【発明の詳細な説明】
本明細書に引用されたすべての刊行物、特許、および特許出願は、各個々の刊
行物、特許、または特許出願が参考として援用されるべきことを詳細におよび個
々に示されるように、参考として本明細書に援用される。
序論 発明の分野
本発明の分野は、細胞機能を調節するポリペプチド分子、このポリペプチドを
コードする核酸配列、ならびにこの核酸配列およびこのポリペプチドを使用する
方法である。背景
腫瘍壊死因子α(TNF-α)は、活性化マクロファージによって主として産生さ
れるサイトカインである。TNF-αは、T細胞およびB細胞増殖を刺激し、そして
内皮細胞における接着分子の発現を誘導する。このサイトカインも、感染に対す
る宿主防御に重要な役割を果たす。
TNF-α活性は、2つの異なるレセプター、TNFR-p55およびTNFR-p75によって媒
介される。これらの2つのレセプターはまた、主として活性化リンパ球により分
泌される可溶性リンホトキシンα(LT-α)によって引き起こされる活性を媒介
する。TNFR-p55の特異的刺激は、例えばインビトロ腫瘍細胞傷害性のようなTNF
活性、内皮細胞およびケラチノサイトにおける接着分子の発現、セラミドの付随
増加でのスフィンゴミエリナーゼの活性化、NF-κBの活性化、ならびにマンガン
スーパーオキシドジスムターゼmRNAを誘導する。TNFR-p75の特異的刺激は、マウ
スおよびヒトの胸腺細胞および細胞傷害性T細胞、線維芽細胞およびナチュラル
キラー細胞の増殖性応答、ならびにPC60細胞におけるGM-CSF分泌を生じる。
TNFは、特にγインターフェロン(IFN-γ)と組み合わせて、サイトカインの
何らかの他の組み合わせによって適合されない悪性細胞株を選択的に殺傷または
阻害する能力を有する。しかし、TNFの毒性副作用が、ヒトにおける有効な用量
レベルを得ることを抑制したので、TNF-α抗腫瘍治療でのガン患者の臨床試験は
、期待はずれであった。これらの毒性副作用は、TNFR-p75レセプターへのTNF結
合のせいであったが、悪性細胞における細胞傷害性活性は、TNFR-p55レセプター
へのTNFの結合のせいであった。
発明の要旨
本発明は、腫瘍壊死因子(TNF)と相同である分子である。本発明は、この分
子、ヒトNTN-2ポリペプチド、および関連核酸に関する方法および組成物を提供
する。ヒトNTN-2特異的ドメインを含みそしてヒトNTN-2特異的活性を有するポリ
ペプチドが含まれる。このポリペプチドは、本発明の核酸で形質転換した宿主細
胞から組換え産生され得る。本発明は、特異的抗体のような結合剤、ならびに診
断(例えば、ヒトNTN-2転写物についての遺伝子ハイブリダイゼーションスクリ
ーニング)、治療(例えば、ヒトNTN-2遺伝子発現を調節するための遺伝子治療
)、および生物薬学産業(例えば、先導薬理学的薬剤について化学ライブラリー
をスクリーニングするための試薬)において本発明の組成物を製造および使用す
る方法を提供する。
本発明のヒトNTN-2ポリペプチドに好ましい使用には、添加されたポリペプチ
ドが培地の成分および/または細胞の生理機能の変化に影響を及ぼす細胞外表面
と特異的に相互作用する条件下で、外因性ヒトNTN-2ポリペプチドと細胞または
細胞のまわりの培地とを接触させることによって、細胞外表面を含む細胞の生理
機能を改変する工程を包含する。生物学的に活性な薬剤をスクリーニングする方
法も好ましく、この方法は、薬剤の存在がなければポリペプチドが参照親和性で
結合標的を特異的に結合する条件下で、細胞外ヒトNTN-2ポリペプチド特異的結
合標的および候補薬剤の存在下でヒトNTN-2ポリペプチドをインキュベートする
工程;薬剤で偏った親和性を決定するために結合標的に対するポリペプチドの結
合親和性を検出する工程であって、薬剤で偏った親和性と参照親和性との間の差
が、薬剤が結合標的へのポリペプチドの結合を調節することを示す工程、を包含
する。
TNFに対する相同性に基づいて、ヒトNTN-2が、疾患の発症に密接に関連した、
免疫調節および炎症応答のメディエーターであることが期待される。リンパ様、
造血、および他の系の細胞の発生、増殖、および死を調節するために有用であり
得る。また、ヒトNTN-2は、敗血症性ショック、自己免疫疾患、および移植片-宿
主疾患の抑制に役立ち得る。さらに、ヒトNTN-2ポリペプチドは、そのレセプタ
ーを同定するために使用され得る。
図面の簡単な説明
図1−プローブとしてヒトNTN-2配列の608ヌクレオチドフラグメントを使用す
る種々のヒト組織特異的RNAのノーザン分析。レーン1〜8は、順に以下のとお
りである:心臓、脳、胎盤、肺、肝臓、骨格筋、腎臓、および膵臓。
発明の詳細な説明
本発明は、天然ヒトNTN-2ポリペプチド、ならびにヒトNTN-2アミノ酸配列、ま
たはアッセイ認識可能なヒトNTN-2特異的活性を有するその機能的ヒトNTN-2ポリ
ペプチドドメインを含む組換えポリペプチドを含むヒトNTN-2ポリペプチドを提
供する。したがって、ポリペプチドは、開示された天然ヒトNTN-2ポリペプチド
の欠失変異体であり得、そして例えば、非ヒトNTN-2ポリペプチドとの融合産物
として提供され得る。本発明のヒトNTN-2ポリペプチドドメインは、ヒトNTN-2特
異的活性または機能を有する。
ヒトNTN-2についての多くの適用は、その特性から示唆される。ヒトNTN-2は、
TNFを使用して処置されるものと同様の状態の研究および処置に有用であり得る
。さらに、ヒトNTN-2 cDNAは、例えば、細胞株におけるポリペプチドについての
アッセイにおける抗体の使用、あるいはオリゴヌクレオチドプライマーに対する
配列類似性を有するものを増幅するためおよびどれくらい多くのヒトNTN-2が存
在するかをしるためのPCRテストにおけるプライマーとしてのオリゴヌクレオチ
ドの使用による、診断ツールとして有用であり得る。もちろん、ヒトNTN-2の単
離も、その推定レセプター、他のヒトNTN-2結合ポリペプチドを単離するため、
お
よび/またはそのアンタゴニスト特性を研究するための手がかりを提供する。
ヒトNTN-2特異的活性または機能は、便利なインビトロ、細胞ベースの、また
はインビボアッセイ−例えば、インビトロ結合アッセイ、細胞培養アッセイ、動
物(例えば、免疫応答、遺伝子治療、トランスジェニックなど)などによって決
定され得る。結合アッセイは、結合標的とヒトNTN-2ポリペプチドとの特異的分
子相互作用が評価される何らかのアッセイを包含する。結合標的は、天然の結合
標的、または抗体のような特異的免疫ポリペプチドのような非天然結合標的、ま
たは以下に記載のアッセイで同定されるようなヒトNTN-2特異的薬剤であり得る
。
本発明のポリペプチドは、単離されたまたは純粋であり得−「単離された」ポ
リペプチドはその天然の状態で会合される物質のいくつかをもはや付随しない、
そして好ましくは所定の試料中の総ポリペプチドの重量の少なくとも約0.5%、
およびより好ましくは少なくとも約5%を構成するものであり;「純粋な」ポリ
ペプチドは、所定の試料中の総ポリペプチドの重量の少なくとも約90%、および
好ましくは少なくとも約99%を構成する。本発明のポリペプチドおよびポリペプ
チドドメインは、合成され、組換え技法によって産生され、または細胞から精製
され得る。種々の分子および生化学的方法が、本発明の組成物の生化学的合成、
