JP2002543802A - 緑内障の診断 - Google Patents
緑内障の診断Info
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- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
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- C—CHEMISTRY; METALLURGY
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- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
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Abstract
(57)【要約】
個体のＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子を評価することにより、早発型緑内障の発症について、および疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症について、個体の危険性を評価するための方法を記載する。ＴＩＧＲ遺伝子に突然変異を有する個体においては、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在が、早発型緑内障の発症の危険性の増加を示す。ＴＩＧＲ遺伝子プロモーターに突然変異を有する個体においては、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在が、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の低下を示す。ＴＩＧＲ遺伝子に突然変異を有する個体におけるＡｐｏＥ４対立遺伝子とＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子との組み合わせはまた、早発型緑内障の発症の危険性の増加を示す。ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在は、ＴＩＧＲ遺伝子に突然変異が存在するか存在しないかに関わらず、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の増加を示す。
Description
【０００１】 関連出願 本願は、１９９９年５月７日出願の米国仮出願第６０／１３３，２２４号の開
示を、参照により完全に本明細書に組み込むものであって、該仮出願の利益を主
張する。
示を、参照により完全に本明細書に組み込むものであって、該仮出願の利益を主
張する。
【０００２】 発明の背景 緑内障は、視神経の変性を特徴とする眼障害群である。これは、世界中におい
て、失明の主因の１つとなっている。緑内障発症の１つの主要な危険因子は、家
族歴であり、いくつかの異なる遺伝型緑内障が説明されてきた。緑内障の１つの
型、原発開放角緑内障（遺伝子記号：ＧＬＣ１）は、視野欠損および最終的な失
明を引き起こす視神経の萎縮を特徴とする一般的な障害である。ＧＬＣ１は、発
症年齢および臨床的徴候の差違に基づき、群分けされている。
て、失明の主因の１つとなっている。緑内障発症の１つの主要な危険因子は、家
族歴であり、いくつかの異なる遺伝型緑内障が説明されてきた。緑内障の１つの
型、原発開放角緑内障（遺伝子記号：ＧＬＣ１）は、視野欠損および最終的な失
明を引き起こす視神経の萎縮を特徴とする一般的な障害である。ＧＬＣ１は、発
症年齢および臨床的徴候の差違に基づき、群分けされている。
【０００３】 若年発症型原発開放角緑内障（ＧＬＣ１Ａ）は、通常、小児期後期または成人
期初期に出現する。ＧＬＣ１Ａの進行は迅速かつ重篤であり、眼内圧が高く、医
学的治療に対する反応性が低く、通常眼手術を必要とするようなものである。Ｇ
ＬＣ１Ａは、最初、第１染色体のｑ２１−ｑ３１領域にマッピングされ（Sheffi
eld, V. C.ら、Nature Genet. 4:47-50 (1993)）、第１染色体ｑ２４に位置す
る小柱網誘導可能グルココルチコイド応答(trabecular meshwork inducible glu
cocorticoid response) （ＴＩＧＲ）タンパク質の遺伝子の突然変異が、ＧＬＣ
１Ａ緑内障と関連していることが同定された（Stone, E. M.ら、Science 275:66
8-670 (1997)；Stoilova, D.ら、Ophthalmic Genetics 18 (3):109-118 (1997)
；Adam, M. F. ら、Hum. Mol. Genet. 6:2091-2097 (1997) ；Michels-Rautenst
rauss, K. G.ら、Hum. Genet. 102:103-106 (1998)；Mansergh, F. C. ら、Hum.
Mutat. 11:244-251 (1998) ）。
期初期に出現する。ＧＬＣ１Ａの進行は迅速かつ重篤であり、眼内圧が高く、医
学的治療に対する反応性が低く、通常眼手術を必要とするようなものである。Ｇ
ＬＣ１Ａは、最初、第１染色体のｑ２１−ｑ３１領域にマッピングされ（Sheffi
eld, V. C.ら、Nature Genet. 4:47-50 (1993)）、第１染色体ｑ２４に位置す
る小柱網誘導可能グルココルチコイド応答(trabecular meshwork inducible glu
cocorticoid response) （ＴＩＧＲ）タンパク質の遺伝子の突然変異が、ＧＬＣ
１Ａ緑内障と関連していることが同定された（Stone, E. M.ら、Science 275:66
8-670 (1997)；Stoilova, D.ら、Ophthalmic Genetics 18 (3):109-118 (1997)
；Adam, M. F. ら、Hum. Mol. Genet. 6:2091-2097 (1997) ；Michels-Rautenst
rauss, K. G.ら、Hum. Genet. 102:103-106 (1998)；Mansergh, F. C. ら、Hum.
Mutat. 11:244-251 (1998) ）。
【０００４】 制限酵素消化による直接的な突然変異分析により追跡される成人発症型または
晩発型原発開放角緑内障（ＧＬＣ１Ｂ）は、最も一般的な緑内障の型である。そ
れは、若年発症型原発開放角緑内障よりも軽度であり、緩徐に進展し、発症年齢
は様々であるが、通常は４０歳以降である。ＧＬＣ１Ｂは、眼内圧の極軽度から
軽度の上昇と関連しており、定期的にモニターされた医学的治療に十分に応答す
る場合が多い。しかしながら、疾患は緩徐かつ無痛に進行するため、視神経に対
する不可逆的な傷害が既に起こってしまった後期になって初めて検出される場合
がある。連鎖、ハプロタイプ、および臨床的なデータから、ＧＬＣ１Ｂの遺伝子
座は２ｃｅｎ−ｑ１３領域に割り当てられている（Stoilova, D.ら、Genomics 3
6:142-150 (1996)）。さらなる証拠により、いくつかの付加的な原発開放角緑内
障の遺伝子座が同定されている。ＧＬＣ１Ｃ、成人発症型ＰＯＡＧ遺伝子は、３
ｑにマッピングされており（Wirtz, M. K.ら、am. J. Hum. Genet. 60:296-304
(1997)）、ＧＬＣ１Ｄは８ｑ２３にマッピングされており（Trifan, O. C. ら、
Am. J. Ophthalmol. 126:17-28 (1998) ）、ＧＬＣ１Ｅは１０ｐ１５−ｐ１４に
マッピングされている（Sarfarazi, M. ら、Am. J. Hum. Genet. 62:641-652 (1
998)）。
晩発型原発開放角緑内障（ＧＬＣ１Ｂ）は、最も一般的な緑内障の型である。そ
れは、若年発症型原発開放角緑内障よりも軽度であり、緩徐に進展し、発症年齢
は様々であるが、通常は４０歳以降である。ＧＬＣ１Ｂは、眼内圧の極軽度から
軽度の上昇と関連しており、定期的にモニターされた医学的治療に十分に応答す
る場合が多い。しかしながら、疾患は緩徐かつ無痛に進行するため、視神経に対
する不可逆的な傷害が既に起こってしまった後期になって初めて検出される場合
がある。連鎖、ハプロタイプ、および臨床的なデータから、ＧＬＣ１Ｂの遺伝子
座は２ｃｅｎ−ｑ１３領域に割り当てられている（Stoilova, D.ら、Genomics 3
6:142-150 (1996)）。さらなる証拠により、いくつかの付加的な原発開放角緑内
障の遺伝子座が同定されている。ＧＬＣ１Ｃ、成人発症型ＰＯＡＧ遺伝子は、３
ｑにマッピングされており（Wirtz, M. K.ら、am. J. Hum. Genet. 60:296-304
(1997)）、ＧＬＣ１Ｄは８ｑ２３にマッピングされており（Trifan, O. C. ら、
Am. J. Ophthalmol. 126:17-28 (1998) ）、ＧＬＣ１Ｅは１０ｐ１５−ｐ１４に
マッピングされている（Sarfarazi, M. ら、Am. J. Hum. Genet. 62:641-652 (1
998)）。
【０００５】 緑内障の潜行性のため、視神経に対する有意な傷害が起こる前に、予防的また
は緩和的な措置をとることができるよう、緑内障の発症の確率を診断または予測
するための、より優れた、より早期の手段が必要とされている。
は緩和的な措置をとることができるよう、緑内障の発症の確率を診断または予測
するための、より優れた、より早期の手段が必要とされている。
【０００６】 発明の概要 本発明は、小柱網誘導可能グルココルチコイド応答（ＴＩＧＲ）タンパク質の
遺伝子の突然変異を有する個体（「ＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリア」）また
はＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターの突然変異を有する個体（「ＴＩＧＲ遺伝子プ
ロモーター突然変異のキャリア」）のような個体において、早発型（early-onse
t）緑内障の発症の危険性を評価する方法に関し、疾患発症時に高眼内圧（ＩＯ
Ｐ）を伴う緑内障の発症の危険性を評価する方法に関する。本発明は、該方法に
おいて有用なキットにも関する。
遺伝子の突然変異を有する個体（「ＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリア」）また
はＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターの突然変異を有する個体（「ＴＩＧＲ遺伝子プ
ロモーター突然変異のキャリア」）のような個体において、早発型（early-onse
t）緑内障の発症の危険性を評価する方法に関し、疾患発症時に高眼内圧（ＩＯ
Ｐ）を伴う緑内障の発症の危険性を評価する方法に関する。本発明は、該方法に
おいて有用なキットにも関する。
【０００７】 該方法は、（例えば、１個もしくは複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在もし
くは不存在の検出により、および／または１個もしくは複数個のＡｐｏＥ遺伝子
プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在もしくは不存在の検出により、）個体が
ＡｐｏＥ４対立遺伝子（もしくは、２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子）を有するか否
か、および／または個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（も
しくは、２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有するか否か、を決定するため、個体のア
ポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）遺伝子の対立遺伝子を評価する工程、および／
または個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評価する工程を含む。
個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異のキ
ャリアであるか否かが不明である場合には、ＴＩＧＲ遺伝子またはプロモーター
の突然変異の存在または不存在が、ＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ
遺伝子プロモーター対立遺伝子の評価と同時に決定されうる。
くは不存在の検出により、および／または１個もしくは複数個のＡｐｏＥ遺伝子
プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在もしくは不存在の検出により、）個体が
ＡｐｏＥ４対立遺伝子（もしくは、２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子）を有するか否
か、および／または個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（も
しくは、２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有するか否か、を決定するため、個体のア
ポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）遺伝子の対立遺伝子を評価する工程、および／
または個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評価する工程を含む。
個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異のキ
ャリアであるか否かが不明である場合には、ＴＩＧＲ遺伝子またはプロモーター
の突然変異の存在または不存在が、ＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ
遺伝子プロモーター対立遺伝子の評価と同時に決定されうる。
【０００８】 ＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアにおいて、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在は
、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアの危
険性と比較して早発型緑内障の発症の危険性が高いことの指標である。ＴＩＧＲ
遺伝子プロモーター突然変異のキャリアにおけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在は
、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異の
キャリアの危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険
