｇにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１３９】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＧＡＧＴＴＣＴＴＣＣＣＣＣＧＣ、Ａ
ＴＣＧＡＧＴＴＣＴＴＣＣＣＣＣＧＣ、ＣＴＧＧＡＧＡＴＧＴＴＣＣＣＣＣＧＣ
、ＣＴＧＧＡＧＴＴＣＡＴＧＣＣＣＣＧＣ、ＣＴＧＧＡＧＡＧＴＡＧＴＣＣＣＣ
ＧＣ、ＡＴＣＧＡＧＡＴＧＴＴＣＣＣＣＣＧＣ、ＡＴＣＧＡＧＴＴＣＡＴＧＣＣ
ＣＣＧＣ、またはＡＴＣＧＡＧＡＴＧＡＴＧＣＣＣＣＧＣにハイブリッド形成す
る単離された核酸分子。【請求項１４０】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＧＡＧＴＴＣＴＴＣＣＣＣＣ
ＧＣ、ＡＴＣＧＡＧＴＴＣＴＴＣＣＣＣＣＧＣ、ＣＴＧＧＡＧＡＴＧＴＴＣＣＣ
ＣＣＧＣ、ＣＴＧＧＡＧＴＴＣＡＴＧＣＣＣＣＧＣ、ＣＴＧＧＡＧＡＧＴＡＧＴ
ＣＣＣＣＧＣ、ＡＴＣＧＡＧＡＴＧＴＴＣＣＣＣＣＧＣ、ＡＴＣＧＡＧＴＴＣＡ
ＴＧＣＣＣＣＧＣ、またはＡＴＣＧＡＧＡＴＧＡＴＧＣＣＣＣＧＣにもハイブリ
ッド形成する、請求項１３８に記載の単離された核酸分子。【請求項１４１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＣＮＡＡＹまたはＧＣＮＧＧＮＧＧＮにハ
イブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１４２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＣＣＡＡＣまたはＧＣＣＧＧＣＧＧＣにハ
イブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１４３】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＮＴＡＹＣＡＲにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１４４】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＹＴＮＡＴＨＧ
ＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＡＡＹ、ＹＴＮＹ
ＴＮＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＹＴＮＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＹＴＮＧＡ
ＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮにハイブリッド形成する単離
された核酸分子。【請求項１４５】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＮＧＣＮにハイブリッド形成する単離さ
れた核酸分子。【請求項１４６】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＹＴＮ
ＡＴＨＧＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＡＡＹ、
ＹＴＮＹＴＮＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＹＴＮＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＹ
ＴＮＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮにもハイブリッド形
成する、請求項１４３に記載の単離された核酸分子。【請求項１４７】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＮＧＣＮにもハイブリッド形成
する、請求項１４３に記載の単離された核酸分子。【請求項１４８】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＹＴＮ
ＡＴＨＧＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＹＴＮＧＡＲＡＡＹ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＡＡＹ、
ＹＴＮＹＴＮＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＹＴＮＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＹ
ＴＮＧＡＲＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＡＴＨＧＡＲＧＧＮＧＧＮにもハイブリッド形
成し、さらに非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジェントな条
件下で、下記核酸配列：ＣＣＮＧＣＮにもハイブリッド形成する、請求項１４３
に記載の単離された核酸分子。【請求項１４９】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＮＧＣＮにもハイブリッド形成
する、請求項１４４に記載の単離された核酸分子。【請求項１５０】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＧＴＡＣＣＡＧにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１５１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＣＴＧＡＴＣＧ
ＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＡＴＣＧＡＧＡＡＣ、ＣＴＧＣ
ＴＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＣＴＧＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＡＴＣＣＴＧＧＡ
ＧＧＧＣＧＧＣ、またはＡＴＣＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣにハイブリッド形成す
る単離された核酸分子。【請求項１５２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＣＧＣＣにハイブリッド形成する単離さ
れた核酸分子。【請求項１５３】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＣＴＧ
ＡＴＣＧＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＡＴＣＧＡＧＡＡＣ、
ＣＴＧＣＴＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＣＴＧＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＡＴＣＣ
ＴＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、またはＡＴＣＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣにもハイブリ
ッド形成する、請求項１５０に記載の単離された核酸分子。【請求項１５４】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＣＧＣＣにもハイブリッド形成
する、請求項１５０に記載の単離された核酸分子。【請求項１５５】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＣＴＧ
ＡＴＣＧＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＣＴＧＧＡＧＡＡＣ、ＡＴＣＡＴＣＧＡＧＡＡＣ、
ＣＴＧＣＴＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＣＴＧＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣ、ＡＴＣＣ
ＴＧＧＡＧＧＧＣＧＧＣ，またはＡＴＣＡＴＣＧＡＧＧＧＣＧＧＣにもハイブリ
ッド形成し、さらに非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジェン
トな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＣＧＣＣにもハイブリッド形成する、請求項
１５０に記載の単離された核酸分子。【請求項１５６】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＣＧＣＣにもハイブリッド形成
する、請求項１５１に記載の単離された核酸分子。【請求項１５７】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＹＴＡＹＴＧＹＣＡＲＡＡＲにハイブリ
ッド形成する単離された核酸分子。【請求項１５８】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＣＴＡＣＴＧＣＣＡＧＡＡＧにハイブリ
ッド形成する単離された核酸分子。【請求項１５９】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＹＴＮＧＡＹＧＡＹＴＡＹＹＴＮＡＡＹ、Ｙ
ＴＮＧＡＹＧＡＹＴＡＹＡＴＨＡＡＹ、ＡＴＨＧＡＹＧＡＹＴＡＹＹＴＮＡＡＹ
、ＡＴＨＧＡＹＧＡＹＴＡＹＡＴＨＡＡＹ、ＹＴＮＧＡＹＧＡＹＴＡＹＹＴＮＧ
ＧＮＧＧＮ、ＹＴＮＧＡＹＧＡＹＴＡＹＡＴＨＧＧＮＧＧＮ、ＡＴＨＧＡＹＧＡ
ＹＴＡＹＹＴＮＧＧＮＧＧＮ、またはＡＴＣＧＡＹＧＡＹＴＡＹＡＴＨＧＧＮＧ
ＧＮにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１６０】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＹＧＣＮＣＡＲにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１６１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＹＴＮまたはＧＡＲＡＴＨにハイブリ
ッド形成する単離された核酸分子。【請求項１６２】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＹＧＣＮＣＡＲにもハイブリッ
ド形成する、請求項１５９に記載の単離された核酸分子。【請求項１６３】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＹＴＮまたはＧＡＲＡＴＨに
もハイブリッド形成する、請求項１５９に記載の単離された核酸分子。【請求項１６４】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＹＧＣＮＣＡＲにもハイブリッ
ド形成し、さらに非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジェント
な条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＹＴＮまたはＧＡＲＡＴＨにもハイブリッド
形成する、請求項１５９に記載の単離された核酸分子。【請求項１６５】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＹＴＮまたはＧＡＲＡＴＨに