分子発現、および精製に利用可能であり、例えば、Molecular Cloning,A Labor
atory Manual (Sambrookら,Cold Spring Harbor Laboratory)、Current Protoc
ols in Molecular Biology (Ausubelら編,Greene Publ.Assoc.,Wiley-Inters
cience,NY)を参照のこと。
本発明のポリペプチドは、免疫原として、スクリーニングアッセイにおける標
的として、細胞増殖、分化、および/または機能などを調節するための生物活性
試薬としての使用を含む、種々の使用を見いだす。例えば、本発明は、添加され
たポリペプチドが培地の成分および/または細胞の生理機能の変化に影響を及ぼ
す細胞外表面と特異的に相互作用する条件下で、外因性ヒトNTN-2ポリペプチド
と細胞または細胞のまわりの培地とを接触させることによって、細胞外表面を含
む細胞の生理機能を調節するための方法を提供する。これらの方法によれば、細
胞外表面は、形質膜関連レセプターを含み;外因性ヒトNTN-2は、細胞によって
生成されないか、またはそうであれば非天然レベル、時期、または生理学的位置
で発現されるポリペプチドをいい;そして適切な培地は、インビトロ培養培地お
よび血液、滑液などのような生理学的液体を含む。ポリペプチドは、マイクロイ
ンジェクション、組換え酵素のプロモーター特異的発現、脂質ベシクルの標的さ
れた送達などのような何らかの便利な方法によって、細胞の特異的集団中で導入
、発現、または抑制され得る。
本発明は、天然および非天然ヒトNTN-2特異的結合剤、このような薬剤を同定
および製造する方法、ならびに診断、治療、および薬品開発におけるその使用を
提供する。ヒトNTN-2特異的結合剤は、体細胞性に組換えたタンパク質レセプタ
ー様特異的抗体またはT細胞抗原レセプターのようなヒトNTN-2特異的レセプタ
ーを含み(例えば、HarlowおよびLane(1988)Antibodies,A Laboratory Manua
l,Cold Spring Harbor Laboratoryを参照のこと)、そしてまた、1、2、およ
び3ハイブリッドスクリーニングのようなアッセイで同定した他の天然結合剤、
ならびに以下に記載のような化学ライブラリーのスクリーニングで同定される非
天然結合剤を含む。特定の目的の薬剤は、ヒトNTN-2機能を調節する。
本発明は、ヒトNTN-2核酸を提供し、これは、翻訳可能な転写物、ハイブリダ
イゼーションプローブ、PCRプライマー、診断核酸などとしての使用、ならびに
ヒトNTN-2遺伝子および遺伝子転写物の存在を検出することならびに追加のヒトN
TN-2ホモログおよび構造アナログをコードする核酸を検出または増幅することに
おける使用を包含する、種々の適用を見いだす。
本発明の核酸は、合成/非天然配列であり、および/または単離される、すな
わち、その天然状態で会合される物質のいくつかをもはや付随せず、好ましくは
所定の画分に存在する総核酸の重量の少なくとも約0.5%、より好ましくは少な
くとも約5%を構成し、そして通常組換えは、非天然配列または天然染色体上で
連結される以外のヌクレオチドに連結される天然配列を含むことを意味する。本
明細書に開示されるヌクレオチド配列およびそのフラグメントを含む核酸は、天
然の染色体上で連結されるもの以外の配列に直に隣接した、または天然の染色体
上で連結されるもの以外の配列に直に隣接する10kbより少ない、好ましくは2kb
より少ないもとのままの隣接領域に隣接した末端に、このような配列またはフラ
グメントを含む。核酸は、通常、RNAまたはDNAであるが、しばしば、他の塩基を
含む核酸あるいは改変された安定性を提供するためのヌクレオチドアナログなど
を使用するために有利である。
開示されたヒトNTN-2ポリペプチドのアミノ酸配列は、選択された発現系(Hol
lerら(1993)Gene 136: 323-328;Martinら(1995)Gene 154: 150-166)につ
いて最適化されたヒトNTN-2ポリペプチドをコードする核酸を逆翻訳するために
使用され、または天然のヒトNTN-2をコードする核酸配列の単離における使用の
ための縮重オリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブを生成するために使用
される(「GCG」ソフトウエア,Genetics Computer Group,Inc.,Madison,WI
)。ヒトNTN-2をコードする核酸は、発現ベクターの一部であり得、そして例え
ば、発現およびスクリーニングのため、トランスジェニック動物のため、ヒトNT
N-2媒介シグナル伝達と関連する疾患についての候補薬物の有効性のような機能
的研究のためなどに、組換え宿主細胞に組み込まれ得る。発現系は、選択的な翻
訳後プロセシングによってヒトNTN-2ポリペプチド構造的および機能的改変体に
影響を及ぼすために選択および/または適合される。
本発明はまた、ヒトNTN-2 cDNA特異的配列を有しおよび配列番号1との特異的
ハイブリダイゼーションをもたらすために十分な核酸ハイブリダイゼーションプ
ローブおよび複製/増幅プライマーを提供する。特異的ハイブリダイゼーション
を証明することは、一般的に、ストリンジェント条件を必要とし、例えば、5×
SSPE(0.18M NaCl、0.01M NaPO4、pH 7.7、0.001M EDTA)緩衝液中30%ホルムア
ミドを含む緩衝液中で42℃の温度にてハイブリダイズすること、および0.2×SSP
Eで42℃にて洗浄する場合に結合したままであること;好ましくは5×SSPE緩衝
液液中50%ホルムアミドを含む緩衝液中で42℃の温度にてハイブリダイズするこ
とおよび42℃の0.2×SSPE緩衝で42℃にて洗浄する場合に結合したままであるこ
とである。ヒトNTN-2 cDNAホモログはまた、BLASTX(Altschulら(1990)Basic
Local Alignment Search Tool,J.Mol.Biol.215: 403-410)のようなアライ
ンメントアルゴリズムを使用して他のポリペプチドとは区別され得る。
ヒトNTN-2ハイブリダイゼーションプローブは、臨床および実験室試料におい
て野生型および変異体対立遺伝子を同定することにおける使用を見いだす。変異
体対立遺伝子は、高処理能力比臨床診断のための対立遺伝子特異的オリゴヌクレ
オチド(ASO)プローブを生成するために使用される。ヒトNTN-2核酸はまた、活
性ヒトNTN-2の細胞発現または細胞内濃度もしくは利用可能性を調節するために
使用される。ヒトNTN-2阻害核酸は、代表的には、開示された天然ヒトNTN-2コー
ド配列の相補物を含むアンチセンス−一本鎖配列である。所定のヒトNTN-2ポリ
ペプチドの発現のアンチセンス調節は、遺伝子調節配列に作動可能に連結したア
ンチセンス核酸を用い得る。細胞は、遺伝子の転写が、内因性ヒトNTN-2をコー
ドするmRNAに結合し得るアンチセンス転写物を得るように配向したプロモーター
配列とともにヒトNTN-2配列を含むベクターでトランスフェクトされる。アンチ
センス核酸の転写は、構成的または誘導性であり得、そしてベクターは、安定な
染色体外維持または組込みを提供し得る。あるいは、所定のヒトNTN-2ポリペプ