性が低いことの指標である。ＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアにおけるＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然
変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発症の危険性が低いことの
指標である。ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異のキャリアにおけるＡｐｏＥ
４対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモ
ーター突然変異のキャリアの危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑
内障の発症の危険性が高いことの指標でもある。
、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアの危
険性と比較して早発型緑内障の発症の危険性が高いことの指標である。ＴＩＧＲ
遺伝子プロモーター突然変異のキャリアにおけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在は
、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異の
キャリアの危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険
性が低いことの指標である。ＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアにおけるＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然
変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発症の危険性が低いことの
指標である。ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異のキャリアにおけるＡｐｏＥ
４対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモ
ーター突然変異のキャリアの危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑
内障の発症の危険性が高いことの指標でもある。
【０００９】 ＴＩＧＲ遺伝子の突然変異を保持する個体におけるＡｐｏＥ４対立遺伝子とＡ
ｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子との組み合わせも、ＡｐｏＥ４対
立遺伝子を有するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有して
いないＴＩＧＲ突然変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発症の
危険性が高いことの指標である。ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ突然変
異のキャリアにおけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の不存在
は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝
子を有するＴＩＧＲ突然変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発
症の危険性が低いことの指標である。ＴＩＧＲ遺伝子の突然変異が存在するかま
たは存在しないかに関わらず、個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ
」対立遺伝子の存在は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有し
ていない個体の危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の
危険性が高いことの指標である。個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「
Ｔ」対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を
有する個体の危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危
険性が低いことの指標である。
ｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子との組み合わせも、ＡｐｏＥ４対
立遺伝子を有するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有して
いないＴＩＧＲ突然変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発症の
危険性が高いことの指標である。ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ突然変
異のキャリアにおけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の不存在
は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝
子を有するＴＩＧＲ突然変異のキャリアの危険性と比較して、早発型緑内障の発
症の危険性が低いことの指標である。ＴＩＧＲ遺伝子の突然変異が存在するかま
たは存在しないかに関わらず、個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ
」対立遺伝子の存在は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有し
ていない個体の危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の
危険性が高いことの指標である。個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「
Ｔ」対立遺伝子の不存在は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を
有する個体の危険性と比較して、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危
険性が低いことの指標である。
【００１０】 高い眼内圧、特に疾患発症時の高い眼内圧は、より重度の緑内障と関連してい
るため、本発明の方法およびキットは、緑内障の早期発症の危険性またはより重
度の緑内障の危険性を有する個体を同定するための簡便な手段を与える。高い危
険性を有する個体の同定は、罹患個体のための、および罹患個体または疾患遺伝
子キャリアである可能性のあるその他の家族のための、より優れた治療計画を可
能にする。
るため、本発明の方法およびキットは、緑内障の早期発症の危険性またはより重
度の緑内障の危険性を有する個体を同定するための簡便な手段を与える。高い危
険性を有する個体の同定は、罹患個体のための、および罹患個体または疾患遺伝
子キャリアである可能性のあるその他の家族のための、より優れた治療計画を可
能にする。
【００１１】 発明の詳細な説明 本発明は、個体の早発型緑内障の発症の危険性を評価する方法、および個体の
疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性を評価する方法に関する。本
明細書において使用される「緑内障」という用語は、原発開放角緑内障（ＰＯＡ
Ｇ）をさし、若年発症型ＰＯＡＧと成人発症型または晩発型ＰＯＡＧの両方を含
む。
疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性を評価する方法に関する。本
明細書において使用される「緑内障」という用語は、原発開放角緑内障（ＰＯＡ
Ｇ）をさし、若年発症型ＰＯＡＧと成人発症型または晩発型ＰＯＡＧの両方を含
む。
【００１２】 本明細書に記載されるように、本出願人は、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ
）遺伝子の対立遺伝子と緑内障の発症年齢との関係、およびＡｐｏＥ遺伝子プロ
モーターの対立遺伝子と緑内障診断時の眼内圧レベルとの関係を同定した。アポ
リポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）は、血漿リポタンパク質のタンパク質成分であり
、コレステロール代謝において役割を果たしている。ＡｐｏＥタンパク質には、
単一遺伝子の３つのＡｐｏＥ対立遺伝子により産生される、ＡｐｏＥ２、Ａｐｏ
Ｅ３、およびＡｐｏＥ４という３つのアイソフォームが存在する。個体は、個体
が有する対立遺伝子によって、６つの表現型、ホモ表現型（ＡｐｏＥ２／２、Ａ
ｐｏＥ３／３、もしくはＡｐｏＥ４／４）またはヘテロ表現型（ＡｐｏＥ２／３
、ＡｐｏＥ２／４、もしくはＡｐｏＥ３／４）のうちの１つを有している（Mahl
ey, R.W.、Science 240:622-630 (1988)；Emi, M. ら、Genomics 3:373-379 (19
88) （これらの文献の開示は、参照により完全に本明細書に組み込まれる））。
ＡｐｏＥ遺伝子の遺伝子プロモーターの２対立遺伝子（Ａ／Ｔ）多型性も、同定
されている（Bullido, M. J.ら、Nature Genet. 18:69-71 (1998) （これの開示
は、参照により完全に本明細書に組み込まれる））。
）遺伝子の対立遺伝子と緑内障の発症年齢との関係、およびＡｐｏＥ遺伝子プロ
モーターの対立遺伝子と緑内障診断時の眼内圧レベルとの関係を同定した。アポ
リポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）は、血漿リポタンパク質のタンパク質成分であり
、コレステロール代謝において役割を果たしている。ＡｐｏＥタンパク質には、
単一遺伝子の３つのＡｐｏＥ対立遺伝子により産生される、ＡｐｏＥ２、Ａｐｏ
Ｅ３、およびＡｐｏＥ４という３つのアイソフォームが存在する。個体は、個体
が有する対立遺伝子によって、６つの表現型、ホモ表現型（ＡｐｏＥ２／２、Ａ
ｐｏＥ３／３、もしくはＡｐｏＥ４／４）またはヘテロ表現型（ＡｐｏＥ２／３
、ＡｐｏＥ２／４、もしくはＡｐｏＥ３／４）のうちの１つを有している（Mahl
ey, R.W.、Science 240:622-630 (1988)；Emi, M. ら、Genomics 3:373-379 (19
88) （これらの文献の開示は、参照により完全に本明細書に組み込まれる））。
ＡｐｏＥ遺伝子の遺伝子プロモーターの２対立遺伝子（Ａ／Ｔ）多型性も、同定
されている（Bullido, M. J.ら、Nature Genet. 18:69-71 (1998) （これの開示
は、参照により完全に本明細書に組み込まれる））。
【００１３】 ＴＩＧＲ遺伝子のいくつかの突然変異が、緑内障と関連付けられている （例
えば、Richards, J. E. ら、Ophthalmology 105:1698-1707 (1998)；Kee, C. と
Ahn, B. H.、Korean J. Ophthalmol. 11:75-78 (1997) ；Adam, M. F. ら、Hum.
Mol. Genet 6:2091-2097 (1997)）。ＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターの多型また
は突然変異も、少なくとも１つ、同定されている。
えば、Richards, J. E. ら、Ophthalmology 105:1698-1707 (1998)；Kee, C. と
Ahn, B. H.、Korean J. Ophthalmol. 11:75-78 (1997) ；Adam, M. F. ら、Hum.
Mol. Genet 6:2091-2097 (1997)）。ＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターの多型また
は突然変異も、少なくとも１つ、同定されている。
【００１４】 本出願人は、小柱網誘導可能グルココルチコイド応答（ＴＩＧＲ）タンパク質
をコードする遺伝子（「ＴＩＧＲ遺伝子」）に１個または複数個の突然変異、特
に表現度が変動しうる突然変異を有する個体における、ＡｐｏＥ対立遺伝子と緑
内障の発症年齢との相関を同定した。ＴＩＧＲタンパク質をコードする遺伝子に
１個または複数個の突然変異を有する個体は、本明細書において、「ＴＩＧＲ遺
伝子突然変異キャリア」、または突然変異がＴＩＧＲタンパク質をコードする領
域に存在することを示すため「ＴＩＧＲタンパク質突然変異キャリア」とも呼ば
れ、ＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターに１個または複数個の突然変異を有する個体
は、本明細書において、「ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリア」と呼
ばれる。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであり、かつＴＩＧＲ遺伝子
プロモーター突然変異キャリアでもある場合がある。
をコードする遺伝子（「ＴＩＧＲ遺伝子」）に１個または複数個の突然変異、特
に表現度が変動しうる突然変異を有する個体における、ＡｐｏＥ対立遺伝子と緑
内障の発症年齢との相関を同定した。ＴＩＧＲタンパク質をコードする遺伝子に
１個または複数個の突然変異を有する個体は、本明細書において、「ＴＩＧＲ遺
伝子突然変異キャリア」、または突然変異がＴＩＧＲタンパク質をコードする領
域に存在することを示すため「ＴＩＧＲタンパク質突然変異キャリア」とも呼ば
れ、ＴＩＧＲ遺伝子のプロモーターに１個または複数個の突然変異を有する個体
は、本明細書において、「ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリア」と呼
ばれる。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであり、かつＴＩＧＲ遺伝子
プロモーター突然変異キャリアでもある場合がある。
【００１５】 ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアにおいて、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立
遺伝子を有するものは、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していない個体よりも、緑内
障の発症時の年齢が有意に低かった。ＡｐｏＥ３対立遺伝子を有しておらず、少
なくとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリア
は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キ
