JP2003501004A

JP2003501004A - ｍｕｒＦ２

Info

Publication number: JP2003501004A
Application number: JP2000573602A
Authority: JP
Inventors: マグダレーナ・サラカイン; サンジョイ・ビスワス; マーティン・ケイ・アール・バーナム; ジェイムズ・アール・ブラウン; カレン・エイ・イングラハム; アリソン・エフ・チョーカー; デイビッド・ジェイ・ホームズ; リチャード・エル・ウォーレン; トーマス・ビー・マジー
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1998-09-23
Filing date: 1999-09-23
Publication date: 2003-01-14
Also published as: EP1130969A1; US20020127596A1; US6225457B1; WO2000016631A1

Abstract

(57)【要約】本発明は、ｍｕｒＦ２ポリペプチドおよびｍｕｒＦ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ならびに組換え技法によるかかるポリペプチドの産生方法を提供する。抗菌性化合物についてスクリーニングするのにｍｕｒＦ２ポリペプチドを使用する方法もまた提供される。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（発明の分野）本発明は、新規に同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、およびそ
の製造および使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニスト、およ
びその使用に関する。特に、本発明は、ｍｕｒファミリーのポリヌクレオチドお
よびポリペプチド、ならびにそれらの変種（場合により、本明細書中、「ｍｕｒ
Ｆ２」、「ｍｕｒＦ２ポリヌクレオチド」、および「ｍｕｒＦ２ポリペプチド」
と称することもある）に関する。

【０００２】（発明の背景）ストレプトコッカス属（Streptococci）は、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、
菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、胸腔蓄膿および心内膜炎、特に、例えば脳脊髄液の
感染のような髄膜炎を包含するヒトにおいて種々の型の疾患を引き起こすことが
知られている医学的に重要な微生物属を形成している。ストレプトコッカス・ニ
ューモニエ（Streptococcus pneumoniae）は、１００年以上昔に単離されて以来
、集中して研究されている微生物の一つである。例えば、ＤＮＡが実際に遺伝物
質であるとする本発明者らの初期の認識の多くは、この微生物を用いるグリフィ
ス（Griffith）の研究、ならびにエーヴァリー、マクラウドおよびマッカーティ
（Avery, Macleod and McCarty）の研究に基づいて予測された。ストレプトコッ
カス・ニューモニエを用いる膨大な量の研究にも拘わらず、この微生物のビルレ
ンスに関する多くの問題が残っている。抗生物質を開発するための標的としてス
トレプトコッカス遺伝子および遺伝子産物を用いることが特に好ましい。

【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニエ感染の頻度はここ数十年の間に劇的に上昇
してきた。これは多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系低下人口の増加に起
因している。一般的な抗生物質のいくつかまたは全てに対して耐性を有するスト
レプトコッカス・ニューモニエ株を単離することはもはや珍しいことではない。
この現象は、この生物に対する新しい抗菌剤、ワクチン、薬物スクリーニング法
、および診断試験に対するまだ対処されていない医学的要求および需要をもたら
した。

【０００４】さらにまた、創薬方法は、「機能的ゲノム科学」、すなわち、高処理量のゲノ
ムまたは遺伝子に基づく生物学に及ぶので、現在のところ抜本的な改革を受けて
いる。このアプローチは、急速に、「位置的クローニング」に基づく初期のアプ
ローチおよび他の方法に取って代わりつつある。機能的ゲノム科学は、現在利用
可能な多くの分子生物学データベースおよび他の供給源から問題となる可能性の
ある遺伝子配列を同定するための種々の生物情報科学的手段に大いに依存してい
る。創薬の標的としてのさらなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならび
にそれらの関連ポリペプチドの同定および特徴付けが引き続き有意に必要とされ
ている。

【０００５】明らかに、とりわけ、抗微生物活性について化合物をスクリーニングするのに
有用であるという本利点を有する本発明のｍｕｒＦ２実施態様のごときポリヌク
レオチドおよびポリペプチドが必要とされている。かかる因子はまた、感染、機
能不全および疾患の発生におけるそれらの役割を決定するのに有用である。かか
る感染、機能不全および疾患を予防、改善または治癒するための方法を見出すた
めに、かかる因子ならびにそのアンタゴニストおよびアゴニストの同定および特
徴付けもまた必要とされている。

【０００６】（発明の概要）本発明は、ｍｕｒＦ２、特に、ｍｕｒＦ２ポリペプチドおよびｍｕｒＦ２ポリ
ヌクレオチド、組換え物質、ならびにそれらの産生方法に関する。別の態様にお
いて、本発明は、とりわけ、微生物性疾患の治療を包含する、かかるポリペプチ
ドおよびポリヌクレオチドを使用する方法に関する。さらなる態様において、本
発明は、本発明により得られる物質を用いてアゴニストおよびアンタゴニストを
同定する方法、ならびに同定したアゴニストまたはアンタゴニスト化合物を用い
て微生物感染およびかかる感染に伴う症状を治療する方法に関する。さらなる態
様において、本発明は、微生物感染に伴う疾患およびかかる感染に伴う症状を検
出する診断アッセイ、例えば、ｍｕｒＦ２発現または活性を検出するアッセイに
関する。

【０００７】開示した本発明の精神および範囲内での種々の変化および変更は、以下の記載
を読むこと、および本明細書のその他の部分を読むことにより、当業者に容易に
明らかになるであろう。

【０００８】（発明の記載）本発明は、以下に極めて詳細に説明するｍｕｒＦ２ポリペプチドおよびポリヌ
クレオチドに関する。詳しくは、本発明は、gi|1653484|gnl|PID|d1019130 (D90
914) 仮定的蛋白［シネコシスティス（Synechocystis）・エスピー・ポリペプチ
ドに対するアミノ酸配列相同性により関連付けられる、ストレプトコッカス・ニ
ューモニエのｍｕｒＦ２のポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特に
、本発明は、それぞれ配列番号１および配列番号２として表１に示すヌクレオチ
ド配列およびアミノ酸配列を有するｍｕｒＦ２に関する。当業者であれば、以下
の配列表に「ＤＮＡ」として記載された配列を一般にリボポリヌクレオチドを包
含するポリヌクレオチドにて有用に用いることができると認識するであろうから
、かかる配列は、本発明の例示であることに注意すべきである。

【０００９】表１ｍｕｒＦ２ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニエｍｕｒＦ２ポリヌクレオチド配列［配
列番号１］ 5'- ATGAACTTAAAAACTACTTTGGGCCTTCTTGCTGGGCGTTCTTCCCACTTCGTTTTAAGCCGTCTTGGACGT
GGAAGTAC GCTCCCAGGGAAAGTCGCCCTTCAATTTGATAAAGATATTTTACAAAACCTAGCTAAGAACTACGAGATTGT
CGTTGTCA CTGGAACAAATGGAAAAACCCTGACAACTGCCCTCACTGTCGGCATTTTAAAAGAGGTTTATGGTCAAGTTC
TAACCAAC CCAAGCGGTGCCAACATGATTACAGGGATTGCAACAACCTTCCTAACAGCCAAATCTTCTAAAACTGGGAAA
AATATTGC CGTCCTCGAAATTGACGAAGCCAGTCTATCTCGTATCTGTGACTATATCCAGCCTAGTCTTTTTGTCATTAC
TAATATCT TCCGTGACCAGATGGACCGTTTCGGTGAAATCTATACTACCTATAACATGATATTGGATGCCATTCGGAAAG
TTCCAACT GCTACTGTTCTCCTTAACGGAGACAGTCCACTTTTCTACAAGCCAACTATTCCAAACCCTATAGAGTATTTT
GGTTTTGA CTTGGAAAAAGGACCAGCCCAACTGGCTCACTACAATACCGAAGGGATTCTCTGTCCTGACTGCCAAGGCAT
CCTCAAAT ATGAGCATAATACCTATGCAAACTTGGGTGCCTATATCTGTGAGGGTTGTGGATGTAAACGTCCTGATCTCG
ACTATCGT TTGACAAAACTGGTTGAGTTGACCAACAATCGCTCTCGCTTTGTCATAGACGGCCAAGAATACGGTATCCAA
ATCGGCGG GCTCTATAATATCTATAACGCCCTAGCTGCTGTGGCCATCGCCCGTTTCCTAGGTGCCGATTCGCAACTCAT
CAAACAGG GATTTGACAAGAGCCGTGCTGTCTTTGGACGCCAAGAAACCTTTCATATCGGTGACAAGGAATGTACCCTTG
TCTTGATT AAAAATCCAGTCGGTGCAACCCAAGCTATCGAAATGATCAAACTAGCACCTTATCCATTTAGCCTATCTGTC
CTCCTTAA TGCCAACTATGCAGATGGAATTGACACTAGCTGGATCTGGGATGCAGACTTTGAGCAAATCACTGACATGGA
CATTCCTG AAATCAACGCTGGCGGTGTTCGTCATTCTGAAATCGCTCGTCGCCTCCGAGTGACTGGCTATCCAGCTGAGA
AAATCACT GAAACGAGTAATCTGGAGCAAGTTCTCAAGACCATTGAGAATCAAGACTGCAAGCATGCCTATATTCTGGCA
ACTTATAC TGCCATGCTGGAATTTCGTGAACTGCTGGCTAGTCGTCAGATTGTTAGAAAGGAGATGAACTAA-3'

【００１０】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列から推定されるストレプトコッカス・ニュ
ーモニエｍｕｒＦ２ポリペプチド配列［配列番号２］ NH₂- MNLKTTLGLLAGRSSHFVLSRLGRGSTLPGKVALQFDKDILQNLAKNYEIVVVTGTNGKTLTTALTVGILKE
VYGQVLTN PSGANMITGIATTFLTAKSSKTGKNIAVLEIDEASLSRICDYIQPSLFVITNIFRDQMDRFGEIYTTYNMIL
DAIRKVPT ATVLLNGDSPLFYKPTIPNPIEYFGFDLEKGPAQLAHYNTEGILCPDCQGILKYEHNTYANLGAYICEGCGC
KRPDLDYR LTKLVELTNNRSRFVIDGQEYGIQIGGLYNIYNALAAVAIARFLGADSQLIKQGFDKSRAVFGRQETFHIGD
KECTLVLI KNPVGATQAIEMIKLAPYPFSLSVLLNANYADGIDTSWIWDADFEQITDMDIPEINAGGVRHSEIARRLRVT
GYPAEKIT ETSNLEQVLKTIENQDCKHAYILATYTAMLEFRELLASRQIVRKEMN-COOH

【００１１】寄託物質ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３株を含有する寄託株は、ス
コットランド、エービー２・１アールワイ、アバディーン、セント・マッカー・
ドライブ２３番のナショナル・コレクションズ・オブ・インダストリアル・アン
ド・マリーン・バクテリア・リミテッド（National Collections of Industrial
and Marine Bacteria Ltd.）（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に１９９
６年４月１１日寄託し、受託番号４０７９４が付与された。該寄託株は、寄託の
際にストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３と記載された。

【００１２】１９９６年４月１７日に同様にイー・コリにおけるストレプトコッカス・ニュ
ーモニエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号
４０８００が付与された。ストレプトコッカス・ニューモニエ寄託株を、本明細
書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という。

【００１３】寄託株は全長ｍｕｒＦ２遺伝子を含んでいる。寄託株中に含まれるポリヌクレ
オチド配列ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、万
一本明細書における配列の記載に矛盾する場合には支配的である。寄託株の寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブタペスト
条約の条件下で行われた。寄託株は、特許が発行されると、取り消しできずに何
ら制限または条件もなく公衆に分譲される。寄託株は、単に便宜上当業者に提供
されるだけであり、寄託が３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の下に要求されるような実施
可能要件であることを承認するものではない。寄託株およびそれに由来する化合
物を製造、使用または販売するには、ライセンスが必要であるが、そのようなラ
イセンスがこれにより与えられるわけではない。

【００１４】本発明の一の態様において、寄託株に含まれるストレプトコッカス・ニューモ
ニエ０１００９９３株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離核酸
分子が提供される。さらには、本発明は、寄託株中のｍｕｒＦ２ポリヌクレオチ
ド配列、例えば、ＤＮＡおよびＲＮＡ、ならびにそれによりコードされるアミノ
酸配列を提供する。また、本発明は、寄託株から単離されたｍｕｒＦ２ポリペプ
チド配列およびポリヌクレオチド配列を提供する。

【００１５】ポリペプチド本発明のｍｕｒＦ２ポリペプチドは、実質的に、系統発生論上、ｍｕｒファミ
リーの他の蛋白に関連している。本発明の一の態様において、ストレプトコッカス・ニューモニエのポリペプチ
ド（本明細書では「ｍｕｒＦ２」および「ｍｕｒＦ２ポリペプチド」という）、
ならびに生物学上、診断上、予防上、臨床上または治療上有用なその変種、なら
びにそれを含む組成物が提供される。本発明のとりわけ好ましい実施態様は、ｍｕｒＦ２遺伝子の自然発生対立遺伝
子によりコードされるｍｕｒＦ２ポリペプチドの変種である。

【００１６】さらに、本発明は、（ａ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸
配列に対して少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは、少なくとも９７〜９
９％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配列を含むかまたはそれ
よりなる単離ポリペプチド；（ｂ）配列番号１の全長にわたって配列番号１に対
して少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは、少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれ
よりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド；（ｃ）配列番
号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同
一性、最も好ましくは、少なくとも９７〜９９％の同一性を有するかまたは全く
同一であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれ
よりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを提供する。