チドをコードするゲノムDNAまたはmRNAに結合する一本鎖アンチセンス核酸は、
標的されたポリペプチドの発現における実質的な減少を生じる濃度で、宿主中で
または宿主から一時的に単離される標的細胞に投与され得る,ヒトNTN-2発現に
おける富化は、対応する遺伝子産物の機能的発現を増加させるヒトNTN-2核酸を
標的された細胞タイプに導入することによってもたらされる。このような核酸は
、ヒトNTN-2発現ベクター、内因性対立遺伝子の機能的発現をアップレギュレー
トするベクター、または変異体対立遺伝子の標的された修正についての置換ベク
ターであり得る。生存可能な細胞への核酸の導入のための技法は、当該技術分野
で公知であり、そしてレトロウイルスベースのトランスフェクション、ウイルス
コートタンパク質−リポソーム媒介トランスフェクションなどを含む。
本発明は、ヒトNTN-2調節可能な細胞機能のレベルで活性な薬剤について、薬
剤、化合物、先導化合物を同定する効果的方法を提供する。一般的に、これらの
スクリーニング方法は、天然のヒトNTN-2結合標的とのヒトNTN-2相互作用を調節
する化合物についてアッセイする工程を包含する。タンパク質−タンパク質結合
アッセイ、イムノアッセイ、細胞ベースのアッセイなどを含む、結合剤について
の種々のアッセイが提供される。好ましい方法は、先導化合物についての化学ラ
イブラリーの自動化された費用効率の良い高処理能力比スクリーニングに従う。
インビトロ結合アッセイは、ヒトNTN-2ポリペプチドを含む成分の混合物を用
い、これは、別のペプチドまたはポリペプチド、例えば、検出または固定のため
のタグなどとの融合産物の一部であり得る。アッセイ混合物は、天然のヒトNTN-
2結合標的を含む。ネイティブの結合標的は使用され得るが、一部がアッセイで
便利に測定可能な本発明のヒトNTN-2に対する結合親和性および結合活性を提供
する限り、その一部を使用することが、しばしば好ましい。アッセイ混合物はま
た、候補薬理学的薬剤を含む。候補薬剤は、多数の化学クラスを含むが、代表的
には、これらは、有機化合物、好ましくは小有機化合物であり、そして合成また
は天然化合物のライブラリーを含む種々の供給源から得られる。塩、緩衝液、中
性タンパク質(例えば、アルブミン)、界面活性剤、プロテアーゼインヒビター
、ヌクレアーゼインヒビター、抗菌剤などのような種々の他の試薬も含まれ得る
。混合物成分は、必須の結合を提供する任意の順序で添加され得、そしてインキ
ュベーションは、最適結合を容易にする任意の温度で行われ得る。混合物は、候
補薬理学的薬剤の存在がなければ、ヒトNTN-2が、参照結合親和性を有する細胞
結合標的、一部、またはアナログを特異的に結合する条件下でインキュベートさ
れる。インキュベーション期間は、最適結合について選択されるが、迅速な高処
理能力比スクリーニングを容易にするためにも最小にされる。
インキュベーション後、ヒトNTN-2と1つ以上の結合標的との間の薬剤で偏っ
た結合は、何らかの便利な方法によって検出される。無細胞結合タイプアッセイ
については、分離工程が、結合していない成分と結合した成分を分離するために
しばしば使用される。分離は、沈殿、固定などによって、次いで、例えば、メン
ブラン濾過またはゲルクロマトグラフィーによる洗浄によって、行われ得る。無
細胞結合アッセイについては、成分の1つは、通常、標識を含むかまたは標識に
結合される。標識は、放射活性、発光、光学または電子密度などのような直接的
検出、あるいはエピトープタグ、酵素などのような間接的検出を提供し得る。例
えば、光学または電子密度、放射発光、非放射エネルギー転移によって、または
抗体結合体で間接的に検出されるなどの、標識の性質およびアッセイ成分に依存
して標識を検出するために、種々の方法が使用され得る。薬剤の存在下での結合
親和性と比較して薬剤の不在下での標的に対するヒトNTN-2ポリペプチドの結合
親和性の差は、薬剤が、対応する結合標的へのヒトNTN-2ポリペプチドの結合を
調節することを示す。本明細書で使用される場合、差は、統計学的に有意であり
、
そして好ましくは、少なくとも50%、より好ましくは少なくとも90%差を示す。
本発明は、培地と接触して細胞外表面を含む細胞の生理機能を改変する方法を
提供し、この方法は、このポリペプチドが、この細胞の生理機能の変化に影響を
及ぼすためのこの培地および細胞外表面の少なくとも1つの成分と特異的に相互
作用する条件下で、外因性ヒトNTN-2ポリペプチドとこの培地とを接触させる工
程を包含する。
本発明は、生物学的に活性な薬剤についてスクリーニングする方法をさらに提
供し、この方法は、a)この薬剤の存在がなければ、ポリペプチドが参照親和性で
結合標的を特異的に結合する条件下で、細胞外ヒトNTN-2ポリペプチド特異的結
合標的および候補薬剤の存在下でヒトNTN-2ポリペプチドをインキュベートする
工程;b)薬剤で偏った親和性を決定するためにこの結合標的に対するこのポリペ
プチドの結合親和性を検出する工程であって、ここで薬剤で偏った親和性と参照
親和性との間の差が、この薬剤がこの結合標的へのポリペプチドの結合を調節す
ることを示す、工程を包含する。
本発明の1つの実施態様は、本明細書に記載のアミノ酸配列を含む単離された
ヒトNTN-2ポリペプチド、またはヒトNTN-2特異的活性を有するそのフラグメント
である。
本発明の別の実施態様は、本明細書に記載のアミノ酸配列を含むヒトNTN-2ポ
リペプチドをコードする組換え核酸またはヒトNTN-2特異的活性を有するそのフ
ラグメントである。
さらに別の実施態様は、本明細書に記載のヌクレオチド配列を含む単離された
核酸、または少なくとも18の連続する塩基を有しそして天然のヒトNTN-2 cDNAの
存在下で本明細書に記載の配列を有する核酸と特異的にハイブリダイズするため
に十分なそのフラグメントである。
本発明はまた、例えば、診断適用においてポリペプチドの検出に有用である本
明細書に記載のヒトNTN-2ポリペプチドに対する抗体を提供する。このヒトNTN-2
ポリペプチドに対するモノクローナル抗体の調製については、培養物中の連続細
胞株による抗体分子の産生を提供する何らかの技法が使用され得る。例えば、Ko
hlerおよびMilstein (1975,Nature 256:495-497)によって最初に開発されたハ
イブリドーマ技法、ならびにトリオーマ技法、ヒトB細胞ハイブリドーマ技法(
Kozborら,1983,Immunology Today 4:72)、およびヒトモノクローナル抗体を
産生するためのEBV-ハイブリドーマ技法(Coleら,1985,「Monoclonal Antibodi
es and Cancer Therapy」,Alan R.Liss,Inc.77-96頁)などは、本発明の範
囲内である。
診断または治療使用のためのモノクローナル抗体は、ヒトモノクローナル抗体
またはキメラヒト−マウス(または他の種)モノクローナル抗体であり得る。ヒ
トモノクローナル抗体は、当該技術分野で公知の多くの技法のいずれかによって
作成され得る(例えば、Tengら,1983,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.80:730
8-7312;Kozborら,1983,Immunology Today 4:72-79;Olssonら,1982,Meth.
