JP2002544291A - Ｆａｂｉの使用方法 - Google Patents

Ｆａｂｉの使用方法

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JP2002544291A JP2000618423A JP2000618423A JP2002544291A JP 2002544291 A JP2002544291 A JP 2002544291A JP 2000618423 A JP2000618423 A JP 2000618423A JP 2000618423 A JP2000618423 A JP 2000618423A JP 2002544291 A JP2002544291 A JP 2002544291A
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SmithKline Beecham Ltd
SmithKline Beecham Corp
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    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/001—Oxidoreductases (1.) acting on the CH-CH group of donors (1.3)
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    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/10—Antimycotics
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Abstract

(57)【要約】 原核生物ＦＡＢ ＩポリペプチドおよびかかるＦＡＢ ＩをコードするＤＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組換え技法によりかかるポリペプチドを産生する方法を開示する。さらに、感染、例えば細菌感染の治療にかかるＦＡＢ Ｉを用いる方法を開示する。かかるＦＡＢ Ｉに対するアンタゴニストおよび感染、例えばスタフィロコッカス感染を治療するためのその治療薬としての使用も開示する。さらには、宿主中におけるＦＡＢ Ｉ核酸配列およびそのポリペプチドの存在と関連する疾患を検出するための診断検定法も開示する。また、宿主中のＦＡＢ Ｉをコードするポリヌクレオチドを検出するための、およびポリペプチドを検出するための診断検定法も開示する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （技術分野） 本発明は、一つには、新たに同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド
、これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドの変種および誘導体、これらの
ポリヌクレオチドおよびこれらのポリペプチドおよびそれらの変種および誘導体
の製造方法、ポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニスト、ならびにこれら
のポリヌクレオチド、ポリペプチド、変種、誘導体、アゴニストおよびアンタゴ
ニストの使用に関するものである。特に、これらおよび他の点について、本発明
は、以後「ＦＡＢ Ｉ」と称される、スタフィロコッカスＦａｂ Ｉエノイル−Ａ
ＣＰレダクターゼのポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関するものである。
【０００２】 （従来技術） 飽和脂肪酸を生合成する経路全体はどの生物でも同様であるが、脂肪酸シンタ
ーゼ（ＦＡＳ）系は、その構造組織でかなり異なる。脊椎動物および酵母に見ら
れるＩ型ＦＡＳ系においては、脂肪酸合成に必要とされる不可欠な酵素は、各々
、１または２本のポリペプチド鎖に存在する。反対に、大部分の細菌および植物
に見られるＩＩ型ＦＡＳ系においては、その経路の工程は、各々、異なる単一機
能酵素により触媒工程に付される。従って、細菌と哺乳類の酵素の阻害を有意に
選択することは可能であると思われる。
【０００３】 Ｆａｂ Ｉ（以前はＥｎｖＭと呼ばれた）は、細菌による脂肪酸生合成の各サ
イクルに関与する４工程の反応の最終工程でエノイル−アシルキャリア蛋白（Ａ
ＣＰ）レダクターゼ（バーグラーら、（１９９４）、「ジャーナル・オブ・バイ
オロジカル・ケミストリー」（J.Biol.Chem.）、２６９、５４９３−５４９６）
として機能する。
【０００４】 第一工程はβ−ケトアシル−ＡＣＰシンターゼにより触媒作用に付され、それ
はマロニル−ＡＣＰをアセチル−ＣｏＡと縮合させる（ＦａｂＨ、シンターゼＩ
ＩＩ）。その後のラウンドにて、マロニル−ＡＣＰを成長鎖アシル−ＡＣＰと縮
合させる（ＦａｂＢおよびＦａｂＦ、各々、シンターゼＩおよびＩＩ）。 その延長サイクルの第二工程は、ＮＡＤＰＨ−依存性β−ケトアシル−ＡＣＰ
レダクターゼ（ＦａｂＧ）によるケトエステル還元である。β−ヒドロキシアシ
ル−ＡＣＰデヒドラーゼ（ＦａｂＡまたはＦａｂＺのいずれか）によるその後の
脱水はトランス−２−エノイル−ＡＣＰをもたらし、それは順次ＮＡＤＨ−依存
性エノイル−ＡＣＰレダクターゼ（ＦａｂＩ）によりアシル−ＡＣＰに変換され
る。このサイクルのさらなるラウンドでは、１サイクルにつき２個の炭素原子が
付加されて、結局はパルミトイル−ＡＣＰ（１６Ｃ）が誘導され、そこでこのサ
イクルは、大きくはパルミトイル−ＡＣＰがＦａｂＩをフィードバック阻害する
が故に止められる（ヒースら、（１９９６）、「ジャーナル・オブ・バイオロジ
カル・ケミストリー」（J.Biol.Chem.）、２７１、１８３３−１８３６）。従っ
て、Ｆａｂ Ｉは、全体的合成経路において重要な調節点でもある主要な生合成
酵素である。
【０００５】 初期のデータは、エシェリヒア・コリ（E.coli）には２種のエノイル−ＡＣＰ
レダクターゼが存在し、一方はＮＡＤＰＨ依存性であり、他方はＮＡＤＨ依存性
であることを示唆していた。しかしながら、最近の研究からは、ＮＡＤＰＨ依存
性酵素については根拠がないことが明らかにされ、Ｆａｂ Ｉがエシェリヒア・
コリから同定された唯一のエノイルＡＣＰレダクターゼである（ヒースら、（１
９９５）、「ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー」（J.Biol.Che
m.）、２７０、２６５３８−２６５４２、バーグラーら、（１９９４）、「ジャ
ーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー」（J.Biol.Chem.）、２６９、５
４９３−５４９６）。
【０００６】 ジアザボリン抗生物質が、脂肪酸、燐脂質およびリポ多糖類（ＬＰＳ）の生合
成を阻害し、また、これらの化合物の抗菌性標的がＦａｂ Ｉであることもわか
った。例えばグラスバーガーら、（１９８４）「ジャーナル・オブ・メディシナ
ル・ケミストリー」（J.Med.Chem）、２７ ９４７−９５３による誘導体２ｂ１
８は、Ｋｉが０.２ミリモルのＦａｂ Ｉの非拮抗阻害剤であることがわかった（
バーグラーら、（１９９４）、「ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミスト
リー」（J.Biol.Chem.）、２６９、５４９３−５４９６）。グラム陰性およびグ
ラム陽性菌に対するジアザボリン誘導体の抗菌活性は、文献で詳細に報告されて
いる（グラスバーガーら、「ジャーナル・オブ・メディシナル・ケミストリー」
（J.Med.Chem.） １９８４ ２７、９４７−９５３；グロノヴィッツら、「アク
タ・ファルム・スエシカ」（Acta Pharm Suecica）、１９７１ ８ ３７７；ワー
シュら、米国特許第２５３３９１８号；ラムら、「ジャーナル・オブ・アンチミ
クロバイアル・ケモセラピー」（J.Antimirob.Chemother.）１９８７ ２０ ３７
−４５）。
【０００７】 条件的致死Ｆａｂ Ｉ変異体をエシェリヒア・コリで構築し、サルモネラ・テ
ィフィムリウム（Salmonella typhimurium）から由来のＦａｂ Ｉ遺伝子はこの
変異に相補的である。加えて、ジアザボリン耐性サルモネラ・ティフィムリウム
からのＦａｂ Ｉ遺伝子を含むプラスミドが、エシェリヒア・コリにおいてジア
ザボリン耐性を付与し（ツルノブスキーら、（１９８９）、「ジャーナル・オブ
・バクテリオロジー」（J.Bacteriol.）、１７１、６５５５−６５６５）、Ｆａ
ｂ Ｉがジアザボリンの抗菌性標的として確認された。 ジアザボリンによる、またはＦａｂ Ｉ温度感受性変異体の温度を非許容条件
まで昇温させるかのいずれかによるＦａｂ Ｉの阻害は致命的であり、このこと
はＦａｂ Ｉが生物の生存にとって不可欠であることを証明している（バーグラ
ーら、（１９９４）、「ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー」（
J.Biol.Chem.）、２６９、５４９３−５４９６）。実験室形成のＦａｂ Ｉ遺伝
子における点突然変異は、ジアザボリン耐性イー・コリを誘発する。
【０００８】 Ｆａｂ Ｉは、グラム陰性菌中に、イー・コリおよびサルモネラ・ティフィム
リウム(S.typhimurium)Ｆａｂ Ｉ間で９８％の同一性（バーグラーら、(1992),
「ジャーナル・オブ・ジェネラル・マイクロバイオロジー」(J.Gen.Microbiol.)
138,2093-2100）ならびにこれらの蛋白およびヘモフィルス・インフルエンゼ（H
.influenzae）Ｆａｂ Ｉ間で７５％の同一性を有して保存されている。本発明の
スタフィロコッカス・アウレウス（S.aureus）ＦＡＢ Ｉは、マイコバクテリウ
ム・ツベルクロシス（M.tuberculosis）を含むマイコバクテリア全体に高度保存
されているマイコバクテリア性蛋白、ＩｎｈＡと５４％の類似性を示す。イー・
コリＦａｂ Ｉは、ブラッシカ・ナプス（Brassica napus）（菜種）エノイル−
ＡＣＰレダクターゼとは３４％の同一性、５７％の類似性を示すことが見いださ
れ、本発明のスタフィロコッカス・アウレウス(S.aureus)ＦＡＢ Ｉもまた３４
％の同一性、５７％の類似性を示した。さらに、本発明のＦＡＢ Ｉは、イー・
コリとは２５２アミノ酸にわたって４４％の同一性、６４％の類似性を有するこ
とが見いだされた。本発明のＦＡＢ Ｉは、哺乳類２,４−ジエノイル−補酵素Ａ
レダクターゼとの同一性は２７％に過ぎず、類似性は４８％である。この哺乳類
相同体は、それが多不飽和エノイル−ＣｏＡのβ−酸化に関与し、補因子として
ＮＡＤＨではなくＮＡＤＰＨを利用するという点でＦＡＢ Ｉとは異なる。従っ
て、ＦＡＢＩの選択的阻害には重要な可能性がある。脂肪酸生合成に対して標的
とされる抗生物質は市販されていないため、ＦＡＢ Ｉの阻害剤は、現在の抗生
物質耐性機構に対して感受的でないと思われる。さらに、これは潜在的な広域ス
ペクトル標的である。
【０００９】 新規な一連の抗生物質である化合物を開発する必要がある。また、抗生物質活
性について化合物をスクリーニングすることのできる、例えばＦＡＳの阻害剤を
スクリーニングするための単純な高スループット検定に使用され得る因子、例え
ばＦＡＢＩが必要なことも明らかである。また上記因子を用いることにより、感
染、機能不全および疾病の発病におけるそれらの役割が決定され得る。感染、機
能不全または疾病の予防、改善および治療においてある役割を果たし得るかかる
因子の同定および特性検定は、ヒトの健康を改善するための重要な発見を為す際
の臨界的工程である。
【００１０】 （発明の開示） 本発明の目的はＦＡＢ Ｉアゴニストを提供することである。そのうち、好ま
しいアゴニストは、ＦＡＢ Ｉを真似る、すなわち、ＦＡＢ Ｉ−結合分子または
結合分子に結合して、ＦＡＢ Ｉ−誘発応答を惹起または強化する分子である。
また、そのうち好ましいアゴニストは、ＦＡＢ Ｉと相互作用し、またはＦＡＢ
Ｉ活性の他の調節物質と相互作用し、そうしてＦＡＢ Ｉの一の作用もしくはＦ
ＡＢ Ｉの一以上の作用を亢進または強化する、殺菌または静菌剤である、分子
である。 本発明のさらなる態様によれば、ＦＡＢ Ｉアンタゴニストが提供される。そ
のうち、好ましいアンタゴニストは、ＦＡＢ Ｉ結合分子に結合するようにＦＡ
Ｂ Ｉを模倣するが、一のＦＡＢ Ｉ誘発応答もしくは一以上のＦＡＢ Ｉ誘発応
答を亢進しない、分子である。そのうちの好ましいアンタゴニストはまた、ＦＡ
Ｂ Ｉの一の作用またはＦＡＢ Ｉの一以上の作用を阻害あるいはＦＡＢ Ｉの発
現を防止するようにＦＡＢ Ｉに結合またはＦＡＢ Ｉと相互作用する分子である
。ＦＡＢ Ｉのさらに特に好ましいアンタゴニストはＦＡＢ Ｉ酵素活性を低下も
しくは阻止する。
【００１１】 本発明のさらなる態様において、インビトロにて細胞に、エクスビボにて細胞
に、およびインビボにて細胞に、あるいは多細胞生物に投与するための、ＦＡＢ
ＩポリヌクレオチドまたはＦＡＢ Ｉポリペプチドを含む、組成物が提供される
。本発明のこの態様の特定の特に好ましい具体例において、該組成物は、宿主生
物にてＦＡＢ Ｉポリペプチドを発現し、免疫学的応答を生じさせ、好ましくは
かかる宿主にて細菌、好ましくはスタフィロコッカスまたは遺伝学的に密接に関
連する生物に対する免疫性を惹起するためのＦＡＢ Ｉポリヌクレオチドを含む
。
【００１２】 本発明は、以下のさらなる具体例を提供する： 配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一であるア
ミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４に示されるアミノ
酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの活性を阻害
するアンタゴニストまたは活性化するアゴニストであって、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介するパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡ調節による拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、アンタゴニストまたはアゴニスト；
【００１３】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害または活性化を必要とする個体の治療方法であっ
て、抗菌的に有効な量の、配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なく
とも９０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２ま
たは４に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポ
リペプチドの活性を阻害するアンタゴニストまたは活性化するアゴニストを該個
体に投与することを含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法；
【００１４】 細菌感染した個体の治療方法であって、抗菌的に有効な量の、配列番号：２ま
たは４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む
ポリペプチド、および配列番号：２または４に示されるアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニス
トまたは活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む、ここでその活性
が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法；
【００１５】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害または活性化を必要とする個体の治療方法であっ
て、抗菌的に有効な量の、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ＦａｂＩの活性を阻害するアンタゴニスト、または
その活性を活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む、治療方法；
【００１６】 細菌感染した個体の治療方法であって、抗菌的に有効な量の、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ＦａｂＩの活性を阻害するアンタゴニスト、または
その活性を活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む、治療方法；
【００１７】 ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染した個体の治療方法であって、抗菌
的に有効な量の、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ストレプトコッカス・ニューモニアエＦａｂＩの活
性を阻害するアンタゴニスト、またはその活性を活性化するアゴニストを該個体
に投与することを含む、治療方法；
【００１８】 配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一であるア
ミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４に示されるアミノ
酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの活性を阻害
するアンタゴニストであって、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、アンタゴニスト；
【００１９】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害を必要とする個体の治療方法であって、抗菌的に
有効な量の、配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同
一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４に示さ
れるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの
活性を阻害するアンタゴニストを該個体に投与することを含む、ここでその活性
が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法；
【００２０】 ＦａｂＩポリペプチドの活性を阻害する方法であって、該ポリペプチドを含む
組成物を、ＦａｂＩの活性を阻害する有効量のアンタゴニストと接触させること
を含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法；
【００２１】 ＦａｂＩの活性を阻害する方法であって、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法；
【００２２】 細菌の増殖を阻害する方法であって、細菌を含む組成物を、ＦａｂＩの活性を
阻害する抗菌的に有効な量のアンタゴニストと接触させることを含む、ここでそ
の活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法；
【００２３】 ＦａｂＩポリペプチドを阻害する方法であって、細菌を含む組成物を、Ｆａｂ
Ｉの活性を阻害する抗菌的に有効な量のアンタゴニストと接触させることを含む
、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法；
【００２４】 本発明の方法においては、細菌はスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコ
ッカス・アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス
・ニューモニアエからなる群より選択されることが好ましい。 本発明の他の目的、特徴、利点および態様は、下記の記載事項から当業者にと
っては明白なものとなるであろう。しかしながら、以下の記載および実施態様は
本発明の好ましい具体例を示すものであって、単なる説明にすぎないものと理解
すべきである。開示された発明の精神および範囲内での様々な変化および修正に
ついては、当業者であれば、以下の記載を読み、本明細書の他の部分を読むこと
により容易に理解できるであろう。
【００２５】 用語 以下、本明細書、特に実施例において頻繁に使用されている若干の用語を理解
し易くするために説明を行う。それらの説明は、都合上記載されたもので、本発
明を制限するものではない。
【００２６】 本明細書で使用されている「結合性分子（複数でも可）」は、例えば酵素基質
および基質および補因子模擬物質ならびに古典的受容体を含む、本発明のＦＡＢ
Ｉポリペプチドまたはポリヌクレオチドと特異的に結合または相互作用する分
子またはイオンを包含する（これらはまた、それぞれ「結合性分子」および「相
互作用分子」と、および「ＦＡＢ Ｉ結合性分子」および「ＦＡＢ Ｉ相互作用分
子」と称することができる）。本発明のポリペプチドおよび結合性または結合性
または相互作用分子を含む上記分子間の結合は、本発明ポリペプチドに限定的で
あり得るか（これは極めて好ましい）、または本発明ポリペプチドに対して高特
異的であり得るか（これは非常に好ましい）、または本発明のポリペプチドを含
む一群の蛋白に高特異的であり得るか（これは好ましい）、または幾つかの群の
蛋白に特異的であって、そのうちの少なくとも１種に本発明ポリペプチドが含ま
れる場合があり得る。
【００２７】 結合性分子はまた、自然には存在しないもの、例えば本発明のポリペプチドに
特異的に結合する抗体および抗体誘導試薬であってもよい。 「ＤＮＡの消化」とは、ＤＮＡにおける一定の配列でのみ作用する制限酵素に
よるＤＮＡの開裂をいう。ここに示されている様々な制限酵素は市販されており
、それらの反応条件、補因子および他の使用必要事項は公知であり、当業者に周
知なものである。
【００２８】 分析を目的とする場合、典型的には、１μｇのプラスミドまたはＤＮＡフラグ
メントを、約２０μｌの反応緩衝液中約２単位の酵素で消化する。プラスミド構
築用のＤＮＡフラグメントを単離することを目的とする場合、典型的には５〜５
０μｇのＤＮＡを、２０〜２５０単位の酵素により比例的に大きな容量で消化す
る。 特定制限酵素に適した緩衝液および基質量は、標準実験室マニュアル、例えば
下記に引用されているものに記載されており、それらは販売業者により指定され
ている。 ３７℃で約１時間のインキュベーション時間が一般に使用されるが、条件は標
準的操作、製造業者の指示および個々の反応に従って変化する。消化後、当業者
に慣用的な周知手段を用いて、反応物を分析し、フラグメントをアガロースまた
はポリアクリルアミドゲルによる電気泳動により精製することができる。
【００２９】 「疾患（複数でも可）」は、（ｉ）上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管
炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、
腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結
膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染
（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮
膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）
、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を含むが、こ
れらに限定されない、スタフィロコッカス感染などの精勤感染、および／または
（ｉｉ）Streptococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacterium、Myco
bacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomyces、Streptomyces、Nocardia、E
nterobacter、Yersinia、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacter
、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、Streptobacillus、Listeria
、Calymmatobacterium、Brucella、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escher
ichia、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwinia、Borrelia、Lept
ospira、Spirillum、Campylobacter、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aer
omonas、Rickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaである属の細菌、
さらには以下の種または群の細菌を含むがこれに限定されない、グループＡのSt
reptococcus、グループＢのStreptococcus、グループＣのStreptococcus、グル
ープＤのStreptococcus、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumoni
ae、Streptococcus pyrogenes、Streptoxoxxus agalactiae、Streptococcus fae
calis、Streptococcus faecium、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae
、Neisseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staphylococcus epidermi
dis、Corynebacterium diptheriae、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuber
culosis、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、Mycobacterium lepr
ae、Actinomyces israelli、Listeria monocytogenes、Bordetella pretusis、B
ordetella parapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia coli、Shig
ella dysenteriae、Haemophilus influenzae、Haemophilus aegyptius、Haemoph
ilus parainfluenzae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella typhi、
Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Proteus vulgaris、Yersinia pest
is、Klebsiella pneumoniae、Serratia marcessens、Serratia liquefaciens、V
ibrio cholera、Shigella dysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerug
inosa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bacillus anthracis、Ba
cillus cereus、Clostridium perfringens、Clostridium tetani、Clostridium
botulinum、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよびChlamydia trac
homitis；により引き起こされる感染またはかかる細菌に関連する感染を意味す
る。
【００３０】 「遺伝エレメント」は、ポリペプチドをコードする領域または宿主細胞におけ
るポリペプチドの発現に重要な転写または翻訳または他のプロセスを調節する領
域を含むポリヌクレオチド、またはポリペプチドをコードする領域およびそこに
機能し得るように連結された発現調節領域の両方を含むポリヌクレオチドを包含
する。 遺伝エレメントは、エピソーム成分として、すなわち宿主細胞ゲノムとは物理
的に独立した分子として複製するベクター内に含まれ得る。それらはプラスミド
内に含まれ得る。遺伝エレメントはまた、それらの自然の状態ではなく、特に、
例えば宿主細胞への単離、クローニングおよび導入といった操作が加えられた後
の精製ＤＮＡ形態またはベクターで宿主細胞ゲノム内にも含まれ得る。 「宿主細胞」とは、外来性ポリヌクレオチド配列により、形質転換、トランス
フェクション、感染または導入されている、あるいは形質転換、トランスフェク
ションまたは導入することのできる細胞を意味する。
【００３１】 当該分野にて周知であるように「同一性」は、配列を比較して測定されるよう
な、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つまたはそれ以上のポリ
ヌクレオチド配列の間の関係を意味する。当該分野において、同一性とはまた、
かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるような２つのポリペプチドま
たはポリヌクレオチド配列間の関連性の程度をも意味する。同一性および類似性
は、以下に記載される既知方法により容易に算出できる（Computational Molecu
lar Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォード・ユニバーシティー・プレス、ニ
ューヨーク、１９８８年；Biocomputing：Informatics and Genome Projects，S
mith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、１９９３年；Computer An
alysis of Sequence Data，パートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒ
ューマナ・プレス、ニュージャージー、１９９４年；Sequence Analysis in Mol
ecular Biology，von Heinje,G.、アカデミック・プレス、１９８７年；およびS
equence Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン
・プレス、ニューヨーク、１９９１年;およびCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM
J., Applied Math.，４８：１０７３（１９８８）があるが、これらに限定され
ない）。２配列間の同一性または類似性の測定に一般的に使用される方法は、Ca
rillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Math.，４８：１０７３（１９８
８）に開示されたものを含むが、それらに限定されるわけではない。同一性を決
定するための好ましい方法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように
設計される。その上、同一性および類似性を測定する方法はコンピュータープロ
グラムに集成されている。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好まし
いコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux,J.