ャリアよりも、緑内障の発症時の年齢が有意に高かった。ＡｐｏＥ３対立遺伝子
についてホモであるＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアは、少なくとも１個のＡｐ
ｏＥ４対立遺伝子を有するものと、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有しておらず、少な
くとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するものとの中間の緑内障の発症年齢を
有していた。さらに、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ
遺伝子突然変異キャリアにおいて、ＡｐｏＥ遺伝子の遺伝子プロモーターにおけ
る１個または２個の「Ｔ」対立遺伝子の存在も、２個のＡ対立遺伝子の存在と比
較して有意に低い緑内障の発症年齢と相関している。さらに、遺伝子プロモータ
ーのＴ対立遺伝子は、個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであるか否かに関
わらず、疾患発症時の眼内圧レベル（ＩＯＰ）に影響を与え、ＡｐｏＥ対立遺伝
子の遺伝子プロモーターにＴ対立遺伝子を有する個体は、有意に高い診断時ＩＯ
Ｐを有していた。遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子多型は、ＴＩＧＲ遺
伝子プロモーター突然変異キャリアにおける、高いＩＯＰとも関連していた。対
照的に、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キ
ャリアにおいては、ＩＯＰは低かった。
遺伝子を有するものは、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していない個体よりも、緑内
障の発症時の年齢が有意に低かった。ＡｐｏＥ３対立遺伝子を有しておらず、少
なくとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリア
は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キ
ャリアよりも、緑内障の発症時の年齢が有意に高かった。ＡｐｏＥ３対立遺伝子
についてホモであるＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアは、少なくとも１個のＡｐ
ｏＥ４対立遺伝子を有するものと、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有しておらず、少な
くとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するものとの中間の緑内障の発症年齢を
有していた。さらに、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ
遺伝子突然変異キャリアにおいて、ＡｐｏＥ遺伝子の遺伝子プロモーターにおけ
る１個または２個の「Ｔ」対立遺伝子の存在も、２個のＡ対立遺伝子の存在と比
較して有意に低い緑内障の発症年齢と相関している。さらに、遺伝子プロモータ
ーのＴ対立遺伝子は、個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであるか否かに関
わらず、疾患発症時の眼内圧レベル（ＩＯＰ）に影響を与え、ＡｐｏＥ対立遺伝
子の遺伝子プロモーターにＴ対立遺伝子を有する個体は、有意に高い診断時ＩＯ
Ｐを有していた。遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子多型は、ＴＩＧＲ遺
伝子プロモーター突然変異キャリアにおける、高いＩＯＰとも関連していた。対
照的に、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キ
ャリアにおいては、ＩＯＰは低かった。
【００１６】 これらの発見の結果として、個体の早発型緑内障の発症の危険性を評価する方
法、および個体の疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性を評価する
方法が、ここに利用可能となった。該方法においては、個体におけるＡｐｏＥ対
立遺伝子、および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子が評価され
る。
法、および個体の疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性を評価する
方法が、ここに利用可能となった。該方法においては、個体におけるＡｐｏＥ対
立遺伝子、および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子が評価され
る。
【００１７】 個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子を評価するためには、１個または複数個の特
定のＡｐｏＥ対立遺伝子の存在または不存在を検出する。個体が少なくとも１個
のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するか否かを決定することができるよう、特定のＡ
ｐｏＥ対立遺伝子の存在または不存在の検出を実施する場合には、ＡｐｏＥ２、
ＡｐｏＥ３、もしくはＡｐｏＥ４対立遺伝子、またはそれらの組み合わせの存在
を検出することができる。例えば、ＡｐｏＥ４対立遺伝子（または、２個存在す
る場合には、２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子）の存在または不存在が、検出されう
る。または、２個の対立遺伝子の存在はまた、他の対立遺伝子の不存在を示して
いるため、ＡｐｏＥ２および／またはＡｐｏＥ３対立遺伝子の存在または不存在
を検出し、それにより１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不
存在を間接的に評価することもできる。例えば、２個のＡｐｏＥ３対立遺伝子（
最も一般的な遺伝子型）の存在、２個のＡｐｏＥ２対立遺伝子の存在、または１
個のＡｐｏＥ３対立遺伝子および１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子の存在は、Ａｐｏ
Ｅ４対立遺伝子の不存在の指標である。所望により、３つ全ての対立遺伝子（Ａ
ｐｏＥ２、ＡｐｏＥ３、およびＡｐｏＥ４）の存在または不存在を検出してもよ
い。
定のＡｐｏＥ対立遺伝子の存在または不存在を検出する。個体が少なくとも１個
のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するか否かを決定することができるよう、特定のＡ
ｐｏＥ対立遺伝子の存在または不存在の検出を実施する場合には、ＡｐｏＥ２、
ＡｐｏＥ３、もしくはＡｐｏＥ４対立遺伝子、またはそれらの組み合わせの存在
を検出することができる。例えば、ＡｐｏＥ４対立遺伝子（または、２個存在す
る場合には、２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子）の存在または不存在が、検出されう
る。または、２個の対立遺伝子の存在はまた、他の対立遺伝子の不存在を示して
いるため、ＡｐｏＥ２および／またはＡｐｏＥ３対立遺伝子の存在または不存在
を検出し、それにより１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不
存在を間接的に評価することもできる。例えば、２個のＡｐｏＥ３対立遺伝子（
最も一般的な遺伝子型）の存在、２個のＡｐｏＥ２対立遺伝子の存在、または１
個のＡｐｏＥ３対立遺伝子および１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子の存在は、Ａｐｏ
Ｅ４対立遺伝子の不存在の指標である。所望により、３つ全ての対立遺伝子（Ａ
ｐｏＥ２、ＡｐｏＥ３、およびＡｐｏＥ４）の存在または不存在を検出してもよ
い。
【００１８】 ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子を評価するためには、ＡｐｏＥ遺伝子
プロモーター対立遺伝子の存在または不存在を検出する。例えば、ＡｐｏＥ遺伝
子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在を検出することができる
。または、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ａ」対立遺伝子の存在または不存在
を検出し、それにより「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在を間接的に評価する
ことができる。所望により、両方の対立遺伝子（「Ｔ」対立遺伝子および「Ａ」
対立遺伝子）の存在または不存在を検出してもよい。
プロモーター対立遺伝子の存在または不存在を検出する。例えば、ＡｐｏＥ遺伝
子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在を検出することができる
。または、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ａ」対立遺伝子の存在または不存在
を検出し、それにより「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在を間接的に評価する
ことができる。所望により、両方の対立遺伝子（「Ｔ」対立遺伝子および「Ａ」
対立遺伝子）の存在または不存在を検出してもよい。
【００１９】 個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター
対立遺伝子は、ハイブリダイゼーション法（例えば、サザンまたはノーザン分析
）、遺伝子および／または遺伝子プロモーターの配列決定、対立遺伝子特異的オ
リゴヌクレオチド分析、制限酵素消化による分析、または（ＡｐｏＥ対立遺伝子
の場合には）１個もしくは複数個のＡｐｏＥタンパク質の分析（例えば、分光法
、酵素結合免疫吸着アッセイ、比色法、電気泳動、等電点電気泳動、ラジオイム
ノアッセイ、（ウェスタンブロッティングのような）イムノブロッティング）を
含む、多様な方法により評価されうる。ＡｐｏＥ対立遺伝子を評価するいくつか
の方法が、Ｒｏｓｅらの米国特許第５，５０８，１６７号（これの開示は、参照
により完全に本明細書に組み込まれる）に詳細に記載されている。同様の方法が
、ＡｐｏＥプロモーターの対立遺伝子を評価するため使用されうる。
対立遺伝子は、ハイブリダイゼーション法（例えば、サザンまたはノーザン分析
）、遺伝子および／または遺伝子プロモーターの配列決定、対立遺伝子特異的オ
リゴヌクレオチド分析、制限酵素消化による分析、または（ＡｐｏＥ対立遺伝子
の場合には）１個もしくは複数個のＡｐｏＥタンパク質の分析（例えば、分光法
、酵素結合免疫吸着アッセイ、比色法、電気泳動、等電点電気泳動、ラジオイム
ノアッセイ、（ウェスタンブロッティングのような）イムノブロッティング）を
含む、多様な方法により評価されうる。ＡｐｏＥ対立遺伝子を評価するいくつか
の方法が、Ｒｏｓｅらの米国特許第５，５０８，１６７号（これの開示は、参照
により完全に本明細書に組み込まれる）に詳細に記載されている。同様の方法が
、ＡｐｏＥプロモーターの対立遺伝子を評価するため使用されうる。
【００２０】 例えば、個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する１つの方法において、サ
ザン分析のようなハイブリダイゼーション法が使用されうる（Current Protocol
s in Molecular Biology, Ausubel, F. ら編，John Wiley & Sons （１９９８年
までの全ての増補を含む））。例えば、ＡｐｏＥ遺伝子を含むかまたはＡｐｏＥ
タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡを含有する被検
試料が、使用されうる。そのようなゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、およびｃＤＮＡは、
本明細書において、集合的に「ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸」と呼ばれる。被検試
料は、個体（「被検個体」）から入手される。個体は、成人、小児、または胎児
でありうる。被検試料は、血液試料、脳脊髄液試料、または組織試料（例えば、
皮膚またはその他の臓器）のような、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡを含有す
る任意の起源に由来しうる。好ましい実施態様において、ＡｐｏＥ遺伝子を含む
核酸を含有する被検試料は、血液試料、線維芽細胞皮膚試料、毛根、または口腔
から得られた細胞から（例えば、洗口により）入手される。もう１つの好ましい
実施態様において、ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸を含有する被検試料は、羊水穿刺
または絨毛膜絨毛採取のような適切な方法により、胎児の細胞または組織から入
手される。
ザン分析のようなハイブリダイゼーション法が使用されうる（Current Protocol
s in Molecular Biology, Ausubel, F. ら編，John Wiley & Sons （１９９８年
までの全ての増補を含む））。例えば、ＡｐｏＥ遺伝子を含むかまたはＡｐｏＥ
タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡを含有する被検
試料が、使用されうる。そのようなゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、およびｃＤＮＡは、
本明細書において、集合的に「ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸」と呼ばれる。被検試
料は、個体（「被検個体」）から入手される。個体は、成人、小児、または胎児
でありうる。被検試料は、血液試料、脳脊髄液試料、または組織試料（例えば、
皮膚またはその他の臓器）のような、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡを含有す
る任意の起源に由来しうる。好ましい実施態様において、ＡｐｏＥ遺伝子を含む
核酸を含有する被検試料は、血液試料、線維芽細胞皮膚試料、毛根、または口腔
から得られた細胞から（例えば、洗口により）入手される。もう１つの好ましい
実施態様において、ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸を含有する被検試料は、羊水穿刺
または絨毛膜絨毛採取のような適切な方法により、胎児の細胞または組織から入
手される。
【００２１】 所望により、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４