Enzymol.92:3-16)。ヒト定常領域とともにマウス抗原結合ドメインを含むキメ
ラ抗体分子が調製され得る(Morrisonら,1984,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A
. 81:6851,Takedaら,Nature 314:452)。
当該技術分野で公知の種々の手順は、本明細書に記載のヒトNTN-2ポリペプチ
ドのエピトープに対するポリクローナル抗体の産生について使用され得る。抗体
の産生について、種々の宿主動物(これにはウサギ、マウス、およびラットが含
まれるがこれらに限定されない)は、ヒトNTN-2ポリペプチド、あるいはそのフ
ラグメントまたは誘導体の注射によって免疫され得る。宿主種に依存して、免疫
学的応答を増加させるために種々のアジュバントが使用され得、これには、フロ
イント(完全および不完全)、水酸化アルミニウムのような無機物ゲル、リゾレ
シチンのような表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチ
ド、油エマルジョン、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール
、およびBCG(Bacille Calmette-Guerin)およびCorynebacterium parvumのよう
な潜在的に有用なヒトアジュバントを含むが、これらに限定されない。
選択されたヒトNTN-2ポリペプチドエピトープに対する抗体の分子クローンは
、公知の技法によって調製され得る。組換えDNA方法論(例えば、Maniatisら,1
982,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laborato
ry, Cold Spring Harbor,New Yorkを参照のこと)は、モノクローナル抗体分子
、またはその抗原結合領域をコードする核酸配列を構築するために使用され得る
。
本発明は、抗体分子およびこのような抗体分子のフラグメントを提供する。分
子のイディオタイプを含む抗体フラグメントは、公知の技法によって生成され得
る。例えば、このようなフラグメントは、抗体分子のペプシン切断によって産生
され得るF(ab')2フラグメント;F(ab')2フラグメントのジスルフィド架橋を還元
することによって生成され得るFab'フラグメント;ならびにパパインおよび還元
剤で抗体分子を処理することによって生成され得るFabフラグメントを含むが、
これらに限定されない。抗体分子は、公知の技法、例えば、免疫吸着または免疫
アフィニティークロマトグラフィー、HPLC(高速液体クロマトグラフィー)のよ
うなクロマトグラフ方法、またはそれらの組み合わせによって精製され得る。
以下の実施例は、例示の目的で提供され、そして限定を提供するものではない
。実施例1−部分ヒトNTN-2コード配列のクローニングおよび配列決定
TNFファミリーのすべての公知のヒトおよびマウスメンバーのアミノ酸配列を
、mRNA配列のランダムフラグメントのNIH ESTデータベースを検索するためのtbl
astn疑問として使用した(Altschul,Stephen F.,Warren Gish,Webb Miller,
Eugene W.Myers,およびDavid J.Lipman (1990).Basic local alignment sea
rch tool.J.Mol.Biol.215:403-10)。各疑問は、ヒットのリスト、すなわち
、疑問配列に対する実質的な配列類似性を有するEST配列を生成した。代表的に
は、リストの上部におけるヒットは、疑問タンパク質のmRNAコピー、次いでファ
ミリーおよびランダム−チャンス類似性の他のメンバーに由来するESTに対応し
た。
parserプログラムを使用して、ファミリーのメンバーのすべてとの検索からヒ
ットのすべてを組み合わせそして分類した。これは、公知のタンパク質に対応す
るヒットのすべての迅速な削減を可能にした。残りのヒットを、ファミリーに特
徴的な配列モチーフの保存について分析した。追加のデータベース検索を行って
、重複するESTを同定した。ヒトNTN-2の部分ヌクレオチドおよび推定アミノ酸配
列を、以下のとおりに決定した:
疑問として配列番号1のヌクレオチド配列を使用して、追加のデータベース検
索を行って、重複するESTを同定した。I.M.A.G.E.コンソーシアムからの2つの
追加のクローンが、相同配列を含むことを識別した。これらのクローン、Geneba
nk受託番号AA166695およびT87299を、Research Genetics,Inc.(Huntsville,A
L)から得、そしてABI 373A DNA配列決定機およびTaq Dideoxy Terminator Cycle
Sequencing Kit (Applied Biosystems,Inc.,Foster City,CA)を使用して配
列決定した。配列番号1との2つの追加のクローンのアラインメントは、680ヌ
クレオチドの合計長を示した。オリゴヌクレオチドを、部分ヒト配列に基づいて
設計し、そして逆転写反応についておよびPCRについてのプライマーとして使用
した。608ヌクレオチド長配列を得、そして以下に記載のような全長配列を単離
するためのプローブとして使用した。
実施例2−ヒトNTN-2をコードする全長cDNAクローンの単離および配列決定
λgt-10中のヒト胎盤cDNAライブラリーを、Clontech Laboratories,Inc.(Pa
lo Alto,CA)から得た。プラークを、1.25×106/20×20cmプレートの密度でプレ
ーティングし、そしてレプリカフィルターを、標準的手順に従って採取した(Sam
brookら,Molecular Cloning: A Laboratory Manual,第2版,8.46頁,Cold Spri
ng Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,New York)。フィルターを、配列
番号3に示すhNTN-2配列のヌクレオチド216〜824に対応するプローブで、正常ス
トリンジェンシー(2×SSC、65℃)にてスクリーニングした。プローブを、フ
ィルターへのプローブの非特異的結合を減少させるために0.5mg/mlサケ精子DNA
を含むハイブリダイゼーション溶液中で、65℃にてハイブリダイズさせた。フ
ィルターを65℃にて2×SSCで洗浄し、そしてX線フィルムに一晩曝露した。強
いハイブリダイゼーションシグナルを示す5つの陽性クローンを選び、そしてま
たcDNAベクターからのオリゴを使用してPCR増幅した場合にフラグメントを産生
した。hNTN-2 の配列決定
5つのクローンのそれぞれからのコード領域を、ABI 373A DNA配列決定機およ
びTaq Dyedeoxy Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems,Inc.