ら、Nucleic Acids Research １２（１）：３８７（１９８４）、BLASTP、BLAST
NおよびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Molec.Biol. ２１５：４０３（１９９０））
）を包含するが、これらに限定されるものではない。
【００３２】 「単離されている」とは、その自然のままの状態から「人工的に」改変された
、すなわち、天然に存在するならば、それがその本来の環境から変えられたかま
たは移転されたか、またはその両方であることを意味する。例えば、生存してい
る生物中に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離されて
いない」が、同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドでも、その自然のままの
状態の共存体から分離されていれば、この語が本明細書で使用されているところ
の「単離されている」ということになる。その上、形質転換、遺伝的操作により
、あるいは他の組換え方法により生物中に導入されるポリヌクレオチドまたはポ
リペプチドは、たとえ、それがその生物中にあり、その生物が生存あるいは死亡
しているとしても、「単離」されている。
【００３３】 単離の一部としてまたは単離後、前記ポリヌクレオチドは、例えば宿主におけ
る突然変異誘発、融合蛋白の形成、および増殖または発現を目的として他のポリ
ヌクレオチド、例えばＤＮＡに結合にされ得る。単離されたポリヌクレオチドは
、単独または他のポリヌクレオチド、例えばベクターに結合されて、培養または
総体生物における宿主細胞中に導入され得る。培養または総体生物における宿主
細胞中へ導入される場合、前記ＤＮＡは、それらが自然に見いだされる形態また
は環境にはないことから、前記の語が本明細書で使用されているところの、単離
されていることになる。同様に、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、例え
ば細胞中へポリヌクレオチドまたはポリペプチドを導入するための組成物、例え
ば培地製剤、溶液、化学または酵素反応用の組成物または溶液に見いだされ得、
例えばそれらは天然にみられる組成物ではなく、そこには単離されたポリヌクレ
オチドまたはポリペプチドが残存していることから、この場合この語は本明細書
で使用されている前記した用語の意味の範囲内に含まれる。
【００３４】 「ライゲーション」は、２個またはそれ以上のポリヌクレオチド間でリン酸ジ
エステル結合を形成するプロセスを意味し、２本鎖ＤＮＡであることが最も多い
。ライゲーション技術は当業界では周知であり、ライゲーションプロトコルは標
準実験室マニュアルおよび参考文献、例えばサムブルックら、「モレキュラー・
クローニング、ア・ラボラトリー・マニュアル」（MOLECULAR CLONING, A LABOR
ATORY MANUAL）、第２版、コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プ
レス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（１９８９）およびマニ
アチスら、１４６頁（後記で引用されている）に記載されている。
【００３５】 「オリゴヌクレオチド（複数も可）」は、比較的短いポリヌクレオチドをいう
。この語は、１本鎖デオキシリボヌクレオチドをいうことが多いが、特に１本ま
たは２本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドおよび２本鎖ＤＮＡ
をいうこともある。 オリゴヌクレオチド、例えば１本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドは、化
学的方法、例えば自動式オリゴヌクレオチド合成装置で行われる方法により合成
されることが多い。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えＤ
ＮＡ−伝達技術および細胞および生物体におけるＤＮＡの発現を含む様々な他の
方法により製造され得る。
【００３６】 最初、化学合成されたＤＮＡは、典型的には５’ホスフェートなしで得られる
。前記したオリゴヌクレオチドの５’末端は、典型的には、組換えＤＮＡ分子の
形成に使用されるＤＮＡリガーゼを用いるライゲーション反応によるホスホジエ
ステル結合形成用の基質ではない。前記のオリゴヌクレオチドのライゲーション
が望ましい場合、標準技術、例えばキナーゼおよびＡＴＰを用いる技術により付
加され得る。
【００３７】 化学合成されたオリゴヌクレオチドの３’末端は、一般に、遊離ヒドロキシル
基を有し、リガーゼ、例えばＴ４ ＤＮＡリガーゼの存在下で、別のポリヌクレ
オチド、例えば別のオリゴヌクレオチドの５’ホスフェートとホスホジエステル
結合を容易に形成する。よく知られているように、この反応は、要すれば、ライ
ゲーション前に他のポリヌクレオチド（複数も可）の５’リン酸を除去すること
により選択的に阻止され得る。
【００３８】 本明細書中、クローニングするのに使用される生活形態に言及して用いられる
、または疾患を引き起こす（または引き起こすと考えられる）「生物（複数でも
可）」は、（ｉ）Streptococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomyces、Streptomyces、Noc
ardia、Enterobacter、Yersinia、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinet
obacter、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、Streptobacillus、L
isteria、Calymmatobacterium、Brucella、Bacillus、Closterdium、Treponema
、Escherichia、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwinia、Borrel
ia、Leptospira、Spirillum、Campylobacter、Shigella、Legionella、Pseudomo
nas、Aeromonas、Rickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasma属の細菌
を含むが、これらに限定されない原核生物、さらにはグループＡのStreptococcu
s、グループＢのStreptococcus、グループＣのStreptococcus、グループＤのStr
eptococcus、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumoniae、Strepto
coccus pyrogenes、Streptoxoxxus agalactiae、Streptococcus faecalis、Stre
ptococcus faecium、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Neisseria
meningitidis、Staphylococcus aureus、Staphylococcus epidermidis、Coryne
bacterium diptheriae、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosis、My
cobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、Mycobacterium leprae、Actinom
yces israelli、Listeria monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella p
arapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia coli、Shigella dysent
eriae、Haemophilus influenzae、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parain
fluenzae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella typhi、Citrobacter
freundii、Proteus mirabilis、Proteus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsie
lla pneumoniae、Serratia marcessens、Serratia liquefaciens、Vibrio chole
ra、Shigella dysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aeruginosa、Fran
scisella tularensis、Brucella abortis、Bacillus anthracis、Bacillus cere
us、Clostridium perfringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinum、
Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよびChlamydia trachomitisであ
る種または群の細菌を含むが、これらに限定されない、原核生物、（ｉｉ）Arch
aebacterを含むが、これに限定されない、古細菌を意味する。
【００３９】 「プラスミド」は、一般に、当業者が使いなれた標準的な命名操作に従い、本
明細書では、小文字ｐを前置し、および／またはつづいて大文字および／または
数字で示す。 本明細書に開示されている出発プラスミドは、市販され、自由原則で公的に入
手可能であるか、または公知の公開された方法を常用的に適用することにより利
用可能なプラスミドから構築され得る。本発明に従い使用され得る多くのプラス
ミドおよび他のクローニングおよび発現ベクターは、よく知られており、当業者
に容易に利用され得る。その上、当業者は、本発明での使用に適した大多数の他
のプラスミドを容易に構築することができる。本発明における上記プラスミドお
よび他のベクターの特性、構築および用途は、当業者であれば本明細書から容易
に理解できるであろう。
【００４０】 「ポリヌクレオチド（複数も可）」はポリリボヌクレオチドまたはポリデオキ
シリボヌクレオチドを意味し、それらは非修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡまたは修飾
ＲＮＡもしくはＤＮＡとすることができる。すなわち、例えば、ここで使用され
ているポリヌクレオチドは、特に、１本および２本鎖ＤＮＡ、１本および２本鎖
領域または１本、２本および３本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、１本または２本
鎖ＲＮＡ、および１本および２本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、１本鎖またはよ
り一般的には２本鎖、または３本鎖、または１本および２本鎖領域の混合物であ
り得るＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含する。 加えて、本明細書で使用されているポリヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡ
またはＲＮＡおよびＤＮＡの両方を含む３本鎖領域を包含する。前記した領域の
鎖は同じ分子または異なる分子に由来し得る。これらの領域は１個またはそれ以
上の分子の全てを含み得るが、より一般的には幾つかの分子の一領域のみを含み
得る。３重らせん領域の分子の一つは、多くの場合オリゴヌクレオチドである。
【００４１】 本明細書で使用されている、「ポリヌクレオチド」の語は、１個またはそれ以
上の修飾塩基を含む上記のＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。すなわち、バックボ
ーンが安定性またはその他の理由で修飾されたＤＮＡまたはＲＮＡも、上記で定
義されているところの「ポリヌクレオチド」である。さらに、普通でない塩基、
例えばイノシンまたは修飾塩基、例えばトリチル化塩基を含むＤＮＡまたはＲＮ
Ａは、２例しか挙げていないが、ここで使用されているところのポリヌクレオチ
ドである。 ＤＮＡおよびＲＮＡに対しては、当業者に周知の多くの有用な目的に役立つ非
常に多様な修飾が加えられているものとする。ここで使用されているポリヌクレ
オチドの語は、ポリヌクレオチドのそうした化学的、酵素的または代謝的に修飾
された形態、ならびにウイルスおよび特に単純型および複雑型細胞などの細胞に
特有のＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。
【００４２】 本明細書で使用されている「ポリペプチド」は、下記のポリペプチド全てを包
含する。ポリペプチドの基本的構造はよく知られており、当技術分野における無
数の教科書および他の出版物に既に記載されている。この明細書において、この
語は、ペプチド結合により直鎖で互いに結合された２個またはそれ以上のアミノ
酸を含むペプチドまたは蛋白を包含するものとして使用されている。本明細書に
使用されているとおり、この語は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプ
チドおよびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があり、当該分野で一
般的に蛋白と称する長鎖の両方を意味する。
【００４３】 ポリペプチドは、２０種の天然アミノ酸として一般に称される２０種のアミノ
酸以外のアミノ酸を含むことが多く、末端アミノ酸を含む多くのアミノ酸は、所
定のポリペプチドにおいて、自然の工程、例えばプロセッシングおよび他の翻訳
後修飾、ならびに当業界で周知の化学的修飾技術によるものを包含する。ポリペ
プチドから本来見いだされる一般的修飾でさえ、多すぎるためここで余すところ
無く列挙することはできないが、それらは基本的なテキストおよび詳細な研究論
文並びに多量の研究文献に詳述されており、当業者にはよく知られている。
【００４４】 本発明のポリペプチドに含まれる既知修飾には、２、３の代表例として、アセ
チル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム
部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質また
は脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋、閉環、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋の形成、シスチンの形成、ピ
ログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰ
Ｉアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化
、蛋白分解プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、
硫酸化、転移ＲＮＡ媒介による蛋白へのアミノ酸付加、例えばアルギニル化、お
よびユビキチネーションが挙げられる。
【００４５】 かかる修飾は当業者に周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。
幾つかの特に一般的な修飾、例えば糖鎖形成、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸
残基のガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化につ
いては、全く基本的なテキスト、例えば「プロテインズ−ストラクチャー・アン
ド・モレキュラー・プロパティーズ」(PROTEINS-STRUCTURE AND MOLECULAR PROP
ERTIES)、第２版、Ｔ.Ｅ．クレイトン、Ｗ.Ｈ．フリーマン・アンド・カンパニ
ー、ニューヨーク（１９９３）に記載されている。この題目に関する多くの詳細
な報文が入手可能であり、例えばウォールド、Ｆ.による「ポストトランスレー
ショナル・コバレント・モディフィケーション・オブ・プロテインズ」(POSTTRA
NSLATIONAL COVALENT MODIFICATION OF PROTEINS)中、「翻訳後蛋白修飾：展望
および予想」、１−１２頁、Ｂ.Ｃ．ジョンソン編、アカデミック・プレス、ニ
ューヨーク（１９８３）、ザイフターら（１９９０）、「メソッズ・イン・エン
ザイモロジー」(Meth.Enzymol.)１８２：６２６−６４６およびラッタンら、（
１９９２）Protein Synthesis: Posttranslational Modifications and Aging、
「アンルズ・オブ・ザ・ニューヨーク・アカデミー・オブ・サイエンス」(Ann.N
.Y.Acad.Sci.)６６３：４８−６２がある。
【００４６】 公知のことであり、また上記のとおり、ポリペプチドは必ずしも完全に線状と
は限らないものとする。例えば、ポリペプチドは、ユビキチネーションの結果と
して分枝状であり得、一般的に自然プロセッシング事象および自然では見られな
い人為的事象を含む翻訳後事象の結果として、分枝部分を伴う場合も伴わない場
合も環状であり得る。環状、分枝状および分枝環状ポリペプチドは、非翻訳自然
プロセスおよび完全な合成方法によっても合成され得る。 ペプチドバックボーン、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を
含む、ポリペプチドのあらゆる場所で修飾は行われ得る。事実、共有結合修飾に
よる、ポリペプチドでのアミノまたはカルボキシル基または両方の遮断は、天然
および合成ポリペプチドに共通しており、上記修飾は本発明のポリペプチドにも
存在し得る。例えば、蛋白分解プロセッシングの前に、エシェリヒア・コリまた
は他の細胞で生成されたポリペプチドのアミノ末端残基は、ほぼ必ずＮ−ホルミ
ルメチオニンである。ペプチドの翻訳後修飾中、ＮＨ２−末端のメチオニン残基
は欠失されていてもよい。従って、本発明は、本発明蛋白のメチオニン含有およ
びメチオニン不含有アミノ末端変異体の使用を意図したものである。
【００４７】 ポリペプチドに見られる修飾は、それがいかにして生成されるかの関数である
ことが多い。例えば、宿主においてクローン化遺伝子を発現させることにより生
成されたポリペプチドの場合、大きな部分における修飾の性質および範囲は、宿
主細胞翻訳後修飾能力およびポリペプチドアミノ酸配列に存在する修飾シグナル
により決定される。例えば、よく知られているところでは、糖鎖形成は、多くの
場合、細菌宿主、例えばエシェリヒア・コリでは行われない。従って、糖鎖形成
が望ましい場合、ポリペプチドは糖鎖形成性宿主、一般に真核細胞で発現される
べきである。
【００４８】 同じ型の修飾は、所定のポリペプチドにおける幾つかの部位で同じかまたは異
なる程度に存在し得るものとする。また、所定のポリペプチドは多くの型の修飾
を含み得る。 一般に、ここで使用されているところでは、ポリペプチドの語は、上記の修飾
を全て、特に宿主細胞においてポリヌクレオチドを発現させることにより合成さ
れたポリペプチドに存在するものを包含する。
【００４９】 「形質転換」は、外来性ＤＮＡが細胞膜内側に導入されたとき、細胞が上記外
来性ＤＮＡにより形質転換されるプロセスを意味する。外来性ＤＮＡは、細胞の
ゲノムを構成する染色体ＤＮＡ中に組み込まれている（共有結合されている）こ
ともあれば、組み込まれていないこともあり得る。例えば原核細胞および酵母で
は、外来性ＤＮＡは、エピソーム成分、例えばプラスミドで維持され得る。真核
細胞に関して述べると、安定して形質転換またはトランスフェクションされた細
胞は、外生ＤＮＡが染色体中に組み込まれることにより、それが染色体複製を通
して娘細胞により受け継がれているものであることが多い。この安定性は、真核
細胞が、外生ＤＮＡを含む娘細胞の集団からなる細胞系またはクローンを確立す
る能力により証明される。
【００５０】 ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの「変種（複数も可）」は、この語がこ
こで使用されているところによると、それぞれレファレンス（標準）ポリヌクレ
オチドまたはポリペプチドとは異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドであ
る。この意味での変種は、非常に詳細に下記および本明細書の他の場所に記載さ
れている。
【００５１】 （１）別のレファレンスポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列が異なるポリ
ヌクレオチド。一般に、差異は限られているため、レファレンスおよび変種のヌ
クレオチド配列は全体的に密接に類似しており、多くの領域では同一である。 後記に示されているとおり、変種のヌクレオチド配列の変化はサイレントであ
り得る。すなわち、それらはポリヌクレオチドによりコードされたアミノ酸を改
変し得ない。改変がこのタイプのサイレント変化に限られている場合、変種は、
レファレンスと同じアミノ酸配列をもつポリペプチドをコードする。また下記に
示されているとおり、変種のヌクレオチド配列が変化すると、レファレンスポリ
ペプチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列が改変され得る。この
ヌクレオチドの変化の結果、下記で検討されている、レファレンス配列によりコ
ードされるポリペプチドにおいてアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切
断が行われ得る。
【００５２】 （２）別のレファレンスポリペプチドとはアミノ酸配列が異なるポリペプチド
。一般に、差異は限られているため、レファレンスおよび変種のヌクレオチド配
列は全体的に密接に類似しており、多くの領域では同一である。 変種およびレファレンスポリペプチドは、アミノ酸配列に１つまたはそれ以上
の置換、付加、欠失、融合および末端切断が存在する点で異なっていてもよく、
それらはいかなる組み合わせでも存在し得る。
【００５３】 （発明を実施するための最良の形態） ＦａｂＩは細菌性脂肪酸生合成の延長サイクルの最終工程として機能する。エ
ス・アウレウスからの酵素をイー・コリ中でクローンして過剰発現させ、純度を
＞９５％に精製した。速度実験は約５．０ないし７．０またはその値の広い最適
ｐＨ範囲にわたって基質クロトノイルＣｏＡとＮＡＤＨの逐次付加を明らかにし
た。説明しうる逆反応または生成物阻害の欠如は秩序のある機構と無秩序な機構
の差別化を妨げた。クロトノイルＣｏＡについてのＫｍは実質的にはイーコリＦ
ａｂＩの値と同じである（約２．５ｍＭまたはその値）が、ＮＡＤＨのＫｍは略
３０倍であった（イー・コリの１３μＭに対して約４１０μＭ）。重水素処理し
た基質を用いる実験で、ＦａｂＩ反応の立体化学経路がイー・コリ酵素について
報告されている経路と同じであることが明らかにされた：水素化物がＮＡＤＨの
ニコチンアミド環のＢ−面から移動し、プロ−２Ｒおよびプロ−３Ｓ位置のクロ
トノイルＣｏＡの二重結合がｓｙｎ水素付加されることで還元が起こる。アセチ
ルからパルミトイルまでの一連の８種の脂肪性アシルＣｏＡによるエス・アウレ
ウスＦａｂＩの阻害はアシル基の鎖長を伸ばし、それはイ・コリＦａｂＩと同様
、エス・アウレウスＦａｂＩにおいても、長鎖アシル−ＡＣＰによるフィードバ
ック阻害に付されることを示唆する。このことが、おそろく、インビボにおいて
調節的役割を果たす。
【００５４】 本発明は、特に、後記で詳述されているところの新規ＦＡＢ Ｉポリペプチド
およびポリヌクレオチドに関するものである。特に、本発明は、マイコバクテリ
ア（ＩｎｈＡ）、エッチ・インフルエンゼ、ブラッシカ・ナプス（Brassica nap
us）（菜種）エノイル−ＡＣＰレダクターゼからのＦａｂ Ｉ酵素、およびイー
・コリＦａｂ Ｉ蛋白とのアミノ酸配列相同性という点で関連性がある、スタフ
ィロコッカス・アウレウスの新規ＦＡＢ Ｉ遺伝子のポリペプチドおよびポリヌ