【００１７】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号２］のポリペプチド（特に、成熟ポ
リペプチド）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細には、ｍｕｒＦ２
の生物活性を有するポリペプチドおよびフラグメント、および、また、表１［配
列番号２］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の同一性を有するものを包
含し、さらに、かかるポリペプチドの一部も包含し、一般に、ポリペプチドのか
かる部分は、少なくとも３０個のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個
のアミノ酸を含む。

【００１８】本発明はまた、式：Ｘ−(Ｒ_１)_ｍ−(Ｒ_２)−(Ｒ_３)_ｎ−Ｙ［式中、アミノ末端のＸは、水素、金属、または本明細書において修飾ポリペプ
チドについて記載した他の残基であり、カルボキシル末端のＹは、水素、金属、
または本明細書において修飾ポリペプチドについて記載した他の残基であり、Ｒ _１およびＲ_３は、いずれかのアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基であり、ｍは
、１〜１０００の整数または０であり、ｎは、１〜１０００の整数または０であ
り、Ｒ_２は、本発明のアミノ酸配列、特に、表１から選択されたアミノ酸配列ま
たはその修飾形態を意味する］で示されるポリペプチドからなるかまたはそれを含むポリペプチドを包含する。
上記式中、Ｒ_２は、その左側でそのアミノ末端アミノ酸残基がＲ_１に共有結合し
、その右側でそのカルボキシ末端アミノ酸残基がＲ_３に共有結合するように方向
付けられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ_１またはＲ_３のいずれ
かでで表されるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマーのいず
れであってもよく、好ましくは、ヘテロポリマーである。本発明の他の好ましい
実施態様は、ｍが１ないし５０、１００または５００の間の整数であり、ｎが１
ないし５０、１００または５００の間の整数のものである。

【００１９】本発明のポリペプチドがストレプトコッカス・ニューモニエ由来のものである
のが最も好ましいが、分類学上同じ属の他の生物から得られるものであっても好
ましい。また本発明のポリペプチドは、例えば、分類学上同じ科または目の生物
から得られるものであってもよい。

【００２０】フラグメントは、本発明のポリペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが一部
と全く同じであるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ｍｕｒＦ２ポ
リペプチドと同様、フラグメントは、「独立している（free-standing）」か、
または該フラグメントが一部分または一領域を形成する大きなポリペプチド内に
含まれていてもよく、最も好ましくは、単一のより大きなポリペプチド中の単一
の連続した領域として含まれる。

【００２１】好ましいフラグメントは、例えば、アミノ末端および／またはカルボキシル末
端アミノ酸配列を含む連続した一連の残基のような、表１［配列番号２］のアミ
ノ酸配列の一部、または該アミノ酸配列の変種の一部を有する末端切断ポリペプ
チドを包含する。また、宿主細胞、特に、ストレプトコッカス・ニューモニエに
より産生されたかまたはその中で産生された本発明のポリペプチドの分解型も好
ましい。さらに、アルファヘリックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベー
タシートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルお
よびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベータ
両親媒性領域、フレキシブル領域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原
性指数領域を含むフラグメントのような、構造的または機能的属性によって特徴
付けられるフラグメントもまた好ましい。

【００２２】さらに好ましいフラグメントは、配列番号２のアミノ酸配列由来の少なくとも
１５、２０、３０、４０、５０または１００個の連続したアミノ酸を有するアミ
ノ酸配列を含む単離ポリペプチド；または配列番号２のアミノ酸配列から末端切
断したかまたは欠失された少なくとも１５、２０、３０、４０、５０または１０
０個の連続したアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを包含す
る。

【００２３】本発明のポリペプチドのフラグメントは、ペプチド合成法による対応する全長
ポリペプチドの製造に使用することができる；したがって、これらの変種は、本
発明の全長ポリペプチドの製造に中間体として使用できる。

【００２４】ポリヌクレオチドｍｕｒＦ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に、本明細書でｍ
ｕｒＦ２と命名されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供するこ
とが本発明の一の目的である。本発明の特に好ましい実施態様において、ポリヌクレオチドは、全長遺伝子を
包含する表１［配列番号１］に示す配列を含むｍｕｒＦ２ポリペプチドをコード
する領域またはその変種を含む。本発明者らは、この全長遺伝子が、ストレプト
コッカス・ニューモニエのような、それを有する生物の増殖および／または生存
に必須であると考える。

【００２５】本発明のさらなる態様として、ｍｕｒＦ２ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ド、詳細には、ストレプトコッカス・ニューモニエｍｕｒＦ２ポリペプチドおよ
びポリヌクレオチドをコードおよび／または発現する単離核酸分子が提供され、
該核酸分子としては、例えば、未プロセシングＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮＡが挙げられる。本発明の
さらなる実施態様は、生物学上、診断上、予防上、臨床上または治療上有用なポ
リヌクレオチドおよびポリペプチド、およびその変種、ならびにそれを含む組成
物を包含する。

【００２６】本発明のもう１つの態様は、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有する
ｍｕｒＦ２ポリペプチドをコードする、少なくとも１つの全長遺伝子を包含する
単離ポリヌクレオチドおよびそれに密接に関連するポリヌクレオチドならびにそ
れらの変種に関する。本発明のもう１つの特に好ましい実施態様には、表１［配列番号２］のアミノ
酸配列を含むかまたはそれからなるストレプトコッカス・ニューモニエ由来のｍ
ｕｒＦ２ポリペプチドまたはその変種がある。

【００２７】表１［配列番号１］に示すポリヌクレオチド配列のような本明細書にて提供さ
れる情報を使用し、出発材料としてストレプトコッカス・ニューモニエ０１００
９９３を使用して細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配
列決定し、次いで、全長クローンを得るような標準的クローニングおよびスクリ
ーニング法を使用して、ｍｕｒＦ２ポリペプチドをコードする本発明のポリヌク
レオチドを得ることができる。例えば、表１［配列番号１］に示すポリヌクレオ
チド配列のような本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、イー
・コリ（E. coli）または他の適当な宿主中のストレプトコッカス・ニューモニ
エ０１００９９３の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列由来の
放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましくは１７量体またはそれより長いオリ
ゴヌクレオチドでプローブする。次いで、ストリンジェントハイブリダイゼーシ
ョン条件を使用して、該プローブと同一のＤＮＡを有するクローンを区別するこ
とができる。元のポリペプチド配列またはポリヌクレオチド配列から設計された
配列決定プライマーとのハイブリダイゼーションにより同定された個々のクロー
ンを配列決定することにより、該ポリヌクレオチド配列を両方向に伸長して全長
遺伝子配列を決定することが可能である。便宜的には、かかる配列決定は、例え
ば、プラスミド・クローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いて行う。適当
な技法は、Maniatis, T.，Fritsch, E.F. and Sambrook et al., MOLECULAR CLO
NING, A LABORATORY MANUAL, 2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, New York (1989) に開示されている（特に、Screening B
y Hybridization 1.90 および Sequencing Denatured Double-Stranded DNA Tem
plates 13.70 を参照のこと）。直接ゲノムＤＮＡ配列決定法を行って全長遺伝
子配列を得ることもできる。本発明の実例では、表１［配列番号１］に示す各ポ
リヌクレオチドがストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３由来のＤＮ
Ａライブラリー中に見いだされた。

【００２８】さらにまた、表１［配列番号１］に示す各ＤＮＡ配列は、当業者によく知られ
ているアミノ酸残基分子量を用いて計算できる推定分子量を有する、表１［配列
番号２］に示すアミノ酸残基数とほぼ同数のアミノ酸残基を有する蛋白をコード
するオープンリーディングフレームを含んでいる。配列番号１のヌクレオチド番
号１とヌクレオチド番号１３４２で始まる停止コドンとの間の配列番号１のポリ
ヌクレオチドは、配列番号２のポリペプチドをコードする。

【００２９】さらなる態様において、本発明は、（ａ）配列番号１の全長にわたって配列番
号１に対して少なくとも９５％の同一性、より好ましくは、少なくとも９７〜９
９％の同一性を有するかまたは全く同一であるか、あるいは配列番号２をコード
する配列番号１の部分の完全な長さのポリヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号２
の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性
、さらにより好ましくは、少なくとも９７％、なおもより好ましくは、９９％、
さらにより好ましくは、少なくとも９９.５％またはちょうど１００％の同一性
を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含むかまたはそれか
らなる単離ポリヌクレオチドを提供する。

【００３０】本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド（ストレプトコッカス・
ニューモニエ以外の種由来のホモログおよびオルソログを包含する）は、ストリ
ンジェントハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１の配列またはそのフラ
グメントを含むかまたはそれからなる標識プローブまたは検出可能なプローブを
用いて適当なライブラリーをスクリーニングする工程、および該ポリヌクレオチ
ド配列を含む全長遺伝子および／またはゲノムクローンを単離する工程を含む方
法により得ることができる。

【００３１】本発明は、表１［配列番号１］のコード配列（オープンリーディングフレーム
）に対してその全長にわたって同一であるポリヌクレオチド配列を提供する。ま
た、本発明は、成熟ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコード配列自体、
ならびにリーダーまたは分泌配列、プレまたはプロまたはプレプロ蛋白配列をコ
ードする配列のような他のコード配列を有するリーディングフレーム中の成熟ポ
リペプチドまたはフラグメントのコード配列を提供する。本発明のポリヌクレオ
チドはまた、例えば、転写されるが翻訳されない配列、終止シグナル（例えば、
ｒｈｏ−依存性およびｒｈｏ−非依存性終止シグナルなど）、リボソーム結合部
位、Kozak配列、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグ
ナルのような少なくとも１つの５’および３’非コード配列を包含するがこれら
に限定されるものではない少なくとも１つの非コード配列を含む。また、ポリヌ
クレオチド配列は、さらなるアミノ酸をコードするさらなるコード配列を含んで
いてもよい。例えば、融合ポリペプチドの精製を促進するマーカー配列をコード
することができる。本発明の特定の実施態様において、マーカー配列は、ｐＱＥ
ベクター（キアジェン・インコーポレイテッド（Qiagen,Inc.））において提供
され、Gentz et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 821-824 (1989) に記載
されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチドであるか、またはＨＡペプチドタグ
（Wilson et al., Cell, 37: 767 (1984)）であり、ともにそれらに融合したポ
リペプチド配列の精製に有用である。本発明のポリヌクレオチドはまた、構造遺
伝子および遺伝子発現を調節するその本来的に会合している配列からなるポリヌ
クレオチドを包含するが、それらに限定されるるものではない。

【００３２】本発明の好ましい実施態様は、表１の配列番号１に示されるヌクレオチド１か
らヌクレオチド１３４２のすぐ上流にあるかまたはそれを含むヌクレオチドまで
からなるかまたはそれを含むポリヌクレオチドであり、それは共にｍｕｒＦ２ポ
リペプチドをコードする。

【００３３】本発明はまた、式：Ｘ−(Ｒ_１)_ｍ−(Ｒ_２)−(Ｒ_３)_ｎ−Ｙ［式中、分子の５’末端のＸは、水素、金属、または修飾ヌクレオチド残基であ
るか、またはＹと一緒になって共有結合を形成し、分子の３’末端のＹは、水素
、金属、または修飾ヌクレオチド残基であるか、またはＸと一緒になって共有結
合を形成し、Ｒ_１およびＲ_３は、各々、独立して、いずれかの核酸残基または修
飾核酸残基であり、ｍは、１〜３０００の整数または０であり、ｎは、１〜３０
００の整数または０であり、Ｒ_２は、本発明の核酸配列または修飾核酸配列、特
に、表１から選択される核酸配列またはその修飾核酸配列である］で示されるポリヌクレオチドからなるかまたはそれを含むポリヌクレオチドを包
含する。上記式で示されるポリヌクレオチド中、Ｒ_２は、その左側でその５’末
端核酸残基がＲ_１に結合し、その右側でその３’末端核酸残基がＲ_３に結合する
ように方向付けられる。ｍおよび／またはｎが１より大きい場合、Ｒ_１および／
またはＲ_２のいずれかで表される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポ
リマーのいずれであってもよく、好ましくは、ヘテロポリマーである。好ましい
実施態様において、ＸおよびＹが一緒になって共有結合を形成する場合、上記式
で示されるポリヌクレオチドは、閉じた環状ポリヌクレオチドであり、それは、
その式が第２の鎖が相補性を有する第１の鎖を示す二本鎖ポリヌクレオチドであ
り得る。もう一つ別の実施態様において、ｍおよび／またはｎは、１〜１０００
の整数である。本発明の他の好ましい実施態様は、ｍが１〜５０、１００または
５００の間の整数であり、ｎが１〜５０、１００または５００の間の整数である
。

【００３４】本発明のポリヌクレオチドは、ストレプトコッカス・ニューモニエ由来である
のが最も好ましいが、好ましくは、分類学上同じ属の他の生物から得てもよい。
本発明のポリヌクレオチドは、また、例えば、分類学上同じ科または目の生物か
ら得てもよい。