，６８３，１９５号、第４，６８３，２０２号、第４，８００，１５９号、第４
，９６５，１８８号を参照のこと）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、We
iss, R. 、Science 254:1292 (1991) を参照のこと）、またはその他の手段によ
り、ＡｐｏＥ遺伝子を増幅させることができる。または、ＡｐｏＥ遺伝子の一部
（例えば、コドン１１２またはコドン１５８を含む部分）を増幅させてもよい。
次いで、ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸（および、増幅を実施した場合には、遺伝子
または遺伝子の一部の増幅されたコピー）を含有する被検試料を、ＡｐｏＥ対立
遺伝子を評価するために調査する。特定の対立遺伝子の存在は、被検試料中のＡ
ｐｏＥ遺伝子を含む核酸の、核酸プローブとのハイブリダイゼーションにより示
される。本明細書において使用される「核酸プローブ」とは、ＤＮＡプローブま
たはＲＮＡプローブでありうる。核酸は、ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子のうちの
１個のみと特異的にハイブリダイズする；即ち、１個の対立遺伝子（例えば、Ａ
ｐｏＥ４対立遺伝子）とハイブリダイズするが、他の対立遺伝子（例えば、Ａｐ
ｏＥ２およびＡｐｏＥ３対立遺伝子）とはハイブリダイズしない。そのような核
酸プローブは、本明細書において「対立遺伝子特異的核酸プローブ」と呼ばれる
。そのような核酸プローブの断片も、対立遺伝子変異を含有するＡｐｏＥ遺伝子
の部分とハイブリダイズするのであれば、使用されうる。
，６８３，１９５号、第４，６８３，２０２号、第４，８００，１５９号、第４
，９６５，１８８号を参照のこと）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、We
iss, R. 、Science 254:1292 (1991) を参照のこと）、またはその他の手段によ
り、ＡｐｏＥ遺伝子を増幅させることができる。または、ＡｐｏＥ遺伝子の一部
（例えば、コドン１１２またはコドン１５８を含む部分）を増幅させてもよい。
次いで、ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸（および、増幅を実施した場合には、遺伝子
または遺伝子の一部の増幅されたコピー）を含有する被検試料を、ＡｐｏＥ対立
遺伝子を評価するために調査する。特定の対立遺伝子の存在は、被検試料中のＡ
ｐｏＥ遺伝子を含む核酸の、核酸プローブとのハイブリダイゼーションにより示
される。本明細書において使用される「核酸プローブ」とは、ＤＮＡプローブま
たはＲＮＡプローブでありうる。核酸は、ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子のうちの
１個のみと特異的にハイブリダイズする；即ち、１個の対立遺伝子（例えば、Ａ
ｐｏＥ４対立遺伝子）とハイブリダイズするが、他の対立遺伝子（例えば、Ａｐ
ｏＥ２およびＡｐｏＥ３対立遺伝子）とはハイブリダイズしない。そのような核
酸プローブは、本明細書において「対立遺伝子特異的核酸プローブ」と呼ばれる
。そのような核酸プローブの断片も、対立遺伝子変異を含有するＡｐｏＥ遺伝子
の部分とハイブリダイズするのであれば、使用されうる。
【００２２】 ＡｐｏＥ対立遺伝子を評価するためには、ＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸を含有す
る被検試料を、少なくとも１個の核酸プローブと接触させることにより、ハイブ
リダイゼーション試料を形成させる。核酸プローブとＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸
との特異的ハイブリダイゼーションを可能とするために十分な条件下でハイブリ
ダイゼーション試料を維持する。本明細書において使用される「特異的ハイブリ
ダイゼーション」とは、（例えば、誤対合のない）正確なハイブリダイゼーショ
ンをさす。特異的ハイブリダイゼーションは、例えば高ストリンジェンシー条件
または中ストリンジェンシー条件の下で実施されうる。ハイブリダイゼーション
のための「ストリンジェンシー条件」とは、特定の核酸ともう１つの核酸とのハ
イブリダイゼーションを許容する温度および緩衝液濃度の条件をさす技術用語で
ある。ここで、第１の核酸は、第２の核酸と完全に相補的である場合もあるし、
または第１および第２の核酸は、ある程度の相補性のみを有している場合もある
。例えば、完全に相補的な核酸を、相補性の低いものから区別する、ある種の高
ストリンジェンシー条件が、使用されうる。核酸ハイブリダイゼーションのため
の「高ストリンジェンシー条件」および「中ストリンジェンシー条件」は、Curr
ent Protocols in Molecular Biology （前記）（これの開示は、参照により本
明細書に組み込まれる）のチャプター２．１０および６．３、特に２．１０．１
〜２．１０．１６頁、および６．３．１〜６頁に説明されている。ハイブリダイ
ゼーションのストリンジェンシーを決定する正確な条件は、核酸の長さ、塩基組
成、ハイブリダイズする配列間の誤対合の割合および分布、温度、イオン強度、
不安定化剤の濃度、並びにその他の要因のような要因に依存する。従って、高ま
たは中ストリンジェンシー条件は、経験的に決定されうる。１つの実施態様にお
いて、特異的ハイブリダイゼーションのためのハイブリダイゼーション条件は、
中ストリンジェンシーである。特に好ましい実施態様において、特異的ハイブリ
ダイゼーションのためのハイブリダイゼーション条件は、高ストリンジェンシー
である。
る被検試料を、少なくとも１個の核酸プローブと接触させることにより、ハイブ
リダイゼーション試料を形成させる。核酸プローブとＡｐｏＥ遺伝子を含む核酸
との特異的ハイブリダイゼーションを可能とするために十分な条件下でハイブリ
ダイゼーション試料を維持する。本明細書において使用される「特異的ハイブリ
ダイゼーション」とは、（例えば、誤対合のない）正確なハイブリダイゼーショ
ンをさす。特異的ハイブリダイゼーションは、例えば高ストリンジェンシー条件
または中ストリンジェンシー条件の下で実施されうる。ハイブリダイゼーション
のための「ストリンジェンシー条件」とは、特定の核酸ともう１つの核酸とのハ
イブリダイゼーションを許容する温度および緩衝液濃度の条件をさす技術用語で
ある。ここで、第１の核酸は、第２の核酸と完全に相補的である場合もあるし、
または第１および第２の核酸は、ある程度の相補性のみを有している場合もある
。例えば、完全に相補的な核酸を、相補性の低いものから区別する、ある種の高
ストリンジェンシー条件が、使用されうる。核酸ハイブリダイゼーションのため
の「高ストリンジェンシー条件」および「中ストリンジェンシー条件」は、Curr
ent Protocols in Molecular Biology （前記）（これの開示は、参照により本
明細書に組み込まれる）のチャプター２．１０および６．３、特に２．１０．１
〜２．１０．１６頁、および６．３．１〜６頁に説明されている。ハイブリダイ
ゼーションのストリンジェンシーを決定する正確な条件は、核酸の長さ、塩基組
成、ハイブリダイズする配列間の誤対合の割合および分布、温度、イオン強度、
不安定化剤の濃度、並びにその他の要因のような要因に依存する。従って、高ま
たは中ストリンジェンシー条件は、経験的に決定されうる。１つの実施態様にお
いて、特異的ハイブリダイゼーションのためのハイブリダイゼーション条件は、
中ストリンジェンシーである。特に好ましい実施態様において、特異的ハイブリ
ダイゼーションのためのハイブリダイゼーション条件は、高ストリンジェンシー
である。
【００２３】 特異的ハイブリダイゼーションが存在する場合には、次いで常法を用いて検出
される。特異的ハイブリダイゼーションが対立遺伝子特異的核酸プローブと被検
試料中のＡｐｏＥ遺伝子との間で生ずる場合、個体は核酸プローブがハイブリダ
イズするＡｐｏＥの対立遺伝子を有する。複数個の核酸プローブを、この方法で
同時に使用することもできる（例えば、ＡｐｏＥ２対立遺伝子にハイブリダイズ
するプローブおよびＡｐｏＥ３対立遺伝子にハイブリダイズするプローブ）。
される。特異的ハイブリダイゼーションが対立遺伝子特異的核酸プローブと被検
試料中のＡｐｏＥ遺伝子との間で生ずる場合、個体は核酸プローブがハイブリダ
イズするＡｐｏＥの対立遺伝子を有する。複数個の核酸プローブを、この方法で
同時に使用することもできる（例えば、ＡｐｏＥ２対立遺伝子にハイブリダイズ
するプローブおよびＡｐｏＥ３対立遺伝子にハイブリダイズするプローブ）。
【００２４】 遺伝子プロモーターの核酸（および、増幅を実施した場合には、遺伝子プロモ
ーターまたは遺伝子プロモーターの一部の増幅されたコピー）を含有する試料、
および２個のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子のうちの１個のみとハイブ
リダイズする対立遺伝子特異的核酸プローブを使用して、ＡｐｏＥ遺伝子プロモ
ーター対立遺伝子を評価するため、同様の方法がまた使用されうる。さらに、こ
れらの方法は、ＡｐｏＥ遺伝子を含み、かつＡｐｏＥ遺伝子プロモーターも含む
核酸（並びに、増幅を実施した場合には、遺伝子および遺伝子プロモーター、ま
たは遺伝子および遺伝子プロモーターの一部の増幅されたコピー）を含有する試
料、ＡｐｏＥ対立遺伝子のうちの１個とハイブリダイズする少なくとも１個の対
立遺伝子特異的核酸プローブ、およびＡｐｏＥプロモーターの対立遺伝子とハイ
ブリダイズする対立遺伝子特異的核酸プローブを使用して、ＡｐｏＥ対立遺伝子
とＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子の両方を同時に評価するために使用さ
れうる。例えば、ＡｐｏＥプロモーターおよびＡｐｏＥ遺伝子を含むゲノムＤＮ
Ａを同時に増幅し、次いで遺伝子およびプロモーターの対立遺伝子について評価
することができる。
ーターまたは遺伝子プロモーターの一部の増幅されたコピー）を含有する試料、
および２個のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子のうちの１個のみとハイブ
リダイズする対立遺伝子特異的核酸プローブを使用して、ＡｐｏＥ遺伝子プロモ
ーター対立遺伝子を評価するため、同様の方法がまた使用されうる。さらに、こ
れらの方法は、ＡｐｏＥ遺伝子を含み、かつＡｐｏＥ遺伝子プロモーターも含む
核酸（並びに、増幅を実施した場合には、遺伝子および遺伝子プロモーター、ま
たは遺伝子および遺伝子プロモーターの一部の増幅されたコピー）を含有する試
料、ＡｐｏＥ対立遺伝子のうちの１個とハイブリダイズする少なくとも１個の対
立遺伝子特異的核酸プローブ、およびＡｐｏＥプロモーターの対立遺伝子とハイ
ブリダイズする対立遺伝子特異的核酸プローブを使用して、ＡｐｏＥ対立遺伝子
とＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子の両方を同時に評価するために使用さ
れうる。例えば、ＡｐｏＥプロモーターおよびＡｐｏＥ遺伝子を含むゲノムＤＮ
Ａを同時に増幅し、次いで遺伝子およびプロモーターの対立遺伝子について評価
することができる。
【００２５】 もう１つのハイブリダイゼーション法において、ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子
の存在または不存在を同定するため、ノーザン分析（Current Protocols in Mo
lecular Biology, Ausubel, F.ら編，John Wiley & Sons 、前記）が使用される
。ノーザン分析のためには、適切な手段により被検個体からＲＮＡの試料を入手
する。前記のような対立遺伝子特異的核酸プローブと、個体由来のＲＮＡとの特
異的ハイブリダイゼーションは、ＡｐｏＥ遺伝子のその対立遺伝子の存在の指標
である。核酸プローブの使用の代表的な例については、例えば米国特許第５，２
８８，６１１号および第４，８５１，３３０号を参照のこと。
の存在または不存在を同定するため、ノーザン分析（Current Protocols in Mo
lecular Biology, Ausubel, F.ら編，John Wiley & Sons 、前記）が使用される
。ノーザン分析のためには、適切な手段により被検個体からＲＮＡの試料を入手
する。前記のような対立遺伝子特異的核酸プローブと、個体由来のＲＮＡとの特
異的ハイブリダイゼーションは、ＡｐｏＥ遺伝子のその対立遺伝子の存在の指標
である。核酸プローブの使用の代表的な例については、例えば米国特許第５，２
８８，６１１号および第４，８５１，３３０号を参照のこと。
【００２６】 または、前記のハイブリダイゼーション法において、核酸プローブの代わりに
ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブを使用してもよい。ＰＮＡとは、有機塩基（Ａ
、Ｇ、Ｃ、Ｔ、またはＵ）がメチレンカルボニルリンカーを介してグリシン窒素
と結合しているＮ−（２−アミノエチル）グリシン単位のようなペプチド様無機
骨格を有するＤＮＡ類似体である（例えば、Nielsen, P. E.ら、Bioconjugate C
hemistry, 1994, 5, American Chemical Society，１頁(1994)）。ＰＮＡプロー
ブは、前記の核酸プローブと同様にして、即ちＡｐｏＥ遺伝子の特定の対立遺伝
子と特異的にハイブリダイズするよう、設計されうる。
ペプチド核酸（ＰＮＡ）プローブを使用してもよい。ＰＮＡとは、有機塩基（Ａ
、Ｇ、Ｃ、Ｔ、またはＵ）がメチレンカルボニルリンカーを介してグリシン窒素
と結合しているＮ−（２−アミノエチル）グリシン単位のようなペプチド様無機
骨格を有するＤＮＡ類似体である（例えば、Nielsen, P. E.ら、Bioconjugate C
hemistry, 1994, 5, American Chemical Society，１頁(1994)）。ＰＮＡプロー
ブは、前記の核酸プローブと同様にして、即ちＡｐｏＥ遺伝子の特定の対立遺伝
子と特異的にハイブリダイズするよう、設計されうる。
【００２７】 配列分析も、ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロ
モーターの対立遺伝子を検出するために使用されうる。前記のように、被検試料
を被検個体から入手する。前記のように、所望により、遺伝子、遺伝子プロモー
ター、および／またはその隣接配列を増幅するために、ＰＣＲまたはＬＣＲを使
用することができる。ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子、もしくは遺伝子の断片の、
１個または複数個の配列、および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの１個ま
たは複数個の配列を、常法を使用して決定する。ＡｐｏＥ遺伝子、遺伝子断片、