クレオチドに関するものである。
【００５５】 本発明は、特に図１７［配列番号１］および図１６［配列番号２］にそれぞれ
示されたヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有するＦＡＢ Ｉ、およびＮＣＩＭ
Ｂ寄託番号４０７７１におけるＦＡＢ Ｉヌクレオチド配列およびそこからコー
ドされたアミノ酸配列（本明細書中、「寄託されたクローン」または「寄託され
たクローンのＤＮＡ」と称する）に関するものである。図１６［配列番号２］お
よび図１７［配列番号１］に示されたヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、寄託
されたクローンのＦＡＢ Ｉ ＤＮＡを配列決定することにより得られたものとす
る。このため、寄託されたクローンの配列は、それ（およびそれがコードする配
列）および図１６［配列番号２］または図１７［配列番号１］の配列間に不一致
があればそれに関して制御性を示す。
【００５６】 ポリヌクレオチド 本発明の一態様によると、図１６［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有する
ＦＡＢ Ｉポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドが提供される
。 本明細書中に提供された情報、例えば図１７［配列番号１］に示されたポリヌ
クレオチド配列を用いると、ＦＡＢ Ｉポリペプチドをコードする本発明のポリ
ヌクレオチドは、標準的クローニングおよびスクリーニング方法、例えば出発材
料としてスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９細胞を用いて細菌からゲ
ノムＤＮＡをクローニングする方法を用いることにより得られる。本発明の例示
としての、図１７に示されたポリヌクレオチドは、スタフィロコッカス・アウレ
ウスＷＣＵＨ２９から誘導されたゲノムＤＮＡライブラリーで発見された。
【００５７】 寄託されたクローンにおいてＦＡＢ ＩをコードするゲノムＤＮＡの配列決定
をした結果が示すところによると、本発明のＦＡＢ Ｉは、エノイル−ＡＣＰレ
ダクターゼ群の他の蛋白と構造的に関連性がある。こうして得られたＤＮＡ配列
は図１７［配列番号１］に示されている。それは、推定分子量が約２７.９９ｋ
Ｄａである約２５６アミノ酸残基の蛋白をコードする読み取り枠を含む。この蛋
白は、既知蛋白の中でもイー・コリＦａｂ Ｉ蛋白と最大の相同性を呈する。図
１６［配列番号２］のＦＡＢ Ｉは、イー・コリエノイル（ＡＣＰ）レダクター
ゼ（Ｆａｂ Ｉ）、スイスプロット受入れ番号Ｐ２９１３２のアミノ酸配列とは
約４４％の同一性および約６４％の類似性を有する。
【００５８】 本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡの形態またはＤＮＡ、
例えば、クローニングにより得られるかまたは化学合成技術によりまたはその組
み合わせにより生成されるｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡの形態であってもよい。
ＤＮＡは２本鎖または１本鎖であってもよい。１本鎖ＤＮＡはセンス鎖としても
知られているコーディング鎖であってもよく、またはそれはアンチセンス鎖とも
呼ばれる非コーディング鎖であってもよい。 ポリペプチドをコードする暗号化配列は、図１７［配列番号１］に示されたポ
リヌクレオチドのコーディング配列と同一であってもよい。それはまた、異なる
配列をもつポリヌクレオチドであってもよく、遺伝コードの重複性（縮重）の結
果として、図１６［配列番号２］のＤＮＡのポリペプチドをコードする。
【００５９】 図１６［配列番号２］のポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチド
には、単独での成熟ポリペプチドの暗号化配列、成熟ポリペプチドの暗号化配列
および追加の暗号化配列、例えばリーダーまたは分泌配列、例えばプレまたはプ
ロまたはプレプロ蛋白配列をコードする上記配列、前述の追加暗号化配列を伴う
場合も伴わない場合もあるが、例えば非暗号化５'および３'配列、例えば転写（
例えば終結シグナルを含む）、リボソーム結合、ｍＲＮＡ安定性成分においてあ
る一定の役割を演じる転写非翻訳配列を含む（ただし、これらに限定されるわけ
ではない）追加の非暗号化配列、および追加アミノ酸、例えば追加的機能性を提
供する追加アミノ酸をコードする追加の暗号化配列と共存する成熟ポリペプチド
の暗号化配列があり得るが、これらに限定されるわけではない。すなわち、例え
ばポリペプチドは、マーカー配列、例えばペプチドに融合され得、それによって
融合ポリペプチドの精製は容易になる。本発明のこの態様の特定の具体例におい
て、マーカー配列は検討されていようなヘキサ−ヒスチジンであり、これは他の
標識方法、ペプチド、例えば特にｐＱＥベクター（キアゲン、インコーポレイテ
ッド）で提供された標識を含むべきであり、それらの多くは市販されている。例
えば、ゲンツら、（１９８９）「プロシーディング・オブ・ナショナル・アカデ
ミー・オブ・サイエンス・オブ・ザ・ユナイテッド・ステーツ・オブ・アメリカ
」(Proc.Natl.Acad.Sci.,USA)８６：８２１−８２４に記載されているとおり、
ヘキサ−ヒスチジンを用いると、融合蛋白の好都合な精製が可能となる。ＨＡ標
識はまた、融合蛋白生成に使用され得、例えばウィルソンら、（１９８４）「セ
ル」(Cell)３７：７６７により報告されたインフルエンザ血球凝集素蛋白に由来
するエピトープに相当する。
【００６０】 前記したことによると、本明細書で使用されている「ポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチド」の語は、本発明のポリペプチド、特に図１６［配列番号２
］に示されたアミノ酸配列を有するスタフィロコッカスＦＡＢ Ｉをコードする
配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この語は、ポリペプチドをコードする
単一連続領域または非連続領域（例えば組み込まれたファージ、挿入配列、組換
えまたは校正により中断されている）を、同じく暗号化および／または非暗号化
配列を含み得る追加領域と共存した形で含むポリヌクレオチドを包含する。
【００６１】 さらに本発明は、図１６［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有するポリペプ
チドのフラグメント、類似体および誘導体をコードする上記ポリヌクレオチドの
変種に関するものである。ポリヌクレオチドの変種は、天然変種、例えば天然に
存在する対立遺伝子変種であってもよく、またはそれは天然に存在することが知
られていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドの前記した非天然変種は、
ポリヌクレオチド、細胞または生物に適用されるものを含む変異誘発技術により
生成することができる。
【００６２】 この点に関し変種の中には、ヌクレオチドの置換、欠失または付加により前述
のポリヌクレオチドとは異なる変種がある。置換、欠失または付加には、１個ま
たはそれ以上のヌクレオチドが関与し得る。変種は、暗号化または非暗号化領域
またはその両方で改変されていてもよい。暗号化領域における改変が、保存また
は非保存アミノ酸置換、欠失または付加を産生することができる。 この点に関し本発明の特に好ましい態様の中には、図１６［配列番号２］に示
されたＦＡＢ Ｉのアミノ酸配列を有するポリペプチド、その変種、類似体、誘
導体およびフラグメント、および変種、類似体および誘導体のフラグメントをコ
ードするポリヌクレオチドがある。
【００６３】 さらにこの点に関し特に好ましいのは、ＦＡＢ Ｉ変種、類似体、誘導体およ
びフラグメント、およびフラグメントの変種、類似体および誘導体をコードする
ポリヌクレオチドであり、これらは図１６［配列番号２］のＦＡＢ Ｉポリペプ
チドのアミノ酸配列を有するが、いくつか、少しの、５ないし１０、１ないし５
、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残基が関与する置換、欠失または付
加が組み合わされて存在する。これらの中で特に好ましいのは、ＦＡＢ Ｉの特
性および活性を改変しないサイレント置換、付加または欠失である。またこの点
に関し特に好ましいのは、同類置換である。最も好ましいのは、置換を伴わない
図１６［配列番号２］のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチドである。
【００６４】 本発明のさらに好ましい具体例は、図１６［配列番号２］に示されたアミノ酸
配列を有するＦＡＢ Ｉポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと少なくと
も７０％同一のポリヌクレオチド、および上記ポリヌクレオチドに相補的なポリ
ヌクレオチドである。別法として、最も好ましいのは、寄託されたクローンのス
タフィロコッカス・アウレウスＤＮＡによりコードされるＦＡＢ Ｉポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチドと少なくとも８０％同一の領域を含むポリヌク
レオチドおよびそれに相補的であるかまたは図１７［配列番号１］に示されたポ
リヌクレオチドである。この点について、上記のものと少なくとも９０％同一の
ポリペプチドが特に好ましく、これらの特に好ましいポリヌクレオチドの中で、
少なくとも９５％の場合が特に好ましい。さらに、少なくとも９５％のものの中
でも少なくとも９７％の場合が非常に好ましく、これらの中でも少なくとも９８
％および少なくとも９９％の場合が特に好ましく、さらには少なくとも９９％の
場合がより好ましい。
【００６５】 さらに、この点に関し特に好ましい具体例は、図１７［配列番号１］のＤＮＡ
によりコードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物機能または活性を保持
するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。 さらに、本発明は、上記配列とハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する
ものである。この点について、本発明は、特に、ストリンジェントな条件下で上
記ポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチドに関するものである
。ここで使用されている、「ストリンジェントな条件」の語は、配列間に少なく
とも９５％および好ましくは少なくとも９７％の相同性がある場合にのみハイブ
リダイゼーションが行われることを意味する。
【００６６】 本発明のポリヌクレオチド検定に関してここでさらに検討されているところに
よると、例えば上記で検討されている本発明ポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプローブとして使用するこ
とにより、ＦＡＢ Ｉをコードする完全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンが単離
され、ＦＡＢ Ｉ遺伝子と高度配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡおよび
ゲノムクローンが単離され得る。上記プローブは一般に少なくとも１５塩基を有
する。好ましくは、上記プローブは、少なくとも３０塩基を有し、少なくとも５
０塩基を有し得る。特に好ましいプローブは、少なくとも３０塩基を有し、５０
またはそれ未満の塩基を有する。
【００６７】 例えば、ＦＡＢ Ｉ遺伝子の暗号化領域は、既知ＤＮＡ配列を用いてオリゴヌ
クレオチドプローブを合成させるスクリーニングにより単離することができる。
次いで、本発明遺伝子の配列と相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを
用いることにより、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーがス
クリーニングされ、ライブラリーのどの成分にプローブがハイブリダイズするか
が決定される。
【００６８】 本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、特に本明細書でポリヌクレ
オチド検定に関してさらに検討されているところによると、疾患、特にヒトの疾
患に関する治療および診断の発見用研究試薬および材料として使用することがで
きる。 配列番号１の配列から誘導された配列番号３および４を含むオリゴヌクレオチ
ドである本発明のポリヌクレオチドを、本明細書に記載した方法におけるＰＣＲ
プライマーとして使用することにより、全体または部分的にここで同定されたス
タフィロコッカス・アウレウス遺伝子が感染組織で転写されているか否かを決定
することができる。また本発明は、前記の配列がまた、病原体が獲得した感染の
段階および感染の型の診断において有用性のあることを示している。
【００６９】 ポリヌクレオチドは、成熟蛋白＋追加アミノまたはカルボキシ末端アミノ酸、
または成熟ポリペプチドにとって内部（例えば、成熟形態が複数のポリペプチド
鎖を有するとき）アミノ酸であるポリペプチドをコードし得る。上記配列は、特
に、前駆体から成熟形態への蛋白の工程においてある役割を果たし、蛋白輸送を
可能とし、蛋白の半減期を延長または短縮し、または検定または製造のための蛋
白の操作を容易にすることができる。インビボでは一般的なことであるが、追加
アミノ酸は、細胞酵素により成熟蛋白からプロセッシングされ得る。
【００７０】 １つまたはそれ以上のプロ配列に融合されたポリペプチドの成熟形態を有する
前駆体蛋白は、ポリペプチドの不活性形態であってもよい。プロ配列が除去され
ると、前記不活性前駆体は一般に活性化される。プロ配列の一部または全部が活
性化前に除去することができる。一般に、前記前駆体がプロ蛋白と呼ばれる。
【００７１】 要するに、本発明のポリヌクレオチドは、成熟蛋白、成熟蛋白＋リーダー配列
（プレ蛋白と称され得る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１つまたはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、または一般にポリペプチドの活性およ
び成熟形態を生成するプロセッシング段階中に除去される、リーダー配列および
１つまたはそれ以上のプロ配列を有する、プロ蛋白にとって前駆体であるプレプ
ロ蛋白をコードし得る。
【００７２】 寄託材料 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含む寄託物は、１９９５年
９月１１日に２３セント・マチャー・ドライブ、アバディーンＡＢ２ １ＲＹ、
スコットランドのナショナル・コレクションズ・オブ・インダストリアル・アン
ド・マリン・バクテリア・リミテッド（ＮＣＩＭＢ）に寄託され、ＮＣＩＭＢ受
託番号４０７７１が付与された。ＦＡＢ Ｉクローン寄託物を、本明細書中、「
寄託されたクローン」または「寄託されたクローンのＤＮＡ」という。
【００７３】 寄託された材料は、完全長ＦＡＢ Ｉ ＤＮＡを含む株であり、寄託時「ＮＣＩ
ＭＢ４０７７１」と名付けられた。 寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならびにそれによりコードされるポ
リペプチドのアミノ酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事
象において支配的である。
【００７４】 この寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の
条件下で為された。特許が発行されると何らの制限または条件もなく、最終的に
株は分譲される。寄託物は当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.
１１２条の下で要求されるような、寄託が実施可能要件であることを承認するも
のではない。 寄託材料の製造、使用または販売にはライセンスが必要であうるが、ここでは
かかるライセンスは付与されるものではない。
【００７５】 ポリペプチド さらに本発明は、図１６［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有する原核生物
ＦＡＢ Ｉポリペプチドに関するものである。 また本発明は、これらのポリペプチドのフラグメント、類似体および誘導体に
関するものである。「フラグメント」、「誘導体」および「類似体」の語は、図
１６［配列番号２］のポリペプチドに関する場合、前記ポリペプチドと同じ生物
機能または活性を保持しているポリペプチドを意味する。すなわち、類似体は、
プロ蛋白部分の開裂により活性化され、活性成熟ポリペプチドを生成し得るプロ
蛋白を包含する。
【００７６】 本発明のポリペプチドは、組換えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成
ポリペプチドであってもよい。ある好ましい具体例では、それは組換えポリペプ
チドである。 図１６［配列番号２］のポリペプチドのフラグメント、誘導体または類似体は
、（ｉ）１個またはそれ以上のアミノ酸残基が保存または非保存アミノ酸残基（
好ましくは保存アミノ酸残基）により置換されており、前記置換アミノ酸残基が
遺伝コードによりコードされるものであってもよくまたはされていなくてもよい
もの、または（ｉｉ）１個またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、
または（ｉｉｉ）成熟ポリペプチドが別の化合物、例えばポリペプチドの半減期
を延ばす化合物（例えば、ポリエチレングリコール）と融合されているもの、ま
たは（ｉｖ）追加アミノ酸が成熟ポリペプチド、例えばリーダーまたは分泌配列
または成熟ポリペプチドの精製に使用される配列またはプロ蛋白配列に融合され
ているものであってもよい。前記フラグメント、誘導体および類似体は、本明細
書に示された内容から当業者の範囲内に含まれるものとする。
【００７７】 この点に関し本発明の特に好ましい具体例には、図１６［配列番号２］に示さ
れたＦＡＢ Ｉのアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変種、類似体、
誘導体およびフラグメント、並びに前記フラグメントの変種、類似体および誘導
体がある。別法として、この点に関し本発明の特に好ましい具体例は、ＦＡＢ
Ｉのアミノ酸配列を有するポリペプチド、それらの変種、類似体、誘導体および
フラグメント、ならびに前記フラグメントの変種、類似体および誘導体である。
【００７８】 好ましい変種には、同類アミノ酸置換によりレファレンスから変化したものが
ある。前記置換は、ポリペプチド中の所定アミノ酸を同様の特性をもつ別のアミ
ノ酸により置換したものである。一般的に同類置換として見られるのは、脂肪族
アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅの中での互いの置換、ヒドロキシ
ル残基ＳｅｒおよびＴｈｒの相互交換、酸性残基ＡｓｐおよびＧｌｕの交換、ア
ミド残基ＡｓｎおよびＧｌｎ間の置換、塩基性残基ＬｙｓおよびＡｒｇの交換並
びに芳香族残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒ間の置換である。
【００７９】 さらにこの点に関し特に好ましいのは、いくつか、少しの、５ないし１０、１
ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残基が関与する置換、欠失
または付加が任意に組み合わされて存在する図１６［配列番号２］のＦＡＢ Ｉ
ポリペプチドのアミノ酸配列を有する変種、類似体、誘導体およびフラグメント
、並びにフラグメントの変種、類似体および誘導体である。これらの中で特に好
ましいのは、サイレント置換、付加および欠失であり、これらはＦＡＢ Ｉの特
性および活性を改変することはない。また、この点に関し特に好ましいのは、同
類置換である。最も好ましいのは、置換を伴わない図１６［配列番号２］のアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドである。
【００８０】 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、好ましくは単離形態で提供
され、好ましくは均等に精製されている。 本発明のポリペプチドは、配列番号２のポリペプチド（特に成熟ポリペプチド
）並びに配列番号２のポリペプチドと少なくとも８０％の同一性およびさらに好
ましくは配列番号２のポリペプチドと少なくとも９０％の類似性（さらに好まし
くは少なくとも９０％の同一性）、さらに好ましくは配列番号２のポリペプチド
と少なくとも９５％の類似性（より好ましくは少なくとも９５％の同一性）を有
するポリペプチドを含み、また、前記ポリペプチドの一部分を一般に少なくとも
３０アミノ酸およびさらに好ましくは少なくとも５０アミノ酸を含むポリペプチ
ドの前記部分と共に含む。
【００８１】 本発明のフラグメントまたは一部分は、ペプチド合成により対応する完全長ポ
リペプチドを製造するのに使用することができる。従って、フラグメントは、完
全長ポリペプチド製造用の中間体として使用することができる。本発明のポリヌ
クレオチドのフラグメントまたは一部分は、本発明の完全長ポリヌクレオチドの
合成に使用することができる。
【００８２】 フラグメント また、本発明のこの態様の好ましい具体例には、ＦＡＢ Ｉのフラグメント、
特に図１６［配列番号２］に示されたアミノ酸を有するＦＡＢ Ｉのフラグメン
トおよび図１６［配列番号２］のＦＡＢ Ｉの変種および誘導体のフラグメント
を有してなるポリペプチドがある。 この点に関し、フラグメントは、前述のＦＡＢ Ｉポリペプチドおよびその変
種または誘導体のアミノ酸配列の全部ではなく一部と全く同じであるアミノ酸配
列を有するポリペプチドである。
【００８３】 かかるフラグメントは、「独立して存在（free standing）」しているか、ま
たは一部分もしくは領域を形成することにより、より大きなポリペプチド内に含
まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続した領域、すなわち大型の単一ポ
リペプチドとして含まれる。大きい方のポリペプチド内に含まれる場合、ここで
検討されているフラグメントは最も好ましくは単一連続領域を形成する。しかし
ながら、数個のフラグメントは、大きい方の単一ポリペプチド内に含まれ得る。
例えば、ある好ましい具体例は、ＦＡＢ Ｉフラグメントのアミノ末端に融合し
た異種プレおよびプロ−ポリペプチド領域およびフラグメントのカルボキシル末
端に融合した追加領域を有する宿主での発現用に設計された前駆体ポリペプチド
内に含まれる本発明ＦＡＢ Ｉポリペプチドのフラグメントに関するものである
。従って、ここで意図された意味の一面でのフラグメントは、ＦＡＢ Ｉから誘
導された融合ポリペプチドまたは融合蛋白の一部分（複数も可）をいう。
【００８４】 特に好ましいフラグメントは、アミノ酸１−２０、２１−４０、４１−６０、
６１−８０、８１−１００、１０１−１２０、１２１−１４０、１４１−１６０
、１６１−１８０、１８１−２００、２０１−２２０、２２１−２４０、２４１
−２５６によりコードされるものおよびその同一範囲内の組み合わせを含む。 さらに特に好ましいフラグメントには、例えば他の配列決定された構造的に関
連した成分に対して高い相同性を示すものがある。これらには、例えば、約１３
〜約２５、約３２〜約３９、約１１２〜約１２５、約１５６〜約１９６および約
２３１〜約２５２を含むイー・コリｆａｂＩのフラグメントに相同的な領域があ
る。本発明の特に好ましいフラグメントには、ＦＡＢ Ｉの末端切断変異体があ
る。末端切断変異体は、図１６［配列番号２］のアミノ酸配列を有するＦＡＢ
Ｉポリペプチドまたはそれらの変種または誘導体を包含するが、ただし、アミノ
末端を含む一連の残基（すなわち、連続した領域、一部または部分）またはカル
ボキシル末端を含む一連の残基の欠失または、二重末端切断変異体の場合と同様
、一つはアミノ末端を含み、一つはカルボキシル末端を含む残基の２連続領域の
欠失は例外である。また、前記に示されたサイズ範囲を有するフラグメントも末