【００３５】本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用語
は、本発明のポリペプチド、特に、細菌性ポリペプチド、より詳細には、表１［
配列番号２］に示すアミノ酸配列を有するストレプトコッカス・ニューモニエｍ
ｕｒＦ２のポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。
この用語はまた、コード配列および／または非コード配列を含んでもよいさらな
る領域を伴った、該ポリペプチドをコードする単一の連続領域または複数の非連
続領域を含むポリヌクレオチド（例えば、組込まれたファージ、組込まれた挿入
配列、組込まれたベクター配列、組込まれたトランスポゾン配列、またはＲＮＡ
編集もしくはゲノムＤＮＡ再組織化により中断されたポリヌクレオチド）を包含
する。

【００３６】本発明はさらに、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプチ
ドの変種をコードする、本明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。
本発明のポリヌクレオチドのフラグメントは、本発明の全長ポリヌクレオチドの
合成に使用できる。

【００３７】さらに好ましい実施態様は、数個、わずかな、５〜１０個、１〜５個、１〜３
個、２個、１個または０個のアミノ酸残基の置換、修飾、欠失および／または付
加がいずれかの組み合わせで行われた表１［配列番号２］のｍｕｒＦ２ポリペプ
チドのアミノ酸配列を有する、ｍｕｒＦ２変種をコードするポリヌクレオチドで
ある。これらのうち、ｍｕｒＦ２ポリペプチドの特性および活性を変化させない
サイレント置換、付加および欠失が特に好ましい。

【００３８】また、好ましい単離されたポリヌクレオチドの実施態様として、配列番号１の
ポリヌクレオチド配列からの、少なくとも１５、２０、３０、４０、５０または
１００個の連続した核酸を有する核酸配列を含むポリヌクレオチド、または配列
番号１のポリヌクレオチド配列の５’末端および／または３’末端から少なくと
も１５、２０、３０、４０、５０または１００個の連続した核酸が末端切断また
は欠失されている核酸配列を含むポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドフラ
グメントが挙げられる。

【００３９】本発明のさらに好ましい実施態様は、表１［配列番号２］に示すアミノ酸配列
を有するｍｕｒＦ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して、その
全長にわたって少なくとも９５％または９７％の同一性を有するポリヌクレオチ
ドおよびかかるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチドである。少
なくとも９５％の同一性を有する領域を含むポリヌクレオチドが最も好ましい。
さらにまた、少なくとも９５％の同一性を有するもののうち、少なくとも９７％
の同一性を有するものが非常に好ましく、これらのうち、少なくとも９８％およ
び少なくとも９９％の同一性を有するものが特に非常に好ましく、少なくとも９
９％の同一性を有するものがさらに好ましい。

【００４０】好ましい実施態様は、実質的に、表１［配列番号１］のＤＮＡによってコード
される成熟ポリペプチドと同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドである。本発明の特定の好ましい実施態様によれば、表１のポリヌクレオチドのような
ｍｕｒＦ２ポリヌクレオチド配列に、特に、ストリンジェント条件下で、ハイブ
リダイズするポリヌクレオチドが提供される。

【００４１】さらに本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチド配列にハイブリダイズす
るポリヌクレオチドに関する。この点に関して、本発明は、特に、本明細書に記
載のポリヌクレオチドにストリンジェント条件下でハイブリダイズするポリヌク
レオチドに関する。本明細書で用いる場合、「ストリンジェント条件」および「
ストリンジェントハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同一性が
少なくとも９５％、好ましくは、少なくとも９７％である場合にのみ起こるハイ
ブリダイゼーションを意味する。ストリンジェントハイブリダイゼーション条件
の詳細な例は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭＮaＣl、１５ｍ
Ｍクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデ
ンハート溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ／ｍｌの変性剪断サケ精
子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一夜インキュベートし、次いで、ハイブリダイ
ゼーション支持体を約６５℃の０.１ｘＳＳＣで洗浄することである。ハイブリ
ダイゼーションおよび洗浄条件は、よく知られており、Sambrook et al., Molec
ular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition，Cold Spring Harbor, N
.Y.,（1989）（特に、Chapter 11）に例示されている。本発明により提供される
ポリヌクレオチド配列に関して溶液ハイブリダイゼーションを用いてもよい。

【００４２】本発明は、また、ストリンジェントハイブリダイゼーション条件下、配列番号
１に示したポリヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配
列番号１に示す該ポリヌクレオチド配列の配列を有するプローブまたはそのフラ
グメントを用いてスクリーニングし；該ポリヌクレオチド配列を単離することに
より得られるポリヌクレオチド配列からなるかまたはそれを含むポリヌクレオチ
ドを提供する。かかるポリヌクレオチドを得るのに有用なフラグメントとしては
、例えば、本明細書の別の箇所において十分に説明するプローブおよびプライマ
ーが挙げられる。

【００４３】本明細書の別の箇所において本発明のポリヌクレオチドアッセイに関して説明
するように、例えば、該本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよび
ゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーションプローブとして使用してｍｕｒＦ
２をコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ｍｕｒＦ２遺伝子
に対して高い同一性、特に、高い配列同一性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡおよ
びゲノムクローンを単離することができる。かかるプローブは、一般に、少なく
とも１５ヌクレオチド残基または塩基対を含むであろう。好ましくは、かかるプ
ローブは、少なくとも３０ヌクレオチド残基または塩基対を有しており、少なく
とも５０ヌクレオチド残基または塩基対を有してもよい。特に好ましいプローブ
は、少なくとも２０ヌクレオチド残基または塩基対を有し、３０未満のヌクレオ
チド残基または塩基対を有する。

【００４４】ｍｕｒＦ２遺伝子のコード領域は、表１［配列番号１］のＤＮＡ配列を用いて
スクリーニングしてオリゴヌクレオチドプローブを合成することにより単離でき
る。次いで、本発明の遺伝子の配列に対して相補的な配列を有する標識オリゴヌ
クレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをス
クリーニングし、該プローブがライブラリーのいずれのメンバーにハイブリダイ
ズするのかを判定する。

【００４５】全長のＤＮＡを得るためまたは短いＤＮＡを伸長させるための利用可能で当業
者によく知られたいくつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅方法
（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS USA 85, 8998-9002, 1988を参
照のこと）に基づく方法がある。例えば、Marathon^TM法（クロンテク・ラボラト
リーズ・リミテッド（Clontech Laboratories Inc.））により例示される当該方
法の最近の変法により、より長いｃＤＮＡの研究が有意に簡単になった。Marath
on^TM法において、ｃＤＮＡは、選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調製され、
各末端に「アダプター」配列が連結される。次いで、遺伝子特異的およびアダプ
ター特異的オリゴヌクレオチドプライマーの組合せを用いて核酸増幅法（ＰＣＲ
）を行ってＤＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、「入れ子状態の
（nested）」プライマー、すなわち、増幅生成物内にてアニールするように設計
されたプライマー（典型的には、アダプター配列中の３’をさらにアニールする
アダプター特異的プライマーおよび選択された遺伝子配列中の５’をさらにアニ
ールする遺伝子特異的プライマー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、こ
の反応生成物をＤＮＡ配列決定法により分析し、次いで、該生成物を存在してい
るＤＮＡに直接結合して完全配列を得ることにより、または５’プライマーの設
計に関する新たな配列情報を用いて別々の全長ＰＣＲを行うことにより、全長Ｄ
ＮＡを構築することができる。

【００４６】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、さらに本明細書においてポ
リヌクレオチドアッセイに関して記載するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬および研究材料として用いる
ことができる。

【００４７】表１［配列番号１または２］の配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発
明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方法に使用できるが、好ましくは、
ＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または
部分的に感染組織において細菌中で転写されるか否かを測定することができる。
そのような配列は、また、病原体が達した感染の段階およびタイプの診断にも有
用性がある。

【００４８】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるアミノ末端またはカルボキシル末端ア
ミノ酸が加わるか、成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成
熟形態が２つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドを提供する。かかる配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態への
蛋白のプロセシングにおいて役割を果たすか、蛋白を輸送するか、蛋白の半減期
を延長または短縮するか、またはアッセイもしくは生産に関する蛋白の操作を容
易にすることができる。インビボで一般的なように、該付加アミノ酸は、細胞酵
素によるプロセシングにより成熟蛋白から除かれる。

【００４９】本発明のいずれのポリヌクレオチドについても、それに対して相補的なポリヌ
クレオチドが提供される。これらの相補的ポリヌクレオチドが、それらが相補的
である各ポリヌクレオチドに対して十分に相補的であることが好ましい。

【００５０】１またはそれ以上のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆
蛋白は、該ポリペプチドの不活性形であってもよい。プロ配列が除去されると、
通常、このような不活性前駆体は活性化される。プロ配列のいくつかまたは全て
を活性化の前に除去できる。一般に、このような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００５１】理解されるように、オープンリーディングフレームによりコードされるポリペ
プチド全体が活性に必要でないことも多い。したがって、分子生物学においては
、Ｎ−末端およびＣ−末端欠失実験で活性に必要な一次構造の境界の地図作成を
行うことが慣用操作となる。これらの実験は、コーディング核酸配列を切断する
のに、エキソヌクレアーゼ消化または都合のよい制限部位を利用する。例えば、
プロメガ（Promega）（ウィスコンシン州マジソン）は、欠失産物が容易に分析
されるように設計されたエキソヌクレアーゼＩＩＩを使用するＥｒａｓｅ−ａ−
ｂａｓｅ^ＴＭ系を販売している（www.promega.comにて利用しうるプロトコル）
。その消化された末端は、オープンリーディングフレームを保存するのに必要な
程度にまで（例えば、合成リンカーにライゲートすることで）修復することがで
きる。このように、配列番号１の核酸は、酵素、結合または抗体誘発活性などの
活性を得るのに十分な配列番号２の連続的フラグメントを容易に提供する。配列
番号２のかかるフラグメントをコードする核酸配列および本明細書に記載されて
いるようなその変種は、本発明の範囲内にあり、本発明に従ってコードされるポ
リペプチドである。

【００５２】要するに、本発明のポリヌクレオチドは、成熟蛋白、リーダー配列の加わった
成熟蛋白（プレ蛋白とも称される）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１または
それ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダー配列と、一般に
、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセシング工程の間に除去される
１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコ
ードする。

【００５３】ベクター、宿主細胞、発現系本発明はまた、本発明のポリヌクレオチド（複数でも可）を含むベクター、本
発明のベクターを用いて遺伝子操作される宿主細胞および組換え技法による本発
明のポリペプチドの製造にも関する。また、無細胞翻訳系を用い、本発明のＤＮ
Ａ構築物由来のＲＮＡを用いてかかる蛋白を製造することができる。

【００５４】本発明の組換えポリペプチドは、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞から
、当業者によく知られた方法により製造することができる。したがって、さらな
る態様において、本発明は、本発明のポリヌクレオチド（複数でも可）を含む発
現系、かかる発現系を用いて遺伝子操作された宿主細胞、および組換え技法によ
る本発明のポリペプチドの製造に関する。

【００５５】本発明のポリペプチドの組換え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作して、
発現系もしくはその一部または本発明のポリヌクレオチドを取り込むことができ
る。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、Davis et al., BASIC METHODS IN
MOLECULAR BIOLOGY（1986）および Sambrook et al., MOLECULAR CLONING: A L
ABORATORY MANUAL，2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spr
ing Harbor, N.Y.（1989）などの多くの標準的な実験マニュアルに開示されてい
る方法、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキスト
ラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクショ
ン、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープローディング（scrape loading）、バリスティック（
ballistic）導入および感染により行うことができる。

【００５６】適当な宿主の代表例としては、細菌細胞、例えば、ストレプトコッカス（stre
ptococci）、スタフィロコッカス（staphylococci）、エンテロコッカス（enter
ococci）、イー・コリ（E. coli）、ストレプトマイセス（Streptomyces）、シ
アノバクテリア（cyanpobacteria）、バシラス・サチリス（Bacillus subtilis
）およびストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）の細
胞；真菌細胞、例えば、酵母、クルベロミセス（Kluveromyces）、サッカロミセ
ス（Saccharomyces）、担子菌、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）
およびアスペルギルス（Aspergillus）の細胞；昆虫細胞、例えば、ドロソフィ
ラ（Drosophila）Ｓ２およびスポドプテラ（Spodoptera）Ｓｆ９の細胞；動物細
胞、例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３、
ＣＶ−１およびボーウェス（Bowes）黒色腫細胞；ならびに植物細胞、例えば、
裸子植物または被子植物の細胞が挙げられる。

【００５７】本発明のポリペプチドを製造するために非常に多様な発現系を使用することが
できる。かかるベクターとしては、とりわけ、染色体由来、エピソーム由来およ
びウイルス由来のベクター、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ
由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染
色体エレメント由来、バキュロウイルス、パポバウイルス（例えば、ＳＶ４０）
、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス、
ピコルナウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルス由来のベクター、ならび
にそれらを組み合わせたものに由来するベクター、例えば、コスミドおよびファ
ージミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝因子由来のベクターが
挙げられる。発現系構築物は、発現を制御したり引き起こしたりする調節領域を
有していてもよい。一般に、この点に関して、宿主においてポリヌクレオチドを
保持、増幅または発現するのに適した、および／またはポリペプチドを発現する
のに適した任意の系またはベクターを発現に使用することができる。種々のよく
知られている慣用的な技術のいずれか、例えば、Sambrook et al., MOLECULAR C
LONING, A LABORATORY MANUAL（上掲）に開示されている技術などにより、適当
なＤＮＡ配列を発現系に挿入してもよい。