もハイブリッド形成する、請求項１６０に記載の単離された核酸分子。【請求項１６６】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＴＧＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＧＡＡＣ、Ｃ
ＴＧＧＡＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＡＡＣ、ＡＴＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＧＡＡＣ
、ＡＴＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＡＡＣ、ＣＴＧＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＴＧＧ
ＧＣＧＧＣ、ＣＴＧＧＡＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＧＧＣＧＧＣ、ＡＴＣＧＡＣＧＡ
ＣＴＡＣＣＴＧＧＧＣＧＧＣ、またはＡＴＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＡＴＣＧＧＣＧ
ＧＣにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１６７】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＣＧＣＣＣＡＧにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１６８】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＧＣＴＧまたはＧＡＧＡＴＣにハイブリ
ッド形成する単離された核酸分子。【請求項１６９】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＧＣＴＧまたはＧＡＧＡＴＣに
もハイブリッド形成する、請求項１６７に記載の単離された核酸分子。【請求項１７０】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＴＹＧＧＮＣＣＮＧＴＮＣＣＮＭＧＮまた
はＡＴＧＧＧＮＣＣＮＧＴＮＣＣＮＭＧＮにハイブリッド形成する単離された核
酸分子。【請求項１７１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＴＣＧＧＣＣＣＣＧＴＧＣＣＣＣＧＣまた
はＡＴＧＧＧＣＣＣＣＧＴＧＣＣＣＣＧＣにハイブリッド形成する単離された核
酸分子。【請求項１７２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＹＴＧＹＡＣＮにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１７３】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＮＧＴＮＧＡＲＧＡＲにハイブリッド形
成する単離された核酸分子。【請求項１７４】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＮＧＴＮＧＡＲＧＡＲにもハイ
ブリッド形成する、請求項１７３に記載の単離された核酸分子。【請求項１７５】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＣＴＧＣＡＣＣにハイブリッド形成する
単離された核酸分子。【請求項１７６】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＧＧＴＧＧＡＧＧＡＧにハイブリッド形
成する単離された核酸分子。【請求項１７７】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＹＴＮＧＧＮＧＡＹ、ＧＡＹＧＣＮＹ
ＴＮＧＧＮＧＡＹ、ＧＣＮＧＡＹＹＴＮＧＧＮＧＡＹ、ＧＡＲＧＧＮＹＴＮＧＧ
ＮＧＡＹ、ＧＧＮＧＡＲＹＴＮＧＧＮＧＡＹ、ＧＴＮＷＳＮＹＴＮＧＧＮＧＡＹ
、ＷＳＮＧＴＮＹＴＮＧＧＮＧＡＹ、ＴＧＧＡＴＨＧＧＮＧＡＹ、ＧＡＹＧＣＮ
ＡＴＨＧＧＮＧＡＹ、ＧＣＮＧＡＹＡＴＨＧＧＮＧＡＹ、ＧＡＲＧＧＮＡＴＨＧ
ＧＮＧＡＹ、ＧＧＮＧＡＲＡＴＨＧＧＮＧＡＹ、ＧＴＮＷＳＮＡＴＨＧＧＮＧＡ
Ｙ、またはＷＳＮＧＴＮＡＴＨＧＧＮＧＡＹにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１７８】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＲＴＧＹＧＴＮＧＴＮＧＡＹＴＴＹＴＴ
ＹＭＧＮ、ＣＡＲＴＧＹＧＴＮＧＴＮＧＡＹＡＴＧＴＴＹＭＧＮ、ＣＡＲＴＧＹ
ＧＴＮＧＴＮＧＡＹＴＴＹＡＴＧＭＧＮ，またはＣＡＲＴＧＹＧＴＮＧＴＮＧＡ
ＹＡＴＧＡＴＧＭＧＮにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１７９】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＣＴＧＧＧＣＧＡＣ、ＧＡＣＧＣＣＣ
ＴＧＧＧＣＧＡＣ、ＧＣＣＧＡＣＣＴＧＧＧＣＧＡＣ、ＧＡＧＧＧＣＣＴＧＧＧ
ＣＧＡＣ、ＧＧＣＧＡＧＣＴＧＧＧＣＧＡＣ、ＧＴＧＡＧＣＣＴＧＧＧＣＧＡＣ
、ＡＧＣＧＴＧＣＴＧＧＧＣＧＡＣ、ＴＧＧＡＴＣＧＧＣＧＡＣ、ＧＡＣＧＣＣ
ＡＴＣＧＧＣＧＡＣ、ＧＣＣＧＡＣＡＴＣＧＧＣＧＡＣ、ＧＡＧＧＧＣＡＴＣＧ
ＧＣＧＡＣ、ＧＧＣＧＡＧＡＴＣＧＧＣＧＡＣ、ＧＴＧＡＧＣＡＴＣＧＧＣＧＡ
Ｃ、またはＡＧＣＧＴＧＡＴＣＧＧＣＧＡＣにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１８０】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＡＧＴＧＣＧＴＧＧＴＧＧＡＣＴＴＣＴＴ