端切断フラグメントの好ましい具体例であり、全般的にフラグメントの中でも特
に好ましい。宿主細胞、特にスタフィロコッカスにおける本発明ポリペプチドの
分解産物もまた、好ましいポリペプチドである。
【００８５】 また、本発明のこの態様で好ましいのは、ＦＡＢ Ｉの構造的または機能的特
性を特徴とするフラグメントである。この点に関して本発明の好ましい具体例に
は、ＦＡＢ Ｉのアルファ−らせんおよびアルファ−らせん形成領域（「アルフ
ァ領域」）、ベータ−シートおよびベータ−シート形成領域（「ベータ領域」）
、ターンおよびターン形成領域（「ターン領域」）、コイルおよびコイル形成領
域（「コイル領域」）、親水性領域、疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベー
タ両親媒性領域、可変領域、表面形成領域および高抗原指数領域を含むフラグメ
ントがある。
【００８６】 この点に関して好ましいフラグメントには、構造的特徴、例えば前記に示され
た特徴を含むＦＡＢ Ｉの領域を含むものがある。この点に関し、残基１〜約８
、約２６〜約３４、約３９〜約６１、約７０〜約８０、約９５〜約１０７、約１
２７〜約１３９、約１６２〜約１７３および約２０７〜約２２０により限定され
る領域は、アルファらせん形成領域を含むと考えられるアミノ酸により特徴付け
られる。さらに、残基約９〜約１３、約１９〜約２５、約６２〜約６９、約８５
〜約９５、約１４１〜約１５６、約１７３〜約１８８、約２２０〜約２２６、約
２３２〜約２４０により限定される領域は、ベータ−シート領域を含むと考えら
れる残基により特徴付けられる。また、残基約８０〜約８５、約１０８〜約１１
２、約１２０〜約１２５、約１７８〜約１８３および約１９８〜約２０３により
限定される領域は、ターン領域を含むと考えられる領域により特徴付けられる。
また、残基約８０〜約８５、約１０５〜約１１０、約１２０〜約１２５、約１３
８〜約１４３、約１４５〜約１５３、約１７５〜約１８０、約１８７〜約１９２
および約２４０〜約２４５により限定される領域は、コイル領域を含むと考えら
れるアミノ酸組成により特徴付けられる。残基約９〜約１４、約２０〜約３６、
約８６〜約９８、約１１５〜約１２９、約１３８〜約１５２、約１６１〜約１７
９、約１８５〜約１９５、約２２６〜約２４０、約２４９〜約２５６により限定
される領域は、疎水性アミノ酸により特徴付けられる。さらに、残基約２〜約８
、約１４〜約１９、約３６〜約８６、９８〜約１１５、約１３０〜約１３８、約
１５２〜約１６１、約１８０〜約１８６、約２０６〜約２２６および約２３９〜
約２４９により限定される領域は、親水性アミノ酸により特徴付けられる。また
、残基約２０〜約４０、約４３〜約６２、約７２〜約９３、約１０２〜約１１７
、約１２８〜約１４０、約１８０〜約２２０および約２２８〜約２４０により限
定される領域は、アルファ両親媒性領域を含むと考えられるアミノ酸残基により
特徴付けられ、約１〜約１０、約２７〜約５０、約６０〜約７２、約９７〜約１
１０、約１５８〜約１９１、約２０８〜約２２０および約２４０〜約２５２によ
り限定される領域は、ベータ両親媒性領域を含むと考えられるアミノ酸残基によ
り特徴付けられる。さらに、残基約３８〜５８、約７７〜約８９、約９８〜約１
１４、約１３０〜約１４２、約１９０〜約２０４、約２０８〜約２３０、および
約２３４〜約２４６により限定される領域は、可変領域を含むと考えられるアミ
ノ酸残基により特徴付けられる。残基約３４〜約６２、約９８〜約１１２および
約２０６〜約２２２により限定される領域は、表面形成領域を含むと考えられる
。さらに、残基約３〜約９、約１４〜約２０、約２５〜約３３、約３８〜約６０
、約６５〜約８８、約９８〜約１１４、約１２０〜約１２４、約１３０〜約１４
０、約１７８〜約１８５、約１９５〜約２２８および約２３６〜約２４７により
限定される領域は、高抗原性領域を含むと考えられる。かかる領域は、上記した
ように、より大きいポリペプチドに含まれていてもよく、またはそれ自体が本発
明の好ましいフラグメントであってもよい。この段落で使用されている「約」の
語は、一般にフラグメントに関して前記で示された意味を有するものとする。
【００８７】 さらに好ましい領域は、ＦＡＢ Ｉの活性を媒介するものである。この点に関
して最も好ましいのは、ＦＡＢ Ｉの化学的、生物学的または他の活性を有する
フラグメント、例えば類似活性または改善された活性をもつか、または望ましく
ない活性を低下させたものである。この点に関して非常に好ましいのは、関連ポ
リペプチド、例えばイー・コリエノイル（ＡＣＰ）レダクターゼ、ＦａｂＩを含
む、図１６［配列番号２］に示された関連ポリペプチドの活性領域に対して配列
または位置があるいは両配列が相同的である領域を含むフラグメントである。こ
れらの点に関して特に好ましいフラグメントには、前記で検討されている末端切
断変異体がある。さらに好ましいポリヌクレオチドフラグメントは、動物、特に
ヒトにおいて抗原性または免疫原性を示すものである。
【００８８】 本発明はまた、特に、前述のフラグメントをコードするポリヌクレオチド、フ
ラグメントをコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズするポリヌクレオチ
ド、特にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするもの、およびフラグメ
ントをコードするポリヌクレオチドを増幅するためのポリヌクレオチド、例えば
ＰＣＲプライマーに関するものとする。この点に関して、好ましいポリヌクレオ
チドは、前記で検討されているとおり、好ましいフラグメントに対応するもので
ある。
【００８９】 ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチド（複数も可）を含むベクター、本発
明のベクターによる遺伝子操作が行われる宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの製造に関するものである。 宿主細胞は、遺伝子工学技術によりポリヌクレオチドを組み込みれ、本発明の
ポリペプチドを発現することができる。例えば、ポリヌクレオチドは、感染、形
質導入、トランスフェクション、トランスベクションおよび形質転換の公知技術
を用いて宿主細胞中に導入することができる。ポリヌクレオチドは、単独または
他のポリヌクレオチドと共に導入してもよい。かかる他のポリヌクレオチドは、
独立して導入しても、本発明のポリヌクレオチドと共同導入または結合させて導
入してもよい。
【００９０】 かくして、例えば、ポリヌクレオチドは、宿主で増殖させるため選択可能なマ
ーカーを含むベクターに結合することができる。ベクター構築物は、前述の技術
により宿主細胞中に導入することができる。一般に、プラスミドベクターは、沈
澱物、例えばリン酸カルシウム沈澱物中または荷電脂質との複合体中におけるＤ
ＮＡとして導入される。また電気穿孔法を用いて、ポリヌクレオチドを宿主中に
導入してもよい。ベクターがウイルスである場合、それをインビトロで封入する
かまたは封入用細胞中に導入し、封入されたウイルスを細胞中に形質導入しても
よい。本発明のこの態様によるポリヌクレオチドの製造および細胞へのポリヌク
レオチドの導入に適した多種の技術は公知であり、当業者に慣用的な操作である
。かかる技術は、前掲のサムブルックらにより詳細に報告されており、これはこ
れらの技術について詳述している多くの実験用マニュアルの代表的なものである
。本発明のこの態様によると、ベクターは、例えばプラスミドベクター、１本ま
たは２本鎖ファージベクター、１本または２本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡウイルスベ
クターとすることができる。かかるベクターは、細胞へのＤＮＡおよびＲＮＡ導
入に関する公知技術により、ポリヌクレオチド、好ましくはＤＮＡとして細胞中
に導入することができる。また、ファージおよびウイルスベクターの場合、ベク
ターは、感染および形質導入に関する公知技術により封入または包膜ウイルスで
あってもよく、かかるウイルスとして細胞中へ導入されることが好ましい。ウイ
ルスベクターは、複製能を有していても複製能を欠いていてもよい。後者の場合
、ウイルス増殖は一般に相補性宿主細胞でのみ行われる。
【００９１】 特定の態様において、ベクターの中で好ましいのは、本発明のポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの発現に用いられるものである。一般に、かかるベクター
は、発現されるポリヌクレオチドに機能し得るように結合された宿主での発現に
有効なシス作用制御領域を含む。適当なトランス作用因子は、宿主への導入時に
宿主により供給されるか、相補性ベクターにより供給されるかまたはベクター自
体により供給される。 この点の特定の好ましい具体例においては、ベクターが特異発現を提供する。
かかる特異発現は、誘導性発現または特定の型の細胞のみでの発現または誘導可
能かつ細胞特異的なものであってもよい。誘導性ベクターの中で特に好ましいの
は、操作を容易にする環境因子、例えば温度および栄養素添加剤により発現に関
して誘導され得るベクターである。原核生物および真核生物宿主で使用される構
成および誘導発現ベクターを含む、本発明のこの態様に適した種々のベクターは
公知であり、当業者により慣用的に使用される。
【００９２】 遺伝子操作が加えられた宿主細胞は、特にプロモーターを活性化し、形質転換
体を選択し、または遺伝子を増幅するため適当に修飾され得る慣用的栄養培地で
培養され得る。発現用に選択された宿主細胞で以前に使用された培養条件、例え
ば温度、ｐＨなどは、当業者に明らかなとおり、一般に本発明のポリペプチドの
発現に適したものである。
【００９３】 多種の発現ベクターが、本発明ポリペプチドの発現に使用することができる。
かかるベクターとして、特に、染色体、エピソームおよびウイルス誘導ベクター
、例えば細菌性プラスミド、バクテリオファージ、トランスポゾン、酵母エピソ
ーム、挿入成分、酵母染色体成分、ウイルス、例えばバクロウイルス、パポーバ
ウイルス、例えばＳＶ４０、ワクニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス
、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスから誘導されたベクター、およびそ
れらの組み合わせから誘導されたベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオ
ファージ遺伝子成分、例えばコスミドおよびファージミドから誘導されたものが
挙げられ、全て本発明のこの態様による発現に使用され得る。一般に、ポリヌク
レオチドを維持、増殖または発現させ、宿主でポリペプチドを発現させるのに適
したベクターであれば全て、この点に関する発現に使用され得る。
【００９４】 適当なＤＮＡ配列は、種々の公知で慣用的技術のいずれかによりベクター中へ
挿入され得る。一般に、発現させるＤＮＡ配列は、１種またはそれ以上の制限エ
ンドヌクレアーゼでＤＮＡ配列および発現ベクターを開裂し、次いでＴ４ ＤＮ
Ａリガーゼを用いて制限フラグメントを一緒に結合することにより発現ベクター
に結合される。この目的に使用され得る制限およびライゲーション方法は、当業
者に周知であり慣用的なものである。この点に関して、および代替技術を用いて
発現ベクターを構築するのに適当な方法もまた、当業者に周知であり、慣用的な
ものであるが、サムブルックら、（１９８９）「モレキュラー・クローニング、
ア・ラボラトリー・マニュアル」(MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL)、
第２版（コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・
スプリング・ハーバー、ニューヨーク）で非常に詳細に示されている。
【００９５】 発現ベクターにおけるＤＮＡ配列を、例えばｍＲＮＡ転写を指令するプロモー
ターを含む、適当な発現制御配列（複数も可）に機能し得るように結合する。か
かるプロモーターの代表的なものとしては、２、３の周知プロモーターを列挙す
ると、ファージ・ラムダＰＬプロモーター、エシェリヒア・コリｌａｃ、ｔｒｐ
およびｔａｃプロモーター、ＳＶ４０初期および後記プロモーターおよびレトロ
ウイルスＬＴＲのプロモーターがある。列挙されていないプロモーターでも本発
明のこの態様での使用に適したものが多く知られており、本明細書に記載および
例示された方法で当業者であれば容易に使用することができる。
【００９６】 一般に、発現構築物は、転写開始および終結のための部位、および転写領域に
は翻訳用のリボソーム結合部位を含む。構築物により発現される成熟転写物の暗
号化部分は、翻訳されるポリペプチドの端部に適宜位置する開始および終止コド
ンに翻訳開始ＡＵＧを含む。 加えて、構築物は発現を調節および発生させる制御領域を含んでいてもよい。
一般に、多くの普通に実践されている方法によると、かかる領域は、特に、転写
、例えば転写因子、リプレッサー結合部位および終結を制御することにより機能
する。
【００９７】 増殖および発現用ベクターは、一般に選択可能なマーカーを含む。前記マーカ
ーはまた増幅にも適当であり得るか、またはベクターはこの目的のために追加マ
ーカーを含み得る。この点に関し、発現ベクターは、好ましくは１種またはそれ
以上の選択可能なマーカー遺伝子を含み、形質転換された宿主細胞を選択するた
めの表現型特性が提供される。好ましいマーカーには、真核生物細胞培養の場合
ジヒドロ葉酸レダクターゼおよびネオマイシン耐性、およびエシェリヒア・コリ
および他の原核生物培養の場合テトラサイクリンまたはアンピシリン耐性遺伝子
がある。
【００９８】 本明細書の他の場所に記載された適当なＤＮＡ配列を含むベクター、並びに適
当なプロモーター、および他の適当な制御配列は、所望のポリペプチドの宿主で
の発現に適した種々の公知技術を用いて適当な宿主に導入することができる。適
当な宿主の代表例には、細菌細胞、例えばストレプロコッカス、スタフィロコッ
カス、エシェリヒア・コリ、ストレプトマイシスおよびサルモネラ・ティフィム
リウム細胞、真菌細胞、例えば酵母細胞およびアスペルギルス細胞、昆虫細胞、
例えばドロソフィラＳ２およびスポドプテラＳｆ９細胞、動物細胞、例えばＣＨ
Ｏ、ＣＯＳおよびボウウェズメラノーマ細胞、および植物細胞がある。多種の発
現構築物用の宿主は公知であり、当業者であれば本明細書に従い本発明のこの態
様によるポリペプチド発現用宿主を容易に選択することができる。
【００９９】 さらに詳細には、本発明はまた、１つまたはそれ以上の前記配列を含む組換え
構築物、例えば発現構築物を包含する。これらの構築物は、本発明の前記配列が
挿入されたベクター、例えばプラスミドまたはウイルス性ベクターを含む。この
配列は、順方向または逆方向で挿入され得る。この点における特定の好ましい具
体例では、構築物はさらに、例えば配列に機能し得るように結合されたプロモー
ターを含む調節配列を含む。多数の適当なベクターおよびプロモーターは、当業
者には周知であり、本発明での使用に適した多くの市販ベクターが存在する。
【０１００】 市販されている次のベクターを例示的に挙げる。細菌での使用に好ましいベク
ターには、キアゲンから入手可能なｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０およびｐＱＥ−９、
ストラタジーンから入手可能なｐＢＳベクター、Ｐhagescriptベクター、Ｂlues
criptベクター、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８Ａ、ｐＮＨ４６Ａ、お
よびファーマシアから入手可能なptrc９９ａ、ｐＫＫ２２３−３、ｐＫＫ２３３
−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５がある。好ましい真核生物ベクターには、スト
ラタジーンから入手可能なｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ
１およびｐＳＧ、およびファーマシアから入手可能なｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐ
ＭＳＧおよびｐＳＶＬがある。これらのベクターは、本発明のこの態様による使
用を目的として当業者に利用可能である多くの市販されている公知ベクターの実
例として列挙されているに過ぎない。宿主における本発明ポリヌクレオチドまた
はポリペプチドの例えば導入、維持、増殖または発現に適した他のプラスミドま
たはベクターがあれば、それらも本発明のこの態様で使用され得るものとする。
【０１０１】 プロモーター領域は、候補プロモーターフラグメント、すなわちプロモーター
を含み得るフラグメントを導入するための制限部位（複数も可）の下流に、プロ
モーター領域を欠くリポーター転写単位、例えばクロラムフェニコールアセチル
トランスフェラーゼ（「ＣＡＴ」）転写単位を含むベクターを用いて所望の遺伝
子から選択され得る。公知のことであるが、ｃａｔ遺伝子の上流の制限部位での
プロモーター含有フラグメントをベクターへ導入すると、ＣＡＴ活性の発生が誘
発され、これは標準ＣＡＴ検定により検出され得る。この目的に適したベクター
は、公知であり、容易に入手され得る。これら２つのベクターは、ｐＫＫ２３２
−８およびｐＣＭ７である。すなわち、本発明のポリヌクレオチドの発現用プロ
モーターは、公知の容易に利用可能なプロモーターだけでなく、リポーター遺伝
子を用いて前述の技術により容易に得られるプロモーターをも包含する。
【０１０２】 本発明によるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの発現に適した既知原核生
物プロモーターは、イー・コリｌａｃＩおよびｌａｃＺおよびプロモーター、Ｔ
３およびＴ７プロモーター、ｇｐｔプロモーター、ラムダＰＲ,ＰＬプロモータ
ーおよびｔｒｐプロモーターである。 この点に関して適当な既知真核生物プロモーターの中には、ＣＭＶ即時型プロ
モーター、ＨＳＶチミジンキナーゼプロモーター、初期および後期ＳＶ４０プロ
モーター、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、例えばラウス肉腫ウイルス（
「ＲＳＶ」）のプロモーター、およびメタロチオネインプロモーター、例えばマ
ウスメタロチオネイン−Ｉプロモーターがある。
【０１０３】 宿主細胞での発現に適当なベクターおよびプロモーターの選択はよく知られた
方法であり、発現ベクター構築、宿主へのベクターの導入および宿主における発
現に必要な技術は、当該分野における慣用的技術である。 本発明はまた、前記で検討された前記構築物を含む宿主細胞に関するものであ
る。宿主細胞は、高等真核生物細胞、例えば哺乳類細胞または下等真核生物細胞
、例えば酵母細胞であってもよく、あるいは宿主細胞は原核生物細胞、例えば細
菌細胞であってもよい。
【０１０４】 宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥ
ＡＥ−デキストランによるトランスフェクション、カチオン性脂質によるトラン
スフェクション、電気穿孔、形質導入、切屑ローディング、弾道導入、感染また
は他の方法により行われ得る。かかる方法は、多くの標準実験マニュアル、例え
ばデービスら（１９８６）「ベーシック・メソッズ・イン・モレキュラー・バイ
オロジー」(BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY)、およびサムブルックら、（
１９８９）「モレキュラー・クローニング、ア・ラボラトリー・マニュアル」（
MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL）、第２版（コールド・スプリング・
ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨ
ーク）に記載されている。
【０１０５】 宿主細胞における構築物を慣用的方法で用いることにより、組換え配列により
コードされた遺伝子産物が製造され得る。別法として、本発明のポリペプチドは
、慣用的ペプチド合成装置により合成的に製造され得る。 成熟蛋白は、適当なプロモーターの制御下で哺乳類細胞、酵母、細菌または他
の細胞において発現され得る。また、細胞不含有翻訳系を使用することにより、
本発明のＤＮＡ構築物から誘導されたＲＮＡを用いて前記蛋白が製造され得る。
原核生物および真核生物宿主での使用に適したクローニングおよび発現ベクター
は、サムブルックら、（１９８９）「モレキュラー・クローニング、ア・ラボラ
トリー・マニュアル」（MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL）、第２版（
コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリン
グ・ハーバー、ニューヨーク）に記載されている。
【０１０６】 一般に、組換え発現ベクターは、複製起点、下流構造遺伝子の転写を指令する
高度発現遺伝子から誘導されたプロモーター、およびベクターに曝した後にベク
ター含有細胞の単離を可能にする選択可能なマーカーを含む。適当なプロモータ
ーには、解糖酵素、例えば、特に、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ（「ＰＧＫ
」）、α因子、酸性ホスファターゼおよび熱ショック蛋白をコードする遺伝子か
ら誘導されたものがある。選択可能なマーカーには、イー・コリのアンピシリン
耐性遺伝子およびスタフィロコッカス・セレビシエ（S.cerevisiae）のｔｒｐ１
遺伝子がある。
【０１０７】 高等真核生物による本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡの転写は、ベク
ターにエンハンサー配列を挿入することにより高めることができる。エンハンサ
ーはＤＮＡのシス作用性成分であり、通常約１０〜３００ｂｐで、所定の宿主細
胞型におけるプロモーターの転写活性を高める作用がある。エンハンサーとして
、例えば、ｂｐ１００〜２７０で複製起点の後側に位置するＳＶ４０エンハンサ
ー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後側にあ
るポリオーマエンハンサーおよびアデノウイルスエンハンサーがある。
【０１０８】 本発明のポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチドの異種構造配列をコード
するもので、一般に、それが発現用プロモーターに機能的に結合するように標準
技術を用いてベクター中に挿入される。ポリヌクレオチドは、転写開始部位がリ
ボソーム結合部位に対して略５’末端に存在するように位置決定される。リボソ
ーム結合部位は、発現されるポリペプチドの翻訳を開始させるＡＵＧに対して５
’である。一般に、開始コドン、通常ＡＵＧで始まる他の読み取り枠は存在せず
、リボソーム結合部位および開始ＡＵＧ間に存在する。また、一般に、ポリペプ
チド端部に翻訳停止コドンが存在し、ポリアデニル化シグナルおよび転写終結シ
グナルが転写領域の３’末端に適当に配置されている。 翻訳された蛋白を小胞体のルーメン、周辺腔または細胞外環境へ分泌させるた
めに、適当な分泌シグナルが発現されたポリペプチド中に組み込まれ得る。これ
らのシグナルはポリペプチドにとっては内在性であり得るか、またはそれらは異
種シグナルであり得る。
【０１０９】 ポリペプチドは、修飾形態、例えば融合蛋白で発現され、分泌シグナルだけで
なく追加的異種機能性領域を含んでいてもよい。すなわち、例えば、追加アミノ
酸、特に荷電アミノ酸の領域をポリペプチドのＮ−末端に付加することにより、
精製中またはその後の操作および貯蔵中での宿主細胞における安定性および持続
性を改善することができる。また、領域をポリペプチドに加えることにより、精
製を容易にすることができる。かかる領域は、ポリペプチドの最終生成段階前に
除去することができる。ポリペプチドにペプチド部分を付加すると、特に、分泌
または排出が誘発され、安定性が改善され、または精製が容易になるが、これら
は当該分野における慣用的常套手段である。好ましい融合蛋白は、ポリペプチド
の可溶化または精製に有用な免疫グロブリンからの異種領域を含む。例えば、Ｅ
Ｐ−Ａ−Ｏ ４６４５３３（カナダ国対応出願２０４５８６９）は、免疫グロブ
リン分子の不変領域の種々の部分を別のヒト蛋白またはその一部と共に含む融合