, Foster City,CA)を使用して配列決定した。クローンの1つから得た全長hNTN
-2コード配列のヌクレオチドおよび推定アミノ酸配列を、以下に記載する: 実施例3−hNTN-2の組織特異的発現
配列番号3に示されるhNTN-2配列のヌクレオチド216〜824に対応するフラグメ
ントを放射標識し、そして種々のヒト組織特異的RNAのノーザン分析に利用した
。いくつかのヒト組織からポリA+ RNAを含むノーザンブロットを、Clontech Lab
oratories,Inc.(Palo Alto,CA)から得、そして0.5M NaPO4 (pH 7)、1%ウシ
血清アルブミン (Fraction V,Sigma)、7%SDS、1mM EDTA、および100ng/ml超
音波処理した変性サケ精子DNAの存在下で放射標識したhNTN-2プローブに65℃に
てハイブリダイズさせた。フィルターを、2×SSC、0.1%SDSで65℃にて洗浄し
、そして−70℃にてスクリーンおよびX線フィルムを強めるもので16時間オート
ラジオグラフィーにかけた。
hNTN-2プローブは、ヒト心臓、胎盤、膵臓、および肺組織において2.7kb転写
物に強くハイブリダイズし(図1)、そして脳および肝臓からのRNAに弱くハイ
ブリダイズした。より弱いレベルの発現はまた、骨格筋および腎臓で見出され得
た。心臓組織におけるhNTN-2の高い発現は、本発明が心臓疾患を処置するために
使用され得ることを示唆し得る。肺および膵臓組織におけるhNTN-2の発現は、本
発明が、肺および/または膵臓関連疾患を処置するために利用され得ることを示
唆し得る。
本発明は、理解の明快さの目的のために例示および実施例によっていくらか詳
細に記載されているが、ある変化および改変が、添付の請求の範囲の意図または
範囲から逸脱することなく行われ得ることは、本発明の教示に照らして当業者に
容易に明らかである。DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION All publications, patents, and patent applications cited herein are specifically and individually stating that each individual publication, patent, or patent application is to be incorporated by reference. , Is incorporated herein by reference. INTRODUCTION Field of the Invention The field of the invention is polypeptide molecules that modulate cellular functions, nucleic acid sequences encoding the polypeptide, and methods of using the nucleic acid sequence and the polypeptide. Background Tumor necrosis factor α (TNF-α) is a cytokine produced primarily by activated macrophages. TNF-α stimulates T and B cell proliferation and induces expression of adhesion molecules in endothelial cells. This cytokine also plays an important role in host defense against infection. TNF-α activity is mediated by two different receptors, TNFR-p55 and TNFR-p75. These two receptors also mediate the activity caused by soluble lymphotoxin α (LT-α), which is mainly secreted by activated lymphocytes. Specific stimulation of TNFR-p55 includes, for example, TNF activity such as in vitro tumor cytotoxicity, expression of adhesion molecules in endothelial cells and keratinocytes, activation of sphingomyelinase with concomitant increase in ceramide, activation of NF-κB , As well as manganese superoxide dismutase mRNA. Specific stimulation of TNFR-p75 results in a proliferative response of mouse and human thymocytes and cytotoxic T cells, fibroblasts and natural killer cells, and GM-CSF secretion in PC60 cells. TNF has the ability to selectively kill or inhibit malignant cell lines that are not matched by some other combination of cytokines, especially in combination with gamma interferon (IFN-γ). However, clinical trials of cancer patients with TNF-α antitumor therapy were disappointing, as the toxic side effects of TNF prevented obtaining effective dose levels in humans. These toxic side effects were due to TNF binding to the TNFR-p75 receptor, whereas the cytotoxic activity in malignant cells was due to TNF binding to the TNFR-p55 receptor. SUMMARY OF THE INVENTION The present invention is a molecule that is homologous to tumor necrosis factor (TNF). The invention provides methods and compositions relating to this molecule, human NTN-2 polypeptide, and related nucleic acids. Polypeptides comprising a human NTN-2 specific domain and having human NTN-2 specific activity are included. This polypeptide can be produced recombinantly from host cells transformed with the nucleic acids of the invention. The present invention is directed to binding agents such as specific antibodies, as well as diagnostics (eg, gene hybridization screening for human NTN-2 transcripts), treatments (eg, gene therapy to regulate human NTN-2 gene expression). And methods for making and using the compositions of the present invention in the biopharmaceutical industry (eg, reagents for screening chemical libraries for lead pharmacological agents). Preferred uses for the human NTN-2 polypeptides of the present invention include those in which the added polypeptide specifically interacts with extracellular surfaces that affect changes in media components and / or cell physiology. Modifying the physiology of the cell, including the extracellular surface, by contacting the exogenous human NTN-2 polypeptide with the cell or the medium surrounding the cell. Also preferred is a method of screening for a biologically active agent, which comprises the step of extracellular human NTN-2 polyprotein under conditions in which the polypeptide specifically binds the binding target with reference affinity in the absence of the agent. Incubating the human NTN-2 polypeptide in the presence of the peptide-specific binding target and the candidate drug; detecting the binding affinity of the polypeptide for the binding target to determine the drug-biased affinity And a step wherein the difference between the drug-biased affinity and the reference affinity indicates that the agent modulates the binding of the polypeptide to the binding target. Based on homology to TNF, human NTN-2 is expected to be a mediator of immune-regulatory and inflammatory responses, closely related to disease development. It may be useful for regulating the development, proliferation, and death of lymphoid, hematopoietic, and other lineage cells. Also, human NTN-2 can help control septic shock, autoimmune diseases, and graft-host disease. In addition, human NTN-2 polypeptide can be used to identify its receptor. BRIEF DESCRIPTION OF THE FIGURES FIG. 1-Northern analysis of various human tissue-specific RNAs using a 608 nucleotide fragment of the human NTN-2 sequence as a probe. Lanes 1-8 are as follows: heart, brain, placenta, lung, liver, skeletal muscle, kidney, and pancreas. DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION The present invention relates to native human NTN-2 polypeptides and human NTN-2 amino acid sequences or functional human NTN-2 polypeptide domains having assayable human NTN-2 specific activity. Human NTN-2 polypeptides, including recombinant polypeptides. Thus, the polypeptide can be a deletion mutant of the disclosed native human NTN-2 polypeptide, and can be provided, for example, as a fusion product with a non-human NTN-2 polypeptide. The human NTN-2 polypeptide domain of the present invention has human NTN-2 specific activity or function. Many applications for human NTN-2 are suggested by its properties. Human NTN-2 may be useful for studying and treating conditions similar to those treated using TNF. In addition, human NTN-2 cDNA can be used, for example, to use antibodies in assays for polypeptides in cell lines or to amplify those that have sequence similarity to oligonucleotide primers and how much human NTN-2 is present The use of oligonucleotides as primers in PCR tests to make them may be useful as diagnostic tools. Of course, isolation of human NTN-2 also provides clues to isolating its putative receptor, other human NTN-2 binding polypeptides, and / or studying its antagonist properties. Human NTN-2 specific activity or function is determined by convenient in vitro, cell-based, or in vivo assays—eg, in vitro binding assays, cell culture assays, animals (eg, immune response, gene therapy, transgenics, etc.). Can be done. Binding assays include any assay in which the specific molecular interaction between a binding target and a human NTN-2 polypeptide is evaluated. The binding target can be a natural binding target, or a non-natural binding target, such as a specific immune polypeptide such as an antibody, or a human NTN-2 specific agent as identified in the assays described below. A polypeptide of the present invention can be isolated or pure-an "isolated" polypeptide no longer accompanies some of the materials with which it is associated in its natural state, and preferably in a given sample. "Pure" polypeptide comprises at least about 0.5%, and more preferably at least about 5%, of the total polypeptide by weight; at least about 90%, by weight, of