または遺伝子プロモーターの、１個または複数個の配列を、ＡｐｏＥ遺伝子また
はＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの異なる対立遺伝子の既知の核酸配列と比較し、
それにより個体の対立遺伝子を決定する。
モーターの対立遺伝子を検出するために使用されうる。前記のように、被検試料
を被検個体から入手する。前記のように、所望により、遺伝子、遺伝子プロモー
ター、および／またはその隣接配列を増幅するために、ＰＣＲまたはＬＣＲを使
用することができる。ＡｐｏＥ遺伝子の対立遺伝子、もしくは遺伝子の断片の、
１個または複数個の配列、および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの１個ま
たは複数個の配列を、常法を使用して決定する。ＡｐｏＥ遺伝子、遺伝子断片、
または遺伝子プロモーターの、１個または複数個の配列を、ＡｐｏＥ遺伝子また
はＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの異なる対立遺伝子の既知の核酸配列と比較し、
それにより個体の対立遺伝子を決定する。
【００２８】 対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（本明細書において「配列特異的オリゴ
ヌクレオチド」とも呼ぶ）も、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド （ＡＳＯ
）プローブによる増幅された核酸のドットブロットハイブリダイゼーションの使
用を通して、ＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対
立遺伝子の存在または不存在を検出するために使用されうる（例えば、Houlston
, R. S. ら、Hum. Genet. 83:364-8 (1989) （これの開示は、参照により本明細
書に完全に組み込まれる））。「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」（本明
細書において「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ」とも呼ぶ）とは
、ＡｐｏＥ遺伝子の１個の対立遺伝子（または、ＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する
のか、またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子を評価するのかによって、
ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの１個の対立遺伝子）と特異的にハイブリダイズす
る、およそ１０〜５０塩基対、好ましくはおよそ１５〜３０塩基対のオリゴヌク
レオチドである。遺伝子または遺伝子プロモーターの特定の対立遺伝子に対して
特異的な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブは、常法を使用して調製
されうる（Current Protocols in Molecular Biology（前記）を参照のこと）。
ＡｐｏＥ遺伝子または遺伝子プロモーターの対立遺伝子を決定するためには、前
記のように、被検試料を被検個体から入手する。所望により、ＡｐｏＥ遺伝子、
遺伝子プロモーター、および／またはその隣接配列の全部または断片を増幅する
ために、ＰＣＲまたはＬＣＲを使用することができる。常法を使用して、被検試
料をドットプロットし（Current Protocols in Molecular Biology（前記）を参
照のこと）、そのブロットを、１個または複数個の対立遺伝子特異的オリゴヌク
レオチドプローブと接触させる。次いで、１個または複数個のプローブと被検試
料との特異的ハイブリダイゼーションの存在を検出する。対立遺伝子特異的オリ
ゴヌクレオチドプローブと個体の被検試料との特異的ハイブリダイゼーションは
、その対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが結合するＡｐｏＥ遺伝子（または
遺伝子プロモーター）の対立遺伝子の存在の指標である。
ヌクレオチド」とも呼ぶ）も、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド （ＡＳＯ
）プローブによる増幅された核酸のドットブロットハイブリダイゼーションの使
用を通して、ＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対
立遺伝子の存在または不存在を検出するために使用されうる（例えば、Houlston
, R. S. ら、Hum. Genet. 83:364-8 (1989) （これの開示は、参照により本明細
書に完全に組み込まれる））。「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」（本明
細書において「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブ」とも呼ぶ）とは
、ＡｐｏＥ遺伝子の１個の対立遺伝子（または、ＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する
のか、またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子を評価するのかによって、
ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの１個の対立遺伝子）と特異的にハイブリダイズす
る、およそ１０〜５０塩基対、好ましくはおよそ１５〜３０塩基対のオリゴヌク
レオチドである。遺伝子または遺伝子プロモーターの特定の対立遺伝子に対して
特異的な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブは、常法を使用して調製
されうる（Current Protocols in Molecular Biology（前記）を参照のこと）。
ＡｐｏＥ遺伝子または遺伝子プロモーターの対立遺伝子を決定するためには、前
記のように、被検試料を被検個体から入手する。所望により、ＡｐｏＥ遺伝子、
遺伝子プロモーター、および／またはその隣接配列の全部または断片を増幅する
ために、ＰＣＲまたはＬＣＲを使用することができる。常法を使用して、被検試
料をドットプロットし（Current Protocols in Molecular Biology（前記）を参
照のこと）、そのブロットを、１個または複数個の対立遺伝子特異的オリゴヌク
レオチドプローブと接触させる。次いで、１個または複数個のプローブと被検試
料との特異的ハイブリダイゼーションの存在を検出する。対立遺伝子特異的オリ
ゴヌクレオチドプローブと個体の被検試料との特異的ハイブリダイゼーションは
、その対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが結合するＡｐｏＥ遺伝子（または
遺伝子プロモーター）の対立遺伝子の存在の指標である。
【００２９】 ＡｐｏＥ対立遺伝子の評価は、ＡｐｏＥタンパク質を含む被検試料を調査する
ことによってもなされうる。個体由来の被検試料を、ＡｐｏＥ遺伝子の１個また
は複数個の対立遺伝子によりコードされたタンパク質の存在に関して評価する。
分光法、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、比色法、電気泳動、等電点
電気泳動、およびイムノブロッティング（Current Protocols in Molecular Bio
logy、特にチャプター１０を参照のこと）を含む、ＡｐｏＥ遺伝子によりコード
されたタンパク質を調査する様々な手段が、使用されうる。例えば、ＡｐｏＥ遺
伝子の１個の対立遺伝子によりコードされたタンパク質と特異的に結合する抗体
を使用したウェスタンブロッティング分析が、ＡｐｏＥ遺伝子のその対立遺伝子
によりコードされたタンパク質の被検試料中の存在または不存在を同定するため
に使用されうる。本明細書において使用される「抗体」という用語は、タンパク
質またはタンパク質断片と反応性のポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体の両方、並びに複数個の抗体の混合物（例えば、変異型タンパク質またはタン
パク質断片と反応性の、異なる型のモノクローナル抗体の混和物）を包含する。
抗体という用語は、さらに、完全な抗体、および／または生物学的に機能性のそ
れらの断片、複数の種に由来する部分を含むキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト様抗
体、および二機能性抗体を包含するものとする。生物学的に機能性の抗体断片と
は、抗体断片と目的タンパク質との結合にとって十分な断片である。
ことによってもなされうる。個体由来の被検試料を、ＡｐｏＥ遺伝子の１個また
は複数個の対立遺伝子によりコードされたタンパク質の存在に関して評価する。
分光法、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、比色法、電気泳動、等電点
電気泳動、およびイムノブロッティング（Current Protocols in Molecular Bio
logy、特にチャプター１０を参照のこと）を含む、ＡｐｏＥ遺伝子によりコード
されたタンパク質を調査する様々な手段が、使用されうる。例えば、ＡｐｏＥ遺
伝子の１個の対立遺伝子によりコードされたタンパク質と特異的に結合する抗体
を使用したウェスタンブロッティング分析が、ＡｐｏＥ遺伝子のその対立遺伝子
によりコードされたタンパク質の被検試料中の存在または不存在を同定するため
に使用されうる。本明細書において使用される「抗体」という用語は、タンパク
質またはタンパク質断片と反応性のポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体の両方、並びに複数個の抗体の混合物（例えば、変異型タンパク質またはタン
パク質断片と反応性の、異なる型のモノクローナル抗体の混和物）を包含する。
抗体という用語は、さらに、完全な抗体、および／または生物学的に機能性のそ
れらの断片、複数の種に由来する部分を含むキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト様抗
体、および二機能性抗体を包含するものとする。生物学的に機能性の抗体断片と
は、抗体断片と目的タンパク質との結合にとって十分な断片である。
【００３０】 本発明の好ましい実施態様において、ＡｐｏＥ対立遺伝子および／またはＡｐ
ｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子は、好ましくは関連遺伝子材料の対立遺伝子
特異的増幅（即ち、ＡｐｏＥ遺伝子またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの増幅）
の後、ＳＳＯプローブを用いたドットブロットハイブリダイゼーションを使用し
て評価される。
ｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子は、好ましくは関連遺伝子材料の対立遺伝子
特異的増幅（即ち、ＡｐｏＥ遺伝子またはＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの増幅）
の後、ＳＳＯプローブを用いたドットブロットハイブリダイゼーションを使用し
て評価される。
【００３１】 本発明の方法 本発明の１つの実施態様において、個体の早発型緑内障の発症の危険性が評価
される。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアもしくはＴＩＧＲ遺伝子プロ
モーター突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよいし、またはＴ
ＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／もしくはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然
変異キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ
／もしくはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアであるか否か）が不明
であってもよく、それは、別途決定されうる。もう１つの実施態様において、Ｔ
ＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変
異キャリアとしての個体の状態は、ＴＩＧＲ遺伝子の１個または複数個の突然変
異を同定するための前記と同様の方法を使用して、同時に決定されうる（例えば
、Richards, J. E. ら、Ophthalmology 105:1698-1707 (1998)；およびKee, C.
とAhn, B. H.、Korean J. Ophthalmol. 11:75-78 (1997) （これらの文献の開示
は、参照により完全に本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。好ましい実施
態様において、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プ
ロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態は、ＴＩＧＲ遺伝子および／ま
たはＴＩＧＲ遺伝子プロモーターの突然変異を検出することにより、同時に決定
されうる。
される。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアもしくはＴＩＧＲ遺伝子プロ
モーター突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよいし、またはＴ
ＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／もしくはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然
変異キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ
／もしくはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアであるか否か）が不明
であってもよく、それは、別途決定されうる。もう１つの実施態様において、Ｔ
ＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変
異キャリアとしての個体の状態は、ＴＩＧＲ遺伝子の１個または複数個の突然変
異を同定するための前記と同様の方法を使用して、同時に決定されうる（例えば
、Richards, J. E. ら、Ophthalmology 105:1698-1707 (1998)；およびKee, C.