蛋白について開示している。多くの場合、融合蛋白におけるＦｃ部分は、治療お
よび診断での使用に非常に有利であることから、例えば薬物動態特性が改善され
る（ＥＰ−Ａ０２３２２６２参照）。他方、用途によっては、融合蛋白が記載さ
れた有利な方法で発現され、検出され、精製された後にＦｃ部分を欠失すること
ができれば望ましい場合もある。これは、Ｆｃ蛋白が検定、治療または診断での
使用にとって障害となることが判った場合、例えば融合蛋白が免疫化用の抗原と
して使用される場合である。薬剤の発見では、ｈＩＬ−５のアンタゴニストを同
定するためのハイスループットスクリーニング検定を目的として、例えばｓｈＩ
Ｌ−５などのヒト蛋白をＦｃ部分と融合させた。デイ・ベネットら、（１９９５
）「ジャーナル・オブ・モレキュラー・レコグニション」(Journal of Molecula
r Recognition)、８巻、５２−５８およびＫ．ヨハンソンら（１９９５）「ザ・
ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー」（The Journal of Biologi
cal Chemistry）、２７０巻、１６号、９４５９−９４７１頁参照。
【０１１０】 本発明によるポリヌクレオチドおよびポリペプチドの増殖、維持または発現に
適当な原核動物宿主には、ストレプトコッカス、エシェリヒア・コリ（Escheric
hia coli）、バシルス・スブチリス（Bacillus subtilis）およびサルモネラ・
チフィムリウム（Salmonella typhimurium）がある。種々の種類のシュードモナ
ス（Pseudomonas）、ストレプトマイシス（Streptomyces）およびスタフィロコ
ッカス（Staphylococcus）もまたこのことに関して適当な宿主である。その上、
当業者にも知られている多くの他の宿主をこのことに関して使用することができ
る。
【０１１１】 代表的ではあるが非限定的な例として、細菌使用に有用な発現ベクターは、選
択可能なマーカーおよび公知クローニングベクターｐＢＲ３２２（ＡＴＣＣ３７
０１７）の遺伝成分を含む市販のプラスミドから誘導された細菌性複製起点を含
み得る。前記の市販ベクターには、例えばｐＫＫ２２３−３（ファーマシア・フ
ァイン・ケミカルズ、ウプサラ、スエーデン）およびＧＥＭ１（プロメガ・バイ
オテック、マディソン、ウィスコンシン、アメリカ合衆国）がある。これらのｐ
ＢＲ３２２「バックボーン」部分を、適当なプロモーターおよび発現される構造
配列と組合わせる。
【０１１２】 適当な宿主株を形質転換し、宿主株を適当な細胞密度まで生長させた後、選択
されたプロモーターが誘導可能な場合、それを適当な手段（例、温度シフトまた
は化学的誘導物質に暴露）により誘導し、細胞をさらにある期間培養する。 次いで、一般的には細胞を、遠心分離により採取し、物理的または化学的手段
により破壊し、生成した粗抽出物をさらなる精製用に確保しておく。 蛋白発現で使用される微生物細胞は、凍結解凍循環処理、音波処理、機械的破
壊または細胞溶解剤の使用を含む好都合な方法により破壊され得、それらの方法
は当業者によく知られたものである。
【０１１３】 種々の哺乳類細胞培養系も同じく発現に使用することができる。哺乳類発現系
として、例えば、グルツマンら（１９８１）「セル」(Cell)２３：１７５に記載
されたさる腎臓線維芽細胞のＣＯＳ−７ラインが挙げられる。和合性ベクターを
発現し得る他の細胞系には、例えばＣ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ヒーラ、ヒト腎
臓２９３およびＢＨＫ細胞系がある。 哺乳類発現ベクターは、複製起点、適当なプロモーターおよびエンハンサー、
およびまた必要なリボソーム結合部位、ポリアデニル化部位、スプライス供与お
よび受容部位、転写終結配列、および発現に必要な５’フランキング−非転写配
列を含み得る。この点における特定の好ましい具体例において、ＳＶ４０スプラ
イス部位から誘導されたＤＮＡ配列およびＳＶ４０ポリアデニル化部位は、これ
らの型の必要とされる非転写遺伝成分に使用される。
【０１１４】 ＦＡＢ Ｉポリペプチドは、公知方法、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノ
ール沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセ
ルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニテ
ィー・クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィーにより、組換え細胞培養物から回収および精製する
ことができる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフィー（「ＨＰＬＣ」）
を精製に使用する。単離中および／または精製中にポリペプチドに変性が起こっ
た場合、再生蛋白に関する周知技術を用いることにより、活性立体配座を再生す
ることができる。本発明はまた、精製中におけるＦＡＢ Ｉ検出に関する抗ＦＡ
Ｂ Ｉ抗体の用途を提供する。
【０１１５】 本発明のポリペプチドは、天然精製産物、化学的合成方法による生成物、およ
び例えば細菌、酵母、高等植物、昆虫および哺乳類細胞を含む原核生物または真
核生物宿主からの組換え技術により製造される生成物を包含する。組換え製造方
法で使用される宿主に応じて、本発明のポリペプチドは、糖鎖形成されてもよく
、糖鎖形成されなくてもよい。加えて、本発明のポリペプチドはまた、宿主仲介
方法の結果として、ある場合には、開始修飾メチオニン残基を含み得る。 ＦＡＢ Ｉポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、種々の適用法、特にＦＡ
Ｂ Ｉの化学および生物特性を利用する場合に本発明に従い使用され得る。追加
的適用法は、細胞、組織および生物体の疾病の診断および処置に関するものであ
る。本発明のこれらの態様は、さらに下記検討事項により説明されている。
【０１１６】 ポリヌクレオチド検定 本発明はまた、例えば診断試薬として相補的ポリヌクレオチドを検出するＦＡ
Ｂ Ｉポリヌクレオチドの用途に関するものである。真核生物、特に哺乳類およ
び特にヒトにおけるＦＡＢ Ｉの検出により、疾病の診断に加わるか、これを明
確にするか可能にし得る診断方法が提供される。ＦＡＢ Ｉ遺伝子をもつ真核生
物（ここでは「個体（複数も可）」とも言う）、特に哺乳類、および特にヒトは
、種々の技術によりＤＮＡレベルで検出され得る。診断用の核酸は、個体の細胞
および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚から得られる。組織生検お
よび剖検材料はまた、個体からの試料に関して診断的検定で使用するのに好まし
い。ゲノムＤＮＡは、検出用に直接使用され得るか、または分析前にＰＣＲを用
いることにより酵素的に増幅され得る。ＰＣＲ（サイキら、（１９８６）「ネイ
チャー」(Nature)、３２４：１６３−１６６）。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた、
同じ方法で使用され得る。一例として、ＦＡＢ Ｉをコードする核酸に相補的な
ＰＣＲプライマーを用いることにより、ＦＡＢ Ｉの存在および発現が同定およ
び分析され得る。ＰＣＲを用いると、真核生物、特に哺乳類、および特にヒトに
存在する原核生物株の特性確認が、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により行わ
れ得る。例えば、欠失および挿入は、レファレンス配列の遺伝子型と比較した増
幅産物の大きさの変化により検出され得る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを放射性
標識ＦＡＢ Ｉ ＲＮＡまたは別法として放射性標識ＦＡＢ ＩアンチセンスＤＮ
Ａ配列とハイブリダイズさせることにより確認され得る。完全に対合した配列は
、リボヌクレアーゼＡ消化または融解温度差異により誤対合二重らせんから区別
することができる。
【０１１７】 レファレンス遺伝子および突然変異をもつ遺伝子間の配列の差異はまた、直接
ＤＮＡ配列決定により明らかにすることができる。加えて、クローン化ＤＮＡ切
片は、特異的ＤＮＡ切片を検出するためのプローブとして使用することができる
。かかる方法の感度は、ＰＣＲの適当な使用または別の増幅方法により大幅に高
められ得る。例えば、配列決定プライマーは、２本鎖ＰＣＲ産物または修飾ＰＣ
Ｒにより生成される１本鎖鋳型分子と共に使用される。配列決定は、放射性標識
ヌクレオチドでの慣用的方法または蛍光標識による自動配列決定方法により行わ
れる。
【０１１８】 ＤＮＡ配列差異に基づく遺伝子試験は、変性剤の存在または非存在下、ゲルに
おけるＤＮＡフラグメントの電気泳動移動度の改変を検出することにより達成す
ることができる。小さな配列欠失および挿入でも、高分離度ゲル電気泳動により
視覚化され得る。配列の異なるＤＮＡフラグメントは、異なるＤＮＡフラグメン
トの移動度が、それらの特異的な融解または部分融解温度により異なる位置のゲ
ルにおいて保持される変性ホルムアミド勾配ゲルで区別され得る（例えば、マイ
アーズら、（１９８５）「サイエンス」(Science)、２３０：１２４２参照）。
【０１１９】 また、特定位置における配列変化は、ヌクレアーゼ防御検定、例えばリボヌク
レアーゼおよびＳ１防御または化学的開裂方法（例えば、コットンら、（１９８
５）「プロシーディング・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・
オブ・ザ・ユナイテッド・ステーツ・オブ・アメリカ」（Proc.Natl.Acad.Sci.,
USA）、８５：４３９７−４４０１）により明らかにされ得る。 すなわち、特定ＤＮＡ配列の検出は、例えばハイブリダイゼーション、リボヌ
クレアーゼ防御、化学的開裂、直接ＤＮＡ配列決定または制限酵素（例、制限断
片長多型（「ＲＦＬＰ」））の使用およびゲノムＤＮＡのサザーンブロッティン
グ方法により達成され得る。 さらに慣用的なゲル電気泳動およびＤＮＡ配列決定法に加えて、突然変異はま
たイン・サイチュ分析により検出され得る。
【０１２０】 変異は、例えばＤＮＡ配列決定法により確認され得る。当該分野に公知の方法
で試料を処理することにより、ＲＮＡを捕獲する。ｍＲＮＡにおける一領域とハ
イブリダイズする配列から成るオリゴヌクレオチドプライマーを加えることによ
り、ＲＮＡ試料から第１鎖ｃＤＮＡを合成する。逆転写酵素およびデオキシヌク
レオチドを加えることにより、第１鎖ｃＤＮＡが合成され得る。プライマー配列
は、本発明のＦＡＢ Ｉ蛋白のＤＮＡ配列に基づいて合成される。プライマー配
列は、一般に少なくとも１５連続塩基から成り、少なくとも３０またはちょうど
５０連続塩基を含み得る。
【０１２１】 本発明の遺伝子における突然変異をもつ細胞はまた、種々の技術によりＤＮＡ
レベルで検出され得、例えば血清型決定が行われる。診断用核酸は、血液、尿、
唾液、組織生検および剖検材料を含む（これらに限定はされない）個体の細胞ま
たは体液から得られる。ゲノムＤＮＡは、検出用に直接使用され得るか、または
分析前にＰＣＲを用いることにより（サイキら、（１９８６）「ネイチャー」(N
ature)、３２４：１６３−１６６）酵素的に増幅され得る。ＲＴ−ＰＣＲはまた
、変異の検出にも使用され得る。自動検出システム、例えばジーンスキャンと共
にＲＴ−ＰＣＲを使用するのが特に好ましい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡはまた、同
じ目的、ＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに使用され得る。一例として、ＦＡＢ Ｉを
コードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いることにより、変異を同定お
よび分析することができる。代表的プライマーの例を下記表１に示す。例えば、
欠失および挿入は、正常遺伝子型と比較した増幅産物の大きさの変化により検出
され得る。点突然変異は、増幅されたＤＮＡを放射性標識ＲＮＡまたは別法とし
て放射性標識アンチセンスＤＮＡ配列とハイブリダイズすることにより同定され
得る。完全対合配列は、リボヌクレアーゼＡ消化または融解温度差により誤対合
二重らせんと区別することができる。
【０１２２】 表１ ＦＡＢ Ｉ遺伝子における突然変異の検出に使用されるプライマー 配列番号： 配列 ３ 5'-CGCCTCGAGATGTTAAATCTTGAAAACAAAACATATGTC-3' ４ 5'-CGCGGATCCAATCAAGTCAGGTTGAAATATCCA-3'
【０１２３】 上記プライマーは、個体から誘導された試料から単離されたＦＡＢ Ｉ ＤＮＡ
の増幅に使用することができる。本発明はまた、１、２、３または４個のヌクレ
オチドをその５’および／または３’末端から除去した表１のプライマーも提供
する。プライマーを使用して、個体から単離された遺伝子を増幅し、そうして遺
伝子をＤＮＡ配列を解明するための種々の技術に付すことができる。この方法で
、ＤＮＡ配列における変異を測定することにより、例えば生物体の血清型を確認
することができる。
【０１２４】 レファレンス遺伝子および変異を有する遺伝子間の配列の差異は、直接ＤＮＡ
配列決定方法により明らかにすることができる。加えて、クローン化ＤＮＡセグ
メントは、特異的ＤＮＡセグメントを検出するためのプローブとして用いること
ができる。この方法の感度は、ＰＣＲと組み合わせると大きく高められる。例え
ば、配列決定プライマーは、２本鎖ＰＣＲ産物または修飾ＰＣＲにより生成され
た１本鎖鋳型分子と共に使用される。配列決定は、放射性標識ヌクレオチドによ
る慣用的方法または蛍光性標識による自動的配列決定方法により行われる。
【０１２５】 ＤＮＡ配列差異に基づく遺伝子型決定は、変性剤の存在または非存在下、ゲル
におけるＤＮＡフラグメントの電気泳動移動度の改変を検出することにより達成
され得る。小さな配列欠失および挿入でも、高分離度ゲル電気泳動により視覚化
され得る。配列が異なるＤＮＡフラグメントは、異なるＤＮＡフラグメントの移
動度が、それらの特異的融解または部分融解温度により異なる位置でのゲルにお
いて保持される変性ホルムアミド勾配ゲルにおいて区別され得る（例えば、マイ
アーズら、（１９８５）「サイエンス」(Science)、２３０：１２４２参照）。 また、特定位置における配列変化は、ヌクレアーゼ防御検定、例えばリボヌク
レアーゼおよびＳ１防御または化学的開裂方法（例えば、コットンら、（１９８
５）「プロシーディング・オブ・ナショナル・アカデミー・オブ・サイエンス・
オブ・ザ・ユナイテッド・ステーツ・オブ・アメリカ」(PNAS,USA)、８５：４３
９７−４４０１）により明らかにされ得る。
【０１２６】 すなわち、特定ＤＮＡ配列の検出および／または配列レベルの定量は、例えば
ハイブリダイゼーション、リボヌクレアーゼ防御、化学的開裂、直接ＤＮＡ配列
決定または制限酵素（例、制限断片長多型（「ＲＦＬＰ」））の使用およびゲノ
ムＤＮＡのサザーンブロッティング方法により行うことができる。本発明は、疾
病、特に細菌感染症、さらに特定すればスタフィロコッカス感染症の診断方法で
あって、図１７［配列番号１］の配列を有するポリヌクレオチドの増加した発現
レベルを個体から誘導された試料から測定することを含む方法を提供する。ポリ
ヌクレオチドの発現増加は、ポリヌクレオチドの定量に関する当該分野にて公知
の方法のいずれか一つ、例えばＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、リボヌクレアーゼ防御、
ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーション方法を用いて測定す
ることができる。 より慣用的なゲル電気泳動およびＤＮＡ配列決定法に加えて、変異はまたイン
・サイチュ分析により検出することができる。
【０１２７】 ポリペプチド検定 本発明はまた、診断的検定法、例えば正常および異常レベルの測定を含む、細
胞および組織におけるＦＡＢ Ｉ蛋白のレベルを検出する定量的および診断的検
定法に関するものである。すなわち、例えば、正常対照組織試料と比較したＦＡ
Ｂ Ｉ蛋白の病的発現レベルを検出するための本発明による診断的検定法を、例
えば細菌感染の存在の検出に使用することができる。宿主から誘導された試料に
おける蛋白、例えば本発明のＦＡＢ Ｉ蛋白のレベル測定に使用され得る検定技
術は、当業者に周知である。かかる検定方法には、ラジオイムノ検定、競合的結
合検定、ウエスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡ検定法がある。これらの中で
はＥＬＩＳＡが好ましい場合が多い。ＥＬＩＳＡ検定では、まずＦＡＢ Ｉに特
異的な抗体、好ましくはモノクローナル抗体を製造する。加えて、一般に、その
モノクローナル抗体に結合するリポーター抗体を製造する。リポーター抗体は、
検出可能な試薬、例えば放射性、蛍光性または酵素試薬、例えば、西洋ワサビペ
ルオキシダーゼ酵素に結合させる。
【０１２８】 ＥＬＩＳＡを実施するため、試料を宿主から除き、試料中の蛋白と結合する固
体支持体、例えばポリスチレン皿でインキュベーションする。次いで、皿に遊離
蛋白結合部位があれば、非特異的蛋白、例えばウシ血清アルブミンと一緒にイン
キュベーションすることによりそれらを覆う。次に、モノクローナル抗体を皿に
おいてインキュベーションすると、その間にポリスチレン皿に結合されたＦＡＢ
Ｉ蛋白があればそれにモノクローナル抗体が結合する。非結合モノクローナル
抗体を緩衝液により洗浄する。西洋ワサビペルオキシダーゼに結合されたリポー
ター抗体を皿に入れると、ＦＡＢ Ｉに結合したモノクローナル抗体があればそ
れにリポーター抗体が結合する。次いで非結合リポーター抗体を洗浄する。次い
で、比色用基質を含むペルオキシダーゼ活性に関する試薬を皿に加える。一次お
よび二次抗体を通じてＦＡＢ Ｉに結合された固定化ペルオキシダーゼにより、
着色した反応産物が生成される。所定の期間における発色量は、試料中に存在す
るＦＡＢＩ蛋白の量を示す。定量的結果は、一般に標準曲線を参照することによ
り得られる。
【０１２９】 競合検定法は、固体支持体に結合させたＦＡＢ Ｉに特異的な抗体および標識
ＦＡＢ Ｉおよび個体から誘導された試料を固体支持体上に通すと、固体支持体
に結合した検出された標識の量が試料中のＦＡＢ Ｉの量に相関し得る場合に使
用され得る。
【０１３０】 抗体 ポリペプチド、それらのフラグメントまたは他の誘導体、またはその類似体あ
るいはそれらを発現する細胞を、免疫原として使用し、それに対して抗体を産生
することができる。これらの抗体は、例えばポリクローナルまたはモノクローナ
ル抗体とすることができる。本発明はまた、キメラ、１本鎖およびヒト化抗体、
ならびにＦａｂフラグメント、またはＦａｂ発現ライブラリーの生成物を包含す
る。当該分野で公知の種々の方法が、かかる抗体およびフラグメントの製造に用
いることができる。 本発明の配列に対応するポリペプチドに対して産生された抗体は、ポリペプチ
ドを個体に直接注射するかまたは好ましくはヒト以外の個体にポリペプチドを投
与することにより得られる。次いで、こうして得られた抗体は、ポリペプチド自
体に結合する。この方法では、ポリペプチドのフラグメントのみをコードする配
列であっても、未変性ポリペプチド全体に結合する抗体を生成するのに用いるこ
とができる。ついで、かかる抗体をそのポリペプチドを発現する組織からポリペ
プチドを単離するのに使用することができる。
【０１３１】 モノクローナル抗体を製造する場合、連続細胞系培養物により産生される抗体
を提供するものであれば、いかなる技術でも使用され得る。例えば、ハイブリド
ーマ技術（コーラー、ジイら、（１９７５）「ネイチャー」(Nature)２５６：４
９５−４９７）、トリオーマ技術、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（コツバーら
、（１９８３）「イムノロジー・トゥデー」（Immunology Today）４：７２）お
よびヒトモノクローナル抗体を製造するためのＥＢＶ−ハイブリドーマ技術（コ
ールら、（１９８５）、「モノクローナル・アンティボディーズ・アンド・キャ
ンサー・セラピー」(Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy)中、アラン
アール，リス、インコーポレイテッド、７７−９６頁）が挙げられる。
【０１３２】 １本鎖抗体の製造に関して報告された技術（米国特許第４９４６７７８号）は
、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対して１本鎖抗体を産生するのに適用す
ることができる。また、トランスジェニックマウスまたは他の生物体、例えば他
の哺乳類は、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対してヒト化抗体を発現させ
るのに用いることができる。 ポリペプチド誘導体は、本発明の特定態様を形成する抗原的または免疫学的に
均等な誘導体を包含する。 本明細書で使用されている「抗原的に均等な誘導体」なる語は、本発明による
蛋白またはポリペプチドに対して産生されると、病原体および哺乳類宿主間の即
時物理的相互作用を妨げる特定の抗体により特異的に認識されるポリペプチドま
たはその均等物を包含する。
【０１３３】 本明細書中に使用されている「免疫学的に均等な誘導体」なる語は、脊椎動物
において抗体が産生させるために適当な製剤中で使用されると、抗体が病原体お
よび哺乳類宿主間の即時物理的相互作用を妨げるべく作用するペプチドまたはそ
の均等物を包含する。 ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学的に均等な誘導体またはその融合蛋
白は、マウスまたは他の動物、例えばラットまたはにわとりを免疫化するための
抗原として使用される。融合蛋白は、ポリペプチドに安定性を付与する可能性が
ある。抗原は、例えばコンジュゲーションにより免疫原性キャリア蛋白、例えば
ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬ
Ｈ）と会合され得る。別法として、多数コピーの蛋白またはポリペプチドを含む
多重抗原性ペプチドまたはその抗原的または免疫学的に均等なポリペプチドは、
抗原性を改良するのに十分に免疫原性であり、担体の使用を回避できる。
【０１３４】 コーラーら、（１９７５）「ネイチャー」(Nature)２５６、４９５−４９７）
の方法を用いると、免疫化された哺乳類からの抗体含有細胞を骨髄腫細胞と融合
することにより、モノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマ細胞が生成され
る。 １種またはそれ以上の本来のポリペプチドおよび／または融合蛋白を用いて、
他の種類のスタフィロコッカスとの高い結合親和力および好ましい交差反応性を
有する細胞系を選択するため、ハイブリドーマをスクリーニングに付す。選択さ
れた細胞系を培養することにより、所望のＭａｂが得られる。 モノクローナル抗体を分泌するハイブリドーマ細胞系は、本発明のさらに別の
態様を形成する。
【０１３５】 別法として、ファージディスプレー技術を利用して、抗Ｆｂｐを有することに
ついてスクリーニングされたヒトからのリンパ球のＰＣＲ増幅ｖ−遺伝子のレパ
ートリーまたは特定の実験を受けたことがないライブラリーからポリペプチドに
対して結合活性をもつ抗体遺伝子を選択することができる（マッカファーティー
、Ｊ.ら、（１９９０）、「ネイチャー」(Nature)３４８、５５２−５５４、マ
ークス、Ｊ.ら、（１９９２）「バイオテクノロジー」(Biotechnology)１０、７
７９−７８３）。これらの抗体の親和力はまた、鎖シャッフリングにより改善さ
れ得る（クラックソン、Ｔ.ら、（１９９１）「ネイチャー」(Nature)３５２、
６２４−６２８）。 抗体は、ポリペプチドおよび／または融合蛋白に対する高い親和力について再
びスクリーニングに付すべきである。 前記抗体は、アフィニティー・クロマトグラフィーにより単離および精製する
ため固体支持体に抗体を結合させることにより、ポリペプチドを発現するクロー
ンの単離または同定または本発明ポリペプチドの精製に使用され得る。
【０１３６】 ポリペプチドを宿主の予防接種用抗原として使用して、例えば損傷組織への細
菌の付着を遮断することにより細菌の侵入を防御する特異抗体を産生することが