【００５８】真核細胞の組換え発現系において、翻訳蛋白を小胞体内腔、周辺腔または細胞
外環境に分泌させるために、適当な分泌シグナルを発現ポリペプチドに取込むこ
とができる。これらのシグナルは、ポリペプチドに対して内因的であってもよい
し、または異種シグナルであってもよい。

【００５９】本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈澱、酸抽出、
アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグ
ラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフ
ィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラ
フィーを包含するよく知られている方法により組換え細胞培養物から回収および
精製できる。最も好ましくは、精製に高速液体クロマトグラフィーを用いる。ポ
リペプチドが単離および／または精製の間に変性した場合、蛋白再生のためのよ
く知られている方法を用いて活性なコンホメーションを再生することができる。

【００６０】診断、予後判定、血清型分類および変異アッセイ本発明は、また、診断試薬として用いるための本発明のｍｕｒＦ２ポリヌクレ
オチドおよびポリペプチドの使用にも関する。真核生物、とりわけ、哺乳動物、
特に、ヒトにおけるｍｕｒＦ２ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの
検出は、疾患の診断、疾患の段階の決定、または薬剤に対する感染生物の応答に
関する診断方法を提供するであろう。真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒト、
特に、ｍｕｒＦ２遺伝子または蛋白を含む生物に感染したかまたは感染している
と思われるこれらは、種々のよく知られている方法および本明細書記載の方法に
より核酸レベルまたはアミノ酸レベルで検出できる。

【００６１】予後判定、診断または他の分析に供するポリペプチドおよびポリヌクレオチド
は、感染していると思われる個体および／または感染した個体の身体材料から得
られる。これらの供給源のいずれか由来のポリヌクレオチド、特にＤＮＡまたは
ＲＮＡは、直接検出に用いてもよいし、または分析前にＰＣＲもしくはその他の
増幅法を用いることにより酵素的に増幅してもよい。ＲＮＡ（特に、ｍＲＮＡ）
、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡもまた同様に用いることができる。増幅法を用い
ると、個体に存在する感染性または内在性生物の種および株を、該生物の選択ポ
リヌクレオチドの遺伝子型の分析により特徴付けすることができる。欠失および
挿入は、関連生物（好ましくは、同一属の異なる種、または同一種の異なる株）
から選択された参照配列の遺伝子型と比較した増幅生成物の大きさの変化により
検出することができる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識ｍｕｒＦ２ポリヌクレ
オチド配列にハイブリダイズさせることにより同定することができる。完全にま
たは有意に対合した配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡについて各々ＤＮａｓｅまたは
ＲＮａｓｅ消化により、または融解温度もしくは復元速度の差異を検出すること
により、不完全にまたはより有意にミスマッチの二本鎖と区別できる。ポリヌク
レオチド配列の差異は、また、参照配列と比較して、ゲル中のポリヌクレオチド
フラグメントの電気泳動の移動度の変化により検出することができる。これは、
変性剤を用いても用いなくても行うことができる。ポリヌクレオチドの差異は、
また、直接ＤＮＡまたはＲＮＡ配列決定法により検出することができる。例えば
、Myers et al., Science，230: 1242 (1985) を参照のこと。特異的な位置での
配列の変化は、また、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１お
よびＳ１保護アッセイまたは化学的切断法によっても明らかにすることができる
。例えば、Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 85: 4397-4401 (198
5) を参照のこと。

【００６２】もう１つの実施態様において、ｍｕｒＦ２ヌクレオチド配列またはそのフラグ
メントを含むオリゴヌクレオチドプローブのアレイを構築して、例えば、遺伝的
変異、血清型、分類学的分類または同定の効率的なスクリーニングを行うことが
できる。アレイ法は、よく知られており、一般的な適用性を有しており、該アレ
イ法を用いて遺伝子発現、遺伝連鎖、および遺伝的変異性を包含する分子遺伝学
における種々の問題と取り組むことができる（例えば、Chee et al., Science,
274: 610 (1996) を参照のこと）。

【００６３】かくして、もう１つの態様において、本発明は、（ａ）本発明のポリヌクレオ
チド、好ましくは、配列番号１のヌクレオチド配列、またはそのフラグメント；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相補的なヌクレオチド配列；（ｃ）本
発明のポリペプチド、好ましくは、配列番号２のポリペプチド、またはそのフラ
グメント；または（ｄ）本発明のポリペプチドに対する抗体、好ましくは、配列
番号２のポリペプチドに対する抗体を含む診断キットに関する。かかるキットに
おいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が実質的な成分を含んでいてもよ
いことが理解されよう。かかるキットは、とりわけ、疾患または疾患に対する感
受性を診断するのに有用である。

【００６４】本発明は、また、診断試薬としての本発明のポリヌクレオチドの使用にも関す
る。疾患または病原性に関連した本発明のポリヌクレオチド、好ましくは、配列
番号１のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポリヌクレオチドの過少発現、
過剰発現もしくは発現の変化により引き起こされる疾患の診断、疾患経過の予後
判定、疾患段階の決定、または疾患に対する感受性の診断に付加するかまたはこ
れを定義することができる診断手段を提供するであろう。かかるポリヌクレオチ
ドの変異を有する生物、特に感染生物は、本明細書の他の場所に記載するような
種々の方法によりポリヌクレオチドレベルで検出することができる。

【００６５】第１の表現型を有する生物と、別の第２の表現型を有する生物との間のポリヌ
クレオチド配列および／またはポリペプチド配列の差異を調べることもできる。
変異が第１の表現型を有する生物のいくつかまたは全部において観察されるが、
第２の表現型を有する生物においては観察されない場合、該変異は、第１の表現
型の原因因子であると考えられる。

【００６６】本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチド中に変異または多型性
（対立遺伝子変異）を担持する生物由来の細胞を、例えば、血清型分類を可能に
するような種々の技法によりポリヌクレオチドレベルまたはポリペプチドレベル
で検出できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いてＲＮＡにおける変異を検出するこ
とができる。ＲＴ−ＰＣＲを、自動検出系、例えば、ＧｅｎｅＳｃａｎなどと組
み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもま
た同じ目的でＰＣＲに用いることができる。一例として、ｍｕｒＦ２ポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチドに対して相補的なＰＣＲプライマーを用いて変
異を同定および分析することができる。本発明はまた、５'および／または３'末
端から１、２、３または４個のヌクレオチドを除去したプライマーを提供する。
これらのプライマーは、とりわけ、身体材料のような個体由来の試料より単離さ
れたｍｕｒＦ２ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを増幅するのに用いることができ
る。該プライマーを用いて感染固体から単離されるポリヌクレオチドを増幅し、
次いで、該ポリヌクレオチドを、該ポリヌクレオチド配列を調べるための種々の
技法に付すことができる。このように、ポリヌクレオチド配列における変異を検
出し、これを用いて、感染またはその段階もしくは経過を診断および／または予
後判定してもよいし、または感染因子を血清型分類および／または分類してもよ
い。

【００６７】本発明は、さらに、疾患、好ましくは、細菌感染、さらに好ましくは、ストレ
プトコッカス・ニューモニエにより引き起こされる感染の診断方法であって、表
１［配列番号１］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を身体材
料などの個体由来の試料から測定することを含む方法を提供する。ｍｕｒＦ２ポ
リヌクレオチドの発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量化のための
当該技術分野でよく知られている方法のいずれか、例えば、増幅法、ＰＣＲ、Ｒ
Ｔ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護、ノーザンブロッティング、スペクトロメトリーお
よびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定することができる。

【００６８】さらに、正常対照組織試料と比較してｍｕｒＦ２ポリペプチドの過剰発現を検
出するための本発明の診断アッセイを用いて、例えば、感染の存在を検出するこ
とができる。身体材料のような宿主由来の試料中のｍｕｒＦ２ポリペプチドのレ
ベルを決定するために用いることができるアッセイ技法は、当業者によく知られ
ている。かかるアッセイ法としては、ラジオイムノアッセイ、競合結合アッセイ
、ウェスタンブロット分析、抗体サンドイッチアッセイ、抗体検出およびＥＬＩ
ＳＡアッセイが挙げられる。

【００６９】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセイおよび分子また、本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドを用いて、例えば、細胞
、無細胞調製物、化学ライブラリー、および天然産物混合物中の小型分子基質お
よびリガンドの結合を評価することもできる。これらの基質およびリガンドは、
天然の基質およびリガンドであってもよいし、または構造上もしくは機能上の模
倣物であってもよい。例えば、Coligan et al., Current Protocols in Immunol
ogy 1(2): Chapter 5 (1991) を参照のこと。

【００７０】本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、多くの病態、特に、上記疾
患を包含する多くの生物学的機能を引き起こす。したがって、該ポリペプチドま
たはポリヌクレオチドの機能を作動する（例えば、刺激する）化合物または拮抗
する（例えば、阻害する）化合物を同定するためのスクリーニング法を工夫する
ことが望ましい。したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明のポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドの機能を作動する化合物または拮抗する化合物を同定するための、化合物の
スクリーニング方法を提供する。一般に、アゴニストまたはアンタゴニスト（例
えば、阻害物質）は、上記疾患の治療目的および予防目的に用いられる。化合物
は、種々の供給源、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然
産物混合物から同定できる。そのようにして同定されたかかるアゴニストおよび
アンタゴニストは、場合によってはｍｕｒＦ２ポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドの、天然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素などであってもよいし、
またはそれらの構造上もしくは機能上の模倣物であってもよい（Coligan et al.
, Current Protocols in Immunology 1(2): Chapter 5 (1991) を参照のこと）
。

【００７１】スクリーニング法は、単に、候補化合物の、該ポリペプチドもしくはポリヌク
レオチドへの結合、または該ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを有する細胞
もしくは膜への結合、または該ポリペプチドを含む融合蛋白への結合を、該候補
化合物に直接または間接的に会合させた標識により測定するものであってもよい
。別法として、スクリーニング法は、標識競争物質との競争を要するものであっ
てもよい。さらに、これらのスクリーニング法は、該ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドを含む細胞に適した検出系を用いて、候補化合物が該ポリペプチドま
たはポリヌクレオチドの活性化または阻害により発生するシグナルを生じさせる
か否かを試験するものであってもよい。一般に、活性化の阻害物質を既知のアゴ
ニスト存在下でアッセイし、次いで、候補化合物の存在による、アゴニストによ
る活性化に対する影響を観察する。場合によっては、候補化合物が該ポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドの活性化の阻害を引き起こすか否かを試験することに
よるアゴニストまたはアンタゴニストの不在下での逆アゴニストについてのスク
リーニング法において恒常的に活性なポリペプチドおよび／または恒常的に発現
されるポリペプチドおよびポリヌクレオチドを用いてもよい。さらに、スクリー
ニング法は、単に、候補化合物を本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
を含有する溶液と混合して混合物を調製し、該混合物中のｍｕｒＦ２ポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測定し、次いで、該混合物のｍｕｒＦ
２ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を標準と比較する工程を含
んでもよい。Ｆｃ部分および上記ｍｕｒＦ２ポリペプチドから調製されるような
融合蛋白を用いて高処理量スクリーニングアッセイを行って、本発明のポリペプ
チドならびに系統発生学上および／または機能上関連したポリペプチドのアンタ
ゴニストを同定することもできる（D. Bennett et al., J. Mol. Recognition,
8:52-58 (1955)；および K. Johanson et al., J. Biol. Chem., 270(16):9459-
9471 (1995) を参照のこと）。

【００７２】また、本発明のポリペプチドと結合および／または相互作用するポリヌクレオ
チド、ポリペプチドおよび抗体を用いて、細胞におけるｍＲＮＡおよび／または
ポリペプチドの産生に対する添加化合物の影響を検出するスクリーニング方法を
設計することができる。例えば、当該技術分野において知られている標準的な方
法によりモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を用いてポリペプチドの
分泌レベルまたは細胞会合レベルを測定するためのＥＬＩＳＡアッセイを構築す
ることができる。これを用いて、適当に操作された細胞または組織からのポリペ
プチドの産生を阻害しうる薬剤または増強しうる薬剤（それぞれ、アンタゴニス
トまたはアゴニストという）を見いだすことができる。

【００７３】本発明は、また、ｍｕｒＦ２ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を増
強する化合物（アゴニスト）または遮断する化合物（アンタゴニスト）、特に、
静菌性および／または殺菌性のある化合物を同定するための、化合物のスクリー
ニング方法を提供する。スクリーニング方法は、高処理量技術を要してもよい。
例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、ｍｕｒ
Ｆ２ポリペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質またはリガンドを含む、
合成反応混合物、細胞コンパートメント、例えば、膜、細胞エンベロープもしく
は細胞壁など、またはそれらのいずれかの調製物をｍｕｒＦ２アゴニストまたは
アンタゴニストであるかもしれない候補分子の不在下または存在下でインキュベ
ートする。候補分子のｍｕｒＦ２ポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標
識リガンドの結合の減少またはかかる基質からの産生物の産生の減少に反映され
る。結合しても影響を及ぼさない分子、すなわち、ｍｕｒＦ２ポリペプチドの作
用を誘起しない分子は、おそらく良好なアンタゴニストであると考えられる。十
分に結合して、場合によっては、基質からの産生物の産生速度を高めるか、シグ
ナル伝達を増大させるか、または化学チャネル活性を増大させる分子は、アゴニ
ストである。場合によっては、基質からの産生物の産生速度もしくは産生レベル
、シグナル伝達、または化学チャネル活性の検出は、リポーター系を用いること
により増強できる。この点に関して有用なリポーター系としては、生成物に転換
される比色標識基質、ｍｕｒＦ２ポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変
化に応答するリポーター遺伝子、および当該技術分野において知られている結合
アッセイを包含するが、これらに限定されるものではない。