とAhn, B. H.、Korean J. Ophthalmol. 11:75-78 (1997) （これらの文献の開示
は、参照により完全に本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。好ましい実施
態様において、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プ
ロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態は、ＴＩＧＲ遺伝子および／ま
たはＴＩＧＲ遺伝子プロモーターの突然変異を検出することにより、同時に決定
されうる。
【００３２】 個体の早発型緑内障の発症の危険性を評価するためには、前記のように、個体
がＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するか否か（即ち、個体が少なくとも１個のＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子を有するか否か；個体は２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有してい
てもよい）を（直接的または間接的に）決定するため、個体のＡｐｏＥ対立遺伝
子を評価する。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ対立遺伝子は、Ａｐ
ｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在（例えば、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の不存在
；１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在；イア（ir）２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子
の存在）を決定することにより、評価される。個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キ
ャリアであり、かつ個体がＡｐｏＥ４対立遺伝子を有している場合（即ち、少な
くとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有している場合；個体は２個のＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有していてもよい）、その個体は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有して
いないＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、高い早発型緑内障の発症の
危険性を有する。そのような「高い早発型緑内障の発症の危険性」を有する個体
は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアの緑
内障の発症年齢よりも、統計的に有意な量だけ、低い緑内障の発症年齢を有する
可能性が高い個体である。ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアがＡｐｏＥ４対立遺
伝子を有していない場合、その個体は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子（または２個のＡ
ｐｏＥ４対立遺伝子）を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低
い早発型緑内障の発症の危険性を有している。即ち、１個または２個のＡｐｏＥ
４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアの緑内障の発症年齢より
も、統計的に有意な量だけ、高い緑内障の発症年齢を有する可能性が高い。さら
に、１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子および１個のＡｐｏＥ３対立遺伝子、または２
個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアは、２個の
ＡｐｏＥ３対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低
い早発型緑内障の発症の危険性を有している（即ち、統計的に有意な量だけ、高
い緑内障の発症年齢を有する可能性が高い）。
がＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するか否か（即ち、個体が少なくとも１個のＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子を有するか否か；個体は２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有してい
てもよい）を（直接的または間接的に）決定するため、個体のＡｐｏＥ対立遺伝
子を評価する。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ対立遺伝子は、Ａｐ
ｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在（例えば、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の不存在
；１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在；イア（ir）２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子
の存在）を決定することにより、評価される。個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キ
ャリアであり、かつ個体がＡｐｏＥ４対立遺伝子を有している場合（即ち、少な
くとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有している場合；個体は２個のＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有していてもよい）、その個体は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有して
いないＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、高い早発型緑内障の発症の
危険性を有する。そのような「高い早発型緑内障の発症の危険性」を有する個体
は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有していないＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアの緑
内障の発症年齢よりも、統計的に有意な量だけ、低い緑内障の発症年齢を有する
可能性が高い個体である。ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアがＡｐｏＥ４対立遺
伝子を有していない場合、その個体は、ＡｐｏＥ４対立遺伝子（または２個のＡ
ｐｏＥ４対立遺伝子）を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低
い早発型緑内障の発症の危険性を有している。即ち、１個または２個のＡｐｏＥ
４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアの緑内障の発症年齢より
も、統計的に有意な量だけ、高い緑内障の発症年齢を有する可能性が高い。さら
に、１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子および１個のＡｐｏＥ３対立遺伝子、または２
個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアは、２個の
ＡｐｏＥ３対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低
い早発型緑内障の発症の危険性を有している（即ち、統計的に有意な量だけ、高
い緑内障の発症年齢を有する可能性が高い）。
【００３３】 本発明のもう１つの実施態様において、個体の早発型緑内障の発症の危険性は
、前記のように、個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（また
は２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有するか否かを（直接的または間接的に）決定す
るため、個体のＡｐｏＥプロモーター対立遺伝子を検査することにより、評価さ
れる。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝
子は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在（例
えば、「Ｔ」対立遺伝子の不存在；１個の「Ｔ」対立遺伝子の存在；または２個
の「Ｔ」対立遺伝子の存在）を決定することにより、評価される。前記と同様に
、個体はＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよ
いし、またはＴＩＧＲ突然変異キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ突
然変異キャリアであるか否か）が不明であってもよく、それは、別途決定される
か、または同時に決定されうる。さらに、個体は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有していることが既知の個体であってもよいし、または個体のＡｐ
ｏＥ対立遺伝子状態が不明であってもよく、それは、別途または同時に決定され
うる。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝
子は、個体のＡｐｏＥ対立遺伝子と同時に評価される。
、前記のように、個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（また
は２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有するか否かを（直接的または間接的に）決定す
るため、個体のＡｐｏＥプロモーター対立遺伝子を検査することにより、評価さ
れる。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝
子は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在（例
えば、「Ｔ」対立遺伝子の不存在；１個の「Ｔ」対立遺伝子の存在；または２個
の「Ｔ」対立遺伝子の存在）を決定することにより、評価される。前記と同様に
、個体はＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよ
いし、またはＴＩＧＲ突然変異キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ突
然変異キャリアであるか否か）が不明であってもよく、それは、別途決定される
か、または同時に決定されうる。さらに、個体は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有していることが既知の個体であってもよいし、または個体のＡｐ
ｏＥ対立遺伝子状態が不明であってもよく、それは、別途または同時に決定され
うる。好ましい実施態様において、個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝
子は、個体のＡｐｏＥ対立遺伝子と同時に評価される。
【００３４】 個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアであり、かつ１個または複数個のＡｐ
ｏＥ４対立遺伝子を有しており、かつＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立
遺伝子を有している場合（即ち、少なくとも１個の「Ｔ」対立遺伝子を有してい
る場合；個体は２個の「Ｔ」対立遺伝子を有していてもよい）、その個体は、高
い早発型緑内障の発症の危険性を有している。そのような高い早発型緑内障の発
症の危険性を有している個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有
するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有していないＴＩＧ
Ｒ遺伝子突然変異キャリアと比較して、統計的に有意な量だけ、低い緑内障の発
症年齢を有する可能性が高い個体である。ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧ
Ｒ遺伝子突然変異キャリアが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子
を有していない場合、その個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を
有するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有していないＴＩ
ＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低い早発型緑内障の発症の危険性を有
している（即ち、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子および１個または複
数個のＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子
突然変異キャリアの緑内障の発症年齢よりも、統計的に有意な量だけ、高い緑内
障の発症年齢を有する可能性が高い）。
ｏＥ４対立遺伝子を有しており、かつＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立
遺伝子を有している場合（即ち、少なくとも１個の「Ｔ」対立遺伝子を有してい
る場合；個体は２個の「Ｔ」対立遺伝子を有していてもよい）、その個体は、高
い早発型緑内障の発症の危険性を有している。そのような高い早発型緑内障の発
症の危険性を有している個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有
するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有していないＴＩＧ
Ｒ遺伝子突然変異キャリアと比較して、統計的に有意な量だけ、低い緑内障の発
症年齢を有する可能性が高い個体である。ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴＩＧ
Ｒ遺伝子突然変異キャリアが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子
を有していない場合、その個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を
有するが、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子は有していないＴＩ
ＧＲ遺伝子突然変異キャリアと比較して、低い早発型緑内障の発症の危険性を有
している（即ち、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子および１個または複
数個のＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子
突然変異キャリアの緑内障の発症年齢よりも、統計的に有意な量だけ、高い緑内
障の発症年齢を有する可能性が高い）。
【００３５】 本発明のもう１つの実施態様において、個体の疾患発症時に高眼内圧を伴う緑
内障の発症の危険性が評価される。「疾患発症」とは、緑内障の症状が最初に顕
示された時点をさす。疾患発症の正確な瞬間は、決定不可能であるが、緑内障の
初期診断時の高いＩＯＰは、疾患発症時の高いＩＯＰの指標である。
内障の発症の危険性が評価される。「疾患発症」とは、緑内障の症状が最初に顕
示された時点をさす。疾患発症の正確な瞬間は、決定不可能であるが、緑内障の
初期診断時の高いＩＯＰは、疾患発症時の高いＩＯＰの指標である。
【００３６】 個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモ
ーター突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよいし、またはＴＩ
ＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異
キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／ま
たはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアであるか否か）が不明であっ
てもよい。個体の疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を評価する
ためには、前記のように、個体が１個または複数個のＡｐｏＥプロモーターの「
Ｔ」対立遺伝子を有するか否かを（直接的または間接的に）決定するため、個体
のＡｐｏＥプロモーター対立遺伝子が評価される。好ましい実施態様において、
個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター
の「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在（例えば、「Ｔ」対立遺伝子の不存在；
１個の「Ｔ」対立遺伝子の存在；または２個の「Ｔ」対立遺伝子の存在）を決定
することにより、評価される。個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立
遺伝子（または２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有している場合、その個体は、Ａｐ
ｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していない個体と比較して、高
い疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有している。「高い疾患
発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性」を有している個体は、ＡｐｏＥ
遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していない個体の疾患発症時ＩＯＰ