the total polypeptide in a given sample , And preferably at least about 99%. The polypeptides and polypeptide domains of the present invention can be synthesized, produced by recombinant techniques, or purified from cells. A variety of molecular and biochemical methods are available for biochemical synthesis, molecular expression, and purification of the compositions of the invention, including, for example, Molecular Cloning, A Laboratory Manual (Sambrook et al., Cold Spring Harbor Laboratory). See Current Protocols in Molecular Biology (Ed. Ausubel et al., Greene Publ. Assoc., Wiley-Interscience, NY). The polypeptides of the present invention find various uses, including as immunogens, as targets in screening assays, as bioactive reagents to modulate cell proliferation, differentiation, and / or function, and the like. For example, the present invention provides for exogenous human NTN-2 polypeptides under conditions in which the added polypeptide specifically interacts with components of the culture medium and / or the extracellular surface affecting changes in cell physiology. A method for regulating the physiology of a cell, including the extracellular surface, by contacting the cell with a medium or a medium surrounding the cell. According to these methods, the extracellular surface contains a plasma membrane associated receptor; exogenous human NTN-2 is not produced by the cell or is otherwise expressed at a non-natural level, stage, or physiological location And suitable media include in vitro culture media and physiological fluids such as blood, synovial fluid, and the like. Polypeptides can be introduced, expressed, or suppressed in a specific population of cells by any convenient method, such as microinjection, promoter-specific expression of a recombinant enzyme, targeted delivery of lipid vesicles, and the like. The present invention provides natural and non-natural human NTN-2 specific binding agents, methods for identifying and producing such agents, and their use in diagnosis, therapy, and drug development. Human NTN-2 specific binding agents include human NTN-2 specific receptors such as somatically recombinant protein receptor-like antibodies or T cell antigen receptors (eg, Harlow and Lane (1988) Antibodies , A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory), and also other natural binders identified in assays such as 1, 2, and 3 hybrid screening, and chemical libraries as described below. Non-natural binding agents identified in the screening of Certain drugs of interest modulate human NTN-2 function. The present invention provides human NTN-2 nucleic acids, which are used as translatable transcripts, hybridization probes, PCR primers, diagnostic nucleic acids, etc., and detect the presence of human NTN-2 gene and gene transcripts Various applications find use in detecting and amplifying nucleic acids encoding additional human NTN-2 homologs and structural analogs. The nucleic acids of the invention are synthetic / non-naturally occurring sequences and / or are isolated, ie, no longer associated with some of their materials associated in their natural state, and preferably have the total amount present in a given fraction. It comprises at least about 0.5%, more preferably at least about 5%, by weight of the nucleic acid, and usually the recombination comprises a non-native sequence or a native sequence linked to nucleotides other than those linked on the native chromosome. means. Nucleic acids comprising the nucleotide sequences disclosed herein and fragments thereof may be directly adjacent to sequences other than those linked on the native chromosome, or directly linked to sequences other than those linked on the native chromosome. Such a sequence or fragment is included at the end adjacent to an intact flanking region of less than 10 kb, preferably less than 2 kb. The nucleic acid is usually RNA or DNA, but is often advantageous for use with nucleic acids containing other bases or nucleotide analogs to provide altered stability. The amino acid sequence of the disclosed human NTN-2 polypeptide was optimized for a selected expression system (Holler et al. (1993) Gene 136: 323-328; Martin et al. (1995) Gene 154: 150-166). Used to reverse translate a nucleic acid encoding a human NTN-2 polypeptide, or to generate degenerate oligonucleotide primers and probes for use in isolating a nucleic acid sequence encoding a native human NTN-2 ("GCG" software, Genetics Computer Group, Inc., Madison, WI). The nucleic acid encoding human NTN-2 can be part of an expression vector and, for example, for expression and screening, for transgenic animals, for candidate drugs for diseases associated with human NTN-2 mediated signaling Can be incorporated into recombinant host cells, such as for functional studies such as the efficacy of E. coli. Expression systems are selected and / or adapted to affect human NTN-2 polypeptide structural and functional variants by selective post-translational processing. The invention also provides nucleic acid hybridization probes and replication / amplification primers having a human NTN-2 cDNA specific sequence and sufficient to effect specific hybridization with SEQ ID NO: 1. Prove specific hybridization generally requires stringent conditions, for example, 5 × SSPE a (0.18M NaCl, 0.01M NaPO 4, pH 7.7,0.001M EDTA) 30% formamide in the buffer solution Hybridizing at a temperature of 42 ° C. in a buffer containing, and remaining bound when washing at 42 ° C. with 0.2 × SSP E; preferably 50% formamide in 5 × SSPE buffer Hybridization at a temperature of 42 ° C. in a buffer containing solution and remaining bound when washing at 42 ° C. with 0.2 × SSPE buffer at 42 ° C. The human NTN-2 cDNA homolog is also distinguished from other polypeptides using an alignment algorithm such as BLASTX (Altschul et al. (1990) Basic Local Alignment Search Tool, J. Mol. Biol. 215: 403-410). Can be done. Human NTN-2 hybridization probes find use in identifying wild-type and mutant alleles in clinical and laboratory samples. Variant alleles are used to generate allele-specific oligonucleotide (ASO) probes for high-throughput ratio clinical diagnosis. Human NTN-2 nucleic acids are also used to modulate cellular expression or intracellular concentration or availability of active human NTN-2. A human NTN-2 inhibitory nucleic acid is typically an antisense-single-stranded sequence that includes the complement of the disclosed native human NTN-2 coding sequence. Antisense regulation of the expression of a given human NTN-2 polypeptide can employ an antisense nucleic acid operably linked to a gene regulatory sequence. Cells are transfected with a vector containing human NTN-2 sequences with a promoter sequence oriented so that transcription of the gene results in an antisense transcript capable of binding to mRNA encoding endogenous human NTN-2. Transcription of the antisense nucleic acid can be constitutive or inducible, and the vector can provide stable extrachromosomal maintenance or integration. Alternatively, a single-stranded antisense nucleic acid that binds to genomic DNA or mRNA encoding a given human NTN-2 polypeptide is present in the host or at a concentration that results in a substantial decrease in expression of the targeted polypeptide. Enrichment in human NTN-2 expression, which can be administered to target cells that are temporarily isolated from, introduces human NTN-2 nucleic acid into the targeted cell type that increases the functional expression of the corresponding gene product Brought by. Such a nucleic acid can be a human NTN-2 expression vector, a vector that up-regulates the functional expression of an endogenous allele, or a replacement vector for targeted modification of a mutant allele. Techniques for introducing nucleic acids into viable cells are known in the art and include retrovirus-based transfection, virus