【００７４】本発明のポリペプチドを用いて、当該分野において知られている標準的な受容
体結合法により、かかるポリペプチドに対する膜結合性または可溶性受容体を、
もしあれば、同定することができる。これらの方法としては、ポリペプチドを放
射性同位体（例えば、^１２５Ｉ）で標識するか、化学的に修飾（例えば、ビオチ
ン化）するか、または検出もしくは精製に適したペプチド配列と融合させて、推
定の受容体の供給源（例えば、細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材料
）と共にインキュベートするリガンド結合および架橋結合アッセイが挙げられる
が、これらに限定されるものではない。他の方法としては、表面プラスモン共鳴
および分光分析法が挙げられる。これらのスクリーニング方法を用いて、ポリペ
プチドのその受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニストおよびアンタ
ゴニストを同定してもよい。かかるアッセイを行うための標準的方法は、当該技
術分野においてよく知られている。

【００７５】蛍光標識分子の蛍光偏光値は、回転相関時間（rotational correlation time
）またはタンブリング速度（tumbling rate）に依存する。蛍光標識分子を含む
ように標識された、ｍｕｒＦ２ポリペプチドを別のｍｕｒＦ２ポリペプチドまた
は他のポリペプチドと会合させることにより形成されるような蛋白複合体は、蛍
光標識された単量体蛋白よりも高い偏光値を有するであろう。ポリペプチド複合
体を分裂させる小型分子を特徴付けるのにこの方法を用いるのが好ましい。

【００７６】蛍光エネルギー伝達を用いて、ｍｕｒＦ２ポリペプチド二量体、三量体、四量
体もしくは高次構造物、またはｍｕｒＦ２ポリペプチドを別のポリペプチドに結
合させることにより形成される構造物の形成を妨害する小型分子を特徴付けるこ
ともできる。ｍｕｒＦ２ポリペプチドは、ドナーおよびアクセプターの両方のフ
ルオロフォアで標識することができる。２つの標識された種を混合し、ドナーフ
ルオロフォアを励起したならば、アクセプターの蛍光を観察することにより、蛍
光エネルギー伝達を検出することができる。二量体化をブロックする化合物は、
蛍光エネルギー伝達を阻害するであろう。

【００７７】表面プラスモン共鳴を用いて、ｍｕｒＦ２ポリペプチド自己会合およびｍｕｒ
Ｆ２ポリペプチドと別のポリペプチドまたは小型分子との会合に対する小型分子
の影響をモニターすることができる。ｍｕｒＦ２ポリペプチドをセンサーチップ
に低いサイト密度（site density）でカップリングさせて、共有結合分子が単量
体的であるようにすることができる。次いで、溶液蛋白をｍｕｒＦ２ポリペプチ
ド被覆表面上に通し、局所屈折率の変化により生じる共鳴角の変化をモニターす
ることにより特異的結合を即時に検出することができる。この方法を用いて、ｍ
ｕｒＦ２ポリペプチドの自己会合ならびにｍｕｒＦ２ポリペプチドと別のポリペ
プチドもしくは小型分子との会合に関する反応速度および平衡結合定数に対する
小型分子の影響を特徴付けることができる。

【００７８】シンチレーション近接アッセイを用いて、ｍｕｒＦ２ポリペプチドと別のｍｕ
ｒＦ２ポリペプチドもしくは別のポリペプチドとの会合間の相互作用を特徴付け
ることができる。ｍｕｒＦ２ポリペプチドをシンチレーション充填ビーズにカッ
プリングさせることができる。放射標識ｍｕｒＦ２ポリペプチドの添加は結合を
生じ、放射性源分子はシンチレーション液に極めて近接した状態となる。かくし
て、ｍｕｒＦ２ポリペプチドの結合によりシグナルが放出され、ｍｕｒＦ２ポリ
ペプチドの自己結合またはｍｕｒＦ２ポリペプチドと別のポリペプチドもしくは
小型分子との会合を妨害する化合物はシグナルを減少させるであろう。

【００７９】本発明の他の実施態様において、本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合するかまたは他の相互作用をして、その活性または発現を阻害
する化合物または活性化する化合物を同定する方法であって、化合物およびポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの間の結合または他の相互作用を可能
にする条件下で本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドをスクリ
ーニングすべき化合物と接触させて、化合物との結合または他の相互作用（ここ
で、かかる結合または相互作用は、好ましくは、ポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合または相互作用に応答して検出可能なシグナル
を提供する能力を有する第２の成分と関連している）を評価し、次いで、該ポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との結合または相互作用によ
り生じるシグナルの存在または不在を検出することにより、化合物がポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチドと結合するかまたは他の相互作用をして、そ
の活性または発現を活性化または阻害するか否かを決定することからなる方法が
提供される。

【００８０】ｍｕｒＦ２アゴニストのアッセイのもう１つの例は、競争阻害アッセイに適し
た条件下で、ｍｕｒＦ２および潜在的アゴニストを、ｍｕｒＦ２結合分子、組換
えｍｕｒＦ２結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質もしくはリガン
ド模倣物と混合する競合アッセイである。ｍｕｒＦ２分子を、例えば、放射活性
または比色化合物により標識し、結合分子に結合したかまたは生成物に変換され
たｍｕｒＦ２分子の数を正確に測定して、潜在的アンタゴニストの作用を評価で
きる。

【００８１】（ａ）最初に、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれら
の複合体の３次元構造を決定し、（ｂ）アゴニストまたはアンタゴニストの適当
な反応部位、結合部位またはモチーフの３次元構造を推定し、（ｃ）推定された
結合部位、反応部位および／またはモチーフと結合または反応すると予想される
候補化合物を合成し、次いで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニストまたはアンタ
ゴニストであるか否かを試験することによる、該ポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害物質の構造に基づく設
計方法に本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを用いてもよい
ことは、当業者に容易に理解されよう。さらに、これが、通常、反復プロセスであり、この反復プロセスがオートメー
ション化されたコンピューター制御工程を用いて行われてもよいことが理解され
よう。

【００８２】さらなる態様において、本発明は、例えば、ｍｕｒＦ２ポリペプチドおよび／
またはポリヌクレオチドの過剰発現、過少発現、活性の上昇、または活性の低下
に関連した疾患のごとき異常な状態の治療方法を提供する。

【００８３】ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの発現および／または活性が過
剰な場合、いくつかの方法を用いることができる。一の方法は、例えば、リガン
ド、基質、受容体、酵素などの結合を遮断することによるかまたは２次的シグナ
ルを阻害することにより、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの機能
および／または発現を阻害するに有効な量の上記阻害化合物（アンタゴニスト）
を、所望により、医薬上許容される担体とともに、かかる処置を必要とする個体
に投与し、それにより異常な症状を改善することを含む。もう１つの方法におい
ては、内在性ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと競争してもなお、
リガンド、基質、酵素、受容体などと結合する能力を有する可溶性形態のポリペ
プチドを投与してもよい。かかる競争物質の典型例としては、ｍｕｒＦ２ポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドのフラグメントが挙げられる。

【００８４】さらにもう１つのアプローチにおいて、発現ブロッキング法を用いて内在性ｍ
ｕｒＦ２ポリペプチドをコードする遺伝子の発現を阻害することができる。この
ブロッキングは、遺伝子発現におけるいずれの工程を標的としてもよいが、好ま
しくは、転写および／または翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体内
で生じるかまたは別個に投与されるアンチセンス配列の使用を伴う（例えば、O'
Connor, J. Neurochem (1991) 56:560 in Oligodeoxynucleotides as Antisense
Inhibitors of Gene Expression, CRC Press, Boca Raton, FL (1988) を参照
のこと）。別法として、遺伝子とともに三重らせんを形成するオリゴヌクレオチ
ドを供給することができる（例えば、Lee et al., Nucleic Acids Res (1979) 6
:3073；Cooney et al., Science (1988) 241:456；Dervan et al., Science (19
91) 251:1360 を参照のこと）。これらのオリゴマーをそれ自体投与することが
できるか、またはリリーバントなオリゴマーをインビボで発現させることができ
る。

【００８５】本明細書で得られるポリヌクレオチド配列は、各々、抗菌化合物の発見および
開発に用いることができる。コードされた蛋白を発現させて、抗菌薬物をスクリ
ーニングするための標的として用いることができる。さらに、コードされた蛋白
のアミノ末端領域をコードするポリヌクレオチド配列または個々のｍＲＮＡのシ
ャイン・ダルガーノもしくは他の翻訳容易化配列を用いて、目的とするコード配
列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することができる。

【００８６】本発明は、また、感染の続発症の原因となる、病原体（複数でも可）と真核宿
主、好ましくは、哺乳動物宿主との間の最初の物理的相互作用を妨害するための
、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニスト
の使用を提供する。特に、本発明の分子は、細菌、特に、グラム陽性菌および／
またはグラム陰性菌の、留置装置上の真核細胞外マトリックス蛋白、好ましくは
、哺乳動物細胞外マトリックス蛋白、または創傷部の細胞外マトリックス蛋白へ
の付着防御において；真核細胞外マトリックス蛋白、好ましくは、哺乳動物細胞
外マトリックス蛋白と組織損傷を媒介する細菌性ｍｕｒＦ２蛋白との間の細菌付
着を遮断するため；および／または、留置装置の移植もしくは他の外科手術技法
以外により開始された感染における病因の通常の進行を遮断するために用いるこ
とができる。

【００８７】本発明のさらに別の態様によれば、ｍｕｒＦ２のアゴニストおよびアンタゴニ
スト、好ましくは、静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供
される。本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを用いて、例えば、疾患を、予防、
阻害、および／または治療することができる。

【００８８】ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）（本明細書中、「エッチ・
ピロリ」ともいう）菌は、世界中で胃癌、潰瘍、胃炎を発病している人口の３分
の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（International Agency for Res
earch on Cancer）（1994）Schistosomes，Liver Flukes and Helicobacter Pyl
ori（International Agency for Research on Cancer，Lyon，France；http://w
ww.uicc.ch/ecp/ecp2904.htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近、エッ
チ・ピロリと胃腺癌との間の因果関係を認識し、この細菌をＩ群（限定的）発癌
物質に分類した。本発明により提供されるスクリーニング法または当該技術分野
で知られているスクリーニング法を用いて見出される本発明の好ましい抗菌化合
物（ｍｕｒＦ２ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニストおよ
びアンタゴニスト）、特に、狭いスペクトルの抗生物質は、エッチ・ピロリ感染
の治療に有用である。かかる治療は、胃腸癌などのエッチ・ピロリ誘発性癌の出
現を減少させる。かかる治療は、また、胃潰瘍および胃炎を予防、阻害および／
または治癒する。

【００８９】本明細書において引用した、特許および特許出願を包含するがこれらに限定さ
れるものではない全ての刊行物および引用文献は、個々の刊行物または引用文献
が完全に記載されているものとして出典明示により本明細書の一部とすることが
詳細かつ個々に示されているかのように出典明示により全体として本明細書の一
部とする。本願が優先権を主張するいずれの特許出願もまた出典明示により全体
として本明細書の一部とする。

【００９０】用語本明細書中で頻繁に使用される特定の用語を理解し易くするために以下に定義
する。

【００９１】「身体材料（複数でも可）」とは、骨、血液、血清、脳脊髄液、精液、唾液、
筋肉、軟骨、器官組織、皮膚、尿、糞便または剖検材料のごとき細胞、組織およ
び排泄物を包含するがこれらに限定されない、個体由来、または個体に感染、外
寄生もしくは生息する生物由来の材料を意味する。

【００９２】「疾患（複数でも可）」は、例えば、中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎
、静脈洞炎、胸腔蓄膿および心内膜炎、特に、例えば、脳脊髄液の感染のような
髄膜炎を包含する細菌による感染により引き起こされる疾患または細菌による感
染に関連した疾患を意味する。

【００９３】「宿主細胞（複数でも可）」は、外来性ポリヌクレオチド配列による導入（例
えば、形質転換もしくはトランスフェクション）が行われたか、または導入（形
質転換もしくはトランスフェクション）の能力を有する細胞である。

【００９４】「同一性」は、当該技術分野で知られているように、場合によっては、配列の
比較により決定されるような、２もしくはそれ以上のポリペプチド配列または２
またはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関係である。また、当該技術分野
では、「同一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって決定されるよ
うな、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列関連性の度合を意味す
る。「同一性」は、Computational Molecular Biology, Lesk，A.M., ed., Oxfo
rd University Press, New York, 1988；Biocomputing: Informatics and Genom
e Projects, Smith, D.W., ed., Academic Press, New York, 1993；Computer A
nalysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.M. and Griffin, H.G., eds.,
Humana Press, New Jersey, 1994；Sequence Analysis in Molecular Biology,
von Heinje, G., Academic Press, 1987；および Sequence Analysis Primer,
Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991；
および Carllio, H and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988)
に記載されている方法が挙げられるがこれらに限定されるものではない公知方
法により容易に算出することができる。同一性を決定する方法は、テストする配
列間に最大の対合を与えるように設計される。さらにまた、同一性を測定する方
法は、公に入手できるコンピュータープログラムに集成されている。２つの配列
の間の同一性を測定する好ましいコンピュータ・プログラム方法としては、ＧＣ
Ｇプログラムパッケージ（Devereux, J. et al., Nucleic Acids Research 12(1
): 387 (1984)）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳＴＡ（Atschul, S.
F. et al., J. Molec. Biol. 215: 403−410 (1990)）が挙げられるが、これら
に限定されるものではない。ＢＬＡＳＴＸプログラムは、ＮＣＢＩおよび他の
供給源（BLAST Manual, Altshul, S. et al., NCBI NLM NIH Bethesda，MD 2089
4；Altschul, S. et al., J. Mol. Biol., 215: 403−410 (1990)）から公に入
手できる。また、よく知られているスミス・ウォーターマン（Smith Waterman）
アルゴリズムを用いて同一性を決定することもできる。