よりも、統計的に有意な量だけ、高い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い個
体である。個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していな
い場合、その個体は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（または
２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有する個体と比較して、低い疾患発症時に高ＩＯＰ
を伴う緑内障の発症の危険性を有している（即ち、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター
の１個または複数個の「Ｔ」対立遺伝子を有する個体の疾患発症時ＩＯＰよりも
、統計的に有意な量だけ、低い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い）。
ーター突然変異キャリアであることが既知の個体であってもよいし、またはＴＩ
ＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異
キャリアとしての個体の状態（個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／ま
たはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアであるか否か）が不明であっ
てもよい。個体の疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を評価する
ためには、前記のように、個体が１個または複数個のＡｐｏＥプロモーターの「
Ｔ」対立遺伝子を有するか否かを（直接的または間接的に）決定するため、個体
のＡｐｏＥプロモーター対立遺伝子が評価される。好ましい実施態様において、
個体のＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター
の「Ｔ」対立遺伝子の存在または不存在（例えば、「Ｔ」対立遺伝子の不存在；
１個の「Ｔ」対立遺伝子の存在；または２個の「Ｔ」対立遺伝子の存在）を決定
することにより、評価される。個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立
遺伝子（または２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有している場合、その個体は、Ａｐ
ｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していない個体と比較して、高
い疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有している。「高い疾患
発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性」を有している個体は、ＡｐｏＥ
遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していない個体の疾患発症時ＩＯＰ
よりも、統計的に有意な量だけ、高い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い個
体である。個体がＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子を有していな
い場合、その個体は、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（または
２個の「Ｔ」対立遺伝子）を有する個体と比較して、低い疾患発症時に高ＩＯＰ
を伴う緑内障の発症の危険性を有している（即ち、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター
の１個または複数個の「Ｔ」対立遺伝子を有する個体の疾患発症時ＩＯＰよりも
、統計的に有意な量だけ、低い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い）。
【００３７】 本発明のもう１つの実施態様において、個体の疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑
内障の発症の危険性は、前記のように、個体が１個または複数個のＡｐｏＥ４対
立遺伝子を有するか否かを（直接的または間接的に）決定するため、個体のＡｐ
ｏＥ対立遺伝子を検査することにより評価される。好ましい実施態様において、
個体のＡｐｏＥ対立遺伝子は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在
または不存在を決定することにより、評価される。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然
変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアである
ことが既知の個体であってもよいし、またはＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアか
つ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態（
個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモータ
ー突然変異キャリアであるか否か）が不明であってもよく、それは、別途で決定
されるか、または同時に決定されうる。好ましい実施態様において、ＴＩＧＲ遺
伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリ
アとしての個体の状態は、前記のような方法を使用して、同時に決定される。
内障の発症の危険性は、前記のように、個体が１個または複数個のＡｐｏＥ４対
立遺伝子を有するか否かを（直接的または間接的に）決定するため、個体のＡｐ
ｏＥ対立遺伝子を検査することにより評価される。好ましい実施態様において、
個体のＡｐｏＥ対立遺伝子は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在
または不存在を決定することにより、評価される。個体は、ＴＩＧＲ遺伝子突然
変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアである
ことが既知の個体であってもよいし、またはＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアか
つ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態（
個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモータ
ー突然変異キャリアであるか否か）が不明であってもよく、それは、別途で決定
されるか、または同時に決定されうる。好ましい実施態様において、ＴＩＧＲ遺
伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリ
アとしての個体の状態は、前記のような方法を使用して、同時に決定される。
【００３８】 個体がＡｐｏＥ４対立遺伝子（または、２個のＡｐｏＥ４対立遺伝子） ＴＩ
ＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアである場合、その個体は、ＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアと比較して、
低い疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有する（即ち、当該個
体は、統計的に有意な量だけ、低い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い）。
ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアがＡｐｏＥ４対立遺伝子を有して
いない場合、その個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴ
ＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアと比較して、高い疾患発症時に高Ｉ
ＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有している（即ち、１個または２個のＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアの疾患発
症時ＩＯＰよりも、統計的に有意な量だけ、高い疾患発症時ＩＯＰを有する可能
性が高い）。
ＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアである場合、その個体は、ＡｐｏＥ４
対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアと比較して、
低い疾患発症時に高ＩＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有する（即ち、当該個
体は、統計的に有意な量だけ、低い疾患発症時ＩＯＰを有する可能性が高い）。
ＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアがＡｐｏＥ４対立遺伝子を有して
いない場合、その個体は、１個または複数個のＡｐｏＥ４対立遺伝子を有するＴ
ＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアと比較して、高い疾患発症時に高Ｉ
ＯＰを伴う緑内障の発症の危険性を有している（即ち、１個または２個のＡｐｏ
Ｅ４対立遺伝子を有するＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異キャリアの疾患発
症時ＩＯＰよりも、統計的に有意な量だけ、高い疾患発症時ＩＯＰを有する可能
性が高い）。
【００３９】 本発明のキット 本発明は、本発明の方法において有用なキットも含む。キットは、被検試料を
入手するための手段；核酸プローブ、ＰＮＡプローブ、または対立遺伝子特異的
オリゴヌクレオチドプローブ；適切な試薬；ＡｐｏＥアイソフォームに対する抗
体；本発明の方法を実施するための説明書；対照試料；および／またはその他の
成分を含みうる。好ましい実施態様において、キットは、個体のＡｐｏＥ対立遺
伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評価するための手段を含
み、かつ本発明の方法を実施するための説明書も含む。もう１つの好ましい実施
態様において、キットは、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧ
Ｒ遺伝子プロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態を評価するための手
段、並びに個体のＡｐｏＥ対立遺伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立
遺伝子を評価するための手段を含み、かつ本発明の方法を実施するための説明書
も含む。
入手するための手段；核酸プローブ、ＰＮＡプローブ、または対立遺伝子特異的
オリゴヌクレオチドプローブ；適切な試薬；ＡｐｏＥアイソフォームに対する抗
体；本発明の方法を実施するための説明書；対照試料；および／またはその他の
成分を含みうる。好ましい実施態様において、キットは、個体のＡｐｏＥ対立遺
伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評価するための手段を含
み、かつ本発明の方法を実施するための説明書も含む。もう１つの好ましい実施
態様において、キットは、ＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアかつ／またはＴＩＧ
Ｒ遺伝子プロモーター突然変異キャリアとしての個体の状態を評価するための手
段、並びに個体のＡｐｏＥ対立遺伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立
遺伝子を評価するための手段を含み、かつ本発明の方法を実施するための説明書
も含む。
【００４０】 本明細書において引用された全ての文献の開示は、完全に参照により組み込ま
れる。以下、実施例により、本発明をさらに説明する。
れる。以下、実施例により、本発明をさらに説明する。
【００４１】 実施例 ＡｐｏＥ対立遺伝子と、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子と 、緑内障との関係の同定 ＡｐｏＥ対立遺伝子およびＡｐｏＥ遺伝子プロモーター対立遺伝子の評価 Ａｄａｍ，Ｍ．Ｆ．ら(Hum. Mol. Genet. 6:2091-2097 (1997)）に記載のよう
にして、患者を選択した。Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Molecular Cloning: A Laborat
ory Manual，第２版，New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989
）により記載されたようにして、試料を採取し、ゲノムＤＮＡを調製した。
にして、患者を選択した。Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Molecular Cloning: A Laborat
ory Manual，第２版，New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989
）により記載されたようにして、試料を採取し、ゲノムＤＮＡを調製した。
【００４２】 ＡｐｏＥ対立遺伝子の評価を、ＡｐｏＥコード領域多型の遺伝子型タイピング
により実施した。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）後の、配列特異的オリゴヌク
レオチド（ＳＳＯ）プローブを用いたドットブロットハイブリダイゼーションを
利用した。フォワードプライマーＴＣＣＡＡＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＣＧ
ＣＡ（配列番号：１）；リバースプライマーＴＡＧＣＧＧＣＴＧＧＣＣＧＧＣＣ
ＡＧＧＧＡＧ（配列番号：２）を用いて、ＡｐｏＥ遺伝子の塩基３８７８〜４２
０７位を増幅した。
により実施した。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）後の、配列特異的オリゴヌク
レオチド（ＳＳＯ）プローブを用いたドットブロットハイブリダイゼーションを
利用した。フォワードプライマーＴＣＣＡＡＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＣＧ
ＣＡ（配列番号：１）；リバースプライマーＴＡＧＣＧＧＣＴＧＧＣＣＧＧＣＣ
ＡＧＧＧＡＧ（配列番号：２）を用いて、ＡｐｏＥ遺伝子の塩基３８７８〜４２
０７位を増幅した。
【００４３】 反応では、ゲノムＤＮＡ ４００ｎｇ、フォワードプライマー１２ｐｍｏｌ、
リバースプライマー１６ｐｍｏｌ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Promega, Mad
ison, WI）０．７単位、２ｍＭ ＭｇＣｌ2 、１０％ｖ／ｖ ＤＭＳＯ、２００
μＭ 各ｄＮＴＰ、および１×酵素緩衝液（Promega ）を最終容量５０μｌで含
んでいた。ＰＨＣ３サーマルサイクラー（Techne,UK ）で、３つのセグメント（
９４℃１分、６０℃１分、７２℃１分）を４４サイクルの増幅を実施した。ＰＣ
Ｒ産物をハイボンド（Hybond）Ｎ＋ナイロン膜（Amersham,UK ）上にドットブロ
ットし、次いでＮａＯＨ ０．４Ｍ中で変性させた。Ｔ４キナーゼ（Promega ）
を使用してＡＴＰ［γ32Ｐ］で放射性標識された４オリゴヌクレオチドを用いて
、多型コドンを検索した。プローブの配列は、以下の通りであった（多型性の位
置には、下線が施されている）： コドン１１２：Ｔ：ＧＣＡＣＡＣＧＴＣＣＴＣＣＡＴＧ（配列番号：３） （洗
浄温度５０℃）； コドン１１２：Ｇ：ＣＡＴＧＧＡＧＧＡＣＧＴＧＣＧＣ（配列番号：４） （洗
浄温度５０℃）； コドン１５８：Ｔ：ＧＣＡＣＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＣＡ（配列番号：５） （洗
浄温度４８℃）；および コドン１５８：Ｇ：ＴＧＡＣＣＴＧＣＡＧＡＡＧＣＧＣ（配列番号：６） （洗
浄温度５０℃）。
リバースプライマー１６ｐｍｏｌ、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Promega, Mad
ison, WI）０．７単位、２ｍＭ ＭｇＣｌ2 、１０％ｖ／ｖ ＤＭＳＯ、２００
μＭ 各ｄＮＴＰ、および１×酵素緩衝液（Promega ）を最終容量５０μｌで含
んでいた。ＰＨＣ３サーマルサイクラー（Techne,UK ）で、３つのセグメント（
９４℃１分、６０℃１分、７２℃１分）を４４サイクルの増幅を実施した。ＰＣ
Ｒ産物をハイボンド（Hybond）Ｎ＋ナイロン膜（Amersham,UK ）上にドットブロ
ットし、次いでＮａＯＨ ０．４Ｍ中で変性させた。Ｔ４キナーゼ（Promega ）
を使用してＡＴＰ［γ32Ｐ］で放射性標識された４オリゴヌクレオチドを用いて
、多型コドンを検索した。プローブの配列は、以下の通りであった（多型性の位
置には、下線が施されている）： コドン１１２：Ｔ：ＧＣＡＣＡＣＧＴＣＣＴＣＣＡＴＧ（配列番号：３） （洗
浄温度５０℃）； コドン１１２：Ｇ：ＣＡＴＧＧＡＧＧＡＣＧＴＧＣＧＣ（配列番号：４） （洗
浄温度５０℃）； コドン１５８：Ｔ：ＧＣＡＣＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＣＡ（配列番号：５） （洗
浄温度４８℃）；および コドン１５８：Ｇ：ＴＧＡＣＣＴＧＣＡＧＡＡＧＣＧＣ（配列番号：６） （洗
浄温度５０℃）。
【００４４】 ハイブリダイゼーションは、５×ＳＳＰＥ、０．１％ＳＤＳ、１％脱脂粉乳（
２０×ＳＳＰＥは、３Ｍ ＮａＣｌ、２０ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１Ｍリン酸ナト
リウム、ｐＨ７．４である）中で、４２℃で、一夜、実施した。過剰のプローブ
を、示された温度で、洗浄溶液（４×ＳＳＰＥ、０．１％ＳＤＳ）で洗浄除去し
た。膜をＸＡＲ５コダック（Kodak ）フィルムへのオートラジオグラフィーに供
した。ブロットされたＰＣＲ産物の量を調節するため、膜を脱ハイブリダイズし