できる。組織損傷の例には、機械的、外傷的、化学的または熱損傷または留置装
置の内植により誘発された皮膚または結合組織における傷、または粘膜、例えば
口、乳腺、尿道または膣における傷がある。 ポリペプチドまたはそれらを発現する細胞を免疫原として使用し、それに対す
る抗体を産生することができる。これらの抗体は、例えばポリクローナルまたは
モノクローナル抗体とすることができる。抗体という語はまた、キメラ、１本鎖
およびヒト化抗体、ならびにＦａｂフラグメント、またはＦａｂ発現ライブラリ
ーの生成物を包含する。当該分野で公知の種々の方法をかかる抗体およびフラグ
メントの製造に用いてもよい。
【０１３７】 本発明の配列に対応するポリペプチドに対して産生された抗体は、ポリペプチ
ドを個体に直接注射するかまたは好ましくはヒト以外の個体にポリペプチドを投
与することにより得られる。次いで、こうして得られた抗体は、ポリペプチド自
体に結合する。この方法では、ポリペプチドのフラグメントのみをコードする配
列でさえ、未変性ポリペプチド全体に結合する抗体を生成するのに使用され得る
。次に、前記抗体は、そのポリペプチドを発現する組織からポリペプチドを単離
するのに使用され得る。
【０１３８】 前記したとおり、最終抗体のフラグメントを製造することができる。 抗体は、Ｍｒ約１５００００の無傷の抗体またはそれの誘導体、例えばＦａｂ
フラグメントまたはＦｖフラグメントであり得、これらはスケラ、エイおよびプ
ルックツン、エイ（１９８８）「サイエンス」（Science）２４０、１０３８−
１０４０に記載されている。二つの抗原結合ドメインがある場合、各ドメインは
異なるエピトープに指向し、「二特異性」抗体と称される。 本発明の抗体は、慣用的手段により、例えば確立されたモノクローナル抗体テ
クノロジー（コーラー、ジイ.ら、（１９７５）、「ネイチャー」（Nature）２
５６、４９５−４９７）または組換え手段、例えば組み合わせライブラリー、例
えばヒューズ、ダブリュ・デイら、（１９８９）「サイエンス」（Science）２
４６、１２７５−１２８１に記載された方法を用いることにより製造され得る。
【０１３９】 好ましくは、抗体は、本発明のポリペプチドを発現させるための適当な発現系
、例えば前記のものの抗体をコードするＤＮＡポリマーの発現により製造される
。発現系に関するベクターの選択は、一つには原核生物細胞、例えばイー・コリ
（好ましくはＢ株）またはストレプトマイシス類、または真核生物細胞、例えば
マウスＣ１２７、マウス骨髄腫、ヒトヒーラ、チャイニーズハムスター卵巣、糸
状菌または単細胞真菌または昆虫細胞であり得る宿主により決定される。宿主は
また、トランスジェニック動物またはトランスジェニック植物、例えばヒアット
、エイら、（１９８９）「ネイチャー」(Nature)３４、７６−７８に記載された
ものであり得る。適当なベクターには、例えばバキュロウイルス類およびワクシ
ニアから誘導されたプラスミド、バクテリオファージ、コスミドおよび組換えウ
イルスがある。
【０１４０】 Ｆａｂフラグメントはまた、例えばパパインを用いる酵素処理によってＦｃ部
分からＦａｂ部分を開裂することにより、その親モノクローナル抗体から製造す
ることができる。 好ましくは、抗体またはその誘導体は、個体における免疫原性を低くするよう
に修飾される。例えば、個体がヒトであるならば、ハイブリドーマ誘導抗体の相
補性決定性領域（複数も可）がヒトモノクローナル抗体、例えばジョーンズ、ピ
イら（１９８６）、「ネイチャー」（Nature）３２１、５２２−５２５またはテ
ンペストら、（１９９１）「バイオテクノロジー」(Biotechnology)９、２６６
−２７３記載のものに移植された場合、抗体は最も好ましく「ヒト化」され得る
。 修飾は「ヒト化操作」の一つに限定される必要はない。他の霊長類配列（例え
ばニューマン、アールら、１９９２、「バイオテクノロジー」（Biotechnology
）１０、１４５５−１４６０）も用いることができる。 ヒト化モノクローナル抗体、または結合活性を有するそのフラグメントは、本
発明の個々の態様を形成する。
【０１４１】 本発明は、哺乳類細胞に対するＦＡＢＩ蛋白または活性フラグメントの相互作
用を妨げるものを同定する薬剤のスクリーニング方法であって、薬剤の存在下で
標識ポリペプチドと哺乳類細胞または膜標本をインキュベーションし、この相互
作用を薬剤が遮断する能力を測定することを含む方法を提供する。 遺伝的免疫化における本発明のポリヌクレオチドの使用は、好ましくは適当な
送達方法、例えば筋肉へのプラスミドＤＮＡの直接注射（ウォルフら、（１９９
２）ハム・モル・ジェネット（Hum Mol Genet）、１：３６３、マントルペら、
（１９６３）ハム・ジン・セル（Hum. Gene Ther.）４、４１９）、特異的蛋白
担体とＤＮＡによる複合体のデリバリー（ウーら、（１９８９）「ジャーナル・
オブ・バイオロジカル・ケミストリー」（J Biol Chem）２６４、１６９８５）
、リン酸カルシウムとＤＮＡの共沈澱（ベンヴェニスティーおよびレシェフ、Ｐ
ＮＡＳ、１９８６：８３、９５５１）、種々の形態のリポソームでのＤＮＡの封
入（カネダら、（１９８９）「サイエンス」（Science）２４３、３７５）、粒
子衝撃（タングら、（１９９２）「ネイチャー」（Nature）３５６：１５２、ア
イゼンブラウンら、（１９９３）「ＤＮＡ セル・バイオロジー」（DNA Cell B
iol）１２：７９１）およびクローン化レトロウイルス性ベクターを用いるイン
ビボ感染（シーガーら、（１９８４）ＰＮＡＳ ８１、５８４９）を使用する。
筋肉トランスフェクションに適したプロモーターには、ＣＭＶ、ＲＳＶ、ＳＲａ
、アクチン、ＭＣＫ、アルファグロビン、アデノウイルスおよびジヒドロ葉酸レ
ダクターゼがある。
【０１４２】 すなわち、特に、ＦＡＢ Ｉに対する抗体が、ＦＡＳまたはＦＡＢ Ｉ酵素活性
またはＦＡＢ Ｉ発現の阻害に使用され得る。 ＦＡＢ Ｉはまた、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋
炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、
感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、
ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、
眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾
丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例えば
、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨お
よび関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を含む感染の阻害に用いるこ
とができるが、これらに限定されるものではない。
【０１４３】 ＦＡＢ Ｉはまた、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋
炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、
感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、
ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、
眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾
丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例えば
、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨お
よび関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を含む細菌感染の治療に用い
ることができるが、これらに限定されるものではない。
【０１４４】 ＦＡＢ Ｉ結合性分子および検定 本発明はまた、ＦＡＢ Ｉに結合する分子、例えば結合性分子の同定方法を提
供する。ＦＡＢ Ｉに結合する蛋白、例えば結合性蛋白をコードする遺伝子は、
当業者に知られている種々の方法により同定することができる。かかる方法は、
例えば、多くの実験マニュアル、例えばコリガンら、（１９９１）「カレント・
プロトコルズ・イン・イムノロジー」(Current Protocols in Immunology)１（
２）：第５章に記載されている。
【０１４５】 例えば、発現クローニングは、この目的のために使用され得る。このために、
ＦＡＢ Ｉに反応する遺伝子を個体において単離するため、ポリアデニル化ＲＮ
ＡをＦＡＢ Ｉに応答する細胞から製造し、ｃＤＮＡライブラリーをこのＲＮＡ
から作製し、ライブラリーを複数のプールに分割し、プールをＦＡＢ Ｉには応
答しない細胞へ個々にトランスフェクションする。次いで、トランスフェクショ
ンされた細胞を標識ＦＡＢ Ｉに曝す。（ＦＡＢ Ｉは、放射性ヨウ素化または部
位特異的蛋白キナーゼに関する認識部位の封入の標準的方法を含む種々の公知技
術により標識され得る。）曝露した後、細胞を固定し、ＦＡＢ Ｉの結合を測定
する。これらの処理はガラス製スライドで行なうのが都合がよい。
【０１４６】 別法として、標識リガンドを、細胞抽出物、例えばそれが結合する分子、例え
ば結合性分子を発現する細胞から製造した、膜または膜抽出物に光学親和性結合
させることができる。架橋材料を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動（「ＰＡＧ
Ｅ」）により分割し、Ｘ線フィルムに曝す。リガンド結合を含む標識複合体は、
切除され、ペプチドフラグメントに分割され、蛋白ミクロシークエンシングに付
すことができる。ミクロシークエンシングから得られたアミノ酸配列を用いて、
ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングし、推定的結合性分子をコードする遺伝
子を同定するための特有または変性オリゴヌクレオチドプローブを設計すること
ができる。 本発明のポリペプチドはまた、細胞または細胞不含製品における結合性分子、
例えばＦＡＢ Ｉ結合性分子のＦＡＢ Ｉ結合能力の評価に用いることができる。
【０１４７】 アンタゴニストおよびアゴニスト−検定および分子 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドを用いて、例えば、細胞、無細
胞調製物、化学ライブラリー、および天然産物混合物中における小型分子基質お
よびリガンドの結合を評価してもよい。これらの基質およびリガンドは天然基質
およびリガンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であってもよい。
例えば、Coliganら、Current Protocols in Immunology １（２）：第５章（１
９９１）を参照のこと。 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、多くの病態、特に上述した
疾患を含め、多数の生物学的機能に関与している。したがって、ポリペプチドま
たはポリヌクレオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定するためのスク
リーニング手段を創製することが望ましい。したがって、さらなる態様において
、本発明は、化合物のスクリーニング手段であって、本発明のポリペプチドまた
はポリヌクレオチドならびに関連するポリペプチドおよびポリヌクレオチドの機
能を刺激または阻害する化合物を同定するための手段を提供する。一般に、アゴ
ニストまたはアンタゴニストを上述した疾患を治療する、および予防する目的で
用いることができる。化合物は、種々の供給源、例えば、細胞、無細胞調製物、
化学ライブラリー、および天然産物混合物から同定することができる。かかるア
ゴニスト、アンタゴニストまたはいわゆる阻害剤は、場合によっては、ＦＡＢ
Ｉポリペプチドおよびポリヌクレオチドの天然のまたは修飾した基質、リガンド
、受容体、酵素などであってもよく；あるいはその構造的または機能的模倣物で
あってもよい（例えば、Coliganら、Current Protocols in Immunology １（２
）：第５章（１９９１）を参照のこと）。
【０１４８】 スクリーニング方法は、候補化合物と、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
との、または該ポリペプチドもしくはポリヌクレオチドを担持する細胞もしくは
細胞膜との、または該ポリペプチドの融合蛋白との結合を、候補化合物と直接ま
たは間接的に結合した標識により、簡単に測定することができる。別法として、
該スクリーニング方法は標識操作した競合体との競合性を利用するものであって
もよい。さらには、これらのスクリーニング方法は、ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドを含む細胞に適する検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドまた
はポリヌクレオチドを活性化または阻害することで得られるシグナルを発生する
かどうかを試験することもできる。活性化の阻害剤は、一般に、既知のアゴニス
トの存在下にて検定され、候補化合物の存在がアゴニストによる活性化に及ぼす
効果を観察する。本質的に活性なポリペプチドおよび／または本質的に発現され
たポリペプチドおよびポリヌクレオチドを、場合によっては、アゴニストまたは
阻害剤の不存在の下、候補化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性
化の阻害をもたらすかどうかを試験することにより、反アゴニストまたは阻害剤
についてスクリーニングする方法に利用してもよい。さらには、スクリーニング
方法は、簡単には、候補化合物と本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
を含有する溶液を混合して混合物を形成し、その混合物中のＦＡＢ Ｉポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチド活性を測定し、その混合物中のＦＡＢ Ｉ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド活性を標体と比較する工程を含ん
でいてもよい。上記した、融合蛋白、例えば、Ｆｃ部分およびＦＡＢ Ｉポリペ
プチドから調製される蛋白をまた、ハイスループットスクリーニング検定に用い
、本発明のポリペプチドのアンタゴニスト、ならびに系統発生学的および／また
は機能的に関係したポリペプチドを同定することができる（デイ・ベネットら、
J.Mol.Recognition、８：５２−５８（１９９５）；およびケイ・ジョンソンら
、J.Biol.Chem.、２７０（１６）：９４５９−９４７１（１９９５）を参照のこ
と）。
【０１４９】 さらに、本発明のポリペプチドと結合し、および／または相互作用する、ポリ
ヌクレオチド、ポリペプチドおよび抗体を用い、細胞中のｍＲＮＡおよび／また
はポリペプチドの産生に対する付加化合物の効果を検出するためのスクリーニン
グ方法を形成することもできる。例えば、当該分野にて知られている標準方法に
よりモノクローナルおよびポリクローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌また
は細胞結合レベルを測定するためのＥＬＩＳＡ検定を構成することもできる。こ
の検定を用いて、適宜操作した細胞または組織からポリペプチドの産生を阻害ま
たは亢進する薬物（各々、アンタゴニストまたはアゴニストとも称される物質）
を見つけることもできる。
【０１５０】 また本発明は、ＦＡＢ Ｉポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を亢進
（アゴニスト）または遮断（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性お
よび／または殺菌性化合物を同定するための、化合物のスクリーニング方法をも
提供する。該スクリーニング方法はハイスループット方法を包含する。例えば、
アゴニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするために、ＦＡＢ Ｉポリ
ペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質もしくはリガンドを含む、合成反
応混合物、膜、細胞エンベロープもしくは細胞壁などの細胞コンパートメント、
またはそれらの調製物を、ＦＡＢ Ｉアゴニストまたはアンタゴニストである可
能性のある候補分子の不存在下または存在下でインキュベーションする。候補分
子のＦＡＢ Ｉポリペプチドに亢進または拮抗する能力は、標識化リガンドの結
合の低下またはこのような基質からの生成物の産生の低下に反映される。結合し
ても影響を及ぼさない分子、すなわちＦＡＢ Ｉポリペプチドの効果を誘発しな
い分子は、良好なアンタゴニストである可能性が高い。結合性が良好で、場合に
よっては、基質からの生成物の生成速度を高め、シグナル変換を強め、または化
学チャネル活性を強める分子はアゴニストである。場合によっては、基質からの
生成物の生成、シグナル変換または化学チャネル活性の速度またはレベルの検出
は、リポーターシステムを用いることにより強調できる。この点に関して有用な
リポーターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識化基質、ＦＡＢ
Ｉポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答するリポーター遺伝子
、および当該分野で既知の結合検定等があるが、これらに限定されるものではな
い。
【０１５１】 本発明のポリペプチドを用い、当該分野において公知の標準的な受容体結合法
により、膜結合または可溶性受容体を同定してもよい。これらの方法は、リガン
ド結合および架橋検定を包含するが、これらに限らない。これらの方法において
、ポリペプチドは放射活性標識（例えば１２５Ｉ）され、化学修飾（例えばビオ
チニル化）され、または検出および精製に適したペプチド配列に融合され、推定
上の受容体源（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材料）ととも
にインキュベーションされる。他の方法は表面プラスモン共鳴および分光学的法
を包含する。これらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドのその受容体
への結合と競合するポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストを同定して
もよい。かかる検定を行うための標準的方法は当該分野において周知である。
【０１５２】 蛍光−タグ化分子の蛍光分極値は、回転相関時間またはタンブリング速度に依
存する。他のＦＡＢ Ｉポリペプチドまたは他のポリペプチドと結合したＦＡＢ
Ｉポリペプチドにより形成し、蛍光的に標識化された分子を含むように標識化さ
れた蛋白複合体は、蛍光的に標識化されたモノマー蛋白よりも高い分極値を有す
るであろう。この方法を用いてポリペプチド複合体を破壊する小分子の解析を行
うことが好ましい。 蛍光エネルギー移動を、ＦＡＢ Ｉポリペプチド二量体、三量体、四量体また
はより高い種類の構造、または他のポリペプチドに結合したＦＡＢ Ｉポリペプ
チドにより形成される構造の形成を阻害する、小分子の解析に用いてもよい。Ｆ
ＡＢ Ｉポリペプチドをドナーおよびアクセプター発蛍光団の両方で標識化でき
る。２つの標識化種を混合し、ドナー発蛍光団が励起されると、蛍光エネルギー
移動をアクセプターの蛍光の観察により検出できる。二量化を遮断する化合物は
、蛍光エネルギー移動を阻害するだろう。
【０１５３】 表面プラスモン共鳴をＦＡＢ Ｉポリペプチドの自己結合ならびにＦＡＢ Ｉポ
リペプチドおよび他のポリペプチドまたは小型分子の結合における小型分子の作
用をモニターするのに用いることができる。ＦＡＢ Ｉポリペプチドを、共有的
に結合した分子が一量体であるように低部位密度でセンサーチップに結合させる
ことができる。ついで、溶液蛋白をＦＡＢ Ｉ被覆表面上に通し、特異的結合を
局所屈折率の変化により引き起こされる共鳴角度における変化をモニターするこ
とによりリアルタイムで検出することができる。この方法をＦＡＢ Ｉポリペプ
チド自己結合ならびにＦＡＢ Ｉポリペプチドおよび他のポリペプチドまたは小
型分子の結合の運動速度および平衡結合定数における小型分子の作用を解析する
のに用いることができる。
【０１５４】 シンチレーション近接検定をＦＡＢ Ｉポリペプチドと他のＦＡＢ Ｉポリペプ
チドまたは異なるポリペプチドとの結合間の相互作用を解析するのに用いてもよ
い。ＦＡＢ Ｉポリペプチドをシンチレーション充填ビーズと結合させることが
できる。放射性標識ＦＡＢ Ｉポリペプチドの添加は、放射活性源分子がシンチ
レーション流体にきわめて近接している場合に結合を生じさせる。それゆえ、Ｆ
ＡＢ Ｉポリペプチド結合でシグナルが発生し、ＦＡＢ Ｉポリペプチド自己結合
またはＦＡＢ Ｉポリペプチドおよび他のポリペプチドまたは小型分子の結合を
妨げる化合物は、シグナルを減少させるであろう。 ＩＣＳバイオセンサーはＡＭＢＲＩ（Australian Membrane Biotechnology Re
search Institute）により記載されている。これらは、懸濁膜二重層中で、マク
ロ分子の自己結合をグラマシジン−促進イオンチャンネルの閉鎖と関連付け、そ
れゆえバイオセンサーのアドミッタンス（インピーダンスと類似する）における
測定可能な変化と関連付ける。この方法は、６０年間のアドミッタンス変化にお
いて直線的であり、理想的には、小型分子のコンビナトリアルライブラリーの大
規模なハイスループットスクリーニングに適している。
【０１５５】 本発明の他の具体例において、本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌク
レオチドと結合あるいは相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドへの結合、あるいはポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物
との他の相互作用を可能にする条件下で、本発明のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触させて、アゴニストとの
結合あるいは他の相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かかる結合
または相互作用はポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との結
合あるいは相互作用に応答した検出可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連
したものである）、ついで、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと化
合物との結合あるいは相互作用から生じるシグナルの存在または不存在を検出す
ることにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドと結合あ
るいは相互作用し、その活性または発現を活性化または阻害するかどうかを決定
する方法が提供される。
【０１５６】 ＦＡＢ Ｉアゴニストの検定の別の例は、拮抗阻害検定に適した条件下で、Ｆ
ＡＢ Ｉおよび可能性のあるアンタゴニストを、ＦＡＢ Ｉ結合分子、組換えＦＡ
Ｂ Ｉ結合分子、天然基質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣
物と組み合わせる、競合検定である。ＦＡＢ Ｉを例えば放射活性または比色化
合物により標識し、結合分子に結合した、あるいは生成物に変換したＦＡＢ Ｉ
分子の数を正確に決定して、可能性のあるアンタゴニストの効果を評価できる。
【０１５７】 スクリーニングのさらなる一例として、ＮＡＤＨの消費を測定することによる
クロトニル−ＣｏＡの減少を検出することがある。かかるスクリーニングにおい