【００９５】ポリペプチド配列比較用のパラメーターは、以下のものを包含する：１）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443-453 (1970)
比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 8
9:10915-10919 (1992) からのＢＬＯＳＳＵＭ６２ギャップペナルティー：１２ギャップ長ペナルティー：４これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、ウィスコンシン州マディソ
ンのジェネティクス・コンピューター・グループ（Genetics Computer Group）
からの「ギャップ（gap）」プログラムとして公に利用できる。上記パラメータ
ーは、ペプチド比較用のデフォールト・パラメーターである（エンドギャップの
ペナルティーは伴わない）。

【００９６】ポリヌクレオチド比較用のパラメーターは、以下のものを包含する：１）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443-453 (1970)
比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ギャップペナルティー：５０ギャップ長ペナルティー：３利用可能：ウィスコンシン州マディソンのジェネティクス・コンピューター・グ
ループからの「ギャップ」プログラム。これらは、核酸比較用のデフォールト・
パラメーターである。

【００９７】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドについての「同一性」に関する好ましい
意味は、場合によっては、下記（１）および（２）にて示される。（１）ポリヌクレオチドの実施態様は、さらに、配列番号１の参照配列に対し
て少なくとも９５、９７、９９、９９.５または１００％の同一性を有するポリ
ヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド配列を包含し、ここで、該ポリヌ
クレオチド配列は、配列番号１の参照配列と同一であってもよいし、または参照
配列と比較してある程度の整数個までのヌクレオチドの変化を有していてもよく
、ここで、該変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換（トランジシ
ョンおよびトランスバージョンを包含する）または挿入からなる群から選択され
、また、該変化は、参照ヌクレオチド配列の５’末端もしくは３’末端の位置で
、またはこれら末端位置の間のいずれもの位置であって参照配列中のヌクレオチ
ドにおいて個々にもしくは参照配列中の１以上の連続した群で散在した位置で生
じてもよく、ここで、ヌクレオチド変化の数は、配列番号１におけるヌクレオチ
ドの総数に同一性パーセントを定義する整数を１００で割った値をかけ、次いで
、その積を配列番号１におけるヌクレオチドの総数から差し引くことにより決定
されるか、または、下式により決定される：ｎ_ｎ≦ｘ_ｎ−(ｘ_ｎ・ｙ) ［式中、ｎ_ｎは、ヌクレオチド変化の数であり、ｘ_ｎは、配列番号１におけるヌ
クレオチドの総数であり、ｙは、９５％については０.９５、９７％については
０.９７、９９％については０.９９、９９.５％については０.９９５、または１
００％については１.００であり、・は、乗法の演算子の記号であり、ここで、
ｘ_ｎとｙとの整数でない積は、切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_ｎから
差し引く］。配列番号２のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の変
化は、このコード配列中のナンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を
引き起こす可能性があり、それにより、かかる変化に随伴して該ポリヌクレオチ
ドによりコードされているポリペプチドが変化する。

【００９８】（２）ポリペプチドの実施態様は、さらに、配列番号２のポリペプチド参照配
列に対して少なくとも９５、９７または１００％の同一性を有するポリペプチド
を含む単離ポリペプチドを包含し、ここで、該ポリペプチド配列は、配列番号２
の参照配列と同一であってもよいし、または参照配列と比較してある程度の整数
個までのアミノ酸の変化を有していてもよく、ここで、該変化は、少なくとも１
個のアミノ酸の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含する）または挿入
からなる群から選択され、また、該変化は、参照ポリペプチド配列のアミノ末端
またはカルボキシ末端の位置で、またはこれらの末端位置の間のいずれもの位置
であって参照配列中のアミノ酸において個々にもしくは参照配列中の１以上の連
続した群で散在した位置で生じてもよく、ここで、アミノ酸変化の数は、配列番
号２におけるアミノ酸の総数に同一性パーセントを定義する整数を１００で割っ
た値をかけ、次いで、その積を配列番号２におけるアミノ酸の総数から差し引く
ことにより決定されるか、または、下式により決定される：ｎ_ａ≦ｘ_ａ−(ｘ_ａ・ｙ) ［式中、ｎ_ａは、アミノ酸変化の数であり、ｘ_ａは、配列番号２におけるアミノ
酸の総数であり、ｙは、９５％については０.９５、９７％については０.９７、
または１００％については１.００であり、・は、乗法の演算子の記号であり、
ここで、ｘ_ａとｙとの整数でない積は、切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_ａから差し引く］。

【００９９】「個体（複数でも可）」は、後生動物、哺乳動物、ヤギ類（ovid）、ウシ科動
物、類人猿、霊長類およびヒトを包含するがこれらに限定されるものではない多
細胞真核生物を意味する。

【０１００】「単離」とは、「人間の手によって」天然の状態から変化させられたこと、す
なわち、天然物の場合、その本来の環境から変化させるかまたは取り出すか、ま
たはその両方が行われたことを意味する。例えば、生存生物に天然に存在するポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単離」されていないが、その天然状態
で共存する物質から分離された同ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明
細書にて用いる用語としての「単離」がなされている。さらにまた、形質転換、
遺伝子操作により、またはいずれもの他の組換え方法により生物に導入されるポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドは、生物が生きていてもいなくてもその生物
内にまだ存在する場合でさえ、「単離された」ものである。

【０１０１】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）ストレプトコッカス（Streptococcus）、
スタフィロコッカス（Staphylococcus）、ボルデテラ（Bordetella）、コリネバ
クテリウム（Corynebacterium）、マイコバクテリウム（Mycobacterium）、ナイ
セリア（Neisseria）、ヘモフィルス（Haemophilus）、アクチノマイセス（Acti
nomyces）、ストレプトマイセス（Streptomyces）、ノカルジア（Nocardia）、
エンテロバクター（Enterobacter）、エルシニア（Yersinia）、フランシセラ（
Francisella）、パスツレラ（Pasturella）、モラクセラ（Moraxella）、アシネ
トバクター（Acinetobacter）、エリジペロスリックス（Erysipelothrix）、ブ
ランハメラ（Branhamella）、アクチノバシラス（Actinobacillus）、ストレプ
トバシラス（Streptobacillus）、リステリア（Listeria）、カリマトバクテリ
ウム（Calymmatobacterium）、ブルセラ（Brucella）、バシラス（Bacillus）、
クロストリジウム（Clostridium）、トレポネーマ（Treponema）、エシェリヒア
（Escherichia）、サルモネラ（Salmonella）、クレブシエラ（Klebsiella）、
ビブリオ（Vibrio）、プロテウス（Proteus）、エルウィニア（Erwinia）、ボレ
リア（Borrelia）、レプトスピラ（Leptospira）、スピリルム（Spirillum）、
カンピロバクター（Campylobacter）、シゲラ（Shigella）、レジオネラ（Legio
nella）、シュードモナス（Pseudomonas）、エアロモナス（Aeromonas）、リケ
ッチア（Rickettsia）、クラミジア（Chlamydia）、ボレリア（Borrelia）およ
びマイコプラズマ（Mycoplasma）属のメンバーを包含するがこれらに限定される
ものではなく、さらに、ストレプトコッカスＡ群、ストレプトコッカスＢ群、ス
トレプトコッカスＣ群、ストレプトコッカスＤ群、ストレプトコッカスＧ群、ス
トレプトコッカス・ニゥモニエ（Streptococcus pneumoniae）、ストレプトコッ
カス・ピオゲネス（Streptococcus pyogenes）、ストレプトコッカス・アガラク
ティエ（Streptococcus agalactiae）、ストレプトコッカス・フェカーリス（St
reptococcus faecalis）、ストレプトコッカス・フェシウム（Streptococcus fa
ecium）、ストレプトコッカス・デュランス（Streptococcus durans）、ナイセ
リア・ゴノレエ（Neisseria gonorrheae）、ナイセリア・メニンジティディス（
Neisseria meningitidis）、スタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus
aureus）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Staphylococcus epidermi
dis）、コリネバクテリウム・ジフセリエ（Corynebacterium diptheriae）、ガ
ードネレラ・バジナリス（Gardnerella vaginalis）、マイコバクテリウム・ツ
ベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）、マイコバクテリウム・ボビス
（Mycobacterium bovis）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Mycobacterium
ulcerans）、マイコバクテリウム・レプレ（Mycobacterium leprae）、アクチ
ノマイセス・イスラエリイ（Actinomyces israelii）、リステリア・モノサイト
ゲネス（Listeria monocytogenes）、ボルデテラ・ペルツッシス（Bordetella p
ertussis）、ボルデテラ・パラペルツッシス（Bordetella parapertussis）、ボ
ルデテラ・ブロンキセプチカ（Bordetella bronchiseptica）、エシェリヒア・
コリ（Escherichia coli）、シゲラ・ディセンテリエ（Shigella dysenteriae）
、ヘモフィルス・インフルエンゼ（Haemophilus influenzae）、ヘモフィルス・
エジプチウス（Haemophilus aegyptius）、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ
（Haemophilus parainfluenzae）、ヘモフィルス・デュクレイイ（Haemophilus
ducreyi）、ボルデテラ（Bordetella）、サルモネラ・ティフィ（Salmonella ty
phi）、シトロバクター・フロインディイ（Citrobacter freundii）、プロテウ
ス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、プロテウス・ブルガリス（Proteus vul
garis）、エルシニア・ペスティス（Yersinia pestis）、クレブシエラ・ニュー
モニエ（Klebsiella pneumoniae）、セラチア・マルセッセンス（Serratia marc
essens）、セラチア・リクファシエンス（Serratia liquefaciens）、ビブリオ
・コレレ（Vibrio cholerae）、シゲラ・ディセンテリエ（Shigella dysenteria
e）、シゲラ・フレクスネリ（Shigella flexneri）、シュードモナス・エルジノ
ーサ（Pseudomonas aeruginosa）、フランシセラ・ツラレンシス（Franscisella
tularensis）、ブルセラ・アボルタス（Brucella abortus）、バシラス・アン
スラシス（Bacillus anthracis）、バシラス・セレウス（Bacillus cereus）、
クロストリジウム・パーフリンジェンス（Clostridium perfringens）、クロス
トリジウム・テタニ（Clostridium tetani）、クロストリジウム・ボツリナム（
Clostridium botulinum）、トレポネーマ・パリダム（Treponema pallidum）、
リケッチア・リケッチイ（Rickettsia rickettsii）およびクラミジア・トラコ
マチス（Chlamydia trachomatis）である種または群のメンバーを包含するがこ
れらに限定されるものではない原核生物、（ｉｉ）アーケバクター（Archaebact
er）を包含するがこれに限定されるものではない古細菌、ならびに（ｉｉｉ）原
生動物、真菌類、サッカロミセス（Saccharomyces）、クルベロミセス（Kluvero
myces）またはカンジダ（Candida）属のメンバー、およびサッカロミセス・セレ
ビシエ（Saccharomyces ceriviseae）、クルベロミセス・ラクティス（Kluverom
yces lactis）またはカンジダ・アルビカンス（Candida albicans）である種の
メンバーを包含するがこれらに限定されるものではない単細胞真核生物または線
状真核生物を意味する。

【０１０２】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、一般に、ポリリボヌクレオチドまた
はポリデオキシリボヌクレオチドのいずれをも表し、それらは、非修飾ＲＮＡも
しくはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡであってもよい。「ポリヌクレオ
チド（複数でも可）」としては、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本
鎖領域または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、一本鎖お
よび二本鎖ＲＮＡ、および一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領域または一本鎖および二本鎖領域
の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられ
るがこれらに限定されるものではない。さらに、「ポリヌクレオチド」は、本明
細書において用いる場合、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡおよびＤＮＡの両
方からなる三本鎖領域を表す。かかる領域の鎖は、同一分子からのものでも異な
る分子からのものでもよい。該領域は、該分子の１個またはそれ以上の全てを含
んでもよいが、より典型的には、該分子のいくつかからなる一領域のみを含む。
三本鎖螺旋領域の分子のうちの一つは、しばしば、オリゴヌクレオチドである。
本明細書において用いる場合、「ポリヌクレオチド（複数でも可）」なる用語は
、また、１個またはそれ以上の修飾塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲＮＡを包
含する。かくして、安定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡまた
はＲＮＡは、本明細書で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数でも可）」
である。さらにまた、イノシンなどの通常でない塩基、またはトリチル化塩基な
どの修飾塩基（２つの例だけを示す）を含むＤＮＡまたはＲＮＡは、本明細書で
用いる場合のポリヌクレオチドである。多種の修飾が当業者に知られている多く
の有用な目的に使用されているＤＮＡおよびＲＮＡになされたことが理解されよ
う。本明細書で用いる「ポリヌクレオチド（複数でも可）」なる語は、ポリヌク
レオチドのかかる化学的、酵素的または代謝的に修飾された形態、ならびにウイ
ルスおよび、例えば単純型細胞および複雑型細胞を包含する細胞に特徴的なＤＮ
ＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド（複数でも可）」
は、また、しばしばオリゴヌクレオチド（複数でも可）と称される短いポリヌク
レオチドも包含する。