、放射性標識されたフォワード増幅プライマーで再検索した。多型性の位置の組
み合わせにより、 １１２Ｔ＋１５８Ｔ＝ＡｐｏＥ２ １１２Ｔ＋１５８Ｇ＝ＡｐｏＥ３ １５８Ｇ＋１５８Ｇ＝ＡｐｏＥ４ という、３つの既知のＡｐｏＥ対立遺伝子が決定される。
２０×ＳＳＰＥは、３Ｍ ＮａＣｌ、２０ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１Ｍリン酸ナト
リウム、ｐＨ７．４である）中で、４２℃で、一夜、実施した。過剰のプローブ
を、示された温度で、洗浄溶液（４×ＳＳＰＥ、０．１％ＳＤＳ）で洗浄除去し
た。膜をＸＡＲ５コダック（Kodak ）フィルムへのオートラジオグラフィーに供
した。ブロットされたＰＣＲ産物の量を調節するため、膜を脱ハイブリダイズし
、放射性標識されたフォワード増幅プライマーで再検索した。多型性の位置の組
み合わせにより、 １１２Ｔ＋１５８Ｔ＝ＡｐｏＥ２ １１２Ｔ＋１５８Ｇ＝ＡｐｏＥ３ １５８Ｇ＋１５８Ｇ＝ＡｐｏＥ４ という、３つの既知のＡｐｏＥ対立遺伝子が決定される。
【００４５】 ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター領域多型の分析により、ＡｐｏＥ遺伝子プロモー
ター対立遺伝子の評価を実施した。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）後の、配列
特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）プローブを用いたドットブロットハイブリ
ダイゼーションを利用した。フォワードプライマー：ＧＴＧＣＡＴＣＡＴＡＣＴ
ＧＴＴＣＣＣＡＣ（配列番号：７）、およびリバースプライマー：ＴＣＣＴＴＴ
ＣＣＴＧＡＣＣＣＴＧＴＣＣＴＴ（配列番号：８）を用いて、増幅を実施した。
ター対立遺伝子の評価を実施した。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）後の、配列
特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）プローブを用いたドットブロットハイブリ
ダイゼーションを利用した。フォワードプライマー：ＧＴＧＣＡＴＣＡＴＡＣＴ
ＧＴＴＣＣＣＡＣ（配列番号：７）、およびリバースプライマー：ＴＣＣＴＴＴ
ＣＣＴＧＡＣＣＣＴＧＴＣＣＴＴ（配列番号：８）を用いて、増幅を実施した。
【００４６】 反応では、ゲノムＤＮＡ ２００ｎｇ、各プライマー５ｐｍｏｌ、Ｔａｑ Ｄ
ＮＡポリメラーゼ（Promega, Madison, WI）０．１２５単位、１．５ｍＭ Ｍｇ
Ｃｌ2 、２００μＭ 各ｄＮＴＰ、および１×酵素緩衝液（Promega ）を最終容
量２５μｌで含んでいた。ＰＨＣ３サーマルサイクラー（Techne, UK）で、３セ
グメント（９４℃１分、５３℃１分、７２℃１分）を３５サイクルの増幅を実施
した。第一のＰＣＲ工程のフォワードプライマーおよび２個の対立遺伝子特異的
プライマー：ＡＡＴＣＡＣＴＴＡＡＧＧＴＣＡＧＧＡＧ［Ｔ／Ａ］（配列番号：
９、１０）のうちの１個を用いて、第二の対立遺伝子特異的増幅を実施した。Ｐ
ＣＲ産物をアガロースゲル上での移動により分離し、臭化エチジウム染色および
ＵＶ照射により可視化した。
ＮＡポリメラーゼ（Promega, Madison, WI）０．１２５単位、１．５ｍＭ Ｍｇ
Ｃｌ2 、２００μＭ 各ｄＮＴＰ、および１×酵素緩衝液（Promega ）を最終容
量２５μｌで含んでいた。ＰＨＣ３サーマルサイクラー（Techne, UK）で、３セ
グメント（９４℃１分、５３℃１分、７２℃１分）を３５サイクルの増幅を実施
した。第一のＰＣＲ工程のフォワードプライマーおよび２個の対立遺伝子特異的
プライマー：ＡＡＴＣＡＣＴＴＡＡＧＧＴＣＡＧＧＡＧ［Ｔ／Ａ］（配列番号：
９、１０）のうちの１個を用いて、第二の対立遺伝子特異的増幅を実施した。Ｐ
ＣＲ産物をアガロースゲル上での移動により分離し、臭化エチジウム染色および
ＵＶ照射により可視化した。
【００４７】 ＡｐｏＥ対立遺伝子と、ＡｐｏＥプロモーター対立遺伝子と、緑内障表現型（発
症年齢および初期ＩＯＰ）との関係 ＴＩＧＲタンパク質の突然変異により引き起こされた緑内障を有する患者の疾
患発症年齢を評価した。生存率分析は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子
を有するＴＩＧＲ突然変異のキャリアが、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有しておらず
、少なくとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有する患者よりも、診断時の年齢が
有意に低く（ｐ＝０．０１）、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモの患者は、そ
の中間の発症年齢を有していた。ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター多型そのものは、
影響しなかった。しかしながら、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有する個体において、
ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（対照のおよそ１５％）は、「
Ａ」対立遺伝子よりも低い発症年齢と関連していた（ＡｐｏＥ４個体におけるＡ
Ａ対（ＡＴ＝ＴＴ）の比較）。従って、ＡｐｏＥ４対立遺伝子およびＡｐｏＥ「
Ｔ」遺伝子プロモーター対立遺伝子の両方を有する患者は、非ＡｐｏＥ４患者よ
りも発症年齢がはるかに低かった（＜３０歳）。データを下記の表１および２に
示す。
症年齢および初期ＩＯＰ）との関係 ＴＩＧＲタンパク質の突然変異により引き起こされた緑内障を有する患者の疾
患発症年齢を評価した。生存率分析は、少なくとも１個のＡｐｏＥ４対立遺伝子
を有するＴＩＧＲ突然変異のキャリアが、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有しておらず
、少なくとも１個のＡｐｏＥ２対立遺伝子を有する患者よりも、診断時の年齢が
有意に低く（ｐ＝０．０１）、ＡｐｏＥ３対立遺伝子についてホモの患者は、そ
の中間の発症年齢を有していた。ＡｐｏＥ遺伝子プロモーター多型そのものは、
影響しなかった。しかしながら、ＡｐｏＥ４対立遺伝子を有する個体において、
ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの「Ｔ」対立遺伝子（対照のおよそ１５％）は、「
Ａ」対立遺伝子よりも低い発症年齢と関連していた（ＡｐｏＥ４個体におけるＡ
Ａ対（ＡＴ＝ＴＴ）の比較）。従って、ＡｐｏＥ４対立遺伝子およびＡｐｏＥ「
Ｔ」遺伝子プロモーター対立遺伝子の両方を有する患者は、非ＡｐｏＥ４患者よ
りも発症年齢がはるかに低かった（＜３０歳）。データを下記の表１および２に
示す。
【００４８】
【表１】
【００４９】
【表２】
【００５０】 もう１つの評価において、ＡｐｏＥ対立遺伝子そのものが緑内障表現型（発症
年齢および初期ＩＯＰ）に影響を与えたか否かを決定するため、緑内障の家族歴
およびＴＩＧＲ連鎖に関わらず、無関係なＰＯＡＧ患者の群を試験した。Ａｐｏ
Ｅ遺伝子の対立遺伝子頻度は、患者と対照とで有意には異なっていなかった。Ａ
ｐｏＥ対立遺伝子は、緑内障表現型に影響を与えなかったが、ＡｐｏＥ「Ｔ」遺
伝子プロモーター対立遺伝子は、高い診断時ＩＯＰと関連していた（ＡＡ（ｎ＝
８５）：３１．４±８．３対ＡＴ＋ＴＴ（ｎ＝２９）：２６．６±１０．１（ｐ
＝０．００８））。
年齢および初期ＩＯＰ）に影響を与えたか否かを決定するため、緑内障の家族歴
およびＴＩＧＲ連鎖に関わらず、無関係なＰＯＡＧ患者の群を試験した。Ａｐｏ
Ｅ遺伝子の対立遺伝子頻度は、患者と対照とで有意には異なっていなかった。Ａ
ｐｏＥ対立遺伝子は、緑内障表現型に影響を与えなかったが、ＡｐｏＥ「Ｔ」遺
伝子プロモーター対立遺伝子は、高い診断時ＩＯＰと関連していた（ＡＡ（ｎ＝
８５）：３１．４±８．３対ＡＴ＋ＴＴ（ｎ＝２９）：２６．６±１０．１（ｐ
＝０．００８））。
【００５１】 この同じプロモーター対立遺伝子は、表３に示されるように、ＴＩＧＲ遺伝子
プロモーター突然変異ｍｔ１（ＴＩＧＲ遺伝子の転写開始部位を基準として−８
５０位に、Ｃ対立遺伝子ではなくＧ対立遺伝子が存在）を保持する患者における
高いＩＯＰとも関連していた（Ｍｔ＋（陽性）／ＡｐｏＥ−ＴおよびＭｔ−（陰
性）との比較についてＰ＝０．００５）。
プロモーター突然変異ｍｔ１（ＴＩＧＲ遺伝子の転写開始部位を基準として−８
５０位に、Ｃ対立遺伝子ではなくＧ対立遺伝子が存在）を保持する患者における
高いＩＯＰとも関連していた（Ｍｔ＋（陽性）／ＡｐｏＥ−ＴおよびＭｔ−（陰
性）との比較についてＰ＝０．００５）。
【００５２】
【表３】
【００５３】 さらに、ＴＩＧＲのｍｔ１プロモーター突然変異とＡｐｏＥ対立遺伝子との相
互作用により、ＡｐｏＥ４対立遺伝子が低い診断時ＩＯＰと関連していることが
示された（Ｐ＝０．００４）。
互作用により、ＡｐｏＥ４対立遺伝子が低い診断時ＩＯＰと関連していることが
示された（Ｐ＝０．００４）。
【００５４】
【表４】
【００５５】 本発明の好ましい実施態様を参照しつつ、本発明を具体的に示し説明したが、
添付の特許請求の範囲によって規定されるような本発明の精神および範囲から逸
脱することなく、形式および詳細を様々に変化させうることが、当業者には理解
されよう。
添付の特許請求の範囲によって規定されるような本発明の精神および範囲から逸
脱することなく、形式および詳細を様々に変化させうることが、当業者には理解
されよう。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ， ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，Ｃ Ｎ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ， ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，Ｋ Ｐ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ， ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，Ｓ Ｇ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 ガルソン，アンリ−ジャン フランス国 パリ エフ−75016 リュ ドゥ ラネラ，55 Ｆターム(参考） 4B024 AA11 CA02 CA04 CA09 DA02 EA04 HA12 HA19 4B063 QA19 QQ43 QR32 QR55 QS25 QS34
Claims (11)
- 【請求項１】 個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する工程を含み、個
体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアである場合、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存
在が早発型緑内障の発症の危険性の増加を示し、かつＡｐｏＥ４対立遺伝子がな
んら存在しないことが早発型緑内障の発症の危険性の低下を示す、早発型緑内障
の発症についての個体の危険性の評価方法。 - 【請求項２】 個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する工程を含み、個
体がＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変異のキャリアである場合、ＡｐｏＥ４対
立遺伝子の存在が疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の低下を示
し、かつＡｐｏＥ４対立遺伝子がなんら存在しないことが疾患発症時に高眼内圧
を伴う緑内障の発症の危険性の増加を示す、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障
の発症についての個体の危険性の評価方法。 - 【請求項３】 個体におけるＡｐｏＥ対立遺伝子を評価する工程が、個体に
おけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在を検出する工程を含む、請求項
１または請求項２記載の方法。 - 【請求項４】 個体におけるＴＩＧＲ遺伝子突然変異の存在または不存在を
検出する工程をさらに含む、請求項１または請求項２記載の方法。 - 【請求項５】 個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評
価する工程を含み、個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアであり、かつＡｐ
ｏＥ４対立遺伝子を有する場合、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺
伝子の存在が早発型緑内障の発症の危険性の増加を示し、かつＡｐｏＥ遺伝子プ
ロモーターにおいてＴ対立遺伝子がなんら存在しないことが早発型緑内障の発症
の危険性の低下を示す、早発型緑内障の発症についての個体の危険性の評価方法
。 - 【請求項６】 個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評
価する工程を含み、ＡｐｏＥ遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子の存在が
疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の増加を示し、かつＡｐｏＥ
遺伝子プロモーターにおいてＴ対立遺伝子がなんら存在しないことが疾患発症時
に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の低下を示す、疾患発症時に高眼内圧を
伴う緑内障の発症についての個体の危険性の評価方法。 - 【請求項７】 個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターの対立遺伝子を評
価する工程が、個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターのＴ対立遺伝子の存在
または不存在を検出する工程を含む、請求項５または請求項６記載の方法。 - 【請求項８】 個体におけるＴＩＧＲ遺伝子突然変異の存在または不存在を
検出する工程および個体におけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在を検
出する工程をさらに含む、請求項５記載の方法。 - 【請求項９】 個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異のキャリアである請求項６記
載の方法。 - 【請求項１０】 ａ）個体におけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不存
在を検出するために使用することができる少なくとも１つの試薬、ならびに ｂ）ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在を決定することにより、早発型緑
内障の発症の危険性が個体で増加しているか、または低下しているかを決定する
ための説明書、ここで、個体がＴＩＧＲ遺伝子突然変異キャリアである場合、Ａ
ｐｏＥ４対立遺伝子の存在が早発型緑内障の発症の危険性の増加を示し、かつＡ
ｐｏＥ４対立遺伝子がなんら存在しないことが早発型緑内障の発症の危険性の低
下を示す、 を含んでなる、早発型緑内障の発症の危険性が個体で増加しているか、または低
下しているかを決定するためのキット。 - 【請求項１１】 ａ）個体におけるＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在または不存
在を検出するために使用することができる少なくとも１つの試薬、ならびにＡｐ
ｏＥ４対立遺伝子の存在または不存在を決定することにより、疾患発症時に高眼
内圧を伴う緑内障の発症の危険性が個体で増加しているか、または低下している
かを決定するための説明書、ここで、個体がＴＩＧＲ遺伝子プロモーター突然変
異キャリアである場合、ＡｐｏＥ４対立遺伝子の存在が疾患発症時に高眼内圧を
伴う緑内障の発症の危険性の低下を示し、かつＡｐｏＥ４対立遺伝子がなんら存
在しないことが疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性の増加を示す
；あるいは ｂ）個体におけるＡｐｏＥ遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子の存在また
は不存在を検出するために使用することができる少なくとも１つの試薬、ならび
にＡｐｏＥ遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子の存在または不存在を決定
することにより、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性が個体で増
加しているか、または低下しているかを決定するための説明書、ここで、Ａｐｏ
Ｅ遺伝子プロモーターにおけるＴ対立遺伝子の存在が疾患発症時に高眼内圧を伴
う緑内障の発症の危険性の増加を示し、かつＡｐｏＥ遺伝子プロモーターのＴ対
立遺伝子がなんら存在しないことが疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の
危険性の低下を示す；あるいは ｃ）（ａ）と（ｂ）の両方、 を含んでなる、疾患発症時に高眼内圧を伴う緑内障の発症の危険性が個体で増加
しているか、または低下しているかを決定するためのキット。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US13322499P | 1999-05-07 | 1999-05-07 | |
| US60/133,224 | 1999-05-07 | ||
| PCT/US2000/012179 WO2000068429A2 (en) | 1999-05-07 | 2000-05-04 | Diagnosis of glaucoma |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2002543802A true JP2002543802A (ja) | 2002-12-24 |
Family
ID=22457563
Family Applications (1)
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