ＣＣＧＣ、ＣＡＧＴＧＣＧＴＧＧＴＧＧＡＣＡＴＧＴＴＣＣＧＣ、ＣＡＧＴＧＣ
ＧＴＧＧＴＧＧＡＣＴＴＣＡＴＧＣＧＣ、またはＣＡＧＴＧＣＧＴＧＧＴＧＧＡ
ＣＡＴＧＡＴＧＣＧＣにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１８１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＹＴＮＣＡＲＧＴＮ、ＧＡＹＧＣＮＹ
ＴＮＣＡＲＧＴＮ、ＧＣＮＧＡＹＹＴＮＣＡＲＧＴＮ、ＧＡＲＧＧＮＹＴＮＣＡ
ＲＧＴＮ、ＧＧＮＧＡＲＹＴＮＣＡＲＧＴＮ、ＧＴＮＷＳＮＹＴＮＣＡＲＧＴＮ
、ＷＳＮＧＴＮＹＴＮＣＡＲＧＴＮ、ＴＧＧＡＴＨＣＡＲＧＴＮ、ＧＡＹＧＣＮ
ＡＴＨＣＡＲＧＴＮ、ＧＣＮＧＡＹＡＴＨＣＡＲＧＴＮ、ＧＡＲＧＧＮＡＴＨＣ
ＡＲＧＴＮ、ＧＧＮＧＡＲＡＴＨＣＡＲＧＴＮ、ＧＴＮＷＳＮＡＴＨＣＡＲＧＴ
Ｎ、またはＷＳＮＧＴＮＡＴＨＣＡＲＧＴＮにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１８２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＹＴＴＹＧＴＮまたはＴＡＹＡＴＧＧＴ
Ｎにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１８３】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＹＴＮＣＡＲＧＧＮ、ＧＡＹＧＣＮＹ
ＴＮＣＡＲＧＧＮ、ＧＣＮＧＡＹＹＴＮＣＡＲＧＧＮ、ＧＡＲＧＧＮＹＴＮＣＡ
ＲＧＧＮ、ＧＧＮＧＡＲＹＴＮＣＡＲＧＧＮ、ＧＴＮＷＳＮＹＴＮＣＡＲＧＧＮ
、ＷＳＮＧＴＮＹＴＮＣＡＲＧＧＮ、ＴＧＧＡＴＨＣＡＲＧＧＮ、ＧＡＹＧＣＮ
ＡＴＨＣＡＲＧＧＮ、ＧＣＮＧＡＹＡＴＨＣＡＲＧＧＮ、ＧＡＲＧＧＮＡＴＨＣ
ＡＲＧＧＮ、ＧＧＮＧＡＲＡＴＨＣＡＲＧＧＮ、ＧＴＮＷＳＮＡＴＨＣＡＲＧＧ
Ｎ、またはＷＳＮＧＴＮＡＴＨＣＡＲＧＧＮにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１８４】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＹＴＴＹＧＴＮまたはＴＡＹＡ
ＴＧＧＴＮにもハイブリッド形成する、請求項１８３に記載の単離された核酸分
子。【請求項１８５】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＴＧ、ＧＡＣＧＣＣＣ
ＴＧＣＡＧＧＴＧ、ＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＡＧＧＴＧ、ＧＡＧＧＧＣＣＴＧＣＡ
ＧＧＴＧ、ＧＧＣＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＴＧ、ＧＴＧＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＴＧ
、ＡＧＣＧＴＧＣＴＧＣＡＧＧＴＧ、ＴＧＧＡＴＣＣＡＧＧＴＧ、ＧＡＣＧＣＣ
ＡＴＣＣＡＧＧＴＧ、ＧＣＣＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧＴＧ、ＧＡＧＧＧＣＡＴＣＣ
ＡＧＧＴＧ、ＧＧＣＧＡＧＡＴＣＣＡＧＧＴＧ、ＧＴＧＡＧＣＡＴＣＣＡＧＧＴ
Ｇ、またはＡＧＣＧＴＧＡＴＣＣＡＧＧＴＧにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１８６】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＣＴＴＣＧＴＧまたはＴＡＣＡＴＧＧＴ
Ｇにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１８７】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＣＧＣＣＣ
ＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＧＧＧＣＣＴＧＣＡ
ＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ
、ＡＧＣＧＴＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＴＧＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＣＧＣＣ
ＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＧＧＧＣＡＴＣＣ
ＡＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧＣＡＴＣＣＡＧＧＧ
Ｃ、またはＡＧＣＧＴＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣにハイブリッド形成する単離された
核酸分子。【請求項１８８】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＣＴＴＣＧＴＧまたはＴＡＣＡ
ＴＧＧＴＧにもハイブリッド形成する、請求項１８７に記載の単離された核酸分
子。【請求項１８９】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＡＣＴＴＣＧＴＧまたはＴＡＣＡ
ＴＧＧＴＧにもハイブリッド形成し、さらに非常にストリンジェントな条件また
は適度にストリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＧ
Ｃ、ＧＡＣＧＣＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＡ
ＧＧＧＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧＣ
ＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＡＧＣＧＴＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＴＧＧＡＴＣＣＡＧＧ
ＧＣ、ＧＡＣＧＣＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、Ｇ
ＡＧＧＧＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧ
ＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、またはＡＧＣＧＴＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣにもハイブリッ
ド形成する、請求項２２３に記載の単離された核酸分子。【請求項１９０】核酸は、非常にストリンジェントな条件または適度にス
トリンジェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＣ
ＧＣＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＧＧＧＣＣ
ＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧＣＣＴＧＣＡ
ＧＧＧＣ、ＡＧＣＧＴＧＣＴＧＣＡＧＧＧＣ、ＴＧＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＡ
ＣＧＣＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＣＣＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＡＧＧＧＣ
ＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＧＣＧＡＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣ、ＧＴＧＡＧＣＡＴＣＣ
ＡＧＧＧＣ、またはＡＧＣＧＴＧＡＴＣＣＡＧＧＧＣにもハイブリッド形成する
、請求２２４に記載の単離された核酸分子。【請求項１９１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＹＧＡＲＷＳＮＹＴＮＣＡＲＧＴＮＧＣ
ＮＧＡＲＭＧＮまたはＧＡＹＧＡＲＷＳＮＡＴＨＣＡＲＧＴＮＧＣＮＧＡＲＭＧ
Ｎにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＣＧＡＧＡＧＣＣＴＧＣＡＧＧＴＧＧＣ
ＣＧＡＧＣＧＣまたはＧＡＣＧＡＧＡＧＣＡＴＣＣＡＧＧＴＧＧＣＣＧＡＧＣＧ
Ｃにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９３】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＮＣＡＹＡＡＹまたはＧＴＮＣＡＹＧＧ
ＮＧＧＮにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９４】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＧＣＡＣＡＡＣまたはＧＴＧＣＡＣＧＧ
ＣＧＧＣにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９５】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＮＴＴＹＣＣＮまたはＣＣＮＡＴＧＣＣ
Ｎにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９６】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＣＣＣＴＴＣＣＣＣまたはＣＣＣＡＴＧＣＣ
Ｃにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９７】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＮＣＣＮＡＡＹまたはＧＴＮＣＣＮＧＧ
ＮＧＧＮにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９８】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＴＧＣＣＣＡＡＣまたはＧＴＧＣＣＣＧＧ
ＣＧＧＣにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項１９９】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＴＹＴＴＹ、ＴＴＹＡＴＧ、ＡＴＧＴＴＹ
、またはＡＴＧＡＴＧにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項２００】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＲＡＡＹまたはＧＡＲＧＧＮＧＧＮにハ
イブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項２０１】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＴＴＣＴＴＣ、ＴＴＣＡＴＧ、ＡＴＧＴＴＣ
、またはＡＴＧＡＴＧにハイブリッド形成する単離された核酸分子。【請求項２０２】非常にストリンジェントな条件または適度にストリンジ
ェントな条件下で、下記核酸配列：ＧＡＧＡＡＣまたはＧＡＧＧＧＣＧＧＣにハ
イブリッド形成する単離された核酸分子。