coat protein-liposome-mediated transfection, and the like. The present invention provides an effective method of identifying an agent, compound, or lead compound for an agent active at the level of human NTN-2 regulatable cell function. Generally, these screening methods involve assaying for compounds that modulate human NTN-2 interaction with a natural human NTN-2 binding target. Various assays for binding agents are provided, including protein-protein binding assays, immunoassays, cell-based assays, and the like. A preferred method follows automated, cost-effective, high-throughput ratio screening of chemical libraries for lead compounds. In vitro binding assays use a mixture of components that include a human NTN-2 polypeptide, which can be part of a fusion product with another peptide or polypeptide, such as a tag for detection or immobilization. The assay mixture contains the natural human NTN-2 binding target. Although native binding targets can be used, it is often preferred to use some of them, provided that they provide the binding affinity and avidity for human NTN-2 of the present invention that can be conveniently measured in an assay. . The assay mixture also contains the candidate pharmacological agent. Candidate agents comprise a number of chemical classes, but typically they are organic compounds, preferably small organic compounds, and are obtained from a variety of sources, including libraries of synthetic or natural compounds. A variety of other reagents may also be included such as salts, buffers, neutral proteins (eg, albumin), detergents, protease inhibitors, nuclease inhibitors, antimicrobial agents, and the like. The mixture components can be added in any order that provides the requisite binding, and the incubation can be performed at any temperature that facilitates optimal binding. The mixture is incubated under conditions in which in the absence of the candidate pharmacological agent, human NTN-2 specifically binds a cell binding target, part, or analog having a reference binding affinity. The incubation period is selected for optimal binding, but is also minimized to facilitate rapid high throughput ratio screening. After incubation, drug-biased binding between human NTN-2 and one or more binding targets is detected by any convenient method. For cell-free binding type assays, a separation step is often used to separate unbound and bound components. Separation can be performed by precipitation, fixation, and the like, and then by washing, eg, by membrane filtration or gel chromatography. For a cell-free binding assay, one of the components usually contains or is conjugated to a label. Labels can provide direct detection, such as radioactivity, luminescence, optical or electron density, or indirect detection, such as epitope tags, enzymes, and the like. Various methods for detecting the label depending on the nature of the label and the assay components, such as, for example, by optical or electron density, radiative emission, non-radiative energy transfer, or indirectly detected with the antibody conjugate, Can be used. The difference in binding affinity of a human NTN-2 polypeptide for a target in the absence of a drug as compared to the binding affinity in the presence of a drug indicates that the drug has a human NTN-2 polypeptide that has a corresponding binding target. And modulates binding. As used herein, differences are statistically significant, and preferably represent at least 50%, more preferably at least 90%, differences. The present invention provides a method of altering the physiology of a cell, including the extracellular surface, in contact with a medium, the method comprising: And contacting the exogenous human NTN-2 polypeptide with the medium under conditions that specifically interact with at least one component of the extracellular surface. The invention further provides a method of screening for a biologically active agent, the method comprising the steps of: a) in the absence of the agent, a condition under which the polypeptide specifically binds the binding target with reference affinity. Incubating the human NTN-2 polypeptide in the presence of an extracellular human NTN-2 polypeptide-specific binding target and a candidate agent; b) binding to this binding target to determine drug-biased affinity Detecting the binding affinity of the polypeptide, wherein the difference between the drug-biased affinity and the reference affinity is that the agent modulates the binding of the polypeptide to the binding target. And the step of One embodiment of the present invention is an isolated human NTN-2 polypeptide comprising an amino acid sequence described herein, or a fragment thereof having human NTN-2 specific activity. Another embodiment of the present invention is a recombinant nucleic acid encoding a human NTN-2 polypeptide comprising an amino acid sequence described herein or a fragment thereof having human NTN-2 specific activity. Yet another embodiment is an isolated nucleic acid comprising a nucleotide sequence described herein, or described herein in the presence of a native human NTN-2 cDNA having at least 18 contiguous bases and Is a fragment thereof sufficient to specifically hybridize with a nucleic acid having the sequence The present invention also provides antibodies to the human NTN-2 polypeptides described herein that are useful, for example, for detecting polypeptides in diagnostic applications. For the preparation of monoclonal antibodies to the human NTN-2 polypeptide, any technique which provides for the production of antibody molecules by continuous cell lines in culture can be used. For example, Ko Hler and Milstein: originally developed the hybridoma technique by (1975, Nature 256 495-497), as well as the trioma technique, the human B cell hybridoma technique (Kozbor et al., 1983, Immunology Today 4: 72 ), and human monoclonal EBV-hybridoma techniques for producing antibodies (Cole et al., 1985, "Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy", Alan R. Liss, Inc. pages 77-96) and the like are within the scope of the invention. Monoclonal antibodies for diagnostic or therapeutic uses can be human monoclonal antibodies or chimeric human-mouse (or other species) monoclonal antibodies. Human monoclonal antibodies can be made by any of a number of techniques known in the art (eg, Teng et al., 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 80: 730 8-7312; Kozbor et al., 1983). Olmsson et al., 1982, Meth. Enzymol. 92: 3-16). Chimeric antibody molecules can be prepared that contain a mouse antigen binding domain together with a human constant region (Morrison et al., 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 81: 6851, Takeda et al., Nature 314: 452). Various procedures known in the art can be used for the production of polyclonal antibodies against the epitopes of the human NTN-2 polypeptide described herein. For the production of antibodies, various host animals, including but not limited to rabbits, mice, and rats, can be immunized by injection of a human NTN-2 polypeptide, or a fragment or derivative thereof. Various adjuvants can be used to increase the immunological response, depending on the host species, including Freund (complete and incomplete), mineral gels such as aluminum hydroxide, surfaces such as lysolecithin Including, but not limited to, active substances, pluronic polyols, polyanions, peptides, oil emulsions, keyhole limpet hemocyanin, dinitrophenol, and potentially useful human adjuvants such as BCG (Bacille Calmette-Guerin) and Corynebacterium parvum Not done. Molecular clones of antibodies to the selected human NTN-2 polypeptide epitope can be prepared by known techniques. Recombinant DNA methodology (see, eg, Maniatis et al., 1998, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York) encodes a monoclonal antibody molecule, or antigen-binding region