ては、クロトニル−ＣｏＡの代わりにクロトニル−ＡＣＰを用いることもできる
。試験化合物を反応混合物に加えて、クロトニル−ＣｏＡまたはクロトニル−Ａ
ＣＰの減少に関する効果を測定する。減少のレベルが上昇しておれば、アゴニス
トであると同定することができ、減少のレベルが減っておれば、アンタゴニスト
と同定することができる。ジアザボリンまたはパルミトイルＣｏＡを拮抗作用の
正の対照として用いることができる。これらのスクリーニングをマイクロタイタ
ープレートフォーマットおよびプレートリーダーを用いるハイスループット検定
に用いることが好ましい。
【０１５８】 ＦａｂＩ酵素運動に関連する以下の観察が、本発明の方法および本発明の他の
態様において有用である： １．Ａｐｏ−ＡＣＰはＮＡＤＨに対して不拮抗阻害的である（Ｋｉ（ａｐｐ）
であり、［ＣＣＡ］の面積と比例の関係にある）； ２．Ａｐｏ−ＡＣＰはクロトノイルＣｏＡに対して拮抗阻害的であり、ＣＣＡ
結合に関して負の協同性を誘発する； ３．立体化学および定常状態の速度研究を精製されたエス・アウレウスＦａｂ
Ｉについて行った； ４．エス・アウレウスＦａｂＩについての立体化学経路は、イー・コリ酵素に
ついて報告されているのと同じである； ５．基質としてＮＡＤＨだけを用いるイ・コリ酵素とは対照的に、エス・アウ
レウスＦａｂＩはＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨの両方を使用する。しかしながら、
ＮＡＤＨについてのＫｍａｐｐはＮＡＤＰＨに関するよりも約３０倍大きかった
； ６．基質としてＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡを用いると、ＦａｂＩは逐
次速度機構を示す； ７．速度変数は５．０−７．０の範囲のｐＨにわたってほとんど変化しない； ８．鎖長を長くした飽和脂肪性アシルＣｏＡでは阻害の増加が観察される。こ
のことはインビボにおけるフィードバック調節機構の可能性を示唆する。 ９．パルミトイルＣｏＡはクロトノイルＣｏＡとの拮抗阻害剤であると思われ
る。スロープリプロットは［Ｉ］３濃度に比例し、このことは阻害が複数のパル
ミトイルＣｏＡ分子のＦａｂＩへの結合を介してなされていることを示唆する。 １０．ａｐｏ−ＡＣＰはＮＡＤＨに対して不拮抗阻害的であり、クロトノイル
ＣｏＡに対して拮抗阻害的であるのに対して、ＣＣＡの結合において負の協同性
を誘発する。このことはオリゴマー四次構造、特に、限定されるものではないが
、二量体または三量体四次構造の形成を示すものである。 １１．ａｐｏ−ＡＣＰおよび擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋およびパルミト
イルＣｏＡを用いる実験は、基質の秩序付けられた付加を示す（第１のＮＡＤＨ
結合）。 １２．ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨの不拮抗阻害は、ＡＣＰ結合にはピリジンヌ
セロイドの前結合が必要であることを示唆する。 １３．クロトノイルＣｏＡ基質に対してエス・アウレウス酵素はイー・コリ酵
素と同様のアフィニティを有したが、意外なことに、イ・コリ酵素はＮＡＤＨに
対して７０倍までより大きなアフィニティを有した。 １４．Ｈｉｓ１０タグ化エス・アウレウスＦａｂＩは負のＦａｂ酵素と比べて
異なる運動特性を示す。 １５．エス・アウレウスＦａｂＩは脂肪性アシルＣｏＡにより阻害される。こ
のことはこの酵素がインビボにて長鎖アシル−アシルキャリア蛋白によりフィー
ドバック阻害に付されることを示すものである。
【０１５９】 本発明の可能性のあるアンタゴニストは、とりわけ、本発明のポリヌクレオチ
ドおよび／またはポリペプチドと結合し、それによりその活性または発現を阻害
または消滅させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗体を包含する
。可能性のあるアンタゴニストはまた、ＦＡＢ Ｉ誘発活性を誘導しない結合分
子のような、結合分子の同一部位に結合し、ＦＡＢ Ｉポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドを結合より排除することによりＦＡＢ Ｉポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドの作用または発現を妨げる、密接に関連した蛋白
または抗体のような小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよい。
【０１６０】 可能性のあるアンタゴニストは、ポリペプチドの結合部位に結合してその部位
を占領し、それにより細胞性結合分子との結合を妨害して、正常な生物学的活性
を防御する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型有機分子、ペプチド、ペ
プチド様分子を包含するが、これらに限定されるものではない。その他の可能性
のあるアンタゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子についての
記載に関しては、Okano, J., Neurochem. 56:560(1991); OLIGODEOXYNUCLEOTIDE
S AS ANTISENSE INHIBTORS OF GENE EXPRESSION, CRC Press, Boca Raton, FL (
1988)を参照のこと）。好ましい可能性のあるアンタゴニストは、ＦＡＢ Ｉに関
連する化合物およびその変種を包含する。
【０１６１】 本発明の小型有機分子は、好ましくは２０００ダルトンより下の、より好まし
くは３００と１０００ダルトンの間の、最も好ましくは４００と７００ダルトン
の間の分子量を有する。一の具体例は、本願の出願前に公開されていない化合物
を提供する。可能性のあるポリペプチドアンタゴニストの他の例は、抗体、また
はある場合には、場合によってはポリペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素
などと密接に関連するオリゴヌクレオチドまたは蛋白、例えば、リガンド、基質
、受容体、酵素などのフラグメント；あるいは本発明のポリペプチドに結合する
が、応答を惹起せず、したがって該ポリペプチドの活性が阻害されない、小型分
子を包含する。
【０１６２】 本発明の特定のポリペプチドは、天然のＦＡＢ Ｉポリペプチドの生体模倣物
、機能模倣物である。これらの機能模倣物は、とりわけ、ＦＡＢ Ｉポリペプチ
ドの活性を拮抗するのに、あるいは本明細書のいずれかの個所に記載されている
ように抗原または免疫原として用いることができる。本発明のポリペプチドの機
能模倣物は、末端切断ポリペプチドを包含するが、これに限定されるものではな
い。例えば、好ましい機能模倣物は、２０、３０、４０、５０、６０、７０また
は８０個のアミノ−またはカルボキシ−末端アミノ酸残基を欠く、配列番号：２
に示されるポリペプチド配列を含むポリペプチドを包含し、１またはそれ以上の
これらの末端切断配列を含む融合蛋白を含む。これらの各機能模倣物をコードす
るポリヌクレオチドは発現カセットとして用い、各模倣ポリペプチドを発現する
ことができる。これらのカセットは５’および３’制限部位を含み、必要な時に
、都合のよい手段でカセットを一緒にライゲートさせることが好ましい。これら
のカセットは、さらには、当該分野にて公知の、あるいは本明細書のいずれかの
個所に記載の遺伝子発現シグナルを含むことが好ましい。
【０１６３】 かくして、もう一つ別の態様において、本発明は、本発明のポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドについての、アゴニスト、アンタゴニスト、リガン
ド、受容体、基質、酵素など；またはかかるポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドの産生を増進または亢進する化合物を同定するためのスクリーニング
キットであって、（ａ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
；（ｂ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを発現する組換
え細胞；（ｃ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを発現す
る細胞膜；または（ｄ）本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド
に対する抗体を含み、ここでポリペプチドは、好ましくは配列番号：２のポリペ
プチドであり、ポリヌクレオチドは、好ましくは配列番号：１のポリヌクレオチ
ドである、スクリーニングキットに関する。 かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は実質的成分を
含んでいてもよいことが理解されよう。
【０１６４】 本発明のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドのアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の構造
に基づく設計に用いてもよいことが、当業者に理解されよう。該方法は：（ａ）
最初にポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、またはそれらの複合体の
３次元構造を決定し；（ｂ）アゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の反応部
位、結合部位またはモチーフである可能性のある部位の３次元構造を推定し；（
ｃ）推定された結合部位、反応部位および／またはモチーフと結合または反応す
ると予想される候補化合物を合成し；ついで（ｄ）候補化合物が実際にアゴニス
ト、アンタゴニストまたは阻害剤であるかどうかを試験する ことを含む。 これが通常、繰り返しプロセスであり、自動およびコンピューター制御工程を
用いてこの繰り返しプロセスを行ってもよいことが、さらに理解されよう。
【０１６５】 さらなる態様において、本発明は、例えばＦＡＢ Ｉポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドの過剰発現、発現不足、高活性または低活性に関連した疾
患のごとき異常な状態の治療方法を提供する。 ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの発現および／または活性が過
剰な場合、いくつかの方法を用いることができる。１の方法は、例えば、リガン
ド、基質、受容体、酵素等の結合を遮断することにより、あるいは第二シグナル
を阻害することによるような、ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの
機能および／または発現を阻害するに有効な量の上記した阻害化合物（アンタゴ
ニスト）を所望により医薬上許容される担体とともに個体に投与し、そのことに
より異常なな症状を改善することを含む。もう１つの方法において、内在性ポリ
ペプチドおよび／またはポリヌクレオチドとの競争において、リガンド、基質、
酵素、受容体等に結合することができる可溶性形態のポリペプチドを投与しても
よい。かかる競合物質の典型例はＦＡＢ Ｉポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドのフラグメントを含む。
【０１６６】 さらなる態様において、本発明は、本発明のポリペプチドまたはそのフラグメ
ントおよび種々のサブクラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロブ
リンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含んでなる、遺伝子工学により
得られる可溶性融合蛋白に関する。免疫グロブリンとしては、ヒトＩｇＧ（特に
ＩｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒンジ領域で起こっているものが好
ましい。特定の具体例において、血液凝固因子Ｘａを用いて開裂できる開裂配列
を導入することによりＦｃ部分を簡単に除去することができる。そのうえ、本発
明は、遺伝子工学によるこれらの融合蛋白の製造方法、ならびに薬剤スクリーニ
ング、診断および治療におけるそれらの使用に関する。本発明のさらなる態様は
かかる融合蛋白をコードするポリヌクレオチドにも関する。融合蛋白法の例は国
際特許出願ＷＯ９４／２９４５８およびＷＯ９４／２２９１４に見ることができ
る。
【０１６７】 さらに別の方法において、発現ブロッキング法を用いて内在性ＦＡＢ Ｉポリ
ペプチドをコードしている遺伝子の発現を阻害することができる。このブロッキ
ングは遺伝子発現のいずれの工程を標的としてもよいが、好ましくは、転写およ
び／または翻訳を標的とする。この種の既知方法の例は、体内で生じるかまたは
別個に投与されるアンチセンス配列の使用を包含する（例えば、O'Connor, J Ne
urochem（１９９１）５６：５６０ in Oligodeoxynucleotides as Antisense In
hibitors of Gene Expression, CRC Press, Boca Raton, FL（１９８８）参照）
。別法として、遺伝子とともに三重らせんを形成するオリゴヌクレオチドを提供
することもできる（例えば、Leeら、Nucleic Acids Res（１９７９）６：３０７
３；Cooneyら、Science（１９８８）２４１：４５６；Dervanら、Science（１９
９１）２５１：１３６０参照）。これらのオリゴマーはそれ自体投与することが
でき、あるいは関連するオリゴマーをインビボで発現させることもできる。
【０１６８】 本明細書で得られるポリヌクレオチド配列は、各々、抗菌化合物の発見および
開発に用いることができる。コードされた蛋白は、発現されると、抗菌薬物をス
クリーニングするための標的として用いることができる。加えて、コードされた
蛋白のアミノ末端領域をコードするポリヌクレオチド配列あるいはシャイン・ダ
ルガーノまたは他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配列を用いて、目的とする暗号
化配列の発現を調節するアンチセンス配列を構築することができる。
【０１６９】 本発明はまた、感染の続発症に関与する、病原体または複数の病原体および真
核生物、特に哺乳動物宿主間の最初の身体的相互作用を妨害するための、本発明
のポリペプチド、ポリヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストの使用を
提供する。特に本発明の分子は；細菌、特にグラム陽性菌および／またはグラム
陰性菌が内在装置上の真核生物、特に哺乳動物細胞外マトリックス蛋白、または
創傷部の細胞外マトリックス蛋白に付着することを防御するのに；真核生物、特
に哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と組織損傷を媒介する細菌性ＦＡＢ Ｉ蛋白
との間の細菌付着を遮断するためにおよび／または；内在装置の埋め込みまたは
他の外科的手技以外により開始した感染における病因の通常の進行を遮断するた
めに使用することができる。
【０１７０】 本発明のさらに別の態様によれば、ＦＡＢ Ｉのアゴニストおよびアンタゴニ
スト、好ましくは静菌性または殺菌性アゴニストおよびアンタゴニストが提供さ
れる。 本発明のアンタゴニストおよびアゴニストを用いて、例えば、疾患を阻害しお
よび／または治療することができる。 アンタゴニストは、後述するように、医薬上許容される担体と一緒に組成物に
用いることができる。
【０１７１】 アゴニストを用いて、例えば、上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、
急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染
（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜
後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎
、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例
えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感
染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、な
らびに骨および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を含む疾患を阻害
することができるが、これらに限定されるものではない。
【０１７２】 アンタゴニストは、例えば、後述するように、医薬上許容される担体と一緒に
組成物で使用され得る。 本明細書に提供されたＤＮＡ配列の各々は、抗菌性化合物の発見および開発に
用いることができる。発現後のコード化蛋白は、抗菌剤のスクリーニング用の標
的として使用され得る。加えて、コード化蛋白のアミノ末端領域をコードするＤ
ＮＡ配列またはシャイン−デルガルノまたは各ｍＲＮＡの他の翻訳促進性配列を
用いることにより、目的とする暗号化配列の発現を制御するアンチセンス配列が
構築され得る。
【０１７３】 エッチ・インフルエンゼ、イー・コリおよびサルモネラ・ティフィムリウム（
S.typhimurium）において既知酵素によりＦＡＢ Ｉのアミノ酸配列が保存されて
いることから、本発明により提供されるＦＡＢ Ｉが標的とされる抗菌剤、アゴ
ニストおよびアンタゴニスト化合物は、広い範囲のグラム陰性および陽性菌に対
して活性を示すと考えられている。加えて、Ｆａｂ Ｉ相同体（ＩｎｈＡ）が、
マイコバクテリウム・ツベロクロシス（Mycobacterium tuberculosis）で同定さ
れた。従って、ＦＡＢ Ｉが標的とされる本発明により提供される抗菌剤はまた
、抗マイコバクテリア活性を有し得る。さらに、ジアザボリン誘導体がＬＰＳ生
合成を阻害し（ラムら（１９８７）（J.Antimicrob.Chemother.）２０ ３７−４
５）、ＬＰＳは既知病原性因子であることから、本発明は、インビボで活性を強
化したＦＡＢ Ｉが標的とされる抗菌性化合物を提供する。
【０１７４】 ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）（本明細書中、「エイチ・
ピロリ（H.pylori）」という）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の
人々の３分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（International Agen
cy for Research on Cancer）（1994）Schistomoses, Liver Flukes and Helico
bacter Pylori（International Agency for Research on Cancer，Lyon，France
；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研究
機関は、最近になって、エイチ・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認識し、その
細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類した。本発明により提供されるスク
リーン法を用いて見出された本発明の好ましい抗菌化合物（ＦＡＢ Ｉポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニストおよびアンタゴニスト）、特
に広域スペクトルの抗生物質は、エイチ・ピロリ感染の治療にて有用である。こ
のような治療はエイチ・ピロリ誘発性癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。か
かる治療はまた胃潰瘍および胃炎も防御し、阻害しおよび／または治癒する。
【０１７５】 組成物 本発明はまた、前記で検討されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたは
アゴニストまたはアンタゴニストを含む組成物に関するものである。すなわち、
本発明のポリペプチドは、細胞、組織または生物体の場合に使用される非滅菌ま
たは滅菌担体（複数も可）、例えば対象への投与に適した医薬用担体と組み合わ
せて使用され得る。前記組成物は、例えば媒質添加剤または治療有効量の本発明
ポリペプチドおよび医薬的に許容し得る担体または賦形剤を含む。前記担体は、
食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセリン、エタノールおよびそれ
らの組み合わせを含み得るが、限定されるわけではない。製剤は投与方法に適合
すべきである。
【０１７６】 キット さらに本発明は、前述の本発明組成物の１種またはそれ以上の成分で充填され
た１つまたはそれ以上の容器を含む医薬パックおよびキットに関するものである
。人体投与用製品の製造、使用または販売機関による承認を表す、医薬または生
物学的製品の製造、使用または販売を統制する政府機関により規定された形態で
の通告が、前記容器（複数も可）に添付され得る。 また、ＦＡＢ Ｉ指向性抗菌剤の直接治療を可能にするＦＡＢ Ｉ遺伝子および
相同体に関する診断用キットも本発明により提供される。ＦａｂＩおよび異なる
種類からのＦＡＢ Ｉの相同体を同定するためのＤＮＡハイブリダイゼーション
または蛋白（モノクローナル抗体）に基づくキットも提供される。前記キットは
、ＦＡＢ Ｉ遺伝子／蛋白およびその相同体における突然変異を検出することが
できる。
【０１７７】 投与 本発明のポリペプチドおよび他の化合物は、単独または他の化合物、例えば治
療用化合物と共に使用され得る。 医薬組成物は、特に例えば局所、経口、肛門、膣、静脈内、腹膜内、筋肉内、
皮下、鼻腔内または皮内経路による投与を含む、有効で好都合な方法により投与
され得る。
【０１７８】 医薬組成物は、一般に特定適応症（複数も可）の処置または予防に有効な量で
投与される。一般に、組成物は、少なくとも約１０μｇ／ｋｇ（体重）の量で投
与される。ほとんどの場合、それらは、１日に約８ｍｇ／ｋｇ（体重）を越えな
い量で投与される。好ましくは、ほとんどの場合、用量は、１日に約１０μｇ／
ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ（体重）である。最適用量は、適応症、その重症度、投与
経路、悪化状態などを考慮して、各処置の様相および適応症に関する標準的方法
により決定されるものとする。
【０１７９】 治療において、または予防として、有効成分は、注射用組成物として、例えば
好ましくは等張性の滅菌水性分散液として個体に投与され得る。 別法として、組成物は、局所適用、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼用
軟膏、点眼薬、点耳薬、口内洗浄剤、含浸包帯および縫合糸およびエーロゾルの
形態で製剤化され得、例えば保存剤、薬剤浸透を促進する溶媒、および軟膏およ
びクリームにおける緩和薬を含む、適当な慣用的添加剤を含み得る。前記局所製
剤はまた、融和性の慣用的担体、例えばクリームまたは軟膏基剤、およびローシ
ョン用のエタノールまたはオレイルアルコールを含み得る。前記担体は、製剤の
重量にして約１％〜約９８％を構成し得る。さらに通常は、それらは製剤の約８
０重量％以下を構成する。
【０１８０】 人体に投与する場合、有効成分の１日用量レベルは、０.０１〜１０ｍｇ／ｋ
ｇ、典型的には１ｍｇ／ｋｇ前後であることが予想される。いずれにしても医師
が、個体に最適であり、特定個体の年齢、体重および応答により異なる実際の用
量を決定する。前記用量は、平均症例の具体例である。勿論、これより高いかま
たは低い用量範囲が妥当である個々の場合もあり得、それらも本発明の範囲内に
含まれる。
【０１８１】 内在デバイスには、外科的インプラント、補綴装置およびカテーテル、すなわ
ち個体の体内に導入され、ある程度長期間その位置に残されるデバイスがある。
かかるデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、