【０１０３】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合に
より互いに結合した２個またはそれ以上のアミノ酸を含むいずれのペプチドまた
は蛋白をもいう。「ポリペプチド（複数でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴ
ペプチドまたはオリゴマーと称される短い鎖、および一般に蛋白と称される長い
鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝子によりコードされている２０個のアミ
ノ酸以外のアミノ酸を含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、プ
ロセシングおよび他の翻訳後の修飾などの自然の工程、または化学修飾技法のい
ずれかによって修飾されたものを包含する。かかる修飾は、基本書にて、および
より詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献にて十分に記載されており、
それらは当業者によく知られている。同じタイプの修飾が、所定のポリペプチド
中のいくつかの部位で同程度または異なる程度に存在してもよいことは明らかで
あろう。また、所定のポリペプチドは、多くのタイプの修飾を含んでもよい。修
飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシル末端を包
含するポリペプチドのいずれの箇所でも起こりうる。修飾としては、例えば、ア
セチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質ま
たは脂質誘導体の共有結合、ホスファチジルイノシトールの共有結合、架橋結合
、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有架橋結合形成、システイン形
成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖形成
、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化
、酸化、蛋白分解プロセシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形成、
脂質付加、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル
化およびＡＤＰ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のような蛋
白への転移ＲＮＡ媒介性アミノ酸付加、およびユビキチネーションが挙げられる
。例えば、PROTEINS-STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd Ed., T. E. Cr
eighton, W. H. Freeman and Ｃompany, New York (1993) および Wold, F.，Po
sttranslational Protein Modifications: Perspectives and Prospects, pgs.
1-12 in POSTTRANSLATIONAL COVALENT MODIFICATION OF PROTEINS, B. C. Johns
on, Ed., Academic Press, New York (1983)；Seifter et al., Meth. Enzymol.
182:626-646 (1990) および Rattan et al., Protein Synthesis: Posttransla
tional Modifications and Aging, Ann N.Y. Acad. Sci. 663: 48-62 (1992) を
参照のこと。ポリペプチドは、枝分れしてもよく、または分枝を伴ったもしくは
伴わない環状であってもよい。環状、分枝状および枝分れした環状のポリペプチ
ドは、翻訳後の天然のプロセスにより生じたものでもよく、同様に全く合成的な
方法により生成されるものでもよい。

【０１０４】「組換え発現系（複数でも可）」は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドの製造のために宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入または形質転換さ
れた発現系もしくはその一部または本発明のポリヌクレオチドをいう。

【０１０５】本明細書中で用いられる「変種（複数でも可）」なる語は、参照ポリヌクレオ
チドまたはポリペプチドとは各々異なるが、本質的な特性は保持しているポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチドの典型的な変種は、別
の参照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列が異なる。変種のヌクレオチド配
列の変化は、参照ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸
配列を変化させるものであってもよいし、または変化させないものであってもよ
い。以下に記載するように、ヌクレオチドの変化は、参照配列によりコードされ
るポリペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断を引き
起こす。ポリペプチドの典型的な変種は、別の参照ポリペプチドとはアミノ酸配
列が異なる。一般的には、差異は、参照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体
的に極めて類似しており、多くの領域で同一であるように制限される。変種およ
び参照ポリペプチドは、１個またはそれ以上の置換、付加、欠失がいずれかの組
み合わせで起こることによりアミノ酸配列が異なってもよい。置換または挿入さ
れたアミノ酸残基は、遺伝暗号によってコードされたものであってもなくてもよ
い。本発明は、また、本発明の各ポリペプチドの変種、すなわち、保存的アミノ
酸置換により参照とは異なっており、そのことにより残基が同様の特性を有する
別の残基と置換されたポリペプチドを包含する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ
、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅの間；ＳｅｒおよびＴｈｒの間；酸性残基Ａｓｐ
およびＧｌｕの間；ＡｓｎおよびＧｌｎの間；ならびに塩基性残基Ｌｙｓおよび
Ａｒｇの間；または芳香族残基ＰｈｅおよびＴｙｒの間での置換である。特に好
ましくは、数個、５〜１０個、１〜５個、１〜３個、１〜２個または１個のアミ
ノ酸がいずれかの組み合わせで置換、欠失または付加されている変種である。ポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子変種のような自然に発
生するものでもよいし、または自然に発生することが知られていない変種でもよ
い。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの自然に発生しない変種は、突然変異
誘発技術、直接合成法、または当業者に知られている他の組換え法によって作ら
れてもよい。

【０１０６】（実施例）以下の実施例は、詳細に特記した場合を除いて、当業者によく知られており、
かつ、慣用的である標準的な技法を用いて行う。実施例は、例示であって、本発
明を限定するものではない。

【０１０７】実施例１株の選択、ライブラリーの製造および配列決定表１［配列番号１］に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドは、イー・コ
リ中のストレプトコッカス・ニューモニエの染色体ＤＮＡのクローンライブラリ
ーから得た。重複するストレプトコッカス・ニューモニエＤＮＡを含有する２個
またはそれ以上のクローンからの配列決定データを用いて、配列番号１における
連続したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは、慣用的な方法、例えば、以下
の方法１および２により製造してもよい。標準的な方法に従ってストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３から
全細胞ＤＮＡを単離し、以下に示す２つの方法のいずれかによりサイズ分画する
。

【０１０８】方法１標準的な方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮＡをニードル（need
le）に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメント
をエキソヌクレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって末端切
断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断した
ラムダＺａｐＩＩベクターに連結し、標準的な方法によりライブラリーをパッケ
ージングし、次いで、パッケージングしたライブラリーでイー・コリを感染させ
る。該ライブラリーを標準的な方法により増幅する。

【０１０９】方法２全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングするための一連のフラグ
メントを得るのに適した１つの制限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、Ａｌｕ
Ｉ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分加水分解し、かかるフラグ
メントを標準的な方法に従ってサイズ分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに
連結し、次いで、そのフラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したラムダＺａｐＩＩ
ベクターに連結し、標準的な方法によりライブラリーをパッケージングし、パッ
ケージングしたライブラリーでイー・コリを感染させる。該ライブラリーを標準
的な方法により増幅する。

【０１１０】実施例２ｍｕｒＦ２の特徴付け気道感染モデルにおいて感染中にストレプトコッカス・ニューモニエｍｕｒＦ
２遺伝子を発現させる。感染中のストレプトコッカス・ニューモニエからの遺伝子の発現の決定ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３に感染した４８時間経過後
のマウス気道から切除した肺をカオトロピック剤およびＲＮＡａｓｅ阻害剤の存
在下で効果的に粉砕し、処理して動物および細菌ＲＮＡの混合物を得る。安定し
た調製物および高収量の細菌ＲＮＡを得るための粉砕および処理の最適条件は、
ノーザンブロットにおけるストレプトコッカス・ニューモニエ１６ＳＲＮＡに
対して特異的な放射標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにも使
用される。得られたＲＮＡについてのＲＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡａｓｅ不含、Ｄ
ＮＡおよび蛋白不含の調合物は、ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９
９３の各遺伝子の配列から設計された独特なプライマー対を用いる逆転写ＰＣＲ
（ＲＴ−ＰＣＲ）に適している。

【０１１１】ａ）マウスの感染動モデルからのストレプトコッカス・ニューモニエ０１００
９９３に感染した組織（肺）の単離５％ウマ血液を含有するＴＳＡ（トリプシン大豆寒天、ＢＢＬ）プレート上に
ストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３を播き、ＣＯ_２インキュベー
ター中にて３７℃で一夜培養する。次いで、細菌増殖物をリン酸緩衝生理食塩水
（ＰＢＳ）５ｍｌ中に掻き集め、Ａ６００〜０.６（４×１０^６／ｍｌ）に調節
する。マウス（雄性ＣＢＡ／Ｊ−１マウス、約２０ｍｇ）をイソフルランで麻酔
し、調製した細菌接種物５０μｌを鼻腔内滴下注入によりデリバリーする。該マ
ウスを回復させ、瀕死の徴候について１日２回観察する。感染の４８時間後、該
マウスを二酸化炭素の過剰摂取により安楽死させ、それらの胴に綿棒でエタノー
ルを塗り、次いで、ＲＮＡＺａｐを塗る。次いで、銅を開き、肺を無菌状態で取
り出す。対になっている肺の片方をクリオバイアル中に入れ、直ちに、液体窒素
中にて凍結させる；他方の肺は、ＰＢＳ１ｍｌ中にて該組織をホモジナイズし
た後に細菌計数のために用いる。

【０１１２】ｂ）感染組織試料からのストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３
ＲＮＡの単離２ｍｌの凍結保存管中の感染組織試料を−８０℃の貯蔵庫からドライアイス−
エタノール浴中に取り出す。微生物学的な安全キャビネット中で試料を８個まで
同時に破砕し、残りの試料は、ドライアイス−エタノール浴中で凍結したままで
ある。組織試料内の細菌を破砕するために、５０〜１００ｍｇの組織をシリカ／
セラミックマトリックス（ＢＩＯ１０１）を含有するＦａｓｔＲＮＡ管に移す。
直ちに、抽出試薬（ＦａｓｔＲＮＡ試薬、ＢＩＯ１０１）１ｍｌを添加して、試
料：試薬の容量比を約１：２０とする。その管を往復振盪機（ＦａｓｔＰｒｅｐ
ＦＰ１２０、ＢＩＯ１０１）を用いて６０００ｒｐｍで２０〜１２０秒間振盪
させる。粗製ＲＮＡ調製物をクロロホルム／イソアミルアルコールで抽出し、Ｄ
ＥＰＣ処理／イソプロパノール沈降溶液（ＢＩＯ１０１）を用いて沈降させる。
必要ならば、ＲＮＡ調製物をこのイソプロパノール溶液中にて−８０℃で貯蔵す
る。ＲＮＡをペレット状にし（１２０００ｇで１０分間）、７５％エタノール（
ＤＥＰＣ処理水中でのｖ／ｖ）で洗浄し、５〜１０分間風乾させ、ＤＥＰＣ処理
水０.１ｍｌに再び懸濁させ、次いで、５５℃で５〜１０分間放置する。最後に
、氷上に少なくとも１分間放置した後、２００単位のＲｎａｓｉｎ（プロメガ（
Promega））を添加する。

【０１１３】ＲＮＡ調製物を−８０℃で１ヶ月までの間貯蔵する。長期貯蔵については、プ
ロトコルの洗浄段階のＲＮＡ沈降物を７５％エタノール中に−２０℃で少なくと
も１年間貯蔵することができる。

【０１１４】単離したＲＮＡの特性は、試料を１％アガロースゲルに泳動させることにより
評価する。臭化エチジウムで染色した１ｘＴＢＥゲルを用いてＲＮＡの全収量を
可視化する。感染組織からの細菌ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭＯＰＳ、２
.２Ｍホルムアルデヒドゲルで泳動を行い、Ｈｙｂｏｎｄ−Ｎ（アマシャム（Ame
rsham））に減圧ブロッティングする。次いで、ブロットを、ストレプトコッカ
ス・ニューモニエの１６ＳｒＲＮＡに対して特異的な配列5'AACTGAGACTGGCTTTA
AGAGATTA3'の^３２Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブとハイブリダイズさせる。
ノーザンブロットにおいて、ハイブリダイズしているバンドの大きさをインビト
ロ増殖したストレプトコッカス・ニューモニエ０１００９９３から単離された対
照ＲＮＡの大きさと比較する。全ＲＮＡ試料中において正しい大きさの細菌１６
ＳｒＲＮＡバンドが検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場合、哺乳動物ＲＮ
Ａの分解が示される。

【０１１５】ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニエ由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去最終容量が５７μｌで供給される緩衝液中で、２０単位のＲＮＡａｓｅ不含Ｄ
ＮＡａｓｅＩ（GenHunter）を用いて３７℃で３０分間処理することにより、Ｒ
ＮＡ試料５０μｇからＤＮＡを除去した。ＤＮＡａｓｅを、製造者のプロトコルに従ってＴＲＩｚｏｌＬＳ試薬（Gibco
BRL, Life Technologies）での処理により不活化し除去した。ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡを、上記したようにＲｎａｓｉｎを添加したＤＥ
ＰＣ処理水１００μｌ中に再び懸濁させた。

【０１１６】ｄ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤＮＡの調製製造者の指示に従って、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡの試料３μｇを、Ｆｉｒ
ｓｔＳｔｒａｎｄｃＤＮＡ合成キット用のＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＰｒｅａ
ｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎＳｙｓｔｅｍ（Gibco BRL, Life Technologies）を
用いて逆転写する。ランダムヘキサマー１５０ｎｇを用いて各反応を開始させる
。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩ逆転写酵素を添加しない対照も反応させる。＋／
−両方のＲＴ試料をＲＮａｓｅＨで処理した後にＰＣＲ反応に供する。