thereof. Used to construct a nucleic acid sequence. The present invention provides antibody molecules and fragments of such antibody molecules. Antibody fragments which contain the idiotype of the molecule can be generated by known techniques. For example, such fragments are F (ab ') 2 fragments that can be produced by pepsin cleavage of the antibody molecule; Fab' fragments that can be produced by reducing the disulfide bridges of the F (ab ') 2 fragment; and papain and Includes but is not limited to Fab fragments that can be generated by treating an antibody molecule with a reducing agent. Antibody molecules can be purified by known techniques, for example, immunoadsorption or immunoaffinity chromatography, chromatographic methods such as HPLC (high performance liquid chromatography), or a combination thereof. The following examples are provided for illustrative purposes and do not provide a limitation. Example 1-Cloning and Sequencing of Partial Human NTN-2 Coding Sequence The amino acid sequences of all known human and mouse members of the TNF family were used as tbl astn queries to search the NIH EST database for random fragments of mRNA sequences. (Altschul, Stephen F., Warren Gish, Webb Miller, Eugene W. Myers, and David J. Lipman (1990). Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215: 403-10). Each question generated a list of hits, ie, EST sequences with substantial sequence similarity to the query sequence. Typically, hits at the top of the list corresponded to mRNA copies of the protein in question, followed by ESTs from other members of the family and random-chance similarities. The parser program was used to combine and sort all of the hits from searches with all of the family members. This allowed for a rapid reduction of all hits corresponding to known proteins. The remaining hits were analyzed for conservation of sequence motifs characteristic of the family. Additional database searches were performed to identify duplicate ESTs. The partial nucleotide and deduced amino acid sequence of human NTN-2 was determined as follows: Using the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 as a question, an additional database search was performed to identify overlapping ESTs. Two additional clones from the IMAGE consortium were identified as containing homologous sequences. These clones, Genebank accession numbers AA166695 and T87299, were purchased from Research Genetics, Inc. (Huntsville, AL) and sequenced using an ABI 373A DNA sequencer and Taq Dideoxy Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA). Alignment of two additional clones with SEQ ID NO: 1 showed a total length of 680 nucleotides. Oligonucleotides were designed based on the partial human sequence and used for reverse transcription reactions and as primers for PCR. A 608 nucleotide long sequence was obtained and used as a probe to isolate the full length sequence as described below. Example 2 -Isolation and sequencing of a full length cDNA clone encoding human NTN-2 A human placental cDNA library in λgt-10 was obtained from Clontech Laboratories, Inc. (Pa lo Alto, CA). Plaques were plated at a density of 1.25 × 10 6/20 × 20cm plate, and replica filters taken following standard procedures (Sam brook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, pp. 8.46, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York). The filters were screened with a probe corresponding to nucleotides 216-824 of the hNTN-2 sequence shown in SEQ ID NO: 3 at normal stringency (2xSSC, 65 ° C). The probe was hybridized at 65 ° C. in a hybridization solution containing 0.5 mg / ml salmon sperm DNA to reduce non-specific binding of the probe to the filter. Filters were washed at 65 ° C. with 2 × SSC and exposed to X-ray film overnight. Five positive clones showing strong hybridization signals were selected and also produced fragments when PCR amplified using oligos from the cDNA vector. hNTN-2 sequencing The coding regions from each of the five clones were sequenced using an ABI 373A DNA sequencer and a Taq Dyedeoxy Terminator Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA). The nucleotide and deduced amino acid sequences of the full length hNTN-2 coding sequence from one of the clones are described below: Example 3 Tissue-Specific Expression of hNTN-2 A fragment corresponding to nucleotides 216-824 of the hNTN-2 sequence shown in SEQ ID NO: 3 was radiolabeled and used for Northern analysis of various human tissue-specific RNAs. . Northern blots containing poly A + RNA from several human tissues were obtained from Clontech Laboratories, Inc. (Palo Alto, Calif.) And 0.5% NaPO4 (pH 7), 1% bovine serum albumin (Fraction V, Sigma), 7% SDS, 1 mM EDTA, and 100 ng / ml sonicated denatured salmon sperm DNA. Hybridized at 65 ° C to a radiolabeled hNTN-2 probe in the presence. Filters were washed with 2 × SSC, 0.1% SDS at 65 ° C. and autoradiographed at −70 ° C. for 16 hours with screen and X-ray film intensifier. The hNTN-2 probe strongly hybridized to the 2.7 kb transcript in human heart, placenta, pancreas, and lung tissue (FIG. 1) and weakly hybridized to RNA from brain and liver. Weaker levels of expression could also be found in skeletal muscle and kidney. High expression of hNTN-2 in heart tissue may suggest that the present invention can be used to treat heart disease. The expression of hNTN-2 in lung and pancreatic tissues may suggest that the present invention can be used to treat lung and / or pancreatic related diseases. Although the present invention has been described in some detail by way of illustration and example for purposes of clarity of understanding, certain changes and modifications may be made without departing from the spirit or scope of the appended claims. This will be readily apparent to one skilled in the art in light of the teachings of the present invention.
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(51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考)
A61P 43/00 111 C07K 16/24
C07K 14/52 19/00
16/24 C12N 1/19
19/00 1/21
C12N 1/19 C12P 21/08
1/21 C12Q 1/68 A
5/10 C12N 15/00 ZNAA
C12P 21/08 5/00 A
C12Q 1/68 A61K 37/02
(81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY,
DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I
T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ
,CF,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR,
NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,KE,L
S,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM,AZ
,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM),AL
,AM,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BR,
BY,CA,CH,CN,CU,CZ,DE,DK,E
E,ES,FI,GB,GE,GH,GM,GW,HU
,ID,IL,IS,JP,KE,KG,KP,KR,
KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,M
D,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,PL
,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK,
SL,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,US,U
Z,VN,YU,ZW
(72)発明者 バレンズエラ,デイビッド
アメリカ合衆国 ニューヨーク 11010,
フランクリン スクエア,グランジ スト
リート 216──────────────────────────────────────────────────続 き Continued on the front page (51) Int.Cl. 7 Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) A61P 43/00 111 C07K 16/24 C07K 14/52 19/00 16/24 C12N 1/19 19/00 1 / 21 C12N 1/19 C12P 21/08 1/21 C12Q 1/68 A 5/10 C12N 15/00 ZNAA C12P 21/08 5/00 A C12Q 1/68 A61K 37/02 (81) Designated country EP (AT , BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE), OA (BF, BJ, CF, CG, CI, CM) , GA, GN, ML, MR, NE, SN, TD, TG), AP (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SZ, UG, ZW), EA (AM, AZ, BY, KG, KZ, M , RU, TJ, TM), AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CU, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, GB , GE, GH, GM, GW, HU, ID, IL, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, UA, UG, US, UZ, VN, YU , ZW (72) Inventor Valenzuela, David New York 11010, Franklin Square, Grunge Street 216