血管カテーテル、髄液シャント、泌尿器カテーテル、持続的外来腹膜透析（ＣＡ
ＰＤ）カテーテルなどがある。 本発明の組成物は、内在デバイスの挿入直前に関連した細菌に対する全身効果
を達成するため注射により投与され得る。手術後デバイスが体内にある間は処置
が続行され得る。加えて、前記組成物を外科技術用の手術周囲カバーを広げるの
に使用することにより、スタフィロコッカス外傷感染が阻止され得る。
【０１８２】 多くの整形外科医は、補綴接合された個体の場合、菌血症を生じ得る歯科処置
前に抗生物質予防について考えるべきであるとしている。末期の重度の感染は、
補綴接合が失われることもある危険な合併症であり、重大な病的状態および死亡
を伴う。従って、この状況で予防的抗生物質に代わるものとして活性成分の用途
を拡大することが可能であり得る。 前記治療に加えて、本発明の組成物は、外傷組織で暴露されたマトリックス蛋
白への細菌接着を阻止するための外傷処置剤として、および抗生物質予防法に代
わるものとしてまたはそれと共に歯科処置での予防用に一般に使用され得る。別
法として、本発明組成物は、挿入直前に留置装置を浸すのに使用され得る。活性
成分は、好ましくは外傷または留置装置を浸す場合１μｇ／ｍｌ〜１０ｍｇ／ｍ
ｌの濃度で存在する。 ワクチン組成物は、好都合には注射可能形態である。慣用的アジュバントは、
免疫応答を強化するのに使用され得る。
【０１８３】 予防接種に関する適当な単位用量は、０.５−５μｇ／ｋｇ（抗原）であり、
前記用量は好ましくは１−３回および１−３週間隔で投与される。 指示された用量範囲では、本発明化合物の場合、適当な個体へのそれらの投与
を阻む有害な毒性作用は全く観察されない。 前記抗体はまた、ＦＡＢ Ｉ蛋白を含む細菌の存在を検出するための診断試薬
として使用され得る。 下記の実施例を理解し易くするため、特定の頻出する方法および／または語に
ついて記載する。
【０１８４】 （実施例） 以下、実施例によりさらに詳しく本発明の記載を行う。与えられた実施例は、
特定具体例を挙げて本発明を説明しているに過ぎない。これらの実例は、本発明
の若干の実施態様を説明しており、開示された発明の範囲の限定を表したり、限
界を画するものではない。
【０１８５】 ここで使用されている若干の語については、前記用語解説で説明されている。 実施例は全て、特に詳述されていない場合は、当業者には公知かつ常用的な標
準技術を用いて行われた。下記実施例の常用的分子生物学的技術は、標準的実験
マニュアル、例えばサムブルックら、（１９８９）「モレキュラー・クローニン
グ：ア・ラボラトリー・マニュアル」（MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANU
AL、第２版、コールドスプリングハーバー・ラボラトリー・プレス、コールドス
プリングハーバー、ニューヨーク）の記載に従い実施され得る。
【０１８６】 下記実施例に示された部または量は全て、特記されていない限り、重量による
ものである。 特記されていない限り、下記実施例におけるフラグメントのサイズ分離は、サ
ムブルックら、（１９８９）「モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリー
・マニュアル」（MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL、第２版、コールド
スプリングハーバー・ラボラトリー・プレス、コールドスプリングハーバー、ニ
ューヨーク）および多くの他の参考文献、例えばゲッデルらによる、（１９８０
）「ヌクレイック・アシッズ・リサーチ」(Nucleic Acids Res.)８：４０５７に
おけるアガロースおよびポリアクリルアミドゲル電気泳動（「ＰＡＧＥ」）の標
準的技術を用いて行われた。 特記されていない限り、ライゲーションは、標準的な緩衝液、インキュベーシ
ョン温度および時間、ほぼ当モル量のライゲーションされるＤＮＡフラグメント
および０.５μｇのＤＮＡにつき約１０単位のＴ４ ＤＮＡリガーゼ（「リガーゼ
」）を用いて行われた。
【０１８７】 実施例１ スタフィロコッカス・アウレウスＦＡＢ Ｉ遺伝子の単離および配列決定 配列番号：１で与えられたＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチドは、イー・コ
リにおけるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクロ
ーンのライブラリーの配列決定から得られた。ここに記載された方法により、そ
れは、マウス感染モデルでのスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の確
立した感染においてインビボで転写されることが立証された。
【０１８８】 配列番号１で与えられたＤＮＡ配列を用いてＦＡＢ Ｉ蛋白をコードするポリ
ヌクレオチドを得るため、一般的にはイー・コリまたは他の適当な宿主における
スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライ
ブラリーを、部分配列から誘導された放射性標識オリゴヌクレオチド、好ましく
は１７量体またはそれより長いものでプローブする。次に、プローブと同一のＤ
ＮＡをもつクローンは、高ストリンジェンシー洗浄液を用いて識別され得る。原
配列から設計された配列決定プライマーによりこうして同定された個々のクロー
ンを配列決定することにより、次に、両方向に配列を伸ばして、完全な遺伝子配
列を決定することが可能である。好都合には、前記配列決定は、プラスミドクロ
ーンから製造された変性２本鎖ＤＮＡを用いて行われる。適当な技術は、マニア
チス、Ｔ.、フリッチ、Ｅ.Ｆ.およびサムブルックら、（１９８９）「モレキュ
ラー・クローニング：ア・ラボラトリー・マニュアル」（MOLECULAR CLONING: A
LABORATORY MANUAL、第２版、コールドスプリングハーバー・ラボラトリー・プ
レス、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク）に記載されている。（ハイ
ブリダイゼーションによるスクリーニング１.９０および変性２本鎖ＤＮＡ鋳型
の配列決定１３.７０参照）。
【０１８９】 場合によっては、重複するスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９ Ｄ
ＮＡを含む２つまたはそれ以上のクローンから得られた配列決定データを用いる
ことにより、配列番号：１における近接ＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは
、常用的方法、例えば方法１および２により製造され得る。 全細胞ＤＮＡは、標準的方法に従いスタフィロコッカス・アウレウス株ＷＣＵ
Ｈ２９（ＮＣＩＭＢ４０７７１）から単離され、２方法のいずれかによりサイズ
分画される。
【０１９０】 方法１ 全細胞ＤＮＡを針に通して機械的に剪断することにより、標準方法に従ってサ
イズ分画する。エキソヌクレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
より大きさ１１ｋｂｐ以下のＤＮＡフラグメントを平滑にし、ＥｃｏＲＩリンカ
ーを加える。ＥｃｏＲＩで切断されたベクターラムダＺａｐＩＩへフラグメント
をライゲーションし、ライブラリーを標準的方法によりパッケージし、パッケー
ジされたライブラリーでイー・コリを感染させる。ライブラリーを標準的方法に
より増幅する。
【０１９１】 方法２ 全細胞ＤＮＡを４種の制限酵素（ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩおよびＢｓｈ
１２３５Ｉ）の組み合わせにより部分的に加水分解し、標準的方法に従いサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡにライゲーションし、次いでフラグメン
トをＥｃｏＲＩで切断されたベクターラムダＺａｐＩＩにライゲーションし、ラ
イブラリーを標準的方法によりパッケージし、パッケージされたライブラリーで
イー・コリを感染させる。ライブラリーを標準的方法により増幅する。
【０１９２】 実施例２ ＦＡＢ Ｉ酵素活性分析 ＦＡＢ Ｉ蛋白の活性は、基質としてクロトノイル−ＣｏＡまたはクロトノイ
ル−ＡＣＰを用い（バーグラーら、（１９９４）、「ジャーナル・オブ・バイオ
ロジカル・ケミストリー」(J.Biol.Chem.)２６９、５４９３−５４９６）、ＮＡ
ＤＨの消費による３４０ｎｍでの吸光度の減少をモニターすることにより測定さ
れ得る。クロトノイル−ＡＣＰ（Ｋｍ ２２μＭ）の方が、クロトノイル−Ｃｏ
Ａ（Ｋｍ ２.７ｍＭ）よりも優れた基質であり、クロトノイル−ＣｏＡはシグマ
から入手可能である（Ｃ６１４６）。ジアザボリン誘導体は、陽性対照として使
用され得、これは、当業界公知の方法を用いて市販されている出発材料による２
段階合成により容易に入手できる。試験化合物をこの検定に加えることにより、
それらが酵素活性を活性化するかそれに拮抗するかが測定され得る。
【０１９３】 実施例３ ＦａｂＩの動的特徴化 ＦａｂＩに対する基質としてクロトノイルＣｏＡを用い、あらゆる活性をＮＡ
ＤＨの利用による３４０ｎｍにおける吸光度の減少に基づいて測定した（図１）
。すべての検定を１００ｍＭ ＮａＡＤＡ、ｐＨ６．５緩衝液を用いて行った。
アシル−ＣｏＡ阻害実験を０．１ｍＭクロトノイルＣｏＡおよび１ｍＭ ＮＡＤ
Ｈの存在下で行った。
【０１９４】 実施例４ エス・アウレウスから由来のＦａｂＩの動的特徴化 Ｈｉｓ１０タグ化酵素の詳細な速度論的分析は、ｐＨ６．５と６．２５の間で
、基質阻害（両方の基質による）および逐次機構から見かけ上のピンポン機構へ
の劇的な変化についての有意な証拠を示した。しかしながら、原始酵素を用いて
ｐＨ６．０−７．０で行った実験は逐次機構のパターンを示し、これらの実験か
ら得られる速度変数は大きさまたは速度論的機構のいずれにおいても何ら明白な
変化を示さなかった。すなわち、Ｈｉｓ１０タグ化ＦａｂＩは原始ＦａｂＩ酵素
とは異なる行動を示した。
【０１９５】 原始エス・アウレウスＦａｂＩについての速度変数を表２に示す。 表２；エス・アウレウスＦａｂＩについての速度定数 ＦａｂＩ ＫＮＡＤＨ ＫＣＣＡ ＫｉＮＡＤＨ エス・アウレウス ０．７ｍＭ ２．５ｍＭ ０．２ｍＭ イー・コリ ０．０１ｍＭ ２．７ｍＭ＊ ＊：Bergler,Hら（１９９４）J.Biol.Chem. ２６９、５４９３−６
【０１９６】 原始エス・アウレウスＦａｂＩは５ないし７のフラットなｐＨ最適値を示し、
その間で基質クロトノイルＣｏＡ（ＣＣＡ）およびＮＡＤＨについてのＶｍおよ
びＶｍ／Ｋｍは相対的に一定であった。 原始エス・アウレウスＦａｂＩは脂肪性アシルＣｏＡによる阻害に対して感受
的であった。阻害強度は鎖長と共に増加した（表３）。
【０１９７】 表３．非Ｈｉｓタグ化ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによる阻害 脂肪酸 結果 平均ＩＣ５０（μＭ）（ｎ＝２） アセチル ＞＞１０００ ｎ−ブチリル ＞＞１０００ ｎ−ヘキサノイル ５７６ ｎ−オクタノイル ２４８ ｎ−デカノイル ２２６ ラウロイル ４８．４ ミリストイル ２３．１ パルミトイル １０．７
【０１９８】 上述した説明および実施例に特に記載されている以外でも本発明を実施しうる
ことは明らかであろう。 上述した方法を考慮して本発明を大きく修飾および変更することも可能であり
、したがって、それらも本発明の範囲内にある。 本明細書に引用した参考文献を出典明示により本明細書の一部とする。その上
、本願が優先権を主張するいずれの特許出願も出典を明示することでその内容を
本明細書の一部とする。
【図面の簡単な説明】
【図１】 細菌における脂肪酸延長のサイクルを示す。
【図２】 重水素化ピリジンヌクレオチドの化学合成を示す。
【図３】 イー・コリＦａｂＩに基づいて推定および観察された生成物の構
造および（Ｍ＋Ｈ）＋を示す。
【図４】 図４のＡ、ＢおよびＣにおいて、図３の反応３の成分の質量スペ
クトルを示す。
【図５】 エス・アウレウスＦａｂＩの立体化学経路を示す。
【図６】 エス・アウレウスＦａｂＩが基質としてＮＡＤＰＨおよびＮＡＤ
Ｈの両方を使用するグラフを示す。
【図７】 エス・アウレウスＦａｂＩが逐次反応機構を示すグラフを示す。
【図８】 エス・アウレウスＦａｂＩのｐＨプロフィールを示す。
【図９】 パルミトイルＣｏＡによる阻害を示す。
【図１０】 β−ＮＡＤＰ＋による阻害を示す。
【図１１】 β−ＮＡＤＰ＋による阻害についての速度論的モデルを示す。
【図１２】 ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる阻害のグラフを示す。
【図１３】 ａｐｏ−ＡＣＰ対ＣＣＡによる阻害のグラフを示す。
【図１４】 ａｐｏ−ＡＣＰによる阻害についての最小速度論的機構を示す
。
【図１５】 ａｐｏ−ＡＣＰによる誘発性協同阻害を示す。
【図１６】 配列番号：２において、図１７（配列番号：１）のポリヌクレ
オチドから推定されるスタフィロコッカス・アウレウスＦＡＢ Ｉのポリペプチ
ドを示す。
【図１７】 配列番号：１において、スタフィロコッカス・アウレウスＦＡ
Ｂ Ｉのポリヌクレオチド配列を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (71)出願人 スミスクライン ビーチャム パブリック リミテッド カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ． イギリス国 ティダブリュ８ ９ジーエ ス，ミドルセックス，ブレントフォード， グレート ウェスト ロード 980 (72)発明者 ウォルター・イー・デウルフ アメリカ合衆国19343ペンシルベニア州グ レンムーア、グレン・マナー・レイン64番 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 BA07 CA03 4B050 CC01 DD02 LL01 LL05 4C084 AA17 DC01 DC32 MA52 MA55 NA14 ZB351 ZC201

Claims (17)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９
    ０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４
    に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプ
    チドの活性を阻害するアンタゴニストまたは活性化するアゴニストであって、こ
    こでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介するパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡ調節による拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、アンタゴニストまたはアゴニスト。
  2. 【請求項２】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害または活性化を必要とする個体
    の治療方法であって、抗菌的に有効な量の、配列番号：２または４のアミノ酸配
    列に対して少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、およ
    び配列番号：２または４に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群
    より選択されるポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニストまたは活性化する
    アゴニストを該個体に投与することを含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法。
  3. 【請求項３】 細菌感染した個体の治療方法であって、抗菌的に有効な量の
    、配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一であるア
    ミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４に示されるアミノ
    酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドの活性を阻害
    するアンタゴニストまたは活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む
    、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法。
  4. 【請求項４】 細菌がスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコッカス・
    アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス・ニュー
    モニアエからなる群より選択される、請求項３記載の方法。
  5. 【請求項５】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害または活性化を必要とする個体
    の治療方法であって、抗菌的に有効な量の、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ＦａｂＩの活性を阻害するアンタゴニスト、または
    その活性を活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む、治療方法。
  6. 【請求項６】 細菌感染した個体の治療方法であって、抗菌的に有効な量の
    、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ＦａｂＩの活性を阻害するアンタゴニスト、または
    その活性を活性化するアゴニストを該個体に投与することを含む、治療方法。
  7. 【請求項７】 細菌がスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコッカス・
    アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス・ニュー
    モニアエからなる群より選択される、請求項６記載の方法。
  8. 【請求項８】 ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染した個体の治療方
    法であって、抗菌的に有効な量の、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、ストレプトコッカス・ニューモニアエＦａｂＩの活
    性を阻害するアンタゴニスト、またはその活性を活性化するアゴニストを該個体
    に投与することを含む、治療方法。
  9. 【請求項９】 配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少なくとも９
    ０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号：２または４
    に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択されるポリペプ
    チドの活性を阻害するアンタゴニストであって、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、アンタゴニスト。
  10. 【請求項１０】 ＦａｂＩポリペプチドの阻害を必要とする個体の治療方法
    であって、抗菌的に有効な量の、配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
    少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、および配列番号
    ：２または４に示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドからなる群より選択さ
    れるポリペプチドの活性を阻害するアンタゴニストを該個体に投与することを含
    む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、治療方法。
  11. 【請求項１１】 ＦａｂＩポリペプチドの活性を阻害する方法であって、該
    ポリペプチドを含む組成物を、ＦａｂＩの活性を阻害する有効量のアンタゴニス
    トと接触させることを含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法。
  12. 【請求項１２】 ＦａｂＩの活性を阻害する方法であって、ここでその活性
    が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法。
  13. 【請求項１３】 細菌がスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコッカス
    ・アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス・ニュ
    ーモニアエからなる群より選択される、請求項１２記載の方法。
  14. 【請求項１４】 細菌の増殖を阻害する方法であって、細菌を含む組成物を
    、ＦａｂＩの活性を阻害する抗菌的に有効な量のアンタゴニストと接触させるこ
    とを含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法。
  15. 【請求項１５】 細菌がスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコッカス
    ・アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス・ニュ
    ーモニアエからなる群より選択される、請求項１４記載の方法。
  16. 【請求項１６】 ＦａｂＩポリペプチドを阻害する方法であって、細菌を含
    む組成物を、ＦａｂＩの活性を阻害する抗菌的に有効な量のアンタゴニストと接
    触させることを含む、ここでその活性が、 Ａｐｏ−ＡＣＰ対ＮＡＤＨによる不拮抗阻害（Ｋｉ（ａｐｐ））； Ａｐｏ−ＡＣＰ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； ＣＣＡ結合についての負の協同性の誘発； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる基質としての使用； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる結合； ＮＡＤＨおよびＮＡＤＰＨのＦａｂＩによる酸化； ＫｍａｐｐのＮＡＤＰＨと比較した場合のＮＡＤＨに対する割合； 逐次速度機構におけるＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる基
    質としての使用； ＮＡＤＨおよびクロトノイルＣｏＡのＦａｂＩによる逐次結合； 鎖長の増加した飽和脂肪性アシルＣｏＡによる増加するＦａｂＩの阻害； ＦａｂＩの飽和脂肪性アシルＣｏＡによるフィードバック調節機構； パルミトイルＣｏＡ対クロトノイルＣｏＡによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合を介してパルミトイルＣｏ
    Ａ対クロトノイルＣｏＡを調節することによる拮抗阻害； 複数のパルミトイルＣｏＡ分子とＦａｂＩとの結合； ＣＣＡの結合における負の協同性； 二量体四次構造の形成； 三量体四次構造の形成； オリゴマー四次構造の形成； ＦａｂＩの擬似生成物阻害剤β−ＮＡＤＰ＋またはパルミトイルＣｏＡによる
    結合；および ＡＣＰ結合の前の、またはその結合と同時のＦａｂＩへのＮＡＤＨ結合 からなる群より選択される、阻害方法。
  17. 【請求項１７】 細菌がスタフィロコッカス属の細菌、スタフィロコッカス
    ・アウレウス、ストレプトコッカス属の細菌、およびストレプトコッカス・ニュ
    ーモニアエからなる群より選択される、請求項１６記載の方法。
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