【０１１７】ｅ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を測定するためのＰＣＲの使用下記成分を添加することにより氷上で０.２ｍｌの試験管においてＰＣＲ反応
物をセットアップする：ＰＣＲＭａｓｔｅｒＭｉｘ（アドバンスト・バイオテ
クノロジズ・リミテッド（Advanced Biotechnologies Ltd.））４３μｌ；ＰＣ
Ｒプライマー（最適には、長さが１８〜２５塩基対で、類似のアニーリング温度
を有するように設計されたもの）（各プライマーは初濃度１０ｍＭ）１μｌ；お
よびｃＤＮＡ５μｌ。

【０１１８】ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒＧｅｎｅＡｍｐＰＣＲＳｙｓｔｅｍ９６００に
おいてＰＣＲ反応を以下のように行った：９４℃で２分、次いで、それぞれ９４
℃、５０℃、および７２℃で３０秒ずつを５０サイクル、その後、７２℃で７分
、次いで、保持温度２０℃とする（最適には、ＰＣＲ産物の出現または欠乏を決
定するためのサイクル数は３０〜５０回であり、ＲＴ反応からの出発ｃＤＮＡ量
の評価を行う場合には、最適には８〜３０サイクルである）；次いで、アリコー
ト１０μｌを１％１ｘＴＢＥゲルで泳動させ、臭化エチジウム染色する。ＰＣＲ
産物については、存在するならば、１００ｂｐのＤＮＡラダー（Gibco BRL, Lif
e Technologies）との比較により大きさを評価する。別法として、都合よくは、
標識ＰＣＲプライマー（例えば、染料で５’末端を標識したもの）を用いてＰＣ
Ｒ産物を標識し、ＰＣＲ産物の適当なアリコートをポリアクリルアミド配列決定
ゲルで泳動し、適当なゲルスキャンニングシステム（例えば、ＰｅｒｋｉｎＥ
ｌｍｅｒにより提供されるＧｅｎｅＳｃａｎＴＭソフトウェアを用いたＡＢＩ
ＰｒｉｓｍＴＭ３７７Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を用いてその存在および量を検出
する。

【０１１９】ＲＴ／ＰＣＲ対照は、＋／−逆転写酵素反応物、非転写ストレプトコッカス・
ニューモニエ０１００９９３ゲノム配列からＰＣＲ産物を生じるように設計され
た１６ＳｒＲＮＡプライマーもしくはＤＮＡ特異的プライマー対を含んでいて
もよい。プライマー対の効率を試験するために、それらをストレプトコッカス・ニュー
モニエ０１００９９３全ＤＮＡを用いるＤＮＡＰＣＲに使用する。ＰＣＲ反応
をセットアップし、ｃＤＮＡの代わりにＤＮＡ約１μｇを用いて上記のごとく反
応を行う。ＤＮＡＰＣＲまたはＲＴ／ＰＣＲのいずれにおいても予想された大きさの産
物を生じないプライマー対はＰＣＲ反応できず、自体、情報価値がない。ＤＮＡ
ＰＣＲで正しい大きさの産物を生じるものは、ＲＴ／ＰＣＲで２つのクラスに
分類される：１．インビボで転写されない遺伝子であって、ＲＴ／ＰＣＲにおい
て産物を生じる再現性がないもの；および２．インビボで転写される遺伝子であ
って、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しい大きさの産物を再現性をもって生じ、＋ＲＴ
試料において−ＲＴ対照におけるシグナル（生じた場合には）よりも強力なシグ
ナルを生じるもの。

【０１２０】実施例３ｍｕｒＦ２遺伝子は、ストレプトコッカス・ニューモニエのインビ
トロ増殖に不可欠である。細菌の生存に対する遺伝子不可欠性の証明対立遺伝子置換カセットをＰＣＲ技法を用いて調製した。該カセットは、エリ
スロマイシン耐性遺伝子とフランキングしている一対の５００ｂｐの染色体ＤＮ
Ａフラグメントからなる。染色体ＤＮＡ配列は、配列番号１に含まれるｍｕｒＦ
２遺伝子をコードするＤＮＡ配列の前・後５００ｂｐである。対立遺伝子置換カセットを形質転換によりストレプトコッカス・ニューモニエ
Ｒ６に導入する。公知プロトコルに従ってコンピテント細胞を調製した。ｎｇ量
の対立遺伝子置換カセットを細胞１０^６個と一緒に３０℃で３０分間インキュベ
ートすることによりＤＮＡを導入した。細胞を３７℃に９０分間移して、エリス
ロマイシン耐性遺伝子を発現させる。細胞を１ｍｌ当たり１μｇのエリスロマイ
シンを含有する寒天に置いた。３７℃で３６時間インキュベートした後、コロニ
ーを取り、０.５％酵母抽出物を補足したＴｏｄｄ−Ｈｅｗｉｔｔブロス中にて
一夜増殖させた。典型的には、適当な対立遺伝子置換を含む１０００個の形質転
換体を得る。この遺伝子ｍｕｒＦ２のケースと同様に形質転換体が３回の別々の
形質転換実験で得られない場合、その遺伝子はインビトロにて不可欠であると考
えられる。

【配列表】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/315 ４Ｃ０８４Ａ６１Ｐ 31/04 16/12 ４Ｃ０８６ 35/00 Ｃ１２Ｎ 1/15 ４Ｈ０４５Ｃ０７Ｋ 14/315 1/19 16/12 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 1/21 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ 5/10 33/50 ＴＣ１２Ｐ 21/02 ＺＣ１２Ｑ 1/68 33/53 ＤＧ０１Ｎ 33/15 33/566 33/50 Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｃ１２Ｒ 1:46 33/53 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/566 Ａ // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ａ６１Ｋ 37/02 (Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 5/00 ＡＣ１２Ｒ 1:46） (Ｃ１２Ｎ 15/09 Ｃ１２Ｒ 1:46） (Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｒ 1:46） (72)発明者サンジョイ・ビスワスアメリカ合衆国19301ペンシルベニア州パオリ、サウス・バレー・ロード77番、アパートメント・ビー４ (72)発明者マーティン・ケイ・アール・バーナムアメリカ合衆国19504ペンシルベニア州バート、フォージデイル・ロード565番 (72)発明者ジェイムズ・アール・ブラウンアメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バーウィン、ロビンズ・レイン９番 (72)発明者カレン・エイ・イングラハムアメリカ合衆国17922ペンシルベニア州オーバーン、ルーラル・ルート２・ボックス 108エイ (72)発明者アリソン・エフ・チョーカーアメリカ合衆国19426ペンシルベニア州トラッペ、カレッジ・ウッズ、ハーバード・ドライブ137番 (72)発明者デイビッド・ジェイ・ホームズアメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウエスト・チェスター、ウッドミント・ドライブ126番 (72)発明者リチャード・エル・ウォーレンアメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブルー・ベル、キャスカート・ロード825番 (72)発明者トーマス・ビー・マジーアメリカ合衆国19408ペンシルベニア州イーグルビル、コネストガ・ロード303番、アパートメント・ビー−23 Ｆターム(参考） 2G045 AA25 AA40 BB20 CB01 CB21 DA12 DA13 DA14 DA36 DA77 FB02 FB03 4B024 AA01 AA13 BA80 CA04 DA05 EA04 GA11 HA11 HA12 HA15 4B063 QA01 QA19 QA20 QQ53 QR08 QR32 QR42 QR56 QS25 QS34 QX02 4B064 AG01 AG27 CA02 CA10 CA19 CA20 CC24 DA03 DA15 4B065 AA49X AA49Y AB01 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA02 AA07 AA13 AA17 BA01 BA02 BA03 BA08 BA09 BA10 BA18 BA19 BA20 BA22 BA23 BA24 BA25 BA41 BA42 BA43 CA01 CA04 CA05 CA13 CA18 CA49 CA53 CA56 CA59 DA41 DC50 NA14 ZB262 ZB352 ZC802 4C086 EA16 EA28 MA01 NA14 ZB26 ZB35 ZC80 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10 CA11 DA76 EA29 EA52 FA72 FA74

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】（ｉ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配
列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプ
チド；（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド；（ｉｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列である単離ポリペプチド；および（ｉｖ）配列番号１のポリヌクレオチド配列を含む組換えポリヌクレオチドに
よりコードされるポリペプチドからなる群より選択される単離ポリペプチド。
【請求項２】（ｉ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配
列に対して少なくとも９５％の同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；（ｉｉ）配列番号２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に対してそ
の全長にわたって少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含
む単離ポリヌクレオチド；（ｉｉｉ）配列番号１の全長にわたって配列番号１のヌクレオチド配列に対し
て少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
チド；（ｉｖ）配列番号２のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離
ポリヌクレオチド；（ｖ）配列番号１のポリヌクレオチドである単離ポリヌクレオチド；（ｖｉ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１の配
列または長さが少なくとも３０のヌクレオチドのそのフラグメントの配列を有す
る標識プローブを用いて適当なライブラリーをスクリーニングすることにより得
ることのできる長さが少なくとも３０のヌクレオチドの単離ポリヌクレオチド；（ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）
中に含まれるｍｕｒＦ２遺伝子により発現される成熟ポリペプチドをコードする
単離ポリヌクレオチド；および（ｖｉｉｉ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、（ｉｖ）、（ｖ）、（ｖｉ）ま
たは（ｖｉｉ）の該単離ポリヌクレオチドに対して相捕的なポリヌクレオチド配
列からなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
【請求項３】個体の治療方法であって、（ｉ）請求項１のポリペプチドに対する治療上有効量のアゴニストを個体に投
与することを含む、請求項１のポリペプチドの活性または発現あるいはその免疫
学的応答の促進を必要とする個体の治療方法；あるいは（ｉｉ）（ａ）請求項１のポリペプチドに対する治療上有効量のアンタゴニス
トを個体に投与すること；（ｂ）請求項１のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の発現を
阻害する核酸分子を個体に投与すること；（ｃ）リガンド、基質、または受容体を求めて請求項１のポリペプチドと競
争する治療上有効量のポリペプチドを個体に投与すること；または（ｄ）個体中にて請求項１のポリペプチドに対する免疫学的応答を誘発する
量のポリペプチドを個体に投与することを含む、請求項１のポリペプチドの活性または発現の阻害を必要とする個体の治療方法。
【請求項４】個体における請求項１のポリペプチドの発現または活性に関
連した、個体における疾病または疾病に対する感受性の診断または予後の方法で
あって、下記工程：（ａ）該個体の生物中の該ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列におけ
る変異の存在または不存在を決定すること；または（ｂ）該個体由来の試料中の該ポリペプチドの発現の存在または量を分析する
ことを含む方法。
【請求項５】（ｉ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配
列に対して少なくとも９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ酸配列を
含む単離ポリペプチド；（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、または（ｉｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列である単離ポリペプチド；および（ｉｖ）配列番号１のポリヌクレオチド配列を含む組換えポリヌクレオチドに
よりコードされるポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの製造方法であって、ポリペプチドの生
成に十分な条件下で宿主細胞を培養することを含む方法。
【請求項６】（ｉ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配
列に対して少なくとも９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ酸配列を
含む単離ポリペプチド；（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド；（ｉｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列である単離ポリペプチド；および（ｉｖ）配列番号１のポリヌクレオチド配列を含む組換えポリヌクレオチドに
よりコードされるポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発現する発現系を含む宿主細胞または
その膜の製造方法であって、適合宿主中に存在する場合に上記ポリペプチド（ｉ
）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）を生成可能なポリヌクレオチドを含む
発現系で細胞を形質転換またはトランスフェクションして、適当な培養条件下で
宿主細胞が上記ポリペプチド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）または（ｉｖ）を生
成するようにすることを含む方法。
【請求項７】（ｉ）配列番号２の全長にわたって配列番号２のアミノ酸配
列に対して少なくとも９５％の同一性を有する群から選択されるアミノ酸配列を
含む単離ポリペプチド；（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、または（ｉｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列である単離ポリペプチド；および（ｉｖ）配列番号１のポリヌクレオチド配列を含む組換えポリヌクレオチドに
よりコードされるポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを発現する、宿主細胞またはその膜。
【請求項８】請求項１のポリペプチドに対して免疫特異的な抗体。
【請求項９】請求項１のポリペプチドの機能を活性化または阻害する化合
物を同定するためのスクリーニング方法であって、（ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を用い、候補化合物の、
ポリペプチド（またはポリペプチドを有する細胞もしくは膜）またはその融合蛋
白への結合を測定すること；（ｂ）標識競争物質の存在下で、候補化合物の、ポリペプチド（またはポリペ
プチドを有する細胞もしくは膜）またはその融合蛋白への結合を測定すること；（ｃ）ポリペプチドを有する細胞もしくは細胞膜に適する検出系を用いて、候
補化合物がポリペプチドの活性化または阻害により発生するシグナルを生じさせ
るかどうかを試験すること；（ｄ）候補化合物と、請求項１のポリペプチドを含む溶液とを混合して混合物
を作成し、混合物中のポリペプチドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標
準と比較すること；（ｅ）例えば、ＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポリペプチドをコード
するｍＲＮＡおよび該ポリペプチドの生成に対する候補化合物の影響を検出する
こと、からなる群から選択される方法を含む方法。
【請求項１０】請求項１のポリペプチドに対するアゴニストまたはアンタ
ゴニスト。